ES2689547T3

ES2689547T3 - Genes marcadores para la clasificación de cáncer de próstata

Info

Publication number: ES2689547T3
Application number: ES12775526.2T
Authority: ES
Inventors: Chunde Li; Zhuochun PENG; Lambert SKOOG
Original assignee: Chundsell Medicals AB
Current assignee: Prostatype Genomics AB
Priority date: 2011-10-24
Filing date: 2012-10-24
Publication date: 2018-11-14
Anticipated expiration: 2032-10-24
Also published as: CA2852020C; CN104024436B; CN104024436A; EP2771481B1; CA2852020A1; WO2013060739A1; US20180080088A1; EP2771481A1; DK2771481T3; US12060617B2; SE1150982A1; JP2015501151A; US9790555B2; SE536352C2; JP6049739B2; US20140243433A1; US20210017606A1

Abstract

Un método de clasificar un cáncer de próstata en un sujeto, que comprende: a) determinar un nivel de expresión génica de los genes F3 e IGFBP3 y uno o más de los genes VGLL3 y c- MAF en una muestra del sujeto; b) clasificar el tumor comparando el nivel de expresión génica determinado en a) con una expresión génica de referencia de los mismos genes en pacientes de referencia que se sabe tienen un tumor de bajo riesgo, de riesgo intermedio o de alto riesgo, respectivamente, y c) concluir que si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de bajo riesgo, el tumor en el sujeto es un tumor de bajo riesgo, que si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de riesgo intermedio, el tumor en el sujeto es un tumor de riesgo intermedio y si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de alto riesgo, el tumor en el sujeto es un tumor de alto riesgo.

Description

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DESCRIPCIÓN

Genes marcadores para la clasificación de cáncer de próstata Campo de la invención

La presente invención se refiere al campo de la clasificación, los pronósticos y el tratamiento del cáncer, en particular del cáncer de próstata.

Antecedentes de la invención

El pronóstico preciso y la predicción de la supervivencia global y específica del cáncer en el momento del diagnóstico de cáncer de próstata son de suma importancia para la mejora del estado actual de la opción de tratamiento personalizado entre la prostatectomía radical, radioterapia, terapia de castración y espera vigilante (Shariat et al., Cancer 2008, 113:3075-3099, Touijer et al., Cancer 2009, 115:3107 - 3111; Freedland, Cancer 2011, 117: 1123-1153). La prostatectomía radical y la radioterapia curativa para hombres con cáncer de próstata localizado pueden reducir la mortalidad y prolongar la vida de pacientes con cáncer agresivo. Por otro lado, para pacientes con cáncer menos agresivo, que potencialmente no necesitan tratamientos radicales o curativos, tales terapias pueden causar complicaciones innecesarias y efectos secundarios. Para los pacientes con cáncer menos agresivo, la observación vigilante o la vigilancia activa puede ser una opción adecuada. Sin embargo, los métodos de pronóstico y predictivos actuales basados en parámetros clínicos comunes - incluyendo la edad en el momento del diagnóstico, el nivel de PSA sérico, la puntuación de Gleason de biopsias y el estadio clínico - no pueden distinguir con precisión entre cánceres menos agresivos y agresivos en el estadio localizado. Tampoco pueden identificar qué tipo de cáncer puede controlarse efectivamente mediante la terapia de castración cuando la enfermedad se vuelve peligrosa.

Para los pacientes cuyos cánceres ya están avanzados en el momento del diagnóstico o han recaído después de tratamientos curativos, la castración química o quirúrgica puede paliar los síntomas y retrasar la progresión de la enfermedad. Desafortunadamente, el efecto y los efectos secundarios de la terapia de castración muestran una fuerte variación entre los pacientes. Algunos pueden vivir más de cinco años con efectos secundarios mínimos, mientras que otros pueden morir por metástasis resistente a la castración en el espacio de tres años o morir por efectos cardiovasculares y otros efectos secundarios del tratamiento de castración. Actualmente no existen métodos que puedan predecir qué tipo de pacientes se beneficiarían más de la terapia de castración.

Una mayoría de los cánceres de próstata progresan tan lentamente que nunca pueden alcanzar la etapa de riesgo vital, principalmente debido a la vejez y otras enfermedades que compiten entre sí. Sin embargo, una pequeña proporción de cánceres de próstata progresa muy rápidamente y mata a los pacientes en menos de cinco años. En el momento del diagnóstico por parámetros clínicos convencionales, que incluyen la edad, el grado del tumor, la puntuación de Gleason, el estadio clínico y la co-morbilidad, la predicción de la supervivencia global y específica del cáncer puede alcanzar una precisión de hasta 60-70%. Incluso pacientes con los mismos parámetros de pronóstico clínico pueden mostrar una fuerte diferencia en la supervivencia, así como en la respuesta al tratamiento. Por lo tanto, el cáncer de próstata es un diagnóstico patológico (morfológico) que puede incluir varios subgrupos o subtipos biológicos diferentes.

Existe la necesidad de un método que pueda distinguir estos subgrupos biológicos o subtipos de pacientes con cáncer de próstata. También existe la necesidad de un método que pueda clasificar estos subtipos en tumores agresivos o de alto riesgo y tumores menos agresivos o de bajo riesgo, así como un método que pueda predecir la supervivencia de los pacientes con el subtipo de tumor respectivo. Además, existe la necesidad de un método que pueda utilizarse para tomar una decisión de tratamiento para pacientes que tienen un tumor del subtipo respectivo, posiblemente también teniendo en cuenta parámetros clínicos.

Técnica anterior

El documento de patente WO2008/013492 A1 describe un enfoque para identificar genes relacionados con células madre embrionarias, denominados genes predictores de tumores ES (genes ESTP), que pueden ser importantes para la función de células madre del cáncer. Se identificaron 641 genes de ESTP y se encontraron útiles para la clasificación de tumores de cáncer de próstata.

El documento de patente WO09021338 A1 describe un método para el pronóstico de un cáncer, p. ej., cáncer de próstata, en un sujeto mediante la detección de una firma de eventos de corte y empalme. F3 se menciona como uno de los muchos genes que se pueden utilizar.

El documento de patente WO0171355 describe el análisis simultáneo de PSA, IGF-I e IGFBP-3 en plasma sanguíneo para predecir el riesgo de que un hombre contraiga cáncer de próstata.

El documento US2003054419 A1 describe un método para determinar el riesgo de progresión de un paciente con cáncer de próstata después de la terapia, en el que se miden los niveles de TGF-p1, IGFBP-2 o IGFBP-3 en plasma.

