[go: up one dir, main page]

RU2811577C1 - Method for predicting risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing - Google Patents

Method for predicting risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing Download PDF

Info

Publication number
RU2811577C1
RU2811577C1 RU2023129082A RU2023129082A RU2811577C1 RU 2811577 C1 RU2811577 C1 RU 2811577C1 RU 2023129082 A RU2023129082 A RU 2023129082A RU 2023129082 A RU2023129082 A RU 2023129082A RU 2811577 C1 RU2811577 C1 RU 2811577C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
psca
risk
duodenal ulcers
abo
developing
Prior art date
Application number
RU2023129082A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Ольга Викторовна Рашина
Михаил Иванович Чурносов
Original Assignee
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") filed Critical Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Application granted granted Critical
Publication of RU2811577C1 publication Critical patent/RU2811577C1/en

Links

Abstract

FIELD: medical diagnostics.
SUBSTANCE: invention can be used to predict the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing. The method involves isolating DNA from peripheral venous blood leukocytes and analyzing the polymorphic loci rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019.
EFFECT: high risk of developing gastric and duodenal ulcers is predicted by the identification of a combination of genotypes rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 SS in unrelated patients, natives of the Central Black Earth region of the Russian Federation.
1 cl, 2 dwg

Description

Изобретение относится к области медицинской диагностики и может быть использовано для прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования.The invention relates to the field of medical diagnostics and can be used to predict the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing.

Язвенная болезнь (ЯБ) желудка и двенадцатиперстной кишки - хроническое рецидивирующее заболевание, характерным признаком которого в период обострения является образование язв слизистой оболочки желудка и/или двенадцатиперстной кишки (Моисеев В.С. и др., 2018). Женщины страдают ЯБ в 2-7 раз реже, чем мужчины (Ивашкин В.Т. и др., 2016, 2020). Такое различие, вероятно, связано с уровнем половых гормонов, значимых во всех процессах, происходящих в организме, в том числе в процессах, имеющих важное патогенетические значение для развития ЯБ (воспаление, иммунный ответ и др.) (Липатова Т.Е. и др., 2020). Эстроген оказывает протективное действие в отношении слизистой оболочки желудка и ДПК, благодаря чему мужчины более подвержены развитию заболевания, чем женщины, однако с наступлением у женщин менопаузы эти различия нивелируются. Недостаток эстрогенов также подавляет гуморальный иммунитет, что облегчает внедрение H. pylori и запуск язвообразования. В то же время половые гормоны могут иметь отношение к развитию эндотелиальной дисфункции за счет изменения уровня и биодоступности оксида азота, а также участию в продукции бикарбонатов и в общих адаптационных и приспособительных реакциях организма (Липатова Т.Е. и др., 2020; Radulovic P. et al., 2012).Peptic ulcer (PU) of the stomach and duodenum is a chronic relapsing disease, a characteristic feature of which during the period of exacerbation is the formation of ulcers of the mucous membrane of the stomach and/or duodenum (Moiseev V.S. et al., 2018). Women suffer from ulcers 2-7 times less often than men (Ivashkin V.T. et al., 2016, 2020). This difference is probably associated with the level of sex hormones, which are significant in all processes occurring in the body, including processes that have important pathogenetic significance for the development of ulcer (inflammation, immune response, etc.) (Lipatova T.E. et al. ., 2020). Estrogen has a protective effect on the mucous membrane of the stomach and duodenum, making men more susceptible to developing the disease than women, however, with the onset of menopause in women, these differences are leveled out. Lack of estrogen also suppresses humoral immunity, which facilitates the invasion of H. pylori and the initiation of ulceration. At the same time, sex hormones may be related to the development of endothelial dysfunction due to changes in the level and bioavailability of nitric oxide, as well as participation in the production of bicarbonates and in the general adaptive and adaptive reactions of the body (Lipatova T.E. et al., 2020; Radulovic P et al., 2012).

