程式化死亡配體1(分化簇274、CD274或PD-L1)係表現在免疫細胞及一些腫瘤細胞上之第I型跨膜抑制性受體配體。配體與PD-1受體之交互作用抑制T細胞活化及後續細胞介素產生。在腫瘤細胞中的表現藉由抑制細胞毒性T細胞活化來提供逃避腫瘤反應之能力。雖然腫瘤的PD-L1已被廣泛用於識別最有可能對療法有反應之患者,最近證據表明,由免疫細胞特別是抗原呈現樹突細胞(APC或表現CD11c之DC)表現之PD-L1比起由腫瘤細胞表現之PD-L1係預測臨床反應之較佳生物標記。此外,大部分與PD-L1及PD-1相關之研究聚焦於抑制免疫系統之外在作用,但近來顯示PD-L1之腫瘤內因性作用涉及某些癌症類型(Wu, Y et al,
Front. Immunol.10:2022, 2019, Hudson, K et al,
Front. Immunol.11:568931, 2020)。由APC表現之胞內PD-L1顯示在調節DC自腫瘤移動至腫瘤引流淋巴結的作用。無法靜默DC上之胞內PD-L1可損害腫瘤中之抗原呈現機轉且促進對免疫療法之抗性。單株抗體(mAb)主要係設計來靶向胞外/膜PD-L1,且不太可能接觸胞內版本之PD-L1。在不希望受到理論束縛下,與GalNAc或脂質部份接合之PD-L1 RNAi寡核苷酸用於療法具有抑制胞外及胞內兩種PD-L1之能力且有效減少PD-L1表現。因此,具有膜或胞外PD-L1之細胞可由mAb靶向,但具有胞內及胞外PD-L1之細胞需要包括用於抑制PD-L1之本文所述之PD-L1 RNAi寡核苷酸之療法。
根據一些態樣,本揭露提供減少腫瘤微環境中之
CD274表現的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸係設計來治療與腫瘤中之
CD274表現相關的疾病。在一些態樣中,本揭露提供藉由減少特定細胞(例如腫瘤細胞)或器官中之
CD274表現來治療與整體
CD274表現相關之疾病之方法。
CD274 表現之寡核苷酸抑制劑 CD274 目標序列 在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)靶向包含
CD274mRNA之目標序列。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸靶向在
CD274mRNA序列內之目標序列。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸對應於在
CD274mRNA序列內之目標序列。在一些實施態樣中,寡核苷酸或其部分、片段或股(例如雙股(ds)RNAi寡核苷酸之反義股或引導股)與包含
CD274mRNA之目標序列結合或黏合,藉此抑制
CD274表現。
在一些實施態樣中,寡核苷酸靶向
CD274目標序列以達抑制活體內
CD274表現之目的。在一些實施態樣中,由靶向
CD274目標序列之寡核苷酸所抑制之
CD274表現的量或程度與寡核苷酸之效力有關。在一些實施態樣中,由靶向
CD274目標序列之寡核苷酸所抑制之
CD274表現的量或程度與經寡核苷酸治療之患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體或患者中的治療效益的量或程度有關。
透過檢查編碼
CD274之mRNA的核苷酸序列,包括多個不同物種(例如人類、食蟹獼猴及小鼠;參見例如實例7)之mRNA,且如活體外及活體內測試之結果(參見例如實例2至7),發現CD274 mRNA之某些核苷酸序列比起其他更易於基於寡核苷酸之抑制且因此可用來作為本文中之寡核苷酸之目標序列。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之正義股包含
CD274目標序列。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之正義股的部分或區包含
CD274目標序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 2所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 4所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 5所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 6所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 7所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 9所示之序列。在一些實施態樣中,
CD274目標序列包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 20所示之序列。
靶向 CD274 之序列 在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)具有與
CD274mRNA之互補區(例如在
CD274mRNA之目標序列內)以達靶向細胞中之
CD274mRNA及抑制及/或減少
CD274表現之目的。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含靶向
CD274之序列(例如RNAi寡核苷酸之反義股或引導股),其具有藉由互補(Watson-Crick)鹼基配對與
CD274目標序列結合或黏合之互補區。靶向序列或互補區通常具有合適長度及鹼基含量,以使寡核苷酸(或其股)得以與
CD274mRNA結合或黏合,以達抑制及/或減少
CD274表現之目的。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係至少約12、至少約13、至少約14、至少約15、至少約16、至少約17、至少約18、至少約19、至少約20、至少約21、至少約22、至少約23、至少約24、至少約25、至少約26、至少約27、至少約28、至少約29或至少約30個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係約12至約30(例如12至30、12至22、15至25、17至21、18至27、19至27或15至30)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係18個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係20個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係21個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係22個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係23個核苷酸長度。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區係24個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係18個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1037之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係20個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1037之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係21個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1037之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係22個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1037之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係23個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含目標序列或與SEQ ID NO: 1037之序列互補之互補區,且靶向序列或互補區係24個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與
CD274目標序列完全互補之靶向序列或互補區(例如雙股寡核苷酸之反義股或引導股)。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區與
CD274目標序列部分互補。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與
CD274目標序列完全互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與
CD274目標序列部分互補之靶向序列或互補區。
在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列完全互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與如SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20所示之序列完全互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列部分互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與如SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20所示之序列部分互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與如SEQ ID NO: 2所示之序列部分互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與如SEQ ID NO: 5所示之序列部分互補之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與如SEQ ID NO: 9所示之序列部分互補之靶向序列或互補區。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與在
CD274mRNA內之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係約12至約30個核苷酸長度(例如12至30、12至28、12至26、12至24、12至20、12至18、12至16、14至22、16至20、18至20或18至19個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與在
CD274mRNA內之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與在
CD274mRNA內之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與在
CD274mRNA內之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係20個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,可選地其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 2之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,可選地其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 5之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,可選地其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 9之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,可選地其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 2之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 5之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 9之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1037之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中核苷酸的連續序列係20個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含具有與對應
CD274目標序列一或多個鹼基對(bp)錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列至多約1個、至多約2個、至多約3個、至多約4個、至多約5個等錯配,惟靶向序列或互補區在適當雜交條件下與
CD274mRNA結合或黏合的能力及/或寡核苷酸抑制
CD274表現的能力仍維持。替代地,靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列不超過1個、不超過2個、不超過3個、不超過4個、不超過5個錯配,惟靶向序列或互補區在適當雜交條件下與
CD274mRNA結合或黏合的能力及/或寡核苷酸抑制
CD274表現的能力仍維持。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列1個錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列2個錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列3個錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列4個錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列5個錯配之靶向序列或互補區。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列超過一個錯配(例如2、3、4、5個或更多個錯配)之靶向序列或互補區,其中至少2個(例如所有)錯配係連續定位(例如連續2、3、4、5個或更多個錯配),或其中錯配係穿插在整個靶向序列或互補區中。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含具有與對應目標序列超過一個錯配(例如2、3、4、5個或更多個錯配)之靶向序列或互補區,其中至少2個(例如所有)錯配係連續定位(例如連續2、3、4、5個或更多個錯配),或其中至少一或多個非錯配鹼基對位在錯配之間,或其組合。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列至多約1個、至多約2個、至多約3個、至多約4個、至多約5個等錯配。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列不超過1個、不超過2個、不超過3個、不超過4個或不超過5個錯配。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列至多約1個、至多約2個、至多約3個、至多約4個、至多約5個等錯配。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中靶向序列或互補區可具有與對應
CD274目標序列不超過1個、不超過2個、不超過3個、不超過4個或不超過5個錯配。
寡核苷酸之類型 多種寡核苷酸類型及/或結構可在本文中之方法用於靶向
CD274,包括但不限於RNAi寡核苷酸、反義寡核苷酸(ASO)、miRNA等。本文或他處所述之任何寡核苷酸類型均考慮用作為架構以併入本文中之
CD274靶向序列以達抑制
CD274表現之目的。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸藉由參與切丁酶涉入之上游或下游的RNA干擾(RNAi)途徑來抑制
CD274表現。例如,發展出其中各股具有約19至25個核苷酸之大小且具有至少一個1至5個核苷酸之3′懸垂之RNAi寡核苷酸(參見例如美國專利第8,372,968號)。亦發展出藉由切丁酶處理以產生活性RNAi產物之較長寡核苷酸(參見例如美國專利第8,883,996號)。進一步工作產生延伸之dsRNA,其中至少一股之至少一端延伸超出雙鏈體靶向區,包括其中一股包括熱力學穩定之四環結構的結構(參見例如美國專利第8,513,207號及第8,927,705號,以及國際專利申請公開案WO 2010/033225)。此類結構可包括單股(ss)延伸(在分子之一側或兩側上)以及雙股(ds)延伸。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸參與切丁酶涉入(例如切丁酶切割)之下游的RNAi途徑。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸係切丁酶受質。在一些實施態樣中,在內源性切丁酶處理後,產生能夠減少
CD274表現之19至23個核苷酸長度之雙股核酸。在一些實施態樣中,寡核苷酸在反義股之3′端具有懸垂(例如1、2、或3個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,寡核苷酸(例如siRNA)包含與目標RNA反義之21個核苷酸引導股及互補隨從股,其中雙股黏合以形成19-bp雙鏈體及在任一或兩個3′端之2個核苷酸懸垂。較長寡核苷酸設計亦為可用,其包括具有23個核苷酸之引導股及21個核苷酸之隨從股的寡核苷酸,其中在分子的右側(隨從股之3′端/引導股之5′端)存在鈍端且在分子的左側(隨從股之5′端/引導股之3′端)存在二個核苷酸之3′-引導股懸垂。在此類分子中,存在21 bp雙鏈體區。參見例如美國專利第9,012,138號;第9,012,621號及第9,193,753號。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,兩者均在約17至36(例如17至36、20至25或21至23)個核苷酸長度範圍內。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含19至30個核苷酸長度之反義股及19至50個核苷酸長度之正義股,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,兩者均在約19至22個核苷酸長度範圍內。在一些實施態樣中,正義股及反義股具有相等長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含正義股及反義股,以使得在正義股或反義股之任一者上或在正義股及反義股之兩者上存在3′-懸垂。在一些實施態樣中,對於具有皆在約21至23個核苷酸長度範圍內之正義股及反義股的寡核苷酸而言,在正義股、反義股或正義股及反義股兩者之3′懸垂係1或2個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸具有22個核苷酸之引導股及20個核苷酸之隨從股的寡核苷酸,其中在分子的右側(隨從股之3′端/引導股之5′端)存在鈍端且在分子的左側(隨從股之5′端/引導股之3′端)存在2個核苷酸之3′-引導股懸垂。在此類分子中,存在20 bp雙鏈體區。
用於本文中之組成物及方法的其他寡核苷酸設計包括:16聚體siRNA(參見例如Nucleic Acids in Chemistry and Biology
,Blackburn(ed.), ROYAL SOCIETY OF CHEMISTRY, 2006)、shRNA(例如具有19 bp或較短莖;參見例如Moore
et al.(2010)Methods Mol. Biol
.629:141-158)、鈍端siRNA(例如具有19 bps長度;參見例如Kraynack & Baker(2006)RNA 12:163-176)、不對稱siRNA(aiRNA;參見例如Sun
et al.(2008)Nat. Biotechnol
.26:1379-82)、不對稱較短雙鏈體siRNA(參見例如Chang
et al.(2009)Mol. Ther
.17:725-32)、分叉siRNA(參見例如Hohjoh(2004)FEBS Lett
.557:193-98)、ss siRNA(Elsner (2012)Nat. Biotechnol
.30:1063)、啞鈴形環狀siRNA(參見例如Abe
et al.(2007)J. Am. Chem. Soc
.129:15108-09)及小內部分段干擾RNA(siRNA;參見例如Bramsen
et al.(2007)Nucleic Acids Res
.35:5886-97)。可在一些實施態樣中使用以減少或抑制
CD274之表現的寡核苷酸結構之進一步非限制性實例係微小RNA(miRNA)、短髮夾RNA(shRNA)及短siRNA(參見例如Hamilton
et al.(2002)EMBO J
.21:4671-79;亦參見美國專利申請公開案2009/ 0099115)。
又在一些實施態樣中,本文中之用於減少或抑制
CD274表現之寡核苷酸係單股(ss)。此類結構可包括但不限於單股RNAi分子。最近的努力顯示ss RNAi分子之活性(參見例如Matsui
et al.(2016)Mol. Ther. 24:946-55)。然而,在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸係反義寡核苷酸(ASO)。反義寡核苷酸係具有核鹼基序列之單股寡核苷酸,當以5′至3′方向書寫時,該序列包含特定核酸之標靶區段的反向互補序列,且經合適修飾(例如作為間隙子)以在細胞中誘導其目標RNA之RNA酶H介導之切割,或(例如作為混合體)以在細胞中抑制目標mRNA之轉譯。用於本文中之ASO可以所屬技術領域中已知之任何合適方式修飾,包括例如美國專利第9,567,587號所示(包括例如長度、核鹼基(嘧啶、嘌呤)之糖部份及核鹼基之雜環部分之改變)。另外,已使用ASO達數十年以減少特定目標基因之表現(參見例如Bennett
et al.(2017)Annu. Rev. Pharmacol. 57:81-105)。
在一些實施態樣中,反義寡核苷酸與
CD274mRNA共享互補區。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸靶向經識別為NM_014143.4之人類
CD274基因的多個區域。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸靶向經識別為XM_005581779.2之食蟹獼猴
CD274基因的多個區域。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸靶向經識別為NM_021893.3之小鼠
CD274基因的多個區域。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係15至50個核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係15至25個核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係22個核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者互補。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係至少15個連續核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係至少19個連續核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸係至少20個連續核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義寡核苷酸與目標序列有1、2或3個核苷酸不同。
雙股寡核苷酸 在一些態樣中,本揭露提供用於靶向
CD274mRNA且抑制
CD274表現(例如經由RNAi途徑)之雙股(ds)RNAi寡核苷酸,其包含正義股(在本文中亦稱為隨從股)及反義股(在本文中亦稱為引導股)。在一些實施態樣中,正義股及反義股係分開的股且無共價連接。在一些實施態樣中,正義股及反義股係共價連接。在一些實施態樣中,正義股及反義股形成雙鏈體區,其中正義股及反義股或其一部分以互補方式(例如藉由Watson-Crick鹼基配對)彼此結合。
在一些實施態樣中,正義股具有第一區(R1)及第二區(R2),其中R2包含第一子區(S1)、四環或三環(L)及第二子區(S2),其中L位於S1與S2之間,且其中S1及S2形式第二雙鏈體(D2)。D2可具有多種長度。在一些實施態樣中,D2係約1至6 bp長度。在一些實施態樣中,D2係2至6、3至6、4至6、5至6、1至5、2至5、3至5或4至5 bp長度。在一些實施態樣中,D2係1、2、3、4、5或6 bp長度。在一些實施態樣中,D2係6 bp長度。
在一些實施態樣中,正義股之R1及反義股形成第一雙鏈體(D1)。在一些實施態樣中,D1係至少約15(例如至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20或至少21)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,D1係在約12至30個核苷酸長度範圍內(例如12至30、12至27、15至22、18至22、18至25、18至27、18至30或21至30個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,D1係至少12個核苷酸長度(例如至少12、至少15、至少20、至少25或至少30個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,D1係12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸長度。在一些實施態樣中,D1係20個核苷酸長度。在一些實施態樣中,包含正義股及反義股之D1不橫跨正義股及/或反義股的全長。在一些實施態樣中,包含正義股及反義股之D1橫跨正義股或反義股或兩者的全長。在某些實施態樣中,包含正義股及反義股之D1橫跨正義股及反義股兩者的全長。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 242-243及245-482之互補序列。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 2之序列,該反義股包含SEQ ID NO: 245之互補序列。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 5之序列,該反義股包含SEQ ID NO: 246之互補序列。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 9之序列,該反義股包含SEQ ID NO: 250之互補序列。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 483-484及486-723中任一者之序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 724-725及727-964之互補序列。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743。
在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 484之序列且反義股包含SEQ ID NO: 725之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 486之序列且反義股包含SEQ ID NO: 727之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 487之序列且反義股包含SEQ ID NO: 728之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 488之序列且反義股包含SEQ ID NO: 729之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 489之序列且反義股包含SEQ ID NO: 730之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 491之序列且反義股包含SEQ ID NO: 732之序列。在一些實施態樣中,正義股包含SEQ ID NO: 502之序列且反義股包含SEQ ID NO: 743之序列。
應理解的是,在一些實施態樣中,在描述寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或其他核酸之結構時,可參考序列表中呈現之序列。在此類實施態樣中,當與指明序列比較時,實際寡核苷酸或其他核酸可具有一或多個替代核苷酸(例如DNA核苷酸之RNA對應體或RNA核苷酸之DNA對應體)及/或一或多個修飾之核苷酸及/或一或多個修飾之核苷酸間連結及/或一或多個其他修飾,同時保留和指明序列基本上相同或類似之互補性質。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含25個核苷酸之正義股及27個核苷酸之反義股,當受到切丁酶之作用時導致反義股併入成熟RISC中。在一些實施態樣中,25個核苷酸之正義股包含選自SEQ ID NO: 1-2及4-241之序列。在一些實施態樣中,27個核苷酸之反義股包含選自SEQ ID NO: 242-243及245-482之序列。在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股比27個核苷酸長(例如28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸)。在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股比25個核苷酸長(例如26、27、28、29或30個核苷酸)。在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股包含選自SEQ ID NO: 483-484及486-723之核苷酸序列,其中核苷酸序列比27個核苷酸長(例如28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸)。在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股包含選自SEQ ID NO: 483-484及486-723之核苷酸序列,其中核苷酸序列比25個核苷酸長(例如26、27、28、29或30個核苷酸)。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)具有一個當與另一個5′端比較時較不熱力學穩定的5′端。在一些實施態樣中,提供不對稱的寡核苷酸,其包括在正義股之3′端之鈍端及在反義股之3′端之3′-懸垂。在一些實施態樣中,在反義股上的3′-懸垂係約1至8個核苷酸長度(例如1、2、3、4、5、6、7或8個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,寡核苷酸在反義(引導)股之3′端上具有包含二(2)個核苷酸之懸垂。然而,其他懸垂係可能的。在一些實施態樣中,懸垂係3′-懸垂,其包含介於1與6個核苷酸之間的長度,可選地1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6個核苷酸或1、2、3、4、5或6個核苷酸。然而,在一些實施態樣中,懸垂係5′-懸垂,其包含介於1與6個核苷酸之間的長度,可選地1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6個核苷酸或1、2、3、4、5或6個核苷酸。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區及5′-懸垂,該懸垂包含介於1與6個核苷酸之間的長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含正義股,其包含選自SEQ ID NO: 483-484及486-723之核苷酸序列,其中寡核苷酸包含5′-懸垂,其包含介於1與6個核苷酸之間的長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,其包含選自SEQ ID NO: 724-725及727-964之核苷酸序列,其中寡核苷酸包含5′-懸垂,其包含介於1與6個核苷酸之間的長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含選自SEQ ID NO: 483-484及486-723之核苷酸序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 724-725及727-964之核苷酸序列,其中寡核苷酸包含5′-懸垂,其包含介於1與6個核苷酸之間的長度。
在一些實施態樣中,在反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,在反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸與目標mRNA(例如
CD274mRNA)互補。在一些實施態樣中,在反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸不與目標mRNA互補。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸不成對。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對嘌呤或嘧啶。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對嘌呤。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對GG、AA、AG或GA。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對GG。在一些實施態樣中,在本文中之寡核苷酸之各3′端上的二(2)個末端GG核苷酸之一或二者不與目標mRNA互補。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,其中在本文中之寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對GG。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,其包含選自SEQ ID NO: 242-243及245-482之核苷酸序列,其中在寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對GG。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含選自SEQ ID NO: 483-484及486-723之核苷酸序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 724-725及727-964之核苷酸序列,其中在寡核苷酸之反義股之3′端上的二(2)個末端核苷酸包含不成對GG。
在一些實施態樣中,包含本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之正義股與反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。若正義股與反義股之間存在超過一個錯配,則可連續定位(例如連續2、3個或更多個)或穿插在整個互補區中。在一些實施態樣中,正義股之3′端包含一或多個錯配。在一些實施態樣中,二(2)個錯配併入正義股之3′端。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸之正義股之3′端的鹼基錯配或區段去穩定化改善或增加寡核苷酸的效力。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股與反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中正義股與反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其包含以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(b)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股與反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
反義股 在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之反義股稱為「引導股(guide strand)」。例如,參與RNA誘導靜默複合物(RISC)且與
Argonaute蛋白質諸如Ago2結合、或參與一或多個類似因子或與其結合且引導目標基因之靜默的反義股,該反義股稱為引導股。在一些實施態樣中,包含與引導股之互補區的正義股在本文中稱為「隨從股(passenger strand)」。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含至多約50個核苷酸長度(例如至多50、至多40、至多35、至多30、至多27、至多25、至多21、至多19、至多17或至多12個核苷酸長度)之反義股。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含至少約12個核苷酸長度(例如至少12、至少15、至少19、至少21、至少22、至少25、至少27、至少30、至少35或至少38個核苷酸長度)之反義股。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含在約12至約40(例如12至40、12至36、12至32、12至28、15至40、15至36、15至32、15至28、17至22、17至25、19至27、19至30、20至40、22至40、25至40或32至40)個核苷酸長度範圍內之反義股。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含15至30個核苷酸長度之反義股。在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸中任一者之反義股係12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個核苷酸長度。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含22個核苷酸長度之反義股。
在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 242-243及245-482中任一者所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 243所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 246所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 250所示之序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 242-243及245-482中任一者所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 243所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 246所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 250所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 724-725及727-964中任一者所示之序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 724-725及727-964中任一者所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 724-725及727-964中任一者所示之序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 725、727、728、729、730、732及743中任一者所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 725所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 728所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含如SEQ ID NO: 732所示之序列的至少約12(例如至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 725、727、728、729、730、732及743中任一者所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 725所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 728所示之序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274之本文揭示之寡核苷酸包含反義股,其包含下列或由下列組成:如SEQ ID NO: 732所示之序列。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含選自SEQ ID NO: 242-243及245-482之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含選自SEQ ID NO: 243、245、246、247、248、250或261之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含SEQ ID NO: 243之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含SEQ ID NO: 246之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含SEQ ID NO: 250之核苷酸序列。
正義股 在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含如SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者所示之正義股序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18或至少19)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸包含如SEQ ID NO: 483-484及486-723中任一者所示之正義股序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 483-484及486-723中任一者所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸包含如SEQ ID NO: 484、486、487、488、489、491及502中任一者所示之正義股序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸包含如SEQ ID NO: 484所示之正義股序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸包含如SEQ ID NO: 487所示之正義股序列。在一些實施態樣中,用於靶向
CD274mRNA及抑制
CD274表現之本文揭示之寡核苷酸包含如SEQ ID NO: 491所示之正義股序列。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 484、486、487、488、489、491及502中任一者所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 484所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 487所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 491所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22或至少23)個連續核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸具有正義股,其包含如SEQ ID NO: 2、4、5、6、7、9或20中任一者所示之序列的至少約12(例如至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18或至少19)個連續核苷酸。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含至多約50個核苷酸長度(例如至多50、至多40、至多36、至多30、至多27、至多25、至多21、至多19、至多17或至多12個核苷酸長度)之正義股(或隨從股)。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含至少約12個核苷酸長度(例如至少12、至少15、至少19、至少21、至少25、至少27、至少30、至少36或至少38個核苷酸長度)之正義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含在約12至約50(例如12至50、12至40、12至36、12至32、12至28、15至40、15至36、15至32、15至28、17至21、17至25、19至27、19至30、20至40、22至40、25至40或32至40)個核苷酸長度範圍內之正義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含15至50個核苷酸長度之正義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含18至36個核苷酸長度之正義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸長度之正義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含36個核苷酸長度之正義股。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股,其包含在正義股之3′端的莖環結構。在一些實施態樣中,莖環係由股內鹼基配對形成。在一些實施態樣中,正義股包含在其5′端之莖環結構。在一些實施態樣中,莖環之莖包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含2個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含3個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含4個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含5個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含6個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含7個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含8個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含9個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含10個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含11個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含12個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含13個核苷酸長度之雙鏈體。在一些實施態樣中,莖環之莖包含14個核苷酸長度之雙鏈體。
