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ES2358642T3 - Vectores de expresión que codifican epítopos de antígenos y métodos para su diseño. - Google Patents

Vectores de expresión que codifican epítopos de antígenos y métodos para su diseño. Download PDF

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ES2358642T3
ES2358642T3 ES02806695T ES02806695T ES2358642T3 ES 2358642 T3 ES2358642 T3 ES 2358642T3 ES 02806695 T ES02806695 T ES 02806695T ES 02806695 T ES02806695 T ES 02806695T ES 2358642 T3 ES2358642 T3 ES 2358642T3
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hla
epitope
hiv
maintenance
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ES02806695T
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John J.L. Simard
David C. Diamond
Zhiyong Qui
Xiang-Dong Lei
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Mannkind Corp
Original Assignee
Mannkind Corp
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Publication date
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Abstract

Polipéptido que comprende la SEQ ID n.º 4 o la SEQ ID n.º 5.

Description

Antecedentes de la invención
Campo de la invención
La invención descrita en la presente memoria se refiere a los métodos para diseñar vectores que codifican epítopos para uso en composiciones, que incluyen, por ejemplo, composiciones farmacéuticas capaces de inducir una respuesta inmunitaria en un sujeto al que se administran las composiciones. La invención se refiere adicionalmente a los propios vectores. El o los epítopos expresados mediante tales vectores pueden estimular una respuesta inmunitaria celular contra una célula diana que muestra el o los epítopos.
Descripción de la técnica relacionada
El sistema inmunitario se puede clasificar en dos grupos efectores distintos. El primero es la inmunidad innata, en la que intervienen numerosos componentes celulares y factores solubles para responder a todas las exposiciones infecciosas. El otro es la respuesta inmunitaria adaptativa, que se ajusta para responder específicamente a epítopos precisos de los agentes infecciosos. La respuesta inmunitaria adaptativa se divide a su vez en dos grupos efectores conocidos como los sistemas inmunitarios celular y humoral. El grupo humoral se centra en la producción de anticuerpos desde los linfocitos B, mientras que el grupo celular implica la actividad citolítica de los linfocitos T citotóxicos.
Los linfocitos T citotóxicos (LTC) no reconocen los epítopos sobre los propios agentes infecciosos. En lugar de ello, los LTC detectan fragmentos de antígenos procedentes de los agentes infecciosos que se exponen en la superficie de las células infectadas. Como resultado, los antígenos resultan visibles a los LTC sólo después de que hayan sido procesados por las células infectadas y, por lo tanto, se expongan en la superficie de la célula.
Se ha establecido bien el procesamiento de los antígenos y el sistema de exposición en la superficie de las células. Los LTC reconocen antígenos peptídicos cortos, que se exponen en la superficie en asociación no covalente con moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (CMH) de clase I. Estos péptidos de clase I proceden a su vez de la degradación de las proteínas citosólicas.
Compendio de la invención
En la presente memoria se describen casetes de expresión, por ejemplo, para uso en vectores de vacuna, que codifican uno o más epítopos de mantenimiento embebidos, y métodos para diseñar y analizar tales casetes de expresión. Los epítopos de mantenimiento se pueden liberar del producto de traducción de tales casetes a través del procesamiento proteolítico mediante el inmunoproteasoma de las células presentadoras de antígenos profesionales (las CPAp). En la presente memoria se describen secuencias que flanquean el o los epítopos de mantenimiento, que se pueden alterar para favorecer la escisión mediante el inmunoproteasoma en la o las posiciones deseadas. Los epítopos de mantenimiento, sus usos y su identificación se describen en las solicitudes de patente de los EE.UU. n.º 09/560 465 y 09/561 074 tituladas EPITOPE SYNCRHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS y METHOD OF EPITOPE DISCOVERY, respectivamente; ambas se registraron el 28 de abril de 2000.
Ejemplos de epítopos de mantenimiento se describen en las solicitudes de patente de los EE.UU. provisionales tituladas EPITOPE SEQUENCES, n.º 60/282 211 registrada el 6 de abril de 2001; 60/337 017, registrada el 7 de noviembre de 2001; 60/363 210 registrada el 3/7/02; y 60/409 123, registrada el 5 de septiembre de 2002; y la solicitud de patente de los EE.UU. n.º 10/117 937, registrada el 4 de abril de 2002, que también se titula EPITOPE SEQUENCES.
En la presente memoria se describen el o los epítopos de mantenimiento que pueden estar flanqueados por secuencias arbitrarias o por secuencias que incorporan restos que se sabe que son favoritos en los sitios de escisión del inmunoproteasoma. Tal y como se utiliza en la presente memoria, la terminología «secuencias arbitrarias» se refiere a las secuencias elegidas sin tener en cuenta contexto de la secuencia nativa del epítopo, ni su capacidad para favorecer el procesamiento ni la función inmunitaria. En otras realizaciones de la invención se pueden disponer numerosos epítopos en orden de cabeza con cola. Estas disposiciones pueden estar construidas completamente a base de epítopos de mantenimiento. Asimismo, las disposiciones puede incluir una alternancia de epítopos de mantenimiento y de epítopos inmunitarios. Alternativamente, las disposiciones pueden incluir epítopos de mantenimiento flanqueados por epítopos inmunitarios, bien completos o truncados en su extremo distal. Además, las disposiciones pueden tener cualquier otro ordenamiento similar. No hay restricción sobre la colocación de un epítopo de mantenimiento en las posiciones terminales de la disposición. Los vectores pueden contener adicionalmente secuencias codificantes de proteínas auténticas o segmentos de las mismas que contienen agrupamientos de epítopos como fuente de epítopos inmunitarios. La terminología «auténtico» se refiere a secuencias de proteínas naturales.
Los agrupamientos de epítopos y sus usos se describen en las solicitudes de patente de los EE.UU. n.º 08/561 571 titulada EPITOPE CLUSTERS, registrada el 28 de abril de 2000; 10/005 905 titulada EPITOPE SYNCRHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS, registrada el 7 de noviembre de 2001; y 10/026 066, registrada el 7 de diciembre de 2001, también titulada EPITOPE SYNCRHRONIZATION IN ANTIGEN PRESENTING CELLS.
imagen1
En la presente memoria se describen métodos para detectar selectivamente las construcciones cuyo epítopo de mantenimiento se ha liberado. En las construcciones que contienen numerosos epítopos de mantenimiento, las realizaciones pueden incluir la detección para determinar qué epítopos están liberados. También se describe en la presente memoria un vector que contiene un epítopo embebido que se puede utilizar para inmunizar ratones transgénicos HLA, y a los LTC resultantes se les puede analizar su capacidad para reconocer las células diana que presentan el epítopo maduro. Las células diana que expresan el inmunoproteasoma se pueden transformar con el vector. La célula diana puede expresar el inmunoproteasoma bien constitutivamente, debido al tratamiento con interferón (IFN), o bien mediante manipulación genética, por ejemplo. A los LTC que reconocen el epítopo maduro se les puede analizar su capacidad para reconocer estas células diana. El epítopo embebido se puede preparar como un péptido sintético. El péptido sintético se puede someter entonces a digestión mediante una preparación de inmunoproteasoma in vitro, y los fragmentos resultantes se pueden analizar para determinar los sitios de escisión. Tales polipéptidos, recombinantes o sintéticos, de los cuales se pueden liberar con éxito los epítopos embebidos, también se pueden incorporar en composiciones inmunógenas.
La invención descrita en la presente memoria se refiere a la identificación de un polipéptido adecuado para la liberación de epítopos. En la presente memoria se describe un método para identificar un polipéptido adecuado para la liberación de epítopos que incluye, por ejemplo, las etapas de identificar un epítopo de interés; proporcionar una secuencia polipeptídica de sustrato que incluye el epítopo, en el que el polipéptido de sustrato permite el procesamiento por un proteasoma; poner en contacto el polipéptido de sustrato con una composición que incluye el proteasoma en unas condiciones que posibilitan que el proteasoma procese el polipéptido de sustrato; y analizar la liberación del epítopo.
El epítopo puede estar embebido en el polipéptido de sustrato, y, en algunos aspectos, el polipéptido de sustrato puede contener más de un epítopo, por ejemplo. Así mismo, el epítopo puede ser un epítopo de mantenimiento.
Se describe que el polipéptido de sustrato puede ser un péptido sintético. Opcionalmente, el polipéptido de sustrato puede estar incluido en una formulación que favorece la transferencia de proteínas. Alternativamente, el polipéptido de sustrato puede ser una proteína de fusión. La proteína de fusión puede contener además un dominio proteico que posea actividad de transferencia de proteínas. Además, la etapa de puesta en contacto puede incluir la inmunización con el polipéptido de sustrato.
En la presente memoria se describe que el polipéptido de sustrato puede estar codificado por un polinucleótido. La etapa de puesta en contacto puede incluir la inmunización con un vector que incluye el polinucleótido, por ejemplo. La inmunización se puede llevar cabo en un ratón transgénico para HLA u otro animal adecuado, por ejemplo. Alternativamente, la etapa de puesta en contacto puede incluir la transformación de una célula con un vector que incluye el polinucleótido. Se describe que la célula transformada puede ser una célula diana a la que se dirigirán selectivamente los LTC para los propósitos del análisis de la liberación adecuada del epítopo.
El procesamiento por el proteasoma puede tener lugar dentro de la célula, bien in vitro o in vivo. Además, el procesamiento por el proteasoma puede tener lugar en un sistema acelular.
La etapa de ensayo puede incluir una técnica seleccionada entre el grupo que incluye, pero sin limitarse a ellas, espectrometría de masas, secuenciación en conjunto de extremos amino, HPLC, y similares. Así mismo, la etapa de ensayo puede incluir un ensayo de reconocimiento de la diana de linfocitos T. El ensayo de reconocimiento de la diana de linfocitos T se puede seleccionar entre el grupo que incluye, pero sin limitarse a ellos, ensayo de actividad citolítica, ensayo de liberación de cromo, un ensayo de citocinas, un ensayo ELISPOT, un análisis de tetrámeros y similares.
En la presente memoria se describe que la secuencia de aminoácidos del polipéptido de sustrato que incluye el epítopo puede ser arbitraria. Así mismo, el polipéptido de sustrato en el que el epítopo está embebido puede proceder de una secuencia auténtica de un antígeno asociado a la diana. Además, al polipéptido de sustrato en el que está embebido el epítopo se le puede adaptar una secuencia flanqueante del sitio de escisión preferido del proteasoma inmunitario.
En la presente memoria se describe que el polipéptido de sustrato puede incluir además una disposición de epítopos. Los miembros de la disposición se pueden ordenar cabeza con cola, por ejemplo. La disposición puede incluir más de un epítopo de mantenimiento. Las copias adicionales de un epítopo de mantenimiento pueden incluir copias del mismo epítopo. La disposición puede incluir un epítopo de mantenimiento y uno inmunitario, o alternancia de epítopos de mantenimiento e inmunitario, por ejemplo. Así mismo, la disposición puede incluir un epítopo de mantenimiento colocado entre dos epítopos inmunitarios en una batería de epítopos. La disposición puede incluir numerosas baterías de epítopos, de tal forma que haya dos epítopos inmunitarios entre cada epítopo de mantenimiento en el interior de la disposición. Opcionalmente, al menos uno de los epítopos se puede truncar distalmente a su unión con un epítopo adyacente. Los epítopos truncados pueden ser epítopos inmunitarios, por ejemplo. Los epítopos truncados pueden tener longitudes seleccionadas entre el grupo que incluye, pero sin limitarse a ellas, 9, 8, 7, 6, 5, 4 aminoácidos y similares.
En la presente memoria se describe que el polipéptido de sustrato puede incluir una disposición de epítopos y agrupamientos de epítopos. Los miembros de la disposición se pueden ordenar cabeza con cola, por ejemplo.
imagen2
En la presente memoria se describe que el proteasoma puede ser un proteasoma inmunitario.
También se describen vectores que incluyen una casete de expresión de epítopos de mantenimiento. El o los epítopos de mantenimiento pueden proceder de un antígeno asociado a la diana, y el epítopo de mantenimiento puede ser liberable, esto es, capaz de ser liberado, de un producto de traducción de la casete mediante el procesamiento del inmunoproteasoma.
En la presente memoria se describe que la casete de expresión puede codificar una disposición de dos o más epítopos
o al menos un epítopo y al menos un agrupamiento de epítopos. Los miembros de la disposición se pueden ordenar cabeza con cola, por ejemplo. Así mismo, los miembros de la disposición se pueden ordenar cabeza con cola separados por secuencias espaciadoras, por ejemplo. Además, la disposición puede incluir numerosos epítopos de mantenimiento. Los numerosos epítopos de mantenimiento pueden incluir más de una copia del mismo epítopo o copias únicas de distintos epítopos, por ejemplo. La disposición puede incluir al menos un epítopo de mantenimiento y al menos un epítopo inmunitario. Así mismo, la disposición puede incluir una alternancia de epítopos de mantenimiento e inmunitarios. Además, la disposición incluye un epítopo de mantenimiento colocado entre dos epítopos inmunitarios de tal forma que haya dos epítopos inmunitarios entre cada epítopo de mantenimiento en el interior de la disposición. Los epítopos inmunitarios pueden estar truncados distalmente a su unión con el epítopo de mantenimiento adyacente.
En la presente memoria se describe que la casete de expresión codifica además una secuencia de proteína auténtica, o segmento de la misma, que incluye al menos un epítopo inmunitario. Opcionalmente, el segmento puede incluir al menos un agrupamiento de epítopos. La casete de expresión de epítopos de mantenimiento y la secuencia auténtica que incluye al menos un epítopo inmunitario se pueden codificar en un solo marco de lectura o transcribirse como una sola especie de ARNm, por ejemplo. Así mismo, la casete de expresión del epítopo de mantenimiento y la secuencia auténtica que incluye al menos un epítopo inmunitario podrían no transcribirse como una única especie de ARNm.
En otro aspecto más, el vector puede incluir una molécula de ADN o una molécula de ARN. El vector puede codificar la SEQ ID n.º 4. Así mismo, el vector puede incluir la SEQ ID n.º 9.
En la presente memoria se describe que el antígeno asociado a la diana puede ser un antígeno procedente de un tumor
o un parásito intracelular, o asociado a ellos, y el parásito intracelular puede ser, por ejemplo, un virus, una bacteria, un protozoo o similar.
También se describen en la presente memoria vectores que incluyen un epítopo de mantenimiento identificado según uno cualquiera de los métodos descritos, reivindicados o no, en la presente memoria. Por ejemplo, también se describe un vector que codifica un polipéptido de sustrato que incluye un epítopo de mantenimiento por cualquiera de los métodos descritos en la presente memoria.
En la presente memoria se describe el epítopo de mantenimiento que se puede liberar del producto de la traducción de la casete mediante el procesamiento por proteasomas inmunitarios.
También se describen métodos para activar un linfocito T. Los métodos pueden incluir, por ejemplo, las etapas de poner un vector que incluye una casete de expresión de epítopos de mantenimiento en contacto con una CPA. El epítopo de mantenimiento puede proceder de un antígeno asociado a la diana, por ejemplo, y el epítopo de mantenimiento se puede liberar de un producto de traducción de la casete mediante el procesamiento del inmunoproteasoma. Los métodos pueden además incluir la puesta en contacto de la CPA con un linfocito T. La puesta en contacto del vector con la CPA se puede producir in vitro o in vivo.
También se describe en la presente memoria un polipéptido de sustrato que incluye un epítopo de mantenimiento en el que el epítopo de mantenimiento se puede liberar mediante el procesamiento del inmunoproteasoma en una CPAp.
También se describe un método para activar un linfocito T que comprende poner un polipéptido de sustrato que incluye un epítopo de mantenimiento en contacto con una CPA, en el que el epítopo de mantenimiento puede ser liberado por el procesamiento del inmunoproteasoma y al poner en contacto la CPA con un linfocito T.
Breve descripción de los dibujos
Figura 1. Un dibujo ilustrativo que describe pMA2M.
Figura 2. Resultados del ensayo que muestran el % de lisis específica de las células diana T2 con y sin sensibilización con ELAGIGILTV mediante LTC inmunizados falsos.
Figura 3. Resultados del ensayo que muestran el % de lisis específica de las células diana T2 con y sin sensibilización con ELAGIGILTV mediante LTC inmunizados con pVAXM3.
Figura 4. Resultados del ensayo que muestran el % de lisis específica de las células diana T2 con y sin sensibilización con ELAGIGILTV mediante LTC inmunizados con pVAXM2.
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Figura 5. Resultados del ensayo que muestran el % de lisis específica de las células diana T2 con y sin sensibilización con ELAGIGILTV mediante LTC inmunizados con pVAXM1.
Figura 6. Se ilustra una secuencia de SEQ ID n.º 22 de la que el epítopo NY-ESO-I157-165 se libera mediante procesamiento inmunoproteasómico.
Figura 7. Se muestra el procesamiento diferencial mediante el inmunoproteasoma y el proteasoma de mantenimiento del epítopo SLLMWITQC (SEQ ID n.º 12) en su contexto nativo, en el que la escisión después del resto C se produce con más eficacia mediante el proteasoma de mantenimiento que mediante el inmunoproteasoma.
Figura 8. 8A: Se muestran los resultados de la digestión de la SEQ ID n.º 31 realizada por el inmunoproteasoma humano. 8B: Se muestran los resultados comparativos de la digestión de la SEQ ID n.º 31 por el inmunoproteasoma humano frente al de ratón.
Figura 9. Se muestra el procesamiento diferencial de la SSX-231-68 por el proteasoma de mantenimiento y el inmunoproteasoma.
Descripción detallada de la realización preferente
Definiciones
A menos que quede clara otra cosa a partir del contexto en el que se usa la terminología en la presente memoria, los términos que se recogen a continuación deben tener generalmente los significados indicados para los propósitos de esta descripción.
CÉLULA PRESENTADORA DE ANTÍGENO PROFESIONAL (CPAp): una célula que posee moléculas coestimulantes de los linfocitos T y que es capaz de inducir una respuesta de linfocitos T. Las CPAp bien caracterizadas incluyen las células dendríticas, los linfocitos B y los macrófagos.
CÉLULA PERIFÉRICA: una célula que no es una CPAp.
PROTEASOMA DE MANTENIMIENTO: un proteasoma activo normalmente en las células periféricas, y que, por lo general, no está presente o no está muy activo en las CPAp.
INMUNOPROTEASOMA: un proteasoma activo normalmente en las CPAp; el inmunoproteasoma también está activo en algunas células periféricas de los tejidos infectados o después de la exposición al interferón.
EPÍTOPO: una molécula o sustancia capaz de estimular una respuesta inmunitaria. En las realizaciones preferentes, los epítopos según esta definición incluyen, pero no se limitan necesariamente a ellos, un polipéptido y un ácido nucleico que codifica un polipéptido, en el que el polipéptido es capaz de estimular una respuesta inmunitaria. En otras realizaciones preferentes, los epítopos según esta definición incluyen, pero no se limitan necesariamente a ellos, los péptidos presentados en la superficie de las células, estando los péptidos unidos de forma no covalente a la hendidura de unión del CMH de clase I, de tal forma que pueden interaccionar con los receptores de los linfocitos T (RLT). Los epítopos presentados por el CMH de clase I pueden estar en al forma inmadura o madura. «Maduro» se refiere a un epítopo del CMH que se diferencia de cualquier precursor («inmaduro») que puede incluir un epítopo de mantenimiento,
o consistir esencialmente en él, pero que también incluye otras secuencias en un producto de traducción primario que se retiran mediante procesamiento, que incluyen, sin limitación, solas o en combinación, la digestión proteasómica, el recorte del extremo amino o la acción de actividades enzimáticas exógenas. Por consiguiente, se puede proporcionar un epítopo maduro embebido en un polipéptido algo más largo, cuyo potencial inmunitario se debe, al menos en parte, al epítopo embebido; o en su forma final que se puede unir en la hendidura de unión del CMH para ser reconocido por el RLT, respectivamente.
EPÍTOPO DEL CMH: un polipéptido que tiene una afinidad de unión predicha o conocida por una molécula del complejo mayor de histocompatibilidad (CMH) de clase I o clase II de los mamíferos.
EPÍTOPO DE MANTENIMIENTO: en una realización preferente, un epítopo de mantenimiento se define como un fragmento de polipéptido que es un epítopo del CMH, y que se expone en una célula en la cual predominan en la forma activa los proteasomas de mantenimiento. En otra realización preferente, un epítopo de mantenimiento se define como un polipéptido que contiene un epítopo de mantenimiento de acuerdo con la definición anterior, que está flanqueado por uno a varios aminoácidos adicionales. En otra realización preferente, un epítopo de mantenimiento se define como un ácido nucleico que codifica un epítopo de mantenimiento de acuerdo con las definiciones anteriores. Epítopos de mantenimiento ejemplares se proporcionan en la solicitud de patente de los EE.UU. n.º 10/117 937, registrada el 4 de abril de 2002; y las solicitudes provisionales de patente de los EE.UU. n.º 60/282 211, registrada el 6 de abril de 2001; 60/337 017, registrada el 7 de noviembre de 2001; 60/363 210 registrada el 3/7/02; y 60/409 123, registrada el 5 de septiembre de 2002, todas ellas tituladas EPITOPE SEQUENCES.
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EPÍTOPO INMUNITARIO: en una realización preferente, un epítopo inmunitario se define como un fragmento polipeptídico que es un epítopo del CMH y que se expone sobre una célula en la que los inmunoproteasomas están predominantemente activos. En otra realización preferente, un epítopo inmunitario se define como un polipéptido que contiene un epítopo inmunitario de acuerdo con la definición anterior, que está flanqueado por uno o más aminoácidos adicionales. En otra realización preferente, un epítopo inmunitario se define como un polipéptido que incluye una secuencia de agrupamiento de epítopos, que tiene al menos dos secuencias polipeptídicas que tienen una afinidad conocida o predicha por un CMH de clase I. Aún en otra realización preferente, un epítopo inmunitario se define como un ácido nucleico que codifica un epítopo inmunitario de acuerdo con una cualquiera de las definiciones anteriores.
CÉLULA DIANA: una célula sobre la que actuarán selectivamente las vacunas y los métodos de la invención. Ejemplos de células diana según esta definición incluyen, pero sin limitarse necesariamente a ellas, una célula neoplásica y una célula que alberga un parásito intracelular, tal como, por ejemplo, un virus, una bacteria o un protozoo. Las células diana también pueden incluir células sobre las que actuarán selectivamente los LTC como parte de los ensayos para determinar o confirmar la liberación adecuada del epítopo y su procesamiento por una célula que expresa el inmunoproteasoma, para determinar la especificidad de los linfocitos T o la inmunogenia de un epítopo deseado. Tales células se pueden transformar para que expresen el sustrato o la secuencia de liberación, o simplemente se sensibilizan las células con el péptido/epítopo.
ANTÍGENO ASOCIADO A LA DIANA (AAD): una proteína o polipéptido presente en una célula diana.
ANTÍGENOS ASOCIADOS A TUMOR (AATu): un AAD en el que la célula diana es una célula neoplásica.
EPÍTOPO DE HLA: un polipéptido que tiene una afinidad de unión conocida o predicha por una molécula del complejo HLA humano de clase I o de clase II.
ANTICUERPO: una inmunoglobulina natural (Ig), poli- o monoclonal, o cualquier molécula compuesta en su totalidad o en parte por un dominio de unión de Ig, bien obtenida bioquímicamente o bien mediante el uso de ADN recombinante. Los ejemplos incluyen, entre otros, F(ab), Fv de cadena única y fusiones de proteínas de cubierta de fagos con la región variable de la Ig.
