[go: up one dir, main page]

RU2019144026A - Полногеномные библиотеки отдельных клеток для бисульфитного секвенирования - Google Patents

Полногеномные библиотеки отдельных клеток для бисульфитного секвенирования Download PDF

Info

Publication number
RU2019144026A
RU2019144026A RU2019144026A RU2019144026A RU2019144026A RU 2019144026 A RU2019144026 A RU 2019144026A RU 2019144026 A RU2019144026 A RU 2019144026A RU 2019144026 A RU2019144026 A RU 2019144026A RU 2019144026 A RU2019144026 A RU 2019144026A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sequence
nuclei
index
fragment
indexed
Prior art date
Application number
RU2019144026A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2770879C2 (ru
RU2019144026A3 (ru
Inventor
Эндрю К. ЭЙДИ
Райан МАЛКВИН
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Дмитрий К. ПОХОЛОК
Стивен НОРБЕРГ
Original Assignee
Орегон Хэлт Энд Сайенс Юниверсити
Иллумина, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Орегон Хэлт Энд Сайенс Юниверсити, Иллумина, Инк. filed Critical Орегон Хэлт Энд Сайенс Юниверсити
Publication of RU2019144026A publication Critical patent/RU2019144026A/ru
Publication of RU2019144026A3 publication Critical patent/RU2019144026A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2770879C2 publication Critical patent/RU2770879C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
    • C40B50/18—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support using a particular method of attachment to the solid support
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
    • C12Q2523/101—Crosslinking agents, e.g. psoralen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
    • C12Q2523/125—Bisulfite(s)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2535/00—Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
    • C12Q2535/122—Massive parallel sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/159—Reduction of complexity, e.g. amplification of subsets, removing duplicated genomic regions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Structural Engineering (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (110)

