[go: up one dir, main page]

RU2000104843A - Анализ последовательности нуклеиновой кислоты - Google Patents

Анализ последовательности нуклеиновой кислоты

Info

Publication number
RU2000104843A
RU2000104843A RU2000104843/13A RU2000104843A RU2000104843A RU 2000104843 A RU2000104843 A RU 2000104843A RU 2000104843/13 A RU2000104843/13 A RU 2000104843/13A RU 2000104843 A RU2000104843 A RU 2000104843A RU 2000104843 A RU2000104843 A RU 2000104843A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
blocking group
paragraphs
polymerase
group
nucleotide
Prior art date
Application number
RU2000104843/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2198221C2 (ru
Inventor
Дэниэл Генри Деншэм
Original Assignee
Медикал Биосистемз Лтд.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GBGB9715942.0A external-priority patent/GB9715942D0/en
Priority claimed from GBGB9727103.5A external-priority patent/GB9727103D0/en
Application filed by Медикал Биосистемз Лтд. filed Critical Медикал Биосистемз Лтд.
Publication of RU2000104843A publication Critical patent/RU2000104843A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2198221C2 publication Critical patent/RU2198221C2/ru

Links

Claims (29)

1. Способ секвенирования полинуклеотида, включающий этапы:
(a) реагирование полинуклеотида-мишени с полимеразой, иммобилизованной на твердой подложке, и различными нуклеотидами в условиях, обеспечивающих полимеразную реакцию;
(b) детекция проявления последствий инкорпорации конкретного нуклеотида, комплементарного полинуклеотиду-мишени.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что проявление по этапу (b) выявляется путем измерения излучения.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что этапы (а) и (b) осуществляются с каждым из различных нуклеотидов по очереди до того момента, как происходит выявление инкорпорации, с последующим повтором этих этапов.
4. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что этап (а) осуществляется в присутствии всех нуклеотидов.
5. Способ по любому из предыдущих пунктов, отличающийся тем, что нуклеотиды. включают 3'-блокирующую группу, которую удаляют после прохождения реакции полимеризации.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что блокирующая группа может быть избирательно удалена воздействием пульсирующего монохроматического света.
7. Способ по п. 5 или 6, отличающийся тем, что нуклеотиды включают дополнительную блокирующую группу по концевому фосфатному остатку в трифосфатной цепочке, а дополнительная блокирующая группа удаляется до удаления 3'-блокирующей группы.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что дополнительная блокирующая группа может быть избирательно удалена действием пульсирующего монохроматического света в условиях, отличающихся от тех, которые необходимы для удаления 3'-блокирующей группы.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что дополнительная блокирующая группа удаляется действием пульсирующего монохроматического света в течение времени отличного от требуемого для удаления 3'-блокирующей группы.
10. Способ по любому из предыдущих пунктов, отличающийся тем, что этап (а) дополнительно включает внесение конкурентного ингибитора полимеразы.
11. Способ по любому из предыдущих пунктов, отличающийся тем, что полинуклеотид-мишень на этапе (а) связан с полимеразой за счет β--димерного комплекса.
12. Способ по любому из предыдущих пунктов, отличающийся тем, что полимеразой является ДНК-полимераза III E. coli или полимераза Т7.
13. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что полимеразой является Таg-полимераза.
14. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что полимеразой является обратная транскриптаза.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что этап (b) включает выявление изменений резонансного сигнала во времени.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что излучение является электромагнитным.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что электромагнитное излучение относится к инфракрасной области спектра.
18. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что этап (b) включает применение резонанса плазмонов на поверхности.
19. Способ по п. 16, отличающийся тем, что электромагнитное излучение относится к спектру радиочастот.
20. Способ по п. 19, отличающийся тем, что инкорпорация нуклеотида определяется с применением ядерно-магнитного резонанса.
21. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что полинуклеотидом является ДНК.
22. Сенсорный чип, несущий иммобилизованную на него полимеразу.
23. Нуклеотид, включающий блокирующую группу по его 3'-положению и по концевому фосфатному остатку трифосфатной цепочки, при том, что эти две блокирующие группы могут быть удалены действием монохроматического света с разной длиной волны.
24. Нуклеотид по п. 23, отличающийся тем, что блокирующая группа является производной от соединения формулы R1-[О-СО-] Х, где R1 представлен фотолабильной группой, а Х представлен отщепляемой группой.
25. Нуклеотид по п. 23 или 24, отличающийся тем, что блокирующей группой по 3'-положению является о-нитробензилоксикарбонильная группа.
26. Нуклеотид по любому из пп. 23-25, отличающийся тем, что блокирующей группой по концевому фосфату является о-нитробензильная группа.
27. Нуклеотид по любому из пп. 23-26, отличающийся тем, что блокирующей группой по 3'-положению является (4,5-диметокси-2-нитробензил) оксикарбонильная группа.
28. Нуклеотид по любому из пп. 23-27, отличающийся тем, что блокирующей группой по концевому фосфату является 1-(2-нитрофенил)этиловая группа.
29. Устройство для секвенирования полинуклеотида, состоящее из оптического сенсорного чипа, источника света, устройства считывания изображения и светочувствительного элемента, отличающийся тем, что сенсорный чип представляет собой чип по п. 22.
RU2000104843/13A 1997-07-28 1998-07-24 Способ секвенирования полинуклеотида и устройство для его осуществления RU2198221C2 (ru)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB9715942.0A GB9715942D0 (ru) 1997-07-28 1997-07-28
GB9715942.0 1997-07-28
GB9727103.5 1997-12-22
GBGB9727103.5A GB9727103D0 (ru) 1997-12-22 1997-12-22

