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TWI772275B - 特異性結合pd-1、tim-3或pd-1與tim-3之抗體及其用途 - Google Patents

特異性結合pd-1、tim-3或pd-1與tim-3之抗體及其用途 Download PDF

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TWI772275B
TWI772275B TW105135350A TW105135350A TWI772275B TW I772275 B TWI772275 B TW I772275B TW 105135350 A TW105135350 A TW 105135350A TW 105135350 A TW105135350 A TW 105135350A TW I772275 B TWI772275 B TW I772275B
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戈登 胞爾斯
妮娜 沙賓斯
尼奇 迪安吉利斯
馬洛托 珊卓 桑圖利
卡拉 威翰吉
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美商健生生物科技公司
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Abstract

本發明關於特異性結合PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3的抗體、編碼該等抗體或片段的聚核苷酸、以及製造與使用上述者之方法。

Description

特異性結合PD-1、TIM-3或PD-1與TIM-3之抗體及其用途 相關申請案之交互參照
本申請案主張2015年11月3日申請之美國臨時專利申請案第62/250,095號之利益，前述申請案之全部內容係以引用的方式全體併入本文中。
序列表
本申請案含有透過EFS-Web提交的序列表，其全部內容以引用的方式全體併入本文中。該ASCII文字檔(建立於2016年10月28日)被命名為JBI5071FOREIGN_ST25.txt且檔案大小為416千位元組。
本發明關於特異性結合PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3的抗體、編碼該等抗體或片段的聚核苷酸、以及製造與使用上述者的方法。
免疫系統由共刺激與共抑制配體及受體的網絡緊密控制。這些分子為T細胞活化提供次級信號，並提供正向及負向信號的平衡網絡，以最大化針對感染及腫瘤的免疫反應，同時限制對自身的免疫(Wang et al.,(Epub Mar.7,2011)J Exp Med 208(3)：577-92；Lepenies et al.,(2008)Endocr Metab Immune Disord Drug Targets 8：279-288)。
靶向T細胞中的共抑制路徑以促進抗腫瘤免疫反應的免疫檢查點療法已導致癌症患者的臨床照護的進步。
PD-1係一種負向免疫檢查點分子，其在腫瘤微環境(TME)中抑制CD4+及CD8+T細胞功能。PD-1與其配體(PD-L1和PD-L2)的接合藉由抑制T細胞受體傳訊下游的多個路徑來驅使T細胞在腫瘤中失能(anergy)及衰竭(exhaustion)，導致T細胞存活、生長和增殖減少、效應功能受損、及代謝改變。臨床前研究已經證實阻斷PD-1路徑可以逆轉T細胞衰竭並激發抗腫瘤免疫力。
因此，PD-1路徑有助於在(TME)中下調T細胞功能及使腫瘤逃離免疫破壞。在TME中，衰竭的T細胞除了表現高水平的PD-1外，還表現其他抑制性受體，包括CTLA-4、TIM-3、LAG-3、CD244、TIGIT及CD160(見例如Pauken & Wherry；2015,Trends in Immunology 36(4)：265-276)。
TIM-3係在Th1(T輔助1)CD4+細胞及分泌IFN-γ的細胞毒性CD8+ T細胞上表現的跨膜受體。TIM-3一般不在初始T細胞(naïve T cell)上表現，而是在活化的效應T細胞上被上調。TIM-3在體內具有調節免疫及耐受性的作用(見Hastings et al.,(2009)Eur J Immunol 39(9)：2492-501)。
PD-1抗體已被描述於例如：美國專利第5,897,862及7,488,802號，以及國際專利申請案公開號WO2004/004771、WO2004/056875、WO2006/121168、WO2008/156712、WO2010/029435、WO2010/036959、WO2011/110604、WO2012/145493、WO2014/194302、 WO2014/206107、WO2015/036394、WO2015/035606、WO2015/085847、WO2015/112900及WO2015/112805中。
TIM-3抗體已被描述於例如：Monney et al.,Nature(2002)415(6871)：536-41中，以及國際專利申請案公開號WO2011/155607、WO2013/006490及WO2015/117002中。
與TIM-3抗體及PD-L1抗體的組合已經在例如國際專利申請案公開號WO2011/159877中評估。
雖然抗PD-1/PD-L1抗體在具有多個實體腫瘤的患者中表現出令人鼓舞的臨床反應，但是反應率仍然相當低，在預處理患者中為約15%-20%(Swaika et al.,(2015)Mol Immunol.doi：10.1016/j.molimm.2015.02.009)。
因此，需要會抑制檢查點抑制劑(例如PD-1和TIM-3)之免疫抑制活性的新治療劑以用於癌症免疫療法及治療將受益於免疫反應增強的其他病症，例如慢性感染。
本發明提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及84或分別為SEQ ID NOs：82、83及85的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及84的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NOs：86、87及88的輕鏈互補決定區1(LCDR1)、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及85的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NOs：86、87及88的輕鏈互補決定區1(LCDR1)、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體，其包含如本文所述的某些HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體，其包含如本文所述的某些VH及VL胺基酸序列。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：164、165及166的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：164、165及166的HCDR1、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NOs：167、168及169的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體，其包含如本文所述的某些HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體，其包含如本文所述的某些VH及VL胺基酸序列。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其包含如本文所述的某些HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3、VH、VL、重鏈或輕鏈胺基酸序列。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NOs：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NOs：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NOs：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NOs：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NOs：66、67、68、69、70及 71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NOs：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NOs：66、67、68、69、70及71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NOs：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：10、14、16、723、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的重鏈可變區(VH)及為SEQ ID NO：56的輕鏈可變區(VL)，且該第二結構域包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結 構域，其中該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL，且該第二結構域包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL，且該第二結構域包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL，且該第二結構域包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL，且該第二結構域包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL。
本發明亦提供一種免疫共軛物(immunoconjugate)，其包含與治療劑或顯像劑連接的本發明之抗體或其抗原結合部分。
本發明亦提供一種醫藥組成物，其包含本發明之抗體及醫藥上可接受之載劑。
本發明亦提供一種聚核苷酸，其編碼本發明之抗體VH、抗體VL或抗體VH及抗體VL。
本發明亦提供一種載體(vector)，其包含編碼本發明之抗體VH、抗體VL或抗體VH及抗體VL的聚核苷酸。
本發明亦提供一種宿主細胞，其包含本發明之載體。
本發明亦提供一種生產本發明之抗體的方法，其包含在使該抗體表現之條件下培養本發明之宿主細胞，並且回收由該宿主細胞所生產之抗體。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之單離抗體一段足以治療該癌症的時間。
本發明亦提供一種在個體中增強免疫反應的方法，其包含向需要增強免疫反應之個體投予治療有效量的本發明之單離抗體一段足以增強該免疫反應的時間。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體(anti-idiotypic antibody)，其結合至本發明之抗體。
本發明亦提供一種套組，其包含本發明之抗體。
圖1A顯示用抗PD-1抗體處理後，腫瘤中的TIM-3表面表現升高。用抗PD-1抗體或媒液每兩周處理建立有CT26結腸癌腫瘤的Balb/c小鼠 一次。在第22天收穫腫瘤並使用流動式細胞測量術在腫瘤浸潤T細胞上評估TIM-3表現。MFI：平均螢光強度。PBS：對照組。
圖1B顯示用抗PD-1抗體處理後，腫瘤浸潤淋巴球(TIL)上的TIM-3表面表現升高。用抗PD-1抗體或媒液每兩周處理建立有MC38結腸癌腫瘤的C57BL/6小鼠一次。在經媒液處理(PBS)或經抗PD-1抗體處理(PD-1)之動物中顯示總CD8 TIL群體上TIM-3表現之幾何平均螢光強度(gMFI)。p=0.003媒液對上抗PD-1抗體處理組。
圖1C顯示從用媒液(PBS)或抗PD-1抗體(PD-1)處理的小鼠收穫的MC38腫瘤中總CD8+ TIL的TIM-3+ CD8細胞的相對發生率。p=0.045媒液對上抗PD-1抗體處理組。
圖2A顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中CD137表面表現(gMFI)在MC38結腸癌腫瘤中的TIL上升高。p=0.005媒液對上抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖2B顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中，MC38結腸癌腫瘤中總CD8+ TIL的CD137+ CD8細胞的相對發生率升高。p=0.0475媒液相對於抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖3A顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中OX40表面表現(gMFI)在MC38結腸癌腫瘤中的TIL上升高。p=0.0013媒液對上抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖3B顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中，MC38結腸癌腫瘤中總CD8+ TIL的OX40+ CD8細胞的相對發生率升高。p=0.03媒液相對於抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖4A顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中GITR表面表現(gMFI)在MC38結腸癌腫瘤中的TIL上升高。p=0.0004媒液對上抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖4B顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗PD-1抗體(PD-1組)處理的動物中，MC38結腸癌腫瘤中總CD8+ TIL的GITR+ CD8細胞的相對發生率升高。p=0.0015媒液對上抗PD-1抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖5顯示在抗PD-1抗體處理後用抗TIM-3抗體處理會進一步誘導抗原特異性免疫反應。在CMV測定中使用來自CMV陽性供體的PBMC測試抗體，在其中使用pp65胜肽池(peptide pool)誘導抗原特異性免疫反應。將細胞用抗PD-1抗體PD1B244處理5天，再刺激，並用抗TIM-3抗體TM3B105處理24小時。藉由測量IFN-γ分泌的增加來判定免疫反應。IgG2s Iso：IgG2sigma同型對照。CMV：在不存在抗體的情況下用巨細胞病毒p65胜肽處理的樣本。
圖6顯示所選抗PD-1抗體的HCDR1序列及HCDR1屬序列。
圖7顯示所選抗PD-1抗體的HCDR2序列及HCDR2屬序列。
圖8顯示所選抗PD-1抗體的HCDR3序列及第一HCDR3屬序列。
圖9顯示所選抗PD-1抗體的HCDR3序列及第二HCDR3屬序列。
圖10顯示所選抗PD-1抗體的LCDR1序列及LCDR1屬序列。
圖11顯示所選抗PD-1抗體的LCDR2序列及LCDR2屬序列。
圖12顯示所選抗PD-1抗體的LCDR3序列及LCDR3屬序列。
圖13顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR1序列及HCDR1屬序列。藉由使用抗體建模的默認方案在MOE(CCG,Montreal)中產生所有Fv(VH/VL對)的分子模型來確定該屬序列。對於具有不同長度的CDR，基於結構上保守的區域比對這些結構模型並鑑定結構上等同的CDR位置。
圖14顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR2序列及HCDR2屬序列。該HCDR2屬序列係如對於圖10所述來產生。
圖15顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR3序列及第一HCDR3屬序列。 該HCDR3屬序列係如對於圖10所述來產生。
圖16顯示所選抗TIM-3抗體的LCDR1序列及LCDR1屬序列。該LCDR1屬序列係如對於圖10所述來產生。
圖17顯示所選抗TIM-3抗體的LCDR2序列及LCDR2屬序列。該LCDR2屬序列係如對於圖10所述來產生。
圖18顯示所選抗TIM-3抗體的LCDR3序列及LCDR3屬序列。該LCDR3屬序列係如對於圖10所述來產生。
圖19A顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗TIM-3抗體(TIM-3組)處理的動物中TIGIT表面表現(gMFI)在MC38結腸癌腫瘤中的 TIL上升高。p=0.0181媒液對上抗TIM-3抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖19B顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗TIM-3抗體(TIM-3組)處理的動物中，MC38結腸癌腫瘤中總CD8+ TIL的TIGIT+ CD8細胞的相對發生率升高。p=0.0475媒液對上抗TIM-3抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖20A顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗TIM-3抗體(TIM-3組)處理的動物中TIGIT表面表現(gMFI)在CT26結腸癌腫瘤中的TIL上升高。p<0.001媒液對上抗TIM-3抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖20B顯示當與媒液處理(PBS)組相比時，在用抗TIM-3抗體(TIM-3組)處理的動物中，CT26結腸癌腫瘤中總CD8+ TIL的TIGIT+ CD8細胞的相對發生率升高。p=0.0105媒液對上抗TIM-3抗體處理組。每個點代表一隻小鼠。數據代表至少2次獨立實驗。
圖21顯示在存在或不存在抗PD-1或抗TIM-3功能阻斷抗體的情況下，在來自用黑色素瘤抗原胜肽池(NY-ESO,gp100,MART-1)刺激的未接受過治療(treatment naïve)的黑色素瘤患者的黑色素瘤患者PBMC中周邊T細胞上的TIM-3表現上調。在第6天藉由流動式細胞測量術在再刺激的細胞上判定TIM-3的表現。
圖22A顯示TM3B403處理會增加經IL-2刺激的人類PBMC中活化的NK細胞的發生率。IgG2s：同型對照。NK細胞活化被評估為在經刺激的PBMC中CD69表現細胞的百分比(%)。
圖22B顯示TM3B403處理會增加經IL-2刺激的人類PBMC中活化的NK細胞的發生率。IgG2s：同型對照。NK細胞活化被評估為在經刺激的PBMC中CD25表現細胞的百分比(%)。
所有在本說明中引用、包括但不限於專利及專利申請文件之發表文獻在此全部併入作為參照。
吾人會理解到本說明書中所使用的用語僅用於描述特定實施例之目的，並且不意欲為限制性。除非另有定義，否則本文使用之所有技術及科學用語，均與具有本發明有關技藝之通常知識者所一般了解之意義相同。
雖然任何類似或等效於本文中所述者之方法及材料可用於測試本發明之實務中，本文中仍描述例示性材料及方法。在描述及請求本發明時，將使用下列用語。
於本說明書及隨附的申請專利範圍中，除非內文另有明確說明，否則單數形式的「一(a/an)」及「該(the)」皆包括複數指稱。因此，例如對於「一細胞(a cell)」之指稱包括兩或更多個細胞之組合與類似者。
「特異性結合(specific binding或specifically bind)」或「結合(bind)」係指抗體以比對其他抗原更大的親和力結合至抗原或抗原內之表位。一般來說，抗體以下列平衡解離常數(KD)結合至抗原或抗原內之表位：約1×10-8M或更低，例如約1×10-9M或更低、約1×10-10M或更低、約1×10-11M或更低、或約1×10-12M或更低，一般以小於其結合至非特異性抗原(例如BSA、酪蛋白)之KD至少一百倍的KD結合。解離常數可使 用標準程序來測量。然而，特異性結合至抗原或抗原內之表位的抗體可能對於其他相關抗原具有交叉反應性，例如對於來自其他物種(諸如人類或猴)的相同抗原(同源物(homolog))具有交叉反應性，該等猴例如食蟹獼猴(Macaca fascicularis(cynomolgus,cyno))、黑猩猩(Pan troglodytes(chimpanzee,chimp))或狨(Callithrix jacchus(common marmoset,marmoset))。當單特異性抗體特異性結合一種抗原或一種表位時，雙特異性抗體特異性結合二種不同的抗原或二種不同的表位。
「抗體(antibody)」係以廣義的方式意指並包括免疫球蛋白分子，其包括單株抗體(包括鼠類、人類、人化(humanized)及嵌合單株抗體)、抗原結合片段、雙特異性或多特異性抗體、二聚體、四聚體或多聚體抗體、單鏈抗體、域抗體及任何其他包含具有所需特異性之抗原結合部位的免疫球蛋白分子之修飾組態。「全長抗體(full length antibody)」包含藉由雙硫鍵互連的二條重(H)鏈與二條輕(L)鏈以及其多聚體(例如IgM)。每條重鏈包含重鏈可變區(VH)及重鏈恆定區(包含結構域CH1、鉸鏈CH2及CH3)。每條輕鏈包含輕鏈可變區(VL)及輕鏈恆定區(CL)。VH及VL區可進一步細分成散佈於架構區(FR)的多個高變區，其被稱為互補決定區(CDR)。每個VH及VL由三個CDR及四個FR區段組成，按照下列順序從胺基末端到羧基末端排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及FR4。
「互補決定區(complementarity determining region)(CDR)」係抗體中的「抗原結合部位(antigen binding site)」。CDR可使用各種用語定義：(i)互補決定區(CDR)(三個在VH(HCDR1,HCDR2,HCDR3)且三個在 VL(LCDR1,LCDR2,LCDR3))係基於序列變異性(Wu and Kabat,(1970)J Exp Med 132：211-50；Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991)。(ii)「高變區(hypervariable region)」、「HVR」、或「HV」(三個在VH(H1,H2,H3)且三個在VL(L1,L2,L3))係指如Chothia及Lesk所定義般在結構上高度可變之抗體可變域中的區域(Chothia and Lesk,(1987)Mol Biol 196：901-17)。國際免疫遺傳學(International ImMunoGeneTics,IMGT)資料庫(http：//www_imgt_org)提供了標準化編號及抗原結合部位的定義。CDR、HV及IMGT描繪之間的對應性係描述於Lefranc et al.,(2003)Dev Comparat Immunol 27：55-77。本文中所用之用語「CDR」、「HCDR1」、「HCDR2」、「HCDR3」、「LCDR1」、「LCDR2」及「LCDR3」包括由上述Kabat、Chothia或IMGT中的任何方法定義的CDR，除非在說明書中另有明確說明。
免疫球蛋白可被分為下列五大類：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，視重鏈恆定域(constant domain)胺基酸序列而定。IgA及IgG係進一步被細分為同型IgA1、IgA2、IgG1、IgG2、IgG3及IgG4。任何脊椎動物物種的抗體輕鏈可被分為二種明確不同類型(即kappa(κ)與lambda(λ))中之一者，視其恆定域的胺基酸序列而定。
「抗體片段(antibody fragment)」或「抗原結合部分(antigen-binding portion)」係指免疫球蛋白分子保留親本全長抗體之抗原結合特性的部分。例示性的抗原結合部分係重鏈互補決定區(HCDR)1、2及3、輕鏈互補決定區(LCDR)1、2及3、重鏈可變區(VH)、輕鏈可變區(VL)、 Fab、F(ab')2、Fd及Fv片段以及由一個VH或VL結構域組成的結構域抗體(dAb)。VH及VL域可經由合成連接子連接在一起以形成各種類型的單鏈抗體設計，其中VH/VL域可進行分子內配對，或者在VH及VL域係由分開之單鏈抗體建構體所表現之情況下可進行分子間配對，以形成單價抗原結合部位，諸如單鏈Fv(scFv)或雙價抗體(diabody)；例如描述於下列中者：國際專利申請案公開號WO1998/44001、WO1988/01649、WO1994/13804及WO1992/01047。
「單株抗體(monoclonal antibody)」係指每條重鏈及每條輕鏈為單一胺基酸組成的抗體群，除了可能的習知改變，例如從抗體重鏈去除C端離胺酸。單株抗體通常會結合一種抗原表位，除了多特異性單株抗體會結合二或更多種不同的抗原或表位。雙特異性單株抗體會結合二種不同的抗原表位。單株抗體在抗體群內可能有異源醣化。單株抗體可以是單特異性或多特異性的，或單價、二價或多價的。多特異性抗體，例如雙特異性抗體或三特異性抗體係被包括在用語單株抗體中。
「經單離之抗體(isolated antibody)」係指實質上不含其他具有不同抗原特異性之抗體的抗體或抗體片段(例如，特異性結合PD-1的經單離之抗體實質上不含特異性結合PD-1以外之抗原的抗體)。特異性結合TIM-3的經單離之抗體實質上不含特異性結合TIM-3以外之抗原的抗體。在雙特異性PD-1/TIM-3抗體的情況下，該雙特異性抗體特異性結合PD-1及TIM-3二者，且實質上不含特異性結合PD-1及TIM-3以外之抗原的抗體。「經單離之抗體(isolated antibody)」包含經單離成更高純度的抗體，例如為80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%純度的抗體。
「人化抗體(humanized antibody)」係指至少一個CDR衍生自非人類物種且可變區架構衍生自人類免疫球蛋白序列的抗體。人化抗體可在架構區中包括故意引入的突變，所以該架構可能不是所表現人類免疫球蛋白或生殖系基因序列的確切複本。
「人類抗體(human antibody)」係指具有重鏈及輕鏈可變區的抗體，其中架構及所有6個CDR皆衍生自人源序列。若該抗體含有恆定區或恆定區的一部分，則該恆定區亦衍生自人源序列。
如果該抗體的可變區係得自使用人類生殖系免疫球蛋白或重排(rearranged)免疫球蛋白基因的系統，則人類抗體包含「衍生自(derived from)」人源序列的重或輕鏈可變區。此等例示性系統係經展示在噬菌體上的人類免疫球蛋白基因庫(gene library)、及基因轉殖非人類動物(諸如帶有人類免疫球蛋白基因位點的小鼠或大鼠)，如本文中所述。「人類抗體(human antibody)」在與人類生殖系免疫球蛋白或重排免疫球蛋白基因比較時可能含有胺基酸差異，此係由於例如天然發生之體細胞突變或在架構或抗原結合部位(或兩者)中刻意引入取代所致。一般而言，「人類抗體(human antibody)」係在胺基酸序列上與由人類生殖系免疫球蛋白或重排免疫球蛋白基因所編碼的胺基酸序列具有至少約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性。在一些情況下，「人類抗體(human antibody)」可能含有自人類架構序列分析導出的共有架構序列，例 如在Knappik et al.,(2000)J Mol Biol 296：57-86中所述，或合併至經展示在噬菌體上的人類免疫球蛋白基因庫的合成HCDR3，例如在Shi et al.,(2010)J Mol Biol 397：385-96及國際專利申請案公開號WO2009/085462中所述。
衍生自人類免疫球蛋白序列的人類抗體可使用諸如合併有合成CDR及/或合成架構之噬菌體呈現(phage display)的系統來產生，或者可在活體外(in vitro)進行基因突變以改良抗體性質，從而得到在活體內(in vivo)不會由人類抗體生殖系貯庫(repertoire)表現的抗體。
「重組(recombinant)」係指藉由重組方式製備、表現、建立或單離的抗體及其他蛋白質。
「表位(epitope)」係指與抗體特異性結合的抗原部分。表位一般由分子部分(諸如胺基酸或多醣側鏈)之化學活性(諸如極性、非極性或疏水性)表面分群(grouping)所組成，並且可具有特定三維結構特性以及特定電荷特性。表位可包含形成構形空間單元之鄰接(contiguous)及/或不鄰接(discontiguous)胺基酸。關於不鄰接表位，來自抗原線性序列之相異部分的胺基酸會透過蛋白質分子的摺疊而在3維空間中緊密靠近。抗體「表位(epitope)」取決於用於識別該表位的方法。
「多特異性(multispecific)」係指特異性結合至少二種不同抗原或抗原內兩個不同表位(例如三種、四種或五種不同抗原或表位)的抗體。
「雙特異性(bispecific)」係指特異性結合二種不同抗原或相同抗原內兩個不同表位的抗體。雙特異性抗體可以與其他相關抗原具有交 叉反應性，例如對於來自其他物種(諸如人類或猴)的相同抗原(同源物(homolog))具有交叉反應性，該等猴例如食蟹獼猴(Macaca fascicularis(cynomolgus,cyno))、黑猩猩(Pan troglodytes(chimpanzee,chimp))或狨(Callithrix jacchus(common marmoset,marmoset))，或者可以結合在二或更多種不同抗原之間共享的表位。
「變體(variant)」係指藉由一或多個修改(例如取代、插入或缺失)而不同於參考多肽或參考聚核苷酸的多肽或聚核苷酸。
「載體(vector)」係指在生物系統內能夠被複製或者可在此等系統之間移動的聚核苷酸。載體聚核苷酸一般含有作用為促進這些聚核苷酸在生物系統中的複製或維持的元素，諸如複製源、多腺核苷酸化信號或選擇標記。此等生物系統的實例可包括細胞、病毒、動物、植物、及利用能夠複製載體之生物組件的重構生物系統(reconstituted biological system)。包含載體之聚核苷酸可為DNA或RNA分子或這些分子的雜交物。
「表現載體(expression vector)」係指可在生物系統或重構生物系統中用以指引多肽轉譯的載體，該多肽係由存在於該表現載體中之聚核苷酸序列所編碼。
「聚核苷酸(polynucleotide)」係指包含藉由糖-磷酸主鏈或其他等效共價化學共價連接的核苷酸鏈的合成分子。cDNA係聚核苷酸的典型實例。
「多肽(polypeptide)」或「蛋白質(protein)」係指包含至少二個以胜肽鍵連接之胺基酸殘基以形成多肽的分子。少於50個胺基酸的小型多肽可稱為「肽(peptide)」。
PD-1係指人類程序性細胞死亡蛋白1(PD-1)。PD-1亦稱為CD279或PDCD1。成熟人類PD-1的胺基酸序列(無信號序列)係顯示於SEQ ID NO：1。在SEQ ID NO：1中，細胞外結構域涵蓋殘基1至150，跨膜結構域涵蓋殘基151至171且胞質結構域涵蓋殘基172至268。在本說明書中，人類PD-1的細胞外結構域「huPD1-ECD」係指具有SEQ ID NO：1的殘基1至149的胺基酸序列的蛋白質，且顯示於SEQ ID NO：2。本說明書中的「PD-1」係指人類成熟PD-1，除非明確說明與此相反。
TIM-3係指人類A型肝炎病毒細胞受體2，亦稱為HAVCR2。成熟人類TIM-3的胺基酸序列(無信號序列)係顯示於SEQ ID NO：138。在SEQ ID NO：138中，細胞外結構域涵蓋殘基1至181，跨膜結構域涵蓋殘基182至202且胞質結構域涵蓋殘基203至280。在本說明書中，人類TIM-3的細胞外結構域「huTIM-3-ECD」係指具有SEQ ID NO：138的殘基1至179的胺基酸序列的蛋白質，且顯示於SEQ ID NO：89。本說明書中的TIM-3係指人類成熟TIM-3，除非明確說明與此相反。
「與...組合(in combination with)」意指二或更多種治療劑係一起以混合物形式投予至個體、同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。
「過度表現(overexpress)」、「被過度表現(overexpressed)」及「過度表現的(overexpressing)」可互換使用且當與參照樣本相比時係指具有可測量的更高水平的PD-1、TIM-3、PD-L1、PD-L2或TIM-3配體的樣本(諸如癌細胞、惡性細胞或癌組織)。過度表現可以藉由基因擴增或藉由增加轉錄或轉譯引起。可以使用習知的測定法，使用例如ELISA、免 疫螢光、流動式細胞測量術或在活的或裂解的細胞上的放射免疫測定來測量樣本中蛋白質的表現及過度表現。可以例如使用螢光原位雜交、南方印漬術(Southern blotting)或PCR技術測量樣本中聚核苷酸的表現及過度表現。當樣本中的蛋白質或聚核苷酸的水平與參考試樣相比時高出至少1.5倍或統計顯著時，該蛋白質或聚核苷酸係過度表現。參考試樣的選擇係已知的。
「樣本(sample)」係指從個體單離的類似流體、細胞、或組織的集合，以及個體內存在的流體、細胞、或組織。例示性樣本係生物流體(例如血液、血清及漿膜液(serosal fluid)、血漿、淋巴液、尿液、唾液、囊液(cystic fluid)、淚液、糞便、痰、分泌組織及器官的黏膜分泌物、陰道分泌物)、腹水(例如與非實體腫瘤相關者)、胸腔、圍心腔、腹腔(peritoneal)、腹腔(abdominal)及其他體腔的流體、藉由支氣管灌洗(bronchial lavage)收集的流體、與個體或生物來源接觸的流體溶液(例如細胞及器官培養基，其包括細胞或器官條件培養基(conditioned medium)、灌洗液等等)、組織活檢、細針抽吸或手術切除的腫瘤組織。
「癌細胞(cancer cell)」或「腫瘤細胞(tumor cell)」係指在體內(in vivo)、離體(ex vivo)、或在組織培養物中具有自發或誘導的表型改變的癌性(cancerous)、癌前(pre-cancerous)或轉化細胞。這些變化不一定涉及新遺傳物質的攝取。儘管轉化可能來自轉化病毒的感染及新基因組核酸的摻入或外源核酸的攝取，其也可以自發地發生或在暴露於致癌物後發生，從而突變內源基因。轉化/癌症的例子如下：在體外(in vitro)、體內(in vivo)、及離體(ex vivo)的形態變化、細胞永生化、異常的生長控制、病灶形成、增殖、惡性腫瘤、腫瘤特異性標記水平的調節、侵襲性、在合適的動物宿 主例如裸鼠中的腫瘤生長等等(Freshney,Culture of Animal Cells：A Manual of Basic Technique(3rd ed.1994))。
「約(about)」意指在特定值的可接受誤差範圍內，如所屬技術領域中具有通常知識者所判定，其將部分地取決於該值是如何測量或判定的，即測量系統的限制。除非在實例或說明書中的其他地方在一特定測定、結果或實施例的上下文中另有明確說明，「約(about)」意指根據本領域的實踐在一個標準偏差內，或者至多5%的範圍，以較大者為準。
「雙特異性PD-1/TIM-3抗體(bispecific PD-1/TIM-3 antibody)」、「PD-1/TIM-3抗體(PD-1/TIM-3 antibody)」、「雙特異性抗PD-1/TIM-3抗體(bispecific anti-PD-1/TIM-3 antibody)」或「抗PD-1/TIM-3抗體(anti-PD-1/TIM-3 antibody)」係指包含至少一個特異性結合PD-1的結合域及至少一個特異性結合TIM-3的結合域的分子。該等特異性結合PD-1及TIM-3的結構域通常係VH/VL對。該雙特異性抗PD-1/TIM-3抗體就其與PD-1或TIM-3的結合而言可以是單價的。
「價(valent)」係指在分子中存在特異性針對抗原的特定數目的結合部位。因此，用語「單價(monovalent)」、「二價(bivalent)」、「四價(tetravalent)」、及「六價(hexavalent)」係指在分子中分別存在特異性針對抗原的一個、二個、四個及六個結合部位。
「抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞(antigen specific CD4+ or CD8+ T cell)」係指由特異性抗原或其免疫刺激性表位活化的CD4+或CD8+ T細胞。
「CD137」(亦稱為腫瘤壞死因子受體超家族成員9、TNFRSF9、4-1BBL)係指人類CD137分子，其具有顯示於SEQ ID NO：281的胺基酸序列。
SEQ ID NO：281
Figure 105135350-A0202-12-0023-1209
「TIGIT」(亦稱為帶有Ig及ITIM域的T細胞免疫受體)係指人類TIGIT分子，其具有顯示於SEQ ID NO：301的胺基酸序列。
SEQ ID NO：301
Figure 105135350-A0202-12-0023-1210
「促效劑」係指當與細胞蛋白質結合時，會誘導至少一種由該蛋白質的天然配體所誘導的反應或活性的分子。當該至少一種反應或活性比起在不存在該促效劑的情況下所誘導的該至少一種反應或活性(例 如陰性對照)被誘導多出至少約30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、或100%，或當與不存在該促效劑時的誘導相比，該誘導係統計顯著的，則該分子係促效劑。促效劑可以是抗體、可溶性配體、或小分子。例示性促效劑係特異性結合T細胞活化分子的促效性抗體。
「拮抗劑」係指當與細胞蛋白質結合時，會抑制至少一種由該蛋白質的天然配體所誘導的反應或活性的分子。當該至少一種反應或活性比起在不存在該拮抗劑的情況下所抑制的該至少一種反應或活性(例如陰性對照)被抑制多出至少約30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、或100%，或當與不存在該拮抗劑時的抑制相比，該抑制係統計顯著的，則該分子係拮抗劑。拮抗劑可以是抗體、可溶性配體、小分子、DNA或RNA，例如siRNA。例示性拮抗劑係特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體或特異性結合T細胞抑制分子的拮抗性抗體。由PD-1結合其受體PD-L1或PD-L2所誘導的典型反應或活性可以是抗原特異性CD4+或CD8+細胞增殖減少或T細胞減少干擾素-γ(IFN-γ)生產，導致針對例如腫瘤的免疫反應的抑制。由TIM-3結合其受體(例如半乳糖凝集素-9(galectin-9))所誘導的典型反應或活性可以是抗原特異性CD4+或CD8+細胞增殖減少、T細胞減少IFN-γ生產、或CD4+或CD8+細胞上CD137表面表現減少，導致針對例如腫瘤的免疫反應的抑制。同樣地，由T細胞抑制分子誘導的典型反應或活性係免疫抑制。因此，特異性結合PD-1的拮抗性PD-1抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、拮抗性 雙特異性PD-1/TIM-3抗體、或特異性結合T細胞抑制分子的拮抗性抗體會藉由抑制該等抑制路徑來誘導免疫反應。
「個體(subject)」包括任何人類或非人類動物。「非人類動物(nonhuman animal)」包括所有脊椎動物，例如哺乳動物及非哺乳動物，例如非人類靈長類動物、綿羊、狗、貓、馬、牛、雞、兩棲類、爬蟲類等等。除非另有說明，用語「患者(patient)」或「個體(subject)」可互換使用。
整個說明書中抗體恆定區中的胺基酸殘基編號係根據如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991)中所述的EU索引(EU index)，除非另有明確說明。
習用一字母及三字母胺基酸代碼係於本文中使用且如表1所示。
Figure 105135350-A0202-12-0025-1211
Figure 105135350-A0202-12-0026-1212
物質組成
本發明提供特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、及拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體。本發明提供編碼本發明之抗體或其互補核酸的多肽及聚核苷酸、載體、宿主細胞、以及製造和使用彼等之方法。
特異性結合PD-1的拮抗性抗體
PD-1在配體接合後會透過多種機制來抑制T細胞功能(Pauken & Wherry(2015)Trends in Immunology 36(4)：265-276)。PD-1接合透過與TCR共定位直接抑制T細胞受體(TCR)傳訊，且隨後誘導TCR近端信號分子的去磷酸化、抑制Ras/MEK/ERK路徑導致細胞週期進程及T細胞增殖的抑制、透過抑制PI3K/AKT路徑抑制細胞生長及存活以及重編程T細胞代謝導致BATF轉錄因子的上調、及調節調節性T細胞(regulatory T cell)的發育、維持和功能。PD-1也已被提出會增加T細胞移動性並限制T細胞和靶細胞之間的相互作用持續時間，從而減少T細胞活化的程度(Honda et al.,(2014)Immunity 40(2)：235-47)。
腫瘤已拉攏(co-opt)PD-1路徑以下調腫瘤微環境(TME)中的T細胞功能及逃避免疫破壞。在TME中，在持續抗原及發炎的條件下，T細胞變得衰竭或功能異常，並逐漸喪失其效應功能和增殖能力。衰竭的T細胞表現高水平的PD-1，通常還伴隨其他的抑制性受體諸如TIM-3或 LAG-3(Pauken & Wherry(2015)Trends in Immunology 36(4)：265-276)。PD-1配體之一PD-L1也在各種腫瘤中被上調。PD-L1表現發生在癌細胞本身及/或浸潤性免疫細胞，包括與腫瘤相關的巨噬細胞、樹突細胞，纖維母細胞及活化的T細胞(Chen et al.,2012 Clin Cancer Res 18(24)：6580-7)。在這種背景下，PD-1接合被假設成會限制抗腫瘤T細胞反應並導致免疫逃避(immune evasion)。最近的研究已經顯示在多個實體腫瘤中的腫瘤浸潤淋巴球(TIL)上出現更高頻率和更高水平的PD-1表現。重要的是，這些PD-1+ TIL功能受損，如由較低的增殖和效應功能所證實(Pauken & Wherry；2015,Trends in Immunology 36(4)：265-276)。這些數據支持PD-1介導TME中的免疫抑制的假設。
腫瘤中的T細胞衰竭可藉由阻斷PD-1路徑來至少部分地反轉。抗PD-1/PD-L1抗體已經顯示會增強T細胞功能並在許多臨床前腫瘤模型中導致改善的抗腫瘤免疫力。PD-1/PD-L1抗體還在多種實體腫瘤中表現出令人鼓舞的臨床反應，在黑色素瘤中具有20至40%的總體反應率(ORR)、在非小細胞肺癌(NSCLC)中為10至24%、在腎細胞癌(RCC)中為12至31%、在膀胱癌中為24至52%、及在頭頸癌中為20%(Swaika et al.,(2015)Mol Immunol 67(2 Pt A)：4-17)。
本發明提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及84或分別為SEQ ID NOs：82、83及85的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NOs：86、87及88的輕鏈互補決定區1(LCDR1)、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及84的HCDR1、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NOs：86、87及88的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NOs：82、83及85的HCDR1、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NOs：86、87及88的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
SEQ ID NO：82、83、84、85、86、87及88代表特異性結合PD-1的拮抗性抗體的親和力成熟變體的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3屬序列，其具有相似的HCDR1、HCDR2、LCDR1、LCDR2及LCDR3序列，以及兩個類似的HCDR3序列組。屬內的抗體以小於約1×10-7M的KD結合PD-1，諸如小於約1×10-8M、例如小於約1×10-9M、或例如小於約1×10-10M。例示性的此類抗體係具有本文中所述抗體PD1B114、PD1B149、PD1B160、PD1B162、PD1B164、PD1B11、PD1B183、PD1B184、PD1B185、PD1B187、PD1B71、PD1B177、PD1B70、PD1B175、PD1B194、PD1B195、PD1B196、PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200、PD1B201及PD1B244之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列的抗體。
SEQ ID NO：82 X1YX2IX3，其中X1係S或D；X2係V或A；及X3係H或S。
SEQ ID NO：83 GIIPIX4X5TANYAQKFQG，其中X4係Y或F；及X5係G或D。
SEQ ID NO：84 PGLAAAYDTGX6LDY，其中X6係N或S。
SEQ ID NO：85 GX7X8X9X10TGX11LDY，其中 X7係T或Y；X8係L或V；X9係D或R；X10係R或A；及X11係H或M。
SEQ ID NO：86 RASQSVX12X13YLA，其中X12係S、R或D；及X13係S或N。
SEQ ID NO：87 DASX14RAT，其中X14係N、D、Y、S或T。
SEQ ID NO：88 QQRX15X16WPLT，其中X15係S、N、G、E、D、W或A；及X16係N、Y、E或A。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分具有下列性質中的一種、二種、三種、四種或五種：a)以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量；b)以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；c)以小於約1nM的KD結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；d)以小於約100nM的KD結合食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量，或e)以小於約1nM的KD結合食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
例示性此類抗體係如本文中所述之PD-1抗體PD1B114、PD1B149、PD1B160、PD1B162、PD1B164、PD1B11、PD1B183、PD1B184、PD1B185、PD1B187、PD1B71、PD1B177、PD1B70、PD1B175、PD1B194、PD1B195、PD1B196、PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200、PD1B201及PD1B244。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定 (CMV測定)來測量)，並以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約10nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合食蟹獼猴PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約10nM的平衡解離常數(KD)結合食蟹獼猴PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化可藉由使用習知方案及實例1中所描述者測量在混合淋巴球反應(MLR)測定中增加的T細胞增殖、在MLR測定中增加的干擾素-γ(IFN-γ)分泌、在MLR測定中增加的TNF-α分泌、在巨細胞病毒抗原測定(CMV測定)中增加的IFN-γ分泌或在CMV測定中增加的TNF-α分泌來評估。當所測量的T細胞功能係藉由 本發明之抗體以劑量依賴性方式增加時，本發明之抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T的活化。
抗體對人類或食蟹獼猴PD-1的親和力可使用任何合適方法來實驗判定。此類方法可利用ProteOn XPR36、Biacore 3000或KinExA儀器設備、ELISA或所屬領域中具有通常知識者習知的競爭性結合測定。如果在不同條件(例如滲透性、pH)下測量，則所測得之特定抗體/PD-1交互作用的親和力可能會有所變化。因此，親和力及其他結合參數(例如KD、Kon、Koff)之測量一般是以標準化條件及標準化緩衝液進行，諸如本文中所述之緩衝液。所屬領域中具有通常知識者會理解到，在典型偵測極限內，親和力測量(例如使用Biacore 3000或ProteOn進行)的內部誤差(測量為標準差(SD))一般可在測量結果的5至33%內。因此，在KD上下文中的用語「約」反映了測定中的一般標準差。舉例而言，1×10-9M之KD的一般SD係至多+0.33×10-9M。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47或48之重鏈可變區(VH)內含的HCDR1、HCDR2及HCDR3，其中該HCDR1、該HCDR2及該HCDR3係由Chothia、Kabat、或IMGT所定義。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NOs：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61或62之輕鏈可變區(VL)內含的LCDR1、LCDR2及LCDR3，其中該LCDR1、該LCDR2及該LCDR3係由Chothia、Kabat、或IMGT所定義。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NOs：10、11或12之HCDR1；SEQ ID NOs：13、14或15之HCDR2；及SEQ ID NOs：16、17、18或19之HCDR3。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NOs：20、21、22、23、24或25之LCDR1；SEQ ID NOs：26、27、28、29或30之LCDR2；及SEQ ID NOs：31、32、33、34、35、36、37、38、39、或40之LCDR3。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NO：10、11或12之HCDR1；SEQ ID NO：13、14或15之HCDR2；SEQ ID NO：16、17、18或19之HCDR3；SEQ ID NO：20、21、22、23、24或25之LCDR1；SEQ ID NO：26、27、28、29或30之LCDR2；及SEQ ID NO：31、32、33、34、35、36、37、38、39或40之LCDR3。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含下列之HCDR1、HCDR2及HCDR3：分別為SEQ ID NO：10、13及16； 分別為SEQ ID NO：10、14及16；分別為SEQ ID NO：10、13及17；分別為SEQ ID NO：10、13及18；分別為SEQ ID NO：11、15及18；分別為SEQ ID NO：10、13及19；分別為SEQ ID NO：10、14及17；或分別為SEQ ID NO：12、13及19。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含下列之LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：20、26及31；分別為SEQ ID NO：21、26及32；分別為SEQ ID NO：22、27及33；分別為SEQ ID NO：22、26及34；分別為SEQ ID NO：23、28及35；分別為SEQ ID NO：20、26及36；分別為SEQ ID NO：21、27及37；分別為SEQ ID NO：23、26及32；分別為SEQ ID NO：22、26及32；分別為SEQ ID NO：24、26及38；分別為SEQ ID NO：20、29及39；分別為SEQ ID NO：20、30及32；分別為SEQ ID NO：25、26及40；或 分別為SEQ ID NO：24、26及32。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，可選地小於約10nM，例如小於約1nM，諸如小於約500pM，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合食蟹獼猴PD-1，可選地小於約10nM，例如小於約1nM，諸如小於約500pM，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：196及197的聚核苷酸序列編碼。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4/κ同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且係IgG4/κ同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：72的重鏈(HC)及為SEQ ID NO：73的輕鏈(LC)。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療黑色素瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療肺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療非小細胞肺癌(NSCLC)。
該抗體適合用於治療，例如治療鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療非鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療肺腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腎細胞癌(RCC)。
該抗體適合用於治療，例如治療間皮瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療鼻咽癌(NPC)。
該抗體適合用於治療，例如治療結腸直腸癌(colorectal cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療前列腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療閹割抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療胃癌(stomach cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療卵巢癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胃部癌(gastric cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療肝癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胰腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療甲狀腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療頭頸部鱗狀細胞癌。
該抗體適合用於治療，例如治療食道或胃腸道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療乳癌。
該抗體適合用於治療，例如治療輸卵管癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腦癌。
該抗體適合用於治療，例如治療尿道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮內膜異位。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮頸癌。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症的轉移病灶(metastatic lesion)。
該抗體適合用於治療，例如治療血液惡性疾病。
該抗體適合用於治療，例如治療非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma)。
該抗體適合用於治療，例如治療慢性淋巴球性白血病。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與FGFR抑制劑組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與疫苗組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合GITR(SEQ ID NO：271)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合CD137(SEQ ID NO：281)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合OX-40(SEQ ID NO：279)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：66、67、68、69、70及71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：198及199的聚核苷酸序列編碼。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：63的VH及為SEQ ID NO：65的VL。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，可選地小於約10nM，例如小於約1nM，諸如小於約100pM，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4/κ同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且係IgG4κ同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：74的HC及為SEQ ID NO：75的LC。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療黑色素瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療肺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療非小細胞肺癌(NSCLC)。
該抗體適合用於治療，例如治療鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療非鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療肺腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腎細胞癌(RCC)。
該抗體適合用於治療，例如治療間皮瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療鼻咽癌(NPC)。
該抗體適合用於治療，例如治療結腸直腸癌(colorectal cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療前列腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療閹割抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療胃癌(stomach cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療卵巢癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胃部癌(gastric cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療肝癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胰腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療甲狀腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療頭頸部鱗狀細胞癌。
該抗體適合用於治療，例如治療食道或胃腸道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療乳癌。
該抗體適合用於治療，例如治療輸卵管癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腦癌。
該抗體適合用於治療，例如治療尿道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮內膜異位。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮頸癌。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症的轉移病灶。
該抗體適合用於治療，例如治療血液惡性疾病。
該抗體適合用於治療，例如治療非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma)。
該抗體適合用於治療，例如治療慢性淋巴球性白血病。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與FGFR抑制劑組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與疫苗組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合GITR(SEQ ID NO：271)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合CD137(SEQ ID NO：281)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合OX-40(SEQ ID NO：279)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：12、13、19、24、26及38的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、30及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：202及203的聚核苷酸序列編碼。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：76的HC及為SEQ ID NO：77的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、16、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：212的HC及為SEQ ID NO：213的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、16、21、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：50的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：214的HC及為SEQ ID NO：215的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、27及33的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：51的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：216的HC及為SEQ ID NO：217的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、26及34的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：52的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：218的HC及為SEQ ID NO：219的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、16、23、28及35的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：53的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：220的HC及為SEQ ID NO：221的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及36的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：54的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：222的HC及為SEQ ID NO：223的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：50的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：224的HC及為SEQ ID NO：225的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、27及37的HCDR1、HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：55的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：226的HC及為SEQ ID NO：227的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：56的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、17、22、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：57的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：228的HC及為SEQ ID NO：229的LC。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、18、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：44的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、13、19、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：46的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、26及31的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、28及35的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：53的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、22、26及34的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：52的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、29及39的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：59的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：11、15、18、25、26及40的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：61的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：11、15、18、24、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：62的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64的VH。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65的VL。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64的VH及為SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65的VL。
本發明之特異性結合PD-1的例示性拮抗性抗體的VH、VL、HCDR及LCDR序列係顯示於表2。
雖然實例中所說明之實施例包含可變區對(一個來自重鏈而另一個來自輕鏈)，本領域具通常知識者會認知到替代實施例可包含單一重鏈或輕鏈可變區。單一可變區可用來篩選出能夠形成兩域特異性抗原結合片段(例如能夠結合人類PD-1)的可變域。此篩選可藉由噬菌體呈現篩選方法來達成，例如使用階層式雙組合法(揭示於國際專利申請案公開號WO1992/01047)。在此法中，含有VH或VL鏈之一者之殖株(clone)的個別集落(colony)係用來感染編碼其他鏈(VL或VH)之殖株的完整庫，並且所得兩鏈特異性抗原結合域係依據噬菌體呈現技術使用習知方法及本文中所述者來選擇。因此，個別VH及VL多肽鏈對於使用國際專利申請 案公開號WO1992/01047中所揭示之方法來識別特異性結合至人類PD-1的其他抗體為有用者。
在一些實施例中，該特異性結合PD-1的拮抗性抗體係多特異性抗體。
在一些實施例中，該特異性結合PD-1的拮抗性抗體係雙特異性抗體。
