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WO2002002811B1 - Procede de controle de la qualite microbiologique d'un milieu aqueux et necessaire approprie - Google Patents

Procede de controle de la qualite microbiologique d'un milieu aqueux et necessaire approprie

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WO2002002811B1
WO2002002811B1 PCT/FR2001/002191 FR0102191W WO0202811B1 WO 2002002811 B1 WO2002002811 B1 WO 2002002811B1 FR 0102191 W FR0102191 W FR 0102191W WO 0202811 B1 WO0202811 B1 WO 0202811B1
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WO
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seq
virus
bacterium
chosen
parasite
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PCT/FR2001/002191
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WO2002002811A2 (fr
WO2002002811A3 (fr
Inventor
Patricia Renaud
Emmanuelle Guillot
Claude Mabilat
Carole Vachon
Bruno Lacroix
Guy Vernet
Marie-Astrid Armand
Philippe Laffaire
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Biomerieux SA
Original Assignee
Biomerieux SA
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Priority to CA002412946A priority patent/CA2412946A1/fr
Priority to US10/332,123 priority patent/US20040072239A1/en
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Priority to AU2001272629A priority patent/AU2001272629A1/en
Priority to JP2002507055A priority patent/JP2004533204A/ja
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Abstract

Procédé de contrôle de la qualité microbiologique d'un milieu aqueux environnemental, susceptible de comporter différents micro-organismes, comprenant les étapes suivantes: on choisit un ensemble de référence, constitué d'au moins trois micro-organismes, représentatifs, ensemble ou séparément, d'un niveau de qualité microbiologique, on dispose d'un nécessaire de détermination microbiologique, constitué d'au moins trois sondes d'identification spécifiquement et respectivement desdits trois microorganismes, après traitement du milieu à analyser, on met lesdits microorganismes, ou toute fraction obtenue à partir de ces derniers, en contact avec ledit nécessaire de détermination, moyennant quoi on multi-détermine lesdits microorganismes, cette détermination étant représentative du niveau de qualité microbiologique du milieu. Nécessaire de détermination microbiologique approprié pour la mise en oeuvre du procédé de l'invention.

Claims

64
REVENDICATIONS MODIFIEES
[reçues par le Bureau international le 15 novembre 2002 (15.11.2002); revendications originales 1-68 remplacées par les revendications 1-65 modifiées (17 pages)]
1/ Procédé de contrôle de la qualité microbiologique d'un milieu aqueux environnemental, susceptible de comporter différents micro-organismes, caractérisé en ce que :
- on choisit un ensemble de référence, constitué d'au moins une bactérie, un parasite et un virus, représentatifs, ensemble ou séparément, d'un niveau de qualité microbiologique,
- on dispose d'un nécessaire de détermination microbiologique, constitué d'au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie, au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite et au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus,
- après traitement du milieu à analyser, on met lesdits microorganismes, ou toute fraction obtenue à partir de ces derniers, en contact avec ledit nécessaire de détermination, moyennant quoi on multi-détermine la bactérie, le parasite et le virus, cette détermination étant représentative du niveau de qualité microbiologique du milieu.
2/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que le nécessaire de détermination microbiologique comprend en outre au moins quatre sondes d'identification spécifiques à au moins quatre bactéries différentes.
3/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que le nécessaire de détermination microbiologique comprend en outre au moins cinq sondes d'identification spécifiques à au moins cinq virus différents. 4/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que le nécessaire de détermination microbiologique comprend en outre au moins deux sondes d'identification spécifiques à au moins deux parasites.
5/ Procédé selon la revendication 1 caractérisé en ce que ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes :
Escherichia coli, genre Salmonella, Staphylococcus aureus. 6/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes : 65
Escherichia coli, genre Salmonella, Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens.
7/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes :
Escherichia coli, Escherichia coli SEROTYPE 0157:1-17, Helicobacter pylo , Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus durans, Enterococcus hirae, Streptococcus bovis, Streptococcus equinus, Clostridium perfringens, Staphylococcus epidermitis, Staphylococcus aureus, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Aeromonas hydrophila, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae, Acinetobacter baumanii, Burkholderia gladioli, Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophilia, le genre Mycobactéries, Mycobacterium avium, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium simiae, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium xenopi, Mycobacterium marinum, Mycobacterium gordonae, le genre Legionella, Legionella pneumophila, le genre Salmonella.
8/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que
- ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes : Escherichia coli, genre Salmonella, Staphylococcus aureus,
- ledit parasite est un parasite Genre Cryptosporidium.
