ES3005230T3 - Diagnostic and therapeutic methods for the treatment of rheumatoid arthritis (ra) - Google Patents

Abstract

La presente invención proporciona métodos pronósticos, predictivos y terapéuticos para el tratamiento de la artritis reumatoide (AR). La invención se basa, al menos en parte, en el descubrimiento de que el nivel de expresión de uno o más biomarcadores descritos en este documento en una muestra (p. ej., una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de estas) de un individuo con AR puede utilizarse en métodos para determinar la probabilidad de progresión de la enfermedad en un individuo con AR, identificar a un individuo con AR con probabilidad de responder a un tratamiento que incluya un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FAME), predecir la respuesta de un individuo con AR a un tratamiento que incluya un FAME, seleccionar una terapia para un individuo con AR y tratar a un individuo con AR, así como kits relacionados. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN

Métodos diagnósticos y terapéuticos para el tratamiento de la artritis reumatoide (AR)

Listado de secuencias

La presente solicitud contiene un listado de secuencias, que se ha presentado electrónicamente en formato ASCII. Dicha copia en ASCII, creada el 22 de enero de 2019, se denomina 50474-175W02_Sequence_Listing_1.22.19_ST25 y tiene un tamaño de 93.444bytes.

Campo de la invención

La presente invención está dirigida a métodos diagnósticos y terapéuticos para el tratamiento de la artritis reumatoide (AR). En particular, la invención proporciona métodos para pronosticar la evolución y la actividad de la enfermedad.

Antecedentes de la invención

La artritis reumatoide (AR) es una enfermedad autoinmunitaria de origen desconocido caracterizada por una afectación articular simétrica, inflamación, hiperplasia de la membrana sinovial y formación de tejido de granulación invasivo. Si no se controla, la enfermedad conduce a una destrucción articular final acompañada de una morbilidad significativa y un aumento de la mortalidad. La enfermedad es heterogénea en cuanto a su presentación clínica y biológica, así como en su respuesta al tratamiento.

En general, se cree que la AR se inicia por una alteración de la tolerancia inmunitaria, en particular, a autoantígenos citrulinados que puede producirse años antes de la aparición de los síntomas clínicos. Se han identificado múltiples factores celulares que contribuyen a la fisiopatología de la AR, incluida la acumulación de linfocitos T y B autorreactivos en la membrana sinovial, acompañada de la producción de autoanticuerpos dirigidos contra diversos antígenos articulares, la infiltración de macrófagos inflamatorios en la membrana y submembrana sinovial, y la elevada producción de citocinas y quimiocinas que sirven para reclutar, activar y mantener la sinovitis.

Se ha demostrado que múltiples enfoques terapéuticos son muy eficaces para controlar los síntomas de la AR y mejorar el pronóstico, incluidos fármacos antirreumáticos modificadores de la enfermedad (FARME), tales como el metotrexato y la leflunomida, y agentes terapéuticos biológicos dirigidos contra TNFa, IL-6 , coestimulación de linfocitos T, linfocitos B y Janus cinasas. Sin embargo, predecir qué individuos se beneficiarían de forma óptima de las diferentes modalidades terapéuticas ha sido un reto debido a la heterogeneidad de la AR.

Por tanto, existe una necesidad insatisfecha de métodos diagnósticos y terapéuticos mejorados para el tratamiento de las personas que tienen AR.

Leeet al.Clin Rheumatol 33, 775-782 (2014). https://doi.org/10.1007/s10067-014-2547-9. divulga un metanálisis de perfiles de expresión génica para predecir la respuesta a agentes biológicos en la artritis reumatoide. El metanálisis identificó los genes que se expresaban sistemáticamente de manera diferencial en los pacientes que respondían al tratamiento frente a los que no, así como las vías biológicas asociadas a este conjunto de genes.

Sellamet al.Arthritis Rheumatol. 66:2015-2025 (2014). doi: 10.1002/art.38671. PMID: 24756903. divulga el uso de perfiles transcriptómicos de sangre total para resaltar varias vías fisiopatológicas asociadas con la respuesta al rituximab en pacientes con artritis reumatoide: que describe los datos de un ensayo aleatorizado, controlado y sin enmascaramiento.

El documento WO 2012/061620 A1 divulga métodos para identificar, diagnosticar, pronosticar y tratar la artritis reumatoide. También se han divulgado métodos para identificar agentes terapéuticos eficaces para la artritis reumatoide y para predecir la capacidad de respuesta a los agentes terapéuticos para la artritis reumatoide.

El documento WO 2012/118750 A2 divulga marcadores biológicos y métodos que predicen la capacidad de respuesta de los pacientes a los antagonistas de linfocitos B. Además, se divulgan métodos para identificar de pacientes que padecen una enfermedad autoinmunitaria, por ejemplo, artritis reumatoide, que no tienen probabilidades de responder a los antagonistas de linfocitos B, así como métodos de selección de agentes terapéuticos para tratar a dichos pacientes.

El documento US 2011/052488 divulga métodos para identificar, diagnosticar y pronosticar la artritis reumatoide, así como métodos de tratamiento de la artritis reumatoide. También se han divulgado métodos para identificar agentes terapéuticos eficaces para la artritis reumatoide y para predecir la capacidad de respuesta a los agentes terapéuticos para la artritis reumatoide.

Sanayamaet al.Arthritis Rheumatol. 66:1421-1431 (2014). doi:10.1002/art.38400 divulga la predicción de respuestas terapéuticas al tocilizumab en pacientes con artritis reumatoide utilizando biomarcadores candidatos identificados mediante el análisis de la expresión génica en células mononucleares de sangre periférica utilizando micromatrices de ADN de genoma completo.

Sumario de la invención

La presente invención proporciona métodos de diagnóstico y métodos terapéuticos para tratar a un individuo que tiene artritis reumatoide (AR).

En un primer aspecto, la invención presenta un método para predecir la evolución de la enfermedad en un individuo que tiene AR, comprendiendo el método la determinación de un nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENNDLC, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra del individuo, en donde un aumento en los niveles de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENNDLC, MMP10, SDC1 y UBASH3A en relación con un nivel de expresión de referencia identifica al individuo como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad. En determinadas realizaciones, el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A aumenta en la muestra en relación con el nivel de expresión de referencia, y el método comprende además administrar al individuo un agente terapéutico distinto, o además, de un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME). En determinadas realizaciones, el nivel de expresión de uno o más genes establecidos en la tabla 3 disminuye en la muestra en relación con el nivel de expresión de referencia, y el método comprende además administrar al individuo un agente terapéutico distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME).

En determinadas realizaciones, la evolución de la enfermedad es la evolución radiográfica. En determinadas realizaciones, la evolución radiográfica se caracteriza por un aumento de los valores de la puntuación Sharp (ShSS, del inglésSharp score)modificada por Van der Heijde durante un periodo de tiempo definido.

En un segundo aspecto, la invención presenta un método para tratar a un individuo que tiene AR, comprendiendo el método administrar un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME al individuo, en donde el individuo se ha identificado como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad mediante una realización del primer aspecto.

En un tercer aspecto, la invención presenta un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME, para su uso en el tratamiento de un individuo que tiene AR, identifacándose el individuo como que tiene (i) un nivel de expresión aumentado de CD180, CSF2, DEn Nd 1C, MMPC10, SDC1 y UBASHA3A en una muestra del individuo en relación con un nivel de expresión de referencia, comprendiendo el tratamiento administrar al individuo un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME.

En un cuarto aspecto, la invención presenta un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en el tratamiento de una persona que tiene AR, comprendiendo el método: (a) determinar un nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A en una muestra del individuo, en donde (i) el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en la muestra se determina que está aumentado en relación con un nivel de expresión de referencia, y (b) administrar al individuo un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME basado en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A determinado en la etapa (a).

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A es una media del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A. En determinadas realizaciones, la media del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A es una media de un nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una mediana del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A. En determinadas realizaciones, la mediana del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una mediana de un nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A normalizado a un gen de referencia. En determinadas realizaciones, el gen de referencia es ACTB, GA<p>D<h>, GUSB, HPRT1, PGK1, RPL19, TUBB, TMEM55B o una combinación de los mismos.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión de referencia es un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A. En determinadas realizaciones, el nivel de expresión de referencia es el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una población de referencia de individuos que tienen AR y que no se han tratado previamente con un FARME, consistiendo la población de referencia de individuos en un primer subconjunto de individuos que presentan evolución de la enfermedad y un segundo subconjunto de individuos que no presentan evolución de la enfermedad, en donde el nivel de expresión de referencia separa significativamente los subconjuntos de individuos primero y segundo en función de una diferencia significativa entre el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en el primer subconjunto de individuos en comparación con el del segundo subconjunto de individuos. En determinadas realizaciones, el primer subgrupo de individuos presentó evolución de la enfermedad y el segundo subgrupo de individuos no presentó evolución de la enfermedad después de aproximadamente 12 meses.

En determinadas realizaciones del primer o cuarto aspecto, el método comprende además la determinación de una o más covariables clínicas del individuo.

En determinadas realizaciones del segundo o cuarto aspecto, se ha determinado una o más covariables clínicas para el individuo.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, la una o más covariables clínicas son una o más de: puntuación de actividad de la enfermedad 28-velocidad de sedimentación globular (DAS28-ESR, del inglésdisease activity score 28-erythrocyte sedimentation rate),puntuación de actividad de la enfermedad 28-proteína C reactiva (DAS28-CRP, del inglésdisease activity score 28-C reactive protein),valor del factor reumatoide (FR), duración de la enfermedad, patotipo inicial y 12 puntuaciones máx. de engrosamiento sinovial por ultrasonidos (USST, del inglésultrasound synovial thickening)y Doppler de potencia por ultrasonidos (USPD, del inglésultrasound power Doppler).En determinadas realizaciones, la covariable clínica es DAS28-ESR. En determinadas realizaciones, la covariable clínica es un valor del FR.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión es un nivel de expresión de ácido nucleico. En determinadas realizaciones, el nivel de expresión del ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm. En determinadas realizaciones, el nivel de expresión del ARNm se determina mediante recuento digital directo de los ácidos nucleicos, sec. de ARN, RT-qPCR, qPCR, qPCR múltiple o RT-qPCR, análisis de micromatrices o una combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, el recuento digital directo de ácidos nucleicos se realiza mediante el análisis NANOSTRING® NCOUNTER®.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el nivel de expresión es un nivel de expresión de una proteína. En determinadas realizaciones, el nivel de expresión de la proteína se determina mediante un inmunoensayo, tecnología de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS), nefelometría, tecnología de aptámeros o una combinación de los mismos.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, la muestra es una muestra sinovial.

En determinadas realizaciones, la muestra sinovial es una muestra de tejido sinovial o una muestra de líquido sinovial.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el FARME es metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina, micofenolato mofetilo o una combinación de los mismos.

En determinadas realizaciones de cualquiera de los aspectos anteriores, el agente terapéutico distinto de un FARME es un antagonista de linfocitos B, un antagonista de la Janus cinasa (JAK, del inglésJanus kinase),un antagonista del factor de necrosis tumoral (TNF, del ingléstumor necrosis factor),un receptor señuelo del TNF, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T, un antagonista del receptor de IL-1, un antagonista del receptor de IL-6 o una combinación de los mismos. En determinadas realizaciones, el antagonista de JAK es tofacitinib. En determinadas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-6 es tocilizumab. En determinadas realizaciones, el antagonista de linfocitos B es rituximab.

Breve descripción de los dibujos

El archivo de la solicitud contiene al menos un dibujo realizado en color. La Oficina proporcionará copias de esta patente o solicitud de patente con dibujos en color, previa solicitud y pago de la tarifa necesaria.

Lafigura 1Aes una tabla que muestra los datos demográficos iniciales del subconjunto de 144 individuos de la cohorte PEAC que se inscribieron en el estudio.

Lafigura 1Bes una imagen representativa de una biopsia de muñeca guiada por ecografía (US). La imagen por US transversal en escala de grises de la articulación de la muñeca muestra la entrada de la aguja de biopsia en el espacio articular por debajo del complejo tendinoso extensor.

Lafigura 1Ces un gráfico que indica el número y los tipos de articulaciones muestreadas.

Lafigura 2Aes una serie de imágenes representativas de muestras histológicas adquiridas de individuos reclutados en la cohorte patobiología de artritis temprana (PEAC, del inglésPathobiology of Early Arthritis Cohort)que muestran infiltración de células inmunitarias (CD3+, linfocitos T, macrófagos CD68+, linfocitos B CD20+ y células plasmáticas CD138+) y tinción con H&E por patotipo. Todas las imágenes son de 10 aumentos.

Lafigura 2Bes una tabla que muestra los niveles medios de infiltración de células inmunitarias (CD3+, linfocitos T, macrófagos CD68+, linfocitos B CD20+ y células plasmáticas CD138+) por patotipo; el asterisco indica diferencias significativas entre grupos.

Lafigura 2Ces un gráfico de concordancia entre NANOSTRING®y la expresión génica por secuenciación de ARN en los datos de la cohorte PEAC. El p global de Spearman = 0,85 entre ambas mediciones. Los pacientes individuales están coloreados según el genotipo asignado (rojo=linfoide, púrpura=mieloide, verde=paucinmunofibroide, negro=biología adicional).

Lafigura 2Des una serie de gráficos que muestran las puntuaciones de eigengene linfoide (gráfico izquierdo), mieloide (gráfico central) y paucinmunofibroide (gráfico derecho) frente a las puntuaciones de agregación sinovial (G1, G2 y G3 = agregados de grado 1, 2 y 3, respectivamente). Los asteriscos indican significación estadística determinada por regresión lineal entre grupos: * =p<0,05; ** =p<0,01; *** =p<0,001; y n.s. = no significativo. Lafigura 3Aes un mapa de calor de los datos de NANOSTRING®. Los recuentos sin procesar en log2 NANOSTRING® de 212 genes y 111 muestras de individuos se normalizaron por sonda para obtener una media de 0 y una desviación estándar de 1. Los datos normalizados se agruparon por filas y columnas utilizando la distancia euclídea y la vinculación de Ward. Las muestras están coloreadas de acuerdo con el patotipo determinado por IHC, con las muestras sin clasificar coloreadas en gris. Las filas están coloreadas de acuerdo con el patotipo con el que se asoció originalmente el gen, con los genes asociados a la biología de la AR coloreados en negro. Lafigura 3Bes una serie de gráficos que muestran las puntuaciones de eigengene frente a los patotipos determinados por IHC. Las puntuaciones individuales de eigengene se representan para cada muestra, agrupadas y coloreadas de acuerdo con el patotipo determinado por IHC. Los asteriscos representan la significación estadística determinada por la regresión lineal entre grupos: * =p<0,05; ** =p<0,01; y *** =p<0,001.

Lafigura 3Ces un gráfico de radar de las puntuaciones normalizadas de eigengene. Los valores de eigengene se normalizaron para obtener una media de 0 y una desviación estándar de 1. Las muestras se agruparon por patotipo y se calculó la media (líneas continuas) y el error estándar de la media (región sombreada) para los eigengenes normalizados. Los radios del gráfico de radar representan la distancia a lo largo de cada eigengene normalizado para cada grupo de muestras.

Lafigura 3Des un gráfico de volcán de las diferencias de expresión génica entre patotipos. Para cada gen, se realizó un ANOVA unidireccional comparando la expresión en los tres patotipos. El valor depen log-iü del ANOVA unidireccional se representa gráficamente frente a la media cuadrática de los factores de cambio en log2 entre cada par de eigengenes. Los genes están coloreados de acuerdo con el patotipo en el que se identificaron inicialmente, con los genes asociados a la biología de la AR coloreados en negro.

Lafigura 4Aes una serie de gráficos que comparan las puntuaciones de eigengene. Los valores de eigengene de las muestras de referencia se comparan entre sí, con las muestras coloreadas de acuerdo con el patotipo determinado por IHC.

Lafigura 4Bes una serie de diagramas de volcán que muestran comparaciones entre los tres patotipos. Cada patotipo se comparó con los otros dos mediante regresión lineal. Se muestran los factores de cambio en log2 y los valores deplógicos para estas comparaciones, con los genes coloreados de acuerdo con el patotipo al que fueron inicialmente asignados y los genes asociados a la biología de la AR coloreados en negro. Los genes que resultaron significativos con un valor depajustado de Benjamini-Hochberg <0,01 se muestran como puntos rellenos, mientras que los que no cumplen este límite se muestran como círculos abiertos.

Lafigura 5Aes una tabla que muestra el resultado radiográfico a los 12 meses de los individuos estratificados de acuerdo con los patotipos paucinmunofibroide/mieloide frente a linfoide.

Lafigura 5Bes una gráfica de volcán de genes antes del tratamiento expresados diferencialmente en individuos que progresan radiográficamente después de un año (ShSS >1). Los valores depproceden de la prueba t bilateral que compara a los pacientes con progresión con los que no tienen progresión sin ajuste. Los 46 genes con un valor dep<0,05 están resaltados en rojo y situados por encima de la línea discontinua.

Lafigura 5Ces una serie de gráficos que muestran las puntuaciones iniciales linfoide (gráfico izquierdo), mieloide (gráfico central) y paucinmunofibroide (gráfico derecho) frente al estado de evolución radiográfica (AShSS >1) al año. ** =p<0,01 mediante la prueba t.

Lafigura 5Des un gráfico de enriquecimiento de conjuntos de genes que muestra que los genes específicos de los osteoclastos se expresan en mayor medida en el patotipo linfoide frente a los patotipos fibroide/mieloide. El eje de abscisas muestra el factor de cambio en log2 entre las muestras linfoides y fibroides/mieloides. La densidad en gris muestra la distribución de los factores de cambio de todos los genes analizados; los genes específicos de los osteoclastos se muestran como puntos negros, con la distribución global de los factores de cambio mostrada como una línea negra.

Lafigura 5Ees un gráfico ROC que muestra la identificación de características clínicas y de expresión génica predictivas de evolución radiográfica al año. Los 46 genes enumerados en la tabla 1 y las covariables seleccionadas (ocho covariables clínicas: valor inicial de FR, duración de la enfermedad, VAS, número de articulación inflamada, DAS28-ESR, patotipo inicial y 12 puntuaciones máx. de engrosamiento sinovial por ultrasonidos (USST) y Doppler de potencia por ultrasonidos (USPD)) se introdujeron simultáneamente en un modelo logístico con una penalización de regularización L1 (LASSO) para determinar el modelo de predicción disperso óptimo. El modelo presenta un mejor perfeccionamiento predictivo con covariables clínicas penalizadas (línea discontinua azul) que sin covariables clínicas sin penalizar (línea discontinua roja), y ambos modelos superan a las mediciones clínicas por sí solas (línea negra).

Lafigura 6Aes una curva de entrenamiento lambda del modelo final ajustado por glmnet. Los puntos rojos representan la desviación binomial media mediante validación cruzada de 10 veces. Las barras de error representan el error estándar de la desviación binomial. Las líneas de puntos verticales indican la desviación binomial mínima (Amín) y un modelo más regularizado para el que el error de desviación binomial está dentro de un error estándar de la desviación binomial mínima (Aise). Se seleccionó Amín, que corresponde a nueve coeficientes distintos de cero en el modelo final.

Lafigura 6Bes una tabla que muestra los coeficientes distintos de cero asociados a las variables finales seleccionadas por la regresión LASSO.

Lafigura 7Aes una tabla que muestra los parámetros clínicos e histológicos iniciales estratificados de acuerdo con los tres subtipos patológicos (n = 129). Los asteriscos indican diferencias significativas.

Lafigura 7Bes un gráfico que muestra el análisis de correlación de cada puntuación de eigengene con parámetros de actividad clínica de la enfermedad, autoanticuerpos, reactantes de fase aguda y ecografía. Los valores representan los coeficientes de correlación de Spearman entre las variables clínicas y las puntuaciones individuales de eigengene. Los asteriscos representan la significación del coeficiente de correlación: * =p<0,05; ** =p<0,01; y *** =p<0,001.

Lafigura 8Aes una tabla que muestra los cambios clínicos en la actividad de la enfermedad por patotipo (linfoide, mieloide y paucinmunofibroide) y pautas de tratamiento de acuerdo con el patotipo.

Lafigura 8bes un gráfico de volcán que muestra los cambios en la expresión génica entre el inicio y los seis meses en individuos con una respuesta Eular. Los puntos individuales están coloreados según el patotipo en el que se identificó originalmente el gen, con los genes asociados a la biología de la AR coloreados en negro. Lafigura 8Ces un gráfico de volcán que muestra los cambios en la expresión génica entre el inicio y los seis meses en individuos sin respuesta Eular. Los puntos individuales están coloreados según el patotipo en el que se identificó originalmente el gen, con los genes asociados a la biología de la AR coloreados en negro.