在一些實施例中，特異性結合PD-1的拮抗性雙特異性抗體會結合PD-L1(SEQ ID NO：5)、PD-L2(SEQ ID NO：8)、LAG-3(SEQ ID NO：293)、TIM-3(SEQ ID NO：138)、CEACAM-1(SEQ ID NO：296)、CEACAM-5(SEQ ID NO：307)、OX-40(SEQ ID NO：279)、GITR(SEQ ID NO：271)、CD27(SEQ ID NO：280)、VISTA(SEQ ID NO：286)、CD137(SEQ ID NO：281)、TIGIT(SEQ ID NO：301)或CTLA-4(SEQ ID NO：292)。雙特異性及多特異性抗體可使用本文所述之方法產生。
Figure 105135350-A0202-12-0066-1213
Figure 105135350-A0202-12-0067-1214
同源抗體
本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分(包含顯示於表2、表21及表22之VH、VL或VH及VL胺基酸序列)的變體係在本發明之範圍內。例如，變體可以在VH及/或VL中包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代，只要與親本抗體相比時該等同源抗體保持或改善功能特性。在一些實施例中，對本發明之VH或VL胺基酸序列的序列一致性可係約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%。可選地，該變體的任何變異與親本抗體相比不在該變體的CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64的VH，該VH可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65的VL，該VL可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：50的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：51的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：52的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：53的VL； 為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：54的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：50的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：55的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：56的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：57的VL；為SEQ ID NO：44的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：46的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：53的VL；為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：52的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：59的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：61的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：62的VL；或為SEQ ID NO：63的VH及為SEQ ID NO：65的VL；其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、64或65之VH至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64之VH至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH以及具有與SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同 的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與下列序列號(SEQ ID NO)之VH及VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL：分別為41及49；分別為41及50；分別為42及51；分別為42及52；分別為42及53；分別為43及49；分別為43及54；分別為43及50；分別為43及55；分別為43及56；分別為43及57； 分別為44及49；分別為45及49；分別為46及49；分別為47及49；分別為48及53；分別為48及52；分別為47及58；分別為47及59；分別為45及60；分別為45及61；分別為45及62；或63及65中。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明之特異性結合PD-1的同源拮抗性抗體或其抗原結合部分具有下列性質中的一種、二種、三種、四種或五種：a)以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量；b)以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；c)以小於約1nM的KD結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量； d)以小於約100nM的KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量，或e)以小於約1nM的KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，該抗體以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，該抗體以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約10nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
兩個序列間之同一性百分比係該等序列所共有之相同位置數目的函數(即同一性%=相同位置數目/總位置數目×100)，並且將需要被導入以最佳排比這兩個序列之缺口(gap)數目及各缺口長度納入考慮。
兩個胺基酸序列之間的同一性百分比可以使用已被併入ALIGN程式(版本2.0)中的E.Meyers及W.Miller的演算法(Comput Appl Biosci 4：11-17(1988))來判定，其使用PAM120權重殘基表(weight residue table)，缺口長度罰分(gap length penalty)為12且缺口罰分(gap penalty)為4。此外，兩個胺基酸序列之間的同一性百分比可以使用已被併入GCG套裝 軟體(可從http：//_www_gcg_com獲得)中GAP程式中的Needleman及Wunsch的演算法(J Mol Biol 48：444-453(1970))來判定，其使用Blossum 62矩陣或PAM250矩陣，且缺口權重(gap weight)為16、14、12、10、8、6、或4及長度權重(length weight)為1、2、3、4、5、或6。
具有保守修飾的抗體
本發明亦提供特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含：包含HCDR1、HCDR2及HCDR3序列的VH及包含LCDR1、LCDR2及LCDR3序列的VL，其中該等CDR序列中的一或多者包含基於本文所述抗體(例如顯示於表2、表21及表22之抗體)之指定的胺基酸序列，或其保守修飾，且其中該等抗體保留本發明之特異性結合PD-1的親本拮抗性抗體的所需功能特性。
該等具有保守修飾的抗體具有下列性質中的一種、二種、三種、四種或五種：a)以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量；b)以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；c)以小於約1nM的KD結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；d)以小於約100nM的KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量，或 e)以小於約1nM的KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，該抗體以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，該抗體以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量)，並以小於約10nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：66、67、68、69、70及71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含下列之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：10、13、16、20、26及31； 分別為SEQ ID NO：10、13、16、21、26及32；分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、27及33；分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、26及34；分別為SEQ ID NO：10、14、16、23、28及35；分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及36；分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、27及37；分別為SEQ ID NO：10、13、17、23、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、17、22、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、18、20、26及31；分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、13、19、20、26及31；分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、28及35；分別為SEQ ID NO：10、14、17、22、26及34；分別為SEQ ID NO：12、13、19、24、26及38；分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、29及39；分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、30及32；分別為SEQ ID NO：11、15、18、25、26及40；分別為SEQ ID NO：11、15、18、24、26及32，及其保守修飾。
「保守修飾(conservative modification)」係指胺基酸修飾，其不會顯著影響或改變含該等胺基酸序列之抗體的結合特徵。保守修飾包括胺基酸取代、添加(addition)及缺失(deletion)。保守取代係其中胺基酸被具有相似側鏈的胺基酸殘基取代的取代。具有相似側鏈的胺基酸殘基家族是明確定義的，包括具有酸性側鏈(例如天冬胺酸、麩胺酸)、鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、非極性側鏈(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸)、不帶電的極性側鏈(例如甘胺酸、天冬醯胺酸、麩醯胺酸、半胱胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、色胺酸)、芳香族側鏈(例如苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸、酪胺酸)、脂肪族側鏈(例如甘胺酸、丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、絲胺酸、蘇胺酸)、醯胺(例如天冬醯胺酸、麩醯胺酸)、β分支側鏈(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及含硫側鏈(半胱胺酸、甲硫胺酸)的胺基酸。此外，多肽中的任何天然殘基亦可經丙胺酸取代，如先前已針對丙胺酸掃描誘變(alanine scanning mutagenesis)所描述者(MacLennan et al.,Acta Physiol.Scand.Suppl.643：55-67,1998；Sasaki et al.,Adv.Biophys.35：1-24,1998)。本發明之抗體的胺基酸取代可藉由習知方法進行，例如藉由PCR誘變(美國專利第4,683,195號)。或者，變異體庫可使用習知方法來產生，例如使用隨機(NNK)或非隨機密碼子(例如DVK密碼子)，其編碼11種胺基酸(Ala、Cys、Asp、Glu、Gly、Lys、Asn、Arg、Ser、Tyr、Trp)。所得抗體變異體可使用本文中所述之檢定來測試其特性。
特異性結合TIM-3的拮抗性抗體
T細胞免疫球蛋白結構域及黏蛋白結構域3(TIM-3，亦稱為A型肝炎病毒細胞受體2(HAVCR2))係共抑制免疫檢查點受體，其已被提出會負調節適應性及先天性免疫反應。TIM-3係於CD4+及CD8+ T細胞的特定亞群上表現並用於限制T細胞反應的持續時間及強度。
多重證據支持TIM-3在調節T細胞反應中的抑制作用。Tim-3缺陷小鼠在誘導抗原特異性及移植耐受性方面表現出缺陷，與正常免疫反應中TIM-3抑制效應T細胞一致(Sabatos et al.,(2003)Nat Immunol 4(11)：1102-1110,Sanchez-Fueyo et al.,(2003)Nat Immunol 4(11)：1093-1101)。抗TIM-3抗體在動物模式中會加重實驗性自體免疫性腦脊髓炎(EAE)(Monney et al.,(2002)Nature 415(6871)：536-541)。TIM-3已被顯示係在慢性感染及癌症中發生的功能異常或衰竭的T細胞狀態的關鍵驅動因子(Sakuishi,K.and A.C.Anderson(2014).Tim-3 Regulation of Cancer Immunity.Tumor-Induced Immune Suppression.D.I.Gabrilovich and A.A.Hurwitz,Springer New York：239-261)。
TIM-3的阻斷已顯示會恢復效應細胞中的活性，例如細胞介素分泌及增殖。在病毒性衰竭(virally exhausted)的細胞群(例如經HCV感染的細胞)中，在效應細胞群(CD4+及CD8+ T細胞)中TIM-3表現細胞(TIM-3+細胞)比TIM-3陰性細胞表現更少的TNF-α及IFN-γ細胞介素(Golden-Mason et al.,(2009)J Virol 83：9122)。阻斷TIM-3會恢復來自HIV患者的CD8+ T細胞的增殖，或恢復重演(recapitulate)病毒衰竭的細胞的增殖(Jones et al.,(2008)J Exp Med 205：2763)，或恢復來自轉移性患者的PBMC的NY-ESO-1特異性T細胞的增殖及IFN-γ及/或TNF-α分泌 (Fourcade et al.,(2010)J Exp Med 207：2175)。TIM-3+ T細胞已被發現會集中在腫瘤中，並促成免疫抑制性腫瘤環境(Sakuishi et al.,(2013)Oncoimmunology,2：e23849)。
阻斷TIM-3(部分(partially)單獨地及加成(additively)或協同(synergistically)地與PD-1路徑阻斷組合)已經在幾種臨床前癌症模式中顯示出抗腫瘤功效，包括CT26結腸癌(Sakuishi et al.,(2010)J Exp Med 207(10)：2187-94)、WT3肉瘤及TRAMP-C1前列腺癌(Ngiow et al.,(2011)Cancer Res 71(10)：3540-3551)。
TIM-3抑制T細胞反應的機制尚未被完全了解。TIM-3的細胞質尾區(cytoplasmic tail)含有多個酪胺酸殘基(Ferris et al.,(2014)J Immunol 193(4)：1525-1530)但缺乏抑制性信號模體(signaling motif)，例如在PD-1細胞內尾部中發現的ITIM或ITSM。Src家族酪胺酸激酶Fyn及Lck已顯示出會結合TIM-3，儘管這些相互作用的確切結果仍有待在體內(in vivo)證實。關於TIM-3如何調節T細胞傳訊，已有二種相反的模型被提出。一方面，TIM-3已被假設會藉由招募磷酸酶到免疫突觸來負調節TCR傳訊，並且去磷酸化Lck(Clayton,et al.,(2014)J Immunol 192(2)：782-791)。相反地，TIM-3也已被提出會增強TCR傳訊並矛盾地驅動T細胞至更衰竭的狀態，透過NFAT活性及NFκB傳訊的活化增加。
除了在效應T細胞上表現，TIM-3也在調節性T細胞(T-reg)上表現，並已被顯示在腫瘤中標記抑制性T-reg亞群。使用初代人類細胞及小鼠臨床前模式的分析已經顯示TIM-3+ T-reg在抑制T輔助1(Th1)及T輔助17(Th17)T細胞反應上比TIM-3- T-reg更有效(Gautron et al.,(2014) Eur J Immunol 44(9)：2703-2711；Sakuishi et al.,(2013)Oncoimmunology,2：e23849)。由於TIM-3在高度抑制性Treg上表現，它可以直接抑制CD4+與CD8+ T細胞反應。此外，TIM-3+ Treg會表現高水平的IL-10，其已被提出在TME中會驅動效應T細胞的衰竭，作為抑制抗腫瘤免疫反應的另外的間接機制(Sakuishi et al.,(2013)Oncoimmunology,2：e23849)。
TIM-3在幾種先天性免疫細胞類型上表現，包括單核白血球/巨噬細胞、樹突細胞、及NK細胞。現有數據與TIM-3在這些不同細胞類型中的抑制作用一致。
TIM-3係在健康供體中由循環的CD14+單核白血球持續表現(constitutively expressed)，且其在周邊單核白血球上的表現在患有慢性發炎及癌症的患者中顯著增加(Rong et al.,(2014)Tissue Antigens 83(2)：76-81)。TIM-3水平也在浸潤肝細胞癌(HCC)腫瘤的巨噬細胞上被上調(與來自相鄰組織的巨噬細胞相比)，並且被提出在驅動巨噬細胞極化(polarization)為M2腫瘤促進表型中起作用。
最近，TIM-3被報導在浸潤小鼠腫瘤的樹突細胞上表現。在這種背景下，TIM-3與HMBG1的相互作用被提出會藉由干擾對免疫刺激核酸的識別及反應來抑制先天性免疫(Chiba et al.,(2012)Immunol 13(9)：832-842)。TIM-3也在周邊血液中的NK細胞上持續表現。最近的研究顯示，來自晚期黑色素瘤患者的NK細胞在周邊NK細胞上表現高水平的TIM-3。重要的是，TIM-3+ NK細胞在功能上衰竭而抗TIM-3阻斷能夠逆轉該衰竭並增強NK細胞功能(da Silva et al.,(2014)Cancer Immunol Res 2(5)：410-422)。
TIM-3結合配體半乳糖凝集素-9(Gal-9)、磷脂醯絲胺酸(PtdSer)、HMGB1及CEACAM-1。S型凝集素半乳糖凝集素-9可以抑制與TIM-3相關的Th1效應功能並在鼠類模式中誘導TIM-3表現T細胞的凋亡。PtdSer通常駐留在細胞膜的細胞內側，但在細胞凋亡期間會被翻轉到細胞外側。PtdSer結合在所有三種人類TIM家族成員(TIM-1,3,4)中保留的裂縫(preserved cleft)。抑制PtdSer結合TIM-3可能會活化T細胞反應。半乳糖凝集素-9係由腫瘤細胞分泌且可助於逃避抗腫瘤免疫。DNA警報素(alarmin)HMGB1(TIM-3可作為其「槽」)可防止激發先天性免疫的HMGB1/RAGE交互作用。CEACAM-1可以順式(cis)與TIM-3交互作用作為T細胞上的異二聚體，也可以反式(trans)與TIM-3交互作用作為配體。CEACAM-1與TIM-3之間的交互作用可幫助介導阻斷免疫反應傳訊。CT26結腸癌中TIM-3及CEACAM-1的共阻斷顯示與PD-L1及TIM-3的共阻斷所觀察到的功效有相似的功效。
因此，使用本文所述之抑制TIM-3功能的本發明之抗體阻斷TIM-3可改善針對感染的免疫反應及抗腫瘤免疫力。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其中該抗體抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
可以使用競爭式ELISA來評估本發明之抗體對TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合的抑制。在例示性測定中，將1μg/ml重組人類Fc-TIM-3結合在微量滴定板(microtiter plate)的孔上，將該等孔洗滌並阻斷，並加入10μg/ml的測試抗體。不洗滌，將7.5μg/ml半乳糖凝集素-9加入該等孔中並培養30分鐘，之後加入0.5μg/ml抗半乳糖凝集素-9-生物素抗 體並培養30分鐘。洗滌該等板，加入0.5μg/mL中性抗生物素蛋白-HRP共軛物多株抗體(neutravidin-HRP conjugate polyclonal antibody)並培養30分鐘。洗滌該等板並立即加入POD化學發光受質，然後讀取發光信號。使用本文及實例1中所述的測定，當半乳糖凝集素-9的結合減少至少約50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%時，本發明之抗體抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9結合的例示性抗體係抗體TM3B103、TM3B105、TM3B107、TM3B108、TM3B109、TM3B113、TM3B189、TM3B190及TM3B196。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係根據實例14中描述的方法藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增強來評估。
使用CD137作為回應於CMV抗原刺激而擴增的抗原特異性CD8+及CD4+ T細胞的標記以檢測本發明之拮抗性TIM-3抗體的功能效應。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)內結合TIM-3。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)內結合TIM-3。
在一些實施例中，特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
「在...內」意指80%或更多的該抗體所結合之表位殘基位於所述胺基酸鏈段內，且至多20%的該抗體所結合之表位殘基位於所述胺基酸鏈段外。
該抗體所結合之Tim-3表位可以使用例如氫/氘交換(H/D交換)或藉由分析與TIM-3複合的抗體的晶體結構來解析。表位殘基係被該抗體保護的那些殘基，透過H/D交換在氘化水平上有至少5%的差異，或那些被判定為在該抗體與TIM-3的複合物的晶體結構中結合抗體的表面暴露的胺基酸殘基。在該抗體與TIM-3的複合物的晶體結構中，表位殘基係位於距任何抗體CDR殘基4Å距離或更短距離內的那些TIM-3殘基。
在H/D交換測定中，將TIM-3蛋白在存在或不存在抗體的情況下在氘化水中培養預定時間，導致在可交換的氫原子處(未被抗體保護)摻入氘，隨後以蛋白酶消化蛋白質並使用LC-MS分析肽片段。在一例示性測定中，將5μL的測試抗體(10μg)或5μL的TIM-3與測試抗體的 複合物(分別為10及7.35μg)以120μL氧化氘標記緩衝液(50mM磷酸鹽，100mM氯化鈉，pH 7.4)培養0秒、60秒、300秒、1800秒、7200秒、及14400秒。藉由加入63μL的5M胍鹽酸鹽淬熄終止氘交換且最終pH係2.5。將被淬熄終止反應的樣本進行管柱上(on-column)胃蛋白酶/XIII型蛋白酶消化及LC-MS分析。關於胃蛋白酶/XIII型蛋白酶消化，將於125μL對照緩衝液(50mM磷酸鹽，100mM氯化鈉，pH 7.4)中的5μg樣本藉由加入63μL的5M胍鹽酸鹽(最終pH係2.5)並培養該混合物3分鐘來變性。接著，將該混合物進行管柱上胃蛋白醇/XIII型蛋白酶消化並將所生成的肽使用包含與Q ExactiveTM Hybrid Quadrupole-Orbitrap質譜儀(Thermo)偶聯的Waters Acquity UPLC的UPLC-MS系統分析。使用HDX WorkBench(用於分析H/D交換MS數據的軟體)處理原始MS數據。使用氘化肽與其天然形式(t0)之間的平均質量差計算氘水平。透過用Mascot針對TIM-3序列搜索MS/MS數據來進行肽識別。前驅物及產物離子的質量公差分別為20ppm及0.05Da。
關於X射線結晶學，使用標準方案表現和純化TIM-3及測試抗體。將TIM-3/測試抗體複合物於4□培養整夜，濃縮，並使用粒徑排阻層析法從未複合的物質中分離。將該複合物藉由蒸汽擴散法從各種已知的測試溶液(例如含有PEG3350、檸檬酸銨及2-(N-
Figure 105135350-A0202-12-0084-17
啉基)乙磺酸(MES)的溶液)結晶。
在Tim-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)、90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)及/或50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合的抗體可藉由下列產生：使用噬菌體 展示庫單離結合TIM-3的抗體、選擇與參照抗體TM3B105(VH為SEQ ID NO：146且VL為SEQ ID NO：156)或TM3B291(VH為SEQ ID NO：172且VL為SEQ ID NO：173)100%競爭結合TIM的那些抗體、及藉由解出該抗體/TIM-3複合物的晶體結構來確認所產生之抗體的表位。或者，可以使用包含TIM-3之殘基32至47、90至102及/或50至56的肽來免疫小鼠、大鼠或兔且可評估所產生之抗體在所述區域內的結合。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：164、165及166的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2及HCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：167、168及169的輕鏈互補決定區1(LCDR1)、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：164、165及166的HCDR1、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NO：167、168及169的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
SEQ ID NO：164、165、166、167、168及169代表衍生自噬菌體展示庫的TIM-3拮抗劑的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3屬序列。該等屬序列係基於導致圖13、圖14、圖15、圖16、圖17及圖18中給出的序列比對的結構模型來產生並在此概述。
SEQ ID NO：164 X17YX18MX19，其中X17係N、S、G或D；X18係W或A；及X19係S或H。
SEQ ID NO：165 X20IX21X22SGGSX23YYADSVKG，其中X20係A或V；X21係S或K；X22係G或Y；及X23係T或K。
SEQ ID NO：166 X24X25X26X27X28X29X30X31DY，其中X24係D、S、N、G或E；X25係H、P、E、T或L；X26係W、E、N或缺失；X27係D、P或缺失；X28係P、Y、D或缺失； X29係N、A、D、G或缺失；X30係F、P、R、W或V；及X31係L或F。
SEQ ID NO：167 X32X33SQSVX34X35X36X37X38X39X40X41X42LA，其中X32係R或K；X33係A或S；X34係S、N或L；X35係S、A、N或缺失；X36係S或缺失；X37係S或缺失；X38係N或缺失；X39係N或缺失；X40係K或缺失；X41係S、D或N；及X42係Y或T。
SEQ ID NO：168 X43ASX44RX45X46，其中 X43係G、D、W或T；X44係S、N或T；X45係A或E；及X46係T或S。
SEQ ID NO：169 QQX47X48X49X50PX51T(SEQ ID NO：169)，其中X47係Y、G或S；X48係G或Y；X49係S、H或T；X50係S、A或T；及X51係L、I或W。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含SEQ ID NO：145、146、147、148或149之重鏈可變區(VH)內含的HCDR1、HCDR2及HCDR3，其中該HCDR1、該HCDR2及該HCDR3係由Chothia、Kabat、或IMGT所定義。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含SEQ ID NO：155、156、157或158之輕鏈可變區(VL)內含的LCDR1、LCDR2及LCDR3，其中該LCDR1、該LCDR2及該LCDR3係由Chothia、Kabat、或IMGT所定義。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NO：90、91、92或93之HCDR1；SEQ ID NO：99、100或101之HCDR2；及SEQ ID NO：107、108、109、110或111之HCDR3。
在一些實施例中，本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NO：117、118、119或120之LCDR1；SEQ ID NO：126、127、128或129之LCDR2；及SEQ ID NO：135、136、137或139之LCDR3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含SEQ ID NO：90、91、92或93之HCDR1；SEQ ID NO：99、100或101之HCDR2；SEQ ID NO：107、108、109、110或111之HCDR3；SEQ ID NO：117、118、119或120之LCDR1；SEQ ID NO：126、127、128或129之LCDR2；或SEQ ID NO：135、136、137或139之LCDR3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含下列之HCDR1、HCDR2及HCDR3：分別為SEQ ID NO：90、99及107；分別為SEQ ID NO：91、99及108； 分別為SEQ ID NO：91、99及109；分別為SEQ ID NO：92、100及110；或分別為SEQ ID NO：93、101及111；在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含下列之LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：117、126及135；分別為SEQ ID NO：118、127及136；分別為SEQ ID NO：119、128及137；或分別為SEQ ID NO：120、129及139。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分包含下列之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：90、99、107、117、126及135；分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136；分別為SEQ ID NO：91、99、109、119、128及137；分別為SEQ ID NO：92、100、110、117、126及135；或分別為SEQ ID NO：93、101、111、120、129及139。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：164、165及108的HCDR1、HCDR2及HCDR3、以及分別為SEQ ID NO：118、168及169的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)的重鏈架構及衍生自IGKV3-11(SEQ ID NO：171)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：204及205的聚核苷酸序列編碼。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係根據實例14中描述的方法藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增強來評估。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4/κ同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL且係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL且係IgG4κ同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：78的HC及為SEQ ID NO：79的LC。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：240的HC及為SEQ ID NO：79的LC。
SEQ ID NO：78
Figure 105135350-A0202-12-0093-1215
SEQ ID NO：79
Figure 105135350-A0202-12-0093-1216
Figure 105135350-A0202-12-0094-1217
SEQ ID NO：240
Figure 105135350-A0202-12-0094-1218
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療黑色素瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療肺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療非小細胞肺癌(NSCLC)。
該抗體適合用於治療，例如治療鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療非鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療肺腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腎細胞癌(RCC)。
該抗體適合用於治療，例如治療間皮瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療鼻咽癌(NPC)。
該抗體適合用於治療，例如治療結腸直腸癌(colorectal cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療前列腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療閹割抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療胃癌(stomach cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療卵巢癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胃部癌(gastric cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療肝癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胰腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療甲狀腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療頭頸部鱗狀細胞癌。
該抗體適合用於治療，例如治療食道或胃腸道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療乳癌。
該抗體適合用於治療，例如治療輸卵管癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腦癌。
該抗體適合用於治療，例如治療尿道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮內膜異位。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮頸癌。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症的轉移病灶。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIGIT(SEQ ID NO：301)的拮抗性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與FGFR抑制劑組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與疫苗組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合GITR(SEQ ID NO：271)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合CD137(SEQ ID NO：281)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合OX-40(SEQ ID NO：279)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療正在接受特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療正在接受特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療在以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
該抗體適合用於治療在以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如QPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV5-51(SEQ ID NO：179)的重鏈架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：206及207的聚核苷酸序列編碼。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係根據實例14中描述的方法藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增強來評估。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的抗體或其抗原結合部分抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4/κ同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL且係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL且係IgG4κ同型，當與野生型IgG4相比時包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL且係IgG2/κ同型，當與野生型IgG2相比時包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體包含為SEQ ID NO：80的HC及為SEQ ID NO：81的LC。
SEQ ID NO：80
Figure 105135350-A0202-12-0100-1219
Figure 105135350-A0202-12-0101-1220
SEQ IN NO：81
Figure 105135350-A0202-12-0101-1221
在一些實施例中，該抗體係雙特異性抗體，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療黑色素瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療肺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療非小細胞肺癌(NSCLC)。
該抗體適合用於治療，例如治療鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療非鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療肺腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腎細胞癌(RCC)。
該抗體適合用於治療，例如治療間皮瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療鼻咽癌(NPC)。
該抗體適合用於治療，例如治療結腸直腸癌(colorectal cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療前列腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療閹割抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療胃癌(stomach cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療卵巢癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胃部癌(gastric cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療肝癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胰腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療甲狀腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療頭頸部鱗狀細胞癌。
該抗體適合用於治療，例如治療食道或胃腸道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療乳癌。
該抗體適合用於治療，例如治療輸卵管癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腦癌。
該抗體適合用於治療，例如治療尿道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮內膜異位。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮頸癌。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症的轉移病灶。
該抗體適合用於治療，例如治療血液惡性疾病。
該抗體適合用於治療，例如治療急性淋巴母細胞白血病(ALL)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：65的VH及為SEQ ID NO：65的VL)組合來治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合TIGIT(SEQ ID NO：301)的拮抗性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與FGFR抑制劑組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與疫苗組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合GITR(SEQ ID NO：271)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合CD137(SEQ ID NO：281)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療，例如與特異性結合OX-40(SEQ ID NO：279)的促效性抗體組合來治療癌症(諸如實體腫瘤)。
該抗體適合用於治療正在接受特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療正在接受特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療在以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如 KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
該抗體適合用於治療在以特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：90、99、107、117、126及135的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)的重鏈架構及衍生自IGKV3-20(SEQ ID NO：180)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：208及209的聚核苷酸序列編碼。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：91、99、109、119、128及137的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)的重鏈架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：148的VH及為SEQ ID NO：157的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：92、100、110、117、126及135的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)的重鏈架構及衍生自IGKV3-20(SEQ ID NO：180)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：147的VH及為SEQ ID NO：155的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：93、101、111、120、129及139的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)的重鏈架構及衍生自IGKV3-20(SEQ ID NO：180)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：149的VH及為SEQ ID NO：158的VL。
在一些實施例中，該VH及該VL分別由SEQ ID NO：201及211的聚核苷酸序列編碼。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：94、102、112、121、130及140的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV1-02(SEQ ID NO：175)的重鏈架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：150的VH及為SEQ ID NO：159的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：95、103、113、122、131及141的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV4-30-4(SEQ ID NO：176)的重鏈架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：151的VH及為SEQ ID NO：160的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：96、104、114、123、132及142的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV1-03(SEQ ID NO：177)的重鏈架構及衍生自IGKV1-33(SEQ ID NO：183)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：152的VH及為SEQ ID NO：161的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV1-03(SEQ ID NO：177)的重鏈架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：98、106、116、125、134及144的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含衍生自IGHV2-26(SEQ ID NO：178)的重鏈架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)的輕鏈架構。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分包含為SEQ ID NO：154的VH及為SEQ ID NO：163的VL。
在一些實施例中，該抗體或其抗原結合部分增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係根據實例14中描述的方法藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增強來評估。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
本發明之特異性結合PD-1的例示性拮抗性抗體的VH、VL、HCDR及LCDR序列係顯示於表3。
雖然實例中所說明之實施例包含可變區對(一個來自重鏈而另一個來自輕鏈)，本領域具通常知識者會認知到替代實施例可包含單一重鏈或輕鏈可變區。單一可變區可用來篩選出能夠形成兩域特異性抗原結合片段(例如能夠結合人類TIM-3)的可變域。可藉由類似於本文所述之噬菌體展示篩選方法來完成篩選。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係多特異性抗體。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係雙特異性抗體。
在一些實施例中，該雙特異性抗體或該多特異性抗體會結合PD-1(SEQ ID NO：1)、PD-L1(SEQ ID NO：5)、PD-L2(SEQ ID NO：8)、LAG-3(SEQ ID NO：293)、CEACAM-1(SEQ ID NO：296)、CEACAM-5 (SEQ ID NO：307)、NKG2D(SEQ ID NO：282)、或TIGTI(SEQ ID NO：301)。雙特異性及多特異性抗體可使用本文所述之方法產生。
Figure 105135350-A0202-12-0110-1222
同源抗體
本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含顯示於表3、表36及表37之VH或VL胺基酸序列)的變體係在本發明之範圍內。例如，變體可以在VH及/或VL中包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代，只要與親本抗體相比時該等同源抗體保持或改善功能特性。在一些實施例中，對本發明之VH或VL胺基酸序列的序列一致性可係約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、 四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：148的VH及為SEQ ID NO：157的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：147的VH及為SEQ ID NO：155的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：149的VH及為SEQ ID NO：158的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：150的VH及為SEQ ID NO：159的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：151的VH及為SEQ ID NO：160的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：152的VH及為SEQ ID NO：161的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：154的VH及為SEQ ID NO：163的VL， 其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL，其中該VH、該VL或該VH及該VL兩者可選地包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：145、146、147、148、149、150、151、152、153、154或172之VH至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：155、156、157、158、159、160、161、162、163或173之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：145、146、147、148、149、150、151、152、153、154或172之VH至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH以及具有與SEQ ID NO：155、156、157、158、159、160、161、162、163或173之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：145之VH及SEQ ID NO：155之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：148之VH及SEQ ID NO：157之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：147之VH及SEQ ID NO：155之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相 同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：149之VH及SEQ ID NO：158之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：150之VH及SEQ ID NO：159之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：151之VH及SEQ ID NO：160之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：152之VH及SEQ ID NO：161之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：153之VH及SEQ ID NO：162之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：154之VH及SEQ ID NO：163之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含具有與SEQ ID NO：172之VH及SEQ ID NO：173之VL至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的胺基酸序列的VH及VL。可選地，來自該等序列號(SEQ ID NO)之序列的任何變異均不在CDR內。
當與親本TIM-3抗體相比時，本文所述之本發明的同源抗體具有實質上相似的功能。
帶有保守修飾的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含：包含HCDR1、HCDR2及HCDR3序列的VH及包含LCDR1、LCDR2及LCDR3序列的VL，其中該等CDR序列中的一或多者包含基於本文所述抗體(例如顯示於表3、表36或表37之抗體)之 指定的胺基酸序列或其保守修飾，且其中該等抗體保留本發明之特異性結合TIM-3的親本拮抗性抗體的所需功能特性。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：90、99、107、117、126及135的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：91、99、109、119、128及137的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：92、100、110、117、126及135的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：93、101、111、120、129及139的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：94、102、112、121、130及140 的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：95、103、113、122、131及141的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：96、104、114、123、132及142的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NO：98、106、116、125、134及144的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，及其保守修飾。
「保守修飾」係指如本文所述之修飾。
帶有特定架構序列的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含源自特定人類生殖細胞系(germline)免疫球蛋白序列的VH及VL。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)、IGHV1-02(SEQ ID NO：175)、IGHV4-30-4(SEQ ID NO：176)、IGHV1-03(SEQ ID NO：177)、IGHV2-26(SEQ ID NO：178)或IGHV5-51(SEQ ID NO：179)之VH架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGKV3-20(A27)(SEQ ID NO：180)、IGKV3-11(L6)(SEQ ID NO：171)、IGKV4-1(B3)(SEQ ID NO：181)、IGKV1-39)(O12)(SEQ ID NO：182)或IGKV1-33(O18)(SEQ ID NO：183)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)之VH架構及衍生自IGKV3-20(SEQ ID NO：180)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)之VH架構及衍生自IGKV3-11(SEQ ID NO：171)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV3-23(SEQ ID NO：174)之VH架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV1-02(SEQ ID NO：175)之VH架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV4-30-4(SEQ ID NO：176)之VH架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV1-03(SEQ ID NO：177)之VH架構及衍生自IGKV1-33(SEQ ID NO：183)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV1-03(SEQ ID NO：177)之VH架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV2-26(SEQ ID NO：178)之VH架構及衍生自IGKV4-1(SEQ ID NO：181)之VL架構。
本發明亦提供一種特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含衍生自IGHV5-51(SEQ ID NO：179)之VH架構及衍生自IGKV1-39(SEQ ID NO：182)之VL架構。
包含「衍生自」特定架構或生殖細胞系序列的重鍊或輕鏈可變區的本發明之抗體係指從使用人類生殖細胞系免疫球蛋白基因的系統獲得的抗體，例如來自轉基因小鼠或來自如本文所討論之噬菌體展示庫。由於例如天然存在的體細胞突變或有意取代(intentional substitution)，「衍生 自」特定架構或生殖細胞系序列的抗體與其來源的序列相比可能含有胺基酸差異。
具有某些VH及VL架構序列的例示性特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係顯示於表38中。
雙特異性抗PD-1/TIM-3抗體
本發明亦提供拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中增強的抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增加來評估。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量； 以小於約1nM的KD結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；以小於約100nM的KD結合食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量；或以小於約1nM的KD結合食蟹獼猴PD-1；其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增加來評估)並以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增加來評估)，並以小於約1nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增加來評估)並以小於約100nM的平衡解離 常數(KD)結合食蟹獼猴PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化(其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增加來評估)並以小於約1nM的平衡解離常數(KD)結合食蟹獼猴PD-1(其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25測量)。
可評估本文中所述之本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞活化、抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9結合的能力，並且可以使用本文所述之方法評估其對人類或食蟹獼猴PD-1或TIM-3的結合動力學。
例如，CD137可被用作為抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞活化的標記。在存在或不存在測試抗體(例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體)的情況下培養的T細胞上可測量CD137表面表現，其係使用抗CD137抗體及與例如螢光染料共軛的第二抗體。評估在存在或不存在測試抗體的情況下培養的T細胞上獲得的信號的統計顯著差異。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)內結合TIM-3。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)內結合TIM-3。
在一些實施例中，本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：82、83及84的重鏈互補決定區(HCDR)1、HCDR2及HCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：82、83及85的HCDR1、HCDR2及HCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：86、87及88的輕鏈互補決定區(LCDR)1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：82、83及84的HCDR1、HCDR2及HCDR3，以及分別為SEQ ID NO：86、87及88的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：82、83及85的HCDR1、HCDR2及HCDR3，以及分別為SEQ ID NO：86、87及88的LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：164、165及166的HCDR1、HCDR2及HCDR3胺基酸序列。
在一些實施例中，該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：167、168及169的LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。
在一些實施例中，該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：164、165及166的HCDR1、HCDR2及HCDR3胺基酸序列，以及分別為SEQ ID NO：167、168及169的LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。
在一些實施例中，該第一結構域包含下列之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：10、13、16、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、13、16、21、26及32；分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、27及33；分別為SEQ ID NO：10、14、16、22、26及34；分別為SEQ ID NO：10、14、16、23、28及35；分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、13、17、20、26及36；分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、17、21、27及37；分別為SEQ ID NO：10、13、17、23、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、17、22、26及32；分別為SEQ ID NO：10、13、18、20、26及31；分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、26及31； 分別為SEQ ID NO：10、13、19、20、26及31；分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、26及31；分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、28及35；分別為SEQ ID NO：10、14、17、22、26及34；分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32；分別為SEQ ID NO：12、13、19、24、26及38；分別為SEQ ID NO：12、13、19、20、29及39；分別為SEQ ID NO：11、15、18、20、30及32；分別為SEQ ID NO：11、15、18、25、26及40；分別為SEQ ID NO：11、15、18、24、26及32；或分別為SEQ ID NO：66、67、68、69、70及71。
