[go: up one dir, main page]

RU2007115421A - Геномный анализ - Google Patents

Геномный анализ Download PDF

Info

Publication number
RU2007115421A
RU2007115421A RU2007115421/13A RU2007115421A RU2007115421A RU 2007115421 A RU2007115421 A RU 2007115421A RU 2007115421/13 A RU2007115421/13 A RU 2007115421/13A RU 2007115421 A RU2007115421 A RU 2007115421A RU 2007115421 A RU2007115421 A RU 2007115421A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
probe
nucleotide sequence
genomic sample
hybridization
mixture
Prior art date
Application number
RU2007115421/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2464320C2 (ru
Inventor
Глен Х. ЭРИКСОН (BS)
Глен Х. ЭРИКСОН
Жасмин И. ДЭКСИС (CA)
Жасмин И. ДЭКСИС
Original Assignee
Инджиниес Инк. (Bz)
Инджиниес Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Инджиниес Инк. (Bz), Инджиниес Инк. filed Critical Инджиниес Инк. (Bz)
Publication of RU2007115421A publication Critical patent/RU2007115421A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2464320C2 publication Critical patent/RU2464320C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B82—NANOTECHNOLOGY
    • B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
    • B82Y10/00—Nanotechnology for information processing, storage or transmission, e.g. quantum computing or single electron logic
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B82—NANOTECHNOLOGY
    • B82Y—SPECIFIC USES OR APPLICATIONS OF NANOSTRUCTURES; MEASUREMENT OR ANALYSIS OF NANOSTRUCTURES; MANUFACTURE OR TREATMENT OF NANOSTRUCTURES
    • B82Y5/00—Nanobiotechnology or nanomedicine, e.g. protein engineering or drug delivery
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Nanotechnology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Mathematical Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ обнаружения нуклеотидной последовательности в геномном образце, который включаетобеспечение геномного образца, включающего нуклеотидную последовательность-мишень дуплексной нуклеиновой кислоты;обеспечение зонда, включающего нуклеотидную последовательность-зонд;обеспечение гибридизационной смеси, включающей геномный образец, зонд, промотирующий гибридизацию агент и метки;инкубацию гибридизационной смеси с целью обеспечения инкубированной смеси, содержащей комплекс нуклеотидной последовательности-мишени, зонда и меток;облучение инкубированной смеси с помощью излучения, способного стимулировать, по крайней мере, некоторые из меток излучать энергию; иустановление на основании флуоресцентного сигнала, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени для обнаружения, таким образом, присутствует ли эта нуклеотидная последовательность в геномном образце,где обнаружение завершают в пределах шестидесяти минут после обеспечения гибридизационной смеси, а способ осуществляют без денатурирования дуплексной нуклеиновой кислоты и без амплификации дуплексной нуклеиновой кислоты путем полимеразной цепной реакции (ПЦР).2. Способ по п.1, с помощью которого выявляется точечный или множественный нуклеотидный полиморфизм.3. Способ по п.1, с помощью которого в геномном образце детектируют более одной указанной нуклеотидной последовательности с использованием более одного указанного зонда.4. Способ по п.3, с помощью которого обнаруживают гаплотип.5. Способ по п.1, с помощью которого обнаруживают морфологический статус организма или клетки, из которых был получен геномны

Claims (69)