9/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que
- ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les les bactéries suivantes : genre Salmonella, Staphylococcus aureus,
- ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants ; Gardia lamblia, Cryptosporidium parvum.
10/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que - ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes : Escherichia coli, Escherichia coli sérotype 0157 :H7, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium,
Enterococcus durans, Enterococcus hirae, Streptococcus bovis,
Streptococcus equinus, Clostridium perfringens, Genre Salmonella, Staphylococcus aureus, 66
- ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants : Enterovirus: virus de la poliomyélite, virus coxsackie A et B, Echovirus,
- ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants Genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia lamblia. 11/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que
- ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes Escherichia coli, Escherichia coli sérotype 0157 :H7, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus durans, Enterococcus hirae, Streptococcus bovis, Streptococcus equinus, Clostridium perfringens, Genre Salmonella, Staphylococcus aureus, Genre Legionella, Legionella pneumophila, Aeromonas hydrophila, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni,
- ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants : Enterovirus: virus de la poliomyélite, virus coxsackie A et B, Echovirus, Virus de l'hépatite A, Calicivirus : Norwalk et Sapporo Virus, Adenovirus, Rotavirus - ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants Genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia lamblia, . 12/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que - ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes Escherichia coli, Escherichia coli sérotype 0157 :H7, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus durans, Enterococcus hirae, Streptococcus bovis, Streptococcus equinus, Clostridium perfringens, Genre Salmonella, Staphylococcus aureus, Genre Legionella, Legionella pneumophila, Aeromonas hydrophila, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae, Genre Mycobactéries, Mycobacterium avium, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium simiae, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium xenopi, Mycobacterium marinum, Mycobacterium gordonae, Acinetobacter baumanii, Staphylococcus epidermidis, Burkholderia gladioli, Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophilia, 67
- ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants Enterovirus: virus de la poliomyélite, virus coxsackie A et B, Echovirus, Virus de l'hépatite A, Calicivirus : Norwalk et Sapporo Virus, Adenovirus, Rotavirus, Astrovirus, - ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants Genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia lamblia, .
13/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que
- ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est une bactérie Escherichia coli,
- ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est un virus Enterovirus
- ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est un parasite Genre Cryptosporidium, 14/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 , ou 3, caractérisé en ce que ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants : les Adenovirus, Adeno 40, Adeno 41 bis ; les Astrovirus, HAstV-1-2 ; les Enterovirus, Poliovirus, Coxsackievirus, Echovirus, les Rotavirus, les Calicivirus : Virus de Norwalk, Virus de Sapporo et
Virus de l'Hépatite A.
15/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1ou 4, caractérisé en ce que ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants :
Le genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia lamblia et les Microsporidies.
16/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi les bactéries suivantes :
Escherichia coli, Escherichia coli SEROTYPE 0157 :H7, genre Salmonella, Pseudomonas aeruginosa, genre Mycobacterium, genre Legionella, Legionella pneumophila, Staphylococcus aureus. 68
17/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 , ou 3, caractérisé en ce que ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants :
Virus de l'hépatite A, Enterovirus, et au moins un virus choisi parmi les Calicivirus et les Rotavirus.
18/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 ou 3, caractérisé en ce que ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les virus suivants :
Virus de l'hépatite A, Enterovirus, et au moins un virus choisi parmi le vrius de Norwalk et les Rotavirus.
19/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1ou 4 caractérisé en ce que ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi les parasites suivants : genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia Lamblia.
