RU2041261C1 - Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей - Google Patents
Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей Download PDFInfo
- Publication number
- RU2041261C1 RU2041261C1 RU93040897/13A RU93040897A RU2041261C1 RU 2041261 C1 RU2041261 C1 RU 2041261C1 RU 93040897/13 A RU93040897/13 A RU 93040897/13A RU 93040897 A RU93040897 A RU 93040897A RU 2041261 C1 RU2041261 C1 RU 2041261C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- gel
- layer
- sublayer
- substrate
- matrix
- Prior art date
Links
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 title claims abstract description 35
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 17
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 14
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims abstract description 16
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 5
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 48
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 18
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 claims description 14
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- 230000005855 radiation Effects 0.000 claims description 12
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 2
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 abstract description 7
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 abstract description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 abstract 3
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 abstract 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 55
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 39
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 15
- 239000010408 film Substances 0.000 description 11
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 9
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 5
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 5
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 4
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 3
- 229920002120 photoresistant polymer Polymers 0.000 description 3
- 239000002344 surface layer Substances 0.000 description 3
- XDLMVUHYZWKMMD-UHFFFAOYSA-N 3-trimethoxysilylpropyl 2-methylprop-2-enoate Chemical compound CO[Si](OC)(OC)CCCOC(=O)C(C)=C XDLMVUHYZWKMMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N Hydrazine Chemical compound NN OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 239000006059 cover glass Substances 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- -1 for example Substances 0.000 description 2
- 230000000873 masking effect Effects 0.000 description 2
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000000206 photolithography Methods 0.000 description 2
- 238000007738 vacuum evaporation Methods 0.000 description 2
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KWYHDKDOAIKMQN-UHFFFAOYSA-N N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine Chemical compound CN(C)CCN(C)C KWYHDKDOAIKMQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 239000011358 absorbing material Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- ROOXNKNUYICQNP-UHFFFAOYSA-N ammonium peroxydisulfate Substances [NH4+].[NH4+].[O-]S(=O)(=O)OOS([O-])(=O)=O ROOXNKNUYICQNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VAZSKTXWXKYQJF-UHFFFAOYSA-N ammonium persulfate Chemical compound [NH4+].[NH4+].[O-]S(=O)OOS([O-])=O VAZSKTXWXKYQJF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910001870 ammonium persulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 229910001873 dinitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N disiloxane Chemical class [SiH3]O[SiH3] KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000005530 etching Methods 0.000 description 1
- 229920002313 fluoropolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004377 microelectronic Methods 0.000 description 1
- ZIUHHBKFKCYYJD-UHFFFAOYSA-N n,n'-methylenebisacrylamide Chemical compound C=CC(=O)NCNC(=O)C=C ZIUHHBKFKCYYJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000010409 thin film Substances 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
- B01J2219/00527—Sheets
- B01J2219/00529—DNA chips
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
- B01J2219/00527—Sheets
- B01J2219/00531—Sheets essentially square
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00639—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium
- B01J2219/00644—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium the porous medium being present in discrete locations, e.g. gel pads
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00646—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to beads immobilised on the solid supports
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00646—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to beads immobilised on the solid supports
- B01J2219/00648—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being bound to beads immobilised on the solid supports by the use of solid beads
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
- B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
- B01J2219/00659—Two-dimensional arrays
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
- B01J2219/0072—Organic compounds
- B01J2219/00722—Nucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
- C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Exposure And Positioning Against Photoresist Photosensitive Materials (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
Использование: относится к молекулярной биологии, к способам изготовления матриц для детектирования мисматчей. Сущность изобретения: способ состоит в том, что на жесткую подложку наносят промежуточный фигурный подслой вещества, поглощающего лазерное излучение. Конфигурация подслоя полностью соответствует топологии изготавливаемой матрицы. Затем на промежуточный фигурный слой наносят сплошной слой геля, при этом гель и материал подложки выбирают прозрачным для лазерного излучения. Облучают слой геля лазерным пучком с экспозицией, обеспечивающей испарение геля в местах, расположенных над подслоем поглощающего излучение вещества одновременно с самим этим веществом и на сформированных участках геля закрепляют по одному олигонуклеотиду из выбранного набора. 2 з.п. ф-лы, 3 ил.
Description
Изобретение относится к молекулярной биологии и касается способа изготовления матрицы для детектирования мисматчей, применяемой в биотехнологии, например, в процессе определения нуклеотидной последовательности ДНК.
Известен способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей, содержащей набор олигонуклеотидов заданной длины А, Т, G, C, C, T,(PCT/GB 89/00460, 1989).
Способ состоит в том, что олигонуклеотиды, входящие в выбранный набор, синтезируют непосредственно на поверхности стеклянной подложки путем последовательного маскирования участков поверхности подложки с использованием полосок разной ширины из силоксанового каучука. Маскирование выполняют, например, следующим образом.
Первый набор из четырех оснований А, Т, G, C получают, накладывая четыре широких полоски на прямоугольную стеклянную пластину (подложку).
Второй набор получают, накладывая четыре полоски, равные по ширине первым и ортогонально расположенные относительно них. Получают матрицу, включающую набор из 16 динуклеотидов, затем накладывают третий и четвертый слои каждый из четырех узких полосок, ширина которых составляет 1/4 от ширины полосок первого слоя.
При этом каждый слой из четырех узких полосок находится в пределах одного слоя из более широких полосок. В итоге получают матрицу, содержащую набор из 256 тетрануклеотидов.
