RU2018105835A - Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот - Google Patents
Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A RU 2018105835 A RU2018105835 A RU 2018105835A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- double
- stranded
- dna
- nucleic acid
- transposon
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 69
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 title claims 48
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 88
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 42
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 42
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 claims 29
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 claims 29
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 27
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 20
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 claims 16
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims 10
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 claims 6
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 claims 6
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 claims 6
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims 6
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 5
- 108010012306 Tn5 transposase Proteins 0.000 claims 5
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims 4
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 claims 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6865—Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (85)
1. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы и последовательность промотора РНК-полимеразы, а комплекс транспозазы/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации, содержащих двухцепочечные последовательности промотора РНК-полимеразы на каждом конце,
контактирование двухцепочечных продуктов элонгации с РНК-полимеразой с получением множества РНК-транскриптов каждого двухцепочечного продукта элонгации,
обратную транскрипцию РНК-транскриптов в одноцепочечные ДНК-копии,
получение комплементарных нитей к одноцепочечным ДНК-копиям с образованием множества двухцепочечных ДНК-ампликонов, соответствующих каждому двухцепочечному фрагменту, причем двухцепочечные ДНК-ампликоны линейно амплифицированы из исходных двухцепочечных фрагментов.
2. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
3. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
4. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
5. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
6. Способ по п. 1, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
7. Способ по п. 1, при этом РНК-полимераза представлена РНК-полимеразой T7.
8. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод.
9. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
10. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод и сайт инициации, а последовательность промотора РНК-полимеразы находится на 5′-конце ДНК транспозона.
11. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7.
12. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую последовательность сильного промотора T7.
13. Способ по п. 1, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7.
14. Способ по п. 1, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
15. Способ по п. 1, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
16. Способ по п. 1, при этом последовательность промотора РНК-полимеразы представлена последовательностью промотора T7, а двухцепочечные фрагменты подвергаются элонгации вдоль ДНК транспозона, образуя двухцепочечные продукты элонгации с промоторами T7 на каждом конце, а двухцепочечные продукты элонгации контактируют с РНК-полимеразой T7, образуя РНК-транскрипты двухцепочечных продуктов элонгации.
17. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию секвенирования двухцепочечных ДНК-ампликонов.
18. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления однонуклеотидных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
19. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления вариаций числа копий в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
20. Способ по п. 1, дополнительно включающий стадию выявления структурных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
21. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
22. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
23. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
24. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
25. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
26. Способ по п. 1, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
27. Способ амплификации и секвенирования полного генома одиночных клеток, включающий:
контактирование двухцепочечной геномной ДНК из отдельной клетки с транспозазами Tn5, образующими комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод, сайт инициации и последовательность сильного промотора T7, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит первый комплекс, присоединенный к верхней нити по сайту связывания Tnp, и второй комплекс, присоединенный к нижней нити по сайту связывания Tnp,
удаление транспозаз Tn5 из комплекса,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации, содержащих промоторы T7 на каждом конце,
контактирование двухцепочечных продуктов элонгации с РНК-полимеразой T7 с получением РНК-транскриптов двухцепочечных продуктов элонгации,
обратную транскрипцию РНК-транскриптов в одноцепочечные ДНК,
получение комплементарных нитей к одноцепочечным ДНК с образованием двухцепочечной ДНК, включающей последовательность геномной ДНК с штрихкодами на обоих концах верхней и нижней нити.
28. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы, а комплекс транспозаза/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации на каждом конце, и
амплификацию двухцепочечных продуктов элонгации.
29. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
30. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
31. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
32. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
33. Способ по п. 28, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
34. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод.
35. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
36. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона дополнительно включает последовательность-штрихкод и сайт инициации.
37. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации.
38. Способ по п. 28, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод и сайт инициации.
39. Способ по п. 28, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
40. Способ по п. 28, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
41. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию секвенирования двухцепочечных ДНК-ампликонов.
42. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления однонуклеотидных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
43. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления вариаций числа копий в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
44. Способ по п. 28, дополнительно включающий стадию выявления структурных вариаций в двухцепочечных ДНК-ампликонах.
45. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
46. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
47. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
48. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
49. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
50. Способ по п. 28, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
51. Способ получения фрагментов нуклеиновой кислоты из двухцепочечной нуклеиновой кислоты, включающий:
контактирование двухцепочечной нуклеиновой кислоты с транспозазами, связанными с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает сайт связывания транспозазы, а комплекс транспозаза/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК и расщепляет двухцепочечную нуклеиновую кислоту на множество двухцепочечных фрагментов, причем каждый двухцепочечный фрагмент содержит ДНК транспозона, связанную с каждым 5′-концом двухцепочечного фрагмента,
элонгацию двухцепочечных фрагментов вдоль ДНК транспозона с получением двухцепочечных продуктов элонгации на каждом конце.
52. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота является выделенной двухцепочечной нуклеиновой кислотой, а транспозаза является выделенной транспозазой.
53. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК.
54. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК, полученной из отдельной клетки.
55. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена полным геномом из отдельной клетки.
56. Способ по п. 51, при этом транспозаза представлена транспозазой Tn5.
57. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает штрихкодовую последовательность.
58. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает сайт инициации.
59. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона дополнительно включает штрихкодовую последовательность и сайт инициации.
60. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации.
61. Способ по п. 51, при этом ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и петлеобразную структуру нуклеиновой кислоты, включающую участок-штрихкод и сайт инициации.
62. Способ по п. 51, при этом из двухцепочечных фрагментов удаляют связавшиеся транспозазы перед элонгацией двухцепочечных фрагментов.
63. Способ по п. 51, при этом транспозазы представлены транспозазами Tn5, которые образуют комплексы с ДНК транспозона, причем ДНК транспозона включает двухцепочечный сайт связывания Tnp в 19 п.о. и выступающий конец, причем выступ включает участок-штрихкод и сайт инициации, а комплекс транспозаза Tn5/ДНК транспозона связывается с целевыми участками вдоль двухцепочечной геномной ДНК, расщепляя двухцепочечную геномную ДНК на множество двухцепочечных фрагментов.
64. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из пренатальной клетки.
65. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из раковой клетки.
66. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из циркулирующей опухолевой клетки.
67. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной пренатальной клетки.
68. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной раковой клетки.
69. Способ по п. 51, при этом двухцепочечная нуклеиновая кислота представлена геномной ДНК из отдельной циркулирующей опухолевой клетки.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201562193733P | 2015-07-17 | 2015-07-17 | |
| US62/193,733 | 2015-07-17 | ||
| PCT/US2016/042394 WO2017015075A1 (en) | 2015-07-17 | 2016-07-15 | Methods of amplifying nucleic acid sequences |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2018105835A true RU2018105835A (ru) | 2019-08-19 |
Family
ID=57834769