在一些實施態樣中,莖環提供寡核苷酸防止降解(例如酶降解)的保護、促進或改善靶向及/或遞送至目標細胞、組織或器官或兩者。例如,在一些實施態樣中,莖環之環包含核苷酸,該核苷酸包含促進、改善或增加靶向目標mRNA(例如
CD274mRNA)、抑制目標基因表現(例如
CD274表現)及/或遞送、攝取及/或穿透至目標細胞、組織或器官中或其組合之一或多個修飾。在一些實施態樣中,莖環本身或對莖環之修飾不影響或實質上不影響寡核苷酸之固有基因表現抑制活性,但促進、改善或增加穩定性(例如提供防止降解的保護)及/或將寡核苷酸遞送、攝取及/或穿透至目標細胞、組織或器官。在某些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成至多約10個核苷酸長度(例如3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸長度)之介於S1與S2之間的連接核苷酸之單股環。在一些實施態樣中,環(L)係3個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係4個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係5個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係6個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係7個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係8個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係9個核苷酸長度。在一些實施態樣中,環(L)係10個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,四環包含序列5’-GAAA-3’。在一些實施態樣中,莖環包含序列5’-GCAGCCGAAAGGCUGC-3’(SEQ ID NO: 856)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成至多約10個核苷酸長度(例如3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸長度)之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成4個核苷酸長度之介於S1與S2之間的單股環。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 2之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成至多約10個核苷酸長度(例如3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸長度)之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 2之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成4個核苷酸長度之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 5之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成至多約10個核苷酸長度(例如3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸長度)之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 5之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成4個核苷酸長度之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與SEQ ID NO: 9之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成至多約10個核苷酸長度(例如3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸長度)之介於S1與S2之間的單股環。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 9之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區,且寡核苷酸包含正義股,其包含(例如在其3′端)列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成4個核苷酸長度之介於S1與S2之間的單股環。
在一些實施態樣中,具有如本文所述之結構S1-L-S2的莖環之環(L)係三環。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區及三環。在一些實施態樣中,三環包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、修飾之核苷酸、配體(例如遞送配體)及其組合。
在一些實施態樣中,具有如上述之結構S1-L-S2的莖環之環(L)係如美國專利第10,131,912號(以引用方式併入本文中)所述之四環。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之核苷酸的連續序列互補之靶向序列或互補區及四環。在一些實施態樣中,四環包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、修飾之核苷酸、配體(例如遞送配體)及其組合。
雙鏈體長度 在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係至少12(例如至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20或至少21)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係在12至30個核苷酸長度範圍內(例如12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係12、13、14、15、16、17、18、19、29、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係12個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係13個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係14個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係15個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係16個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係17個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係18個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係19個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係20個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係21個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係22個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係23個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係24個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係25個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係26個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係27個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係28個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係29個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體係30個核苷酸長度。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間形成的雙鏈體不橫跨正義股及/或反義股的全長。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間的雙鏈體橫跨正義股或反義股任一者的全長。在一些實施態樣中,正義股與反義股之間的雙鏈體橫跨正義股及反義股兩者的全長。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股與反義股之間形成的雙鏈體係在12至30個核苷酸長度範圍內(例如12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸長度)。
在一些實施態樣中,正義股與反義股之間的雙鏈體橫跨正義股及反義股兩者的全長。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中正義股與反義股之間形成的雙鏈體係在12至30個核苷酸長度範圍內(例如12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸長度)。
在一些實施態樣中,正義股與反義股之間的雙鏈體橫跨正義股及反義股兩者的全長。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股與反義股之間形成的雙鏈體係在12至30個核苷酸長度範圍內(例如12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸長度)。
寡核苷酸末端 在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中任一或兩股之末端包含鈍端。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其係分開的股且形成在反義股之3’端具有懸垂之不對稱雙鏈體區。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中任一或兩股之末端包含懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,懸垂所包含之一或多個核苷酸係不成對核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股之3’端及反義股之5’端包含鈍端。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股之5’端及反義股之3’端包含鈍端。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中任一或兩股之3’末端包含3’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含3’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中反義股包含3’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股及反義股皆包含3’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。
在一些實施態樣中,3’-懸垂係約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,3’-懸垂係約一(1)至十九(19)、一(1)至十八(18)、一(1)至十七(17)、一(1)至十六(16)、一(1)至十五(15)、一(1)至十四(14)、一(1)至十三(13)、一(1)至十二(12)、一(1)至十一(11)、一(1)至十(10)、一(1)至九(9)、一(1)至八(8)、一(1)至七(7)、一(1)至六(6)、一(1)至五(5)、一(1)至四(4)、一(1)至三(3)或約一(1)至二(2)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係一(1)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係三(3)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係四(4)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係五(5)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係六(6)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係七(7)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係八(8)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係九(9)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十(10)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十一(11)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十二(12)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十三(13)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十四(14)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十五(15)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十六(16)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十七(17)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十八(18)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係十九(19)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂係二十(20)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含3’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之3’-懸垂,可選地其中3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含3’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之3’-懸垂,可選地其中3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含3’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之3’-懸垂,可選地其中3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中任一或兩股之5’末端包含5’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中反義股包含5’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股及反義股皆包含5’-懸垂,該懸垂包含一或多個核苷酸。
在一些實施態樣中,5’-懸垂係約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)。在一些實施態樣中,5’-懸垂係約一(1)至十九(19)、一(1)至十八(18)、一(1)至十七(17)、一(1)至十六(16)、一(1)至十五(15)、一(1)至十四(14)、一(1)至十三(13)、一(1)至十二(12)、一(1)至十一(11)、一(1)至十(10)、一(1)至九(9)、一(1)至八(8)、一(1)至七(7)、一(1)至六(6)、一(1)至五(5)、一(1)至四(4)、一(1)至三(3)或約一(1)至二(2)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係一(1)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係三(3)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係四(4)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係五(5)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係六(6)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係七(7)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係八(8)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係九(9)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十(10)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十一(11)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十二(12)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十三(13)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十四(14)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十五(15)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十六(16)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十七(17)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十八(18)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係十九(19)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,5’-懸垂係二十(20)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含5’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之3’-懸垂,可選地其中3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含5’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之5’-懸垂,可選地其中5’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含5’-懸垂,其中寡核苷酸之正義股及反義股包含以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
且其中反義股包含約一(1)至二十(20)個核苷酸長度(例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或約20個核苷酸長度)之5’-懸垂,可選地其中5’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。
在一些實施態樣中,正義股及/或反義股之3’端或5’端所包含之一或多個(例如2、3、4、5或更多個)核苷酸係經修飾。例如,在一些實施態樣中,反義股之3’端的一或二個末端核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,在反義股之3’端的最後一個核苷酸係經修飾,以使其包含2’修飾,或使其包含2’-O-甲氧基乙基。在一些實施態樣中,在反義股之3’端的最後一或二個末端核苷酸係與目標互補。在一些實施態樣中,在反義股之3’端的最後一或二個核苷酸不與目標互補。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中正義股之3’端包含本文所述之莖環,且反義股之3’端包含本文所述之3’-懸垂。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含形成本文所述之切口四環結構之正義股及反義股,其中正義股之3’端包含莖環,其中該環係本文所述之四環,且其中反義股之3’端包含本文所述之3’-懸垂。在一些實施態樣中,3’-懸垂係二(2)個核苷酸長度。在一些實施態樣中,3’-懸垂所包含之二(2)個核苷酸皆包含鳥嘌呤(G)核鹼基。一般而言,反義股之3’-懸垂所包含之一或二個核苷酸不與目標mRNA互補。
寡核苷酸修飾 在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含修飾。寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)可經各種方式之修飾以改善或控制特異性、穩定性、遞送、生體可用率、對核酸酶降解之抗性、免疫原性、鹼基配對性質、RNA分布及細胞攝取性及與治療或研究用途相關之其他特徵。
在一些實施態樣中,修飾係修飾之糖。在一些實施態樣中,修飾係5’端磷酸基團。在一些實施態樣中,修飾係修飾之核苷酸間連結。在一些實施態樣中,修飾係修飾之鹼基。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸可包含本文所述之修飾中任一者或彼等之任何組合。例如,在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含至少一個修飾之糖、5’端磷酸基團、至少一個修飾之核苷酸間連結及至少一個修飾之鹼基。
在寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)上之修飾的數量及該些核苷酸修飾的位置可影響寡核苷酸之性質。例如,可藉由將寡核苷酸接合至或涵蓋在脂質奈米粒子(LNP)或類似載劑中來活體內遞送。然而,當寡核苷酸不受LNP或類似載劑保護時,至少一些核苷酸經修飾可為有利。因此,在一些實施態樣中,寡核苷酸之所有或實質上所有核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,超過一半的核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,少於一半的核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,寡核苷酸所包含之所有核苷酸的糖部份在2’位置處係經修飾。修飾可為可逆或不可逆。在一些實施態樣中,如本文揭示之寡核苷酸具有足以造成所欲特徵(例如防止酶降解的保護、在活體內投予後能夠靶向所欲細胞及/或熱力學穩定性)之數量及類型的修飾之核苷酸。
糖修飾在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含修飾之糖。在一些實施態樣中,修飾之糖(在本文中亦稱為糖類似物)包括修飾之去氧核糖或核糖部份,其中例如一或多個修飾發生在糖之2′、3′、4′及/或5′碳位置。在一些實施態樣中,修飾之糖亦可包括非天然替代碳結構,諸如該些存在於鎖核酸(「LNA」;參見例如Koshkin
et al.(1998)Tetrahedon 54:3607-30)、解鎖核酸(「UNA」;參見例如Snead
et al.(2013)Mol. Ther-Nucl. Acids 2:e103)及橋聯核酸(「BNA」;參見例如Imanishi & Obika(2002)Chem Commun.(Camb)21:1653-59)。
在一些實施態樣中,糖中之核苷酸修飾包含2′-修飾。在一些實施態樣中,2′-修飾可為2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-氟基(2′-F)、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)或2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。在一些實施態樣中,修飾係2′-F、2′-OMe或2′-MOE。在一些實施態樣中,糖中之修飾包含糖環之修飾,其可包含糖環之一或多個碳之修飾。例如,核苷酸之糖之修飾可包含糖之2′-氧與糖之1′-碳或4′-碳連接,或2′-氧與1′-碳或4′-碳經由伸乙基或亞甲基橋連接。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸具有缺乏2′-碳與3′-碳鍵結之非環狀糖。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸在例如糖之4′位置具有硫醇基。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含至少約1個修飾之核苷酸(例如至少1、至少5、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30、至少35、至少40、至少45、至少50、至少55、至少60或更多個)。在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股包含至少約1個修飾之核苷酸(例如至少1、至少5、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30、至少35或更多個)。在一些實施態樣中,寡核苷酸之反義股包含至少約1個修飾之核苷酸(例如至少1、至少5、至少10、至少15、至少20或更多個)。
在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股之所有核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,寡核苷酸之反義股之所有核苷酸係經修飾。在一些實施態樣中,寡核苷酸之所有核苷酸(即正義股及反義股兩者)係經修飾。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸包含2′-修飾(例如2′-F或2′-OMe、2′-MOE及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸)。
在一些實施態樣中,本揭露提供具有不同修飾模式之寡核苷酸。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含:具有如實例及序列表所示之修飾模式之正義股及具有如實例及序列表所示之修飾模式之反義股。
在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含具有經2′-F修飾之核苷酸之反義股。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含反義股,其包含經2′-F及2′-OMe修飾之核苷酸。在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸包含具有經2′-F修飾之核苷酸之正義股。在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸包含正義股,其包含經2′-F及2′-OMe修飾之核苷酸。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含正義股,該正義股之約10至15%、10%、11%、12%、13%、14%或15%之核苷酸包含2’-氟基修飾。在一些實施態樣中,正義股之約11%之核苷酸包含2-氟基修飾。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸包含反義股,其中反義股之約25至35%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%或35%之核苷酸包含2’-氟基修飾。在一些實施態樣中,反義股之約32%之核苷酸包含2’-氟基修飾。在一些實施態樣中,寡核苷酸具有約15至25%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%或25%之其核苷酸包含2’-氟基修飾。在一些實施態樣中,寡核苷酸中約19%之核苷酸包含2’-氟基修飾。
在一些實施態樣中,正義股之位置8、9、10或11中一或多者經2′-F基團修飾。在一些實施態樣中,正義股之位置3、8、9、10、12、13及17中一或多者經2′-F基團修飾。在一些實施態樣中,反義股之位置2、3、4、5、7、10及14中一或多者經2′-F基團修飾。在一些實施態樣中,位置2、3、4、5、7、8、10、14、16及19中一或多者經2′-F基團修飾。在一些實施態樣中,正義股之位置1至7及12至20之各核苷酸的糖部份經2′-OMe修飾。在一些實施態樣中,正義股之位置1至7、12至27及31至36之各核苷酸的糖部份經2′-OMe修飾。在一些實施態樣中,正義股之位置6、9、11至13、15、17、18及20至22之各核苷酸的糖部份經2′-OMe修飾。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股之位置8、9、10或11中一或多者經2′-F基團修飾。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中正義股之位置8、9、10或11中一或多者經2′-F基團修飾。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中正義股之位置8、9、10或11中一或多者經2′-F基團修飾。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、5及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2’-O-甲基(2′-OMe)、2’-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2’-去氧-2’-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、2、5及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、4、5及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、2、3、5、7及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、4、5、7及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、2、3、5、10及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、4、5、10及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、5、7、10及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、4、5、7、10及14之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、4、5、7、8、10、14、16及19之各核苷酸具有經2′-F修飾之糖部份,且該反義股之各剩餘核苷酸的糖部份經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2′-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22具有經2′-F修飾之糖部份。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22具有經2′-OMe修飾之糖部份。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22具有經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾之糖部份:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2’-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置8至11具有經2′-F修飾之糖部份。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置3、8、9、10、12、13及17具有經2′-F修飾之糖部份。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1至7及12至17或12至20具有經2’OMe修飾之糖部份。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1至7、12至27及31至36具有經2’OMe修飾之糖部份。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,該正義股之位置1至7及12至17或12至20之各核苷酸具有經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾之糖部份:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2’-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1至2、4至7、11、14至16及18至20具有經2’OMe修飾之糖部份。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,該正義股之位置1至2、4至7、11、14至16及18至20之各核苷酸具有經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾之糖部份:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2’-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36具有經2′-F修飾之糖部份。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36具有經2′-OMe修飾之糖部份。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含正義股,其位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36具有經選自由以下所組成之群組的修飾來修飾之糖部份:2′-O-炔丙基、2′-O-丙胺、2′-胺基、2′-乙基、2’-胺乙基(EA)、2′-O-甲基(2′-OMe)、2′-O-甲氧基乙基(2′-MOE)、2′-O-[2-(甲基胺基)-2-側氧基乙基](2′-O-NMA)及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2′-FANA)。
5’ 端磷酸在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中反義股包含5’端磷酸。在一些實施態樣中,RNAi寡核苷酸之5′端磷酸基團增強與Ago2之交互作用。然而,包含5′-磷酸基團之寡核苷酸可為易受經由磷酸酶或其他酶之降解,此可限制其在活體內之表現及/或生體可用率。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包括對此類降解具抗性之5′磷酸之類似物。在一些實施態樣中,磷酸類似物係氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二醯基膦酸酯或其組合。在某些實施態樣中,寡核苷酸股之5′端係附接至擬似天然5′-磷酸基團之靜電及立體性質的化學部份(「磷酸擬似物」)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中反義股包含5’端磷酸,可選地5’端磷酸類似物。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中反義股包含5’端磷酸,可選地5’端磷酸類似物。
在一些實施態樣中,寡核苷酸之正義股及反義股包含來自由以下所組成之群組的核苷酸序列:(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中反義股包含5’端磷酸,可選地5’端磷酸類似物。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)在糖之4′-碳位置具有磷酸類似物(稱為「4′-磷酸類似物」)。參見例如國際專利申請公開案WO 2018/045317。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含在5′端核苷酸之4′-磷酸類似物。在一些實施態樣中,磷酸類似物係氧基甲基膦酸酯,其中氧基甲基之氧原子與糖部份(例如在其4′-碳處)或其類似物結合。在其他實施態樣中,4′-磷酸類似物係硫甲基膦酸酯或胺甲基膦酸酯,其中硫甲基之硫原子或胺甲基之氮原子與糖部份之4′-碳或其類似物結合。在某些實施態樣中,4′-磷酸類似物係氧基甲基膦酸酯。在一些實施態樣中,氧基甲基膦酸酯係由式-O-CH
2-PO(OH)
2、-O-CH
2-PO(OR)
2或-O-CH2-POOH(R)代表,其中R獨立地選自H、CH
3、烷基、CH
2CH
2CN、CH
2OCOC(CH
3)
3、CH
2OCH
2CH
2Si(CH
3)
3或保護基。在某些實施態樣中,烷基係CH
2CH
3。更一般而言,R獨立地選自H、CH
3或CH
2CH
3。在一些實施態樣中,R係CH3。在一些實施態樣中,4’-磷酸類似物係4’-氧基甲基膦酸酯。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股包含在5′端核苷酸之4′-磷酸類似物,其中5’端核苷酸包含下列結構:
4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷硫代磷酸酯[MePhosphonate-4O-mUs]。
修飾之核苷酸間連結在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含修飾之核苷酸間連結。在一些實施態樣中,磷酸修飾或取代導致包含至少約1個(例如至少1、至少2、至少3或至少5個)修飾之核苷酸間連結之寡核苷酸。在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸中任一者包含約1至約10個(例如1至10、2至8、4至6、3至10、5至10、1至5、1至3或1至2個)修飾之核苷酸間連結。在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸中任一者包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個修飾之核苷酸間連結。
修飾之核苷酸間連結可為二硫代磷酸酯連結、硫代磷酸酯連結、磷酸三酯連結、硫代烷基膦酸酯連結、硫代烷基膦酸三酯連結、亞磷醯胺連結、膦酸酯連結或硼烷磷酸酯連結。在一些實施態樣中,如本文所揭示之寡核苷酸中任一者之至少一個修飾之核苷酸間連結係硫代磷酸酯連結。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置3與4、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22中一或多者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22之各者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22之各者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置3與4、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22之各者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22之各者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸具有介於正義股之位置1與2、反義股之位置1與2、反義股之位置2與3、反義股之位置3與4、反義股之位置20與21及反義股之位置21與22之各者之間的硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含修飾之核苷酸間連結。
鹼基修飾在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含一或多個修飾之核鹼基。在一些實施態樣中,修飾之核鹼基(在本文中亦稱為鹼基類似物)在核苷酸糖部份之1′位置處連接。在某些實施態樣中,修飾之核鹼基係含氮鹼基。在一些實施態樣中,修飾之核鹼基不含有氮原子。參見例如美國專利申請公開案2008/0274462。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸包含通用鹼基。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸不含有核鹼基(無鹼基)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732。
其中寡核苷酸包含一或多個修飾之核鹼基。
在一些實施態樣中,修飾之核苷酸包含通用鹼基。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸不含有核鹼基(無鹼基)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含一或多個修飾之核鹼基。
在一些實施態樣中,修飾之核苷酸包含通用鹼基。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸不含有核鹼基(無鹼基)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含一或多個修飾之核鹼基。
在一些實施態樣中,通用鹼基係位於修飾之核苷酸的核苷酸糖部份之1′位置或核苷酸糖部份取代之等效位置的雜環部份,當存在於雙鏈體中時,可定位在超過一個類型之鹼基的相對位置而不實質上改變雙鏈體之結構。在一些實施態樣中,相較於與目標核酸(例如
CD274mRNA)完全互補之參考單股核酸(例如寡核苷酸),含有通用鹼基之單股核酸與目標核酸形成之雙鏈體比起與互補核酸形成之雙鏈體具有較低T
m。在一些實施態樣中,當與通用鹼基經鹼基置換以產生單一錯配之參考單股核酸比較時,含有通用鹼基之單股核酸與目標核酸形成之雙鏈體比起與包含錯配鹼基之核酸形成之雙鏈體具有較高T
m。
通用結合核苷酸之非限制性實例包括但不限於肌苷、1-β-D-核呋喃糖基-5-硝基吲哚及/或1-β-D-核呋喃糖基-3-硝基吡咯(參見美國專利申請公開案2007/0254362;Van Aerschot
et al.(1995)Nucleic Acids Res
.23:4363-4370;Loakes
et al.(1995)Nucleic Acids Res
.23:2361-66;及Loakes & Brown(1994)Nucleic Acids Res.
