[go: up one dir, main page]

RU2612875C1 - Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека - Google Patents

Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека Download PDF

Info

Publication number
RU2612875C1
RU2612875C1 RU2015153696A RU2015153696A RU2612875C1 RU 2612875 C1 RU2612875 C1 RU 2612875C1 RU 2015153696 A RU2015153696 A RU 2015153696A RU 2015153696 A RU2015153696 A RU 2015153696A RU 2612875 C1 RU2612875 C1 RU 2612875C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna
tdp1
mmol
phosphodiesterase
compounds
Prior art date
Application number
RU2015153696A
Other languages
English (en)
Inventor
Татьяна Михайловна Хоменко
Александра Леонидовна Захаренко
Татьяна Игоревна Одарченко
Йоханнес Рейниссон
Константин Петрович Волчо
Ольга Ивановна Лаврик
Нариман Фаридович Салахутдинов
Original Assignee
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН)
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук (ИХБФМ СО РАН)
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН), Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук (ИХБФМ СО РАН) filed Critical Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН)
Priority to RU2015153696A priority Critical patent/RU2612875C1/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2612875C1 publication Critical patent/RU2612875C1/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/16Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07CACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
    • C07C13/00Cyclic hydrocarbons containing rings other than, or in addition to, six-membered aromatic rings
    • C07C13/28Polycyclic hydrocarbons or acyclic hydrocarbon derivatives thereof
    • C07C13/32Polycyclic hydrocarbons or acyclic hydrocarbon derivatives thereof with condensed rings
    • C07C13/39Polycyclic hydrocarbons or acyclic hydrocarbon derivatives thereof with condensed rings with a bicyclo ring system containing seven carbon atoms
    • C07C13/42Polycyclic hydrocarbons or acyclic hydrocarbon derivatives thereof with condensed rings with a bicyclo ring system containing seven carbon atoms with a bicycloheptene ring structure
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D311/00Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings
    • C07D311/02Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings ortho- or peri-condensed with carbocyclic rings or ring systems
    • C07D311/04Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring
    • C07D311/22Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring with oxygen or sulfur atoms directly attached in position 4
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D311/00Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings
    • C07D311/02Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings ortho- or peri-condensed with carbocyclic rings or ring systems
    • C07D311/94Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings ortho- or peri-condensed with carbocyclic rings or ring systems condensed with rings other than six-membered or with ring systems containing such rings
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33Heterocyclic compounds
    • A61K31/335Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin
    • A61K31/35Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having six-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom
    • A61K31/352Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having six-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom condensed with carbocyclic rings, e.g. methantheline 

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

Изобретение относится к молекулярной биологии, биохимии и биотехнологии. Предложено средство, представляющее собой производное хроменона:
Figure 00000022
, где n=1 или 2,
или
Figure 00000023
проявляющее способность ингибировать действие фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека. Предлагаемое средство расширяет арсенал ингибиторов фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека и может быть использовано для разработки противораковых лекарственных препаратов. 1 табл., 7 пр.

