FR2968674A1 - Methode de diagnostic in vitro inter-tissulaire pour diagnostiquer les tumeurs du cerveau - Google Patents
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Abstract
La présente invention concerne une ;éthode de diagnostic in vitro d'une tumeur cérébrale appartenant au groupe constitué de 2 types de tumeurs : ODG, GBM, et d'identification du type de la tumeur, comprenant la mesure des niveaux d'expression d'au moins un premier et un deuxième miARNs appartenant respectivement à deux groupes de miARNs différents, dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales.
Description
Méthode de diagnostic in vitro inter-tissulaire pour diagnostiquer les tumeurs du cerveau La présente invention concerne une méthode de diagnostic in vitro inter-tissulaire pour diagnostiquer les tumeurs du cerveau, utilisant des miARNs comme biomarqueurs. Les tumeurs du système nerveux central (SNC) sont pour la plupart des gliomes (50%), regroupant les glioblastomes (GBM) et les oligodendrogliomes (ODG). Ces tumeurs constituent une cause importante de morbidité et de mortalité et représentent un problème important de santé publique. En effet, les tumeurs du SNC constituent la deuxième cause de décès par cancer chez les enfants et la troisième cause chez l'homme adulte (15-34 ans). L'incidence globale des tumeurs du SNC est voisine de 7000 nouveaux cas dépistés chaque année en France. Enfin, sur 6 millions de décès annuels dans le monde à cause d'une forme quelconque de cancer, 1 à 2 % sont imputables aux tumeurs du SNC (Données de l'Organisation Mondiale de la Santé).
Les gliomes ou tumeurs gliales sont classés par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 4 grades histologiques, le grade indiquant principalement le degré de malignité. Les oligodendrogliomes (ODG) de grade II, développés à partir des oligodendrocytes, sont des gliomes de bas grade. En revanche, les glioblastomes (GBM) de grade IV, développés à partir des astrocytes, sont des gliomes de haut grade. Pour les oligodendrogliomes, la médiane de survie est d'environ 7 ans alors qu'elle n'est que d'environ 1 an pour les glioblastomes après traitement ; diagnostiquer précisément la nature de la tumeur est donc d'une importance décisive. L'exérèse de la tumeur constitue un moyen, a priori radical, pour éradiquer une tumeur mais dans la pratique clinique, cette stratégie reste imparfaite. L'ablation de la tumeur se doit d'être exhaustive, ce qui est loin d'être le cas soit parce que les tumeurs au caractère infiltrant ont « irradié» des cellules pré-tumorales dans les régions cérébrales voisines à la tumeur primitive, soit parce que les limites de la tumeur sont mal évaluées lors du diagnostic. A l'heure actuelle, en dehors de l'analyse histologique réalisée par l'anatomopathologiste, il n'existe que quelques rares tests-diagnostics basés sur des approches moléculaires. Les observations microscopiques de la morphologie des cellules sont complétées dans quelques laboratoires par la recherche de certains marqueurs protéiques à l'aide d'anticorps spécifiques. Ces tests immunohistochimiques présentent néanmoins de nombreux inconvénients pour l'instant. Ils n'ont qu'un faible débit de productivité (ils ne permettent la détection que d'un seul antigène à la fois), ne permettent pas de distinguer sans ambiguïté les différents types de cellules tumorales et n'offrent que de médiocres possibilités de détection quantitative des marqueurs. Les diagnostics réalisés sur la détection de marqueurs génétiques (tels que les pertes d'hétérozygotie lp et 19q dans les oligodendrogliomes) sont actuellement peu usités. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert qu'une classe d'ARN, désignés miARNs ou microARNs, peut réguler l'expression des gènes soit par dégradation d'ARN messagers cibles, soit par répression de leur traduction suivant le degré de complémentarité entre le miARN et son ARNm cible. Les microARNs (miARN) représentent une classe d'ARN simple brin de petite taille (21 à 25nt), endogènes, non codants, d'identification relativement récente. Les gènes responsables de l'expression de ces miARNs sont préalablement transcrits sous forme de longs précurseurs, eux-mêmes clivés en pré-miARN par la RNAse III Drosha. La maturation de ces pré-miARN est effectuée par une autre RNAse, Dicer, qui donne lieu à un duplex d'ARN noté [miARN : miARN*]. Seul l'un des 2 brins, le brin mature, participe au complexe ribonucléoprotéique RISC (RNA-induced silencing complex) pour fonctionner comme régulateur post-transcriptionnel (Bartel et al., Cell, 2004. 116(2) : 281-97). Ces ARNs jouant un rôle important dans la régulation traductionnelle, ils sont donc fortement impliqués dans de nombreux processus cellulaires tels que le développement, la différenciation, la prolifération, l'apoptose et la réponse aux stress, processus souvent dérégulés dans les tumeurs.
De nombreux travaux scientifiques ont été consacrés au rôle des miARN dans les processus d'oncogenèse (Benard, J. and S. Douc-Rasy, Bull Cancer, 2005. 92(9) : p. 757-62; Hammond Curr Opin Genet Dev, 2006. 16(1) : p. 4-9). Maintenant, il est reconnu que des miARNs sont activement impliqués dans le développement des cancers. Chez l'Homme, le nombre de gènes codant les précurseurs de miARNs actuellement identifiés est de 1048 (Sanger miRBase version 16, septembre 2010). Certains de ces miARNs ont été détectés comme marqueurs tumoraux dans le contexte des cancers du sein et de la prostate et sont donc considérés comme des miARNs oncogènes ou suppresseurs de tumeur suivant leur expression dans les tumeurs et leur rôle post-transcriptionnel. Dans les dernières années, l'altération éventuelle des niveaux d'expression des miARNs dans les tumeurs gliales a déjà fait l'objet de plusieurs publications scientifiques. Une publication de Ciafre et al. en 2005 (Biochem Biophys Res Commun. 2005. Sep 9 ; 334(4) : 1351-8) compare les niveaux d'expression de 245 miARNs dans les glioblastomes et dans les tissus normaux, et met en évidence un profil d'expression distinct de ces miARNs dans les glioblastomes par rapport au profil d'expression dans les tissus normaux. Cette publication décrit que miR-221 est surexprimé dans les glioblastomes, alors que miR-128, miR-181a, miRl8lb et miRl8lc sont sous exprimés dans les glioblastomes. Au même moment, Chen (N Engl J Med, 2005. 353 (17) : 1768-71) décrit que miR-21 est fortement surexprimé dans les glioblastomes par rapport aux tissus normaux.
Un autre balayage des niveaux d'expression de 192 miARNs, dans les tissus de tumeurs gliales et des tissus normaux, a été effectué par Silber et al. en 2008 (BMC Med. 2008. Jun 24 ; 6 :14.). Cette étude vise à analyser une modification éventuelle du profil d'expression des miARNs dans les astrocytomes anaplasiques (grade III) ou les glioblastomes (grade IV), de tumeurs de différents grades ayant les mêmes origines cellulaires. Cette étude montre un profil d'expression modifié des miARNs dans les astrocytomes anaplasiques et les glioblastomes, par rapport aux tissus normaux. Les miARNs mentionnés dans cette publication, dont l'expression est modifiée, ne sont pas identiques à ceux déjà mentionnés dans les publications antérieures. Cependant, jusqu'à présent, aucune étude antérieure n'a fait un balayage exhaustif, car l'ensemble des microARNs exprimés dans les cellules humaines n'est jamais exploré. De plus, dans la plupart des cas, ces études ne permettent que de diagnostiquer un gliome vis-à-vis de tissu sain ou tissu péritumoral, mais ne permettent pas de distinguer un glioblastome d'un oligodendrogliome, deux tumeurs dont les origines cellulaires et pronostics sont très différents, et nécessitant également des traitements bien distincts.
Bien que l'étude de Silber et al. (BMC Med. 2008. Jun 24 ; 6 :14.) ait montré que les profils d'expression de miARNs mesurés dans les astrocytomes anaplasiques et ceux mesurés dans les glioblastomes sont différents, ces tumeurs sont en effet des tumeurs de même nature, mais de grade différent, car elles sont développées toutes les deux à partir des astrocytes. En effet, aucune de ces études antérieures ne permet de diagnostiquer précisément et rapidement la présence d'un glioblastome ou d'un oligodendrogliome à partir de l'analyse d'un groupe de biomarqueurs. Il existe une grande nécessité de développer une méthode de diagnostic capable de distinguer entre un oligodendrogliome et un glioblastome, permettant à un patient de recevoir des soins correspondant à son état physique et d'augmenter ses chances de survie.
