[go: up one dir, main page]

RU2017116989A - Транспозиция с сохранением сцепления генов - Google Patents

Транспозиция с сохранением сцепления генов Download PDF

Info

Publication number
RU2017116989A
RU2017116989A RU2017116989A RU2017116989A RU2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A RU 2017116989 A RU2017116989 A RU 2017116989A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleic acid
target nucleic
sequence
fragments
immobilized
Prior art date
Application number
RU2017116989A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2017116989A3 (ru
RU2709655C2 (ru
Inventor
Джейсон Ричард БЕТЛИ
Кевин Л. ГУНДЕРСОН
Фань Чжан
Ваутер МЕЛЕМАН
Нил Энтони ГОРМЛИ
Августа ИОАННОУ
Жаклин УИР
Розамонд ДЖЕКСОН
Гарет ДЖЕНКИНС
Натали МОРРЕЛЛ
Дмитрий К. ПОХОЛОК
Фрэнк Дж. СТИМЕРС
Стивен Дж. НОРБЕРГ
Молли ХИ
Амирали КИА
Игорь ГОРЫШИН
Риго ПАНТОЯ
Original Assignee
Иллумина Кембридж Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллумина Кембридж Лимитед filed Critical Иллумина Кембридж Лимитед
Publication of RU2017116989A publication Critical patent/RU2017116989A/ru
Publication of RU2017116989A3 publication Critical patent/RU2017116989A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2709655C2 publication Critical patent/RU2709655C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B70/00—Tags or labels specially adapted for combinatorial chemistry or libraries, e.g. fluorescent tags or bar codes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/10—Modifications characterised by
    • C12Q2525/191—Modifications characterised by incorporating an adaptor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/514—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the use of the arrayed oligonucleotides as identifier tags, e.g. universal addressable array, anti-tag or tag complement array
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Immobilizing And Processing Of Enzymes And Microorganisms (AREA)
  • Glass Compositions (AREA)
  • Inorganic Insulating Materials (AREA)
  • Transition And Organic Metals Composition Catalysts For Addition Polymerization (AREA)

Claims (124)

