MD3331891T2 - Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidat - Google Patents
Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidatInfo
- Publication number
- MD3331891T2 MD3331891T2 MDE20180593T MDE20180593T MD3331891T2 MD 3331891 T2 MD3331891 T2 MD 3331891T2 MD E20180593 T MDE20180593 T MD E20180593T MD E20180593 T MDE20180593 T MD E20180593T MD 3331891 T2 MD3331891 T2 MD 3331891T2
- Authority
- MD
- Moldova
- Prior art keywords
- compound
- pure
- formula
- monomers
- morpholino
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 26
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 title claims description 8
- ANCLJVISBRWUTR-UHFFFAOYSA-N diaminophosphinic acid Chemical compound NP(N)(O)=O ANCLJVISBRWUTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 title description 10
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 claims abstract description 34
- 230000000707 stereoselective effect Effects 0.000 claims abstract description 33
- 230000008878 coupling Effects 0.000 claims abstract description 30
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 claims abstract description 30
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 claims abstract description 24
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims abstract description 16
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 72
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 51
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 claims description 40
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 40
- -1 p-methoxyphenyldiphenylmethyl Chemical group 0.000 claims description 19
- YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N Morpholine Chemical compound C1COCCN1 YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 17
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 16
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims description 14
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 claims description 14
- HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 8-[3-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-2-one Chemical class C1(CC1)N1N=CC(=C1)C1=NNC2=C1N=C(N=C2)N1C2C(N(CC1CC2)C)=O HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 11
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 claims description 11
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 10
- RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N Pyrrolidine Chemical compound C1CCNC1 RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 claims description 8
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 8
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 claims description 7
- GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N Piperazine Chemical compound C1CNCCN1 GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000004217 4-methoxybenzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1OC([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 5
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N nitrogen Substances N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 claims description 4
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 claims description 4
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 claims description 4
- 125000006273 (C1-C3) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000000453 2,2,2-trichloroethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C(Cl)(Cl)Cl 0.000 claims description 3
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 claims description 3
- 125000002774 3,4-dimethoxybenzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C(OC([H])([H])[H])=C1OC([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 3
- 125000004800 4-bromophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(*)=C([H])C([H])=C1Br 0.000 claims description 3
- 125000004172 4-methoxyphenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(OC([H])([H])[H])=C([H])C([H])=C1* 0.000 claims description 3
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 3
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 3
- 101100170604 Mus musculus Dmap1 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 claims description 3
- 125000005982 diphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])(*)C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 3
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 claims description 3
- 125000000636 p-nitrophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1*)[N+]([O-])=O 0.000 claims description 3
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 claims description 3
- WROTXLSEMHAZEA-UHFFFAOYSA-N 4-diaminophosphoryloxymorpholine Chemical compound NP(N)(=O)ON1CCOCC1 WROTXLSEMHAZEA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 238000004185 countercurrent chromatography Methods 0.000 claims description 2
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 2
- BHEPBYXIRTUNPN-UHFFFAOYSA-N hydridophosphorus(.) (triplet) Chemical compound [PH] BHEPBYXIRTUNPN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 16
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 10
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 abstract description 2
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 abstract 1
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 72
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 64
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 51
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 30
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 28
- 235000019439 ethyl acetate Nutrition 0.000 description 22
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 18
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 18
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 17
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N N-Heptane Chemical compound CCCCCCC IMNFDUFMRHMDMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 15
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 14
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 14
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 11
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 10
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 9
- 238000002953 preparative HPLC Methods 0.000 description 9
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 9
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000004895 liquid chromatography mass spectrometry Methods 0.000 description 7
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 7
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000006642 detritylation reaction Methods 0.000 description 6
- 239000012038 nucleophile Substances 0.000 description 6
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 6
- 238000000825 ultraviolet detection Methods 0.000 description 6
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 5
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 5
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 5
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 5
- SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N N-Methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 4
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 4
- HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N diethylamine Chemical compound CCNCC HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 4
- 238000002050 diffraction method Methods 0.000 description 4
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 4
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 4
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 4
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 4
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 4
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N triethylammonium acetate Chemical compound CC(O)=O.CCN(CC)CC AVBGNFCMKJOFIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CYSGHNMQYZDMIA-UHFFFAOYSA-N 1,3-Dimethyl-2-imidazolidinon Chemical compound CN1CCN(C)C1=O CYSGHNMQYZDMIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SIVJYKAWVLZRSX-UHFFFAOYSA-N 5-morpholin-4-yl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound O=C1NC(=O)NC=C1N1CCOCC1 SIVJYKAWVLZRSX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RHQDFWAXVIIEBN-UHFFFAOYSA-N Trifluoroethanol Chemical compound OCC(F)(F)F RHQDFWAXVIIEBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 3
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 3
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 3
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 3
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 3
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 3
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 3
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 description 2
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HVCNXQOWACZAFN-UHFFFAOYSA-N 4-ethylmorpholine Chemical compound CCN1CCOCC1 HVCNXQOWACZAFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FXHOOIRPVKKKFG-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylacetamide Chemical compound CN(C)C(C)=O FXHOOIRPVKKKFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 125000002777 acetyl group Chemical class [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 2
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 2
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 2
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 230000002547 anomalous effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052681 coesite Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 2
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 2
- 229910052906 cristobalite Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 239000013024 dilution buffer Substances 0.000 description 2
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 2
- 239000010439 graphite Substances 0.000 description 2
- 229910002804 graphite Inorganic materials 0.000 description 2
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 2
- 239000008241 heterogeneous mixture Substances 0.000 description 2
- 239000012456 homogeneous solution Substances 0.000 description 2
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 2
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 2
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 2
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 2
- 235000012239 silicon dioxide Nutrition 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 229910052682 stishovite Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 229910052905 tridymite Inorganic materials 0.000 description 2
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O triethylammonium ion Chemical compound CC[NH+](CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KDXVHZYQDLWWGJ-UHFFFAOYSA-N 1,4-diaminopyrimidin-2-one Chemical group NC=1C=CN(N)C(=O)N=1 KDXVHZYQDLWWGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N 2,3,4-trimethylpyridine Chemical class CC1=CC=NC(C)=C1C HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CHHHXKFHOYLYRE-UHFFFAOYSA-M 2,4-Hexadienoic acid, potassium salt (1:1), (2E,4E)- Chemical compound [K+].CC=CC=CC([O-])=O CHHHXKFHOYLYRE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- NWDPOWODSZWZBC-UHFFFAOYSA-N 2-hydrazinyl-3,7-dihydropurin-6-one Chemical group N1C(NN)=NC(=O)C2=C1N=CN2 NWDPOWODSZWZBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XWKFPIODWVPXLX-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-5-methylpyridine Natural products CC1=CC=C(C)N=C1 XWKFPIODWVPXLX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JWUJQDFVADABEY-UHFFFAOYSA-N 2-methyltetrahydrofuran Chemical compound CC1CCCO1 JWUJQDFVADABEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YIQDUHODEOBAQO-UHFFFAOYSA-N 6-(morpholin-4-ylamino)-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound N1C(=O)N=CC=C1NN1CCOCC1 YIQDUHODEOBAQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical group NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000012935 Averaging Methods 0.000 description 1
- COVZYZSDYWQREU-UHFFFAOYSA-N Busulfan Chemical compound CS(=O)(=O)OCCCCOS(C)(=O)=O COVZYZSDYWQREU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940124297 CDK 4/6 inhibitor Drugs 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000020313 Cell-Penetrating Peptides Human genes 0.000 description 1
- 108010051109 Cell-Penetrating Peptides Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YZCKVEUIGOORGS-UHFFFAOYSA-N Hydrogen atom Chemical class [H] YZCKVEUIGOORGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000141359 Malus pumila Species 0.000 description 1
- PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N Manganese Chemical compound [Mn] PWHULOQIROXLJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 1
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052770 Uranium Inorganic materials 0.000 description 1
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2,3,4,5,6-pentahydroxyhexanal;sodium Chemical compound [Na].CC(O)=O.OCC(O)C(O)C(O)C(O)C=O DPXJVFZANSGRMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUALQMFGWLZREY-UHFFFAOYSA-N acetonitrile;methanol Chemical compound OC.CC#N AUALQMFGWLZREY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 150000004703 alkoxides Chemical class 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 1
- XKMRRTOUMJRJIA-UHFFFAOYSA-N ammonia nh3 Chemical compound N.N XKMRRTOUMJRJIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 235000021016 apples Nutrition 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 238000000958 atom scattering Methods 0.000 description 1
- 229950003588 axetil Drugs 0.000 description 1
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid group Chemical group C(C1=CC=CC=C1)(=O)O WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000001768 carboxy methyl cellulose Substances 0.000 description 1
- 150000001735 carboxylic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000008119 colloidal silica Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 229940125904 compound 1 Drugs 0.000 description 1
- 239000012468 concentrated sample Substances 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- WZHCOOQXZCIUNC-UHFFFAOYSA-N cyclandelate Chemical compound C1C(C)(C)CC(C)CC1OC(=O)C(O)C1=CC=CC=C1 WZHCOOQXZCIUNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- ACYGYJFTZSAZKR-UHFFFAOYSA-J dicalcium;2-[2-[bis(carboxylatomethyl)amino]ethyl-(carboxylatomethyl)amino]acetate Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[O-]C(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC([O-])=O)CC([O-])=O ACYGYJFTZSAZKR-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- GXGAKHNRMVGRPK-UHFFFAOYSA-N dimagnesium;dioxido-bis[[oxido(oxo)silyl]oxy]silane Chemical compound [Mg+2].[Mg+2].[O-][Si](=O)O[Si]([O-])([O-])O[Si]([O-])=O GXGAKHNRMVGRPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L disodium hydrogen phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].OP([O-])([O-])=O BNIILDVGGAEEIG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000002270 dispersing agent Substances 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 239000003792 electrolyte Substances 0.000 description 1
- ZYBWTEQKHIADDQ-UHFFFAOYSA-N ethanol;methanol Chemical compound OC.CCO ZYBWTEQKHIADDQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BEFDCLMNVWHSGT-UHFFFAOYSA-N ethenylcyclopentane Chemical compound C=CC1CCCC1 BEFDCLMNVWHSGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 239000003365 glass fiber Substances 0.000 description 1
- 125000005456 glyceride group Chemical group 0.000 description 1
- 150000004795 grignard reagents Chemical class 0.000 description 1
- 150000004820 halides Chemical class 0.000 description 1
- 239000008240 homogeneous mixture Substances 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 229940102223 injectable solution Drugs 0.000 description 1
- 229940102213 injectable suspension Drugs 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007919 intrasynovial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- JMMWKPVZQRWMSS-UHFFFAOYSA-N isopropanol acetate Natural products CC(C)OC(C)=O JMMWKPVZQRWMSS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940011051 isopropyl acetate Drugs 0.000 description 1
- GWYFCOCPABKNJV-UHFFFAOYSA-N isovaleric acid Chemical compound CC(C)CC(O)=O GWYFCOCPABKNJV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019388 lanolin Nutrition 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000391 magnesium silicate Substances 0.000 description 1
- 229940099273 magnesium trisilicate Drugs 0.000 description 1
- 229910000386 magnesium trisilicate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019793 magnesium trisilicate Nutrition 0.000 description 1
- 229910052748 manganese Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011572 manganese Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 1
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 1
- 150000008299 phosphorodiamidates Chemical class 0.000 description 1
- 230000010287 polarization Effects 0.000 description 1
- 229920000058 polyacrylate Polymers 0.000 description 1
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 1
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 1
- GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M potassium dihydrogen phosphate Chemical compound [K+].OP(O)([O-])=O GNSKLFRGEWLPPA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000004302 potassium sorbate Substances 0.000 description 1
- 235000010241 potassium sorbate Nutrition 0.000 description 1
- 229940069338 potassium sorbate Drugs 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- LMWFKCYJTRUATP-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium-4-carbonitrile;2,2,2-trifluoroacetate Chemical compound [O-]C(=O)C(F)(F)F.N#CC1=CC=[NH+]C=C1 LMWFKCYJTRUATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001303 quality assessment method Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- 235000019812 sodium carboxymethyl cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 229920001027 sodium carboxymethylcellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical class O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000004334 sorbic acid Substances 0.000 description 1
- 235000010199 sorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229940075582 sorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 239000000375 suspending agent Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 150000007944 thiolates Chemical class 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 1
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000005866 tritylation reaction Methods 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 239000001993 wax Substances 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 150000003751 zinc Chemical class 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
- C07F9/6558—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
- C07F9/65583—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system each of the hetero rings containing nitrogen as ring hetero atom
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
- A61K31/7125—Nucleic acids or oligonucleotides having modified internucleoside linkage, i.e. other than 3'-5' phosphodiesters
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
- A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
- C07F9/6561—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings
- C07F9/65616—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings containing the ring system having three or more than three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members, e.g. purine or analogs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B2200/00—Indexing scheme relating to specific properties of organic compounds
- C07B2200/07—Optical isomers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Nitrogen And Oxygen Or Sulfur-Condensed Heterocyclic Ring Systems (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Heterocyclic Compounds That Contain Two Or More Ring Oxygen Atoms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Oferim nucleozide de morfolino fosforamidocloridat morfolino activate, pure din punct de vedere diastereomeric sau substanţial pure din punct de vedere diastereomeric, metode de preparare a acestora şi metode de utilizare a acestora în cuplarea stereospecifică pentru sinteza stereospecifică a oligomerilor de morfolino fosforamidodiamidat (PMO) puri din punct de vedere diastereomeric.
