[go: up one dir, main page]

RU2016149307A - Аллель-специфическая амплификация с использованием композиции перекрывающихся олигонуклеотидов в качестве не являющегося аллель-специфическим праймера и аллель-специфического блокатора - Google Patents

Аллель-специфическая амплификация с использованием композиции перекрывающихся олигонуклеотидов в качестве не являющегося аллель-специфическим праймера и аллель-специфического блокатора Download PDF

Info

Publication number
RU2016149307A
RU2016149307A RU2016149307A RU2016149307A RU2016149307A RU 2016149307 A RU2016149307 A RU 2016149307A RU 2016149307 A RU2016149307 A RU 2016149307A RU 2016149307 A RU2016149307 A RU 2016149307A RU 2016149307 A RU2016149307 A RU 2016149307A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sequence
subsequence
oligonucleotide
target
neutral
Prior art date
Application number
RU2016149307A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2708992C2 (ru
RU2016149307A3 (ru
Inventor
Дэвид Юй ЧЖАН
Жоцзя У
Цзюэсяо ВАН
Original Assignee
Уильям Марш Райс Юниверсити
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Уильям Марш Райс Юниверсити filed Critical Уильям Марш Райс Юниверсити
Publication of RU2016149307A publication Critical patent/RU2016149307A/ru
Publication of RU2016149307A3 publication Critical patent/RU2016149307A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2708992C2 publication Critical patent/RU2708992C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B30/00—Methods of screening libraries
    • C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/107—Temperature of melting, i.e. Tm
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/163—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of blocking probe

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Claims (60)

