RU2006131570A

RU2006131570A - Гены, связанные с остеоартритом собак, и относящиеся к этому способы и композиции

Info

Publication number: RU2006131570A
Application number: RU2006131570/15A
Authority: RU
Inventors: Рондо П. МИДДЛТОН (US); Рондо П. МИДДЛТОН; Стивен С. ХАННА (US); Стивен С. ХАННА
Original assignee: Нестек С.А. (Ch); Нестек С.А.
Priority date: 2004-02-02
Filing date: 2005-02-02
Publication date: 2008-03-10
Also published as: AU2005210503A1; AU2005210503B2; ZA200607348B; EP1711635A1; CA2555083A1; BRPI0507349A; RU2341795C2; CN1914336A; CN1914336B; JP2007523643A; WO2005075685A1; JP4879756B2

Claims

1. Комбинация, включающая множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии.

2. Комбинация по п.1, в которой множество молекул полинуклеотидов включает две или больше молекул, выбранных из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагментов.

3. Способ выявления дифференциальной экспрессии нуклеиновых кислот в образце, включающий стадии:

a) гибридизации комбинации, включающей множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, с нуклеиновыми кислотами образца, при этом образуется один или несколько гибридизационных комплексов;

b) детектирования гибридизационных комплексов и

c) сравнения гибридизационных комплексов с таковыми для стандарта, при этом различия между гибридизационными комплексами стандарта и образца указывают на дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот в образце.

4. Способ по п.3, в котором молекулы полинуклеотидов гибридизуются с последовательностями нуклеиновых кислот, выбранными из SEQ ID NO:1-1558, или их фрагментами.

5. Способ по п.3, в котором молекулы полинуклеотидов гибридизуются с последовательностями нуклеиновых кислот, выбранными из последовательностей генов, приведенных в табл.2, или их фрагментами.

6. Способ по п.3, дополнительно включающий стадию обработки образца тестируемым соединением, причем сравнение со стандартом указывает на то, изменяет ли обработка тестируемым соединением дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот или полипептидов в образце.

7. Способ выявления дифференциальной экспрессии полипептидов в образце, включающий стадии:

а) взаимодействия комбинации, включающей множество белок-связывающих молекул, с полипептидами образца, тем самым давая возможность произойти специфическому связыванию, причем белки, связавшиеся с белок-связывающими молекулами, дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии;

b) детектирования специфического связывания и

c) сравнения специфического связывания в образце с таковым для стандарта, при этом различия между специфическим связыванием стандарта и образца указывают на дифференциальную экспрессию полипептидов в образце.

8. Способ по п.7, дополнительно включающий стадию обработки образца тестируемым соединением, причем сравнение со стандартом указывает на то, изменяет ли обработка тестируемым соединением дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот или полипептидов в образце.

9. Композиция веществ, включающая набор из двух или больше зондов для детектирования экспрессии генов, дифференциально экспрессируемых у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с субъектами, не страдающими остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, причем зонды включают два или больше из следующего:

a) молекул нуклеиновых кислот, которые специфически гибридизуются с двумя или больше генами или фрагментами генов, приведенными в табл.1 и 2, либо их фрагментами; или

b) полипептид-связывающих агентов, которые специфически связываются с полипептидами, образующимися при экспрессии двух или больше молекул нуклеиновых кислот, включающих последовательности, выбранные из одного или нескольких генов или фрагментов генов, приведенных в табл.1 и 2, либо их фрагментами.

10. Композиция по п.9, в которой гены или фрагменты генов включают SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.

11. Композиция по п.9, в которой гены или фрагменты генов включают гены или фрагменты генов, приведенные в табл.2.

12. Устройство для детектирования экспрессии множества генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающее подложку, на которой фиксировано в известных местах множество зондов, причем зонды включают:

a) множество олигонуклеотидов или полинуклеотидов, каждый из которых специфически гибридизуется с другой последовательностью, выбранной из числа SEQ ID NO:1-1558 или их фрагментов; или

b) множество полипептид-связывающих агентов, каждый из которых специфически связывается с другим полипептидом или его фрагментом, образующимся при экспрессии молекулы нуклеиновой кислоты, включающей последовательность, выбранную из генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.

13. Способ измерения эффекта тестируемого соединения на экспрессию одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий стадии:

a) измерения стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в стандартном образце в отсутствие тестируемого соединения;

b) измерения опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в опытном образце в присутствии тестируемого соединения;

c) сравнения стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.

