ES2733948T3 - Doble carbonilo reductasa mutante y aplicación de la misma - Google Patents
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Abstract
Una dicetorreductasa (DKR) mutante, que comprende una de las secuencias de aminoácidos, que se muestran como en la SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 6.
Description
DESCRIPCIÓN
Doble carbonilo reductasa mutante y aplicación de la misma
Campo técnico de la invención
La invención se refiere a una dicetorreductasa (DKR) mutante y a una aplicación de la misma, y, en particular, a una DKR mutante, obtenida por mutagénesis de saturación dirigida al sitio, y cuyas propiedades, tal como la actividad catalítica, están mejoradas, y una aplicación de la DKR mutante para la preparación de un compuesto 3R,5S hidroxilo.
Antecedentes de la invención
La carbonilo reductasa es un tipo de oxidorreductasa, y tiene un importante papel en muchos procesos de biotransformación de organismos biológicos. Basándose en su capacidad en la generación de manera catalítica de alcoholes quirales con alta enantioselectividad, la carbonilo reductasa se aplica habitualmente como un biocatalizador muy importante para la síntesis de intermediarios quirales en la industria química y farmacéutica. La DKR puede reducir estereoselectivamente dos carbonilos de un éster de dicetoácido simultáneamente para dar lugar al correspondiente hidroxilo, y se puede utilizar para sintetizar intermediarios farmacológicos clave, sintetizar particularmente un ácido dihidroxi hexanoico quiral de un fármaco estatina tal como los fármacos para bajar el colesterol que se venden por todo el mundo atorvastatina y rosuvastatina.
Las DKR conocidas en la actualidad se pueden utilizar como un biocatalizador para reducir un sustrato dicetona en una etapa para preparar un intermediario quiral 3R, 5S-dihidroxi-6-benzoil-tert-butil hexanoato de un fármaco estatina para la disminución de lípidos con aproximadamente una única pureza óptica, simplificando de esta manera las etapas de síntesis y reduciendo la producción de polución. Sin embargo, la aplicación en producción industrial sigue teniendo algunos problemas por resolver. Por ejemplo, la actividad catalítica enzimática baja equivale a una gran cantidad de enzima líquida y a un aumento del volumen total del sistema de reacción, lo que aumenta los lotes de producción y los costes de producción. Estos problemas se pueden resolver por evolución dirigida para mejorar la actividad catalítica de la DKR. Como biocatalizador, una enzima puede desarrollar completamente sus características de alta eficacia y alta especificidad en un sistema biológico. Sin embargo, existen los problemas comunes de inadaptabilidad a una condición de producción industrial, la baja capacidad catalítica de un sustrato no natural y similares durante las aplicaciones industriales. Es necesario modificar las moléculas enzimáticas para que cumplan diferentes requisitos de la aplicación mediante métodos de modificación proteica. Los métodos de modificación proteica se pueden resumir en tres: diseño racional, diseño irracional y diseño semi-racional.
El diseño racional se refiere al cambio de aminoácidos individuales en las moléculas proteicas mediante mutagénesis dirigida al sitio u otros métodos basados en el conocimiento de la estructura espacial de las proteínas, generando de esta manera proteínas con nuevas características. Este método es teóricamente alto en relevancia, y se utiliza principalmente para la modificación de la actividad catalítica de apoenzimas naturales, especificidad de sustrato y estabilidad, cambio de tipo de inhibidor, especificidad de la coenzima y similares.
La tecnología de mutagénesis de saturación dirigida al sitio es una tecnología importante en la modificación proteica, que pertenece al diseño semi-racional, que combina ventajas del diseño racional y el diseño irracional, superando los defectos respectivos y modificando un código genético de una proteína diana (tal como un gen de la cepa PR4 de Rhodococcus erythropolis que codifica una supuesta 3-hidroxbutiril-CoA deshidrogenasa como se publica en M. Sekine et al.: "Sequence analysis of three plasmids harboured in Rhodococcus erythropolis strain PR4", Environmental Mircobiology 2006, 8(2), páginas 334-346) para conseguir un mutante cuyo aminoácido en un sitio diana se sustituye por otros 19 aminoácidos respectivamente en poco tiempo. Esta tecnología no solo es una herramienta potente para la modificación dirigida de proteínas, sino también es un medio importante para la investigación de la relación estructura-función de las proteínas. Las investigaciones demuestran que la mutagénesis multisitio siempre puede obtener una evolución más ideal que la que se obtiene por mutagénesis de un único sitio. La mutagénesis multisitio es improbable que se implemente directamente por mutagénesis dirigida al sitio. Sin embargo, la mutagénesis de saturación dirigida al sitio puede aumentar la diversidad de mutantes y es simple de manipular.
