FR3011009A1 - Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie - Google Patents
Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie Download PDFInfo
- Publication number
- FR3011009A1 FR3011009A1 FR1359249A FR1359249A FR3011009A1 FR 3011009 A1 FR3011009 A1 FR 3011009A1 FR 1359249 A FR1359249 A FR 1359249A FR 1359249 A FR1359249 A FR 1359249A FR 3011009 A1 FR3011009 A1 FR 3011009A1
- Authority
- FR
- France
- Prior art keywords
- diversity
- microbiome
- atopic dermatitis
- area
- level
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/025—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/20—Dermatological disorders
- G01N2800/202—Dermatitis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
La présente invention a pour objet la caractérisation de la signature bactérienne associée à la dermatite atopique et son utilisation dans des procédés in vitro de pronostic et/ou de diagnostic de la dermatite atopique, des procédés de suivi de la réponse à un traitement, de procédés de suivi de l'évolution de la dermatite atopique, ainsi que des procédés de sélection de composés utiles dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique.
Description
Signature bactérienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de cette pathologie Domaine de l'invention La présente invention concerne la caractérisation de la signature bactérienne associée à la dermatite atopique et son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique. Etat de la technique A ce jour, plus de 500 espèces bactériennes ont été détectées sur des peaux saines rassemblant plus de 2 millions de gènes. Environs 106 bactéries habitent chaque cm2 de peau. Le microbiome de la peau de sujets sains a été décrite comme présentant une spécificité suivant 3 types de zones: humide, sec et gras. L'écosystème bactérien de la peau agit sur la réponse immune et contribue aux signes cliniques de certains déséquilibres cutanés, tels que la dermatite atopique. La dermatite atopique, également appelée eczéma atopique, est une maladie inflammatoire et chronique de la peau. La dermatite atopique concerne préférentiellement le nourrisson et les enfants, mais touche également l'adolescent et l'adulte. Le nombre de patients souffrant de dermatite atopique est en augmentation constante.
La dermatite atopique se caractérise par une sécheresse cutanée, un prurit et/ou un eczéma, ces trois symptômes apparaissant généralement successivement. En effet, le premier signe de la dermatite atopique est une peau très sèche, suivi de l'apparition d'érythèmes et oedèmes, puis de vésicules et lésions croûteuses et suintantes. Par ailleurs, la dermatite atopique est une maladie qui évolue par poussées.
Dans la littérature, il est décrit que les zones lésées de patients atteints d'une dermatite atopique sont associées à une surabondance du genre Staphylococcus, en particulier de Staphylococcus aureus (Kong et al., Genome Res, 2012). La prévention de la dermatite atopique consiste à hydrater la peau chez les personnes à risque ou ayant déjà présenté un ou plusieurs épisodes de dermatite atopique. Le traitement de la dermatite atopique consiste à hydrater la peau, diminuer l'inflammation et soulager les démangeaisons. A cet égard sont prescrites l'application de crèmes hydratantes et l'administration orale ou topique d'antihistaminiques et/ou anti-inflammatoires, tels que la cortisone. Lors des poussées, il est important de surveiller l'apparition de surinfections bactériennes au niveau des zones lésées grattées par le patient. La dermatite atopique est également une cause des troubles du sommeil, du fait des fortes démangeaisons associées.
Les traitements de la dermatite atopique existant ne sont pas toujours efficaces, et souvent les poussées reprennent à l'arrêt du traitement. Le diagnostic de la dermatite atopique repose généralement sur un examen clinique et anamnestique. Le diagnostic de la dermatite atopique est complexe à établir, notamment en raison des formes très variables que peut prendre la dermatite atopique selon les individus, et même au cours de la vie d'un même individu. Les tests existants reposent essentiellement sur la recherche d'IgE ou sur un bilan allergologique complet. Or, la dermatite atopique ne résulte pas toujours, ou du moins pas seulement d'un terrain allergène. Il n'existe donc pas de réel procédé de pronostic et/ou diagnostic de la dermatite atopique, et encore moins un procédé permettant de pronostiquer et/ou diagnostiquer la dermatite atopique à un stade précoce, tels qu'avant l'apparition des signes cliniques. Il existe donc un réel besoin de procédés de pronostic et/ou diagnostic de la dermatite atopique, qui soient de préférence indépendants des facteurs favorisant ou responsables de la dermatite atopique, tels qu'un terrain allergique, et qui permettent si possible le pronostic et/ou diagnostic de la dermatite atopique à un stade précoce, c'est-à-dire avant l'apparition des signes cliniques. Description détaillée La présente invention repose sur la mise en évidence de l'existence d'une signature bactérienne particulière au niveau des zones lésées des patients atteints de dermatite atopique. Les inventeurs ont en effet montré que le microbiome présent au niveau des zones lésées des patients atteints de dermatite atopique présente une faible diversité par rapport au microbiome des zones non pathologiques de ces mêmes patients. De plus, les inventeurs ont mis en évidence que le traitement des zones lésées des patients souffrant de dermatite atopique avec un produit à base d'eau thermale de La Roche Posay permet de rétablir, au niveau des zones lésionnelles traitées, un microbiome dont la diversité est proche, voire superposable, de celle du microbiome des zones non pathologiques. La signature bactérienne peut servir à prévenir les épisodes de poussées, alors même que les symptômes cliniques de la dermatite atopique ne sont pas visibles. La présente invention permet ainsi de pronostiquer et/ou diagnostiquer la dermatite atopique chez un individu en analysant le microbiome présent au niveau de zones suspectées d'être ou de devenir des zones lésées.
La présente invention permet également de fournir un procédé de sélection de composés utiles dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, basé sur l'effet d'un composé à tester sur la diversité d'un microbiome donné. Un premier objet de l'invention concerne ainsi un procédé in vitro de pronostic et/ou de diagnostic de la dermatite atopique chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone suspectée d'être une zone lésée ou de devenir une zone lésée chez ledit individu, b) comparer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, et c) en déduire si le patient est atteint ou risque d'être atteint d'une dermatite atopique.
Un deuxième objet de l'invention concerne un procédé in vitro de suivi de la réponse à un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à : a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du traitement, et b) en déduire si le patient répond favorablement au traitement. Un troisième objet de l'invention concerne un procédé in vitro de suivi de l'évolution d'une dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du temps, b) en déduire si la dermatite atopique évolue favorablement ou non. Un quatrième objet de l'invention est un procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant en : a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu, de préférence à au moins deux instants différents au cours du temps, b) comparer le ou les niveaux de diversité du microbiome mesurés à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, et C) en déduire la durée probable du traitement. Un cinquième objet de l'invention concerne un procédé de sélection d'un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, comprenant les étapes consistant à: - mettre un composé à tester en contact avec des bactéries d'un microbiome de référence, - mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome, et - sélectionner en tant que composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, un composé capable d'augmenter le niveau de diversité par rapport au niveau de diversité du microbiome de référence et/ou permettant de faire évoluer le profil de diversité du microbiome de référence vers un microbiome caractéristique d'une zone non lésée. Définitions La présente invention a principalement pour objet la dermatite atopique chez l'homme. Par l'expression « chez l'homme », on entend désigner les hommes et les femmes de tout âge, en particulier les nourrissons, enfants, adolescents, adultes et personnes âgées.