14. Способ по п.13, в котором при измерении используют композицию веществ, включающую множество зондов, причем зонды включают два или больше генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты.

15. Способ по п.13, в котором стандартный и опытный образцы получают из, по меньшей мере, одного субъекта-млекопитающего.

16. Способ измерения эффекта тестируемого соединения на экспрессию связанного с ОА гена, причем ген выбран из группы, состоящей из генов, приведенных в табл.6, а способ включает измерение продукции продуктов транскрипции или трансляции, образующихся при экспрессии гена в присутствии или в отсутствие тестируемого соединения, причем изменение продукции продуктов транскрипции или трансляции в присутствии тестируемого соединения указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию гена.

17. Способ по п.16, в котором экспрессию гена измеряют, обеспечивая ДНК-конструкцию, включающую кодирующую последовательность репортерного гена, функционально соединенную с регуляторными последовательностями транскрипции связанного с ОА гена, и измеряя образование продукта репортерного гена в присутствии и в отсутствие тестируемого соединения.

18. Способ диагностики или составления прогноза для субъекта, проявляющего признаки остеоартрита, включающий:

a) получение образца от субъекта;

b) измерение в образце продукции продуктов транскрипции или трансляции, образующихся при экспрессии одного или нескольких связанных с ОА генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты;

c) сравнение продуктов транскрипции или трансляции образца с таковыми для стандарта, причем отличие в экспрессии любого из связанных с ОА генов или фрагментов генов указывает на остеоартрит.

19. Набор для выявления наличия остеоартрита или предрасположенности к остеоартриту у субъекта, включающий один или несколько олигонуклеотидов, содержащих, по меньшей мере, 10 следующих друг за другом нуклеотидов из последовательности, выбранной из последовательностей, гибридизующихся с двумя или более генами или фрагментами генов, включающими любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, причем олигонуклеотиды специфически связываются с нуклеиновыми кислотами, дифференциально экспрессирующимися у субъектов, страдающих остеоартритом или предрасположенных к нему, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не предрасположенных к нему.

20. Набор для определения экспрессии генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий контейнер, содержащий набор из двух или больше зондов, причем зонды включают один или более из следующего:

a) олигонуклеотидов или полинуклеотидов, специфически гибридизующихся с двумя или более генами или фрагментами генов, включающими любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты; или

b) полипептид-связывающих агентов, специфически связывающихся с полипептидами, образующимися при экспрессии двух или более генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты;

а также инструкции по проведению анализа экспрессии генов.

21. Способ модулирования экспрессии связанных с остеоартритом генов в клетке путем введения эффективного количества соединения в соответствующих условиях с тем, чтобы повлиять на экспрессию, по меньшей мере, одного связанного с остеоартритом гена, имеющего последовательность, выбранную из SEQ ID NO:1-1588 или их фрагментов.

22. Способ по п.21, в котором соединение представляет собой витамин, минерал, нутрицевтик, низкомолекулярное фармацевтическое средство, белок, полипептид, нуклеиновую кислоту, жирную кислоту или полисахарид.

23. Способ по п.22, в котором соединение представляет собой эйкозапентаеновую кислоту, арахидоновую кислоту, глюкозамин, хондроитинсульфат, 1α,25-дигидроксивитамин D₃ или 24R,25-дигидроксивитамин D₃.

24. Способ модулирования экспрессии связанных с остеоартритом генов в клетке путем введения эффективного количества соединения в соответствующих условиях с тем, чтобы повлиять на экспрессию, по меньшей мере, одного связанного с остеоартритом гена, имеющего генный продукт, приведенный в табл.6.

25. Способ по п.24, в котором соединение представляет собой витамин, минерал, нутрицевтик, низкомолекулярное фармацевтическое средство, белок, полипептид, нуклеиновую кислоту, жирную кислоту или полисахарид.

26. Способ по п.25, в котором соединение представляет собой эйкозапентаеновую кислоту, арахидоновую кислоту, глюкозамин, хондроитинсульфат, 1α,25-дигидроксивитамин D₃ или 24R,25-дигидроксивитамин D₃.

27. Способ идентификации соединений, модулирующих связанные с остеоартритом гены, включающий:

a) измерение стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в стандартном образце в отсутствие тестируемого соединения;

b) измерение опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции или трансляции одного или нескольких генов или фрагментов генов, включающих любые из SEQ ID NO:1-1558 или их фрагменты, в опытном образце в присутствии тестируемого соединения; и

c) сравнение стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.