[go: up one dir, main page]

WO2006018205A2 - Neue essentielle gene von bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische produktionsverfahren - Google Patents

Neue essentielle gene von bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische produktionsverfahren Download PDF

Info

Publication number
WO2006018205A2
WO2006018205A2 PCT/EP2005/008683 EP2005008683W WO2006018205A2 WO 2006018205 A2 WO2006018205 A2 WO 2006018205A2 EP 2005008683 W EP2005008683 W EP 2005008683W WO 2006018205 A2 WO2006018205 A2 WO 2006018205A2
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
identity
seq
nucleotide sequence
amino acid
acid sequence
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
PCT/EP2005/008683
Other languages
English (en)
French (fr)
Other versions
WO2006018205A3 (de
Inventor
Jörg FEESCHE
Stefan Evers
Cornelius Bessler
Martina Plath
Armin Ehrenreich
Birgit Veith
Heiko Liesegang
Anke Henne
Christina Herzberg
Gerhard Gottschalk
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Henkel AG and Co KGaA
Original Assignee
Henkel AG and Co KGaA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Henkel AG and Co KGaA filed Critical Henkel AG and Co KGaA
Publication of WO2006018205A2 publication Critical patent/WO2006018205A2/de
Publication of WO2006018205A3 publication Critical patent/WO2006018205A3/de
Anticipated expiration legal-status Critical
Ceased legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/32—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Bacillus (G)

