[go: up one dir, main page]

RU2019142994A - Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток - Google Patents

Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток Download PDF

Info

Publication number
RU2019142994A
RU2019142994A RU2019142994A RU2019142994A RU2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
optionally substituted
alkyl
optionally
nucleotide
halogen
Prior art date
Application number
RU2019142994A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2756272C2 (ru
RU2019142994A3 (ru
Inventor
Николай Николаевич РОМАНОВ
Патрик МАККОЛИ
Кэрол ЭНЕСТЕЙСИ
Сяолинь У
Найлл ХАЙНС
Original Assignee
Иллюмина Кембридж Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Иллюмина Кембридж Лимитед filed Critical Иллюмина Кембридж Лимитед
Publication of RU2019142994A publication Critical patent/RU2019142994A/ru
Publication of RU2019142994A3 publication Critical patent/RU2019142994A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2756272C2 publication Critical patent/RU2756272C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D417/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00
    • C07D417/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings
    • C07D417/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D405/00—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom
    • C07D405/02—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings
    • C07D405/04—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D413/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07D413/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings
    • C07D413/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/28—Phosphorus compounds with one or more P—C bonds
    • C07F9/38—Phosphonic acids [RP(=O)(OH)2]; Thiophosphonic acids ; [RP(=X1)(X2H)2(X1, X2 are each independently O, S or Se)]
    • C07F9/44—Amides thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6558—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
    • C07F9/65586—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system at least one of the hetero rings does not contain nitrogen as ring hetero atom
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6561—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings
    • C07F9/65616—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings containing the ring system having three or more than three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members, e.g. purine or analogs
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/14—Pyrrolo-pyrimidine radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Plural Heterocyclic Compounds (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Pyrane Compounds (AREA)
  • Nitrogen Condensed Heterocyclic Rings (AREA)

Claims (81)

