[go: up one dir, main page]

RU2833106C1 - Method for prediction of risk of developing uterine myoma based on molecular genetic testing - Google Patents

Method for prediction of risk of developing uterine myoma based on molecular genetic testing Download PDF

Info

Publication number
RU2833106C1
RU2833106C1 RU2024121901A RU2024121901A RU2833106C1 RU 2833106 C1 RU2833106 C1 RU 2833106C1 RU 2024121901 A RU2024121901 A RU 2024121901A RU 2024121901 A RU2024121901 A RU 2024121901A RU 2833106 C1 RU2833106 C1 RU 2833106C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
gene
uterine fibroids
risk
jmjd1c
baiap2l1
Prior art date
Application number
RU2024121901A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Марина Сергеевна Пономаренко
Владимир Иванович Чурносов
Евгений Александрович Решетников
Анна Владимировна Елыкова
Ирина Васильевна Пономаренко
Мария Михайловна Чурносова
Михаил Иванович Чурносов
Юлия Николаевна Решетникова
Original Assignee
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") filed Critical Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ")
Application granted granted Critical
Publication of RU2833106C1 publication Critical patent/RU2833106C1/en

Links

Abstract

FIELD: medicine.
SUBSTANCE: invention relates to medicine, namely to clinical gynaecology, medical genetics and molecular diagnostics, and can be used to predict the risk of developing uterine fibroids in women of Russian nationality, which are natives of the Central Black Earth Region of the Russian Federation and have no relationship to each other. DNA is recovered from peripheral venous blood. Analysis of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene. When detecting a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene high risk of developing uterine fibroids is predicted.
EFFECT: method provides obtaining new criteria for assessing an increased risk of uterine fibroids on the basis of molecular-genetic testing of women of Russian nationality, natives of the Central Black Earth region of the Russian Federation, which are not related to each other, based on data on polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene.
1 cl, 5 ex

Description

Изобретение относится к области медицины, а именно к диагностике и гинекологии, медицинской генетике и может быть использовано для прогнозирования риска развития миомы матки.The invention relates to the field of medicine, namely to diagnostics and gynecology, medical genetics and can be used to predict the risk of developing uterine fibroids.

Миомы матки имеют моноклональное происхождение, развиваясь из неопластических клеток миометрия, хотя сам механизм и ранние стадии развития не вполне понятны [Singh S.S., Belland L. Contemporary management of uterine fibroids: focus on emerging medical treatments // Curr. Med. Res. Opin. 2015 Jan. Vol. 31, №1. P. 1-12]. Тем не менее среди факторов, вовлеченных в формирование и последующее развитие опухоли, можно выделить мутации определенных групп генов, а также влияние половых гормонов и биохимические изменения во внеклеточной матрице миом матки.Uterine fibroids have a monoclonal origin, developing from neoplastic cells of the myometrium, although the mechanism itself and the early stages of development are not fully understood [Singh S.S., Belland L. Contemporary management of uterine fibroids: focus on emerging medical treatments // Curr. Med. Res. Opin. 2015 Jan. Vol. 31, No. 1. P. 1-12]. Nevertheless, among the factors involved in the formation and subsequent development of the tumor, mutations of certain groups of genes can be distinguished, as well as the influence of sex hormones and biochemical changes in the extracellular matrix of uterine fibroids.

Согласно современным представлениям, миома матки - доброкачественная моноклональная, хорошо отграниченная, капсулированная опухоль, происходящая из гладкомышечных клеток шейки или тела матки [Миома матки: диагностика, лечение и реабилитация. Клинические рекомендации (протокол лечения) / Л.В. Адамян, Е.Н. Андреева, Н.В. Артымук [и др.]. - Москва, 2015. URL: https://docs.cntd.ru/document/456019539]. Миома матки представляет серьезную проблему для современного здравоохранения. Миома матки - одна из наиболее распространенных доброкачественных опухолей, возникает у 20-40% женщин репродуктивного возраста [Сафарова С. М. Морфологическая характеристика миомы матки среди женщин репродуктивного возраста //Журнал акушерства и женских болезней. - 2017. - Т. 66. - №. 1.] и варьирует в зависимости от возраста (около 30% женщин репродуктивного возраста [Wise, L. A. Lifetime abuse victimization and risk of uterine leiomyomata in black women / L.A. Wise, J.R. Palmer, L. Rosenberg // Am. J. Obstet. Gynecol. - 2013. -Vol. 208, N 4.]. According to modern concepts, uterine fibroids are benign, monoclonal, well-demarcated, encapsulated tumors originating from the smooth muscle cells of the cervix or body of the uterus [Uterine fibroids: diagnosis, treatment and rehabilitation. Clinical guidelines (treatment protocol) / L.V. Adamyan, E.N. Andreeva, N.V. Artymuk [et al.]. - Moscow, 2015. URL: https://docs.cntd.ru/document/456019539]. Uterine fibroids are a serious problem for modern healthcare. Uterine fibroids are one of the most common benign tumors, occurring in 20-40% of women of reproductive age [Safarova S. M. Morphological characteristics of uterine fibroids among women of reproductive age // Journal of obstetrics and women's diseases. - 2017. - V. 66. - No. 1.] and varies depending on age (about 30% of women of reproductive age [Wise, L. A. Lifetime abuse victimization and risk of uterine leiomyomata in black women / L.A. Wise, J.R. Palmer, L. Rosenberg // Am. J. Obstet. Gynecol. - 2013. -Vol. 208, N 4.].