1. Способ получения библиотеки фрагментов ДНК нуклеиновой кислоты-мишени со штрих-кодами, где указанный способ включает:
а) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов, и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
с) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей из множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени с получением библиотеки двухцепочечных фрагментов, где по меньшей мере одна цепь помечена у 5ʹ-конца первым штрих-кодом, и где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду.
2. Способ получения информации о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
а) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов, и встраивание множества перенесенных цепей с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
c) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей среди множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду;
e) определение последовательности фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени и последовательностей со штрих-кодом;
f) получение информации о сцеплении нуклеиновой кислоты-мишени путем идентификации последовательностей со штрих-кодом.
3. Способ одновременного получения информации о фазировании и определения статуса метилирования последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с множеством транспозомных комплексов, каждый из которых включает:
транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, и где по меньшей мере один из транспозонов транспозомного комплекса включает последовательность адаптера, способную гибридизоваться с комплементарной последовательностью для захвата;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей с сохранением сцепления нуклеиновой кислоты-мишени;
c) контактирование множества фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, каждый из которых содержит множество иммобилизованных олигонуклеотидов, где каждый из этих олигонуклеотидов включает комплементарную последовательность для захвата и первую последовательность со штрих-кодом, и где первая последовательность со штрих-кодом, происходящая от каждого твердого носителя из множества твердых носителей, отличается от первой последовательности со штрих-кодом, происходящей от других твердых носителей из множества твердых носителей;
d) перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, где по меньшей мере два фрагмента одной и той же нуклеиновой кислоты-мишени получают идентичную информацию по штрих-коду;
e) обработку фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды, бисульфитом с получением обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды;
f) определение последовательности обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени и последовательностей со штрих-кодом;
g) получение информации о сцеплении нуклеиновой кислоты-мишени путем идентификации последовательностей со штрих-кодом,
где информация о последовательности представляет собой информацию о статусе метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, а информация о сцеплении представляет собой информацию о гаплотипе.
4. Способ по любому из пп.1-3, где одна последовательность со штрих-кодом присутствует во множестве иммобилизованных олигонуклеотидов на каждом отдельном твердом носителе.
5. Способ по любому из пп.1-3, где различные последовательности со штрих-кодом присутствуют во множестве иммобилизованных олигонуклеотидов на каждом отдельном твердом носителе.
6. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем лигирования.
7. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем удлинения под действием полимеразы.
8. Способ по любому из пп.1-5, где перенос информации о последовательности со штрих-кодом во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют путем лигирования и удлинения под действием полимеразы.
9. Способ по любому из пп.7-8, где удлинение под действием полимеразы осуществляют путем удлинения 3ʹ-конца нелигированной транспозонной цепи под действием ДНК-полимеразы с использованием лигированного иммобилизованного олигонуклеотида в качестве матрицы.
10. Способ по любому из пп.1-9, где по меньшей мере часть последовательностей адаптера также включает вторую последовательность со штрих-кодом.
11. Способ по любому из пп.1-10, где транспозомные комплексы являются мультимерными, и где последовательности адаптера транспозонов каждой мономерной единицы отличаются от другой мономерной единицы в одном и том же транспозомном комплексе.
12. Способ по любому из пп.1-11, где последовательность адаптера включает первую последовательность, связывающуюся с праймером.
13. Способ по п.12, где первый сайт связывания с праймером не имеет последовательности, гомологичной последовательности для захвата или комплементу последовательности для захватa.
14. Способ по любому из пп.1-13, где олигонуклеотиды, иммобилизованные на твердом носителе, также содержат вторые последовательности, связывающиеся с праймером.
15. Способ по пп.1-14, где транспозомные комплексы являются мультимерными, и где транспозомные мономерные единицы связаны друг с другом в одном и том же транспозомном комплексе.
16. Способ по п.15, где транспозаза транспозомной мономерной единицы связана с другой транспозазой другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
17. Способ по п.15, где транспозоны транспозомной мономерной единицы связаны с транспозонами другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
18. Способ по любому из пп.1-17, где информация о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой информацию о гаплотипе.
19. Способ по любому из пп.1-17, где информация о сцеплении последовательности нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой информацию о геномных вариантах.
20. Способ по п.19, где геномные варианты выбраны из группы, состоящей из делеций, транслокаций, межхромосомных сцеплений генов, дупликаций и паралогов.
21. Способ по любому из пп.1-20, где олигонуклеотиды, иммобилизованные на твердом носителе, содержат частично двухцепочечную область и частично одноцепочечную область.
22. Способ по п.21, где частично одноцепочечная область олигонуклеотида содержит вторую последовательность со штрих-кодом и вторую последовательность, связывающуюся с праймером.
23. Способ по любому из пп.1-22, где фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, имеющие штрих-коды, амплифицируют, а затем определяют последовательность фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени.
24. Способ по п.23, где стадии (a)-(d) и последующую амплификацию проводят в одном реакционном сосуде до определения последовательности фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени.
25. Способ по п.23, где третью последовательность со штрих-кодом вводят во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени во время амплификации.
26. Способ по любому из пп.1-24, который также включает:
объединение фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды стадии (d) из множества первой серии реакционных сосудов в пул фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды;
перераспределение пула фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих штрих-коды, с получением множества второй серии реакционных сосудов; и
введение третьего штрих-кода во фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени путем амплификации фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени во вторую серию реакционных сосудов до секвенирования.
27. Способ по любому из пп.1-26, который также включает предварительное фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени до контактирования нуклеиновой кислоты-мишени с транспозомными комплексами.
28. Способ по п.27, где предварительное фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени представляет собой способ, выбранный из группы, состоящей из обработки ультразвуком и расщеплением рестриктирующими ферментами.
29. Способ получения иммобилизованной библиотеки меченных фрагментов ДНК, включающий:
а) получение множества твердых носителей, имеющих транспозомные комплексы, иммобилизованные на этих носителях, где указанные транспозомные комплексы являются мультимерными, а транспозомные мономерные единицы одного и того же транспозомного комплекса являются сцепленными друг с другом, и где указанные транспозомные мономерные единицы содержат транспозазу, связанную с первым полинуклеотидом, где указанный первый полинуклеотид включает:
(i) 3ʹ-часть, содержащую концевую последовательность транспозона, и
(ii) первый адаптер, содержащий первый штрих-код;
b) нанесение ДНК-мишени на множество твердых носителей в условиях, при которых ДНК-мишень фрагементируется транспозомными комплексами, и перенос 3ʹ-концевой последовательности транспозона первого полинуклеотида в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с получением иммобилизованной библиотеки двухцепочечных фрагментов, в которых по меньшей мере одна цепь помечена у 5ʹ-конца первым штрих-кодом.
30. Способ по п.29, где транспозаза транспозомной мономерной единицы связана с другой транспозазой другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
31. Способ по п.29, где транспозоны транспозомной мономерной единицы связаны с транспозонами другой транспозомной мономерной единицы одного и того же транспозомного комплексa.
32. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с получением двух или более фрагментов;
b) введение первой общей последовательности адаптера в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, где указанная последовательность адаптера содержит первую последовательность, связывающуюся с праймером и аффинную группу, где указанная аффинная группа является одним из членов связывающейся пары;