Lafigura 8Des una serie de gráficos que muestran la correlación de las puntuaciones de eigengene linfoide (gráfico izquierdo), mieloide (gráfico central) y paucinmunofibroide (gráfico derecho) antes del tratamiento con el cambio en la DAS28-ESR tras seis meses de tratamiento con FARME. Se muestra el coeficiente de correlación de Spearman, junto con la significación de este valor.

Lafigura 8Ees una serie de gráficos emparejados para las puntuaciones de eigengene linfoide (gráficos de la izquierda), mieloide (gráficos centrales) y paucinmunofibroide (gráficos de la derecha) iniciales y a los seis meses en individuos que lograron respuestas clínicas buenas o malas al tratamiento con FARME a los seis meses según los criterios de respuesta Eular. Se muestran los individuos que lograron una buena respuesta o no lograron una respuesta moderada de acuerdo con los criterios Eular. Para cada individuo, las puntuaciones de eigengene previas al tratamiento se conectan con la puntuación de eigengene posterior al tratamiento, para cada uno de los tres eigengenes. Los asteriscos representan la significación de la diferencia entre las muestras anteriores y posteriores al tratamiento utilizando un modelo lineal de efectos mixtos con la fecha de la muestra como efecto fijo y el individuo como efecto aleatorio: * =p<0,05; ** =p<0,01; y *** =p<0,001.

Lafigura 9Aes un gráfico que muestra la correlación de CXCL13, sICAM1, MMP3 e IL-8 en suero previa al tratamiento con parámetros clínicos de la enfermedad y puntuaciones ecográficas. Los valores representan los coeficientes de correlación de Spearman entre las variables clínicas y las puntuaciones individuales de eigengene. Los asteriscos representan la significación del coeficiente de correlación: * =p<0,05; ** =p<0,01; y *** =p<0,001. Lafigura 9Bes un gráfico que muestra la correlación de CXCL13, sICAM1, MMP3 e IL-8 en suero previa al tratamiento con las puntuaciones histológicas sinoviales. Los valores representan los coeficientes de correlación de Spearman entre las variables clínicas y las puntuaciones individuales de eigengene. Los asteriscos representan la significación del coeficiente de correlación: * =p<0,05; ** =p<0,01; y *** =p<0,001.

Lafigura 9Ces un gráfico de la concentración de CXCL13 en suero frente al estado del patotipo sinovial, que muestra niveles elevados en los patotipos linfoides frente a los mieloides o paucinmunofibroides. El valor depse calcula mediante una prueba de la t.

Lafigura 9Des un gráfico de la concentración de MMP3 en suero frente al estado del patotipo sinovial, que muestra niveles elevados en los patotipos linfoides frente a los mieloides o paucinmunofibroides. El valor depse calcula mediante una prueba de la t.

Descripción detallada

I. Definiciones

Cabe destacar que los aspectos y realizaciones de la invención descritos en el presente documento incluyen "que comprenden", "que consisten", y "que consisten esencialmente en" aspectos y realizaciones. Como se utiliza en el presente documento, la forma singular "un", "uno/a", y "el/la" incluye referencias en plural salvo que se indique de otro modo.

El término "aproximadamente", como se utiliza en el presente documento, se refiere al intervalo de error habitual del valor respectivo, fácilmente conocido por el experto en estecampo técnico. La referencia a "aproximadamente" un valor o parámetro en el presente documento incluye (y describe) realizaciones que se refieren a ese valor o parámetro en sí mismo. Por ejemplo, una descripción que hace referencia a "aproximadamente X" incluye la descripción de "X".

El término "patotipo", como se utiliza en el presente documento, se refiere a un subtipo de AR caracterizado por determinadas características patológicas, histológicas y/o clínicas de la AR. Las características patológicas, histológicas y/o clínicas de la AR pueden asociarse además con la expresión de uno o más genes en particular o una o más proteínas en particular, o con un patrón particular de expresión de una combinación de genes o una combinación de proteínas. Dichos patotipos incluyen, pero sin limitación, el patotipo linfoide (por ejemplo, caracterizado por agregados ricos en linfocitos B), patotipo mieloide (es decir, caracterizado por un infiltrado predominante de macrófagos) y patotipo paucinmunofibroide (es decir, caracterizado por pocas células inmunitarias infiltrantes, pero con todavía expansión de células de estirpe fibroblástica en la membrana y submembrana). En algunas realizaciones, el patotipo es un patotipo linfoide y además se caracteriza por que se expresan uno o más genes de los que figuran en la tabla 9. En algunas realizaciones, el patotipo es un patotipo mieloide y además se caracteriza por que se expresan uno o más genes de los que figuran en la tabla 10. En algunas realizaciones, el patotipo es un patotipo paucinmunofibroide y además se caracteriza por que se expresan uno o más genes de los que figuran en la tabla 11.

El término "biomarcador", como se usa en el presente documento, se refiere a un indicador, por ejemplo, un indicador predictivo y/o pronóstico, que se puede detectar en una muestra (por ejemplo, un gen) o procede de uno o más indicadores detectados en una muestra (por ejemplo, una puntuación eigengene). El biomarcador puede servir como indicador de un subtipo particular de una enfermedad o trastorno (por ejemplo, artritis reumatoide) caracterizado por determinadas características moleculares, patológicas, histológicas y/o clínicas. En algunas realizaciones, un biomarcador es un gen. En otras realizaciones, un biomarcador es un conjunto de genes. Los biomarcadores incluyen, pero sin limitación, polinucleótidos (por ejemplo, ADN y/o ARN), alteraciones del número de copias de polinucleótidos (por ejemplo, números de copias de ADN), polipéptidos, modificaciones de polipéptidos y polinucleótidos (por ejemplo, modificaciones postraduccionales), hidratos de carbono y/o marcadores moleculares a base de glucolípidos.

Dichos biomarcadores incluyen, pero sin limitación, CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, UBASH3A, BLK, BTK, BTLA, CCL19, CD19, CD38, CD40LG, CILP, DENND2D, DKK3, FCRL5, FGF2, FGF9, HLA-DOB, ICOS, JCHAIN, IL36B, IRF4, LOC100505746, LY9, MAP4K1, MMP1, NOG, PIM2, POU2AF1, RHOH, SEL1L3, SIRPG, SLAMF6, SLC31A1, SPIB, TIGIT, TLR10, TMC6 , TNF, TNFRSF11B, TNFRSF17, TRAF3PIP3 y XBP1, o una combinación de los mismos. En algunas realizaciones, el biomarcador es uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A. En otras realizaciones, el biomarcador es uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, UBASH3A, BLK, BTK, BTLA, CCL19, CD19, CD38, CD40LG, DENND2D, FCRL5, HLA-DOB, ICOS, JCHAIN, IL36B, IRF4, LOC100505746, LY9, MAP4K1, MMP1, PIM2, POU2AF1, RHOH, SEL1L3, SIRPG, SLAMF6, SLC31A1, SPIB, TIGIT, TLR10, TMC6, TNF, TNFRSF17, TRAF3PIP3 y XBP1. En otras realizaciones más, el biomarcador es uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en CILP, DKK3, FGF2, FGF9, NOG y TNFRSF11B. Puede determinarse que la expresión de dicho biomarcador es mayor o menor en una muestra obtenida de un paciente sensible o que responde a un tratamiento (por ejemplo, tratamiento para la artritis reumatoide que incluye un tratamiento con FARME) que un nivel de referencia incluido, por ejemplo, la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR y que se está comprobando si responden a un tratamiento; la mediana del nivel de expresión del biomarcador en una muestra de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR e identificados como que no responden a un tratamiento; el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un momento anterior; o el nivel en una muestra de un paciente que recibió tratamiento previo (por ejemplo, tratamiento con un FARME).

El término "CD180", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier antígeno CD180 natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca CD180 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CD180 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de CD180, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, CD180 también se denomina antígeno linfocitario 64 (LY64), proteína radioprotectora de 105 kDa (RP105) y Ly78. La secuencia de ácido nucleico de un CD180 humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_005582.2 o en la SEQ ID NO: 1. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por CD180 humano se muestra con el n.° de registro de UniProt Q99467 o en la SEQ ID NO: 2.

El término "CSF2", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier factor estimulante de colonias de granulocitos y macrófagos natural de cualquier fuente de vertebrados, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca CSF2 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CSF2 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de CSF2, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, CSF2 también se denomina GM-CSF, factor estimulantes de colonias, CSF, molgramostina y sargramostim. La secuencia de ácido nucleico de un CSF2 humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_000758.3 o en la SEQ ID NO: 3. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por CSF2 humano se muestra con el n.° de registro de UniProt P04141 o en la SEQ ID NO: 4.

El término "CXCL1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier quimiocina 1 natural con motivo C-X-C de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca CXCL1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de CXCL1 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de CXCL1, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, CXCL1 también se denomina ligando de quimiocinas 1, proteína alfa regulada por el crecimiento, GRO-alfa (1-73), actividad estimuladora del crecimiento del melanoma, MGSA, proteína 3 activadora de neutrófilos y NAP-3. La secuencia de ácido nucleico de un CXCL1 humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001511.3 o en la SEQ ID NO: 5. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por CXCL1 humano se muestra con el n.° de registro de UniProt P09341 o en la SEQ ID NO: 6.

El término "DENND1C", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier proteína 1C natural que contenga el dominio DENN de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca DENND1C sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de DENNDlC que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de DENND1C, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, DENND1C también se denomina connecdenn 3 y proteína FAM31C. La secuencia de ácido nucleico de un DENND1C humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001290331.1 o en la SEQ ID NO: 7. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por DENND1C humano se muestra con el n.° de registro de UniProt Q8IV53 o en la SEQ ID NO: 8.

El término "MMP10", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier metalopéptidasa 10 de matriz natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca MMP10 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de MMP10 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de MMP10, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, MMP10 también se denomina estromelisina-2, SL-2 y transin-2. La secuencia de ácido nucleico de un MMP10 humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_002425.2 o en la SEQ ID NO: 9. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por MMP10 humano se muestra con el n.° de registro de UniProt P09238 o en la SEQ ID NO: 10.

El término "SDC1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier sindecán 1 natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca SDC1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de SDC1 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de SDC1, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, SDC1 también se denomina SYND1 y CD138. La secuencia de ácido nucleico de un SDC1 humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001006946.1 o en la SEQ ID NO: 11. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por SDC1 humano se muestra con el n.° de registro de UniProt P18827 o en la SEQ ID NO: 12.

El término "UBASH3A", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier proteína A natural asociada a ubiquitina y que contenga dominio SH3 de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca UBASH3A sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de UBASH3A que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de UBASH3A, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, UBASH3A también se denomina proteína 4 que interactúa con Cbl, CLIP4, supresor de la señalización del receptor de linfocitos T 2, STS-2, ligando de ubiquitina de linfocitos T 1 y TULA-1. La secuencia de ácido nucleico de un UBASH3A humano ilustrativo se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001001895.2 o en la SEQ ID NO: 13. La secuencia de aminoácidos de una proteína ilustrativa codificada por UBASH3A humano se muestra con el n.° de registro de UniProt P57075 o en la SEQ ID NO: 14.

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "puntuación de eigengene mieloide" y "eigengene mieloide", cada uno de los cuales pueden utilizarse indistintamente, se refieren a un valor numérico que refleja el grado o la cantidad de características patológicas, histológicas y/o clínicas de una AR de patotipo mieloide, y que se correlaciona con el nivel de expresión de uno o más genes establecidos en la tabla 10 detectados en una muestra (es decir, una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de los mismos) obtenida de un individuo (es decir, un individuo que tiene AR). La puntuación de eigengene mieloide puede servir como biomarcador (por ejemplo, un biomarcador predictivo y/o pronóstico) de la AR del patotipo mieloide.

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "puntuación de eigengene linfoide" y "eigengene linfoide", cada una de las cuales pueden utilizarse indistintamente, se refieren a un valor numérico que refleja el grado o la cantidad de características patológicas, histológicas y/o clínicas de una AR de patotipo linfoide, y que se correlaciona con el nivel de expresión de uno o más genes establecidos en la tabla 9 detectados en una muestra (es decir, una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de los mismos) obtenida de un individuo (es decir, un individuo que tiene AR). La puntuación de eigengene linfoide puede servir como biomarcador (por ejemplo, un biomarcador predictivo y/o pronóstico) de la AR del patotipo linfoide.

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "puntuación de eigengene paucinmunofibroide" y "eigengene paucinmunofibroide", cada una de las cuales pueden utilizarse indistintamente, se refieren a un valor numérico que refleja el grado o la cantidad de características patológicas, histológicas y/o clínicas de una AR de patotipo paucinmunofibroide, y que se correlaciona con el nivel de expresión de uno o más genes establecidos en la tabla 11 detectados en una muestra (es decir, una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de los mismos) obtenida de un individuo (es decir, un individuo que tiene AR). La puntuación de eigengene paucinmunofibroide puede servir como biomarcador (es decir, un biomarcador predictivo y/o pronóstico) de la AR del patotipo paucinmunofibroide.

El término "detectar" se utiliza en el presente documento en el sentido más amplio para incluir mediciones cualitativas como cuantitativas de una molécula diana. La detección incluye la identificación de la mera presencia de la molécula diana en una muestra, así como la determinación de si la molécula diana está presente en la muestra a niveles detectables. La detección puede ser directa o indirecta.

Las expresiones "nivel de expresión" o "nivel de la expresión" en general se usan indistintamente y generalmente se refieren a la cantidad de un biomarcador en una muestra biológica. "Expresión" generalmente se refiere al proceso por el cual la información (por ejemplo, información codificada en genes y/o información epigenética) se convierte en las estructuras presentes y operativas en la célula. Por lo tanto, como se utiliza en el presente documento, "expresión" puede referirse a la transcripción en un polinucleótido, la traducción en un polipéptido, o incluso modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, la modificación postraduccional de un polipéptido). Los fragmentos del polinucleótido transcrito, el polipéptido traducido o las modificaciones de polinucleótidos y/o polipéptidos (por ejemplo, la modificación postraduccional de un polipéptido) también se considerarán expresadas, ya sea que se originen a partir de una transcripción generada por corte y empalme alternativo, o una transcripción degradada o a partir de un procesamiento postraduccional del polipéptido, por ejemplo, por proteólisis. Los "genes expresados" incluyen aquellos que se transcriben en un polinucleótido como ARNm y después se traducen en un polipéptido y también aquellos que se transcriben en ARN pero no se traducen en un polipéptido (por ejemplo, ARN de transferencia y ribosómico). Un nivel de expresión para más de un gen de interés puede determinarse mediante métodos de agregación conocidos por los expertos en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la mediana o la media de todos los niveles de expresión de los genes de interés. Antes de la agregación, el nivel de expresión de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, normalizado con respecto al nivel de expresión de uno o más genes constitutivos, o normalizado con respecto al tamaño total de la biblioteca, o normalizado con respecto a la mediana o media del nivel de expresión de todos los genes medidos. En algunos casos, antes de la agregación a través de múltiples genes de interés, el nivel de expresión normalizado de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la puntuación z del nivel de expresión normalizado de cada gen de interés.

El término "muestra", como se utiliza en el presente documento, se refiere a una composición que se obtiene o procede de un paciente y/o individuo de interés que contiene una entidad celular y/o molecular distinta que ha de caracterizarse y/o identificarse, por ejemplo, basándose en características físicas, bioquímicas, químicas y/o fisiológicas. Las muestras incluyen, pero sin limitación, muestras de tejido sinovial, muestras de líquido sinovial, muestras de tejido, células o estirpes celulares primarias o cultivadas, sobrenadantes celulares, lisados celulares, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido folicular, líquido seminal, líquido amniótico, leche, sangre completa, células sanguíneas, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudoración, mucosidad, lisados tumorales y medio de cultivo tisular, extractos de tejido, tales como tejido homogeneizado, tejido tumoral, extractos celulares y combinaciones de los mismos.

Una muestra o célula que "expresa" una proteína de interés es aquella en la que el ARNm que codifica la proteína, o la proteína, incluyendo fragmentos de los mismos, se determina que está presente en la muestra o célula.

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "nivel de expresión de referencia" y "nivel de referencia" se utilizan indistintamente para referirse a un nivel de expresión con respecto al cual se compara otro nivel de expresión, por ejemplo, el nivel de expresión de uno o más genes descritos en el presente documento (por ejemplo, cualquier gen o combinación de genes establecidos en una cualquiera de las tablas 1 a 3) en una muestra procedente de un individuo, por ejemplo, para realizar una determinación diagnóstica (por ejemplo, predictiva y/o pronóstica) y/o terapéutica. Por ejemplo, el nivel de expresión de referencia puede proceder de los niveles de expresión de una población de referencia (por ejemplo, el nivel de expresión medio de una población de referencia, por ejemplo, una población de pacientes que tiene Ar y que no se han tratado con un tratamiento para la AR (por ejemplo, un FARME (por ejemplo, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina o micofenolato mofetilo)), una muestra de referencia y/o un valor preasignado (por ejemplo, un valor de corte que se determinó previamente que separaba significativamente (por ejemplo, significativamente de manera estadística) un primer subconjunto de individuos que presentaban evolución de la enfermedad y un segundo subconjunto de individuos que no presentaban evolución de la enfermedad, en donde el nivel de expresión de referencia separa significativamente los subconjuntos de individuos primero y segundo en función de una diferencia significativa entre el nivel de expresión en el primer subconjunto de individuos comparado con el del segundo subconjunto de individuos. En algunas realizaciones, el valor de corte puede ser la mediana o la media del nivel de expresión en la población de referencia. En otras realizaciones, el nivel de referencia puede ser el 40%superior, el 30%superior, el 20%superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del nivel de expresión en la población de referencia. En realizaciones particulares, el valor de corte puede ser la mediana del nivel de expresión en la población de referencia. Un experto en la materia apreciará que el valor numérico del nivel de expresión de referencia puede variar en función de la indicación o el trastorno (por ejemplo, AR), la metodología utilizada para detectar los niveles de expresión (por ejemplo, sec. de ARN, análisis de micromatrices o RT-qPCR), y/o las combinaciones específicas de genes examinados (por ejemplo, cualquier combinación de los genes expuestos en las tablas 1 a 3).

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "puntuación de eigengene mieloide de referencia" y "eigengene mieloide de referencia" se utilizan indistintamente para referirse a una puntuación de eigengene mieloide con la que se compara otra puntuación de eigengene mieloide, por ejemplo, para realizar una determinación diagnóstica (por ejemplo, predictiva y/o pronóstica) y/o terapéutica. Por ejemplo, la puntuación de eigengene mieloide de referencia puede ser una puntuación de eigengene mieloide en una muestra de referencia, una población de referencia y/o un valor predeterminado. En algunos casos, la puntuación de eigengene mieloide de referencia es un valor de corte que separa significativamente un primer subconjunto de individuos que se han tratado con una terapia de AR (por ejemplo, un tratamiento con FARME, por ejemplo, un tratamiento que incluye metotrexato) en una población de referencia y un segundo subconjunto de individuos que se han tratado con un tratamiento para la AR (por ejemplo, un tratamiento con FARME, por ejemplo, un tratamiento que incluye metotrexato) en la misma población de referencia basándose en una diferencia significativa entre la capacidad de respuesta de un individuo al tratamiento con el tratamiento para la AR, en donde el valor de corte separa significativamente el primer subconjunto de individuos que respondieron al tratamiento de AR del segundo subconjunto de individuos que no respondieron al tratamiento de A<r>. En algunos casos, el valor de corte puede ser la mediana o la media de la puntuación de eigengene mieloide en la población de referencia. En otros casos, la puntuación de eigengene mieloide de referencia puede ser el 40 % superior, el 30 % superior, el 20 % superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del valor de la puntuación de eigengene mieloide en la población de referencia. Un experto en la materia apreciará que el valor para la puntuación de eigengene mieloide de referencia puede variar dependiendo de la metodología utilizada para detectar los niveles de expresión de los genes que comprenden la puntuación (por ejemplo, recuento digital directo de ácidos nucleicos (por ejemplo, NANOSTRING® NCOUNTER®), sec. de A<r>N, análisis de micromatrices o RT-qPCR) y/o las combinaciones específicas de genes examinadas para obtener la puntuación de eigengene mieloide de referencia (es decir, cualquier combinación de los genes expuestos en la tabla 10).