1. Способ получения библиотеки для секвенирования для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток, включающий:
(a) получение выделенных ядер из совокупности клеток;
(b) химическую обработку выделенных ядер с получением обедненных нуклеосомами ядер при сохранении целостности выделенных ядер;
(c) распределение субпопуляций обедненных нуклеосомами ядер в первую совокупность компартментов, содержащих транспосомный комплекс, где транспосомный комплекс в каждом компартменте содержит первую индексную последовательность, которая отличается от первых индексных последовательностей в других компартментах;
(d) фрагментирование нуклеиновых кислот в субпопуляциях обедненных нуклеосомами ядер с получением совокупности фрагментов нуклеиновых кислот и встраивание первых индексных последовательностей в по меньшей мере одну нить фрагментов нуклеиновых кислот с получением индексированных ядер;
(e) объединение индексированных ядер с получением объединенных в пул индексированных ядер;
(f) распределение субпопуляций объединенных в пул индексированных ядер во вторую совокупность компартментов и обработку бисульфитом индексированных ядер с получением обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот;
(g) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот в каждом компартменте посредством линейной амплификации с использованием совокупности праймеров, содержащих универсальную нуклеотидную последовательность на 5'-конце и случайную нуклеотидную последовательность на 3'-конце, с получением амплифицированных молекул фрагмент-адаптер;
(h) встраивание второй индексной последовательности в амплифицированные молекулы фрагмент-адаптер с получением молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, где вторая индексная последовательность в каждом компартменте отличается от вторых индексных последовательностей в других компартментах; и
(i) объединение молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом с получением тем самым библиотеки для секвенирования для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток.
2. Способ по п. 1, в котором химическая обработка включает обработку хаотропным средством, способным нарушать взаимодействия нуклеиновых кислот с белками.
3. Способ по п. 2, в котором хаотропное средство содержит дийодсалицилат лития.
4. Способ по п. 1, в котором химическая обработка включает обработку детергентом, способным нарушать взаимодействия нуклеиновых кислот с белками.
5. Способ по п. 4, в котором детергент включает додецилсульфат натрия (SDS).
6. Способ по п. 5, в котором клетки перед стадией (а) обрабатывают сшивающим средством.
7. Способ по п. 6, в котором сшивающее средство представляет собой формальдегид.
8. Способ по п. 1, в котором распределение на стадиях (с) и (f) осуществляют путем сортировки ядер с активированной флуоресценцией.
9. Способ по п. 1, в котором субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер содержат примерно равные количества ядер.
10. Способ по п. 9, в котором субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер содержат от 1 до приблизительно 2000 ядер.
11. Способ по п. 1, в котором первая совокупность компартментов представляет собой многолуночный планшет.
12. Способ по п. 11, в котором многолуночный планшет представляет собой 96-луночный планшет или 384-луночный планшет.
13. Способ по п. 1, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер содержат примерно равные количества ядер.
14. Способ по п. 13, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер содержат от 1 до приблизительно 25 ядер.
15. Способ по п. 1, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер включают в по меньшей мере 10 раз меньшее количество ядер, чем субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер.
16. Способ по п. 1, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер включают в по меньшей мере 100 раз меньшее количество ядер, чем субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер.
17. Способ по п. 1, в котором вторая совокупность компартментов представляет собой многолуночный планшет.
18. Способ по п. 17, в котором многолуночный планшет представляет собой 96-луночный планшет или 384-луночный планшет.
19. Способ по п. 1, в котором каждый из транспосомных комплексов содержит транспозазы и транспозоны, при этом каждый из транспозонов содержит перенесенную нить.
20. Способ по п. 19, в котором перенесенная нить не содержит остатка цитозина.
21. Способ по п. 20, в котором перенесенная нить содержит первую индексную последовательность.
22. Способ по п. 21, в котором перенесенная нить дополнительно содержит первую универсальную последовательность и первую последовательность праймера для секвенирования.
23. Способ по п. 1, в котором обработка бисульфитом превращает неметилированные остатки цитозина динуклеотидов CpG в остатки урацила и оставляет неизмененными остатки 5-метилцитозина.