20/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que
- ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi: Escherichia coli, Escherichia coli SEROTYPE 0157 :H7, genre Salmonella, Pseudomonas aeruginosa, genre Mycobacterium, genre Legionella, Legionella pneumophila, Staphylococcus aureus,
- ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi: Virus de l'hépatite A, Enterovirus, et au moins un virus choisi parmi les Calicivirus et les Rotavirus, - ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi: genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia, Giardia Lamblia. 21/ Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que - ladite bactérie du nécessaire de détermination microbiologique est choisie parmi :
Escherichia coli, Escherichia coli SEROTYPE 0157 :H7, genre Salmonella, Pseudomonas aeruginosa, genre Mycobacterium, genre Legionella, Legionella pneumophila, Staphylococcus aureus, - ledit virus du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi ; Virus de l'hépatite A, Enterovirus, et au moins un virus choisi parmi le vrius de Norwalk et les Rotavirus,
- ledit parasite du nécessaire de détermination microbiologique est choisi parmi ; genre Cryptosporidium, Cryptosporidium parvum, genre Giardia,
Giardia Lamblia. 22/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que la sonde d'identification spécifique de ladite bactérie est une séquence choisie parmi l'une quelconque des séquences SEQ ID Nos :1- à 39, 61 et 62, 66 à 69, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
23/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que la sonde d'identification spécifique dudit virus est une séquence choisie parmi l'une quelconque des séquences SEQ ID Nos :50 à 60, 70 à 104, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
24/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que la sonde d'identification spécifique dudit parasite est une séquence choisie parmi l'une quelconque des séquences SEQ ID Nos :40 à 49 et 63 à 65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
25/ Procédé selon la revendication 2, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins quatre sondes d'identification choisies parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:61 , SEQ ID NO:62, SEQ ID
NO 66 à SEQ ID NO 69 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
26/ Procédé selon la revendication 3, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins cinq sondes d'identification choisies parmi SEQ ID NO:50 à SEQ ID NO:60, SEQ ID NO 70 SEQ ID NO 104 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
27/ Procédé selon la revendication 4, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins deux sondes d'identification choisies parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49 et SEQ ID NO:63 à SEQ ID NO :65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
28/ Procédé selon la revendication 5, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins une sonde d'identification choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO 66, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 29/ Procédé selon la revendication 6, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins une sonde d'identification choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
30/ Procédé selon la revendication 8, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO:15,
SEQ ID NO:23,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:44, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins
70% d'identité avec ladite quelconque séquence, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 71
31/ Procédé selon la revendication 9, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, , - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:46 à SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO:63, SEQ ID NO:64 et SEQ ID NO :65 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
32/ Procédé selon la revendication 13, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66, - au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi
SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:70 à SEQ ID NO:75,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:44, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 33/ Procédé selon la revendication 10, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25 à
SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:61 à SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à 69,.
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49, SEQ ID NO 63 à 65,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:55SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO:75, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 34/ Procédé selon la revendication 11 , caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend 72
- au moins une sonde d'identification de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:9 à SEQ ID NO:11 , SEQ ID NO:14 à SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25 à SEQ ID NO:29, SEQ ID NO 61 à 62, SEQ ID NO 66 à 69 - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO 49, SEQ ID NO 63 à 65
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO 50 à SEQ ID NO:51 , SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 706 à SEQ ID NO:104, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 35/ Procédé selon la revendication 12, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend - au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:9 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO 61 à SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO 40 à SEQ ID NO 49, SEQ ID NO 63 à SEQ ID NO 65 - au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi
SEQ ID NO 50 à SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 70 àSEQ ID NO:104, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 36/ Procédé selon la revendication 16, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification de ladite bactérie comprend au moins une sonde d'identification choisies parmi SEQ ID NO:14 , SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69, SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 9 à SEQ ID NO 11 , SEQ ID 23. 37/ Procédé selon la revendication 17, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisies parmi SEQ ID NO 59, SEQ ID NO 97, SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO 75.
38/ Procédé selon la revendication 18, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisies parmi SEQ ID NO 98 à 104, SEQ ID NO 59, 73
SEQ ID NO 97, SEQ ID NO 56 à SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 76 à SEQ ID NO 96.
39/ Procédé selon la revendication 19, caractérisé en ce que le nécessaire d'identification comprend au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisies parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 65
40/ Procédé selon la revendication 1 , caractérisé en ce que, préalablement à la mise en contact avec le nécessaire de détermination, on effectue au moins une étape de lyse. 41/ Procédé selon la revendication 40, caractérisé en ce que, postérieurement à l'étape de lyse, on effectue une étape d'amplification.
42/ Procédé de contrôle selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé par la mise en avant traitement du milieu à analyser, d'une étape d'enrichissement en microorganismes du dit échantillon. 43/ Procédé de contrôle selon la revendication 42, caractérisé en ce que l'étape d'enrichissement est effectuée par filtration.