Como se utiliza en el presente documento, las expresiones "puntuación de eigengene linfoide de referencia" y "eigengene linfoide de referencia" se utilizan indistintamente para referirse a una puntuación de eigengene linfoide con la que se compara otra puntuación de eigengene linfoide, por ejemplo, para realizar una determinación diagnóstica (por ejemplo, predictiva y/o pronóstica) y/o terapéutica. Por ejemplo, la puntuación de eigengene linfoide de referencia puede ser una puntuación de eigengene linfoide en una muestra de referencia, una población de referencia y/o un valor predeterminado. En algunos casos, la puntuación de eigengene linfoide de referencia es un valor de corte que separa significativamente un primer subconjunto de individuos que se han tratado con una terapia de AR (por ejemplo, un tratamiento con FARME, por ejemplo, un tratamiento que incluye metotrexato) en una población de referencia y un segundo subconjunto de individuos que se han tratado con un tratamiento para la AR (por ejemplo, un tratamiento con FARME, por ejemplo, un tratamiento que incluye metotrexato) en la misma población de referencia basándose en una diferencia significativa entre la capacidad de respuesta de un individuo al tratamiento con el tratamiento para la AR, en donde el valor de corte separa significativamente el primer subconjunto de individuos que respondieron al tratamiento de AR del segundo subconjunto de individuos que no respondieron al tratamiento de AR. En algunos casos, el valor de corte puede ser la mediana o la media de la puntuación de eigengene linfoide en la población de referencia. En otros casos, la puntuación de eigengene linfoide de referencia puede ser el 40 % superior, el 30 % superior, el 20 % superior, el 10 % superior, el 5 % superior o el 1 % superior del valor de la puntuación de eigengene linfoide en la población de referencia. Un experto en la materia apreciará que el valor para la puntuación de eigengene linfoide de referencia puede variar dependiendo de la metodología utilizada para detectar los niveles de expresión de los genes que comprenden la puntuación (por ejemplo, recuento digital directo de ácidos nucleicos (por ejemplo, NANOSTRING®<n>C<o>UNTER®), sec. de A<r>N, análisis de micromatrices o RT-qPCR) y/o las combinaciones específicas de genes examinadas para obtener la puntuación de eigengene linfoide de referencia (es decir, cualquier combinación de los genes expuestos en la tabla 9).

La expresión "por encima" de un nivel (por ejemplo, por encima de un nivel de referencia), "aumentada", "expresión aumentada", "nivel de expresión aumentado", "niveles aumentados", "elevada", "expresión elevada", "niveles de expresión elevados", o "niveles elevados" se refiere a una expresión aumentada, niveles aumentados de un biomarcador o una puntuación de eigengene aumentada en un individuo en relación con el nivel de expresión del biomarcador o la puntuación de eigengene en un control (por ejemplo, un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo), el nivel de un biomarcador o de una puntuación de eigengene en una muestra obtenida del individuo antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un FARME)) o en relación con un nivel de referencia (por ejemplo, el nivel de expresión medio del biomarcador o de la puntuación de eigengene en muestras procedentes de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR y a los que se les está probando la capacidad de respuesta a un tratamiento de la AR que incluye un FARME; la mediana del nivel de expresión del biomarcador o de la puntuación de eigengene en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR y se ha determinado que no responden a un FARME; o el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un momento anterior).

La expresión "por debajo" de un nivel (por ejemplo, por debajo de un nivel de referencia), "disminuido", "expresión disminuida", "nivel de expresión disminuido", "niveles disminuidos", "reducido", "expresión reducida", "niveles de expresión reducidos", o "niveles reducidos" se refiere a una expresión disminuida, niveles disminuidos, de un biomarcador o una puntuación de eigengene disminuida en un individuo en relación con el nivel de expresión del biomarcador o la puntuación de eigengene en un control (por ejemplo, un individuo o individuos que no padecen la enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR), un control interno (por ejemplo, un biomarcador constitutivo) o el nivel de un biomarcador o puntuación de eigengene en una muestra obtenida antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un FARME), o en relación con un nivel de referencia (por ejemplo, el nivel de expresión medio del biomarcador o puntuación de eigengene en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR y a los que se les está probando la capacidad de respuesta a un tratamiento de la a R que incluye un FARME (por ejemplo, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina o micofenolato mofetilo); la mediana del nivel de expresión del biomarcador o de la puntuación de eigengene en muestras de un grupo/población de pacientes, por ejemplo, pacientes que tienen AR y se ha determinado que no responden a un tratamiento de la a R que incluye un FARME; o el nivel en una muestra obtenida previamente del individuo en un momento anterior). En algunas realizaciones, expresión reducida es poca o ninguna expresión.

Una "muestra de referencia", "célula de referencia", "tejido de referencia", "muestra de control", "célula de control", o "tejido de control", como se utiliza en el presente documento, se refiere a una muestra, célula, tejido o patrón que se utiliza para comparar. En una realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejido o células) del mismo paciente o individuo. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser células o tejido sano y/o no enfermo adyacente a las células o tejido enfermos (por ejemplo, células o tejido adyacentes a una articulación afectada). En otra realización, una muestra de referencia se obtiene de un tejido y/o célula no tratada del cuerpo del mismo paciente o individuo. En otra realización más, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de una parte sana y/o no enferma del cuerpo (por ejemplo, tejidos o células) de un individuo que no es el paciente o individuo. En otra realización adicional más, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un tejido y/o célula no tratados del cuerpo de un individuo que no es el paciente o individuo. En otra realización, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene de un paciente antes de la administración de un tratamiento (por ejemplo, un tratamiento para la AR que incluye un FARME (por ejemplo, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina o micofenolato mofetilo) y/o un agente terapéutico biológico (por ejemplo, un antagonista de linfocitos B (por ejemplo, rituximab), un antagonista de la Janus cinasa (JAK) (por ejemplo, tofacitinib), un antagonista del factor de necrosis tumoral (TNF, del ingléstumor necrosis factor),un receptor señuelo del TNF, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T, un antagonista del receptor de IL-1 o un antagonista del receptor de IL-6 (tocilizumab)).

La expresión "biomarcador constitutivo" se refiere a un biomarcador o grupo de biomarcadores (por ejemplo, polinucleótidos y/o polipéptidos) que normalmente están presentes de manera similar en todos los tipos celulares. En algunas realizaciones, el biomarcador constitutivo es un "gen constitutivo". Un "gen constitutivo" se refiere en el presente documento a un gen o grupo de genes que codifican proteínas cuyas actividades son esenciales para el mantenimiento de la función celular y que normalmente están presentes de manera similar en todos los tipos celulares. Los genes constitutivos ilustrativos pueden incluir, pero sin limitación, ACTB, GAPDH, GUSB, HPRT1, PGK1, RPL19, TUBB y TMEM55B.

El término "ACTB", como se utiliza en el presente documento, se refiere a cualquier beta-actina natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca ACTB sin procesar de "longitud completa", así como cualquier forma de ACTB que sea el resultado de procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de ACTB, por ejemplo, variantes de corte y empalme de ACTB, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, ACTB también se denomina beta (p)-actina, actina beta, proteína 1 de unión a TP5 PS1, beta actina citoesquelética, PS1 TP5BP1, BRWS1 y actina, citoplasmática 1. La secuencia de ácido nucleico de una ACTB humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_002046.6 o en la SEQ ID NO: 15. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por ACTB humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P60709-1 o en la SEQ ID NO: 16.

El término "GAPDH", como se utiliza en el presente documento, se refiere a cualquier gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca GAPDH sin procesar de "longitud completa", así como cualquier forma de GAPDH que sea el resultado de procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de GAPDH, por ejemplo, variantes de corte y empalme de GAPDH, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, GAPDH también se denomina GAPD, CE 1.2.1.12, proteína de unión a esperma secretoria de epidídimo Li 162eP, proteína del gen 9 asociado al envejecimiento, HEL-S-162eP, HEL-S-162eP, CE 1.2.1, G3PD, G3PDH y peptidil-cisteína S-nitrosilasa GAPDH. La secuencia de ácido nucleico de una GAPDH humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_002046.6 o en la SEQ ID NO: 17. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por GAPDH humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P04406 o en la SEQ iD NO: 18.

El término "GUSB", como se utiliza en el presente documento, se refiere a cualquier glucuronidasa beta natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca GUSB sin procesar de "longitud completa", así como cualquier forma de GUSB que sea el resultado de procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de GUSB, por ejemplo, variantes de corte y empalme de GUSB, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, GUSB también se denomina CE 3.2.1.31, beta-G1, beta-D- glucuronidasa, beta-glucuronidasa, MPS7, BG y glucuronidasa p. La secuencia de ácido nucleico de una GUSB humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de<n>C<b>I: NM_000181.3 o en la SEQ ID NO: 19. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por GUSB humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P08236 o en la SEQ ID NO: 20.

El término "HPRT1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier hipoxantina fosforribosiltransferasa 1 natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca HPRT1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de HPRT1 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de HPRT1, por ejemplo, variantes de corte y empalme HPRT1, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, HPRT1 también se denomina CE 2.4.2.8, HGPRTasa, HGPRT, HpRT, hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa 1, hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa y proteína de tejido testicular Li 89. La secuencia de ácido nucleico de una HPRT1 humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_000194.2 o en la SEQ ID NO: 21. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por HPRT1 humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P00492 o en la SEQ ID NO: 22.

El término "PGK1", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier fosfoglicerato cinasa 1 natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca PGK1 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de PGK1 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de PGK1, por ejemplo, variantes de corte y empalme PGK1, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, PGK1 también se denomina proteína del gen 10 inductor de la migración celular, proteína 2 de reconocimiento de cebadores, CE 2.7.2.3, PRP 2, PGKA, proteína de unión a esperma secretora del epidídimo Li 68p, HEL-S-68p y MIG10. La secuencia de ácido nucleico de una PGK1 humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_000291.3 o en la SEQ ID NO: 23. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por PGK1 humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P00558 o en la SEQ ID NO: 24.

El término "RPL19", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier proteína ribosómica L19 natural procedente de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca RPL19 sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de RPL19 que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de RPL19, por ejemplo, variantes de corte y empalme RPL19, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, RPL19 también se denomina proteína de subunidad ribosómica grande EL19, proteína de subunidad ribosómica grande EL19, proteína ribosómica L19, citosólica, aminoterminal truncada y L19. La secuencia de ácido nucleico de una RPL19 humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_000981.3 o en la SEQ ID NO: 25. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por RPL19 humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P84098 o en la SEQ ID NO: 26.

El término "TUBB", como se utiliza en el presente documento, se refiere a cualquier tubulina beta de clase I natural de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca TUBB sin procesar de "longitud completa", así como cualquier forma de TUBB que sea el resultado de procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de TUBB, por ejemplo, variantes de corte y empalme de TUBB, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, TUBB también se denomina tubulina, polipéptido beta, cadena de tubulina beta-5, TUBB5, beta-tubulina de clase I, cadena de tubulina beta-1, cadena de beta tubulina, beta Ib tubulina, tubulina beta1, tubulina, beta, OK/SW-Cl.56, CDCBM6 , CSCSC1, TUBB1 y M40. La secuencia de ácido nucleico de una TUBB humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001293212.1 o en la SEQ ID NO: 27. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por TUBB humana se muestra con el n.° de registro de UniProt P07437 o en la SEQ ID NO: 28.

El término "TMEM55B", como se usa en el presente documento, se refiere a cualquier proteína transmembrana 55B natural procedente de cualquier fuente de vertebrado, incluyendo mamíferos, tales como primates (por ejemplo, seres humanos) y roedores (por ejemplo, ratones y ratas), a menos que se indique otra cosa. El término abarca TMEM55B sin procesar "de longitud completa", así como cualquier forma de TMEM55B que sea el resultado de su procesamiento en la célula. El término también abarca variantes de origen natural de TMEM55B, por ejemplo, variantes de corte y empalme TMEM55B, por ejemplo, variantes de corte y empalme o variantes alélicas. En la materia, TMEM55B también se denomina fosfatidilinositol-4,5-bisfosfato 4-fosfatasa 1, PIP4P1, fosfatidilinositol-4,5-bisfosfato 4-fosfatasa de tipo I, Ptdlns-4,5-P(2) 4-fosfatasa de tipo I, Ptdlns-4,5-P2 4-Ptasa de tipo 1, Ptdlns-4,5-P24-Ptasa I, CE 3.1.3.78, C14orf9, fosfatidilinositol 4,5-bisfosfato 4-fosfatasa de tipo 1, Ptdlns-4,5-P(2) 4-fosfatasa de tipo I y marco de lectura abierta 9 del cromosoma 14. La secuencia de ácido nucleico de una TMEM55B humana ilustrativa se muestra en la secuencia de referencia de NCBI: NM_001100814.2 o en la SEQ ID NO: 29. La secuencia de aminoácidos de la proteína ilustrativa codificada por TMEM55B humana se muestra con el n.° de registro de UniProt Q86T03 o en la SEQ ID NO: 30.

Por "correlacionar" o "correlación" se entiende comparar, de cualquier modo, el rendimiento y/o los resultados de un primer análisis o protocolo con el rendimiento y/o los resultados de un segundo análisis o protocolo. Por ejemplo, se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para realizar un segundo protocolo y/o se pueden usar los resultados de un primer análisis o protocolo para determinar si se debería realizar un segundo análisis o protocolo. Con respecto a la realización del análisis o protocolo de polipéptidos, pueden usarse los resultados del análisis o protocolo de expresión de polipéptidos para determinar si ha de realizarse un régimen terapéutico específico. Con respecto a la realización del análisis o protocolo de polinucleótidos, pueden usarse los resultados del análisis o protocolo de expresión de polinucleótidos para determinar si ha de realizarse una pauta terapéutica específica.

"Amplificación", como se utiliza en el presente documento, generalmente se refiere al proceso de producir múltiples copias de una secuencia deseada. "Múltiples copias" significa al menos dos copias. Una "copia" no significa necesariamente una complementariedad o identidad de secuencia perfecta con respecto a la secuencia molde. Por ejemplo, las copias pueden incluir análogos de nucleótidos, tales como desoxiinosina, alteraciones de secuencia intencionadas (tales como alteraciones de secuencia introducidas a través de un cebador que comprende una secuencia que es hibridable, pero no complementaria, al molde) y/o errores de secuencia que se producen durante la amplificación.

La técnica de "reacción en cadena de la polimerasa" o "PCR", como se utiliza en el presente documento, se refiere generalmente a un procedimiento en donde cantidades diminutas de un fragmento específico de ácido nucleico, ARN y/o ADN, se amplifican como se describe, por ejemplo, en la patente de EE. UU. n.° 4.683.195. En general, debe encontrarse disponible información de secuencia de los extremos de la región de interés o más allá, de manera que puedan diseñarse cebadores oligonucleotídicos; estos cebadores tendrán una secuencia idéntica o similar a las cadenas opuestas del molde que ha de amplificarse. Los nucleósidos 5' terminales de los dos cebadores pueden coincidir con los extremos del material amplificado. La PCR puede usarse para amplificar secuencias de ARN específicas, secuencias de ADN específicas a partir de ADN genómico total y ADNc transcrito a partir de secuencias de ARN celular total, bacteriófago o plásmido, etc. Véase, en general, Mulliset al., Cold Spring Harbor Symp. Quant.Biol. 51:263 (1987) y Erlich, ed.,PCR Technology,(Stockton Press, NY, 1989). Como se utiliza en el presente documento, la PCR se considera un ejemplo, pero no el único, de un método de reacción en cadena de la polimerasa de ácido nucleico para amplificar una muestra de ensayo de ácido nucleico, que comprende el uso de un ácido nucleico conocido (ADN o ARN) como un cebador y utiliza una polimerasa de ácido nucleico para amplificar o generar un trozo específico de ácido nucleico o para amplificar o generar un trozo específico de ácido nucleico que es complementario a un ácido nucleico particular.

La expresión "PCR multiplexada" se refiere a una única reacción de PCR realizada en ácido nucleico obtenido de una única fuente (por ejemplo, un individuo) usando más de un conjunto de cebadores con el fin de amplificar dos o más secuencias de ADN en una única reacción.

La "reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real" o "qRT-PCR" se refiere a una forma de PCR en donde se mide la cantidad de producto de la PCR en cada etapa en una reacción de PCR. Esta técnica se ha descrito en diversas publicaciones que incluyen, por ejemplo, Croninet al.,Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) y Maet al., Cancer Cell5:607-616 (2004).

El término "micromatriz" se refiere a una disposición ordenada de elementos de matriz hibridables, preferentemente sondas de polinucleótido, en un sustrato.

La expresión "sec. de ARN", también llamada "RNA-seq" o "Secuenciación aleatoria del transcriptoma completo (WTSS, del inglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing)", se refiere al uso de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento para secuenciar y/o cuantificar el ADNc con el fin de obtener información sobre el contenido de ARN de una muestra. Incluye las publicaciones que describen la sec. de ARN: Wanget al.Nature Reviews Genetics 10(1):57-63, 2009; Ryanet al.BioTechniques 45(1):81-94, 2008; y Maheret al.Nature 458(7234):97-101,2009.

"Polinucleótido" o "ácido nucleico", como se usan indistintamente en el presente documento, se refieren a polímeros de nucleótidos de cualquier longitud e incluyen ADN y ARN. Los nucleótidos pueden ser desoxirribonucleótidos, ribonucleótidos, nucleótidos o bases modificados y/o sus análogos o cualquier sustrato que pueda incorporarse en un polímero mediante ADN o ARN polimerasa o mediante una reacción sintética. Por tanto, por ejemplo, los polinucleótidos como se definen en el presente documento incluyen, sin limitación, ADN mono y bicatenario, ADN que incluye regiones mono y bicatenarias, ARN mono y bicatenario y ARN que incluye regiones mono y bicatenarias, moléculas híbridas que comprenden ADN y ARN que pueden ser monocatenarias o, más típicamente, bicatenarias o incluir regiones mono y bicatenarias. Además, el término "polinucleótido" como se usa en el presente documento se refiere a regiones de triple cadena que comprenden ARN o ADN o tanto ARN como ADN. Las cadenas en dichas regiones pueden ser de la misma molécula o de moléculas diferentes. Las regiones pueden incluir la totalidad de una o más de las moléculas, pero más normalmente, implican únicamente una región de algunas de las moléculas. Una de las moléculas de una región de triple hélice es con frecuencia un oligonucleótido. Los términos "polinucleótido" y "ácido nucleico" incluyen específicamente el ARNm y el ADNc.

Un polinucleótido puede comprender nucleótidos modificados, tales como nucleótidos metilados y sus análogos. Si están presentes, pueden impartirse modificaciones a la estructura de los nucleótidos antes o después del ensamblaje del polímero. La secuencia de nucleótidos puede estar interrumpida por componentes no nucleotídicos. Un polinucleótido puede modificarse además después de la síntesis, tal como mediante conjugación con un marcador. Otros tipos de modificaciones incluyen, por ejemplo, "protecciones", sustitución de uno o más de los nucleótidos de origen natural por un análogo, modificaciones internucleotídicas tales como, por ejemplo, las que tienen enlaces no cargados (por ejemplo, metil fosfonatos, fosfotriésteres, fosfoamidatos, carbamatos y similares) y con enlaces cargados (por ejemplo, fosforotioatos, fosforoditioatos y similares), las que contienen restos pendientes, tales como, por ejemplo, proteínas (por ejemplo, nucleasas, toxinas, anticuerpos, péptidos señal, poli L-lisina y similares), las que tienen intercaladores (por ejemplo, acridina, psoraleno y similares), las que contienen quelantes (por ejemplo, metales, metales radiactivos, boro, metales oxidantes y similares), las que contienen alquilantes, aquellas con enlaces modificados (por ejemplo, ácidos nucleicos alfa anoméricos), así como formas no modificadas del polinucleótido o polinucleótidos. Además, puede sustituirse cualquiera de los grupos hidroxilo normalmente presentes en los azúcares, por ejemplo, por grupos fosfonato, grupos fosfato, protegerse mediante grupos protectores convencionales o activarse para preparar enlaces adicionales a nucleótidos adicionales o pueden conjugarse a soportes sólidos o semisólidos. El OH 5' y 3' terminal puede fosforilarse o sustituirse por aminas o fracciones de grupo de protección orgánicos de 1 a 20 átomos de carbono. Otros hidroxilos también pueden derivatizarse en grupos protectores convencionales. Los polinucleótidos también pueden contener formas análogas de azúcares de ribosa o desoxirribosa que son normalmente conocidas en la materia, que incluyen, por ejemplo, 2-O-metil-, 2'-O-alil-, 2'-fluoro- o 2'-azido-ribosa, análogos de azúcares carbocíclicos, azúcares a-anoméricos, azúcares epiméricos, tales como arabinosa, xilosas o lixosas, azúcares de piranosa, azúcares de furanosa, sedoheptulosas, análogos acíclicos y análogos de nucleósidos abásicos, tales como metil ribósido. Pueden sustituirse uno o más enlaces fosfodiéster por grupos de enlace alternativos. Estos grupos de enlace alternativos incluyen, pero sin limitación, realizaciones en donde el fosfato se reemplaza por P(O)S ("tioato"), P(S)S ("ditioato"), (O)NR2 ("amidato"), P(O)R, P(O)OR', CO o CH2 ("formacetal"), en donde cada R o R' son independientemente H o alquilo (1-20 C) sustituido o no sustituido que contiene opcionalmente un enlace éter (-O-), arilo, alquenilo, cicloalquilo, cicloalquenilo o araldilo. No es necesario que todos los enlaces en un polinucleótido sean idénticos. La descripción anterior se aplica a todos los polinucleótidos a los que se hace referencia en el presente documento, incluyendo ARN y ADN.