L'homme est désigné par la suite par les termes patient(s) ou individu(s). La « dermatite atopique » est décrite comme associée à un déficit dans le métabolisme des lipides du stratum comeum, et notamment des céramides. Cette pathologie se présente sous la forme d'une xérose plus ou moins chronique concernant une grande étendue du corps, associée à des poussées inflammatoires et prurigineuses par plaques. L' « atopie » est une prédisposition héréditaire du système immunitaire à privilégier des réactions d'hypersensibilité médiées par les immunoglobulines E (IgE) vis-à-vis d'antigènes communs dans l'alimentation, l'environnement extérieur ou domestique. Le terme « xérose » signifie un dessèchement de la peau, appelé également sécheresse cutanée. Le terme « peau » englobe ici à la fois la peau et le cuir chevelu, mais ne comprend pas les muqueuses. Les termes « zone », « zone de peau » et « zone cutanée » sont utilisés ici indifféremment.
Les expressions « microbiome d'un échantillon » « microbiome dans un échantillon » et « microbiome provenant d'un échantillon » sont utilisées ici indifféremment. Par l'expression « zone lésée » ou « zone lésionnelle », on désigne ici une zone de la peau affectée par la dermatite atopique. Sauf indication contraire, une « zone lésée » fait référence à une zone lésée non traitée. Les zones lésées sont notamment caractérisées par une sécheresse de la peau, des rougeurs, des vésicules, des croûtes ou leurs combinaisons.
Les inventeurs ont montré que les zones lésées sont également caractérisées par un microbiome de faible diversité, comprenant majoritairement des bactéries du genre Staphylococcus, dans une proportion plus élevée que dans le microbiome des zones non lésées. L'inflammation, le prurit et la sécheresse intense sont trois symptômes caractéristiques d'une zone lésée de la dermatite atopique. On utilise ici indifféremment les termes « prurit » et « démangeaisons ». Par opposition à une « zone lésée », les expressions « zone non lésée », « zone non pathologique » ou « zone saine » désignent une zone de la peau non affectée par la dermatite atopique, et de préférence non affectée par une autre pathologie ou une blessure cutanée. Par « zone suspectée d'être une zone lésée », on désigne par exemple une zone de la peau présentant au moins une caractéristique sélectionnée dans le groupe consistant en une inflammation, un prurit, une lésion croûteuse et une lésion suintante, de préférence au moins deux de ces caractéristiques.
Par « zone suspectée de devenir une zone lésée », on désigne par exemple une zone présentant une xérose et/ou une zone de peau ayant été une zone lésée. Par « microbiome », on désigne ici l'ensemble des génomes des bactéries présentes à la surface d'une zone cutanée de l'homme. Par l'expression « procédé de diagnostic de la dermatite atopique », on désigne ici un procédé permettant de déterminer si un individu est atteint de dermatite atopique. Par l'expression « procédé de pronostic de la dermatite atopique », on désigne ici un procédé permettant de déterminer si un individu risque d'être atteint de dermatite atopique. Par l'expression « prévention de la dermatite atopique », on désigne ici le traitement prophylactique ou préventif de la dermatite atopique, qui consiste à prévenir l'apparition de la dermatite atopique, en particulier la xérose.
Par l'expression « traitement de la dermatite atopique », on désigne ici le traitement thérapeutique de la dermatite atopique qui consiste à réduire, inhiber, éliminer les symptômes de la dermatite atopique, tels que xérose, inflammation, eczéma et prurit, l'étendue des lésions, ou la progression de la dermatite atopique, par exemple en retardant, espaçant ou supprimant les poussées inflammatoires et prurigineuses. Diversité du microbiome d'une zone cutanée Comme indiqué ci-dessus, un « microbiome » désigne ici l'ensemble des génomes des bactéries présentes à la surface d'une zone cutanée de l'homme.
Par « niveau de diversité d'un microbiome », on désigne le nombre de séquences génétiques différentes au sein dudit microbiome (noté également OTU, pour « Operational Taxonomic Unit »). La mesure des OTUs peut être effectuée par toute méthode appropriée bien connue de l'homme du métier, comme par exemple décrit dans Schloss et Handelsman (Appl. Environ. Microbiol., 2005, 71:1501-1506). Par « profil de diversité d'un microbiome », on désigne le nombre et/ou la proportion des embranchements différents de bactéries présents au sein dudit microbiome, le nombre et/ou la proportion des genres différents de bactéries présents au sein dudit microbiome, ou encore le nombre et/ou la proportion des genres et espèces différents de bactéries présents au sein dudit microbiome. Les termes « embranchement » et « phylum » sont ici synonymes. Parmi les embranchements de bactéries connus, on peut citer : Acidobacteria, Actinobacteria, Aqu if icae, Bacteroidetes, Chlamydiae, Chlorobi, Chloroflexi, Chrysiogenetes, Cyanobacteria, Deferribacteres, Deinococcus-Thermus, Dictyoglomi, Fibrobacteres, Firmicutes, Fusobacteria, Gemmatimonadetes, Nitrospirae, Planctomycetes, Proteobacteria, Spirochaetes, Thermodesulfobacteria, Thermotogae, Verrucomicrobia. Typiquement, le microbiome présent à la surface de la peau de l'homme comprend ou consiste en les six embranchements suivants : Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes et Fusobacteria. Un microbiome caractéristique d'une zone lésée d'un patient atteint de dermatite atopique a par exemple un taux de bactéries du genre Staphylococcus nettement augmenté, de préférence significativement augmenté, par rapport à une zone non lésée adjacente.35 Un microbiome caractéristique d'une zone d'un patient à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique a par exemple un taux de bactéries du genre Staphylococcus augmenté, par rapport à une zone non lésée adjacente. Un microbiome caractéristique d'une zone lésée traitée d'un patient atteint de dermatite atopique a par exemple une diminution du taux de bactéries du genre Staphylococcus et une augmentation du taux de bactéries du genre Stenotrophomonas par rapport à une zone lésée non traitée. Un microbiome caractéristique d'une zone non lésée d'un patient a par exemple au moins 200 séquences génétiques différentes, de préférence au moins 220 séquences génétiques différentes, par exemple entre 240 et 260 Le niveau de diversité d'un microbiome peut être mesuré par toute technique appropriée bien connue de l'homme du métier, telle que l'analyse des ARN 16S ou la méthode Sanger.
