FR2807766A1 - Operons de streptococcus thermophilus impliques dans la synthese des eps - Google Patents
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Abstract
L'invention concerne des opérons eps impliqués dans la biosynthèse des exopolysaccharides chez des bactéries lactiques, et notamment chez S. thermophilus. Des séquences de ces opérons sont utilisables notamment pour la construction de nouveaux opérons eps, ainsi que pour la détection, chez les bactéries lactiques de la présence de gènes ou de combinaisons de gènes participant à la synthèse d'un exopolysaccharide.
Description
<Desc/Clms Page number 1>
L'invention est relative au contrôle et à l'optimisation de la production d'exopolysaccharides par des bactéries lactiques.
Les exopolysaccharides (EPS) sont des polysaccharides extracellulaires, produits et relargués dans le milieu par de nombreuses espèces bactériennes. Ils résultent de la polymérisation d'une unité répétitive de sucres.
Les exopolysaccharides produits par les bactéries lactiques jouent un rôle majeur dans l'élaboration de la texture, de la perception en bouche et de la rhéologie des produits fermentés. Par exemple, dans le cadre de la fabrication des yaourts, des EPS produits par Streptococcus thermophilus jouent un rôle d'épaississant, et permettent en outre de conférer au produit final un caractère filant et/ou une texture crémeuse, appréciés des consommateurs.
En outre, il a été observé que certains EPS possédaient des activités biologiques par lesquelles ils pourraient exercer divers effets bénéfiques sur la santé.
Toutefois, la production des EPS par les bactéries lactiques est très variable quantitativement et/ou qualitativement, non seulement d'une espèce à l'autre, mais également d'une souche à l'autre au sein d'une même espèce. En outre, même dans le cas des souches productrices d'EPS, cette production est très instable, et peut varier considérablement au cours de la culture et de la fermentation, ce qui aboutit à une variation qualitative et/ou quantitative du contenu en EPS des produits fermentés, rendant problématique l'obtention d'une qualité constante. Ceci oblige les industriels à effectuer des contrôles permanents de la capacité des souches qu'ils utilisent à produire des EPS.
Il apparaît donc souhaitable de disposer d'outils permettant de mieux contrôler et d'optimiser la production d'EPS par les bactéries lactiques. Dans ce but différentes équipes ont entrepris de rechercher les fonctions enzymatiques impliquées dans la synthèse des EPS, et les gènes correspondants.
Les observations effectuées jusqu'à présent par montrent que les gènes impliqués dans la synthèse d'un polysaccharide extracellulaire sont regroupés au sein d'un opéron (opéron eps).
Plusieurs opérons eps ont précédemment été mis en évidence chez des bactéries lactiques [pour revue, cf. DE VUYST, et DEGEEST, FEMS Microbiology Reviews, 23,153-177, (1999)]. Par exemple, dans le cas de S. thermophilus, on citera notamment l'opéron de S. thermophilus Sfi6 [STINGELE et al., J. Bacteriol., 178,1680- 1690, (1996) ; Demande EP 750043 au nom de SOCIETE DES PRODUITS NESTLE], celui de S. thermophilus CNRZ368 [BOURGOIN et al., Gene, 233,151-161, (1999) ], ou celui de S. thermophilus Sfi39 [Demande EP 9575168 au nom de SOCIETE DES PRODUITS NESTLE].
La comparaison des différents opérons eps connus fait apparaître une organisation très conservée.
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Le groupe de gènes dénommé epsABCD situé au début de l'opéron code des protéines (EpsA, EpsB, EpsC, et EpsD) fortement homologues d'un opéron eps à un autre. La protéine EpsA possède vraisemblablement une fonction de régulation de la production d'EPS ; les protéines EpsC et EpsD apparaissent impliquées dans la polymérisation des unités répétitives de base et leur exportation ; la fonction de la protéine
EpsB n'a pour l'instant pas été élucidée. Le groupe epsABCD est suivi d'une séquence au niveau de laquelle on observe également une très forte homologie entre les différents opérons eps connus ; cette séquence code une protéine qui est vraisemblablement une glycosyl-1-phosphate transférase, impliquée dans la première étape de la synthèse de l'unité de base. La région suivante de l'opéron est plus variable ; elle comprend des ORFs codant probablement les différentes glycosyltransférases impliquées dans l'assemblage des sucres formant l'unité répétitive de base. A la fin de certains opérons eps ont été localisés des ORFs codant des protéines potentiellement impliquées dans le transport de l'unité répétitive dans le milieu extracellulaire.
EpsB n'a pour l'instant pas été élucidée. Le groupe epsABCD est suivi d'une séquence au niveau de laquelle on observe également une très forte homologie entre les différents opérons eps connus ; cette séquence code une protéine qui est vraisemblablement une glycosyl-1-phosphate transférase, impliquée dans la première étape de la synthèse de l'unité de base. La région suivante de l'opéron est plus variable ; elle comprend des ORFs codant probablement les différentes glycosyltransférases impliquées dans l'assemblage des sucres formant l'unité répétitive de base. A la fin de certains opérons eps ont été localisés des ORFs codant des protéines potentiellement impliquées dans le transport de l'unité répétitive dans le milieu extracellulaire.
Les Inventeurs ont maintenant mis en évidence et isolé neuf nouveaux opérons impliqués dans la biosynthèse d'EPS chez S. thermophilus. L'analyse structurale de ces opérons montre qu'ils possèdent une organisation similaire à celle des opérons eps déjà connus, et qu'ils comprennent : a) des ORFs (open reading frame = cadre ouvert de lecture) dont le produit de traduction possède une homologie importante (identité supérieure ou égale à 80%) avec celui d'ORFs impliqués dans la synthèse des exopolysaccharides ou de polysaccharides de capsule chez des bactéries gram+, notamment les protéines EpsA-D de S. thermophilus, la protéine EpsE de S. salivarius; b) des ORFs dont le produit de traduction est apparenté (identité supérieure ou égale à 20% et inférieure à 80%) avec celui d'ORFs impliqués dans la synthèse des exopolysaccharides ou de polysaccharides de capsule chez des bactéries gram+ ; il s'agit principalement d'ORFs codant pour des glycosyltransférases. c) des ORFs dont le produit de traduction possède une homologie importante (identité supérieure ou égale à 80%) avec des transposases connues de Streptococcus thermophilus.
Le pourcentage d'identité d'une séquence avec une séquence de référence est défini ici comme le pourcentage de résidus de cette séquence qui sont identiques avec ceux de la séquence de référence lorsque les 2 séquences sont alignées pour une correspondance maximale entre les positions des résidus. Un polypeptide dont la séquence en acides aminés possède au moins X% d'identité avec une séquence de référence peut ainsi comprendre jusqu'à 100-X modifications pour 100 acides aminés de la séquence de référence. Ces modifications incluent la délétion, la substitution, ou l'insertion de résidus d'acides aminés, consécutifs ou non.
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Les caractéristiques respectives de chacun des opérons eps de S. thermophilus caractérisés par les Inventeurs sont décrites plus en détail ci-après. Les tableaux I à IX résument les caractéristiques des ORFs identifiés sur chaque opéron. Dans chaque tableau, la dénomination donnée à chaque ORF est mentionnée dans la 1ère colonne (ORF) ; la position de la région comprenant cet ORF (par rapport à la séquence de l'opéron telle qu'indiquée dans la liste de séquences) est mentionnée dans la deuxième colonne (Position) ; les caractéristiques (dénomination, organisme d'origine, numéro d'accès GENBANK ou référence de publication) du gène connu présentant l'homologie la plus importante (identifié par recherche sur la base de données "GENBANK nr" en utilisant le logiciel BLASTx (ALTSCHUL et al., Nucleic Acids Res., 25,3389-3402, 1997), ainsi que le pourcentage d'identité avec le produit de traduction de ce gène sont mentionnés dans la troisième colonne (Homologie) ; la fonction putative de la protéine correspondante est mentionnée dans la quatrième colonne (Fonction putative).
La figure 1 schématise la structure des opérons conformes à l'invention (Types I, III, IV, V, VI, VII, IX, X, et XI) ainsi que la structure de 2 opérons de S. thermophilus décrits dans l'art antérieur par STINGELE et al. (dénommé ici opéron de Type II ), et par BOURGOIN et al. (dénommé ici opéron de Type VIII )
L'opéron dénommé opéron de type I est localisé sur une séquence de 20 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2426. 2 autres souches de Streptococcus thermophilus; contenant cet opéron ont également été déposées selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M le 6 avril 2000, sous les numéros 1-2423 et 1-2424.
L'opéron dénommé opéron de type I est localisé sur une séquence de 20 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2426. 2 autres souches de Streptococcus thermophilus; contenant cet opéron ont également été déposées selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M le 6 avril 2000, sous les numéros 1-2423 et 1-2424.
La séquence issue de la souche 1-2426 est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 1. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le Tableau 1 ci après.