Description

Изобретение относится к молекулярной биологии, биохимии и биотехнологии, конкретно к соединениям, представляющим собой производные хроменона общей формулы I:
Figure 00000001
где, n=1 или 2,
или II:
Figure 00000002
у которых выявлена биологическая активность, заключающаяся в способности ингибировать действие фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека (Tdp1).
В последние годы ведутся активные поиски ингибиторов фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 (Tdp1), который рассматривается как перспективный фермент-мишень при создании лекарственных препаратов для лечения онкологических и нейродегенеративных заболеваний [Cortes Ledesma, 2009].
Tdp1 относится к классу фосфодиэстераз - ферментов, расщепляющих фосфодиэфирные связи [Interthal, 2001]. Tdp1 играет важную роль в удалении повреждений ДНК, создаваемых топоизомеразой 1 (Top1) в присутствии ее ингибитора камптотецина. Таким образом, Tdp1 противостоит ингибиторам Top1, которые являются достаточно эффективными противоопухолевыми препаратами [см. обзоры Pommier, 2010; Pommier, 2006]. Предполагается, что именно Tdp1 ответственна за лекарственную устойчивость некоторых видов рака [Dexheimer, 2008; Beretta, 2010]. Эта гипотеза подтверждается рядом исследований: мыши, нокаутные по Tdp1, и человеческие клеточные линии, имеющие мутацию SCAN1, гиперчувствительны к камптотецину [El-Khamisy, 2009; Das, 2009; Katyal, 2007; Hirano, 2007]. И, наоборот, в клетках с повышенным уровнем экспрессии Tdp1 камптотецин и этопозид вызывают меньше повреждений ДНК [Barthelmes, 2004; Nivens, 2004]. Таким образом, сочетание препаратов, воздействующих на Top1 и Tdp1, может существенно повысить эффективность химиотерапии. Терапевтическим эффектом ингибиторов Tdp1 может быть селективное увеличение активности ингибиторов Top1 в опухолях с нарушениями в процессах репарации ДНК и контроля клеточного цикла.
Кроме того, показано, что подавление активности Tdp1 делает опухолевые клетки гиперчувствительными к противораковом препаратам с другими механизмами действия: темозоломиду (метилирование пуринов) [Alagoz, 2013], метилметансульфонату (образование апуриновых/апиримидиновых сайтов), блеомицину (одноцепочечные/двухцепочечные разрывы с 3'-фосфогликолятами), перекиси водорода и ионизирующему излучению (разрывы и др. виды повреждений) [Murai, 2012].
В литературе описано немного ингибиторов Tdp1, и, как правило, они обладают умеренным ингибирующим действием (в диапазоне 100-1 мкМ) [Antony, 2007; Nguyen, 2012; Dexheimer, 2008; Zakharenko, 2015].
Наиболее близким к заявляемому средству – прототипом - является фурамидин, представляющий собой гетероциклический диамидин [Antony, 2007] общей формулы III:
Figure 00000003
Недостатком известного средства являются неудовлетворительные ингибиторные характеристики (IС50 для одноцепочечной ДНК порядка 100 мкМ).
Задачей изобретения является создание более эффективного ингибитора Tdp1.
Поставленная техническая задача решается применением соединений, представляющих собой производные хроменона общей формулы I или II, у которых выявлена биологическая активность, заключающаяся в подавлении активности Tdp1.
Соединения I и II могут быть синтезированы взаимодействием бромида IV с замещенными кумаринами V и VI в соответствии со следующей схемой:
Figure 00000004
Соединение IV может быть синтезировано, например, из монотерпеноида миртеналя VII в соответствии со следующей схемой:
Figure 00000005
Для получения обоих энантиомеров соединения IV в качестве исходных соединений использовались (+)- и (-)-миртеналь (VII).