Процесс повторяют, накладывая каждый раз два слоя с ортогонально расположенными полосками, которые по ширине составляют 1/4 от ширины полосок двух предыдущих слоев. Каждый прибавляемый слой удлиняет олигонуклеотиды на одно основание и увеличивает в четыре раза количество уникальных олигонуклеотидных последовательностей в наборе.
Размеры полученных этим способом матриц определяются шириной полосок. При использовании самых узких полосок шириной примерно 1 мм матрица, содержащая набор из 256 олигонуклеотидов, занимает площадь 256 мм2. При увеличении количества олигонуклеотидов в наборе размеры матрицы соответственно увеличиваются, что делает ее неудобной в использовании, в частности становится затруднительным одновременный контроль всех ее элементов, особенно при реализации метода с использованием флюоресцентных меток.
Кроме того, описанный способ изготовления матрицы за счет большего числа последовательных операций требует длительного времени для своего осуществления.
Известен, кроме того, способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей, содержащей набор олигонуклеотидов заданной длины, состоящий в том, что на жесткую подложку наносят сплошной слой геля, затем удаляют часть этого слоя и формируют в соответствии с заданной топологией матрицы на поверхности подложки множество по числу олигонуклеотидов в наборе участков геля, отделенных один от другого промежутками, после чего на каждом из полученных участков геля закрепляют по одному олигонуклеотиды из набора АТТGCC. синтезированные предварительно, (РСТ/RU 92/00052, 1992). При осуществлении известного способа частичное удаление слоя геля в местах расположения промежутков осуществляют механическим скрайбированием по шаблону.
Этот способ позволяет изготавливать матрицы с меньшими затратами времени, поскольку микродозы олигонуклеотидов, синтезированных заранее, закрепляют на всех участках слоя геля одновременно за одну операцию.
Кроме того, матрица, элементы которой сформированы объемными участками слоя геля, характеризуется при той же мощности выходного сигнала меньшими размерами по сравнению с матрицей, элементы которой сформированы путем синтеза олигонуклеотидов непосредственно в околоповерхностном слое подложки.
Однако формирование участков и промежутков в слое геля механическим скрайбированием не позволяет получать участки со стороной меньшей 100 мкм. Дальнейшая минимизация размеров приводит, как правило, к механической деструкции геля на краях участков, к искажению топологии матрицы, участки получаютcя со скругленными углами, возможно отслаивание геля от подложки, что сопровождается снижением уровня или даже потерей полезного сигнала.
В основу изобретения положена задача создать способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей, в котором бы операция формирования участков в слое геля в соответствии с топологией матрицы осуществлялась таким образом, чтобы стало возможным получить эти участки с размером стороны ≈10-50 мкм с высокой точностью и надежным закреплением их на подложке, что позволило бы, в свою очередь, миниатюризировать матрицу при одновременном увеличении количества ее элементов.
Эта задача решается тем, что в способе изготовления матрицы для детектирования мисматчей, содержащей набор олигонуклеотидов заданной длины, состоящем в том, что на жесткую подложку наносят сплошной слой геля, затем удаляют часть этого слоя и формируют в соответствии с заданной топологией матрицы на поверхности подложки множество по числу олигонуклеотидов в наборе участков геля, отделенных один от другого промежутками, после чего на каждом участке геля закрепляют по одному олигонуклеотиды из набора, согласно изобретению, перед нанесением слоя геля на подложку в местах расположения промежутков изготавливаемой матрицы наносят промежуточный подслой вещества, поглощающего лазерное излучение, гель и материал подложки выбирают по существу прозрачными для лазерного излучения и удаление части cлоя геля осуществляют облучая сплошной слой геля лазерным пучком с экспозицией, обеспечивающей испарение геля в местах, расположенных над подслоем поглощающего вещества одновременно с веществом подслоя.
Предпочтительно в качестве вещества, поглощающего лазерное излучение использовать алюминий.
При этом желательно толщину промежуточного подслоя выбирать пропорциональной толщине слоя геля. При этом под пропорциональной мы подразумеваем толщину, которая достаточна для обеспечения испарения при облучении слоя геля в местах промежутков, но исключает возможность термической деструкции поверхности подложки и кромок участков геля, которые остаются после облучения.
Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей, осуществленный в соответствии с настоящим изобретением, позволяет получать матрицы со стороной участков ≈10-30 мкм с высокой точностью, отличается высоким быстродействием и не требует для своего осуществления конструктирования дополнительного оборудования. Способ, согласно изобретению, может быть реализован с привлечением оборудования широко применяемого в производстве микроэлектронных деталей и приборов.
На фиг. 1 изображена в изометрии матрица для детектирования мисматчей; на фиг. 1 матрица в изометрии в процессе изготовления, после нанесения промежуточного подслоя; на фиг. 3 то же, что и на фиг. 1, матрица в процессе изготовления, в момент облучения слоя геля лазерным пучком, поперечный разрез.
Матрица для детектирования мисматчей (фиг. 1) содержит жесткую подложку 1, в данном случае прямоугольную стеклянную пластину, на поверхности которой в соответствии c заданной топологией матрицы закреплено множество участков 2, отделенных один от другого промежутками 3. Поверхность каждого участка 2 имеет преимущественно форму квадрата, а сами участки 2 выполнены из геля, преимущественно полиакриламидного. Участки 2 являются элементами матрицы и в тело каждого из них иммобилизованы олигонуклеотиды заданной длины из выбранного набора, причем в каждый участок 2 иммобилизованы олигонуклеотиды строго одного типа.