1. Композиция олигонуклеотидов, включающая
олигонуклеотид в качестве блокатора, включающий функциональную группу или некомплементарный участок последовательности на 3'-конце или вблизи него, которая предотвращает ферментативное удлинение, где олигонуклеотид в качестве блокатора включает первую последовательность, включающую нейтральную по отношению к мишени подпоследовательность и блокаторную вариабельную подпоследовательность, где блокаторная вариабельная подпоследовательность фланкирована на ее 3'- и 5'-концах нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью и неразрывна с нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью.
олигонуклеотид в качестве первого праймера, который является достаточным для вызова ферментативного удлинения; где олигонуклеотид в качестве первого праймера включает вторую последовательность, где вторая последовательность перекрывается с нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью на протяжении по крайней мере 5 нуклеотидов, так что вторая последовательность включает перекрывающуюся подпоследовательность и неперекрывающуюся подпоследовательность, и где вторая последовательность не включает блокаторную вариабельную подпоследовательность.
2. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где функциональная группа включает 3-углеродный спейсер или дидезоксинуклеотид.
3. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 5 нуклеотидов до приблизительно 40 нуклеотидов.
4. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 7 нуклеотидов до приблизительно 30 нуклеотидов.
5. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где вторая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο PT), а первая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο BT), которая удовлетворяет следующему условию:
+2 ккал/моль≥ΔGο PT-ΔGο BT≥-8 ккал/моль
6. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где неперекрывающаяся подпоследовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο 3), которая удовлетворяет следующему условию:
-4 ккал/моль≥ΔGο 3≥-12 ккал/моль
7. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где концентрация олигонуклеотида в качестве блокатора в приблизительно 2 - приблизительно 10000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве первого праймера.
8. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, где концентрация олигонуклеотида в качестве блокатора в приблизительно 5 - приблизительно 1000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве первого праймера.
9. Композиция олигонуклеотидов по п. 1, дополнительно включающая олигонуклеотид в качестве второго праймера, достаточный для вызова ферментативного удлинения, где олигонуклеотид в качестве второго праймера включает третью последовательность, где третья последовательность не перекрывается с первой последовательностью или второй последовательностью, и где третья последовательность является нейтральной по отношению к мишени и достаточной для использования с олигонуклеотидом в качестве первого праймера для амплификации участка нуклеиновой кислоты, используя полимеразную цепную реакцию.
10. Композиция олигонуклеотидов по п. 9, дополнительно включающая олигонуклеотид в качестве второго блокатора, включающий вторую функциональную группу или второй некомплементарный участок последовательности на 3'-конце или вблизи него, которая предотвращает ферментативное удлинение, где олигонуклеотид в качестве второго блокатора включает четвертую последовательность, включающую вторую нейтральную по отношении к мишени подпоследовательность и вторую блокаторную вариабельную подпоследовательность, где вторая блокаторная вариабельная подпоследовательность является последовательностью, комплементарной блокаторной вариабельной подпоследовательности, где вторая блокаторная вариабельная подпоследовательность фланкирована на ее 3'- и 5'-концах второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью и неразрывна со второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью, где третья последовательность перекрывается со второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью на протяжении по крайней мере 5 нуклеотидов, так что третья последовательность включает вторую перекрывающуюся подпоследовательность и вторую неперекрывающуюся подпоследовательность, и где третья последовательность не включает вторую блокаторную вариабельную подпоследовательность.
11. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где вторая функциональная группа включает 3-углеродный спейсер или дидезоксинуклеотид.
12. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где вторая перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 5 нуклеотидов до приблизительно 40 нуклеотидов.
13. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где вторая перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 7 нуклеотидов до приблизительно 30 нуклеотидов.
14. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где третья последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο PT2), а четвертая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο BT2), которая удовлетворяет следующему условию:
+2 ккал/моль≥ΔGο PT2-ΔGο BT2≥-8 ккал/моль
15. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где вторая неперекрывающаяся подпоследовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο 6), которая удовлетворяет следующему условию:
-4 ккал/моль≥ΔGο 6≥-12 ккал/моль
16. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где концентрация олигонуклеотида в качестве второго блокатора в приблизительно 2 - приблизительно 10000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве второго праймера.
17. Композиция олигонуклеотидов по п. 10, где концентрация олигонуклеотида в качестве второго блокатора в приблизительно 5 - приблизительно 1000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве второго праймера.
18. Композиция олигонуклеотидов по любому из п.п. 1-17, дополнительно включающая реагент, необходимый для полимеразной цепной реакции.
19. Композиция олигонуклеотидов по любому из п.п. 1-17, дополнительно включающая множество нуклеозидтрифосфатов.
20. Композиция олигонуклеотидов по любому из п.п. 1-17, дополнительно включающая ДНК-полимеразу.
21. Композиция олигонуклеотидов по любому из п.п. 1-17, дополнительно включающая реагент, необходимый для полимеразной цепной реакции, множество нуклеозидтрифосфатов, ДНК-полимеразу.
22. Композиция олигонуклеотидов по любому из п.п. 1-17, где блокаторная вариабельная подпоследовательность представляет собой один нуклеотид.
23. Способ амплификации последовательности-мишени, включающий стадии
(а) получения образца, содержащего одну или более копий первой нуклеиновой кислоты, включающей вариант последовательности, и возможно содержащего по крайней мере одну копию второй нуклеиновой кислоты, включающей последовательность-мишень, где каждая из последовательности-мишени и варианта последовательности включает гомологичную подпоследовательность и вариабельную подпоследовательность, где вариабельная подпоследовательность включает по крайней мере один нуклеотид, и где вариабельная подпоследовательность последовательности-мишени представляет собой мишень-специфическую подпоследовательность, а вариабельная подпоследовательности варианта последовательности не является мишень-специфической подпоследовательностью;
(b) введения олигонуклеотида в качестве блокатора в образце, где олигонуклеотид в качестве блокатора включает первую последовательность, включающую нейтральную по отношению к мишени подпоследовательность и блокаторную вариабельную подпоследовательность, где нейтральная по отношению к мишени подпоследовательность комплементарна части гомологичной подпоследовательности, а блокаторная вариабельная подпоследовательность комплементарна не являющейся мишень-специфической подпоследовательности, где блокаторная вариабельная подпоследовательность фланкирована на ее 3'- и 5'-концах нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью и неразрывна с нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью;
(c) введения олигонуклеотида в качестве первого праймера в образец, где олигонуклеотид в качестве первого праймера является достаточным для вызова ферментативного удлинения, где олигонуклеотид в качестве первого праймера включает вторую последовательность, где вторая последовательность является комплементарной второй части гомологичной подпоследовательности, где вторая последовательность перекрывается с нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью на протяжении по крайней мере 5 нуклеотидов, так что вторая последовательность включает перекрывающуюся подпоследовательность и неперекрывающуюся подпоследовательность, и где вторая последовательность не включает какую-либо последовательность, комплементарную вариабельной подпоследовательности;
(d) введения в образец ДНК-полимеразы, нуклеозидтрифосфатов и одного или более реагентов, необходимых для полимеразной амплификации нуклеиновых кислот; и
(е) вызова реакции в образце в условиях, достаточных для достижения амплификации нуклеиновых кислот.
24. Способ по п. 23, в котором олигонуклеотид в качестве блокатора включает функциональную группу или некомплементарный участок последовательности на 3'-конце или вблизи него, которая предотвращает ферментативное удлинение.
25. Способ по п. 24, в котором функциональная группа включает 3-углеродный спейсер или дидезоксинуклеотид.
26. Способ по п. 23, в котором ДНК-полимераза является термостабильной ДНК-полимеразой.
27. Способ по п. 26, в котором условия, достаточные для достижения амплификации нуклеиновых кислот, включают подвергание образца по крайней мере 10 циклам, где в каждом цикле осуществляются по крайней мере 2 различных температурных воздействия, одно воздействие температуры, составляющей по крайней мере 85οС, и одно воздействие температуры, составляющей не более 75οС.
28. Способ по п. 23, дополнительно включающий стадию введения в образец фермента, выбираемого из группы, состоящей из делающего одноцепочечный разрыв фермента, рекомбиназы, геликазы, РНКазы, обратной транскриптазы или любой их комбинации.
29. Способ по п. 23, в котором перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 5 нуклеотидов до приблизительно 40 нуклеотидов.