Por lo tanto, si se pudiera utilizar una tecnología de mutagénesis de saturación dirigida al sitio para modificar la DKR mejorando su actividad catalítica y especificidad de sustrato y/o estabilidad, los problemas de la gran cantidad de líquido enzimático, los altos costes de producción y similares de la técnica anterior se podrían resolver.
Sumario de la invención
En vista de lo anterior, la invención pretende modificar la DKR mediante una tecnología de mutagénesis de saturación dirigida al sitio para mejorar su actividad catalítica y especificidad de sustrato y/o estabilidad.
El primer aspecto de la invención se refiere a una DKR mutante, que comprende una de las secuencias de
aminoácidos que se muestran en las SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 6.
En otra realización, la DKR mutante comprende la secuencia de aminoácidos que se muestra como SEQ ID NO: 1, 2, o 3.
En otra realización, la DKR mutante comprende la secuencia de aminoácidos que se muestra como SEQ ID NO: 2. El segundo aspecto de la invención se refiere a una secuencia de nucleótidos codificante de la DKR mutante mencionada anteriormente, en la que la secuencia de nucleótidos codificante no contiene una secuencia que se muestra como SEQ ID NO: 8.
En una realización, la secuencia de nucleótidos codificante comprende una secuencia que se muestra como SEQ ID NO: 9-14.
El tercer aspecto de la invención se refiere a un casete de expresión que comprende la secuencia de nucleótidos codificante mencionada anteriormente.
El cuarto aspecto de la invención se refiere a un vector recombinante unido eficazmente con la secuencia de nucleótidos codificante, preferentemente, el vector recombinante es un vector de expresión recombinante.
El quinto aspecto de la invención se refiere a una célula huésped que comprende el vector recombinante mencionado anteriormente.
El sexto aspecto de la invención se refiere a un método para la producción de un compuesto 3R, 5S-dihidroxilo, que incluye las siguientes etapas: poner en contacto la DKR mutante mencionada anteriormente o una proteína codificada por la secuencia de nucleótidos codificante mencionada anteriormente o una proteína obtenida mediante el casete de expresión mencionado anteriormente o el vector mencionado anteriormente o la célula huésped mencionada anteriormente con un compuesto dicetona en condiciones que hagan que la DKR actúe durante un periodo de tiempo,
en el que el compuesto dicetona es un material en bruto comercial del mercado o un compuesto cetona de preparación fácil
con la fórmula general I:
(fórmula 1)
en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena.
En una realización, el compuesto dicetona se selecciona de entre 6-benciloxi-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato, 6-benciloxi-3,5-dioxo-neopentil hexanoato, 6-benciloxi-3,5-dioxo-metil hexanoato y 6-benciloxi-3,5-dioxo-etil hexanoato. En otras palabras, la mutación genética de la DKR mutante con mejor actividad enzimática se obtiene por un método que lleva a cabo la mutación genética tomando un gen de DKR (que se muestra como la SEQ ID NO: 7) de una cepa SK121 de Rhodococcus erythropolis como gen parental y se lleva a cabo por exploración dirigida.
En la invención, una secuencia de aminoácidos de la DKR mutante derivada de la cepa SK121 de Rhodococcus erythropolis incluye las siguientes secuencias:
(1) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 1: un sitio de mutación es F231W:
MTELKQITVLGTGVLGSQIAYQTACHGFDWAYDINAEVIEKAKARFDSLAAA
YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAIPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVWVNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPWGPFQIMDWGLTTVYNISSQGGEKQREFADYIKKNYIDEGKLGVAV GDGFYNYKG;
(2) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 2: los sitios de mutación son I94V+F231W:
MTELKQITVLGTGVLGSQIAYQTACHGFDWAYDINAEVIEKAKARFDSLAAA
YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAVPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVWVNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPWGPFQIMDWGLTTVYNISSQGGEKQREFADYIKKNYIDEGKLGVAV GDGFYNYKG;
(3) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 3: los sitios de mutación son 194V+V151Q+F231W:
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YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAVPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVWVNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPWGPFQIMDWGLTTVYNISSQGGEKQREFADYIKKNYIDEGKLGVAV GDGFYNYKG;
(4) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 4: los sitios de mutación son V2391+R257K:
MTELKQITVLGTGVLGSQIAYQTACHGFDWAYDINAEVIEKAKARFDSLAAA
YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAIPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVVWNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPFGPFQIMDIVGLTTVYNISSQGGEKQKEFADYIKKNYIDEGKLGVAVG DGFYNYKG;
(5) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 5: los sitios de mutación son V151Q+R257K:
MTELKQITVLGTGVLGSQIAYQTACHGFDWAYDINAEVIEKAKARFDSLAAA
YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAIPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVWQNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPFGPFQIMDVVGLTTVYNISSQGGEKQKEFADYIKKNYIDEGKLGVAV GDGFYNYKG; o
(6) una secuencia de aminoácidos que se muestra como la SEQ ID NO: 6: los sitios de mutación son I94V+V151Q:
MTELKQITVLGTGVLGSQIAYQTACHGFDWAYDINAEVIEKAKARFDSLAAA
YKAENVEGAKEGKADEALQRITYSYDLGEAVAKADLVIEAVPEDIAIKRDTYEKLAT VAPEHTVFATNSSTLLPSDLKEFTGRPEKFLALHFANHVWQNNTAEVMGTESTDP AVYREWEFAKNIGMVPIELKKEKAGYVLNSLLVPLLNAASDLLIDGIADPDMVDKT WRIGTGAPFGPFQIMDVVGLTTVYNISSQGGEKQREFADYIKKNYIDEGKLGVAV GDGFYNYKG;
una secuencia codificante de ácido desoxirribonucleico (ADN) de la DKR mutante que incluye las siguientes secuencias de ADN:
(1) SEQ ID NO: 9, que se obtiene mutando TTC en TGG en el sitio de 691-693 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8;
(2) SEQ ID NO: 10, que se obtiene mutando TTC en TGG en el sitio de 691-693 pb y mutando ATT en GTT, GTC, GTA, o GTG en el sitio de 280-282 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8;
(3) SEQ ID NO: 11, que se obtiene mutando TTC en TGG en el sitio de 691-693 pb y mutando ATT en GTT, g Tc , GTA, o GTG en el sitio de 280-282 pb, y mutando GTC en CAA o CAG en el sitio de 451-453 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8;
(4) SEQ ID NO: 12, que se obtiene mutando GTC en ATT, ATC o ATA en el sitio de 751-717 pb, y mutando CGC en AAA o AAG en el sitio de 769-771 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8;
(5) SEQ ID NO: 13: que se obtiene mutando GTC en CAA o CAG en el sitio de 451-453 pb, y mutando CGC en AAA o AAG en el sitio de 769-771 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8;
(6) SEQ ID NO: 14: que se obtiene mutando GTC en CAA o CAG en el sitio de 451-453 pb, y mutando ATT en GTT, GTC, GTA o GTG en el sitio de 280-282 pb en la secuencia genética de DKR que se muestra como SEQ ID NO: 8.
Cuando la mutante de la invención se utiliza para la preparación de un compuesto 3R, 5S-dihidroxilo, el valor ee del compuesto 3R, 5S-dihidroxilo es mayor del 99 % y un valor de es aproximadamente del 90 %. La DKR mutante es un intermediario farmacéutico clave, y proporcionar particularmente un catalizador eficaz para la síntesis de una cadena de dihidroxi hexanoato quiral de un fármaco estatina, de manera que el coste de producción industrial del compuesto 3R, 5S-dihidroxilo se reduce mucho.
Breve descripción de los dibujos
La Fig. 1 es un proceso de reacción química de la síntesis de un compuesto 3R,5S-dihidroxilo de acuerdo con la invención;
La Fig. 2 es una ecuación de la reacción química de la síntesis de 3R,5S-dihidroxi-6-benciloxi-tert-butil hexanoato de acuerdo
con la invención;
La Fig. 3 es una ecuación de la reacción química de la síntesis de 3R,5S-dihidroxi-6-benciloxi-tert-butil hexanoato de acuerdo
con la invención;
La Fig. 4 es un diagrama que imita la estructura tridimensional de DKR unida al dinucleótido nicotinamida adenina (NAD);
y
La Fig. 5 es un diagrama que imita la estructura tridimensional de una DKR marcando los sitios de mutación eficaces.
Descripción detallada de las realizaciones
En la invención, se adopta un método de mutagénesis de saturación dirigida al sitio para mutar un gen DKR parental, cambiando de esta manera una secuencia de aminoácidos de DKR, e implementando un cambio de la estructura proteica y función, obteniendo entonces una DKR mutante con una actividad enzimática muy mejorada mediante un método de exploración dirigida, y mejorando la actividad enzimática para que sea más de dos veces e incluso el triple de la de la DKR parental, reduciendo mucho el coste de producción industrial de un compuesto 3R, 5S-dihidroxilo. En algunas realizaciones, un valor ee del producto obtenido es mayor del 99 % y un valor de es aproximadamente del 90 %.
De acuerdo con una realización de la invención, una cantidad de DKR mutante de la invención que se utiliza en un procedimiento para producir un compuesto 3R, 5S-dihidroxilo solamente es el 34 % de la cantidad de DKR codificada por un gen parental, y la mutante es adecuada para su aplicación industrial.
