[go: up one dir, main page]

RU2018115247A - Конъюгаты аффинная молекула-олигонуклеотид и их применения - Google Patents

Конъюгаты аффинная молекула-олигонуклеотид и их применения Download PDF

Info

Publication number
RU2018115247A
RU2018115247A RU2018115247A RU2018115247A RU2018115247A RU 2018115247 A RU2018115247 A RU 2018115247A RU 2018115247 A RU2018115247 A RU 2018115247A RU 2018115247 A RU2018115247 A RU 2018115247A RU 2018115247 A RU2018115247 A RU 2018115247A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
oligonucleotide
vessel
sequence
cell
polynucleotide
Prior art date
Application number
RU2018115247A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018115247A3 (ru
RU2778754C2 (ru
Inventor
Франсуа ВИНО
Адриан Рэнгем БРИГГС
Стивен Якоб ГОЛДФЛЕСС
Брайан Дж. БЕЛЬМОН
Original Assignee
АБВИТРО ЭлЭлСи
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by АБВИТРО ЭлЭлСи filed Critical АБВИТРО ЭлЭлСи
Publication of RU2018115247A publication Critical patent/RU2018115247A/ru
Publication of RU2018115247A3 publication Critical patent/RU2018115247A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2778754C2 publication Critical patent/RU2778754C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B30/00—Methods of screening libraries
    • C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56966—Animal cells
    • G01N33/56972—White blood cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6872—Intracellular protein regulatory factors and their receptors, e.g. including ion channels
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/185—Nucleic acid dedicated to use as a hidden marker/bar code, e.g. inclusion of nucleic acids to mark art objects or animals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/70514—CD4
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/70517—CD8
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
    • G01N2333/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2458/00—Labels used in chemical analysis of biological material
    • G01N2458/10—Oligonucleotides as tagging agents for labelling antibodies

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Solid-Sorbent Or Filter-Aiding Compositions (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Treatment Of Liquids With Adsorbents In General (AREA)

Claims (85)