30. Способ по п. 23, в котором перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 7 нуклеотидов до приблизительно 30 нуклеотидов.
31. Способ по п. 23, в котором вторая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο PT), а первая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο BT), которая удовлетворяет следующему условию:
+2 ккал/моль≥ΔGο PT-ΔGο BT≥-8 ккал/моль
32. Способ по п. 23, в котором неперекрывающаяся подпоследовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο 3), которая удовлетворяет следующему условию:
-4 ккал/моль≥ΔGο 3≥-12 ккал/моль
33. Способ по п. 23, в котором концентрация олигонуклеотида в качестве блокатора, вводимого в образец, в приблизительно 2 - приблизительно 10000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве первого праймера, вводимого в образец.
34. Способ по п. 23, в котором концентрация олигонуклеотида в качестве блокатора, вводимого в образец, в приблизительно 5 - приблизительно 1000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве первого праймера, вводимого в образец.
35. Способ по п. 23, дополнительно включающий стадию введения олигонуклеотида в качестве второго праймера в образец, где олигонуклеотид в качестве второго праймера включает третью последовательность, где третья последовательность не перекрывается с вариабельной подпоследовательностью, и где третья последовательность является нейтральной по отношению к мишени и достаточной для использования с олигонуклеотидом в качестве первого праймера для амплификации участка нуклеиновой кислоты, включающего последовательность-мишень.
36. Способ по п. 35, дополнительно включающий стадию введения олигонуклеотида в качестве второго блокатора в образец, где олигонуклеотид в качестве второго блокатора включает четвертую последовательность, включающую вторую нейтральную по отношению к мишени подпоследовательность и вторую блокаторную вариабельную подпоследовательность, где вторая блокаторная вариабельная подпоследовательность является последовательностью, комплементарной блокаторной вариабельной подпоследовательности, где вторая блокаторная вариабельная подпоследовательность фланкирована на ее 3'- и 5'-концах второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью и неразрывна со второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью, где третья последовательность перекрывается со второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательностью на протяжении по крайней мере 5 нуклеотидов, так что третья последовательность включает вторую перекрывающуюся подпоследовательность и вторую неперекрывающуюся подпоследовательность.
37. Способ по п. 36, в котором олигонуклеотид в качестве второго блокатора включает вторую функциональную группу или второй некомплементарный участок последовательности на 3'-конце или вблизи него, которая предотвращает ферментативное удлинение.
38. Способ по п. 37, в котором вторую функциональную группу выбирают из группы, состоящей из 3-углеродного спейсера или дидезоксинуклеотида.
39. Способ по п. 36, в котором вторая перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 5 нуклеотидов до приблизительно 40 нуклеотидов.
40. Способ по п. 36, в котором вторая перекрывающаяся последовательность включает часть 5'-конца второй нейтральной по отношению к мишени подпоследовательности, где указанная часть составляет от приблизительно 7 нуклеотидов до приблизительно 30 нуклеотидов.
41. Способ по п. 36, в котором третья последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο PT2), а четвертая последовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο BT2), которая удовлетворяет следующему условию:
+2 ккал/моль≥ΔGο PT2-ΔGο BT2≥-8 ккал/моль
42. Способ по п. 36, в котором вторая неперекрывающаяся подпоследовательность создает стандартную свободную энергию гибридизации (ΔGο 6), которая удовлетворяет следующему условию:
-4 ккал/моль≥ΔGο 6≥-12 ккал/моль
43. Способ по п. 36, в котором концентрация олигонуклеотида в качестве второго блокатора, вводимого в образец, в приблизительно 2 - приблизительно 10000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве второго праймера, вводимого в образец.
44. Способ по п. 36, в котором концентрация олигонуклеотида в качестве второго блокатора, вводимого в образец, в приблизительно 5 - приблизительно 1000 раз выше концентрации олигонуклеотида в качестве второго праймера, вводимого в образец.
45. Способ по п. 23, включающий, после стадии (е), стадию извлечения аликвоты из образца и повторения стадий с (b) по (e) включительно.
RU2016149307A 2014-05-19 2015-05-19 Аллель-специфическая амплификация с использованием композиции перекрывающихся олигонуклеотидов в качестве не являющегося аллель-специфическим праймера и аллель-специфического блокатора RU2708992C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462000114P 2014-05-19 2014-05-19
US62/000,114 2014-05-19
PCT/US2015/031476 WO2015179339A1 (en) 2014-05-19 2015-05-19 Allele-specific amplification using a composition of overlapping non-allele-specific primer and allele-specific blocker oligonucleotides