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2018105835A RU2018105835A (ru) | 2015-07-17 | 2016-07-15 | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10894980B2 (ru) |
| EP (1) | EP3325665B1 (ru) |
| JP (1) | JP2018527947A (ru) |
| CN (1) | CN108026575B (ru) |
| AU (1) | AU2016297510B2 (ru) |
| CA (1) | CA2992717A1 (ru) |
| IL (1) | IL256905A (ru) |
| MX (1) | MX2018000729A (ru) |
| RU (1) | RU2018105835A (ru) |
| WO (1) | WO2017015075A1 (ru) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2752840C1 (ru) * | 2020-12-17 | 2021-08-09 | Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» | Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию |
Families Citing this family (94)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
| US10584381B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-03-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10273541B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-04-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10221442B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
| CA2881685C (en) | 2012-08-14 | 2023-12-05 | 10X Genomics, Inc. | Microcapsule compositions and methods |
| US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| EP2931919B1 (en) | 2012-12-14 | 2019-02-20 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| JP2016511243A (ja) | 2013-02-08 | 2016-04-14 | テンエックス・ジェノミクス・インコーポレイテッド | ポリヌクレオチドバーコード生成 |
| EP4617376A2 (en) | 2013-05-23 | 2025-09-17 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Transposition into native chromatin for personal epigenomics |
| US10395758B2 (en) | 2013-08-30 | 2019-08-27 | 10X Genomics, Inc. | Sequencing methods |
| US9824068B2 (en) | 2013-12-16 | 2017-11-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods and apparatus for sorting data |
| ES2833299T3 (es) | 2014-02-04 | 2021-06-14 | Jumpcode Genomics Inc | Fraccionamiento del genoma |
| CA2943624A1 (en) | 2014-04-10 | 2015-10-15 | 10X Genomics, Inc. | Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same |
| US12312640B2 (en) | 2014-06-26 | 2025-05-27 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
| EP3161162A4 (en) | 2014-06-26 | 2018-01-10 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
| WO2015200893A2 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations |
| CN107002128A (zh) | 2014-10-29 | 2017-08-01 | 10X 基因组学有限公司 | 用于靶核酸测序的方法和组合物 |
| US9975122B2 (en) | 2014-11-05 | 2018-05-22 | 10X Genomics, Inc. | Instrument systems for integrated sample processing |
| US10900065B2 (en) | 2014-11-14 | 2021-01-26 | University Of Washington | Methods and kits for labeling cellular molecules |
| EP3244992B1 (en) | 2015-01-12 | 2023-03-08 | 10X Genomics, Inc. | Processes for barcoding nucleic acids |
| EP3262407B1 (en) | 2015-02-24 | 2023-08-30 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
| US11274343B2 (en) | 2015-02-24 | 2022-03-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for targeted nucleic acid sequence coverage |
| US10968536B2 (en) | 2015-02-25 | 2021-04-06 | Jumpcode Genomics, Inc. | Methods and compositions for sequencing |
| US11371094B2 (en) | 2015-11-19 | 2022-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides |
| EP3882357B1 (en) | 2015-12-04 | 2022-08-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid analysis |
| US11081208B2 (en) | 2016-02-11 | 2021-08-03 | 10X Genomics, Inc. | Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data |
| US11339427B2 (en) | 2016-02-12 | 2022-05-24 | Jumpcode Genomics, Inc. | Method for target specific RNA transcription of DNA sequences |
| WO2017197343A2 (en) | 2016-05-12 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic on-chip filters |
| WO2017197338A1 (en) | 2016-05-13 | 2017-11-16 | 10X Genomics, Inc. | Microfluidic systems and methods of use |
| US20210285038A1 (en) * | 2016-08-31 | 2021-09-16 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of Whole Genome Digital Amplification |
| CN109689860A (zh) | 2016-09-12 | 2019-04-26 | 哈佛学院院长及董事 | 转录因子控制干细胞的分化 |