c) денатурацию фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени;
d) иммобилизацию фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе, где указанный твердый носитель включает другой член связывающейся пары, и иммобилизацию нуклеиновой кислоты-мишени осуществляют посредством связывания со связывающейся парой;
е) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
f) включение второй общей последовательности адаптера в иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени, обработанные бисульфитом, где указанная вторая общая последовательность адаптера включает второй сайт связывания с праймером;
g) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованные на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
33. Способ по п.32, где первую общую последовательность адаптера встраивают в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени посредством односторонней транспозиции.
34. Способ по п.32, где первую общую последовательность адаптера встраивают в 5ʹ-конец фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени посредством лигирования.
35. Способ по любому из пп.32-34, где введение второй общей последовательности адаптера в обработанные бисульфитом иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени включает:
(i) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени с использованием концевой трансферазы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
(ii) гибридизацию олигонуклеотида, содержащего первую часть и вторую часть, где первая часть включает одноцепочечную гомополимерную часть, комплементарную гомополимерному «хвосту» иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, и где вторая часть включает двухцепочечную часть, содержащую вторую общую последовательность адаптера; и
(iii) лигирование второй общей последовательности адаптера с иммобилизованными фрагментами нуклеиновой кислоты-мишени для включения второй общей последовательности адаптера в обработанные бисульфитом иммобилизованные фрагменты нуклеиновой кислоты-мишени.
36. Способ по любому из пп.1-35, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из одной клетки.
37. Способ по любому из пп.1-36, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из одной органеллы.
38. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является геномная ДНК.
39. Способ по любому из пп.1-38, где нуклеиновую кислоту-мишень подвергают перекрестному связыванию с другими нуклеиновыми кислотами.
40. Способ по любому из пп.1-39, где нуклеиновой кислотой-мишенью является неклеточная опухолевая ДНК.
41. Способ по п.40, где неклеточную опухолевую ДНК выделяют из плацентарной жидкости.
42. Способ по п.40, где неклеточную опухолевую ДНК выделяют из плазмы.
43. Способ по п.42, где плазму выделяют из цельной крови с использованием мембранного сепаратора, имеющего зону сбора плазмы.
44. Способ по п.43, где зона для сбора плазмы включает транспозомные комплексы, иммобилизованные на твердом носителе.
45. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является кДНК.
46. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновую кислоту-мишень выделяют из залитого в парафин образца ткани, фиксированного формалином.
47. Способ по любому из пп.1-37, где нуклеиновой кислотой-мишенью является ДНК, защищенная гистоном.
48. Способ по любому из пп.1-47, где твердым носителем является сферa.
49. Способ по пп.1-31, где множество твердых носителей представляет собой множество сфер, и где множество сфер имеют различные размеры.
50. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) получение множества твердых носителей, содержащих транспозомные комплексы, иммобилизованные на этих носителях, где транспозомные комплексы включают транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, где перенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 3ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 5ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей первую последовательность адаптера и первый член связывающейся пары, где первый член связывающейся пары связывается со вторым членом связывающейся пары на твердом носителе, что приводит к иммобилизации транспозона на твердом носителе, и где первый адаптер включает первую последовательность, связывающуюся с праймером;
неперенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 5ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 3ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей вторую последовательность адаптера, где концевой нуклеотид у 3ʹ-конца является блокированным, и где второй адаптер включает вторую последовательность, связывающуюся с праймером;
b) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени со множеством твердых носителей, содержащих иммобилизованные транспозомные комплексы;
c) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов с последующей иммобилизацией фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
d) удлинение 3ʹ-конца фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени с использованием ДНК-полимеразы;
е) лигирование неперенесенной цепи с 3ʹ-концом фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени;
f) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
g) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, с использованием ДНК-полимеразы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
h) введение второй последовательности адаптера в 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом;
i) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованных на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
51. Способ получения секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени, где указанный способ включает:
a) контактирование нуклеиновой кислоты-мишени с транспозомными комплексами, где транспозомные комплексы содержат транспозоны и транспозазы, где транспозоны содержат перенесенные цепи и неперенесенные цепи, где перенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 3ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 5ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей первую последовательность адаптера и первый член связывающейся пары, где первый член связывающейся пары связывается со вторым членом связывающейся пары;
неперенесенная цепь включает:
(i) первую часть, расположенную у 5ʹ-конца и содержащую последовательность распознавания транспозазы, и
(ii) вторую часть, расположенную у 3ʹ-конца по отношению к первой части, содержащей вторую последовательность адаптера, где концевой нуклеотид у 3ʹ-конца является блокированным, и где второй адаптер включает вторую последовательность, связывающуюся с праймером;
b) фрагментирование нуклеиновой кислоты-мишени с образованием множества фрагментов и встраивание множества перенесенных цепей в 5ʹ-конец по меньшей мере одной цепи фрагментов, что приводит к иммобилизации фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
c) контактирование фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, содержащих транспозонный конец, со множеством твердых носителей, содержащих второй член связывающейся пары, где связывание первого члена связывающейся пары со вторым членом связывающейся пары приводит к иммобилизации нуклеиновой кислоты-мишени на твердом носителе;
d) удлинение 3ʹ-конца фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени с использованием ДНК-полимеразы;
е) лигирование неперенесенной цепи с 3ʹ-концом фрагментированной нуклеиновой кислоты-мишени;
f) обработку иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени бисульфитом;
g) удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, с использованием ДНК-полимеразы так, чтобы 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени содержал гомополимерный «хвост»;
h) введение второй последовательности адаптера в 3ʹ-конец иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом;
i) амплификацию обработанных бисульфитом фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, иммобилизованных на твердом носителе, с использованием первого и второго праймера с получением секвенирующей библиотеки для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты-мишени.
52. Способ по любому из пп.50-51, где твердым носителем является сферa.
53. Способ по любому из пп.50-52, где первый и второй члены связывающейся пары представляют собой биотин и стрептавидин.
54. Способ по любому из пп.50-51, где первый адаптер также содержит штрих-код.
55. Способ по любому из пп.50-51, где второй адаптер также содержит штрих-код.
56. Способ по любому из пп.50-51, где первым и вторым адаптерами являются первый и второй адаптеры, содержащие первый и второй штрих-коды.
57. Способ по любому из пп.50-51, где удлинение 3ʹ-конца иммобилизованных фрагментов нуклеиновой кислоты-мишени, разрушенных в процессе обработки бисульфитом, осуществляют с использованием концевой трансферазы.
58. СПОСОБ ПО ЛЮБОМУ ИЗ ПП.50-57, ГДЕ КОНЦЕВОЙ НУКЛЕОТИД У 3ʹ-КОНЦА ВТОРОГО АДАПТЕРА БЛОКИРУЮТ ЧЛЕНОМ, ВЫБРАННЫМ ИЗ ГРУППЫ, СОСТОЯЩЕЙ ИЗ ДИДЕЗОКСИ-НУКЛЕОТИДА, ФОСФАТНОЙ ГРУППЫ, ТИОФОСФАТНОЙ ГРУППЫ И АЗИДОГРУППЫ.
RU2017116989A 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов RU2709655C2 (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462065544P 2014-10-17 2014-10-17
US62/065,544 2014-10-17
US201562157396P 2015-05-05 2015-05-05
US62/157,396 2015-05-05
US201562242880P 2015-10-16 2015-10-16
PCT/US2015/056040 WO2016061517A2 (en) 2014-10-17 2015-10-16 Contiguity preserving transposition
US62/242,880 2015-10-16