Dans un mode de réalisation préféré, le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome est mesuré par analyse des ARN 16S. L'analyse des ARN 16S comprend l'identification du nombre de séquences génétiques différentes. L'analyse des ARN 16S peut également comprendre l'identification du nombre de séquences génétiques différentes correspondant à un phylum bactérien donné, un genre bactérien donné et/ou une espèce bactérienne donnée, et de préférence la proportion relative dudit phylum et/ou dudit genre et/ou de ladite espèce au sein du microbiome. Dans les procédés selon l'invention décrits par la suite, il est souvent fait référence à un microbiome de référence.
Un microbiome de référence est par exemple un microbiome caractéristique d'une zone lésée d'un patient atteint de dermatite atopique, d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, d'une zone lésée traitée d'un patient atteint de dermatite atopique ou d'une zone non lésée. Un microbiome de référence peut également être un milieu comprenant différentes bactéries dans diverses proportions qui correspond ou non à un microbiome existant dans la nature. Le microbiome de référence peut être obtenu à partir d'un échantillon d'une zone cutanée d'un individu ou en préparant un milieu comprenant les différentes bactéries dans les proportions correspondant audit microbiome de référence.
Par « milieu », on entend un milieu apte à la croissance des bactéries. Il peut s'agir d'un milieu solide ou liquide.
Le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone cutanée est de préférence une moyenne des niveaux de diversité et/ou de profil de diversité de microbiome mesurés sur des échantillons provenant de ladite zone de peau chez plusieurs individus.
Par l'expression « augmenter la diversité du microbiome », on entend ici augmenter le nombre de séquences génétiques différentes au sein dudit microbiome. Le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome est par exemple mesuré dans un échantillon provenant d'une zone de peau d'une surface de 0,2 cm2 à 3 cm2, de préférence de 0,5 cm2 à 2 cm2. Un échantillon provenant d'une zone de peau donnée est par exemple obtenu en appliquant sur ladite zone de peau un disque collant, par exemple un disque de type D-Squame, ou par grattage de la surface de ladite zone de peau. La zone de l'échantillon a une surface de 0,2 cm2 à 3 cm2, de préférence de 0,5 cm2 à 2 cm2. Dans un mode de réalisation préféré, la zone non lésée est une zone saine qui est la plus proche possible de la zone lésée. Une zone non lésée est ainsi de préférence située à proximité de la zone lésée, par exemple à au moins 0,2 cm, au moins 0,4 cm, au moins 0,6 cm, au moins 0,8 cm ou au moins 1 cm de distance des bords de la zone lésée, et de préférence à au plus 3 cm ou au plus 2 cm de distance des bords de la zone lésée. L'échantillon provient de préférence d'une zone de peau située au niveau du creux poplité.
Procédé in vitro de pronostic et/ou de diagnostic La présente invention a ainsi pour objet un procédé in vitro de pronostic et/ou de diagnostic de la dermatite atopique chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes consistant à : a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome d'un échantillon provenant d'une zone suspectée d'être une zone lésée ou de devenir une zone lésée chez ledit individu, b) comparer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, et c) en déduire si le patient est atteint ou risque d'être atteint d'une dermatite atopique.
L'échantillon, les zones cutanées, le niveau de diversité, le profil de diversité du microbiome et le microbiome de référence sont notamment tels que définis ci-dessus. La présente invention a particulièrement pour objet le procédé in vitro de pronostic et/ou de diagnostic ci-dessus, dans lequel le microbiome de référence est choisi dans le groupe consistant en un microbiome caractéristique d'une zone lésée, un microbiome caractéristique d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, un microbiome caractéristique d'une zone lésée traitée et un microbiome caractéristique d'une zone non lésée. Le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome de référence caractéristique d'une zone non lésée peut être le niveau ou une moyenne de niveaux de diversité et/ou de profil de diversité du microbiome d'une zone lésée dudit individu, ou le niveau ou une moyenne de niveaux de diversité et/ou de profil de diversité du microbiome d'un ou plusieurs individus ne souffrant pas de dermatite atopique. Le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome de référence caractéristique d'une zone non lésée est par exemple supérieur ou égale à 200 séquences génétiques différentes, de préférence supérieur ou égal à 230 séquences génétiques différentes, plus préférentiellement supérieur ou égal à 240 séquences génétiques différentes. Dans l'étape c), on en déduit que le patient est atteint ou risque d'être atteint d'une dermatite atopique : si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est inférieur au niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone non lésée, de préférence si le niveau de diversité mesuré à l'étape a) est inférieur à 200 séquences génétiques différentes, et/ou si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est proche du niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone lésée, et/ou si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est proche du niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, et/ou si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est compris entre le niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone lésée et celui d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, et/ou si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est inférieur ou égal au niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, et/ou si le niveau de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) est inférieur ou égal au niveau de diversité d'un microbiome de référence caractéristique d'une zone lésée. « Un niveau de diversité est proche d'une valeur » signifie par exemple que le niveau de diversité est égale à ladite valeur, + ou - 20 séquences génétiques différentes, de préférence + ou - 10 séquences génétiques différentes. Procédé in vitro de suivi de la réponse à un traitement de la dermatite atopique La présente invention a ainsi également pour objet un procédé in vitro de suivi de la réponse à un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du traitement, et b) en déduire si le patient répond favorablement au traitement. Le patient répond favorablement au traitement si le niveau de diversité du microbiome a augmenté entre les deux instants successifs et/ou si le profil de diversité se rapproche du profil de diversité du microbiome d'une zone non lésée. Le patient ne répond pas favorablement au traitement si le niveau de diversité du microbiome a diminué entre les deux instants successifs et/ou si le profil de diversité se rapproche du profil de diversité du microbiome d'une zone lésée ou d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique. Il est possible d'effectuer des mesures à plusieurs instants au cours du traitement, à des intervalles de temps réguliers ou non, pendant toute la période du traitement, ou seulement au début, milieu et/ou à la fin du traitement. Il est possible que le patient réponde favorablement au traitement pendant un certain temps, puis ne réponde plus favorablement au traitement. Dans ce cas, il peut être approprié de modifier ou changer le traitement.35 Procédé in vitro de suivi de l'évolution d'une dermatite atopique La présente invention a également pour objet un procédé in vitro de suivi de l'évolution d'une dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du temps, et b) en déduire si la dermatite atopique évolue favorablement ou non. La dermatite atopique évolue favorablement si le niveau de diversité du microbiome a augmenté entre les deux instants successifs et/ou si le profil de diversité se rapproche du profil de diversité du microbiome d'une zone non lésée. La dermatite atopique évolue défavorablement si le niveau de diversité du microbiome a augmenté entre les deux instants successifs et/ou si le profil de diversité se rapproche du profil de diversité du microbiome d'une zone lésée ou d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique.
