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JP7592034B2 - 核酸ポリペプチド組成物およびその使用 - Google Patents

核酸ポリペプチド組成物およびその使用 Download PDF

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Description

相互参照
本出願は、２０１９年６月６日に出願された米国仮特許出願第６２／８５８，２８５号の利益を主張するものであり、これは全体として引用によって本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は配列表を包含しており、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体を引用することで本明細書に組み込まれる。２０２０年６月６日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、４５５３２－７３４＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、３，１４３，３８２バイトのサイズである。
ＲＮＡ誘導された遺伝子サイレンシングによる遺伝子抑制は、複数のレベルの制御：転写不活性化、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）誘導ｍＲＮＡ低下、およびｓｉＲＮＡ誘導転写減衰を提供する。いくつかの例では、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、複数の細胞分裂にわたって長い永続的な効果を与える。したがって、ＲＮＡｉは、薬物標的の検証、遺伝子機能分析、経路分析、および疾患治療に役立つ実行可能な方法を表す。
ある実施形態では、ポリ核酸分子および任意選択的にポリマーにコンジュゲートした結合部分を含む、組成物と医薬製剤が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子およびポリマーにコンジュゲートした結合部分を含む、組成物と医薬製剤を利用する、疾患または疾病（例えば、癌）を処置する方法も本明細書に記載される。
ある実施形態では、式（ＩＩ）の化合物が本明細書で開示され、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｒ２はそれぞれ独立して、水素、重水素、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
もしくは、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成し、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
いくつかの例では、Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、または、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、フェニレン、またはシクロヘキシルである。いくつかの例では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの例では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレンであり、および、Ｌ３はＣ１－Ｃ５アルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレン、結合、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ３である。
いくつかの例では、Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの例では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの例では、化合物は、以下からなる群から選択され、
Ｒｘは、Ｈ、ハロゲン、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環、－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２－アルキル、－ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、－ＣＨ２ＣＯ２－アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、ＮＨ２、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２ＮＨ２、－ＣＨ２ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ２ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ２Ｈ、－ＳＯ２－アルキル、－ＳＯ２ＮＨ２、または－ＳＯ２ＮＨ－アルキルである。
末端のうちの１つで式（ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドも開示されており、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｊは、ポリヌクレオチドの隣接するヌクレオチドに結合するヌクレオチド間結合基であり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
いくつかの例では、オリゴヌクレオチドはＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドはさらに、少なくとも１つの修飾、または少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはさらに、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－デオキシ、２－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたヌクレオチドから選択される少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはさらに、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはエチレン核酸（ＥＮＡ）、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合から選択される少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはさらに、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、メチルホスホネート結合、ホスホトリエステル結合、またはアミド結合から選択される少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合をさらに含む。
いくつかの例では、式（ＩＩａ）の化合物は、オリゴヌクレオチドの５’－末端に位置する。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは結合部分にコンジュゲートする。いくつかの実施形態では、式（ＩＩａ）の化合物はオリゴヌクレオチドの５’－末端に位置し、結合部分はオリゴヌクレオチドの３’－末端にコンジュゲートする。
いくつかの例では、結合部分は、抗体またはその結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、抗体またはその結合フラグメントは、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ナノボディ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、またはラクダ科抗体、あるいはその結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態では、結合部分はペプチド、アプタマー、または小分子を含む。
いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約８～約５０のヌクレオチド、または約１０～約３０のヌクレオチドを含む。
いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドであり、結合部位にコンジュゲートし、約１０～約３０ヌクレオチドであり、少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含み、および少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子配列の少なくとも８つの隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドはＲＮＡ干渉を媒介する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはセンス鎖である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは第２のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることで、二本鎖オリゴ核酸分子を形成する。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドはアンチセンス鎖である。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドはＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの修飾を含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたヌクレオチドから選択された少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）またはエチレン核酸（ＥＮＡ）から選択される少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、メチルホスホネート結合、ホスホトリエステル結合、またはアミド結合から選択される少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはポリマーを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはポリエチレングリコールを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは第１の鎖と第２の鎖を含み、ここで、第１の鎖はセンス鎖であり、ＲＮＡオリゴヌクレオチドであり、結合部分、ポリマー、またはその組み合わせにコンジュゲートし、約１０～約３０ヌクレオチドであり、少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含み、および、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含み、ならびに、第２の鎖はアンチセンス鎖、ＲＮＡオリゴヌクレオチドであり、約１０～約３０ヌクレオチドであり、少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドを含み、および少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合を含む。
別の実施形態では、式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドコンジュゲートが本明細書で開示され、
Ａ－Ｂ
式（Ｉ）
式中、
Ａは結合部分であり、
Ｂは式（ＩＩａ）のヌクレオチド化合物を含むオリゴヌクレオチドであり、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｊは、ポリヌクレオチドの隣接するヌクレオチドに結合するヌクレオチド間結合基であり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
いくつかの例では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、式Ａ－Ｂ－Ｃ（式Ｉ－Ａ）を形成するために、Ｃをさらに含む。
特定の実施形態では、患者の初代細胞中の標的遺伝子の発現を阻害する方法であって、初代細胞に上記の分子を投与する工程を含む、方法が本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、上記方法はインビボの方法である。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。本明細書では、タンパク質の発現不全を特徴とする疾患または疾病を抱える対象を処置する方法が開示され、上記方法は、タンパク質をコードする遺伝子の発現を調節するために、本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチドを対象に投与する工程であって、それによってタンパク質の発現不全を特徴とする疾患または疾病を処置する、工程を含む。さらに、本明細書では、タンパク質の過剰発現を特徴とする疾患または疾病を抱える対象を処置する方法が開示され、上記方法は、タンパク質をコードする遺伝子の発現を調節するために、本明細書に記載されるようなオリゴヌクレオチドを対象に投与する工程であって、それによって、タンパク質の過剰発現を特徴とする疾患または疾病を処置する、工程を含む。いくつかの例では、疾患または疾病は、ヒトまたは哺乳動物の神経筋疾患、遺伝病、筋ジストロフィー、筋萎縮、筋消耗、癌、遺伝性疾患、または心血管疾患である。
ある実施形態では、患者の疾患または障害の処置のための上記の分子を含む免疫腫瘍学的治療が本明細書で開示される。
ある実施形態では、上記のような分子、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチドコンジュゲートを含むキットが本明細書に開示される。
以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本開示の特定の態様をさらに実証するために含まれる。本開示は、本明細書で提示される特定の実施形態の詳細な記載と組み合わせて、これら図面の１以上を言及することによって、より良く理解することができる。
ガイド（アンチセンス）鎖の５’末端に結合した式（ＩＩ）の化合物を含み、ポリヌクレオチドに直接結合するか、またはリンカーを介してパッセンジャー（センス）鎖の５’末端（上）、パッセンジャー（センス）鎖の３’末端（中）、またはガイド（アンチセンス）鎖の３’末端（下）に結合することができる結合部分Ａをさらに含む、ポリヌクレオチド二重鎖の戯画風な表現を示している。 様々な種類の細胞における相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。図２Ａは、分子生物学的例１に記載されるようにＳＳＢ－ｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＨＣＴ１１６細胞における濃度（ｎＭ）対％ＳＳＢ ｍＲＮＡのプロットを示す。 様々な種類の細胞における相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。図２Ｂは、分子生物学的例２に記載されるようにＳＳＢ ｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＤＭ１対照筋芽細胞についての濃度（ｎＭ）対相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベル（未処置対照の％）のプロットを示す。 様々な種類の細胞における相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。図２Ｃは、分子生物学的例２に記載されるようにＳＳＢ ｓｉＲＮＡによるＳＪＣＲＨ３０トランスフェクションについての濃度（ｎＭ）対相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベル（未処置対照の％）のプロットを示す。 様々な種類の細胞における相対的な％ＭＳＴＮ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。図３Ａは、分子生物学的例２に記載されるようにＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡを用いたＤＭ１対照筋芽細胞についての濃度（ｎＭ）対相対的なＭＳＴＮ ｍＲＮＡレベル（未処置対照の％）のプロットを示す。 様々な種類の細胞における相対的な％ＭＳＴＮ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。図３Ｂは、分子生物学的例２に記載されるようにＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡによるＳＪＣＲＨ３０トランスフェクションについての濃度（ｎＭ）対相対的なＭＳＴＮ ｍＲＮＡレベル（未処理対照の％）のプロットを示す。 様々な修飾ヌクレオチドを有するＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡコンジュゲートのＳＪＣＲＨ３０細胞への導入時の相対的な％ＭＳＴＮ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。 様々な修飾ヌクレオチドを有するＳＳＢ ｓｉＲＮＡコンジュゲートをＳＪＣＲＨ３０細胞に導入時の相対的な％ＳＳＢ ｍＲＮＡレベルのグラフを示す。 分子生物学的例３に記載されるように０．１、０．３、１．０、および３．０ｍｇ／ｋｇでの抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲートを静脈投与した１週間後の（左上）腓腹筋、（左下）四頭筋、（右上）横隔膜、および（右下）前脛骨筋におけるインビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡ ダウンレギュレーションを示す。 分子生物学的例３に記載されるように抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲートを静脈投与した１週間後の（左上）腓腹筋、（左下）四頭筋、（右上）横隔膜、および（右下）前脛骨筋における、ｓｉＲＮＡ濃度対インビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡ ダウンレギュレーションのプロットを示す。 分子生物学的例３に記載されるように抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲートを静脈投与した１週間後の（左上）腓腹筋、（左下）四頭筋、（右上）横隔膜、および（右下）前脛骨筋における、インビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡ ダウンレギュレーションを示す。 分子生物学的例３に記載されるように、別のインビボ用量反応試験において、抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲートを静脈投与した１週間後の（左上）腓腹筋、（左下）四頭筋、（右上）横隔膜、および（右下）前脛骨筋における、インビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡ ダウンレギュレーションを示す。 ２つの別個の研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびｓｉＲＮＡ濃度のグラフを示す。図８Ａおよび図８Ｂは、７、１４、２１、２８、および３５日目のｍＲＮＡの濃度を測定する１つのインビボ研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡ濃度を示す。 ２つの別個の研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびｓｉＲＮＡ濃度のグラフを示す。図８Ａおよび図８Ｂは、７、１４、２１、２８、および３５日目のｍＲＮＡの濃度を測定する１つのインビボ研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡ濃度を示す。 ２つの別個の研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびｓｉＲＮＡ濃度のグラフを示す。図８Ｃおよび図８Ｄは、７、１４、２１、２８、および３５日目のｍＲＮＡの濃度を測定する別のインビボ研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡ濃度を示す。 ２つの別個の研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびｓｉＲＮＡ濃度のグラフを示す。図８Ｃおよび図８Ｄは、７、１４、２１、２８、および３５日目のｍＲＮＡの濃度を測定する別のインビボ研究における腓腹筋でのインビボＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションおよびＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡ濃度を示す。 分子生物学的例３に記載されるように、異なる種類のＳＳＢ－ｓｉＲＮＡによる肝臓におけるインビボＳＳＢ ｍＲＮＡダウンレギュレーションの用量反応グラフを示す。
核酸（例えば、ＲＮＡｉ）治療は高い選択率と特異性を誇る標的療法である。しかしながら、いくつかの例では、核酸治療も、脆弱な細胞内取り込み、限定的な血液安定性、および非特異的な免疫刺激によって妨害される。こうした諸問題に対応するために、核酸組成物の様々な修飾、例えば、より優れた安定化および／またはより低い毒性のための新規なリンカー、増加した標的特異性および／または標的送達用の結合部分の最適化、ならびに、安定性の増加および／または的外れの効果の減少のための核酸ポリマー修飾などが探求されている。
いくつかの実施形態では、核酸組成物を構成する様々な成分の配置または順序はさらに、細胞内取り込み、安定性、毒性、有効性、および／または非特異的な免疫刺激をもたらす。例えば、核酸成分が結合部分、ポリマー、およびポリ核酸分子（または、ポリヌクレオチド）を含む場合、結合部分、ポリマー、および／またはポリ核酸分子（または、ポリヌクレオチド）の順序または配置（例えば、結合部分－ポリ核酸分子－ポリマー、結合部分－ポリマー－ポリ核酸分子、またはポリマー－結合部分－ポリ核酸分子）はさらに、細胞内取り込み、安定性、毒性、有効性、および／または非特異的な免疫刺激をもたらす。
いくつかの実施形態では、その核酸成分の配置が細胞内取り込み、安定性、毒性、有効性、および／または非特異的な免疫刺激をもたらすオリゴヌクレオチドコンジュゲートが本明細書に記載される。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、ポリ核酸分子およびポリマーにコンジュゲートした結合部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは式（ＩＩ）の化合物を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように配置された、ポリ核酸分子およびポリマーにコンジュゲートした結合部分を含むオリゴヌクレオチドコンジュゲートは、細胞内取り込み、安定性、および／または有効性を増強する。いくつかの例では、本明細書に記載されるように配置された、ポリ核酸分子およびポリマーにコンジュゲートした結合部分を含むオリゴヌクレオチドコンジュゲートは、毒性および／または非特異的な免疫刺激を減少させる。場合によっては、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、式（ＩＩ）の化合物を含む。
追加の実施形態において、本明細書に記載される分子の１つ以上を含むキットが本明細書に記載される。
治療用分子プラットフォーム
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドコンジュゲート（例えば、治療用オリゴヌクレオチドコンジュゲート）は、１つ以上の修飾されたヌクレオチドを含むポリ核酸分子とポリマーとにコンジュゲートした結合部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、式（Ｉ）または式（Ｉ－Ａ）の化合物を含み、
Ａ－Ｂ
式（Ｉ）
（式中、
Ａは結合部分であり、および、
Ｂは式（ＩＩ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドである）、
Ａ－Ｂ－Ｃ
式（Ｉ－Ａ）
（式中、
Ａは結合部分であり、および、
Ｂは式（ＩＩ）または（ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドであり、
Ｃは任意選択的にポリマーである）。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは式（ＩＩ）の化合物を含む。
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｒ２はそれぞれ独立して、水素、重水素、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
もしくは、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成し、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は結合、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＳである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は結合である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はシクロヘキシルである。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１は、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレンであり、およびＬ３はＣ１－Ｃ５アルキレンである。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは、結合ではない。いくつかの実施形態では、Ｌ１は結合である。いくつかの実施形態では、Ｌ３は結合である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は－ＣＨ３である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成する。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｒ３は、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルから選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、非置換または置換の単環式の炭素環および非置換または置換の単環式の複素環から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は水素である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、化合物は以下からなる群から選択される。
式中、Ｒｘは、Ｈ、ハロゲン、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環、－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２－アルキル、－ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、－ＣＨ２ＣＯ２－アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、ＮＨ２、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２ＮＨ２、－ＣＨ２ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ２ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ２Ｈ、－ＳＯ２－アルキル、－ＳＯ２ＮＨ２、または－ＳＯ２ＮＨ－アルキルである。
いくつかの実施形態では、Ｒｘは、ハロゲン、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環である。いくつかの実施形態では、ＲｘはＨ－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２－アルキル、－ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、－ＣＨ２ＣＯ２－アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、ＮＨ２、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２ＮＨ２、－ＣＨ２ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ２ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ２Ｈ、－ＳＯ２－アルキル、－ＳＯ２ＮＨ２、または－ＳＯ２ＮＨ－アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒｘはハロゲンである。いくつかの実施形態では、ＲｘはＨである。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは式（ＩＩＩ）の化合物を含み、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｒ２はそれぞれ独立して、水素、重水素、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
もしくは、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成し、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
いくつかの実施形態では、Ｂは３’－末端および５’－末端を含むオリゴヌクレオチドであり、末端のうちの１つは、式（ＩＩａ）の化合物を含む。いくつかの実施形態では、Ｂは３’－末端および５’－末端を含むオリゴヌクレオチドであり、５’－末端は式（ＩＩａ）の化合物を含み、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｊは、ポリヌクレオチドの隣接するヌクレオチドに結合するヌクレオチド間結合基であり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
式（ＩＩａ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は結合、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＳである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は結合である。
式（ＩＩａ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はシクロヘキシルである。
式（ＩＩａ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１は、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレンであり、およびＬ３はＣ１－Ｃ５アルキレンである。
式（ＩＩａ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは、結合ではない。いくつかの実施形態では、Ｌ１は結合である。いくつかの実施形態では、Ｌ３は結合である。
式（ＩＩａ）のいくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は－ＣＨ３である。
式（ＩＩａ）のいくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。
式（ＩＩａ）のいくつかの実施形態では、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成する。
式（ＩＩａ）のいくつかの実施形態では、Ｒ３は、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルから選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、非置換または置換の単環式の炭素環および非置換または置換の単環式の複素環から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は水素である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約３０、またはそれ以上の式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドは、少なくとも約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、またはそれ以上の式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含む。いくつかの実施態様では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物は、オリゴヌクレオチド内にタンデムで存在する。他の実施態様では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物は、オリゴヌクレオチド内に散在しており、ヌクレオチドは以下に記載する１以上の追加の修飾によって修飾されている。
いくつかの実施態様では、オリゴヌクレオチドは、約５％～約１００％の修飾、約１０％～約１００％の修飾、約２０％～約１００％の修飾、約３０％～約１００％の修飾、約４０％～約１００％の修飾、約５０％～約１００％の修飾、約６０％～約１００％の修飾、約７０％～約１００％の修飾、約８０％～約１００％の修飾、および約９０％～約１００％の修飾のうちの少なくとも１つを含んでおり、修飾は式（ＩＩ）（例えば、式（ＩＩａ））の化合物である。例えば、オリゴヌクレオチドが２０のヌクレオシドを有する場合、約６０％の修飾を有するオリゴヌクレオチドは、１２の式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物で置換された約１２のヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、例示されるような分子である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、例示されるような分子である。
上記の
は、例示目的のためのものに過ぎず、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、抗ヒト抗体、抗ネズミ抗体（例えば、抗マウス抗体、抗ラット抗体）、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ナノボディ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、あるいは、ラクダ科抗体またはその結合フラグメントを包含する。
追加の修飾
いくつかの例では、追加の修飾は、リボース部分、リン酸塩部分、ヌクレオシド部分、またはこれらの組み合わせの１つ以上における修飾を含む合成または人工のヌクレオチドアナログまたは塩基を含む。
いくつかの実施形態では、２’ヒドロキシル基での修飾は、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、ヌクレオチドアナログは修飾された塩基を含み、限定されないが、５－プロピニルウリジン、５－プロピニルシチジン、６－メチルアデニン、６－メチルグアニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－プロピルグアニン、２－アミノアデニン、１－メチルイノシン、３－メチルウリジン、５－メチルシチジン、５－メチルウリジン、および５位置に修飾を有するその他のヌクレオチド、５－（２－アミノ）プロピルウリジン、５－ハロシチジン、５－ハロリジン、４－アセチルシチジン、１－メチルアデノシン、２－メチルアデノシン、３－メチルシチジン、６－メチルウリジン、２－メチルグアノシン、７－メチルグアノシン、２，２－ジメチルグアノシン、５－メチルアミノエチルウリジン、５－メチルオキシウリジン、デアザヌクレオチド（７－デアザ－アデノシン、６－アゾリジン、６－アザシチジン、または６－アゾチミジンなど）、５－メチル－２－チオウリジン、その他のチオ塩基（２－チオウリジン、４－チオウリジン、および２－チオシチジンなど）、ジヒドロウリジン、プソイドウリジン、キューオシン、アルカエオシン（ａｒｃｈａｅｏｓｉｎｅ）、ナフチル、および置換されたナフチル基、任意のＯアルキル化およびＮアルキル化されたプリンおよびピリミジン（Ｎ６－メチルアデノシン、５－メチルカルボニルメチルウリジン、ウリジン５－オキシ酢酸、ピリジン－４－オン、またはピリジン－２－オンなど）、フェニルおよび修飾されたフェニル基、例えば、アミノフェノールまたは２，４，６－トリメトキシベンゼン、Ｇクランプヌクレオチドとして機能する修飾されたシトシン、８－置換されたアデニンおよびグアニン、５－置換されたウラシルおよびチミン、アザピリミジン、カルボキシヒドロキシアルキルヌクレオチド、カルボキシアルキルアミノアルキルヌクレオチド、ならびにアルキルカルボニルアルキル化ヌクレオチドなどである。５’－ホスホネート修飾されたヌクレオチドはさらに、糖部分に対して修飾されるこれらのヌクレオチド、および、リボシルではない糖またはそのアナログを有する５’－ホスホネート修飾されたヌクレオチドを含む。例えば、糖部分は、場合によっては、マンノース、アラビノース、グルコピラノース、ガラクトピラノース、４’－チオリボース、および、その他の糖類、複素環、または炭素環であるか、あるいは、これらがベースである。ヌクレオチドという用語はさらに、ユニバーサル塩基として当該技術分野で知られているものを含む。一例として、ユニバーサル塩基としては、限定されないが、３－ニトロピロール、５－ニトロインドール、またはネブラリンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、上記のヌクレオチドアナログまたは人工ヌクレオチド塩基は、リボース部分の５’ヒドロキシル基における修飾を有する５’－ホスホネート修飾されたヌクレオチド核酸を含む。いくつかの実施形態では、上記のヌクレオチドアナログまたは人工ヌクレオチド塩基は、リボース部分の５’ヒドロキシル基における修飾を有する５’－ビニルホスホネート修飾されたヌクレオチド核酸を含む。
いくつかの実施形態では、２’ヒドロキシル基での修飾は、プロピルリンカーを含む伸長したアミン基がアミン基を２’酸素に結合させる、２’－Ｏ－アミノプロピル修飾である。いくつかの例では、この修飾は、１糖当たりアミン基から１つの正電荷を導入することによってオリゴヌクレオチド分子のホスフェート由来の全体的な負電荷を中和し、それによって、その双性イオン特性による細胞取り込み特性を改善する。
いくつかの例では、５’－ホスホネート修飾されたヌクレオチドは、ロックドまたは架橋リボース修飾（例えば、ロックド核酸またはＬＮＡ）において２’ヒドロキシル基にてさらに修飾され、ここで、２’炭素で結合された酸素分子はメチレン基によって４’炭素に結合され、それにより、２’－Ｃ，４’－Ｃ－オキシ－メチレン結合二環式リボヌクレオチドモノマーを形成する。５’－ホスホネート修飾されたＬＮＡの化学構造の例示的な表現が以下に例示され、ここで、Ｊはヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態では、追加の修飾はさらに、モルホリノ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイト、または１’，５’－アンヒドロヘキシトール核酸（ＨＮＡ）を含む。モルホリノまたはホスホロジアミデートモルホリノオリゴ（ＰＭＯ）は合成分子を含み、その構造は、天然の核酸構造を模倣しているが、正常な糖とホスホネートの構造から逸脱している。いくつかの例では、５員のリボース環は、４つの炭素、１つの窒素、および１つの酸素を含有している６員のモルホリノ環で置換される。場合によっては、リボースモノマーは、リン酸基の代わりにホスホロジアミデート基によって結合する。場合によっては、骨格の変化がすべての正電荷と負電荷を取り除き、モルホリノ中性分子は、荷電オリゴヌクレオチドで使用されるような細胞送達剤の助けを借りることなく細胞膜を通過することができるようになる。５’－ホスホネート修飾されたモルホリノオリゴヌクレオチドの非限定的な例が以下に例示される。
いくつかの実施形態では、上に記載された５’－ホスホネート修飾されたモルホリノまたはＰＭＯは、正電荷またはカチオン電荷を含むＰＭＯである。いくつかの例では、ＰＭＯはＰＭＯｐｌｕｓ（Ｓａｒｅｐｔａ）である。ＰＭＯｐｌｕｓは、任意の数の（１－ピペラジノ）ホスフィニリデンオキシ、（１－（４－（オメガ－グアニジノ－アルカノイル））－ピペラジノ）ホスフィニリデンオキシ結合（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２００８／０３６１２７号に記載されるものなど）を含むホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーを指す。いくつかの例では、ＰＭＯは、米国特許第７９４３７６２号に記載されるＰＭＯである。
いくつかの実施形態では、上記のモルホリノまたはＰＭＯは、ＰＭＯ－Ｘ（Ｓａｒｅｐｔａ）である。場合によっては、ＰＭＯ－Ｘは、少なくとも１つの結合、または、開示された末端修飾の少なくとも１つ、例えば、ＰＣＴ公開第 ＷＯ２０１１／１５０４０８号と米国特許出願公開第２０１２／００６５１６９号に開示されているものなどを含むホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーを指す。
いくつかの実施形態では、上記のモルホリノまたはＰＭＯは、米国特許出願公開第２０１４／０２９６３２１号の表５に記載されているようなＰＭＯである。
いくつかの実施形態では、ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、糖環もホスホネート結合も含まず、塩基は結合し、オリゴグリシン様分子によって適切に間隔を置かれ、したがって、骨格電荷を除去する。
いくつかの実施形態では、上記の１つ以上の修飾がヌクレオチド間結合で生じる。いくつかの例では、修飾されたヌクレオチド間結合としては、限定されないが、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、５’－メチルホスホネート、３’－アルキレンホスホネート、三フッ化ホウ素、３’－５’結合または２’－５’結合のボラノリン酸エステルとセレノホスフェート、ホスホトリエステル、チオノアルキルホスホトリエステル、水素ホスホネート結合、アルキルホスホネート、アルキルホスホノチオエート、アリールホスホノチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスフィネート、ホスホロアミダート、３’－アルキルホスホロアミダート、アミノアルキルホスホロアミダート、チオノホスホロアミダート、ホスホロピペラジデート、ホスホロアニロチオエート、ホスホロアニリデート、ケトン、スルホン、スルホンアミド、カーボネート、カルバメート、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、チオアミデート、リボアセチル基との結合、アミノエチルグリシン、シリルまたはシロキサン結合、例えば、飽和または不飽和であり、および／または、置換され、および／またはヘテロ原子を含む、１～１０の炭素のヘテロ原子を含むまたは含まないアルキルまたはシクロアルキル結合、塩基が骨格のアザ窒素に直接的または間接的に結合しているモルホリノ構造、アミド、またはポリアミドとの結合、およびこれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの例では、修飾は、メチルホスホネート修飾またはチオールホスホネート修飾などのメチル修飾またはチオール修飾である。例示的なチオールホスホネートヌクレオチド（左）、ホスホロジチオエート（中）、およびメチルホスホネートヌクレオチド（右）が、以下に例証される。
いくつかの例では、５’－ビニルホスホネート修飾されたヌクレオチドは、限定されないが、以下として例示されるホスホラミダイトを含む。
いくつかの例では、修飾されたヌクレオチド間結合はホスホロジアミデート結合である。モルホリノ系とのホスホロジアミデート結合の非限定的な例が以下に示される。
いくつかの例では、修飾されたヌクレオチド間結合はメチルホスホネート結合である。メチルホスホネート結合の非限定的な例が以下に示される。
いくつかの例では、修飾されたヌクレオチド間結合はアミド結合である。アミド結合の非限定的な例が以下に示される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾は、修飾が中性または無荷電の骨格を生成する、修飾されたリン酸骨格を含む。いくつかの例では、リン酸骨格は、非荷電または中性のリン酸骨格を生成するためにアルキル化によって修飾される。本明細書で使用されるように、アルキル化は、メチル化、エチル化、およびプロピル化を含む。場合によっては、アルキル基は、アルキル化の文脈において本明細書で使用されるように、１～６の炭素原子を含有する直鎖または分岐鎖の飽和炭化水素基を指す。いくつかの例では、例示的なアルキル基としては、限定されないが、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、１，１－ジメチルブチル、２，２－ジメチルブチル、３．３－ジメチルブチル、および２－エチルブチルの基が挙げられる。場合によっては、修飾されたリン酸は、米国特許第９４８１９０５号に記載されるリン酸基である。
いくつかの実施形態では、さらなる修飾されたリン酸骨格は、メチルホスホネート、エチルホスホネート、メチルチオホスホネート、またはメトキシホスホネートを含む。場合によっては、修飾されたリン酸はメチルホスホネートである。場合によっては、修飾されたリン酸はエチルホスホネートである。場合によっては、修飾されたリン酸はメチルチオホスホネートである。場合によっては、修飾されたリン酸はメトキシホスホネートである。
いくつかの実施形態では、追加の修飾されたリン酸骨格は、以下のうちの１つを含む。
いくつかの実施形態では、１つ以上の修飾はさらに任意選択的に、リボース部分、リン酸骨格、およびヌクレオシドの修飾、あるいは３’末端または５’末端のヌクレオチドアナログの修飾を含む。例えば、３’末端は任意選択的に、３’カチオン基を含み、または、３’－３’結合で３’－末端にてヌクレオシドを反転させる。別の代替物では、３’－末端は任意選択的に、アミノアルキル基、例えば、３’Ｃ５－アミノアルキルｄＴとコンジュゲートする。追加の代替物では、３’－末端は随意に、脱塩基部位、例えば、アプリン酸部位またはアピリミジン酸部位とコンジュゲートする。
いくつかの実施形態では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される人工ヌクレオチドアナログの１つ以上をさらに含んでいる。いくつかの実施態様では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、１つ以上の、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２５、またはそれ以上の追加の修飾をさらに含み、例えば、限定されないが、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、モルホリノ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイト、またはそれらの組み合わせである。いくつかの例では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドはさらに、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾された、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、モルホリノ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’ホスホラミダイト、あるいはこれらの組み合わせから選択された、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、２０、２５、またはそれ以上の人工ヌクレオチドアナログを含む。いくつかの例では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２５、またはそれ以上の２’－Ｏ－メチル修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの例では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２５、またはそれ以上の２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの例では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２５、またはそれ以上のチオールホスホネートヌクレオチドを含む。
いくつかの例では、式（ＩＩ）（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドの約５～約１００％は、本明細書に記載される人工ヌクレオチドアナログを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子の約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％は、本明細書に記載される人工ヌクレオチドアナログを含む。いくつかの実施形態では、人工ヌクレオチドアナログは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾された、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、モルホリノ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイト、あるいはこれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたオリゴヌクレオチド（またはＡ－Ｂ式のＢ）は、ＲＮＡまたはＤＮＡを含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドはＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡは低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、またはヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）を含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｓｈＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｍｉＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｄｓＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｔＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｒＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｈｎＲＮＡを含む。いくつかの例では、ＲＮＡはｓｉＲＮＡを含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドはｓｉＲＮＡのセンス鎖（またはパッセンジャー鎖）を含む。その他の場合には、オリゴヌクレオチドは、ｓｉＲＮＡのアンチセンス（またはガイド鎖）を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約５０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約３０、約１５～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、約１９～約２３、または約２０～約２２ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約５０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約４５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約４０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約３５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約２０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１９ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１８ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１７ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１６ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１４ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１３ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１２ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１１ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは約１０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約５０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約４５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約４０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約３５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１０～約２０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１５～約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１９～約２３ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１５～約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドは、約１２～約３０ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドはさらに第２のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることで、二重鎖を形成する。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドはセンス鎖またはパッセンジャー鎖である。いくつかの例では、オリゴヌクレオチドはアンチセンス鎖またはガイド鎖である。
いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約５０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約３０、約１５～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、約１９～約２３、あるいは約２０～約２２ヌクレオチド長である。
いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約５０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約４５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約４０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約３５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約２０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１９ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１８ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１７ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１６ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１４ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１３ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１２ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１１ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約５０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約４５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約４０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約３５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１０～約２０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第１のオリゴヌクレオチドは、約１５～約２５ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第１のオリゴヌクレオチドは、約１５～約３０ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第１のオリゴヌクレオチドは、約１９～約２３ヌクレオチド長である。いくつかの例では、第２のオリゴヌクレオチドは、約１２～約３０ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子はさらに平滑末端、オーバーハング、またはその組み合わせを含む。いくつかの例では、平滑末端は、５’平滑末端、３’平滑末端、またはその両方である。場合によっては、オーバーハングは５’オーバーハング、３’オーバーハング、またはその両方である。場合によっては、オーバーハングは１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは１、２、３、４、５、または６の非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは１、２、３、または４の非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは１つの非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは２つの非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは３つの非塩基対合ヌクレオチドを含む。場合によっては、オーバーハングは４つの非塩基対合ヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は、本明細書に記載された標的配列に対して、少なくとも４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、または９９．５％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも５０％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも６０％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも７０％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも８０％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも９０％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも９５％相補的である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に少なくとも９９％相補的である。いくつかの例では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に１００％相補的である。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に対して５つ以下のミスマッチを有する。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に対して４つ以下のミスマッチを有する。場合によっては、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に対して３つ以下のミスマッチを有する。場合によっては、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に対して２つ以下のミスマッチを有する。場合によっては、ポリ核酸分子の配列は本明細書に記載された標的配列に対して１つ以下のミスマッチを有する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載された標的配列にハイブリダイズするポリ核酸分子の特異性は、標的配列に対するポリ核酸分子の９５％、９８％、９９％、９９．５％、あるいは１００％の配列相補性である。いくつかの例では、ハイブリダイゼーションは高ストリンジェントなハイブリダイゼーション状態である。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上の隣接する塩基にハイブリダイズする。例示的な標的配列としては、限定されないが、ＤＭＤ遺伝子またはそのｍＲＮＡのいずれかの配列、ＤＭＰＫ遺伝子またはそのｍＲＮＡのいずれかの配列、癌遺伝子またはそのｍＲＮＡのいずれかの配列、遺伝性疾患または遺伝病に関連する任意の遺伝子（例えば、ＧＹＳ１）、筋萎縮、筋ジストロフィー、または筋消耗に関連する任意の遺伝子（例えば、ＤＭＤ、ＤＭＰＫ、ＤＵＸ４）およびそのｍＲＮＡのいずれかの配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも８つの隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも９つの隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１０の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１１の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１２の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１３の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１４の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１５の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１６の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１７の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１８の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも１９の隣接する塩基にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、本明細書に記載される標的配列の少なくとも２０の隣接する塩基にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子はオフターゲット効果を減少させた。いくつかの例では、「オフターゲット」または「オフターゲット効果」とは、所定の標的に対して向けられたポリ核酸ポリマーが、別のｍＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列、または細胞タンパク質あるいはその他の部分に直接的または間接的に相互作用することによって意図しない効果を引き起こすあらゆる例を指す。いくつかの例では、その他の転写物とポリ核酸分子のセンス鎖および／またはアンチセンス鎖との間の部分的な相同性または相補性によって、他の転写物の同時の分解がある場合に、「オフターゲット効果」が生じる。
場合によっては、本明細書に記載された人工ヌクレオチドアナログの１つ以上は、天然のポリ核酸分子と比較して、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈなどのリボヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅなどのデオキシリボヌクレアーゼ、または、５’－３’エキソヌクレアーゼおよび３’－５’エキソヌクレアーゼなどのエキソヌクレアーゼなどのヌクレアーゼに対する耐性を有する。いくつかの例では、式ＩＩ（例えば、式ＩＩａ）の化合物、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾された、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、モルホリノ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイト、あるいは、これらの組み合わせを含む人工ヌクレオチドアナログは、ＲＮａｓｅ Ｈなどのリボヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅなどのデオキシリボヌクレアーゼ、または、５’－３’エキソヌクレアーゼおよび３’－５’エキソヌクレアーゼなどのエキソヌクレアーゼなどのヌクレアーゼに対する耐性を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－メチル修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－アミノプロピル修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－デオキシ修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、あるいは３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－デオキシ－２’－フルオロ修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、ＬＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、ＥＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、ＨＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。モルホリノは、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、ＰＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼに対する耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、メチルホスホネートヌクレオチド修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、チオホスホネートヌクレオチド修飾されたポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイトを含むポリ核酸分子は、ヌクレアーゼ耐性（例えば、ＲＮａｓｅＨ、ＤＮａｓｅ、５’－３’エキソヌクレアーゼ、または３’－５’エキソヌクレアーゼの耐性）を有する。いくつかの例では、本明細書に記載された５’コンジュゲートは、５’－３’エキソヌクレアーゼ切断を阻害する。いくつかの例では、本明細書に記載された３’コンジュゲートは、３’－５’エキソヌクレアーゼ切断を阻害する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される式ＩＩ（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含む人工修飾ヌクレオチドアナログの１つ以上は、同等の天然ポリヌクレオチド酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性が増加している。式ＩＩの化合物、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾された、ＬＮＡ、ＥＮＡ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、モルホリノ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、または２’－フルオロＮ３－Ｐ５’ホスホラミダイトを含む修飾されたヌクレオチドアナログの１つ以上は、同等の天然のポリ核酸分子と比較してそのｍＲＮＡへの増大した結合親和性を有することができる。いくつかの例では、２’－Ｏ－メチル修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－アミノプロピル修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－デオキシ修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－デオキシ－２’－フルオロ修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。いくつかの例では、ＬＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、ＥＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、ＰＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、ＨＮＡ－修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、モルホリノ－修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、メチルホスホネートヌクレオチド修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、チオールホスホネートヌクレオチド修飾されたポリ核酸分子は、同等の天然のポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させた。いくつかの例では、２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイトを含むポリ核酸分子は、同等の天然ポリ核酸分子と比較して、そのｍＲＮＡ標的に対する結合親和性を増大させている。場合によっては、増加した親和性は、低Ｋｄ、高融解温度（Ｔｍ）、またはその組み合わせで例証される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される式ＩＩ（例えば、式ＩＩａ）の化合物を含む修飾されたヌクレオチドアナログは、キラル純粋な（または立体的に純粋な）ポリ核酸分子、あるいは単一のエナンチオマーを含むポリ核酸分子である。いくつかの例では、ポリ核酸分子はＬ－ヌクレオチドを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子はＤ－ヌクレオチドを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子組成物は、その鏡像異性体の３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ以下を含む。場合によっては、ポリ核酸分子組成物は、ラセミ混合物の３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ以下を含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子は、米国特許出願公開第２０１４／１９４６１０号と第２０１５／２１１００６号、および、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１５１０７４２５号に記載されるポリ核酸分子である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、アプタマーコンジュゲート部分を含めるようにさらに修飾される。いくつかの例では、アプタマーコンジュゲート部分はＤＮＡアプタマーコンジュゲート部分である。いくつかの例では、アプタマー－コンジュゲート部分は、Ａｌｐｈａｍｅｒ（Ｃｅｎｔａｕｒｉ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）であり、これは、特定の細胞表面標的を認識するアプタマー部分と、循環抗体に結合するための特定のエピトープを示す部分とを含んでいる。いくつかの例では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、米国特許第８，６０４，１８４号、第８，５９１，９１０号、および第７，８５０，９７５号に記載されるようなアプタマーコンジュゲート部分を含めるようにさらに修飾される。
さらなる実施形態では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、その安定性を増大させるために修飾される。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子はＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ）であり、ポリ核酸分子はその安定性を増大させるために修飾される。いくつかの例では、ポリ核酸分子は、その安定性を増大させるために、上に記載された修飾の１つ以上によって修飾される。場合によっては、ポリ核酸分子は、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾、あるいは、ロックドまたは架橋リボース構造（例えば、ＬＮＡまたはＥＮＡ）によるなどして、２’ヒドロキシル位置で修飾される。場合によっては、ポリ核酸分子は、２’－Ｏ－メチルおよび／または２’－Ｏ－メトキシエチルリボースによって修飾される。場合によっては、ポリ核酸分子はさらに、その安定性を増大させるために、モルホリノ、ＰＮＡ、ＨＮＡ、メチルホスホネートヌクレオチド、チオールホスホネートヌクレオチド、および／または２’－フルオロＮ３－Ｐ５’－ホスホラミダイトを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子はキラル純粋な（またはステレオ純粋な）ポリ核酸分子である。いくつかの例では、キラル純粋な（またはステレオ純粋な）ポリ核酸分子はその安定性を増大させるために修飾される。送達の安定性を増大させるためのＲＮＡの適切な修飾は当業者には明らかとなるであろう。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、上記の遺伝子によってコードされたＲＮＡの発現を調節するＲＮＡｉ活性を有する。いくつかの例では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、遺伝子の発現をダウンレギュレートする二本鎖ｓｉＲＮＡ分子であり、ここで、二本鎖ｓｉＲＮＡ分子の鎖の１つは、遺伝子、または遺伝子あるいはその一部によってコードされたＲＮＡのヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、および、二本鎖ｓｉＲＮＡ分子の第２の鎖は、遺伝子、または遺伝子あるいはその一部によってコードされたＲＮＡのヌクレオチド配列に実質的に似ているヌクレオチド配列を含む。場合によっては、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、遺伝子の発現をダウンレギュレートする二本鎖ｓｉＲＮＡ分子であり、ここで、ｓｉＲＮＡ分子のそれぞれの鎖は、約１５～２５、１８～２４、または１９～約２３のヌクレオチドを含み、および、それぞれの鎖は、別の鎖のヌクレオチドに相補的な少なくとも約１４、１７、または１９のヌクレオチドを含む。場合によっては、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、遺伝子の発現をダウンレギュレートする二本鎖ｓｉＲＮＡ分子であり、ここで、ｓｉＲＮＡ分子のそれぞれの鎖は約１９～約２３のヌクレオチドを含み、および、それぞれの鎖は、別の鎖のヌクレオチドに相補的な少なくとも約１９のヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリ核酸分子は、当該技術分野で知られている手順を用いて、化学合成および／または酵素ライゲーション反応を用いて構築される。例えば、ポリ核酸分子は、自然発生のヌクレオチドを使用して、あるいは、分子の生体安定性を増大させるために、または、ポリ核酸分子と標的核酸との間で形成された二重鎖の物理安定度を増大させるために設計されたさまざまな修飾ヌクレオチドを使用して、化学合成される。例示的な方法は、米国特許第５，１４２，０４７号、第５，１８５，４４４号、第５，８８９，１３６号、第６，００８，４００号、および、第６，１１１，０８６号、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２００９０９９９４２号、または欧州特許公開第１５７９０１５号に記載されるものを含む。追加の例示的な方法は、Ｇｒｉｆｆｅｙ ｅｔ ａｌ．， “２’－Ｏ－ａｍｉｎｏｐｒｏｐｙｌ ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ： ａ ｚｗｉｔｔｅｒｉｏｎｉｃ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｈａｔ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｔｈｅ ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，” Ｊ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． ３９（２６）：５１００－５１０９ （１９９７））； Ｏｂｉｋａ， ｅｔ ａｌ． “Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ２’－Ｏ，４’－Ｃ－ｍｅｔｈｙｌｅｎｅｕｒｉｄｉｎｅ ａｎｄ －ｃｙｔｉｄｉｎｅ． Ｎｏｖｅｌ ｂｉｃｙｃｌｉｃ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ｈａｖｉｎｇ ａ ｆｉｘｅｄ Ｃ３， －ｅｎｄｏ ｓｕｇａｒ ｐｕｃｋｅｒｉｎｇ”． Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ ３８ （５０）： ８７３５ １９９７； Ｋｏｉｚｕｍｉ， Ｍ． “ＥＮＡ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｓ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ”． Ｃｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ８ （２）： １４４－１４９ （２００６）； および、Ａｂｒａｍｏｖａ ｅｔ ａｌ．， “Ｎｏｖｅｌ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｎａｌｏｇｕｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｍｏｒｐｈｏｌｉｎｏ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｓｕｂｕｎｉｔｓ－ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ： ｎｅｗ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｐｏｓｓｉｂｉｌｉｔｉｅｓ，” Ｉｎｄｉａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ４８Ｂ：１７２１－１７２６ （２００９）に記載されるものを含む。代替的に、ポリ核酸分子は、ポリ核酸分子がアンチセンス配向にサブクローン化された発現ベクターを用いて生物学的に生成される（つまり、挿入されたポリ核酸分子から転写されたＲＮＡは、所望の標的ポリ核酸分子に対してアンチセンス配向になる）。
１つの実施形態は、式（Ｉ）または式（Ｉ－Ａ）のオリゴヌクレオチドコンジュゲートを提供し、
Ａ－Ｂ
式（Ｉ）、
Ａ－Ｂ－Ｃ
式（Ｉ－Ａ）
式中、
Ａは結合部分であり、
Ｃは任意選択的にポリマーであり、
Ｂは式（ＩＩ）のヌクレオチド化合物または式（ＩＩ）由来のヌクレオチド化合物を含むオリゴヌクレオチド（例えば、式（ＩＩ）のホスホロアミダイト基はオリゴヌクレオチド構造においてリン酸基に変換する）であり、
式中、
Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、置換または非置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｒ２はそれぞれ独立して、水素、重水素、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルであり、
もしくは、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成し、
Ｌ１は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、
Ｌ２は、結合、Ｏ、Ｓ、ＮＲ３、置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレン、置換または非置換のＣ４－Ｃ７ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレン、あるいは置換または非置換のＣ４－Ｃ８ヘテロアリーレンであり、
Ｒ３は、存在する場合、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、および非置換または置換の単環式の複素環から選択され、
Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、ならびに、
Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは結合ではない。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は結合、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯ、Ｓ、またはＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＮＲ３である。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＯである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はＳである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は結合である。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は置換または非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ４－Ｃ７シクロアルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２は非置換のＣ５－Ｃ８アリーレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はフェニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はメチレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ２はシクロヘキシルである。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１は、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３は、結合、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキレン、置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルケニレン、あるいは置換または非置換のＣ２－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンであり、および、Ｌ３はＣ１－Ｃ５アルキレン、Ｃ１－Ｃ３アルケニレン、またはＣ１－Ｃ５アルキニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌ１はＣ１－Ｃ５アルキレンであり、およびＬ３はＣ１－Ｃ５アルキレンである。
式（ＩＩ）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、およびＬ３の少なくとも２つは、結合ではない。いくつかの実施形態では、Ｌ１は結合である。いくつかの実施形態では、Ｌ３は結合である。
式（ＩＩ）のいくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は－ＣＨ３である。
式（ＩＩ）のいくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキル、あるいは置換または非置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、置換または非置換のＣ１－Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ独立して、－ＣＨ３、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、または－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、Ｒ２はそれぞれ－ＣＨ２（ＣＨ３）２である。
式（ＩＩ）のいくつかの実施形態では、２つのＲ２は、それらが結合している窒素原子と一体となって、置換または非置換のＣ２－Ｃ１０ヘテロシクロアルキルを形成する。
式（ＩＩ）のいくつかの実施形態では、Ｒ３は、水素、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキルから選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は、非置換または置換の単環式の炭素環および非置換または置換の単環式の複素環から選択される。いくつかの実施形態では、Ｒ３は水素である。
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチドコンジュゲートのいくつかの実施形態では、Ｂは式（ＩＩ）の構造を有する化合物である。
１つの実施形態は、式（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドコンジュゲートを提供し、
Ａ－Ｘ－Ｂ’－Ｙ－Ｃ
式（Ｘａ）
式中、
Ａは結合部分であり、
Ｂ’は式（ＩＩ）のポリヌクレオチド化合物であり、
Ｃは任意選択的にポリマーであり、
Ｘは単結合または第１のリンカーであり、および、
Ｙは単結合または第２のリンカーであり、
ポリヌクレオチドはさらに、１つ以上の追加の非天然のヌクレオチドを含み、および、
ＡとＣは同じ末端でＢに結合しない。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、ポリヌクレオチドはさらに、少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合、または少なくとも１つの反転脱塩基部分を含む。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、式（ＩＩａ）の化合物はポリヌクレオチドのヌクレオチド間結合に位置する。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、式（ＩＩａ）の化合物は２’位置でさらに修飾されている。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、１つ以上の追加の非天然ヌクレオシドは、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－デオキシ、２’－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、または、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたヌクレオチドから選択される２’－修飾を含む。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、式（ＩＩａ）の化合物はロックド核酸（ＬＮＡ）またはエチレン核酸（ＥＮＡ）から選択される。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１つの反転脱塩基部分は少なくとも１つの末端である。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは一本鎖である。別の実施形態は、式（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは二本鎖である。
別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約１００残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約９０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約８０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約７０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約６０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約５０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約４０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約２０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２～約１０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは８～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは１０～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは１４～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは１８～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘａ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２２～約３０残基長である。別の実施形態は、式（Ｉ）または（Ｘ）のオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは２６～約３０残基長である。
１つの実施形態は、以下の群から選択されたオリゴヌクレオチドの合成に適している化合物を提供し、
式中、Ｒｘは、Ｈ、ハロゲン、非置換または置換のＣ１－Ｃ６アルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６フルオロアルキル、非置換または置換のＣ１－Ｃ６ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環、－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２－アルキル、－ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、－ＣＨ２ＣＯ２－アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ２、－ＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、ＮＨ２、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ２ＮＨ２、－ＣＨ２ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ２ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ２Ｈ、－ＳＯ２－アルキル、－ＳＯ２ＮＨ２、または－ＳＯ２ＮＨ－アルキルである。
コンジュゲーション化学
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分は、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体、抗原、毒素、ホルモン、脂質、ヌクレオチド、ヌクレオシド、糖類、炭水化物、ポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールなどのポリマー、ならびに、これらのクラスの物質のすべてのアナログまたは誘導体を含む。結合部分の追加の例はさらに、ステロイド、例えば、コレステロール、リン脂質、ジアシルグリセロールおよびトリアシルグリセロール、脂肪酸、炭化水素（例えば、飽和したもの、不飽和のもの、または、置換を含むもの）、酵素基質、ビオチン、ジゴキシゲニン、および多糖類などを含む。いくつかの例では、結合部分は、抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、ポリ核酸分子はさらにポリマーにコンジュゲートされ、随意にエンドソーム溶解性部分にコンジュゲートされる。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は化学的なライゲーションプロセスによって結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリ核酸分子は天然のライゲーションによって結合部分にコンジュゲートされる。いくつかの例では、コンジュゲーションは、Ｄａｗｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｂｙ ｎａｔｉｖｅ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｌｉｇａｔｉｏｎ，” Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９４，２６６，７７６－７７９； Ｄａｗｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．“Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ Ｎａｔｉｖｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｌｉｇａｔｉｏｎ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ Ｕｓｅ ｏｆ Ｔｈｉｏｌ Ａｄｄｉｔｉｖｅｓ，” Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １９９７，１１９，４３２５－４３２９； Ｈａｃｋｅｎｇ，ｅｔ ａｌ． “Ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｂｙ ｎａｔｉｖｅ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｌｉｇａｔｉｏｎ：Ｅｘｐａｎｄｅｄ ｓｃｏｐｅ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｓｔｒａｉｇｈｔｆｏｒｗａｒｄ ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ．，” Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １９９９，９６，１００６８－１００７３；あるいは、Ｗｕ，ｅｔ ａｌ． “Ｂｕｉｌｄｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ ｇｌｙｃｏｐｅｐｔｉｄｅｓ： Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｃｙｓｔｅｉｎｅ－ｆｒｅｅ ｎａｔｉｖｅ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｌｉｇａｔｉｏｎ ｐｒｏｔｏｃｏｌ，” Ａｎｇｅｗ． Ｃｈｅｍ． Ｉｎｔ． Ｅｄ． ２００６，４５，４１１６－４１２５に記載される通りである。いくつかの例では、コンジュゲーションは米国特許第８，９３６，９１０号に記載されるとおりである。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、天然のライゲーション化学を介して、部位特異的にまたは非特異的に、結合部分にコンジュゲートする。
いくつかの例では、ポリ核酸分子は、「トレースレス（ｔｒａｃｅｌｅｓｓ）」カップリング技術（ＰｈｉｌｏＣｈｅｍ）を利用する部位指定的な方法によって結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、「トレースレス」カップリング技術は、アルデヒド基を含むポリ核酸分子にコンジュゲートする結合部分のＮ末端 １，２－アミノチオール基を利用する。（Ｃａｓｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｒａｃｅｌｅｓｓ ｃｏｕｐｌｉｎｇ ｏｆ ｐｏｔｅｎｔ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ ｄｒｕｇｓ ｔｏ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｐｈａｒｍａｃｏｄｅｌｉｖｅｒｙ，” ＪＡＣＳ １３４（１３）： ５８８７－５８９２ （２０１２）を参照）
いくつかの例では、ポリ核酸分子は、結合部分に導入された非天然のアミノ酸を利用する部位指定的な方法によって結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、非天然アミノ酸はｐ－アセチルフェニルアラニン（ｐＡｃＰｈｅ）を含む。いくつかの例では、ｐＡｃＰｈｅのケト基は、オキシム結合を形成するために、アルコキシ－アミン誘導体コンジュゲート部分に選択的にカップリングされる。（Ａｘｕｐ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ｕｓｉｎｇ ｕｎｎａｔｕｒａｌ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓ，” ＰＮＡＳ １０９（４０）： １６１０１－１６１０６ （２０１２））を参照）。
いくつかの例では、ポリ核酸分子は、酵素触媒プロセスを利用する部位指定的な方法によって結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、部位指定的な方法はＳＭＡＲＴａｇ（商標）技術（Ｒｅｄｗｏｏｄ）を利用する。いくつかの例では、ＳＭＡＲＴａｇ（商標）技術は、アルデヒドタグの存在下での酸化プロセスを介するホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）によるシステインからのホルミルグリシン（ＦＧｌｙ）残基の生成、および、ヒドラジノ－Ｐｉｃｔｅｔ－Ｓｐｅｎｇｌｅｒ（ＨＩＰＳ）ライゲーションを介するアルキルヒドラジン機能化ポリ核酸分子へのＦＧｌｙのその後のコンジュゲーションを含む。（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｉｎ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｃｏｄｅｄ ａｌｄｅｈｙｄｅ ｔａｇ，” ＰＮＡＳ １０６（９）： ３０００－３００５ （２００９）； Ａｇａｒｗａｌ， ｅｔ ａｌ．， “Ａ Ｐｉｃｔｅｔ－Ｓｐｅｎｇｌｅｒ ｌｉｇａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，” ＰＮＡＳ １１０（１）： ４６－５１ （２０１３）を参照）。
いくつかの例では、酵素触媒プロセスは、微生物トランスグルタミナーゼ（ｍＴＧ）を含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子は、微生物トランスグルタミナーゼ触媒プロセスを用いて結合部分にコンジュゲートする。いくつかの例では、ｍＴＧは、認識配列内のグルタミンのアミド側鎖と機能化ポリ核酸分子の一級アミンとの間の共有結合の形成を触媒する。いくつかの例では、ｍＴＧはストレプトマイセス・モバラエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｍｏｂａｒｅｎｓｉｓ）から産生される。（Ｓｔｒｏｐ ｅｔ ａｌ．，“Ｌｏｃａｔｉｏｎ ｍａｔｔｅｒｓ： ｓｉｔｅ ｏｆ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｍｏｄｕｌａｔｅｓ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ，”Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２０（２） １６１－１６７（２０１３）を参照）。
いくつかの例では、ポリ核酸分子は、配列特異的なトランスペプチダーゼを利用するＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１４／１４０３１７号に記載されるような方法によって結合部分にコンジュゲートする。
いくつかの例では、ポリ核酸分子は、米国特許公開第２０１５／０１０５５３９号および第２０１５／０１０５５４０号に記載されるような方法によって結合部分にコンジュゲートする。
結合部分
いくつかの実施形態では、結合部分Ａはポリペプチドである。いくつかの例では、ポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントである。場合によっては、フラグメントは結合フラグメントである。いくつかの例では、抗体またはその結合フラグメントは、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、ヒト抗体またはその結合フラグメント、抗ネズミ抗体（例えば、抗マウス抗体、抗ラット抗体など）、抗ヒト抗体（例えば、抗ヒトトランスフェリン受容体抗体）、ネズミ抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、Ｆ（ａｂ）’３フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ｂｉｓ－ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、ダイアボディ、ミニボディ、ナノボディ、トリアボディ、テトラボディ、ジスルフィド安定化Ｆｖタンパク質（ｄｓＦｖ）、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、Ｉｇ ＮＡＲ、ラクダ科抗体またはその結合フラグメント、二重特異性抗体またはその結合フラグメント、あるいはこれらの化学修飾された誘導体を含む。
いくつかの例では、Ａは抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、Ａは、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、ネズミ抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、Ｆ（ａｂ）’３フラグメント、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ｂｉｓ－ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、ダイアボディ、ミニボディ、ナノボディ、トリアボディ、テトラボディ、ジスルフィド安定化Ｆｖタンパク質（「ｄｓＦｖ」）、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、Ｉｇ ＮＡＲ、ラクダ科抗体またはその結合フラグメント、二重特異性抗体またはその結合フラグメント、あるいはその化学修飾された誘導体である。いくつかの例では、Ａはヒト化抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、Ａはネズミ抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、Ａはキメラ抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、Ａはモノクローナル抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、Ａはフルサイズの抗体である。いくつかの例では、Ａは一価Ｆａｂ’である。いくつかの例では、Ａは二価Ｆａｂ２である。いくつかの例では、Ａは一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）である。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、二重特異性抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、二重特異性抗体は三機能性抗体または二重特異性ミニ抗体である。場合によっては、二重特異性抗体は三機能性抗体である。いくつかの例では、三機能性抗体は、２つの異なる抗原のための結合部位を含む完全長のモノクローナル抗体である。例示的な三機能性抗体は、カツマキソマブ（ＥｐＣＡＭとＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、エルツマキソマブ（ＨＥＲ２／ｎｅｕ／ＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍ）、リンフォムン（ｌｙｍｐｈｏｍｕｎ）ＦＢＴＡ０５（ＣＤ２０／ＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍ）、ＲＧ７２２１（ＲＯ５５２０９８５；アンジオポエチン２／ＶＥＧＦを標的とする；Ｒｏｃｈｅ）、ＲＧ７５９７（Ｈｅｒ１／Ｈｅｒ３を標的とする；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、ＭＭ１４１（ＩＧＦ１Ｒ／Ｈｅｒ３を標的とする；Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ）、ＡＢＴ１２２（ＴＮＦα／ＩＬ１７を標的とする；Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＢＴ９８１（ＩＬ１α／ＩＬ１βを標的とする；Ａｂｂｏｔｔ）、ＬＹ３１６４５３０（Ｈｅｒ１／ｃＭＥＴを標的とする；Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、および、ＴＲＢＳ０７（エクトマブ（Ｅｋｔｏｍａｂ）；ＧＤ２／ＣＤ３を標的とする；Ｔｒｉｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｍｂｈ）を含む。さらなる例示的な三機能性抗体は、Ｆ－ｓｔａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ．からのｍＡｂ２を含む。いくつかの例では、Ａは二重特異性三機能性抗体である。いくつかの実施形態では、Ａは、カツマキソマブ（ＥｐＣＡＭとＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、エルツマキソマブ（ＨＥＲ２／ｎｅｕ／ＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍ）、リンフォムン（ｌｙｍｐｈｏｍｕｎ）ＦＢＴＡ０５（ＣＤ２０／ＣＤ３を標的とする；Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ／Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍ）、ＲＧ７２２１（ＲＯ５５２０９８５；アンジオポエチン ２／ＶＥＧＦを標的とする；Ｒｏｃｈｅ）、ＲＧ７５９７（Ｈｅｒ１／Ｈｅｒ３を標的とする；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、ＭＭ１４１（ＩＧＦ１Ｒ／Ｈｅｒ３を標的とする；Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ）、ＡＢＴ１２２（ＴＮＦα／ＩＬ１７を標的とする；Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＢＴ９８１（ＩＬ１α／ＩＬ１βを標的とする；Ａｂｂｏｔｔ）、ＬＹ３１６４５３０（Ｈｅｒ１／ｃＭＥＴを標的とする；Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ＴＲＢＳ０７（エクトマブ（Ｅｋｔｏｍａｂ）；ＧＤ２／ＣＤ３を標的とする；Ｔｒｉｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｍｂｈ）、および、Ｆ－ｓｔａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ．からのｍＡｂ２から選択された二重特異性三機能性抗体である。