在一些實施例中，該第二結構域包含下列之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3：分別為SEQ ID NO：90、99、107、117、126及135；分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136；分別為SEQ ID NO：91、99、109、119、128及137；分別為SEQ ID NO：92、100、110、117、126及135；分別為SEQ ID NO：93、101、111、120、129及139；分別為SEQ ID NO：94、102、112、121、130及140；分別為SEQ ID NO：95、103、113、122、131及141；分別為SEQ ID NO：96、104、114、123、132及142；分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143；或 分別為SEQ ID NO：98、106、116、125、134及144。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64的VH，該VH可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65的VL，該VL可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64的VH以及為SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62及65的VL，該VH、該VL、或該VH及該VL可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：145、146、147、148、149、150、151、152、153、154或172的VH，該VH可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：155、156、157、158、159、160、161、162、163或173的VL，該VL可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：145、146、147、148、149、150、151、152、153、154或172的VH以及為SEQ ID NO：155、156、157、158、159、160、161、162、163或173的VL，該VH及該VL可選地具有一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或十五個保守胺基酸取代。可選地，任何取代均不在CDR內。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：50的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：51的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：52的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：53的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：54的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：50的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：55的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：56的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：57的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：44的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：46的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：49的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：53的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：52的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：59的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：61的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：62的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：63的VH及為SEQ ID NO：65的VL。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：148的VH及為SEQ ID NO：157的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：147的VH及為SEQ ID NO：155的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：149的VH及為SEQ ID NO：158的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：150的VH及為SEQ ID NO：159的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：151的VH及為SEQ ID NO：160的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：152的VH及為SEQ ID NO：161的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：154的VH及為SEQ ID NO：163的VL。
在一些實施例中，該第二結構域包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二 結構域包含分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基32至47(WGKGACPVFECGNVVL)(SEQ ID NO：261)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且該第二結構域包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，包含F405L及/或K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，包含F405L及K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含重鏈取代S228P。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：241、188、245或194的第一重鏈(HC1)、第一輕鏈(LC1)、第二重鏈(HC2)及第二輕鏈(LC2)。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：186、188、191或194的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：186、188、248或194的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：243、188、246或194的HC1、LC1、HC2及LC2。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症。
該抗體適合用於治療，例如治療實體腫瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療黑色素瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療肺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療非小細胞肺癌(NSCLC)。
該抗體適合用於治療，例如治療鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療非鱗狀NSCLC。
該抗體適合用於治療，例如治療肺腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腎細胞癌(RCC)。
該抗體適合用於治療，例如治療間皮瘤。
該抗體適合用於治療，例如治療鼻咽癌(NPC)。
該抗體適合用於治療，例如治療結腸直腸癌(colorectal cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療前列腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療閹割抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療胃癌(stomach cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療卵巢癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胃部癌(gastric cancer)。
該抗體適合用於治療，例如治療肝癌。
該抗體適合用於治療，例如治療胰腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療甲狀腺癌。
該抗體適合用於治療，例如治療頭頸部鱗狀細胞癌。
該抗體適合用於治療，例如治療食道或胃腸道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療乳癌。
該抗體適合用於治療，例如治療輸卵管癌。
該抗體適合用於治療，例如治療腦癌。
該抗體適合用於治療，例如治療尿道癌。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮內膜異位。
該抗體適合用於治療，例如治療子宮頸癌。
該抗體適合用於治療，例如治療癌症的轉移病灶。
該抗體適合用於治療正在接受抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療正在接受抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療或已接受過該治療的個體。
該抗體適合用於治療以抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療以抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療難以治療的個體。
該抗體適合用於治療在以抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：230的VH及為SEQ ID NO：231的VL，例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
該抗體適合用於治療在以抗PD-1抗體(包含為SEQ ID NO：232的VH及為SEQ ID NO：233的VL，例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療後具有復發性腫瘤的個體。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：66、67、68、69、70及71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該雙特異性PD-1/TIM-3抗體在TIM-3殘基90至102(RIQIPGIMNDEKF)(SEQ ID NO：263)及殘基50至56(DERDVNY)(SEQ ID NO：262)內結合TIM-3。
在一些實施例中，該雙特異性PD-1/TIM-3抗體抑制TIM-3與半乳糖凝集素-9的結合。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且該第二結構域包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，包含F405L及/或K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，包含F405L及K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含重鏈取代S228P。
在一些實施例中，該經單離之雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：187、189、190及193的HC1、LC1、HC2及LC2。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：66、67、68、69、70及71的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：91、99、108、118、127及136的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL且該第二結構域包含為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，包含F405L及/或K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，包含F405L及K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含重鏈取代S228P。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：187、189、191及194的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該經單離之雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：242、189、246及194的HC1、LC1、HC2及LC2。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且該第二結構域包含為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，包含F405L及/或K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，包含F405L及K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含重鏈取代S228P。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：186、188、192及195的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：241、188、244及195的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：243、188、247及195的HC1、LC1、HC2及LC2。
在一些實施例中，該抗體增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化係根據實例14中描述的方法藉由測量抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞上CD137表面表現的統計顯著增強來評估。
本發明亦提供一種經單離之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，其中該第一結構域包含分別為SEQ ID NO：10、14、17、23、26及32的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3，且該第二結構域包含分別為SEQ ID NO：97、105、115、124、133及143的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3。
在一些實施例中，該第一結構域包含為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL且該第二結構域包含為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：156的VL。
在一些實施例中，該抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，包含F405L及/或K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG2同型，當與野生型IgG2相比時可選地包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時可選地包含S228P取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，包含F405L及K409R取代。
在一些實施例中，該抗體係IgG4同型，當與野生型IgG4相比時包含重鏈取代S228P。
在一些實施例中，該經單離之雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含分別為SEQ ID NO：186、188、190及193的HC1、LC1、HC2及LC2。
本發明之例示性拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體具有如表4及表5中所示的某些VH、VL、HCDR及LCDR序列。
Figure 105135350-A0202-12-0142-1223
Figure 105135350-A0202-12-0142-1224
工程及修飾抗體
本發明之抗體可進一步被工程化以產生與親本抗體相比具有相似或改變性質的修飾抗體。可在本發明之抗體中工程改造VH、VL、VH和VL、恆定區、VH架構、VL架構、或六個CDR中的任一個或全部。
本文中所用之用語「本發明之抗體」係指如本文中所述之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、及拮 抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體(包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域，例如雙特異性PD-1/TIM-3抗體)。
本發明之抗體可藉由CDR移植來工程化。本文所述的本發明之抗體的一或多個CDR序列可移植到不同的架構序列。CDR移植可使用本文所述之方法及習知方法進行。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體或雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含：包含SEQ ID NO：10、11或12之HDCR1、SEQ ID NO：13、14或15之HCDR2、SEQ ID NO：16、17、18或19之HCDR3的VH，及包含SEQ ID NO：20、21、22、23、24或25之LCDR1、SEQ ID NO：26、27、28、29或30之LCDR2、及/或SEQ ID NO：31、32、33、34、35、36、37、38、39或40之LCDR3的VL，其中該VH架構係衍生自除VH1-69(SEQ ID NO：170)以外之VH架構且該VL架構係衍生自IGKV3-11(SEQ ID NO：171)以外之VL架構。
在一些實施例中，本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或雙特異性PD-1/TIM-3抗體包含SEQ ID NO：90、91、92、93、94、95、96、97或98之HDCR1、SEQ ID NO：99、100、101、102、10、104、105或106之HCDR2、SEQ ID NO：107、108、109、110、111、112、113、114、115或116之HCDR3，及包含SEQ ID NO：117、118、119、120、121、122、123、124或125之LCDR1、SEQ ID NO：126、127、128、129、130、131、132、133或134之LCDR2、及/或SEQ ID NO：135、136、137、139、140、141、142、143或144之LCDR3的VL，其中該VH架構係衍生自除IGHV3-23(SEQ ID NO：174)、IGHV1-02(SEQ ID NO：175)、 IGHV4-30-4(SEQ ID NO：176)、IGHV1-03(SEQ ID NO：177)、IGHV2-26(SEQ ID NO：178)或IGHV5-51(SEQ ID NO：179)以外之人類VH生殖系基因序列，且該VL架構係衍生自除IGKV3-20(A27)(SEQ ID NO：180)、IGKV3-11(L6)(SEQ ID NO：171)、IGKV4-1(B3)(SEQ ID NO：181)、IGKV1-39(O12)(SEQ ID NO：182)或IGKV1-33(O18)(SEQ ID NO：183)以外之人類VL生殖系基因序列。
要使用的架構序列可以從包括生殖系抗體基因序列的公共DNA數據庫或公開的參考文獻獲得。例如，生殖系DNA及人類重鏈及輕鏈可變區基因所編碼之蛋白質序列可在IMGT®(國際ImMunoGeneTics信息系統®(http：//_www-imgt_org))找到。可用於替換本發明之抗體中現有架構序列的架構序列可以是在VH或VL的整個長度上或在FR1、FR2、FR3及FR4的長度上顯示與親本架構有最高百分比同一性的那些架構序列。此外，可基於VH及VL、CDR1及CDR2長度或相同的LCDR1、LCDR2、LCDR3、HCDR1及HCDR2正則結構(canonical structure)進一步選擇合適的架構。可使用習知的方法來選擇合適的架構，例如美國專利第8,748,356號中描述的人類架構適應或美國專利第7,709,226號中描述的超人化(superhumanization)。
親本及工程抗體的架構序列可進一步被修飾，例如藉由回復突變(backmutation)來恢復及/或改善所產生的抗體與抗原的結合，如例如美國專利第6,180,370號中所述。親本或工程抗體的架構序列可進一步藉由突變架構區(或一或多個CDR區)內的一或多個殘基來修飾，以去除T細胞表位，從而降低抗體的潛在免疫性(immunogenicity)。此方法亦稱為 「去免疫化(deimmunization)」並經進一步詳細描述於美國專利公開號US20070014796中。
本發明之抗體的CDR殘基可經突變以改善該等抗體對PD-1、TIM-3、或PD-1及TIM-3的親和力。
本發明之抗體的CDR殘基可被突變以例如最小化轉譯後修飾的風險。用於脫胺(NS)、酸催化水解(DP)、異構化(DS)、或氧化(W)的推定模體(putative motif)的胺基酸殘基可被任何天然存在的胺基酸取代以誘變(mutagenize)該等模體，並且可使用本文所述之方法測試所生成之抗體的功能性及穩定性。
可對本發明之抗體進行Fc取代以調節抗體效應功能及藥物動力學性質。在傳統的免疫功能中，抗體-抗原複合物與免疫系統細胞的交互作用導致廣泛的反應，範圍從效應功能(例如抗體依賴性細胞毒性、肥大細胞去顆粒(mast cell degranulation)、及吞噬作用)至免疫調節信號(例如調節淋巴球增殖及抗體分泌)。所有這些交互作用藉由抗體或免疫複合物的Fc結構域與造血細胞(hematopoietic cell)上的特化細胞表面受體的結合來引發。由抗體及免疫複合物觸發的細胞反應的多樣性起因於三種Fc受體：FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)、及FcγRIII(CD16)的結構異質性。FcγRI(CD64)、FcγRIIA(CD32A)及FcγRIII(CD16)係「活化性Fcγ受體(activating Fcγ receptor)」(即免疫系統增強)；FcγRIIB(CD32B)係「抑制性Fcγ受體(inhibiting Fcγ receptor)」(即免疫系統抑制)。與FcRn受體的結合會調節抗體半衰期。
在一些實施例中，本發明之拮抗性抗體在Fc區中包含至少一個取代。
在一些實施例中，本發明之拮抗性抗體包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個、十三個、十四個或可被取代以調節抗體半衰期的Fc位置係那些在例如Dall’Acqua et al.,(2006)J Biol Chem 281：23514-240、Zalevsky et al.,(2010)Nat Biotechnol 28：157-159、Hinton et al.,(2004)J Biol Chem 279(8)：6213-6216、Hinton et al.,(2006)J Immunol 176：346-356、Shields et al.(2001)J Biol Chem 276：6591-6607、Petkova et al.,(2006).Int Immunol 18：1759-1769、Datta-Mannan et al.,(2007)Drug Metab Dispos,35：86-94,2007、Vaccaro et al.,(2005)Nat Biotechnol 23：1283-1288、Yeung et al.,(2010)Cancer Res,70：3269-3277及Kim et al.,(1999)Eur J Immunol 29：2819中所述者，且包括位置250、252、253、254、256、257、307、376、380、428、434及435。可單獨或組合進行的例示性取代係T250Q、M252Y、I253A、S254T、T256E、P257I、T307A、D376V、E380A、M428L、H433K、N434S、N434A、N434H、N434F、H435A及H435R取代。可進行來增加抗體半衰期的例示性單個或組合取代係M428L/N434S、M252Y/S254T/T256E、T250Q/M428L、N434A及T307A/E380A/N434A取代。可進行來減少抗體半衰期的例示性單個或組合取代係H435A、P257I/N434H、D376V/N434H、M252Y/S254T/T256E/H433K/N434F、T308P/N434A及H435R取代。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中的胺基酸位置250、252、253、254、256、257、307、376、380、428、434或435包含至少一個取代。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其係選自由T250Q、M252Y、I253A、S254T、T256E、P257I、T307A、D376V、E380A、M428L、H433K、N434S、N434A、N434H、N434F、H435A及H435R所組成之群組。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其係選自由M428L/N434S、M252Y/S254T/T256E、T250Q/M428L、N434A、T307A/E380A/N434A、H435A、P257I/N434H、D376V/N434H、M252Y/S254T/T256E/H433K/N434F、T308P/N434A及H435R所組成之群組。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其減少該抗體與活化性Fcγ受體(FcγR)的結合及/或降低Fc效應功能(例如C1q結合、補體依賴性細胞毒性(CDC)、抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)或吞噬作用(ADCP))。
可被取代以減少抗體與活化性FcγR的結合並隨後降低效應功能的Fc位置係那些在例如Shields et al.,(2001)J Biol Chem 276：6591-6604、國際專利申請案公開號WO2011/066501、美國專利第6,737,056及5,624,821號、Xu et al.,(2000)Cell Immunol,200：16-26、Alegre et al.,(1994)Transplantation 57：1537-1543、Bolt et al.,(1993)Eur J Immunol 23：403-411、Cole et al.,(1999)Transplantation,68：563-571、Rother et al.,(2007)Nat Biotechnol 25：1256-1264、Ghevaert et al.,(2008)J Clin Invest 118：2929-2938、An et al.,(2009)mAbs,1：572-579中所述者並包括位置214、233、234、235、236、237、238、265、267、268、270、295、297、309、327、328、329、330、331及365。可單獨或組合進行的例示性取代係IgG1、IgG2、IgG3或IgG4中的K214T、E233P、L234V、L234A、G236之缺失、V234A、F234A、L235A、G237A、P238A、P238S、D265A、S267E、H268A、H268Q、Q268A、N297A、A327Q、P329A、D270A、Q295A、V309L、A327S、L328F、A330S及P331S取代。導致具有降低的ADCC的抗體的例示性組合取代係下列取代：IgG1上的L234A/L235A、IgG2上的V234A/G237A/P238S/H268A/V309L/A330S/P331S、IgG4上的F234A/L235A、IgG4上的S228P/F234A/L235A、所有Ig同型上的N297A、IgG2上的V234A/G237A、IgG1上的K214T/E233P/L234V/L235A/G236缺失/A327G/P331A/D365E/L358M、IgG2上的H268Q/V309L/A330S/P331S、IgG1上的S267E/L328F、IgG1上的L234F/L235E/D265A、IgG1上的L234A/L235A/G237A/P238S/H268A/A330S/P331S、IgG4上的S228P/F234A/L235A/G237A/P238S、及IgG4上的S228P/F234A/L235A/G236缺失/G237A/P238S。也可以使用混合的IgG2/4 Fc結構域，例如具有來自IgG2的殘基117至260及來自IgG4的殘基261至447的Fc。
可在IgG4抗體中進行習知的S228P取代以增強IgG4的穩定性。
在一些實施例中，本發明之抗體在殘基位置214、233、234、235、236、237、238、265、267、268、270、295、297、309、327、328、329、330、331或365之至少一者包含取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含至少一個取代，其係選自由K214T、E233P、L234V、L234A、G236之缺失、V234A、F234A、L235A、G237A、P238A、P238S、D265A、S267E、H268A、H268Q、Q268A、N297A、A327Q、P329A、D270A、Q295A、V309L、A327S、L328F、A330S及P331S所組成之群組，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體在殘基位置228、234、235、237、238、268、330或331之至少一者包含取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含S228P取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含V234A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含F234A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含G237A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含P238S取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含H268A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含Q268A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含A330S取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含P331S取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含L234A、L235A、G237A、P238S、H268A、A330S及P331S取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含F234A、L235A、G237A、P238S及Q268A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含L234A、L235A或L234A及L235A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含F234A、L235A或F234A及L235A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體包含S228P、F234A及L235A取代，其中殘基編號係依據EU索引。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其增強該抗體與Fcγ受體(FcγR)的結合及/或增強Fc效應功能(例如C1q結合、補體依賴性細胞毒性(CDC)、抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)或吞噬作用(ADCP))。
除了它們的免疫調節活性之外，本發明之PD-1或TIM-3抗體可透過抗體介導的效應功能(例如透過ADCC、ADCP或CDC)直接殺死表現PD-1及/或TIM-3的腫瘤細胞。
可被取代以增加抗體與活化性Fcγ的結合及/或增強抗體效應功能的Fc位置係那些在例如美國專利第6,737,056號、美國專利公開號2015/0259434、Shields et al.,(2001)J Biol Chem 276：6591-6604、Lazar et al.,(2006)Proc Natal Acad Sci,103：4005-4010、Stavenhagen et al.,(2007)Cancer Res 67：8882-8890、Richards et al.,(2008)Mol Cancer Ther 7：2517-2527、Diebolder et al.,Science；published online March 13,2014；doi：10.1126/science.1248943中所述者，且包括位置236、239、243、256、290、292、298、300、305、312、326、330、332、333、334、345、360、339、378、396或430(殘基編號依據EU索引)。可單獨或組合進行的例示性取代係G236A、S239D、F243L、T256A、K290A、R292P、S298A、Y300L、V305L、K326A、A330K、I332E、E333A、K334A、A339T及P396L。導致具有增加的ADCC或ADCP的抗體的例示性組合取代係IgG1上的S239D/I332E、S298A/E333A/K334A、F243L/R292P/Y300L、F243L/R292P/Y300L/P396L、F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L及G236A/S239D/I332E取代。
可被取代以增強抗體之CDC的Fc位置係那些在例如國際專利申請案公開號WO2014/108198、Idusogie et al.,(2001)J Immunol 166：2571-2575及Moore et al.,(2010)Mabs,2：181-189中所述者，且包括位置267、268、324、326、333、345及430。可單獨或組合進行的例示性取代係S267E、H268F、S324T、K326A、K326W、E333A、E345K、E345Q、E345R、E345Y、E430S、E430F及E430T取代。導致具有增加的CDC的抗體的例示性組合取代係IgG1上的K326A/E333A、K326W/E333A、H268F/S324T、S267E/H268F、S267E/S324T及S267E/H268F/S324T取代。
「抗體依賴性細胞毒性」、「抗體依賴性細胞媒介的細胞毒性」或「ADCC」是一種誘導細胞死亡的機制，其取決於抗體包覆的目標細胞與具有裂解活性的效應細胞(諸如自然殺手細胞、單核球、巨噬細胞及嗜中性球)之間透過效應細胞上表現的Fcγ受體(FcγR)的相互作用。例如，NK細胞表現FcγRIIIa，而單核球表現FcγRI、FcγRII及FcγRIIIa。抗體包覆的目標細胞(諸如PD-1或TIM-3表現細胞)的死亡會發生是由於效應細胞分泌膜孔形成蛋白(membrane pore-forming protein)及蛋白酶的活性。為了評估抗本發明之抗體的ADCC活性，可將該抗體加入至TIM-3或PD-1表現細胞與免疫效應細胞的組合，該免疫效應細胞可被抗原抗體複合物活化而造成目標細胞的細胞裂解。細胞裂解可透過從裂解細胞中釋放的標記(例如放射性基質、螢光染料或天然的細胞內蛋白)來檢測。用於該等測定之例示性效應細胞包括周邊血液單核細胞(PBMC)及NK細胞。例示性目標細胞包括內源或重組表現TIM-3或PD-1的細胞。在一例示性測定中，目標細胞以1個目標細胞與50個效應細胞的比率使用。將目標細胞以 BATDA(PerkinElmer)在37預標記20分鐘，洗滌兩次並再懸浮於DMEM、10%熱滅活(heat-inactivated)FBS、2mM L-麩醯胺酸(均來自Invitrogen)。將目標(1×104個細胞)及效應細胞(0.5×106個細胞)合併並將100μl的細胞加至96孔U底盤的孔中。加入帶有或不帶有測試抗體的另外100μl。將該等盤在200g離心3分鐘，在37培養2小時，然後再次在200g離心3分鐘。每孔除去總共20μl的上清液並藉由加入200μl的DELPHIA銪基試劑(Europium-based reagent)(PerkinElmer)來測量細胞裂解。將數據相對於使用0.67% Triton X-100(Sigma Aldrich)的最大細胞毒性及在沒有任何抗體的情況下由目標細胞自發釋放的BATDA所判定之最小對照值正規化。本發明之抗體可誘導ADCC達約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
「抗體依賴性細胞吞噬作用」(「ADCP」)係指一種透過吞噬細胞(諸如巨噬細胞或樹突細胞)內化(internalization)以消滅抗體包覆的目標細胞的機制。ADCP可藉由使用衍生自單核球的巨噬細胞作為效應細胞以及使用表現TIM-3或PD-1的道迪(Daudi)細胞(ATCC® CCL-213TM)或B細胞白血病或淋巴瘤或腫瘤細胞作為目標細胞來評估，該等目標細胞係經工程改造以表現GFP或其他標記分子。效應：目標細胞比可為例如4：1。可將效應細胞與目標細胞在存在或不存在本發明之抗體的情況下一起培養4小時。培養後，使用細胞剝離液(accutase)將細胞分離。巨噬細胞可用偶接螢光標記的抗CD11b及抗CD14抗體來鑑定，且吞噬作用百分比可根據在該等CD11+CD14+巨噬細胞中的GFP螢光百分比使用標準方法判定。 本發明之抗體可誘導ADCP達約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
「補體依賴性細胞毒性(complement-dependent cytotoxicity)」或「CDC」係指一種誘導細胞死亡的機制，其中與目標結合的抗體的Fc效應域結合並活化補體成分C1q，其轉而再活化補體級聯反應而導致目標細胞死亡。補體的活化亦可造成補體成分沉積在該目標細胞表面上，藉由結合白血球上的補體受體(例如CR3)而促進ADCC。TIM-3或PD-1表現細胞的CDC可藉由例如下列步驟來測量：將道迪(Daudi)細胞以每孔1×105個細胞(50μl/孔)種於RPMI-B(添加有1% BSA的RPMI)中、在該等孔中加入50μl測試抗體使最終濃度在0-100μg/ml之間、將該反應於室溫培養15分鐘、在該等孔中加入11μl的匯集人類血清、及將該反應於37培養45分鐘。裂解細胞百分比(%)可使用標準方法以FACS測定中碘化丙錠染色的細胞百分比來偵測。本發明之抗體可誘導CDC達約20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100%。
本文中所述之本發明之抗體誘導ADCC的能力可藉由工程改造其寡醣組分來增強。人類IgG1或IgG3係在Asn297處經N-醣基化並且大部分聚醣係呈廣為周知之雙觸角(biantennary)G0、G0F、G1、G1F、G2或G2F形式。由未經工程改造之CHO細胞所生產之抗體典型具有約至少85%之聚醣海藻糖(glycan fucose)含量。自附接至Fc區之雙觸角複合型寡醣移除核心海藻糖經由改善FcγRIIIa結合且不改變抗原結合或CDC活性來增強抗體之ADCC。該等mAb可使用已報導會導致成功表現相對高 量去海藻糖基化(defucosylated)抗體(帶有雙觸角複合型之Fc寡醣)的不同方法來達成，諸如控制培養滲透壓(Konno et al.,(2012)Cytotechnology 64：249-65)、應用變異體CHO株Lec13作為宿主細胞系(Shields et al.,(2002)J Biol Chem 277：26733-26740)、應用變異體CHO株EB66作為宿主細胞系(Olivier et al.,MAbs；2(4),2010；紙本發行前之電子發行版本；PMID：20562582)、應用大鼠融合瘤細胞系YB2/0作為宿主細胞系(Shinkawa et al.,(2003)J Biol Chem 278：3466-3473)、引入專門針對α 1,6-岩藻糖基轉移酶(1,6-fucosyltrasferase,FUT8)基因之短小干擾RNA(Mori et al.,(2004)Biotechnol Bioeng 88：901-908)、或共表現β-1,4-N-乙醯葡萄糖胺基轉移酶III(β-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase III)及高基氏α-甘露糖苷酶II(Golgi α-mannosidase II)或基夫鹼(kifunensine)(一種強效α-甘露糖苷酶I抑制劑)(Ferrara et al.,(2006)J Biol Chem 281：5032-5036,Ferrara et al.,(2006)Biotechnol Bioeng 93：851-861；Xhou et al.,(2008)Biotechnol Bioeng 99：652-65)。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個會增強該抗體之效應功能的取代。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中的胺基酸位置236、239、243、256、267、268、290、292、298、300、305、312、324、326、330、332、333、334、345、360、339、378、396或430包含至少一個取代。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其係選自由G236A、S239D、F243L、T256A、K290A、R292P、 S298A、Y300L、V305L、K326A、A330K、I332E、E333A、K334A、A339T、P396L、S267E、H268F、S324T、K326A、K326W、E333A、E345K、E345Q、E345R、E345Y、E430S、E430F及E430T所組成之群組。
在一些實施例中，本發明之抗體在抗體Fc中包含至少一個取代，其係選自由S239D/I332E、S298A/E333A/K334A、F243L/R292P/Y300L、F243L/R292P/Y300L/P396L、F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L、G236A/S239D/I332E、K326A/E333A、K326W/E333A、H268F/S324T、S267E/H268F、S267E/S324T及S267E/H268F/S324T所組成之群組。
在一些實施例中，本發明之抗體具有雙觸角聚醣結構，其海藻糖含量約在0%至約15%之間，例如15%、14%、13%、12%、11%10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或0%。
在一些實施例中，本發明之抗體具有雙觸角聚醣結構，其海藻糖含量為約50%、40%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或0%。
Fc中的取代及減少的海藻糖含量可增強本發明之特異性結合TIM-3或PD-1的拮抗性抗體的ADCC活性。具有增強的ADCC、ADCP及/或CDC活性的TIM-3或PD-1抗體可用於治療患有TIM-3及/或PD-1表現腫瘤(包括原血紅素惡性腫瘤(heme malignancy))的患者。
「海藻糖含量(Fucose content)」意指Asn297處糖鏈中海藻糖單醣的量。海藻糖的相對量係含海藻糖的結構相對於所有醣類結構的百 分比。這些可藉由多種方法來定性及定量，例如：1)使用經N-醣苷酶F處理過的樣本(例如複合、雜合及低聚及高甘露糖(oligo-and high-mannose)結構)的MALDI-TOF，如在國際專利申請案公開號WO2008/077546中所述；2)酶促釋放Asn297聚醣，隨後衍生化並藉由HPLC(UPLC)以螢光檢測及/或HPLC-MS(UPLC-MS)來檢測/定量；3)天然或還原mAb的完整蛋白質分析，將Asn297聚醣以Endo S或其他會在第一與第二GlcNAc單醣之間切割而留下連接至第一GlcNAc的海藻糖的酵素處理或不經處理；4)以酶消化法(enzymatic digestion)(例如胰蛋白酶或內肽酶Lys-C)將mAb消化成構成分(constituent)肽，隨後以HPLC-MS(UPLC-MS)分離、檢測及定量；或5)用PNGase F在Asn 297進行特異性酶促去醣基化(specific enzymatic deglycosylation)以將mAb寡醣從mAb蛋白分離。該等釋放出的寡醣可用螢光團標記，藉由各種互補的技術分離和鑑定，該等技術允許：藉由基質輔助雷射脫附游離(MALDI)質譜術比較實驗質量與理論質量以精細定性聚醣結構、藉由離子交換HPLC(GlycoSep C)測定唾液酸化(sialylation)程度、藉由正相HPLC(GlycoSep N)根據親水性標準(hydrophilicity criteria)分離及定量寡醣形式、及藉由高效毛細管電泳-雷射誘導螢光(HPCE-LIF)分離及定量寡醣。
「低海藻糖(Low fucose)」或「低海藻糖含量(low fucose content)」係指抗體的海藻糖含量為約0%至15%。
「正常海藻糖(Normal fucose)」或「正常海藻糖含量(normal fucose content)」係指抗體的海藻糖含量約超過50%，一般而言約超過60%、70%、80%或超過85%。
本發明之抗體可藉由下列方法被轉譯後修飾(post-translationally modified)：諸如醣基化、異構化、去醣基化或非天然發生之共價修飾(諸如加入聚乙二醇部分(PEG化(pegylation))及脂質化。此等修飾可發生在活體內或活體外。舉例而言，本文中所述之本發明之抗體可與聚乙二醇共軛(聚乙二醇化(PEGylated))以改善其藥物動力學特性。共軛可藉由所屬領域中具有通常知識者習知之技術來進行。治療性抗體與PEG的共軛已顯示會增強藥效學，同時不干擾功能(Knigh et al.,(2004)Platelets 15：409-18；Leong et al.,(2001)Cytokine 16：106-19；Yang et al.,(2003)Protein Eng 16：761-70)。
經修飾以改善穩定性、選擇性、交叉反應性、親和力、免疫性(immunogenicity)或其他所欲生物或生物物理性質的本發明之抗體係在本發明之範圍內。抗體穩定性會受多種因素影響，包括(1)影響抗體固有穩定性之個別域的核心堆積(core packing)、(2)對HC及LC配對具有影響的蛋白質/蛋白質介面交互作用、(3)極性及帶電荷殘基之埋藏、(4)極性及帶電荷殘基之H鏈結網路；及(5)在其他分子內及分子間力中之表面電荷及極性殘基分布(Worn et al.,(2001)J Mol Biol 305：989-1010)。可能使結構不穩定的殘基可基於該抗體之晶體結構或者在某些情況下可藉由分子模擬來識別出來，並且殘基對於抗體穩定性之效應可藉由產生並評估在所識別之殘基中含有突變之變異體來測試。提高抗體穩定性的其中一個方式係提升熱轉移中點(thermal transition midpoint,Tm)，如由微差掃描熱量法(DSC)所測得者。一般而言，蛋白質之Tm與其穩定性相關，並且與其對於在溶液中之展開(unfolding)及變性的易感性及取決於蛋白質展開之傾向的降解過程 反相關(Remmele et al.,(2000)Biopharm 13：36-46)。多個研究發現配方物理穩定性(以DSC測得為熱穩定性)之排序(ranking)與以其他方法測得之物理穩定性間有關聯性(Gupta et al.,(2003)AAPS PharmSci 5E8；Zhang et al.,(2004)J Pharm Sci 93：3076-89；Maa et al.,(1996)Int J Pharm 140：155-68；Bedu-Addo et al.,(2004)Pharm Res 21：1353-61；Remmele et al.,(1997)Pharm Res 15：200-8)。配方研究顯示Fab之Tm具有對於一相應mAb之長期物理穩定性的涵示。
可藉由血流中的內源性循環羧肽酶從注射的抗體中除去C-末端離胺酸(CTL)(Cai et al.,(2011)Biotechnol Bioeng 108：404-412)。在製造期間，藉由控制胞外Zn2+、EDTA或EDTA-Fe3+的濃度可將CTL去除控制在小於最大水平，如在美國專利公開號US20140273092中所述。抗體中的CTL含量可使用習知方法測量。
在一些實施例中，本發明之抗體具有約10%至約90%、約20%至約80%、約40%至約70%、約55%至約70%、或約60%的C-末端離胺酸含量。
在一些實施例中，本發明之抗體具有約0%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的C-末端離胺酸含量。
產生同源抗體、具有保守修飾的抗體、以及工程及修飾抗體的方法
當與親本抗體相比時具有改變的胺基酸序列的本發明之抗體可使用標準選殖及表現技術產生。例如，可進行定點誘變或PCR介導的 誘變以引入突變，且對抗體結合或其他感興趣的性質的影響可使用習知方法及本文在實例中所述之方法來評估。
抗體同種異型(antibody allotype)
本發明之抗體可為IgG1、IgG2、IgG3或IgG4同型。
在一些實施例中，本發明之抗體係IgG1同型。
在一些實施例中，本發明之抗體係IgG2同型。
在一些實施例中，本發明之抗體係IgG3同型。
在一些實施例中，本發明之抗體係IgG4同型。
治療性抗體的免疫性(immunogenicity)與輸注反應(infusion reaction)的風險增加及治療反應的持續時間減少相關(Baert et al.,(2003)N Engl J Med 348：602-08)。治療性抗體在宿主中誘導免疫反應的程度可部分地由該抗體之同種異型決定(Stickler et al.,(2011)Genes及Immunity 12：213-21)。抗體同種異型與抗體恆定區序列中特定位置處的胺基酸序列變異相關。
表6顯示所選之IgG1、IgG2及IgG4同種異型。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體係G2m(n)、G2m(n-)、G2m(n)/(n-)、nG4m(a)、G1m(17)或G1m(17,1)同種異型。
在一些實施例中，本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係G2m(n)、G2m(n-)、G2m(n)/(n-)、nG4m(a)、G1m(17)或G1m(17,1)同種異型。
在一些實施例中，本發明之雙特異性PD-1/TIM-3抗體係G2m(n)、G2m(n-)、G2m(n)/(n-)、nG4m(a)、G1m(17)或G1m(17,1)同種異型。
Figure 105135350-A0202-12-0161-1135
抗獨特型抗體(anti-idiotypic antibody)
本發明提供一種抗獨特型抗體，其結合至本發明之抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合至本發明之抗PD-1抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：41之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：41之VH及SEQ ID NO：50之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：51之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：52之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：53之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：54之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：50之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：55之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：56之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：57之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：44之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：46之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：49之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：53之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：52之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：58之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：59之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：60之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：61之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：62之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：63之VH及SEQ ID NO：65之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：145之VH及SEQ ID NO：155之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：148之VH及SEQ ID NO：157之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：147之VH及SEQ ID NO：155之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：149之VH及SEQ ID NO：158之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：150之VH及SEQ ID NO：159之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：151之VH及SEQ ID NO：160之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：152之VH及SEQ ID NO：161之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：153之VH及SEQ ID NO：162之VL的抗體。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：154之VH及SEQ ID NO：163之VL的抗體。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合PD-1的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合PD-1的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL。
本發明亦提供一種抗獨特型抗體，其特異性結合包含SEQ ID NO：172之VH及SEQ ID NO：173之VL的抗體。
在一些實施例中，該抗獨特型抗體係用於檢測樣本中治療性抗體(例如本文中所述之本發明之抗PD-1、抗TIM-3或雙特異性PD-1/TIM-3抗體)的水平。
抗獨特型(Id)抗體係識別抗體之抗原決定位(例如互補位(paratope)或CDR)的抗體。Id抗體可為抗原阻斷或非阻斷的。抗原阻斷Id可用於檢測樣本中的游離抗體(例如本文中所述之本發明之抗PD-1、抗TIM-3或雙特異性PD-1/TIM-3抗體)。非阻斷Id可用於檢測樣本中的總抗體(游離的、部分結合抗原的、或完全結合抗原的)。Id抗體可藉由以正在製備抗Id的抗體免疫動物來製備。
抗獨特型抗體也可用作為「免疫原(immunogen)」，以在另一動物誘導免疫反應，產生所謂的抗-抗獨特型抗體(anti-anti-Id antibody)。抗-抗獨特型的表位可與誘導該抗獨特型的原始mAb之表位相同。因此，藉由使用抗mAb的獨特型決定子之抗體，可以識別表現具相同專一性之抗體的其它殖株。抗獨特型抗體可藉由任何合適的技術來變化(從而產生抗獨特型抗體變體)及/或衍生化，例如本文別處提到特異性結合PD-1或TIM-3的抗體或雙特異性PD-1/TIM-3抗體時所述的那些技術。
免疫共軛物(immunoconjugate)
「免疫共軛物」係指本發明之抗體共軛至一或多個異源分子。
在一些實施例中，本發明之抗體係共軛至一或多個細胞毒性劑或顯像劑。
例示性細胞毒性劑包括化學治療劑或藥物、生長抑制劑、毒素(例如蛋白毒素、細菌、真菌、植物、或動物來源的酶促活性毒素(enzymatically active toxin)、或其片段)、及放射性核種。
該細胞毒性劑可為一或多種藥物，例如美登木素生物鹼(mayatansinoid)(見例如美國專利第5,208,020、5,416,06號)、阿里他汀(auristatin)(諸如單甲基阿里他汀藥物部分DE及DF(MMAE及MMAF))(見例如美國專利第5,635,483、5,780,588、及7,498,298號)、尾海兔素(dolastatin)、卡奇黴素(calicheamicin)或其衍生物(見例如美國專利第5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001、及5,877,296號；Hinman et al.,(1993)Cancer Res 53：3336-3342；及Lode et al.,(1998)Cancer Res 58：2925-2928)；蒽環類藥物(anthracycline)(諸如道諾黴素(daunomycin)或阿黴素(doxorubicin))(見例如Kratz et al.,(2006)Current Med.Chem 13：477-523；Jeffrey et al.,(2006)Bioorganic & Med Chem Letters 16：358-362；Torgov et al.,(2005)Bioconj Chem 16：717-721；Nagy et al.,(2000)Proc Natl Acad Sci USA 97：829-834；Dubowchik et al,Bioorg.& Med.Chem.Letters 12：1529-1532(2002)；King et al.,(2002)J Med Chem 45：4336-4343；及美國專利第6,630,579號)、胺甲喋呤(methotrexate)、長春地辛(vindesine)、紫杉烷(諸如歐洲紫杉醇(docetaxel)、 紫杉醇(paclitaxel)、拉洛他賽(larotaxel)、替司他賽(tesetaxel)、及奧塔他賽(ortataxel))。
該細胞毒性劑亦可為酶促活性毒素或其片段，例如白喉A鏈、白喉毒素的非結合活性片段、外毒素A鏈(來自綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒素(ricin)A鏈、莫迪素(modeccin)A鏈、α-帚曲霉素(alpha-sarcin)、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹(dianthins)、美洲商陸(Phytolacca americana)蛋白(PAPI、PAPII、及PAP-S)、苦瓜(momordica charantia)抑制劑、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒素(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制劑、多花白樹毒蛋白(gelonin)、絲林黴素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚黴素(phenomycin)、伊諾黴素(enomycin)、及新月毒素(tricothecenes)。
該細胞毒性劑或顯像劑亦可為放射性核種。例示性放射性核種包括Ac-225、At-211、1-131、I-125、Y-90、Re-186、Re-188、Sm-153、Bi-212、P-32、Pb-212及Lu的放射性同位素。當放射性共軛物用於檢測時，其可包含用於閃爍圖術研究的放射性原子，例如Tc-99m或I-123，或者用於核磁共振(NMR)成像(也稱為磁共振成像(mri))的自旋標記，例如I-123、I-131、In-111、F-19、C-13、N-15或O-17。
本發明之抗體與異源分子的共軛物可使用多種雙功能蛋白偶合劑來製備，例如N-琥珀醯亞胺基-3-(2-吡啶基二硫基)丙酸酯(SPDP)、琥珀醯亞胺基-4-(N-馬來醯亞胺基甲基)環己烷-1-羧酸酯(SMCC)、亞胺基硫烷鹽(iminothiolane)(IT)、亞胺酯(imidoester)的雙官能衍生物(例如亞胺酸二甲酯(dimethyl adipimidate)HQ)、活性酯(active ester)(例如雙琥珀醯亞 胺辛二酸酯(disuccinimidyl suberate))、醛類(aldehydes)(例如戊二醛)、雙疊氮化合物(例如雙(對疊氮苯甲醯基)己二胺)、雙重氮衍生物(例如雙(對重氮苯甲醯基)-乙二胺)、二異氰酸酯(例如甲苯2,6-二異氰酸酯)、及雙活性氟化合物(例如1,5-二氟-2,4-二硝苯)。例如，蓖麻毒素(ricin)免疫毒素可如Vitetta et al.,(1987)Science 238：1098中所述製備。碳14標記的1-異硫氰基芐基-3-甲基二乙烯三胺五乙酸(MX-DTPA)係用於將放射性核苷酸與抗體共軛的例示性螯合劑。見例如W094/11026。連接子(linker)可為促進細胞毒性藥物在細胞中釋放的「可切割連接子」。例如，可使用酸不穩定(acid-labile)連接子、肽酶敏感性連接子、光不穩定連接子、二甲基連接子或含二硫化物(disulfide-containing)連接子(Chari et al.,(1992)Cancer Res 52：127-131；美國專利第5,208,020號)。
本發明之抗體與異源分子的共軛物可用交聯劑試劑製備，例如BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、硫代(sulfo)-EMCS、硫代-GMBS、硫代-KMUS、硫代-MBS、硫代-SIAB、硫代-SMCC、及硫代-SMPB、及SVSB(琥珀醯亞胺基-(4-乙烯碸)苯甲酸酯)，其係可商購的(例如來自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
本發明亦提供一種免疫共軛物，其包含與治療劑或顯像劑連接的本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體。
本發明亦提供一種免疫共軛物，其包含與治療劑或顯像劑連接的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體。
本發明亦提供一種免疫共軛物，其包含與治療劑或顯像劑連接的本發明之雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
本發明之單特異性抗體的產生
在一些實施例中，本發明之抗體係人類的。
在一些實施例中，本發明之抗體係人化(humanized)的。
可使用各種技術產生本文中所述之本發明之單特異性抗體(例如特異性結合PD-1或TIM-3的抗體)。舉例而言，Kohler及Milstein,Nature 256：495,1975之融合瘤法可用來產生單株抗體。在該融合瘤法中，將小鼠或其他宿主動物(諸如倉鼠、大鼠或猴)用人類或食蟹獼猴PD-1或TIM-3或PD-1或TIM-3之片段(諸如PD-1或TIM-3的細胞外結構域)來免疫化，接著使用標準方法將來自經免疫化動物之脾細胞與骨髓瘤細胞融合以形成融合瘤細胞(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice,pp.59-103(Academic Press,1986))。對於從單一免疫化融合瘤細胞而來的集落進行篩選以生產具有所欲性質的抗體，該等所欲性質諸如結合特異性、交叉反應性或缺乏交叉反應性、及抗原親和性。
各種宿主動物皆可用來生產本發明之抗體。例如，Balb/c小鼠可用來產生小鼠抗人類PD-1或TIM-3抗體。Balb/c小鼠及其他非人類動物中所製造之抗體可使用各種技術來人化以產生更近似人類的序列。
例示性人化技術(包括人類受體架構選殖)係習知的且包括CDR移植(美國專利第5,225,539號)、SDR移植(美國專利第6,818,749號)、表面重塑(Resurfacing)(Padlan,(1991)Mol Immunol 28：489-499)、特異性決定殘基表面重塑(Specificity Determining Residues Resurfacing)(美國專利公開號2010/0261620)、人類架構適應(美國專利第8,748,356號)或超人化(superhumanization)(美國專利第7,709,226號)。在這些方法中，親本抗體的CDR被轉移到人類架構上，該人類架構可基於彼等與親本架構的整體同源性、基於CDR長度的相似性、或正則結構(canonical structure)同一性、或其組合來選擇。
可將人化抗體進一步優化來改善它們對所需抗原的選擇性或親和力，其係透過諸如那些在國際專利申請案公開號WO1090/007861及WO1992/22653中所述之技術藉由引入改變的架構支持殘基以保持結合親和力(回復突變(backmutation))，或藉由在例如任何CDR引入變異以改善抗體的親和力。
轉基因動物(例如在其基因組中攜帶人類免疫球蛋白(Ig)基因座的小鼠或大鼠)可用來產生針對靶蛋白的人類抗體，且在例如下列中被描述：美國專利第6,150,584號、國際專利申請案公開號WO99/45962、國際專利申請案公開號WO2002/066630、WO2002/43478、WO2002/043478及WO1990/04036、Lonberg et al(1994)Nature 368：856-9；Green et al(1994)Nature Genet.7：13-21；Green & Jakobovits(1998)Exp.Med.188：483-95；Lonberg and Huszar(1995)Int Rev Immunol 13：65-93；Bruggemann et al.,(1991)Eur J Immunol 21：1323-1326；Fishwild et al.,(1996)Nat Biotechnol 14：845-851；Mendez et al.,(1997)Nat Genet 15：146-156；Green(1999)J Immunol Methods 231：11-23；Yang et al.,(1999)Cancer Res 59：1236-1243；Brüggemann and Taussig(1997)Curr Opin Biotechnol 8：455-458。可將此等動物中之內源性免疫球蛋白基因座破壞或刪除，並且 可使用同源或非同源重組、使用轉染色體(transchromosome)、或使用袖珍基因(minigene)將至少一個完整或部分人類免疫球蛋白基因座插入該動物基因體中。可聘用諸如Regeneron(http：//_www_regeneron_com)、Harbour Antibodies(http://_www_harbourantibodies_com)、Open Monoclonal Technology,Inc.(OMT)(http://_www_omtinc_net)、KyMab(http://_www_kymab_com)、Trianni(http://_www.trianni_com)及Ablexis(http://_www_ablexis_com)等公司來使用如上所述之技術提供針對所選抗原的人類抗體。
