JP2000060553A - 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体 - Google Patents
遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 遺伝子のモチーフ抽出効率を向上させる。
【解決手段】 少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力
するデータ入力部１０と、力された遺伝子配列情報に対
して各種編集及びモチーフ抽出範囲の指定等を行うデー
タ編集部１２と、入力された遺伝子配列情報或いは指定
されたモチーフ抽出範囲から、遺伝子のモチーフを自動
的に抽出するモチーフ抽出部１６と、抽出されたモチー
フの表示及びモチーフデータベース２６への登録等を行
う抽出結果処理部１８と、抽出されたモチーフを一部に
含む遺伝子配列情報を遺伝子配列情報データベース２８
から検索するモチーフ検索部２０と、を含んで構成され
る遺伝子のモチーフ抽出処理装置において、モチーフ検
索部２０により検索された遺伝子配列情報をデータ編集
部１２に入力することで、データ入力部１０から入力さ
れた遺伝子配列情報に付加する機構を付加する。
するデータ入力部１０と、力された遺伝子配列情報に対
して各種編集及びモチーフ抽出範囲の指定等を行うデー
タ編集部１２と、入力された遺伝子配列情報或いは指定
されたモチーフ抽出範囲から、遺伝子のモチーフを自動
的に抽出するモチーフ抽出部１６と、抽出されたモチー
フの表示及びモチーフデータベース２６への登録等を行
う抽出結果処理部１８と、抽出されたモチーフを一部に
含む遺伝子配列情報を遺伝子配列情報データベース２８
から検索するモチーフ検索部２０と、を含んで構成され
る遺伝子のモチーフ抽出処理装置において、モチーフ検
索部２０により検索された遺伝子配列情報をデータ編集
部１２に入力することで、データ入力部１０から入力さ
れた遺伝子配列情報に付加する機構を付加する。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、遺伝子のモチーフ
を自動的に抽出する技術に関し、特に、遺伝子のモチー
フ抽出効率を向上させる技術に関する。
を自動的に抽出する技術に関し、特に、遺伝子のモチー
フ抽出効率を向上させる技術に関する。
【０００２】
【従来の技術】近年の遺伝子工学の進歩に伴い、ＤＮＡ
配列やアミノ酸配列で表現される遺伝子配列の決定技術
が急速に進歩している。また、人類を初めとする様々な
生物種を対象として、特定生物の遺伝子配列を全て解明
しようとするゲノムプロジェクトが世界規模で行われて
いる。このため、解明済みの遺伝子配列情報を有効に活
用すべく、遺伝子配列情報データベースが爆発的な勢い
で増加している。
配列やアミノ酸配列で表現される遺伝子配列の決定技術
が急速に進歩している。また、人類を初めとする様々な
生物種を対象として、特定生物の遺伝子配列を全て解明
しようとするゲノムプロジェクトが世界規模で行われて
いる。このため、解明済みの遺伝子配列情報を有効に活
用すべく、遺伝子配列情報データベースが爆発的な勢い
で増加している。
【０００３】これらの遺伝子配列の中には、配列情報は
明らかになっているが、その機能や構造に関しては未知
であるものも多い。かかる遺伝子の機能や構造を配列か
ら推測する有効な方法として、特徴的な規則性を持つモ
チーフの抽出がある。このため、本願出願人は先の出願
において、複数の遺伝子配列情報を比較することで、モ
チーフを自動的に抽出する技術を提案した（特開平７−
２７４９６５号公報参照）。
明らかになっているが、その機能や構造に関しては未知
であるものも多い。かかる遺伝子の機能や構造を配列か
ら推測する有効な方法として、特徴的な規則性を持つモ
チーフの抽出がある。このため、本願出願人は先の出願
において、複数の遺伝子配列情報を比較することで、モ
チーフを自動的に抽出する技術を提案した（特開平７−
２７４９６５号公報参照）。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】しかしながら、かかる
モチーフ抽出技術では、抽出されたモチーフは、プリン
タから出力されるか、或いは、データベース等へファイ
ルとして出力されるだけであって、再利用が充分なされ
ていないのが現状であった。このため、遺伝子の機能や
構造の解明を進めるべく、抽出されたモチーフを遺伝子
配列情報に加えて、再度モチーフの抽出を行おうとする
場合には、抽出されたモチーフ情報を作業者が入力しな
ければならなかった。従って、従来の技術では、モチー
フ抽出効率の向上には自ずから限界があり、さらなるモ
チーフ抽出効率の向上は困難であった。
モチーフ抽出技術では、抽出されたモチーフは、プリン
タから出力されるか、或いは、データベース等へファイ
ルとして出力されるだけであって、再利用が充分なされ
ていないのが現状であった。このため、遺伝子の機能や
構造の解明を進めるべく、抽出されたモチーフを遺伝子
配列情報に加えて、再度モチーフの抽出を行おうとする
場合には、抽出されたモチーフ情報を作業者が入力しな
ければならなかった。従って、従来の技術では、モチー
フ抽出効率の向上には自ずから限界があり、さらなるモ
チーフ抽出効率の向上は困難であった。
【０００５】そこで、本発明は以上のような従来の問題
点に鑑み、抽出されたモチーフを再利用する機構を付加
することにより、遺伝子の機能や構造を推測するための
モチーフ抽出効率を向上させる技術を提供することを目
的とする。
点に鑑み、抽出されたモチーフを再利用する機構を付加
することにより、遺伝子の機能や構造を推測するための
モチーフ抽出効率を向上させる技術を提供することを目
的とする。
【０００６】
【課題を解決するための手段】このため、請求項１記載
の発明は、図１に示すように、解明済みの遺伝子配列情
報を蓄積する遺伝子配列情報蓄積手段Ａと、少なくとも
１つの遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力手
段Ｂと、該遺伝子配列情報入力手段Ｂにより入力された
遺伝子配列情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチ
ーフ抽出手段Ｃと、該モチーフ抽出手段Ｃにより抽出さ
れたモチーフに基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝
子配列情報を、前記遺伝子配列情報蓄積手段Ａから検索
する遺伝子配列情報検索手段Ｄと、該遺伝子配列情報検
索手段Ｄにより検索された遺伝子配列情報を、前記遺伝
子配列情報入力手段Ｂにより入力された遺伝子配列情報
に付け加える遺伝子配列情報付加手段Ｅと、を含んで遺
伝子のモチーフ抽出処理装置を構成したことを特徴とす
る。
の発明は、図１に示すように、解明済みの遺伝子配列情
報を蓄積する遺伝子配列情報蓄積手段Ａと、少なくとも
１つの遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力手
段Ｂと、該遺伝子配列情報入力手段Ｂにより入力された
遺伝子配列情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチ
ーフ抽出手段Ｃと、該モチーフ抽出手段Ｃにより抽出さ
れたモチーフに基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝
子配列情報を、前記遺伝子配列情報蓄積手段Ａから検索
する遺伝子配列情報検索手段Ｄと、該遺伝子配列情報検
索手段Ｄにより検索された遺伝子配列情報を、前記遺伝
子配列情報入力手段Ｂにより入力された遺伝子配列情報
に付け加える遺伝子配列情報付加手段Ｅと、を含んで遺
伝子のモチーフ抽出処理装置を構成したことを特徴とす
る。
【０００７】かかる構成によれば、遺伝子のモチーフを
抽出する場合には、先ず、遺伝子配列情報入力手段を介
して、少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力する。す
ると、モチーフ抽出手段により、入力された遺伝子配列
情報から遺伝子のモチーフが抽出される。そして、遺伝
子配列情報検索手段により、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報が遺伝子配列情報蓄積手段から検
索される。検索された遺伝子配列情報は、必要に応じ
て、遺伝子配列情報付加手段により、遺伝子配列情報入
力手段により入力された遺伝子配列情報に付け加えられ
る。その後、モチーフ抽出手段によるモチーフの抽出、
遺伝子配列情報検索手段による遺伝子配列情報の検索を
繰り返すことによって、遺伝子配列情報の機能や構造を
次第に解明していく。即ち、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報は、遺伝子配列情報付加手段によ
り、入力された遺伝子配列情報に付け加えられるので、
抽出されたモチーフの再利用が行われるようになる。
抽出する場合には、先ず、遺伝子配列情報入力手段を介
して、少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力する。す
ると、モチーフ抽出手段により、入力された遺伝子配列
情報から遺伝子のモチーフが抽出される。そして、遺伝
子配列情報検索手段により、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報が遺伝子配列情報蓄積手段から検