Соединения Va, b и VI могут быть синтезированы, например, взаимодействием резорцина VIII с эфирами соответствующих β-кетокислот по следующей схеме:
Figure 00000006
Структура полученных соединений I и II подтверждена данными ЯМР-спектроскопии и масс-спектрометрии.
Результаты тестирования соединений Ia (n=1), Ib (n=2) и II приведены в таблице.
Технический результат: получен класс эффективных ингибиторов Tdp1 с хорошими ингибирующими характеристиками (IС50 для одноцепочечной ДНК от 0.13 до 1.6 мкМ).
В случае соединений Ia и II производные (+)-миртеналя оказались более активны, чем соответствующие (-)-энантиомеры, в то же время оба энантиомера соединения Ib проявили одинаковую активность.
Соединения общей формулы I и II, после проведения углубленных фармакологических исследований, могут использоваться для дальнейшей разработки новых высокоэффективных противораковых средств.
Figure 00000007
Ниже приводятся конкретные примеры реализации заявляемого технического решения.
Пример 1. Синтез 7-(((1R,5S)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-2,3-дигидроциклопента[с]хромен-4(1H)-она ((-)-Iа)
Figure 00000008
К 0.101 г (0.5 ммоль) соединения Va в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2СО3 и 0.161 г (0.75 ммоль) бромида (-)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов. Продукт (-)-Iа выделили перекристаллизацией из этанола, выход составил 0.067 г (40%).
Тпл=145°С,
Figure 00000009
=-20.5 (EtOH, с=0.5). Спектр ЯМР 1Н (CDCl3, δ, м. д, J, Hz): 0.80 (с, 3Н, С22Н3); 1.16 (д, 1H, 2J=8.6, Н20а); 1,28 (с, 3Н, С21Н3); 2.10 (ддддд, 1Н, J17,19=J17,20s=5.6, J17,16a=J17,16s=2.9, J17,15=1.3, Н17); 2.13-2.20 (м, 2Н, 2Н11); 2.20 (ддд, 1Н, J19,17=J19,20s=5.6, J19,15=1.4, Н19); 2.25 (д. м, 1Н, 2J=18.0, H16s); 2.32 (д. м, 1Н, 2J=18.0, Н16а); 2.40 (ддд, 1Н, 2J=8.6, J20s,17=J20s,19=5.6, H20s); 2.84-2.88 (м, 2Н, 2Н10); 2.99-3.03 (м, 2Н, 2Н12); 4.42 (д. м, 1Н, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н13); 4.44 (д. м, 1Н, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н13'); 5.60-5.63 (м, 1Н, Н15), 6.82 (дд, 1Н, J7,6=8.6, J7,9=2.4, Н7); 6.85 (д, 1Н, J9,7=2.4, Н9); 7.29 (д, 1Н, J6,7=8.6, Н6). Спектр ЯМР 13С (CDCl3), δ, м. д.: 155.60 (с, С1); 160.48 (с, С2); 124.28 (с, С3); 156.23 (с, С4); 112.21 (с, С5); 125.28 (д, С6); 112.85 (д, С7); 161.29 (с, С8); 101.67 (д, С9); 30.24 (т, С10); 22.47 (т, С11); 31.93 (т, С12); 71.00 (т, С13); 143.07 (с, С14); 121.22 (д, С15); 31.17 (т, С16); 40.69 (д, С17); 37.99 (с, С18); 43.07 (д, С19); 31,39 (т, С20); 26.01 (к, С21); 20.97 (к, С22). Найдено: m/z=336.1722 [М]+22Н24O3)+ Вычислено: m/z=336.1720.
Пример 2. Синтез 7-(((1S,5R)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-2,3-дигидроциклопента[с]хромен-4(1H)-она ((+)-Ia)
Figure 00000010
К 0.101 г (0.5 ммоль) соединения Va в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2CO3 и 0.161 г (0.75 ммоль) бромида (+)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов. Продукт (+)-Ia выделили перекристаллизацией из этанола, выход составил 0.093 г (55%).
Тпл=140°С.
Figure 00000011
=+27.6 (EtOH, с=0.65). Спектры ЯМР 1Н и 13С соединения (+)-Ia соответствуют спектрам энантиомера (-)-Ia. Найдено: m/z=336.1718 [М]+22Н24O3)+ Вычислено: m/z=336.1720.
Пример 3. Синтез 3-(((1R,5S)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-7,8,9,10-тетрагидро-6H-бензо[с]хромен-6-она ((-)-Ib)
Figure 00000012