En una realización de la invención, se adopta una tecnología de mutagénesis de saturación dirigida al sitio para llevar a cabo la mutación genética tomando un gen DKR derivado de una cepa SK121 de Rhodococcus erythropolis como gen de partida, y entonces se obtiene la DKR mutante con mejor actividad enzimática mediante un método de exploración dirigida. Un resto de aminoácido mutado de la DKR mutante de la invención se posiciona en un sitio de unión al sustrato o un área relacionada con el sustrato y la unión a NAD y relacionada con la transferencia de protones con NAD. Por ejemplo, I94 se posiciones en un área de unión a NAD y cuatro aminoácidos (es decir, V151, F231, V239 y R257) se posicionan en la vecindad del sitio de unión al sustrato. Cambiando estos aminoácidos se puede mejorar la especificidad de unión al sustrato, mejorando de esta manera la actividad enzimática. Un resultado experimental de la invención muestra que la mutación simple F231W puede mejorar espectacularmente la actividad de la DKR. La introducción adicional de la mutación I94V y/o V151Q sobre la base de la mutación F231W pueden mejorar adicionalmente la actividad de la DKR. La combinación de la mutación R257K y V239I o V151Q puede
mejorar espectacularmente la actividad de la DKR.
La DKR mutante obtenida se puede conectar genéticamente a un pET-22b (+) y otro vector de expresión mediante medios de modificación genética, y entonces expresarse en exceso en Escherichia coli. El peso molecular de la DKR mutante expresada en exceso en la SDS-PAGE es aproximadamente de 30 KD, y puede reducir un correspondiente sustrato dicetona en una etapa en condiciones de 30 °C y un pH de 6,0 para obtener el compuesto 3R, 5S-dihidroxilo con una pureza óptica más alta.
El material dicetona en bruto correspondiente al compuesto 3R, 5S-dihidroxilo en la invención puede ser un material en bruto comercial del mercado o un compuesto cetónico de preparación fácil con la fórmula química general
en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena. El producto dihidroxilo se expresa mediante la siguiente fórmula química general:
en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena.
Definiciones
El término "identidad" utilizado en la invención tiene el significado conocido habitualmente en el campo, y los expertos en la técnica conocen bien las reglas y convenciones para medir la identidad de diferentes secuencias. En la invención, las secuencias limitadas por diferentes grados de identidad también son necesarias para tener una actividad de DKR mejorada. Los expertos en la técnica conocen bien un método y medio para medir la actividad de una DKR y explorar una secuencia mutante. Los expertos en la técnica pueden obtener fácilmente dicha secuencia mutante con la guía de los contenidos de la invención. En algunas realizaciones una secuencia de DKR mutante es una secuencia de aminoácidos que tiene una identidad de al menos aproximadamente un 75 %, 80 %, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, 99,1 %, 99,2 %, 99,3 %, 99,4 %, 99,5 % o 99,6 % con la secuencia que se muestra en la SEQ ID NO: 7 u 8 y tiene o codifica una proteína con actividad DKR mejorada. Por ejemplo, se puede sustituir uno o más restos de aminoácido de la secuencia de aminoácidos con aminoácidos conservadores y, por ejemplo, el uno o más restos de aminoácidos son los restos de aminoácido 1,2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40 o 50. Los aminoácidos conservadores entre los aminoácidos son conocidos en el campo.
La expresión "actividad mejorada de DKR" que se utiliza en la invención se refiere a que la bioactividad de un DKR obtenida por tecnología de mutagénesis de saturación dirigida al sitio está mejorada en cuanto a la DKR de partida, por ejemplo, mejor actividad catalítica, ampliación del espectro de sustratos, mejor estabilidad térmica, mejor estabilidad de pH, o aumento de la cantidad de expresión, y por ejemplo, está mejorada en al menos un 5 %, 10 %, 20 %, 30 %, 40 %, 50 %, 100 %, 150 %, 200 %, 500 % o más en comparación con la de la DKR de partida.
La expresión "condiciones de alta rigurosidad" que se utiliza en la invención se puede definir de la siguiente manera: (1) se adoptan una fuerza iónica débil y alta temperatura para el lavado, por ejemplo, 0,015 M de cloruro sódico/0,0015 M de citrato sódico/0,1 % de sulfato dodecil sódico, 50 °C; (2) se adopta un desnaturalizante tal como la formamida en un proceso de hibridación, por ejemplo, un 50 % (v/v) de formamida y un 0, 1 % de seroalbúmina bovina/0,1 % de Ficoll/un 0,1 % de polivinilpirrolidona/50 mM de solución de tampón de fosfato sódico con un pH de 6,5, que incluye 750 mM de cloruro sódico y 75 mM de citrato sódico, 42 °C; o (3) se adopta un 50 % de formamida, 5x s Sc (0,75 M de NaCl y 0,075 M de citrato sódico), 50 mM de fosfato sódico (pH 6,8), un 0,1 % de pirofosfato sódico, 5 X de solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón tratado ultrasónicamente (50 g/ml), un 0,1 % de SDS y un 10 % de sulfato de dextrano, 42 °C, se lleva a cabo el lavado en 0,2 x SCC (cloruro sódico/citrato sódico) y un 50 % de formamida a 42 °C, 55 °C, y se lleva a cabo un lavado altamente riguroso en 0,1 x SSC que contiene EDTA a 55 °C.
