RU2020114785A - Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена - Google Patents
Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена Download PDFInfo
- Publication number
- RU2020114785A RU2020114785A RU2020114785A RU2020114785A RU2020114785A RU 2020114785 A RU2020114785 A RU 2020114785A RU 2020114785 A RU2020114785 A RU 2020114785A RU 2020114785 A RU2020114785 A RU 2020114785A RU 2020114785 A RU2020114785 A RU 2020114785A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- sequence
- guide
- gene
- nucleic acid
- seq
- Prior art date
Links
- 230000004048 modification Effects 0.000 title 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 title 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 title 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 29
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 29
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 29
- 108020005004 Guide RNA Proteins 0.000 claims 20
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 claims 18
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 13
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 12
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 12
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 11
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims 7
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 5
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 4
- 108700026226 TATA Box Proteins 0.000 claims 3
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims 3
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 claims 3
- 230000037425 regulation of transcription Effects 0.000 claims 3
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 claims 3
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 claims 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims 2
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 claims 2
- 241000589875 Campylobacter jejuni Species 0.000 claims 2
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 claims 2
- 241000194020 Streptococcus thermophilus Species 0.000 claims 2
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 claims 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims 2
- 101150107888 AKT2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150025841 CCND1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150108519 CDK4 gene Proteins 0.000 claims 1
- 102000006311 Cyclin D1 Human genes 0.000 claims 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 claims 1
- 102000003909 Cyclin E Human genes 0.000 claims 1
- 108090000257 Cyclin E Proteins 0.000 claims 1
- 101150108568 ELN gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150029707 ERBB2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 claims 1
- 101000738568 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-E1 Proteins 0.000 claims 1
- 101100461040 Homo sapiens NSD1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims 1
- 101000713590 Homo sapiens T-box transcription factor TBX1 Proteins 0.000 claims 1
- 101150117869 Hras gene Proteins 0.000 claims 1
- 108700003486 Jagged-1 Proteins 0.000 claims 1
- 101150105104 Kras gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150083522 MECP2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150105382 MET gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150078498 MYB gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150039798 MYC gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150022024 MYCN gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150073847 Mmp23 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150038789 NSD1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150082519 PLP1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150038744 PMP22 gene Proteins 0.000 claims 1
- 108700037966 Protein jagged-1 Proteins 0.000 claims 1
- 101150063503 RAI1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims 1
- 101150031224 app gene Proteins 0.000 claims 1
- 229920002549 elastin Polymers 0.000 claims 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 claims 1
- 101150016624 fgfr1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 101150088071 fgfr2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 claims 1
- 101150024228 mdm2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 claims 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims 1
- 230000007398 protein translocation Effects 0.000 claims 1
- 101150089855 sox3 gene Proteins 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1138—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against receptors or cell surface proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
- A61K38/46—Hydrolases (3)
- A61K38/465—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1), e.g. lipases, ribonucleases
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/0008—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'non-active' part of the composition delivered, e.g. wherein such 'non-active' part is not delivered simultaneously with the 'active' part of the composition
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
- A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
- C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes
- C12N2320/11—Applications; Uses in screening processes for the determination of target sites, i.e. of active nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/30—Special therapeutic applications
- C12N2320/34—Allele or polymorphism specific uses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
- C12N2750/00011—Details
- C12N2750/14011—Parvoviridae
- C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
- C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
- C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2800/00—Nucleic acids vectors
- C12N2800/10—Plasmid DNA
- C12N2800/106—Plasmid DNA for vertebrates
- C12N2800/107—Plasmid DNA for vertebrates for mammalian
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Virology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Claims (49)
1. Способ регуляции экспрессии дуплицированного гена в эукариотическиой клетке, включающей введение композиции для регуляции экспрессии в эукариотическую клетку,
где композиция для регуляции экспрессии включает:
руководящую РНК или нуклеиновую кислоту, кодирующую эту руководящую РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где дуплицированный ген представляет собой один или более генов, выбранных из группы, состоящей из гена PMP22, гена PLP1, гена MECP2, гена SOX3, гена RAI1, гена TBX1, гена ELN, гена JAGGED1, гена NSD1, гена MMP23, гена LMB1, гена SNCA гена APP, гена MYC, гена ERBB2 (HER2), гена CCND1 (циклина D1), гена FGFR1, гена FGFR2, гена HRAS, гена KRAS, гена MYB, гена MDM2, гена CCNE (циклина E), гена MET, гена CDK4, гена ERBB1, гена MYCN и гена AKT2,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности; и
фермент CRISPR или нуклеиновую кислоту, кодирующую этот фермент,
где фермент CRISPR представляет собой белок Cas9 или белок Cpf1,
где белок Cas9 представляет собой по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, и белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus,
где экспрессия дуплицированного гена в эукариотической клетке снижается.