Definitions

  • the present invention relates to 150 new essential genes and their gene products of Bacillus licheniformis and sufficiently similar genes and proteins as well as auf ⁇ building, insofar improved biotechnological production process by Mikro ⁇ organisms, as each of these genes is suitable as a selection marker.
  • the present invention is in the field of biotechnology, in particular the production of recyclables by fermentation of microorganisms which are capable of forming the valuable substances of interest.
  • microorganisms which are capable of forming the valuable substances of interest.
  • These include, for example, the production of low molecular weight compounds, for example of food supplements or pharmaceutically relevant compounds, or of proteins, for which, due to their diversity, there is again a large field of technical application.
  • the metabolic properties of the microorganisms in question are utilized and / or modified for the production of valuable substances;
  • cells are used which express the genes of the proteins of interest (so-called transgenes).
  • GMOs genetically modified organisms
  • Expression systems are developed and developed essentially on the basis of two fundamentally different genetic constructions.
  • the gene for the protein to be produced becomes the chromosome of the host organism integrated.
  • Such constructs are very stable without selection for the presence of an additional marker gene (see below).
  • a major disadvantage is that only one copy of the gene is present in the host and the integration of further copies to increase the product formation rate on the gene dose effect designed methodically very expensive. This prior art is briefly illustrated below.
  • European Patent EP 284126 B1 solves the problem of stable multiple integration by introducing into the cell multiple gene copies containing intervening endogenous and essential chromosomal DNA segments.
  • the patent application DD 277467 A1 discloses a process for the production of extracellular enzymes which is based on the stable, advantageously multiple integration of the genes coding for the enzyme of interest into the bacterial chromosome. Integration takes place via homologous areas. To control successful integration events, an erythromycin gene contained on the plasmid serves to inactivate upon successful integration.
  • the integration into the chromosome can take place via a single or double crossing-over via the gene for thymidylate synthetase.
  • the latter allows the control of this procedure, because in a simple crossing-over, the thy activity is preserved, while it is lost in a double crossing-over, that is, this auxotrophy is achieved.
  • a simple crossing-over in this particular system is associated with a resistance to the antibiotic trimethoprim, with a double the corresponding sensitivity.
  • the application WO 96/23073 A1 discloses a transposon-based system for integrating multiple copies of a gene of interest into the bacterial chromosome, which is characterized in that the marker gene of the plasmid is deleted by the integration and the resulting strains are thus free from a resistance are markers. Again, this marker requires a marker only to control the construction of the bacterial strain of interest.
  • the second approach to constructing producer strains is to transfer the gene of interest to an autonomously replicating element, for example a plasmid, and thereby transfer it into the host organism.
  • an autonomously replicating element for example a plasmid
  • the usually high number of plasmid copies per cell has an effect on the gene dosage effect.
  • a disadvantage is the fact that over the entire culture time a Selek ⁇ tion pressure must be exercised to keep the plasmids in the cells. Standard ⁇ this is done via the addition of antibiotics in the culture medium, while genes that confer resistance to the substances in question, are presented on the plasmids. Thus, only the cells are able to grow, which have the plasmids in sufficient numbers.
  • antibiotic resistance as a selection marker has increasingly come up against criticism in recent years.
  • the use of antibiotics is quite expensive, especially if the resistance is based on an enzyme degrading the antibiotic and therefore the substance in question must be supplied during the entire cultivation.
  • their widespread use in particular in other fields of technology, contributes to the spread of the resistance genes to other strains, even to pathological strains. This already leads to considerable difficulties, for example, in medical hygiene and in particular in the treatment of infectious diseases by so-called multi-resistant, human-pathogenic strains.
  • auxotrophy that is a targeted metabolic defect that makes the cells in question dependent on the supply of certain metabolic products.
  • Auxotrophic strains will then be paired with the transgene of interest to cure this auxotrophy. If lost, they would simultaneously lose their viability under appropriate culture conditions, resulting in the desired selection of the auxotrophic producer strains.
  • auxotrophies so far very problematic, since in industrial fermentation almost all necessary substrates are available in sufficient quantities and the cells in question can compensate for the lack of synthesis of a particular compound on the inclusion of this same compound from the nutrient medium ,
  • the application EP 251579 A2 offers the solution of using as host strains those which are deficient in terms of the thymidylate synthase gene essential for nucleotide metabolism. Accordingly, the gene can be made available for this function (thyA from Escherichia coli K12) via a vector and can cure the gene defect. If this vector additionally carries the gene for the protein of interest, an antibiotic-like selection of the producer cells occurs.
  • auxotrophic markers have so far only led to very sparse results in terms of the complex nutrient media generally used in industry. Because these usually contain numerous low molecular weight compounds such as nucleotides, vitamins or amino acids, over which such auxotrophies, that is, relatively simple metabolic defects are compensated. It would therefore be desirable to be able to select, which works in principle like an auxotrophy, but does not rely on such metabolic defects that are compensated by the commonly used complex nutrient media. It was therefore the task of developing further selection systems that are as easy to handle as the selection of an antibiotic, but do without expensive and possibly environmentally harmful substances. They should be applicable on an industrial scale. They should build on such genes, the absence of which can not be compensated for by impurities in industrial media.
  • this meant identifying essential genes and providing tools for the desired genetic modification by identifying the associated nucleotide sequences.
  • each of the 150 proteins found in the sequence listing for B.licheniformis including the respectively sufficiently homologous proteins; Further independent solutions to the problem are the associated nucleic acids, likewise including the respectively sufficiently homologous nucleic acids.
  • the respective nucleic acid and amino acid sequences are fully set forth in the Sequence Listing of the present application.
  • the said sub-aspect of the task for the development of such essential proteins for which there are technical applications due to their biochemical properties is also met.
  • the associated proteins can now be produced selectively via the nucleotide sequences provided according to the invention and are thus available to the relevant technical application options.
  • the subject nucleic acids may be used to identify related genes or promoters naturally associated therewith.
  • an initiator protein of the chromosomal replication DnaA having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 2 has at least 95% identity and more preferably at least 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnaB coding for a membrane attachment protein of the chromosomal replication initiation having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 3 nucleotide sequence has at least 74% identity and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a membrane attachment protein of the chromosomal replication initiation DnaB having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 4 has at least 70% identity and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnaC encoding a replicative DNA helicase, having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 5 nucleotide sequence has at least 87% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a replicative DNA helicase DnaC having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 6 amino acid sequence has at least 95% identity and increasingly preferably at least 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity.
  • nucleic acid dnaD encoding a DNA replication protein having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • a DNA replication protein DnaD having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 8 has at least 75% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnaE coding for an alpha subunit of a DNA polymerase III (DNA polymerase III alpha subunit, E.C. 2.7.7.7) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 9 nucleotide sequence has at least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • DNA polymerase III alpha subunit of a DNA polymerase III (DNA polymerase III alpha subunit; E.C. 2.7.7.7) DnaE having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid dnaG encoding a DNA primase (DNA primase, E.C. 2.7.7.-) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 11 nucleotide sequence has at least 76% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • DNA primase (DNA primase, E.C. 2.7.7.) DnaG having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 12 has at least 79% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnal coding for a primosome protein having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 13 nucleotide sequence has at least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a primosome protein Dnal having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 14 has at least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnaN coding for a beta-chain of a DNA polymerase III (DNA polymerase IM beta chain; EC 2.7.7.7), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 15 nucleotide sequence has at least 82% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity
  • a beta-chain of a DNA polymerase III (DNA polymerase III beta chain; EC 2.7.7.7) DnaN, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 16 has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 92.2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid dnaX coding for a chain III of a DNA-dependent DNA polymerase III (DNA-directed DNA polymerase III chain, E.C., 2.7.7.7) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity
  • a chain III of a DNA-dependent DNA polymerase III (DNA-directed DNA polymerase III chain, E.C., 2.7.7.7) DnaX having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 85% identity, and more preferably at least 90%, 92.2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid holB coding for a delta subunit of a DNA polymerase III (DNA polymerase III, delta 'subunit, E.C.2.7.7.7), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 19 nucleotide sequence has at least 84% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • DNA polymerase III delta 1 subunit of a DNA polymerase III
  • HoIB having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 20 has at least 85% identity, and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid HgA coding for a DNA ligase (DNA ligase, E.C. 6.5.1.2), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 21 has at least 81% identity and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • LigA having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 22 has at least 85% identity and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid pcrA coding for an ATP-dependent DNA helicase (ATP-dependent DNA helicase; EC 3.6.1.-) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 23 has at least 82% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an ATP-dependent DNA helicase (ATP-dependent DNA helicase; E.C. 3.6.1.) PcrA, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 24 has at least 87% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid polC (pollll) coding for a PolC-type DNA polymerase III (DNA polymerase III, po / C-type), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 25 nucleotide sequence has at least 82% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a PolC-type DNA polymerase III (DNA polymerase III, po / C-type) PoIC having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 26 has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid priA coding for a primosomal replication factor Y (primosomal protein N 1 ) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 27 has at least 76% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a primosomal replication factor Y (primosomal protein N ') PriA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 79% identity and more preferably at least 80%, 82.5%, 85%, 87.5%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • nucleic acid ssb coding for a single-stranded DNA-binding protein with a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 29 has at least 85% identity and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid gyrA coding for a subunit A of a DNA gyrase (DNA gyrase subunit A, E.C. 5.99.1.3), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 31 has at least 82% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • GyrA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 32 has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid gyrB coding for a subunit B of a DNA gyrase (DNA gyrase subunit B, E.C. 5.99.1.3), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 82% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • GyrB having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. Has at least 89% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid hbs coding for a DNA binding protein HU (DNA-binding protein HU), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 35 has at least 95% identity and more preferably at least 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • DNA binding protein HU (DNA-binding protein HU) Hbs having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 36 has at least 97% identity and, more preferably, at least 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid parC coding for a subunit A of a topoisomerase IV (topoisomerase IV 1 subunit A; EC 5.99.1.-), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 37 has at least 79% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity; a subunit A of a topoisomerase IV (topoisomerase IV, subunit A; EC 5.99.1.) ParC having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid parE coding for a subunit B of a topoisomerase IV (topoisomerase IV, subunit B, E.C. 5.99.1.-) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 84% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a subunit B of a topoisomerase IV (topoisomerase IV, subunit B, E.C. 5.99.1.-) ParE, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 40 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid smc coding for a factor for chromosome condensation and segregation having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 76% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • a chromosome condensation and segregation factor Smc having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 42 has at least 81% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid topA encoding a DNA topoisomerase I (DNA topoisomerase I; E.C. 5.99.1.2) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 43 nucleotide sequence has at least 83% identity and increasingly preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • TopA having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 44 has at least 91% identity and, more preferably, at least 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • an alpha subunit of a modification methylase (modification methylase, alpha subunit, E.C. 2.1.1.73) YdiO (Aqul) having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 15% identity, and more preferably at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98 %, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpoA coding for an alpha-chain of a DNA-dependent RNA polymerase (DNA 2.7.7.6), having a nucleotide sequence which corresponds to the nucleotide sequence given in SEQ ID NO % Identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpoB coding for a beta chain of a DNA-dependent RNA polymerase (E.C. 2.7.7.6), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 49 nucleotide sequence has at least 89% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • RpoB having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 50 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rpoC coding for a beta-chain of a DNA-dependent RNA polymerase (EC 2.7.7.6), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 51 has at least 88% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a beta 'chain of a DNA-dependent RNA polymerase beta' chain (EC 2.7.7.6) RpoC having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • RNA polymerase major sigma-43 factor RNA polymerase major sigma-43 factor; sigma-A
  • RNA polymerase major sigma-43 factor RNA polymerase major sigma-43 factor; sigma-A
  • RNA polymerase major sigma-43 factor RNA polymerase major sigma-43 factor; sigma-A
  • SigA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 54 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid cca encoding a polyA polymerase (polyA polymerase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 66% identity, and more preferably at least 70%, 75%, 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, of the nucleotide sequence indicated. and most preferably 100% identity;
  • polyA polymerase (polyA polymerase) Cca, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 60% identity, and more preferably at least 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid cspR coding for a rRNA methylase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 79% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • rRNA methylase (rRNA methylase) CspR having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 84% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rnc coding for a ribonuclease III having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 59 indicated nucleotide sequence at least 86% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • ribonuclease III (ribonuclease III) Rnc having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rnpA coding for a ribonuclease P (ribonuclease P, E.C. 3.1.26.5), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 65% identity, and more preferably at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100%. Having identity;
  • RnpA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 62 has at least 69% identity and more preferably at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid trmD encoding a methyltransferase (methyltransferase; E.C. 2.1.1.31) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • TrmD having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 64 has at least 86% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid trmU encoding a methyltransferase (methyltransferase, E.C. 2.1.1.61) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • TrmU having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 66 has at least 92% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid yycF coding for a putative two-component response regulator with a nucleotide sequence the to SEQ ID NO. 67 has at least 83% identity and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a putative two-component response regulator YycF having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a yycG nucleic acid encoding a putative two-component response regulator with a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 69 has at least 78% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a putative two-component response regulator YycG having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 78% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid nusA encoding a putative transcription termination factor having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 71 has at least 84% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a putative transcription termination factor NusA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 72 has at least 92% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplA coding for a 50S ribosomal protein L1 (5OS ribosomal protein L1, BL1), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 73 nucleotide sequence has at least 89% identity and increasingly preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L1 (5OS ribosomal protein L1; BL1) RpIA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 74 indicated amino acid sequence at least 91% identity, and more preferably at least 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplB coding for a 50S ribosomal protein L2 (5OS ribosomal protein L2), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 75 nucleotide sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity;
  • 50S ribosomal protein L2 (5OS ribosomal protein L2) RpIB having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 95% identity, and more preferably at least 96%, 96.5%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIC coding for a 50S ribosomal protein L3 (5OS ribosomal protein L3) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 77 nucleotide sequence has at least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L3 (5OS ribosomal protein L3) RpIC having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 78 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpID encoding a 50S ribosomal protein L4 (5OS ribosomal protein L4) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 79 nucleotide sequence at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 96.5%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99% 99.5% and particularly preferably 100% identity having;
  • a 50S ribosomal protein L4 (5OS ribosomal protein L4) RpID, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 80 has at least 93% identity and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplE coding for a 50S ribosomal protein L5 (5OS ribosomal protein L5), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 81 nucleotide sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L5 (5OS ribosomal protein L5) RpIE having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 82 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rplF encoding a 50S ribosomal protein L6 (5OS ribosomal protein L6), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 83 has at least 92% identity and more preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L6 (5OS ribosomal protein L6) RpIF having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 84 has at least 92% identity and more preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIL coding for a ribosomal protein of the large subunit L9P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 85 nucleotide sequence has at least 75% identity and increasingly preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein of the large subunit L9P (LSU ribosomal protein L9P) RpIL having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 86 has at least 84% identity and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplJ coding for a ribosomal protein of the large subunit L10P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 87 nucleotide sequence has at least 95% identity, and more preferably at least 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein of the large subunit L10P (LSU ribosomal protein L10P) RpIJ, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIL coding for a ribosomal protein of the large subunit L12P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 89 nucleotide sequence has at least 96% identity and more preferably at least 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein of the large subunit L12P (LSU ribosomal protein L12P; L7 / L12) RpIL having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 90 indicated Amino acid sequence having at least 96% identity, and more preferably at least 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rplM coding for a 50S ribosomal protein L13 having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 91 has at least 97% identity and more preferably at least 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity
  • a 50S ribosomal protein L13 (5OS ribosomal protein L13) RpIM having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 92 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplN coding for a 50S ribosomal protein L14 (5OS ribosomal protein L14), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 93 nucleotide sequence has at least 92% identity and more preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L14 (5OS ribosomal protein L14) RpIN having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 94 has at least 93% identity and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplO coding for a 50S ribosomal protein L15 (5OS ribosomal protein L15), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 95 nucleotide sequence has at least 93% identity and increasingly preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L15 (5OS ribosomal protein L15) RpIO, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • nucleic acid rplP coding for a 50S ribosomal protein L16 (5OS ribosomal protein L16), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 97 nucleotide sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L16 (5OS ribosomal protein L16) RpIP having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 98 has at least 96% identity, and more preferably at least 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L17 (5OS ribosomal protein L17) RpIQ having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • nucleic acid rpIR encoding a 50S ribosomal protein L18 (5OS ribosomal protein L18) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 101 nucleotide sequence has at least 85% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L18 (5OS ribosomal protein L18) RpIR having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 102 has at least 87% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIS coding for a 50S ribosomal protein L19 having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 103 nucleotide sequence has at least 91% identity, and more preferably at least 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L19 (5OS ribosomal protein L19) RpIS, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIT coding for a ribosomal protein of the large subunit L20P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity of the indicated nucleotide sequence;
  • a ribosomal protein of the large subunit L20P (LSU ribosomal protein L20P) RpIT having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 106 has at least 98% identity and, more preferably, at least 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid coding for a 50S ribosomal protein L21 (5OS ribosomal protein L21), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 107 indicated Nucleotide sequence having at least 88% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L21 (5OS ribosomal protein L21) RpIU with an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. Has at least 86% identity, and more preferably at least 88%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplV coding for a 50S ribosomal protein L22 (5OS ribosomal protein L22), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity of the indicated nucleotide sequence;
  • a 50S ribosomal protein L22 (5OS ribosomal protein L22) RpIV having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rplW coding for a 50S ribosomal protein L23 (5OS ribosomal protein L23), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L23 (5OS ribosomal protein L23) RpIW, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 112 has at least 88% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpIX coding for a 50S ribosomal protein L24 (5OS ribosomal protein L24), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 113 nucleotide sequence has at least 92% identity and increasingly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L24 (50S ribosomal protein L24) RpIX having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 114 amino acid sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmA encoding a 50S ribosomal protein L27 (5OS ribosomal protein L27) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 115 indicated Nucleotide sequence having at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L27 (5OS ribosomal protein L27) RpmA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L28 (5OS ribosomal protein L28) RpmB having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 118 at least 92% identity and increasingly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity.
  • nucleic acid rpmC encoding a 50S ribosomal protein L29 (5OS ribosomal protein L29), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 119 nucleotide sequence has at least 96% identity and more preferably at least 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L29 (5OS ribosomal protein L29) RpmC having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 120 amino acid sequence has at least 99% identity and increasingly preferably at least 99.5% and particularly preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmD coding for a 50S ribosomal protein L30 (5OS ribosomal protein L30), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 121 nucleotide sequence has at least 93% identity and increasingly preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L30 (5OS ribosomal protein L30) RpmD having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 122 has at least 99% identity and more preferably at least 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmE coding for a ribosomal protein L31 (ribosomal protein L31), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 123 nucleotide sequence has at least 95% identity and increasingly preferably at least 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein L31 (ribosomal protein L31) RpmE having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 124 has at least 99% identity and more preferably at least 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmF encoding a 50S ribosomal protein L32 (5OS ribosomal protein L32) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 125 nucleotide sequence has at least 83% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L32 (5OS ribosomal protein L32) RpmF, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. Has at least 71% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmGA coding for a type 1-50S ribosomal protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 127 nucleotide sequence has at least 90% identity and increasingly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a type 1-50S ribosomal protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1) RpmGA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 128 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpmGB coding for a ribosomal protein of the large subunit L33P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 129 nucleotide sequence has at least 84% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • L33P L33P ribosomal protein L33P
  • RpmGB having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 130 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpml encoding a 50S ribosomal protein L35 (5OS ribosomal protein L35), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 131 nucleotide sequence at least 88% identity and increasingly preferably at least 90%, 92.5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • Amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 132 indicated amino acid sequence at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%,
  • nucleic acid rpmJ encoding a 50S ribosomal protein L36 (5OS ribosomal protein L36) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 133 nucleotide sequence has at least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 50S ribosomal protein L36 (5OS ribosomal protein L36) RpmJ, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 134 amino acid sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsB coding for a ribosomal protein S2 (ribosomal protein S2) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 135 nucleotide sequence has at least 92% identity, and more preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • Ribosomal Protein S2 Ribosomal Protein S2 (ribosomal protein S2) RpsB having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 136 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsC encoding a 30S ribosomal protein S3 (3OS ribosomal protein S3) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 137 nucleotide sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S3 (3OS ribosomal protein S3) RpsC having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsD encoding a 30S ribosomal protein S4 (3OS ribosomal protein S4), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 139 nucleotide sequence has at least 89% identity and increasingly preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S4 (3OS ribosomal protein S4) RpsD having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 140 amino acid sequence has at least 94% identity and increasingly preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsE encoding a 30S ribosomal protein S5 (3OS ribosomal protein S5), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 141 nucleotide sequence has at least 95% identity and increasingly preferably at least 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S5 (3OS ribosomal protein S5) RpsE, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 142 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsF coding for a ribosomal protein S6 (ribosomal protein S6), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 91% identity, and more preferably at least 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • ribosomal protein S6 (ribosomal protein S6) RpsF having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 144 has at least 92% identity and more preferably at least 93%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsG coding for a ribosomal protein of the small subunit S7P having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 145 nucleotide sequence has at least 95% identity and increasingly preferably at least 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein of the small subunit S7P (SSU ribosomal protein S7P) RpsG having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 146 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsH encoding a 30S ribosomal protein S8 (3OS ribosomal protein S8) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 91% identity, and more preferably at least 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S8 (3OS ribosomal protein S8) RpsH having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 148 indicated amino acid sequence at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rps1 encoding a 30S ribosomal protein S9 (3OS ribosomal protein S9) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 149 nucleotide sequence having at least 95% identity and more preferably at least 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S9 (3OS ribosomal protein S9) Rps1, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 150 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rpsJ coding for a ribosomal protein S10 (ribosomal protein S10) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 97% identity and more preferably at least 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity
  • a ribosomal protein S10 (ribosomal protein S10) RpsJ having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 152 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsK coding for a 30S-ribosomal protein S11 (3OS ribosomal protein S11), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity, indicated nucleotide sequence;
  • a 30S ribosomal protein S11 (3OS ribosomal protein S11) RpsK having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 154 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsL encoding a small subunit ribosomal protein S12P (SSU ribosomal protein S12P) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity of the indicated nucleotide sequence;
  • a small subunit S12P (SSU ribosomal protein S12P) ribosomal protein RpsL having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 156 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity
  • a nucleic acid rpsM encoding a 30S ribosomal protein S13 (3OS ribosomal protein S13), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 157 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S13 (3OS ribosomal protein S13) RpsM, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 158 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsN encoding a 30S ribosomal protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1) RpsN having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 160 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsO coding for a ribosomal protein S15 (ribosomal protein S15), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein S15 (ribosomal protein S15) RpsO having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 162 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsP encoding a 30S ribosomal protein S16 (3OS ribosomal protein S16), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S16 (3OS ribosomal protein S16) RpsP having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 164 indicated amino acid sequence at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsQ coding for a 30S-ribosomal protein S17 (3OS ribosomal protein S 17), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 165 nucleotide sequence has at least 93% identity and increasingly preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S17 (3OS ribosomal protein S17) RpsQ, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 166 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rpsR encoding a ribosomal protein S18 (ribosomal protein S18) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 167 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a ribosomal protein S18 (ribosomal protein S18) RpsR having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 168 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsS coding for a 30S ribosomal protein S19 (3OS ribosomal protein S19), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S19 (3OS ribosomal protein S 19) RpsS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 170 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid rpsT encoding a 30S ribosomal protein S20 (3OS ribosomal protein S20), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 87% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 30S ribosomal protein S20 (3OS ribosomal protein S20) RpsT having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 172 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid rpsU encoding a small subunit ribosomal protein S21P (SSU ribosomal protein S21P) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 96% identity and more preferably at least 96.5%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a small subunit S21 P (SSU ribosomal protein S21 P) ribosomal protein RpsU, having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 174 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid alaS coding for an alanyl-tRNA synthetase (alanyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.7), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 81% identity, and more preferably at least 82.5%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100, of nucleotide sequence indicated % Identity;
  • AIaS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 84% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • ArgS probable with an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 178 has at least 92% identity and more preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an asnS nucleic acid encoding an asparaginyl-tRNA synthetase (asparaginyl-tRNA synthetase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 86% identity, and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably
  • an asparaginyl-tRNA synthetase (asparaginyl-tRNA synthetase) AsnS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 180 indicated amino acid sequence at least 96% identity, and more preferably at least 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid aspS coding for an aspartyl-tRNA synthetase (aspartyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.12), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 82.5%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100, nucleotide sequence indicated % Identity;
  • an aspartyl-tRNA synthetase (aspartyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.12) AspS, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 182 has at least 85% identity, and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid cysS coding for a cysteinyl-tRNA synthetase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • CysS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 184 has at least 87% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid gltX encoding a glutamyl-tRNA synthetase (glutamyl-tRNA synthetase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 185 nucleotide sequence has at least 82% identity and increasingly preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and particularly preferably 100% identity;
  • a glutamyl-tRNA synthetase (glutamyl-tRNA synthetase) GItX having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 186 has at least 90% identity, and more preferably at least 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid glyQ coding for an alpha-chain of a glycyl-tRNA synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain, EC 6.1.1.14), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO.
  • an alpha-chain of a glycyl-tRNA synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain; EC 6.1.1.14)
  • GIyQ having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 188 has at least 96% identity and more preferably at least 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid glyS coding for a beta-chain of a glycyl-tRNA synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain, E.C. 6.1.1.14), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • GIyS a beta-chain of a glycyl-tRNA synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain; E.C. 6.1.1.14) GIyS, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 76% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • nucleic acid hisS coding for a histidyl-tRNA synthetase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 191 has at least 81% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • HisS having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 192 having at least 85% identity and more preferably at least 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid HeS coding for an isoleucyl-tRNA synthetase (isoleucyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.5), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 193 nucleotide sequence has at least 80% identity and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • NeS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 194 has at least 85% identity, and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • leuS nucleic acid encoding a leucyl-tRNA synthetase (leucyl-tRNA synthetase; EC 6.1.1.4) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 195 nucleotide sequence at least 84% identity and increasingly preferred at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • Leucyl tRNA synthetase leucyl tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.4
  • LeuS having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. Has at least 90% identity, and more preferably at least 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a lysS nucleic acid encoding a lysyl tRNA synthetase (lysyl-tRNA synthetase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 96.5%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99% 99.5%, of the nucleotide sequence indicated. and most preferably 100% identity;
  • lysyl-tRNA synthetase (lysyl-tRNA synthetase) LysS, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 92% identity and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid metS coding for a methionyl-tRNA synthetase (methionyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.10), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity of the indicated nucleotide sequence;
  • methionyl-tRNA synthetase (methionyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.10) MetS having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. Having at least 89% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • nucleic acid pheS coding for an alpha-chain of a phenylalanyl-tRNA synthetase (phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha chain; E.C. 6.1.1.20), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 201 has at least 82% identity and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • 202 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity; a nucleic acid pheT coding for a phenylalanyl-tRNA synthetase ⁇ -chain (phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; EC 6.1.1.20), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a beta-chain of phenylalanyl-tRNA synthetase (phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; E.C. 6.1.1.20)
  • PheT having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 204 has at least 82% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid proS coding for a prolyl-tRNA synthetase (prolyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.15), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 205 nucleotide sequence at least 77% identity and increasingly preferably at least 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • prolyl-tRNA synthetase having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 206 has at least 84% identity, and more preferably at least 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid serS coding for a seryl-tRNA synthetase (seryl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.11), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 85% identity, and more preferably at least 90%, 95%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • seryl-tRNA synthetase a seryl-tRNA synthetase (seryl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.11)