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<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> 1
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> IS1191 <SEP> 755-1783 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> (98%) <SEP> Transposase
<tb> eps1A <SEP> 2102-3559 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (89%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> eps1 <SEP> B <SEP> 3563-4288 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (93%) <SEP> Inconnue
<tb> eps1 <SEP> C <SEP> 4300-4992 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (82%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps1 <SEP> D <SEP> 5005-5742 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps1 <SEP> E <SEP> 5847-7166 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (87%) <SEP> Glucosephosphate
<tb> transférase
<tb> eps1 <SEP> F <SEP> 7468-7716 <SEP> epsD <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF036485] <SEP> (88%) <SEP> Glucosephosphate
<tb> transférase
<tb> IS982 <SEP> 8096-9867 <SEP> IS982 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF051563] <SEP> (85%) <SEP> Transposase
<tb> eps1G <SEP> 8817-9580 <SEP> cap37G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> (45%) <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> eps1H <SEP> 10874-13019 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (41 <SEP> %) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> epsll <SEP> 13053-13388 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (50%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps1J <SEP> 14314-15587 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (94%) <SEP> Transporteur
<tb> eps1K <SEP> 15617-16825 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131994] <SEP> (69%) <SEP> Transporteur <SEP>
<tb> eps1 <SEP> L <SEP> 16949-18043 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> (95%) <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> mutase
<tb> IS1193 <SEP> 18094-19347 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (83%) <SEP> Transposase
<tb> on14.9 <SEP> 19522-20028 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Inconnue
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> IS1191 <SEP> 755-1783 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> (98%) <SEP> Transposase
<tb> eps1A <SEP> 2102-3559 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (89%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> eps1 <SEP> B <SEP> 3563-4288 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (93%) <SEP> Inconnue
<tb> eps1 <SEP> C <SEP> 4300-4992 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (82%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps1 <SEP> D <SEP> 5005-5742 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps1 <SEP> E <SEP> 5847-7166 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (87%) <SEP> Glucosephosphate
<tb> transférase
<tb> eps1 <SEP> F <SEP> 7468-7716 <SEP> epsD <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF036485] <SEP> (88%) <SEP> Glucosephosphate
<tb> transférase
<tb> IS982 <SEP> 8096-9867 <SEP> IS982 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF051563] <SEP> (85%) <SEP> Transposase
<tb> eps1G <SEP> 8817-9580 <SEP> cap37G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> (45%) <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> eps1H <SEP> 10874-13019 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (41 <SEP> %) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> epsll <SEP> 13053-13388 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (50%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps1J <SEP> 14314-15587 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (94%) <SEP> Transporteur
<tb> eps1K <SEP> 15617-16825 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131994] <SEP> (69%) <SEP> Transporteur <SEP>
<tb> eps1 <SEP> L <SEP> 16949-18043 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> (95%) <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> mutase
<tb> IS1193 <SEP> 18094-19347 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (83%) <SEP> Transposase
<tb> on14.9 <SEP> 19522-20028 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Inconnue
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type III est localisé sur une séquence de 13 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2425.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 2. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau II ci après.
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> Il
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps3A <SEP> 2-622 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps3B <SEP> 637-1362 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps3C <SEP> 1366-2823 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3D <SEP> 3162-3650 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3E <SEP> 3806-4556 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (87%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps3F <SEP> 4679-5878 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (82%) <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> IS1193 <SEP> 5914-6198 <SEP> IS1 <SEP> 193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (80%) <SEP> Transposase
<tb> eps3G <SEP> 6569-7018 <SEP> ywap <SEP> S. <SEP> mutans <SEP> [M37842] <SEP> (67%) <SEP> Inconnue
<tb> eps3H <SEP> 7024-7299 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (30%) <SEP> Galactosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps3l <SEP> 7606-8076 <SEP> cps2H <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (27%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3J <SEP> 8313-8878 <SEP> epsW <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (46%) <SEP> Transporteur
<tb> eps3K <SEP> 8929-9416 <SEP> cap81 <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ239004] <SEP> (32%) <SEP> Transporteur
<tb> orf14.9 <SEP> 9443-9880 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Inconnue
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps3A <SEP> 2-622 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps3B <SEP> 637-1362 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps3C <SEP> 1366-2823 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3D <SEP> 3162-3650 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3E <SEP> 3806-4556 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (87%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps3F <SEP> 4679-5878 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (82%) <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> IS1193 <SEP> 5914-6198 <SEP> IS1 <SEP> 193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (80%) <SEP> Transposase
<tb> eps3G <SEP> 6569-7018 <SEP> ywap <SEP> S. <SEP> mutans <SEP> [M37842] <SEP> (67%) <SEP> Inconnue
<tb> eps3H <SEP> 7024-7299 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (30%) <SEP> Galactosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps3l <SEP> 7606-8076 <SEP> cps2H <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> (27%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps3J <SEP> 8313-8878 <SEP> epsW <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (46%) <SEP> Transporteur
<tb> eps3K <SEP> 8929-9416 <SEP> cap81 <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ239004] <SEP> (32%) <SEP> Transporteur
<tb> orf14.9 <SEP> 9443-9880 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Inconnue
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type IV est localisé sur une séquence de 16 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection
<Desc/Clms Page number 5>
Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2432.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 3. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau III ci après.
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> III
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps4A <SEP> 825-2210 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> eps4B <SEP> 2285-3010 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps4C <SEP> 3022-3714 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (89%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4D <SEP> 3727-4362 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (90%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4E <SEP> 4381-5097 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (94%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps4F <SEP> 5100-5586 <SEP> epsF <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> eps4G <SEP> 6063-6432 <SEP> epsG <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (100%) <SEP> Nac-glucosamine <SEP> transférase
<tb> eps4H <SEP> 6458-6887 <SEP> epsH <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (90%) <SEP> Acetyl <SEP> transférase
<tb> eps4l <SEP> 6902-7873 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (96%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps4J <SEP> 8273-9106 <SEP> epsJ <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4K <SEP> 10032-10424 <SEP> epsK <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> ISS1S <SEP> 10440-10892 <SEP> ISSIS <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (85%) <SEP> Transposase <SEP>
<tb> eps4L <SEP> 10942-11448 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (28%) <SEP> Transporteur
<tb> eps4M <SEP> 11483-11803 <SEP> epsL <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (84%) <SEP> Inconnue <SEP>
<tb> eps4N <SEP> 11852-12518 <SEP> orfB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (95%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> IS1191 <SEP> 12543-12969 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> (98%) <SEP> Transposase
<tb> IS981 <SEP> 13036-13649 <SEP> IS981 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (95%) <SEP> Transposase
<tb> ISS1S <SEP> 14307-14753 <SEP> ISSIS <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (90%) <SEP> Transposase <SEP>
<tb> orf14.9 <SEP> 14905-15204 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (80%) <SEP> Inconnue <SEP>
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps4A <SEP> 825-2210 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> eps4B <SEP> 2285-3010 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps4C <SEP> 3022-3714 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (89%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4D <SEP> 3727-4362 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (90%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4E <SEP> 4381-5097 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (94%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps4F <SEP> 5100-5586 <SEP> epsF <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> eps4G <SEP> 6063-6432 <SEP> epsG <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (100%) <SEP> Nac-glucosamine <SEP> transférase
<tb> eps4H <SEP> 6458-6887 <SEP> epsH <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (90%) <SEP> Acetyl <SEP> transférase
<tb> eps4l <SEP> 6902-7873 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (96%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps4J <SEP> 8273-9106 <SEP> epsJ <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps4K <SEP> 10032-10424 <SEP> epsK <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> ISS1S <SEP> 10440-10892 <SEP> ISSIS <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (85%) <SEP> Transposase <SEP>
<tb> eps4L <SEP> 10942-11448 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (28%) <SEP> Transporteur
<tb> eps4M <SEP> 11483-11803 <SEP> epsL <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (84%) <SEP> Inconnue <SEP>
<tb> eps4N <SEP> 11852-12518 <SEP> orfB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (95%) <SEP> Régulation <SEP>
<tb> IS1191 <SEP> 12543-12969 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> (98%) <SEP> Transposase
<tb> IS981 <SEP> 13036-13649 <SEP> IS981 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (95%) <SEP> Transposase
<tb> ISS1S <SEP> 14307-14753 <SEP> ISSIS <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (90%) <SEP> Transposase <SEP>
<tb> orf14.9 <SEP> 14905-15204 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (80%) <SEP> Inconnue <SEP>
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type V est localisé sur une séquence de 14 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2431.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 4. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau IV ci après.