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Los documentos de patente WO10006048 A y US2009298082 A describen métodos para predecir la capacidad de supervivencia del paciente diagnosticado con cáncer de próstata y si un sujeto con recurrencia de PSA desarrollará posteriormente una enfermedad sistémica, respectivamente. En ambas divulgaciones, IGFBP3 se menciona como uno de muchos genes que se pueden utilizar, junto con otros marcadores moleculares.

Los documentos WO09105154 y WO06028867A describen un método para determinar un pronóstico para un individuo que tiene cáncer y un método de diagnóstico para el mieloma múltiple. c-MAF se menciona como uno de los muchos genes que se pueden utilizar.

El documento WO10101888A describe un método para interferir con la actividad de CTGF, en el que la actividad de CTGF está asociada con metástasis de cáncer de próstata.

MEHTA H ET AL, GROWTH HORMONE AND IGF RESEARCH, CHURCHILL LIVINGSTONE, LONDRES GB, vol. 20, 1 de enero de 2010, página S15 describe el papel de IGFBP3 como gen supresor de metástasis para el cáncer de próstata.

STRUBOS M H ET AL, EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, vol. 46, n° 11, 1 de Julio de 2010, páginas 2027-2035 propone que TF (F3) se puede utilizar para predecir la supervivencia en pacientes de cáncer de próstata resistentes a la castración.

Objeto de la invención

Es un objeto de la presente invención proporcionar marcadores moleculares útiles para la clasificación, para la predicción del pronóstico y para guiar las decisiones de tratamiento del cáncer de próstata en un sujeto.

Es otro objeto de la presente invención proporcionar nuevos métodos para clasificar el cáncer de próstata en un sujeto, así como para usar la clasificación para predecir el pronóstico del sujeto y para tomar una decisión de tratamiento para el sujeto.

Es un objeto adicional de la presente invención proporcionar un método para tomar una decisión en el tratamiento de un sujeto que tiene cáncer de próstata, basado en el subtipo de tumor del sujeto. Se describen también herramientas para clasificar cánceres de próstata o tumores en un sujeto.

Descripción de la invención

Identificación de genes y firmas de genes que se correlacionan significativamente con la supervivencia en sujetos con cáncer de próstata

Para respaldar el concepto de subtipo biológico, estudios previos que utilizaron micromatrices de ADNc de genoma completo han clasificado el cáncer de mama y el cáncer de próstata en subtipos moleculares con distintas características clínicas y patológicas. La presente descripción amplía aún más el concepto y la importancia. En lugar de utilizar únicamente los análisis estadísticos, la selección de marcadores de genes candidatos en el presente estudio fue impulsado por una hipótesis de célula madre del cáncer (CSC) / célula madre embrionaria (ESC), que pretende identificar eficazmente solo unos pocos marcadores de genes ESC/CSC más importantes. Este enfoque ha demostrado ser eficaz, ya que los marcadores de predicción de genes más importantes identificados en el presente estudio fueron de la lista de predictores de genes de células madre embrionarias identificados (ESCGPs).

Los autores de la invención plantearon la hipótesis de que la agresividad biológica del cáncer de próstata y su respuesta a la terapia de castración están determinadas principalmente por patrones de expresión génica importantes en células madre de cáncer de próstata (CSCs) (Visvader, Nature 2011, 469:314-22; Ratajczak et al, Differentiation 2011, 81:153-161; Lang et al., J Pathol 2009, 217:299-306). También se formuló la hipótesis de que los genes que tienen funciones importantes en células madre embrionarias (ESCs) también pueden tener importancia en las CSCs de próstata. Por lo tanto, la medición directa de los patrones de expresión de genes relacionados con ESC en células de cáncer de próstata reflejaría la agresividad biológica del cáncer y permitiría la predicción del efecto de la terapia de castración, así como la predicción de la supervivencia del paciente.

Basándose en esta hipótesis, los autores de la invención han identificado previamente genes, es decir, predictores de genes de células madre embrionarias (ESCGPs) que tienen niveles consistentemente altos o consistentemente bajos de expresión en líneas ESC (documento WO 2008/013492 A1). Brevemente, los ESCGPs se identificaron analizando conjuntos de datos previamente publicados de datos de micromatrices de ADNc de genoma completo derivados de 5 líneas ESC humanas y 115 tejidos humanos normales de diferentes órganos mediante el uso de SAM simple de una clase, por el cual los genes se clasificaron en orden de acuerdo con su grado de consistencia en los niveles de expresión en los ESCs. Esto se basó en el concepto de que los genes con niveles de expresión consistentemente altos o consistentemente bajos en todas las líneas ESC pueden tener funciones significativas para mantener el estado ESC y sus cambios de expresión en diferentes patrones pueden conducir a la diferenciación hacia diferentes direcciones. Estos genes ESC también pueden tener funciones para mantener diferentes estados

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de CSCs y, por lo tanto, diferentes patrones de expresión de genes ESC en CSCs pueden clasificar tumores en diferentes subtipos con diferente agresividad biológica y sensibilidad a diferentes tipos de tratamientos. Partiendo de esta lista de ESCGPs, el presente estudio identificó algunos marcadores genéticos de pronóstico y predictivos importantes para el cáncer de próstata.

De la lista de 641 ESCGPs identificadas en el documento WO 2008/013492 A1, se seleccionó un subconjunto de 33 ESCGPs en el presente estudio, como candidatos que pueden permitir la clasificación de cánceres de próstata utilizando menos ESCGPs. Los candidatos se seleccionaron de acuerdo con tres criterios tal como se describe en el Ejemplo 2A (véase también la Figura 1), es decir, de acuerdo con su posición de clasificación en la lista ESCGP y de acuerdo con sus listas de genes de posiciones de clasificación de un estudio previo (Lapointe et al, Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101:811-816) que identificaron genes que podrían utilizarse para la clasificación de subtipos de cáncer de próstata y genes que podrían distinguir entre el cáncer de próstata y los tejidos normales.

Además, 5 genes que no eran de la lista ESCGP se seleccionaron de acuerdo con un cuarto criterio; se informó y se sabe que son importantes en el cáncer de próstata. Los genes reseñados se utilizaron como controles para evaluar la importancia de los genes ECSGP en relación con los genes que no pertenecen a ESCGP en la clasificación del cáncer de próstata. Además, podrían incluirse, en potencia, en una firma de marcador molecular para su uso en la clasificación del cáncer de próstata.