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2000104843A true RU2000104843A (ru) 2002-03-10
RU2198221C2 RU2198221C2 (ru) 2003-02-10

Family

ID=26311958

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2000104843/13A RU2198221C2 (ru) 1997-07-28 1998-07-24 Способ секвенирования полинуклеотида и устройство для его осуществления

Country Status (18)

Country Link
US (4) US7008766B1 (ru)
EP (4) EP2267165B1 (ru)
JP (1) JP2001511358A (ru)
KR (1) KR100664331B1 (ru)
CN (1) CN1152140C (ru)
AT (1) ATE225858T1 (ru)
AU (1) AU735898B2 (ru)
BR (1) BR9812270A (ru)
CA (1) CA2294962C (ru)
DE (1) DE69808661T3 (ru)
DK (1) DK1017848T3 (ru)
ES (1) ES2183394T5 (ru)
IL (1) IL133411A (ru)
IS (1) IS5360A (ru)
NZ (1) NZ502557A (ru)
PT (1) PT1017848E (ru)
RU (1) RU2198221C2 (ru)
WO (1) WO1999005315A2 (ru)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2334958C2 (ru) * 2003-04-04 2008-09-27 Интернэшнл Фронтьер Сайенс Организейшн Устройство и способ для улучшенного наноспектроскопического сканирования
RU2378627C2 (ru) * 2004-10-05 2010-01-10 Вп Холдинг, Ллс Способ и устройство для улучшенного наноспектроскопического сканирования