22:4039-43)。
靶向配體 在一些實施態樣中,所欲的是使本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)靶向一或多種細胞或細胞類型、組織、器官或解剖學區域或隔室。此類策略可幫助避免對所治療之有機體的非所欲效應及/或避免寡核苷酸不當流失至將不得益於寡核苷酸或其效應(例如抑制或減少
CD274表現)之細胞、組織、器官或解剖學區域或隔室。因此,在一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)係經修飾以促進靶向及/或遞送至特定細胞或細胞類型、組織、器官或解剖學區域或隔室(例如促進寡核苷酸遞送至腫瘤)。在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與一或多個靶向配體接合之至少一個核苷酸(例如1、2、3、4、5、6或更多個核苷酸)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與至少一個核苷酸接合之靶向配體。
在一些實施態樣中,寡核苷酸包含與一或多個靶向配體接合之至少一個核苷酸(例如1、2、3、4、5、6或更多個核苷酸)。在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與至少一個核苷酸接合之靶向配體。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與至少一個核苷酸接合之靶向配體。
在一些實施態樣中,靶向配體包含碳水化合物、胺基糖、膽固醇、肽、多肽、蛋白質或蛋白質之部分(例如抗體或抗體片段)或脂質。在某些實施態樣中,靶向配體係包含至少一個GalNAc部份之碳水化合物。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之1或多個(例如1、2、3、4、5或6個)核苷酸各自與分開的靶向配體(例如GalNAc部份)接合。在一些實施態樣中,寡核苷酸之2至4個核苷酸各自與分開的靶向配體接合。在一些實施態樣中,靶向配體與正義股或反義股之任一端的2至4個核苷酸接合(例如靶向配體與在正義股或反義股之5′或3′端上的2至4個核苷酸懸垂或延長接合)以使靶向配體類似於牙刷之刷毛且寡核苷酸類似於牙刷。例如,寡核苷酸可包含在正義股之任一5′或3′端之莖環,且莖之環的1、2、3或4個核苷酸可與靶向配體個別地接合。在一些實施態樣中,本揭露提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含在正義股之3′端的莖環,其中莖環之環包含三環或四環,且其中三環或四環所包含之3或4個核苷酸分別與靶向配體個別地接合。在一些實施態樣中,本揭露提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含在正義股之3′端的莖環,其中莖環之環包含四環,且其中四環之3個核苷酸與靶向配體個別地接合。
a. GalNAc 靶向配體GalNAc係脫唾液酸糖蛋白受體(ASGPR)之高親和力碳水化合物配體,該受體主要表現在肝細胞之表面上,且在結合、內化及後續廓清含有末端半乳糖或GalNAc殘基之循環糖蛋白(脫唾液酸糖蛋白)上具有重要作用。將GalNAc部份與本揭露之寡核苷酸接合(無論間接或直接)可用於使此等寡核苷酸靶向在細胞上表現之ASGPR。在一些實施態樣中,本揭露之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)與至少一或多個GalNAc部份接合,其中GalNAc部份使寡核苷酸靶向在人類肝臟細胞(例如人類肝細胞)上表現之ASGPR。在一些實施態樣中,GalNAc部份使寡核苷酸靶向肝臟。
在一些實施態樣中,本揭露之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)與單價GalNAc部份直接或間接接合。在一些實施態樣中,寡核苷酸與超過一個單價GalNAc直接或間接接合(即與2、3或4個單價GalNAc部份接合,且一般與3或4個單價GalNAc部份接合)。在一些實施態樣中,寡核苷酸與一或多個雙價GalNAc、三價GalNAc或四價GalNAc部份接合。在一些實施態樣中,雙價、三價或四價GalNAc部份經由分支連接子與寡核苷酸接合。在一些實施態樣中,單價GalNAc部份與第一核苷酸接合且雙價、三價或四價GalNAc部份經由分支連接子與第二核苷酸接合。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之一(1)或多個(例如1、2、3、4、5或6個)核苷酸各自與GalNAc部份接合。在一些實施態樣中,四環之二(2)至四(4)個核苷酸各自與分開的GalNAc部份接合。在一些實施態樣中,三環之一(1)至三(3)個核苷酸各自與分開的GalNAc部份接合。在一些實施態樣中,靶向配體與正義股或反義股之任一端的二(2)至四(4)個核苷酸接合(例如配體與在正義股或反義股之5′或3′端上的二(2)至四(4)個核苷酸懸垂或延長接合)以使GalNAc部份類似於牙刷之刷毛且寡核苷酸類似於牙刷。在一些實施態樣中,GalNAc部份與正義股之核苷酸接合。例如,三(3)或四(4)個GalNAc部份可與正義股之四環中的核苷酸接合,其中各GalNAc部份與一(1)個核苷酸接合。
在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含四環,其中四環(L)係腺嘌呤(A)與鳥嘌呤(G)核苷酸之任何組合。在一些實施態樣中,四環(L)包含經由本文所述之任何連接子附接至四環之任一或多個鳥嘌呤(G)核苷酸之單價GalNAc部份,如以下所描繪(X=雜原子):
在一些實施態樣中,四環(L)具有經由本文所述之任何連接子附接至四環之任一或多個腺嘌呤核苷酸之單價GalNAc,如以下所描繪(X=雜原子):
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含附接至鳥嘌呤(G)核苷酸之單價GalNAc部份,稱為[ademG-GalNAc]或2′-胺基二乙氧基甲醇-鳥嘌呤-GalNAc,如以下所描繪:
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含附接至腺嘌呤核苷酸之單價GalNAc部份,稱為[ademA-GalNAc]或2′-胺基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc,如以下所描繪:
以下顯示自5′至3′包含核苷酸序列GAAA(L=連接子,X=雜原子)之環的此類接合之實例。此類環可存在於例如本文提供之正義股之位置27至30。在化學式中,
係用於描述附接至寡核苷酸股之點。
可使用適當方法或化學(例如點擊化學)連接靶向配體與核苷酸。在一些實施態樣中,使用點擊連接子,將靶向配體與包含核苷酸之本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)接合。在一些實施態樣中,使用基於縮醛之連接子將靶向配體與本文所述之寡核苷酸中任一者之核苷酸接合。基於縮醛之連接子係揭示於例如國際專利申請公開案WO2016/100401。在一些實施態樣中,連接子係不穩定的連接子。然而,在其他實施態樣中,連接子係穩定的。以下顯示自5′至3′包含核苷酸GAAA之環的實例,其中GalNAc部份使用縮醛連接子附接至環之核苷酸。此類環可存在於例如正義股中任一者之位置27至30。在化學式中,
係附接至寡核苷酸股之點。
如上述,可使用適當方法或化學合成技術(例如點擊化學)連接靶向配體與核苷酸。在一些實施態樣中,使用點擊連接子將靶向配體與核苷酸接合。在一些實施態樣中,使用基於縮醛之連接子將靶向配體與本文所述之寡核苷酸中任一者之核苷酸接合。基於縮醛之連接子係揭示於例如國際專利申請公開案WO 2016/100401。在一些實施態樣中,連接子係不穩定的連接子。然而,在其他實施態樣中,連接子係穩定的連接子。
在一些實施態樣中,在靶向配體(例如GalNAc部份)與寡核苷酸之間提供雙鏈體延伸(例如至多3、4、5或6 bp長度)。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)不具有與其接合之GalNAc。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個GalNAc部份。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個GalNAc部份。
b. 脂質靶向配體在一些實施態樣中,本揭露提供一種寡核苷酸-配體接合物,其包含寡核苷酸及與寡核苷酸接合之一或多個靶向配體,該寡核苷酸包含用於抑制在腫瘤中表現之目標mRNA(例如CD274)的表現之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本文所述之寡核苷酸-配體接合物包含核苷酸序列及一或多個靶向配體,其中核苷酸序列包含與一或多個由式
I-a代表之靶向配體接合之一或多個核苷(核酸):
或其醫藥上可接受之鹽,
其中:
B係核鹼基或氫;
R
1及R
2獨立地係氫、鹵素、R
A、-CN、-S(O)R、-S(O)
2R、-Si(OR)
2R、-Si(OR)R
2或-SiR
3;或
在相同碳上之R
1及R
2與其介入原子一起形成具有獨立地選自氮、氧及硫之0至3個雜原子之3至7員飽和或部分不飽和環;
各R
A獨立地係選自C
1-6脂族、苯基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之4至7員飽和或部分不飽和雜環及具有獨立地選自氮、氧及硫之1至4個雜原子之5至6員雜芳基環之可選地經取代之基團;
各R獨立地係氫、合適保護基或選自C
1-6脂族、苯基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之4至7員飽和或部分不飽和雜環及具有獨立地選自氮、氧及硫之1至4個雜原子之5至6員雜芳基環之可選地經取代之基團;或
在相同原子上之二個R基團與其介入原子一起形成具有獨立地選自氮、氧、矽及硫之0至3個雜原子之4至7員飽和、部分不飽和或雜芳基環;
各靶向配體係脂質接合物部份(LC);且其中各LC獨立地係包含飽和或不飽和、直鏈或分支C
1-50烴鏈之脂質接合物部份,其中烴鏈之0至10個亞甲基單元獨立地經-Cy-、
-O-、-C(O)NR-、-NR-、-S-、-C(O)-、-C(O)O-、-S(O)-、
-S(O)
2-、-P(O)OR-、-P(S)OR-置換;
各-Cy-獨立地係可選地經取代之雙價環,其選自伸苯基、8至10員雙環伸芳基、4至7員飽和或部分不飽和伸碳環基、4至11員飽和或部分不飽和螺伸碳環基、8至10員雙環飽和或部分不飽和伸碳環基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至3個雜原子之4至7員飽和或部分不飽和伸雜環基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之4至11員飽和或部分不飽和螺伸雜環基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之8至10員雙環飽和或部分不飽和伸雜環基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至4個雜原子之5至6員雜伸芳基或具有獨立地選自氮、氧或硫之1至5個雜原子之8至10員雙環雜伸芳基;
n係1至10;
L係共價鍵或雙價飽和或不飽和、直鏈或分支C
1-50烴鏈,其中烴鏈之0至10個亞甲基單元獨立地經-Cy-、-O-、-C(O)NR-、-NR-、-S-、-C(O)-、-C(O)O-、-S(O)-、-S(O)
2-、-P(O)OR-、-P(S)OR-、-V
1CR
2W
1-或
置換;
m係1至50;
X
1、V
1及W
1獨立地係-C(R)
2-、-OR、-O-、-S-、-Se-或-NR-;
Y係氫、合適羥基保護基、
或
;
R
3係氫、合適保護基、合適前藥、或選自C
1-6脂族、苯基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之4至7員飽和或部分不飽和雜環及具有獨立地選自氮、氧及硫之1至4個雜原子之5至6員雜芳基環之可選地經取代之基團;
X
2係O、S或NR;
X
3係-O-、-S-、-BH
2-或共價鍵;
Y
1係附接至核苷、核苷酸或寡核苷酸之2′或3′端之連接基團;
Y
2係氫、合適保護基、亞磷醯胺類似物、附接至核苷、核苷酸或寡核苷酸之5′端之核苷酸間連接基團或附接至固體撐體之連接基團;且
Z係-O-、-S-、-NR-或-CR
2-。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與由式
II-a代表之靶向配體接合之一或多個核酸:
或其醫藥上可接受之鹽。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與由式
II-b或
II-c代表之靶向配體接合之一或多個核酸:
或其醫藥上可接受之鹽,其中:
L
1係共價鍵、單價或雙價飽和或不飽和、直鏈或分支C
1-50烴鏈,其中烴鏈之0至10個亞甲基單元獨立地經-Cy-、-O-、-C(O)NR-、-NR-、-S-、-C(O)-、-C(O)O-、-S(O)-、-S(O)
2-、-P(O)OR-、-P(S)OR-或
置換;
R
4係氫、R
A或合適胺保護基;且
R
5係金剛烷基或飽和或不飽和、直鏈或分支C
1-50烴鏈,其中烴鏈之0至10個亞甲基單元獨立地經-O-、-C(O)NR-、-NR-、-S-、-C(O)-、-C(O)O-、-S(O)-、-S(O)
2-、-P(O)OR-或-P(S)OR置換。
在一些實施態樣中,R
5選自
在一些實施態樣中,R
5選自:
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,R
5係
。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與由式
II-Ib或
II-Ic代表之靶向配體接合之一或多個核酸:
或其醫藥上可接受之鹽;其中
B係核鹼基或氫;
m係1至50;
X
1係-O-或-S-;
Y係氫、
或
;
R
3係氫或合適保護基;
X
2係O或S;
X
3係-O-、-S-或共價鍵;
Y
1係附接至核苷、核苷酸或寡核苷酸之2′或3′端之連接基團;
Y
2係氫、亞磷醯胺類似物、附接至核苷、核苷酸或寡核苷酸之5′端之核苷酸間連接基團或附接至固體撐體之連接基團;
R
5係金剛烷基或飽和或不飽和、直鏈或分支C
1-50烴鏈,其中烴鏈之0至10個亞甲基單元獨立地經-O-、-C(O)NR-、-NR-、-S-、-C(O)-、-C(O)O-、-S(O)-、-S(O)
2-、-P(O)OR-或-P(S)OR-置換;且
R係氫、合適保護基或選自C
1-6脂族、苯基、具有獨立地選自氮、氧及硫之1至2個雜原子之4至7員飽和或部分不飽和雜環及具有獨立地選自氮、氧及硫之1至4個雜原子之5至6員雜芳基環之可選地經取代之基團。
在一些實施態樣中,R
5選自
在一些實施態樣中,R
5係
在一些實施態樣中,寡核苷酸之核苷酸序列包含1至10個靶向配體。在一些實施態樣中,核苷酸序列包含1、2或3個靶向配體。在一些實施態樣中,核苷酸序列包含1個靶向配體。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物之寡核苷酸係雙股分子。在一些實施態樣中,寡核苷酸係RNAi分子。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸包含莖環。在一些實施態樣中,配體係與莖環中之任何核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中自5’至3’之第一核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中自5’至3’之第二核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中自5’至3’之第三核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中自5’至3’之第四核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中之一、二、三或四個核苷酸接合。在一些實施態樣中,配體係與莖環中之三個核苷酸接合。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含自5’至3’位置編號1至36之36個核苷酸之正義股。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之位置1接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之5’端核苷酸接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之位置27接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之位置28接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸接合物包含與36個核苷酸正義股之位置29接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸接合物包含與36個核苷酸正義股之位置30接合之脂質。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之位置1接合之C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與36個核苷酸正義股之位置1接合之C22烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸接合之C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸接合之C22烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸接合之C18烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C22烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C18烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸接合之脂質。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸接合之C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸接合之C22烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸接合之C18烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C22烴鏈。在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含經由連接子與正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之C18烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含15至30個核苷酸之反義股及15至40個核苷酸之正義股,其中正義股及反義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與在腎上腺或腎上腺皮質中表現之目標序列之互補區,其中正義股在其3’端包含莖環,該莖環包含四環,該四環包含4個核苷,其中4個核苷中一或多者係由式II-Ib代表:
其中B選自腺嘌呤及鳥嘌呤核鹼基,且其中R
5係烴鏈。在一些實施態樣中,m係1,X1係O,Y2係附接至核苷之5’端之核苷酸間連接基團,
Y係由
代表,Y1係附接至核苷酸之2’或3’端之連接基團,X2係O,X3係O,且R3係H。在一些實施態樣中,烴鏈係C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,烴鏈係C22烴鏈。在一些實施態樣中,C22烴鏈係由以下代表
在一些實施態樣中,四環之4個核苷係自5’至3’編號1至4且位置1係由式II-Ib代表。在一些實施態樣中,位置2係由式II-Ib代表。在一些實施態樣中,位置3係由式II-Ib代表。在一些實施態樣中,位置4係由式II-Ib代表。在一些實施態樣中,正義股係自5’至3’位置編號1至36之36個核苷酸,其中莖環包含位置21至36之核苷酸,且其中位置27至30之一或多個核苷係由式II-Ib代表。在一些實施態樣中,反義股係22個核苷酸。
在一些態樣中,本揭露提供用於靶向目標mRNA(例如調節免疫抑制之目標mRNA)且抑制或減少目標基因表現(例如經由RNAi途徑)之寡核苷酸-配體接合物,其中寡核苷酸-配體接合物係包含正義股(在本文中亦稱為隨從股)及反義股(在本文中亦稱為引導股)之雙股(ds)核酸分子。在一些實施態樣中,正義股及反義股係分開的股且無共價連接。在一些實施態樣中,正義股及反義股係共價連接。在一些實施態樣中,正義股及反義股形成雙鏈體區,其中正義股及反義股或其一部分以互補方式(例如藉由Watson-Crick鹼基配對)彼此結合或黏合。
在一些實施態樣中,寡核苷酸-配體接合物包含15至30個核苷酸之反義股及15至40個核苷酸之正義股,其中正義股及反義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與在腎上腺或腎上腺皮質中表現之目標序列之互補區,且其中正義股之5’端核苷酸包含由式II-Ib代表之核苷:
其中B選自腺嘌呤及鳥嘌呤核鹼基,且其中R
5係烴鏈。在一些實施態樣中,m係1,X1係O,Y2係附接至核苷之5’端之核苷酸間連接基團,
Y係由
代表,Y1係附接至核苷酸之2’或3’端之連接基團,X2係O,X3係O,且R3係H。在一些實施態樣中,烴鏈係C8-C30烴鏈。在一些實施態樣中,烴鏈係C22烴鏈。在一些實施態樣中,C22烴鏈係由以下代表
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個脂質部份。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個脂質部份。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個脂質部份。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個烴。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個烴。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個C18烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個C18烴。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個C18烴。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個C22烴鏈。
在一些實施態樣中,寡核苷酸的正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743,
其中寡核苷酸包含與核苷酸接合之至少一個C22烴。
用於減少 CD274 表現之例示性寡核苷酸 在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,其中正義股及反義股所包含之所有核苷酸係經修飾,其中反義股包含與SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者之
CD274mRNA目標序列之互補區且其中互補區係至少15個連續核苷酸長度。在一些實施態樣中,反義股之5’端核苷酸包含如本文所述之4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU]。在一些實施態樣中,反義股之5’端核苷酸包含硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,反義股及正義股包含一或多個2′-氟基(2’-F)及2′-O-甲基(2’-OMe)修飾之核苷酸及至少一個硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,反義股包含四(4)個硫代磷酸酯連結且正義股包含一(1)個硫代磷酸酯連結。在一些實施態樣中,反義股包含五(5)個硫代磷酸酯連結且正義股包含一(1)個硫代磷酸酯連結。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 483-484及486-723中任一者之序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 724-725及727-964之互補序列。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含正義股及反義股,該正義股具有SEQ ID NO: 965-1000中任一者之序列,該反義股包含選自SEQ ID NO: 1001-1036之互補序列。
在一些實施態樣中,本文提供之用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
正義股,其包含位置8至11之2′-F修飾之核苷酸、位置1至7、12至27及31至36之2′-OMe修飾之核苷酸、位置28、29及30之GalNAc接合之核苷酸及介於位置1與2之間的硫代磷酸酯連結;
反義股,其包含位置2、3、4、5、7、10及14之2′-F修飾之核苷酸、位置1、6、8、9、11至13及15至22之2′-OMe、介於位置1與2、位置2與3、位置3與4、位置20與21及位置21與22之間的硫代磷酸酯連結及位置1之包含4’-磷酸類似物之5’端核苷酸,可選地其中5’端核苷酸包含4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU];其中反義股之位置1至20與正義股之位置1至20形成雙鏈體區,其中正義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成莖環之環,可選地其中位置27至30包含四環,其中反義股之位置21及22包含懸垂,且其中正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
正義股,其包含位置8至11之2′-F修飾之核苷酸、位置1至7、12至27及31至36之2′-OMe修飾之核苷酸、位置28、29及30之GalNAc接合之核苷酸及介於位置1與2之間的硫代磷酸酯連結;
反義股,其包含位置2、3、4、5、7、10及14之2′-F修飾之核苷酸、位置1、6、8、9、11至13及15至22之2′-OMe、介於位置1與2、位置2與3、位置3與4、位置20與21及位置21與22之間的硫代磷酸酯連結及位置1之包含4’-磷酸類似物之5’端核苷酸,可選地其中5’端核苷酸包含4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷[MePhosphonate-4O-mU];其中反義股之位置1至20與正義股之位置1至20形成雙鏈體區,其中正義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成莖環之環,可選地其中位置27至30包含四環,其中反義股之位置21及22包含懸垂,且其中正義股及反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(c)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(d)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(e)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(f)分別為SEQ ID NO: 491及732;及
(g)分別為SEQ ID NO: 502及743。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 484所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 725所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 486所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 727所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 487所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 728所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 488所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 729所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 489所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 730所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 491所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 732所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向
CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 502所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 743所示之核苷酸序列。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 243所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 245所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 246所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 247所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 248所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 250所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 261所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 243所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 245所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 246所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 247所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 248所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 250所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 261所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 243所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 2所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 245所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 4所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 246所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 5所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 247所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO:6所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 248所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 7所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 250所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 9所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 261所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 20所示,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 243所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 2所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 245所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 4所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 246所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 5所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 247所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 6所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 248所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 7所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 250所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 9所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含(i)19至30個核苷酸長度之反義股,其中反義股包含核苷酸序列,該核苷酸序列包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,其中互補區係如SEQ ID NO: 261所示;及(ii)19至50個核苷酸長度之正義股,其包含與反義股之互補區及在3’端的莖環,其中與反義股之互補區係如SEQ ID NO: 20所示,其中莖環係列示呈S1-L-S2,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中反義股及正義股係分開的股,其形成在反義股之3’端具有1至4個核苷酸之懸垂的不對稱雙鏈體區。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’-mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademX-L]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’;
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,-
S-=硫代磷酸酯連結,-=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-L=脂質分子(例如C18)附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’-mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3’;
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-
S-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,-
S-=硫代磷酸酯連結,-=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且ademX-GalNAc=GalNAc附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5’ [ademGs-C18][mG][mA][mU][mA][mU][mU] [fU][fG][fC][fU][mG][mU][mC][mU][mU][mU][mA][mU] [mA][mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][mA][mA][mA][mG] [mG][mC][mU][mG][mC]-3’(SEQ ID NO: 1050)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5’ [MePhosphonate-4O-mUs] [fAs][fUs][fA][fA][mA][fG][mA][mC][fA][mG][mC][mA][fA][mA][mU][mA][mU][mC][mCs][mGs][mG]-3’(SEQ ID NO: 1005)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′ [mAs][mU][mG][mA][mG][mG][mA][fU][fA] [fU][fU][mU][mG][mC][mU][mG][mU][mC][mU][mA][mG] [mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG][mC]-3’(SEQ ID NO: 966)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′ [MePhosphonate-4O-mUs][fAs][fGs][fA][fC][mA][fG]
[mC][mA][fA][mA][mU][mA][fU][mC][mC][mU][mC][mA] [mUs][mGs][mG]3′(SEQ ID NO: 1002)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′ [mAs][mG][mG][mA][mU][mA][mU][fU][fU] [fG][fC][mU][mG][mU][mC][mU][mU][mU][mA][mA][mG] [mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG][mC]-3’(SEQ ID NO: 968)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′ [MePhosphonate-4O-mUs][fUs][fAs][fA][fA][mG][fA]
[mC][mA][fG][mC][mA][mA][fA][mU][mA][mU][mC][mC] [mUs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1004)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′-[mGs][mG][mA][mU][mA][mU][mU][fU]
[fG][fC][fU][mG][mU][mC][mU][mU][mU][mA][mU][mA] [mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG][mC]-3’(SEQ ID NO: 969)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs][fAs][fUs][fA][fA][mA][fG]
[mA][mC][fA][mG][mC][mA][fA][mA][mU][mA][mU][mC] [mCs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1005)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′-[mAs][mU][mA][mU][mU][mU][mG][fC] [fU][fG][fU][mC][mU][mU][mU][mA][mU][mA][mU][mA] [mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc]
[ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG] [mC]-3’(SEQ ID NO: 970)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs][fAs][fUs][fA][fU][mA] [fA][mA][mG][fA][mC][mA][mG][fC][mA][mA][mA][mU] [mA][mUs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1006)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′-[mAs][mU][mU][mU][mG][mC][mU][fG]
[fU][fC][fU][mU][mU][mA][mU][mA][mU][mU][mC][mA] [mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc]
[ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG] [mC]-3’(SEQ ID NO: 971)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs][fGs][fAs][fA][fU]
[mA][fU][mA][mA][fA][mG][mA][mC][fA][mG][mC][mA] [mA][mA][mUs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1007)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′ [mGs][mC][mA][mA][mU][mA][mU][fG][fA] [fC][fA][mA][mU][mU][mG][mA][mA][mU][mG][mA][mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG][mC]-3’(SEQ ID NO: 973)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs][fCs][fAs][fU][fU][mC][fA] [mA][mU][fU][mG][mU][mC][fA][mU][mA][mU][mU][mG] [mCs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1009)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸,寡核苷酸包含正義股及反義股,其中正義股包含5′-[mGs][mA][mU][mA][mA][mG][mA][fA] [fC][fA][fU][mU][mA][mU][mU][mC][mA][mA][mU][mA] [mG][mC][mA][mG][mC][mC][mG][ademA-GalNAc]
[ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mG][mG][mC][mU][mG] [mC]-3’(SEQ ID NO: 984)之序列及所有修飾,且其中反義股包含5′-[MePhosphonate-4O-mUs][fAs][fUs][fU][fG][mA] [fA][mU][mA][fA][mU][mG][mU][fU][mC][mU][mU][mA][mU][mCs][mGs][mG]-3′(SEQ ID NO: 1020)之序列及所有修飾,其中mC、mA、mG、mU=2'-OMe核糖核苷;fA、fC、fG、fU=2'F核糖核苷;s=硫代磷酸酯,且其中ademA-GalNAc=GalNAc修飾之腺嘌呤核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’
-[ademXs-L][mX][mX][mX][mX][mX][mX] [fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fXs][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-L=脂質分子(例如C18)附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fXs][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX] [mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274mRNA表現之寡核苷酸包含正義股及反義股,其包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中基於以下模式修飾正義股及反義股
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fXs][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX] [mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’
-[ademXs-L][mX][mX][mX][mX][mX][mX] [fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-L=脂質分子(例如C18)附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含根據以下之正義股及反義股:
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,用於減少
CD274mRNA表現之寡核苷酸包含正義股及反義股,其包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中基於以下模式修飾正義股及反義股
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX] [mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供用於減少
CD274表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中寡核苷酸包含正義股及反義股,其包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 965及1001;
(b)分別為SEQ ID NO: 966及1002;
(c)分別為SEQ ID NO: 968及1004;
(d)分別為SEQ ID NO: 969及1005;
(e)分別為SEQ ID NO: 970及1006;
(f)分別為SEQ ID NO: 971及1007;
(g)分別為SEQ ID NO: 972及1008;
(h)分別為SEQ ID NO: 974及1010;
(i)分別為SEQ ID NO: 975及1011;
(j)分別為SEQ ID NO: 976及1012;
(k)分別為SEQ ID NO: 977及1013;
(l)分別為SEQ ID NO: 978及1014;
(m)分別為SEQ ID NO: 979及1015;
(n)分別為SEQ ID NO: 980及1016;
(o)分別為SEQ ID NO: 981及1017;
(p)分別為SEQ ID NO: 982及1018;
(q)分別為SEQ ID NO: 983及1019;
(r)分別為SEQ ID NO: 984及1020;
(s)分別為SEQ ID NO: 985及1021;
(t)分別為SEQ ID NO: 986及1022;
(u)分別為SEQ ID NO: 987及1023;
(v)分別為SEQ ID NO: 988及1024;
(w)分別為SEQ ID NO: 989及1025;
(x)分別為SEQ ID NO: 990及1026;
(y)分別為SEQ ID NO: 991及1027;
(z)分別為SEQ ID NO: 992及1028;
(aa)分別為SEQ ID NO: 993及1029;
(bb)分別為SEQ ID NO: 994及1030;
(cc)分別為SEQ ID NO: 995及1031;
(dd)分別為SEQ ID NO: 996及1032;
(ee)分別為SEQ ID NO: 997及1033;
(ff)分別為SEQ ID NO: 998及1034;
(gg)分別為SEQ ID NO: 999及1035;
(hh)分別為SEQ ID NO: 1000及1036;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 973及1009。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 966所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1002所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 968所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1004所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 969所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1005所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 1050所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1005所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 970所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1006所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 971所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1007所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 973所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1009所示之核苷酸序列。在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含如SEQ ID NO: 984所示之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO: 1020所示之核苷酸序列。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 728之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO: 487之核苷酸序列,其中該正義股包含與該正義股之5’端核苷酸接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 728之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO:487之核苷酸序列,其中該正義股包含經由連接子與該正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 725之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO: 484之核苷酸序列,其中該正義股包含與該正義股之5’端核苷酸接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 725之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO:
484之核苷酸序列,其中該正義股包含經由連接子與該正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 732之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO:
491之核苷酸序列,其中該正義股包含與該正義股之5’端核苷酸接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,該反義股包含SEQ ID NO: 732之核苷酸序列,該正義股包含SEQ ID NO:
491之核苷酸序列,其中該正義股包含經由連接子與該正義股之5’端核苷酸之核糖環的2’碳接合之飽和C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含反義股及正義股,其中該反義股係20至30個核苷酸長度且具有與如SEQ ID NO: 2、5及9中任一者所示之CD274之目標序列的19至29個核苷酸之互補區,其中該正義股係28至40個核苷酸長度且在其3′端包含列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,其中該反義股及該正義股形成至少19個核苷酸長度之雙鏈體區,且其中該正義股包含與該正義股之5’端核苷酸接合之C18烴鏈。
在一些實施態樣中,本揭露提供之用於減少
CD274表現之靶向CD274之寡核苷酸包含約20至22個核苷酸長度之反義股及約28至40個核苷酸長度之正義股,其中該反義股及該正義股形成約20至22個鹼基對之不對稱雙鏈體區,該雙鏈體區包含該反義股之至少1個核苷酸之3’端懸垂,其中該反義股包含與如SEQ ID NO: 2、5及9中任一者所示之CD274之目標序列的19至21個核苷酸之互補區,其中該正義股包含:(i)在該正義股之3’端的莖環,其中該莖環包含由式5’-S1-L-S2-3’所表示之核苷酸序列,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,及(ii)與該正義股之5’端核苷酸接合之至少一個C18烴鏈,且其中該反義股及該正義股之各者包含至少一個2’-修飾之核苷酸及至少一個修飾之核苷酸間連結。
調配物已發展用於寡核苷酸用途之各種調配物(例如醫藥調配物)。例如,可使用調配物向個體或細胞環境遞送寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),該調配物最小化降解、促進遞送及/或攝取、或為調配物中之寡核苷酸提供另一有益性質。在一些實施態樣中,本文提供之包含寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)之組成物減少
CD274之表現。此類組成物可經合適調配,以使得當向個體投予時(不論投予至目標細胞的緊鄰環境(immediate environment)或全身性投予),足夠部分之寡核苷酸進入細胞以減少
CD274表現。任何種類的合適寡核苷酸調配物均可用於遞送寡核苷酸以減少如本文揭示之
CD274。在一些實施態樣中,寡核苷酸係調配於緩衝溶液諸如磷酸鹽緩衝鹽水溶液、脂質體、微胞結構及殼體中。不僅可提供呈核酸之本文所述之任何寡核苷酸,但亦呈醫藥上可接受之鹽之形式。
具有陽離子脂質之寡核苷酸之調配物可用於促進寡核苷酸轉染至細胞中。例如,可使用陽離子脂質諸如脂質轉染劑lipofectin、陽離子甘油衍生物及多價陽離子分子(例如聚離胺酸)。合適脂質包括Oligofectamine、Lipofectamine(Life Technologies)、NC388(Ribozyme Pharmaceuticals, Inc., Boulder, Colo.)或FuGene 6(Roche),其所有均可根據製造商之說明使用。
因此,在一些實施態樣中,調配物包含脂質奈米粒子。在一些實施態樣中,賦形劑包含脂質體、脂質、脂質複合物、微球、微粒、奈米球或奈米粒子,或可另行調配用於向有此需要之個體的細胞、組織、器官或身體投予(參見例如Remington:
THE SCIENCE AND PRACTICE OF PHARMACY, 22nd edition, Pharmaceutical Press, 2013)。
在一些實施態樣中,本文中之調配物包含賦形劑。在一些實施態樣中,賦形劑授予組成物改善的穩定性、改善的吸收、改善的溶解度及/或活性成分之治療性增強。在一些實施態樣中,賦形劑係緩衝劑(例如檸檬酸鈉、磷酸鈉、tris鹼或氫氧化鈉)或媒劑(例如緩衝溶液、石蠟脂、二甲亞碸或礦物油)。在一些實施態樣中,將寡核苷酸冷凍乾燥以延長其架儲期,接著在使用前配製成溶液(例如向個體投予)。因此,在包含本文所述之寡核苷酸中任一者之組成物中之賦形劑可為凍乾保護劑(例如甘露醇、乳糖、聚乙二醇或聚乙烯吡咯啶酮)或崩解溫度改質劑(例如右旋糖苷、Ficoll™或明膠)。
在一些實施態樣中,醫藥組成物係經調配為相容於其意圖投予途徑。投予途徑之實例包括腸胃外(例如靜脈內、肌肉內、腹膜內、皮內、皮下)、經口(例如吸入)、經皮(例如局部)、經黏膜及直腸投予。
適用於注射用途之醫藥組成物包括無菌水溶液(其為水溶性)或分散劑及供立即製備無菌注射溶液或分散劑之無菌粉末。以靜脈投予而言,合適載劑包括生理鹽水、制菌水、Cremophor EL™(BASF, Parsippany, N.J.)或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。載劑可為含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇、液體聚乙二醇及該類似物)及其合適混合物之溶劑或分散介質。在許多情況下,較佳的是該組成物包括等張劑,例如糖、多元醇諸如甘露醇、山梨醇、氯化鈉。無菌注射溶液可藉由將所需量之寡核苷酸與以上列舉之成分中之一者或組合視需要併入選定溶劑,隨後過濾滅菌來製備。
在一些實施態樣中,組成物可含有至少約0.1%或更多之治療劑(例如用於減少
CD274表現之RNAi寡核苷酸),儘管活性成分之百分比可介於總組成物之重量或體積的約1%至約80%或更多之間。製備此類醫藥調配物之所屬技術領域中具有通常知識者將考慮諸如溶解度、生體可用率、生物半衰期、投予途徑、產品架儲期以及其他藥理考量的因子,且因此多種劑量及治療方案可為所欲。
細胞毒性 T 淋巴球相關抗原 (CTLA4) 抑制劑在一些實施態樣中,本揭露提供與本文所述之寡核苷酸組合使用之CTLA4抑制劑。在一些實施態樣中,CTLA4抑制劑抑制CTLA4與其配體B7.1或B7.2之締合。在一些實施態樣中,CTLA4抑制劑對CTLA4具特異性。
在一些實施態樣中,CTLA4抑制劑係抗CTLA4抗體。在一些實施態樣中,抗體係全長抗體。在一些實施態樣中,抗體係抗體片段。在一些實施態樣中,CTLA4抑制劑係小分子。
在一些實施態樣中,抗CTLA4抗體係伊匹單抗(MDX-010)。在一些實施態樣中,抗CTLA4抗體係曲美木單抗。
在一些實施態樣中,抗CTLA4抗體係所屬技術領域中已知之任何抗CTLA4抗體,包括但不限於揭示於Ascierto et al. “Anti-CTLA4 monoclonal antibodies: the past and the future in clinical application”
J. of Translational Medicine.9(196): 2011中之抗CTLA4抗體。
在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約30nM至約100nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約30nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗PD-L1抗體以約40nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約50nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約60nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約70nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約80nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約90nM之親和力與CTLA4結合。在一些實施態樣中,本文所述之抗CTLA4抗體以約100nM之親和力與CTLA4結合。
在一些實施態樣中,使用展示技術產生抗體。用於產生抗體多肽之展示技術包括任何展示技術(例如展示庫篩選技術)。在一些實施態樣中,藉由使用展示技術(例如噬菌體展示技術)篩選目標抗原來設計、選擇或最佳化合成抗體。噬菌體展示庫可包含數百萬至數十億個噬菌體載體,各自在其病毒外殼上表現獨特抗體片段。此類庫可提供豐富多樣資源,用於選擇對一或多種受關注抗原具有不同親和力水準之潛在數百個抗體片段(McCafferty, et al., 1990. Nature.348:552-4;Edwards, B.M. et al., 2003. JMB.334: 103-18;Schofield, D. et al., 2007. Genome Biol.8, R254及Pershad, K. et al., 2010. Protein Engineering Design and Selection.23:279-88;其各自內容全文以引用方式併入本文中)。通常,存在於此類庫中之抗體片段包含scFv抗體片段,其構成藉由可撓性連接子聯結之V