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019138705A Division RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017116989A true RU2017116989A (ru) 2018-11-19
RU2017116989A3 RU2017116989A3 (ru) 2019-05-20
RU2709655C2 RU2709655C2 (ru) 2019-12-19

Family

ID=55747561

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017116989A RU2709655C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов
RU2019138705A RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019138705A RU2736728C2 (ru) 2014-10-17 2015-10-16 Транспозиция с сохранением сцепления генов

Country Status (10)

Country Link
US (3) US11873480B2 (ru)
JP (4) JP6808617B2 (ru)
KR (2) KR102472027B1 (ru)
AU (2) AU2015331739B2 (ru)
BR (2) BR122021026781B1 (ru)
CA (1) CA2964799A1 (ru)
IL (3) IL299976B2 (ru)
RU (2) RU2709655C2 (ru)
SG (2) SG11201703139VA (ru)
WO (1) WO2016061517A2 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2825578C1 (ru) * 2019-09-20 2024-08-27 Иллюмина, Инк. Способы и композиции для определения лигандов на матрицах с использованием индексов и штрихкодов

Families Citing this family (177)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
WO2012106546A2 (en) 2011-02-02 2012-08-09 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Massively parallel continguity mapping
CA2865575C (en) 2012-02-27 2024-01-16 Cellular Research, Inc. Compositions and kits for molecular counting
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10584381B2 (en) 2012-08-14 2020-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
AU2013302756C1 (en) 2012-08-14 2018-05-17 10X Genomics, Inc. Microcapsule compositions and methods
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
EP3567116A1 (en) 2012-12-14 2019-11-13 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
BR112015019159A2 (pt) 2013-02-08 2017-07-18 10X Genomics Inc geração de código de barras de polinucleotídeos
EP2970951B1 (en) 2013-03-13 2019-02-20 Illumina, Inc. Methods for nucleic acid sequencing
US9328382B2 (en) 2013-03-15 2016-05-03 Complete Genomics, Inc. Multiple tagging of individual long DNA fragments
CN110964796B (zh) 2013-08-28 2024-04-05 贝克顿迪金森公司 大规模平行单细胞分析
US10395758B2 (en) 2013-08-30 2019-08-27 10X Genomics, Inc. Sequencing methods
US9824068B2 (en) 2013-12-16 2017-11-21 10X Genomics, Inc. Methods and apparatus for sorting data
CN106413896B (zh) 2014-04-10 2019-07-05 10X基因组学有限公司 用于封装和分割试剂的流体装置、系统和方法及其应用
US12312640B2 (en) 2014-06-26 2025-05-27 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
CN113249435B (zh) 2014-06-26 2024-09-03 10X基因组学有限公司 分析来自单个细胞或细胞群体的核酸的方法
JP2017522866A (ja) 2014-06-26 2017-08-17 １０エックス ジェノミクス， インコーポレイテッド 核酸配列の分析
WO2016019360A1 (en) 2014-08-01 2016-02-04 Dovetail Genomics Llc Tagging nucleic acids for sequence assembly
US20160122817A1 (en) 2014-10-29 2016-05-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
SG11201705615UA (en) 2015-01-12 2017-08-30 10X Genomics Inc Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same
EP4030437A1 (en) 2015-02-17 2022-07-20 Dovetail Genomics, LLC Nucleic acid sequence assembly
US10697000B2 (en) 2015-02-24 2020-06-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
CN115651972A (zh) 2015-02-24 2023-01-31 10X 基因组学有限公司 用于靶向核酸序列覆盖的方法
EP3262192B1 (en) 2015-02-27 2020-09-16 Becton, Dickinson and Company Spatially addressable molecular barcoding
GB2554572B (en) * 2015-03-26 2021-06-23 Dovetail Genomics Llc Physical linkage preservation in DNA storage
WO2016160844A2 (en) 2015-03-30 2016-10-06 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for combinatorial barcoding
WO2016172373A1 (en) 2015-04-23 2016-10-27 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for whole transcriptome amplification
EP3303621B1 (en) * 2015-05-28 2025-07-02 Illumina Cambridge Limited Surface-based tagmentation
EP3317420B1 (en) 2015-07-02 2021-10-20 Arima Genomics, Inc. Accurate molecular deconvolution of mixtures samples
WO2017034970A1 (en) * 2015-08-21 2017-03-02 The General Hospital Corporation Combinatorial single molecule analysis of chromatin
CN108026524A (zh) 2015-09-11 2018-05-11 赛卢拉研究公司 用于核酸文库标准化的方法和组合物
EP3365445B1 (en) * 2015-10-19 2023-05-31 Dovetail Genomics, LLC Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
CN115369161A (zh) 2015-12-04 2022-11-22 10X 基因组学有限公司 用于核酸分析的方法和组合物
EP3400298B1 (en) 2016-01-08 2024-03-06 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiple beads per droplet resolution
EP3402883A4 (en) * 2016-01-12 2019-09-18 Seqwell, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE SEQUENCING OF NUCLEIC ACIDS
US11081208B2 (en) 2016-02-11 2021-08-03 10X Genomics, Inc. Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data
US10975417B2 (en) 2016-02-23 2021-04-13 Dovetail Genomics, Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
US20170283864A1 (en) 2016-03-31 2017-10-05 Agilent Technologies, Inc. Use of transposase and y adapters to fragment and tag dna
KR102741603B1 (ko) 2016-05-02 2024-12-16 엔코디아, 인코포레이티드 암호화 핵산을 사용한 거대분자 분석
WO2017197343A2 (en) 2016-05-12 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic on-chip filters
EP3455356B1 (en) * 2016-05-13 2021-08-04 Dovetail Genomics LLC Recovering long-range linkage information from preserved samples
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
US10894990B2 (en) 2016-05-17 2021-01-19 Shoreline Biome, Llc High throughput method for identification and sequencing of unknown microbial and eukaryotic genomes from complex mixtures
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
US20180016632A1 (en) * 2016-07-12 2018-01-18 Kapa Biosystems, Inc. System and method for transposase-mediated amplicon sequencing
CN117822128A (zh) * 2016-07-22 2024-04-05 俄勒冈健康与科学大学 单细胞全基因组文库及制备其的组合索引方法
CN109804068A (zh) * 2016-08-10 2019-05-24 哈佛学院董事及会员团体 从头组装条码化的基因组dna片段的方法
US11566284B2 (en) * 2016-08-10 2023-01-31 Grail, Llc Methods of preparing dual-indexed DNA libraries for bisulfite conversion sequencing