  • SerS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 95% identity, and more preferably at least 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid trpS coding for a tryptophanyl-tRNA synthetase (tryptophanyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.2), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 97.5%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • TrpS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 210 indicated Amino acid sequence having at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a tyrS nucleic acid encoding a tyrosyl-tRNA synthetase (tyrosyl-tRNA synthetase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 211 has at least 83% identity and more preferably at least 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a tyrosyl-tRNA synthetase (tyrosyl-tRNA synthetase) TyrS having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 212 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid valS coding for a valyl-tRNA synthetase (valyl-tRNA synthetase, E.C. 6.1.1.9), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 213 has at least 84% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • valyl-tRNA synthetase having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 214 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid gatA coding for a Gln / glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase (glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase; E.C. 6.3.5.-), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 215 has at least 86% identity, and more preferably at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • GatA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. Having at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a gatB nucleic acid encoding a B subunit of a glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase (glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase subunit B, EC 6.3.5.-) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO , 217 has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity; a B subunit of a glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase (glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase subunit B; EC 6.3.5.-) GatB having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 218 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid gatC coding for a subunit C of a glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase (glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase subunit C, E.C. 6.3.5.-), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 219 has at least 83% identity and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • GatC having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 220 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid encoding a methionyl-tRNA formyltransferase (methionyl-tRNA formyltransferase, E.C. 2.1.2.9) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and, more preferably, at least 80%, 85%, 90%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity are given ;
  • Fmt having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 222 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid frr coding for a ribosome recycling factor having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 82% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably, of nucleotide sequence indicated 100% identity;
  • a Ribosome Recycling Factor Frr having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 224 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid fusA coding for an elongation factor G of protein translation having a nucleotide sequence identical to that described in SEQ ID NO. 225 nucleotide sequence has at least 90% identity and more preferably at least 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an elongation factor G of protein translation (protein translation elongation factor G; EF-G) FusA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid infA encoding a translation initiation factor IF-1 (translation initiation factor IF-1) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 96% identity, and more preferably at least 96.5%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5%, and most preferably 100% identity;
  • a translation initiation factor IF-1 (translation initiation factor IF-1) InfA having an amino acid sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 228 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid infB coding for a translation initiation factor IF-2 (translation initiation factor IF-2), having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO.
  • translation initiation factor IF-2 translation initiation factor IF-2
  • At least 84% identity and, more preferably, at least 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity are given having;
  • a translation initiation factor IF-2 (translation initiation factor IF-2) InfB, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 230 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid infC encoding a translation initiation factor IF-3, having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 73% identity and, more preferably, at least 75%, 80%, 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity are given ;
  • a translation initiation factor IF-3 translation initiation factor IF-3 (translation initiation factor IF-3) InfC having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 232 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a peptide chain release factor 1 PrfA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 234 has at least 90% identity and, more preferably, at least 92.5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid tsf coding for an elongation factor Ts (elongation factor Ts; EF-Ts), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 235 has at least 87% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an elongation factor Ts (Elongation factor Ts; EF-Ts) Tsf having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 236 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid tufA coding for a protein translation elongation factor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 237 nucleotide sequence has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a protein translation elongation factor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU) TufA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 238 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid spoVC encoding a peptidyl-tRNA-hydrolase (peptidyl-tRNA hydrolase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 239 has at least 81% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a peptidyl-tRNA-hydrolase (peptidyl-tRNA hydrolase) SpoVC having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 240 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid encoding a Class I heat shock protein (Class I heat shock protein; chaperonin) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 241 has at least 91% identity, and more preferably at least 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • class I heat shock protein (Class I heat-shock protein; chaperonin) GroEL having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 242 identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 97.5%, 98%, 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid groES encoding a Class I heat shock protein (Class I heat shock protein; chaperonin) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 243 has at least 91% identity, and more preferably at least 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a class I heat shock protein (Class I heat-shock protein; chaperonin) GroES having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 244 has at least 98% identity and more preferably at least 98.5%, 99%, 99.5% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid map encoding a methionine aminopeptidase (methionine aminopeptidase, E.C., 3.4.11.18) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 245 nucleotide sequence has at least 88% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • methionine aminopeptidase E.C., 3.4.11.18 map having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 246 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid ffh coding for a subunit FFH / SRP54 of a signal recognition particle (subunit FFH / SRP54) having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 247 has at least 85% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a subunit FFH / SRP54 of a signal recognition particle (subunit FFH / SRP54) Ffh having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 248 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid ftsY coding for a signal recognition particle with a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 78% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity are given having;
  • a Signal Recognition Particle FtsY having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. Having at least 82% identity, and more preferably at least 86%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity of the indicated amino acid sequence;
  • nucleic acid prsA coding for a precursor of a protein export protein precursor having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 73% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • PrsA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 252 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a secE nucleic acid encoding a subunit of a preprotein translocase (subprotein) translocase having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • Preprotein translocase subunit a subunit of a preproprotein translocase (Preprotein translocase subunit) SecE having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. At least 63% identity and more preferably at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% of the amino acid sequence indicated. Having identity;
  • nucleic acid secY coding for a subunit of a preprotein translocase preprotein translocase subunit
  • preprotein translocase subunit having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 255 nucleotide sequence at least 81% identity and increasingly preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • Preprotein translocase subunit a subunit of a preprotein translocase (Preprotein translocase subunit) SecY, having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 256 amino acid sequence has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid accA coding for an acetyl-CoA carboxylase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an acetyl-CoA carboxylase (acetyl-CoA carboxylase) AccA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 258 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid accB coding for a biotin carboxyl carrier protein of the acetyl-CoA carboxylase (biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 76% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • biotin-carboxyl carrier protein of the acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase
  • AccB having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 260 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid accC encoding a biotin carboxylase subunit of an acetyl-CoA carboxylase (acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; E.C. 6.4.1.2) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • biotin carboxylase subunit of an acetyl-CoA carboxylase acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; EC 6.4.1.2
  • AccC having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 262 indicated amino acid sequence at least 94% identity, and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid accD encoding a beta-subunit of an acetyl-CoA carboxylase (acetyl-CoA carboxylase, beta subunit) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 74% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a beta subunit of an acetyl-CoA carboxylase (acetyl-CoA carboxylase, beta subunit) AccD having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 264 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid acpA encoding an acyl carrier protein having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 93% identity, and more preferably at least 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an acyl carrier protein AcpA having an amino acid sequence corresponding to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 266 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid acpS coding for a holo-acyl carrier protein synthase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 32% identity and more preferably at least 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100 % Identity;
  • holo-acyl carrier protein synthase (holo-acyl carrier protein synthase)
  • AcpS having an amino acid sequence corresponding to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 268 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid birA coding for a transcriptional repressor of the biotin operon (transcriptional repressor of the biotin operon), having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. 269 nucleotide sequence has at least 72% identity, and more preferably at least 75%, 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity
  • a transcriptional repressor of the biotin operon (transcriptional repressor of the biotin operon) BirA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 270 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid fabD coding for a malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 78% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity are given having;
  • a malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase (malonyl CoA acyl carrier protein transacylase) FabD having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 272 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid fabF encoding a 3-oxoacyl (acyl carrier protein) synthase (3-oxoacyl (acyl-carrier protein) synthase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 83% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a 3-oxoacyl (acyl carrier protein) synthase (3-oxoacyl (acyl carrier protein) synthase) FabF having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 274 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid fabG encoding a beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity having;
  • a beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase) FabG having an amino acid sequence which corresponds to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO. 276 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid cdsA encoding a phosphatidate cytidylyl transferase (phosphatidate cytidylyltransferase; EC 2.7.7.41) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 277 has at least 69% identity and more preferably at least 70%, 80%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • CdsA having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 278 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • NAD H-dependent glyceryl-3-phosphate dehydrogenase
  • NAD H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase
  • GpsA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 280 has at least 81% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid pgsA encoding a phosphatidyl-glycerophosphate synthase (phosphatidylglycerophosphate synthase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 79% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • phosphatidyl-glycerophosphate synthase phosphatidylglycerophosphate synthase
  • PgsA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. At least 88% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • an i-acylglyceryl-3-phosphate (i-acylglycerol-3-phosphate) YhdO having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 284 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid pIsX coding for a protein involved in fatty acid / phospholipid synthesis having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a protein involved in fatty acid / phospholipid synthesis PIsX having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 286 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid gcaD encoding a UDP-N-acetyl-glucosamine pyrophosphorylase (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity and more preferably at least 80%, 82.5%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and 287 nucleotide sequence most preferably 100% identity;
  • UDP-N-acetyl-glucosamine pyrophosphorylase UDP-N-acetyl-glucosamine pyrophosphorylase
  • GcaD having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 288 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a glmS nucleic acid encoding a glucosamine-fructose-6-phosphate-amino-transferase (glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 84% identity, and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a glucosamine-fructose-e-phosphate-amino-transferase glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
  • GImS having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 290 has at least 94% identity and more preferably at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity
  • a nucleic acid ybbT coding for a phospho-glucosamine mutase phosphoglucosamine mutase; EC 5.4.2.10 having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 82% identity and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • a phospho-glucosamine mutase (phosphoglucosamine mutase; E.C. 5.4.2.10) YbbT having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 292 has at least 94% identity and, more preferably, at least 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a yvyH nucleic acid encoding a putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase; E.C. 5.1.3.14) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 79% identity and more preferably at least 80%, 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • YvyH having an amino acid sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. 294 has at least 89% identity and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • nucleic acid asd coding for an aspartate semialdehyde dehydrogenase having a nucleotide sequence which corresponds to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity having;
  • an aspartate semialdehyde dehydrogenase Asd having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 296 has at least 89% identity, and more preferably at least 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a nucleic acid dapA encoding a dihydrodipicolinate synthase (dihydrodipicolinate synthase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 77% identity, and more preferably at least 80%, 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity having;
  • a dihydrodipicolinate synthase (dihydrodipicolinate synthase) DapA having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. 298 has at least 84% identity and more preferably at least 85%, 87.5%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, and most preferably 100% identity;
  • a dapB nucleic acid encoding a dihydrodipicolinate reductase (dihydrodipicolinate reductase) having a nucleotide sequence corresponding to that shown in SEQ ID NO. At least 80% identity, and more preferably at least 85%, 90%, 92.5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity;
  • dihydrodipicolinate reductase (dihydrodipicolinate reductase) DapB having an amino acid sequence identical to that shown in SEQ ID NO. Has at least 88% identity and more preferably at least 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% and most preferably 100% identity.
  • nucleic acids given in the sequence listing may also be used as DNA probes to detect the respective homologous genes in preparations of genomic DNA of other species.
  • the procedure for this is also known per se; as well as the isolation of the genes thus obtained, their cloning, their expression and recovery of the associated proteins.
  • it is intended to work such as those shown in Example 2 for B. licheniformis itself.
  • nucleic acids defined with reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187
  • the gene products and / or nucleic acids from natural Species in particular to obtain microorganisms.
  • those which are capable of fermentation and which are actually used in large-scale fermentations are increasingly preferred with regard to the stated task.
  • These include in particular representatives of the genera Staphylococcus, Corynebacterium and Bacillus. These include, for example, S. carnosus and C. glutamicum, as well as B. subtilis, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. agaradherens, B. lentus, B. globigii and ⁇ . alkalophilus.
  • B. licheniformis DSM13 because from it the exact sequences listed in the Sequence Listing could be obtained.
  • nucleic acids coding for a gene product in each case those which are described for one of the previously described, with reference to SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182,
  • the Proteins of the invention are also available for their positive use. In this respect, it is important to be able to produce these biotechnologically by methods known per se.
  • the respective associated nucleic acids are used for this purpose.
  • a further subject of the invention represent vectors which have one of the previously described, with reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 19
  • vectors are commercially available in large numbers and with a wide variety of variations, both for cloning and for expression. These include, for example, vectors derived from bacterial plasmids, bacteriophages or viruses, or predominantly synthetic vectors. Further, they will be after the type of cell types in which they establish themselves For example, a distinction is made between vectors for Gram-negative, for Gram-positive bacteria, for yeast or for higher eukaryotes. They form suitable starting points for example for molecular biological and biochemical investigations and for the expression of the relevant gene or associated protein. In particular, for the production of constructs for the deletion or enhancement of expression, they are practically indispensable, as is apparent from the relevant prior art.
  • the relevant genes are storable simultaneously or can be expressed under the control of the same promoter.
  • a vector containing simultaneously two or more intact copies of the genes of the invention can serve to rescue a deletion mutant which is simultaneously deleted in several of these genes (rescue). Targeted removal of this vector will then result in the simultaneous shutdown of these multiple genes, resulting in lethality in the case of essential genes.
  • vectors of the invention are cloning vectors.
  • cloning vectors are suitable in addition to the storage, the biological amplification or the selection of the gene of interest for its molecular biological characterization. At the same time, they are transportable and storable forms of the claimed nucleic acids and are also starting points for molecular biological techniques that are not bound to cells, such as PCR or in vitro mutagenesis methods.
  • vectors according to the invention are expression vectors.
  • expression vectors are the basis for realizing the corresponding nucleic acids in biological production systems and thus to produce the associated proteins, since they allow in vivo transcription and translation, that is, the synthesis of the relevant gene product.
  • expression vectors corresponding to the Expression carry necessary genetic elements, for example, the natural, originally located in front of this gene promoter or a promoter from another organism. These elements can be arranged for example in the form of a so-called expression cassette. Alternatively, individual or all regulatory elements can also be provided by the respective host cell. With particular preference, the expression vectors are matched to the selected expression system, in particular the host cell (see below), with regard to further properties, for example the optimal copy number.
  • a separate subject of the invention form cells which, after .Gentechnischer modification one of the previously designated, with reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185,
  • these cells contain the genetic information for the synthesis of a protein according to the invention.
  • suitable suitable host cells are those which can be cultivated relatively easily and / or yield high product yields. They allow, for example, the amplification of the corresponding genes, but also their mutagenesis or transcription and translation and ultimately the biotechnological production of the proteins in question.
  • This genetic information can either be extrachromosomally as a separate genetic element, ie be present in bacteria in plasmidaler localization or integrated into a chromosome.
  • the choice of a suitable system depends on issues such as the nature and duration of storage of the gene, or the organism or the type of mutagenesis or selection. Such implementation possibilities are known per se to the molecular biologist.
  • nucleic acid is part of a vector, in particular a vector according to the invention described above.
  • Preferred among these cells is in each case a host cell which is a bacterium.
  • bacteria are characterized by short generation times and low demands on the cultivation conditions. As a result, inexpensive methods can be established. In addition, bacteria have a wealth of experience in fermentation technology. For a specific production gram-negative or gram-positive bacteria may be suitable for a variety of reasons to be determined experimentally in individual cases, such as nutrient sources, product formation rate, time requirement, etc.
  • it is a gram-negative bacterium, in particular one of the genera Escherichia coli, Klebsiella, Pseudomonas or Xanthomonas, in particular strains of E. coli K12, E. coli B or Klebsiella planticola, and more particularly derivatives of the strains Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5 ⁇ , E. coli JM109, E. coli XI ⁇ or Klebsiella planticola (Rf).
  • Gram-negative bacteria such as E. coli, a variety of proteins are secreted into the periplasmic space. This can be advantageous for special applications.
  • the application WO 01/81597 A1 discloses a method according to which it is achieved that gram-negative bacteria also eject the expressed proteins.
  • the Gram-negative bacteria which are mentioned as preferred are generally light, that is to say commercially or accessible via public strain collections and, in conjunction with other components which are likewise available in large numbers, such as vectors, can be optimized for specific production conditions.
  • it is a Gram-positive bacterium, in particular one of the genera Bacillus, Staphylococcus or Corynebacterium, more particularly of the species Bacillus lentus, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B.subtilis, B. globigii or B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus or Corynebacterium glutamicum, and among these most preferably a derivative of B.licheniformis DSM 13.
  • Gram-positive bacteria have the Gram-negative compared to the fundamental difference to release secreted proteins immediately into the nutrient medium surrounding the cells, from which, if desired, can directly purify the expressed proteins of the invention.
  • they are related or identical to most of the organisms of origin for technically important enzymes and usually form even comparable enzymes, so they have a similar codon Usage and their protein synthesizer is naturally aligned accordingly.
  • Very particular preference is given to derivatives of B. licheniformis DSM 13 because they are also widely used in the art as biotechnological production strains and because, on the other hand, with the provisional applications exactly the genes and proteins according to the invention from B.licheniformis DSM 13 are available so that the realization of the present invention should be most successful in such strains.
  • Another embodiment of the present invention provides methods of making one or more of those described above with reference to SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194,
  • an enzymatic detection of the enzyme activities concerned by suitable detection reactions is done, for example, so that the relevant for the reaction in question starting compound presented, incubated with a sample of the supernatant (containing the secreted enzymes) or a cell extract (if they are not secreted) and the product formed is detected by any appropriate measurement methods.
  • proteins shown in the present sequence listing can be synthesized by conventional methods and antibody can be generated against this; this also applies to proteins that are not recognizable by a specific enzymatic reaction. These proteins are then detectable, for example via corresponding Western blots.
  • the correspondingly preferred genetic information is provided in microbiologically utilizable form, that is to say for genetic engineering production methods.
  • Increasingly preferred is the provision of a particularly successfully utilizable by the host cell vector or of such cells themselves.
  • the relevant production methods are known in the art per se.
  • Embodiments of the present invention may also be cell-free expression systems in which protein biosynthesis is understood in vitro. All of the elements already described above can also be combined to form new methods for producing proteins according to the invention. It is conceivable for each protein according to the invention a variety of possible combinations of process steps, so that optimal procedures must be determined experimentally for each specific case.
  • nucleotide sequence has been adapted in one, preferably more and more preferably all codons to the codon Usage of the host strain.
  • a further subject of the invention is the use of an above with reference to SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198
  • an example of such uses is the overexpression of factors of protein biosynthesis in cells used as expression systems.
  • the protein biosynthetic performance of these cells can be increased by overexpressing one or, preferably, several ribosomal proteins; those are above with reference to SEQ ID NO. 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132 and 134 (large subunit) or with reference to SEQ ID NO.
  • an essentially equivalent, preferably combinable effect should result from the overexpression of aminoacyl tRNA synthetases, as described above with reference to SEQ ID NO. 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218 or 220, and / or translation factors as described above with reference to SEQ ID NO.
  • alpha chain of the DNA-dependent RNA polymerase (SEQ ID NO: 48), beta chain of the DNA-dependent RNA polymerase (SEQ ID NO: 50), beta DNA-dependent RNA polymerase chain (SEQ ID NO: 52), Greater RNA polymerase sigma factor 43 (SEQ ID NO: 54) and / or the polyA polymerase (SEQ ID NO: 56).
  • a preferred such use is one which is an in vitro approach.
  • DNA preparations using a DNA helicase defined above with reference to SEQ ID NO. 6, a DNA ligase, defined above with reference to SEQ ID NO. 22, a DNA single-strand binding protein, defined above with reference to SEQ ID NO. 30, or a DNA topoisomerase, defined above with reference to SEQ ID NO. 44;
  • amino acid translation systems enriched for aminoacyl tRNA synthetases as described above with reference to SEQ ID NO. 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218 or 220; - / n-translation systems further enriched for translation factors as described above with reference to SEQ ID NO. 226, 228, 230, 232, 234, 236 or 238 are defined;
  • Another embodiment of the present invention is the use of a reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195,
  • functional inactivation means any type of modification or mutation which prevents the function of the relevant protein from being inhibited.
  • a particular "use" of these factors or genes of this embodiment resides in the fact that they no longer naturally function in the cell in question.This is achieved according to this subject matter at the genetic level by shutting off the gene in question , This procedure requires a special safety precaution, because in all cases and according to the invention it is an essential gene whose absence is directly lethal for the cell in question.
  • an intact copy of the same gene must be introduced into the cell in question, preferably one own genetic element, that is a plasmid.
  • the essential systemic advantage of this selection method against selection via resistance genes to toxins, that is to say antibiotics, is that it is not necessary to permanently add a corresponding substance during the cultivation and that reversion to the wild type is less frequent. This is associated with the other, initially described advantages.
  • the essential systemic advantage of this selection method over a selection by auxotrophy is that it is not necessary to dispense with complex, that is low-priced, high-availability nutrient media during cultivation, because the respective deficiency can not be compensated by the intake of a simple nutrient. This is particularly clear when one realizes that, for example, with the (even-numbered) SEQ ID NO. 74 to 174 (and the respective homologous gene products) ribosomal proteins are referred to, without which in no case functional ribosomes can be assembled, which perform the protein biosynthesis.
  • the functional inactivation results in that the protein in question is not synthesized in full length, preferably not at all.
  • these uses are those in which the functional inactivation occurs during the fermentation of the microorganism. Because of the task, the fermentation of the microorganisms used for biotechnological production should be improved.
  • the activities or protein contents clearly attributable to the relevant, inactivated enzymes or proteins are reduced to less than 50%, preferably to less than 20%, very particularly preferably to less than 5% of the activity or concentration values occurring without the inactivation reduced.
  • This grading with regard to the degree of inactivation takes into account the different effectiveness of the various methods available for inactivation.
  • cells of a non-treated strain and a treated strain are fermented under otherwise identical conditions, and suitably, during fermentation, the enzyme activities concerned are determined suitably from cell extracts. Since the strains are otherwise identical, the differences in activity are attributable to the inactivations according to the invention. In this case, according to the invention, any corresponding reduction in activity is desired. Percentage comparable values are obtained by taking samples from both fermentations and determining the activities in question by methods known per se.
  • the respective value determinable in the sample according to the invention is less than 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 7.5, 5% and especially less than 1% when moving to the stationary growth phase. of the corresponding value of the reference bond.
  • an antibody-based detection reaction can be carried out analogously, as has already been described in principle above.
  • 2, 3 or more of said genes are functionally inactivated.
  • this serves to actually produce a lethal genotype.
  • RNA interference For some approaches, such as RNA interference, one can not always assume a 100% success.
  • this serves to establish several plasmids in the same cell simultaneously according to the principle described above. This is especially dissuaded when several transgenes are to be introduced next to each other, the DNA segments of interest do not have space next to each other on the same plasmid or should come into effect separately from each other.
  • the selection pressure is that each plasmid will cure one of the said genetic defects.
  • these functional inactivation uses are such uses, wherein for the inactivation each one used for a non-active protein nucleic acid with a point mutation.
  • nucleic acids can be generated by per se known methods for point mutagenesis. Such are, for example, in relevant handbooks such as those by Fritsch, Sambrook and Maniatis, "Molecular cloning: a laboratory manual", CoId Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1989. In addition, there are now numerous commercial kits available, such as the QuickChange . ® kit from Stratagene, La JoIIa, USA Its principle is that, oligonucleotides are synthesized with each exchange (mismatch primer) and hybridized with the gene in single;.
  • a nucleic acid with a deletion or insertion mutation is used in each case for the functional inactivation, preferably comprising the border sequences of the region coding for the protein comprising at least 70 to 150 nucleic acid positions.
  • a match is in each case at least 70 to 150 contiguous nucleic acid positions, in each case in the two border sequences to the non-coincident one Part necessary, where it does not depend on the intermediate part. Accordingly, those embodiments are preferred which comprise only two flanking regions of at least these sizes.
  • nucleic acids having a total of two nucleic acid sections are used, which each comprise at least 70 to 150 nucleic acid positions and thus at least partially, preferably completely, flank the region coding for the protein.
  • the flanking regions can be determined starting from the known sequences by methods known per se, for example by means of outwardly directed PCR primers and a preparation of genomic DNA as a template (anchored PCR). Because only to allow the exchange of the two gene copies via homologous recombination, it does not necessarily need to be protein coding sections.
  • the primers required for this purpose can be designed on the basis of the nucleotide sequences given in the sequence listing also for other species of Gram-positive bacteria and hereof in particular for those of the genus Bacillus.
  • such at least partially non-coding regions for many of these genes can be obtained from related species, for example from B. subtilis database entries, for example the Subtilist database of the Institut Pasteur, Paris, France (http: //genolist.pasteur. fr / Subtilist / genome.cgi).
  • a nucleic acid which is identical or interferes with the 5'-terminal sequence, in particular the signal sequence of the associated gene or parts thereof, is used for the functional inactivation.
  • One embodiment of the functional inactivation uses described heretofore are those uses where, for curing the defect, a nucleic acid coding for an active protein is introduced on a vector into the host cell, preferably on a vector posing as a stable genetic element , particularly preferably as a plasmid in the cell established.
  • this is such a use, wherein the nucleic acid responsible for said curing contains, in addition to the protein-only coding portion, the naturally-linked promoter or a promoter-sufficient portion thereof.
  • Activation of a gene means that it produces enough protein under the appropriate conditions.
  • constitutive promoters that is, those which are virtually permanently active.
  • An optimal curing of the gene defect induced according to the invention should be equivalent in particular to the naturally prevailing situation if the gene in question is regulated in much the same way as in natural, chromosomal localization.
  • a further embodiment of the invention intended for this purpose is such a use, wherein on the same genetic element as that for the said curing of the defect a genetic information to be selected lies, preferably under the control of the same promoter.
  • a genetic information of particular interest to be selected is stably established in a cell line by being introduced on such a curing vector into a cell having the otherwise lethal gene defect, which is only cured by the presence of this vector.
  • both genetic elements are under the control of the same promoter, the effect is exploited that it is in particular in such constitutive promoters to virtually permanently active and often strong promoters.
  • Another advantage may be that no additional promoter needs to be provided for the transgene; As a result, the construction of the relevant vector is comparatively simple.
  • Preferred embodiments of the uses described herein are such uses, wherein the genetic information to be selected is that for a protein, for an enzyme and / or for information for the synthesis of a low molecular weight compound.
  • the present invention is also realized in the form of genetically modified microorganisms, to which the above applies accordingly.
  • the microorganisms in which the chromosomal copy is at least one of the above with reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185,
  • strains can be obtained in this way in which several otherwise lethal gene defects are cured via several simultaneously existing plasmids.
  • Each of these plasmids can carry transgenes of experimental or technical interest.
  • Microorganisms according to the invention are preferably those in which a nucleic acid coding for an active protein has been introduced into the host cell on a vector for curing the defect, preferably on a vector which is a stable genetic element, particularly preferably a plasmid in the cell has established. For this results in the described effect, according to which the genetic information necessary for curing remains stable over generations in the relevant cell lines.
  • microorganisms according to the invention are preferably those in which the nucleic acid responsible for said curing contains, in addition to the protein-coding portion, the naturally associated promoter or a promoter portion thereof.
  • microorganisms according to the invention are those in which a genetic information to be selected is located on the same genetic element as that for said curing of the defect, preferably under the control of the same promoter.
  • microorganisms according to the invention are preferably those where the genetic information to be selected is that for a protein, for an enzyme and / or for the synthesis of a low molecular weight compound.
  • Microorganisms according to the invention are preferably those which are bacteria.
  • those microorganisms are preferred which are gram-negative bacteria, in particular those of the genera Escherichia coli, Klebsiella, Pseudomonas or Xanthomonas, in particular strains of E. coli K12, E. coli B or Klebsiella planticola, and all especially derivatives of strains Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5 ⁇ , E. coli JM109, E. coli XL-1 or Klebsiella planticola (Rf).
  • those microorganisms which are Gram-positive bacteria are no less preferred, in particular those of the genera Bacillus, Staphylococcus or Corynebacterium, more particularly of the species Bacillus lentus, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. subtilis, B Globigii or B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus or Corynebacterium glutamicum, and most particularly B. licheniformis DSM 13.
  • the invention is realized in particular in corresponding fermentation process according to the invention.
  • the method is wherein the low molecular weight compound is a natural product, a nutritional supplement, or a pharmaceutically-relevant compound.
  • amino acids, vitamins or oligopeptides are produced which find particular use as food supplements.
  • Pharmaceutically relevant compounds may be precursors or intermediates Medications or even act on these themselves. In all these cases one also speaks of biotransformation, according to which the metabolic properties of the microorganisms are exploited in order to replace the otherwise complex chemical synthesis completely or at least in individual steps.
  • the corresponding method is where the protein thus formed is a peptide hormone.
  • peptide hormones such as interleukins or insulin are obtained on a large scale by fermentations, often by eukaryotic host cells.
  • the protein formed in this way is an enzyme, in particular one from the group of ⁇ -amylases, proteases, cellulases, lipases, oxidoreductases, peroxidases, laccases, oxidases and hemicellulases.
  • Industrial enzymes produced by such processes find use, for example, in the food industry.
  • ⁇ -amylases are used to prevent the staling of bread or to clarify fruit juices.
  • Proteases are used to digest proteins. All of these enzymes are described for use in detergents and cleaning agents, in particular the subtilisin proteases already produced naturally by Gram-positive bacteria occupy a prominent place. Especially in the textile and leather industries, they serve the processing of natural resources. Furthermore, all these enzymes can be used in turn in the sense of biotransformation as catalysts for chemical reactions.
  • Another embodiment of the present invention is the use of a reference to SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195,
  • promoters associated with the nucleic acids according to the invention are not given in the sequence listing, but can easily be obtained by methods known per se, in particular by making use of the protein-coding sequences disclosed therein. These sequences can be used to obtain the associated promoters, in particular from B. licheniformis DSM12 and, in principle, all species related thereto, the prospects of success, as described above for the protein-coding regions, being the higher, the closer the organisms in question are to B.licheniformis.
  • promoters obtained thereby are also available for the preparation of further constructs, in particular of expression vectors. These include, in particular, those with which gene products according to the invention can be prepared in large quantities as described above, for example, in order to allow them to be used in vitro.
  • said nucleic acid is hybridized with a preparation of genomic DNA.
  • This genomic DNA is derived, for example, from the host to which the above-described inactivation according to the invention is to be carried out. It is prepared in a manner known per se and investigated in a Southem hybridization experiment with the nucleic acid according to the invention used as a probe. From the fragment thus identified, the 5'-located portion can be isolated by also known methods, advantageously in the context of the associated gene, so that the promoter gene fragment thus obtained can be introduced into a corresponding caging vector.
  • An alternative use for this purpose is to form primers based on said nucleic acid, via which flanking DNA sections from a preparation of a genomic DNA are identified.
  • DSM 13 German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH (DSMZ) 1 Mascheroder Weg 1 b, 38124 Braunschweig (http://www.dsmz.de).
  • S. licheniformis is dissolved in a 500 ml shake flask in 100 ml Horikoshi medium pH 9 (0.1% K 2 HPO 4 , 0.5% yeast extract, 1% peptone, 0.02% MgSO 4 , 0.3% Na 2 CO 3 ) for 72 h at 37 ° C and 200 rpm cultivated.
  • the cells are separated from the supernatant by centrifugation. The supernatant contains the secreted proteins.
  • the genomic DNA was prepared by standard methods, mechanically fractionated and separated by electrophoresis in a 0.8% agarose gel.
  • the 2 to 2.5 kb fragments were eluted from the agarose gel, dephosphorylated and ligated as blunt ended fragments into the Smal restriction site of the vector pTZ19R-Cm.
  • This is a chloramphenicol-resistance-conferring derivative of the commercially available from the company Fermentas (St. Leon-Red) plasmid pTZ19R. This gave a library of the smaller fragments.
  • the genomic fragments obtained by partial restriction with the enzyme Sau 3A1 were ligated into the Supercos-1 vector system ("cosmid vector kit") of the company Stratagene, La JoIIa, USA, whereby a gene bank of the predominantly larger fragments was obtained.
  • the bacteria E. coli DH5 ⁇ (D. Hannahan (1983): “Studies on Transformation on Escherichia coli", J. Mol. Microbiol., Vol. 166, pp. 557-580) which were obtainable by transformation with the relevant gene banks, were used for the respective recombinant plasmids isolated and sequenced.
  • the dye terminator chemistry was used, performed by the automatic sequencers Mega-BACE 1000/4000 (Amersham Bioscence, Piscataway, USA) and ABI Prism 377 (Applied Biosystems, Foster City, USA).
  • sequences indicated in the sequence listing of the present application SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 191, 19
  • GenBank National Center for Biotechnology Information, NCBI, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA, http://www.ncbi.nlm.nih.gov was searched by the databases. and subtilist of the Institute Pasteur, Paris, France
  • Table 1 Near-like genes or proteins to the genes and proteins identified in Example 2.