"Oligonucleótido", como se utiliza en el presente documento, se refiere generalmente a polinucleótidos cortos monocatenarios que tienen, pero no necesariamente, menos de aproximadamente 250 nucleótidos de longitud. Los oligonucleótidos pueden ser sintéticos. Los términos "oligonucleótido" y "polinucleótido" no son mutuamente excluyentes. La descripción anterior para los polinucleótidos es igual y totalmente aplicable a los oligonucleótidos.

El término "cebador" o "sonda", como se utiliza indistintamente en el presente documento, se refiere a un polinucleótido monocatenario que es capaz de hibridarse con un ácido nucleico y permitir la polimerización de un ácido nucleico complementario, generalmente proporcionando un grupo 3'-OH libre.

Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una molécula de ácido nucleico que se identifica y se separa de al menos una molécula de ácido nucleico contaminante con la que se asocia normalmente en la fuente natural del ácido nucleico. Una molécula de ácido nucleico aislada está en una forma o configuración distinta de en la que se encuentra en la naturaleza. Por lo tanto, las moléculas de ácido nucleico aisladas se distinguen de la molécula de ácido nucleico como existe en las células naturales.

El término "diagnóstico" se usa en el presente documento para referirse a la identificación o clasificación de un estado, enfermedad o afección molecular o patológica (por ejemplo, AR). Por ejemplo, "diagnóstico" puede referirse a la clasificación de un determinado patotipo de AR, por ejemplo, por criterios histopatológicos, o por características moleculares (por ejemplo, un subtipo caracterizado por la expresión de uno o una combinación de biomarcadores (por ejemplo, genes particulares o proteínas codificadas por dichos genes)).

Como se utiliza en el presente documento, los términos "individuo", "paciente", y "sujeto" se utilizan indistintamente y se refieren a cualquier animal, más preferentemente un mamífero (incluyendo animales no humanos, tales como, por ejemplo, gatos, perros, caballos, conejos, animales de zoo, vacas, cerdos, ovejas y primates no humanos) para los que se desea el tratamiento. En realizaciones particulares, el paciente en el presente documento es un ser humano. El paciente puede ser un "paciente con AR", es decir, que padece AR, o corre el riesgo de padecerla, o sufre uno o más síntomas de la AR.

Como se utiliza en el presente documento, "tratamiento" (y sus variaciones gramaticales, tales como "tratar" o "que trata") se refiere a la intervención clínica en un intento de alterar el curso natural del individuo que se esté tratando y puede realizarse tanto para la profilaxis como durante el curso de la patología clínica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen, pero sin limitación, prevenir la aparición o la reaparición de la enfermedad, aliviar los síntomas, disminuir cualquier consecuencia patológica directa o indirecta de la enfermedad, disminuir la velocidad de evolución de la enfermedad, mejorar o paliar el cuadro clínico y la remisión o la mejora del pronóstico. En algunas realizaciones, el tratamiento es con un tratamiento para la AR que incluye un FARME (por ejemplo, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina o micofenolato mofetilo) y/o un agente terapéutico biológico (por ejemplo, un antagonista de linfocitos B (por ejemplo, rituximab), un antagonista de la Janus cinasa (JAK) (por ejemplo, tofacitinib), un antagonista del factor de necrosis tumoral (TNF), un receptor señuelo del TNF, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T, un antagonista del receptor de IL-1 o un antagonista del receptor de IL-6 (por ejemplo, tocilizumab)) que se utilizan para retrasar el desarrollo de una enfermedad o ralentizar la evolución de una enfermedad o trastorno (por ejemplo, la AR).

Como se utiliza en el presente documento, "administrar" se entiende como un método para administrar una dosis de un compuesto (por ejemplo, un FARME (por ejemplo, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, leflunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina o micofenolato mofetilo) y/o un agente terapéutico biológico (por ejemplo, un antagonista de linfocitos B (por ejemplo, rituximab), un antagonista de la Janus cinasa (JAK) (por ejemplo, tofacitinib), un antagonista del factor de necrosis tumoral (TNF), un receptor señuelo del TNF, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T, un antagonista del receptor de IL-1 o un antagonista del receptor de IL-6 (por ejemplo, tocilizumab)) a un individuo. Las composiciones utilizadas en los métodos descritos en el presente documento pueden administrarse, por ejemplo, por vía oral, subcutánea, intramuscular, intravenosa, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subconjuntiva, intravesicular, mucosa, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, intravítrea (por ejemplo, mediante inyección intravítrea), por gotas en los ojos, tópica, transdérmica, parenteral, mediante inhalación, mediante inyección, mediante implante, mediante infusión, mediante infusión continua, mediante perfusión localizada bañando directamente las células diana, mediante catéter, mediante lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. En algunos casos, las composiciones utilizadas en los métodos descritos en el presente documento se pueden administrar por vía oral. En algunos casos, las composiciones utilizadas en los métodos descritos en el presente documento pueden administrarse por vía subcutánea. Las composiciones utilizadas en los métodos descritos en presente documento también pueden administrarse por vía sistémica o por vía local. El método de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, el compuesto o composición que se administra y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR) que se está tratando).

El término "simultáneamente" se utiliza en el presente documento para hacer referencia a la administración de dos o más agentes terapéuticos, donde al menos parte de la administración se solapa en el tiempo. En consecuencia, la administración simultánea incluye una pauta posológica en la que la administración de uno o más agentes continúa después de interrumpir la administración de uno o más agentes distintos.

Por "reducir o inhibir" se entiende la capacidad para provocar una reducción global del 20 %, el 30 %, el 40 %, el 50 %, el 60 %, el 70 %, el 75 %, el 80 %, el 85 %, el 90 %, el 95 % o más. Reducir o inhibir pueden referirse, por ejemplo, a los síntomas del trastorno (por ejemplo, AR) que se esté tratando.

Una "cantidad terapéuticamente eficaz" o "cantidad eficaz" se refiere a una cantidad de un agente terapéutico para tratar o prevenir una enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR) en un mamífero. En el caso de la AR, la cantidad terapéuticamente eficaz del agente terapéutico puede reducir el potencial de la artritis reumatoide, reducir la aparición de la artritis reumatoide y/o reducir la gravedad de la artritis reumatoide, preferentemente, hasta el punto de que el individuo ya no sufra molestias y/o alteraciones funcionales debido a ella. Por ejemplo, una cantidad terapéuticamente eficaz puede referirse a la cantidad necesaria de un tratamiento, cuando se administra a un sujeto, para impedir la aparición de la artritis reumatoide y/o curar o aliviar los síntomas, signos o causas de la artritis reumatoide. Una cantidad terapéuticamente eficaz también se denomina a la cantidad de un fármaco necesaria para mitigar o disminuir al menos un índice de actividad de la enfermedad y/o síntoma clínico, y/o inhibir, retrasar o invertir la evolución de la afección y/o prevenir o retrasar la aparición de una enfermedad o dolencia. Para un tratamiento de AR, la eficaciain vivopuede, por ejemplo, determinarse utilizando los parámetros de respuesta clínica del ACR y/o de la liga europea contra el reumatismo (EULAR, del inglésEuropean League Against Rheumatism)en los pacientes con AR, o mediante el análisis de un determinante molecular del grado de AR en el paciente.

El término "antagonista" se utiliza en el sentido más amplio e incluye cualquier molécula que bloquee, inhiba o neutralice parcial o totalmente una actividad biológica de un polipéptido natural. De manera similar, el término "agonista" se utiliza en el sentido más amplio e incluye cualquier molécula que imite una actividad biológica de un polipéptido natural. Las moléculas agonistas o antagonistas adecuadas incluyen específicamente anticuerpos o fragmentos de anticuerpos, fragmentos o variantes de secuencia de aminoácidos de un polipéptido nativo, inhibidores de moléculas pequeñas y similares agonistas o antagonistas. Los métodos para identificar agonistas o antagonistas de un polipéptido pueden comprender poner en contacto un polipéptido con una molécula agonista o antagonista candidata y medir un cambio detectable en una o más actividades biológicas normalmente asociadas con el polipéptido.

Un "antagonista de linfocitos B", como se utiliza en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de un linfocito B con uno o más de sus compañeros de unión. En algunas realizaciones, un antagonista de linfocitos B es una molécula que al unirse a un marcador de superficie de linfocitos B, destruye o agota los linfocitos B en un mamífero y/o interfiere con una o más funciones de los linfocitos B, por ejemplo, reduciendo o impidiendo una respuesta humoral provocada por el linfocito B. En determinados casos, el antagonista es capaz de agotar los linfocitos B (es decir, reducir los niveles circulantes de linfocitos B) en un mamífero tratado con él. Dicho agotamiento puede lograrse a través de diversos mecanismos, tales como ADCC y/o CDC, inhibición de la proliferación de linfocitos B y/o inducción de la muerte de linfocitos B (por ejemplo, a través de la apoptosis). En algunas realizaciones, un "antagonista de linfocitos B" es una molécula que inhibe la unión de CD20 a sus compañeros de unión. En algunas realizaciones, el antagonista de linfocitos B inhibe la activación de CD20. En algunas realizaciones, el antagonista de linfocitos B incluye un anticuerpo anti-CD20 (por ejemplo, rituximab), fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de CD20 con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista de linfocitos B es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista de linfocitos B (por ejemplo, el antagonista de unión a linfocitos B) inhibe CD20. En una realización particular, un antagonista de linfocitos B tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a un linfocito B, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B tiene una afinidad de unión a un linfocito B, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 100 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B tiene una afinidad de unión a un linfocito B, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B tiene una afinidad de unión a un linfocito B, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B tiene una afinidad de unión a un linfocito B, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 1 nM o menos. En una realización particular, un antagonista de linfocitos B inhibe la señalización de linfocitos B con una CI50 de 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B inhibe la señalización de linfocitos B con una CI50 de 500 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B inhibe la señalización de linfocitos B con una CI50 de 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B inhibe la señalización de linfocitos B con una CI50 de 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de linfocitos B inhibe la señalización de linfocitos B con una CI50 de 1 nM o menos.

Un "antagonista de la Janus cinasa" o "antagonista de JAK", como se utiliza indistintamente en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de una Janus cinasa con uno o más de sus compañeros de unión. En algunas realizaciones, un antagonista de Janus cinasa es una molécula que al unirse a una Janus cinasa disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la activación o función de JAK/transductor de señales y activador de la transcripción (STAT) en un mamífero tratado con el mismo. En algunas realizaciones, el antagonista de la Janus cinasa incluye un anticuerpo (por ejemplo, tofacitinib), fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de la Janus cinasa con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista de la Janus cinasa es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista de la Janus cinasa inhibe una Janus cinasa. En una realización particular, un antagonista de la Janus cinasa tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a una Janus cinasa de aproximadamente 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa tiene una afinidad de unión a una Janus cinasa de aproximadamente 100 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa tiene una afinidad de unión a una Janus cinasa de aproximadamente 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa tiene una afinidad de unión a una Janus cinasa de aproximadamente 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa tiene una afinidad de unión a una Janus cinasa de aproximadamente 1 nM o menos. En una realización particular, un antagonista de la Janus cinasa inhibe la señalización de la Janus cinasa con una CI50 de 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa inhibe la señalización de la Janus cinasa con una CI50 de 500 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa inhibe la señalización de la Janus cinasa con una CI50 de 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa inhibe la señalización de la Janus cinasa con una CI50 de 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la Janus cinasa inhibe la señalización de la Janus cinasa con una CI50 de 1 nM o menos.

Un "antagonista del factor de necrosis tumoral" o "antagonista de TNF", como se utiliza indistintamente en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de un TNF con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, un antagonista de TNF es una molécula que al unirse a un TNF disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la activación o función del TNF en un mamífero tratado con él. En algunas realizaciones, el antagonista de TNF incluye un anticuerpo, fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de un TNF con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista de TNF es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista de TNF inhibe el t Nf . En una realización particular, un antagonista de TNF tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a un TNF de aproximadamente 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 100 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 1 nM o menor. En una realización particular, un antagonista de TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 500 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 1 nM o menor.

Un "receptor señuelo del factor de necrosis tumoral" o "receptor señuelo del TNF", como se utiliza indistintamente en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de un TNF con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, un receptor señuelo del TNF es una molécula que al unirse a un TNF disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la activación o función del TNF en un mamífero tratado con él. En algunas realizaciones, el receptor señuelo del TNF incluye un anticuerpo, fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de un TNF con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el receptor señuelo del TNF es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el receptor señuelo del TNF inhibe el TNF. En una realización particular, un receptor señuelo del TNF tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a un TNF de aproximadamente 1.000 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 100 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF tiene una afinidad de unión a<t>N<f>de aproximadamente 50 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 10 nM 0 menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF tiene una afinidad de unión a TNF de aproximadamente 1 nM o menor. En una realización particular, un receptor señuelo del TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 1.000 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 500 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 50 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 10 nM o menor. En otra realización, un receptor señuelo del TNF inhibe la señalización de TNF con una CI50 de 1 nM o menor.

Un "antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T", como se utiliza en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de un linfocito T con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T es una molécula que al unirse a un linfocito T disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con el linfocitos T. En algunas realizaciones, un "antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T" es una molécula que inhibe la unión de CD80 y CD86 a sus compañeros de unión. En algunas realizaciones, el antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la activación de un linfocito T. En algunas realizaciones, el antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T incluye un anticuerpo, fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de un linfocito T con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe un linfocito T. En una realización particular, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a un linfocito T, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T tiene una afinidad de unión a un linfocito T, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 100 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T tiene una afinidad de unión a un linfocito T de aproximadamente 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T tiene una afinidad de unión a un linfocito T, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T tiene una afinidad de unión a un linfocito T, o a una molécula expresada en la superficie del mismo, de aproximadamente 1 nM o menos. En una realización particular, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la señalización de linfocitos T con una CI50 de 1.000 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la señalización de linfocitos T con una CI50 de 500 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la señalización de linfocitos T con una CI50 de 50 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la señalización de linfocitos T con una CI50 de 10 nM o menos. En otra realización, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T inhibe la señalización de linfocitos T con una CI50 de 1 nM o menos.

Un "antagonista del receptor de IL-1", "antagonista del receptor de interleucina 1", o "antagonista de IL-1R", como se utiliza indistintamente en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de IL-1 con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, un antagonista del receptor de IL-1 es una molécula que al unirse a un receptor de IL-1 disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la activación o función del IL-1R en un mamífero tratado con él. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-1 incluye un anticuerpo, fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de IL-1 con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-1 es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-1 (por ejemplo, el antagonista de unión al receptor de IL-1) inhibe la IL-1. En una realización particular, un inhibidor de IL-1R tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a IL-1R de aproximadamente 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R tiene una afinidad de unión a IL-1R de aproximadamente 100 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R tiene una afinidad de unión a IL-1R de aproximadamente 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R tiene una afinidad de unión a IL-1R de aproximadamente 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R tiene una afinidad de unión a IL-1R de aproximadamente 1 nM o menor. En una realización particular, un antagonista de IL-1R inhibe la señalización de IL-1R con una CI50 de 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R inhibe la señalización de IL-1R con una CI50 de 500 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R inhibe la señalización de IL-1R con una CI50 de 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R inhibe la señalización de IL-1R con una CI50 de 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-1R inhibe la señalización de IL-1R con una CI50 de 1 nM o menor.

Un "antagonista del receptor de IL-6", "antagonista del receptor de interleucina 6", o "antagonista de IL-6R", como se usan indistintamente en el presente documento, es cualquier molécula que disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere con la transducción de señales resultante de la interacción de IL-6 con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, un antagonista del receptor de IL-6 es una molécula que al unirse a un receptor de IL-6 disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la activación o función del IL-6R en un mamífero tratado con él. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-6 incluye un anticuerpo (por ejemplo, tocilizumab), fragmentos de unión a antígeno de los mismos, una inmunoadhesina, una proteína de fusión, un oligopéptido y otras moléculas que disminuyen, bloquean, inhiben, anulan o interfieren con la transducción de señales resultante de la interacción de IL-6 con uno o más de sus compañeros de interacción. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-6 es un polipéptido, una pequeña molécula o un ácido nucleico. En algunas realizaciones, el antagonista del receptor de IL-6 (por ejemplo, el antagonista de unión al receptor de IL-6) inhibe la IL-6. En una realización particular, un antagonista de IL-6r tiene una afinidad de unión (constante de disociación) a IL-6R de aproximadamente 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R tiene una afinidad de unión a IL-6R de aproximadamente 100 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R tiene una afinidad de unión a IL-6R de aproximadamente 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R tiene una afinidad de unión a IL-6R de aproximadamente 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R tiene una afinidad de unión a IL-6R de aproximadamente 1 nM o menor. En una realización particular, un antagonista de IL-6R inhibe la señalización de IL-6R con una CI50 de 1.000 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R inhibe la señalización de IL-6R con una CI50 de 500 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R inhibe la señalización de IL-6R con una CI 50 de 50 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R inhibe la señalización de IL-6R con una CI50 de 10 nM o menor. En otra realización, un antagonista de IL-6R inhibe la señalización de IL-6R con una CI50 de 1 nM o menor.

El término "anticuerpo" se usa en el presente documento en el sentido más amplio y específicamente abarca anticuerpos monoclonales, anticuerpos policlonales, semianticuerpos, anticuerpos multiespecíficos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) formados a partir de al menos dos anticuerpos intactos y fragmentos de anticuerpos, siempre que presenten la actividad biológica deseada. El término "inmunoglobulina" (Ig) se utiliza indistintamente con anticuerpo en el presente documento.

Un anticuerpo "bloqueante" o un anticuerpo "antagonista" es uno que inhibe o reduce la actividad biológica del antígeno al que se une. Por ejemplo, un anticuerpo antagonista del receptor de IL-6 se une al receptor de IL-6 y disminuye, bloquea, inhibe, anula o interfiere en la transducción de señales resultante de la interacción del receptor de IL-6 con IL-6. Los anticuerpos bloqueantes o anticuerpos antagonistas preferidos inhiben completamente la actividad biológica del antígeno.

Un "artículo de fabricación" es cualquier manufactura (por ejemplo, un envase o recipiente) o kit que comprende al menos un reactivo, por ejemplo, un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR), o una sonda para detectar específicamente un biomarcador (por ejemplo, uno o más de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A) descrito en el presente documento. En determinadas realizaciones, la manufactura o el kit se promueve, distribuye o vende como una unidad para llevar a cabo los métodos descritos en el presente documento.

El término "prospecto" se usa para referirse a las instrucciones habitualmente incluidas en los envases comerciales de productos terapéuticos, que contienen información sobre las indicaciones, uso, dosificación, administración, terapia de combinación, contraindicaciones y/o advertencias en referencia al uso de dichos productos terapéuticos.

Una formulación "estéril" es aséptica o está exenta de todos los microorganismos vivos y sus esporas.

La expresión "basándose en", cuando se usa en el presente documento, significa que la información acerca de uno o más biomarcadores se usa para informar una decisión de diagnóstico, información proporcionada en un prospecto o las directrices de comercialización/promoción.

Un "vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un ingrediente de una formulación farmacéutica, distinto de un principio activo, que no es tóxico para un sujeto. Un vehículo farmacéuticamente aceptable incluye, pero sin limitación, un tampón, excipiente, estabilizante o conservante.

