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JP2021511364A - 抗菌剤として有用な複素環式化合物 - Google Patents

抗菌剤として有用な複素環式化合物 Download PDF

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JP2021511364A JP2020541351A JP2020541351A JP2021511364A JP 2021511364 A JP2021511364 A JP 2021511364A JP 2020541351 A JP2020541351 A JP 2020541351A JP 2020541351 A JP2020541351 A JP 2020541351A JP 2021511364 A JP2021511364 A JP 2021511364A
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Abstract

本発明は、式(1)の化合物、鏡像異性体、ジアステレオマー、ラセミ混合物およびそれらの薬学的に許容される塩に関する。また、本発明は、既存の薬物化合物で治療するのが困難な細菌感染症を治療することができる抗細菌薬化合物を対象とする。

Description

発明の分野
本発明は、抗細菌薬化合物または薬学的に許容される塩、溶媒和物、錯体、水和物、多形体、ラセミ混合物、光学活性形態、並びに細菌によって媒介される疾患または状態の治療のためのそれらの使用に関する。また、本発明は、既存の薬物化合物で治療するのが困難な細菌感染症を治療することができる抗細菌薬化合物を対象とする。さらに、本発明は、そのような化合物、それらの互変異性体、それらの合成に関与する新規中間体を調製する方法に関する。
Figure 2021511364
発明の背景
抗菌薬耐性は世界的な問題であり、臨床および非臨床における抗菌薬耐性の増加率は世界的にヒトの健康に対する重大な脅威を有している。多剤耐性は、いくつかの病原体、例えば、黄色ブドウ球菌、肺炎レンサ球菌、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)および緑膿菌の間で一般的になっている。このうち、グラム陽性菌である黄色ブドウ球菌は、その効力と環境条件に適応する能力から、大きな懸念となっている。メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)はよく知られた耐性株群であり、パンデミックの割合に達している。
あまり蔓延してはいないが、大腸菌NDM−1(ニューデリーメタロBラクタマーゼ1)または肺炎桿菌NDM−1のいずれかのような抗生物質耐性グラム陰性株は、治療が非常に困難である。バンコマイシンやコリスチンのような高価な抗生物質だけが、これらの菌株に有効であることが多い。
細菌感染症の治療や予防に用いられる現在の抗菌薬は、効果が限られていることがわかっている。さらに、耐性発現の可能性が低下した強力な抗菌活性を有する新規化合物であって、現在利用可能な抗生物質による治療に抵抗する細菌感染症に対して改善された有効性を有する化合物、または標的微生物に対して選択性を有する化合物を同定する必要性が継続して存在する。世界保健機関は、ヒトの健康に対する3大脅威の1つとして抗菌薬耐性を認識している。この薬剤耐性の問題に取り組むためには、細菌の重要な経路を標的とする新しい化学型を開発しなければならない。
細菌のII型トポイソメラーゼはDNAジャイレースとトポイソメラーゼIV(TopoIV)を含み、これらはほとんどすべての原核細胞に同時に存在するヘテロ四量体酵素である。両酵素はDNA複製に必要であり、したがって細菌の細胞増殖と細胞分裂に必要である。
細菌のII型トポイソメラーゼは、特にフルオロキノロンクラスに属する化合物の、証明された抗細菌標的である。これらは、細菌感染症、特に院内感染や他のクラスの抗菌薬に対する耐性が疑われる感染症の治療に重要な役割を果たす広域抗菌薬である。フルオロキノロンは、DNAジャイレースおよびトポイソメラーゼIVを阻害することによって作用する。しかし、薬剤標的であるDNAジャイレースやトポイソメラーゼIVの活性部位あるいは薬剤蓄積のいずれかを変える突然変異により、近年、フルオロキノロン系薬剤に対する耐性が出現した。さらに、キノロンに対する耐性は、キノロン標的を阻害から保護するQnrタンパク質を産生するプラスミドによって媒介され得る(G.A. Jacoby、CID、2005:41、Suppl. 2、 SD120-S126)。抗菌化学療法におけるキノロンの長期的な治療の成功にかかわらず、細菌性病原体におけるキノロン誘導耐性の新しい形態は、絶えず生じており、抗菌治療におけるこれらの薬物の減少または完全な無効さえ示している。