人類抗體可選自噬菌體展示庫，其中該噬菌體係經工程改造以表現人類免疫球蛋白或其部分，例如Fab、單鏈抗體(scFv)、或未配對或配對的抗體可變區(Knappik et al.,(2000)J Mol Biol 296：57-86；Krebs et al.,(2001)J Immunol Meth 254：67-84；Vaughan et al.,(1996)Nature Biotechnology 14：309-314；Sheets et al.,(1998)PITAS(USA)95：6157-6162；Hoogenboom and Winter(1991)J Mol Biol 227：381；Marks et al.,(1991)J Mol Biol 222：581)。本發明之抗體可例如從噬菌體展示庫(表現抗體重鏈及輕鏈可變區)單離為具有噬菌體pIX外殼蛋白質的融合蛋白質，如在Shi et al.,(2010)J Mol Biol 397：385-96及國際專利申請案公開號WO09/085462中所述。該等庫可篩選出結合至人類及/或食蟹獼猴PD-1或TIM-3的噬菌體，且所得之陽性殖株可進一步被表徵，將Fab從殖株溶解物(lysate)單離出來，並且表現為全長IgG。此類用於單離人類抗體的噬菌體展示方法係在例如下列中被描述：美國專利第5,223,409、5,403,484、5,571,698、5,427,908、 5,580,717、5,969,108、6,172,197、5,885,793；6,521,404；6,544,731；6,555,313；6,582,915及6,593,081號。
免疫性抗原(immunogenic antigen)之製備及單株抗體生產可使用任何合適技術來執行，諸如重組蛋白質生產。免疫性抗原可用經純化的蛋白質或包括全細胞或細胞或組織抽出物的蛋白質混合物之形式來投予給動物，或者抗原可由編碼前述抗原或其之一部分的核酸於該動物體內重新地(de novo)形成。
本發明之雙特異性PD-1/TIM-3抗體的產生
本發明之雙特異性PD-1/TIM-3抗體(例如包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域的雙特異性抗體)可藉由將本文中單離且表徵之結合PD-1的VH/VL結構域與結合TIM-3的VH/VL結構域組合來產生。或者，可使用來自公開可得之單特異性抗PD-1及抗TIM-3抗體的VH/VL結構域，及/或藉由混合匹配本文中所識別之結合PD-1或TIM-3的VH/VL結構域與公開可得之結合PD-1或TIM-3的VH/VL結構域來將該等雙特異性PD-1/TIM-3抗體工程化。
可用於工程化雙特異性PD-1/TIM-3分子的例示性抗PD-1抗體係例如那些在美國專利第5,897,862及7,488,802號、以及國際專利申請案公開號WO2004/004771、WO2004/056875、WO2006/121168、WO2008/156712、WO2010/029435、WO2010/036959、WO2011/110604、WO2012/145493、WO2014/194302、WO2014/206107、WO2015/036394、WO2015/035606、WO2015/085847、WO2015/112900及WO2015/112805中所描述者。例如，可使用KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab))及 OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab))的VH/VL結構域。這些PD-1VH/VL結構域可併入本文及表3中所述之包含結合TIM-3的VH/VL結構域的雙特異性抗體。例如，本文所述之TIM-3抗體TM3B103、TM3B105、TM3B107、TM3B108、TM3B109、TM3B113、TM3B189、TM3B190及TM3B196的VH/VL結構域可用來產生雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
同樣的，可用於工程化雙特異性PD-1/TIM-3分子的例示性抗TIM-3抗體係例如那些在國際專利申請案公開號WO2011/155607、WO2013/006490、及WO2015/117002中所描述者。這些TIM-3 VH/VL結構域可併入本文及表2中所述之包含結合PD-1的VH/VL結構域的雙特異性抗體。例如，本文所述之PD-1抗體PD1B114、PD1B149、PD1B160、PD1B162、PD1B164、PD1B11、PD1B183、PD1B184、PD1B185、PD1B187、PD1B192、PD1B71、PD1B177、PD1B70、PD1B175、PD1B194、PD1B195、PD1B196、PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200、PD1B201、PD1B131及PD1B132的VH/VL結構域可用來產生雙特異性PD-1/TIM-3抗體。
可使用本文所述之方法測試所產生之雙特異性PD-1/TIM-3抗體與PD-1及TIM-3的結合，以及它們被期望的功能特性，例如增強抗原特異性CD4+及CD4+ T細胞的活化。
本發明之雙特異性抗體包含具有全長抗體結構的抗體。
全長雙特異性抗體可例如使用在兩個單特異性二價抗體之間的Fab臂交換(例如在重鏈-輕鏈對上交換的半分子交換)來產生，其係藉由在每個半分子中的重鏈CH3界面(interface)引入突變以利於在體外(in vitro)無細胞環境中或使用共表現使具有不同特異性的二種抗體半分子形成異二聚體。該Fab臂交換反應係雙硫鍵異構化反應及CH3域之解離-締合的結果。親本單特異性抗體的鉸鏈區(hinge region)中的重鏈雙硫鍵被還原。其中一個親本單特異性抗體所生成的的游離半胱胺酸與第二親本單特異性抗體分子的半胱胺酸殘基形成重鏈間雙硫鍵，同時該等親本抗體的CH3結構域藉由解離-締合而釋出及重新形成。該等Fab臂之CH3域可經工程改造以利於異二聚化而非同二聚化。所生成之產物係具有兩個Fab臂或半分子之雙特異性抗體，這兩個Fab臂或半分子各自結合不同表位。一個重鏈中的突變F405L及另一個重鏈中的突變K409R可用於IgGl抗體的情況。至於IgG2抗體，可使用野生型IgG2及具有F405L和R409K取代的IgG2抗體。為了產生雙特異性抗體，將第一單特異性二價抗體與第二單特異性二價抗體工程化以在Fc區具有F405L或K409R突變，將該等抗體在足以允許鉸鏈區中的半胱胺酸進行雙硫鍵異構化的還原條件下一起培養；從而藉由Fab臂交換來產生該雙特異性抗體。培養條件可最佳地被回復為非還原性(non-reducing)。可使用之例示性還原劑係2-巰基乙胺(2-MEA)、二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT)、二硫赤蘚醇(dithioerythritol,DTE)、麩胱甘肽、參(2-羧乙基)膦(TCEP)、L-半胱胺酸及β-巰基乙醇。舉例而言，可使用在至少20之溫度且有至少25mM之2-MEA存在下或於至少0.5mM之二硫蘇糖醇存在且在5至8之pH下(例如在7.0之pH下或在7.4之pH下)培養至少90min。
雙特異性抗體也可使用諸如下列的設計來產生：鈕扣結構(Knob-in-Hole)(Genentech)、CrossMAb(Roche)及靜電吸引(electrostatically- matched)(Chugai,Amgen,NovoNordisk,Oncomed)、LUZ-Y(Genentech)、鏈交換結構域體(Strand Exchange Engineered Domain body,SEEDbody)(EMD Serono)、及Biclonic(Merus)。
該「鈕扣結構」策略(見例如國際專利申請案公開號WO2006/028936)可用於產生本發明之全長雙特異性抗體。簡言之，在人類IgG中形成CH3域介面之選定胺基酸可在影響CH3域交互作用的位置處突變以促進異二聚體形成。將具有小側鏈之胺基酸(孔)引入特異性結合第一抗原之抗體的重鏈中，並將具有大側鏈之胺基酸(鈕)引入特異性結合第二抗原之抗體的重鏈中。在共表現這兩個抗體之後，具有「孔」之重鏈與具有「鈕」之重鏈優先交互作用而導致異二聚體形成。形成鈕和孔之例示性CH3取代對係(表現為第一重鏈之第一CH3域中的經修飾位置/第二重鏈之第二CH3域中的經修飾位置)：T366Y/F405A、T366W/F405W、F405W/Y407A、T394W/Y407T、T394S/Y407A、T366W/T394S、F405W/T394S及T366W/T366S_L368A_Y407V。
該CrossMAb技術可用於產生本發明之全長雙特異性抗體。CrossMAb除了利用「鈕扣結構」策略來促進Fab臂交換之外，尚使半臂之一中的CH1與CL結構域交換以確保所生成之雙特異性抗體有正確的輕鏈配對(見例如美國專利第8,242,247號)。
可使用其他的交換(cross-over)策略，藉由在雙特異性抗體中的一個或兩個臂中的重鏈和輕鏈之間或在重鏈內交換可變或恆定結構域(或兩者)來產生本發明之全長雙特異性抗體。這些交換包括例如VH-CH1與VL-CL、VH與VL、CH3與CL及CH3與CH1，如國際專利申請 案公開號WO2009/080254、WO2009/080251、WO2009/018386及WO2009/080252中所述。
可使用其他策略，諸如使用靜電交互作用促進重鏈異二聚化，其取代一個CH3表面之帶正電荷殘基及第二CH3表面之帶負電荷殘基，如在美國專利公開號US2010/0015133；美國專利公開號US2009/0182127；美國專利公開號US2010/028637或美國專利公開號US2011/0123532中所述。在其他策略中，異二聚化可藉由下列取代來促進(表現為第一重鏈之第一CH3域中的經修飾位置/第二重鏈之第二CH3域中的經修飾位置)：L351Y_F405A_Y407V/T394W、T366I_K392M_T394W/F405A_Y407V、T366L_K392M_T394W/F405A_Y407V、L351Y_Y407A/T366A_K409F、L351Y_Y407A/T366V_K409F、Y407A/T366A_K409F、或T350V_L351Y_F405A_Y407V/T350V_T366L_K392L_T394W，如在美國專利公開號US2012/0149876或美國專利公開號US2013/0195849中所述。
LUZ-Y技術可用於產生本發明之雙特異性抗體。在該技術中，將白胺酸拉鍊加至CH3域的C末端以驅動來自親本mAb的異二聚體裝配，其會在純化後被移除，如在Wranik et al.,(2012)J Biol Chem 287(52)：42221-9中所述。
SEEDbody技術可用於產生本發明之雙特異性抗體。SEEDbody在其恆定域中挑選經IgA殘基取代的IgG殘基以促進異二聚化，如在美國專利第US20070287170號中所述。
一般會使用標準方法在DNA水平對諸如抗體之恆定域的分子進行突變。
本發明之抗體可經工程改造成各種習知的抗體形式。
在一些實施例中，該雙特異性抗體包括重組IgG樣雙靶向分子，其中該分子的兩側各自含有至少二種不同抗體的Fab片段或Fab片段的一部分；IgG融合分子，其中全長IgG抗體係融合至額外Fab片段或Fab片段之部分；fragment；Fc融合分子，其中單鏈Fv分子或穩定的雙體(diabody)係融合至重鏈恆定域、Fc區或其部分；Fab融合分子，其中不同的Fab片段係融合在一起；基於ScFv及雙體抗體(diabody)的抗體及重鏈抗體(例如結構域抗體、奈米抗體(nanobody))，其中不同的單鏈Fv分子或不同的雙體抗體或不同的重鏈抗體(例如結構域抗體、奈米抗體)彼此融合或與另一蛋白質或載體分子融合。
聚核苷酸、載體及宿主細胞
本發明亦提供一種特異性結合PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3的拮抗性抗體，其具有某些VH及VL序列，其中該抗體VH係由第一聚核苷酸編碼且該抗體VL係由第二聚核苷酸編碼。聚核苷酸可為互補去氧核酸(cDNA)，且可為針對合適宿主中之表現進行最佳化的密碼子(codon)。密碼子最佳化為廣為人知之技術。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼本發明之抗體之VH、本發明之抗體之VL、本發明之抗體之重鏈或本發明之抗體之輕鏈。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體之VH、VL、或VH及VL。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：41、42、43、44、45、46、47、48、63或64之VH。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62或65之VL。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其包含SEQ ID NO：196、197、198、199、200、201、202或203之聚核苷酸序列。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體之VH、VL、或VH及VL。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：145、146、147、148、149、150、151、152、153、154或172之VH。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：155、156、157、158、159、160、161、162、163或173之VL。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其包含SEQ ID NO：204、205、206、207、208、209、210或211之聚核苷酸序列。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體之HC1、LC1、HC2或LC2。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：186、187、241、242或243之HC1。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：188或189之LC1。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：190、191、192、244、245、246、247或248之HC2。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其編碼SEQ ID NO：193、194或195之LC2。
本發明亦提供一種經單離之聚核苷酸，其包含SEQ ID NO：253、254、255、256、257、258、259及260之聚核苷酸序列。
SEQ ID NO：196(PD1H170)
Figure 105135350-A0202-12-0179-1136
SEQ ID NO：197(PD1L148)
Figure 105135350-A0202-12-0180-1137
SEQ ID NO：198(PD1H129)
Figure 105135350-A0202-12-0180-1138
SEQ ID NO：199(PD1L62)
Figure 105135350-A0202-12-0180-1139
Figure 105135350-A0202-12-0181-1140
SEQ ID NO：200(PD1H163)
Figure 105135350-A0202-12-0181-1141
SEQ ID NO：201(PD1L185)
Figure 105135350-A0202-12-0181-1142
SEQ ID NO：202(PD1H164)
Figure 105135350-A0202-12-0182-1143
SEQ ID NO：203(PD1L86)
Figure 105135350-A0202-12-0182-1144
SEQ ID NO：204(TM3H24)
Figure 105135350-A0202-12-0182-1145
Figure 105135350-A0202-12-0183-1146
SEQ ID NO：205(TM3L33)
Figure 105135350-A0202-12-0183-1147
SEQ ID NO：206(TM3H162)
Figure 105135350-A0202-12-0183-1148
SEQ ID NO：207(TM3L85)
Figure 105135350-A0202-12-0184-1149
SEQ ID NO：208(TM3H21)
Figure 105135350-A0202-12-0184-1150
SEQ ID NO：209(PH9L1)
Figure 105135350-A0202-12-0184-1151
Figure 105135350-A0202-12-0185-1152
SEQ ID NO：210(TM3H65)
Figure 105135350-A0202-12-0185-1153
SEQ ID NO：211(TM3L12)
Figure 105135350-A0202-12-0185-1154
編碼本發明之抗體之VH或VL或其抗原結合片段、或本發明之抗體之重鏈及輕鏈的聚核苷酸序列可係可操作地連接至一或多個調 節元件(諸如啟動子或增強子)，以容許該核苷酸序列在所意欲之宿主細胞中表現。聚核苷酸可為cDNA。
本發明亦提供一種載體，其包含本發明之聚核苷酸。此類載體可係質體載體、病毒載體、用於桿狀病毒表現之載體、基於轉位子(transposon)之載體、或者任何其他適用於以任何手段將本發明之合成聚核苷酸引入至一給定生物或基因背景中的載體。舉例而言，將編碼本發明之抗體之輕鏈及/或重鏈可變區的聚核苷酸(可選用地連接至恆定區)插入至表現載體中。輕鏈及/或重鏈可選殖於相同或不同的表現載體。編碼免疫球蛋白鏈的DNA段可係可操作地連接至(一或多個)表現載體的控制序列，以確保免疫球蛋白多肽的表現。此等控制序列包括信號序列、啟動子(promoter，例如天然關聯或異源性啟動子)、增強子元件(enhancer element)、及轉錄終止序列，並且係經選擇以與選擇用來表現抗體之宿主細胞相容。一旦載體已併入到適當的宿主中，即將宿主維持在合適條件下以高度表現由該併入聚核苷酸所編碼的蛋白質。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：196及197之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：198及199之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：200及201之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：202及203之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：204及205之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：206及207之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：208及209之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：210及211之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：253及254之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：255及256之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：257及258之聚核苷酸。
在一些實施例中，該載體包含SEQ ID NO：259及260之聚核苷酸。
合適之表現載體一般在宿主生物中可複製作為游離基因體(episome)或宿主染色體DNA的整體部分。常見的是，表現載體含有選擇標記(selection marker)，諸如安比西林抗性、溼球菌素抗性、四環素抗性、康黴素(kanamycin)抗性或新黴素抗性，以允許偵測經所欲DNA序列轉形的該些細胞。
合適啟動子及增強子元件在所屬技術領域中為習知者。關於真核細胞中的表現，例示性啟動子包括輕鏈及/或重鏈免疫球蛋白基因啟動子和增強子元件；巨細胞病毒立即早期啟動子(cytomegalovirus immediate early promoter)；單純疱疹病毒胸苷激酶啟動子；早期及晚期SV40啟動子；存在於反轉錄病毒之長末端重複的啟動子；小鼠金屬硫蛋白-I啟動子；及各種習知的組織特異性啟動子。適當載體及啟動子之選擇落於所屬技術領域中之通常知識水準內。
可使用的例示性載體係細菌的：pBs、phagescript、PsiX174、pBluescript SK、pBs KS、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46a(Stratagene,La Jolla,Calif.,USA)；pTrc99A、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、及pRIT5(Pharmacia,Uppsala,Sweden)。真核的：pWLneo、pSV2cat、pOG44、PXR1、pSG(Stratagene)pSVK3、pBPV、pMSG及pSVL(Pharmacia)、pEE6.4(Lonza)及pEE12.4(Lonza)。
本發明亦提供一種宿主細胞，其包含本發明之一或多個載體。「宿主細胞(host cell)」係指經引入載體的細胞。應瞭解到，用語宿主細胞不只意欲指特定對象細胞，亦意欲指此細胞之後裔，並且亦意欲指從該特定對象細胞產生之穩定細胞株。由於某些修飾可能會因為突變或環境影響之任一者而發生於後繼之代中，使得後裔可能與親系細胞不同，但仍涵括於本文中所用之用語「宿主細胞」的範疇中。此類宿主細胞可為真核細胞、原核細胞、植物細胞或古菌(archeal)細胞。大腸桿菌(Escherichia coli)、桿菌(諸如枯草桿菌(Bacillus subtilis),、及其他腸桿菌(enterobacteriaceae)(諸如沙門桿菌(Salmonella)、鋸桿菌(Serratia)))、及各 式假單胞菌(Pseudomonas)菌種皆為原核宿主細胞之實例。其他微生物(諸如酵母菌)對於表現亦為有用者。酵母菌(Saccharomyces)(例如釀酒酵母菌(S.cerevisiae))及畢赤酵母菌(Pichia)皆為合適酵母菌宿主細胞之實例。例示性真核細胞可以是哺乳動物、昆蟲、鳥類或其它動物來源。哺乳動物真核細胞包括永生化細胞系(immortalized cell line)如融合瘤或骨髓瘤細胞系，諸如SP2/0(American Type Culture Collection(ATCC),Manassas,VA,CRL-1581)、NS0(European Collection of Cell Cultures(ECACC),Salisbury,Wiltshire,UK,ECACC No.85110503)、FO(ATCC CRL-1646)及Ag653(ATCC CRL-1580)鼠類細胞系。例示性人類骨髓瘤細胞系為U266(ATTC CRL-TIB-196)。其他有用之細胞系包括衍生自中國倉鼠卵巢(Chinese Hamster Ovary,CHO)細胞者，諸如CHOK1SV(Lonza Biologics,Walkersville,MD)、Potelligent® CHOK2SV(Lonza)、CHO-K1(ATCC CRL-61)或DG44。
本發明亦提供一種生產本發明之抗體的方法，其包含在使該抗體表現之條件下培養本發明之宿主細胞，並且回收由該宿主細胞所生產之抗體。製造抗體及純化抗體之方法在所屬技術領域中係廣為人知者。一旦(以化學或重組方式)經合成，整個抗體、其等之二聚體、個別輕鏈及/或重鏈、或其他抗體片段(諸如VH及/或VL)可依據標準程序來純化，包括硫酸銨沉澱、親和管柱、管柱層析、高效液相層析(HPLC)純化、凝膠電泳、及類似者(一般資訊請參見Scopes,Protein Purification(Springer-Verlag,N.Y.,(1982))。標的物抗體可為實質上純，例如至少約80%至85%純、至少約85%至90%純、至少約90%至95%純、或至少約98%至99% 純、或更純，例如除標的物抗體外不含汙染物(諸如細胞碎屑、巨分子等)。
可使用標準分子生物方法將本發明之聚核苷酸序列合併到載體中。宿主細胞轉形、培養、抗體表現及純化皆使用廣為人知的方法來進行。本發明之另一實施例係一種生產本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體之方法，其包含：將編碼該抗體之該VH的第一聚核苷酸及編碼該抗體之該VL的第二聚核苷酸合併到一表現載體中；以該表現載體轉形一宿主細胞；在培養基中在該VL及該VH係經表現且形成該抗體之條件下培養該宿主細胞；及從該宿主細胞或培養基中回收抗體。
本文中所述之本發明之另一實施例係一種生產本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體的方法，其包含：將編碼該抗體之該VH的第一聚核苷酸及編碼該抗體之該VL的第二聚核苷酸合併到一表現載體中；以該表現載體轉形一宿主細胞；在培養基中在該VL及該VH係經表現且形成該抗體之條件下培養該宿主細胞；及從該宿主細胞或培養基中回收抗體。
可使用標準分子生物學方法將編碼本文中以及在下列每一個編號實施例的一些實施例中所述之本發明之某些VH或VL序列的聚核 苷酸合併到載體中。宿主細胞轉形、培養、抗體表現及純化皆使用廣為人知的方法來進行。
醫藥組成物/投予
本發明提供醫藥組成物，其包含本發明之抗體及醫藥上可接受之載劑。關於治療用途，本發明之抗體可被製備成醫藥組成物，其在醫藥上可接受之載劑中含有有效量的抗體作為活性成分。「載劑」係指與本發明之抗體一起投予的稀釋劑、佐劑、賦形劑、或媒劑。此等媒劑可為液體如水及油，包括來自石油、動物、蔬菜或合成來源者，諸如花生油、大豆油、礦物油、芝麻油及類似者。舉例而言，可使用0.4%鹽水及0.3%甘胺酸。這些溶液係無菌且通常不含顆粒物質。它們可藉由習用、廣為人知的滅菌技術(例如過濾)來滅菌。該等組成物可含有如用以接近生理條件所需之醫藥上可接受的輔助物質，諸如pH調整及緩衝劑、穩定、增稠、潤滑及著色劑等。在此類醫藥配方中本發明之抗體之濃度可能會有所不同，從以重量計小於約0.5%，通常達以重量計至少約1%至多達以重量計15或20%，且可主要根據所需劑量、流體體積、黏度等，依據所選擇之特定投予模式來選擇。合適的媒劑及調配物(包含其他的人類蛋白質，例如人類血清白蛋白)，舉例而言，係被描述於例如Remington：The Science and Practice of Pharmacy,21st Edition,Troy,D.B.ed.,Lipincott Williams and Wilkins,Philadelphia,PA 2006,Part 5,Pharmaceutical Manufacturing pp 691-1092中，請特別參見第958至989頁。
本發明之抗體的治療性使用的投予模式可以是將抗體遞送至宿主的任何合適路徑，例如使用於片劑、膠囊、溶液、粉末、凝膠、顆 粒中的配方於腸胃外投予，例如皮內、肌內、腹膜內、靜脈內或皮下、肺部、經黏膜(口服、鼻內、陰道內，直腸)；並且被包含在注射器、植入裝置、滲透泵、藥筒、微型泵中；或所屬技術領域中具有通常知識者理解的其他方式，如在所屬技術領域中所習知者。舉例而言，特定點投予(Site specific administration)可藉由腫瘤內、關節內、支氣管內、腹腔內、囊內、軟骨內、腔內、體腔內、小腦內、側腦室內、結腸內、子宮頸內、胃內、肝內、心內、骨內、骨盆內、心包腔內、腹膜內、胸腔內、前列腺內、肺內、直腸內、腎內、視網膜內、椎管內、滑膜腔內、胸腔內、子宮內、血管內、膀胱內、病灶內、陰道、直腸、口腔、舌下、鼻內、或透皮遞送來實現。
本發明之抗體可透過任何合適的路徑投予至個體，例如腸胃外地透過靜脈內(i.v.)輸注或肌內或皮下或腹膜內的彈九注射(bolus injection)。i.v.輸液可在例如15、30、60、90、120、180、240分鐘內給予，或者在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小時內給予。
給予個體之劑量係足以減輕或至少部分遏止所要治療之疾病(「治療有效量」)並且有時可為0.005mg至約100mg/kg，例如約0.05mg至約30mg/kg或約5mg至約25mg/kg、或約4mg/kg、約8mg/kg、約16mg/kg或約24mg/kg，或者例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9或10mg/kg，但可甚至更高，例如約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90或100mg/kg。
亦可給予固定單位劑量，例如50、100、200、500或1000mg，或者劑量可基於病患之表面積，例如500、400、300、250、200、或 100mg/m2。通常可投予介於1與8次間的劑量(例如1、2、3、4、5、6、7或8次)以治療該患者，但亦可給予9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多次劑量。
本發明之抗體的投予可在一天、兩天、三天、四天、五天、六天、一週、兩週、三週、一個月、五週、六週、七週、兩個月、三個月、四個月、五個月、六個月或更久之後重覆進行。重覆治療過程亦為可能者，如為慢性投予。重覆投予可在相同劑量或在不同劑量下。例如，本發明之抗體可在8mg/kg或在16mg/kg下以每週間隔投予持續8週，接著在8mg/kg或在16mg/kg下每兩週投予持續另外16週，接著在8mg/kg或在16mg/kg下藉由靜脈輸液每四週投予。
例如，本發明之抗體可以約0.1至100mg/kg的量提供為一日劑量，諸如0.5、0.9、1.0、1.1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、45、50、60、70、80、90或100mg/kg(每天)，在開始治療後的第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、或40天中之至少一天提供，或者可替代地，在開始治療後的第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20週中之至少一週提供、或彼等之任何組合，並且使用每24、12、8、6、4、或2小時的單次或分次劑量、或彼等之任何組合。
本發明之抗體亦可被預防性投予以降低發展癌症之風險、延緩癌症進展事件之開始發生、及/或當癌症處於緩解中時降低復發之風險。
本發明之抗體可凍乾貯存並在使用前於合適的載劑中重構。此技術已顯示對於習用蛋白質製劑為有效者並且可使用廣為人知之凍乾及重構技術。
方法及用途
本發明之抗體具有體外(in vitro)和體內(in vivo)診斷效用，以及治療和預防效用。例如，本發明之抗體可投予至體外(in vitro)或離體(ex vivo)培養中的細胞，或投予至個體以治療、預防及/或診斷多種病症，例如癌症及感染性病症。
本發明提供一種在個體中修飾免疫反應的方法，其包含向該個體投予本發明之抗體一段足以修飾該免疫反應的時間。
在一些實施例中，該免疫反應被增強、刺激或上調。
在一些本文所述之實施例中，該個體係人類患者。
在一些本文所述之實施例中，該個體係需要增強免疫反應的人類患者。
在一些實施例中，該個體係免疫受損的(immunocompromised)。
在一些實施例中，該個體係處於免疫受損的風險中。免疫受損的個體可能正在進行或已經經歷化療或放射治療。
在一些實施例中，該個體由於感染而免疫受損或處於免疫受損的風險中。
本發明之抗體適於治療患有可藉由增強T細胞介導的免疫反應來治療的病症的個體。
在一些實施例中，在本文所述之本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體係PD1B114、PD1B149、PD1B160、PD1B162、PD1B164、PD1B11、PD1B183、PD1B184、PD1B185、PD1B187、PD1B71、PD1B177、PD1B70、PD1B175、PD1B194、PD1B195、PD1B196、PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200、PD1B201、PD1B243、PD1B244、PD1B131或PD1B132。這些抗體的VH及VL胺基酸序列係顯示於表2中。
在一些實施例中，在本文所述之本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係TM3B103、TM3B105、TM3B109、TM3B108、TM3B113、TM3B189、TM3B190、TM3B193、TM3B195、TM3B196或TM3B291。這些抗體的VH及VL胺基酸序列係顯示於表3中。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的雙特異性PD-1/TIM-3抗體係PTBB14、PTBB15、PTBB16、PTBB17、PTBB24、PTBB30、PTBB27、PTBB28、PTBB18、PTBB20或PTBB21。這些抗體的HC1、LC1、HC2及LC2胺基酸序列係顯示於表41及表42中。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：41之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：41之VH及SEQ ID NO：50之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：51之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：52之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：42之VH及SEQ ID NO：53之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：54之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：50之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：55之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：56之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：43之VH及SEQ ID NO：57之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：44之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：46之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：49之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：53之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：52之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：58之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：47之VH及SEQ ID NO：59之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：60之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：61之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合PD-1的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：45之VH及SEQ ID NO：62之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：145之VH及SEQ ID NO：155之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：148之VH及SEQ ID NO：157之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：147之VH及SEQ ID NO：155之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：149之VH及SEQ ID NO：158之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：150之VH及SEQ ID NO：159之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：151之VH及SEQ ID NO：160之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：152之VH及SEQ ID NO：161之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：153之VH及SEQ ID NO：162之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：154之VH及SEQ ID NO：163之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：172之VH及SEQ ID NO：173之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的包含特異性結合PD-1的第一結構域與特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異 性PD-1/TIM-3抗體在第一結構域中包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL，且在第二結構域中包含SEQ ID NO：153之VH及SEQ ID NO：162之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的包含特異性結合PD-1的第一結構域與特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在第一結構域中包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL，且在第二結構域中包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的包含特異性結合PD-1的第一結構域與特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在第一結構域中包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL，且在第二結構域中包含SEQ ID NO：153之VH及SEQ ID NO：162之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的包含特異性結合PD-1的第一結構域與特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在第一結構域中包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL，且在第二結構域中包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL。
在一些實施例中，在本發明之方法中使用的包含特異性結合PD-1的第一結構域與特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體在第一結構域中包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL，且在第二結構域中包含SEQ ID NO：172之VH及SEQ ID NO：173之VL。
癌症
PD-1的阻斷可在個體中增強對癌細胞的免疫反應。PD-L1(PD-1的配體)在多種人類癌症中大量表現(Dong et al.,(2002)Nat Med 8：787-9)。PD-1與PD-L1之間的交互作用可導致腫瘤浸潤淋巴球減少、T細胞受體介導的增殖減少及/或癌細胞的免疫逃避(Dong et al.,(2003)J Mol Med 81：281-7；Blank et al.,(2005)Cancer Immunol Immunother 54：307-314；Konishi et al.,(2004)Clin Cancer Res 10：5094-100)。藉由抑制PD-1與PD-L1的局部交互作用可逆轉免疫抑制；當PD-1與第二PD-1配體PD-L2的交互作用也被阻斷時，該效果係累加的(Iwai e tal,(2002)PorcNatl Acad Sci 99：12293-7；Brown et al.,(2003)J Immunol 170：1257-66)。因此，PD-1的抑制可導致免疫應反應增強。
TIM-3係在活化的T輔助1(Th1)CD4+及分泌IFN-γ的細胞毒性CD8+ T細胞上表現的共抑制蛋白。如在癌症及病毒衰竭的臨床前模式中所示，TIM-3係在PD-1+衰竭的T細胞上共表現。這些路徑的共阻斷可在幾種模式以及衍生自轉移性黑色素瘤患者及患有HIV或HCV的患者的人類PBMC中恢復效應T細胞功能(例如IFN-γ分泌、增殖)。TIM-3亦在Foxp3+調節性T細胞上富集，且共表現TIM-3、LAG3及CTLA4的Tregs已顯示係效應T細胞(Teff)的高效抑制因子(Galuton et al.,(2014)Eur J Immunol 44(9)：2703-11)。TIM-3表現與NSCLC中較差的預後相關(Zhuang et al.,(2012)Am J Clin Pathol 137(6)：978-85)。來自卵巢癌、結腸直腸癌、 子宮頸癌及肝細胞癌患者的腫瘤組織的淋巴球顯示有更高比例的TIM-3+ CD4 T細胞，這些細胞生產ILF-γ的能力受損(Yan et al.,(2013)PLoS One 8(3)：e58006)。
本發明亦提供一種在個體中抑制腫瘤細胞生長的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體一段足以抑制腫瘤細胞生長的時間。
本發明亦提供一種在個體中抑制腫瘤細胞生長的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體一段足以抑制腫瘤細胞生長的時間。
本發明亦提供一種在個體中抑制腫瘤細胞生長的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體一段足以抑制腫瘤細胞生長的時間。
本發明亦提供一種治療癌症的方法，其係藉由向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體一段足以治療該癌症的時間。
本發明亦提供一種治療癌症的方法，其係藉由向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體一段足以治療該癌症的時間。
本發明亦提供一種治療癌症的方法，其係藉由向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之雙特異性PD-1/TIM-3抗體一段足以治療該癌症的時間。
可使用的例示性抗體係特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、及拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體PD1B114、PD1B149、PD1B160、PD1B162、PD1B164、PD1B11、PD1B183、PD1B184、PD1B185、PD1B187、PD1B71、PD1B177、PD1B70、PD1B175、PD1B194、PD1B195、PD1B196、PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200、PD1B201、TM3B103、TM3B105、TM3B109、TM3B108、TM3B113、TM3B189、TM3B190、TM3B193、TM3B195、TM3B196、TM3B291、PTBB14、PTBB15、PTBB16、PTBB17、PTBB24、PTBB30、PTBB27、PTBB28、PTBB18、PTBB20及PTBB21，其具有如本文所述之VH及VL胺基酸序列和特性。
癌症可為過度增殖性病況或病症、實體腫瘤、血液惡性疾病、軟組織腫瘤、或轉移病灶(metastatic lesion)。
「癌症」意在包括所有類型的癌性生長或致癌過程、轉移組織或惡性轉化的細胞、組織或器官，不論組織病理學類型或侵襲階段。癌症的實例包括實體腫瘤、血液惡性疾病、軟組織腫瘤、及轉移病灶。例示性實體腫瘤包括惡性腫瘤，例如各種器官系統的肉瘤和癌(包括腺癌及鱗狀細胞癌)，諸如那些影響肝、肺、乳房、淋巴、胃腸道(例如結腸)、生殖泌尿道、(例如腎、尿路上皮細胞)、前列腺及咽者。腺癌包括惡性腫瘤，例如大多數結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝癌、非小細胞肺癌、小腸癌及食道癌。鱗狀細胞癌包括惡性腫瘤，例如在肺、食道、皮膚、頭部和頸部區域、口腔、肛門、及子宮頸中。
在一些實施例中，該癌症係黑色素瘤。
亦可使用本文所述之本發明之方法及抗體治療或預防前述癌症的轉移病灶。
其生長可使用本發明之抗體抑制或減少的例示性癌症包括可能對免疫治療有反應的癌症。例示性此等癌症包括黑色素瘤、腎癌、前列腺癌、乳癌、結腸癌、胃腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、轉移性惡性黑色素瘤、透明細胞癌、激素難治性(hormone refractory)前列腺腺癌、非小細胞肺癌或頭頸癌。難治性或復發性惡性腫瘤可使用本文所述之本發明之抗體治療。
可用本發明之抗體治療的例示性其他癌症係肛門癌、基底細胞癌、膽管癌、膀胱癌、骨癌、腦和CNS癌、輸卵管癌、陰道癌、外陰(vulva)癌、皮膚或眼內惡性黑色素瘤、星形食道癌(astro-esophageal cancer)、睾丸癌、卵巢癌、胰腺癌、直腸癌、子宮癌、原發性CNS淋巴瘤；中樞神經系統(CNS)的腫瘤、子宮頸癌、絨毛膜癌、直腸癌、結締組織癌、消化系統癌、子宮內膜癌、眼癌；上皮內瘤(intra-epithelial neoplasm)、腎臟癌、喉癌、肝癌；小細胞肺癌、神經母細胞瘤、口腔癌(例如唇、舌、口、及咽)、鼻咽癌、視網膜母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、呼吸系統癌、肉瘤、甲狀腺癌、泌尿系統癌、肝癌、肛門區癌、輸卵管癌、陰道癌、外陰癌、小腸癌、內分泌系統癌、副甲狀腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、兒童實體腫瘤、腫瘤血管生成、脊柱軸腫瘤(spinal axis tumor)、腦幹膠質瘤(brain stem glioma)、垂體腺瘤、卡波西氏肉瘤、Merkel氏細胞癌、表皮樣癌、鱗狀細胞癌、環境誘導的癌症(包括由石棉所誘發者)、以及其他癌和肉瘤、及所述癌症之組合。
可用本發明之抗體治療的例示性血液惡性疾病包括白血病、淋巴瘤及骨髓瘤，例如前驅B細胞淋巴母細胞白血病/淋巴瘤及B細胞非霍奇金氏淋巴瘤、急性前髓細胞白血病、急性淋巴母細胞白血病(ALL)、B細胞慢性淋巴球性白血病(CLL)/小淋巴球性淋巴瘤(SLL)、B細胞急性淋巴球性白血病、B細胞前淋巴球性白血病(B-cell prolymphocytic leukemia)、淋巴漿細胞淋巴瘤(lymphoplasmacytic lymphoma)、外套細胞淋巴瘤(MCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)(包括低惡性度、中惡性度及高惡性度FL)、皮膚濾泡中心淋巴瘤(cutaneous follicle center lymphoma)、邊緣區B細胞淋巴瘤(MALT型、淋巴結及脾型)、毛細胞白血病(hairy cell leukemia)、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、伯奇氏淋巴瘤(Burkitt's lymphom)(BL)、漿細胞瘤、多發性骨髓瘤(MM)、漿細胞白血病、移植後淋巴增生性疾病、瓦登斯特隆巨球蛋白血症、漿細胞病症、退行性大細胞淋巴瘤(ALCL)、T細胞急性淋巴球性白血病、原發性全身性澱粉樣變性病(例如輕鏈澱粉樣變性病)、前淋巴球性/骨髓性白血病、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、大顆粒淋巴球性(LGL)白血病、NK細胞白血病及霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin's lymphoma)。
「漿細胞病(plasma cell disorder)」係指由同源漿細胞(clonal plasma cell)所表徵之病症，包括多發性骨髓瘤、輕鏈澱粉樣變性病及瓦登斯特隆巨球蛋白血症。輕鏈澱粉樣變性病及瓦登斯特隆巨球蛋白血症可獨立於多發性骨髓瘤發生。它們也可與多發性骨髓瘤同時存在，並且在多發性骨髓瘤發展之前或之後發展。
例示性B細胞非霍奇金氏淋巴瘤係淋巴瘤樣肉芽腫病(lymphomatoid granulomatosis)、原發性滲出性淋巴瘤(primary effusion lymphoma)、血管內大B細胞淋巴瘤、縱隔大B細胞淋巴瘤(mediastinal large B-cell lymphoma)、重鏈疾病(包括γ、μ、及a疾病)、藉由免疫抑制劑治療誘導的淋巴瘤(例如環孢素(cyclosporine)誘導的淋巴瘤、及胺甲喋呤誘導的淋巴瘤)。
患有包括表現PD-L1的轉移癌的癌症的患者可用本發明之抗體治療。該癌症可為黑色素瘤、腎細胞癌、鱗狀非小細胞肺癌(NSCLC)、非鱗狀NSCLC、結腸直腸癌、閹割抗性(castration-resistant)前列腺癌、卵巢癌、胃部癌、腺癌(ACA)、鱗狀細胞癌(SCC)、肝細胞癌(HCC)、胰腺癌、頭頸部鱗狀細胞癌、食道癌、胃腸道癌及乳癌。
患有表現TIM-3的癌症的患者可用本發明之抗體治療。表現TIM-3的癌症包括子宮頸癌、肺癌、NSCLC、急性骨髓性白血病(AML)、瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)、黑色素瘤、腎癌、腎細胞癌(RCC)、腎透明細胞癌、腎乳突細胞癌(kidney papillary cell carcinoma)、轉移性腎細胞癌、鱗狀細胞癌、食道鱗狀細胞癌、鼻咽癌、結腸直腸癌、乳癌(例如不表現雌激素受體、助孕酮受體或Her2/neu中之一種、二種或全部的乳癌，例如三陰性乳癌)、間皮瘤、肝細胞癌、及卵巢癌。表現TIM-3的癌症可為轉移性癌症。
在一些實施例中，該個體具有實體腫瘤。
在一些實施例中，該個體具有血液惡性疾病。
在一些實施例中，該實體腫瘤係黑色素瘤。
在一些實施例中，該實體腫瘤係肺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係非小細胞肺癌(NSCLC)。
在一些實施例中，該實體腫瘤係鱗狀非小細胞肺癌(NSCLC)。
在一些實施例中，該實體腫瘤係非鱗狀NSCLC。
在一些實施例中，該實體腫瘤係肺腺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係腎細胞癌(RCC)。
在一些實施例中，該實體腫瘤係間皮瘤。
在一些實施例中，該實體腫瘤係鼻咽癌(NPC)。
在一些實施例中，該實體腫瘤係結腸直腸癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係前列腺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係閹割抗性前列腺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係胃癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係卵巢癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係胃部癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係肝癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係胰腺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係甲狀腺癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係頭頸部鱗狀細胞癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係食道或胃腸道癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係乳癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係輸卵管癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係腦癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係尿道癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係泌尿生殖器癌(genitourinary cancer)。
在一些實施例中，該實體腫瘤係子宮內膜異位。
在一些實施例中，該實體腫瘤係子宮頸癌。
在一些實施例中，該實體腫瘤係癌症的轉移病灶。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係淋巴瘤、骨髓瘤或白血病。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係B細胞淋巴瘤。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係伯奇氏淋巴瘤。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係霍奇金氏淋巴瘤。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係非霍奇金氏淋巴瘤。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係骨髓化生不良症候群(myelodysplastic syndrome)。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係急性骨髓性白血病(AML)。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係慢性骨髓性白血病(CML)。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係慢性骨髓單核球性白血病(CMML)。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係多發性骨髓瘤(MM)。
在一些實施例中，該血液惡性疾病係漿細胞瘤。
在一些實施例中，該個體具有表現PD-L1的腫瘤。
在一些實施例中，該個體在腫瘤組織中具有腫瘤浸潤T淋巴球(TIL)。
在一些實施例中，該個體在腫瘤組織中具有PD-1+TIM-3+TIL。
在一些實施例中，該個體在腫瘤組織中的PD-1+TIM-3+腫瘤浸潤T淋巴球(TIL)數量增加。
「數量增加(increased number)」係指當與對照組相比時在個體中有統計顯著的增加。「數量增加」係指例如在使用PD-1抗體或其他治療劑的治療前及治療後，個體(例如患者)中TIL的數目有統計顯著的增加。
在一些實施例中，該個體的干擾素-γ(IFN-γ)表現或活性增加。
在一些實施例中，該個體已用抗PD-1抗體治療。
在一些實施例中，該個體難以(refractory)用抗PD-1抗體治療。
在一些實施例中，該個體在用抗PD-1抗體治療後具有復發性腫瘤。
在一些實施例中，該個體已用包含SEQ ID NO：230之VH及SEQ ID NO：231之VL的抗PD-1抗體(例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療。
在一些實施例中，該個體已用包含SEQ ID NO：232之VH及SEQ ID NO：233之VL的抗PD-1抗體(例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療。
在一些實施例中，該個體難以用包含SEQ ID NO：230之VH及SEQ ID NO：231之VL的抗PD-1抗體(例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療。
在一些實施例中，該個體難以用包含SEQ ID NO：232之VH及SEQ ID NO：233之VL的抗PD-1抗體(例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療。
在一些實施例中，該個體在用包含SEQ ID NO：230之VH及SEQ ID NO：231之VL的抗PD-1抗體(例如KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab)))治療後具有復發性腫瘤。
在一些實施例中，該個體在用包含SEQ ID NO：232之VH及SEQ ID NO：233之VL的抗PD-1抗體(例如OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab)))治療後具有復發性腫瘤。
SEQ ID NO：230
Figure 105135350-A0202-12-0209-1155
SEQ ID NO：231
Figure 105135350-A0202-12-0210-1156
SEQ ID NO：232
Figure 105135350-A0202-12-0210-1157
SEQ ID NO：233
Figure 105135350-A0202-12-0210-1158
在一些實施例中，該個體已用PD-L1抗體治療或正在進行該治療。
在一些實施例中，該個體難以用PD-L1抗體治療。
在一些實施例中，該個體在用PD-L1抗體治療後具有復發性腫瘤。
在一些實施例中，該個體在用PD-L1抗體杜瓦盧單抗(durvalumab)(MEDI-4736)治療後係難以治療的或復發的。杜瓦盧單抗(durvalumab)包含SEQ ID NO：234之VH及SEQ ID NO：235之VL。
SEQ ID NO：234
Figure 105135350-A0202-12-0211-1159
SEQ ID NO：235
Figure 105135350-A0202-12-0211-1160
在一些實施例中，該個體在用PD-L1抗體阿特索單抗(atezolizumab)治療後係難以治療的或復發的。阿特索單抗(atezolizumab)包含SEQ ID NO：236之VH及SEQ ID NO：237之VL。
SEQ ID NO：236
Figure 105135350-A0202-12-0211-1161
SEQ ID NO：237
Figure 105135350-A0202-12-0212-1162
在一些實施例中，該個體在用PD-L1抗體阿貝單抗(avelumab)治療後係難以治療的或復發的。阿貝單抗(avelumab)包含SEQ ID NO：238之VH及SEQ ID NO：239之VL。
SEQ ID NO：238
Figure 105135350-A0202-12-0212-1163
SEQ ID NO：239
Figure 105135350-A0202-12-0212-1164
在一些實施例中，該個體在用PD-L1抗體MDX-1105治療後係難以治療的或復發的。
在一些實施例中，該個體已用PD-L2抗體治療或正在進行該治療。
在一些本文所述之實施例中，該個體難以用PD-L2抗體治療。
在一些實施例中，該個體在用PD-L2抗體治療後具有復發性腫瘤。
可使用各種定性及/或定量方法來判定疾病的復發或難治性。可能與復發或抗性有關的症狀係例如病患健康的下降或停滯、或與實體腫瘤相關的各種症狀的重建或惡化、及/或癌細胞在體內從一個位置擴散到其他器官、組織或細胞。
本文發現在抗PD-1抗體治療後從腫瘤單離之CD8+ T細胞中的TIM-3表現升高。因此，向已經接受或正在接受抗PD-1抗體治療且難以用該抗PD-1抗體治療或在該抗PD-1抗體治療後或治療期間復發的個體治療性投予本文所述之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體可改善該等患者的臨床結果。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其中該個體已用抗PD-1抗體治療或正在進行該治療。
在一些實施例中，該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL)，其中該個體已用包含SEQ ID NO：230之VH及SEQ ID NO：231之VL的抗PD-1抗體KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab))治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體(包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL)，其中該個體已用包含SEQ ID NO：232之VH及SEQ ID NO：233之VL的抗PD-1抗體OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab))治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其中該個體已用抗PD-L1抗體治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其中該個體已用抗PD-L2抗體治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其中該個體已用抗PD-1抗體治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其中該個體已用抗PD-L1抗體治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其中該個體已用抗PD-L2抗體治療或正在進行該治療。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL)一段足以治療該癌症的時間。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向該個體投予治療有效量的特異性結合PD-1的拮抗性抗體(包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL)一段足以治療該癌症的時間。
本文所述之本發明之任何PD-1、TIM-3或雙特異性PD-1/TIM-3抗體可用於本發明之方法中。
「治療(treat)」或「治療方法(treatment)」係指治療性處理，其目的係在於減緩(減輕)不想要的生理變化或疾病，諸如腫瘤或腫瘤細胞的發展或蔓延，或在治療過程中提供有益或所欲之臨床結果。有益或所欲之臨床結果包括症狀的減輕、疾病程度的減小、疾病狀態的穩定化(即不惡化)、疾病進程的延緩或減慢、未轉移、疾病狀態的改善或緩和、及緩解(無論部分或完全)，無論是可偵測或不可偵測的。「治療」亦可意指相較於未接受治療之對象之預期存活而延長存活。需要治療的個體對象包括已經患有不想要的生理變化或疾病的個體，以及那些易患有該生理變化或疾病的個體。
「治療有效量(therapeutically effective amount)」係指達到所欲治療成果所需之有效劑量量及時間量。本發明之抗體之治療有效量可依不同因素而異，諸如個體之疾病狀態、年齡、性別及體重、及本發明之抗體在個體中引發所欲反應的能力。有效治療劑或治療劑組合的例示性指 標包括例如病患幸福感的提高、腫瘤負荷的減少、腫瘤生長的減緩或停止、及/或癌細胞未轉移至身體的其他位置。
癌症治療的組合療法
本發明之抗體可與第二治療劑組合投予。
本發明之抗體可與一種、二種、三種、四種、五種或六種另外的治療劑組合投予。
任何本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體可與第二治療劑組合使用。
任何本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、特異性結合TIM-3的拮抗性抗體或拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體可與一種、二種、三種、四種、五種或六種另外的治療劑組合使用。
「與...組合」係指本發明之抗體與至少一種第二治療劑同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。通常，每種藥劑會以針對該藥劑決定的劑量及/或時程投予。
在一些實施例中，該第二治療劑調節參與癌症-免疫循環的分子的活性，例如涉及下列的分子：在癌細胞抗原的釋放中起作用的刺激或抑制路徑、癌抗原呈遞、T細胞啟動(priming)和活化、T細胞向腫瘤的運輸、T細胞浸潤到腫瘤中、藉由T細胞識別癌細胞、及殺滅癌細胞。該癌症-免疫循環係在Chen and Mellman(2013)Immunity 39：1-10中描述。在一些實施例中，該第二治療劑調節參與調節下列活性的分子的活性：T調節細胞(Treg)、在腫瘤上表現的共刺激或共抑制配體、在自然殺手(NK)細 胞上的活化或抑制性受體、或腫瘤微環境中的免疫抑制因子。聯合癌症免疫治療係在Manoney et al.,(2015)Nature Reviews 14：561-584中描述。
如大眾所習知，該第二治療劑一般會增強刺激分子的活性並抑制抑制分子的活性。因此，「調節」係指藉由第二治療劑來增強免疫反應，其中該試劑本身係特定分子的促效劑或拮抗劑。
在一些實施例中，本發明之抗體係與T細胞抑制分子的抑制劑組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與T細胞抑制分子PD-1、PD-L1、PD-L2、VISTA、BTNL2、B7-H3、B7-H4、HVEM、HHLA2、CTLA-4、LAG-3、TIM-3、BTLA、CD160、CEACAM-1、LAIR1、TGFβ、IL-10、Siglec家族蛋白、KIR、CD96、TIGIT、NKG2A、CD112、CD47、SIRPA或CD244的抑制劑組合投予。
在一些實施例中，KIR係KIR2DL1、KIR2DL2或KIR2DL3。
抑制分子的抑制可藉由在DNA、RNA或蛋白質水平的抑制來進行。在一些實施例中，使用抑制性核酸(例如dsRNA、siRNA或shRNA)抑制該抑制分子的表現。
在一些實施例中，該抑制分子的抑制劑係該抑制分子的可溶性配體。
在一些實施例中，該抑制分子的抑制劑係該特異性結合該抑制分子的拮抗性抗體。
在一些實施例中，該抑制分子的抑制劑係CTLA-4-Fc或TIM-3-Fc融合蛋白。
在一些實施例中，該抑制分子的抑制劑係結合PD-1、PD-L1、PD-L2、VISTA、BTNL2、B7-H3、B7-H4、HVEM、HHLA2、CTLA-4、LAG-3、TIM-3、BTLA、CD160、CEACAM-1、LAIR1、TGFβ、IL-10、Siglec家族蛋白、KIR、CD96、TIGIT、NKG2A、CD112、CD47、SIRPA或CD244的抗體或抗體片段。
可用於本發明之方法中的例示性抗PD-1抗體係那些在本文中及在美國專利第5,897,862及7,488,802號、以及國際專利申請案公開號WO2004/004771、WO2004/056875、WO2006/121168、WO2008/156712、WO2010/029435、WO2010/036959、WO2011/110604、WO2012/145493、WO2014/194302、WO2014/206107、WO2015/036394、WO2015/035606、WO2015/085847、WO2015/112900及WO2015/112805中所描述者。例示性抗PD1抗體包括KEYTRUDA®(皮落株單抗(pembrolizumab))及OPDIVO®(尼沃魯單抗(nivolumab))。
在一些實施例中，本發明之抗體係與可溶性PD-1配體組合投予。
在一些實施例中，該可溶性PD-1配體係與Fc融合的可溶性PD-L1或可溶性PD-L2。
在一些實施例中，該可溶性PD-1配體係AMP-224。
在一些實施例中，本發明之抗體係與抗PD-L1抗體或其抗原結合片段組合投予。
可用於本發明之方法中的例示性PD-L1抗體係抗體MDPL3280A(Genentech/Roche)及在美國專利第7,943,743號及美國專利公開號20120039906中所揭露之其他人類單株抗體。其他的抗PD-L1黏合劑包括YW243.55.S70(重鏈及輕鏈可變區係顯示於WO2010/077634中的SEQ ID NO 20及21)及MDX-1105(亦稱為BMS-936559)、及例如WO2007/005874中所揭露之抗PD-L1黏合劑。可使用的抗PD-L1抗體杜瓦盧單抗(durvalumab)、阿特索單抗(atezolimumab)及阿貝單抗(avelumab)的VH及VL序列係在本文中揭露。
可用於本發明之方法中的例示性PD-L2抗體係那些在美國專利第8,080,636、8,188,238號、美國專利公開號20110271358及國際專利申請案公開號WO2012145493中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性B7-H4抗體係那些在美國專利第7,888,477、8,609,816、7,931,896號、歐洲專利第1817055號、美國專利公開號US20140037551及US2014029486、及國際專利申請案公開號WO2014/100483及WO2014/159835中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗CTLA-4抗體係伊匹單抗(ipilimumab)(MDX-010，CAS編號：477202-00-9)及曲美木單抗(tremelimumab)(可得自Pfizer的IgG2單株抗體，以前稱為替西單抗(ticilimumab)，CP-675,206)。
可用於本發明之方法中的例示性抗LAG-3抗體係那些在例如國際專利申請案公開號WO2008/132601及WO2010/019570中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗CEACAM-1抗體係那些在美國專利第8,598,322號及美國專利公開號US2004/0047858、US20140271618及US20120100158中所描述者。在沒有想要與任何特定理論結合的情況下，CEACAM-1已被描述為TIM-3的配體及配偶體(partner)(見例如國際專利申請案公開號WO2014/022332)。在異種移植物癌症模式中已檢測到抗TIM-3抗體及抗CEACAM-1抗體的組合有協同體內功效(見例如國際專利申請案公開號WO2014/022332)。腫瘤可能使用CEACAM-1來抑制免疫系統。因此，抗CEACAM-1抗體可與本文所述之本發明之抗體組合使用。