索される。検索された遺伝子配列情報は、必要に応じ
て、遺伝子配列情報付加手段により、遺伝子配列情報入
力手段により入力された遺伝子配列情報に付け加えられ
る。その後、モチーフ抽出手段によるモチーフの抽出、
遺伝子配列情報検索手段による遺伝子配列情報の検索を
繰り返すことによって、遺伝子配列情報の機能や構造を
次第に解明していく。即ち、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報は、遺伝子配列情報付加手段によ
り、入力された遺伝子配列情報に付け加えられるので、
抽出されたモチーフの再利用が行われるようになる。
【０００８】請求項２記載の発明は、前記遺伝子配列情
報入力手段により入力された遺伝子配列情報の中から、
前記モチーフ抽出手段によるモチーフの抽出範囲を指定
するモチーフ抽出範囲指定手段を備え、前記モチーフ抽
出手段は、前記モチーフ抽出範囲指定手段により指定さ
れた抽出範囲内で、遺伝子のモチーフを抽出する構成と
した。
報入力手段により入力された遺伝子配列情報の中から、
前記モチーフ抽出手段によるモチーフの抽出範囲を指定
するモチーフ抽出範囲指定手段を備え、前記モチーフ抽
出手段は、前記モチーフ抽出範囲指定手段により指定さ
れた抽出範囲内で、遺伝子のモチーフを抽出する構成と
した。
【０００９】かかる構成によれば、モチーフ抽出範囲指
定手段によりモチーフの抽出範囲を指定すると、指定さ
れた抽出範囲内で、遺伝子のモチーフが抽出される。従
って、例えば、入力された種々の生物の遺伝子配列情報
の中から、類似する生物の遺伝子配列情報のみを抽出範
囲とすることができ、遺伝子配列の機能や構造の解明が
より容易になる。
定手段によりモチーフの抽出範囲を指定すると、指定さ
れた抽出範囲内で、遺伝子のモチーフが抽出される。従
って、例えば、入力された種々の生物の遺伝子配列情報
の中から、類似する生物の遺伝子配列情報のみを抽出範
囲とすることができ、遺伝子配列の機能や構造の解明が
より容易になる。
【００１０】請求項３記載の発明は、前記遺伝子配列情
報を編集する遺伝子配列情報編集手段を備えた構成とし
た。かかる構成によれば、遺伝子配列情報に対して、遺
伝子配列情報編集手段により各種編集が行われるので、
利用者の意思に沿ったモチーフの抽出が行われるように
なる。
報を編集する遺伝子配列情報編集手段を備えた構成とし
た。かかる構成によれば、遺伝子配列情報に対して、遺
伝子配列情報編集手段により各種編集が行われるので、
利用者の意思に沿ったモチーフの抽出が行われるように
なる。
【００１１】請求項４記載の発明は、前記モチーフ抽出
手段により抽出されたモチーフを編集するモチーフ編集
手段を備えた構成とした。かかる構成によれば、抽出さ
れたモチーフに対して、モチーフ編集手段により各種編
集が行われるので、利用者の意思に沿った遺伝子配列情
報の検索が行われるようになる。
手段により抽出されたモチーフを編集するモチーフ編集
手段を備えた構成とした。かかる構成によれば、抽出さ
れたモチーフに対して、モチーフ編集手段により各種編
集が行われるので、利用者の意思に沿った遺伝子配列情
報の検索が行われるようになる。
【００１２】請求項５記載の発明は、前記遺伝子配列情
報入力手段により入力された複数の遺伝子配列情報を、
アラインメント処理するアラインメント手段を備えた構
成とした。かかる構成によれば、入力された複数の遺伝
子配列情報は、アラインメント手段によりアラインメン
ト処理されるので、前記モチーフ抽出手段によるモチー
フ抽出が可能になる。また、利用者は、入力された複数
の遺伝子配列情報間で類似している領域を視覚的に把握
できるため、前記モチーフ抽出範囲指定手段によるモチ
ーフの抽出範囲の指定を容易に行うことができる。
報入力手段により入力された複数の遺伝子配列情報を、
アラインメント処理するアラインメント手段を備えた構
成とした。かかる構成によれば、入力された複数の遺伝
子配列情報は、アラインメント手段によりアラインメン
ト処理されるので、前記モチーフ抽出手段によるモチー
フ抽出が可能になる。また、利用者は、入力された複数
の遺伝子配列情報間で類似している領域を視覚的に把握
できるため、前記モチーフ抽出範囲指定手段によるモチ
ーフの抽出範囲の指定を容易に行うことができる。
【００１３】請求項６記載の発明は、モチーフを蓄積す
るモチーフ蓄積手段と、前記モチーフ抽出手段により抽
出されたモチーフを、該モチーフ蓄積手段に登録するモ
チーフ登録手段と、を備えた構成とした。かかる構成に
よれば、抽出されたモチーフは、モチーフ登録手段によ
りモチーフ蓄積手段に登録されるため、他の作業者が、
抽出されたモチーフを再利用することが可能となる。
るモチーフ蓄積手段と、前記モチーフ抽出手段により抽
出されたモチーフを、該モチーフ蓄積手段に登録するモ
チーフ登録手段と、を備えた構成とした。かかる構成に
よれば、抽出されたモチーフは、モチーフ登録手段によ
りモチーフ蓄積手段に登録されるため、他の作業者が、
抽出されたモチーフを再利用することが可能となる。
【００１４】請求項７記載の発明は、前記モチーフ蓄積
手段に登録されているモチーフの中から、少なくとも１
つのモチーフを表示するモチーフ表示手段を備えた構成
とした。かかる構成によれば、必要に応じて、モチーフ
登録手段に登録されているモチーフが表示されるので、
種々のモチーフを容易に比較することができ、遺伝子配
列の機能や構造の解明がより容易になる。
手段に登録されているモチーフの中から、少なくとも１
つのモチーフを表示するモチーフ表示手段を備えた構成
とした。かかる構成によれば、必要に応じて、モチーフ
登録手段に登録されているモチーフが表示されるので、
種々のモチーフを容易に比較することができ、遺伝子配
列の機能や構造の解明がより容易になる。
【００１５】請求項８記載の発明は、少なくとも１つの
遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力工程と、
該遺伝子配列情報入力工程により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出工
程と、該モチーフ抽出工程により抽出されたモチーフに
基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、
遺伝子配列情報データベースから検索する遺伝子配列情
報検索工程と、該遺伝子配列情報検索工程により検索さ
れた遺伝子配列情報を、前記遺伝子配列情報入力工程に
より入力された遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列
情報付加工程と、を含んで遺伝子のモチーフ抽出処理方
法を構成したことを特徴とする。
遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力工程と、
該遺伝子配列情報入力工程により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出工
程と、該モチーフ抽出工程により抽出されたモチーフに
基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、
遺伝子配列情報データベースから検索する遺伝子配列情
報検索工程と、該遺伝子配列情報検索工程により検索さ
れた遺伝子配列情報を、前記遺伝子配列情報入力工程に
より入力された遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列
情報付加工程と、を含んで遺伝子のモチーフ抽出処理方
法を構成したことを特徴とする。
【００１６】かかる構成によれば、遺伝子のモチーフを
抽出する場合には、先ず、遺伝子配列情報入力工程を介
して、少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力する。す
ると、モチーフ抽出工程により、入力された遺伝子配列
情報から遺伝子のモチーフが抽出される。そして、遺伝
子配列情報検索工程により、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報が遺伝子配列情報データベースか
ら検索される。検索された遺伝子配列情報は、必要に応
じて、遺伝子配列情報付加工程により、遺伝子配列情報
入力工程により入力された遺伝子配列情報に付け加えら
れる。その後、モチーフ抽出工程によるモチーフの抽
出、遺伝子配列情報検索工程による遺伝子配列情報の検
索を繰り返すことによって、遺伝子配列情報の機能や構
造を次第に推測していく。即ち、抽出されたモチーフを
一部に含む遺伝子配列情報は、遺伝子配列情報付加工程
により、入力された遺伝子配列情報に付け加えられるの
で、抽出されたモチーフの再利用が行われるようにな
る。
抽出する場合には、先ず、遺伝子配列情報入力工程を介
して、少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力する。す
ると、モチーフ抽出工程により、入力された遺伝子配列
情報から遺伝子のモチーフが抽出される。そして、遺伝
子配列情報検索工程により、抽出されたモチーフを一部
に含む遺伝子配列情報が遺伝子配列情報データベースか
ら検索される。検索された遺伝子配列情報は、必要に応
じて、遺伝子配列情報付加工程により、遺伝子配列情報
入力工程により入力された遺伝子配列情報に付け加えら
れる。その後、モチーフ抽出工程によるモチーフの抽
出、遺伝子配列情報検索工程による遺伝子配列情報の検
索を繰り返すことによって、遺伝子配列情報の機能や構