На химически обработанную рабочую поверхность подложки 1 в местах расположения промежутков изготавливаемой матрицы наносят промежуточный подслой 4 (фиг. 2) вещества, поглощающего лазерное излучение. В качестве такого вещества может быть использован металл, например, Ni или Аl, предпочтительно Аl.
Химическую обработку проводят с целью подготовки рабочей поверхности подложки 1 для нанесения на нее качественной пленки вещества, поглощающего лазерное излучение. Например, если в качестве такого вещества выбран алюминий, поверхность стеклянной подложки отмывают перекисно-аммиачной смесью и затем промывают в ванне с деионизированной водой.
Формирование фигурного подслоя 4 может быть осуществлено в два этапа: нанесение на отмытую подложку 1 сплошной металлической пленки алюминия и фотолитография по металлической пленке с учетом заданной топологии матрицы.
Нанесение пленки алюминия можно выполнить, например, методом термического вакуумного испарения из резистивных испарителей. Толщина напыленного подслоя 4 предпочтительно составляет 0,1-0,3 мкм.
Метод фотолитографии по металлу широко описан в технической литературе и может быть применен без каких-либо особенностей.
Затем на подложку 1 с фигурным подслоем 4 вещества, поглощающего лазерное излучение, наносят сплошной слой 5 (фиг. 3) геля. При этом гель и материал подложки 1 выбирают по существу прозрачными для лазерного излучения. Для этой цели подходящим является полиакриламидный гель или агарозный гель. Предпочтительным является использование полиакриламидного геля и стеклянной подложки.
Для обеспечения лучшей адгезии полиакриламидного геля и образования ковалентной связи между гелем и поверхностью стекла подложку покрывают слоем Bind-Silane (гаммаметакрилоксипропилтриметоксисилан), выдерживают ≈30 мин, удаляют этот слой с помощью подходящего растворителя, промывают подложку деионизированной водой и высушивают струей газообразного азота или на воздухе.
Тонкую пленку полиакриламидного геля на поверхность стеклянной подложки наносят путем заливки раствора геля в капиллярный зазор, образованный между подложкой и покровным стеклом, поверхность которого, обращенную к подложке, предварительно обрабатывают с целью придания ей гидрофобных свойств.
Подложку и покровное стекло, между которыми помещены фторопластовые прокладки (толщиной 20 мкм), сдавливают зажимами и в зазор подают приготовленный полиакриламидный гель. Последний капиллярными силами втягивается в зазор и через некоторое время (5-10 мин) полимеризуется. Покровное стекло удаляют, подложку промывают деионизированной водой и сушат на воздухе. После этого осуществляют облучение сплошного слоя 5 геля лазерным пучком (на фиг. 3 показан вертикальными стрелками) с экспозицией, обеспечивающей испарение геля в местах 6, расположенных над подслоем 4 поглощающего вещества, а также испарение самого подслоя 4. В результате облучения на поверхности подложки 1 формируется множество участков 2 (фиг. 1) геля, отделенных один от другого промежутками 3, в которых гель и вещество подслоя 4 отсутствуют, а поверхность промежутков 3 является поверхностью стеклянной подложки 1.
В качестве источника лазерного излучения здесь может быть использован любой промышленно выпускаемый лазер, работающий в диапазоне длин волн 0,53; 0,55; 0,63; 0,69; 1,06 мкм.
В этом диапазоне длин волн коэффициент поглощения полиакриламидного геля и стекла не превышает долей процента, в то время как в этом же диапазоне коэффициент поглощения металлической пленки, в частности алюминиевой, существенно отличен от коэффициента поглощения геля и составляет десятки процентов.
Проникновение энергии излучения Е(х) в материалы описывается уравнением:
E(x) E0(1 R)e-ax, где Е0 энергия, падающая на поверхность,
R коэффициент отражения поверхности,
а коэффициент поглощения.
E(x) E0(1 R)e-ax, где Е0 энергия, падающая на поверхность,
R коэффициент отражения поверхности,
а коэффициент поглощения.
Количество энергии, поглощаемой в слое толщиной Δ х,
Δ Е Е0(1 R)ae-ax Δ x. Таким образом, поглощенная энергия максимальна на поверхности слоя и монотонно уменьшается с его глубиной. Большая часть энергии поглощается в приповерхностном слое толщиной 1/а. Для металлов значение а, как правило, составляет 104-105 см-1, поэтому для металлов толщина этого слоя составит 10-5-10-6 см.
Δ Е Е0(1 R)ae-ax Δ x. Таким образом, поглощенная энергия максимальна на поверхности слоя и монотонно уменьшается с его глубиной. Большая часть энергии поглощается в приповерхностном слое толщиной 1/а. Для металлов значение а, как правило, составляет 104-105 см-1, поэтому для металлов толщина этого слоя составит 10-5-10-6 см.
Количество энергии лазерного излучения, которое может быть поглощено промежуточным подслоем 4 прямо пропор- ционально толщине Δ х этого подслоя и времени экспозиции до его испарения.
В то же время этой энергии должно хватить для полного испарения не только подслоя 4, но и части слоя 5 геля, расположенной над подслоем 4. При недостатке энергии происходит неполная деструкция подлежащей удалению части слоя 5 геля. При избытке этой энергии возможна термическая деструкция в поверхностном слое стеклянной подложки 1. Оптимальное количество энергии облучения, подводимой к слою 5 геля, можно выбрать, варьируя либо экспозицию при облучению, либо толщину подслоя 4.