Особая актуальность проблемы связана с тенденцией к «омоложению» заболевания [Современные аспекты комплексного лечения миомы матки / Л.В. Адамян, М.М. Сонова, К.Н. Арсланян [и др.] // Лечащий врач. - 2019. - № 3. - С. 46-51.], увеличением числа пациенток в возрасте 20-25 лет, страдающих данной патологией [Carranza-Mamane, В. The management of uterine fibroids in women with otherwise unexplained infertility / B. Carranza-Mamane, J. Havelock, R. Hemmings // J. Obstet. Gynaecol. Can. - 2015. - Vol. 37, N 3. - P. 277-285. doi: 10.1016/s1701-2163(15)30318-2.], а также демографической тенденцией к отсроченной реализации репродуктивной функции (после 35 лет), когда миома матки может стать одной из причин, препятствующих этому. The particular relevance of the problem is associated with the tendency towards “rejuvenation” of the disease [Modern aspects of complex treatment of uterine fibroids / L.V. Adamyan, M.M. Sonova, K.N. Arslanyan [et al.] // Attending physician. - 2019. - No. 3. - P. 46-51.], an increase in the number of patients aged 20-25 years suffering from this pathology [Carranza-Mamane, B. The management of uterine fibroids in women with otherwise unexplained infertility / B. Carranza-Mamane, J. Havelock, R. Hemmings // J. Obstet. Gynaecol. Can. - 2015. - Vol. 37, N 3. - P. 277-285. doi: 10.1016/s1701-2163(15)30318-2.], as well as the demographic trend towards delayed implementation of reproductive function (after 35 years), when uterine fibroids can become one of the reasons preventing this.

У большинства пациенток миома матки протекает бессимптомно, однако у 25-30% больных ведущими клиническими симптомами являются хронические тазовые боли, дисменорея, аномальные маточные кровотечения (АМК), анемия, бесплодие, нарушения имплантации эмбриона, привычный выкидыш, неудачи при вспомогательных репродуктивных технологиях [Миома матки. Клинические рекомендации / Российское общество акушеров-гинекологов (РОАГ). - 2020. - 42 с. URL: http://disuria.ru/_ld/10/1034_kr20D25D26MZ.pdf].In most patients, uterine fibroids are asymptomatic, but in 25-30% of patients, the leading clinical symptoms are chronic pelvic pain, dysmenorrhea, abnormal uterine bleeding (AUB), anemia, infertility, embryo implantation disorders, habitual miscarriage, and failures of assisted reproductive technologies [Uterine fibroids. Clinical guidelines / Russian Society of Obstetricians and Gynecologists (ROSG). - 2020. - 42 p. URL: http://disuria.ru/_ld/10/1034_kr20D25D26MZ.pdf].