造を次第に推測していく。即ち、抽出されたモチーフを
一部に含む遺伝子配列情報は、遺伝子配列情報付加工程
により、入力された遺伝子配列情報に付け加えられるの
で、抽出されたモチーフの再利用が行われるようにな
る。
【００１７】請求項９記載の発明は、少なくとも１つの
遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力機能と、
該遺伝子配列情報入力機能により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出機
能と、該モチーフ抽出機能により抽出されたモチーフに
基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、
遺伝子配列情報データベースから検索する遺伝子配列情
報検索機能と、該遺伝子配列情報検索機能により検索さ
れた遺伝子配列情報を、前記遺伝子配列情報入力機能に
より入力された遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列
情報付加機能と、を実現するための遺伝子のモチーフ抽
出処理プログラムを記録媒体に記録した。
遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列情報入力機能と、
該遺伝子配列情報入力機能により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出機
能と、該モチーフ抽出機能により抽出されたモチーフに
基づいて、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、
遺伝子配列情報データベースから検索する遺伝子配列情
報検索機能と、該遺伝子配列情報検索機能により検索さ
れた遺伝子配列情報を、前記遺伝子配列情報入力機能に
より入力された遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列
情報付加機能と、を実現するための遺伝子のモチーフ抽
出処理プログラムを記録媒体に記録した。
【００１８】ここで、「記録媒体」とは、電子情報を確
実に記録でき、かつ、必要に応じて確実に取り出し可能
なものをいい、例えば、磁気テープ、磁気ディスク、磁
気ドラム、ＩＣカード、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体が該
当する。かかる構成によれば、遺伝子配列情報入力機能
と、モチーフ抽出機能と、遺伝子配列情報検索機能と、
遺伝子配列情報付加機能と、を実現するための遺伝子の
モチーフ抽出処理プログラムが記録媒体に記録される。
従って、かかるプログラムを記録した記録媒体があれ
ば、一般的な電子計算機を用いて、本発明に係る遺伝子
のモチーフ抽出処理装置が容易に構築される。
実に記録でき、かつ、必要に応じて確実に取り出し可能
なものをいい、例えば、磁気テープ、磁気ディスク、磁
気ドラム、ＩＣカード、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体が該
当する。かかる構成によれば、遺伝子配列情報入力機能
と、モチーフ抽出機能と、遺伝子配列情報検索機能と、
遺伝子配列情報付加機能と、を実現するための遺伝子の
モチーフ抽出処理プログラムが記録媒体に記録される。
従って、かかるプログラムを記録した記録媒体があれ
ば、一般的な電子計算機を用いて、本発明に係る遺伝子
のモチーフ抽出処理装置が容易に構築される。
【００１９】
【発明の実施の形態】以下、添付された図面を参照して
本発明を詳述する。図２は、本発明に係る遺伝子のモチ
ーフ抽出処理装置（以下「モチーフ抽出処理装置」とい
う）の構成を示す。モチーフ抽出処理装置は、少なくと
も、中央処理装置（ＣＰＵ）とメモリとを備えた電子計
算機から構成され、メモリ上にロードされたプログラム
に従ってモチーフ抽出に伴う各種処理を実行する。モチ
ーフ抽出処理装置は、データ入力部１０（遺伝子配列情
報入力手段，工程及び機能）と、データ編集部１２と、
自動アラインメント部１４と、モチーフ抽出部１６と、
抽出結果処理部１８と、モチーフ検索部２０と、表示装
置２２と、印字装置２４と、モチーフデータベース２６
（モチーフ蓄積手段）と、遺伝子配列情報データベース
２８（遺伝子配列情報蓄積手段）と、を含んで構成され
る。
本発明を詳述する。図２は、本発明に係る遺伝子のモチ
ーフ抽出処理装置（以下「モチーフ抽出処理装置」とい
う）の構成を示す。モチーフ抽出処理装置は、少なくと
も、中央処理装置（ＣＰＵ）とメモリとを備えた電子計
算機から構成され、メモリ上にロードされたプログラム
に従ってモチーフ抽出に伴う各種処理を実行する。モチ
ーフ抽出処理装置は、データ入力部１０（遺伝子配列情
報入力手段，工程及び機能）と、データ編集部１２と、
自動アラインメント部１４と、モチーフ抽出部１６と、
抽出結果処理部１８と、モチーフ検索部２０と、表示装
置２２と、印字装置２４と、モチーフデータベース２６
（モチーフ蓄積手段）と、遺伝子配列情報データベース
２８（遺伝子配列情報蓄積手段）と、を含んで構成され
る。
【００２０】データ入力部１０は、例えば、キーボード
とマウスとから構成され、モチーフ抽出対象となる少な
くとも１つ以上の遺伝子配列データを入力するデータ入
力機能を提供する。データ編集部１２は、データ入力部
１０を介して入力された遺伝子配列データに対して、デ
ータ編集機能（遺伝子配列情報編集手段）、抽出範囲指
定機能（モチーフ抽出範囲指定手段）、パラメータ設定
機能、データ表示機能、外部データ入力機能及びデータ
読込機能を提供する。データ編集機能では、遺伝子配列
データに対して各種編集を行うべく、例えば、入力され
た複数の遺伝子配列データに新たな遺伝子配列データを
追加したり、入力された複数の遺伝子配列データから任
意の遺伝子配列データを削除したり、任意の遺伝子情報
を置き換えたり、手作業によるアラインメント実施機能
が提供される。抽出範囲指定機能では、モチーフ抽出範
囲を指定すべく、複数の遺伝子配列データからモチーフ
抽出対象とする遺伝子配列データを特定したり、アライ
ンメントされた遺伝子情報の範囲を矩形で指定する機能
が提供される。パラメータ設定機能では、モチーフの自
動抽出を行うための各種パラメータを設定する機能が提
供される。データ表示機能では、モチーフ抽出処理装置
と利用者とのインターフェースを確立すべく、編集中の
遺伝子配列データを表示装置２２に表示する機能が提供
される。外部データ入力機能では、検索された遺伝子配
列の再利用を可能にすべく、モチーフ検索部２０からの
データを入力する機能が提供される。データ読込機能で
は、既存のマルチプルアラインメントデータの有効利用
を図るべく、ファイルからマルチプルアラインメントデ
ータを読み込む機能が提供される。
とマウスとから構成され、モチーフ抽出対象となる少な
くとも１つ以上の遺伝子配列データを入力するデータ入
力機能を提供する。データ編集部１２は、データ入力部
１０を介して入力された遺伝子配列データに対して、デ
ータ編集機能（遺伝子配列情報編集手段）、抽出範囲指
定機能（モチーフ抽出範囲指定手段）、パラメータ設定
機能、データ表示機能、外部データ入力機能及びデータ
読込機能を提供する。データ編集機能では、遺伝子配列
データに対して各種編集を行うべく、例えば、入力され
た複数の遺伝子配列データに新たな遺伝子配列データを
追加したり、入力された複数の遺伝子配列データから任
意の遺伝子配列データを削除したり、任意の遺伝子情報
を置き換えたり、手作業によるアラインメント実施機能
が提供される。抽出範囲指定機能では、モチーフ抽出範
囲を指定すべく、複数の遺伝子配列データからモチーフ
抽出対象とする遺伝子配列データを特定したり、アライ
ンメントされた遺伝子情報の範囲を矩形で指定する機能
が提供される。パラメータ設定機能では、モチーフの自
動抽出を行うための各種パラメータを設定する機能が提
供される。データ表示機能では、モチーフ抽出処理装置
と利用者とのインターフェースを確立すべく、編集中の
遺伝子配列データを表示装置２２に表示する機能が提供
される。外部データ入力機能では、検索された遺伝子配
列の再利用を可能にすべく、モチーフ検索部２０からの
データを入力する機能が提供される。データ読込機能で
は、既存のマルチプルアラインメントデータの有効利用
を図るべく、ファイルからマルチプルアラインメントデ
ータを読み込む機能が提供される。
【００２１】自動アラインメント部１４は、データ編集
部１２と協働して、遺伝子配列データを自動アラインメ
ントする機能（アラインメント手段）を提供する。従っ
て、データ編集部１２に、アラインメント処理済みの遺
伝子配列データを入力する必要はなく、例えば、ファイ
ルから遺伝子配列データを複数読み込んだ後、自動アラ
インメント機能を用いてアラインメント処理を行っても
よい。
部１２と協働して、遺伝子配列データを自動アラインメ
ントする機能（アラインメント手段）を提供する。従っ
て、データ編集部１２に、アラインメント処理済みの遺
伝子配列データを入力する必要はなく、例えば、ファイ
ルから遺伝子配列データを複数読み込んだ後、自動アラ
インメント機能を用いてアラインメント処理を行っても
よい。
【００２２】モチーフ抽出部１６は、データ編集部１２
の抽出範囲指定機能により指定されたモチーフ抽出範囲
に対して、モチーフを自動抽出する自動抽出機能（モチ
ーフ抽出手段，工程及び機能）を提供する。抽出結果処
理部１８は、モチーフ抽出部１６により自動抽出された