新規細菌性トポイソメラーゼ阻害剤(NBTI)は、非キノロンDNAジャイレースおよびトポイソメラーゼIV阻害剤の新興クラスを表す。NBTI分子は、キノロン系薬剤が占めるDNAジャイレース/トポイソメラーゼIVの触媒中心とは異なるが隣接する部位に結合する(J Antimicrob Chemother 71:1905-1913、2016)。したがって、NBTI化合物はフルオロキノロン耐性(FQR)分離株に対して効力を保持する。NBTIは、フルオロキノロンとは異なる触媒サイクルの相でII型トポイソメラーゼに結合することが示されている。どちらもタンパク質−DNA複合体との相互作用を介して結合するが、切断された二本鎖DNAと結合した触媒チロシンで酵素に結合するフルオロキノロンとは対照的に、NBTIはインタクトな切断されていないDNAの存在下で酵素に結合する。インビトロ/インビボで良好な毒性プロファイルと洗浄毒性プロファイルを有するNBTIクラスの抗菌薬を開発するために、10年以上にわたり医薬化学者によって多数の努力がなされてきたが、今日までNBTIクラスからの候補は市場に入っていない。多数の進行性NBTIが、hERG毒性と表される高い心毒性の可能性のため、臨床試験から中止された。唯一の候補(ジェポチダシン(Gepotidacin))は、ABSSSIおよび淋病(Gonorohiae)の治療のために第2相臨床試験中である。
Vitas pharma社(国際公開第2018/172925号公報)の研究者は、3−ニトロ−4−メチルフェニル尾部片(tail piece)を有する例VT−03−00065を報告した。化合物は、グラム陽性、黄色ブドウ球菌−ATCC29213(MIC: 0.25μg/ml)に対して強力な活性を示したが、肺炎レンサ球菌(S.pnuemoniae)ATCC6301(MIC: 4μg/ml)に対しては中等度の活性を示し、エンテロコッカス・フェカーリス (Enterococcus Faecalis)ATCC29212、モラクセラ・カタラーリス(Moraxella catarrhalis)ATCC8176、大腸菌ATCC25922、肺炎桿菌(K. pneumonia)ATCC700603から選択されたグラム陰性株に対しては、各株でMIC>32μg/mlで非効果的であった。
Figure 2021511364
同じ特許出願において、二環性尾部片を有する2例のVT−03−00042およびVT−03−00043がさらに報告された。これらの化合物はいずれも黄色ブドウ球菌−ATCC29231、MRSA ATCC−33591および大腸菌ATCC25922に対して有効ではなく、3株ともMIC値は>16μg/mlであった。
Figure 2021511364
Glaxoの研究者らは、国際公開第2008/009700号公報において化合物15Aを報告した。実施例54は、結核菌に対して1μMのMIC値を示した (Journal of Medicinal Chemistry 2014、57、4889-4905)。
Figure 2021511364
新規なNBTIクラスの抗菌薬を発見するために多大な努力がなされているが、今日までに市場に参入したものはなかった。従って、広域スペクトルならびに治療困難なグラム陽性およびグラム陰性病原体に対して効果を発揮する新規で強力、安全かつ費用対効果の高い抗菌剤を開発する緊急の必要性がある。
本明細書では、種々のグラム陽性およびグラム陰性株に対して活性であり、グラム陽性またはグラム陰性細菌による感染原因によって発症する疾患または状態の治療に有用である、式(1)の新規な広域スペクトル抗細菌化合物を開示する。
発明の概要
本発明は、グラム陽性およびグラム陰性病原体に対して活性を有する化合物、並びに感染症の治療のための化合物の使用を提供する。新規化合物は、以下に示す一般式(1)によって定義される。本発明の化合物は、病原体の調節により、ヒトまたは動物の体の処置に有用である。したがって、本発明の化合物は、数多くの感染症の治療/軽減/調節または予防に適している。
Figure 2021511364
好適な実施形態
本発明の主な目的は、一般式(1)の新規化合物、それらの互変異性体、それらの合成に関与する新規中間体、それらの薬学的に許容される塩、それらの薬学的に許容される溶媒和物、およびそれらを含有する医薬組成物、または治療感染症に適したそれらの混合物を提供することである。
一実施形態では、一般式(1)の新規化合物、それらの互変異性体、鏡像異性体、ジアステレオマー、ラセミ混合物または同位体変異体、それらの合成に関与する新規中間体、それらの薬学的に許容される塩、薬学的に許容される溶媒和物、およびそれらを含有する医薬組成物の調製方法を提供する。
別の実施形態では、一般式(1)の化合物、それらの互変異性体、鏡像異性体、ジアステレオマー、ラセミ混合物または同位体変異体、それらの薬学的に許容される塩、溶媒和物およびそれらの混合物を含有する医薬組成物であって、それらの製造において通常使用される薬学的に許容される担体、溶媒、希釈剤、賦形剤および他の媒体を有する、医薬組成物が提供される。
さらに別の実施形態では、治療効果的かつ非毒性量の式(1)の化合物、またはそれらの薬学的に許容される組成物を哺乳動物に投与することによる、感染症の治療のための本発明の新規化合物の使用が提供される。
さらに別の実施形態では、細菌感染からの治療または予防に適した式(1)の化合物の使用が提供される。
別の実施形態では、1つまたは複数の適切な薬学的活性剤と組み合わせた式(1)の化合物を提供する。
詳細な説明:
従って、本発明は、一般式(1)
Figure 2021511364

(式中、
Zは、CNまたはFから選択され、
Xは、CHまたはNから選択され、ただし、ZがFである場合は常に、XはCHであり、
Aは、以下:
Figure 2021511364

から選択される任意に置換された複素環である)
の化合物、それらの互変異性体、鏡像異性体、ジアステレオマー、ラセミ混合物または同位体変異体、またはそれらの薬学的に許容される塩、溶媒和物、またはプロドラッグに関するものである。
特に有用な化合物は、以下から選択され得る:
1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