場合によっては、二重特異性抗体は二重特異性ミニ抗体である。いくつかの例では、二重特異性ミニ抗体は、二価Ｆａｂ２、Ｆ（ａｂ）’３フラグメント、ｂｉｓ－ｓｃＦｖ、（ｓｃＦｖ）２、ダイアボディ、ミニボディ、トリアボディ、テトラボディ、または二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーは、２つのｓｃＦｖｓが２つの異なる抗原のエピトープを標的とする２つの一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖｓ）を含む融合タンパク質である。例示的な二重特異性ミニ抗体は、限定されないが、ＤＡＲＴ（二重親和性再標的プラットフォーム；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ブリナツモマブ（ＭＴ１０３あるいはＡＭＧ１０３；ＣＤ１９／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ）、ＭＴ１１１（ＣＥＡ／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ／Ａｍｅｇｅｎ）、ＭＴ１１２（ＢＡＹ２０１０１１２；ＰＳＭＡ／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ／Ｂａｙｅｒ）、ＭＴ１１０（ＡＭＧ １１０；ＥＰＣＡＭ／ＣＤ３を標的とする；Ａｍｇｅｎ／Ｍｉｃｒｏｍｅｔ）、ＭＧＤ００６（ＣＤ１２３／ＣＤ３を標的とする；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ＭＧＤ００７（ＧＰＡ３３／ＣＤ３を標的とする；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ＢＩ１０３４０２０（β－アミロイド上の２つの異なるエピトープを標的とする；Ａｂｌｙｎｘ）、ＡＬＸ０７６１（ＩＬ１７Ａ／ＩＬ１７Ｆを標的とする；Ａｂｌｙｎｘ）、ＴＦ２（ＣＥＡ／ヘプテンを標的とする；Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＬ－１７／ＩＬ－３４ ｂｉＡｂ（ＢＭＳ）、ＡＦＭ１３（ＣＤ３０／ＣＤ１６を標的とする；Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＦＭ１１（ＣＤ１９／ＣＤ３を標的とする；Ａｆｆｉｍｅｄ）、およびドメイン抗体（Ｄｏｍａｎｔｉｓ／ＧＳＫからのｄＡｂｓ）を含む。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは二重特異性ミニ抗体である。いくつかの例では、Ａは二重特異性Ｆａｂ２である。いくつかの例では、Ａは二重特異性Ｆ（ａｂ）’３フラグメントである。場合によっては、Ａは二重特異性ｂｉｓ－ｓｃＦｖである。場合によっては、Ａは二重特異性（ｓｃＦｖ）２であるいくつかの実施形態では、Ａは二重特異性ダイアボディである。いくつかの実施形態では、Ａは二重特異性ミニボディである。いくつかの実施形態では、Ａは二重特異性トリアボディである。他の実施形態では、Ａは二重特異性テトラボディである。他の実施形態では、Ａは二重特異性のＴ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）である。さらなる実施形態において、Ａは、ＤＡＲＴ（二重親和性再標的プラットフォーム；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ブリナツモマブ（ＭＴ１０３、あるいはＡＭＧ１０３；ＣＤ１９／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ）、ＭＴ１１１（ＣＥＡ／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ／Ａｍｅｇｅｎ）、ＭＴ１１２（ＢＡＹ２０１０１１２；ＰＳＭＡ／ＣＤ３を標的とする；Ｍｉｃｒｏｍｅｔ／Ｂａｙｅｒ）、ＭＴ１１０（ＡＭＧ １１０；ＥＰＣＡＭ／ＣＤ３を標的とする；Ａｍｇｅｎ／Ｍｉｃｒｏｍｅｔ）、ＭＧＤ００６（ＣＤ１２３／ＣＤ３を標的とする；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ＭＧＤ００７（ＧＰＡ３３／ＣＤ３を標的とする；ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ）、ＢＩ１０３４０２０（β－アミロイド上の２つの異なるエピトープを標的とする；Ａｂｌｙｎｘ）、ＡＬＸ０７６１（ＩＬ１７Ａ／ＩＬ１７Ｆを標的とする；Ａｂｌｙｎｘ）、ＴＦ２（ＣＥＡ／ヘプテンを標的とする；Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、ＩＬ－１７／ＩＬ－３４ ｂｉＡｂ（ＢＭＳ）、ＡＦＭ１３（ＣＤ３０／ＣＤ１６を標的とする；Ａｆｆｉｍｅｄ）、ＡＦＭ１１（ＣＤ１９／ＣＤ３を標的とする；Ａｆｆｉｍｅｄ）、およびドメイン抗体（Ｄｏｍａｎｔｉｓ／ＧＳＫからのｄＡｂｓ）から選択された二重特異性ミニ抗体である。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは三重特異性抗体である。いくつかの例では、三重特異性抗体はＦ（ａｂ）’３フラグメントまたはトリアボディを含む。いくつかの例では、Ａは三重特異性Ｆ（ａｂ）’３フラグメントである。場合によっては、Ａはトリアボディである。いくつかの実施形態では、Ａは、Ｄｉｍａｓ，ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｔｒｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｄｅｓｉｇｎｅｄ ｔｏ ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ ａｎｄ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔｌｙ ｔａｒｇｅｔ ｔｈｒｅｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｏｎ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌｓ，” Ｍｏｌ． Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ、１２（９）： ３４９０－３５０１（２０１５）に記載されるような三重特異性抗体である。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、細胞表面タンパク質を認識する抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、細胞表面タンパク質は癌細胞によって発現される抗原である。例示的な癌抗原は、限定されないが、アルファフェトプロテイン、ＡＳＬＧ６５９、Ｂ７－Ｈ３、ＢＡＦＦ－Ｒ、ブレビカン、ＣＡ１２５（ＭＵＣ１６）、ＣＡ１５－３、ＣＡ１９－９、癌胎児抗原（ＣＥＡ）、ＣＡ２４２、ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形癌由来成長因子）、ＣＴＬＡ－４、ＣＸＣＲ５、Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、上皮成長因子、ＥＴＢＲ、Ｆｃ受容体様タンパク質（ＦＣＲＨ１）、ＧＥＤＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のβサブユニット）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、ＩＣＯＳ、ＩＬ－２受容体、ＩＬ２０Ｒα、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２（ＩＲＴＡ２）、Ｌ６、Ｌｅｗｉｓ Ｙ、Ｌｅｗｉｓ Ｘ、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－２、ＭＡＧＥ－３、ＭＡＧＥ ４、ＭＡＲＴ１、メソセリン、ＭＤＰ、ＭＰＦ（ＳＭＲ、ＭＳＬＮ）、ＭＣＰ１（ＣＣＬ２）、マクロファージ阻害因子（ＭＩＦ）、ＭＰＧ、ＭＳＧ７８３、ムチン、ＭＵＣ１－ＫＬＨ、Ｎａｐｉ３ｂ（ＳＬＣ３４Ａ２）、ネクチン－４、Ｎｅｕ癌遺伝子産物、ＮＣＡ、胎盤アルカリホスファターゼ、前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）、前立腺酸性ホスファターゼ、ＰＳＣＡ ｈｌｇ、ｐ９７、プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５（Ｐ２Ｘ５）、ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ｇｐ１００、Ｐ２１、前立腺６回膜貫通上皮抗原（ｓｉｘ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ａｎｔｉｇｅｎ ｏｆ ｐｒｏｓｔａｔｅ）（ＳＴＥＡＰ１）、ＳＴＥＡＰ２、Ｓｅｍａ ５ｂ）、トランスフェリン受容体、腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ－７２）、ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位陽イオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）などを含む。いくつかの例では、結合部分はα－トランスフェリン受容体抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、結合部分はα－ヒトトランスフェリン受容体抗体である。いくつかの例では、結合部分は、ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６８０７８に記載されるようなα－ヒトトランスフェリン受容体抗体であり、これは本明細書に参照されることで組み込まれる。
いくつかの例では、細胞表面タンパク質は、分化（ＣＤ）細胞表面マーカーのクラスタを含む。例示的なＣＤ細胞表面マーカーは、限定されないが、ＣＤ１、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１１ｄ、ＣＤｗ１２、ＣＤ１３、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１５ｓ、ＣＤ１６、ＣＤｗ１７、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ２５、ＣＤ２６、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ２９、ＣＤ３０、ＣＤ３１、ＣＤ３２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ３６、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４２、ＣＤ４３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＢ、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ４９ａ、ＣＤ４９ｂ、ＣＤ４９ｃ、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ４９ｅ、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５０、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５３、ＣＤ５４、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ５７、ＣＤ５８、ＣＤ５９、ＣＤｗ６０、ＣＤ６１、ＣＤ６２Ｅ、ＣＤ６２Ｌ（Ｌ－セレクチン）、ＣＤ６２Ｐ、ＣＤ６３、ＣＤ６４、ＣＤ６５、ＣＤ６６ａ、ＣＤ６６ｂ、ＣＤ６６ｃ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ６６ｅ、ＣＤ７１、ＣＤ７９（例えば、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ）、ＣＤ９０、ＣＤ９５（Ｆａｓ）、ＣＤ１０３、ＣＤ１０４、ＣＤ１２５（ＩＬ５ＲＡ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ－４）、ＣＤ２２１、ＣＤ２７４、ＣＤ２７９（ＰＤ－１）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３２６（ＥｐＣＡＭ）などを含む。
いくつかの例では、結合部分Ａは、癌抗原を認識する抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、結合部分Ａは、アルファフェトプロテイン、ＡＳＬＧ６５９、Ｂ７－Ｈ３、ＢＡＦＦ－Ｒ、ブレビカン、ＣＡ１２５（ＭＵＣ１６）、ＣＡ１５－３、ＣＡ１９－９、癌胎児抗原（ＣＥＡ）、ＣＡ２４２、ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形癌由来成長因子）、ＣＴＬＡ－４、ＣＸＣＲ５、Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、上皮成長因子、ＥＴＢＲ、Ｆｃ受容体様タンパク質（ＦＣＲＨ１）、ＧＥＤＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子（Ｉａ抗原）のβサブユニット）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、ＩＣＯＳ、ＩＬ－２受容体、ＩＬ２０Ｒα、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２（ＩＲＴＡ２）、Ｌ６、Ｌｅｗｉｓ Ｙ、Ｌｅｗｉｓ Ｘ、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－２、ＭＡＧＥ－３、ＭＡＧＥ ４、ＭＡＲＴ１、メソテリン、ＭＣＰ１（ＣＣＬ２）、ＭＤＰ、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）、ＭＰＦ（ＳＭＲ、ＭＳＬＮ）、ＭＰＧ、ＭＳＧ７８３、ムチン、ＭＵＣ１－ＫＬＨ、Ｎａｐｉ３ｂ（ＳＬＣ３４Ａ２）、ネクチン－４、Ｎｅｕ癌遺伝子産物、ＮＣＡ、胎盤アルカリホスファターゼ、前立腺特異的膜抗原ＰＭＳＡ）、前立腺酸性ホスファターゼ、ＰＳＣＡ ｈｌｇ、ｐ９７、プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５（Ｐ２Ｘ５）、ＬＹ６４（リンパ球抗原９６（ＲＰ１０５）、ｇｐ１００、Ｐ２１、前立腺の６つの膜貫通上皮抗原（ＳＴＥＡＰ１）、ＳＴＥＡＰ２、Ｓｅｍａ ５ｂ、腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ－７２）、ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容体電位陽イオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）、あるいはこれらの組み合わせを認識する、抗体またはその結合フラグメントである。
いくつかの例では、結合部分Ａは、ＣＤ細胞表面マーカーを認識する、抗体またはその結合フラグメントである。いくつかの例では、結合部分Ａは、ＣＤ１、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１１ｄ、ＣＤｗ１２、ＣＤ１３、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１５ｓ、ＣＤ１６、ＣＤｗ１７、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ２５、ＣＤ２６、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ２９、ＣＤ３０、ＣＤ３１、ＣＤ３２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ３６、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４２、ＣＤ４３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＢ、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ４９ａ、ＣＤ４９ｂ、ＣＤ４９ｃ、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ４９ｅ、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５０、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５３、ＣＤ５４、ＣＤ５５、ＣＤ５６、ＣＤ５７、ＣＤ５８、ＣＤ５９、ＣＤｗ６０、ＣＤ６１、ＣＤ６２Ｅ、ＣＤ６２Ｌ（Ｌ－セレクチン）、ＣＤ６２Ｐ、ＣＤ６３、ＣＤ６４、ＣＤ６５、ＣＤ６６ａ、ＣＤ６６ｂ、ＣＤ６６ｃ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ６６ｅ、ＣＤ７１、ＣＤ７９（例えば、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ）、ＣＤ９０、ＣＤ９５（Ｆａｓ）、ＣＤ１０３、ＣＤ１０４、ＣＤ１２５（ＩＬ５ＲＡ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ－４）、ＣＤ２２１、ＣＤ２７４、ＣＤ２７９（ＰＤ－１）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３２６（ＥｐＣＡＭ）、またはこれらの組み合わせを認識する、抗体またはそのフラグメントである。
いくつかの実施形態では、抗体またはその結合フラグメントは、ザルツムマブ（ＨｕＭａｘ－ＥＦＧｒ、Ｇｅｎｍａｂ）、アバゴボマブ（Ｍｅｎａｒｉｎｉ）、アビツズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、アデカツムマブ（ＭＴ２０１）、アラシズマブペゴール、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）、ＭａｂＣａｍｐａｔｈまたはＣａｍｐａｔｈ－１Ｈ；Ｌｅｕｋｏｓｉｔｅ）、ＡｌｌｏＭｕｎｅ（ＢｉｏＴｒａｎｓｐｌａｎｔ）、アマツキシマブ（Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、抗ＶＥＧＦ（Ｇｅｎｅｔｅｃｈ）、アナツモマブマフェナトックス、アポリズマブ（ｈｕ１Ｄ１０）、アスクリンバクマブ（Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、Ｂ４３．１３（ＯｖａＲｅｘ、ＡｌｔａＲｅｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、バシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ベリムマブ（Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ブリナツモマブ（Ｂｌｉｎｃｙｔｏ、ＡＭＧ１０３；Ａｍｇｅｎ）、ＢＥＣ２（ＩｍＧｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、カツマキソマブ（Ｒｅｍｏｖａｂ、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、ＣＥＡｃｉｄｅ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）、ＩｍＣｌｏｎｅ）、シタツズマブボガトクス（ＶＢ６－８４５）、シズツムマブ（ＩＭＣ－Ａ１２、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、コナツムマブ（ＡＭＧ ６５５、Ａｍｇｅｎ）、ダセツズマブ（ＳＧＮ－４０、ｈｕＳ２Ｃ６；Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、ダラツムマブ（Ｄａｒｚａｌｅｘ（登録商標）、Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、デツモマブ、ドロジツマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、デュルバルマブ（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、デュシギツマブ（ｄｕｓｉｇｉｔｕｍａｂ）（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、エドレコロマブ（ＭＡｂ１７１Ａ、Ｐａｎｏｒｅｘ、Ｇｌａｘｏ Ｗｅｌｌｃｏｍｅ）、エロツズマブ（Ｅｍｐｌｉｃｉｔｉ（商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、エミベツズマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、エナバツズマブ（Ｆａｃｅｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏｒｐ．）、エンフォルツマブベドチン（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エノブリツズマブ（ＭＧＡ２７１、ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エンシツズマブ（ｅｎｓｉｔｕｘｕｍａｂ）（Ｎｅｏｇｅｎｉｘ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ， Ｉｎｃ．）、エプラツズマブ（ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エルツマキソマブ（Ｒｅｘｏｍｕｎ（登録商標）、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、エタラシズマブ（Ａｂｅｇｒｉｎ、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ファーレツズマブ（ＭＯＲＡｂ－００３、Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、ＦＢＴＡ０５（Ｌｙｍｐｈｏｍｕｎ、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、フィクラツズマブ（ＡＶＥＯ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、フィギツムマブ（ＣＰ－７５１８７１、Ｐｆｉｚｅｒ）、フランボツマブ（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、フレゾリムマブ（ＧＣ１００８、Ａａｎｏｆｉ－Ａｖｅｎｔｉｓ）、フツキシマブ、グラキシマブ（ｇｌａｘｉｍａｂ）、ガニツマブ（Ａｍｇｅｎ）、ジレンツキシマブ（Ｒｅｎｃａｒｅｘ（登録商標）、Ｗｉｌｅｘ ＡＧ）、ＩＭＡＢ３６２（クラウディキシマブ（Ｃｌａｕｄｉｘｉｍａｂ）、Ｇａｎｙｍｅｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ＡＧ）、イマルマブ（Ｂａｘａｌｔａ）、ＩＭＣ－１Ｃ１１（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ＩＭＣ－Ｃ２２５（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、イムガツズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、インテツムマブ（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ社）、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、イラツムマブ（Ｍｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．）、イサツキシマブ（ＳＡＲ６５０９８４、Ｓａｎｏｆｉ－Ａｖｅｎｔｉｓ）、ラベツズマブ（ＣＥＡ－ＣＩＤＥ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、レクサツムマブ（ＥＴＲ２－ＳＴ０１、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、リンツズマブ（ＳＧＮ－３３、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ルカツムマブ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ルミリキシマブ、マパツズマブ（ＨＧＳ－ＥＴＲ１、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００、Ｍｅｒｃｋ）、ミラツズマブ（ｈＬＬ１、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、ミツモマブ（ＢＥＣ－２、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ナルナツマブ（ｎａｒｎａｔｕｍａｂ）（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ネシツムマブ（Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（商標）、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ネスバクマブ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ニモツズマブ（ｈ－Ｒ３、ＢＩＯＭＡｂ ＥＧＦＲ、ＴｈｅｒａＣＩＭ、Ｔｈｅｒａｌｏｃ、またはＣＩＭＡｈｅｒ；Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ．）、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、オビヌツズマブ（ＧａｚｙｖａまたはＧａｚｙｖａｒｏ；Ｈｏｆｆｍａｎｎ－Ｌａ Ｒｏｃｈｅ）、オカラツズマブ（ＡＭＥ－１３３ｖ、ＬＹ２４６９２９８；Ｍｅｎｔｒｉｋ Ｂｉｏｔｅｃｈ，ＬＬＣ）、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）、Ｇｅｎｍａｂ）、オナルツズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、オンツキシズマブ（Ｏｎｔｕｘｉｚｕｍａｂ）（Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、オレゴボマブ（ＯｖａＲｅｘ（登録商標）（ＡｌｔａＲｅｘ，Ｃｏｒｐ．）、オトレルツズマブ（ｏｔｌｅｒｔｕｚｕｍａｂ）（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ ＢｉｏＳｏｌｕｔｉｏｎｓ）、パニツムマブ（ＡＢＸ－ＥＧＦ、Ａｍｇｅｎ）、パンコマブ（ｐａｎｋｏｍａｂ）（Ｇｌｙｃｏｔｏｐｅ ＧＭＢＨ）、パルサツズマブ（ｐａｒｓａｔｕｚｕｍａｂ）（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、パトリツマブ、ペンブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）、ペムツモマブ（ｐｅｍｔｕｍｏｍａｂ）（Ｔｈｅｒａｇｙｎ、Ａｎｔｉｓｏｍａ）、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ピディリズマブ（ＣＴ－０１１、Ｍｅｄｉｖａｔｉｏｎ）、ポラツズマブベドチン（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、プリツムマブ、ラコツモマブ（Ｖａｘｉｒａ（登録商標）、Ｒｅｃｏｍｂｉｏ）、ラムシルマブ（Ｃｙｒａｍｚａ（登録商標）、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ロバツムマブ（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ－Ｐｌｏｕｇｈ）、セリバントマブ（Ｓａｎｏｆｉ／Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）、シブロツズマブ（ｓｉｂｒｏｔｕｚｕｍａｂ）、シルツキシマブ（Ｓｙｌｖａｎｔ（商標）、Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、Ｓｍａｒｔ ＭＩ９５（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ， Ｉｎｃ．）、Ｓｍａｒｔ ＩＤ１０（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ， Ｉｎｃ．）、タバルマブ（ＬＹ２１２７３９９、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、タプリツモマブパプトクス、テナツモマブ（ｔｅｎａｔｕｍｏｍａｂ）、テプロツムマブ（Ｒｏｃｈｅ）、テツロマブ（ｔｅｔｕｌｏｍａｂ）、ＴＧＮ１４１２（ＣＤ２８－ＳｕｐｅｒＭＡＢあるいはＴＡＢ０８）、ティガツズマブ（ＣＤ－１００８、Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、トシツモマブ、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、トレメリムマブ（ＣＰ－６７２，２０６；Ｐｆｉｚｅｒ）、ツコツズマブセルモロイキン（ＥＭＤ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ウブリツキシマブ、ウレルマブ（ＢＭＳ－６６３５１３、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ボロシキシマブ（Ｍ２００、Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、ザツキシマブ（ｚａｔｕｘｉｍａｂ）などを含む。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、ザルツムマブ（ＨｕＭａｘ－ＥＦＧｒ、Ｇｅｎｍａｂ）、アバゴボマブ（Ｍｅｎａｒｉｎｉ）、アビツズマ（Ｍｅｒｃｋ）、アデカツムマブ（ＭＴ２０１）、アラシズマブペゴール、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）、ＭａｂＣａｍｐａｔｈまたはＣａｍｐａｔｈ－１Ｈ；Ｌｅｕｋｏｓｉｔｅ）、ＡｌｌｏＭｕｎｅ（ＢｉｏＴｒａｎｓｐｌａｎｔ）、アマツキシマブ（Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、抗ＶＥＧＦ（Ｇｅｎｅｔｅｃｈ）、アナツモマブマフェナトックス、アポリズマブ（ｈｕ１Ｄ１０）、アスクリンバクマブ（Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、Ｂ４３．１３（ＯｖａＲｅｘ、ＡｌｔａＲｅｘ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、バシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ベリムマブ（Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ブリナツモマブ（Ｂｌｉｎｃｙｔｏ、ＡＭＧ１０３；Ａｍｇｅｎ）、ＢＥＣ２（ＩｍＧｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、カツマキソマブ（Ｒｅｍｏｖａｂ、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、ＣＥＡｃｉｄｅ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）、ＩｍＣｌｏｎｅ）、シタツズマブボガトクス（ＶＢ６－８４５）、シズツムマブ（ＩＭＣ－Ａ１２、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、コナツムマブ（ＡＭＧ ６５５、Ａｍｇｅｎ）、ダセツズマブ（ＳＧＮ－４０、ｈｕＳ２Ｃ６；Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、ダラツムマブ（Ｄａｒｚａｌｅｘ（登録商標）、Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、デツモマブ、ドロジツマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、デュルバルマブ（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、デュシギツマブ（ｄｕｓｉｇｉｔｕｍａｂ）（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、エドレコロマブ（ＭＡｂ１７１Ａ、Ｐａｎｏｒｅｘ、Ｇｌａｘｏ Ｗｅｌｌｃｏｍｅ）、エロツズマブ（Ｅｍｐｌｉｃｉｔｉ（商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、エミベツズマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、エナバツズマブ（Ｆａｃｅｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｃｏｒｐ．）、エンフォルツマブベドチン（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エノブリツズマブ（ＭＧＡ２７１、ＭａｃｒｏＧｅｎｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エンシツズマブ（ｅｎｓｉｔｕｘｕｍａｂ）（Ｎｅｏｇｅｎｉｘ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．）、エプラツズマブ（ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、エルツマキソマブ（Ｒｅｘｏｍｕｎ（登録商標）、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、エタラシズマブ（Ａｂｅｇｒｉｎ、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ファーレツズマブ（ＭＯＲＡｂ－００３、Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、ＦＢＴＡ０５（Ｌｙｍｐｈｏｍｕｎ、Ｔｒｉｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、フィクラツズマブ（ＡＶＥＯ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、フィギツムマブ（ＣＰ－７５１８７１、Ｐｆｉｚｅｒ）、フランボツマブ（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、フレゾリムマブ（ＧＣ１００８、Ａａｎｏｆｉ－Ａｖｅｎｔｉｓ）、フツキシマブ、グラキシマブ（ｇｌａｘｉｍａｂ）、ガニツマブ（Ａｍｇｅｎ）、ジレンツキシマブ（Ｒｅｎｃａｒｅｘ（登録商標）、Ｗｉｌｅｘ ＡＧ）、ＩＭＡＢ３６２（クラウディキシマブ、Ｇａｎｙｍｅｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ＡＧ）、イマルマブ（Ｂａｘａｌｔａ）、ＩＭＣ－１Ｃ１１（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ＩＭＣ－Ｃ２２５（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、イムガツズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、インテツムマブ（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ社）、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、イラツムマブ（Ｍｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．）、イサツキシマブ（ＳＡＲ６５０９８４、Ｓａｎｏｆｉ－Ａｖｅｎｔｉｓ）、ラベツズマブ（ＣＥＡ－ＣＩＤＥ、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）、レクサツムマブ（ＥＴＲ２－ＳＴ０１、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、リンツズマブ（ＳＧＮ－３３、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ルカツムマブ（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ルミリキシマブ、マパツズマブ（ＨＧＳ－ＥＴＲ１、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００、Ｍｅｒｃｋ）、ミラツズマブ（ｈＬＬ１、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．）、ミツモマブ（ＢＥＣ－２、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ナルナツマブ（ｎａｒｎａｔｕｍａｂ）（ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ネシツムマブ（Ｐｏｒｔｒａｚｚａ（商標）、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、ネスバクマブ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ニモツズマブ（ｈ－Ｒ３、ＢＩＯＭＡｂ ＥＧＦＲ、ＴｈｅｒａＣＩＭ、Ｔｈｅｒａｌｏｃ、またはＣＩＭＡｈｅｒ； Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏ．）、ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、オビヌツズマブ（ＧａｚｙｖａまたはＧａｚｙｖａｒｏ；Ｈｏｆｆｍａｎｎ－Ｌａ Ｒｏｃｈｅ）、オカラツズマブ（ＡＭＥ－１３３ｖ、ＬＹ２４６９２９８；Ｍｅｎｔｒｉｋ Ｂｉｏｔｅｃｈ，ＬＬＣ）、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）、Ｇｅｎｍａｂ）、オナルツズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、オンツキシズマブ（Ｏｎｔｕｘｉｚｕｍａｂ）（Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ Ｉｎｃ．）、オレゴボマブ（ＯｖａＲｅｘ（登録商標）（ＡｌｔａＲｅｘ，Ｃｏｒｐ．）、オトレルツズマブ（ｏｔｌｅｒｔｕｚｕｍａｂ）（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ ＢｉｏＳｏｌｕｔｉｏｎｓ）、パニツムマブ（ＡＢＸ－ＥＧＦ、Ａｍｇｅｎ）、パンコマブ（ｐａｎｋｏｍａｂ）（Ｇｌｙｃｏｔｏｐｅ ＧＭＢＨ）、パルサツズマブ（ｐａｒｓａｔｕｚｕｍａｂ）（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、パトリツマブ、ペンブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、Ｍｅｒｃｋ）、ペムツモマブ（ｐｅｍｔｕｍｏｍａｂ）（Ｔｈｅｒａｇｙｎ、Ａｎｔｉｓｏｍａ）、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ピディリズマブ（ＣＴ－０１１、Ｍｅｄｉｖａｔｉｏｎ）、ポラツズマブベドチン（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、プリツムマブ、ラコツモマブ（Ｖａｘｉｒａ（登録商標）、Ｒｅｃｏｍｂｉｏ）、ラムシルマブ（Ｃｙｒａｍｚａ（登録商標）、ＩｍＣｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ロバツムマブ（Ｓｃｈｅｒｉｎｇ－Ｐｌｏｕｇｈ）、セリバントマブ（Ｓａｎｏｆｉ／Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）、シブロツズマブ（ｓｉｂｒｏｔｕｚｕｍａｂ）、シルツキシマブ（Ｓｙｌｖａｎｔ（商標）、Ｊａｎｓｓｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、Ｓｍａｒｔ ＭＩ９５（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ， Ｉｎｃ．）、Ｓｍａｒｔ ＩＤ１０（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ， Ｉｎｃ．）、タバルマブ（ＬＹ２１２７３９９、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、タプリツモマブパプトクス、テナツモマブ（ｔｅｎａｔｕｍｏｍａｂ）、テプロツムマブ（Ｒｏｃｈｅ）、テツロマブ（ｔｅｔｕｌｏｍａｂ）、ＴＧＮ１４１２（ＣＤ２８－ＳｕｐｅｒＭＡＢまたはＴＡＢ０８）、ティガツズマブ（ＣＤ－１００８、Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）、トシツモマブ、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、トレメリムマブ（ＣＰ－６７２，２０６；Ｐｆｉｚｅｒ）、ツコツズマブセルモロイキン（ＥＭＤ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ウブリツキシマブ、ウレルマブ（ＢＭＳ－６６３５１３、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ボロシキシマブ（Ｍ２００、Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、あるいはザツキシマブ（ｚａｔｕｘｉｍａｂ）を含む。いくつかの実施形態では、結合部分Ａはザルツムマブ（ＧｅｎｍａｂによるＨｕＭａｘ－ＥＦＧｒ）である。
追加の結合部分
いくつかの実施形態では、結合部分は血漿タンパク質である。いくつかの例では、血漿タンパク質はアルブミンを含む。いくつかの例では、結合部分Ａはアルブミンである。いくつかの例では、アルブミンは、本明細書に記載されるコンジュゲーション化学の１つ以上によって、ポリ核酸分子にコンジュゲートされる。いくつかの例では、アルブミンは、天然のライゲーション化学によってポリ核酸分子にコンジュゲートされる。いくつかの例では、アルブミンは、リジン結合によってポリ核酸分子にコンジュゲートされる。
いくつかの例では、結合部分Ａはステロイドである。例示的なステロイドは、コレステロール、リン脂質、ジアシルグリセロールおよびトリアシルグリセロール、脂肪酸、炭化水素（飽和したもの、不飽和のもの、置換を含むもの、あるいはそれらの組み合わせである）を含む。いくつかの例では、ステロイドはコレステロールである。いくつかの例では、結合部分はコレステロールである。いくつかの例では、コレステロールは、本明細書に記載されるコンジュゲーション化学の１つ以上によってポリ核酸分子にコンジュゲートされる。いくつかの例では、コレステロールは、天然のライゲーション化学によってポリ核酸分子にコンジュゲートされる。いくつかの例では、コレステロールは、リジンコンジュゲーションによってポリ核酸分子にコンジュゲートされる。
いくつかの例では、結合部分は、限定されないが、細胞上の特定の表面マーカーに結合するポリ核酸分子アプタマーを含むポリマーである。この例では、結合部分は、標的遺伝子またはｍＲＮＡにハイブリダイズしないが、その代わりに、細胞表面マーカーのその特定のエピトープに結合する抗体と同様に、細胞表面マーカーに選択的に結合することができるポリ核酸である。
場合によっては、結合部分Ａはペプチドである。場合によっては、ペプチドは約１～約３ｋＤａを含む。場合によっては、ペプチドは約１．２～約２．８ｋＤａ、約１．５～約２．５ｋＤａ、または約１．５～約２ｋＤａを含む。いくつかの例では、ペプチドは二環式ペプチドである。場合によっては、二環式ペプチドは拘束二環式ペプチド（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｂｉｃｙｃｌｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ）である。いくつかの例では、ペプチド部分は二環式ペプチド（例えば、Ｂｉｃｙｃｌｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓの二環）である。
さらなる場合には、結合部分は小分子である。いくつかの例では、小分子は抗体動員小分子（ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｒｅｃｒｕｉｔｉｎｇ ｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）である。場合によっては、抗体動員小分子は、標的結合末端および抗体結合末端を含み、標的結合末端は細胞表面受容体を認識して、細胞表面受容体に相互作用することができる例えば、いくつかの例では、グルタミン酸尿素化合物を含む標的結合末端は、ＰＳＭＡとの相互作用を可能にし、それによって、ＰＳＭＡを発現する細胞（例えば、癌細胞）との抗体相互作用を増強する。いくつかの例では、結合部分は、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ａ ｒｅｍｏｔｅ ａｒｅｎｅ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｏｎ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｅｍｂｒａｎｅ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｒｅｃｒｕｉｔｉｎｇ ｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，” Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ． １３２（３６）： １２７１１－１２７１６ （２０１０）；あるいは、ＭｃＥｎａｎｅｙ， ｅｔ ａｌ．， “Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｒｅｃｒｕｉｔｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ： ａｎ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｐａｒａｄｉｇｍ ｆｏｒ ｅｎｇａｇｉｎｇ ｉｍｍｕｎｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ ｔｒｅａｔｉｎｇ ｈｕｍａｎ ｄｉｓｅａｓｅ，” ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ． ７（７）：１１３９－１１５１ （２０１２）に記載される小分子である。
ポリ核酸分子標的
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、癌遺伝子上の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子（またはポリヌクレオチド）である。いくつかの例では、癌遺伝子は、いくつかのカテゴリー：成長因子または分裂促進因子、受容体チロシンキナーゼ、細胞質チロシンキナーゼ、細胞質セリン／トレオニンキナーゼ、制御性ＧＴＰアーゼ、および転写因子にさらに分類される。例示的な成長因子はｃ－Ｓｉｓを含む。例示的な受容体チロシンキナーゼは、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）、およびＨＥＲ２／ｎｅｕを含む。例示的な細胞質チロシンキナーゼは、Ｓｒｃファミリーチロシンキナーゼ、チロシンキナーゼのＳｙｋ－ＺＡＰ－７０ファミリー、チロシンキナーゼのＢＴＫファミリー、および、ＣＭＬにおけるＡｂｌ遺伝子を含む。例示的な細胞質セリン／トレオニンキナーゼはＲａｆキナーゼおよびサイクリン依存性キナーゼを含む。例示的な制御性ＧＴＰアーゼは、ＫＲＡＳなどのタンパク質のＲａｓファミリーを含む。例示的な転写因子はＭＹＣ遺伝子を含む。いくつかの例では、本明細書に記載された癌遺伝子は、成長因子または分裂促進因子、受容体チロシンキナーゼ、細胞質チロシンキナーゼ、細胞質セリン／トレオニンキナーゼ、制御性ＧＴＰアーゼ、または転写因子から選択された癌遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、成長因子または分裂促進因子、受容体チロシンキナーゼ、細胞質チロシンキナーゼ、細胞質セリン／トレオニンキナーゼ、制御性ＧＴＰアーゼ、または転写因子から選択された癌遺伝子の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される癌遺伝子は、Ａｂｌ、ＡＫＴ－２、ＡＬＫ、ＡＭＬ１（または、ＲＵＮＸ１）、ＡＲ、ＡＸＬ、ＢＣＬ－２，３，６、ＢＲＡＦ、ｃ－ＭＹＣ、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ－２（Ｈｅｒ２、Ｎｅｕ）、Ｆｍｓ、ＦＯＳ、ＧＬＩ１、ＨＰＲＴ１、ＩＬ－３、ＩＮＴＳ２、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＳ３、Ｋ－ｓａｍ、ＬＢＣ（ＡＫＡＰ１３）、ＬＣＫ、ＬＭＯ１、ＬＭＯ２、ＬＹＬ１、ＭＡＳ１、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＬＬ（ＫＭＴ２Ａ）、ＭＯＳ、ＭＹＢ、ＭＹＨ１１／ＣＢＦＢ、ＮＯＴＣＨ１（ＴＡＮ１）、ＮＴＲＫ１（ＴＲＫ）、ＯＳＴ（ＳＬＣ５１Ｂ）、ＰＡＸ５、ＰＩＭ１、ＰＲＡＤ－１、ＲＡＦ、ＲＡＲ／ＰＭＬ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＲＥＬ／ＮＲＧ、ＲＥＴ、ＲＯＳ、ＳＫＩ、ＳＲＣ、ＴＩＡＭ１、またはＴＳＣ２を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、Ａｂｌ、ＡＫＴ－２、ＡＬＫ、ＡＭＬ１（または、ＲＵＮＸ１）、ＡＲ、ＡＸＬ、ＢＣＬ－２，３，６、ＢＲＡＦ、ｃ－ＭＹＣ、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ－２（Ｈｅｒ２、Ｎｅｕ）、Ｆｍｓ、ＦＯＳ、ＧＬＩ１、ＨＰＲＴ１、ＩＬ－３、ＩＮＴＳ２、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＫＳ３、Ｋ－ｓａｍ、ＬＢＣ（ＡＫＡＰ１３）、ＬＣＫ、ＬＭＯ１、ＬＭＯ２、ＬＹＬ１、ＭＡＳ１、ＭＤＭ２、ＭＥＴ、ＭＬＬ（ＫＭＴ２Ａ）、ＭＯＳ、ＭＹＢ、ＭＹＨ１１／ＣＢＦＢ、ＮＯＴＣＨ１（ＴＡＮ１）、ＮＴＲＫ１（ＴＲＫ）、ＯＳＴ（ＳＬＣ５１Ｂ）、ＰＡＸ５、ＰＩＭ１、ＰＲＡＤ－１、ＲＡＦ、ＲＡＲ／ＰＭＬ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＲＥＬ／ＮＲＧ、ＲＥＴ、ＲＯＳ、ＳＫＩ、ＳＲＣ、ＴＩＡＭ１、またはＴＳＣ２の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される癌遺伝子は、ＫＲＡＳ、ＥＧＦＲ、ＡＲ、ＨＰＲＴ１、ＣＮＮＴＢ１（β－カテニン）、またはβ－カテニン関連遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＫＲＡＳ、ＥＧＦＲ、ＡＲ、ＨＰＲＴ１、ＣＮＮＴＢ１（β－カテニン）、またはβ－カテニン関連遺伝子の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＫＲＡＳの標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＥＧＦＲの標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＡＲの標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＣＮＮＴＢ１（β－カテニン）の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子Ｂは、ＣＮＮＴＢ１（β－カテニン）関連遺伝子の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの例では、β－カテニン関連遺伝子はＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３ＣＢ、およびＭｙｃを含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子Ｂは、ＨＰＲＴ１の標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。
カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）を標的とするポリ核酸分子
カーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ（ＧＴＰアーゼＫＲａｓ、Ｖ－Ｋｉ－ｒａｓカーステンラット肉腫ウイルス癌遺伝子ホモログ、またはＫＲＡＳとしても知られている）は、細胞分裂の調節に関与する。Ｋ－Ｒａｓタンパク質はＲａｓスーパーファミリーに属するＧＴＰアーゼである。いくつかの例では、Ｋ－Ｒａｓは細胞周期進行を調節し、様々な環境トリガー（例えば、細胞ストレス、紫外線、熱ショック、またはイオン化放射線照射）の下で、成長停止、アポトーシス、および複製老化を誘導する。場合によっては、野生型ＫＲＡＳ遺伝子は様々なタイプの癌における腫瘍進行中に頻繁に失われることが示されているが、ＫＲＡＳ遺伝子の突然変異は癌の発生に関連している。いくつかの例では、ＫＲＡＳ増幅も、癌の発生に関与している（例えば、Ｖａｌｔｏｒｔａ ｅｔ ａｌ．”ＫＲＡＳ ｇｅｎｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ ｉｍｐａｃｔ ｏｎ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ＥＧＦＲ－ｔａｒｇｅｔｅｄ ｔｈｅｒａｐｙ，” Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ １３３： １２５９－１２６６ （２０１３）を参照）。そのような場合、癌は、患者が特定の阻害剤、または阻害剤のクラスに対して耐性を獲得した難治性の癌に関連する。
いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ遺伝子は野生型であるか、または突然変異を含む。いくつかの例では、ＫＲＡＳ ｍＲＮＡは野生型であるか、または突然変異を含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子は、野生型のＫＲＡＳ ＤＮＡ、またはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。いくつかの例では、ポリ核酸分子は、突然変異（例えば、置換、欠失、または付加）を含む、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズするポリ核酸分子である。
いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡは１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡは、エクソン１のコドン１２または１３において１つ以上の突然変異を含む。いくつかの例では、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡは、コドン６１、６３、１１７、１１９、または１４６において１つ以上の突然変異を含む。いくつかの例では、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡは、ＫＲＡＳポリペプチドのアミノ酸残基１２、１３、１８、１９、２０、２２、２４、２６、３６、５９、６１、６３、６４、６８、１１０、１１６、１１７、１１９、１４６、１４７、１５８、１６４、１７６、またはこれらの組み合わせに対応する位置に１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡは、ＫＲＡＳポリペプチドのＧ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｖ、Ａ１８Ｄ、Ｌ１９Ｆ、Ｔ２０Ｒ、Ｑ２２Ｋ、Ｉ２４Ｎ、Ｎ２６Ｋ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ３６Ｍ、Ａ５９Ｇ、Ａ５９Ｅ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｒ、Ｅ６３Ｋ、Ｙ６４Ｄ、Ｙ６４Ｎ、Ｒ６８Ｓ、Ｐ１１０Ｓ、Ｋ１１７Ｎ、Ｃ１１８Ｓ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１４７Ｎ、Ｔ１５８Ａ、Ｒ１６４Ｑ、Ｋ１７６Ｑ、またはこれらの組み合わせから選択されたアミノ酸残基に対応する位置に１つ以上の突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、１つ以上の突然変異を含むＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、エクソン１中のコドン１２または１３における１つ以上の突然変異を含むＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、コドン６１、６３、１１７、１１９、または１４６における１つ以上の突然変異を含むＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、ＫＲＡＳポリペプチドのアミノ酸残基１２、１３、１８、１９、２０、２２、２４、２６、３６、５９、６１、６３、６４、６８、１１０、１１６、１１７、１１９、１４６、１４７、１５８、１６４、１７６、またはこれらの組み合わせに対応する位置に１つ以上の突然変異を含むＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子は、ＫＲＡＳポリペプチドのＧ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｆ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｖ、Ａ１８Ｄ、Ｌ１９Ｆ、Ｔ２０Ｒ、Ｑ２２Ｋ、Ｉ２４Ｎ、Ｎ２６Ｋ、Ｉ３６Ｌ、Ｉ３６Ｍ、Ａ５９Ｇ、Ａ５９Ｅ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｒ、Ｅ６３Ｋ、Ｙ６４Ｄ、Ｙ６４Ｎ、Ｒ６８Ｓ、Ｐ１１０Ｓ、Ｋ１１７Ｎ、Ｃ１１８Ｓ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｐ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１４７Ｎ、Ｔ１５８Ａ、Ｒ１６４Ｑ、Ｋ１７６Ｑ、またはこれらの組み合わせから選択されたアミノ酸残基に対応する１つ以上の突然変異を含むＫＲＡＳ ＤＮＡまたはＲＮＡの標的領域にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、本明細書に記載のポリ核酸分子（Ｂ）および任意選択的にポリマー（Ｃ）に、式（Ｉ）に従ってコンジュゲートされる。いくつかの例では、ポリマーＣはポリアルキレンオキシド（例えば、ポリエチレングリコール）を含む。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、ポリ核酸分子（Ｂ）および任意選択的にポリマー（Ｃ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、抗体またはその結合フラグメントである。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、ポリ核酸分子（Ｂ）に非特異的にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、非部位特異的な手法で、リジン残基またはシステイン残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、非部位特異的な手法で、リジン残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。場合によっては、結合部分Ａは、非部位特異的な手法で、システイン残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、抗体またはその結合フラグメントである。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、ポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、リジン残基、システイン残基を介して、５’－末端で、３’－末端で、非天然アミノ酸、あるいは酵素修飾または酵素触媒された残基で、部位特異的な手法を介して、ポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、リジン残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、システイン残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、５’末端でポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、３’末端でポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で、非天然アミノ酸を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、部位特異的な手法で酵素修飾または酵素触媒された残基を介してポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａは、抗体またはその結合フラグメントである。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａ（例えば、抗体またはその結合フラグメント）の１つ以上の領域は、ポリ核酸分子（Ｂ）にコンジュゲートする。いくつかの例では、結合部分Ａの１つ以上の領域は、結合部分Ａの定常領域内に、ヒンジ領域に、またはＦｃ領域にＮ末端、Ｃ末端を含む。いくつかの例では、ポリ核酸分子（Ｂ）は、結合部分ＡのＮ末端（例えば、抗体またはその結合フラグメントのＮ末端）にコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリ核酸分子（Ｂ）は、結合部分ＡのＣ末端（例えば、抗体またはその結合フラグメントのＮ末端）にコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリ核酸分子（Ｂ）は、結合部分Ａの定常領域（例えば、抗体またはその結合フラグメントの定常領域）にコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリ核酸分子（Ｂ）は、結合部分Ａのヒンジ領域（例えば、抗体またはその結合フラグメントの定常領域）にコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリ核酸分子（Ｂ）は、結合部分ＡのＦｃ領域（例えば、抗体またはその結合フラグメントの定常領域）にコンジュゲートする。
