RU2739758C1 - Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока - Google Patents
Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока Download PDFInfo
- Publication number
- RU2739758C1 RU2739758C1 RU2020109645A RU2020109645A RU2739758C1 RU 2739758 C1 RU2739758 C1 RU 2739758C1 RU 2020109645 A RU2020109645 A RU 2020109645A RU 2020109645 A RU2020109645 A RU 2020109645A RU 2739758 C1 RU2739758 C1 RU 2739758C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- minutes
- fungi
- supernatant
- rpm
- yeast
- Prior art date
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims abstract description 50
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 40
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 claims abstract description 35
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims abstract description 32
- 238000009640 blood culture Methods 0.000 claims abstract description 31
- 239000013049 sediment Substances 0.000 claims abstract description 25
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 claims abstract description 20
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 claims abstract description 17
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims abstract description 17
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 16
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 15
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 claims abstract description 14
- 238000001698 laser desorption ionisation Methods 0.000 claims abstract description 12
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 claims abstract description 12
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims abstract description 11
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 claims abstract description 9
- 241000223252 Rhodotorula Species 0.000 claims abstract description 7
- 241000894007 species Species 0.000 claims abstract description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 7
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims abstract description 6
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 5
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 claims abstract description 5
- 238000001035 drying Methods 0.000 claims abstract description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims abstract description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 claims description 15
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 abstract description 21
- 239000008280 blood Substances 0.000 abstract description 21
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 5
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 abstract description 2
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 abstract 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 abstract 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 abstract 1
- 238000000822 sequential centrifugation Methods 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 12
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 11
- 206010042938 Systemic candida Diseases 0.000 description 10
- 208000017773 candidemia Diseases 0.000 description 8
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 8
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 8
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 8
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 8
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 7
- 108010021062 Micafungin Proteins 0.000 description 6
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 6
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 description 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 6
- 206010017533 Fungal infection Diseases 0.000 description 5
- 230000000843 anti-fungal effect Effects 0.000 description 5
- 239000003429 antifungal agent Substances 0.000 description 5
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 5
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 5
- 229960002159 micafungin Drugs 0.000 description 5
- PIEUQSKUWLMALL-YABMTYFHSA-N micafungin Chemical compound C1=CC(OCCCCC)=CC=C1C1=CC(C=2C=CC(=CC=2)C(=O)N[C@@H]2C(N[C@H](C(=O)N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N3C[C@H](C)[C@H](O)[C@H]3C(=O)N[C@H](O)[C@H](O)C2)[C@H](O)CC(N)=O)[C@H](O)[C@@H](O)C=2C=C(OS(O)(=O)=O)C(O)=CC=2)[C@@H](C)O)=O)=NO1 PIEUQSKUWLMALL-YABMTYFHSA-N 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 4
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 4
- GCFBRXLSHGKWDP-XCGNWRKASA-N cefoperazone Chemical compound O=C1C(=O)N(CC)CCN1C(=O)N[C@H](C=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2C(C(O)=O)=C(CSC=3N(N=NN=3)C)CS[C@@H]21 GCFBRXLSHGKWDP-XCGNWRKASA-N 0.000 description 4
- 229960004682 cefoperazone Drugs 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 229960005256 sulbactam Drugs 0.000 description 4
- FKENQMMABCRJMK-RITPCOANSA-N sulbactam Chemical compound O=S1(=O)C(C)(C)[C@H](C(O)=O)N2C(=O)C[C@H]21 FKENQMMABCRJMK-RITPCOANSA-N 0.000 description 4
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 description 3
- 241000222178 Candida tropicalis Species 0.000 description 3
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 3
- 241000235645 Pichia kudriavzevii Species 0.000 description 3
- 229960004821 amikacin Drugs 0.000 description 3
- LKCWBDHBTVXHDL-RMDFUYIESA-N amikacin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](N)C[C@H]([C@@H]([C@H]1O)O[C@@H]1[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)NC(=O)[C@@H](O)CCN)[C@H]1O[C@H](CN)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O LKCWBDHBTVXHDL-RMDFUYIESA-N 0.000 description 3
- 230000001857 anti-mycotic effect Effects 0.000 description 3
- 239000002543 antimycotic Substances 0.000 description 3
- 230000036760 body temperature Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 238000009096 combination chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- LITBAYYWXZOHAW-XDZRHBBOSA-N (2s,5r,6r)-6-[[(2r)-2-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazine-1-carbonyl)amino]-2-phenylacetyl]amino]-3,3-dimethyl-7-oxo-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carboxylic acid;(2s,3s,5r)-3-methyl-4,4,7-trioxo-3-(triazol-1-ylmethyl)-4$l^{6}-thia-1-azabicyclo[3.2.0]hept Chemical compound C([C@]1(C)S([C@H]2N(C(C2)=O)[C@H]1C(O)=O)(=O)=O)N1C=CN=N1.O=C1C(=O)N(CC)CCN1C(=O)N[C@H](C=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(O)=O)C(C)(C)S[C@@H]21 LITBAYYWXZOHAW-XDZRHBBOSA-N 0.000 description 2
- 201000010000 Agranulocytosis Diseases 0.000 description 2
- APKFDSVGJQXUKY-KKGHZKTASA-N Amphotericin-B Natural products O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1C=CC=CC=CC=CC=CC=CC=C[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 APKFDSVGJQXUKY-KKGHZKTASA-N 0.000 description 2
- 241000222173 Candida parapsilosis Species 0.000 description 2
- 108010020326 Caspofungin Proteins 0.000 description 2
