RU2016117929A - Мультиплексные зонды - Google Patents
Мультиплексные зонды Download PDFInfo
- Publication number
- RU2016117929A RU2016117929A RU2016117929A RU2016117929A RU2016117929A RU 2016117929 A RU2016117929 A RU 2016117929A RU 2016117929 A RU2016117929 A RU 2016117929A RU 2016117929 A RU2016117929 A RU 2016117929A RU 2016117929 A RU2016117929 A RU 2016117929A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleic acid
- acid system
- probe
- tfr
- primer
- Prior art date
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims 21
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims 53
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims 51
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims 51
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 31
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims 23
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims 23
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims 15
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims 10
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims 10
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims 10
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims 10
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 9
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 9
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 9
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 claims 8
- 239000000975 dye Substances 0.000 claims 7
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims 5
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 5
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 5
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 2
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 claims 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 claims 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 claims 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 claims 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 1
- 238000010791 quenching Methods 0.000 claims 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 claims 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 claims 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
- C12Q2525/301—Hairpin oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/119—Triple helix formation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
- C12Q2565/101—Interaction between at least two labels
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
- C12Q2565/101—Interaction between at least two labels
- C12Q2565/1015—Interaction between at least two labels labels being on the same oligonucleotide
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (72)
1. Система нуклеиновых кислот, содержащая:
a) нижерасположенный олигонуклеотидный зонд, содержащий по меньшей мере 50 пар оснований, имеющий последовательность, комплементарную первой последовательности целевого олигонуклеотида, и который характеризуется расщепляемой последовательностью; и
b) вышерасположенный олигонуклеотидный праймер, содержащий по меньшей мере 50 пар оснований, имеющий последовательность, комплементарную второй последовательности целевого олигонуклеотида, и который имеет сайт первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот,
где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд сконфигурирован так, чтобы полимераза отщепляла мононуклеотиды или небольшие олигонуклеотиды на его 5’-конце, и
при этом Tm нижерасположенного олигонуклеотидного зонда и вышерасположенного олигонуклеотидного праймера находится в пределах приблизительно 15°C от Tm целевой нуклеиновой кислоты.
2. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд содержит расщепляемую последовательность, которая расщепляется посредством независимого от полимеризации расщепления под действием полимеразы, связывающейся с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот.
3. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд содержит по меньшей мере одну метку, которая отщепляется под действием нуклеазной активности.
4. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд содержит 5’-конец, имеющий репортер и тушитель, расположенный ниже репортера.
5. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где вышерасположенный олигонуклеотидный праймер и нижерасположенный олигонуклеотидный зонд гибридизируются с целевым олигонуклеотидом.
6. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд и вышерасположенный олигонуклеотидный праймер отжигаются с целевым олигонуклеотидом на расстоянии в нуклеотидах, достаточно близком для того, чтобы полимераза нуклеиновых кислот контактировала с 5’-концом нижерасположенного олигонуклеотидного зонда при связывании с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот вышерасположенного олигонуклеотидного праймера.
7. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где вышерасположенный олигонуклеотидный праймер и нижерасположенный олигонуклеотидный зонд вместе сконфигурированы так, чтобы нижерасположенный олигонуклеотидный зонд расщеплялся посредством независимого от полимеризации расщепления под действием полимеразы, связывающейся с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот вышерасположенного олигонуклеотидного праймера.
8. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд и вышерасположенный олигонуклеотидный праймер отжигаются с целевым олигонуклеотидом на расстоянии в нуклеотидах, достаточно далеком для того, чтобы полимераза нуклеиновых кислот не контактировала с 5’-концом нижерасположенного олигонуклеотидного зонда, когда полимераза нуклеиновых кислот связывается с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот вышерасположенного олигонуклеотидного праймера.
9. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где вышерасположенный олигонуклеотидный праймер и нижерасположенный олигонуклеотидный зонд вместе сконфигурированы так, чтобы нижерасположенный олигонуклеотидный зонд расщеплялся посредством зависимого от полимеризации расщепления под действием полимеразы после полимеризации.
10. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотид содержит вышерасположенную метку и нижерасположенную метку.
11. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд содержит флуоресцентный краситель и тушитель, расположенные взаимозаменяемо на 5’- или 3’-конце указанного зонда, так что когда зонд находится в растворе, сигнал от флуоресцентного красителя подавляется тушителем.
12. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд содержит флуоресцентный краситель и тушитель, расположенные взаимозаменяемо на 5’- или 3’-конце указанного зонда, так что когда происходит связывание вышерасположенного олигонуклеотидного праймера и нижерасположенного олигонуклеотидного зонда с целевым олигонуклеотидом, то вместе со связыванием полимеразы с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот полимераза будет отщеплять либо флуоресцентную метку, либо тушитель нижерасположенного олигонуклеотидного зонда.
13. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где один из вышерасположенного олигонуклеотидного праймера или нижерасположенного олигонуклеотидного зонда содержит в качестве метки комплекс батофенантролин-RU II, а другой из вышерасположенного олигонуклеотидного праймера или нижерасположенного олигонуклеотидного зонда содержит молекулу-донор энергии.
14. Система нуклеиновых кислот по п. 1, где нижерасположенный олигонуклеотидный зонд является гибридным шпилечным/расщепляемым зондом.
15. Способ обнаружения целевой последовательности нуклеиновой кислоты, включающий:
a) получение системы нуклеиновых кислот по п. 1;
b) денатурацию ДНК, имеющей целевую последовательность;
c) гибридизацию вышерасположенного олигонуклеотидного праймера и нижерасположенного олигонуклеотидного зонда с целевым олигонуклеотидом;
d) связывание полимеразы с сайтом первоначального связывания полимеразы нуклеиновых кислот;
e) элонгацию вышерасположенного олигонуклеотидного праймера посредством полимеризации при помощи полимеразы в направлении нижерасположенного олигонуклеотидного зонда;
f) отщепление нуклеотидов или небольших олигонуклеотидов нижерасположенного олигонуклеотидного зонда и
g) обнаружение сигнала, являющегося следствием указанного отщепления.
16. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот, содержащая:
a) образующий триплекс олигонуклеотидный (TFO) праймер, имеющий:
i. гибридизирующуюся полинуклеотидную последовательность, которая сконструирована так, чтобы гибридизироваться с целевой последовательностью целевого олигонуклеотида; и
ii. образующий триплекс участок (TFR), ассоциированный с гибридизирующейся полинуклеотидной последовательностью; и
b) целевой нуклеотид.
17. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, дополнительно содержащая TFO-зонд, который гибридизируется с TFR с образованием, таким образом, триплекса с последовательностью двухнитевой ДНК, которая была образована во время процесса амплификации целевой нуклеотидной последовательности с помощью праймера c TFR.
18. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где зонд с TFR содержит компонент-метку, выбранный из группы, включающей флуоресцентный компонент, радиоактивный компонент, окрашенный компонент, флуоресцентный репортерный компонент, флуоресцентный тушащий компонент, один из пары компонентов резонансного переноса энергии флуоресценции и их комбинации.
19. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где TFR находится на 5’-конце гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности, или где TFR находится вблизи 5’-конца гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности.
20. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где TFR находится на 3’-конце гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности, или где TFR находится вблизи 3’-конца гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности.
21. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где TFR находится в местоположении между 5’-концом и 3’-концом гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности.
22. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где длина гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности составляет приблизительно 50 оснований или больше.
23. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где длина гибридизирующейся полинуклеотидной последовательности находится в диапазоне от приблизительно 20 до приблизительно 100 оснований.
24. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, дополнительно содержащая метку, связанную с гибридизирующейся полинуклеотидной последовательностью.
25. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, дополнительно содержащая кэп на 3’-конце TFO-зонда, который ингибирует элонгацию с 3’-конца.
26. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд является образующим триплекс флуоресцентным зондом (TFFP).
27. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд является образующим триплекс флуоресцентным зондом (TFFP), и где TFFP отжигается с амплифицированной ДНК только тогда, когда температура реакции равна температуре отжига праймеров или ниже ее, и, как следствие, TFFP не принимает участие в реакции полимеризации.
28. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд является образующим триплекс флуоресцентным зондом (TFFP), а двухнитевая ДНК имеет краситель-рецептор.
29. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 28, где TFFP отжигается с амплифицированной двухнитевой ДНК, и, вследствие этого, возникает свечение, причем краситель-донор на TFFP резонирует, и по мере резонирования красителя-донора он передает энергию красителю-акцептору, расположенному на двухнитевой ДНК, что вызывает флуоресценцию красителя-акцептора при определенной длине волны с излучением света такого цвета, который соответствует такой длине волны, чтобы можно было зарегистрировать, что целевая последовательность присутствовала и была амплифицирована.
30. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где двухнитевая ДНК имеет первую метку, и где TFO-зонд имеет вторую метку, причем первая метка и вторая метка обеспечивают обнаруживаемое излучение при тесной ассоциации.
31. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, дополнительно содержащая несколько праймеров c TFR с различными целевыми последовательностями, где праймеры c TFR имеют различные метки.
32. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, дополнительно содержащая несколько праймеров c TFR с различными целевыми последовательностями, где праймеры c TFR имеют различные первые метки, а TFO-зонд содержит соответствующую вторую метку, которая вызывает флуоресценцию при ассоциации с различными первыми метками.
33. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд сконструирован так, чтобы он отжигался при приблизительно такой же или более низкой температуре, чем Tm праймеров c TFR.
34. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где TFR содержит встречающуюся в природе последовательность TFR.
35. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, дополнительно содержащая один или более неспецифичных ДНК-связывающих красителей, которые связываются с гибридизированной триплексной ДНК.
36. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, дополнительно содержащая один или более квадруплекс-связывающих красителей.
37. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд содержит флуоресцентный краситель и тушитель.
38. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 17, где TFO-зонд содержит флуоресцентный краситель и тушитель в шпилечной конфигурации.
39. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где праймер c TFR приводит к образованию нитей образующей триплекс ДНК, если целевая ДНК содержит последовательность, характеризующуюся комплементарностью с последовательностью праймера c TFR.
40. Система мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16, где целевая ДНК содержит природный образующий триплекс участок.
41. Способ амплификации целевой последовательности нуклеиновой кислоты, включающий:
a) получение системы мультиплексирующихся нуклеиновых кислот по п. 16;
b) гибридизацию праймера c TFR с целевым нуклеотидом, где праймер c TFR содержит метку, имеющую включенный в нее один или более TFR;
c) элонгацию праймера c TFR посредством полимеризации с помощью полимеразы;
d) дегибридизацию элонгированного праймера c TFR от целевого олигонуклеотида;
e) гибридизацию праймера с элонгированным праймером c TFR;
f) элонгацию праймера с получением комплементарной последовательности элонгированного праймера c TFR.
42. Способ по п. 41, дополнительно включающий:
g) получение TFO-зонда и
h) обнаружение того, связывается ли TFO-зонд с TFR-участком в амплифицированном целевом нуклеотиде.
43. Способ по п. 42, где TFO-зонд содержит метку для облегчения обнаружения амплифицированного целевого нуклеотида.
44 Набор, имеющий два или более олигонуклеотидов по пп. 1 и 16.
45. Набор по п. 44, где по меньшей мере один из олигонуклеотидов является образующим триплекс олигонуклеотидом.
46. Набор по п. 44, включающий праймер с TFR.
47. Набор по п. 44, включающий TFO-зонд.
48. Набор по п. 44, включающий праймер c TFR и TFO-зонд.