24. Способ по п. 1, в котором линейная амплификация обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот предусматривает от 1 до 10 циклов.
25. Способ по п. 1, в котором универсальная нуклеотидная последовательность на 5'-конце праймеров на стадии (g) содержит вторую последовательность праймера для секвенирования.
26. Способ по п. 1, в котором случайная нуклеотидная последовательность на 3'-конце праймеров на стадии (g) состоит из 9 случайных нуклеотидов.
27. Способ по п. 1, в котором встраивание второй индексной последовательности на стадии (h) предусматривает приведение амплифицированных молекул фрагмент-адаптер в каждом компартменте в контакт с первым универсальным праймером и вторым универсальным праймером, каждый из которых содержит индексную последовательность, и осуществление реакции экспоненциальной амплификации.
28. Способ по п. 27, в котором индексная последовательность первого универсального праймера представляет собой последовательность, обратно комплементарную индексной последовательности второго универсального праймера.
29. Способ по п. 27, в котором индексная последовательность первого универсального праймера отличается от последовательности, обратно комплементарной индексной последовательности второго универсального праймера.
30. Способ по п. 27, в котором первый универсальный праймер дополнительно содержит первую последовательность для захвата и первую якорную последовательность, комплементарную универсальной последовательности на 3'-конце амплифицированных молекул фрагмент-адаптер.
31. Способ по п. 30, в котором первая последовательность для захвата содержит последовательность праймера P5.
32. Способ по п. 27, в котором второй универсальный праймер дополнительно содержит вторую последовательность для захвата и вторую якорную последовательность, комплементарную универсальной последовательности на 5'-конце амплифицированных молекул фрагмент-адаптер.
33. Способ по п. 32, в котором вторая последовательность для захвата содержит последовательность, обратно комплементарную последовательности праймера P7.
34. Способ по п. 27, в котором реакция экспоненциальной амплификации включает полимеразную цепную реакцию (ПЦР).
35. Способ по п. 34, в котором ПЦР включает от 15 до 30 циклов.
36. Способ по п. 1, дополнительно включающий обогащение нуклеиновых кислот-мишеней с помощью совокупности олигонуклеотидов для захвата, характеризующихся специфичностью по отношению к нуклеиновым кислотам-мишеням.
37. Способ по п. 36, в котором олигонуклеотиды для захвата иммобилизованы на поверхности твердого субстрата.
38. Способ по п. 36, в котором олигонуклеотиды для захвата содержат первый член универсальной пары связывания, и где второй член пары связывания иммобилизован на поверхности твердого субстрата.
39. Способ по п. 1, дополнительно включающий отбор молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, которые попадают в заранее определенный диапазон размеров.
40. Способ по п. 1, дополнительно включающий секвенирование молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток.
41. Способ получения библиотеки для секвенирования для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток, включающий:
(a) получение выделенных ядер из совокупности клеток;
(b) химическую обработку выделенных ядер с получением обедненных нуклеосомами ядер при сохранении целостности выделенных ядер;
(c) распределение субпопуляций обедненных нуклеосомами ядер в первую совокупность компартментов, содержащих транспосомный комплекс, где транспосомный комплекс в каждом компартменте содержит первую индексную последовательность, которая отличается от первых индексных последовательностей в других компартментах;
(d) фрагментирование нуклеиновых кислот в субпопуляциях обедненных нуклеосомами ядер с получением совокупности фрагментов нуклеиновых кислот и встраивание первых индексных последовательностей в по меньшей мере одну нить фрагментов нуклеиновых кислот с получением индексированных ядер;
(e) объединение индексированных ядер с получением объединенных в пул индексированных ядер;
(f) распределение субпопуляций объединенных в пул индексированных ядер во вторую совокупность компартментов и обработку бисульфитом индексированных ядер с получением обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот;
(g) лигирование обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот в каждом компартменте с универсальным адаптером с получением лигированных молекул фрагмент-адаптер;
(h) встраивание второй индексной последовательности в лигированные молекулы фрагмент-адаптер с получением молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, где вторая индексная последовательность в каждом компартменте отличается от вторых индексных последовательностей в других компартментах; и
