JP6618362B2 - 新規異種二量体タンパク質 - Google Patents
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Description
本出願は、2013年1月14日に出願された米国特許出願第61/752,348号、および、2013年2月14日に出願された第61/764,954号、および2013年3月13日に出願された第61/780,334号、および2013年5月1日に出願された第61/818,410号、および2013年3月12日に出願された第61/778,157号、および201年12月9日に出願された第61/913,832号、および2013年5月1日に出願された第61/818,153号、および2013年12月9日に出願された第61/913,870号に対し優先権を主張し、その内容全体が、全ての目的に対し、この参照により本明細書に援用される。
以下の出願は、参照によりその全体で援用される:USSNs 61/302,707、61/732,813、61/598,686、61/441,552、61/311,472、61/450,457、61/545,498、61/368,969、61/391,509、61/391,515、61/439,263、61/368,962、および、61/593,846 、61/515,745、61/752,349、13/194,904、13/568,028、13/648,951、12/875,015、ならびに、米国特許出願公開第2009/0163,699号および第2006/0024298号。
単量体2におけるI199T/N203D/K274Q/R355Q/N384S/K392N/V397M/Q419E/DEL44およびpI置換は、ISO(+RR):Q196K/I199T/P217R/P228R/N276Kである。
抗CD3−抗CD19異種二量体抗体の4つの異なる三重F(「栓抜き型」)配列を示す。これら抗体は、pI変異(ISO−)配列および、FcγR結合欠落に対する2つの変異(236R/328R;当業者にはよく理解されることだが、本明細書に検討される他の「ノックアウト」変異もまた使用することができる)を利用する、pI操作Fcを含有する、CD19に対する最適化重鎖;C220Sバックグラウンド変異を有するISO(+RR)Fcドメインに関連において、最適化された抗CD3scFv、および、FcγR結合の欠落(再度、それらは他の欠落変異と交換することができる)に対する同じ2つの変異、および、最適化軽鎖、を含有しても良い。他のscFvリンカー、特に荷電scFvリンカーを使用することもできるが、荷電scFvリンカーのうちの1つの使用もまた可能である。
追加された異種二量体−ねじれFc変異(L368D/K370S−S364K/E357Q、下線)を有する、pI改変アイソタイプ定常領域変異体の異種二量体産生量および熱安定性を測定するために用いられた、概念実証システムに関するアミノ酸配列を提示する。
本発明の変異を用いた、異種二量体へと向かう、著しい「ねじれ」を示す。Fc変異を有していない同じ分子と比較し、95%を超える異種二量体が、L368E/K370Tを有する1つのモノマーを用いて為されており、他方は、S364Kを有するものであった。
FcγR受容体の一部、またはすべてに対する結合を低下させるための、多くの適した「ノックアウト」(KO)変異を示す。これらKO変異は、独立して、および任意選択的に、図35に記述されるセット内、および、立体構造変異およびpI変異を含む、本明細書に概要される任意の異種二量体化変異の両方と組み合わせることができる(本明細書の全ての変異に対してではないが、多くに適用される)。たとえば、E233P/L234V/L235A/G236delは、リストの任意の他の一重変異または二重変異と組み合わせることができる。さらに、一部の実施態様においては、両方のモノマーは同じKO変異を含有することが好ましい一方、異なるモノマーに異なるKO変異を組み合わせることも可能であり、ならびに、1つのモノマーのみがKO変異(複数含む)を含有することも可能である。USSN 61/913,870の図および説明に対する参照が為され、「ノックアウト」または「欠落」変異に関し、それらすべては、明示的にその全体において参照により援用される。
本発明は、二特異性抗体(または、以下に検討されるように、三特異性もしくは四特異性抗体もまた作製される)をもたらすための新規構築物を目的としたものである。抗体技術に関し現在ある課題は、2(またはそれ以上)の異なる抗原に同時に結合し、それにより、概して、異なる抗原を近接させることが可能となり、結果、新たな機能性および新たな療法が可能となる、「二特異性(および/または多特異性)」の抗体に関する要求である。一般的に、これらの抗体は、重鎖および軽鎖に対する遺伝子の各々を宿主細胞へと導入することにより作製される。これにより、通常、所望される異種二量体(A−B)、ならびに2つの同種二量体(A−AおよびB−B)が形成される。しかしながら、多特異性抗体形成の主な障害は、同種二量体抗体から異種二量体抗体を精製すること、および/または、同種二量体の形成よりも異種二量体の形成を多くさせることの困難性にある。
本用途をより完全に理解するために、いくつかの定義を以下に説明する。そのような定義は、文法的に均等であるものを含有することが意図される。
本発明は、多特異性、特に二特異性結合タンパク質の生成を目的としており、特に、scFvを含有する1つのモノマー、および、Fvを含有する他のモノマーを有する多特異性抗体を目的とする。
本発明は、多特異性抗体(通常、治療用抗体)の生成に関する。以下に検討されるように、「抗体」という用語が通常用いられている。本発明に用途が見出される抗体は、本明細書に記述される多くの形式をとることができ、以下に記述される抗体ならびに抗体誘導体、断片および模倣物が挙げられる。概して、「抗体」という用語には、定常ドメイン(限定されないが、CH1、CH2、CH3およびCLが挙げられる)を少なくとも1つ含有する任意のポリペプチドが含まれる。