49. Набор по п. 44, имеющий реагенты для полимеризации.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201361888754P | 2013-10-09 | 2013-10-09 | |
| US61/888,754 | 2013-10-09 | ||
| PCT/US2014/059935 WO2015054516A2 (en) | 2013-10-09 | 2014-10-09 | Multiplex probes |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2016117929A true RU2016117929A (ru) | 2017-11-15 |
Family
ID=52777421
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2016117929A RU2016117929A (ru) | 2013-10-09 | 2014-10-09 | Мультиплексные зонды |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US10370707B2 (ru) |
| EP (1) | EP3055430B1 (ru) |
| KR (1) | KR102323375B1 (ru) |
| CN (1) | CN105793435A (ru) |
| AU (1) | AU2014331828B2 (ru) |
| ES (1) | ES2925313T3 (ru) |
| RU (1) | RU2016117929A (ru) |
| WO (1) | WO2015054516A2 (ru) |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103952470B (zh) | 2007-03-28 | 2017-11-10 | 信号诊断公司 | 高解析度分析核酸以检测序列变异的系统和方法 |
| US10669574B2 (en) | 2008-11-18 | 2020-06-02 | XCR Diagnostics, Inc. | DNA amplification technology |
| WO2015054516A2 (en) | 2013-10-09 | 2015-04-16 | Fluoresentric, Inc. | Multiplex probes |
| MX2017000391A (es) | 2014-07-10 | 2017-07-11 | Fluoresentric Inc | Tecnologia de amplificacion de adn. |
| KR102220701B1 (ko) * | 2018-09-28 | 2021-03-03 | (주)나노헬릭스 | 형광기반의 다중 융해 분석을 이용한 증폭 산물의 다중 분석방법 |
Family Cites Families (68)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6197563B1 (en) | 1985-03-28 | 2001-03-06 | Roche Molecular Systems, Inc. | Kits for amplifying and detecting nucleic acid sequences |
| US6040166A (en) | 1985-03-28 | 2000-03-21 | Roche Molecular Systems, Inc. | Kits for amplifying and detecting nucleic acid sequences, including a probe |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| US5219727A (en) | 1989-08-21 | 1993-06-15 | Hoffmann-Laroche Inc. | Quantitation of nucleic acids using the polymerase chain reaction |
| US7081226B1 (en) | 1996-06-04 | 2006-07-25 | University Of Utah Research Foundation | System and method for fluorescence monitoring |
| US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
| DK0519338T3 (da) | 1991-06-20 | 1996-10-28 | Hoffmann La Roche | Forbedrede fremgangsmåder til nukleinsyreamplifikation |
| DK0566751T3 (da) * | 1992-03-23 | 1996-03-04 | Hoffmann La Roche | DNA-påvisningsmetode |
| US6261808B1 (en) | 1992-08-04 | 2001-07-17 | Replicon, Inc. | Amplification of nucleic acid molecules via circular replicons |
| US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
| US6821727B1 (en) * | 1993-11-15 | 2004-11-23 | Applera Corporation | Hybridization assay using self-quenching fluorescence probe |
| WO1995014106A2 (en) | 1993-11-17 | 1995-05-26 | Id Biomedical Corporation | Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences |
| CA2140081C (en) | 1994-01-13 | 2008-04-01 | Dean L. Engelhardt | Process, construct and conjugate for producing multiple nucleic acid copies |
| AU687535B2 (en) | 1994-03-16 | 1998-02-26 | Gen-Probe Incorporated | Isothermal strand displacement nucleic acid amplification |
| US5491063A (en) | 1994-09-01 | 1996-02-13 | Hoffmann-La Roche Inc. | Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes |
| US5571673A (en) | 1994-11-23 | 1996-11-05 | Hoffmann-La Roche Inc. | Methods for in-solution quenching of fluorescently labeled oligonucleotide probes |
| AT402203B (de) | 1995-06-13 | 1997-03-25 | Himmler Gottfried Dipl Ing Dr | Verfahren zur transkriptionsfreien amplifizierung von nucleinsäuren |