6−((((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−3(4H)−オン;
6−((((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−3(4H)−オン;
4−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−7−フルオロキノリン−2(1H)−オン。
基上の好適な基および置換基は、明細書中のどこに記載されているものから選択してもよい。
用語「同位体変異体」は、このような化合物を構成する原子の1つまたは複数に非天然の割合の同位体を含む化合物を指し、これらに限定されるものではないが、以下のものを含む:水素(1 H)、重水素(2 H)、トリチウム(3 H)、炭素−11(11C)、炭素−12(12C)、炭素−13(13 C)、炭素−13(14C)、窒素−13(13 N)、窒素−14(14N)、窒素−15(15 N)、酸素−14(14O)、酸素−15(15 O)、酸素−16(16 O)、酸素−17(17 O)、酸素−18(18 O)、フッ素−17(17 F)、フッ素−18(18 F)、リン−31(31P)、リン−32(32P)、リン− 33(33P)、硫黄−32(32S)、硫黄−33(33S)、硫黄−34(34S)、硫黄−35(35S)、硫黄−36(36S)、塩素−35(35Cl)、塩素−36(31Cl)、塩素−37(37Cl)、臭素−79(79Br)、臭素−81(81Br)、ヨウ素−123(123I)、ヨウ素−125(125I)、ヨウ素−127(127I)、ヨウ素−129(129I) 、及び ヨウ素−131(131I)。ある実施形態において、化合物の「同位体変異体」は、安定な形態、すなわち非放射性である。ある実施形態において、化合物の「同位体変異体」は、非天然の割合の1つまたは複数の同位体を含み、これらに限定されるものではないが、以下のものが含まれる:水素(1 H)、重水素(2 H)、炭素−12(12C)、炭素−13(13 C)、窒素−14(14N)、窒素−15(15 N)、窒素−16(16 O)、酸素−17(17 O)、酸素−18(18 O)、フッ素−17(17 F)、リン−31(31P)、硫黄−32(32S)、硫黄−33(33S)、硫黄−34(34S)、硫黄−36(36S)、塩素−35(35Cl)、塩素−37(37Cl)、臭素−79(79Br)、臭素−81 (81Br)、及びヨウ素−127(127I)。 ある実施形態において、化合物の「同位体変異体」は、不安定な形態、すなわち放射性である。ある実施形態において、化合物の「同位体変異体」は、非天然の割合の1つまたは複数の同位体を含み、これらに限定されるわけではないが、以下のものを含む:トリチウム(3 H)、炭素−11(11C)、炭素−14(14C)、窒素−13(13 N)、酸素−14(14O)、酸素−15(15 O)、フッ素−18(18 F)、リン−32(32P)、リン−33(33P)、硫黄−35(35S)、塩素−36(36Cl)、ヨウ素−123(123I)、ヨウ素−125(125I)、ヨウ素−129(129I)およびヨウ素−131(131I)。本明細書で提供される化合物において、技術者の判断に従って実行可能な場合、任意の水素は、2 Hであり得、例えば、任意の炭素は、例えば、例えば、13 Cであり得、または任意の窒素は、例えば、15 Nであり得、任意の酸素は、18 Oであり得ることが理解されるであろう。特定の実施形態において、化合物の「同位体変異体」は、非天然の割合の重水素を含有する。
式(1)の化合物は、1つまたは複数の不斉中心を含むことができ、したがって、ラセミ体およびラセミ混合物、単一の鏡像異性体、ジアステレオマー混合物および個々のジアステレオマーとして生じることができる。本発明は、式(1)の化合物のこのようなすべての異性体形態を、単一種またはそれらの混合物として理解することを意味する。
本明細書記載の化合物のいくつかは、オレフィン性二重結合を含み、特記していなければ、E及びZ幾何異性体を含むものとする。
本明細書に記載される化合物のいくつかは、水素の異なる付着点を伴って存在することができ、互変異性体と呼ばれる。このような例は、ケト−エノール互変異性体として知られるケトンおよびそのエノール形態であってもよい。個々の互変異性体ならびにそれらの混合物は、式(1)の化合物とともに包含される。
略語のリスト
ACN:アセトニトリル
DMF:ジメチルホルムアミド
DCM:ジクロロメタン
EDC:ジクロロエタン
EtOH:エタノール
TFA:トリフルオロ酢酸
THF:テトラヒドロフラン
DIPEA:ジイソプロピルエチアミン
EtOAc:酢酸エチル
h: 時間
HCl:塩酸
min:分
MeOH:メタノール
NaBH3 CN:シアノホウ水素化ナトリウム
NaB(OAc)3H:トリアセトキシホウ水素化ナトリウム
NaBH4:水素化ホウ素ナトリウム
rtまたはRT :室温(25−30℃)
Ret:保持時間
Cs2 CO3 :炭酸セシウム
TEA:トリエチルアミン
器具の詳細
マススペクトルは、LC-MS 2010-A Shimadzuで記録した。
NMRスペクトルは、Bruker Avanc 400MHzで記録した。
本発明の化合物は、有機合成分野の当業者に知られている従来の技術または当業者によって理解されるそれらに対する変形と共に、以下に記載する方法を用いて調製することができる。好ましい方法は、全ての記号が以前に定義されている以下に記載されたものを含むが、これらに限定されない。