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Gegenstand der vorliegenden Anmeldung sind 150 neue essentielle Gene und deren Genprodukte von Bacillus licheniformis und hinreichend ähnliche Gene und Proteine. Diese Faktoren übernehmen in vivo jeweils elementare Lebensprozesse, beispielsweise die Replikation (zum Beispiel DNA-Polymerease, Helicase oder Gyrase), die Transkription (zum Beispiel RNA-Polymerase), die Proteinbiosynthese (ribosomale Proteine, Aminocyl-tRNA-Synthetasen, Initiations- und Elongationsfaktoren), die Sekretion von Proteinen (zum Beispiel Translocase) oder den Energie-Stoffwechsel. Ein Fehlen dieser Gene ist für die betreffenden Zellen unmittelbar letal und kann nicht durch eventuelle Verbindungen aus dem Nährmedium ausgeglichen werden. Somit können die zugehörigen Gene als Selektionsmarker genutzt werden. Dadurch lassen sich insofern verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren durch Mikroorganismen etablieren, als eine Selektion über diese Gene ohne Antibiotika auskommt und zudem nicht durch Bestandteile üblicher Nährmedien ausgeglichen werden kann.

Description

Neue essentielle Gene von Bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren
Die vorliegende Erfindung betrifft 150 neue essentielle Gene und deren Genprodukte von Bacillus licheniformis und hinreichend ähnliche Gene und Proteine sowie darauf auf¬ bauende, insofern verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren durch Mikro¬ organismen, als jedes dieser Gene dafür als Selektionsmarker geeignet ist.
Die vorliegende Erfindung liegt auf dem Gebiet der Biotechnologie, insbesondere der Herstellung von Wertstoffen durch Fermentation von Mikroorganismen, die zur Bildung der interessierenden Wertstoffe in der Lage sind. Hierzu zählen beispielsweise die Her¬ stellung niedermolekularer Verbindungen, etwa von Nahrungsmittelergänzungsstoffen oder pharmazeutisch relevanten Verbindungen, oder von Proteinen, für welche aufgrund ihrer Diversität wiederum ein großes technisches Einsatzgebiet besteht. Im ersten Fall werden die Stoffwechseleigenschaften der betreffenden Mikroorganismen zur Herstellung der Wertstoffe ausgenutzt und/oder verändert; im zweiten Fall werden Zellen eingesetzt, die die Gene der interessierenden Proteine (sogenannte Transgene) exprimieren. In beiden Fällen handelt es sich zumeist also um gentechnisch veränderte Organismen (GVO).
Zur Fermentation von Mikroorganismen besteht ein reichhaltiger Stand der Technik, insbesondere auch im großtechnischen Maßstab; er reicht von der Optimierung der betreffenden Stämme hinsichtlich der Bildungsrate und der Nährstoffausnutzung über die technische Gestaltung der Fermenter bis hin zur Gewinnnung der Wertstoffe aus den betreffenden Zellen selbst und/oder dem Fermentationsmedium. Hierfür kommen sowohl genetische und mikrobiologische als auch verfahrenstechnische und biochemische Ansätze zu tragen. Ziel der vorliegenden Erfindung ist es, diesen Prozeß hinsichtlich der Stabilität der Transgene in den eingesetzten Mikroorganismen zu verbessern, und zwar auf der Ebene der genetischen Eigenschaften der betrachteten Stämme.
Expressionssysteme werden im wesentlichen auf der Basis von zwei grundsätzlich verschiedenen genetischen Konstruktionen entwickelt und weiterentwickelt. Einerseits wird das Gen für das herzustellende Protein in das Chromosom des Wirtsorganismus integriert. Derartige Konstrukte sind ohne Selektion auf Anwesenheit eines zusätzlichen Markergens (siehe unten) sehr stabil. Ein wesentlicher Nachteil besteht darin, daß nur eine Kopie des Gens im Wirt vorhanden ist und sich die Integration weiterer Kopien zur Erhöhung der Produktbildungsrate über den Gendosiseffekt methodisch sehr aufwendig gestaltet. Dieser Stand der Technik sei im folgenden kurz illustriert.
Das europäische Patent EP 284126 B1 löst das Problem einer stabilen Mehrfach¬ integration darüber, daß mehrere Genkopien in die Zelle eingebracht werden, die dazwischenliegende, endogene und essentielle chromosomale DNA-Abschnitte enthalten.
Eine andere Lösung zur stabilen Mehrfachintegration wird in der Patentanmeldung WO 99/41358 A1 offenbart. Demnach werden zwei Kopien des interessierenden Gens in entgegengesetzten Transkriptionsrichtungen integriert und von einem nicht-essentiellen DNA-Abschnitt voneinander getrennt, um somit homologe Rekombination der beiden Kopien zu verhindern.
Aus der Patentanmeldung DD 277467 A1 geht ein Verfahren zur Herstellung von extrazellulären Enzymen hervor, das auf der stabilen, vorteilhafterweise mehrfachen Integration der für das interessierende Enzym codierenden Gene in das Bakterien¬ chromosom beruht. Die Integration erfolgt über homologe Bereiche. Zur Kontrolle erfolgreicher Integrationsereignisse dient ein auf dem Plasmid enthaltenes Erythromycin- Gen, das bei erfolgreicher Integration inaktiviert wird.
Nach der Schrift DE 4231764 A1 kann die Integration ins Chromosom über ein einfaches oder doppeltes Crossing-over über das Gen für die Thymidylat-Synthetase erfolgen. Letzteres erlaubt die Kontrolle dieses Vorgehens, denn bei einem einfachen Crossing- over bleibt die thy-Aktivität erhalten, während sie bei einem doppelten Crossing-over verloren geht, das heißt hierdurch eine Auxotrophie erzielt wird. Mit einem einfachen Crossing-over geht in diesem speziellen System eine Resistenz gegen das Antibiotikum Trimethoprim einher, mit einem doppelten eine entsprechende Sensitivität.
In der Anmeldung WO 96/23073 A1 wird ein Transposon-basiertes System zur Integration von mehrfachen Kopien eines interessierenden Gens in das Bakterienchromosom offenbart, das dadurch gekennzeichnet ist, daß das Marker-Gen des Plasmids durch die Integration deletiert wird und die erhaltenen Stämme somit frei von einem Resistenz- marker sind. Auch nach dieser Schrift wird ein Marker nur für die Steuerung der Konstruktion des betreffenden Bakterienstamms benötigt.
Ein System zur Erhöhung der Kopienzahl von bestimmten, in ein bakterielles Chromosom integrieren Transgenen wird auch in der Anmeldung WO 01/90393 A1 offenbart.
Der zweite Ansatz zur Konstruktion von Produzenten-Stämmen besteht darin, das interessierende Gen auf ein autonom replizierendes Element, zum Beispiel ein Plasmid zu übertragen und auf diese Weise in den Wirtsorganismus zu transferieren. Vorteilhaft wirkt sich dabei über den Gendosis-Effekt die üblicherweise hohe Zahl von Plasmidkopien pro Zelle aus. Nachteilig ist die Tatsache, daß über die gesamte Kulturzeit hinweg ein Selek¬ tionsdruck ausgeübt werden muß, um die Plasmide in den Zellen zu halten. Standard¬ mäßig erfolgt dies über den Zusatz von Antibiotika in das Kulturmedium, während Gene, die gegen die betreffenden Substanzen Resistenz verleihen, auf den Plasmiden vorgelegt werden. Damit vermögen lediglich die Zellen zu wachsen, welche die Plasmide in ausreichender Zahl besitzen.
Der Einsatz von Antibiotikaresistenzen als Selektionsmarker stößt in den letzten Jahren zunehmend auf Kritik. Zum einen ist der Einsatz von Antibiotika recht teuer, insbesondere, wenn die Resistenz auf einem das Antibiotikum abbauenden Enzym beruht und die betreffende Substanz deshalb während der gesamten Kultivierung zugeführt werden muß. Zum anderen trägt ihr weitverbreiteter Einsatz, insbesondere auf anderen Technik- Gebieten zur Ausbreitung der Resistenzgene auf andere Stämme, sogar auf pathologische Stämme bei. Dies führt beispielsweise in der medizinischen Hygiene und insbesondere bei der Behandlung von Infektionskrankheiten bereits zu erheblichen Schwierigkeiten durch sogenannte multiresistente humanpathogene Stämme.
Deshalb wird in großem Maße auf die oben illustrierten Systeme zur stabilen Integration von Genen ins Chromosom der Produzenten-Zellen zurückgegriffen, weil diese ohne einen permanenten Selektionsdruck stabil sind. Allerdings sind die betreffenden Stämme, wie oben erwähnt nur unter großem Aufand herstellbar. Schneller und komfortabler ist es in der biotechnologischen Praxis, ein beispielsweise neugefundenes oder modifiziertes Gen auf einem Plasmid mit Selektionsmarker in Wirtszellen einzubringen und auf diese Weise zu exprimieren. Im Stand der Technik sind inzwischen auch Antibiotika-freie Selektionssysteme entwickelt worden. So werden beispielsweise in der Publikation "Transposon vectors containing non- antibiotic resistance selection markers for cloning and stable chromosomal insertion of foreign genes in gram-negative bacteria" von Herrero et al. (1990), in J. Bacteriol., Band 172, Seiten 6557-6567, Resistenzen gegen Herbizide und Schwermetalle als Selektions- marker beschrieben. Gegen den Einsatz dieser Verbindungen sprechen jedoch dieselben Bedenken wie gegen Antibiotika.
Prinzipiell ähnlich wie eine Antibiotikum-Selektion funktioniert beispielsweise die Selektion über Auxotrophie, das heißt über einen gezielten Stoffwechseldefekt, der die betreffenden Zellen von der Zufuhr bestimmter Stoffwechselprodukte abhängig macht. Auxotrophe Stämme erhalten dann gekoppelt mit dem interessierenden Transgen eines, das diese Auxotrophie kuriert. Bei Verlust würden sie unter entsprechenden Kulturbedingungen gleichzeitig ihre Lebensfähigkeit verlieren, so daß es zur erwünschten Selektion der auxotrophen Produzenten-Stämme kommt. So wird beispielsweise in der Publikation "Gene cloning in lactic Streptococci" von de Vos in Netherlands Milk and Dairy Journal, Band 40, (1986), Seite 141-154 auf S. 148 auf verschiedene, aus dem Stoffwechsel von Lacto-Streptococci entwickelte Selektionsmarker verwiesen; hierunter sind solche aus dem Lactose-Stoffwechsel, Kupfer-Resistenz und Resistenzgene gegenüber verschiede¬ nen Bacteriocinen von Lacto-Streptococci. Das Patent EP 284126 B1 , das sich mit dem Problem der stabilen Integration interessierender Gene ins Bakterienchromosom befaßt (siehe oben) faßt die zur Selektion möglichen Systeme Auxotrophie, Resistenz gegen Biozide und Resistenz gegen Virus-Infektionen auf S. 7 unter dem Begriff „Überlebens- Selektion" zusammen. Als Beispiele für Auxotrophie-Selektionsmarker werden hier die Stoffwechselgene leu, his, trp „oder ähnliche" angeführt; gemeint sind offensichtlich solche aus Aminosäuresynthesewegen.
In der Praxis gestaltet sich der Einsatz solcher Auxotrophien aber bisher sehr problematisch, da insbesondere in industriellen Fermentationsmedien fast alle notwendigen Substrate in ausreichenden Mengen zur Verfügung stehen und die betreffenden Zellen den Mangel zur Synthese einer bestimmten Verbindung über die Aufnahme ebendieser Verbindung aus dem Nährmedium ausgleichen können.
Eine Ausnahme ist bisher nur das essentielle Thymidin, das in industriellen Fermentationsmedien lediglich in Spuren vorkommt und deshalb von den - proliferierenden und somit DNA-synthetisierenden - Organismen über eine Thymidylat- synthase gebildet werden muß. So bietet die Anmeldung EP 251579 A2 die Lösung an, als Wirts-Stämme solche einzusetzen, die hinsichtlich des für den Nukleotid-Stoffwechsel essentielen Gens für die Thymidylat-Synthase defizient sind. Über einen Vektor kann demnach das Gen für eben diese Funktion (thyA aus Escherichia coli K12) zur Verfügung gestellt werden und den Gen-Defekt kurieren. Trägt dieser Vektor zusätzlich das Gen für das interessierende Protein, so kommt es zu einer Antibiotikum-ähnlichen Selektion der Produzenten-Zellen.
In der nicht vorveröffentlichten Patentanmeldung PCT/EP2004/001949 wird vorgeschlagen, ein endogen vorhandenes, für eine essentielle Translokations-Aktivität codierendes Gen zu inaktivieren und diesen Defekt über einen Vektor zu kurieren. Hierbei soll es sich um das für einen der Faktoren SecA, SecY, SecE, SecD, SecF, Signalpeptidase, b-SRP (Ffh oder Ffs / Scr), FtsY / Srb, PrsA oder YajC codierende Gen handeln, vorzugsweise um für eine der Untereinheiten der Präprotein-Translokase SecA, SecY, SecE, SecD oder SecF. In dieser Anmeldung werden hierfür die Sequenzen von secA und dem hiervon abgeleiteten Protein SecA aus Bacillus subtilis, Escherichia coli und S. licheniformis offenbart.
Zusammenfassend muß man feststellen, daß im Stand der Technik zwar große Erfahrung hinsichtlich der biotechnologischen Produktion von Proteinen besteht und die Expression interessierender Gene über chromosomale Integration und Antibiotika-Selektion gezielt steuerbar ist, zu diesen beiden Systemen bislang jedoch nur wenige Alternativen bestehen. Insbesondere bestehen kaum Alternativen, die weniger aufwendig als die chromosomale Integration sind und gleichzeitig ohne Selektion über eine teure oder ökologisch bedenkliche Verbindung auskommen.
Insbesondere der Ansatz zur Selektion über Auxotrophie-Marker hat bislang hinsichtlich der in der Industrie allgemein üblichen komplexen Nährmedien nur zu sehr spärlichen Ergebnissen geführt. Denn diese enthalten in der Regel zahlreiche niedrigmolekulare Verbindungen wie Nukleotide, Vitamine oder Aminosäuren, über die derartige Auxotrophien, das heißt vergleichsweise einfache Stoffwechseldefekte ausgeglichen werden. Wünschenswert wäre daher eine Selektionsmöglichkeit, die prinzipiell wie eine Auxotrophie funktioniert, aber nicht auf solchen Stoffwechseldefekten beruht, die über die allgemein üblichen komplexen Nährmedien ausgeglichen werden. Es stellte sich somit die Aufgabe, weitere Selektionssysteme zu entwickeln, die vergleichbar einfach zu handhaben sind wie die Selektion über ein Antibiotikum, jedoch ohne teure und unter Umständen umweltschädliche Substanzen auskommen. Sie sollten in industriellem Maßstab anwendbar sein. Sie sollten auf solchen Genen aufbauen, deren Fehlen nicht über Begleitstoffe in industriellen Medien ausgeglichen werden kann.
In Teilaufgaben bedeutete dies, essentielle Gene zu identifizieren und über Identifizierung der zugehörigen Nukleotidsequenzen Werkzeuge für die gewünschte gentechnische Modifizierung zur Verfügung zu stellen.
Unter einem Teilaspekt dieser Aufgabe sind insbesondere solche essentiellen Gene von Interesse, für deren abgeleitete Proteine aufgrund ihrer biochemischen Eigenschaften selbst technische Anwendungsmöglichkeiten bestehen, beispielsweise in molekularbio¬ logischen Reaktionsansätzen. Die Ermittlung der zugehörigen Nukleotidsequenzen würde sie einer gezielten Produktion und damit diesen technischen Anwendungsmöglichkeiten zugänglich machen.
Diese Aufgabe wird durch jedes der im Sequenzprotokoll angegebenen 150 für B. licheniformis gefundenen Proteine, einschließlich der jeweils hinreichend homologen Proteine gelöst; weitere eigenständige Lösungen der Aufgabe stellen die zugehörigen Nukleinsäuren dar, ebenfalls einschließlich der jeweils hinreichend homologen Nukleinsäuren. Die jeweiligen Nukleinsäure- und Aminosäuresequenzen sind vollständig im Sequenzprotokoll (Sequence Listing) der vorliegenden Anmeldung angegeben.
Diese Faktoren übernehmen in vivo jeweils elementare Lebensprozesse der betreffenden Organismen, beispielsweise die Replikation (zum Beispiel DNA-Polymerease, Helicase oder Gyrase), die Transkription (zum Beispiel RNA-Polymerase), die Proteinbiosynthese (ribosomale Proteine, Aminocyl-tRNA-Synthetasen, Initiations- und Elongationsfaktoren), die Sekretion von Proteinen (zum Beispiel Translocase) oder den Energie-Stoffwechsel. Ein Fehlen dieser Gene ist für die betreffenden Zellen unmittelbar letal und kann nicht durch eventuelle Verbindungen aus dem Nährmedium ausgeglichen werden.
Weitere Lösungen dieser Aufgabe stellen Vekoren mit den zugehörigen Nukleinsäure- abschnitten, Zellen und Verfahren zur Produktion dieser Proteine dar. Hinzu kommen die Verwendungsmöglichkeiten der betreffenden Nukleinsäuren als Selektionsmarker, insbesondere indem entsprechende Plasmide mit diesen Genen bereitgestellt werden, die in bezüglich dieser Gene erzeugten Knock-out-Mutanten den für das Überleben erforderlichen Genotyp aufrechterhalten.
Mithilfe dieser molekularbiologischen Konstrukte können nun Verfahren zur Fermentation von Mikroorganismen, insbesondere grampositiven Bakterien der Spezies Bacillus etabliert werden, in denen einzelne oder mehrere dieser essentiellen Gene chromosomal inaktiviert sind und deren intakte Kopien als Selektionsmarker dienen. Hierdurch ergeben sich die eingangs als wünschenswert beschriebenen Vorteile bei der Produktion interessierender Wertstoffe und bei deren Aufarbeitung. Dazu gehört insbesondere die Möglichkeit, auf Antibiotika als Selektionsagentien verzichten zu können. Es können sogar mehrere dieser Gene nebeneinander zur gleichzeitigen Selektion, etwa von mehreren Plasmiden verwendet werden.
Dem genannten Teilaspekt der Aufgabe zur Erschließung von solchen essentiellen Proteinen, für die aufgrund ihrer biochemischen Eigenschaften selbst technische Anwendungsmöglichkeiten bestehen, wird ebenfalls entsprochen. Die zugehörigen Proteine können nun über die erfindungsgemäß zur Verfügung gestellten Nukleotidsequenzen gezielt produziert werden und stehen damit den betreffenden technischen Anwendungsmöglichkeiten zur Verfügung. Ferner können die betreffenden Nukleinsäuren zur Identifizierung verwandter Gene oder der natürlicherweise mit ihnen verbundenen Promotoren verwendet werden.
Wie in den Beispielen zur vorliegenden Anmeldung beschrieben, konnten über eine Sequenzierung der genomischen DNA von S. licheniformis DSM 13, dem von der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig (http://www.dsmz.de) erhältlichen Referenzstamm für diese Spezies 150 neue Gene identifiziert werden, die die gestellte Aufgabe erfüllen.
Die hierzu im Stand der Technik bekannten jeweils nächstähnlichen Gene und zugehörigen Proteine weisen die in Beispiel 3 (Tabelle 1) zur vorliegenden Anmeldung angegebenen Sequenzhomologien auf. Hierüber definiert sich der mit der vorliegenden Anmeldung jeweils abgedeckte Schutzbereich. Dementsprechend stellen alle folgenden Nukleinsäuren und Proteine, einschließlich ihrer jeweils angegebenen Homologiebereiche prinzipiell gleichwertige Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung dar, wobei ein zunehmender Grad an Homologie (angegeben in Prozent Identität) jeweils zunehmend bevorzugt ist:
- Eine Nukleinsäure dnaA, codierend für ein Initiatorprotein der chromosomalen Replikation, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 1 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Initiatorprotein der chromosomalen Replikation DnaA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 2 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaB, codierend für ein Membrananheftungsprotein der chromosomalen Replikationsinitiation, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 3 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Membrananheftungsprotein der chromosomalen Replikationsinitiation DnaB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 4 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 70% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaC, codierend für eine replikative DNA-Helicase, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 5 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Replikative DNA-Helicase DnaC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 6 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
- eine Nukleinsäure dnaD, codierend für ein DNA-Replikationsprotein, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 7 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein DNA-Replikationsprotein DnaD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 8 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 75% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaE, codierend für eine Alpha-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III alpha subunit; E. C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 9 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Alpha-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III alpha subunit; E. C. 2.7.7.7) DnaE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 10 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaG, codierend für eine DNA-Primase (DNA primase; E. C. 2.7.7.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 11 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine DNA-Primase (DNA primase; E. C. 2.7.7.-) DnaG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 12 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnal, codierend für ein Primosom-Protein (Primosomal protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 13 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Primosom-Protein (Primosomal protein) Dnal mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 14 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaN, codierend für eine Beta-Kette einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase IM beta chain; E. C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 15 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Beta-Kette einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III beta chain; E.C. 2.7.7.7) DnaN, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 16 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dnaX, codierend für eine Kette III einer DNA-abhängigen DNA- Polymerase III (DNA-directed DNA Polymerase III chain; E.C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 17 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Kette III einer DNA-abhängigen DNA-Polymerase III (DNA-directed DNA Polymerase III chain; E.C. 2.7.7.7) DnaX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 18 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure holB, codierend für eine Delta-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, delta' subunit; E. C.2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 19 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Delta-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, delta1 subunit; E. C.2.7.7.7) HoIB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 20 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure HgA, codierend für eine DNA-Ligase (DNA ligase ; E.C. 6.5.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 21 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine DNA-Ligase (DNA ligase ; E.C. 6.5.1.2) LigA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 22 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure pcrA, codierend für eine ATP-abhängige DNA-Helicase (ATP- dependent DNA helicase; E.C. 3.6.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 23 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine ATP-abhängige DNA-Helicase (ATP-dependent DNA helicase; E. C. 3.6.1.-) PcrA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 24 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure polC (pollll), codierend für eine PolC-Typ-DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, po/C-type), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 25 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine PolC-Typ-DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, po/C-type) PoIC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 26 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure priA, codierend für einen primosomalen Replicationsfaktor Y (primosomal replication factor Y; primosomal protein N1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 27 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Primosomaler Replicationsfaktor Y (primosomal replication factor Y; primosomal protein N') PriA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 28 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure ssb, codierend für ein DNA-Einzelstrang-bindendes Protein (single- stranded DNA-binding protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 29 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein DNA-Einzelstrang-bindendes Protein (single-stranded DNA-binding protein) Ssb mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 30 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gyrA, codierend für eine Untereinheit A einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit A; E. C. 5.99.1.3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 31 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit A einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit A; E. C. 5.99.1.3) GyrA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 32 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gyrB, codierend für eine Untereinheit B einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit B; E.C. 5.99.1.3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 33 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit B einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit B; E.C. 5.99.1.3) GyrB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 34 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure hbs, codierend für ein DNA-Bindungsprotein HU (DNA-binding protein HU), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 35 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein DNA-Bindungsprotein HU (DNA-binding protein HU) Hbs mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 36 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure parC, codierend für eine Untereinheit A einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV1 subunit A; E.C. 5.99.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 37 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Untereinheit A einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit A; E.C. 5.99.1.-) ParC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 38 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure parE, codierend für eine Untereinheit B einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit B; E.C. 5.99.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 39 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit B einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit B; E.C. 5.99.1.-) ParE, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 40 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure smc, codierend für einen Faktor zur Chromosomen-Kondensation und -Segregation (Chromosome condensation and segregation), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 41 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Faktor zur Chromosomen-Kondensation und -Segregation (Chromosome condensation and segregation) Smc mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 42 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure topA, codierend für eine DNA-Topoisomerase I (DNA topoisomerase I; E.C. 5.99.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 43 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine DNA-Topoisomerase I (DNA topoisomerase I; E.C. 5.99.1.2) TopA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 44 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure ydiO (aqul), codierend für eine Alpha-Untereinheit einer Modifikationsmethylase (modification methylase, alpha subunit; E.C. 2.1.1.73), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 45 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 36% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Alpha-Untereinheit einer Modifikationsmethylase (modification methylase, alpha subunit; E.C. 2.1.1.73) YdiO (Aqul) mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 46 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 15% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpoA codierend für eine Alpha-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase, alpha chain (E.C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 47 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Alpha-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase, alpha chain (E.C. 2.7.7.6) RpoA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 48 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpoB, codierend für eine Beta-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta chain; E.C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 49 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Beta-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta chain; E.C. 2.7.7.6) RpoB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 50 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpoC, codierend für eine Beta'-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta' chain; E.C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 51 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Beta'-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta' chain; E. C. 2.7.7.6) RpoC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 52 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure sigA, codierend für einen größeren RNA-Polymerase-Sigma-Faktor 43 (RNA Polymerase major sigma-43 factor; sigma-A), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 53 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Größerer RNA-Polymerase-Sigma-Faktor 43 (RNA Polymerase major sigma-43 factor; sigma-A) SigA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 54 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure cca, codierend für eine PolyA-Polymerase (polyA Polymerase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 55 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 66% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine PolyA-Polymerase (polyA Polymerase) Cca, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 56 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 60% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure cspR, codierend für eine rRNA-Methylase (rRNA methylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 57 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine rRNA-Methylase (rRNA methylase) CspR mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 58 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rnc, codierend für eine Ribonuklease III (Ribonuclease III), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 59 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Ribonuklease III (Ribonuclease III) Rnc mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 60 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rnpA, codierend für eine Ribonuklease P (Ribonuclease P; E. C. 3.1.26.5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 61 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 65% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Ribonuklease P (Ribonuclease P; E. C. 3.1.26.5) RnpA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 62 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 69% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure trmD, codierend für eine Methyltransferase (Methyltransferase; E. C. 2.1.1.31), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 63 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Methyltransferase (Methyltransferase; E.C. 2.1.1.31) TrmD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 64 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure trmU, codierend für eine Methyltransferase (Methyltransferase; E.C. 2.1.1.61), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 65 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Methyltransferase (Methyltransferase; E.C. 2.1.1.61) TrmU mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 66 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure yycF, codierend für einen putativen Zwei-Komponenten-Response- Regulator (putative two-component response regulator), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 67 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Putativer Zwei-Komponenten-Response-Regulator (putative two-component response regulator) YycF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 68 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure yycG, codierend für einen putativen Zwei-Komponenten-Response- Regulator (putative two-component response regulator), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 69 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Putativer Zwei-Komponenten-Response-Regulator (putative two-component response regulator) YycG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 70 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure nusA, codierend für einen putativen Transcriptionsterminationsfaktor (putative transcription termination factor), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 71 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Putativer Transcriptionsterminationsfaktor (putative transcription termination factor) NusA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 72 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplA, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L1 (5OS ribosomal protein L1 ; BL1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 73 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L1 (5OS ribosomal protein L1 ; BL1) RpIA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 74 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplB, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L2 (5OS ribosomal protein L2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 75 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- 50S-ribosomales Protein L2 (5OS ribosomal protein L2) RpIB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 76 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIC, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L3 (5OS ribosomal protein L3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 77 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L3 (5OS ribosomal protein L3) RpIC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 78 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpID, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L4 (5OS ribosomal protein L4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 79 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99% 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L4 (5OS ribosomal protein L4) RpID, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 80 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplE, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L5 (5OS ribosomal protein L5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 81 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L5 (5OS ribosomal protein L5) RpIE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 82 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure rplF, codierend für ein 50S-ribosoma!es Protein L6 (5OS ribosomal protein L6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 83 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L6 (5OS ribosomal protein L6) RpIF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 84 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIL, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L9P (LSU ribosomal protein L9P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 85 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 75% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der großen Untereinheit L9P (LSU ribosomal protein L9P) RpIL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 86 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplJ, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L10P (LSU ribosomal protein L10P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 87 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der großen Untereinheit L10P (LSU ribosomal protein L10P) RpIJ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 88 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIL, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L12P (LSU ribosomal protein L12P; L7/L12), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 89 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L12P (LSU ribosomal protein L12P; L7/L12) RpIL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 90 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplM, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L13 (5OS ribosomal protein L13), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 91 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein 50S-ribosomales Protein L13 (5OS ribosomal protein L13) RpIM mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 92 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplN, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L14 (5OS ribosomal protein L14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 93 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L14 (5OS ribosomal protein L14) RpIN mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 94 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplO, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L15 (5OS ribosomal protein L15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 95 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L15 (5OS ribosomal protein L15) RpIO, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 96 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplP, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L16 (5OS ribosomal protein L16), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 97 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L16 (5OS ribosomal protein L16) RpIP mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 98 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure rplQ, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L17 (5OS ribosomal protein L17), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 99 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L17 (5OS ribosomal protein L17) RpIQ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 100 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIR, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L18 (5OS ribosomal protein L18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 101 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L18 (5OS ribosomal protein L18) RpIR mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 102 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIS, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L19 (5OS ribosomal protein L19), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 103 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L19 (5OS ribosomal protein L19) RpIS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 104 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIT, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L20P (LSU ribosomal protein L20P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 105 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der großen Untereinheit L20P (LSU ribosomal protein L20P) RpIT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 106 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 98% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplil, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L21 (5OS ribosomal protein L21), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 107 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L21 (5OS ribosomal protein L21) RpIU mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 108 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 88%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplV, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L22 (5OS ribosomal protein L22), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 109 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L22 (5OS ribosomal protein L22) RpIV mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 110 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rplW, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L23 (5OS ribosomal protein L23), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 111 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L23 (5OS ribosomal protein L23) RpIW, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 112 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpIX, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L24 (5OS ribosomal protein L24), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 113 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L24 (50S ribosomal protein L24) RpIX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 114 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmA, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L27 (5OS ribosomal protein L27), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 115 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L27 (5OS ribosomal protein L27) RpmA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 116 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmB, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L28 (5OS ribosomal protein L28), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 117 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L28 (5OS ribosomal protein L28) RpmB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 118 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
- eine Nukleinsäure rpmC, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L29 (5OS ribosomal protein L29), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 119 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L29 (5OS ribosomal protein L29) RpmC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 120 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmD, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L30 (5OS ribosomal protein L30), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 121 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L30 (5OS ribosomal protein L30) RpmD mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 122 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmE, codierend für ein Ribosomales Protein L31 (ribosomal protein L31), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 123 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein Ribosomales Protein L31 (ribosomal protein L31) RpmE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 124 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmF, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L32 (5OS ribosomal protein L32), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 125 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L32 (5OS ribosomal protein L32) RpmF, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 126 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 71% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmGA, codierend für ein Typ 1-50S-ribosomales Protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 127 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Typ 1-50S-ribosomales Protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1) RpmGA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 128 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmGB, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L33P (LSU ribosomal protein L33P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 129 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L33P (LSU ribosomal protein L33P) RpmGB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 130 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpml, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L35 (5OS ribosomal protein L35), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 131 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L35 (5OS ribosomal protein L35) Rpml mit einer
Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 132 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%,