| NZ502323A (en) | 1996-06-04 | 2001-09-28 | Univ Utah Res Found | Monitoring a fluorescence energy transfer pair during hybridization of first probe labelled with fluorescein to second probe labelled with Cy5 or Cy5.5 |
| CA2222769C (en) | 1997-01-17 | 2001-06-12 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Primers for the detection of hiv-1 |
| DE69827060T2 (de) | 1997-03-20 | 2005-03-24 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Modifizierte Primer |
| WO1998045474A1 (en) | 1997-04-04 | 1998-10-15 | Innogenetics N.V. | Isothermal polymerase chain reaction by cycling the concentration of divalent metal ions |
| WO2000043545A2 (en) | 1999-01-19 | 2000-07-27 | Dade Behring Inc. | Detection of drug resistant organisms |
| WO2000050641A1 (en) | 1999-02-23 | 2000-08-31 | Baylor College Of Medicine | T CELL RECEPTOR Vβ-Dβ-Jβ SEQUENCE AND METHODS FOR ITS DETECTION |
| US6692918B2 (en) | 1999-09-13 | 2004-02-17 | Nugen Technologies, Inc. | Methods and compositions for linear isothermal amplification of polynucleotide sequences |
| EP2322667A3 (en) | 1999-09-28 | 2011-10-26 | Geneohm Sciences Canada, Inc. | Highly conserved gene and its use to generate species-specific, genus-specific, family-specific, group-specific and universal nucleic acid probes for microorganisms. |
| US7838225B2 (en) * | 1999-10-29 | 2010-11-23 | Hologic, Inc. | Methods for detection of a target nucleic acid by forming a cleavage structure using a reverse transcriptase |
| AU2001234883A1 (en) | 2000-02-10 | 2001-08-20 | The Penn State Research Foundation | Method of analyzing single nucleotide polymorphisms using melting curve and restriction endonuclease digestion |
| US20060068433A1 (en) | 2004-09-20 | 2006-03-30 | Godfrey Tony E | Multiple mode multiplex reaction quenching method |
| US7291477B2 (en) | 2001-07-03 | 2007-11-06 | Xenotope Diagnostics, Inc. | Method and device for trichomonas detection |
| KR100446850B1 (ko) | 2001-07-19 | 2004-09-04 | 이혜영 | 마이코박테리아의 동정 및 ｒｐｏＢ 유전자의 돌연변이에의해 얻어지는 항 결핵제 내성의 동시 검출방법 |
| US6617137B2 (en) | 2001-10-15 | 2003-09-09 | Molecular Staging Inc. | Method of amplifying whole genomes without subjecting the genome to denaturing conditions |
| US6977148B2 (en) | 2001-10-15 | 2005-12-20 | Qiagen Gmbh | Multiple displacement amplification |
| US7198897B2 (en) | 2001-12-19 | 2007-04-03 | Brandeis University | Late-PCR |
| AUPS076902A0 (en) | 2002-02-26 | 2002-03-21 | Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation | Novel selective polymerase chain reaction |
| EP1539979B1 (en) | 2002-09-20 | 2008-11-19 | New England Biolabs, Inc. | Helicase dependent amplification of nucleic acids |
| WO2004055193A1 (en) | 2002-12-18 | 2004-07-01 | Dingbang Xu | Pcr method and application by transnormal low thermo-denaturation temperature |
| US20060147955A1 (en) | 2004-11-03 | 2006-07-06 | Third Wave Technologies, Inc. | Single step detection assay |
| US7955795B2 (en) | 2003-06-06 | 2011-06-07 | Qiagen Gmbh | Method of whole genome amplification with reduced artifact production |
| JP4773338B2 (ja) | 2003-03-07 | 2011-09-14 | ルビコン ゲノミクス， インコーポレイテッド | Ｄｎａ重合プロセスにより生成される全ゲノムおよび全トランスクリプトームライブラリーの増幅および分析 |
| WO2005031005A2 (en) | 2003-05-19 | 2005-04-07 | Gen-Probe Incorporated | Compositions, methods and kits for determining the presence of trichomonas vaginalis in a test sample |
| US20050181394A1 (en) | 2003-06-20 | 2005-08-18 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping |
| US20040259100A1 (en) | 2003-06-20 | 2004-12-23 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping |
| WO2005028110A2 (en) | 2003-09-19 | 2005-03-31 | Applera Corporation | Microplates useful for conducting thermocycled nucleotide amplification |
| WO2005061734A2 (en) * | 2003-12-03 | 2005-07-07 | Abbott Laboratories | Double stranded linear nucleic acid probe and uses thereof |
| US7445895B2 (en) | 2004-04-28 | 2008-11-04 | Asiagen Corporation | Methods, kits and assay system for detecting drug-resistant Mycobacterium tuberculosis |
| US20070054276A1 (en) | 2004-08-12 | 2007-03-08 | Sampson Jeffrey R | Polynucleotide analysis and methods of using nanopores |
| EP1833995B1 (en) | 2005-01-05 | 2017-08-02 | Biohelix Corporation | Identification of rna targets using helicases |
| US7456281B2 (en) | 2005-04-20 | 2008-11-25 | Idaho Technology, Inc. | Nucleic acid melting analysis with saturation dyes |
| WO2007058896A2 (en) * | 2005-11-10 | 2007-05-24 | Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Materials and methods for abcb1 polymorphic variant screening, diagnosis, and treatment |
| US8658608B2 (en) | 2005-11-23 | 2014-02-25 | Yale University | Modified triple-helix forming oligonucleotides for targeted mutagenesis |
| US8119352B2 (en) | 2006-06-20 | 2012-02-21 | Cepheld | Multi-stage amplification reactions by control of sequence replication times |
| CN103952470B (zh) | 2007-03-28 | 2017-11-10 | 信号诊断公司 | 高解析度分析核酸以检测序列变异的系统和方法 |
| ES2547053T3 (es) | 2007-08-01 | 2015-10-01 | Dana Farber Cancer Institute | Enriquecimiento de una secuencia diana |
| EP2307574B1 (en) | 2008-07-31 | 2012-09-19 | Oxitec Limited | Multiplex amplification and detection |
| US10669574B2 (en) | 2008-11-18 | 2020-06-02 | XCR Diagnostics, Inc. | DNA amplification technology |
| GB0915664D0 (en) * | 2009-09-08 | 2009-10-07 | Enigma Diagnostics Ltd | Reaction method |
| EP2491146B1 (en) | 2009-10-23 | 2017-09-20 | Luminex Corporation | Amplification primers with non-standard bases for increased reaction specificity |
| GB2487341A (en) | 2009-11-02 | 2012-07-18 | Nugen Technologies Inc | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence selection and amplification |
| RU2427648C1 (ru) | 2010-04-30 | 2011-08-27 | Федеральное государственное учреждение науки "Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека" (ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентномеченых зондов для видоспецифичной экспресс-идентификации ортопоксвирусов на основе мультиплексной пцр в реальном времени |
| RU2451086C1 (ru) | 2010-12-03 | 2012-05-20 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Смоленская государственная медицинская академия федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию | Способ детекции специфических нуклеотидных последовательностей и нуклеотидных замен с помощью пцр в режиме реального времени с эффектом гашения флуоресценции зонда праймером |
| WO2012096430A1 (en) | 2011-01-11 | 2012-07-19 | Seegene, Inc. | Detection of target nucleic acid sequences by pto cleavage and extension assay |
| WO2012095639A2 (en) | 2011-01-14 | 2012-07-19 | Genefirst Limited | Methods, compositions, and kits for determing the presence/absence of a varian nucleic acid sequence |
| KR101508670B1 (ko) * | 2011-04-20 | 2015-04-07 | 메사 테크 인터내셔널, 인코포레이티드 | 핵산 검출 및 동정을 위한 통합 장치 |
| WO2013113748A1 (en) | 2012-02-02 | 2013-08-08 | Primer Design Ltd | Method for detecting and genotyping target nucleic acid |