<Desc/Clms Page number 6>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> IV
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps5A <SEP> 845-2302 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps5B <SEP> 2306-3031 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps5C <SEP> 3043-3735 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps5D <SEP> 3738-4376 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps5E <SEP> 4545-5639 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps5F <SEP> 5937-7112 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (74%)
<tb> eps5G <SEP> 7112-7330 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (38%) <SEP> transférase
<tb> eps5H <SEP> 8225-9088 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (36%) <SEP> Transporteur
<tb> eps51 <SEP> 10742-11568 <SEP> cps23fO <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF057294] <SEP> dTDP-rhamnose <SEP> synthétase
<tb> (87%)
<tb> IS1193 <SEP> 11924-13240 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (72%)
<tb> orf14.9 <SEP> 13321-14100 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (82%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps5A <SEP> 845-2302 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps5B <SEP> 2306-3031 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps5C <SEP> 3043-3735 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps5D <SEP> 3738-4376 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps5E <SEP> 4545-5639 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps5F <SEP> 5937-7112 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (74%)
<tb> eps5G <SEP> 7112-7330 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (38%) <SEP> transférase
<tb> eps5H <SEP> 8225-9088 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (36%) <SEP> Transporteur
<tb> eps51 <SEP> 10742-11568 <SEP> cps23fO <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF057294] <SEP> dTDP-rhamnose <SEP> synthétase
<tb> (87%)
<tb> IS1193 <SEP> 11924-13240 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (72%)
<tb> orf14.9 <SEP> 13321-14100 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (82%)
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type VI est localisé sur une séquence de 20 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 24 février 1999 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2130 ; une autre souche de Streptococcus thermophilus contenant cet opéron a également été déposée selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M le 24 février 1999, sous le numéro 1-2129.
La séquence obtenue à partir de la souche 1-2130 est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 5. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau V ci après.
<Desc/Clms Page number 7>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> V
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps6A <SEP> 843-2300 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps6B <SEP> 2304-3032 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps6C <SEP> 3041-3730 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps6D <SEP> 3746-4483 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps6E <SEP> 4543-5907 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (93%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps6F <SEP> 5943-7118 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (78%)
<tb> eps6G <SEP> 7328-8473 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (74%)
<tb> eps6H <SEP> 8473-9561 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (70%) <SEP> transférase
<tb> eps6l <SEP> 11217-12110 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (40%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps6J <SEP> 12213-12974 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (30%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps6K <SEP> 14475-15887 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (70%)
<tb> eps6L <SEP> 15889-16971 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (93%) <SEP> mutase
<tb> eps6M <SEP> 171131-18060 <SEP> yefG <SEP> E. <SEP> coli <SEP> [D90841] <SEP> (40%) <SEP> Inconnue
<tb> orf14.9 <SEP> 18162-18443 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (87%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps6A <SEP> 843-2300 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps6B <SEP> 2304-3032 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps6C <SEP> 3041-3730 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps6D <SEP> 3746-4483 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps6E <SEP> 4543-5907 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (93%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps6F <SEP> 5943-7118 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (78%)
<tb> eps6G <SEP> 7328-8473 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (74%)
<tb> eps6H <SEP> 8473-9561 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (70%) <SEP> transférase
<tb> eps6l <SEP> 11217-12110 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (40%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps6J <SEP> 12213-12974 <SEP> epsl <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (30%) <SEP> Glucosyl <SEP> transférase
<tb> eps6K <SEP> 14475-15887 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (70%)
<tb> eps6L <SEP> 15889-16971 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (93%) <SEP> mutase
<tb> eps6M <SEP> 171131-18060 <SEP> yefG <SEP> E. <SEP> coli <SEP> [D90841] <SEP> (40%) <SEP> Inconnue
<tb> orf14.9 <SEP> 18162-18443 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (87%)
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type VII est localise sur une séquence de 16 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2429 ; d'autres souches de Streptococcus thermophilus contenant cet opéron ont également été déposées selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M le 30 décembre 1994, sous le numéro 1-1520, et le 6 avril 2000, sous les numéros 1-2430 et 1-2437.
La séquence obtenue à partir de la souche 1-2429 est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 6. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau VI ci après.
<Desc/Clms Page number 8>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> VI <SEP> ~~~~~~
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps7A <SEP> 886-2320 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps7B <SEP> 2327-3052 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7C <SEP> 3064-3756 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps7D <SEP> 3769-4410 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830](86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps7E <SEP> 4502-5056 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (93%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> IS946 <SEP> 5089-5532 <SEP> IS946 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [M33868] <SEP> (93%) <SEP> Transposase
<tb> eps7F <SEP> 5569-5573 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (30%) <SEP> transférase
<tb> IS1193 <SEP> 5973-9117 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (87%)
<tb> eps7G <SEP> 9181-9435 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (35%) <SEP> Transporteur
<tb> eps7H <SEP> 9691-10665 <SEP> ywbM <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (34%) <SEP> Inconnue
<tb> eps71 <SEP> 10671-10895 <SEP> ywbN <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (43%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7J <SEP> 11725-12531 <SEP> ywbL <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (23%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7K <SEP> 12560-13247 <SEP> ycbT <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [D30808] <SEP> (42%) <SEP> Inconnue
<tb> IS1193 <SEP> 13956-14285 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> orf14.9 <SEP> orf <SEP> 14. <SEP> 9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (82%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps7A <SEP> 886-2320 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (87%) <SEP> Régulation
<tb> eps7B <SEP> 2327-3052 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (92%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7C <SEP> 3064-3756 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (88%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps7D <SEP> 3769-4410 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830](86%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps7E <SEP> 4502-5056 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (93%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> IS946 <SEP> 5089-5532 <SEP> IS946 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [M33868] <SEP> (93%) <SEP> Transposase
<tb> eps7F <SEP> 5569-5573 <SEP> cps2G <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosephosphate
<tb> (30%) <SEP> transférase
<tb> IS1193 <SEP> 5973-9117 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (87%)
<tb> eps7G <SEP> 9181-9435 <SEP> epsU <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> (35%) <SEP> Transporteur
<tb> eps7H <SEP> 9691-10665 <SEP> ywbM <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (34%) <SEP> Inconnue
<tb> eps71 <SEP> 10671-10895 <SEP> ywbN <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (43%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7J <SEP> 11725-12531 <SEP> ywbL <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [X73124] <SEP> (23%) <SEP> Inconnue
<tb> eps7K <SEP> 12560-13247 <SEP> ycbT <SEP> B. <SEP> subtilis <SEP> [D30808] <SEP> (42%) <SEP> Inconnue
<tb> IS1193 <SEP> 13956-14285 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> orf14.9 <SEP> orf <SEP> 14. <SEP> 9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (82%)
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type IX est localisé sur une séquence de 12,5 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2427
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 7. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau VII ci après.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 7. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau VII ci après.
<Desc/Clms Page number 9>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> VII
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps9A <SEP> 831-2287 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> eps9B <SEP> 2291-3017 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91%) <SEP> Inconnue
<tb> eps9C <SEP> 3029-3721 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps9D <SEP> 3734-4470 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps9E <SEP> 4534-5106 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> ISS1S <SEP> 5108-5596 <SEP> ISS1 <SEP> S <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (84%)
<tb> IS1193 <SEP> 5790-6116 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (82%)
<tb> eps9F <SEP> 6319-6999 <SEP> pgk <SEP> Lb <SEP> delbrueki <SEP> [032756] <SEP> (54%) <SEP> Phosphoglycérate <SEP> kinase
<tb> eps9G <SEP> 7025-7519 <SEP> cps23fH <SEP> S.pneumoniae <SEP> [AF057294] <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> (38%)
<tb> eps9H <SEP> 8293-9260 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (81%)
<tb> eps91 <SEP> 9421-10529 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (95%) <SEP> mutase
<tb> eps9J <SEP> 10623-11027 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (77%)
<tb> eps9K <SEP> 11057-11959 <SEP> pur5 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF016634] <SEP> (65%) <SEP> FGAR <SEP> cyclo-ligase
<tb> orf14.9 <SEP> orf14.9S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (88%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps9A <SEP> 831-2287 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> eps9B <SEP> 2291-3017 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91%) <SEP> Inconnue
<tb> eps9C <SEP> 3029-3721 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps9D <SEP> 3734-4470 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps9E <SEP> 4534-5106 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> ISS1S <SEP> 5108-5596 <SEP> ISS1 <SEP> S <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (84%)
<tb> IS1193 <SEP> 5790-6116 <SEP> IS1193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (82%)
<tb> eps9F <SEP> 6319-6999 <SEP> pgk <SEP> Lb <SEP> delbrueki <SEP> [032756] <SEP> (54%) <SEP> Phosphoglycérate <SEP> kinase
<tb> eps9G <SEP> 7025-7519 <SEP> cps23fH <SEP> S.pneumoniae <SEP> [AF057294] <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> (38%)
<tb> eps9H <SEP> 8293-9260 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (81%)
<tb> eps91 <SEP> 9421-10529 <SEP> cap33fN <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (95%) <SEP> mutase
<tb> eps9J <SEP> 10623-11027 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (77%)
<tb> eps9K <SEP> 11057-11959 <SEP> pur5 <SEP> L. <SEP> lactis <SEP> [AF016634] <SEP> (65%) <SEP> FGAR <SEP> cyclo-ligase
<tb> orf14.9 <SEP> orf14.9S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (88%)
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type X est localisé sur une séquence de 15,5 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 6 avril 2000 selon le traité de Budapest auprès de la C. N.C.M. (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-2428.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 8. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau VIII ci après.