WO2018057779A1 (en) * 2016-09-23 2018-03-29 Jianbiao Zheng Compositions of synthetic transposons and methods of use thereof
KR102638006B1 (ko) 2016-09-26 2024-02-20 셀룰러 리서치, 인크. 바코딩된 올리고뉴클레오티드 서열을 갖는 시약을 이용한 단백질 발현의 측정
CN110139932B (zh) 2016-12-19 2024-05-17 生物辐射实验室股份有限公司 液滴加标的相邻性保留的标签化dna
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
GB201622219D0 (en) * 2016-12-23 2017-02-08 Cs Genetics Ltd Methods and reagents for molecular barcoding
US12264411B2 (en) 2017-01-30 2025-04-01 10X Genomics, Inc. Methods and systems for analysis
EP4029939B1 (en) 2017-01-30 2023-06-28 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
WO2018144216A1 (en) * 2017-01-31 2018-08-09 Counsyl, Inc. Methods and compositions for enrichment of target polynucleotides
US11319583B2 (en) 2017-02-01 2022-05-03 Becton, Dickinson And Company Selective amplification using blocking oligonucleotides
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
US20200002746A1 (en) * 2017-02-14 2020-01-02 Seqwell, Inc. Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US10920219B2 (en) 2017-02-21 2021-02-16 Illumina, Inc. Tagmentation using immobilized transposomes with linkers
GB2577214B (en) 2017-05-05 2021-10-06 Scipio Bioscience Methods for trapping and barcoding discrete biological units in hydrogel
US10844372B2 (en) * 2017-05-26 2020-11-24 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
SG11201901822QA (en) 2017-05-26 2019-03-28 10X Genomics Inc Single cell analysis of transposase accessible chromatin
EP4345172A3 (en) 2017-06-05 2024-07-03 Becton, Dickinson and Company Sample indexing for single cells
EP3635136B1 (en) * 2017-06-07 2021-10-20 Oregon Health & Science University Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
WO2019060722A2 (en) 2017-09-22 2019-03-28 X Gen Us Co. METHODS AND COMPOSITIONS FOR USE IN PREPARING POLYNUCLEOTIDES
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
WO2019076768A1 (en) * 2017-10-16 2019-04-25 Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus As METHOD AND KIT FOR PREPARING DNA BANK
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
CN111479631B (zh) 2017-10-27 2022-02-22 10X基因组学有限公司 用于样品制备和分析的方法和系统
KR102556494B1 (ko) 2017-10-31 2023-07-18 엔코디아, 인코포레이티드 핵산 암호화 및/또는 표지를 이용한 분석용 키트
CN118186055A (zh) 2017-11-02 2024-06-14 生物辐射实验室股份有限公司 基于转座酶的基因组分析
EP3954782A1 (en) 2017-11-15 2022-02-16 10X Genomics, Inc. Functionalized gel beads
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
WO2019104034A1 (en) 2017-11-21 2019-05-31 Arima Genomics, Inc. Preserving spatial-proximal contiguity and molecular contiguity in nucleic acid templates
WO2019108851A1 (en) 2017-11-30 2019-06-06 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis
CN111699388B (zh) 2017-12-12 2024-08-02 10X基因组学有限公司 用于单细胞处理的系统和方法
WO2019126789A1 (en) 2017-12-22 2019-06-27 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing nucleic acid molecules from one or more cells
US12378592B2 (en) 2018-01-31 2025-08-05 Dovetail Genomics, Llc. Sample prep for DNA linkage recovery
SG11202007686VA (en) 2018-02-12 2020-09-29 10X Genomics Inc Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
WO2019169028A1 (en) 2018-02-28 2019-09-06 10X Genomics, Inc. Transcriptome sequencing through random ligation
EP3775271B1 (en) 2018-04-06 2025-03-12 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
WO2019204229A1 (en) 2018-04-20 2019-10-24 Illumina, Inc. Methods of encapsulating single cells, the encapsulated cells and uses thereof
WO2019210049A1 (en) 2018-04-27 2019-10-31 X Gen Us Co. Methods and compositions for preparing polynucleotides
EP4545647A3 (en) 2018-05-03 2025-07-09 Becton, Dickinson and Company Molecular barcoding on opposite transcript ends
AU2019262048B2 (en) * 2018-05-03 2025-09-04 Becton, Dickinson And Company High throughput multiomics sample analysis
WO2019217452A1 (en) 2018-05-08 2019-11-14 Mgi Tech Co., Ltd. Single tube bead-based dna co-barcoding for accurate and cost-effective sequencing, haplotyping, and assembly
WO2019217758A1 (en) 2018-05-10 2019-11-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for molecular library generation
IL271454B2 (en) * 2018-05-17 2025-04-01 Illumina Inc Rapid single-cell genetic sequencing with low Aggregation bias
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
US12188014B1 (en) 2018-07-25 2025-01-07 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for nucleic acid processing using blocking agents
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
CN112703252B (zh) 2018-08-03 2024-09-10 10X基因组学有限公司 用于最小化条形码交换的方法和系统
US12065688B2 (en) 2018-08-20 2024-08-20 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for cellular processing
US11479816B2 (en) 2018-08-20 2022-10-25 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleotide sequence generation by barcode bead-colocalization in partitions
WO2020041148A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for detection of protein-dna interactions using proximity ligation
CN112739829A (zh) * 2018-09-27 2021-04-30 深圳华大生命科学研究院 测序文库的构建方法和得到的测序文库及测序方法
CN118853827A (zh) 2018-10-01 2024-10-29 贝克顿迪金森公司 确定5’转录物序列
WO2020086746A1 (en) * 2018-10-25 2020-04-30 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
CN112969789A (zh) 2018-11-08 2021-06-15 贝克顿迪金森公司 使用随机引发的单细胞全转录组分析
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
EP3894552A1 (en) 2018-12-13 2021-10-20 Becton, Dickinson and Company Selective extension in single cell whole transcriptome analysis
US12169198B2 (en) 2019-01-08 2024-12-17 10X Genomics, Inc. Systems and methods for sample analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
KR20210114918A (ko) * 2019-01-11 2021-09-24 일루미나 케임브리지 리미티드 복합체 표면-결합 트랜스포좀 복합체
EP3914728B1 (en) 2019-01-23 2023-04-05 Becton, Dickinson and Company Oligonucleotides associated with antibodies
TWI857001B (zh) 2019-01-29 2024-10-01 美商伊路米納有限公司 定序套組
TWI873119B (zh) 2019-01-29 2025-02-21 美商伊路米納有限公司 流通槽及製備其之方法