Однако максимальное время экспозиции ограничено теплопроводностью стекла и геля и опасностью начала термодеструкции на подлежащей сохранению при облучении части слоя 5 геля. С учетом изложенного оптимальное количество энергии облучения обеспечивают выбором толщины Δ х промежуточного подслоя 4, пропорциональной толщине слоя 5 геля. После облучения слоя 5 геля, в результате чего на поверхности стеклянной подложки 1 получают множество участков 2 геля, отделенных один от другого промежутками, осуществляют иммобилизацию олигонуклеотидов в геле по известной технологии.
Для более четкого понимания существа настоящего способа ниже приводится конкретный пример изготовления заготовки матрицы на 65000 элементов.
П р и м е р. Брали предметное стекло микроскопа размером 45х45, толщиной 1,5 мм, отмывали его перекисно-аммиачной смесью, содержащей:
аммиак водный 1 ч. перекись водорода 1 ч. деионизированная вода 6 ч.
аммиак водный 1 ч. перекись водорода 1 ч. деионизированная вода 6 ч.
Время отмывки две ванны по 15 мин при температуре раствора 70-75оС.
После этого осуществляли промывку подложки в трехкаскадной ванне с проточной деионизированной водой. Затем сушили струей газообразного азота, после чего на всю поверхность обработанной подложки методом термического вакуумного испарения из резистивных испарителей напыляли сплошную пленку алюминия толщиной 0,2 мкм. На алюминиевую пленку методом центрифугирования наносили фоторезист, который после просушки экспонировали через фотошаблон с изображением изготавливаемой матрицы и получали на поверхности алюминиевой пленки защитный рельеф из фоторезиста, повторяющий рисунок фотошаблона. Травлением в 50%-ной ортофосфорной кислоте при температуре 60-70оС удаляли незащищенные фоторезистом участки алюминиевой пленки и получали на поверхности подложки фигурный промежуточный подслой из алюминия, который состоял из пересекающихся под прямым углом дорожек (промежутков) шириной 60 мкм, отстоящих одна от другой на расстоянии 30 мкм, при этом между дорожками было образовано множество квадратных участков 30х30 мкм незащищенных алюминиевой пленкой, расположенных упорядоченными рядами.
После этого на подложку наносили слой полиакриламидного геля толщиной 20 мкм. Подложку обрабатывали Bind-Silane и располагали дистанционно (с помощью прокладок толщиной 20 мкм) относительно нее покровное стекло, обработанное предварительно Repel-Silane (LKB) и покрытое тонким слоем Triton Х-100. Образованный зазор между ними заполняли раствором 8%-ного акриламида, 30:1 N, N'-метиленбисакриламида, персульфата аммония и ТЕМЕD и оставляли для полимеризации на 1 ч. При этом между предметным стеклом и подложкой формировался слой геля толщиной 20 мкм и с размерами, которые определяются размерами предметного стекла. После полимеризации покровное стекло снимали. Подложку со слоем полиакриламида обрабатывали в течение часа при комнатной температуре 50%-ным гидразином.
Приготовленный таким образом слой геля на подложке с промежуточным металлизированным подслоем, повторяющим полностью топологию изготавливаемой матрицы, направляли на лазерную обработку.
Для облучения использовали лазер со следующими характеристиками:
излучение на длине волны λ 1,06 мкм;
максимальная выходная мощность в режиме свободной генерации 1 кДж;
длительность импульса свободной генерации 3-5 мс;
активный элемент стекло с Nd+ +(630х15 мм);
частота следования импульсов 0,03 Гц;
охлаждение водяное.
излучение на длине волны λ 1,06 мкм;
максимальная выходная мощность в режиме свободной генерации 1 кДж;
длительность импульса свободной генерации 3-5 мс;
активный элемент стекло с Nd+ +(630х15 мм);
частота следования импульсов 0,03 Гц;
охлаждение водяное.
Время экспозиции составляло 10-7 с.
В процессе облучения промежуточный подслой алюминия испарился полностью. За счет выделяющегося при испарении алюминиевой пленки тепла произошло испарение участков геля, расположенных над промежуточным подслоем. Участки геля, расположенные непосредственно на поверхности подложки остались неповрежденными, как и поверхность стеклянной подложки под испарившимся подслоем.
В результате была получена заготовка микроматрицы, содержащая на площади 1 см2 12000 участков геля 30х30 мкм, толщиной 20 мкм, отделенные один от дpугого промежутками шириной 60 мкм. Поверхность участков не имела повреждений, грани участков были четкими, отслаивания геля от поверхности подложки обнаружено не было. Поверхность самой подложки также не имела повреждений. В дальнейшем из полученной заготовки изготавливали микроматрицу для детектирования мисматчей путем иммобилизации олигонуклеотидов в геле.