La présente invention repose sur la constatation inattendue faite par les Inventeurs au cours d'un balayage permettant de mesurer les niveaux d'expression de 847 microARNs humains.
Les Inventeurs ont réussi à identifier 28 microARNs dont les niveaux d'expression dans un type de tumeurs gliales sont différents de ceux mesurés dans un autre type de tumeurs gliales et/ou dans un tissu sain. Ces 28 microARN se repartissent dans les groupes suivant (cf tableau 2) : Le groupe A dans ce groupe composé de hsa-miR-200c, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-21-star, hsa-miR-146b-5p et hsa-miR-31, dont les niveaux d'expression mesurés dans les glioblastomes sont significativement différents de ceux mesurés dans les tissus sains et dans les oligodendrogliomes. Le groupe B comportant hsa-miR-135a-star, hsa-miR-99a-star, hsa-miR-382, hsa- miR-409-3p et hsa-miR-191-star, dont les niveaux d'expression mesurés dans les oligodendrogliomes sont significativement différents de ceux mesurés dans les tissus sains. Le groupe C constitué de hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p et hsa-miR-139-5p, dont les niveaux d'expression mesurés respectivement dans les glioblastomes ou dans les oligodendrogliomes sont significativement différents de ceux mesurés dans les tissus sains. Le groupe D constitué du hsa-miR-199a-3p, dont les niveaux d'expression mesurés respectivement dans les glioblastomes ou dans les oligodendrogliomes sont significativement différents de ceux mesurés dans les tissus sains. Le niveau d'expression de ce miARN mesuré dans les glioblastomes est également significativement différent de celui mesuré respectivement dans les oligodendrogliomes.
Les miARNs utilisés dans la présente invention sont référencés dans la base de données miRBase (http:/%i w.mirbaseorg/) (miRBase : tools for microRNA genomic, Griffiths-Jones et al., NAR 2008 36(Database Issue):D154-D158) où la séquence nucléique d'un miARN peut être retrouvée par un numéro d'accession MIMAT ou une annotation uniforme. Un système d'annotation a été mis en place pour nommer les différents miARNs (A uniform system for microRNA annotation, Ambros et al., RNA 2003 9(3):277-279). Dans ce système, les microARNs sont désignés par un numéro. Précédent ce numéro d'identification, se trouve l'abréviation « miR » ou « mir », qui permet une distinction entre le microARN mature (miR) et la boucle précurseur (hairpin) du microARN (mir), correspondant respectivement à un numéro d'accession MIMAT et MI. Un préfixe de trois ou quatre lettres est utilisé pour distinguer les origines génomiques de ce miARN. Par exemple « hsa-miR- 126» signifie que ce miARN mature provient du génome humain. Parfois, les microARN matures peuvent être très proches (une seule base de différence). Dans ce cas, les microARNs portant un même numéro sont distingués entre eux par une lettre minuscule comme a, b, c...par exemple hsa- miR-26b. Parfois une boucle précurseur peut générer, de son côté 5' et son coté 3', deux microARNs matures qui sont distingués l'un de l'autre par l'annotation « 5p » ou « 3p ». Par exemple « hsa-miR-151-3p » signifie un miARN mature provenant du côté 3' de son précurseur. Parfois, une boucle précurseur du microARN peut dériver deux miARNs matures, à savoir un produit majeur et un produit mineur. Un tel miARN mineur est distingué du miARN majeur dérivé du même précurseur par une étoile suivie du numéro d'identification, par exemple « hsa-miR-424* » ou hsa-miR-424-star. Les séquences d'acides nucléiques des miARNs mentionnés ci-dessus et utilisés dans la présente invention ainsi que leurs numéros d'accession sont présentés ci-dessous dans le tableau 1. intitulés des N° de Séquence N° d'accession miRNA séquence miRBase Sanger hsa-miR-199a-3p SEQ IDNO:1 ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA MIMAT0000232 hsa-miR-139-3p SEQ ID NO : 2 GGAGACGCGGCCCUGUUGGAGU MIMAT0004552 hsa-miR-424-star SEQ IDNO:3 CAAAACGUGAGGCGCUGCUAU MIMAT0001341 hsa-miR-503 SEQ ID NO : 4 UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG MIMAT0002874 hsa-miR-132 SEQ IDNO:5 UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG MIMAT0000426 hsa-miR-1301 SEQ IDNO:6 UUGCAGCUGCCUGGGAGUGACUUC MIMAT0005797 hsa-miR-1231 SEQ ID NO : 7 GUGUCUGGGCGGACAGCUGC MIMAT0005586 hsa-miR-328 SEQ ID NO : 8 CUGGCCCUCUCUGCCCUUCCGU MIMAT0000752 hsa-miR-1180 SEQ ID NO : 9 UUUCCGGCUCGCGUGGGUGUGU MIMAT0005825 hsa-miR-149 SEQ ID NO : 10 UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCC MIMAT0000450 hsa-mi R-491-5p SEQ ID NO : 11 AGUGGGGAACCCUUCCAUGAGG MIMAT0002807 hsa-miR-1280 SEQ ID NO : 12 UCCCACCGCUGCCACCC MIMAT0005946 hsa-miR-490-5p SEQ ID NO : 13 CCAUGGAUCUCCAGGUGGGU MIMAT0004764 hsa-miR-431-star SEQ ID NO : 14 CAGGUCGUCUUGCAGGGCUUCU MIMAT0001625 hsa-miR-770-5p SEQ ID NO : 15 UCCAGUACCACGUGUCAGGGCCA MIMAT0003948 hsa-miR-769-3p SEQ ID NO : 16 CUGGGAUCUCCGGGGUCUUGGUU MIMAT0003887 hsa-mi R-129-5p SEQ ID NO : 17 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC MIMAT0000242 hsa-miR-139-5p SEQ ID NO : 18 UCUACAGUGCACGUGUCUCCAG MIMAT0000250 hsa-mi R-135a-star SEQ ID NO : 19 UAUAGGGAUUGGAGCCGUGGCG MIMAT0000428 hsa-miR-99a-star SEQ ID NO : 20 CAAGCUCGCUUCUAUGGGUCUG MIMAT0000097 hsa-miR-382 SEQ ID NO : 21 GAAGUUGUUCGUGGUGGAUUCG MIMAT0000737 hsa-miR-409-3p SEQ ID NO : 22 GAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU MIMAT0001639 hsa-miR-191-star SEQ ID NO : 23 GCUGCGCUUGGAUUUCGUCCCC MIMAT0000440 hsa-miR-200c SEQ ID NO : 24 UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGGA MIMAT0000617 hsa-miR-199a-5p SEQ ID NO : 25 CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC MIMAT0000231 hsa-miR-21-star SEQ ID NO : 26 CAACACCAGUCGAUGGGCUGU MIMAT0000076 2968674 6 hsa-miR-146b-5p SEQ ID NO : 27 UGAGAACUGAAUUCCAUAGGCU MIMAT0002809 hsa-miR-31 SEQ ID NO : 28 AGGCAAGAUGCUGGCAUAGCU MIMAT0000089 Tableau 1
La différence des niveaux d'expression d'un miARN entre deux tissus de caractère 5 différent est considérée comme significative, lorsque le niveau d'expression dudit miARN mesuré dans l'un des deux tissus est 5 fois supérieur à celui mesuré dans l'autre.