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2016149307A true RU2016149307A (ru) 2018-06-20
RU2016149307A3 RU2016149307A3 (ru) 2018-12-10
RU2708992C2 RU2708992C2 (ru) 2019-12-12

Family

ID=54554607

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016149307A RU2708992C2 (ru) 2014-05-19 2015-05-19 Аллель-специфическая амплификация с использованием композиции перекрывающихся олигонуклеотидов в качестве не являющегося аллель-специфическим праймера и аллель-специфического блокатора

Country Status (13)

Country Link
US (2) US20170067090A1 (ru)
EP (3) EP4512908A3 (ru)
JP (4) JP2017515484A (ru)
KR (1) KR102343605B1 (ru)
CN (2) CN114032234A (ru)
AU (2) AU2015264357B2 (ru)
BR (1) BR112016027063A2 (ru)
CA (1) CA2985631A1 (ru)
DK (1) DK3146080T3 (ru)
ES (1) ES2861353T3 (ru)
PH (1) PH12016502542B1 (ru)
RU (1) RU2708992C2 (ru)
WO (1) WO2015179339A1 (ru)

Families Citing this family (54)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
GB2513024B (en) 2012-02-27 2016-08-31 Cellular Res Inc A clonal amplification method
GB2546833B (en) 2013-08-28 2018-04-18 Cellular Res Inc Microwell for single cell analysis comprising single cell and single bead oligonucleotide capture labels
WO2015077717A1 (en) 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
US11725237B2 (en) 2013-12-05 2023-08-15 The Broad Institute Inc. Polymorphic gene typing and somatic change detection using sequencing data
EP3082853A2 (en) 2013-12-20 2016-10-26 The Broad Institute, Inc. Combination therapy with neoantigen vaccine
EP3234193B1 (en) 2014-12-19 2020-07-15 Massachusetts Institute of Technology Molecular biomarkers for cancer immunotherapy
US10993997B2 (en) 2014-12-19 2021-05-04 The Broad Institute, Inc. Methods for profiling the t cell repertoire
EP3262192B1 (en) 2015-02-27 2020-09-16 Becton, Dickinson and Company Spatially addressable molecular barcoding
WO2016160844A2 (en) 2015-03-30 2016-10-06 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for combinatorial barcoding
EP3286326B1 (en) 2015-04-23 2025-01-22 Becton, Dickinson and Company Method for whole transcriptome amplification
EP3347465B1 (en) 2015-09-11 2019-06-26 Cellular Research, Inc. Methods and compositions for nucleic acid library normalization
EP3397765B1 (en) * 2015-12-30 2023-02-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Method for quantitating the frequency of wild-type and mutant fragments in a nucleic acid sample
US11414686B2 (en) 2016-05-06 2022-08-16 William Marsh Rice University Stoichiometric nucleic acid purification using randomer capture probe libraries
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
CN109791157B (zh) 2016-09-26 2022-06-07 贝克顿迪金森公司 使用具有条形码化的寡核苷酸序列的试剂测量蛋白质表达
US11549149B2 (en) * 2017-01-24 2023-01-10 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for detecting a mutant variant of a polynucleotide
WO2018144240A1 (en) 2017-02-01 2018-08-09 Cellular Research, Inc. Selective amplification using blocking oligonucleotides
AU2018281745B2 (en) 2017-06-05 2022-05-19 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
JP2021500077A (ja) * 2017-10-18 2021-01-07 デイ ゼロ ダイアグノスティックス， インコーポレイテッド Ｄｎａ増幅の標的化抑制による混合ｄｎａ試料中のｄｎａ集団の選択的富化
EP3759118A4 (en) * 2018-02-20 2022-03-23 William Marsh Rice University Systems and methods for allele enrichment using multiplexed blocker displacement amplification
CN108220444A (zh) * 2018-02-28 2018-06-29 无锡禾盛医疗器械有限公司 一种kras基因突变检测的引物探针组合及其应用
ES2945191T3 (es) 2018-05-03 2023-06-29 Becton Dickinson Co Análisis de muestras multiómicas de alto rendimiento
EP3788170B1 (en) 2018-05-03 2025-01-01 Becton, Dickinson and Company Molecular barcoding on opposite transcript ends
EP4471156A3 (en) 2018-10-01 2025-02-26 Becton, Dickinson and Company Determining 5' transcript sequences
WO2020097315A1 (en) 2018-11-08 2020-05-14 Cellular Research, Inc. Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
CN113195717A (zh) * 2018-12-13 2021-07-30 贝克顿迪金森公司 单细胞全转录组分析中的选择性延伸
CA3122844A1 (en) * 2019-01-15 2020-07-23 Tangen Bioscience Inc. A method for suppressing non-specific amplification products in nucleic acid amplification technologies
WO2020154247A1 (en) 2019-01-23 2020-07-30 Cellular Research, Inc. Oligonucleotides associated with antibodies
EP3924506A1 (en) 2019-02-14 2021-12-22 Becton Dickinson and Company Hybrid targeted and whole transcriptome amplification
CN114040983A (zh) * 2019-06-26 2022-02-11 南京金斯瑞生物科技有限公司 一种含有阻断物的寡核苷酸
CN114051534B (zh) 2019-07-22 2025-02-21 贝克顿迪金森公司 单细胞染色质免疫沉淀测序测定
EP4407041A3 (en) 2019-11-08 2024-09-25 Becton Dickinson and Company Using random priming to obtain full-length v(d)j information for immune repertoire sequencing
US20240279735A1 (en) * 2019-12-20 2024-08-22 Korea University Research And Business Foundation Primers for detecting trace amount of rare single- nucleotide variant and method for specifically and sensitively detecting trace amount of rare single-nucleotide variant by using same
US11649497B2 (en) 2020-01-13 2023-05-16 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for quantitation of proteins and RNA
EP4471155A3 (en) 2020-01-29 2024-12-18 Becton, Dickinson and Company Barcoded wells for spatial mapping of single cells through sequencing
CN115151810A (zh) 2020-02-25 2022-10-04 贝克顿迪金森公司 实现使用单细胞样品作为单色补偿对照的双特异性探针
CN115605614A (zh) 2020-05-14 2023-01-13 贝克顿迪金森公司（Us） 用于免疫组库谱分析的引物
US12157913B2 (en) 2020-06-02 2024-12-03 Becton, Dickinson And Company Oligonucleotides and beads for 5 prime gene expression assay
KR20230028450A (ko) * 2020-06-26 2023-02-28 윌리엄 마쉬 라이스 유니버시티 앰플리콘 포괄적 풍부화
CN111647650B (zh) * 2020-07-06 2023-06-27 河南赛诺特生物技术有限公司 检测人B-raf基因V600E突变的引物、引物探针组合物及试剂盒
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
US12391940B2 (en) 2020-07-31 2025-08-19 Becton, Dickinson And Company Single cell assay for transposase-accessible chromatin
US20230399687A1 (en) * 2020-11-02 2023-12-14 Nuprobe Usa, Inc. Quantitative Multiplex Amplicon Sequencing System
US11739443B2 (en) 2020-11-20 2023-08-29 Becton, Dickinson And Company Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins
CN112522369A (zh) * 2020-12-08 2021-03-19 合肥欧创基因生物科技有限公司 一种ARMS-TaqMan Blocker体系的Blocker双链设计方法
US12392771B2 (en) 2020-12-15 2025-08-19 Becton, Dickinson And Company Single cell secretome analysis
WO2022146773A1 (en) 2020-12-29 2022-07-07 Nuprobe Usa, Inc. Methods and compositions for sequencing and fusion detection using ligation tail adapters (lta)
WO2022155397A1 (en) 2021-01-15 2022-07-21 Nuprobe Usa, Inc. Cycle multiplexing for highly multiplexed quantitative pcr
WO2022197688A1 (en) 2021-03-16 2022-09-22 Nuprobe Usa, Inc. High sensitivity detection of microsatellite loci by blocker displacement amplification with multiple blockers and its use in microsatellite instability detection
WO2023077121A1 (en) * 2021-11-01 2023-05-04 Nuprobe Usa, Inc. Rna quantitative amplicon sequencing for gene expression quantitation
CN120624641A (zh) * 2025-02-20 2025-09-12 宁波熙宁检测技术有限公司 一种用于检测ezh2基因突变的核酸组合物、试剂盒及检测方法