モチーフ（以下「抽出モチーフ」という）に対して、デ
ータベース登録機能（モチーフ登録手段）、データベー
ス参照機能、データ表示機能及びデータ印字機能を提供
する。データベース登録機能では、抽出モチーフをモチ
ーフデータベース２６に登録する機能が提供される。デ
ータベース参照機能では、モチーフデータベース２６に
登録されているモチーフの中から、任意のモチーフを参
照する機能が提供される。データ表示機能では、抽出モ
チーフ或いは参照したモチーフ（以下「参照モチーフ」
という）を表示装置２２に表示する機能が提供される。
なお、データベース参照機能及びデータ表示機能によ
り、モチーフ表示手段が構成される。データ印字機能で
は、抽出モチーフ或いは参照モチーフを印字装置２４に
出力する機能が提供される。また、抽出結果処理部１８
は、データ編集部１２のデータ編集機能を利用して、抽
出モチーフを編集することができるようになっている
（モチーフ編集手段）。
の抽出範囲指定機能により指定されたモチーフ抽出範囲
に対して、モチーフを自動抽出する自動抽出機能（モチ
ーフ抽出手段，工程及び機能）を提供する。抽出結果処
理部１８は、モチーフ抽出部１６により自動抽出された
モチーフ（以下「抽出モチーフ」という）に対して、デ
ータベース登録機能（モチーフ登録手段）、データベー
ス参照機能、データ表示機能及びデータ印字機能を提供
する。データベース登録機能では、抽出モチーフをモチ
ーフデータベース２６に登録する機能が提供される。デ
ータベース参照機能では、モチーフデータベース２６に
登録されているモチーフの中から、任意のモチーフを参
照する機能が提供される。データ表示機能では、抽出モ
チーフ或いは参照したモチーフ（以下「参照モチーフ」
という）を表示装置２２に表示する機能が提供される。
なお、データベース参照機能及びデータ表示機能によ
り、モチーフ表示手段が構成される。データ印字機能で
は、抽出モチーフ或いは参照モチーフを印字装置２４に
出力する機能が提供される。また、抽出結果処理部１８
は、データ編集部１２のデータ編集機能を利用して、抽
出モチーフを編集することができるようになっている
（モチーフ編集手段）。
【００２３】モチーフ検索部２０は、遺伝子配列情報デ
ータベース２８から抽出モチーフをその一部に含む遺伝
子情報を検索すべく、検索範囲指定機能、検索実行機能
（遺伝子配列情報検索手段，工程及び機能）、出力デー
タ指定機能及びデータ表示機能を提供する。検索範囲指
定機能では、複数の抽出モチーフの中から、検索を行う
モチーフを指定する機能が提供される。検索実行機能で
は、検索範囲指定機能により指定されたモチーフに基づ
いて、遺伝子配列情報データベース２８を検索する機能
が提供される。出力データ指定機能では、データ編集部
１２の外部データ入力機能を介して、マルチプルアライ
ンメントデータに追加する検索結果を指定する機能が提
供される。なお、データ編集部１２の外部データ入力機
能及びモチーフ検索部２０の出力データ指定機能によ
り、遺伝子配列情報付加手段，工程及び機能が構成され
る。データ表示機能では、利用者に対するインターフェ
ースの提供、或いは、検索結果の表示等を行うべく、表
示装置２２にデータを表示する機能が提供される。
ータベース２８から抽出モチーフをその一部に含む遺伝
子情報を検索すべく、検索範囲指定機能、検索実行機能
（遺伝子配列情報検索手段，工程及び機能）、出力デー
タ指定機能及びデータ表示機能を提供する。検索範囲指
定機能では、複数の抽出モチーフの中から、検索を行う
モチーフを指定する機能が提供される。検索実行機能で
は、検索範囲指定機能により指定されたモチーフに基づ
いて、遺伝子配列情報データベース２８を検索する機能
が提供される。出力データ指定機能では、データ編集部
１２の外部データ入力機能を介して、マルチプルアライ
ンメントデータに追加する検索結果を指定する機能が提
供される。なお、データ編集部１２の外部データ入力機
能及びモチーフ検索部２０の出力データ指定機能によ
り、遺伝子配列情報付加手段，工程及び機能が構成され
る。データ表示機能では、利用者に対するインターフェ
ースの提供、或いは、検索結果の表示等を行うべく、表
示装置２２にデータを表示する機能が提供される。
【００２４】遺伝子配列情報データベース２８は、遺伝
子配列データベース２８ａと、立体構造データベース２
８ｂと、を含んで構成される。遺伝子配列データベース
２８ａには、解明済みの遺伝子配列情報が登録される。
立体構造データベース２８ｂには、解明済みの遺伝子配
列情報であって、その構造を立体的に記述した座標デー
タからなる構造情報が登録される。
子配列データベース２８ａと、立体構造データベース２
８ｂと、を含んで構成される。遺伝子配列データベース
２８ａには、解明済みの遺伝子配列情報が登録される。
立体構造データベース２８ｂには、解明済みの遺伝子配
列情報であって、その構造を立体的に記述した座標デー
タからなる構造情報が登録される。
【００２５】次に、かかる構成からなるモチーフ抽出処
理装置の作用について、図３の作業手順図に基づいて説
明する。ステップ１（図では「Ｓ１」と略記する。以下
同様）では、遺伝子配列データの入力が行われる。モチ
ーフ抽出処理装置を起動すると、図４に示すような初期
画面３０が表示される。初期画面３０は、データ表示部
３２と、「ファイル入力」ボタン３４と、「自動アライ
ンメント」ボタン３６と、「モチーフ抽出」ボタン３８
と、「データ編集」ボタン４０と、「設定」ボタン４２
と、を含んで構成される。データ表示部３２には、入力
された遺伝子配列データが表示される。「ファイル入
力」ボタン３４は、ファイルから遺伝子配列データを読
み込むべく、データ読込機能を起動するときにクリック
される。「自動アラインメント」ボタン３６は、入力さ
れた遺伝子配列データに対してアラインメント処理を行
うべく、自動アラインメント部１４のアライメント機能
を起動するときにクリックされる。「モチーフ抽出」ボ
タン３８は、入力された遺伝子配列データからモチーフ
を自動抽出すべく、モチーフ抽出部１６の自動抽出機能
を起動するときにクリックされる。「データ編集」ボタ
ン４０は、入力された遺伝子配列データの編集を行うべ
く、データ編集機能を起動するときにクリックされる。
「設定」ボタン４２は、モチーフを抽出する際に必要な
各種パラメータの設定を行うべく、パラメータ設定機能
を起動するときにクリックされる。
理装置の作用について、図３の作業手順図に基づいて説
明する。ステップ１（図では「Ｓ１」と略記する。以下
同様）では、遺伝子配列データの入力が行われる。モチ
ーフ抽出処理装置を起動すると、図４に示すような初期
画面３０が表示される。初期画面３０は、データ表示部
３２と、「ファイル入力」ボタン３４と、「自動アライ
ンメント」ボタン３６と、「モチーフ抽出」ボタン３８
と、「データ編集」ボタン４０と、「設定」ボタン４２
と、を含んで構成される。データ表示部３２には、入力
された遺伝子配列データが表示される。「ファイル入
力」ボタン３４は、ファイルから遺伝子配列データを読
み込むべく、データ読込機能を起動するときにクリック
される。「自動アラインメント」ボタン３６は、入力さ
れた遺伝子配列データに対してアラインメント処理を行
うべく、自動アラインメント部１４のアライメント機能
を起動するときにクリックされる。「モチーフ抽出」ボ
タン３８は、入力された遺伝子配列データからモチーフ
を自動抽出すべく、モチーフ抽出部１６の自動抽出機能
を起動するときにクリックされる。「データ編集」ボタ
ン４０は、入力された遺伝子配列データの編集を行うべ
く、データ編集機能を起動するときにクリックされる。
「設定」ボタン４２は、モチーフを抽出する際に必要な
各種パラメータの設定を行うべく、パラメータ設定機能
を起動するときにクリックされる。
【００２６】遺伝子配列データを入力するには、次のよ
うな２通りの方法がある。第１の方法は、ファイルから
遺伝子配列データを入力する方法である。即ち、初期画
面３０の「ファイル入力」ボタン３４をクリックする
と、図示しないファイル指定画面が表示される。そし
て、ファイル指定画面でファイル名を指定すると、指定
したファイルから遺伝子配列データが読み込まれ、図５
に示すように、データ表示部３２に読み込まれた遺伝子
配列データが表示される。また、第２の方法は、データ
入力部１０のデータ入力機能を使用して、遺伝子配列デ
ータを直接入力する方法である。即ち、初期画面３０の
「データ編集」ボタン４０をクリックすると、図６に示
すように、遺伝子配列データの各種編集を行う編集画面
５０が表示される（編集画面５０の詳細は後述する）。
そして、データ編集機能の一部を使用して、データ入力
部１０から遺伝子配列データを直接入力する。
うな２通りの方法がある。第１の方法は、ファイルから
遺伝子配列データを入力する方法である。即ち、初期画
面３０の「ファイル入力」ボタン３４をクリックする
と、図示しないファイル指定画面が表示される。そし
て、ファイル指定画面でファイル名を指定すると、指定
したファイルから遺伝子配列データが読み込まれ、図５
に示すように、データ表示部３２に読み込まれた遺伝子
配列データが表示される。また、第２の方法は、データ
入力部１０のデータ入力機能を使用して、遺伝子配列デ
ータを直接入力する方法である。即ち、初期画面３０の
「データ編集」ボタン４０をクリックすると、図６に示
すように、遺伝子配列データの各種編集を行う編集画面
５０が表示される（編集画面５０の詳細は後述する）。
そして、データ編集機能の一部を使用して、データ入力
部１０から遺伝子配列データを直接入力する。