一般的スキーム1:一般式(1)の化合物の合成
Figure 2021511364
DCM、ACN、MeOH、EtOHおよびこれらの組合せから選択される溶媒中で、NaBH3 CN、NaB(OAc)3 H、NaBH4から選択される好適な還元剤の存在下での、4ーアミノ保護ピペリジン(3)によるアルデヒド誘導体(2)の還元アミノ化により、式(4)の化合物を得た。ジオキサンによる(4)のBocの脱保護HClまたはTFA/DCMはアミン化合物(5)を生じた。DCM、ACN、MeOH、EtOHおよびこれらの組合せから選択される溶媒中で、NaBH3 CN、NaB(OAc)3 H、NaBH4の存在下での、好適なアルデヒド誘導体(6)による式(5)のアミン化合物の還元アミノ化により、式(1)の化合物を得た。
一般的スキーム2:一般式(1)の化合物の合成
Figure 2021511364
代替的に、式(1)の化合物は、式(7)の化合物(式中、Lgは、Cl、Br、I、OMsから選択された脱離基である)と、4−アミノ保護ピペリジン(3)(式中、Pgは、Boc、CBz、ピバリル(Pivalyl)から選択されたアミン保護基である)とを、K2 CO3、CS2 CO3,TEA、DIEA、DBUから選択された塩基の存在下で、DCM、EDCM、DMF、ACNのような溶媒中で反応させて、式(4)の化合物を得ることによって調製することができる。ジオキサンを用いた(4)のPg基の脱保護DCM、EDCから選択した溶媒中のHCl、TFA、HClは式(5)のアミン誘導体を与えた。DCM、ACN、MeOH、EtOHおよびこれらの組合せから選択される溶媒中で、NaBH3 CN、NaB(OAc)3 H、NaBH4の存在下での、好適なアルデヒド誘導体(6)による式(5)のアミン化合物の還元アミノ化により、式(1)の化合物を得た。
式(2)および(7)の化合物は、参考文献国際公開第2006/023467号公報およびJournal of Medicinal chemistry 55(15)、6916、2012に従って合成することができる。式(3)の化合物を市販の供給源から直接使用した。
本発明の一部を形成する薬学的に許容される塩は、当技術分野で公知の方法により、式(1)の化合物を適切な溶媒中で適切な酸で処理することによって調製することができる。
本発明は、以下の実施例によってさらに例示され、これは本発明のいくつかの好適な実施形態のいくつかを提供する。これらの例は、単に代表的な実施形態として提供されるものであり、いかなる方法においても本発明の範囲を制限すると解釈されるべきではない。
Figure 2021511364
中間体の調製:
中間体A1:2−オキソ−1−(2−オキソエチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルは、Journal of Medicinal chemistry 2012、55、6916-6933に報告されている手順に従って調製した。
中間体A2:
ステップ1:3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルの調製
3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルは、国際公開第2014/024056号公報に報告された手順に従って調製した。
ステップII:4−アリル−3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルの調製
3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル(650mg、3.80mmol)およびDMF(6.5ml)を25℃でrbフラスコに入れた。混合物を0〜5℃に冷却し、NaH(401mg、8.35mmol)を添加した。反応混合物を25℃で10分間撹拌し、3−ヨードプロパ−1−エン(0.764ml、8.35mmol)を0〜5℃で添加した。反応混合物を25℃で10分間撹拌した。反応終了後、反応混合物を水(50ml)で希釈し、水層をEtOAc(50ml) X4で抽出した。有機層を合わせ、水とブライン溶液で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥してろ過し、減圧下で濃縮して粗生成物を得、これをフラッシュカラムクロマトグラフィーを用いて精製した。カラム: 12 gm Redi Sep カラム、および移動相:ヘキサン中10% EtOAc
ステップIII :3−オキソ−4−(2−オキソエチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルの調製
4−アリル−3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル(350mg、1.657mmol)、ジオキサン(35ml)および水(11mL)を丸底フラスコに入れた。これに過ヨウ素酸ナトリウム(1170mg、5.47mmol)を加え、続いて酸化オスミウム(VIII)(2.106ml、0.331mmol)を加えた。反応液を25℃で4時間撹拌した。反応終了後、混合物を水(25ml)中でクエンチした。酢酸エチル(20ml*3)を添加して化合物を抽出した。合わせた有機層を水で洗浄し、減圧下で蒸発させて粗化合物を得た。移動相としてDCM中の2%メタノールを用いてフラッシュカラムクロマトグラフィーにより、標題化合物を精製した。[150 mg、42%]