(i) объединение молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом с получением тем самым библиотеки для секвенирования для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток.
42. Способ по п. 41, в котором химическая обработка включает обработку хаотропным средством, способным нарушать взаимодействия нуклеиновых кислот с белками.
43. Способ по п. 42, в котором хаотропное средство содержит дийодсалицилат лития.
44. Способ по п. 41, в котором химическая обработка включает обработку детергентом, способным нарушать взаимодействия нуклеиновых кислот с белками.
45. Способ по п. 44, в котором детергент включает додецилсульфат натрия (SDS).
46. Способ по п. 45, в котором клетки перед стадией (а) обрабатывают сшивающим средством.
47. Способ по п. 46, в котором сшивающее средство представляет собой формальдегид.
48. Способ по п. 41, в котором распределение на стадиях (с) и (f) осуществляют путем сортировки ядер с активированной флуоресценцией.
49. Способ по п. 41, в котором субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер содержат примерно равные количества ядер.
50. Способ по п. 49, в котором субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер содержат от 1 до приблизительно 2000 ядер.
51. Способ по п. 41, в котором первая совокупность компартментов представляет собой многолуночный планшет.
52. Способ по п. 51, в котором многолуночный планшет представляет собой 96-луночный планшет или 384-луночный планшет.
53. Способ по п. 41, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер содержат примерно равные количества ядер.
54. Способ по п. 53, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер содержат от 1 до приблизительно 25 ядер.
55. Способ по п. 41, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер включают в по меньшей мере 10 раз меньшее количество ядер, чем субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер.
56. Способ по п. 41, в котором субпопуляции объединенных в пул индексированных ядер включают в по меньшей мере 100 раз меньшее количество ядер, чем субпопуляции обедненных нуклеосомами ядер.
57. Способ по п. 41, в котором вторая совокупность компартментов представляет собой многолуночный планшет.
58. Способ по п. 57, в котором многолуночный планшет представляет собой 96-луночный планшет или 384-луночный планшет.
59. Способ по п. 41, в котором каждый из транспосомных комплексов содержит транспозазы и транспозоны, при этом каждый из транспозонов содержит перенесенную нить.
60. Способ по п. 59, в котором перенесенная нить не содержит остатка цитозина.
61. Способ по п. 60, в котором перенесенная нить содержит первую индексную последовательность.
62. Способ по п. 61, в котором перенесенная нить дополнительно содержит первую универсальную последовательность и первую последовательность праймера для секвенирования.
63. Способ по п. 41, в котором обработка бисульфитом превращает неметилированные остатки цитозина динуклеотидов CpG в остатки урацила и оставляет неизмененными остатки 5-метилцитозина.
64. Способ по п. 41, дополнительно включающий добавление одного или нескольких нуклеотидов к 3'-концам обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот для создания 3'-"липкого" конца перед лигированием универсального адаптера.
65. Способ по п. 64, в котором добавление одного или нескольких нуклеотидов осуществляют с использованием концевой трансферазы.
66. Способ по п. 64, в котором универсальный адаптер содержит "липкий" конец, который является обратно комплементарным 3'-"липкому" концу обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновых кислот.
67. Способ по п. 41, в котором встраивание второй индексной последовательности на стадии (h) включает приведение молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом в каждом компартменте в контакт с первым универсальным праймером и вторым универсальным праймером, каждый из которых содержит индексную последовательность, и осуществление реакции экспоненциальной амплификации.
68. Способ по п. 67, в котором индексная последовательность первого универсального праймера представляет собой последовательность, обратно комплементарную индексной последовательности второго универсального праймера.
69. Способ по п. 67, в котором индексная последовательность первого универсального праймера отличается от последовательности, обратно комплементарной индексной последовательности второго универсального праймера.
70. Способ по п. 67, в котором первый универсальный праймер дополнительно содержит первую последовательность для захвата и первую якорную последовательность, комплементарную универсальной последовательности на 3'-конце молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом.