"Evolución de la enfermedad" o "evolución", como se utiliza indistintamente en el presente documento, se refiere a la evolución radiográfica y/o al aumento de la actividad de la enfermedad. Se puede definir la evolución radiográfica, por ejemplo, por un aumento de la ShSS (por ejemplo, un aumento de la ShSS durante un periodo de tiempo definido). Por ejemplo, el periodo de tiempo puede ser, como mínimo, un año después del examen inicial.

"Actividad de la enfermedad" o "actividad de la enfermedad de la artritis reumatoide", como se utiliza en el presente documento, se refieren a la gravedad o intensidad de la artritis reumatoide y pueden determinarse mediante, por ejemplo, índices clínicos ACR y/o EULAR que incluyen, pero sin limitación, DAS28-ESR, DAS28-CRP, niveles de e Sr , CRP, valor de AAPC, valor de FR, recuentos de articulaciones inflamadas, VAS, evaluación del daño articular (por ejemplo, mediante radiografías, evaluación del engrosamiento sinovial por ultrasonidos (USST) o puntuaciones Doppler de potencia por ultrasonidos (USPD)) o una combinación de los mismos. Una DAS28-ESR <3,2 indica una baja actividad de la enfermedad, mientras que una DAS28-ESR de 3,2 a 5,1 es indicativo de una actividad moderada de la enfermedad, y una DAS28-ESR de >5,1 indica la actividad más intensa de la enfermedad. La seropositividad del valor de FR indica una actividad elevada de la enfermedad, mientras que la seronegatividad del FR indica una baja actividad de la enfermedad. Un nivel de ESR superior a 28 mm/Hr, un nivel de CRP superior a 1 mg/dl, un valor de AAPC positivo, recuentos de articulaciones inflamadas, al menos una, y/o la presencia de erosión o estrechamiento del espacio articular en las radiografías son anormales e indicativos de actividad de la enfermedad.

La "capacidad de respuesta" o "respuesta eficaz" puede evaluarse utilizando cualquier criterio de valoración que indique un beneficio para el individuo e incluye, sin limitación, (i) inhibición, hasta cierto punto, de la evolución de la enfermedad, incluyendo su ralentización y detención completa; (ii) reducción en el número de episodios y/o síntomas de la enfermedad; (iii) reducción del tamaño de la lesión; (iv) inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la infiltración de células de la enfermedad en órganos y/o tejidos periféricos adyacentes; (v) inhibición (es decir, reducción, ralentización o detención completa) de la propagación de la enfermedad; (vi) disminución de la respuesta autoinmunitaria, que puede, pero no tiene que, dar como resultado la regresión o ablación de la lesión de la enfermedad; (vii) alivio, hasta cierto punto, de uno o más síntomas asociados con el trastorno; (viii) aumento de la duración

de la presentación sin enfermedad tras el tratamiento; y/o (ix) mortalidad reducida en cualquier punto temporal dado tras el tratamiento.

II. MÉTODOS

En el presente documento se proporcionan métodos y ensayos para diagnosticar a un paciente que tiene artritis reumatoide (AR); identificar a un individuo que tiene AR que probablemente presente evolución de la enfermedad; identificar a un individuo que tiene AR y que puede beneficiarse de un tratamiento que incluye un agente terapéutico distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME); identificar a una individuo que tiene AR y que puede beneficiarse de un tratamiento que incluye un FARME; determinar si es probable que un individuo que tiene AR responda al tratamiento con un tratamiento para la AR que incluye un FARME; seleccionar un tratamiento para un individuo que tiene AR; tratar a un individuo que tiene AR basándose en un método de diagnóstico de la invención; optimizar la eficacia terapéutica de un tratamiento para la AR; y controlar la eficacia terapéutica de un tratamiento para la AR. Los métodos y ensayos descritos en el presente documento se basan en el hallazgo de que el nivel de expresión de al menos uno o más biomarcadores descritos en el presente documento en una muestra (por ejemplo, una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de las mismas) de un individuo que tiene AR se puede utilizar para predecir la eficacia terapéutica de un tratamiento para la AR, por ejemplo, un FARME (es decir, un FARME), o un tratamiento que incluye un agente terapéutico biológico (es decir, un agente terapéutico biológico), solo o en combinación con un FARME. Cualquiera de los métodos y ensayos puede incluir además la determinación de una puntuación de eigengene mieloide, linfoide y/o paucinmunofibroide. Cualquiera de los métodos y ensayos proporcionados en el presente documento puede incluir además la administración de un FARME (p. ej., un FARME descrito en la sección II-B más adelante) al individuo. En consecuencia, en el presente documento también se proporcionan métodos y ensayos para evaluar la expresión de uno o más biomarcadores en una muestra de un individuo. Cualquiera de los métodos proporcionados en el presente documento puede incluir la administración de un tratamiento para la AR distinto a, o además de, un FARME (es decir, un tratamiento de la AR distinto a, o además de, un FARME descrito en la sección II-B más adelante) al individuo. Cualquiera de los métodos puede incluir además administrar una cantidad eficaz de un agente terapéutico adicional, como se describe en el presente documento, al individuo.

A. Métodos y ensayos de diagnóstico

(i) Métodos y ensayos de diagnóstico pronóstico

La presente invención proporciona métodos que pueden utilizarse para identificar a un individuo que tiene AR que probablemente presente evolución de la enfermedad, incluyendo los métodos y ensayos la determinación de un nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra del individuo, en donde un cambio en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en relación con un nivel de expresión de referencia identifica al individuo como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad.

Tabla 1.

En algunos casos, los métodos y ensayos proporcionados en el presente documento pueden implicar la determinación de un nivel de expresión de<c>D180, C<s>F2, C<x>CL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra de un individuo, en donde un cambio en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en relación con un nivel de expresión de referencia identifica al individuo como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad.

Tabla 2.

Tabla 3.

Tabla 4. Combinaciones de dos enes de CD180 CSF2 CXCL1 DENND1C MMP10 SDC1 UBASH3A

continuación

Tabla 5. Combinaciones de tres enes de CD180 CSF2 CXCL1 DENND1C MMP10 SDC1 UBASH3A

continuación

Tabla 6. Combinaciones de cuatro enes de CD180 CSF2 CXCL1 DENND1C MMP10 SDC1 UBASH3A

continuación

Tabla 7. Combinaciones de cinco enes de CD180 CSF2 CXCL1 DENND1C MMP10 SDC1 UBASH3A

Tabla 8. Combinaciones de seis enes de CD180 CSF2 CXCL1 DENND1C MMP10 SDC1 UBASH3A

continuación

El método y los ensayos incluyen la determinación de un nivel de expresión de los siete genes siguientes: CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C,<m>M<p>10, SDC1 y UBASH3A en una muestra que está aumentada (por ejemplo, un nivel de expresión aumentado de aproximadamente un 10 %, un 20 %, un 30 %, un 40 %, un 50 %, un 60 %, un 70 %, un 80 %, un 90 %, un 95 %, un 96 %, un 97 %, un 98 % o un 99 % o superior) en relación con un nivel de expresión de referencia de los siete genes que identifica al individuo como uno con probabilidad de presentar evolución de la enfermedad. En determinados casos, el aumento del nivel de expresión de los siete genes siguientes: CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A, es un aumento de al menos aproximadamente 1,1*, 1,2*, 1,3*, 1 ,4x, 1 ,5 *, 1 ,6*, 1,7*, 1,8*, 1,9*, 2*, 2,1*, 2,2*, 2,3*, 2,4*, 2,5*, 2,6*, 2,7*, 2,8*, 2,9*, 3*, 3,5*, 4*, 4,5*, 5*, 6*, 7*, 8*, 9*, 10*, 15*, 20*, 30*, 40*, 50*, 100*, 500* o 1000* en relación con un nivel de expresión de referencia de los siete genes. En algunos casos, el aumento del nivel de expresión de los siete genes siguientes: CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A, es un aumento de al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces o aproximadamente 1.000 veces o más en relación con un nivel de expresión de referencia de los siete genes.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente, el nivel de expresión de referencia puede ser un nivel de expresión de referencia en una población de referencia de individuos que tienen AR y no se han tratado previamente con un FARME, consistiendo la población de individuos en un primer subconjunto de individuos que presentan evolución de la enfermedad y un segundo subconjunto de individuos que no presentan evolución de la enfermedad. En algunos casos, el nivel de expresión de referencia separa significativamente cada uno de los subconjuntos primero y segundo de individuos en función de una diferencia significativa en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1, y UBASH3A en el primer subconjunto de individuos en comparación con el del segundo subconjunto de individuos. En algunos casos, el primer subgrupo de individuos presentó evolución de la enfermedad y el segundo subgrupo de individuos no presentó evolución de la enfermedad después de aproximadamente 12 meses.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente en los que el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A se determina en una muestra de un individuo y se compara con un nivel de expresión de referencia (por ejemplo, un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A), debe entenderse que, en algunos casos, el nivel de expresión de los biomarcadores puede ser una media del nivel de expresión de los biomarcadores. En algunos casos, el nivel de expresión de los biomarcadores puede ser una mediana del nivel de expresión de los biomarcadores. En algunos casos, el nivel de expresión de los biomarcadores puede normalizarse, por ejemplo, a un gen de referencia, por ejemplo, un gen constitutivo. En algunos casos, el gen de referencia es ACTB, GAPDH, GUSB, HPRT1, PGK1, RPL19, TUBB o TMEM55B. En algunos casos, el nivel de expresión de los biomarcadores puede ser una media de un nivel de expresión normalizado de los biomarcadores. En algunos casos, el nivel de expresión de los biomarcadores puede ser una mediana de un nivel de expresión normalizado de los biomarcadores.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente en los que el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A se determina en una muestra de un individuo y se compara con un nivel de expresión de referencia (por ejemplo, un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A), debe entenderse que, en algunos casos, el nivel de expresión de cada biomarcador individual en la muestra se compara con un nivel de expresión de referencia para cada biomarcador individual. Por ejemplo, si se determina el nivel de expresión de CD180 y CXCL1 en una muestra procedente de un individuo y se compara con los niveles de expresión de referencia para CD180 y CXCL1, en algunos casos, el nivel de expresión de CD180 en la muestra del individuo se compara con el nivel de expresión de referencia para CD180, y el nivel de expresión de CXCL1 en la muestra del individuo se compara con el nivel de expresión de referencia para CXCL1. En otros casos, un nivel de expresión para más de un gen de interés puede determinarse mediante métodos de agregación conocidos por los expertos en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la mediana o la media de todos los niveles de expresión de los genes de interés. Antes de la agregación, el nivel de expresión de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, normalizado con respecto al nivel de expresión de uno o más genes constitutivos, o normalizado con respecto al tamaño total de la biblioteca, o normalizado con respecto a la mediana o media del nivel de expresión de todos los genes medidos. En algunos casos, antes de la agregación a través de múltiples genes de interés, el nivel de expresión normalizado de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la puntuación z del nivel de expresión normalizado de cada gen de interés.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente, la evolución de la enfermedad puede ser la evolución radiográfica. La evolución radiográfica puede caracterizarse por un aumento de la ShSS (por ejemplo, un aumento de la ShSS durante un periodo de tiempo definido).

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente, la gravedad de la actividad de la enfermedad puede evaluarse mediante la evaluación de, por ejemplo, índices clínicos ACR y/o EULAR que incluyen, pero sin limitación, DAS28-ESR, DAS28-CRP, niveles de Es R, CRP, valor de AAPC, evaluación del daño articular (por ejemplo, mediante radiografías, evaluación del engrosamiento sinovial por ultrasonidos (USST) o puntuaciones del Doppler de potencia por ultrasonidos (USPD)) o una combinación de los mismos.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente, los métodos y ensayos pueden incluir además la determinación de una o más covariables clínicas (por ejemplo, valor inicial de<f>R, duración de la enfermedad, DAS28-ESR, DAS28-CRP, patotipo inicial y 12 puntuaciones máx. de USST y USPD) del individuo.

En cualquiera de los métodos y ensayos de pronóstico descritos anteriormente, los métodos y ensayos pueden incluir además la administración al individuo de un agente terapéutico distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME) (por ejemplo, como se describe en la sección II-B más adelante). En casos particulares, cuando el cambio en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1y UBASH3A en relación con un nivel de expresión de referencia es un aumento, el método incluye además la administración al individuo de un agente terapéutico distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME). En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores descritos anteriormente, el agente terapéutico para la AR puede ser un agente terapéutico distinto de un FARME (por ejemplo, como se describe en la sección II-B más adelante).

En algunos casos, el individuo no se ha tratado previamente con un FARME. En otros casos, el individuo se ha tratado previamente con un FARME.

iii. Enfoques ilustrativos para la determinación de los niveles de expresión de biomarcadores

Los métodos y ensayos proporcionados en el presente documento pueden incluir la determinación de un nivel de expresión de genes en una muestra (por ejemplo, una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial o una combinación de las mismas) de un individuo. La muestra del individuo puede ser una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada. El nivel de expresión de los genes se puede determinar cualitativa y/o cuantitativamente basándose en cualquier criterio adecuado conocido en la materia, que incluye, pero sin limitación, la medición de ADN, ARNm, ADNc, proteínas, fragmentos de proteínas y/o niveles del número de copias de genes en un individuo. Las metodologías para medir dichos biomarcadores se conocen en la materia y el experto en la materia las comprende, que incluyen, pero sin limitación, secuenciación de todo el genoma, reacción en cadena de la polimerasa (PCR) incluyendo PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) y otros métodos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares, sec. de ARN, análisis de micromatrices, determinación de perfiles de expresión génica, secuenciación del genoma completo (WGS) y/o análisis en serie de la expresión génica ("SAGE"), recuento digital directo de ácidos nucleicos (por ejemplo, Nanostring nCounter), inmunohistoquímica ("IHC"), análisis por transferencia Western, inmunoprecipitación, ensayos de unión molecular, ELISA, ELIFA, clasificación celular activada por fluorescencia ("FACS"), MassARRAY, proteómica, ensayos bioquímicos de actividad enzimática, hibridaciónin situ(ISH), hibridaciónin situfluorescente (FISH), análisis de Southern, análisis de Northern, así como uno cualquiera de la gran variedad de ensayos que pueden llevarse a cabo mediante análisis de matrices de proteínas, genes y/o tejidos. Se encuentran protocolos típicos para evaluar el estado de genes y productos génicos, por ejemplo, en Ausubelet al.eds.(Current Protocols In Molecular Biology,1995), Unidades 2 (transferencia Northern), 4 (transferencia Southern), 15 (Inmunotransferencia) y 18 (análisis por PCR). También pueden usarse inmunoensayos multiplexados, tales como los disponibles de Rules Based Medicine o Meso Scale Discovery ("MSD").

En algunos casos de cualquiera de los métodos y ensayos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de ácido nucleico (por ejemplo, un nivel de expresión de ADN o un nivel de expresión de ARN (por ejemplo, un nivel de expresión de ARNm)). Puede usarse cualquier método adecuado de determinación de un nivel de expresión de ácido nucleico. En algunos casos, el nivel de expresión de ácido nucleico se determina utilizando el recuento digital directo de ácidos nucleicos (por ejemplo, Nanostring nCounter), sec. de ARN, RT-qPCR, qPCR, qPCR múltiple o RT-qPCR, análisis de micromatrices, SAGE, técnica MassARRAY, ISH o una combinación de los mismos.

Los métodos para la evaluación de ARNm en células son bien conocidos e incluyen, por ejemplo, análisis en serie de la expresión génica (SAGE), secuenciación del genoma completo (WGS), ensayos de hibridación que usan sondas de a Dn complementarias (tal como la hibridaciónin situque usa ribosondas marcadas específicas para los uno o más genes, transferencia Northern y técnicas relacionadas) y diversos ensayos de amplificación de ácidos nucleicos (tales como RT-PCR (por ejemplo, qRT-PCR) que usan cebadores complementarios específicos para uno o más de los genes y otros métodos de detección de tipo amplificación, tales como, por ejemplo, ADN ramificado, SISBA, TMA y similares). Además, dichos métodos pueden incluir una o más etapas que permiten determinar los niveles de ARNm diana en una muestra biológica (por ejemplo, examinando simultáneamente los niveles de una secuencia de ARNm de control comparativo de un gen "constitutivo" tal como un miembro de la familia de actina). Opcionalmente, puede determinarse la secuencia del ADNc diana amplificado. Los métodos opcionales incluyen protocolos que examinan o detectan ARNm, tales como ARNm diana, en una muestra tisular o celular mediante tecnologías de micromatrices. Usando micromatrices de ácido nucleico, las muestras de ARNm de ensayo y de control de las muestras titulares de ensayo y de control se transcriben de forma inversa y se marcan para generar sondas de ADNc. Después, las sondas se hibridan con una serie de ácidos nucleicos inmovilizados en un soporte sólido. La matriz se configura de manera que se conozca la secuencia y la posición de cada miembro de la matriz. Por ejemplo, una selección de genes cuya expresión se correlaciona con un beneficio clínico aumentado o reducido del tratamiento que comprende una inmunoterapia y un antagonista del estroma supresor puede disponerse sobre un soporte sólido. La hibridación de una sonda marcada con un miembro particular de la matriz indica que la muestra de la que derivó la sonda expresa ese gen.

En otros casos de cualquiera de los métodos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador puede ser un nivel de expresión de proteína. En determinados casos, el métodos comprende poner en contacto la muestra con anticuerpos que se unen específicamente a un biomarcador descrito en el presente documento en condiciones que permitan la unión del biomarcador y detectar si se forma un complejo entre los anticuerpos y el biomarcador.

Puede usarse cualquier método de medición de los niveles de expresión de proteínas conocidos en la materia o proporcionados en el presente documento. Por ejemplo, en algunos casos, un nivel de expresión de proteína de un biomarcador se determina mediante un método seleccionado de, pero sin limitación, transferencia western, ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA), inmunoprecipitación, inmunohistoquímica (IHC), citometría de flujo (por ejemplo, clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS™)), inmunofluorescencia, radioinmunoensayo, transferencia puntual, métodos de inmunodetección, HPLC, resonancia de plasmón superficial, espectroscopia óptica, espectrometría de masas, cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS), nefelometría, tecnología de aptámeros y HPLC.

En determinados casos, la presencia y/o el nivel/cantidad de expresión de una proteína biomarcadora en una muestra se determina usando IHC y protocolos de tinción. Se ha demostrado que la tinción por IHC de secciones de tejido es un método fiable para determinar o detectar la presencia de proteínas en una muestra. En algunos casos de cualquiera de los métodos, ensayos y/o kits, el biomarcador es uno o más de los productos de expresión proteica de los genes que figuran en la tabla 1. En un caso, un nivel de expresión de un biomarcador se determina utilizando un método que comprende: (a) realizar un análisis de IHC de una muestra (tal como una muestra de tejido sinovial obtenida de un individuo) con un anticuerpo; y (b) determinar el nivel de expresión de un biomarcador en la muestra.

En algunos casos, la intensidad de la tinción IHC se determina con respecto a una referencia. En algunos casos, la referencia es un valor de referencia. En algunos casos, la referencia es una muestra de referencia (por ejemplo, una muestra de tinción de línea celular de control, una muestra tisular de un paciente sin AR o una muestra de tejido sinovial que se determina que es negativa para el biomarcador de interés).

La IHC puede realizarse en combinación con técnicas adicionales, tales como tinción morfológica y/o hibridaciónin situ(por ejemplo, ISH). Hay dos métodos generales de IHC disponibles; ensayos directos e indirectos. De acuerdo con el primer ensayo, la unión del anticuerpo al antígeno diana se determina directamente. Este ensayo directo usa un reactivo marcado, tal como un marcador fluorescente o un anticuerpo primario marcado con una enzima, que puede visualizarse sin interacción adicional con los anticuerpos. En un ensayo indirecto habitual, el anticuerpo primario no conjugado se une al antígeno y después un anticuerpo secundario marcado se une al anticuerpo primario. Cuando el anticuerpo secundario se conjuga con un marcador enzimático, se añade un sustrato cromogénico o fluorogénico para permitir la visualización del antígeno. La amplificación de la señal se produce porque varios anticuerpos secundarios pueden reaccionar con diferentes epítopos en el anticuerpo primario.