Патогенез опухоли остается неизвестным, причины возникновения миомы матки, ее рецидивирования до сих пор являются предметом обсуждений, несмотря на многочисленные исследования [Щукина Н.А., Шеина Е.Н., Баринова И.В. Клинико-морфологические особенности миомы матки у молодых женщин // Российский вестник Акушера-Гинеколога. - 2014. - Т. 14. - №. 5.]. По мнению многих авторов, в основе роста миомы матки лежит суммарный эффект генных и средовых факторов [Серов В. Н., Сухих Г. Т. Клинические рекомендации. Акушерство и гинекология //М: ГЭОТАР-Медиа.-4-е изд.-2017. Москва: Проблемы репродукции.]. Семейная предрасположенность [Obed J. Y. et al. Uterine fibroids: risk of recurrence after myomectomy in a Nigerian population //Archives of gynecology and obstetrics. - 2011. - Т. 283. - №. 2. - С. 311-315.], раннее наступление менархе [Rizzello A. et al. A proteomic analysis of human uterine myoma //Current Protein and Peptide Science. - 2017. - Т. 18. - №. 2. - С. 167-174.], обильные менструации, наличие гинекологических и экстрагенитальных заболеваний [Donnez J., Dolmans M. M. Uterine fibroid management: from the present to thefuture //Human Reproduction Update. - 2016. - Т. 22. - №. 6. - С. 665-686.] могут являться факторами риска развития миомы матки. Избыточная масса тела, низкая физическая активность, высокая частота стрессов [Pavone D. et al. Epidemiology and risk factors of uterine fibroids //Best Practice & Research Clinical Obstetrics & Gynaecology. - 2018. - Т. 46. - С. 3-11.] также могут рассматриваться в качестве фактора риска заболевания [Sparic R. et al. Epidemiology of uterine myomas: a review //International journal of fertility & sterility. - 2016. - Т. 9. - №. 4. - С. 424.], так же, как и нереализованная репродуктивная функция. The pathogenesis of the tumor remains unknown, the causes of uterine fibroids and their recurrence are still the subject of discussion, despite numerous studies [Shchukina N.A., Sheina E.N., Barinova I.V. Clinical and morphological features of uterine fibroids in young women // Russian Bulletin of the Obstetrician-Gynecologist. - 2014. - Vol. 14. - No. 5.]. According to many authors, the growth of uterine fibroids is based on the combined effect of genetic and environmental factors [Serov V.N., Sukhikh G.T. Clinical guidelines. Obstetrics and Gynecology // M: GEOTAR-Media.-4th ed.-2017. Moscow: Problemy Reproizvodtsii.]. Family predisposition [Obed J. Y. et al. Uterine fibroids: risk of recurrence after myomectomy in a Nigerian population //Archives of gynecology and obstetrics. - 2011. - Vol. 283. - No. 2. - P. 311-315.], early onset of menarche [Rizzello A. et al. A proteomic analysis of human uterine myoma //Current Protein and Peptide Science. - 2017. - Vol. 18. - No. 2. - P. 167-174.], heavy menstruation, the presence of gynecological and extragenital diseases [Donnez J., Dolmans M. M. Uterine fibroid management: from the present to the future //Human Reproduction Update. - 2016. - Vol. 22. - No. 6. - P. 665-686.] can be risk factors for the development of uterine fibroids. Excess body weight, low physical activity, high frequency of stress [Pavone D. et al. Epidemiology and risk factors of uterine fibroids //Best Practice & Research Clinical Obstetrics & Gynaecology. - 2018. - Vol. 46. - P. 3-11.] can also be considered as a risk factor for the disease [Sparic R. et al. Epidemiology of uterine myomas: a review //International journal of fertility & sterility. - 2016. - Vol. 9. - No. 4. - P. 424.], as well as unrealized reproductive function.

Несмотря на распространенность заболевания и большое количество исследований, посвященных изучению патогенетических механизмов развития миомы матки, включающих генетические, эпигенетические, гормональные и иммунологические факторы, консенсус в понимании патогенеза заболевания отсутствует и является предметом дискуссий.Despite the prevalence of the disease and the large number of studies devoted to the study of the pathogenetic mechanisms of uterine fibroid development, including genetic, epigenetic, hormonal and immunological factors, there is no consensus in understanding the pathogenesis of the disease and is the subject of debate.

В Российской Федерации исследования вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 в формирование предрасположенности к миоме матки у женщин единичны и фрагментарны, а данные о роли полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 в развитии миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования отсутствуют.In the Russian Federation, studies of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene in the formation of a predisposition to uterine fibroids in women are isolated and fragmentary, and data on the role of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene in the development of uterine fibroids based on molecular genetic testing are absent.

Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2024 гг. Анализ документов производился по направлению: способ прогнозирования риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.To assess the current patent situation, a search was conducted on security documents for the period from 1990 to 2024. The documents were analyzed in the following direction: a method for predicting the risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Sources of information: websites of the Federal Institute of Industrial Property http://fips.ru.

В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования повышенного риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования на основе данных о полиморфных маркерах rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1.In the reviewed scientific, medical and available patent literature, the authors did not find a method for predicting an increased risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing using data on polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene.

Известен патент RU №2350259 (опубл. 27.03.2009), в котором описан способ прогнозирования быстрого роста миомы матки, заключающийся в определении таких показателей как: количество медицинских абортов в анамнезе, наличие артериальной гипертензии во время предшествующих беременностей, угрозы невынашивания беременности, продолжительность родов, наличие аномалий родовой деятельности в предшествующих родах, воспалительных послеродовых заболеваний, а также хронических заболеваний желудочно-кишечного тракта и рассчитывают показатель прогноза скорости роста миомы матки. Known is the patent RU No. 2350259 (published 27.03.2009), which describes a method for predicting the rapid growth of uterine fibroids, which consists of determining such indicators as: the number of medical abortions in the anamnesis, the presence of arterial hypertension during previous pregnancies, the threat of miscarriage, the duration of labor, the presence of abnormal labor in previous births, inflammatory postpartum diseases, as well as chronic diseases of the gastrointestinal tract, and calculating the indicator for predicting the rate of growth of uterine fibroids.