CODIFICAR: se trata de una terminología flexible de tal forma que un ácido nucleico que codifica una secuencia de aminoácidos particular puede consistir en codones que especifican dicho (poli)péptido, pero que también comprenden otras secuencias que se puedan traducir o que controlan la transcripción, la traducción o la replicación, o que facilitan la manipulación de algunas construcciones de ácido nucleico en los hospedadores.
SIMILITUD CONSIDERABLE: esta terminología se utiliza para referirse a las secuencias que difieren de una secuencia de referencia en un modo insignificante, como se deduce al examinar la secuencia. Las secuencias de ácidos nucleicos que codifican la misma secuencia de aminoácidos son sustancialmente similares a pesar de las diferencias en las posiciones degeneradas o de las diferencias modestas de la longitud o de la composición de cualquier región no codificante. Las secuencias de aminoácidos que difieren sólo por sustituciones conservativas o pequeñas variaciones de longitud son considerablemente similares. Adicionalmente, las secuencias de aminoácidos que comprenden los epítopos de mantenimiento que difieren en el número de restos que flanquean el extremo amino, o epítopos inmunitarios y agrupamientos de epítopos que difieren en el número de restos flanqueantes en cualquiera de los extremos, son considerablemente similares. Los ácidos nucleicos que codifican secuencias de aminoácidos considerablemente similares son ellos mismos también considerablemente similares.
SIMILITUD FUNCIONAL: esta terminología se utiliza para referirse a las secuencias que difieren de una secuencia de referencia de un modo insignificante, como se deduce al examinar una propiedad biológica o bioquímica, aunque las secuencias pueden no ser considerablemente similares. Por ejemplo, dos ácidos nucleicos pueden ser útiles como sondas de hibridación para la misma secuencia, pero codificar secuencias de aminoácidos diferentes. Dos péptidos que inducen respuestas de reactividad cruzada de los LTC son funcionalmente similares incluso si difieren en sustituciones no conservativas de aminoácidos (y por lo tanto no satisfacen la definición de similitud considerable). Pares de anticuerpos, o RLT, que reconocen el mismo epítopo pueden ser funcionalmente similares entre sí a pesar de la existencia de alguna diferencia estructural. Para comprobar si existe similitud funcional de la inmunogenia se inmunizaría por lo general con el antígeno «alterado» y se comprobaría la capacidad de desencadenar la respuesta (Ac, LTC, producción de citocinas, etc.) para reconocer el antígeno diana. En consecuencia, se pueden diseñar dos secuencias que difieran en determinados aspectos al mismo tiempo que conservan la misma función. Tales variantes de secuencias diseñadas se encuentran entre las realizaciones de la presente invención.
CASETE DE EXPRESIÓN: una secuencia polinucleotídica que codifica un polipéptido, unido operativamente a un promotor y a otros elementos de control de la transcripción y de la traducción, que incluyen, pero sin limitarse a ellos, potenciadores, codones de terminación, sitios internos de entrada del ribosoma y sitios de poliadenilación. La casete también puede incluir secuencias que facilitan su traslado de una molécula hospedadora a otra.
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EPÍTOPO EMBEBIDO: un epítopo contenido dentro de un polipéptido mayor, también puede incluir un epítopo en el cual el extremo amino o el extremo carboxilo este embebido de tal forma que el epítopo no esté en una posición interna.
EPÍTOPO MADURO: un péptido sin ninguna secuencia adicional más allá de la presentada cuando el epítopo se une en la hendidura de unión del péptido del CMH.
AGRUPAMIENTO DE EPÍTOPOS: un polipéptido, o una secuencia de ácido nucleico que lo codifica, que es un segmento de una secuencia de proteína nativa que comprende dos o más epítopos conocidos o predichos con afinidad de unión por un elemento de restricción del CMH compartido, en el que la densidad de los epítopos dentro del agrupamiento es mayor que la densidad de todos los epítopos conocidos o predichos con afinidad de unión por el elemento de restricción del CMH compartido dentro de la secuencia completa de la proteína, y como se describe en la solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561 571 titulada EPITOPE CLUSTERS.
Secuencia de sustrato o de liberación: una secuencia diseñada o fabricada que comprende o codifica un epítopo de mantenimiento (según la primera definición ofrecida más arriba) embebida en una secuencia más larga que proporciona un contexto que permite que el epítopo de mantenimiento se libere mediante procesamiento inmunoproteasómico, directamente o en combinación con el recorte del extremo amino u otros procesos.
La degradación de las proteínas citosólicas tiene lugar por el sistema multicatalítico multisubunitario de proteasas dependiente de ubicuitina conocido como el proteasoma. El proteasoma degrada las proteínas citosólicas y genera fragmentos que luego se pueden transportar desde el citosol hasta el retículo endoplásmico (RE) para cargarse en el CMH de clase I. Tales fragmentos de proteínas se citarán como péptidos de clase I. Posteriormente, el péptido cargado en el CMH es transportado a la superficie de la célula, donde lo pueden detectar los LTC.
La actividad multicatalítica del proteasoma es el resultado de su estructura multisubunitaria. Las subunidades se expresan a partir de genes diferentes y se ensamblan postraduccionalmente en el complejo proteasómico. Una característica clave del proteasoma es su actividad bimodal, que le permite ejercer su función de proteasa, o de escisión, con dos clases independientes de patrones de escisión. Esta acción bimodal del proteasoma es extremadamente fundamental para comprender cómo los LTC actúan selectivamente para reconocer las células periféricas en el cuerpo, y cómo esta acción selectiva requiere la sincronización entre el sistema inmunitario y las células destinatarias.
El proteasoma de mantenimiento es constitutivamente activo en todas las células periféricas y tejidos del cuerpo. El primer modo de operación para el proteasoma de mantenimiento es degradar la proteína celular y reciclarla en aminoácidos. Por lo tanto, la función del proteasoma es una actividad necesaria para la vida celular. No obstante, como corolario de su actividad de proteasa de mantenimiento, los péptidos de clase I generados por el proteasoma de mantenimiento están presentes en todas las células periféricas del cuerpo.
El segundo modo de funcionamiento del proteasoma es muy exclusivo y tiene lugar específicamente en las CPAp o como consecuencia de una respuesta celular a los interferones (IFN). En su segundo modo de actividad, el proteasoma incorpora subunidades únicas, que reemplazan las subunidades catalíticas del proteasoma de mantenimiento constitutivo. Este proteasoma «modificado» se ha denominado el inmunoproteasoma, debido a que se expresa en las CPAp y a consecuencia de la inducción por el IFN en las células del cuerpo.
Las CPA definen el repertorio de LTC que se hace circular por el cuerpo y son potencialmente activos como linfocitos citolíticos. Los LTC se activan al interaccionar con el péptido de clase I presentado en la superficie de una CPAp. Se induce la proliferación de los LTC activados y se les hace circular por el cuerpo en busca de células enfermas. Esta es la razón por la que la respuesta de LTC en el cuerpo está definida específicamente por los péptidos de clase I producidos por la CPAp. Es importante recordar que las CPAp expresan el inmunoproteasoma, y que como consecuencia de la actividad bimodal del proteasoma, el patrón de escisión de las proteínas (y los péptidos de clase I resultantes producidos) no es igual que el que se obtiene de las células periféricas del cuerpo que expresan el proteasoma de mantenimiento. La actividad diferencial del proteasoma en la CPAp y las células periféricas del cuerpo es, por lo tanto, importante considerarla durante la infección natural y con las estrategias de vacunación con LTC terapéuticos.
Todas las células del cuerpo son capaces de producir IFN en el caso en que las infecte un patógeno, tal como un virus. La producción de IFN, a su vez, da lugar a la expresión del inmunoproteasoma en la célula infectada. Los antígenos víricos son por lo tanto procesados por el inmunoproteasoma de la célula infectada y los péptidos resultantes se exponen con el CMH de clase I sobre la superficie celular. Al mismo tiempo, las CPAp capturan los antígenos víricos y procesan los péptidos de clase I con la actividad de su inmunoproteasoma, que es normal para el tipo celular de las CPAp. La respuesta de LTC en el cuerpo se estimula específicamente mediante los péptidos de clase I producidos por la CPAp. Afortunadamente, la célula infectada también produce péptidos de clase I desde el inmunoproteasoma, y no desde el proteasoma de mantenimiento normal. Por lo tanto, se producen péptidos de clase I relacionados con el virus que permiten la detección por la consiguiente respuesta de LTC. La respuesta inmunitaria de LTC está inducida por la CPAp, que normalmente produce diferentes péptidos de clase I en comparación con las células corporales periféricas, debido a la actividad diferente del proteasoma. Por lo tanto, durante la infección se produce la sincronización de epítopos entre la célula infectada y el sistema inmunitario.
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Este no es el caso con los tumores y los virus crónicos, que bloquean el sistema del interferón. En el caso de los tumores, no existe ninguna infección de la célula tumoral que induzca la expresión del inmunoproteasoma, y la infección vírica crónica bien directa o indirectamente bloquea la expresión del inmunoproteasoma. En ambos casos, la célula enferma mantiene su exposición de péptidos de clase I procedentes de la actividad del proteasoma de mantenimiento y elude la vigilancia eficaz de los LTC.
En caso de vacunación terapéutica para erradicar los tumores o las infecciones crónicas, es significativa la función bimodal del proteasoma y su actividad diferencial en la CPA y en las células periféricas del cuerpo. Al vacunar con el antígeno proteico, y antes de que se pueda producir la respuesta de LTC, hay que capturar el antígeno y hay que procesarlo en péptidos que se presentan posteriormente con el CMH de clase I en la superficie de la CPAp. Los LTC activados vuelven a entrar en circulación en busca de células con un péptido de clase I similar sobre la superficie. Las células con este péptido serán destruidas por la actividad citolítica de los LTC. Si la célula diana enferma no expresa el inmunoproteasoma, que está presente en la CPAp, entonces los epítopos no se sincronizan y las LTC no logran encontrar la diana peptídica deseada en la superficie de la célula enferma.
Preferentemente, el diseño de la vacuna terapéutica tiene en cuenta el péptido de clase I que realmente está presente sobre el tejido diana. Es decir, los antígenos eficaces utilizados para estimular a los LTC para que ataquen el tejido enfermo son los que se procesan y se presentan de forma natural sobre la superficie del tejido enfermo. Para los tumores y la infección crónica, esto generalmente significa que los epítopos para los LTC son los que se han procesado en el proteasoma de mantenimiento. Para generar una vacuna terapéutica eficaz, los epítopos para los LTC se identifican de acuerdo con el conocimiento de que tales epítopos son, de hecho, producidos por el sistema del proteasoma de mantenimiento. Una vez identificados, estos epítopos, embebidos como péptidos, se pueden utilizar para inmunizar satisfactoriamente o inducir respuestas terapéuticas de LTC contra las células diana que expresan el proteasoma de mantenimiento en el hospedador.
No obstante, en el caso de vacunas de ADN, puede haber una consideración adicional. La inmunización con el ADN requiere que las CPA tomen el ADN y expresen las proteínas o péptidos codificados. Es posible codificar un péptido de clase I individual en el ADN. Al inmunizar con esta construcción, se puede hacer que las CPA expresen un epítopo de mantenimiento, que entonces se presenta sobre el CMH de clase I en la superficie de la célula para estimular una respuesta de LTC apropiada. Las construcciones para generar extremos adecuados de epítopos de mantenimiento se han descrito en la solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561 572 titulada EXPRESSION VECTORS ENCODING EPITOPES OF TARGET-ASSOCIATED ANTIGENS, registrada el 28 de abril de 2000.
En la presente memoria se describen casetes de expresión que codifican uno o más epítopos de mantenimiento embebidos, y métodos para diseñar y comprobar tales casetes de expresión. Las casetes de expresión y las construcciones pueden codificar epítopos, que incluyen epítopos de mantenimiento, procedentes de antígenos que están asociados a dianas. Los epítopos de mantenimiento se pueden liberar del producto o productos de traducción de las casetes. Por ejemplo, se describe que el epítopo o epítopos de mantenimiento pueden estar flanqueados por secuencias arbitrarias o por secuencias que incorporan residuos que se sabe que están favorecidos en los sitios de escisión del inmunoproteasoma. En la presente memoria se describe que muchos epítopos se pueden distribuir ordenados cabeza con cola. En la presente memoria se describe que estas disposiciones pueden estar integradas totalmente por epítopos de mantenimiento. De igual modo, las disposiciones pueden incluir epítopos inmunitarios que se alternan con los de mantenimiento. Alternativamente, las disposiciones pueden incluir epítopos de mantenimiento flanqueados por epítopos inmunitarios, bien completos o bien truncados distalmente. En la presente memoria se describe que cada epítopo de mantenimiento puede estar flanqueado en cada lado por un epítopo inmunitario, de tal forma que una disposición de tales ordenamientos tenga dos epítopos inmunitarios entre cada epítopo de mantenimiento. Además, las disposiciones pueden tener cualquier otro ordenamiento similar. No hay restricción sobre la colocación de un epítopo de mantenimiento en las posiciones terminales de la disposición. Los vectores pueden contener adicionalmente secuencias codificantes de proteínas auténticas o segmentos de las mismas que contienen agrupamientos de epítopos como fuente de epítopos inmunitarios.
Varias descripciones hacen referencia a poliepítopos o disposiciones en cuentas de collar. Véase, por ejemplo, la patente internacional WO 0119 408 A1 de 22 de marzo de 2001, la patente internacional WO 9 955 730 A2, de 4 de noviembre de 1999; la patente internacional WO 0 040 261 A2, del 13 de julio de 2000; la patente internacional WO 9 603 144 A1, del 8 de febrero de 1996; la patente europea EP 1 181 314 A1, del 27 de febrero de 2002; la patente internacional WO 0 123 577 A3 del 5 de abril; la patente de los EE.UU. US 6 074 817, del 13 de junio de 2000; la patente de los EE.UU. US 5 965 381, del 12 de octubre de 1999; la patente internacional WO 9 741 440 A1, del 6 de noviembre de 1997; la patente de los EE.UU. US 6 130 066, del 10 de octubre de 2000; la patente de los EE.UU. US 6 004 777, del 21 de diciembre de 1999; la patente de los EE.UU. US 5 990 091, del 23 de noviembre de 1999; la patente internacional WO 9 840 501 A1, del 17 de septiembre de 1998; la patente internacional WO 9 840 500 A1, del 17 de septiembre de 1998, la patente internacional WO 0 118 035 A2, del 15 de marzo de 2001; la patente internacional WO 02 068 654 A2, del 6 de septiembre de 2002; la patente internacional WO 0 189 281 A2, del 29 de noviembre de 2001; la patente internacional WO 0 158 478 A, del 16 de agosto de 2001; la patente europea EP 1 118 860 A1, del 25 de julio de 2001; la patente internacional WO 0 111 040 A1, del 15 de febrero de 2001; la patente internacional WO 0 073 438 A1, del 7 de diciembre de 2000; la patente internacional WO 0 071 158 A1, del 30 de noviembre del 2000; la patente internacional WO 0 066 727 A1, del 9 de noviembre de 2000; la patente internacional WO 0 052 451 A1, del 8 de septiembre de 2000; la patente internacional WO 0 052 157 A1, del 8 de septiembre de 2000; la patente internacional WO 0 029 008 A2, del 25 de mayo del 2000; la patente internacional WO 0 006 723 A1, del 10 de febrero de 2000. Otras descripciones incluyen Palmowski MJ et al., J. Immunol. 2000; 168(9): 4391-8; Fang ZY et al. Virology 2001; 291 (2): 272-84; Firat et al. J. Gene Med. 2002; 4(1): 38-45; Smith SG et al. Clin. Cancer Res. 2001; 7 (12): 4253-61; Vonderheide RH et al. Clin. Cancer Res. 2001; 7(11): 3343-8; Firat H et al., Eur. J. Immunol. 2001; 31 (10): 3064-74; Le TT et al. Vaccine 2001; 19(32): 4669-75; Fayolle C. et al., J. Virol. 2001; 75(16): 7330-8; Smith SG. Curr. Opin. Mol. Ther. 1999; 1(1): 10-5; Firat H et al. Eur. J. Immunol. 1999; 29 (10): 3112-21; Mateo L et al. J. Immunol, 1999; 163(7): 4058-63; Heemskerk MH et al. Cell Immunol. 1999; 195(1): 10-7; Woodberry T et al. J. Virol. 1999; 73(7): 5320-5; Hanke T et al. Vaccine 1998; 16 (4): 426-35; Thomson SA et al. J. Immunol. 1998; 160(4): 1717-23; Toes RE et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997; 94 (26): 14660-5; Thomson SA et al. J. Immunol. 1996; 157(2): 822-6; Thomson SA et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995; 92 (13): 5845-9; Street MD et al., Immunology 2002; 106(4): 526-36; Hirano K et al. Histochem. Cell. Biol. 2002; 117 (1): 41-53; Ward SM et al. Virus Genes 2001; 23 (1): 97-104; Liu WJ et al. Virology 2000; 273(2): 374-82; Gariglio P et al. Arch. Med. Res. 1998; 29(4): 279-84; Suhrbier A. Immunol. Cell. Biol. 1997; 75 (4): 402-8; Fomsgaard A et al. Vaccine 1999; 18 (7-8): 681-91; An LL et al. J. Virol. 1997; 71 (3): 2292-302; Whitton JL et al. J. Virol. 1993; 67 (1): 348-52; Ripalti et al. J. Clin. Microbiol. 1994: 32(2): 358-63; y Gilbert S.C. Et al. Nat. Biotech. 15: 1280-1284, 1997.
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Una característica importante que comparten todas las descripciones del párrafo anterior es su falta de apreciación por el deseo de regenerar epítopos de mantenimiento cuando la construcción se expresa en una CPAp. Esta comprensión no fue evidente hasta la presente invención. Las realizaciones de la invención incluyen secuencias que, cuando son procesadas por un proteasoma inmunitario, liberan o generan un epítopo de mantenimiento. En consecuencia, aunque las referencias anteriores contienen descripciones referentes a disposiciones de poliepítopos, ninguna permite la tecnología necesaria para proporcionar o seleccionar un poliepítopo capaz de liberar un epítopo de mantenimiento mediante la acción de un inmunoproteasoma en una CPAp. En cambio, la presente descripción se basa en el reconocimiento de se desea alcanzar este resultado. En consecuencia, en la presente memoria también se describe cualquier construcción de ácido nucleico que codifica un polipéptido que contiene al menos un epítopo de mantenimiento proporcionado en un contexto que favorece su generación mediante la actividad inmunoproteasómica, tanto si el epítopo de mantenimiento está embebido en una disposición en cuentas de collar o cualquier otro ordenamiento. En la presente memoria también se describen usos de uno o más de las construcciones de ácido nucleico o sus productos que se describen específicamente en una cualquiera o más de las referencias recogidas anteriormente. Tales usos incluyen, por ejemplo, detectar un poliepítopo que proporcione el contexto de liberación adecuado a un epítopo de mantenimiento y/o a un epítopo inmunitario, diseñar un inmunógeno eficaz capaz de ocasionar la presentación de un epítopo de mantenimiento y/o un epítopo inmunitario en una CPAp, inmunizar un paciente y similares. También se describe el uso de sólo un subconjunto de tales construcciones de ácido nucleico o una sola construcción, al mismo tiempo que se descarta específicamente una o más de tales construcciones, para cualquiera de los propósitos descritos en la presente memoria.
También se describen en la presente memoria métodos, usos, terapias y composiciones dirigidas a distintos tipos de dianas. Tales dianas pueden incluir, por ejemplo, células neoplásicas tales como las recogidas más adelante, por ejemplo; y células infectadas con algún virus, bacteria, protozoo, hongo u otro agente, ejemplos de los cuales se recogen más adelante en las tablas 1 a 5, o que se describen en cualquiera de las referencias recogidas más arriba. También se describe el uso de solo un subconjunto de tales células neoplásicas y células infectadas recogidas más adelante, en las tablas 1 a 5, o en cualquiera de las referencias descritas en la presente memoria, o una sola de las células neoplásicas o células infectadas, mientras que se descartan específicamente una o más células neoplásicas o células infectadas, para cualquiera de los propósitos descritos en la presente memoria. Los siguientes son ejemplos de células neoplásicas sobre las que se puede actuar selectivamente: sarcomas y carcinomas humanos, por ejemplo, fibrosarcoma, mixosarcoma, liposarcoma, condrosarcoma, sarcoma osteógeno, cordoma, angiosarcoma, endoteliosarcoma, linfangiosarcoma, linfangioendoteliosarcoma, sinovioma, mesotelioma, tumor de Ewing, liomiosarcoma, rabdomiosarcoma, carcinoma colorrectal, cáncer de páncreas, cáncer de mama, cáncer de ovario, cáncer de próstata, carcinoma de células escamosas, carcinoma de células basales, adenocarcinoma, carcinoma de glándula sudorípara, carcinoma de glándula sebácea, carcinoma papilar, adenocarcinomas papilares, cistadenocarcinoma, carcinoma medular, carcinoma broncogénico, carcinoma de células renales, hepatoma, carcinoma del conducto colédoco, coriocarcinoma, seminoma, carcinoma embrionario, tumor del Wilms, cáncer cervical, tumor testicular, carcinoma de pulmón, carcinoma microcítico de pulmón, carcinoma de vejiga, carcinoma epitelial, glioma, astrocitoma, meduloblastoma, craneofaringioma, ependimoma, pinealoma, hemagioblastoma, neuroma acústico, oligondendroglioma, meningioma, melanoma, neuroblastoma, retinoblastoma; leucemias, por ejemplo, leucemia linfocítica aguda y leucemia mielocítica aguda (mieloblásica, promielocítica, mielomonocítica, monocítica y eritroleucemia); leucemia crónica (leucemia mielocítica (granulocítica) crónica y leucemia linfocítica crónica); y policitemia verdadera, linfoma (enfermedad de Hodgkin y enfermedad no de Hodgkin), mieloma múltiple, macroglobulinemia de Waldenström, enfermedad de cadena pesada, cáncer hepatocelular, cáncer de cerebro, cáncer de estómago, cáncer de hígado y similares. Ejemplos de agentes infecciosos que infectan las células diana pueden incluir los siguientes: adenovirus, citomegalovirus, virus de Epstein-Barr, virus 1 del herpes simple , virus 2 del herpes simple, virus 6 del herpes humano, virus de la varicela zóster, virus de la hepatitis B, virus de la hepatitis D, virus del papiloma, parvovirus B19, virus BK del polioma, virus JC del polioma, virus de la hepatitis C, virus del sarampión, virus de la rubéola, virus de inmunodeficiencia humana (VIH), virus I de la leucemia de linfocitos T humanos, virus II de la leucemia de linfocitos T humanos, Chlamydia, Listeria, Salmonella, Legionella, Brucella, Coxiella, Rickettsia, Mycobacterium, Leishmania, Trypanasoma, Toxoplasma, Plasmodium y similares. En las tablas 1 a 5 de más adelante también se incluyen agentes infecciosos ejemplares y células neoplásicas.