1. Способ получения характеристики клеток, включающий: проведение реакции в по меньшей мере одно отдельно взятом сосуде из множества сосудов, причем реакция включает в себя прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда, который содержит штрих-кодовую последовательность первого сосуда, к олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид, причем аффинная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид связывается с целевым антигеном, экспрессируемым отдельно взятой клеткой, выделенной в указанном по меньшей мере одном отдельно взятом сосуде множества сосудов, причем олигонуклеотидная часть содержит последовательность идентификации антигена (AID).
2. Способ по п. 1, в котором указанная отдельно взятая клетка происходит из множества клеток.
3. Способ по п. 2, в котором указанное множество клеток происходит из одного и того же образца.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором AID штрих-кодируют в отношении целевого антигена или аффинной части аффинного олигонуклеотидного конъюгата.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором штрих-кодированный полинуклеотид первого сосуда происходит из матричного штрих-кодированного полинуклеотида сосуда в по меньшей мере одно отдельно взятом сосуде.
6. Способ по любому из пп. 1-5, причем способ дополнительно включает секвенирование олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид или его ампликона для получения информации о последовательности.
7. Способ по п. 6, причем способ дополнительно включает определение по меньшей мере одной характеристики указанной отдельно взятой клетки в по меньшей мере одном отдельно взятом сосуде на основании информации о последовательности.
8. Способ по п. 6 или 7, при котором информация о последовательности содержит последовательность идентификации антигена (AID) или комплементарную ей цепь и/или число копий молекул, характеризующихся последовательностью AID.
9. Способ по п. 7, при котором указанная по меньшей мере одна характеристика представляет собой фенотип.
10. Способ по п. 9, при котором фенотип представляет собой иммунофенотип.
11. Способ по любому из пп. 1-10, причем способ дополнительно включает приведение в контакт множества клеток, содержащего указанную отдельно взятую клетку с конъюгатом аффинная молекула-олигонуклеотид до того, как указанную отдельно взятую клетку выделяют в по меньшей мере одном отдельно взятом сосуде.
12. Способ по п. 11, причем способ дополнительно включает отмывание множества клеток после приведения в контакт.
13. Способ по любому из пп. 1-12, причем способ дополнительно включает лизирование указанной отдельно взятой клетки.
14. Способ по п. 13, причем лизирование происходит в указанном по меньшей мере одном отдельно взятом сосуде.
15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором указанная отдельно взятая клетка происходит из множества несортированных клеток.
16. Способ по любому из пп. 1-15, при котором штрих-кодовая последовательность первого сосуда штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда или его ампликона в любом отдельно взятом сосуде из множества сосудов является уникальной для данного одного отдельно взятого сосуда.
17. Способ по любому из пп. 1-16, причем способ дополнительно включает прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида второго сосуда, содержащего штрих-кодовую последовательность второго сосуда, к полинуклеотиду клетки из указанной отдельно взятой клетки.
18. Способ по п. 17, в котором штрих-кодовая последовательность первого сосуда штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда, прикрепленного к олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид, и штрих-кодовая последовательность второго сосуда штрих-кодированного полинуклеотида второго сосуда, прикрепленного к полинуклеотиду клетки являются одной и той же и/или происходят из одного и того же происходят из одного и того же матричного штрих-кодированного полинуклеотида сосуда в по меньшей мере одно отдельно взятом сосуде.
19. Способ по п. 17 или 18, дополнительно включающий прикрепление молекулярного штрих-кодового полинуклеотида, содержащего молекулярный штрих-кодированный полинуклеотид, содержащий молекулярную штрих-кодовую последовательность, к полинуклеотиду клетки, причем указанную молекулярную штрих-кодовую последовательность штрих-кодируют в отношении полинуклеотида клетки и его ампликонов.
20. Способ по любому из пп. 17-19, в котором прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда к олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид и прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида второго сосуда к полинуклеотиду клетки проводят одновременно.
21. Способ по любому из пп. 18-20, причем способ дополнительно включает амплификацию по меньшей мере одного из штрих-кодированной последовательности первого сосуда, штрих-кодированной последовательности второго сосуда, олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид, полинуклеотида клетки или любых их комплементов.
22. Способ по п. 21, причем способ включает амплификацию олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид или его комплемента, и полинуклеотида клетки или его комплемента одновременно.
23. Способ по любому из пп. 1-22, причем способ дополнительно включает объединение олигонуклеотидных частей конъюгатов аффинная молекула-олигонуклеотид или их ампликонов и полинуклеотидов клетки или их ампликонов, если присутствуют, из двух или больше отдельно взятых сосудов из множества сосудов.