К 0.108 г (0.5 ммоль) соединения Vb в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2СО3 и 0.161 г (0.75 ммоль) бромида (-)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов. Продукт (-)-Ib выделили перекристаллизацией из этанола, выход составил 0.067 г (38%).
Тпл=110°С.
Figure 00000013
=-25.0 (EtOH, с=0.75). Спектр ЯМР 1Н (CDCl3, δ, м. д, J, Hz): 0.80 (с, 3Н, С23Н3); 1.16 (д, 1Н, 2J=8.7, Н21а); 1,27 (с, 3Н, С22Н3); 1.74-1.85 (м, 4Н, 2Н11, 2Н12); 2.09 (ддддд, 1Н, J18,20=J18,21s=5.6, J18,17a=J18,17s=2.8, J18,16=1.3, Н18); 2.20 (ддд, 1Н, J20,18=J20,21s=5.6, J20,16=1.4 Н20); 2.24 (д. м, 1Н, 2J=18.0, H17s); 2.32 (д. м, 1Н, 2J=18.0, Н17а); 2.39 (ддд, 1Н, 2J=8.7, J21s,18=J21s,20=5.6, H21s); 2.53 (т. м, 2Н, J10,11=6.3, 2Н10); 2.72 (т. м, 2Н, J13,12=6.3, 2Н13); 4.41 (д. м, 1Н, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н14); 4.43 (д. м, 1Н, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н14); 5.59-5.62 (м, 1H, Н16), 6.79 (д, 1Н, J9,7=2.4, Н9); 6.81 (дд, 1H, J7,6=8.7, J7,9=2.4, Н7); 7.40 (д, 1H, J6,7=8.7, Н6). Спектр ЯМР 13С (CDCl3), δ, м. д.: 153.30 (с, С1); 162.12 (с, С2); 120.29 (с, С3); 147.17 (с, С4); 113.54 (с, С5); 123.79 (д, С6); 112.62 (д, С7); 160.69 (с, С8); 101.49 (д, С9); 23.72 (т, С10); 21.60 (т, С11); 21.29 (т, С12); 25.10 (т, С13); 70.93 (т, С14); 143.12 (с, С15); 121.12 (д, С16); 31,16 (т, С17); 40.69 (д, С18); 37.98 (с, С19); 43.06 (д, С20); 31.38 (т, С21); 26.01 (к, С22), 20.96 (к, С23). Найдено: m/z=350.1875 [М]+23Н26O3)+ Вычислено: m/z=350.1877.
Пример 4. Синтез 3-(((1S,5R)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-7,8,9,10-тетрагидро-6H-бензо[с]хромен-6-она ((+)-Ib)
Figure 00000014
К 0.108 г (0.5 ммоль) соединения Vb в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2СO3 и 0.161 г (0.75 ммоль) бромида (+)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов. Продукт (+)-Ib выделили перекристаллизацией из этанола, выход составил 0.067 г (38%).
Figure 00000015
=+32.6 (EtOH, с=0.65). Спектры ЯМР 1Н и 13С соединения (+)-Ib соответствуют спектрам энантиомера (-)-Ib. Найдено: m/z=350.1872 [М]+23Н26О3)+ Вычислено: m/z=350.1876.
Пример 5. Синтез 7-(((1R,5S)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-4-метил-2H-хромен-2-она ((-)-II)
Figure 00000016
К 0.108 г (0.5 ммоль) соединения VI в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2СO3 и 0.132 г (0.75 ммоль) бромида (-)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов, упарили. Продукт (-)-II выделили колоночной хроматографией на силикагеле, элюент - раствор, содержащий от 25 до 100% хлороформа в гексане. Выход составил 0.084 г (54%).
Тпл=70°С.
Figure 00000017
=-36 (EtOH, с=0.8). Спектр ЯМР 1Н (CDCl3, δ, м. д, J, Hz): 0.80 (с, 3Н, С20Н3); 1.17 (д, 1Н, 2J=8.7, Н18а); 1,28 (с, 3Н, С19Н3); 2.08-2.13 (м, 1Н, Н15); 2.20 (ддд, 1Н, J17,15=J17,18s=5.6, J17,13=1.4, Н17); 2.25 (д. м, 1Н, 2J=18.0, H14s); 2.33 (д. м, 1Н, 2J=18.0, Н14а); 2.35 (д, 3Н, J10,3=1.2, С10Н3); 2.40 (ддд, 1H, 2J=8.7, J18s,17=J18s,17=5.6, H18s); 4.43 (д. м, 1H, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н11); 4.45 (д. м, 1Н, 2J=12.4, другие J≤2.0, Н11'); 5.60-5.63 (м, 1Н, Н13), 6.10 (к 1H, J3,10=1.2, Н3); 6.80 (д, 1H, J9,7=2.4, Н9); 6.83 (дд, 1Н, J7,6=8.7, J7,9=2.4, Н7); 7.44 (д, 1Н, J6,7=8.7, Н6). Спектр ЯМР 13С (CDCl3), δ, м. д.: 155.10 (с, С1); 161.28 (с, С2); 111.74 (с, С3); 152.44 (с, С4); 113.37 (с, С5); 125.21 (д, С6); 112.91 (д, С7); 161.96 (с, С8); 101.75 (д, С9); 18.51 (к, С10); 71.06 (т, С11); 142.96 (с, С12); 121.30 (д, С13); 31.18 (т, С14); 40.70 (д, С15); 37.99 (с, С16); 43.10 (д, С17); 31.39 (т, С18); 26.01 (к, С19); 20.96 (к, С20). Найдено: m/z=310.1564 [М]+20Н22О3)+ Вычислено: m/z=310.1563.