Lorsqu'une dermatite atopique évolue défavorablement, il peut être approprié de proposer un traitement de la dermatite atopique si elle n'était pas traitée, ou de modifier ou changer le traitement. Procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique Un autre objet de l'invention concerne ainsi un procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant en : a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu, de préférence à au moins deux instants différents au cours du temps, b) comparer le ou les niveaux de diversité du microbiome mesurés à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, et c) en déduire la durée probable du traitement.
Dans l'étape b), le ou les niveaux de diversité mesuré(s) à l'étape a) peuvent être comparés au niveau de diversité et/ou au profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, choisi de préférence parmi un microbiome caractéristique d'une zone lésée, un microbiome caractéristique d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, un microbiome caractéristique d'une zone lésée traitée et un microbiome caractéristique d'une zone non lésée.
Selon que le ou les niveaux de diversité et/ou le ou les profils de diversité mesurés à l'étape a) se rapprochent plus ou moins rapidement du niveau de diversité et/ou du profil de diversité d'un microbiome caractéristique d'une zone non lésée et/ou d'une zone lésée traitée, ou qu'ils restent plus ou moins proches du niveau de diversité et/ou du profil de diversité d'un microbiome caractéristiques d'une zone lésée ou d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, il est possible d'en déduire la durée probable plus ou moins longue du traitement. Dans un mode de réalisation avantageux, le procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique comprend de préférence une étape de réalisation d'une ou plusieurs courbes de référence indiquant le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'un microbiome au niveau d'une zone lésée au cours du temps, de préférence indiquant les valeurs avant, pendant et à la fin du traitement. Les courbes de référence sont par exemple des courbes caractéristiques de l'évolution de la diversité du microbiome chez des patients répondant favorablement au traitement, moyennement favorablement au traitement et/ou passablement au traitement. Ainsi, lors de l'étape b), la ou les valeurs mesurées à l'étape a) sont de préférence comparées à un ou plusieurs courbes de référence, et on en déduit la durée probable du traitement.
Procédé de sélection d'un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique La présente invention a également pour objet un procédé de sélection d'un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, comprenant les étapes consistant à: mettre un composé à tester en contact avec des bactéries d'un microbiome de référence, mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome, et sélectionner en tant que composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, un composé capable d'augmenter le niveau de diversité par rapport au niveau de diversité du microbiome de référence et/ou permettant de faire évoluer le profil de diversité du microbiome de référence vers un microbiome caractéristique d'une zone non lésée. Le composé à tester peut par exemple être un extrait d'eau thermale de La Roche Posay, une bactérie ou un mélange de bactéries, un extrait d'une ou plusieurs bactéries, un milieu de culture d'une ou plusieurs bactéries, un extrait d'un milieu de culture d'une ou plusieurs bactéries, ou leurs combinaisons.
Les bactéries sont de préférence des bactéries prédominantes après traitement d'une zone lésée. Ledit procédé de sélection est un procédé in vitro ou ex vivo. La présente invention a particulièrement pour objet le procédé de sélection tel que défini ci-dessus, caractérisé en ce que le microbiome de référence est caractéristique d'une zone lésée d'un patient atteint de dermatite atopique ou d'une zone d'un patient à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique. Le microbiome de référence peut également être un milieu comprenant différentes bactéries dans différentes proportions, qui ne correspond pas nécessairement à un microbiome naturel. Le microbiome de référence peut être obtenu à partir d'un échantillon d'un individu ou en préparant un milieu comprenant les différentes bactéries dans les proportions correspondant audit microbiome de référence. Par « milieu », on entend un milieu liquide.
Le procédé de sélection est réalisé dans des conditions permettant la croissance des bactéries en l'absence dudit composé à tester. Composition dermatologique La présente invention a également pour objet une composition dermatologique comprenant à titre de principe actif au moins un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, par exemple tel qu'obtenu par le procédé de sélection défini ci-dessus. Dans une composition dermatologique préférée selon l'invention, ledit composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique est apporté sous la forme de l'eau thermale de La Roche Posay et/ou d'un extrait d'eau thermale de La Roche Posay. La présente invention a notamment pour objet une composition dermatologique telle que définie ci-dessus, caractérisée en ce qu'elle comprend de 1% à 80% d'eau thermale de La Roche Posay, de préférence de 20% à 60%, plus préférentiellement de 30% à 50%, les pourcentages étant exprimés en g pour 100 g de composition. La composition dermatologique selon l'invention est de préférence appropriée pour une application topique. Les expressions « topique » et « sur la peau » sont ici synonymes. La composition dermatologique peut ainsi se présenter sous toute forme appropriée pour un usage topique, telle qu'une crème, un baume, un gel, une huile, une eau, une pommade, une pâte ou un spray.
Méthode de prévention et/ou de traitement de la dermatite atopique La présente invention a également pour objet un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, sélectionné à l'issue du procédé de sélection tel que défini ci-dessus, pour utilisation dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique. Dans un mode de réalisation préféré, ledit composé est formulé dans une composition dermatologique. La composition dermatologique est notamment telle que définie ci-dessus.
La composition dermatologique est typiquement appliquée une à trois fois par jour, par exemple deux fois par jour, sur les zones lésées et de préférence également autour des zones lésées, et/ou sur des zones suspectées de devenir des zones lésées. Le traitement concerne des patients atteints de dermatite atopique. La prévention concerne des individus à risque d'être atteint d'une dermatite atopique, tels que des individus ayant connu au moins un épisode de dermatite atopique au cours de leur vie ou présentant une sècheresse cutanée importante. La présente invention a notamment pour objet un composé sélectionné dans le procédé de sélection selon l'invention, pour utilisation dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique d'individus diagnostiqués comme atteints de dermatite atopique ou à risque d'être atteints de dermatite atopique, en particulier après mise en oeuvre du procédé de pronostic et/ou diagnostic selon l'invention défini ci-dessus. Le traitement est effectué au moins jusqu'à disparition des symptômes. Le traitement est de préférence poursuivi plusieurs jours ou plusieurs semaines après la disparition des symptômes, en diminuant éventuellement progressivement la fréquence d'administration de la composition dermatologique. L'efficacité du traitement de la dermatite atopique peut être évaluée par le procédé in vitro de suivi de la réponse à un traitement de la dermatite atopique tel que défini ci-dessus. La durée probable du traitement de la dermatite atopique peut être évaluée par le procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique tel que défini ci-dessus. La présente invention a également pour objet une méthode de prévention et/ou de traitement de la dermatite atopique comprenant l'administration d'une composition dermatologique selon l'invention sur la peau, au niveau des zones lésées et de préférence également autour des zones lésées, et/ou au niveau des zones suspectées de devenir des zones lésées.