中間体A3:2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)アセトアルデヒドを、国際公開第2008/009700号に報告された手順に従って調製した。
Figure 2021511364
中間体B1: 2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−カルバルデヒドは、国際公開第2012/049555号公報で報告された方法に従って調製した。
中間体B2: 3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−カルバルデヒドを、国際公開第2010/111626号公報に報告された手順に従って調製した。
中間体B3: 3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−カルバルデヒドを、国際公開第2014/057415号公報に報告された手順に従って調製した。
好ましい実施形態の1つでは、黄色ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ニューモニア(Staphylococcus pneumonia)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、大腸菌、アシネトバクター・バウマニ(Acinetobacter baumannii)、肺炎桿菌(Klebsiella pneumonia)または結核菌のような種々の細菌株によって引き起こされる感染症の治療のための本発明の新規化合物が提供される。
別の実施形態では、アンフェニコール、β−ラクタム、テトラサイクリン、アミノグリコシド、キノロン、モチリン、マクロライド、アゾール、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)、グルココルチコステロイドクラスの化合物またはそれらの薬学的に許容される塩から選択される1つまたは複数の薬学的活性剤と組み合わせた、式(1)の化合物が提供される。
実施例1:1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルの調製。
Figure 2021511364
ステップ1:tert−ブチル(1−(2−(7−シアノ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)カルバメートの合成
THF(30ml)中の2−オキソ−1−(2−オキソエチル)−1、2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル(0.780g、3.68mmol)の撹拌溶液に、tert−ブチルピペリジン−4−イルカルバメート(0.811g、4.05mmol)を25℃で添加した。反応混合物を2時間還流した。混合物を100Cまで冷やし、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム(sodium triacetoxy borohydride)(2.339g,11.04) mmolを加えた。混合物を室温で2時間撹拌し、メタノール(12ml)を反応混合物に添加し、次いで16時間撹拌した。反応終了後、混合物を水中でクエンチした;化合物を酢酸エチル(25ml*2)で抽出した。合わせた有機層を水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧下で蒸発して粗物質(crude mass)を得、これを酢酸エチル:ヘキサン(50:50)移動相を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製した。標題化合物をオフホワイトの固体として得た。(1.0 gm、23%)
ステップ2:1−(2−(4−アミノピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルの合成
tert−ブチル(1−(2−(7−シアノ2−オキノキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)カルバメート(1g、2.52mmol)をrbフラスコに入れ、続いてDCM(80ml)を入れた。これにTFA(6.08ml、79mmol)を添加し、室温で混合物を16時間撹拌した。反応終了後、有機揮発分を減圧下で除去した。得られた粗生成物を次の反応に直接使用した。(0.4 gm 53.5%)
ステップ3:1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルの合成
丸底フラスコに1−(2−(4−アミノピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル(0.250g,0.844mmol)とTHF(40ml)を添加した。これに2,3−ジヒドロベンゾ(b)(1,4)ジオキシン−6−カルバルデヒド(0.126g、0.765mmol)を添加し、混合物を75℃で2時間加熱した。混合物を室温まで冷却し、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム(0.487g、2.298mmol)を添加した。混合物を室温で2時間撹拌した。反応終了後、混合物を水中でクエンチした。化合物を酢酸エチル(25ml*2)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥し、減圧下で蒸発して粗生成物を得た。