1. Способ обнаружения нуклеотидной последовательности в геномном образце, который включает
обеспечение геномного образца, включающего нуклеотидную последовательность-мишень дуплексной нуклеиновой кислоты;
обеспечение зонда, включающего нуклеотидную последовательность-зонд;
обеспечение гибридизационной смеси, включающей геномный образец, зонд, промотирующий гибридизацию агент и метки;
инкубацию гибридизационной смеси с целью обеспечения инкубированной смеси, содержащей комплекс нуклеотидной последовательности-мишени, зонда и меток;
облучение инкубированной смеси с помощью излучения, способного стимулировать, по крайней мере, некоторые из меток излучать энергию; и
установление на основании флуоресцентного сигнала, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени для обнаружения, таким образом, присутствует ли эта нуклеотидная последовательность в геномном образце,
где обнаружение завершают в пределах шестидесяти минут после обеспечения гибридизационной смеси, а способ осуществляют без денатурирования дуплексной нуклеиновой кислоты и без амплификации дуплексной нуклеиновой кислоты путем полимеразной цепной реакции (ПЦР).
2. Способ по п.1, с помощью которого выявляется точечный или множественный нуклеотидный полиморфизм.
3. Способ по п.1, с помощью которого в геномном образце детектируют более одной указанной нуклеотидной последовательности с использованием более одного указанного зонда.
4. Способ по п.3, с помощью которого обнаруживают гаплотип.
5. Способ по п.1, с помощью которого обнаруживают морфологический статус организма или клетки, из которых был получен геномный образец, причем этот морфологический статус включает, по меньшей мере, одну из информации, касающейся стадии развития, и информации, касающейся состояния болезни.
6. Способ по п.1, в котором геномный образец содержит менее 700 копий нуклеотидной последовательности-мишени.
7. Способ по п.6, в котором геномный образец содержит от примерно 150 до примерно 300 копий нуклеотидной последовательности-мишени.
8. Способ по п.6, в котором геномный образец состоит по существу из содержимого единичной клетки.
9. Способ по п.1, в котором детектирование осуществляют в биологической клетке.
10. Способ по п.1, в котором геномный образец имеет длину более 5 т.п.о.
11. Способ по п.2, в котором геномный образец в процессе осуществления способа не переваривается.
12. Способ по п.1, в котором нуклеотидная последовательность-мишень принадлежит патогену, присутствующему или ранее присутствовавшему в организме или клетке, из которых получают геномный образец.
13. Способ по п.1, в котором зонд, если он единичный, представляет собой одноцепочечную нуклеиновую кислоту или аналог нуклеиновой кислоты длиной от 15 до 30 оснований.
14. Способ по п.1, в котором промотирующим гибридизацию агентом является интеркалирующая метка.
15. Способ по п.14, в котором интеркалирующая метка включает димерные цианиновые красители.
16. Способ по п.15, в котором интеркалирующая метка состоит из YOYO-1.
17. Способ по п.1, в котором метками являются интеркалирующие флуорофоры, которые также являются промотирующим гибридизацию агентом.
18. Способ по п.1, в котором промотирующий гибридизацию агент является космотропом.
19. Способ по п.1, в котором промотирующим гибридизацию агентом является катион соединения, выбранного из группы, состоящей из (CH3)4NCl, (СН3)3N·HCl, NaCl, Na2SO4, Na2HPO4 и (NH4)2SO4.
20. Способ по п.1, в котором метками являются неинтеркалирующие флуорофоры.
21. Способ по п.1, в котором время инкубации составляет от одной до десяти минут и способ полностью осуществляется в пределах менее пятнадцати минут.
22. Способ по п.1, в котором гибридизационную смесь выдерживают в течение периода инкубации при температуре от 20 до 40°С.
23. Способ по п.1, в котором, по меньшей мере, одно основание зонда связывается с каким-либо основанием или парой оснований мишени по механизму взаимодействия комплементарных оснований Уотсона-Крика и/или взаимодействия гомологичных оснований, в результате чего комплексом является триплекс.
24. Способ по п.1, в котором, по меньшей мере, одно основание зонда связывается с каким-либо основанием или парой оснований мишени по механизму взаимодействия комплементарных оснований Уотсона-Крика и/или взаимодействия гомологичных оснований, в результате чего комплексом является квадруплекс.
25. Способ по п.1, в котором нуклеотидные последовательности зонда и мишени не связываются между собой лишь как антипараллельные цепи согласно правилам спаривания оснований Уотсона-Крика.
26. Способ по п.1, в котором излучением является лазерный луч с плотностью энергии приблизительно 84 Вт/см2/с.
27. Способ по п.1, в котором для определения того, является ли зонд идеально комплементарным для нуклеотидной последовательности-мишени, флуоресцентный сигнал сравнивается с эталонным флуоресцентным сигналом.
28. Способ по п.1, в котором обнаружение включает регистрацию изменения флуоресцентного сигнала во времени для определения того, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени, и в котором увеличение флуоресцентного сигнала во времени указывает на идеальную комплементарность, а снижение флуоресцентного сигнала во времени указывает на отсутствие идеальной комплементарности.
29. Способ по п.1, в котором зонд обеспечивают в гибридизационной смеси в насыщающем мишень количестве, которое означает концентрацию зонда в избытке по отношению к концентрации мишени, а метки обеспечивают в гибридизационной смеси в насыщающем комплекс количестве, которое означает концентрацию меток, выше которой дискриминация сигнала от фоновых сигналов меняется с первой скоростью, которая меньше второй скорости, с которой меняется концентрация метки.
30. Способ по п.1, в котором зонд имеет длину, достаточную для оптимизации переноса или миграции энергии.
31. Способ по п.30, в котором дискриминация флуоресцентного сигнала от фоновых сигналов достигает максимума за счет переноса энергии или миграции энергии между интеркалированными внутри мишени метками и метками, интеркалированными между зондом и мишенью.
32. Способ по п.30, в котором зонд имеет длину в 20-30 оснований или пар оснований.
33. Способ по п.1, в котором длину зонда выбирают такой, которая позволяет достичь максимальной интенсивности флуоресцентного сигнала.
34. Способ по п.1, в котором зонд обеспечивают в гибридизационной смеси в насыщающем мишень количестве, метки обеспечивают в гибридизационной смеси в насыщающем комплекс количестве, а зонд имеет длину, достаточную для оптимизации переноса или миграции энергии.
35. Способ по п.1, в котором предварительную смесь, включающую буфер и воду, подвергают действию приложенного электрического заряда, достаточного для того, чтобы повысить чувствительность способа, и, по крайней мере, часть предварительной смеси вводят после этого в гибридизационную смесь.