- 108010049047 Echinocandins Proteins 0.000 description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 2
- WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N Thienamycin Natural products C1C(SCCN)=C(C(O)=O)N2C(=O)C(C(O)C)C21 WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- APKFDSVGJQXUKY-INPOYWNPSA-N amphotericin B Chemical compound O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 APKFDSVGJQXUKY-INPOYWNPSA-N 0.000 description 2
- 229960003942 amphotericin b Drugs 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 2
- 208000037815 bloodstream infection Diseases 0.000 description 2
- 229940095731 candida albicans Drugs 0.000 description 2
- JYIKNQVWKBUSNH-WVDDFWQHSA-N caspofungin Chemical compound C1([C@H](O)[C@@H](O)[C@H]2C(=O)N[C@H](C(=O)N3CC[C@H](O)[C@H]3C(=O)N[C@H](NCCN)[C@H](O)C[C@@H](C(N[C@H](C(=O)N3C[C@H](O)C[C@H]3C(=O)N2)[C@@H](C)O)=O)NC(=O)CCCCCCCC[C@@H](C)C[C@@H](C)CC)[C@H](O)CCN)=CC=C(O)C=C1 JYIKNQVWKBUSNH-WVDDFWQHSA-N 0.000 description 2
- 229960003034 caspofungin Drugs 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- 229960002182 imipenem Drugs 0.000 description 2
- ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N imipenem Chemical compound C1C(SCC\N=C\N)=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@H]([C@H](O)C)[C@H]21 ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N 0.000 description 2
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 2
- 208000036732 invasive candidiasis Diseases 0.000 description 2
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 2
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 2
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 229940104641 piperacillin / tazobactam Drugs 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 238000007873 sieving Methods 0.000 description 2
- NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 5-azacytidine Chemical compound O=C1N=C(N)N=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 NMUSYJAQQFHJEW-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 206010000830 Acute leukaemia Diseases 0.000 description 1
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 1
- 244000197813 Camelina sativa Species 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N Cytarabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N 0.000 description 1
- 206010012735 Diarrhoea Diseases 0.000 description 1
- 206010018687 Granulocytopenia Diseases 0.000 description 1
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 1
- 206010048612 Hydrothorax Diseases 0.000 description 1
- XDXDZDZNSLXDNA-TZNDIEGXSA-N Idarubicin Chemical compound C1[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1C2=C(O)C(C(=O)C3=CC=CC=C3C3=O)=C3C(O)=C2C[C@@](O)(C(C)=O)C1 XDXDZDZNSLXDNA-TZNDIEGXSA-N 0.000 description 1
- XDXDZDZNSLXDNA-UHFFFAOYSA-N Idarubicin Natural products C1C(N)C(O)C(C)OC1OC1C2=C(O)C(C(=O)C3=CC=CC=C3C3=O)=C3C(O)=C2CC(O)(C(C)=O)C1 XDXDZDZNSLXDNA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 208000037026 Invasive Fungal Infections Diseases 0.000 description 1
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241001539803 Magnusiomyces capitatus Species 0.000 description 1
- 206010028116 Mucosal inflammation Diseases 0.000 description 1
- 201000010927 Mucositis Diseases 0.000 description 1
- 208000034486 Multi-organ failure Diseases 0.000 description 1
- 208000010718 Multiple Organ Failure Diseases 0.000 description 1
- 208000001388 Opportunistic Infections Diseases 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 238000001069 Raman spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 208000004756 Respiratory Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 241000223254 Rhodotorula mucilaginosa Species 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 1
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 description 1
- XLOMVQKBTHCTTD-UHFFFAOYSA-N Zinc monoxide Chemical compound [Zn]=O XLOMVQKBTHCTTD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012084 abdominal surgery Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- AFVLVVWMAFSXCK-VMPITWQZSA-N alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid Chemical compound OC(=O)C(\C#N)=C\C1=CC=C(O)C=C1 AFVLVVWMAFSXCK-VMPITWQZSA-N 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000845 anti-microbial effect Effects 0.000 description 1
- 238000011203 antimicrobial therapy Methods 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 229960002756 azacitidine Drugs 0.000 description 1
- 238000010241 blood sampling Methods 0.000 description 1
- 238000013132 cardiothoracic surgery Methods 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- MYPYJXKWCTUITO-KIIOPKALSA-N chembl3301825 Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1=C2C=C3C=C1OC1=CC=C(C=C1Cl)[C@@H](O)[C@H](C(N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H]3C(=O)N[C@H]1C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C3=CC(O)=CC(O)=C3C=3C(O)=CC=C1C=3)C(O)=O)=O)[C@H](O)C1=CC=C(C(=C1)Cl)O2)=O)NC(=O)[C@@H](CC(C)C)NC)[C@H]1C[C@](C)(N)C(O)[C@H](C)O1 MYPYJXKWCTUITO-KIIOPKALSA-N 0.000 description 1
- 229960002626 clarithromycin Drugs 0.000 description 1
- AGOYDEPGAOXOCK-KCBOHYOISA-N clarithromycin Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](C)C(=O)O[C@@H]([C@@]([C@H](O)[C@@H](C)C(=O)[C@H](C)C[C@](C)([C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@H](C[C@@H](C)O2)N(C)C)O)[C@H]1C)OC)(C)O)CC)[C@H]1C[C@@](C)(OC)[C@@H](O)[C@H](C)O1 AGOYDEPGAOXOCK-KCBOHYOISA-N 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 229960000684 cytarabine Drugs 0.000 description 1
- 239000000824 cytostatic agent Substances 0.000 description 1
- 230000001085 cytostatic effect Effects 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N dodecyl hydrogen sulfate Chemical compound CCCCCCCCCCCCOS(O)(=O)=O MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940043264 dodecyl sulfate Drugs 0.000 description 1
- 208000037902 enteropathy Diseases 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 1
- 208000024386 fungal infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- 238000002682 general surgery Methods 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 description 1
- 229960000908 idarubicin Drugs 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 208000028774 intestinal disease Diseases 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 238000011866 long-term treatment Methods 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 229960002260 meropenem Drugs 0.000 description 1
- DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N meropenem Chemical compound C=1([C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)S[C@@H]1CN[C@H](C(=O)N(C)C)C1 DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N 0.000 description 1
- 238000009629 microbiological culture Methods 0.000 description 1
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 1
- 238000009343 monoculture Methods 0.000 description 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 1