TWI857000B (zh) 2019-01-29 2024-10-01 美商伊路米納有限公司 流體槽以及將複合物引入至流體槽之方法
US20220195624A1 (en) 2019-01-29 2022-06-23 Mgi Tech Co., Ltd. High coverage stlfr
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
WO2020167866A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transposon loading
EP3924505B1 (en) 2019-02-12 2025-12-17 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
US12275993B2 (en) 2019-02-12 2025-04-15 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
US12305239B2 (en) 2019-02-12 2025-05-20 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
WO2020167862A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transfer of reagents between droplets
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
US20220127597A1 (en) 2019-02-14 2022-04-28 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Haplotagging - haplotype phasing and single-tube combinatorial barcoding of nucleic acid molecules using bead-immobilized tn5 transposase
CN113454234B (zh) 2019-02-14 2025-03-18 贝克顿迪金森公司 杂合体靶向和全转录物组扩增
US11655499B1 (en) 2019-02-25 2023-05-23 10X Genomics, Inc. Detection of sequence elements in nucleic acid molecules
US11920183B2 (en) 2019-03-11 2024-03-05 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing optically tagged beads
EP3963070A4 (en) 2019-04-30 2023-02-22 Encodia, Inc. METHODS OF PREPARATION OF ANALYTES AND RELATED KITS
JP7603586B2 (ja) 2019-07-12 2024-12-20 イルミナ ケンブリッジ リミテッド 電気泳動を用いた核酸ライブラリの調製
BR112021012755A2 (pt) * 2019-07-12 2022-04-26 Illumina Cambridge Ltd Composições e métodos para preparar bibliotecas de sequenciamento de ácidos nucleicos usando crispr/cas9 imobilizadas em um suporte sólido
US11377655B2 (en) 2019-07-16 2022-07-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Synthetic nucleic acids having non-natural structures
EP4004231B1 (en) 2019-07-22 2025-11-12 Becton, Dickinson and Company Single cell chromatin immunoprecipitation sequencing assay
US20220298545A1 (en) * 2019-08-19 2022-09-22 Universal Sequencing Technology Corporation Methods and Compositions for Tracking Nucleic Acid Fragment Origin for Nucleic Acid Sequencing
US12235262B1 (en) 2019-09-09 2025-02-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for single cell protein analysis
SG11202113372WA (en) * 2019-09-20 2021-12-30 Illumina Inc Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
JP7489455B2 (ja) * 2019-10-25 2024-05-23 チャンピン ナショナル ラボラトリー 哺乳類ｄｎａのメチル化の検出及び分析
CN114729350A (zh) 2019-11-08 2022-07-08 贝克顿迪金森公司 使用随机引发获得用于免疫组库测序的全长v(d)j信息
FI3931355T3 (fi) * 2019-12-02 2023-04-26 Illumina Cambridge Ltd Genomisen dna:n amplifioitujen säilyneen vierekkäisyyden kirjastofragmenttien aikaperusteinen klusterikuvaus
AU2020407641A1 (en) 2019-12-19 2021-09-23 Illumina, Inc. High-throughput single-cell libraries and methods of making and of using
US11649497B2 (en) 2020-01-13 2023-05-16 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for quantitation of proteins and RNA
EP4097228B1 (en) 2020-01-29 2024-08-14 Becton, Dickinson and Company Barcoded wells for spatial mapping of single cells through sequencing
US12449419B1 (en) 2020-02-12 2025-10-21 10X Genomics, Inc. Methods for detecting binding of peptide-MHC monomers to T cells
WO2021163625A1 (en) * 2020-02-12 2021-08-19 Universal Sequencing Technology Corporation Methods for intracellular barcoding and spatial barcoding
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
WO2021173719A1 (en) 2020-02-25 2021-09-02 Becton, Dickinson And Company Bi-specific probes to enable the use of single-cell samples as single color compensation control
US11851700B1 (en) 2020-05-13 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules
EP4150118A1 (en) 2020-05-14 2023-03-22 Becton Dickinson and Company Primers for immune repertoire profiling
EP4407030B1 (en) 2020-06-02 2025-12-17 Becton, Dickinson and Company Oligonucleotides and beads for 5 prime gene expression assay
AU2021306281A1 (en) * 2020-07-08 2023-01-05 Illumina, Inc. Beads as transposome carriers
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
CN116194589A (zh) 2020-07-31 2023-05-30 贝克顿迪金森公司 用于转座酶可及染色质的单细胞测定
AU2021366658A1 (en) * 2020-10-21 2023-06-22 Illumina Cambridge Limited Sequencing templates comprising multiple inserts and compositions and methods for improving sequencing throughput
US12084715B1 (en) 2020-11-05 2024-09-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for reducing artifactual antisense products
US12480158B1 (en) 2020-11-05 2025-11-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
WO2022109343A1 (en) 2020-11-20 2022-05-27 Becton, Dickinson And Company Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins
CN114622286A (zh) * 2020-12-14 2022-06-14 中国农业大学 一种高通量的转录组测序文库构建方法及其应用
US12392771B2 (en) 2020-12-15 2025-08-19 Becton, Dickinson And Company Single cell secretome analysis
US12398262B1 (en) 2021-01-22 2025-08-26 10X Genomics, Inc. Triblock copolymer-based cell stabilization and fixation system and methods of use thereof
WO2022182682A1 (en) 2021-02-23 2022-09-01 10X Genomics, Inc. Probe-based analysis of nucleic acids and proteins
CN112950101B (zh) * 2021-05-13 2021-08-17 北京富通东方科技有限公司 一种基于产量预测的汽车工厂混流线排产方法
US11753677B2 (en) 2021-11-10 2023-09-12 Encodia, Inc. Methods for barcoding macromolecules in individual cells
EP4272764A1 (en) 2022-05-03 2023-11-08 Scipio Bioscience Method of complexing biological units with particles
WO2023230551A2 (en) * 2022-05-26 2023-11-30 Illumina, Inc. Preparation of long read nucleic acid libraries
WO2023239907A1 (en) * 2022-06-09 2023-12-14 The Regents Of The University Of California Single cell co-sequencing of dna methylation and rna
US20250136632A1 (en) 2022-10-27 2025-05-01 Sumitomo Chemical Company, Limited Method for producing oligonucleotide
CN119563034A (zh) * 2022-12-20 2025-03-04 因美纳有限公司 用于增强靶杂交的多价组装体
WO2025072677A1 (en) * 2023-09-29 2025-04-03 Illumina, Inc. Tagmentation methods and kits