いくつかの実施形態では、１つ以上のポリ核酸分子（Ｂ）は結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、またはそれ以上のポリ核酸分子は、１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約２個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約３個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約４個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約５個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約６個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約７個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約８個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約９個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１０個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１１個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１２個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１３個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１４個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１５個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。いくつかの例では、約１６個のポリ核酸分子が１つの結合部分Ａにコンジュゲートする。場合によっては、１つ以上のポリ核酸分子が同じである。他の例では、１つ以上のポリ核酸分子が異なる。いくつかの例では、結合部分Ａは、抗体またはその結合フラグメントである。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａ（例えば、抗体またはその結合フラグメント）にコンジュゲートするポリ核酸分子（Ｂ）の数は、ある比率を形成する。いくつかの例では、比率はＤＡＲ（薬物対抗体の）比率と呼ばれ、本明細書で言及されるような薬物はポリ核酸分子（Ｂ）である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、またはそれ以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約２以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約３以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約４以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約５以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約６以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約７以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約８以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約９以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１０以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１１以上である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１２以上である。
いくつかの例では、結合部分Ａ（例えば、抗体またはその結合フラグメント）に対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約２である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約３である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約４である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約５である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約６である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約７である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約８である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約９である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１０である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１１である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１２である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１３である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１４である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１５である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、約１６である。
いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、１である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、２である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、４である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、６である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、８である。いくつかの例では、結合部分Ａに対するポリ核酸分子（Ｂ）のＤＡＲ比率は、１２である。
いくつかの実施形態では、抗体またはその結合フラグメントは、当該技術分野で知られている従来の技術を使用して、例えば、単独で、または組み合わせて、アミノ酸の欠失、挿入、置換、付加を用いて、および、組換え、ならびに／あるいは、当該技術分野で知られている他の修飾（例えば、グリコシル化やリン酸化などの翻訳後修飾および化学的な修飾）によって、さらに修飾される。いくつかの例では、修飾は、Ｆｃ受容体との相互作用を調節するための修飾をさらに含む。いくつかの例では、１つ以上の修飾は、例えば、国際公開第ＷＯ９７／３４６３１に記載されるものを含み、当該文献はＦｃドメインとＦｃＲｎ受容体との間の相互作用に関与するアミノ酸残基を開示している。抗体またはその結合フラグメントのアミノ酸配列の基礎となる核酸配列にそのような修飾を導入する方法は、当業者に周知である。
いくつかの例では、抗体結合フラグメントはさらにその誘導体を包含し、少なくとも１つのＣＤＲを含むポリペプチド配列を含んでいる。
いくつかの例では、本明細書で使用されるような「一本鎖」との用語は、二重特異性の一本鎖構築物の第１と第２のドメインが、好ましくは、単一核酸分子によってコードすることができる共線状アミノ酸配列（ｃｏ－ｌｉｎｅａｒ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）の形態で共有結合されるということを意味する。
いくつかの例では、二重特異性一本鎖抗体構築物は、２つの抗体由来の結合ドメインを含む構築物に関する。そのような実施形態では、二重特異性の一本鎖抗体構築物はタンデムｂｉ－ｓｃＦｖまたはダイアボディである。いくつかの例では、ｓｃＦｖは、リンカーペプチドによって接続されたＶＨとＶＬのドメインを含む。いくつかの例では、リンカーは、第１と第２のドメインのそれぞれが、互いから独立して、その差次的な結合特異性を保持することができる十分な長さと配列である。
いくつかの実施形態では、本明細書で使用されるように、～との結合または～による相互作用とは、互いに少なくとも２つの抗原相互作用部位の結合／相互作用を定義する。いくつかの例では、抗原相互作用部位は、特異的な抗原または抗原の特異的な群との特定の相互作用の能力を示すポリペプチドのモチーフを定義する。場合によっては、結合／相互作用は特定の認識を定義するとも理解される。そのような場合、特定の認識は、抗体またはその結合フラグメントが、標的分子の各々の少なくとも２つのアミノ酸に特異的に相互作用および／または結合することができるということを指す。例えば、特定の認識は、抗体分子の特異性に関するか、または標的分子の特定の領域を区別するその能力に関する。追加の例では、特異的な抗原との抗原相互作用部位の特定の相互作用は、例えば、抗原の立体配座の変化の誘導、抗原のオリゴマー化などによる、シグナルの開始をもたらす。さらなる実施形態では、結合は「鍵と鍵穴の原理（ｋｅｙ－ｌｏｃｋ－ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ）」の特異性によって例証される。したがって、いくつかの例では、抗原相互作用部位および抗原のアミノ酸配列における特定のモチーフは、上記構造の二次修飾の結果と同様に、その１次、２次、または３次構造の結果として互いに結合する。そのような場合、抗原相互作用部位のその特異的な抗原との特定の相互作用は、抗原へのその部位の簡単な結合をもたらす。いくつかの例では、特異的な相互作用はさらに、抗体またはその結合フラグメントの交差反応性の減少、あるいはオフターゲット効果の減少を指す。例えば、対象となるポリペプチド／タンパク質に結合するが、他のポリペプチドのいずれにも本質的には結合しない抗体またはその結合フラグメントは、対象となるポリペプチド／タンパク質に対して特異的であるとみなされる。抗原相互作用部位の特異的な抗原との特定の相互作用の例は、リガンドのその受容体との特異性、例えば、抗原決定基（エピトープ）の、抗体の抗原結合部位との相互作用を含む。
抗体またはその結合フラグメントの産生
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるポリペプチド（例えば、抗体とその結合フラグメント）は、とりわけ、化学合成によって、または組換え発現によって、ポリペプチド（例えば、抗体）の合成に役立つように当該技術分野で知られている任意の方法を使用して生成され、および、好ましくは組換え発現技術によって生成される。
いくつかの例では、抗体またはその結合フラグメントは組換え発現され、抗体またはその結合フラグメントをコードする核酸は、化学的に合成されたオリゴヌクレオチドから組み立てられ（例えば、Ｋｕｔｍｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９４，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １７：２４２に記載されるように）、これは、抗体をコードする配列の一部を含有する重複するオリゴヌクレオチドの合成、それらのオリゴヌクレオチドのアニーリングとライゲーション、および、その後のＰＣＲによるライゲートされたオリゴヌクレオチドの増幅を含む。
代替的に、抗体をコードする核酸分子は、配列の３’と５’の末端へハイブリダイズすることができる合成プライマーを使用するＰＣＲ増幅によって、あるいは特定の遺伝子配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを使用してクローンを作ることによって、適切なソース（例えば、抗体ｃＤＮＡライブラリー、または免疫グロブリンを発現する任意の組織あるいは細胞から生成されたｃＤＮＡライブラリー）から任意選択的に生成される。
いくつかの例では、抗体またはその結合は、ポリクローナル抗体を産生するためにウサギなどの動物を免疫化することにより、または、より好ましくは、例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５－４９７）によって記載されるように、または、Ｋｏｚｂｏｒら（１９８３，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ ４：７２）、あるいはＣｏｌｅら（１９８５ ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，ｐｐ．７７－９６）によって記載されるように、モノクローナル抗体を産生することによって、任意選択的に生成される。代替的に、抗体の少なくともＦａｂ部分をコードするクローンは、特異的抗原に結合するＦＡｂフラグメントのクローンのためにＦａｂ発現ライブラリー（例えば、Ｈｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４６：１２７５－１２８１に記載される）をスクリーニングすることにより、または抗体ライブラリー（Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４； Ｈａｎｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７ Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９４：４９３７を参照）をスクリーニングすることにより、任意選択的に得られる。
いくつかの実施形態では、適切な生物学的活性のヒト抗体分子からの遺伝子と一緒に、適切な抗原特異性のマウス抗体分子からの遺伝子をスプライシングすることにより、「キメラ抗体」の産生のために開発された技術（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ８１：８５１－８５５；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｎａｔｕｒｅ ３１２：６０４－６０８；Ｔａｋｅｄａ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４５２－４５４）が使用される。キメラ抗体は、異なる部分が、ネズミモノクローナル抗体に由来する可変領域、およびヒト免疫グロブリン定常領域、例えば、ヒト化抗体を有する動物種などの様々な動物種に由来する分子である。
いくつかの実施形態では、一本鎖抗体の産生について記載された技術（Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．４，６９４，７７８；Ｂｉｒｄ，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９－５８８３；ａｎｄ Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５４４－５４）は、一本鎖抗体を産生するために適合される。一本鎖抗体は、アミノ酸ブリッジによってＦｖ領域の重鎖および軽鎖のフラグメントを結合することによって形成され、結果として一本鎖ポリペプチドを生じさせる。大腸菌中の機能的なＦｖフラグメントの組み立てのための技術も任意選択的に使用される（Ｓｋｅｒｒａ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：１０３８－１０４１）。
いくつかの実施形態では、抗体のヌクレオチド配列を含む発現ベクターまたは抗体のヌクレオチド配列は、従来の技術（例えば、エレクトロポレーション、リポソームトランスフェクション、および、リン酸カルシウム沈澱反応）によって宿主細胞に導入され、トランスフェクトされた細胞はその後、従来の技術によって培養されて、抗体を産生する。特定の実施形態では、抗体の発現は、構成的な、誘導可能な、または組織特異的なプロモーターによって調節される。
いくつかの実施形態では、様々な宿主発現ベクター系は、本明細書に記載される抗体またはその結合フラグメントを発現するために利用される。そのような宿主発現系は、抗体のコード配列が生成され、その後精製されるビヒクルを表すだけでなく、適切なヌクレオチドコード配列で形質転換されるか、またはトランスフェクトされるときに、抗体またはその結合フラグメントをインサイツで発現する細胞も表す。これらは、限定されないが、抗体またはその結合フラグメントコード配列を含む、組換えバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、またはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換された細菌（例えば、大腸菌と枯草菌）などの微生物、抗体またはその結合フラグメントコード配列を含む組換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母（例えば、サッカロミケス・ピキア）、抗体またはその結合フラグメントコード配列を含む組替えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染した昆虫細胞系、組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス（ＣａＭＶ）およびタバコモザイクウイルス（ＴＭＶ））に感染した、あるいは、抗体またはその結合フラグメントコード配列を含む組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）で形質転換された植物細胞系、あるいは、哺乳動物細胞（例えば、メタロチオネイン・プロモーター）のゲノム、または、哺乳動物ウイルス（例えば、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）に由来するプロモーターを含む、組換え発現構築物を保有する哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨ、２９３、２９３Ｔ、３Ｔ３細胞）を含む。
組換えタンパク質の長期的かつ高収率の生成のためには、安定した発現が好ましい。いくつかの例では、安定して抗体を発現する細胞株が任意選択的に操作される。ウイルスの複製開始点を含む発現ベクターを使用するのではなく、宿主細胞は、適切な発現制御要素（例えば、プロモーター、エンハンサー、配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位など）および選択可能なマーカーによって制御されたＤＮＡで形質転換される。外来性ＤＮＡの導入後に、操作した細胞を富化培地で１－２日間成長させ、その後、選択培地に切り替える。組換えプラスミドにおける選択可能なマーカーは、選択に対する耐性を与え、細胞がプラスミドをその染色体に安定的に統合し、成長してフォーカスを形成することをできるようにし、フォーカスはクローン化されて細胞株へと拡大する。この方法は、抗体またはその結合フラグメントを発現する細胞株を操作するために有利に使用することができる。
いくつかの例では、限定されないが、それぞれｔｋ細胞、ｈｇｐｒｔ細胞、またはａｐｒｔ細胞で利用される、単純疱疹ウイルスチミジンキナーゼ（Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７７，Ｃｅｌｌ １１：２２３）、ヒポキサンチン－グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Ｓｚｙｂａｌｓｋａ ＆ Ｓｚｙｂａｌｓｋｉ，１９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ４８：２０２）、およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Ｌｏｗｙ ｅｔ ａｌ．，１９８０，Ｃｅｌｌ ２２：８１７）遺伝子を含む多くの選択系が使用される。同様に、代謝拮抗薬の耐性は、以下の遺伝子、メトトレキサートに対する耐性を与えるｄｈｆｒ（Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８０，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ７７：３５７； Ｏ’Ｈａｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９８１，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ７８：１５２７）；ミコフェノール酸に対する耐性を与えるｇｐｔ（Ｍｕｌｌｉｇａｎ ＆ Ｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ７８：２０７２）；アミノグリコシドＧ－４１８に対する耐性を与えるｎｅｏ（Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｙ １２：４８８－５０５； Ｗｕ ａｎｄ Ｗｕ， １９９１， Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ ３：８７－９５； Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖ， １９９３， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｔｏｘｉｃｏｌ． ３２：５７３－５９６； Ｍｕｌｌｉｇａｎ， １９９３， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６０：９２６－９３２；およびＭｏｒｇａｎ ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ， １９９３，Ａｎｎ．Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ６２：１９１－２１７；Ｍａｙ，１９９３，ＴＩＢ ＴＥＣＨ １１（５）：１５５－２１５）、ならびに、ヒグロマイシンに対する耐性を与えるｈｙｇｒｏ（Ｓａｎｔｅｒｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９８４， Ｇｅｎｅ ３０：１４７）の選定基準として使用される。使用可能な組換えＤＮＡ技術の技術分野で一般的に知られている方法は、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．， １９９３， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＮＹ； Ｋｒｉｅｇｌｅｒ， １９９０， Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ， ＮＹ； ａｎｄ ｉｎ Ｃｈａｐｔｅｒｓ １２ ａｎｄ １３， Ｄｒａｃｏｐｏｌｉ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ）， １９９４， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， ＮＹ．； Ｃｏｌｂｅｒｒｅ－Ｇａｒａｐｉｎ ｅｔ ａｌ．， １９８１， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １５０：１）に記載される。
いくつかの例では、抗体の発現レベルは、ベクター増幅によって増加する（検討のために、Ｂｅｂｂｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｈｅｎｔｓｃｈｅｌ，Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｖｅｃｔｏｒｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｇｅｎｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｌｏｎｅｄ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ＤＮＡ ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌ．３．（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７を参照））。抗体を発現するベクター系におけるマーカーが増幅可能である場合、宿主細胞の培養物中に存在する阻害剤のレベルが増加すると、マーカー遺伝子のコピーの数が増加する。増幅領域が抗体のヌクレオチド配列に関連しているため、抗体の産生も増加する（Ｃｒｏｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． ３：２５７）。
いくつかの例では、当該技術分野で知られている抗体の精製のための任意の方法は、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、親和性、とりわけ、プロテインＡの後の特異的な抗原への親和性、および、サイジングカラムクロマトグラフィー）、遠心分離、差次的溶解性によって、またはタンパク質の精製のための他の標準的な技術によって使用される。
ポリマーコンジュゲート部分
いくつかの実施形態では、ポリマー部分Ｃはさらに、本明細書に記載されるポリ核酸分子、本明細書に記載される結合部分、またはこれらの組み合わせにコンジュゲートする。いくつかの例では、ポリマー部分Ｃはポリ核酸分子にコンジュゲートされる。場合によっては、ポリマー部分Ｃは結合部分にコンジュゲートされる。他の場合には、ポリマー部分Ｃはポリ核酸分子－結合部分分子にコンジュゲートされる。さらなる場合には、ポリマー部分Ｃは、治療用分子プラットフォームの段落で議論されたとおりにコンジュゲートされる。
いくつかの例では、ポリマー部分Ｃは分岐または非分岐モノマーの長鎖、および／または、二次元または三次元のモノマーの架橋したネットワークからなる、天然または合成のポリマーである。いくつかの例では、ポリマー部分Ｃは多糖、リグニン、ゴム、またはポリアルキレンオキシド（例えば、ポリエチレングリコール）を含む。いくつかの例では、少なくとも１つのポリマー部分Ｃとしては、限定されないが、アルファ－ジヒドロキシルポリエチレングリコール、オメガ－ジヒドロキシルポリエチレングリコール、生物分解性ラクトンベースのポリマー、例えば、ポリアクリル酸、ポリラクチド酸（ＰＬＡ）、ポリ（グリコール酸）（ＰＧＡ）、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリオレフィン、ポリアミド、ポリシアノアクリレート、ポリイミド、ポリエチレンテレフタレート（ＰＥＴ、ＰＥＴＧ）、ポリエチレンテレフタレート（ＰＥＴＥ）、ポリテトラメチレングリコール（ＰＴＧ）、またはポリウレタン、およびこれらの混合物が挙げられる。本明細書で使用されるように、混合物は、ブロックコポリマーに関連する場合と同様に、同じ化合物内の様々なポリマーの使用を指す。場合によっては、ブロックコポリマーは、ポリマーの少なくとも１つの部分が別のポリマーのモノマーから構築されるポリマーである。いくつかの例では、ポリマー部分Ｃはポリアルキレンオキシドを含む。いくつかの例では、ポリマー部分ＣはＰＥＧを含む。いくつかの例では、ポリマー部分Ｃはポリエチレンイミド（ＰＥＩ）またはヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）を含む。
いくつかの例では、ＣはＰＥＧ部分である。いくつかの例では、ＰＥＧ部分はポリ核酸分子の５’末端にコンジュゲートするが、結合部分はポリ核酸分子の３’末端にコンジュゲートする。いくつかの例では、ＰＥＧ部分はポリ核酸分子の３’末端にコンジュゲートするが、結合部分はポリ核酸分子の５’末端にコンジュゲートする。いくつかの例では、ＰＥＧ部分はポリ核酸分子の内部部位にコンジュゲートする。いくつかの例では、ＰＥＧ部分、結合部分、またはその組み合わせは、ポリ核酸分子の内部部位にコンジュゲートする。いくつかの例では、コンジュゲーションは直接コンジュゲーションである。いくつかの例では、コンジュゲーションは天然のライゲーションを介するものである。
いくつかの実施形態では、ポリアルキレンオキシド（例えば、ＰＥＧ）は多分散または単分散の化合物である。いくつかの例では、多分散材料は、平均重量（重量平均）サイズおよび分散度を特徴とする、異なる分子量の材料の分散分布を含む。いくつかの例では、単分散ＰＥＧは１つのサイズの分子を含む。いくつかの実施形態では、Ｃは多分散または単分散のポリアルキレンオキシド（例えば、ＰＥＧ）であり、示された分子量は、ポリアルキレンオキシド、例えば、ＰＥＧ分子の分子量の平均を表す。
いくつかの実施形態では、ポリアルキレンオキシド（例えば、ＰＥＧ）の分子量は、約２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３２５０、３３５０、３５００、３７５０、４０００、４２５０、４５００、４６００、４７５０、５０００、５５００、６０００、６５００、７０００、７５００、８０００、１０，０００、１２，０００、２０，０００、３５，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、または１００，０００Ｄａである。
いくつかの実施形態では、Ｃはポリアルキレンオキシド（例えば、ＰＥＧ）であり、約２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３２５０、３３５０、３５００、３７５０、４０００、４２５０、４５００、４６００、４７５０、５０００、５５００、６０００、６５００、７０００、７５００、８０００、１０，０００、１２，０００、２０，０００、３５，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、または１００，０００Ｄａの分子量を有する。いくつかの実施形態では、ＣはＰＥＧであり、約２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３２５０、３３５０、３５００、３７５０、４０００、４２５０、４５００、４６００、４７５０、５０００、５５００、６０００、６５００、７０００、７５００、８０００、１０，０００、１２，０００、２０，０００、３５，０００、４０，０００、５０，０００、６０，０００、または１００，０００Ｄａの分子量を有する。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約６００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約７００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約８００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約９００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１１００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１２００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１３００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１４００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１４５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１６００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１７００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１８００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１９００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２１００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２２００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２３００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２４００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２６００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２７００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２８００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２９００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３２５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３３５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３７５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４２５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４６００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４７５０Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約５０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約５５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約６０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約６５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約７０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約７５００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約８０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１０，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１２，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約２０，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約３５，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約４０，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約５０，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約６０，０００Ｄａである。いくつかの例では、Ｃの分子量は約１００，０００Ｄａである。
いくつかの実施形態では、ポリアルキレンオキシド（例えば、ＰＥＧ）は、分散ＰＥＧであり、分散ＰＥＧは、１を超える反復エチレンオキシド単位を含むポリマーＰＥＧである。いくつかの例では、分散ＰＥＧ（ｄＰＥＧ）は、２～６０、２～５０、または２～４８の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３５、４０、４２、４８、５０、またはそれ以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約３以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約４以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約５以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約６以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約７以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約８以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約９以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１０以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１１以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１２以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１３以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１４以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１５以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１６以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１７以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１８以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約１９以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２０以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２２以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２４以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２６以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約２８以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約３０以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約３５以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約４０以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約４２以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約４８以上の反復エチレンオキシド単位を含む。いくつかの例では、ｄＰＥＧは約５０以上の反復エチレンオキシド単位を含む。場合によっては、ｄＰＥＧは、純粋な（例えば、約９５％、９８％、９９％、または９９．５％）出発物質から単一分子量化合物として段階的に合成される。場合によっては、ｄＰＥＧは、平均分子量ではなく、特定の分子量を有する。場合によっては、本明細書に記載されるｄＰＥＧは、Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｄｅｓｉｇｎ，ＬＭＤのｄＰＥＧである。
いくつかの実施形態では、ポリマー部分Ｃは、カチオン性ムチン酸ベースのポリマー（ｃＭＡＰ）を含む。いくつかの例では、ｃＭＰＡは、少なくとも１つの反復サブユニットの１つ以上のサブユニットを含み、サブユニット構造は式（ＩＩＩ）として表され、
式中、ｍは独立して、各出現時、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、好ましくは、４－６、あるいは５であり、および、ｎはそれぞれ独立して、各出現時、１、２、３、４、または５である。いくつかの実施形態では、ｍとｎは、例えば、約１０である。
いくつかの例では、ｃＭＡＰはさらにＰＥＧ部分にコンジュゲートし、ｃＭＡＰ－ＰＥＧコポリマー、ｍＰＥＧ－ｃＭＡＰ－ＰＥＧｍトリブロックポリマー、またはｃＭＡＰ－ＰＥＧ－ｃＭＡＰトリブロックポリマーを生成する。いくつかの例では、ＰＥＧ部分は約５００Ｄａ～約５０，０００Ｄａの範囲である。いくつかの例では、ＰＥＧ部分は、約５００Ｄａ～約１０００Ｄａ、１０００Ｄａ超～約５０００Ｄａ、５０００Ｄａ超～約１０，０００Ｄａ、１０，０００超～約２５，０００Ｄａ、２５，０００Ｄａ超～約５０，０００Ｄａ、またはこれらの範囲の２つ以上の任意の組み合わせの範囲である。
いくつかの例では、ポリマー部分Ｃは、ｃＭＡＰ－ＰＥＧコポリマー、ｍＰＥＧ－ｃＭＡＰ－ＰＥＧｍトリブロックポリマー、またはｃＭＡＰ－ＰＥＧ－ｃＭＡＰトリブロックポリマーである。場合によっては、ポリマー部分ＣはｃＭＡＰ－ＰＥＧコポリマーである。他の場合には、ポリマー部分ＣはｍＰＥＧ－ｃＭＡＰ－ＰＥＧｍトリブロックポリマーである。さらなる場合には、ポリマー部分ＣはｃＭＡＰ－ＰＥＧ－ｃＭＡＰトリブロックポリマーである。
エンドソーム溶解性または細胞膜貫通部分
いくつかの実施形態では、式（Ｘａ）：Ａ－Ｘ１－Ｂ’－Ｘ２－Ｃの分子はさらに、付加的なコンジュゲート部分を含む。いくつかの例では、追加のコンジュゲート部分は、エンドソーム溶解性部分および／または細胞膜貫通部分である。場合によっては、エンドソーム溶解性部分は、細胞区画放出成分、例えば、エンドソーム、リソソーム、小胞体（ＥＲ）、ゴルジ体、微小管、ペルオキシソーム、または細胞を有する他の小胞体などの、当該技術分野で知られている細胞区画のいずれかから放出することができる化合物である。場合によっては、エンドソーム溶解性部分は、エンドソーム溶解性ポリペプチド、エンドソーム溶解性ポリマー、エンドソーム溶解性脂質、またはエンドソーム溶解性小分子を含む。場合によっては、エンドソーム溶解性部分はエンドソーム溶解性ポリペプチドを含む。他の場合では、エンドソーム溶解性部分はエンドソーム溶解性ポリマーを含む。場合によっては、細胞膜貫通部分は、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）を含む。他の場合には、細胞膜貫通部分は、細胞透過性脂質を含む。他の場合には、細胞膜貫通部分は、細胞透過性小分子を含む。
エンドソーム溶解性ポリペプチドおよび細胞膜貫通ポリペプチド
いくつかの実施形態では、式（Ｘａ）：Ａ－Ｘ１－Ｂ－Ｘ２－Ｃの分子は、エンドソーム溶解性ポリペプチドとさらにコンジュゲートする。場合によっては、エンドソーム溶解性ポリペプチドはｐＨ依存性膜活性ペプチドである。場合によっては、エンドソーム溶解性ポリペプチドは両親媒性ポリペプチドである。さらなる場合には、エンドソーム溶解性ポリペプチドはペプチド模倣薬である。いくつかの例では、エンドソーム溶解性ポリペプチドは、ＩＮＦ、メリチン、ムチン（ｍｅｕｃｉｎ）、またはそのそれぞれの誘導体を含む。いくつかの例では、エンドソーム溶解性ポリペプチドは、ＩＮＦまたはその誘導体を含む。他の場合には、エンドソーム溶解性ポリペプチドは、メリチンまたはその誘導体を含む。さらなる場合には、エンドソーム溶解性ポリペプチドは、ムチンまたはその誘導体を含む。いくつかの例では、エンドソーム溶解性ポリペプチドは、Ｐｅｐ－１（Ｓｉｍｉａｎ Ｖｉｒｕｓ ４０ラージ抗原およびＨＩＶの逆転写酵素からのＮＬＳに由来する）、Ｐｖｅｃ（ＶＥ－カドヘリンに由来する）、ＶＴ５（合成ペプチドに由来する）、Ｃ１０５Ｙ（１－アンチトリプシンに由来する）、トランスポータン（ガラニンとマストパランに由来する）、ＴＰ１０（ガラニンとマストパランに由来する）、ＭＰＧ（ＨＩＶ ｇｐ４１とＳＶ４０ Ｔ抗原のＮＬＳの融合配列の疎水性ドメインに由来する）、ＧＨ６２５（ＨＳＶ Ｉ型の糖タンパク質ｇＨに由来する）、ＣＡＤＹ（ＰＰＴＧ１ペプチド）、ＧＡＬＡ（合成ペプチド）、ＩＮＦ（インフルエンザＨＡ２融合ペプチド）、ＨＡ２Ｅ５－ＴＡＴ（インフルエンザウイルスＸ３１株融合ペプチドのインフルエンザＨＡ２サブユニット）、ＨＡ２－ペネトラチン（インフルエンザウイルスＸ３１株融合ペプチドのインフルエンザＨＡ２サブユニット）、ＨＡ－Ｋ４（インフルエンザウイルスＸ３１株融合ペプチドＨＡ２サブユニット）、ＨＡ２Ｅ４（インフルエンザウイルスＸ３１株融合ペプチドＨＡ２サブユニット）、Ｈ５ＷＹＧ（ＨＡ２アナログ）、ＧＡＬＡ－ＩＮＦ３－（ＰＥＧ）６－ＮＨ（ＩＮＦ３融合ペプチド）、またはＣＭ１８－ＴＡＴ１１（セクロピンＡ－メリトチン２－１２（ＣＭ１８）融合ペプチド）を含む。
場合によっては、エンドソーム溶解性部分は、Ｂｃｌ－２および／またはＢｃｌ－ｘＬなどの抑制因子標的の拮抗を介してアポトーシスを誘発するＢａｋ ＢＨ３ポリペプチドを含む。いくつかの例では、エンドソーム溶解性部分は、Ａｌｂａｒｒａｎ， ｅｔ ａｌ．，“Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ａ ｐｒｏ－ａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｗｉｔｈ ａ ｐＨ－ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｃａｒｒｉｅｒ，” Ｒｅａｃｔｉｖｅ ＆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｐｏｌｙｍｅｒｓ ７１： ２６１－２６５ （２０１１）に記載されるＢａｋ ＢＨ３ポリペプチドを含む。
いくつかの例では、エンドソーム溶解性部分は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／１６６１５５号または第ＷＯ２０１５／０６９５８７号に記載されるようなポリペプチド（例えば、細胞透過性ポリペプチド）を含む。
エンドソーム溶解性脂質
いくつかの実施形態では、エンドソーム溶解性部分は脂質（例えば、融合性脂質）である。いくつかの実施形態では、式（Ｘａ）：Ａ－Ｘ１－Ｂ’－Ｘ２－Ｃの分子はさらに、エンドソーム溶解性脂質（例えば、融合性脂質）にコンジュゲートする。例示的な融合性脂質は、１，２－ジレオイル（ｄｉｌｅｏｙｌ）－ｓｎ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＯＰＥ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）、（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）－ヘプタトリアコンタ－６，９，２８，３１－テトラエン－１９－オール（Ｄｉ－Ｌｉｎ）、Ｎ－メチル（２，２－ジ（（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエニル）－１，３－ジオキソラン－４－イル）メタンアミン（ＤＬｉｎ－ｋ－ＤＭＡ）、およびＮ－メチル－２－（２，２－ジ（（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエニル）－１，３－ジオキソラン－４－イル）エタンアミン（ＸＴＣ）を含む。いくつかの例では、エンドソーム溶解性部分は、ＰＣＴ公開公報第ＷＯ０９／１２６，９３３号に記載される脂質（例えば、融合性脂質）である。
エンドソーム溶解性小分子
いくつかの実施形態では、エンドソーム溶解性部分は小分子である。いくつかの実施形態では、式（Ｘａ）：Ａ－Ｘ１－Ｂ’－Ｘ２－Ｃの分子はさらに、エンドソーム溶解性小分子にコンジュゲートされる。エンドソーム溶解性部分として適切な例示的な小分子としては、限定されないが、キニーネ、クロロキン、水酸化クロロキン、アモジアキン（カルノキン（ｃａｒｎｏｑｕｉｎｅｓ））、アモピロキン、プリマキン、メフロキン、ニバキン（ｎｉｖａｑｕｉｎｅｓ）、ハロファントリン、キノンイミン、またはそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの例では、キノリンエンドソーム溶解性部分としては、限定されないが、７－クロロ－４－（４－ジエチルアミノ－１－メチルブチル－アミノ）キノリン（クロロキン）、７－クロロ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチル－アミノ）キノリン（ヒドロキシクロロキン）、７－フルオロ－４－（４－ジエチルアミノ－１－メチルブチル－アミノ）キノリン、４－（４－ジエチルアミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（４－ジエチル－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－クロロ－４－（４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン（デスメチルクロロキン）、７－フルオロ－４－（４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、４－（４－ジエチル－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－クロロ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－フルオロ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチル－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－クロロ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－フルオロ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチル－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（１－カルボキシ－４－ジエチルアミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－フルオロ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、４－（４－エチル－（２－ヒドロキシ－エチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ－）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、ヒドロキシクロロキンホスフェート、７－クロロ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル－１）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン（デスメチルヒドロキシクロロキン）、７－フルオロ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－クロロ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－フルオロ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－ブチルアミノ）キノリン、７－クロロ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－フルオロ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、７－ヒドロキシ－４－（１－カルボキシ－４－エチル－（２－ヒドロキシエチル）－アミノ－１－メチルブチルアミノ）キノリン、８－［（４－アミノペンチル）アミノ－６－メトキシジヒドロクロリドキノリン、１－アセチル－１，２，３，４－テトラヒドロキノリン、８－［（４－アミノペンチル）アミノ］－６－メトキシキノリンジヒドロクロリド、１－ブチリル－１，２，３，４－テトラヒドロキノリン、３－クロロ－４－（４－ヒドロキシ－α，α’－ビス（２－メチル－１－ピロリジニル）－２，５－キシリジノキノリン、４－［（４－ジエチル－アミノ）－１－メチルブチル－アミノ］－６－メトキシキノリン、３－フルオロ－４－（４－ヒドロキシ－α，α’－ビス（２－メチル－１－ピロリジニル）－２，５－キシリジノキノリン、４－［（４－ジエチルアミノ）－１－メチルブチル－アミノ］－６－メトキシキノリン、４－（４－ヒドロキシ－α，α’－ビス（２－メチル－１－ピロリジニル）－２，５－キシリジノキノリン、４－［（４－ジエチルアミノ）－１－メチルブチル－アミノ］－６－メトキシキノリン、３，４－ジヒドロ－１－（２Ｈ）－キノリンカルボキシアルデヒド、１，１’－ペンタメチレンキノリニウムジヨージド、８－硫酸キノリノール、およびそのアミノ、アルデヒド、カルボン酸、ヒドロキシル、ハロゲン、ケト、スルフヒドリル、ならびにビニル誘導体またはアナログが挙げられる。いくつかの例では、エンドソーム溶解性部分は、Ｎａｉｓｂｉｔｔ ｅｔ ａｌ （１９９７，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒａｐｙ ２８０：８８４－８９３）および米国特許第５，７３６，５５７号に記載される小分子である。
細胞透過性ポリペプチド（ＣＰＰ）
いくつかの実施形態では、細胞透過性ポリペプチドは、５～３０個のアミノ酸を有する正電荷の短いペプチドを含む。いくつかの実施形態では、細胞透過性ポリペプチドは、アルギニンまたはリジンリッチのアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞透過性ポリペプチドは、アンテナペディアペネトラチン（Ａｎｔｅｎｎａｐｅｄｉａ Ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎ）（４３－５８）、ＨＩＶ－１ ＴＡＴタンパク質（４８－６０）、ｐＶＥＣ カドヘリン（６１５－６３２）、トランスポータンガラニン／マストパラン、ＭＰＧ ＨＩＶ－ｇｐ４１／ＳＶ４０ Ｔ－抗原、Ｐｅｐ－１ ＨＩＶ－逆転写酵素／ＳＶ４０ Ｔ－抗原、ポリアルギニン、ＭＡＰ、Ｒ６Ｗ３、ＮＬＳ、８－リジン、ＡＲＦ（１－２２）、およびアズリン－ｐ２８を含む、任意のポリペプチドまたはその組み合わせを含む。