一部の実施態様において、抗体は、異なる種由来の混合物であっても良い(たとえば、キメラ抗体および/またはヒト化抗体)。概して、「キメラ抗体」および「ヒト化抗体」の両方は、2以上の種由来の領域を混合させた抗体を指す。たとえば、「キメラ抗体」は伝統的に、マウス(または一部の場合においてはラット)由来の可変領域(複数含む)と、ヒト由来の定常領域(複数含む)を含有する。「ヒト化抗体」とは通常、ヒト抗体に存在する配列と、可変ドメインのフレームワーク領域を交換した非ヒト抗体を指す。一般的に、ヒト化抗体において、CDRを除く全抗体は、ヒト由来のポリヌクレオチドによりコードされるか、または、そのCDRを除き、その抗体と同一である。CDRは、その一部またはすべてが非ヒト生物に起源を有する核酸によりコードされており、ヒト抗体可変領域のβシートフレームワークへと移植され、抗体を産生し、その特異性は、移植されたCDRにより決定される。そのような抗体の作製は、たとえば、WO92/11018、Jones, 1986, Nature 321:522-525, Verhoeyen et al., 1988, Science 239:1534-1536(すべて、参照により全体で援用される)に記述されている。最初に移植された構築物において失われたアフィニティを復活させるために、対応するドナー残基に対する選択されたアクセプターのフレームワーク残基の「復帰突然変異(backmutation)」がしばしば必要とされる(US5530101;US5585089;US5693761;US5693762;US6180370;US5859205;US5821337;US6054297;US6407213、すべて、参照により全体で援用される)。またヒト化抗体は、好ましくは、イムノグロブリン定常領域(通常は、ヒトイムノグロブリンのもの)の一部を少なくとも含有し、および、それにより、ヒトFc領域を通常は含有する。ヒト化抗体はまた、遺伝子操作された免疫システムを有するマウスを用いて作製されても良い。Roque et al., 2004, Biotechnol. Prog. 20:639-654、参照により全体で援用される。ヒト化、および非ヒト抗体に再形成するための様々な技術および方法が当分野に公知である(Tsurushita & Vasquez, 2004, Humanization of Monoclonal Antibodies, Molecular Biology of B Cells, 533-545, Elsevier Science (USA)およびその中に引用される参照文献を参照のこと。すべて参照により全体で援用される)。ヒト化の方法としては、限定されないが、Jones et al., 1986, Nature 321:522-525; Riechmann et al.,1988; Nature 332:323-329; Verhoeyen et al., 1988, Science, 239:1534-1536; Queen et al., 1989, Proc Natl Acad Sci, USA 86:10029-33; He et al., 1998, J. Immunol. 160: 1029-1035; Carter et al., 1992, Proc Natl Acad Sci USA 89:4285-9, Presta et al., 1997, Cancer Res. 57(20):4593-9; Gorman et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:4181-4185; O'Connor et al., 1998, Protein Eng 11:321-8に記述される方法が挙げられる(すべて参照により全体で援用される)。ヒト化、または非ヒト抗体可変領域の免疫原性を減少させる他の方法としては、たとえばRoguska et al., 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:969-973(参照により全体で援用される)に記述される再現方法が挙げられる。1つの実施態様において、当分野で公知であるように、元の抗体は、アフィニティが成熟されている。構造を基にした方法を、ヒト化およびアフィニティ成熟のために用いても良い(たとえば、USSN 11/004,590に記述されている)。選択ベースの方法を用いて、抗体可変領域をヒト化および/またはアフィニティ成熟してもよく、限定されないが、Wu et al., 1999, J. Mol. Biol. 294:151-162; Baca et al., 1997, J. Biol. Chem. 272(16):10678-10684; Rosok et al., 1996, J. Biol. Chem. 271(37): 22611-22618; Rader et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 8910-8915; Krauss et al., 2003, Protein Engineering 16(10):753-759(すべて参照により全体で援用される)に記述される方法がある。他のヒト化の方法は、CDRの部分のみを移植するものであり、限定されないが、USSN 09/810,510; Tan et al., 2002, J. Immunol. 169:1119-1125; De Pascalis et al., 2002, J. Immunol. 169:3076-3084に記述される方法(すべて参照により全体で援用される)が挙げられる。
当業者に認識され、以下に詳述されるように、本発明の異種二量体融合タンパク質は、多くの構造をとることができ、好ましい実施態様は、「三重F」構築物として図1Bに示されている。
従って、本発明により、変異重鎖定常領域を含有するモノマーの第一ドメインとしての使用に基づいた異種二量体タンパク質が開示される。本明細書において、「モノマー」とは、異種二量体タンパク質の半分を意味する。従来的な抗体は、実際には四量体(2つの重鎖と2つの軽鎖)であることに注記されたい。本発明の文脈において、重鎖と軽鎖の1つの対(もし該当する場合、たとえばもしモノマーがFabを含有する場合)は、「モノマー」とみなされる。同様に、scFvを含有する重鎖領域はモノマーとみなされる。Fv領域が1つの融合パートナー(たとえば、重鎖と軽鎖)であり、および、抗体ではないタンパク質が他の融合パートナーである場合においては、それぞれの「半分」は、モノマーとみなされる。本質的に、定常領域のすべて(たとえば、Ch1−ヒンジ−CH2−CH3)、Fc領域(CH2−CH3)または、ただCH3ドメインのみであろうと、各モノマーは異種二量体化操作を行うための十分な重鎖定常領域を含有している。