| US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10011872B1 (en) | 2016-12-22 | 2018-07-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| EP4310183B1 (en) | 2017-01-30 | 2025-07-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
| US12264411B2 (en) | 2017-01-30 | 2025-04-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for analysis |
| US10995333B2 (en) | 2017-02-06 | 2021-05-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid preparation |
| WO2018152244A1 (en) * | 2017-02-14 | 2018-08-23 | Seqwell, Inc. | Compositions and methods for sequencing nucleic acids |
| WO2018217912A1 (en) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplex end-tagging amplification of nucleic acids |
| EP4230746A3 (en) | 2017-05-26 | 2023-11-01 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
| US10844372B2 (en) | 2017-05-26 | 2020-11-24 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
| US10837047B2 (en) | 2017-10-04 | 2020-11-17 | 10X Genomics, Inc. | Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers |
| WO2019084043A1 (en) | 2017-10-26 | 2019-05-02 | 10X Genomics, Inc. | METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS |
| CN111479631B (zh) | 2017-10-27 | 2022-02-22 | 10X基因组学有限公司 | 用于样品制备和分析的方法和系统 |
| WO2019099751A1 (en) | 2017-11-15 | 2019-05-23 | 10X Genomics, Inc. | Functionalized gel beads |
| US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
| CN108052798B (zh) * | 2017-11-22 | 2020-08-07 | 辽宁科骏生物有限公司 | 处理高通量测序数据的方法、装置、存储介质及处理器 |
| WO2019108851A1 (en) | 2017-11-30 | 2019-06-06 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis |
| WO2019108894A1 (en) | 2017-12-01 | 2019-06-06 | President And Fellows Of Harvard College | Methods and compositions for the production of oligodendrocyte progenitor cells |
| CN111699388B (zh) | 2017-12-12 | 2024-08-02 | 10X基因组学有限公司 | 用于单细胞处理的系统和方法 |
| WO2019126789A1 (en) | 2017-12-22 | 2019-06-27 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing nucleic acid molecules from one or more cells |
| US12377396B2 (en) | 2018-02-05 | 2025-08-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Systems and methods for multiplexed measurements in single and ensemble cells |
| CN112005115A (zh) | 2018-02-12 | 2020-11-27 | 10X基因组学有限公司 | 表征来自单个细胞或细胞群体的多种分析物的方法 |
| US11639928B2 (en) | 2018-02-22 | 2023-05-02 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations |
| WO2019169028A1 (en) | 2018-02-28 | 2019-09-06 | 10X Genomics, Inc. | Transcriptome sequencing through random ligation |
| WO2019195675A1 (en) * | 2018-04-06 | 2019-10-10 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of identifying combinations of transcription factors |
| CN112262218B (zh) | 2018-04-06 | 2024-11-08 | 10X基因组学有限公司 | 用于单细胞处理中的质量控制的系统和方法 |
| EP3788171B1 (en) | 2018-05-03 | 2023-04-05 | Becton, Dickinson and Company | High throughput multiomics sample analysis |
| WO2019217758A1 (en) | 2018-05-10 | 2019-11-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for molecular library generation |
| US11932899B2 (en) | 2018-06-07 | 2024-03-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules |
| US11703427B2 (en) | 2018-06-25 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for cell and bead processing |
| BR112020025319A2 (pt) * | 2018-06-26 | 2021-03-09 | The Broad Institute Inc. | Composições, sistemas e métodos de amplificação baseada em crispr/cas e transposase |
| US12188014B1 (en) | 2018-07-25 | 2025-01-07 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid processing using blocking agents |
| US20200032335A1 (en) | 2018-07-27 | 2020-01-30 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for metabolome analysis |
| EP3830289A1 (en) | 2018-08-03 | 2021-06-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems to minimize barcode exchange |
| US12065688B2 (en) | 2018-08-20 | 2024-08-20 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for cellular processing |
| WO2020041148A1 (en) | 2018-08-20 | 2020-02-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for detection of protein-dna interactions using proximity ligation |