Claims (3)
1. СПОСОБ ИЗГОТОВЛЕНИЯ МАТРИЦЫ ДЛЯ ДЕТЕКТИРОВАНИЯ МИСМАТЧЕЙ, содержащей набор олигонуклеотидов заданной длины, состоящий в том, что на жесткую подложку наносят сплошной слой геля, затем удаляют часть этого слоя и формируют в соответствии с заданной топологией матрицы на поверхности подложки множество по числу олигонуклеотидов в наборе участков геля, отделенных один от другого промежутками, после чего на каждом участке геля закрепляют по одному олигонуклеотиды из набора, отличающийся тем, что перед нанесением слоя на подложку в местах расположения промежутков изготовляемой матрицы наносят промежуточный подслой вещества, поглощающего лазерное излучение, гель и материал подложки выбирают по существу прозрачными для лазерного излучения и удаление части слоя геля осуществляют, облучая сплошной слой геля лазерным пучком с экспозицией, обеспечивающей испарение геля в местах, расположенных над слоем поглощающего вещества одновременно с веществом подслоя.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что в качестве вещества, поглощающего лазерное излучение, используют алюминий.
3. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что толщину слоя, поглощающего лазерное излучение, выбирают пропорционально толщине слоя геля.
Priority Applications (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU93040897/13A RU2041261C1 (ru) | 1993-08-11 | 1993-08-11 | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей |
| US08/411,794 US5770721A (en) | 1993-08-11 | 1994-08-05 | Method of manufacturing a matrix for the detection of mismatches |
| PCT/RU1994/000180 WO1995004834A1 (en) | 1993-08-11 | 1994-08-05 | Method of manufacturing a matrix for the detection of mismatches |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU93040897/13A RU2041261C1 (ru) | 1993-08-11 | 1993-08-11 | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU93040897A RU93040897A (ru) | 1995-03-27 |
| RU2041261C1 true RU2041261C1 (ru) | 1995-08-09 |
Family
ID=20146479
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU93040897/13A RU2041261C1 (ru) | 1993-08-11 | 1993-08-11 | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US5770721A (ru) |
| RU (1) | RU2041261C1 (ru) |
| WO (1) | WO1995004834A1 (ru) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2206615C1 (ru) * | 2001-10-22 | 2003-06-20 | Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН | Способ частичного секвенирования днк для определения мутаций в коротких фрагментах одноцепочечной днк с использованием микрочипа |
| RU2673288C2 (ru) * | 2013-09-24 | 2018-11-23 | Энтопсис | Детектируемые матрицы, системы для диагностики и способы их получения и применения |
| RU2760391C2 (ru) * | 2016-12-22 | 2021-11-24 | Иллюмина, Инк. | Биочипы, включающие пленку смолы и структурированный слой полимера |
Families Citing this family (93)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
| US6040138A (en) * | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
| AU675054B2 (en) | 1991-11-22 | 1997-01-23 | Affymetrix, Inc. | Combinatorial strategies for polymer synthesis |
| US6071699A (en) | 1996-06-07 | 2000-06-06 | California Institute Of Technology | Nucleic acid mediated electron transfer |
| US5824473A (en) * | 1993-12-10 | 1998-10-20 | California Institute Of Technology | Nucleic acid mediated electron transfer |
| US5952172A (en) | 1993-12-10 | 1999-09-14 | California Institute Of Technology | Nucleic acid mediated electron transfer |
| US5620850A (en) * | 1994-09-26 | 1997-04-15 | President And Fellows Of Harvard College | Molecular recognition at surfaces derivatized with self-assembled monolayers |
| US20010018514A1 (en) | 1998-07-31 | 2001-08-30 | Mcgall Glenn H. | Nucleic acid labeling compounds |
| US6864059B2 (en) | 1996-01-23 | 2005-03-08 | Affymetrix, Inc. | Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds |
| EP0880598A4 (en) | 1996-01-23 | 2005-02-23 | Affymetrix Inc | RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM |
| US7291463B2 (en) | 1996-01-23 | 2007-11-06 | Affymetrix, Inc. | Nucleic acid labeling compounds |
| US7423143B2 (en) | 1996-01-23 | 2008-09-09 | Affymetrix. Inc. | Nucleic acid labeling compounds |
| US7282327B2 (en) | 1996-01-23 | 2007-10-16 | Affymetrix, Inc. | Nucleic acid labeling compounds |
| US6965020B2 (en) | 1996-01-23 | 2005-11-15 | Affymetrix, Inc. | Nucleic acid labeling compounds |
| ES2288760T3 (es) | 1996-04-25 | 2008-01-16 | Bioarray Solutions Ltd. | Ensamblaje electrocinetico controlado por luz de particulas proximas a superficies. |
| US7160678B1 (en) | 1996-11-05 | 2007-01-09 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Compositions for the electronic detection of analytes utilizing monolayers |
| US7014992B1 (en) | 1996-11-05 | 2006-03-21 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Conductive oligomers attached to electrodes and nucleoside analogs |
| US7045285B1 (en) | 1996-11-05 | 2006-05-16 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Electronic transfer moieties attached to peptide nucleic acids |