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Además, las dianas pueden incluir las células neoplásicas descritas o las células infectadas por agentes que se describen en alguna de las referencias siguientes: Jäger et al., «Granulocyte-macrophage-colony-stimulating factor enhances immune responses to melanoma-associated peptides in vivo», Int. J. Cancer, 67: 54-62 (1996); Kündig, T.M., Althage, A., Hengartner H & Zinkermagel, R. M., «A skin test to assess CD8+ cytotoxic T cell activity», Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89: 7757-76 (1992): Bachmann, M. F. & Kundig, T. M., «In vitro vs. in vivo assays for the assessment of T and B-cell function», Curr. Opin. Immunol. 6: 320-326 (1994); Kundig et al., «On the role of antigen in maintaining cytotoxic T cell memory», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 93: 9716-23 (1996); Steinmann, R. M., «The dendritic cells system and its role in immunogenecity», Annual Review of Immunology 9: 271-96 (1991); Inaba K et al., «Identification of proliferating dendritic cell precursors in mouse blood», Journal of Experimental Medicine, 175: 1157-67 (1992); Young, J. W. & Inaba, K. «Dendritic cells as adjuvants for class I major histocompatibility complex-restricted anti-tumor immunity», Journal of Experimental Medicine, 183: 7-11 (1996); Kuby, Janis, Immunology, 2.ª edición, capítulo 15, W. H. Freeman and Company (1991); Austenst, E, Stahl T, y de Gruyter, Walter, Insulin Pump Therapy, capítulo 3, Berlín, Nueva York (1990); Remington, The Science and Practice of Pharmacy, 19.ª edición, capítulos 86-88; Cleland, Jeffery L y Langer, Robert (Editor); «Formulation and delivery of proteins and peptides», American Chemical Society (ACS Symposium Series, No. 567) (1994); Dickinson, Becton, que se fija utilizando la camisa transparente TegadermTM 1624, 3M, St. Paul, MN 55144, EE.UU.; Santus, Giancardo and Baker, Richard, «Osmotic drug delivery; A review of the patent literature», Journal of Controlled Release, 35: 1-21 (1995); Rammensee, patente de los EE.UU. n.º 5 747 269, registrada el 5 de mayo de 1998; Magruder, patente de los EE.UU. n.º 5 059 423, registrada el 22 de octubre de 1991; Sandbrook, patente de los EE.UU. n.º 4 552 651, registrada el 25 de noviembre de 1985; Eckenhoff et al., patente de los EE.UU. n.º 3 987 790, registrada el 26 de octubre de 1976; Theeuwes, patente de los EE.UU. n.º 4 455 145, registrada el 19 de junio de 1984; Roth et al., patente de los EE.UU. n.º 4 929 233, registrada el 29 de mayo de 1990; van der Bruggen et al., patente de los EE.UU. n.º 5 554 506, registrada el 10 de septiembre de 1996; Pfreundschuh, patente de los EE.UU. n.º 5 698 396, registrada el 16 de diciembre de 1997; Magruder, patente de los EE.UU. n.º 5 110 596, registrada el 5 de mayo de 1992; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 619 652, registrada el 28 de octubre de 1986; Higuchi et al. Patente de los EE.UU. n.º 3 995 631, registrada el 7 de diciembre de 1976; Maruyama, patente de los EE.UU. n.º 5 017 381, registrada el 21 de mayo de 1991; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 963 141, registrada el 16 de octubre de 1990; van der Bruggen et al., patente de los EE.UU. n.º 5 558 995, registrada el 24 de septiembre de 1996; Stolzenberg et al, patente de los EE.UU. n.º 3 604 417, registrada el 14 de septiembre de 1971; Wong et al., patente de los EE.UU. n.º 5 110 597, registrada el 5 de mayo de 1992; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 753 651, registrada el 28 de junio de 1988; Theeeuwes, patente de los EE.UU. n.º 4 203 440, registrada el 20 de mayo de 1980; Wong et al., patente de los EE.UU. n.º 5 023 088, registrada el 11 de junio de 1991; Wong et al., patente de los EE.UU. n.º 4 976 966, registrada el 11 de diciembre de 1990; Van den Eynde et al., patente de los EE.UU. n.º 5 648 226, registrada el 15 de julio de 1997; Baker et al., patente de los EE.UU. n.º 4 838 862, registrada el 13 de junio de 1989; Magruder, patente de los EE.UU. n.º 5 135 523, registrada el 4 de agosto de 1992; Higuchi et al, patente de los EE.UU. n.º 3 732 865, registrada el 15 de mayo de 1975; Theeuwes, patente de los EE.UU. n.º 4 286 067, registrada el 25 de agosto de 1981; Theeuwes et al, patente de los EE.UU. n.º 5 030 216, registrada el 9 de julio de 1991; Boon et al, patente de los EE.UU. n.º 5 405 940, registrada el 11 de abril de 1995; Faste, patente de los EE.UU. n.º 4 898 582, registrada el 6 de febrero de 1990; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 5 137 727, registrada el 11 de agosto de 1992; Higuchi et al. Patente de los EE.UU. n.º 3 760 804, registrada el 25 de septiembre de 1973; Eckenhoff et al., patente de los EE.UU. n.º 4 300 558, registrada el 12 de noviembre de 1981; Magruder et al., patente de los EE.UU. n.º 5 034 229, registrada el 23 de julio de 1991; Boon et al., patente de los EE.UU. n.º 5 487 974, registrada el 30 de enero de 1996; Kam et al., patente de los EE.UU. n.º 5 135 498, registrada el 4 de agosto de 1992; Magruder et al., patente de los EE.UU. n.º 5 174 999, registrada el 29 de diciembre de 1992; Higuchi, patente de los EE.UU. n.º 3 760 805 de 25 de septiembre de 1973; Michaels, patente de los EE.UU. n.º 4 304 232, registrada el 8 de diciembre de 1981; Magruder et al., patente de los EE.UU. n.º 5 037 420, registrada el 15 de octubre de 1991; Wolfel et al., patente de los EE.UU. n.º 5 530 096, registrada el 25 de junio de 1996; Athadye et al., patente de los EE.UU. n.º 5 169 390, registrada el 8 de diciembre de 1992; Balaban et al, patente de los EE.UU. n.º 5 209 746, registrada el 11 de mayo de 1993; Higuchi, patente de los EE.UU. n.º 3 929 132, registrada el 30 de diciembre de 1975; Michaels, patente de los EE.UU. n.º 4 340 054, registrada el 20 de julio de 1982; Magruder et al, patente de los EE.UU. n.º 5 057 318, registrada el 15 de octubre de 1991; Wolfel et al., patente de los EE.UU. n.º 5 519 117, registrada el 21 de mayo de 1996; Athadye et al., patente de los EE.UU. n.º 5 257 987, registrada el 2 de noviembre de 1993; Linkwitz et al, patente de los EE.UU. n.º 5 221 278, registrada el 22 de junio de 1993; Nakano et al, patente de los EE.UU. n.º 3 995 632, registrada el 7 de diciembre de 1976; Michaels, patente de los EE.UU. n.º 4 367 741, registrada el 11 de enero de 1983; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 865 598, registrada el 12 de septiembre de 1989; Lethe et al., patente de los EE.UU. n.º 5 774 316, registrada el 28 de abril de 1998; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 340 048, registrada el 20 de julio de 1982; Wong, patente de los EE.UU. n.º 5 223 265, registrada el 29 de junio de 1993; Higuchi et al, patente de los EE.UU. n.º 4 034 756, registrada el 12 de julio de 1977; Michaels, patente de los EE.UU. n.º 4 450 198, registrada el 22 de mayo de 1984; Eckenhoff et al, patente de los EE.UU. n.º 4 865 845, registrada el 12 de septiembre de 1989; Melief et al, patente de los EE.UU. n.º 5 554 724, registrada el 10 de septiembre de 1996; Eckenhoff et al, patente de los EE.UU. n.º 4 474 575, registrada el 2 de octubre de 1984; Theeuwes, patente de los EE.UU. n.º 3 760 984, registrada el 25 de septiembre de 1983; Eckenhoff, patente de los EE.UU. n.º 4 350 271, registrada el 21 de septiembre de 1982;
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Eckenhoff et al, patente de los EE.UU. n.º 4 855 141, registrada el 8 de agosto de 1989; Zingerman, patente de los EE.UU. n.º 4 872 873, registrada el 10 de octubre de 1989; Townsend et al, patente de los EE.UU. n.º 5 585 461, registrada el 17 de diciembre de 1996; Carulli, J.P. et al, J. Cellular Biochem. Suppl. 30/31: 286-96 (1998); Türeci, Ö., Sahin, U., y Pfreundschuh, M., «Serological analysis of human tumor antigens: molecular definition and implications», 5 Molecular Medicine Today, 3:342 (1997); Rammensee et al., MHC Ligands and Peptide Motifs, Landes Bioscience Austin, TX, 224-27, (1997); Parker et al., «Scheme for ranking potential HLA-A2 binding peptides based on independent binding of individual peptide side-chains» J. Immunol. 152:163-175; Kido & Ohshita, Anal. Biochem., 230:41-47 (1995); Yamada et al., J. Biochem. (Tokyo), 95:1155-60 (1984); Kawashima et al., Kidney Int., 54:275-8 (1998); Nakabayshi & Ikezawa, Biochem. Int. 16:1119-25 (1988); Kanaseki & Ohkuma, J. Biochem. (Tokyo), 110:541-7 (1991); Wattiaux et al., 10 J. Cell Biol., 78:349-68 (1978); Lisman et al., Biochem. J., 178:79-87 (1979); Dean, B., Arch. Biochem. Biophys., 227:154-63 (1983); Overdijk et al., Adv. Exp. Med. Biol., 101:601-10 (1978); Stromhaug et al., Biochem. J., 335:217-24 (1998); Escola et al., J. Biol. Chem., 271:27360-05 (1996); Hammond et al., Am. J. Physiol., 267:F516-27 (1994); Williams & Smith, Arch. Biochem. Biophys., 305:298-306 (1993); Marsh, M., Methods Cell Biol., 31:319-34 (1989); Schmid & Mellman, Prog. Clin. Biol. Res., 270:35-49 (1988); Falk, K. et al., Nature, 351:290, (1991); Ausubel et al., Short 15 Protocols in Molecular Biology, tercera edición, unidad 11.2 (1997); dirección del protocolo de transferencia por hipertexto 134.2.96.221/scripts/hlaserver.dll/EpPredict.htm; Levy, Morel, S. et al., Immunity 12:107-117 (2000); Seipelt et al., Virus Research, 62:159-68, 1999; Storkus et al, patente de los EE.UU. n.º 5 989 565, registrada el 23 de noviembre de 1999; Morton, patente de los EE.UU. n.º 5 993 828, registrada el 30 de noviembre de 1999; Virus Research, 62: 159168, (1999); Simard et al., solicitud de patente de los EE.UU. n.º 10/026066, registrada el 7 de diciembre de 2001; 20 Simard et al, solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561571, registrada el 28 de abril de 2000; Simard et al, solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561572, registrada el 28 de abril de 2000; Miura et al, patente internacional WO 99/01283 de 14 de enero de 1999; Simard et al, solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561074, registrada el 28 de abril de 2000; Simard et al, solicitud de patente de los EE.UU. n.º 10/225568, registrada el 20 de agosto de 2002; Simard et al, solicitud de patente de los EE.UU. n.º 10/005905, registrada el 7 de noviembre de 2001; Simard et al.,
25 solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561074, registrada el 28 de abril de 2000.
También se describen en la presente memoria métodos, usos, terapias y composiciones relacionados con un antígeno determinado, ya sea el antígeno procede de, por ejemplo, una célula diana o un agente infeccioso, tales como los mencionados anteriormente. Algunas realizaciones preferentes emplean los antígenos recogidos en la presente 30 memoria, en las tablas 1 a 5, o en la lista de más adelante, solos, como subconjuntos, o en cualquier combinación. Por ejemplo, algunas realizaciones excluyen la utilización de uno o más de esos antígenos. Otras realizaciones pueden excluir alguna o todas las combinaciones de estos antígenos. Varios ejemplos de tales antígenos incluyen MelanA (MART-I), gp100 (Pmel 17), tirosinasa, TPP-1, TRP-2, MAGE-1, MAGE-3, BAGE, GAGE-1, GAGE-2, CEA, RAGE, NYESO, SCP-1, Hom/Mel-40, PRAME, p53, H-Ras, HER-2/neu, BCR-ABL, E2A-PRL, H4-RET, IGH-IGK, MYL-RAR,
35 antígenos del virus de Epstein-Barr, EBNA, antígenos del virus del papiloma humano (VPH) E6 y E7,TSP-180, MAGE-4, MAGE-5, MAGE-6, p185erbB2, p180erbB-3, c-met, nm-23H1, PSA, TAG-72-4, CAM 17.1, NuMa, K-ras, β-catenina, CDK4, Mum-1, p16 así como cualquiera de los presentados en las referencias mencionadas anteriormente. Otros antígenos se incluyen en las tablas 1 a 4 de más adelante.
40 En la presente memoria se describen métodos, usos, composiciones y terapias relacionados con los epítopos, que incluyen, por ejemplo, los epítopos recogidos en las tablas 1 a 5. Estos epítopos pueden ser útiles para flanquear los epítopos de mantenimiento en los vectores para detección, por ejemplo. Algunas realizaciones incluyen uno o más epítopos de las tablas 1 a 5, mientras que otras realizaciones excluyen específicamente uno o más de tales epítopos o combinaciones de los mismos.
45
Tabla 1
Virus
Proteína Posición de aminoácidos Ligando del CMH para epítopo de linfocito T (Antígeno) Molécula del CMH
Adenovirus 3
E3 9Kd 30-38 LIVIGILIL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:44)
Adenovirus 5
EIA 234-243 SGPSNTPPEI H2-Db
(SEQ. ID N.º:45)
Adenovirus 5
EIB 192-200 VNIRNCCYI H2-Db
(SEQ. ID N.º:46)
Adenovirus 5
EIA 234-243 SGPSNIPPEI (T>I) H2-Db
(SEQ. ID N.º:47)
CSFV
Poliproteína NS 2276-2284 ENALLVALF SLA,haplotipo d/d
(SEQ. ID N.º:48)
imagen10
Virus 4 del dengue
NS3 500-508 TPEGIIPTL HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:49)
VEB
LMP-2 426-434 CLGGLLTMV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:50)
VEB
EBNA-1 480-484 NIAEGLRAL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:51)
VEB
EBNA-1 519-527 NLRRGTALA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:52)
VEB
EBNA-1 525-533 ALAIPQCRL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:53)
VEB
EBNA-1 575-582 VLKDAIKDL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:54)
VEB
EBNA-1 562-570 FMVFLQTHI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:55)
VEB
EBNA-2 15-23 HLIVDTDSL HLA-A*0201
(SEQ. ID N0.:56)
VEB
EBNA-2 22-30 SLGNPSLSV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:57)
VEB
EBNA-2 126-134 PLASAMRML HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:58)
VEB
EBNA-2 132-140 RMLWMANYI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:59)
VEB
EBNA-2 133-141 MLWMANYIV HL.A-A*0201
(SEQ. ID N.º:60)
VEB
EBNA-2 151-159 ILPQGPQTA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:61)
VEB
EBNA-2 171-179 PLRPTAPTI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:62)
VEB
EBNA-2 205-213 PLPPATLTV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:63)
VEB
EBNA-2 246-254 RMHLPVLHV HLA-A*0201
(SEQ. ID N0.:64)
VEB
EBNA-2 287-295 PMPLPPSQL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:65)
VEB
EBNA-2 294-302 QLPPPAAPA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:66)
VEB
EBNA-2 381-389 SMPELSPVL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:67)
VEB
EBNA-2 453-461 DLDESWDYI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:68)
VEB
BZLF1 43-51 PLPCVLWPV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:69)
VEB
BZLF1 167-175 SLEECDSEL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:70)
VEB
BZLF1 176-184 EIKRYKNRV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:71)
VEB
BZLF1 195-203 QLLQHYREV HLA-A*0201
imagen11
(SEQ. ID N.º:72)
VEB
BZLF1 196-204 LLQHYREVA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:73)
VEB
BZLF1 217-225 LLKQMCPSL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:74)
VEB
BZLF1 229-237 SIIPRTPDV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:75)
VEB
EBNA-6 284-293 LLDFVRFMGV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:76)
VEB
EBNA-3 464-472 SVRDRLARL HLA-A*0203
(SEQ. ID N.º:77)
VEB
EBNA-4 416-424 IVTDFSVIK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:78)
VEB
EBNA-4 399-408 AVFDRKSDAK HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:79)
VEB
EBNA-3 246-253 RYSIFFDY HLA-A24
(SEQ. ID N.º:80)
VEB
EBNA-6 881-889 QPRAPIRPI HLA-B7
(SEQ. ID N.º:81)
VEB
EBNA-3 379-387 RPPIFIRRI. HLA-B7
(SEQ. ID N.º:82)
VEB
EBNA-1 426-434 EPDVPPGAI HLA-B7
(SEQ. ID N.º:83)
VEB
EBNA-1 228-236 IPQCRLTPL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:84)
VEB
EBNA-1 546-554 GPGPQPGPL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:85)
VEB
EBNA-1 550-558 QPGPLRESI HLA-B7
(SEQ. ID N.º:86)
VEB
EBNA-1 72-80 R.PQKRPSCI HLA-B7
(SEQ. ID N.º:87)
VEB
EBNA-2 224-232 PPTPLLTVL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:88)
VEB
EBNA-2 241-249 TPSPPRMHL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:89)
VEB
EBNA-2 244-252 PPRMHLPVL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:90)
VEB
EBNA-2 254-262 VPDQSMHPL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:91)
VEB
EBNA-2 446-454 PPSIDPADL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:92)
VEB
BZLFI 44-52 LPCVLWPVL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:93)
VEB
BZLFI 222-231 CPSLDVDSII HLA-B7
(SEQ. ID N.º:94)
VEB
BZLFI 234-242 TPDVLHEDL HLA.B7
(SEQ. ID N.º:95)
imagen12
VEB
EBNA-3 339-347 FLRGRAYGL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:96)
VEB
EBNA-3 26-34 QAKWRLQTL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:97)
VEB
EBNA-3 325-333 AYPLHEQHG HLA-B8
(SEQ. ID N.º:98)
VEB
EBNA-3 158-166 YIKSFVSDA HLA-B8
(SEQ. ID N.º:99)
VEB
LMP-2 236-244 RRRWRRLTV HLA-B*2704
(SEQ. ID N.º: 100)
VEB
EBNA-6 258-266 RRIYDLIEL HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:101)
VEB
EBNA-3 458-466 YPLHEQHGM HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:102)
VEB
EBNA-3 458-466 YPLHEQHGM HLA-B*3503
(SEQ. ID N.º:103)
VHC
NS3 389-397 HSKKKCDEL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:104)
VHC
env E 44-51 ASRCWVAM HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:105)
VHC
proteína central 27-35 GQIVGGVYL HLA-B*40012
(SEQ. ID N.º:106)
VHC
NSI 77-85 PPLTDFDQGW HLA-B*5301
(SEQ. ID N.º: 107)
VHC
proteína central 18-27 LMGYIPLVGA H2-Dd
(SEQ. ID N.º:108)
VHC
proteína central 16-25 ADLMGYIPLV H2-Dd
(SEQ. ID N.º:109)
VHC
NS5 409-424 MSYSWTGALVTPCAEE H2-Dd
(SEQ. ID N.º:110)
VHC
NS1 205-213 KHPDATYSR Papa-A06
(SEQ. ID N.º:111)
VHC-1
NS3 400-409 KLVALGINAV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º: 112)
VHC-1
NS3 440-448 GDFDSVIDC Patr-B16
(SEQ. ID N.º: 113)
VHC-1
env E 118-126 GNASRCWVA Patr-B16
(SEQ. ID N.º: 114)