Family Cites Families (120)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1323293C (en) 1987-12-11 1993-10-19 Keith C. Backman Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
CA1341584C (en) 1988-04-06 2008-11-18 Bruce Wallace Method of amplifying and detecting nucleic acid sequences
AU3539089A (en) 1988-04-08 1989-11-03 Salk Institute For Biological Studies, The Ligase-based amplification method
ATE144556T1 (de) 1988-06-24 1996-11-15 Amgen Inc Verfahren und mittel zum nachweis von nukleinsäuresequenzen
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
JP2955759B2 (ja) 1988-07-20 1999-10-04 セゲブ・ダイアグノスティックス・インコーポレイテッド 核酸配列を増幅及び検出する方法
US5185243A (en) 1988-08-25 1993-02-09 Syntex (U.S.A.) Inc. Method for detection of specific nucleic acid sequences
WO1991006678A1 (en) 1989-10-26 1991-05-16 Sri International Dna sequencing
ES2089038T3 (es) 1990-01-26 1996-10-01 Abbott Lab Procedimiento mejorado para amplificar acidos nucleicos blanco aplicable para la reaccion en cadena de polimerasa y ligasa.
US5573907A (en) 1990-01-26 1996-11-12 Abbott Laboratories Detecting and amplifying target nucleic acids using exonucleolytic activity
US5223414A (en) 1990-05-07 1993-06-29 Sri International Process for nucleic acid hybridization and amplification
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
WO1995021271A1 (en) 1994-02-07 1995-08-10 Molecular Tool, Inc. Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysistm of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis
US5677170A (en) 1994-03-02 1997-10-14 The Johns Hopkins University In vitro transposition of artificial transposons
JPH09510351A (ja) 1994-03-16 1997-10-21 ジェン−プローブ・インコーポレイテッド 等温鎖置換核酸増幅法
US5552278A (en) 1994-04-04 1996-09-03 Spectragen, Inc. DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
US5641658A (en) 1994-08-03 1997-06-24 Mosaic Technologies, Inc. Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support
KR100445103B1 (ko) 1994-12-09 2004-12-04 임페리얼 컬리지 이노베이션스 리미티드 유전자의동정
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
US5965443A (en) 1996-09-09 1999-10-12 Wisconsin Alumni Research Foundation System for in vitro transposition
US5925545A (en) 1996-09-09 1999-07-20 Wisconsin Alumni Research Foundation System for in vitro transposition
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
US5858671A (en) 1996-11-01 1999-01-12 The University Of Iowa Research Foundation Iterative and regenerative DNA sequencing method
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
EP1498494A3 (en) 1997-04-01 2007-06-20 Solexa Ltd. Method of nucleic acid sequencing
ATE364718T1 (de) 1997-04-01 2007-07-15 Solexa Ltd Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäure
FI103809B1 (fi) 1997-07-14 1999-09-30 Finnzymes Oy In vitro -menetelmä templaattien tuottamiseksi DNA-sekventointia varten
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
US20010046669A1 (en) 1999-02-24 2001-11-29 Mccobmie William R. Genetically filtered shotgun sequencing of complex eukaryotic genomes
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
US20050244870A1 (en) 1999-04-20 2005-11-03 Illumina, Inc. Nucleic acid sequencing using microsphere arrays
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
KR100612551B1 (ko) 1999-11-08 2006-08-11 에이켄 카가꾸 가부시끼가이샤 핵산의 합성방법
US7611869B2 (en) 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US7001792B2 (en) 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
US6828098B2 (en) 2000-05-20 2004-12-07 The Regents Of The University Of Michigan Method of producing a DNA library using positional amplification based on the use of adaptors and nick translation
JP2004513619A (ja) 2000-07-07 2004-05-13 ヴィジゲン　バイオテクノロジーズ　インコーポレイテッド リアルタイム配列決定
US6846658B1 (en) 2000-10-12 2005-01-25 New England Biolabs, Inc. Method for cloning and producing the Msel restriction endonuclease
WO2002044425A2 (en) 2000-12-01 2002-06-06 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
AR031640A1 (es) 2000-12-08 2003-09-24 Applied Research Systems Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido
US20040110191A1 (en) 2001-01-31 2004-06-10 Winkler Matthew M. Comparative analysis of nucleic acids using population tagging
US7138267B1 (en) 2001-04-04 2006-11-21 Epicentre Technologies Corporation Methods and compositions for amplifying DNA clone copy number
US6777187B2 (en) 2001-05-02 2004-08-17 Rubicon Genomics, Inc. Genome walking by selective amplification of nick-translate DNA library and amplification from complex mixtures of templates
GB0115194D0 (en) 2001-06-21 2001-08-15 Leuven K U Res & Dev Novel technology for genetic mapping
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
US7399590B2 (en) 2002-02-21 2008-07-15 Asm Scientific, Inc. Recombinase polymerase amplification
US20040002090A1 (en) 2002-03-05 2004-01-01 Pascal Mayer Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype
SI3363809T1 (sl) 2002-08-23 2020-08-31 Illumina Cambridge Limited Modificirani nukleotidi za polinukleotidno sekvenciranje
US7595883B1 (en) 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
AU2003277984A1 (en) 2002-11-05 2004-06-07 The University Of Queensland Nucleotide sequence analysis by quantification of mutagenesis
US7575865B2 (en) 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
ATE497540T1 (de) 2003-02-10 2011-02-15 Max Delbrueck Centrum Transposon-system zur gezielten integration
WO2005003304A2 (en) 2003-06-20 2005-01-13 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
US20060024681A1 (en) 2003-10-31 2006-02-02 Agencourt Bioscience Corporation Methods for producing a paired tag from a nucleic acid sequence and methods of use thereof
JP2007525571A (ja) 2004-01-07 2007-09-06 ソレクサ リミテッド 修飾分子アレイ
US7595160B2 (en) 2004-01-13 2009-09-29 U.S. Genomics, Inc. Analyte detection using barcoded polymers
WO2005100585A2 (en) 2004-03-30 2005-10-27 Epicentre Methods for obtaining directionally truncated polypeptides
WO2006047183A2 (en) 2004-10-21 2006-05-04 New England Biolabs, Inc. Recombinant dna nicking endonuclease and uses thereof
US7319142B1 (en) 2004-08-31 2008-01-15 Monsanto Technology Llc Nucleotide and amino acid sequences from Xenorhabdus and uses thereof
WO2006044078A2 (en) 2004-09-17 2006-04-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
US7449297B2 (en) 2005-04-14 2008-11-11 Euclid Diagnostics Llc Methods of copying the methylation pattern of DNA during isothermal amplification and microarrays
US7601499B2 (en) 2005-06-06 2009-10-13 454 Life Sciences Corporation Paired end sequencing
EP1907571B1 (en) 2005-06-15 2017-04-26 Complete Genomics Inc. Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping fragments
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
US20070128610A1 (en) 2005-12-02 2007-06-07 Buzby Philip R Sample preparation method and apparatus for nucleic acid sequencing
US7537897B2 (en) 2006-01-23 2009-05-26 Population Genetics Technologies, Ltd. Molecular counting
EP2021503A1 (en) 2006-03-17 2009-02-11 Solexa Ltd. Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays
SG170802A1 (en) 2006-03-31 2011-05-30 Solexa Inc Systems and devices for sequence by synthesis analysis
EP2038429B1 (en) 2006-06-30 2013-08-21 Nugen Technologies, Inc. Methods for fragmentation and labeling of nucleic acids
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
AU2007309504B2 (en) 2006-10-23 2012-09-13 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
WO2008143640A1 (en) 2006-11-07 2008-11-27 Government Of The United Nations Of America, As Represented By The Secretariat, Department Of Healthand Human Services Influenza virus nucleic acid microarray and method of use
US20080242560A1 (en) 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
AU2007334393A1 (en) 2006-12-14 2008-06-26 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
ES2384071T3 (es) * 2007-01-19 2012-06-29 Epigenomics Ag Métodos y ácidos nucleicos para análisis de trastornos proliferativos celulares
BRPI0813718A2 (pt) 2007-07-13 2014-12-30 Univ Leland Stanford Junior Método e aparelho que utilizam um campo elétrico para ensaios biológicos aperfeiçoados
WO2009024019A1 (en) 2007-08-15 2009-02-26 The University Of Hong Kong Methods and compositions for high-throughput bisulphite dna-sequencing and utilities
US8415099B2 (en) 2007-11-05 2013-04-09 Complete Genomics, Inc. Efficient base determination in sequencing reactions
US8852864B2 (en) 2008-01-17 2014-10-07 Sequenom Inc. Methods and compositions for the analysis of nucleic acids
EP2644707B1 (en) 2008-04-30 2015-06-03 Integrated Dna Technologies, Inc. RNase-H-based assays utilizing modified RNA monomers
US8628919B2 (en) 2008-06-30 2014-01-14 Bionano Genomics, Inc. Methods and devices for single-molecule whole genome analysis
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US9080211B2 (en) 2008-10-24 2015-07-14 Epicentre Technologies Corporation Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids
DK2376517T3 (da) * 2008-10-24 2013-02-11 Epict Technologies Corp Transposon-ende-sammensætninger og fremgangsmåder til at modificere nukleinsyrer
SG174155A1 (en) 2009-02-25 2011-10-28 Univ Johns Hopkins Piggybac transposon variants and methods of use
US8709717B2 (en) 2009-04-03 2014-04-29 Illumina, Inc. Generation of uniform fragments of nucleic acids using patterned substrates
EP3072968A1 (en) 2010-02-25 2016-09-28 Advanced Liquid Logic, Inc. Method of making nucleic acid libraries
RU2013113407A (ru) 2010-08-27 2014-10-10 Дженентек, Инк. Способы улавливания и секвенирования нуклеиновых кислот
US9029103B2 (en) 2010-08-27 2015-05-12 Illumina Cambridge Limited Methods for sequencing polynucleotides
DK2625320T3 (da) * 2010-10-08 2019-07-01 Harvard College High-throughput enkeltcellestregkodning
EP3928867B1 (en) 2010-10-27 2024-07-17 Illumina, Inc. Microdevices and biosensor cartridges for biological or chemical analysis and systems and methods for the same
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
US8829171B2 (en) * 2011-02-10 2014-09-09 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
CA2821299C (en) 2010-11-05 2019-02-12 Frank J. Steemers Linking sequence reads using paired code tags
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
CA2821559C (en) * 2011-01-28 2017-01-31 Illumina, Inc. Oligonucleotide replacement for di-tagged and directional libraries
WO2012106546A2 (en) 2011-02-02 2012-08-09 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Massively parallel continguity mapping
WO2012108864A1 (en) * 2011-02-08 2012-08-16 Illumina, Inc. Selective enrichment of nucleic acids
AU2012249759A1 (en) 2011-04-25 2013-11-07 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
US20130017978A1 (en) 2011-07-11 2013-01-17 Finnzymes Oy Methods and transposon nucleic acids for generating a dna library
NO2694769T3 (ru) 2012-03-06 2018-03-03
WO2013138536A1 (en) 2012-03-13 2013-09-19 Swift Biosciences, Inc. Methods and compositions for size-controlled homopolymer tailing of substrate polynucleotides by a nucleic acid polymerase
WO2013177220A1 (en) 2012-05-21 2013-11-28 The Scripps Research Institute Methods of sample preparation
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
US9644199B2 (en) 2012-10-01 2017-05-09 Agilent Technologies, Inc. Immobilized transposase complexes for DNA fragmentation and tagging
US9683230B2 (en) * 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
BR112015019159A2 (pt) 2013-02-08 2017-07-18 10X Genomics Inc geração de código de barras de polinucleotídeos
WO2014136930A1 (ja) * 2013-03-07 2014-09-12 積水メディカル株式会社 メチル化ｄｎａの検出方法
EP2970951B1 (en) * 2013-03-13 2019-02-20 Illumina, Inc. Methods for nucleic acid sequencing
CN110964796B (zh) 2013-08-28 2024-04-05 贝克顿迪金森公司 大规模平行单细胞分析
ES2912183T3 (es) 2013-12-30 2022-05-24 Atreca Inc Análisis de ácidos nucleicos asociados a células individuales utilizando códigos de barras de ácidos nucleicos