La mesure des niveaux d'expression des miARNs peut être réalisée par toute méthode conventionnelle, telle que 10 - l'hybridation sur « puces à ADN », - des méthodes de séquençage à haut débit d'un grand nombre de miARN individualisés, - la PCR en temps réel, - le Northern blot, ou encore par toute autre méthode spécifique des miARNs. Le niveau d'expression des miARNs peut être mesuré par la technique de la « puce à ADN ». La technique de la « puce à ADN » est bien connue de l'homme du métier. Il s'agit de l'hybridation de miARNs extraits sur un support solide composé d'une membrane nylon, d'une surface de silicium ou de verre, éventuellement de nano-billes ou particules, comportant des oligonucléotides de séquences connues fixés sur le support ou adhérents à celui-ci. La complémentarité des oligonucléotides fixés avec les séquences des microARNs ou de leurs produits de conversion (produits d'amplification, cDNA, ARN ou cARN) permet de générer un signal (fluorescence, luminescence, radioactivité, signal électrique...) selon les techniques de marquage employées, au niveau des oligonucléotides immobilisés sur les supports (puces à ADN). Ce signal est détecté par un équipement spécifique et une valeur d'intensité de ce signal propre pour chaque miARN est ainsi enregistrée. Plusieurs types de puces destinées à la détection des miARNs sont déjà mis sur le marché, comme par exemple les GeneChip® miRNA commercialisés par Affymetrix, miRcury arrays par Exiqon, miRXplore microarrays par Miltenyi.
Dans le cas de l'analyse haut débit par séquençage, les miARNs sont extraits et purifiés d'un échantillon, isolés les uns des autres par des méthodes proposées par les fournisseurs d'équipements de séquençage tels que Roche, Invitrogen. Ce genre d'analyse consiste à individualiser les molécules des différents microARNs, de procéder à une étape d'amplification et de séquencer les produits (« clones d'acides nucléiques ») ainsi générés. La réalisation de très nombreuses séquences pour identifier chacun de ces « clones » (plusieurs milliers) permet de générer un listing des microARNs présents dans un échantillon et de quantifier chacun de ces miARNs en comptant tout simplement combien de fois chaque séquence est retrouvée dans le listing détaillé.
La mise en oeuvre de différents jeux de miARNs issus de ces susdits groupes permet de diagnostiquer et distinguer directement et précisément la nature d'un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter un glioblastome, ou un oligodendrogliome, ou encore éventuellement diagnostiquer et distinguer directement et précisément la nature d'un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter un gliome.
Dans un mode de réalisation de l'invention, la mesure d'au moins 1 miARN choisi dans les 28 miARNs analysés dans la présente invention, décrits ci-dessus, permet de diagnostiquer une tumeur cérébrale appartenant au groupe constitué de 2 types de tumeurs : ODG, GBM, et l'identification du type de la tumeur. Ladite méthode de diagnostic in vitro d'une tumeur, comprend (i) la mesure des niveaux d'expression d'au moins 1 miARN extrait d'un échantillon 20 biologique provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, ledit miARN étant choisi dans les groupes, décrits ci-dessus, (ii) la comparaison du niveau d'expression du susdit miARN mesuré dans l'échantillon provenant du susdit patient avec celui mesuré dans au moins un type du tissu de référence choisi parmi le groupe constitué d'au moins un tissu sain de référence, un tissu 25 d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
Dans un autre mode de réalisation, la présente invention concerne une méthode de diagnostic in vitro d'une tumeur cérébrale appartenant au groupe constitué de 2 types de tumeurs : ODG, GBM, et d'identification du type de la tumeur, comprenant : 30 (i) la mesure des niveaux d'expression d'au moins un premier et un deuxième miARNs appartenant respectivement à deux groupes de miARNs différents faisant partie d'un ensemble de 3 groupes de miARNs, dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales : - le groupe 1 étant constitué de miARNs appartenant au groupe A mentionné ci-dessus, à savoir hsa-miR-200c, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-21-star, hsa-miR-146b-5p et hsa-miR-31, - le groupe 2 étant constitué de miARNs appartenant au groupe B mentionné ci-dessus, à savoir : hsa-miR-135a-star, hsa-miR-99a-star, hsa-miR-382, hsa-miR-409-3p et hsa-miR- 191-star, - le groupe 3 étant constitué de miARNs appartenant aux groupes C et D mentionnés ci-dessus, à savoir : hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139- 3p, hsa-miR-139-5p et hsa-miR-199a-3p, - les deux susdits miARNs n'appartenant pas au même groupe, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans au moins un type du tissu de référence choisi parmi le groupe constitué d'au moins un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence (N, ODG, GBM).
Par « échantillon biologique », on entend un échantillon tissulaire, notamment un tissu cérébral obtenu par exemple par biopsie ou exérèse, ou un échantillon de liquides biologiques, notamment un échantillon sanguin. Un échantillon tissulaire correspond à un fragment de tissu frais, congelé ou fixé et inclus dans de la paraffine selon les techniques classiques d'analyse d'anatomopathologie ou qui aura été conservé par tout autre mode de conservation et traitement. Un échantillon tissulaire cérébral peut être un tissu du système nerveux central provenant du cortex cérébral, du cortex cérébelleux, des noyaux gris centraux ou des noyaux du tronc cérébral. Un échantillon de liquide biologique peut être du sérum sanguin ou du plasma sanguin. Lorsque « un échantillon biologique provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales » est un échantillon tissulaire cérébral, il s'agit d'un tissu prélevé, par biopsie ou par exérèse au bloc opératoire ou toute autre méthode de prélèvement intratumoral adaptée, du siège tumoral soupçonné d'un patient. Le siège tumoral soupçonné est repéré préalablement par une méthode classique, telle qu'une IRM (Imagerie par résonance magnétique), un Pet Scan (Scanner par image de rayons gamma), ou un scanner classique.
Lorsque « un échantillon biologique provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales » est un échantillon sanguin, cet échantillon est obtenu d'un patient par prélèvement du sang selon les méthodes conventionnelles. « Un tissu sain de référence » peut être un tissu cérébral dépourvu de tout caractère tumoral d'après une analyse histologique réalisée par les anatomopathologistes. Le tissu sain de référence peut être un tissu du système nerveux central provenant du cortex cérébral, du cortex cérébelleux, des noyaux gris centraux ou des noyaux du tronc cérébral. Le tissu sain de référence est préférentiellement prélevé à partir d'un même patient (tissu sain de zone périphérique à la tumeur). Alternativement il peut être constitué de fragments encéphaliques obtenus après chirurgie dite de cortectomie réalisée sur des individus ne présentant pas de tumeurs du cerveau mais dans le cadre d'intervention pour traitement de l'épilepsie ou suite à des traumatismes crâniens. « Un tissu sain de référence » peut être aussi un échantillon de liquides biologiques, notamment du sérum sanguin ou du plasma sanguin prélevé d'une personne saine, et 15 notamment d'une personne ne présentant aucun cancer. « Un tissu d'ODG de référence » est un tissu provenant d'un patient, dans lequel la présence d'un oligodendrogliome a été certifiée par l'analyse anatomo-pathologique. « Un tissu de GBM de référence » est un tissu provenant d'un patient, dans lequel la présence d'un glioblastome a été diagnostiquée par l'analyse anatomo-pathologique. 20 « Un tissu d'ODG de référence », ou « un tissu de GBM de référence » est un tissu cérébral, le susdit tissu peut être un fragment de tumeur (gliomes) obtenu par exérèse chez un patient et dont le type de tumeur a été certifié par l'analyse anatomo-pathologique. Idéalement, le diagnostic des oligodendrogliomes ou des glioblastomes peut également être confirmé par des analyses moléculaires telles que par exemple l'analyse des 25 profils d'expression de gènes de ces tissus tumoraux. En effet, une méthode de classification, reposant sur l'utilisation des niveaux d'expression de 54 gènes obtenus par hybridation sur puce, peut être utilisée pour classer les tumeurs (Li A, Walling J, Ahn S, Kotliarov Y, Su Q, Quezado M, Oberholtzer JC, Park J, Zenklusen JC, Fine HA. Cancer Res. 2009 Mar 1;69(5):2091-9). Les glioblastomes ou oligodendrogliomes sont classés respectivement dans 30 les groupes G et O de la publication suscitée.
Les niveaux d'expression de miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient peuvent être comparés uniquement avec ceux mesurés dans un tissu sain de référence. Il s'agit de la première méthode de comparaison des niveaux d'expression de miARNs.