Families Citing this family (150)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB9620209D0 (en) * 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
CN1251609A (zh) 1997-02-12 2000-04-26 尤金·Y·查恩 分析聚合物的方法和产品
EP2267165B1 (en) * 1997-07-28 2016-11-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid sequence analysis
US6780591B2 (en) 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US7875440B2 (en) 1998-05-01 2011-01-25 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6787308B2 (en) 1998-07-30 2004-09-07 Solexa Ltd. Arrayed biomolecules and their use in sequencing
AU772281B2 (en) * 1998-12-14 2004-04-22 Li-Cor Inc. A system and methods for nucleic acid sequencing of single molecules by polymerase synthesis
EP1961826A3 (en) 1999-03-10 2008-09-17 ASM Scientific, Inc. A method for direct nucleic acid sequencing
AU2005201777B2 (en) * 1999-03-10 2007-08-02 Asm Scientific, Inc. A Method for Direct Nucleic Acid Sequencing
GB9907813D0 (en) 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Synthesis
GB9907812D0 (en) * 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Sequencing
EP1212338B1 (de) 1999-04-08 2012-11-21 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts Nucleosid-Derivate mit photolabilen Schutzgruppen
US7056661B2 (en) * 1999-05-19 2006-06-06 Cornell Research Foundation, Inc. Method for sequencing nucleic acid molecules
EP1681357A3 (en) * 1999-05-19 2006-07-26 Cornell Research Foundation, Inc. Method for sequencing nucleic acid molecules
US7501245B2 (en) 1999-06-28 2009-03-10 Helicos Biosciences Corp. Methods and apparatuses for analyzing polynucleotide sequences
US6818395B1 (en) 1999-06-28 2004-11-16 California Institute Of Technology Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences
US6927065B2 (en) 1999-08-13 2005-08-09 U.S. Genomics, Inc. Methods and apparatus for characterization of single polymers
US6982146B1 (en) 1999-08-30 2006-01-03 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services High speed parallel molecular nucleic acid sequencing
WO2001016375A2 (en) * 1999-08-30 2001-03-08 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services High speed parallel molecular nucleic acid sequencing
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7211390B2 (en) 1999-09-16 2007-05-01 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
GB9923644D0 (en) * 1999-10-06 1999-12-08 Medical Biosystems Ltd DNA sequencing
US6908736B1 (en) 1999-10-06 2005-06-21 Medical Biosystems, Ltd. DNA sequencing method
EP1252172A2 (en) * 1999-12-21 2002-10-30 VBC-Genomics Bioscience Research GmbH Compound comprising a peptide moiety and an organo-silane moiety
GB0002389D0 (en) 2000-02-02 2000-03-22 Solexa Ltd Molecular arrays
GB0016473D0 (en) 2000-07-05 2000-08-23 Amersham Pharm Biotech Uk Ltd Sequencing method
CN100462433C (zh) 2000-07-07 2009-02-18 维西根生物技术公司 实时序列测定
DE60127162T2 (de) 2000-10-06 2008-04-24 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Massives Parallelverfahren zur Dekodierung von DNA und RNA
US9708358B2 (en) 2000-10-06 2017-07-18 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Massive parallel method for decoding DNA and RNA
EP1354064A2 (en) * 2000-12-01 2003-10-22 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
JP2004524525A (ja) * 2001-01-30 2004-08-12 ソレックサ リミテッド ポリヌクレオチドアレイの調製
JP2004523243A (ja) 2001-03-12 2004-08-05 カリフォルニア インスティチュート オブ テクノロジー 非同期性塩基伸長によってポリヌクレオチド配列を分析するための方法および装置
GB0112238D0 (en) * 2001-05-18 2001-07-11 Medical Biosystems Ltd Sequencing method
US7118907B2 (en) 2001-06-06 2006-10-10 Li-Cor, Inc. Single molecule detection systems and methods
US6613523B2 (en) 2001-06-29 2003-09-02 Agilent Technologies, Inc. Method of DNA sequencing using cleavable tags
US7668697B2 (en) * 2006-02-06 2010-02-23 Andrei Volkov Method for analyzing dynamic detectable events at the single molecule level
US6852492B2 (en) * 2001-09-24 2005-02-08 Intel Corporation Nucleic acid sequencing by raman monitoring of uptake of precursors during molecular replication
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6902921B2 (en) 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
GB0129012D0 (en) 2001-12-04 2002-01-23 Solexa Ltd Labelled nucleotides
DK3002289T3 (en) 2002-08-23 2018-04-23 Illumina Cambridge Ltd MODIFIED NUCLEOTIDES FOR POLYNUCLEOTIDE SEQUENCE
US11008359B2 (en) 2002-08-23 2021-05-18 Illumina Cambridge Limited Labelled nucleotides
US7414116B2 (en) 2002-08-23 2008-08-19 Illumina Cambridge Limited Labelled nucleotides
AU2004209426B2 (en) 2003-01-29 2008-04-17 454 Life Sciences Corporation Method for preparing single-stranded DNA libraries