Известен патент RU №2484473 (опубл. 10.06.2013), в котором описан способ прогнозирования развития злокачественной или доброкачественной патологии матки, согласно которому для оценки риска развития миомы матки производят диагностическое выскабливание, определяют содержание в эндометрии прогестерона и тестостерона и при уровнях прогестерона 24,0-29,6 нг/г ткани и тестостерона от 16,8 до 22,4 нг/г ткани прогнозируют развитие миомы матки.There is a known patent RU No. 2484473 (published 10.06.2013), which describes a method for predicting the development of malignant or benign pathology of the uterus, according to which, to assess the risk of developing uterine fibroids, a diagnostic curettage is performed, the content of progesterone and testosterone in the endometrium is determined, and at progesterone levels of 24.0-29.6 ng/g of tissue and testosterone from 16.8 to 22.4 ng/g of tissue, the development of uterine fibroids is predicted.

Общий недостаток указанных способов заключается в том, что не рассматриваются генетические полиморфизмы и их сочетания с риском развития миомы матки.The general disadvantage of these methods is that they do not consider genetic polymorphisms and their combinations with the risk of developing uterine fibroids.

В патенте RU №2475740 (опубл. 20.02.2013) описан способ выявления наследственной предрасположенности к быстрому росту миомы матки, сущность которого заключается в выделении из лимфоцитов ДНК, из которой амплифицируют фрагменты генов глутатион-S-трансферазы GSTM1 и метионин-синтазы-редуктазы MTRR, и при выявлении генотипа GSTM1 del/del в сочетании с генотипом MTRR 66G/G или MTRR 66A/G делают вывод о наличии у женщины генетической предрасположенности к быстрому росту миоматозных узлов в течение 5 лет с момента их появления. Недостаток способа заключается в том, что он позволяет прогнозировать быстрый рост миомы матки при наличии миоматозных узлов, но не дает возможности прогноза развития миомы матки.Patent RU #2475740 (published 20.02.2013) describes a method for detecting a hereditary predisposition to rapid growth of uterine fibroids, the essence of which lies in isolating DNA from lymphocytes, from which fragments of the GSTM1 glutathione-S-transferase and MTRR methionine synthase-reductase genes are amplified, and upon detection of the GSTM1 del/del genotype in combination with the MTRR 66G/G or MTRR 66A/G genotype, a conclusion is made about the presence of a genetic predisposition in a woman to rapid growth of fibroids within 5 years from the moment of their appearance. The disadvantage of the method is that it allows predicting rapid growth of uterine fibroids in the presence of fibroids, but does not provide the ability to predict the development of uterine fibroids.

Известен патент RU №2550933 (опубл. 20.05.2015), в котором описан способ прогнозирования риска формирования миомы матки. Изобретение относится к области медицины. Изобретение представляет способ прогнозирования риска развития изолированной миомы матки, включающий забор и исследование периферической венозной крови, отличающийся тем, что из периферической венозной крови выделяют ДНК, проводят типирование генетических полиморфизмов генов интерлейкинов и анализ сочетаний полиморфизмов гена интерлейкина-1 (-889 ТТ IL-1) и интерлейкина-5 (-703 С IL-5), прогнозируют высокий риск развития изолированной миомы матки в случае выявления сочетания аллеля -889 ТТ IL-1 и аллеля -703 С IL-5 у женщин русской национальности, уроженок Центрального Черноземья России. Изобретение обеспечивает получение критериев оценки риска формирования изолированной миомы матки по сочетанию молекулярно-генетических маркеров -889 TT IL-1A и -703 C IL-5. Основным недостатком способа является невозможность осуществить данную методику на практике, в силу необходимости мотивирования женщин к обследованию, наличия специального дорогостоящего оборудования для выполнения лабораторных тестов, которые имеют высокую себестоимость.Known is the patent RU No. 2550933 (published 20.05.2015), which describes a method for predicting the risk of developing uterine fibroids. The invention relates to the field of medicine. The invention is a method for predicting the risk of developing isolated uterine fibroids, including collecting and examining peripheral venous blood, characterized in that DNA is isolated from the peripheral venous blood, typing of genetic polymorphisms of interleukin genes and analysis of combinations of polymorphisms of the interleukin-1 gene (-889 TT IL-1) and interleukin-5 (-703 C IL-5) is performed, a high risk of developing isolated uterine fibroids is predicted in the case of detection of a combination of the -889 TT IL-1 allele and the -703 C IL-5 allele in women of Russian nationality, natives of the Central Black Earth Region of Russia. The invention provides for obtaining criteria for assessing the risk of isolated uterine myoma formation based on a combination of molecular genetic markers -889 TT IL-1A and -703 C IL-5. The main disadvantage of the method is the impossibility of implementing this technique in practice, due to the need to motivate women to undergo examination, the availability of special expensive equipment for performing laboratory tests, which have a high cost price.