- 208000029744 multiple organ dysfunction syndrome Diseases 0.000 description 1
- 229940048991 mycamine Drugs 0.000 description 1
- 231100000052 myelotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002556 myelotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 201000004193 respiratory failure Diseases 0.000 description 1
- 238000005464 sample preparation method Methods 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 201000000306 sarcoidosis Diseases 0.000 description 1
- 230000036303 septic shock Effects 0.000 description 1
- 238000009589 serological test Methods 0.000 description 1
- 201000009890 sinusitis Diseases 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002594 sorbent Substances 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- AFVLVVWMAFSXCK-UHFFFAOYSA-N α-cyano-4-hydroxycinnamic acid Chemical compound OC(=O)C(C#N)=CC1=CC=C(O)C=C1 AFVLVVWMAFSXCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области медицины, в частности к микробиологии. Раскрыт способ идентификации дрожжеподобных грибов рода Candida и рода Rhodotorula, включающий пробоподготовку положительной гемокультуры и идентификацию дрожжеподобных грибов методом матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии. При этом пробоподготовку положительной гемокультуры осуществляют путем ее переноса из флакона с жидкой питательной средой в пробирку с разделительным гелем и затем центрифугируют при 1000 оборотов в течение 2 минут. Полученную надосадочную жидкость подвергают многократным последовательным операциям центрифугирования и добавления деионизированной воды. Затем удаляют надосадочную жидкость, далее к осадку добавляют деионизированную воду и 96% этиловый спирт и еще раз перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, затем удаляют надосадочную жидкость. Далее оставляют микроцентрифужную пробирку с открытой крышкой до полного испарения спирта, после чего проводят экстракцию белкового экстракта муравьиной кислотой и ацетонитрилом, полученную надосадочную жидкость наносят на мишень масс-спектрометра, после высыхания покрывают матрицей и проводят идентификацию дрожжеподобных грибов рода Candida и рода Rhodotorula до родовой принадлежности по значению коэффициента идентификации (score) от 1,1 до 1,5 и до видовой принадлежности - от 1,6 и выше. Изобретение обеспечивает расширение арсенала технических средств, предназначенных для ускоренной идентификации микроорганизмов из крови, содержащей дрожжеподобные грибы с высокой достоверностью. 3 табл., 4 пр.
Description
Изобретение относится к области медицины, в частности к микробиологии с возможностью применения у больных в гематологии, и может быть использовано для идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока.
В настоящее время имеется отчетливая тенденция к росту числа грибковых инфекций и, соответственно, актуальным является улучшение уровня их диагностики. В развитии инвазивных грибковых инфекций имеют значение разные факторы, включающие не только состояние пациента, но и окружающую среду. Грибы относятся к основным возбудителями оппортунистических инфекций у иммунокомпрометированных пациентов.
В течение последних 10-15 лет наблюдается отчетливая тенденция к увеличению числа микотических инфекций. Так, дрожжеподобные грибы входят в число десяти наиболее часто выявляемых нозокомиальных патогенов; в отделениях интенсивной терапии они определяются на пятом месте, достигая 17%; среди инфекций кровотока Candida spp. занимают 4-е место, составляя 7,6%; примерно 7% случаев лихорадок неясной этиологии у больных, находящихся на лечении в стационаре, бывают обусловлены грибами. Причем данные микроорганизмы являются проблемными не только у онкогематологических больных. Так, при анализе 837 случаев кандидемий показано, что чаще всего они возникали у больных со злокачественными опухолями (26%) и после хирургического лечения (18,5%). При этом среди пациентов хирургического профиля наиболее высокая частота была зарегистрирована в абдоминальной хирургии, составив 13,5% (число больных 113). Частота кандидемий в кардиоторакальной хирургии была 4,3%, в отделениях общей хирургии - 1,7%. Грибковые инфекции являются нередкими осложнениями у больных с ожогами и после травм. Летальность у больных инвазивным кандидозом остается высокой и достигает 30-40%. По данным многоцентрового проспективного исследования, проведенного в России с 2005 по 2013 гг., среди 55 больных кандидемией, негативное влияние на результаты лечения больных кандидемией оказывала необходимость перевода больных в реанимацию, уменьшая частоту излечения в 50 раз.
Среди инфекций, вызванных дрожжеподобными грибами, основную долю (до 90%) составляют грибы рода Candida.
Риск развития грибковой инфекции определяется многими факторами, которые могут выступать синергистами. У пациентов со злокачественными опухолями дополнительными факторами риска являются длительная гранулоцитопения после проведения полихимиотерапии, нарушения клеточного иммунитета, колонизация слизистых оболочек Candida spp., тяжелые мукозиты при цитостатическом воздействии.
Одним из тяжелых осложнений является кандидемия - циркуляция грибов рода Candida в кровяном русле. Инвазивный кандидоз, вызванный грибами рода Candida, относится к частым и тяжелым осложнениям, для которых характерна более высокая летальность, требующая длительного лечения. Среди дрожжеподобных грибов преобладают С. albicans, однако, в последние годы наблюдается их снижение и увеличение таких грибов, как С. parapsilosis, С. tropicalis, С. krusei, С. glabrata.
В части случаев (5-7%) инфекции могут быть обусловлены другими дрожжеподобными грибами, такими как Saprochaete capitata, Saccharomyces cerevisiae, Rhodotorula spp., причем некоторые из них нуждаются в назначении особых антимикотиков, поскольку проявляют природную резистентность к некоторым противогрибковым препаратам.
Одна из ведущих причин высокой летальности у больных кандидемией - это несвоевременное и неадекватное назначение антимикотиков. В этой связи крайне важным является представление результатов идентификации возбудителей инфекции в максимально короткие сроки.
На сегодняшний день известно использование для выявления возбудителя грибковой инфекции полимеразной цепной реакции (ПЦР), с помощью которой исследуют материал, полученный при бронхоальвеолярном лаваже или пункции [Bretagne, Costa, Marmorat-Khuong. Detection of Aspergillus spesies DNA in bronchoalveolar lavage samples by competitive PCR // J. Clin. Mcrobiol.- 1995.- Vol. 33, N 5.- P. 1164-1168]. Возможно также определение специфических ДНК с помощью ПЦР в крови [Einsele, Hebart, Roller. Detection and identification of fungal pathogens in blood by using molecular probes // J. Clin. Mcrobiol- 1997.- Vol. 35, N6.- P. 1353-1360]. Микробиологическое исследование очень редко позволяет обнаружить присутствие возбудителя в гемокультуре; также недостаточно эффективны рутинные серологические исследования.