Полиморфный вариант rs2294008 PSCA, по результатам полногеномного исследования, выполненного в японской популяции, играет роль в развитии ЯБ ДПК (аллель С, OR=1,84, p=3,92×10-33) (Tanikawa C. et al., 2012). Эти данные подтверждают репликативные исследования, проведенными по этому локусу среди населения Японии для ЯБЖ (аллель С, OR=1,13, p=5,85×10-7) (Tanikawa C. et al., 2013) и ЯБ ДПК (аллель С, OR=1,34; p=2,28×10-6) (Usui Y. et al., 2019), а также среди жителей Испании для ЯБ ДПК (аллель Т, OR=0,52, p=0,005) (García-González M.A. et al., 2015).Polymorphic variant rs2294008 PSCA, according to the results of a genome-wide study performed in the Japanese population, plays a role in the development of duodenal ulcer (allele C, OR=1.84, p=3.92×10 -33 ) (Tanikawa C. et al., 2012 ). These data confirm replicative studies conducted on this locus among the Japanese population for PU (allele C, OR=1.13, p=5.85×10 -7 ) (Tanikawa C. et al., 2013) and duodenal PU (allele C, OR=1.34; p=2.28×10 -6 ) (Usui Y. et al., 2019), as well as among residents of Spain for duodenal ulcer (allele T, OR=0.52, p=0.005 ) (García-González MA et al., 2015).

Ген PSCA (антиген стволовых клеток простаты) экспрессируется в предстательной железе, мочевом пузыре, в некоторых других органах, а также в дифференцирующихся эпителиальных клетках желудка, кодирует гликозилфосфатидилинозитол - мембранный гликопротеин, играющий роль в пролиферации и обновлении клеток (https://www.omim.org, https://www.genecards.org, Tanikawa C. et al., 2012, 2013). За счет этого, в зависимости от уровня экспрессии, ген PSCA может участвовать в разнонаправленных процессах, происходящих в слизистой оболочке желудка и ДПК: язвообразовании и малигнизации (Lu Y. et al., 2010; Zeng Z. et al., 2011; Tanikawa C. et al., 2012, 2013; Shi D. et al., 2012; Zhang Q.H. et al., 2012; Zhang T. et al., 2012; Matsuda K. et al., 2013; Saeki N. et al., 2013; Gao J. et al., 2015; Garcia-Gonzalez M.A. et al., 2015; Geng P. et al., 2015; Gu Y. et al., 2015; Mocellin S. et al., 2015; Wang M. et al., 2015; Chandra V. et al., 2016; Qiu L.-X. et al., 2016; Qin Z. et al., 2017; Usui Y. et al., 2019; Yan K. et al., 2019). Необходимо также отметить, что ген PSCA может выступать в качестве модулятора никотиновых ацетилхолиновых рецепторов и, следовательно, данный ген может влиять на вегетативную нервную систему и за счет этого также участвовать в развитии ЯБ (https://www.genecards.org).The PSCA gene (prostate stem cell antigen) is expressed in the prostate gland, bladder, some other organs, as well as in differentiating epithelial cells of the stomach, encodes glycosylphosphatidylinositol, a membrane glycoprotein that plays a role in cell proliferation and renewal (https://www.omim .org, https://www.genecards.org, Tanikawa C. et al., 2012, 2013). Due to this, depending on the level of expression, the PSCA gene can participate in multidirectional processes occurring in the mucous membrane of the stomach and duodenum: ulceration and malignancy (Lu Y. et al., 2010; Zeng Z. et al., 2011; Tanikawa C et al., 2012, 2013; Shi D. et al., 2012; Zhang Q. H. et al., 2012; Zhang T. et al., 2012; Matsuda K. et al., 2013; Saeki N. et al. , 2013; Gao J. et al., 2015; Garcia-Gonzalez M.A. et al., 2015; Geng P. et al., 2015; Gu Y. et al., 2015; Mocellin S. et al., 2015; Wang M. et al., 2015; Chandra V. et al., 2016; Qiu L.-X. et al., 2016; Qin Z. et al., 2017; Usui Y. et al., 2019; Yan K. et al., 2019). It should also be noted that the PSCA gene can act as a modulator of nicotinic acetylcholine receptors and, therefore, this gene can influence the autonomic nervous system and thereby also participate in the development of ulcers (https://www.genecards.org).