La présente invention a également pour objet un composé sélectionné à l'issue du procédé de sélection tel que défini ci-dessus, pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, caractérisée en ce ledit composé permet d'augmenter la diversité du microbiome présent à la surface de la peau, de préférence au niveau d'une zone lésée de la peau ou suspectée de devenir une zone lésée, chez un individu atteint de dermatite atopique ou risquant d'être atteint d'une dermatite atopique. La présente invention a également pour objet un procédé visant à augmenter la diversité du microbiome présent à la surface de la peau, de préférence au niveau d'une zone lésée de la peau ou d'une zone suspectée de devenir une zone lésée, comprenant l'administration topique d'au moins un composé sélectionné à l'issue du procédé de sélection tel que défini ci-dessus et/ou d'une composition dermatologique telle que définie ci-dessus, chez un individu atteint de dermatite atopique ou risquant d'être atteint d'une dermatite atopique.
D'autres caractéristiques et avantages de l'invention ressortiront mieux des exemples qui suivent, donnés à titre illustratif et non limitatif. Description des figures Figure 1 : Diversité du microbiome au niveau de zones non lésées et des zones lésées de patients atteints de dermatite atopique. En ordonnées figure le nombre de séquences génétiques différentes. ZNL : zone non lésée, ZL : zone lésée, p<0,001. Figure 2: Modifications de la diversité microbienne associée au traitement en cours de traitement. En ordonnées est indiquée la similarité moyenne de la communauté intra-individuelle avant traitement et après-traitement. S : vers plus de similarité, D : vers plus de dissimilarité, (« paired t-test », t=2,8303, p=0,007). Figure 3 : Abondance relative moyenne par genre de bactérie au niveau de zones lésées et non lésées d'un même individu atteint de dermatite atopique, avant traitement et après traitement. Pour chaque genre, la 1 ère colonne correspond aux résultats sur la zone non lésée avant traitement, la 2ème colonne sur la zone non lésée après traitement, la 3ème colonne sur la zone lésée avant traitement et la 4ème colonne sur la zone lésée après traitement. Figure 4: Cartographie du genre Staphylococcus par espèce au niveau de zones lésées et non lésées d'un même individu atteint de dermatite atopique, avant traitement et après traitement. En ordonnées figure l'abondance relative moyenne (1 représente 100%). A: Staphylococcus epidermidis, B: Staphylococcus aureus, C: Staphylococcus spp., D: Staphylococcus haemolyticus, E : autres Staphylococcaceae, 1 : zone non lésée avant traitement, 2 : zone non lésée après traitement, 3 : zone lésée avant traitement, 4 : zone lésée après traitement. Figure 5: Photographie de la diversité bactérienne par genre sur une peau non atopique (moyenne obtenue sur des bras de 93 femmes non atopiques).
Figure 6: Photographie de la diversité bactérienne par genre avant le début du traitement sur des zones lésées de patients atteints de dermatite atopique et répondant favorablement au traitement. Figure 7: Photographie de la diversité bactérienne par genre avant le début du traitement sur des zones non lésées de patients atteints de dermatite atopique et répondant favorablement au traitement. Figure 8: Photographie de la diversité bactérienne par genre à 84 jours après le début du traitement sur des zones lésées de patients atteints de dermatite atopique et répondant favorablement au traitement. Figure 9 : Photographie de la diversité bactérienne par genre à 84 jours après le début du traitement sur des zones non lésées de patients atteints de dermatite atopique et répondant favorablement au traitement. Exemple : Matériel et méthodes Patients L'étude a été réalisée chez 50 patients atteints de dermatite atopique et présentant des zones lésées et des zones non lésées. Le SCORAD (sévérité globale de l'eczéma atopique) moyen à l'inclusion était de 33 ± 5,6. L'âge moyen était de 12 ± 9 ans. Mode opératoire Les 50 patients ont appliqué le produit de la Roche Posay «Baume Lipikar AP» à base d'eau thermale de la Roche Posay pendant 84 jours, à raison de deux applications par jour. Plusieurs prélèvements bactériens sont réalisés sur des zones lésées et des zones proximales non lésées de chaque sujet, de la période allant avant le début du traitement jusqu'à l'issue du traitement. Des photos des zones prélevées sont réalisées. La sécheresse, l'érythème et la desquamation des zones prélevées sont évaluées. La taille de la zone des prélèvements est de taille réduite, en particulier de 0,5 à 2 cm2. La zone prélevée est la plus représentative de la zone lésée.
Le prélèvement s'effectue avec des coton tiges stériles à usage unique et sous flux d'air stérile. Le flux d'air stérile est produit par une hotte à flux laminaire portative. Elle filtre l'air ambiant et permet un prélèvement dit « axénique » c'est-à-dire sans microorganismes de l'environnement. Le préleveur ne coupe jamais le flux laminaire d'air durant le prélèvement. Le prélèvement s'effectue dans un endroit calme et le prélevé comme le préleveur sont silencieux durant l'opération. Le coton tige stérile est plongé dans une solution d'eau milliQ contenant 0,15 M de NaCI et 0,1% de Tween 20. Cette solution est filtrée à 0,22 lm (Minisart ref 16534) extemporanément sous hotte à flux laminaire pour garantir sa stérilité. Le prélèvement a été standardisé en fonction de la zone prélevée (force, durée et surface). Le coton tige est brisé dans un tube de type Eppendorf stérilisé à 121°C/30' garanti exempt de RNAse et de DNAse. Les échantillons sont immédiatement placés à -20°C pour quelques heures, puis transférés à -80°C (de préférence directement placés à -80°C) où ils sont stables au moins 6 mois. Après amplification de l'ADN bactérien codant pour l'ARN 16S, à la fois le genre et les espèces bactériennes sont déterminés, par leur analyse en utilisant la base de données bactérienne Qiime.