2. Способ по п. 1, где промотором является промотор, включающий ТАТА-бокс.
3. Способ по п. 2, где последовательность области-мишени, связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой или не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, включает по меньшей мере одну последовательность ТАТА-бокса, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO 261-295.
4. Способ по п. 3, где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, которая является гомологичной последовательности, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой, и включающей по меньшей мере одну последовательность ТАТА-бокса, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295.
5. Способ по п. 1, где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, которая является гомологичной последовательности, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой и выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115.
6. Способ по п. 1, где композиция для регуляции экспрессии включает руководящую РНК и фермент CRISPR в форме комплекса «руководящая рРНК - фермент CRISPR».
7. Способ по п. 1, где композиция для регуляции экспрессии представлена в форме вектора, включающиего нуклеиновую кислоту, кодирующую руководящую РНК и фермент CRISPR, соответственно.
8. Способ по п. 1, где введение композиции для регуляции экспрессии осуществляют с применением одного или более методов, выбранных из метода электропорации, метода с использованием липосом, плазмид, вирусных векторов, наночастиц и гибридного белка, содержащего домен транслокации белка (PTD).
9. Руководящая РНК для нацеливания на дуплицированный ген или нуклеиновая кислота, кодирующая эту РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающиуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где последовательность, не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, представляет собой последовательность, включающую последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295, или последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности.
10. Руководящая РНК по п. 9, где нуклеиновая кислота, кодирующая руководящую РНК, включена в вектор.
11. Руководящая РНК по п. 10, где вектором является плазмида или вирусный вектор.
12. Композиция для регуляции экспрессии дуплицированного гена, включающая:
руководящую РНК для нацеливания на дуплицированный ген, или нуклеиновую кислоту, кодирующую эту РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающиуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где последовательность, не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, представляет собой последовательность, включающиую последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295, или последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности; и
фермент CRISPR или нуклеиновую кислоту, кодирующую этот фермент,
где фермент CRISPR представляет собой белок Cas9 или белок Cpf1,
где белок Cas9 представляет собой по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, и белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus.
13. Композиция по п. 12, где композиция включает руководящую РНК и фермент CRISPR в форме комплекса «руководящая РНК - фермент CRISPR».
14. Композиция по п. 12, где композиция представлена в форме вектора, включающиего нуклеиновую кислоту, кодирующую руководящую РНК и фермент CRISPR, соответственно.
15. Композиция по п. 14, где вектором является плазмида или вирусный вектор.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201762564478P | 2017-09-28 | 2017-09-28 | |
| US62/564,478 | 2017-09-28 | ||
| US201762565868P | 2017-09-29 | 2017-09-29 | |
| US62/565,868 | 2017-09-29 | ||