Известен также способ идентификации микроорганизмов в том числе дрожжеподобных грибов из тестируемого образца гемокультуры. Способ предусматривает получение тестируемого образца, селективный лизис и растворение клеток, не являющихся микроорганизмами тестируемого образца, наслаивание полученного лизата на плотностной буфер в герметичном контейнере и дальнейшее центрифугирование. Плотностный буфер имеет однородную плотность примерно от 1,025 г/мл до 1,120 г/мл. При этом микроорганизмы, проходя через указанный буфер, образуют осадок на дне контейнера. Осадок исследуют с использованием рамановской спектроскопии, что позволяет идентифицировать микроорганизм на уровне рода или вида. Изобретение позволяет идентифицировать дрожжеподобные грибы из клинических образцов менее чем за 120 мин (RU 2541775, 20.02.2015).
Наиболее близким техническим решением к заявленному изобретению является способ экспресс идентификации дрожжеподобных грибов рода Candida из положительной гемокультуры с помощью матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) при этом из флаконов, содержащих в качестве сорбента полимерные гранулы, к 1 мл его содержимого, помещенного в микропробирку, добавляют 200 мкл 5% водного раствора сапонина для лизиса эритроцитов. Смесь инкубируют в течение 5 мин при комнатной температуре, лизат центрифугируют (12000 об/мин, 1 мин), после чего удаляют супернатант. Далее осадок промывают 1 мл фосфатно-солевого буфера, затем повторно центрифугируют (12000 об/мин, 1 мин) и удаляют супернатант. К осадку добавляют сначала 300 мкл бидистилированной воды, перемешивают, затем 900 мкл этанола, центрифугируют (12000 об/мин, 2 мин), удаляют супернатант, осадок подсушивают при комнатной температуре в течение нескольких минут, после чего к нему последовательно добавляют сначала 20 мкл муравьиной кислоты, затем равное количество ацетонитрила. Полученную суспензию перемешивают, после чего центрифугируют (12000 об/мин, 2 мин), 1 мкл белкового экстракта наносят на мишень масс-спектрометра в двух повторностях, подсушивают, после чего добавляют раствор матрикса (а-циано-4-гидроксикоричная кислота) в соотношении 1:1 и оставляют до полного высыхания. Масс-спектры регистрируют в автоматическом режиме в диапазоне 2-20 кД. Идентификацию микроорганизмов осуществляют путем автоматического сравнения полученных масс-спектров с референсной базой данных, содержащей информацию более чем о 950 клинически значимых видах микроорганизмов (Попов Д.А., Овсеенко С.Т., Вострикова Т.Ю. Экспресс-идентификация положительных гемокультур с помощью метода прямой MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Анестезиология и реаниматология, 2015, №5, с. 71-75). Недостатками данных методов является малое количество исследованных изолятов грибов (всего 2) и соответственно малое количество положительных результатов (только 1 из 2).
Технический результат заявленного способа заключается в расширении арсенала технических средств, предназначенных для идентификации микроорганизмов из кровотока, содержащего не только Candida spp., но и другие дрожжеподобные грибы с высокой достоверностью.
Технический результат достигается тем, что идентификацию дрожжеподобных грибов рода Candida и рода Rhodotorula проводят путем пробоподготовки положительной гемокультуры и идентификации дрожжеподобных грибов методом матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии, при этом пробоподготовку положительной гемокультуры осуществляют путем ее переноса из флакона с жидкой питательной средой, предназначенного для культивирования микроорганизмов, в пробирку с разделительным гелем и далее центрифугируют при 1000 оборотов в течение 2 минут, полученную надосадочную жидкость перемешивают, переносят в микроцентрифужную пробирку и центрифугируют при 14000 оборотах в течение 10 минут, после чего надосадочную жидкость удаляют, а к осадку добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, затем центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, вновь удаляют надосадочную жидкость, а к осадку снова добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, затем к осадку добавляют 0,1% додецилсульфат натрия, перемешивают на вортексе, затем оставляют микроцентрифужную пробирку на 10 мин для полного растворения осадка, далее центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, после чего надосадочную жидкость удаляют, а к осадку добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, затем центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, к осадку снова добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, далее к осадку добавляют деионизированную воду и 96% этиловый спирт и еще раз перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, затем удаляют надосадочную жидкость, далее оставляют микроцентрифужную пробирку с открытой крышкой до полного испарения спирта (примерно на 5-10 мин.), после чего проводят экстракцию белкового экстракта муравьиной кислотой и ацетонитрилом, полученную надосадочную жидкость наносят на мишень масс-спектрометра, после высыхания покрывают матрицей и проводят идентификацию дрожжеподобных грибов Candida spp. и Rhodotorula spp. до родовой принадлежности по значению коэффициента идентификации (score) от 1,1 до 1,5 и до видовой принадлежности - от 1,6 и выше.
Способ осуществляется следующим образом.