36. Способ по п.1, в котором геномный образец добавляют к гибридизационной смеси после зонда, промотирующего гибридизацию агента и меток.
37. Способ по п.1, в котором последними добавляют к гибридизационной смеси промотирующий гибридизацию агент или метки.
38. Способ по п.1, в котором геномный образец очищают, частично очищают, не очищают или разбавляют.
39. Способ по п.1, в котором детектируют уровни экспрессии генного продукта в геномном образце или сравнивают экспрессии продукта гена, по меньшей мере, двух геномных образцов.
40. Способ по п.1, в котором гибридизационная смесь дополнительно включает несколько зондов, которые связываются с последовательностями геномного образца, находящимися рядом с нукелеотидной последовательностью-мишенью.
41. Способ по п.1, в котором зонд включает какой-либо тушитель излучения и, по меньшей мере, одну из меток.
42. Способ по п.1, в котором зонд модифицируют, по меньшей мере, одним присоединенным фрагментом.
43. Способ по п.1, в котором метки включают FET, FRET, миграцию энергии или окислительно-восстановительные наборы.
44. Способ по п.1, в котором метки включают квантовые точки.
45. Способ по п.1, с помощью которого в нуклеотидных последовательностях обнаруживают повторы, инсерции или делеции.
46. Способ по п.1, в котором обнаружение повторяют, варьируя условия гибридизационной смеси.
47. Способ по п.1, с помощью которого обнаруживают раковое или болезненное состояние организма или клетки, из которых получают геномный образец, или определяют беременность организма.
48. Способ по п.1, в котором геномный образец получают из образца ткани человека, клеток полости рта, крови, жидкости, слюны, мочи или фекалий, и метят маркером для молекулярной идентификации, адаптированным для идентификации источника геномного образца.
49. Способ по п.1, в котором зонд обеспечивают на подложке, выбираемой из группы, состоящей из бусины, планшета, мембраны, пленки, микролунки, электрода, колонки и капиллярной трубки.
50. Способ по п.1, в котором зонд обеспечивают на серебряной островковой пленке.
51. Набор для осуществления способа по п.1, включающий зонд промотирующий гибридизацию агент и метки.
52. Набор по п.51, дополнительно включающий контейнер, в котором обеспечивается гибридизационная смесь.
53. Набор по п.52, в котором контейнер предназначен для сбора мокроты, либо набор дополнительно включают средство для сбора мокроты.
54. Набор по п.52, в котором контейнер содержит маркер для молекулярной идентификации, предназначенный для идентификации источника геномного образца.
55. Набор по п.51, в котором зонд обеспечивают на подложке, выбираемой из группы, состоящей из бусины, планшета, мембраны, пленки, микролунки, электрода, колонки и капиллярной трубки.
56. Набор по п.55, в котором подложкой является серебряная островковая пленка.
57. Набор по п.51, в котором зонд является одноцепочечным и содержит шпильку, либо является двухцепочечным.
58. Набор по п.51, в котором метки включают димерные цианиновые красители.
59. Набор по п.51, в котором метки и промотирующий гибридизацию агент состоят из YOYO-1.
60. Набор по п.51, в котором промотирующий гибридизацию агент представляет собой, по меньшей мере, одно соединение, выбираемое из группы, состоящей из (CH3)4NCl, (СН3)3N·HCl, NaCl, Na2SO4, Na2HPO4 и (NH4)2SO4.
61. Способ обнаружения нуклеотидной последовательности в геномном образце, который включает
обеспечение геномного образца, включающего нуклеотидную последовательность-мишень одноцепочечной иди двухцепочечной нуклеиновой кислоты;
обеспечение зонда, включающего нуклеотидную последовательность-зонд;
обеспечение гибридизационной смеси, включающей геномный образец, зонд, промотирующий гибридизацию агент и метки;
инкубацию гибридизационной смеси с целью получения инкубированной смеси, содержащей комплекс нуклеотидной последовательности-мишени, зонда и меток;
воздействие энергией на инкубированную смесь, достаточной для того, чтобы получить от гибридизационной смеси сигнал; и
установление на основании сигнала, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени для обнаружения, таким образом, присутствует ли эта нуклеотидная последовательность в геномном образце,
где обнаружение завершают в пределах шестидесяти минут после обеспечения гибридизационной смеси, а способ осуществляют без денатурирования дуплексной нуклеиновой кислоты и без амплификации дуплексной нуклеиновой кислоты путем полимеразной цепной реакции (ПЦР).
62. Способ по п.61, в котором после стадии инкубации и перед стадией воздействия энергией инкубированную смесь дополнительно инкубируют в таких условиях, что зонд диссоциирует от нуклеотидной последовательности-мишени, и в котором стадия обнаружения включает определение на основании сигнала, диссоциировал ли зонд от нуклеотидной последовательности-мишени, и условия инкубации с целью определения того, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени.
63. Способ по п.1, в котором после стадии инкубации и перед стадией воздействия энергией инкубированную смесь дополнительно инкубируют в таких условиях, что зонд диссоциирует от нуклеотидной последовательности-мишени, и в котором стадия обнаружения включает определение на основании сигнала, диссоциировал ли зонд от нуклеотидной последовательности-мишени, и условия инкубации с целью определения того, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени.
64. Способ по п.1, в котором зонд включает одну или более частей, и, по меньшей мере, одна из этих частей имеет длину от 5 до 30 оснований.
65. Способ по п.1, в котором стадию разделения проводят перед стадией облучения.
66. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию обеспечения, по меньшей мере, одного блокирующего зонда для подавления связывания зонда с последовательностью геномного образца, не являющейся мишенью.
67. Способ по п.1, в котором комплекс действует как фотонная структура для сбора фотонной энергии и переноса энергии на излучающую сигнал метку.
68. Способ по п.1, в котором стадии способа повторяют более одного раза с целью получения более чем одной гибридизационной смеси и более чем одного флуоресцентного сигнала, при условии, что каждую гибридизационную смесь образуют путем объединения геномного образца, зонда, промотирующего гибридизацию агента, и меток в разных последовательностях.
69. Способ по п.1, в котором обнаружение включает регистрацию изменения анизотропии флуоресценции флуоресцентного агента во времени с целью определения, является ли зонд идеально комплементарным нуклеотидной последовательности-мишени.
RU2007115421/10A 2004-09-24 2005-09-23 Геномный анализ RU2464320C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US61267004P 2004-09-24 2004-09-24
US60/612,670 2004-09-24