| PCT/KR2018/011424 WO2019066490A2 (ko) | 2017-09-28 | 2018-09-27 | 유전자 발현 조절을 위한 인위적인 게놈 조작 |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2022103641A Division RU2022103641A (ru) | 2017-09-28 | 2018-09-27 | Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2020114785A true RU2020114785A (ru) | 2021-10-28 |
| RU2020114785A3 RU2020114785A3 (ru) | 2021-10-28 |
| RU2767201C2 RU2767201C2 (ru) | 2022-03-16 |
Family
ID=65902054
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2020114785A RU2767201C2 (ru) | 2017-09-28 | 2018-09-27 | Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена |
| RU2022103641A RU2022103641A (ru) | 2017-09-28 | 2018-09-27 | Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2022103641A RU2022103641A (ru) | 2017-09-28 | 2018-09-27 | Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP3690047A4 (ru) |
| JP (2) | JP2020536501A (ru) |
| KR (1) | KR102670361B1 (ru) |
| CN (2) | CN118581083A (ru) |
| AU (1) | AU2018339164B2 (ru) |
| BR (1) | BR112020006428A2 (ru) |
| CA (1) | CA3077153A1 (ru) |
| RU (2) | RU2767201C2 (ru) |
| SG (1) | SG11202002130WA (ru) |
| WO (1) | WO2019066490A2 (ru) |
Families Citing this family (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110577972B (zh) * | 2019-08-08 | 2022-10-11 | 复旦大学 | CRISPR/Sa-ShaCas9基因编辑系统及其应用 |
| CN110577969B (zh) * | 2019-08-08 | 2022-07-22 | 复旦大学 | CRISPR/Sa-SlugCas9基因编辑系统及其应用 |
| CN110577970B (zh) * | 2019-08-08 | 2022-11-18 | 复旦大学 | CRISPR/Sa-SlutCas9基因编辑系统及其应用 |
| EP4091635A4 (en) * | 2020-01-14 | 2024-02-21 | Toolgen Incorporated | PHARMACEUTICAL COMPOSITION FOR THE PREVENTION OR TREATMENT OF ALZHEIMER'S DISEASE AND ITS USE |
| AU2021390471A1 (en) * | 2020-12-01 | 2023-06-29 | Research Institute At Nationwide Children's Hospital | Products and methods for inhibition of expression of peripheral myelin protein-22 |
| WO2022167421A1 (en) * | 2021-02-02 | 2022-08-11 | Limagrain Europe | Linkage of a distal promoter to a gene of interest by gene editing to modify gene expression |
| CN114426982B (zh) * | 2022-02-22 | 2024-03-22 | 上海交通大学 | 一种细胞代谢重编程的方法及其应用 |
| WO2024053964A1 (ko) * | 2022-09-06 | 2024-03-14 | 주식회사 툴젠 | 캄필로박터 제주니 유래 cas9의 가이드 rna 구조변화를 통한 유전자교정 향상 시스템 |
| CN116536357A (zh) * | 2023-04-17 | 2023-08-04 | 中国医学科学院输血研究所 | 构建CRISPR/Cas12a中sgRNA剪切活性筛选系统的方法 |
| WO2025079278A1 (ja) * | 2023-10-10 | 2025-04-17 | 国立大学法人 東京医科歯科大学 | シャルコー・マリー・トゥース病の処置剤 |
Family Cites Families (12)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP6517143B2 (ja) * | 2012-10-23 | 2019-05-22 | ツールゲン インコーポレイテッド | 標的ｄｎａに特異的なガイドｒｎａおよびｃａｓタンパク質コード核酸またはｃａｓタンパク質を含む、標的ｄｎａを切断するための組成物、ならびにその使用 |
| IL239344B2 (en) * | 2012-12-12 | 2024-06-01 | Broad Inst Inc | Systems engineering, methods and optimal guiding components for sequence manipulation |
| MX369747B (es) * | 2013-04-16 | 2019-11-20 | Regeneron Pharma | Modificación dirigida del genoma de rata. |
| ES2767318T3 (es) * | 2013-06-17 | 2020-06-17 | Broad Inst Inc | Suministro, modificación y optimización de sistemas, métodos y composiciones para generar modelos y actuar sobre enfermedades y trastornos de células posmitóticas |
| US9388430B2 (en) * | 2013-09-06 | 2016-07-12 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof |
| WO2015048577A2 (en) * | 2013-09-27 | 2015-04-02 | Editas Medicine, Inc. | Crispr-related methods and compositions |
| SG10201804975PA (en) * | 2013-12-12 | 2018-07-30 | Broad Inst Inc | Delivery, Use and Therapeutic Applications of the Crispr-Cas Systems and Compositions for HBV and Viral Diseases and Disorders |
| EA201890565A1 (ru) * | 2015-08-25 | 2019-04-30 | Дьюк Юниверсити | Композиции и способы улучшения специфичности в геномной инженерии с применением рнк-направляемых эндонуклеаз |
| US10369232B2 (en) * | 2015-09-21 | 2019-08-06 | Arcturus Therapeutics, Inc. | Allele selective gene editing and uses thereof |