| US7393645B2 (en) * | 1996-11-05 | 2008-07-01 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Compositions for the electronic detection of analytes utilizing monolayers |
| US7381525B1 (en) | 1997-03-07 | 2008-06-03 | Clinical Micro Sensors, Inc. | AC/DC voltage apparatus for detection of nucleic acids |
| US6096273A (en) | 1996-11-05 | 2000-08-01 | Clinical Micro Sensors | Electrodes linked via conductive oligomers to nucleic acids |
| US6458584B1 (en) | 1996-12-23 | 2002-10-01 | University Of Chicago | Customized oligonucleotide microchips that convert multiple genetic information to simple patterns, are portable and reusable |
| US6013459A (en) * | 1997-06-12 | 2000-01-11 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Detection of analytes using reorganization energy |
| US6686150B1 (en) | 1998-01-27 | 2004-02-03 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Amplification of nucleic acids with electronic detection |
| US7090804B2 (en) | 1998-01-27 | 2006-08-15 | Clinical Mirco Sensors, Inc. | Amplification of nucleic acids with electronic detection |
| US6376619B1 (en) | 1998-04-13 | 2002-04-23 | 3M Innovative Properties Company | High density, miniaturized arrays and methods of manufacturing same |
| DE19819537A1 (de) * | 1998-04-30 | 2000-03-16 | Biochip Technologies Gmbh | Analyse- und Diagnostikinstrument |
| US20050244954A1 (en) * | 1998-06-23 | 2005-11-03 | Blackburn Gary F | Binding acceleration techniques for the detection of analytes |
| US6761816B1 (en) * | 1998-06-23 | 2004-07-13 | Clinical Micro Systems, Inc. | Printed circuit boards with monolayers and capture ligands |
| US7087148B1 (en) | 1998-06-23 | 2006-08-08 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Binding acceleration techniques for the detection of analytes |
| US6740518B1 (en) | 1998-09-17 | 2004-05-25 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Signal detection techniques for the detection of analytes |
| AU1241000A (en) * | 1998-10-27 | 2000-05-15 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Detection of target analytes using particles and electrodes |
| US6391937B1 (en) * | 1998-11-25 | 2002-05-21 | Motorola, Inc. | Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers |
| US6833267B1 (en) | 1998-12-30 | 2004-12-21 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Tissue collection devices containing biosensors |
| US20020177135A1 (en) * | 1999-07-27 | 2002-11-28 | Doung Hau H. | Devices and methods for biochip multiplexing |
| US7312087B2 (en) | 2000-01-11 | 2007-12-25 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Devices and methods for biochip multiplexing |
| US6942771B1 (en) | 1999-04-21 | 2005-09-13 | Clinical Micro Sensors, Inc. | Microfluidic systems in the electrochemical detection of target analytes |
| US6174683B1 (en) | 1999-04-26 | 2001-01-16 | Biocept, Inc. | Method of making biochips and the biochips resulting therefrom |
| WO2000065098A2 (en) * | 1999-04-27 | 2000-11-02 | University Of Chicago | Nucleotide extension on a microarray of gel-immobilized primers |
| US6664061B2 (en) | 1999-06-25 | 2003-12-16 | Amersham Biosciences Ab | Use and evaluation of a [2+2] photoaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix |
| US6372813B1 (en) | 1999-06-25 | 2002-04-16 | Motorola | Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays |
| US7935481B1 (en) | 1999-07-26 | 2011-05-03 | Osmetech Technology Inc. | Sequence determination of nucleic acids using electronic detection |
| WO2001021838A2 (en) * | 1999-09-22 | 2001-03-29 | Motorola Inc. | Three-dimensional microarray system for parallel genotyping of single nucleotide polymorphisms |
| US6518024B2 (en) | 1999-12-13 | 2003-02-11 | Motorola, Inc. | Electrochemical detection of single base extension |
| US6482638B1 (en) * | 1999-12-09 | 2002-11-19 | 3M Innovative Properties Company | Heat-relaxable substrates and arrays |
| JP2003516165A (ja) * | 1999-12-09 | 2003-05-13 | モトローラ・インコーポレイテッド | 核酸反応の電気的検出に関する方法および組成物 |
| US6824669B1 (en) * | 2000-02-17 | 2004-11-30 | Motorola, Inc. | Protein and peptide sensors using electrical detection methods |
| AU3986501A (en) * | 2000-02-23 | 2001-09-03 | Zyomyx Inc | Chips having elevated sample surfaces |
| US7205104B2 (en) * | 2000-03-24 | 2007-04-17 | Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) | Identification of biological (micro) organisms by detection of their homologous nucleotide sequences on arrays |
| US7875442B2 (en) * | 2000-03-24 | 2011-01-25 | Eppendorf Array Technologies | Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components |
| US7202026B2 (en) * | 2000-03-24 | 2007-04-10 | Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) | Identification of a large number of biological (micro)organisms groups at different levels by their detection on a same array |
| US20080085515A1 (en) * | 2000-03-24 | 2008-04-10 | Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) | Identification of multiple biological (micro) organisms by detection of their nucleotide sequences on arrays |
| US7829313B2 (en) * | 2000-03-24 | 2010-11-09 | Eppendorf Array Technologies | Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components |