71. Способ по п. 70, в котором первая последовательность для захвата содержит последовательность праймера P5.
72. Способ по п. 67, в котором второй универсальный праймер дополнительно содержит вторую последовательность для захвата и вторую якорную последовательность, комплементарную универсальной последовательности на 5'-конце молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом.
73. Способ по п. 72, в котором вторая последовательность для захвата содержит последовательность, обратно комплементарную последовательности праймера P7.
74. Способ по п. 67, в котором реакция экспоненциальной амплификации включает полимеразную цепную реакцию (ПЦР).
75. Способ по п. 74, в котором ПЦР включает от 15 до 30 циклов.
76. Способ по п. 41, дополнительно включающий обогащение нуклеиновых кислот-мишеней с помощью совокупности олигонуклеотидов для захвата, характеризующихся специфичностью по отношению к нуклеиновым кислотам-мишеням.
77. Способ по п. 76, в котором олигонуклеотиды для захвата иммобилизованы на поверхности твердого субстрата.
78. Способ по п. 76, в котором олигонуклеотиды для захвата содержат первый член универсальной пары связывания, и где второй член пары связывания иммобилизован на поверхности твердого субстрата.
79. Способ по п. 41, дополнительно включающий отбор молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, которые попадают в заранее определенный диапазон размеров.
80. Способ по п. 41, дополнительно включающий секвенирование молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом для определения статуса метилирования нуклеиновых кислот из совокупности отдельных клеток.
81. Способ по п. 40, дополнительно включающий:
получение поверхности, содержащей совокупность сайтов амплификации,
где сайты амплификации содержат по меньшей мере две популяции присоединенных однонитевых нуклеиновых кислот, имеющих свободный 3'-конец, и
приведение в контакт поверхности, содержащей сайты амплификации, с библиотекой для секвенирования в условиях, подходящих для получения совокупности сайтов амплификации, каждый из которых содержит клональную популяцию ампликонов из отдельной молекулы фрагмент-адаптер с двойным индексом.
82. Способ по п. 81, в котором количество молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом превышает количество сайтов амплификации, где молекулы фрагмент-адаптер с двойным индексом имеют доступ посредством текучей среды к сайтам амплификации и где каждый из сайтов амплификации характеризуется емкостью, соответствующей нескольким молекулам фрагмент-адаптер с двойным индексом в библиотеке для секвенирования.
83. Способ по п. 81, в котором приведение в контакт включает одновременно (i) транспортировку молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом к сайтам амплификации со средней скоростью транспортировки и (ii) амплификацию молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, которые находятся в сайтах амплификации, со средней скоростью амплификации, где средняя скорость амплификации превышает среднюю скорость транспортировки.
84. Способ по п. 80, дополнительно включающий:
получение поверхности, содержащей совокупность сайтов амплификации,
где сайты амплификации содержат по меньшей мере две популяции присоединенных однонитевых нуклеиновых кислот, имеющих свободный 3'-конец, и
приведение в контакт поверхности, содержащей сайты амплификации, с библиотекой для секвенирования в условиях, подходящих для получения совокупности сайтов амплификации, каждый из которых содержит клональную популяцию ампликонов из отдельной молекулы фрагмент-адаптер с двойным индексом.
85. Способ по п. 84, в котором количество молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом превышает количество сайтов амплификации, где молекулы фрагмент-адаптер с двойным индексом имеют доступ посредством текучей среды к сайтам амплификации и где каждый из сайтов амплификации характеризуется емкостью, соответствующей нескольким молекулам фрагмент-адаптер с двойным индексом в библиотеке для секвенирования.
86. Способ по п. 84, в котором приведение в контакт включает одновременно (i) транспортировку молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом к сайтам амплификации со средней скоростью транспортировки и (ii) амплификацию молекул фрагмент-адаптер с двойным индексом, которые находятся в сайтах амплификации, со средней скоростью амплификации, где средняя скорость амплификации превышает среднюю скорость транспортировки.
RU2019144026A 2017-06-07 2018-06-05 Полногеномные библиотеки отдельных клеток для бисульфитного секвенирования RU2770879C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762516324P 2017-06-07 2017-06-07
US62/516,324 2017-06-07
PCT/US2018/036078 WO2018226708A1 (en) 2017-06-07 2018-06-05 Single cell whole genome libraries for methylation sequencing