Description
Domeniu
Realizările se pot referi la prepararea de monomeri activaţi substanţial puri diastereomeric care sunt subunităţi morfolino fosforamidoclorurat. Exemplele de realizare se pot referi, de asemenea, la utilizarea de monomeri morfolino fosforilaţi activaţi substanţial diastereomeric puri pentru prepararea moleculelor prin reacţii de cuplare stereospecifice.
Context
Sinteza oligonucleotidelor de fosforodiamidat diastereomeric pure este în mod substanţial complicată de existenţa legăturilor fosforoase chirale. Acest lucru este în contrast cu, de exemplu, legăturile fosfodiester, care nu au un fosfor chiral. Exemple pot fi văzute în FIG. 1, care compară fosfodiesterul, fosforotioatul (care include şi un fosfor chiral) şi fosforodiamidat
Existenţa fosforului chiral prezintă provocări substanţiale pentru căile sintetice care implică conectarea unei serii de nucleotide fosforodiamidat. Lipsa de reactivi puri stereochimic (şabloane, subunităţi, blocuri de constructe) care permit formarea stereospecifică a legăturilor fosforodiamidat duce la o reacţie la stereocentrul în care chiralitatea fosforului a compusului rezultat poate să nu fie controlată.
După cum se arată grafic în FIG. 2, utilizarea amestecurilor diastereomerice de nucleotide pentru cuplarea necontrolată stereochimic pentru a prepara o oligonucleotidă de orice lungime şi secvenţă semnificativă creează un amestec eterogen de mulţi diastereomeri. Numărul de diastereomeri este teoretic 2(n-1), unde n este numărul de nucleotide care sunt conectate pentru a forma oligonucleotida. După cum se arată în FIG. 2, chiar şi o oligonucleotidă modestă cu patru oligonucleotide (tetranucleotidă) poate duce la formarea unui amestec de opt diastereomeri separaţi.
Formarea unui număr semnificativ de diastereomeri poate crea necesitatea unor tehnici de separare sensibile în urma sintezei. Randamentul produsului dorit poate fi afectat negativ de utilizarea materiilor prime pentru a prepara diastereoizomeri multipli care nu sunt doriti.
WO2011/150408 descrie compuşi oligonucleotidici utili ca compuşi antisens cuprinzând legături intersubunităţi modificate şi/sau grupări terminale. US2012/289457 descrie compuşi oligonucleotidici utili ca compuşi antisens, care sunt conjugaţi cu peptide care pătrund în celule.
Ar fi util să se poată selecta un diastereomer specific înainte de sinteză, apoi să se sintetizeze diastereomerul selectat într-o formă stereochimic pură sau substanţial pură.
SCURT REZUMAT
Prezenta invenţie furnizează o metodă pentru prepararea unui oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric, cuprinzând legături fosforoase chirale, cuprinzând:
selectarea monomerilor morfolino fosforamidoclorură puri stereochimic; şi
sintetizarea unui oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric prin cuplarea stereospecifică a monomerilor morfolino fosforamidoclorurat substanţial puri stereochimic selectaţi, în care cuplarea stereospecifică menţionată este efectuată într-un solvent aprotic, în prezenţa unei amine terţiare nenucleofile sau a unei baze aromatice, la o temperatură a bazei aromatice de la 20 °C la 50 °C;
în care monomerii morfolino fosforamidocloruraţi substanţial puri stereochimic sunt obţinuţi prin separarea unui amestec diastereomeric de monomeri morfolino fosforamidoclorurat în monomeri fosforamidocloruraţi substanţial puri chimic şi
în care substanţial pur stereochimic denotă enantiomeri sau diastereoizomeri care sunt în exces enantiomeric sau diastereomeric, respectiv, egal cu sau mai mare de 87%, şi substanţial pur diastereomeric denotă diastereoizomeri care sunt în exces diastereomeric egal sau mai mare de 87%; şi
un oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial diastereomeric pur cuprinzând legături de fosfor chirale realizate prin metoda conform invenţiei şi
o compoziţie farmaceutică cuprinzând un oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia, cuprinzând legături fosforoase chirale, realizate prin metoda din invenţie.
Alte variante de realizare ale prezentei descrieri pot furniza unul sau mai mulţi compuşi stereochimic puri sau substanţial stereochimic puri din Tabelul 1. Alte variante de realizare pot furniza, de asemenea, enantiomeri ai compuşilor din Tabelul 1. De obicei, stereochimia acelor enantiomeri variază de cea a compuşilor din Tabelul 1 prin alterarea stereochimiei inelului morfolino.
TABELUL 1
Compus Formula # 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
R1 şi R2 pot fi identici sau diferiţi şi pot fi -H, alchil C1-C3 opţional substituit, fenil opţional substituit, naftil opţional substituit sau, cu azotul de care sunt ataşaţi, formează un heterociclu opţional substituit, care poate fi, de exemplu, pirolidină, piperazină sau morfolină.
Fragmentele substituite opţional pot fi substituite cu unul sau mai multe dintre metil, etil, halogen, nitro, metoxi sau ciano.
R3 poate fi tritil (Tr), care poate fi tritil substituit, incluzând, dar fără a se limita la acestea, cum ar fi MMTr (p-metoxifenildifenilmetil), benzil opţional substituit, 4-metoxibenzil (PMB, MPM), 3,4-dimetoxibenzil, difenilmetil (Dpm) sau sulfonil, care poate fi un sulfonil scindabil. În unele realizări, sulfonil este 2-nitrobenzensulfonil, 4-nitrobenzensulfonil sau 2,4-dinitrobenzensulfonil.
R4, R5, R6 poate fi -H, -C(O)R7, sau -C(O)OR7, unde R7 este alchil (metil, etil, izopropil sau alt alchil C1-C6), benzil, 2,2,2-tricloretil sau aril (inclusiv, dar fără a se limita la fenil, 4-metoxi fenil, 4-bromfenil şi 4-nitrofenil). R9 pot fi alchil opţional substituit, cianoetil, acil, carbonat, carbamat, benzil opţional substituit, 4-pivaloiloxi benzil şi silil.
În alte variante de realizare, morfolino nucleozide în plus faţă de cele prezentate în Tabelul 1 pot fi preparate în formă diastereomeric pură sau substanţial diastereomeric pură.
Exemplele de realizare pot furniza, de asemenea, metode pentru separarea amestecurilor diastereomerice ale compuşilor dezvăluiţi mai sus în compuşi puri stereochimic sau substanţial puri stereochimic. Alte variante de realizare pot furniza compoziţii farmaceutice cuprinzând compuşi stereochimic puri sau substanţial stereochimic puri, aşa cum este raportat aici. Alte variante de realizare pot furniza compoziţii farmaceutice cuprinzând săruri acceptabile farmaceutic ale compuşilor puri stereochimic sau substanţial puri stereochimic, aşa cum este raportat aici. Compoziţiile farmaceutice pot fi administrate în cantităţi eficiente pacienţilor care au nevoie de tratament. Compoziţiile farmaceutice pot include în plus purtători acceptabili farmaceutic.
În unele variante, următorul fragment din fiecare dintre compuşii din Tabelul 1 poate fi substituit la poziţiile a, b şi e cu una sau două grupări metil şi poate fi substituit la poziţiile c şi d cu o grupare metil. În fiecare caz, gruparea metil poate fi orientată pe ambele părţi ale planului inelului morfolino. În alte variante de realizare, un metilen suplimentar, opţional substituit cu una sau mai multe grupări metil, poate fi inserat adiacent azotului din gruparea morfolino pentru a permite expansiunea la un inel cu şapte atomi.
Realizările asigură suplimentar prepararea de oligonucleotide stereochimic pure prin cuplarea stereospecifică a monomerilor activaţi. Alte variante de realizare furnizează oligomer substanţial diastereomeric pur realizat prin cuplarea stereospecifică a monomerilor activaţi. Încă alte variante de realizare furnizează compoziţii substanţial pure diastereomeric cuprinzând compuşi substanţial puri diastereomeric, aşa cum este raportat aici.
DESCRIEREA LA MAI MULTE VEDERI ALE DESENELOR
FIG. 1 prezintă legături fosfodiester, fosforotioat şi oligonucleotide fosforodiamidat.
FIG. 2 prezintă legăturile fosforului R- şi S- într-un oligomer morfolino fosforodiamidat (PMO). FIG. 2 prezintă, de asemenea, proliferarea diastereomerilor care rezultă în mod obişnuit atunci când amestecurile diastereomerice de precursori de oligomeri fosforodiamidat sunt utilizate pentru a sintetiza dinucleotide (2-meri), trinucleotide (3-meri), tetranucleotide (4-meri) şi N-meri.
FIG. 3 prezintă prepararea dinucleotidelor diastereomeric pure atât prin utilizarea fosforamidocloruraţilor diastereomeric puri, cât şi prin utilizarea amestecului diastereomeric de fosforamidocloruraţi.
FIG. 4A şi FIG. 4B prezintă amestecuri diastereomerice generalizate de fosforamidocloruraţi care pot fi utile pentru prepararea subunităţilor diastereomerice pure sau substanţial diastereomeric pure.
FIG. 5 prezintă prepararea de oligonucleotide (omogene) pure diastereomeric utilizând fosforamidocloruraţi puri diastereomeric, aşa cum este raportat aici.
FIG. 6 prezintă o schemă pentru sinteza stereospecifică a PMO-urilor 16-meri şi diferenţierea stereoizomerilor prin test biofizic.
FIG. 7 prezintă punctele de topire pentru Stereoizomerii 1 şi 2 din exemplul care prezintă sinteza stereospecifică a PMO-urilor 16-meri şi diferenţierea stereoizomerilor prin test biofizic, aşa cum este raportat mai jos.
FIG. 8 prezintă o diagramă ORTEP de Compus 100 cristalin, după cum se raportează mai jos.
FIG. 9A şi FIG. 9B arată diagrame ORTEP a două fragmente de Compus 100, după cum se raportează mai jos.
DESCRIERE DETALIATĂ
Am descoperit că doi diastereomeri ai subunităţilor morfolino activate pot fi sortaţi după proprietăţile lor fizice, permiţând prepararea de izomeri diastereometric puri. Aceasta permite prepararea de PMO puri stereochimic sau substanţial puri stereochimic în condiţii de reacţie controlate, care pot fi apoi utilizate pentru a prepara selectiv oligonucleotide cu o stereochimie dorită.
Exemplele de realizare pot furniza, de asemenea, metode pentru separarea amestecurilor diastereomerice ale compuşilor dezvăluiţi mai sus în compuşi puri stereochimic sau substanţial puri stereochimic. Odată separaţi, diastereomerii puri din amestecul diastereomeric anterior pot fi utilizaţi pentru a prepara compuşi puri diastereomeric prin reacţii de cuplare stereospecifice.
Compuşii puri diastereomeric şi compuşii puri substanţial diastereomeric preparaţi aşa cum este indicat aici pot fi oligonucleotide de fosforodiamidat pure diastereomeric. Aceste oligonucleotide de fosforodiamidat diastereomeric pure şi substanţial diastereomeric pure pot avea utilizări multiple. De exemplu, ele pot fi utile ca produse farmaceutice. Acestea pot fi selectate pentru proprietăţi care sunt potenţial superioare celor ale amestecurilor eterogene (amestecuri stereo-aleatorie) de diastereomeri ai oligonucleotidelor fosforodiamidat. De exemplu, ele pot fi selectate pentru diferenţele de potenţă, eficacitate, stabilitate, siguranţă şi specificitate. Oligomerii diastereomeric puri şi substanţial diastereomeric puri pot avea proprietăţi fizice, chimice şi biologice care diferă de cele ale amestecurilor heterochimice stereochimice de oligomeri.
„Stereoizomeri» se referă la izomerii care diferă doar prin aranjarea atomilor în spaţiu.
„Diastereomeri» se referă la stereoizomeri care nu sunt imagini în oglindă unul cu celălalt.