Известен ближайший аналог предлагаемого способа - патент RU № 2650990 (опубл. 18.04.2018), в котором описан способ прогнозирования риска развития миомы матки, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови методом полимеразной цепной реакции синтеза ДНК, анализ полиморфизмов, отличающийся тем, что анализируют полиморфизмы генов rs7538038, rs1782507, rs7589318 и прогнозируют повышенный риск развития миомы матки у женщин русской национальности, уроженок Центрального Черноземья в случае выявления сочетания аллеля G rs7538038 с аллелем С rs1782507 с аллелем G rs7589318.The closest analogue of the proposed method is known - patent RU No. 2650990 (published on 18.04.2018), which describes a method for predicting the risk of developing uterine fibroids, including the extraction of DNA from peripheral venous blood by the polymerase chain reaction of DNA synthesis, an analysis of polymorphisms, characterized in that the polymorphisms of the rs7538038, rs1782507, rs7589318 genes are analyzed and an increased risk of developing uterine fibroids in women of Russian nationality, natives of the Central Black Earth Region, is predicted in the case of detection of a combination of the G allele rs7538038 with the C allele rs1782507 with the G allele rs7589318.

Задачей настоящего исследования является расширение арсенала способов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования на основе данных о полиморфных маркерах rs8023580 NR2F2 - rs7910927 JMJD1C - rs3779195 BAIAP2L1.The objective of this study is to expand the range of diagnostic methods, namely, to create a method for predicting the risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing using data on polymorphic markers rs8023580 NR2F2 - rs7910927 JMJD1C - rs3779195 BAIAP2L1.

Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки повышенного риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования женщин русской национальности, уроженок Центрально-Черноземного региона РФ и не имеющих родства между собой, на основе данных о полиморфных маркерах: rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1, включающий:The technical result of using the invention is obtaining criteria for assessing the increased risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing of women of Russian nationality, natives of the Central Black Earth Region of the Russian Federation and not related to each other, based on data on polymorphic markers: rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, including:

выделение ДНК из периферической венозной крови;DNA extraction from peripheral venous blood;

анализ полиморфных маркеров: rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1; analysis of polymorphic markers: rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene;

прогнозирование риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования при выявлении комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1.Prediction of the risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing when identifying a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene.

Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогнозирования риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования на основе данных о комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1.The novelty and inventive step consist in the fact that the prior art does not disclose the possibility of predicting the risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing based on data on the combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene.

Способ осуществляют следующим образом:The method is carried out as follows:

Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Miller, S. A. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells / S. A. Miller, D. D. Dykes, H. F. Polesky // Nucleic. Acids. Res. - 1988. - Vol. 16, № 3. - P. 1215) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об./мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов. Isolation of genomic DNA from peripheral blood is carried out by the phenol-chloroform extraction method (Miller, SA A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells / SA Miller, DD Dykes, HF Polesky // Nucleic. Acids. Res. - 1988. - Vol. 16, No. 3. - P. 1215) in two stages. In the first stage, 25 ml of lysis buffer containing 320 mM sucrose, 1% Triton X-100, 5 mM MgCl 2 , 10 mM Tris-HCl (pH = 7.6) are added to 4 ml of blood with EDTA. The resulting mixture is mixed and centrifuged at 4°C, 4000 rpm for 20 minutes. After centrifugation, the supernatant is poured off, 4 ml of a solution containing 25 mM EDTA (pH = 8.0) and 75 mM NaCl are added to the sediment, and the mixture is resuspended. Then 0.4 ml of 10% SDS, 35 μl of proteinase K (10 mg/ml) are added, and the sample is incubated at 37°C for 16 hours.

На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об./мин. в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -20°С. In the second stage, DNA is extracted from the obtained lysate sequentially with equal volumes of phenol, phenol-chloroform (1:1), and chloroform with centrifugation at 4000 rpm for 10 minutes. After each centrifugation, the aqueous phase is collected. DNA is precipitated from the solution with two volumes of cooled 96% ethanol. After lyophilization, the obtained DNA is dissolved in bidistilled, deionized water and stored at -20°C.