US7575865B2 (en) 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
JP2004347621A (ja) * 2003-04-24 2004-12-09 Dainippon Printing Co Ltd 透過型スクリーン
GB0316553D0 (en) * 2003-07-15 2003-08-20 Densham Daniel Method
CA2532220A1 (en) * 2003-07-15 2005-01-27 Daniel Henry Densham Measurement of a polynucleotide amplification reaction
GB0317343D0 (en) * 2003-07-24 2003-08-27 Medical Biosystems Ltd Polynucleotide sequencing
US7169560B2 (en) 2003-11-12 2007-01-30 Helicos Biosciences Corporation Short cycle methods for sequencing polynucleotides
US7595160B2 (en) 2004-01-13 2009-09-29 U.S. Genomics, Inc. Analyte detection using barcoded polymers
WO2005067692A2 (en) 2004-01-13 2005-07-28 U.S. Genomics, Inc. Detection and quantification of analytes in solution using polymers
ATE463584T1 (de) 2004-02-19 2010-04-15 Helicos Biosciences Corp Verfahren zur analyse von polynukleotidsequenzen
AU2005244258B2 (en) 2004-04-09 2010-07-01 Monsanto Technology Llc Compositions and methods for control of insect infestations in plants
US7476734B2 (en) 2005-12-06 2009-01-13 Helicos Biosciences Corporation Nucleotide analogs
EP1766090B1 (en) 2004-05-25 2011-04-27 Helicos Biosciences Corporation Methods for nucleic acid immobilisation
GB0413082D0 (en) 2004-06-11 2004-07-14 Medical Biosystems Ltd Method
US7170050B2 (en) 2004-09-17 2007-01-30 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and methods for optical analysis of molecules
US7315019B2 (en) 2004-09-17 2008-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Arrays of optical confinements and uses thereof
US7220549B2 (en) 2004-12-30 2007-05-22 Helicos Biosciences Corporation Stabilizing a nucleic acid for nucleic acid sequencing
US7482120B2 (en) 2005-01-28 2009-01-27 Helicos Biosciences Corporation Methods and compositions for improving fidelity in a nucleic acid synthesis reaction
US7274458B2 (en) 2005-03-07 2007-09-25 3M Innovative Properties Company Thermoplastic film having metallic nanoparticle coating
US7666494B2 (en) 2005-05-04 2010-02-23 3M Innovative Properties Company Microporous article having metallic nanoparticle coating
ES2689172T3 (es) * 2005-06-23 2018-11-08 Biocartis Nv Cartucho modular, sistema y procedimiento para diagnóstico médico automatizado
US20100203504A1 (en) * 2005-07-07 2010-08-12 Yoichi Katsumoto Substance-Information Acquisition Method Using Evanescent Light Beam, Substance-Information Measurement Apparatus, Base-Sequence Determination Method and Base-Sequence Determination Apparatus
WO2007011331A2 (en) 2005-07-14 2007-01-25 3M Innovative Properties Company Water-soluble polymeric substrate having metallic nanoparticle coating
US7805081B2 (en) * 2005-08-11 2010-09-28 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and systems for monitoring multiple optical signals from a single source
GB0517097D0 (en) 2005-08-19 2005-09-28 Solexa Ltd Modified nucleosides and nucleotides and uses thereof
US7666593B2 (en) 2005-08-26 2010-02-23 Helicos Biosciences Corporation Single molecule sequencing of captured nucleic acids
AR055169A1 (es) 2005-09-16 2007-08-08 Monsanto Technology Llc Metodos para el control genetico de infestaciones de insectos en plantas y composiciones para los mismos
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
US7763423B2 (en) 2005-09-30 2010-07-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Substrates having low density reactive groups for monitoring enzyme activity
US7998717B2 (en) 2005-12-02 2011-08-16 Pacific Biosciences Of California, Inc. Mitigation of photodamage in analytical reactions
US8703734B2 (en) 2005-12-12 2014-04-22 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Nanoprobes for detection or modification of molecules
WO2007070572A2 (en) 2005-12-12 2007-06-21 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Probe for nucleic acid sequencing and methods of use
US7692783B2 (en) * 2006-02-13 2010-04-06 Pacific Biosciences Of California Methods and systems for simultaneous real-time monitoring of optical signals from multiple sources
US7995202B2 (en) 2006-02-13 2011-08-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and systems for simultaneous real-time monitoring of optical signals from multiple sources
US7715001B2 (en) 2006-02-13 2010-05-11 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and systems for simultaneous real-time monitoring of optical signals from multiple sources
US7397546B2 (en) 2006-03-08 2008-07-08 Helicos Biosciences Corporation Systems and methods for reducing detected intensity non-uniformity in a laser beam