<Desc/Clms Page number 10>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> VIII
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps10A <SEP> 1152-2572 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> epslOB <SEP> 2576-3292 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> eps10C <SEP> 3313-4005 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps10D <SEP> 4037-4661 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps10E <SEP> 4822-6080 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> epslOF <SEP> 6116-6679 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (77%)
<tb> eps10G <SEP> 7180-8286 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (57%)
<tb> eps10H <SEP> 8369-9470 <SEP> cap33fNS. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (94%) <SEP> mutase
<tb> eps101 <SEP> 9508-10482 <SEP> cpsY <SEP> M. <SEP> tuberculosis <SEP> [G70536] <SEP> (32%) <SEP> UDP-glucose <SEP> épimérase
<tb> IS1191 <SEP> 11479-11703 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> IS153 <SEP> 12875-13503 <SEP> IS153 <SEP> Lb. <SEP> sanfranciscensis <SEP> Transposase
<tb> [AJ239042] <SEP> (96%)
<tb> IS1191 <SEP> 14013-14219 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> IS1193 <SEP> 14221-14975 <SEP> IS1 <SEP> 193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (92%)
<tb> orf14.9 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (88%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps10A <SEP> 1152-2572 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> epslOB <SEP> 2576-3292 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> eps10C <SEP> 3313-4005 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps10D <SEP> 4037-4661 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps10E <SEP> 4822-6080 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> epslOF <SEP> 6116-6679 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (77%)
<tb> eps10G <SEP> 7180-8286 <SEP> cap37L <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ131984] <SEP> Transporteur
<tb> (57%)
<tb> eps10H <SEP> 8369-9470 <SEP> cap33fNS. <SEP> pneumoniae <SEP> [AJ006986] <SEP> UDP-galactospyranose
<tb> (94%) <SEP> mutase
<tb> eps101 <SEP> 9508-10482 <SEP> cpsY <SEP> M. <SEP> tuberculosis <SEP> [G70536] <SEP> (32%) <SEP> UDP-glucose <SEP> épimérase
<tb> IS1191 <SEP> 11479-11703 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> IS153 <SEP> 12875-13503 <SEP> IS153 <SEP> Lb. <SEP> sanfranciscensis <SEP> Transposase
<tb> [AJ239042] <SEP> (96%)
<tb> IS1191 <SEP> 14013-14219 <SEP> IS1191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (86%)
<tb> IS1193 <SEP> 14221-14975 <SEP> IS1 <SEP> 193 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (92%)
<tb> orf14.9 <SEP> orf14.9 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> Inconnue
<tb> (88%)
<tb>
L'opéron dénommé opéron de type XI est localisé sur une séquence de 14,5 kb environ d'ADN chromosomique de la souche de Streptococcus thermophilus déposée le 22 septembre 1994 selon le traité de Budapest auprès de la C.N.C.M.(Collection Nationale de Cultures de Microorganismes, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris CEDEX 15, France), sous le numéro 1-1477.
Cette séquence est représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO: 9. Les positions et les caractéristiques des ORFs identifiés sur cette séquence sont indiqués dans le tableau IX ci après.
<Desc/Clms Page number 11>
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> IX
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps11A <SEP> 793-1985 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> eps11 <SEP> B <SEP> 2002-2670 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> eps11 <SEP> C <SEP> 2670-2852 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps11D <SEP> 3498-3538 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps11 <SEP> E <SEP> 3660-4694 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps11F <SEP> 5171-5773 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (62%)
<tb> eps11G <SEP> 5901-6046 <SEP> cps2F <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> (35%)
<tb> eps11H <SEP> 7767-8093 <SEP> wbbJ <SEP> E. <SEP> coli <SEP> [U03041] <SEP> (32%) <SEP> Acetyl <SEP> transférase
<tb> eps111 <SEP> 8612-9055 <SEP> papS <SEP> B. <SEP> burgdorferi <SEP> [AE001170] <SEP> Adenyl <SEP> transférase
<tb> (20%)
<tb> eps11J <SEP> 11470-12637 <SEP> orf2 <SEP> B. <SEP> cereus <SEP> [Y11138] <SEP> (41 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> ISSIS <SEP> 13177-13814 <SEP> ISS1S <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (92%)
<tb> IS1194 <SEP> 13984-14226 <SEP> IS1 <SEP> 194 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (93%)
<tb> IS1191 <SEP> 14226-14378 <SEP> IS1 <SEP> 191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (78%)
<tb>
<tb> ORF <SEP> Position <SEP> Homologie <SEP> Fonction <SEP> putative
<tb> eps11A <SEP> 793-1985 <SEP> epsA <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (86%) <SEP> Régulation
<tb> eps11 <SEP> B <SEP> 2002-2670 <SEP> epsB <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (91 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> eps11 <SEP> C <SEP> 2670-2852 <SEP> epsC <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (77%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps11D <SEP> 3498-3538 <SEP> epsD <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [U40830] <SEP> (95%) <SEP> Polymérisation/export
<tb> eps11 <SEP> E <SEP> 3660-4694 <SEP> cpsE <SEP> S. <SEP> salivarius <SEP> [X94980] <SEP> (96%) <SEP> Glucosephosphate <SEP> transférase
<tb> eps11F <SEP> 5171-5773 <SEP> cps2T <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Rhamnosyl <SEP> transférase
<tb> (62%)
<tb> eps11G <SEP> 5901-6046 <SEP> cps2F <SEP> S. <SEP> pneumoniae <SEP> [AF026471] <SEP> Galactosyl <SEP> transférase
<tb> (35%)
<tb> eps11H <SEP> 7767-8093 <SEP> wbbJ <SEP> E. <SEP> coli <SEP> [U03041] <SEP> (32%) <SEP> Acetyl <SEP> transférase
<tb> eps111 <SEP> 8612-9055 <SEP> papS <SEP> B. <SEP> burgdorferi <SEP> [AE001170] <SEP> Adenyl <SEP> transférase
<tb> (20%)
<tb> eps11J <SEP> 11470-12637 <SEP> orf2 <SEP> B. <SEP> cereus <SEP> [Y11138] <SEP> (41 <SEP> %) <SEP> Inconnue
<tb> ISSIS <SEP> 13177-13814 <SEP> ISS1S <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (92%)
<tb> IS1194 <SEP> 13984-14226 <SEP> IS1 <SEP> 194 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [Z98171] <SEP> Transposase
<tb> (93%)
<tb> IS1191 <SEP> 14226-14378 <SEP> IS1 <SEP> 191 <SEP> S. <SEP> thermophilus <SEP> [X71808] <SEP> Transposase
<tb> (78%)
<tb>
La présente invention fournit donc de nouveaux gènes et/ou de nouvelles combinaisons de gènes impliqués dans la biosynthèse des EPS chez les bactéries lactiques, et notamment chez S. thermophilus. Ces gènes et/ou combinaisons de gènes peuvent être utilisés pour optimiser la production d'EPS chez des bactéries lactiques, en particulier chez S. thermophilus. Par exemple, on peut exprimer chez une bactérie hôte un ou plusieurs des nouveaux opérons eps de S. thermophilus décrits ci-dessus, afin de produire le ou les EPS associé (s) à cet ou ces opéron (s). peut également, à partir des nouveaux gènes impliqués dans la synthèse des EPS mis en évidence par les Inventeurs, construire par recombinaison génétique des opérons eps fonctionnels permettant la synthèse de nouveaux EPS.
Au sens de la présente invention on entend par opéron eps fonctionnel, une séquence d'acide nucléique constituant une unité de transcription comprenant au moins, : - un groupe de gènes epsABCD, tel que défini ci-dessus ; - au moins un gène codant une undécaprényl glycosyl-1-phosphate transférase ; - un ou plusieurs gènes codant une glycosyltransférase ; - généralement, un ou plusieurs gènes codant une protéine impliquée dans le transport d'un EPS dans le milieu extracellulaire.
Eventuellement, ledit opéron EPS peut comprendre en outre un ou plusieurs gènes codant une protéine intervenant dans la modification des sucres précurseurs d'un l'EPS.