リンカー
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるリンカーは、切断可能なリンカーまたは切断不可能なリンカーである。いくつかの例では、リンカーは切断可能なリンカーである。いくつかの例では、リンカーは酸切断可能なリンカーである。いくつかの例では、リンカーは切断不可能なリンカーである。いくつかの例では、リンカーはＣ１－Ｃ６アルキル基（例えば、Ｃ５、Ｃ４、Ｃ３、Ｃ２、またはＣ１アルキル基）を含む。いくつかの例では、リンカーはホモ二官能性架橋リンカー、ヘテロ二官能性架橋リンカーなどを含む。いくつかの例では、リンカーはトレースレスリンカー（または、長さがゼロのリンカー）である。いくつかの例では、リンカーは非ポリマーリンカーである。場合によっては、リンカーは非ペプチドリンカーまたはアミノ酸残基を含まないリンカーである。
いくつかの例では、リンカーはホモ二官能性リンカーを含む。例示的なホモ二官能性リンカーは、限定されないが、Ｌｏｍａｎｔの試薬ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）ＤＳＰ、３’３’－ジチオビス（スルホスクシンイミジルプロプリオネート（ＤＴＳＳＰ）、ジスクシンイミジルスベレート（ＤＳＳ）、ビス（スルホスクシンイミジル）スベレート（ＢＳ）、ジスクシンイミジルタルトレート（ＤＳＴ）、ジスルホスクシンイミジルタルトレート（スルホＤＳＴ）、エチレングリコビス（スクシンイミジルスクシネート）（ＥＧＳ）、ジスクシンイミジルグルタレート（ＤＳＧ）、Ｎ，Ｎ’－ジスクシンイミジルカルボネート（ＤＳＣ）、ジメチルアジピミデート（ＤＭＡ）、ジメチルピメリミデート（ＤＭＰ）、ジメチルスベリミデート（ＤＭＳ）、ジメチル－３，３’－ジチオビスプロピオンイミデート（ＤＴＢＰ）、１，４－ジ－３’－（２’－ピリジルジチオ）プロピオンアミド）ブタン（ＤＰＤＰＢ）、ビスマレイミドヘキサン（ＢＭＨ）、ハロゲン化アリール含有化合物（ＤＦＤＮＢ）、例えば、１，５－ジフルオロ－２，４－ジニトロベンゼンまたは１，３－ジフルオロ－４，６－ジニトロベンゼン、４，４’－ジフルオロ－３，３’－ジニトロフェニルスルホン（ＤＦＤＮＰＳ）、ビス－［β－（４－アジドサリチルアミド）エチル］ジスルフィド（ＢＡＳＥＤ）、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、１，４－ブタンジオールジグリシジルエーテル、アジピン酸ジヒドラジド、カルボヒドラジド、ｏ－トルイジン、３，３’－ジメチルベンジジン、ベンジジン、α，α’－ｐ－ジアミノジフェニル、ジヨード－ｐ－キシレンスルホン酸、Ｎ，Ｎ’－エチレン－ビス（ヨードアセトアミド）、または、Ｎ，Ｎ’－ヘキサメチレン－ビス（ヨードアセトアミド）を含む。
いくつかの実施形態では、リンカーはヘテロ二官能性リンカーを含む。例示的なヘテロ二官能性リンカーとしては、限定されないが、アミン反応性およびスルフヒドリル架橋リンカー、例えば、Ｎ－スクシンイミジル ３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ｓＰＤＰ）、長鎖Ｎ－スクシンイミジル ３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＬＣ－ｓＰＤＰ）、水溶性の長鎖Ｎ－スクシンイミジル ３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（スルホ－ＬＣ－ｓＰＤＰ）、スクシンイミジルオキシカルボニル－α－メチル－α－（２－ピリジルジチオ）トルエン（ｓＭＰＴ）、スルホスクシンイミジル－６－［α－メチル－α－（２－ピリジルジチオ）トルアミド］ヘキサノエート（スルホ－ＬＣ－ｓＭＰＴ）、スクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ｓＭＣＣ）、スルホスクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（スルホ－ｓＭＣＣ）、ｍ－マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢｓ）、ｍ－マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスルホスクシンイミドエステル（スルホ－ＭＢ）、Ｎ－スクシンイミジル（４－ヨードアセチル）アミノベンゾエート（ｓＩＡＢ）、スルホスクシンイミジル（４－ヨードアセチル）アミノベンゾエート（スルホ－ｓＩＡＢ）、スクシンイミジル－４－（ｐ－マレイミドフェニル）ブチレート（ｓＭＰＢ）、スルホスクシンイミジル－４－（ｐ－マレイミドフェニル）ブチレート（スルホ－ｓＭＰＢ）、Ｎ－（γ－マレイミドブチリルオキシ）スクシンイミドエステル（ＧＭＢ）、Ｎ－（γ－マレイミドブチリルオキシ）スルホスクシンイミドエステル（スルホ－ＧＭＢ）、スクシンイミジル ６－（（ヨードアセチル）アミノ）ヘキサノエート（ｓＩＡＸ）、スクシンイミジル ６－［６－（（（ヨードアセチル）アミノ）ヘキサノイル）アミノ］ヘキサノエート（ｓＩＡＸＸ）、スクシンイミジル ４－（（（ヨードアセチル）アミノ）メチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ｓＩＡＣ）、スクシンイミジル ６－（（（（４－ヨードアセチル）アミノ）メチル）シクロヘキサン－１－カルボニル）アミノ）ヘキサノエート（ｓＩＡＣＸ）、ｐ－ニトロフェニルヨードアセテート（ＮＰＩＡ）、カルボニル反応性およびスルフヒドリル反応性の架橋リンカー、例えば、４－（４－Ｎ－マレイミドフェニル）酪酸ヒドラジド（ＭＰＢＨ）、４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシル－ヒドラジド－８（Ｍ２Ｃ２Ｈ）、３－（２－ピリジルジチオ）プロピオニルヒドラジド（ＰＤＰＨ）、アミン反応性および光反応性の架橋リンカー、例えば、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミジル－４－アジドサリチル酸（ＮＨ－ＡｓＡ）、Ｎ－ヒドロキシスルホスクシンイミジル－４－アジドサリチル酸（スルホ－ＮＨ－ＡｓＡ）、スルホスクシンイミジル－（４－アジドサリチルアミド）ヘキサノエート（スルホ－ＮＨ－ＬＣ－ＡｓＡ）、スルホスクシンイミジル－２－（ρ－アジドサリチルアミド）エチル－１，３’－ジチオプロピオネート（ｓＡｓＤ）、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミジル－４－アジドベンゾエート（ＨｓＡＢ）、Ｎ－ヒドロキシスルホスクシンイミジル－４－アジドベンゾエート（スルホ－ＨｓＡＢ）、Ｎ－スクシンイミジル－６－（４’－アジド－２’－ニトロフェニルアミノ）ヘキサノエート（ｓＡＮＰＡＨ）、スルホスクシンイミジル－６－（４’－アジド－２’－ニトロフェニルアミノ）ヘキサノエート（スルホ－ｓＡＮＰＡＨ）、Ｎ－５－アジド－２－ニトロベンゾイルオキシスクシンイミド（ＡＮＢ－ＮＯｓ）、スルホスクシンイミジル－２－（ｍ－アジド－ｏ－ニトロベンズアミド）－エチル－１，３’－ジチオプロピオネート（ｓＡＮＤ）、Ｎ－スクシンイミジル－４（４－アジドフェニル）１，３’－ジチオプロピオネート（ｓＡＤＰ）、Ｎ－スルホスクシンイミジル（４－アジドフェニル）－１，３’－ジチオプロピオネート（スルホ－ｓＡＤＰ）、スルホスクシンイミジル ４－（ρ－アジドフェニル）ブチレート（スルホ－ｓＡＰＢ）、スルホスクシンイミジル ２－（７－アジド－４－メチルクマリン－３－アセトアミド）エチル－１，３’－ジチオプロピオネート（ｓＡＥＤ）、スルホスクシンイミジル ７－アジド－４－メチルクマリン－３－アセテート（スルホ－ｓＡＭＣＡ）、ρ－ニトロフェニルジアゾピルベート（ρＮＰＤＰ）、ρ－ニトロフェニル－２－ジアゾ－３，３，３－トリフルオロプロピオネート（ＰＮＰ－ＤＴＰ）、スルフヒドリル反応性および光反応性の架橋リンカー、例えば、１－（ρ－アジドサリチルアミド）－４－（ヨードアセトアミド）ブタン（ＡｓＩＢ）、Ｎ－［４－（ρ－アジドサリチルアミド）ブチル］－３’－（２’－ピリジルジチオ）プロピオンアミド（ＡＰＤＰ）、ベンゾフェノン－４－ヨードアセトアミド、ベンゾフェノン－４－マレイミドカルボニル反応性および光反応性の架橋リンカー、例えば、ρ－アジドベンゾイルヒドラジド（ＡＢＨ）、カルボキシレート反応性および光反応性の架橋リンカー、例えば、４－（ρ－アジドサリチルアミド）ブチルアミン（ＡｓＢＡ）、ならびにアルギニン反応性および光反応性の架橋リンカー、例えば、ρ－アジドフェニルグリオキサール（ＡＰＧ）が挙げられる。
いくつかの例では、リンカーは反応性官能基を含む。場合によっては、反応性官能基は、結合部分に存在する求電子基に反応性の求核基を含む。例示的な求電子基は、アルデヒド、ケトン、カルボン酸、エステル、アミド、エノン、ハロゲン化アシル、または酸無水物などのカルボニル基を含む。いくつかの実施形態では、反応性官能基はアルデヒドである。例示的な求核基は、ヒドラジド、オキシム、アミノ、ヒドラジン、チオセミカルバゾン、ヒドラジンカルボキシレート、およびアリールヒドラジドを含む。
いくつかの実施形態では、リンカーはマレイミド基を含む。いくつかの例では、マレイミド基はマレイミドスペーサーとも呼ばれる。いくつかの例では、マレイミド基はカプロン酸をさらに包含し、マレイミドカプロイル（ｍｃ）を形成する。場合によっては、リンカーはマレイミドカプロイル（ｍｃ）を含む。場合によっては、リンカーはマレイミドカプロイル（ｍｃ）である。他の例では、マレイミド基は、上に記載されたスクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ｓＭＣＣ）またはスルホスクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（スルホ－ｓＭＣＣ）などのマレイミドメチル基を含む。
いくつかの実施形態では、マレイミド基は自己安定化マレイミドである。いくつかの例では、自己安定化マレイミドは、チオスクシンイミド環加水分解の分子内の触媒作用をもたらすために、マレイミドに隣接する塩基性アミノ基を取り込むべくジアミノプロピオン酸（ＤＰＲ）を利用し、それによって、マレイミドがレトロマイケル反応による脱離反応を経験することのないようにする。いくつかの例では、自己安定化マレイミドは、Ｌｙｏｎ，ｅｔ ａｌ．，“Ｓｅｌｆ－ｈｙｄｒｏｌｙｚｉｎｇ ｍａｌｅｉｍｉｄｅｓ ｉｍｐｒｏｖｅ ｔｈｅ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ，”Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３２（１０）：１０５９－１０６２（２０１４）に記載されるマレイミド基である。いくつかの例では、リンカーは自己安定化マレイミドを含む。いくつかの例では、リンカーは自己安定化マレイミドである。
いくつかの実施形態では、リンカーはペプチド部分を含む。いくつかの例では、ペプチドは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上のアミノ酸残基を含む。いくつかの例では、ペプチド部分は、切断可能なペプチド部分（例えば、酵素的または化学的に）である。いくつかの例では、ペプチド部分は切断不可能なペプチド部分である。いくつかの例では、ペプチド部分は、Ｖａｌ－Ｃｉｔ（バリン－シトルリン）、Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｐｈｅ－Ｇｌｙ（配列番号１４２２３）、Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ｖａｌ－Ｌｙｓ、Ｇｌｙ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ｐｈｅ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ａｌａ－Ｌｙｓ、Ｖａｌ－Ａｒｇ、Ｐｈｅ－Ｃｉｔ、Ｐｈｅ－Ａｒｇ、Ｌｅｕ－Ｃｉｔ、Ｉｌｅ－Ｃｉｔ、Ｔｒｐ－Ｃｉｔ、Ｐｈｅ－Ａｌａ、Ａｌａ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｌｅｕ（配列番号１４２２４）、またはＧｌｙ－Ｐｈｅ－Ｌｅｕ－Ｇｌｙ（配列番号１４２２５）を含む。いくつかの例では、リンカーは、Ｖａｌ－Ｃｉｔ（バリン－シトルリン）、Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｐｈｅ－Ｇｌｙ（配列番号１４２２３）、Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ｖａｌ－Ｌｙｓ、Ｇｌｙ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ｐｈｅ－Ｐｈｅ－Ｌｙｓ、Ａｌａ－Ｌｙｓ、Ｖａｌ－Ａｒｇ、Ｐｈｅ－Ｃｉｔ、Ｐｈｅ－Ａｒｇ、Ｌｅｕ－Ｃｉｔ、Ｉｌｅ－Ｃｉｔ、Ｔｒｐ－Ｃｉｔ、Ｐｈｅ－Ａｌａ、Ａｌａ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｌｅｕ（配列番号１４２２４）、またはＧｌｙ－Ｐｈｅ－Ｌｅｕ－Ｇｌｙ（配列番号１４２２５）などのペプチド部分を含む。場合によっては、リンカーはＶａｌ－Ｃｉｔを含む。場合によっては、リンカーはＶａｌ－Ｃｉｔである。
いくつかの実施形態において、リンカーは安息香酸基またはその誘導体を含む。いくつかの例では、安息香酸基またはその誘導体はパラアミノ安息香酸（ＰＡＢＡ）を含む。いくつかの例では、安息香酸基またはその誘導体はγ－アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、リンカーは、任意の組み合わせで、マレイミド基、ペプチド部分、および／または、安息香酸基の１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、マレイミド基、ペプチド部分、および／または、安息香酸基の組み合わせを含む。いくつかの例では、マレイミド基はマレイミドカプロイル（ｍｃ）である。いくつかの例では、ペプチド基はｖａｌ－ｃｉｔである。いくつかの例では、安息香酸基はＰＡＢＡである。いくつかの例では、リンカーはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ基を含む。場合によっては、リンカーはｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。さらなる場合には、リンカーはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。
いくつかの実施形態では、リンカーは自壊性リンカーあるいは自己脱離リンカーである。場合によっては、リンカーは自壊性リンカーである。他の場合には、リンカーは自己脱離リンカー（例えば、環化自己脱離リンカー）である。いくつかの例では、リンカーは、米国特許第９，０８９，６１４号またはＰＣＴ公開第ＷＯ２０１５０３８４２６号に記載されるリンカーを含む。
いくつかの実施形態でが、リンカーは樹状型リンカーである。いくつかの例では、樹状型リンカーは分岐した多機能リンカー部分を含む。いくつかの例では、樹状型リンカーは、ポリヌクレオチドＢ対結合部分Ａのモル比を増加させるために使用される。いくつかの例では、樹状型リンカーはＰＡＭＡＭデンドリマーを含む。
いくつかの実施形態では、リンカーは、トレースレスリンカー、または、切断後にリンカー部分（例えば、原子あるいはリンカー基）を結合部分Ａ、ポリヌクレオチドＢ、ポリマーＣ、またはエンドソーム溶解性部分Ｄに残さないリンカーである。例示的なトレースレスリンカーとしては、限定されないが、ゲルマニウムリンカー、ケイ素リンカー（ｓｅｌｅｎｉｕｍ ｌｉｎｋｅｒ）、硫黄リンカー、セレンリンカー、窒素リンカー、リンリンカー、ホウ素リンカー、クロムリンカー、あるいはフェニルヒドラジドリンカーが挙げられる。場合によっては、リンカーは、Ｈｅｊｅｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．，“Ａ ｔｒａｃｅｌｅｓｓ ａｒｙｌ－ｔｒｉａｚｅｎｅ ｌｉｎｋｅｒ ｆｏｒ ＤＮＡ－ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，”Ｏｒｇ Ｂｉｏｍｏｌ Ｃｈｅｍ １１（１５）：２４９３－２４９７（２０１３）に記載されるトレースレスアリール－トリアゼンリンカーである。いくつかの例では、リンカーは、Ｂｌａｎｅｙ，ｅｔ ａｌ．，“Ｔｒａｃｅｌｅｓｓ ｓｏｌｉｄ－ｐｈａｓｅ ｏｒｇａｎｉｃ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，”Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．１０２：２６０７－２０２４（２００２）に記載されるトレースレスリンカーである。いくつかの例では、リンカーは、米国特許第６，８２１，７８３号に記載されるトレースレスリンカーである。
いくつかの例では、リンカーは、リンカーと、コンジュゲート部分（例えば、本明細書に記載されるＡ、Ｂ、Ｃ、あるいはＤ）との間の結合部位で、立体障害（ｓｔｅｒｉｃ ｈｉｎｄｅｒａｎｃｅ）を発現する（ｅｘｅｒｔｓ）官能基を含む。いくつかの例では、立体障害はジスルフィド結合のまわりの立体障害である。立体障害を示す例示的なリンカーは、上に記載されるヘテロ二官能性リンカーなどのヘテロ二官能性リンカーを含む。場合によっては、立体障害を示すリンカーはＳＭＣＣおよびＳＰＤＢを含む。
いくつかの例では、リンカーは酸切断可能リンカーである。いくつかの例では、酸切断可能リンカーは、加水切断を受けやすいヒドラゾン結合を含む。場合によっては、酸切断可能リンカーは、チオマレイアミック酸（ｔｈｉｏｍａｌｅｉａｍｉｃ ａｃｉｄ）リンカーを含む。場合によっては、酸切断可能リンカーは、“Ａｃｉｄ－ｃｌｅａｖａｂｌｅ ｔｈｉｏｍａｌｅａｍｉｃ ａｃｉｄ ｌｉｎｋｅｒ ｆｏｒ ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ，”Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．４９：８１８７－８１８９（２０１３）”に記載されるチオマレアミック酸（ｔｈｉｏｍａｌｅａｍｉｃ ａｃｉｄ）リンカーである。
いくつかの例では、リンカーは、米国特許第６，８８４，８６９号、第７，４９８，２９８号、第８，２８８，３５２号、第８，６０９，１０５号、または、第８，６９７，６８８号、米国特許公開第２０１４／０１２７２３９号、第２０１３／０２８９１９号、第２０１４／２８６９７０号、第２０１３／０３０９２５６号、第２０１５／０３７３６０号、または、第２０１４／０２９４８５１号、あるいは、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１５０５７６９９号、第ＷＯ２０１４０８０２５１号、第ＷＯ２０１４１９７８５４号、第ＷＯ２０１４１４５０９０号、または、第ＷＯ２０１４１７７０４２号に記載されるリンカーである。
いくつかの実施形態では、Ｘ、Ｙ、およびＬは独立して、単結合またはリンカーである。いくつかの例では、Ｘ、Ｙ、およびＬは独立して、単結合である。場合によっては、Ｘ、Ｙ、およびＬは独立して、リンカーである。
いくつかの例では、Ｘは単結合またはリンカーである。いくつかの例では、Ｘは単結合である。いくつかの例では、Ｘはリンカーである。いくつかの例では、リンカーはＣ１－Ｃ６アルキル基である。場合によっては、Ｘは、例えば、Ｃ５、Ｃ４、Ｃ３、Ｃ２、またはＣ１アルキル基などのＣ１－Ｃ６アルキル基である。場合によっては、Ｃ１－Ｃ６アルキル基は非置換のＣ１－Ｃ６アルキル基である。リンカーの文脈において、とりわけ、Ｘの文脈において使用される場合、アルキルは、最大で６つの炭素原子を含む飽和した直鎖または分岐鎖の炭化水素ラジカルを意味する。いくつかの例では、Ｘは非ポリマーリンカーである。いくつかの例では、Ｘは、上に記載されるホモ二官能性リンカーまたはヘテロ二官能性リンカーを含む。場合によっては、Ｘはヘテロ二官能性リンカーを含む。場合によっては、ＸはｓＭＣＣを含む。他の例では、Ｘは、Ｃ１－Ｃ６アルキル基に任意選択的にコンジュゲートしたヘテロ二官能性リンカーを含む。他の例では、Ｘは、Ｃ１－Ｃ６アルキル基に任意選択的にコンジュゲートしたｓＭＣＣを含む。いくつかの追加の例では、Ｘは、上に記載されたホモ二官能性リンカーまたはヘテロ二官能性リンカーを含まない。
いくつかの例では、Ｙは単結合またはリンカーである。いくつかの例では、Ｙは単結合である。他の場合には、Ｙはリンカーである。いくつかの実施形態において、ＹはＣ１－Ｃ６アルキル基である。いくつかの例では、Ｙは上に記載されるホモ二官能性リンカーまたはヘテロ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｙは上に記載されるホモ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｙは上に記載されるヘテロ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｙは、上に記載されるマレイミドカプロイル（ｍｃ）などのマレイミド基、または自己安定化マレイミド基を含む。いくつかの例では、ＹはＶａｌ－Ｃｉｔなどのペプチド部分を含む。いくつかの例では、ＹはＰＡＢＡなどの安息香酸基を含む。さらなる例では、Ｙは、マレイミド基、ペプチド部分、および／または安息香酸基の組み合わせを含む。さらなる例では、Ｙはｍｃ基を含む。さらなる例では、Ｙはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ基を含む。さらなる例では、Ｙはｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。さらなる例では、Ｙはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。
いくつかの例では、Ｌは単結合またはリンカーである。場合によっては、Ｌは単結合である。場合によっては、Ｌはリンカーである。いくつかの実施形態では、ＬはＣ１－Ｃ６アルキル基である。いくつかの例では、Ｌは上に記載されるホモ二官能性リンカーまたはヘテロ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｌは上に記載されるホモ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｌは上に記載されるヘテロ二官能性リンカーである。いくつかの例では、Ｌは、上に記載されるマレイミドカプロイル（ｍｃ）などのマレイミド基、または自己安定化マレイミド基を含む。いくつかの例では、ＬはＶａｌ－Ｃｉｔなどのペプチド部分を含む。いくつかの例では、ＬはＰＡＢＡなどの安息香酸基を含む。さらなる例では、Ｌは、マレイミド基、ペプチド部分、および／または、安息香酸基の組み合わせを含む。さらなる例では、Ｌはｍｃ基を含む。さらなる例では、Ｌはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ基を含む。さらなる例では、Ｌはｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。さらなる例では、Ｌはｍｃ－ｖａｌ－ｃｉｔ－ＰＡＢＡ基を含む。
使用方法
いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子にコンジュゲートした結合部分およびポリマーを含む、本明細書に記載される組成物あるいは医薬製剤は、疾患または障害の処置に使用される。いくつかの例では、疾患または障害は、筋肉ジストロフィー、筋萎縮症、および／または筋消耗である。筋肉ジストロフィーは、筋肉量の減少および／または筋肉の進行性の衰弱と変性を指す。場合によっては、筋肉量の減少および／または筋肉の進行性の衰弱と変性は、高いタンパク質分解率、低いタンパク質合成率、あるいはその両方の組み合わせによって生じる。場合によっては、高い筋タンパク質分解率は、筋タンパク質異化作用（つまり、糖新生のために基質としてアミノ酸を使用するための筋タンパク質の分解）が原因である。いくつかの例では、疾患または障害は癌である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、疾患または障害の処置のための免疫療法として使用される。いくつかの例では、免疫療法は癌免疫療法である。
癌
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、癌の処置に使用される。いくつかの例では、癌は固形腫瘍である。いくつかの例では、癌は血液悪性腫瘍である。いくつかの例では、癌は再発性あるいは難治性の癌、または転移性癌である。いくつかの例では、固形腫瘍は、再発性あるいは難治性の固形腫瘍、または転移性の固形腫瘍である。場合によっては、血液悪性腫瘍は、再発性あるいは難治性の血液悪性腫瘍、または転移性の血液悪性腫瘍である。
いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、固形腫瘍の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、肛門癌、虫垂癌、胆管癌（すなわち、肝内胆管癌）、膀胱癌、脳腫瘍、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、原発不明癌（ＣＵＰ）、食道癌、眼癌、ファロピウス管癌、消化器癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、髄芽腫、黒色腫、口腔癌、卵巣癌、膵臓癌、副甲状腺疾患、陰茎癌、下垂体腫瘍、前立腺癌、直腸癌、皮膚癌、胃癌、睾丸癌、喉頭癌、甲状腺癌、子宮癌、膣癌、または外陰癌の処置に使用される。いくつかの例では、固形腫瘍は、再発性あるいは難治性の固形腫瘍、または転移性の固形腫瘍である。
いくつかの例では、癌は血液悪性腫瘍である。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、血液悪性腫瘍の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、あるいはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、白血病、リンパ腫、骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、あるいはホジキンリンパ腫の処置に使用される。いくつかの例では、血液悪性腫瘍は、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）、高リスクＣＬＬ、非ＣＬＬ／ＳＬＬリンパ腫、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、濾胞性リンパ腫（ＦＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、多発性骨髄腫、結節外辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、結節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、非バーキット高度Ｂ細胞リンパ腫、原発性縦隔洞Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）、免疫芽細胞性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、脾臓周辺帯リンパ腫、形質細胞性骨髄腫、形質細胞腫、縦隔洞（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性体腔性リンパ腫、またはリンパ腫様肉芽腫症を含む。場合によっては、血液悪性腫瘍は、再発性あるいは難治性の血液悪性腫瘍、または転移性の血液悪性腫瘍である。
いくつかの例では、癌は、ＫＲＡＳ関連、ＥＧＦＲ関連、ＡＲ関連の癌、ＨＰＲＴ１関連癌、またはβ－カテニン関連癌である。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、ＫＲＡＳ関連、ＥＧＦＲ関連、ＡＲ関連癌、ＨＰＲＴ１関連癌、またはβ－カテニン関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、ＫＲＡＳ関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、ＥＧＦＲ関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、ＡＲ関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、ＨＰＲＴ１関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分に任意選択的にコンジュゲートしたオリゴヌクレオチド、ポリマー、またはそれらの組み合わせを含む、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、β－カテニン関連癌の処置に使用される。いくつかの例では、癌は固形腫瘍である。いくつかの例では、癌は血液悪性腫瘍である。いくつかの例では、固形腫瘍は、再発性あるいは難治性の固形腫瘍、または転移性の固形腫瘍である。場合によっては、血液悪性腫瘍は、再発性あるいは難治性の血液悪性腫瘍、または転移性の血液悪性腫瘍である。いくつかの例では、癌は、膀胱癌、乳癌、大腸癌、子宮内膜癌、食道癌、多形神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、甲状腺癌、急性骨髄性白血病、ＣＬＬ、ＤＬＢＣＬ、または多発性骨髄腫を含む。いくつかの例では、β－カテニン関連癌は、ＰＩＫ３Ｃ関連癌および／またはＭＹＣ関連癌をさらに含む。
免疫療法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、疾患または障害の処置のための免疫療法として使用される。いくつかの例では、免疫療法は癌免疫療法である。いくつかの例では、癌免疫療法は、能動的、受動的、あるいは組み合わせ（能動的と受動的）の方法に分類される。能動癌免疫療法では、例えば、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）が免疫系に提示され、これらのＴＡＡを提示する癌細胞への攻撃を引き起こす。いくつかの例では、能動癌免疫療法は、腫瘍標的化および／または免疫標的化剤（例えば、モノクローナル抗体などのチェックポイント阻害剤）、および／または、ワクチン、例えば、インサイチュのワクチン接種および／または細胞ベースあるいは非細胞ベース（例えば、樹状細胞ベース、腫瘍細胞ベース、抗原、抗イディオタイプ、ＤＮＡ、あるいはベクターベース）のワクチンを含む。いくつかの例では、細胞ベースのワクチンは、患者自身の免疫系から得られ、その後、患者自身の癌によって活性化される、活性化免疫細胞を使用して生成されるワクチンである。いくつかの例では、能動癌免疫療法は、非特異的能動免疫療法と特異的能動免疫療法にさらに細分される。いくつかの例では、非特異的能動免疫療法は、一般的な免疫系応答を誘発するために、サイトカインおよび／または他の細胞シグナル伝達成分を利用する。場合によっては、特異的能動免疫療法は、免疫応答を誘発するために、特定のＴＡＡを利用する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、疾患または障害（例えば、癌）の処置のための能動癌免疫療法として使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は腫瘍標的化剤を含む。いくつかの例では、腫瘍標的化剤は結合部分Ａによって包含される。他の例では、腫瘍標的化剤は、式（Ｉ）の分子と組み合わせて使用される追加の薬剤である。いくつかの例では、腫瘍標的化剤は、腫瘍指向性（ｔｕｍｏｒ－ｄｉｒｅｃｔｅｄ）ポリペプチド（例えば、腫瘍指向性抗体）である。いくつかの例では、腫瘍標的化剤は、直接殺傷（例えば、シグナル伝達誘導性アポトーシス）、補体依存細胞毒性（ＣＤＣ）、および／または抗体依存性細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）などのメカニズムによりその抗腫瘍活性を発揮する腫瘍指向性抗体である。さらなる例では、腫瘍標的化剤は、抗腫瘍Ｔ細胞の誘導を伴う、適応免疫反応を誘発する。
いくつかの実施形態では、結合部分Ａは、腫瘍指向性ポリペプチド（例えば、腫瘍指向性抗体）である。いくつかの例では、結合部分Ａは、直接殺傷（例えば、シグナル伝達誘導性アポトーシス）、補体依存細胞毒性（ＣＤＣ）、および／または抗体依存性細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）などのメカニズムによりその抗腫瘍活性を発揮する腫瘍指向性抗体である。さらなる例では、結合部分Ａは、抗腫瘍Ｔ細胞の誘導を伴う、適応免疫反応を誘発する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、免疫標的化剤を含む。いくつかの例では、免疫標的化剤は結合部分Ａによって包含される。他の例では、免疫標的化剤は、式（Ｉ）の分子と組み合わせて使用される追加の薬剤である。いくつかの例では、免疫標的化剤は、サイトカイン、チェックポイント阻害剤、またはそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、免疫標的化剤はチェックポイント阻害剤である。場合によっては、免疫チェックポイント分子は、ＣＤ４Ｔ細胞および／またはＣＤ８Ｔ細胞の細胞表面上で提示される分子である。例示的な免疫チェックポイント分子としては、限定されないが、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４としても知られる））、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ４、ＯＸ－４０、ＣＤ１３７、ＣＤ４０、２Ｂ４、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＤＣ、ＣＤ２７３）、ＬＡＧ３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＰＤＬ２、Ｂ７Ｈ３、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＧＡＬ９、ＴＩＭ３、Ａ２ａＲ、ＭＡＲＣＯ（コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体）、ＰＳ（ホスファチジルセリン）、ＩＣＯＳ（誘発性Ｔ細胞共刺激分子）、ＨＡＶＣＲ２、ＣＤ２７６、ＶＴＣＮ１、ＣＤ７０、およびＣＤ１６０が挙げられる。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント分子の活性を調節または阻害する任意の分子を指す。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗体、抗体誘導体（例えば、ＦＡｂフラグメント、ｓｃＦｖ、ミニボディ（ｍｉｎｏｂｏｄｉｅｓ）、ダイアボディ）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、あるいはペプチドを含む。いくつかの実施形態では 免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４としても知られる））、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＤＣ、ＣＤ２７３）、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＡＶＣＲ２、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＩＣＯＳ（誘発性Ｔ細胞共刺激分子）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、ＭＡＲＣＯ（コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体）、ＰＳ（ホスファチジルセリン）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＨＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、またはそれらの任意の組み合わせの阻害剤である。
いくつかの実施形態では、例示的なチェックポイント阻害剤は以下ものを含む：
ＰＤ－Ｌ１阻害剤、例えば、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈのＭＰＤＬ３２８０Ａ（ＲＧ７４４６）、ＢｉｏＸｃｅｌｌの抗マウスＰＤ－Ｌ１抗体クローン１０Ｆ．９Ｇ２（Ｃａｔ＃ ＢＥ０１０１）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂの抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体ＭＤＸ－１１０５（ＢＭＳ－９３６５５９）とＢＭＳ－９３５５５９、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、マウス抗ＰＤ－Ｌ１クローン２９Ｅ．２Ａ３、およびＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａのＭＥＤＩ４７３６；
ＰＤ－Ｌ２阻害剤、例えば、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅのＡＭＰ－２２４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、およびｒＨＩｇＭ１２Ｂ７；
ＰＤ－１阻害剤、例えば、ＢｉｏＸｃｅｌｌの抗マウスＰＤ－１抗体クローンＪ４３（Ｃａｔ＃ ＢＥ００３３－２）、ＢｉｏＸｃｅｌｌの抗マウスＰＤ－１抗体クローンＲＭＰ１－１４（Ｃａｔ＃ ＢＥ０１４６）、マウス抗－ＰＤ－１抗体クローンＥＨ１２、ＭｅｒｃｋのＭＫ－３４７５抗マウスＰＤ－１抗体（キイトルーダ、ペンブロリズマブ、ランブロリズマブ）、ＡＮＢ０１１として知られるＡｎａｐｔｙｓＢｉｏの抗ＰＤ－１抗体、抗体ＭＤＸ－１ １０６（ＯＮＯ－４５３８）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ ＳｑｕｉｂｂのヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ１１０６）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａのＡＭＰ－５１４とＡＭＰ－２２４、およびＣｕｒｅＴｅｃｈ Ｌｔｄのピディリズマブ（ＣＴ－０１１）；
ＣＴＬＡ－４阻害剤、例えば、Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｅｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂの抗ＣＴＬＡ－４抗体イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、ＭＤＸ－０１０、ＢＭＳ－７３４０１６およびＭＤＸ－１０１としても知られる）、抗ＣＴＬＡ４抗体、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅのクローン９Ｈ１０、Ｐｆｉｚｅｒのトレメリムマブ（ＣＰ－６７５，２０６、チシリムマブ）、ならびにＡｂｃａｍの抗ＣＴＬＡ４抗体クローンＢＮＩ３；
ＬＡＧ３阻害剤、例えば、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅの抗Ｌａｇ－３抗体クローンｅＢｉｏＣ９Ｂ７Ｗ（Ｃ９Ｂ７Ｗ）、ＬｉｆｅＳｐａｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓの抗Ｌａｇ３抗体ＬＳ－Ｂ２２３７、ＩｍｍｕｔｅｐのＩＭＰ３２１（ＩｍｍｕＦａｃｔ）、抗Ｌａｇ３抗体ＢＭＳ－９８６０１６、およびＬＡＧ－３キメラ抗体Ａ９Ｈ１２；
Ｂ７－Ｈ３阻害剤、例えば、ＭＧＡ２７１；
ＫＩＲ阻害剤、例えば、Ｌｉｒｉｌｕｍａｂ（ＩＰＨ２１０１）；
ＣＤ１３７（４１ＢＢ）阻害剤、例えば、ウレルマブ（ｕｒｅｌｕｍａｂ）（ＢＭＳ－６６３５１３Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＰＦ－０５０８２５６６（抗４－１ＢＢ、ＰＦ－２５６６、Ｐｆｉｚｅｒ）、またはＸｍＡｂ－５５９２（Ｘｅｎｃｏｒ）；
ＰＳ阻害剤、例えば、Ｂａｖｉｔｕｘｉｍａｂ；ならびに、阻害剤、例えば、抗体またはそのフラグメント（例えば、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、あるいはキメラ抗体）、ＲＮＡｉ分子、またはＴＩＭ３、ＣＤ５２、ＣＤ３０、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ２７、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＬＡＩＲ１、ＴＩＧＨＴ、ＬＩＧＨＴ、ＤＲ３、ＣＤ２２６、ＣＤ２、あるいはＳＬＡＭに対する小分子。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤を含む結合部分Ａは、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、結合部分Ａは、免疫チェックポイント阻害剤を含む二重特異性抗体あるいはその結合フラグメントである。いくつかの例では、プログラム死－リガンド１（ＰＤ－Ｌ１（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４としても知られる））、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＤＣ、ＣＤ２７３）、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＡＶＣＲ２、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＩＣＯＳ（誘発性Ｔ細胞共刺激分子）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、ＭＡＲＣＯ（コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体）、ＰＳ（ホスファチジルセリン）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＨＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、またはそれらの任意の組み合わせの阻害剤を含む結合部分Ａは、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子は、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム死－リガンド１（ＰＤ－Ｌ１、さらにＢ７－Ｈ１、ＣＤ２７４として知られる）、プログラム死１（ＰＤ－１）、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＤＣ、ＣＤ２７３）、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、２Ｂ４、Ａ２ａＲ、Ｂ７Ｈ１、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０、ＣＤ２２６、ＣＤ２７６、ＤＲ３、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＡＶＣＲ２、ＨＶＥＭ、ＩＤＯ１、ＩＤＯ２、ＩＣＯＳ（誘発性Ｔ細胞共刺激分子）、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＩＧＨＴ、ＭＡＲＣＯ（コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体）、ＰＳ（ホスファチジルセリン）、ＯＸ－４０、ＳＬＡＭ、ＴＩＧＨＴ、ＶＩＳＴＡ、ＶＴＣＮ１、またはそれらの任意の組み合わせの阻害剤を含む。場合によっては、式（Ｉ）の分子は、疾患または障害（例えば、癌）の処置のために、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｒｏｌｉｚｕｍａｂ）、ピディリズマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、ＭＫ－３４７５、またはＢＭＳ－９３６５５９と組み合わせて使用される。
いくつかの実施形態では、免疫標的化剤はサイトカインである。場合によっては、サイトカインは、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、および腫瘍壊死因子へとさらにサブグループ化される。いくつかの実施形態では、ケモカインは、細胞の遊走を導く化学誘引剤としての役割を果たし、４つのサブファミリー、すなわち、ＣＸＣ、ＣＣ、ＣＸ３Ｃ、およびＸＣに分類される。例示的なケモカインとしては、ＣＣサブファミリー：ＣＣＬ１、ＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５（ＲＡＮＴＥＳ）、ＣＣＬ６、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ９（あるいは、ＣＣＬ１０）、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、およびＣＣＬ２８；ＣＸＣサブファミリー：ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ１５、ＣＸＣＬ１６、およびＣＸＣＬ１７；ＸＣサブファミリー：ＸＣＬ１およびＸＣＬ２；ならびに、ＣＸ３Ｃサブファミリー；ＣＸ３ＣＬ１からのケモカインが挙げられる。
インターフェロン（ＩＦＮ）は、Ｉ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－ε、ＩＦＮ－κ、およびＩＦＮ－ω）、ＩＩ型インターフェロン（例えば、ＩＦＮ－γ）、ならびにＩＩＩ型インターフェロンを含む。いくつかの実施形態では、ＩＦＮ－αは、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、およびＩＦＮＡ２１を含む、約１３のサブタイプにさらに分類される。
インターロイキンは、白血球または白血球細胞によって発現され、Ｔリンパ球およびＢリンパ球ならびに造血細胞の発生と分化を促進する。例示的なインターロイキンとしては、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８（ＣＸＣＬ８）、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ１４、ＩＬ１５、ＩＬ－１６、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、ＩＬ－１９、ＩＬ－２０、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２、ＩＬ－２３、ＩＬ－２４、ＩＬ－２５、ＩＬ－２６、ＩＬ－２７、ＩＬ－２８、ＩＬ－２９、ＩＬ－３０、ＩＬ－３１、ＩＬ－３２、ＩＬ－３３、ＩＬ－３５、およびＩＬ－３６が挙げられる。
腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）はアポトーシスを調節するサイトカインの群である。いくつかの例では、ＴＮＦファミリー内に約１９のメンバーがあり、限定されないが、ＴＮＦα、リンフォトキシン－α（ＬＴ－α）、リンフォトキシン－β（ＬＴ－β）、Ｔ細胞抗原ｇｐ３９（ＣＤ４０Ｌ）、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ３０Ｌ、ＦＡＳＬ、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、およびＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）を含む。
いくつかの実施形態では、サイトカインと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。場合によっては、ケモカインと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。場合によっては、インターフェロンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。場合によっては、インターロイキンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。場合によっては、腫瘍壊死因子と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば癌）の処置に使用される。いくつかの例では、ＩＬ－１β、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ１５、ＭＣＰ－１（ＣＣＬ２）、ＭＩＰ－１α、ＲＡＮＴＥＳ、ＭＣＰ－３、ＭＩＰ５、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、またはＣＸＣＬ１１と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤はワクチンを含む。いくつかの例では、ワクチンはインサイチュのワクチン接種である。いくつかの例では、ワクチンは細胞ベースのワクチンである。いくつかの例では、ワクチンは非細胞ベースのワクチンである。いくつかの例では、樹状細胞ベースのワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、腫瘍細胞ベースのワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、抗原ワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、抗イディオタイプワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子は、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、ＤＮＡワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、ベクターベースのワクチンと組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、疾患または障害（例えば、癌）の処置のための受動癌免疫療法として使用される。いくつかの例では、受動的方法は、癌細胞を攻撃するために、適応免疫系成分、例えば、外因的に生成されたＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞、および／またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞を利用する。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞ベースの治療剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。場合によっては、Ｔ細胞ベースの治療剤は、上に記載されるＣＤ細胞表面マーカーの１つ以上を認識する活性化Ｔ細胞剤である。いくつかの例では、Ｔ細胞ベースの治療剤は、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５２、ＣＤ１５４、ＣＤ１６０、ＣＤ２００Ｒ、ＣＤ２２３、ＣＤ２２６、ＣＤ２４４、ＣＤ２５８、ＣＤ２６７、ＣＤ２７２、ＣＤ２７４、ＣＤ２７８、ＣＤ２７９、またはＣＤ３５７の１つ以上を認識する活性化Ｔ細胞剤を含む。いくつかの例では、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５２、ＣＤ１５４、ＣＤ１６０、ＣＤ２００Ｒ、ＣＤ２２３、ＣＤ２２６、ＣＤ２４４、ＣＤ２５８、ＣＤ２６７、ＣＤ２７２、ＣＤ２７４、ＣＤ２７８、ＣＤ２７９、またはＣＤ３５７の１つ以上を認識する活性化Ｔ細胞剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞ベースの治療剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの例では、ＮＫベースの治療剤は、上に記載されるＣＤ細胞表面マーカーの１つ以上を認識する活性化ＮＫ剤である。場合によっては、ＮＫベースの治療剤は、ＣＤ２、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ５８、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ１５８ａ／ｂ、ＣＤ１５８ｃ、ＣＤ１５８ｅ／ｆ／ｋ、ＣＤ１５８ｈ／ｊ、ＣＤ１５９ａ、ＣＤ１６２、ＣＤ２２６、ＣＤ３１４、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ２４４、またはＣＤ３１９の１つ以上を認識する活性化ＮＫ剤である。いくつかの例では、ＣＤ２、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ５８、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ１５８ａ／ｂ、ＣＤ１５８ｃ、ＣＤ１５８ｅ／ｆ／ｋ、ＣＤ１５８ｈ／ｊ、ＣＤ１５９ａ、ＣＤ１６２、ＣＤ２２６、ＣＤ３１４、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ２４４、またはＣＤ３１９の１つ以上を認識する活性化ＮＫ剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの治療剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。
いくつかの実施形態では、エンドソーム膜を不安定にする（あるいは、エンドソーム－リソソームの膜輸送を妨害する）追加の薬剤と組み合わせた式（Ｉ）の分子が、疾患または障害（例えば、癌）の処置に使用される。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は有糸分裂阻害剤を含む。例示的な有糸分裂阻害剤としては、限定されないが、パクリタキセルおよびドセタキセルなどのタキサン；ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、およびビノレルビンなどのビンカアルカロイド；カバジタキセル；コルヒチン；エリブリン；エストラムスチン；エトポシド；イクサベピロン；ポドフィロトキシン；テニポシド；または、グリセオフルビンが挙げられる。いくつかの例では、追加の薬剤は、パクリタキセル、ドセタキセル、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン、カバジタキセル、コルヒチン、エリブリン、エストラムスチン、エトポシド、イクサベピロン、ポドフィロトキシン、テニポシド、またはグリセオフルビンを含む。いくつかの例では、追加の薬剤はタキソールを含む。いくつかの例では、追加の薬剤はパクリタキセルを含む。いくつかの例では、追加の薬剤はエトポシドを含む。他の例では、追加の薬剤はビタミンＫ３を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物または医薬製剤は、疾患または障害（例えば、癌）の処置における組み合わせ方法（能動方法と受動方法の両方を含む）として使用される。
筋肉ジストロフィー、筋萎縮症、筋消耗
一実施形態では、筋肉ジストロフィーは筋力の著しい減少を指す。筋力の著しい減少とは、対照の対象の同じ筋組織と比較して、対象の病気の、損傷した、または不使用の筋組織における強度の低下を意味する。ある実施形態では、筋力の著しい減少とは、対照の対象の同じ筋組織と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、またはそれ以上の強度の低下である。別の実施形態では、筋力の著しい減少とは、不使用期間前の同じ対象の同じ筋組織の筋力と比較して、不使用の筋組織の強度の低下を意味する。ある実施形態では、筋肉強度の著しい減少とは、不使用期間前の同じ対象の同じ筋組織の筋力と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、またはそれ以上の低下である。
別の実施形態では、筋肉ジストロフィーは筋肉量の著しい減少を指す。筋肉量の著しい減少とは、対照の対象の同じ筋組織と比較して、対象の病気の、損傷した、または不使用の筋組織における筋肉体積の減少を意味する。ある実施形態では、筋肉体積の著しい減少とは、対照の対象の同じ筋組織と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、またはそれ以上である。別の実施形態では、筋肉量の著しい減少とは、不使用期間前の同じ対象の同じ筋組織における筋肉体積と比較して、不使用の筋組織における筋肉体積の低下を意味する。ある実施形態では、筋肉組織の著しい減少とは、不使用期間前の同じ対象の同じ筋組織における筋肉体積と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、またはそれ以上である。筋肉体積は、磁気共鳴撮像（例えば、筋肉体積／断面積（ＣＳＡ）ＭＲＩ方法による）などによって、筋肉の断面積を評価することにより、任意選択的に測定される。