"Enantiomeri" se referă la stereoizomeri care sunt imagini nesuperpozabile în oglindă unul cu celălalt. Enantiomerii includ izomeri "enantiomeric puri" care cuprind substanţial un singur enantiomer, de exemplu, mai mare sau egal cu 90%, 92%, 95%, 98% sau 99%, sau egal cu 100% dintr-un singur enantiomer.
"Monomer activat" se referă la subunităţi morfolino 5'-O-fosforilate care poartă fosfor reactiv având grupări scindabile, incluzând, dar fără a se limita la grupări scindabile clorură şi halogenură, care suferă o reacţie de deplasare cu nucleofili, incluzând, dar fără a se limita la amine şi alcooli.
„R» şi „S» ca termeni care descriu izomerii sunt descriptori ai configuraţiei stereochimice la atomi substituiţi asimetric, incluzând, dar fără a se limita la: carbon, sulf, fosfor şi azot de amoniu. Desemnarea atomilor substituiţi asimetric ca „R» sau „S» se face prin aplicarea regulilor de prioritate Cahn-Ingold-Prelog, aşa cum sunt bine cunoscute celor de specialitate în domeniu şi descrise în Uniunea Internaţională de Chimie Pură şi Aplicată. (IUPAC) Reguli pentru Nomenclatura Chimiei Organice. Secţiunea E, Stereochimie.
Un enantiomer poate fi caracterizat prin direcţia în care se roteşte planul luminii polarizate plane, aşa cum este bine cunoscut celor din domeniul chimiei. Dacă se roteşte lumina în sensul acelor de ceasornic (aşa cum este văzută de un privitor către care se îndreaptă lumina), acel enantiomer este etichetat (+) şi este notat dextrogitor. Imaginea sa în oglindă va roti lumina polarizată plană în sens invers acelor de ceasornic şi este etichetată (―) sau levorotativă. Direcţia de rotaţie a luminii polarizate plane de către un compus pur enantiomeric, numit semnul rotaţiei optice, poate fi măsurată cu uşurinţă într-un dispozitiv standard cunoscut sub numele de polarimetru.
"Racemic" se referă la un amestec care conţine părţi egale de enantiomeri individuali.
"Non-racemic" se referă la un amestec care conţine părţi egale de enantiomeri individuali. Un amestec non-racemic poate fi îmbogăţit în configuraţia R sau S, incluzând, fără limitare, aproximativ 50/50, aproximativ 60/40 şi aproximativ 70/30 R- la enantiomer S-sau S- la enantiomer R-, amestecuri.
"Substanţial stereochimic pur" şi "puritate substanţială stereochimic" se referă la enantiomeri sau diastereomeri care sunt în exces enantiomeric sau, respectiv, în exces diastereomeric, egal cu sau mai mare de 80%. În unele exemple de realizare, "substanţial stereochimic pur" şi " puritate substanţial stereochimică" se referă la enantiomeri sau diastereomeri care sunt în exces enantiomeric sau în exces diastereomeric, respectiv, egal cu sau mai mare de 87%, egal cu sau mai mare de 90%, egal cu sau mai mare de 95%, egal sau mai mare de 96%, egal sau mai mare de 97%, egal sau mai mare de 98%, sau egal cu sau mai mare de 99%. "Substanţial diastereomeric pur" se referă la diastereomeri care sunt în exces diastereomeric egal sau mai mare de 87%, egal sau mai mare de 90%, egal sau mai mare de 95%, egal sau mai mare de 96%, egal sau mai mare de 97%, egal sau mai mare de 98%, sau egal sau mai mare de 99%.
"Excesul enantiomer" (ee) al unui enantiomer este [(fracţia molară a enantiomerului major) minus (fracţia molară a enantiomerului minor)]×100. Excesul diastereomeric (de) al unui diastereomer într-un amestec de doi diastereomeri este definit în mod analog.
"Sare acceptabilă farmaceutic" aşa cum este utilizat aici se referă la sărurile de adiţie acidă sau sărurile de adiţie de bază ale compuşilor din prezenta dezvăluire. O sare acceptabilă farmaceutic este orice sare care păstrează activitatea compusului părinte şi nu conferă nici un efect dăunător sau nedorit nejustificat asupra subiectului căruia i se administrează şi în contextul în care este administrată. Sărurile acceptabile farmaceutic includ, dar nu se limitează la, complecşi metalici şi săruri ale acizilor anorganici şi carboxilici. Sărurile acceptabile farmaceutic includ, de asemenea, săruri metalice precum aluminiu, calciu, fier, magneziu, mangan şi săruri complexe. În plus, sărurile acceptabile farmaceutic includ, dar nu se limitează la, săruri acide cum ar fi acetic, aspartic, alchilsulfonic, arilsulfonic, axetil, benzensulfonic, benzoic, bicarbonic, bisulfuric, bitartric, butiric, edetat de calciu, camsilic, carbonic, clorbenzoic, edetic, edisilic, estolic, esil, esilic, formic, fumaric, gluceptic, gluconic, glutamic, glicolic, glicolilarsanilic, hexamic, hexilrezorcinoic, hidrabamic, bromhidric, clorhidric, clorhidrat, hidroiodic, hidroxinaftonic, izetionic, lactic, lactobionic, maleic, malic, malonic, mandelic, metansulfonic, metilnitric, metilsulfuric, mucic, muconic, napsilic, nitric, oxalic, p-nitrometansulfonic, pamoic, pantotenic, fosforic, monohidrogen fosforic, dihidrogen fosforic, ftalic, poligalacturonic, propionic, salicilic, stearic, succinic, sulfamic, sulfanilic, sulfonic, sulfuric, tanic, tartric, teoclic, toluensulfonic şi altele asemenea.
O "cantitate eficientă" dintr-o combinaţie de agenţi terapeutici (de ex., Compusul 1 şi un inhibitor CDK 4/6) este o cantitate suficientă pentru a oferi un beneficiu terapeutic observabil în comparaţie cu HCC sau IHCC lăsate netratate la un subiect sau pacient.
Agenţii activi aşa cum sunt raportaţi aici pot fi combinaţi cu un purtător acceptabil farmaceutic pentru a furniza formulări farmaceutice ale acestora. Alegerea particulară a purtătorului şi a formulării va depinde de calea particulară de administrare pentru care este destinată compoziţia.
"Purtător acceptabil farmaceutic" aşa cum este utilizat aici se referă la un purtător, adjuvant sau vehicul netoxic care nu distruge activitatea farmacologică a compusului cu care este formulat. Purtătorii, adjuvanţii sau vehiculele acceptabile farmaceutic care pot fi utilizaţi în compoziţiile acestei invenţii includ, dar nu se limitează la, acid sorbic, sorbat de potasiu, amestecuri parţiale de gliceride de acizi graşi vegetali saturaţi, apă, săruri sau electroliţi, fosfat acid disodic, fosfat acid de potasiu, clorură de sodiu, săruri de zinc, silice coloidal[, trisilicat de magneziu, polivinil pirolidonă, substanţe pe bază de celuloză, polietilenglicol, carboximetilceluloză de sodiu, poliacrilaţi, ceruri, polietilenglicol şi grăsime de lână.
Compoziţiile prezentei invenţii pot fi adecvate pentru administrare parenterală, orală, spray de inhalare, topică, rectală, nazală, bucală, vaginală sau cu rezervor implantat etc. În unele exemple de realizare, formularea cuprinde ingrediente care provin din surse naturale sau nenaturale. În unele variante de realizare, formularea sau purtătorul poate fi furnizat într-o formă sterilă. Exemple nelimitative de purtător steril includ apă fără endotoxine sau apă apirogenă.
Termenul "parenteral" aşa cum este utilizat aici include tehnici de injecţie sau perfuzie subcutanată, intravenoasă, intramusculară, intraarticulară, intrasinovială, intrasternală, intratecală, intrahepatică, intralezională şi intracraniană. În realizări particulare, compuşii sunt administraţi intravenos, oral, subcutanat sau prin administrare intramusculară. Formele injectabile sterile ale compoziţiilor din invenţie pot fi suspensii apoase sau oleaginoase. Aceste suspensii pot fi formulate conform tehnicilor cunoscute în domeniu utilizând agenţi adecvaţi de dispersare sau umectare şi agenţi de suspendare. Preparatul injectabil steril poate fi, de asemenea, o soluţie sau suspensie injectabilă sterilă într-un diluant sau solvent netoxic acceptabil parenteral. Printre vehiculele şi solvenţii acceptabili care pot fi utilizaţi sunt apă, soluţie Ringer şi soluţie izotonică de clorură de sodiu. În plus, uleiurile sterile fixate sunt convenţional utilizate ca un solvent sau mediu de suspendare.
Exemplele de realizare ale invenţiei asigură prepararea de izomeri puri stereochimic sau de izomeri puri stereochimic, urmată de utilizarea izomerilor puri pentru a prepara stereospecific oligomeri morfolino (PMO) de fosforodiamidat puri diastereomeric. Prepararea poate fi prin separarea amestecului diastereomeric de nucleotide fosforamidoclorurate. Separarea poate fi realizată, de exemplu, prin cromatografie; de exemplu, cromatografie lichidă de înaltă performanţă sau "HPLC". Separarea poate fi realizată şi prin cristalizare.
Monomerii separaţi pot fi denumiţi monomeri "activi". Prin „activ» se înţelege că monomerii includ fragment fosforamidoclorurat care este reactiv faţă de o varietate de nucleofili, care includ, dar fără a se limita la: amine, alcooli/alcoxizi, tiol/tiolat, alchillitiu şi reactivi Grignard.
I. Prepararea izomerilor diastereomerici
Într-o variantă de realizare, monomerii activaţi stereochimic puri sau substanţial stereochimic puri pot fi preparaţi prin separarea unui amestec diastereomeric de monomeri. Separarea poate fi realizată prin metode care permit distincţia stereoizomerilor folosind proprietăţi fizice. De exemplu, separarea poate fi realizată prin cromatografie sau cristalizare. Tipurile adecvate de cromatografie includ, de exemplu, dar nu sunt limitate la, cromatografia lichidă de înaltă performanţă (HPLC), cromatografia în pat în mişcare simulată, cromatografia în contracurent şi alte tipuri de cromatografie separativă. De exemplu, un amestec diastereomeric poate fi supus HPLC, eluând o fracţiune cu mişcare rapidă şi o fracţiune cu mişcare lentă. Fiecare dintre aceste fracţiuni este o cantitate diferită de monomer pur stereochimic sau substanţial pur stereochimic. După cum este descris mai jos, aceşti monomeri pot fi utilizaţi pentru a prepara oligomeri cu stereochimia dorită prin cuplare stereospecifică folosind condiţii de reacţie controlate.
Am determinat în continuare că, odată separaţi, monomerii activaţi stereochimic puri au o stabilitate suficientă pentru a fi utilizaţi în reacţii chimice ulterioare. În plus, am stabilit că monomerii activaţi stereochimic puri pot suferi reacţii chimice stereospecifice. Astfel, aşa cum se discută mai detaliat mai jos, aceşti monomeri activaţi puri stereochimic pot fi utilizaţi pentru reacţii de cuplare stereospecifice pentru a prepara produse pure stereochimic.
Aşa cum s-a menţionat mai sus, exemplele de realizare pot furniza unul sau mai mulţi compuşi stereochimic puri sau substanţial stereochimic puri din Tabelul 1, care pot fi preparaţi profitând de diferitele proprietăţi fizice ale stereoizomerilor. Alte variante de realizare pot furniza, de asemenea, enantiomeri ai compuşilor din Tabelul 1. De obicei, stereochimia acelor enantiomeri variază de cea a compuşilor din Tabelul 1 prin alterarea stereochimiei inelului morfolino.
TABELUL 1
Compus Formula # 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31
în care R3 este trifenilmetil opţional substituit (denumit şi "tritil"), benzil opţional substituit sau sulfonil. R4, R5 şi R6 pot fi -C(O)R7 sau -C(O)OR8, în care R7 este metil, etil sau fenil, iar R8 este benzil sau 2,2,2-tricloretil. R9 poate fi alchil, cianoetil opţional substituit (pentru utilizare ca grupare protectoare vezi, de exemplu, cererea de brevet US Nr. US2013/0197220 ), acil, sulfonil, acetal/cetal, carbonat, carbamat, benzil opţional substituit, 4-pivaloiloxi benzil şi silil.
În unele variante de realizare, benzil opţional substituit este 4-metoxibenzil (PMB, MPM). În unele variante, sulfonil este un sulfonil scindabil. În unele variante, sulfonil este 2-nitrobenzensulfonil, 4-nitrobenzensulfonil sau 2,4-dinitrobenzensulfonil.
R1 şi R2 pot fi identici sau diferiţi şi pot fi -H, alchil C1-C3 opţional substituit, fenil opţional substituit, naftil opţional substituit sau, cu azotul de care sunt ataşaţi, formează un heterociclu opţional substituit, care poate fi, de exemplu, pirolidină, piperazină sau morfolină.