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019144026A true RU2019144026A (ru) 2021-07-09
RU2019144026A3 RU2019144026A3 (ru) 2021-10-07
RU2770879C2 RU2770879C2 (ru) 2022-04-22

Family

ID=62749208

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019144026A RU2770879C2 (ru) 2017-06-07 2018-06-05 Полногеномные библиотеки отдельных клеток для бисульфитного секвенирования

Country Status (15)

Country Link
US (1) US20180355348A1 (ru)
EP (3) EP4293122B1 (ru)
JP (2) JP7407597B2 (ru)
KR (2) KR20240013852A (ru)
CN (2) CN118497317A (ru)
AU (1) AU2018280131B2 (ru)
CA (1) CA3066424A1 (ru)
DK (2) DK3635136T3 (ru)
ES (3) ES3014783T3 (ru)
FI (1) FI3981884T3 (ru)
IL (2) IL271215B2 (ru)
NZ (1) NZ759895A (ru)
RU (1) RU2770879C2 (ru)
SG (2) SG10202108175RA (ru)
WO (1) WO2018226708A1 (ru)

Families Citing this family (31)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
CN112005115A (zh) 2018-02-12 2020-11-27 10X基因组学有限公司 表征来自单个细胞或细胞群体的多种分析物的方法
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
US11981891B2 (en) * 2018-05-17 2024-05-14 Illumina, Inc. High-throughput single-cell sequencing with reduced amplification bias
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
EP3830289A1 (en) 2018-08-03 2021-06-09 10X Genomics, Inc. Methods and systems to minimize barcode exchange
EP3899028A1 (en) 2018-12-17 2021-10-27 Illumina, Inc. Methods and means for preparing a library for sequencing
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
EP3924505A1 (en) 2019-02-12 2021-12-22 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
WO2020167866A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transposon loading
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
CN109880887A (zh) * 2019-03-20 2019-06-14 嘉兴菲沙基因信息有限公司 一种适用于植物ATAC-seq测序技术的文库构建方法
WO2020243160A1 (en) * 2019-05-28 2020-12-03 Chan Zuckerberg Biohub, Inc. Methods and compositions for multiple-parameter single-cell analysis using spectrally encoded microbeads
EP3988665B1 (en) * 2019-06-20 2023-08-30 MGI Tech Co., Ltd. Method and use for construction of sequencing library based on dna samples
KR20220041875A (ko) * 2019-07-31 2022-04-01 바이오스크립 지노믹스, 인크. 단일 세포 분석
CN110438572A (zh) * 2019-09-16 2019-11-12 上海其明信息技术有限公司 单细胞测序的建库方法
CN114391043B (zh) * 2019-10-25 2024-03-15 昌平国家实验室 哺乳动物dna的甲基化检测及分析
JP2023518250A (ja) 2020-03-20 2023-04-28 ミッション バイオ インコーポレイテッド 全ゲノム増幅のためのシングルセルワークフロー
CA3173190A1 (en) * 2020-03-24 2021-09-30 Angstrom Bio, Inc. Assays for detecting pathogens
KR20230019451A (ko) * 2020-05-29 2023-02-08 매머드 바이오사이언시즈 인크. 프로그래밍 가능한 뉴클레아제 진단 장치
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
US20230220475A1 (en) * 2020-06-12 2023-07-13 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for dna methylation analysis
CN115023505A (zh) * 2020-10-19 2022-09-06 Imba-莫利库尔生物技术研究所 平行核酸分析方法
CN114686564B (zh) * 2020-12-31 2023-10-24 深圳华大生命科学研究院 一种适用于微量样本的dna样本制备方法
AU2022227563A1 (en) 2021-02-23 2023-08-24 10X Genomics, Inc. Probe-based analysis of nucleic acids and proteins
WO2022271954A1 (en) 2021-06-24 2022-12-29 Illumina, Inc. Methods and compositions for combinatorial indexing of bead-based nucleic acids
CN113584600A (zh) * 2021-08-11 2021-11-02 翌圣生物科技(上海)股份有限公司 一种全基因组甲基化单链dna建库方法
CN115873922B (zh) * 2021-09-28 2025-04-29 深圳华大智造科技股份有限公司 一种单细胞全长转录本建库测序方法
US11753677B2 (en) 2021-11-10 2023-09-12 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
CN118308491A (zh) * 2023-01-06 2024-07-09 北京昌平实验室 单细胞dna甲基化检测方法
CN118956812B (zh) * 2024-10-14 2025-02-11 广州表观生物科技有限公司 一种提高入核效率的TAT-Tn5转座酶、制备及在ATAC-seq中的应用