Barbalic M. et al. (2010) при полногеномном исследовании европейцев обнаружили связь rs649129 с уровнем sICAM-1 (р=1,22×10-15). Данные молекулы клеточной адгезии способствуют прочному прикреплению лейкоцитов эндотелия для дальнейшей миграции через сосудистую стенку к очагу воспаления. Следовательно, sICAM-1 играют важную роль в процессе воспаления, в частности при ЯБ (Galustian C. et al., 2003).Barbalic M. et al. (2010) in a genome-wide study of Europeans found an association of rs649129 with the level of sICAM-1 (p=1.22×10-15). These cell adhesion molecules promote strong attachment of endothelial leukocytes for further migration through the vascular wall to the site of inflammation. Consequently, sICAM-1 play an important role in the process of inflammation, in particular in ulcerative disease (Galustian C. et al., 2003).

Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2021 гг. Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.To assess the current patent situation, a search was performed on protection documents for the period from 1990 to 2021. Sources of information: websites of the Federal Institute of Industrial Property http://fips.ru.

В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин русской национальности, на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС.In the studied scientific, medical and available patent literature, the authors did not find a method for predicting the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women of Russian nationality, based on data on the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC.

Известен способ прогнозирования риска развития и прогрессирования язвенной болезни по патенту РФ №2231794 (опубликован 27.06.2004 ). включающий исследования желудочных проб, основанный на измерении скорости диффузии ионов водорода через слой слизи, покрывающей слизистой оболочки желудка, путем введения в желудок тестового 0,1 H раствора соляной кислоты и исследования динамики проникновения ионов водорода в слизистой оболочки путем эвакуации содержимого желудка, тем самым определяют риск развития язвенной болезни. Недостатком этого способа является трудоемкость выполнения, которая заключается в многократной эвакуации содержимого желудка и введении в желудок большого количества соляной кислоты, сложность подсчетов, и кроме того не учитывается роль генетических полиморфизмов.There is a known method for predicting the risk of development and progression of peptic ulcer disease according to RF patent No. 2231794 (published on June 27, 2004). including studies of gastric samples, based on measuring the rate of diffusion of hydrogen ions through the layer of mucus covering the gastric mucosa by introducing a test 0.1 N solution of hydrochloric acid into the stomach and studying the dynamics of the penetration of hydrogen ions into the mucous membrane by evacuating the stomach contents, thereby determining risk of developing peptic ulcers. The disadvantage of this method is that it is labor intensive, which involves repeated evacuation of the stomach contents and the introduction of a large amount of hydrochloric acid into the stomach, the complexity of calculations, and in addition, the role of genetic polymorphisms is not taken into account.

Патент РФ №2318217 (опубликован 27.02.2008), в котором описан способ и устройство для прогнозирования риска развития язвенной болезни. Сущность способа заключается в том, что электрохимическим методом измеряют диффузионный (жидкостной) или мембранный потенциал между желудочным соком и тестовой жидкостью, и при величине потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, прогнозируют риск развития язвенной болезни. в качестве тестовой жидкости можно использовать воду. В этом случае пороговый уровень составляет 10 мв. одновременно с измерением диффузионного или мембранного потенциала может быть измерен рн желудочного сока, при этом риск развития язвенной болезни прогнозируют при величине диффузионного или мембранного потенциала более порогового уровня, установленного для тестовой жидкости, и рн менее 1,5. Устройство для осуществления способа при исследовании желудочного сока in vitro состоит из двух емкостей, разделенных диафрагмой: с желудочным соком и с тестовой жидкостью. В них опущены электроды сравнения, напряжение между которыми равно диффузионному потенциалу. устройство для исследования желудочного сока in vivo содержит камеру с тестовой жидкостью, через диафрагму, контактирующую с желудочным соком, и два электрода сравнения, один из которых контактирует с желудочным соком, а другой - с тестовой жидкостью. Напряжение между электродами равно диффузионному потенциалу. использование способа позволяет своевременно начать профилактическое лечение язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является его трудоемкость, он не учитывает роль генетических полиморфизмов.RF patent No. 2318217 (published on February 27, 2008), which describes a method and device for predicting the risk of developing peptic ulcers. The essence of the method is that the diffusion (liquid) or membrane potential between gastric juice and the test liquid is measured using an electrochemical method, and when the potential is greater than the threshold level established for the test liquid, the risk of developing a peptic ulcer is predicted. Water can be used as a test liquid. In this case, the threshold level is 10 mV. simultaneously with the measurement of diffusion or membrane potential, the pH of gastric juice can be measured, and the risk of developing peptic ulcers is predicted when the diffusion or membrane potential is more than the threshold level established for the test liquid, and the pH is less than 1.5. The device for implementing the method for studying gastric juice in vitro consists of two containers separated by a diaphragm: with gastric juice and with test liquid. They contain reference electrodes, the voltage between which is equal to the diffusion potential. a device for studying gastric juice in vivo contains a chamber with a test liquid, through a diaphragm in contact with gastric juice, and two reference electrodes, one of which is in contact with gastric juice, and the other with the test liquid. The voltage between the electrodes is equal to the diffusion potential. the use of the method allows for timely initiation of preventive treatment of gastric and duodenal ulcers. The disadvantage of this method is that it is labor intensive and does not take into account the role of genetic polymorphisms.