La expresión "casete de expresión" que se utiliza en la invención se refiere a una molécula de ácido nucleico en forma de anillo o lineal , que cubre a Dn y secuencias de ácido ribonucleico (ARN) capaces de dirigir secuencias de nucleótidos específicas que se van a expresar en las células huésped apropiadas e incluye en general un promotor
unido eficazmente con un polinucleótido diana, que se une eficazmente de manera aleatoria con una señal de terminación y/u otros elementos de regulación. El casete de expresión puede incluir adicionalmente secuencias necesarias para corregir la traducción de las secuencias de nucleótidos. Un área codificante codifica habitualmente proteínas diana, y también codifica un ARN funcional diana en una dirección en sentido o antisentido, por ejemplo, un ARN antisentido o un ARN no traducido. Un casete de expresión que incluye una secuencia de polinucleótido diana puede estar integrado, refiriéndose a que al menos un componente y al menos otro componente son heterogéneos. Un casete de expresión también puede existir naturalmente, pero se obtiene en forma de recombinación eficaz para la expresión heterogénea.
La expresión "unido eficazmente" que se utiliza en la invención se refiere a dicha manera de unión en la que un nucleótido codificante tiene una posición apropiada del vector para hacer que el nucleótido codificante se copie, transcriba o exprese correcta y fluidamente.
El término vector que se utiliza en la invención incluye cualquier plásmido, cósmido, bacteriófago o molécula de ácido nucleico binario de Agrobacterium tumefaciens en una forma de doble cadena o cadena sencilla, linear o con forma de anillo, es preferentemente un vector de expresión recombinante, puede ser un vector de expresión en procariotas, puede ser también un vector de expresión en eucariotas, y es preferentemente un vector de expresión en procariotas. En algunas realizaciones, el vector recombinante se selecciona de entre pET-22b(+), pET-3a(+), pET-3d(+), pET-11a(+), pET-12a(+), pET-14b(+), pET-15b(+), pET-16b(+), pET-17b(+), pET-19b(+), pET-20b(+), pET-21a(+), pET-23a(+), pET-23b(+), pET-24a(+), pET-25b(+), pET-26b(+), pET-27b(+), pET-28a(+), pET-29a(+), pET-30a(+), pET-31b(+), pET-32a(+), pET-35b(+), pET-38b(+), pET-39b(+), pET-40b(+), pET-41a(+), pET-41b(+), pET-42a(+), pET-43a(+), pET-43b(+), pET-44a(+), pET-49b(+), pQE2, pQE9, pQE30, pQE31, pQE32, pQE40, pQE70, pQE80, pRSET-A, pRSET-B, pRSET-C, pGEX-5X-1, pGEX-6p-1, pGEX-6p-2, pBV220, pBV221, pBV222, pTrc99A, pTwin1, pEZZ18, pKK232-18, pUC-18 o pUC-19. En algunas realizaciones, el vector es el pET-22b (+). La expresión "célula huésped" que se utiliza en la invención incluye una célula procariota, una levadura o una célula eucariota superior. Una célula procariota apropiada incluye, pero no se limita a, eubacterias, tal como organismos gramnegativos o grampositivos, tales como Escherichia coli o enterobacteriáceas. Se pueden obtener públicamente distintas cepas de Escherichia coli.
La expresión "condición que hace que la DKR actúe" que se utiliza en la invención se refiere a una condición capaz de hacer que la DKR catalice su sustrato para transformarlo en un producto correspondiente. En algunas realizaciones, la "condición que hace que la DKR actúe" incluye la DKR, el sustrato de la DKR, una coenzima y un sistema tampón apropiado.
La expresión "contactar durante un periodo de tiempo" que se utiliza en la invención se refiere a hacer reaccionar la DKR mutante con su sustrato de reacción durante un tiempo suficiente en condiciones que hagan que la DKR actúe hasta transformar al menos parcialmente el sustrato en un producto correspondiente.
Los expertos en la técnica saben que, aunque se adopta "incluye" como expresión cuando el polinucleótido se define en la invención, no significa que otras secuencias no relacionadas con la función del polinucleótidos se puedan añadir libremente a los dos extremos del polinucleótido. Los expertos en la técnica saben que es necesario añadir sitios de digestión enzimática de enzimas de restricción a los dos extremos del polinucleótido o añadir codones de inicio, codones de terminación y similares. Por lo tanto, la definición de un anticuerpo tetravalente biespecífico adoptando una expresión cerrada puede no cubrir realmente estas condiciones.
Los expertos en la técnica saben que se pueden sustituir uno o más codones de una secuencia de nucleótidos de manera equivalente en condiciones que no cambien los aminoácidos codificados, y, por ejemplo, los uno o más codones son codones tales como 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40 o 50 codones. La tabla de aplicación de codones se conoce bien en el campo.