Dans une deuxième méthode de comparaison, les niveaux d'expression de miARNs mesurés dans le susdit échantillon peuvent être comparés respectivement avec un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
Dans un mode de réalisation particulier, la méthode consiste à utiliser un jeu de miARNs comprenant au moins deux miARNs spécifiques. Le niveau d'expression d'un miARN mesuré dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter un ODG ou un GBM est comparé avec celui mesuré dans un tissu sain de référence.
Le résultat de cette comparaison peut être exprimé en ratio de niveaux d'expression entre celui mesuré dans l'échantillon provenant dudit patient et celui mesuré dans le tissu sain de référence. Lorsque le ratio est supérieur à 1, cela signifie que ledit miARN est surexprimé dans l'échantillon provenant dudit patient par rapport à son niveau d'expression dans le tissu sain de référence. En revanche, lorsque ce ratio est inférieur à 1, ledit miARN est sous-exprimé dans l'échantillon provenant dudit patient vis-à-vis de son niveau d'expression dans le tissu sain de référence. Lorsque le susdit ratio est supérieur à 5, la surexpression dudit miARN dans l'échantillon provenant dudit patient par rapport au niveau d'expression dudit miARN dans un tissu sain est significative. Lorsque le susdit ratio est inférieur à 0,2, la sous-expression dudit miARN dans l'échantillon provenant dudit patient par rapport au niveau d'expression dudit miARN dans un tissu sain est significative. En revanche, lorsque la valeur du susdit ratio est comprise entre 0,2 et 5, le niveau d'expression dudit miARN mesuré dans l'échantillon provenant dudit patient n'est pas considéré comme significativement différent de celui mesuré dans le tissu sain de référence. Plus particulièrement, cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprend : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des 30 susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - un premier miARN choisi dans l'un des trois groupes de miARNs, * le groupe 1 étant constitué de miARNs appartenant au groupe A, * le groupe 2 étant constitué de miARNs appartenant au groupe B, * le groupe 3 étant constitué de miARNs appartenant aux groupes C ou D, - un deuxième miARN choisi dans l'un des trois susdits groupes, - les deux susdits miARNs n'appartenant pas au même groupe, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
Le niveau d'expression d'un miARN appartenant au groupe A dans un tissu de GBM est significativement différent de celui dans un tissu sain. Le niveau d'expression d'un miARN appartenant au groupe B dans un tissu d'ODG 10 est significativement différent de celui dans un tissu sain. Le niveau d'expression d'un miARN appartenant au groupe C ou D dans un tissu glial, c'est-à-dire un glioblastome ou un oligodendrogliome, est significativement différent de celui dans un tissu sain.
15 Dans un mode de réalisation particulier, la méthode selon l'invention comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - un premier miARN choisi dans l'un des trois groupes de miARNs, * le groupe 1 constitué de miARNs appartenant au groupe A, 20 * le groupe 2 étant constitué de miARNs appartenant au groupe B, * le groupe 3 étant constitué de miARNs appartenant aux groupes C ou D, - un deuxième miARN choisi dans l'un des trois susdits groupes, - les deux susdits miARNs n'appartenant pas au même groupe, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon 25 provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
Dans un mode de réalisation particulier, la méthode selon l'invention consiste à utiliser deux miARNs, dont l'un, choisi dans le groupe A, permet de signaler la présence d'un 30 glioblastome ; l'autre, choisi dans le groupe B, permet de signaler la présence d'un oligodendrogliome. Cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - d'un premier miARN choisi dans le groupe A, et - d'un deuxième miARN choisi dans le groupe B, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
Dans cette méthode de diagnostic selon l'invention, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN (choisi dans le groupe B) mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du premier miARN (choisi dans le groupe A) mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui 15 du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence,
En revanche, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN (choisi dans le groupe B) 20 mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du premier miARN (choisi dans le groupe A) mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence. 25 Dans un autre mode de réalisation particulier, la méthode selon l'invention consiste à utiliser deux miARNs, dont l'un, choisi dans le groupe C ou D, permet de signaler la présence d'un gliome ; l'autre, choisi dans le groupe A, permet de confirmer la présence d'un glioblastome. 30 Plus particulièrement, cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - le premier miARN étant choisi dans le groupe C ou D, - le deuxième miARN étant choisi dans le groupe A, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de référence.
Dans cette méthode, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit 20 échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de référence.
Dans un autre mode de réalisation particulier, la méthode selon l'invention consiste à utiliser deux miARNs, dont l'un, choisi dans le groupe C ou D, permet de signaler la présence 25 d'un gliome ; l'autre, choisi dans le groupe B, permet de confirmer la présence d'un oligodendrogliome. Plus particulièrement, cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des 30 susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - le premier miARN étant choisi dans le groupe C ou D, et - le deuxième miARN étant choisi dans le groupe B, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit 10 échantillon est également au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit 2ème miARN mesuré dans un tissu sain de référence. En revanche, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est 15 au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de référence. 20 Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention consiste à utiliser un jeu de miARNs comprenant au moins trois miARNs spécifiques : - un premier miARN dont le niveau d'expression dans un glioblastome est significativement différent de celui mesuré dans un tissu sain, 25 - un deuxième miARN dont le niveau d'expression dans un oligodendrogliome est significativement différent de celui mesuré dans un tissu sain, - un troisième miARN dont le niveau d'expression respectif dans un glioblastome et un oligodendrogliome est significativement différent de celui mesuré dans un tissu sain. Les niveaux d'expression de miARNs mesurés dans un échantillon provenant d'un 30 patient suspecté de présenter un ODG ou un GBM sont comparés uniquement avec un tissu sain de référence. Les résultats de comparaisons peuvent être exprimés en ratios de niveaux d'expression entre celui mesuré dans l'échantillon provenant dudit patient et celui mesuré dans le tissu sain de référence.
Dans un mode de réalisation particulier de l'invention, la méthode comprend la mesure des niveaux d'expression - d'un premier miARN choisi dans le groupe A, - d'un deuxième miARN choisi dans le groupe B, - et la mesure du niveau d'expression d'un troisième miARN choisi dans le groupe C constitué de hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsamiR-139-5p, ou dans le groupe D constitué de hsa-miR-199a-3p , dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales.
La susdite méthode comprend : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins trois miARNs, - au moins un premier miARN choisi dans le groupe A constitué de hsa-miR-200c, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-2 1 -star, hsa-miR-146b-5p et hsa-miR-3 1 - au moins un deuxième miARN choisi dans le groupe B constitué de hsa-miR-135astar, hsa-miR-99a-star, hsa-miR-382, hsa-miR-409-3p et hsa-miR-191-star, et - au moins un troisième miARN choisi dans les groupes C+D, constitué de hsa-miR- 424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-43 1-star, hsamiR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsa-miR-139-5p et hsamiR-199a-3p, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans 25 l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
Le niveau d'expression d'un miARN appartenant au groupe C ou D dans un tissu d'ODG ou un tissu de GBM est significativement différent de celui dans un tissu sain. Dans cette méthode selon l'invention, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, 30 - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon 5 n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence. Dans cette méthode selon l'invention, la déduction de la présence de GBM dans 10 l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de 15 référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
Dans un autre mode de réalisation particulier, la méthode consiste à utiliser un jeu de 20 miARNs comprenant au moins deux miARNs spécifiques. Les niveaux d'expression de susdits miARNs mesurés dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter un ODG ou un GBM sont comparés respectivement avec ceux mesurés dans un tissu sain de référence, dans un tissu de GBM de référence et dans un tissu d'ODG de référence. 25 Cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprend : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - un premier miARN choisi dans le groupe A, - un deuxième miARN choisi dans le groupe B, 30 (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence, et un tissu de GBM de référence. Le niveau d'expression d'un miARN appartenant au groupe A dans un tissu de GBM est significativement différent de celui dans un tissu d'ODG Dans cette méthode, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas 5 fois supérieurs ou 5 fois inférieurs à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans 20 ledit échantillon ne présentent respectivement qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence.
Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, 25 - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu 30 sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas 5 fois supérieurs ou 5 fois inférieurs à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne présentent respectivement qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence.