El anticuerpo primario y/o secundario utilizados para IHC normalmente se marcarán con una fracción detectable. Existen numerosos marcadores disponibles que generalmente pueden agruparse en las siguientes categorías: a) radioisótopos, tales como 35S, 14C, 125I, 3H y 131I; (b) partículas de oro coloidal; (c) marcadores fluorescentes que incluyen, pero sin limitación, quelatos de tierras raras (quelatos de europio), Rojo Texas, rodamina, fluoresceína, dansilo, lisamina, umbeliferona, ficocriterina, ficocianina o fluoróforos disponibles en el mercado tales como SPECTRUM ORANGE7 y SPECTRUM GREEN7 y/o derivados de uno cualquiera o más de los anteriores; (d) existen diversos marcadores enzima-sustrato disponibles y la patente de EE. UU. n.° 4.275.149 proporciona una revisión de algunos de ellos. Los ejemplos de marcadores enzimáticos incluyen luciferasas (por ejemplo, luciferasa de luciérnaga y luciferasa bacteriana; véase, por ejemplo, la patente de EE. UU. n.° 4.737.456), luciferina, 2,3-dihidroftalazinadionas, malato deshidrogenasa, ureasa, peroxidasa tal como peroxidasa de rábano picante (HRPO, del ingléshorseradish peroxidase),fosfatasa alcalina, p-galactosidasa, glucoamilasa, lisozima, sacárido oxidasas (por ejemplo, glucosa oxidasa, galactosa oxidasa y glucosa-6-fosfato deshidrogenasa), oxidasas heterocíclicas (tales como uricasa y xantina oxidasa), lactoperoxidasa, microperoxidasa y similares.

Los ejemplos de combinaciones enzima-sustrato incluyen, por ejemplo, peroxidasa de rábano picante (HRPO) con peroxidasa de hidrógeno como sustrato; fosfatasa alcalina (AP, del inglésalkaline phosphatase)con fosfato de paranitrofenilo como sustrato cromogénico; y p-D-galactosidasa (p-D-Gal) con un sustrato cromogénico (por ejemplo, pnitrofenil-p-D-galactosidasa) o sustrato fluorogénico (por ejemplo, 4-metilumbeliferil-p-D-galactosidasa). Para una revisión general de estos, véase, por ejemplo, las patentes de EE. UU. n.° 4.275.149 y 4.318.980.

Las muestras pueden prepararse, por ejemplo, manualmente o usando un instrumento de tinción automatizado (por ejemplo, un instrumento Ventana BenchMark XT o Benchmark ULTRA). Las muestras preparadas de este modo pueden montarse y cubrirse con cubreobjetos. Después se determina la evaluación del portaobjetos, por ejemplo, utilizando un microscopio, y se pueden emplear criterios de intensidad de tinción, utilizados de forma rutinaria en la materia. En algunos casos, la IHC detecta la presencia de un biomarcador en >0 % de la muestra, en al menos un 1 % de la muestra, en al menos un 5 % de la muestra, en al menos un 10 % de la muestra, en al menos un 15 % de la muestra, en al menos un 15 % de la muestra, en al menos un 20 % de la muestra, en al menos un 25 % de la muestra, en al menos un 30 % de la muestra, en al menos un 35 % de la muestra, en al menos un 40 % de la muestra, en al menos un 45 % de la muestra, en al menos un 50 % de la muestra, en al menos un 55 % de la muestra, en al menos un 60 % de la muestra, en al menos un 65 % de la muestra, en al menos un 70 % de la muestra, en al menos un 75 % de la muestra, en al menos un 80 % de la muestra, en al menos un 85 % de la muestra, en al menos un 90 % de la muestra, en al menos un 95 % de la muestra o más. Las muestras pueden puntuarse usando cualquier método conocido en la materia, por ejemplo, por un patólogo o usando análisis de imágenes automatizado.

En algunos casos de cualquiera de los métodos y ensayos, el biomarcador se detecta mediante inmunohistoquímica utilizando un anticuerpo de diagnóstico (por ejemplo, un anticuerpo de diagnóstico primario). En algunos casos, el anticuerpo de diagnóstico puede unirse específicamente al antígeno humano. En algunos casos, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo no humano. En algunos casos, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de rata, ratón o conejo. En algunos casos, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo de conejo. En algunos casos, el anticuerpo de diagnóstico es un anticuerpo monoclonal. En algunos casos, se marca directamente el anticuerpo de diagnóstico. En otros casos, el anticuerpo de diagnóstico se marcar indirectamente (por ejemplo, mediante un anticuerpo secundario).

En algunos casos de cualquiera de los métodos y ensayos anteriores, la muestra se obtiene del individuo antes de (por ejemplo, minutos, horas, días, semanas (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6 o 7 semanas), meses o años antes de) la administración de un tratamiento para la AR. En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, la muestra del individuo puede se obtiene de aproximadamente 2 a aproximadamente 10 semanas (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 semanas) después de la administración del tratamiento para la AR. En algunos casos, la muestra del individuo se obtiene de aproximadamente 4 a aproximadamente 6 semanas después de la administración de un tratamiento para la AR.

En algunos casos de cualquiera de los métodos y ensayos anteriores, se detecta el número o nivel de expresión de un biomarcador en una muestra de tejido sinovial, una muestra de líquido sinovial, una célula o estirpe celular primaria o cultivada, un sobrenadante celular, un lisado de células, plaquetas, suero, plasma, humor vítreo, líquido linfático, líquido folicular, líquido seminal, líquido amniótico, leche, sangre completa, células sanguíneas, orina, líquido cefalorraquídeo, saliva, esputo, lágrimas, sudoración, mucosidad, medio de cultivo de tejidos, extractos de tejido, tales como tejido homogeneizado, extractos celulares o cualquier combinación de las mismas. En algunos casos, la muestra es una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido sinovial), una muestra celular, una muestra de sangre completa, una muestra de plasma, una muestra de suero o una combinación de las mismas. En algunos casos, la muestra es una muestra de tejido sinovial en donde, la muestra de tejido sinovial incluye células residentes, células inmunitarias infiltrantes de la membrana sinovial o combinaciones de las mismas. En algunos casos, la muestra de tejido sinovial es una muestra fijada en formalina e incluida en parafina (FFPE, del inglésformalin-fixed and paraffinembedded),una muestra de archivo, una muestra fresca o una muestra congelada.

Por ejemplo, en algunos casos para cualquiera de los métodos y ensayos anteriores, el nivel de expresión de un biomarcador en una muestra (por ejemplo, una muestra de tejido sinovial) se detecta en las células inmunitarias infiltrantes de la membrana sinovial, células sinoviales, PBMC o combinaciones de las mismas utilizando técnicas conocidas (es decir, citometría de flujo o IHC). Las células inmunitarias infiltrantes de la membrana sinovial incluyen, pero sin limitación, linfocitos T, linfocitos B (incluidas células plasmáticas) u otras células de la médula ósea, incluidos granulocitos (por ejemplo, mastocitos), monocitos, macrófagos, células dendríticas y células citolíticas naturales (NK). En algunos casos, la tinción de un biomarcador se detecta como tinción de membrana, tinción citoplasmática o combinaciones de las mismas. En otros casos, la ausencia de un biomarcador se detecta como ausencia o falta de tinción en la muestra, con respecto a una muestra de referencia.

En determinados casos, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es una sola muestra o múltiples muestras combinadas del mismo paciente o individuo que se obtienen en uno o más puntos temporales diferentes a cuando se obtuvo la muestra de ensayo. Por ejemplo, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control se obtiene en un punto temporal anterior del mismo paciente o individuo que cuando se obtuvo la muestra de ensayo. Dicha muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control puede ser útil si la muestra de referencia se obtiene durante el diagnóstico inicial de la AR y la muestra de ensayo se obtiene posteriormente cuando la enfermedad progresa.

En determinados casos, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es múltiples muestras combinadas de uno o más individuos sanos que no son el paciente. En determinados casos, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es múltiples muestras combinadas de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR) que no son el paciente o individuo. En determinados casos, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control es muestras de ARN agrupadas de tejidos normales o muestras agrupadas de plasma o suero de uno o más individuos que no son el paciente. En determinados casos, una muestra de referencia, célula de referencia, tejido de referencia, muestra de control, célula de control o tejido de control son muestras de ARN de tejidos sinoviales, líquidos sinoviales o muestras de plasma o suero de uno o más individuos con una enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR) que no sean el paciente.

B. Métodos terapéuticos

En el presente documento se proporciona un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en un tratamiento de un individuo que tiene AR en donde el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A aumenta en una muestra del individuo en relación con un nivel de expresión de referencia, y el tratamiento comprende la administración de un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME al individuo

En el presente documento se proporciona un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en el tratamiento de un individuo que tiene AR, comprendiendo el tratamiento (i) determinar el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra del individuo, en donde el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A se determina que está aumentado (es decir, un aumento del nivel de expresión de aproximadamente un 10 %, un 20 %, un 30 %, un 40 %, un 50 %, un 60 %, un 70 %, un 80 %, un 90 %, un 95 %, un 96 %, un 97 %, un 98 % o un 99 % o superior) en relación con un nivel de expresión de referencia, y ii) administrar una cantidad eficaz de un agente terapéutico distinto de, o además de, un FAr Me ) al individuo en función del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A determinado en la etapa (i). En determinados casos, el aumento del nivel de expresión es un aumento de al menos aproximadamente 1,1*, 1,2*, 1,3*, 1,4*, 1,5*, 1,6*, 1,7*, 1,8*, 1,9*, 2*, 2,1*, 2,2*, 2,3*, 2,4*, 2,5*, 2,6*, 2,7*, 2,8*, 2,9*, 3*, 3,5*, 4*, 4,5*, 5*, 6*, 7*, 8*, 9*, 10*, 15*, 20*, 30*, 40*, 50*, 100*, 500* o 1000* en relación con un nivel de expresión de referencia de uno o más genes. En algunos casos, el aumento del nivel de expresión es un aumento de al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces o aproximadamente 1.000 veces o más en relación con un nivel de expresión de referencia de uno o más genes.

También se proporciona un agente terapéutico de AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en un tratamiento de un individuo que tiene AR en donde el tratamiento comprende administrar un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME al individuo, en donde el individuo se ha identificado como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad por uno o más de los métodos de diagnóstico predictivo descritos en la sección II-A, anterior.

La invención también proporciona un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en el tratamiento de un individuo que tiene AR, siendo el nivel de expresión aumentado (es decir, un nivel de expresión aumentado de aproximadamente un 10 %, un 20 %, un 30 %, un 40 %, un 50 %, un 60 %, un 70 %, un 80 %, un 90 %, un 95 %, un 96 %, un 97 %, un 98 % o un 99 % o superior) de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra del individuo en relación con un nivel de expresión de referencia, y en donde el tratamiento comprende la administración de un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME al individuo. En determinados casos, el aumento del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es un aumento de al menos aproximadamente 1,1*, 1,2*, 1,3*, 1,4*, 1,5*, 1,6*, 1,7*, 1,8*, 1,9*, 2*, 2,1*, 2,2*, 2,3*, 2,4*, 2,5*, 2,6*, 2,7*, 2,8*, 2,9*, 3*, 3,5*, 4*, 4,5*, 5*, 6*, 7*, 8*, 9*, 10*, 15*, 20*, 30*, 40*, 50*, 100*, 500* o 1000* en relación con un nivel de expresión de referencia de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A. En algunos casos, el aumento del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es un aumento de al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces o aproximadamente 1.000 veces o más en relación con un nivel de expresión de referencia de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A

En otro caso, la invención proporciona un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en el tratamiento de un individuo que tiene AR, habiéndose identificado el individuo que tiene un nivel de expresión aumentado en una muestra del individuo de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C,<m>M<p>10, SDC1 y UBASH3A en relación con el nivel de expresión de referencia (por ejemplo, por encima o un aumento del nivel de expresión de aproximadamente un 10 %, un 20 %, un 30 %, un 40 %, un 50 %, un 60 %, un 70 %, un 80 %, un 90 %, un 95 %, un 96 %, un 97 %, un 98 % o un 99 % o superior), y en donde el tratamiento comprende administrar al individuo un agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME). En determinados casos, el aumento del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es un aumento de al menos aproximadamente 1,1*, 1,2*, 1,3*, 1,4*, 1,5*, 1,6*, 1,7*, 1,8*, 1,9*, 2*, 2,1*, 2,2*, 2,3*, 2,4*, 2,5*, 2,6*, 2,7*, 2,8*, 2,9*, 3*, 3,5*, 4*, 4,5*, 5*, 6*, 7*, 8*, 9*, 10*, 15*, 20*, 30*, 40*, 50*, 100*, 500* o 1000* en relación con un nivel de expresión de referencia de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C MMP10, SDC1 y UBASH3A. En algunos casos, el aumento del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es un aumento de al menos aproximadamente 1,1 veces, aproximadamente 1,2 veces, aproximadamente 1,3 veces, aproximadamente 1,4 veces, aproximadamente 1,5 veces, aproximadamente 1,6 veces, aproximadamente 1,7 veces, aproximadamente 1,8 veces, aproximadamente 1,9 veces, aproximadamente 2 veces, aproximadamente 2,1 veces, aproximadamente 2,2 veces, aproximadamente 2,3 veces, aproximadamente 2,4 veces, aproximadamente 2,5 veces, aproximadamente 2,6 veces, aproximadamente 2,7 veces, aproximadamente 2,8 veces, aproximadamente 2,9 veces, aproximadamente 3 veces, aproximadamente 3,5 veces, aproximadamente 4 veces, aproximadamente 4,5 veces, aproximadamente 5 veces, aproximadamente 6 veces, aproximadamente 7 veces, aproximadamente 8 veces, aproximadamente 9 veces, aproximadamente 10 veces, aproximadamente 15 veces, aproximadamente 20 veces, aproximadamente 30 veces, aproximadamente 40 veces, aproximadamente 50 veces, aproximadamente 100 veces, aproximadamente 500 veces o aproximadamente 1.000 veces o más en relación con un nivel de expresión de referencia de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A

En cualquiera de los métodos terapéuticos descritos anteriormente, los métodos pueden incluir además la determinación de una o más covariables clínicas (es decir, valor inicial de FR, duración de la enfermedad, DAS28-ESR, DAS28-CRP, patotipo inicial y 12 puntuaciones máx. de USST y USPD) del individuo.

En cualquiera de los métodos terapéuticos descritos anteriormente, el nivel de expresión de referencia puede ser un nivel de expresión de referencia en una población de referencia de individuos que tienen AR y no se han tratado previamente con un FARME, consistiendo la población de individuos en un primer subconjunto de individuos que presentan evolución de la enfermedad y un segundo subconjunto de individuos que no presentan evolución de la enfermedad. En algunos casos, el nivel de expresión de referencia separa significativamente cada uno de los subconjuntos primero y segundo de individuos en función de una diferencia significativa en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENNDLC, MMP10, SDC1 y UBASH3A en el primer subconjunto de individuos en comparación con el del segundo subconjunto de individuos. En algunos casos, el primer subgrupo de individuos presentó evolución de la enfermedad y el segundo subgrupo de individuos no presentó evolución de la enfermedad después de aproximadamente 12 meses.

En cualquiera de los métodos terapéuticos descritos anteriormente en los que el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A se determina en una muestra de un individuo y se compara con un nivel de expresión de referencia (por ejemplo, un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A, debe entenderse que, en algunos casos, el nivel de expresión de cada biomarcador individual en la muestra se compara con un nivel de expresión de referencia para cada biomarcador individual. Por ejemplo, si se determina el nivel de expresión de CD180 y CXCL1 en una muestra procedente de un individuo y se compara con los niveles de expresión de referencia para CD180 y CXCL1, en algunos casos, el nivel de expresión de CD180 en la muestra del individuo se compara con el nivel de expresión de referencia para CD180, y el nivel de expresión de CXCL1 en la muestra del individuo se compara con el nivel de expresión de referencia para CXCL1. En otros casos, un nivel de expresión para más de un gen de interés puede determinarse mediante métodos de agregación conocidos por los expertos en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la mediana o la media de todos los niveles de expresión de los genes de interés. Antes de la agregación, el nivel de expresión de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, normalizado con respecto al nivel de expresión de uno o más genes constitutivos, o normalizado con respecto al tamaño total de la biblioteca, o normalizado con respecto a la mediana o media del nivel de expresión de todos los genes medidos. En algunos casos, antes de la agregación a través de múltiples genes de interés, el nivel de expresión normalizado de cada gen de interés puede normalizarse mediante métodos estadísticos conocidos por un experto en la materia y también divulgados en el presente documento, que incluyen, por ejemplo, mediante el cálculo de la puntuación z del nivel de expresión normalizado de cada gen de interés.

En cualquiera de los métodos terapéuticos descritos anteriormente en los que el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A se determina en una muestra de un individuo y se compara con un nivel de expresión de referencia (por ejemplo, un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A), debe entenderse que, en algunos casos, el nivel de expresión de uno o más genes puede ser una media del nivel de expresión de uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión de uno o más genes puede ser una mediana del nivel de expresión de uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión de uno o más genes puede normalizarse, por ejemplo, a un gen de referencia, por ejemplo, un gen constitutivo. En algunos casos, el gen de referencia es ACTB, GAPDH, GUSB, HPRT1, PGK1, RPL19, TUBB o TMEM55B. En algunos casos, el nivel de expresión del uno o más genes puede ser una media de un nivel de expresión normalizado del uno o más genes. En algunos casos, el nivel de expresión del uno o más genes puede ser una mediana de un nivel de expresión normalizado del uno o más genes.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, puede administrarse un agente terapéutico para la AR distinto de un FARME.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, un FARME puede administrarse junto con un agente terapéutico distinto de un FARME.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, un FARME puede incluir, pero sin limitación, metotrexato, hidroxicloroquina, sulfasalazina, lefunomida, azatioprina, ciclofosfamida, ciclosporina y micofenolato mofetilo.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el agente terapéutico distinto de un FARME puede incluir, pero sin limitación, un antagonista de linfocitos B, un antagonista de JAK, un antagonista de TNF, un receptor señuelo del TNF, un antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T, un antagonista del receptor de IL-1, un antagonista del receptor de IL-6 o una combinación de los mismos.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista de linfocitos B puede ser, pero sin limitación, rituximab (por ejemplo, RITUXAN®).

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista de JAK puede ser, pero sin limitación, tofacitinib (por ejemplo, X<e>L<j>ANZ®).

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista de TNF puede ser, pero sin limitación, adalimumab, golimumab, infliximab, certolizumab pegol o una combinación de los mismos.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el receptor señuelo del TNF puede ser, pero sin limitación, etanercept.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista de la señal coestimuladora de linfocitos T puede ser, pero sin limitación, abatacept.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista del receptor de IL-1 puede ser, pero sin limitación, anakinra.

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, el antagonista del receptor de IL-6 puede ser, pero sin limitación, tocilizumab (por ejemplo, ACTEMRA®/RoACTEMRA®).

En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, los agentes terapéuticos para la AR utilizados en los métodos descritos en el presente documento se pueden administrar, por ejemplo, por vía oral, subcutánea, intramuscular, intravenosa, intradérmica, percutánea, intraarterial, intraperitoneal, intralesional, intracraneal, intraarticular, intraprostática, intrapleural, intratraqueal, intratecal, intranasal, intravaginal, intrarrectal, tópica, intratumoral, peritoneal, subconjuntiva, intravesicular, mucosa, intrapericárdica, intraumbilical, intraocular, intraorbital, intravítrea (por ejemplo, mediante inyección intravítrea), por gotas en los ojos, tópica, transdérmica, parenteral, mediante inhalación, mediante inyección, mediante implante, mediante infusión, mediante infusión continua, mediante perfusión localizada bañando directamente las células diana, mediante catéter, mediante lavado, en cremas o en composiciones lipídicas. En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, los agentes terapéuticos para la AR utilizados en los métodos descritos en el presente documento se pueden administrar por vía oral. En algunos casos de cualquiera de los métodos anteriores, los agentes terapéuticos para la AR utilizados en los métodos descritos en el presente documento se pueden administrar por vía subcutánea. Los agentes terapéuticos para la AR utilizados en los métodos descritos en el presente documento también se pueden administrar por vía sistémica o por vía local. El método de administración puede variar dependiendo de diversos factores (por ejemplo, los agentes terapéuticos para la AR que se administran y la gravedad de la afección, enfermedad o trastorno (por ejemplo, AR) que se está tratando).