La expresión de 33 ESCGPs seleccionados y 5 genes reseñados en tres líneas celulares de cáncer de próstata diferentes se investigó mediante RT-PCR (véase el Ejemplo 2B). De los 33 genes, se identificaron 24 genes (19 ESCGPs y 5 genes reseñados) que tenían diferentes patrones de expresión en la línea celular LNCap menos agresiva en comparación con las líneas celulares DU145 y PC3 agresivas (véase la Figura 2). Se consideró que estos 24 genes tenían más probabilidades de ser útiles para la clasificación del tumor para distinguir entre cánceres menos agresivos y más agresivos. Por lo tanto, los 24 genes (25 marcadores genéticos) se seleccionaron para la optimización de qPCR múltiple y la evaluación de la capacidad para clasificar el cáncer de próstata en muestras de aspiración con aguja fina (FNA) de 189 pacientes con cáncer de próstata con resultado clínico conocido (véase el Ejemplo 3A). Los genes cuyo perfil de expresión se correlacionó con la supervivencia se identificaron primero por análisis en un conjunto de entrenamiento, es decir, un subconjunto de la cohorte completa de 189 pacientes. La capacidad de los genes significativos identificados para clasificar los tumores se confirmó después mediante análisis en la cohorte de pacientes completa.

Todos los pacientes en la presente cohorte tenían cáncer de próstata clínicamente significativo y la mayoría (80%) de los pacientes no fueron tratados mediante prostatectomía radical o radioterapia de dosis completa, sino solo mediante terapia de castración cuando la enfermedad avanzó. Por lo tanto, los datos de supervivencia no estuvieron influenciados por el efecto curativo de los tratamientos radicales, que cuando se utilizan en una fase temprana en algunos pacientes con cáncer biológicamente agresivo podrían eliminar el cáncer y, por lo tanto, la amenaza de la vida. En la presente cohorte, el tiempo de seguimiento fue de 7-20 años y la mayoría (94.5%) de los pacientes fallecieron, lo que permitió un análisis completo del tiempo real de supervivencia total con datos censurados mínimos. Estas características aseguraron el descubrimiento de nuevos biomarcadores para la predicción de la supervivencia y fueron únicos en comparación con la mayoría de los estudios previos en los que se ha utilizado la supervivencia exenta de recurrencia o progreso de PSA como sustituto para la supervivencia global y específica para el cáncer.

En el presente estudio, tanto la supervivencia global como la supervivencia específica para el cáncer se utilizaron para evaluar el valor clínico de los biomarcadores de pronóstico. La supervivencia específica para el cáncer se determina principalmente por la agresividad biológica de células cancerosas. Sin embargo, la exactitud e importancia de la correlación entre los parámetros de pronóstico y predictivos (tales como los parámetros clínicos y/o la expresión de biomarcadores) y la supervivencia específica para el cáncer pueden estar influenciados por cómo se define la supervivencia específica del cáncer, cómo se recopilan los datos y cuánto se censuran los datos debido a otras causas de mortalidad que compiten entre sí. Por otro lado, la supervivencia global es la información de supervivencia sin ninguna censura por causas de muerte e incluyendo todas las causas de muerte. Por lo tanto, la supervivencia global refleja no solo la agresividad biológica de las células cancerígenas, sino también muchos otros factores tales como la enfermedad o co-morbilidades competitivas, complicaciones, así como efectos secundarios de los tratamientos, la edad y la esperanza de vida. Para los pacientes con cáncer de próstata la supervivencia global puede tener más importancia que la supervivencia específica del cáncer, ya que la mayoría de los pacientes son diagnosticados en la vejez y habitualmente tienen otras enfermedades competitivas tales como enfermedades cardiovasculares, diabetes mellitus u otras enfermedades malignas (Daskivich et al, Cancer 2011, 8 de abril Doi: 10.1002/cncr.26104. [Epub antes de imprimir]).

Diez genes marcadores moleculares mostraron una correlación significativa con la supervivencia general y/o del cáncer cuando se analizaron por análisis univariable (véase la Tabla 1), y pueden utilizarse para la clasificación de tumores de próstata, para la predicción del pronóstico y también para tomar decisiones de tratamiento para pacientes que dependen de la clasificación del tumor del paciente. Estos fueron F3 (factor de coagulación III), WNT5B (familia de sitios de integración MMTV de tipo sin alas, miembro 5B), VGLL3 (vestigiales como 3 (Drosophila)), CTGF (factor de crecimiento del tejido conjuntivo), IGFBP3 (proteína de unión al factor de crecimiento

similar a la insulina 3), c-MAF-a (forma larga de homólogo de oncogenes de fibrosarcoma musculoaponeurótico v- maf (aviar), c-MAF-b (forma corta de homólogo de oncogenes de fibrosarcoma musculoaponeurótico v-maf (aviar)), AMACR (alfa-metilacil-CoA racemasa), MUC1 (mucina 1, superficie celular asociada) y EZH2 (potenciador de zeste homólogo 2 (Drosophila)). De estos diez genes, cinco (F3, WNT5B, CTGF, VGLL3 e IGFBP3) fueron identificados 5 como ESCGP de la lista de genes con expresión constante alta o baja en células madre embrionarias. Dos de los genes (c-MAF-a y c-MAF-b) se reseñaron previamente como genes que se sabe que tienen funciones importantes en el mieloma.

Tres de los genes significativos (EZH2, AMACR y MUC1) son genes que se han reseñado previamente en relación con el cáncer de próstata. Varios estudios previos han identificado biomarcadores tales como AMACR, EZH2, 10 MUC1, así como AZGP1 y una firma madre que se correlacionan con la supervivencia exenta de recurrencia tras la prostatectomía radical (Varambally et al., Nature 2002, 419:624-9; Rubin et al, JAMA 2002, 287:1662-70; Oon et al, Nat Rev Urol 2011, 8:131-8; Lapointe et al, Cancer Res 2007, 67:8504-10; Rubin et al, Cancer Epidermiol Biomarkers Prev

Claims

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1. Un método de clasificar un cáncer de próstata en un sujeto, que comprende:

a) determinar un nivel de expresión génica de los genes F3 e IGFBP3 y uno o más de los genes VGLL3 y c- MAF en una muestra del sujeto;

b) clasificar el tumor comparando el nivel de expresión génica determinado en a) con una expresión génica de referencia de los mismos genes en pacientes de referencia que se sabe tienen un tumor de bajo riesgo, de riesgo intermedio o de alto riesgo, respectivamente, y

c) concluir que si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de bajo riesgo, el tumor en el sujeto es un tumor de bajo riesgo, que si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de riesgo intermedio, el tumor en el sujeto es un tumor de riesgo intermedio y si el nivel de expresión génica determinado en a) concuerda con la expresión génica de referencia de los pacientes de referencia con un tumor de alto riesgo, el tumor en el sujeto es un tumor de alto riesgo.

2. El método de la reivindicación 1, en el que a) comprende determinar un nivel de expresión génica de los genes F3, IGFBP3 y VGLL3.

3. El método de las reivindicaciones 1-2, en el que a) comprende, además, determinar un nivel de expresión génica para uno o más de los genes WNT5B y CTGF, EZH2, AMACR y MUC1.

4. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que el nivel de expresión génica se determina cuantificando la cantidad de ARN o ARNm expresada a partir de dichos genes, por ejemplo mediante el uso de un método seleccionado de tecnología de micromatrices, transferencia Northern y PCR cuantitativa (qPCR), tal como PCR cuantitativa en tiempo real (qrt-PCR), opcionalmente PCR múltiple; o cuantificando la cantidad de proteína codificada por dichos genes, por ejemplo mediante el uso de un método seleccionado de inmunohistoquímica, transferencia Western, ELISA, RIA y espectrometría de masas.

5. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en el que la muestra es una muestra de tumor obtenida del sujeto o una muestra de sangre obtenida del sujeto.

6. Un método para determinar el pronóstico de un sujeto diagnosticado con cáncer de próstata y que tiene un tumor, comprendiendo dicho método

a) clasificar el tumor utilizando el método de acuerdo cualquiera de las reivindicaciones 1-5; y

b) concluir que un tumor de bajo riesgo indica que el sujeto tiene un buen pronóstico y un tumor de alto riesgo indica que el sujeto tiene un pronóstico malo.

7. El método de la reivindicación 6, en el que el pronóstico malo:

- es una disminución en la probabilidad de supervivencia comparado con un pronóstico bueno;

- es una disminución en el tiempo de supervivencia global comparado con el pronóstico bueno;

- implica una disminución en el tiempo de supervivencia específico para el cáncer comparado con el pronóstico bueno;

- implica un riesgo incrementado de mortalidad comparado con el pronóstico bueno.

8. Un método de tomar una decisión de tratamiento para un sujeto diagnosticado con cáncer de próstata y que tiene un tumor, comprendiendo dicho método

a) clasificar el tumor utilizando el método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1-5; y

b) tomar una decisión de tratamiento para dicho sujeto dependiendo de la clasificación obtenida en a).

9. El método de la reivindicación 8, en el que dicha decisión de tratamiento es:

- para dar un tratamiento radical o curativo a un paciente con cáncer localizado y un tumor de alto riesgo o intermedio;

- para emplear el tratamiento o para dar una terapia hormonal, tal como una terapia de castración o una terapia anti-andrógenos a un paciente con cáncer localizado y un tumor de bajo riesgo;

- para dar quimioterapia a un paciente con cáncer avanzado de un tumor de alto riesgo o intermedio; o

- para dar terapia de castración a un paciente con cáncer avanzado y un tumor de bajo riesgo.

5 10. Uso de los genes F3 e IGFBP3 y uno o más de VGLL3 o c-MAF, o las proteínas codificadas a partir de ellos

como marcadores de pronóstico para el cáncer de próstata.

A B

34 ESCGPs + 5 genes informados

imagen1

Confirmación de la expresión en tres líneas celulares de cáncer de próstata utilizando RT-PCR y qPCR

imagen2

19 ESCGPs + 5 genes informados

imagen3

Nombre ESCGPs fet

CTGF FBP1 EGNí CYR61 WÍJTSB LRP4 CDH1 SASPl PTN

COL1M1 VGLL3 METÍL7A F3

GREPíH ERB3J LRSN1 fHBSf IGFBP3 Mtl c-MAF-a c-MAF-b AZCP1 AfMCR MWC1 EZH2

Normal

tfS.FCa

1

PCa Grupo

vs.PCa Referencia Fredictor

imagen4

imagen5

d i/i fff t O rti-

ZUD

JQ-O

imagen6

METTL7A

CDHt

AMACA

c-MAF-b

LRRN1

e-MAF-a

AZGP1

ER6S3

EZH2

GREM1

IGFBP3

VGLL3

EGR1

BASP1

CYRei

CTGF

THBSI

WÍT5B

MUC1

F3

CCL12A1

FBP1

WMT11

PTN

LRP4

valor At

imagen7

EGFC1 c-MAF-a C-MAF-b CTGF CVR61 F8P1 IGFBP3 LRP4 WNT11 CDH1 THBS1 BASP1 COL12A1- largo C0L12A1 acorto GAPDH

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VGLL3 METTL7A F3 PTN LRRN1 GREM1 WNT59 ERBB3 -'variante s ERBB3-1 variante corta ERBB3- variante larga E2H2 IVIUC1 AZGP1 AMCR GAPDH

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MIDI

ARSE ABCG2 DCT ADM TCEB3 POU5F1 STX3 LOC72B41 FABP5 IMAGE:433257 IMAGEN 20162 □UXAP10 PTPRM GAPDH

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LNCap DU145 PC3

LNCap DLJ145 PC3

imagen11

qPCR

Simple

,qPCR

4-ple

* IflJ&L. VGLL

¡t E^mst * moa2

■-3.4794* <■ 3S.56

R’ = 0.999B

. V = -3.3924* i- 3&.042 E¿H2

MUC'

: = CR

■: = CR

Simple

:-CR

qPCR

4-ple

4-pe

Figura 3. Verificación de qPCR 4-ple mediante qPCR simple.

t-MAF-

v =-3.33J4v * 41.121

ÍP

n 9936

*--3 355x + 37,549

<■39.642 *

V ^-3.3499* * 3793^.

-3.2BÍI6*

R^ = crgg&y

CT9BS4

qPCR

:-CR

E "ele

Simple

:-CR

qPCR

4-ple

4-pe

WNT&Ü

y = -3.3699* <-40.402

R3 = 0.9911

: = CR

Simple

:-CR

4-ple

:3“4553T-n'[jT¡4' (GFBP3

0.&S33

y = -3.23B3x + 39.044

=-3.0936* * 39.744

R = ü ggas

qPGR

j .

= 0.9976

qPCR E imple

E "te

qPCR

4-ple

C-MAF

AmACR

-3.3B1ZX+ 39.711

R'

0.39ÍÍD

R’ = Q.SE3S

y =-3.3164x t 36.323

R2 = G.DOG?

:-CR

qPCR

E

E "te

qPCR

4-pe

4-ple

Figura 4. Sumario de las relaciones entre parámetros clínicos y ESCGPs.

Gen variable: PSAfnq/ml) Supervivencia Global Grado Tumor OMS Estadio Clínico* Pocovs. Avanzado vs. Edac(t Supervivencia al Cáncer Grado Tumor OMS Estadio Clínico * PSWfia/ml) Poco vs- Avanzado vs- Edad t

F3: / ' 0 « 7 0 *

IGFBF3: « i * 0 •’ O

CTGF: 0 t1 • 0

AMACR: 0 □ 0 0 □

WWT5B: □ O □ 0 0

EZH2: a a O 0 0

c-MAF-a: 0 * C □ □ □

VGLL3: 0 □ □ 0 C D O 0

MUC1: 0 □ O 0 c □ 0 □

c-MAF-b: 0 0 □ o c □ □ □

• 1 Variable clínica depende de la variable del gen.