Fragmentele opţional substituite pot fi substituite cu unul sau mai multe dintre metil, etil, halogen, nitro sau ciano.
R3 poate fi tritil (Tr), care poate fi tritil substituit dar fără a se limita la acestea, cum ar fi MMTr (p-metoxifenildifenilmetil), benzil opţional substituit, 4-metoxibenzil (PMB, MPM), şi 3,4-dimetoxibenzil, difenilmetil (Dpm),
R4, R5, R6 poate fi -H, -C(O)R7, sau -C(O)OR7, în care R7 este alchil (metil, etil, izopropil sau alt alchil C1-C6), sau aril (inclusiv, dar fără a se limita la fenil, 4-metoxi fenil, 4-bromofenil şi 4-nitrofenil).
II. Cuplare stereospecifică
Pe lângă determinarea faptului că tehnologia de separare ar putea fi utilizată pentru a prepara cantităţi substanţial pure stereochimic de monomer activat, am stabilit că aceşti monomeri activaţi pot fi utilizaţi, în anumite condiţii de reacţie, pentru a realiza cuplarea stereospecifică pentru prepararea dinucleotidelor pure stereochimic, trinucleotidelor pure stereochimic şi oligomeri puri stereochimic mai mari. Prin utilizarea metodelor raportate aici, chiralitatea legăturii PMO nou formate poate fi codificată în mod specific prin chiralitatea monomerilor activi stereochimic puri utilizaţi pentru a forma oligomerul.
Condiţiile de reacţie tipice pentru cuplarea stereospecifică includ reacţia în solvenţi aprotici. Aceşti solvenţi pot fi, de exemplu, dar nu sunt limitaţi la, acetonitril, tetrahidrofuran (THF), 1,3-dimetilimidazolidinonă (DMI), dimetilformamidă (DMF), N-metil-2-pirolidinonă (NMP), dimetilacetamidă (DMAc), diclormetan (DCM), 1,2-dicloretan (DCE), cloroform, 1,4-dioxan, acetat de etil, 2-metiltetrahidrofuran şi acetat de izopropil. Reacţiile de cuplare pot fi conduse în prezenţa bazelor amine terţiare nenucleofile şi a bazelor aromatice. Bazele adecvate includ, dar nu se limitează la, diizopropiletilamină, trietilamină, 2,6-lutidină, trimetilpiridine (colidine) şi N-etilmorfolină. Temperaturile de reacţie pot varia de la temperatura camerei (aproximativ 20 °C) la 50 °C. Sonicarea poate fi aplicată în unele cazuri pentru a ajuta la dizolvarea substratului(lor).
Pentru a demonstra fezabilitatea cuplării stereospecifice, au fost preparate mai multe dinucleotide PMO pure stereochimic prin cuplarea PMO stereospecifică a monomerilor activi puri stereochimic cu eluţie rapidă şi lentă (fosforamidocloruraţi). Tabelul 2 de mai jos rezumă profilurile de retenţie HPLC ale acestor dinucleotide PMO substanţial pure stereochimic. Tabelul compară timpii de retenţie pentru dinucleotidele care au fost preparate din combinaţii ale monomerilor de la capătul 5' enumeraţi în partea stângă a tabelului cu izomerii cu eluţie mai rapidă şi mai lentă ai monomerilor de la capătul 3' enumeraţi în partea de sus. Tabelul demonstrează că cuplarea stereospecifică a monomerilor activi puri stereochimic produce diferite dinucleotide diastereomeric pure având proprietăţi fizice diferite.
TABELUL 2:
Monomeri activi (capătul 3'-; electrofili) U Cc Ad Gb T rapid lent rapid lent rapid lent rapid lent rapid lent U1 U2 C1 C2 A1 A2 G1 G2 T1 T2 monomeri la capătul 5'- (nucleofili) U UU1 UU2 UC1 UC2 UA1 UA2 UG1 UG2 UT1 UT2 dinucleotidă 9 < 27 9,1 > 6,5 12,6 > 10,9 12,5 < 18,8 8,4 < 27 RT (min) Ca CU1 CU2 CC1 CC2 CA1 CA2 CG1 CG2 CT1 CT2 dinucleotidă 5,6 < 6,6 6,7 > 5,7 8 > 7,4 10,4 < 13,3 5,6 < 6,1 RT (min) AaAU1AU2AC1AC2AA1AA2AG1AG2AT1AT2dinucleotidă 3,5 < 3,6 3,6 = 3,6 4,2 > 4,1 7,6 < 8,5 3,5 < 3,6 RT (min) Gb GU1 GU2 GC1 GC2 GA1 GA2 GG1 GG2 GT1 GT2 dinucleotidă 7,6 < 8,1 7,2 = 7,2 9,7 > 8,9 14,2 > 11,3 7,4 < 7,5 RT (min) T TU1 TU2 TC1 TC2 TA1 TA2 TG1 TG2 TT1 TT2 dinucleotidă 9,7 < 23,9 8,9 > 5,6 13,2 > 11,4 13,2 < 20,0 9 < 24 RT (min) a nucleobaze neprotejate b grupare amino guanină protejată cu grupare izobutiril c grupare amino citozină protejată cu: (1) grupare acetil pentru cuplare cu U, C, A şi G, (2) grupare benzoil pentru cuplare cu T d grupare amino adenină protejată cu grupare benzoil
Condiţiile analitice HPLC pentru profilarea dinucleotidelor PMO pur stereochimic din Tabelul 2 sunt raportate mai jos:
Coloană HPLC Chiralpak IC 4,6 × 250 mm 5 µm Temperatura 30 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă 10% n-heptan, 80% EtOAc şi 10% MeOH-EtOH 1:1 cu 0,1% dietilamină Gradient Izocratic Timp de rulare 30 min Volum de injectare 1-2 µl (0,2 mg/ml, diclormetan) Detecţie UV 260 nm
EXEMPLE
III. Exemple de separare diastereomerică a monomerilor activaţi
Următoarele exemple arată separarea diastereomerilor de monomerii activaţi în conformitate cu anumite exemple de realizare, aşa cum sunt prezentate aici.
A. Monomeri U
Condiţii analitice HPLC pentru monomerii U activaţi:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5 u Temperatura 35 °C Debit 1 ml/min Faza mobilă Acetat de etil Gradient Izocratic Timp de rulare 15 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, acetat de etil) Detecţie 260 nm Timp de retenţie U1 5 min U2 7,5 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii U activaţi:
Chiralpak IC, 21 × 250 mm, 5µ; Se eluează coloana la 11 ml/minut cu acetat de etil, temperatura camerei, detecţie la 260 nm.
[1H-RMN date pentru U1]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 8,18 (l, 1H), 7,45 (m, 6H), 7,15-7,32 (m, 10H), 6,12 (dd, 1H, J= 2,0 & 9,6 Hz), 5,62 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 4,39 (m, 1H), 4,11 (m, 2H), 3,39 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,15 (d, 1H, J= 11 Hz), 2,65 (s, 3H), 2,62 (s, 3H), 1,49 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,39 (t, 1H, J= 11 Hz)
[1H-RMN date pentru U2]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 8,07 (l, 1H), 7,44 (m, 6H), 7,14-7,34 (m, 10 H), 6,12 (dd, 1H, J= 2 & 9 Hz), 5,61 (d, 1H, 8,0 Hz), 4,39 (m, 1H), 4,08 (m, 2H), 3,39 (d, 1H, J= 12 Hz), 3,15 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,66 (s, 3H), 2,62 (s, 3H), 1,46 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,38 (t, 1H, J= 11 Hz),
B. Monomeri A
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii A activaţi:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1 ml/min Faza mobilă Acetat de etil Gradient Izocratic Timp de rulare 15 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, acetat de etil) Detecţie 260 nm Timp de retenţie A1 8,1 min A2 11,7 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii A activaţi:
Chiralpak IC, 21 × 250 mm, 5u; Se eluează coloana cu 100% acetat de etil la 15 ml/minut, temperatura camerei, detecţie la 260 nm.
[1H-RMN date pentru A1]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 9,01 (l, 1H), 8,79 (s, 1H), 8,00 (m, 3H), 7,58 (m, 1H), 7,4-7,6 (m, 8 H), 7,2-7,4 (m, 10H), 6,42 (d, 1H, J= 8,4 Hz), 4,51 (m, 1H), 4,12 (m, 3H), 3,54 (d, 1H, J= 12 Hz), 3,25 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,62 (s, 3H), 2,59 (s, 3H), 1,81 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,62 (t, 1H, J= 11 Hz)
[1H-RMN date pentru A2]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 9,04 (l, 1H), 8,79 (s, 1H), 8,00 (m, 3H), 7,56 (m, 1H), 7,4-7,6 (m, 8H), 7,2-7,4 (m, 10H), 6,41 (d, 1H, J= 8,4 Hz), 4,51 (m, 1H), 4,12 (m, 3H), 3,54 (d, 1H, J= 12 Hz), 3,25 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,64 (s, 3H), 2,61 (s, 3H), 1,82 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,63 (t, 1H, J= 11 Hz)
C. Monomeri C
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii C activaţi:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă 90% acetat de etil 10% n-heptan Gradient Izocratic Timp de rulare 12 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, diclormetan) Detecţie 260 nm Timp de retenţie C1 6,0 min C2 6,2 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii C activaţi:
Chiralpak IC eluat la 15 ml/minut cu 75% acetat de etil şi 25% n-heptan. Temperatura camerei şi detecţie uv 260nm.
[1H-RMN date pentru C1]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,66 (d, 1H, J= 7,8 Hz), 7,43 (m, 6H), 7,33 (d, 1H, J= 7,4 Hz), 7,15-7,32 (m, 9H), 6,18 (dd, 1H, J= 2,2 & 9,2 Hz), 4,42 (m, 1H), 4,08-4,16 (m, 2H), 3,54 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,14 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,64 (s, 3H), 2,60 (s, 3H), 2,23 (s, 3H), 1,51 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,25 (m, 1H).
[1H-RMN date pentru C2]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,64 (d, 1H, J= 7,8 Hz), 7,43 (m, 6H), 7,32 (d, 1H, J= 7,4 Hz), 7,15-7,32 (m, 9H), 6,19 (dd, 1H, J= 2,1 & 9,2 Hz), 4,41 (m, 1H), 4,06-4,15 (m, 2H), 3,54 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,15 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,64 (s, 3H), 2,61 (s, 3H), 2,22 (s, 3H), 1,49 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,25 (m, 1H)
D. Monomeri G (guanină mono-protejată)
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii G activaţi:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă acetat de etil Gradient Izocratic Timp de rulare 30 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, acetat de etil) Detecţie 260 nm Timp de retenţie G1 17,8 min G2 22,3 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii G activaţi:
Chiralpak IC eluat la 15 ml/minut cu 100% acetat de etil. Temperatura camerei şi detecţie uv 260nm.
E. Monomeri T
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii T activaţi:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5 u Temperatura 35 °C Debit 1 ml/min Faza mobilă Acetat de etil Gradient Izocratic Timp de rulare 10 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, clorură de metilen) Detecţie 260 nm Timp de retenţie T1 4,5 min T2 7,0 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii T activaţi:
Chiralpak IC, 50 × 500mm, 20u. Se eluează coloana la 60 ml/minut cu acetat de etil, temperatura camerei, detecţie la 260nm. Timpii de retenţie sunt 25 şi 40 minute.
[1H-RMN date pentru T1]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,4-7,5 (m, 5H), 7,26-7,33 (m, 6H), 7,16-7,22 (m, 3H), 7,04 (d, 1H, J= 1 Hz), 6,12 (dd, 1H, J= 2 & 10 Hz), 4,39 (m, 1H), 4,12 (m, 2H), 3,37 (d, 1H, J= 12 Hz), 3,15 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,66 (s, 3H), 2,63 (s, 3H), 1,83 (d, 1H, J= 1 Hz), 1,49 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,41 (t, 1H, J= 11 Hz))
[1H-RMN date pentru T2]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,4-7,5 (m, 6H), 7,24-7,35 (m, 6H), 7,14-7,22 (m, 3H), 7,03 (s, 1H), 6,12 (dd, 1H, J= 2 & 10 Hz), 4,39 (m, 1H), 4,09 (m, 2H), 3,37 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,15 (d, 1H, J= 11 Hz), 2,66 (s, 3H), 2,62 (s, 3H), 1,82 (s, 3H), 1,48 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,40 (t, 1H, J= 11 Hz)
F. Monomeri C (NBz)
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii C activaţi (NBz):
Coloană HPLC Chiralpak IB, 4,6 × 150mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă 100% acetonitril Gradient Izocratic Timp de rulare 5 min Volum de injectare 10 µl (5mq/ml, acetonitril) Detecţie 260 nm Timp de retenţie C1 3,4 min C2 4,5 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii C activaţi (NBz):
Chiralpak IB, 20 × 250mm 5u, eluat la 9 ml/minut cu 100% acetonitril. Temperatura camerei şi detecţie uv 260nm. Timpii de retenţie sunt 13 şi 16 minute.