H及V
L抗體結構域之融合蛋白。在一些情況下,scFv可含有相同序列,例外為編碼CDR之可變環之獨特序列。在一些情況下,scFv係表現呈融合蛋白,其與病毒外殼蛋白質(例如病毒丸劑外殼蛋白質之N端)連接。可分開表現VL鏈以用於在複合併入病毒外殼之前在周質中與VH鏈總成。經沉澱之庫成員可自結合的噬菌體定序以獲得編碼所欲scFv之cDNA。可將來自此類序列之抗體可變結構域或CDR直接併入抗體序列中以用於重組抗體產生或使之突變且透過活體外親和力成熟來用於進一步最佳化。
在一些實施態樣中,使用酵母菌表面展示技術產生欲在病毒基因體中編碼之多肽的序列。在一些實施態樣中,藉由在酵母菌表面上展示受關注抗體片段作為融合來發展重組抗體,其中蛋白質與溶液中之蛋白質及小分子交互作用。可使用磁分離及流式細胞術,自酵母菌表面單離對所欲受體具有親和力之scFv。可進行數個週期之酵母菌表面展示及單離以透過引導演化達到具有所欲性質之scFv。
用於測定抗體對其抗原之親和力的方法係所屬技術領域中已知。用於測定結合親和力之例示性方法採用表面電漿共振。表面電漿共振係一種光學現象,其允許藉由例如使用BIAcore系統(Pharmacia Biosensor AB, Uppsala, Sweden and Piscataway, N.J.)偵測在生物感測器矩陣內蛋白質濃度之變化來分析即時生物特異性交互作用。進一步說明參見Jonsson, U., et al.(1993)Ann. Biol. Clin. 51: 19-26;Jonsson, U., i(1991)Biotechniques 11 :620-627;Johnsson, B., et al.(1995)J. Mol.Recognit. 8: 125-131;及Johnsson, B., et al.(1991)Anal. Biochem. 198:268-277。
使用方法 減少 CD274 表現 在一些實施態樣中,本揭露提供用於將有效量的本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)接觸或遞送至細胞或細胞群以減少
CD274表現之方法。在一些實施態樣中,
CD274表現之減少係藉由測量細胞中
CD274mRNA、PD-L1蛋白質、PD-L1活性的量或水準之減少來測定。方法包括該些在本文中描述且為所屬技術領域中具有通常知識者已知者。
本文提供之方法係用於任何適當細胞類型。在一些實施態樣中,細胞係表現
CD274mRNA之任何細胞(例如肝細胞)。在一些實施態樣中,細胞係獲自個體之初代細胞。在一些實施態樣中,初代細胞已進行有限次數的繼代以使細胞實質上維持其天然表型性質。在一些實施態樣中,經遞送寡核苷酸之細胞係離體或活體外(即,可遞送至培養中之細胞或細胞所在之有機體)。
在一些實施態樣中,將本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)使用所屬技術領域中已知之核酸遞送方法遞送至細胞或細胞群,該方法包括但不限於注射含有寡核苷酸之溶液、用包覆寡核苷酸之粒子撞擊、使細胞或細胞群暴露至含有寡核苷酸之溶液或在寡核苷酸存在下細胞膜之電穿孔。可使用其他用於遞送寡核苷酸至細胞之所屬技術領域中已知之方法,諸如脂質介導之載劑運輸、化學介導之運輸及陽離子脂質體轉染諸如磷酸鈣及其他。
在一些實施態樣中,
CD274表現之減少係藉由評估與
CD274表現相關之細胞或細胞群的一或多種分子、性質或特徵的檢定或技術,或藉由評估直接指示細胞或細胞群中之
CD274表現的分子(例如
CD274mRNA或PD-L1蛋白質)的檢定或技術來測定。在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸減少
CD274表現之程度係藉由比較與寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中之
CD274表現和適當對照(例如未與寡核苷酸接觸或與對照寡核苷酸接觸之適當細胞或細胞群)來評估。在一些實施態樣中,預先測定對照細胞或細胞群中之
CD274表現的對照量或水準,以使得不需要在每次執行檢定或技術時測量對照量或水準。預先測定的水準或值可呈多種形式。在一些實施態樣中,預先測定的水準或值可為單一臨界值,諸如中位數或平均值。
在一些實施態樣中,使本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)接觸或遞送至細胞或細胞群導致未與寡核苷酸接觸或與對照寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中的
CD274表現減少。在一些實施態樣中,
CD274表現相對於
CD274表現的對照量或水準減少約1%或更低、約5%或更低、約10%或更低、約15%或更低、約20%或更低、約25%或更低、約30%或更低、約35%或更低、約40%或更低、約45%或更低、約50%或更低、約55%或更低、約60%或更低、約70%或更低、約80%或更低或約90%或更低。在一些實施態樣中,
CD274表現的對照量或水準係未與本文中之寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中之
CD274mRNA及/或PD-L1蛋白質的量或水準。在一些實施態樣中,根據本文中之方法遞送本文中之寡核苷酸至細胞或細胞群之效應係在任何有限期間或量的時間(例如數分鐘、數小時、數天、數週、數個月)後評估。例如,在一些實施態樣中,
CD274表現係在使寡核苷酸接觸或遞送至細胞或細胞群後至少約4 小時、約8小時、約12小時、約18小時、約24小時;或至少約1天、約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、約7天、約8天、約9天、約10天、約11天、約12天、約13天、約14天、約21天、約28天、約35天、約42天、約49天、約56天、約63天、約70天、約77天或約84天或更多天在細胞或細胞群中測定。在一些實施態樣中,
CD274表現係在使寡核苷酸接觸或遞送至細胞或細胞群後至少約1個月、約2個月、約3個月、約4個月、約5個月或約6個月或更多個月在細胞或細胞群中測定。
在一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)係呈轉殖基因之形式遞送,該轉殖基因經工程改造以在細胞中表現寡核苷酸或包含寡核苷酸之股(例如其正義股及反義股)。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸係使用經工程改造以表現本文揭示之任何寡核苷酸之轉殖基因遞送。轉殖基因可使用病毒載體(例如腺病毒、反轉錄病毒、痘瘡病毒、痘病毒、腺相關病毒或單純疱疹病毒)或非病毒載體(例如質體或合成的mRNA)遞送。在一些實施態樣中,轉殖基因可直接注射至個體。
在一些實施態樣中,使本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)接觸或遞送至腫瘤引流淋巴結導致未與寡核苷酸接觸或與對照寡核苷酸接觸之腫瘤引流淋巴結中的
CD274表現減少。在一些實施態樣中,腫瘤引流淋巴結中之
CD274表現相對於未經
CD274 寡核苷酸治療之腫瘤引流淋巴結中之
CD274表現的對照量或水準減少約1%或更低、約5%或更低、約10%或更低、約15%或更低、約20%或更低、約25%或更低、約30%或更低、約35%或更低、約40%或更低、約45%或更低、約50%或更低、約55%或更低、約60%或更低、約70%或更低、約80%或更低或約90%或更低。在一些實施態樣中,
CD274表現的對照量或水準係未與本文中之寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中之
CD274mRNA及/或PD-L1蛋白質的量或水準。
在一些實施態樣中,使本文所述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)接觸或遞送至腫瘤微環境導致未與寡核苷酸接觸或與對照寡核苷酸接觸之腫瘤微環境中的
CD274表現減少。在一些實施態樣中,腫瘤微環境中之
CD274表現相對於未經
CD274 寡核苷酸治療之腫瘤微環境中之
CD274表現的對照量或水準減少約1%或更低、約5%或更低、約10%或更低、約15%或更低、約20%或更低、約25%或更低、約30%或更低、約35%或更低、約40%或更低、約45%或更低、約50%或更低、約55%或更低、約60%或更低、約70%或更低、約80%或更低或約90%或更低。在一些實施態樣中,
CD274表現的對照量或水準係未與本文中之寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中之
CD274mRNA及/或PD-L1蛋白質的量或水準。
CD274 寡核苷酸與 CTLA4 抑制劑之組合 在一些實施態樣中,本揭露提供CD274寡核苷酸,其供使用於或適合使用於治療已接受或正在接受CTLA4抑制劑之個體(例如患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之人類)。
在一些實施態樣中,本文所述之方法包含選擇個體,該個體患有或易患與CD274表現及/或CTLA4表現相關之疾病、病症或病況。在一些情況下,方法可包括選擇個體,該個體具有與CD274表現及/或CTLA4表現相關之疾病諸如癌症或其他慢性淋巴細胞增生性病症的標記。
同樣地且如本文中所詳述,方法亦可包括步驟,諸如測量或獲得CD274表現及/或CTLA4表現之標記的基線值,接著比較此類獲得之值與一或多個其他基線值或投予寡核苷酸後獲得之值,以評估治療之有效性。
在一些實施態樣中,本揭露提供用本文中之CD274寡核苷酸治療個體之方法,該個體患有或疑似患有疾病、病症或病況或有發展其之風險,其中個體已接受或正在接受CTLA4抑制劑。在一些實施態樣中,本揭露提供用本文所述之CTLA4抑制劑治療個體之方法,該個體患有或疑似患有疾病、病症或病況或有發展其之風險,其中個體已接受或正在接受本文所述之CD274寡核苷酸。
在一些態樣中,本揭露提供使用本文中之CD274寡核苷酸與CTLA4抑制劑之組合治療或減弱與CD274表現相關之疾病、病症或病況的開始或進展之方法。在其他態樣中,本揭露提供使用本文中之CD274寡核苷酸與CTLA4抑制劑之組合在患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體中達成一或多種治療效益之方法。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由投予治療有效量的本文中之CD274寡核苷酸與CTLA4抑制劑之組合來治療。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由向已接受或正在接受CTLA4抑制劑之個體投予治療有效量的本文中之CD274寡核苷酸來治療。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由向已接受或正在接受本文中之CD274寡核苷酸之個體投予治療有效量的CTLA4抑制劑來治療。在一些實施態樣中,個體係經治療性治療。在一些實施態樣中,個體係經預防性治療。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向已接受或正在接受CTLA4抑制劑之患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之一或多種CD274寡核苷酸或包含一或多種CD274寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之CD274表現減少,藉此治療個體。在一些實施態樣中,個體中之
CD274mRNA的量或水準減少。在一些實施態樣中,個體中之CD274及/或蛋白質的量或水準減少。在本文中之方法之一些實施態樣中,向已接受或正在接受CTLA4抑制劑之患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之一或多種CD274寡核苷酸或包含一或多種CD274寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之CD274表現及CTLA4傳訊減少,藉此治療個體。在一些實施態樣中,個體中之
CD274mRNA及CTLA4傳訊的量或水準減少。在一些實施態樣中,個體中之CD274及/或蛋白質的量或水準減少且個體中之CTLA4傳訊減少。
在一些實施態樣中,向個體投予治療有效量的CD274寡核苷酸及/或CTLA4抑制劑。治療上可接受的量可為可治療性治療疾病或病症的量。用於任一個體之適當劑量將取決於某些因子,包括個體的體型大小、身體表面積、年齡、欲投予之特定組成物、組成物中之活性成分、投予時間及途徑、整體健康及同時投予之其他藥物。
在一些實施態樣中,個體經投予本文中之組成物中任一者,不論是經腸(例如口服、藉由胃餵食管、藉由十二指腸餵食管、經由胃造口術或經直腸)、腸胃外(例如皮下注射、靜脈注射或輸注、動脈內注射或輸注、骨內輸注、肌肉內注射、大腦內注射、腦室內注射、鞘內)、局部(例如皮上、吸入、經由點眼劑或透過黏膜)或直接注射至目標器官中。一般而言,本文中之寡核苷酸係靜脈內或皮下投予。
作為非限制性實例組,本文中之寡核苷酸一般將每季(每三個月一次)、雙月(每二個月一次)、每月或每週投予。例如,寡核苷酸可每週或以二或三週之間隔投予。替代地,寡核苷酸可每天投予。在一些實施態樣中,個體經投予一或多個起始劑量之寡核苷酸及隨後一或多個維持劑量之寡核苷酸。
在一些實施態樣中,本文中之CTLA4抑制劑(例如抗CTLA4抗體)係每季(每三個月一次)、雙月(每二個月一次)、每月或每週投予。例如,抑制劑係每週或以二或三週之間隔投予。替代地,抑制劑係每天投予。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸係與CTLA4抑制劑組合投予。在一些實施態樣中,寡核苷酸及抑制劑係同時、依序(以任何順序)或間歇性組合投予。例如,寡核苷酸及抑制劑可同時共投。替代地,可投予寡核苷酸且隨後任何量的時間之後(例如一小時、一天、一週或一個月)投予抑制劑,或反之亦然。
在一些實施態樣中,所欲治療之個體係人類或非人類靈長動物或其他哺乳動物個體。其他例示性個體包括馴養動物諸如犬及貓;家畜諸如馬、牛、豬、綿羊、山羊及雞;及動物諸如小鼠、大鼠、天竺鼠及倉鼠。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療個體的癌症之方法,該方法包含(i)投予包含15至30個核苷酸長度之反義股及15至40個核苷酸長度之正義股之寡核苷酸,其中反義股及正義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,且其中互補區係至少15個連續核苷酸長度,及(ii)投予CTLA-4抑制劑。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予RNAi寡核苷酸及CTLA-4抑制劑,其中寡核苷酸包含15至30個核苷酸長度之反義股及15至40個核苷酸長度之正義股,其中反義股及正義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,且其中互補區係至少15個連續核苷酸長度。
CD274 寡核苷酸與癌症療法之組合 在一些實施態樣中,本揭露提供CD274寡核苷酸,其供使用於或適合使用於治療已接受或正在接受癌症療法之個體(例如患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之人類)。在一些實施態樣中,癌症療法係化學療法、免疫療法、放射療法、切除手術、標靶療法、移植(實體組織或幹細胞)或其組合。
在一些實施態樣中,本文所述之方法包含選擇個體,該個體患有或易患與CD274表現相關之疾病、病症或病況。在一些實施態樣中,方法包含選擇個體,該個體具有與CD274表現相關之疾病諸如癌症的標記。
在一些實施態樣中,本揭露提供用本文中之CD274寡核苷酸治療個體之方法,該個體患有或疑似患有疾病、病症或病況或有發展其之風險,其中個體已接受或正在接受癌症療法。
在一些實施態樣中,本揭露提供使用本文中之CD274寡核苷酸與癌症療法之組合治療或減弱與CD274表現相關之疾病、病症或病況的開始或進展之方法。在一些實施態樣中,本揭露提供使用本文中之CD274寡核苷酸與化學療法、免疫療法、放射療法、切除手術、標靶療法、移植(實體組織或幹細胞)中一或多者之組合治療或減弱與CD274表現相關之疾病、病症或病況的開始或進展之方法。在一些實施態樣中,本揭露提供使用本文中之CD274寡核苷酸與癌症療法之組合在患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體中達成一或多種治療效益之方法。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由投予治療有效量的本文中之CD274寡核苷酸與癌症療法之組合來治療。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由向已接受或正在接受癌症療法之個體投予治療有效量的本文中之CD274寡核苷酸來治療。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由向已接受或正在接受本文中之CD274寡核苷酸之個體投予治療有效量的癌症療法來治療。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向已接受或正在接受癌症療法之患有與CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之一或多種CD274寡核苷酸或包含一或多種CD274寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之CD274表現減少,藉此治療個體。在一些實施態樣中,個體中之
CD274mRNA的量或水準減少。在一些實施態樣中,個體中之CD274及/或蛋白質的量或水準減少。
在一些實施態樣中,向個體投予治療有效量的CD274寡核苷酸及/或癌症療法。治療上可接受的量可為可治療性治療疾病或病症的量。用於任一個體之適當劑量將取決於某些因子,包括個體的體型大小、身體表面積、年齡、欲投予之特定組成物、組成物中之活性成分、投予時間及途徑、整體健康及同時投予之其他藥物。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療個體的癌症之方法,該方法包含(i)投予包含15至30個核苷酸長度之反義股及15至40個核苷酸長度之正義股之寡核苷酸,其中反義股及正義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,且其中互補區係至少15個連續核苷酸長度,及(ii)投予癌症療法。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予RNAi寡核苷酸及癌症療法,其中寡核苷酸包含15至30個核苷酸長度之反義股及15至40個核苷酸長度之正義股,其中反義股及正義股形成雙鏈體區,其中反義股包含與
CD274mRNA目標序列之互補區,且其中互補區係至少15個連續核苷酸長度。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予RNAi寡核苷酸及癌症療法,其中寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股包含SEQ ID NO: 1050,該反義股包含SEQ ID NO: 1005。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予RNAi寡核苷酸及癌症療法,其中寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股及反義股包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中基於以下模式修飾正義股及反義股
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fXs][fX] [fX][mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX] [mX][mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
在一些實施態樣中,本揭露提供一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予RNAi寡核苷酸及癌症療法,其中寡核苷酸包含正義股及反義股,該正義股及反義股包含選自以下之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(b)分別為SEQ ID NO: 487及728;及
(c)分別為SEQ ID NO: 491及732,
其中基於以下模式修飾正義股及反義股
正義股:5’
-[ademXs-C18][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][fX][fX][fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX]-3’
雜交至:
反義股:5’-[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX][fX] [mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX] [mX][mX][mXs][mXs][mX]-3’;
其中mX=2’-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2’-氟基修飾之核苷酸,s=硫代磷酸酯連結,][=磷酸二酯連結,[MePhosphonate-4O-mX]=4’-O-單甲基膦酸酯-2’-O-甲基修飾之核苷酸,且AdemX-C18=C18烴鏈附接至核苷酸。
癌症 在一些實施態樣中,單獨CD274寡核苷酸或與CTLA4抑制劑之組合係用於治療癌症或腫瘤。在一些實施態樣中,腫瘤係原發性腫瘤。在一些實施態樣中,腫瘤係轉移性腫瘤。在一些實施態樣中,腫瘤係難治性腫瘤。在一些實施態樣中,腫瘤係第I期、第II期、第III期或第IV期腫瘤。在一些實施態樣中,腫瘤係實體腫瘤。實體腫瘤係指其中癌症形成塊狀物之病況。
在一些實施態樣中,癌症係甲狀腺癌、乳頭狀甲狀腺癌、頭頸癌、肝癌、結直腸癌、胰臟癌、乳癌、卵巢癌、肺癌、癌、胚細胞瘤、神經管胚細胞瘤、視網膜胚細胞瘤、肉瘤、脂肉瘤、滑膜細胞肉瘤、神經內分泌腫瘤、類癌瘤、胃泌激素瘤、島細胞癌、間皮瘤、許旺細胞瘤、聽神經瘤、腦脊髓膜瘤、腺癌、淋巴樣惡性病、鱗狀細胞癌、上皮鱗狀細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺部腺癌、肺部鱗狀癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌、胃腸道癌、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、膀胱癌、肝腫瘤、轉移性乳癌、結腸癌、直腸癌、子宮內膜或子宮癌、唾液腺癌、腎癌、前列腺癌、陰門癌、肝癌、肛門癌、陰莖癌、Merkel細胞癌、睪丸癌、食道癌或膽道之腫瘤。在一些實施態樣中,癌症對抗PD1、抗PDL1及/或抗CTLA4療法呈現難治性。在一些實施態樣中,癌症係胰臟癌或肺癌。在一些實施態樣中,癌症包含具有免疫抑制性腫瘤微環境之腫瘤。在一些實施態樣中,癌症對免疫檢查點療法具抗性。在一些實施態樣中,癌症對免疫檢查點療法具部分抗性。在一些實施態樣中,癌症對免疫檢查點療法具敏感性。
在一些實施態樣中,單獨CD274寡核苷酸或與CLTA4抑制劑之組合減少腫瘤體積。腫瘤體積係使用所屬技術領域中具有通常知識者已知之方法測量。例如,取出的腫瘤係使用卡尺手動測量。其他方法包括影像方法諸如超音波及MRI。在一些實施態樣中,寡核苷酸接合物相較於未治療之腫瘤減少至少5%、至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或至少90%的腫瘤體積。
治療方法 本揭露提供用作為藥劑之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),特別是供使用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症及病況之方法。本揭露亦提供寡核苷酸,其供使用於或適合使用於治療將得益於減少
CD274表現之個體(例如患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之人類)。在一些態樣中,本揭露提供寡核苷酸,其供使用於或適合使用於治療患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體。本揭露亦提供寡核苷酸,其供使用或適合使用於製造用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之藥劑或醫藥組成物。在一些實施態樣中,寡核苷酸供使用於或適合使用於靶向
CD274mRNA及減少
CD274表現(例如經由RNAi途徑)。在一些實施態樣中,寡核苷酸供使用於或適合使用於靶向
CD274mRNA及減少
CD274mRNA、PD-L1蛋白質及/或CD274活性的量或水準。
此外,在本文中之方法之一些實施態樣中,選擇患有或易患與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體以用本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)治療。在一些實施態樣中,方法包含選擇個體,該個體具有或易於具有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況的標記(例如生物標記),諸如但不限於
CD274mRNA、PD-L1蛋白質或其組合。同樣地且如以下所詳述,本揭露提供之方法之一些實施態樣包括步驟,諸如測量或獲得
CD274表現(例如
CD274mRNA)之標記的基線值,接著比較此類獲得之值與一或多個其他基線值或個體經投予寡核苷酸後獲得之值,以評估治療之有效性。
本揭露亦提供用本文提供之寡核苷酸治療個體之方法,該個體患有或疑似患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況或有發展其之風險。在一些態樣中,本揭露提供使用本文中之寡核苷酸治療或減弱與
CD274表現相關之疾病、病症或病況的開始或進展之方法。在其他態樣中,本揭露提供使用本文提供之寡核苷酸在患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體中達成一或多種治療效益之方法。在本文中之方法之一些實施態樣中,個體係藉由投予治療有效量的本文提供之寡核苷酸之任一或多者來治療。在一些實施態樣中,治療包含減少
CD274表現。在一些實施態樣中,個體係經治療性治療。在一些實施態樣中,個體係經預防性治療。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之一或多種寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含一或多種寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之
CD274表現減少,藉此治療個體。在一些實施態樣中,個體中之
CD274mRNA的量或水準減少。在一些實施態樣中,個體中之PD-L1蛋白質的量或水準減少。在一些實施態樣中,個體中之PD-L1活性的量或水準減少。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274相關之疾病、病症或病況之個體投予本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之
CD274表現當與在投予一或多種寡核苷酸或醫藥組成物之前的
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,個體中之
CD274表現當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之個體(例如參考或對照個體)中之
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之
CD274mRNA的量或水準當與在投予寡核苷酸或醫藥組成物之前的
CD274mRNA的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,個體中之
CD274mRNA的量或水準當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之個體(例如參考或對照個體)中之
CD274mRNA的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之寡核苷酸或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之PD-L1蛋白質的量或水準當與在投予寡核苷酸或醫藥組成物之前的PD-L1蛋白質的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,個體中之PD-L1蛋白質的量或水準當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之個體(例如參考或對照個體)中之PD-L1蛋白質的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274相關之疾病、病症或病況之個體投予本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使個體中之
CD274基因活性/表現的量或水準當與在投予寡核苷酸或醫藥組成物之前的
CD274活性的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,個體中之
CD274活性的量或水準當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之個體(例如參考或對照個體)中之
CD274活性的量或水準比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274相關之疾病、病症或病況之個體投予本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使巨噬細胞中之
CD274表現當與在投予一或多種寡核苷酸或醫藥組成物之前的
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,巨噬細胞中之
CD274表現當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之巨噬細胞(例如參考或對照個體)中之
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
在本文中之方法之一些實施態樣中,向患有與