本発明により、たとえば図11Bに示される「三重F」または「栓抜き型」スキャホールド上の、多特異性抗体の形式が開示される。
一部の実施態様において、異種二量体の形成は、立体構造変異の追加により促進することができる。すなわち、各重鎖のアミノ酸を変えることにより、異なる重鎖が関連し、同じFcアミノ酸配列を有する同種二量体の形成よりも、異種二量体構造の形成のほうが多くなる可能性がある。適切な立体構造変異は図に示されている。
概して、当業者に認識されているように、pI変異には2つの一般的なカテゴリーが存在する:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)、および、タンパク質のpIを増加させるもの(酸性変化)である。本明細書に開示されるように、これら変異のすべての組み合わせを行うことができる:1つのモノマーは野生型、または野生型と有意に異なるpIを示さない変異であっても良く、および、他方は、より塩基性またはより酸性であっても良い。あるいは、各モノマーが変更され、1つのより塩基性に、および1つがより酸性となる。
従って、変異重鎖定常ドメインを含有する1つのモノマーが、より正に作製される(たとえば、pIを低下させる)場合、以下の置換のうちの1以上が行われても良い:S119E、K133E、K133Q、T164E、K205E、K205Q、N208D、K210E、K210Q、K274E、K320E、K322E、K326E、K334E、R355E、K392E、K447の欠落、C末端へのペプチドDEDEの付加、G137E、N203D、K274Q、R355Q、K392N、および、Q419E。本明細書に概要され、図面に示されるように、これら変化は、IgG1と比較して示されているが、全てのアイソタイプならびにアイソタイプハイブリッドもこのように改変することができる。
従って、変異重鎖定常ドメインを含有する1つのモノマーが、より負に作製される(たとえば、pIを増加させる)場合、以下の置換のうちの1以上が行われても良い:Q196K、P217R、P228R、N276K、および、H435R。本明細書に概要され、図面に示されるように、これら変化は、IgG1と比較して示されているが、全てのアイソタイプならびにアイソタイプハイブリッドもこのように改変することができる。
抗体をベースにした異種二量体の場合、たとえば、モノマーの内の少なくとも1つが重鎖ドメインに加えて軽鎖を含有する場合、pI変異を当該軽鎖に行っても良い。軽鎖のpIを低下させるためのアミノ酸置換としては、限定されないが、K126E、K126Q、K145E、K145Q、N152D、S156E、K169E、S202E、K207E、および軽鎖のC末端へのペプチドDEDEの付加が挙げられる。定常λ軽鎖に基づいたこのカテゴリーにおける変化は、R108Q、Q124E、K126Q、N138D、K145T、およびQ199Eで1以上の置換を含有する。さらに、軽鎖のpIの増加が行われても良い。
さらに、本発明の多くの実施態様は、1つのIgGアイソタイプから他のタイプへと、特定の位置でpIアミノ酸を「導入すること」に依っており、それにより、望ましくない免疫原性が変異体に導入される可能性が減少または排除される。すなわち、IgG1は、様々な理由(高いエフェクター機能を含む)により、治療抗体として普遍的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重鎖定常領域は、IgG2よりも高いpI(7.31に対して、8.10)を有している。特定の位置でIgG1主鎖にIgG2の残基を導入することにより、得られたモノマーのpIは低下し(または増加し)、さらに、血清半減期が延長される。たとえば、IgG1は、137位でグリシン(pI5.97)を有しており、IgG2は、グルタミン酸(pI3.22)を有している;グルタミン酸の導入により、結果として得られるタンパク質のpIは影響を受ける。以下に記述されるように、通常、変異抗体のpIに有意な影響を与えるためには、多くのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、以下に検討されるように、IgG2分子に等しい変化をもたらすことにより、血清半減期を増加することができる。
各モノマーのpIは、変異重鎖定常ドメインおよび総モノマー(変異重鎖定常ドメインおよび融合パートナーを含む)のpIに依存しうる。ゆえに、一部の実施態様において、pIにおける変化は、図の表を用いて、変異重鎖定常ドメインに基づいて算出される。あるいは、各モノマーのpIが比較されても良い。同様に、「開始」可変領域のpI(たとえば、scFvまたはFabのいずれか)を算出し、どのモノマーがどの方向で操作されているかの情報を得る。
pI変異がモノマーのpIを減少させる場合、in vivoの血清滞留を改善するという利点が加わりうる。
当業者に認識されているように、列挙される異種二量体化変異のすべては、その「鎖状構造らしさ」または「モノマー分離」が保持されている限り、任意選択的に、および独立して、いずれかの方法で組み合わせることができる。さらに、これら変異のすべては、任意の異種二量体形式へと組み合わせることができる。図28およびその説明文を参照のこと。
本発明のイムノグロブリンは、事実上、全ての抗原を標的としうる。「三重F」形式は、特に2(以上)の異なる抗原を標的とする場合に有益である。(本明細書に概要されるように、この標的化は、形式によって、一価性および二価性の結合のいずれの組み合わせであっても良い)。ゆえに、本明細書において、イムノグロブリンは、好ましくは2つの標的抗原を共捕捉するが、一部の場合においては、3または4の抗原が、一価性に捕捉されてもよい。各モノマーの特異性は、以下のリストから選択されても良い。本明細書に開示される三重Fイムノグロブリンが、異なる抗原を標的化する場合に特に有益である一方、一部の場合においては、1つの抗原のみを標的とすることが有益である場合もある。すなわち、各モノマーが、同じ抗原に対する特異性を有しても良い。