1. Соединение Формулы (I) или его соль:
Figure 00000001
где:
X представляет собой О, S, Se или NRn, где Rn представляет собой Н или C1-6алкил;
каждый из R и R1 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил;
каждый из R2 и R4 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; или один из R2 и R4 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца;
R3 представляет собой Н, С1-6алкил, замещенный С2-6алкил, факультативно замещенный С2-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил или факультативно замещенный карбоциклил, гетероциклил, арил или гетероарил, или R3 соединен с R2 или R4 с образованием факультативно замещенного цикла;
где, когда R представляет собой -CN, R3 не является С1-6алкилом;
каждый R5 независимо представляет собой галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; и m составляет 0, 1, 2, 3 или 4.
2. Соединение по п. 1, где R представляет собой Н, галоген, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил.
3. Соединение по п. 1 или 2, где каждый из R2 и R4 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; и ни один из R2, и R4 не соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца.
4. Соединение по п. 2, где R2 представляет собой -SO3H, и/или R4 представляет собой -SO3H.
5. Соединение по любому из пп. 1-4, где
a) X представляет собой О или S, или
b) X представляет собой NRn, при этом Rn представляет собой Н или С1-6алкил, факультативно,
где (a) R3 представляет собой Н; или (b) R3 представляет собой метил, этил, пропил, изопропил, бутил, изобутил, втор-бутил, трет-бутил, пентил или гексил; или (с) R3 представляет собой этил, или
- R3 представляет собой замещенный С2-6алкил, при этом, факультативно:
a) R3 представляет собой С2-6алкил, замещенный -CO2H или
b) R3 представляет собой -(СН2)nCOOH, где n составляет 2, 3, 4, 5 или 6 или
c) R3 представляет собой -(CH2)nSO3H, где n составляет 2, 3, 4, 5 или 6.
6. Соединение по любому из пп. 1-5, характеризующееся по меньшей мере одним из следующего:
- m составляет 0, 1 или 2;
- каждый R5 независимо представляет собой факультативно замещенный C1-6алкил, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H или -SO2NH2,
- факультативно, каждый R5 представляет собой галоген, -CN, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2 или факультативно замещенный С1-6алкил,
- факультативно, R5 представляет собой С2-6алкил, замещенный -CO2H, -SO3H, или -SO2NH2,
- факультативно, R5 представляет собой -(СН2)хСООН, при этом X составляет 2, 3, 4, 5 или 6.
7. Соединение по п. 4, где R5 представляет собой -SO3H или -SO2NH2.
8. Соединение по любому из пп. 1-6, где R1 представляет собой Н, галоген или C1-6алкил, факультативно, где R1 представляет собой Н или Cl.
9. Соединение по любому из пп. 1-8, где R представляет собой Н, галоген или C1-6алкил, факультативно, где R1 представляет собой Н или Cl.
10. Соединение по любому из пп. 1-9, где R представляет собой Н, галоген, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил, факультативно, где R представляет собой Н.
11. Соединение по любому из пп. 1-10, где a) R2 представляет собой Н, факультативно замещенный алкил, С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H, или -SO3H или -SO3H, факультативно, где R2 представляет собой Н или -SO3H или
b) R2 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца, предпочтительно пирролидина или пиперидина, факультативно замещенного одной или более алкильными группами.
12. Соединение по любому из пп. 1-11, где R4 представляет собой Н, факультативно замещенный алкил, С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H, или -SO3H или -SO3H, или где R4 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца, предпочтительно пирролидина или пиперидина, факультативно замещенного одной или более алкильными группами.
13. Соединение по п. 1, где X представляет собой О или S; R представляет собой Н; R1 представляет собой Н; R3 представляет собой -(СН2)nCOOH, при этом n составляет 2, 3, 4, 5 или 6; R5 представляет собой Н, -SO3H или -SO2NH2; R2 представляет собой Н или -SO3H; и R4 представляет собой Н или -SO3H, факультативно,
a) где R3 представляет собой -(СН2)2СООН или
b) где R3 представляет собой -(СН2)5СООН.
14. Соединение Формулы (II) или его соль:
Figure 00000002
где:
X' выбран из О, S и NRp, где Rp представляет собой Н или С1-6алкил;
R6 представляет собой Н или С1-4алкил;
R7 представляет собой Н, галоген, -CN, -ОН, факультативно замещенный С1-4алкил, факультативно замещенный С1-4алкенил, факультативно замещенный С2-4алкинил, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2 и факультативно замещенный С1-4алкокси;
каждый из R8 и R10 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил или факультативно замещенный С1-6алкокси; или
один из R8 и R10 представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил), -SO2N(C1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил, или факультативно замещенный С1-6алкокси, и другой из R8 и R10 совместно с R9 образует факультативно замещенное 4-7-членное гетероциклическое кольцо;
R9 представляет собой С2-6алкил или С1-6алкил, замещенный -CO2H, -CO2C1-4алкил, -CONH2, -CONH(С1-4алкил), -CON(С1-4алкил)2, -CN, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил) или -SO2N(C1-4алкил)2;
каждый R11 независимо представляет собой галоген, -CN, карбокси, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, нитро, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил и факультативно замещенный С1-6алкокси; и