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2007115421A true RU2007115421A (ru) 2008-10-27
RU2464320C2 RU2464320C2 (ru) 2012-10-20

Family

ID=36000782

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2007115421/10A RU2464320C2 (ru) 2004-09-24 2005-09-23 Геномный анализ

Country Status (14)

Country Link
US (1) US8486622B2 (ru)
EP (1) EP1815010A2 (ru)
JP (1) JP2008514197A (ru)
KR (1) KR20070062575A (ru)
CN (1) CN101031659A (ru)
AU (1) AU2005286084C1 (ru)
BR (1) BRPI0516955A (ru)
CA (1) CA2581087C (ru)
IL (1) IL182107A0 (ru)
NZ (1) NZ554538A (ru)
RU (1) RU2464320C2 (ru)
SG (1) SG155995A1 (ru)
WO (1) WO2006033088A2 (ru)
ZA (1) ZA200703326B (ru)

Families Citing this family (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2007044727A2 (en) 2005-10-07 2007-04-19 California Institute Of Technology Pkr activation via hybridization chain reaction
US9217151B2 (en) * 2007-05-16 2015-12-22 California Institute Of Technology Versatile nucleic acid hairpin motif for programming biomolecular self-assembly pathways
US20100021904A1 (en) * 2008-05-21 2010-01-28 Pierce Niles A Shielded cross-linking probes
US20100021901A1 (en) * 2008-05-22 2010-01-28 Peng Yin Compositions and methods for detecting analytes
US8658780B2 (en) 2010-05-18 2014-02-25 California Institute Of Technology Triggered covalent probes for imaging and silencing genetic expression
US8877438B2 (en) 2010-07-20 2014-11-04 California Institute Of Technology Self-assembled polynucleotide structure
US9834439B2 (en) 2010-07-20 2017-12-05 California Institute Of Technology Biomolecular self-assembly
US8962241B2 (en) * 2010-07-20 2015-02-24 California Institute Of Technology Triggered molecular geometry based bioimaging probes
US8980553B2 (en) * 2011-04-02 2015-03-17 New England Biolabs, Inc. Methods and compositions for enriching either target polynucleotides or non-target polynucleotides from a mixture of target and non-target polynucleotides
US9145580B2 (en) * 2011-04-02 2015-09-29 New England Biolabs, Inc. Methods and compositions for enriching either target polynucleotides or non-target polynucleotides from a mixture of target and non-target polynucleotides
EP3138928A1 (en) * 2012-03-29 2017-03-08 Mitsubishi Rayon Co. Ltd. Selection of probe pairs for microarray detection of mutations
US9856472B2 (en) 2013-07-01 2018-01-02 California Institute Of Technology Small conditional RNAs
AU2014318731A1 (en) * 2013-09-11 2016-03-17 Agenus Inc. High throughput screening for biomolecules
JP6300263B2 (ja) * 2013-09-25 2018-03-28 学校法人甲南学園 核酸鎖の四重螺旋構造の検出方法
RU2577107C2 (ru) * 2013-10-04 2016-03-10 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова" (МГУ) Способ поиска белков-мишеней, запускающих процесс канцерогенеза, в образцах тканей индивидуального пациента, для последующей противоопухолевой фармакотерапии
WO2017070693A1 (en) * 2015-10-23 2017-04-27 University Of Utah Research Foundation Methods and systems for detecting variations in dna
KR102110985B1 (ko) 2015-12-15 2020-05-14 주식회사 씨젠 타겟 핵산 서열에 대한 시그널 추출
WO2017131463A1 (en) * 2016-01-26 2017-08-03 Seegene, Inc. . Methods for providing signal for target nucleic acid sequence
RU2637310C1 (ru) * 2016-06-08 2017-12-04 Федеральное Государственное Бюджетное Учреждение Науки Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Российской Академии Наук (Имб Ран) Флуоресцентно-меченые дезоксиуридинтрифосфаты
IL290679B2 (en) 2016-07-05 2023-10-01 California Inst Of Techn Hybridization chain reaction based on a minimal initiator
WO2018044939A1 (en) 2016-08-30 2018-03-08 California Institute Of Technology Immunohistochemistry via hybridization chain reaction
EP3601608A1 (en) * 2017-03-30 2020-02-05 Life Technologies Corporation Quantification of ngs dna by adapter sequence
CN112162027B (zh) * 2020-09-21 2023-08-18 上海市计量测试技术研究院 一种基于三嵌段探针的电化学传感器及其在检测转基因双链rna中的应用
EP4284925A4 (en) 2021-01-26 2025-08-13 California Inst Of Techn ALLOSTERIC CONDITIONAL GUIDE RNAS FOR SELECTIVE REGULATION OF CRISPR/CAS CELLS