ACI)、TNFRSF13C(BAFF R)、TNFRSF14(HVEM ATAR、HveA、LIGHT R、TR2)、TNFRSF16(NGFR p75NTR)、TNFRSF17(BCMA)、TNFRSF18(GITR AITR)、TNFRSF19(TROY TAJ、TRADE)、TNFRSF19L(RELT)、TNFRSF1A(TNF RI CD120a、p55−60)、TNFRSF1B(TNF RII CD120b、p75−80)、TNFRSF26(TNFRH3)、TNFRSF3(LTbR TNF RIII、TNFC R)、TNFRSF4(OX40 ACT35、TXGP1 R)、TNFRSF5(CD40 p50)、TNFRSF6(Fas Apo−1、APT1、CD95)、TNFRSF6B(DcR3 M68、TR6)、TNFRSF7(CD27)、TNFRSF8(CD30)、TNFRSF9(4−1BB CD137、ILA)、TNFRSF21(DR6)、TNFRSF22(DcTRAIL R2 TNFRH2)、TNFRST23(DcTRAIL R1 TNFRH1)、TNFRSF25(DR3 Apo−3、LARD、TR−3、TRAMP、WSL−1)、TNFSF10(TRAIL Apo−2リガンド、TL2)、TNFSF11(TRANCE/RANKリガンド ODF、OPGリガンド)、TNFSF12(TWEAK Apo−3リガンド、DR3リガンド)、TNFSF13(APRIL TALL2)、TNFSF13B(BAFF BLYS、TALL1、THANK、TNFSF20)、TNFSF14(LIGHT HVEMリガンド、LTg)、TNFSF15(TL1A/VEGI)、TNFSF18(GITRリガンド AITRリガンド、TL6)、TNFSF1A(TNF−a コネクチン、DIF、TNFSF2)、TNFSF1B(TNF−b LTa、TNFSF1)、TNFSF3(LTb TNFC、p33)、TNFSF4(OX40リガンド gp34、TXGP1)、TNFSF5(CD40リガンド CD154、gp39、HIGM1、IMD3、TRAP)、TNFSF6(Fasリガンド Apo−1リガンド、APT1リガンド)、TNFSF7(CD27リガンド CD70)、TNFSF8(CD30リガンド CD153)、TNFSF9(4−1BBリガンド CD137リガンド)、TP−1、t−PA、Tpo、TRAIL、TRAIL R、TRAIL−R1、TRAIL−R2、TRANCE、transferring受容体、TRF、Trk、TROP−2、TSG、TSLP、腫瘍関連抗原CA 125、腫瘍関連抗原発現ルイスY関連糖質、TWEAK、TXB2、Ung、uPAR、uPAR−1、ウロキナーゼ、VCAM、VCAM−1、VECAD、VE−カドヘリン、VE−カドヘリン2、VEFGR−1(flt−1)、VEGF、VEGFR、VEGFR−3(flt−4)、VEGI、VIM、ウイルス性抗原、VLA、VLA−1、VLA−4、VNRインテグリン、von Willebrands因子、WIF−1、WNT1、WNT2、WNT2B/13、WNT3、WNT3A、WNT4、WNT5A、WNT5B、WNT6、WNT7A、WNT7B、WNT8A、WNT8B、WNT9A、WNT9A、WNT9B、WNT10A、WNT10B、WNT11、WNT16、XCL1、XCL2、XCR1、XCR1、XEDAR、XIAP、XPDが挙げられる)、ならびにホルモンおよび増殖因子に対する受容体、が挙げられる)の両方が挙げられる。本発明の二特異性または三特異性抗体を形成するために、これら抗原に対する任意の組み合わせに対する抗体を作製することができる;すなわち、これら抗原の各々は、任意選択的に、および独立して、本発明による多特異性抗体から排除、または含有されても良い。
1R;IGF2およびEGFR;IGF2およびHER2;IGF2およびCD20;IGF2およびVEGF;IGF2およびIGF1R;IGF1およびIGF2;PDGFRaおよびVEGFR2;PDGFRaおよびPLGF;PDGFRaおよびVEGF;PDGFRaおよびc−Met;PDGFRaおよびEGFR;PDGFRbおよびVEGFR2;PDGFRbおよびc−Met;PDGFRbおよびEGFR;RONおよびc−Met;RONおよびMTSP1;RONおよびMSP;RONおよびCDCP1;VGFR1およびPLGF;VGFR1およびRON;VGFR1およびEGFR;VEGFR2およびPLGF;VEGFR2およびNRP1;VEGFR2およびRON;VEGFR2およびDLL4;VEGFR2およびEGFR;VEGFR2およびROBO4;VEGFR2およびCD55;LPAおよびS1P;EPHB2およびRON;CTLA4およびVEGF;CD3およびEPCAM;CD40およびIL6;CD40およびIGF;CD40およびCD56;CD40およびCD70;CD40およびVEGFR1;CD40およびDR5;CD40およびDR4;CD40およびAPRIL;CD40およびBCMA;CD40およびRANKL;CD28およびMAPG;CD80およびCD40;CD80およびCD30;CD80およびCD33;CD80およびCD74;CD80およびCD2;CD80およびCD3;CD80およびCD19;CD80およびCD4;CD80およびCD52;CD80およびVEGF;CD80およびDR5;CD80およびVEGFR2;CD22およびCD20;CD22およびCD80;CD22およびCD40;CD22およびCD23;CD22およびCD33;CD22およびCD74;CD22およびCD19;CD22およびDR5;CD22およびDR4;CD22およびVEGF;CD22およびCD52;CD30およびCD20;CD30およびCD22;CD30およびCD23;CD30およびCD40;CD30およびVEGF;CD30およびCD74;CD30およびCD19;CD30およびDR5;CD30およびDR4;CD30およびVEGFR2;CD30およびCD52;CD30およびCD4;CD138およびRANKL;CD33およびFTL3;CD33およびVEGF;CD33およびVEGFR2;CD33およびCD44;CD33およびDR4;CD33およびDR5;DR4およびCD137;DR4およびIGF1,2;DR4およびIGF1R;DR4およびDR5;DR5およびCD40;DR5およびCD137;DR5およびCD20;DR5およびEGFR;DR5およびIGF1,2;DR5およびIGFR、DR5およびHER−2、ならびに、EGFRおよびDLL4に結合することができる。他の標的の組み合わせとしては、EGF/efb−2/erb−3ファミリーのうちの1以上の因子が挙げられる。