Dans un mode de réalisation avantageux de l'invention, l'étape (i) de la susdite méthode comprend en outre la mesure du niveau d'expression d'un troisième miARN choisi dans le groupe C ou D, constitué de hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsa-miR-139-5p et hsa-miR-199a-3p , dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales. Ce groupe de miARNs, dont le niveau d'expression dans un tissu d'ODG ou dans un GBM est significativement différent de celui dans un tissu sain, permet d'indiquer la présence d'un gliome dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter un gliome.
Plus particulièrement, cette méthode de diagnostic in vitro selon l'invention, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins trois miARNs, - au moins un premier miARN choisi dans le groupe A, - au moins un deuxième miARN choisi dans le groupe B, et - au moins un troisième miARN choisi dans le groupe C ou D (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
Dans un mode de réalisation particulier de l'invention, le troisième miARN utilisé dans la méthode selon l'invention est choisi dans le groupe C, à savoir parmi hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-43 1-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsa-miR-139-5p.
Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est 20 au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieurs ou 5 fois inférieurs à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est 25 au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, 30 et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne présentent qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
En revanche, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression des premiers, deuxièmes et troisièmes miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieurs ou 5 fois inférieurs à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression des premiers, deuxièmes et troisièmes miARNs mesurés dans ledit échantillon ne présentent qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
Dans un mode de réalisation particulier de l'invention, le troisième miARN utilisé dans la méthode selon l'invention ci-dessus est choisi dans le groupe D, à savoir hsa-miR-199a-3p. Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression des premiers, deuxièmes et troisièmes miARNs mesurés dans ledit échantillon ne présentent ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression des premiers, deuxièmes et troisièmes miARNs mesurés 25 dans ledit échantillon ne présentent qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence. 30 En revanche, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression des premiers, deuxièmes et troisièmes miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à ceux mesurés dans un tissu sain de référence et dans un tissu 10 d'ODG de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et 15 - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du troisième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne présentent qu'une différence inférieure à 20% par rapport à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence, et 20 - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à ceux mesurés dans un tissu sain de référence et dans un tissu d'ODG de référence.
Plus particulièrement, étant donné que les niveaux d'expression de hsa-miR-199a-3p 25 dans un tissu d'ODG, un tissu de GBM et un tissu sain sont significativement différents entre eux, le dosage de ce seul miARN permettrait de confirmer que le tissu est tumoral ou non et permettrait de plus de spécifier que le gliome est soit un ODG soit un GBM. Une méthode de diagnostic particulière d'une tumeur cérébrale appartenant au groupe constitué de 2 types de tumeurs : ODG, GBM, et d'identification du type de la tumeur, 30 consiste à utiliser le miARN hsa-miR-199a-3p seul. Cette méthode comprend : (i) la mesure du niveau d'expression de hsa-miR-199a-3p, dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, (ii) la comparaison du niveau d'expression du susdit miARN mesuré dans l'échantillon provenant du susdit patient avec celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence, et un tissu de GBM de référence.
Dans cette méthode, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant dudit patient est faite, * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 10 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant dudit patient est faite, 15 * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon ne présente 20 qu'une différence inférieure à 20% par rapport à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence.
Dans cette méthode, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant dudit patient est faite, 25 * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon n'est pas au 30 moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence. Plus particulièrement, la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant dudit patient est faite, * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et * lorsque le niveau d'expression dudit miARN dans ledit échantillon ne présente qu'une différence inférieure à 20% par rapport à celui mesuré dans un tissu de GBM de 5 référence.
L'invention est illustrée davantage par les figures et exemples donnés ci-dessous. Le mode de réalisation de la présente invention n'est, en aucun cas, limité à ces figures et exemples. 10 Figures Figure 1 : la figure 1 illustre respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-21-star et de hsa-miR-135a-star dans un tissu sain de référence (N) représenté par point noir, dans un tissu d'ODG de référence (ODG) représenté par triangle noir et dans un 15 tissu de GBM de référence (GBM) représenté par carré noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu. Figure 2 : la figure 2 illustre respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-21-star et de hsa-miR-135a-star dans un échantillon numéro 1 représenté par triangle noir, dans un échantillon numéro 2 représenté par point noir et dans un échantillon numéro 3 20 représenté par carré noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu. Figure 3 : la figure 3 présente respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-99a-star et hsa-miR-328 dans un tissu sain de référence (N) représenté par point noir, dans un tissu d'ODG de référence (ODG) représenté par triangle 25 noir et dans un tissu de GBM de référence (GBM) représenté par carré noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu. Figure 4 : la figure 4 présente respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-99a-star et hsa-miR-328 dans un échantillon numéro 4 représenté par triangle noir, dans un échantillon numéro 5 représenté par carré noir et dans un échantillon 30 numéro 6 représenté par point noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu. Figure 5 : la figure 5 présente respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-424-star, hsa-miR-1301, hsa-miR-199a-5p et hsa-miR-99a-star dans un tissu sain de référence (N) représenté par point noir, dans un tissu d'ODG de référence (ODG) représenté par triangle noir et dans un tissu de GBM de référence (GBM) représenté par carré noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu. Figure 6 : la figure 6 illustre respectivement les profils des niveaux d'expression de hsa-miR-424-star, hsa-miR-1301, hsa-miR-199a-5p et hsa-miR-99a-star un échantillon numéro 7 représenté par triangle noir, dans un échantillon numéro 8 représenté par carré noir et dans un échantillon numéro 9 représenté par point noir. L'axe des ordonnées représente la valeur absolue de miARN mesuré dans un tissu.
Exemples Exemple 1 : Matériel et Méthodes Cet exemple illustre les méthodes préférées des inventeurs mais ne constitue pas une liste exhaustive des méthodes utilisables pour la réalisation de l'invention.
15 1.1 Echantillons tumoraux Les échantillons tumoraux de glioblastomes, oligodendrogliomes et méningiomes ainsi que les échantillons de tissu sain (cortectomies) sont obtenus après exérèse par les neurochirurgiens au bloc opératoire du CHU de Grenoble et sont immédiatement congelés à - 80°C. Des coupes de tissu d'environ 40µm d'épaisseur sont ensuite réalisées à l'aide d'un 20 cryotome en nombre suffisant afin d'obtenir environ 80mg de tissu et conservées à -80°C jusqu'à extraction des ARN.
1.2 Liquides biologiques Pour la purification des microARNs circulants dans le sang, des échantillons sanguins 25 sont prélevés chez les patients sur des tubes de prélèvement de type PAXGene Blood RNA (PreAnalytix- Qiagen - BD Company). La lyse totale des cellules circulantes est réalisée et les ARN sont collectés par centrifugation et purifiés selon les indications du fournisseur. En ce qui concerne les fractions de microARN contenus dans les microvésicules produites par les tumeurs et présentes dans le sang, la méthode utilisée est directement basée sur celle décrite 30 par Skog et coll (Skog J, Würdinger T, van Rijn S, Meijer DH, Gainche L, Sena-Esteves M, Curry WT Jr, Carter BS, Krichevsky AM, Breakefield XO. Glioblastoma microvesicles transport RNA and proteins that promote tumour growth and provide diagnostic biomarkers. (Skog et coll,, Nat Cell Biot. 2008 Dec;10(12):1470-6. Epub 2008 Nov 16).10 Les microvésicules sont purifiées à partir des sérums par centrifugations et microfiltration. Les sérums sont centrifugés une première fois pendant 10 min à 300g, puis les surnageants sont ensuite centrifugés pendant 20 min à 17000g et filtrés sur filtre de 0,22 microns. Les microvésicules sont obtenues par ultracentrifugation du filtrat à 110000g pendant 70 min. Le culot est enfin resuspendu en tampon phosphate (PBS) et les ARN sont extraits selon le protocole décrit ci-après.
1.3 Extraction d'ARN Les ARN sont extraits grâce au kit hsa-miRVanaTM (Ambion, ABI) permettant de séparer les ARN longs (taille > 250nt) des ARN courts (taille < 250nt) en suivant les recommandations du fournisseur. Brièvement, le tissu est tout d'abord lysé, les ARN sont ensuite précipités après ajout d'acétate de sodium et d'éthanol, extraits en présence d'un mélange phénol / chloroforme, séparés selon leur taille sur colonnes chromatograpiques puis élués. Les ARN élués sont ensuite quantifiés par mesure de la DO à 260nm à l'aide du spectrophotomètre Nanodrop ND-1000 et un contrôle qualité de ces ARN est réalisé par migration électrophorétique dans un gel de polymère sur le BioAnalyser 2100 grâce au kit RNA 6000 nano LabChip® (Agilent).
