RU2003116087A - Способ обнаружения днк микобактерий туберкулезного комплекса и определения их устойчивости к рифампицину и изониазиду с использованием биочипа - Google Patents
Способ обнаружения днк микобактерий туберкулезного комплекса и определения их устойчивости к рифампицину и изониазиду с использованием биочипаInfo
- Publication number
- RU2003116087A RU2003116087A RU2003116087/13A RU2003116087A RU2003116087A RU 2003116087 A RU2003116087 A RU 2003116087A RU 2003116087/13 A RU2003116087/13 A RU 2003116087/13A RU 2003116087 A RU2003116087 A RU 2003116087A RU 2003116087 A RU2003116087 A RU 2003116087A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- stage
- hybridization
- inha
- rpob
- ahpc
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 8
- 229960003350 isoniazid Drugs 0.000 title 1
- QRXWMOHMRWLFEY-UHFFFAOYSA-N isoniazide Chemical compound NNC(=O)C1=CC=NC=C1 QRXWMOHMRWLFEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 title 1
- JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N rifampicin Chemical compound O([C@](C1=O)(C)O/C=C/[C@@H]([C@H]([C@@H](OC(C)=O)[C@H](C)[C@H](O)[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)\C=C\C=C(C)/C(=O)NC=2C(O)=C3C([O-])=C4C)C)OC)C4=C1C3=C(O)C=2\C=N\N1CC[NH+](C)CC1 JQXXHWHPUNPDRT-WLSIYKJHSA-N 0.000 title 1
- 229960001225 rifampicin Drugs 0.000 title 1
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 title 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 6
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 claims 4
- 101150005343 INHA gene Proteins 0.000 claims 4
- 101100038261 Methanococcus vannielii (strain ATCC 35089 / DSM 1224 / JCM 13029 / OCM 148 / SB) rpo2C gene Proteins 0.000 claims 4
- 101100509674 Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) katG3 gene Proteins 0.000 claims 4
- 101150024831 ahpC gene Proteins 0.000 claims 4
- 101150013110 katG gene Proteins 0.000 claims 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 4
- 101150085857 rpo2 gene Proteins 0.000 claims 4
- 101150090202 rpoB gene Proteins 0.000 claims 4
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 3
- 241001302239 Mycobacterium tuberculosis complex Species 0.000 claims 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 238000007846 asymmetric PCR Methods 0.000 claims 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 2
- 229940049413 rifampicin and isoniazid Drugs 0.000 claims 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 claims 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 claims 1
- 210000000416 exudates and transudate Anatomy 0.000 claims 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 claims 1
- 239000000463 material Substances 0.000 claims 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 claims 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 claims 1
Claims (7)
1. Способ обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса с одновременным определением мутаций в ДНК микобактерий, приводящих к устойчивости возбудителя к рифампицину и изониазиду, включающий:
а) - мультиплексную амплификацию фрагментов генов rpoB, katG. inhA, ahpC и мобильного элемента IS6110 с оригинальными специфичными праймерами на первой стадии ПЦР;
б) - мультиплексную амплификацию фрагментов генов rpoB, katG, inhA, ahpC, мобильного элемента IS6110 с использованием флуоресцентно меченных праймеров на второй стадии ассиметричной ПЦР;
в) - изготовление олигонуклеотидного биочипа для обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса и определения мутаций, приводящих к устойчивости к рифампицину и изониазиду;
г) - гибридизацию амплифицированных флуоресцентно меченных продуктов ассиметричной ПЦР на биочипе;
д) - регистрацию и,
е) - интерпретацию результатов гибридизации.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что амплификацию фрагментов генов rpoB, katG, inhA, ahpC и мобильного элемента IS6110 (стадия а) проводят, используя непосредственно материал клинического образца (мокроту, экссудат, смыв, бронхо-альвеолярный лаваж).