G. Monomeri G (guanină dublu protejată)
Condiţii HPLC analitică pentru monomerii G activaţi (guanină dublu protejată):
Coloană HPLC Chiralpak IA, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă 70% acetat de etil / 30% clorură de metilen Gradient Izocratic Timp de rulare 8 min Volum de injectare 10 µl (5mg/ml, acetat de etil) Detecţie 260 nm Timp de retenţie G1 3,9 min G2 4,3 min
Condiţii HPLC preparativă pentru monomerii G activaţi (guanină dublu protejată):
Chiralpak IA 50 x 500mm, eluat la 60 ml/minut cu 100% acetat de etil. Temperatura camerei şi detecţie uv 260nm. Timpii de retenţie sunt 20 şi 24 minute.
[1H-RMN date pentru G1 (guanină dublu protejată)]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,76 (s, 2H), 7,50 (d, 2H, J= 9 Hz), 7,4-7,5 (m, 6 H), 7,26-7,32 (m, 6H), 7,16-7,22 (m, 3H), 7,02 (d, 2H, J= 9 Hz), 6,24 (dd, 1H, J= 2 & 10 Hz), 5,61 (d, 1H, J= 12 Hz), 5,56 (d, 1H, J= 12 Hz), 4,48 (m, 1H), 4,1 (m, 2H), 3,47 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,23 (d, 1H, J=12 Hz), 3,2 (m, 1H), 2,62 (s, 3H), 2,59 (s, 3H), 1,75 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,57 (t, 1H, J= 12 Hz), 1,33 (s, 9H), 1,33 (t, 6H, J= 7 Hz)
[1H-RMN date pentru G2 (guanină dublu protejată)]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,78 (s, 1H), 7,77 (s, 1H), 7,50 (d, 2H, J= 9 Hz), 7,4-7,5 (m, 6H), 7,26-7,33 (m, 6H), 7,15-7,22 (m, 3H), 7,02 (d, 2H, J= 9 Hz), 6,23 (dd, 1H, J= 2 & 10 Hz), 5,61 (d, 1H, J= 12 Hz), 5,56 (d, 1H, J= 12 Hz), 4,47 (m, 1H), 4,1 (m, 2H), 3,47 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,22 (d, 1H, J= 12 Hz), 3,2 (m, 1H), 2,64 (s, 3H), 2,60 (s, 3H), 1,75 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,58 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,33 (s, 9H), 1,33 (t, 6H, J= 7 Hz)
IV. Exemple de cuplare PMO stereospecifică cu monomeri activaţi puri diastereomeric
Următoarele exemple raportează utilizarea cuplării stereospecifice pentru a prepara produse omogene stereochimic.
Monomeri U activaţi (U1 & U2) + U-Morfolina-NH (1)
U1 (11 mg, 0,018 mmol, 1 echiv., 99,0% de) a fost dizolvat în acetonitril (0,11 ml) şi amestecat cu diizopropiletilamină (8 µl, 0,05 mmol, 2,5 echiv). S-a adăugat U-morfolină-NH (1; 14 mg, 0,030 mmol, 1,6 echiv) şi s-a aplicat sonicare pentru a ajuta la dizolvare. După 0,5 h de agitare, o mică parte din amestecul de reacţie a fost diluată cu CDCl3 şi analizată de 1H RMN. Tot restul amestecului de reacţie a fost diluat cu acetonitril (8 ml) pentru analiza HPLC şi păstrat în congelator. Formarea stereospecifică a 2 a fost confirmată prin analiza HPLC (99,4% de). Protocolul de mai sus a fost folosit şi pentru cuplarea U2 (95,6% de) pentru a da 3 stereospecific (96,0% de).
Condiţii HPLC analitică pentru cuplare U/U:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă 80% metanol 20% acetonitril Gradient Izocratic Timp de rulare 30 min Volum de injectare 10 µl (2mg/ml, acetonitril) Detecţie 260 nm Timp de retenţie U1 11,5 min U2 21,5 min 2 12,0 min 3 22,1 min nucleofil Monomer U activat Produs (dinucleotidă UU) Morfolină U-NH (1) U1 (99,0% de) → 2 (99,4% de) U2 (95,6% de) → 3 (96,0% de)
[1H-RMN date pentru 2]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,6 (m, 4H), 7,2-7,5 (m, 20H), 7,1-7,2 (m, 3H), 6,15 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 5,73 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 5,66 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 5,54 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 4,40 (m, 1H), 3,93 (m, 2H), 3,81 (m, 1H), 3,70 (m, 2H), 3,41 (m, 2H), 3,40 (m, 3H), 3,11 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,78 (m, 1H), 2,56 (s, 3H; NMe), 2,54 (s, 3H; NMe), 2,48 (m, 1H), 1,47 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,35 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,04 (s, 9H)
[1H-RMN date pentru 3]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 7,6 (m, 4H), 7,3-7,5 (m, 11H), 7,2-7,3 (m, 9H), 7,1 (m, 3H), 6,12 (dd, 1H, J= 2,0 & 9,6 Hz), 5,71 (d, 1H, J= 8,4 Hz), 5,70 (d, 1H, J= 8,0 Hz), 5,47 (dd, 1H, J= 2,0 & 10,4 Hz), 4,31 (m, 1H), 3,97 (m, 1H), 3,85 (m, 1H), 3,73 (m, 2H), 3,65 (m, 1H), 3,31 (m, 2H), 3,24 (m, 1H), 3,07 (d, 1H, J= 12 Hz), 2,68 (m, 1H), 2,65 (s, 3H; NMe), 2,62 (s, 3H; NMe), 2,26 (m, 1H), 1,45 (t, 1H, J= 12 Hz), 1,29 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,04 (s, 9H)
B. Monomeri C activaţi (C1 & C2) + C-Morfolina-NH (1)
C 1 (20 mg, 0,031 mmol, 1 echiv., 93,5% de) a fost dizolvat/ suspendat în THF (0,40 ml) şi amestecat cu diizopropiletilamină (12 µl, 0,069 mmol, 2,3 echiv). S-au adăugat morfolino-citozina (4; 16 mg, 0,035 mmol, 1,1 echiv.) dizolvaţi în THF (0,20 ml). După 1,0-2,0 ore de agitare, o mică parte din amestecul de reacţie a fost diluată cu acetonitril şi analizată prin LC/MS. O parte alicotă (30-50 µl) de amestec de reacţie a fost diluată cu diclormetan (0,6 ml) pentru analiza HPLC. Formarea stereospecifică a 6 a fost confirmată prin analiza HPLC (94,3% de). Amestecul de reacţie a fost încărcat direct pe o coloană de silicagel şi eluat cu o fază mobilă în gradient de 0-15% metanol în acetat de etil. Protocolul de mai sus a fost folosit şi pentru cuplarea C2 (90,2% de) pentru a da 5 stereospecific (90,0% de).
Condiţii HPLC analitică pentru cuplare C/C:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă Solvent A n-heptan Solvent B 1:1 etanol: metanol 0,1% dietilamină (DEA) Gradient Izocratic %A %B 50 50 Timp de rulare 20 min Volum de injectare 5 µl (3 mg/ml, diclormetan) Detecţie 260 nm Timp de retenţie 4 5,4 min 5 10,5 min 6 12,9 min nucleofil Monomer C activat Produs (dinucleotidă CC) Morfolină C-NH (4) C1 (93,5% de) → 6 (94,3% de) C2 (90,2% de) → 5 (90,0% de)
[1H-RMN date pentru 5]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 10,9 (l, 1H), 7,69 (d, 1H, J = 7,4 Hz), 7,62 (m, 5H), 7,35-7,44 (m, 13H), 7,21-7,35 (m, 6H), 7,15 (m, 4H), 6,14 (d l, 1H, J= 7,8 Hz), 5,58 (dd, 1H, J= 2,4 & 9,4 Hz), 5,53 (l, 1H), 4,51 (dd, 1H, J= 8,6 & 10 Hz), 4,09 (m, 1H), 3,70-3,80 (m, 4H), 3,60 (dd, 1H, J= 6,3 & 10 Hz), 3,56 (d, 1H, J= 11 Hz), 3,28 (m, 1H), 2,96 (d, 1H, J= 11 Hz), 2,69 (s, 3H; NMe), 2,67 (s, 3H; NMe), 2,65 (m, 1H), 2,25 (m, 1H), 2,07 (s, 3H), 1,31 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,13 (t, 1H, J= 11 Hz), 1,04 (s, 9H).
[1H-RMN date pentru 6]
1H RMN (400 MHz, CDCl3) δ 9,57 (l, 1H), 7,62-7,70 (m, 7H), 7,35-7,50 (m, 14H), 7,23-7,35 (m, 4H), 7,12 (m, 4H), 6,31 (m, 1H), 5,79 (m, 1H), 5,70 (m, 1H), 4,61 (m, 1H), 4,03 (m, 1H), 3,80-3,90 (m, 2H), 3,72 (m, 2H), 3,58 (m, 1H), 3,48 (m, 1H), 3,09 (m, 1H), 2,75 (m, 1H), 2,58 (s, 3H; NMe), 2,55 (s, 3H; NMe), 2,53 (m, 1H), 2,38 (m, 1H), 2,21 (s, 3H), 1,47 (t, 1H, J= 10 Hz), 1,22 (t, 1H, J= 10 Hz), 1,06 (s, 9H).
C. Monomeri A activaţi (A1 & A2)+ U-Morfolina-NH (1)
A1 (5,9 mg, 0,008 mmol) a fost suspendat în acetonitril (118 µl). S-a adăugat diizopropiletilamină (5 µl, 0,03 mmol) urmată de morfolino-uracil (1; 4,6 mg, 0,01 mmol). Sonicarea a fost aplicată timp de 1 min şi amestecul omogen rezultat a fost agitat la temperatura ambiantă. După agitare peste noapte, amestecul (pastă albă groasă) a fost diluat cu un amestec de acetonitril (5,0 ml) şi metanol (0,30 ml) pentru a da o soluţie limpede omogenă. O mică parte alicotă a fost analizată direct prin HPLC fără diluare suplimentară.
A2 (F2; 5,0 mg, 0,007 mmol) a fost suspendat în acetonitril (100 µl). S-a adăugat diizopropiletilamină (4 µl, 0,02 mmol) urmată de morfolino-uracil (4,1 mg, 0,009 mmol). Sonicarea a fost aplicată timp de 1 min şi suspensia groasă rezultată a fost agitată la temperatura ambiantă. După agitare peste noapte, s-a adăugat acetonitril (5,0 ml) şi s-a aplicat sonicare pentru a da o soluţie limpede omogenă. O mică parte a fost analizată direct prin HPLC fără diluare suplimentară.
Condiţii de HPLC analitică pentru cuplare U/A:
Coloană HPLC Chiralpak IC, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1 ml/min Faza mobilă Solvent A Acetat de etil Solvent B 1:1 etanol/metanol cu 0,1% dietilamină Gradient Izocratic: 98% solvent A, 2% solvent B Timp de rulare 30 min Volum de injectare 5 µl (1mg/ml, acetonitril-metanol) Detecţie 260 nm Timp de retenţie 7 (izomer S) 21,7 min 8 (izomer R) 24,9 min nucleofil Monomer A activat Produs (dinucleotidă UA) Morfolină U-NH (1) A1 (97,8% de) → 8 (izomer R, 96,2% de) A2 (98,4% de) → 7 (izomer S 98,3% de)
D. Monomeri G activaţi (G1 & G2) + U-Morfolina-NH (1)
G 1 (6,5 mg, 0,009 mmol, 1 echiv., 99,9% de) a fost dizolvat/ suspendat în THF (0,13 ml) şi amestecat cu diizopropiletilamină (3,6 µl, 0,02 mmol, 2,2 echiv). S-au adăugat morfolino-uracil (1; 4,7 mg, 0,010 mmol, 1,1 echiv.) dizolvaţi în THF (0,07 ml). După 1,0-2,0 ore de agitare, o mică parte din amestecul de reacţie a fost diluată cu acetonitril şi analizată prin LC/MS. O alicotă (100 µl) de amestec de reacţie a fost diluată cu diclormetan (0,4 ml) pentru analiza HPLC. Formarea stereospecifică a 9 a fost confirmată prin analiza HPLC (99,9% de).