24. Способ по п. 23, дополнительно включающий секвенирование объединенных олигонуклеотидных частей или их ампликонов и/или объединенных полинуклеотидов клетки или их ампликонов.
25. Способ по любому из пп. 1-24, при котором аффинный олигонуклеотидный конъюгат содержит множество различных конъюгатов аффинная молекула-олигонуклеотид.
26. Способ по п. 25, при котором каждый аффинный олигонуклеотидный конъюгат из множества конъюгатов аффинная молекула-олигонуклеотид содержит уникальную последовательность идентификации антигена (AID).
27. Способ по любому из пп. 1-26, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклетид дополнительно содержит по меньшей мере одну из штрих-кодовой последовательности аффинной молекулы (АМВ), последовательность связывания праймера или константную последовательность.
28. Способ по любому из пп. 1-27, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклетид содержит слитую последовательность и указанное прикрепление включает прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида сосуда к слитой последовательности.
29. Способ по любому из пп. 1-28, причем способ дополнительно включает секвенирование олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклетид совместно с прикрепленным штрих-кодированным полинуклеотидом сосуда, их комплементов, их амплифицированных продуктов или их комбинации, тем самым производя прочтения олигонуклеотидной последовательности.
и/или секвенирование полинуклеотида клетки совместно с прикрепленным штрих-кодированным полинуклеотидом сосуда, их комплементов, их амплифицированных продуктов или их комбинации, если присутствуют, тем самым производя прочтения последовательности полинуклеотида клетки.
30. Способ по п. 29, причем способ дополнительно включает анализ прочтений олигонуклеотидной последовательности и/или сравнение одного или более прочтений первой олигонуклеотидной последовательности с одним или более прочтений второй олигонуклеотидной последовательности.
31. Способ по п. 30, дополнительно включающий определение частоты встречаемости одной или более штрих-кодовых последовательностей сосуда, одной или более последовательностей AID, одной или более штрих-кодовых последовательностей аффинной молекулы (АМВ) или их комбинации.
32. Способ по п. 29, причем способ дополнительно включает сравнение прочтений олигонуклеотидной последовательности с прочтениями полинуклеотидной последовательности клетки, штрих-кодовых последовательностей сосуда прочтений олигонуклеотидной последовательности с штрих-кодовыми последовательностями сосуда прочтений полинуклеотдной последовательности клетки, последовательностей идентификации антигена (AID) прочтений олигонуклеотидной последовательности с штрих-кодовыми последовательностями аффинной молекулы (АМВ) прочтений олигонуклеотидной последовательности, прочтений полинуклеотидной последовательности клетки; и/или анализ штрих-кодовых последовательностей сосуда прочтений полинуклеотидной последовательности клетки или штрих-кодовых последовательностей молекулы прочтений полинуклеотидной последовательности клетки.
33. Способ по любому из пп. 30-32, причем способ дополнительно включает определение характеристики клетки на основании анализа или сравнения.
34. Способ по любому из пп. 30-33, причем способ дополнительно включает выбор антитела или TCR на основании прочтений олигонуклеотидной последовательности и/или прочтений полинуклеотидной последовательности клетки.
35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором штрих-кодированный полинуклеотид первого сосуда, прикрепленный к олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид и/или штрих-кодированный полинуклеотид второго сосуда, прикрепленный к полинуклеотиду клетки, если присутствует, представляет собой продукт амплификации матричного штрих-кодированного полинуклеотида сосуда.
36. Способ по любому из пп. 1-35, в котором указанный один отдельно взятый сосуд содержит твердую подложку.
37. Способ по любому из пп. 1-35, в котором указанный один отдельно взятый сосуд не содержит твердую подложку.
38. Способ по любому из пп. 1-37, в котором любой отдельно взятый сосуд представляет собой лунку, эмульсию или каплю.
39. Способ по любому из пп. 1-38, в котором прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда к олигонуклеотидной части или прикрепление штрих-кодированного полинуклеотида первого сосуда к полинуклеотиду клетки, если присутствует, включает реакцию лигирования, ферментативную реакцию, реакцию гибридизации, реакцию достройки или реакцию амплификации.
40. Способ по любому из пп. 1-39, в котором аффинная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид связывается с внеклеточным антигеном отдельно взятой клетки.
41. Способ по п. 40, при котором внеклеточный антиген отдельно взятой клетки представляет собой антиген, специфический в отношении иммунной клетки.
42. Способ по п. 41, при котором внеклеточный антиген отдельно взятой клетки представляет собой антиген, специфический в отношении Т-клетки или экспрессируемый Т-клеткой.
43. Способ по п. 42, в котором внеклеточный антиген выбирают из группы, состоящей из CD154, CD4, CD8, CD137, CD40L, CD80, CD86, CD11c, CD25, CD69, CD44, CD125, CD2, CD3, CD5, CD14 и CD19.
44. Способ по п. 41, в котором внеклеточный антиген отдельно взятой клетки представляет собой антиген, специфический в отношении В-клетки или экспрессируемый В-клеткой.
45. Способ по п. 44, в котором внеклеточный антиген представляет собой иммуноглобулин.
46. Способ по любому из пп. 1-45, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид является двухцепочечной.