99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpmJ, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L36 (5OS ribosomal protein L36), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 133 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 50S-ribosomales Protein L36 (5OS ribosomal protein L36) RpmJ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 134 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsB, codierend für ein Ribosomales Protein S2 (ribosomal protein S2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 135 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein S2 (ribosomal protein S2) RpsB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 136 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsC, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S3 (3OS ribosomal protein S3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 137 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S3 (3OS ribosomal protein S3) RpsC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 138 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsD, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S4 (3OS ribosomal protein S4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 139 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein 30S-ribosomales Protein S4 (3OS ribosomal protein S4) RpsD mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 140 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsE, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S5 (3OS ribosomal protein S5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 141 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S5 (3OS ribosomal protein S5) RpsE, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 142 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsF, codierend für ein ribosomales Protein S6 (ribosomal protein S6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 143 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein S6 (ribosomal protein S6) RpsF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 144 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsG, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S7P (SSU ribosomal protein S7P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 145 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S7P (SSU ribosomal protein S7P) RpsG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 146 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsH, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S8 (3OS ribosomal protein S8), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 147 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S8 (3OS ribosomal protein S8) RpsH mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 148 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsl, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S9 (3OS ribosomal protein S9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 149 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S9 (3OS ribosomal protein S9) Rpsl, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 150 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsJ, codierend für ein ribosomales Protein S10 (ribosomal protein S10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 151 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein Ribosomales Protein S10 (ribosomal protein S10) RpsJ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 152 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsK, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S11 (3OS ribosomal protein S11), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 153 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S11 (3OS ribosomal protein S11) RpsK mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 154 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsL, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S12P (SSU ribosomal protein S12P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 155 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S12P (SSU ribosomal protein S12P) RpsL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 156 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure rpsM, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S13 (3OS ribosomal protein S13), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 157 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S13 (3OS ribosomal protein S13) RpsM, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 158 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsN, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 159 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1) RpsN mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 160 angegebenen Aminosäuresequeπz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsO, codierend für ein ribosomales Protein S15 (ribosomal protein S15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 161 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein S15 (ribosomal protein S15) RpsO mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 162 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsP, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S16 (3OS ribosomal protein S16), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 163 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S16 (3OS ribosomal protein S16) RpsP mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 164 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsQ, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S17 (3OS ribosomal protein S 17), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 165 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S17 (3OS ribosomal protein S17) RpsQ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 166 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsR, codierend für ein ribosomales Protein S18 (ribosomal protein S18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 167 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein S18 (ribosomal protein S18) RpsR mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 168 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsS, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S19 (3OS ribosomal protein S19), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 169 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S19 (3OS ribosomal protein S 19) RpsS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 170 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure rpsT, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S20 (3OS ribosomal protein S20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 171 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein 30S-ribosomales Protein S20 (3OS ribosomal protein S20) RpsT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 172 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure rpsU, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S21P (SSU ribosomal protein S21 P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 173 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S21 P (SSU ribosomal protein S21 P) RpsU, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 174 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure alaS, codierend für eine Alanyl-tRNA-Synthetase (Alanyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 175 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81 % Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Alanyl-tRNA-Synthetase (Alanyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.7) AIaS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 176 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure argS, codierend für eine wahrscheinliche Arginyl-tRNA-Synthetase (probable arginyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 177 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Wahrscheinliche Arginyl-tRNA-Synthetase (probable arginyl-tRNA synthetase) ArgS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 178 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure asnS, codierend für eine Asparaginyl-tRNA-Synthetase (asparaginyl- tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 179 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt
100% Identität aufweist;
- eine Asparaginyl-tRNA-Synthetase (asparaginyl-tRNA synthetase) AsnS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 180 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure aspS, codierend für eine Aspartyl-tRNA-Synthetase (Aspartyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.12), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 181 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Aspartyl-tRNA-Synthetase (Aspartyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.12) AspS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 182 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure cysS, codierend für eine Cysteinyl-tRNA-Synthetase (cysteinyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 183 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Cysteinyl-tRNA-Synthetase (cysteinyl-tRNA synthetase) CysS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 184 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gltX, codierend für eine Glutamyl-tRNA-Synthetase (glutamyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 185 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Glutamyl-tRNA-Synthetase (glutamyl-tRNA synthetase) GItX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 186 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure glyQ, codierend für eine Alpha-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain; E. C. 6.1.1.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 187 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Alpha-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain; E. C. 6.1.1.14) GIyQ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 188 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure glyS, codierend für eine Beta-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain; E. C. 6.1.1.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 189 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Beta-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain; E. C. 6.1.1.14) GIyS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 190 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure hisS, codierend für eine Histidyl-tRNA-Synthetase (Histidyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.21), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 191 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Histidyl-tRNA-Synthetase (Histidyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.21) HisS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 192 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure HeS, codierend für eine Isoleucyl-tRNA-Synthetase (Isoleucyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 193 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Isoleucyl-tRNA-Synthetase (Isoleucyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.5) NeS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 194 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure leuS, codierend für eine Leucyl-tRNA-Synthetase (Leucyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 195 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Leucyl-tRNA-Synthetase (Leucyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.4) LeuS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 196 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure lysS, codierend für eine Lysyl-tRNA-Synthetase (Lysyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 197 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99% 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Lysyl-tRNA-Synthetase (Lysyl-tRNA synthetase) LysS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 198 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure metS, codierend für eine Methionyl-tRNA-Synthetase (Methionyl- tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 199 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Methionyl-tRNA-Synthetase (Methionyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.10) MetS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 200 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure pheS, codierend für eine Alpha-Kette einer Phenylalanyl-tRNA- Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha chain; E.C. 6.1.1.20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 201 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Alpha-Kette einer Phenylalanyl-tRNA-Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha chain; E.C. 6.1.1.20) PheS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 202 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure pheT, codierend für eine Beta-Kette der Phenylalanyl-tRNA- Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; E. C. 6.1.1.20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 203 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Beta-Kette der Phenylalanyl-tRNA-Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; E. C. 6.1.1.20) PheT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 204 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure proS, codierend für eine Prolyl-tRNA-Synthetase (Prolyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 205 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Prolyl-tRNA-Synthetase (Prolyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.15) ProS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 206 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure serS, codierend für eine Seryl-tRNA-Synthetase (Seryl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.11), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 207 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 95%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Seryl-tRNA-Synthetase (Seryl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.11) SerS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 208 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure trpS, codierend für eine Tryptophanyl-tRNA-Synthetase (Tryptophanyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 209 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 97,5%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Tryptophanyl-tRNA-Synthetase (Tryptophanyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.2) TrpS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 210 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure tyrS, codierend für eine Tyrosyl-tRNA-Synthetase (Tyrosyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 211 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Tyrosyl-tRNA-Synthetase (Tyrosyl-tRNA synthetase) TyrS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 212 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure valS, codierend für eine Valyl-tRNA-Synthetase (Valyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 213 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Valyl-tRNA-Synthetase (Valyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.9) VaIS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 214 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gatA, codierend für eine Gln/Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase; E.C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 215 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Gln/Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase; E.C. 6.3.5.-) GatA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 216 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gatB, codierend für eine B-Untereinheit einer Glutamyl-tRNA(Gln)- Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B; E.C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 217 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine B-Untereinheit einer Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B; E.C. 6.3.5.-) GatB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 218 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gatC, codierend für eine Untereinheit C einer Glutamyl-tRNA(Gln)- Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C; E.C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 219 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit C einer Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C; E.C. 6.3.5.-) GatC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 220 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure fmt, codierend für eine Methionyl-tRNA-Formyltransferase (Methionyl-tRNA formyltransferase; E.C. 2.1.2.9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 221 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Methionyl-tRNA-Formyltransferase (Methionyl-tRNA formyltransferase; E.C. 2.1.2.9) Fmt, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 222 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure frr, codierend für einen Ribosomen-Recyclisierungsfaktor (ribosome recycling factor), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 223 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Ribosomen-Recyclisierungsfaktor (ribosome recycling factor) Frr mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 224 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure fusA, codierend für einen Elongationsfaktor G der Protein-Translation (Protein Translation Elongation Factor G; EF-G), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 225 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Elongationsfaktor G der Protein-Translation (Protein Translation Elongation Factor G; EF-G) FusA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 226 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure infA, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-1 (Translation initiation factor IF-1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 227 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Translationsinitiationsfaktor IF-1 (Translation initiation factor IF-1) InfA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 228 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure infB, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-2 (Translation initiation factor IF-2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 229 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Translationsinitiationsfaktor IF-2 (Translation initiation factor IF-2) InfB, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 230 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure infC, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-3 (Translation initiation factor IF-3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 231 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 73% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Translationsinitiationsfaktor IF-3 (Translation initiation factor IF-3) InfC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 232 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure prfA, codierend für einen Peptidketten-Freisetzungsfaktor 1 (peptide chain release factor 1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 233 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Peptidketten-Freisetzungsfaktor 1 (peptide chain release factor 1) PrfA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 234 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure tsf, codierend für einen Elongationsfaktor Ts (Elongation factor Ts; EF-Ts), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 235 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Elongationsfaktor Ts (Elongation factor Ts; EF-Ts) Tsf mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 236 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure tufA, codierend für einen Protein-Translations-Elongationsfaktor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 237 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Protein-Translations-Elongationsfaktor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU) TufA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 238 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure spoVC, codierend für eine Peptidyl-tRNA-Hydrolase (Peptidyl-tRNA hydrolase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 239 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Peptidyl-tRNA-Hydrolase (Peptidyl-tRNA hydrolase) SpoVC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 240 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure groEL, codierend für ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat- shock protein;chaperonin), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 241 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat-shock protein;chaperonin) GroEL, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 242 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure groES, codierend für ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat- shock protein; chaperonin), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 243 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91 % Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat-shock protein; chaperonin) GroES mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 244 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 98% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure map, codierend für eine Methionin-Aminopeptidase (Methionine aminopeptidase; E. C. 3.4.11.18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 245 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Methionin-Aminopeptidase (Methionine aminopeptidase; E. C. 3.4.11.18) Map mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 246 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure ffh, codierend für eine Untereinheit FFH/SRP54 eines Signal- Recognition-Particle (Signal recognition particle, subunit FFH/SRP54), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 247 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit FFH/SRP54 eines Signal-Recognition-Particle (Signal recognition particle, subunit FFH/SRP54) Ffh mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 248 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure ftsY, codierend für ein Signal-Recognition-Particle (signal recognition particle), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 249 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Signal-Recognition-Particle (signal recognition particle) FtsY, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 250 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 86%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure prsA, codierend für einen Vorläufer eines Proteinexportproteins (Protein export protein precursor; E. C. 5.2.1.8), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 251 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 73% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Vorläufer eines Proteinexportproteins (Protein export protein precursor; E. C. 5.2.1.8) PrsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 252 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure secE, codierend für eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 253 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit) SecE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 254 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 63% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure secY, codierend für eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 255 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit) SecY, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 256 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure accA, codierend für eine Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 257 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase) AccA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 258 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure accB, codierend für ein Biotin-Carboxyl-Träger-Protein der Acetyl- CoA-Carboxylase (Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 259 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Biotin-Carboxyl-Träger-Protein der Acetyl-CoA-Carboxylase (Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase) AccB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 260 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure accC, codierend für eine Biotin-Carboxylase-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; E. C. 6.4.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 261 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Biotin-Carboxylase-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; E. C. 6.4.1.2) AccC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 262 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure accD, codierend für eine Beta-Untereinheit einer Acetyl-CoA- Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase, beta subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 263 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Beta-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase, beta subunit) AccD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 264 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure acpA, codierend für ein Acyl-Trägerprotein (Acyl carrier protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 265 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein Acyl-Trägerprotein (Acyl carrier protein) AcpA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 266 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure acpS, codierend für eine Holo-Acyl-Trägerprotein-Synthase (HoIo- acyl carrier protein synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 267 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 32% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Holo-Acyl-Trägerprotein-Synthase (Holo-acyl carrier protein synthase) AcpS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 268 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure birA, codierend für einen Transcriptions-Repressor des Biotin- Operons (Transcriptional repressor of the biotin Operon), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 269 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 72% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - ein Transcriptions-Repressor des Biotin-Operons (Transcriptional repressor of the biotin Operon) BirA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 270 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure fabD, codierend für eine Malonyl CoA-Acyl-Trägerprotein- Transacylase (Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 271 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Malonyl CoA-Acyl-Trägerprotein-Transacylase (Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase) FabD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 272 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure fabF, codierend für eine 3-Oxoacyl-(Acyl-Trägerprotein)-Synthase (3- oxoacyl-(acyl-carrier protein) synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 273 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine 3-Oxoacyl-(Acyl-Trägerprotein)-Synthase (3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) synthase) FabF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 274 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure fabG, codierend für eine Beta-Ketoacyl-Acyl-Trägerprotein- Reductase (Beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 275 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Beta-Ketoacyl-Acyl-Trägerprotein-Reductase (Beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase) FabG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 276 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure cdsA, codierend für eine Phosphatidat-Cytidylyl-Transferase (Phosphatidate cytidylyltransferase; E.C. 2.7.7.41), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 277 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 69% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Phosphatidat-Cytidylyl-Transferase (Phosphatidate cytidylyltransferase; E.C. 2.7.7.41) CdsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 278 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gpsA, codierend für eine NAD(P)H-abhängige Glyceryl-3-Phosphat- Dehydrogenase (NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 279 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine NAD(P)H-abhängige Glyceryl-3-Phosphat-Dehydrogenase (NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase) GpsA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 280 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure pgsA, codierend für eine Phosphatidyl-Glycerophosphat-Synthase (Phosphatidylglycerophosphate synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 281 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Phosphatidyl-Glycerophosphat-Synthase (Phosphatidylglycerophosphate synthase) PgsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 282 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure yhdO, codierend für eine i-Acylglyceryl-3-Phosphate (1-acylglycerol- 3-phosphate), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 283 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine i-Acylglyceryl-3-Phosphate (i-acylglycerol-3-phosphate) YhdO mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 284 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure pIsX, codierend für ein an der Fettsäure-/Phospholipid-Synthese beteiligtes Protein (protein involved in fatty acid/phospholipid synthesis), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 285 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- ein an der Fettsäure-/Phospholipid-Synthese beteiligtes Protein (protein involved in fatty acid/phospholipid synthesis) PIsX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 286 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure gcaD, codierend für eine UDP-N-Acetyl-Glucosamin- Pyrophosphorylase (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 287 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine UDP-N-Acetyl-Glucosamin-Pyrophosphorylase (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase) GcaD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 288 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure glmS, codierend für eine Glucosamin-Fructose-6-Phosphat-Amino- Transferase (Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 289 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Glucosarnin-Fructose-e-Phosphat-Amino-Transferase (Glucosamine-fructose-6- phosphate aminotransferase) GImS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 290 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Nukleinsäure ybbT, codierend für eine Phospho-Glucosamin-Mutase (Phosphoglucosamine mutase; E.C. 5.4.2.10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 291 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Phospho-Glucosamin-Mutase (Phosphoglucosamine mutase; E.C. 5.4.2.10) YbbT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 292 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure yvyH, codierend für eine putative UDP-N-Acetylglucosamin-2- Epimerase (Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase; E.C. 5.1.3.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 293 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Putative UDP-N-Acetylglucosamin-2-Epimerase (Putative UDP-N- acetylglucosamine 2-epimerase; E.C. 5.1.3.14) YvyH mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 294 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure asd, codierend für eine Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 295 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase) Asd, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 296 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dapA, codierend für eine Dihydrodipicolinat-Synthase (Dihydrodipicolinate synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 297 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist; - eine Dihydrodipicolinat-Synthase (Dihydrodipicolinate synthase) DapA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 298 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Nukleinsäure dapB, codierend für einen Dihydrodipicolinat-Reductase (Dihydrodipicolinate reductase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 299 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist;
- eine Dihydrodipicolinat-Reductase (Dihydrodipicolinate reductase) DapB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 300 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
Diese Gene und Genprodukte können nun nach an sich bekannten Methoden, und ohne daß man die in Beispiel 2 geschilderte Sequenzierung nacharbeiten muß, gezielt anhand dieser Sequenzen künstlich synthetisiert werden.
Als weitere Alternative hierzu ist es möglich, die betreffenden Gene aus einem Bacillus- Stamm, insbesondere dem von der DSMZ erhältlichen Stamm B. licheniformis DSM 13, über PCR zu gewinnen, wobei die im Sequenzprotokoll angebenen jeweiligen Randsequenzen für die Synthese von Primern verwendet werden können. Bei Verwendung anderer Stämme werden die jeweils homologen Gene hierzu erhalten, wobei die PCR umso erfolgreicher sein sollte, je enger die ausgewählten Stämme mit B. licheniformis DSM 13 verwandt sind, weil damit eine zunehmende Sequenz¬ übereinstimmung auch innerhalb der Primer-Bindungsregionen einhergehen dürfte.
Alternativ dazu können die im Sequenzprotokoll angegebenen Nukleinsäuren auch als DNA-Sonden eingesetzt werden, um die jeweiligen homologen Gene in Präparationen genomischer DNA anderer Spezies nachzuweisen. Das Vorgehen hierzu ist ebenfalls an sich bekannt; ebenso wie die Isolierung der auf diese Weise erhaltenen Gene, deren Klonierung, deren Expression und Gewinnung der zugehörigen Proteine. Insbesondere ist dabei an solche Arbeitsschritte gedacht, wie sie in Beispiel 2 für B. licheniformis selbst dargestellt sind. Unter den bisher genannten erfindungsgemäßen, unter Verweis auf SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298 und 300 definierten Genprodukten (wobei es sich in der Regel um Proteine handelt, zu einem Großteil sogar um Proteine, die eine enzymatische Funktion besitzen) ist jeweils solch eines bevorzugt, welches natürlicherweise von einem Mikroorganismus gebildet wird, vorzugsweise von einem Bakterium, besonders bevorzugt von einem grampositiven Bakterium, hierunter bevorzugt von einem der Gattung Bacillus, hierunter besonders bevorzugt von einem der Spezies ß. licheniformis und hierunter ganz besonders bevorzugt von B. licheniformis DSM13.
Entsprechendes gilt für die zugehörigen Nukleinsäuren: Unter den bisher genannten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren, definiert unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299, jeweils codierend für ein Genprodukt (wobei es sich in der Regel um Proteine handelt, zu einem Großteil sogar um Proteine, die eine enzymatische Funktion besitzen) ist jeweils solch eine bevorzugt, welche natürlicherweise in einem Mikroorganismus enthalten ist, vorzugsweise einem Bakterium, besonders bevorzugt einem grampositiven Bakterium, hierunter bevorzugt einem der Gattung Bacillus, hierunter besonders bevorzugt einem der Spezies ß. licheniformis und hierunter ganz besonders bevorzugt ß. licheniformis DSM13.
Denn es ist, wie soeben beschrieben, gegenüber der Neusynthese vergleichsweise einfach möglich, die betreffenden Genprodukte und/oder Nukleinsäuren aus natürlichen Spezies, insbesondere Mikroorganismen zu erhalten. Hierunter sind in Hinblick auf die gestellte Aufgabe zunehmend diejenigen bevorzugt, die sich fermentieren lassen und die in großtechnischen Fermentationen tatsächlich eingesetzt werden. Dazu zählen besonders Vertreter der Gattungen Staphylococcus, Corynebakterium und Bacillus. Hierunter sind beispielsweise S. carnosus und C. glutamicum zu nennen, sowie B. subtilis, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. agaradherens, B. lentus, B. globigii und β. alkalophilus. Am meisten ist B. licheniformis DSM13 bevorzugt, weil aus diesem exakt die im Sequenzprotokoll aufgelisteten Sequenzen erhalten werden konnten.
Insbesondere bei diesen fermentierbaren und deshalb eine erhebliche wirtschaftliche Bedeutung besitzenden Organismen stellte sich die Aufgabe, die Fermentation durch solche Selektionssysteme zu verbessern, die die eingangs dargestellten Vorteile auf¬ weisen. Zum anderen sollte dies, wenn hierfür die zugehörigen Nukleinsäuren verwendet werden, umso erfolgreicher sein, je enger die betreffenden Gene und/oder Genprodukte mit den im Sequenzprotokoll angegebenen verwandt sind. Je höher die Verwandtschaft ist, desto eher sollten die betreffenden Genprodukte auch dieselben biochemischen Eigenschaften wie die oben genannten Enzyme und Proteinfaktoren besitzen, beispielswiese hinsichtlich der Temperatur- oder pH-Optima. Dies ist wichtig, wenn an ebendiesen Aktivitäten ein Interesse besteht, beispielsweise für In-vitro-Reaktionsansätze (siehe unten), für die diese Enzyme und Faktoren bereitgestellt werden sollen.
Unter den genannten Nukleinsäuren, codierend für ein Genprodukt (Protein oder Enzym), sind jeweils diejenigen bevorzugt, die für eines der zuvor beschriebenen, unter Verweis auf SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298 und 300 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen sekretierten Proteine codieren.
Denn für diese besteht der mit dieser Anmeldung belegte Bezug zum essentiellen Genprodukt. Zudem stehen einem anderen Aspekt der vorliegenden Erfindung zufolge die erfindungsgemäßen Proteine auch für ihre positive Nutzung zur Verfügung. Insofern ist es wichtig, diese tatsächlich über an sich bekannte Methoden biotechnologisch herstellen zu können. Hierzu dienen die jeweils zugehörigen Nukleinsäuren.
Besonders zwischen entfernt verwandten Spezies bestehen Unterschiede hinsichtlich des Gebrauchs synonymer, für die jeweiligen Aminosäuren codierender Codons, worauf auch der Proteinbiosyntheseapparat ausgerichtet ist, etwa über die verfügbare Anzahl der passenden beladenen tRNAs. Die Übertragung eines der genannten Gene in eine weniger verwandte Spezies kann dann besonders erfolgreich beispielsweise zur Deletionsmutation oder zur Synthese des betreffenden Proteins genutzt werden, wenn sie hinsichtlich der Codons entsprechend optimiert ist. Hierdurch können prozentual auf der DNA-Ebene zunehmende Unterschiede eingeführt werden, die auf der Aminosäureebene jedoch ohne Folge bleiben. Aus diesem Grund stellen auch solche Nukleinsäuren Verwirklichungen der vorliegenden Erfindung dar.
Einen weiteren Erfindungsgegenstand stellen Vektoren dar, die eine der zuvor bezeichneten, unter Verweis auf SEQ ID NO. 1, 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231, 233, 235, 237, 239, 241, 243, 245, 247, 249, 251, 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren enthalten.
Denn um mit den erfindungsrelevanten Nukleinsäuren umzugehen, und damit insbesondere die Produktion erfindungsgemäßer Proteine vorzubereiten, werden sie geeigneterweise in Vektoren ligiert. Solche Vektoren sowie die zugehörigen Arbeits¬ methoden sind im Stand der Technik ausführlich beschrieben. Vektoren sind in großer Zahl und Variationsbreite, sowohl für die Klonierung als auch für die Expression kommerziell erhältlich. Dazu gehören beispielsweise Vektoren, die sich von bakteriellen Plasmiden, von Bakteriophagen oder von Viren ableiten, oder überwiegend synthetische Vektoren. Ferner werden sie nach der Art der Zelltypen, in denen sie sich zu etablieren vermögen, beispielsweise nach Vektoren für gramnegative, für grampositive Bakterien, für Hefen oder für höhere Eukaryonten unterschieden. Sie bilden geeignete Ausgangspunkte beispielsweise für molekularbiologische und biochemische Untersuchungen sowie für die Expression des betreffenden Gens oder zugehörigen Proteins. Insbesondere zur Herstellung von Konstrukten zur Deletion oder Verstärkung der Expression sind sie - wie aus dem hierfür einschlägigen Stand der Technik hervorgeht - praktisch unerläßlich.
Hierunter sind solche Vektoren bevorzugt, die zwei oder mehrere der zuvor bezeichneten Nukleinsäuren enthalten.
Denn darüber sind zum einen die betreffenden Gene gleichzeitig lagerbar oder können unter der Kontrolle desselben Promotors exprimiert werden. Einer anderen Anwendung zufolge kann ein Vektor, der gleichzeitig zwei oder mehr intakte Kopien der erfindungsgemäßen Gene enthält, dazu dienen, eine Deletionsmutante, die gleichzeitig in mehreren dieser Genen deletiert ist, am Leben zu erhalten (Rescue). Ein gezieltes Entfernen dieses Vektors hat dann das gleichzeitige Abschalten dieser mehreren Gene zur Folge, wodurch sich im Falle essentieller Gene jeweils eine Letalität ergibt.
In einer Ausführungsform handelt es sich bei erfindungsgemäßen Vektoren um Klonierungsvektoren.
Denn Klonierungsvektoren eignen sich neben der Lagerung, der biologischen Amplifizierung oder der Selektion des interessierenden Gens für dessen molekularbiologische Charakterisierung. Gleichzeitig stellen sie transportierbare und lagerfähige Formen der beanspruchten Nukleinsäuren dar und sind auch Ausgangspunkte für molekularbiologische Techniken, die nicht an Zellen gebunden sind, wie beispielsweise die PCR oder In-vitro-Mutagenese-Verfahren.
Vorzugsweise handelt es sich bei erfindungsgemäßen Vektoren um Expressionsvektoren.
Denn derartige Expressionsvektoren sind die Basis dafür, die entsprechenden Nukleinsäuren in biologischen Produktionssystemen zu realisieren und damit die zugehörigen Proteine zu produzieren, da sie in vivo die Transkription und Translation, das heißt die Synthese des betreffenden Genprodukts ermöglichen. Bevorzugte Ausführungsformen dieses Erfindungsgegenstands sind Expressionsvektoren, die die zur Expression notwendigen genetischen Elemente tragen, beispielsweise den natürlichen, ursprünglich vor diesem Gen lokalisierten Promotor oder einen Promotor aus einem anderen Organismus. Diese Elemente können beispielsweise in Form einer sogenannten Expressionskassette angeordnet sein. Alternativ können einzelne oder alle Regulations¬ elemente auch von der jeweiligen Wirtszelle bereitgestellt werden. Besonders bevorzugt sind die Expressionsvektoren hinsichtlich weiterer Eigenschaften, wie beispielsweise die optimale Kopienzahl, auf das gewählte Expressionssystem, insbesondere die Wirtszelle (siehe unten) abgestimmt.
Die Möglichkeit zur Bildung intakter Genprodukte anhand eines Vektors, der ein einziges Replikon darstellt, ist insbesondere für den oben beschriebenen Rescue und das Abschalten bestimmter Gene von Bedeutung. Umgekehrt ist die Bereitstellung eines Expressionsvektors die beste Möglichkeit, ein erfindungsgemäßes Protein verstärkt zu bilden und somit die betreffende Aktivität zu erhöhen beziehungsweise einer quantitativen Herstellung zugänglich zu machen.
Einen eigenen Erfindungsgegenstand bilden Zellen, die nach .gentechnischer Modifizierung eine der zuvor bezeichneten, unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren enthalten.
Denn diese Zellen enthalten die genetische Information zur Synthese eines erfindungsgemäßen Proteins. Hierunter sind insbesondere diejenigen Zellen gemeint, die nach an sich bekannten Verfahren mit den erfindungsgemäßen Nukleinsäuren versehen worden sind, beziehungsweise die sich von solchen Zellen ableiten. Dafür werden geeigneterweise solche Wirtszellen ausgewählt, die sich vergleichsweise einfach kultivieren lassen und/oder hohe Produktausbeuten liefern. Sie ermöglichen beispielsweise die Amplifizierung der entsprechenden Gene, aber auch deren Mutagenese oder Transkription und Translation und letztlich die biotechnologische Produktion der betreffenden Proteine. Diese genetische Information kann entweder extrachromosomal als eigenes genetisches Element, das heißt bei Bakterien in plasmidaler Lokalisation vorliegen oder in ein Chromosom integriert sein. Die Wahl eines geeigneten Systems hängt von Fragestellungen, wie beispielsweise die Art und Dauer der Lagerung des Gens, beziehungsweise des Organismus oder die Art der Mutagenese oder Selektion ab. Derartige Realisierungsmöglichkeiten sind an sich dem Molekularbiologen bekannt.
Daraus erklärt sich auch die bevorzugte Ausführungsform, nach welcher in einer solchen Zelle die genannte Nukleinsäure Teil eines Vektors ist, insbesondere eines zuvor beschriebenen, erfindungsgemäßen Vektors.
Denn damit sind die oben beschriebenen Vorteile bei der Handhabung, Lagerung, Expression etc. der betreffenden Nukleinsäure verbunden.
Bevorzugt ist unter diesen Zellen jeweils eine Wirtszelle, bei der es sich um ein Bakterium handelt.
Denn Bakterien zeichnen sich durch kurze Generationszeiten und geringe Ansprüche an die Kultivierungsbedingungen aus. Dadurch können kostengünstige Verfahren etabliert werden. Zudem verfügt man bei Bakterien in der Fermentationstechnik über einen reichhaltigen Erfahrungsschatz. Für eine spezielle Produktion können aus verschiedensten, im Einzelfall experimentell zu ermittelnden Gründen wie Nährstoffquellen, Produktbildungsrate, Zeitbedarf etc. gramnegative oder grampositive Bakterien geeignet sein.
In einer bevorzugten Ausführungsform handelt es sich um ein gramnegatives Bakterium, insbesondere eines der Gattungen Escherichia coli, Klebsiella, Pseudomonas oder Xanthomonas, insbesondere um Stämme von E. coli K12, E. coli B oder Klebsiella planticola, und ganz besonders um Derivate der Stämme Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5α, E.coli JM109, E. coli Xl^ oder Klebsiella planticola (Rf). Denn bei gramnegativen Bakterien, wie beispielsweise E. coli, werden eine Vielzahl von Proteinen in den periplasmatischen Raum sekretiert. Dies kann für spezielle Anwendungen vorteilhaft sein. In der Anmeldung WO 01/81597 A1 wird ein Verfahren offenbart, nach welchem erreicht wird, daß auch gramnegative Bakterien die exprimierten Proteine ausschleusen. Die als bevorzugt genannten gramnegativen Bakterien sind in der Regel leicht, das heißt kommerziell oder über öffentliche Stammsammlungen zugänglich und im Zusammenspiel mit ebenfalls in großer Zahl zur Verfügung stehenden übrigen Komponenten wie etwa Vektoren auf spezifische Herstellbedingungen hin optimierbar.