RAK1、IRAK2、MYD88、NCK2、TNFAIP3、TRADD、TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF4、TRAF5、TRAF6、ACVR1、ACVR1B、ACVR2、ACVR2B、ACVRL1、CD28、CD3E、CD3G、CD3Z、CD69、CD80、CD86、CNR1、CTLA4、CYSLTR1、FCER1A、FCER2、FCGR3A、GPR44、HAVCR2、OPRD1、P2RX7、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、BLR1、CCL1、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL7、CCL8、CCL11、CCL13、CCL15、CCL16、CCL17、CCL18、CCL19、CCL20、CCL21、CCL22、CCL23、CCL24、CCL25、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CX3CL1、CX3CR1、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCR4、GPR2、SCYE1、SDF2、XCL1、XCL2、XCR1、AMH、AMHR2、BMPR1A、BMPR1B、BMPR2、C19orf10(IL27w)、CER1、CSF1、CSF2、CSF3、DKFZp451J0118、FGF2、GFI1、IFNA1、IFNB1、IFNG、IGF1、IL1A、IL1B、IL1R1、IL1R2、IL2、IL2RA、IL2RB、IL2RG、IL3、IL4、IL4R、IL5、IL5RA、IL6、IL6R、IL6ST、IL7、IL8、IL8RA、IL8RB、IL9、IL9R、IL10、IL10RA、IL10RB、IL11、IL12RA、IL12A、IL12B、IL12RB1、IL12RB2、IL13、IL13RA1、IL13RA2、IL15、IL15RA、IL16、IL17、IL17R、IL18、IL18R1、IL19、IL20、KITLG、LEP、LTA、LTB、LTB4R、LTB4R2、LTBR、MIF、NPPB、PDGFB、TBX21、TDGF1、TGFA、TGFB1、TGFB1I1、TGFB2、TGFB3、TGFB1、TGFBR1、TGFBR2、TGFBR3、TH1L、TNF、TNFRSF1A、TNFRSF1B、TNFRSF7、TNFRSF8、TNFRSF9、TNFRSF11A、TNFRSF21、TNFSF4、TNFSF5、TNFSF6、TNFSF11、VEGF、ZFPM2、およびRNF110(ZNF144)が挙げられる。本発明の二特異性抗体または三特異性抗体を形成するために、これら抗原の任意の組み合わせに対する抗体を作製することができる;すなわち、これら抗原の各々は、任意選択的に、および独立して、本発明による多特異性抗体から排除、または含有されても良い。
上述の修飾に加え、他の修飾を施しても良い。たとえば、VHとVLドメインを連結するジスルフィド結合の組み込みにより分子を安定化させても良い(Reiter et al., 1996, Nature Biotech. 14:1239-1245、参照により本明細書に全体で援用される)。さらに、以下に概要されるように、様々な共有結合修飾を抗体に施すことができる。
他のタイプの共有結合修飾は、グリコシル化における改変である。他の実施態様において、本明細書に開示される抗体は、1以上の操作された糖型を含有するよう修飾されても良い。本明細書において、「操作された糖型」とは、抗体に共有結合された糖質組成物を意味し、ここで、前記糖質組成物は、元の抗体から化学的に異なっている。操作された糖型は、様々な目的に対し有用であり得、その目的としては、限定されないが、エフェクター機能の増強または減少が挙げられる。操作された糖型のこのましい形態は、脱フコシル化であり、脱フコシル化は、ADCC機能の増加に相関していることが示されており、FcγRIIIa受容体に対するより強い結合を介すると推測されている。この文脈において、「脱フコシル化」とは、宿主細胞中で産生された抗体の大部分が、実質的にフコースを欠いていることを意味し、産生された抗体の90〜95〜98%が、抗体の糖質部分(通常、Fc領域のN297に付着している)の成分として、検知可能な量のフコースを有していない。既定の機能上、脱フコシル化された抗体は、通常、FcγRIIIaに対し、少なくとも50%かそれ以上のアフィニティを示す。
pIアミノ酸変異に加え、様々な理由のために行うことができる、多くの有用なFcアミノ酸修飾が存在する(限定されないが、1以上のFcγR受容体への結合の改変、FcRn受容体への結合の改変等)。
従って、1以上のFcγR受容体に対する結合を改変するために行うことができる、有用なFc置換が数多く存在する。結合の増加、ならびに結合の低下をもたらす置換が、有用でありうる。たとえば、Fc□RIIIaに対する結合の増加は、通常、ADCCの増加(抗体依存性細胞介在性細胞毒性;細胞が介在する反応であり、FcγRを発現する非特異的細胞毒性細胞が、標的細胞上に結合された抗体を認識し、次いで、標的細胞の溶解をもたらす)をもたらす。同様に、FcγRIIb(阻害性受容体)に対する結合の低下は、一部の環境下において同様に有益でありうる。本発明における用途が見出されるアミノ酸置換としては、USSN11/124,620(特に、図41)、11/174,287、11/396,495、11/538,406(それらすべて、特に、その中に開示されている変異に対して、参照により明示的に全体で援用される)にリストアップされているものが挙げられる。用途が見出される特定の変異としては、限定されないが、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330Lおよび、299Tが挙げられる。
Fc欠落変異