La invención se describirá adicionalmente a continuación con realizaciones no restrictivas.
Los siguientes métodos experimentales son métodos convencionales si no hay anotaciones especiales, y los materiales experimentales adoptados pueden obtenerse fácilmente en compañías comerciales si no hay anotaciones especiales. Los distintos anticuerpos adoptados en las siguientes realizaciones de la invención son anticuerpos comerciales convencionales.
Realización
Realización 1: mutagénesis de saturación dirigida al sitio de DKR (SEQ ID NO: 7) derivada de una cepa SK121 de Rhodococcus erythropolis
Una secuencia de aminoácidos de la DKR se simula en una estructura tridimensional de una proteína en el modelo de un sitio de internet suizo, entonces se simula la unión de un sustrato y la proteína mediante Docking, y se lleva a cabo finalmente el análisis Pymol para seleccionar un aminoácido relacionado con el sustrato y la unión a NAD y
relacionado con la transferencia de protones con NAD como aminoácido mutado (Fig. 4).
Un cebador de mutación correspondiente (Tabla 1) es diseñado por Primmer5.0 de acuerdo con el aminoácido mutado y sus secuencias flanqueantes (el aminoácido mutado se refiere al sitio de mutación en la Tabla 1). Se obtiene un fragmento lineal completo mediante la reacción en cadena de polimerasa (PCR) de plásmido completo tomando un vector de expresión pET22b (+) (adquirido en Novagen y con un número de producto de 69744) que contiene un gen DKR como matriz, y después se retira la matriz parental mediante digestión con DPn I, el producto de la PCR se transfiere en Escherichia coli BL21(DE3) y se reviste en una placa de cultivo LB que contiene 50 pg/ml de ampicilina para el cultivo durante una noche a 37 °C.
Tabla 1 Secuencia de cebadores de muta énesis de saturación diri ida al sitio
continuación
Realización 2: exploración preliminar de una DKR mutante
De acuerdo con los contenidos de la realización 1, una única colonia de la placa de cultivo se selecciona y se inocula en una placa de 96 pocillos profundos, se pre-añaden 0,5 mililitros de medio de cultivo LB líquido que contenía 50 |jg/ml de ampicilina en cada pocillo, se lleva a cabo un agitado durante 3 h a 37 °C, después se añade IPTG hasta una concentración de 0,2 mM, se llevó a cabo la expresión inducida durante 16 h a 18 °C, se llevó a cabo una centrifugación a 6.000 g durante 10 min para recolectar las bacterias, se destruyen las células bacterianas mediante un disruptor ultrasónico (JY92-2D, Ningbo Xinzhi Biotechnology Co., Ltd.), se llevó a cabo la centrifugación a 4 °C durante 20 min a 10.000 g para obtener el sobrenadante, y la exploración preliminar de actividad se llevó a cabo mediante un lector de microplacas. Se añadieron 30 ml de DMSO en la placa de 96 pocillos, 1,5 ml de un material principal en bruto 6-benciloxi-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato (disuelto en DMSO a 30 mg/ml), 2,5 ml de NADH (20 mg/ml) y 216 ml de una solución de tampón de fosfato (100 mM, pH = 6,0) se añaden en una placa de 96 pocillos, la detección del fondo se llevó a cabo a 340 nm, se añaden 50 ml de la enzima mutante líquida en cada pocillo y se detecta inmediatamente una carga de un valor de absorción fotométrica a 340 nm a 30 °C.
Una fórmula de cálculo de la actividad enzimática: actividad enzimática (u/ml) = (AA x 60 x V1) / (6,22 x t x V2) AA: un valor cambiado de absorción fotométrica en un proceso de reacción;
V1: un volumen total de un sistema de reacción;
6,22: un coeficiente de extinción;
t: tiempo de detección de AA; y
V1: el volumen de la enzima líquida añadida.