In einer alternativen, nicht minder bevorzugten Ausführungsform handelt es sich um ein grampositives Bakterium, insbesondere eines der Gattungen Bacillus, Staphylococcus oder Corynebakterium, ganz besonders der Species Bacillus lentus, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. subtilis, B. globigii oder B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus oder Corynebacterium glutamicum, und hierunter wiederum ganz besonders bevorzugt um ein Derivat von B. licheniformis DSM 13.
Denn grampositive Bakterien besitzen den gramnegativen gegenüber den grundsätzlichen Unterschied, sekretierte Proteine sogleich in das die Zellen umgebende Nährmedium abzugeben, aus welchem sich, wenn das gewünscht ist, die exprimierten erfindungsgemäßen Proteine direkt aufreinigen lassen. Zudem sind sie mit den meisten Herkunftsorganismen für technisch wichtige Enzyme verwandt oder identisch und bilden meist selbst vergleichbare Enzyme, so daß sie über eine ähnliche Codon-Usage verfügen und ihr Protein-Syntheseapparat naturgemäß entsprechend ausgerichtet ist. Ganz besonders bevorzugt sind Derivate von B. licheniformis DSM 13 deshalb, weil sie zum einen ebenfalls im Stand der Technik als biotechnologische Produktionsstämme weit verbreitet sind und weil zum anderen mit der vorligenden Anmeldungen exakt die erfindungsgemäßen Gene und Proteine aus B. licheniformis DSM 13 zur Verfügung gestellt werden, so daß die Realisierung der vorliegenden Erfindung am ehesten in solchen Stämmen erfolgreich sein sollte.
Eine weitere Ausführungsform der vorliegenden Erfindung bilden Verfahren zur Herstellung eines oder mehrerer der oben beschriebenen, unter Verweis auf SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298 und 300 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen Genprodukte (Proteine oder Enzyme).
Dazu gehört jedes Verfahren zur Herstellung eines solchen Proteins, beispielsweise chemische Syntheseverfahren. Demgegenüber sind jedoch alle im Stand der Technik etablierten, oben in einzelnen Aspekten bereits angesprochenen molekularbiologischen, mikrobiologischen, beziehungsweise biotechnologischen Herstellverfahren bevorzugt. Deren Ziel besteht in erster Linie darin, die erfindungsgemäßen Proteine zu erhalten, um sie entsprechenden Anwendungen zur Verfügung zu stellen.
Als Nachweis für die Bildung eines betreffenden Proteins in einem für die Herstellung eingesetzten Stamm dient, sofern es sich um Enzyme handelt, ein enzymatischer Nachweis der betreffenden Enzymaktivitäten über geeignete Nachweisreaktionen. Dies geschieht beispielsweise so, daß die für die fragliche Reaktion relevante Ausgangsverbindung vorgelegt, mit einer Probe des Überstands (der die sekretierten Enzyme enthält) oder eines Zellextrakts (falls sie nicht sekretiert werden) inkubiert und das gebildete Produkt nach jeweils geeigneten Meßmethoden erfaßt wird.
Als Nachweis auf molekularbiologischer Ebene können die im vorliegenden Sequenzprotokoll dargestellten Proteine nach üblichen Methoden synthetisiert und hiergegen Antikörper gebildet werden; dies gilt auch für Proteine, die nicht über eine spezifische enzymatische Reaktion erkennbar sind. Diese Proteine sind dann beispielsweise über entsprechende Western-Blots nachweisbar.
Vorzugsweise handelt es sich dabei um Verfahren, die unter Einsatz einer oben bezeichneten, jeweils entsprechenden Nukleinsäure und unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren erfolgen, vorzugsweise unter Einsatz eines zuvor bezeichneten erfindungsgemäßen Vektors und besonders bevorzugt unter Einsatz einer zuvor bezeichneten erfindungsgemäßen Zelle.
Denn durch die genannten Nukleinsäuren, insbesondere den konkreten im Sequenz¬ protokoll angegebenen Nukleinsäuren wird die entsprechend bevorzugte genetische In¬ formation in mikrobiologisch verwertbarer Form, das heißt für gentechnische Produk¬ tionsverfahren zur Verfügung gestellt. Zunehmend bevorzugt ist die Bereitstellung auf einem von der Wirtszelle besonders erfolgreich verwertbaren Vektor beziehungsweise von solchen Zellen selbst. Die betreffenden Produktionsverfahren sind dem Fachmann an sich bekannt.
Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung können auf der Grundlage der zugehörigen Nukleinsäuresequenzen auch zellfreie Expressionssysteme sein, bei denen die Proteinbiosynthese in vitro nachvollzogen wird. Alle bereits oben ausgeführten Elemente können auch zu neuen Verfahren kombiniert werden, um erfindungsgemäße Proteine herzustellen. Es ist dabei für jedes erfindungsgemäße Protein eine Vielzahl von Kombinationsmöglichkeiten an Verfahrensschritten denkbar, so daß optimale Verfahren für jeden konkreten Einzelfall experimentell ermittelt werden müssen.
Weiterhin bevorzugt sind solche derartigen Verfahren, bei denen die Nukleotidsequenz in einem, vorzugsweise mehreren und besonders bevorzugt allen Codons an die Codon- Usage des Wirtsstamms angepaßt worden ist.
Denn entsprechend dem oben Gesagten kann die Übertragung eines der genannten Gene in eine weniger verwandte Spezies dann besonders erfolgreich zur Synthese des betreffenden Proteins genutzt werden, wenn sie hinsichtlich des Gebrauchs der Codons entsprechend optimiert ist.
Ein weiterer Erfindungsgegenstand besteht in der Verwendung eines oben unter Verweis auf SEQ ID NO. 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298 und 300 definierten und/oder weiteren oben definierten erfindungsgemäßen Genprodukts (Proteins oder Enzyms) entsprechend seiner dort jeweils angegebenen biochemischen Eigenschaften.
Denn mit der vorliegenden Erfindung werden nicht allein die betreffenden Nukleinsäuren zur Inaktivierung der betreffenden Gene zur Verfügung gestellt, sondern auch deren positive Nutzung ermöglicht. Die jeweiligen von diesen Proteinen, insbesondere Enzymproteinen wahrgenommenen biochemischen Funktionen sind in den entsprechenden Zeilen des Sequenzprotokolls angegeben und auch oben schon genannt worden. Einen weiteren Hinweis auf die jeweiligen Einsatzmöglichkeiten liefern die definierten Funktionen der in Tabelle 1 jeweils zugeordneten aus dem Stand der Technik bekannten Proteine.
Ein Beispiel für derartige Verwendungsmöglichkeiten ist die Überexpression von Faktoren der Proteinbiosynthese in Zellen, die als Expressionssysteme genutzt werden. So ist zu erwarten, daß sich die Proteinbiosyntheseleistung dieser Zellen dadurch steigern läßt, daß eines oder vorzugsweise mehrere ribosomale Proteine überexprimiert werden; solche sind oben, unter Bezug auf SEQ ID NO. 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132 und 134 (große Untereinheit) beziehungsweise unter Bezug auf SEQ ID NO. 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172 und 174 (kleine Untereinheit) definiert. Des weiteren sollte sich eine prinzipiell gleichwertige, vorzugsweise hiermit kombinierbare Wirkung durch die Überexpression von Aminoacyl- tRNA-Synthetasen ergeben, wie sie oben unter Bezug auf SEQ ID NO. 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218 oder 220 definiert sind, und/oder von Translationsfaktoren, wie sie oben unter Bezug auf SEQ ID NO. 226, 228, 230, 232, 234, 236 oder 238 definiert sind. Hierbei sind jeweils solche mit derartigen DNA- und Aminosäuresequenzen bevorzugt, die entsprechend dem oben gesagten den im gewählten Expressionsystem endogen vorhandenen Genen beziehungsweise Genprodukten am nächsten kommen. Dementsprechend können derartige Expressionsysteme auch hinsichtlich der RNA- Synthese verbessert werden, was sich positiv auf die Gesamtkonzentration der für das interessierende Genprodukt codierenden mRNA auswirken und die Proteinsyntheserate auf diese Weise verbessern sollte. Hierbei ist beispielsweise an eine Überexpression eines oder mehrer folgender Faktoren gedacht: Alpha-Kette der DNA-abhängigen RNA- Polymerase (SEQ ID NO. 48), Beta-Kette der DNA-abhängigen RNA-Polymerase (SEQ ID NO. 50), Beta'-Kette der DNA-abhängigen RNA-Polymerase (SEQ ID NO. 52), Größerer RNA-Polymerase-Sigma-Faktor 43 (SEQ ID NO. 54) und/oder die PoIyA- Polymerase (SEQ ID NO. 56).
Können chemische Syntheseverfahren durch Einsatz geeigneter Enzyme zumindest in einem Reaktionsschritt von biologischen Katalysatoren übernommen werden, ergibt sich dadurch zumeist eine nennenswerte Vereinfachung. Dies gilt beispielsweise für stereochemische Reaktionen. Man spricht dann von Biotransformation. Dementsprechend stellen alle derartigen Syntheseverfahren, in denen erfindungsgemäße Proteine, vorzugsweise erfindungsgemäße Enzyme einsetzbar sind, Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung dar.
Eine bevorzugte derartige Verwendung ist eine, wobei es sich um einen In-vitro-Ansatz handelt.
Hierzu seien folgende Beispiele genannt, wobei diese Zusammenstellung nicht erschöpfend sein kann:
- Molekularbiologische Behandlungen von DNA-Präparationen mithilfe einer DNA- Helicase, oben definiert unter Bezug auf SEQ ID NO. 6, einer DNA-Ligase, oben definiert unter Bezug auf SEQ ID NO. 22, eines DNA-Einzelstrang-bindenden Proteins, oben definiert unter Bezug auf SEQ ID NO. 30, oder einer DNA-Topoisomerase, oben definiert unter Bezug auf SEQ ID NO. 44;
- /n-wϊro-Translationssysteme, die zusätzlich um Aminoacyl-tRNA-Synthetasen bereichert sind, wie sie oben unter Bezug auf SEQ ID NO. 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218 oder 220 definiert sind; - /n-wϊro-Translationssysteme, die zusätzlich um Translationsfaktoren bereichert sind, wie sie oben unter Bezug auf SEQ ID NO. 226, 228, 230, 232, 234, 236 oder 238 definiert sind;
- kombinierte /n-v/ϊro-Transkriptions-Translationssysteme, die zusätzlich um die oben bereits genannten ribosomalen Proteine und/oder an der RNA-Synthese beteiligten Faktoren bereichert sind,
- Regulations- oder Indikatorsysteme, bei denen interessierende Gene von einem Biotin- Promotor gesteuert werden, der auf einen Repressor anspricht, wie er oben unter Bezug auf SEQ ID NO. 270 definiert ist.
Eine weitere Ausprägung der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung einer unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder einer weiteren oben beschriebenen, erfindungsgemäßen Nukleinsäure oder Teilen davon zur funktionellen Inaktivierung des jeweils zugehörigen Gens in einem Mikroorganismus.
Unter der funktionellen Inaktivierung ist im Sinne der vorliegenden Anmeldung jede Art von Modifikation oder Mutation zu verstehen, wonach die Funktion des betreffenden Proteins unterbunden wird. Dazu gehört die Ausführungsform, daß ein praktisch vollständiges, aber inaktives Protein gebildet wird, daß inaktive Teile eines solchen Proteins in der Zelle vorliegen, bis hin zu den Möglichkeiten, daß das zugehörige Gen nicht mehr translatiert wird oder sogar vollständig deletiert ist. Somit besteht eine spezielle „Verwendung" dieser Faktoren beziehungsweise Gene dieser Ausführungsform nach darin, daß sie in der betreffenden Zelle eben nicht mehr auf ihre natürliche Weise zur Wirkung kommen. Dies wird diesem Erfindungsgegenstand zufolge auf genetischer Ebene dadurch erreicht, daß das betreffende Gen ausgeschaltet wird. Dieses Vorgehen bedarf einer besonderen Sicherheitsvorkehrung, weil es sich in allen Fällen und erfindungsgemäß um essentielle Gene handelt, deren Fehlen für die betreffende Zelle unmittelbar letal ist. Deshalb muß bei diesem Vorgehen, um die Lebensfähigkeit der Zelle zu gewährleisten, im Zusammenhang mit der funktionellen Inaktivierung, das heißt vorher oder spätestens im selben Arbeitsschritt, der zur Inaktivierung führt, eine intakte Kopie desselben Gens in die betreffende Zelle eingeführt werden, vorzugsweise auf einem eigenen genetischen Element, das heißt einem Plasmid.
Dadurch ergibt sich die Situation, daß die natürlicherweise vorhandene, zumeist chromo¬ somale Kopie des betreffenden Gens zwar inaktiviert ist, so daß von der Zelle in vivo kein funktionsfähiges Genprodukt mehr davon abgeleitet werden kann; gleichzeitig wird dieser Defekt über die vorher oder gleichzeitig zur Verfügung gestellte intakte Kopie kuriert. Die Zelle kann nun nur noch deshalb überleben, weil sie das betreffende genetische Element mit der intakten Kopie enthält. Dasselbe gilt für alle davon abgeleiteten Zellen, insbe¬ sondere den hieraus resultierenden Klon, solange sie bei den Zellteilungen mindestens eine intakte Kopie des betreffenden kurierenden genetischen Elements erhalten.
Das ist das Prinzip, wonach die erfindungsgemäßen essentiellen Gene als Selektionsmarker einsetzbar sind: jeweils intakte Kopien davon, vorzugsweise auf einem Plasmid zur Verfügung gestellt, sichern den Zellen, in denen die chromosomale Kopie inaktiviert worden ist, das Überleben. Abgeleitete Klone werden den betreffenden Vektor also solange aufweisen, wie der Defekt nicht kuriert ist. Auf denselben genetischen Elementen (Vektoren, Plasmide) wie das kurierende Gen können in die betreffenden Zellen interessierende Gene eingebracht und dort dauerhaft aufrechterhalten werden. Dies wird unten weiter illustriert.
Der wesentliche systemische Vorteil dieses Selektionsverfahrens gegenüber einer Selektion über Resistenzgene gegenüber Giftstoffen, das heißt Antibiotika, besteht darin, daß während der Kultivierung nicht permanent ein entsprechender Stoff zugesetzt werden muß und daß Reversionen zum Wildtyp seltener sind. Das ist mit den weiteren, eingangs beschriebenen Vorteilen verbunden. Der wesentliche systemische Vorteil dieses Selektionsverfahrens gegenüber einer Selektion über Auxotrophie besteht darin, daß während der Kultivierung nicht auf komplexe, das heißt preisgünstig in hoher Menge zur Verfügung stehende Nährmedien verzichtet werden muß, weil der jeweilige Mangel nicht durch Aufnahme eines einfachen Nährstoffs ausgeglichen werden kann. Dies wird dann besonders anschaulich, wenn man sich vergegenwärtigt, daß beispielsweise mit den (jeweils geradzahligen) SEQ ID NO. 74 bis 174 (und den jeweils hierzu homologen Genprodukten) ribosomale Proteine bezeichnet werden, ohne die sich in keinem Fall funktionsfähige Ribosomen zusammensetzen können, welche die Proteinbiosynthese durchführen.
In einer bevorzugten Ausführungsform davon führt die funktionelle Inaktivierung dazu, daß das betreffende Protein nicht in vollständiger Länge, vorzugsweise überhaupt nicht synthetisiert wird.
So reicht es in vielen Fällen aus, nicht das komplette Gen zu deletieren, sondern lediglich Teile herauszuschneiden oder durch Umwandlung einzelner codierender Codons in Stopcodons das Gen soweit zu mutieren, daß nur noch Bruchstücke des abgeleiteten Genprodukts gebildet werden, die nur noch wenig oder gar nicht aktiv sind.
Demgegenüber ist die vollständige Nichtsynthese des Genprodukts jedoch bevorzugt. Denn dies führt zum einen zu einer Entlastung des Proteinsyntheseapparats und verhindert, daß sich im Zellinneren Fragmente der betreffenden Faktoren anhäufen. Damit stehen entsprechend größere Anteile des Proteinbiosyntheseapparats für die eigentlich interessierenden Proteine zur Verfügung. Vor allem aber ist eine Rückkehr zum Wildtyp, eine sogenannte Reversion nicht mehr möglich, wenn das Gen weitgehend entfernt ist. Beruht die Inaktivierung dagegen lediglich auf einer Punktmutation, so kann eine einfache Rückmutation den erfindungsgemäßen Effekt wieder aufheben.
Verschiedene Ausführungsformen dieses Gegenstands werden weiter unten ausgeführt. Hierbei ist unter anderem zu berücksichtigen, daß die im Stand der Technik zur Inaktivierung auf genetischer Ebene zur Verfügung stehenden Methoden unterschiedliche Ergebnisse liefern können. So kann mit Antisense-Konstrukten (siehe unten) in der Regel zwar eine sehr weitgehende, nicht jedoch 100%ige Inaktivierung erreicht werden. Hierfür ist eine Deletion des betreffenden Gens bevorzugt.
In bevorzugten Ausführungsformen handelt es sich bei diesen Verwendungen um solche, bei denen die funktionelle Inaktivierung während der Fermentation des Mikroorganismus erfolgt. Denn der Aufgabe entsprechend sollte die Fermentation der für eine biotechnologische Produktion eingesetzten Mikroorganismen verbessert werden.
In einer bevorzugten Ausführungsform hiervon werden die eindeutig auf die betreffenden, inaktivierten Enzyme oder Proteine zurückzuführenden Aktivitäten beziehungsweise Proteingehalte auf weniger als 50%, bevorzugt auf weniger als 20%, ganz besonders bevorzugt auf weniger als 5% der ohne die Inaktivierung auftretenden Aktivitäts- beziehungsweise Konzentrationswerte reduziert.
Diese Abstufung hinsichtlich des Maßes der Inaktivierung berücksichtigt die unter¬ schiedliche Wirksamkeit der verschiedenen zur Inaktivierung zur Verfügung stehenden Methoden. Zur Bestimmung dieser Werte werden Zellen eines nichtbehandelten Stamms und eines behandelten Stamms unter ansonsten identischen Bedingungen fermentiert und geeigneterweise während der Fermentation die betreffenden Enzymaktivitäten geeigneterweise aus Zellextrakten bestimmt. Da die Stämme ansonsten identisch sind, sind die Aktivitätsunterschiede auf die erfindungsgemäßen Inaktivierungen zurück¬ zuführen. Dabei ist erfindungsgemäß jede entsprechende Aktivitätserniedrigung erwünscht. Prozentual vergleichbare Werte erhält man, indem man aus beiden Fermentationen Proben nimmt und nach an sich bekannten Methoden die betreffenden Aktivitäten bestimmt. Zunehmend bevorzugt ist es, wenn der jeweilige in der erfindungsgemäßen Probe bestimmbare Wert beim Übergang in die stationäre Wachstumsphase weniger als 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 7,5, 5% und ganz besonders weniger als 1% des entsprechenden Werts der Vergleichsfermantation beträgt. Für Proteine, die keinem enzymatischen Nachweis zugänglich sind, kann analog eine antikörperbasierte Nachweisreaktion durchgeführt werden, wie sie prinzipiell weiter oben bereits beschrieben worden ist.
In einer bevorzugten Ausführungsform solcher erfindungsgemäßen Verwendungen zur Inaktivierung werden 2, 3 oder mehr der genannten Gene funktionell inaktiviert.
Dies dient zum einen dazu, um tatsächlich einen letalen Genotyp zu erzeugen. Denn bei manchen Ansätzen, etwa der RNA-I nterferenz kann man nicht immer von einem 100%igen Erfolg ausgehen. Insbesondere dient das aber dazu, um nach dem oben beschriebenen Prinzip gleichzeitig mehrere Plasmide in derselben Zelle zu etablieren. Das ist insbesondere dann abgebracht, wenn nebeneinander mehrere Transgene eingebracht werden sollen, deren interessierende DNA-Abschnitte nicht nebeneinander auf demselben Plasmid Platz haben oder getrennt voneinander zur Wirkung kommen sollen. Der Selektionsdruck besteht wiederum darin, daß jedes Plasmid einen der genannten Gendefekte kuriert.
In einer Ausführungsform dieser Verwendungen zur funktionellen Inaktivierung handelt es sich um solche Verwendungen, wobei für die Inaktivierung jeweils eine für ein nichtaktives Protein codierende Nukleinsäure mit einer Punktmutation eingesetzt wird.
Derartige Nukleinsäuren können über an sich bekannte Verfahren zur Punktmutagenese erzeugt werden. Solche sind beispielsweise in einschlägigen Handbüchern wie dem von Fritsch, Sambrook und Maniatis, „Molecular cloning: a laboratory manual", CoId Spring Harbour Laboratory Press, New York, 1989, dargestellt. Zudem stehen hierfür inzwischen zahlreiche kommerzielle Baukästen zur Verfügung, etwa das QuickChange®-Kit der Firma Stratagene, La JoIIa, USA. Dessen Prinzip besteht darin, daß Oligonukleotide mit einzelnen Austauschen (Mismatch-Primer) synthetisiert und mit dem einzelsträngig vorgelegten Gen hybridisiert werden; anschließende DNA-Polymerisation ergibt dann entsprechende Punktmutanten. Hierfür können die jeweiligen Spezies-eigenen Sequenzen dieser Gene verwendet werden. Aufgrund der hohen Homologien ist es möglich und erfindungsgemäß besonders vorteilhaft, diese Reaktion anhand der mit dem Sequenzprotokoll zur vorliegenden Anmeldung zur Verfügung gestellten Nukleinsäuresequenzen durchzuführen. Diese Sequenzen können auch dazu dienen, entsprechende Mismatch-Primer für verwandte Spezies zu entwerfen, wie sie nach an sich bekannten Methoden anhand von Alignments der betreffenden Sequenzen ableitbar sind.
Nach einer alternativen Ausführungsform dieser Verwendung wird für die funktionelle Inaktivierung jeweils eine Nukleinsäure mit einer Deletions- oder Insertionsmutation eingesetzt, vorzugsweise umfassend die jeweils mindestens 70 bis 150 Nukleinsäure- positionen umfassenden Randsequenzen des für das Protein codierenden Bereichs.
Auch diese Verfahren sind dem Fachmann an sich vertraut. Somit ist es möglich, die Bildung eines oder mehrerer der im Sequenzprotokoll angegebenen Genprodukte durch die Wirtszelle dadurch zu verhindern, daß ein Teil des betreffenden Gens auf einem entsprechenden Transformationsvektor über Restriktionsendonukleasen herausgeschnitten und der Vektor anschließend in den interessierenden Wirt transformiert wird, wo über die - bis dahin noch mögliche - homologe Rekombination das aktive Gen gegen die inaktive Kopie ausgetauscht wird. In der Ausführungsform der Insertionsmutation kann lediglich das intakte Gen unterbrechend oder anstelle eines Genteils ein anderes Gen, beispielsweise ein Selektionsmarker eingefügt werden. Hierüber ist das Mutationsereignis in an sich bekannter Weise phänotypisch überprüfbar.
Um diese jeweils notwendigen Rekombinationsereignisse zwischen dem in die Zelle eingeführten defekten Gen und der beispielsweise auf dem Chromosom endogen vorhandenen intakten Genkopie zu ermöglichen, ist nach dem derzeitigen Wissensstand eine Übereinstimmung in jeweils mindestens 70 bis 150 zusammenhängenden Nukleinsäurepositionen, jeweils in den beiden Randsequenzen zu dem nichtübereinstimmenden Teil nötig, wobei es auf den dazwischenliegenden Teil nicht ankommt. Dementsprechend sind solche Ausführungsformen bevorzugt, die lediglich zwei flankierende Regionen mit mindestens diesen Größen umfassen.
Nach einer alternativen Ausführungsform dieser Verwendung werden Nukleinsäuren mit insgesamt zwei Nukleinsäureabschnitten eingesetzt, die jeweils mindestens 70 bis 150 Nukleinsäurepositionen umfassen und damit den für das Protein codierenden Bereich zumindest teilweise, vorzugsweise vollständig flankieren. Die flankierenden Bereiche können dabei ausgehend von den bekannten Sequenzen über an sich bekannte Methoden, beispielsweise mithilfe nach außen gerichteter PCR-Primer und einer Präparation genomischer DNA als Matrize ermittelt werden (anchored PCR). Denn allein um den Austausch der beiden Genkopien über homologe Rekombination zu ermöglichen, braucht es sich dabei nicht zwangsläufig um proteincodierende Abschnitte zu handeln. Der vorliegenden Erfindung zufolge können die hierfür benötigten Primer anhand der im Sequenzprotokoll angegebenen Nukleotidsequenzen auch für andere Spezies grampositiver Bakterien und hierunter insbesondere für solche der Gattung Bacillus entworfen werden. Alternativ zu diesem experimentellen Ansatz können derartige, wenigstens zum Teil nichtcodierende Bereiche für viele dieser Gene aus verwandten Spezies, beispielsweise aus B. subtilis Datenbankeinträgen entnommen werden, beispielsweise der Datenbank Subtilist des Institute Pasteur, Paris, Frankreich (http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi). Nach einer weiteren alternativen Ausführungsform dieser Verwendung wird für die funktionelle Inaktivierung jeweils eine Nukleinsäure eingesetzt, die mit der 5'-terminalen Sequenz, insbesondere der Signalsequenz des zugehörigen Gens oder Teilen davon identisch ist oder interferiert.
Hierunter ist der Einsatz solcher molekularbiologischer Konstrukte zu verstehen, mithilfe derer in den betreffenden, hiermit transformierten Zellen Antisense-RNA zu den 5'- terminalen, insbesondere für das Signalpeptid codierenden Abschnitten der jeweiligen mRNA gebildet werden. Dadurch ergibt sich eine Hybridisierung zwischen der in vivo gebildeten, für das zu inaktivierende Protein codierenden mRNA und der artifiziell erzeugten homologen einzelsträngigen RNA. Hierdurch wird eine effiziente Translation, das heißt Bildung des betreffenden Proteins verhindert und die betreffende RNA über intrazelluläre Mechanismen abgebaut. Diese Form der Inaktivierung liefert in der Regel keine volständige Inaktivierung, so daß gewisse Restaktivitäten verbleiben.
In einer Ausführungsform der bislang beschriebenen Verwendungen zur funktionellen Inaktivierung handelt es sich um solche Verwendungen, wobei zum Kurieren des Defekts jeweils eine für ein aktives Protein codierende Nukleinsäure auf einem Vektor in die Wirtszelle eingebracht wird, vorzugsweise auf einem Vektor, der sich als stabiles genetisches Element, besonders bevorzugt als Plasmid in der Zelle etabliert.
Hierdurch ergibt sich das oben bereits beschriebene Selektionssystem, wonach der kurierende Effekt eines Vektors dadurch ausgenutzt wird, daß dieser Vektor gleichzeitig ein interessierendes Gen enthält. Auf diese Weise wird ein Klon erzeugt, bei dem jede Zelle dieses interessierende Gen als sogenanntes Transgen enthält. Dies ist dann besonders leicht möglich, wenn der betreffende Vektor alle genetischen Merkmale enthält, die zur Replikation in der betreffenden Wirtszelle notwendig sind. Das bedeutet, daß er in allen Nachkommenzellen als Plasmid etabliert wird.
In einer Ausführungsform hiervon handelt es sich um solch eine Verwendung, wobei die für das genannte Kurieren verantwortliche Nukleinsäure zusätzlich zum lediglich proteincodierenden Abschnitt den natürlicherweise mit ihm verbundenen Promotor enthält oder einen als Promotor ausreichenden Teil davon. Denn zur Aktivierung eines Gens gehört, daß es unter den entsprechenden Bedingungen zur Bildung einer ausreichenden Proteinmenge führt. So verfügen die meisten der oben beschriebenen Gene über sogenannte konstitutive Promotoren, das heißt solche, die praktisch permanent aktiv sind. Ein optimales Kurieren des erfindungsgemäß herbeigeführten Gendefekts sollte insbesondere dann der natürlicherweise herrschenden Situation gleichkommen, wenn das betreffende Gen weitgehend genauso wie bei natürlicher, chromosomaler Lokalisation reguliert wird.
In einer weiteren, erfindungsgemäß angestrebten Ausführungsform hiervon handelt es sich um solch eine Verwendung, wobei auf demselben genetischen Element wie das für das genannte Kurieren des Defekts eine zu selektierende genetische Information liegt, vorzugsweise unter der Kontrolle desselben Promotors.
Dieser Aspekt ist bereits oben ausführlich beschrieben worden: eine zu selektierende genetische Information, an der ein spezielles Interesse besteht, wird dadurch stabil in einer Zellinie etabliert, daß sie auf einem solchen kurierenden Vektor in eine Zelle eingebracht wird, die den ansonsten letalen Gendefekt aufweist, welcher lediglich über die Anwesenheit dieses Vektors kuriert wird.
In der besonderen Ausführungsform, daß beide genetischen Elemente unter der Kontrolle desselben Promotors stehen, wird der Effekt ausgenutzt, daß es sich insbesondere bei solchen konstitutiven Promotoren um praktisch permanent aktive und oft auch starke Promotoren handelt. Ein weiterer Vorteil kann darin bestehen, daß für das Transgen kein zusätzlicher Promotor bereitgestellt zu werden braucht; dadurch gestaltet sich die Konstruktion des betreffenden Vektors vergleichweise einfach.
Bevorzugte Ausführungsformen der hier beschriebenen Verwendungen sind solche Verwendungen, wobei es sich bei der zu selektierenden genetischen Information um die für ein Protein, für ein Enzym und/oder um eine Information zur Synthese einer niedermolekularen Verbindung handelt.
Denn wie bereits gesagt sollte erfindungsgemäß die technische Fermentation verbessert werden. Diese dienen in höchstem Maße der Herstellung derartiger Verbindungen, welche beispielsweise der Medizin, der Lebensmitteltechnologie oder weiteren Technikbreichen zugute kommen, in denen ein Interesse an leistungsfähigen Enzymen besteht, wie etwa der Waschmittelherstellung (siehe unten).
Die vorliegende Erfindung wird auch in der Form gentechnisch modifizierter Mikroorganismen verwirklicht, auf die das oben Gesagte entsprechend zutrifft.
Ganz allgemein sind das Mikroorganismen, bei denen die chromosomale Kopie mindestens eines der oben unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder einer weiteren oben beschriebenen, erfindungsgemäßen Nukleinsäuren funktionell inaktiviert ist.
Hierunter sind solche bevorzugt, bei denen 2, 3 oder mehr der genannten Gene funktionell inaktiviert sind, vorzugsweise jeweils über eine oben beschriebene erfindungsgemäße Verwendung zur Inaktivierung durch eine erfindungsgemäße Nukleinsäure.
Entsprechend dem oben Gesagten können auf diese Weise Stämme erhalten werden, in denen mehrere ansonsten letale Gendefekte über mehrere gleichzeitig vorhandene Plasmide kuriert werden. Jedes dieser Plasmide kann Transgene tragen, an denen ein experimentelles oder technisches Interesse besteht.
Vorzugsweise handelt es sich bei erfindungsgemäßen Mikroorganismen um solche, wobei zum Kurieren des Defekts jeweils eine für ein aktives Protein codierende Nukleinsäure auf einem Vektor in die Wirtszelle eingebracht worden ist, vorzugsweise auf einem Vektor, der sich als stabiles genetisches Element, besonders bevorzugt als Plasmid in der Zelle etabliert hat. Denn dadurch ergibt sich der beschriebene Effekt, wonach die zum Kurieren notwendige genetische Information über Generationen hinweg stabil in den betreffenden Zellinien enthalten bleibt.
Weiterhin bevorzugt handelt es sich bei erfindungsgemäßen Mikroorganismen um solche, wobei die für das genannte Kurieren verantwortliche Nukleinsäure zusätzlich zum lediglich proteincodierenden Abschnitt den natürlicherweise mit ihm verbundenen Promotor enthält oder einen als Promotor ausreichenden Teil davon.
Denn dadurch ergibt sich der beschriebene Effekt, wonach die zum Kurieren verantwortliche Nukleinsäure möglichst optimal zur Bildung eines entsprechenden Genprodukts führt.
Weiterhin bevorzugt handelt es sich bei erfindungsgemäßen Mikroorganismen um solche, wobei auf demselben genetischen Element wie das für das genannte Kurieren des Defekts eine zu selektierende genetische Information liegt, bevorzugt unter der Kontrolle desselben Promotors.
Denn dadurch ergeben sich die oben beschriebenen Vorteile.
Weiterhin bevorzugt sind erfindungsgemäße Mikroorganismen solche, wobei es sich bei der zu selektierenden genetischen Information um die für ein Protein, für ein Enzym und/oder zur Synthese einer niedermolekularen Verbindung handelt.
Dies ergibt sich, wie oben erläutert, aus der technischen Bedeutung der betreffenden Genprodukte.
Vorzugsweise sind erfindungsgemäße Mikroorganismen solche, bei denen es sich um Bakterien handelt.
Hierunter sind entsprechend den bisherigen Ausführungen solche Mikroorganismen bevorzugt, bei denen es sich um gramnegative Bakterien handelt, insbesondere solche der Gattungen Escherichia coli, Klebsiella, Pseudomonas oder Xanthomonas, insbesondere um Stämme von E. coli K12, E. coli B oder Klebsiella planticola, und ganz besonders um Derivate der Stämme Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5α, E. coli JM109, E. coli XL-1 oder Klebsiella planticola (Rf).
Entsprechend den bisherigen Ausführungen sind solche Mikroorganismen nicht minder bevorzugt, bei denen es sich um grampositive Bakterien handelt, insbesondere solche der Gattungen Bacillus, Staphylococcus oder Corynebacterium, ganz besonders der Species Bacillus lentus, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. subtilis, B. globigii oder B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus oder Corynebacterium glutamicum und hierunter ganz besonders um B. licheniformis DSM 13.
Der Aufgabe zufolge, die der vorliegenden Anmeldung zugrunde gelegen hatte, sollten in erster Linie technische Fermentationsverfahren verbessert werden. Dementsprechend wird die Erfindung insbesondere in entsprechenden, erfindungsgemäßen Fermentationsverfahren verwirklicht.
Dabei handelt es sich ganz allgemein um Verfahren zur Fermentation eines zuvor beschriebenen, erfindungsgemäßen Mikroorganismus.
Die durch derartige Mikroorganismen gekennzeichneten Verfahren sind den bisherigen Ausführungen entsprechend bevorzugt.
Unter den erfindungsgemäßen Fermentationsverfahren sind diejenigen zur Herstellung eines Wertstoffs bevorzugt, insbesondere zur Herstellung einer niedermolekularen Verbindung oder eines Proteins.
Denn dies ist, wie bereits gesagt, das wichtigste Anwendungsgebiet für großtechnische Fermentationen.
In einer Ausführungsform sind das Verfahren, wobei es sich bei der niedermolekularen Verbindung um einen Naturstoff, einen Nahrungsmittelergänzungsstoff oder um eine pharmazeutisch relevante Verbindung handelt.
Auf diese Weise werden beispielsweise Aminosäuren, Vitamine oder Oligopeptide produziert, die besonders als Nahrungsmittelergänzungsstoffe Verwendung finden. Bei pharmazeutisch relevanten Verbindungen kann es sich um Vor- oder Zwischenstufen zu Medikamenten oder sogar um diese selbst handeln. In all diesen Fällen spricht man auch von Biotransformation, wonach die Stoffwechseleigenschaften der Mikroorganismen ausgenutzt werden, um die ansonsten aufwendige chemische Synthese ganz oder zumindest in einzelnen Schritten zu ersetzen.
In einer weiteren Ausführungsform sind das entsprechende Verfahren, bei denen es sich bei dem auf diese Weise gebildeten Protein um ein Peptidhormon handelt.
So werden beispielsweise pharmazeutisch wichtige Peptidhormone wie Interleukine oder Insulin großtechnisch durch Fermentationen gewonnen, oft durch eukaryontische Wirtszellen. Die erfindungsgemäße Umstellung dieser Herstellungsprozesse auf eine antibiotikafreie Selektion, stellt, wie oben beschrieben, eine unter Umweltschutz¬ gesichtspunkten vorteilhafte und kostengünstige Ausführungsform dar.
Nicht minder bevorzugt sind entsprechende Verfahren, bei denen es sich bei dem auf diese Weise gebildeten Protein um ein Enzym handelt, insbesondere eines aus der Gruppe der α-Amylasen, Proteasen, Cellulasen, Lipasen, Oxidoreduktasen, Peroxidasen, Laccasen, Oxidasen und Hemicellulasen.
Industrielle Enzyme, die mit derartigen Verfahren hergestellt werden, finden beispielsweise in der Nahrungsmittelindustrie Verwendung. So dienen α-Amylasen beispielsweise dazu, um das Altbackenwerden von Brot zu verhindern oder um Fruchtsäfte zu klären. Proteasen werden zum Aufschluß von Proteinen verwendet. All diese Enzyme sind für den Einsatz in Wasch- und Reinigungsmitteln beschrieben, wobei insbesondere die von grampositiven Bakterien bereits natürlicherweise hergestellten Subtilisin-Proteasen einen prominenten Platz einnehmen. Insbesondere in der Textil- und Lederindustrie dienen sie der Aufarbeitung der natürlichen Rohstoffe. Ferner können all diese Enzyme wiederum im Sinne der Biotransformation als Katalysatoren für chemische Reaktionen eingesetzt werden.
Viele dieser technisch relevanten Enzyme stammen ursprünglich aus Bacillusspezies und werden deshalb besonders erfolgreich in grampositiven Organismen, insbesondere solchen der Gattung Bacillus produziert, worunter in vielen Fällen auch Derivate von ß. licheniformis DSM13 fallen. Insbesondere Produktionsverfahren, die auf diesen mikrobiellen Systemen beruhen, können mithilfe der vorliegenden Erfindung verbessert werden, weil insbesondere die im Sequenzprotokoll angegebenen Sequenzen aus eben diesem Organismus stammen.
Eine weitere Ausprägung der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung einer unter Verweis auf SEQ ID NO. 1 , 3, 5. 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 definierten und/oder einer weiteren oben beschriebenen, erfindungsgemäßen Nukleinsäure oder Teilen davon zur Identifizierung des zugehörigen, in vivo unmittelbar vorangehenden Promotors.
An diesen Promotoren besteht unter anderem zur Verwirklichung der hier beschriebenen Erfindung ein Interesse. Denn wie oben beschrieben kann es besonders vorteilhaft sein, zum erfindungsgemäßen Kurieren eines erfindungsgemäß herbeigeführten Gendefekts die hierfür verwendete Nukleinsäure unter die Kontrolle des Promotors zu stellen, der natürlicherweise dieses Gen kontrolliert. Die zu den erfindungsgemäßen Nukleinsäuren, insbesondere denen aus dem Sequenzprotokoll, zugehörigen Promotoren sind nicht im Sequenzprotokoll angegeben, können aber leicht nach an sich bekannten Methoden erhalten werden, insbesondere indem auf die dort offenbarten, proteincodierenden Sequenzen zurückgegriffen wird. Über diese Sequenzen können insbesondere aus B. licheniformis DSM12 sowie prinzipiell allen hierzu verwandten Spezies die zugehörigen Promotoren erhalten werden, wobei die Erfolgsaussichten, wie oben für die proteincodierenden Bereiche beschrieben, umso höher sind, je enger die betreffenden Organismen mit B. licheniformis verwandt sind.
Zusätzlich stehen die hierdurch erhaltenen Promotoren auch für die Herstellung weiterer Konstrukte zu Verfügung, insbesondere von Expressionsvektoren. Dazu gehören vor allem solche, mit denen erfindungsgemäße Genprodukte wie oben beschrieben in größeren Mengen hergestellt werden können, beispielsweise um sie In-vitro- Verwendungsgsmöglichkeiten zukommen zu lassen. In einer Ausführungsform dieses Erfindungsgegenstands wird die genannte Nukleinsäure mit einer Präparation einer genomischen DNA hybridisiert.
Diese genomische DNA stammt beispielsweise aus dem Wirt, an welchem die oben beschriebene erfindungsgemäße Inaktivierung vorgenommen werden soll. Sie wird in an sich bekannterWeise präpariert und in einem Southem-Hybridisierungsexperiment mit der als Sonde eingesetzten erfindungsgemäßen Nukleinsäure untersucht. Aus dem Fragment, das auf diese Weise identifiziert worden ist, kann der 5'-gelegene Abschnitt nach ebenfalls bekannten Methoden isoliert werden, vorteilhafterweise im Zusammenhang mit dem zugehörigen Gen, so daß das dadurch erhaltene Promotor- Genfragment in einen entsprechenden Kurierungsvektor eingebracht werden kann.
Eine hierzu alternative Verwendungsmöglichkeit besteht darin, anhand der genannten Nukleinsäure Primer zu bilden, über welche flankierende DNA-Abschnitte aus einer Präparation einer genomischen DNA identifiziert werden.
Dies geschieht analog der oben für die proteincodierenden Bereiche beschriebenen Methode, wonach, ausgehend von den bekannten Bereichen in den unbekannten Bereich hinein eine PCR durchgeführt wird. Hierduch werden, wie soeben beschrieben, Promotor- enthaltende Bereiche gewonnen, die vorteilhafterweise zusammen mit dem betreffenden Gen in den Kurierungsvektor eingebracht werden können und dieses kontrollieren.
Die nachfolgenden Beispiele erläutern die vorliegende Erfindung weiter.
Beispiele
Alle molekularbiologischen Arbeitsschritte folgen Standardmethoden, wie sie beispielsweise in dem Handbuch von Fritsch, Sambrook und Maniatis „Molecular cloning: a laboratory manual", CoId Spring Harbour Laboratory Press, New York, 1989, oder vergleichbaren einschlägigen Werken angegeben sind. Enzyme, Baukästen (Kits) und Geräte werden nach den Angaben der jeweiligen Hersteller eingesetzt.
Beispiel 1
Kultivierung von Bacillus licheniformis
Zellen von B. licheniformis sind unter der Nummer DSM 13 bei der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ)1 Mascheroder Weg 1 b, 38124 Braunschweig (http://www.dsmz.de) erhältlich.
S. licheniformis wird in einem 500 ml-Schüttelkolben in 100 ml Horikoshi-Medium pH 9 (0,1 % K2HPO4, 0,5 % Hefeextrakt, 1 % Pepton, 0,02 % MgSO4, 0,3% Na2CO3) für 72 h bei 37°C und 200 rpm kultiviert. Die Zellen werden durch Zentrifugation vom Überstand getrennt. Der Überstand enthält die sekretierten Proteine.
Beispiel 2
Identifizierung der erfindungsgemäßen Gene aus S. licheniformis DSM 13
Aus dem von der DSMZ erhältlichen Stamm B. licheniformis DSM 13 wurde nach Standardmethoden die genomische DNA präpariert, mechanisch fraktioniert und über Elektrophorese in einem 0,8%igen Agarosegel aufgetrennt. Für eine Schrotschuß- klonierung der kleineren Fragmente wurden die 2 bis 2,5 kb großen Fragmente aus dem Agarosegel eluiert, dephosphoryliert und als stumpf endende (blunt ended) Fragmente in die Smal-Restriktionsschnittstelle des Vektors pTZ19R-Cm ligiert. Dabei handelt es sich um ein Chloramphenicol-Resistenz verleihendes Derivat des von der Firma Fermentas (St. Leon-Rot) kommerziell erhältliche Plasmid pTZ19R. Dadurch wurde eine Genbank der kleineren Fragmente erhalten. Als zweite Schrotschußklonierung wurden die durch eine partielle Restriktion mit dem Enzym Sau 3Al erhaltenen genomischen Fragmente in das SuperCos-1 -Vektorsystem („Cosmid Vector Kit") der Firma Stratagene, La JoIIa, USA, ligiert, wodurch eine Genbank über die überwiegend größeren Fragmente erhalten wurde. Aus den durch Transformation mit den betreffenden Genbanken erhältlichen Bakterien E. coli DH5α (D. Hannahan (1983): „Studies on transformation on Escherichia colf; J. Mol. Microbiol., Band 166, Seiten 557 - 580) wurden die betreffenden rekombinanten Plasmide isoliert und sequenziert. Hierbei kam die Farbstoffabbruchmethode (dye terminator chemistry) zum Einsatz, durchgeführt durch die automatischen Sequenziergeräte Mega- BACE 1000/4000 (Fa. Amersham Bioscence, Piscataway, USA) und ABI Prism 377 (Fa. Applied Biosystems, Foster City, USA).
Auf diese Weise wurden unter anderem die im Sequenzprotokoll der vorliegenden Anmeldung angegebenen Sequenzen SEQ ID NO. 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 und 299 erhalten. Die hiervon abgeleiteten Aminosäuresequenzen sind in derselben Reihenfolge in den jeweils um eins höheren SEQ IDs angegeben.
Hierbei zeigte sich, daß bei folgenden Sequenzen: SEQ ID NO, 23 (pcrA), SEQ ID NO. 25 (polC), SEQ ID NO. 39 (parE), SEQ ID NO. 49 (rpoB), SEQ ID NO. 51 (rpoC), SEQ ID NO. 57 (cspR), SEQ ID NO. 137 (rpsC), SEQ ID NO. 149 {φsl), SEQ ID NO. 159 (rpsN), SEQ ID NO. 171 (rpsT), SEQ ID NO. 179 (asnS), SEQ ID NO. 181 (aspS), SEQ ID NO. 183 (cysS), SEQ ID NO. 187 (g/yQ), SEQ ID NO. 195 (leuS), SEQ ID NO. 223 (fr/), SEQ ID NO. 243 {groES), SEQ ID NO. 255 (secY), SEQ ID NO. 257 (accA), SEQ ID NO. 263 {accD) und SEQ ID NO. 295 (asd) das Startcodon nicht ATG lautet, sondern davon abweicht. Im Sequenzprotokoll befindet sich dazu jeweils folgende Anmerkung: „First codon translated as Met." Beispiel 3 Sequenzhomologien
Nach Ermittlung der DNA- und Aminosäuresequenzen gemäß Beispiel 2 wurden durch Recherche in den Datenbanken GenBank (National Center for Biotechnology Information NCBI, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA; http://www.ncbi.nlm.nih.gov) und Subtilist des Institute Pasteur, Paris, Frankreich
(http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi) die jeweils nächstähnlichen, bisher bekannten Homologe ermittelt.
Die ermittelten DNA- beziehungsweise Aminosäuresequenzen wurden zur Bestimmung der Homologie über Alignments einander gegenübergestellt; hierfür wurde das Computerprogramm Vector NTI® Suite Version 7, verwendet, welches von der Firma Informax Inc., Bethesda, USA, erhältlich ist. Hierbei wurden die Standard-Parameter dieses Programms angewendet, das heißt für den Vergleich der DNA-Sequenzen: K-tuple size: 2; Number of best Diagonale: 4; Window size: 4; Gap penalty: 5; Gap opening penalty: 15 und Gap extension penalty: 6,66. Für den Vergleich der Aminosäure- Sequenzen galten folgende Standard-Parameter: K-tuple size: 1 ; Number of best Diagonals: 5; Window size: 5; Gap penalty: 3; Gap opening penalty: 10 und Gap extension penalty: 0,1.
Als nächstähnliche Gene und Proteine wurden jeweils die aus B. subtilis gefunden. Die Ergebnisse dieser Sequenzvergleiche sind in folgender Tabelle 1 zusammengestellt. Von den jeweils nächstähnlichen Genen beziehungsweise Proteinen von S. subtilis wurden, weil aufgrund der hohen Ähnlichkeiten von denselben Funktionen ausgegangen werden kann, auch die jeweiligen Gennamen und Proteinbezeichnungen übernommen.
Tabelle 1 : Nächstähnliche Gene beziehungsweise Proteine zu den in Beispiel 2 ermittelten Genen und Proteinen.
Figure imgf000076_0001
Figure imgf000077_0001
Figure imgf000078_0001
78
Figure imgf000079_0001
79
Figure imgf000080_0001
Figure imgf000081_0001
Figure imgf000082_0001
Figure imgf000083_0001
Figure imgf000084_0001
Figure imgf000085_0001
Figure imgf000086_0001
Es handelt sich also jeweils um Gene beziehungsweise Faktoren, denen über ihre hohen Ähnlichkeiten zu bekannten Genen und Faktoren aus B. subtilis eindeutige Funktionen zugeordnet werden können. Dies sind, wie die jeweiligen Bezeichnungen erkennen lassen, zentrale, lebenswichtige Funktionen jeder Zelle.