Family Cites Families (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6312892B1 (en) * 1996-07-19 2001-11-06 Cornell Research Foundation, Inc. High fidelity detection of nucleic acid differences by ligase detection reaction
NZ554701A (en) * 2004-10-18 2010-03-26 Univ Brandeis Reagents and methods for improving reproducibility and reducing mispriming in PCR amplification
WO2007106534A2 (en) * 2006-03-14 2007-09-20 Harbor-Ucla Research And Education Institute Selective amplification of minority mutations using primer blocking high-affinity oligonucleotides
US8071338B2 (en) * 2007-08-08 2011-12-06 Roche Molecular Systems, Inc. Suppression of amplification using an oligonucleotide and a polymerase significantly lacking 5′-3′ nuclease activity
WO2009043112A1 (en) * 2007-10-04 2009-04-09 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation Nucleic acid amplification
EP2337865B1 (en) * 2008-10-20 2014-11-19 Roche Diagnostics GmbH Allele-specific amplification using a primer with a modified nucleotide
US8206929B2 (en) * 2009-01-07 2012-06-26 Roche Molecular Systems, Inc. Nucleic acid amplification with allele-specific suppression of sequence variants
CN102428190B (zh) * 2009-03-27 2014-02-26 生命技术公司 用于检测等位基因变体的方法、组合物和试剂盒
KR101312241B1 (ko) * 2010-04-27 2013-09-27 사회복지법인 삼성생명공익재단 증폭억제시발체를 이용하는 유전자 돌연변이 검출 방법
WO2011146403A2 (en) * 2010-05-16 2011-11-24 Reniguard Life Sciences, Inc. Identification of polymorphic hepatitis b viruses and kras oncogene mutations and clinical use
GB2487632B (en) * 2011-01-14 2014-03-12 Genefirst Ltd Methods,compositions,and kits for determining the presence/absence of a variant nucleic acid sequence
KR20210056458A (ko) * 2011-05-04 2021-05-18 바이오셉트 인코포레이티드 핵산 서열 변이체를 검출하는 방법
US9758818B2 (en) * 2011-12-30 2017-09-12 Jr-Kai Huang Polymerase chain reaction-based method and primer set for detecting epidermal growth factor receptor mutation
EP2841598B1 (en) * 2012-04-25 2018-03-14 Ho, Tho Huu Method for competitive allele-specific cdna synthesis and differential amplification of the cdna products
CN103215361A (zh) * 2013-04-18 2013-07-24 深圳联合医学科技有限公司 等位基因变体检测方法、试剂盒及组合物
US10760118B2 (en) * 2013-04-29 2020-09-01 Qiagen Gmbh Method for DNA amplification with a blocking oligonucleotide