Анализ полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System (Bio-Rad) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Тест - Ген» (Ульяновск)). Analysis of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene was carried out by the polymerase chain reaction (PCR) method on a CFX-96 Real-Time System thermal cycler (Bio-Rad) using standard oligonucleotide primers and probes (synthesized at Test-Gen LLC (Ulyanovsk)).

Амплификация геномной ДНК производилась в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР rs8023580 NR2F2 или rs3779195 BAIAP2L1 или rs7910927 JMJD1C 6 - 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл. Amplification of genomic DNA was performed in a reaction mixture with a total volume of 10 μl, including a mixture for PCR rs8023580 NR2F2 or rs3779195 BAIAP2L1 or rs7910927 JMJD1C 6 - 4 μl, Taq polymerase - 2 μl, the test sample (~30 ng DNA/μl) - 1 μl, deionized water - 3 μl.

Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции.Genotyping of the studied samples was carried out using the CFX-Manager™ software using the allele discrimination method based on the values of relative fluorescence units.

На следующем этапе работы, моделировались в программном комплексе MBMDR (доступ-https://github.com/imbs-hl/mbmdR) межлокусные взаимодействия, имеющие рисковое значения для миомы матки (проводился учет ковариат и выполнялись пермутационные процедуры). Оценивались модели с участием 2-,3-,4-локусов. При этом, с целью снижения вероятности ложноположительных результатов для «выделения» наиболее значимых моделей, детерминирующих риск развития заболевания (на каждом уровне мы отбирали 2-3 наиболее значимые модели), на этапе отбора моделей для пермутационного тестирования, нами дополнительно была введена поправка Бонферрони с учетом возможных комбинаций 3 рассматриваемых локусов: для 2-х локусных моделей в качестве «порогового» уровня был установлен показатель p=0,05/36 = 1,39*10-3, для 3-х локусных - p=0,05/84 = 5,95*10-4, для 4-х локусных - p=0,05/126 = 3,97*10-4. Визуализация межлокусных взаимодействий, связанных с гиперплазией эндометрия, была проведена с применением программы MDR (доступ-http://www. multifactordimensionalityreduction.org/).At the next stage of the work, interlocus interactions that have risk values for uterine fibroids were modeled in the MBMDR software package (access-https://github.com/imbs-hl/mbmdR) (covariates were taken into account and permutation procedures were performed). Models with the participation of 2-, 3-, 4-loci were estimated. In order to reduce the probability of false positive results for “selecting” the most significant models determining the risk of disease development (at each level we selected 2-3 most significant models), at the stage of selecting models for permutation testing, we additionally introduced the Bonferroni correction taking into account possible combinations of the 3 loci under consideration: for 2 locus models, the “threshold” level was set at p=0.05/36 = 1.39*10-3, for 3 locus models - p=0.05/84 = 5.95*10-4, for 4 locus models - p=0.05/126 = 3.97*10-4. Visualization of interlocus interactions associated with endometrial hyperplasia was performed using the MDR program (available at http://www. multifactordimensionalityreduction.org/).

Возможность использования предложенного способа для оценки прогнозирования риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования подтверждает анализ результатов наблюдений 1542 пациенток, из них 569 больных c миомой матки и 973 пациенток контрольной группы. Возрастные характеристики больных и контроля были сопоставимы. В выборки для исследования включались: 1) пациентки русской национальности, являющиеся уроженками Центрального Черноземья РФ, не имеющие родства между собой и проживающие в Белгородской области [Чурносов М.И., Сорокина И.Н., Балановская Е.В. Генофонд населения Белгородской области. Динамика индекса эндогамии в районных популяциях // Генетика. 2008. Т. 44. № 8. С. 1117-1125], добровольно согласившиеся на проведение исследования; 2) в группу больных включались пациентки только после установления диагноза заболевания миомы матки, подтвержденного с помощью клинических и лабораторно-инструментальных (в т.ч. морфологических) методов обследования.The possibility of using the proposed method for assessing the risk of uterine fibroids based on molecular genetic testing is confirmed by the analysis of the results of observations of 1542 patients, including 569 patients with uterine fibroids and 973 patients in the control group. The age characteristics of the patients and controls were comparable. The study samples included: 1) patients of Russian nationality, natives of the Central Black Earth Region of the Russian Federation, unrelated to each other and living in the Belgorod Region [Churnosov M.I., Sorokina I.N., Balanovskaya E.V. Gene pool of the population of the Belgorod Region. Dynamics of the endogamy index in district populations // Genetics. 2008. Vol. 44. No. 8. Pp. 1117-1125], who voluntarily agreed to the study; 2) patients were included in the group of patients only after a diagnosis of uterine fibroids was established, confirmed using clinical and laboratory-instrumental (including morphological) examination methods.