標題化合物をDCM:MeOHを移動相としてシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製した。(180 mg、17%)。1 H NMR (DMSO d6): 8.08 (1H, s), 8.00 (1H, d, J = 8.0 Hz ), 7.91 (1H, d, J = 8), 7.66 (1H, d, J = 1.2 Hz), 6.83 (1H, s), 6.79-6.77 (3H, m), 4.37 (2H,t, J = 8 Hz), 4.10 (4H, s), 3.60 (2H, s), 2.91-2.88 (2H, m), 2.09-2.03 (2H, m), 1.98 (3H, s), 1.90-1.77 (2H, m), 1.23-1.19 (2H, m). ESI-MS: 445.15 (M+H)+
実施例2:2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルの調製
Figure 2021511364
1−(2−(4−(((3,4−ジヒドロ−2H−ピラノ[2,3−c]ピリジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルは、実施例1に記載の手順と同様に調製したが、ステップIIIにおける出発物質として、3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−カルボアルデヒドB2を使用した。標題化合物をスペクトル解析により特徴づけた。1 H NMR (DMSO d6): 10.67 (1H,s), 8.08 (1H, s), 8.00 (1H, d, J = 9.6 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8 Hz), 7.66-7.64 (1H, m), 6.89-6.87 (3H, m), 6.78 (1H, d, J = 9.6), 4.52 (2H, s), 4.36 (2H, d, J = 6.8), 3.64 (2H, s), 3.17 (2H,s), 2.93-2.90 (2H, m), 2.02 (2H, t, J = 10.4 Hz), 1.80-1.77 (2H, m), 1.26-1.23 (3H, m). ESI-MS: 458.01 (M)+
実施例3:2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルの調製。
Figure 2021511364
2−オキソ−1−(2−(4−((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリルを、実施例1に記載の手順と同様に調製したが、ステップIIIにおける出発物質として、3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−カルバルデヒドB3を使用した。標題化合物をスペクトル解析により特徴づけた。1 H NMR (DMSO d6): 10.52 (1H,s), 8.08 (1H, s), 8.00 (1H, d, J = 9.6 Hz), 7.91 (1H, d, J = 8.0 Hz), 7.65 (1H, dd, J1 = 1.2 Hz, J2 = 8.0 Hz), 7.25-7.23 (1H, m), 6.97-6.94 (2H, m), 6.78 (1H, d, J = 9.2 Hz), 4.37 (2H, t, J = 6.8 Hz), 3.70-3.60 (2H, m), 3.43 (2H, s), 2.93-2.91 (2H, m), 2.68-2.67 (1H, m), 2.04-1.99 (2H, m), 1.80-1.77 (2H, m), 1.26-1.23 (2H, m). ESI-MS: 473 (M)+
実施例4:6−(((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−3(4H)−オンの調製。
Figure 2021511364
6−(((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−3(4H)−オンは、実施例1に記載の手順と同様に調製したが、ステップIでは2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)アセトアルデヒドA3を、ステップIIIでは出発物質として3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−カルバルデヒドB2を使用した。標題化合物をスペクトル解析により特徴づけた。1 H NMR (DMSO d6): 10.67 (1H,s), 7.91 (1H, d, J = 8.4 Hz), 7.90-7.77 (1H, m), 7.40 (1H, dd, J1 = 2.0 Hz, J2 = 12.0 Hz), 7.16-7.11 (1H, m), 6.91-6.88 (3H, m), 6.56 (1H, d, J = 9.2 Hz), 4.53 (2H, s), 4.31 (2H, t, J = 6.8 Hz), 3.68 (2H, s), 2.94-2.92 (2H, m), 2.05-1.99 (2H, m), 1.20-1.79 (2H, m), 1.28-1.26 (2H, m). ESI-MS: 451.20 (Μ+Η)]+.