本発明に用途が見出される追加の変異は、Fcγ受容体に対する結合が欠落(たとえば、減少または消滅)しているものである。これは、本発明の異種二量体抗体の潜在的な作用メカニズムを減少させる場合に望ましい(たとえば、ADCC活性を減少させる)。多くの適切なFc欠落変異が図35に示されており、任意選択的に、および独立して、任意の他の異種二量体変異(pI変異および立体構造変異を含む)と組み合わせて、包含または除外されても良い。
本発明は、任意選択的に、たとえばさらなる抗原結合部位を追加する場合において、必要に応じてリンカーを備えるものであり、たとえば図11、12および13に示されるものがあり、ここで、分子の「他の末端」は、追加の抗原結合成分を含有している。さらに、以下に概要されるように、リンカーは、任意選択的に、抗体薬剤結合物(ADC)システムにおいても用いられる。中心mAb−Fv構築物の成分の連結に用いられる場合、リンカーは通常、ペプチド結合により連結される2以上のアミノ酸残基を含有するポリペプチドであり、本発明の1以上の成分を連結するために用いられる。そのようなリンカーポリペプチドは当分野に公知である(たとえば、Holliger, P., et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448; Poljak, R. J., et al. (1994) Structure 2:1121-1123を参照のこと)。様々なリンカーが、本明細書の一部の実施態様における用途が見出される。当業者に認識されているように、本発明において、少なくとも3つの異なるリンカーのタイプが存在する。
一部の実施態様において、本発明の多特異性抗体は、薬剤と結合され、抗体−薬剤結合物(ADC)を形成する。概して、ADCは、癌応用に用いられており、抗体−薬剤結合物を、細胞毒性剤または細胞増殖抑制剤の局所送達のために用いることにより、薬剤部分を腫瘍へ標的化送達することが可能になり、それによって、毒性は低く、高い有効性等が得られる。この技術の概要は、Ducry et al., Bioconjugate Chem., 21:5-13 (2010), Carter et al., Cancer J. 14(3):154 (2008)および、Current Opin. Chem. Biol. 13:235-244 (2009)に開示されている(それらすべて、本明細書に参照によりその全体で援用される)。
マイタンシノイド薬剤部分としての使用に適したマイタンシン化合物は、当分野に公知であり、公知の方法に従い、天然物質から単離することができ、遺伝子操作技術を用いて製造することができ(Yu et al (2002) PNAS 99:7968-7973を参照のこと)、または、マイタンシノールおよびマイタンシノールアナログは、公知の方法に従い合成的に調製することができる。以下に記述されるように、薬剤は、たとえばチオールまたはアミン基等の、抗体の結合に対し機能的に活性な基を組み込むことにより、修飾されてもよい。
一部の実施態様において、ADCは、ドラスタチンまたはドラスタチンペプチドアナログおよび誘導体、オーリスタチン(米国特許第5,635,483号;第5,780,588号)に結合された多特異性抗体を含有する。ドラスタチンおよびオーリスタチンは、微小管の動態、GTP加水分解、ならびに核および細胞の分裂に干渉することが示されており(Woyke et al (2001) Antimicrob. Agents and Chemother. 45(12):3580-3584)、抗癌活性(米国特許第5,663,149号)および抗真菌活性(Pettit et al (1998) Antimicrob. Agents Chemother. 42:2961-2965)を有している。ドラスタチンまたはオーリスタチン薬剤部分は、ペプチド薬剤部分のN(アミノ)末端またはC(カルボキシル)末端を介して抗体に付加されていても良い(WO 02/088172)。
他の実施態様において、ADCは、1以上のカリケアミシン分子に結合された本発明の抗体を含有する。たとえば、Mylotargは、最初に市販されたADC薬物であり、カリケアミシンγ1をペイロードとして使用している(米国特許第4,970,198号を参照のこと。その全体で参照により援用される)。さらなるカリケアミシン誘導体は、米国特許第5,264,586号、第5,384,412号、第5,550,246号、第5,739,116号、第5,773,001号、第5,767,285号、および第5,877,296号に開示されている(すべて、参照により明示的に援用される)。抗生物質のカリケアミシンファミリーは、ピコモル以下の濃度で二本鎖DNAの破壊をもたらすことができる。カリケアミシンファミリー結合物の調製については、米国特許第5,712,374号、第5,714,586号、第5,739,116号、第5,767,285号、第5,770,701号、第5,770,710号、第5,773,001号、第5,877,296号を参照のこと(すべて、American Cyanamid Company)。用いることができるカリケアミシンの構造アナログとしては、限定されないが、γ1I、α2I、α2I、N−アセチル−γ1I、PSAGおよびθI1が挙げられる(Hinman et al., Cancer Research 53:3336-3342 (1993), Lode et al., Cancer Research 58:2925-2928 (1998)、および前述のAmerican Cyanamidに対する米国特許)。抗体が結合することができる他の抗腫瘍薬剤は、抗葉酸剤のQFAである。カリケアミシンおよびQFAの両方とも、細胞内に作用部位を有し、細胞膜を容易に透過しない。それゆえ、これらの剤を、抗体介在性の内在化により細胞内に取り込ませることにより、細胞毒性効果を大幅に増強させることができる。
CC−1065(4,169,888を参照のこと。参照により援用される)およびズオカルミシンは、ADCに用いられる抗腫瘍抗生物質のファミリーの一つである。これら構成物質は、副溝のアデニンのN3で、配列選択的にDNAをアルキル化することにより作用すると考えられており、アポトーシスをもたらすカスケード事象を開始させる。