1.4 Dosage des miARNs par hybridation sur puce à ADN Les ARN courts (taille inférieure à 250 bases) obtenus à l'étape précédente sont utilisés pour l'analyse par hybridation sur puce à ADN GeneChip miRNA Affymetrix. La première étape consiste à ajouter une extrémité poly-A en position 3' des ARN. La seconde étape consiste à réaliser le marquage des ARN. Pour cela, une réaction de ligature va être faite pour ajouter aux ARN de l'ADN biotinylé (par exemple avec les réactifs de marquage et détection du kit Flash Tag HSR de chez Genisphere, Hatfield, USA). Une fois cette étape réalisée, l'hybridation pourra avoir lieu avec les sondes se trouvant sur la puce. Après l'hybridation, il y a une étape d'amplification du marquage puis des lavages qui sont faits avant que la puce ne soit scannée. Enfin la puce sera scannée et on obtient une image de chaque puce qui devra être traitée pour avoir une valeur d'intensité correspondant à l'hybridation ARN/Sonde pour chaque microARN. Les données sont ensuite traitées et normalisées avec le logiciel QC Tools selon les méthodes proposées par Irizarry et al (RA. Irizarry, B Hobbs, F Collin, Y D. Beazer-Barclay, K J. Antonellis, U Scherf and T P. Speed. Exploration, Normalization, and Summaries of High Density Oligonucleotide Array Probe Level Data. Biostatistics, April 2003; Vol. 4; Number 2: 249-264).
Alternativement, les résultats peuvent aussi être générés par dosage par RT-Q-PCR, tout autre type de puce à ADN d'un quelconque fournisseur ou toute autre méthode de dosage. Les analyses peuvent être réalisées sur les liquides biologiques (sang ou sous-fraction par exemple). 1.5 Dosage des miARNs par PCR en temps réel L'expression de miARNs est quantifiée par la technique de PCR quantitative à l'aide des kits distribués par Applied Biosystems, spécifiques des miARNs matures. Dans un premier temps, 80ng d'ARNs courts sont inversement transcrits (en cDNA monobrin) en présence d'amorces en boucle, qui confèrent la spécificité pour la quantification de l'expression des miARNs matures. La PCR en temps réel est ensuite réalisée à l'aide des amorces fournies dans les kits. Une des amorces comporte des groupements fluorescents (sonde dite Taqman@) ce qui permet de réaliser une mesure quantitative en utilisant un fluorimètre adapté tel que la station Stratagene Mx3005. Le seuil de détection est déterminé dans un premier temps par l'utilisateur en début de phase exponentielle. La valeur de Ct correspond au nombre de cycles à partir duquel la fluorescence dépasse ce seuil de détection. Cette valeur de Ct est proportionnelle à la quantité de cDNA présent initialement dans l'échantillon. En l'absence de gamme-étalon spécifique pour chaque cDNA, seule une quantification relative entre échantillons est possible. Les valeurs de dosage pour chaque miARN sont normalisées avec les données obtenues pour un ARN non-codant, RNU24.
Exemple 2 Un balayage sur 847 miARNs humains permet de repérer 28 miARNs dont les niveaux d'expression sont modifiés dans au moins un type de tumeur appartenant au groupe constitué d'ODG, et GBM. Le tableau 2 ci-dessous présente les niveaux d'expression de ces 28 miARNs mesurés respectivement dans un tissu sain de référence (N), un tissu d'oligodendrogliomes de référence (ODG), et un tissu de glioblastomes de référence (GBM), ainsi que les ratios des niveaux d'expression GBM/N, OGD/N et GBM/ODG. 28 TABLEAU 2 ODG GBM N ODGIN GBM/N GBM/ODG hsa-miR-200c 13 1831 8 1,6 227,8 139,8 hsa-miR-199a-5p 36 711 17 2,1 42,1 20,0 hsa-miR-21-star 9 152 8 1,1 18,6 16,9 hsa-miR-146b-5p 69 536 53 1,3 10,2 7,8 hsa-miR-31 34 862 168 0,2 5,1 25,4 hsa-miR-135a-star 62 7 10 6,0 0,6 0,1 hsa-miR-99a-star 78 17 9 8,6 1,9 0,2 hsa-miR-382 98 231 801 0,1 0,3 2,4 hsa-miR-409-3p 80 271 559 0,1 0,5 3,4 hsa-miR-191-star 7 23 56 0,1 0,4 3,2 hsa-miR-424-star 58 54 5 11,0 10,4 0,9 hsa-miR-503 52 88 10 5,2 8,7 1,7 hsa-miR-132 574 598 3269 0,18 0,18 1,0 hsa-miR-1301 119 119 757 0,16 0,16 1,0 hsa-miR-1231 113 116 792 0,14 0,15 1,0 hsa-miR-328 15 8 117 0,13 0,07 0,5 hsa-miR-1180 151 91 1233 0,12 0,07 0,6 hsa-miR-149 253 184 2112 0,12 0,09 0,7 hsa-miR-491-5p 88 61 953 0,09 0,06 0,7 hsa-miR-1280 127 146 2340 0,05 0,06 1,1 hsa-miR-490-5p 5 3 97 0,05 0,03 0,7 hsa-miR-431-star 7 6 180 0,04 0,03 0,8 hsa-miR-770-5p 6 8 159 0,03 0,05 1,4 hsa-miR-769-3p 5 5 260 0,02 0,02 1,0 hsa-miR-129-5p 17 6 1075 0,02 0,01 0,4 hsa-miR-139-5p 503 115 2780 0,18 0,04 0,2 hsa-miR-139-3p 36 5 811 0,04 0,006 0,14 hsa-miR-199a-3p 62 1097 11 5,8 102,6 17,8 spécifique des
groupe A GBM groupe A groupe A groupe A groupe A
groupe B ODG groupe B groupe B groupe B groupe B
groupe C gliomes groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C groupe C
groupe D gliomes Exemple 3
Les niveaux d'expression de 2 miARNs, à savoir hsa-miR-21-star et hsa-miR-135a- star, sont mesurés respectivement dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence selon la méthode décrite dans les exemples 1.3, 1.4 et 1.5 ci-dessus. Les niveaux d'expression de ces deux miARNs sont également mesurés dans trois échantillons provenant des patients suspectés de présenter un oligodendrogliome ou un 10 glioblastome. Les tissus de référence ainsi que les échantillons provenant des patients sont prélevés selon l'exemple 1.1 ci-dessus. Le caractère tumoral du tissu d'ODG de référence et du tissu de GBM de référence est confirmé par d'autres méthodes de diagnostic connues de l'homme du métier. 15 Le miARN hsa-miR-21-star appartenant au groupe A, est surexprimé dans un tissu de glioblastome, alors que son niveau d'expression dans un tissu d'oligodendrogliome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un glioblastome dans ce tissu. Le miARN hsa-miR-135a-star appartenant au groupe B, est surexprimé dans un tissu 20 d'oligodendrogliome, alors que son niveau d'expression dans un tissu de glioblastome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un oligodendrogliome dans ce tissu. Les profils des niveaux d'expression de ces deux miARNs dans les trois tissus de référence sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de ces deux 25 miARNs mesurés dans les trois tissus de référence (Figure 1). Les profils des niveaux d'expression de ces deux miARNs dans trois échantillons provenant des patients sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de ces deux miARNs mesurés dans ces trois échantillons (Figure 2).
30 Diagnostic de l'échantillon numéro 1 Le niveau d'expression de hsa-miR-21-star mesuré dans l'échantillon numéro 1 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de 29 GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 1 n'est pas un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-135a-star mesuré dans l'échantillon numéro 1 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu de GBM de référence. Ceci signifie la présence d'un oligodendrogliome dans l'échantillon numéro 1. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence d'oligodendrogliome dans l'échantillon 1.