実施例5:6−(((1−(2−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−3(4H)−オンの調製
Figure 2021511364
6−((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−3(4H)−オンは、実施例1で述べた手順と同様に調製したが、ステップIでは2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)アセトアルデヒドA3を、ステップIIIでは出発物質として3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−カルバルアルデヒドB3を使用した。標題化合物をスペクトル解析により特徴づけた。1 H NMR (DMSO d6): 10.49 (1H,s), 7.91 (1H, d, J = 9.6 Hz), 7.79 (1H, dd, J1 = 6.8 Hz, J2 = 8.8 Hz), 740 (1H, dd, J1 = 2.0 Hz, J2 = 12.0 Hz), 7.30-7.20 (1H, m), 7.14 (1H, d, J = 2.0 Hz), 7.00-6.96 (2H, m), 6.56 (1H, d, J = 9.6 Hz), 4.12 (2H, t, J = 6.8 Hz), 3.43 (2H, s), 3.31 (2H, s), 2.95-2.89 (2H, m), 2.45-2.40 (1H, m), 2.03-1.99 (2H, m), 1.95-1.91 (2H, m), 1.20-1.16 (2H, m). ESI-MS: 467.17 (Μ+Η)+.
実施例6:3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル
Figure 2021511364
3−オキソ−4−(2−(4−((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルは、実施例1に記載の手順と同様に調製したが、ステップIでは3−オキソ−4−(2−オキソエチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリルA2を、ステップIIIでは出発物質として3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−カルボアルデヒドB3を使用した。標題化合物をスペクトル解析により特徴づけた。1 H NMR (DMSO d6): 10.50 (1H,s), 8.38 (1H, s), 8.21 (1H, d, J = 1.2 Hz), 7.98 (1H, d, J = 8.4 Hz), 7.78 (1H, dd, J1 = 1.6 Hz, J2 = 8.4 Hz), 7.23 (1H, d, J = 7.6 Hz), 6.62-6.35 (2H, m), 4.33 (2H, t, J = 6.4 Hz), 3.60-3.55 (2H, m), 3.42 (2H, s), 2.90-2.88 (2H, m), 2.04-1.99 (3H, m), 1.77-1.74 (2H, m), 1.24-1.19 (4H, m). ESI-MS: 475.17 (Μ+Η)+.
上記の方法を用いることにより、以下の例を同様の方法で調製することができる。
実施例7: 3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル
Figure 2021511364
実施例8:4−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル
Figure 2021511364
実施例9:1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−7−フルオロキノリン−2(1H)−オン
Figure 2021511364
抗菌活性:
式(1)の化合物は、その強力な抗細菌作用のため、興味深い。本明細書に開示される発明化合物の抗細菌効果を達成する能力は、下記の最小発育阻止濃度(MIC)プロトコールに基づくアッセイを用いて、大腸菌 ATCC25922、黄色ブドウ球菌 ATCC29213のような細菌種の増殖を阻害する能力に関して評価され得る:
試験菌をMuellor Hinton Broth (M1657)-MHB中で増殖させ、粉末25gを1000mlの蒸留水に溶解し、15ポンド圧力(121℃)で20分間のオートクレーブにより滅菌する。培地の無菌性は、37℃で48時間インキュベートしてチェックする。
−80℃でグリセロールストックとして保存された細菌培養物をLB寒天プレート上で継代培養し、単離コロニーを得る。各株の単一コロニーをLBブロスで培養する。光学濃度(600nmでのOD)が0.8〜1になるまで、37℃、200rpmで培養液をインキュベートする。この対数期の培養液をLBブロスで5〜8×105 CFU/mLの細胞数に希釈し、MIC実験の接種材料とする。
試験化合物をそれぞれの溶媒で希釈し、96のウェルプレートに、150μlのMHB中、16〜0.12μg/mlの最終濃度まで加えた。
ジメチルスルホキシドおよび培地の無菌性の影響をモニタリングするための対照を含む。プレートを37℃で一晩、加湿したインキュベーター中でインキュベートした。翌朝、600 nM波長の分光光度計を用いてプレートを読み取る。
最小発育阻止濃度(MIC)は、濁度を示さないウェルを含む最低薬物濃度と定義される。代表的なグラム陽性(黄色ブドウ球菌)およびグラム陰性(大腸菌)病原体に対して測定された抗細菌活性(MIC)を、表1に報告した。
式Iに属する例示化合物は強力な抗細菌活性を示した。
Figure 2021511364
フルオロキノロン耐性株に対するMIC:
黄色ブドウ球菌 (ZYABL06)のキノロン耐性臨床株に対して化合物をスクリーニングし、強力であることがわかった。
Figure 2021511364
化合物の標的特異性
ゲル電気泳動法を用いたトポイソメラーゼII/IV阻害の評価:トポイソメラーゼII/IV (1ユニット、Inspiralis)を、適切な緩衝液中のDNA(pHOT/kDNA、Topogen)およびATPの反応混合物に添加し、その後種々の濃度の試験化合物を添加し、37℃で30分間インキュベートした。反応は停止緩衝液の添加により30分後に終了した。得られたDNA(弛緩型、スーパーコイル型または脱カテナン型)をクロロホルム:イソアミルアルコール混合物を用いて抽出し、1%アガロースゲル電気泳動を用いて分離した。ゲルを臭化エチジウムで20分間染色し、蒸留水で洗浄し、画像を取得してさらに分析を行った。画像からのバンド強度をImage Jソフトウェアを用いて測定し、半最大最小発育阻止濃度をGraphpad Prismを用いて推定した。