Патент РФ №2281037 (опубликован 10.08.2006), в котором описан способ прогнозирования развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Сущность способа заключается в том, что осуществляют определение календарного возраста пациента, биологического возраста, соотношение биологического и календарного возрастов, рост, массу тела, показатели качества жизни. Затем рассчитывают вероятность развития язвенной болезни по формуле:RF patent No. 2281037 (published on August 10, 2006), which describes a method for predicting the development of gastric and duodenal ulcers. The essence of the method is that the patient’s calendar age, biological age, the ratio of biological and calendar ages, height, body weight, and quality of life indicators are determined. Then the probability of developing a peptic ulcer is calculated using the formula:

где е - экспонента, число оснований натурального логарифма, равное - 2,71, D1 - сумма показателей, умноженных на коэффициент В дискриминантных функций для больных, D2 - сумма показателей, умноженных на коэффициент А дискриминантных функций для здоровых, при этом значения коэффициентов А и В выбирают из таблицы «Коэффициенты дискриминантных функций» и при P1>Р2 прогнозируют риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Недостатком этого способа является то, что он не учитывает роль генетических полиморфизмов.where e is the exponent, the number of bases of the natural logarithm, equal to - 2.71, D1 is the sum of indicators multiplied by coefficient B of the discriminant functions for patients, D2 is the sum of indicators multiplied by coefficient A of discriminant functions for healthy people, with the values of coefficients A and B is selected from the table “Coefficients of discriminant functions” and with P1>P2 the risk of developing gastric and duodenal ulcers is predicted. The disadvantage of this method is that it does not take into account the role of genetic polymorphisms.

За прототип выбран патент РФ №2563828 (опубликован 20.09.2015) «Способ оценки риска развития язвенной болезни двенадцатиперстной кишки у хакасов на основе генетического анализа». Патент характеризуется тем, что устанавливают факторы риска - определяют полиморфизм интерлейкина IL-8 методом рестрикционного анализа при выделении ДНК из лимфоцитов венозной крови, а также определяют генотип Helicobacter pylori методом ПЦР при выделении ДНК из биоптатов слизистой оболочки желудка у пациентов, относящихся к коренным жителям Республики Хакасия. Факторам риска присваивают числовые значения и затем определяют прогностические коэффициенты P1, Р2. При Р1>Р2 прогнозируют низкий риск , а при Р1<Р2 прогнозируют высокий риск развития язвенной болезни . Недостатком данного метод является трудоемкость подсчета и применим только для коренных жителей Республики Хакасия.RF Patent No. 2563828 (published on September 20, 2015) “Method for assessing the risk of developing duodenal ulcer in Khakassians based on genetic analysis” was chosen as the prototype. The patent is characterized by establishing risk factors - determining the polymorphism of interleukin IL-8 by restriction analysis when isolating DNA from venous blood lymphocytes, and also determining the genotype of Helicobacter pylori by PCR when isolating DNA from biopsies of the gastric mucosa in patients belonging to the indigenous population of the Republic Khakassia. Risk factors are assigned numerical values and then prognostic coefficients P1, P2 are determined. When P1>P2, a low risk is predicted, and when P1<P2, a high risk of developing peptic ulcer is predicted. The disadvantage of this method is the laboriousness of the calculation and is applicable only to indigenous residents of the Republic of Khakassia.