| EP1164201A1 (en) * | 2000-06-14 | 2001-12-19 | Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix | Reverse detection for identification and/or quantification of nucleotide target sequences on biochips |
| US9709559B2 (en) | 2000-06-21 | 2017-07-18 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays |
| ATE319087T1 (de) | 2000-06-21 | 2006-03-15 | Bioarray Solutions Ltd | Multianalytische molekularanalyse durch verwendung anwendungsspezifischer zufallspartikelarrays |
| JP4382265B2 (ja) * | 2000-07-12 | 2009-12-09 | 日本電気株式会社 | 酸化シリコン膜の形成方法及びその形成装置 |
| JP2004510147A (ja) * | 2000-09-27 | 2004-04-02 | サーモディックス,インコーポレイティド | 高密度アレイ |
| US20030082604A1 (en) * | 2000-09-27 | 2003-05-01 | Swanson Melvin J. | High density arrays |
| US20050100951A1 (en) * | 2000-10-26 | 2005-05-12 | Biocept, Inc. | 3D format biochips and method of use |
| US6892140B1 (en) | 2000-11-27 | 2005-05-10 | Enteron, Inc. | Immunogenic cancer peptides and uses thereof |
| AU2002258502A1 (en) | 2001-03-12 | 2002-09-24 | Affymetrix, Inc. | Nucleic acid labeling compounds |
| US7262063B2 (en) | 2001-06-21 | 2007-08-28 | Bio Array Solutions, Ltd. | Directed assembly of functional heterostructures |
| RU2206575C2 (ru) * | 2001-07-25 | 2003-06-20 | Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН | Композиция для иммобилизации биологических макромолекул в гидрогелях, способ приготовления композиции, биочип, способ проведения пцр на биочипе |
| WO2003020978A1 (en) * | 2001-09-01 | 2003-03-13 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Method for manufacturing hydrogel biochip by using star-like polyethylene glycol derivative having epoxy group |
| JP4377689B2 (ja) | 2001-10-15 | 2009-12-02 | バイオアレイ ソリューションズ リミテッド | 同時尋問及び酵素仲介検出による多型遺伝子座の複合分析 |
| US7267958B2 (en) * | 2001-11-01 | 2007-09-11 | Rensselaer Polytechnic Institute | Biocatalytic solgel microarrays |
| US7842498B2 (en) * | 2001-11-08 | 2010-11-30 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Hydrophobic surface chip |
| US20050221283A1 (en) * | 2001-12-11 | 2005-10-06 | Mahant Vijay K | Biochip |
| US7267751B2 (en) * | 2002-08-20 | 2007-09-11 | Nanogen, Inc. | Programmable multiplexed active biologic array |
| WO2004047007A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-03 | Bioarray Solutions, Ltd. | Analysis, secure access to, and transmission of array images |
| US7927796B2 (en) | 2003-09-18 | 2011-04-19 | Bioarray Solutions, Ltd. | Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers |
| AU2004276761B2 (en) | 2003-09-22 | 2009-12-24 | Bioarray Solutions, Ltd. | Surface immobilized polyelectrolyte with multiple functional groups capable of covalently bonding to biomolecules |
| CA2544041C (en) | 2003-10-28 | 2015-12-08 | Bioarray Solutions Ltd. | Optimization of gene expression analysis using immobilized capture probes |
| ES2533876T3 (es) | 2003-10-29 | 2015-04-15 | Bioarray Solutions Ltd | Análisis multiplexado de ácidos nucleicos mediante fragmentación de ADN bicatenario |
| US7338763B2 (en) * | 2004-06-02 | 2008-03-04 | Eppendorf Array Technologies S.A. | Method and kit for the detection and/or quantification of homologous nucleotide sequences on arrays |
| US7848889B2 (en) | 2004-08-02 | 2010-12-07 | Bioarray Solutions, Ltd. | Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification |
| EP1816473A4 (en) * | 2004-11-24 | 2007-10-31 | Inst Molekulyarnoi Biolog Im V | PROCESS FOR THE QUANTITATIVE DETECTION OF BIOLOGICAL TOXINS |
| WO2006071132A1 (fr) * | 2004-12-28 | 2006-07-06 | Institut Molekulyarnoi Biologii Im. V.A. Engelgardta Rossiiskoi Akademii Nauk | Micropuce a adn destinee au dosage immunologique parallele multiple de composes, et procedes de dosage immunologique faisant appel a ladite micropuce |
| US8486629B2 (en) | 2005-06-01 | 2013-07-16 | Bioarray Solutions, Ltd. | Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation |
| RU2309959C1 (ru) * | 2006-02-22 | 2007-11-10 | Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Российской Академии Наук | Применение немодифицированных полимерных материалов для изготовления подложки биочипов, биочип на их основе и способ его изготовления, способ иммобилизации гидрогелей на немодифицированных полимерных материалах |
| US7572990B2 (en) * | 2007-03-30 | 2009-08-11 | Intermec Ip Corp. | Keypad overlay membrane |
| US10125388B2 (en) | 2007-10-31 | 2018-11-13 | Akonni Biosystems, Inc. | Integrated sample processing system |
| US8680025B2 (en) * | 2008-05-09 | 2014-03-25 | Akonni Biosystems, Inc. | Microarray system |
| US8680026B2 (en) | 2008-05-09 | 2014-03-25 | Akonni Biosystems, Inc. | Flow cell device |
| EP2703500B1 (en) | 2008-05-09 | 2020-01-08 | Akonni Biosystems | Microarray system |
| WO2011034620A2 (en) | 2009-09-21 | 2011-03-24 | Akonni Biosystems | Integrated cartridge |
| RU2411180C1 (ru) * | 2009-12-22 | 2011-02-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Санкт-Петербургский государственный университет информационных технологий, механики и оптики" | Подложка для биочипа и способ ее изготовления |
| CN103403545B (zh) | 2010-12-09 | 2018-06-22 | 阿科尼生物系统公司 | 样本分析系统 |