<Desc/Clms Page number 12>
La présente invention a pour objet un fragment d'acide nucléique constituant un opéron eps fonctionnel chez S. thermophilus, et caractérisée en ce qu'elle comprend au moins : a) un gène epsA choisi parmi : - l'ORF epslA de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 89% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3A de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4A de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5A de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6A de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7A de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9A de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOA de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllA de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3A de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4A de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5A de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6A de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7A de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9A de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOA de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllA de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins
<Desc/Clms Page number 13>
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou un gène epsB choisi parmi : - l'ORF epslB de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3B de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4B de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5B de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6B de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7B de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9B de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOB de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllB de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3B de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4B de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5B de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6B de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7B de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9B de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOB de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllB de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité, de préférence au moins
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95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou un gène epsC choisi parmi : - l'ORF epsIC de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 82% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3C de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4C de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 89% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5C de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6C de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7C de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9C de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOC de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllC de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3C de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4C de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 89% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5C de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6C de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7C de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9C de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOC de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllC de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins
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80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou un gène epsD choisi parmi : - l'ORF epslD de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3D de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4D de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5D de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6D de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7D de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9D de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOD de la séquence SEQ ID NO:8ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllD de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4D de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5D de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6D de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7D de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9D de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOD de la séquence SEQ ID NO:8ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllD de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
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et/ou au moins un gène codant une glycosyl-1-phosphate transférase choisi parmi : - l'ORF epslE de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslF de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3E de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3H de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité, au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4E de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5E de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5G de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6E de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6H de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7E de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslF de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3E de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3H de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité, au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4E de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5E de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5G de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6E de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6H de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7E de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins
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95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7F de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9E de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOE de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllE de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou au moins un gène codant une glycosyltransférase choisi parmi : - l'ORF epsIG de la séquence SEQ ID NO:1ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 45% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslH de la séquence SEQ ID NO:1ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps1I de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 50% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3F de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 82% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4F de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4H de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9E de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOE de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllE de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou au moins un gène codant une glycosyltransférase choisi parmi : - l'ORF epsIG de la séquence SEQ ID NO:1ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 45% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslH de la séquence SEQ ID NO:1ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps1I de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 50% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3F de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 82% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4F de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4H de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité, de préférence au moins
<Desc/Clms Page number 18>
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4I de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5F de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité, de préférence au moins
80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6F de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 78% d'identité, de préférence au moins
80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6G de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6I de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6J de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9G de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9J de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOF de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllF de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 62% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5F de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité, de préférence au moins
80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6F de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 78% d'identité, de préférence au moins
80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6G de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6I de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6J de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9G de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9J de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOF de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins de 95% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllF de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 62% d'identité, de préférence au moins
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70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 95% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllG de la séquence SEQ ID N0:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 35% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
Selon un mode de réalisation préféré de la présente invention, ledit opéron eps comprend en outre au moins un gène choisi parmi : - l'ORF epslJ de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslK de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 69% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslL de la séquence SEQ ID NO:l ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3G de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 67% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3I de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 27% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3J de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 46% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3K de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4J de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
Selon un mode de réalisation préféré de la présente invention, ledit opéron eps comprend en outre au moins un gène choisi parmi : - l'ORF epslJ de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins
95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslK de la séquence SEQ ID NO:1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 69% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslL de la séquence SEQ ID NO:l ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3G de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 67% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3I de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 27% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3J de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 46% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3K de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4J de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps4K de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4L de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 28% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4M de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 84% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4N de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5H de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 36% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5I de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6K de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6L de la séquence SEQ ID NO:5ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6M de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7G de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 35% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4L de la séquence SEQ ID NO:3ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 28% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4M de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 84% d'identité, de préférence au moins
90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4N de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins
99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5H de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 36% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5I de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6K de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité, de préférence au moins 80% d'identité, avantageusement au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6L de la séquence SEQ ID NO:5ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6M de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7G de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 35% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps7H de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 34% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7I de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 43% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7J de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 23% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7K de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 42% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9F de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 54% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9H de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 81% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9I de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9K de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 65% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOG de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 57% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOH de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7I de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 43% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7J de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 23% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7K de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 42% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9F de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 54% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9H de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 81% d'identité, de préférence au moins 90% d'identité, avantageusement au moins 95% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9I de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité, de préférence au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9K de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 65% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOG de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 57% d'identité, de préférence au moins 70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOH de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité, de préférence au moins 95% d'identité, et avantageusement au moins 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF epslOI de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps11H de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsill de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 20% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllJ de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF.
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps11H de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsill de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 20% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllJ de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité, de préférence au moins
70% d'identité, avantageusement au moins 80% d'identité, et de manière tout à fait préférée au moins 90% à 99% d'identité, avec le produit de traduction dudit ORF.
La présente invention englobe en particulier tout opéron eps porté par l'un des fragments d'acide nucléique identifiés dans la liste de séquences sous les numéros SEQ ID NO: 1 à SEQ ID NO: 9.
La présente invention a également pour objet : - tout fragment d'acide nucléique isolé essentiellement constitué par un ORF choisi parmi epslA, epslB, epslC, epslD, epslE, epslF, epslG, epslH, epsll, epsIJ, epslK, epslL, eps3A, eps3B, eps3C, eps3D, eps3E, eps3F, eps3G, eps3H, eps3I, eps3J, eps3K, eps4A, eps4B, eps4C, eps4D, eps4E, eps4F, eps4H, eps4I, eps4J, eps4K, eps4L, eps4M, eps4N, eps5A, eps5B, eps5C, eps5D, eps5E, eps5F, eps5G, eps5H, eps5I, eps6A, eps6B, eps6C, eps6D, eps6E, eps6F, eps6G, eps6H, eps6I, eps6J, eps6K, eps6L, eps6M, eps7A, eps7B, eps7C, eps7D, eps7E, eps7F, eps7G, eps7H, eps7I, eps7J, eps7K, eps9A, eps9B, eps9C, eps9D, eps9E,, eps9F, eps9G, eps9H, eps9I, eps9J, eps9K, epslOA, epsIOB, epsIOC, epsIOD, epslOE, epsIOF, epsIOG, epslOH, epslOI, eps11A, eps11B, epsllC, epsllD, epsllE, epsllF, epsllG, epsllH, epsllI, epsllJ, définis ci-dessus, ou une séquence codant une protéine présentant avec le produit de traduction dudit ORF, le pourcentage d'identité défini ci-dessus, et impliquée dans la synthèse des EPS ; ceci englobe en particulier tout fragment d'acide nucléique isolé essentiellement constitué par un ORF choisi parmi : epslG, epslH, epsll, eps3F, eps4F, eps4H, eps4I, eps5F, eps6F, eps6G, eps6I, eps6J, eps9G, eps9J, eps 1 OF, eps 11 F, eps 11 G, ou par une séquence codant une glycosyltransférase présentant avec le produit de traduction dudit ORF, le pourcentage d'identité défini ci-dessus ; - l'utilisation d'au moins un fragment d'acide nucléique tel que défini ci dessus, pour l'obtention d'un opéron eps chimérique fonctionnel. Dans ce cadre, ledit
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fragment sera utilisé en combinaison avec d'autres ORFs provenant d'un ou plusieurs opéron (s) eps. Il peut s'agir de fragments d'acide nucléique conformes à l'invention, et/ou de fragments d'acide nucléiques portant des ORFs provenant d'autres opérons eps.
L'expression, dans une cellule-hôte, par exemple dans une bactérie lactique, et notamment chez S. thermophilus, d'un opéron eps conforme à l'invention, permet de produire l'EPS correspondant. On peut également, si on le souhaite, exprimer au lieu d'un opéron eps complet, seulement un ou plusieurs des gènes intervenant dans la synthèse de l'EPS, notamment parmi ceux codant les glycosyltransférases, notamment afin de produire par génie génétique les protéines correspondantes, qui peuvent ensuite être utilisées, par exemple, pour la synthèse de polysaccharides.
Dans tous les cas l'expression d'un fragment d'acide nucléique conforme à l'invention peut s'effectuer selon les méthodes classiques, connues en elles-même de l'homme de l'art.
De manière générale, on construira un vecteur recombinant comprenant un fragment d'acide nucléique associé à des séquences de contrôle de la transcription et de la traduction appropriées. Le vecteur dans lequel on effectue l'insertion du fragment d'acide nucléique conforme à l'invention, ainsi que les séquences permettant de contrôler son expression seront choisis par exemple en fonction de la cellule-hôte sélectionnée et/ou du type (par exemple expression constitutive ou expression conditionnelle) et du niveau d'expression que l'on souhaite obtenir ; de nombreux vecteurs, et de nombreuses séquences de contrôle de l'expression, utilisables dans une variété de cellules-hôtes, sont connues en elles-mêmes.
Avantageusement, ces séquences de contrôle de l'expression peuvent être celles d'un opéron eps, et notamment les séquences des promoteurs des opérons eps de type I, III, IV, V, VI, VII, IX, X, et XI conformes à l'invention. En effet, les Inventeurs ont constaté que la quantité d'EPS produit variait d'une souche à l'autre, et on émis l'hypothèse que cette variation pourrait être due, au moins en partie, à la transcription de l'opéron eps. Ils ont d'autre part constaté que le promoteur situé en amont du gène epsA varie d'un type d'opéron à l'autre. Notamment, il existe une zone de forte variabilité (insertions ou délétions) quelques bases en amont de la boîte -35. Par exemple dans le cas de l'opéron de Type I, une séquence d'insertion (IS1191) est insérée 4 paires de bases en amont de la boîte-35. Cette insertion peut avoir des effets sur la régulation de la transcription des gènes de l'opéron.
La localisation des promoteurs des opérons eps sur les séquences SEQ ID NO: 1 à SEQ ID NO: 9 est la suivante : - Type 1 : de 434 à 2102 (IS 1191 insérée 4 bases en amont de la boîte - 35) de la séquence SEQ ID NO: 1 - Type III : de 488 à 827 de la séquence SEQ ID NO:2 - Type IV : de 485 à 825 de la séquence SEQ ID NO:3
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- Type V : de 499 à 844 de la séquence SEQ ID N0:4 - Type VI : de 496 à 844 de la séquence SEQ ID NO:5 - Type VII : de 530 à 880 de la séquence SEQ ID NO:6 - Type IX : de 490 à 831 de la séquence SEQ ID N0:7 - Type X : de 736 à 1104 de la séquence SEQ ID NO:8 - Type XI : de 470 à 820 de la séquence SEQ ID NO:9.