Задачей настоящего исследования является расширение арсенала методов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития язвенной болезни на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС.The objective of this study is to expand the arsenal of diagnostic methods, namely to create a method for predicting the risk of developing peptic ulcer disease based on data on the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC.

Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин русской национальности, на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС, включающий:The technical result of using the invention is to obtain criteria for assessing the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women of Russian nationality, based on data on the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC, including:

- выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови женщин;- DNA isolation from leukocytes of peripheral venous blood of women;

- анализ полиморфных локусов rs2294008 PSCA и rs649129 ABO/RF00019;- analysis of polymorphic loci rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019;

- прогнозирование высокого риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС.- prediction of a high risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on data on the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC.

Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин с учетом молекулярно-генетического тестирования у индивидуумов русской национальности на основе данных о комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС.The novelty and inventive step lie in the fact that the prior art does not know the possibility of predicting the development of gastric and duodenal ulcers in women, taking into account molecular genetic testing in individuals of Russian nationality based on data on the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 SS.

Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Mathew, 1984) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об./мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.Isolation of genomic DNA from peripheral blood is carried out using the phenol-chloroform extraction method (Mathew, 1984) in two stages. At the first stage, 25 ml of lysis buffer containing 320 mM sucrose, 1% Triton X-100, 5 mM MgCl2, 10 mM Tris-HCl (pH = 7.6) is added to 4 ml of EDTA blood. The resulting mixture is stirred and centrifuged at 4°C, 4000 rpm. within 20 minutes. After centrifugation, the supernatant is poured off, 4 ml of a solution containing 25 mM EDTA (pH = 8.0) and 75 mM NaCl is added to the sediment and resuspended. Then add 0.4 ml of 10% SDS, 35 µl of proteinase K (10 mg/ml) and incubate the sample at 37°C for 16 hours.

На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин. в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при температуре -20°С. Выделенную ДНК используют для проведения полимеразной цепной реакции синтеза ДНК.At the second stage, DNA is sequentially extracted from the resulting lysate with equal volumes of phenol, phenol-chloroform (1:1) and chloroform with centrifugation at 4000 rpm. within 10 minutes. After each centrifugation, the aqueous phase is collected. DNA is precipitated from solution with two volumes of chilled 96% ethanol. After lyophilization, the resulting DNA is dissolved in bidistilled, deionized water and stored at -20°C. The isolated DNA is used to carry out the polymerase chain reaction of DNA synthesis.

Анализ полиморфных локусов rs2294008 PSCA и rs649129 ABO/RF00019 осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System («Bio-Rad», США) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Тест - Ген» (Ульяновск). Амплификация геномной ДНК производилась в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР - 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл. Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ). Для полиморфизма rs2294008 PSCA зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю C, зонд с красителем FAM - аллелю T (фиг. 1), для rs649129 ABO/RF00019 зонд с флуоресцентным красителем VIC соответствует аллелю С, зонд с красителем FAM - аллелю Т (фиг. 2).Analysis of the polymorphic loci rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019 was carried out by polymerase chain reaction (PCR) on a CFX-96 Real-Time System thermal cycler (Bio-Rad, USA) using standard oligonucleotide primers and probes (synthesized at Test - Gen" (Ulyanovsk). Amplification of genomic DNA was carried out in a reaction mixture with a total volume of 10 μl, including a mixture for PCR - 4 μl, Taq polymerase - 2 μl, test sample (~ 30 ng DNA / μl) - 1 μl, deionized water - 3 µl. Genotyping of the studied samples was carried out using the CFX-Manager™ software using the method of allele discrimination based on the values of relative fluorescence units (RFU). For the rs2294008 PSCA polymorphism, the probe with the VIC fluorescent dye corresponds to the C allele, the probe with the FAM dye corresponds to the T allele ( Fig. 1), for rs649129 ABO/RF00019, the probe with the fluorescent dye VIC corresponds to the C allele, the probe with the FAM dye corresponds to the T allele (Fig. 2).