| US11459607B1 (en) | 2018-12-10 | 2022-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes |
| US12169198B2 (en) | 2019-01-08 | 2024-12-17 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for sample analysis |
| US11845983B1 (en) | 2019-01-09 | 2023-12-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for multiplexing of droplet based assays |
| US12305239B2 (en) | 2019-02-12 | 2025-05-20 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
| US12275993B2 (en) | 2019-02-12 | 2025-04-15 | 10X Genomics, Inc. | Analysis of nucleic acid sequences |
| US11851683B1 (en) | 2019-02-12 | 2023-12-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for selective analysis of cellular samples |
| WO2020167862A1 (en) | 2019-02-12 | 2020-08-20 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for transfer of reagents between droplets |
| US11467153B2 (en) | 2019-02-12 | 2022-10-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
| EP3924505A1 (en) | 2019-02-12 | 2021-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Methods for processing nucleic acid molecules |
| WO2020167866A1 (en) | 2019-02-12 | 2020-08-20 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for transposon loading |
| US11655499B1 (en) | 2019-02-25 | 2023-05-23 | 10X Genomics, Inc. | Detection of sequence elements in nucleic acid molecules |
| US11920183B2 (en) | 2019-03-11 | 2024-03-05 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing optically tagged beads |
| US12235262B1 (en) | 2019-09-09 | 2025-02-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for single cell protein analysis |
| CN113025608A (zh) * | 2019-12-09 | 2021-06-25 | 深圳市真迈生物科技有限公司 | 细胞裂解液、试剂盒及应用 |
| US12449419B1 (en) | 2020-02-12 | 2025-10-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods for detecting binding of peptide-MHC monomers to T cells |
| US11851700B1 (en) | 2020-05-13 | 2023-12-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules |
| US12084715B1 (en) | 2020-11-05 | 2024-09-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for reducing artifactual antisense products |
| US12480158B1 (en) | 2020-11-05 | 2025-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
| US12398262B1 (en) | 2021-01-22 | 2025-08-26 | 10X Genomics, Inc. | Triblock copolymer-based cell stabilization and fixation system and methods of use thereof |
| AU2022227563A1 (en) | 2021-02-23 | 2023-08-24 | 10X Genomics, Inc. | Probe-based analysis of nucleic acids and proteins |
| WO2024003332A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Controlling for tagmentation sequencing library insert size using archaeal histone-like proteins |
| WO2024259301A1 (en) * | 2023-06-15 | 2024-12-19 | Waypoint Bio, Inc. | Methods for specific detection of nucleic acid sequences using in vitro transcription and in situ sequencing |
| EP4569133A1 (en) * | 2023-10-20 | 2025-06-18 | Beijing Changping Laboratory | Methods for reliable noninvasive preimplantation genetic testing |
Family Cites Families (49)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US2703908A (en) | 1954-05-12 | 1955-03-15 | Joseph J Stracker | Heat deflector for pot handle |
| JPS59131909A (ja) | 1983-01-19 | 1984-07-28 | Nec Corp | 光記録ヘツド |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| AU622104B2 (en) | 1987-03-11 | 1992-04-02 | Sangtec Molecular Diagnostics Ab | Method of assaying of nucleic acids, a reagent combination and kit therefore |
| IL86724A (en) | 1987-06-19 | 1995-01-24 | Siska Diagnostics Inc | Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences |
| WO1989006700A1 (en) | 1988-01-21 | 1989-07-27 | Genentech, Inc. | Amplification and detection of nucleic acid sequences |
| CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
| AU5815590A (en) | 1989-05-19 | 1990-12-18 | John B. Fenn | Multiply charged ions and a method for determining the molecular weight of large molecules |
| US5541057A (en) | 1989-09-18 | 1996-07-30 | Biostar, Inc. | Methods for detection of an analyte |
| US5296375A (en) | 1992-05-01 | 1994-03-22 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Mesoscale sperm handling devices |