Les promoteurs des opérons eps conformes à l'invention sont utilisables notamment pour réguler l'expression, soit des gènes auxquels ils sont respectivement associés dans les séquences SEQ ID NO: 1 à 9, soit des gènes de tout autre opéron eps.
Le vecteur ainsi obtenu est utilisé pour transformer la cellule-hôte choisie. Celle-ci peut être une cellule eucaryote, par exemple une cellule de levure, ou une cellule procaryote ; dans ce dernier cas, il peut s'agir en particulier d'une bactérie lactique, et notamment de S. thermophilus.
La présente invention englobe également tout vecteur recombinant comprenant un fragment conforme à l'invention, ainsi que toute cellule-hôte transformée par un fragment d'acide nucléique conforme à l'invention.
Des cellules transformées par un fragment d'acide nucléique conforme à l'invention peuvent notamment être utilisées pour la biosynthèse d'EPS, ou, en particulier dans le cas des bactéries lactiques, pour la préparation de produits fermentés comprenant un EPS ayant la structure souhaitée.
Il est donc maintenant possible de modifier le type d'EPS produit par S. thermophilus en introduisant tout ou partie des gènes décrit dans cette invention. En particulier, il est envisageable d'utiliser des gènes appartenant à différents opérons (notamment les gènes codant pour les glycosyltransférases) afin de construire un nouvel opéron permettant la synthèse d'un EPS ayant des propriétés nouvelles pour des applications dans le domaine de la texture ou des probiotiques.
En outre, en procurant les séquences de nouveaux opérons eps, la présente invention fournit des outils permettant de déterminer le type d'EPS produit par une souche de bactérie lactique, notamment une souche de S. thermophilus, par détection, chez ladite souche, de la présence de gènes ou de combinaison de gènes impliqués dans la synthèse dudit EPS.
Jusqu'à présent, la détermination de l'EPS produit par une souche de S. thermophilus nécessitait l'isolement puis l'analyse biochimique de l'EPS produit. Cette technique est très consommatrice de temps et de main d'#uvre, et n'est pas applicable en pratique, au typage d'un grand nombre de souches.
Grâce à la présente invention, il est désormais possible de déterminer la nature de l'EPS grâce aux gènes intervenant dans sa biosynthèse, et notamment d'établir une relation entre les propriétés d'une souche de S. thermophilus et la présence d'un opéron eps déterminé, ou de certains gènes de cet opéron.
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Notamment, il est possible, en procédant à l'alignement des séquences
SEQ ID NO :1 à SEQ ID NO : 9, représentant les opérons de types I, III, IV, V, VI, VII, IX,
X, et XI, entre elles et avec des séquences d'autres opérons (notamment les opérons eps de types II et VIII), d'identifier facilement les régions spécifiques de chaque opéron, ainsi que les régions communes à différents opérons, et d'en dériver des oligonucléotides utilisables par exemple comme sondes spécifiques de détection de la présence dudit opéron, et/ou comme amorces permettant l'amplification d'un fragment spécifique dudit opéron.
SEQ ID NO :1 à SEQ ID NO : 9, représentant les opérons de types I, III, IV, V, VI, VII, IX,
X, et XI, entre elles et avec des séquences d'autres opérons (notamment les opérons eps de types II et VIII), d'identifier facilement les régions spécifiques de chaque opéron, ainsi que les régions communes à différents opérons, et d'en dériver des oligonucléotides utilisables par exemple comme sondes spécifiques de détection de la présence dudit opéron, et/ou comme amorces permettant l'amplification d'un fragment spécifique dudit opéron.
La présente invention a en conséquence pour objet un procédé de sélection d'au moins un oligonucléotide permettant la détection spécifique d'un gène d'un opéron eps présent dans une souche de S. thermophilus, caractérisé en ce qu'il comprend : a) l'alignement des ORFs présentes sur les séquences identifiées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO: 1 à 9, entre elles et, éventuellement avec des ORFs de séquences d'autres opérons eps, notamment des opérons eps de types II et VIII ; b) l'identification, dans au moins une desdites ORFs, d'au moins une portion de taille supérieure à 12 pb, et de préférence comprise entre 15 et
50 pb, présentant une homologie inférieure à 80%, et de préférence inférieure à 50% avec les autres séquences.
50 pb, présentant une homologie inférieure à 80%, et de préférence inférieure à 50% avec les autres séquences.
On peut ensuite facilement préparer un ou plusieurs oligonucléotides de séquence identique ou de séquence complémentaire à celle (s) la ou des portion (s) séquence ainsi identifiées.
La présente invention a également pour objet tout oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps, susceptible d'être obtenu par le procédé défini ci- dessus, et notamment tout oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps choisi parmi les opérons de Type I à XI.
On définit ici comme oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps , tout oligonucléotide pour lequel il est possible de définir des conditions d'hybridation dans lesquelles, en présence des opérons eps des types I à XI, ledit oligonucléotide ne s'hybride qu'avec un seul gène porté par un seul desdits opérons.
Des oligonucléotides conformes à l'invention peuvent notamment être obtenus à partir de la séquence d'au moins un ORF choisi parmi epslG, epslH, epslI, epslK, epslL, eps3F, eps3G, eps3H, eps3I, eps3J, eps3K, eps4L, eps5F, eps5G, eps5H, eps5I, eps6F, eps6G, eps6H, eps6I, eps6J, eps6K, eps6L, eps6M, eps7F, eps7G, eps7H, eps7I, eps7J, eps7K, eps9F, eps9G, eps9H, eps9I, eps9J, eps9K, epslOF, epslOG, epslOH, epslOI, eps11F, eps 11 G, eps 11 H, eps11I, epsllJ, et avantageusement à partir de la séquence d'au moins un ORF choisi parmi epslG, epslH, epsll, eps3F, eps5F, eps6F, eps6G, eps6I, eps6J, eps9G, eps9J, epslOF, eps11F, epsllG.
La présente invention a également pour objet toute paire d'amorces oligonucléotidiques permettant l'amplification d'un fragment d'acide nucléique spécifique
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d'un gène d'un opéron eps, et notamment toute paire d'amorces oligonucléotidiques spécifique d'un gène d'un opéron eps choisi parmi les opérons de Type I à XI.
Ceci englobe en particulier : - tout couple d'oligonucléotides comprenant au moins un oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps, tel que défini ci-dessus ; - tout couple d'oligonucléotides pour lequel il est possible de définir des conditions d'amplification dans lesquelles, en présence des opérons eps des types I à XI, ils ne s'hybrident conjointement qu'avec un seul gène de l'un desdits opérons, permettant donc uniquement l'amplification de séquences dudit gène ; - tout couple d'oligonucléotides qui, bien que pouvant s'hybrider conjointement avec un ou plusieurs gènes d'un ou plusieurs opérons eps des types 1 à XI, génèrent pour chacun de ces gènes, un produit d'amplification de taille différente.
De même, il est possible d'identifier des oligonucléotides utilisables comme amorces pour l'amplification d'une séquence d'acide nucléique spécifique d'un opéron eps, notamment d'un opéron eps choisi parmi les opérons de Type I à XI.
On définit par: séquence d'acide nucléique spécifique d'un opéron eps tout gène, portion de gène, ou combinaison de gènes, présents uniquement sur cet opéron.
La présente invention a également pour objet toute paire d'amorces oligonucléotidiques permettant l'amplification d'un fragment d'acide nucléique spécifique d'un opéron eps, et notamment toute paire d'amorces oligonucléotidiques permettant l'amplification d'un fragment d'acide nucléique spécifique d'un opéron eps choisi parmi les opérons de Type I à XI.
Ceci englobe en particulier : - tout couple d'oligonucléotides comprenant au moins un oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps, tel que défini ci-dessus ; - tout couple d'oligonucléotides pour lequel il est possible de définir des conditions d'amplification dans lesquelles, en présence des opérons eps des types 1 à XI, ils ne s'hybrident conjointement qu'avec un seul desdits opérons, permettant donc uniquement l'amplification de séquences dudit opéron ; - tout couple d'oligonucléotides qui, bien que pouvant s'hybrider conjointement avec plusieurs opérons eps, génèrent pour chacun de ces opérons, un produit d'amplification de taille différente.
De telles amorces nucléotidiques sont susceptibles d'être obtenues par un procédé comprenant : a) l'alignement des séquences identifiées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO: 1 à 9, entre elles et, éventuellement avec des séquences d'autres opérons eps ;
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b) l'identification, dans la séquence représentant le type d'opéron eps que l'on souhaite détecter d'au moins une région spécifique, par sa taille et/ou sa séquence, dudit opéron ; c) l'identification d'amorces permettant d'obtenir l'amplification spécifique de ladite région.