44/ Procédé de contrôle d'un échantillon liquide selon la revendication 43
, caractérisé en ce que la filtration est conduite en utilisant un moyen de
- filtration à fibres creuses, utilisé en mode frontal. 45/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:61 , SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence ;
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49 , SEQ ID NO :63 à
SEQ ID NO :65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence ; - au moins une sonde d'identification spécifique dudit viruschoisie parmi
SEQ ID NO:50 à SEQ ID NO:60, SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO 104 et 74
tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
46/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins quatre sondes d'identification spécifiques de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:61 , SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus
47/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins cinq sondes d'identification spécifiques dudit virus choisies parmi SEQ ID NO:50 à SEQ ID NO:60, SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO
104 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie
48/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49, SEQ ID NO :63 à
SEQ ID NO :65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus 75
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie
49/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend - au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO: 1 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO :61 , SEQ ID NO :62,
SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69 et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49, SEQ ID NO :63 à SEQ ID NO :65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus
50/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 69, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins
70% d'identité avec ladite quelconque séquence
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus.
51/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66.SEQ ID 68, NO SEQ ID 69, NO SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, SEQ ID N0.28, SEQ ID NO:29, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences 76
et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus. 52/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66, SEQ ID 68, NO SEQ ID 69, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:44, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus.
53/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend - au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO 66,SEQ ID 68, NO
SEQ ID 69,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:55, SEQ ID NO 70 à SEQ ID 75, - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:44, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 54/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25 à SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:61 à SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:66 à SEQ
ID NO:69 77
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO:49, , SEQ ID NO:63 à SEQ ID NO:65
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:70 à SEQ ID NO:75, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
55/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:9 à SEQ ID NO:11 , SEQ ID NO:14 à SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25 à SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:61 à SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:66 à SEQ ID
NO:69
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO:63 à SEQ ID NO:65
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO:50 à SEQ ID NO: 51 , SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:56, SEQ
ID NO:57 à SEQ ID NO:60, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 56/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:1 à SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:9 à SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:61 à SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:66 à SEQ ID NO:69
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO:63 à SEQ ID NO:65
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO:50 à SEQ ID NO: 51 , SEQ ID NO:53 à SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57 à SEQ ID NO:60, 78
et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
57/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14 , SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69, SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 9 à SEQ ID NO 11 , SEQ ID 23, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite - au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus
58/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO 59, SEQ ID NO :60, SEQ ID NO 97, SEQ ID NO 70 à SEQ
ID NO 96, SEQ ID NO :98, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie
59/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO 98 à 104, SEQ ID NO 59, SEQ ID NO 56 à SEQ ID NO 58, SEQ ID NO :60, SEQ ID NO :97, SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO 96, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 79
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie
60/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon , caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie
61/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14 , SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69, SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 9 à SEQ ID NO 11 , SEQ ID 23,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO 59, SEQ ID NO :60 SEQ ID NO 97, SEQ ID NO 70 à SEQ ID NO 96, SEQ ID NO :98 à SEQ ID NO :104,
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence.
62/ Nécessaire de détermination microbiologique d'au moins une bactérie, d'un virus et d'un parasite présents dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend
- au moins une sonde d'identification spécifique de ladite bactérie choisie parmi SEQ ID NO:14 , SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 66 à SEQ ID NO 69, SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO 6, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 9 à SEQ ID NO 11 , SEQ ID 23, 80
- au moins une sonde d'identification spécifique dudit virus choisie parmi SEQ ID NO 98 à 104, SEQ ID NO 59, SEQ ID NO 56 à SEQ ID NO 58, SEQ ID NO .60, SEQ ID NO :97, SEQ ID NO :70 à SEQ ID NO :75, SEQ ID NO 76 à SEQ ID NO 96, - au moins une sonde d'identification spécifique dudit parasite choisie parmi SEQ ID NO:40 à SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 65, et tous fragments de celles-ci comprenant au moins 5 monomères contigus inclus dans l'une quelconque desdites séquences et dont la séquence présente au moins 70% d'identité avec ladite quelconque séquence. 63/ Nécessaire de détermination microbiologique selon l'une quelconque des revendications 45 à 62, caractérisé en ce que les sondes d'identifications ou leurs fragments sont fixés sur un support solide.
64/ Nécessaire de détermination microbiologique selon l'une quelconque des revendications 45 à 63, caractérisé en ce que les sondes d'identification ou leurs fragments sont fixés sur un support solide et constituent une biopuce.
65/ Procédé de production et/ou désinfection d'un liquide, caractérisé en ce qu'il comprend une étape d'analyse mettant en œuvre un nécessaire de détermination microbiologique selon l'une quelconque des revendications de 45 à 64 et générant un algorithme d'interprétation des données permettant l'asservissement dudit procédé de production et/ou désinfection auxdites données générées par le nécessaire de détermination microbiologique.
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