q составляет 0, 1 или 2.
15. Соединение по п. 14, характеризующееся по меньшей мере одним из следующего:
i) X' представляет собой О или X' представляет собой S, или X' представляет собой NRp, при этом Rp представляет собой Н или С1-6алкил,
ii) R6 представляет собой Н или R6 представляет собой С1-4алкил,
iii) R7 представляет собой Н или R7 представляет собой факультативно замещенный С1-4алкил, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил) или -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно, где R7 представляет собой С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H,
iv) R8 представляет собой Н или R8 представляет собой -CO2H, -SO3H или -SO2NH2,
v) R10 представляет собой Н или представляет собой -CO2H, -SO3H или -SO2NH2,
vi) (a) R8 представляет собой Н, и R10 представляет собой -SO3H, или (b) R8 представляет собой -SO3H, и R10 представляет собой Н,
vii) один из R8 и R10 представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил, или факультативно замещенный С1-6алкокси, и другой из R8 и R10 совместно с R9 образует факультативно замещенное 4-7-членное гетероциклическое кольцо,
viii) R9 представляет собой С2-6алкил или R9 представляет собой С1-6алкил, замещенный -CO2H, -СО2С1-4алкил, -CONH2, -CONH(С1-4алкил), -CON(C1-4алкил)2, -CN, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил) или -SO2N(C1-4алкил)2, факультативно, где
R9 представляет собой С1-6алкил, замещенный -CO2H, предпочтительно где R9 представляет собой -(СН2)у-CO2H, при этом у составляет 2, 3, 4 или 5,
ix) каждый R11 независимо представляет собой галоген, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил), -SO2N(C1-4алкил)2 или факультативно замещенный алкил,
x) q составляет 0, 1 или 2.
16. Соединение, выбранное из группы, состоящей из:
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
и их солей.
17. Соединение по любому из предшествующих пунктов, где указанное соединение присоединено к нуклеотиду или олигонуклеотиду.
18. Нуклеотид или олигонуклеотид, меченный соединением по любому из пп. 1-16.
19. Меченый нуклеотид или олигонуклеотид по п. 18, факультативно включающий по меньшей мере одно из следующего:
- соединение по пп. 1-5 присоединено через R3 Формулы (I) или R9 Формулы (II), дополнительно включая следующее
- R3 в Формуле (I) представляет собой -(СН2)nCOOH, при этом n составляет 2, 3, 4, 5 или 6, или R9 в Формуле (II) представляет собой -(СН2)уСООН, при этом у составляет 2, 3, 4, 5 или 6, и в результате присоединения образуется амид с использованием -СООН группы,
- метка присоединена к положению С5 пиримидинового основания или положению С7 7-деазапуринового основания через линкерный фрагмент,
- дополнительно включающий 3'ОН блокирующую группу, ковалентно присоединенную к рибозному или дезоксирибозному сахару нуклеотида.
20. Набор, включающий первый меченый нуклеотид по п. 19 и второй меченый нуклеотид, факультативно,
i) где второй нуклеотид мечен соединением, отличным от соединения-метки первого меченого нуклеотида, или не имеет метки, факультативно, а) при этом первый и второй меченые нуклеотиды могут быть возбуждены светом лазера с одной длиной волны и/или b) при этом указанный набор дополнительно включает третий нуклеотид и четвертый нуклеотид, причем каждый из второго, третьего и четвертого нуклеотидов мечен отличным соединением, или не имеет метки, и каждая метка имеет отчетливый максимум поглощения, отличимый от других меток,
ii) где набор включает четыре нуклеотида, при этом первый из четырех нуклеотидов представляет собой меченый нуклеотид по любому из пп. 18 или 19, второй из четырех нуклеотидов имеет вторую метку, третий нуклеотид имеет третью метку, и четвертый нуклеотид не имеет метки (темный), или
iii) где набор включает четыре нуклеотида, при этом первый из четырех нуклеотидов представляет собой меченый нуклеотид по любому из пп. 18 или 19, второй из четырех нуклеотидов имеет вторую метку, третий нуклеотид содержит смесь из двух указанных меток, и четвертый нуклеотид не имеет метки (темный).
21. Применение соединения по любому из пп. 1-17, олигонуклеотида по п. 18 или 19 или набора по п. 20 в секвенировании, экспрессионном анализе, анализе гибридизации, генетическом анализе, анализе РНК или анализе связывания белка.
22. Применение по п. 21 с использованием устройства для автоматизированного секвенирования, где устройство для автоматизированного секвенирования включает два лазера, функционирующих с различными длинами волны.
23. Способ секвенирования, включающий введение нуклеотида по любому из пп. 18 или 19 в анализ секвенированием, при этом указанный способ факультативно включает обнаружение нуклеотида, причем анализ секвенированием факультативно выполняют на устройстве для автоматизированного секвенирования, а устройство для автоматизированного секвенирования включает два источника света, функционирующих с различными длинами волны.
24. Способ синтеза соединения Формулы (I) или Формулы (II), рассмотренного выше.
RU2019142994A 2017-10-16 2018-10-16 Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток RU2756272C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GB1716931.9 2017-10-16
GBGB1716931.9A GB201716931D0 (en) 2017-10-16 2017-10-16 New fluorescent compounds and their use as biomarkers
PCT/GB2018/052971 WO2019077331A1 (en) 2017-10-16 2018-10-16 SECONDARY AMINE SUBSTITUTED COUMARIN COMPOUNDS AND USES THEREOF AS FLUORESCENT MARKERS