Family Cites Families (97)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4711955A (en) * 1981-04-17 1987-12-08 Yale University Modified nucleotides and methods of preparing and using same
US4761379A (en) * 1984-08-09 1988-08-02 Becton, Dickinson And Company Biological specimen collection device
US4883867A (en) * 1985-11-01 1989-11-28 Becton, Dickinson And Company Detection of reticulocytes, RNA or DNA
US5599667A (en) * 1987-03-02 1997-02-04 Gen-Probe Incorporated Polycationic supports and nucleic acid purification separation and hybridization
US5720928A (en) * 1988-09-15 1998-02-24 New York University Image processing and analysis of individual nucleic acid molecules
US6147198A (en) * 1988-09-15 2000-11-14 New York University Methods and compositions for the manipulation and characterization of individual nucleic acid molecules
FR2641692A1 (fr) * 1989-01-17 1990-07-20 Nippon Zeon Co Bouchon de fermeture d'une breche pour application medicale et dispositif pour bouchon de fermeture l'utilisant
ATE152831T1 (de) * 1991-09-16 1997-05-15 Molecular Probes Inc Dimere unsymmetrische cyaninfarbstoffe
US5354309A (en) * 1991-10-11 1994-10-11 Angiomed Ag Apparatus for widening a stenosis in a body cavity
CA2079417C (en) * 1991-10-28 2003-01-07 Lilip Lau Expandable stents and method of making same
US5565322A (en) 1991-11-07 1996-10-15 Nanogen, Inc. Hybridization of polynucleotides conjugated with chromophores and fluorophores to generate donor-to donor energy transfer system
US5321130A (en) * 1992-02-10 1994-06-14 Molecular Probes, Inc. Unsymmetrical cyanine dyes with a cationic side chain
US5342387A (en) * 1992-06-18 1994-08-30 American Biomed, Inc. Artificial support for a blood vessel
EP0599337B1 (en) * 1992-11-27 2006-03-08 Canon Kabushiki Kaisha Method for detection of nucleic acid and probe therefor
US5410030A (en) * 1993-04-05 1995-04-25 Molecular Probes, Inc. Dimers of unsymmetrical cyanine dyes containing pyridinium moieties
US5547861A (en) * 1994-04-18 1996-08-20 Becton, Dickinson And Company Detection of nucleic acid amplification
US5879366A (en) * 1996-12-20 1999-03-09 W.L. Gore & Associates, Inc. Self-expanding defect closure device and method of making and using
US6312894B1 (en) * 1995-04-03 2001-11-06 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Hybridization and mismatch discrimination using oligonucleotides conjugated to minor groove binders
US5609628A (en) * 1995-04-20 1997-03-11 Keranen; Victor J. Intravascular graft and catheter
US5766192A (en) * 1995-10-20 1998-06-16 Zacca; Nadim M. Atherectomy, angioplasty and stent method and apparatus
AU730154B2 (en) * 1995-10-27 2001-03-01 Elliot R. Ramberg Methods and compositions for detection of specific nucleotide sequences
US6168622B1 (en) * 1996-01-24 2001-01-02 Microvena Corporation Method and apparatus for occluding aneurysms
US5853422A (en) * 1996-03-22 1998-12-29 Scimed Life Systems, Inc. Apparatus and method for closing a septal defect
CA2253710A1 (en) * 1996-04-25 1997-10-30 Spectrametrix Inc. Analyte assay using particulate labels
US5741297A (en) * 1996-08-28 1998-04-21 Simon; Morris Daisy occluder and method for septal defect repair
US6007573A (en) * 1996-09-18 1999-12-28 Microtherapeutics, Inc. Intracranial stent and method of use
US6248518B1 (en) * 1996-10-29 2001-06-19 Board Of Regents Of University Of Nebraska Method for detecting point mutations in DNA utilizing fluorescence energy transfer
US6110676A (en) * 1996-12-04 2000-08-29 Boston Probes, Inc. Methods for suppressing the binding of detectable probes to non-target sequences in hybridization assays
US6783932B2 (en) * 1997-01-02 2004-08-31 Princeton University Stabilization of triplexes by water structure-making substances
US5846729A (en) * 1997-02-27 1998-12-08 Lorne Park Research, Inc. Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
US6046004A (en) * 1997-02-27 2000-04-04 Lorne Park Research, Inc. Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