Кровь для микробиологического исследования берут у больных при температуре от 38°С и выше из периферической вены и/или из центрального венозного катетера. Вносят образцы крови в коммерческие флаконы с жидкой питательной средой, предназначенной для культивирования микроорганизмов (ВАСТЕС Рlus Аеrоbic/F, ВАСТЕС Рlus Аnaerobic/F, ВАСТЕС Мycosis-1С/F). Флаконы с кровью инкубируют в автоматическом анализаторе для гемокультур (ВD ВАСТЕС FХ, Весtоn Dickinson). После сигнала прибора о наличии положительной гемокультуры (то есть, получен рост микроорганизма во флаконе с питательной средой) используют предложенный способ пробоподготовки для идентификации дрожжеподобных грибов методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии. Для этого набирают 5-6 мл крови из флакона с жидкой питательной средой в пробирку (Моноветта 7,5 мл), содержащей сыворотку-гель (5 мин) и центрифугируют при 1000 оборотах (2 мин). Полученную надосадочную жидкость аккуратно перемешивают стерильной одноразовой пипеткой (15 сек), переносят 1 мл надосадочной жидкости (15 сек) в микроцентрифужную пробирку (1,5 мл) и центрифугируют при 14000 оборотах (10 мин). Надосадочную жидкость удаляют (30 сек), а к осадку добавляют 1 мл деионизированной воды и перемешивают на вортексе (30 сек). Далее центрифугируют при 14000 оборотах (2 мин). Надосадочную жидкость вновь удаляют (30 сек), к осадку добавляют 1 мл деионизированной воды, перемешивают на вортексе (30 сек), центрифугируют при 14000 оборотах (2 мин) и после удаления полученной надосадочной жидкости к осадку добавляют 1 мл 0,1% раствора додецилсульфата натрия, перемешивают смесь на вортексе (30 сек). Отстаивают 10 минут и центрифугируют при 14000 оборотах (2 мин). После чего надосадочную жидкость удаляют (30 сек), к осадку добавляют 1 мл деионизированной воды и перемешивают на вортексе (30 сек), центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 мин, удаляют надосадочную жидкость (30 сек), к осадку снова добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 мин, затем удаляют надосадочную жидкость, а к осадку добавляют 300 мкл деионизированной воды и 900 мкл 96% этилового спирта, перемешивают на вортексе (30 сек) и центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 мин. Полученную надосадочную жидкость удаляют (30 сек) и оставляют центрифужную пробирку с открытой крышкой на 5 мин для полного испарения спирта. После чего добавляют 30 мкл муравьиной кислоты и 30 мкл ацетонитрила. Надосадочную жидкость наносят на мишень, после высыхания (5 мин) которой ее покрывают матрицей (α-циано-4-гидроксикоричная кислота) (5 мин).
Далее проводят идентификацию микроорганизмов методом матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) на анализаторе Microflex LT (Bruker Daltonics, Германия) (5 мин). В качестве критерия надежной родовой идентификации дрожжеподобных грибов используют коэффициент идентификации (Score) от 1,1 до 1,5, а видовой идентификации - от 1,6 и выше.
В период с июня 2016 года по ноябрь 2019 было исследовано 15 положительных гемокультур, полученных от больных. Забор крови от больных осуществляли при температуре от 38° и более из периферической вены и/или из центрального венозного катетера. Образцы крови вносили во флаконы для культивирования микроорганизмов и помещали их в автоматический анализатор для гемокультур. После получения сигнала на автоматическом анализаторе о наличии роста микроорганизмов во флаконе, проводили идентификацию Candida spp. и других дрожжеподобных грибов предложенным методом с помощью матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) и параллельно исследовали классическим методом на плотных питательных средах с целью получения культуры микроорганизмов и проведения их идентификации.
Из всех положительных флаконов Bactec микроорганизмы были выделены в монокультуре, из них было 14 изолятов Candida spp. и 1 Rhodotorula mucilaginosa. Спектр микроорганизмов, полученных из флаконов для культивирования микроорганизмов, представлен в таблице 1.
При применении предложенного метода успешная идентификация микроорганизмов до рода была получена в 80% (в 12 из 15) случаев, до вида в 66,7% (в 10 из 15). Результаты идентификации до рода и вида микроорганизмов, полученных предложенным методом, полностью совпали с результатами идентификации после культивирования микроорганизмов классическим методом (таблица 2).
Медиана длительности инкубации флаконов с гемокультурой до получения положительного сигнала составила 35 ч 14 мин (разброс от 5 ч 38 мин до 91 ч 08 мин), причем медиана длительности инкубации разных видов дрожжеподобных грибов различалась и была минимальной для Candida tropicalis - 15 ч 31 мин (разброс от 5 ч 38 мин до 18 ч 34 мин), а максимальной для Candida krusei - 91 ч 08 мин. Медиана времени от начала инкубации флаконов с гемокультурой до получения результатов идентификации микроорганизмов всех дрожжеподобных грибов (n=12) предложенным методом была статистически значимо меньше и составила 36 ч 20 мин (разброс 6 ч 37 мин до 92 ч 05 мин) против 55 ч 31 мин (разброс от 16 ч 21 мин до 112 ч 38 мин) при идентификации микроорганизмов классическим методом (р=0,028). Идентификация грибов до рода Candida (n=11) предложенным методом составила 38 ч 05 мин (разброс 6 ч 37 мин до 92 ч 05 мин) против 60 ч 54 мин (разброс от 16 ч 21 мин до 112 ч 38 мин) классическим методом (р=0,039), таблица 3.
Затраты времени на проведение идентификации микроорганизмов предложенным методом, включая пробоподготовку и идентификацию на масс-спектрометре, составили от 55 мин до 59 мин, тогда как идентификация с помощью классического метода была получена только через 18-48 часов. Медиана разницы во времени между идентификацией дрожжеподобных грибов предложенным и классическим методом составила 19 ч 20 мин (разброс от 9 ч 44 мин до 26 ч 00 мин), таблица 3.
Примеры конкретного выполнения предложенного способа идентификации микроорганизмов.