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019142994A true RU2019142994A (ru) 2021-06-23
RU2019142994A3 RU2019142994A3 (ru) 2021-06-23
RU2756272C2 RU2756272C2 (ru) 2021-09-29

Family

ID=60419088

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019142994A RU2756272C2 (ru) 2017-10-16 2018-10-16 Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток

Country Status (14)

Country Link
US (2) US11390619B2 (ru)
EP (1) EP3697778B1 (ru)
JP (1) JP7307686B2 (ru)
KR (1) KR102411545B1 (ru)
CN (1) CN111094276A (ru)
AU (1) AU2018351881B2 (ru)
CA (1) CA3060885C (ru)
ES (1) ES3006444T3 (ru)
GB (1) GB201716931D0 (ru)
IL (1) IL271613B2 (ru)
RU (1) RU2756272C2 (ru)
SG (1) SG11201909761WA (ru)
WO (1) WO2019077331A1 (ru)
ZA (1) ZA201906890B (ru)

Families Citing this family (26)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB201716931D0 (en) 2017-10-16 2017-11-29 Illumina Cambridge Ltd New fluorescent compounds and their use as biomarkers
US11293061B2 (en) 2018-12-26 2022-04-05 Illumina Cambridge Limited Sequencing methods using nucleotides with 3′ AOM blocking group
NL2023327B1 (en) * 2019-03-01 2020-09-17 Illumina Inc Multiplexed fluorescent detection of analytes
WO2020178231A1 (en) * 2019-03-01 2020-09-10 Illumina, Inc. Multiplexed fluorescent detection of analytes
EP3998502B1 (en) * 2019-07-12 2025-11-05 Nippon Kayaku Kabushiki Kaisha Polarized light-emitting film containing water-soluble coumarin compound or salt thereof, polarized light-emitting plate, and display device
MX2022005327A (es) 2019-11-27 2022-08-04 Illumina Cambridge Ltd Tintes y composiciones que contienen ciclooctatetraeno..
US11787831B2 (en) 2020-06-22 2023-10-17 Illumina Cambridge Limited Nucleosides and nucleotides with 3′ acetal blocking group
US11981964B2 (en) 2020-07-28 2024-05-14 Illumina Cambridge Limited Substituted coumarin dyes and uses as fluorescent labels
US20220195517A1 (en) * 2020-12-17 2022-06-23 Illumina Cambridge Limited Long stokes shift chromenoquinoline dyes and uses in sequencing applications
US20220195518A1 (en) * 2020-12-22 2022-06-23 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for nucleic acid sequencing
BR112023024130A2 (pt) 2021-05-20 2024-01-30 Illumina Cambridge Ltd Composições e métodos para sequenciamento por síntese
EP4499862A1 (en) 2022-03-28 2025-02-05 Illumina, Inc. Labeled avidin and methods for sequencing
US20230332197A1 (en) 2022-03-31 2023-10-19 Illumina Singapore Pte. Ltd. Nucleosides and nucleotides with 3' vinyl blocking group
WO2023186982A1 (en) 2022-03-31 2023-10-05 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sequencing signals
WO2023232829A1 (en) 2022-05-31 2023-12-07 Illumina, Inc Compositions and methods for nucleic acid sequencing
EP4594428A2 (en) 2022-09-30 2025-08-06 Illumina, Inc. Compositions and methods for reducing photo damage during sequencing
WO2024137774A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Illumina, Inc. Palladium catalyst compositions and methods for sequencing by synthesis
EP4638795A1 (en) 2022-12-22 2025-10-29 Illumina, Inc. Transition-metal catalyst compositions and methods for sequencing by synthesis
US20240271206A1 (en) 2022-12-27 2024-08-15 Illumina, Inc. Methods of sequencing using 3' allyl blocked nucleotides
US20240327909A1 (en) 2023-03-30 2024-10-03 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleic acid sequencing
WO2025049700A1 (en) 2023-08-31 2025-03-06 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleic acid sequencing
US20250215493A1 (en) 2023-12-28 2025-07-03 Illumina, Inc. Nucleotides with enzymatically cleavable 3'-o-glycoside blocking groups for sequencing
WO2025184226A1 (en) 2024-02-28 2025-09-04 Illumina, Inc. Nucleotides with terminal phosphate capping
WO2025188906A1 (en) 2024-03-08 2025-09-12 Illumina, Inc. Modified adenosine nucleotides
WO2025221895A1 (en) 2024-04-19 2025-10-23 Illumina, Inc. Water soluble polymer scaffolds for dye labeling
WO2025230914A1 (en) 2024-04-29 2025-11-06 Illumina, Inc. Nucleotides with enzyme-triggered self-immolative linkers for sequencing by synthesis