Diagnostic de l'échantillon numéro 2 Le niveau d'expression de hsa-miR-21-star mesuré dans l'échantillon numéro 2 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 2 n'est pas un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-135a-star mesuré dans l'échantillon numéro 2 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou dans un tissu de GBM de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'ODG de référence. Ceci signifie que l'échantillon numéro 2 n'est pas un oligodendrogliome. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer que l'échantillon numéro 2 est un tissu normal.
Diagnostic de l'échantillon numéro 3 Le niveau d'expression de hsa-miR-21-star mesuré dans l'échantillon numéro 3 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou le tissu d'ODG de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats montrent que l'échantillon numéro 3 est probablement un glioblastome.
Le niveau d'expression de hsa-miR-135a-star mesuré dans l'échantillon numéro 3 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence, mais significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'oligodentrogliome de référence. Ceci montre que l'échantillon numéro 1 n'est pas un oligodendrogliome.
La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence de glioblastome dans l'échantillon numéro 3.
Exemple 4 Les niveaux d'expression de trois miARNs, à savoir hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-99astar, et hsa-miR-328, sont mesurés respectivement dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence selon la méthode décrite dans les exemples 1.3, 1.4 et 1.5 ci-dessus. Les niveaux d'expression de ces deux miARNs sont également mesurés dans trois 10 échantillons provenant des patients suspectés de présenter un oligodendrogliome ou un glioblastome. Les tissus de référence ainsi que les échantillons provenant des patients sont prélevés selon l'exemple 1.1 ci-dessus. Le caractère tumoral du tissu d'ODG de référence et du tissu de GBM de référence est confirmé par d'autres méthodes de diagnostic connues de l'homme 15 du métier. Le miARN hsa-miR-146b-5p appartenant au groupe A, est surexprimé dans un tissu de glioblastome, alors que son niveau d'expression dans un tissu d'oligodendrogliome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un glioblastome dans ce tissu. 20 Le miARN hsa-miR-99a-star appartenant au groupe B, est surexprimé dans un tissu d'oligodendrogliome, alors que son niveau d'expression dans un tissu de glioblastome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un oligodendrogliome dans ce tissu. Le miARN hsa-miR-328 appartenant au groupe C, est sous-exprimé à la fois dans un 25 tissu de glioblastome et dans un tissu d'oligodendrogliome par rapport au tissu sain. Un niveau d'expression très faible de ce miARNs dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un gliome dans ce tissu. Les profils des niveaux d'expression de ces trois miARNs dans les trois tissus de référence sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de ces trois 30 miARNs mesurés dans les trois tissus de référence (Figure 3). Les profils des niveaux d'expression de ces trois miARNs dans trois échantillons provenant des patients sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de ces trois miARNs mesurés dans ces trois échantillons (Figure 4).
Diagnostic de l'échantillon numéro 4 Le niveau d'expression de hsa-miR-146b-5p mesuré dans l'échantillon numéro 4 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 4 n'est pas un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 4 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu de GBM de référence. Ceci signifie la présence d'un oligodendrogliome dans l'échantillon numéro 4. Le niveau d'expression de hsa-miR-328 mesuré dans l'échantillon numéro 4 est significativement plus faible que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 4 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence d'un oligodendrogliome dans l'échantillon 4.
Diagnostic de l'échantillon numéro 5 Le niveau d'expression de hsa-miR-146b-5p mesuré dans l'échantillon numéro 5 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou le tissu d'ODG de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats montrent que l'échantillon numéro 5 est probablement un glioblastome.
Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 5 n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'ODG de référence. Ceci montre que l'échantillon numéro 5 n'est pas un oligodendrogliome. Le niveau d'expression de hsa-miR-328 mesuré dans l'échantillon numéro 5 est significativement plus faible que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 5 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial.
La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence de glioblastome dans l'échantillon numéro 5.
Diagnostic de l'échantillon numéro 6 Le niveau d'expression de hsa-miR-146b-5p mesuré dans l'échantillon numéro 6 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 6 n'est pas un glioblastome.
Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 6 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou dans un tissu de GBM de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'ODG de référence. Ceci signifie que l'échantillon numéro 6 n'est pas un oligodendrogliome. Le niveau d'expression de hsa-miR-328 mesuré dans l'échantillon numéro 6 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu sain de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 6 est un tissu normal, et ne présente pas de caractère tumoral de type glial. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer que l'échantillon 6 est 20 un tissu normal.
Exemple 5 Les niveaux d'expression de quatre miARNs, à savoir hsa-miR-424-star, hsa-miR-1301, hsa-miRl99a-5p et hsa-miR-99a-star, sont mesurés respectivement dans un tissu sain 25 de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence selon la méthode décrite dans les exemples 1.3, 1.4 et 1.5 ci-dessus. Les niveaux d'expression de ces deux miARNs sont également mesurés dans trois échantillons provenant des patients suspectés de présenter un oligodendrogliome ou un glioblastome. 30 Les tissus de référence ainsi que les échantillons provenant des patients sont prélevés selon l'exemple 1.1 ci-dessus. Le caractère tumoral du tissu d'ODG de référence et du tissu de GBM de référence est confirmé par d'autres méthodes de diagnostic connues de l'homme du métier.
Le miARN hsa-miRl99a-5p appartenant au groupe A, est surexprimé dans un tissu de glioblastome, alors que son niveau d'expression dans un tissu d'oligodendrogliome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un glioblastome dans ce tissu.
Le miARN hsa-miR-99a-star appartenant au groupe B, est surexprimé dans un tissu d'oligodendrogliome, alors que son niveau d'expression dans un tissu de glioblastome n'est pas significativement différent de celui dans un tissu sain. Un niveau d'expression élevé de ce miARN dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un oligodendrogliome dans ce tissu. Le miARN hsa-miR-424-star, appartenant au groupe C, est surexprimé à la fois dans un tissu de glioblastome et dans un tissu d'oligodendrogliome. Un niveau d'expression élevé de ce miARNs dans un tissu permet d'indiquer la présence d'un gliome dans ce tissu. Le miARN hsa-miR-1301, appartenant au groupe C, est sous-exprimé à la fois dans un tissu de glioblastome et dans un tissu d'oligodendrogliome. Un niveau d'expression très faible de ce miARNs dans un tissu signifie la présence d'un gliome dans ce tissu.
Les profils des niveaux d'expression de ces quatre miARNs dans les trois tissus de référence sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de ces deux miARNs mesurés dans les trois tissus de référence (Figure 5). Les profils des niveaux d'expression de ces quatre miARNs dans les trois échantillons provenant des patients sont établis à partir des valeurs absolues des niveaux d'expression de 20 ces deux miARNs mesurés dans ces trois échantillons (Figure 6).
Diagnostic de l'échantillon numéro 7 Le niveau d'expression de hsa-miRl99a-5p mesuré dans l'échantillon numéro 7 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu 25 d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 7 n'est pas un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 7 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu 30 de GBM de référence. Ceci signifie la présence d'un oligodendrogliome dans l'échantillon numéro 7. Le niveau d'expression hsa-miR-1301 mesuré dans l'échantillon numéro 7 est significativement plus faible que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 7 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial. Le niveau d'expression hsa-miR-424-star mesuré dans l'échantillon numéro 7 est significativement plus élevé que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 7 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence d'un oligodendrogliome dans l'échantillon 7.
Diagnostic de l'échantillon numéro 8 Le niveau d'expression de hsa-miRl99a-5p mesuré dans l'échantillon numéro 8 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou le tissu d'ODG de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats montrent que l'échantillon numéro 8 est probablement un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 8 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et le tissu de GBM de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'ODG de référence. Ceci montre que l'échantillon numéro 8 n'est pas un oligodendrogliome. Le niveau d'expression de hsa-miR-1301 mesuré dans l'échantillon numéro 8 est significativement plus faible que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 8 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial. Le niveau d'expression hsa-miR-424-star mesuré dans l'échantillon numéro 8 est significativement plus élevé que celui mesuré dans le tissu sain de référence, mais n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 8 n'est pas un tissu normal, mais très probablement présente un caractère tumoral de type glial. La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer la présence de glioblastome dans l'échantillon numéro 8.