【００２７】ステップ２では、入力された遺伝子配列デ
ータの各種編集が行われる。初期画面３０の「データ編
集」ボタン４０がクリックされると、データ編集部１２
のデータ編集機能が起動され、図６に示す編集画面５０
が表示される。編集画面５０は、データ表示部５２と、
「データ追加」ボタン５４と、「自動アラインメント」
ボタン５６と、「モチーフ抽出」ボタン５８と、「設
定」ボタン６０と、を含んで構成される。ここで、デー
タ表示部５２、「自動アラインメント」ボタン５６、
「モチーフ抽出」ボタン５８及び「設定」ボタン６０
は、夫々、初期画面３０におけるデータ表示部３２、
「自動アラインメント」ボタン３６、「モチーフ抽出」
ボタン３８及び「設定」ボタン４２と実質的に同一であ
るので、その説明は省略する。「データ追加」ボタン５
４は、データ表示部５２に表示されている遺伝子配列デ
ータに、ファイルから新規に遺伝子配列データを追加す
べく、データ読込機能を起動するときにクリックされ
る。
ータの各種編集が行われる。初期画面３０の「データ編
集」ボタン４０がクリックされると、データ編集部１２
のデータ編集機能が起動され、図６に示す編集画面５０
が表示される。編集画面５０は、データ表示部５２と、
「データ追加」ボタン５４と、「自動アラインメント」
ボタン５６と、「モチーフ抽出」ボタン５８と、「設
定」ボタン６０と、を含んで構成される。ここで、デー
タ表示部５２、「自動アラインメント」ボタン５６、
「モチーフ抽出」ボタン５８及び「設定」ボタン６０
は、夫々、初期画面３０におけるデータ表示部３２、
「自動アラインメント」ボタン３６、「モチーフ抽出」
ボタン３８及び「設定」ボタン４２と実質的に同一であ
るので、その説明は省略する。「データ追加」ボタン５
４は、データ表示部５２に表示されている遺伝子配列デ
ータに、ファイルから新規に遺伝子配列データを追加す
べく、データ読込機能を起動するときにクリックされ
る。
【００２８】編集画面５０上では、例えば、任意の位置
にギャップ（図では「−」で示す）を挿入したり、或い
は、任意の遺伝子情報を置き換えることができる。ま
た、マルチプルアラインメントデータに新たな遺伝子配
列データを付け加える場合には、「データ追加」ボタン
５４をクリックすると、図示しないファイル指定画面が
表示される。そして、ファイル指定画面でファイル名を
指定すると、指定したファイルから遺伝子配列データが
読み込まれ、データ表示部５２に読み込まれた遺伝子配
列データが表示される。なお、追加される遺伝子配列デ
ータは、マルチプルアラインメントデータであってもよ
い。
にギャップ（図では「−」で示す）を挿入したり、或い
は、任意の遺伝子情報を置き換えることができる。ま
た、マルチプルアラインメントデータに新たな遺伝子配
列データを付け加える場合には、「データ追加」ボタン
５４をクリックすると、図示しないファイル指定画面が
表示される。そして、ファイル指定画面でファイル名を
指定すると、指定したファイルから遺伝子配列データが
読み込まれ、データ表示部５２に読み込まれた遺伝子配
列データが表示される。なお、追加される遺伝子配列デ
ータは、マルチプルアラインメントデータであってもよ
い。
【００２９】ステップ３では、必要に応じて、モチーフ
抽出を行うマルチプルアラインメントデータの範囲指定
が行われる。範囲指定を行わない場合には、データ表示
部５２に表示されたマルチプルアラインメントデータ全
体がモチーフ抽出対象となるが、実際には、マルチプル
アラインメントデータの一部のみをモチーフ抽出対象と
したい場合がある。この場合には、抽出範囲指定機能に
よりモチーフ抽出対象を限定すべく、次のような２通り
の方法で範囲指定を行うことができる。第１の方法は、
図７に示すように、マウス等のポインティングデバイス
を使用して、マルチプルアラインメントデータの中から
少なくとも１つのアラインメントデータを指定する方法
である。また、第２の方法は、図８に示すように、ポイ
ンティングデバイスを使用して、モチーフ抽出対象を矩
形領域で指定する方法である。なお、モチーフ抽出対象
を変更する場合には、モチーフ抽出対象を指定し直せば
よい。
抽出を行うマルチプルアラインメントデータの範囲指定
が行われる。範囲指定を行わない場合には、データ表示
部５２に表示されたマルチプルアラインメントデータ全
体がモチーフ抽出対象となるが、実際には、マルチプル
アラインメントデータの一部のみをモチーフ抽出対象と
したい場合がある。この場合には、抽出範囲指定機能に
よりモチーフ抽出対象を限定すべく、次のような２通り
の方法で範囲指定を行うことができる。第１の方法は、
図７に示すように、マウス等のポインティングデバイス
を使用して、マルチプルアラインメントデータの中から
少なくとも１つのアラインメントデータを指定する方法
である。また、第２の方法は、図８に示すように、ポイ
ンティングデバイスを使用して、モチーフ抽出対象を矩
形領域で指定する方法である。なお、モチーフ抽出対象
を変更する場合には、モチーフ抽出対象を指定し直せば
よい。
【００３０】ステップ４では、モチーフの自動抽出が行
われる。初期画面３０の「モチーフ抽出」ボタン３８、
或いは、編集画面５０の「モチーフ抽出」ボタン５８が
クリックされると、モチーフ抽出部１６の自動抽出機能
が起動され、マルチプルアラインメントデータからモチ
ーフが自動的に抽出される。このとき、モチーフ抽出対
象が指定されていれば、指定された範囲内からモチーフ
が抽出される。
われる。初期画面３０の「モチーフ抽出」ボタン３８、
或いは、編集画面５０の「モチーフ抽出」ボタン５８が
クリックされると、モチーフ抽出部１６の自動抽出機能
が起動され、マルチプルアラインメントデータからモチ
ーフが自動的に抽出される。このとき、モチーフ抽出対
象が指定されていれば、指定された範囲内からモチーフ
が抽出される。
【００３１】ステップ５では、モチーフの抽出結果が表
示される。自動的に抽出されたモチーフは、抽出結果処
理部１８のデータ表示機能により、図９に示すような抽
出結果表示画面７０に表示される。抽出結果表示画面７
０は、抽出結果表示部７２と、抽出モチーフ表示部７４
と、「ファイル出力」ボタン７６と、「データベース検
索」ボタン７８と、「アラインメントデータ入力」ボタ
ン８０と、を含んで構成される。抽出結果表示部７２に
は、抽出パラメータ７２ａ、解析結果７２ｂ等が表示さ
れる。抽出モチーフ表示部７４には、抽出されたモチー
フの一覧が表示される。「ファイル出力」ボタン７６
は、抽出結果を印字装置２４に出力すべくデータ印字機
能を起動したり、或いは、抽出結果をモチーフデータベ
ース２６に登録すべくデータベース登録機能を起動する
ときに、クリックされる。「データベース検索」ボタン
７８は、遺伝子配列情報データベース２８に対して検索
を行うべく、モチーフ検索部２０の検索実行機能を起動
するときにクリックされる。「アラインメントデータ入
力」ボタン８０は、現在表示されているアラインメント
データを破棄し、モチーフ抽出を行うアラインメントデ
ータをファイルから読み込む場合にクリックされる。
示される。自動的に抽出されたモチーフは、抽出結果処
理部１８のデータ表示機能により、図９に示すような抽
出結果表示画面７０に表示される。抽出結果表示画面７
０は、抽出結果表示部７２と、抽出モチーフ表示部７４
と、「ファイル出力」ボタン７６と、「データベース検
索」ボタン７８と、「アラインメントデータ入力」ボタ
ン８０と、を含んで構成される。抽出結果表示部７２に
は、抽出パラメータ７２ａ、解析結果７２ｂ等が表示さ
れる。抽出モチーフ表示部７４には、抽出されたモチー
フの一覧が表示される。「ファイル出力」ボタン７６
は、抽出結果を印字装置２４に出力すべくデータ印字機
能を起動したり、或いは、抽出結果をモチーフデータベ
ース２６に登録すべくデータベース登録機能を起動する
ときに、クリックされる。「データベース検索」ボタン
７８は、遺伝子配列情報データベース２８に対して検索
を行うべく、モチーフ検索部２０の検索実行機能を起動
するときにクリックされる。「アラインメントデータ入
力」ボタン８０は、現在表示されているアラインメント
データを破棄し、モチーフ抽出を行うアラインメントデ
ータをファイルから読み込む場合にクリックされる。
【００３２】ステップ６では、モチーフ抽出結果の出力
が行われる。即ち、抽出結果表示画面７０上に表示され
ているモチーフ抽出結果を、印字装置２４に出力した
り、或いは、モチーフデータベース２６に登録する処理
が行われる。モチーフ抽出結果を出力するには、抽出結
果表示画面７０の「ファイル出力」ボタン７６をクリッ
クすると、出力先を指定する出力先指定画面（図示せ
ず）が表示される。そして、出力先指定画面上で出力先
を指定することで、印字装置２４へのモチーフ抽出結果
の出力、或いは、モチーフデータベース２６へのモチー
フ抽出結果の登録が行われる。
が行われる。即ち、抽出結果表示画面７０上に表示され
ているモチーフ抽出結果を、印字装置２４に出力した
り、或いは、モチーフデータベース２６に登録する処理
が行われる。モチーフ抽出結果を出力するには、抽出結
果表示画面７０の「ファイル出力」ボタン７６をクリッ
クすると、出力先を指定する出力先指定画面（図示せ
ず）が表示される。そして、出力先指定画面上で出力先
を指定することで、印字装置２４へのモチーフ抽出結果
の出力、或いは、モチーフデータベース２６へのモチー
フ抽出結果の登録が行われる。
【００３３】ステップ７では、既存のモチーフ抽出結果
との比較が行われる。即ち、モチーフ抽出結果と、モチ