Family Cites Families (40)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5268486A (en) 1986-04-18 1993-12-07 Carnegie-Mellon Unversity Method for labeling and detecting materials employing arylsulfonate cyanine dyes
US5302509A (en) 1989-08-14 1994-04-12 Beckman Instruments, Inc. Method for sequencing polynucleotides
JP2999841B2 (ja) 1991-04-03 2000-01-17 三井化学株式会社 発光スクリーン用樹脂組成物
JPH0559111A (ja) 1991-09-03 1993-03-09 Mitsui Toatsu Chem Inc 光重合性樹脂組成物
DE4302459A1 (de) * 1993-01-29 1994-08-04 Bayer Ag Sulfocumarinhaltige Nukleotide und deren Verwendung in Nachweisverfahren für Nukleinsäuren
JPH0743896A (ja) * 1993-07-28 1995-02-14 Toyobo Co Ltd 光重合性組成物
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
DE19509043A1 (de) 1995-03-03 1996-09-05 Bayer Ag Cyanierung von Doppelbindungssystemen
EP2208789B1 (en) * 1997-03-12 2015-07-22 Applied Biosystems, LLC DNA polymerases having improved labeled nucleotide incorporation properties
ATE364718T1 (de) 1997-04-01 2007-07-15 Solexa Ltd Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäure
US6465178B2 (en) 1997-09-30 2002-10-15 Surmodics, Inc. Target molecule attachment to surfaces
US6485944B1 (en) 1997-10-10 2002-11-26 President And Fellows Of Harvard College Replica amplification of nucleic acid arrays
EP1105529B2 (en) 1998-07-30 2013-05-29 Illumina Cambridge Limited Arrayed biomolecules and their use in sequencing
GB0002310D0 (en) 2000-02-01 2000-03-22 Solexa Ltd Polynucleotide sequencing
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
US6391937B1 (en) 1998-11-25 2002-05-21 Motorola, Inc. Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers
US6664061B2 (en) 1999-06-25 2003-12-16 Amersham Biosciences Ab Use and evaluation of a [2+2] photoaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix
US6372813B1 (en) 1999-06-25 2002-04-16 Motorola Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays
EP1307414A2 (en) 2000-08-09 2003-05-07 Amersham Biosciences AB The use and evaluation of a 2+2] photocycloaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix
WO2002026891A1 (en) 2000-09-29 2002-04-04 Molecular Probes, Inc. Modified carbocyanine dyes and their conjugates
JP4143270B2 (ja) * 2001-03-21 2008-09-03 三菱製紙株式会社 感光性組成物および感光性平版印刷版材料
SI3363809T1 (sl) 2002-08-23 2020-08-31 Illumina Cambridge Limited Modificirani nukleotidi za polinukleotidno sekvenciranje
PT2119722T (pt) 2002-08-23 2016-12-12 Illumina Cambridge Ltd Nucleótidos marcados
DE10258150A1 (de) 2002-12-10 2004-07-08 Dyomics Gmbh Hydrophile Marker auf der Basis von Benzopyrylo-Polymethinen
JP2005007851A (ja) * 2003-05-23 2005-01-13 Fuji Photo Film Co Ltd 多色感熱記録材料
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
GB0326073D0 (en) 2003-11-07 2003-12-10 Solexa Ltd Improvements in or relating to polynucleotide arrays
JP2007525571A (ja) 2004-01-07 2007-09-06 ソレクサ リミテッド 修飾分子アレイ
WO2006120433A1 (en) 2005-05-10 2006-11-16 Solexa Limited Improved polymerases
US20070020457A1 (en) 2005-07-21 2007-01-25 3M Innovative Properties Company Composite particle comprising an abrasive grit
US8431416B2 (en) 2009-04-01 2013-04-30 Becton, Dickinson And Company Reactive heterocycle-substituted 7-hydroxycoumarins and their conjugates
KR101133246B1 (ko) * 2010-02-24 2012-04-05 원광대학교산학협력단 신규한 코마린 유도체, 이의 제조방법 및 상기 코마린 유도체를 포함하는 형광 면역측정용 키트
US9389182B2 (en) * 2011-08-31 2016-07-12 University Of Southern California Labeling of proteins with the fluorophore 7-amino-4-methylcoumarin (AMC) generated novel proteolytic substrates
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
WO2014139596A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Illumina Cambridge Limited Modified nucleosides or nucleotides
CN103740136B (zh) * 2013-12-29 2016-01-06 浙江龙盛集团股份有限公司 一种高牢度分散翠蓝染料组合物
GB201508858D0 (en) 2015-05-22 2015-07-01 Illumina Cambridge Ltd Polymethine compounds with long stokes shifts and their use as fluorescent labels
GB201516987D0 (en) 2015-09-25 2015-11-11 Illumina Cambridge Ltd Polymethine compounds and their use as fluorescent labels
US10385214B2 (en) * 2016-09-30 2019-08-20 Illumina Cambridge Limited Fluorescent dyes and their uses as biomarkers
GB201716931D0 (en) 2017-10-16 2017-11-29 Illumina Cambridge Ltd New fluorescent compounds and their use as biomarkers