• Variable del gen depende de la vanable clínica, vanable del gen muestra riesgos más altos que la variable clínica

e Variable del gen es independiente de la variable clínica, variable clínica muestra riesgos más altos que la variable del gen o Variable del gen depende de la variable clínica.

□ Se desconoce la relación entre variable del gen y variable clínica.

• Los grupos de fase clínica se clasificaron utilizando el sistema de Metástasis de Tumor-Nodo (TNM) y el valor PSA. El estadio "clínico avanzado se definió como estadio TNM T¿3, N1, M1 o PSA > 100.0 ng/ml. El estadio clínico localizado se definió como T1-2N0M0 y PSA :£ 100.0 ng/ml.

■ La edad se modeló como una variable continua. La relación de riesgo es para cada incremento de 1,0 año

de edad.

Figura 4 B-K. Análisis de riesgos proporcionales Cox de cada ESCGP y parámetros clínicos (Análisis Univariable y Multivariable)

B. F3

Variable: Supervivencia GlóEal— Supervivencia al Cáncer Supervivencia Global Supervivencia al C áncer


: Análisis Univariable Análisis Multivariable Análisis Univariable Análisis Multivariable

NJ de Muestras 1: Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P


: (95% Cl) (95% Cl) (95% Cl) (95% Cl)

F3t: 87 111 (1 05-1.18) <0001 1.11(104-1.18) 0.001 113 (105-122) 0.001 1.14(106-1.24) 0.001

PSA>50 VS.PSAS50 (ng/ml): 87 2,93 (176-4 86) <0.001 176(0,97-3.19) 0.06 3.33 (173-6,41) <0.001 1.54 (0 71-3.37) 0.28

Grado deTumor OM S

Poco vs. Moderado/ Bien: 87 165(1.03-2.66) 0.04 1.30 (0.78-2.16) 0.32 1.93 (104-3,57) 0.04 135 (0 70-2,63) 0.37

Estadio Clínico $

Avanzado vs. Localizado: 87 2.13 (132-3.45) 0002 2.02 [114-3.59} 0.02 3,07(1.94-7.70) <0.001 4.19(1,09-9,26) <0.001

Edad §: 87 106 [1 03-1.09) <0.001 105 (101-1.08) 0.004 1.06(1.02-1.10) 0.003 1.04 (1.00-1.09) 0.03

C. IGFBP3

Variable: Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

N3 de Muestras* Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo: Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P


: (95% Cl) (95% C!) (95% Cl) (95% Cl)

1GFBP3t: 148 1.11 (104-118) 0.002 1.09(1 02-117) 0.01 1.16(1.07-1.26) <0.001 1.16(1.06-1.26) 0.001

PSA>5Qv3. PStóSü íno/mí): 148 2.14(1.50-3.07} <0.001 1.65(1.09-2.48) 0.006 2.48 (1.58-3.91) <0.001 1 97 (1.17-3.31) 0.01

Grado deTumor QMS Poco vs. Moderado/ Bien: 148 1.53(1.08-2.19} 002 117(0.30-1.71) 0.42 1.69(1.08-2,64) 0.02 124(0.77-1.96) 037

EstadíoClínicoJ Avanzado vs. Localizado: 140 1.71 (1.20-2.44) 0.003 134 (0.90*2.00) 0.15 2.25 (142-3.55) 0.001 1,65 (0.99-2.76) 006

Edad§: 148 1.04(1.02-10$) <0.001 1.03 (100*1.05) 002 1,03 (100-105) 0.051 1.01 (0.98-1.03) 0.71

D. CTGF

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

Análisis Univariable Análisis Multivariable Análisis Univariable Análisis Multivariable

N* de Muestras* Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P

(95% Cl) {95% Cl) (95% Cl) (95% Cl)

CTGF f: 91 1.12 [1.02-1.23) 0,02 1.12 (1.01-1,24) 0.03 1.15(1,02-1,30) 0,02 1.16 (1,02-1.32) 0.03

PSA>50 v&. PSAsSO Inq/mtl: 91 2.05 [1.74-4.69) <0.001 2,08 (1,1 ¿1-3,81) 0.02 3.28(1 72-6.23) <0,001 1,60 (0.814,04) 0.15

Grado Tumor OMS Poco vs. Moderado / Bien: 91 1.74(1,09-278) 0,02 1.49 [0.90-2.45) 0.12 1.99(1.08-3,66) 0.03 148(0.77-2,65) 025

Estadio Clínicoí Avanzado vs. Localizado: 91 2.19 (1,36-3 51) 0.001 1,59 [0.90-2,79) 0.11 4,03(2-03-8 01) <0.001 323(1.46-7.13} 0.004

Edad §: 91 1.06 (1,03-1,09) <0.001 1.04(1.01-1,07) 0.01 1,05(1.02-1.09) 0.004 1.04 (1.00-1.03) 007

E. AMACR_____________________________________________________________

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

Análisis Univariable Análisis Multivariable Análisis Univariable Análisis Multivariable N° de P.luestras* Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P Relación de Riesgo Valor P

(95% C!) (95% Cl) (95% Cl) (95% Cl)

AMACRt: 129 1.10(1.03-1.17) 0.005 109 (1.02-117) 0,01 109 (100-1 18) 0.04 1,09(101-119) 0.04

PSA>50 vs. PSA<50 (ngfali): 129 1 85(126-2 70) 0.002 150 (102-2.43) 004 2.06 (129-3.30) 0,002 1.82(1 06-3 10) 0.03

Grado Tumor OMS Poco vs. Moderado / Bien: 129 1.40(0.95-2.05) 009 111(0.74-166) 0.61 174 (106-2.83) 0.03 1,40 (0,84-2,32) 0,19

Estadio Clínico^ Avanzado vs. Localizado: 129 1,76(119-2.53) 0.004 140 (0.92-2.13) 0,12 2.26(138-3.71} 0.001 172(101-2.94) 005

Edad §: 129 1 04(102*103) 0.001 102 (1.00-104) 0.11 1.02(100-105} 0.11 100(0.97-103) 0.89

F. WNT5B

Variable: Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer


: Análisis Univaríable Análisis Multivaríable Análisis Univaríable Análisis Multivaríable

Nc de Muestras: Relación Riesgo ValorP Relación Riesgo ValorP Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo ValorP


: (95% Cl) [95% OI) (95% Cl) (95% Cl)