US8975216B2 (en) 2006-03-30 2015-03-10 Pacific Biosciences Of California Articles having localized molecules disposed thereon and methods of producing same
US7563574B2 (en) 2006-03-31 2009-07-21 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods, systems and compositions for monitoring enzyme activity and applications thereof
US8207509B2 (en) 2006-09-01 2012-06-26 Pacific Biosciences Of California, Inc. Substrates, systems and methods for analyzing materials
AU2007289057C1 (en) 2006-09-01 2014-01-16 Pacific Biosciences Of California, Inc. Substrates, systems and methods for analyzing materials
US20080076123A1 (en) * 2006-09-27 2008-03-27 Helicos Biosciences Corporation Polymerase variants for DNA sequencing
US20080080059A1 (en) * 2006-09-28 2008-04-03 Pacific Biosciences Of California, Inc. Modular optical components and systems incorporating same
WO2008042067A2 (en) 2006-09-28 2008-04-10 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleotide sequencing
US7883869B2 (en) 2006-12-01 2011-02-08 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Four-color DNA sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators
US8551704B2 (en) 2007-02-16 2013-10-08 Pacific Biosciences Of California, Inc. Controllable strand scission of mini circle DNA
US20080277595A1 (en) * 2007-05-10 2008-11-13 Pacific Biosciences Of California, Inc. Highly multiplexed confocal detection systems and methods of using same
US20100167413A1 (en) * 2007-05-10 2010-07-01 Paul Lundquist Methods and systems for analyzing fluorescent materials with reduced autofluorescence
DE102007022915A1 (de) * 2007-05-14 2008-11-20 Stiftung Caesar Center Of Advanced European Studies And Research Polymerisationssensor
WO2009017678A2 (en) 2007-07-26 2009-02-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Molecular redundant sequencing
WO2009045344A2 (en) 2007-09-28 2009-04-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Error-free amplification of dna for clonal sequencing
US7960116B2 (en) 2007-09-28 2011-06-14 Pacific Biosciences Of California, Inc. Nucleic acid sequencing methods and systems
EP2209911B1 (en) 2007-10-19 2013-10-16 The Trustees of Columbia University in the City of New York Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators and a deoxyinosine analogue with a reversible terminator group
EP2940029B1 (en) 2007-10-19 2023-11-29 The Trustees of Columbia University in the City of New York Design and synthesis of cleavable fluorescent nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis
EP2245444A4 (en) 2008-01-10 2014-04-16 Pacific Biosciences California METHODS AND SYSTEMS FOR ANALYZING MODULATED EXCITATION FLUORESCENT REACTIONS
WO2009102470A2 (en) 2008-02-12 2009-08-20 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for use in analytical reactions
CA2719747C (en) 2008-03-28 2018-02-20 Pacific Biosciences Of California, Inc. Compositions and methods for nucleic acid sequencing
US8628940B2 (en) 2008-09-24 2014-01-14 Pacific Biosciences Of California, Inc. Intermittent detection during analytical reactions
WO2009120374A2 (en) 2008-03-28 2009-10-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sample preparation
US8198023B2 (en) 2008-08-05 2012-06-12 Pacific Biosciences Of California, Inc. Prevention and alleviation of steric hindrance during single molecule nucleic acid synthesis by a polymerase
US8795961B2 (en) 2008-09-05 2014-08-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Preparations, compositions, and methods for nucleic acid sequencing
EP2331934B1 (en) 2008-09-16 2020-01-01 Pacific Biosciences of California, Inc. Analytic device including a zero mode waveguide substrate
US8921046B2 (en) 2008-09-19 2014-12-30 Pacific Biosciences Of California, Inc. Nucleic acid sequence analysis
US8481264B2 (en) 2008-09-19 2013-07-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Immobilized nucleic acid complexes for sequence analysis
WO2010036287A1 (en) 2008-09-24 2010-04-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Intermittent detection during analytical reactions
US8383369B2 (en) 2008-09-24 2013-02-26 Pacific Biosciences Of California, Inc. Intermittent detection during analytical reactions
US8252910B2 (en) 2008-11-19 2012-08-28 Pacific Biosciences Of California, Inc. Modular nucleotide compositions and uses therefor
US8370079B2 (en) 2008-11-20 2013-02-05 Pacific Biosciences Of California, Inc. Algorithms for sequence determination
US8993230B2 (en) 2008-12-04 2015-03-31 Pacific Biosciences of Californ, Inc. Asynchronous sequencing of biological polymers
AU2009325069B2 (en) 2008-12-11 2015-03-19 Pacific Biosciences Of California, Inc. Classification of nucleic acid templates