本発明の抗体に結合することができる他の抗腫瘍剤としては、BCNU、ストレプトゾイシン、ビンクリスチン、および5−フルオロウラシル、集合的にLL−E33288複合体(米国特許第5,053,394号、第5,770,710号に記述される)として知られる剤のファミリー、ならびにエスペラミシン(米国特許第5,877,296号)が挙げられる。
の範囲であっても良い。結合物調製の反応における、抗体ごとの薬剤の平均数は、たとえば質量分析、ELISAアッセイ、およびHPLC等の従来的な手段により特徴解析されても良い。pを単位として、抗体−薬剤−結合物の量的分布が測定されても良い。
典型的には、抗体−薬剤結合物は、薬剤ユニットと抗体ユニットの間にリンカーユニットを含有する。一部の実施態様において、リンカーは、細胞内または細胞外の条件下で開裂可能であり、リンカーの開裂により、適切な環境下で抗体から薬剤ユニットが放出される。たとえば、あるプロテアーゼを分泌する固形腫瘍を、開裂可能なリンカーの標的とし、他の実施態様においては、細胞内プロテアーゼが用いられる。さらに他の実施態様において、リンカーユニットは開裂可能ではなく、たとえばリソソームにおける抗体の分解により、薬剤が放出される。
薬剤量は、pにより表され、および、分子中の抗体当たりの薬剤部分の平均数である。薬剤量(p)は、抗体当たり、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20以上の部分であっても良いが、しばしば、平均数は、分数または小数である。一般的に、1〜4の薬剤量が多くの場合有用であり、および1〜2もまた有用である。本発明のADCは、1〜20の薬剤部分の範囲で結合された抗体のコレクションを含有する。結合反応から調製されたADCの抗体当たりの薬剤部分の平均数は、たとえば質量分析およびELISAアッセイ等の標準的な手段により解析されてもよい。
薬剤または抗体−薬剤結合物が細胞増殖抑制効果および/または細胞毒性効果を細胞に対し発揮しているかどうかを測定する方法は公知である。一般的に、抗体薬剤結合物の細胞毒性活性または細胞増殖抑制活性は、以下により測定することができる:抗体薬剤結合物の標的タンパク質を発現する哺乳類細胞を、細胞培養培地中に曝すこと;約6時間〜約5日間、細胞を培養すること;および、細胞の活性を測定すること。細胞ベースのin vitroアッセイを用いて、活性(増殖)、細胞毒性および、抗体薬剤結合物によるアポトーシスの誘導(カスパーゼ活性化)を測定することができる。
本発明に従い用いられる抗体の製剤は、所望の程度の純度を有する抗体と、任意の薬学的に受容可能な担体、賦形剤または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. [1980])を混合することにより、凍結乾燥製剤または水性溶液の形態で、保管のために調製される。受容可能な探知、賦形剤または安定化剤は、用いられる投与量および濃度で、受け手に対し非毒性であり、たとえばリン酸、クエン酸および他の有機酸等の緩衝剤;抗酸化剤(アスコルビン酸およびメチオニンが挙げられる);保存剤(たとえば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール;アルキルパラベン(たとえば、メチルパラベンまたはプロピルパラベン);カテコール;レゾルシン;シクロヘキサノール;3−ペンタノール;およびm−クレゾール等);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;たとえば血清アルブミン、ゼラチン、またはイムノグロブリン等のタンパク質;たとえばポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー;たとえばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシン等のアミノ酸;単糖、二糖および他の糖質(グルコース、マンノースまたはデキストリンが挙げられる);たとえばEDTA等のキレート剤;たとえばスクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖類;塩形成カウンターイオン(たとえばナトリウム);金属錯体(たとえば、Zn−タンパク質錯体);および/または、非イオン性界面活性剤(たとえば、TWEEN(登録商標)、PLURONICS(登録商標)またはポリエチレングリコール(PEG))、が挙げられる。
本発明の抗体および化学療法剤は、たとえばボーラス投与として、または、ある期間にわたる持続注入による静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、脳脊髄内投与、皮下投与、動脈内投与、滑液嚢内投与、くも膜下投与、口腔投与、局所投与または吸入経路等の公知方法に従い、対象投与される。抗体の静脈内投与または皮下投与が好ましい。
本発明の方法において、治療を用いて、疾患または状態に関し、治療に対する好反応を得る。「治療に対する好反応」とは、疾患もしくは状態における改善、および/または、疾患もしくは状態と関連した症状における改善が意図される。たとえば、治療に対する好反応とは、以下の疾患における改善のうちの1以上を指す:(1)腫瘍細胞の数の減少;(2)腫瘍細胞死の増加;(3)腫瘍細胞生存の阻害;(5)腫瘍増殖の阻害(すなわち、ある程度までの減速、好ましくは停止);(6)患者の生存率の増加;および(7)疾患または状態に関連した症状の1つ以上からの何らかの緩和。
本発明は、第一の抗原と第二の抗原を共捕捉する新規イムノグロブリン組成物を開示するものである。抗体の1つの重鎖は、一本鎖Fv(scFv、本明細書において定義される)を含有し、他方の重鎖は、「正規の」Fab形式であり、可変重鎖および軽鎖を含有する(図1を参照)。この構造は、場合によって、本明細書において「三重F」形式(scFv−Fab−Fc)と呼称される。2つの鎖は、二量体Fc領域により結合される(図2を参照)。Fc領域は、アミノ酸置換により修飾され、「三重F」異種二量体の効率的な精製を可能としても良い。さらに、Fc領域は、アミノ酸置換により置換され、「三重F」異種二量体の形成を促進しても良い。Fc置換の例は、以下に詳述する。