ーフデータベース２６に既に登録されているモチーフ抽
出結果と、を比較することにより、モチーフにより推測
される遺伝子の機能等の特定作業が行われる。ステップ
８では、遺伝子配列情報データベース２８を検索する検
索対象の指定が行われる。
との比較が行われる。即ち、モチーフ抽出結果と、モチ
ーフデータベース２６に既に登録されているモチーフ抽
出結果と、を比較することにより、モチーフにより推測
される遺伝子の機能等の特定作業が行われる。ステップ
８では、遺伝子配列情報データベース２８を検索する検
索対象の指定が行われる。
【００３４】即ち、図１０に示すように、抽出モチーフ
表示部７４に表示されるモチーフ一覧の中から１つのモ
チーフをクリックすると、その先頭部に指定されたこと
を示す記号（図では「＊」で表わされる）７４ａが付さ
れる。検索対象たるモチーフを変更したい場合には、新
たなモチーフをクリックすると、そのモチーフが検索対
象となる。なお、複数のモチーフを検索対象とするよう
にしてもよい。
表示部７４に表示されるモチーフ一覧の中から１つのモ
チーフをクリックすると、その先頭部に指定されたこと
を示す記号（図では「＊」で表わされる）７４ａが付さ
れる。検索対象たるモチーフを変更したい場合には、新
たなモチーフをクリックすると、そのモチーフが検索対
象となる。なお、複数のモチーフを検索対象とするよう
にしてもよい。
【００３５】ステップ９では、モチーフ検索が行われ
る。即ち、検索対象たるモチーフを指定した後で、「デ
ータベース検索」ボタン７８をクリックすると、指定さ
れたモチーフに基づいて、遺伝子配列情報データベース
２８が検索される。このとき、遺伝子配列情報データベ
ース２８を構成する遺伝子配列データベース２８ａ或い
は立体構造データベース２８ｂのどちらを検索するか
は、「アラインメントデータ入力」ボタン８０をクリッ
クすることで任意に選択できる。
る。即ち、検索対象たるモチーフを指定した後で、「デ
ータベース検索」ボタン７８をクリックすると、指定さ
れたモチーフに基づいて、遺伝子配列情報データベース
２８が検索される。このとき、遺伝子配列情報データベ
ース２８を構成する遺伝子配列データベース２８ａ或い
は立体構造データベース２８ｂのどちらを検索するか
は、「アラインメントデータ入力」ボタン８０をクリッ
クすることで任意に選択できる。
【００３６】ステップ１０では、遺伝子配列情報データ
ベース２８の検索結果が表示される。遺伝子配列情報デ
ータベース２８の検索結果は、モチーフ検索部２０のデ
ータ表示機能により、図１１に示すような検索結果表示
画面９０に表示される。検索結果表示画面９０は、モチ
ーフ表示部９２と、検索結果表示部９４と、「ファイル
出力」ボタン９６と、「アラインメントへの追加」ボタ
ン９８と、「エントリ内容表示」ボタン１００と、「デ
ータベース検索」ボタン１０２と、を含んで構成され
る。モチーフ表示部９２には、遺伝子配列情報データベ
ース２８の検索対象たるモチーフが表示される。検索結
果表示部９４には、遺伝子配列情報データベース２８の
検索結果が表示される。「ファイル出力」ボタン９６
は、検索結果を印字装置２４に出力したり、或いは、モ
チーフデータベース２６に登録するときにクリックされ
る。「アラインメントへの追加」ボタン９８は、データ
編集部１２の外部データ入力機能を介して、マルチプル
アラインメントデータに検索結果を追加するときにクリ
ックされる。「エントリ内容表示」ボタン１００は、エ
ントリを表示するときにクリックされる。「データベー
ス検索」ボタン１０２は、遺伝子配列情報データベース
２８に対して、絞り込み検索を行うときにクリックされ
る。
ベース２８の検索結果が表示される。遺伝子配列情報デ
ータベース２８の検索結果は、モチーフ検索部２０のデ
ータ表示機能により、図１１に示すような検索結果表示
画面９０に表示される。検索結果表示画面９０は、モチ
ーフ表示部９２と、検索結果表示部９４と、「ファイル
出力」ボタン９６と、「アラインメントへの追加」ボタ
ン９８と、「エントリ内容表示」ボタン１００と、「デ
ータベース検索」ボタン１０２と、を含んで構成され
る。モチーフ表示部９２には、遺伝子配列情報データベ
ース２８の検索対象たるモチーフが表示される。検索結
果表示部９４には、遺伝子配列情報データベース２８の
検索結果が表示される。「ファイル出力」ボタン９６
は、検索結果を印字装置２４に出力したり、或いは、モ
チーフデータベース２６に登録するときにクリックされ
る。「アラインメントへの追加」ボタン９８は、データ
編集部１２の外部データ入力機能を介して、マルチプル
アラインメントデータに検索結果を追加するときにクリ
ックされる。「エントリ内容表示」ボタン１００は、エ
ントリを表示するときにクリックされる。「データベー
ス検索」ボタン１０２は、遺伝子配列情報データベース
２８に対して、絞り込み検索を行うときにクリックされ
る。
【００３７】ステップ１１では、再利用する遺伝子配列
データが指定される。即ち、検索結果表示画面９０にお
いて、図１２に示すように、再利用する遺伝子配列デー
タをクリックすると、指定された遺伝子配列データの先
頭部に記号「×」が付される。そして、「アラインメン
トへの追加」ボタン９８をクリックすると、データ編集
部１２の外部データ入力機能を介して遺伝子配列データ
が取り込まれ、図１３に示すように、マルチプルアライ
ンメントデータの最下段に追加される。
データが指定される。即ち、検索結果表示画面９０にお
いて、図１２に示すように、再利用する遺伝子配列デー
タをクリックすると、指定された遺伝子配列データの先
頭部に記号「×」が付される。そして、「アラインメン
トへの追加」ボタン９８をクリックすると、データ編集
部１２の外部データ入力機能を介して遺伝子配列データ
が取り込まれ、図１３に示すように、マルチプルアライ
ンメントデータの最下段に追加される。
【００３８】その後、ステップ２〜ステップ１１を繰り
返し、遺伝子の機能や構造を解明する。かかるモチーフ
抽出処理装置によれば、マルチプルアラインメントデー
タの入力から、モチーフ抽出、抽出モチーフに基づくデ
ータベース検索といった一連の処理を統合化されたシス
テム上で行うことが可能となる。利用者は、データ編集
部１２のデータ編集機能を利用することで、入力された
マルチプルアラインメントデータに対して、モチーフ抽
出を行うための詳細な設定を行うことが可能となる。ま
た、表示装置２２が提供するユーザインターフェースを
利用することにより、視覚的に抽出モチーフを確認しな
がら再度モチーフ抽出を行ったり、或いは、以前に実行
した抽出結果との比較を表示装置２２上で行うことが可
能となる。さらに、モチーフ検索部２０の検索実行機能
を利用すれば、モチーフ単位でのデータベース検索を容
易に行うことができ、また、データ表示機能を利用すれ
ば、検索されたデータのデータベースの登録内容の閲覧
が簡単にできる。この結果、遺伝子配列の機能や構造を
推測するためのモチーフの抽出を効率良く、かつ、利用
者の要求に応じて柔軟的に行うことが可能となる。
返し、遺伝子の機能や構造を解明する。かかるモチーフ
抽出処理装置によれば、マルチプルアラインメントデー
タの入力から、モチーフ抽出、抽出モチーフに基づくデ
ータベース検索といった一連の処理を統合化されたシス
テム上で行うことが可能となる。利用者は、データ編集
部１２のデータ編集機能を利用することで、入力された
マルチプルアラインメントデータに対して、モチーフ抽
出を行うための詳細な設定を行うことが可能となる。ま
た、表示装置２２が提供するユーザインターフェースを
利用することにより、視覚的に抽出モチーフを確認しな
がら再度モチーフ抽出を行ったり、或いは、以前に実行
した抽出結果との比較を表示装置２２上で行うことが可
能となる。さらに、モチーフ検索部２０の検索実行機能
を利用すれば、モチーフ単位でのデータベース検索を容
易に行うことができ、また、データ表示機能を利用すれ
ば、検索されたデータのデータベースの登録内容の閲覧
が簡単にできる。この結果、遺伝子配列の機能や構造を
推測するためのモチーフの抽出を効率良く、かつ、利用
者の要求に応じて柔軟的に行うことが可能となる。
【００３９】このような機能を実現するプログラムを、
例えば、磁気テープ、磁気ディスク、磁気ドラム、ＩＣ
カード、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体に記録しておけば、
本発明に係るモチーフ抽出処理プログラムを市場に流通
させることができる。そして、かかる媒体を取得した者
は、一般的な電子計算機システムを利用して、モチーフ
抽出処理装置を容易に構築することが可能となる。
例えば、磁気テープ、磁気ディスク、磁気ドラム、ＩＣ
カード、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体に記録しておけば、
本発明に係るモチーフ抽出処理プログラムを市場に流通
させることができる。そして、かかる媒体を取得した者
は、一般的な電子計算機システムを利用して、モチーフ
抽出処理装置を容易に構築することが可能となる。
【００４０】
【発明の効果】以上説明したように、請求項１又は請求
項８に記載の発明によれば、抽出されたモチーフの再利
用が行われるようになるので、遺伝子の機能や構造を推
測するためのモチーフ抽出効率を向上させることができ
る。請求項２記載の発明によれば、モチーフの抽出範囲
を指定することができるので、例えば、入力された種々
の生物の遺伝子配列情報の中から、類似する生物の遺伝
子配列情報のみを抽出範囲とすることができ、遺伝子配