筋緊張性ジストロフィーは、２つの主な型、すなわち、筋緊張性ジストロフィー１型（ＤＭ１）と筋緊張性ジストロフィー２型（ＤＭ２）とを含む、多全身性神経筋疾患（ｍｕｌｔｉｓｙｓｔｅｍｉｃ ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌａｒ ｄｉｓｅａｓｅ）である。ＤＭ１は、遺伝子ＤＭプロテインキナーゼ（ＤＭＰＫ）中での優勢遺伝性の「ＣＴＧ」の反復伸長によって引き起こされ、これは、ｍＲＮＡへ転写されるとき、タンパク質のＭｕｓｃｌｅｂｌｉｎｄ－ｌｉｋｅ（ＭＢＮＬ）ファミリーに高い親和性で結合するヘアピンを形成する。ＭＢＮＬタンパク質は、転写後のスプライシングおよびポリアデニル化（ｐｏｌｙａｄｅｎｙｌａｔｉｎ）部位の制御に関与し、ＭＢＮＬタンパク質機能の喪失は、核病巣の下流への蓄積を引き起こし、ミススプライシング事象を増加させ、その後、筋緊張症と他の臨床症状を引き起こす。いくつかの実施形態では、対象の筋肉ジストロフィー、筋萎縮症、および／または筋消耗を処置する方法が本明細書に記載され、上記方法は、本明細書に記載されるポリ核酸分子あるいは本明細書に記載されるポリ核酸分子コンジュゲートを提供する工程と、筋ジストロフィー、筋萎縮症、および／または筋消耗を処置するために、治療上有効な量のポリ核酸分子またはポリ核酸分子コンジュゲートを対象に投与する工程とを含む。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子またはポリ核酸分子コンジュゲートは、遺伝子転写物を標的とし、この遺伝子転写物は、ダウンレギュレーション、欠失、転写物のエクソンスキッピングが病気を処置するために望まれるように、変異させられるか、あるいはアップレギュレートされる。いくつかの実施形態では、ポリ核酸分子またはポリ核酸分子コンジュゲートは、ＤＭＰＫ ｍＲＮＡ、ＤＭＤ ｍＲＮＡ、あるいはＧＹＳ１ ｍＲＮＡを標的とする。
医薬製剤
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される医薬製剤は、限定されないが、非経口（例えば、静脈内、皮下、筋肉内）、経口、鼻腔内、頬側、直腸、または経皮の投与経路を含む、複数の投与経路によって対象に投与される。いくつかの例では、本明細書に記載される医薬組成物は、非経口（例えば、静脈内、皮下、筋肉内）投与のために製剤化される。他の例では、本明細書に記載される医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。さらに他の例では、本明細書に記載される医薬組成物は、鼻腔内投与用に製剤化される。
いくつかの実施形態では、医薬組成物としては、限定されないが、水性分散液、自己乳化分散液、固溶体、リポソーム分散液、エアロゾル、固形剤形、粉末、即時放性製剤、制御放出製剤、速溶製剤、錠剤、カプセル、丸剤、遅延放出製剤、持続放出製剤、パルス放出製剤、多粒子製剤（例えば、ナノ粒子製剤）、および、即時放出と制御放出の混合製剤が挙げられる。
いくつかの例では、医薬製剤は多粒子製剤を含む。いくつかの例では、医薬製剤はナノ粒子製剤を含む。いくつかの例では、ナノ粒子は、ｃＭＡＰ、シクロデキストリン、または脂質を含む。場合によっては、ナノ粒子は、固体脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子、自己乳化ナノ粒子、リポソーム、マイクロエマルジョン、またはミセル溶液を含む。さらなる例示的なナノ粒子としては、限定されないが、常磁性ナノ粒子、超常磁性ナノ粒子、金属ナノ粒子、フラーレン様材料、無機ナノチューブ、デンドリマー（共有結合した金属キレートを有するものなど）、ナノファイバー、ナノホーン、ナノオニオン、ナノロッド、ナノロープ、および量子ドットが挙げられる。いくつかの例では、ナノ粒子は、金属ナノ粒子、例えば、スカンジウム、チタン、バナジウム、クロム、マンガン、鉄、コバルト、ニッケル、銅、亜鉛、イットリウム、ジルコニウム、ニオブ、モリブデン、ルテニウム、ロジウム、パラジウム、銀、カドミウム、ハフニウム、タンタル、タングステン、レニウム、オスミウム、イリジウム、白金、金、ガドリニウム、アルミニウム、ガリウム、インジウム、スズ、タリウム、鉛、ビスマス、マグネシウム、カルシウム、ストロンチウム、バリウム、リチウム、ナトリウム、カリウム、ホウ素、シリコン、リン、ゲルマニウム、ヒ素、アンチモン、およびこれらの組み合わせ、その合金またはオキシドのナノ粒子である。
いくつかの例では、ナノ粒子は、コア、または、コア－シェルナノ粒子のようにコアとシェルを含む。
いくつかの例では、ナノ粒子は、機能要素の結合のために分子で（例えば、本明細書に記載されるポリ核酸分子または結合部分の１つ以上で）さらにコーティングされる。いくつかの例では、コーティングは、硫酸コンドロイチン、硫酸デキストラン、カルボキシメチルデキストラン、アルギン酸、ペクチン、カラギーナン、フコイダン、アガロペクチン、ポルフィラン、カラヤゴム、ジェランゴム、キサンタンゴム、ヒアルロン酸、グルコサミン、ガラクトサミン、キチン（あるいは、キトサン）、ポリグルタミン酸、ポリアスパラギン酸、リゾチーム、チトクロムＣ、リボヌクレアーゼ、トリプシノゲン、キモトリプシノーゲン、α－キモトリプシン、ポリリシン、ポリアルギニン、ヒストン、プロタミン、オバルブミン、デキストリン、またはシクロデキストリンを含む。いくつかの例では、ナノ粒子は、グラフェンコーティングされたナノ粒子を含む。
場合によっては、ナノ粒子は、約５００ｎｍ、４００ｎｍ、３００ｎｍ、２００ｎｍ、または１００ｎｍ未満の少なくとも１つの寸法を有する。
いくつかの例では、ナノ粒子製剤は、常磁性ナノ粒子、超常磁性ナノ粒子、金属ナノ粒子、フラーレン様材料、無機ナノチューブ、デンドリマー（共有結合した金属キレートを有するものなど）、ナノファイバー、ナノホーン、ナノオニオン、ナノロッド、ナノロープ、または量子ドットを含む。いくつかの例では、本明細書に記載されるポリ核酸分子または結合部分は、ナノ粒子に直接あるいは間接的にコンジュゲートする。いくつかの例では、本明細書に記載される少なくとも１、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、あるいはそれ以上のポリ核酸分子または結合部分は、ナノ粒子に直接あるいは間接的にコンジュゲートする。
いくつかの実施形態では、医薬製剤は、本明細書で開示される組成物との互換性および所望の剤形の放出プロファイル特質に基づいて選択される、担体または担体材料を含む。模範的な担体材料としては、例えば、結合剤、懸濁剤、崩壊剤、充填剤、界面活性剤、可溶化剤、安定化剤、滑沢剤、加湿剤、希釈剤などが挙げられる。薬学的に適合可能な担体材料としては、限定されないが、アカシア、ゼラチン、コロイド状二酸化ケイ素、グリセロリン酸カルシウム、乳酸カルシウム、マルトデキストリン、グリセリン、ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、コレステロール、コレステロールエステル、カゼイン酸ナトリウム、大豆レシチン、タウロコール酸、ホスファチジルコリン、塩化ナトリウム、リン酸三カルシウム、リン酸二カリウム、セルロースおよびセルロースコンジュゲート、糖ステアロイル乳酸ナトリウム（ｓｕｇａｒｓ ｓｏｄｉｕｍ ｓｔｅａｒｏｙｌ ｌａｃｔｙｌａｔｅ）、カラギーナン、モノグリセリド、ジグリセリド、α化デンプンなどが挙げられる。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｎｉｎｅｔｅｅｎｔｈ Ｅｄ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９５）；Ｈｏｏｖｅｒ，Ｊｏｈｎ Ｅ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ １９７５；Ｌｉｂｅｒｍａｎ，Ｈ．Ａ．ａｎｄ Ｌａｃｈｍａｎ，Ｌ．，Ｅｄｓ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｃｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９８０；および、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｅｄ．（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ１９９９）を参照されたい。
いくつかの例では、医薬製剤は、酢酸、ホウ酸、クエン酸、乳酸、リン酸、および塩酸などの酸；水酸化ナトリウム、リン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、およびトリス－ヒドロキシメチルアミノメタンなどの塩基；ならびに、クエン酸塩／デキストロース、重炭酸ナトリウム、および塩化アンモニウムなどの緩衝剤を含む、ｐＨ調節剤または緩衝剤をさらに含む。このような酸、塩基、および緩衝液は、組成物のｐＨを許容可能な範囲で維持するのに必要な量で含まれる。
いくつかの例では、医薬製剤は、組成物の浸透圧を許容可能な範囲にするために必要な量で１つ以上の塩を含む。このような塩としては、ナトリウムカチオン、カリウムカチオン、またはアンモニウムカチオン、および塩化物アニオン、クエン酸塩アニオン、アスコルビン酸塩アニオン、ホウ酸塩アニオン、リン酸塩アニオン、重炭酸塩アニオン、硫酸塩アニオン、チオ硫酸塩アニオン、または亜硫酸水素塩アニオンを有するものが挙げられ、適切な塩としては、塩化ナトリウム、塩化カリウム、チオ硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、および硫酸アンモニウムが挙げられる。
いくつかの例では、医薬製剤は、化合物を安定化させるために使用される希釈液をさらに含む。希釈液はより安定した環境を提供することができるからである。緩衝液（さらにｐＨの制御または維持をもたらし得る）中に溶解した塩は、当該技術分野の希釈剤として利用され、限定されないが、リン酸緩衝生理食塩溶液を含む。ある例では、希釈液は、組成物の容積を増大させて、圧縮を促進するか、あるいはカプセル剤充填のための均質ブレンドに十分な容積を作り出す。そのような化合物は、例えば、ラクトース、デンプン、マンニトール、ソルビトール、デキストロース、Ａｖｉｃｅｌ（登録商標）などの微結晶性セルロース；リン酸水素カルシウム、リン酸カルシウム二水和物；リン酸三カルシウム、リン酸カルシウム；無水乳糖、噴霧乾燥したラクトース；α化デンプン、Ｄｉ－Ｐａｃ（登録商標）（Ａｍｓｔａｒ）などの圧縮可能な糖；マンニトール、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース・アセテート・ステアレート、スクロース系の希釈剤、粉砂糖；一塩基の硫酸カルシウム一水和物、硫酸カルシウム二水和物；乳酸カルシウム三水和物、デキストラート（ｄｅｘｔｒａｔｅｓ）；加水分解したシリアル固形物（ｈｙｄｒｏｌｙｚｅｄ ｃｅｒｅａｌ ｓｏｌｉｄｓ）、アミロース；粉末セルロース、炭酸カルシウム；グリシン、カオリン；マンニトール、塩化ナトリウム；イノシトール、ベントナイトなどを含むことができる。
場合によっては、医薬製剤は、物質の分解または崩壊を促進する分解剤あるいは崩壊剤を含む。「分解する」との用語は、胃腸液と接触した際の剤形の崩壊と分散の両方を含む。崩壊剤の例としては、デンプン、例えば、天然のデンプン、例えば、トウモロコシデンプンまたはジャガイモデンプン、α化デンプン、例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ １５５１またはＡｍｉｊｅｌ（登録商標）、またはナトリウムデンプングリコレート、例えば、Ｐｒｏｍｏｇｅｌ（登録商標）またはＥｘｐｌｏｔａｂ（登録商標）、セルロース、例えば、木製品（ｗｏｏｄ ｐｒｏｄｕｃｔ）、メチル結晶セルロース、例えば、Ａｖｉｃｅｌ（登録商標）、Ａｖｉｃｅｌ（登録商標）ＰＨ１０１、Ａｖｉｃｅｌ（登録商標）ＰＨ１０２、Ａｖｉｃｅｌ（登録商標）ＰＨ１０５、Ｅｌｃｅｍａ（登録商標）Ｐ１００、Ｅｍｃｏｃｅｌ（登録商標）、Ｖｉｖａｃｅｌ（登録商標）、Ｍｉｎ Ｔｉａ（登録商標）、およびＳｏｌｋａ－Ｆｌｏｃ（登録商標）、メチルセルロース、クロスカルメロース、または架橋セルロース、例えば、架橋カルボキシルメチルセルロースナトリウム（Ａｃ－Ｄｉ－Ｓｏｌ（登録商標）、架橋カルボキシメチルセルロース、または架橋クロスカルメロースナトリウム、架橋デンプン、例えば、デンプングリコール酸ナトリウム、架橋ポリマー、例えば、クロスポビドン、架橋ポリビニルピロリドン、アルギネート（ａｌｇｉｎａｔｅ）、例えば、アルギン酸、またはアルギン酸の塩、例えば、アルギン酸ナトリウム、粘土、例えば、Ｖｅｅｇｕｍ（登録商標）ＨＶ（ケイ酸アルミニウムマグネシウム）、ゴム、例えば、寒天、ガウア、イナゴマメ、カラヤ、ペクチン、またはトラガント、デンプングリコール酸ナトリウム、ベントナイト、海綿、界面活性剤、樹脂、例えば、カチオン交換樹脂、柑橘類果肉、ラウリル硫酸ナトリウム、デンプンと組み合わせたラウリル硫酸ナトリウムなどが挙げられる。
いくつかの例では、医薬製剤は、ラクトース、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、第二リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、微結晶性セルロース、セルロース粉末、デキストロース、デキストラート、デキストラン、デンプン、α化デンプン、スクロース、キシリトール、ラクチトール、マンニトール、ソルビトール、塩化ナトリウム、ポリエチレングリコールなどの充填剤を含む。
潤滑剤および滑剤は、材料の付着または摩擦を防ぐか、減少させるか、あるいは阻害するために、本明細書に記載される医薬製剤に任意選択的に含まれる。例示的な滑沢剤としては、例えば、ステアリン酸、水酸化カルシウム、タルク、ステアリルフマル酸ナトリウム、炭化水素、例えば、鉱油、または水素化大豆油（Ｓｔｅｒｏｔｅｘ（登録商標））などの水素化植物油、高級脂肪酸およびそれらのアルカリ金属ならびにアルカリ土類金属塩、例えば、アルミニウム、カルシウム、マグネシウム、亜鉛、ステアリン酸、ステアリン酸ナトリウム、グリセロール、タルク、ワックス、Ｓｔｅａｒｏｗｅｔ（登録商標）、ホウ酸、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ロイシン、ポリエチレングリコール（例えば、ＰＥＧ－４０００）またはメトキシポリエチレングリコール、例えば、Ｃａｒｂｏｗａｘ（商標）、オレイン酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ベヘン酸グリセリル、ポリエチレングリコール、マグネシウムまたはラウリル硫酸ナトリウム、Ｓｙｌｏｉｄ（商標）、コロイダル－シリカ、例えば、Ｃａｂ－Ｏ－Ｓｉｌ（登録商標）、デンプン、例えば、トウモロコシデンプン、シリコーン油、界面活性剤などが挙げられる。
可塑剤は、マイクロカプセル化材料またはフィルムコーティングを軟化することで脆性を抑えるために使用される化合物を含む。適切な可塑剤としては、例えば、ＰＥＧ３００、ＰＥＧ４００、ＰＥＧ６００、ＰＥＧ１４５０、ＰＥＧ３３５０、およびＰＥＧ８００などのポリエチレングリコール、ステアリン酸、プロピレングリコール、オレイン酸、トリエチルセルロース、およびトリアセチンが挙げられる。可塑剤は、分散剤または湿潤剤としてさらに作用し得る。
可溶化剤としては、トリアセチン、クエン酸トリエチル、オレイン酸エチル、カプリル酸エチル、ラウリル硫酸ナトリウム、ドクサートナトリウム、ビタミンＥ ＴＰＧＳ、ジメチルアセトアミド、Ｎ－メチルピロリドン、Ｎ－ヒドロキシエチルピロリドン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルシクロデキストリン、エタノール、ｎ－ブタノール、イソプロピルアルコール、コレステロール、胆汁塩、ポリエチレングリコール２００－６００、グリコフロール、トランスクトール、プロピレングリコール、およびジメチルイソソルビドなどの化合物が挙げられる。
安定化剤としては、任意の抗酸化剤、緩衝剤、酸、防腐剤などの混合物が挙げられる。
懸濁化剤は、例えば、ポリビニルピロリドンＫ１２、ポリビニルピロリドンＫ１７、ポリビニルピロリドンＫ２５、またはポリビニルピロリドンＫ３０などのポリビニルピロリドン、ビニルピロリドン／酢酸ビニル共重合体（Ｓ６３０）、ポリエチレングリコール（例えば、ポリエチレングリコールは約３００～約６０００、約３３５０～約４０００、または約７０００～約５４００の分子量を有し得る）、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロースアセテートステアレート、ポリソルベート８０、ヒドロキシエチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ゴム、例えば、トラガカントゴムおよびアラビアゴムなど、グアーゴム、キサンタンガムを含むキサンタン、糖類、例えば、カルボキシルメチルセルロースナトリウムなどのセルロース化合物、メチルセルロース、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ポリソルベート８０、アルギン酸ナトリウム、ポリエトキシル化ソルビタンモノラウレート、ポリエトキシ化ソルビタンモノラウレート、ポビドンなどの化合物を含む。
界面活性剤は、ラウリル硫酸ナトリウム、ドクセートナトリウム、またはＴｗｅｅｎ ６０または８０、トリアセチン、ビタミンＥ ＴＰＧＳ、ソルビタンモノオレエート、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（ｐｏｌｙｏｘｙｅｔｈｙｌｅｎｅ ｓｏｒｂｉｔａｎ ｍｏｎｏｏｌｅａｔｅ）、ポリソルベート、ポロキサマー（ｐｏｌａｘｏｍｅｒｓ）、胆汁酸塩、モノステアリン酸グリセリン、エチレンオキシドおよびプロピレンオキシドのコポリマー、例えば、Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）（ＢＡＳＦ）などの化合物を含む。追加の界面活性剤としては、ポリオキシエチレン脂肪酸グリセリドおよび植物油、例えば、ポリオキシエチレン（６０）水素化ヒマシ油；ならびに、ポリオキシエチレンアルキルエーテルおよびアルキルフェニルエーテル、例えば、オクトキシノール１０、オクトキシノール４０が挙げられる。しばしば、界面活性剤は、物理的安定性を高めるために、または他の目的のために含まれる。
粘度増強剤としては、例えば、メチルセルロース、キサンタンガム、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートステアレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、カルボマー、ポリビニルアルコール、アルギン酸塩、アカシア、キトサン、およびこれらの組み合わせが挙げられる。
湿潤剤は、オレイン酸、モノステアリン酸グリセリル、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリン酸ソルビタン、オレイン酸トリエタノールアミン、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン、モノラウリン酸ポリオキシエチレンソルビタン、ドクサートナトリウム、オレイン酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ドキュセートナトリウム、トリアセチン、Ｔｗｅｅｎ８０、ビタミンＥ ＴＰＧＳ、アンモニウム塩などの化合物を含む。
治療レジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は治療用途のために投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１日１回、１日２回、１日３回、またはそれ以上投与される。医薬組成物は、毎日、１日おき、週５日、週１日、１週おき、月２週間、月３週間、月１回、月２回、月３回、またはそれ以上投与される。医薬組成物は、少なくとも１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１８か月、２年、３年、またはそれ以上にわたって投与される。
いくつかの実施形態では、１つ以上の医薬組成物は、同時に、順次に、またはある時間間隔で投与される。いくつかの実施形態では、１つ以上の医薬組成物が同時に投与される。場合によっては、１つ以上の医薬組成物が順次に投与される。さらなる場合には、１つ以上の医薬組成物は、ある時間間隔で投与される（例えば、第１の医薬組成物の第１の投与は１日目であり、その後、少なくとも第２の医薬組成物の投与前に少なくとも１、２、３、４、５日またはそれ以上の間隔を空ける）。
いくつかの実施形態では、２つ以上の異なる医薬組成物が同時投与される。いくつかの例では、２以上の異なる医薬組成物が同時に投与される。場合によっては、２つ以上の異なる医薬組成物が、投与間の間隔なく順次に同時投与される。他の場合には、２つ以上の異なる医薬組成物は、投与間に約０．５時間、１時間、２時間、３時間、１２時間、１日、２日、またはそれ以上の間隔をおいて順次に同時投与される。
患者の状態が改善する場合、医者の裁量により組成物の投与が継続的に行われるか、あるいは、投与されている組成物の用量が一時的に減らされるか、または特定の期間にわたって一時的に中断される（つまり、「休薬期間」）。いくつかの例では、休薬期間の長さは、２日～１年の間で変動し、ほんの一例として、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、１２日、１５日、２０日、２８日、３５日、５０日、７０日、１００日、１２０日、１５０日、１８０日、２００日、２５０日、２８０日、３００日、３２０日、３５０日、または３６５日を含む。休薬日の間の投与量の減少は１０％～１００％であり、ほんの一例として、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、あるいは１００％を含む。
いったん患者の状態が改善すると、必要に応じて維持量が投与される。その後、投与量または投与頻度、あるいはその両方は、症状に応じて、改善された疾患、障害、または疾病が保持されるレベルにまで任意選択的に減らされる。
いくつかの実施形態では、そのような量に相当する所定の薬剤の量は、特定の化合物、疾患の重症度、処置を必要としている対象または宿主の性質（例えば、体重）などの要因に左右されるが、それにもかかわらず、例えば、投与されている特定の薬剤、投与経路、および処置されている対象または宿主を含む、症例を取り巻く特定の環境に従って、当該技術分野において既知の方法で日常的に判定される。いくつかの例では、所望の用量は一回量で都合よく提示されるか、または同時に（あるいは短時間にわたって）、または適切な間隔を置いて投与された分割量、例えば、１日当たり２、３、４回またはそれ以上の副用量（ｓｕｂ－ｄｏｓｅｓ）として、都合よく提示される。
個々の処置レジメンに関する変数の数が大きいため、前述の範囲は単なる示唆的なものにすぎず、これらの推奨値からかなり逸脱することは珍しいことではない。そのような投与量は、限定されないが、使用される化合物の活性、処置される疾患または疾病、投与の様式、個々の対象の要件、処置されている疾患または疾病の重症度、および医師の判断を含む、多くの変数に応じて変更される。
いくつかの実施形態では、こうした治療レジメンの毒性と治療の有効性は、細胞培養または実験動物における標準的な製薬手順によって決定され、その手順には、限定されないが、ＬＤ５０（集団の５０％までの致死投与量）と、ＥＤ５０（集団の５０％における治療上有効な投与量）の決定が含まれる。毒性と治療効果との間の用量比が治療指数であり、これは、ＬＤ５０とＥＤ５０との間の比として表される。高い治療指数を示す化合物が好ましい。細胞培養アッセイと動物研究から得られたデータは、ヒトに使用するための一連の投与量を調合する際に使用される。そのような化合物の投与量は、毒性が最小のＥＤ５０を含む血中濃度の範囲内にあるのが好ましい。投与量は、使用される剤形と利用される投与経路に応じて、この範囲内で変わる。
キット／製品
ある実施形態では、本明細書に記載される１つ以上の組成物および方法とともに使用されるキットおよび製品が本明細書で開示される。このようなキットは、バイアル、チューブなどの１つ以上の容器を収容するために仕切られた運搬装置、包装、または容器を含み、各容器は、本明細書中に記載されている方法を使用するための別個の要素の１つを備える。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、注射器、および試験管が挙げられる。一実施形態では、容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成される。
本明細書で提供される製品は包装材料を含む。製薬用包装材料の例としては、限定されないが、ブリスターパック、ボトル、チューブ、バッグ、容器、瓶、および選択された製剤と意図した投与および処置のモードに適する任意の包装材料が挙げられる。
例えば、容器は、本明細書で開示されるように、式（Ｘａ）の分子：Ａ－Ｘ－Ｂ’－Ｙ－Ｃを含む。このようなキットは任意選択的に、識別用の記載文あるいはラベル、または本明細書に記載の方におけるその使用に関する説明書を含む。
キットは典型的には、内容物および／または使用説明書を列挙するラベルと、使用説明書を含む添付文書とを含んでいる。説明書のセットも典型的に含まれている。
一実施形態では、ラベルが容器上にあるか容器に付随する。一実施形態では、ラベルを形成する文字、数字、または他の表示が、容器自体に貼り付けられるか、成形されるか、あるいは刻まれている場合は、ラベルは容器上にある。ラベルが、例えば、添付文書として、容器を保持するレセプタクルまたは運搬装置内に存在する場合には、ラベルは容器に付随する。一実施形態では、ラベルは、内容物が特定の治療用途に用いられるべきものであるということを示すために使用される。ラベルは、例えば、本明細書に記載の方法で、内容物の使用方法も示している。
ある実施形態では、医薬組成物は、本明細書で提供される化合物を含む１以上の単位剤形を含有するパックまたはディスペンサーデバイス中で提示される。例えば、パックは、ブリスターパックなどの金属ホイルまたはプラスチックホイルを含む。一実施形態では、パックまたはディスペンサーデバイスには、投与のための説明書が添付してある。一実施形態では、パックまたはディスペンサーには、医薬品の製造、使用、または販売を規制する政府機関によって規定された形態の容器に付属の通知書が添付してあり、この通知書は、ヒトまたは動物の投与のための薬物の形態についての、政府機関の承認を反映するものである。このような通知書は、例えば、処方薬または承認された添付文書に関して、米国食品医薬品局により承認されたラベルである。一実施形態では、適合する製薬担体中で製剤化される本明細書で提供される化合物を含む組成物も調製され、適切な容器に入れられ、示された疾病の処置のためにラベル付けされる。
特定の用語
別段の定めのない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語はすべて、主題が属する当該技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。前述の一般的な記載および以下の詳細な記載が例示的かつ説明的なものにすぎず、いかなる請求される主題も限定するものではないことが理解されよう。本出願では、単数の使用は、特に別記されない限り複数を含む。明細書および添付の請求項内で用いられる場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明確に他のことを定めていない限り、複数の参照対象を含む。本出願では、「または」の使用は、特に明記されない限り、「および／または」を意味する。さらに、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語の使用は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」といった他の形態と同様に、限定的なものではない。
本明細書で使用される場合、範囲および量は、「約」特定の値または範囲として表現可能である。「約」は正確な量も含んでいる。したがって、「約５μＬ」は、「約５μＬ」と「５μＬ」も意味する。一般に、用語「約」は、実験誤差内にあると予想される量を含んでいる。
本明細書に使用される段落の見出しは、組織化するためのものに過ぎず、記載される主題を限定するものと解釈されてはならない。
本明細書で使用されるように、「個体」、「対象」、および「患者」との用語は、任意の哺乳動物を意味する。いくつかの実施形態では、哺乳動物はヒトである。いくつかの実施形態では、哺乳動物は非ヒトである。いかなる用語も、保健従事者（例えば、医者、正看護師、臨床看護師、医師助手、看護助手、あるいはホスピスの職員）の監督（例えば、常時または断続的）を特徴とする状況に限定されない。
化学的定義
本明細書で使用される略語は、化学分野および生物学分野内でのその従来の意味を有している。本明細書に記載される化学構造および式は、化学分野で既知の化学結合価の標準規則に従って構築される。
置換基が、左から右に書かれるそれらの従来の化学式によって特定される場合、その置換基は、右から左に構造を書くことで生じる化学的に同一の置換基を等しく包含し、例えば、－ＣＨ２Ｏ－は－ＯＣＨ２－に等しい。
「アルキル」との用語は、それ自体で、または別の置換基の一部として、特に明記されない限り、直鎖の（すなわち、分岐していない）炭素鎖または分枝した炭素鎖（あるいは、炭素）、あるいはそれらの組み合わせを意味し、これは、完全に飽和、一不飽和、および多価不飽和であってもよく、かつ、指定された炭素原子の数を有する一価、二価、および多価のラジカルを含み得る（すなわち、Ｃ１－Ｃ１０は１から１０の炭素を意味する）。アルキルは非環化鎖（ｕｎｃｙｃｌｉｚｅｄ ｃｈａｉｎ）である。飽和炭化水素ラジカルの例としては、限定されないが、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソプロピル、ｎ－ブチル、ｔ－ブチル、イソブチル、ｓｅｃ－ブチル、（シクロヘキシル）メチル、例えば、ｎ－ペンチル、ｎ－ヘキシル、ｎ－ヘプチル、ｎ－オクチルなどの同族体および異性体などの基が挙げられる。不飽和アルキル基は、１以上の二重結合または三重結合を有するものである。不飽和アルキル基の例としては、限定されないが、ビニル、２－プロペニル、クロチル、２－イソペンテニル、２－（ブタジエニル）、２，４－ペンタジエニル、３－（１，４－ペンタジエニル）、エチニル、１－プロピニルおよび３－プロピニル、３－ブチニル、およびより高度の同族体ならびに異性体が挙げられる。アルコキシは、酸素リンカー（－Ｏ－）を介して分子の残部に結合されるアルキルである。
「アルキレン」との用語は、それ自体で、または別の置換基の一部として、他に明記されない限り、限定されないが、－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２－によって例示されるような、アルキルに由来する二価のラジカルを意味する。典型的に、アルキル（または、アルキレン）基は、１～２４の炭素原子を有しており、本明細書では１０以下の炭素原子を有しているそれらの基が好ましい。「低級アルキル」または「低級アルキレン」は一般に、８以下の炭素原子を有する、短い鎖のアルキルまたはアルキレン基である。「アルケニレン」との用語は、それ自体で、または別の置換基の一部として、他に明記されない限り、アルケン由来の二価のラジカルを意味する。
「ヘテロアルキル」との用語は、それ自体で、または別の用語と組み合わせて、他に明記されない限り、安定した直鎖あるいは分枝鎖、あるいはそれらの組み合わせを意味しており、これは、少なくとも１つの炭素原子と、少なくとも１つのヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓｉ、ならびにＳ）とを含み、ここで、窒素原子と硫黄原子は任意選択的に酸化され、窒素ヘテロ原子は任意選択的に四級化され得る。ヘテロ原子（例えば、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）は、ヘテロアルキル基の任意の内部の位置、または、アルキル基が分子の残部に結合される位置に配されてもよい。ヘテロアルキルは非環化鎖である。例としては、限定されないが、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ３、－ＣＨ２－ＣＨ２－ＮＨ－ＣＨ３、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ３、－ＣＨ２－Ｓ－ＣＨ２－ＣＨ３、－ＣＨ２－ＣＨ２、－Ｓ（Ｏ）－ＣＨ３、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｓ（Ｏ）２－ＣＨ３、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｏ－ＣＨ３、－Ｓｉ（ＣＨ３）３、－ＣＨ２－ＣＨ＝Ｎ－ＯＣＨ３、－ＣＨ＝ＣＨ－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ３、－Ｏ－ＣＨ３、－Ｏ－ＣＨ－２－ＣＨ３、および－ＣＮが挙げられる。最大２または３のヘテロ原子は、例えば、－ＣＨ２－ＮＨ－ＯＣＨ３および－ＣＨ２－Ｏ－Ｓｉ（ＣＨ３）３のように連続してもよい。ヘテロアルキル部分は、１つのヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。ヘテロアルキル部分は、２つの任意選択的に異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。ヘテロアルキル部分は、３つの任意選択的に異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。ヘテロアルキル部分は、４つの任意選択的に異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。ヘテロアルキル部分は、５つの任意選択的に異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。ヘテロアルキル部分は、最大８つの任意選択的に異なるヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含み得る。
同様に、「ヘテロアルキレン」との用語は、それ自体で、または別の置換基の一部として、他に明記されない限り、限定されないが、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｓ－ＣＨ２－ＣＨ２－、および－ＣＨ２－Ｓ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＮＨ－ＣＨ２－によって例示されるような、ヘテロアルキルに由来する二価のラジカルを意味する。ヘテロアルキレン基の場合、ヘテロ原子はまた、鎖の末端のいずれかまたは両方を占めることができる（例えば、アルキレンオキシ、アルキレンジオキシ、アルキレンアミノ、アルキレンジアミノなど）。さらに、アルキレンおよびヘテロアルキレンの連結基の場合、連結基の配向は、連結基の式が書かれる方向によって示唆されるものではない。例えば、式－Ｃ（Ｏ）２Ｒ’－は、－Ｃ（Ｏ）２Ｒ’－と－Ｒ’Ｃ（Ｏ）２－の両方を表す。上述のように、本明細書で使用されるヘテロアルキル基は、－Ｃ（Ｏ）Ｒ’、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ’、－ＮＲ’Ｒ’’、－ＯＲ’、－ＳＲ’、および／または－ＳＯ２Ｒ’などのヘテロ原子を介して分子の残部に結合される基を含む。－ＮＲ’Ｒ’’などの特定のヘテロアルキル基の記載の後に、「ヘテロアルキル」が記載される場合、用語「ヘテロアルキル」および－ＮＲ’Ｒ’’は冗長（ｒｅｄｕｎｄａｎｔ）ではなく、相互に排他的でもないことが理解される。むしろ、特定のヘテロアルキル基が、明確性を加えるために記載される。したがって、「ヘテロアルキル」との用語は、－ＮＲ’Ｒ’’などの特定のヘテロアルキル基を除くものとして本明細書において解釈されるべきでない。
「シクロアルキル」および「ヘテロシクロアルキル」との用語は、それら自体で、または他の用語と組み合わせて、他に明記されない限り、それぞれ「アルキル」および「ヘテロアルキル」の環式バージョンを意味する。シクロアルキルとヘテロシクロアルキルは芳香族ではない。加えて、ヘテロシクロアルキルの場合、ヘテロ原子は、複素環が分子の残部に結合される位置を占めることができる。シクロアルキルの例としては、限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、１－シクロヘキセニル、３－シクロヘキセニル、シクロヘプチルなどが挙げられる。ヘテロシクロアルキルの例としては、限定されないが、１－（１，２，５，６－テトラヒドロピリジル）、１－ピペリジニル、２－ピペリジニル、３－ピペリジニル、４－モルホリニル、３－モルホリニル、テトラヒドロフラン－２－イル、テトラヒドロフラン－３－イル、テトラヒドロチエン－２－イル、テトラヒドロチエン－３－イル、１－ピペラジニル、２－ピペラジニルなどが挙げられる。「シクロアルキレン」および「ヘテロシクロアルキレン」は、単独で、または別の置換基の一部として、それぞれシクロアルキルおよびヘテロシクロアルキルに由来する二価のラジカルを意味する。「シクロアルキル」も、二環式炭化水素環と多環式炭化水素環、例えば、ビシクロ［２．２．１］ヘプタン、ビシクロ［２．２．２］オクタンなどを指すことを意味する。
「ハロ」または「ハロゲン」との用語は、それら自体で、または別の置換基の一部として、他に明記されない限り、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素の原子を意味する。加えて、「ハロアルキル」などの用語は、モノハロアルキルおよびポリハロアルキルを含むと意図されている。例えば、「ハロ（Ｃ１－Ｃ４）アルキル」との用語は、限定されないが、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２，２，２－トリフルオロエチル、４－クロロブチル、３－ブロモプロピルなどを含む。
「アシル」との用語は、他に明記されない限り、－Ｃ（Ｏ）Ｒを意味し、ここで、Ｒは、置換または非置換のアルキル、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール、あるいは置換または非置換のヘテロアリールである。
「アリール」との用語は、他に明記されない限り、多価不飽和、芳香族、炭化水素の置換基を意味し、これは、共に縮合されるか（すなわち、縮合環アリール）、または共有結合される、１つの環または複数の環（好ましくは、１～３の環）であり得る。縮合環アリールは、共に縮合された複数の環を指し、ここで、縮合環の少なくとも１つはアリール基である。「ヘテロアリール」との用語は、Ｎ、Ｏ、またはＳなどの少なくとも１つのヘテロ原子を含有するアリール基（または、環）を指し、ここで、窒素原子および硫黄原子は任意選択的に酸化され、窒素原子は任意選択的に四級化される。したがって、「ヘテロアリール」との用語は、縮合環ヘテロアリール基（すなわち、共に縮合された複数の環であり、ここで、縮合環の少なくとも１つは芳香族複素環である）を含む。５，６－縮合環ヘテロアリーレンは、共に縮合された２つの環を指し、ここで、一方の環は５員を有し、他方の環は６員を有し、ここで、少なくとも１つの環はヘテロアリール環である。同様に、６，６－縮合環ヘテロアリーレンは、共に縮合された２つの環を指し、ここで、一方の環は６員を有し、他方の環は６員を有し、ここで、少なくとも１つの環はヘテロアリール環である。および、６，５－縮合環ヘテロアリーレンは、共に縮合された２つの環を指し、ここで、一方の環は６員を有し、他方の環は５員を有し、ここで、少なくとも１つの環はヘテロアリール環である。ヘテロアリール基は、炭素またはヘテロ原子を介して分子の残部に結合され得る。アリール基およびヘテロアリール基の非限定的な例としては、フェニル、ナフチル、ピロリル、ピラゾリル、ピリダジニル、トリアジニル、ピリミジニル、イミダゾリル、ピラジニル、プリニル、オキサゾリル、イソキサゾリル、チアゾリル、フリル、チエニル、ピリジル、ピリミジル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリルベンズイミダゾリル、ベンゾフラン、イソベンゾフラニル、インドリル、イソインドリル、ベンゾチオフェニル、イソキノリル、キノキサリニル、キノリル、１－ナフチル、２－ナフチル、４－ビフェニル、１－ピロリル、２－ピロリル、３－ピロリル、３－ピラゾリル、２－イミダゾリル、４－イミダゾリル、ピラジニル、２－オキサゾリル、４－オキサゾリル、２－フェニル－４－オキサゾリル、５－オキサゾリル、３－イソキサゾリル、４－イソキサゾリル、５－イソキサゾリル、２－チアゾリル、４－チアゾリル、５－チアゾリル、２－フリル、３－フリル、２－チエニル、３－チエニル、２－ピリジル、３－ピリジル、４－ピリジル、２－ピリミジル、４－ピリミジル、５－ベンゾチアゾリル、プリニル、２－ベンズイミダゾリル、５－インドリル、１－イソキノリル、５－イソキノリル、２－キノキサリニル、５－キノキサリニル、３－キノリル、および６－キノリルが挙げられる。上述のアリールおよびヘテロアリールの環系の各々のための置換基は、下記の許容可能な置換基の群から選択される。「アリーレン」と「ヘテロアリーレン」は、単独で、または別の置換基の一部として、それぞれアリールとヘテロアリールに由来する二価のラジカルを意味する。ヘテロアリール基の置換基は、環ヘテロ原子窒素に結合された－Ｏ－であり得る。
スピロ環は、隣接する環が１つの原子を介して結合される２以上の環である。スピロ環内の個々の環は、同一であっても、異なっていてもよい。スピロ環中の個々の環は置換されるか、または置換されない場合があり、かつ、１セットのスピロ環内の他の個々の環とは異なる置換基を有し得る。スピロ環内の個々の環のための可能性のある置換基は、スピロ環の一部ではない場合に、同じ環のための可能性のある置換基である（例えば、シクロアルキル環またはヘテロシクロアルキルの環のための置換基）。スピロ環は、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のシクロアルキレン、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換のヘテロシクロアルキレンであってもよく、スピロ環基内の個々の環は、１つのタイプの全ての環（例えば、全ての環が置換ヘテロシクロアルキレンであり、各環が同じまたは異なる置換ヘテロシクロアルキレンであり得る）を含む、直前のリスト内のいずれかであり得る。スピロ環系に言及する場合、複素環式スピロ環は、少なくとも１つの環が複素環であり、各環が異なる環である、スピロ環を意味する。スピロ環系に言及する場合、置換スピロ環は、少なくとも１つの環が置換され、各置換基が任意選択的に異なり得るものを意味する。
下記の記号
は、分子または化学式の残部への化学部分の結合の場所を示す。
「オキソ」との用語は、本明細書で使用される場合、炭素原子に二重結合される酸素を意味する。
アリーレン部分としての「アルキルアリーレン」との用語は、アルキレン部分（本明細書ではアルキレンリンカーとも呼ばれる）に共有結合される。ある実施形態では、アルキルアリーレン基は下の式を有する：
アルキルアリーレン部分は、アルキレン部分またはアリーレンリンカー上で（例えば、炭素２、３、４、または６において）、ハロゲン、オキソ、－Ｎ３、－ＣＦ３、－ＣＣｌ３、－ＣＢｒ３、－ＣＩ３、－ＣＮ、－ＣＨＯ、－ＯＨ、－ＮＨ２、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＮＨ２、－ＮＯ２、－ＳＨ、－ＳＯ２ＣＨ３－ＳＯ３Ｈ、－ＯＳＯ３Ｈ、－ＳＯ２ＮＨ２、－ＮＨＮＨ２、－ＯＮＨ２、－ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、置換または非置換のＣ１－Ｃ５アルキル、あるいは置換または非置換の２～５員のヘテロアルキルで置換され得る（例えば、置換基によって）。ある実施形態では、アルキルアリーレンは置換されない。
上述の用語（例えば、「アルキル」、「ヘテロアルキル」、「シクロアルキル」、「ヘテロシクロアルキル」、「アリール」、および「ヘテロアリール」）の各々は、示されるラジカルの置換形態と非置換形態の両方を含む。各タイプのラジカルに好ましい置換基が以下で提供される。
（しばしばアルキレン、アルケニル、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニル（ｈｅｔｅｒｏａｌｋｅｎｙｌ）、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルケニル、ならびにヘテロシクロアルケニル（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｏａｌｋｅｎｙｌ）と呼ばれるそれらの基を含む）アルキルおよびヘテロアルキルのラジカルのための置換基は、限定されないが、－ＯＲ’、＝Ｏ、＝ＮＲ’、＝Ｎ－ＯＲ’、－ＮＲ’Ｒ’’、－ＳＲ’、－ハロゲン、－ＳｉＲ’Ｒ’’Ｒ’’’、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、－Ｃ（Ｏ）Ｒ’、－ＣＯ２Ｒ’、－ＣＯＮＲ’Ｒ’’、－ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲ’’Ｃ（Ｏ）Ｒ’、－ＮＲ’－Ｃ（Ｏ）ＮＲ’’Ｒ’’’、－ＮＲ’’Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、－ＮＲ－Ｃ（ＮＲ’Ｒ’’Ｒ’’’）＝ＮＲ’’’’、－ＮＲ－Ｃ（ＮＲ’Ｒ’’）＝ＮＲ’’’、－Ｓ（Ｏ）Ｒ’、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲＳＯ２Ｒ’、－ＮＲ’ＮＲ’’Ｒ’’’、－ＯＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）ＮＲ’’ＮＲ’’’Ｒ’’’’、－ＣＮ、－ＮＯ２、－ＮＲ’ＳＯ２Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）－ＯＲ’’、－ＮＲ’ＯＲ’’から選択される様々な基の１つ以上であり得、ここで、ｍ’はそのようなラジカル中の炭素原子の総数である。Ｒ、Ｒ’、Ｒ’’、Ｒ’’’、およびＲ’’’’はそれぞれ、好ましくは、独立して、水素、置換または非置換のヘテロアルキル、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール（例えば、１～３のハロゲンで置換されたアリール）、置換または非置換のヘテロアリール、置換または非置換のアルキル、アルコキシ、あるいはチオアルコキシ基、もしくはアリールアルキル基を指す。本明細書に記載される化合物が１より多くのＲ基を含む場合、例えば、Ｒ基の各々は独立して、１より多くのこれら基が存在する場合に、それぞれＲ’、Ｒ’’、Ｒ’’’、およびＲ’’’’の基として選択される。Ｒ’およびＲ’’が同じ窒素原子に結合されると、それらは窒素原子と組み合わされて、４員、５員、６員、または７員の環を形成することができる。例えば、－ＮＲ’Ｒ’’には、限定されないが、１－ピロリジニルおよび４－モルホリニルが含まれる。上述の置換基に関する記載から、当業者は、「アルキル」との用語が、ハロアルキル（例えば、－ＣＦ３ならびに－ＣＨ２ＣＦ３）およびアシル（例えば、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、－Ｃ（Ｏ）ＣＦ３、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＯＣＨ３など）などの水素基以外の基に結合される炭素原子を含む基を含むように意図されることを、理解する。
アルキルラジカルについて記載される置換基と同様に、アリール基およびヘテロアリール基のための置換基は様々であり、芳香環系上のゼロから開放原子価（ｏｐｅｎ ｖａｌｅｎｃｅｓ）の総数までの範囲の数で、例えば、－ＯＲ’、－ＮＲ’Ｒ’’、－ＳＲ’、－ハロゲン、－ＳｉＲ’Ｒ’’Ｒ’’’、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、－Ｃ（Ｏ）Ｒ’、－ＣＯ２Ｒ’、－ＣＯＮＲ’Ｒ’’、－ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲ’’Ｃ（Ｏ）Ｒ’、－ＮＲ’－Ｃ（Ｏ）ＮＲ’’Ｒ’’’、－ＮＲ’’Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、－ＮＲ－Ｃ（ＮＲ’Ｒ’’Ｒ’’’）＝ＮＲ’’’’、－ＮＲ－Ｃ（ＮＲ’Ｒ’’）＝ＮＲ’’’、－Ｓ（Ｏ）Ｒ’、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲＳＯ２Ｒ’、－ＮＲ’ＮＲ’’Ｒ’’’、－ＯＮＲ’Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）ＮＲ’’ＮＲ’’’Ｒ’’’’、－ＣＮ、－ＮＯ２、－Ｒ’、－Ｎ３、－ＣＨ（Ｐｈ）２、フルオロ（Ｃ１－Ｃ４）アルコキシ、およびフルオロ（Ｃ１－Ｃ４）アルキル、－ＮＲ’ＳＯ２Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）Ｒ’’、－ＮＲ’Ｃ（Ｏ）－ＯＲ’’、－ＮＲ’ＯＲ’’から選択され、および、Ｒ’、Ｒ’’、Ｒ’’’、およびＲ’’’’は、好ましくは、独立して、水素、置換または非置換のアルキル、置換または非置換のヘテロアルキル、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール、および置換または非置換のヘテロアリールから選択される。本明細書に記載される化合物が１より多くのＲ基を含む場合、例えば、Ｒ基の各々は独立して、１より多くのこれら基が存在する場合に、それぞれＲ’、Ｒ’’、Ｒ’’’、およびＲ’’’’の基として選択される。
環（例えば、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、またはヘテロアリーレン）のための置換基は、環の特定の原子上ではなく、環上の置換基として表され得る（共通して浮遊置換基（ｆｌｏａｔｉｎｇ ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）と呼ばれる）。そのような場合、置換基は（化学給合価の規則に従い）環原子のいずれかに結合されてもよく、および、縮合環またはスピロ環の場合、縮合環またはスピロ環の一員に関連するとして表される置換基（１つの環上の浮遊置換基）は、縮合環またはスピロ環のいずれかの上の置換基（複数の環の上の浮遊置換基）であってもよい。置換基は特定の原子（浮遊置換基）ではなく環に結合され、かつ置換基の添字が１より大きな整数である場合、複数の置換基は、同じ原子、同じ環、異なる原子、異なる縮合環、異なるスピロ環上にあってもよく、各置換基は任意選択的に異なるものであってもよい。分子の残部に環が結合する場所が１つの原子（浮遊置換基）に限定されない場合、結合場所は、環の任意の原子であり、縮合環またはスピロ環の場合は、化学給合価の規則に従いながら、縮合環またはスピロ環のいずれかの任意の原子である。環、縮合環、またはスピロ環が１つ以上の環ヘテロ原子を含み、かつ、その環、縮合環、またはスピロ環が１つ以上の浮遊置換基（限定されないが、分子の残部への結合場所を含む）と共に示される場合、上記浮遊置換基はヘテロ原子に結合され得る。環ヘテロ原子が、浮遊置換基を有する構造または式において１つ以上の水素（例えば、環原子への２つの結合および水素への３番目の結合を有する窒素原子）に結合されると示される場合、ヘテロ原子が浮遊置換基に結合されると、化学給合価の規則に従いながら、置換基は水素を置き換えると理解される。
２つ以上の置換基は、アリール基、ヘテロアリール基、シクロアルキル基、またはヘテロシクロアルキル基を形成するために任意選択的に結合され得る。そのような、いわゆる環形成置換基は、典型的に、必ずではないが、環状塩基構造に結合されると見出される。一実施形態では、環形成置換基は、塩基構造の隣接する員に結合される。例えば、環状塩基構造の隣接する員に結合される２つの環形成置換基が、縮合環構造を作る。別の実施形態では、環形成置換基は、塩基構造の１つの員に結合される。例えば、環状塩基構造の１つの員に結合される２つの環形成置換基が、スピロ環構造を作る。また別の実施形態では、環形成置換基は、塩基構造の隣接していない員に結合される。
アリール環またはヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基のうち２つは、任意選択的に、式－Ｔ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＲＲ’）ｑ－Ｕ－の環を形成してもよく、ここで、ＴとＵは独立して、－ＮＲ－、－Ｏ－、－ＣＲＲ’－、または単結合であり、ｑは０～３の整数である。代替的に、アリール環またはヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基のうち２つは、任意選択的に、式－Ａ－（ＣＨ２）ｒ－Ｂ－の置換基で置き換えられてもよく、ここで、ＡとＢは独立して、－ＣＲＲ’－、－Ｏ－、－ＮＲ－、－Ｓ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’－、または単結合であり、ｒは１～４の整数である。そのように形成された新たな環の単結合のうち１つは任意選択的に、二重結合で置き換えられ得る。代替的に、アリール環またはヘテロアリール環の隣接する原子上の置換基のうち２つは任意選択的に、式－（ＣＲＲ’）ｓ－Ｘ’－（Ｃ’’Ｒ’’Ｒ’’’）ｄ－の置換基で置き換えられてもよく、ここで、ｓとｄは独立して０～３の整数であり、Ｘ’は－Ｏ－、－ＮＲ’－、－Ｓ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’－である。置換基Ｒ、Ｒ’、Ｒ’’、およびＲ’’’は、好ましくは、独立して、水素、置換または非置換のアルキル、置換または非置換のヘテロアルキル、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール、および置換または非置換のヘテロアリールから選択される。
本明細書で使用される場合、「ヘテロ原子」または「環ヘテロ原子」との用語は、酸素（Ｏ）、窒素（Ｎ）、硫黄（Ｓ）、リン（Ｐ）、およびケイ素（Ｓｉ）を含むように意図される。
「置換基」とは、本明細書で使用される場合、以下の部分から選択される基を意味する：（ａ）オキソ、ハロゲン、－ＣＦ３、－ＣＮ、－ＯＨ、－ＮＨ２、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＮＨ２、－ＮＯ２、－ＳＨ、－ＳＯ３Ｈ、－ＳＯ４Ｈ、－ＳＯ２ＮＨ２、－ＮＨＮＨ２、－ＯＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、－ＮＨＳＯ２Ｈ、－ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、－ＮＨＣ（Ｏ）－ＯＨ、－ＮＨＯＨ、－ＯＣＦ３、－ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および（ｂ）以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換された、アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール：
（ｉ）オキソ、ハロゲン、－ＣＦ３、－ＣＮ、－ＯＨ、－ＮＨ２、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＮＨ２、－ＮＯ２、－ＳＨ、－ＳＯ３Ｈ、－ＳＯ４Ｈ、－ＳＯ２ＮＨ２、－ＮＨＮＨ２、－ＯＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、－ＮＨＳＯ２Ｈ、－ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、－ＮＨＣ（Ｏ）－ＯＨ、－ＮＨＯＨ、－ＯＣＦ３、－ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
（ｉｉ）以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換された、アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール：
（ａ）オキソ、ハロゲン、－ＣＦ３、－ＣＮ、－ＯＨ、－ＮＨ２、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＮＨ２、－ＮＯ２、－ＳＨ、－ＳＯ３Ｈ、－ＳＯ４Ｈ、－ＳＯ２ＮＨ２、－ＮＨＮＨ２、－ＯＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、－ＮＨＳＯ２Ｈ、－ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、－ＮＨＣ（Ｏ）－ＯＨ、－ＮＨＯＨ、－ＯＣＦ３、－ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
（ｂ）以下から選択される少なくとも１つの置換基で置換された、アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール：オキソ、ハロゲン、－ＣＦ３、－ＣＮ、－ＯＨ、－ＮＨ２、－ＣＯＯＨ、－ＣＯＮＨ２、－ＮＯ２、－ＳＨ、－ＳＯ３Ｈ、－ＳＯ４Ｈ、－ＳＯ２ＮＨ２、－ＮＨＮＨ２、－ＯＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、－ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、－ＮＨＳＯ２Ｈ、－ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、－ＮＨＣ（Ｏ）－ＯＨ、－ＮＨＯＨ、－ＯＣＦ３、－ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール。
「サイズ限定置換基（ｓｉｚｅ－ｌｉｍｉｔｅｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「サイズ限定置換基（ｓｉｚｅ－ｌｉｍｉｔｅｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」は、本明細書で使用される場合、「置換基」のための上述の置換基のすべてから選択される基を意味し、ここで、各置換または非置換のアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ２０アルキルであり、置換または非置換のヘテロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の２～２０員のヘテロアルキルであり、置換または非置換のシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ８シクロアルキルであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の３～８員のヘテロシクロアルキルであり、置換または非置換のアリールはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリールであり、および、置換または非置換のヘテロアリールはそれぞれ、置換または非置換の５～１０員のヘテロアリールである。