Пример 6. Синтез 7-(((1S,5R)-6,6-диметилбицикло[3.1.1]гепт-2-ен-2-ил)метокси)-4-метил-2H-хромен-2-она ((+)-II)
Figure 00000018
К 0.108 г (0.5 ммоль) соединения VI в 5 мл этанола прибавили 0.104 г (0.75 ммоль) K2СO3 и 0.132 г (0.75 ммоль) бромида (+)-IV при 25°С и перемешивании. Перемешивали при комнатной температуре 15 минут, затем нагревали при 80°С в течение 5 часов. Горячий раствор отфильтровали, фильтрат выдерживали при -10°С в течение 48 часов, упарили. Продукт (+)-II выделили колоночной хроматографией на силикагеле, элюент - раствор, содержащий от 25 до 100% хлороформа в гексане. Выход составил 0.047 г (30%).
Figure 00000019
=+36 (EtOH, с=0.8). Тпл=85°С. Спектры ЯМР 1Н и 13С соединения (+)-II соответствует спектрам энантиомера (-)-П. Найдено: m/z=310.1559 [М]+20Н22О3)+ Вычислено: m/z=310.1563,
Пример 7. Исследование влияния предлагаемых соединений на активность Tdp1
Рекомбинантная тирозил-ДНК-фосфодиэстераза 1 человека (КФ 3.1.4.) была экспрессирована в системе Escherichia coli (плазмида рЕТ 16B-Tdp1 любезно предоставлена доктором Кальдекотт К.У., Университет Сассекса, Великобритания) и выделена, как описано [Interthal, 2001].
В качестве тест-системы для определения ингибирующих свойств предлагаемых соединений использована реакция удаления тушителя флуоресценции Black Hole Quencher 1 (BHQ1) с 3'-конца олигонуклеотида, катализируемая Tdp1. На 5'-конце олигонуклеотида находится (5,6)-FAM - флуорофор, интенсивность флуоресценции которого возрастает при удалении тушителя. Для измерения флуоресценции использовался флуориметр POLARstar OPTIMA производства BMG LABTECH.
Реакционные смеси объемом 200 мкл содержали буфер (50 мМ Tris-HCl, рН 8.0; 50 мМ NaCl; 7 мМ меркаптоэтанол), 50 нМ олигонуклеотид и различные концентрации ингибиторов. Реакция запускалась добавлением Tdp1 до конечной концентрации 1.3 нМ. Измерения проводились в линейном диапазоне зависимости скорости реакции от времени (до 8 минут) через каждые 55 секунд. Влияние предлагаемых соединений оценивали по величине IC50 (концентрация ингибитора, при которой активность фермента снижена наполовину). Обсчет значений IC50 проводился с помощью программы MARS Data Analisys 2.0 (BMG LABTECH).
Величины IC50 для изученных соединений приведены в таблице.
Использованная литература
- Alagoz М, et al., Nucleic Acids Res., 2013, [Epub ahead of print].
- Antony, S et al., Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4474-4484.
- Barthelmes HU, et al., J Biol Chem. 2004, 279, 55618-25565.
- Beretta GL, et al., Curr. Med. Chem. 2010, 17, 1500-1508.
- Cortes Ledesma F, et al., Nature, 2009, 461, 674-678.
- Das BB, et al., The EMBO Journal., 2009, 28, 3667-3680.
- Dexheimer TS, et al., Anticancer Agents Med Chem. 2008, 8, 381-389.
- El-Khamisy SF, et al., DNA Repair (Amst)., 2009, 8 760-766.
- Hirano R, et al., EMBO J., 2007, 26, 4732-4743.
- Interthal H, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12009-12014.
- Katyal S, et al, EMBO J., 2007, 26, 4720-4731.
- Khomenko TM, et al., Letters in Drug Design & Discovery, 2009, 6, 464-467.
- Kutuzov MM, et al., Biopolym. and Cell, 2012, 28, 239-241.
- Nguyen TX, et al., J. Med. Chem., 2012, 55, 4457-4478.
- Nivens MC, et al., Cancer Chemother Pharmacol., 2004, 53, 107-115.
- Murai J, et al., J Biol Chem. 2012, 287,12848-12857.
- Pommier Y. Nat. Rev. Cancer, 2006, 6, 789-802.
- Pommier Y, et al. Chem Biol., 2010, 17, 421-433.
- Zakharenko A, et al., Bioorg. Med. Chem., 2015, 23, 2044-2052.