Изобретение характеризуется фигурами.The invention is characterized by figures.

Фиг. 1. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма PSCA rs2294008: - СС, - TT, - CT, ♦ - отрицательный контроль.Fig. 1. Discrimination of alleles using the detection method of TaqMan probes according to the RFU values (relative fluorescence units) of each probe on a CFX96 amplifier with a real-time detection system for PSCA rs2294008 polymorphism: - SS, -TT, - CT, ♦ - negative control.

Фиг. 2. Дискриминации аллелей методом детекции TaqMan зондов по данным величин ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) каждого зонда на амплификаторе CFX96 c детектирующей системой в режиме реального времени полиморфизма ABO/RF00019 rs649129: - CC, - ТТ, - СТ, ♦ - отрицательный контроль.Fig. 2. Discrimination of alleles using the TaqMan probe detection method based on the RFU values (relative fluorescence units) of each probe on a CFX96 amplifier with a real-time detection system for ABO/RF00019 rs649129 polymorphism: -CC, - TT, - ST, ♦ - negative control.

Возможность использования предложенного способа для оценки риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования индивидуумов русской национальности подтверждает анализ результатов наблюдений 441 женщины: 211 больных язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки и 230 здоровых (контрольная группа). Критерием включения в группу больных послужило наличие установленного диагноза ЯБЖ и/ или ДПК, в группу контроля вошли индивидуумы, не страдающие язвенной болезнью. Диагноз ставился на основании характерных жалоб, данных анамнеза, клинических проявлений и течения патологии, а также лабораторных и инструментальных методов исследования (Клинические рекомендации. Язвенная болезнь, 2019). Обследование проводилось врачами-гастроэнтерологами ОГБУЗ «Белгородская областная клиническая больница Святителя Иоасафа». Критериями исключения явились нерусская национальность, место рождения вне Центрального Черноземья, возраст до 18 лет, тяжелые хронические заболевания (хроническая почечная, сердечная, дыхательная недостаточность, тяжелая аутоиммунная патология), а также отказ от исследования.The possibility of using the proposed method to assess the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing of individuals of Russian nationality is confirmed by an analysis of the results of observations of 441 women: 211 patients with gastric and duodenal ulcers and 230 healthy ones (control group). The criterion for inclusion in the group of patients was the presence of an established diagnosis of peptic ulcer and/or duodenal ulcer; the control group included individuals who did not suffer from peptic ulcer disease. The diagnosis was made on the basis of characteristic complaints, medical history, clinical manifestations and course of the pathology, as well as laboratory and instrumental research methods (Clinical guidelines. Peptic ulcer, 2019). The examination was carried out by gastroenterologists from the Belgorod Regional Clinical Hospital of St. Joasaph. Exclusion criteria were non-Russian nationality, place of birth outside the Central Black Earth Region, age under 18 years, severe chronic diseases (chronic renal, cardiac, respiratory failure, severe autoimmune pathology), as well as refusal to study.

Всем пациентам, находящимся под наблюдением, проведено молекулярно-генетическое исследование полиморфных локусов rs2294008 PSCA и rs649129 ABO/RF00019. Изучение SNP×SNP взаимодействий, ассоциированных с развитием язвенной болезни, было проведено с помощью модификации метода снижения размерности MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) - Model-Based-MDR (MB-MDR).All patients under observation underwent a molecular genetic study of the polymorphic loci rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019. The study of SNP×SNP interactions associated with the development of peptic ulcer disease was carried out using a modification of the MDR (Multifactor Dimensionality Reduction) method - Model-Based-MDR (MB-MDR).

В ходе проведенного анализа установлено, что комбинация полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС повышает риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин (beta=1,15, p=0,003).The analysis revealed that the combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC increases the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women (beta=1.15, p=0.003).