| US5304487A (en) | 1992-05-01 | 1994-04-19 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Fluid handling in mesoscale analytical devices |
| US5639423A (en) | 1992-08-31 | 1997-06-17 | The Regents Of The University Of Calfornia | Microfabricated reactor |
| US5858988A (en) | 1993-02-24 | 1999-01-12 | Wang; Jui H. | Poly-substituted-phenyl-oligoribo nucleotides having enhanced stability and membrane permeability and methods of use |
| US5410808A (en) | 1993-02-24 | 1995-05-02 | G.P. Industries, Inc. | Method of making a double wall twist tube |
| US6291438B1 (en) | 1993-02-24 | 2001-09-18 | Jui H. Wang | Antiviral anticancer poly-substituted phenyl derivatized oligoribonucleotides and methods for their use |
| US5547861A (en) | 1994-04-18 | 1996-08-20 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acid amplification |
| US5681702A (en) | 1994-08-30 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Reduction of nonspecific hybridization by using novel base-pairing schemes |
| WO1996021144A1 (en) | 1994-12-30 | 1996-07-11 | Georgetown University | Fluorometric assay for detecting nucleic acid cleavage |
| US5856174A (en) | 1995-06-29 | 1999-01-05 | Affymetrix, Inc. | Integrated nucleic acid diagnostic device |
| US5736330A (en) | 1995-10-11 | 1998-04-07 | Luminex Corporation | Method and compositions for flow cytometric determination of DNA sequences |
| US5684143A (en) | 1996-02-21 | 1997-11-04 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligo-2'-fluoronucleotide N3'->P5' phosphoramidates |
| US5736303A (en) | 1996-06-07 | 1998-04-07 | Eastman Kodak Company | Color photographic paper with reduced interlayer effects |
| US5925545A (en) | 1996-09-09 | 1999-07-20 | Wisconsin Alumni Research Foundation | System for in vitro transposition |
| US5904824A (en) | 1997-03-07 | 1999-05-18 | Beckman Instruments, Inc. | Microfluidic electrophoresis device |
| US6485944B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-11-26 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6511803B1 (en) | 1997-10-10 | 2003-01-28 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| EP1028970A1 (en) | 1997-10-10 | 2000-08-23 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6638722B2 (en) | 2001-06-13 | 2003-10-28 | Invitrogen Corporation | Method for rapid amplification of DNA |
| JP4773338B2 (ja) | 2003-03-07 | 2011-09-14 | ルビコン ゲノミクス， インコーポレイテッド | Ｄｎａ重合プロセスにより生成される全ゲノムおよび全トランスクリプトームライブラリーの増幅および分析 |
| EP1613778B1 (en) | 2003-04-14 | 2014-11-26 | Nugen Technologies, Inc. | Global amplification using a randomly primed composite primer |
| WO2005082098A2 (en) | 2004-02-27 | 2005-09-09 | President And Fellows Of Harvard College | Polony fluorescent in situ sequencing beads |
| WO2005100585A2 (en) * | 2004-03-30 | 2005-10-27 | Epicentre | Methods for obtaining directionally truncated polypeptides |
| WO2007018601A1 (en) * | 2005-08-02 | 2007-02-15 | Rubicon Genomics, Inc. | Compositions and methods for processing and amplification of dna, including using multiple enzymes in a single reaction |
| JP5073967B2 (ja) | 2006-05-30 | 2012-11-14 | 株式会社日立製作所 | 単一細胞の遺伝子発現定量方法 |
| US9080211B2 (en) * | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
| PT2963709T (pt) | 2008-10-24 | 2017-08-21 | Epicentre Tech Corp | Composições de extremidade de transposão e métodos de modificação de ácidos nucleicos |
| FR2957821B1 (fr) | 2010-03-24 | 2014-08-29 | Inst Francais Du Petrole | Nouvelle zone de regeneration du catalyseur divisee en secteurs pour unites catalytiques regeneratives |
| WO2011156529A2 (en) * | 2010-06-08 | 2011-12-15 | Nugen Technologies, Inc. | Methods and composition for multiplex sequencing |
| EP2635679B1 (en) * | 2010-11-05 | 2017-04-19 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US9074251B2 (en) * | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US8829171B2 (en) * | 2011-02-10 | 2014-09-09 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US20120258892A1 (en) | 2011-04-08 | 2012-10-11 | Yan Wang | Methods, Compositions, and Kits for Making Targeted Nucleic Acid Libraries |