Claims

Patentansprüche
1. Nukleinsäure dnaA, codierend für ein Initiatorprotein der chromosomalen Replikation, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 1 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
2. Initiatorprotein der chromosomalen Replikation DnaA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 2 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
3. Nukleinsäure dnaB, codierend für ein Membrananheftungsprotein der chromosomalen Replikationsinitiation, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 3 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
4. Membrananheftungsprotein der chromosomalen Replikationsinitiation DnaB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 4 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 70% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
5. Nukleinsäure dnaC, codierend für eine replikative DNA-Helicase, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 5 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
6. Replikative DNA-Helicase DnaC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 6 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 7. Nukleinsäure dnaD, codierend für ein DNA-Replikationsprotein, mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
7 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
8. DNA-Replikationsprotein DnaD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 8 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 75% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
9. Nukleinsäure dnaE, codierend für eine Alpha-Untereinheit einer DNA-Polymerase IM (DNA Polymerase III alpha subunit; E. C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 9 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
10. Alpha-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase IM alpha subunit; E. C. 2.7.7.7) DnaE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 10 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
11. Nukleinsäure dnaG, codierend für eine DNA-Primase (DNA primase; E. C. 2.7.7.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 11 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
12. DNA-Primase (DNA primase; E. C. 2.7.7.-) DnaG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 12 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 13. Nukleinsäure dnal, codierend für ein Primosom-Protein (Primosomal protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
13 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
14. Primosom-Protein (Primosomal protein) Dnal mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 14 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
15. Nukleinsäure dnaN, codierend für eine Beta-Kette einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase IM beta chain; E. C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 15 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
16. Beta-Kette einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III beta chain; E. C. 2.7.7.7) DnaN, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 16 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
17. Nukleinsäure dnaX, codierend für eine Kette III einer DNA-abhängigen DNA- Polymerase III (DNA-directed DNA Polymerase III chain; E. C. 2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 17 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
18. Kette IM einer DNA-abhängigen DNA-Polymerase IM (DNA-directed DNA Polymerase IM chain; E. C. 2.7.7.7) DnaX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 18 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,2%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 19. Nukleinsäure holB, codierend für eine Delta-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, delta' subunit; E.C.2.7.7.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
19 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
20. Delta-Untereinheit einer DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, delta' subunit; E.C.2.7.7.7) HoIB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 20 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
21. Nukleinsäure HgA, codierend für eine DNA-Ligase (DNA ligase ; E. C. 6.5.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 21 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
22. DNA-Ligase (DNA ligase ; E. C. 6.5.1.2) LJgA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 22 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
23. Nukleinsäure pcrA, codierend für eine ATP-abhängige DNA-Helicase (ATP-dependent DNA helicase; E. C. 3.6.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 23 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
24. ATP-abhängige DNA-Helicase (ATP-dependent DNA helicase; E. C. 3.6.1.-) PcrA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 24 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 25. Nukleinsäure polC (pollll), codierend für eine PolC-Typ-DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, po/C-type), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
25 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
26. PolC-Typ-DNA-Polymerase III (DNA Polymerase III, po/C-type) PoIC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 26 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
27. Nukleinsäure priA, codierend für einen primosomalen Replicationsfaktor Y (primosomal replication factor Y; primosomal protein N'), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 27 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
28. Primosomaler Replicationsfaktor Y (primosomal replication factor Y; primosomal protein N1) PhA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 28 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
29. Nukleinsäure ssb, codierend für ein DNA-Einzelstrang-bindendes Protein (single- stranded DNA-binding protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 29 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
30. DNA-Einzelstrang-bindendes Protein (single-stranded DNA-binding protein) Ssb mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 30 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 31. Nukleinsäure gyrA, codierend für eine Untereinheit A einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit A; E. C. 5.99.1.3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
31 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
32. Untereinheit A einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit A; E.C. 5.99.1.3) GyrA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 32 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
33. Nukleinsäure gyrB, codierend für eine Untereinheit B einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit B; E.C. 5.99.1.3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 33 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
34. Untereinheit B einer DNA-Gyrase (DNA gyrase subunit B; E.C. 5.99.1.3) GyrB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 34 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
35. Nukleinsäure hbs, codierend für ein DNA-Bindungsprotein HU (DNA-binding protein HU), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 35 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
36. DNA-Bindungsprotein HU (DNA-binding protein HU) Hbs mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 36 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 37. Nukleinsäure parC, codierend für eine Untereinheit A einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit A; E.C. 5.99.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
37 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
38. Untereinheit A einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit A; E.C. 5.99.1.-) ParC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 38 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
39. Nukleinsäure parE, codierend für eine Untereinheit B einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit B; E.C. 5.99.1.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 39 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
40. Untereinheit B einer Topoisomerase IV (Topoisomerase IV, subunit B; E.C. 5.99.1.-) ParE, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 40 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
41. Nukleinsäure smc, codierend für einen Faktor zur Chromosomen-Kondensation und - Segregation (Chromosome condensation and segregation), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 41 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
42. Faktor zur Chromosomen-Kondensation und -Segregation (Chromosome condensation and segregation) Smc mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 42 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
43. Nukleinsäure topA, codierend für eine DNA-Topoisomerase I (DNA topoisomerase I; E. C. 5.99.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 43 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
44. DNA-Topoisomerase I (DNA topoisomerase I; E.C. 5.99.1.2) TopA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 44 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
45. Nukleinsäure ydiO (aqul), codierend für eine Alpha-Untereinheit einer Modifikationsmethylase (modification methylase, alpha subunit; E.C. 2.1.1.73), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 45 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 36% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
46. Alpha-Untereinheit einer Modifikationsmethylase (modification methylase, alpha subunit; E.C. 2.1.1.73) YdiO (Aqul) mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 46 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 15% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
47. Nukleinsäure rpoA, codierend für eine Alpha-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase, alpha chain (E.C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 47 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 48. Alpha-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase, alpha chain (E. C. 2.7.7.6) RpoA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
48 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
49. Nukleinsäure rpoB, codierend für eine Beta-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta chain; E. C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 49 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
50. Beta-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta chain; E.C. 2.7.7.6) RpoB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 50 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
51. Nukleinsäure rpoC, codierend für eine Beta'-Kette einer DNA-abhängigen RNA- Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta1 chain; E.C. 2.7.7.6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 51 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
52. Beta'-Kette einer DNA-abhängigen RNA-Polymerase (DNA-directed RNA Polymerase beta' chain; E.C. 2.7.7.6) RpoC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 52 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
53. Nukleinsäure sigA, codierend für einen größeren RNA-Polymerase-Sigma-Faktor 43 (RNA Polymerase major sigma-43 factor; sigma-A), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 53 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
54. Größerer RNA-Polymerase-Sigma-Faktor 43 (RNA Polymerase major sigma-43 factor; sigma-A) SigA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 54 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
55. Nukleinsäure cca, codierend für eine PolyA-Polymerase (polyA Polymerase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 55 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 66% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
56. PolyA-Polymerase (polyA Polymerase) Cca, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 56 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 60% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
57. Nukleinsäure cspR, codierend für eine rRNA-Methylase (rRNA methylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 57 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
58. rRNA-Methylase (rRNA methylase) CspR mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 58 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
59. Nukleinsäure rnc, codierend für eine Ribonuklease IM (Ribonuclease IM), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 59 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
60. Ribonuklease III (Ribonuclease III) Rnc mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 60 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
61. Nukleinsäure rnpA, codierend für eine Ribonuklease P (Ribonuclease P; E. C. 3.1.26.5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 61 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 65% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
62. Ribonuklease P (Ribonuclease P; E. C. 3.1.26.5) RnpA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 62 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 69% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
63. Nukleinsäure trmD, codierend für eine Methyltransferase (Methyltransferase; E. C. 2.1.1.31), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 63 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
64. Methyltransferase (Methyltransferase; E. C. 2.1.1.31) TrmD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 64 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
65. Nukleinsäure trmU, codierend für eine Methyltransferase (Methyltransferase; E. C. 2.1.1.61), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 65 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
66. Methyltransferase (Methyltransferase; E. C. 2.1.1.61) TrmU mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 66 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
67. Nukleinsäure yycF, codierend für einen putativen Zwei-Komponenten-Response- Regulator (putative two-component response regulator), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 67 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
68. Putativer Zwei-Komponenten-Response-Regulator (putative two-component response regulator) YycF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 68 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
69. Nukleinsäure yycG, codierend für einen putativen Zwei-Komponenten-Response- Regulator (putative two-component response regulator), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 69 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
70. Putativer Zwei-Komponenten-Response-Regulator (putative two-component response regulator) YycG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 70 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
71. Nukleinsäure nusA, codierend für einen putativen Transcriptionsterminationsfaktor (putative transcription termination factor), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 71 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
72. Putativer Transcriptionsterminationsfaktor (putative transcription termination factor) NusA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 72 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
73. Nukleinsäure rplA, codierend für ein 50S-ribosomales Protein l_1 (5OS ribosomal protein L1 ; BL1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 73 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
74. 50S-ribosomales Protein L1 (5OS ribosomal protein L1 ; BL1) RpIA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 74 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 91 % Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
75. Nukleinsäure rplB, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L2 (5OS ribosomal protein L2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 75 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
76. 50S-ribosomales Protein L2 (5OS ribosomal protein L2) RpIB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 76 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
77. Nukleinsäure rpIC, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L3 (5OS ribosomal protein L3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 77 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
78. 50S-ribosomales Protein L3 (5OS ribosomal protein L3) RpIC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 78 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
79. Nukleinsäure rpID, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L4 (5OS ribosomal protein L4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 79 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99% 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
80. 50S-ribosomales Protein L4 (5OS ribosomal protein L4) RpID, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 80 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
81. Nukleinsäure rplE, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L5 (5OS ribosomal protein L5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 81 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
82. 50S-ribosomales Protein L5 (5OS ribosomal protein L5) RpIE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 82 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
83. Nukleinsäure rplF, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L6 (5OS ribosomal protein L6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 83 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
84. 50S-ribosomales Protein L6 (5OS ribosomal protein L6) RpIF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 84 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
85. Nukleinsäure rpIL, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L9P (LSU ribosomal protein L9P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID
NO. 85 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 75% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
86. Ribosomales Protein der großen Untereinheit L9P (LSU ribosomal protein L9P) RpIL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 86 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
87. Nukleinsäure rplJ, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L10P (LSU ribosomal protein L10P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID
NO. 87 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
88. Ribosomales Protein der großen Untereinheit L10P (LSU ribosomal protein L10P) RpIJ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 88 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
89. Nukleinsäure rpIL, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L12P (LSU ribosomal protein L12P; L7/L12), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 89 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
90. ribosomales Protein der großen Untereinheit L12P (LSU ribosomal protein L12P; L7/L12) RpIL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 90 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
91. Nukleinsäure rplM, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L13 (5OS ribosomal protein L13), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 91 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
92. 50S-ribosomales Protein L13 (5OS ribosomal protein L13) RpIM mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 92 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
93. Nukleinsäure rplN, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L14 (5OS ribosomal protein L14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 93 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
94. 50S-ribosomales Protein L14 (5OS ribosomal protein L14) RpIN mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 94 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
95. Nukleinsäure rplO, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L15 (5OS ribosomal protein L15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 95 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
96. 50S-ribosomales Protein L15 (5OS ribosomal protein L15) RpIO, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 96 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
97. Nukleinsäure rplP, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L16 (5OS ribosomal protein L16), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 97 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
98. 50S-ribosomales Protein L16 (5OS ribosomal protein L16) RpIP mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 98 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
99. Nukleinsäure rplQ, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L17 (5OS ribosomal protein L17), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 99 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
100. 50S-ribosomales Protein L17 (5OS ribosomal protein L17) RpIQ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 100 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
101. Nukleinsäure rpIR, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L18 (5OS ribosomal protein L18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 101 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
102. 50S-ribosomales Protein L18 (5OS ribosomal protein L18) RpIR mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 102 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
103. Nukleinsäure rpIS, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L19 (5OS ribosomal protein L19), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 103 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
104. 50S-ribosomales Protein L19 (5OS ribosomal protein L19) RpIS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 104 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
105. Nukleinsäure rpIT, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L20P (LSU ribosomal protein L20P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 105 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
106. Ribosomales Protein der großen Untereinheit L20P (LSU ribosomal protein L20P) RpIT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 106 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 98% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
107. Nukleinsäure rplU, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L21 (5OS ribosomal protein L21), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 107 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
108. 50S-ribosomales Protein L21 (5OS ribosomal protein L21) RpIU mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 108 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 88%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
109. Nukleinsäure rplV, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L22 (5OS ribosomal protein L22), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 109 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
110. 50S-ribosomales Protein L22 (5OS ribosomal protein L22) RpIV mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 110 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
111. Nukleinsäure rplW, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L23 (5OS ribosomal protein L23), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 111 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
112. 50S-ribosomales Protein L23 (5OS ribosomal protein L23) RpIW, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 112 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
113. Nukleinsäure rpIX, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L24 (5OS ribosomal protein L24), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 113 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
114. 50S-ribosomales Protein L24 (5OS ribosomal protein L24) RpIX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 114 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
115. Nukleinsäure rpmA, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L27 (5OS ribosomal protein L27), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 115 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
116. 50S-ribosomales Protein L27 (5OS ribosomal protein L27) RpmA mit einer Amino¬ säuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 116 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
117. Nukleinsäure rpmB, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L28 (5OS ribosomal protein L28), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 117 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
118. 50S-ribosomales Protein L28 (5OS ribosomal protein L28) RpmB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 118 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
119. Nukleinsäure rpmC, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L29 (5OS ribosomal protein L29), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 119 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
120. 50S-ribosomales Protein L29 (5OS ribosomal protein L29) RpmC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 120 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
121. Nukleinsäure rpmD, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L30 (5OS ribosomal protein L30), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 121 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
122. 50S-ribosomales Protein L30 (5OS ribosomal protein L30) RpmD mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 122 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
123. Nukleinsäure rpmE, codierend für ein Ribosomales Protein L31 (ribosomal protein L31), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 123 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
124. Ribosomales Protein L31 (ribosomal protein L31) RpmE mit einer Aminosäure¬ sequenz, die zu der in SEQ ID NO. 124 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 99% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
125. Nukleinsäure rpmF, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L32 (5OS ribosomal protein L32), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 125 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
126. 50S-ribosomales Protein L32 (5OS ribosomal protein L32) RpmF, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 126 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 71% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
127. Nukleinsäure rpmGA, codierend für ein Typ 1-50S-ribosomales Protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 127 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
128. Typ 1-50S-ribosomales Protein L33 (5OS ribosomal protein L33 type 1) RpmGA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 128 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
129. Nukleinsäure rpmGB, codierend für ein ribosomales Protein der großen Untereinheit L33P (LSU ribosomal protein L33P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 129 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
130. Ribosomales Protein der großen Untereinheit L33P (LSU ribosomal protein L33P) RpmGB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 130 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
131. Nukleinsäure rpml, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L35 (5OS ribosomal protein L35), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 131 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
132. 50S-ribosomales Protein L35 (5OS ribosomal protein L35) Rpml mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 132 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
133. Nukleinsäure rpmJ, codierend für ein 50S-ribosomales Protein L36 (5OS ribosomal protein L36), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 133 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
134. 50S-ribosomales Protein L36 (5OS ribosomal protein L36) RpmJ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 134 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
135. Nukleinsäure rpsB, codierend für ein Ribosomales Protein S2 (ribosomal protein S2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 135 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
136. Ribosomales Protein S2 (ribosomal protein S2) RpsB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 136 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
137. Nukleinsäure rpsC, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S3 (3OS ribosomal protein S3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 137 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 138. 30S-ribosomales Protein S3 (3OS ribosomal protein S3) RpsC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
138 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
139. Nukleinsäure rpsD, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S4 (3OS ribosomal protein S4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 139 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
140. 30S-ribosomales Protein S4 (3OS ribosomal protein S4) RpsD mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 140 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
141. Nukleinsäure rpsE, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S5 (3OS ribosomal protein S5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 141 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
142. 30S-ribosomales Protein S5 (3OS ribosomal protein S5) RpsE, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 142 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
143. Nukleinsäure rpsF, codierend für ein ribosomales Protein S6 (ribosomal protein S6), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 143 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 144. Ribosomales Protein S6 (ribosomal protein S6) RpsF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
144 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
145. Nukleinsäure rpsG, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S7P (SSU ribosomal protein S7P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 145 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
146. Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S7P (SSU ribosomal protein S7P) RpsG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 146 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
147. Nukleinsäure rpsH, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S8 (3OS ribosomal protein S8), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 147 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
148. 30S-ribosomales Protein S8 (3OS ribosomal protein S8) RpsH mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 148 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
149. Nukleinsäure rpsl, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S9 (3OS ribosomal protein S9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 149 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 150. 30S-ribosomales Protein S9 (3OS ribosomal protein S9) Rpsl, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
150 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
151. Nukleinsäure rpsJ, codierend für ein ribosomales Protein S10 (ribosomal protein S10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 151 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 97% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
152. Ribosomales Protein S10 (ribosomal protein S10) RpsJ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 152 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
153. Nukleinsäure rpsK, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S11 (3OS ribosomal protein S11), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 153 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
154. 30S-ribosomales Protein S11 (3OS ribosomal protein S11) RpsK mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 154 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
155. Nukleinsäure rpsL, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S12P (SSU ribosomal protein S12P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 155 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
156. Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S12P (SSU ribosomal protein S12P) RpsL mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 156 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
157. Nukleinsäure rpsM, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S13 (3OS ribosomal protein S13), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 157 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
158. 30S-ribosomales Protein S13 (3OS ribosomal protein S13) RpsM, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 158 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
159. Nukleinsäure rpsN, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 159 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders, bevorzugt 100% Identität aufweist.
160. 30S-ribosomales Protein S14-1 (3OS ribosomal protein S14-1) RpsN mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 160 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
161. Nukleinsäure rpsO, codierend für ein ribosomales Protein S15 (ribosomal protein S15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 161 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
162. Ribosomales Protein S15 (ribosomal protein S15) RpsO mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 162 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
163. Nukleinsäure rpsP, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S16 (3OS ribosomal protein S16), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 163 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
164. 30S-ribosomales Protein S16 (3OS ribosomal protein S16) RpsP mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 164 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
165. Nukleinsäure rpsQ, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S17 (3OS ribosomal protein S17), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 165 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
166. 30S-ribosomales Protein S17 (3OS ribosomal protein S17) RpsQ, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 166 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
167. Nukleinsäure rpsR, codierend für ein ribosomales Protein S18 (ribosomal protein S18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 167 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
168. Ribosomales Protein S18 (ribosomal protein S18) RpsR mit einer Aminosäure¬ sequenz, die zu der in SEQ ID NO. 168 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 169. Nukleinsäure rpsS, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S19 (3OS ribosomal protein S19), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
169 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
170. 30S-ribosomales Protein S19 (3OS ribosomal protein S19) RpsS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 170 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
171. Nukleinsäure rpsT, codierend für ein 30S-ribosomales Protein S20 (3OS ribosomal protein S20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 171 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
172. 30S-ribosomales Protein S20 (3OS ribosomal protein S20) RpsT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 172 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
173. Nukleinsäure rpsil, codierend für ein ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S21 P (SSU ribosomal protein S21 P), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 173 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
174. Ribosomales Protein der kleinen Untereinheit S21 P (SSU ribosomal protein S21 P) RpsU, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 174 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 175. Nukleinsäure alaS, codierend für eine Alanyl-tRNA-Synthetase (Alanyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.7), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
175 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
176. Alanyl-tRNA-Synthetase (Alanyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.7) AIaS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 176 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
177. Nukleinsäure argS, codierend für eine wahrscheinliche Arginyl-tRNA-Synthetase (probable arginyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 177 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
178. Wahrscheinliche Arginyl-tRNA-Synthetase (probable arginyl-tRNA synthetase) ArgS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 178 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
179. Nukleinsäure asnS, codierend für eine Asparaginyl-tRNA-Synthetase (asparaginyl- tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 179 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
180. Asparaginyl-tRNA-Synthetase (asparaginyl-tRNA synthetase) AsnS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 180 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 181. Nukleinsäure aspS, codierend für eine Aspartyl-tRNA-Synthetase (Aspartyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.12), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
181 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
182. Aspartyl-tRNA-Synthetase (Aspartyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.12) AspS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 182 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
183. Nukleinsäure cysS, codierend für eine Cysteinyl-tRNA-Synthetase (cysteinyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 183 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
184. Cysteinyl-tRNA-Synthetase (cysteinyl-tRNA synthetase) CysS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 184 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
185. Nukleinsäure gltX, codierend für eine Glutamyl-tRNA-Synthetase (glutamyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 185 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
186. Glutamyl-tRNA-Synthetase (glutamyl-tRNA synthetase) GItX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 186 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 187. Nukleinsäure glyQ, codierend für eine Alpha-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain; E.C. 6.1.1.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
187 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
188. Alpha-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase alpha chain; E.C. 6.1.1.14) GIyQ mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 188 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
189. Nukleinsäure glyS, codierend für eine Beta-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain; E.C. 6.1.1.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 189 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
190. Beta-Kette einer Glycyl-tRNA-Synthetase (glycyl-tRNA synthetase beta chain; E.C. 6.1.1.14) GIyS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 190 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
191. Nukleinsäure hisS, codierend für eine Histidyl-tRNA-Synthetase (Histidyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.21), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 191 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81 % Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
192. Histidyl-tRNA-Synthetase (Histidyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.21) HisS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 192 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 193. Nukleinsäure HeS, codierend für eine Isoleucyl-tRNA-Synthetase (Isoleucyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.5), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
193 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
194. Isoleucyl-tRNA-Synthetase (Isoleucyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.5) NeS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 194 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
195. Nukleinsäure leuS, codierend für eine Leucyl-tRNA-Synthetase (Leucyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.4), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 195 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
196. Leucyl-tRNA-Synthetase (Leucyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.4) LeuS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 196 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
197. Nukleinsäure lysS, codierend für eine Lysyl-tRNA-Synthetase (Lysyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 197 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99% 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
198. Lysyl-tRNA-Synthetase (Lysyl-tRNA synthetase) LysS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 198 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 92% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 199. Nukleinsäure metS, codierend für eine Methionyl-tRNA-Synthetase (Methionyl- tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
199 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
200. Methionyl-tRNA-Synthetase (Methionyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.10) MetS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 200 angegebenen Aminosäure¬ sequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
201. Nukleinsäure pheS, codierend für eine Alpha-Kette einer Phenylalanyl-tRNA- Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha chain; E.C. 6.1.1.20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 201 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
202. Alpha-Kette einer Phenylalanyl-tRNA-Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha chain; E.C. 6.1.1.20) PheS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 202 "angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
203. Nukleinsäure pheT, codierend für eine Beta-Kette der Phenylalanyl-tRNA- Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; E.C. 6.1.1.20), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 203 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
204. Beta-Kette der Phenylalanyl-tRNA-Synthetase (Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain; E.C. 6.1.1.20) PheT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 204 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 205. Nukleinsäure proS, codierend für eine Prolyl-tRNA-Synthetase (Prolyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.15), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
205 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
206. Prolyl-tRNA-Synthetase (Prolyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.15) ProS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 206 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
207. Nukleinsäure serS, codierend für eine Seryl-tRNA-Synthetase (Seryl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.11), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 207 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 95%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
208. Seryl-tRNA-Synthetase (Seryl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.11) SerS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 208 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 95% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
209. Nukleinsäure trpS, codierend für eine Tryptophanyl-tRNA-Synthetase (Tϊyptophanyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 209 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 97,5%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
210. Tryptophanyl-tRNA-Synthetase (Tryptophanyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.2) TrpS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 210 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 211. Nukleinsäure tyrS, codierend für eine Tyrosyl-tRNA-Synthetase (Tyrosyl-tRNA synthetase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
211 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
212. Tyrosyl-tRNA-Synthetase (Tyrosyl-tRNA synthetase) TyrS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 212 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
213. Nukleinsäure valS, codierend für eine Valyl-tRNA-Synthetase (Valyl-tRNA synthetase; E. C. 6.1.1.9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 213 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
214. Valyl-tRNA-Synthetase (Valyl-tRNA synthetase; E.C. 6.1.1.9) VaIS, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 214 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
215. Nukleinsäure gatA, codierend für eine Gln/Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase; E.C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 215 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
216. Gln/Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase; E.C. 6.3.5.-) GatA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 216 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 217. Nukleinsäure gatB, codierend für eine B-Untereinheit einer Glutamyl-tRNA(Gln)- Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B; E. C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
217 angegebenen Nukleotid- sequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
218. B-Untereinheit einer Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B; E.C. 6.3.5.-) GatB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 218 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
219. Nukleinsäure gatC, codierend für eine Untereinheit C einer Glutamyl-tRNA(Gln)- Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C; E.C. 6.3.5.-), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 219 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
220. Untereinheit C einer Glutamyl-tRNA(Gln)-Amidotransferase (Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit C; E.C. 6.3.5.-) GatC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 220 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
221. Nukleinsäure fmt, codierend für eine Methionyl-tRNA-Formyltransferase (Methionyl-tRNA formyltransferase; E.C. 2.1.2.9), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 221 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
222. Methionyl-tRNA-Formyltransferase (Methionyl-tRNA formyltransferase; E.C. 2.1.2.9) Fmt, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 222 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
223. Nukleinsäure frr, codierend für einen Ribosomen-Recyclisierungsfaktor (ribosome recycling factor), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 223 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
224. Ribosomen-Recyclisierungsfaktor (ribosome recycling factor) Frr mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 224 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
225. Nukleinsäure fusA, codierend für einen Elongationsfaktor G der Protein- Translation (Protein Translation Elongation Factor G; EF-G), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 225 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
226. Elongationsfaktor G der Protein-Translation (Protein Translation Elongation Factor G; EF-G) FusA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 226 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
227. Nukleinsäure infA, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-1 (Translation initiation factor IF-1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 227 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 96% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 96,5%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
228. Translationsinitiationsfaktor IF-1 (Translation initiation factor IF-1) InfA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 228 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
229. Nukleinsäure infB, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-2 (Translation initiation factor IF-2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 229 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
230. Translationsinitiationsfaktor IF-2 (Translation initiation factor IF-2) InfB, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 230 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
231. Nukleinsäure infC, codierend für einen Translationsinitiationsfaktor IF-3 (Translation initiation factor IF-3), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 231 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 73% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
232. Translationsinitiationsfaktor IF-3 (Translation initiation factor IF-3) InfC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 232 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
233. Nukleinsäure prfA, codierend für einen Peptidketten-Freisetzungsfaktor 1 (peptide chain release factor 1), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 233 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 86% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
234. Peptidketten-Freisetzungsfaktor 1 (peptide chain release factor 1) PrfA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 234 angegebenen Aminosäure- sequenz mindestens 90% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92,5%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
235. Nukleinsäure tsf, codierend für einen Elongationsfaktor Ts (Elongation factor Ts; EF-Ts), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 235 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 87% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
236. Elongationsfaktor Ts (Elongation factor Ts; EF-Ts) Tsf mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 236 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
237. Nukleinsäure tufA, codierend für einen Protein-Translations-Elongationsfaktor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 237 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
238. Protein-Translations-Elongationsfaktor Tu (Protein Translation Elongation Factor Tu; EF-TU) TufA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 238 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
239. Nukleinsäure spoVC, codierend für eine Peptidyl-tRNA-Hydrolase (Peptidyl-tRNA hydrolase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 239 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
240. Peptidyl-tRNA-Hydrolase (Peptidyl-tRNA hydrolase) SpoVC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 240 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
241. Nukleinsäure groEL, codierend für ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat- shock protein;chaperonin), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 241 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
242. Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat-shock protein;chaperonin) GroEL, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 242 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 97,5%, 98%, 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
243. Nukleinsäure groES, codierend für ein Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat- shock protein; chaperonin), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 243 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 91% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
244. Klasse-I-Hitzeschock-Protein (Class I heat-shock protein; chaperonin) GroES mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 244 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 98% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 98,5%, 99%, 99,5% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
245. Nukleinsäure map, codierend für eine Methionin-Aminopeptidase (Methionine aminopeptidase; E. C. 3.4.11.18), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 245 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
246. Methionin-Aminopeptidase (Methionine aminopeptidase; E. C. 3.4.11.18) Map mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 246 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
247. Nukleinsäure ffh, codierend für eine Untereinheit FFH/SRP54 eines Signal- Recognition-Particle (Signal recognition particle, subunit FFH/SRP54), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 247 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 85% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
248. Untereinheit FFH/SRP54 eines Signal-Recognition-Particle (Signal recognition particle, subunit FFH/SRP54) Ffh mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 248 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
249. Nukleinsäure ftsY, codierend für ein Signal-Recognition-Particle (signal recognition particle), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 249 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
250. Signal-Recognition-Particle (signal recognition particle) FtsY, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 250 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 86%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
251. Nukleinsäure prsA, codierend für einen Vorläufer eines Proteinexportproteins (Protein export protein precursor; E. C. 5.2.1.8), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 251 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 73% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 252. Vorläufer eines Proteinexportproteins (Protein export protein precursor; E. C. 5.2.1.8) PrsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
252 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
253. Nukleinsäure secE, codierend für eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 253 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
254. Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit) SecE mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 254 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 63% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
255. Nukleinsäure secY, codierend für eine Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 255 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
256. Untereinheit einer Preprotein-Translocase (Preprotein translocase subunit) SecY, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 256 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
257. Nukleinsäure accA, codierend für eine Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 257 angege¬ benen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
258. Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase) AccA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 258 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
259. Nukleinsäure accB, codierend für ein Biotin-Carboxyl-Träger-Protein der Acetyl- CoA-Carboxylase (Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 259 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
260. Biotin-Carboxyl-Träger-Protein der Acetyl-CoA-Carboxylase (Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase) AccB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 260 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
261. Nukleinsäure accC, codierend für eine Biotin-Carboxylase-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; E. C. 6.4.1.2), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 261 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
262. Biotin-Carboxylase-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase subunit; biotin carboxylase subunit; E. C. 6.4.1.2) AccC mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 262 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 263. Nukleinsäure accD, codierend für eine Beta-Untereinheit einer Acetyl-CoA- Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase, beta subunit), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
263 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 74% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
264. Beta-Untereinheit einer Acetyl-CoA-Carboxylase (Acetyl-CoA carboxylase, beta subunit) AccD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 264 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
265. Nukleinsäure acpA, codierend für ein Acyl-Trägerprotein (Acyl carrier protein), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 265 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 93% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
266. Acyl-Trägerprotein (Acyl carrier protein) AcpA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 266 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
267. Nukleinsäure acpS, codierend für eine Holo-Acyl-Trägerprotein-Synthase (HoIo- acyl carrier protein synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 267 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 32% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
268. Holo-Acyl-Trägerprotein-Synthase (Holo-acyl carrier protein synthase) AcpS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 268 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 269. Nukleinsäure birA, codierend für einen Transcriptions-Repressor des Biotin- Operons (Transcriptional repressor of the biotin operon), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO.
269 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 72% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 75%, 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
270. Transcriptions-Repressor des Biotin-Operons (Transcriptional repressor of the biotin operon) BirA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 270 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
271. Nukleinsäure fabD, codierend für eine Malonyl CoA-Acyl-Trägerprotein- Transacylase (Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 271 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 78% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
272. Malonyl CoA-Acyl-Trägerprotein-Transacylase (Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase) FabD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 272 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
273. Nukleinsäure fabF, codierend für eine 3-Oxoacyl-(Acyl-Trägerprotein)-Synthase (3- oxoacyl-(acyl-carrier protein) synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 273 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 83% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
274. 3-Oxoacyl-(Acyl-Trägerprotein)-Synthase (3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) synthase) FabF mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 274 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
275. Nukleinsäure fabG, codierend für eine Beta-Ketoacyl-Acyl-Trägerprotein- Reductase (Beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 275 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
276. Beta-Ketoacyl-Acyl-Trägerprotein-Reductase (Beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase) FabG mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 276 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
277. Nukleinsäure cdsA, codierend für eine Phosphatidat-Cytidylyl-Transferase (Phosphatidate cytidylyltransferase; E. C. 2.7.7.41), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 277 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 69% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 70%, 80%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
278. Phosphatidat-Cytidylyl-Transferase (Phosphatidate cytidylyltransferase; E.C. 2.7.7.41) CdsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 278 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
279. Nukleinsäure gpsA, codierend für eine NAD(P)H-abhängige Glyceryl-3-Phosphat- Dehydrogenase (NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 279 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 76% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 280. NAD(P)H-abhängige Glyceryl-3-Phosphat-Dehydrogenase (NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase) GpsA, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
280 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 81% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
281. Nukleinsäure pgsA, codierend für eine Phosphatidyl-Glycerophosphat-Synthase (Phosphatidylglycerophosphate synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 281 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
282. Phosphatidyl-Glycerophosphat-Synthase (Phosphatidylglycerophosphate synthase) PgsA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 282 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
283. Nukleinsäure yhdO, codierend für eine i-Acylglyceryl-3-Phosphate (1-acylglycerol- 3-phosphate), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 283 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
284. 1 -Acylglyceryl-3-Phosphate (1 -acylglycerol-3-phosphate) YhdO mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 284 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
285. Nukleinsäure pIsX, codierend für ein an der Fettsäure-/Phospholipid-Synthese beteiligtes Protein (protein involved in fatty acid/phospholipid synthesis), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 285 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist. 286. An der Fettsäure-/Phospholipid-Synthese beteiligtes Protein (protein involved in fatty acid/phospholipid synthesis) PIsX mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO.
286 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
287. Nukleinsäure gcaD, codierend für eine UDP-N-Acetyl-Glucosamin- Pyrophosphorylase (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 287 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 82,5%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
288. UDP-N-Acetyl-Glucosamin-Pyrophosphorylase (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase) GcaD, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 288 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
289. Nukleinsäure glmS, codierend für eine Glucosamin-Fructose-6-Phosphat-Amino- Transferase (Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 289 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
290. Glucosamin-Fructose-6-Phosphat-Amino-Transferase (Glucosamine-fructose-6- phosphate aminotransferase) GImS mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 290 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
291. Nukleinsäure ybbT, codierend für eine Phospho-Glucosamin-Mutase (Phosphoglucosamine mutase; E. C. 5.4.2.10), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 291 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 82% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
292. Phospho-Glucosamin-Mutase (Phosphoglucosamine mutase; E. C. 5.4.2.10) YbbT mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 292 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 94% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
293. Nukleinsäure yvyH, codierend für eine putative UDP-N-Acetylglucosamin-2- Epimerase (Putative UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase; E.C. 5.1.3.14), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 293 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 79% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
294. Putative UDP-N-Acetylglucosamin-2-Epimerase (Putative UDP-N- acetylglucosamine 2-epimerase; E.C. 5.1.3.14) YvyH mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 294 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
295. Nukleinsäure asd, codierend für eine Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 295 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
296. Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase) Asd, mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 296 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 89% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
297. Nukleinsäure dapA, codierend für eine Dihydrodipicolinat-Synthase (Dihydrodipicolinate synthase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 297 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 77% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 80%, 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
298. Dihydrodipicolinat-Synthase (Dihydrodipicolinate synthase) DapA mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 298 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 84% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 87,5%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
299. Nukleinsäure dapB, codierend für einen Dihydrodipicolinat-Reductase (Dihydrodipicolinate reductase), mit einer Nukleotidsequenz, die zu der in SEQ ID NO. 299 angegebenen Nukleotidsequenz mindestens 80% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 85%, 90%, 92,5%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
300. Dihydrodipicolinat-Reductase (Dihydrodipicolinate reductase) DapB mit einer Aminosäuresequenz, die zu der in SEQ ID NO. 300 angegebenen Aminosäuresequenz mindestens 88% Identität und zunehmend bevorzugt mindestens 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% und besonders bevorzugt 100% Identität aufweist.
301. Genprodukt (Protein oder Enzym) nach einem der Ansprüche 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298 oder 300, welches natürlicherweise von einem Mikroorganismus gebildet wird, vorzugsweise von einem Bakterium, besonders bevorzugt von einem grampositiven Bakterium, hierunter bevorzugt von einem der Gattung Bacillus, hierunter besonders bevorzugt von einem der Spezies B. licheniformis und hierunter ganz besonders bevorzugt von B. licheniformis DSM 13.
302. Eine Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297 oder 299, natürlicherweise enthalten in einem Mikroorganismus, vorzugsweise einem Bakterium, besonders bevorzugt einem grampositiven Bakterium, hierunter bevorzugt einem der Gattung Bacillus, hierunter besonders bevorzugt einem der Spezies B. licheniformis und hierunter ganz besonders bevorzugt B. licheniformis DSM13.
303. Nukleinsäure, codierend für ein Genprodukt (Protein oder Enzym) nach einem der Ansprüche 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298, 300 und/oder 301.
304. Vektor, der eine der in den Ansprüchen 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221, 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303 bezeichneten Nukleinsäuren enthält.
305. Vektor nach Anspruch 304, der zwei oder mehrere der in den genannten Ansprüchen bezeichneten Nukleinsäuren enthält.
306. Klonierungsvektor nach Anspruch 304 oder 305.
307. Expressionsvektor nach Anspruch 304 oder 305.
308. Zelle, die nach gentechnischer Modifizierung eine der in den Ansprüchen 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303 bezeichneten Nukleinsäuren enthält.
309. Zelle nach Anspruch 308, wobei die genannte Nukleinsäure Teil eines Vektors ist, insbesondere eines Vektors nach einem der Ansprüche 304 bis 307.
310. Zelle nach einem der Ansprüche 308 oder 309, bei der es sich um ein Bakterium handelt.
311. Zelle nach Anspruch 310, wobei es sich um ein gramnegatives Bakterium handelt, insbesondere eines der Gattungen Escherichia, Klebsiella, Pseudomonas oder Xanthomonas, insbesondere um Stämme von E. coli K12, E. coli B oder Klebsiella planticola, und ganz besonders um Derivate der Stämme Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5α, E. coli JM109, E. coli XL-1 oder Klebsiella planticola (Rf).
312. Zelle nach Anspruch 310, wobei es sich um ein grampositives Bakterium handelt, insbesondere eines der Gattungen Bacillus, Staphylococcus oder Corynebacterium, ganz besonders der Species Bacillus lentus, B. licheniformis, B. amyloliquefaciens, B. subtilis, B. globigii oder B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus oder Corynebacterium glutamicum, und hierunter wiederum ganz besonders bevorzugt um ein Derivat von S. licheniformis DSM 13.
313. Verfahren zur Herstellung eines oder mehrerer der Genprodukte (Proteine oder Enzyme) nach einem der Ansprüche 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298, 300 und/oder 301.
314. Verfahren nach Anspruch 313 unter Einsatz der jeweils entsprechenden Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231, 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303, vorzugsweise unter Einsatz eines Vektors nach einem der Ansprüche 304 bis 307, besonders bevorzugt unter Einsatz einer Zelle nach einem der Ansprüche 308 bis 312.
315. Verfahren nach Anspruch 313 oder 314, wobei die Nukleotidsequenz in einem oder vorzugsweise mehreren Codons an die Codon-Usage des Wirtsstamms angepaßt worden ist.
316. Verwendung eines in den Ansprüchen 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298, 300 und/oder 301 bezeichneten Genprodukts (Proteins oder Enzyms) entsprechend seiner darin jeweils angegebenen biochemischen Eigenschaften.
317. Verwendung nach Anspruch 316, wobei es sich um einen In-vitro-Ansatz handelt.
318. Verwendung einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303 oder Teilen davon zur funktionellen Inaktivierung des jeweils zugehörigen Gens in einem Mikroorganismus.
319. Verwendung nach Anspruch 318, wobei die funktionelle Inaktivierung dazu führt, daß das betreffende Protein nicht in vollständiger Länge, vorzugsweise überhaupt nicht synthetisiert wird.
320. Verwendung nach Anspruch 318 oder 319, wobei die funktionelle Inaktivierung während der Fermentation des Mikroorganismus erfolgt.
321. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 320, wobei die eindeutig auf die betreffenden inaktivierten Enzyme oder Proteine zurückzuführenden Aktivitäten beziehungsweise Proteingehalte auf weniger als 50%, bevorzugt auf weniger als 20%, ganz besonders bevorzugt auf weniger als 5% der ohne die Inaktivierung auftretenden Aktivitäts- beziehungsweise Konzentrationswerte reduziert werden.
322. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 321 , wobei 2, 3 oder mehr der genannten Gene funktionell inaktiviert werden.
323. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 322, wobei für die Inaktivierung jeweils eine für ein nichtaktives Protein codierende Nukleinsäure mit einer Punktmutation eingesetzt wird.
324. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 322, wobei für die Inaktivierung jeweils eine Nukleinsäure mit einer Deletions- oder Insertionsmutation eingesetzt wird, vorzugsweise umfassend die jeweils mindestens 70 bis 150 Nukleinsäurepositionen umfassenden Randsequenzen des für das Protein codierenden Bereichs.
325. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 322, wobei für die Inaktivierung eine Nukleinsäure eingesetzt wird, die mit der 5'-terminalen Sequenz, insbesondere der Signalsequenz des zugehörigen Gens oder Teilen davon identisch ist oder interferiert.
326. Verwendung nach einem der Ansprüche 318 bis 325, wobei zum Kurieren des Defekts jeweils eine für ein aktives Protein codierende Nukleinsäure auf einem Vektor in die Wirtszelle eingebracht wird, vorzugsweise auf einem Vektor, der sich als stabiles genetisches Element, besonders bevorzugt als Plasmid in der Zelle etabliert.
327. Verwendung nach Anspruch 326, wobei die für das genannte Kurieren verantwortliche Nukleinsäure zusätzlich zum lediglich proteincodierenden Abschnitt den natürlicherweise mit ihm verbundenen Promotor enthält oder einen als Promotor ausreichenden Teil davon.
328. Verwendung nach Anspruch 326 oder 327, wobei auf demselben genetischen Element wie das für das genannte Kurieren des Defekts eine zu selektierende genetische Information liegt, vorzugsweise unter der Kontrolle desselben Promotors.
329. Verwendung nach Anspruch 326, wobei es sich bei der zu selektierenden genetischen Information um die für ein Protein, für ein Enzym und/oder um eine Information zur Synthese einer niedermolekularen Verbindung handelt.
330. Mikroorganismus, bei dem die chromosomale Kopie mindestens eines der mit den Ansprüchen 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211 , 213, 215, 217, 219, 221 , 223, 225, 227, 29, 231, 233, 235, 237, 239, 241, 243, 245, 247, 249, 251, 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303 bezeichneten Nukleinsäuren funktionell inaktiviert ist.
331. Mikroorganismus nach Anspruch 330, bei dem 2, 3 oder mehr der genannten Gene funktionell inaktiviert sind, vorzugsweise jeweils über eine Verwendung einer Nukleinsäure nach einem oder mehreren der Ansprüche 318 bis 325.
332. Mikroorganismus nach Anspruch 330 oder 331 , wobei zum Kurieren des Defekts jeweils eine für ein aktives Protein codierende Nukleinsäure auf einem Vektor in die Wirtszelle eingebracht worden ist, vorzugsweise auf einem Vektor, der sich als stabiles genetisches Element, besonders bevorzugt als Plasmid in der Zelle etabliert hat.
333. Mikroorganismus nach einem der Ansprüche 330 bis 332, wobei die für das genannte Kurieren verantwortliche Nukleinsäure zusätzlich zum lediglich proteincodierenden Abschnitt den natürlicherweise mit ihm verbundenen Promotor enthält oder einen als Promotor ausreichenden Teil davon.
334. Mikroorganismus nach einem der Ansprüche 330 bis 333, wobei auf demselben genetischen Element wie das für das genannte Kurieren des Defekts eine zu selektierende genetische Information liegt, bevorzugt unter der Kontrolle desselben Promotors.
335. Mikroorganismus nach Anspruch 334, wobei es sich bei der zu selektierenden genetischen Information um die für ein Protein, für ein Enzym und/oder zur Synthese einer niedermolekularen Verbindung handelt.
336. Mikroorganismus nach einem der Ansprüche 330 bis 335, bei dem es sich um ein Bakterium handelt.
337. Mikroorganismus nach Anspruch 336, wobei es sich um ein gramnegatives Bakterium handelt, insbesondere eines der Gattungen Escherichia, Klebsiella, Pseudomonas oder Xanthomonas, insbesondere um Stämme von E. co// K12, E. coli B oder Klebsiella planticola, und ganz besonders um Derivate der Stämme Escherichia coli BL21 (DE3), E. coli RV308, E. coli DH5α, E.coli JM109, E. coli XL-1 oder Klebsiella planticola (Rf).
338. Mikroorganismus nach Anspruch 336, wobei es sich um ein grampositives Bakterium handelt, insbesondere eines der Gattungen Bacillus, Staphylococcus oder Corynebacterium, ganz besonders der Species Bacillus lentus, B. licheniformis,
B. amyloliquefaciens, B. subtilis, B. globigii oder B. alcalophilus, Staphylococcus carnosus oder Corynebacterium glutamicum und hierunter ganz besonders um ß. licheniformis DSM 13.
339. Verfahren zur Fermentation eines Mikroorganismus gemäß einem der Ansprüche 330 bis 338.
340. Verfahren nach Anspruch 339 zur Herstellung eines Wertstoffs, insbesondere einer niedermolekularen Verbindung oder eines Proteins.
341. Verfahren nach Anspruch 340, wobei es sich bei der niedermolekularen Verbindung um einen Naturstoff, einen Nahrungsmittelergänzungsstoff oder um eine pharmazeutisch relevante Verbindung handelt.
342. Verfahren nach Anspruch 340, wobei es sich bei dem Protein um ein Peptidhormon handelt.
343. Verfahren nach Anspruch 340, wobei es sich bei dem Protein um ein Enzym handelt, insbesondere eines aus der Gruppe der α-Amylasen, Proteasen, Cellulasen, Lipasen, Oxidoreduktasen, Peroxidasen, Laccasen, Oxidasen und Hemicellulasen.
344. Verwendung einer Nukleinsäure gemäß einem der Ansprüche 1 , 3, 5, 7, 9, 11 , 13, 15, 17, 19, 21 , 23, 25, 27, 29, 31 , 33, 35, 37, 39, 41 , 43, 45, 47, 49, 51 , 53, 55, 57, 59, 61 , 63, 65, 67, 69, 71 , 73, 75, 77, 79, 81 , 83, 85, 87, 89, 91 , 93, 95, 97, 99, 101 , 103, 105, 107, 109, 111 , 113, 115, 117, 119, 121 , 123, 125, 127, 129, 131 , 133, 135, 137, 139, 141 , 143, 145, 147, 149, 151 , 153, 155, 157, 159, 161 , 163, 165, 167, 169, 171 , 173, 175, 177, 179, 181 , 183, 185, 187, 189, 191 , 193, 195, 197, 199, 201 , 203, 205, 207, 209, 211, 213, 215, 217, 219, 221, 223, 225, 227, 29, 231 , 233, 235, 237, 239, 241 , 243, 245, 247, 249, 251 , 253, 255, 257, 259, 261 , 263, 265, 267, 269, 271 , 273, 275, 277, 279, 281 , 283, 285, 287, 289, 291 , 293, 295, 297, 299, 302 und/oder 303 zur Identifizierung des zugehörigen, in vivo unmittelbar vorangehenden Promotors.
345. Verwendung nach Anspruch 344, wobei die genannte Nukleinsäure mit einer Präparation einer genomischen DNA hybridisiert wird.
346. Verwendung nach Anspruch 344, wobei anhand der genannten Nukleinsäure Primer gebildet werden, über welche flankierende DNA-Abschnitte aus einer Präparation einer genomischen DNA identifiziert werden.
PCT/EP2005/008683 2004-08-19 2005-08-10 Neue essentielle gene von bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische produktionsverfahren Ceased WO2006018205A2 (de)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102004040134.9 2004-08-19
DE200410040134 DE102004040134A1 (de) 2004-08-19 2004-08-19 Neue essentielle Gene von Bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2006018205A2 true WO2006018205A2 (de) 2006-02-23
WO2006018205A3 WO2006018205A3 (de) 2006-11-30