Пример 1
Больная Ю., 36 лет, поступила в стационар 22.05.2018 г. с диагнозом лимфогранулематоз для проведения 2 курса химиотерапии по программе Dexa Beam. На фоне миелотоксического агранулоцитоза 30.05.2018 г. у больной было отмечено появление диареи и повышения температуры тела до 38,5°С. Было выполнено микробиологическое исследование крови из периферической вены и центрального венозного катетера, был назначен цефоперазон/сульбактам. На фоне применения цефоперазона/сульбактама наблюдалось повышение температуры до 39,8°С, появились септические отсевы на коже, и 01.06.2018 г. была произведена эскалация антибиотической терапии, включавшая отмену цефоперазон/сульбактама и назначение имипенема, амикацина и ванкомицина. Повторно 01.06.2018 г. было проведено микробиологическое исследование крови. При повторном исследовании была выявлена из гемокультуры Klebsiella pneumoniae (04.06.2019 г.). Состояние больной ухудшалось, была проведена дальнейшая модификация противомикробного лечения, включавшая назначение меропенема и ко листана и отмену предыдущих антибиотиков. После выполнения повторного микробиологического исследования крови от 05.06.2018 г. из периферической вены через 37 часов 07 минут после начала инкубации (06.06.2018) был зарегистрирован рост микроорганизмов. Был использован предложенный способ идентификации микроорганизмов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) из флакона для культивирования микроорганизмов и параллельно был проведен рассев гемокультуры на плотные питательные среды. Используя предложенный способ, через 59 минут после сигнала автоматического анализатора о положительной гемокультуре была получена идентификация микроорганизмов - Candida albicans. Коэффициент идентификации (Score) составил 1,6. Таким обозом, идентификация Candida albicans была проведена через 38 часов от момента постановки флакона с кровью в автоматический анализатор для гемокультур. В этот же день (06.06.2018 г) у больной было отмечено ухудшение состояния в виде повышения температуры до 40°С с ознобом. Сразу после получения результатов предварительной идентификации микроорганизмов была проведена модификация антибактериальной терапии и был назначен микамин - противогрибковый препарат из группы эхинокандинов. Результат рутинной идентификации микроорганизмов из культуры был получен только на следующий день после положительного сигнала автоматического анализатора для гемокультур, в это время при добавлении противогрибкового препарата по результатам предварительной идентификации было достигнуто клиническое улучшение в виде снижения температуры с 40°С до 37,5°С. В результате лечения отмечена нормализация температуры и регрессия очагов отсевов на коже. Адекватная противогрибковая терапия была начата через 38 часов после взятия крови. Повторные микробиологические исследования крови от больной в течение 3-х дней (согласно рекомендациям) были отрицательными. Длительность лечения составила 14 дней (согласно рекомендациям не менее 14 дней).
Пример 2
Больной Г., 40 лет, с диагнозом острый миелобластный лейкоз поступил в стационар для проведения первого индукционного курса "7+3" с постоянным введением цитарабина по протоколу ОМЛ-17. Состояние больного при поступлении было тяжелым, наблюдались температура до 37,8°С, синусит, и курс химиотерапии был начат 02.02.2018 г. на фоне антимикробной терапии цефоперазоном/сульбактамом, кларитромицином и амикацином. Ежедневно с 02.02.2018 г. выполнялись микробиологические исследования крови из периферической вены и центрального венозного катетера. 09.02.2018 г. был отмечен вираж лихорадки с повышением температуры до 39,6°С, в связи с чем была проведена эскалация антибактериальной терапии, включающая отмену ранее применяемых антибиотиков и назначение имипенема. Через 5 часов 38 минут после начала инкубации крови во флаконах для культивирования микроорганизмов (от 10.02.2018 г) был зарегистрирован рост. Идентификация микроорганизмов была проведена предложенным способом и параллельно был осуществлен рассев гемокультуры на плотные питательные среды. Через 59 минут после положительного сигнала автоматического анализатора для гемокультур Bactec была получена идентификация микроорганизмов - Candida tropicalis (коэффициент идентификации 1,7). После получения результатов идентификации микроорганизмов предложенным методом (время от поступления флакона с кровью в лабораторию до идентификации - 19 ч. 30 мин) к терапии был добавлен противогрибковый препарат каспофунгин. Результат классической идентификации микроорганизмов на плотных питательных средах был получен только на следующий день (11.02.2018 г.) после положительного сигнала автоматического анализатора для гемокультур (время от поступления флакона с кровью в лабораторию до идентификации микроорганизмов предложенным методом составило 39 ч 04 мин). В это время (10.02.2018 г.) на фоне добавления противогрибкового препарата было достигнуто клиническое улучшение в виде снижения температуры с 39,6°С до 37°С. Повторные микробиологические исследования крови от больного в течение 3-х дней (согласно рекомендациям) были отрицательными. Каспофунгин был отменен через 15 суток.
Пример 3
Больная С., 55 лет, с диагнозом острый миелобластный лейкоз поступила в стационар 10.02.2017 г. для проведения первого индукционного курса полихимиотерапии (AzaAralda) с включением гипометилирующего препарата азацитидина. При поступлении состояние больной было крайне тяжелое, обусловленное дебютом острого лейкоза, двусторонней пневмонией, протекающей с гидротораксом и дыхательной недостаточностью, энтеропатией, синдромом массивного распада опухоли. Учитывая эпизод лихорадки с повышением температуры до 39°С, ежедневно с 10.02.2017 г. выполнялись микробиологические исследования крови из периферической вены и центрального венозного катетера. 14.02.2017 г. через 91 час 08 минут после начала инкубации крови во флаконах с жидкой питательной средой был зарегистрирован рост микроорганизмов. Была проведена идентификация микроорганизмов предложенным способом методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) и параллельно рассев гемокультуры на плотные питательные среды (классическим методом). Через 57 минут (14.02.2017 г.) после сигнала автоматического анализатора о положительной гемокультуре была получена идентификация микроорганизмов до рода - Candida spp. (коэффициент идентификации 1,1). После получения результатов идентификации микроорганизмов предложенным методом (14.02.2017 г.) к терапии был добавлен противогрибковый препарат микафунгин. Результат классической идентификации микроорганизмов, выделенных на твердых питательных средах, был получен только на следующий день (15.02.2017 г.) после сигнала автоматического анализатора о положительной гемокультуре. Изоляты Candida spp. были идентифицированы как С. krusei. При этом на фоне противогрибковый терапии было достигнуто некоторое снижение температуры с 39,0°С до 37,1°С, но с последующим повышением до 39,4°С и 17.02.2017 г. была проведена модификация противогрибковой терапии, включающая отмену микафунгина и назначение амфотерицина-В. В ходе лечения достигнуто клиническое улучшение в виде снижения температуры с 39,4°С до 37,0°С. Повторные микробиологические исследования крови от больной в течение 3-х дней (согласно рекомендациям) были отрицательными. Амфотерицин-В был отменен через 17 суток.