Family Cites Families (79)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US981004A (en) 1906-02-19 1911-01-10 Marcellus Reid Electroplating apparatus.
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
AU622426B2 (en) 1987-12-11 1992-04-09 Abbott Laboratories Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
CA1341584C (en) 1988-04-06 2008-11-18 Bruce Wallace Method of amplifying and detecting nucleic acid sequences
WO1989009835A1 (en) 1988-04-08 1989-10-19 The Salk Institute For Biological Studies Ligase-based amplification method
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
EP0379559B1 (en) 1988-06-24 1996-10-23 Amgen Inc. Method and reagents for detecting nucleic acid sequences
JP2955759B2 (ja) 1988-07-20 1999-10-04 セゲブ・ダイアグノスティックス・インコーポレイテッド 核酸配列を増幅及び検出する方法
US5185243A (en) 1988-08-25 1993-02-09 Syntex (U.S.A.) Inc. Method for detection of specific nucleic acid sequences
EP0450060A1 (en) 1989-10-26 1991-10-09 Sri International Dna sequencing
US5573907A (en) 1990-01-26 1996-11-12 Abbott Laboratories Detecting and amplifying target nucleic acids using exonucleolytic activity
EP0439182B1 (en) 1990-01-26 1996-04-24 Abbott Laboratories Improved method of amplifying target nucleic acids applicable to both polymerase and ligase chain reactions
US5223414A (en) 1990-05-07 1993-06-29 Sri International Process for nucleic acid hybridization and amplification
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
EP0754240B1 (en) 1994-02-07 2003-08-20 Beckman Coulter, Inc. Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysis of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis
US5677170A (en) 1994-03-02 1997-10-14 The Johns Hopkins University In vitro transposition of artificial transposons
AU687535B2 (en) 1994-03-16 1998-02-26 Gen-Probe Incorporated Isothermal strand displacement nucleic acid amplification
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
JP2002503954A (ja) 1997-04-01 2002-02-05 グラクソ、グループ、リミテッド 核酸増幅法
US6969488B2 (en) 1998-05-22 2005-11-29 Solexa, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
CA2343078A1 (en) * 1998-09-18 2000-03-30 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Method for the diagnosis of cell proliferative disease
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7611869B2 (en) 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7001792B2 (en) 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
CN101525660A (zh) 2000-07-07 2009-09-09 维西根生物技术公司 实时序列测定
EP1354064A2 (en) 2000-12-01 2003-10-22 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
AR031640A1 (es) 2000-12-08 2003-09-24 Applied Research Systems Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
US8030000B2 (en) 2002-02-21 2011-10-04 Alere San Diego, Inc. Recombinase polymerase amplification
US7399590B2 (en) 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
EP3795577A1 (en) 2002-08-23 2021-03-24 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides
EP1539979B1 (en) 2002-09-20 2008-11-19 New England Biolabs, Inc. Helicase dependent amplification of nucleic acids
US20050053980A1 (en) 2003-06-20 2005-03-10 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
EP3175914A1 (en) 2004-01-07 2017-06-07 Illumina Cambridge Limited Improvements in or relating to molecular arrays
WO2005098050A2 (en) * 2004-03-26 2005-10-20 Sequenom, Inc. Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis
US7315019B2 (en) 2004-09-17 2008-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Arrays of optical confinements and uses thereof
EP1828412B2 (en) 2004-12-13 2019-01-09 Illumina Cambridge Limited Improved method of nucleotide detection
US8623628B2 (en) 2005-05-10 2014-01-07 Illumina, Inc. Polymerases
GB0514936D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
US20080009420A1 (en) 2006-03-17 2008-01-10 Schroth Gary P Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays
EP3722409A1 (en) 2006-03-31 2020-10-14 Illumina, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
WO2008051530A2 (en) 2006-10-23 2008-05-02 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
EP4134667B1 (en) 2006-12-14 2025-11-12 Life Technologies Corporation Apparatus for measuring analytes using fet arrays
WO2008093098A2 (en) 2007-02-02 2008-08-07 Illumina Cambridge Limited Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates
JP2010535513A (ja) * 2007-08-15 2010-11-25 ザ ユニバーシティ オブ ホンコン 高スループット亜硫酸水素ｄｎａシークエンシングのための方法および組成物ならびに有用性
US8198028B2 (en) 2008-07-02 2012-06-12 Illumina Cambridge Limited Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
EP2635679B1 (en) 2010-11-05 2017-04-19 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US8829171B2 (en) 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
US8778848B2 (en) 2011-06-09 2014-07-15 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
CA2859660C (en) 2011-09-23 2021-02-09 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
CA3003082C (en) 2011-10-28 2020-12-15 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
EP3366348B1 (en) 2012-01-16 2023-08-23 Greatbatch Ltd. Emi filtered co-connected hermetic feedthrough, feedthrough capacitor and leadwire assembly for an active implantable medical device
JP6159391B2 (ja) 2012-04-03 2017-07-05 イラミーナ インコーポレーテッド 核酸シークエンシングに有用な統合化した読取りヘッド及び流体カートリッジ
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
US20150011396A1 (en) * 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
CN105431554B (zh) 2013-07-01 2019-02-15 Illumina公司 无催化剂的表面官能化和聚合物接枝
ES2764096T3 (es) * 2013-08-19 2020-06-02 Abbott Molecular Inc Bibliotecas de secuenciación de próxima generación
US9677132B2 (en) 2014-01-16 2017-06-13 Illumina, Inc. Polynucleotide modification on solid support
RU2571855C2 (ru) * 2014-05-12 2015-12-20 Государственное научное учреждение Всероссийский научно-исследовательский институт ветеринарной вирусологии и микробиологии Набор олигонуклеотидных праймеров для получения библиотеки полноразмерных генов, кодирующих иммунодоминантные белки р17 (d11l), р30 (cp204l), р54 (e183l), р60 (cp530r), р72 (b646l) вируса африканской чумы свиней
KR102643955B1 (ko) * 2014-10-17 2024-03-07 일루미나 케임브리지 리미티드 근접 보존 전위
DK3212684T3 (da) 2014-10-31 2020-03-02 Illumina Cambridge Ltd Polymerer og DNA-copolymer-belægninger
KR20240091073A (ko) 2015-02-10 2024-06-21 일루미나, 인코포레이티드 세포 성분을 분석하기 위한 방법 및 조성물