VHC-1
NSI 159-167 TRPPLGNWF Patr-B13
(SEQ. ID N.º:115)
VHC-1
NS3 351-359 VPHPNIEEV Patr-B13
(SEQ. ID N.º:116)
VHC-1
NS3 438-446 YTGDFDSVI Patr-B01
(SEQ. ID N.º: 117)
VHC-1
NS4 328-335 SWAIKWEY Patr-Al1
(SEQ. ID N.º:118)
VHC-1
NSI 205-213 KHPDATYSR Patr-A04
imagen13
(SEQ. ID N.º: 119)
VHC-1
NS3 440-448 GDFDSVIDC Patr-A04
(SEQ. ID N.º: 120)
VIH
gp41 583-591 RYLKDQQLL HLA A24
(SEQ. ID N.º:121)
VIH
gagp24 267-275 IVGLNKIVR HLA-A*3302
(SEQ. ID N.º:122)
VIH
gagp24 262-270 EIYKRWllL HLA-B8
(SEQ. ID N.º: 123)
VIH
gagp24 261-269 GEIYKRWII HLA-B8
(SEQ. ID N.º: 124)
VIH
gagp17 93-101 EIKDTKEAL HLA-B8
(SEQ. ID N.º: 125)
VIH
gp41 586-593 YLKDQQLL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:126)
VIH
gagp24 267-277 ILGLNKIVRMY HLA-B* 1501
(SEQ. ID N.º:127)
VIH
gp41 584-592 ERYLKDQQL HLA-B14
(SEQ. ID N.º: 128)
VIH
nef 115-125 YHTQGYFPQWQ HLA-B17
(SEQ. ID N.º:129)
VIH
nef 117-128 TQGYFPQWQNYT HLA-B17
(SEQ. ID N.º:130)
VIH
gp120 314-322 GRAFVTIGK HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:131)
VIH
gagp24 263-271 KRWIILGLN HLA-B*2702
(SEQ. ID N.º:132)
VIH
nef 72-82 QVPLRPMTYK HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º: 133)
VIH
nef 117-125 TQGYFPQWQ HLA-B*3701
(SEQ. ID N.º: 134)
VIH
gagp24 143-151 HQAISPRTI, HLA-Cw*0301
(SEQ. ID N.º: 135)
VIH
gagp24 140-151 QMVHQAISPRTL HLA-Cw*0301
(SEQ. ID N.º:136)
VIH
gp120 431-440 MYAPPIGGQI H2-Kd
(SEQ. ID N.º: 137)
VIH
gp160 318-327 RGPGRAFVTI H2-Dd
(SEQ. ID N.º:138)
VIH
gp120 17-29 MPGRAFVTI H2-Ld
(SEQ. ID N.º:139)
VIH-1
RT 476-484 ILKEPVHGV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:140)
VIH-1
nef 190-198 AFHHVAREL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:141)
VIH-1
gp160 120-128 KLTPLCVTL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:142)
imagen14
VIH-1
g]60 814-823 SLLNATDIAV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:143)
VIH-1
RT 179-187 VIYQYMDDL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:144)
VIH-1
gagp 17 77-85 SLYNTVATL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:145)
VIH-1
gp160 315-329 RGPGRAFVTl HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:146)
VIH-1
gp41 768-778 RLRDLLLIVTR HLA-A3
(SEQ. ID N.º:147)
VIH-1
nef 73-82 QVPLRPMTYK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:148)
VIH-1
gp120 36-45 TVYYGVPVWK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:149)
VIH-1
gagp17 20-29 RLRPGGKKK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:150)
VIH-1
gp120 38-46 VYYGVPVWK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:151)
VIH-1
nef 74-82 VPLRPMTYK HLA-a*1101
(SEQ. ID N.º:152)
VIH-1
gagp24 325-333 AIFQSSMTK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:153)
VIH-1
nef 73-82 QVPLRPMTYK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:154)
VIH-1
nef 83-94 AAVDLSHFLKEK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:155)
VIH-1
gagp24 349-359 ACQGVGGPGGHK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:156)
VIH-1
gagp24 203-212 ETINEEAAEW HLA-A25
(SEQ. ID N.º:157)
VIH-1
nef 128-137 TPGPGVRYPL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:158)
VIH-1
gagp 17 24-31 GGKKKYKL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:159)
VIH-1
gp120 2-10 RVKEKYQHL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:160)
VIH-1
gagp24 298-306 DRFYKTLRA HLA-B 14
(SEQ. ID N.º:161)
VIH-1
NEF 132-147 GVRYPLTFGWCYKLVP HLA-B18
(SEQ. ID N.º:162)
VIH-1
gagp24 265-24 KRWIILGLNK HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:163)
VIH-1
nef 190-198 AFHHVAREL HLA-B*5201
(SEQ. ID N.º:164)
VEB
EBNA-6 335-343 KEHVIQNAF HLA-B44
(SEQ. ID N.º:165)
VEB
EBNA-6 130-139 EENLLDFVRF HLA-B*4403
imagen15
(SEQ. ID N.º:166)
VEB
EBNA-2 42-51 DTPLIPLTIF HLA-B51
(SEQ. ID N.º:167)
VEB
EBNA-6 213-222 QNGALAINTF HLA-1362
(SEQ. ID N.º:168)
VEB
EBNA-3 603-611 RLRAEAGVK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:169)
VHB
sAg 348-357 GLSPTVWLSV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:170)
VHB
SAg 335-343 WLSLLVPFV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:171)
VHB
cAg 18-27 FLPSDFFPSV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:172)
VHB
cAg 18-27 FLPSDFFPSV HLA-A*0202
(SEQ. ID N.º:173)
VHB
cAg 18-27 FLPSDFFPSV HLA-A*0205
(SEQ. ID N.º:174)
VHB
cAg 18-27 FLPSDFFPSV HLA-A*0206
(SEQ. ID N.º:175)
VHB
pol 575-583 FLLSLGIHL HLA-A*020
(SEQ. ID N.º:176)
VHB
pol 816-824 SLYADSPSV HLA-A*020
(SEQ. ID N.º:177)
VHB
pol 455-463 GLSRYVARL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:178)
VHB
env 338-347 LLVPFVQWFV HLA-A*020
(SEQ. ID N.º:179)
VHB
pol 642-650 ALMPLYACI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:180)
VHB
env 378-387 LLPIFFCLWV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:181)
VHB
pol 538-546 YMDDWLGA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:182)
VHB
env 250-258 LLLCLIFLL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:183)
VHB
env 260-269 LLDYQGMLPV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:184)
VHB
env 370-379 SIVSPFIPLL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:185)
VHB
env 183-191 FLLTRILTI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:186)
VHB
cAg 88-96 YVNVNMGLK HLA-A* 1101
(SEQ. ID N.º:187)
VHB
cAg 141-151 STLPETTVVRR HLA-A*3101
(SEQ. ID N.º:188)
VHB
cAg 141-151 STLPETTVVRR HLA-A*6801
(SEQ. ID N.º:189)
imagen16
VHB
cAg 18-27 FLPSDFFPSV HLA-A*6801
(SEQ. ID N.º:190)
VHB
sAg 28-39 IPQSLDSWWTSL H2-Ld
(SEQ. ID N.º:191)
VHB
cAg 93-100 MGLKFRQL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:192)
VHB
preS 141-149 STBXQSGXQ HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:193)
CMVH
gp B 618-628 FIAGNSAYEYV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:194)
CMVH
El 978-989 SDEEFAIVAYTL HLA-B18
(SEQ. ID N.º:195)
CMVH
pp65 397-411 DDVWTSGSDSDEELV HLA-b35
(SEQ. ID N.º:196)
CMVH
pp65 123-131 IPSINVHHY HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:197)
CMVH
pp65 495-504 NLVPMVATVO HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:198)
CMVH
pp65 415-429 RKTPRVTOGGAMAGA HLA-B7
(SEQ. ID N.º:199)
VHC
MP 17-25 DLMGYIPLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:200)
VHC
MP 63-72 LLALLSCLTV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:201)
VHC
MP 105-112 ILHTPGCV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:202)
VHC
env E 66-75 QLRRHIDLLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:203)
VHC
env E 88-96 DLCGSVFLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:204)
VHC
env E 172-180 SMVGNWAKV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:205)
VHC
NSI 308-316 HLIIQNIVDV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:206)
VHC
NSI 340-348 FLLLADARV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:207)
VHC
NS2 234-246 GLRDLAVAVEPVV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:208)
VHC
NSI 18-28 SLLAPGAKQNV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:209)
VHC
NSI 19-28 LLAPGAKQNV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:210)
VHC
NS4 192-201 LLFNILGGWV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:211)
VHC
NS3 579-587 YLVAYQATV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:212)
VHC
proteína central 34-43 YLLPRRGPRL HLA-A*0201
imagen17
(SEQ. ID N.º:213)
VHC
MP 63-72 LLALLSCLTI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:214)
VHC
NS4 174-182 SLMAFTAAV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:215)
VHC
NS3 67-75 CINGVCWTV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:216)
VHC
NS3 163-171 LLCPAGHAV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:217)
VHC
NS5 239-247 ILDSFDPLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:218)
VHC
NS4A 236-244 ILAGYGAGV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:219)
VHC
NS5 714-722 GLQDCTMLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:220)
VHC
NS3 281-290 TGAPVTYSTY HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:221)
VHC
NS4A 149-157 HMWNFISGI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:222)
VHC
NS5 575-583 RVCEKMALY HLA-A*0201-A3
(SEQ. ID N.º:223)
VHC
NS1 238-246 TINYTIFK HLA-A*1101
(SEQ. ID N.º:224)
VHC
NS2 109-116 YISWCLWW HLA-A23
(SEQ. ID N.º:225)
VHC
proteína central 40-48 GPRLGVRAT HLA-B7
(SEQ. ID N.º:226)
VIH-1
gp120 380-388 SFNCGGEFF HLA-Cw*0401
(SEQ. ID N.º:227)
VIH-1
RT 206-214 TEMEKEGKI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:228)
VIH- 1
p17 18-26 KIRLRPGGK HLA-A*0301
(SEQ. ID N.º:229)
VIH-1
P17 20-29 RLRPGGKKKY HLA-A*0301
(SEQ. ID N.º:230)
VIH
RT 325-333 AIFQSSMTK HLA-A*0301
(SEQ. ID N.º:231)
VIH-1
p17 84-92 TLYCVHQRI HLA-A11
(SEQ. ID N.º:232)
VIH-1
RT 508-517 IYQEPFKNLK HLA-A11
(SEQ. ID N.º:233)
VIH-1
P17 28-36 KYKLKHIVW HLA-A24
(SEQ. ID N.º:234)
VIH-1
gp120 53-62 LFCASDAKAY HLA-A24
(SEQ. ID N.º:235)
VIH-1
gagp24 145-155 QAISPRTLNAW HLA-A25
(SEQ. ID N.º:236)
imagen18
VIH-1
gagp24 167-175 EVIPMFSAL HLA-A26
(SEQ. ID N.º:237)
VIH-1
RT 593-603 ETFYVDGAANR HLA-A26
(SEQ. ID N.º:238)
VIH-1
gp41 775-785 RLRDLLLIVTR HLA-A31
(SEQ. ID N.º:239)
VIH-1
RT 559-568 PIQKETWETW HLA-A32
(SEQ. ID N.º:240)
VHC-1
gp120 419-427 RIKQIINMW HLA-A32
(SEQ. ID N.º:241)
VIH-1
RT 71-79 ITLWQRPLV HLA-A*6802
(SEQ. ID N.º:242)
VIH-1
RT 85-93 DTVLEEMNL HLA-A*6802
(SEQ. ID N.º:243)
VIH-1
RT 71-79 ITLWQRPLV HLA-A*7401
(SEQ. ID N.º:244)
VIH-1
gag p24 148-156 SPRTLNAWV HLA-B7
(SEQ. ID N.º:245)
VIH-1
gag p24 179-187 ATPQDLNTM HLA-B7
(SEQ. ID N.º:246)
VIH-1
gp120 303-312 RPNNNTRKSI HLA-B7
(SEQ. ID N.º:247)
VIH-1
gp41 843-851 IPRRIRQGL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:248)
VIH-1
p17 74-82 ELRSLYNTV HLA-B8
(SEQ. ID N.º:249)
VIH-1
nef 13-20 WPTVRERM HLA-B8
(SEQ. ID N.º:250)
VIH-1
nef 90-97 FLKEKGGL HLA-B8
(SEQ. ID N.º:251)
VIH-1
gag p24 183-191 DLNTMLNTV HLA-B14
(SEQ. ID N.º:252)
VIH-1
P17 18-27 KIRLRPGGKK HLA-B27
(SEQ. ID N.º:253)
VIH-1
p17 19-27 IRLRPGGKK HLA--827
(SEQ. ID N.º:254)
VIH-1
gp41 791-799 GRRGWEALKY HLA-B27
(SEQ. ID N.º:255)
VIH-1
nef 73-82 QVPLRPMTYK HLA-B27
(SEQ. ID N.º:256)
VIH-1
GP41 590-597 RYLKDQQL HLA-B27
(SEQ. ID N.º:257)
VIH-1
nef 105-114 RRQDILDLWI HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:258)
VIH-1
nef 134-141 RYPLTFGW HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:259)
VIH-1
p17 36-44 WASRELERF HLA-B35
imagen19
(SEQ. ID N.º:260)
VIH-1
GAG P24 262-270 TVLDVGDAY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:261)
VIH-1
gp120 42-52 VPVWKEATTTL HLA-B35
(SEQ. ID N.º:262)
VIH-1
Pl7 36-44 NSSKVSQNY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:263)
VIH-1
gag p24 254-262 PPIPVGDIY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:264)
VIH-1
RT 342-350 HPDIVIYQY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:265)
VIH-1
gp41 611-619 TAVPWNASW HLA-B35
(SEQ. ID N.º:266)
VIH-1
gag 245-253 NPVPVGNIY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:267)
VIH-1
nef 120-128 YFPDWQNYT HLA-B37
(SEQ. ID N.º:268)
VIH-1
gag p24 193-201 GHQAAMQML HLA-B42
(SEQ. ID N.º:269)
VIH-1
p17 20-29 RLRPGGKKKY HLA-B42
(SEQ. ID N.º:270)
VIH-1
RT 438-446 YPGIKVRQL HLA-B42
(SEQ. ID N.º:271)
VIH-1
RT 591-600 GAETFYVDGA HLA-B45
(SEQ. ID N.º:272)
VIH-1
gag p24 325-333 NANPDCKTI HLA-B51
(SEQ. ID N.º:273)
VIH-1
gag p24 275-282 RMYSPTSI HLA-B52
(SEQ. ID N.º:274)
VIH-1
gp120 42-51 VPVWKEATTT HLA-B*5501
(SEQ. ID N.º:275)
VIH-1
gag p24 147-155 ISPRTLNAW HLA-B57
(SEQ. ID N.º:276)
VIH-1
gag p24 240-249 TSTLQEQIGW HLA-B57
(SEQ. ID N.º:277)
VIH-1
gag p24 162-172 KAFSPEVIPMF HLA-B57
(SEQ. ID N.º:278)
VIH-1
gag p24 311-319 QASQEVKNW HLA-B57
(SEQ. ID N.º:279)
VIH-1
gag p24 311-319 QASQDVKNW HLA-B57
(SEQ. ID N.º:280)
VIH-1
nef 116-125 HTQGYFPDWQ HLA-B57
(SEQ. ID N.º:281)
VIH-1
nef 120-128 YFPDWQNYT HLA-B57
(SEQ. ID N.º:282)
VIH-1
gag p24 240-249 TSTLQEQIGW HLA-B58
(SEQ. ID N.º:283)
imagen20
VIH-1
p17 20-29 RLRPGGKKKY HLA-B62
(SEQ. ID N.º:284)
VIH-1
p24 268-277 LGLNKJVRMY HLA-B62
(SEQ. ID N.º:285)
VIH-1
RT 415-426 LVGKLNWASQIY HLA-B62
(SEQ. ID N.º:286)
VIH-1
RT 476-485 ILKEPVHGVY HLA-B62
(SEQ. ID N.º:287)
VIH-1
nef 117-127 TQGYFPDWQNY HLA-B62
(SEQ. ID N.º:288)
VIH-1
nef 84-91 AVDLSHFL HLA-B62
(SEQ. ID N.º:289)
VIH-1
gag p24 168-175 VIPMFSAL HLA-Cw*0102
(SEQ. ID N.º:290)
VIH-1
gp120 376-384 FNCGGEFFY HLA-A29
(SEQ. ID N.º:291)
VIH-1
gp120 375-383 SFNCGGEFF HLA-B15
(SEQ. ID N.º:292)
VIH-1
nef 136-145 PLTFGWCYKL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:293)
VIH-1
nef 180-189 VLEWRFDSRL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:294)
VIH-1
nef 68-77 FPVTPQVPLR HLA-B7
(SEQ. ID N.º:295)
VIH-1
nef 128-137 TPGPGVRYPL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:296)
VIH-1
gag p24 308-316 QASQEVKNW HLA-Cw*0401
(SEQ. ID N.º:297)
VIH-1 IIIB
RT 273-282 VPLDEDFRKY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:298)
VIH-1 IIIB
RT 25-33 NPDIVIYQY HLA-B35
(SEQ. ID N.º:299)
VIH-1 IIIB
gp41 557-565 RAIEAQAHL HLA-B51
(SEQ. ID N.º:300)
VIH-1 IIIB
RT 231-238 TAFTIPSI HLA-B51
(SEQ. ID N.º:301)
VIH-1 IIIB
p24 215-223 VHPVHAGPIA HLA-B*5501
(SEQ. ID N.º:302)
VIH-1 IIIB
gp120 156-165 NCSFNISTSI HLA-Cw8
(SEQ. ID N.º:303)
VIH-1 IIIB
gp120 241-249 CTNVSTVQC HLA-Cw8
(SEQ. ID N.º:304)
VIH-1 5F2
gp120 312-320 IGPGRAFHT H2-Dd
(SEQ. ID N.º:305)
VIH-1 5F2
pol 25-33 NPDIVIYQY HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:306)
VIH-15F2
pol 432-441 EPIVGAETFY HLA-B*3501
imagen21
(SEQ. ID N.º:307)
VIH-1 5F2
pol 432-440 EPIVGAETF HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:308)
VIH-1 5F2
pol 6-14 SPAIFQSSM HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:309)
VIH-1 5F2
pol 59-68 VPLDKDFRKY HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:310)
VIH-1 5F2
pol 6-14 IPLTEEAEL HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:311)
VIH-1 5F2
nef 69-79 RPQVPLRPMTY HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:312)
VIH-1 5F2
nef 66-74 FPVRPQVPL HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:313)
VIH-1 5F2
env 10-18 DPNPQEVVL HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:314)
VIH-1 5F2
env 7-15 RPIVSTQLL HLA-B*3501
(SEQ. ID N.º:315)
VIH-1 5F2
pol 6-14 IPLTEEAEL HLA-B51
(SEQ. ID N.º:316)
VIH-1 5F2
env 10-18 DPNPQEVVL HLA-B51
(SEQ. ID N.º:317)
VIH-1 5F2
gagp24 199-207 AMQMLKETI H2-Kd
(SEQ. ID N.º:318)
VIH-2
gagp24 182-190 TPYDrNQML HLA-B*5301
(SEQ. ID N.º:319)
VIH-2
gag 260-269 RRWIQLGLQKV HLA-B*2703
(SEQ. ID N.º:320)
VIH-1 5F2
gp41 593-607 GIWGCSGKLICTTAV HLA-B17
(SEQ. ID N.º:321)
VIH-1 5F2
gp41 753-767 ALIWEDLRSLCLFSY HLA-B22
(SEQ. ID N.º:322)
VPH 6b
E7 21-30 GLHCYEQLV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:323)
VPH 6b
E7 47-55 PLKQHFQIV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:324)
VPH11
E7 4-12 RLVTLKDIV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:325)
VPH16
E7 86-94 TLGIVCPIC HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:326)
VPH16
E7 85-93 GTLGIVCPI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:327)
VPH16
E7 12-20 MLDLQPETT HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:328)
VPH16
E7 11-20 YMLDLQPETT HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:329)
VPH16
E6 15-22 RPRKLPQL HLA-B7
(SEQ. ID N.º:330)
imagen22
VPH16
E6 49-57 RAHYNIVTF HW-Db
(SEQ. ID N.º:331)
VHS
gp B 498-505 SSIEFARL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:332)
VHS-1
gp C 480-488 GIGIGVLAA HLA-A*020
(SEQ. ID N.º:333)
VHS-1
ICP27 448-456 DYATLGVGV H2-Kd
(SEQ. ID N.º:334)
VHS-1
ICP27 322-332 LYRTFAGNPRA H2-Kd
(SEQ. ID N.º:335)
VHS-1
UL39 822-829 QTFDFGRL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:336)
VHS-2
gpC 446-454 GAGIGVAVL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:337)
VLTH-1
TAX 11-19 LLFGYPVYV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:338)
Virus de la gripe
MP 58-66 GILGFVFTL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:339)
Virus de la gripe
MP 59-68 ILGFVFTLTV HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:340)
Virus de la gripe
NP 265-273 ILRGSVAHK HLA-A3
(SEQ. ID N.º:341)
Virus de la gripe
NP 91-99 KTGGPIYKR HLA-A*6801
(SEQ. ID N.º:342)
Virus de la gripe
NP 380-388 ELRSRYWAI HLA-B8
(SEQ. ID N.º:343)
Virus de la gripe
NP 381-388 LRSRYWAI HLA-B*2702
(SEQ. ID N.º:344)
Virus de la gripe
NP 339-347 EDLRVLSFI HLA-B*370
(SEQ. ID N.º:345)
Virus de la gripe
NSI 158-166 GEISPLPSL HLA-B44
(SEQ. ID N.º:346)
Virus de la gripe
NP 338-346 FEDLRVLSF HLA-B44
(SEQ. ID N.º:347)
Virus de la gripe
NSI 158-166 GEISPLPSL HLA-B*4402
(SEQ. ID N.º:348)
Virus de la gripe
NP 338-346 FEDLRVLSF HLA-B*4402
(SEQ. ID N.º:349)
Virus de la gripe
PBI 591-599 VSDGGPKLY HLA-Al
(SEQ. ID N.º:350)
Virus de la gripe A
NP 44-52 CTELKLSDY HLA-Al
(SEQ. ID N.º:351)
Virus de la gripe
NSI 122-130 AIMDKNIIL HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:352)
Virus de la gripe A
NSI 123-132 IMDKNIILKA HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:353)
Virus de la gripe A
NP 383-391 SRYWAIRTR HLA-B*2705
imagen23
(SEQ. ID N.º:354)
Virus de la gripe A
NP 147-155 TYQRTRALV H2-Kd
(SEQ. ID N.º:355)
Virus de la gripe A
HA 210-219 TYVSVSTSTL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:356)
Virus de la gripe A
HA 518-526 IYSTVASSL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:357)
Virus de la gripe A
HA 259-266 FEANGNLI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:358)
Virus de la gripe A
HA 10-18 IEGGWTGMI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:359)
Virus de la gripe A
NP 50-57 SDYEGRLI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:360)
Virus de la gripe a
NSI 152-160 EEGAIVGEI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:361)
Virus de la gripe A34
NP 336-374 ASNENMETM H2Db
(SEQ. ID N.º:362)
Virus de la gripe A68
NP 366-374 ASNENMDAM H2Db
(SEQ. ID N.º:363)
Virus de la gripe B
NP 85-94 KLGEFYNQMM HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:364)