Claims (6)

  1. Средство, представляющее собой производное хроменона общей формулы I:
  2. Figure 00000020
  3. где n=1 или 2,
  4. или II:
  5. Figure 00000021
  6. проявляющее ингибирующее действие в отношении фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека.
RU2015153696A 2015-12-14 2015-12-14 Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека RU2612875C1 (ru)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015153696A RU2612875C1 (ru) 2015-12-14 2015-12-14 Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015153696A RU2612875C1 (ru) 2015-12-14 2015-12-14 Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2612875C1 true RU2612875C1 (ru) 2017-03-13

Family

ID=58458237

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015153696A RU2612875C1 (ru) 2015-12-14 2015-12-14 Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека

Country Status (1)

Country Link
RU (1) RU2612875C1 (ru)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2761880C1 (ru) * 2020-06-18 2021-12-13 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН) Адамантилсодержащие производные 1,2,4-триазола и 1,3,4-тиадиазола, имеющие монотерпеноидные фрагменты, используемые в качестве ингибиторов фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1
RU2787352C1 (ru) * 2022-03-21 2023-01-09 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН) Производные 7-гидроксикумарина, содержащие остатки монотерпеноидов, как ингибиторы репродукции респираторно-синцитиального вируса (РСВ)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2234505C2 (ru) * 1998-10-30 2004-08-20 Мерк Патент Гмбх Производные хроменона и хроманона в качестве ингибиторов интегринов
RU2527269C2 (ru) * 2008-09-29 2014-08-27 Cертрис Фармасьютикалз, Инк. Аналоги хроменона в качестве модуляторов сиртуина
RU2013147736A (ru) * 2011-04-13 2015-05-20 Астразенека Аб Хроменоновые соединения в качестве ингибиторов рi3-киназы для лечения рака

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2234505C2 (ru) * 1998-10-30 2004-08-20 Мерк Патент Гмбх Производные хроменона и хроманона в качестве ингибиторов интегринов
RU2527269C2 (ru) * 2008-09-29 2014-08-27 Cертрис Фармасьютикалз, Инк. Аналоги хроменона в качестве модуляторов сиртуина
RU2013147736A (ru) * 2011-04-13 2015-05-20 Астразенека Аб Хроменоновые соединения в качестве ингибиторов рi3-киназы для лечения рака