Also Published As

Publication number Publication date
JP2020537630A (ja) 2020-12-24
CA3060885C (en) 2023-06-13
AU2018351881B2 (en) 2021-07-22
AU2018351881A1 (en) 2019-11-07
WO2019077331A1 (en) 2019-04-25
SG11201909761WA (en) 2020-02-27
US20210188832A1 (en) 2021-06-24
US11390619B2 (en) 2022-07-19
GB201716931D0 (en) 2017-11-29
BR112019027604A2 (pt) 2020-07-07
EP3697778A1 (en) 2020-08-26
IL271613B2 (en) 2025-05-01
ES3006444T3 (en) 2025-03-18
RU2756272C2 (ru) 2021-09-29
US20230025669A1 (en) 2023-01-26
NZ758381A (en) 2023-11-24
KR20200052856A (ko) 2020-05-15
CA3060885A1 (en) 2019-04-25
IL271613B1 (en) 2025-01-01
ZA201906890B (en) 2023-03-29
KR102411545B1 (ko) 2022-06-20
EP3697778B1 (en) 2024-12-04
CN111094276A (zh) 2020-05-01
US11858923B2 (en) 2024-01-02
JP7307686B2 (ja) 2023-07-12
RU2019142994A3 (ru) 2021-06-23
IL271613A (en) 2020-02-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019142994A (ru) Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток
ES2924771T3 (es) Compuestos de polimetino con desplazamientos de Stokes largos y su uso como marcas fluorescentes
ES2914688T3 (es) Nuevos colorantes fluorescentes y sus usos como biomarcadores
AU2013380645B2 (en) Polymethine compounds and their use as fluorescent labels
ES2860630T3 (es) Compuestos de polimetina y su uso como marcadores fluorescentes
CY1124357T1 (el) Προσδιορισμος ανισορροπιας αλληλουχιας νουκλεϊκων οξεων
CO5580803A2 (es) Derivados de piperidin-bencensulfonamida
RU2010144823A (ru) Гетероциклические ингибиторы мек и способы их применения
IL263358A (en) Coumarin compositions and their use as fluorescent labels
US20030099972A1 (en) Nucleotide compositions comprising photocleavable markers and methods of preparation thereof
RU2005125207A (ru) Способ получения производного глутаминовой кислоты и производного пироглутаминовой кислоты и новое промежуточное соединение для получения этих производных
JP2020504074A5 (ru)
CY1112283T1 (el) Μεθοδος για την παρασκευη 17-βινυλ-τριφλικων ως ενδιaμεσα
ES2856217T3 (es) Compuestos de polimetina y su uso como marcadores fluorescentes
EA200800727A1 (ru) Введение ингибиторов дипептидилпептидазы
RU2009117654A (ru) Получение азоксистробина
CO5550450A2 (es) Derivados de 1-acil-pirrolidina para el tratamiento de infec ciones virales
EA200500268A1 (ru) Производные диоксан-2-алкилкарбаматов, способ их получения и применение в терапии
RU2015107303A (ru) Соединения и композиции, активирующие ферменты
JPWO2022129437A5 (ru)
JP2022537677A (ja) ２つのローダミン誘導体および核酸分子を含む蛍光複合体
EP1654327A1 (en) Cyanin-type compounds having an alkynyl linker arm
Sun et al. Facile one-step synthesis of 2, 5-diketopiperazines
EA200100825A1 (ru) Новые 1-арил-4-тиотриазины
DE602004004679D1 (de) Verfahren zur herstellung des hemicalciumsalzes von (e)-7-ä4-(4-fluorphenyl)-6-isopropyl-2-ämethyl(methylsulfonyl)aminoüpyrimidin-5-ylü(3r,5s)-3,5-dihydroxy-6-heptensäure