La présente invention a également pour objet l'utilisation d'au moins un oligonucléotide ou d'au moins un couple d'amorces tels que définis ci-dessus pour la détermination du type d'EPS produit par une souche de S. thermophilus.
La présente invention a aussi pour objet un kit permettant la détermination du type d'EPS produit par une souche de S. thermophilus, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps, et/ou au moins une paire d'amorces oligonucléotidiques permettant l'amplification d'un fragment d'acide nucléique spécifique d'un opéron eps, conformes à l'invention.
Les oligonucléotides conformes à l'invention permettent de cribler rapidement une collection de souches de S. thermophilus pour connaître le type d'EPS produit par ces souches. Ils permettent de déterminer, sans qu'il soit nécessaire de purifier et d'analyser l'EPS concerné, la relation entre la présence d'un type d'EPS et les caractéristiques d'un produit, par exemple les qualités organoleptiques, la texture, les effets probiotiques éventuels, etc. Ils permettent également de sélectionner les ferments en fonction de leur capacité à produire un EPS déterminé.
La présente invention englobe également les souches de Streptococcus thermophilus comprenant au moins un opéron eps conforme à l'invention, et notamment des souches de Streptococcus thermophilus comprenant : - un opéron eps de type I, représentées par les souches CNCM 1-2426, 1- 2423, et 1-2424 ; - un opéron eps de type III, représentées par la souche CNCM 1-2425 ; - un opéron eps de type IV, représentées par la souche CNCM 1-2432 ; - un opéron eps de type V, représentées par la souche CNCM 1-2431 ; - un opéron eps de type VI, représentées par les souches CNCM I-
2129, et 1-2130; - un opéron eps de type IX, représentées par la souche CNCM 1-2427 ;
La présente invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples non-limitatifs illustrant l'utilisation de séquences d'acide nucléique conformes à l'invention pour la détermination du type d'opéron eps contenu dans différentes souches de S. thermophilus.
2129, et 1-2130; - un opéron eps de type IX, représentées par la souche CNCM 1-2427 ;
La présente invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples non-limitatifs illustrant l'utilisation de séquences d'acide nucléique conformes à l'invention pour la détermination du type d'opéron eps contenu dans différentes souches de S. thermophilus.
EXEMPLE 1 : KITS DE TYPAGE GENETIQUE
2 kits de typage permettant d'amplifier spécifiquement les opérons de type I, II, III, IV, VI VIII et X (kit 1) ou de type V, IX et XI (kit 2) sont décrits ci-après à titre d'exemple..
2 kits de typage permettant d'amplifier spécifiquement les opérons de type I, II, III, IV, VI VIII et X (kit 1) ou de type V, IX et XI (kit 2) sont décrits ci-après à titre d'exemple..
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Le kit 1 comprend : - une amorce 364 (GGGCACATTTGCCATTAGTG) spécifique de l'orfl4.9, présente dans tous les types d'opéron connus, mis à part le Type XI ; - une amorce 525 (GGAGATGAACCATACTACCC) spécifique du Type 1 et VI ; - une amorce 526 (GGTGATTCAGATTAAGTGGCG) spécifique du Type II : - une amorce 532 (GCACTACTATTAATGATTCCG) spécifique du Type III ; - une amorce 366 (GCTACGTAGGCTATAGAAGC) spécifique du Type IV et
VIII ; - une amorce 442 (CTCACGGATAAACTCTGG) spécifique du Type X ; - les amorces 523 (GACGACTACTCCACGTGATCC), et 524 (GAGAGGCACTTTCCACACTCG) spécifiques du gène epsA présent dans tous les types d'opérons eps de
S. thermophilus connus.
VIII ; - une amorce 442 (CTCACGGATAAACTCTGG) spécifique du Type X ; - les amorces 523 (GACGACTACTCCACGTGATCC), et 524 (GAGAGGCACTTTCCACACTCG) spécifiques du gène epsA présent dans tous les types d'opérons eps de
S. thermophilus connus.
Le kit 2 comprend les amorces 364,523, et 524, ainsi que : - une amorce 304 (GCAGCCTGCTGGGAGAC) spécifique du Type V ; - une amorce 543 (CGTCACCTCGTGGAGAGTTGG) spécifique des Types V et
XI; - les amorces 517 (GAACGCATCTTCCGGTGGC) et 519 (GTACCATCATCTTCGCCAGC) spécifiques du Type XI.
XI; - les amorces 517 (GAACGCATCTTCCGGTGGC) et 519 (GTACCATCATCTTCGCCAGC) spécifiques du Type XI.
Ces amorces sont utilisées dans la technique de multiplex PCR [SOROKIN et al., Genome Res., 6, 448-453, (1996) ] selon le protocole suivant :
La PCR est effectuée sur de l'ADN total de Streptococcus thermophilus en présence de l'ensemble des amorces du kit 1 ou de l'ensemble des amorces du kit 2, dans les conditions suivantes : 94 C 5 min, suivi de 30 cycles d'amplification (94 C 30 sec, 50 C 30 sec, 72 C 3 min) puis d'une conservation à 4 C jusqu'au dépôt sur gel d'agarose à 1%.
La PCR est effectuée sur de l'ADN total de Streptococcus thermophilus en présence de l'ensemble des amorces du kit 1 ou de l'ensemble des amorces du kit 2, dans les conditions suivantes : 94 C 5 min, suivi de 30 cycles d'amplification (94 C 30 sec, 50 C 30 sec, 72 C 3 min) puis d'une conservation à 4 C jusqu'au dépôt sur gel d'agarose à 1%.
Les amorces 523 et 524 servent de témoin d'amplification et permettent d'obtenir une bande de 600 bp (fragment interne à epsA) quelque soit le type de l'opéron.
Dans le cas du kit 1, on observe une bande supplémentaire à 1. 5 kb, 0.5 kb, 2. 8 kb, 2. 5kb, 1. 4 kb, 2. 1 kb ou 0.3kb si la souche de S. thermophilus contient un opéron eps de type I, II, III, IV, VI, VIII ou X.
Dans le cas du kit 2, on observe deux bandes à 2,1 kb et 1,9 kb pour un opéron de Type V, une seule bande à 1,9 kb dans le cas du Type X et une bande à 2,5 kb dans le cas du Type XI.
EXEMPLE 2 : CORRELATION ENTRE LA PRESENCE D'UN TYPE D'OPERON EPS ET LA TEXTURE D'UN PRODUIT FERMENTE.
Des laits fermentés par des souches de S. thermophilus possédant différents opérons eps de type 1 à XI ont été préparés comme suit:
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Un litre de lait demi-écrémé a été enrichi avec 3% de poudre de lait écrémé (extrait sec 14%). Après pasteurisation (10 min à 90 C) le lait est refroidi à 43 C et inoculé avec 20g de concentré bactérien congelé pour 100 litres de lait.
Le lait est incubé à 43 C jusqu'à pH 4,75. La fermentation est arrêtée par refroidissement à +4 C.
Le produit est caractérisé après stockage de 24h à +6 C.
Temps de fermentation : Pour évaluer le temps de fermentation, le pH est mesuré en continu (CINAC) Rhéologie : La viscosité est appréciée par Viscosimètre BROOKFIELD, Vitesse 10, aiguille C, à la température de +8 C .Les résultats sont illustrés dans le Tableau X ci-après.