US9175338B2 (en) 2008-12-11 2015-11-03 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods for identifying nucleic acid modifications
US20230148447A9 (en) 2008-12-11 2023-05-11 Pacific Biosciences Of California, Inc. Classification of nucleic acid templates
AU2010245304B2 (en) 2009-04-27 2015-06-04 Pacific Biosciences Of California, Inc. Real-time sequencing methods and systems
US8501406B1 (en) 2009-07-14 2013-08-06 Pacific Biosciences Of California, Inc. Selectively functionalized arrays
US8518643B2 (en) 2010-02-04 2013-08-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Method to improve single molecule analyses
EP3943920B1 (en) 2010-02-19 2024-04-03 Pacific Biosciences Of California, Inc. Integrated analytical system and method for fluorescence measurement
WO2011116120A2 (en) * 2010-03-16 2011-09-22 Life Technologies Corporation Method and apparatus for addressable flow cells in single molecule sequencing
US8318094B1 (en) 2010-06-18 2012-11-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Substrate analysis systems
US8834847B2 (en) 2010-08-12 2014-09-16 Pacific Biosciences Of California, Inc. Photodamage mitigation compounds and systems
US8465922B2 (en) 2010-08-26 2013-06-18 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and systems for monitoring reactions
WO2012129242A2 (en) 2011-03-23 2012-09-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Isolation of polymerase-nucleic acid complexes and loading onto substrates
WO2012138973A2 (en) 2011-04-06 2012-10-11 The University Of Chicago COMPOSITION AND METHODS RELATED TO MODIFICATION OF 5-METHYLCYTOSINE (5mC)
US20150031024A1 (en) * 2011-07-30 2015-01-29 The Regents Of The University Of California Enzymatic preparation of 10 base to 50 kb double-strand dna reagent for sequencing with a nanopore-polymerase sequencing device
WO2013056241A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Pacific Biosciences Of California, Inc. Real-time redox sequencing
US9267917B2 (en) 2011-11-04 2016-02-23 Pacific Biosciences Of California, Inc. Nanopores in zero mode waveguides
US9238836B2 (en) 2012-03-30 2016-01-19 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and compositions for sequencing modified nucleic acids
US9175348B2 (en) 2012-04-24 2015-11-03 Pacific Biosciences Of California, Inc. Identification of 5-methyl-C in nucleic acid templates
CA2903095C (en) 2013-03-15 2018-02-13 Xiaohai Liu Modified nucleosides or nucleotides
US9416414B2 (en) 2013-10-24 2016-08-16 Pacific Biosciences Of California, Inc. Delaying real-time sequencing
US10302972B2 (en) 2015-01-23 2019-05-28 Pacific Biosciences Of California, Inc. Waveguide transmission
AU2016259012C1 (en) 2015-05-07 2022-11-17 Pacific Biosciences Of California, Inc. Multiprocessor pipeline architecture
US10077470B2 (en) 2015-07-21 2018-09-18 Omniome, Inc. Nucleic acid sequencing methods and systems
WO2017087696A1 (en) 2015-11-18 2017-05-26 Pacific Biosciences Of California, Inc. Methods and compositions for loading of polymerase complexes
AU2017258619B2 (en) 2016-04-29 2020-05-14 Pacific Biosciences Of California, Inc. Sequencing method employing ternary complex destabilization to identify cognate nucleotides
US10428378B2 (en) 2016-08-15 2019-10-01 Omniome, Inc. Sequencing method for rapid identification and processing of cognate nucleotide pairs
JP6828140B2 (ja) 2016-08-15 2021-02-10 オムニオム インコーポレイテッドＯｍｎｉｏｍｅ， Ｉｎｃ． 核酸をシーケンシングするための方法及びシステム
US11248254B2 (en) 2016-12-30 2022-02-15 Omniome, Inc. Method and system employing distinguishable polymerases for detecting ternary complexes and identifying cognate nucleotides
US10415029B2 (en) 2017-01-20 2019-09-17 Omniome, Inc. Allele-specific capture of nucleic acids
US9932631B1 (en) 2017-09-11 2018-04-03 Omniome, Inc. Genotyping by polymerase binding
CA3050695C (en) 2017-01-20 2024-02-20 Omniome, Inc. Process for cognate nucleotide detection in a nucleic acid sequencing workflow
US9951385B1 (en) 2017-04-25 2018-04-24 Omniome, Inc. Methods and apparatus that increase sequencing-by-binding efficiency
US10161003B2 (en) 2017-04-25 2018-12-25 Omniome, Inc. Methods and apparatus that increase sequencing-by-binding efficiency
AU2018353136B2 (en) 2017-10-19 2022-05-19 Pacific Biosciences Of California, Inc. Simultaneous background reduction and complex stabilization in binding assay workflows
US11078534B2 (en) * 2017-11-27 2021-08-03 Roche Molecular Systems, Inc. Photocleavable nucleotide reagents with high stability
CA3103296A1 (en) 2018-12-21 2020-06-25 Illumina, Inc. Sensing systems
US20220154273A1 (en) * 2020-11-16 2022-05-19 Illumina, Inc. Incorporation and imaging mixes