Применение данного способа позволит прогнозировать риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин русской национальности, при выявлении комбинации полиморфных локусов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС формировать группы риска по развитию язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки и реализовывать в данных группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия.The use of this method will make it possible to predict the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women of Russian nationality, by identifying a combination of polymorphic loci rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC to form risk groups for the development of gastric and duodenal ulcers and implement the necessary treatment in these groups -preventive actions.

В качестве примеров конкретного применения разработанного способа приведено обследование русских пациентов, уроженцев Центрально-Черноземного региона РФ и не являющихся родственниками между собой: проведено генетическое исследование по локусам rs2294008 PSCA и rs649129 ABO/RF00019.As examples of a specific application of the developed method, a survey of Russian patients, natives of the Central Black Earth region of the Russian Federation and not related to each other, is given: a genetic study was carried out on the rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019 loci.

У пациентки В. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы СС rs2294008 PSCA и СС rs649129 ABO/RF00019, что позволило отнести пациентку в группу больных с высоким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз язвенной болезни у пациентки.Venous blood was taken from patient V., genotyping of DNA markers revealed the polymorphic loci CC rs2294008 PSCA and CC rs649129 ABO/RF00019, which allowed the patient to be classified as a group of patients with a high risk of developing peptic ulcer disease. Further observation confirmed the diagnosis of peptic ulcer in the patient.

У пациентки А. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы ТТ rs2294008 PSCA и ТТ rs649129 ABO/RF00019, что позволило отнести пациентку в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз язвенной болезни у пациентки.Venous blood was taken from patient A., genotyping of DNA markers revealed the polymorphic loci TT rs2294008 PSCA and TT rs649129 ABO/RF00019, which allowed the patient to be classified as a group of individuals with a low risk of developing peptic ulcer disease. Further observation did not confirm the diagnosis of peptic ulcer in the patient.

У пациентки Н. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы ТТ rs2294008 PSCA и СТ rs649129 ABO/RF00019, что позволило отнести пациентку в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз язвенной болезни у пациентки.Venous blood was taken from patient N., and genotyping of DNA markers revealed the polymorphic loci TT rs2294008 PSCA and CT rs649129 ABO/RF00019, which made it possible to classify the patient as a group of individuals with a low risk of developing peptic ulcer disease. Further observation did not confirm the diagnosis of peptic ulcer in the patient.

У пациентки У. была взята венозная кровь, при генотипировании ДНК-маркеров были выявлены полиморфные локусы СТ rs2294008 PSCA и ТТ rs649129 ABO/RF00019, что позволило отнести пациентку в группу индувидуумов с низким риском развития язвенной болезни. При дальнейшем наблюдение диагноз язвенной болезни у пациентки У. не подтвердился.Venous blood was taken from patient U., and genotyping of DNA markers revealed the polymorphic loci CT rs2294008 PSCA and TT rs649129 ABO/RF00019, which made it possible to classify the patient as a group of individuals with a low risk of developing peptic ulcer disease. Upon further observation, the diagnosis of peptic ulcer in patient U. was not confirmed.

Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди пациентов группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития язвенной болезни у женщин.The use of this method will make it possible at the preclinical stage to form risk groups among patients and timely implement in these groups the necessary treatment and preventive measures to prevent the development of peptic ulcers in women.

Claims (1)

Способ прогнозирования риска развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки у женщин на основе молекулярно-генетического тестирования, включающий выделение ДНК из лейкоцитов периферической венозной крови и анализ полиморфных локусов rs2294008 PSCA и rs649129 ABO/RF00019, высокий риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки прогнозирует выявление комбинации генотипов rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 СС.A method for predicting the risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing, including DNA isolation from peripheral venous blood leukocytes and analysis of polymorphic loci rs2294008 PSCA and rs649129 ABO/RF00019, a high risk of developing gastric and duodenal ulcers predicts the identification genotype combinations rs2294008 PSCA CC × rs649129 ABO/RF00019 CC.
RU2023129082A 2023-11-09 Method for predicting risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing RU2811577C1 (en)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2811577C1 true RU2811577C1 (en) 2024-01-15