Virus de la gripe B
NP 85-94 KAGEFYNQMM HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:365)
Virus de la gripe JAP
HA 204-212 LYQNVGTYV H2Kd
(SEQ. ID N.º:366)
Virus de la gripe JAP
HA 210-219 TYVSVGTSTL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:367)
Virus de la gripe JAP
HA 523-531 VYQILATYA H2-Kd
(SEQ. ID N.º:368)
Virus de la gripe JAP
HA 529-537 IYATVAGSL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:369)
Virus de la gripe JAP
HA 210-219 TYVSVGTSTI(L>I) H2-Kd
(SEQ. ID N.º:370)
Virus de la gripe JAP
HA 255-262 FESTGNLI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:371)
JHMV
cAg 318-326 APTAGAFFF H2-Ld
(SEQ. ID N.º:372)
VCML
NP 118-126 RPQASGVYM H2-Ld
(SEQ. ID N.º:373)
VCML
NP 396-404 FQPQNGQFI H2-Db
(SEQ. ID N.º:374)
VCML
GP 276-286 SGVENPGGYCL H2-Db
(SEQ. ID N.º:375)
imagen24
VCML
GP 33-42 KAVYNFATCG H2-Db
(SEQ. ID N.º:376)
CMVM
pp89 168-176 YPHFMPTNL H2-Ld
(SEQ. ID N.º:377)
VHM
proteína espícula 510-518 CLSWNGPHL H2-Db
(SEQ. ID N.º:378)
VTMM
env gp 36 474-482 SFAVATTAL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:379)
VTMM
gag p27 425-433 SYETFISRL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:380)
VTMM
env gp73 544-551 ANYDFICV H2-Kb
(SEQ. ID N.º:381)
VLMu
env p15E 574-581 KSPWFTTL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:382)
VLMu
env gp70 189-196 SSWDFITV H2-Kb
(SEQ. ID N.º:383)
VLMu
gag 75K 75-83 CCLCLTVFL H2-Db
(SEQ. ID N.º:384)
VLMu
env gp70 423-431 SPSYVYHQF H2Ld
(SEQ. ID N.º:385)
VM
Proteina F 437-447 SRRYPDAVYLH HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:386)
VM
ProteÍna F 438-446 RRYPDAVYL HLA-B*2705
(SEQ. ID N.º:387)
VM
NP 281-289 YPALGLHEF H2-Ld
(SEQ. ID N.º:388)
VM
HA 343-351 DPVIDRLYL H2-Ld
(SEQ. ID N.º:389)
VM
HA 544-552 SPGRSFSYF H2-Ld
(SEQ. ID N.º:390)
Poliovirus
VP1 111-118 TYKDTVQL H2-kd
(SEQ. ID N.º:391)
Poliovirus
VP1 208-217 FYDGFSKVPL H2-Kd
(SEQ. ID N.º:392)
Virus de la pseudorabia gp
G111 455-463 IAGIGILAI HLA-A*0201
(SEQ. ID N.º:393)
Virus de la rabia
NS 197-205 VEAEIAHQI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:394)
Rotavirus
VP7 33-40 IIYRFLLI H2-Kb
(SEQ. ID N.º:395)
Rotavirus
VP6 376-384 VGPVFPPGM H2-Kb
(SEQ. ID N.º:396)
Rotavirus
VP3 585-593 YSGYIFRDL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:397)
VSR
M2 82-90 SYIGSINNI H2-Kd
(SEQ. ID N.º:398)
imagen25
VIS
gagp11C 179-190 EGCTPYDTNQML Mamu-A*01
(SEQ. ID N.º:399)
VS
NP 324-332 FAPGNYPAL H2-Db
(SEQ. ID N.º:400)
VS
NP 324-332 FAPCTNYPAL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:401)
SV40
T 404-411 VVYDFLKC H2-Kb
(SEQ. ID N.º:402)
SV40
T 206-215 SAINNYAQKL H2-Db
(SEQ. ID N.º:403)
SV40
T 223-231 CKGVNKEYL H2-Db
(SEQ. ID N.º:404)
SV40
T 489-497 QGINNLDNL H2-Db
(SEQ. ID N.º:405)
SV40
T 492-500 NNLDNLRDY(L) H2-Db
(501)
(SEQ. ID N.º:406)
SV40
T 560-568 SEFLLEKRI H2-Kk
(SEQ. ID N.º:407)
VSV
NP 52-59 RGYVYQGL H2-Kb
(SEQ. ID N.º:408)
Tabla 2
HLA-A1
Posición (Antígeno) Fuente
Epítopos de linfocitos T
EADPTGHSY MAGE-1 161-169
(SEQ. ID N.º:409)
VSDGGPNLY
Virus de la gripe A, PB 1591-599
(SEQ. ID N.º:410)
CTELKLSDY
Virus de la gripe A, NP 44-52
(SEQ. ID N.º:411)
EVDPIGHLY
MAGE-3 168-176
(SEQ. ID N.º:412)
HLA-A201
MLLSVPLLLG Secuencia señal de la calrreticulina I-10
(SEQ, ID N.º:413)
STBXQSGXQ
VHB, PROTEÍNA PRE-S 141-149
(SEQ. ID N.º:414)
YMDGTMSQV
Tirosinasa 369-377
(SEQ. ID N.º:415)
ILKEPVHGV
VIH-I, RT 476-484
(SEQ. ID N.º:416)
LLGFVFTLTV
Virus de la gripe, MP 59-68
(SEQ. ID N.º:417)
LLFGYPVYVV
VLTH-1, tax 11-19
(SEQ. ID N.º:418)
GLSPTVWLSV
VHB, sAg 348-357
(SEQ. ID N.º:419)
WLSLLVPFV
VHB, sAg 335-343
imagen26
(SEQ. ID N.º:420)
FLPSDFFPSV
VHB, cAg 18-27
(SEQ. ID N.º:421)
CLG0LLTMV
VEB, LMP-2 426-434
(SEQ. ID N.º:422)
FLAGNSAYEYV
CMVH, gp 618-628B
(SEQ. ID N.º:423)
KLGEFYNQMM
Virus de la gripe B, NP 85-94
(SEQ. ID N.º:424)
KLVALGINAV
VHC-1, NS3 400-409
(SEQ. ID N.º:425)
DLMGYIPLV
VHC, MP 17-25
(SEQ. ID N.º:426)
RLVTLKDIV
VPH, 11 EZ 4-12
(SEQ. ID N.º:427)
MLLAVLYCL
Tirosinasa 1-9
(SEQ. ID N.º:428)
AAGIGILTV
Melan A\Mart-127-35
(SEQ. ID N.º:429)
YLEPGPVTA
Pmel 17/gp 100 480-488
(SEQ. ID N.º:430)
ILDGTATLRL
Pmel 17/ gp 100 457-466
(SEQ. ID N.º:431)
LLDGTATLRL
Pmel gplOO 457-466
(SEQ. ID N.º:432)
ITDQVPFSV
Pmel gp 100 209-217
(SEQ. ID N.º:433)
KTWGQYWQV
Pmel gp 100 154-162
(SEQ. ID N.º:434)
TITDQVPFSV
Pmel gp 100 208-217
(SEQ. ID N.º:435)
AFHIIVAREL
VIH-1, nef 190-198
(SEQ. ID N.º:436)
YLNKIQNSL
P. falciparum, CSP 334-342
(SEQ. ID N.º:437)
MMRKLAILSV
P. falciparum, CSP 1 -10
(SEQ. ID N.º:438)
KAGEFYNQMM
Virus de la gripe B, NP 85-94
(SEQ. ID N.º:439)
NIAEGLRAL
EBNA-1 480-488
(SEQ. ID N.º:440)
NLRRGTALA
EBNA-1 519-527
(SEQ. ID N.º:441)
ALAIPQCRL
EBNA-1 525-533
(SEQ. ID N.º:442)
VLKDAIKDL
EBNA-1 575-582
(SEQ. ID N.º:443)
imagen27
FMVFLQTHI
EBNA-1 562-570
(SEQ. ID N.º:444)
HLIVDTDSL
EBNA-2 15-23
(SEQ. ID N.º:445)
SLGNPSLSV
EBNA-2 22-30
(SEQ. ID N.º:446)
PLASAMRML
EBNA-2 126-134
(SEQ. ID N.º:447)
RMLWMANYI
EBNA-2 132-140
(SEQ. ID N.º:448)
MLWMANYIV
EBNA-2 133-141
(SEQ. ID N.º:449)
ILPQGPQTA
EBNA-2 151-159
(SEQ. ID N.º:450)
PLRPTAPTTI
EBNA-2 171-179
(SEQ. ID N.º:451)
PLPPATLTV
EBNA-2 205-213
(SEQ. ID N.º:452)
R M H L P V L H V
EBNA-2 246-254
(SEQ. ID N.º:453)
PMPLPPSQL
EBNA-2 287-295
(SEQ. ID N.º:454)
QLPPPAAPA
EBNA-2 294-302
(SEQ. ID N.º:455)
SMPELSPVL
EBNA-2 381-389
(SEQ. ID N.º:456)
DLDESWDYI
EBNA-2 453-461
(SEQ. ID N.º:457)
P L P C V L W P VV
BZLF1 43-51
(SEQ. ID N.º:458)
SLEECDSEL
BZLFI 167-175
(SEQ, ID N.º:459)
EIKRYKNRV
BZLFI 176-184
(SEQ. ID N.º:460)
QLLQFIYREV
BZLF1 195-203
(SEQ. ID N.º:461)
LLQHYREVA
BZLFI 196-204
(SEQ. ID N.º:462)
LLKQMCPSL
BZLFI 217-225
(SEQ. ID N.º:463)
SIIPRTPDV
BZLFI 229-237
(SEQ. ID N.º:464)
AIMDKNIIL
Virus de la gripe A, NS1 122-130
(SEQ. ID N.º:465)
IMDKNIILKA
Virus de la gripe A, NS1 123-132
(SEQ. ID N.º:466)
LLALLSCLTV
VHC, MP 63-72
imagen28
(SEQ. ID N.º:467)
ILHTPGCV
VHC, MP 105-112
(SEQ. ID N.º:468)
QLRRHIDLLV
VHC, env E 66-75
(SEQ, ID N.º:469)
DLCGSVFLV
VHC, env E 88-96
(SEQ. ID N.º:470)
SMVGNWAKV
VHC, env E 172-180
(SEQ. ID N.º:471)
HLHQNIVDV
VHC, NSI 308-316
(SEQ. ID N.º:472)
FLLLADARV
VHC, NSI 340-348
(SEQ. ID N.º:473)
GLRDLAVAVEPVV
VHC, NS2 234-246
(SEQ. ID N.º:474)
SLLAPGAKQNV
VHC, NS1 18-28
(SEQ. ID N.º:475)
LLAPGAKQNV
VHC, NS1 19-28
(SEQ. ID N.º:476)
FLLSLGIHL
VHB, pol 575-583
(SEQ. ID N.º:477)
SLYADSPSV
VHB, pol 816-824
(SEQ. ID N.º:478)
GLSRYVARL
VHB, POL 455-463
(SEQ. ID N.º:479)
KIFGSLAFL
HER-2 369-377
(SEQ. ID N.º:480)
ELVSEFSRM
HER-2 971-979
(SEQ. ID N.º:481)
KLTPLCVTL
VIH-I, gp 160 120-128
(SEQ. ID N.º:482)
SLLNATDIAV
VIH-I, GP 160 814-823
(SEQ. ID N.º:483)
VLYRYGSFSV
Pmel gp100 476-485
(SEQ. ID N.º:484)
YIGEVLVSV
Familia de la miosina de clase I que no forma filamentos (HA-2)**
(SEQ. ID N.º:485)
LLFNYLGGWV
VHC, NS4 192-201
(SEQ. ID N.º:486)
LLVPFVQWFW
VHB, env 338-347
(SEQ. ID N.º:487)
ALMPLYACI
VHB, pol 642-650
(SEQ. ID N.º:488)
YLVAYQATV
VHC, NS3 579-587
(SEQ. ID N.º:489)
TLGIVCPIC
VPH 16, E7 86-94
imagen29
(SEQ. ID N.º:490)
YLLPRRGPRL
VHC, proteína central 34-43
(SEQ. ID N.º:491)
LLPIFFCLWV
VHB, env 378-387
(SEQ. ID N.º:492)
YMDDVVLGA
VHB, Pol 538-546
(SEQ. ID N.º:493)
GTLGIVCPI
VPH16, E7 85-93
(SEQ. 1D NO.:494)
LLALLSCLTI
VHC, MP 63-72
(SEQ. ID N.º:495)
MLDLQPETT
VPH, 16 E7 12-20
(SEQ. ID N.º:496)
SLMAFTAAV
VHC, NS4 174-182
(SEQ. ID N.º:497)
CINGVCWTV
VHC, NS3 67-75
(SEQ. ID N.º:498)
VMNILLQYVV
Ácido glutámico descarboxilasa 114-123
(SEQ. ID N.º:499)
ILTVILGVL
Melan A/Mart- 32-40
(SEQ. ID N.º:500)
FLWGPRALV
MAGE-3 271-279
(SEQ. ID N.º:501)
LLCPAGHAV
VHC, NS3 163-171
(SEQ. ID N.º:502)
ILDSFDPLV
VHC, NSS 239-247
(SEQ. ID N.º:503)
LLLCLIFLL
VHB, env 250-258
(SEQ. ID N.º:504)
LIDYQGMLPV
VHB, env 260-269
(SEQ. ID N.º:505)
SIVSPFIPLL
VHB, env 370-379
(SEQ. ID N.º:506)
FLLTRILTI
VHB, env 183-191
(SEQ. ID N.º:507)
HLGNVKYLV
P. faciparum, TRAP 3-11
(SEQ. ID N.º:508)
GIAGGLALL
P. faciparum, TRAP 500-508
(SEQ. ID N.º:509)
ILAGYGAGV
VHC, NS S4A 236-244
(SEQ. ID N.º:510)
GLQDCTMLV
VHC, NS5 714-722
(SEQ. ID N.º:511)
TGAPVTYSTY
VHC, NS3 281-290
(SEQ. ID N.º:512)
VIYQYMDDLV
VIH-1, RT 179-187
(SEQ. ID N.º:513)
imagen30
VLPDVFIRCV
N-acetilglucosaminiltransferasa V intrón Gnt-V
(SEQ. ID N.º:514)
VLPDVFIRC
N-acetilglucosaminiltransferasa V intrón Gnt-V
(SEQ. ID N.º:515)
AVGIGIAVV
CD9 humano
(SEQ. ID N.º:516)
LVVLGLLAV
Glutamiltransferasa humana
(SEQ. ID N.º:517)
ALGLGLLPV
Receptor acoplado a la proteína G humana
(SEQ. ID N.º:518)
164-172
GIGIGVLAA
VSH-I, gp C 480-488
(SEQ. ID N.º:519)
GAGIGVAVL
VSH-2, gp C 446-454
(SEQ. ID N.º:520)
IAGIGILAI
Virus de la pseudorrabia, gpGIN 455-463
(SEQ. ID N.º:521)
LIVIGILIL
Adenovirus 3, E3 9kD 30-38
(SEQ. ID N.º:522)
LAGIGLIAA
S. lincolnensis, ImrA
(SEQ. ID N.º:523)
VDGIGILTI
Levadura, ysa-1 77-85
(SEQ. ID N.º:524)
GAGIGVLTA
B. polymyxa, β-endoxilanasa 149-157
(SEQ. ID N.º:525)
157
AAGIGIIQI
E. coli, metinoina sintasa 590-598
(SEQ. ID N.º:526)
QAGIGILLA
E. coli, proteína hipotética 4-12
(SEQ. ID N.º:527)
KARDPHSGHFV
CDK4wl 22.32
(SEQ. ID N.º:528)
KACDPI-ISGIIFV
CDK4-R24C 22-32
(SEQ. ID N.º:529)
ACDPFISGHFV
CDK4-R24C 23-32
(SEQ. ID N.º:530)
SLYNTVATL
VIH-I, gag p 17 77-85
(SEQ. ID N.º:531)
ELVSEFSRV
HER-2, m>V sustituida 971-979
(SEQ. ID N.º:532)
RGPGRAFVTI
VIH-I, gp 160 315-329
(SEQ. ID N.º:533)
HMWNFISGI
VHC, NS4A 149-157
(SEQ. ID N.º:534)
NLVPMVATVQ
CMVH, pp65 495-504
(SEQ. ID N.º:535)
GLHCYEQLV
VPH 6b, E7 21-30
imagen31
(SEQ. ID N.º:536)
PLKQHFQIV
VPH 6b, E7 47-55
(SEQ. ID N.º:537)
LLDFVRFMGV
EBNA-6, 284-293
(SEQ. ID N.º:538)
AIMEKNIML
Virus de la gripe Alaska NS 1 122-130
(SEQ. ID N.º:539)
YLKTIQNSL
P. falciparum, cp36 CSP
(SEQ. ID N.º:540)
YLNKIQNSL
P. falciparurn, cp39 CSP
(SEQ. ID N.º:541)
YMLDLQPETT
VPH 16, E7 11-20*
(SEQ. ID N.º:542)
LLMGTLGIV
VPH16, E7 82-90**
(SEQ. ID N.º:543)
TLGIVCPI
VPH 16, E7 86-93
(SEQ. ID N.º:544)
TLTSCNTSV
VIH-1, gp120 197-205
(SEQ. ID N.º:545)
KLPQLCTEL
VPH 16, E6 18-26
(SEQ. ID N.º:546)
TIHDIILEC
VPH16, E6 29-37
(SEQ. ID N.º:547)
LGIVCPICS
VPH 16, E7 87-95
(SEQ. ID N.º:548)
VILGVLLLI
Melan A/Mart-1 35-43
(SEQ. ID N.º:549)
ALMDKSLHV
Melan A/Mart- 1 56-64
(SEQ. ID N.º:550)
GILTVILGV
Melan A/Mart- 1 31-39
(SEQ. ID N.º:551)
Epítopos de linfocitos T
MINAYLDKL P. falciparum, STARP 523-531
(SEQ. ID N.º:552)
AAGIGILTV
Melan A/Mart- 127-35
(SEQ. ID N.º:553)
FLPSDFFPSV
VHB, cAg 18-27
(SEQ. ID N.º:554)
Motivo desconocido
SVRDRLARL EBNA-3 464-472
Epítopos de linfocitos T
(SEQ. ID N.º:555)
Epítopos de linfocitos T
AAGIGILTV Melan A/Mart-1 27-35
(SEQ. ID N.º:556)
FAYDGKDYI
CMH humano I-ot 140-148
(SEQ. ID N.º:557)
Epítopos de linfocitos T
AAGIGILTV Melan A/Mart-1 27-35
(SEQ. ID N.º:558)
FLPSDFFPSV
VHB, cAg 18-27
(SEQ. ID N.º:559)
imagen32
Motivo desconocido
AAGIGILTV Meland A/Mart- 27-35
Epítopos de linfocitos T
(SEQ. ID N.º:560)
FLPSDFFPSV
VHB, cAg 18-27
(SEQ. ID N.º:561)
AAGIGILTV
Melan A/Mart-1 27-35
(SEQ. ID N.º:562)
ALLAVGATK
Pmel17 gp 100 17-25
(SEQ. ID N.º:563)
Epítopos de linfocitos T
R L R D L L L I V T R VIH-1, gp41 768-778
(SEQ. ID N.º:564)
QVPLRPMTYK
VIH-1, nef 73-82
(SEQ. ID N.º:565)
TVYYGVPVWK
VIH-1, gp120-36-45
(SEQ. ID N.º:566)
RLRPGGKKK
VIH-1, gag p 17 20-29
(SEQ. ID N.º:567)
ILRGSVAHK
Virus de la gripe, NP 265-273
(SEQ. ID N.º:568)
RLRAEAGVK
EBNA-3 603-611
(SEQ. ID N.º:569)
RLRDLLLIVTR
VIH-1, gp41 770-780
(SEQ. ID N.º:570)
VYYGVPVWK
VIH-1, GP 120 38-46
(SEQ. ID N.º:571)
RVCEKMALY
VHC, NS5 575-583
(SEQ. ID N.º:572)
Motivo desconocido
KIFSEVTLK Desconocido; péptido mutado del melanoma (p I83L) 175-183
Epítopo de linfocitos T
(SEQ. ID N.º:573)
YVNVNMGLK*
VHB, cAg 88-96
(SEQ. ID N.º:574)
Epítopos de linfocitos T
IVTDFSVIK EBNA-4 416-424
(SEQ. ID N.º:575)
ELNEALELK
P53 343-351
(SEQ. ID N.º:576)
VPLRPMTYK
VIH-1, NEF 74-82
(SEQ. ID N.º:577)
AIFQSSMTK
VIH-1, gag p24 325-333
(SEQ. ID N.º:578)
QVPLRPMTYK
VIH-1, nef 73-82
(SEQ. ID N.º:579)
TINYTIFK HCV
NSI 238-246
(SEQ. ID N.º:580)
AAVDLSHFLKEK
VIH-1, nef 83-94
(SEQ. ID N.º:581)
ACQ G V G G P G G H K
VIH-1, II 1B p24 349-359
(SEQ. ID N.º:581)
imagen33
HLA-A24
S Y L D S G I H F* β-catenina, mutada (proto-onocogén) 29-37
(SEQ. ID N.º:582)
Epítopos de linfocitos T
RYLKDQQLL VIH, GP 41 583-591
(SEQ. ID N.º:583)
AYGLDFYIL
Melanoma P15, Ag 10-18
(SEQ. ID N.º:584)
AFLPWHRLFL
Tirosinasa 206-215
(SEQ. ID N.º:585)
AFLPWHRLF
Tirosinasa 206-214
(SEQ. ID N.º:586)
RYSIFFDY
Ebna-3 246-253
(SEQ. ID N.º:587)
Epítopo de linfocitos T
ETINEEAAEW VIH-1, gag p24 203-212
(SEQ. ID N.º:588)
Epítopos de linfocitos T
STLPETTVVRR VHB, cAg 141-151
(SEQ. ID N.º:589)
MSLQRQFLR
ORF 3P-gp75 294-321 (bp)
(SEQ. ID N.º:590)
LLPGGRPYR
TRP (rel. tirosinasa) 197-205
(SEQ. ID N.º:591)
Epítopo de linfocitos T
IVGLNKIVR VIH, gag p24 267-267-275
(SEQ. ID N.º:592)
AAGIGILTV
Melan A/Mart- 127 35
(SEQ. ID N.º:593)
La tabla 3 presenta otros antígenos útiles en la invención que están disponibles en el Ludwig Cancer Institute. La tabla recoge los pacientes en los que se pueden encontrar los antígenos identificados. ART se refiere a antígeno relacionado con el tumor y n.º LUD se refiere al número del Ludwig Institute.
Tabla 3
ART
N.º LUD Patente n.º. Fecha registro de la patente Péptido (Antígeno) HLA
MAGE-4
5293 5 405 940 11 de abril de 1995 EVDPASNTY HLA-A1
(SEQ. ID n.º.:532)
MAGE-41
5293 5 405 940 11 de abril de 1995 EVDPTSNTY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 533)
MAGE-5
5293 5 405 940 11 de abril de 1995 EADPTSNTY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 534)
MAGE-51
5293 5 405 940 11 de abril de 1995 EADPTSNTY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 534)
MAGE-6
5294 5 405 940 11 de abril de 1995 EVDPIGHVY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 535)
5299.2
5 487 974 30 de enero de 1996 MLLAVLYCLL HLA-A2
(SEQ ID n.º: 536)
5360
5 530 096 25 de junio de 1996 MLLAVLYCL HLA-844
(SEQ ID n.º: 537)
Tirosinasa
5360.1 5 519 117 21 de mayo de 1996 SEIWRDIDFA HLA-B44
(SEQ ID n.º: 538)
SEIWRDIDF
imagen34
(SEQ ID n.º: 539)
Tirosinasa
5431 5 774 316 28 de abril de 1998 XEIWRDIDF HLA-B44
(SEQ ID n.º: 540)
MAGE-2
5340 5 554 724 10 de setiembre de 1996 STLVEVTLGEV HLA-A2
(SEQ ID n.º: 541)
LVEVTLGEV
(SEQ ID n.º: 542)
VIFSKASEYL
(SEQ ID n.º: 543)
IIVLAIIAI
(SEQ ID n.º: 544)
(Continúa)
KIWEELSMLEV
(SEQ ID n.º: 545)
LIETSYVKV
(SEQ ID n.º: 546)
5327
5 585 461 17 de diciembre de 1996 FLWGPRALV HLA-A2
(SEQ ID n.º: 547)
TLVEVTLGEV
(SEQ ID n.º: 548)
ALVETSYVKV
(SEQ ID n.º: 549)
MAGE-3
5344 5 554 506 10 de septiembre de 1996 KIWEELSVL HLA-A2
(SEQ ID n.º: 550)
MAGE-3
5393 5 405 940 11 de abril de 1995 EVDPIGHLY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 551)
MAGE
5293 5 405 940 11 de abril de 1995 EXDX5Y HLA-A1
(SEQ. ID n.º: 552)
(pero no EADPTGHSY)
(SEQ. ID n.º: 553)
E (A/V) D X5 Y
(SEQ. ID n.º: 554)
E (A/V) D P X4 Y
(SEQ. ID n.º: 555)
E (A/V) D P (1/A/T) X3 Y
(SEQ. ID n.º: 556)
E (A/V) D P (I/A/T) (G/S) X2 Y
(SEQ. ID n.º: 557)
E (A/V) D P (I/A/T) (G/S) (H/N) X Y
E (A/V) DP (I/A/T) (G/S) (H/N)
(L/T/V) Y
(SEQ. ID n.º: 559)
MAGE-1
5361 5 558 995 24 de septiembre de 1996 ELHSAYGEPRKLLTQD HLA-C
(SEQ ID n.º: 560)
Clon 10
EHSAYGEPRKLL
(SEQ ID n.º: 561)
SAYGEPRKL
imagen35
(SEQ ID n.º: 562)
MAGE-1
5253.4 TBA TBA EADPTGHSY HLA-A1
(SEQ ID n.º: 563)
BAGE
5310.1 TBA TBA MAARAVFLALSAQLLQARLMKE HLA-C
(SEQ ID n.º: 564)
Clon 10
MAARAVFLALSAQLLQ
HLA-C
(SEQ ID n.º: 565)
Clon 10
AARAVFLAL
HLA-C
(SEQ ID n.º: 566)
Clon 10
GAGE
5323.2 5 648 226 15 de julio de 1997 YRPRPRRY HLA-CW6
(SEQ. ID n.º: 567)
imagen36
Tabla 4
imagen37
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
Péptidos sintéticos
Péptidos sintéticos
Péptidos sintéticos
Categoría de HLA-A2 Parker, et al., "Scheme for potential HLA-A2 binding peptides based on independent binding of individual peptide sidechains," J. Immunoll. 152:163-175
imagen38
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen39
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen40
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen41
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen43
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen44
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen49
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen50
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen53
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
imagen55
Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Fuente
Proteína Posición de los aminoácidos Moléculas del CMH Ligando del CMH para epítopo de linfocitos T (Antígeno) Referencia
imagen38
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Tabla 5
Péptido NP (49-62) del VSV
Péptido NP (118-132) del VCML
Péptido de la glucoproteína 3341 del VCML
ISNQLTLDSNTKYFHKLN
ISNQLTLDSNTKYFHKL
ISNQLTLDSNTKYFHK
VDTFLEDVKNLYHSEA
KPRAIVVDPVHGFMY
KQTISPDYRNMI
YIDFIMDPKEKDKV
NIQLINDQEVARFD
LLSFVRDLNQYRADI
LPKPPKPVSKMRMATPL
LPKPPKPVSKMRMATPLLMQALP
LPKPPKPVSKMRMATPLLMQALPM
PKPPKPVSKMRMATPL
PKPPKPVSKMRMATPLLMQA
KPPKPVSKMRMATPLLMQ
KPPKPVSKMRMATPLLMQALPM
VDDTQFVRFDSDAASQ
ATKYGNMTEDHVMHLLQNA
VFLLLLADKVPETSLS
LNKILLDEQAQWK
GPPKLDIRKEEKQIMIDIFH
GPPKLDIRKEEKQIMIDIFHP
GFKAIRPDKKSNPIIRTV
YANILLDRRVPQTDMTF
NLFLKSDGRIKYTLNKNSLK
IPDNLFLKSDGRIKYTLNKN
IPDNLFLKSDGRIKYTLNK
IPDNLFLKSDGRIKYTLN
IPDNLFLKSDGRIKYTL
NLFLKSDGRIKYTLNK
NLFLKSDGRIKYTLN
VTTLNSDLKYNALDLTN
VGSDWRFLRGYHQYA
También se describen en la presente memoria los métodos, usos, tratamientos y composiciones relacionados con los epítopos con especificidad para el CMH que incluyen, por ejemplo, los recogidos
5 en las tablas 6 a 10. También se describen los CMH recogidos en las tablas 6 a 10, que incluyen las combinaciones de los mismos, mientras que otras realizaciones excluyen específicamente uno o más de los CMH o de las combinaciones de los mismos. Las tablas 8 a 10 incluyen las frecuencias de los antígenos HLA recogidos.