Family

ID=35721494

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/EP2005/008683 Ceased WO2006018205A2 (de) 2004-08-19 2005-08-10 Neue essentielle gene von bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische produktionsverfahren

Country Status (2)

Country Link
DE (1) DE102004040134A1 (de)
WO (1) WO2006018205A2 (de)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2006112738A1 (en) * 2005-04-19 2006-10-26 Auckland Uniservices Limited Novel peptides and methods for the treatment of inflammatory disorders
WO2008066931A3 (en) * 2006-11-29 2008-07-31 Novozymes Inc Bacillus licheniformis chromosome
JP2023534879A (ja) * 2020-07-24 2023-08-14 上海交通大学 Ｎ－アセチルグルコサミン産生菌株並びにその構築方法及び使用

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2188190T5 (es) 1998-07-21 2007-11-16 Danisco A/S Producto alimentario.
DK1387616T3 (da) 2001-05-18 2007-09-24 Danisco Fremgangsmåde til fremstilling af en dej med et enzym
US20050196766A1 (en) 2003-12-24 2005-09-08 Soe Jorn B. Proteins
US7955814B2 (en) 2003-01-17 2011-06-07 Danisco A/S Method
MX2009008021A (es) 2007-01-25 2009-08-07 Danisco Produccion de una aciltransferasa de lipido de celulas de bacillus licheniformis transformadas.

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2079348T3 (es) * 1986-08-05 1996-01-16 Transgene Sa Procedimiento de estabilizacion de un plasmido contenido en una cepa bacteriana y cepa obtenida.
EP0972838B1 (de) * 1998-07-15 2004-09-15 Roche Diagnostics GmbH Escherichia coli Wirt/Vektorsystem basierend auf einer antibiotikafreien Selektion durch Komplementation einer Auxotrophie
DE10309557A1 (de) * 2003-03-04 2004-09-23 Henkel Kgaa Ein Translokationsenzym als Selektionsmarker

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2006112738A1 (en) * 2005-04-19 2006-10-26 Auckland Uniservices Limited Novel peptides and methods for the treatment of inflammatory disorders
WO2008066931A3 (en) * 2006-11-29 2008-07-31 Novozymes Inc Bacillus licheniformis chromosome
JP2023534879A (ja) * 2020-07-24 2023-08-14 上海交通大学 Ｎ－アセチルグルコサミン産生菌株並びにその構築方法及び使用
JP7742399B2 (ja) 2020-07-24 2025-09-19 上海交通大学 Ｎ－アセチルグルコサミン産生菌株並びにその構築方法及び使用

Also Published As

Publication number Publication date
DE102004040134A1 (de) 2006-02-23
WO2006018205A3 (de) 2006-11-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP1908841B1 (de) Mehrfachpromotoren und deren Verwendung zur Genexpression
CN100529057C (zh) 通过埃希氏菌属细菌生产l-氨基酸的方法
EP1155139B1 (de) Verfahren zur mikrobiellen herstellung von l-valin
DE19855312A1 (de) Verfahren zur fermentativen Herstellung von D-Pantothensäure unter Verwendung coryneformer Bakterien
EP1006192A2 (de) Verfahren zur fermentativen Herstellung von D-Pantothensäure durch Verstärkung des panD-Gens in Mikroorganismen
DE60113448T2 (de) Klonierungsvektoren und expressionsvektoren aus rhodococcus
DE19951708A1 (de) Für den Export verzweigtkettiger Aminosäuren kodierende Nikleotidsequenzen, Verfahren zu deren Isolierung und ihre Verwendung
WO2006018205A2 (de) Neue essentielle gene von bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische produktionsverfahren
EP1006193A2 (de) Verfahren zur fermentativen Herstellung von D-Pantothensäure unter Verwendung von Stämmen der Familie Enterobacteriaceae
EP2358893A2 (de) Verfahren zur herstellung von riboflavin
EP2264051B1 (de) Neue, Polyaminosäuren bildende oder abbauende Genprodukte von Bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren
DE69819168T2 (de) Erhöhung der proteinproduktion in gram-positiven mikroorganismen
EP1244776B1 (de) Tetrahydropyrimidin-dioxygenase-gen, dadurch kodierte polypeptide und verfahren zur deren herstellung
JP2722504B2 (ja) 新規微生物及びそれを用いるｄ−ビオチンの製法
DE69409895T2 (de) Zelloberflächenprotein aus brevibakterium lactofermentum
CN101597588B (zh) 通过埃希氏菌属细菌生产l-氨基酸的方法
DE102006004871A1 (de) Mikroorganismenstamm zur Produktion von rekombinanten Proteinen
DE10325026B4 (de) Bakterien mit erhöhter Proteinsekretion, Nukleotidsequenzen codierend für ein SecA Protein mit erhöhter Proteinsekretion sowie Verfahren zur Produktion von Proteinen
DE69829670T2 (de) Erhöhung der proteinproduktion in gram-positiven mikroorganismen
DE10309557A1 (de) Ein Translokationsenzym als Selektionsmarker
DE69931176T2 (de) Neue bacillus subtilis stämme für lebensmittelfermentierung
WO2012136506A2 (de) Mikroorganismus und verfahren zur fermentativen herstellung einer organisch-chemischen verbindung
WO2011057710A2 (de) Mikroorganismen mit gesteigerter sucrosemutaseaktivität
DE102004032995A1 (de) Neue, sekretierte Genprodukte von Bacillus licheniformis und darauf aufbauende verbesserte biotechnologische Produktionsverfahren
DE10204798A1 (de) Verfahren zur Überexpression von Dehydrogenasen

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BR BW BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DK DM DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM HR HU ID IL IN IS JP KE KG KM KP KR KZ LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MK MN MW MX MZ NA NG NI NO NZ OM PG PH PL PT RO RU SC SD SE SG SK SL SM SY TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN YU ZA ZM ZW

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): GM KE LS MW MZ NA SD SL SZ TZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ MD RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IS IT LT LU LV MC NL PL PT RO SE SI SK TR BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application