「低級置換基（ｌｏｗｅｒ ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」または「低級置換基（ｌｏｗｅｒ ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ ｇｒｏｕｐ）」は、本明細書で使用される場合、「置換基」のための上述の置換基のすべてから選択される基を意味し、ここで、置換または非置換のアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ８アルキルであり、置換または非置換のヘテロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の２～８員のヘテロアルキルであり、置換または非置換のシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ７シクロアルキルであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の３～７員のヘテロシクロアルキルであり、置換または非置換のアリールはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリールであり、および、置換または非置換のヘテロアリールはそれぞれ、置換または非置換の５～９員のヘテロアリールである。
いくつかの特定の実施形態では、本明細書中の化合物において記載される各置換基は、少なくとも１つの置換基で置換される。より具体的には、いくつかの特定の実施形態では、本明細書中の化合物において記載される置換アルキル、置換ヘテロアルキル、置換シクロアルキル、置換ヘテロシクロアルキル、置換アリール、置換ヘテロアリール、置換アルキレン、置換ヘテロアルキレン、置換シクロアルキレン、置換ヘテロシクロアルキレン、置換アリーレン、および／または置換ヘテロアリーレンはそれぞれ、少なくとも１つの置換基で置換される。他の特定の実施形態では、このような基の少なくとも１つまたはすべてが、少なくとも１つのサイズ限定置換基で置換される。他の特定の実施形態では、このような基の少なくとも１つまたはすべてが、少なくとも１つの低級置換基で置換される。
本明細書中の化合物の他の実施形態では、置換または非置換のアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ２０アルキルであり、置換または非置換のヘテロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の２～２０員のヘテロアルキルであり、置換または非置換のシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ８シクロアルキルであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の３～８員のヘテロシクロアルキルであり、置換または非置換のアリールはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリールであり、および／または置換または非置換のヘテロアリールはそれぞれ、置換または非置換の５～１０員のヘテロアリールである。本明細書中の化合物のいくつかの実施形態では、置換または非置換のアルキレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ２０アルキレンであり、置換または非置換のヘテロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換の２～２０員のヘテロアルキレンであり、置換または非置換のシクロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ８シクロアルキレンであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換の３～８員のヘテロシクロアルキレンであり、置換または非置換のアリーレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリーレンであり、および／または置換または非置換のヘテロアリーレンはそれぞれ、置換または非置換の５～１０員のヘテロアリーレンである。
いくつかの特定の実施形態では、置換または非置換のアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ８アルキルであり、置換または非置換のヘテロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の２～８員のヘテロアルキルであり、置換または非置換のシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ７シクロアルキルであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキルはそれぞれ、置換または非置換の３～７員のヘテロシクロアルキルであり、置換または非置換のアリールはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリールであり、および／または置換または非置換のヘテロアリールはそれぞれ、置換または非置換の５～９員のヘテロアリールである。いくつかの特定の実施形態では、置換または非置換のアルキレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ１－Ｃ８アルキレンであり、置換または非置換のヘテロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換の２～８員のヘテロアルキレンであり、置換または非置換のシクロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ３－Ｃ７シクロアルキレンであり、置換または非置換のヘテロシクロアルキレンはそれぞれ、置換または非置換の３～７員のヘテロシクロアルキレンであり、置換または非置換のアリーレンはそれぞれ、置換または非置換のＣ６－Ｃ１０アリーレンであり、および／または置換または非置換のヘテロアリーレンはそれぞれ、置換または非置換の５～９員のヘテロアリーレンである。いくつかの特定の実施形態では、化合物は、以下の実施例のセクション、図、または表に記載される化学種である。
本発明の特定の化合物は、不斉炭素原子（光学中心またはキラル中心）あるいは二重結合を有し、絶対立体化学に関して、アミノ酸のための（Ｒ）－または（Ｓ）－、あるいは（Ｄ）－または（Ｌ）－として定義され得る、エナンチオマー、ラセミ体、ジアステレオマー、互変異性体、幾何異性体、立体異性体（ｓｔｅｒｅｏｉｓｏｍｅｔｒｉｃ）の形態、および個々の異性体は、本発明の範囲内に包含される。本発明の化合物は、あまりに不安定すぎて合成および／または分離できないと当該技術分野で知られているものを含まない。本発明は、ラセミ形態および光学的に純粋な形態の化合物を含むことが意図される。光学活性の（Ｒ）－および（Ｓ）－、または（Ｄ）－および（Ｌ）－の異性体は、キラルシントン（ｃｈｉｒａｌ ｓｙｎｔｈｏｎ）またはキラル試薬を使用して調製され得るか、あるいは従来の技術を使用して分離され得る。本明細書に記載される化合物がオレフィンの結合または幾何学的な不斉の他の中心を含む場合、および別段の定めが無い限り、化合物はＥとＺの幾何異性体の両方を含むことが意図される。
本明細書で使用される場合、「異性体」との用語は、同数および同種の原子、したがって同じ分子量を有するが、原子の構造配置または構成に関して異なる化合物を指す。
「互変異性体」との用語は、本明細書で使用される場合、平衡状態で存在し、ある異性体形態から別の異性体形態へと容易に変換される、２以上の構造の異性体の１つを指す。
本発明の特定の化合物が互変異性形態で存在し、上記化合物のそのような互変異性形態のすべてが本発明の範囲内にあることは、当業者には明白である。
特に明記されない限り、本明細書に示される構造はまた、構造のすべての立体化学形態、つまり、各不斉中心のＲとＳの構成を含むことを意味する。それゆえ、本化合物のエナンチオマーとアステレオマーの混合物と同様に、単一の立体化学異性体も本発明の範囲内にある。
特に明記されない限り、本明細書に記載される構造はまた、１つ以上の同位体濃縮原子（ｉｓｏｔｏｐｉｃａｌｌｙ ｅｎｒｉｃｈｅｄ ａｔｏｍｓ）の存在のみが異なる化合物を含むことを意味する。例えば、重水素またはトリチウムによる水素の置き換え、あるいは１３Ｃまたは１４Ｃ富化炭素による炭素の置き換えを除いて、本発明の構造を有している化合物は本発明の範囲内である。
本発明の化合物はまた、そのような化合物を構成する原子の１つ以上において、不自然な比率の原子の同位体を含み得る。例えば、化合物は、例えば、トリチウム（３Ｈ）、ヨウ素１２５（１２５Ｉ）、または炭素１４（１４Ｃ）などの放射性同位体で放射標識され得る。本発明の化合物の同位体のバリエーションはすべて、放射性であってもなくても、本発明の範囲内に包含される。
本出願の全体にわたって、選択肢は、例えば、１より多くの可能なアミノ酸を含有する各アミノ酸位置など、マーカッシュ群で書かれることに注意されたい。マーカッシュ群の各員が別々に考慮されるべきであり、それによって別の実施形態を含み、かつマーカッシュ群は単一ユニットとして読み取られるものでないことが、特に企図されている。
「アナログ」または「類似体」は、化学および生物学内のその単純な通常の意味に従って使用され、ならびに、別の化合物（すなわち、いわゆる「基準」化合物）に構造上類似するが、例えば、異なる要素の原子による１つの原子の置き換え、または特定の官能基の存在、または別の官能基による１つの官能基の置き換え、または基準化合物の１つ以上のキラル中心の絶対立体化学などの組成において異なる、化学化合物を指す。したがって、アナログは、構造または起源ではなく、機能および外観において基準化合物に類似するまたは同等である化合物である。
「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」という用語は、本明細書で使用される場合、１つ以上を意味する。加えて、句「１つの（ａ［ｎ］）～で置換される」とは、本明細書で使用される場合、特定の基が、指定された置換基のいずれかまたはすべての１以上で置換され得ることを意味する。例えば、アルキル基またはヘテロアリール基などの基が、非置換のＣ１－Ｃ２０アルキル、または非置換の２～２０員のヘテロアルキルで置換される場合、その基は、１つ以上の非置換のＣ１－Ｃ２０アルキル、および／または１つ以上の非置換の２～２０員のヘテロアルキルを含み得る。
さらに、部分がＲ置換基で置換される場合、基は「Ｒ置換される」と言及され得る。部分がＲ置換される場合、該部分は少なくとも１つのＲ置換基で置換され、各Ｒ置換基は任意選択的に異なる。特定のＲ基が化学的な属（式（Ｉ）など）の記載中に存在する場合、ローマ字記号がその特定のＲ基の出現をそれぞれ区別するために使用されてもよい。例えば、複数のＲ１３置換基が存在する場合、各Ｒ１３置換基は、Ｒ１３Ａ、Ｒ１３Ｂ、Ｒ１３Ｃ、Ｒ１３Ｄなどとして区別され得、ここで、Ｒ１３Ａ、Ｒ１３Ｂ、Ｒ１３Ｃ、Ｒ１３Ｄなどの各々は、Ｒ１３の定義の範囲内で、および任意選択的に異なって定義される。
本発明の化合物の説明は、当業者に既知の化学結合の原理により限定される。したがって、基が多くの置換基の１つ以上により置換され得る場合、そのような置換は、化学結合の原理に従うように、かつ、本質的に不安定でない、および／または水性、中性、および様々な既知の生理的条件などの周囲条件下で、おそらく不安定なものとして当業者に知られている、化合物をもたらすように選択される。例えば、ヘテロシクロアルキルまたはヘテロアリールは、当業者に既知の化学結合の原理に従って環ヘテロ原子を介して分子の残部に結合され、それにより、本質的に不安定な化合物を回避する。
「薬学的に許容可能な塩」との用語は、本明細書に記載される化合物上に見出される特定の置換基に応じて、比較的無毒な酸または塩基で調製される活性化合物の塩を含むことを意味する。本発明の化合物が比較的酸性の官能性を含む場合、塩基付加塩が、適切な（ｎｅａｔ）または適切な不活性溶媒において、そのような化合物の中性形態を十分な量の所望の塩基に接触させることにより、得ることができる。薬学的に許容可能な塩基付加塩の例としては、ナトリウム、カリウム、カルシウム、アンモニウム、有機アミノ、またはマグネシウムの塩、あるいは同様の塩が挙げられる。本発明の化合物が比較的塩基性の官能性を含む場合、酸付加塩が、適切な（ｎｅａｔ）または適切な不活性溶媒において、そのような化合物の中性形態を十分な量の所望の酸に接触させることにより、得ることができる。薬学的に許容可能な酸付加塩の例としては、塩酸、臭化水素酸、硝酸、炭酸、一水素炭酸（ｍｏｎｏｈｙｄｒｏｇｅｎｃａｒｂｏｎｉｃ）、リン酸、一水素リン酸（ｍｏｎｏｈｙｄｒｏｇｅｎｐｈｏｓｐｈｏｒｉｃ）、二水素リン酸（ｄｉｈｙｄｒｏｇｅｎｐｈｏｓｐｈｏｒｉｃ）、硫酸、一水素硫酸（ｍｏｎｏｈｙｄｒｏｇｅｎｓｕｌｆｕｒｉｃ）、ヨウ化水素酸、または亜リン酸などの無機酸に由来するもの、ならびに、酢酸、プロピオン酸、イソ酪酸、マレイン酸、マロン酸、安息香酸、コハク酸、コルク酸、フマル酸、乳酸、マンデル酸、フタル酸、ベンゼンスルホン酸、ｐ－トリルスルホン酸、クエン酸、酒石酸、シュウ酸、メタンスルホン酸などの比較的無毒な有機酸に由来するものが挙げられる。また、アルギニン酸などのアミノ酸の塩、およびグルクロン酸またはガラクツロン酸などの有機酸の塩も含まれる（例えば、Ｂｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ”，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９７７，６６，１－１９を参照）。本発明のある特定の化合物は、その化合物を塩基付加塩または酸付加塩のいずれかに変換することを可能にする、塩基性の官能性と酸性の官能性の両方を含んでいる。
したがって、本発明の化合物は、薬学的に許容可能な酸などと共に、塩として存在し得る。本発明はそのような塩を含む。そのような塩の非限定的な塩としては、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩、メタンスルホン酸塩、硝酸塩、マレイン酸塩、酢酸塩、クエン酸塩、フマル酸塩、プロピオン酸塩、酒石酸塩（例えば、（＋）－酒石酸塩、（－）－酒石酸塩、またはラセミ混合物を含むそれらの混合物）、コハク酸塩、安息香酸塩、および、グルタミン酸などのアミノ酸を有する塩、および第四級アンモニウム塩（例えば、ヨウ化メチル、ヨウ化エチルなど）が挙げられる。このような塩は、当業者に既知の方法により調製され得る。
化合物の中性形態は、塩を塩基または酸に接触させ、従来の方法で親化合物を単離することにより、再生成されることが好ましい。化合物の親の形態は、極性溶媒における可溶性などの特定の物理的性質において、様々な塩の形態とは異なり得る。ある実施形態では、本発明の化合物は、化合物を塩基または酸付加塩のいずれかに変換することを可能にする、塩基性の官能性と酸性の官能性の両方を含んでいる。化合物の中性形態は、塩を塩基または酸に接触させ、従来の方法で親化合物を単離することにより、再生成され得る。化合物の親の形態は、極性溶媒における可溶性などの特定の物理的性質において、様々な塩の形態とは異なるが、特に明記されない限り、本明細書に開示される塩は、本発明の目的のための化合物の親の形態と同等である。
塩の形態に加えて、本発明は、プロドラッグ形態である化合物を提供する。本明細書に記載される化合物のプロドラッグは、本発明の化合物を提供するために、生理学条件下で容易に化学変化を受ける化合物である。本明細書に記載される化合物のプロドラッグは、投与後にインビボで変換され得る。加えて、プロドラッグは、例えば、適切な酵素または化学試薬と接触する場合など、エキソビボの環境において、化学的または生化学的な方法により本発明の化合物に変換され得る。
本発明の特定の化合物は、非溶媒和形態ならびに溶媒和形態で存在することができ、これらは水和形態を含む。通常、溶媒和形態は、非溶媒和形態と同等であり、本発明の範囲内に包含される。本発明の特定の化合物は、複数の結晶形態または非晶質形態で存在し得る。通常、物理的形状はすべて、本発明により企図される用途にあてはまり、本発明の範囲内にあるように意図される。
「接触させる」とは、その単純な通常の意味に従って使用されるものであり、少なくとも２つの別種（例えば、生体分子または細胞を含む化学化合物）が、反応、相互作用、または物理的接触を行うのに十分に隣接することを可能にするプロセスを指す。しかし、結果として生じる反応生成物は、追加の試薬間の反応から直接生成され得るか、または、反応混合物中に生成され得る追加の試薬の１つ以上からの中間体から生成され得ることを理解されたい。
「接触させる」との用語は、２つの種が反応、相互作用、または物理的接触を行うことを可能にすることを含み、ここで、上記２つの種は、本明細書に記載される化合物、およびタンパク質または酵素であり得る。いくつかの実施形態では、接触させることは、本明細書に記載される化合物がシグナル経路に関与するタンパク質または酵素と相互作用することを可能にすることを含む。
本明細書に定義されるように、タンパク質に関して、「活性化」、「活性化する」、「活性化すること」などの用語は、タンパク質を初期の不活性状態または不活性化状態から生物学的に活性な誘導体へと変換することを指す。これらの用語は、シグナル伝達または酵素活性、あるいは疾患における減少したタンパク質の量の活性化、またはそれを活性化すること、感作させること、またはアップレギュレートすることを指す。
「アゴニスト」、「アクチベーター」、「アップレギュレーター（ｕｐｒｅｇｕｌａｔｏｒ）」など用語は、所与の遺伝子あるいはタンパク質の発現または活性を検出できるほどに増大させることができる物質を指す。アゴニストは、アゴニストがない状態での対照と比較して、発現または活性を１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上増大させることができるある例では、発現または活性は、アゴニストがない状態での発現または活性よりも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、あるいはそれ以上である。ある実施形態では、アゴニストは、標的の活性化の増大を引き起こすか、または促進するために、標的と相互作用する分子である。ある実施形態では、アクチベーターは、例えば、遺伝子、タンパク質、リガンド、受容体、あるいは細胞を、増大させるか、活性化するか、促進するか、活性化増強するか、感作させるか、またはアップレギュレートする分子である。
本明細書に定義されるように、タンパク質阻害剤の相互作用に関して、「阻害」、「阻害する」、「阻害すること」などの用語は、阻害剤がない状態でのタンパク質の活性または機能と比較して、タンパク質の活性または機能に負に影響を及ぼす（例えば、減少させる）ことを意味する。実施形態では、阻害とは、阻害剤がない状態でのタンパク質の濃度またはレベルと比較して、タンパク質の濃度またはレベルに負に影響を及ぼす（例えば、減少させる）ことを意味する。実施形態では、阻害とは、疾患または疾患の症状の低減を指す。ある実施形態では、阻害とは、特定のタンパク質標的の活性の減少を指す。したがって、阻害は、少なくとも部分的に、部分的に、または完全に、刺激を遮断し、活性化を減らし、防ぎ、または遅延させ、あるいは、シグナル伝達、または酵素活性、またはタンパク質の量を不活性化し、脱感作し、またはダウンレギュレートすることを含む。ある実施形態では、阻害とは、直接相互作用（例えば、阻害剤が標的タンパク質に結合する）に起因する標的タンパク質の活性の減少を指す。ある実施形態では、阻害とは、間接的相互作用（例えば、阻害剤が標的タンパク質を活性化するタンパク質に結合し、それにより標的タンパク質の活性化を妨げる）からの標的タンパク質の活性の減少を指す。
「阻害剤」、「抑制因子」あるいは「アンタゴニスト」または「ダウンレギュレーター（ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｏｒ）」との用語は、所与の遺伝子もしくはタンパク質の発現または活性を検出できるほどに減少させることができる物質を、交換可能に指す。アンタゴニストは、アンタゴニストがない対照と比較して、発現または活性を１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上減少させることができる。ある例では、発現または活性は、アンタゴニストがない発現または活性よりも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、またはそれよりも低い。アンタゴニストは、アゴニストの活性を防ぐか、減少させるか、阻害するか、あるいは中和し、および、アンタゴニストは、同定されたアゴニストがない場合でさえ、標的、例えば、標的受容体の恒常的活性を防ぐか、阻害するか、減少させることもできる。ある実施形態では、阻害剤は、例えば、遺伝子、タンパク質、リガンド、受容体、あるいは細胞を減少させるか、遮断するか、防ぐか、活性化を遅らせるか、不活性化するか、脱感作するか、またはダウンレギュレートする分子である。阻害剤は、恒常的活性を減少させるか、遮断するか、不活性化する分子としても定義されることがある。「アンタゴニスト」は、アゴニストの作用に対抗する分子である。
「疾患」または「疾病」との用語は、本明細書で提供される化合物または方法で処置することができる患者あるいは対象の状態、または健康状態を指す。疾患は癌であり得る。
「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」あるいは「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」との用語は、損傷、疾患、病態、あるいは疾病の治療または寛解における成功の任意の徴候を指し、これには、任意の客観的または主観的なパラメータ、例えば、寛解；症状を減少させるか、または損傷、病態、あるいは疾病を患者にとってより許容できるものにすること；変性または衰退の速度を遅くすること；変性の最終ポイントをそれほど衰弱させなくすること；患者の肉体的または精神的な健康を改善することが含まれる。症状の処置または寛解は、身体診察、神経精神医学的検査、および／または精神鑑定の結果を含む、客観的または主観的なパラメータに基づき得る。用語「処置すること」およびその活用形は、損傷、病状、疾病、または疾患の予防を含み得る。ある実施形態では、処置することは予防することである。ある実施形態では、処置することは予防することを含まない。
「処置すること」または「処置」は、本明細書で使用される場合（および、当技術分野においてよく理解されるように）、臨床結果を含む対象の状態における有益な結果あるいは所望の結果を得るための任意のアプローチも広く含む。有益または所望の臨床結果としては、限定されないが、部分的または全体的にかかわらず、および、検出可能または検出不可能なものにかかわらず、１以上の症状または状態の緩和または寛解、疾患の範囲の減少、疾患の状態の安定化（すなわち、悪化しない）、病気の伝染または蔓延の予防、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または軽減、および寛解が挙げられる。言いかえれば、「処置」は、本明細書で使用される場合、疾病の任意の治療、寛解、または予防を含む。処置は、疾患が生じることを予防し；疾患の蔓延を阻害し；病気の症状を十分に緩和するか、完全にまたは部分的に病気の根本的な原因を除去するか、病気の持続時間を短くするか、これらのものの組み合わせを行うことができる。
「処置する」および「処置」は、明細書で使用される場合、予防処置を含むこともある。処置方法は、治療的に有効な量の本明細書に記載される化合物を対象に投与する工程を含む。投与する工程は、一回投与からなるものであってもよいし、一連の投与を含んでいてもよい。処置期間の長さは、疾病の重症度、患者の年齢、化合物の濃度、処置で使用される組成物の活性、またはそれらの組み合わせなどの、様々な因子に依存する。処置または予防のために使用される薬剤の有効量は、特定の処置または予防レジメンの間に増加または減少され得ることが理解されるだろう。投与量の変化は、当該技術分野で既知の標準的な診断アッセイによって結果として生じ、かつ明白となり得る。いくつかの例では、長期投与が必要とされる場合もある。例えば、組成物は、患者を処置するのに十分な量および期間で対象に投与される。
「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔ）」との用語は、患者の症状の発生の減少を指す。上に示されるように、処置がない場合に発生する可能性のある症状と比べて、より少ない症状が観察されるように、予防は完全であり得る（検出可能な症状がない）か、または部分的であり得る。ある実施形態では、予防するとは、疾患、疾病、または状態の進行を遅くするか、あるいは有害な、そうでなければ望ましくない状態への進行を阻害することを指す。
これらの実施例は、説明目的で提供されるものに過ぎず、本明細書で提供される特許請求の範囲を限定するものではない。
化学合成の実施例
表１の化合物は、以下の実施例に記載されるように調製される。
実施例１：２－シアノエチル（３－（ジメトキシホスホリル）プロピル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
工程１Ａ：３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）プロパン－１－オール
ＤＭＦ中のプロパン－１，３－ジオール（１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（１０．０当量）およびＴＢＳＣｌ（１．０５当量）を添加した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、Ｒｆ＝０．４３）により、プロパン－１，３－ジオールが完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、水（２００ｍＬ×３）で洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）によって精製した。
工程１Ｂ：ｔｅｒｔ－ブチル（３－ヨードプロポキシ）ジメチルシラン
イミダゾール（１．５０当量）およびヨード（１．３５当量）は、ＤＣＭ中のＰＰｈ３（１．２０当量）の溶液に添加した。ＤＣＭ中の３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）プロパン－１－オール（１．００当量）を混合物に滴下し、これを２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、化合物３Ｂ：Ｒｆ＝０．８９）により、ｔｅｒｔ－ブチル（３－ヨードプロポキシ）ジメチルシランが完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、結果として生じる残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～１００／１）によって精製した。
工程１Ｃ：ジメチル（３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）プロピル）ホスホネート
ＴＨＦ中のジメチルホスホネート（１．３０当量）の溶液に、水素化ナトリウム（１．３０当量）を０℃で添加した。混合物を０℃で０．５時間撹拌し、その後、７０℃で１．５時間撹拌した。その後、混合物を０℃に冷却し、ＴＨＦ中のｔｅｒｔ－ブチル（３－ヨードプロポキシ）ジメチルシラン（１．００当量）を混合物に添加し、２５℃で２４時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１、生成物：Ｒｆ＝０．３８）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮＨ４Ｃｌの添加によってクエンチし、その後、酢酸エチルで希釈し、ＮＨ４Ｃｌで洗浄した。組み合わせた有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ、石油エーテル：酢酸エチル＝１：０～１：１）によって精製した。
工程１Ｄ：ジメチル（３－ヒドロキシプロピル）ホスホネート
ＭｅＯＨ中のジメチル（３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）プロピル）ホスホネート（１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（３．００当量）を添加した。混合物を６５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、生成物Ｒｆ＝０．０９）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、結果として生じる残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＫＭｎＯ４石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０：１）によって精製した。
工程１Ｅ：２－シアノエチル（３－（ジメトキシホスホリル）プロピル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
ＤＣＭ中のジメチル（３－ヒドロキシプロピル）ホスホネート（１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（４．００当量）および３－（（クロロ（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル（ｐｈｏｓｐｈａｎｅｙｌ））オキシ）プロパンニトリル（１．２０当量）を０℃で添加した。混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、生成物Ｒｆ＝０．４３）により、化合物が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮａＨＣＯ３の添加によってクエンチし、ＤＣＭで希釈し、ＤＣＭ（５ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル／ＴＥＡ／ＤＣＭ＝１０／１／０．５％／２５％～３／１／０．５％／２５％）によって精製した。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ ３．５１－３．７５（ｍ，２Ｈ），３．５５－３．７０（ｍ，１０Ｈ），２．６４（ｔ，Ｊ＝６．０２ Ｈｚ，２Ｈ），１．７６－１．８３（ｍ，４Ｈ），１．１６－１．１８（ｍ，１２Ｈ）
３１Ｐ ＮＭＲ：１６２ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ １４７．１９（ｓ，１Ｐ），３４．０３（ｓ，１Ｐ）．
実施例２：２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）ブチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
工程２Ａ：４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブタン－１－オール
ＤＭＦ（７０．０ｍＬ）中のブタン－１，４－ジオール（１０．０ｇ、１１０ｍｍｏｌ、９．８０ｍＬ、１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（１４３ｇ、１．１１ｍｏｌ、１９３ｍＬ、１０．０当量）およびＴＢＳＣｌ（１７．５ｇ、１１６ｍｍｏｌ、１４．３ｍＬ、１．０５当量）を添加した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、Ｒｆ＝０．４３）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮して残渣を得て、その後、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、水（２００ｍＬ×３）で洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）によって精製した。白色固形物として４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブタン－１－オール（１１２ｇ、５８．７ｍｍｏｌ、５２．９％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．５１－３．６５（ｍ，４Ｈ），１．４３－１．６６（ｍ，４Ｈ），０．８０－０．８６（ｍ，９Ｈ），－０．０６－０．０３（ｍ，６Ｈ）．
工程２Ｂ：ｔｅｒｔ－ブチル（４－ヨードブトキシ）ジメチルシラン
ＤＣＭ（２０．０ｍＬ）中のＰＰｈ３（７．７０ｇ、２９．３ｍｍｏｌ、１．２０当量）の溶液に、イミダゾール（２．５０ｇ、３６．７ｍｍｏｌ、１．５０当量）およびヨード（８．３８ｇ、３３．０ｍｍｏｌ、６．６５ｍＬ、１．３５当量）を添加した。ＤＣＭ（１５．０ｍＬ）中の４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブタン－１－オール（５．００ｇ、２４．４ｍｍｏｌ、１．００当量）を混合物に滴下した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、Ｒｆ＝０．８９）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、結果として生じる残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ石油エーテル／酢酸エチル＝１／０～１００／１）によって精製した。無色の油としてｔｅｒｔ－ブチル（４－ヨードブトキシ）ジメチルシラン（６．７０ｇ、２１．３２ｍｍｏｌ、８７．１％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．６４（ｔ，Ｊ＝６．２ Ｈｚ，２Ｈ），３．２３（ｔ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．９２（ｑ，Ｊ＝７．２ Ｈｚ，２Ｈ），１．５８－１．６８（ｍ，２Ｈ），０．８９－０．９３（ｍ，９Ｈ），０．０３－０．０８（ｍ，６Ｈ）．
工程２Ｃ：ジメチル（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブチル）ホスホネート
ＴＨＦ（１５．０ｍＬ）中のジメチルホスホネート（１．４６ｇ、１３．２ｍｍｏｌ、１．２１ｍＬ、１．３０当量）の溶液に、ＮａＨ（５２９ｍｇ、１３．２ｍｍｏｌ、６０．０％の純度、１．３０当量）を０℃で添加し、混合物を０℃で０．５時間および７０℃で１．５時間撹拌した。その後、反応混合物を０℃に冷却し、ＴＨＦ（５．００ｍＬ）中のｔｅｒｔ－ブチル（４－ヨードブトキシ）ジメチルシラン（３．２０ｇ、１０．２ｍｍｏｌ、２．６４ｍＬ、１．００当量）を混合物に添加し、２５℃で２４時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１、生成物：Ｒｆ＝０．３８）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮＨ４Ｃｌ（１００ｍＬ）の添加によってクエンチし、その後、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、ＮＨ４Ｃｌ（１００ｍＬ）で洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ、石油エーテル：酢酸エチル＝１：０～１：１）によって精製した。無色の油としてジメチル（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブチル）ホスホネート（２．２０ｇ、７．４２ｍｍｏｌ、７２．９％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．７４（ｄ，Ｊ＝１０．８ Ｈｚ，６Ｈ），３．６２（ｔ，Ｊ＝６．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．５７－１．８３（ｍ，７Ｈ），０．８９（ｓ，９Ｈ），０．０５（ｓ，６Ｈ）
３１Ｐ ＮＭＲ：１６２ＭＨｚ ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３４．９３（ｓ，１Ｐ）．
工程２Ｄ：ジメチル（４－ヒドロキシブチル）ホスホネート
ＭｅＯＨ（２１．０ｍＬ）中のジメチル（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ブチル）ホスホネート（２．１０ｇ、７．０８ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（７８７ｍｇ、２１．２ｍｍｏｌ、３．００当量）を添加した。混合物を６５℃で３時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、Ｒｆ＝０．０９）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＫＭｎＯ４石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０：１）によって精製した。無色の油としてジメチル（４－ヒドロキシブチル）ホスホネート（１．３ｇ、粗製）を得た。１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．７４（ｄ，Ｊ＝１０．８ Ｈｚ，６Ｈ），３．６６（ｔ，Ｊ＝６．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．９８（ｓ，１Ｈ），１．６２－１．８５（ｍ，６Ｈ）．
工程２Ｅ：２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）ブチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
ＤＣＭ（１３．０ｍＬ）中のジメチル（４－ヒドロキシブチル）ホスホネート（１．３０ｇ、７．１４ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（３．６９ｇ、２８．５ｍｍｏｌ、４．９７ｍＬ、４．００当量）および３－（（クロロ（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）プロパンニトリル（２．０３ｇ、８．５６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を０℃で添加した。混合物を２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、生成物：Ｒｆ＝０．４３）により、化合物が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮａＨＣＯ３（２０ｍＬ）の添加によってクエンチし、その後、ＤＣＭ（１０ｍＬ）で希釈し、ＤＣＭ（５ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル／ＴＥＡ／ＤＣＭ＝１０／１／０．５％／２５％～３／１／０．５％／２５％）によって精製した。無色の油として２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）ブチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（０．１７３ｇ、４５２ｕｍｏｌ、６．３４％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ ３．７１－３．８４（ｍ，２Ｈ），３．５６－３．７０（ｍ，１０Ｈ），２．６４（ｔ，Ｊ＝６．０２ Ｈｚ，２Ｈ），１．５８－１．７９（ｍ，７Ｈ），１．１３－１．２０（ｍ，１４Ｈ）．
３１Ｐ ＮＭＲ：１６２ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ １４７．０３（ｓ，１Ｐ），３４．１２（ｓ，１Ｐ）．
実施例３：（ジメチル（Ｅ）－（５－（（２－シアノエトキシ）（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）ペント－１－エン－１－イル）ホスホネート）
工程３Ａ：３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）プロパン－１－オール
ＤＭＦ（９０．０ｍＬ）中のプロパン－１，３－ジオール（９．０ｇ、１００ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（１４３ｇ、１．１１ｍｏｌ、１９３ｍＬ、１０．０当量）およびＴＢＤＰＳＣｌ（３０．４ｇ、１１０ｍｍｏｌ）を添加した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、生成物Ｒｆ＝０．５５）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、Ｈ２Ｏ（２００ｍＬ×３）で洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）によって精製した。白色固形物として３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）プロパン－１－オール（１６．４ｇ、５０％の収率）を得た。
工程３Ｂ：３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）プロパナール
ジクロロメタン（２００ｍＬ）中の３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）プロパン－１－オール（１６．４ｇ、５０ｍｍｏｌ、１当量）の溶液を、不活性雰囲気下において氷浴中で冷却した。ＰＣＣ（１１．８ｇ、５５ｍｍｏｌ）を５回に分けて添加し、反応混合物を１時間でＲＴに温め、ＲＴでさらに２時間撹拌した。反応混合物を濾過し、濾液をエーテルで洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（２００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して残渣を得て、これをさらに精製することなく次の反応で使用した。
工程３Ｃ：ジメチル－（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）ブト－１－エン－１－イル）ホスホネート
ジクロロメタン（２００ｍＬ）中のテトラメチルメチレンジホスホネートの溶液を、不活性雰囲気下において氷浴中で冷却し、ＮａＨをアルゴン大気下において数回に分けて添加した。３－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）プロパナールを、シリンジを介して導入し、反応混合物を２時間かけてゆっくりとＲＴにし、ＲＴでさらに３時間撹拌した。反応混合物をＮＨ４Ｃｌ溶液でクエンチし、その後、ＮＨ４Ｃｌ溶液（３×５０ｍｌ）で洗浄した。有機層をブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、粘着性の残渣を得て、これをシリカゲルクロマドグラフィー（石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）上で精製した。白色固形物としてジメチル（Ｅ）－（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）ブト－１－エン－１－イル）ホスホネート（４．１ｇ、化合物２からの２２％の収率）を得た。
工程３Ｄ：ジメチル－（４－ヒドロキシブト－１－エン－１－イル）ホスホネート
メタノール（２０．０ｍＬ）中のジメチル（Ｅ）－（４－（（ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル）オキシ）ブト－１－エン－１－イル）ホスホネート（４ｇ）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（６４４ｍｇ、２当量）を添加した。混合物を７０℃で２時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して溶媒を除去した。カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＫＭｎＯ４石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０：１）によって、残渣を精製した。無色の油としてジメチル－（４－ヒドロキシブト－１－エン－１－イル）ホスホネート（１．０６ｇ）を得た。
工程３Ｅ：２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）ブト－３－エン－１－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
ＤＣＭ（１０ｍＬ）中のジメチル－（４－ヒドロキシブト－１－エン－１－イル）ホスホネート（０．７ｇ、３．８ｍｍｏｌ、１当量）の溶液に、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド（０．８４ｇ）および２－シアノエチルＮ，Ｎ，Ｎ，Ｎ－テトライソプロピルホスホロジアミダイト（１．９ｇ）を添加した。混合物を０℃で１時間撹拌し、ＮａＨＣＯ３（２０ｍＬ）によってクエンチし、ＤＣＭ（１０ｍＬ）で希釈し、その後、ＤＣＭ（１０ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層をブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル／ＴＥＡ／ＤＣＭ＝１０／１／０．５％／２５％～３／１／０．５％／２５％）によって精製した。無色の油として２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）ブト－３－エン－１－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（０．３）を得た。１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ ６．７－７．９（ｍ，１Ｈ），５．７５（ｄｄ，１Ｈ），４．１－４．２５（ｍ，２Ｈ），３．８－３．９５（ｍ，４Ｈ），３．７０－３．８５（ｍ，６Ｈ），３．５０－３．７０（ｍ，４Ｈ），２．５５－２．８５（ｍ，６Ｈ），１．２０－１．５０（ｍ，６Ｈ）
３１Ｐ ＮＭＲ：１６２ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ １４７．８１（ｓ，１Ｐ），３１．３９（ｓ，１Ｐ）．
実施例４：２－シアノエチル（５－（ジメトキシホスホリル）ペンチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
工程４Ａ：５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンタン－１－オール
ＤＭＦ（１００ｍＬ）中のペンタン－１，５－ジオール（１０．０ｇ、９６．０ｍｍｏｌ、１０．１ｍＬ、１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（１２４ｇ、９６０ｍｍｏｌ、１６７ｍＬ、１０．０当量）およびＴＢＳＣｌ（１５．２ｇ、１００ｍｍｏｌ、１２．３ｍＬ、１．０５当量）を添加した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝５／１、生成物：Ｒｆ＝０．４３）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、酢酸エチル（２００ｍＬ）で希釈し、水（２００ｍＬ×３）で洗浄した。組み合わせた有機層をブライン（４００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１００／１～１／１）によって精製した。無色の油として５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンタン－１－オール（１１．５ｇ、５２．６ｍｍｏｌ、５４．８％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．５５－３．６１（ｍ，４ Ｈ），１．８８（ｓ，１Ｈ），１．５３－１．５６（ｍ，４Ｈ），１．４６－１．５１（ｍ，２Ｈ），０．８２－０．８５（ｍ，９Ｈ），０．００－０．０１（ｍ，６Ｈ）．
工程４Ｂ：ｔｅｒｔ－ブチル（（５－ヨードペンチル）オキシ）ジメチルシラン
ＤＣＭ（２０．０ｍＬ）中のＰｈ３Ｐ（７．６４ｇ、２９．１ｍｍｏｌ、１．２０当量）の溶液に、イミダゾール（２．４８ｇ、３６．４ｍｍｏｌ、１．５０当量）およびヨード（８．３１ｇ、３２．７ｍｍｏｌ、６．６０ｍＬ、１．３５当量）を０℃で添加した。ＤＣＭ（１５．０ｍＬ）中の５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンタン－１－オール（５．３０ｇ、２４．２ｍｍｏｌ、１当量）を混合物に滴下した。混合物を２５℃で１６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１、生成物：Ｒｆ＝０．８９）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、石油エーテル／酢酸エチル＝１／０）によって精製した。無色の油としてｔｅｒｔ－ブチル（（５－ヨードペンチル）オキシ）ジメチルシラン（７．００ｇ、２１．３ｍｍｏｌ、８７．８％の収率）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．６２（ｔ，Ｊ＝６．２ Ｈｚ，２Ｈ），３．２０（ｔ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．８５（ｑ，Ｊ＝７．２ Ｈｚ，２Ｈ），１．５１－１．５８（ｍ，２Ｈ），１．４１－１．４９（ｍ，２Ｈ），０．８８－０．９２（ｍ，９Ｈ），０．０６（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，６Ｈ）．
工程４Ｃ：ジメチル（５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンチル）ホスホネート
アルゴン下で、三つ口の丸底フラスコに、ＮａＨ（７９２ｍｇ、１９．８ｍｍｏｌ、６０％の分散、１．３０当量）、ＴＨＦ（３０．０ｍＬ）、およびジメチルホスホネート（２．１８ｇ、１９．８ｍｍｏｌ、１．８２ｍＬ、１．３０当量）を０℃で添加した。０℃で０．５時間撹拌し、その後、７０℃で１．５時間撹拌した後、ｔｅｒｔ－ブチル（（５－ヨードペンチル）オキシ）ジメチルシラン（５．００ｇ、１５．２ｍｍｏｌ、１．００当量）を０℃で導入した。反応物を２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１：１、生成物：Ｒｆ＝０．４３）により、微量の出発物質、および形成された１つの新しいスポットが示された。反応混合物を０℃でＮＨ４Ｃｌ飽和水溶液（１５０ｍＬ）によってクエンチし、その後、ＤＣＭ（３００ｍＬ×３）で抽出した。組み合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４（３０ｇ）で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＰＭＡ、石油エーテル：酢酸エチル＝１００：１～１：１）によって精製した。淡黄色油としてジメチル（５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンチル）ホスホネート（２．００ｇ、６．４４ｍｍｏｌ、４２．３％の収率）を得た。
工程４Ｄ：ジメチル（５－ヒドロキシペンチル）ホスホネート
メタノール（２０．０ｍＬ）中のジメチル（５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）ペンチル）ホスホネート（１．８０ｇ、５．８０ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（６４４ｍｇ、１７．４ｍｍｏｌ、３当量）を添加する。混合物を７０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、生成物：Ｒｆ＝０．０４）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮し、溶媒を除去した。カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＫＭｎＯ４石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１～０：１）によって、残渣を精製した。無色の油としてジメチル（５－ヒドロキシペンチル）ホスホネート（１．０６ｇ、５．１３ｍｍｏｌ、８８．５％の収率、９５．０％の純度）を得た。
１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３：δ ｐｐｍ ３．７２（ｄ，Ｊ＝１０．８ Ｈｚ，６Ｈ），３．６３（ｔ，Ｊ＝６．３６ Ｈｚ，２Ｈ），１．６９－１．８０（ｍ，２Ｈ） １．６０－１．６９（ｍ，２Ｈ） １．５２－１．６０（ｍ，２Ｈ） １．４１－１．５０（ｍ，２Ｈ）．
工程４Ｅ：２－シアノエチル（５－（ジメトキシホスホリル）ペンチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
ＤＣＭ（３．６０ｍＬ）中のジメチル（５－ヒドロキシペンチル）ホスホネート（０．７０ｇ、３．５７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＤＩＰＥＡ（１．８４ｇ、１４．３ｍｍｏｌ、２．４９ｍＬ、４．００当量）および３－（（クロロ（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）プロパンニトリル（１．１０ｇ、４．６４ｍｍｏｌ、１．３０当量）を添加した。混合物を０℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル／酢酸エチル＝０／１、生成物：Ｒｆ＝０．４３）により、出発物質が完全に消費されたことが示された。反応混合物をＮａＨＣＯ３（２０ｍＬ）の添加によってクエンチし、その後、ＤＣＭ（１０ｍＬ）で希釈し、ＤＣＭ（５ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣をカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ＫＭｎＯ４石油エーテル／酢酸エチル／ＴＥＡ／ＤＣＭ＝１０／１／０．５％／２５％～３／１／０．５％／２５％）によって精製した。無色の油として２－シアノエチル（５－（ジメトキシホスホリル）ペンチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（０．３８ｇ、９１０ｕｍｏｌ、２５．５％の収率、９５．０％の純度）を得た。１Ｈ ＮＭＲ：４００ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ ３．７０－３．８５（ｍ，２Ｈ），３．５３－３．７０（ｍ，９Ｈ），２．６４（ｔ，Ｊ＝６．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．６６－１．７８（ｍ，２Ｈ），１．４０－１．６４（ｍ，６Ｈ），１．１２－１．２０（ｍ，１２Ｈ）
３１Ｐ ＮＭＲ：１６２ＭＨｚ，ＣＤ３ＣＮ：δ ｐｐｍ １４６．９３（ｓ，１Ｐ），３４．２４（ｓ，１Ｐ）．
実施例５：２－シアノエチル（（１ｓ，４ｓ）－４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）シクロヘキシル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
工程５Ａ：化合物１＿２の合成
化合物１＿１（１０．０ｇ、６３．２ｍｍｏｌ、１．００当量）を、ＣＨ３Ｃｌ（２０．０ｍＬ）およびヘキサン（４０．０ｍＬ）に２５℃で添加した。化合物ａ（１９．１ｇ、７５．８ｍｍｏｌ、１４．１ｍＬ、１．２０当量）およびトリフルオロメタンスルホン酸（１．４２ｇ、９．４８ｍｍｏｌ、８３７ｕＬ、０．１５当量）を、反応物に２５℃で添加し、２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１０：１、Ｒｆ＝０．４３）により、反応が完了したことが示された。反応混合物をＥｔＯＡｃ（６０．０ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（６０．０ｍＬ）、水（６０．０ｍＬ）、およびブライン（６０．０ｍＬ）で洗浄した。有機層を無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、減圧下で濃縮した。シリカゲルカラム（ＭＰＬＣ、ＰＥ／ＥＡ＝３０／１～１０／１）によって精製することで、黄色の油として化合物１＿２（１０．５ｇ、２９．６ｍｍｏｌ、４６．８％の収率、７０．０％の純度）を得た。
工程５Ｂ：化合物１＿３の合成
ＬｉＡｌＨ４（１．６０ｇ、４２．０ｍｍｏｌ、１．１０当量）を容器に入れ、窒素下で０℃に冷却した。ＴＨＦ（７５．０ｍＬ）を０℃での反応において、容器に滴下で導入した。ＴＨＦ（２０．０ｍＬ）中の化合物１＿２（９．５０ｇ、３８．２ｍｍｏｌ、１．００当量）を、０℃の反応において滴下し、４０℃で１２時間撹拌した。ＬＣＭＳ分析により、反応の完了が示された。０℃に冷却した後、水（２０．０ｍＬ）および１０％のＮａＯＨ（２０．０ｍＬ）を混合物相に注ぎ、酢酸エチル（７５．０ｍＬ）で抽出し、組み合わせたｏｒｇ． 抽出物を乾燥させ、蒸発させた。黄色の油として化合物１＿３（８．７８ｇ、粗製）を得て、これをさらに精製することなく次の反応で使用した。