WNT5BÍ: 81 1.13(1.03-1.24) 0.01 1.07(0.97-1.17) 0.18 1.23(1.09-1.39} 0.001 1.16 (1.03-1,31) 0.01

PSA>50 vSl PSAíSO fng/ml): 81 2.41 (1.45-4 02) 0.001 1.77(0.98-3.18) 0.06 2.81 (1.43-5.51) 0.003 1.56(0.72-3.37) 0.25

GradoTumorOMS

Poco vs. Mloderado / Bien: 81 1,04 (1.19-3.15) 0.008 1.77 (1.05-2.99) 0.03 2.10(1.11-3.96) 0,02 1,74 (0.37-3.45) 0.12

EstadíoClinico J

Avanzado vs. Localizado: 81 1.98(1.21-3.21) 0.006 1.49(0.86-2.60) 0.16 3,67(1.88-7.95) 0.000 3.16(1.44-6.97) 0,004

Edad§: 81 1.05(1.02-1.08) 0.001 1.03(1.00-1.06) 0.04 1.04(1.01-1.081 0,02 1,02 (0.98-1.06) 0.32

G.EZH2_______________________________________________________________

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

Análisis Univariable Análisis Multivaríable Análisis Univaríable Análisis Multivaríable

N' de Muestras” Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P

EZH2 t: 126 (95% Cl) 0.93 (0,83-1.04) 022 (95% Cl) 0.95 (0.85-1.06) 0.33 (95% Cl) 0.84(0.74-0.97) 0.02 (95% Cl) 0.87 (0,76-0.99) 0.04

PSA>50vs. PSA<50 (ng/ml): 126 1.79 (1.22-2.63} 0.003 1.2S (0.34-1.99) 0.24 2.07(1.29-3.32) 0 003 1.56 (0 92-2.66) 0.10

GradoTumor OMS Poco vs. Mioderado / Bien: 126 1,40 (0,94-2.07) 0.01 1 10 (0.73-1.67) 0.65 1.70 (1.03-2.79) 0.04 1.36 (0.81-2.30) 025

Estadio Clínico t Avanzado vs. Localizado: 126 1,84(1.24-2.73) 0.003 1.51 (0.98-2.34) 0,06 2.33(1.41-3.86) 0.001 1.76 (1,01-3.06) 0.05

Edadg: 126 1.04(1.02-1.06) 0.001 1.03 (1.01-1.06) 0.01 1.02(1.00-1 05) 0.09 1.01 (0.98-1.04) 0.61

H. c-MAF-a

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

N° de P.luestras* Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P

j c-MAF-a t: 152 (95% Cl) 1.10(1.03*1,18) 0.007 (95% Cl) 1.08 (1.00-1.16) 0.04 (95% Cl) 1.11(1.01-1.21} 0.03 (95% Cl) 1,09(1.00-1,20) 0.05

PSA^SD vs. PSAS5Q (ng/ml): 152 2.20 (1.54-3.13) <0.001 1.75(1.17-2.63) 0.007 2,45(1.57-3.83) <0.001 1.99(1.20-3.33] 0.008

GradoTumer 0P.1S

1 Poco vs. P.loderado / Bien .: 152 1.53 (1.08-2.17) 0.02 1.19 (0.82-1.72) 0.37 1.70(1.09-2.63} 0.02 1,28(0.80-2.04) 0.30

f stadíoClinicet

'Avanzado vs. Localizado: 152 1.65 (1.17-2.33) 0.005 1,26(0.86-1.67) 024 2.14(1,37-3.35) 0.001 1.58(0.96-2.60) 007

Edad§: 152 1,04 (1.02-1.05) <0.001 1,02(1.00-1.05) 0.03 1,02(1.00-1.05) 0.06 1.00(0.98-1.03) 0.77

1. VGLL3

Variable: Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

N" de r.luestras*: Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P


: (95% CU (95% Cl) (95% Cl) [95% Cl)

VGLL3I: 135 1,07(1,02-1.13) 0,009 1.05(0.99-1,11] 0.01 106 (0.99-1.13) 0.09 1.04(0.97-111) 0,30

PSA>5üvs. P5AS50 (ngfml): 135 2.26 (1.53-3.33) <0.001 1.79(1.16-2,77) 0.009 2.44(1.50-3.95) <0.CQ1 191 (1.11-3.29) 0,02

GradoTumor OP/1S

Pocovs. Moderado/Bien: 135 1.62(1.11-2.35) 0,01 1.17(0.77-1,78] 0.45 194 (1.20-3.15) 0.007 1.48 (0.68-2.50) 0.14

stadío Clínico í

Avanzado vs. Localizado: 135 1.81 (1.25-2.62) 0.002 1.46 (0.96-2,20] 0.07 2,42 (149-3.92] <0.001 132 (1.08-3.09} 0.03

Edad§: 135 1.04(1.02-107) <0,001 1.03(1.00-1,05) 0.02 103(100-1.05) 0.04 1.01 (0.98-1.04) 0.62

J. MUC1 __________________________________________

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

Análisis Univariable Análisis Multivariable Análisis Univariable Análisis r.lultivariable N3 de Muestras* Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P Relación Riesgo Valor P

MUC11: 125 (95% CIJ 1.08 (1.02-1.18) 0.01 (95% Cl) 1.06 (0.99-1,14) 0.08 {95% Cl) 1.06(1.00-1.17) 0,06 (95% Cl] 1,05(0,96-1.14) 0.27

PSA>5ü vs. PSAS50 (natal): 125 177 (1.20-2.60} 0.004 1-16 (0.74-1.81} 0.51 2.03(1 26-3.27) 0.004 1,43(0,62-2.49) 0.20

GradoTumor OMS Pocovs. Moderado y Bien: 125 1.42 (0,96-2.11) 0.0B 1.13 (0.74-1.72) 0.57 1.77(1.07-2.92) 0.03 1,46 (0.86-2.4$) 0.16

stadíoClínicef Avanzado vs, Localizado: 125 1.62 (1.23-2.71) 0.003 1.55 (1.00-2.40) 0.05 2-30 (1.39-3.82) 0.001 1,77 (1,02-3.06) 0.04

Edaol§: 125 1.04 (1.02-1.06) 0001 1.03 (1.01-1.06} o.oi 1.02(1.00-1.05) 0.09 1.01 (0.98-1.04) 0 54

K. c-MAF-b_______________________________________________

Variable Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

N3 de Muestras* Relación Riesgo {95% Cl): Valor P Relación Riesgo Valor P (95% Cl) Relación Riesgo (95% Cl) Valor P Relación Riesgo Valor P (95% Cl)

C-MAF-b 1: 66 1.09 (0.92-1.28) 0.32 1.02 (0.86-1.21) 0.85 1.24(1.00-1.53) 0.05 112(0.91-1.39) 0.29