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2838545C2 (ru) * 2019-03-01 2025-04-21 Иллумина, Инк. Высокопроизводительные библиотеки одиночных ядер и одиночных клеток и способы их получения и использования
RU2825578C1 (ru) * 2019-09-20 2024-08-27 Иллюмина, Инк. Способы и композиции для определения лигандов на матрицах с использованием индексов и штрихкодов

Also Published As

Publication number Publication date
WO2016061517A3 (en) 2016-06-23
CA2964799A1 (en) 2016-04-21
US20190040382A1 (en) 2019-02-07
SG11201703139VA (en) 2017-07-28
AU2015331739B2 (en) 2021-12-02
KR102643955B1 (ko) 2024-03-07
IL299976B1 (en) 2024-07-01
US20220282242A1 (en) 2022-09-08
KR102472027B1 (ko) 2022-11-30
JP7127104B2 (ja) 2022-08-29
JP6808617B2 (ja) 2021-01-06
IL251737B (en) 2021-12-01
JP2022172158A (ja) 2022-11-15
SG10201903408VA (en) 2019-05-30
BR122021026781B1 (pt) 2023-11-14
RU2019138705A (ru) 2020-01-27
JP2024160269A (ja) 2024-11-13
AU2022201205A1 (en) 2022-03-17
BR122021026779B1 (pt) 2023-12-19
AU2022201205B2 (en) 2024-12-05
RU2017116989A3 (ru) 2019-05-20
RU2709655C2 (ru) 2019-12-19
KR20220162873A (ko) 2022-12-08
AU2015331739A1 (en) 2017-05-11
US11873480B2 (en) 2024-01-16
IL299976B2 (en) 2024-11-01
IL287853B2 (en) 2023-06-01
RU2736728C2 (ru) 2020-11-19
JP7532455B2 (ja) 2024-08-13
WO2016061517A2 (en) 2016-04-21
JP2021052779A (ja) 2021-04-08
IL287853A (en) 2022-01-01
RU2019138705A3 (ru) 2020-05-22
IL299976A (en) 2023-03-01
US20190048332A1 (en) 2019-02-14
BR112017007912A2 (pt) 2018-01-23
IL251737A0 (en) 2017-06-29
JP2018501776A (ja) 2018-01-25
KR20170107423A (ko) 2017-09-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017116989A (ru) Транспозиция с сохранением сцепления генов
JP2024160269A5 (ru)
JP7514263B2 (ja) 試料核酸にアダプターを付着する方法
JP7033602B2 (ja) ロングレンジ配列決定のためのバーコードを付けられたｄｎａ
US9255291B2 (en) Oligonucleotide ligation methods for improving data quality and throughput using massively parallel sequencing
CN104968805B (zh) 固体支持物上的样品制备
US9944924B2 (en) Polynucleotide modification on solid support
US20210155985A1 (en) Surface concatemerization of templates
AU2018280131A1 (en) Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
US20150050657A1 (en) Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
US20190194648A1 (en) Construction method for serial sequencing libraries of rad tags
EP3541957A1 (en) Chemical compositions and methods of using same
WO2009106308A2 (en) System and method for improved processing of nucleic acids for production of sequencable libraries
EP3207134A2 (en) Contiguity preserving transposition
AU2021240263A1 (en) Isothermal methods and related compositions for preparing nucleic acids
KR20160138168A (ko) 카피수 보존 rna 분석 방법
JP2016520326A (ja) マルチプレックス配列決定のための分子バーコード化
JP2024512463A (ja) 増幅されたライブラリからの望ましくない断片の選択的枯渇のためのブロッキングオリゴヌクレオチド
EP3645547A1 (en) A method for the clustering of dna sequences
CN117015603A (zh) 使用基于转座子的技术与用于误差校正的独特分子标识符制备定向标签化测序文库的方法
KR20220160661A (ko) 핵산 라이브러리를 제조하기 위한 방법 및 조성물
RU2020137454A (ru) Транспозиция с сохранением сцепления генов
EP3433379A1 (en) Primers with self-complementary sequences for multiple displacement amplification
EP3303615A1 (en) Improvements in and relating to nucleic acid probes and hybridisation methods