可用於本發明之方法中的例示性抗LAIR1抗體係那些在美國專利第6,479,638號及國際專利申請案公開號WO2010/078580中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗CD96抗體係那些在國際專利申請案公開號WO2015/024060中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗TIM-3抗體係那些在本文及國際專利申請案公開號WO2011/155607、WO2013/006490及WO2015/117002中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗TIGIT抗體係那些在美國專利公開號US20140056890及US20150216970中所描述者。一種例示性抗TIGIT抗體係RG-6058(MTIG-7192A)。
本文發現在癌症的動物模式中經抗TIM-3抗體治療後，從腫瘤單離之CD8+ T細胞中的TIGIT表現升高。因此，向已經接受或正在 接受抗TIM-3抗體治療且難以用該抗TIM-3抗體治療或在該抗TIM-3抗體治療後或治療期間復發的個體治療性投予特異性結合TIGIT的拮抗性抗體可改善該等患者的臨床結果。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的特異性結合TIM-3的拮抗性抗體及特異性結合TIGIT的拮抗性抗體一段足以治療該癌症的時間。
在一些實施例中，該特異性結合TIGIT的拮抗性抗體係在投予該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體後投予。
在一些實施例中，該特異性結合TIGIT的拮抗性抗體及該特異性結合TIM-3的拮抗性抗體係同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。
可用於本發明之方法中的例示性抗BTLA抗體係那些在美國專利第8,546,541、7,479,544、8,188,232、8,247,537、8,563,694號及國際專利申請案公開號WO2014184360中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性抗HVEM抗體係那些在美國專利公開號US20110280866中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性CD47抗體係那些在美國專利第8,101,719號中所描述者。
可用於本發明之方法中的例示性CD244抗體包括那些在美國專利第5,688,690號中所描述者。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TIM-3抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗PD-L1抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗PD-L2抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗VISTA抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗BTNL2抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗B7-H3抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗B7-H4抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗HVEM抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗HLA2抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CTLA-4抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗LAG-3抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TIM-3抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗BTLA抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD160抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CEACAM-1抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗LAIR1抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TGFβ抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗IL-10抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TIGT抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗KIR抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗NKG2A抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD112抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD47抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗SIRPA抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD244抗體或其抗原結合片段組合投予。
該等免疫抑制分子可調節或協同調節T細胞功能以促進腫瘤的免疫逃逸(immune escape)。因此，與單獨的單一療法相比，使用二種或更多種該等抑制分子之抑制劑的組合療法可為患者提供改善的治療。
在一些實施例中，本發明之抗體係與活化分子的活化劑組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與活化分子CD86、CD80、CD28、ICOS、ICOS配體、TMIGD2、CD40、GITR配體、4-1BB配體、OX40配體、CD70、CD40L、TNFRSF25、LIGHT、GITR、OX-40、CD27、CD137、NKG2D、CD48、CD226或MICA的活化劑組合投予。
活化分子的活化可使用例如該等活化分子的可溶性配體或配體衍生物、胜肽或促效性抗體來進行。
在一些實施例中，該活化分子的活化劑係T細胞活化分子的可溶性配體。
在一些實施例中，該活化分子的活化劑係特異性結合該活化分子的促效性抗體。
可用於本發明之方法中的例示性抗CD40抗體包括分別在美國專利第7,288,251號(抗體21.4.1)及美國專利第8,303,955號中所述之CP-870,893及人化S2C6，以及在國際專利申請案公開號WO2001/056603、WO2001/083755、WO2013/034904及WO2014/070934中所述之抗CD40抗體。
例示性GITR促效劑包括例如GITR融合蛋白及抗GITR抗體(例如二價抗GITR抗體)，諸如在美國專利第6,111,090號、歐洲專利第090505B1號、美國專利第8,586,023號、國際專利申請案公開號WO2010/003118及WO2011/090754中所述之GITR融合蛋白、或在美國專利第7,025,962、7,812,135、8,388,967、8,591,886及7,618,632號、歐洲專利第1947183及1866339號、或國際專利申請案公開號WO2011/028683、WO2013/039954、WO2005/007190、WO2007/133822、WO2005/055808、WO1999/40196、WO2001/03720、WO1999/20758、WO2006/083289、WO2005/115451及WO2011/051726中所述之抗GITR抗體。
本文發現在癌症的動物模式中經抗PD-1抗體治療後，從腫瘤單離之CD8+ T細胞中的GITR表現升高。由抗PD-1治療恢復TIL上的 GITR表現證實使用抗GITR抗體及抗PD-1抗體的組合療法可改善患者的臨床結果。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的特異性結合PD-1的拮抗性抗體及特異性結合GITR的促效性抗體一段足以治療該癌症的時間。
在一些實施例中，該特異性結合GITR的促效性抗體係在投予該特異性結合PD-1的拮抗性抗體後投予。
在一些實施例中，該特異性結合GITR的促效性抗體及該特異性結合PD-1的拮抗性抗體係同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。
可用於本發明之方法中的例示性OX40抗體包括那些在美國專利第8,133,983、7,960,515號、美國專利公開號20130280275及國際專利申請案公開號WO2013028231及WO2014148895中所述者。
可用於本發明之方法中的例示性OX40抗體係包含SEQ ID NO：309之VH及SEQ ID NO：310之VL的抗體。
可用於本發明之方法中的另一種例示性OX40抗體係包含SEQ ID NO：311之VH及SEQ ID NO：312之VL的抗體。
本文發現在癌症的動物模式中經抗PD-1抗體治療後，從腫瘤單離之CD8+ T細胞中的OX40表現升高。由抗PD-1治療恢復TIL上的OX40表現證實使用抗OX40抗體及抗PD-1抗體的組合療法可改善患者的臨床結果。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的特異性結合PD-1的拮抗性抗體及特異性結合OX40的促效性抗體一段足以治療該癌症的時間。
在一些實施例中，該特異性結合OX40的促效性抗體係在投予該特異性結合PD-1的拮抗性抗體後投予。
在一些實施例中，該特異性結合OX40的促效性抗體及該特異性結合PD-1的拮抗性抗體係同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。
可用於本發明之方法中的例示性CD70抗體包括那些在美國專利公開號US20130336976中所述者。
可用於本發明之方法中的例示性TNFRSF25抗體包括那些在美國專利第7,708,996號中所述者。
可用於本發明之方法中的例示性CD27抗體包括那些在美國專利公開號US20130336976中所述者。
可用於本發明之方法中的例示性CD137抗體包括那些在美國專利第6,974,863、6,303,121、7,138,500、7,288,638、8,716,452、8,821,867號及美國專利公開號US20130149301中所述者。
本文發現在癌症的動物模式中經抗PD-1抗體治療後，從腫瘤單離之CD8+ T細胞中的CD137表現升高。由抗PD-1治療恢復TIL上的CD137表現證實使用抗CD137抗體及抗PD-1抗體的組合療法可改善患者的臨床結果。
本發明亦提供一種在個體中治療癌症的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的特異性結合PD-1的拮抗性抗體及特異性結合CD137的促效性抗體一段足以治療該癌症的時間。
在一些實施例中，該特異性結合CD137的促效性抗體係在投予該特異性結合PD-1的拮抗性抗體後投予。
在一些實施例中，該特異性結合CD137的促效性抗體及該特異性結合PD-1的拮抗性抗體係同時以單劑投予或以任何順序以單劑依序投予。
可用於本發明之方法中的例示性NKG2D抗體包括那些在美國專利公開號US20110150870中所述者。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD86抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD80抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD28抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗ICOS抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗ICOS配體抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TMIGD2抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD40抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗GITR配體抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗4-1BB配體抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗OX40配體抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD70抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD40L抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗TNFRSF25抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗LIGHT抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗GITR抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗OX40抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD27抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD137抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗NKG2D抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD48抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗CD226抗體或其抗原結合片段組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與抗MICA抗體或其抗原結合片段組合投予。
本文所述之抗體的組合可以分開投予，例如作為單獨的抗體投予，或者例如作為雙特異性或三特異性抗體分子而連接。
可在本領域習知的動物模式中測試本文所述之組合的功效。
本文所述之本發明之抗體可與疫苗組合投予。
例示性疫苗係免疫性試劑(immunogenic agent)，例如癌細胞、純化的腫瘤抗原(包括重組蛋白、抗原表位、胜肽及碳水化合物分子)、透過基因治療遞送給患者的腫瘤抗原、細胞、及用編碼免疫刺激細胞介素的基因轉染的細胞。可使用的例示性疫苗包括黑色素瘤抗原之胜肽(例如gp100、MAGE抗原、Trp-2、MART1及/或酪胺酸酶之胜肽)、或經轉染以表現細胞介素GM-CSF的腫瘤細胞、基於DNA的疫苗、基於 RNA的疫苗、及基於病毒轉導的疫苗、胜肽或前列腺抗原或肺癌抗原之胜肽。癌症疫苗可以是預防性或治療性的。
已設計出許多針對腫瘤的疫苗接種的實驗策略(見Rosenberg,S.,2000,Development of Cancer Vaccines,ASCO Educational Book Spring：60-62；Logothetis,C.,2000,ASCO Educational Book Spring：300-302；Khayat,D.2000,ASCO Educational Book Spring：414-428；Foon,K.2000,ASCO Educational Book Spring：730-738；亦見Restifo,N.and Sznol,M.,Cancer Vaccines,Ch.61,pp.3023-3043 in DeVita,V. et al.(eds.),1997,Cancer：Principles and Practice of Oncology.Fifth Edition)。在這些策略之一中，使用自體或同種異體的腫瘤細胞製備疫苗。當該些腫瘤細胞經轉導以表現GM-CSF時，這些細胞疫苗已被顯示是最有效的。GM-CSF已被顯示是腫瘤疫苗接種的抗原呈遞的有效活化劑(Dranoff et al.,(1993)Proc Natl Acad Sci U.S.A.90：3539-43)。
本文所述之本發明之抗體可與在腫瘤中或腫瘤上表現的一種或一組重組蛋白及/或胜肽組合投予以產生對這些蛋白質的免疫反應。這些蛋白質通常被免疫系統視為自身抗原，因此對它們是耐受的(tolerant)。腫瘤抗原還可包括端粒酶蛋白，其係合成染色體端粒所必需的，並且在超過85%的人類癌症中表現並僅在有限數量的體細胞組織中表現(Kim et al.,(1994)Science 266：2011-2013)。腫瘤抗原也可以是在癌細胞中或癌細胞上表現的「新抗原」，其係體細胞突變的結果，該體細胞突變改變蛋白質序列或產生兩個不相關序列之融合蛋白(例如費城染色體中的bcr-abl)，或B細胞腫瘤的獨特型。該等腫瘤抗原可為前列腺特異性抗原(PSA)、間皮素 (mesothelin)、前列腺特異性膜抗原(PSMA)、滑膜肉瘤(synovial sarcoma)X2(SSX2)、NKX3.1、前列腺酸性磷酸酶(PAP)、或表皮生長因子受體之抗原表位、或EGFR變體特有的胜肽、例如習知在腫瘤細胞上過度表現的EGFRvIII。
其他腫瘤疫苗可包括來自涉及人類癌症的病毒(例如人類乳突病毒(HPV)、肝炎病毒(HBV和HCV)及卡波西氏皰疹肉瘤病毒(KHSV)、及Epstein-Barr二氏病毒(EBV))的蛋白質。可與本文所述之本發明之抗體組合使用的另一種形式的腫瘤特異性抗原係從腫瘤組織本身單離之純化的熱休克蛋白(HSP)。HSP含有來自腫瘤細胞的蛋白質片段並且會高效遞送至抗原呈現細胞以引發腫瘤免疫力(Suot and Srivastava(1995)Science 269：1585-1588；Tamura et al.,(1997)Science 278：117-120)。
樹突細胞(DC)係可用於引發抗原特異性反應的有效抗原呈現細胞。DC可離體(ex vivo)產生並負載各種蛋白質及胜肽抗原以及腫瘤細胞萃取物(Nestle et al.,(1998)Nature Medicine 4：328-332)。DC亦可透過遺傳手段轉導以表現這些腫瘤抗原。DC也已被直接融合至腫瘤細胞以用於免疫的目的(Kugler et al.,(2000)Nature Medicine 6：332-336)。作為一種疫苗接種的方法，DC免疫可與本文所述之本發明之抗體有效地組合以活化更有效的抗腫瘤反應。
在一些實施例中，該疫苗係多肽或其片段，或編碼在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段的DNA或RNA。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係PSMA。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係間皮素(mesothelin)。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係EGFR或EGFR變體諸如EGFRvIII。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係PAP。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係滑膜肉瘤(synovial sarcoma)X2(SSX2)。
在一些實施例中，該在腫瘤細胞上表現的多肽或其片段係NKX3.1。
在一些實施例中，該腫瘤細胞係黑色素瘤、肺癌、鱗狀非小細胞肺癌(NSCLC)、非鱗狀NSCLC、結腸直腸癌、前列腺癌、閹割抗性前列腺癌、卵巢癌、胃部癌、肝癌、胰腺癌、甲狀腺癌、頭頸部鱗狀細胞癌、食道癌或胃腸道癌或乳癌細胞。
在一些實施例中，本發明之抗體係與腎癌(RCC)疫苗組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與肺癌疫苗組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與前列腺癌疫苗組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與肺癌疫苗組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性 PD-1/TIM-3抗體係與包含EGFR或EGFRvIII之胜肽片段的腫瘤疫苗、或編碼EGFR或EGFRvIII之胜肽片段的載體組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與包含間皮素(mesothelin)之胜肽片段的腫瘤疫苗、或編碼間皮素之胜肽片段的載體組合投予。
在一些實施例中，本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體、本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體、或本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體係與包含前列腺特異性抗原(prostate specific antigen)之胜肽片段的腫瘤疫苗、或編碼前列腺特異性抗原之胜肽片段的載體組合投予。
可用於本發明之方法的合適載體係習知的且包括慢病毒載體、腺病毒載體、最小核酸載體(MNAV)、牛痘病毒、雞痘病毒、α病毒衍生的VRP、釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、MVA、李斯特菌(Listeria moonocytogenes)、基於pVAX的質體，見例如Pol et al.,(2014)Oncoimmunology 1(3)：e28185。
本發明之抗體可與標準照護癌症治療組合施用。
本文所述之本發明之抗體可與標準照護癌症化療方案組合施用。在這些情況下，可能可減少投予的化療試劑的劑量(Mokyr et al.,(1998)Cancer Research 58：5301-5304)。
在一些實施例中，本發明之抗體可與一或多種其他抗體分子、化療、其他抗癌療法(例如靶向抗癌療法或溶瘤藥物)、細胞毒性劑、細胞介素、手術及/或放射程序組合施用。
可與本發明之抗體組合投予的例示性細胞毒性劑包括抗微管劑(antimicrotubule agent)、拓樸異構酶抑制劑、抗代謝物(anti-metabolites)、有絲分裂抑制劑、烷化劑、蒽環類藥物(anthracyclines)、長春花生物鹼類(vinca alkaloids)、嵌入劑、能夠干擾信號轉導路徑的試劑、促進凋亡的試劑、蛋白酶體(proteosome)抑制劑、及輻射(例如局部或全身照射)。
標準照護治療(standard of care therapeutics)包括安美達錠(anastrozole)(Arimidex®)、可蘇多錠(bicalutamide)(Casodex®)、博來黴素硫酸鹽(bleomycin sulfate)(Blenoxane®)、白消安(busulfan)(Myleran®)、白消安注射劑(Busulfex®)、卡培他濱(capecitabine)(Xeloda®)、N4-戊氧羰基-5-去氧-5-氟胞苷、卡鉑(Paraplatin®)、雙氯乙基亞硝脲(BiCNU®)、氯芥苯丁酸(Leukeran®)、順鉑(Platinol®)、克拉屈濱(cladribine)(Leustatin®)、環磷醯胺(Cytoxan®或Neosar®)、阿糖胞苷(cytarabine)、胞嘧啶阿拉伯醣(cytosine arabinoside)(Cytosar-U®)、阿糖胞苷脂質體注射劑(DepoCyt®)、達卡巴仁(dacarbazine)(DTIC-Dome®)、放線菌素(Actinomycin D,Cosmegan)、道諾黴素鹽酸鹽(daunorubicin hydrochloride)(Cerubidine®)、道諾黴素檸檬酸鹽(daunorubicin citrate)脂質體注射劑(DaunoXome®)、地塞米松、歐洲紫杉醇(docetaxel)(Taxotere®)、阿黴素鹽酸鹽(doxorubicin hydrochloride)(Adriamycin®、Rubex®)、依託泊苷(etoposide)(Vepesid®)、氟達拉濱磷酸鹽(fludarabine phosphate)(Fludara®)、5-氟尿嘧啶(Adrucil®、Efudex®)、氟他胺(flutamide)(Eulexin®)、替扎西班(tezacitibine)、吉西他濱(Gemcitabine)(二氟去氧胞苷)、羥脲(Hydrea®)、艾達黴素(Idarubicin) (Idamycin®)、依弗醯胺(IFEX®)、愛萊諾迪肯(irinotecan)(Camptosar®)、L-天門冬醯胺酶(ELSPAR®)、留可佛林鈣(leucovorin calcium)、黴法蘭(Alkeran®)、6-巰嘌呤(Purinethol®)、胺甲喋呤(Folex®)、米托蒽醌(mitoxantrone)(Novantrone®)、紫杉醇(paclitaxel)(Taxol®)、鳳凰(phoenix)(Yttrium90/MX-DTPA)、噴司他丁(pentostatin)、聚苯丙生(polifeprosan)20與卡莫司汀植入物(carmustine implant)(Gliadel®)、它莫西芬檸檬酸鹽(tamoxifen citrate)(Nolvadex®)、替尼泊苷(teniposide)(Vumon®)、6-硫鳥嘌呤、噻替哌(thiotepa)、替拉扎明(tirapazamine)(Tirazone®)、拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)(Hycamptin®)、長春鹼(vinblastine)(Velban®)、長春新生物鹼(Oncovin®)、長春瑞濱(vinorelbine)(Navelbine®)、依鲁替尼(Ibrutinib)、艾德斯布(idelalisib)、及布吐西單抗維多汀(brentuximab vedotin)。
例示性烷化劑包括氮芥子氣、伸乙亞胺衍生物、烷基磺酸鹽、亞硝基脲(nitrosourea)及三氮烯：尿嘧啶氮芥(uracil mustard)(Aminouracil Mustard®、Chlorethaminacil®、Demethyldopan®、Desmethyldopan®、Haemanthamine®、Nordopan®、Uracil Nitrogen Mustard®、Uracillost®、Uracilmostaza®、Uramustin®、Uramustine®)、氮芥(chlormethine)(Mustargen®)、環磷醯胺(Cytoxan®、Neosar®、Clafen®、Endoxan®、Procytox®、RevimmuneTM)、依弗醯胺(Mitoxana®)、黴法蘭(Alkeran®)、氯芥苯丁酸(Leukeran®)、溴丙哌嗪(pipobroman)(Amedel®、Vercyte®)、三乙烯三聚氰胺(triethylenemelamine)(Hemel®、Hexalen®、Hexastat®)、三乙烯硫代磷醯胺(triethylenethiophosphoramine)、替莫唑胺 (temozolomide)(Temodar®)、噻替哌(thiotepa)(Thioplex®)、白消安(busulfan)(Busilvex®、Myleran®)、卡莫司汀(carmustine)(BiCNU®)、洛莫司汀(lomustine)(CeeNU®)及鏈脲佐菌素(streptozocin)(Zanosar®)。其他的例示性烷化劑包括、奧沙利鉑(oxaliplatin)(Eloxatin®)、替莫唑胺(temozolomide)(Temodar®及Temodal®)、放線菌素(亦稱為放線菌素D、Cosmegen®)、六甲蜜胺(altretamine)(亦稱為六甲三聚氰胺(HMM)、Hexalen®)、苯達莫司汀(bendamustine)(Treanda®)、卡鉑(Paraplatin®)、洛莫司汀(lomustine)(亦稱為CCNU、CeeNU®)、順鉑(亦稱為CDDP、Platinol®及Platinol®-AQ)、氯芥苯丁酸(Leukeran®)、潑尼莫司汀(prednumustine)、丙卡巴肼(procarbazine)(Matulane®)、及噻替哌(thiotepa)(亦稱為硫代磷醯胺(thiophosphoamide)、TESPA及TSPA、Thioplex®)。
例示性蒽環類藥物(anthracyclines)包括例如阿黴素(doxorubicin)(Adriamycin®及Rubex®)；博萊黴素(Lenoxane®)、道諾黴素(daunorubicin)(道諾黴素鹽酸鹽(dauorubicin hydrochloride)、道諾黴素(daunomycin)、及紅比黴素鹽酸鹽(rubidomycin hydrochloride)、Cerubidine®)、道諾黴素脂質體(daunorubicin liposomal)(道諾黴素脂質體檸檬酸鹽(daunorubicin citrate liposome)、DaunoXome®)、米托蒽醌(mitoxantrone)(DHAD、Novantrone®)、表柔比星(epirubicin)(EllenceTM)、艾達黴素(idarubicin)(Idamycin®、Idamycin PFS®)、絲裂黴素C(Mutamycin®)、格爾德黴素(geldanamycin)、除莠黴素(herbimycin)、拉维黴素(ravidomycin)、及去乙醯基拉维黴素(desacetylravidomycin)。
可與本發明之抗體組合使用的例示性長春花生物鹼類(vinca alkaloids)包括長春瑞濱酒石酸鹽(vinorelbine tartrate)(Navelbine®)、長春新生物鹼(Oncovin®)、及長春地辛(vindesine)(Eldisine®)、長春鹼(vinblastine)(亦稱為長春鹼硫酸鹽(vinblastine sulfate)、長春鹼(vincaleukoblastine)及VLB、Alkaban-AQ®及Velban®)及長春瑞濱(vinorelbine)(Navelbine®)。
可與本發明之抗體組合使用的例示性蛋白酶體(proteosome)抑制劑係硼替佐米(bortezomib)(Velcade®)；卡非佐米(carfilzomib)(Kyprolis®)、依薩佐米(ixazomib)(Ninlaro®)、馬瑞唑米(marizomib)(NPI-0052)及迪蘭佐米(delanzomib)(CEP-18770)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與酪胺酸激酶抑制劑(例如受體酪胺酸激酶(RTK)抑制劑)組合投予。例示性酪胺酸激酶抑制劑包括表皮生長因子(EGF)路徑抑制劑(例如表皮生長因子受體(EGFR)抑制劑)、血管內皮生長因子(VEGF)路徑抑制劑(例如血管內皮生長因子受體(VEGFR)抑制劑(例如VEGFR-1抑制劑、VEGFR-2抑制劑、VEGFR-3抑制劑))、血小板衍生生長因子(PDGF)路徑抑制劑(例如血小板衍生生長因子受體(PDGFR)抑制劑(例如PDGFR-β抑制劑))、RAF-1抑制劑、KIT抑制劑及RET抑制劑。在一些實施例中，該第二治療劑係阿西替尼(axitinib)(AG013736)、伯舒替尼(bosutinib)(SKI-606)、西地尼布(cediranib)(RECENTINTM、AZD2171)、達沙替尼(dasatinib)(SPRYCEL®、BMS-354825)、厄洛替尼(erlotinib)(TARCEVA®)、吉非替尼(gefitinib)(IRESSA®)、伊馬替尼(imatinib)(Gleevec®、CGP57148B、STI-571)、拉帕替尼(lapatinib)(TYKERB®、TYVERB®)、來他替尼(lestaurtinib)(CEP-701)、 來那替尼(neratinib)(HKI-272)、尼羅替尼(nilotinib)(TASIGNA®)、司馬沙尼(semaxanib)(司馬沙平(semaxinib)、SU5416)、舒尼替尼(sunitinib)(SUTENT®、SU11248)、托西尼布(toceranib)(PALLADIA®)、凡德他尼(vandetanib)(ZACTIMA®、ZD6474)、瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787、PTK/ZK)、曲妥珠單抗(trastuzumab)(HERCEPTIN®)、貝伐單抗(bevacizumab)(AVASTIN®)、利妥昔單抗(rituximab)(RITUXAN®)、西妥昔單抗(cetuximab)(ERBITUX®)、帕尼單抗(panitumumab)(VECTIBIX®)、蘭尼單抗(ranibizumab)(Lucentis®)、尼羅替尼(nilotinib)(TASIGNA®)、索拉非尼(sorafenib)(NEXAVAR®)、阿來組單抗(alemtuzumab)(CAMPATH®)、吉妥單抗奧佐米星(gemtuzumab ozogamicin)(MYLOTARG®)、ENMD-2076、PCI-32765、AC220、多韋替尼乳酸鹽(dovitinib lactate)(TKI258,CHIR-258)、BIBW 2992(TOVOKTM)、SGX523、PF-04217903、PF-02341066、PF-299804、BMS-777607、ABT-869、MP470、BIBF 1120(VARGATEF®)、AP24534、JNJ-26483327、MGCD265、DCC-2036、BMS-690154、CEP-11981、替沃紮尼(tivozanib)(AV-951)、OSI-930、MM-121、XL-184、XL-647、XL228、AEE788、AG-490、AST-6、BMS-599626、CUDC-101、PD153035、培利替尼(pelitinib)(EKB-569)、凡德他尼(vandetanib)(zactima)、WZ3146、WZ4002、WZ8040、ABT-869(立尼法尼(linifanib))、AEE788、AP24534(帕納替尼(ponatinib))、AV-951(替沃紮尼(tivozanib))、阿西替尼(axitinib)、BAY 73-4506(瑞戈非尼(regorafenib))、布立尼布丙胺酸鹽(brivanib alaninate)(BMS-582664)、布立尼布(brivanib)(BMS-540215)、西地尼布(cediranib)(AZD2171)、CHIR-258(多韋替尼(dovitinib))、CP 673451、CYC116、E7080、Ki8751、馬賽替尼(masitinib)(AB1010)、MGCD-265、莫替沙尼二磷酸鹽(motesanib diphosphate)(AMG-706)、MP-470、OSI-930、帕唑帕尼鹽酸鹽(pazopanib hydrochloride)、PD173074、索拉非尼甲苯磺酸鹽(Sorafenib Tosylate)(Bay 43-9006)、SU 5402、TSU-68(SU6668)、凡塔藍尼(vatalanib)、XL880(GSK1363089,EXEL-2880)。所選之酪胺酸激酶抑制劑係選自舒尼替尼(sunitinib)、厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、或索拉非尼(sorafenib)。在一些實施例中，該EGFR抑制劑係雙特異性EGFRc-Met抗體(EM-1 mAb)，其包含SEQ ID NO：249、250、251及252之重鏈及輕鏈(US2014/0141000)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與血管內皮生長因子(VEGF)受體抑制劑組合投予，該抑制劑包括貝伐單抗(bevacizumab)(Avastin®)、阿西替尼(axitinib)(Inlyta®)、布立尼布丙胺酸鹽(brivanib alaninate)(BMS-582664、(S)-((R)-1-(4-(4-氟-2-甲-1H-吲哚-5-基氧基)-5-甲基吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-6-基氧基)丙烷-2-基)2-胺丙酸酯)、索拉非尼(sorafenib)(Nexavar®)；帕唑帕尼(pazopanib)(Votrient®)、舒尼替尼蘋果酸鹽(sunitinib malate)(Sutent®)、西地尼布(cediranib)(AZD2171,CAS 288383-20-1)、Vargatef(BIBF1120,CAS 928326-83-4)、氟瑞替尼(foretinib)(GSK1363089)、替拉替尼(telatinib)(BAY57-9352,CAS 332012-40-5)、阿帕替尼(apatinib)(YN968D1,CAS 811803-05-1)、伊馬替尼(imatinib)(Gleevec®)、帕納替尼(ponatinib)(AP24534,CAS 943319-70-8)、替沃贊尼(tivozanib)(AV951,CAS 475108-18-0)、瑞格菲尼(regorafenib)(BAY73-4506,CAS 755037-03-7)、凡塔藍尼二鹽酸鹽(vatalanib dihydrochloride) (PTK787,CAS 212141-51-0)、布立尼布(brivanib)(BMS-540215,CAS 649735-46-6)、凡德他尼(vandetanib)(Caprelsa®或AZD6474)、莫替沙尼二磷酸聯(motesanib diphosphate)(AMG706、CAS 857876-30-3、N-(2,3-二氫-3,3-二甲-1H-吲哚-6-基)-2-[(4-吡啶基甲基)胺基]-3-吡啶甲醯胺，描述於PCT公開號WO 02/066470)、多韋替尼二乳酸(dovitinib dilactic acid)(TKI258,CAS 852433-84-2)、立尼法尼(linfanib)(ABT869,CAS 796967-16-3)；卡博替尼(Cabozantinib)(XL184,CAS 849217-68-1)、樂替尼(lestaurtinib)(CAS 111358-88-4)；N-[5-[[[5-(1,1-二甲基乙基)-2-
Figure 105135350-A0202-12-0243-94
唑基]甲基]硫基]-2-噻唑基]-4-哌啶甲醯胺(BMS38703,CAS 345627-80-7)；(3R,4R)-4-胺-1-((4-((3-甲氧苯基)胺基)吡咯并[2,1-f][1,2,4]三嗪-5-基)甲基)哌啶-3-醇(BMS690514)；N-(3,4-二氯-2-氟苯基)-6-甲氧-7-[[(3aα,5β,6aα)-八氫-2-甲環戊[c]吡咯-5-基]甲氧基]-4-喹唑啉胺(XL647,CAS 781613-23-8)；4-甲-3-[[1-甲-6-(3-吡啶基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-基]胺基]-N-[3-(三氟甲基)苯基]-苯甲醯胺(BHG712,CAS 940310-85-0)；及阿柏西普(aflibercept)(Eylea®)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與PI3K抑制劑組合投予。在一個實施例中，該PI3K抑制劑係PI3K之δ和γ同功型(isoform)的抑制劑。可使用的例示性PI3K抑制劑係被描述於例如WO 2010/036380、WO 2010/006086、WO 09/114870、WO 05/113556、GSK 2126458、GDC-0980、GDC-0941、Sanofi XL147、XL756、XL147、PF-46915032、BKM 120、CAL-101、CAL 263、SF1126、PX-886、及雙重PI3K抑制劑(例如Novartis BEZ235)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與mTOR抑制劑組合投予，例如一或多個選自下列之一或多者的mTOR抑制劑：雷帕黴素(rapamycin)、坦西莫司(temsirolimus)(TORISEL®)、AZD8055、BEZ235、BGT226、XL765、PF-4691502、GDC0980、SF1126、OSI-027、GSK1059615、KU-0063794、WYE-354、Palomid 529(P529)、PF-04691502、或PKI-587、達弗莫司(ridaforolimus)(正式名稱為地磷莫司(deferolimus)、(1R,2R,4S)-4-[(2R)-2[(1R,9S,12S,15R,16E,18R,19R,21R,23S,24E,26E,28Z,30S,32S,35R)-1,18-二羥-19,30-二甲氧-15,17,21,23,29,35-六甲-2,3,10,14,20-五側氧-11,36-二氧雜-4-氮雜三環[30.3.1.04,9]三十六烷-16,24,26,28-四烯-12-基]丙基]-2-甲氧基環己基二甲基次磷酸酯，亦稱為AP23573及MK8669，並被描述於PCT公開號WO 03/064383)；依維莫司(everolimus)(Afinitor®或RAD001)；雷帕黴素(rapamycin)(AY22989,Sirolimus®)；西馬普莫(simapimod)(CAS 164301-51-3)；坦西莫司(emsirolimus)，(5-{2,4-雙[(3S)-3-甲基
Figure 105135350-A0202-12-0244-95
啉-4-基]吡啶并[2,3-d]嘧啶-7-基}-2-甲氧苯基)甲醇(AZD8055)；2-胺-8-[反4-(2-羥乙氧基)環己基]-6-(6-甲氧-3-吡啶基)-4-甲基吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮(PF04691502,CAS 1013101-36-4)；及N2-[1,4-二側氧-4-[[4-(4-側氧-8-苯-4H-1-苯并哌喃-2-基)
Figure 105135350-A0202-12-0244-96
啉鎓-4-基]甲氧基]丁基]-L-精胺醯基甘胺醯基-L-α-天冬胺醯基-L-絲胺酸-(SEQ ID NO：237)內鹽(SF1126,CAS 936487-67-1)、及XL765。
在一些實施例中，本發明之抗體係與BRAF抑制劑例如GSK2118436、RG7204、PLX4032、GDC-0879、PLX4720、及索拉非尼甲苯磺酸鹽(sorafenib tosylate)(Bay 43-9006)組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與MEK抑制劑組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與JAK2抑制劑例如CEP-701、INCB18424、CP-690550(tasocitinib)組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與紫杉醇(paclitaxel)或紫杉醇試劑例如TAXOL®、結合蛋白的紫杉醇(protein-bound paclitaxel)(例如ABRAXANE®)組合投予。例示性紫杉醇試劑包括與奈米顆粒白蛋白結合的紫杉醇(ABRAXANE，由Abraxis Bioscience銷售)、與二十二碳六烯酸結合的紫杉醇(DHA紫杉醇、Taxoprexin，由Protarga銷售)、與聚麩胺酸鹽結合的紫杉醇(PG紫杉醇、聚麩胺酸紫杉醇(paclitaxel poliglumex)、CT-2103、XYOTAX，由Cell Therapeutic銷售)、腫瘤活化型前藥(TAP)、ANG105(結合三個紫杉醇分子的Angiopep-2，由ImmunoGen銷售)、紫杉醇EC-1(與erbB2識別肽EC-1結合的紫杉醇；見Li et al.,Biopolymers (2007)87：225-230)、及與葡萄糖共軛的紫杉醇(例如2'-紫杉醇2-葡萄哌喃糖苷琥珀酸甲酯，見Liu et al.,(2007)Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 17：617-620)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與細胞免疫療法組合施用(例如Provenge(例如Sipuleucel))，並可選地與環磷醯胺組合施用。
可與本發明之抗體組合使用來治療胰腺癌的例示性治療劑包括化學治療劑，例如紫杉醇或紫杉醇試劑(例如紫杉醇配方(諸如TAXOL)、以白蛋白穩定的奈米顆粒紫杉醇配方(例如ABRAXANE)或脂質體紫杉醇配方)；吉西他濱(gemcitabine)(例如單獨吉西他濱或與 AXP107-11的組合)；其他的化學治療劑，諸如奧沙利鉑(oxaliplatin)、5-氟尿嘧啶、卡培他濱(capecitabine)、盧比替康(rubitecan)、表柔比星鹽酸鹽(epirubicin hydrochloride)、NC-6004、順鉑、歐洲紫杉醇(docetaxel)(例如TAXOTERE)、絲裂黴素(mitomycin)C、依弗醯胺；干擾素；酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如厄洛替尼(erlotinib)、帕尼單抗(panitumumab)、西妥昔單抗(cetuximab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)))；HER2/neu受體抑制劑(例如曲妥珠單抗(trastuzumab))；雙激酶抑制劑(例如伯舒替尼(bosutinib)、塞卡替尼(saracatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、凡德他尼(vandetanib))；多激酶抑制劑(例如索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、XL184、帕唑帕尼(pazopanib))；VEGF抑制劑(例如貝伐單抗(bevacizumab)、AV-951、布立尼布(brivanib))；放射免疫療法(例如XR303)；癌症疫苗(例如GVAX、存活素(survivin)胜肽)；COX-2抑制劑(例如塞來考昔(celecoxib))；IGF-1受體抑制劑(例如AMG 479、MK-0646)；mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus)、坦西莫司(temsirolimus))、IL-6抑制劑(例如CNTO 328)；周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如P276-00、UCN-01)；改變能量代謝導向(Altered Energy Metabolism-Directed,AEMD)化合物(例如CPI-613)；HDAC抑制劑(例如伏立諾他(vorinostat))；TRAIL受體2(TR-2)促效劑(例如克那圖單抗(conatumumab))；MEK抑制劑(例如AS703026、司美替尼(selumetinib)、GSK1120212)；Raf/MEK雙激酶抑制劑(例如RO5126766)、Notch傳訊抑制劑(例如MK0752)、單株抗體-抗體融合蛋白(例如L19IL2)、薑黃素；HSP90抑制劑(例如坦螺旋黴素(tanespimycin)、STA-9090)、rIL-2；地尼 介白素(denileukin diftitox)；拓樸異構酶1抑制劑(例如愛萊諾迪肯(irinotecan)、PEP02)；他汀類藥物(statin)(例如辛伐他汀(simvastatin))、因子VIIa抑制劑(例如PCI-27483)、AKT抑制劑(例如RX-0201)、缺氧活化前驅藥物(例如TH-302)、二甲雙胍鹽酸鹽(metformin hydrochloride)、γ-分泌酶抑制劑(例如R04929097)、核糖核苷酸還原酶抑制劑(例如3-AP)、免疫毒素(例如HuC242-DM4)、PARP抑制劑(例如KU-0059436、韋利帕尼(veliparib))、CTLA-4抑制劑(例如CP-675,206、伊匹單抗(ipilimumab))、AdV-tk治療、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib)(Velcade)、NPI-0052)、噻唑烷二酮(thiazolidinedione)(例如吡格列酮(pioglitazone))、NPC-1C；極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如R763/AS703569)、CTGF抑制劑(例如FG-3019)、siG12D LODER及放射治療(例如影像導引螺旋刀治療系統(tomotherapy)、立體定位放射(stereotactic radiation)、質子治療)、手術、及彼等之組合。在某些實施例中，紫杉醇或紫杉醇試劑與吉西他濱(gemcitabine)之組合可與本發明之抗體一起使用。
可與本發明之抗體組合使用來治療小細胞肺癌(SCLC)的例示性治療劑包括被批准用於治療SCLC的藥物，諸如胺甲喋呤(Folex®、Mexate®)、依維莫司(everolimus)(Afinitor®)、阿黴素鹽酸鹽(doxorubicin hydrochloride)、依托泊苷磷酸鹽(etoposide phosphate)(Etopophos®)、拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)(Hycamtin®)、甲氮芥鹽酸鹽(mechlorethamine hydrochloride)(Mustargen®)、拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)。可使用的其他治療劑係卡鉑、順鉑、奧沙利鉑(oxaliplatin)、 愛萊諾迪肯(irinotecan)、吉西他濱(gemcitabine)、脂質體SN-38、苯達莫司汀(bendamustine)、替莫唑胺(temozolomide)、貝洛替康(belotecan)、NK012、FR901228、夫拉平度(flavopiridol)、酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、西妥昔單抗(cetuximab)、帕尼單抗(panitumumab)))、多激酶抑制劑(例如索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib))、VEGF抑制劑(例如貝伐單抗(bevacizumab)、凡德他尼(vandetanib))、癌症疫苗(例如GVAX)；Bcl-2抑制劑(例如奧利默森鈉(oblimersen sodium)、ABT-263)、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib)(Velcade)、NPI-0052)、紫杉醇或紫杉醇試劑；歐洲紫杉醇(docetaxel)、IGF-1受體抑制劑(例如AMG 479)、HGF/SF抑制劑(例如AMG 102、MK-0646)、氯喹、極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如MLN8237)、放射免疫療法(例如TF2)、HSP90抑制劑(例如坦螺旋黴素(tanespimycin)、STA-9090)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、Ep-CAM/CD3雙特異性抗體(例如MT110)、CK-2抑制劑(例如CX-4945)、HDAC抑制劑(例如貝林司他(belinostat))、SMO拮抗劑(例如BMS 833923)、胜肽癌症疫苗、及放射治療(例如強度調控放射治療(IMRT)、低分次放射治療(hypofractionated radiotherapy)、缺氧引導放射治療(hypoxia-guided radiotherapy))、手術、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療非小細胞肺癌的例示性治療劑包括被批准用於治療NSCLC的藥物，包括胺甲喋呤(Folex®、Mexate®)、紫杉醇(Abraxane®)、阿法替尼(afatinib)(Gilotrif®)、依維莫司(everolimus)(Afinitor®)、阿雷替尼(alectinib)(Alecensa®)、培美曲塞二鈉 (pemetrexed disodium)(Alimta®)、貝伐單抗(bevacizumab)(Avastin®)、卡鉑、色瑞替尼(ceritinib)(Zykadia®)、克唑替尼(crizotinib)(Xa1kori®)、雷莫蘆單抗(ramucirumab)(Cyramza®)、歐洲紫杉醇(docetaxel)、依維莫司(everolimus)(Afinitor®)、吉非替尼(gefitinib)(Iressa®)、阿法替尼二馬來酸鹽(afatinib dimaleate)(Gilotrif®)、吉西他濱鹽酸鹽(gemcitabine hydrochloride)(Gmezar®)、皮落株單抗(pembrolizumab)(Keytruda®)、甲氮芥鹽酸鹽(mechlorethamine hydrochloride)(Mustargen®)、長春瑞濱酒石酸鹽(vinorelbine tartrate)(Navelbine®)、萊西單抗(necitumumab)(Portrazza®)、尼沃魯單抗(nivolumab)(Opdivo®)、歐西馬替尼(osimertinib)、紫杉醇(Taxol®)、卡鉑、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、雷莫蘆單抗(ramucirumab)(Cyramza®)、歐西馬替尼(osimertinib)(Tagrisso®)。可使用的其他治療劑係長春瑞濱(vinorelbine)、順鉑、歐洲紫杉醇(docetaxel)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、依託泊苷(etoposide)、吉西他濱(gemcitabine)、卡鉑、脂質體SN-38、TLK286、替莫唑胺(temozolomide)、拓撲替康(topotecan)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、阿紮胞苷(azacitidine)、愛萊諾迪肯(irinotecan)、喃氟啶-吉美拉西-奧特拉西鉀(tegafur-gimeracil-oteracil potassium)、沙帕他濱(sapacitabine)、酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、西妥昔單抗(cetuximab)、帕尼單抗(panitumumab)、萊西單抗(necitumumab)、PF-00299804、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、RO5083945))、MET抑制劑(例如PF-02341066、ARQ 197)、PI3K激酶抑制劑(例如XL147、GDC-0941)、Raf/MEK雙激酶抑制劑(例如RO5126766)、PI3K/mTOR雙激酶 抑制劑(例如XL765)、SRC抑制劑(例如達沙替尼(dasatinib))、雙抑制劑(例如BIBW 2992、GSK1363089、ZD6474、AZD0530、AG-013736、拉帕替尼(lapatinib)、MEHD7945A、立尼法尼(linifanib))、多激酶抑制劑(例如索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、帕唑帕尼(pazopanib)、AMG 706、XL184、MGCD265、BMS-690514、R935788)、VEGF抑制劑(例如恩度(endostar)、內皮抑素(endostatin)、貝伐單抗(bevacizumab)、西地尼布(cediranib)、BIBF 1120、阿西替尼(axitinib)、替沃紮尼(tivozanib)、AZD2171)、癌症疫苗(例如BLP25脂質體疫苗、GVAX、重組DNA及表現L523S蛋白的腺病毒)、Bcl-2抑制劑(例如奧利默森鈉(oblimersen sodium))、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib)、卡非佐米(carfilzomib)、NPI-0052、MLN9708)、紫杉醇或紫杉醇試劑、歐洲紫杉醇(docetaxel)、IGF-1受體抑制劑(例如西妥木單抗(cixutumumab)、MK-0646、OSI 906、CP-751,871、BIIB022)、羥氯喹(hydroxychloroquine)、HSP90抑制劑(例如坦螺旋黴素(tanespimycin)、STA-9090、AUY922、XL(888)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus)、坦西莫司(temsirolimus)、達弗莫司(ridaforolimus))、Ep-CAM/CD3雙特異性抗體(例如MT110)、CK-2抑制劑(例如CX-4945)、HDAC抑制劑(例如MS 275、LBH589、伏立諾他(vorinostat)、丙戊酸(valproic acid)、FR901228)、DHFR抑制劑(例如普拉曲沙(pralatrexate))、類視色素(例如貝沙羅汀(bexarotene)、維A酸(tretinoin))、抗體-藥物共軛物(例如SGN-15)、雙膦酸酯(例如唑來磷酸(zoledronic acid))、癌症疫苗(例如貝拉金普-L(belagenpumatucel-L))、低分子量肝素(LMWH)(例如亭紮肝素(tinzaparin)、依諾肝素(enoxaparin))、 GSK1572932A、褪黑激素、塔乳鐵蛋白(talactoferrin)、地美司鈉(dimesna)、拓撲異構酶抑制劑(例如胺柔比星(amrubicin)、依託泊苷(etoposide)、卡侖尼替星(karenitecin))、奈非那韋(nelfinavir)、西侖吉肽(cilengitide)、ErbB3抑制劑(例如MM-121、U3-1287)、存活素(survivin)抑制劑(例如YM155、LY2181308)、埃雷布林甲磺酸鹽(eribulin mesylate)、COX-2抑制劑(例如塞來昔布(celecoxib))、派非格司亭(pegfilgrastim)、Polo樣激酶1(Polo-like kinase 1)抑制劑(例如BI 6727)、TRAIL受體2(TR-2)促效劑(例如CS-1008)、CNGRC胜肽(SEQ ID NO：225)-TNFα共軛物、二氯乙酸酯(DCA)、HGF抑制劑(例如SCH 900105)、SAR240550、PPAR-γ促效劑(例如CS-7017)、γ-分泌酶抑制劑(例如RO4929097)、表觀遺傳治療(epigenetic therapy)(例如5-阿紮胞苷(5-azacitidine))、硝化甘油、MEK抑制劑(例如AZD6244)、周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如UCN-01)、膽固醇-Fus1、抗微管蛋白劑(例如E7389)、法尼基(farnesyl)-OH-轉移酶抑制劑(例如洛那法尼(lonafarnib))、免疫毒素(例如BB-10901、SS1(dsFv)PE38)、磺達肝癸(fondaparinux)、血管破壞劑(例如AVE8062)、PD-L1抑制劑(例如MDX-1105、MDX-1106)、β-葡聚糖、NGR-hTNF、EMD 521873、MEK抑制劑(例如GSK1120212)、埃坡黴素(epothilone)類似物(例如伊沙匹隆(ixabepilone))、驅動蛋白紡錘體(kinesin-spindle)抑制劑(例如4SC-205)、端粒靶向劑(例如KML-001)、P70路徑抑制劑(例如LY2584702)、AKT抑制劑(例如MK-2206)、血管生成抑制劑(例如來那度胺(lenalidomide))、Notch傳訊抑制劑(例如OMP-21M18)、如在US2014/0141000A1中所述之EGFR/c-Met雙特異性抗體EM-1、放射治療、手術、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療卵巢癌的例示性治療劑包括被批准用於治療卵巢癌的藥物，諸如美法侖(melphalan)(Alkeran®)、貝伐單抗(bevacizumab)(Avastin®)、卡鉑、環磷醯胺(Clafen®、Cytoxan®)、順鉑、阿黴素鹽酸鹽(doxorubicin hydrochloride)、吉西他濱鹽酸鹽(gemcitabine hydrochloride)(Gemzar®)、拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)(Hycamtin®)、奧拉帕尼(Olaparib)(Lynparza®)、卡鉑、順鉑、紫杉醇(Taxol®)、噻替哌(thiotepa)及拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)。可使用的其他治療劑係依弗醯胺、奧拉帕尼(olaparib)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、SJG-136、依託泊苷(etoposide)、地西他濱(decitabine)；免疫治療(例如APC8024、奧戈伏單抗(oregovomab)、OPT-821)、酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如厄洛替尼(erlotinib))、雙抑制劑(例如E7080)、多激酶抑制劑(例如AZD0530、JI-101、索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、帕唑帕尼(pazopanib))、VEGF抑制劑(例如貝伐單抗(bevacizumab)、BIBF 1120、西地尼布(cediranib)、AZD2171)、PDGFR抑制劑(例如IMC-3G3)、紫杉醇、拓樸異構酶抑制劑(例如卡侖尼替星(karenitecin)、愛萊諾迪肯(irinotecan))、HDAC抑制劑(例如丙戊酸、伏立諾他(vorinostat))、葉酸受體抑制劑(例如伐吐珠單抗(farletuzumab))、血管生成素(angiopoietin)抑制劑(例如AMG 386)、埃坡黴素(epothilone)類似物(例如伊沙匹隆(ixabepilone))、蛋白酶體抑制劑(例如卡非佐米(carfilzomib))、IGF-1受體抑制劑(例如OSI 906、AMG 479)、PARP抑制劑(例如韋利帕尼(veliparib)、AG014699、依尼帕瑞(iniparib)、MK-4827)、極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如MLN8237、ENMD-2076)、血管生成抑制劑(例如來那度胺(lenalidomide))、DHFR抑制劑(例如普拉曲沙(pralatrexate))、放射免疫治療劑(例如Hu3S193)、他汀類藥物(statin)(例如洛伐他汀(lovastatin))、拓撲異構酶1抑制劑(例如NKTR-102)、癌症疫苗(例如p53合成長肽疫苗、自體OC-DC疫苗)、mTOR抑制劑(例如坦西莫司(temsirolimus)、依維莫司(everolimus))、BCR/ABL抑制劑(例如伊馬替尼(imatinib))、ET-A受體拮抗劑(例如ZD4054)、TRAIL受體2(TR-2)促效劑(例如CS-1008)、HGF/SF抑制劑(例如AMG 102)、EGEN-001、Polo樣激酶1抑制劑(例如BI 6727)、γ-分泌酶抑制劑(例如RO4929097)、Wee-1抑制劑(例如MK-1775)、抗微管蛋白劑(例如長春瑞濱(vinorelbine)、E7389)、免疫毒素(例如地尼白介素(denileukin diftitox))、SB-485232、血管破壞劑(例如AVE8062)、整合素抑制劑(例如EMD 525797)、驅動蛋白紡錘體(kinesin-spindle)抑制劑(例如4SC-205)、瑞復美(revlimid)、HER2抑制劑(例如MGAH22)、ErrB3抑制劑(例如MM-121)、放射治療、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療骨髓瘤的例示性治療劑包括一或多種化療或其他抗癌劑(例如沙利竇邁(thalidomide)類似物，例如來那度胺(lenalidomide))、HSCT(Cook、(2008)J Manag Care Pharm.14(7 Suppl)：19-25)、抗TIM-3抗體(Hallett et al,.(2011)J of American Society for Blood and Marrow Transplantation 17(8)：1133-145)、經腫瘤抗原活化的(tumor antigen-pulsed)樹突細胞、腫瘤細胞與樹突細胞的融合物(例如電融 合物)、或用惡性漿細胞產生的免疫球蛋白獨特型接種(綜述於Yi(2009)Cancer J 15(6)：502-10)。
可與本發明之抗體組合使用來治療腎癌(例如腎細胞癌(RCC)或轉移性RCC)的例示性治療劑包括被批准用於治療RCC的藥物，包括依維莫司(everolimus)(Afinitor®)、阿地白介素(aldesleukin)、貝伐單抗(bevacizumab)(Avastin®)、阿西替尼(axitinib)(Inlyta®)、卡贊替尼S-蘋果酸鹽(cabozantinib-S-Malate)(Cabometyx®)、阿地白介素(aldesleukin)(Proleukin®)、蘭伐替尼甲磺酸鹽(lenvatinib mesylate)(Lenvima®)、索拉非尼甲苯磺酸鹽(sorafenib tosylate)(Nexavar®)、尼沃魯單抗(nivolumab)(Opdivo®)、帕唑帕尼鹽酸鹽(pazopanib hydrochloride)、索拉非尼甲苯磺酸鹽(sorafenib tosylate)、舒尼替尼(sunitinib)(Sutent®)、坦西莫司(temsirolimus)(Torisel®)及帕唑帕尼鹽酸鹽(pazopanib hydrochloride)(Votrient®)。可使用的其他治療劑係靶向劑(例如VEGF抑制劑，諸如VEGF的單株抗體，例如貝伐單抗(bevacizumab))、VEGF酪胺酸激酶抑制劑(諸如索拉非尼(sorafenib)、阿西替尼(axitinib)及帕唑帕尼(pazopanib))。