imagen58
Tabla 6 Moléculas del CMH de clase I
Clase I Humano
imagen59
imagen38
imagen38
Tabla 7 Moléculas del CMH de clase I
Clase I Humano
imagen60
imagen38
imagen38
imagen38
Tabla 8 Tabla 9 (continuación) (Continuación)
imagen61
Frecuencia génica estimada de los antígenos HLA-A
Antígeno
CAU R ASI LAT NAT
Gfa
SEb Gf SE Gf SE Gf SE Gf SE
A1 A2 A3 A28 A36
15,1843 28,6535 13,3890 4,4652 0,0221 0,0489 0,0619 0,0463 0,0280 0,0020 5,7256 18,8849 8,4406 9,9269 1,8836 0,0771 0,1317 0,0925 0,0997 0,0448 4,4818 24,6352 2,6454 1,7657 0,0148 0,0846 0,1794 0,0655 0,0537 0,0049 7,4007 28,1198 8,0789 8,9446 0,1584 0,0978 0,1700 0,1019 0,1067 0,0148 12,0316 29,3408 11,0293 5,3856 0,1545 0,2533 0,3585 0,2437 0,1750 0,0303
A23 A24 A9 entero A9 total
1,8287 9,3251 0,0809 11,2347 0,0181 0,0395 0,0038 0,0429 10,2086 2,9668 0,0367 13,2121 0,1010 0,0560 0,0063 0,1128 0,3256 22,0391 0,0858 22,4505 0,0231 0,1722 0,0119 0,1733 2,9269 13,2610 0,0537 16,2416 0,0628 0,1271 0,0086 0,1382 1,9903 12,6613 0,0356 14,6872 0,1080 0,2590 0,0145 0,2756
A25
2,1157 0,0195 0,4329 0,0216 0,0990 0,0128 1,1937 0,0404 1,4520 0,0924
A26 A34 A43 A66 A10 entero A10 total
3,8795 0,1508 0,0018 0,0173 0,0790 6,2441 0,0262 0,0052 0,0006 0,0018 0,0038 0,0328 2,8284 3,5228 0,0334 0,2233 0,0939 7,1348 0,0547 0,0610 0,0060 0,0155 0,0101 0,0850 4,6628 1,3529 0,0231 0,0478 0,1255 6,311 0,0862 0,0470 0,0062 0,0089 0,0144 0,0993 3,2612 0,4928 0,0055 0,0399 0,0647 5,0578 0,0662 0,0260 0,0028 0,0074 0,0094 0,0816 2,4292 0,3150 0,0059 0,0534 0,0298 4,2853 0,1191 0,0432 0,0059 0,0178 0,0133 0,1565
A29 A30 A31 A32 A33 A74 A19 entero A19 total
3,5796 2,5067 2,7386 3,6956 1,2080 0,0277 0,0567 13,8129 0,0252 0,0212 0,0221 0,0256 0,0148 0,0022 0,0032 0,0468 3,2071 13,0969 1,6556 1,5384 6,5607 1,9949 0,2057 28,2593 0,0582 0,1129 0,0420 0,0405 0,0822 0,0461 0,0149 0,1504 1,1233 2,2025 3,6005 1,0331 9,2701 0,0561 0,0990 17,3846 0,0429 0,0598 0,0761 0,0411 0,1191 0,0096 0,0128 0,1555 4,5156 4,4873 4,8328 2,7064 2,6593 0,2027 0,1211 19,5252 0,0774 0,0772 0,0800 0,0604 0,0599 0,0167 0,0129 0,1481 3,4345 2,5314 6,0881 2,5521 1,0754 0,1068 0,0475 15,8358 0,1410 0,1215 0,1855 0,1220 0,0796 0,0252 0,0168 0,2832
AX
0,8204 0,0297 4,9506 0,0963 2,9916 0,1177 1,6332 0,0878 1,8454 0,1925
aFrecuencia del gen.bError estándar.
imagen62
Frecuencia génica estimada de los antígenos HLA-B
Antígeno
CAU AFR ASI LAT NAT
Gfa
SEb Gf SE Gf SE Gf SE Gf SE
B7 B8 B13 B14 B18 B27 B35 B37 B41 B42 B46 B47 B48 B53
12,1782 9,4077 2,3061 4,3481 4,7980 4,3831 9,6614 1,4032 0,9211 0,0608 0,0099 0,2069 0,0865 0,4620 0,0445 0,0397 0,0203 0,0277 0,0290 0,0278 0,0402 0,0159 0,0129 0,0033 0,0013 0,0061 0,0040 0,0092 10,5960 3,8315 0,8103 3,0331 3,2057 1,2918 8,5172 0,5916 0,8183 5,6991 0,0151 0,1305 0,1316 10,9529 0,1024 0,0634 0,0295 0,0566 0,0582 0,0372 0,0927 0,0252 0,0296 0,0768 0,0040 0,0119 0,0119 0,1039 4,2691 1,3322 4,9222 0,5004 1,1246 2,2355 8,1203 1,2327 0,1303 0,0841 4,9292 0,0956 2,0276 0,4315 0,0827 0,0467 0,0886 0,0287 0,0429 0,0603 0,1122 0,0449 0,0147 0,0118 0,0886 0,0126 0,0575 0,0266 6,4477 3,8225 1,2699 5,4166 4,2349 2,3724 14,6516 0,7807 1,2818 0,5866 0,0234 0,1832 1,5915 1,6982 0,0918 0,0715 0,0416 0,0846 0,0752 0,0567 0,1329 0,0327 0,0418 0,0284 0,0057 0,0159 0,0466 0,0481 10,9845 8,5789 1,7495 2,9823 3,3422 5,1970 10,1198 0,9755 0,4766 0,2856 0,0238 0,2139 1,0267 1,0804 0,2432 0,2176 0,1013 0,1316 0,1391 0,1721 0,2345 0,0759 0,0531 0,0411 0,0119 0,0356 0,0778 0,0798
B59 B67 B70 B73
0,0020 0,0040 0,3270 0,0108 0,0006 0,0009 0,0077 0,0014 0,0032 0,0086 7,3571 0,0032 0,0019 0,0030 0,0866 0,0019 0,4277 0,2276 0,8901 0,0132 0,0265 0,0194 0,0382 0,0047 0,0055 0,0055 1,9266 0,0261 0,0028 0,0028 0,0512 0,0060 0c0,0059 0,6901 0c – 0,0059 0,0639
B51 B52 B5 entero B5 total
5,4215 0,9658 0,1565 6,5438 0,0307 0,0132 0,0053 0,0435 2,5980 1,3712 0,1522 4,1214 0,0525 0,0383 0,0128 0,0747 7,4751 3,5121 0,1288 11,1160 0,1080 0,0752 0,0146 0,1504 6,8147 2,2447 0,1546 9,2141 0,0943 0,0552 0,0146 0,1324 6,9077 0,6960 0,1307 7,7344 0,1968 0,0641 0,0278 0,2784
B44 B45 B12 entero B12 total
13,4838 0,5771 0,0788 14,1440 0,0465 0,0102 0,0038 0,0474 7,0137 4,8069 0,0280 11,8486 0,0847 0,0708 0,0055 0,1072 5,6807 0,1816 0,0049 5,8673 0,0948 0,0173 0,0029 0,0963 9,9253 1,8812 0,0193 11,8258 0,1121 0,0506 0,0051 0,1210 11,8024 0,7603 0,0654 12,6281 0,2511 0,0670 0,0197 0,2584
B62 B63
5,9117 0,4302 0,0320 0,0088 1,5267 1,8865 0,0404 0,0448 9,2249 0,4438 0,1190 0,0270 4,1825 0,8083 0,0747 0,0333 6,9421 0,03738 0,1973 0,0471
imagen63
Frecuencia génica estimada de los antígenos HLA-B
Antígeno
CAU AFR ASI LAT NAT
Gfa
SEb Gf SE Gf SE Gf SE Gf SE
B75 B76 B77 B15 entero B15 total
0,0104 0,0026 0,0057 0,1305 6,4910 0,0014 0,0007 0,0010 0,0049 0,0334 0,0226 0,0065 0,0119 0,0691 3,5232 0,0049 0,0026 0,0036 0,0086 0,0608 1,9673 0,0874 0,0577 0,4301 12,2112 0,0566 0,0120 0,0098 0,0266 0,1344 0,1101 0,0055 0,0083 0,1820 5,2967 0,0123 0,0028 0,0034 0,0158 0,0835 0,0356 0c 0,0059 0,0715 7,4290 0,0145 ___ 0,0059 0,0206 0,2035
B38 B39 B16 entero B16 total
2,4413 1,9614 0,0638 4,4667 0,0209 0,0188 0,0034 0,0280 0,3323 1,2893 0,0237 1,6453 0,0189 0,0371 0,0051 0,0419 3,2818 2,0352 0,0644 5,3814 0,0728 0,0576 0,0103 0,0921 1,9652 6,3040 0,1226 8,3917 0,0517 0,0909 0,0130 0,1036 1,1017 4,5527 0,0593 5,7137 0,0806 0,1615 0,0188 0,1797
B57 B58 B17 entero B17 total
3,5955 0,7152 0,2845 4,5952 0,0252 0,0114 0,0072 0,0284 5,6746 5,9546 0,3248 11,9540 0,0766 0,0784 0,0187 0,1076 2,5782 4,0189 0,3751 6,9722 0,0647 0,0803 0,0248 0,1041 2,1800 1,2481 0,1446 3,5727 0,0544 0,0413 0,0141 0,0691 2,7265 0,9398 0,2674 3,9338 0,1260 0,0745 0,0398 0,1503
B49 B50 B21 entero
1,6452 1,0580 0,0702 0,0172 0,0138 0,0036 2,6286 0,8636 0,0270 0,0528 0,0304 0,0054 0,2440 0,4421 0,0132 0,0200 0,0270 0,0047 2,3353 1,8883 0,0771 0,0562 0,0507 0,0103 1,5462 0,7862 0,0356 0,0953 0,0681 0,0145
B21 total
2,7733 0,0222 3,5192 0,0608 0,6993 0,0339 4,3007 0,0755 2,3680 0,1174
B54 B55 B56 B22 entero B22 total
0,0124 1,9046 0,5527 0,1682 2,0852 0,0015 0,0185 0,0100 0,0055 0,0217 0,0183 0,4895 0,2686 0,0496 0,8261 0,0044 0,0229 0,0170 0,0073 0,0297 2,6873 2,2444 0,8260 0,2730 6,0307 0,0660 0,0604 0,0368 0,0212 0,0971 0,0289 0,9515 0,3596 0,0372 1,3771 0,0063 0,0361 0,0222 0,0071 0,0433 0,0534 1,4054 0,3387 0,1246 1,9221 0,0178 0,0909 0,0448 0,0272 0,1060
B60 B61 B40 entero B40 total
5,2222 1,1916 0,2696 6,6834 0,0302 0,0147 0,0070 0,0338 1,5299 0,4709 0,0388 2,0396 0,0404 0,0225 0,0065 0,0465 8,3254 6,2072 0,3205 14,8531 0,1135 0,0989 0,0230 0,1462 2,2538 4,6691 0,2473 7,1702 0,0553 0,0788 0,0184 0,0963 5,7218 2,6023 0,2271 8,5512 0,1801 0,1231 0,0367 0,2168
imagen64
Frecuencia génica estimada de los antígenos HLA-B
Antígeno
CAU AFR ASI LAT NAT
Gfa
SEb Gf SE Gf SE Gf SE Gf SE
BX
1,0922 0,0252 3,5258 0,0802 3,8749 0,0988 2,5266 0,0807 1,9867 0,1634
a Frecuencia del gen. bError estándar. cEl recuento génico observado fue cero.
Tabla 10
Frecuencia génica estimada de los antígenos HLA-DR
Antígeno
CAU AFR ASI LAT NAT
Gfa
SEb Gf SE Gf SE Gf SE Gf SE
DR1 DR2 DR3 DR4 DR6
10,2279 15,2408 10,8708 16,7589 14,3937 0,0413 0,0491 0,0424 0,0511 0,0479 6,8200 16,2373 13,3080 5,7084 18,6117 0,0832 0,1222 0,1124 0,0765 0,1291 3,4628 18,6162 4,7223 15,4623 13,4471 0,0747 0,1608 0,0867 0,1490 0,1404 7,9859 11,2389 7,8998 20,5373 17,0265 0,1013 0,1182 0,1008 0,1520 0,1411 8,2512 15,3932 10,2549 19,8264 14,8021 0,2139 0,2818 0,2361 0,3123 0,2772
DR7 DR8 DR9 DR10
13,2807 2,8820 1,0616 1,4790 0,0463 0,0227 0,0139 0,0163 10,1317 6,2673 2,9646 2,0397 0,0997 0,0800 0,0559 0,0465 6,9270 6,5413 9,7527 2,2304 0,1040 0,1013 0,1218 0,0602 10,6726 9,7731 1,0712 1,8044 0,1155 0,1110 0,0383 0,0495 10,4219 6,0059 2,8662 1,0896 0,2378 0,1844 0,1291 0,0801
DR11 DR12 DR5 entero DR5 total
9,3180 1,9070 1,2199 12,4449 0,0396 0,0185 0,0149 0,0045 10,6151 4,1152 2,2957 17,0260 0,1018 0,0655 0,0493 0,1243 4,7375 10,1365 1,4118 16,2858 0,0869 0,1239 0,0480 0,1516 7,0411 1,7244 1,8225 10,5880 0,0955 0,0484 0,0498 0,1148 5,3152 2,0132 1,6769 9,0052 0,1740 0,1086 0,0992 0,2218
DRX
1,3598 0,0342 0,8853 0,0760 2,5521 0,1089 1,4023 0,0930 2,0834 0,2037
aFrecuencia génica.bError estándar.
imagen65
Puede ser deseable expresar los péptidos de mantenimiento en el contexto de una proteína más grande. El procesamiento se puede detectar incluso cuando un pequeño número de aminoácidos están presentes más allá del extremo de un epítopo. Las hormonas peptídicas pequeñas normalmente se procesan proteolíticamente a partir de productos de traducción mayores, a menudo en el intervalo de tamaño de unos 60 a 120 aminoácidos. Este hecho ha llevado a algunos a suponer que es el tamaño mínimo que se puede traducir con eficacia. En algunas realizaciones, el péptido de mantenimiento puede estar embebido en un producto de traducción de al menos unos 60 aminoácidos, en otros de 70, 80, 90 aminoácidos y aún en otros de 100, 110 o 120 aminoácidos, por ejemplo. En otras realizaciones, el péptido de mantenimiento puede estar embebido en un producto de traducción de al menos 50, 30 o 15 aminoácidos.
Debido al procesamiento proteasómico diferencial, el inmunoproteasoma de la CPAp produce péptidos que son diferentes de los producidos por el proteasoma de mantenimiento en las células periféricas del cuerpo. Por lo tanto, al expresar un péptido de mantenimiento en el contexto de una proteína mayor, se expresa preferentemente en la CPAp en un contexto diferente a su secuencia nativa completa porque, como epítopo de mantenimiento, el proteasoma de mantenimiento, que no está activo en la CPAp, generalmente sólo lo procesa con eficacia a partir de la proteína nativa. Para codificar el epítopo de mantenimiento en una secuencia de ADN que codifica un polipéptido mayor es útil encontrar zonas flanqueantes a cada lado de la secuencia que codifica el epítopo que permitan que el inmunoproteasoma lo escinda adecuadamente para liberar este epítopo de mantenimiento. Tal secuencia que favorece el procedimiento adecuado se dice a partir de ahora que tiene función de secuencia de sustrato o de liberación. Alterar los restos de aminoácidos flanqueantes en el extremo amino y en el extremo carboxilo del epítopo de mantenimiento deseado puede facilitar la escisión adecuada y la generación del epítopo de mantenimiento en la CPAp. Las secuencias que tienen embebidos epítopos de mantenimiento se pueden diseñar de novo y se puede seleccionar cuál se puede procesar satisfactoriamente mediante inmunoproteasomas para liberar los epítopos de mantenimiento.
Alternativamente, otra estrategia es muy eficaz para identificar las secuencias que permiten la producción de epítopos de mantenimiento en la CPA. Se puede generar una secuencia contigua de aminoácidos a partir de una ordenación cabeza con cola de uno o más epítopos de mantenimiento. Una construcción que expresa esta secuencia se utiliza para inmunizar un animal, y la respuesta resultante de linfocitos T se evalúa para determinar su especificidad para uno o más de los epítopos en la disposición. Estas respuestas inmunitarias señalan los epítopos de mantenimiento que se procesan en la CPAp con eficacia. Las zonas flanqueantes necesarias alrededor de este epítopo quedan definidas por ello. El uso de regiones flanqueantes de unos 4 a 6 aminoácidos a cada lado del péptido deseado puede proporcionar la información necesaria para facilitar el procesamiento proteasómico del epítopo de mantenimiento por el inmunoproteasoma. Por lo tanto, una secuencia de sustrato o de liberación de unos 16 a 22 aminoácidos se puede introducir, o fusionar, con eficacia a cualquier secuencia de proteína para dar lugar al epítopo de mantenimiento que se produce en una CPA. En algunas realizaciones, un contexto más amplio de una secuencia del sustrato también puede influir en el procesamiento. En tales realizaciones, las comparaciones de una secuencia de liberación en diversos contextos puede ser útil para optimizar adicionalmente una secuencia de sustrato determinada. En realizaciones alternativas, la disposición ordenada cabeza a cola de todos los epítopos, o justo los epítopos inmediatamente adyacentes al epítopo de mantenimiento correctamente procesado se puede transferir de igual forma a partir de una construcción de prueba a un vector para vacuna.
También se describe en la presente memoria que los epítopos de mantenimiento se pueden embeber entre epítopos inmunitarios conocidos, o segmentos de tales, por lo que se proporciona un contexto adecuado para el procesamiento. El empalme de los epítopos de mantenimiento e inmunitarios puede generar el contexto necesario para permitir que el inmunoproteasoma libere el epítopo de mantenimiento, o un fragmento mayor, preferentemente que incluya un extremo carboxilo correcto. Puede ser útil para detectar construcciones cuando se verifica que el epítopo deseado se ha producido. El empalme de los epítopos de mantenimiento puede generar un sitio escindible por el inmunoproteasoma. Algunas realizaciones de la invención emplean epítopos conocidos para flanquear epítopos de mantenimiento en los sustratos problema; en otros se utiliza la detección selectiva tal y como se describe más adelante, tanto si las regiones flanqueantes son secuencias arbitrarias o mutantes de la secuencia flanquente natural, y como si se utiliza o no el conocimiento de las preferencias de escisión proteasómica para diseñar los sustratos.
La escisión en el extremo amino maduro del epítopo, al mismo tiempo que es ventajoso, no resulta necesaria, ya que existen numerosas actividades de recorte del extremo amino en la célula que pueden generar el extremo amino maduro del epítopo tras el procesamiento proteasómico. Se prefiere que tal extensión del extremo amino sea de menos de unos 25 aminoácidos de longitud, y además se prefiere que la extensión tenga pocos o ningún resto de prolina. Preferentemente, en la detección selectiva, se tiene en cuenta no sólo la escisión en los extremos del epítopo (o al menos en su extremo carboxilo), sino que también se quiere estar seguro de que la escisión dentro del epítopo sea casi inexistente.
imagen66
Se pueden utilizar enfoques al azar para diseñar sustratos problema y pueden aumentar la eficacia de la detección. En una realización, se pueden ensamblar varios epítopos uno después del otro, con epítopos individuales que posiblemente aparezcan más de una vez. Se puede detectar el sustrato para determinar qué epítopos se pueden producir. En el caso en el que preocupe un epítopo particular, se puede diseñar un sustrato en el que aparece en numerosos contextos diferentes. Cuando se libera del sustrato un sólo epítopo que aparece en más de un contexto, se pueden utilizar otros sustratos problema secundarios, en los que los casos individuales del epítopo están retirados, deshabilitados o son únicos, para determinar cuáles se están liberando y confiriendo con certeza función de secuencia de sustrato o de liberación.
Existen varias detecciones selectivas fácilmente practicables. Una detección selectiva in vitro preferente utiliza un análisis de digestión proteasómica con inmunoproteasomas purificados para determinar si el epítopo de mantenimiento deseado se puede liberar de un péptido sintético que contiene la secuencia en cuestión. La posición de las escisiones obtenidas se puede determinar mediante técnicas tales como la espectrometría de masas, la HPLC, y la secuenciación de extremos aminos; como se describe con más detalle en las solicitudes de patente de los EE.UU. n.º 09/561 074, 09/560 465 y 10/117 937, y las solicitudes de patente provisional de los EE.UU. n.º 60/282 211, 60/337 017 y 60/363 210.
Alternativamente, se pueden emplear detecciones selectivas en células e in vivo tales como la inmunización o la sensibilización a la diana. Para la inmunización se utiliza una construcción de ácido nucleico capaz de expresar la secuencia en cuestión. Se pueden analizar en los LTC recogidos su capacidad para reconocer células diana que presentan el epítopo de mantenimiento en cuestión. Tales células diana se obtienen con más facilidad sensibilizando las células que expresan la molécula del CMH adecuada con un péptido sintético que contiene el epítopo de mantenimiento maduro. Alternativamente, se puede llevar a cabo la inmunización con células que se sabe que expresan el proteasoma de mantenimiento y el antígeno a partir del cual se obtiene el epítopo de mantenimiento, bien endógenamente o a través de ingeniería genética. Para utilizar la sensibilización como una prueba de detección, se pueden utilizar los LTC o, preferentemente, un clon de LTC, que reconoce el epítopo de mantenimiento. En este caso, es la célula diana la que expresa el epítopo de mantenimiento embebido (en vez de la CPAp durante la inmunización) y la que debe expresar el inmunoproteasoma. Por lo general, la célula o célula diana se puede transformar con una construcción de ácido nucleico adecuada para conferir la expresión del epítopo de mantenimiento embebido. Se consideran una alternativa la carga con un péptido sintético que contiene el epítopo embebido utilizando liposomas cargados de péptidos, o formar complejos con reactivos lipídicos catiónicos de transferencia de proteínas tales como BIOPORTERTM (Gene Therapy Systems, San Diego, CA).