US6060242A (en) * 1997-02-27 2000-05-09 Lorne Park Research, Inc. PNA diagnostic methods
US6251591B1 (en) * 1997-02-27 2001-06-26 Lorne Park Research, Inc. Quantitative method for detecting nucleotide concentration
US5980554A (en) * 1997-05-05 1999-11-09 Micro Therapeutics, Inc. Wire frame partial flow obstruction for aneurysm treatment
US5951599A (en) * 1997-07-09 1999-09-14 Scimed Life Systems, Inc. Occlusion system for endovascular treatment of an aneurysm
US5928260A (en) * 1997-07-10 1999-07-27 Scimed Life Systems, Inc. Removable occlusion system for aneurysm neck
GB9715241D0 (en) * 1997-07-18 1997-09-24 Jeffree Martin A Device for treating aneurysms
US6361942B1 (en) * 1998-03-24 2002-03-26 Boston Probes, Inc. Method, kits and compositions pertaining to detection complexes
US6683173B2 (en) * 1998-04-03 2004-01-27 Epoch Biosciences, Inc. Tm leveling methods
US6255050B1 (en) * 1998-05-22 2001-07-03 Lorne Park Research, Inc. Dynamic hybridization system
JP4741728B2 (ja) * 1998-06-04 2011-08-10 ニューヨーク・ユニバーシティ 血管内薄膜デバイスおよびストロークの予防治療法
US6139564A (en) * 1998-06-16 2000-10-31 Target Therapeutics Inc. Minimally occlusive flow disruptor stent for bridging aneurysm necks
US6656218B1 (en) * 1998-07-24 2003-12-02 Micrus Corporation Intravascular flow modifier and reinforcement device
US6093199A (en) * 1998-08-05 2000-07-25 Endovascular Technologies, Inc. Intra-luminal device for treatment of body cavities and lumens and method of use
JP2000196906A (ja) * 1998-10-22 2000-07-14 Xerox Corp プリントシステム及び方法
US6294333B1 (en) * 1998-12-31 2001-09-25 Ingeneus Corp. Fluorescent intensity assay for protein or peptide binding to nucleic acids
US6900300B1 (en) 2000-09-19 2005-05-31 Ingeneus Corporation Quadruplex DNA and duplex probe systems
US6403313B1 (en) * 1999-12-21 2002-06-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization solution utilizing fluorescent intercalators
US6420115B1 (en) * 1999-12-21 2002-07-16 Ingeneus Corporation Cation mediated triplex hybridization assay
US6858390B2 (en) 1998-12-31 2005-02-22 Ingeneus Corporation Aptamers containing sequences of nucleic acid or nucleic acid analogues bound homologously, or in novel complexes
US6656692B2 (en) * 1999-12-21 2003-12-02 Ingeneus Corporation Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US6231597B1 (en) * 1999-02-16 2001-05-15 Mark E. Deem Apparatus and methods for selectively stenting a portion of a vessel wall
US6153389A (en) * 1999-02-22 2000-11-28 Haarer; Brian K. DNA additives as a mechanism for unambiguously marking biological samples
US6712836B1 (en) * 1999-05-13 2004-03-30 St. Jude Medical Atg, Inc. Apparatus and methods for closing septal defects and occluding blood flow
US6375668B1 (en) * 1999-06-02 2002-04-23 Hanson S. Gifford Devices and methods for treating vascular malformations
US6645733B1 (en) * 1999-06-25 2003-11-11 Ingeneus Corporation Fluorescent intensity method for assaying binding between proteins or peptides
JP2001061968A (ja) * 1999-08-30 2001-03-13 Hiroshi Terai 動脈瘤治療具
US6551303B1 (en) * 1999-10-27 2003-04-22 Atritech, Inc. Barrier device for ostium of left atrial appendage
US20040081959A9 (en) * 1999-12-08 2004-04-29 Epoch Biosciences, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
US6911536B1 (en) * 1999-12-21 2005-06-28 Ingeneus Corporation Triplex and quadruplex catalytic hybridization
US6927027B2 (en) * 1999-12-21 2005-08-09 Ingeneus Corporation Nucleic acid multiplex formation
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
US20030181412A1 (en) * 1999-12-21 2003-09-25 Ingeneus Corporation Method for modifying transcription and/or translation in an organism for therapeutic, prophylactic and/or analytic uses
US7309569B2 (en) * 1999-12-21 2007-12-18 Ingeneus, Inc. Parallel or antiparallel, homologous or complementary binding of nucleic acids or analogues thereof to form duplex, triplex or quadruplex complexes