可與本發明之抗體組合使用來治療慢性骨髓性白血病(AML)的例示性治療劑包括化學治療劑(例如阿糖胞苷(cytarabine)、羥基脲、氯法拉濱(clofarabine)、美法侖(melphalan)、噻替哌(thiotepa)、氟達拉濱(fludarabine)、白消安(busulfan)、依託泊苷(etoposide)、蟲草素(cordycepin)、噴司他丁(pentostatin)、卡培他濱(capecitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、環磷醯胺、克拉屈濱(cladribine)、拓撲替康(topotecan))、酪胺酸激酶抑制劑(例如BCR/ABL抑制劑(例如伊馬替尼(imatinib)、尼羅 替尼(nilotinib)))、雙抑制劑(例如達沙替尼(dasatinib)、伯舒替尼(bosutinib))、多激酶抑制劑(例如DCC-2036、帕納替尼(ponatinib)、索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、RGB-286638)、干擾素α、類固醇、細胞凋亡劑(例如奧馬他辛美匹辛(omacetaxine mepesuccinat))、免疫療法(例如同種異體CD4+記憶Th1樣T細胞/與微粒結合的抗CD3/抗CD28、自體細胞介素誘導的殺手細胞(CIK)、AHN-12)、CD52靶向劑(例如阿來組單抗(alemtuzumab))、HSP90抑制劑(例如坦螺旋黴素(tanespimycin)、STA-9090、AUY922、XL888)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、SMO拮抗劑(例如BMS 833923)、核糖核苷酸還原酶抑制劑(例如3-AP)、JAK-2抑制劑(例如INCB018424)、羥氯喹(hydroxychloroquine)、類視色素(例如芬維A胺(fenretinide))、周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如UCN-01)、HDAC抑制劑(例如貝林司他(belinostat)、伏立諾他(vorinostat)、JNJ-26481585)、PARP抑制劑(例如韋利帕尼(veliparib))、MDM2拮抗劑(例如RO5045337)、極光B激酶(Aurora B kinase)抑制劑(例如TAK-901)、放射免疫療法(例如錒-225標記的抗CD33抗體HuM 195)、刺蝟(Hedgehog)抑制劑(例如PF-04449913)、STAT3抑制劑(例如OPB-31121)、KB004、癌症疫苗(例如AG858)、骨髓移植、幹細胞移植、放射療法、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療慢性淋巴球性白血病(CLL)的例示性治療劑包括化學治療劑(例如氟達拉濱(fludarabine)、環磷醯胺、阿黴素(doxorubicin)、長春新鹼(vincristine)、氮芥苯丁酸、苯達莫司汀(bendamustine)、氯芥苯丁酸、白消安(busulfan)、吉西他濱(gemcitabine)、 美法侖(melphalan)、噴司他丁(pentostatin)、米托蒽醌(mitoxantrone)、5-氮雜胞苷(5-azacytidine)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium))、酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如厄洛替尼(erlotinib)))、BTK抑制劑(例如PCI-32765(依鲁替尼(Ibrutinib)))、多激酶抑制劑(例如MGCD265、RGB-286638)、CD-20靶向劑(例如利妥昔單抗(rituximab)、奧法木單抗(ofatumumab)、RO5072759、LFB-R603)、CD52靶向劑(例如阿來組單抗(alemtuzumab))、強的松龍(prednisolone)、達貝泊汀α(darbepoetin alfa)、來那度胺(lenalidomide)、Bcl-2抑制劑(例如ABT-263)、免疫療法(例如同種異體CD4+記憶Th1樣T細胞/與微粒結合的抗CD3/抗CD28、自體細胞介素誘導的殺手細胞(CIK))、HDAC抑制劑(例如伏立諾他(vorinostat)、丙戊酸(valproic acid)、LBH589、JNJ-26481585、AR-42)、XIAP抑制劑(例如AEG35156)、CD-74靶向劑(例如米拉珠單抗(milatuzumab))、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、AT-101、免疫毒素(例如CAT-8015、抗Tac(Fv)-PE38(LMB-2))、CD37靶向劑(例如TRU-016)、放射免疫療法(例如131-托西莫單抗(131-tositumomab))、羥氯喹(hydroxychloroquine)、哌立福辛(perifosine)、SRC抑制劑(例如達沙替尼(dasatinib))、沙利竇邁(thalidomide)、PI3K δ抑制劑(例如CAL-101)、類視色素(例如芬維A胺(fenretinide))、MDM2拮抗劑(例如RO5045337)、普樂沙福(plerixafor)、極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如MLN8237、TAK-901)、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib))、CD-19靶向劑(例如MEDI-551、MOR208)、MEK抑制劑(例如ABT-348)、JAK-2抑制劑(例如INCB018424)、缺氧活化前驅藥物(例如TH-302)、紫杉醇或 紫杉醇試劑、HSP90抑制劑、AKT抑制劑(例如MK2206)、HMG-CoA抑制劑(例如辛伐他汀(simvastatin))、GNKG186、放射療法、骨髓移植、幹細胞移植、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療急性淋巴球性白血病(ALL)的例示性治療劑包括化學治療劑(例如強的松龍(prednisolone)、德沙美松(dexamethasone)、長春新鹼(vincristine)、天冬醯胺酸酶、道諾黴素(daunorubicin)、環磷醯胺、阿糖胞苷(cytarabine)、依託泊苷(etoposide)、硫鳥嘌呤、巰嘌呤、氯法拉濱(clofarabine)、脂質體安納黴素(liposomal annamycin)、白消安(busulfan)、依託泊苷(etoposide)、卡培他濱(capecitabine)、地西他濱(decitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、拓撲替康(topotecan)、替莫唑胺(temozolomide))、酪胺酸激酶抑制劑(例如BCR/ABL抑制劑(例如伊馬替尼(imatinib)、尼羅替尼(nilotinib))、ON 01910.Na、多激酶抑制劑(例如索拉非尼(sorafenib))、CD-20靶向劑(例如利妥昔單抗(rituximab))、CD52靶向劑(例如阿來組單抗(alemtuzumab))、HSP90抑制劑(例如STA-9090)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus)、雷帕黴素(rapamycin))、JAK-2抑制劑(例如INCB018424)、HER2/neu受體抑制劑(例如曲妥珠單抗(trastuzumab))、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib))、胺甲喋呤、天冬醯胺酸酶、CD-22靶向劑(例如依帕珠單抗(epratuzumab)、伊珠單抗(inotuzumab))、免疫療法(例如自體細胞介素誘導的殺手細胞(CIK)、AHN-12)、布里納單抗(blinatumomab)、周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如UCN-01)、CD45靶向劑(例如BC8)、MDM2拮抗劑(例如RO5045337)、免疫毒素(例如 CAT-8015、DT2219ARL)、HDAC抑制劑(例如JNJ-26481585)、JVRS-100、紫杉醇或紫杉醇試劑、STAT3抑制劑(例如OPB-31121)、PARP抑制劑(例如韋利帕尼(veliparib))、EZN-2285、放射療法、類固醇、骨髓移植、幹細胞移植、或彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療急性骨髓性白血病(AML)的例示性治療劑包括化學治療劑(例如阿糖胞苷(cytarabine)、道諾黴素(daunorubicin)、艾達黴素(idarubicin)、氯法拉濱(clofarabine)、地西他濱(decitabine)、沃薩若辛(vosaroxin)、阿紮胞苷(azacitidine)、氯法拉濱(clofarabine)、利巴韋林(ribavirin)、CPX-351、曲奧舒凡(treosulfan)、艾西拉濱(elacytarabine)、阿紮胞苷(azacitidine))、酪胺酸激酶抑制劑(例如BCR/ABL抑制劑(例如伊馬替尼(imatinib)、尼羅替尼(nilotinib)))、ON 01910.Na、多激酶抑制劑(例如米哚妥林(midostaurin)、SU 11248、奎紮替尼(quizartinib)、索拉非尼(sorafinib))、免疫毒素(例如吉妥單抗奧佐米星(gemtuzumab ozogamicin))、DT388IL3融合蛋白、HDAC抑制劑(例如伏立諾他(vorinostat)、LBH589)、普樂沙福(plerixafor)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、SRC抑制劑(例如達沙替尼(dasatinib))、HSP90抑制劑(例如STA-9090)、類視色素(例如貝沙羅汀(bexarotene))、極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如BI 811283)、JAK-2抑制劑(例如INCB018424)、Polo樣激酶抑制劑(例如BI 6727)、塞那生(cenersen)、CD45靶向劑(例如BC8)、周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如UCN-01)、MDM2拮抗劑(例如RO5045337)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、LY573636-鈉、ZRx-101、MLN4924、來那度胺 (lenalidomide)、免疫療法(例如AHN-12)、組織胺二鹽酸鹽、放射療法、骨髓移植、幹細胞移植、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療多發性骨髓瘤(MM)的例示性治療劑包括化學治療劑(例如美法侖(melphalan)、胺磷汀(amifostine)、環磷醯胺、阿黴素(doxorubicin)、氯法拉濱(clofarabine)、苯達莫司汀(bendamustine)、氟達拉濱(fludarabine)、阿黴素(adriamycin)、SyB L-0501)、沙利竇邁(thalidomide)、來那度胺(lenalidomide)、德沙美松(dexamethasone)、強的松(prednisone)、泊馬度胺(pomalidomide)、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib)、卡非佐米(carfilzomib)、MLN9708)、癌症疫苗(例如GVAX)、CD-40靶向劑(例如SGN-40、CHIR-12.12)、哌立福辛(perifosine)、唑來磷酸(zoledronic acid)、免疫療法(例如MAGE-A3、NY-ESO-1、HuMax-CD38)、HDAC抑制劑(例如伏立諾他(vorinostat)、LBH589、AR-42)、阿普利定(aplidin)、周期蛋白依賴型激酶抑制劑(例如PD-0332991、戴那西里(dinaciclib))、三氧化二砷、CB3304、HSP90抑制劑(例如KW-2478)、酪胺酸激酶抑制劑(例如EGFR抑制劑(例如西妥昔單抗(cetuximab)))、多激酶抑制劑(例如AT9283)、VEGF抑制劑(例如貝伐單抗(bevacizumab))、普樂沙福(plerixafor)、MEK抑制劑(例如AZD6244)、IPH2101、阿托伐他汀(atorvastatin)、免疫毒素(例如BB-10901)、NPI-0052、放射免疫療法(例如釔Y 90替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan))、STAT3抑制劑(例如OPB-31121)、MLN4924、極光激酶(aurora kinase)抑制劑(例如ENMD-2076)、IMGN901、ACE-041、CK-2 抑制劑(例如CX-4945)、抗CD38抗體(例如DARZALEX® (daratumumab))、放射療法、骨髓移植、幹細胞移植、及彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療前列腺癌的例示性治療劑係被批准用於治療前列腺癌的藥物，諸如阿比特龍醋酸鹽(abiraterone acetate)(Zytiga®)、比卡魯胺(bicalutamide)(Casodex®)、卡巴他賽(cabazitaxel)(Jevtana®)、經共軛之雌激素(Premarin®)、雌二醇(stradiol)(Estrace®)、雌二醇戊酸鹽(estradiol valerate)(Delestrogen®)、酯化雌激素(Menest®)、地加瑞克(degarelix)(Firmagon®)、歐洲紫杉醇(docetaxel)(Taxotere®)、恩紮魯胺(enzalutamide)(Xtandi®)、氟他胺(flutamide)、戈舍瑞林醋酸鹽(goserelin acetate)(Zoladex®)、卡巴他賽(Cabazitaxel)(Jevtana®)、亮丙瑞林醋酸鹽(leuprolide acetate)(Lupron®)、米托蒽醌鹽酸鹽(mitoxantrone hydrochloride)、尼魯米特(nilutamide)(Nilandron®)、西普亮塞-T(Sipuleucel-T)(Provenge®)及鐳223二氯化物(radium 223 dichloride)(Xofigo®)。可使用的其他藥物包括化學治療劑(例如卡鉑、氟達拉濱(fludarabine))、激素療法(例如環丙孕酮醋酸鹽、酮康唑(ketoconazole)、胺魯米特(aminoglutethimide)、阿倍瑞克(abarelix)、地加瑞克(degarelix)、亮丙瑞林(leuprolide)、曲普瑞林(triptorelin)、布舍瑞林(buserelin))、酪胺酸激酶抑制劑(例如雙激酶抑制劑(例如拉帕替尼(lapatanib)))、多激酶抑制劑(例如索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib))、VEGF抑制劑(例如貝伐單抗(bevacizumab))、TAK-700、癌症疫苗(例如BPX-101、PEP223)、來那度胺(lenalidomide)、TOK-001、IGF-1受體抑制劑(例如西妥木單抗(cixutumumab))、TRC105、極光A激酶(Aurora A kinase)抑制劑(例如 MLN8237)、蛋白酶體抑制劑(例如硼替佐米(bortezomib))、OGX-011、放射免疫療法(例如HuJ591-GS)、HDAC抑制劑(例如丙戊酸(valproic acid)、SB939、LBH589)、羥氯喹(hydroxychloroquine)、mTOR抑制劑(例如依維莫司(everolimus))、乳酸多韋替尼(dovitinib lactate)、二吲哚基甲烷、依法韋侖(efavirenz)、OGX-427、金雀異黃酮(genistein)、IMC-3G3、巴非替尼(bafetinib)、CP-675,206、放射療法、手術、或彼等之組合。
可與本發明之抗體組合使用來治療頭頸部鱗狀細胞癌(HNSCC)的例示性治療劑包括胺甲喋呤(Folex®、Mexate®)、博來黴素(bleomycin)(Blenoxane®)、歐洲紫杉醇(docetaxel)(Taxotere®)、爾必得舒(erbitux)(Cetuximab®)、羥基脲(Hydrea®)或皮落株單抗(pembrolizumab)(Keytruda®)。
在一些實施例中，本發明之抗體係與TLR促效劑組合投予。
在一些實施例中，該TLR3促效劑係TLR4促效劑。
在一些實施例中，該TLR3促效劑係TLR7/8促效劑。
例示性TLR促效劑係Pam3Cys(一種TLR-1/2促效劑)；CFA(一種TLR-2促效劑)；MALP2(一種TLR-2促效劑)；Pam2Cys(一種TLR-2促效劑)；FSL-1(一種TLR-2促效劑)；Hib-OMPC(一種TLR-2促效劑)；聚核糖肌苷-聚核糖胞苷酸(polyribosinic：polyribocytidic acid(Poly I：C))(一種TLR-3促效劑)；聚腺苷酸-聚尿苷酸(polyadenosine-polyuridylic acid(poly AU))(一種TLR-3促效劑)；用聚-L-離胺酸及羧甲基纖維素穩定的聚肌苷酸-聚胞苷酸(Polyinosinic-Polycytidylic acid)(Hiltonol®)(一種TLR-3促效劑)；單磷醯脂質A(monophosphoryl lipid A (MPL))(一種TLR-4促效劑)；LPS(一種TLR-4促效劑)；細菌鞭毛蛋白(一種TLR-5促效劑)；唾液酸-Tn(sialyl-Tn(STn))(與許多人類癌細胞上的MUC1黏蛋白相關的碳水化合物且係一種TLR-4促效劑)；咪喹莫特(imiquimod)(一種TLR-7促效劑)；瑞喹莫德(resiquimod)(一種TLR-7/8促效劑)；洛索立賓(loxoribine)(一種TLR-7/8促效劑)；及非甲基化CpG二核苷酸(CpG-ODN)(一種TLR-9促效劑)。
例示性TLR4促效劑係特異性結合TLR4的促效性抗體。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與結合CSF-1R的抗體組合投予。
例示性結合CSF-1R的抗體係那些在國際專利申請案公開號WO2013132044中所述者。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與LXRβ促效劑組合投予。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與DR4促效劑組合投予。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與DR5促效劑組合投予。
合適的DR4及DR5促效劑係描述於例如國際專利申請案公開號WO2014159562。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與抗半乳糖凝集素1(galectin 1)抗體組合投予。
可與本發明之抗體組合使用的例示性抗半乳糖凝集素1抗體係那些在國際專利申請案公開號WO2015013389中所述者。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與BTK抑制劑組合投予。
在一些實施例中，該BTK抑制劑係IMBRUVICA®(依鲁替尼(Ibrutinib))。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與抗HER2抗體組合投予。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與抗CD20抗體組合投予。
在一些實施例中，本發明之抗體係與骨髓移植、使用化學治療劑(諸如氟達拉濱(fludarabine))的T細胞燒蝕治療(ablative therapy)、外粒子束放射治療(external-beam radiation therapy(XRT))、環磷醯胺、及/或抗體(諸如OKT3或CAMPATH)聯合施用(例如之前、同時或之後)。 在一些實施例中，本發明之抗體可在B細胞燒蝕治療(諸如與CD20反應的試劑，例如利妥昔單抗(Rituxan))之後施用。例如，在一個實施例中，個體可接受高劑量化療後進行周邊血液幹細胞移植的標準治療。在某些實施例中，在該移植之後，個體接受本發明之抗體。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係在手術之前或之後投予。
在一些本文所述之實施例中，本發明之抗體係與放射治療組合施用。
可使用各種方法來施用放射治療，包括外粒子束治療、內部放射治療、植入放射、立體定位放射手術、全身放射治療、放射治療及永久或暫時的組織間插植近程放射治療(interstitial brachytherapy)。外粒子束治療包括三度空間順形放射治療(three dimensional conformal radiation therapy)(其中放射場係經過設計)、局部放射(例如指向預選目標或器官的放射)、或聚焦放射。聚焦放射可選自立體定位放射手術、分次立體定位放射手術或強度調控放射治療。聚焦放射可具有作為放射源的粒子束(質子)、鈷-60(光子)線性加速器(x射線)(見例如WO 2012/177624)。「近程治療(brachytherapy)」係指藉由在腫瘤或其他增殖組織疾病部位或其附近插入體內的空間限制放射性物質(spatially confined radioactive materia)遞送的放射治療，並且包括暴露於放射性同位素(例如At-211、I-131、I-125、Y-90、Re-186、Re-188、Sm-153、Bi-212、P-32、及Lu之放射性同位素)。用作細胞調節劑的合適放射源包括固體及流體。放射源可以是放射性核種，例如作為固體源的I-125、I-131、Yb-169、Ir-192、作為固體源的I-125、或發射光子、β粒子、γ輻射、或其他治療射線的其他放射性核種。該放射性物質亦可為由任何放射性核種溶液(例如I-125或I-131的溶液)製成的流體，或者可使用含固體放射性核種(例如Au-198、Y-90)之小顆粒的合適流體的漿料來產生放射性流體。放射性核種可被包含在凝膠或放射性微球中。
在一些實施例中，本發明之抗體係與達卡巴仁(decarbazine)組合投予以用於治療黑色素瘤。在不與任何特定理論結合的情況下，據信PD-1及/或TIM-3阻斷與化療的組合使用係由大多數化療化合物的細胞毒 性作用所致之細胞死亡所促進，其可導致抗原呈現路徑中腫瘤抗原的水平增加。透過細胞死亡而可導致與PD-1及/或TIM3阻斷有協同作用的其他組合療法係放射、手術、及激素剝奪(hormone deprivation)。這些方案中的每一種在宿主中產生腫瘤抗原的來源。血管生成抑制劑也可與PD-1及/或TIM-3阻斷組合。抑制血管生成會導致腫瘤細胞死亡，其可將腫瘤抗原提供給宿主抗原呈現路徑。
本發明之單特異性PD-1及/或TIM-3抗體亦可與雙特異性抗體組合使用。雙特異性抗體可用於靶向二種獨立的抗原。例如抗Fc受體/抗腫瘤抗原(例如Her-2/neu)雙特異性抗體已被用於將巨噬細胞靶向腫瘤部位。雙特異性靶向可更有效地活化腫瘤特異性反應。藉由使用PD-1及/或TIM-3阻斷，這些反應中的T細胞臂會增加。或者，抗原可藉由使用結合腫瘤抗原與樹突細胞特異性細胞表面標記的雙特異性抗體直接遞送至DC。
本發明之抗體可以以非共軛形式使用或與第二試劑(例如細胞毒性藥物、放射性同位素、或蛋白質，例如蛋白質毒素或病毒蛋白)共軛。該等抗體分子可用於遞送各種治療劑，例如細胞毒性部分，例如治療藥物、放射性同位素、植物、真菌、或細菌來源的分子、或生物蛋白(例如蛋白質毒素)或顆粒(例如重組病毒顆粒，例如透過病毒外殼蛋白)、或彼等之混合物。
感染性疾病
本發明亦提供一種用本發明之抗體治療已暴露於特定毒素或病原體的個體一段足以治療該個體的時間的方法。
本發明亦提供一種治療具有感染性疾病的個體的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之抗體一段足以治療該感染性疾病的時間。
本發明亦提供一種治療具有病毒感染的個體的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之抗體一段足以治療該病毒感染的時間。
本發明亦提供一種治療具有細菌感染的個體的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之抗體一段足以治療該細菌感染的時間。
本發明亦提供一種治療具有真菌感染的個體的方法，其包含向需要該治療之個體投予治療有效量的本發明之抗體一段足以治療該真菌感染的時間。
在感染(例如急性及/或慢性)的治療中，除了刺激宿主對感染的天然免疫防禦外(或為了替代刺激宿主對感染的天然免疫防禦)，本發明之抗體的施用可與常規治療組合。宿主對感染的天然免疫防禦包括發炎、發熱、抗體介導的宿主防禦、T淋巴球介導的宿主防禦(包括淋巴激素(lymphokine)分泌及細胞毒性T細胞(特別是在病毒感染期間))、補體介導的裂解和調理作用(促進吞噬作用)、及吞噬作用。本發明之抗體重新活化功能失調的T細胞的能力可用於治療慢性感染，特別是那些其中細胞介導的免疫對於完全復元是重要的感染。
類似於如上所述之其於腫瘤的應用，本發明之抗體可單獨使用或作為佐藥與疫苗組合使用，以刺激對病原體、毒素、及自身抗原的 免疫反應。這種治療方法可能有用的病原體的實例包括目前沒有有效疫苗的病原體、或常規疫苗不完全有效的病原體。這些包括HIV、肝炎(A、B、及C)、流感、皰疹、梨形鞭毛蟲屬(Giardia)、瘧疾、利什曼原蟲屬(Leishmania)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)及綠膿桿菌(Pseudomonas Aeruginosa)。PD-1及/或TIM-3阻斷可用於抵抗諸如HIV的媒介所建立的感染，其在感染過程中會呈現改變的抗原。在投予本發明之抗體時這些新的表位被認為是外來的，因此引起未被通過PD-1或TIM-3的負向信號抑制的強烈T細胞反應。
病毒
對於由病毒原因引起的感染，本發明之抗體可與治療病毒感染的標準療法組合。此類標準療法根據病毒的類型而變化，儘管在幾乎所有情況下，投予含有對病毒特異的抗體(例如IgA、IgG)的人類血清可以是有效的。
引起可被本發明之抗體治療的感染的例示性致病病毒包括HIV、肝炎(A、B、或C)、皰疹病毒(例如VZV、HSV-1、HAV-6、HSV-II和CMV、Epstein-Barr二氏病毒)、腺病毒、流感病毒、黃病毒、ECHO病毒、鼻病毒、柯薩奇病毒(coxsackie virus)、冠狀病毒、呼吸道融合細胞病毒、腮腺炎病毒、輪狀病毒、麻疹病毒、德國麻疹病毒、小病毒(parvovirus)、牛痘病毒、HTLV病毒、登革熱病毒、乳頭瘤病毒、軟疣病毒、脊髓灰白質炎病毒、狂犬病病毒、JC病毒及蟲媒病毒性腦炎病毒(arboviral encephalitis virus)。
在一些實施例中，該病毒感染係流感病毒感染。流感感染可導致發燒、咳嗽、肌痛、頭痛及不適，這在季節性流行病中經常發生。流感還與許多感染後疾病有關，例如腦炎、心肌心包炎(myopericarditis)、Goodpasture氏症候群、及雷氏症候群(Reye's syndrome)。流感感染也抑制正常的肺部抗菌防禦，使得從流感恢復的患者發展細菌性肺炎的風險增加。流感病毒表面蛋白顯示出明顯的抗原變異，其係由突變及重組造成。因此，溶細胞性T淋巴球係宿主在感染後消除病毒的主要工具。流感分為三種主要類型：A、B及C。A型流感是獨特的，因為其會感染人類及許多其他動物(例如豬、馬、鳥及海豹)並且是大流行性流感的主要原因。細胞可被二種不同的A型流感病毒株感染，二種親本病毒類型的分段RNA基因組會在複製期間混合以產生雜交複製物，導致新的流行病毒株。B型流感在動物中不會複製，因此具有較少的遺傳變異，而C型流感僅具有單一血清型。
大多數常規治療係減輕由感染引起的症狀，而宿主的免疫反應則能實際上清除疾病。然而，某些病毒株(例如A型流感)可引起更嚴重的疾病和死亡。A型流感可透過投予抑制病毒複製的環胺抑制劑阿曼他丁(amantadine)及金剛乙胺(rimantadine)來臨床地治療及預防性治療。然而，由於不良反應的相對高發生率、其抗病毒範圍窄小(僅A型流感)、及病毒傾向變成有抗性，這些藥物的臨床效用是有限的。向主要的流感表面蛋白(血凝素及神經胺酸酶(neuraminidase))投予血清IgG抗體可預防肺部感染，而要預防上呼吸道及氣管感染則需要黏膜IgA。對流感最有效的當前治療係疫苗接種，投予用福馬林或β-丙內酯去活化的病毒。
在一些實施例中，該感染係肝炎感染，例如B型或C型肝炎感染。
B型肝炎病毒(HB-V)係最具傳染性的已知血源性病原體(blood borne pathogen)。其係急性和慢性肝炎和肝癌以及終生慢性感染的主要原因。感染後，該病毒會在肝細胞中複製，細胞也接著脫落表面抗原HBsAg。血清中過量HBsAg水平的檢測係被用作診斷B型肝炎感染的標準方法。急性感染可消除或可發展成慢性持續性感染。慢性HBV的當前治療包括α-干擾素，其會增加肝細胞表面上第一型人類白血球抗原(HLA)的表現，從而使它們更容易被細胞毒性T淋巴球識別。此外，核苷類似物更昔洛韋(ganciclovir)、泛昔洛韋(famciclovir)及拉米夫定(lamivudine)在臨床試驗的HBV感染治療中也已顯示出一些功效。HBV的其他治療包括聚乙二醇化α-干擾素、阿德福韋(adenfovir)、恩替卡韋(entecavir)及替比夫定(telbivudine)。雖然透過腸胃外投予抗HBsAg血清抗體可賦予被動免疫，用去活化或重組的HBsAg接種也會賦予對感染的抵抗力。本發明之抗體可與B型肝炎感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
C型肝炎病毒(HC-V)感染可導致慢性形式的肝炎，造成肝硬化。雖然症狀類似於B型肝炎的感染，但與HB-V形成明顯對比的是，感染的宿主可以10至20年都沒有症狀。本發明之抗體可作為單一療法施用，或與C型肝炎感染的標準照護組合施用。例如，本發明之抗體可與Sovaldi(索非布韋(sofosbuvir))Olysio(西咪匹韋(simeprevir))中之一或多者，加上利巴韋林(ribavirin)或聚乙二醇化干擾素一起投予。雖然包括Incivek(特拉匹韋(telaprevir))或Victrelis(波普瑞韋(boceprevir))加上利 巴韋林(ribavirin)及聚乙二醇化干擾素的方案也被批准，它們與增加的副作用及較長的治療持續時間相關。
HC-V感染的常規治療包括投予α-干擾素與利巴韋林(ribavirin)的組合。一種有前景的HC-V感染潛在療法係蛋白酶抑制劑特拉匹韋(telaprevir)(VX-960)。其他的治療包括巴維昔單抗(bavituximab)(以B2-糖蛋白I依賴性方式結合陰離子磷脂磷脂醯絲胺酸的抗體，Peregrine Pharmaceuticals)、抗HPV病毒外殼蛋白E2抗體(例如ATL 6865-Ab68+Ab65，XTL藥物)及Civacir®(多株抗HCV人類免疫球蛋白)。本發明之抗體可與這些C型肝炎感染治療中之一或多者組合以獲得治療優勢。可與本發明之抗體組合用於特異性治療C型肝炎感染的蛋白酶、聚合酶及NS5A抑制劑包括那些在US 2013/0045202中所描述者。
在另一實施例中，該感染係麻疹病毒。在潛伏9至11天後，感染麻疹病毒的宿主出現發燒、咳嗽、鼻炎及結膜炎。在1至2天內，會出現紅斑(斑丘疹(maculopapular rash))，其會迅速蔓延到整個身體。因為感染也會抑制細胞性免疫，所以宿主有較大的風險會出現細菌重複感染(superinfection)，包括中耳炎、肺炎及感染後腦脊髓炎。急性感染與顯著的發病率及死亡率有關，特別是在營養不良的青少年中。
麻疹的治療包括被動投予匯集的人類IgG，其可在無免疫力的個體中預防感染，即使是在暴露後多達一周才給予。然而，用活的減毒病毒進行預先免疫係最有效的治療，並且在超過95%的免疫接種中預防疾病。由於這種病毒只有一種血清型，單次免疫或感染一般會導致終生保護而不會再受到感染。
在小部分感染的宿主中，麻疹可發展成SSPE，其係一種由中樞神經系統的持續感染所引起的慢性進行性神經病症(progressive neurologic disorder)。SSPE係由具有干擾病毒顆粒組裝(assembly)和出芽(budding)的缺陷的麻疹病毒的無性繁殖系變體(clonal variant)所引起。對於這些患者，用本發明之抗體使T細胞再活化以促進病毒清除是合乎需要的。
在另一實施例中，該感染係HIV。HIV會攻擊CD4+細胞，包括T淋巴球、單核球-巨噬細胞、毛囊樹突狀細胞(follicular dendritic cell)及蘭格漢氏細胞(Langerhan's cell)，而CD4+輔助/誘導細胞會被耗盡。結果會使宿主在細胞介導的免疫上有嚴重缺陷。HIV感染在至少50%的個體中造成AIDS，並且係經由性接觸、受感染的血液或血液製品的施用、受感染的精液的人工授精，暴露於含有血液的針或注射器來傳播，以及在分娩期間從感染的母親傳播到嬰兒。
感染HIV的宿主可能沒有症狀，或者可能發展出類似單核白血球增多症的急性疾病-發燒、頭痛、喉嚨痛、不適及皮疹。症狀可進展為進行性免疫功能障礙(progressive immune dysfunction)，包括持續發燒、盜汗、體重減輕、不明原因的腹瀉、濕疹、牛皮癬、脂溢性皮炎、帶狀疱疹、口腔念珠菌病及口腔絨毛狀白斑病。在感染發展成AIDS的患者中，由寄生蟲宿主造成的機會性感染係常見的。
HIV的治療包括抗病毒療法，其包括核苷類似物齊多夫定(zidovudine)(AST)，其係單獨或與地達諾新(didanosine)或扎西他濱(zalcitabine)、二脫氧肌苷(dideoxyinosine)、二脫氧胞苷(dideoxycytidine)、拉米夫定(lamidvudine)、司他夫定(stavudine)組合使用；反轉錄酶抑制劑 (諸如地拉韋啶(delavirdine)、奈韋拉平(nevirapine)、洛韋胺(loviride))、及蛋白酶抑制劑(諸如沙奎那韋(saquinavir)、利托那韋(ritonavir)、茚地那韋(indinavir)及奈非那韋(nelfinavir))。HIV的治療包括EDURANT®(瑞爾皮林(rilpivirine))。本發明之抗體可與HIV感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
在另一實施例中，該感染係巨細胞病毒(CMV)感染。CMV感染通常與持續性、潛伏性及復發性感染相關。CMV感染並保持潛伏在單核球及顆粒球-單核球先驅細胞中。CMV的臨床症狀包括單核白血球增多症樣症狀(mononucleosis-like symptom)(即發燒、腺體腫大、不適)、及對抗生素產生過敏性皮疹的傾向。該病毒係藉由直接接觸傳播。該病毒係在尿液、唾液、精液中流出，在其他體液中流出的程度較少。傳染也可發生在從感染的母親到她的胎兒或新生兒，以及輸血和器官移植。CMV感染導致細胞性免疫的一般損傷，其特徵在於對非特異性促分裂原(mitogen)及特異性CMV抗原的母細胞形成性反應(blastogenic response)受損及減少的細胞毒性能力。
CMV感染的治療包括抗病毒藥物更昔洛韋(ganciclovir)、膦甲酸(foscarnet)及西多福韋(cidovir)，但是這些藥物一般僅開在免疫受損的患者中。本文所述之本發明之抗體可與巨細胞病毒感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
在另一實施例中，該感染係Epstein-Barr二氏病毒(EBV))感染。EBV可建立持續性及潛伏性感染且主要攻擊B細胞。EBV感染導致感染性單核白血球增多症的臨床狀況，其包括發燒、喉嚨痛、經常有滲出 物、全身性淋巴腺病(generalized lymphadenopathy)及脾腫大。還有肝炎，其可發展成黃疸。
雖然EBV感染的一般治療係緩解症狀，但EBV與某些癌症的發展相關，例如伯奇氏淋巴瘤及鼻咽癌。因此，在併發症發展之前清除病毒感染將是非常有益的。本發明之抗體可與Epstein-Barr二氏病毒感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
在另一實施例中，該感染係單純疱疹病毒(HSV)感染。HSV係藉由與感染的宿主直接接觸而傳播。直接感染可以是無症狀的，但一般會導致含有感染性顆粒的水疱。該疾病表現為疾病活躍期的循環，其中病灶出現並消失，因為病毒潛伏地感染神經節以在之後爆發。病灶可能在臉、生殖器、眼睛及/或手上。在某些情況下，感染亦可引起腦炎。
疱疹感染的治療主要是針對消除症狀性爆發，且包括全身性抗病毒藥物(諸如：阿昔洛韋(acyclovir)(例如Zovirax®)、伐昔洛韋(valaciclovir)、泛昔洛韋(famciclovir)、噴昔洛韋(penciclovir))、以及外用藥物(諸如二十二烷醇(docosanol)(Abreva®)、曲金剛胺(tromantadine)及吉拉克定(zilactin))。清除疱疹的潛伏性感染將具有重大臨床益處。本發明之抗體可與疱疹病毒感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
在另一實施例中，該感染係人類嗜T淋巴球病毒(HTLV-1,HTLV-2)。HTLV經由性接觸、母乳餵養或暴露於受汙染血液來傳播。該病毒活化Th1細胞，導致其過度增殖及過度產生Th1相關細胞介素(例如IFN-γ及TNF-α)。這繼而導致Th2淋巴球的抑制及Th2細胞介素生產(例如IL-4、IL-5、IL-10及IL-13)的減少，造成受感染宿主對清除時需要 Th2依賴性反應之侵入生物體(例如寄生蟲感染，黏膜和體液抗體的產生)產生適當免疫反應的能力下降。
HTLV感染導致機會性感染，造成支氣管擴張、皮膚炎及葡萄球菌屬(Staphylococcus spp.)與類圓蟲屬(Strongyloides spp.)的重複感染，從而導致因多微生物性敗血症(polymicrobial sepsis)而死亡。HTLV感染亦可直接導致成人T細胞白血病/淋巴瘤及稱為HAM/TSP的進行性脫髓鞘上運動神經元疾病。清除HTLV潛伏性感染將具有重大臨床益處。本發明之抗體可與HTLV感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
在另一實施例中，該感染係人類乳突病毒(HPV)。HPV主要影響角質細胞且以二種形式發生：皮膚形式及生殖器形式。咸信經由直接接觸及/或性行為傳播。皮膚及生殖器HPV感染可導致疣及潛伏性感染，且有時會有復發性感染，其雖然受控制症狀且阻斷疣出現之宿主免疫控制，但宿主仍能夠將感染傳播給其他人。
HPV感染也可導致某些癌症，例如子宮頸癌、肛門癌、外陰癌、陰莖癌及口咽癌。尚無已知的HPV感染治療，但當前治療為表面施用咪喹莫特(Imiquimod)，其會刺激免疫系統攻擊受感染區域。清除HPV潛伏性感染將具有重大臨床益處。本發明之抗體可與HPV感染的常規治療組合以獲得治療優勢。
細菌感染
引起可用本發明之抗體治療的感染的病原菌的一些實例包括梅毒、衣原體屬、立克次體細菌、分枝桿菌、葡萄球菌、鏈球菌、肺炎鏈球菌(pneumonococci)、腦膜炎球菌和淋病球菌、克留氏菌屬、變形桿菌 屬、鋸桿菌屬(serratia)、假單胞菌屬、退伍軍人菌屬(legionella)、白喉、沙門氏菌、桿菌、霍亂、破傷風、肉毒桿菌中毒、炭疽、鼠疫、鉤端螺旋體病、及萊姆病(Lymes disease)細菌。本發明之抗體可與用於上述感染的現有治療方式組合使用。例如、梅毒的治療包括青黴素(例如青黴素G)、四環素、去氧羥四環素、頭孢曲松(ceftriaxone)及亞藥索黴素。
由Burgdorferi氏疏螺旋體引起的萊姆病係透過蜱咬傳播給人類。該疾病最初表現為局部皮疹，然後是流感樣症狀，包括不適、發燒、頭痛、頸僵硬及關節痛。後來的表現可包括移動性和多發性關節炎(migratory and polyarticular arthritis)、牽連神經與心臟的腦神經麻痺和神經根病變、心肌炎和心律不整。萊姆病的一些病例變成持續性的，導致類似於三期梅毒的不可逆損傷。萊姆病的當前治療主要包括投予抗生素。抗生素抗性菌株可用羥氯喹(hydroxychloroquine)或胺甲喋呤治療。具有神經性病變疼痛的抗生素難治性患者可用加巴噴丁(gabapentin)治療。米諾四環素可能有助於具有神經性或其他發炎表現的晚期/慢性萊姆病。
除非血液效價達到引起肝內阻塞之濃度，否則其他形式的疏螺旋體病(borreliois)(諸如那些由回歸熱疏螺旋體(B.recurentis)、赫姆斯疏螺旋體(B.hermsii)、北美回歸熱包柔氏疏螺旋體(B.turicatae)、派可瑞疏螺旋體(B.parikeri)、西班牙疏螺旋體(B.hispanica)、杜通疏螺旋體(B.duttonii)及波斯疏螺旋體(B.persica)所引起者)以及鉤端螺旋體病(例如問號狀鉤端螺旋體(L.interrogans))通常會自發消除。
真菌及寄生蟲
可用本發明之抗體治療的引起感染的致病性真菌的一些實例包括念珠菌屬(白色念珠菌、克魯斯念珠菌、光滑念珠菌、熱帶念珠菌等等)、新型隱球菌、麴菌屬(薰煙色麴菌、黑麴菌等等)、毛黴屬(Genus Mucorales)(白黴菌屬、犁頭黴屬、根黴菌屬)、申克氏絲孢子菌、皮炎芽生菌、巴西副球孢子菌、粗球孢子菌及莢膜組織孢漿菌。
可用本文所述之本發明之抗體治療的引起感染的致病性寄生蟲的一些實例包括溶組織內阿米巴、大腸纖毛蟲、福氏耐格里變形蟲(Naegleria fowleri)、棘阿米巴屬(Acanthamoeba sp.)、梨形鞭毛蟲、隱胞子蟲屬(Cryptosporidium sp.)、肺胞囊蟲、間日瘧原蟲、小鼠焦蟲(Babesia microti)、布氏錐蟲(Trypanosoma brucei)、克氏錐蟲(Trypanosoma cruzi)、黑熱病利什曼原蟲、弓形蟲(Toxoplasma gondi)及巴西鼠鉤蟲。
診斷用途及套組 套組
本發明亦提供一種套組，其包含本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體。
本發明亦提供一種套組，其包含本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體。
本發明亦提供一種套組，其包含本發明之拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域。
該套組可用於治療用途及用作為診斷套組。
該套組可用於檢測生物樣本中PD-1、TIM-3、或PD-1與TIM-3的存在。
在一些實施例中，該套組包含本文所述之本發明之抗體及用於檢測該抗體的試劑。該套組可包括一或多種其他元件，包括：使用說明書；其他試劑，例如標記、治療劑、或用於將抗體與標記或治療劑或放射防護組合物螯合(或偶合)的試劑；用於製備投予用抗體的裝置或其他材料；醫藥上可接受之載劑；及用於投予至個體的裝置或其他材料。
在一些實施例中，該套組包含在容器中的本發明之抗體及使用該套組的說明書。
在一些實施例中，該套組中的抗體被標記。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合PD-1的拮抗性抗體，其包含：為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：41的VH及為SEQ ID NO：50的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：51的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：52的VL；為SEQ ID NO：42的VH及為SEQ ID NO：53的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：54的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：50的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：55的VL；為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：56的VL； 為SEQ ID NO：43的VH及為SEQ ID NO：57的VL；為SEQ ID NO：44的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：46的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：49的VL；為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：53的VL；為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：52的VL；為SEQ ID NO：48的VH及為SEQ ID NO：56的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：58的VL；為SEQ ID NO：47的VH及為SEQ ID NO：59的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：60的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：61的VL；為SEQ ID NO：45的VH及為SEQ ID NO：62的VL；為SEQ ID NO：63的VH及為SEQ ID NO：65的VL；或為SEQ ID NO：64的VH及為SEQ ID NO：65的VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合PD-1的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合PD-1的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：64之VH及SEQ ID NO：65之VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其包含：為SEQ ID NO：145的VH及為SEQ ID NO：155的VL； 為SEQ ID NO：146的VH及為SEQ ID NO：156的VL；為SEQ ID NO：148的VH及為SEQ ID NO：157的VL；為SEQ ID NO：147的VH及為SEQ ID NO：155的VL；為SEQ ID NO：149的VH及為SEQ ID NO：158的VL；為SEQ ID NO：150的VH及為SEQ ID NO：159的VL；為SEQ ID NO：151的VH及為SEQ ID NO：160的VL；為SEQ ID NO：152的VH及為SEQ ID NO：161的VL；為SEQ ID NO：153的VH及為SEQ ID NO：162的VL；為SEQ ID NO：154的VH及為SEQ ID NO：163的VL；或為SEQ ID NO：172的VH及為SEQ ID NO：173的VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：146之VH及SEQ ID NO：156之VL。
在一些實施例中，該套組包含特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其包含SEQ ID NO：172之VH及SEQ ID NO：173之VL。
在一些實施例中，該套組包含拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體，其包含為下列之HC1、LC1、HC2及LC2：分別為SEQ ID NO：186、188、190及193；分別為SEQ ID NO：186、188、191及194；分別為SEQ ID NO：187、189、190及193；分別為SEQ ID NO：187、189、191、194；分別為SEQ ID NO：186、188、192及195；分別為SEQ ID NO：186、188、248及194； 分別為SEQ ID NO：241、188、244、195；分別為SEQ ID NO：241、188、245、194；分別為SEQ ID NO：242、189、246、194；分別為SEQ ID NO：243、188、246、194；或分別為SEQ ID NO：243、188、247、195。
檢測PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3的方法
本發明亦提供一種在樣本中檢測PD-1的方法，其包含取得該樣本、將該樣本與本發明之特異性結合PD-1的拮抗性抗體接觸、及檢測該樣本中與PD-1結合的抗體。
本發明亦提供一種在樣本中檢測TIM-3的方法，其包含取得該樣本、將該樣本與本發明之特異性結合TIM-3的拮抗性抗體接觸、及檢測該樣本中與TIM-3結合的抗體。
本發明亦提供一種在樣本中檢測PD-1及TIM-3的方法，其包含取得該樣本、將該樣本與本發明之包含特異性結合PD-1的第一結構域及特異性結合TIM-3的第二結構域的拮抗性雙特異性PD-1/TIM-3抗體接觸、及檢測該樣本中與PD-1及TIM-3結合的抗體。
在一些實施例中，該樣本可衍生自尿液、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘤細胞、非為組織相關聯之細胞(即游離細胞)、組織(例如手術切除之腫瘤組織、活體組織切片(包括細針穿刺))、組織標本、及類似者。
可使用習知方法檢測結合PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3的本發明之抗體。例示性方法包括使用螢光或化學發光標記或放射性標記 直接標記該抗體，或將本發明之抗體連接到易於檢測的部分，例如生物素、酵素或表位標籤。例示性標記及部分係釕、111In-DOTA、111In-二乙烯三胺五乙酸(DTPA)、山葵過氧化酶、鹼性磷酸酶及β-半乳糖苷酶、多組胺酸(HIS標籤)、吖啶染料、花青(cyanine)染料、螢光酮(fluorone)染料、
Figure 105135350-A0202-12-0281-97
(oxazin)染料、啡啶染料、玫瑰紅染料及Alexafluor®染料。
本發明之抗體可在多種測定中使用以檢測樣本中的PD-1、TIM-3或PD-1及TIM-3。例示性測定係西方墨點分析、放射免疫測定、表面電漿共振、免疫沉澱法、平衡透析、免疫擴散法、電致化學發光(ECL)免疫測定、免疫組織化學法、螢光活化細胞分選(FACS)或ELISA測定。
本發明現將參照下面特定、非限制性實例予以說明。
實例1一般方法 純化人類混合淋巴球反應(MLR)
使用純化人類混合淋巴球反應(MLR測定)來測量藉由將測試抗體加至CD4+ T細胞與樹突細胞的共培養物而誘導的細胞介素生產的變化。
使用Ficoll梯度從leukopak(Biological Specialty Corporation)單離出周邊血液單核細胞(PBMC)。然後使用Miltenyi AutoMACS和CD4+ T細胞單離珠(isolation bead)根據製造商的說明藉由從PBMC負選擇(negative selection)來新鮮單離出CD4+ T細胞，或者可商業購買冷凍的CD4+ T細胞(Hemacare Corporation)。使用一種樹突細胞供體(Hemacare Corporation)。單離或解凍後，將CD4+ T細胞和樹突細胞洗滌並再懸浮於測定培養基(補充有10%胎牛血清、1%青黴素/鏈黴素、1X非必 需胺基酸、及1X丙酮酸鈉(sodium pyruvate)的RMPI1640培養基-Invitrogen)中。將純化的人類CD4+ T細胞稀釋至每毫升1×106個細胞並以每孔100,000細胞/100μL接種。將樹突細胞稀釋至每毫升0.1×106個細胞並以每孔5,000細胞/50μL接種在U底盤中。在測定培養基中將測試抗體或對照抗體製備成4X濃度，則當將50μL的抗體加至150μL的細胞時會變成1X。
將測試或對照抗體的10點連續稀釋液加入到孔中，使最終濃度為：30、10、3.33、1.11、0.37、0.12、0.04、0.01、0.0046及00015nM。CD4+ T細胞加樹突細胞以及單獨樹突細胞係作為對照以測量基礎細胞介素分泌。將細胞維持在37、5%CO2持續5天。在第5天，從培養盤中取出100μL的組織培養上清液並轉移至V底盤。將上清液在-80冷凍至少整夜。根據製造商的方案，使用Meso Scale Discovery(MSD)Th1/Th2人類細胞介素10-plex盤在組織培養上清液中測量累積的細胞介素生產。簡言之，將MSD盤用1%阻斷劑B在4阻斷整夜。在第二天移除阻斷劑並使用Biotek 406洗盤機(plate washer)將盤洗滌。製備8點標準曲線並以一式兩份加入盤中。每孔加入25μL解凍的組織培養上清液，將盤密封並劇烈振盪1.5小時。在不除去標準品或上清液的情況下，向每個孔中加入25μL的檢測抗體。將盤密封，並劇烈振盪1.5小時。將盤洗滌，加入讀取緩衝液(read buffer)並使用Meso Scale Discovery的讀盤器(plate reader)讀取盤。
藉由MSD軟體計算細胞介素濃度。未知樣本中細胞介素的濃度係藉由比較未知樣本的輸出信號與標準曲線中已知細胞介素濃度的 輸出信號來計算。在Spotfire TIBCO軟體中上傳計算的濃度以將其視覺化。在目視檢查數據後，使用閾值為3.5的MAD中位數離群值(outlier)程序來識別並排除對數轉換(log-transformed)數據上的離群值。為每種抗體對每種細胞介素進行半最大效應濃度(half-maximal effective concentration)的穩健分析(robust analysis)(Robust EC50)。
CMV測定
使用巨細胞病毒抗原召回測定(CMV測定)來測量藉由將測試抗體加至具有CMV全抗原(針對PD-1抗體)或具有透過65kd磷蛋白重疊的138個15-mer肽池(pp65)(針對TIM-3 mAb及PD1/TIM-3雙特異性mAb)的周邊血液單核細胞(PBMC)的培養物中所誘導的細胞介素生產的變化。
解凍後，將PBMC(Astarte Biologics及Hemcare Corporation)洗滌並再懸浮於測定培養基(補充有10%胎牛血清、1%青黴素/鏈黴素、1X非必需胺基酸、及1X丙酮酸鈉(sodium pyruvate)的RMPI1640培養基-Invitrogen)中。將PBMC稀釋至每毫升1.5×106個細胞並以每孔150,000細胞/100μL接種。在測定培養基中將CMV抗原(Astarte Biologics)製備成為0.4μg/mL的4X濃度，則當將50μL的抗原加至100μL的細胞與50μL的抗體時會變成0.1μg/mL。在測定培養基中將抗體製備成4X濃度，則當將50μL的抗體加至細胞與胜肽時會變成1X。
將測試抗體的連續稀釋加至該等孔中並使最終濃度在150至0.001nM之間。細胞加CMV抗原或pp65池、單獨細胞、及製備成最終濃度為50或30nM的同型對照係作為對照以測量基礎細胞介素分泌。 將細胞維持在37、5%CO2持續6天。在第6天，從培養盤中取出100μL的組織培養上清液並轉移至V底盤以用於MSD分析。將上清液在-80冷凍至少整夜。根據製造商的方案，使用Meso Scale Discovery(MSD)Th1/Th2人類細胞介素10-plex盤在組織培養上清液中測量累積的細胞介素生產。簡言之，將MSD盤用1%阻斷劑B在4阻斷整夜。在第二天移除阻斷劑並使用Biotek 406洗盤機(plate washer)將盤洗滌。製備8點標準曲線並以一式兩份加入盤中。每孔加入25μL解凍的組織培養上清液，將盤密封並劇烈振盪1.5小時。在不除去標準品或上清液的情況下，向每個孔中加入25μL的檢測抗體。將盤密封，並劇烈振盪1.5小時。將盤洗滌，加入讀取緩衝液(read buffer)並使用Meso Scale Discovery的讀盤器(plate reader)讀取盤。
藉由MSD軟體計算細胞介素濃度。未知樣本中細胞介素的濃度係藉由比較未知樣本的輸出信號與標準曲線中已知細胞介素濃度的輸出信號來計算。在Spotfire TIBCO軟體中上傳計算的濃度以將其視覺化。在目視檢查數據後，使用閾值為3.5的MAD中位數離群值(outlier)程序來識別並排除對數轉換(log-transformed)數據上的離群值。為每種抗體對每種細胞介素進行半最大效應濃度(half-maximal effective concentration)的穩健分析(robust analysis)(Robust EC50)。
對於TIM-3抗體及PD1/TIM-3雙特異性抗體，在第6天，收集上清液用於MSD分析後，將細胞用PBS洗滌一次並隨後染色以用於活/死辨別及下列細胞表面標記：CD3、CD4、CD8、CD137、PD-1及TIM-3。在LSR Fortessa(BD)上進行流動式細胞測量術。使用Flow Jo軟體 分析數據。基於Fluorescence Minus One(FMO)方法在經活CMV處理的CD8+及CD4+細胞上識別CD137+細胞。
對於系列性治療(sequential treatment)實驗，如上所述進行CMV召回測定，用pp65肽池持續刺激六天。在第6天，去除上清液並在抗TIM-3抗體的存在下用pp65池再刺激細胞。二十四小時後，除去上清液並藉由MSD測量IFN-γ水平，如上所述。
PD-1配體抑制測定
配體抑制測定設計係基於MSD(Mescoscale Discovery)。將MSD盤直接以配體(cynoPDL1-ECD、huPDL1-ECD或huPDL2-ECD)塗布並在4培養整夜。隔天，除去塗布溶液並將該盤阻斷。將固定濃度的生物素化(biotinylated)PD-1(huPD1-ECD)與抗體預培養或與同型對照抗體預培養以作為陰性對照。根據待測試的抗體組，將抗體作為滴定測試或以固定濃度測試。洗滌MSD盤並將生物素化PD-1/抗體混合物加至經配體塗布的MSD盤。洗滌盤並藉由釕化的鏈親和素(streptavidin)檢測結合至配體的生物素化PD-1。抗體對PD-1結合的抑制導致MSD測定中的信號降低。判定在不存在抑制劑的情況下的最大生物素化PD-1結合，且有時將其用於將數據相對於最大生物素化PD-1信號的百分比正規化。亦測試在一個濃度下對配體結合抑制呈陽性的mAb對抑制各種PD-1配體的劑量反應。
Jurkat細胞結合
將Jurkat細胞用20ng/ml的PHA刺激整夜、收穫、洗滌、並檢查生存力。然後將細胞在6至10與各種濃度的測試抗體培養45至60分鐘，洗滌並在6至10用FITC標記的山羊抗人類IgG培養45至60 分鐘。將細胞洗滌並用BD Cytofix固定，冷藏整夜並在MACSQuant流式細胞儀上分析。將每個抗體濃度的PD-1陽性細胞的百分比對抗體濃度的對數作圖並在Prism中產生EC50值。
親和力測量 PD-1 mAb
測試抗PD-1 mAb對huPD1-ECD及cynoPD-1-ECD的結合親和力。使用ProteOn XPR36系統進行利用表面電漿共振(SPR)的親和力測量。使用關於胺偶合化學的製造商說明書，藉由偶合GLC晶片的抗IgGFc修飾的藻酸鹽聚合物層表面的混合物來製備生物傳感器表面捕捉測試的mAbs並在25在基於PBS的緩衝液中監測其與分析物(huPD1-ECD或cynoPD1-ECD)的交互作用。處理所收集的數據並擬合至Langmuir 1：1結合模型。各mAb的結果以k on(結合速率)、k off(解離速率)及KD(平衡解離常數)的格式呈現。
TIM-3配體抑制測定
藉由在96孔White Maxisorp盤(Nunc)的每孔PBS中結合1μg/m1重組人類Fc-TIM-3嵌合體(R&D Systems-cat#：2365-TM-05)來進行TIM-3/半乳糖凝集素-9競爭式ELISA。將盤洗滌並用StartingBlock T20(Pierce)阻斷，並將10μg/ml濃度的抑制劑加入該等孔中。在不進行洗滌的情況下，將7.5μg/ml半乳糖凝集素-9加至孔中並培養30分鐘。然後加入0.5μg/mL的抗半乳糖凝集素-9-生物素抗體多株抗體(R&D Systems)並培養30分鐘。將該等盤洗滌並加入中性抗生物素蛋白(neutravidin)-HRP共軛物 (Pierce)，將該等盤另外培養45分鐘。將該等盤洗滌並立即加入POD化學發光受質(Roche)，之後進行讀盤並在光度計上讀取發光。
研究中使用的抗原的產生
使用標準方法進行該等抗原的選殖、表現及純化。各種蛋白片段係表現為六組胺酸標籤或Fc融合蛋白。所使用之蛋白質的胺基酸序列(沒有標籤序列)係顯示於SEQ ID NO：1至9、138及89。
全長人類PD1(huPD1)；SEQ ID NO：1
Figure 105135350-A0202-12-0287-1165
人類PD1之細胞外結構域(huPD1-ECD)；SEQ ID NO：2
Figure 105135350-A0202-12-0287-1166
食蟹獼猴(Macaca fascicularis)(本文中稱之為cyno)PD1(cPD1)；SEQ ID NO：3
Figure 105135350-A0202-12-0288-1167
食蟹獼猴PD1之細胞外結構域(cPD1-ECD)；SEQ ID NO：4
Figure 105135350-A0202-12-0288-1168
全長人類PD-L1(huPD-L1)；SEQ ID NO：5
Figure 105135350-A0202-12-0288-1169
人類PD-L1之細胞外結構域(huPDL1-ECD)SEQ ID NO：6
Figure 105135350-A0202-12-0288-1170
Figure 105135350-A0202-12-0289-1171
食蟹獼猴PD-L1之細胞外結構域(cynoPDL1-ECD)SEQ ID NO：7
Figure 105135350-A0202-12-0289-1172
人類PD-L2之細胞外結構域(huPDL2-ECD)SEQ ID NO：8
Figure 105135350-A0202-12-0289-1173
小鼠PD1之細胞外結構域(musPD1-ECD)SEQ ID NO：9
Figure 105135350-A0202-12-0289-1174
全長人類TIM-3，SEQ ID NO：138
Figure 105135350-A0202-12-0290-1175
人類TIM-3之細胞外結構域(huTIM-3-ECD)SEQ ID NO：89
Figure 105135350-A0202-12-0290-1176
實例2從噬菌體展示庫中挑選人類抗PD-1抗體
自起始(de novo)pIX噬菌體展示庫中挑選PD-1結合的Fab，如在Shi et al.,J Mol Biol 397：385-96,2010、國際專利申請案公開號WO2009/085462及美國專利公開號US2010/0021477中所述。簡言之，該等庫係藉由多樣化(diversifying)人類支架(scaffold)而產生，其中生殖系VH基因IGHV1-69*01、IGHV3-23*01、及IGHV5-51*01係與人類IGHJ-4袖珍基因經由H3迴圈來重組，而人類生殖系VLκ基因O12(IGKV1-39*01)、L6(IGKV3-11*01)、A27(IGKV3-20*01)、及B3(IGKV4-1*01)係與IGKJ-1袖珍基因重組以組裝出完整的VH及VL域。在重鏈及輕鏈可變區中，選擇對應到所識別出常與蛋白質及胜肽抗原接觸之位置的H1、H2、L1、L2及L3環周圍的位置以用於多樣化。限制所選位置處的序列多樣性至出現 在各別IGHV或IGLV之IGHV或IGLV生殖系基因家族中的各位置處之殘基。H3迴圈處的多樣性係藉由使用短到中等大小之合成環圈(長度為7至14個胺基酸)來產生。H3處之胺基酸分布係設計為模仿在人類抗體中所觀察到的胺基酸變異。庫設計係在Shi et al.,(2010)J Mol Biol 397：385-96中詳述。用來產生庫之支架係依據其等之人類VH及VL生殖系基因來源來命名。將該三個重鏈庫與該四個生殖系輕鏈組合或與該多樣化輕鏈庫組合以產生12種獨特的VH：VL組合。這些庫隨後基於庫版本進一步組合以產生用於針對PD-1的淘選實驗的另外的庫。
針對huPD1-ECD、cynoPD1-ECD、musPD1-ECD、huPD1-Fc及/或musPD1-Fc淘選該等庫。將重組蛋白質生物素化(bt)並捕捉在鏈親和素(streptavidin)磁珠(Dynal)上，然後以100nM或10nM的最終濃度暴露於起始(de novo)pIX Fab庫。在PBS-Tween中洗去非特異性噬菌體，並藉由感染MC1061F’大腸桿菌(E.coli)細胞回收結合的噬菌體。從這些細胞中擴增噬菌體整夜並重複淘選總共三或四輪。在最後一輪生物淘選後，以二種ELISA形式篩選結合至huPD1-ECD、huPD1-Fc、musPD1-Fc及/或cynoPD1-Fc的單株Fab。在形式1中，藉由抗Fd抗體在ELISA盤上捕捉Fab，並將各種形式的btPD1’s加入捕捉的Fab中，然後用鏈親和素：HRP檢測btPD1’s。在形式2中，藉由鏈親和素將各種形式的btPD1's捕捉在ELISA盤上，並將分泌的Fab加入該捕捉的抗原，然後用GoatAntiFab'2HRP檢測Fab。將證實會與該等蛋白質結合的殖株定序其重鏈及輕鏈可變區。
然後測試來自人類PD-1或小鼠PD-1挑選的Fab與哺乳動物細胞上清液中分泌的cynoPD1-Fc的交叉反應性。藉由抗Fd抗體在ELISA盤上捕捉Fab並將cynoPD1-Fc上清液加至該捕捉的Fab，然後用GoatAntiHumanFc：HRP檢測cynoPD1-Fc。基於對cynoPD1-Fc的結合特徵，挑選選擇的抗體以用於進一步表徵。
挑選選擇Fab以用於進一步表徵並將其選殖為IgG2sigma/κ。IgG2sigma已經消除了效應功能且當與野生型IgG2相比時具有V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S取代。IgG2sigma係描述於美國專利第8,961,967號。評估該等抗體阻斷人類PD-1結合食蟹獼猴PD-L1的能力、對人類和食蟹獼猴PD-1蛋白的親和性、及其結合內源表現人類PD-1之細胞(Jurkat細胞)的能力。隨後評估該等抗體阻斷人類PD-L1及人類PD-L2結合huPD1的能力。
基於結果，挑選幾種抗體用於親和力成熟。
經挑選用於親和力成熟的所選抗體的特徵係顯示於表7中。
Figure 105135350-A0202-12-0292-1177
實例3人類抗PD-1抗體的親和力成熟
使用在所選VL位置及HCDR1與HCDR2處具有多樣性的噬菌體展示庫，使抗體PD1B70、PD1B71及PD1B114(與PD1B11緊密同源)在Fab形式親和力成熟。每個Fab的親和力成熟庫的設計係顯示於表8中。殘基編號係依據表8中的PD1B114 VH SEQ ID NO：41。
Figure 105135350-A0202-12-0293-1178
構建庫並產生噬菌體。然後將VH及VL噬菌體庫用於針對huPD1-ECD及cynoPD1-ECD生物素化重組蛋白的噬菌體淘選。在噬菌體淘選後，篩選會與人類及食蟹獼猴PD-1結合的可溶性Fab。將選擇的 Fab選殖為IgG2sigma同型，並在1μg/ml及10μg/ml的濃度表徵其與Jurkat細胞的結合及對食蟹獼猴PD-L1配體的抑制。
表9顯示該等親本抗體及親和力成熟抗體的表徵結果。
Figure 105135350-A0202-12-0294-1179
在如上所述的親和力實驗中使用ProteOn SPR分析評估親和力成熟的抗體與huPD1-ECD及cynoPD1-ECD的結合。mAb對食蟹獼猴PD-1的結合特性係顯示於表10中，而對人類PD-1的結合特性係顯示於表11中。計算對人類及食蟹獼猴蛋白所產生的3或更多個重複的STDEV。如果計算少於3個重複，則指示為RANGE。RANGE係定義為重複測試的低值與高值。至於在表10或表11中沒有指示為RANGE或STDEV的值的樣本，表示僅進行一個實驗。最佳親和力成熟變體對人類及食蟹獼猴PD-1具有在個位數nM範圍內的親和力，比起其親代mAb親和力增加約4至20倍。
Figure 105135350-A0202-12-0295-1180
Figure 105135350-A0202-12-0295-1181
Figure 105135350-A0202-12-0296-1182
實例4組合變體PD-1 mAb生產
在親和力結果的分析之後，考慮組合序列。
PD1B11及PD1B114具有非常相似的序列。因為與PD1B114相比，PD1B11對人類PD-1具有大約3倍更強的親和力且對食蟹獼猴PD-1具有2倍更強的親和力，因此製備具有彼等之各種CDR組合的抗體。使用定點誘變將PD1B11的HCDR3置於PD1B164及PD1B162(PD1B114的親和力成熟變體)中，而將PD1B164(PD1B114的親和力成熟變體)的HCDR2置於PD1B187(PD1B11的親和力成熟變體)中。將所得的重鏈與親本輕鏈配對，分別產生新抗體PD1B194、PD1B195及PD1B196。
PD1B175及PD1B177都含有親本輕鏈，即使該等抗體係在親和力成熟期間使用多樣化VL庫產生。為了增加抗體親和力，將PD1B175重鏈與PD1L185或PD1L187親和力成熟的輕鏈配對，並將PD1B177重鏈與PD1L86、PD1L168或PD1L190親和力成熟的輕鏈配對， 產生抗體PD1B197、PD1B198、PD1B199、PD1B200及PD1B201。該等抗體之VH及VL對係顯示於實例5的表20中。
這些抗體的HCDR、LCDR、VH及VL序列係顯示於實例5中的表14、15、16、17、18、19、21及22。將該等抗體選殖為IgG2sigma/κmAb並在HEK293 expi細胞中暫時表現(transiently expressed)以進行親和力測量。
如上所述來判定所生成之抗體的親和力。表12顯示所測得之該等組合mAb變體對食蟹獼猴PD-1的親和力且表13顯示其對人類PD-1的親和力。計算對人類及食蟹獼猴蛋白所產生的3或更多個重複的STDEV。如果計算少於3個重複，則指示為RANGE。RANGE係定義為重複測試的低值與高值。至於沒有RANGE或STDEV的樣本，表示僅進行一個實驗。
Figure 105135350-A0202-12-0297-1183
Figure 105135350-A0202-12-0298-1184
Figure 105135350-A0202-12-0298-1185
實例5衍生自噬菌體展示庫的抗PD1抗體的結構表徵
使用標準技術，利用各種活動在抗體的整個產生過程中獲得抗體的cDNA序列及胺基酸轉譯。在判定多肽序列後，使用用於放大表現的標準方法對編碼可變區或全長抗體的一些抗體cDNA進行密碼子優化。
表14顯示所選PD-1抗體的HCDR1序列。
表15顯示所選PD-1抗體的HCDR2序列。
表16顯示所選PD-1抗體的HCDR3序列。
表17顯示所選PD-1抗體的LCDR1序列。
表18顯示所選PD-1抗體的LCDR2序列。
表19顯示所選PD-1抗體的LCDR3序列。
表20顯示所選PD-1抗體的VH及VL配對。
表21顯示所選PD-1抗體的VH序列。
表22顯示所選PD-1抗體的VL序列。
Figure 105135350-A0202-12-0299-1186
Figure 105135350-A0202-12-0300-1187
Figure 105135350-A0202-12-0300-1188
Figure 105135350-A0202-12-0300-1189
Figure 105135350-A0202-12-0301-1190
Figure 105135350-A0202-12-0301-1191
Figure 105135350-A0202-12-0302-1192
Figure 105135350-A0202-12-0302-1193
Figure 105135350-A0202-12-0302-1194
Figure 105135350-A0202-12-0303-1195
Figure 105135350-A0202-12-0303-1196
Figure 105135350-A0202-12-0304-1197
Figure 105135350-A0202-12-0304-1198
Figure 105135350-A0202-12-0304-1199
Figure 105135350-A0202-12-0305-1200
所有抗PD-1抗體被識別為具有VH1-69(SEQ ID NO：170)及IGKV3-11(L6)(SEQ ID NO：171)架構。
SEQ ID NO：170
Figure 105135350-A0202-12-0306-1201
SEQ ID NO：171
Figure 105135350-A0202-12-0306-1202
實例6PD-1抗體在小鼠中的產生及表徵
用huPD1-ECD腹膜內免疫BALB/c並評估特異性IgG力價(titer)。一旦獲得足夠的力價便單離脾細胞並將其與FO細胞融合。將所生成之融合瘤塗佈在96孔盤中並培養10天。藉由標準捕捉ELISA識別與huPD1-ECD結合的抗原特異性殖株。進一步測試人類PD-1特異性融合瘤對人類及食蟹獼猴PD-1的親和力、與Jurkat細胞的結合以及對食蟹獼猴PD-L1的抑制。根據結果，選擇殖株PD1B28利用架構適應人化。
架構適應過程基本上如在美國專利公開號2009/0118127及Fransson et al.,(2010)J Mol Biol 398：214-231中描述的那樣進行。簡言之，使用針對IMGT數據庫的BLAST檢索將重鏈及輕鏈序列與人類生殖系序列(僅2007年10月1日當日的「01」等位基因)進行比較(Kaas,et al., (2004)Nucl Acids Res 32,D208-D210；Lefranc et al.,(2005)Nucl Acid Res 33,D593-D597)。從該組人類生殖系基因中，去除冗餘基因(在胺基酸水平100%相同)及具有未配對半胱胺酸殘基的那些基因。選擇架構及CDR區中所剩之最匹配的人類生殖系基因作為受體人類架構。基於總體序列同源性及CDR長度以及CDR相似性選擇幾種VL及VH生殖系人類架構。基於IGHJ/IGJK生殖系基因的序列相似性選擇FR-4。然後，將PD1B28的CDR轉移到選擇的受體人類架構中以產生HFA變體，除了對應於VH之HCDR1的區域。對於該區域，將CDR與HV或更短HCDR2(稱為Kabat-7，見美國專利公開號2009/0118127)的組合從非人類抗體轉移到人類FR中，因為在與已知結構的抗原-抗體複合物接觸中尚未發現剩餘的HCDR2殘基(Almagro,(2004)J Mol Recognit.17：132)。在該等人化抗體中的某些殘基位置引入回復突變(backmutation)。PD1B131回復突變：VH：V37I_Q39L_W47S_R98S，VL：Y49K。PD1B132：VH W47S_R98S，VL：Y49K(殘基編號依據Chothia)。將所選抗體表現為IgG2sigma/κ。表徵所生成之抗體與重組PD-1及細胞(Jurkat細胞)上表現的PD-1的結合，以及其配體抑制(食蟹獼猴PD-L1及人類PD-L1)。所選人化抗體的特徵係顯示於表23中。所生成之抗體的VH及VL序列係分別顯示於表24及表25中。
Figure 105135350-A0202-12-0307-1203
Figure 105135350-A0202-12-0308-1204
Figure 105135350-A0202-12-0308-1205
Figure 105135350-A0202-12-0308-1206
PD1B131及PD1B132的CDR序列係顯示如下：HCDR1(SEQ ID NO：66)RYDMS