Пример 4
Больная И., 48 лет, поступила в стационар 10.01.2017 г. с диагнозом острый миелобластный лейкоз для проведения курса полихимиотерапии по программе "7+3 с идарубицином" по причине прогрессии основного заболевания. Курс полихимиотерапии был начат 11.01.2017 г. Появление фебрильной лихорадки было отмечено 20.01.2017 г. у больной. Было выполнено микробиологическое исследование крови из периферической вены и центрального венозного катетера, и был назначен пиперациллин/тазобактам. На фоне применения пиперациллин/тазобактама наблюдалось снижение температуры тела до субфебрильных значений. С целью индукции реакции трансплантат против лейкоза 24.01.2017 г. была выполнена трансфузия лимфоцитов донора с последующим введением интерлейкина-2. Учитывая эпизод лихорадки с повышением температуры до 39,0°С, больной ежедневно с 01.02.2017 г. выполнялись микробиологические исследования крови из периферической вены и центрального венозного катетера, и к лечению был добавлен амикацин, однако, на этом фоне сохранялась лихорадка со спонтанным снижением до субфебрильных и нормальных значений в течение суток. 03.02.2017 г. через 42 часа 09 минут после начала инкубации крови во флаконах для автоматического анализатора с жидкой питательной средой был зарегистрирован рост микроорганизмов. Были проведены идентификация микроорганизмов предложенным способом и параллельно рассев гемокультуры на плотные питательные среды. Через 59 минут после сигнала анализатора о положительной гемокультуре предложенным способом были идентифицированы микроорганизмы до рода - Candida spp. с коэффициентом идентификации 1,5. После получения результатов идентификации микроорганизмов предложенным способом к терапии 03.02.2017 г. был добавлен антимикотик (эхинокандин) - микафунгин. Результат классической идентификации микроорганизмов, выделенных на твердых питательных средах, был получен только на следующий день (04.02.2017 г.) после сигнала автоматического анализатора для гемокультур, и микроорганизмы из гемокультуры были идентифицированы как С. parapsilosis. Повторные микробиологические исследования крови от больной в течение 3-х дней (согласно рекомендациям) были отрицательными. Противогрибковая терапия не менялась. На фоне применения микафунгина 03.02.2017 г. было достигнуто клиническое улучшение в виде снижения температуры с 39,0°С до 37,1°С. Учитывая стойкую нормализацию температуры тела, согласно рекомендациям, микафунгин был отменен на 17-е сутки.
Таким образом, проведенное исследование показало высокую достоверность предложенного метода идентификации микроорганизмов у больных с кандидемией, а также сокращение времени до идентификации дрожжеподобных грибов в положительной гемокультуре, что является основополагающим для обеспечения максимальной эффективности лечения, предотвращения развития жизнеугрожающих состояний таких, как септический шок и полиорганная недостаточность. Доказано, что при кандидемий задержка этиотропной терапии на каждые 12 часов увеличивает показатели летальности в 2 раза, поэтому ранняя идентификация возбудителя крайне важна. На основании полученных результатов предложенный метод идентификации дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры с помощью матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) можно рекомендовать для использования в рутинной практике лабораторий микробиологии с целью сокращения времени представления результата.
Claims (1)
- Способ идентификации дрожжеподобных грибов рода Candida и рода Rhodotorula методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии, включающий пробоподготовку положительной гемокультуры и идентификацию дрожжеподобных грибов методом матрично-активированной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии, отличающийся тем, что пробоподготовку положительной гемокультуры осуществляют путем ее переноса из флакона с жидкой питательной средой, предназначенного для культивирования микроорганизмов, в пробирку с разделительным гелем и центрифугируют при 1000 оборотов в течение 2 минут, полученную надосадочную жидкость перемешивают, переносят в микроцентрифужную пробирку и центрифугируют при 14000 оборотах в течение 10 минут, после чего надосадочную жидкость удаляют, а к осадку добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, затем центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, к осадку снова добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, затем к осадку добавляют 0,1% додецилсульфат натрия, перемешивают на вортексе, микроцентрифужную пробирку оставляют на 10 мин для полного растворения осадка, далее центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, после чего надосадочную жидкость удаляют, а к осадку добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, затем центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, к осадку снова добавляют деионизированную воду и перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, удаляют надосадочную жидкость, далее к осадку добавляют деионизированную воду и 96% этиловый спирт и еще раз перемешивают на вортексе, после чего центрифугируют при 14000 оборотах в течение 2 минут, затем удаляют надосадочную жидкость, далее оставляют микроцентрифужную пробирку с открытой крышкой до полного испарения спирта, после чего проводят экстракцию белкового экстракта муравьиной кислотой и ацетонитрилом, полученную надосадочную жидкость наносят на мишень масс-спектрометра, после высыхания покрывают матрицей и проводят идентификацию дрожжеподобных грибов рода Candida и рода Rhodotorula до родовой принадлежности по значению коэффициента идентификации (score) от 1,1 до 1,5 и до видовой принадлежности - от 1,6 и выше.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020109645A RU2739758C1 (ru) | 2020-03-05 | 2020-03-05 | Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2020109645A RU2739758C1 (ru) | 2020-03-05 | 2020-03-05 | Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2739758C1 true RU2739758C1 (ru) | 2020-12-28 |
Family
ID=74106482
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2020109645A RU2739758C1 (ru) | 2020-03-05 | 2020-03-05 | Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2739758C1 (ru) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113219046A (zh) * | 2021-06-08 | 2021-08-06 | 郑州安图生物工程股份有限公司 | 基于基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱的丝状真菌多维蛋白指纹图谱数据库构建方法 |