P$A>5Q vs. PSAS50 (ngíml) Grado Tumor CMS: 65 2.43 (1.40-4.22} 0.002 222 [120-4.09) 0.01 2.45(121-4.97) 0.01 1.88 (0.834.29) 0.13

Pocovs. Moderado/Bien IstadíoClínicoí: 66 2.03(1.19-3.40) 0010 1.95(104-3.65) 0.04 2.22(1.114.45) 0.02 1.50 (0.68-3.33} 0.31

Avanzado vs. Localizado: 66 1.58 (0.93-2.67) 0,09 1.06 (0.55-2.02) 0.87 3.01 (1.41-6.42) 0.004 2.16 (0.89-5.24} 0.09

Edad§: 66 1.04(101-1.07) 0,007 1.03 (1.00-106) 0.08 103 (0.99-107) 0.09 1.02 (0.98-1.06} 0.35

’Cada ECGPs tiene su propio número de muestras, debido a que no todos los ESCGPs han sido perfilados a lo largo de todas las muestras. A lo largo del mismo conjunto de muestras se han realizado análisis Univariables y Multivariables.

1 Valor delta Ct centrado se modeló como variable continua. Corresponde inversamente al nivel de expresión génica. La relación de riesgo es Dara cada incremento de 1.0 unidad en el valor delta Ct centrado del aen. t Los grupos de fase clínica se clasificaron utilizando el sistema de Metástasis de Tumor-Nodo (TNM) y el valor PSA. El estadio clínico avanzado se definió como estadio TNM T>3, N1, M1 o PSA> 100,0 ng/ml. El estadio clínico localizado se definió como T1-2N0M0 y PSA < 100,0 ng/ml.

^ La edad se modeló como una variable continua. La relación de riesgo es para cada incremento de 1,0 ano de edad.

imagen12

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entrenamiento por firma 1 y firma 2 de ESCGPs

Grupo 3

Grupo 1

Grupo 2

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Grupo 1

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Figura 6. Diferencia de supervivencia obvia entre subtipos de tumores clasificados por firma 1 de ESGCP (VGLL3, IGFBP3 y F3)

Grupo 3

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Grupo 2

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Diagnostico |Aflos(

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Supervivencia específica Cáncer (^) Supervivencia Global (%}

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Figura 6 cont.

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Supervivencia (Años)

Supervivencia Global [Años}

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Figura 6 cont.

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Figura 8. Curvas de supervivencia de Kaplan-Meier de grupos de pacientes definidos por PSA, edad, estadio clínico y grado del tumor.

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imagen23

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PSA>50ng/ml 39 27 1784 0000

PSAS50ng/ml 48 43 33 26 23 10 6 2 0

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>73 años S 73 años

52 42 26 40 32 28

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Número en riesgo Avanzado 51

Localizado 38

2: 4 6 Año 8

36: 23 14 9

35: 28 21 19

ÍQ: 12 14 16

3
3: 1 0

7: 3 1 0

Supervivencia especifica al Cáncer (%) Supervivencia Global (%)

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0 Número en riesgo: 2 4 6 8 Año 10 12 14

Poco 53: 39 26 15 12 2 2 1

Moderado/Bien 39: 35 28 23 18 9 5 2

1

Figura 9. Curvas de supervivencia de Kaplan-Meier de los tres subtipos de tumores clasificados por firma 1 de ESCGP en pacientes dentro del mismo grupo definido por parámetros clínicos.

00

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Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3

14

17

11

15

17

5

11

17

4

8

14

3

8

12

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Número en riesgo Grupo 1 14 7

Grupo 2 9 8

Grupo 3 17 17

Año

4 2 1 0 0 0 0

6 4 0 0 0 0 0

17 16 14 8 5 2 1

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Supervivencia especifica al Cáncer (%) Supervivencia Global (^¡)

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Figura 9 cont.

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Número en riesgo Grupo 1 1B

Grupo 2 21

Grupo 3 12

Avanzado n - 51

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Grupo 2 Grupo 3

2: 4 6 8 Año 10 12 14 16

9: 4 5 0 0 0 0

16: 9 6 3 0 0 0

11: 10 9 6 3 3 1

H,

í?mo%- i 90.0% | flO.Ü% Ü 70,0%

■g eo.o%

= 50,0% I 40,0% £ 30.0% = 20,0% " 10,0% - 0.0%

0 100.0% * 90,0%- .1 eo,o% | 70.0% a 60.0%- “ so.o%- g 40.0%,

30,0%

20.0%

U 10.0%-

J 0,0%

Poco n = 53 P 1-3=0.002*

imagen39

0 Número en riesgo: 2 4 6 8 Año 10 12 14 16

Grupo 1 18: 9 4 1 1 0 0 0

Grupo 2 25: 20 13 7 6 1 1 0

Grupo 3 10: 10 9 7 5 1 1 1

imagen40

Figura 10. Curvas de supervivencia de Kaplan-

Meier de los tres subtipos de tumores clasificados

por firma 1 de ESCGP en pacientes tratados

principalmente solo por terapia de castración

A. Análisis de Kaplan-Meier

Pacientes tratados con hormonas

n=65

90.0%

P^D.001

eo.o%

70.0%

60.0%-

50.0%

40.0%

30.0%

Gmpo

Grupo 3

20.0%

10.0%-

Grupo 1

0.0%

Ano

Pacientes tratados con hormonas

65

90.0%

po.oor

80.0%-

60.0%-

50.0%

40.0%

Grupo 3

30.0%

Grupo 2

20.0%

Grupo 1

10-0%

0.0%

a

Año

Numero en riesgo

Grupo 1

Grupo 2

Grupo 3

B. Periodo de tiempo antes de tratamiento tras diagnosticada t-

Numero Media

22 0.55

23 0.22

16 1.92

Valor =í 0.60 0.01 0.04

Desv. Est. Grupos

1.29 1 v$. 2

0.35 2 v$ 3

3.50 3vs 1

Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3

■f Haba un periodo de tiempo de espera artes ce cualquier tratamiento tras ser diagnosticada

Linead de tiempo es ano. En la tabla anterior, el tratamiento era terapia hormonal

^ Valor P entre cada dos grupos se calculó mediante el ensayo T

co

ro

Figura 11. Curvas de supervivencis de Kaplan-Meier de los tres subtipos de tumores clasificados por signatura 1 de ESCGP en pacientes tratados principalmente solo por terapia de castración y dentro del mismo grupo definido por parámetros clínicos.

A.

imagen41

u: 100.0%

nj: 90.0%-

3: SO.O%

'(3: 70.0%.

CL: eo.o%.

■D: 50.0%.

: 40.0%.

: 30.0%.

>: 20.0%.

L ID: 10.0%

Q. 3 ÍO: 0.0%

: PSASSOng/ml n=29

\

Grupo 1: Grupo 2 Grupo 3 .