HCDR2(SEQ ID NO：67)YISGGGANTYYLDNVKG
HCDR3(SEQ ID NO：68)PYLSYFDV
LCDR1(SEQ ID NO：69)RASQSLSDYLH
LCDR2(SEQ ID NO：70)SASQSIS
LCDR3(SEQ ID NO：71)QNGHSFPYT
實例7同型轉換對抗PD-1抗體性質的影響
將抗體PD1B196及PD1B199(IgG2sigma/κ同型)的可變區選殖為IgG4 S228P同型並將來自抗體PD1B132(為IgG2)的可變區選殖到IgG2sigma同型中以評估功能性及可開發性的可能差異。
將該等抗體命名為PD1B244(PD1B196 VH/VL在IgG4 S228P上)、PD1B245(PD1B199 VH/VL在IgG4 S228P上)及PD1B243(PD1B132 VH/VL在IgG2sigma上)。
同型轉換對抗體性質沒有一致的影響，然而，在CMV測定中觀察到該等抗體中的一些抗體在EC50值有一些變化。
以下舉例說明各種抗體的重鏈及輕鏈胺基酸序列。表26顯示所選抗體之VH、VL、重鏈及輕鏈SEQ ID NO：一覽。
Figure 105135350-A0202-12-0310-1207
SEQ ID NO：72PD1B244之HC
Figure 105135350-A0202-12-0310-1208
SEQ ID NO：73 PD1B244之LC
Figure 105135350-A0202-12-0311-765
SEQ ID NO：74 PD1B243之HC
Figure 105135350-A0202-12-0311-766
SEQ ID NO：75 PD1B243之LC
Figure 105135350-A0202-12-0311-767
Figure 105135350-A0202-12-0312-768
SEQ ID NO：76 PD1B245之HC
Figure 105135350-A0202-12-0312-769
SEQ ID NO：77 PD1B245之LC
Figure 105135350-A0202-12-0312-770
SEQ ID NO：212 PD1B114之HC
Figure 105135350-A0202-12-0313-771
SEQ ID NO：213 PD1B114之LC
Figure 105135350-A0202-12-0313-772
SEQ ID NO：214 PD1B149之HC
Figure 105135350-A0202-12-0313-773
Figure 105135350-A0202-12-0314-774
SEQ ID NO：215 PD1B149之LC
Figure 105135350-A0202-12-0314-775
SEQ ID NO：216 PD1B160之HC
Figure 105135350-A0202-12-0314-776
SEQ ID NO：217 PD1B160之LC
Figure 105135350-A0202-12-0315-777
SEQ ID NO：218 PD1B162之HC
Figure 105135350-A0202-12-0315-778
SEQ ID NO：219 PD1B162之LC
Figure 105135350-A0202-12-0315-779
Figure 105135350-A0202-12-0316-780
SEQ ID NO：220 PD1B164之HC
Figure 105135350-A0202-12-0316-781
SEQ ID NO：221 PD1B164之LC
Figure 105135350-A0202-12-0316-782
SEQ ID NO：222 PD1B183之HC
Figure 105135350-A0202-12-0317-783
SEQ ID NO：223 PD1B183之LC
Figure 105135350-A0202-12-0317-784
SEQ ID NO：224 PD1B184之HC
Figure 105135350-A0202-12-0317-785
Figure 105135350-A0202-12-0318-786
SEQ ID NO：225 PD1B184之LC
Figure 105135350-A0202-12-0318-787
SEQ ID NO：226 PD1B185之HC
Figure 105135350-A0202-12-0318-788
SEQ ID NO：227 PD1B185之LC
Figure 105135350-A0202-12-0319-789
SEQ ID NO：228 PD1B192之HC
Figure 105135350-A0202-12-0319-790
SEQ ID NO：229 PD1B192之LC
Figure 105135350-A0202-12-0319-791
Figure 105135350-A0202-12-0320-792
實例8在基於細胞的測定中表徵PD-1抗體
使用實例1所述之方案在MLR及CMV測定中表徵所選抗體。來自MLR及CMV測定的IFN-γ誘導的EC50值係顯示於表27中。在大多數情況下，抗PD-1抗體在MLR及CMV測定中均顯示在IFN-γ水平有劑量依賴性增加。
Figure 105135350-A0202-12-0320-793
除了IFN-γ外，其他細胞介素的分泌水平在該二種測定中也受到PD-1阻斷的影響。在CMV刺激後，抗PD-1抗體會劑量依賴性誘導TNF-α及IL-4，而在MLR測定中其會增加TNF-α及IL-2水平。
實例9使用噬菌體展示庫產生人類抗TIM-3抗體
針對重組人類TIM-3-Fc融合蛋白(R&D Systems，#2365-TM；全長TIM-3的殘基Ser22至Arg200)(huTIM-3-Fc)的細胞外結構域淘選實例2中所述之起始(de novo)pIX Fab庫。
將重組蛋白質生物素化(bt)並捕捉在鏈親和素(streptavidin)磁珠(Dynal)上，然後以100nM的最終濃度暴露於新的(de novo)pIX Fab庫。在PBS-Tween中洗去非特異性噬菌體，並藉由感染MC1061F’大腸桿菌(E.coli)細胞回收結合的噬菌體。從這些細胞中擴增噬菌體整夜並重複淘選總共三輪。在最後一輪生物淘選後，篩選與ELISA盤上藉由鏈親和素(streptavidin)捕捉的生物素化人類TIM-3-Fc結合的單株Fab，並將分泌的Fab加至捕捉的抗原，然後用山羊抗人類κ：HRP檢測Fab。如下所示，表現所選抗體並在各種IgG同型上選殖，並進一步表徵。
實例10在小鼠中產生抗TIM-3抗體
在18天的過程中用重組人類TIM-3-Fc融合蛋白(R&D Systems，目錄號2365-TM)免疫Balb/c小鼠。收割脾臟，將富集B細胞的細胞群與FO小鼠骨髓瘤細胞融合以產生分泌mAb的融合瘤。藉由ELISA篩選與TIM-3-Fc蛋白及不相關的人類IgG1 Fc結合的融合瘤上清液。然後測定TIM-3特異性上清液結合表現TIM-3的THP-1細胞的能力。
使用標準分子生物學技術(RT-PCR，然後將PCR片段連接到質體表現載體中)從TIM-3陽性融合瘤選殖出所選mAb HC及LC v基因。重組表現mAb，並重複ELISA以確認TIM-3特異性結合。使用MOE(CCG,Montreal)構建要用於人類架構適應的鼠類抗體序列的分子模型並目視檢查。識別可能影響抗原結合、VL/VH包裝及/或可能影響結構域 穩定性的核心殘基的潛在問題位置。對於VL和VH，如果識別出問題位置，則提出多種具有或不具有小鼠架構序列的回復突變的人類架構。將設計的序列選殖進重鏈及輕鏈質體中並在Expi293F細胞中表現。定量培養物上清液中表現的抗體並評估其與經重組人類TIM-3轉染的HEK293細胞的結合。
實例11抗TIM-3抗體之同型
在抗體表徵過程中，將單離的抗TIM-3抗體的VH及VL選殖到各種重鏈同型(可選地具有各種Fc取代)及具有κ輕鏈的同種異型(allotype)上，以評估同型轉換對抗體功能或可開發性的影響(如果有的話)。所用的各種同型係顯示於表28中。
Figure 105135350-A0202-12-0322-794
Figure 105135350-A0202-12-0323-795
在所產生之抗體中使用的各種同種異型係顯示於表29中。該等抗體中的一些抗體具有嵌合同種異型。例如，抗體TM3B105及TM3B403在位置189的恆定區中相差一個胺基酸取代。TM3B105重鏈及輕鏈分別為SEQ ID NO：240及79；TM3B403重鏈及輕鏈分別為SEQ ID NO：78及79。這二種抗體被預期會具有相同的特徵。
Figure 105135350-A0202-12-0323-796
通常，具有IgG2sigma Fc的抗TIM-3抗體在CMV測定中比具有huIgG4 Fc的抗TIM-3抗體具有更大的活性。此外，具有huIgG2 Fc的抗體證明功能性在IgG2sigma與IgG4之間。同種異型對抗體活性沒有影響。
實例12抗TIM-3抗體的結構表徵
使用標準技術，利用各種活動在抗體的整個產生過程中獲得抗體的cDNA序列及胺基酸轉譯。在判定多肽序列後，使用用於放大表現的標準方法對編碼可變區或全長抗體的一些抗體cDNA進行密碼子優化。抗體TM3B103、TM3B105、M3B108、TM3B109及TM3B113係單離自噬菌體展示庫。抗體TM3B189、TM3B190、TM3B193、TM3B195及TM3B196係藉由免疫小鼠來產生。
表30顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR1序列。
表31顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR2序列。
表32顯示所選抗TIM-3抗體的HCDR3序列。
表33顯示所選抗TIM-3抗體的LCDR1序列。
表34顯示所選抗TM-3抗體的LCDR2序列。
表35顯示所選抗TIM-3抗體的LCDR3序列。
表36顯示所選抗TIM-3抗體的VH序列。
表37顯示所選抗TIM-3抗體的VL序列。
表38顯示所選抗TIM-3抗體的架構。
Figure 105135350-A0202-12-0324-797
Figure 105135350-A0202-12-0325-798
Figure 105135350-A0202-12-0325-799
Figure 105135350-A0202-12-0325-800
Figure 105135350-A0202-12-0325-801
Figure 105135350-A0202-12-0326-802
Figure 105135350-A0202-12-0326-803
Figure 105135350-A0202-12-0326-804
Figure 105135350-A0202-12-0326-805
Figure 105135350-A0202-12-0327-806
Figure 105135350-A0202-12-0328-807
Figure 105135350-A0202-12-0328-808
Figure 105135350-A0202-12-0329-809
Figure 105135350-A0202-12-0329-810
IGHV3-23 SEQ ID NO：174
Figure 105135350-A0202-12-0329-811
IGHV1-02 SEQ ID NO：175
Figure 105135350-A0202-12-0330-812
IGHV4-30 SEQ ID NO：176
Figure 105135350-A0202-12-0330-813
IGHV1-03 SEQ ID NO：177
Figure 105135350-A0202-12-0330-814
IGHV2-26 SEQ ID NO：178
Figure 105135350-A0202-12-0330-815
IGHV5-51 SEQ ID NO：179
Figure 105135350-A0202-12-0330-816
IGKV3-20 SEQ ID NO：180
Figure 105135350-A0202-12-0331-817
IGKV3-11 SEQ ID NO：171
Figure 105135350-A0202-12-0331-818
IGKV4-1SEQ ID NO：181
Figure 105135350-A0202-12-0331-819
IGKV1-39 SEQ ID NO：182
Figure 105135350-A0202-12-0331-820
GKV1-33 SEQ ID NO：183
Figure 105135350-A0202-12-0331-821
實例13抗TIM-3抗體的表徵
表徵所選抗體與人類或食蟹獼猴細胞的結合，及其阻斷配體半乳糖凝集素9結合的能力。表39顯示這些測定中所選抗體的特徵。細胞結合數據表示與經所示TIM-3重組蛋白轉染的細胞結合的抗體的計算EC50值，以μg/ml單位表示。半乳糖凝集素-9抑制代表用所示抗體觀察到 的半乳糖凝集素-9與人類TIM-3結合的最大抑制水平。測試抗體係以IgG2sigma同型測試。
藉由在MSD盤上塗覆重組huTIM-3-Fc蛋白來進行表位作圖測定。將盤阻斷並洗滌，然後加入以遞增濃度的未標記抗TIM-3 mAB培養的MSD標籤標記的抗TIM-3 mAb混合物。在室溫下伴隨溫和振盪培養後，洗滌盤並用SECTOR Imager 6000分析。彼此競爭結合人類TIM-3的抗體被認為是與相似的表位結合。如果>75%的結合被抑制，則紀錄為陽性抑制。部分抑制係40至75%抑制。將<40%抑制表示為陰性。
Figure 105135350-A0202-12-0332-822
實例14開發功能體外測定(functional in vitro assay)來表徵抗TIM-3抗體
可使用來自正常供體的由同種異體樹突細胞或特異性抗原(例如破傷風類毒素或CMV)刺激的T細胞進行抑制性受體(諸如PD-1)的功能評估。在該設置中，可藉由測量上清液細胞介素水平或T細胞活化標記來檢測用抗體治療的T細胞功能的變化。在這些類型的測定中，抗TIM-3抗體的作用可以是非常多變的，在大批T細胞(bulk T cell)(非抗原 特異性)的活化或功能的狀態中幾乎沒有總體變化。另一方面，由於這些T細胞殖株的低發生率和異質功能分佈，在這些測定中使用四聚體方法跟踪單個T細胞亞群/殖株無法提供檢測抗TIM-3抗體的功能效應所需的分辨率。此外，該方法需要事先鑑定由每個供體中的CMV特異性T細胞識別的表位。
CD137最近被描述為活化的抗原特異性T細胞的替代標記(Wolf et al.,(2007)Blood 110(1)：201-210；Klinger et al.,(2013)PLoS One 8(9)：e74231)。在我們的測定中，使用CD137能夠識別回應於CMV抗原刺激而擴增的抗原特異性CD8+及CD4+ T細胞，且讓抗TIM-3抗體的功能效應能被檢測。除了CD137表現之外，在這些測定中亦藉由MSD評估細胞介素分泌。
在CMV pp65刺激的PBMC中測試所選抗TIM-3抗體的活性。在這些測定中，抗TIM-3抗體增強了T細胞活化，如在CD8+及CD4+ T細胞上均增加的CD137表現所證實。此外，所選抗TIM-3抗體亦在該測定中增強IFN-γ及TNF-α的分泌。
表40顯示該CMV測定的結果，其中評估所選TIM-3抗體在CD8+或CD4+細胞上增強的CD137表面表現。該表顯示使用雙尾T檢定(Two-tailed T-test)(不等變異)產生的p值。
Figure 105135350-A0202-12-0333-823
Figure 105135350-A0202-12-0334-824
實例15雙特異性PD-1/TIM-3抗體的產生
將所選單特異性PD-1及TIM-3抗體表現為IgG1/κ、IgG2/κ或IgG4/κ。在單特異性抗體中位置405及409(EU編號)處進行取代，以促進隨後的體外(in vitro)臂交換及該等雙特異性抗體的形成。將IgG1及IgG2抗PD-1及抗TIM-3抗體工程改造為分別具有F405L及K409R取代，以促進臂交換和產生該等雙特異性抗體。在IgG4上，409WT位置係R，因此該IgG4抗PD-1抗體沒有工程化，且該IgG4抗TIM-3抗體被工程改造為具有F405L及R409K取代。除了位置405和409的取代之外，將該等IgG4 mAb工程改造為具有S228P取代，且可選地將該等IgG2抗體工程改造為包括IgG2sigma取代(V234A、G237A、P238S、H268A、V309L、A330S及P331S)。
該等單特異性抗體係使用標準方法利用Protein A管柱(HiTrap MabSelect SuRe管柱)表現並純化。在沖提之後，將儲集物透析至D-PBS(pH 7.2)。
雙特異性PD-1/TIM-3抗體係藉由在活體外(in vitro)Fab臂交換中組合單特異性PD-1 mAb及單特異性TIM-3 mAb而產生，如國際專利申請案公開號WO2011/131746中所述。簡言之，將在PBS(pH 7至7.4) 及75mM2-巰乙醇胺(2-MEA)中約1至20mg/mL之1：1莫耳比的各抗體混合在一起並在25至37培養2至6小時，接著使用標準方法經由透析、滲濾(diafiltration)、切向流過濾及/或旋轉細胞過濾來移除2-MEA。
在該體外Fab臂交換後，使用疏水交互作用層析(hydrophobic interaction chromatography)利用標準方法將該等雙特異性抗體進一步純化以使殘留的親本PD-1及TIM-3抗體減到最少。
所選單特異性抗PD-1抗體及抗TIM-3抗體係在體外Fab臂交換中於基質中組合以產生雙特異性抗體。表41、表42及表43顯示了所產生之雙特異性抗體的VH、VL、HC及LC序列及彼等之同型。該等G2抗體同種異型係G2m(n)/(n-)或G2m(n-)。
在一些實驗中，對於PD-1或TIM-3均使用單價的對照抗體，其第二臂係與gp120結合而變成惰性(inert)。該gp120結合臂具有SEQ ID NO：184之VH及SEQ ID NO：185之VL。表44顯示所產生之對照抗體。
SEQ ID NO：184結合gp120之mAb之VH
Figure 105135350-A0202-12-0335-825
SEQ ID NO：185結合gp120之mAb之VL
Figure 105135350-A0202-12-0336-826
Figure 105135350-A0202-12-0336-827
Figure 105135350-A0202-12-0336-1225
Figure 105135350-A0202-12-0336-829
Figure 105135350-A0202-12-0337-830
SEQ ID NO：186
Figure 105135350-A0202-12-0337-831
SEQ ID NO：187
Figure 105135350-A0202-12-0337-832
Figure 105135350-A0202-12-0338-833
SEQ ID NO：188
Figure 105135350-A0202-12-0338-834
SEQ ID NO：189
Figure 105135350-A0202-12-0338-835
SEQ ID NO：190
Figure 105135350-A0202-12-0338-836
Figure 105135350-A0202-12-0339-837
SEQ ID NO：191
Figure 105135350-A0202-12-0339-838
SEQ ID NO：192
Figure 105135350-A0202-12-0339-839
Figure 105135350-A0202-12-0340-1226
SEQ ID NO：193
Figure 105135350-A0202-12-0340-841
SEQ ID NO：194
Figure 105135350-A0202-12-0340-842
SEQ ID NO：195
Figure 105135350-A0202-12-0341-843
SEQ ID NO：241
Figure 105135350-A0202-12-0341-844
SEQ ID NO：242
Figure 105135350-A0202-12-0341-845
Figure 105135350-A0202-12-0342-846
SEQ ID NO：243
Figure 105135350-A0202-12-0342-847
SEQ ID NO：244
Figure 105135350-A0202-12-0342-848
Figure 105135350-A0202-12-0343-849
SEQ ID NO：245
Figure 105135350-A0202-12-0343-850
SEQ ID NO：246
Figure 105135350-A0202-12-0343-851
Figure 105135350-A0202-12-0344-852
SEQ ID NO：247
Figure 105135350-A0202-12-0344-853
SEQ ID NO：248
Figure 105135350-A0202-12-0344-854
Figure 105135350-A0202-12-0345-855
Figure 105135350-A0202-12-0345-856
實例16雙特異性PD-1/TIM-3抗體的表徵
在CMV測定中測試所產生之拮抗性雙特異性抗體增強抗原特異性T細胞反應的能力。如實例14所述，藉由評估CD4+及CD+ T細胞上的CD137表現和培養上清液中的IFN-γ及TNF-α水平來測量功能。表45及表46總結了該測定中不同讀數的雙特異性PD-1/TIM-3抗體的活性。如該表所示，所選雙特異性分子導致CD4+及CD8+ T細胞上CD137表現以及分泌的IFN-γ及TNF-α水平的顯著增加。總體而言，具有huIgG2sigma Fc的PD-1/TIM-3雙特異性分子具有最強的活性，具有huIgG2的那些分子其次，然後是具有huIgG4的那些分子。
Figure 105135350-A0202-12-0345-857
Figure 105135350-A0202-12-0346-858
Figure 105135350-A0202-12-0346-859
實例17抗PD1抗體上調腫瘤上的TIM-3表現
在CT26或MC38結腸癌小鼠模式中評估抗PD-1抗體治療對腫瘤上TIM-3表現的影響。
在Balb/c小鼠皮下植入1×106個CT26結腸癌腫瘤。在腫瘤細胞植入後七天，測量腫瘤並以腫瘤大小隨機選擇小鼠。在腫瘤細胞植入後第7天開始用PBS或10mg/kg抗小鼠PD-1抗體(殖株RMP1-14，BioXCell)處理，並在研究的剩餘時間內持續每兩周處理一次。為了分析T細胞的TIM-3表現，在第22天收穫腫瘤並使用GentleMACS(Miltenyi)分離。流動式細胞測量術的染色係使用活/死(Live/Dead)及CD3、CD4、 CD8及TIM-3之標記進行。在LSR Fortessa(BD)上進行流動式細胞測量術。使用Flow Jo軟體分析數據。
將野生型C57Bl/6雌性小鼠皮下植入懸浮在PBS中的5×105個MC-38結腸癌細胞。測量腫瘤，並根據腫瘤大小(50至100mm3)隨機選擇小鼠。在隨機選擇後開始用PBS或10mg/kg抗小鼠PD-1(殖株RMP1-14，BioXCell)處理，並在研究的剩餘時間內持續每兩周處理一次。為了用數據圖表表示腫瘤浸潤T細胞，在植入後12、15、19、或22天收穫腫瘤並使用GentleMACS(Miltenyi)分離。
流動式細胞測量術的染色係使用活/死(Live/Dead)及CD45、Thy1、CD3、CD4、CD8、TIM-3、CD137、OX40、GITR、TIGIT之標記進行。在LSR Fortessa(BD)上收集流動式細胞測量術數據。使用FlowJo軟體(v9.9.4)分析數據並用GraphPad Prism顯現。統計資料係由GraphPad Prism生成。
在第22天單離自CT26腫瘤的CD8+ T細胞上TIM-3表現的分析顯示在經PD-1處理的樣本中TIM-3表現增加(與PBS對照相比)。圖1A顯示在該兩個處理組中TIM-3表現的平均螢光強度。
當與PBS對照相比時，經抗PD-1mAb處理的樣本中的MC-38腫瘤中的TIM-3表現也增加。圖1B顯示在CD8+ TIL群體中TIM-3表現的幾何平均螢光強度。圖1C顯示總CD8+ TIL中TIM-3+ CD8+細胞的相對發生率百分比(%)。
這些數據顯示TIM-3回應於抗PD-1處理而上調，證實在PD-1處理的個體中靶向TIM-3是合理的。
亦在浸潤MC38腫瘤(單離自經抗小鼠PD-1抗體處理的小鼠)的CD8+ T細胞上分析CD137、OX40及GITR表現。這些結果顯示，在PD-1阻斷後，TNF家族共刺激受體CD137、OX40及GITR表現的發生率及水平(gMFI)均增加。圖2A及圖2B分別顯示CD8 TIL上CD137表現的gMFI及相對發生率。圖3A及圖3B分別顯示CD8 TIL上OX40表現的gMFI及相對發生率，而圖4A及圖4B分別顯示CD8 TIL上GITR的gMFI及相對表現。
這些數據證實在PD-1處理的個體中靶向CD137、OX40及/或GITR是合理的。
實例18PD-1阻斷後抗TIM-3抗體的活性
在該CMV測定中抗PD-1抗體阻斷後，亦測試抗TIM-3抗體的活性。在這些實驗中，將來自一個正常供體(CMV-血清陽性)的PBMC與pp65胜肽池及抗PD-1抗體培養5天。在第5天，收穫上清液並在抗TIM-3或抗PD-1抗體存在下用pp65胜肽池再刺激細胞。24小時後測量上清液中的IFN-γ水平。在5天的抗PD-1阻斷後使用抗TIM-3抗體的處理導致IFN-γ水平的顯著增加。與持續的抗PD-1處理相比，該效果係顯著的(p=0.0183)。在該實驗中使用抗TIM-3抗體TM3B403及抗PD-1抗體PD1B244。圖5顯示在該CMV測定中增加的IFN-γ水平，其中的PBMC在經抗PD-1 PD1B244處理5天後係經抗TIM-3抗體TM3B105處理。值表示用於每種條件的6個生物重複的平均值。
實例19抗TIM-3抗體的表位作圖
進行溶液氫/氘交換質譜(HDX-MS)以識別TMB403和及TMB291的結合表位。在該等實驗中，將TM3B403及TM3B291的VH及VL選殖為在C末端具有六組胺酸標籤的IgG1 Fab。該等Fab係產生自懸掛搖瓶中HEK293 Expi細胞的瞬時轉染。使用在來自R&D Systems的小鼠骨髓瘤細胞系(衍生自NS0)(目錄號2365-TM)中產生的TIM-3 IgG1 Fc嵌合體Ser22-Arg200(登錄號Q8TDQ0)。
在H/D交換中，用來分析Fab擾動(perturbation)的程序類似於先前所述者(Hamuro et al.,Biomolecular Techniques 14：171-182,2003；Horn et al.,Biochemistry 45：8488-8498,2006)再加上一些修改。簡言之，將去糖基化人類TIM-3/Fc融合蛋白或去糖基化人類TIM-3-Fc加Fab的混合物與氧化氘標記緩衝液在0培養各種時間，至多2小時。藉由加入胍鹽酸鹽淬滅氘交換，並將該淬滅的樣本進行管柱上(on-column)胃蛋白酶消化及LC-MS分析。在只有MS模式(MS only mode)中記錄質譜。對於氘摻入的計算，將給定胜肽的質譜在萃取離子層析圖峰上合併，並計算加權平均m/z。自天然胜肽質量(0分鐘)至加權平均質量的質量增加相當於氘摻入的水平。約98.4%的蛋白質可定位至特定之肽。
已識別肽處之氘水準係從LC-MS上的質量偏移來監測。繪製所選之氘增長曲線(deuterium buildup curve)，其顯示胜肽在交換時間內的氘水平及/或斜率的顯著差異。去糖基化人類Tim-3/Fc融合蛋白在序列 32 WGKGACPVFECGNVVL 47 (SEQ ID NO：261)與TM3B403結合以及在序列 90 RIQIPGIMNDEKF 102 (SEQ ID NO：262)與TM3B291結合後顯示氘 攝取顯著減少。因此，在結合Fab後氘攝取顯著減少的這些區域可被認為是該等mAb的主要表位。
片段50DERDVNY56(SEQ ID NO：263)在與TM3B403或TM3B291結合後顯示氘交換有適度減少。該區域也可能被認為是二種抗體的潛在表位。
TM3B403或TM3B291的主要結合表位是不同的。然而，基於HDX作圖結果，它們可能共享相似的適度保護區 50 DERDVNY 56 (SEQ ID NO：263)。為了幫助評估該區域是否作為二種Fab分子的共同結合表位區，進行競爭ELISA。將重組人類Tim-3/Fc蛋白直接塗覆在盤上，然後將盤阻斷並洗滌。將釕(Ru)標記的TM3B291 Fab的混合物與不同濃度的未標記的TM3B105或TM3B291預培養。將盤培養，洗滌並將MSD讀取緩衝液(Read Buffer)T分配到每個孔中，然後用SECTOR Imager 6000讀盤(Meso Scale Discovery,Gaithersburg,MD)。
該競爭分析證明TM3B403與TM3B291競爭結合TIM-3。該結果可表明適度保護的區域DERDVNY(SEQ ID NO：263)係二種抗體的表位的一部分，或者該等抗體可能由於其表位的緊密接近而在空間上阻斷對方的結合。
實例20 TIM-3阻斷增加CD8 + TIL上的TIGIT表現
在CT26及MC38結腸癌小鼠模式中評估抗TIM-3抗體治療對腫瘤中TIGIT表現的影響。如實例17中所述進行研究，除了使用10mg/ml抗TIM-3抗體RMT3-23(Bioxcell)。
在CT26(圖19A、圖19B)及MC38(圖20A、圖20B)腫瘤模式中，TIM-3阻斷後在CD8+ TIL上的TIGIT表現(圖19A、圖20A)及TIGT+ TIL的相對發生率(圖19B、圖20B)升高。
實例21在黑色素瘤患者的PBMC中體外(ex vivo)阻斷PD-1後TIM-3表現增加
在存在抗PD-1或抗TIM-3功能阻斷抗體的情況下，用黑色素瘤抗原胜肽池(NY-ESO,gp100,MART-1)刺激未接受過治療(treatment naïve)的黑色素瘤患者的PBMC。在第6天於胜肽再刺激的細胞上評估TIM-3的表現。結果顯示，與對照物或經TIM-3處理的PBMC相比，經抗PD-1處理的樣本中TIM-3+ CD8+ T細胞的發生率顯著增加(圖21)。
在第0天，將來自未接受過治療的黑色素瘤患者的冷凍PBMC在37水浴中迅速解凍。將細胞解凍、洗滌並在完全RPMI培養基(RPMI+10% FBS+1%丙酮酸鈉(sodiumpyruvate)+1% NEAA+1%青黴素/鏈黴素(pen/strep))中計數。在存在或不存在抗PD-1或抗TIM-3功能阻斷抗體(分別為PD1B244及TM3B403)及1μg/mL黑色素瘤抗原胜肽池(NY-ESO,gp100,MART-1)的情況下，在96孔U底盤中以每孔200,000個細胞塗盤並在37培養6天。在第6天用該胜肽池再刺激細胞，並藉由流動式細胞測量術分析PD-1及TIM-3的表現以及T細胞活化與增殖標記。
實例22抗TIM-3抗體在IL-2刺激的PBMC中增加活化的NK細胞的發生率
在用IL-2(20U)刺激人類PBMC的測定中判定抗TIM-3抗體TM3B403對活化NK細胞的發生率的影響。在以一系列的mAb濃度處 理後48小時，藉由流動式細胞測量術評估CD69及CD25(NK細胞活化的標記)的發生率。當該活化係藉由CD69陽性細胞的百分比(圖22A)或CD25陽性細胞的百分比(圖22B)評估時，TM3B403增加活化NK細胞的發生率。
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<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 2
Figure 105135350-A0305-02-0356-5
Figure 105135350-A0202-12-0355-863
<210> 3
<211> 268
<212> PRT
<213> 食蟹獼猴(Macaca fascicularis)
<400> 3
Figure 105135350-A0202-12-0355-864
Figure 105135350-A0202-12-0356-865
<210> 4
<211> 149
<212> PRT
<213> 食蟹獼猴(Macaca fascicularis)
<400> 4
Figure 105135350-A0202-12-0356-866
Figure 105135350-A0202-12-0357-867
<210> 5
<211> 220
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 5
Figure 105135350-A0202-12-0357-868
Figure 105135350-A0202-12-0358-869
<210> 6
<211> 221
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 6
Figure 105135350-A0202-12-0358-870
Figure 105135350-A0202-12-0359-871
<210> 7
<211> 222
<212> PRT
<213> 食蟹獼猴(Macaca fascicularis)
<400> 7
Figure 105135350-A0202-12-0359-872
Figure 105135350-A0202-12-0360-873
<210> 8
<211> 201
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 8
Figure 105135350-A0202-12-0360-874
Figure 105135350-A0202-12-0361-875
<210> 9
<211> 143
<212> PRT
<213> 家鼷鼠(Mus musculus)
<400> 9
Figure 105135350-A0202-12-0361-876
Figure 105135350-A0202-12-0362-877
<210> 10
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR1
<400> 10
Figure 105135350-A0202-12-0362-1231
<210> 11
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR1
<400> 11
Figure 105135350-A0202-12-0362-879
<210> 12
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR1
<400> 12
Figure 105135350-A0202-12-0362-880
<210> 13
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR2
<400> 13
Figure 105135350-A0202-12-0363-881
<210> 14
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR2
<400> 14
Figure 105135350-A0202-12-0363-882
<210> 15
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR2
<400> 15
Figure 105135350-A0202-12-0363-883
<210> 16
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR3
<400> 16
Figure 105135350-A0202-12-0363-884
<210> 17
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR3
<400> 17
Figure 105135350-A0202-12-0364-885
<210> 18
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR3
<400> 18
Figure 105135350-A0202-12-0364-886
<210> 19
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體HCDR3
<400> 19
Figure 105135350-A0202-12-0364-887
<210> 20
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 20
Figure 105135350-A0202-12-0364-888
<210> 21
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 21
Figure 105135350-A0202-12-0365-889
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 22
Figure 105135350-A0202-12-0365-890
<210> 23
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 23
Figure 105135350-A0202-12-0365-891
<210> 24
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 24
Figure 105135350-A0202-12-0365-892
<210> 25
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR1
<400> 25
Figure 105135350-A0202-12-0365-893
<210> 26
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR2
<400> 26
Figure 105135350-A0202-12-0366-894
<210> 27
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR2
<400> 27
Figure 105135350-A0202-12-0366-895
<210> 28
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR2
<400> 28
Figure 105135350-A0202-12-0366-896
<210> 29
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR2
<400> 29
Figure 105135350-A0202-12-0366-897
<210> 30
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR2
<400> 30
Figure 105135350-A0202-12-0367-898
<210> 31
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 31
Figure 105135350-A0202-12-0367-899
<210> 32
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 32
Figure 105135350-A0202-12-0367-900
<210> 33
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 33
Figure 105135350-A0202-12-0367-901
<210> 34
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 34
Figure 105135350-A0202-12-0368-902
<210> 35
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 35
Figure 105135350-A0202-12-0368-903
<210> 36
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 36
Figure 105135350-A0202-12-0368-904
<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 37
Figure 105135350-A0202-12-0368-905
<210> 38
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 38
Figure 105135350-A0202-12-0368-906
<210> 39
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 39
Figure 105135350-A0202-12-0369-907
<210> 40
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1抗體LCDR3
<400> 40
Figure 105135350-A0202-12-0369-908
<210> 41
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H24
<400> 41
Figure 105135350-A0202-12-0369-909
Figure 105135350-A0202-12-0370-910
<210> 42
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H131
<400> 42
Figure 105135350-A0202-12-0370-911
<210> 43
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H3
<400> 43
Figure 105135350-A0202-12-0371-912
<210> 44
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H108
<400> 44
Figure 105135350-A0202-12-0371-913
Figure 105135350-A0202-12-0372-914
<210> 45
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H164
<400> 45
Figure 105135350-A0202-12-0372-915
<210> 46
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H107
<400> 46
Figure 105135350-A0202-12-0373-916
<210> 47
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H163
<400> 47
Figure 105135350-A0202-12-0373-1227
Figure 105135350-A0202-12-0374-918
<210> 48
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H170
<400> 48
Figure 105135350-A0202-12-0374-919
<210> 49
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PH9L3
<400> 49
Figure 105135350-A0202-12-0375-920
<210> 50
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L128
<400> 50
Figure 105135350-A0202-12-0375-921
Figure 105135350-A0202-12-0376-922
<210> 51
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L101
<400> 51
Figure 105135350-A0202-12-0376-923
<210> 52
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L67
<400> 52
Figure 105135350-A0202-12-0377-925
<210> 53
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L71
<400> 53
Figure 105135350-A0202-12-0377-924
Figure 105135350-A0202-12-0378-926
<210> 54
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L109
<400> 54
Figure 105135350-A0202-12-0378-1228
<210> 55
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L132
<400> 55
Figure 105135350-A0202-12-0378-928
Figure 105135350-A0202-12-0379-929
<210> 56
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L148
<400> 56
Figure 105135350-A0202-12-0379-930
<210> 57
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L133
<400> 57
Figure 105135350-A0202-12-0380-931
<210> 58
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L185
<400> 58
Figure 105135350-A0202-12-0380-932
Figure 105135350-A0202-12-0381-933
<210> 59
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L187
<400> 59
Figure 105135350-A0202-12-0381-934
<210> 60
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L86
<400> 60
Figure 105135350-A0202-12-0382-935
<210> 61
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L168
<400> 61
Figure 105135350-A0202-12-0382-936
Figure 105135350-A0202-12-0383-937
<210> 62
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L190
<400> 62
Figure 105135350-A0202-12-0383-938
<210> 63
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H130
<400> 63
Figure 105135350-A0202-12-0383-939
Figure 105135350-A0202-12-0384-940
<210> 64
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1H129
<400> 64
Figure 105135350-A0202-12-0384-941
Figure 105135350-A0202-12-0385-942
<210> 65
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1L62
<400> 65
Figure 105135350-A0202-12-0385-943
<210> 66
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體HCDR1
<400> 66
Figure 105135350-A0202-12-0385-944
<210> 67
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體HCDR2
<400> 67
Figure 105135350-A0202-12-0386-945
<210> 68
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體HCDR3
<400> 68
Figure 105135350-A0202-12-0386-946
<210> 69
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體LCDR1
<400> 69
Figure 105135350-A0202-12-0386-947
<210> 70
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體LCDR2
<400> 70
Figure 105135350-A0202-12-0386-948
<210> 71
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1抗體LCDR3
<400> 71
Figure 105135350-A0202-12-0387-949
<210> 72
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B244 HC
<400> 72
Figure 105135350-A0202-12-0387-950
Figure 105135350-A0202-12-0388-951
Figure 105135350-A0202-12-0389-952
<210> 73
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B244 LC
<400> 73
Figure 105135350-A0202-12-0389-953
Figure 105135350-A0202-12-0390-954
<210> 74
<211> 444
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B243 HC
<400> 74
Figure 105135350-A0202-12-0390-955
Figure 105135350-A0202-12-0391-956
Figure 105135350-A0202-12-0392-957
<210> 75
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B243 LC
<400> 75
Figure 105135350-A0202-12-0392-958
Figure 105135350-A0202-12-0393-959
<210> 76
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B245 HC
<400> 76
Figure 105135350-A0202-12-0393-960
Figure 105135350-A0202-12-0394-961
Figure 105135350-A0202-12-0395-962
<210> 77
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD1B245 LC
<400> 77
Figure 105135350-A0202-12-0395-963
Figure 105135350-A0202-12-0396-964
<210> 78
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM3抗體重鏈
<400> 78
Figure 105135350-A0202-12-0396-965
Figure 105135350-A0202-12-0397-966
Figure 105135350-A0202-12-0398-967
<210> 79
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體輕鏈
<400> 79
Figure 105135350-A0202-12-0398-968
Figure 105135350-A0202-12-0399-969
<210> 80
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體重鏈
<400> 80
Figure 105135350-A0202-12-0399-970
Figure 105135350-A0202-12-0400-971
Figure 105135350-A0202-12-0401-972
<210> 81
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體輕鏈
<400> 81
Figure 105135350-A0202-12-0401-973
Figure 105135350-A0202-12-0402-974
<210> 82
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 HCDR1屬
<220>
<221> 1MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可為Ser或Asp
<220>
<221> 1MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa可為Val或Ala
<220>
<221> 1MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa可為His或Ser
<400> 82
Figure 105135350-A0202-12-0403-975
<210> 83
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 HCDR2屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> Xaa可為Tyr或Phe
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa可為Gly或Asp
<400> 83
Figure 105135350-A0202-12-0403-977
<210> 84
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 HCDR3屬1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (11)..(11)
<223> Xaa係Asn或Ser
<400> 84
Figure 105135350-A0202-12-0403-976
<210> 85
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 HCDR3屬2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa係Thr或Tyr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa係Leu或Val
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Asp或Arg
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa係Arg或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa係His或Met
<400> 85
Figure 105135350-A0202-12-0404-978
<210> 86
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 LCDR1 genus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa係Ser、Arg或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa係Ser或Asn
<400> 86
Figure 105135350-A0202-12-0404-979
Figure 105135350-A0202-12-0405-980
<210> 87
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 LCDR2 genus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Asn、Asp、Tyr、Ser或Thr
<400> 87
Figure 105135350-A0202-12-0405-981
<210> 88
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PD-1 LCDR3 genus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Ser、Asn、Gly、Glu、Asp、Trp或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa係Asn、Tyr、Glu或Ala
<400> 88
Figure 105135350-A0202-12-0405-982
<210> 89
<211> 179
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 89
Figure 105135350-A0202-12-0405-983
Figure 105135350-A0202-12-0406-984
<210> 90
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 90
Figure 105135350-A0202-12-0406-985
<210> 91
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 91
Figure 105135350-A0202-12-0407-986
<210> 92
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 92
Figure 105135350-A0202-12-0407-987
<210> 93
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 93
Figure 105135350-A0202-12-0407-988
<210> 94
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 94
Figure 105135350-A0202-12-0407-989
<210> 95
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 95
Figure 105135350-A0202-12-0408-990
<210> 96
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 96
Figure 105135350-A0202-12-0408-991
<210> 97
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 97
Figure 105135350-A0202-12-0408-992
<210> 98
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR1
<400> 98
Figure 105135350-A0202-12-0408-993
<210> 99
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 99
Figure 105135350-A0202-12-0408-994
<210> 100
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 100
Figure 105135350-A0202-12-0409-995
<210> 101
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 101
Figure 105135350-A0202-12-0409-996
<210> 102
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 102
Figure 105135350-A0202-12-0409-997
<210> 103
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 103
Figure 105135350-A0202-12-0410-998
<210> 104
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 104
Figure 105135350-A0202-12-0410-999
<210> 105
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 105
Figure 105135350-A0202-12-0410-1000
<210> 106
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 106
Figure 105135350-A0202-12-0410-1001
<210> 107
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR2
<400> 107
Figure 105135350-A0202-12-0411-1002
<210> 108
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 108
Figure 105135350-A0202-12-0411-1003
<210> 109
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 109
Figure 105135350-A0202-12-0411-1004
<210> 110
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 110
Figure 105135350-A0202-12-0411-1005
<210> 111
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 111
Figure 105135350-A0202-12-0412-1006
<210> 112
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 112
Figure 105135350-A0202-12-0412-1007
<210> 113
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 113
Figure 105135350-A0202-12-0412-1008
<210> 114
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 114
Figure 105135350-A0202-12-0412-1009
<210> 115
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 115
Figure 105135350-A0202-12-0412-1010
Figure 105135350-A0202-12-0413-1011
<210> 116
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體HCDR3
<400> 116
Figure 105135350-A0202-12-0413-1012
<210> 117
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 117
Figure 105135350-A0202-12-0413-1013
<210> 118
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 118
Figure 105135350-A0202-12-0413-1014
<210> 119
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 119
Figure 105135350-A0202-12-0413-1015
<210> 120
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 120
Figure 105135350-A0202-12-0414-1016
<210> 121
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 121
Figure 105135350-A0202-12-0414-1017
<210> 122
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 122
Figure 105135350-A0202-12-0414-1018
<210> 123
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 123
Figure 105135350-A0202-12-0414-1019
<210> 124
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 124
Figure 105135350-A0202-12-0415-1020
<210> 125
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR1
<400> 125
Figure 105135350-A0202-12-0415-1021
<210> 126
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 126
Figure 105135350-A0202-12-0415-1022
<210> 127
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 127
Figure 105135350-A0202-12-0415-1023
<210> 128
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 128
Figure 105135350-A0202-12-0416-1024
<210> 129
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 129
Figure 105135350-A0202-12-0416-1025
<210> 130
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 130
Figure 105135350-A0202-12-0416-1026
<210> 131
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 131
Figure 105135350-A0202-12-0416-1027
<210> 132
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 132
Figure 105135350-A0202-12-0416-1028
<210> 133
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 133
Figure 105135350-A0202-12-0417-1029
<210> 134
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR2
<400> 134
Figure 105135350-A0202-12-0417-1030
<210> 135
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 135
Figure 105135350-A0202-12-0417-1031
<210> 136
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 136
Figure 105135350-A0202-12-0417-1032
<210> 137
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 137
Figure 105135350-A0202-12-0418-1033
<210> 138
<211> 280
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 138
Figure 105135350-A0202-12-0418-1034
Figure 105135350-A0202-12-0419-1035
<210> 139
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 139
Figure 105135350-A0202-12-0419-1036
<210> 140
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 140
Figure 105135350-A0202-12-0419-1037
<210> 141
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 141
Figure 105135350-A0202-12-0420-1038
<210> 142
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 142
Figure 105135350-A0202-12-0420-1039
<210> 143
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 143
Figure 105135350-A0202-12-0420-1040
<210> 144
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3抗體LCDR3
<400> 144
Figure 105135350-A0202-12-0420-1041
<210> 145
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H21
<400> 145
Figure 105135350-A0202-12-0421-1042
<210> 146
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H24