CD274相關之疾病、病症或病況之個體投予本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物,以使樹突細胞中之
CD274表現當與在投予一或多種寡核苷酸或醫藥組成物之前的
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。在一些實施態樣中,樹突細胞中之
CD274表現當與未接受寡核苷酸或醫藥組成物或接受對照寡核苷酸、醫藥組成物或治療之樹突細胞(例如參考或對照個體)中之
CD274表現比較時減少至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或大於99%。
用於測定個體或來自個體之樣本中之
CD274表現、
CD274mRNA、PD-L1蛋白質、PD-L1活性或與調節
CD274表現相關或受其影響之生物標記(例如血漿生物標記)的量或水準之合適方法係所屬技術領域中已知。另外,本文中列示之實例說明用於測定
CD274表現之方法。
在一些實施態樣中,細胞(例如肝細胞)、細胞群或組(例如類器官)、器官、血液或其流份(例如血漿)、組織、樣本(例如活體組織切片樣本)或自個體獲得或單離之任何其他適當生物材料中之
CD274表現、
CD274mRNA、PD-L1蛋白質、PD-L1活性或與調節
CD274表現相關或受其影響之生物標記的量或水準或其任何組合減少。在一些實施態樣中,超過一種類型之細胞(例如肝細胞及一或多種其他類型之細胞)、超過一組細胞、超過一種器官(例如肝臟及一或多種其他器官)、超過一種血液流份(例如血漿及一或多種其他血液流份)、超過一種類型之組織(例如肝臟組織及一或多種其他類型之組織)或超過一種類型之樣本(例如肝臟活體組織切片樣本及一或多種其他類型之活體組織切片樣本)中之
CD274表現、
CD274mRNA、PD-L1蛋白質、PD-L1活性或與調節
CD274表現相關或受其影響之生物標記的量或水準或其任何組合減少。
由於其高特異性,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)特異性靶向細胞及組織或器官之目標基因之目標mRNA(例如
CD274mRNA)。在預防疾病方面,目標基因可為起始或維持疾病所需或已被識別為與較高之罹病風險相關。在治療疾病方面,可使寡核苷酸與展現或負責介導疾病之細胞、組織或器官接觸。例如,可使與野生型(即天然)或突變基因之全部或部分實質上相同之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)與受關注之細胞或組織類型(諸如腫瘤細胞或腫瘤組織)接觸或導入其中,該基因和與
CD274表現相關之病症或病況相關。
與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之實例包括但不限於癌症、B型肝炎病毒(HBV)感染、C型肝炎病毒(HCV)感染及人類免疫不全病毒(HIV)感染。
在一些實施態樣中,目標基因可為來自任何哺乳動物之目標基因,諸如人類目標。任何目標基因可根據本文所述之方法靜默。
本文所述之方法一般涉及向個體投予有效量的本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),也就是產生所欲治療結果的量。治療上可接受的量可為治療性治療疾病或病症的量。用於任一個體之適當劑量將取決於某些因子,包括個體的體型大小、身體表面積、年齡、欲投予之組成物、組成物中之活性成分、投予時間及途徑、整體健康及同時投予之其他藥物。
在一些實施態樣中,個體經投予本文中之組成物中任一者(例如包含本文所述之RNAi寡核苷酸之組成物),不論是經腸(例如口服、藉由胃餵食管、藉由十二指腸餵食管、經由胃造口術或經直腸)、腸胃外(例如皮下注射、靜脈注射或輸注、動脈內注射或輸注、骨內輸注、肌肉內注射、大腦內注射、腦室內注射、鞘內)、局部(例如皮上、吸入、經由點眼劑或透過黏膜)或直接注射至目標器官中。一般而言,本文中之寡核苷酸係靜脈內或皮下投予。
在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)或包含寡核苷酸之醫藥組成物係單獨或組合投予。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸係同時、依序(以任何順序)或間歇性組合投予。例如,二種寡核苷酸可同時共投。替代地,可投予一種寡核苷酸且隨後任何量的時間之後(例如一小時、一天、一週或一個月)投予第二種寡核苷酸。
在一些實施態樣中,所欲治療之個體係人類或非人類靈長動物或其他哺乳動物個體。其他例示性個體包括馴養動物諸如犬及貓;家畜諸如馬、牛、豬、綿羊、山羊及雞;及動物諸如小鼠、大鼠、天竺鼠及倉鼠。
套組在一些實施態樣中,本揭露提供一種套組,其包含本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)及使用說明。在一些實施態樣中,套組包含本文中之寡核苷酸及含有套組及/或其任何組分之使用說明的包裝仿單。在一些實施態樣中,套組包含在合適容器中之本文中之寡核苷酸、一或多個對照品及多種緩衝劑、試劑、酶及所屬技術領域中廣知的其他標準成分。在一些實施態樣中,容器包含其中放置寡核苷酸及在一些情況下經合適等分之至少一個小瓶、孔、試管、燒瓶、瓶、針筒或其他容器裝置。在提供額外組分之一些實施態樣中,套組含有其中放置此組分之額外容器。套組亦可包括一種將寡核苷酸及任何其他試劑含有在緊密封閉之用於商業銷售之裝置中。此類容器可包括其中保留所欲小瓶之射出或吹模成型塑膠容器。容器及/或套組可包括使用說明及/或警語之標示。
在一些實施態樣中,套組包含本文中之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)及醫藥上可接受之載劑或包含寡核苷酸之醫藥組成物及用於治療或延遲有此需要之個體的與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之進展的說明。
定義如本文中所使用,用語「反義寡核苷酸」涵蓋基於核酸之分子,其具有與目標mRNA之全部或部分互補之序列,特別是種子序列,藉此能夠與mRNA形成雙鏈體。因此,如本文中所使用之用語「反義寡核苷酸」可稱為「基於互補核酸之抑制劑」。
如本文中所使用,當施加至一或多個受關注值時,「大約」或「約」係指類似於陳述參考值之值。在某些實施態樣中,「約」係指落在陳述參考值任一方向(大於或小於)之25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或小於1%內的一範圍之值,除非另行說明或另行自上下文明顯可見(該數字將超過可能值的100%則除外)。
如本文中所使用,「投予」及類似用語係指以藥學上有用的方式(例如治療個體的疾病、病症或病況)向個體提供物質(例如寡核苷酸)。
如本文中所使用,「減弱」及類似用語係指減少或有效停止。作為非限制性實例,本文中之一或多種治療可減少或有效停止個體的癌症之進展。此減弱可藉由例如以下例示:癌症之一或多個態樣(例如症狀、組織特徵及細胞性、發炎性或免疫學活性等)的降低、癌症之一或多個態樣無可偵測的進展(惡化)或無可偵測之原本預期之個體的癌症之態樣。在一些實施態樣中,本文中之一或多種治療可減少或有效停止B型肝炎病毒(HBV)感染、C型肝炎病毒(HCV)感染或人類免疫不全病毒(HIV)感染。此減弱可藉由例如以下例示:病毒感染之一或多個態樣(例如症狀、組織特徵及細胞性、發炎性或免疫學活性等)的降低、病毒感染之一或多個態樣無可偵測的進展(惡化)或無可偵測之原本預期之個體的病毒感染之態樣。
如本文中所使用,「互補」係指二個核苷酸(例如在二個相對核酸上或在單一核酸股的相對區域上)之間的結構關係,其允許二個核苷酸彼此形成鹼基對。例如,與相對的核酸之嘧啶核苷酸互補之一個核酸的嘌呤核苷酸可藉由彼此形成氫鍵來鹼基配對在一起。在一些實施態樣中,互補核苷酸可以Watson-Crick方式或以允許形成穩定雙鏈體之任何其他方式鹼基配對。在一些實施態樣中,二個核酸可具有彼此互補之多個核苷酸之區域以形成如本文所述之互補區。
如本文中所使用,「去氧核糖核苷酸」係指相較於核糖核苷酸,在其五碳糖之2′位置具有氫代替羥基之核苷酸。修飾之去氧核糖核苷酸係除2′位置以外之原子具有一或多個修飾或取代之去氧核糖核苷酸,包括在糖、磷酸基團或鹼基中之修飾或取代。
如本文中所使用,「雙股寡核苷酸」或「ds寡核苷酸」係指實質上呈雙鏈體形式之寡核苷酸。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸之雙鏈體區的互補鹼基配對係在共價分開的核酸股之反向平行核苷酸序列之間形成。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸之雙鏈體區的互補鹼基配對係在共價連接的核酸股之反向平行核苷酸序列之間形成。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸之雙鏈體區的互補鹼基配對係自單一核酸股形成,該單一核酸股經摺疊(例如經由髮夾)以提供鹼基配對在一起之互補反向平行核苷酸序列。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸包含二個彼此完全雙鏈化之共價分開的核酸股。然而,在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸包含二個部分雙鏈化之共價分開的核酸股(例如在一或兩端具有懸垂)。在一些實施態樣中,雙股寡核苷酸包含部分互補之反向平行核苷酸序列,且因此可具有一或多個錯配,其可包括內部錯配或末端錯配。
如本文中所使用,提到核酸(例如寡核苷酸)時之「雙鏈體」係指透過二個反向平行核苷酸序列之互補鹼基配對形成之結構。
如本文中所使用,「賦形劑」係指可包括在組成物中之非治療劑,以例如提供或有助於所欲一致性或穩定效應。
如本文中所使用,用語「
CD274」或「PD-L1」係指分化簇274或程式化死亡配體1。CD274基因編碼第I型跨膜蛋白質,其與PD-1受體交互作用以抑制T細胞活化。
如本文中所使用,「不穩定連接子」係指可經切割(例如藉由酸性pH)之連接子。「相當穩定連接子」係指無法被切割之連接子。
如本文中所使用,「環」係指核酸(例如寡核苷酸)之不成對區域,其係與核酸之二個彼此足夠互補之反向平行區域側接,以使得在適當雜交條件下(例如在磷酸鹽緩衝劑中、在細胞中),側接不成對區域之二個反向平行區域雜交以形成雙鏈體(稱為「莖」)。
如本文中所使用,「修飾之核苷酸間連結」係指相較於包含磷酸二酯鍵之參考核苷酸間連結,具有一或多個化學修飾之核苷酸間連結。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸係非天然存在之連結。一般而言,修飾之核苷酸間連結向其中存在修飾之核苷酸間連結之核酸授予一或多個所欲之性質。例如,修飾之核苷酸間連結可改善熱穩定性、對降解之抗性、核酸酶抗性、溶解度、生體可用率、生物活性、減少免疫原性等。
如本文中所使用,「修飾之核苷酸」係指相較於選自以下之對應參考核苷酸具有一或多個化學修飾之核苷酸:腺嘌呤核糖核苷酸、鳥嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸、腺嘌呤去氧核糖核苷酸、鳥嘌呤去氧核糖核苷酸、胞嘧啶去氧核糖核苷酸及胸苷去氧核糖核苷酸。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸係非天然存在之核苷酸。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸在其糖、核鹼基及/或磷酸基團中具有一或多個化學修飾。在一些實施態樣中,修飾之核苷酸具有與對應參考核苷酸接合之一或多個化學部份。一般而言,修飾之核苷酸向其中存在修飾之核苷酸之核酸授予一或多個所欲之性質。例如,修飾之核苷酸可改善熱穩定性、對降解之抗性、核酸酶抗性、溶解度、生體可用率、生物活性、減少免疫原性等。
如本文中所使用,「切口四環結構」係指RNAi寡核苷酸的結構,其特徵在於分開的正義(隨從)股及反義(引導)股,其中正義股具有與反義股之互補區,且其中至少一股(通常是正義股)具有四環,其經組態以穩定在至少一股內形成之相鄰莖區域。
如本文中所使用,「寡核苷酸」係指短核酸(例如小於約100個核苷酸長度)。寡核苷酸可為單股(ss)或ds。寡核苷酸可具有或不具有雙鏈體區。作為一組非限制性實例,寡核苷酸可為但不限於小干擾RNA(siRNA)、微小RNA(miRNA)、短髮夾RNA(shRNA)、切丁酶受質干擾RNA(DsiRNA)、反義寡核苷酸、短siRNA或ss siRNA。在一些實施態樣中,雙股(dsRNA)係RNAi寡核苷酸。
如本文中所使用,「懸垂」係指由一股或區域延伸超過與該股或區域形成雙鏈體之互補股的末端所產生之末端非鹼基配對核苷酸。在一些實施態樣中,懸垂包含自寡核苷酸之5′端或3′端之雙鏈體區延伸的一或多個不成對核苷酸。在某些實施態樣中,懸垂係在寡核苷酸之反義股或正義股上的3′或5′懸垂。
如本文中所使用,「磷酸類似物」係指模擬磷酸基團之靜電及/或立體性質之化學部份。在一些實施態樣中,磷酸類似物模擬生物系統中之磷酸基團的靜電及/或立體性質。在一些實施態樣中,磷酸類似物係定位在寡核苷酸之5′端核苷酸代替5′-磷酸,其通常易受酶移除。在一些實施態樣中,5′磷酸類似物含有磷酸酶抗性連結。磷酸類似物之實例包括但不限於5′膦酸酯,諸如5′亞甲基膦酸酯(5′-MP)及5′-(E)-乙烯基膦酸酯(5′-VP)。在一些實施態樣中,寡核苷酸在5′端核苷酸之糖之4′-碳位置具有磷酸類似物(稱為「4′-磷酸類似物」)。4′-磷酸類似物之實例係氧基甲基膦酸酯,其中氧基甲基之氧原子與糖部份(例如在其4′-碳處)或其類似物結合。參見例如美國專利公開號2019-0177729。已針對寡核苷酸之5′端發展其他修飾(參見例如國際專利申請案WO 2011/133871;美國專利第8,927,513號;及Prakash
et al.(2015)NUCLEIC ACIDS RES
.43:2993-3011)。
如本文中所使用,基因(例如
CD274)之「減少表現」係指當與適當參考(例如參考細胞、細胞群、樣本或個體)比較時,由基因編碼之RNA轉錄物(例如
CD274mRNA)或蛋白質的量或水準降低及/或在細胞、細胞群、樣本或個體中之基因之活性的量或水準降低。例如,使細胞與本文中之寡核苷酸(例如包含反義股之寡核苷酸,該反義股具有與包含
CD274mRNA之核苷酸序列互補之核苷酸序列)接觸的動作可導致當與未經寡核苷酸治療之細胞比較時,
CD274mRNA、PD-L1蛋白質及/或活性的量或水準降低(例如經由RNAi途徑之
CD274mRNA降解)。類似地且如本文中所使用,「減少表現」係指導致基因(例如
CD274)之表現減少的動作。
如本文中所使用,「減少
CD274表現」係指當與適當參考(例如參考細胞、細胞群、樣本或個體)比較時,細胞、細胞群、樣本或個體中之
CD274mRNA、PD-L1蛋白質、PD-L1活性的量或水準降低。
如本文中所使用,「互補區」係指核酸(例如寡核苷酸)之核苷酸序列,其與反向平行核苷酸序列足夠互補,以允許二個核苷酸序列之間在適當雜交條件下(例如在磷酸鹽緩衝劑中、在細胞中等)雜交。在一些實施態樣中,本文中之寡核苷酸包含靶向序列,具有與mRNA目標序列之互補區。
如本文中所使用,「核糖核苷酸」係指具有核糖作為其五碳糖之核苷酸,該五碳糖在其2′位置含有羥基。修飾之核糖核苷酸係除2′位置以外之原子具有一或多個修飾或取代之核糖核苷酸,包括在核糖、磷酸基團或鹼基中之修飾或取代。
如本文中所使用,「RNAi寡核苷酸」係指(a)具有正義股(隨從股)及反義股(引導股)之雙股寡核苷酸,其中反義股或部分之反義股被
Argonaute2(Ago2)核酸內切酶用於目標mRNA(例如
CD274mRNA)之切割或(b)具有單一反義股之單股寡核苷酸,其中該反義股(或部分之該反義股)被Ago2核酸內切酶用於目標mRNA(例如
CD274mRNA)之切割。
如本文中所使用,「股」係指透過核苷酸間連結(例如磷酸二酯連結或硫代磷酸酯連結)連接在一起之單一、連續核苷酸序列。在一些實施態樣中,股具有二個游離端(例如5′端及3′端)。
如本文中所使用,「個體」是指任何哺乳動物,包括小鼠、兔及人類。在一個實施態樣中,個體係人類或NHP。此外,「個體(individual)」或「患者」可與「個體(subject)」互換使用。
如本文中所使用,「合成的」係指人工合成(例如使用機器(例如固態核酸合成儀))或原本並非衍生自正常產生該分子之天然來源(例如細胞或有機體)的核酸或其他分子。
如本文中所使用,「靶向配體(targeting ligand)」係指一種分子(例如碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質),其選擇性地與受關注組織或細胞之同源分子(例如受體)結合且可與另一物質接合以達使另一物質靶向受關注組織或細胞之目的。例如,在一些實施態樣中,靶向配體可與寡核苷酸接合以達使寡核苷酸靶向受關注之特定組織或細胞之目的。在一些實施態樣中,靶向配體選擇性地與細胞表面受體結合。因此,在一些實施態樣中,靶向配體當與寡核苷酸接合時透過與在細胞表面上表現之受體選擇性結合及藉由細胞胞內體內化包含寡核苷酸、靶向配體及受體之複合物來促進遞送寡核苷酸至特定細胞中。在一些實施態樣中,靶向配體經由連接子與寡核苷酸接合,該連接子在細胞內化之後或期間被切割,以使寡核苷酸在細胞中自靶向配體釋放。
如本文中所使用,「四環」係指增加由側接核苷酸序列雜交所形成之相鄰雙鏈體之穩定性的環。穩定性的增加可偵測為相鄰莖雙鏈體之熔化溫度(T
m)的增加,其係高於自一組由隨機選擇之核苷酸序列所組成之具有可相比長度之環所預期之平均相鄰莖雙鏈體之T
m。例如,四環可授予包含至少2個鹼基對(bp)長度之雙鏈體的髮夾在10 mM Na
2HPO
4中至少約50℃、至少約55℃、至少約56℃、至少約58℃、至少約60℃、至少約65℃或至少約75℃之T
m。在一些實施態樣中,四環可授予包含至少2個鹼基對(bp)長度之雙鏈體的髮夾在10 mM NaH
2PO4中至少約50℃、至少約55℃、至少約56℃、至少約58℃、至少約60℃、至少約65℃或至少約75℃之Tm。在一些實施態樣中,四環可藉由堆疊交互作用來穩定相鄰莖雙鏈體中之bp。此外,四環中之核苷酸之間的交互作用包括但不限於非Watson-Crick鹼基配對、堆疊交互作用、氫鍵結及接觸交互作用(Cheong
et al.(1990)Nature 346:680-82;Heus & Pardi(1991) Science 253:191-94)。在一些實施態樣中,四環包含下列或由下列組成:3至6個核苷酸,且一般係4至5個核苷酸。在某些實施態樣中,四環包含下列或由下列組成:3、4、5或6個核苷酸,其可經修飾或未修飾(例如其可與靶向部份接合或不接合)。在一個實施態樣中,四環係由4個核苷酸組成。任何核苷酸皆可用於四環中,且此類核苷酸的標準IUPAC-IUB符號可如Cornish-Bowden(1985)Nucleic Acids Res. 13:3021-30中所述使用。例如,字母「N」可用來表示任何鹼基可位於該位置,字母「R」可用來顯示A(腺嘌呤)或G(鳥嘌呤)可位於該位置,且「B」可用來顯示C(胞嘧啶)、G(鳥嘌呤)或T(胸腺嘧啶)可位於該位置。四環之實例包括四環之UNCG家族(例如UUCG)、四環之GNRA家族(例如GAAA)及CUUG四環(Woese
et al.(1990)Proc. Natl. Acad. Sci
. USA87:8467-71;Antao
et al.(1991)Nucleic Acids Res
.19:5901-05)。DNA四環之實例包括四環之d(GNNA)家族(例如d(GTTA))、四環之d(GNRA)家族、四環之d(GNAB)家族、四環之d(CNNG)家族及四環之d(TNCG)家族(例如d(TTCG))。參見例如Nakano
et al.(2002)Biochem
.41:14281-92;Shinji
et al.(2000) Nippon Kagakkai Koen Yokoshu 78:731。在一些實施態樣中,四環含有在切口四環結構內。
如本文中所使用,「治療」係指向有此需要之個體提供照護的動作,例如藉由向個體投予治療劑(例如本文中之寡核苷酸)以達改善個體有關既有病況(例如疾病、病症)之健康及/或福祉的目的或預防或降低病況發生的可能性。在一些實施態樣中,治療涉及減少個體所經歷之病況(例如疾病、病症)的至少一種徵候、症狀或促發因子之頻率或嚴重程度。
其他實施態樣E1. 一種用於減少
CD274表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含15至30個核苷酸長度之反義股及15至40個核苷酸長度之正義股,其中該正義股及該反義股形成雙鏈體區,其中該反義股具有與如SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者所示之
CD274之目標序列之互補區。
E2. 如實施態樣E1之寡核苷酸,其中該互補區與
CD274之該目標序列完全互補。
E3. 如實施態樣E1或E2中任一者之寡核苷酸,其中該反義股係19至27個核苷酸長度。
E4. 如實施態樣E1至E3中任一者之寡核苷酸,其中該反義股係21至27個核苷酸長度,可選地其中該反義股係22個核苷酸長度。
E5. 如實施態樣E1之寡核苷酸,其中該正義股係19至40個核苷酸長度,可選地其中該正義股係36個核苷酸長度。
E6. 如實施態樣E1至E5中任一者之寡核苷酸,其中該雙鏈體區係至少19個核苷酸長度。
E7. 如實施態樣E1至E6中任一者之寡核苷酸,其中該雙鏈體區係至少20個核苷酸長度,可選地其中該雙鏈體區係21個核苷酸長度。
E8. 如實施態樣E1至E7中任一者之寡核苷酸,其中該互補區係至少19個連續核苷酸長度。
E9. 如實施態樣E1至E8中任一者之寡核苷酸,其中該互補區係至少21個連續核苷酸長度。
E10. 如實施態樣E1至E9中任一者之寡核苷酸,其中該反義股包含如SEQ ID NO: 242至243及245至482中任一者所示之序列。
E11. 如實施態樣E1至E10中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含如SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者所示之序列。
E12. 如實施態樣E1至E11中任一者之寡核苷酸,其中該正義股在其3′端包含列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環。
E13. 一種用於減少
CD274表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含反義股及正義股,其中該反義股係21至27個核苷酸長度且具有與如SEQ ID NO: 1-2及4-241中任一者所示之
CD274之目標序列之互補區,其中該正義股在其3′端包含列示呈S1-L-S2之莖環,其中S1係與S2互補,且其中L形成3至5個核苷酸長度之介於S1與S2之間的環,且其中該反義股及該正義股形成至少19個核苷酸長度之雙鏈體區。
E14. 如實施態樣E13之寡核苷酸,其中該互補區係至少19個核苷酸長度且與該目標序列完全互補。
E15. 如實施態樣E12至E14中任一者之寡核苷酸,其中L係四環。
E16. 如實施態樣E12至E15中任一者之寡核苷酸,其中L係4個核苷酸長度。
E17. 如實施態樣E12至E16中任一者之寡核苷酸,其中L包含列示呈GAAA之序列。
E18. 如實施態樣E1至E17中任一者之寡核苷酸,其中(i)該反義股係27個核苷酸長度且該正義股係25個核苷酸長度,或(ii)該反義股係22個核苷酸長度且該正義股係36個核苷酸長度。
E19. 如實施態樣E18之寡核苷酸,其中該反義股及該正義股形成25個核苷酸長度或20個核苷酸長度之雙鏈體區。
E20. 如實施態樣E1至E19中任一者之寡核苷酸,其中該反義股包含一或多個核苷酸長度之3’懸垂序列,可選地其中該3’懸垂序列係2個核苷酸長度,可選地其中該3’懸垂序列係GG。
E21. 如前述實施態樣中任一者之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個修飾之核苷酸。
E22. 如實施態樣E21之寡核苷酸,其中該修飾之核苷酸包含2′-修飾。
E23. 如實施態樣E22之寡核苷酸,其中該2’-修飾係選自2′-胺乙基、2′-氟基、2′-O-甲基、2′-O-甲氧基乙基及2′-去氧-2′-氟-β-d-阿拉伯糖核酸之修飾。
E24. 如實施態樣E20至E23中任一者之寡核苷酸,其中該正義股之約10至15%、10%、11%、12%、13%、14%或15%之核苷酸包含2’-氟基修飾。
E25. 如實施態樣E20至E24中任一者之寡核苷酸,其中該反義股之約25至35%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%或35%之核苷酸包含2’-氟基修飾。
E26. 如實施態樣E20至E25中任一者之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之約25至35%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%或35%之核苷酸包含2’-氟基修飾。
E27. 如實施態樣E20至E26中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含自5’至3’之位置1至36之36個核苷酸,其中位置8至11包含2’-氟基修飾。
E28. 如實施態樣E20至E27中任一者之寡核苷酸,其中該反義股包含自3’至5’之位置1至22之22個核苷酸,且其中位置2、3、4、5、7、10及14包含2’-氟基修飾。
E29. 如實施態樣E23至E28中任一者之寡核苷酸,其中剩餘核苷酸包含2’-O-甲基修飾。
E30. 如實施態樣E27之寡核苷酸,其中該正義股之位置1至7、12至27及31至36包含2’-O-甲基修飾。
E31. 如實施態樣E28或E30之寡核苷酸,其中該反義股之位置1、6、8、9、11至13及15至22包含2’-O-甲基修飾。
E32. 如實施態樣E20至E31中任一者之寡核苷酸,其中寡核苷酸之所有核苷酸係經修飾。
E33. 如前述實施態樣中任一者之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個修飾之核苷酸間連結。
E34. 如實施態樣E33之寡核苷酸,其中至少一個修飾之核苷酸間連結係硫代磷酸酯連結。
E35. 如實施態樣E34之寡核苷酸,其中該正義股包含介於該正義股之位置1與2之間的硫代磷酸酯連結。
E36. 如實施態樣E34之寡核苷酸,其中該正義股包含介於該正義股之位置1與2、2與3及3與4之間的硫代磷酸酯連結。
E37. 如實施態樣E34至E36中任一者之寡核苷酸,其中該反義股包含自3’至5’之位置1至22之22個核苷酸,其中該反義股包含介於位置1與2、2與3、20與21及21與22之間的硫代磷酸酯連結。
E38. 如前述實施態樣中任一者之寡核苷酸,其中該反義股之5′-核苷酸之糖的4′-碳包含磷酸類似物。
E39. 如實施態樣E38之寡核苷酸,其中該磷酸類似物係氧基甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二醯基膦酸酯。
E40. 如前述實施態樣中任一者之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之至少一個核苷酸係與一或多個靶向配體接合。
E41. 如實施態樣E40之寡核苷酸,其中該核苷酸係與超過一個靶向配體接合,其中該靶向配體係相同或不同。
E42. 如實施態樣E40或E41之寡核苷酸,其中該一或多個靶向配體選自碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質。
E43. 如E40或E41之寡核苷酸,其中該靶向配體包含N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部份。
E44. 如實施態樣E43之寡核苷酸,其中該GalNAc部份係單價GalNAc部份、雙價GalNAc部份、三價GalNAc部份或四價GalNAc部份。
E45. 如實施態樣E12至E44中任一者之寡核苷酸,其中該莖環之L之至多4個核苷酸各自與單價GalNAc部份接合。
E46. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股及該反義股包含選自由以下所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 483及724;
(b)分別為SEQ ID NO: 484及725;
(c)分別為SEQ ID NO: 486及727;
(d)分別為SEQ ID NO: 487及728;
(e)分別為SEQ ID NO: 488及729;
(f)分別為SEQ ID NO: 489及730;
(g)分別為SEQ ID NO: 490及731;
(h)分別為SEQ ID NO: 492及733;
(i)分別為SEQ ID NO: 493及734;
(j)分別為SEQ ID NO: 494及735;
(k)分別為SEQ ID NO: 495及736;
(l)分別為SEQ ID NO: 496及737;
(m)分別為SEQ ID NO: 497及738;
(n)分別為SEQ ID NO: 498及739;
(o)分別為SEQ ID NO: 499及740;
(p)分別為SEQ ID NO: 500及741;
(q)分別為SEQ ID NO: 501及742;
(r)分別為SEQ ID NO: 502及743;
(s)分別為SEQ ID NO: 503及744;
(t)分別為SEQ ID NO: 504及745;
(u)分別為SEQ ID NO: 505及746;
(v)分別為SEQ ID NO: 506及747;
(w)分別為SEQ ID NO: 507及748;
(x)分別為SEQ ID NO: 508及749;
(y)分別為SEQ ID NO: 509及750;
(z)分別為SEQ ID NO: 510及751;
(aa)分別為SEQ ID NO: 511及752;
(bb)分別為SEQ ID NO: 512及753;
(cc)分別為SEQ ID NO: 513及754;
(dd)分別為SEQ ID NO: 514及755;
(ee)分別為SEQ ID NO: 515及756;
(ff)分別為SEQ ID NO: 516及757;
(gg)分別為SEQ ID NO: 517及758;
(hh)分別為SEQ ID NO: 518及759;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 491及732。
E47. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 484之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 725之核苷酸序列。
E48. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 486之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 727之核苷酸序列。
E49. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 487之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 728之核苷酸序列。
E50. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 488之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 729之核苷酸序列。