<tb>
<tb>
<tb>
Tableau <SEP> X
<tb> Souche <SEP> Type <SEP> des <SEP> Temps <SEP> de <SEP> Temps <SEP> de <SEP> pH <SEP> j1 <SEP> PH <SEP> j14 <SEP> Viscosité <SEP> Viscosité
<tb> séquences <SEP> fermentation <SEP> fermentation <SEP> J1 <SEP> CPS <SEP> J14 <SEP> CPS <SEP>
<tb> des <SEP> pour <SEP> pour
<tb> opérons <SEP> atteindre <SEP> pH <SEP> atteindre <SEP> pH <SEP>
<tb> EPS <SEP> 4,75 <SEP> 4,6
<tb> CNCM <SEP> 1-1477 <SEP> XI <SEP> 5h35 <SEP> 7h05 <SEP> 4,75 <SEP> 4,54 <SEP> 16000 <SEP> 18000
<tb> CNCM <SEP> I-2425 <SEP> III <SEP> 4h00 <SEP> 5h15 <SEP> 4,65 <SEP> 4,42 <SEP> 20000 <SEP> 27000
<tb> CNCM <SEP> I-2432 <SEP> IV <SEP> 6h50 <SEP> 8h50 <SEP> 4,76 <SEP> 4,52 <SEP> 37000 <SEP> 41000
<tb> CNCM <SEP> I-2426 <SEP> @ <SEP> 5h35 <SEP> 7h25 <SEP> 4,75 <SEP> 4,50 <SEP> 39000 <SEP> 44000
<tb> CNCM <SEP> 1-2423 <SEP> @ <SEP> 5h05 <SEP> 7h00 <SEP> 4,75 <SEP> 4,40 <SEP> 40000 <SEP> 46000
<tb> CNCM <SEP> 1-1520 <SEP> VU <SEP> 9h35 <SEP> 14h10 <SEP> 4,73 <SEP> 4,50 <SEP> 40000 <SEP> 45000
<tb> CNCM <SEP> I-2429 <SEP> VII <SEP> 9h00 <SEP> 13h45 <SEP> 4,70 <SEP> 4,53 <SEP> 50000 <SEP> 54000
<tb> CNCM <SEP> 1-2129 <SEP> VI <SEP> 8h15 <SEP> 11h00 <SEP> 4,70 <SEP> 4,51 <SEP> 88000 <SEP> 69000
<tb>
<tb> Souche <SEP> Type <SEP> des <SEP> Temps <SEP> de <SEP> Temps <SEP> de <SEP> pH <SEP> j1 <SEP> PH <SEP> j14 <SEP> Viscosité <SEP> Viscosité
<tb> séquences <SEP> fermentation <SEP> fermentation <SEP> J1 <SEP> CPS <SEP> J14 <SEP> CPS <SEP>
<tb> des <SEP> pour <SEP> pour
<tb> opérons <SEP> atteindre <SEP> pH <SEP> atteindre <SEP> pH <SEP>
<tb> EPS <SEP> 4,75 <SEP> 4,6
<tb> CNCM <SEP> 1-1477 <SEP> XI <SEP> 5h35 <SEP> 7h05 <SEP> 4,75 <SEP> 4,54 <SEP> 16000 <SEP> 18000
<tb> CNCM <SEP> I-2425 <SEP> III <SEP> 4h00 <SEP> 5h15 <SEP> 4,65 <SEP> 4,42 <SEP> 20000 <SEP> 27000
<tb> CNCM <SEP> I-2432 <SEP> IV <SEP> 6h50 <SEP> 8h50 <SEP> 4,76 <SEP> 4,52 <SEP> 37000 <SEP> 41000
<tb> CNCM <SEP> I-2426 <SEP> @ <SEP> 5h35 <SEP> 7h25 <SEP> 4,75 <SEP> 4,50 <SEP> 39000 <SEP> 44000
<tb> CNCM <SEP> 1-2423 <SEP> @ <SEP> 5h05 <SEP> 7h00 <SEP> 4,75 <SEP> 4,40 <SEP> 40000 <SEP> 46000
<tb> CNCM <SEP> 1-1520 <SEP> VU <SEP> 9h35 <SEP> 14h10 <SEP> 4,73 <SEP> 4,50 <SEP> 40000 <SEP> 45000
<tb> CNCM <SEP> I-2429 <SEP> VII <SEP> 9h00 <SEP> 13h45 <SEP> 4,70 <SEP> 4,53 <SEP> 50000 <SEP> 54000
<tb> CNCM <SEP> 1-2129 <SEP> VI <SEP> 8h15 <SEP> 11h00 <SEP> 4,70 <SEP> 4,51 <SEP> 88000 <SEP> 69000
<tb>
Ces résultats montrent qu'il existe une corrélation entre le type d'opéron eps présent dans une souche de Streptococcus thermophilus, et les propriétés des EPS produits, reflétées ici par la viscosité du produit fermenté obtenu.
Claims (13)
1) Fragment d'acide nucléique constituant un opéron eps fonctionnel chez S. thermophilus comprenant au moins un groupe de gènes epsABCD, au moins un gène codant une undécaprényl glycosyl-1-phosphate transférase, et au moins un gène codant une glycosyltransférase , caractérisé en ce que : a) le gène epsA dudit groupe epsABCD est choisi parmi : - l'ORF epslA de la séquence SEQ ID NO:1ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 89% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3A de la séquence SEQ ID NO:2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4A de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5A de la séquence SEQ ID NO:4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6A de la séquence SEQ ID NO:5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7A de la séquence SEQ ID NO:6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9A de la séquence SEQ ID NO:7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOA de la séquence SEQ ID NO:8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllA de la séquence SEQ ID NO:9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou b) le gène epsB dudit groupe epsABCD est choisi parmi : - l'ORF epsIB de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps3B de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4B de la séquence SEQ ID NO:3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5B de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6B de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7B de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9B de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOB de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllB de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 91% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou c) le gène epsC dudit groupe epsABCD est choisi parmi : - l'ORF epslC de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 82% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3C de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4C de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 89% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5C de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps6C de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7C de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9C de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOC de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllC de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou d) le gène epsD dudit groupe epsABCD est choisi parmi : - l'ORF epslD de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3D de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4D de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5D de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6D de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7D de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 86% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9D de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF epslOD de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsl ID de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou e) au moins un gène codant une undécaprényl glycosyl-1-phosphate transférase est choisi parmi : - l'ORF epslE de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslF de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 88% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3E de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3H de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4E de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5E de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5G de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6E de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6H de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7E de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps7F de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9E de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOE de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllE de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; et/ou g) au moins un gène codant une glycosyltransférase est choisi parmi : - l'ORF epslG de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 45% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslH de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsll de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 50% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3F de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 82% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4F de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 92% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4H de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 90% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4I de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 96% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5F de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps6F de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 78% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6G de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 74% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6I de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6J de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 30% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9G de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 38% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9J de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOF de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 77% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllF de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 62% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epsllG de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 35% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
2) Fragment d'acide nucléique selon la revendication 1, caractérisée en ce que ledit opéron eps comprend en outre au moins un gène choisi parmi : - l'ORF epslJ de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslK de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 69% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslL de la séquence SEQ ID NO: 1 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps3G de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 67% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3I de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 27% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3J de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 46% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps3K de la séquence SEQ ID NO: 2 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4J de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4K de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4L de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 28% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4M de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 84% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps4N de la séquence SEQ ID NO: 3 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5H de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 36% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps5I de la séquence SEQ ID NO: 4 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 87% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6K de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 70% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps6L de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 93% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps6M de la séquence SEQ ID NO: 5 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 40% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7G de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 35% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7H de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 34% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7I de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 43% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7J de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 23% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps7K de la séquence SEQ ID NO: 6 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 42% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9F de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 54% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9H de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 81% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9I de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 95% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps9K de la séquence SEQ ID NO: 7 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 65% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOG de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 57% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOH de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 94% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF epslOI de la séquence SEQ ID NO: 8 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ;
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- l'ORF eps11H de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 32% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps11I de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 20% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF ; - l'ORF eps 11 de la séquence SEQ ID NO: 9 ou tout fragment d'acide nucléique codant une protéine présentant plus de 41% d'identité avec le produit de traduction dudit ORF.
3) Fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications
1 ou 2, caractérisé en ce que ledit opéron eps est porté par l'un des fragments d'acide nucléique identifiés dans la liste de séquences sous les numéros SEQ ID NO: 1 à
SEQ ID NO: 9.
4) Fragment d'acide nucléique comprenant au moins une ORF telle que définie dans une quelconque des revendications 1 ou 2.
5) Utilisation d'au moins un fragment d'acide nucléique selon la revendication 4, pour l'obtention d'un opéron eps chimérique fonctionnel.
6) Vecteur recombinant, comprenant au moins un fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 1 à 4.
7) Cellule transformée par au moins un fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 1 à 4.
8) Utilisation d'au moins un fragment d'acide nucléique selon une quelconque des revendications 1 à 4 pour la production d'un EPS.
9) Procédé de sélection d'au moins un oligonucléotide permettant la détection spécifique d'un gène d'un opéron eps présent dans une souche de S. thermophilus, caractérisé en ce qu'il comprend : a) l'alignement des ORFs présentes sur les séquences identifiées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO: 1 à 9, entre elles et, éventuellement avec des ORFs de séquences d'autres opérons eps, notamment des opérons eps de types II et VIII ; b) l'identification, dans au moins une desdites ORFs, d'au moins une portion de taille supérieure à 12 pb, et de préférence comprise entre 15 et 50 pb, présentant une homologie inférieure à 80%, et de préférence inférieure à 50% avec les autres séquences.
10) Oligonucléotide spécifique d'un gène d'un opéron eps, susceptible d'être obtenu par le procédé selon la revendication 9.
11) Procédé de sélection d'un couple d'amorces oligonucléotidiques permettant la détection spécifique du type d'opéron eps présent dans une souche de S. thermophilus, caractérisé en ce qu'il comprend :
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a) l'alignement des séquences identifiées dans la liste de séquences en annexe sous les numéros SEQ ID NO: 1 à 9, entre elles et, éventuellement avec des séquences d'autres opérons eps ; b) l'identification, dans la séquence représentant le type d'opéron eps que l'on souhaite détecter d'au moins une région spécifique, par sa taille et/ou sa séquence, dudit opéron ; c) l'identification d'amorces permettant d'obtenir l'amplification spécifique de ladite région.
12) Couple d'amorces nucléotidiques permettant la détection du type d'opéron eps présent dans une souche de S. thermophilus, susceptibles d'être obtenues par un procédé selon la revendication 11.
13) Utilisation d'au moins un oligonucléotide selon la revendication 10, ou d'un couple d'amorces selon la revendication 12, pour la détermination du type d'EPS produit par une souche de S. thermophilus.
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