Also Published As

Publication number Publication date
EP3981884A1 (en) 2022-04-13
CN110997932B (zh) 2024-06-04
IL271241A (en) 2020-01-30
EP4293122C0 (en) 2025-02-12
NZ759895A (en) 2023-05-26
CN110997932A (zh) 2020-04-10
JP2023085466A (ja) 2023-06-20
EP4293122A3 (en) 2024-01-24
ES2959047T3 (es) 2024-02-19
ES3014783T3 (en) 2025-04-24
FI3981884T3 (fi) 2023-09-21
CN118497317A (zh) 2024-08-16
RU2770879C2 (ru) 2022-04-22
DK3635136T3 (da) 2022-01-10
SG10202108175RA (en) 2021-09-29
RU2019144026A3 (ru) 2021-10-07
EP3635136B1 (en) 2021-10-20
IL271215B2 (en) 2025-02-01
IL271215A (en) 2020-01-30
IL271215B1 (en) 2024-10-01
AU2018280131B2 (en) 2025-02-20
EP4293122A2 (en) 2023-12-20
EP3635136A1 (en) 2020-04-15
EP4293122B1 (en) 2025-02-12
KR20240013852A (ko) 2024-01-30
KR102628035B1 (ko) 2024-01-22
AU2018280131A1 (en) 2020-01-02
JP7407597B2 (ja) 2024-01-04
WO2018226708A1 (en) 2018-12-13
US20180355348A1 (en) 2018-12-13
KR20200016287A (ko) 2020-02-14
EP3981884B1 (en) 2023-08-09
ES2898250T3 (es) 2022-03-04
SG11201911730XA (en) 2020-01-30
DK3981884T3 (da) 2023-09-04
CA3066424A1 (en) 2018-12-13
JP2020523011A (ja) 2020-08-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019144026A (ru) Полногеномные библиотеки отдельных клеток для бисульфитного секвенирования
JP2020523011A5 (ru)
JP7514263B2 (ja) 試料核酸にアダプターを付着する方法
JP6982087B2 (ja) 競合的鎖置換を利用する次世代シーケンシング（ｎｇｓ）ライブラリーの構築
US10597653B2 (en) Methods for selecting and amplifying polynucleotides
EP3192869B1 (en) Isolated oligonucleotide and use thereof in nucleic acid sequencing
RU2017116989A (ru) Транспозиция с сохранением сцепления генов
CN107922970B (zh) 通过单探针引物延伸的靶标富集
WO2015117163A2 (en) Methods to capture and/or remove highly abundant rnas from a heterogeneous rna sample
FI3872187T3 (fi) Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden identifioinnin parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa
JP2020516281A5 (ru)
AU2021240263A1 (en) Isothermal methods and related compositions for preparing nucleic acids
EP3408406A1 (en) A novel adaptor for nucleic acid sequencing and method of use
US10557135B2 (en) Sequence tags
CN107109478B (zh) 获得配对末端测序信息的方法
US20220064632A1 (en) Method for selecting and amplifying polynucleotides
US20240384336A1 (en) Optimized Set Of Oligonucleotides For Bulk RNA Barcoding And Sequencing
EP3433379B1 (en) Primers with self-complementary sequences for multiple displacement amplification
CN112534061A (zh) 用于下一代测序应用的无甲酰胺靶标富集组合物
EP4536854A1 (en) Optimised set of oligonucleotides for bulk rna barcoding and sequencing
US20220411861A1 (en) A Multiplex Method of Preparing a Sequencing Library
RU2023127142A (ru) Методы амплификации для характеризации нуклеиновых кислот
JP2021182940A5 (ru)
JPWO2022246275A5 (ru)
RU2020142082A (ru) Методы улучшения клональности полинуклеотидного кластера