US6924108B2 (en) * 1999-12-21 2005-08-02 Ingeneus Corporation Nucleic acid binding enhancement by conjugation with nucleotides, nucleosides, bases and/or their analogues
US6265170B1 (en) * 2000-01-24 2001-07-24 Ingeneus Corporation Homogenous assay of duplex of triplex hybridization by means of multiple measurements under varied conditions
US20030170659A1 (en) * 2000-01-24 2003-09-11 Ingeneus Corporation Electrical treatment of binding media to encourage, discourage and/or study biopolymer binding
US6613524B1 (en) * 2000-01-24 2003-09-02 Ingeneus Corporation Amperometric affinity assay and electrically stimulated complexes of nucleic acids
US7220541B2 (en) * 2000-01-24 2007-05-22 Ingeneus, Inc. Homogeneous assay of biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
US6982147B2 (en) 2000-01-24 2006-01-03 Ingeneus Corporation Apparatus for assaying biopolymer binding by means of multiple measurements under varied conditions
WO2001061043A2 (en) * 2000-02-16 2001-08-23 Illumina, Inc. Parallel genotyping of multiple patient samples
US6391037B1 (en) * 2000-03-02 2002-05-21 Prodesco, Inc. Bag for use in the intravascular treatment of saccular aneurysms
US6648911B1 (en) * 2000-11-20 2003-11-18 Avantec Vascular Corporation Method and device for the treatment of vulnerable tissue site
AU2002239284A1 (en) * 2000-11-27 2002-06-03 The Regents Of The University Of California Methods and devices for characterizing duplex nucleic acid molecules
US20020173838A1 (en) * 2001-05-18 2002-11-21 Frazier O. Howard Method and apparatus for surgically restoring coronary blood vessels
US6454780B1 (en) * 2001-06-21 2002-09-24 Scimed Life Systems, Inc. Aneurysm neck obstruction device
US8715312B2 (en) * 2001-07-20 2014-05-06 Microvention, Inc. Aneurysm treatment device and method of use
US6617137B2 (en) * 2001-10-15 2003-09-09 Molecular Staging Inc. Method of amplifying whole genomes without subjecting the genome to denaturing conditions
US7273699B2 (en) * 2002-01-31 2007-09-25 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Methods for detecting nucleic acid sequence variation
US20030171801A1 (en) * 2002-03-06 2003-09-11 Brian Bates Partially covered intraluminal support device
US20030204244A1 (en) * 2002-04-26 2003-10-30 Stiger Mark L. Aneurysm exclusion stent
US20040034386A1 (en) * 2002-08-19 2004-02-19 Michael Fulton Aneurysm stent
US7157228B2 (en) * 2002-09-09 2007-01-02 Bioarray Solutions Ltd. Genetic analysis and authentication
JP2004187604A (ja) * 2002-12-12 2004-07-08 Fuji Photo Film Co Ltd 遺伝子発現量の分析方法
US20050165469A1 (en) * 2002-12-24 2005-07-28 Michael Hogendijk Vascular prosthesis including torsional stabilizer and methods of use
US20040142329A1 (en) * 2003-01-17 2004-07-22 Ingeneus Corporation Probe conjugation to increase multiplex binding motif preference
US20040180345A1 (en) 2003-03-14 2004-09-16 Ingeneus Corporation Pre-incubation method to improve signal/noise ratio of nucleic acid assays
CN1852688A (zh) * 2003-05-19 2006-10-25 斯托特药物集团公司 组织扩张装置及用于治疗介入的相关方法
US20050049691A1 (en) * 2003-09-02 2005-03-03 Mericle Robert A. Polymeric reconstrainable, repositionable, detachable, percutaneous endovascular stentgraft
US8157855B2 (en) * 2003-12-05 2012-04-17 Boston Scientific Scimed, Inc. Detachable segment stent
US20060004438A1 (en) * 2004-04-30 2006-01-05 Novostent Corporation Prosthesis, delivery system and method for neurovascular aneurysm repair
US20060206200A1 (en) * 2004-05-25 2006-09-14 Chestnut Medical Technologies, Inc. Flexible vascular occluding device
US20060098833A1 (en) * 2004-05-28 2006-05-11 Juneau Roger P Self forming in-the-ear hearing aid
WO2006055052A2 (en) * 2004-07-19 2006-05-26 Michael Gertner Methods and devices for chronic embolic protection
EP1804719A2 (en) * 2004-09-22 2007-07-11 Lee R. Guterman Cranial aneurysm treatment arrangement
US20060155323A1 (en) * 2005-01-07 2006-07-13 Porter Stephen C Intra-aneurysm devices
US7306623B2 (en) * 2005-01-13 2007-12-11 Medtronic Vascular, Inc. Branch vessel graft design and deployment method