Diagnostic de l'échantillon numéro 9 Le niveau d'expression de hsa-miRl99a-5p mesuré dans l'échantillon numéro 9 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence et dans le tissu d'ODG de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu de GBM de référence. Ces résultats signifient que l'échantillon numéro 9 n'est pas un glioblastome. Le niveau d'expression de hsa-miR-99a-star mesuré dans l'échantillon numéro 9 n'est pas significativement différent de ceux mesurés dans le tissu sain de référence ou dans un tissu de GBM de référence, mais est significativement différent de celui mesuré dans le tissu d'ODG de référence. Ceci signifie que l'échantillon numéro 9 n'est pas un oligodendrogliome.
Le niveau d'expression de hsa-miR-1301 mesuré dans l'échantillon numéro 9 est significativement plus élevé que ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu sain de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 9 est un tissu normal, et ne présente pas de caractère tumoral de type glial.
Le niveau d'expression de hsa-miR-424-star mesuré dans l'échantillon numéro 9 est significativement plus faible que ceux mesurés dans le tissu d'ODG de référence ou dans le tissu de GBM de référence, mais n'est pas significativement différent de celui mesuré dans le tissu sain de référence. Ces résultats indiquent que l'échantillon numéro 9 est un tissu normal, et ne présente pas de caractère tumoral de type glial.
La combinaison de tous ces résultats permet de diagnostiquer que l'échantillon 9 est un tissu normal.
Claims (18)
- REVENDICATIONS1. Méthode de diagnostic in vitro d'une tumeur cérébrale appartenant au groupe constitué de 2 types de tumeurs : ODG, GBM, et d'identification du type de la tumeur, comprenant : (i) la mesure des niveaux d'expression d'au moins un premier et un deuxième miARNs appartenant respectivement à deux groupes de miARNs différents faisant partie d'un ensemble de 3 groupes de miARNs, dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales : - le groupe 1 étant constitué de hsa-miR-200c, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-21-star, 10 hsa-miR-146b-5p et hsa-miR-31, - le groupe 2 étant constitué de parmi hsa-miR-135a-star, hsa-miR-99a-star, hsa-miR-382, hsa-miR-409-3p et hsa-miR-191-star, - le groupe 3 étant constitué hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR-1180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR- 15 1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsa-miR-139-5p et hsa-miR-199a-3p, - les deux susdits miARNs n'appartenant pas au même groupe, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans au moins un type du 20 tissu de référence choisi parmi le groupe constitué d'au moins un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
- 2. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 1, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des 25 susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - un premier miARN choisi dans l'un des trois groupes de miARNs, * le groupe 1 étant constitué de hsa-miR-200c, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-21-star, hsa-miR-146b-5p et hsa-miR-31, * le groupe 2 étant constitué de hsa-miR-135a-star, hsa-miR-99a-star, hsa-miR-382, 30 hsa-miR-409-3p et hsa-miR-191-star, * le groupe 3 étant constitué de hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsamiR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR- 1 180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsamiR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsa-miR-139-3p, hsa-miR-139-5p et hsa-miR-199a-3p,- un deuxième miARN choisi dans l'un des trois susdits groupes, - les deux susdits miARNs n'appartenant pas au même groupe, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
- 3. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 2, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - d'un premier miARN choisi dans le groupe 1, et - d'un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
- 4. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 3, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, - le premier miARN étant choisi dans le groupe 1, - le deuxième miARN étant choisi dans le groupe 2, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, (iii) - la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs étant faite * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon 30 n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, - la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs étant faite* lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est 5 au moins 5 fois supérieur à celui du susdit miARN mesuré dans un tissu sain de référence.
- 5. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 2, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs, 10 - le premier miARN étant choisi dans le groupe 3, - le deuxième miARN étant choisi dans le groupe 1, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, 15 (iii) - la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs étant faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et 20 * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de référence, - la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs étant faite 25 * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de 30 référence.
- 6. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 2, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de deux miARNs,- le premier miARN étant choisi dans le groupe 3, et - le deuxième miARN étant choisi dans le groupe 2, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs avec ceux des 5 susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, (iii) la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs étant faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN 10 mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est également au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit 2ème miARN mesuré dans un tissu sain de référence, - la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté 15 de présenter une des susdites tumeurs étant faite * lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit premier miARN mesuré dans un tissu sain de référence, et * lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas 20 au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui du susdit deuxième miARN mesuré dans un tissu sain de référence.
- 7. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 1, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des 25 susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression de trois miARNs, - d'un premier miARN choisi dans le groupe 1, - d'un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, et - d'un troisième miARN choisi dans le groupe 3, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon 30 provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence.
- 8. Méthode selon la revendication 7, dans laquelle la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite,- lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
- 9. Méthode selon la revendication 7, dans laquelle la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
- 10. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 1, comprenant : (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins deux miARNs, 20 - un premier miARN choisi dans le groupe 1, - un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence, et un tissu de GBM de référence. 25
- 11. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 10, dans laquelle la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au 30 moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et- lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un 5 tissu de GBM de référence.
- 12. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 10, dans laquelle la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, 10 - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et 15 - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieurs ou 5 fois inférieurs à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence. 20
- 13. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 10, dans la quelle l'étape (i) comprend en outre la mesure du niveau d'expression d'un miARN choisi dans le groupe 3.
- 14. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 13, comprenant : 25 (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins trois miARNs, - au moins un premier miARN choisi dans le groupe 1, - au moins un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, et - au moins un troisième miARN choisi dans le groupe 3, 30 (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
- 15. Méthode de diagnostic in vitro selon la revendication 14, comprenant :(i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins trois miARNs, - au moins un premier miARN choisi dans le groupe 1, - au moins un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, et - au moins un troisième miARN choisi dans le groupe 4, un sous groupe du groupe 3, le groupe 4 étant constitué de hsa-miR-424-star, hsa-miR-503, hsa-miR-132, hsa-miR-1301, hsa-miR-1231, hsa-miR-328, hsa-miR- 1 180, hsa-miR-149, hsa-miR-491-5p, hsa-miR-1280, hsa-miR-490-5p, hsa-miR-431-star, hsa-miR-770-5p, hsa-miR-769-3p, hsa-miR-129-5p, hsamiR-139-3p, hsa-miR-139-5p, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence.
- 16. Méthode selon la revendication 15, dans laquelle : (i) la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un 25 tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence ; ou (ii) la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, 30 - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et- lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du troisième miARNs mesurés dans ledit échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un 5 tissu de GBM de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence.
- 17. Méthode selon la revendication 14, comprenant : 10 (i) la mesure dans un échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs cérébrales, des niveaux d'expression d'au moins trois miARNs, - au moins un premier miARN choisi dans le groupe 1, - au moins un deuxième miARN choisi dans le groupe 2, et - au moins un troisième miARN choisi dans le groupe 5, un sous groupe du groupe 3, 15 le groupe 5 étant constitué de hsa-miR-199a-3p, (ii) la comparaison des niveaux d'expression des susdits miARNs mesurés dans l'échantillon provenant du susdit patient avec ceux des susdits miARNs mesurés dans un tissu sain de référence, un tissu d'ODG de référence et un tissu de GBM de référence. 20
- 18. Méthode selon la revendication 17, dans laquelle : (i) la déduction de la présence d'ODG dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et 25 - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence, - lorsque les niveaux d'expression du premier et du deuxième miARNs mesurés dans ledit 30 échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et au moins 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu de GBM de référence ;(ii) la déduction de la présence de GBM dans l'échantillon provenant d'un patient suspecté de présenter une des susdites tumeurs est faite, - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est respectivement 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du deuxième miARN mesuré dans ledit échantillon n'est pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à celui mesuré dans un tissu sain de référence, et - lorsque le niveau d'expression du premier miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à celui mesuré dans un tissu d'ODG de référence, et - lorsque les niveaux d'expression du premier et du troisième miARNs mesurés dans ledit 10 échantillon ne sont pas au moins 5 fois supérieur ou 5 fois inférieur à ceux mesurés dans un tissu de GBM de référence, et - lorsque le niveau d'expression du troisième miARN mesuré dans ledit échantillon est au moins 5 fois supérieur à ceux mesurés dans un tissu sain de référence et dans un tissu d'ODG de référence.
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