Family

ID=

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2563828C1 (en) * 2014-10-01 2015-09-20 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО ХГУ им. Н.Ф. Катанова) Method for evaluating risk of duodenal ulcer in khakass by genetic analysis
CN108060226A (en) * 2018-02-07 2018-05-22 深圳市道生物科技有限公司 Gastric ulcer correlation tumor susceptibility gene TNF-α mutation detection kit and application method
RU2786314C1 (en) * 2022-02-17 2022-12-20 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") A method for predicting the risk of developing peptic ulcer disease in women based on genetic data

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2563828C1 (en) * 2014-10-01 2015-09-20 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова" (ФГБОУ ВПО ХГУ им. Н.Ф. Катанова) Method for evaluating risk of duodenal ulcer in khakass by genetic analysis
CN108060226A (en) * 2018-02-07 2018-05-22 深圳市道生物科技有限公司 Gastric ulcer correlation tumor susceptibility gene TNF-α mutation detection kit and application method
RU2786314C1 (en) * 2022-02-17 2022-12-20 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") A method for predicting the risk of developing peptic ulcer disease in women based on genetic data

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Рашина О.В., Чурносов М. И. Роль молекул клеточной адгезии в воспалительном процессе и развитии язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, их молекулярно-генетические детерминанты, Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология, 2022, Том 205 (9), стр. 201-208. USUI Y. et al., Impact of PSCA Polymorphisms on the Risk of Duodenal Ulcer, J Epidemiol, 2021, Vol. 31 (1), pp. 12-20. *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2811577C1 (en) Method for predicting risk of developing gastric and duodenal ulcers in women based on molecular genetic testing
RU2821471C1 (en) Method for prediction of risk of helicobacter pylori-negative gastric and duodenal ulcer
RU2819282C1 (en) Method for prediction of risk of developing gastric and duodenal ulcer in males based on molecular genetic testing
CN114438208A (en) Detection kit and method for lung cancer diagnosis through exosome miRNA biomarker
RU2816514C1 (en) Method for prediction of risk of gastric and duodenal ulcer development based on molecular genetic testing
RU2819776C1 (en) Method for prediction of risk of helicobacter pylori-positive gastric ulcer and duodenal ulcer on basis of molecular-genetic testing
RU2816519C1 (en) Method for prediction of risk of developing duodenal ulcer based on molecular genetic testing
RU2642939C1 (en) Method for prediction of risk of preeclampsia
RU2780505C1 (en) Method for predicting the risk of gastric ulcer development based on genetic analysis
RU2786314C1 (en) A method for predicting the risk of developing peptic ulcer disease in women based on genetic data
JP5641281B2 (en) Multivariate analysis of inflammatory response mediator-related genetic polymorphisms for predicting outcomes in critically ill patients
RU2809912C1 (en) Method of predicting risk of developing hypertension in men based on results of genetic testing
RU2809798C1 (en) Method of predicting risk of developing breast cancer in women using molecular genetic data
RU2828523C1 (en) Method for prediction of risk of developing luminal subtype of breast cancer in women
RU2828525C1 (en) Method for prediction of risk of developing breast cancer in women without obesity by results of genetic testing
RU2498313C1 (en) Method for prediction of overall survival in patients with chronic lymphatic leukaemia
RU2780525C1 (en) Method for predicting the risk of developing h. pylori-positive gastric ulcer
RU2830467C1 (en) Method for prediction of risk of developing breast cancer in women with obesity based on data on polymorphism of genes jmjd1c, ppp1r21 and prmt6
RU2809911C1 (en) Method of predicting risk of developing hypertension based on data on intergenic interactions
RU2798666C1 (en) Method of predicting a low risk of developing breast cancer in women with highly penetrating mutations in the brca1 and chek2 genes
RU2830466C1 (en) Method for prediction of increased risk of developing breast cancer of 3-4 stages of disease in women
RU2830352C1 (en) Method for predicting risk of grade 3 malignancy of tumor cells in breast cancer
RU2834523C1 (en) Method for predicting risk of developing endometrial hyperplasia using molecular genetic data
RU2834521C1 (en) Method for prediction of risk of developing endometrial hyperplasia in women with normal body weight
RU2782496C1 (en) Method for predicting the risk of developing h. pylori-positive duodenal ulcer using data on mmp-9 gene polymorphism