Figure 2021511364
hERG結合試験
FluxOR(商標)カリウムイオンチャネルアッセイ
タリウムはその濃度勾配を下って細胞内に流入し、細胞質内の蛍光を増加させる指示色素によりチャンネル活性が検出される。安定して発現しているhERG CHO細胞を、hERG易罹患性(liability)について試験化合物でチェックする。細胞と共に20分間インキュベートした化合物に、次いで刺激緩衝液を加え、TECANマルチモードリーダーで蛍光を測定した。被験物質がhERGチャネルを阻害すると、タリウムが細胞内に流入することができなくなる。ビヒクル対照は、全hERG応答として、アステミゾールによる処置は全hERGチャネル阻害として考えられ、これに基づいて、試験化合物のhERGチャネル阻害が計算される。合成化合物は有意なhERG易罹患性を示さなかった。
Figure 2021511364
広範な菌株パネルに対するMIC試験
実施例3は、以前に報告されたプロトコールに従って、既存の抗生物質に耐性である様々なグラム陽性およびグラム陰性株を用いて、MICについてさらに評価された。
Figure 2021511364
結核菌H37Rv阻害アッセイ
各試験化合物の最小発育阻止濃度(MIC)の測定は、標準プロトコールに従い、96ウェルの平底ポリスチレンマイクロタイタープレートで行った。実施例3は結核菌に対して強力な阻害を示した。
Figure 2021511364

Claims (7)

  1. 式(I)
    Figure 2021511364

    (式中、
    Aは、以下:
    Figure 2021511364
    から選択される任意に置換された複素環であり、
    Zは、CNまたはFから選択され、
    Xは、CHまたはNから選択され、ただし、ZがFである場合は常に、XはCHである)
    の化合物、その単一の鏡像異性体、ラセミ混合物、ジアステレオマーの混合物、またはそれらの同位体変異体(isotopic variant)。
  2. 以下:
    1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−2−オキソ−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
    2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
    2−オキソ−1−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−1,2−ジヒドロキノリン−7−カルボニトリル;
    6−((((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−3(4H)−オン;
    6−((((1−(2−(7−フルオロ−2−オキソキノリン−1(2H)−イル)エチル)ピペリジン−4−イル)アミノ)メチル)−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−3(4H)−オン;
    4−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3−オキソ−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
    3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]オキサジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
    3−オキソ−4−(2−(4−(((3−オキソ−3,4−ジヒドロ−2H−ベンゾ[b][1,4]チアジン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−3,4−ジヒドロキノキサリン−6−カルボニトリル;
    1−(2−(4−(((2,3−ジヒドロベンゾ[b][1,4]ジオキシン−6−イル)メチル)アミノ)ピペリジン−1−イル)エチル)−7−フルオロキノリン−2(1H)−オン、
    から選択することができる請求項1に記載の式(1)の化合物。
  3. 治療上有効かつ非毒性量の請求項1に記載の式(1)の化合物と、任意に1つまたは複数の薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤とを含有する、医薬組成物。
  4. 黄色ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ニューモニア(Staphylococcus pneumonia)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、大腸菌、アシネトバクター・バウマニ(Acinetobacter baumannii)、肺炎桿菌(Klebsiella pneumonia)または結核菌によって引き起こされる細菌感染の治療または予防に有用な新規化合物を提供する、請求項3に記載の医薬組成物。
  5. 黄色ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ニューモニア、エンテロコッカス・フェカーリス、大腸菌、アシネトバクター・バウマニ、肺炎桿菌または結核菌によって引き起こされる細菌感染症の治療または予防に適した、請求項1から4のいずれか一項に記載の式(1)の化合物、またはその医薬組成物の使用。
  6. 細菌感染を治療する方法であって、それを必要とする患者に、有効量の請求項1または2に記載の式(1)の化合物、あるいはその好適な医薬組成物を投与すること、を含む、方法。
  7. アンフェニコール、β−ラクタム、テトラサイクリン、アミノグリコシド、キノロン、モチリン、マクロライド、アゾール、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)、グルココルチコステロイドクラスの化合物またはそれらの薬学的に許容される塩から選択される1つまたは複数の薬学的活性剤と組み合わせた、請求項1または2に記載の式(1)の化合物。
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