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что при изготовлении биочипа (стадия в) используют оригинальный набор олигонуклеотидов, позволяющий однозначно определять точечные мутации в участках генов rpoB, katG. inhA, ahpC, мобильного
элемента IS6110, причем порядок размещения иммобилизованных олигонуклеотидов на
биочипе позволяет визуально определить наличие мутации и ее точную локализацию.
4. Способ по п.1, отличающийся гем, что разработанные условия гибридизации (стадия г) обеспечивают высокую степень дифференциации между совершенными и несовершенными гибридизационными дуплексами, определяемую отношением флуоресцентного сигнала, регистрируемого в ячейке, в которой образовался совершенный гибридизационный дуплекс, к таковому, регистрируемому в ячейке, в которой образовался несовершенный дуплекс.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что регистрацию результатов (стадия д) проводят визуально.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что регистрацию результатов (стадия д) проводят с помощью фотографирующего устройства.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что интерпретацию зарегистрированных результатов (стадия е) выполняют путем сравнения интенсивности флуоресценции сигналов, полученных при совершенной и несовершенной гибридизации.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2003116087A true RU2003116087A (ru) | 2004-12-27 |
Family
ID=
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2376387C2 (ru) | Способ одновременного обнаружения микобактерий туберкулезного комплекса и идентификации мутаций в днк микобактерий, приводящих к устойчивости микроорганизмов к рифампицину и изониазиду, на биологических микрочипах, набор праймеров, биочип и набор олигонуклеотидных зондов, используемые в способе | |
| JP2020506680A5 (ru) | ||
| CN101553577B (zh) | 快速基因分型分析和分析设备 | |
| CN104046703B (zh) | 人乳头状瘤病毒的快速基因型鉴定分析及其装置 | |
| TWI527905B (zh) | 透過利用基因檢測技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
| Srividya et al. | Loop mediated isothermal amplification: a promising tool for screening genetic mutations | |
| İnce et al. | Micro-polymerase chain reaction for point-of-care detection and beyond: a review microfluidics and nanofluidics | |
| Hatakeyama et al. | Microfluidic device using chemiluminescence and a DNA-arrayed thin film transistor photosensor for single nucleotide polymorphism genotyping of PCR amplicons from whole blood | |
| WO2015118513A1 (en) | Ngs systems control and methods involving the same | |
| CN103249844B (zh) | 目标核酸多标靶定量鉴定 | |
| KR20200013932A (ko) | 종이기반 핵산검출용 키트 및 pcr 증폭산물을 분석하기 위한 방법 | |
| Miotke et al. | Enzyme-free detection of mutations in cancer DNA using synthetic oligonucleotide probes and fluorescence microscopy | |
| US20100069253A1 (en) | Impedance Spectroscopy Measurement of DNA | |
| EP4308727A1 (en) | Methods and uses for determining the efficiency of genetic-editing procedures | |
| MacLeod et al. | Fast, sensitive point of care electrochemical molecular system for point mutation and select agent detection | |
| Javaheri Tehrani et al. | Rolling Circle Amplification (RCA): an approach for quick detection and identification of fungal species | |
| Ferrari et al. | Single-nucleotide polymorphism and mutation identification by the nanogen microelectronic chip technology | |
| RU2003116087A (ru) | Способ обнаружения днк микобактерий туберкулезного комплекса и определения их устойчивости к рифампицину и изониазиду с использованием биочипа | |
| Tortajada-Genaro et al. | Nucleotide-selective amplification and array-based detection for identifying multiple somatic mutations | |
| Mai et al. | Detecting CYP2C19 genes through an integrated CRISPR/Cas13a-assisted system | |
| US20240392360A1 (en) | Nucleic acid detection | |
| Gorgannezhad | Advanced Technologies in Rapid and Multiplex Detection of Nucleic acid | |
| Walker et al. | A DNA probe assay using strand displacement amplification (SDA) and filtration to separate reacted and unreacted detector probes | |
| TW201410871A (zh) | 藉由利用動態等位基因特異性雜交技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
| Quinn et al. | An Introduction to Amplification–Production–Detection Techniques |