III. COMPOSICIONES Y FORMULACIONES FARMACÉUTICAS

En un aspecto, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que los biomarcadores de la invención se pueden utilizar para identificar a individuos que tienen AR y que pueden beneficiarse de un tratamiento para la AR, por ejemplo, un FARME (por ejemplo, un FARME), o un tratamiento que incluye un agente terapéutico biológico (por ejemplo, un agente terapéutico biológico), solo o en combinación con un FARMe .

En algunos casos, es menos probable que el individuo responda sólo al FARME. En otro caso, la invención se basa, en parte, en el descubrimiento de que los biomarcadores de la invención se pueden utilizar para controlar y/o evaluar la respuesta al tratamiento de individuos que tienen AR y se tratan con terapias para la AR que incluyen un FARME. Estos agentes, y combinaciones de los mismos, son útiles para el tratamiento de la AR, por ejemplo, como parte de cualquiera de los métodos y usos descritos en el presente documento, por ejemplo, en la sección II anterior. Cualquier FARME adecuado se puede utilizar en los métodos y usos descritos en el presente documento.

A. Formulaciones farmacéuticas

Las formulaciones terapéuticas de los agentes terapéuticos, por ejemplo, un FARME y/o un agente terapéutico biológico, utilizadas de acuerdo con la presente invención se preparan para su almacenamiento mediante la mezcla del agente terapéutico que tiene el grado de pureza deseado con portadores, excipientes o estabilizadores opcionales farmacéuticamente aceptables en forma de formulaciones liofilizadas o soluciones acuosas. Para obtener información general en referencia a las formulaciones, véase, por ejemplo, Gilmanet al.(eds.) The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8.a edición, Pergamon Press, 1990; A. Gennaro (ed.), Remington's Pharmaceutical Sciences, 18.a edición, Mack Publishing Co., Pensilvania, 1990; Aviset al.(eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, Nueva York, 1993; Liebermanet al.(eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, Nueva York, 1990; Liebermanet al.(eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, Nueva York, 1990; y Walters (ed.) Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol. 119, Marcel Dekker, 2002.

Los portadores, excipientes o estabilizantes aceptables no son tóxicos para los receptores a las dosificaciones y concentraciones empleadas e incluyen tampones, tales como fosfato, citrato y otros ácidos orgánicos; antioxidantes, incluyendo ácido ascórbico y metionina; conservantes (tales como cloruro de octadecildimetilbencil amonio; cloruro de hexametonio; cloruro de benzalconio, cloruro de bencetonio; fenol, alcohol butílico o bencílico; alquil parabenos, tales como metil o propil parabeno; catecol; resorcinol; ciclohexanol; 3-pentanol; y m-cresol); polipéptidos de bajo peso molecular (menos de aproximadamente 10 restos); proteínas, tales como seroalbúmina, gelatina o inmunoglobulinas; polímeros hidrófilos, tales como polivinilpirrolidona; aminoácidos, tales como glicina, glutamina, asparagina, histidina, arginina o lisina; monosacáridos, disacáridos y otros hidratos de carbono incluyendo glucosa, manosa o dextrinas; agentes quelantes, tales como EDTA; azúcares, tales como sacarosa, manitol, trehalosa o sorbitol; contraiones formadores de sales, tales como sodio; complejos metálicos (por ejemplo, complejos de Zn-proteína); y/o tensioactivos no iónicos, tales como TWEEN™, PLURONICS™ o polietilenglicol (PEG).

La formulación en el presente documento también puede contener más de un compuesto activo, preferentemente aquellos con actividades complementarias que no se afecten negativamente entre sí. El tipo y las cantidades eficaces de dichos medicamentos dependen, por ejemplo, de la cantidad y el tipo de agente terapéutico (por ejemplo, un FARME y/o un agente terapéutico biológico) presente en la formulación, y de los parámetros clínicos de los pacientes.

Los principios activos pueden inmovilizarse en microcápsulas preparadas, por ejemplo, mediante técnicas de coacervación o mediante polimerización interfacial, por ejemplo, microcápsulas de hidroximetilcelulosa o gelatina y microcápsulas de poli(metilmetacrilato), respectivamente, en sistemas de suministro de fármacos coloidales (por ejemplo, liposomas, microesferas de albúmina, microemulsiones, nanopartículas y nanocápsulas) o en macroemulsiones. Dichas técnicas se divulgan enRemington's Pharmaceutical Sciences16.a edición, Osol, A., ed., 1980.

Pueden prepararse preparaciones de liberación sostenida. Ejemplos adecuados de preparaciones de liberación sostenida incluyen matrices semipermeables de polímeros hidrófobos sólidos que contienen el agente terapéutico, matrices que están en forma de artículos conformados, por ejemplo, películas o microcápsulas. Los ejemplos de matrices de liberación sostenida incluyen poliésteres, hidrogeles (por ejemplo, poli(2-hidroxietil-metacrilato) o poli(vinilalcohol)), polilactidas (patente de EE. UU. n.° 3.773.919), copolímeros de ácido L-glutámico y y etil-L-glutamato, acetato de etileno-vinilo no degradable, copolímeros de ácido láctico-ácido glicólico degradables, tales como la serie LUPRON DEPOT™ (microesferas inyectables compuestas por un copolímero de ácido láctico-ácido glicólico y acetato de leuprolida) y poli-ácido D-(-)-3-hidroxibutírico.

Las formulaciones que se van a utilizar para su administraciónin vivodeben ser estériles. Esto se lleva a cabo fácilmente mediante filtración a través de membranas de filtración estériles.

V. Ejemplos

Los siguientes son ejemplos de los métodos de la invención. Se entiende que pueden ponerse en práctica diversas realizaciones diferentes, dada la descripción general proporcionada anteriormente.

Ejemplo 1. Asociación entre patotipos inmunohistoquímicos (IHC) y niveles de expresión génica de individuos que tienen artritis reumatoide (AR)

Se recogieron biopsias sinoviales guiadas por ecografía de una cohorte de 129 individuos inscritos en la cohortePathobiology of Early Arthritis(PEAC), una población de pacientes con artritis reumatoide (AR) temprana sin tratamiento con menos de 12 meses de duración de los síntomas. Se realizaron análisis histológicos y experimentos de micromatrices de expresión génica en tejidos sinoviales aislados para identificar marcadores celulares y de expresión génica específicos de cada patotipo, se evaluó la asociación entre los patrones de expresión génica y la evolución de la enfermedad y se identificaron posibles biomarcadores con fines pronósticos y predictivos.

Diseño del estudio

144 individuos con AR que cumplían los criterios de clasificación de la AR del American College of Rheumatology (ACR)/European League Against Rheumatism (EULAR) de 2010 se inscribieron en el Barts Health National Health Service (NHS) como parte de la cohorte multicéntrica Pathobiology of Early Arthritis (PEAC) financiada por el Medical Research Council (MRC). El estudio recibió la aprobación ética local y todas los individuos dieron su consentimiento informado por escrito. Los individuos presentaban sinovitis clínicamente definida, pero con una duración de los síntomas inferior a 12 meses. Las características de los sujetos del estudio se resumen en la figura 1A. En resumen, la puntuación media DAS28-ESR era de 5,6 (DE 1,5), aproximadamente el 65% eran positivos para el factor reumatoide y/o anticuerpos antipéptido citrulinado (AAPC), y el 20 % tenían al menos una erosión radiográfica. Todos los pacientes no habían recibido tratamiento con fármacos antirreumáticos modificadores de la enfermedad (FARME) ni esteroides. Tras la inscripción y la obtención de los parámetros demográficos y clínicos de la enfermedad, los individuos se sometieron a una biopsia sinovial mínimamente invasiva guiada por ecografía (US) de una articulación clínicamente activa (Figura 1B). La mayoría de las articulaciones biopsiadas en esta cohorte procedían de la muñeca (aproximadamente un 65 %), con representación adicional de las articulaciones MCF/AIFP/MTF (aproximadamente un 15 %), mientras que la rodilla y el codo juntos comprendían aproximadamente un 20 % (Figura 1C). Posteriormente, se les inició un tratamiento convencional con FARME (metotrexato (MTX), sulfasalasina (SSZ) y/o hidroxicloroquina (HCQ)) y/o dosis bajas de esteroides (intramusculares u orales). Se siguió un enfoque de intensificación del tratamiento por objetivos con el objetivo de conseguir una baja actividad de la enfermedad: puntuación de actividad de la enfermedad en 28 articulaciones (DAS28) <3,2. A las personas que fracasaron con el tratamiento con FARME se les inició un tratamiento biológico de acuerdo con el algoritmo de prescripción del National Institute for Clinical Excellence (NICE) de Reino Unido para personas con AR si seguían teniendo una DAS28 >5,1 a los 6 meses. Después de 6 meses de tratamiento, se realizó una segunda biopsia sinovial en la misma articulación (salvo contraindicación clínica), junto con la evaluación de la actividad de la enfermedad. En el momento de la biopsia se recogieron las puntuaciones de la ecografía tanto para la articulación biopsiada individual como para una puntuación global de la articulación. Inmediatamente antes del inicio, se adquirieron imágenes longitudinales convencionales de biopsia sinovial guiada por US de las articulaciones metacarpofalángicas (MCF) 1.a a 5.a y vistas de la línea media, radial y cubital de ambas articulaciones de la muñeca, además de las imágenes convencionales de la articulación sometida a biopsia sinovial guiada por ecografía. Las imágenes se sometieron posteriormente a una evaluación semicuantitativa (SC) por parte de un evaluador cegado (IL) tanto para el engrosamiento sinovial (ES) como para la actividad doppler de potencia (DP) de acuerdo con las puntuaciones de sinovitis US de las medidas de resultado EULAR en reumatología (OMERACT) convencional (grado 0 a 3). Para cada individuo, se calcularon las puntuaciones medias totales iniciales (12máx) de ES (ESUS) y DP (DPUS) derivando la media de las puntuaciones totales de ES y DP de las 12 articulaciones, incluida la puntuación máxima en la muñeca. También se registraron el ESUS y DPUS de la articulación biopsiada. Las radiografías simples anonimizadas de manos y pies realizadas al inicio y a los 12 meses de seguimiento fueron puntuadas en orden secuencial temporal de acuerdo con la puntuación Sharp modificada de Van der Heijde (ShSS) por un lector entrenado.

Identificación de patotipos sinoviales basada en la histología

Para clasificar a los individuos en patotipos de enfermedad, las muestras de tejido de biopsia sinovial se evaluaron mediante métodos inmunohistoquímicos. Se embebieron en parafina un mínimo de seis biopsias y se sometieron secciones de 3 pM a tinción rutinaria con hematoxilina y eosina (H&E) y se evaluó su morfología y la integridad de la muestra. Las muestras de tejido sinovial recogidas de 129 de los 144 individuos reclutados cumplían los criterios de integridad de la muestra y se procesaron para análisis posteriores. Para determinar el grado de infiltración de células inmunitarias, las secciones cortadas secuencialmente se sometieron a tinción para linfocitos B (CD20), linfocitos T (CD3), macrófagos (CD68) y células plasmáticas (CD138). A continuación, las secciones se sometieron a una puntuación SQ (0-4) para CD3, CD20, Cd 68 de membrana (CD68I) y submembrana (CD68sl), y número de CD138. Se observó la presencia de agregados CD20+ dentro de tejido sinovial, y los agregados se clasificaron (1-3) de acuerdo con un sistema de puntuación publicado previamente (Humbyet al.PLos Medicine 6(1):e1, 2009).

A continuación, las biopsias se estratificaron en 1 de 3 patotipos sinoviales de acuerdo con los siguientes criterios: (i) Linfoide: presencia de agregados CD20+ de grado 2-3, (CD20 >2) y/o CD138 >2; (ii) Mieloide: CD68 SL >2, CD20 <1 y/o CD3 >1, CD138 <2; y (iii) Paucinmunofibroide: CD68 SL <2 y<c>D3, CD20 y CD138 <1. En la figura 2A se muestran microfotografías representativas. En conjunto, el 39% de los individuos tenía un patotipo linfoide (n = 51) rico en células inmunitarias (linfocitos T, B y células plasmáticas); el 34 % tenía un patotipo mieloide (n = 44) caracterizado por el predominio de macrófagos y linfocitos T, pero pocos linfocitos B y células plasmáticas; y el 27 % tenía un patotipo paucinmunofibroide (n = 34) caracterizado por la expansión de los fibroblastos, pero muy pocas células inmunitarias (Figura 2B).

Identificación de marcadores de expresión génica específicos de cada patotipo

Para identificar los genes que se expresaban de forma diferencial entre los tres principales grupos de patotipos, se extrajo ARN total del tejido sinovial recogido del subconjunto de individuos PEAC. Las muestras sinoviales se homogeneizaron en reactivo TRIzol (ThermoFisher Scientific, Life Technologies, Invitrogen Division, Reino Unido) utilizando un homogeneizador rotor-estator tras el cizallamiento con una aguja del calibre 26. El ARN total se aisló de acuerdo con el protocolo del fabricante y se almacenó a -80 °C. Todas las muestras de ARN se cuantificaron mediante análisis espectrofotométrico realizado en el sistema NanoDrop-ND2000C (Lab Tech, Reino Unido). La integridad del ARN se determinó mediante electroforesis RNA Nanochip en el sistema Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Reino Unido). Tras la confirmación de la integridad del ARN, se utilizó 1 |jg de ARN total, cuando estaba disponible, para la preparación de bibliotecas utilizando el kit TruSeq RNA Sample Preparation v2 (Illumina). Las bibliotecas generadas se amplificaron primero con 10 ciclos de PCR, el tamaño de las bibliotecas se confirmó usando un dispositivo 2200 TapeStation y cinta de exploración High Sensitivity D1K (Agilent Technologies) y su concentración se determinó mediante un método basado en qPCR que utiliza el kit de cuantificación de bibliotecas (KAPA). Las bibliotecas se multiplexaron primero (cinco por carril) y, a continuación, se secuenciaron en Illumina HiSeq2500 (Illumina) para generar 50 millones de lecturas de 75 pb de extremo pareado.

El procesamiento y análisis de los datos de secuenciación del ARN se realizó con el lenguaje de programación R, junto con paquetes del proyecto Bioconductor. Las lecturas de secuenciación de ARN se procesaron con el paquete HTSeqGenie Bioconductor (v. 4.0.1). En resumen, las lecturas se alinearon con la secuencia de referencia del genoma humano (compilación 38) utilizando el algoritmo GSNAP y los siguientes parámetros:-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 -pairmax-rna =200000 -clip-overlap.Se contaron los pares de lecturas alineados de forma única que se encontraban dentro de exones para obtener una estimación de los niveles de expresión de genes individuales. Además, los datos se normalizaron mediante la transformación estabilizadora de la varianza implementada en el paquete DESeq2 Bioconductor.

Para identificar genes específicos del patotipo, el análisis de expresión diferencial se realizó sobre los patotipos clasificados en un estudio previo de micromatrices (número de registro GEO GSE48780; Denniset al.Arthritis Research and Therapy. 16(2): R90, 2014). Se realizaron comparaciones por pares entre las muestras en los patotipos paucinmunofibroide, mieloide y linfoide. Los genes se seleccionaron para un patotipo si mostraban una expresión diferencial con cada uno de los otros dos patotipos con un valor depajustado de Benjamini-Hochberg <0,01. A continuación, se consultaron estos genes en los datos de sec. de ARN iniciales de un subconjunto de 90 individuos de la cohorte PEAC.

Para cada conjunto de genes específicos del patotipo, se identificaron los 50 genes que mejor se correlacionaban con el primer componente principal de los datos de expresión transformados en la puntuación z para ese conjunto de genes. También se incluyó adicionalmente un conjunto de 87 genes previamente implicados en la patobiología de la AR. Los niveles de expresión determinados por NANOSTRING® concordaron con los medidos por secuenciación de ARN, en las muestras que disponían de ambas mediciones (Figura 2C). Los análisis de los datos de expresión de NANOSTRING® se realizaron con la versión 3.3.2 de R. Para los análisis de expresión diferencial, se utilizó el paquete limma Bioconductor con la configuración predeterminada. Se utilizó el método Benjamini-Hochberg para ajustar las pruebas múltiples, y se consideró que los genes tenían expresión diferencial si tenían un valor depajustado <0,01. Un examen más detallado de los marcadores del patotipo mieloide identificó dos grupos de genes, con una alta correlación dentro de cada grupo, pero sólo con una modesta correlación entre ellos. Se seleccionó el grupo más grande, que contenían marcadores conocidos de expresión de células mieloides, incluidos CD86, PILRA y C5AR1, como conjunto de genes marcadores del patotipo mieloide, reduciendo el conjunto de genes mieloides a 26 genes. El conjunto de datos final de NANOSTRING® incluía 212 sondas: 49 genes específicos de linfoide (Tabla 9), 26 genes específicos de mieloide (Tabla 10), 50 genes específicos de paucinmunofibroideo (Tabla 11), y 87 genes asociados a la biología de la AR (Tabla 12).

Tabla 9. Genes es ecíficos de linfoide

continuación

Tabla 10. Genes es ecíficos de mieloide

continuación

Tabla 11. n ífi inm n fibroide

continuación

Tabla 12. Genes asociados a la biolo ía de la AR

continuación

Las puntuaciones de eigengene específicas de cada patotipo predicen los patotipos determinados por inmunohistoquímica (IHC)Las puntuaciones de eigengene se calcularon como se describió anteriormente (véase, por ejemplo, Buenoet al.,Nature Genetics. 48(4):407-16, 2016.

Los valores de expresión génica se agruparon en una única puntuación por muestra. Se observó una correlación positiva entre el grado histológico sinovial y las puntuaciones de eigengene linfoide o mieloide y, en cambio, una correlación negativa entre la puntuación de eigengene paucinmunofibroide y el grado histológico sinovial (Figura 2D). Se utilizó una técnica de aprendizaje automático, k vecinos más cercanos, para desarrollar un predictor del patotipo determinado por IHC utilizando los eigengenes específicos del patotipo. Una metodología de validación cruzada de cinco veces predijo el patotipo IHC con una precisión del 64 % (kappa = 0,44). En general, el patotipo linfoide se predijo más fácilmente que el mieloide o el paucinmunofibroide, con la mayoría de las clasificaciones erróneas producidas entre paucinmunofibroide y mieloide. Esto sugiere que si bien el fenotipado molecular puede aproximarse al patotipo IHC, cada técnica aporta información complementaria alrededor de las muestras.

La agrupación no supervisada de los datos de expresión de NANOSTRING® mostró una fuerte agrupación de genes definidos por el patotipo en concordancia con su patotipo inicial cedido por la histología (Figura 3A). Las muestras clasificadas como linfoides o paucinmunofibroides mostraron la máxima expresión de la puntuación de eigengene linfoide o paucinmunofibroide, respectivamente (Figura 3B). Las muestras clasificadas como mieloides tenían niveles intermedios de la puntuación de eigengene mieloide, con mayor expresión que las muestras paucinmunofibroides, pero menor expresión que las muestras linfoides (Figuras 3B y 3C). Además, el uso de un ANOVA unidireccional para comparar la expresión génica entre los patotipos reveló que casi todos los genes medidos diferían significativamente entre los tres grupos; todos menos 1 de los 212 genes tenían un valor depajustado <0,01 (Figura 3D).

Las puntuaciones de eigengene paucinmunofibroide estaban inversamente correlacionadas con las puntuaciones de eigengene linfoide y mieloide, mientras que las puntuaciones de eigengene linfoide y mieloide se correlacionaron positivamente entre sí (Figura 4A). La comparación de muestras de patotipo mieloide con muestras de patotipo linfoide o paucinmunofibroide arrojó menos genes expresados diferencialmente, con una menor expresión de genes específicos linfoides en estas muestras en relación con el grupo combinado linfoide/paucinmunofibroide (Figura 4B). Esto es coherente con el algoritmo de puntuación utilizado para determinar los patotipos: las muestras mieloides se diferencian principalmente de las linfoides por una relativa falta de tinción de linfocitos B.

Tomados en conjunto, estos datos demuestran que los conjuntos de genes específicos de cada patotipo muestran una fuerte asociación con el patotipo determinado clínica e inmunohistoquímicamente.

Ejemplo 2. Asociación entre patotipo, niveles de expresión génica, covariables clínicas, actividad de la enfermedad y evolución de la enfermedad en individuos que tienen AR

Se evaluó la asociación entre el patotipo sinovial y los niveles de expresión génica con covariables clínicas para determinar si eran predictivos de la actividad y/o evolución de la enfermedad en individuos que con AR.