Also Published As

Publication number Publication date
JP2024167406A (ja) 2024-12-03
AU2021266291A1 (en) 2021-12-09
EP3901278A1 (en) 2021-10-27
EP3901278B1 (en) 2024-10-23
PH12016502542A1 (en) 2017-04-10
AU2021266291B2 (en) 2024-09-19
PH12016502542B1 (en) 2024-01-17
RU2708992C2 (ru) 2019-12-12
AU2015264357B2 (en) 2021-08-12
CA2985631A1 (en) 2015-11-26
AU2015264357A1 (en) 2017-01-05
JP7126718B2 (ja) 2022-08-29
CN106661627B (zh) 2021-11-23
RU2016149307A3 (ru) 2018-12-10
KR20170003695A (ko) 2017-01-09
DK3146080T3 (en) 2021-04-12
JP2021019607A (ja) 2021-02-18
EP3146080A1 (en) 2017-03-29
CN106661627A (zh) 2017-05-10
WO2015179339A1 (en) 2015-11-26
CN114032234A (zh) 2022-02-11
EP3146080A4 (en) 2017-11-01
JP2022166131A (ja) 2022-11-01
EP3146080B1 (en) 2021-01-06
US20170067090A1 (en) 2017-03-09
ES2861353T3 (es) 2021-10-06
BR112016027063A2 (pt) 2017-10-31
US20220090168A1 (en) 2022-03-24
JP2017515484A (ja) 2017-06-15
KR102343605B1 (ko) 2021-12-27
EP4512908A3 (en) 2025-03-26
AU2021266291C1 (en) 2024-12-12
EP4512908A2 (en) 2025-02-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2016149307A (ru) Аллель-специфическая амплификация с использованием композиции перекрывающихся олигонуклеотидов в качестве не являющегося аллель-специфическим праймера и аллель-специфического блокатора
JP2017515484A5 (ru)
JP2017504360A5 (ru)
JP2015156872A5 (ru)
RU2012129362A (ru) Обнаружение мишени tsg праймером
JP2012520080A5 (ru)
IL316759A (en) Preparations and methods for identifying biological contaminants
RU2013118722A (ru) Прямой захват, амплификация и секвенирование днк-мишени с использованием иммобилизированных праймеров
JP2007532100A5 (ru)
JP2017537658A5 (ru)
JP2015530113A (ja) マイクロｒｎａ多重アッセイのための２プライマーｐｃｒ
JP2016537005A5 (ru)
JP2021503903A5 (ru)
JP2015530113A5 (ru)
RU2015150098A (ru) Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь
KR102397357B1 (ko) 포스포로티오에이트 dna로 수식된 헤어핀 프로브 기반의 등온 핵산증폭기술을 이용한 표적핵산 검출방법
IL274638B1 (en) Asymmetric pcr methods
RU2015123459A (ru) Одновременная детекция белка-мишени и нуклеиновых кислот-мишеней в одной клетке
RU2019101504A (ru) Усовершенствования в процессах амплификации нуклеиновой кислоты или связанные с таковыми
CN103509789A (zh) 一种用于扩增短链rna的引物及其相关方法
JP2017532044A5 (ru)
RU2018113750A (ru) Улучшенное выявление коротких гомополимерных повторов
JP2018068317A5 (ru)
JP2021509814A5 (ru)
CN109706226B (zh) 一种基于不对称PCR和LAMP循环扩增反应进行miRNA快速检测的方法