Family Cites Families (44)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3728032A (en) * 1971-10-13 1973-04-17 H Noll Flow cell for spectroscopic analysis of density gradients
GB2102005B (en) * 1981-07-23 1984-11-21 Mta Koezponti Kemiai Kutato In Process for synthesis of polydeoxynucleotides
US4629747A (en) * 1984-07-09 1986-12-16 Phillips Petroleum Company Microbiocidal anionic sequesterants with polyvalent metal cations for permeability correction process
US5064754A (en) * 1984-12-14 1991-11-12 Mills Randell L Genomic sequencing method
US4863849A (en) * 1985-07-18 1989-09-05 New York Medical College Automatable process for sequencing nucleotide
US4971903A (en) 1988-03-25 1990-11-20 Edward Hyman Pyrophosphate-based method and apparatus for sequencing nucleic acids
DE68926504T2 (de) † 1988-07-20 1996-09-12 David Segev Verfahren zur amplifizierung und zum nachweis von nukleinsäuresequenzen
SE462454B (sv) * 1988-11-10 1990-06-25 Pharmacia Ab Maetyta foer anvaendning i biosensorer
GB2225339A (en) * 1988-11-15 1990-05-30 Aligena Ag Separating electrically charged macromolecular compounds by forced-flow membrane electrophoresis
GB8910880D0 (en) 1989-05-11 1989-06-28 Amersham Int Plc Sequencing method
US5302509A (en) * 1989-08-14 1994-04-12 Beckman Instruments, Inc. Method for sequencing polynucleotides
SE465516B (sv) * 1989-08-18 1991-09-23 Kurt G I Nilsson Saett att framstaella en oligosackaridfoerening varvid glykosidas fraan en mollusk anvaendes
WO1991006678A1 (en) 1989-10-26 1991-05-16 Sri International Dna sequencing
EP0562025B1 (en) 1990-12-06 2001-02-07 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Compounds and their use in a binary synthesis strategy
DE4104076C2 (de) * 1991-02-11 1994-03-31 Bruker Analytische Messtechnik Vorrichtung zur kernresonanzspektrometrischen Messung von chemischen und/oder physikalischen Reaktionsabläufen
US6004744A (en) † 1991-03-05 1999-12-21 Molecular Tool, Inc. Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer
GB9119735D0 (en) * 1991-09-16 1991-10-30 Secr Defence Gene probe biosensor method
US5583026A (en) * 1994-08-31 1996-12-10 Cornell Research Foundation, Inc. Process for reconstituting the polymerase III* and other subassemblies of E. coli DNA polymerase III holoenzyme from peptide subunits
GB9208733D0 (en) * 1992-04-22 1992-06-10 Medical Res Council Dna sequencing method
SE9201984D0 (sv) 1992-06-29 1992-06-29 Pharmacia Biosensor Ab Improvement in optical assays
US5360714A (en) * 1992-08-28 1994-11-01 Fox Chase Cancer Center Hepadnavirus polymerase gene product having RNA-dependent DNA priming and reverse transcriptase activities and methods of measuring the activities thereof
AU5449094A (en) * 1992-11-02 1994-05-24 Affymax Technologies N.V. Novel photoreactive protecting groups
JPH08507926A (ja) 1993-03-19 1996-08-27 シーケノム・インコーポレーテツド エキソヌクレアーゼ分解を介した質量分析法によるｄｎａ配列決定
RU2041262C1 (ru) * 1993-08-11 1995-08-09 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Способ иммобилизации водорастворимых биоорганических соединений на капиллярно-пористый носитель
WO1995006138A1 (en) 1993-08-25 1995-03-02 The Regents Of The University Of California Microscopic method for detecting micromotions
US5485277A (en) * 1994-07-26 1996-01-16 Physical Optics Corporation Surface plasmon resonance sensor and methods for the utilization thereof
US5801042A (en) * 1994-08-18 1998-09-01 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Unique associated Kaposi's sarcoma virus sequences and uses thereof
US5635608A (en) * 1994-11-08 1997-06-03 Molecular Probes, Inc. α-carboxy caged compounds
US5959098A (en) 1996-04-17 1999-09-28 Affymetrix, Inc. Substrate preparation process
US5753439A (en) * 1995-05-19 1998-05-19 Trustees Of Boston University Nucleic acid detection methods
US6331692B1 (en) * 1996-10-12 2001-12-18 Volker Krause Diode laser, laser optics, device for laser treatment of a workpiece, process for a laser treatment of workpiece
EP0975796A4 (en) 1997-03-05 2004-04-21 Anadys Pharmaceuticals Inc SELECTION PROCESS BASED ON ANISOTROPLE FLUORESCENCE FOR THE IDENTIFICATION OF COMPOUNDS WITH AFFINITY TO NUCLEIC ACIDS
US6159687A (en) * 1997-03-18 2000-12-12 Novo Nordisk A/S Methods for generating recombined polynucleotides
EP2267165B1 (en) * 1997-07-28 2016-11-30 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid sequence analysis
US7875440B2 (en) * 1998-05-01 2011-01-25 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6780591B2 (en) * 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
GB9907813D0 (en) * 1999-04-06 1999-06-02 Medical Biosystems Ltd Synthesis
US7056661B2 (en) * 1999-05-19 2006-06-06 Cornell Research Foundation, Inc. Method for sequencing nucleic acid molecules
US6908736B1 (en) * 1999-10-06 2005-06-21 Medical Biosystems, Ltd. DNA sequencing method
GB9923644D0 (en) * 1999-10-06 1999-12-08 Medical Biosystems Ltd DNA sequencing
GB0112238D0 (en) * 2001-05-18 2001-07-11 Medical Biosystems Ltd Sequencing method
GB0317343D0 (en) * 2003-07-24 2003-08-27 Medical Biosystems Ltd Polynucleotide sequencing
GB0413082D0 (en) * 2004-06-11 2004-07-14 Medical Biosystems Ltd Method
WO2013113402A1 (en) * 2012-02-03 2013-08-08 Agilent Technologies, Inc. Micromachined flow cell with freestanding fluidic tube