Condiţii de HPLC analitică pentru cuplare U/G:
Coloană HPLC Chiralpak IA, 4,6 × 250mm, 5u Temperatura 35 °C Debit 1,0 ml/min Faza mobilă Solvent A n-heptan Solvent B Acetat de etil Solvent C 1:1 etanol: metanol 0,1% dietilamină (DEA) Gradient Izocratic %A %B %C 55 40 5 Timp de rulare 30 min Volum de injectare 5 µl (2 mg/ml, diclormetan) Detecţie 260 nm Timp de retenţie 1 8,4 min 9 14,0 min 10 16,3 min nucleofil Monomer G activat Produs (dinucleotidă UG) Morfolină U-NH (1) G1 (99,9% de) → 9 (99,9% de)
Compuşii diastereomerici substanţial puri aşa cum sunt raportaţi mai sus pot fi utilizaţi pentru a prepara oligonucleotide pure stereochimic şi alţi compuşi. Exemple de oligonucleotide potenţiale sunt prezentate, de exemplu, în Summerton, J (1999). "Morpholino Antisense Oligomers: The Case for an RNase-H Independent Structural Type.". Biochimica et Biophysica Acta 1489 (1): 141-58; şi în Summerton, J; Weller D. (1997). "Morpholino Antisense Oligomers: Design, Preparation and Properties". Antisense & Nucleic Acid Drug Development 7 (3): 187-95. Ambele documente sunt încorporate prin referinţă aici.
V. Exemplu de sinteză stereospecifică a PMO-urilor 16-meri şi diferenţierea stereoizomerilor prin test biofizic
Acest exemplu raportează o sinteză care vizează o pereche de PMO 16-meri stereopuri prin cuplare stereospecifică folosind monomeri activaţi. Aceste PMO au matrice stereochimică opusă pentru legăturile lor de fosfor.
Secvenţa ţintă:
Monomeri activi stereopuri (blocuri de constructe):
PMO-uri ţintă Monomeri activi stereopuri utilizaţi pentru cuplare Stereoizomer 1 A2, C2, G1 şi T1 Stereoizomer 2 A1, C1, G2 şi T2
o schemă pentru sinteza stereospecifică a PMO-urilor 16-meri şi diferenţierea stereoizomerilor prin test biofizic este prezentată în FIG. 6. Stereoizomerii PMO 1 16-meri şi stereoizomerul 2 au fost preparaţi manual prin sinteză în fază solidă pe răşină aminometilpolistiren-disulfură (încărcare ~ 300 µmol/g, vezi cererea de brevet Pub. US nr. 20090131624A1, care este încorporat ca referinţă aici) la scară de 50 mg (greutatea răşinii de pornire).
Soluţii stoc pentru sinteza în fază solidă:
De-tritilare trifluoracetat de 4-cianopiridină (CYTFA) 2% (g/v) şi 0,9% etanol (v/v) în 20% trifluoretanol/DCM (v/v). Neutralizare 5% diizopropiletilamină (v/v) în 25% izopropanol/DCM (v/v). Cuplare Soluţie de 55 mM proaspăt preparată în NEM-DMI* pentru fiecare dintre monomerii activi stereopuri (A2, C2, G1 şi T1 pentru stereoizomerul 1; A1, C1, G2 şi T2 pentru stereoizomer 2) * 0,11 M N-etilmorfolină în 1,3-dimetilimidazolidinonă (DMI)
Ciclu operaţional pentru fiecare cuplare PMO:
Etapa Volum (ml) Timp (min) DCM 1-2 2-5 Detritilare 1-2 5 Detritilare 1-2 5 Detritilare 1-2 5 Detritilare 1-2 5 Detritilare 1-2 5 DCM 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 Cuplare 1 >180* DCM 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 Neutralizare 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 DCM 1-2 2-5 * 40 °C timp de 3 ore sau temperatura camerei timp de 12 ore.
Eliberare de răşină şi deprotecţie:
La merul 16-legat de răşină (după detritilare) s-a adăugat 1:3 (v/v) de amoniac/etanol apos 28% (~5 ml). Amestecul a fost sigilat şi încălzit la 45 °C timp de 20 de ore. După răcire la temperatura camerei, amestecul a fost filtrat şi spălat cu metanol. Filtratul a fost concentrat şi diafiltrat împotriva tamponului de trietilamoniu (TEAA) 15 mM pH 7,0. Aparatul folosit a fost o celulă agitată Amicon (50 ml) cu o membrană UF Ultracel 1kDa. Probele au fost diafiltrate prin diluare/concentrare până când solventul original a fost redus la 1% concentraţia iniţială (aproximativ 5 cicluri) şi apoi au fost supuse purificării prin HPLC preparativă în fază inversă.
Metoda HPLC preparativă în fază inversă ăentru purificare PMO:
Coloană HPLC Coloană OBD C8 Preparativă XBridqe, 9 × 150 mm, 5µm Temperatura coloanei Temperatura ambiantă Debit 30,0 ml/min Gradient Timp (min) %A %B Iniţial 85 15 18 80 20 20 0 100 Faza mobilă Solvent A: 15mM acetat de trietilamoniu (TEAA) tampon pH 7 + 10% MeOH Solvent B: acetonitril + 10% MeOH Soluţie de diluare 15 mM tampon TEAA Timp de rulare 20 min Detecţie UV 260 nm Timp de retenţie Stereoizomer 1 13,98 min Stereoizomer 2 14,03 min
Metoda LC/MS pentru evaluarea calităţii PMO:
Coloană HPLC Waters BEH C18 Oligo 2,1 × 50mm 130 Angstrom 1,7um Temperatura coloanei 45 °C Debit 0,3 ml/min Gradient Timp (min) %A %B Iniţial 95 5 2 95 5 20 50 50 24 50 50 24,1 95 5 30 95 5 Faza mobilă Solvent A: 50 mM acetat de amoniu Solvent B: Acetonitril/Metanol 1/1 v/v cu 50 mM acetat de amoniu Timp de rulare 30 min Volum de injectare 25 µl diluant: apă sau 10 mM acetat de trietilamină Detecţie UV 260 nm Ms/mod de ionizare Synapt G2/Electrospray în mod pozitiv Con de tensiune/Extracţie 30 V/4 V/2,8 kV Temp. sursă/ Energii de coliziune/MS 100 °C/4 eV (energie joasă) 40-70 eV (energie înaltă/mod MSE /Deconvoluţie şi Deizotopizare utilizând funcţiune Waters/Analiză Software MSe Viewer Timp de retenţie Stereoizomer 1 10,83 min Stereoizomer 2 10,86 min
Materiale şi condiţii pentru măsurarea temperaturii de topire (Tm).
ARN complimentar (16-mer) 5'-UUCCUUGAUGUUGGAG-3' (SECV ID NR. 1) (IDT Integrat Technologii de ADN) Tampon de diluare 10 mM Fosfat de sodiu, 100 mM NaCl, 0,1 mM EDTA, pH 7,0 (ajustat cu acid fosforic) Aparat de topire termică Spectrofotometru Shimadzu 2700 UV-Vis echipat cu Modul de Temperatură Shimadzu S-1700 Concentrator de centrifugare în vid Concentrator Labconco Centrivap Model 7810015 Soluţii de stocare 8 µM în 250 µl tampon din fiecare probă şi ARN complementar au fost preparate folosind tampon de diluare din probe concentrate şi uscate prin centrifugare în vid Procedură • Fiecare probă a fost apoi amestecată cu un volum echivalent de 8 µM ARN complementar • Amestecurile au fost încălzite la 95 °C şi apoi răcite la 25 °C pentru recoacere înainte de măsurarea Tm. • Analiza Tm (UV 260 nm) a fost efectuată de la 25 °C la 105 °C la 0,5 °C/min (cu temperatura revenind la condiţiile de pornire după fiecare rulare) şi apoi repetată în aceleaşi condiţii. • Software-ul de analiză Tm (Shimadzu) a fost utilizat pentru a calcula Tm folosind funcţia de „mediere».
Rezumat pentru caracterizarea prin topire termică a complecşilor de PMO distincte stereochimic cu ARN-uri complementare:
Puritate LC/MS (% zonă) Tm (°C) Stereoizomer 1 97,6 62,8 Stereoizomer 2 94,2 57,2
Punctele de topire pentru stereoizomerii 1 şi 2 sunt prezentate în FIG. 7. Pe baza diferitelor puncte de topire, se poate concluziona că s-au preparat cantităţi separate de stereoizomeri substanţial puri.
VI. Exemplu de sinteză stereospecifică şi atribuire stereochimică absolută a compusului 100 dinucleotidic PMO stereopur (5'-TA2-3')
Monomer A activ cu eluare tardivă (A2; 200 mg, 0,277 mmol, 1 echiv) s-a dizolvat într-un amestec de acetonitril (2,0 ml) şi DIPEA (0,12 ml, 0,69 mmol, 2,5 echiv). S-au adăugat T-morfolină-NH (1; apoi 146 mg, 0,305 mmol, 1,1 echiv) şi suspensia rezultată a fost sonicată timp de câteva minute până când s-a obţinut o soluţie limpede. Amestecul de reacţie s-a agitat la temperatura camerei peste noapte. După reacţia completă monitorizată prin LC/MS, amestecul a fost concentrat şi supus cromatografiei pe coloană (3% metanol în DCM, Biotage SnapUltra 10 g SiO2). Fracţiile de produs curat au fost combinate şi concentrate sub vid pentru a da dinucleotida 5'-TA-3' stereopură complet protejată 2 ca un solid alb (240 mg, 0,206 mmol, randament 74%).
La dinucleotida complet protejată 2 (500 mg, 0,429 mmol) într-un balon de 25 ml s-au adăugat 2,2,2-trifluoretanol (TFE; 4,0 ml) şi acid acetic (1,0 ml) la temperatura camerei. Amestecul rezultat a fost agitat la temperatura camerei şi monitorizat prin LC/MS. După 30 de minute, reacţia a fost stinsă cu soluţie apoasă saturată de NaHCO3 şi DCM. Cele două straturi au fost separate şi stratul apos a fost extras din nou. Toate straturile organice au fost combinate, spălate cu saramură pe jumătate saturată, uscate pe Na anhidru, Na2SO4, filtrate şi concentrate pentru a da produsul brut sub formă de spumă albă. Produsul brut a fost purificat prin cromatografie pe coloană (20% MeOH în acetonă, Biotage Snap Ultra 25 g cartuş de SiO2) pentru a da dinucleotida parţial protejată 3 sub formă de solid sticlos (300 mg, 0,325 mmol, randament 76%).
Dinucleotida parţial protejată 3 (250 mg, 0,271 mmol) a fost dizolvat într-un amestec de metanol (12,5 ml) şi THF (12,5 ml) şi tratat cu NaOH 1 M (10,8 ml) la temperatura camerei. După agitare la temperatura camerei timp de 22 h (progresul monitorizat prin LC/MS), amestecul a fost neutralizat cu HCI 1 M (10,8 ml) pentru a ajusta pH-ul la 8 şi apoi concentrat sub vid până la sec. Reziduul a fost dizolvat în apă (5 ml) şi spălat cu EtOAc (5 ml). Stratul apos a fost concentrat sub vid până la sec pentru a da produsul brut sub formă de solid alb (480 mg). Produsul brut a fost purificat prin cromatografie de excludere a mărimii (Sephadex® LH-20, MeOH/apă 4:1) pentru a da dinucleotida complet deprotejată Compusul 100 ca solid alb (137 mg, 0,236 mmol, randament 87%).
O picătură din Compusul 100 în soluţie apoasă (200 mg/ml) a fost sigilată într-un godeu cu apă pură timp de o zi pentru a dezvolta cristale simple. Structura cu raze X a monocristalului a confirmat configuraţia absolută a legăturii fosforului ca S. Această structură cu raze X este prezentată într-un diagramă ORTEP în FIG. 8. Graficele ORTEP ale fragmentelor separate sunt prezentate în FIG. 9A şi FIG. 9B. Datele de la raze X au fost colectate aşa cum este raportat mai jos.
Colectare de date
Un singur cristal de Compus 100 (C22H33N10O7P) a fost montat pe o fibră de sticlă. Toate măsurătorile au fost făcute pe un difractometru folosind radiaţie Cu-Kα monocromată cu grafit.
Constante celulei şi o matrice de orientare pentru colectarea datelor, obţinute dintr-o rafinare a celor mai mici pătrate folosind unghiurile de setare de 36473 reflexii atent centrate în intervalul 7,75 < 2θ < 147,10O corespunde unei celule monoclinice centrate în C cu dimensiuni:
a = 33,3523(2) Е
b = 13,80020(11) Е β = 96,8075(6)O
c = 14,19956(10) Е
V = 6489,53(8) Е3
Pentru Z = 4 şi F.W. = 580,54, densitatea calculată este 0,594 g/cm3. Pe baza condiţiilor de reflexie ale: hkl: h+k = 2n consideraţii de ambalare, o analiză statistică a distribuţiei intensităţii şi soluţia de succes şi rafinarea structurii, grupul spaţial a fost determinat a fi:
C2 (#5)
Datele au fost colectate la o temperatură de 23 + 1°C utilizând tehnica de scanare ω-2θ până la o valoare maximă 2θ de 147,7°. Scanările Omega ale mai multor reflexii intense, făcute înainte de colectarea datelor, au avut o lăţime medie la jumătate de înălţime de 0,00O cu un unghi de pornire de 6,0°. Scanări de (0,00 + 0,00 tan θ)O au fost realizate cu viteza de 0,0O/min (în ω)).