列情報の機能や構造の解明をより容易に行うことができ
る。
項８に記載の発明によれば、抽出されたモチーフの再利
用が行われるようになるので、遺伝子の機能や構造を推
測するためのモチーフ抽出効率を向上させることができ
る。請求項２記載の発明によれば、モチーフの抽出範囲
を指定することができるので、例えば、入力された種々
の生物の遺伝子配列情報の中から、類似する生物の遺伝
子配列情報のみを抽出範囲とすることができ、遺伝子配
列情報の機能や構造の解明をより容易に行うことができ
る。
【００４１】請求項３記載の発明によれば、遺伝子配列
情報に対して各種編集が行われるので、利用者の意思に
沿ったモチーフの抽出を行うことができる。請求項４記
載の発明によれば、抽出されたモチーフに対して各種編
集が行われるので、利用者の意思に沿った遺伝子配列情
報の検索を行うことができる。請求項５記載の発明によ
れば、入力された複数の遺伝子配列情報はアラインメン
ト処理されるので、必要と思われる遺伝子配列情報を順
不同で入力すればよく、遺伝子配列情報の入力作業の効
率を向上することができる。
情報に対して各種編集が行われるので、利用者の意思に
沿ったモチーフの抽出を行うことができる。請求項４記
載の発明によれば、抽出されたモチーフに対して各種編
集が行われるので、利用者の意思に沿った遺伝子配列情
報の検索を行うことができる。請求項５記載の発明によ
れば、入力された複数の遺伝子配列情報はアラインメン
ト処理されるので、必要と思われる遺伝子配列情報を順
不同で入力すればよく、遺伝子配列情報の入力作業の効
率を向上することができる。
【００４２】請求項６記載の発明によれば、他の作業者
が抽出されたモチーフを再利用することが可能となり、
遺伝子配列情報の機能や構造を解明する作業の効率をよ
り向上することができる。請求項７記載の発明によれ
ば、必要に応じて、モチーフを容易に比較することがで
き、遺伝子配列の機能や構造の解明をより容易に行うこ
とができる。
が抽出されたモチーフを再利用することが可能となり、
遺伝子配列情報の機能や構造を解明する作業の効率をよ
り向上することができる。請求項７記載の発明によれ
ば、必要に応じて、モチーフを容易に比較することがで
き、遺伝子配列の機能や構造の解明をより容易に行うこ
とができる。
【００４３】請求項９記載の発明によれば、請求項１又
は請求項８に記載の発明の効果に加えて、本発明に係る
遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを流通させること
ができる。従って、かかるプログラムが記録された記録
媒体を取得した者は、一般的な電子計算機を用いて、容
易に遺伝子のモチーフ抽出処理装置を構築することがで
きる。
は請求項８に記載の発明の効果に加えて、本発明に係る
遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを流通させること
ができる。従って、かかるプログラムが記録された記録
媒体を取得した者は、一般的な電子計算機を用いて、容
易に遺伝子のモチーフ抽出処理装置を構築することがで
きる。
【図１】クレーム１の対応図である。
【図２】本発明に係る遺伝子のモチーフ抽出処理装置の
構成図である。
構成図である。
【図３】モチーフ抽出を行うための作業手順図である。
【図４】初期画面の説明図である。
【図５】マルチプルアラインメントデータを入力した初
期画面の説明図である。
期画面の説明図である。
【図６】編集画面の説明図である。
【図７】モチーフ抽出範囲を配列で指定した様子の説明
図である。
図である。
【図８】モチーフ抽出範囲を矩形領域で指定した様子の
説明図である。
説明図である。
【図９】抽出結果表示画面の説明図である。
【図１０】検索対象を指定した抽出結果表示画面の説明
図である。
図である。
【図１１】検索結果表示画面の説明図である。
【図１２】再利用する配列を指定した検索結果表示画面
の説明図である。
の説明図である。
【図１３】再利用する配列がマルチプルアラインメント
データに追加された様子の説明図である。
データに追加された様子の説明図である。
１０・・・データ入力部
１２・・・データ編集部
１４・・・自動アラインメント部
１６・・・モチーフ抽出部
１８・・・抽出結果処理部
２０・・・モチーフ検索部
２６・・・モチーフデータベース
２８・・・遺伝子配列情報データベース
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(72)発明者 宮澤 愼
神奈川県川崎市中原区上小田中４丁目１番
１号 富士通株式会社内
(72)発明者 伊藤 辰也
神奈川県川崎市中原区上小田中４丁目１番
１号 富士通株式会社内
(72)発明者 二木 敬正
神奈川県川崎市中原区上小田中４丁目１番
１号 富士通株式会社内
Ｆターム(参考） 4B024 AA20 HA19
5B075 ND20 NK10 PP02 PP03 PP12
PP13 PP30 PQ02 PQ03 PQ05
PQ46 UU19
Claims (9)
- 【請求項１】解明済みの遺伝子配列情報を蓄積する遺伝
子配列情報蓄積手段と、 少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力する遺伝子配列
情報入力手段と、 該遺伝子配列情報入力手段により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出手
段と、 該モチーフ抽出手段により抽出されたモチーフに基づい
て、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、前記遺
伝子配列情報蓄積手段から検索する遺伝子配列情報検索
手段と、 該遺伝子配列情報検索手段により検索された遺伝子配列
情報を、前記遺伝子配列情報入力手段により入力された
遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列情報付加手段
と、 を含んで構成されたことを特徴とする遺伝子のモチーフ
抽出処理装置。 - 【請求項２】前記遺伝子配列情報入力手段により入力さ
れた遺伝子配列情報の中から、前記モチーフ抽出手段に
よるモチーフの抽出範囲を指定するモチーフ抽出範囲指
定手段を備え、 前記モチーフ抽出手段は、前記モチーフ抽出範囲指定手
段により指定された抽出範囲内で、遺伝子のモチーフを
抽出する構成である請求項１記載の遺伝子のモチーフ抽
出処理装置。 - 【請求項３】前記遺伝子配列情報を編集する遺伝子配列
情報編集手段を備えた構成である請求項１又は請求項２
に記載の遺伝子のモチーフ抽出処理装置。 - 【請求項４】前記モチーフ抽出手段により抽出されたモ
チーフを編集するモチーフ編集手段を備えた構成である
請求項１〜請求項３のいずれか１つに記載の遺伝子のモ
チーフ抽出処理装置。 - 【請求項５】前記遺伝子配列情報入力手段により入力さ
れた複数の遺伝子配列情報を、アラインメント処理する
アラインメント手段を備えた構成である請求項１〜請求
項４のいずれか１つに記載の遺伝子のモチーフ抽出処理
装置。 - 【請求項６】モチーフを蓄積するモチーフ蓄積手段と、 前記モチーフ抽出手段により抽出されたモチーフを、該
モチーフ蓄積手段に登録するモチーフ登録手段と、 を備えた構成である請求項１〜請求項５のいずれか１つ
に記載の遺伝子のモチーフ抽出処理装置。 - 【請求項７】前記モチーフ蓄積手段に登録されているモ
チーフの中から、少なくとも１つのモチーフを表示する
モチーフ表示手段を備えた構成である請求項６記載の遺
伝子のモチーフ抽出処理装置。 - 【請求項８】少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力す
る遺伝子配列情報入力工程と、 該遺伝子配列情報入力工程により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出工
程と、 該モチーフ抽出工程により抽出されたモチーフに基づい
て、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、遺伝子
配列情報データベースから検索する遺伝子配列情報検索
工程と、 該遺伝子配列情報検索工程により検索された遺伝子配列
情報を、前記遺伝子配列情報入力工程により入力された
遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列情報付加工程
と、 を含んで構成されたことを特徴とする遺伝子のモチーフ
抽出処理方法。 - 【請求項９】少なくとも１つの遺伝子配列情報を入力す
る遺伝子配列情報入力機能と、 該遺伝子配列情報入力機能により入力された遺伝子配列
情報から、遺伝子のモチーフを抽出するモチーフ抽出機
能と、 該モチーフ抽出機能により抽出されたモチーフに基づい
て、該モチーフを一部に含む遺伝子配列情報を、遺伝子
配列情報データベースから検索する遺伝子配列情報検索
機能と、 該遺伝子配列情報検索機能により検索された遺伝子配列
情報を、前記遺伝子配列情報入力機能により入力された
遺伝子配列情報に付け加える遺伝子配列情報付加機能
と、 を実現するための遺伝子のモチーフ抽出処理プログラム
を記録した記録媒体。
Priority Applications (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP23290198A JP4040764B2 (ja) | 1998-08-19 | 1998-08-19 | 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体 |