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ANTONY SMITHA et al. "Novel high-throughput electrochemiluminescent assay for identification of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase (Tdp1) inhibitors and characterization of furamidine (NSC 305831) as an inhibitor of Tdp1", Nucleic Acids Research, 2007, v.35, no. 13, p. 4474-4484. *
ANTONY SMITHA et al. "Novel high-throughput electrochemiluminescent assay for identification of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase (Tdp1) inhibitors and characterization of furamidine (NSC 305831) as an inhibitor of Tdp1", Nucleic Acids Research, 2007, v.35, no. 13, p. 4474-4484. CONDA-SHERIDAN M. et al. "Synthesis and biological evaluation of indenoisoquinolines that inhibit both tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (Tdp1) and topoisomerase I (Top1)", J Med Chem. 2013, v.56, no.1, p.182-200, doi: 10.1021/jm3014458. DEXHEIMER T.S. et al. "Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase as a Target for Anticancer Therapy", Anticancer Agents Med Chem., 2008, v.8, no.4, p.381-389. *
CONDA-SHERIDAN M. et al. "Synthesis and biological evaluation of indenoisoquinolines that inhibit both tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (Tdp1) and topoisomerase I (Top1)", J Med Chem. 2013, v.56, no.1, p.182-200, doi: 10.1021/jm3014458. DEXHEIMER T.S. et al. "Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase as a Target for Anticancer Therapy", Anticancer Agents Med Chem., 2008, v.8, no.4, p.381-389. *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2761880C1 (ru) * 2020-06-18 2021-12-13 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН) Адамантилсодержащие производные 1,2,4-триазола и 1,3,4-тиадиазола, имеющие монотерпеноидные фрагменты, используемые в качестве ингибиторов фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1
RU2787352C1 (ru) * 2022-03-21 2023-01-09 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова Сибирского отделения Российской академии наук (НИОХ СО РАН) Производные 7-гидроксикумарина, содержащие остатки монотерпеноидов, как ингибиторы репродукции респираторно-синцитиального вируса (РСВ)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Agbaje et al. Synthesis and in vitro cytotoxicity evaluation of some fluorinated hexahydropyrimidine derivatives
RU2667892C2 (ru) Производные пиридилкетона, способ их получения и их фармацевтическое применение
Ma et al. Quinolino-benzo-[5, 6]-dihydroisoquindolium compounds derived from berberine: a new class of highly selective ligands for G-quadruplex DNA in c-myc oncogene
JP2019523242A (ja) Rna機能をモジュレートするための化合物および方法
JP7747351B2 (ja) ベンゼン環化合物及びその使用
EA027533B1 (ru) Конденсированные тетра- или пентациклические дигидродиазепинокарбазолоны в качестве ингибиторов parps
Zakharova et al. Synthesis and evaluation of aryliden-and hetarylidenfuranone derivatives of usnic acid as highly potent Tdp1 inhibitors
EP3377490A1 (en) Novel compounds as inhibitors of dna methyltransferases
Banothu et al. Synthesis, characterization and biological evaluation of fused thiazolo [3, 2-a] pyrimidine derivatives
Lee et al. Synthesis and biological evaluation of 1, 2-dithiol-3-thiones and pyrrolo [1, 2-a] pyrazines as novel hypoxia inducible factor-1 (HIF-1) inhibitor
RS53831B1 (sr) Pirazolohinolin derivati kao inhibitori dnk-pk
Gondru et al. 3-(1-Phenyl-4-((2-(4-arylthiazol-2-yl) hydrazono) methyl)-1 H-pyrazol-3-yl)-2 H-chromen-2-ones: one-pot three component condensation, in vitro antimicrobial, antioxidant and molecular docking studies
Babu et al. Ligand/PTC-free intramolecular Heck reaction: synthesis of pyrroloquinoxalines and their evaluation against PDE4/luciferase/oral cancer cell growth in vitro and zebrafish in vivo
EP2988598A1 (en) Polymerase, endonuclease, and helicase inhibitors and methods of using thereof
Chen et al. Disubstituted 1, 8-dipyrazolcarbazole derivatives as a new type of c-myc G-quadruplex binding ligands
RU2612875C1 (ru) Средство для ингибирования фермента тирозил-днк-фосфодиэстеразы 1 человека
Karamtzioti et al. O-Benzoyl pyridine aldoxime and amidoxime derivatives: novel efficient DNA photo-cleavage agents
CN112608316B (zh) 一种吡唑并三嗪类腺苷受体拮抗剂
WO2023051302A1 (zh) 具有细胞周期蛋白依赖性激酶抑制活性的杂环化合物及其制备方法和医药用途
RU2612256C1 (ru) Гидразинотиазоловые производные усниновой кислоты, проявляющие ингибирующее действие в отношении фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека
JP2019505495A (ja) 置換ナフタレンジイミドおよびその使用
Dimitriadou et al. Diastereoselective one-pot synthesis of novel ABCD-fused chromeno [2, 3-d] pyrazolo [3, 4-b] pyridines
EP3551632A1 (en) Substituted pyrazoloazepin-4-ones and their use as phosphodiesterase inhibitors
Hu et al. Discovery of a fluorescent, long chain-bridged bispurine that selectively targets the c-MYC G-quadruplex
RU2627764C1 (ru) 2-Ацетил-6-(2-(2-(4-бромбензилиден)гидразинил) тиазол-4-ил)-3, 7, 9-тригидрокси-8, 9b-диметилдибензо[b, d]фуран-1(9bH)-он, проявляющий ингибирующее действие в отношении фермента тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 человека

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20201215