Обследование больных миомой матки проводилось на базе перинатального центра Белгородской областной клинической больницы Святителя Иоасафа с 2008 по 2013 гг.Examination of patients with uterine fibroids was conducted at the perinatal center of the Belgorod Regional Clinical Hospital of St. Joasaph from 2008 to 2013.

Все больные миомой матки и женщины контрольной группы подписали информированное согласие на участие в исследовании (проведение исследования было согласовано с этическим комитетом медицинского института НИУ «БелГУ»).All patients with uterine fibroids and women in the control group signed informed consent to participate in the study (the study was approved by the Ethics Committee of the Medical Institute of the National Research University "BelSU").

Типирование молекулярно-генетических маркеров осуществлялось на кафедре медико-биологических дисциплин медицинского института НИУ «БелГУ». Typing of molecular genetic markers was carried out at the Department of Medical and Biological Disciplines of the Medical Institute of the National Research University "BelSU".

При изучении SNP х SNP взаимодействий установлена генетическая модель, включающая наличие значимой трёхлокусной модели, вовлеченную в формирование миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования, является rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 (рperm≤0,001). С развитием заболевания наиболее значимая ассоциация выявлена для комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1 (beta=0,55; p=0,05), имеющая рисковую направленность. When studying SNP x SNP interactions, a genetic model was established that includes the presence of a significant three-locus model involved in the formation of uterine fibroids based on molecular genetic testing, which is rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene (p perm ≤0.001). With the development of the disease, the most significant association was found for a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene (beta = 0.55; p = 0.05), which has a risk direction.

В качестве примеров конкретного применения разработанного способа проведено генетическое обследование женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой: проведено генетическое исследование по полиморфным маркерам rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1. As examples of the specific application of the developed method, a genetic examination of women of Russian nationality, who were natives of the Central Black Earth Region of the Russian Federation and were not related to each other, was conducted: a genetic study was conducted on the polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene.

У пациентки О. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1, что позволило отнести пациентку в группу больных с повышенным риском развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз миома матки у пациентки.Venous blood was taken from patient O., genotyping of DNA markers was performed, during the analysis of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene was revealed, which made it possible to classify the patient into the group of patients with an increased risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Further observation confirmed the diagnosis of uterine fibroids in the patient.

У пациентки У. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-ТС гена NR2F2, rs7910927-GТ гена JMJD1C, rs3779195-AA гена BAIAP2L1, что позволило отнести пациентку в группу пациентов с низким риском развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз у пациентки.Venous blood was taken from patient U., genotyping of DNA markers was performed, during the analysis of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, a combination of genotypes rs8023580-ТС of the NR2F2 gene, rs7910927-GТ of the JMJD1C gene, rs3779195-AA of the BAIAP2L1 gene was revealed, which allowed us to classify the patient into the group of patients with a low risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Further observation did not confirm the diagnosis in the patient.

У пациентки А. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 была выявлена комбинация генотипов rs8023580-CC гена NR2F2, rs7910927-TT гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1, что позволило отнести пациентку в группу больных с низким риском развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз миома матки у пациентки.Venous blood was taken from patient A., genotyping of DNA markers was performed, during the analysis of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, a combination of genotypes rs8023580-CC of the NR2F2 gene, rs7910927-TT of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene was revealed, which allowed us to classify the patient into the group of patients with a low risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Further observation did not confirm the diagnosis of uterine fibroids in the patient.

У пациентки B. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1, что позволило отнести пациентку в группу больных с повышенным риском развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз миома матки у пациентки B.Venous blood was taken from patient B., genotyping of DNA markers was performed, during the analysis of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene was revealed, which made it possible to classify the patient into the group of patients with an increased risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Further observation confirmed the diagnosis of uterine fibroids in patient B.

У пациентки M. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-TT гена NR2F2, rs7910927-TT гена JMJD1C, rs3779195-TT гена BAIAP2L1, что позволило отнести пациентку в группу индивидуумов с низким риском развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования. При дальнейшем наблюдении диагноз миома матки у пациентки M. не подтвердился.Venous blood was taken from patient M., genotyping of DNA markers was performed, during the analysis of the involvement of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-TT of the JMJD1C gene, rs3779195-TT of the BAIAP2L1 gene was revealed, which allowed us to classify the patient into a group of individuals with a low risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing. Upon further observation, the diagnosis of uterine fibroids in patient M. was not confirmed.

Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди женщин группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования.The use of this method will allow the formation of risk groups among women at the preclinical stage and the timely implementation of necessary treatment and preventive measures in these groups to prevent the development of uterine fibroids based on molecular genetic testing.