多特異性抗体は、第三の抗原に結合する追加のscFvまたはFabドメインを、「三重F」重鎖のうちの1つのC末端に付加することにより構築することができる。図5を参照のこと。あるいは、scFvまたはFabのC末端は、第一または第二の抗原に結合してもよく、それにより、二価性が寄与され、その抗原に対する全体的な結合アフィニティが増加する。
抗CD19Fab x 抗CD3scFv「三重F」二特異性抗体のアミノ酸配列は図にリストアップされている。所望されない二重scFv−FcおよびmAb同種二量体を超えて、所望される「三重F」異種二量体が効率的に精製されるよう作製されたアミノ酸置換は、下線を引いてある。好ましいヒト化抗CD3可変領域のアミノ酸配列は図2および図6にリストアップされる(CDRは下線を引いてある)。所望される「三重F」種の発現および精製、ならびにその生物活性のいくつかの例は、以下に示す。
抗CD38Fab x 抗CD3scFv「三重F」二特異性抗体のアミノ酸配列はUSSN61/818,410の図13にリストアップされる。所望されない二重scFv−FcおよびmAb同種二量体よりも、所望される「三重F」異種二量体が効率的に精製されるよう作製されたアミノ酸置換は、下線を引いてある。所望される「三重F」種の発現および精製、ならびにその生物活性のいくつかの例は、以下に示す。
上述のように、IgGサブクラス(IgG1、IgG2、IgG3およびIgG4)間のアイソタイプの差異を利用して、pIを増加または減少させる置換によって免疫原性が惹起されるリスクを最小化する試みを行う。新規アイソタイプの新たなセットは、この主題に基づいて設計した。これら新たな変異体は、ISO(−)、ISO(+)およびISO(+RR)と呼ばれる。これら新規アイソタイプの熱安定性は、ヒンジ−CH2−CH3(H−CH2−CH3)システム(Fc領域のみ)で測定された。タンパク質は上述の様に発現および精製された。この概念実証システムのための配列は、図16にリストアップされている。
上述のように、所望されない同種二量体に対し、所望される異種二量体の形成が多くなるように異種二量体−ねじれFc変異体が作製されても良い。れう以下の異種二量体−ねじれFc変異体L368D/K370S−S364K/E357Q(XENP12760、配列は図18に示す)を設計し、ヒンジ−CH2−CH3システム(Fc領域のみ)で検証した。タンパク質は上述のように発現および精製された。
異種二量体−ねじれFc変異体 L368D/K370S−S364K/E357Qを、抗CD19 x 抗CD3Fab−scFv−Fcへと操作した(アミノ酸配列は図15を参照)。対照のFab−scFv−Fc XENP13228は、これら異種二量体−ねじれFc変異を欠落していた。たった1度の標準的なプロテインA精製工程の後に存在したタンパク質を、等電点電気泳動(IEF)ゲルにより検証した。これにより、所望されない同種二量体に対する、所望される異種二量体の産生量の測定が可能となった。L368D/K370S−S364K/E357Q変異の存在(XENP13122、図22、右のレーン)により、この変異が無い(XENP13228、図22、左のレーン)と比較して、所望される異種二量体の形成(真ん中のバンド)の形成へと、かなり偏った。
Claims (11)
- a)配列番号397のアミノ酸配列を有する可変重鎖ドメイン、および
b)配列番号398のアミノ酸配列を有する可変軽鎖ドメイン、を含有する抗CD3一本鎖Fc領域(scFv)を含有する組成物。 - 前記scFvがscFvリンカーを含む、請求項1に記載の組成物。
- 請求項1または2に記載の組成物に含有されるscFvをコードする核酸。
- 請求項3に記載の核酸を含有する発現ベクター。
- 請求項3に記載の核酸を含有する宿主細胞。
- 抗CD3scFvを含有する組成物の作成方法であって、前記組成物が発現される条件下で、請求項5に記載の宿主細胞を培養することを含む、方法。
- 以下を含有する異種二量体抗体:
a)CD3に結合する一本鎖Fc領域(scFv)に連結された第一の可変ヒトFcドメインを含有する第一の重鎖であって、前記scFvが配列番号397のアミノ酸配列を有する第一の可変重鎖ドメインおよび配列番号398のアミノ酸配列を有する第一の可変軽鎖ドメインを含有する、第一の重鎖;
b)VH−CH1−ヒンジ−CH2−CH3を含有する第二の重鎖であって、VHが第二の可変重鎖ドメインであり、CH2−CH3が第二の可変ヒトFcドメインである、第二の重鎖;ならびに
c)定常軽鎖ドメインに連結された第二の可変軽鎖ドメインを含有する第一の軽鎖;
ここで、EUナンバリングに従って、前記第一の可変ヒトFcドメインがS364KおよびE357Qのアミノ酸置換を含有し、前記第二の可変ヒトFcドメインがL368DおよびK370Sのアミノ酸置換を含有する。 - 前記第一および第二のFcドメインのそれぞれが、Fcγ受容体欠落変異セットを含有する、請求項7に記載の異種二量体抗体。
- 前記欠落変異が、EUナンバリングに従った、G236RおよびL328R;E233P、L234V、L235A、G236del、およびS239K;E233P、L234V、L235A、G236del、およびS267K;E233P、L234V、L235A、G236del、S239K、およびA327G;E233P、L234V、L235A、G236del、S267K、およびA327G;ならびにE233P、L234V、L235A、およびG236delからなる群から選択される、請求項8に記載の異種二量体抗体。
- 以下を含有する異種二量体抗体の作成方法:
a)請求項7〜9のいずれか1項に記載の第一の重鎖をコードする第一の核酸を提供すること:
b)請求項7〜9のいずれか1項に記載の第二の重鎖をコードする第二の核酸を提供すること:
c)請求項7〜9のいずれか1項に記載の第一の軽鎖を含有する第三の核酸を提供すること;
d)前記第一、第二、および第三の核酸を宿主細胞中で発現させ、第一、第二、および第三のアミノ酸配列をそれぞれ産生すること;
e)前記第一、第二、および第三のアミノ酸配列をイオン交換カラムにロードすること;ならびに
f)前記異種二量体分画を採取すること。 - 請求項1または2に記載の組成物あるいは請求項7〜9のいずれか1項に記載の異種二量体抗体を含有する医薬組成物。
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