| US9005935B2 (en) | 2011-05-23 | 2015-04-14 | Agilent Technologies, Inc. | Methods and compositions for DNA fragmentation and tagging by transposases |
| EP2714938B1 (en) * | 2011-05-27 | 2017-11-15 | President and Fellows of Harvard College | Methods of amplifying whole genome of a single cell |
| WO2014143158A1 (en) * | 2013-03-13 | 2014-09-18 | The Broad Institute, Inc. | Compositions and methods for labeling of agents |
| US10968536B2 (en) * | 2015-02-25 | 2021-04-06 | Jumpcode Genomics, Inc. | Methods and compositions for sequencing |
| USD883506S1 (en) | 2018-09-28 | 2020-05-05 | Jiro Takashima | Massage device for body cavities |
-
2016
- 2016-07-15 EP EP16828282.0A patent/EP3325665B1/en active Active
- 2016-07-15 MX MX2018000729A patent/MX2018000729A/es unknown
- 2016-07-15 US US15/745,251 patent/US10894980B2/en active Active
- 2016-07-15 JP JP2018521483A patent/JP2018527947A/ja active Pending
- 2016-07-15 CN CN201680054169.2A patent/CN108026575B/zh active Active
- 2016-07-15 WO PCT/US2016/042394 patent/WO2017015075A1/en not_active Ceased
- 2016-07-15 AU AU2016297510A patent/AU2016297510B2/en not_active Ceased
- 2016-07-15 CA CA2992717A patent/CA2992717A1/en not_active Abandoned
- 2016-07-15 RU RU2018105835A patent/RU2018105835A/ru not_active Application Discontinuation
-
2018
- 2018-01-14 IL IL256905A patent/IL256905A/en unknown
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2752840C1 (ru) * | 2020-12-17 | 2021-08-09 | Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-дисплей» | Способ штрихкодирования ампликонов при подготовке таргетных библиотек ДНК к массовому параллельному секвенированию |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| IL256905A (en) | 2018-03-29 |
| EP3325665A1 (en) | 2018-05-30 |
| US10894980B2 (en) | 2021-01-19 |
| AU2016297510B2 (en) | 2021-09-09 |
| CN108026575B (zh) | 2022-08-19 |
| EP3325665A4 (en) | 2019-02-27 |
| CA2992717A1 (en) | 2017-01-26 |
| MX2018000729A (es) | 2018-09-06 |
| AU2016297510A1 (en) | 2018-02-15 |
| CN108026575A (zh) | 2018-05-11 |
| JP2018527947A (ja) | 2018-09-27 |
| US20190002967A1 (en) | 2019-01-03 |
| WO2017015075A1 (en) | 2017-01-26 |
| EP3325665B1 (en) | 2020-09-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2018105835A (ru) | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот | |
| RU2019108270A (ru) | Способы дискретной амплификации полного генома | |
| RU2019142713A (ru) | Мультиплексная амплификация нуклеиновых кислот с введением концевых меток | |
| JP2024160269A5 (ru) | ||
| JP2022046466A5 (ru) | ||
| RU2014152883A (ru) | Способы и композиции для высокомультиплексной пцр | |
| JP2016531569A5 (ru) | ||
| JP2015521468A5 (ru) | ||
| WO2012003374A3 (en) | Targeted sequencing library preparation by genomic dna circularization | |
| JP2019533432A5 (ru) | ||
| JP2015156872A5 (ru) | ||
| JP2017532042A5 (ru) | ||
| FI3564394T3 (fi) | Menetelmä alukkeen polynukleotidien kirjastojen valmistamiseksi | |
| FI3872187T3 (fi) | Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden identifioinnin parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa | |
| JP2014526899A5 (ru) | ||
| JP2018514230A5 (ru) | ||
| WO2013003630A3 (en) | Methods and compositions for enrichment of nucleic acids in mixtures of highly homologous sequences | |
| IL281664B1 (en) | Complex surface-bound transposome complexes | |
| EP4372091A3 (en) | Compositions and methods for editing nucleic acids in cells utilizing oligonucleotides | |
| JP2018529326A5 (ru) | ||
| JP2014504153A5 (ru) | ||
| WO2013032850A3 (en) | Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids | |
| RU2017130143A (ru) | Гибридные днк/рнк-полинукдеотиды crispr и способы | |
| RU2019138698A (ru) | Способы и композиции для днк-профилирования | |
| JP2016508715A5 (ru) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA93 | Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination) |
Effective date: 20190716 |