Una vez que se identifican las secuencias con función de sustrato o de secuencia de liberación, se pueden codificar en vectores de ácido nucleico, sintetizar químicamente o producir por métodos recombinantes. En cualquiera de estas formas, las secuencias de sustrato o de liberación se pueden incorporar en composiciones inmunógenas. Tales composiciones se pueden utilizar in vitro en el desarrollo de vacunas o en la generación o expansión de los LTC para utilizarlos en la inmunoterapia adoptiva. Se pueden utilizar in vitro para inducir, amplificar o sostener y activar la respuesta inmunitaria. La captación de los polipéptidos para el procesamiento y la presentación se puede aumentar enormemente mediante el empaquetado con lípido catiónico, la adición de una extensión de aminoácidos catiónicos tal como poli-L-lisina (Ryser, H. J. et al., J. Cell Physiol. 113:167-178, 1982; Shen, W. C. y Ryser, H. J., Proc. Natl. Aced. Sci. USA 75:1872-1876, 1978), la incorporación en estructuras ramificadas con señales de importación (Sheldon, K. et al., Proc. Natl. Aced. Sci. USA 92: 2056-2060, 1995) o la mezcla con polipéptidos con función de transferencia de proteínas, o la fusión a los mismos, que incluyen vehículos peptídicos tales como pep-1 (Morris, M. C., et al., Nat. Biotech. 19:1173-1176, 2001), el motivo de translocación de PreS2 del antígeno de superficie del virus de la hepatitis B, VP22 del virus del herpes, y proteína TAT del VIH (Oess, S. y Hildt, E., Gene Ther. 7:750758, 2000; Ford, K. G., et al., Gene Ther. 8:1-4, 2001; Hung, C. F. et al., J. Virol. 76:2676-2682, 2002; Oliveira, S. C., et al;. Hum. Gene Ther. 12:1353-1359, 2001; Normand, N. et al., J. Biol. Chem. 276:15042-15050, 2001; Schwartz, J. J. y Zhang, S., Curr. Opin. Mol. Ther. 2:162-167, 2000; Elliot G., y Hare, P. Cell 88:223-233, 1997), entre otras metodologías. En particular para las proteínas de fusión, se puede producir el inmunógeno en cultivo y administrar la proteína purificada o, alternativamente, se puede administrar el vector de ácido nucleico de tal forma que el inmunógeno se produzca y secrete in vivo en las células transformadas. En cualquier caso, la función de transporte de la proteína de fusión facilita la captación por las CPAp.
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Ejemplos
Ejemplo 1
Se construyó una vacuna plasmídica de ADN recombinante, pMA2M, que codifica un polipéptido con un epítopo ELAGIGILTV (SEQ ID n.º 1) de LTC específico de HLA A2 de melan-A (26-35A27L), y una porción (aminoácidos 31-96) de melan-A (SEQ ID n.º 2) que incluye los agrupamientos de epítopos de los aminoácidos 31 a 48 y 56 a 69. Estos agrupamientos se describieron previamente en la solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/561 571 titulada EPITOPE CLUSTERS. Flanqueando el epítopo definido del LTC de melan-A se encuentran las secuencias de aminoácidos cortas procedentes de la tirosinasa humana (SEQ ID n.º 3) para facilitar la liberación del epítopo de mantenimiento de melan-A mediante el procesamiento por el inmunoproteasoma. Además, estas secuencias de aminoácidos representan posibles epítopos de LTC por sí mismas. La secuencia del ADNc para el polipéptido en el plásmido se encuentra bajo el control de la secuencia del promotor/potenciador del citomegalovirus (CMVp) (véase la figura 1), lo que permite la transcripción eficaz del mensajero del polipéptido una vez capturado por las CPA. La señal de poliadenilación de la hormona de crecimiento bovina (BGH poliA) en el extremo 3' de la secuencia codificante proporciona una señal para la poliadenilación del mensajero que hace aumentar su estabilidad así como el transporte hacia fuera del núcleo, en el citoplasma, para que se traduzca. Para facilitar el transporte del plásmido al núcleo después de la captación, se ha introducido una secuencia de importación nuclear (SIN) del virus 40 de simio (SV40) en el esqueleto del plásmido. El plásmido lleva dos copias de un motivo inmunoestimulador de CpG, uno en la secuencia de la SIN y otro en el esqueleto del plásmido. Por último, dos elementos genéticos procarióticos del plásmido son responsables de la amplificación en E. coli, el gen de resistencia a la kanamicina (Kan R) y el origen de replicación bacteriano de pMB1.
Secuencia de SUSTRATO o de LIBERACIÓN
La secuencia de aminoácidos del polipéptido codificado (de 94 residuos de aminoácidos de longitud) (SEQ ID n.º 4) que contiene una secuencia de sustrato o de liberación de 28 aminoácidos en su extremo amino (SEQ ID n.º 5) como se ofrece a continuación:
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Los primeros 9 restos aminoacídicos proceden de la tirosinasa1-9 (SEQ ID n.º 6), los siguientes diez constituyen melan-A (26-35A27L) (SEQ ID n.º 1) y los restos de aminoácidos 20 a 29 proceden de la tirosinasa369-377 (SEQ ID n.º 7). Estas dos secuencias nonaméricas de la tirosinasa representan posibles epítopos de LTC específicos de HLA-A2. Los restos de aminoácidos 10 a 19 constituyen
melan-A (26-35A27L), un análogo de un epítopo de LTC específico de HLA-A2, ID n.º 8), con más posibilidades de inducir respuestas de LTC durante la inmunización in vitro de las PBMC humanas y en la inmunización in vivo en los ratones. El segmento de melan-A que constituye el resto del polipéptido (restos aminoacídicos 30 a 94) contiene varios epítopos específicos de HLA-A2 predichos, incluidos los agrupamientos de epítopos citados anteriormente, y, por lo tanto, puede ser útil para generar una respuesta a los epítopos inmunitarios como se describe en detalle en las solicitudes de patente «Epitope Syncrhronization in Antigen Presenting Cells» y «Epitope Clusters». Esta región también se incluyó para solventar cualquier dificultad que se pueda asociar con la expresión de secuencias más cortas. En la figura 1 se muestra un dibujo del pMA2M.
Construcción del plásmido
Se sintetizó una pareja de oligonucleótidos complementarios largos que codifican los primeros 30 restos de aminoácidos. Además, al hibridarse, estos oligonucleótidos generaron los extremos cohesivos de AflII en el extremo 5' y los de EcoRI en el extremo 3'. Se amplificó la región melan A31-96 por PCR utilizando oligonucleótidos que llevan el sitio de restricción para EcoRI en el extremo 5' y el de NotI en el extremo 3'. El producto de PCR se digirió con EcoRI y NotI y se ligó al esqueleto del vector, descrito en el ejemplo 1, que se había digerido con AflII y NotI, junto con los oligonucleótidos hibridados que codifican la región del extremo amino en una ligación de tres fragmentos. Se verificó toda la secuencia codificante mediante secuenciación de ADN. La secuencia de todo el inserto, desde el sitio AflII en el extremo 5' hasta el sitio NotI en el extremo 3' se describe como la SEQ ID n.º 9. Los
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5 nucleótidos 12 a 293 codifican el polipéptido.
Ejemplo 2
A tres vectores que contenían melan-A (26-35A27L) (SEQ ID n.º 1) como epítopo de mantenimiento
10 embebido se les analizó su capacidad para inducir una respuesta de LTC a este epítopo en los ratones HID transgénicos para HLA-A2 (Pascolo et al. J. Exp. Med. 185:2043-2051, 1997). Uno de los vectores fue pMA2M, descrito más arriba (llamado pVAXM3 en la figura 3). En pVAXM2, el mismo grupo básico de 3 epítopos se repitió varias veces con los epítopos flanqueantes truncados en distinto grado en las distintas repeticiones de la disposición. Específicamente, la casete consistía en:
15
imagen38
en la que ELA representa melan-A (26-35A27L) (SEQ ID n.º 1). Esta casete se introdujo en el mismo esqueleto plasmídico que se utilizó para pVAXM3. El tercero, pVAXM1, es idéntico a pVAXM2 salvo 20 que la disposición de epítopos está seguida de un IRES (sitio interno de entrada del ribosoma para el virus de la encefalomiocarditis) concatenado a un marco de lectura que codifica melan-A 31-70.
A cuatro grupos de tres ratones HHD A2.1 se les inyectó por vía intraganglionar en los ganglios linfáticos inguinales expuestos quirúrgicamente 25 µl del ADN plasmídico a 1 mg/ml en PBS los días 0, 25 3 y 6, recibiendo cada grupo uno de los tres vectores o el PBS sólo. El día 14 se recogieron los bazos y se reestimularon in vitro una vez con blastos LPS sensibilizados 3 días con el péptido [melan-A (2635A27L) (SEQ ID n.º 1)]. Los cultivos in vitro se complementaron el tercer día con T-Stim de rata (Collaborative Biomedical Products) y se les analizó la actividad citolítica el séptimo día utilizando un ensayo de liberación de 51Cr estándar. Las figuras 2 a 5 muestran el % de lisis específica obtenido con 30 células inmunizadas con PBS, pVAXM1, pVAXM2 y pVAXM3, respectivamente en células diana T2 y células diana T2 que se sensibilizaron con melan-A (26-35A27L) (ELA) (SEQ ID n.º 1). Los tres vectores generaron fuertes respuestas de LTC. Estos datos indicaron que los plásmidos habían sido captados por las CPA, que el polipéptido codificado se había sintetizado y procesado proteolíticamente para producir el epítopo decamérico en cuestión (es decir, tenía función de 35 secuencia de sustrato o de liberación), y que el epítopo se acabó uniendo a HLA-A2 para la presentación. Así mismo, una variante aislada de pVAXM2, que termina después del 55.º aminoácido, funcionaba tan bien como la versión completa (no se muestran los datos). Se puede determinar con un ensayo de la actividad de LTC contra las células diana que se sensibilizaron con los correspondientes péptidos sintéticos si también se pueden producir otros posibles epítopos dentro de la casete de
40 expresión y si se pueden inducir activamente respuestas de LTC.
Ejemplo 3
Una secuencia de SUSTRATO/LIBERACIÓN de NY-ESO-1 (SEQ ID n.º 11)
45 Se analizaron otras seis disposiciones de epítopos que conducían a la identificación de una secuencia de sustrato/liberación para el epítopo de mantenimiento NY-ESO-1157-165 (SEQ ID n.º 12). Los epítopos de componentes de las disposiciones fueron: Las seis disposiciones tenían los ordenamientos de elementos siguientes después de comenzar con una metionina iniciadora:
SSX-241-49
(SEQ ID n.º 13) Elemento A de la disposición
NY-ESO-1157-165
(SEQ ID n. 12) Elemento B de la disposición
NY-ESO-1163-171
(SEQ ID n.º 14) Elemento C de la disposición
PSMA288-297
(SEQ ID n.º15) Elemento D de la disposición
TYR4-9
(SEQ ID n.º 16) Elemento E de la disposición
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pVAX-PC-A: B-A-D-D-A-B-A-A 5 pVAX-PC-B: D-A-B-A-A-D-B-A
pVAX-PC-C: E-A-D-B-A-B-E-A-A
pVAX-HC-A: B-A-C-B-A-A-C-A
pVAX-BC-B: C-A-B-C-A-A-B-A
pVAX-BC-C: E-A-A-B-C-B-A-A
15 Estas disposiciones se introdujeron en el esqueleto del mismo vector descrito en los ejemplos anteriores. Se utilizaron los vectores plasmídicos para inmunizar los ratones esencialmente como se describió en el ejemplo 2 y a los LTC resultantes se les analizó su capacidad para lisar específicamente células diana que se sensibilizaron con el péptido NY-ESO-1157-165, que corresponde al elemento B anterior. Tanto pVAX-PC-A como pVAX-BC-A se encontró que inducían una actividad lítica específica. Comparando los contextos del epítopo (elemento B) en varias disposiciones, y particularmente entre pVAX-PC-A y pVAX-BC-A, entre pVAX-PC-A y pVAX-PC-B, y entre pVAX-BC-A y pVAX-BC-C, se concluyó que era la primera aparición del epítopo en pVAX-PC-A y pVAX-BC-A la que se había procesado y presentado correctamente. En otras palabras, una metionina iniciadora
25 seguida de elementos B-A constituye una secuencia de sustrato/liberación para la presentación del elemento B. Sobre esta base se construyó una nueva casete de expresión para utilizarla como una vacuna, que codifica los elementos siguientes:
Una metionina iniciadora,
NY-ESO-1157-165 (negrita): epítopo de mantenimiento,
SSX241-49 (cursiva): proporciona el contexto adecuado para el procesamiento, y
35 NY-ESO-177-180: para evitar problemas de «secuencias cortas» y proporcionar epítopos inmunitarios.
Por lo tanto, la construcción codifica la secuencia de aminoácidos:
imagen71
imagen38 (SEQ ID n.º 18) constituye la la secuencia de liberación o de sustrato. Se introdujo un polinucleótido que codifica la SEQ ID n.º 17 (SEQ ID n.º 19: nucleótidos 12-380) en el esqueleto del mismo plásmido que se utilizó para pMA2M y generar el plásmido pN157.
45 Ejemplo 4
También se fabricó una construcción similar a pN157 que contenía toda la disposición de epítopos de pVAX-PC-A y se designó pBPL. Por lo tanto, la secuencia de aminoácidos codificada en pBPL es:
imagen38
La SEQ ID n.º 21 es el polinucleótido que codifica la SEQ ID n.º 20 utilizada en pBPL.
imagen38 (SEQ ID n.º 22) se construyó 55 como un péptido sintético y se sometió a análisis de digestión proteasómica in vitro con el inmunoproteasoma humano, utilizando tanto espectrometría de masas como secuenciación de
Una porción de la SEQ ID n.º 20, extremos amino. La identificación de una escisión después del resto C indica que este segmento de la construcción puede funcionar como una secuencia de sustrato o de liberación para el epítopo de NYESO-I157-165imagen38 (SEQ ID n.º 12) (véase la figura 6). La figura 7 muestra el procesamiento diferencial del
imagen72
epítopo
(SEQ ID n.º 12) en su contexto nativo, en el que la escisión después de la C se produce con más eficacia por el proteasoma de mantenimiento que por el inmunoproteasoma. El inmunoproteasoma también produce una mayor escisión interna del epítopo, entre la T y la Q cuando el epítopo se encuentra en su contexto nativo, pero no en el contexto de la SEQ ID n.º 22 (compárense las figuras 6 y 7).
Ejemplo 5
La detección selectiva de otras disposiciones de epítopos condujo a la identificación de construcciones que favorecían la expresión del epítopo SSX-241-49 (SEQ ID n.º 13). Además de algunos de los elementos de las disposiciones definidos en el ejemplo 3, también se utilizaron los elementos adicionales siguientes:
imagen38 (SEQ ID n.º 23). Elemento F de la disposición. SSX-457-65:
imagen38 (SEQ ID n.º 24) Elemento G de la disposición.
PSMA730-739:
Una construcción, designada CTLA02, que codifica una metionina iniciadora y la disposición F-A-G-DC-F-G-A, se encontró que inmunizaba satisfactoriamente los ratones transgénicos HLA-A2 para generar una respuesta de LTC que reconocen el péptido SSX-241-49 (SEQ ID n.º 13).
Tal como se describió anteriormente, puede ser deseable combinar una secuencia con función de secuencia de sustrato o de liberación con una que se puede procesar en epítopos inmunitarios. Por lo tanto, SSX-215-183 (SEQ ID n.º 25) se combinó con toda o parte de la disposición como sigue:
CTLS1: F-A-G-D-C-F-G-A- SSX-215-183 (SEQ ID n.º 26)
CTLS2: SSX-215-183 F-A-G-D-C-F-G-A (SEQ ID n.º 27)
CTLS3: F-A-G-D- SSX-215-183 (SEQ ID n.º 28)
CTLS4: SSX-215-183-C-F-G-A (SEQ ID n.º 29)
Todas las construcciones excepto CTL3 fueron capaces de inducir LTC que reconocían el péptido SSX-241-49 (SEQ ID n.º 13) CTLS3 fue la única de estas cuatro construcciones que no incluyó el segundo elemento A de CTLA02, lo que sugiere que fue esta segunda aparición del elemento lo que proporcionó la función de secuencia de sustrato o de liberación. En CTLS2 y CTLS4, el elemento A se encuentra en el extremo carboxilo de la disposición, como en CTLA02. En CTLS1, el elemento A está seguido inmediatamente del segmento SSX-215-183 que comienza con una alanina, un resto que a menudo se encuentra después de los sitios de escisión proteasómicos (Toes, R. E. M., et al., J. Exp. Med. 194:1-12, 2001). La SEQ ID n.º 30 es la secuencia polinucleotídica que codifica la SEQ ID n.º 26 utilizada en CTLS1, también llamada pCBP.
(SEQ ID n.º 31), se fabricó como un péptido sintético y se sometió a análisis de digestión proteasómico in vitro con el inmunoproteasoma humano, mediante el uso tanto de espectrometría de masas como de secuenciación de extremos amino. La observación de que se generara (véase la figura 8) el extremo carboxilo del epítopo SSX-241-49 (SEQ ID n.º 13) proporcionó más pruebas que apoyaban la función de secuencia de sustrato o de liberación. imagen38
Los datos de la figura 9 demostraron el procesamiento diferencial del epítopo SSX-241-49, (SEQ ID n.º 13), en su contexto nativo, donde la escisión después de V era la escisión predominante producida por el proteasoma de mantenimiento, mientras que el inmunoproteasoma tenía varios sitios de escisión principal en alguna otra parte en la secuencia. Al trasladar este epítopo al contexto proporcionado por la SEQ ID n.º 31, la escisión deseada se convirtió en una de las importantes y aumentó su frecuencia relativa en comparación con las otras escisiones del inmunoproteasoma (compárense las figuras 8 y 9). Los datos en la figura 8B también demostraron la similitud de la especificidad del inmunoproteasoma de ratón y de humano, lo que presta su apoyo a la utilidad del modelo de ratón transgénico para predecir el procesamiento del antígeno humano.
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Ejemplo 6
La detección selectiva también reveló la función de secuencia de sustrato o de liberación para un
esqueleto del mismo vector descrito más arriba se utilizó para expresar esta disposición. Esta disposición difiere de las de los otros ejemplos en que el segmento Tyr1-17, que se incluyó como una fuente de epítopos inmunitarios, se utilizó como un elemento repetido de la disposición. Esto contrasta con el patrón mostrado en los otros ejemplos, en el que la secuencia incluida como una fuente de epítopos inmunitarios y/o longitud se encontraba una sola vez al comienzo o al final de la disposición, conteniendo el resto de la misma epítopos individuales o secuencias más cortas.
Construcción del plásmido
El polinucleótido que codifica la SEQ ID n.º 33 se generó mediante el ensamblaje de oligonucleótidos sintéticos hibridados. Se sintetizaron cuatro parejas de oligonucleótidos complementarios que abarcaban toda la secuencia codificante con extremos cohesivos de los sitios de restricción de AflII y EcoRI en cada extremo. Cada pareja complementaria de oligonucleótidos se hibridó en primer lugar, los fragmentos de ADN resultantes se ligaron por etapas, y el fragmento de ADN ensamblado se introdujo en el esqueleto del mismo vector descrito más arriba digerido previamente con AflII/EcoRI. La construcción se llamó CTLT2/pMEL y la SEQ ID n.º 34 es la secuencia polinucleotídica utilizada para codificar la SEQ ID n.º 33.
Ejemplo 7
Administración a humanos de una formulación de ADN plasmídico de un inmunoterápico contra el melanoma
Se formuló una vacuna de melanoma MA2M con una secuencia tal y como se describió en el ejemplo 1 anterior en alcohol bencílico al 1%, etanol al 1%, EDTA a 0,5 mM, y citrato-fosfato, pH 7,6. Se prepararon alícuotas de 200, 400 y 600 μg de ADN/ml para cargar en bombas de infusión MINIMED 407C. Se colocó el catéter de un equipo de infusión SILHOUETTE en un ganglio linfático inguinal visualizado mediante ecografía. La bomba y el montaje del equipo de infusión se diseñaron originalmente para la administración de insulina a diabéticos. El catéter de 17 mm usual se sustituyó por un catéter de 31 mm para esta aplicación. El equipo de infusión se mantuvo funcionando continuamente durante 4 días (unas 96 horas) a una velocidad de infusión de unos 25 μl/hora, lo que dio lugar a un volumen infundido total de unos 2,4 ml. Por lo tanto, la dosis administrada total por infusión fue unos 500 y 1000 μg; y puede ser de 1500 μg, respectivamente, para las tres concentraciones descritas anteriormente. Después de una infusión, a los sujetos se le dio un periodo de descanso de 10 días antes de comenzar una nueva infusión. Dada la residencia continua del ADN plasmídico en el ganglio linfático después de la administración y de la cinética usual de la respuesta de los LTC después de la desaparición del antígeno, esta programación será suficiente para mantener la respuesta inmunitaria de LTC.
Ejemplo 8
La SEQ ID n.º 22 se fabrica como un péptido sintético y se empaqueta con un reactivo lipídico catiónico para la transferencia de proteínas. La composición se infunde directamente en el ganglio linfático inguinal (véase el ejemplo 7) a una velocidad de 200 a 600 μg de péptido al día durante siete días, seguido de un descanso de siete días. Se aplica un tratamiento inicial de 3 a 8 ciclos.
Ejemplo 9
Se fabrica una proteína de fusión añadiendo la SEQ ID n.º 34 al extremo 3' de una secuencia nucleotídica que codifica la VP22 del virus del herpes simple 1 (SEQ ID n.º 42) en un vector de expresión de mamíferos adecuado; el vector utilizado anteriormente es adecuado. El vector se utiliza para transformar células HEK 293 y, 48 a 72 horas más tarde, se sedimentan las células, se lisan y se prepara un extracto soluble. Se purifica la proteína de fusión mediante cromatografía de afinidad utilizando un anticuerpo monoclonal anti-VP22. La proteína de fusión purificada se administra por vía intraganglionar a una velocidad de 10 a 100 μg al día durante siete días, seguido por un descanso de siete días. Se aplica un tratamiento inicial de 3 a 8 ciclos.
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Además, la presente invención puede utilizar diferentes aspectos de lo siguiente: solicitud de patente de los EE.UU. n.º 09/380 534, registrada el 1 de septiembre de 1999, titulada A METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE; 09/776 232, registrada el 2 de febrero de 2001, titulada METHOD OF INDUCING A CTL RESPONSE; 09/715 835, registrada el 16 de noviembre de 2000, titulada
5 AVOIDANCE OF UNDESIRABLE REPLICATION INTERMEDIATES IN PLASMID PROPOGATION; 09/999 186, registrada el 7 de noviembre de 2001, titulada METHODS OF COMMERCIALIZING AN ANTIGEN; y la solicitud de patente provisional de los EE.UU. n.º 60/274 063 registrada el 7 de marzo de 2001 titulada ANTI-NEOVASCULAR VACCINES FOR CANCER.