El patotipo sinovial y la expresión génica predicen la evolución radiográfica

Se evaluó la asociación de los patotipos iniciales o la expresión génica con el daño estructural en curso, medido mediante las puntuaciones de evolución radiográfica de Sharp-Van der Heijde (ShSS) a los 12 meses de la biopsia inicial. Aunque el patotipo inicial no era predictivo de la erosión o el estrechamiento del espacio articular a los 12 meses, los individuos linfoides mostraron un aumento significativamente mayor de ShSS y tenían mayor riesgo de enfermedad progresiva (AShSS >1) en relación con los individuos mieloides y paucinmunofibroides (Figura 5A). Cabe destacar que, de los 16 individuos que iniciaron posteriormente un tratamiento biológico entre los 6 y los 12 meses de seguimiento, una mayor proporción se encontraba dentro del grupo linfoide (22,8 %, 8/35) en comparación con el grupo mieloide/paucinmunofibroide (13,8 %, 8/58) (prueba exacta de Fisher,p= 0,27). Por tanto, a pesar de pautas de tratamiento más intensivas (incluidas tasas más elevadas de uso de agentes terapéuticos biológicos), los individuos con un patotipo linfoide eran significativamente más propensos a desarrollar una evolución del daño articular.

Para examinar los genes asociados a la evolución radiográfica posterior, se compararon los pacientes con progresión y sin progresión de ShSS en cuanto a la expresión génica previa al tratamiento (Figura 5B). Se identificaron 46 genes con un valor dep<0,05, incluidos los genes asociados a linfocitos B CD19, FCRL5 y BCMA. Una lista completa de estos genes figura en la tabla 1. La puntuación de eigengene linfoide antes del tratamiento fue significativamente elevada en los individuos que tenían una elevación de 12 meses en la puntuación de ShSS en comparación con los que no (Figura 5C). En cambio, las puntuaciones de eigengene mieloide y paucinmunofibroide no fueron elevadas en pacientes con progresión en comparación con los sin progresión (Figura 5C). Además, un conjunto de genes previamente definidos como expresados en los osteoclastos (a partir de un conjunto de datos de la base de datos Harmonizome) se expresaron en mayor medida en pacientes linfoides frente a pacientes mieloides y fibroides. El conjunto global de genes de osteoclastos estaba significativamente enriquecido en los pacientes linfoides frente a los demás (Figura 5D), lo que sugiere que el mecanismo de resorción ósea y la elevada infiltración de linfocitos B son simultáneos en estos pacientes, quizás como resultado de unas condiciones muy favorables para la osteoclastogénesis en la membrana sinovial. En cambio, los pacientes sin progresión tenían niveles elevados al inicio del estudio de genes asociados a paucinmunofibroideos, incluidos miembros de la familia FGF (es decir, Noggin) y la proteína de la capa intermedia del cartílago. De manera adicional, la osteoprotegrina, un receptor señuelo para el receptor activador del ligando del factor nuclear kappa-B (RANKL) y, por tanto, un regulador negativo de la osteoclastogénesis, también era elevado en los pacientes sin progresión.

Para determinar si los datos clínicos iniciales y de expresión génica podían combinarse en un modelo para predecir la evolución radiográfica, se emplearon dos enfoques complementarios: (1) una regresión logística acoplada a la selección de modelos hacia atrás para identificar un conjunto mínimo de predictores clínicos y (2) un método penalizado basado en la regresión logística, realizado mediante el procedimiento glm del paquete stats de R, con una penalización de regularización L1 (LASSO) para identificar los genes que mejoran el modelo clínico.

La regresión logística, acoplada a la selección de modelos por pasos hacia atrás se aplicó a los parámetros clínicos iniciales frente a una variable dependiente de evolución radiográfica a los 12 meses para seleccionar qué covariable clínica contribuía más a la predicción; Se consideraron 16 covariables clínicas iniciales como candidatas en el modelo de regresión. Las variables iniciales incluían el sexo, la edad, duración de la enfermedad, ESR, CRP, valor de FR, valor de AAPC (como variables continuas), VAS, número de articulaciones sensibles e hinchadas, DAS28-ESR inicial, respuesta EULAR a los 6 meses (categórica), HAQ inicial, 12 puntuaciones máximas de USST y USPD, y patotipo inicial (dos categorías: linfoide frente a paucinmunofibroide/mieloide). La selección de variables por pasos dio lugar a un modelo con 8 variables clínicas: valor inicial de FR, duración de la enfermedad, VAS, número de articulación inflamada, DAS28-ESR, patotipo inicial y 12 puntuaciones máximas de USST y USPD. A continuación, se aplicó LASSO a estas ocho covariables clínicas y a 46 genes identificados como significativamente expresados de forma diferencial entre pacientes con progresión y sin progresión para determinar el modelo de predicción disperso óptimo. El rendimiento predictivo de los modelos con los genes solos, con las covariables clínicas solas y con la combinación de genes y covariables clínicas se evaluó mediante el cálculo del área bajo la curva (ABC) de eficacia diagnóstica. El ABC representa la probabilidad de que para cualquier par de individuos seleccionados al azar con y sin evolución radiográfica, el individuo que tiene una evolución radiográfica tiene un mayor riesgo previsto. Un valor de 0,50 representa la ausencia de discriminación, y 1, la discriminación perfecta. Se evaluaron tanto las validaciones aparentes como las internas. El rendimiento predictivo aparente del modelo evaluado mediante el área bajo la curva (ABC) fue de 0,85 (IC del 95 %: 0,71 a 0,98) para las covariables clínicas solas y 0,91 (IC %: 0,79 a 1,0) para los genes solos (Figura 5E).

Un modelo que incorpora el valor de FR y la expresión de siete genes (CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A) incluidos en la tabla 2, dio lugar a una predicción de evolución con una relación lambda de 0,0631 (Figura 6A). Este modelo dio lugar a un perfeccionamiento de la predicción aparente del modelo (ABC 0,93; IC del 95%: 0,86 a 1; Figuras 5E y 6B). Se realizó un remuestreo con reposición para corregir el ABC de un posible sobreajuste. Para realizar el remuestreo con reposición, se extrajo una muestra aleatoria con reemplazamiento de la muestra original. En primer lugar, el modelo se entrenó con la muestra inicial, validado en la muestra original, y se calculó una estadística del ABC. A continuación, el modelo se entrenó y validó en la misma muestra inicial y se calculó otro valor muestral del ABC. Se calculó la diferencia entre las dos ABC y se repitió el procedimiento 500 veces. A continuación se promediaron las 500 diferencias para obtener una estimación del optimismo. La estimación corregida del optimismo del ABC se calculó como el ABC aparente menos el optimismo estimado. El ABC corregido por optimismo fue de 0,85 para el modelo clínico puro, 0,91 para el modelo de expresión génica pura y 0,93 para el modelo combinado clínico y de expresión génica, lo que sugiere que, si bien el examen de la expresión de los genes o de las covariables clínicas por sí solas da lugar a un modelo pronóstico fiable, incluidas tanto covariables clínicas como genes (es decir, CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A), en el modelo dio lugar a un modelo de pronóstico con un perfeccionamiento de la discriminación entre individuos con y sin evolución radiográfica en comparación con un modelo de pronóstico que sólo tenía en cuenta las covariables clínicas o la expresión génica por sí sola.

El patotipo linfoide sinovial y la puntuación de la expresión génica mieloide se correlacionan con la actividad general de la enfermedad de AR

Se compararon las características iniciales de la actividad de la enfermedad en todos los patotipos sinoviales sin que se identificaran diferencias significativas en la edad o la duración de la enfermedad entre los grupos (Figura 7A). Sin embargo, el patotipo linfoide tenía los niveles más elevados de ESR, CRP, valor de AAPC, recuentos de articulaciones inflamadas y puntuaciones DAS28-ESR. La evaluación radiográfica del daño articular indicó una tendencia a un estrechamiento más grave del espacio articular en el grupo linfoide. Además, la evaluación ecográfica indicó que el grupo linfoide tenía niveles significativamente superiores de engrosamiento sinovial y puntuaciones de Doppler de potencia (DP) (tanto dentro de la articulación biopsiada como en las puntuaciones DP globales), lo que indica la presencia de sinovitis y respalda la asociación clínica con la enfermedad activa. En cambio, el grupo paucinmunofibroideo tenía los niveles más bajos de reactantes de fase aguda, positividad de FR y AAPC, y puntuaciones ecográficas DP, a pesar de la presencia de enfermedad activa, según lo determinado clínicamente por la elevación de la DAS28-ESR, recuentos de articulaciones inflamadas, puntuaciones HAQ y VAS, y sinovitis determinada por ecografía.

La expresión de cada puntuación de eigengene se comparó con covariables clínicas de la actividad de la enfermedad, incluida la puntuación DAS28-ESR, ESR, CRP, recuento de la inflamación y sensibilidad de las articulaciones, escala analógica visual, puntuación HAQ DI y ecografía, tanto en la articulación biopsiada como en general, utilizando el método de correlación ordinal de sumas de Spearman (Figura 7B). La puntuación de eigengene mieloide estaba muy relacionada con muchos aspectos de la gravedad de la enfermedad, que incluyen ESR y CRP, recuentos de articulaciones, puntuación DAS28-ESR, puntuación HAQ DI y puntuación global de la ecografía DP. La puntuación de eigengene linfoide también se correlacionó con muchos de ellos, pero a un nivel inferior, y se asoció más con la ecografía (tanto Doppler de potencia como mediciones del engrosamiento sinovial) en la articulación biopsiada. Como se esperaba en función de las correlaciones de expresión génica, la puntuación de eigengene paucinmunofibroide se asoció negativamente con muchos aspectos de la actividad de la enfermedad.

En conjunto, estos datos muestran que el patotipo inicial o los niveles de expresión génica por sí solos, o junto con covariables clínicas, puede servir como biomarcador pronóstico tal cual de la evolución de la enfermedad en un individuo con AR. En consecuencia, la evaluación del patotipo inicial y de los niveles de expresión génica solos, o junto con covariables clínicas, se puede utilizar para identificar a individuos que tienen AR y que pueden beneficiarse de un tratamiento que incluya un agente terapéutico (por ejemplo, un agente terapéutico biológico) distinto de, o además de, un FARME. Estos resultados también sugieren que la actividad general de la enfermedad en un individuo está más estrechamente relacionada con la expresión de genes asociados a mieloides en la articulación, mientras que la elevación de los genes paucinmunofibroideos se asocia a una menor gravedad de la enfermedad en una serie de parámetros de actividad de la enfermedad.

Ejemplo 3. Asociación entre las puntuaciones de eigengene mieloide y linfoide y la respuesta al tratamiento con FARME

Como se analiza en el ejemplo 2, las puntuaciones de eigengene específicas del patotipo se correlacionaron con la actividad y la evolución de la enfermedad. Además, se evaluaron las puntuaciones de eigengene específicas del patotipo para determinar su asociación con la capacidad de respuesta de un individuo al tratamiento con FARME, y para determinar si podrían servir como biomarcadores para predecir y/o controlar la capacidad de respuesta al tratamiento con FARME.

Asociación de los patotipos previos al tratamiento y los niveles de expresión génica con la respuesta al tratamiento con FARME

Se comparó la respuesta al tratamiento con FARME de los individuos de los tres patotipos distintos determinados histológicamente, según lo determinado por un cambio en DAS28-ESR a los seis meses y los criterios de respuesta Eular. No se observó ninguna asociación significativa entre el estado inicial del patotipo y el resultado terapéutico, aunque cabe destacar que los individuos con patotipos mieloide y linfoide se trataron más a menudo con una combinación de metotrexato y otros FARME (Figura 8A), en consonancia con el enfoque de tratamiento selectivo utilizado para los individuos con una enfermedad más agresiva. El examen de las diferencias de expresión génica entre el inicio y los seis meses en los individuos que alcanzaron una buena respuesta Eular indicó que se redujeron múltiples vías inflamatorias, incluidos genes asociados a agregados linfoides (por ejemplo, CCL19, BTLA, IL21R, CXCL13, LTA y LTB) y citocinas inflamatorias (por ejemplo, IL6) (Figura 8B). En cambio, los individuos que no respondieron mostraron descensos menores en la expresión génica inflamatoria (Figura 8C), indicativos de sinovitis persistente.

A continuación, se evaluaron las puntuaciones de eigengene iniciales en busca de asociaciones con los resultados terapéuticos tras el tratamiento con FARME. Una mayor expresión de eigengene mieloide y linfoide (pero no paucinmunofibroide) se asoció con mayores descensos en las puntuaciones DAS28-ESR tras el tratamiento (p de Spearman = -0,3 (M),p= 0,003; p = -0,2l (L),p= 0,044; Figura 8d ).

Para determinar si las puntuaciones de eigengene del patotipo se veían afectadas por el tratamiento con FARME, las muestras iniciales y a los seis meses se compararon por separado para los individuos que lograron una buena respuesta y los que no respondieron al tratamiento con FARME. Los individuos que mostraron una buena respuesta al tratamiento con FARME tenían una expresión génica muy dinámica, con disminuciones significativas en las puntuaciones de eigengene linfoide y mieloide, y un aumento simultáneo en las puntuaciones de eigengene paucinmunofibroide (Figura 8E). Los que no respondieron presentaron un cambio más atenuado en la expresión génica, con una disminución significativa de la puntuación de eigengene linfoide, pero cambios muy variables en la puntuación de eigengene mieloide y paucinmunofibroide (Figura 8E).

En conjunto, estos datos demuestran que una puntuación de eigengene mieloide puede servir como biomarcador predictivo de la eficacia terapéutica de un tratamiento que incluya un FARME, solo o junto con una puntuación de eigengene linfoide. Por lo tanto, la evaluación de las puntuaciones de eigengene se puede utilizar, por ejemplo, para identificar a individuos que tienen AR y que pueden beneficiarse de un tratamiento que incluya un FARME, así como en el seguimiento de la respuesta a un tratamiento que incluya un FARME. Estos resultados indican también una presencia continuada de expresión génica mieloide en individuos con actividad continuada de la enfermedad a pesar del tratamiento con FARME.

Ejemplo 4. Asociación entre los niveles séricos de expresión génica y la patología sinovial

Se evaluaron los biomarcadores séricos circulantes, cuya hipótesis es la sobreexpresión en subconjuntos sinoviales de la enfermedad (Denniset al.Arthritis Research and Therapy. 16(2): R90, 2014) para determinar su potencial para servir como medidas fiables de la actividad de la enfermedad en la cohorte PEAC.

Los biomarcadores séricos reflejan la fisiopatología sinovial

Se evaluaron muestras de suero de 111 individuos al inicio del estudio para determinar los niveles de molécula de adhesión intercelular soluble 1 (sICAM1), la quimiocina 13 con motivo C-X-C (CXCL13), la interleucina 8 (IL-8) y la metaloproteinasa de matriz-3 (MMP3) mediante ensayos de electroquimioluminiscencia personalizados que incorporan reactivos de bloqueo del diluyente de la muestra para minimizar las interferencias de los anticuerpos heterófilos. La CXCL13 sérica se correlacionó con los parámetros globales de la enfermedad, incluida la puntuación DAS28, las mediciones serológicas y ecográficas de la actividad de la enfermedad y la histología sinovial (Figuras 9A y 9B). La MMP-3 sérica también mostró una correlación modesta pero significativa con los reactantes de fase aguda y la puntuación DAS, así como con la histología sinovial (Figuras 9A y 9B). En concreto, tanto CXCL13 como MMP3 estaban elevadas en individuos con un patotipo linfoide, en comparación con los otros dos patotipos (Figuras 9C y 9D). En cambio, sICAM1 e IL-8 presentaron correlaciones modestas y variables con los índices clínicos, tal como las puntuaciones de las articulaciones sensibles, los reactantes de fase aguda, los valores de autoanticuerpos y puntuaciones de sensibilidad articular (Figuras 9A y 9B), a pesar de informes previos de elevación en individuos que tienen AR (Denniset al.Arthritis Research and Therapy. 16(2): R90, 2014; Cascaoet al.Arthritis Research & Therapy.

12(5):R196, 2010.

En resumen, estos datos demuestran que la elevación de algunas, pero no en todas, las proteínas inflamatorias en el suero de la AR se correlaciona con la sinovitis y la actividad clínica de la enfermedad.

Claims (20)

REIVINDICACIONES

1. Un método para predecir la evolución de la enfermedad en un individuo que tiene artritis reumatoide (AR), comprendiendo el método la determinación de un nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una muestra del individuo, en donde un aumento en los niveles de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en relación con un nivel de expresión de referencia identifica al individuo como uno que tiene más probabilidades de presentar evolución de la enfermedad.

2. El método de la reivindicación 1, en donde la evolución de la enfermedad es una evolución radiográfica, opcionalmente, en donde la evolución radiográfica secaracteriza porun aumento de la puntuación Sharp (ShSS) modificada por Van der Heijde.

3. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una media del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

4. El método de la reivindicación 3, en donde la media del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una media de un nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

5. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una mediana del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

6. El método de la reivindicación 5, en donde la mediana del nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es una mediana de un nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

7. El método de la reivindicación 4 o 6, en donde el nivel de expresión normalizado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A es el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A normalizado a un gen de referencia.

8. El método de la reivindicación 7, en donde el gen de referencia es ACTB, GAPDH, GUSB, HPRT1, PGK1, RPL19, TUBB, TMEM55B o una combinación de los mismos.

9. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión de referencia es un nivel de expresión preasignado de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A.

10. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión de referencia es el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en una población de referencia de individuos que tienen AR y que no se han tratado previamente con un FARME, consistiendo la población de referencia de individuos en un primer subconjunto de individuos que presentan evolución de la enfermedad y un segundo subconjunto de individuos que no presentan evolución de la enfermedad, en donde el nivel de expresión de referencia separa significativamente los subconjuntos de individuos primero y segundo en función de una diferencia significativa entre el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, d En ND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A en el primer subconjunto de individuos en comparación con el del segundo subconjunto de individuos.

11. El método de la reivindicación 10, en donde el primer subconjunto de individuos presentó evolución de la enfermedad y el segundo subconjunto de individuos no presentó evolución de la enfermedad después de aproximadamente 12 meses.

12. El método de la reivindicación 1 o 2, que comprende además la determinación de una o más covariables clínicas del individuo.

13. El método de la reivindicación 12, en donde la una o más covariables clínicas son una o más de: puntuación de actividad de la enfermedad 28-velocidad de sedimentación globular (DAS28-ESR), puntuación de actividad de la enfermedad 28-proteína C reactiva (DAS28-CRP), valor del factor reumatoide (FR), duración de la enfermedad, patotipo inicial y 12 puntuaciones máx. de engrosamiento sinovial por ultrasonidos (USST) y Doppler de potencia por ultrasonidos (USPD).

14. El método de la reivindicación 13, en donde la covariable clínica es DAS28-ESR o un valor de FR.

15. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión es un nivel de expresión de ácido nucleico, opcionalmente, en donde el nivel de expresión del ácido nucleico es un nivel de expresión de ARNm; opcionalmente, en donde el nivel de expresión del ARNm se determina por recuento digital directo de ácidos nucleicos, sec. de ARN, RT-qPCR, qPCR, qPCR múltiple o RT-qPCR, análisis de micromatrices o una combinación de los mismos.

16. El método de la reivindicación 1 o 2, en donde el nivel de expresión es un nivel de expresión de proteína, opcionalmente, en donde el nivel de expresión de la proteína se determina mediante un inmunoensayo, tecnología de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS), nefelometría, tecnología de aptámeros o una combinación de los mismos.

17. Un agente terapéutico para la artritis reumatoide (AR) distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME) para su uso en el tratamiento de una persona con AR, en donde el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1,<d>E<n>ND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A aumenta en una muestra del individuo en relación con un nivel de expresión de referencia, y el tratamiento comprende administrar al individuo el agente terapéutico distinto de, o además de, un fármaco antirreumático modificador de la enfermedad (FARME).

18. Un agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en el tratamiento de un individuo que tiene AR, en donde el tratamiento comprende administrar el agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME al individuo, y en donde el individuo se ha identificado como uno que tiene mayor probabilidad de presentar evolución de la enfermedad por el método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16.

19. El agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso de una cualquiera de las reivindicaciones 17 a 18, en donde se ha determinado una o más covariables clínicas para el individuo.

20. El agente terapéutico para la AR distinto de, o además de, un FARME para su uso en un tratamiento de un individuo que tiene AR de la reivindicación 18 que comprende además administrar al individuo el agente terapéutico distinto de, o además de, un FARME basado en el nivel de expresión de CD180, CSF2, CXCL1, DENND1C, MMP10, SDC1 y UBASH3A determinado en la reivindicación 18.