Realización 3: exploración secundaria de una DKR mutante
Una mutante cuya actividad enzimática es mayor que la de la cepa parental de la realización 2 se inocula en 500 ml de medio de cultivo líquido LB que contenía 50 jg/ml de ampicilina, se lleva a cabo el agitado del cultivo a 37 °C hasta una DO600=0.6, se añade IPTG hasta una concentración final de 0,2 mM, y se llevó a cabo la inducción de la expresión a 18 °C. Después de llevar a cabo la inducción durante 16 h, se lleva a cabo una centrifugación a 6.000 g
durante 10 min para recolectar las bacterias. Las células bacterianas se destruyen mediante un disruptor ultrasónico (JY92-2D, Ningbo Xinzhi Biotechnology Co., Ltd.), y se lleva a cabo una centrifugación a 4 °C durante 20 min a 10.000 g para obtener el sobrenadante para la detección de la actividad. Se añadieron 0,05 g de material principal en bruto
(6-benciloxi-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato) y 0,5 ml de polietilenglicol PEG-400 en un matraz de reacción de 10 ml, se añaden 4,0 ml de solución tampón de fosfato (100 mM, pH = 6,0) después de disolver el material en bruto, y el material principal en bruto se dispersa uniformemente en la solución tampón, y se añaden 1,5 mg de NAD+, 20,6 mg de formato amónico, 10 mg de coenzima formato deshidrogenasa y 0,5 ml de DKR, el pH del sistema es 6,0, y la temperatura del sistema se conserva a 30 /-3 °C durante 16 h, después se lleva a cabo un rastreo con Cromatografía de capa fina (TLC), un sistema con un punto obvio de producto de transformación y un punto de material principal en bruto no obvio se seleccionaron por extracción en etil acetato, se llevó a cabo el reposo para la separación del líquido, y se extrajo una fase orgánica mediante un análisis de cromatografía líquida de altas prestaciones (HPLC).
Una mutante cuya actividad catalítica es mayor que la de la cepa parental se selecciona para la secuenciación, análisis del sitio de mutación y cultivo a gran escala, se repitió la medición de la actividad catalítica para confirmar las mutantes, la actividad catalítica de los mutantes F231W (SEQ ID NO: 1), I94V+ F231W (SEQ ID NO: 2), I94V+ F231W (SEQ ID NO: 3), V239I+ R257K (SEQ ID NO: 4), V151Q+ R257K (SEQ ID NO: 5), I94V+ V151Q (SEQ ID NO: 6) está extraordinariamente mejorada en comparación con la de la cepa parental, y los resultados de la exploración secundaria se muestran en la Tabla 2. El análisis de simulación por computadora se llevó a cabo en una estructura tridimensional de la DKR adoptando un software, en el que se posiciona I94 en un área de unión a NAD, cuatro aminoácidos V151, F231, V239, R257 se posicionaron en la vecindad de los sitios de unión al sustrato, y el cambio de estos aminoácidos puede mejorar la especificidad de unión al sustrato, mejorando de esta manera la actividad enzimática (Fig. 5).
Tabla 2 Comparación de actividad de 3R, 5S-dihidroxi-6-benzoil-tert-butil hexanoato preparado mediante DKR de la ce a arental mutantes
Realización 4: clonación y expresión de una DKR mutante
Con el fin de facilitar la expresión e identificación de una DKR mutante, se diseñaron sitios de digestión de enzimas de restricción compatibles en los extremos 5' y 3' de su gen. La digestión enzimática se lleva a cabo respectivamente en un gen diana y pET-22b(+) (también se pueden utilizar otros plásmidos de expresión que expresen proteínas en Escherichia coli ) al mismo tiempo utilizando NdeI y XhoI, la reacción de conexión se lleva a cabo sobre los fragmentos mayores del gen diana digerido enzimáticamente y el plásmido mediante la ADN ligasa T4, se transforma un producto de la conexión en una célula competente de la cepa DH5a de Escherichia coli , y se reviste una placa plana de cultivo LB que contiene 50 pg/ml de ampicilina con la célula transformada para su cultivo durante una noche a 37 °C.
Se selecciona una única colonia cultivada en la placa de cultivo y se inocula en un medio de cultivo LB líquido que contiene 50 mg/ml de ampicilina, se lleva a cabo el agitado del cultivo durante una noche a 37 °C, se recolectan las bacterias para la extracción del plásmido, la identificación por PCR y la identificación de la digestión enzimática dual,
y entonces el vector clonado correctamente se denomina pET22b(+)-R-M y se transforma en Escherichia coli BL21 (DE3), y se reviste una placa plana de cultivo LB que contiene 50 mg/ml de ampicilina con la Escherichia coli BL21 (DE3), para su cultivo durante una noche a 37 °C. Se selecciona una única colonia cultivada en la placa de cultivo plana y se inocula en 5 ml de medio de cultivo LB líquido que contiene 50 mg/ml de ampicilina para la identificación con PCR de colonia y posteriormente se lleva a cabo la inducción de la expresión en Escherichia coli que contiene un vector de expresión correcto. El líquido bacteriano se transfiere a 500 ml de medio de cultivo LB líquido que contiene 50 mg/ml de ampicilina, se lleva a cabo el agitado del cultivo a 37 °C hasta una DO600=0,5~ 0,6, se añade IPTG hasta una concentración final de 0,2 ~1,0 mM respectivamente, se lleva cabo la expresión inducida durante 10 a 16 h a 18-25 °C, se extrae la solución bacteriana, se lleva a cabo la centrifugación a 6.000 g durante 10 min para recolectar las bacterias y las bacterias se congelan y conservan para su uso posterior a -20 °C. Las células de las bacterias se destruyen mediante un disruptor ultrasónico (JY92-2D, Ningbo Xinzhi Biotechnology Co., Ltd ), se lleva a cabo la centrifugación durante 20 min a 10.000 g y 4 °C para obtener el sobrenadante y los precipitados, y se lleva a cabo la detección por SDS-PAGE en el sobrenadante mediante un dispositivo de electroforesis vertical. El peso molecular de la DKR mutante en SDS-PAGE es de aproximadamente 30 KD.