| US20130345085A1 (en) | 2011-02-10 | 2013-12-26 | Mitsubishi Rayon Co., Ltd. | Method for detecting nucleic acid |
| WO2012142397A2 (en) | 2011-04-13 | 2012-10-18 | Akonni Biosystems, Inc. | Microarray based sample detection system |
| EP2718465B1 (en) | 2011-06-09 | 2022-04-13 | Illumina, Inc. | Method of making an analyte array |
| WO2015195918A1 (en) | 2014-06-19 | 2015-12-23 | Akonni Biosystems, Inc. | Molecular analysis system and use thereof |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4050898A (en) * | 1976-04-26 | 1977-09-27 | Eastman Kodak Company | Integral analytical element |
| CA1260372A (en) * | 1984-04-27 | 1989-09-26 | Elazar Rabbani | Hybridization method for the detection of genetic materials |
| US4912032A (en) * | 1986-04-17 | 1990-03-27 | Genetec Systems Corporation | Methods for selectively reacting ligands immobilized within a temperature-sensitive polymer gel |
| EP0322311B1 (en) * | 1987-12-21 | 1994-03-23 | Applied Biosystems, Inc. | Method and kit for detecting a nucleic acid sequence |
| GB8810400D0 (en) * | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
| US5212050A (en) * | 1988-11-14 | 1993-05-18 | Mier Randall M | Method of forming a permselective layer |
| RU1794088C (ru) * | 1991-03-18 | 1993-02-07 | Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср | Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени |
| AU3919293A (en) * | 1992-03-27 | 1993-11-08 | University Of Maryland At Baltimore | Detection of gene mutations with mismatch repair enzymes |
| US5376526A (en) * | 1992-05-06 | 1994-12-27 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Genomic mismatch scanning |
-
1993
- 1993-08-11 RU RU93040897/13A patent/RU2041261C1/ru not_active IP Right Cessation
-
1994
- 1994-08-05 WO PCT/RU1994/000180 patent/WO1995004834A1/ru not_active Ceased
- 1994-08-05 US US08/411,794 patent/US5770721A/en not_active Expired - Lifetime
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Заявка РСТ N 89/00460, кл. C 12Q 1/68, публ. 1989. * |
| Заявка РСТ N 92/00052, кл. C 12Q 1/68, 1992. * |
Cited By (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2206615C1 (ru) * | 2001-10-22 | 2003-06-20 | Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН | Способ частичного секвенирования днк для определения мутаций в коротких фрагментах одноцепочечной днк с использованием микрочипа |
| RU2673288C2 (ru) * | 2013-09-24 | 2018-11-23 | Энтопсис | Детектируемые матрицы, системы для диагностики и способы их получения и применения |
| RU2760391C2 (ru) * | 2016-12-22 | 2021-11-24 | Иллюмина, Инк. | Биочипы, включающие пленку смолы и структурированный слой полимера |
| US11512339B2 (en) | 2016-12-22 | 2022-11-29 | Illumina, Inc. | Arrays including a resin film and a patterned polymer layer |
| US11932900B2 (en) | 2016-12-22 | 2024-03-19 | Illumina, Inc. | Arrays including a resin film and a patterned polymer layer |
| US12398416B2 (en) | 2016-12-22 | 2025-08-26 | Illumina, Inc. | Arrays including a resin film and a patterned polymer layer |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO1995004834A1 (en) | 1995-02-16 |
| US5770721A (en) | 1998-06-23 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2041261C1 (ru) | Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей | |
| JP4316677B2 (ja) | 単一分子種の構造化された自己組織型単分子膜、特に物質ライブラリの作製方法 | |
| US5861247A (en) | Rapid method to detect duplex formation in sequencing by hybridization methods | |
| JP2003213437A5 (ru) | ||
| US4235958A (en) | Photosensitive film usable in microgravure | |
| JP2693645B2 (ja) | 表面の電気化学的処理 | |
| KR850007488A (ko) | 폴리실란계 양판용(陽版用) 감광성 내식막재료의 사용방법 | |
| US9823568B2 (en) | Ordering block copolymers | |
| DE58902536D1 (de) | Verfahren zur herstellung einer schicht aus einem metalloxidischen supraleitermaterial mittels laser-verdampfens. | |
| PT1868738E (pt) | Revestimentos funcionalizados com tiol e método para produção dos mesmos | |
| ATE86794T1 (de) | Verfahren zur herstellung einer niedergeschlagenen schicht. | |
| KR20030056328A (ko) | 어븀이 도핑된 실리콘 나노 점 어레이 제조 방법 및 이에이용되는 레이저 기화 증착 장비 | |
| EP0077577B1 (en) | Photographic articles comprising a compound having acetylenic bonds and methods for producing the articles | |
| US20230012890A1 (en) | Method for nanostructuring a substrate | |
| KR880004351A (ko) | 열저항형성층의 제조방법 | |
| JP2009298911A (ja) | ブロック共重合体および基板の加工方法 | |
| US6465174B1 (en) | Rapid method to detect duplex formation in sequencing by hybridization methods, a method for constructing containment structures for reagent interaction | |
| JPS60260946A (ja) | パタ−ン形成用材料及びパタ−ン形成方法 | |
| JP3208290B2 (ja) | 薄膜部材の形成方法 | |
| JPH029196A (ja) | 金属パターン製造方法とそれを用いた金属配線の製造方法 | |
| RU2099810C1 (ru) | Способ формирования топологии интегральной микросхемы | |
| JPS6048023B2 (ja) | ポジ型レジスト | |
| CN101924032B (zh) | 掩蔽方法 | |
| JPH0727215B2 (ja) | 単分子累積膜パタ−ン形成方法 | |
| KR20220123399A (ko) | 콘트라스트 층을 형성하도록 의도된 프리폴리머 조성물 및 계면 재료를 구조화하는 방법 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| NF4A | Reinstatement of patent | ||
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20120812 |