| JP6929865B2 (ja) * | 2015-11-13 | 2021-09-01 | タラ ムーア | 角膜ジストロフィーの治療方法 |
| BR112019009725A2 (pt) * | 2016-11-14 | 2019-11-19 | Toolgen Incorporated | sistema de controle de função de sc artificialmente manipulado |
| WO2018106782A1 (en) * | 2016-12-08 | 2018-06-14 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for enhancing functional myelin production |
-
2018
- 2018-09-27 CA CA3077153A patent/CA3077153A1/en active Pending
- 2018-09-27 AU AU2018339164A patent/AU2018339164B2/en active Active
- 2018-09-27 CN CN202410521102.1A patent/CN118581083A/zh active Pending
- 2018-09-27 BR BR112020006428-9A patent/BR112020006428A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2018-09-27 EP EP18862957.0A patent/EP3690047A4/en active Pending
- 2018-09-27 RU RU2020114785A patent/RU2767201C2/ru active
- 2018-09-27 KR KR1020180114900A patent/KR102670361B1/ko active Active
- 2018-09-27 JP JP2020513755A patent/JP2020536501A/ja active Pending
- 2018-09-27 WO PCT/KR2018/011424 patent/WO2019066490A2/ko not_active Ceased
- 2018-09-27 CN CN201880076752.2A patent/CN111527208B/zh active Active
- 2018-09-27 RU RU2022103641A patent/RU2022103641A/ru unknown
- 2018-09-27 SG SG11202002130WA patent/SG11202002130WA/en unknown
-
2021
- 2021-10-18 JP JP2021170086A patent/JP7440043B2/ja active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2020536501A (ja) | 2020-12-17 |
| JP7440043B2 (ja) | 2024-02-28 |
| JP2022023144A (ja) | 2022-02-07 |
| KR20190037145A (ko) | 2019-04-05 |
| BR112020006428A2 (pt) | 2020-09-24 |
| SG11202002130WA (en) | 2020-04-29 |
| CA3077153A1 (en) | 2019-04-04 |
| WO2019066490A2 (ko) | 2019-04-04 |
| AU2018339164A1 (en) | 2020-04-09 |
| EP3690047A2 (en) | 2020-08-05 |
| RU2020114785A3 (ru) | 2021-10-28 |
| AU2018339164B2 (en) | 2022-06-16 |
| KR102670361B1 (ko) | 2024-05-29 |
| CN118581083A (zh) | 2024-09-03 |
| EP3690047A4 (en) | 2021-11-03 |
| CN111527208A (zh) | 2020-08-11 |
| RU2022103641A (ru) | 2022-03-18 |
| CN111527208B (zh) | 2024-05-14 |
| RU2767201C2 (ru) | 2022-03-16 |
| WO2019066490A3 (ko) | 2019-06-27 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2020114785A (ru) | Искусственная модификация генома для регуляции экспрессии гена | |
| US12342801B2 (en) | Methods for producing antigen-binding proteins against foreign antigens | |
| US20230203541A1 (en) | Optimized gene editing utilizing a recombinant endonuclease system | |
| US11718846B2 (en) | Genomic sequence modification method for specifically converting nucleic acid bases of targeted DNA sequence, and molecular complex for use in same | |
| JP7252328B2 (ja) | Ｒｎａを編集する方法および組成物 | |
| JP2023166400A5 (ru) | ||
| CA3149897A1 (en) | Methods and compositions for genomic integration | |
| CN109071633B (zh) | 基于使用表达增强性基因座来制备抗体的组合物和方法 | |
| JP2022023144A5 (ru) | ||
| CN107557378A (zh) | 一种基于I型CRISPR‑Cas系统中基因cas7‑3的真核基因编辑方法 | |
| JP2020535805A (ja) | 細胞の遺伝子修飾のための非組込みｄｎａベクター | |
| JP2022070950A (ja) | 生合成経路を発現する合成染色体の作成方法及びその使用 | |
| CN110577971A (zh) | CRISPR/Sa-SauriCas9基因编辑系统及其应用 | |
| CN110551761B (zh) | CRISPR/Sa-SepCas9基因编辑系统及其应用 | |
| CN110577969A (zh) | CRISPR/Sa-SlugCas9基因编辑系统及其应用 | |
| CN109929865A (zh) | 基于gal4-uas系统的crispr辅助反式增强子激活基因表达的方法及其应用 | |
| US20230272416A1 (en) | Method and system for delivering nucleic acid | |
| CN103540587B (zh) | 靶向整合外源DNA序列到大鼠和小鼠Rosa26位点的方法及其应用 | |
| CN110577972B (zh) | CRISPR/Sa-ShaCas9基因编辑系统及其应用 | |
| CA3215080A1 (en) | Non-viral homology mediated end joining | |
| JP6956995B2 (ja) | ゲノム編集方法 | |
| US20230313173A1 (en) | Systems and methods for identifying cells that have undergone genome editing | |
| CN110577970A (zh) | CRISPR/Sa-SlutCas9基因编辑系统及其应用 | |
| JPWO2022204574A5 (ru) | ||
| KR20250163962A (ko) | Crispr 간섭 및 활성화를 위한 개선된 방법 및 조성물 |