47. Способ по любому из пп. 1-45, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид является одноцепочечной.
48. Способ по любому из пп. 1-47, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид представляет собой ДНК.
49. Способ по любому из пп. 1-48, в котором олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид представляет собой РНК.
50. Способ по любому из пп. 17-49, в котором полинуклеотид клетки содержит последовательность вариабельной области.
51. Способ по любому из пп. 1-50, причем способ дополнительно включает спаривание последовательностей нативной цепи, содержащих последовательность вариабельной области.
52. Способ по любому из пп. 1-43, при котором отдельно взятая клетка представляет собой Т-клетку.
53. Способ по любому из пп. 1-41 и 44-45, в котором отдельно взятая клетка представляет собой В-клетку.
54. Способ по любому из пп. 17-53, в котором полинуклеотид клетки представляет собой ДНК.
55. Способ по любому из пп. 17-53, в котором полинуклеотид клетки представляет собой РНК.
56. Способ по п. 55, в котором РНК представляет собой мРНК.
57. Способ по любому из пп. 1-56, в котором аффинная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид представляет собой антитело или его фрагмент, пептид, белок, аптамер, малую молекулу, лекарственное средство или клетку.
58. Способ по п. 57, в котором клетка представляет собой антигенпрезентирующую клетку (АРС).
59. Способ по любому из пп. 1-56, при котором аффинная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид содержит главный комплекс гистосовместимости (МНС) или его функциональную или связывающую часть.
60. Способ по п. 59, при котором аффинная часть содержит мультимер МНС, необязательно тетрамер МНС.
61. Способ по п. 59 или 60, при котором МНС находится в растворимой форме.
62. Способ по любому из пп. 59-61, при котором МНС связан с пептидом и/или содержит пептид в пределах полости МНС.
63. Способ по п. 62, при котором пептид представляет собой синтетический пептид.
64. Способ по любому из пп. 59-63, при котором МНС связан с Т-клеточным рецептором (TCR) отдельно взятой клетки.
65. Способ по любому из пп. 1-56, при котором аффинная часть содержит пептид, который связывается с антителом или химерным антигенным рецептором (CAR), и/или при котором мишень представляет собой антитело или CAR.
66. Композиция, содержащая множество сосудов, причем по меньшей мере один отдельно взятый сосуд из множества сосудов содержит следующее:
(а) отдельно взятая клетка из образца, содержащего множество клеток, и
(b) штрих-кодированный полинуклеотид сосуда или его комплемент, содержащий штрих-кодовую последовательность сосуда; и
(c) конъюгат аффинного олигонуклеотида, который связывается с целевым антигеном отдельно взятой клетки.
67. Композиция по п. 66, в которой множество клеток происходит из одного и того же образца.
68. Композиция по п. 66 или 67, в которой штрих-кодированный полинуклеотид сосуда или комплементарная ему цепь прикреплены к олигонуклеотидной части конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид.
69. Композиция по любому из пп. 66-68, в которой отдельно взятую клетку лизируют.
70. Композиция, содержащая множество сосудов, причем сосуд из множества сосудов содержит следующее:
(a) отдельно взятая лизированная клетка из образца, содержащего множество клеток, и
(b) аффинный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий аффинную часть, которая связывается с целевым антигеном отдельно взятой лизированной клетки, или олигонуклеотидную часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид;
(c) причем олигонуклеотидная часть конъюгата аффинная молекула-олигонуклеотид содержит штрих-кодовую последовательность сосуда, и причем полинуклеотид клетки из отдельно взятой лизированной клетки содержит одинаковую штрих-кодовую последовательность сосуда.
71. Набор, содержащий:
(a) первый контейнер, содержащий первый олигонуклеотид, содержащий первую последовательность идентификации антигена (AID), причем первая последовательность AID представляет собой известную последовательность;
(b) второй контейнер, содержащий второй олигонуклеотид, содержащий вторую последовательность идентификации антигена (AID), причем вторая последовательность AID представляет собой известную последовательность и отличается от первой последовательности AID;
(c) один или более третьих контейнеров, содержащих реагенты, способные конъюгировать первый олигонуклеотид с первой аффинной молекулой, и реагенты, способные конъюгировать второй олигонуклеотид со второй аффинной молекулой;
(d) набор инструкций, описывающих, как конъюгировать первый олигонуклеотид с первой аффинной молекулой и второй олигонуклеотид со второй аффинной молекулой.
72. Набор по п. 71, дополнительно содержащий следующее:
(e) третий контейнер, содержащий множество штрих-кодированных полинуклеотидов сосуда, причем каждый штрих-кодированный полинуклеотид сосуда из множества штрих-кодированных полинуклеотидов сосуда содержит уникальную и отличную штрих-кодовую последовательность сосуда; и
(f) реагенты и набор инструкций для прикрепления штрих-кодированного полинуклеотида сосуда из множества штрих-кодированных полинуклеотидов сосуда к первому или второму олигонуклеотиду при конъюгировании с первой или второй аффинной молекулой.
RU2018115247A 2015-09-24 2016-09-24 Конъюгаты аффинная часть-олигонуклеотид и их применения RU2778754C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562232209P 2015-09-24 2015-09-24
US62/232,209 2015-09-24
PCT/US2016/053598 WO2017053905A1 (en) 2015-09-24 2016-09-24 Affinity-oligonucleotide conjugates and uses thereof