E51. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 489之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 730之核苷酸序列。
E52. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 491之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 732之核苷酸序列。
E53. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 502之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 743之核苷酸序列。
E54. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含如SEQ ID NO: 965-1000中任一者之核苷酸序列。
E55.如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該反義股包含如SEQ ID NO: 1001-1036中任一者之核苷酸序列。
E56. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股及該反義股包含選自由以下所組成的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO: 965及1001;
(b)分別為SEQ ID NO: 966及1002;
(c)分別為SEQ ID NO: 968及1004;
(d)分別為SEQ ID NO: 969及1005;
(e)分別為SEQ ID NO: 970及1006;
(f)分別為SEQ ID NO: 971及1007;
(g)分別為SEQ ID NO: 972及1008;
(h)分別為SEQ ID NO: 974及1010;
(i)分別為SEQ ID NO: 975及1011;
(j)分別為SEQ ID NO: 976及1012;
(k)分別為SEQ ID NO: 977及1013;
(l)分別為SEQ ID NO: 978及1014;
(m)分別為SEQ ID NO: 979及1015;
(n)分別為SEQ ID NO: 980及1016;
(o)分別為SEQ ID NO: 981及1017;
(p)分別為SEQ ID NO: 982及1018;
(q)分別為SEQ ID NO: 983及1019;
(r)分別為SEQ ID NO: 984及1020;
(s)分別為SEQ ID NO: 985及1021;
(t)分別為SEQ ID NO: 986及1022;
(u)分別為SEQ ID NO: 987及1023;
(v)分別為SEQ ID NO: 988及1024;
(w)分別為SEQ ID NO: 989及1025;
(x)分別為SEQ ID NO: 990及1026;
(y)分別為SEQ ID NO: 991及1027;
(z)分別為SEQ ID NO: 992及1028;
(aa)分別為SEQ ID NO: 993及1029;
(bb)分別為SEQ ID NO: 994及1030;
(cc)分別為SEQ ID NO: 995及1031;
(dd)分別為SEQ ID NO: 996及1032;
(ee)分別為SEQ ID NO: 997及1033;
(ff)分別為SEQ ID NO: 998及1034;
(gg)分別為SEQ ID NO: 999及1035;
(hh)分別為SEQ ID NO: 1000及1036;及
(ii)分別為SEQ ID NO: 973及1009。
E57. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 966之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1002之核苷酸序列。
E58. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 968之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1004之核苷酸序列。
E59. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 969之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1005之核苷酸序列。
E60. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 970之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1006之核苷酸序列。
E61. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 971之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1007之核苷酸序列。
E62. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 973之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1009之核苷酸序列。
E63. 如實施態樣E1至E45中任一者之寡核苷酸,其中該正義股包含SEQ ID NO: 984之核苷酸序列,且該反義股包含SEQ ID NO: 1020之核苷酸序列。
E64. 一種醫藥組成物,其包含如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸及醫藥上可接受之載劑、遞送劑或賦形劑。
E65. 一種治療個體的癌症之方法,該方法包含向該個體投予有效量的如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物。
E66. 一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物。
E67. 一種治療個體的癌症之方法,該方法包含向該個體投予有效量的如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物與CTLA4抑制劑之組合。
E68.一種治療與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況之方法,其包含向有此需要之個體投予如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物與CTLA4抑制劑之組合。
E69. 如實施態樣E66或E68之方法,其中該與經活化之
CD274表現相關之疾病、病症或病況係癌症。
E70. 如實施態樣E65、E66及E69中任一項之方法,其中該癌症係選自上皮癌、肉瘤、黑色素瘤、淋巴瘤及白血病、前列腺癌、乳癌、肝細胞癌(HCC)、結直腸癌、胰臟癌及神經膠質母細胞瘤。
E71. 如實施態樣E65、E66及E69至E70中任一者之方法,其中該癌症包含免疫抑制性腫瘤微環境。
E72. 如實施態樣E65、E66及E69至E71中任一者之方法,其中該癌症包含發炎腫瘤微環境。
E73. 如實施態樣E72之方法,其中該發炎腫瘤微環境包含浸潤性T細胞。
E74. 如實施態樣E67至E73中任一者之方法,其中該CTLA-4抑制劑係抗體。
E75. 如實施態樣E74之方法,其中該抗體係抗CTLA-4抗體。
E76. 如實施態樣E75之方法,其中該抗CTLA-4抗體係選自伊匹單抗(Ipilimumab)及曲美木單抗(Tremelimumab)。
E77. 一種如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物於製造藥物之用途,該藥物用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症或病況,可選地用於治療癌症。
E78. 如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物,其係供使用於或適合使用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症或病況,可選地用於治療癌症。
E79. 一種套組,其包含如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸、可選的醫藥上可接受之載劑及包裝仿單,該包裝仿單包含向患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予之說明。
E80. 如實施態樣E77之用途、如實施態樣E78之供使用或適合使用之寡核苷酸或醫藥組成物或如實施態樣E79之套組,其中該與
CD274表現相關之疾病、病症或病況係癌症。
E81. 一種如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物於製造用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之藥物之用途,該藥物係與CTLA4抑制劑組合。
E82. 如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸或如實施態樣E64之醫藥組成物,其係與CTLA4抑制劑組合供使用於或適合使用於治療與
CD274表現相關之疾病、病症或病況。
E83. 一種套組,其包含如實施態樣E1至E63中任一者之寡核苷酸、可選的醫藥上可接受之載劑及包裝仿單,該包裝仿單包含向患有與
CD274表現相關之疾病、病症或病況之個體投予該RNAi寡核苷酸與CTLA4抑制劑之組合的說明。
E84. 如實施態樣E81之用途、如實施態樣E82之供使用或適合使用之寡核苷酸或醫藥組成物或如實施態樣E83之套組,其中該與
CD274表現相關之疾病、病症或病況係癌症。
實例 實例 1 :雙股 RNAi 寡核苷酸的製備 一般合成方法 下列實例意欲說明本揭露且不應被解讀為對本揭露之限制。所給出之溫度為攝氏度(C)。若未另行提及,所有蒸發係在減壓下,較佳地介於約15 mm Hg與100 mm Hg之間(=20至133毫巴)執行。最終產物、中間物及起始材料之結構係藉由標準分析方法例如微量分析及光譜分析特徵,例如MS、IR、NMR證實。所使用之縮寫係該些在所屬技術領域中習知者。
所有用於合成本揭露之核酸或其類似物之起始材料、構築單元、試劑、酸、鹼、脫水劑、溶劑、及催化劑係市售品或可藉由所屬技術領域中具有通常知識者已知之有機合成方法產生(
Methods of Organic Synthesis,Thieme, Volume 21(Houben-Weyl 4th Ed. 1952))。另外,本揭露之核酸或其類似物可藉由如下列實例所示之所屬技術領域中具有通常知識者已知之有機合成方法產生。
所有反應皆在氮氣或氬氣下進行,除非另行說明。
質子NMR(
1H NMR)係在氘化溶劑中進行。在本文揭示之某些核酸或其類似物中,一或多個
1H位移與殘餘蛋白溶劑訊號重疊;此等訊號未在後文提供的實驗中報告。
如以下
實例所描繪,在某些例示性實施態樣中,核酸或其類似物係根據下列常規程序製備。應理解,雖然常規方法描繪本揭露之某些核酸或其類似物的合成,但如本文所述之下列常規方法及所屬技術領域中具有通常知識者已知之其他方法可應用至所有核酸或其類似物及此等核酸或其類似物之各者的亞型及種類。
實例 1a :合成 2-(2-((((6aR,8R,9R,9aR)-8-(6- 苯醯胺基 -9H- 嘌呤 -9- 基 )-2,2,4,4- 四異丙基四氫 -6H- 呋喃 [3,2-f][1,3,5,2,4] 三氧雜二矽辛 -9- 基 ) 氧基 ) 甲氧基 ) 乙氧基 ) 乙 -1- 銨甲酸鹽 (1-6) 將化合物
1-1(25.00 g, 67.38 mmol)於20 mL之DMF中之溶液在10℃下用吡啶(11 mL, 134.67 mmol)及四異丙基二矽氧烷二氯化物(22.63 mL, 70.75 mmol)處理。將所得混合物在25℃下攪拌3 h,並用20%檸檬酸(50 mL)淬熄。將水層用EtOAc(3X50 mL)萃取且將合併之有機層在真空中濃縮。將粗製殘餘物自MTBE與正庚烷之混合物(1:15, 320 mL)中再結晶,以提供呈白色油狀固體之化合物
1-2(37.20 g, 90%)。
將化合物
1-2(37.00 g, 60.33 mmol)於20 mL之DMSO中之溶液用AcOH(20 mL, 317.20 mmol)及Ac
2O(15 mL, 156.68 mmol)處理。將混合物在25℃下攪拌15 h。將反應用EtOAc(100 mL)稀釋,並用飽和K
2CO
3(50 mL)淬熄。將水層用EtOAc(3X50 mL)萃取。將合併之有機層濃縮並用ACN(30 mL)再結晶,以提供呈白色固體之化合物
1-3(15.65 g, 38.4%)。
將化合物
1-3(20.00 g, 29.72 mmol)於120 mL之DCM中之溶液在25℃下用Fmoc-胺基-乙氧基乙醇(11.67 g, 35.66 mmol)處理。將混合物攪拌以提供澄清溶液,接著用4Å分子篩(20.0 g)、
N-碘琥珀醯亞胺(8.02 g, 35.66 mmol)及TfOH(5.25 mL, 59.44 mmol)處理。將混合物在30℃下攪拌直到HPLC分析指示化合物
1-3之消耗>95%。將反應用TEA(6 mL)淬熄並過濾。將濾液用EtOAc稀釋,用飽和NaHCO
3(2X100 mL)、飽和Na
2SO
3(2X100 mL)及水(2X100 mL)洗滌並在真空中濃縮,以提供呈黃色固體之粗製化合物
1-4(26.34 g, 93.9%),將其不經進一步純化即直接用於下一步驟。
將化合物
1-4(26.34 g, 27.62 mmol)於DCM/水之混合物(10:7, 170 mL)中之溶液在5℃下用DBU(7.00 mL, 45.08 mmol)處理。將混合物在5至25℃下攪拌1 h。接著將有機層分離,用水(100 mL)洗滌,並用DCM(130 mL)稀釋。將溶液分四份用反丁烯二酸(7.05 g, 60.76 mmol)及4Å分子篩(26.34 g)處理。將混合物攪拌1 h,濃縮,且自MTBE與DCM之混合物(5:1)中再結晶,以提供呈白色固體之化合物
1-6(14.74 g, 62.9%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)8.73(s, 1H), 8.58(s, 1H), 8.15-8.02(m, 2H), 7.65-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 6.52(s, 2H), 6.15(s, 1H), 5.08-4.90(m, 3H), 4.83-4.78(m, 1H), 4.15-3.90(m, 3H), 3.79-3.65(m, 2H), 2.98-2.85(m, 6H), 1.20-0.95(m, 28H)。
實例 1b :合成 (2R,3R,4R,5R)-5-(6- 苯醯胺基 -9H- 嘌呤 -9- 基 )-2-(( 雙 (4- 甲氧基苯基 )( 苯基 ) 甲氧基 ) 甲基 )-4-((2-(2-[ 脂質 ]- 醯胺基乙氧基 ) 乙氧基 ) 甲氧基 ) 四氫呋喃 -3- 基 (2- 氰基乙基 ) 二異丙基亞磷醯胺 (2-4a 至 2-4e) 將化合物
1-6(50.00 g, 59.01 mmol)於150 mL之2-甲基四氫呋喃中之溶液用冰冷水性K
2HPO
4(6%, 100 mL)及鹽水(20%, 2X100 mL)洗滌。將有機層分離並在0℃下用己酸(10.33 mL, 82.61 mmol)、HATU(33.66 g, 88.52 mmol)及DMAP(10.81 g, 147.52 mmol)處理。將所得混合物溫熱至25℃並攪拌1 h。將溶液用水(2X100 mL)、鹽水(100 mL)洗滌,並在真空中濃縮,以提供粗製殘餘物。在矽膠上之快速層析法(1:1己烷/丙酮)給出呈白色固體之化合物
2-1a(34.95 g, 71.5%)。
將化合物
2-1a(34.95 g, 42.19 mmol)與TEA(9.28 mL, 126.58 mmol)於80 mL之THF中之混合物在10℃下用三乙胺三氫氟酸鹽(20.61 mL, 126.58 mmol)逐滴處理。將混合物溫熱至25℃並攪拌2 h。將反應濃縮,溶解於DCM(100 mL)中,且用飽和NaHCO
3(5X20 mL)及鹽水(50 mL)洗滌。將有機層在真空中濃縮,以提供粗製化合物
2-2a(24.72 g, 99%),將其不經進一步純化即直接用於下一步驟。
將化合物
2-2a(24.72 g, 42.18 mmol)於50 mL之DCM中之溶液用
N-甲基嗎啉(18.54 mL, 168.67 mmol)及DMTr-Cl(15.69 g, 46.38 mmol)處理。將混合物在25℃下攪拌2 h,並用飽和NaHCO
3(50 mL)淬熄。將有機層分離,用水洗滌,濃縮,以提供漿液粗製物。在矽膠上之快速層析法(1:1己烷/丙酮)給出呈白色固體之化合物
2-3a(30.05 g, 33.8 mmol, 79.9%)。
將化合物
2-3a(25.00 g, 28.17 mmol)於50 mL之DCM中之溶液在氮氣氣氛下用
N-甲基嗎啉(3.10 mL, 28.17 mmol)及四唑(0.67 mL, 14.09 mmol)處理。將雙(二異丙基胺基)氯膦(9.02 g, 33.80 mmol)逐滴添加至溶液,並將所得混合物在25℃下攪拌4 h。將反應用水(15 mL)淬熄,且將水層用DCM(3X50 mL)萃取。將合併之有機層用飽和NaHCO
3(50 mL)洗滌,濃縮,以提供粗製固體,將粗製固體自DCM/MTBE/正己烷之混合物(1:4:40)中再結晶,以提供呈白色固體之化合物
2-4a(25.52 g, 83.4%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)11.25(s, 1H), 8.65-8.60(m, 2 H), 8.09-8.02(m, 2H), 7.71(s, 1H), 7.67-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 7.38-7.34(m, 2H), 7.30-7.25(m, 7H), 6.85-6.79(m, 4H), 6.23-6.20(m, 1H), 5.23-5.14(m, 1H), 4.80-4.69(m, 3H), 4.33-4.23(m, 2H), 3.90-3.78(m, 1H), 3.75(s, 6H), 3.74-3.52(m, 3H), 3.50-3.20(m, 6H), 3.14-3.09(m, 2H), 3.09(s, 1H), 2.82-2.80(m, 1H), 2.65-2.60(m, 1H), 2.05-1.96(m, 2H), 1.50-1.39(m, 2H), 1.31-1.10(m, 14H), 1.08-1.05(m, 2 H), 0.85-0.79(m, 3H);
31P NMR(162 MHz,
d
6 -DMSO)149.43, 149.18。
使用上述用於化合物
2-4a之類似程序製備化合物
2-4b 、 2-4c 、 2-4d及
2-4e。獲得呈白色固體之化合物
2-4b(25.50 g, 85.4%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)11.23(s, 1H), 8.65-8.60(m, 2 H), 8.05-8.02(m, 2H), 7.73-7.70(m, 1H), 7.67-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 7.38-7.34(m, 2H), 7.30-7.25(m, 7H), 6.89-6.80(m, 4H), 6.21-6.15(m, 1H), 5.23-5.17(m, 1H), 4.80-4.69(m, 3H), 4.40-4.21(m, 2H), 3.91-3.80(m, 1H), 3.74(s, 6H), 3.74-3.52(m, 3H), 3.50-3.20(m, 6H), 3.14-3.09(m, 2H), 3.09(s, 1H), 2.83-2.79(m, 1H), 2.68-2.62(m, 1H), 2.05-1.97(m, 2H), 1.50-1.38(m, 2H), 1.31-1.10(m, 18H), 1.08-1.05(m, 2H), 0.85-0.78(m, 3H);
31P NMR(162 MHz,
d
6 -DMSO)149.43, 149.19。
獲得呈灰白色固體之化合物
2-4c(36.60 g, 66.3%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)11.22(s, 1H), 8.64-8.59(m, 2H), 8.05-8.00(m, 2H), 7.73-7.70(m, 1H), 7.67-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 7.38-7.34(m, 2H), 7.30-7.25(m, 7H), 6.89-6.80(m, 4H), 6.21-6.15(m, 1H), 5.25-5.17(m, 1H), 4.80-4.69(m, 3H), 4.40-4.21(m, 2H), 3.91-3.80(m, 1H), 3.74(s, 6H), 3.74-3.50(m, 3H), 3.50-3.20(m, 6H), 3.14-3.09(m, 2H), 3.09(s, 1H), 2.83-2.79(m, 1H), 2.68-2.62(m, 1H), 2.05-1.99(m, 2H), 1.50-1.38(m, 2H), 1.33-1.12(m, 38H), 1.08-1.05(m, 2 H), 0.86-0.80(m, 3H);
31P NMR(162 MHz,
d
6 -DMSO)149.42, 149.17。
獲得呈灰白色固體之化合物
2-4d(26.60 g, 72.9%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)11.22(s, 1H), 8.64-8.59(m, 2H), 8.05-8.00(m, 2H), 7.73-7.70(m, 1H), 7.67-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 7.38-7.33(m, 2H), 7.30-7.25(m, 7H), 6.89-6.80(m, 4H), 6.21-6.15(m, 1H), 5.22-5.17(m, 1H), 4.80-4.69(m, 3H), 4.40-4.21(m, 2H), 3.91-3.80(m, 1H), 3.74(s, 6H), 3.74-3.52(m, 3H), 3.50-3.20(m, 6H), 3.14-3.09(m, 2H), 3.09(s, 1H), 2.83-2.79(m, 1H), 2.68-2.62(m, 1H), 2.05-1.99(m, 2H), 1.50-1.38(m, 2H), 1.35-1.08(m, 38H), 1.08-1.05(m, 2 H), 0.85-0.79(m, 3H);
31P NMR(162 MHz,
d
6 -DMSO)149.47, 149.22。
獲得呈白色固體之化合物
2-4e(38.10 g, 54.0%):
1H NMR(400 MHz,
d
6 -DMSO)11.21(s, 1H), 8.64-8.59(m, 2H), 8.05-8.00(m, 2H), 7.73-7.70(m, 1H), 7.67-7.60(m, 1H), 7.59-7.51(m, 2H), 7.38-7.34(m, 2H), 7.30-7.25(m, 7H), 6.89-6.80(m, 4H), 6.21-6.15(m, 1H), 5.23-5.17(m, 1H), 4.80-4.69(m, 3H), 4.40-4.21(m, 2H), 3.91-3.80(m, 1H), 3.73(s, 6H), 3.74-3.52(m, 3H), 3.47-3.22(m, 6H), 3.14-3.09(m, 2H), 3.09(s, 1H), 2.83-2.79(m, 1H), 2.68-2.62(m, 1H), 2.05-1.99(m, 2H), 1.50-1.38(m, 2H), 1.35-1.06(m, 46H), 1.08-1.06(m, 2 H), 0.85-0.77(m, 3H);
31P NMR(162 MHz,
d
6 -DMSO)149.41, 149.15。
實例 2. 合成 GalXC RNAi 寡核苷酸 - 脂質接合物 方案 1.合成具有與四環接合之單脂質(線性及分支)之GalXC RNAi寡核苷酸-脂質接合物。透過醯胺偶合反應實現合成後接合。
R
1COOH基團代表脂肪酸C8:0、C10:0、C11:0、C12:0、C14:0、C16:0、C17:0、C18:0、C18:1、C18:2、C22:5、C22:0、C24:0、C26:0、C22:6、C24:1、二醯基C16:0或二醯基C18:1
合成
正義 1及
反義 1係藉由固相合成製備。
合成
經接合之正義 1a至
1i。
經接合之正義 1a係透過合成後接合方法合成
。在微量離心管1中,將辛酸(0.58 mg, 4 umol)於DMA(0.75 mL)中之溶液在rt下用HATU(1.52 mg, 4 umol)處理。在微量離心管2中,將寡
正義 1(10.00 mg, 0.8 umol)於H
2O(0.25 mL)中之溶液用DIPEA(1.39 uL, 8 umol)處理。將微量離心管1中之溶液添加至微量離心管2,且在rt下使用Thermomixer混合。在LC-MS分析指示反應完成後,將反應混合物用5 mL之水稀釋,並藉由逆相XBridge C18管柱使用100 mM TEAA於ACN中及H
2O之5至95%梯度純化。將產物流份在減壓下使用Genevac濃縮。將合併之殘餘溶劑使用Amicon® Ultra-15 Centrifugal(3K)以水(1 X)、鹽水(1 X)及水(3 X)透析。將Amicon膜用水(3 X 2 mL)洗滌,接著將合併之溶劑冷凍乾燥以提供
經接合之正義 1a之無定形白色固體(6.43 mg,64%產率)。
經接合之正義 1b 至 1i係使用如合成
經接合之正義 1a所述之類似程序製備,且以42%至69%產率獲得。
黏合
雙鏈體 1a 至 1j。
將
經接合之正義 1a(10 mg,以重量測量)溶解於0.5 mL去離子水中,以製備20 mg/mL溶液。將
反義 1(10 mg,以OD測量)溶解於0.5 mL去離子水中,以製備20 mg/mL溶液,其係用於滴定經接合之正義並定量雙鏈體的量。基於經接合之正義及反義的莫耳量之計算,將一份所需之
反義 1添加至
經接合之正義 1a溶液。將所得混合物在95℃下攪拌5 min並使之冷卻至rt。藉由離子交換HPLC監測黏合進展。基於黏合進展,進一步添加數份
反義 1以完成純度>95%之黏合。將溶液冷凍乾燥以提供
雙鏈體 1a(C8),且其量係基於黏合中消耗之反義的莫耳量來計算。
雙鏈體 1b 至 1i係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-2描繪在環上具有單脂質之切口四環GalXC接合物的合成。透過Cu催化之炔-疊氮環加成反應實現合成後接合。
正義 1B及
反義 1B係藉由固相合成製備。
合成
經接合之正義 1j。
在微量離心管1中,將寡(10.00 mg, 0.8 umol)於DMA/H
2O之3:1混合物(0.5 mL)中之溶液用脂質連接子疊氮(11.26 mg, 4 umol)處理。在微量離心管2中,將CuBr二甲硫醚(1.64 mg, 8 umol)溶解於ACN(0.5 mL)中。兩種溶液皆藉由N
2鼓泡通過來脫氣10 min。接著將CuBrSMe
2之ACN溶液添加至管1,且將所得混合物在40℃下攪拌。在LC-MS分析指示反應完成後,將反應混合物用0.5 M EDTA(2 mL)稀釋,並使用Amicon® Ultra-15 Centrifugal(3K)以水(2 X)透析。將反應粗製物藉由逆相XBridge C18管柱使用100 mM TEAA於ACN中(具有30% IPA加料)及H
2O之5至95%梯度純化。將產物流份在減壓下使用Genevac濃縮。將合併之殘餘溶劑使用Amicon® Ultra-15 Centrifugal(3K)以水(1 X)、鹽水(1 X)及水(3 X)透析。將Amicon膜用水(3 X 2 mL)洗滌,且將合併之溶劑冷凍乾燥以提供
經接合之正義 1j之無定形白色固體(6.90 mg,57%產率)。
雙鏈體 1j(
PEG2K- 二醯基 C18)係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-3描繪使用合成後接合方法,合成在環上具有二脂質之切口四環GalXC接合物。
正義 2及
反義 2係藉由固相合成製備。
經接合之正義 2a及
2b係使用如合成
經接合之正義 1a所述之類似程序,但以10 eq之脂質、10 eq之HATU及20 eq之DIPEA製備。
雙鏈體 2a(2XC11)及
2b(2XC22)係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-4描繪使用合成後接合方法,合成與單脂質接合之完全硫代磷酸酯化莖環之GalXC。
正義 3及
反義 3係藉由固相合成製備。
經接合之正義 3a係使用如合成
經接合之正義 1a所述之類似程序製備,且以65%產率獲得。
雙鏈體 3a(PS-C22)係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-5描繪使用合成後接合方法,合成與單脂質接合之短正義之GalXC。
正義 4及
反義 4係藉由固相合成製備。
經接合之正義 4a係使用如合成
經接合之正義 1a所述之類似程序製備,且以74%產率獲得。
雙鏈體 4a(SS-C22)係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-6描繪使用合成後接合方法,合成與環上之三-金剛烷部份接合之切口四環GalXC。
正義 5及
反義 5係藉由固相合成製備。
經接合之正義 5a及
5b係使用如合成
經接合之正義 1a所述之類似程序製備,且以42%至73%產率獲得。
雙鏈體 5a(3X 金剛烷 )及
雙鏈體 5b(3X 乙醯基金剛烷 )係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
下列方案1-7描繪固相合成與環上之脂質接合之切口四環GalXC之實例。
合成經接合之正義 6 。 經接合之正義 6係藉由固相合成使用商業寡合成儀製備。使用2’-修飾之核苷亞磷醯胺(諸如2’-F或2’-OMe)及連接2'-二乙氧基甲醇之脂肪酸醯胺核苷亞磷醯胺合成寡核苷酸。使用標準寡核苷酸合成規程,在固體撐體上以3’至5’方向進行寡核苷酸合成。在此等努力中,使用5-乙硫基-1H-四唑(ETT)作為偶合反應之活化劑。將碘溶液用於亞磷酸三酯氧化。將3-(二甲基胺基亞甲基)胺基-3H-1,2,4-二噻唑-3-硫酮(DDTT)用於形成硫代磷酸酯連結。將合成寡核苷酸用濃縮銨水溶液處理10 h。自懸浮液移除氨,且將固體撐體殘餘物藉由過濾移除。將粗製寡核苷酸用TEAA處理,分析,並藉由強陰離子交換高效液相層析法(SAX-HPLC)純化。將流份合併並使用Amicon® Ultra-15 Centrifugal(3K)以水(3 X)、鹽水(1 X)及水(3 X)透析。接著將剩餘溶劑冷凍乾燥,以提供所欲之
經接合之正義 6 。 雙鏈體 6係使用如黏合
雙鏈體 1a(C8)所述之相同程序製備。