Claims (1)

Способ прогнозирования риска развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования у женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs7910927 гена JMJD1C, rs3779195 гена BAIAP2L1, при этом прогнозируют высокий риск развития миомы матки на основе молекулярно-генетического тестирования при выявлении комбинации генотипов rs8023580-ТТ гена NR2F2, rs7910927-GG гена JMJD1C, rs3779195-TA гена BAIAP2L1.A method for predicting the risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing in women of Russian nationality who are natives of the Central Black Earth Region of the Russian Federation and are not related to each other, including DNA extraction from peripheral venous blood, analysis of polymorphic markers rs8023580 of the NR2F2 gene, rs7910927 of the JMJD1C gene, rs3779195 of the BAIAP2L1 gene, while predicting a high risk of developing uterine fibroids based on molecular genetic testing when identifying a combination of genotypes rs8023580-TT of the NR2F2 gene, rs7910927-GG of the JMJD1C gene, rs3779195-TA of the BAIAP2L1 gene.
RU2024121901A 2024-08-01 Method for prediction of risk of developing uterine myoma based on molecular genetic testing RU2833106C1 (en)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2833106C1 true RU2833106C1 (en) 2025-01-14

Family

ID=

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2550933C1 (en) * 2014-04-22 2015-05-20 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" Method for predicting risk of hysteromyoma
RU2650990C1 (en) * 2017-06-29 2018-04-18 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") Method for prediction of risk of uterine fibroid

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2550933C1 (en) * 2014-04-22 2015-05-20 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" Method for predicting risk of hysteromyoma
RU2650990C1 (en) * 2017-06-29 2018-04-18 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Белгородский государственный национальный исследовательский университет" (НИУ "БелГУ") Method for prediction of risk of uterine fibroid

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ALSUDAIRI H.N. et al. Estrogens and uterine fibroids: an integrated view. Research Results in Biomedicine. 2021; 7(2): 156-163. *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Vodolazkaia et al. Vascular endothelial growth factor pathway in endometriosis: genetic variants and plasma biomarkers
Nikolova et al. Sequence variant in the laminin γ1 (LAMC1) gene associated with familial pelvic organ prolapse
CN113227400A (en) Mitochondrial DNA deletion associated with endometriosis
Raguema et al. FAS A‐670G and Fas ligand IVS2nt A 124G polymorphisms are significantly increased in women with pre‐eclampsia and may contribute to HELLP syndrome: a case‐controlled study
RU2833106C1 (en) Method for prediction of risk of developing uterine myoma based on molecular genetic testing
Pouget et al. Preliminary insights into the genetic architecture of postpartum depressive symptom severity using polygenic risk scores
RU2833110C1 (en) Method for prediction of risk of developing uterine fibroids in women with normal body weight
RU2558854C1 (en) Method for prediction of risk of endometriosis
RU2834526C1 (en) Method for prediction of risk of developing uterine fibroids in women with overweight or obesity
Hui et al. RNA-Seq of amniotic fluid cell-free RNA: a discovery phase study of the pathophysiology of congenital cytomegalovirus infection
RU2453850C2 (en) Method for prediction of character of uterine involvement in myomatous nodes
RU2642939C1 (en) Method for prediction of risk of preeclampsia
RU2550933C1 (en) Method for predicting risk of hysteromyoma
RU2828525C1 (en) Method for prediction of risk of developing breast cancer in women without obesity by results of genetic testing
RU2834521C1 (en) Method for prediction of risk of developing endometrial hyperplasia in women with normal body weight
RU2830467C1 (en) Method for prediction of risk of developing breast cancer in women with obesity based on data on polymorphism of genes jmjd1c, ppp1r21 and prmt6
RU2834146C1 (en) Method for prediction of risk of developing endometrial hyperplasia in women with overweight or obesity
RU2828523C1 (en) Method for prediction of risk of developing luminal subtype of breast cancer in women
RU2834523C1 (en) Method for predicting risk of developing endometrial hyperplasia using molecular genetic data
RU2834809C1 (en) Method for prediction of risk of severe preeclampsia
RU2830466C1 (en) Method for prediction of increased risk of developing breast cancer of 3-4 stages of disease in women
RU2650990C1 (en) Method for prediction of risk of uterine fibroid
RU2850953C1 (en) Method for predicting risk of uterine myoma development in women with genital endometriosis using molecular genetic data
RU2830352C1 (en) Method for predicting risk of grade 3 malignancy of tumor cells in breast cancer
RU2848642C1 (en) Method for predicting risk of developing combination of endometrial hyperplasia and uterine myomas in women with genital endometriosis