| DE69910406T DE69910406T2 (de) | 1998-08-19 | 1999-03-31 | Vorrichtung zum extrahieren und prozessieren eines genmotivs, verfahren zum extrahieren und prozessieren eines genmotivs und aufzeichnungsmedium,das genmotiv-extraktions/prozessierungsprogramm trägt |
| PCT/JP1999/001693 WO2000011145A1 (en) | 1998-08-19 | 1999-03-31 | Apparatus for extracting and processing gene motif, method for extracting and processing gene motif and recording medium carrying gene motif extraction/processing program |
| EP99912080A EP1106685B1 (en) | 1998-08-19 | 1999-03-31 | Apparatus for extracting and processing gene motif, method for extracting and processing gene motif and recording medium carrying gene motif extraction/processing program |
| US09/779,495 US6745130B2 (en) | 1998-08-19 | 2001-02-09 | Genetic motif extracting and processing apparatus, genetic motif extracting and processing method, and recording medium recorded with genetic motif extracting and processing program |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP23290198A JP4040764B2 (ja) | 1998-08-19 | 1998-08-19 | 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2000060553A true JP2000060553A (ja) | 2000-02-29 |
| JP4040764B2 JP4040764B2 (ja) | 2008-01-30 |
Family
ID=16946625
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP23290198A Expired - Fee Related JP4040764B2 (ja) | 1998-08-19 | 1998-08-19 | 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び遺伝子のモチーフ抽出処理方法並びに遺伝子のモチーフ抽出処理プログラムを記録した記録媒体 |
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|---|---|
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| EP (1) | EP1106685B1 (ja) |
| JP (1) | JP4040764B2 (ja) |
| DE (1) | DE69910406T2 (ja) |
| WO (1) | WO2000011145A1 (ja) |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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| KR20030038911A (ko) * | 2001-11-07 | 2003-05-17 | (주)엔솔테크 | 디옥시리보핵산 염기서열정보의 통합 및 자동화 처리방법 |
| JP2005538718A (ja) * | 2002-09-13 | 2005-12-22 | ザ テキサス エイ アンド エム ユニバースティ システム | グラム陽性菌由来の表面固定化タンパク質を同定するためのバイオインフォマティクス法及びそれによって得られるタンパク質 |
| JP2006113786A (ja) * | 2004-10-14 | 2006-04-27 | Mitsubishi Space Software Kk | 配列情報抽出装置、配列情報抽出方法および配列情報抽出プログラム |
| JP2008102675A (ja) * | 2006-10-18 | 2008-05-01 | Nec Soft Ltd | 塩基配列の同定方法及び核酸分子の二次構造取得方法、並びにこれらを実行する装置及びプログラム |
| CN103559425A (zh) * | 2013-11-19 | 2014-02-05 | 黑龙江省森林工程与环境研究所 | 一种高通量基因测序的有效数据分类寻优目标检测系统及检测方法 |
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| US9268903B2 (en) | 2010-07-06 | 2016-02-23 | Life Technologies Corporation | Systems and methods for sequence data alignment quality assessment |
| US9529899B2 (en) | 2010-10-07 | 2016-12-27 | Hewlett Packard Enterprise Development Lp | Visualizing motifs with visual structures |
| US9483463B2 (en) * | 2012-09-10 | 2016-11-01 | Xerox Corporation | Method and system for motif extraction in electronic documents |
| CN113724894B (zh) * | 2021-09-01 | 2023-12-29 | 千乘镜像(北京)科技有限公司 | 一种超微结构病理数据的分析方法、装置及电子设备 |
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| JPH07274965A (ja) * | 1993-11-12 | 1995-10-24 | Kokuritsu Idengaku Kenkyusho | 遺伝子のモチーフ抽出処理装置及び処理方法 |
| JPH10187666A (ja) * | 1996-12-27 | 1998-07-21 | Nec Corp | タンパク質及び遺伝子の配列の確率的モチーフ発見方法 |
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-
1998
- 1998-08-19 JP JP23290198A patent/JP4040764B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
1999
- 1999-03-31 WO PCT/JP1999/001693 patent/WO2000011145A1/ja not_active Ceased
- 1999-03-31 EP EP99912080A patent/EP1106685B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1999-03-31 DE DE69910406T patent/DE69910406T2/de not_active Expired - Lifetime
-
2001
- 2001-02-09 US US09/779,495 patent/US6745130B2/en not_active Expired - Fee Related
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|---|---|
| JP4040764B2 (ja) | 2008-01-30 |
| WO2000011145A1 (en) | 2000-03-02 |
| US20010004448A1 (en) | 2001-06-21 |
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| EP1106685B1 (en) | 2003-08-13 |
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| EP1106685A1 (en) | 2001-06-13 |
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| US6745130B2 (en) | 2004-06-01 |
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