| US9273349B2 (en) | 2013-03-14 | 2016-03-01 | Affymetrix, Inc. | Detection of nucleic acids |
| WO2015054516A2 (en) | 2013-10-09 | 2015-04-16 | Fluoresentric, Inc. | Multiplex probes |
| MX2017000391A (es) | 2014-07-10 | 2017-07-11 | Fluoresentric Inc | Tecnologia de amplificacion de adn. |
-
2014
- 2014-10-09 WO PCT/US2014/059935 patent/WO2015054516A2/en not_active Ceased
- 2014-10-09 US US14/510,939 patent/US10370707B2/en active Active
- 2014-10-09 CN CN201480061367.2A patent/CN105793435A/zh active Pending
- 2014-10-09 RU RU2016117929A patent/RU2016117929A/ru not_active Application Discontinuation
- 2014-10-09 ES ES14852079T patent/ES2925313T3/es active Active
- 2014-10-09 KR KR1020167012159A patent/KR102323375B1/ko not_active Expired - Fee Related
- 2014-10-09 EP EP14852079.4A patent/EP3055430B1/en active Active
- 2014-10-09 AU AU2014331828A patent/AU2014331828B2/en not_active Ceased
-
2019
- 2019-07-03 US US16/503,222 patent/US20200172958A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3055430A2 (en) | 2016-08-17 |
| KR20160097193A (ko) | 2016-08-17 |
| WO2015054516A2 (en) | 2015-04-16 |
| US20200172958A1 (en) | 2020-06-04 |
| ES2925313T3 (es) | 2022-10-14 |
| US20150099659A1 (en) | 2015-04-09 |
| EP3055430B1 (en) | 2022-05-18 |
| CN105793435A (zh) | 2016-07-20 |
| AU2014331828A1 (en) | 2016-05-19 |
| AU2014331828B2 (en) | 2020-05-14 |
| KR102323375B1 (ko) | 2021-11-08 |
| US10370707B2 (en) | 2019-08-06 |
| WO2015054516A3 (en) | 2015-11-19 |
| EP3055430A4 (en) | 2017-06-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP2285985B1 (en) | Simultaneous detection of multiple nucleic acid sequences in a reaction | |
| CN102959092B (zh) | 借助于探测和标记的寡核苷酸切割以及延长试验的靶核酸序列检测 | |
| JP2019532628A5 (ru) | ||
| US8852863B2 (en) | Detection of multiple nucleic acid sequences in a reaction cartridge | |
| JP2018514230A5 (ru) | ||
| US9885081B2 (en) | Detection of target nucleic acid sequences using dual-labeled immobilized probes on solid phase | |
| JP6529934B2 (ja) | Ｐｏ切断及びハイブリダイゼーションによるターゲット核酸配列の検出 | |
| JP2019528726A5 (ru) | ||
| RU2014133695A (ru) | Детекция нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с гибридизацией сигнального олигонуклеотида, зависящей от расщепления и удлинения зондирующего и метящего олигонуклеотида | |
| JP2013511292A5 (ru) | ||
| KR20120107488A (ko) | Ｔｓｇ프라이머 타겟 검출 | |
| WO2009126678A3 (en) | Detection of target nucleic acid sequences using fluorescence resonance energy transfer | |
| RU2012109893A (ru) | Зонд td и его применения | |
| CN108431235A (zh) | 靶核酸的等温环介导扩增(lamp)的荧光检测的方法，寡核苷酸及其试剂盒 | |
| RU2017103505A (ru) | Технология амплификации днк | |
| WO2022126760A1 (zh) | 用于进行核酸多重检测的方法 | |
| JP2013509871A5 (ru) | ||
| CN107109492A (zh) | 用于靶核酸多重检测的双重猝灭测定 | |
| RU2016117929A (ru) | Мультиплексные зонды | |
| RU2014138951A (ru) | Детекция нуклеотидной вариации в нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с расщеплением и удлинением зондирующего и метящего олигонуклеотида (рто) | |
| RU2014115802A (ru) | Зонд со специфичностью к нескольким целевым областям, состоящий из трех частей | |
| CN103119175B (zh) | 在固相利用单一标记固定化探针及外切核酸活性的靶核酸序列检测 | |
| US11091802B2 (en) | Nucleic acid complex pair and target detection method using thereof | |
| CN105705657B (zh) | 基于利用杂交-捕捉和模板化寡核苷酸的探测和标记寡核苷酸切割及延伸分析的在固相中的靶核酸序列检测 | |
| US20120196765A1 (en) | Method for detection or analysis of target sequence in genomic dna |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20181011 |