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2018115247A true RU2018115247A (ru) 2019-10-24
RU2018115247A3 RU2018115247A3 (ru) 2020-02-19
RU2778754C2 RU2778754C2 (ru) 2022-08-24

Family

ID=

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2752840C1 (ru) * 2020-12-17 2021-08-09 Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2752840C1 (ru) * 2020-12-17 2021-08-09 Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию

Also Published As

Publication number Publication date
WO2017053905A1 (en) 2017-03-30
CN108291257A (zh) 2018-07-17
CA2999888C (en) 2024-04-09
EP3933047A1 (en) 2022-01-05
EP3516069A1 (en) 2019-07-31
KR20180085717A (ko) 2018-07-27
MX2018003532A (es) 2019-04-25
KR20190052084A (ko) 2019-05-15
JP6869233B2 (ja) 2021-05-12
CN109996889A (zh) 2019-07-09
US20190025304A1 (en) 2019-01-24
RU2763554C2 (ru) 2021-12-30
MY193806A (en) 2022-10-27
MX2022012937A (es) 2022-11-08
MY191035A (en) 2022-05-30
US11061030B2 (en) 2021-07-13
JP2018535652A (ja) 2018-12-06
RU2018115247A3 (ru) 2020-02-19
CN108291257B (zh) 2023-12-29
EP3353326B1 (en) 2022-08-24
EP3516069B1 (en) 2023-10-11
US11156611B2 (en) 2021-10-26
IL258248A (en) 2018-05-31
IL258248B (en) 2022-07-01
CA2999888A1 (en) 2017-03-30
SA518391159B1 (ar) 2022-02-22
CA3037845A1 (en) 2018-03-29
RU2019112395A3 (ru) 2020-11-30
RU2019112395A (ru) 2020-10-26
US20170268056A1 (en) 2017-09-21
AU2016326737B2 (en) 2023-01-12
EP3353326A1 (en) 2018-08-01
PH12018500647A1 (en) 2018-09-24
SG10201912906RA (en) 2020-02-27
BR112018005937A2 (pt) 2019-05-21
US20200088725A1 (en) 2020-03-19
PH12019500627A1 (en) 2019-08-05
JP2021118704A (ja) 2021-08-12
AU2016326737A1 (en) 2018-04-12
ES2928681T3 (es) 2022-11-21
JP7282121B2 (ja) 2023-05-26
MX2019003272A (es) 2019-09-13
US20220065856A1 (en) 2022-03-03
US10393743B2 (en) 2019-08-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2018535652A5 (ru)
US12338490B2 (en) Multiplexed single molecule RNA visualization with a two-probe proximity ligation system
US20230183791A1 (en) Methods For Multiplex Detection Of Molecules
EP3268462B1 (en) Genotype and phenotype coupling
Woodsworth et al. Sequence analysis of T-cell repertoires in health and disease
JP2019537430A5 (ru)
WO2018226293A1 (en) Sample indexing for single cells
RU2016131207A (ru) Детерминанты ответа раковой опухоли на иммунотерапию
Segaliny et al. A high throughput bispecific antibody discovery pipeline
Wong et al. Immune dysregulation in immunodeficiency disorders: the role of T-cell receptor sequencing
US20230408514A1 (en) Single-cell combinatorial indexed cytometry sequencing
US11319590B2 (en) Enhanced immune cell receptor sequencing methods
KR20210127919A (ko) pMHC 점유의 스트렙타비딘-올리고 결합체 조성물
JP2018525034A (ja) 腫瘍特異的ｔ細胞を提供するための方法
WO2020040696A1 (en) Single cellular diagnosis of primary vitreoretinal lymphoma
JP2021526382A (ja) 腫瘍浸潤リンパ球にて発現するｔ細胞受容体により認識される抗原を識別するためのシステム
US20200392589A1 (en) Methods and systems for proteomic profiling and characterization
RU2018115247A (ru) Конъюгаты аффинная молекула-олигонуклеотид и их применения
AU2020280104A1 (en) Method and apparatus for simultaneous targeted sequencing of DNA, RNA and protein
JP7749555B2 (ja) シングルセルインデクシングのための色およびバーコード付きのビーズ
US20240376543A1 (en) Method for providing tumour-specific t cells
Li et al. Upstream ribosome impediments activate roles of internal Shine-Dalgarno sequence for translation initiation in E. coli
Shi et al. Multi omic single cell sequencing for deep cell immune profiling and identification of potential biomarkers for cell therapy and immunotherapy [J]
EP4617378A1 (en) Affinity reagent and method for analysing a biological sample
WO2023150742A2 (en) Methods for generating nucleic acid encoded protein libraries and uses thereof

Legal Events

Date Code Title Description
HC9A Changing information about inventors