: ■fe

0 Número en riesgo: 2 4 6 B Aro 10 12 14 ie ib 0 Número en riesgo 2 4 6 3 10 Aro 12 14 16

Grupo 1: 9 6 2 1 0 0 0 0 0 Grupo 1 11 5 3 1 0 0 0 0 0

Grupo 2: 10 3 5 4 4 1 1 0 0 Grupo 2 5 4 3 3 1 0 0 0 0

Grupo 3: 10 10 10 7 6 6 4 2 1 Grupo 3 B 8 a 7 6 4 3 1 1

6100.0%. £90.0%. ®80.0%J.

y

imagen42

Z 90.0%

B 60.0%

Z 50.0% E3 40.0% ¡Ü 30.0% | 20.0%. “-10.0%

0.0%

Edad £ 73arb: n=24 PíO.OQI*

0 10 12 14 15 13

Aro

: Edad £ 73ano5

: r=24

V ' i

l ♦: 1 Grupo 3

T Grupo 2

Grupo 1 ¿

Cl o

fl 'a

o o

Co N3

* o ® o

a> tn ^ ro o

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o

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-a- O

Supervivencia especifica al Cáncer (%) Supervivencia Global (%) 03

imagen43

IOUJJaülO)MC3(Do

imagen44

V V

O O

Co rsJ

ro

o o

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o> w

^ O

imagen45

Figura 11 cont.

CT5 CT5 £D 3

"O

o

CO 05

Supervivencia especifica al Cáncer (%) Supervivencia Global (%) m

imagen46

G5

i

c

T3

O

co

Cü

O)

ro

CD

i

c

■o

o

w

A

O

o

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Figura 11 cont.

S6

imagen48

CTJ: £T5

■n: ■i

C

"a: T3

O
O

: M

ü: ro

o

a

imagen49

(5‘

c

Ü>

o

3

Figura 12A-B. Predicción del tiempo de supervivencia

<o

05

A. Parámetros clínicos solos

~ 15

tr

o

10-

*: * . -J ra * # * fc • ü * £ * . * u

« *: * O i¡= <b

» *^1 * * f* * 1 1: ■v* r CL ert «0 .«5 « u | . i . i 43 * ' ' * £l

15-

10-

O-

•----f

0 2 4 6 tí 10 12 14 16

Supervivencia Global Predicha (Año)

O 5 10 15 20 25

Supervivencia específica al Cáncer Predicha (Año)

B. Firma 1 de ESCGP + Parámetros clínicos

*: « r. • * * * * * * . . ' *

«: ” » ■

*■** * -l ;: ■ .

0 2 4 6 8 « 12 14 10

Supervivencia Global Predicha (Año)

15' 10: * * * * i * # • * * * * *

/ ..: 9 * m

- -v *: * . t * 1 . - *

Ó ' ‘: 10 15 20 25

Supervivencia específica al Cáncer Predicha (Año)

co

C. Precisión de Predicción de dos modelos paramétricos

Precisión de Predicción (%)*

: Supervivencia Global Supervivencia al Cáncer

: 5 años 8 años 5 años 8 años

Parámetros clínicos solos |: 70.1 79.3 65.5 74.7

Firma 1 de ESCGP + Parámetros clínicos $: 78.2 78.2 71.3 77.0

* La precisión de predicción se calculó mediante una ecuación: precisión de predicción (%) = (N° de muestras -N° de muestras inigualables)/N° de muestras de la ecuación, N° de muestras inigualables presentadas como puntos en el panel Ay B son los puntos localizados con la supervivencia real > 5,8 años y la supervivencia predicha s 5, 8 ola supervivencia real s 5,8 años y la supervivencia predicha > 5, 8 años | Parámetros clínicos incluyen Edad (variable continua), PSA(> 50 ng/ul vs. s 50 ng/ul), grado del tumor OMS (Avanzado vs. Localizado)y estadio clínico (Poco vs. Moderado/Bien).

t Forma 1 de ESCGP es variable categórica que incluía tres categorías (tres subtipos de tumores, Grupo 1, Grupo 2 y Grupo 3, clasificado por la firma de gen combinada de VGLL3, IGFBP3 y F3). 87 pacientes tienen los datos clínicos completos y firma 1 de ESCGP perfilada.

co

00

D. Contribución de la firma 1 de ESCGP y parámetros clínicos en análisis de supervivencia multivariado

: Supervivencia Global Relación Probabilidad (LR)* Contribución a LR f Supervivencia al Cáncer Relación ., + Probabilidad (LR)^ontnbucion a LRt

Parámetros clínicos solos $: 34.24 (P<0.001) 21.60 (P<0.001) 32.02 (P<0.ÜQ1) 25.90 (P<0.001)

Firma 1 de ESCGP sola §: 29.17 (P<0.001) 18.53 (P<0.001) 22.55 (P<0.001) 16.43 (P0.001)

Firma 1 de ESCGP + Parámetros clínicos 52.77 (P<0.001): 48.45 (P<0.001) -

•Valor de Relación de Probabilidad (LR) muestra grado de probabilidad en modelo de regresión de Cox. Valor P muestra la significancia del modelo.

t Contribución de LR derivada del test de nido de LR, test nido de LR muestra el valor de relación de probabilidad entre dos modelos de regresión cox, asumiendo que un modelo fue anidado en otro modelo, el test está distribuido en chi-cuadrado. Contribución de LR indica la contribución de variable en firma 1 de ESCGP junto con el modelo multivariable de parámetros clínicos. Valor P indica la significancia de contribución.

J .Parámetros clínicos incluyen Edad (variable continua), PSA (> 50 ng/ul vs. á 50 ng/ul, grado de tumor OMS (Avanzado vs. Localizado) y estadio clínico (Poco vs. Moderado/bien):

§ Firma 1 de ESCGP es variable categórica que incluía tres categorías (tres subtipos de tumores. Grupo 1, Grupo 2 y Grupo 3, clasificados por la firma de gen combinada de VGLL3, IFGBP3 y F3). 87 pacientes tienen los datos clínicos completos y firma 1 de ESCGP perfilada

<o

CD

Figura 13. Diferencia de supervivencia de acuerdo con la clasificación del subtipo del tumor basada en la Firma 3 de ESCGP (IGFBP3 y F3).

Grupo 3

vO üiírt lü u>

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Grupo 2

Grupo 1

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oooo voooyuooo ooouCSocG SooüOooíj V^SouOOO V aaaaixa.aa.aa.ao.LQL(LaQ.aaiiCL La.aaaaQ.CLCLaL.a.a.aD.aQ.0

valor At 30 25 20 15 10 5

2.5

H Ígfbpí