| RU2766185C1 (ru) * | 2021-07-20 | 2022-02-09 | Алмаз Вадимович Халиулин | Способ пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гематологических культур |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2541775C2 (ru) * | 2008-10-31 | 2015-02-20 | Биомерьё, Инк. | Способ идентификации микроорганизмов из тестируемого образца гемокультуры |
| US9074236B2 (en) * | 2012-05-01 | 2015-07-07 | Oxoid Limited | Apparatus and methods for microbial identification by mass spectrometry |
-
2020
- 2020-03-05 RU RU2020109645A patent/RU2739758C1/ru active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2541775C2 (ru) * | 2008-10-31 | 2015-02-20 | Биомерьё, Инк. | Способ идентификации микроорганизмов из тестируемого образца гемокультуры |
| US9074236B2 (en) * | 2012-05-01 | 2015-07-07 | Oxoid Limited | Apparatus and methods for microbial identification by mass spectrometry |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| ALIZADEH M. et al. Identification of Candida species isolated from vulvovaginitis using matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry // Current Medical Mycology, 2017, V.3, pp.21-25. * |
| BIZZINI A. et al. Performance of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Bacterial Strains Routinely Isolated in a Clinical Microbiology Laboratory // JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 2010, V.48, pp.1549-1554. * |
| D. A. Popov et al. Accelerated methods of identification of positive blood cultures using MALDI-TOF mass spectrometry // Klin. Microbiol. Antimicrobial. Chemother., 2016, Vol. 18, pp. 296-307. * |
| MALCHIKOVA A.O. and etc. Formation of biofilms in Candida spp. Isolates isolated from blood culture from patients with and without tumors of the blood system // Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2018, Vol. 20, pp. 126-130. * |
| ПОПОВ Д.А. и др. Ускоренные методы идентификации положительных гемокультур с применением MALDI-TOF масс-спектрометрии // Клин. Микробиол. Антимикроб. Химиотер., 2016, Т.18, стр.296-307. ALIZADEH М. et al. Identification of Candida species isolated from vulvovaginitis using matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry // Current Medical Mycology, 2017, V.3, pp.21-25. BIZZINI A. et al. Performance of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Bacterial Strains Routinely Isolated in a Clinical Microbiology Laboratory // JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 2010, V.48, pp.1549-1554. МАЛЬЧИКОВА А.О. и др. Формирование биопленок у изолятов Candida spp., выделенных из гемокультуры от больных с опухолями и без опухолей системы крови // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия, 2018, Т.20, стр.126-130. * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113219046A (zh) * | 2021-06-08 | 2021-08-06 | 郑州安图生物工程股份有限公司 | 基于基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱的丝状真菌多维蛋白指纹图谱数据库构建方法 |
| RU2766185C1 (ru) * | 2021-07-20 | 2022-02-09 | Алмаз Вадимович Халиулин | Способ пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гематологических культур |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU2016252209B2 (en) | Method of preparing a faecal microbiota sample | |
| Lusk et al. | Gastrointestinal side effects of clindamycin and ampicillin therapy | |
| RU2739758C1 (ru) | Способ идентификации Candida spp. и других дрожжеподобных грибов из положительной гемокультуры методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS) у больных с инфекцией кровотока | |
| Hirsch et al. | Adrenal steroids and infection: the effect of cortisone administration on polymorphonuclear leukocytic functions and on serum opsonins and bactericidins | |
| Schmid et al. | Assessment of phagocytic and antimicrobial activity of human granulocytes | |
| Zhou et al. | Ophiocordyceps lanpingensis polysaccharides attenuate pulmonary fibrosis in mice | |
| Agnello et al. | Monocyte distribution width (MDW) in sepsis | |
| Marshall et al. | Quantitative microbiology: its application to hand injuries | |
| McColm et al. | Evaluation of a range of antimicrobial agents against the parasitic protozoa, Plasmodium falciparum, Babesia rodhaini and Theileria parva in vitro | |
| Tóth et al. | Recurrent Scedosporium apiospermum mycetoma successfully treated by surgical excision and terbinafine treatment: a case report and review of the literature | |
| Elgebaly et al. | Cardiac-derived neutrophil chemotactic factors: detection in coronary sinus effluents of patients undergoing myocardial revascularization | |
| Machado et al. | Study of mast cell and histamine contents of the pineal body | |
| Tabarsi et al. | COVID-19 associated rhinosinusitis mucormycosis due to Rhizopus oryzae: A rare but potentially fatal infection occurring after treatment with corticosteroids | |
| EA042190B1 (ru) | СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ Candida spp. И ДРУГИХ ДРОЖЖЕПОДОБНЫХ ГРИБОВ ИЗ ПОЛОЖИТЕЛЬНОЙ ГЕМОКУЛЬТУРЫ МЕТОДОМ МАТРИЧНОЙ ЛАЗЕРНОЙ ДЕСОРБЦИОННОЙ ИОНИЗАЦИОННОЙ ВРЕМЯПРОЛЕТНОЙ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ (MALDI-TOF MS) У БОЛЬНЫХ С ИНФЕКЦИЕЙ КРОВОТОКА | |
| Galán et al. | Onychoprotothecosis due to Prototheca wickerhamii | |
| RU2750611C1 (ru) | Способ идентификации бактерий из положительных гемокультур методом матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF MS), у больных с инфекцией кровотока | |
| CN117599068A (zh) | 12-酮基石胆酸在制备抗咽峡炎链球菌产品中的应用 | |
| RU2766185C1 (ru) | Способ пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гематологических культур | |
| Hasan et al. | Isolation and identification of opportunistic fungi from patients with different types of leukemia in Baghdad province | |
| CN120535574B (zh) | 一种针对海洋病原体感染的新型抗菌肽及其应用 | |
| CN115627298B (zh) | 制备诊断和治疗蜜蜂微孢子虫病产品的分子靶标及其应用 | |
| CN120267760B (zh) | 一种宠物皮肤病用芦荟提取物-益生菌复合水凝胶 | |
| CN118787002B (zh) | 一种防治三七根腐病的生物制剂及应用 | |
| Prabha et al. | Agglutination of human spermatozoa due to human semen culture bacterial isolates bearing sperm ligand | |
| CN120789058B (zh) | AKR1B10抑制剂在制备提高过继性γδT细胞疗法药物中的应用 |