工程５Ｃ：化合物１＿４の合成
化合物１＿３（８．４３ｇ、３８．２ｍｍｏｌ、１．００当量）を２５℃でＴＨＦ（４０．０ｍＬ）に溶解し、０℃に冷却した。ＰＰｈ３（１３．０ｇ、４９．７ｍｍｏｌ、１．３０当量）を０℃で反応物に添加し、０℃で１０分間撹拌した。ＣＢｒ４（１６．５ｇ、４９．７ｍｍｏｌ、１．３０当量）部分を０℃で反応物に添加し、２５℃で２４時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝１０：１）により、反応が完了したことが示された。濾過し、ＴＨＦ（２×２０．０ｍＬ）で洗浄し、その後、ＥｔＯＡｃ（２×２０．０ｍＬ）で洗浄した。シリカゲルカラム（ＭＰＬＣ、ＰＥ／ＥＡ＝３０／１～１０／１）によって精製することで、黄色の油として化合物１＿４（７．５８ｇ、２６．７ｍｍｏｌ、６９．９％の収率）を得た。
工程５Ｄ：化合物１＿５の合成
水素化ナトリウム（ＮａＨ、１．０２ｇ、２５．４ｍｍｏｌ、６０％の純度、６．００当量）をＤＭＦ（６．００ｍＬ）に２５℃で添加し、０℃に冷却した。メトキシホスホノイルオキシメタン（３．２６ｇ、２９．６ｍｍｏｌ、２．７２ｍＬ、７．００当量）を、０℃で反応物に滴下し、０℃で３０分間撹拌し、その後、２５℃で１．５時間撹拌してから、０℃に冷却した。化合物１＿４（１．２０ｇ、４．２４ｍｍｏｌ、および１．００当量）を０℃で反応物に滴下し、２５℃で４時間撹拌した。ＬＣＭＳにより、反応が完了したことが示された。３つの反応物を組み合わせた。０℃に冷却した。ＮＨ４Ｃｌ水溶液（２０．０ｍＬ）でクエンチし、その後、ＥｔＯＡｃ（２×２０．０ｍＬ）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮乾固させた。残渣を、分取ＨＰＬＣ（中性条件、カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｇｅｍｉｎｉ－ＮＸ ８０＊３０ｍｍ＊３ｕｍ；移動相：［水－ＡＣＮ］；Ｂ％：３０％～５５％、７分）によって精製した。黄色の油として化合物１＿５（２．０２ｇ、６．４７ｍｍｏｌ、５０．８％の収率）を得た。
工程５Ｅ：化合物１＿６の合成
化合物１＿５（０．７ｇ、２．２４ｍｍｏｌ、１．００当量）をＭｅＯＨ（３．００ｍＬ）に２５℃で入れ、Ｐｄ／Ｃ（０．５０ｇ、２．２４ｍｍｏｌ、１０．０％の純度）を２５℃で添加した。容器に水素気体を流し、５０ｐｓｉにおいて５０℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、化合物１＿５が完全に消費されたことが示された。いくつかの新規なピークがＬＣ－ＭＳ上で示され、所望の化合物が検出された。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮することで残渣を得て、これをさらに精製することなく次の反応に持ち越した。白色油として化合物１＿６（０．４５ｇ、１．８２ｍｍｏｌ、８１．３％の収率、９０．０％の純度）を得た。
工程５Ｆ：標的ｖｐ１の合成
化合物１＿６（０．４５ｇ、２．０３ｍｍｏｌ、１．００当量）を０℃でＤＣＭ（５．００ｍＬ）に溶解し、３－［クロロ－（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル］オキシプロパンニトリル（９５８ｍｇ、４．０５ｍｍｏｌ、２．００当量）およびＤＩＥＡ（７８５ｍｇ、６．０８ｍｍｏｌ、１．０６ｍＬ、３．００当量）を添加した。混合物を０℃で１時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、化合物１＿６が残っていないことが示された。いくつかの新規なピークがＬＣ－ＭＳ上で示され、所望の化合物が検出された。反応混合物をＤＣＭで希釈し、ＮａＨＣＯ３（２５．０ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、分取ＨＰＬＣ（中性条件、カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｇｅｍｉｎｉ－ＮＸ ８０＊３０ｍｍ＊３ｕｍ；移動相：［水－ＡＣＮ］；Ｂ％：３０％～５５％、７分）によって精製した。無色の油として化合物ｖｐ１（０．１５ｇ、２４８ｕｍｏｌ、１２．２％の収率、７０．０％の純度）を得て、送達した。
実施例６：（Ｅ）－２－アセタミド－４－（ジメトキシホスホリル）ブト－３－エン－１－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
（Ｅ）－２－アセタミド－４－（ジメトキシホスホリル）ブト－３－エン－１－イル（２－シアノエチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（ｖｐ２）の合成スキーム
工程６Ａ：化合物４＿２の合成
Ｐｙ（１２０ｍＬ）を含む容器に、化合物４＿１（２０．０ｇ、２１９ｍｍｏｌ、１．００当量）を２５℃で添加した。Ａｃ２Ｏ（２４．６ｇ、２４１ｍｍｏｌ、２２．６ｍＬ、１．１０当量）を、０℃で反応物に滴下し、その後、２５℃で１時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝５：１、Ｒｆ＝０．３５）により、反応が完了したことが示された。反応混合物を濃縮乾固させ、酢酸エチル（６０ｍＬ）に溶解した。５℃で１０分間撹拌した後、沈殿物が形成された。沈殿物を濾過し、真空下で乾燥させた。白色固形物として化合物４＿２（２５．１ｇ、１８８ｍｍｏｌ、８５．９％の収率）を得て、これをさらに精製することなく次の反応で使用した。
工程６Ｂ：化合物４＿３の合成
化合物４＿２（２５．０ｇ、１８７ｍｍｏｌ、１．００当量）を２５℃でＤＭＦ（１５０ｍＬ）に溶解し、ＴＢＤＰＳＣｌ（４６．４ｇ、１６８ｍｍｏｌ、４３．４ｍＬ、０．９０当量）およびイミダゾール（１９．１ｇ、２８１ｍｍｏｌ、１．５０当量）を添加した。２５℃で１２時間撹拌した後、ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．４３）、ＬＣＭＳ（ＥＴ３１８６４－５５－Ｐ１Ａ１、ＲＴ＝１．３０分）により、反応が完了したことが示された。水（３０ｍＬ）を添加し、酢酸エチル（２×３０ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機層をブライン（３×２０ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、濃縮した。シリカゲルカラム（ＭＰＬＣ、ＤＣＭ／ＭＥ＝３０／１～１０／１）によって精製することで、白色固形物として化合物４＿３（２６．０ｇ、６９．９ｍｍｏｌ、３７．２％の収率）を得た。
工程６Ｃ：化合物４＿４の合成
化合物４＿３（７．００ｇ、１８．８ｍｍｏｌ、１．００当量）を２５℃でＣＨ３ＣＮ（４２ｍＬ）に溶解し、２－ヨージル安息香酸（ｉｏｄｙｌｂｅｎｚｏｉｃ ａｃｉｄ）（６．８６ｇ、２４．４ｍｍｏｌ、１．３０当量）を添加した。反応物を６０℃で６時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．４５）、ＨＰＬＣ（ＲＴ＝２．７６分）、ＬＣＭＳ（ＲＴ＝１．１５分）により、反応が完了したことが示された。濾過し、その後、ＣＨ３ＣＮ（２×２０ｍＬ）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濃縮乾固させることで、黄色の油として化合物４＿４（８．００ｇ、粗製）を得た。
工程６Ｄ：化合物４＿５の合成
ＬｉＣｌ（１．１５ｇ、２７．２ｍｍｏｌ、１．４４当量）を２５℃でＣＨ３ＣＮ（２０ｍＬ）に入れてから、容器を０℃に冷却した。化合物ａ（５．２５ｇ、２２．６ｍｍｏｌ、１．２０当量）を０℃で反応物に滴下し、その後、ＣＨ３ＣＮ（１０ｍＬ）中のＴＥＡ（２．５２ｇ、２４．８ｍｍｏｌ、３．４６ｍＬ、１．３２当量）を０℃で反応物に添加した。その後、ＣＨ３ＣＮ（１０ｍＬ）中の化合物４＿４（６．９６ｇ、１８．８ｍｍｏｌ、１．００当量）を０℃で反応物に滴下し、２５℃で５時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．４９）、ＬＣＭＳ、およびＨＰＬＣの分析により、反応が完了したことが示された。反応物をＮＨ４Ｃｌ水溶液（２０ｍＬ）でクエンチし、その後、酢酸エチル（２×４０ｍＬ）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濃縮乾固させた。シリカゲルカラム（ＭＰＬＣ、ＤＣＭ／ＭＥ＝３０／１～１０／１）によって精製することで、黄色の油として化合物４＿５（２．２２ｇ、４．６７ｍｍｏｌ、２４．７％の収率）を得た。
工程６Ｅ：化合物４＿６の合成
ＭｅＯＨ（５ｍＬ）中の化合物４＿５（０．９０ｇ、１．８９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（２１０ｍｇ、５．６８ｍｍｏｌ、３．００当量）を２５℃で反応物に添加した。混合物を６０℃で３時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ分析により、化合物４＿５が完全に消費され、所望の化合物が検出されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を分取ＨＰＬＣ（中性条件、カラム：Ａｇｅｌａ ＤｕｒａＳｈｅｌｌ Ｃ１８ ２５０×２５ｍｍ×１０ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭのＮＨ４ＨＣＯ３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：０％～１５％、２２分）によって精製した。白色固形物として化合物４＿６（０．４ｇ、１．５２ｍｍｏｌ、８０．２０％の収率、９０．０％の純度）を得た。
工程６Ｆ：化合物ｖｐ２の合成
ＤＣＭ（２．１０ｍＬ）中の化合物４＿６（３５０ｍｇ、１．４８ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液を０℃に冷却し、化合物ｂ（６９８ｍｇ、２．９５ｍｍｏｌ、２．００当量）およびＤＩＥＡ（５７２ｍｇ、４．４３ｍｍｏｌ、７７１ｕＬ、３．００当量）を添加し、混合物を０℃で３時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ分析により、反応物が完全に消費され、所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物をＮａＨＣＯ３で洗浄し、ＤＣＭ（２ｍＬ）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、分取ＨＰＬＣ（カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｇｅｍｉｎｉ－ＮＸ １５０×３０ｍｍ×５ｕｍ；移動相：［水－ＡＣＮ］；Ｂ％：１５％～５０％、１２分）によって精製した。無色の油として化合物ｖｐ２（０．２７ｇ、５５６ｕｍｏｌ、３７．７％の収率、９０．０％の純度）を得た。
実施例７：（Ｅ）－２－シアノエチル（４－（ジメトキシホスホリル）－２－（２－（２，４－ジオキソ－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）アセタミド）ブト－３－エン－１－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
化合物ｖｐＵ３の合成スキーム
工程７Ａ：化合物５＿２の合成
ＭｅＣＮ（３０．０ｍＬ）中の化合物５＿１（５．００ｇ、４４．６ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、エチル２－ブロモアセテート（１７．９ｇ、１０７ｍｍｏｌ、１１．８ｍＬ、２．４０当量）、ＨＭＤＳ（４．３２ｇ、２６．８ｍｍｏｌ、５．６１ｍＬ、０．６０当量）、ＫＩ（３．７０ｇ、２２．３ｍｍｏｌ、０．５０当量）、およびアンモニア；硫酸（４７２ｍｇ、３．５７ｍｍｏｌ、２６６ｕＬ、０．０８当量）を添加し、１２０℃で２時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．６３）により、反応が完了したことが示された。この混合物にＭｅＯＨ（２０．０ｍＬ）を添加し、減圧下で濃縮することで溶媒を除去した。残渣をカラムクロマトグラフィーによって精製した。茶色固形物として化合物５＿２（７．００ｇ、２８．３ｍｍｏｌ、６３．６％の収率、８０．０％の純度）を得た。
工程７Ｂ：化合物５＿３の合成
化合物５＿２（１５．９ｇ、８０．０ｍｍｏｌ、１．００当量）をＥｔＯＨ（９５．０ｍＬ）に溶解し、化合物ｂ（８．０２ｇ、８８．０ｍｍｏｌ、１．１０当量）を溶液に添加した。混合物を７０℃で２４時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ（ＥＴ３１７５５－５５－ｐ１ａ２）により、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。混合物を室温に冷まし、その後、混合物を濾過し、沈殿物を集める。白色固形物として化合物５＿３（１７．１ｇ、６６．８ｍｍｏｌ、８３．５％の収率、９５．０％の純度）を得た。
工程７Ｃ：化合物５＿４の合成
ＤＭＦ（１０２ｍＬ）中の化合物５＿３（１７．０ｇ、６９．９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＴＢＤＰＳＣｌ（１５．４ｇ、５５．９ｍｍｏｌ、１４．４ｍＬ、０．８０当量）およびイミダゾール（７．１４ｇ、１０５ｍｍｏｌ、１．５０当量）を添加した。混合物を２５℃で６時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ（ＥＴ３１７５５－６０－ｐ１ａ１）により、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。混合物に水（１２０ｍＬ）を添加し、溶液を酢酸エチル（２００ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機相をブライン（４００ｍＬ×２）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮した。粗製生成物を、２５℃でＤＣＭ（３００ｍＬ）からの再結晶化によって精製した。残りの粗製生成物を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．４３）によって精製した。白色固形物として化合物５＿４（１４．０ｇ、２６．２ｍｍｏｌ、３７．４％の収率、９０．０％の純度）を得た。
工程７Ｄ：化合物５＿５の合成
ＭｅＣＮ（４５．０ｍＬ）中の化合物５＿４（６．６ｇ、１３．７ｍｍｏｌ、１．００当量）の混合物に、ＩＢＸ（４．９９ｇ、１７．８ｍｍｏｌ、１．３０当量）を添加した。混合物を６０℃で６時間撹拌した。ＴＬＣ（石油エーテル：酢酸エチル＝５：１、Ｒｆ＝０．２）により、反応が完了したことが示した。ＬＣ－ＭＳでは、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚを有する１つのメインピークが検出されたことが示された。混合物を濾過し、溶液を集め、その溶液を減圧下で乾燥させた。粗製生成物をさらに精製することなく次の工程で使用した。黄色いゴムとして化合物５＿５（７．０ｇ、粗製）を得た。
工程７Ｅ：化合物５＿６の合成
ＴＨＦ（３９．４ｍＬ）中の化合物ｃ（３．５０ｇ、１５．１ｍｍｏｌ、１．１０当量）の溶液に、ｔ－ＢｕＯＫ（１Ｍ、１３．７ｍＬ、１．００当量）を添加した。溶液が濁ると、化合物５＿５（６．５７ｇ、１３．７ｍｍｏｌ、１．００当量）を混合物に添加した。混合物を２５℃で３時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ（ＥＴ３１７５５－７９－ｐ１ａ１）により、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物をＮＨ４Ｃｌ（２０．０ｍＬ）の添加によってクエンチし、ＥＡ（５０．０ｍＬ＊２）で抽出した。組み合わせた有機層を、ＮａＣｌ（１００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．５１）によって精製した。白色固形物として化合物５－６（１．８０ｇ、２．９２ｍｍｏｌ、２１．３％の収率、９５．０％の純度）を得た。
工程７Ｆ：化合物５＿７の合成
ＭｅＯＨ（５．４０ｍＬ）中の化合物５＿６（０．８ｇ、１．３７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（１５１ｍｇ、４．１０ｍｍｏｌ、３．００当量）を添加した。混合物を６０℃で６時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。混合物を濾過し、溶液を集めた。残渣を分取ＨＰＬＣ（カラム：Ａｇｅｌａ ＤｕｒａＳｈｅｌｌ Ｃ１８ ２５０×７０ｍｍ×１０ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭのＮＨ４ＨＣＯ３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：１％～１０％、２２分）によって精製した。白色固形物として化合物５＿７（０．３８ｇ、１．０７ｍｍｏｌ、７８．５％の収率、９８．０％の純度）を得た。
工程７Ｆ：化合物ｖｐＵ３の合成
ＤＣＭ（４．００ｍＬ）中の化合物５＿７（０．３８ｇ、１．０９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、化合物ｄ（５１７ｍｇ、２．１９ｍｍｏｌ、２．００当量）およびＤＩＥＡ（４２４ｍｇ、３．２８ｍｍｏｌ、５７１ｕＬ、３．００当量）を添加した。混合物を２５℃で２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物をＮａ２ＣＯ３で洗浄し、ＤＣＭ４．００ｍＬ（２ｍＬ×２）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、分取ＨＰＬＣ（カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ Ｇｅｍｉｎｉ－ＮＸ １５０×３０ｍｍ×５ｕｍ）によって精製した。
実施例７：２－シアノエチル（（３Ｒ，５Ｓ）－５－（（Ｅ）－２－（ジメトキシホスホリル）ビニル）－１－（２－（２，４－ジオキソ－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）アセチル）ピロリジン－３－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
２－シアノエチル（（３Ｒ，５Ｓ）－５－（（Ｅ）－２－（ジメトキシホスホリル）ビニル）－１－（２－（２，４－ジオキソ－３，４－ジヒドロピリミジン－１（２Ｈ）－イル）アセチル）ピロリジン－３－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（ｖｐＵ４）の合成スキーム
工程８Ａ：化合物６＿１の合成
Ｈ２Ｏ（９０．０ｍＬ）中の化合物５＿１（１５．０ｇ、１３４ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、化合物ａ（２７．９ｇ、２０１ｍｍｏｌ、１４．５ｍＬ、１．５０当量）およびＫＯＨ（２８．５ｇ、５０９ｍｍｏｌ、６６９ｍＬ、３．８０当量）を添加した。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、反応物が完全に消費され、所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。１２Ｍ ＨＣＩを使用して、混合物のｐＨをｐＨ５に調節し、溶液を冷却し、結果として生じる沈殿物を濾過によって集めた。その後、濾液のｐＨを２に調節し、冷却した。結果として生じる白色沈殿物を濾過によって集め、減圧下で乾燥させた。白色固形物として化合物６＿１（１７．２ｇ、９６．１ｍｍｏｌ、７１．８％の収率、９５．０％の純度）を得た。
工程８Ｂ：化合物６＿２の合成
化合物ｂ（１６．７０ｇ、９１．９ｍｍｏｌ、０．９２当量）をＭｅＣＮ（５１．０ｍＬ）およびＰｙ（５１．０ｍＬ）に溶解し、溶液に化合物６＿１（１７．０ｇ、９９．９ｍｍｏｌ、１．００当量）、Ｅｔ３Ｎ（１０．１ｇ、９９．９ｍｍｏｌ、１３．９ｍＬ、１．００当量）、およびＤＣＣ（２４．７ｇ、１２０ｍｍｏｌ、２４．３ｍＬ、１．２０当量）を添加した。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝５：１、Ｒｆ＝０．２９）により、反応物が残っておらず、より低い極性を有する１つの主要な新規スポットが検出されたことが示された。反応混合物をＨ２Ｏ（７０．０ｍＬ）の添加によってクエンチし、混合物を濾過し、溶液を集め、減圧下で乾燥させることで、残渣を得た。黄色固形物として化合物６＿２（３０．０ｇ、粗製）を得た。
工程８Ｃ：化合物６＿３の合成
ＤＭＦ（１７８ｍＬ）中の化合物６＿２（２９．７ｇ、９９．９ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＴＢＤＰＳＣｌ（３５．７ｇ、１３０ｍｍｏｌ、３３．４ｍＬ、１．３０当量）およびイミダゾール（２０．４ｇ、３００ｍｍｏｌ、３．００当量）を添加した。混合物を２５℃で４時間撹拌した。ＴＬＣ（ジクロロメタン：メタノール＝１０：１、Ｒｆ＝０．４３）により、反応物が残っておらず、より低い極性を有する１つの主要な新規スポットが検出されたことが示された。酢酸エチル（２００ｍＬ）を残渣に添加し、水（３００ｍＬ）で洗浄した。組み合わせた有機相をブライン（４００ｍＬ＊２）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ジクロロメタン：メタノール＝１００：１～５０：１）によって精製した。黄色固形物として化合物６＿３（５０．０ｇ、８８．７ｍｍｏｌ、８８．８％の収率、９５．０％の純度）を得た。
工程８Ｄ：化合物６＿４の合成
ＴＨＦ（１２０ｍＬ）中の化合物６＿３（２０．０ｇ、３７．３ｍｍｏｌ、１．００当量）の混合物に、ＬｉＢＨ４（１．６３ｇ、７４．７ｍｍｏｌ、２．００当量）を添加した。混合物を２５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳ（ＥＴ３１７５５－６６－Ｐ１Ａ１）により、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚを有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物を、ＮＨ４Ｃｌ（３０．０ｍＬ）の添加によって０℃でクエンチし、その後、１Ｍ ＨＣｌ（６０．０ｍＬ）でｐＨ７に希釈し、酢酸エチル（１５０ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層を、ＮａＣｌ（３００ｍＬ）で洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ジクロロメタン：メタノール＝１００：１～２５：１）によって精製した。淡黄色固形物として化合物６＿４（９．６７ｇ、１５．２４ｍｍｏｌ、４０．８１％の収率、８０％の純度）を得た。
工程８Ｅ：化合物６＿５の合成
ＤＣＭ（４８．０ｍＬ）中の化合物６＿４（８．１４ｇ、１６．０ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、デス・マーチン（８．１６ｇ、１９．２ｍｍｏｌ、５．９６ｍＬ、１．２０当量）を添加した。混合物を１５℃で１２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳより、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。混合物を濾過し、溶液を３回集めて、溶液を減圧下で乾燥させ、残渣を得た。黄色固形物として化合物６＿５（７．２７ｇ、粗製）を得た。
工程８Ｆ：化合物６＿６の合成
ＴＨＦ（４３．０ｍＬ）中の化合物ｃ（３．６６ｇ、１５．８ｍｍｏｌ、１．１０当量）の溶液に、ｔ－ＢｕＯＫ（１Ｍ、１４．３ｍＬ、１．００当量）を添加した。溶液が濁ると、化合物６＿５（７．２４ｇ、１４．３２ｍｍｏｌ、１当量）を混合物に添加した。混合物を０～２５℃で５時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。ＮＨ４Ｃｌ水溶液（４．００ｍＬ）でクエンチし、その後、酢酸エチル（２×４ｍＬ）で抽出し、Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、濃縮乾固させた。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、ジクロロメタン：メタノール＝１０：１）によって精製した。白色固形物として化合物６＿６（０．８８ｇ、１．２２ｍｍｏｌ、８．５４％の収率、８５．０％の純度）を得た。
工程８Ｇ：化合物６＿７の合成
ＭｅＯＨ（７．９０ｍＬ）中の化合物６＿６（１．３３ｇ、２．１７ｍｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＮＨ４Ｆ（２４２ｍｇ、６．５２ｍｍｏｌ、３．００当量）を添加した。混合物を６０℃で４時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、反応物が完全に消費され、所望のｍ／ｚまたは所望の質量を有する１つのメインピークが検出されたことが示された。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。混合物を濾過し、溶液を集めた。残渣を分取ＨＰＬＣ（カラム：Ａｇｅｌａ ＤｕｒａＳｈｅｌｌ Ｃ１８ ２５０×７０ｍｍ×１０ｕｍ；移動相：［水（１０ｍＭのＮＨ４ＨＣＯ３）－ＡＣＮ］；Ｂ％：１％～１０％、２２分）によって精製した。無色固形物として化合物６＿７（０．６７ｇ、１．６２ｍｍｏｌ、７４．３％の収率、９０．０％の純度）を得た。
工程８Ｈ：化合物ｖｐＵ４の合成
ＤＣＭ（２．５０ｍＬ）中の化合物６＿７（０．２５ｇ、６６９．７ｕｍｏｌ、１．００当量）の溶液に、ＤＩＥＡ（２５９．６ｍｇ、２．０１ｍｍｏｌ、３４９．９ｕＬ、３．００当量）および化合物ｄ（３１７．０ｍｇ、１．３４ｍｍｏｌ、２．００当量）を添加した。混合物を０℃で２時間撹拌した。ＬＣ－ＭＳにより、化合物６＿７が残っていないことが示された。いくつかの新規なピークがＬＣ－ＭＳ上で示され、所望の化合物が検出された。反応混合物をＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）の添加によってクエンチし、ＤＣＭ（１５ｍＬ×２）で抽出した。組み合わせた有機層をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮することで、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２、酢酸エチル／アセトン＝１００／１～５／１）によって精製した。白色固形物として化合物標的６（０．１５ｇ、１６７．３ｕｍｏｌ、２４．９％の収率、８０．０％の純度）を得た。
実施例９：２－シアノエチル（（Ｓ）－６－（ジメトキシホスホリル）ヘキサン－２－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、（Ｓ）－ヘキサン－１，５－ジオールから、２－シアノエチル（（Ｓ）－６－（ジメトキシホスホリル）ヘキサン－２－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを、調製する。
実施例１０：２－シアノエチル（５－（ジメトキシホスホリル）－３－メトキシペンチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、３－メトキシペンタン－１，５－ジオールから、２－シアノエチル（５－（ジメトキシホスホリル）－３－メトキシペンチル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１１：２－シアノエチル（２－（２－（ジメトキシホスホリル）エトキシ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト（ｄｉｉｓｏｐｒｏｐｙ ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ）
以下の合成スキームに従って、ジエチレングリコールから、シアノエチル（２－（２－（ジメトキシホスホリル）エトキシ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１２：２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）チオ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、２，２’－チオビス（エタン－１－オール）から、２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）チオ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１３：２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル－２，２－ｄ２）チオ）エチル－１，１－ｄ２）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、２，２’－チオビス（エタン－１，１－ｄ２－１－オールから、２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル－２，２－ｄ２）チオ）エチル－１，１－ｄ２）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１４：２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）（メチル）アミノ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、２，２’－（メチルアザンジイル（ｍｅｔｈｙｌａｚａｎｅｄｉｙｌ））ビス（エタン－１－オール）から、シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）（メチル）アミノ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１５：２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）シクロヘキシル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、４－ビニルシクロヘキサ（ｖｉｎｙｌｃｙｃｌｏｈｅｘ）－１－エンから、２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）シクロヘキシル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１６：２－シアノエチル（（４－（ジメトキシホスホリル）シクロヘキシル）メチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームから、４－（ヒドロキシメチル）シクロヘキサノールから、２－シアノエチル（（４－（ジメトキシホスホリル）シクロヘキシル）メチル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調整する。
実施例１７：２－シアノエチル（（３Ｓ，６Ｓ）－６－（３－（ジメトキシホスホリル）プロピル）－３，６－ジヒドロ－２Ｈ－ピラン－３－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、（３Ｓ，６Ｓ）－６－アリル－３，６－ジヒドロ－２Ｈ－ピラン－３－イルアセテートから、２－シアノエチル（（３Ｓ，６Ｓ）－６－（３－（ジメトキシホスホリル）プロピル）－３，６－ジヒドロ－２Ｈ－ピラン－３－イル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１４：２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、４－ビニルベンジルアセテートから、２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調整する。
実施例１８：２－シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、４－（ヨードメチル）ベンジルアセテートから、２－シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例１９：２－シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）シクロヘキシル）ジイソプロピルホスホラミダイト
以下の合成スキームに従って、ｔｅｒｔ－ブチル（シクロヘキサ（ｃｙｃｌｏｈｅｘ）－３－エン－１－イルメトキシ）ジメチルシランから、シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）シクロヘキシル）ジイソプロピルホスホラミダイトを調製する。
実施例２０：（Ｅ）－２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）ビニル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
以下の合成スキームに従って、４－（ヒドロキシメチル）ベンズアルデヒドから、（Ｅ）－２－シアノエチル（４－（２－（ジメトキシホスホリル）ビニル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイトを調製する。
実施例２１：ジメチル（Ｅ）－（５－（（ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）ペント－１－エン－１－イル）ホスホネート
実施例２２：ジメチル（（４－（（ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）シクロヘキシル）メチル）ホスホネート
実施例２３：ジメチル（３－（（ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）フェネチル）ホスホネート
実施例２４：ジメチル（２（（ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）フェネチル）ホスホネート
実施例２５：ジメチル（Ｅ）－（２（（ビス（ジイソプロピルアミノ）ホスファニル）オキシ）スチリル）ホスホネート
実施例２６：２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）アミノ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
実施例２７：２－シアノエチル（２－（（２－（ジメトキシホスホリル）エチル）アミノ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
実施例２８：２－シアノエチル（２－（２－（ジメトキシホスホリル）エトキシ）エチル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
実施例２８：２－シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）シクロヘキシル）エチル（イソプロピル）ホスホルアミダイト
実施例２９：２－シアノエチル（４－（（ジメトキシホスホリル）メチル）ベンジル）ジイソプロピルホスホルアミダイト
実施例３０：直鎖安定ホスフェート置換
代替ヌクレオチド間結合の実施例
実施例３１：アミド結合
実施例３２：アミド結合
実施例３３：メチルホスホネート結合
分子生物学の実施例
実施例１．ＨＣＴ１１６細胞中のホスホネートのインビトロの活性
ｓｉＲＮＡの設計および合成：２１ｍｅｒのＳＳＢガイド鎖をマウスＳＳＢに対して設計した。ガイド鎖／アンチセンス鎖の配列（５’～３’）は、ＵＵＡＣＡＵＵＡＡＡＧＵＣＵＧＵＵＧＵＵＵであった。ホスホネート修飾ヌクレオチド構造（化合物１、２、および４）を取り込む３つのバージョンを作成した。ガイドおよび完全に相補的なＲＮＡパッセンジャー鎖を、標準のホスホロアミダイト化学を使用して固体相上で組み立て、ＨＰＬＣで精製した。ＲＮＡｉの分野で十分に説明されている塩基、糖、およびリン酸の修飾を使用して、二本鎖の潜在能を最適化し、免疫原性を減少させた。精製された一本鎖を二重にして、上に記載される二本鎖ｓｉＲＮＡを得た。
ＭＳＴＮ配列：ガイド鎖／アンチセンス鎖の配列（５’～３’）は、ＵＵＡＵＵＡＵＵＵＧＵＵＣＵＵＵＧＣＣＵＵであった。ガイドおよび完全に相補的なＲＮＡパッセンジャー鎖を、上記と同じように組み立てた。
インビトロの試験：様々なｓｉＲＮＡを、１００ｎＭ、１０ｎＭ、１ｎＭ、０．１ｎＭ、０．０１ｎＭ、０．００１ｎＭ、および０．０００１ｎＭの最終濃度で、ヒト大腸癌ＨＣＴ１１６細胞にトランスフェクトした。市販のトランスフェクション試薬を用いてｓｉＲＮＡを製剤化した。製造者の「フォワードトランスフェクション（ｆｏｒｗａｒｄ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）」説明書に従った、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）。トランスフェクションの２４時間前に、１ウェル当たり５００００の細胞で２４ウェル組織培養プレート上に、細胞を三連でプレーティングした。トランスフェクションの４８時間後、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて収集した。製造者の説明書に従って、Ｄｉｒｅｃｔ－ｚｏｌ－９６ ＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して、ＲＮＡを単離した。製造者の説明書に従って、Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、１０μｌのＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した。ＴａｑＭａｎ（登録商標） Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、ＳＳＢ特異的およびＰＰＩＢ特異的なＴａｑＭａｎ遺伝子発現プローブ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて、ｑＰＣＲによってｃＤＮＡ試料を評価した。ＳＳＢ値を、ＰＰＩＢ遺伝子発現に対して各試料内で正規化した。標準的な２－ΔΔＣｔ方法を使用して、ＳＳＢダウンレギュレーションの定量化を実施した。すべての実験を三連で実施した。ｖｐＵｍ．ＳＳＢ．７ｆ８ｓを対照として使用した。
ＩＣ５０値は以下の通りであった：
図２Ａ～Ｃは用量反応曲線を示し、この用量反応曲線では、ＳＳＢ ｓｉＲＮＡのガイド鎖の５’末端上の新規なホスホネート修飾ヌクレオチド構造が、二本鎖のインビトロのトランスフェクション後に、ＲＩＳＣにロードされ、標的ＳＳＢ遺伝子の配列特異的ダウンレギュレーションを媒介することができることが示されている。
実施例２．ＳＪＣＲＨ３０細胞および明らかに健康なヒト由来の筋芽細胞におけるｓｉＲＮＡのインビトロの活性
ヒト横紋筋肉腫ヒト細胞（ＳＪＣＲＨ３０、ＡＴＣＣ ＣＲＬ－２０６１）において、および明らかに健康なヒト由来の不死化骨格筋芽細胞（ＭＢ）（Ｄｅｎｉｓ Ｆｕｒｌｉｎｇ，Ｉｎｓｔｉｔｕｔ ｄｅ Ｍｙｏｌｏｇｉｅ，Ｆｒａｎｃｅから得た）において、ｓｉＲＮＡの活性を評価した。１０％の熱不活性化ＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）および１０ｍＭのＨＥＰＥＳおよび１ｍＭのピルビン酸ナトリウムで補足されたＤＭＥＭ中で、ＳＪＣＲＨ３０細胞を成長させた。完全な骨格筋細胞増殖培地（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）中でヒトＭＢを成長させた。トランスフェクションの２４時間前に、１ウェル当たり８５００（ＳＪＣＲＨ３０）細胞または４０００（ＭＢ）細胞で、９６ウェル組織培養プレート上で、細胞を三通でプレーティングした。５０ｎＭ、５．５５５６ｎＭ、０．６１７３ｎＭ、０．０６８６ｎＭ、０．００７６ｎＭ、０．０００８ｎＭ、および０．０００１ｎＭの最終濃度で、ｓｉＲＮＡを両方の細胞型にトランスフェクトした。製造者の「フォワードトランスフェクション」のプロトコルの説明書に従って、ｓｉＲＮＡを市販のトランスフェクション試薬、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて製剤化した。トランスフェクションの４８時間後、細胞をＰＢＳで洗浄し、ＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて収集した。製造者の説明書に従って、Ｄｉｒｅｃｔ－ｚｏｌ－９６ ＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用して、ＲＮＡを単離した。製造者の説明書に従って、Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、１０μｌのＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した。ＴａｑＭａｎ（登録商標） Ｆａｓｔ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して、ＳＳＢ特異的、ＭＳＴＮ特異的、およびＰＰＩＢ特異的なＴａｑＭａｎ遺伝子発現プローブ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて、ｑＰＣＲによってｃＤＮＡ試料を評価した。ＳＳＢおよびＭＳＴＮの発現値を、各試料内でＰＰＩＢ遺伝子発現に対して正規化した。ＳＳＢおよびＭＳＴＮダウンレギュレーションの定量化を、基準２－ΔΔＣｔ法を使用して実施した。すべての実験を三連で実施した。
表３は、標準ホスホネート修飾ヌクレオチド（ｖｐＵｍ．ＳＳＢ．７ｆ８ｓ）と比較して達成された、アナログ（化合物１、２、３、および４）の最大半量阻害濃度と、最大ノックダウンとを示す。
図３Ａ～Ｄは用量反応曲線を示し、この用量反応曲線では、ＭＳＴＮ ｓｉＲＮＡのガイド鎖上の新規なホスホネート修飾ヌクレオチド構造が、二重鎖のインビトロのトランスフェクション後に、ＲＩＳＣにロードされ、標的ＭＳＴＮ遺伝子の配列特異的ダウンレギュレーションを媒介することができることが示されている。アナログ（化合物１、２、３、および４）の活性は、標準ビニルホスホネート修飾ヌクレオチド（ｖｐＵｍ．ＳＳＢ．７ｆ８ｓ）に匹敵した。表４は、標準ホスホネート修飾ヌクレオチド（ｖｐＵｍ）と比較して達成された、化合物の最大半量阻害濃度と、最大ノックダウンとを示す。
実施例３．野生型ＣＤ－１マウスにおけるｓｉＲＮＡのインビボの活性
コンジュゲートを、インビボの実験において、筋組織中のＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションを媒介するそれらの能力について評価した（野生型ＣＤ－１マウス）。ＰＢＳビヒクル対照、および指定されたＡＳＣと投与量を、静脈内（ｉｖ）注射によってマウスに投与した。１６８時間後、腓腹筋（ｇａｓｔｒｏｃ）、四頭筋（ｑｕａｄｒｉｃｅｐｔｓ）（ｑｕａｄ）、前脛骨筋（ｔｉｂ）、および横隔膜の組織を収集し、液体窒素中で急速冷凍（ｓｎａｐ－ｆｒｏｚｅｎ）した。標的組織中のｍＲＮＡノックダウンは、比較用のｑＰＣＲアッセイを使用して決定した。全ＲＮＡを組織から抽出し、逆転写し、適切に設計されたプライマーおよびプローブを用い、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲを使用して、ｍＲＮＡのレベルを定量化した。ＰＰＩＢ（ハウスキーピング遺伝子）を内部ＲＮＡローディング対照（ｉｎｔｅｒｎａｌ ＲＮＡ ｌｏａｄｉｎｇ ｃｏｎｔｒｏｌ）として使用し、結果を比較Ｃｔ方法によって算出し、標的遺伝子Ｃｔ値とＰＰＩＢ Ｃｔ値（ΔＣｔ）との差を算出し、その後、第２の差（ΔΔＣｔ）を得ることによってＰＢＳの対照群に対してさらに正規化した。
直鎖状の安定したリン酸を有するｓｉＲＮＡのインビボでの有効性は、８つの異なるＴｆＲ１－ｍＡｂコンジュゲート化合物、すなわち、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｍ．ＭＳＴＮ、ｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｑ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｗ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｙ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｂ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｅ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｈ．ＭＳＴＮ，ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｋ．ＭＳＴＮを使用して試験した。これらの化合物は、３、１、０．３、０．１ｍｇ／ｋｇのｓｉＲＮＡ用量で、２つのインビボの用量反応試験にそれぞれ使用した。ＴｆＲ１－ｍＡｂコンジュゲート化合物の投与の１６８時間後、組織を収集し、ＭＳＴＮ ｍＲＮＡノックダウンを測定した。
図４および図６は、２つの別個の用量反応試験における、０．１、０．３、１．０、および３．０ｍｇ／ｋｇでの抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲート（ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｑ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｂ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｅ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｈ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｋ．ＭＳＴＮ）のＩＶ投与後１週目での腓腹筋（左上）、四頭筋（左下）、横隔膜（右上）、および前脛骨筋（右下）におけるインビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションを示す。図５は、抗体ｓｉＲＮＡコンジュゲートの単回ＩＶ投与後１週目での、腓腹筋（左上）、四頭筋（左下）、横隔膜（右上）、および前脛骨筋（右下）における、ｓｉＲＮＡ濃度対インビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションのプロットを示す。
図７は、様々な抗体－ｓｉＲＮＡコンジュゲート（ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｍ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｑ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｗ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｙ．ＭＳＴＮ）のＩＶ投与後に、腓腹筋（左上）、四頭筋（左下）、横隔膜（右上）、および前脛骨筋（右下）におけるインビボのＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションを示す。図８Ａ～Ｄは、抗体－ｓｉＲＮＡコンジュゲート（図８Ａおよび８Ｂ：ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｍ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｑ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｗ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｙ．ＭＳＴＮ；図８Ｃおよび８Ｄ：ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｑ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｂ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｅ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｈ．ＭＳＴＮ、ＴｆＲ１．ｍＡｂ－ｖｐＵｋ．ＭＳＴＮ）の投与後５週間にわたる様々な抗体－ｓｉＲＮＡコンジュゲートによるＭＳＴＮ ｍＲＮＡダウンレギュレーションと、腓腹筋組織における期間中のそれらの濃度とを示す。
さらに直鎖状の安定したリン酸を有する抗体－ＳＳＢ ｓｉＲＮＡを使用して、肝臓組織における抗体－ｓｉＲＮＡコンジュゲートのインビボの有効性を決定した。図９は、３、１、０．３、０．１ｍｇ／ｋｇのｓｉＲＮＡ用量で、抗体－ｓｉＲＮＡコンジュゲート（ＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｍ．ＳＳＢ、ＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｗ．ＳＳＢ、ＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｙ．ＳＳＢ、ＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｅ．ＳＳＢ、ＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｈ．ＳＳＢ、またはＡＳＧＲ１ Ａｂ－ｖｐＵｋ．ＳＳＢ）をそれぞれ単回ＩＶ投与した後の、インビボのＳＳＢ ｍＲＮＡダウンレギュレーションを示す。ＡＳＧＲ１ ＳＳＢ ｓｉＲＮＡコンジュゲート化合物の投与後１６８時間で組織を収集し、ＳＳＢ ｍＲＮＡノックダウンを測定した。示されるように、本明細書で試験された直鎖状の安定したリン酸を有する抗体－ＳＳＢ ｓｉＲＮＡはすべて、３ｍｇ／ｋｇの用量でＳＳＢ ｍＲＮＡ発現の～７５％以上を減少させることができた。
本開示の好ましい実施形態が本明細書中で示され、記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されているに過ぎないということは、当業者に明らかであろう。多くの変形、変更、および置き換えは、本開示から逸脱することなく、当業者によって想到されるものである。本明細書に記載される開示の実施形態の様々な代案が、本開示の実施において利用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本開示の範囲を定義するものであり、ならびに、この特許請求の範囲およびその同等物の範囲内の方法および構造はそれによって包含されることが、意図されている。

Claims (10)

  1. オリゴヌクレオチドの合成に適した化合物であって、前記化合物は、
    からなる群から選択され、
    式中、Ｒ ｘ は、Ｈ、ハロゲン、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ アルキル、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ フルオロアルキル、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環、－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ ２ Ｈ、－ＣＯ ２ －アルキル、－ＣＨ ２ ＣＯ ２ Ｈ、－ＣＨ ２ ＣＯ ２ －アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ ２ 、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ ２ Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ ２ 、－ＣＨ ２ Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＮＨ ２ 、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ ２ ＮＨ ２ 、－ＣＨ ２ ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ ２ ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ ２ Ｈ、－ＳＯ ２ －アルキル、－ＳＯ ２ ＮＨ ２ 、または－ＳＯ ２ ＮＨ－アルキルである、
    化合物。
  2. 末端の１つに式（ＩＩａ）の化合物を含むオリゴヌクレオチドであって、
    ここで、前記式（ＩＩａ）の化合物の
    は、
    からなる群から選択され、
    式中、Ｒ ｘ は、Ｈ、ハロゲン、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ アルキル、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ フルオロアルキル、非置換または置換のＣ １ －Ｃ ６ ヘテロアルキル、非置換または置換の単環式の炭素環、非置換または置換の単環式の複素環、－ＣＮ、－ＯＨ、－Ｏ－アルキル、－ＣＯ ２ Ｈ、－ＣＯ ２ －アルキル、－ＣＨ ２ ＣＯ ２ Ｈ、－ＣＨ ２ ＣＯ ２ －アルキル、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ ２ 、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＣＨ ２ Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ ２ 、－ＣＨ ２ Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ－アルキル、－ＮＨ ２ 、－ＮＨ－アルキル、－ＣＨ ２ ＮＨ ２ 、－ＣＨ ２ ＮＨ－アルキル、－ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＣＨ ２ ＮＨＣ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＨ、－Ｓ－アルキル、－Ｓ（＝Ｏ）Ｈ、－Ｓ（＝Ｏ）アルキル、－ＳＯ ２ Ｈ、－ＳＯ ２ －アルキル、－ＳＯ ２ ＮＨ ２ 、または－ＳＯ ２ ＮＨ－アルキルであり、
    Ｊは、オリゴヌクレオチドの隣接するヌクレオチドに結合するヌクレオチド間結合基である、
    オリゴヌクレオチド。
  3. 前記オリゴヌクレオチドはＲＮＡオリゴヌクレオチドである、請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
  4. ２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－デオキシ、２－デオキシ－２’－フルオロ、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾されたヌクレオチド、ロックド核酸（ＬＮＡ）、またはエチレン核酸（ＥＮＡ）から選択される少なくとも１つの２’修飾されたヌクレオチドをさらに含む、請求項２または３に記載のオリゴヌクレオチド。
  5. ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、メチルホスホネート結合、ホスホトリエステル結合、またはアミド結合から選択される少なくとも１つの修飾されたヌクレオチド間結合をさらに含む、請求項２－４のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
  6. 前記オリゴヌクレオチドは結合部分にコンジュゲートする、請求項２－５のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
  7. 前記結合部分は、ヒト化抗体またはその結合フラグメント、キメラ抗体またはその結合フラグメント、モノクローナル抗体またはその結合フラグメント、一価Ｆａｂ’、二価Ｆａｂ２、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、ミニボディ、ナノボディ、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、あるいはラクダ科抗体、またはその結合フラグメント、ペプチド、アプタマー、または小分子を含む、請求項６に記載のオリゴヌクレオチド。
  8. １５～２５のヌクレオチドを含む、請求項２－７のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド。
  9. 対象のタンパク質の発現不全を特徴とする疾患の処置の際に使用するための、請求項２－８のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドであって、前記処置は、前記タンパク質をコードする遺伝子の発現を調節するために、前記オリゴヌクレオチドを前記対象に投与することを含む、オリゴヌクレオチド。
  10. 対象のタンパク質の過剰発現を特徴とする疾患の処置の際に使用するための、請求項２－８のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチドであって、前記処置は、前記タンパク質をコードする遺伝子の発現を調節するために、前記オリゴヌクレオチドを前記対象に投与することを含む、オリゴヌクレオチド。
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