Also Published As

Publication number Publication date
NZ554538A (en) 2009-12-24
CA2581087A1 (en) 2006-03-30
JP2008514197A (ja) 2008-05-08
AU2005286084B2 (en) 2011-04-28
CA2581087C (en) 2013-11-19
EP1815010A2 (en) 2007-08-08
ZA200703326B (en) 2008-11-26
US20090123914A1 (en) 2009-05-14
WO2006033088A2 (en) 2006-03-30
CN101031659A (zh) 2007-09-05
BRPI0516955A (pt) 2008-09-30
SG155995A1 (en) 2009-10-29
IL182107A0 (en) 2007-07-24
RU2464320C2 (ru) 2012-10-20
WO2006033088A3 (en) 2006-07-06
KR20070062575A (ko) 2007-06-15
AU2005286084C1 (en) 2011-11-24
US8486622B2 (en) 2013-07-16
AU2005286084A1 (en) 2006-03-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2464320C2 (ru) Геномный анализ
US7803544B2 (en) Method of detecting amplification product or target nucleic acid
Kostrikis et al. Spectral genotyping of human alleles
AU2003270397B2 (en) Quantification of gene expression
ES2320604T3 (es) Identificacion de polimorfismos del adn mediante la utilizacion de citometria de flujo.
US20070059690A1 (en) "Met/fret based method of target nucleic acid detection whereby the donor/acceptor moieties are on complementary strands"
US20030235854A1 (en) Methods for analyzing a nucleic acid
JP2002537858A (ja) 核酸の配列を直接決定するための方法
CN105525010B (zh) 一种茎环结构组合探针及其应用
EP2646575A1 (en) Detecting mutations in dna
Young Medical genetics
Liu et al. High-fidelity CRISPR/Cas13a trans cleavage-driven assembly of single quantum dot nanosensor for ultrasensitive detection of long noncoding RNAs in clinical breast tissues
CN105793435A (zh) 多重探针
CN115323045A (zh) 一种基因测序试剂及基因测序方法
JP5900908B2 (ja) 一塩基反復多型解析方法及び一塩基多型解析方法
JP6248633B2 (ja) 標的核酸の検出方法
DE10104937A1 (de) Fluoreszenzpolarisation
Suar et al. Molecular diagnostics: past, present, and future
US20150045249A1 (en) Nucleic acid detection method
CN110144393A (zh) 一种检测atp7b基因常见突变的试剂盒及基因芯片
JP2014180278A (ja) 核酸の解析方法、そこにおいて使用されるアッセイキット
Ünsal et al. A novel method of multiplex SNP genotyping assay through variable fragment length allele-specific polymerase chain reaction: Multiplex VFLASP-ARMS
Andreoni et al. Time-resolved FRET method for typing polymorphic alleles of the human leukocyte antigen system by using a single DNA probe
RU2008140355A (ru) Способ скрининга сердечно-сосудистых зоболеваний и биочип для осуществления этого способа
JP5641465B2 (ja) 一塩基反復多型解析方法及び一塩基多型解析方法

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20081016

FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20081016

FZ9A Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal)

Effective date: 20090922

MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20170924