La comparaison du microbiome est effectuée sur une zone lésée et non lésée d'un même sujet. La diversité du microbiome est analysée par plusieurs méthodes dont l'Indice de Shannon qui est le plus utilisé par l'homme de l'art. L'indice de Shannon est obtenu par la formule suivante : = p H' : indice de biodiversité de Shannon : une espèce du milieu d'étude p, : Proportion d'une espèce i par rapport au nombre total d'espèces (S) dans le milieu d'étude (ou richesse spécifique du milieu), qui se calcule de la façon suivante : où n, est le nombre d'individus pour l'espèce jet N est l'effectif total (les individus de toutes les espèces). Résultats Analyse clinique (n=50 sujets) A l'inclusion des sujets, la sévérité globale de l'eczéma atopique (SCORAD) n'est pas corrélée à l'ancienneté, ni au sexe des individus. L'ancienneté de la maladie est fortement corrélée à l'âge du patient ce qui confirme le caractère « inné » de la pathologie (incluant une composante génétique démontrée avec les polymorphismes de la fillagrine) avec quelques sujets cependant récemment et sévèrement atteints (eczéma acquis ou cumulant facteurs environnementaux déclencheurs). La sévérité de l'érythème et la sécheresse des lésions prélevées à l'inclusion sont des facteurs bien corrélés (érythème p=3.10-9, dryness p=1.10-4) avec le score global du patient. Dans cette étude, le traitement diminue le score global de l'atopie de façon plus importante chez les hommes que chez les femmes. 36 patients ont répondu favorablement au traitement et 14 patients n'ont pas répondu au traitement, parmi lesquels un patient avec SCORAD aggravé pendant la période. Analyse de la microflore cutanée Les résultats concernant le nombre de séquences génétiques différentes figure dans le tableau suivant : Zone lésée à TO Zone non Zone lésée à T84 Zone non lésée à To lésée à T84 Non Nombre de 86 94 72 101 répondeurs séquences génétiques différentes Nombre de 903 643 435 885 lectures en moyenne par patient Répondeurs Nombre de 119 121 118 138 séquences génétiques différentes Nombre de 871 844 880 1292 lectures en moyenne par patient A noter que sur un bras non atopique, c'est-à-dire chez un individu ne souffrant pas de dermatite atopique, il est détecté en moyenne 250 séquences génétiques différentes (sur une moyenne de 92 individus). Les patients qui ont répondu favorablement « répondeurs » au traitement ont une diversité bactérienne supérieure aux patients n'ayant pas répondu au traitement « non répondeurs ». Que ce soit au niveau d'une zone lésée ou d'une zone non lésée, la diversité est nettement plus faible que sur une peau non atopique. Avant traitement, le microbiome des zones lésionnelles est significativement différent des zones adjacentes non lésionnelles (p= 0.001). Le microbiome présente une diversité bactérienne moins importante que celle des zones adjacentes, richesse mesurée par deux indices de référence (Shannon, p=0.002 et Bray- Curtis). La diversité a tendance à disparaitre au profit d'une signature commune sur les zones lésionnelles et cela, de façon indépendante de la zone prélevée. Après un traitement, le microbiome des zones lésionnelles évolue vers une communauté bactérienne qui se rapproche de celle des zones adjacentes non lésionnelles (p=0,16). Cette communauté microbienne reste différente de celle observée avant le traitement quelles que soient les zones (p=0.002). Autrement dit le microbiome des zones non lésionnelles à l'inclusion est également modifié suite au traitement. Les staphylocoques représentent le genre le plus représenté de la microflore dans la zone lésée et également de la zone adjacente non lésée (de 15 a 35% de la microflore totale mesurée). Une diminution significative des staphylocoques est observée après le traitement (p<0.01), sans toutefois atteindre le niveau observé dans les zones non lésionnelles. Plus particulièrement, ces résultats confirment que les espèces S. aureus mais également S. epidermidis sont surreprésentées dans les zones lésées. De manière surprenante, l'espèce S. haemoliticus est également surabondante dans les zones lésées. Cette surabondance de S. haemoliticus est complètement corrigée après le traitement L'espèce S. epidermidis reste la plus représentée dans le genre avant ou après traitement. Le traitement de la zone lésionnelle met en évidence un enrichissement significatif du genre Stenotrophomonas par rapport aux zones lésionnelles non traitées.35
Claims (11)
- REVENDICATIONS1. Procédé in vitro de pronostic et/ou de diagnostic de la dermatite atopique chez un individu, ledit procédé comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone suspectée d'être une zone lésée ou de devenir une zone lésée chez ledit individu, b) comparer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome mesuré à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil de diversité d'au moins un microbiome de référence, et c) en déduire si le patient est atteint ou risque d'être atteint d'une dermatite atopique.
- 2. Procédé selon la revendication 1, dans lequel le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome est mesuré par analyse des ARN 16S.
- 3. Procédé selon la revendication 1 ou 2, dans lequel le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome est mesuré dans un échantillon provenant d'une zone de peau d'une surface de 0,2 cm2 à 3 cm2, de préférence de 0,5 cm2 à 2 cm2.
- 4. Procédé selon l'une des revendications 1 à 3, dans lequel le microbiome de référence est choisi dans le groupe consistant en un microbiome caractéristique d'une zone lésée, un microbiome caractéristique d'une zone de peau à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique, un microbiome caractéristique d'une zone lésée traitée et un microbiome caractéristique d'une zone non lésée.
- 5. Procédé selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel la zone suspectée d'être une zone lésée est une zone présentant au moins une caractéristique sélectionnée dans le groupe consistant en une inflammation, un prurit, une lésion croûteuse et une lésion suintante.
- 6. Procédé selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel la zone suspectée de devenir une zone lésée est une zone présentant une xérose et/ou une zone de peau ayant été une zone lésée.
- 7. Procédé in vitro de suivi de la réponse à un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du traitement, et b) en déduire si le patient répond favorablement au traitement.
- 8. Procédé in vitro de suivi de l'évolution d'une dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant à: a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu à au moins deux instants différents au cours du temps, et b) en déduire si la dermatite atopique évolue favorablement ou non.
- 9. Procédé in vitro de pronostic de la durée d'un traitement de la dermatite atopique chez un patient comprenant les étapes consistant en : a) mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome d'un échantillon provenant d'une zone lésée dudit individu, de préférence à au moins deux instants différents au cours du temps, b) comparer le ou les niveaux de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome mesurés à l'étape a) avec le niveau de diversité et/ou le profil d'au moins un microbiome de référence, et c) en déduire la durée probable du traitement.
- 10. Procédé de sélection d'un composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, comprenant les étapes consistant à: mettre un composé à tester en contact avec des bactéries d'un microbiome de référence, mesurer le niveau de diversité et/ou le profil de diversité du microbiome, et sélectionner en tant que composé utile dans la prévention et/ou le traitement de la dermatite atopique, un composé capable d'augmenter le niveau de diversité par rapport au niveau de diversité du microbiome de référence et/ou permettant de faire évoluer le profil de diversité du microbiome de référence vers un microbiome caractéristique d'une zone non lésée.35
- 11. Procédé de sélection selon la revendication 10, caractérisé en ce que le microbiome de référence est caractéristique d'une zone lésée d'un patient atteint de dermatite atopique ou d'une zone d'un patient à un moment précédent l'apparition d'une lésion de dermatite atopique.
