为了防止用人单位滥用强势地位，我国劳动合同法明确规定了用人单位可以要求劳动者承担违约金的两种情形即(1)用人单位向劳动者提供培训，约定服务期，劳动者违反服务期的约定单方解除劳动合同;(2)劳动者违反竞业禁止义务。(劳动合同法的第22条和第23条的规定)，劳动合同法第25条还规定了除第22条和第23条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定劳动者承担违约金。
根据上述规定，用人单位似乎无权设定劳动者违反保密义务情况下的违约金，但实践中是有争议的，根据劳动部《违反<劳动法>有关劳动合同规定的赔偿办法》规定，劳动者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，按《反不正当竞争法》第二十条的规定支付用人单位赔偿费用。
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离职员工违反保密协议将会承担：
1、民事责任：违反保密协议首先要承担的是民事责任
民事责任又可以分为违约责任和侵权责任。雇员违反保密协议很可能同时侵犯了用人单位的商业秘密，给用人单位造成了实际损失。因此，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。
2、行政责任：侵犯用人单位的商业秘密也可能构成行政责任
根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。
3、刑事责任：任侵犯用人单位的商业秘密还可能承担刑事责任
根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
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