Realización 5: aplicación de la DKR mutante I94V+F231W a la preparación de un compuesto 3R, 5S-dihidroxilo
Un compuesto dicetona consistente con la fórmula general I
(fórmula general 1) se selecciona como un material inicial en bruto, en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena. El producto dihidroxilo se expresa mediante la siguiente fórmula química general II:
(fórmula general II), en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena.
(1) aplicación de la DKR mutante I94V+F231W para la preparación de un compuesto 3R, 5S-dihidroxi-6-benciloxitert-butil hexanoato
Se añadieron 5 g de material principal en bruto 6-benciloxi-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato:
y 20 ml de polietilenglicol PEG-400 en un matraz de reacción de 250 ml, se añadieron 160 ml de solución tampón de fosfato (100 mM, pH=6,0) después de que se disolvieran los materiales en bruto, y el material principal en bruto se dispersó uniformemente en la solución tampón; se añadieron 0,15 g de NAD+, 20,6 g de formato amónico, 0,25 g de coenzima formato deshidrogenasa y enzima en bruto líquida de 2 ph de DKR mutante I94V F231W, el pH del sistema es 6,0 y la temperatura se conserva durante 17 h a 30 /-3 °C; y se terminó la reacción mediante 200 ml de etil acetato, se llevó a cabo la filtración mediante 125 g de tierra de diatomeas, se llevó a cabo la extracción dos veces con 200 ml de etil acetato, se dejó en reposo para la separación de líquidos, y se secó una fase orgánica, se filtró y se concentró para obtener un producto en bruto, en el que la proporción de
(6-benzoil-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato) en el sistema del producto 3R, 5S-dihidroxi-6-benciloxi-tert-butil hexanoato es 86-91 %, el rendimiento es del 80-86 %, el valor ee es mayor del 99,5 % y el valor de es del 88-95 %.
Claims (9)
1. Una dicetorreductasa (DKR) mutante, que comprende una de las secuencias de aminoácidos, que se muestran como en la SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 6.
2. Una secuencia de nucleótidos codificante de la DKR mutante de acuerdo con la reivindicación 1.
3. La secuencia de nucleótidos codificante de acuerdo con la reivindicación 1, en donde la secuencia de nucleótidos codificante comprende las secuencias, que se muestran como SEQ ID NO: 9-14.
4. Un casete de expresión, que comprende la secuencia de nucleótidos codificante de acuerdo con las reivindicaciones 2 o 3.
5. Un vector recombinante, al que se ha unido eficazmente la secuencia de nucleótidos codificante, de acuerdo con las reivindicaciones 2 o 3.
6. El vector recombinante de acuerdo con la reivindicación 5, en el que el vector recombinante es un vector de expresión recombinante.
7. Una célula huésped, que comprende el vector recombinante, de acuerdo con las reivindicaciones 5 o 6.
8. Un método para la producción de un compuesto 3R,5S-dihidroxilo, que comprende las siguientes etapas: producir la DKR mutante de acuerdo con la reivindicación 1, o una proteína codificada por la secuencia de nucleótidos codificante de acuerdo con las reivindicaciones 2 o 3, o una proteína obtenida mediante el casete de expresión de acuerdo con la reivindicación 4 o el vector recombinante de acuerdo con la reivindicación 5 o la célula huésped de acuerdo con la reivindicación 7 para ponerla en contacto con un compuesto dicetona en condiciones que hagan que la DKR actúe durante un periodo de tiempo,
siendo el compuesto dicetona un material en bruto comercial del mercado o un compuesto cetona de fácil preparación con la fórmula general I:
en la que R1 se selecciona de entre un grupo aromático, un grupo alquilo, una base nafténica, una base aromática sustituida con un alquilo, un arilo sustituido con un halógeno, un heterociclo heterocicloaromático aromático, un heterocicloalquilo o un heterocicloalquilo sustituido con un alquilo; y R2 se selecciona de entre un grupo alquilo, una base nafténica, un grupo haloalquilo o una base nafténica halógena.
9. El método para la producción del compuesto 3R,5S-dihidroxilo de acuerdo con la reivindicación 8, en el que el compuesto dicetona se selecciona de entre 6-benciloxi-3,5-dioxo-tert-butil hexanoato, 6-benciloxi-3,5-dioxo-neopentil hexanoato, 6-benciloxi-3,5-dioxo-metil hexanoato y 6-benciloxi-3,5-dioxo-etil hexanoato.
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