方案 8.經由合成後接合方法,合成與環上之一個金剛烷單元接合之切口四環GalXC。
合成
經接合之正義 7a 及 7b 經接合之正義 7a及
正義 7b係使用與合成
經接合之正義 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
雙鏈體 7a及
7b之合成實例
雙鏈體 7a及
雙鏈體 7b係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
方案 9.經由合成後接合方法,合成與環上之二個金剛烷單元接合之切口四環GalXC。
合成
經接合之正義 8a 及 8b 經接合之正義 8a及
正義 8b係使用與合成
經接合之正義 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
雙鏈體 8a及
8b之合成實例
雙鏈體 8a及
雙鏈體 8b係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
下列方案1-10描繪使用合成後接合方法,合成與單脂質接合之短正義及短莖環之GalXC。
合成
正義 9a 經接合之正義 9a係使用與合成
經接合之正義 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
雙鏈體 9a之合成實例
雙鏈體 9a係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
下列
方案 1-11描繪使用合成後接合方法,合成與5’端之單脂質接合之GalXC。
合成
經接合之正義 10a 經接合之正義 10a係使用與合成
經接合之正義 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
雙鏈體 10a之合成實例
雙鏈體 10a係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
下列
方案 1-12a及
1-12b描繪使用合成後接合方法,合成在3’端或5’端與單脂質接合之具有鈍端之GalXC。
合成
經接合之正義 11a及
12a 經接合之正義 11a及
12a係使用與合成
經接合之正義 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
雙鏈體 11a及
12a之合成實例
雙鏈體 11a及
12a係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
接合物
雙鏈體 8D及
雙鏈體 9D係使用與合成
雙鏈體 5之相同方法或實質上類似方法獲得。
實例 3 :活體內腫瘤模型程式化死亡配體1或CD274係免疫抑制性受體配體,其係由細胞表現,以防止免疫細胞附接身體中之非有害細胞,同時靶向外來細胞(諸如癌細胞或感染細胞)。產生腫瘤模型以評估靶向CD274之脂質接合之寡核苷酸的抗腫瘤療效。簡言之,在6至8週齡免疫不全(裸)或免疫活性(C57BL/6或Balbc)小鼠的右肩下皮下注射4至5x10
6個Pan02細胞(含基質膠之小鼠胰臟癌細胞系)、2x10
6個4T1細胞(小鼠三陰性乳房)、5x10
6個MC-38細胞(小鼠結腸)、2x10
6個Hepa1-6細胞(肝細胞癌)。當腫瘤達到300至500 mm
3之體積時,將小鼠隨機分組至不同研究世代,並以脂質接合物(使用
實例 1 及 2所述之方法產生)進行給藥。將各脂質接合物以10 mL/kg之總體積皮下給藥。小鼠胰細胞系Pan02獲自NCI;小鼠乳房、結腸及肝細胞癌細胞系(分別為4T1、MC-38及Hepa1-6細胞系)獲自ATCC(Manassas, VA)。所有細胞生長在補充有10% FBS之RPMI/DMEM培養基中。已知Pan02及4T1腫瘤維持非常抑制或寒冷的腫瘤微環境,然而已知MC-38及Hepa1-6對檢查點抑制劑為部分敏感或敏感。
實例 4 :測定脂質接合物遞送至腫瘤微環境之不同組分為了闡明寡核苷酸脂質接合物之遞送,將Pan02、4T1、Hepa 1-6及MC-38細胞如
實例 3所述分別植入C57BL/6、Balb/c及C57BL/6小鼠。在植入後約二週,當腫瘤體積達到約300至400 mm
3時,將小鼠隨機分組至2組(n=3-4),並以磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)或25 mg/kg之稱為GalXC-mCD274-C18(在
圖 1A中描繪,具有分別為SEQ ID NO: 1041及1042之對應未修飾之正義及反義序列)之靶向小鼠
Cd274之C18脂質接合之寡核苷酸治療。其修飾模式說明於下:
正義股:5’ mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX[-mX-]
17-[ademX-L]-[mX]
83’。
雜交至:
反義股:5’ [MePhosphonate-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX 3’。
或表示為:
正義股:[mXs][mX][mX][mX][mX][mX][mX][fX][fX] [fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX] [mX][mX][mX][mX][mX][mX][ademX-C18][mX][mX][mX] [mX][mX][mX][mX][mX]
雜交至:
反義股:[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX][fX] [mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX] [mX][mX][mXs][mXs][mX]
(修飾索引:
表 1)。
| 符號 | 修飾 / 連結 |
| 索引 1 |
| mX
| 2’-
O-甲基修飾之核苷酸
|
| fX
| 2’-氟基修飾之核苷酸
|
| -S-
| 硫代磷酸酯連結
|
| -
| 磷酸二酯連結
|
| [MePhosphonate-4O-mX]
| 5’-甲氧基膦酸酯-4’-氧基修飾之核苷酸
|
| ademA-GalNAc
| GalNAc附接至腺嘌呤核苷酸
|
| ademX-L
| 脂質分子(例如C18)附接至核苷酸
|
| 索引2 |
| [mXs]
| 與相鄰核苷酸具有硫代磷酸酯連結之2’-
O-甲基修飾之核苷酸
|
| [fXs]
| 與相鄰核苷酸具有硫代磷酸酯連結之2’-氟基修飾之核苷酸
|
| [mX]
| 與相鄰核苷酸具有磷酸二酯連結之2’-
O-甲基修飾之核苷酸
|
| [fX]
| 與相鄰核苷酸具有磷酸二酯連結之2’-氟基修飾之核苷酸
|
小鼠經皮下給藥每三天一次(q3dx2;即在第1天及第4天)。在最後一次皮下注射後七天,收集腫瘤及腫瘤引流淋巴結(TDLN)並藉由qPCR分析以測定小鼠
Cd274之mRNA水準。如
圖 2A 至 2G所示,在用GalXC-mCD274-C18脂質接合物治療之所有3種腫瘤類型的腫瘤微環境(TME)及腫瘤引流淋巴結(TDLN)中,小鼠
Cd274mRNA水準降低約40至50%。此等資料表明,GalXC-mCD274-C18脂質接合物介導類似的寡核苷酸遞送至腫瘤微環境及TDLN中之組分,以促進無關腫瘤類型之目標敲低。
由於已知TDLN中之Cd11c表現細胞係主要抗原呈現細胞,且由此等細胞表現之PD-L1經識別為在抗原呈現機轉中發揮關鍵作用且介導免疫反應,因此首先評估脂質接合物遞送至此等細胞。為此,在以GalXC-ALDH2(一種代理接合物,因為ALDH2係遍在表現於身體中之蛋白質)治療腫瘤小鼠後,將存在於TDLN中之骨髓細胞類型(Cd11c及Cd11b)單離且評估。將Pan02細胞如
實例 3所述的植入C57BL/6小鼠,且當腫瘤達到300至400 mm
3之大小時,將小鼠(n=3/組)以PBS或25 mg/kg之GalXC-ALDH2(SEQ ID NO: 1045之修飾之正義股及SEQ ID NO: 1046之修飾之反義股)治療。在注射後三天,將來自3隻小鼠之鼠蹊及腋下淋巴結合併在一支試管中以進行單離程序。單細胞懸浮液係自合併之淋巴結製作且透過Gentle MACs系統處理,以單離Cd11b及Cd11c富集之細胞群體。為了證實在TDLN中之特定細胞類型諸如Cd11b及Cd11c的敲低,將RNA自此等經富集之流份單離,且藉由qPCR分析小鼠
Aldh2之mRNA水準。如
圖 3所示,在Cd11b細胞中之目標敲低係約70%且在Cd11c細胞中稍微較高。此表明GalXC-ALDH2接合物有效遞送載荷物至TDLN中之主要抗原呈現細胞(Cd11c)。
由於PD-L1(特別是由此等Cd11c
+DC細胞表現之胞內格式)被識別為在抗性腫瘤表型中之起始抗原呈現及介導免疫反應上發揮關鍵作用,因此探討GalXC-CD274是否能使存在於抗性腫瘤類型之TDLN中之CD11c+DC的胞內
Cd274靜默。為了驗證有關GalXC-mCD274-C18接合物之此項觀察,因此利用另一種抗性腫瘤4T1。腫瘤係如
實例 3所述生長,且將小鼠分選至3組(n=3),並以25 mg/kg之GalXC-安慰劑-C18或GalXC-mCD274-C18皮下治療或以10 mg/kg之抗PDL1 mAb(抗體株編號10G.9G2;產品編號BP0101)腹膜內治療。小鼠在第1天及第4天投予2劑寡核苷酸(q3dx2)(
圖 4A)。在最後一劑後七天,收集TDLN(鼠蹊及腋下在一個卡匣中)且進行免疫組織化學處理,並將切片進行Cd11c及PD-L1染色。如
圖 4B所示,所有3個治療組的腫瘤中之Cd11c水準皆相當類似。經GalXC-安慰劑-C18或mAb治療之樣本中之PD-L1水準與Cd11c水準一致。然而,經GalXC-mCD274-C18治療之樣本中之PD-L1水準顯著減少,表明GalXC-mCD274-C18有效靜默由淋巴結中之Cd11c細胞所表現之胞內PD-L1。
抗PD-L1 mAb一般作用在鬆開胞外PD-1與PD-L1結合之間的剎車,因此mAb治療有可能不減少蛋白質水準。然而,一旦
Cd274基因被RNAi靜默或PD-1/PD-L1結合被mAb治療鬆開,可以預期見到TDLN中之免疫活化。為了評估在使用RNAi或mAb靜默
Cd274後TDLN中之免疫活化,處理自另一類似研究收集之淋巴結,並分析
Ifng及
GzmbmRNA水準。如
圖 5A 至 5B所示,經GalXC-mCD274-C18治療之TDLN中之活化標記增加,但經抗PD-L1 mAb治療則否,表明GalXC-mCD274-C18介導PD-L1之靜默,並增強抗原呈現機轉及促發抗性腫瘤類型中之T細胞,然而抗PD-L1 mAb無法增加T細胞活化。相比之下,當在發炎表型MC-38腫瘤模型中重複相同程序時,其中抗原呈現、T細胞促發及T細胞移動至TME發生得相當順利,抗PD-L1 mAb及GalXC-mCD274-C18兩者的活化標記增加至相同程度(
圖 5C)。這表示在具有完整免疫力之腫瘤類型中,在宿主細胞或宿主細胞及腫瘤細胞兩者上之PD-L1抑制介導類似免疫反應。然而,在其中抗腫瘤免疫力係次優或受損之抗性腫瘤表型中,RNAi-PDL1所介導之功能可能與mAb不同。因此,RNAi-PDL1所介導之胞內
Cd274靜默似乎是恢復抗原呈現,以起始T細胞活化的關鍵。
為了探討經活化之T細胞是否移動至TME中,使用免疫組織化學分析4T1(檢查點抑制劑抗性)及MC-38(檢查點抑制劑敏感)腫瘤中之CD8表現來測量T細胞標記。製備用於CD8免疫組織化學分析之來自如上述治療之小鼠之腫瘤。在以抗PD-L1抗體或GalXC-mCD274-C18 RNAi寡核苷酸治療後,CD8陽性染色類似地增加,指示在檢查點抑制劑敏感腫瘤中觀察到類似的T細胞浸潤(
圖 6)。然而,僅在以GalXC-mCD274-C18治療之檢查點抗性腫瘤中增加T細胞浸潤(
圖 7)。
資料總體顯示,兩種分子在敏感腫瘤中有類似作用,但靶向CD274之脂質接合之寡核苷酸所介導之功能可能與mAb主要在抗性腫瘤表型中不同,因為mAb可能無法接近其他格式之PD-L1(特別是已知涉及介導抗性之胞內PD-L1)而靶向CD274之脂質接合之寡核苷酸可以。
實例 5 : CD274 抑制增加 TME 中之 T 細胞浸潤且介導抗性腫瘤中之急性腫瘤效應為了評估TME中之浸潤T細胞對腫瘤生長是否具有任何效應,在二個抗性腫瘤模型中進行研究。在第一個研究中,4T1腫瘤負荷Balb/c小鼠(每組n=5)以下列皮下治療:i)GalXC-安慰劑-C18;或ii)抗PDL1 mAb;或iii)GalXC-mCD274-C18。GalXC-mCD274-C18及GalXC-安慰劑-C18係以50 mg/kg的劑量在腫瘤細胞注射後第10、13及16天投予,而抗PD-L1 mAb係以10 mg/kg的劑量投予。以GalXC-mCD274-C18治療之腫瘤顯示顯著腫瘤生長抑制,而經mAb或GalXC-安慰劑-C18治療之腫瘤則完全沒有效應(
圖 8A)。在經GalXC-mCD274-C18治療之腫瘤中識別到壞死區域表明腫瘤殺滅(資料未顯示)。在分開的研究中,將Pan02荷瘤小鼠分選並以25 mg/kg之相同藥劑q3dx2每週治療共2週。在經GalXC-mCD274-C18治療之腫瘤而非經mAb或GalXC-安慰劑-C18治療之腫瘤中的顯著生長抑制,證實GalXC-mCD274-C18藉由靜默抗性表型之TME及TDLN中之PD-L1,來增強TME中之T細胞浸潤以殺滅腫瘤(
圖 8B)。
實例 6 :靶向 CD274 之脂質接合之寡核苷酸所介導抗腫瘤活性係 CD8
+T
細胞介導為了評估在靶向CD274之脂質接合之寡核苷酸治療觀察到之抗腫瘤療效是否為T細胞介導的,在不具有功能性T細胞之免疫不全小鼠(裸鼠)中重複相同研究。4T1腫瘤係在裸鼠中生長且經分選並以下列治療:i)GalXC-安慰劑-C18;或ii)抗PDL1 mAb;或iii)GalXC-mCD274-C18。GalXC-mCD274-C18及GalXC-安慰劑-C18係以50 mg/kg的劑量在如
實例 5所述之第14、17及20天投予,而抗PD-L1 mAb係以10 mg/kg的劑量投予。在任何組皆未觀察到生長抑制,表明T細胞在介導腫瘤細胞殺滅上發揮作用(
圖 9A)。對於植入免疫活性小鼠之4T1腫瘤而言,在如
圖 8A 及 10A所示以50 mg/kg之單一劑GalXC-mCD274-C18治療後,腫瘤生長抑制係顯著的。已知4T1腫瘤在皮下植入後約3週自發性轉移至肺部,因此,在Balb/c小鼠進行之相同實驗中,收集肺部組織以評估轉移性病灶的存在。如
圖 10B所示,自GalXC-安慰劑-C18及mAb治療組收集之肺部具有轉移性病灶,而來自GalXC-mCD274-C18治療組之肺部未顯示肺部的任何可看見的病灶。然而,在裸鼠重複之研究所收集之肺部在所有治療皆具有轉移性病灶,表明GalXC-mCD274-C18介導之抗腫瘤活性需要活化之T細胞(
圖 9B)。此等研究亦顯示,在具有完整免疫系統之小鼠中產生之此等活化T細胞,除了治療原發腫瘤以外,亦限制自發性轉移至肺部,而抗PD-L1 mAb在抗性腫瘤環境中無法做到上述任一者。
實例 7 :靶向 CD274 之脂質接合之寡核苷酸及抗 PD-L1 mAb 在具有發炎表型之腫瘤中具有活性為了評估靶向CD274之脂質接合之寡核苷酸及抗PD-L1 mAb在發炎腫瘤表型中如何作用,在小鼠評估MC-38及Hepa1-6腫瘤。具體而言,首先將5x10
6個MC-38細胞植入C57BL/6小鼠且當腫瘤達到300至500 mm
3之大小時,將其分選且以25 mg/kg之GalXC-安慰劑-C18、GalXC-mCD274-C18皮下治療或以10 mg/kg之抗PD-L1 mAb腹膜內治療。在研究期間,每週測量腫瘤二次。如預期地,mAb顯示在此發炎腫瘤模型中之一些抗腫瘤療效(
圖 11A)。GalXC-mCD274-C18顯示和mAb幾乎相同的生長抑制,表明兩者在此類型之腫瘤模型中的作用類似。在另一研究中,Hepa1-6腫瘤(另一種發炎腫瘤模型)係在C57BL/6小鼠中生長且用相同化合物治療。相較於在MC-38腫瘤中觀察到的生長抑制,抗PD-L1 mAb顯示更多腫瘤生長抑制(
圖 11B)。在此發炎腫瘤中,GalXC-mCD274-C18和抗PD-L1 mAb一樣有效,同時表明兩種化合物在具有其中免疫週期有效運作之發炎表型的腫瘤中類似地作用。
實例 8 :靶向 CD274 之脂質接合之寡核苷酸與免疫檢查點抗體之組合改善單一劑在抗性及發炎腫瘤中的療效基於本文及文獻中呈現之結果,明顯可見的是在宿主免疫細胞及腫瘤細胞中之PD-L1表現有助於免疫抑制,且在兩種細胞類型中之表現可預測對靶向PD-L1/PD-1軸之治療劑在發炎或部分發炎腫瘤類型中的敏感度(Lau et al,
Nat. Commun.,8:14572, 2017)。由於mAb靶向腫瘤及宿主胞外PD-L1且RNAi-PDL1靶向宿主胞外及胞內PD-L1且作為單一劑顯示類似療效,因此探討使用二種不同模式靶向PD-L1是否可改善任何單一劑在此等腫瘤類型中之療效。為了評估免疫檢查點抗體與抗PD-L1寡核苷酸之組合是否改善抗腫瘤療效,因此在發炎MC-38腫瘤模型及4T1檢查點抗性模型中進行研究。MC-38腫瘤係如先前所述在C57BL/6小鼠中生長。一旦腫瘤達到300至500 mm
3之大小,將小鼠分選至4組(n=5)且以GalXC-安慰劑-C18或GalXC-mCD274-C18連同及不連同抗PD-L1 mAb治療。GalXC化合物係以25 mg/kg q3d x2皮下給藥,且mAb係以10 mg/kg腹膜內給藥。在研究期間測量腫瘤大小。如
圖 12中,GalXC-mCD274-C18與抗PD-L1 mAb之組合相較於任何單一劑顯示改善的療效。將來自小鼠之腫瘤組織樣本進行穿孔素染色,且在經組合治療之小鼠的腫瘤中觀察到相對於對照組增加的穿孔素陽性細胞(
圖 12B)。此資料支持先前發現,亦即添加PD-L1 mAb至RNAi-PDL1治療可增加靶向APC及腫瘤兩者上之PD-L1及在此腫瘤類型中無法被mAb接近之可能其他格式之PD-L1的機會。此外,在4T1抗性模型中進行另一研究。將4T1腫瘤植入Balb/c小鼠,且當腫瘤達到300 mm
3之大小時,將其分選至4組,且以下列作為單一劑治療:i)GalXC-安慰劑-C18;或ii)抗PD-L1 mAb;或iii)GalXC-mCD274-C18。GalXC化合物係以25 mg/kg在第6、9及12天皮下給藥,且mAb係以10 mg/kg腹膜內給藥。GalXC-mCD274-C18之治療具有相較於抗PD-L1抗體改善的抗腫瘤療效(
圖 13A)。由於免疫療法特別是PD-1/PD-L1及CTLA-4軸之阻斷在具有既有免疫力之患者的一系列癌症類型中造成持久反應,因此探討組合是否可改善GalXC-CD274在臨床前小鼠模型之抗性腫瘤中的活性。一般認為CTLA-4 mAb可在免疫反應早期(主要在淋巴結中)調節T細胞增生且藉此增強抗原呈現機轉(Seidel et al,
Front. Oncol.,8:86, 2018)。相比之下,PD-1 mAb在免疫反應晚期(主要在周邊組織中)抑制T細胞
(Seidel et al,
Front. Oncol.,8:86, 2018;Waldman et al,
Nat. Rev. Immunol.,Vol. 20: 651-668, 2020)。因此,CTLA-4 mAb可具有在抗性腫瘤中顯示相較於PD-1或PD-L1 mAb治療之一些活性的較佳機會。因此,評估GalXC-mCD274-C18寡核苷酸與抗CTLA-4免疫檢查點抑制劑之組合的組合療法是否將改善抗腫瘤療效。小鼠投予GalXC-安慰劑-C18或GalXC-mCD274-C18連同及不連同抗CTLA-4 mAb(抗小鼠CTLA-4 mAb,抗體株編號9H10,產品編號BP0131)。如
圖 13B所見,相較於單獨的抗CTLA-4 mAb或GalXC-mCD274-C18,與抗CTLA-4 mAb組合能夠增加幾乎二倍的腫瘤生長抑制,且增加CD8+細胞毒性T細胞存在於腫瘤組織中(
圖 13C)表明此組合可為臨床上用於抗性腫瘤類型之潛在組合療法。
實例9:
產生靶向 CD274 之雙股 RNAi 寡核苷酸 識別 CD274 mRNA 目標序列為了產生人類
CD274表現之RNAi寡核苷酸抑制劑,使用基於電腦之演算法以在運算上識別適用於檢定藉由RNAi途徑抑制
CD274表現之
CD274mRNA目標序列。演算法提供各具有與人類
CD274mRNA(
表 2)之合適
CD274目標序列之互補區的RNAi寡核苷酸引導(反義)股序列。一些由演算法識別之引導股序列亦與猴
CD274mRNA(
表 2)及/或小鼠
CD274mRNA(
表 2)及/或大鼠
CD274mRNA(
表 2)之對應
CD274目標序列互補。預測包含與具有核苷酸序列類似性之同源
CD274mRNA目標序列之互補區的
CD274RNAi寡核苷酸具有靶向同源
CD274mRNA的能力。
使用
表 3識別之DsiRNA產生用於活體外評估之對應雙股RNAi寡核苷酸,其包含切口四環GalNAc接合之結構(在本文中稱為「GalNAc接合之CD274寡核苷酸」或「GalNAc-CD274寡核苷酸」),具有36聚體隨從股及22聚體引導股。另外,包含隨從股及引導股之核苷酸序列具有獨特修飾核苷酸模式及硫代磷酸酯連結。
表 3.橫跨CD274之dsiRNA的分布
| 序列選擇策略: 240 個序列 |
| 來自外顯子 1 至 4 之 108 個序列 | 來自外顯子 5 至 7 之 132 個序列 |
| 位置 | Hs/Mf | Hs 獨特 | Hs/Mf/ 大鼠 | 位置 | Hs/Mf | Hs 獨特 | Hs/Mf/ 大鼠 |
| 外顯子 2 (CDS) | 9
| 0
| 0
| 外顯子 5 (CDS) | 5
| 0
| 0
|
| 外顯子 3 (CDS) | 52
| 0
| 0
| 外顯子 6 (CDS) | 0
| 1
| 0
|
| 外顯子 4 (CDS) | 22
| 24
| 1
| 外顯子 7 (3’UTR) | 96
| 29
| 1
|
| 總計 | 83
| 24
| 1
| 總計 | 101
| 30
| 1
|
| | 108
| | 132
|
各GalNAc-CD274寡核苷酸係以相同修飾模式產生,且各具有獨特引導股,該股具有與被SEQ ID NO: 1037識別之
CD274目標序列之互補區。用於正義及反義股之修飾包括下列:
正義股:5’ mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX[-mX-]
16-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-[ademX-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX 3’。
雜交至:
反義股:5’ [MePhosphonate-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX 3’。
或表示為:
正義股:[mXs][mX][mX][mX][mX][mX][mX][fX][fX] [fX][fX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][mX][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][ademA-GalNAc][mX][mX][mX][mX][mX][mX]
雜交至:
反義股:[MePhosphonate-4O-mXs][fXs][fX][fX][fX] [mX][fX][mX][mX][fX][mX][mX][mX][fX][mX][mX][mX] [mX][mX][mXs][mXs][mX]
(修飾索引:
表 1)。
使用活體外基於細胞之檢定來測量
表 4中各GalNAc-CD274寡核苷酸減少
CD274mRNA的能力。簡言之,將表現內源性人類
CD274基因之結腸癌(RKO)細胞用
表 4 及圖 14列出之各GalNAc-CD274寡核苷酸以1 nM在多孔細胞培養盤之分開的孔中轉染。細胞在用GalNAc-CD274寡核苷酸轉染之後維持28小時,接著使用基於TAQMAN®之qPCR檢定測定經轉染細胞中剩餘
CD274mRNA的量。使用二種qPCR檢定,即3′檢定(Hs01125301_m1;檢定位置:956,外顯子界限:6至7,擴增子長度:89)及5′檢定(Hs00204257_m1;檢定位置:503,外顯子界限:3至4,擴增子長度:77)測定
CD274mRNA水準,如使用與FAM接合之PCR探針MGB測量。檢定各引子對之如
表 4 及圖 14所示之剩餘RNA%。評估
表 4 及圖 14所列出之GalNAc-CD274寡核苷酸抑制
CD274表現之能力的基於RKO細胞之檢定識別出數種候選寡核苷酸。
綜上所述,此等結果顯示經設計以靶向人類
CD274mRNA之GalNAc-CD274寡核苷酸抑制細胞中之
CD274表現,如藉由經寡核苷酸轉染之細胞中之
CD274mRNA的量相對於對照細胞減少來測定。此等結果顯示多個
CD274mRNA目標序列適用於RNAi介導之
CD274表現抑制。
在初始活體外篩選之後,選擇35個建構體進行給藥研究。將RKO細胞用0.3nM、1nM及3nM之寡核苷酸處理28小時。將mRNA單離並測量以決定強效劑量(
表 5 及圖 15)。選擇此等35個序列用於進一步活體內測試(
表 5)。
實例 10 : RNAi 寡核苷酸抑制活體內 CD274 實例 9之活體外篩選檢定驗證靶向
CD274之寡核苷酸敲低目標mRNA之能力。為了證實RNAi寡核苷酸敲低活體內
CD274的能力,使用HDI小鼠模型。在經工程改造以在小鼠肝臟的肝細胞中短暫表現人類
CD274mRNA之小鼠的二個研究中,評估選自活體外篩選之三十五個GalNAc接合之寡核苷酸(
圖 16A 及 16B)。簡言之,6至8週齡雌性CD-1小鼠(n=4)以2mg/kg的劑量皮下投予所示之調配於PBS中之GalNAc接合之
CD274寡核苷酸(
圖 16A中17個及
圖 16B中18個;列於
表 6中)。對照組之小鼠(n=4)僅投予PBS。三天後(72小時),小鼠經流體動力學注射(HDI)在遍在巨細胞病毒(CMV)啟動子序列控制下編碼完整人類
CD274基因之DNA質體(50 µg)。在導入DNA質體後約20小時,收集來自HDI小鼠的肝臟樣本。將衍生自此等HDI小鼠的總RNA進行qRT-PCR分析,以測定如
實例 11所述之
CD274mRNA水準。測量人類mRNA之mRNA水準。使用在DNA質體上包括之NeoR基因,將轉染效率之值標準化。
圖 16A 及 16B中之結果顯示經設計以靶向人類
CD274mRNA之GalNAc接合之
CD274寡核苷酸抑制HDI小鼠中之人類
CD274mRNA表現,如藉由經GalNAc接合之CD274寡核苷酸治療之HDI小鼠的肝臟樣本中人類
CD274mRNA表現的量相對於僅經PBS治療之對照HDI小鼠減少來測定。基於mRNA敲低,選擇來自
圖 16A最佳的五個及來自
圖 16B最佳的二個進行進一步劑量反應研究(
表 7且描繪於
圖 17)。
將GalNAc接合之CD274寡核苷酸之此等子集(CD274-094、097、098、100、102、193及274)在二個劑量反應研究中進一步驗證(
圖 18 及 19)。在第一個研究中,測試七個GalNAc接合之CD274寡核苷酸(CD274-094、097、098、100、102、193及274)。小鼠如上述經流體動力學注射且以0.3mg/kg或1mg/kg之寡核苷酸治療。在20小時後收集肝臟,測量人類
CD274表現以決定強效劑量(
圖 18)。接著使用六個寡核苷酸(CD274-094、097、098、102、193及274)以0.3及0.1 mg/kg劑量水準進行第二個劑量反應研究(
圖 19)。0.1 mg/kg之劑量能夠減少約50%之
CD274mRNA,藉此識別用於抑制肝臟中之
CD274表現的3種潛在GalNAc接合之CD274寡核苷酸。將
圖 19中最佳的二種序列在活體外細胞系/免疫細胞培養環境中進一步評估以評估療效。
實例 11 :評估二種選定 CD274 寡核苷酸的內因性效力為了評估GalNAc-CD274-094及GalNAc-CD274-098之內因性效力,在非小細胞肺癌H460細胞系中測試寡核苷酸。使用脂質體轉染劑作為轉染劑,將H460細胞用一系列濃度之GalNAc接合之CD274寡核苷酸處理24小時。剩餘mRNA百分比(%)使用內源性表現之對照基因PP1ACD274寡核苷酸標準化顯示類似的IC
50,表明效力非常類似(
圖 20)。接著在人類初代免疫細胞培養中測試此等二種寡核苷酸,因為此等細胞係人類患者的目標細胞。首先將單核球用M-CSF處理6天以分化,隨後用IL-10細胞介素極化1天以將其轉換成抑制性巨噬細胞(M2表型),並用兩種GalNAc接合之CD274寡核苷酸以一系列劑量水準(0.0032 nM、0.16 nM、0.08 nM、0.04 nM、2 nM、10 nM及50 nM)處理72小時。IC
50幾乎相同,雖然它們稍微優於H460細胞系(
圖 21)。在培養基中與GM-CSF及IL-4細胞介素培育7天後,單核球亦轉換成DC。由於由DC表現之CD274被識別為在介導免疫反應上發揮作用的關鍵組分,因此在此等分化的樹突細胞中測試選定序列(
圖 22)。GalNAc-CD274-098在此等細胞中顯示劑量依賴性敲低,然而CD274-094則否(
圖 22)。為了評估CD274敲低是否介導任何免疫活化(當DC在TDLN中活化時通常如此),使用MSD V-plex檢定套組測量自活體外培養盤收集之上清液中的細胞介素水準。在CD274抑制時,GalNAc-CD274-098介導相較於GalNac-CD274-094稍微較高水準的IFN-γ(
圖 23),與在
圖 22觀察到的RNAi效力排名順序有關。在治療後人類樹突細胞中之IFN-γ釋放的演示證實靶向目標細胞類型中之內源性基因。綜上所述,此資料顯示CD274寡核苷酸之內因性效力可藉由測量序列減少CD274表現的效率及在CD274抑制時目標細胞類型中活化的免疫反應來證實。
實例 12 :使用 SAR 識別有利於遞送 siRNA 至腫瘤微環境及腫瘤引流淋巴結之 GalXC 脂質接合物為了識別以對TME中之骨髓細胞具最高選擇性來遞送載荷物及介導目標敲低之具有最有利性質之脂質接合物,產生一系列脂質接合之寡核苷酸(C16、C18、C22及C24)(
表 8)。為了探討此等測試物品,將Pan02鼠胰臟腫瘤細胞植入裸鼠。當腫瘤達到300至400 mm
3之體積時,將小鼠隨機分組,並以單一劑量之PBS或25 mg/kg之GalXC脂質接合物(C16、C18、C22及C24)治療。第3天在主體腫瘤及肝臟(
圖 24A 及 24B)中評估目標敲低,以識別對目標組織(MDSC)相較於正常肝臟組織具有選擇性之GalXC脂質接合物。在給藥後第3天,所有治療組的腫瘤中之
Aldh2mRNA水準降低至類似程度。在GalXC-ALDH2-脂質接合物組的肝臟中之
Aldh2水準觀察到較高脂質醯基鏈長度與較低目標敲低的相關性之趨勢(C24>C22>C18>C16),表明此等接合物可使用不同機制運送至TME對比肝臟。由於較短脂質醯基鏈接合物C16及C18相較於較長醯基鏈接合物C22及C24似乎較省略肝臟且不損及TME活性,因此在分開的研究進一步探索C16/C18脂質接合物以進一步表徵其活性。Pan02荷瘤小鼠以25 mg/kg之GalXC-ALDH2-C16或GalXC-ALDH-C18單一皮下劑量或PBS治療,且在第7及14天監測主體腫瘤組織及TdLN中的活性。如
圖 24C 及 24D所示,在兩個時間點C18接合物在主體腫瘤中之目標敲低的表現皆優於C16。雖然兩個測試物品在第7天在TdLN中皆顯示類似活性,但C16接合物介導之活性在第14天顯著減少,而C18介導之活性則維持。
實例 13 :用於治療疾病之 CD274 寡核苷酸為了探討具有配體接合之CD274 RNAi寡核苷酸的療效,個體經投予與烴鏈(例如
圖 1B中描繪之烴鏈)接合之CD274 RNAi寡核苷酸。具體而言,個體投予CD274 RNAi寡核苷酸(描繪於
圖 25),其中正義股包含SEQ ID NO: 1050且反義股包含SEQ ID NO: 1005。