Reducere de date
50795 reflecţii au fost colectate, unde 12008 au fost unice (Rint = 0,0453). Datele au fost colectate şi procesate folosind CrysAlisPro (Rigaku Oxford Diffraction). (CrysAlisPro: Software de colectare şi procesare a datelor, Rigaku Corporation (2015). Tokyo 196-8666, Japonia). Nu a fost aplicată nici o corecţie de degradare.
Coeficientul liniar de absorbţie, µ, pentru radiaţia Cu-Kα este de 6,011 cm-1. A fost aplicată o corecţie empirică de absorbţie care a dus la factori de transmisie cuprinse între 0,341 şi 1,000. Datele au fost corectate pentru Lorentz şi efectele de polarizare.
Soluţia structurii şi rafinare
Structura a fost rezolvată prin metode directe (SHELXT Version 2014/5: Sheldrick, G. M. (2014). Acta Cryst. A70, C1437) şi extins folosind tehnici Fourier. Atomii non-hidrogen au fost rafinaţi anizotrop. Atomii de hidrogen au fost rafinaţi folosind modelul de călărire. Ciclul final de rafinare a celor mai mici pătrate cu matrice completă (folosind funcţia Least Squares minimizată: (SHELXL Versiune 2014/7); ∑w(Fo 2-Fc 2)2 în care w = greutăţi Least Squares) pe F2 s-a bazat pe 12008 reflecţii observate şi 849 variable parameters and converged (cea mai mare schimbare a parametrilor a fost de 0,00 ori valoarea valorii esd) cu factori de acord neponderaţi şi ponderaţi de:
Cea mai bună potrivire a fost 1,45. Cea mai bună este definită ca: [∑w(Fo2-Fc2)2/(No-Nv)]1/2, în care: No = numărul de observaţii şi Nv = numărul de variabile.
S-au folosit greutăţi unitare. Vârfurile maxime şi minime de pe harta Fourier a diferenţei finale au corespuns la 1,79 şi -0,69 e-/Е3, respectiv. Parametrul Flack final a fost 0,029(7), indicând faptul că structura este cu dublă inversie. (Parsons, S. şi Flack, H. (2004), Acta Cryst. A60, s61; Flack, H.D. şi Bernardinelli (2000), J. Appl. Cryst. 33, 114-1148).
Factorii de împrăştiere a atomului neutru au fost prelevaţi din Tabele Internationale de Cristalografie (IT), vol. C, Tabelul 6.1.1.4. (International Tables for Crystallography, Vol.C (1992). Ed. A.J.C. Wilson, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Olanda, Tabelul 6.1.1.4, pp. 572). Au fost incluse efecte de dispersie anormale Fcalc (Ibers, J. A. & Hamilton, W. C.; Acta Crystallogr., 17, 781 (1964)); valorile pentru Δf' şi Δf" au fost cele din Creagh şi McAuley. (Creagh, D. C. & McAuley, W.J .; "International Tables for Crystallography", Vol C, (A.J.C. Wilson, ed.), Kluwer Academic Publishers, Boston, Tabelul 4.2.6.8, paginile 219-222 (1992)). Valorile coeficienţilor de atenuare a masei sunt cele ale lui Creagh şi Hubbell. (Creagh, D. C. & Hubbell, J.H..; "International Tables for Crystallography", Vol C, (A.J.C. Wilson, ed.), Kluwer Academic Publishers, Boston, Tabelul 4.2.4.3, paginile 200-206 (1992)). Toate calculele au fost efectuate folosind pachetul de software cristalografic Crystal Structure, cu excepţia rafinamentului, care a fost efectuat folosind SHELXL Versiunea 2014/7. (CrystalStructure 4.2: Crystal Structure Analysis Package, Rigaku Corporation (2000-2015). Tokyo 196-8666, Japan; SHELXL Versiunea 2014/7: Sheldrick, G. M. (2008). Acta Cryst. A64, 112-122).
Datele cristalului, măsurătorile de intensitate şi soluţia şi rafinarea structurii au fost prezentate mai jos:
A. Datele cristalului
Formula empirică C22H33N10O7P Formula greutăţii 580,54 Culoare cristal, de obicei Fără, Fără Dimensiuni cristal nedescris Sistem cristalizare monoclinic Tip de reţea C-centrat Nr. de reflecţii utilizate pentru unitate Determinare celulă (domeniu 2θ) 36473 ( 7,7 - 147,1O) Lăţimea vârfului de scanare Omega la jumatate de inaltime 0,00O Parametrii reţelei a = 33,3523(2) Е b = 13,80020(11) Е c = 14,19956(10) Е β = 96,8075(6) O V = 6489,53(8) Е3 Grup spaţial C2 (#5) Valoarea Z 4 Dcalc 0,594 g/cm3 F000 1224,00 µ(CuKα) 6,011 cm-1
B. Măsurători de intensitate
Difractometru Radiaţie CuKα (λ = 1,54187 Е) grafit monocromat Unghiul de pornire 2,8° Diafragma detectorului 2,0 - 2,5 mm orizontal 2,0 mm vertical Distanţa de la cristal la detector 21 mm Temperatura 23,0OC Tip scanare ω-2θ Rata scanării 0,0O/min (în ω) (până la 0 scanări) Lăţimea de scanare (0,00 + 0,00 tan θ)O 2θmax 147,7O Nr. de reflexii măsurate Total: 50795 Unică: 12008 (Rint = 0,0453) Coeficienţi Parsons (Flack x parametru): 4813 Corecţii Lorentz-polarizare Absorpţie (trans. factori: 0,341 - 1,000)
C. Soluţie şi rafinare a structurii
Soluţia structurii Metode directe (SHELXT Versiunea 2014/5) Refinament Cele mai mici pătrate cu matrice completă pe F2 Funcţie minimizată Σ w (Fo2 - Fc2)2 Greutăţile celor mai mici pătrate w = 1/ [ σ2(Fo2) + (0,1000 · P)2 + 0,0000 · P ] în care P = (Max(Fo2,0) + 2Fc2)/3 2θmax tăieturi 147,7O Dispersie anormală Toţi atomii care nu sunt de hidrogen Nr. Observaţii (Toate reflecţiile) 12008 Nr. variabile 849 Reflecţie/Raportul parametrilor 14,14 Reziduuri: R1 (I>2,00σ(I)) 0,0522 Reziduuri: R (reflecţiile All) 0,0534 Reziduale: wR2 (toate reflecţiile) 0,1632 Indicator de cea mai bună potrivire 1,450 Parametru Flack (coeficiente Parsons = 4813) 0,029(7) Schimb maxim/Eroare în ciclul final 0,001 Vârf maxim în diferenţa finală. Map 1,79 e-/Е3 Vârf minim în diferenţa finală. Map -0,69 e-/Е3
[1H-RMN date pentru Compusul 100]
1H RMN (400 MHz, D2O) δ 8,25 (s, 1H), 8,15 (s, 1H), 7,40 (s, 1H), 5,85 (d, 1H), 5,45 (d, 1H), 4,25 (m, 2H), 4,05 (m, 1H), 3,85 (m, 1H), 3,6 (m, 2H), 3,4 (m, 4H), 2,90 (m, 4H), 2,60 (d, 6H), 1,8 (s, 3H).
Claims (7)
- Revendicări 1. Procedeu pentru prepararea unui oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric, cuprinzând legături fosforoase chirale, cuprinzând: selectarea monomerilor morfolino fosforamidoclorură puri stereochimic; şi sintetizarea unui oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric prin cuplarea stereospecifică a monomerilor morfolino fosforamidoclorurat substanţial puri stereochimic selectaţi, în care cuplarea stereospecifică menţionată este efectuată într-un solvent aprotic, în prezenţa unei amine terţiare nenucleofile sau a unei baze aromatice, la o temperatură a bazei aromatice de la 20 °C la 50 °C; în care monomerii morfolino fosforamidocloruraţi substanţial puri stereochimic sunt obţinuţi prin separarea unui amestec diastereomeric de monomeri morfolino fosforamidoclorurat în monomeri fosforamidocloruraţi substanţial puri chimic şi în care substanţial pur stereochimic denotă enantiomeri sau diastereoizomeri care sunt în exces enantiomeric sau diastereomeric, respectiv, egal cu sau mai mare de 87%, şi substanţial pur diastereomeric denotă diastereoizomeri care sunt în exces diastereomeric egal sau mai mare de 87%.
- 2. Procedeu conform revendicării 1, în care separarea amestecului diastereomeric are loc prin cel puţin un membru al grupului constând din cromatografie şi cristalizare.
- 3. Procedeu conform revendicării 2, în care cromatografia este selectată din grupul constând din cromatografia lichidă de înaltă performanţă (HPLC), cromatografia în pat în mişcare simulată şi cromatografia în contracurent.
- 4. Metodă conform oricăreia dintre revendicările 1-3, în care monomerii morfolino fosforamidocloruraţi substanţial puri stereochimic sunt selectaţi din grupul constând din compusul cu Formula 20, compusul cu Formula 21, compusul cu Formula 22, compusul cu Formula 23, compusul cu Formula 24, compusul cu Formula 25, compusul cu Formula 26, compusul cu Formula 27, compusul cu Formula 28, compusul cu Formula 29, compusul cu Formula 30 şi compusul cu Formula 31Compus Formula # 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 în care R1 şi R2 pot fi identici sau diferiţi şi sunt selectaţi din grupul constând din -H, alchil C1-C3 substituit, fenil opţional substituit, naftil opţional substituit sau, cu azotul de care sunt ataşaţi, formează un heterociclu opţional substituit, care poate fi, de exemplu, pirolidină, piperazină sau morfolină; în care R3 este selectat din grupul constând din tritil (Tr), care poate fi tritil substituit, incluzând, dar fără a se limita la acesta, cum ar fi MMTr (p-metoxifenildifenilmetil), benzil opţional substituit, 4-metoxibenzil (PMB, MPM), 3,4-dimetoxibenzil, difenilmetil (Dpm), 4-metoxibenzil şi sulfonil; R4, R5, şi R6 sunt selectaţi din grupul constând din -H, -C(O)R7, şi - C(O)OR7, în care R7 este alchil C1-C6, benzil, 2,2,2-tricloretil şi o grupare aril selectată dintre fenil, 4-metoxi fenil, 4-bromofenil şi 4-nitrofenil; R9 este selectat din grupul constând din alchil opţional substituit, cianoetil, acil, carbonat, carbamat, benzil opţional substituit, 4-pivaloiloxi benzil şi silil, şi enentiomeri ai acestora.
- 5. Procedeu conform revendicării 4, în care sulfonilul este un sulfonil scindabil selectat din grupul constând din 2-nitrobenzensulfonil, 4-nitrobenzensulfonil şi 2,4-dinitrobenzensulfonil.
- 6. Un oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric cuprinzând legături de fosfor chirale realizate prin procedeul din oricare din revendicările 1 până la 5.