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2334958C2 (ru) * 2003-04-04 2008-09-27 Интернэшнл Фронтьер Сайенс Организейшн Устройство и способ для улучшенного наноспектроскопического сканирования
RU2378627C2 (ru) * 2004-10-05 2010-01-10 Вп Холдинг, Ллс Способ и устройство для улучшенного наноспектроскопического сканирования

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2000104843A (ru) Анализ последовательности нуклеиновой кислоты
CA2294962A1 (en) Nucleic acid sequence analysis
US10669576B2 (en) Systems and methods for fluorescence detection with a movable detection module
US8612161B2 (en) Methods and compositions for base calling nucleic acids
US10174066B2 (en) Methods and compositions for incorporating nucleotides
US5317098A (en) Non-radioisotope tagging of fragments
US5935793A (en) Parallel polynucleotide sequencing method using tagged primers
WO1993005183A1 (en) Method and device for rapid dna or rna sequencing determination by a base addition sequencing scheme
US5668266A (en) Synthesis of single-stranded labelled oligonucleotides of preselected sequence
US20020004204A1 (en) Microarray substrate with integrated photodetector and methods of use thereof
ATE485390T1 (de) Multiplex sequenzvariationsanalyse von dna-proben mittels massenspektrometrie
CA2616762A1 (en) Methods of amplifying sequencing nucleic acids
DE69330608D1 (de) Positionelle sequenzierung durch hybridisierung
EP0350073A3 (en) A light diffraction hybridation assay
DK1159453T3 (da) Fremgangsmåde til direkte nukleinsyresekventering
US20100330569A1 (en) Hydroxymethyl Linkers For Labeling Nucleotides
WO2001057248A2 (en) Polynucleotide arrays and their use in sequencing
SK30694A3 (en) Method of detection, identification and/or quantification of a substance and a testing set for performing of this method
NO20021340L (no) Innretning for gjennomföring av kjemiske eller biologiske reaksjoner
JP2002515588A (ja) 試薬及び方法
JP2010213709A (ja) 不連続プライマ−伸長による核酸反復配列の長さ決定
ATE398186T1 (de) Integriertes verfahren und system zur amplifizierung und zum nachweis von nukleinsäuren
DK0523557T3 (da) Immobilisering af nukleinsyrer
EP0462224B1 (en) Sequencing nucleic acids using chemiluminescent detection
AU780156B2 (en) Hybridization self-recognition type probe