Priority Applications (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR1359249A FR3011009B1 (fr) | 2013-09-25 | 2013-09-25 | Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie |
| US15/024,683 US20160215326A1 (en) | 2013-09-25 | 2014-09-25 | Bacterial signature of atopic dermatitis and use thereof in the prevention and/or treatment of this pathology |
| PCT/EP2014/070574 WO2015044315A1 (fr) | 2013-09-25 | 2014-09-25 | Signature bactérienne de dermatite atopique et son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de cette pathologie |
| EP14781106.1A EP3049533B1 (fr) | 2013-09-25 | 2014-09-25 | Signature bactérienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prévention et/ou le traitement de cette pathologie |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR1359249A FR3011009B1 (fr) | 2013-09-25 | 2013-09-25 | Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| FR3011009A1 true FR3011009A1 (fr) | 2015-03-27 |
| FR3011009B1 FR3011009B1 (fr) | 2016-11-25 |
Family
ID=49713257
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| FR1359249A Expired - Fee Related FR3011009B1 (fr) | 2013-09-25 | 2013-09-25 | Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20160215326A1 (fr) |
| EP (1) | EP3049533B1 (fr) |
| FR (1) | FR3011009B1 (fr) |
| WO (1) | WO2015044315A1 (fr) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR3099770A1 (fr) * | 2019-08-05 | 2021-02-12 | Luxia Scientific | Methode d’analyse de la perte de diversite bacterienne du microbiome intestinal humain |
| FR3121936A1 (fr) * | 2021-04-20 | 2022-10-21 | Naos Institute Of Life Science | Methode de criblage d’ingredients et de compositions topiques ecobiologiques, et son utilisation pour realiser un soin cosmetique de restauration du microbiote cutane |
Families Citing this family (17)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2009140550A2 (fr) | 2008-05-14 | 2009-11-19 | Dermtech International | Diagnostic de mélanome et de lentigo solaire par analyse d'acides nucléiques |
| JP2016528880A (ja) | 2013-06-18 | 2016-09-23 | プロダームアイキュー インコーポレイテッド | 皮膚細菌叢の解析に基づくカスタマイズしたスキンケア製品及びパーソナルケア製品 |
| CN107106429B (zh) | 2014-11-10 | 2021-06-29 | 宝洁公司 | 具有两种有益相的个人护理组合物 |
| MX376115B (es) | 2014-11-10 | 2025-03-07 | Procter & Gamble | Composiciones para el cuidado personal con dos fases benéficas. |
| US10966916B2 (en) | 2014-11-10 | 2021-04-06 | The Procter And Gamble Company | Personal care compositions |
| EP3346910A4 (fr) * | 2015-09-09 | 2019-05-15 | Ubiome Inc. | Procédé et système pour diagnostics dérivés du microbiome et agents thérapeutiques contre l'eczéma |
| EP4345725A3 (fr) | 2015-09-17 | 2024-06-19 | Prodermiq, Inc. | Prédiction de l'âge de la peau sur la base de l'analyse de la flore cutanée et des données de style de vie |
| CN110753966A (zh) | 2017-03-10 | 2020-02-04 | 普罗皮肤检测股份有限公司 | 基于皮肤菌群分析的定制化护肤产品和个人护理产品 |
| CN111212625B (zh) | 2017-10-20 | 2023-05-23 | 宝洁公司 | 气溶胶泡沫洁肤剂 |
| WO2019079405A1 (fr) | 2017-10-20 | 2019-04-25 | The Procter & Gamble Company | Nettoyant moussant en aérosol pour la peau |
| CA3090785A1 (fr) | 2018-02-14 | 2019-08-22 | John Daniel Dobak Iii | Nouveaux classificateurs de genes et leurs utilisations dans des cancers de la peau sans melanome |
| RU2692803C1 (ru) * | 2018-10-08 | 2019-06-27 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Башкирский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации | Способ прогнозирования степени тяжести атопического дерматита у детей с сопутствующим дисбактериозом кишечника |
| CN113015904B (zh) | 2018-11-29 | 2024-06-18 | 宝洁公司 | 用于筛选个人护理产品的方法 |
| JP2020182435A (ja) * | 2019-05-07 | 2020-11-12 | 学校法人慶應義塾 | アトピー性皮膚炎の診断方法 |
| CN115398198A (zh) | 2020-03-24 | 2022-11-25 | 宝洁公司 | 用于测试皮肤样本的方法 |
| EP4251773A4 (fr) * | 2020-11-24 | 2024-10-30 | Dermtech, Inc. | Évaluation de la charge mutationnelle dans la peau |
| WO2022117442A1 (fr) | 2020-12-01 | 2022-06-09 | Evonik Operations Gmbh | Culture mixte synthétique ressemblant à un microbiome cutané |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008107275A (ja) * | 2006-10-27 | 2008-05-08 | Juntendo | アレルギー性皮膚炎の診断法 |
| WO2009018447A2 (fr) * | 2007-07-31 | 2009-02-05 | New York University | Procédés de diagnostic et de traitement pour caractériser des microbiotes bactériens dans des affections de la peau |
| JP2012177601A (ja) * | 2011-02-25 | 2012-09-13 | Fancl Corp | アトピー性皮膚炎の検査方法 |
| EP2508605A1 (fr) * | 2009-12-03 | 2012-10-10 | Shiseido Company, Ltd. | Procédé de criblage pour un agent de traitement de la sécheresse cutanée associée à la dermatite atopique utilisant l'activité de bléomycine hydrolase comme mesure |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| BR112015021755A2 (pt) * | 2013-03-07 | 2017-07-18 | Kane Biotech Inc | composições antimicrobianas e antibiofilmes e métodos de aplicação das mesmas |
| WO2015095241A2 (fr) * | 2013-12-16 | 2015-06-25 | Seres Health, Inc. | Compositions bactériennes et leurs méthodes d'utilisation pour traiter des troubles du système immunitaire |
-
2013
- 2013-09-25 FR FR1359249A patent/FR3011009B1/fr not_active Expired - Fee Related
-
2014
- 2014-09-25 EP EP14781106.1A patent/EP3049533B1/fr active Active
- 2014-09-25 US US15/024,683 patent/US20160215326A1/en not_active Abandoned
- 2014-09-25 WO PCT/EP2014/070574 patent/WO2015044315A1/fr not_active Ceased
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008107275A (ja) * | 2006-10-27 | 2008-05-08 | Juntendo | アレルギー性皮膚炎の診断法 |
| WO2009018447A2 (fr) * | 2007-07-31 | 2009-02-05 | New York University | Procédés de diagnostic et de traitement pour caractériser des microbiotes bactériens dans des affections de la peau |
| EP2508605A1 (fr) * | 2009-12-03 | 2012-10-10 | Shiseido Company, Ltd. | Procédé de criblage pour un agent de traitement de la sécheresse cutanée associée à la dermatite atopique utilisant l'activité de bléomycine hydrolase comme mesure |
| JP2012177601A (ja) * | 2011-02-25 | 2012-09-13 | Fancl Corp | アトピー性皮膚炎の検査方法 |
Non-Patent Citations (6)
| Title |
|---|
| "Atopic Dermatitis in Childhood and Adolescence", vol. 15, 1 January 2011, KARGER, Basel, ISBN: 978-3-80-559570-4, ISSN: 1662-3886, article THOMAS WERFEL: "Classification, Clinical Features and Differential Diagnostics of Atopic Dermatitis", pages: 1 - 10, XP055102114, DOI: 10.1159/000328130 * |