<400> 146
Figure 105135350-A0202-12-0421-1043
Figure 105135350-A0202-12-0422-1044
<210> 147
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H30
<400> 147
Figure 105135350-A0202-12-0422-1045
<210> 148
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H31
<400> 148
Figure 105135350-A0202-12-0423-1046
<210> 149
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H65
<400> 149
Figure 105135350-A0202-12-0423-1047
Figure 105135350-A0202-12-0424-1048
<210> 150
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H141
<400> 150
Figure 105135350-A0202-12-0424-1049
<210> 151
<211> 115
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H96
<400> 151
Figure 105135350-A0202-12-0425-1050
<210> 152
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H99
<400> 152
Figure 105135350-A0202-12-0425-1051
Figure 105135350-A0202-12-0426-1052
<210> 153
<211> 130
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H144
<400> 153
Figure 105135350-A0202-12-0426-1053
Figure 105135350-A0202-12-0427-1054
<210> 154
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H102
<400> 154
Figure 105135350-A0202-12-0427-1055
<210> 155
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PH9L1
<400> 155
Figure 105135350-A0202-12-0427-1056
Figure 105135350-A0202-12-0428-1057
<210> 156
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L33
<400> 156
Figure 105135350-A0202-12-0428-1058
<210> 157
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> PYYL6
<400> 157
Figure 105135350-A0202-12-0429-1059
<210> 158
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L12
<400> 158
Figure 105135350-A0202-12-0429-1060
Figure 105135350-A0202-12-0430-1061
<210> 159
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L61
<400> 159
Figure 105135350-A0202-12-0430-1062
<210> 160
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L62
<400> 160
Figure 105135350-A0202-12-0431-1063
<210> 161
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L52
<400> 161
Figure 105135350-A0202-12-0431-1064
Figure 105135350-A0202-12-0432-1065
<210> 162
<211> 105
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L67
<400> 162
Figure 105135350-A0202-12-0432-1066
<210> 163
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L64
<400> 163
Figure 105135350-A0202-12-0433-1067
<210> 164
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3HCDR1屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa係Asn、Ser、Gly或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa係Trp或Ala
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa係Ser或His
<400> 164
Figure 105135350-A0202-12-0433-1068
<210> 165
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3HCDR2屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa係Ala或Val
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa係Ser或Lys
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Gly或Tyr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa係Thr或Lys
<400> 165
Figure 105135350-A0202-12-0434-1069
<210> 166
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3 HCDR3屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa係Asp、Ser、Asn、Gly或Glu
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa係His、Pro、Glu、Thr或Leu
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa係Trp、Glu、Asn或缺失
<220>
<221> MISC+FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Asp、Pro、或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa係Pro、Tyr、Asp或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> Xaa係Asn、Ala、Asp、Gly或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa係Phe、Pro、Arg、Trp或Val
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa係Leu或Phe
<400> 166
Figure 105135350-A0202-12-0435-1070
<210> 167
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3 LCDR1屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa係Arg或Lys
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa係Ala或Ser
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa係Ser、Asn或Leu
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa係Ser、Ala、Asn或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa係Ser或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> Xaa係Ser或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (11)..(11)
<223> Xaa係Asn或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (12)..(12)
<223> Xaa係Asn或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (13)..(13)
<223> Xaa係Lys或缺失
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (14)..(14)
<223> Xaa係Ser、Asn或Asp
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (15)..(15)
<223> Xaa係Tyr或Thr
<400> 167
Figure 105135350-A0202-12-0436-1071
<210> 168
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3 LCDR2屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa係Gly、Asp、Trp或Thr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Ser、Asn或Thr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> Xaa係Ala或Glu
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (7)..(7)
<223> Xaa係Thr或Ser
<400> 168
Figure 105135350-A0202-12-0437-1072
<210> 169
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TIM-3 LCDR3屬
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (3)..(3)
<223> Xaa係Tyr、Gly或Ser
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (4)..(4)
<223> Xaa係Gly或Tyr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (5)..(5)
<223> Xaa係Ser,His或Thr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
<223> Xaa係Ser,Ala或Thr
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa係Leu,1le或Trp
<400> 169
Figure 105135350-A0202-12-0437-1073
<210> 170
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 170
Figure 105135350-A0202-12-0438-1074
<210> 171
<211> 95
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 171
Figure 105135350-A0202-12-0438-1075
<210> 172
<211> 124
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3H162
<400> 172
Figure 105135350-A0202-12-0439-1076
<210> 173
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3L85
<400> 173
Figure 105135350-A0202-12-0439-1077
Figure 105135350-A0202-12-0440-1078
<210> 174
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 174
Figure 105135350-A0202-12-0440-1079
<210> 175
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 175
Figure 105135350-A0202-12-0441-1080
<210> 176
<211> 99
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 176
Figure 105135350-A0202-12-0441-1081
<210> 177
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 177
Figure 105135350-A0202-12-0442-1082
<210> 178
<211> 100
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 178
Figure 105135350-A0202-12-0442-1083
Figure 105135350-A0202-12-0443-1084
<210> 179
<211> 98
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 179
Figure 105135350-A0202-12-0443-1085
<210> 180
<211> 96
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 180
Figure 105135350-A0202-12-0443-1086
Figure 105135350-A0202-12-0444-1087
<210> 181
<211> 96
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 181
Figure 105135350-A0202-12-0444-1088
<210> 182
<211> 96
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 182
Figure 105135350-A0202-12-0444-1089
Figure 105135350-A0202-12-0445-1090
<210> 183
<211> 95
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 183
Figure 105135350-A0202-12-0445-1091
<210> 184
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 結合gp120的mAb的VH
<400> 184
Figure 105135350-A0202-12-0445-1092
Figure 105135350-A0202-12-0446-1093
<210> 185
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 結合gp120的mAb的VL
<400> 185
Figure 105135350-A0202-12-0446-1094
Figure 105135350-A0202-12-0447-1095
<210> 186
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC1
<400> 186
Figure 105135350-A0202-12-0447-1096
Figure 105135350-A0202-12-0448-1097
Figure 105135350-A0202-12-0449-1098
<210> 187
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC1
<400> 187
Figure 105135350-A0202-12-0449-1099
Figure 105135350-A0202-12-0450-1100
Figure 105135350-A0202-12-0451-1101
<210> 188
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb LC1
<400> 188
Figure 105135350-A0202-12-0451-1102
Figure 105135350-A0202-12-0452-1103
<210> 189
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb LC1
<400> 189
Figure 105135350-A0202-12-0452-1104
Figure 105135350-A0202-12-0453-1105
<210> 190
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 190
Figure 105135350-A0202-12-0453-1106
Figure 105135350-A0202-12-0454-1107
Figure 105135350-A0202-12-0455-1108
<210> 191
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 191
Figure 105135350-A0202-12-0455-1109
Figure 105135350-A0202-12-0456-1110
Figure 105135350-A0202-12-0457-1111
<210> 192
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 192
Figure 105135350-A0202-12-0457-1112
Figure 105135350-A0202-12-0458-1113
Figure 105135350-A0202-12-0459-1114
<210> 193
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb LC2
<400> 193
Figure 105135350-A0202-12-0459-1115
Figure 105135350-A0202-12-0460-1116
<210> 194
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb LC2
<400> 194
Figure 105135350-A0202-12-0460-1117
Figure 105135350-A0202-12-0461-1118
<210> 195
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb LC2
<400> 195
Figure 105135350-A0202-12-0461-1119
Figure 105135350-A0202-12-0462-1120
<210> 196
<211> 369
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1H170
<400> 196
Figure 105135350-A0202-12-0462-1121
Figure 105135350-A0202-12-0463-1122
<210> 197
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1L148
<400> 197
Figure 105135350-A0202-12-0463-1123
<210> 198
<211> 351
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1H129
<400> 198
Figure 105135350-A0202-12-0463-1124
<210> 199
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1L62
<400> 199
Figure 105135350-A0202-12-0463-1125
Figure 105135350-A0202-12-0464-1126
<210> 200
<211> 360
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1H163
<400> 200
Figure 105135350-A0202-12-0464-1127
<210> 201
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1L185
<400> 201
Figure 105135350-A0202-12-0464-1128
<210> 202
<211> 360
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1H164
<400> 202
Figure 105135350-A0202-12-0465-1129
<210> 203
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PD1L86
<400> 203
Figure 105135350-A0202-12-0465-1130
<210> 204
<211> 351
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3H24
<400> 204
Figure 105135350-A0202-12-0465-1131
<210> 205
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3L33
<400> 205
Figure 105135350-A0202-12-0466-1132
<210> 206
<211> 372
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3H162
<400> 206
Figure 105135350-A0202-12-0466-1133
<210> 207
<211> 318
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3L85
<400> 207
Figure 105135350-A0202-12-0466-1134
Figure 105135350-A0202-12-0467-476
<210> 208
<211> 357
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3H21
<400> 208
Figure 105135350-A0202-12-0467-477
<210> 209
<211> 324
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之PH9L1
<400> 209
Figure 105135350-A0202-12-0467-478
<210> 210
<211> 351
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3H65
<400> 210
Figure 105135350-A0202-12-0467-480
Figure 105135350-A0202-12-0468-481
<210> 211
<211> 324
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA之TM3L12
<400> 211
Figure 105135350-A0202-12-0468-1229
<210> 212
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B114
<400> 212
Figure 105135350-A0202-12-0468-483
Figure 105135350-A0202-12-0469-485
Figure 105135350-A0202-12-0470-486
<210> 213
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B114
<400> 213
Figure 105135350-A0202-12-0470-487
Figure 105135350-A0202-12-0471-489
<210> 214
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B149
<400> 214
Figure 105135350-A0202-12-0471-490
Figure 105135350-A0202-12-0472-491
Figure 105135350-A0202-12-0473-492
<210> 215
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B149
<400> 215
Figure 105135350-A0202-12-0473-493
Figure 105135350-A0202-12-0474-494
<210> 216
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B160
<400> 216
Figure 105135350-A0202-12-0475-495
Figure 105135350-A0202-12-0476-497
<210> 217
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B160
<400> 217
Figure 105135350-A0202-12-0477-498
<210> 218
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B162
<400> 218
Figure 105135350-A0202-12-0478-499
Figure 105135350-A0202-12-0479-500
Figure 105135350-A0202-12-0480-501
<210> 219
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B162
<400> 219
Figure 105135350-A0202-12-0480-502
Figure 105135350-A0202-12-0481-503
<210> 220
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B164
<400> 220
Figure 105135350-A0202-12-0481-504
Figure 105135350-A0202-12-0482-505
Figure 105135350-A0202-12-0483-506
<210> 221
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B164
<400> 221
Figure 105135350-A0202-12-0483-507
Figure 105135350-A0202-12-0484-508
<210> 222
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B183
<400> 222
Figure 105135350-A0202-12-0484-509
Figure 105135350-A0202-12-0485-511
Figure 105135350-A0202-12-0486-512
<210> 223
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B183
<400> 223
Figure 105135350-A0202-12-0486-513
Figure 105135350-A0202-12-0487-515
<210> 224
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B184
<400> 224
Figure 105135350-A0202-12-0487-516
Figure 105135350-A0202-12-0488-517
Figure 105135350-A0202-12-0489-518
<210> 225
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B184
<400> 225
Figure 105135350-A0202-12-0489-519
Figure 105135350-A0202-12-0490-522
<210> 226
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B185
<400> 226
Figure 105135350-A0202-12-0490-523
Figure 105135350-A0202-12-0491-524
Figure 105135350-A0202-12-0492-525
<210> 227
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC之PD1B185
<400> 227
Figure 105135350-A0202-12-0492-526
Figure 105135350-A0202-12-0493-527
<210> 228
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC之PD1B192
<400> 228
Figure 105135350-A0202-12-0493-528
Figure 105135350-A0202-12-0494-529
Figure 105135350-A0202-12-0495-530
<210> 229
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC或PD1B192
<400> 229
Figure 105135350-A0202-12-0495-531
Figure 105135350-A0202-12-0496-532
<210> 230
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 吉舒達(Keytryda)VH
<400> 230
Figure 105135350-A0202-12-0497-533
<210> 231
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 吉舒達(Keytruda)VL
<400> 231
Figure 105135350-A0202-12-0497-534
Figure 105135350-A0202-12-0498-536
<210> 232
<211> 113
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 尼沃魯單抗(Nivolumab)VH
<400> 232
Figure 105135350-A0202-12-0498-537
<210> 233
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 尼沃魯單抗(Nivolumab)VL
<400> 233
Figure 105135350-A0202-12-0499-538
<210> 234
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 杜瓦盧單抗(Durvalumab)VH
<400> 234
Figure 105135350-A0202-12-0499-539
Figure 105135350-A0202-12-0500-540
<210> 235
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 杜瓦盧單抗(Durvalumab)VL
<400> 235
Figure 105135350-A0202-12-0500-541
<210> 236
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 阿特索單抗(Atezolizumab)VH
<400> 236
Figure 105135350-A0202-12-0500-542
Figure 105135350-A0202-12-0501-543
<210> 237
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 阿特索單抗(Atezolizumab)VL
<400> 237
Figure 105135350-A0202-12-0501-544
Figure 105135350-A0202-12-0502-547
<210> 238
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 阿貝單抗(Avelumab)VH
<400> 238
Figure 105135350-A0202-12-0502-548
<210> 239
<211> 110
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 阿貝單抗(Avelumab)VL
<400> 239
Figure 105135350-A0202-12-0502-549
Figure 105135350-A0202-12-0503-551
<210> 240
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> TM3B105重鏈
<400> 240
Figure 105135350-A0202-12-0503-552
Figure 105135350-A0202-12-0504-553
Figure 105135350-A0202-12-0505-554
<210> 241
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC1
<400> 241
Figure 105135350-A0202-12-0505-555
Figure 105135350-A0202-12-0506-557
Figure 105135350-A0202-12-0507-558
<210> 242
<211> 444
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC1
<400> 242
Figure 105135350-A0202-12-0507-559
Figure 105135350-A0202-12-0508-560
Figure 105135350-A0202-12-0509-561
<210> 243
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC1
<400> 243
Figure 105135350-A0202-12-0509-562
Figure 105135350-A0202-12-0510-563
Figure 105135350-A0202-12-0511-565
<210> 244
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 244
Figure 105135350-A0202-12-0511-566
Figure 105135350-A0202-12-0512-567
Figure 105135350-A0202-12-0513-570
<210> 245
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 245
Figure 105135350-A0202-12-0513-571
Figure 105135350-A0202-12-0514-572
Figure 105135350-A0202-12-0515-574
<210> 246
<211> 444
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 246
Figure 105135350-A0202-12-0515-575
Figure 105135350-A0202-12-0516-576
Figure 105135350-A0202-12-0517-579
<210> 247
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 247
Figure 105135350-A0202-12-0517-580
Figure 105135350-A0202-12-0518-583
Figure 105135350-A0202-12-0519-584
<210> 248
<211> 443
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 雙特異性mAb HC2
<400> 248
Figure 105135350-A0202-12-0519-585
Figure 105135350-A0202-12-0520-587
Figure 105135350-A0202-12-0521-588
<210> 249
<211> 455
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> EM1 mAb HC1
<400> 249
Figure 105135350-A0202-12-0521-589
Figure 105135350-A0202-12-0522-590
Figure 105135350-A0202-12-0523-593
<210> 250
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> EM1 mAb LC1
<400> 250
Figure 105135350-A0202-12-0523-594
Figure 105135350-A0202-12-0524-595
<210> 251
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> EM1 mAb HC2
<400> 251
Figure 105135350-A0202-12-0525-597
Figure 105135350-A0202-12-0526-599
<210> 252
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> EM1 mAb LC2
<400> 252
Figure 105135350-A0202-12-0527-600
<210> 253
<211> 1807
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB28 HC1 DNA
<400> 253
Figure 105135350-A0202-12-0528-601
Figure 105135350-A0202-12-0529-602
<210> 254
<211> 1105
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB28 LC1 DNA
<400> 254
Figure 105135350-A0202-12-0529-603
<210> 255
<211> 1789
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB28 HC2 DNA
<400> 255
Figure 105135350-A0202-12-0530-604
Figure 105135350-A0202-12-0531-606
<210> 256
<211> 1105
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB28 LC2 DNA
<400> 256
Figure 105135350-A0202-12-0531-607
<210> 257
<211> 1807
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB30 HC1 DNA
<400> 257
Figure 105135350-A0202-12-0532-608
Figure 105135350-A0202-12-0533-609
<210> 258
<211> 1105
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB30 LC1 DNA
<400> 258
Figure 105135350-A0202-12-0533-610
<210> 259
<211> 1789
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB30 HC2 DNA
<400> 259
Figure 105135350-A0202-12-0534-611
<210> 260
<211> 1105
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> PTBB30 LC2 DNA
<400> 260
Figure 105135350-A0202-12-0535-612
<210> 261
<211> 16
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 261
Figure 105135350-A0202-12-0535-613
<210> 262
<211> 7
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 262
Figure 105135350-A0202-12-0536-614
<210> 263
<211> 13
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 263
Figure 105135350-A0202-12-0536-615
<210> 264
<211> 306
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 264
Figure 105135350-A0202-12-0536-616
Figure 105135350-A0202-12-0537-619
<210> 265
<211> 254
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 265
Figure 105135350-A0202-12-0537-620
Figure 105135350-A0202-12-0538-621
<210> 266
<211> 202
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 266
Figure 105135350-A0202-12-0539-622
<210> 267
<211> 179
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 267
Figure 105135350-A0202-12-0540-623
<210> 268
<211> 284
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 268
Figure 105135350-A0202-12-0540-624
Figure 105135350-A0202-12-0541-625
Figure 105135350-A0202-12-0542-626
<210> 269
<211> 260
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 269
Figure 105135350-A0202-12-0542-627
Figure 105135350-A0202-12-0543-628
<210> 270
<211> 257
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 270
Figure 105135350-A0202-12-0543-629
Figure 105135350-A0202-12-0544-630
<210> 271
<211> 216
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 271
Figure 105135350-A0202-12-0544-631
Figure 105135350-A0202-12-0545-632
<210> 272
<211> 254
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 272
Figure 105135350-A0202-12-0545-633
Figure 105135350-A0202-12-0546-634
<210> 273
<211> 183
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 273
Figure 105135350-A0202-12-0546-635
Figure 105135350-A0202-12-0547-636
<210> 274
<211> 155
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 274
Figure 105135350-A0202-12-0547-637
Figure 105135350-A0202-12-0548-638
<210> 275
<211> 240
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 275
Figure 105135350-A0202-12-0548-639
Figure 105135350-A0202-12-0549-640
<210> 276
<211> 393
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 276
Figure 105135350-A0202-12-0549-641
Figure 105135350-A0202-12-0550-642
Figure 105135350-A0202-12-0551-643
<210> 277
<211> 240
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 277
Figure 105135350-A0202-12-0551-644
Figure 105135350-A0202-12-0552-645
<210> 278
<211> 199
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 278
Figure 105135350-A0202-12-0552-646
Figure 105135350-A0202-12-0553-647
<210> 279
<211> 277
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 279
Figure 105135350-A0202-12-0553-648
Figure 105135350-A0202-12-0554-649
<210> 280
<211> 260
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 280
Figure 105135350-A0202-12-0554-650
Figure 105135350-A0202-12-0555-651
<210> 281
<211> 255
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 281
Figure 105135350-A0202-12-0555-652
Figure 105135350-A0202-12-0556-653
<210> 282
<211> 216
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 282
Figure 105135350-A0202-12-0557-654
Figure 105135350-A0202-12-0558-655
<210> 283
<211> 194
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 283
Figure 105135350-A0202-12-0558-656
<210> 284
<211> 318
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 284
Figure 105135350-A0202-12-0559-657
Figure 105135350-A0202-12-0560-658
<210> 285
<211> 360
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 285
Figure 105135350-A0202-12-0560-659
Figure 105135350-A0202-12-0561-660
Figure 105135350-A0202-12-0562-661
<210> 286
<211> 279
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 286
Figure 105135350-A0202-12-0562-662
Figure 105135350-A0202-12-0563-663
<210> 287
<211> 432
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 287
Figure 105135350-A0202-12-0563-664
Figure 105135350-A0202-12-0564-665
Figure 105135350-A0202-12-0565-666
<210> 288
<211> 506
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 288
Figure 105135350-A0202-12-0565-667
Figure 105135350-A0202-12-0566-668
Figure 105135350-A0202-12-0567-669
<210> 289
<211> 258
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 289
Figure 105135350-A0202-12-0567-673
Figure 105135350-A0202-12-0568-674
<210> 290
<211> 245
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 290
Figure 105135350-A0202-12-0568-675
Figure 105135350-A0202-12-0569-676
<210> 291
<211> 392
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 291
Figure 105135350-A0202-12-0569-677
Figure 105135350-A0202-12-0570-1230
Figure 105135350-A0202-12-0571-679
<210> 292
<211> 188
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 292
Figure 105135350-A0202-12-0571-680
Figure 105135350-A0202-12-0572-682
<210> 293
<211> 497
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 293
Figure 105135350-A0202-12-0572-683
Figure 105135350-A0202-12-0573-684
Figure 105135350-A0202-12-0574-685
<210> 294
<211> 259
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 294
Figure 105135350-A0202-12-0574-686
Figure 105135350-A0202-12-0575-687
<210> 295
<211> 133
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 295
Figure 105135350-A0202-12-0576-688
<210> 296
<211> 492
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 296
Figure 105135350-A0202-12-0576-689
Figure 105135350-A0202-12-0577-690
Figure 105135350-A0202-12-0578-691
<210> 297
<211> 266
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 297
Figure 105135350-A0202-12-0578-692
Figure 105135350-A0202-12-0579-695
Figure 105135350-A0202-12-0580-696
<210> 298
<211> 390
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 298
Figure 105135350-A0202-12-0580-697
Figure 105135350-A0202-12-0581-698
<210> 299
<211> 160
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 299
Figure 105135350-A0202-12-0581-699
Figure 105135350-A0202-12-0582-700
<210> 300
<211> 564
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 300
Figure 105135350-A0202-12-0582-701
Figure 105135350-A0202-12-0583-702
Figure 105135350-A0202-12-0584-703
<210> 301
<211> 223
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 301
Figure 105135350-A0202-12-0585-704
Figure 105135350-A0202-12-0586-705
<210> 302
<211> 233
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 302
Figure 105135350-A0202-12-0586-706
Figure 105135350-A0202-12-0587-709
<210> 303
<211> 507
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 303
Figure 105135350-A0202-12-0587-710
Figure 105135350-A0202-12-0588-711
Figure 105135350-A0202-12-0589-713
<210> 304
<211> 305
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 304
Figure 105135350-A0202-12-0589-714
Figure 105135350-A0202-12-0590-715
<210> 305
<211> 474
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 305
Figure 105135350-A0202-12-0590-716
Figure 105135350-A0202-12-0591-717
Figure 105135350-A0202-12-0592-718
<210> 306
<211> 349
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 306
Figure 105135350-A0202-12-0593-719
Figure 105135350-A0202-12-0594-721
<210> 307
<211> 651
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 307
Figure 105135350-A0202-12-0594-722
Figure 105135350-A0202-12-0595-723
Figure 105135350-A0202-12-0596-724
Figure 105135350-A0202-12-0597-725
<210> 308
<211> 355
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 308
Figure 105135350-A0202-12-0597-726
Figure 105135350-A0202-12-0598-727
<210> 309
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> OX40抗體VH
<400> 309
Figure 105135350-A0202-12-0599-728
<210> 310
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> OX40抗體VL
<400> 310
Figure 105135350-A0202-12-0599-729
Figure 105135350-A0202-12-0600-730
<210> 311
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> OX40抗體VH
<400> 311
Figure 105135350-A0202-12-0600-731
<210> 312
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> OX40抗體VL
<400> 312
Figure 105135350-A0202-12-0601-732

Claims (22)

  1. 一種特異性結合PD-1的經單離之拮抗性抗體或其抗原結合部分，其包含分別為SEQ ID NOs：10、14、17、23、26及32的重鏈互補決定區1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、輕鏈互補決定區1(LCDR1)、LCDR2及LCDR3。
  2. 如請求項1所述之抗體或其抗原結合部分，其中該抗體具有下列性質中的一種、二種、三種、四種或五種：a)以劑量依賴性方式增強抗原特異性CD4+或CD8+ T細胞的活化，其中該活化係使用如實例1中所述之巨細胞病毒抗原召回測定(cytomegalovirus antigen recall assay)(CMV測定)來測量；b)以小於約100nM的平衡解離常數(KD)結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25℃測量；c)以小於約1nM的該KD結合人類PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25℃測量；d)以小於約100nM的該KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴(cynomolgus)PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25℃測量；或e)以小於約1nM的該KD結合SEQ ID NO：3之食蟹獼猴PD-1，其中該KD係使用ProteOn XPR36系統在+25℃測量。
  3. 如請求項1或2所述之抗體或其抗原結合部分，其包含SEQ ID NO：48的重鏈可變區(VH)及SEQ ID NO：56的輕鏈可變區(VL)。
  4. 如請求項1或2所述之抗體或其抗原結合部分，其中該抗體係人類的或人化的。
  5. 如請求項1或2所述之抗體或其抗原結合部分，其包含SEQ ID NO：72的重鏈(HC)及SEQ ID NO：73的輕鏈(LC)。
  6. 如請求項1或2所述之抗體或其抗原結合部分，其中該抗體係雙特異性抗體，其可選地結合PD-L1(SEQ ID NO：5)、PD-L2(SEQ ID NO：8)、LAG-3(SEQ ID NO：293)、TIM-3(SEQ ID NO：138)、CEACAM-1(SEQ ID NO：296)、CEACAM-5(SEQ ID NO：307)、OX-40(SEQ ID NO：279)、GITR(SEQ ID NO：271)、CD27(SEQ ID NO：280)、VISTA(SEQ ID NO：286)、CD137(SEQ ID NO：281)、TIGIT(SEQ ID NO：301)或CTLA-4(SEQ ID NO：292)。
  7. 一種醫藥組成物，其包含如請求項1至6中任一項所述之抗體或其抗原結合部分以及醫藥上可接受的載劑。
  8. 一種聚核苷酸，其a)編碼SEQ ID NO：48之VH及SEQ ID NO：56之VL；或b)包含SEQ ID NOs：196及197之聚核苷酸序列。
  9. 一種載體，其包含如請求項8所述之聚核苷酸。
  10. 一種宿主細胞，其包含如請求項9所述之載體。
  11. 一種生產特異性結合PD-1的拮抗性抗體或其抗原結合部分之方法，其包含在表現該抗體或其抗原結合部分的條件下培養如請求項10所述之宿主細胞，並回收由該宿主細胞生產的抗體或其抗原結合部分。
  12. 一種如請求項1至6中任一項所述之單離抗體或其抗原結合部分或如請求項7所述之醫藥組成物之用途，其用於製造在個體中治療癌症之藥物。
  13. 如請求項12所述之用途，其中該癌症係實體腫瘤或血液惡性疾病。
  14. 如請求項13所述之用途，其中該實體腫瘤係黑色素瘤、肺癌、鱗狀非小細胞肺癌(NSCLC)、非鱗狀NSCLC、結腸直腸癌、前列腺癌、閹割抗性前列腺癌、胃癌(stomach cancer)、卵巢癌、胃部癌(gastric cancer)、肝癌、胰腺癌、甲狀腺癌、頭頸部鱗狀細胞癌、食道或胃腸道癌、乳癌、輸卵管癌、腦癌、尿道癌、泌尿生殖器癌、子宮內膜異位症、子宮頸癌或癌症的轉移病灶(metastatic lesion)。
  15. 如請求項13所述之用途，其中該血液惡性疾病係淋巴瘤、骨髓瘤或白血病。
  16. 一種如請求項1至6中任一項所述之抗體或其抗原結合部分或如請求項7所述之醫藥組成物之用途，其用於製造在個體中增強免疫反應之藥物。
  17. 如請求項16所述之用途，其中該個體具有癌症或病毒感染。
  18. 如請求項12至17中任一項所述之用途，其中該抗體或其抗原結合部分係與第二治療劑組合投予。
  19. 如請求項12至17中任一項所述之用途，其中該第二治療劑係a)用於治療該實體腫瘤或該血液惡性疾病的標準照護藥物，其中該標準照護藥物為安美達錠(anastrozole)、可蘇多錠(bicalutamide)、博來黴素硫酸鹽(bleomycin sulfate)、白消安(busulfan)、白消安注射劑、卡培他濱(capecitabine)、N4-戊氧羰基-5-去氧-5-氟胞苷、卡鉑、卡 莫司汀(carmustine)、氯芥苯丁酸(chlorambucil)、順鉑(cisplatin)、克拉屈濱(cladribine)、環磷醯胺、阿糖胞苷(cytarabine)、胞嘧啶阿拉伯醣(cytosine arabinoside)、阿糖胞苷脂質體注射劑、達卡巴仁(dacarbazine)、放線菌素(dactinomycin)、道諾黴素鹽酸鹽(daunorubicin hydrochloride)、道諾黴素檸檬酸鹽(daunorubicin citrate)脂質體注射劑、地塞米松、歐洲紫杉醇(docetaxel)、阿黴素鹽酸鹽(doxorubicin hydrochloride)、依託泊苷(etoposide)、氟達拉濱磷酸鹽(fludarabine phosphate)、5-氟尿嘧啶、氟他胺(flutamide)、替扎西班(tezacitibine)、吉西他濱(Gemcitabine)(二氟去氧胞苷)、羥脲、艾達黴素(Idarubicin)、依弗醯胺(ifosfamide)、愛萊諾迪肯(irinotecan)、L-天門冬醯胺酶、留可佛林鈣(leucovorin calcium)、黴法蘭(melphalan)、6-巰嘌呤、胺甲喋呤、米托蒽醌(mitoxantrone)、紫杉醇(paclitaxel)、鳳凰(phoenix)、噴司他丁(pentostatin)、聚苯丙生(polifeprosan)20與卡莫司汀植入物(carmustine implant)、它莫西芬檸檬酸鹽(tamoxifen citrate)、替尼泊苷(teniposide)、6-硫鳥嘌呤、噻替哌(thiotepa)、替拉扎明(tirapazamine)、注射用拓撲替康鹽酸鹽(topotecan hydrochloride)、長春鹼(vinblastine)、長春新生物鹼(vincristin)、長春瑞濱(vinorelbine)、依鲁替尼(Ibrutinib)、艾德斯布(idelalisib)、或布吐西單抗維多汀(brentuximab vedotin)；b)CD86(SEQ ID NO：264)、CD80(SEQ ID NO：265)、CD28(SEQ ID NO：266)、ICOS(SEQ ID NO：267)、ICOS配體(SEQ ID NO：268)、TMIGD2(SEQ ID NO：269)、CD40(SEQ ID NO：270)、GITR(SEQ ID NO：271)、4-1BB配體(SEQ ID NO：272)、OX40配體(SEQ ID NO：273)、CD70(SEQ ID NO：274)、CD40L(SEQ ID NO：275)、TNFRSF25(SEQ ID NO：264)、LIGHT(SEQ ID NO：277)、GITR配體(SEQ ID NO：278)、OX-40(SEQ ID NO：279)、CD27(SEQ ID NO：280)、CD137(SEQ ID NO：281)、NKG2D(SEQ ID NO：282)、CD48(SEQ ID NO：283)、CD226(SEQ ID NO：284)、或MICA(SEQ ID NO：285)的促效劑；c)PD-1(SEQ ID NO：1)、PD-L1(SEQ ID NO：5)、PD-L2(SEQ ID NO：8)、VISTA(SEQ ID NO：286)、BTNL2(SEQ ID NO：287)、B7-H3(SEQ ID NO：288)、B7-H4(SEQ ID NO：289)、HVEM(SEQ ID NO：290)、HHLA2(SEQ ID NO：291)、CTLA-4(SEQ ID NO：292)、LAG-3(SEQ ID NO：293)、TIM-3(SEQ ID NO：138)、BTLA(SEQ ID NO：294)、CD160(SEQ ID NO：295)、CEACAM-1(SEQ ID NO：296)、LAIR1(SEQ ID NO：297)、TGFβ(SEQ ID NO：298)、IL-10(SEQ ID NO：299)、CD96(SEQ ID NO：300)、TIGIT(SEQ ID NO：301)、NKG2A(SEQ ID NO：302)、CD112(SEQ ID NO：303)、CD47(SEQ ID NO：304)、SIRPA(SEQ ID NO：305)或CD244(SEQ ID NO：306)的抑制劑；d)特異性結合TIM-3的拮抗性抗體；e)特異性結合TIM-3的拮抗性抗體，其包含下列之VH及VL：i)分別為SEQ ID NOs：145及155；ii)分別為SEQ ID NOs：146及156； iii)分別為SEQ ID NOs：148及157；iv)分別為SEQ ID NOs：147及155；v)分別為SEQ ID NOs：149及158；vi)分別為SEQ ID NOs：150及159；vii)分別為SEQ ID NOs：151及160；viii)分別為SEQ ID NOs：152及161；ix)分別為SEQ ID NOs：153及162；x)分別為SEQ ID NOs：154及163；或xi)分別為SEQ ID NOs：172及173；f)纖維母細胞生長因子受體(FGFR)抑制劑；g)疫苗；h)特異性結合GITR的促效性抗體；i)特異性結合OX40的促效性抗體；j)特異性結合OX40的促效性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：309及310的VH及VL；k)特異性結合OX40的促效性抗體，其包含分別為SEQ ID NOs：311及312的VH及VL；l)特異性結合CD137的促效性抗體；m)放射療法；或n)手術。
  20. 如請求項19所述之用途，其中該第二治療劑係吉西他濱(gemcitabine)。
  21. 如請求項12至17中任一項所述之用途，其中該抗體或其抗原結合部分與該第二治療劑係同時、依序或分開投予。
  22. 一種套組，其包含如請求項1至6中任一項所述之抗體。
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