- 7. Compoziţie farmaceutică cuprinzând un oligomer morfolino fosforodiamidat substanţial pur diastereomeric, cuprinzând legături fosforoase chirale din revendicarea 6 sau o sare acceptabilă farmaceutic a acestuia.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562201510P | 2015-08-05 | 2015-08-05 | |
| PCT/US2016/045876 WO2017024264A2 (en) | 2015-08-05 | 2016-08-05 | Chiral reagents for preparation of homogeneous oligomers |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| MD3331891T2 true MD3331891T2 (ro) | 2022-04-30 |
Family
ID=56943909
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| MDE20180593T MD3331891T2 (ro) | 2015-08-05 | 2016-08-05 | Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidat |
Country Status (31)
| Country | Link |
|---|---|
| US (4) | US10457698B2 (ro) |
| EP (2) | EP3331891B1 (ro) |
| JP (4) | JP6978406B2 (ro) |
| KR (2) | KR20250005537A (ro) |
| CN (3) | CN108350005B (ro) |
| AU (3) | AU2016302009B2 (ro) |
| CA (1) | CA2994842A1 (ro) |
| CL (1) | CL2018000322A1 (ro) |
| CO (1) | CO2018001615A2 (ro) |
| CY (1) | CY1125552T1 (ro) |
| DK (1) | DK3331891T3 (ro) |
| ES (2) | ES2993126T3 (ro) |
| HR (1) | HRP20220129T1 (ro) |
| HU (2) | HUE057593T2 (ro) |
| IL (3) | IL284611B2 (ro) |
| LT (1) | LT3331891T (ro) |
| MA (1) | MA44209B1 (ro) |
| MD (1) | MD3331891T2 (ro) |
| MX (2) | MX389022B (ro) |
| MY (1) | MY196627A (ro) |
| NZ (2) | NZ778828A (ro) |
| PE (2) | PE20231843A1 (ro) |
| PH (1) | PH12018500265A1 (ro) |
| PL (1) | PL3331891T3 (ro) |
| PT (1) | PT3331891T (ro) |
| RS (1) | RS62930B1 (ro) |
| SI (1) | SI3331891T1 (ro) |
| SM (1) | SMT202200089T1 (ro) |
| UA (1) | UA123995C2 (ro) |
| WO (1) | WO2017024264A2 (ro) |
| ZA (3) | ZA201801518B (ro) |
Families Citing this family (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| MD3331891T2 (ro) | 2015-08-05 | 2022-04-30 | Eisai R&D Man Co Ltd | Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidat |
| WO2018057430A1 (en) | 2016-09-20 | 2018-03-29 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Synthesis of backbone modified morpholino oligonucleotides and chimeras using phosphoramidite chemistry |
| CN118109469A (zh) | 2019-12-26 | 2024-05-31 | 日本新药株式会社 | 诱导外显子50的跳读的反义核酸 |
| PE20230237A1 (es) | 2020-02-28 | 2023-02-07 | Nippon Shinyaku Co Ltd | Acidos nucleicos antisentido que inducen la omision del exon 51 |
| US20220195437A1 (en) | 2020-12-11 | 2022-06-23 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Tau-targeting oligonucleotide gapmers |
| IL303504A (en) | 2020-12-11 | 2023-08-01 | Eisai R&D Man Co Ltd | Poly-morpholino oligonucleotide gapmers |
| BR112023022514A2 (pt) | 2021-04-28 | 2024-01-23 | Eisai R&D Man Co Ltd | Oligonucleotídeos antissenso e seu uso para tratamento de distúrbios neurodegenerativos |
| CA3259881A1 (en) * | 2022-07-07 | 2024-01-11 | Eisai R&D Man Co Ltd | CRYSTALLINE MONOMERS FOR THE PREPARATION OF ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES AND THEIR PROCESSES FOR PREPARATION AND USE |
| TW202432183A (zh) | 2022-10-27 | 2024-08-16 | 日商衛材R&D企管股份有限公司 | 肽—反義寡核苷酸及其用於治療神經退行性障礙之用途 |
| WO2024163762A2 (en) * | 2023-02-01 | 2024-08-08 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Six membered ring containing oligomers |
Family Cites Families (22)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5185444A (en) * | 1985-03-15 | 1993-02-09 | Anti-Gene Deveopment Group | Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages |
| US6117993A (en) * | 1995-05-23 | 2000-09-12 | Hybridon, Inc. | Synthons for oligonucleotide synthesis |
| US5922695A (en) | 1996-07-26 | 1999-07-13 | Gilead Sciences, Inc. | Antiviral phosphonomethyoxy nucleotide analogs having increased oral bioavarilability |
| US5874554A (en) * | 1996-12-13 | 1999-02-23 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Methods and solvent vehicles for reagent delivery in oligonucleotide synthesis using automated pulse jetting devices |
| US6306599B1 (en) * | 1999-07-16 | 2001-10-23 | Agilent Technologies Inc. | Biopolymer arrays and their fabrication |
| EP1176151B1 (en) * | 2000-07-28 | 2014-08-20 | Agilent Technologies, Inc. | Synthesis of polynucleotides using combined oxidation/deprotection chemistry |
| AR036122A1 (es) | 2001-07-03 | 2004-08-11 | Avecia Biotechnology Inc | Un complejo de sal que comprende un n-alquilimidazol y una 1,1-dioxo-1,2-dihidro-1l6-benzo [d]-isotiazol-3-ona y un metodo para sintetizar oligonucleotidos utilizando la quimica de fosforamidita |
| DK2207779T3 (da) * | 2007-11-15 | 2014-07-14 | Sarepta Therapeutics Inc | Fremgangsmåde til syntese af morpholinooligomerer |
| US8076476B2 (en) | 2007-11-15 | 2011-12-13 | Avi Biopharma, Inc. | Synthesis of morpholino oligomers using doubly protected guanine morpholino subunits |
| WO2011018798A2 (en) | 2009-08-14 | 2011-02-17 | Indian Association For The Cultivation Of Science | Morpholino-based antisense agent |
| AU2011257980B2 (en) * | 2010-05-28 | 2016-06-30 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide analogues having modified intersubunit linkages and/or terminal groups |
| CA2813183C (en) | 2010-09-30 | 2017-09-19 | Nippon Shinyaku Co., Ltd. | Morpholino nucleic acid derivatives |
| US9161948B2 (en) | 2011-05-05 | 2015-10-20 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Peptide oligonucleotide conjugates |
| JP6478632B2 (ja) * | 2011-05-05 | 2019-03-06 | サレプタ セラピューティクス, インコーポレイテッド | ペプチドオリゴヌクレオチドコンジュゲート |
| HK1202111A1 (en) | 2011-11-18 | 2015-09-18 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Functionally-modified oligonucleotides and subunits thereof |
| ES2832531T3 (es) | 2011-11-30 | 2021-06-10 | Sarepta Therapeutics Inc | Oligonucleótidos para el tratamiento de enfermedades por expansión de repeticiones |
| CN102702265A (zh) * | 2012-05-14 | 2012-10-03 | 天津特安化学科技有限公司 | 一种固相合成磷酰二胺吗啉代寡核苷酸及方法 |
| PT2764002T (pt) | 2014-04-11 | 2018-05-16 | Gilead Sciences Inc | Métodos para a preparação de análogos de nucleótidos anti-virais |
| GB201513921D0 (en) | 2015-08-05 | 2015-09-23 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against prostate cancer and other cancers |
| EP3331563B1 (en) | 2015-08-05 | 2023-04-19 | Janssen Biotech, Inc. | Anti-cd154 antibodies and methods of using them |
| DE102015214943A1 (de) | 2015-08-05 | 2017-02-09 | Siemens Aktiengesellschaft | Verfahren und Anlage für eine chemische Synthese |
| MD3331891T2 (ro) * | 2015-08-05 | 2022-04-30 | Eisai R&D Man Co Ltd | Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidat |
-
2016
- 2016-08-05 MD MDE20180593T patent/MD3331891T2/ro unknown
- 2016-08-05 CA CA2994842A patent/CA2994842A1/en active Pending
- 2016-08-05 IL IL284611A patent/IL284611B2/en unknown
- 2016-08-05 WO PCT/US2016/045876 patent/WO2017024264A2/en not_active Ceased
- 2016-08-05 PE PE2023000140A patent/PE20231843A1/es unknown
- 2016-08-05 CN CN201680058501.2A patent/CN108350005B/zh active Active
- 2016-08-05 JP JP2018506149A patent/JP6978406B2/ja active Active
- 2016-08-05 HR HRP20220129TT patent/HRP20220129T1/hr unknown
- 2016-08-05 AU AU2016302009A patent/AU2016302009B2/en active Active
- 2016-08-05 HU HUE16767053A patent/HUE057593T2/hu unknown
- 2016-08-05 SM SM20220089T patent/SMT202200089T1/it unknown
- 2016-08-05 EP EP16767053.8A patent/EP3331891B1/en active Active
- 2016-08-05 PT PT167670538T patent/PT3331891T/pt unknown
- 2016-08-05 NZ NZ778828A patent/NZ778828A/en unknown
- 2016-08-05 PE PE2018000192A patent/PE20180687A1/es unknown
- 2016-08-05 MX MX2018001557A patent/MX389022B/es unknown
- 2016-08-05 ES ES21210674T patent/ES2993126T3/es active Active
- 2016-08-05 UA UAA201802109A patent/UA123995C2/uk unknown
- 2016-08-05 HU HUE21210674A patent/HUE067910T2/hu unknown
- 2016-08-05 KR KR1020247042650A patent/KR20250005537A/ko active Pending
- 2016-08-05 US US15/750,087 patent/US10457698B2/en active Active
- 2016-08-05 KR KR1020187006255A patent/KR102788397B1/ko active Active
- 2016-08-05 ES ES16767053T patent/ES2907629T3/es active Active
- 2016-08-05 CN CN202110735306.1A patent/CN113461733A/zh active Pending
- 2016-08-05 DK DK16767053.8T patent/DK3331891T3/da active
- 2016-08-05 IL IL293066A patent/IL293066A/en unknown
- 2016-08-05 PL PL16767053T patent/PL3331891T3/pl unknown
- 2016-08-05 CN CN202410065464.4A patent/CN117924364A/zh active Pending
- 2016-08-05 SI SI201631470T patent/SI3331891T1/sl unknown
- 2016-08-05 EP EP21210674.4A patent/EP4039690B1/en active Active
- 2016-08-05 RS RS20220178A patent/RS62930B1/sr unknown
- 2016-08-05 NZ NZ778825A patent/NZ778825A/en unknown
- 2016-08-05 LT LTEPPCT/US2016/045876T patent/LT3331891T/lt unknown
- 2016-08-05 MA MA44209A patent/MA44209B1/fr unknown
- 2016-08-25 MY MYPI2018000173A patent/MY196627A/en unknown
-
2018
- 2018-02-05 PH PH12018500265A patent/PH12018500265A1/en unknown
- 2018-02-05 IL IL257353A patent/IL257353B2/en unknown
- 2018-02-05 CL CL2018000322A patent/CL2018000322A1/es unknown
- 2018-02-06 MX MX2022000124A patent/MX2022000124A/es unknown
- 2018-02-19 CO CONC2018/0001615A patent/CO2018001615A2/es unknown
- 2018-03-05 ZA ZA2018/01518A patent/ZA201801518B/en unknown
-
2019
- 2019-08-15 ZA ZA2019/05394A patent/ZA201905394B/en unknown
- 2019-09-17 US US16/573,185 patent/US10836784B2/en active Active
-
2020
- 2020-10-28 US US17/082,070 patent/US20210171555A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-09-29 JP JP2021159804A patent/JP7254869B2/ja active Active
- 2021-12-21 AU AU2021290235A patent/AU2021290235B2/en active Active
-
2022
- 2022-01-21 ZA ZA2022/01010A patent/ZA202201010B/en unknown
- 2022-02-23 CY CY20221100159T patent/CY1125552T1/el unknown
-
2023
- 2023-03-29 JP JP2023053119A patent/JP7712975B2/ja active Active
- 2023-09-08 AU AU2023226763A patent/AU2023226763B2/en active Active
-
2024
- 2024-07-22 US US18/779,841 patent/US20250171475A1/en active Pending
-
2025
- 2025-03-03 JP JP2025032861A patent/JP2025090640A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| MD3331891T2 (ro) | Procedeu de obţinere a unui oligomer de fosforodiamidat substanțial diastereomeric pur, a unui oligomer de fosforodiamidat obţinut printr-un astfel de procedeu și a unei compoziții farmaceutice care conţine un astfel de oligomer de fosforodiamidat | |
| CN108738321A (zh) | GalNAc簇亚磷酰胺 | |
| AU2016302697A1 (en) | Processes for the preparation of GalNAc acid derivatives | |
| HK40069732B (en) | A substantially diastereomerically pure phosphoramidochloridate, a method and a pharmaceutical composition | |
| HK40069732A (en) | A substantially diastereomerically pure phosphoramidochloridate, a method and a pharmaceutical composition | |
| RU2791532C2 (ru) | Хиральные реагенты для получения гомогенных олигомеров | |
| HK1248708B (en) | A method for preparing a substantially diastereomerically pure phosphorodiamidate oligomer, a phosphorodiamidate oligomer made by such a method and a pharmaceutical composition comprising such a phosphorodiamidate oligomer | |
| HK40059317A (en) | Chiral reagents for preparation of homogeneous oligomers | |
| BR122023025447B1 (pt) | Composto substancialmente diastereomericamente puro, método para preparar um oligonucleotídeo e composição substancialmente diastereomericamente pura | |
| BR112018002430B1 (pt) | Método de preparação de oligômero morfolino de fosforodiamidato substancialmente diastereomericamente puro, oligômero morfolino de fosforodiamidato e composição farmacêutica contendo o mesmo | |
| HK1262968B (zh) | Galnac 簇亚磷酰胺 | |
| BR112017021926B1 (pt) | Processo para a preparação de derivados de ácido galnac, sal de amina e processo para a preparação de conjugados de oligonucleotídeos galnac |