| BOURRAIN MURIEL ET AL: "Balance between beneficial microflora and Staphylococcus aureus colonisation: in vivo evaluation in patients with atopic dermatitis during hydrotherapy.", EUROPEAN JOURNAL OF DERMATOLOGY : EJD 1 DEC 2013, vol. 23, no. 6, 1 December 2013 (2013-12-01), pages 786 - 794, XP008167398, ISSN: 1952-4013 * |
| ENSHI ZHANG ET AL: "Characterization of the skin fungal microbiota in patients with atopic dermatitis and in healthy subjects", MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY, vol. 55, no. 9, 12 September 2011 (2011-09-12), pages 625 - 632, XP055102061, ISSN: 0385-5600, DOI: 10.1111/j.1348-0421.2011.00364.x * |
| H. H. KONG ET AL: "Temporal shifts in the skin microbiome associated with disease flares and treatment in children with atopic dermatitis", GENOME RESEARCH, vol. 22, no. 5, 6 February 2012 (2012-02-06), pages 850 - 859, XP055101528, ISSN: 1088-9051, DOI: 10.1101/gr.131029.111 * |
| I. DEKIO ET AL: "Characterization of skin microbiota in patients with atopic dermatitis and in normal subjects using 16S rRNA gene-based comprehensive analysis", JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY, vol. 56, no. 12, 1 December 2007 (2007-12-01), pages 1675 - 1683, XP055101637, ISSN: 0022-2615, DOI: 10.1099/jmm.0.47268-0 * |
| LUKE K URSELL ET AL: "The interpersonal and intrapersonal diversity of human-associated microbiota in key body sites", JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY, ELSEVIER, AMSTERDAM, NL, vol. 129, no. 5, 14 March 2012 (2012-03-14), pages 1204 - 1208, XP028421191, ISSN: 0091-6749, [retrieved on 20120320], DOI: 10.1016/J.JACI.2012.03.010 * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR3099770A1 (fr) * | 2019-08-05 | 2021-02-12 | Luxia Scientific | Methode d’analyse de la perte de diversite bacterienne du microbiome intestinal humain |
| FR3121936A1 (fr) * | 2021-04-20 | 2022-10-21 | Naos Institute Of Life Science | Methode de criblage d’ingredients et de compositions topiques ecobiologiques, et son utilisation pour realiser un soin cosmetique de restauration du microbiote cutane |
| FR3121935A1 (fr) * | 2021-04-20 | 2022-10-21 | Naos Institute Of Life Science | Methode de selection d’ingredients et de compositions topiques ecobiologiques aptes a restaurer ou renforcer le microbiote cutane |
| WO2022223928A1 (fr) * | 2021-04-20 | 2022-10-27 | Naos Institute Of Life Science | Methode de selection d'ingredients et de compositions topiques ecobiologiques aptes a restaurer ou renforcer le microbiote cutane |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20160215326A1 (en) | 2016-07-28 |
| WO2015044315A1 (fr) | 2015-04-02 |
| EP3049533B1 (fr) | 2018-12-26 |
| FR3011009B1 (fr) | 2016-11-25 |
| EP3049533A1 (fr) | 2016-08-03 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| FR3011009A1 (fr) | Signature bacterienne de la dermatite atopique et son utilisation dans la prevention et/ou le traitement de cette pathologie | |
| Szkaradkiewicz et al. | Effect of oral administration involving a probiotic strain of Lactobacillus reuteri on pro-inflammatory cytokine response in patients with chronic periodontitis | |
| Esch et al. | Activation of autophagy and nucleotide-binding domain leucine-rich repeat–containing-like receptor family, pyrin domain–containing 3 inflammasome during leishmania infantum–associated glomerulonephritis | |
| EP3246013B1 (fr) | Inhibition de l'adhesion de micro-organismes pathogenes par le polysorbate 20 dans le traitement cosmetique de l'atopie cutanee | |
| EP1707189A2 (fr) | Utilisation d'un produit d'huile végétale en tant qu'agent pour augmenter la synthèse des lipides cutanés | |
| WO2017121965A1 (fr) | Principe actif obtenu a partir d'ophiopogon japonicus pour le traitement de la dermatite atopique | |
| FR3010904A1 (fr) | Bacteries du genre stenotrophomonas et/ou inducteur de croissance desdites bacteries pour la prevention et/ou le traitement de la dermatite atopique | |
| Farini et al. | Defective dystrophic thymus determines degenerative changes in skeletal muscle | |
| Ţânţu et al. | Diabetic foot–epidemiological and histopathological aspects | |
| FR3010905A1 (fr) | Inhibiteurs de staphylococcus haemolyticus pour la prevention et/ou le traitement de la dermatite atopique | |
| Brabant | Vaginose bactérienne et prématurité spontanée | |
| FR2920303A1 (fr) | Utilisation d'un extrait de boerhavia pour apaiser la peau. | |
| FR2908045A1 (fr) | Utilisation anti-pelliculaire d'un principe actif riche en tannis hydrolysables | |
| EP3040105B1 (fr) | Utilisation cosmetique d'un extrait de baies de rosa canina particulier comme actif anti-seborrhee | |
| WO2020201492A1 (fr) | Sulfate de dextran dans les dermatoses inflammatoires | |
| Li et al. | Mare milk and fermented mare milk alleviate dextran sulfate sodium salt–induced ulcerative colitis in mice by reducing inflammation and modulating intestinal flora | |
| WO2009138515A1 (fr) | Composition emolliente pour le traitement preventif de la dermatite atopique | |
| EP4135735A1 (fr) | Principe actif comprenant un extrait d'écorce de fruit immature de punica granatum et utilisations pour prevenir et/ou lutter contre l'acne | |
| FR3052069B1 (fr) | Utilisation d'une composition comprenant un agent filmogene, un agent hydratant, un extrait de ruscus dans le traitement des fissures ouvertes du pied chez le patient diabetique avec neuropathie | |
| EP4034886A1 (fr) | Prédiction du contenu de la rétine en acides gras polyinsaturés oméga-3 à travers le dosage de 7 molécules d'esters de cholestérol | |
| Kazek et al. | Platelet and intestinal 5-HT2A receptor mRNA in autistic spectrum disorders-results of a pilot study | |
| KR20140081967A (ko) | 청삼 종실유를 함유한 아토피 피부 개선 기능성 화장품 조성물 | |
| FR2984151A1 (fr) | Composition cosmetique comprenant du miel de thym et pouvant comprendre de l'eau thermale de neyrac | |
| Mavinga et al. | Ostéoporose et évaluation du risque fracturaire par l’outil frax chez des patients Congolais présentant un rhumatisme axial: Une série des cas multicentriques | |
| Battson et al. | Mechanisms of vascular dysfunction in obesity and type 2 diabetes: role of the gut microbiota and endoplasmic reticulum stress |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 3 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 4 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 5 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 6 |
|
| PLFP | Fee payment |
Year of fee payment: 7 |
|
| ST | Notification of lapse |
Effective date: 20210506 |