10 Tabla 11
Lista parcial de números de SEQ ID
1
Melan-A 26-35 (A27L)
2
Proteína Melan-A Número de acceso: NP 005502
3
Proteína tirosinasa Número de acceso: P14679
4
Producto de expresión de pMA2M
5
Secuencia de liberación o de sustrato para la SEQ ID n.º 1 en pMA2M
6
Tirosinasa 1-9
7
Tirosinasa 369-377
8
Melan-A 26-35
9
Inserto de pMA2M
10
Disposición de epítopos de pVAXM2 y pVAXM1
11
Proteína NY-ESO-1 Número de acceso: P78358
12
NY-ESO-1 157-165
13
imagen38 SSX-2 41-49
14
imagen38 NY-ESO-1 163-171
15
PSMA 288-297
16
Tirosinasa 4-9
17
Producto de expresión de pN157
18
imagen38 Secuencia de liberación o de sustrato para la SEQ ID n.º 12 en pN157
19
Inserto para pN157
imagen77
20
Producto de expresión de pBPL
21
imagen38 Región codificante del inserto de pBPL
22
Sustrato en la figura 6
23
SSX-457-65
24
PSMA730-739
25
imagen38 SSX-215-183
26
imagen38 Producto de expresión de CTLS1/pCBP
27
imagen38 Producto de expresión de CTLS2
28
Producto de expresión de CTLS3
imagen78
29
imagen38 Producto de expresión de CTLS4
30
Región codificante del inserto de pCBP
31
Sustrato/CTLS1-2 en la figura 8
32
TYR207-215
33
imagen38 Producto de expresión de CTLT2/pMEL
34
Región codificante del inserto de CTLT2/pMEL
35
ADNc de MELAN-A Número de acceso: NM 005511
36
ADNc de la tirosinasa Número de acceso: NM 000372
37
ADNc de NY-ESO-1 Número de acceso: U87459
38
Proteína PSMA Número de acceso: NP 004467
39
ADNc de PSMA Número de acceso: NM 004476
40
Proteína SSX-2 Número de acceso: NP 003138
41
ADNc de SSX-2 Número de acceso: NM 003147
imagen79
42
imagen38 Del número de acceso: D10879, secuencia codificante de UL49 (VP22) del virus del herpes simple 1
43
imagen38 Número de acceso: P10233, secuencia de la proteína VP22 (codificada por UL49) del virus del herpes simple 1
Secuencia del ARNm de melan-A
LOCUS NM_005511 1524 pb ARNm PRI 14-OCT-2001DEFINICIÓN melan-A (MLANA) de Homo sapiens, ARNm 5 ACCESO NM_005511 VERSIÓN NM_005511.1 GI:5031912
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imagen80
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Secuencia del ARNm de la tirosinasa
5 LOCUS NM_000372 1964 pb ARNm PRI 31-OCT-2000 DEFINICIÓN Tirosinasa (albinismo oculocutáneo IA) (TYR) de Homo sapiens, ARNm ACCESO NM_000372 VERSIÓN NM_000372.1 GI:4507752
imagen81
imagen38
imagen82
imagen38
Secuencia del ARNm de NY-ESO-1
LOCUS HSU87459 752 pb ARNm PRI 22-DIC-19995 DEFINICIÓN Antígeno de los testículos/cáncer autoinmunógeno humano NY-ESO-1, ARNm, todos
los codones. ACCESO U87459 VERSIÓN U87459.1 GI:1890098
imagen83
imagen38
Secuencia del ADNc de PSMA
LOCUS NM_004476 2653 pb ARNm PRI 01-NOV-20005 DEFINICIÓN Folato hidrolasa (antígeno de membrana específico de la próstata) I (FOLH1) de Homo
sapiens, ARNm ACCESO NM_004476 VERSIÓN NM_004476.1 GI:4758397
imagen84
imagen38
imagen38
NM 003147 Sarcoma sinovial de Homo sapiens, punto de ruptura 2 del cromosoma X (SSX2), ARNm
5 LOCUS NM_003147 766 pb ARNm PRI 14-MAR-2001 DEFINICIÓN Sarcoma sinovial de Homo sapiens, punto de ruptura 2 del cromosoma X, (SSX2),
ARNm ACCESO NM_003147 VERSIÓN NM_003147.1 GI:10337582
imagen85
imagen38
imagen86

Claims (1)

  1. REIVINDICACIONES
    1.- Polipéptido que comprende la SEQ ID n.º 4 o la SEQ ID n.º 5. 5 2.- Polipéptido de acuerdo con la reivindicación 1, para usar en la inmunización de un mamífero. 3.- Vector que codifica el polipéptido de la reivindicación 1, comprendiendo el vector la secuencia de SEQ ID n.º 9.
    10 4.-Vector que codifica el polipéptido de la reivindicación 1, que comprende la secuencia de SEQ ID n.º 4. 5.- Célula transformada con un vector de acuerdo con la reivindicación 3 o 4.
    15 6.- Procedimiento in vitro para activar un linfocito T que comprende poner en contacto el vector de la reivindicación 3 o 4 con una CPA y poner en contacto dicha CPA con un linfocito T. 7.- Vector de acuerdo con la reivindicación 3 o 4 para usar en la inmunización de un mamífero.
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WO (1) WO2003063770A2 (es)

Families Citing this family (78)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6136311A (en) 1996-05-06 2000-10-24 Cornell Research Foundation, Inc. Treatment and diagnosis of cancer
US6977074B2 (en) * 1997-07-10 2005-12-20 Mannkind Corporation Method of inducing a CTL response
US9006175B2 (en) 1999-06-29 2015-04-14 Mannkind Corporation Potentiation of glucose elimination
JP4540033B2 (ja) 1999-10-22 2010-09-08 サノフィ パストゥール リミテッド 腫瘍抗原に対する免疫応答を誘発および／または増強する方法
US20030215425A1 (en) * 2001-12-07 2003-11-20 Simard John J. L. Epitope synchronization in antigen presenting cells
WO2003008537A2 (en) * 2001-04-06 2003-01-30 Mannkind Corporation Epitope sequences
EP1453471B1 (en) * 2001-11-07 2011-01-05 Mannkind Corporation Expression vectors encoding epitopes of antigens and methods for their design
ES2425392T3 (es) 2002-03-20 2013-10-15 Mannkind Corporation Cartucho para un aparato de inhalación
US7178491B2 (en) * 2003-06-05 2007-02-20 Caterpillar Inc Control system and method for engine valve actuator
WO2004112825A2 (en) 2003-06-17 2004-12-29 Mannkind Corporation Combinations of tumor-associated antigens for the treatment of various types of cancers
CA2529057A1 (en) * 2003-06-17 2005-01-13 Mannkind Corporation Methods to elicit, enhance and sustain immune responses against mhc class i-restricted epitopes, for prophylactic or therapeutic purposes
EP1670509A4 (en) * 2003-09-03 2007-10-31 Dendritherapeutics Inc MULTIPLEX VACCINES
US20060008468A1 (en) * 2004-06-17 2006-01-12 Chih-Sheng Chiang Combinations of tumor-associated antigens in diagnostics for various types of cancers
US8354380B2 (en) * 2004-06-17 2013-01-15 Mannkind Corporation NY-ESO-1 peptide analogs
US20060159689A1 (en) * 2004-06-17 2006-07-20 Chih-Sheng Chiang Combinations of tumor-associated antigens in diagnostics for various types of cancers
JP2008503494A (ja) * 2004-06-17 2008-02-07 マンカインド コーポレイション 診断方法を治療方法と統合することによる免疫療法の効力改善
DK1786784T3 (da) 2004-08-20 2011-02-14 Mannkind Corp Katalyse af diketopiperazinsyntese
BR122019022692B1 (pt) 2004-08-23 2023-01-10 Mannkind Corporation Composição terapêutica em pó seco contendo dicetopiperazina, pelo menos um tipo de cátion e um agente biologicamente ativo
JP2008523818A (ja) * 2004-12-16 2008-07-10 ウェイク・フォレスト・ユニヴァーシティ・ヘルス・サイエンシズ 腫瘍免疫療法におけるフラジェリンの使用
CA2592922A1 (en) 2004-12-29 2006-07-06 Mannkind Corporation Methods to trigger, maintain and manipulate immune responses by targeted administration of biological response modifiers into lymphoid organs
AU2005321904B2 (en) * 2004-12-29 2012-07-12 Mannkind Corporation Methods to elicit, enhance and sustain immune responses against MHC class I-restricted epitopes, for prophylactic or therapeutic purposes
SG158155A1 (en) * 2004-12-29 2010-01-29 Mannkind Corp Methods to bypass cd+4 cells in the induction of an immune response
JP2008526760A (ja) * 2004-12-29 2008-07-24 マンカインド コーポレイション 種々の腫瘍関連抗原を含む組成物の抗癌ワクチンとしての使用
NZ564359A (en) 2005-06-17 2011-09-30 Mannkind Corp Analogs of pepetides corresponding to class I MHC-restricted T cell epitopes
WO2006138568A2 (en) 2005-06-17 2006-12-28 Mannkind Corporation Multivalent entrain-and-amplify immunotherapeutics for carcinoma
US7999088B2 (en) 2005-06-17 2011-08-16 Mannkind Corporation Methods and compositions to elicit multivalent immune responses against dominant and subdominant epitopes, expressed on cancer cells and tumor stroma
WO2007033372A2 (en) 2005-09-14 2007-03-22 Mannkind Corporation Method of drug formulation based on increasing the affinity of crystalline microparticle surfaces for active agents
DK1986679T3 (da) 2006-02-22 2017-11-20 Mannkind Corp Fremgangsmåde til forbedring af mikropartiklers farmaceutiske egenskaber omfattende diketopiperazin og et aktivt indholdsstof
CA2646329C (en) 2006-03-20 2018-07-03 The Regents Of The University Of California Engineered anti-prostate stem cell antigen (psca) antibodies for cancer targeting
AU2007272785A1 (en) * 2006-07-14 2008-01-17 Mannkind Corporation Methods to elicit, enhance and sustain immune responses against MHC class-I restricted epitopes, for prophylactic or therapeutic purposes
ES2527412T3 (es) * 2007-02-15 2015-01-23 Mannkind Corporation Método para aumentar la respuesta de los linfocitos T
US8877206B2 (en) 2007-03-22 2014-11-04 Pds Biotechnology Corporation Stimulation of an immune response by cationic lipids
US20090131355A1 (en) * 2007-05-23 2009-05-21 Adrian Ion Bot Multicistronic vectors and methods for their design
CA2698343C (en) 2007-09-04 2018-06-12 The Regents Of The University Of California High affinity anti-prostate stem cell antigen (psca) antibodies for cancer targeting and detection
ES2712505T3 (es) 2008-04-17 2019-05-13 Pds Biotechnology Corp Estimulación de una respuesta inmunitaria por enantiómeros de lípidos catiónicos
CA3153292A1 (en) 2008-06-13 2009-12-17 Mannkind Corporation A dry powder inhaler and system for drug delivery
US8485180B2 (en) 2008-06-13 2013-07-16 Mannkind Corporation Dry powder drug delivery system
CN102065942B (zh) 2008-06-20 2013-12-11 曼金德公司 用于对吸入工作进行实时描绘的交互式设备和方法
TWI532497B (zh) 2008-08-11 2016-05-11 曼凱公司 超快起作用胰島素之用途
AU2009332389A1 (en) 2008-12-24 2011-07-14 Oncotherapy Science, Inc. C1orf59 peptides and vaccines including the same
US8314106B2 (en) 2008-12-29 2012-11-20 Mannkind Corporation Substituted diketopiperazine analogs for use as drug delivery agents
US10517969B2 (en) 2009-02-17 2019-12-31 Cornell University Methods and kits for diagnosis of cancer and prediction of therapeutic value
PL2405963T3 (pl) 2009-03-11 2014-04-30 Mannkind Corp Urządzenie, układ i sposób pomiaru oporu inhalatora
KR20180036807A (ko) 2009-06-12 2018-04-09 맨카인드 코포레이션 한정된 비표면적을 갖는 디케토피페라진 마이크로입자
CA2768149A1 (en) * 2009-07-14 2011-01-20 Lucia Irene Gonzalez Stereoisomer peptides and their polymer conjugates for hiv disease
EP2485750B1 (en) * 2009-10-05 2017-05-17 The Medical College of Wisconsin, Inc. Peptide-based myeloperoxidase inhibitors for use in therapy
MX2012004721A (es) 2009-10-23 2012-06-25 Mannkind Corp Inmunoterapia de cancer y metodo de tratamiento.
CA2778698A1 (en) 2009-11-03 2011-05-12 Mannkind Corporation An apparatus and method for simulating inhalation efforts
EP2506876B1 (en) 2009-12-02 2016-10-12 Imaginab, Inc. J591 minibodies and cys-diabodies for targeting human prostate specific membrane antigen (psma) and methods for their use
RU2571331C1 (ru) 2010-06-21 2015-12-20 Маннкайнд Корпорейшн Системы и способы доставки сухих порошковых лекарств
EP3213765B1 (en) * 2010-09-20 2019-08-28 BioNTech Cell & Gene Therapies GmbH Antigen-specific t cell receptors and t cell epitopes
KR101940832B1 (ko) 2011-04-01 2019-01-21 맨카인드 코포레이션 의약 카트리지용 블리스터 패키지
WO2012174472A1 (en) 2011-06-17 2012-12-20 Mannkind Corporation High capacity diketopiperazine microparticles
EP2776053A1 (en) 2011-10-24 2014-09-17 MannKind Corporation Methods and compositions for treating pain
CA2876656C (en) 2012-06-15 2023-09-26 Pds Biotechnology Corporation Cationic lipid vaccine compositions and methods of use
CN104619369B (zh) 2012-07-12 2018-01-30 曼金德公司 干粉药物输送系统和方法
TWI672149B (zh) 2012-09-21 2019-09-21 美商Ｐｄｓ生技公司 改良之疫苗組成物及使用方法
EP2911690A1 (en) 2012-10-26 2015-09-02 MannKind Corporation Inhalable influenza vaccine compositions and methods
MX369709B (es) * 2013-03-15 2019-11-19 Univ Pennsylvania Vacunación mejorada contra tirosinasa.
AU2014228415B2 (en) 2013-03-15 2018-08-09 Mannkind Corporation Microcrystalline diketopiperazine compositions and methods
CA2918369C (en) 2013-07-18 2021-06-29 Mannkind Corporation Heat-stable dry powder pharmaceutical compositions and methods
WO2015021064A1 (en) 2013-08-05 2015-02-12 Mannkind Corporation Insufflation apparatus and methods
CN104761644A (zh) * 2014-01-03 2015-07-08 百奇生物科技（苏州）有限公司 大肠杆菌表达的融合蛋白mbp-mart-1及其制备和应用
US10307464B2 (en) 2014-03-28 2019-06-04 Mannkind Corporation Use of ultrarapid acting insulin
US10816554B2 (en) 2014-04-04 2020-10-27 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Ligand discovery for T cell receptors
WO2015199617A1 (en) * 2014-06-24 2015-12-30 National University Of Singapore A monoclonal antibody with t-cell receptor-like specificity that targets epstein-barr infected human tumour cells based on their expression of ebna1
US10561806B2 (en) 2014-10-02 2020-02-18 Mannkind Corporation Mouthpiece cover for an inhaler
CN108136012B (zh) 2015-08-07 2022-10-04 伊麦吉纳博公司 靶向分子的抗原结合构建体
EP3374496A4 (en) 2015-11-13 2019-07-10 PDS Biotechnology Corporation LIPIDES AS SYNTHETIC VECTORS FOR IMPROVING ANTIGEN PROCESSING AND PRESENTATION EX-VIVO IN DENDRITIC CELL THERAPY
JP7185530B2 (ja) 2016-06-13 2022-12-07 トルク セラピューティクス， インコーポレイテッド 免疫細胞機能を促進するための方法および組成物
GB201616365D0 (en) * 2016-09-27 2016-11-09 Helsingin Yliopisto Non-genetic modification of enveloped viruses
MX2019003961A (es) * 2016-10-05 2019-08-26 Pds Biotechnology Corp Vacunas novedosas del vph16 con celulas t no restringidas por hla, composiciones y metodos de uso de las mismas.
US11266745B2 (en) 2017-02-08 2022-03-08 Imaginab, Inc. Extension sequences for diabodies
CA3074826A1 (en) 2017-09-05 2019-03-14 Torque Therapeutics, Inc. Therapeutic protein compositions and methods of making and using the same
CN110950949B (zh) * 2018-09-26 2022-04-05 香雪生命科学技术（广东）有限公司 一种识别ssx2抗原的t细胞受体
CN115819555A (zh) * 2021-09-17 2023-03-21 香雪生命科学技术（广东）有限公司 一种识别ssx2的高亲和力tcr
EP4608515A1 (en) * 2022-10-25 2025-09-03 Seismic Therapeutic, Inc. Variant igg fc polypeptides and uses thereof
CN119506295B (zh) * 2025-01-21 2025-05-30 上海皓鸿生物医药科技有限公司 一种前列腺特异性膜抗原的制备方法

Family Cites Families (81)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US613066A (en) * 1898-10-25 Bottle-stopper
US4439199A (en) 1980-02-19 1984-03-27 Alza Corporation Method for administering immunopotentiator
US4683199A (en) 1983-01-31 1987-07-28 Sloan-Kettering Institute For Cancer Research Interleukin-2 dependent cytotoxic T-cell clones
US5168062A (en) 1985-01-30 1992-12-01 University Of Iowa Research Foundation Transfer vectors and microorganisms containing human cytomegalovirus immediate-early promoter-regulatory DNA sequence
DE3937412A1 (de) 1989-11-10 1991-05-16 Hoechst Ag Synthetische vakzine zur spezifischen induktion zytotoxischer t-lymphozyten
US5196321A (en) 1986-10-02 1993-03-23 Massachusetts Institute Of Technology Methods for in vitro cleavage of ubiquitin fusion proteins
US5132213A (en) 1986-10-02 1992-07-21 Massachusetts Institute Of Technology Method for producing proteins and polypeptides using ubiquitin fusions
US5093242A (en) 1986-10-02 1992-03-03 Massachusetts Institute Of Technology Methods of generating desired amino-terminal residues in proteins
US4937190A (en) 1987-10-15 1990-06-26 Wisconsin Alumni Research Foundation Translation enhancer
WO1989007644A1 (en) 1988-02-12 1989-08-24 Commonwealth Scientific And Industrial Research Or Pox virus vectors
US5804381A (en) 1996-10-03 1998-09-08 Cornell Research Foundation Isolated nucleic acid molecule encoding an esophageal cancer associated antigen, the antigen itself, and uses thereof
US5703055A (en) 1989-03-21 1997-12-30 Wisconsin Alumni Research Foundation Generation of antibodies through lipid mediated DNA delivery
CA2331088A1 (en) 1989-11-03 1991-05-04 Donald L. Morton Urinary tumor associated antigen, antigenic subunits uses and methods of detection
SE466259B (sv) * 1990-05-31 1992-01-20 Arne Forsgren Protein d - ett igd-bindande protein fraan haemophilus influenzae, samt anvaendning av detta foer analys, vacciner och uppreningsaendamaal
DE4143467C2 (de) 1991-05-17 1995-02-09 Max Planck Gesellschaft Peptidmotiv und dessen Verwendung
US5451504A (en) 1991-07-29 1995-09-19 Serex, Inc. Method and device for detecting the presence of analyte in a sample
US6037135A (en) 1992-08-07 2000-03-14 Epimmune Inc. Methods for making HLA binding peptides and their uses
DE4228458A1 (de) 1992-08-27 1994-06-01 Beiersdorf Ag Multicistronische Expressionseinheiten und deren Verwendung
US5405940A (en) 1992-08-31 1995-04-11 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated nonapeptides derived from MAGE genes and uses thereof
DE4238416A1 (de) 1992-11-13 1994-05-19 Max Planck Gesellschaft Bestimmung von Peptidmotiven auf MHC-Molekülen
US5530096A (en) 1992-12-22 1996-06-25 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated, tyrosinase derived peptides and uses thereof
US5519117A (en) 1992-12-22 1996-05-21 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated, tyrosinase derived peptides and uses thereof
US5487974A (en) 1992-12-22 1996-01-30 Ludwig Institute For Cancer-Research Method for detecting complexes containing human leukocyte antigen A2 (HLA-A2) molecules and a tyrosinase drived peptide on abnormal cells
US5744316A (en) 1992-12-22 1998-04-28 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated, tyrosinase derived peptides and uses thereof
US5558995A (en) 1993-01-22 1996-09-24 Ludwig Institute For Cancer Research Peptides which are derived from tumor rejection antigen precursor molecule MAGE-1, which complex to MHC molecule HLA-C clone 10, and uses thereof
US5989565A (en) 1993-01-29 1999-11-23 University Of Pittsburgh Elution and identification of T cell epitopes from viable cells
DE69435075T2 (de) 1993-03-17 2009-02-19 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Immunogene chimäre umfassend nucleinsäuresequenzen, die signalsequenzpeptide des endoplasmatischen reticulums und mindestens ein anderes peptid codieren, deren verwendung in impfstoffen und zur behandlung von krankheiten
US5648226A (en) 1993-07-22 1997-07-15 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated peptides derived from tumor rejection antigens, and their use
US5679647A (en) 1993-08-26 1997-10-21 The Regents Of The University Of California Methods and devices for immunizing a host against tumor-associated antigens through administration of naked polynucleotides which encode tumor-associated antigenic peptides
US5478556A (en) 1994-02-28 1995-12-26 Elliott; Robert L. Vaccination of cancer patients using tumor-associated antigens mixed with interleukin-2 and granulocyte-macrophage colony stimulating factor
US5554724A (en) 1994-03-24 1996-09-10 University Of Leiden Isolated tumor rejection antigen precursor MAGE-2 derived peptides, and uses thereof
US5554506A (en) 1994-03-24 1996-09-10 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated, MAGE-3 derived peptides which complex with HLA-A2 molecules and uses thereof
US5585461A (en) 1994-03-24 1996-12-17 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated, MAGE-3 derived peptides which complex with HLA-A2 molecules and uses thereof
US5874560A (en) 1994-04-22 1999-02-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Melanoma antigens and their use in diagnostic and therapeutic methods
IT1266740B1 (it) 1994-07-01 1997-01-14 Maria Paola Landini Materiale proteico ricombinante legante anticorpi contro il citomegalovirus umano, reagenti diagnostici derivati da tale
DE4423392A1 (de) 1994-07-04 1996-01-11 Birsner & Grob Biotech Gmbh Verfahren zur Identifizierung antigener Peptide
FR2722208B1 (fr) 1994-07-05 1996-10-04 Inst Nat Sante Rech Med Nouveau site interne d'entree des ribosomes, vecteur le contenant et utilisation therapeutique
NZ290089A (en) 1994-07-27 1999-05-28 Queensland Inst Med Res Recombinant polyepitope cytotoxic t lymphocyte (ctl) vaccines
US5962428A (en) 1995-03-30 1999-10-05 Apollon, Inc. Compositions and methods for delivery of genetic material
US5698396A (en) 1995-06-07 1997-12-16 Ludwig Institute For Cancer Research Method for identifying auto-immunoreactive substances from a subject
CA2249390C (en) 1996-03-19 2007-12-18 University Of Virginia Patent Foundation Peptides recognized by melanoma-specific a1-, a2- and a3-restricted cytotoxic lymphocytes, and uses therefor
PT900380E (pt) 1996-04-26 2003-12-31 Univ Leiden Metodos para seleccionar e produzir epitopos peptidicos de celulas t e vacinas que incorporam os referidos epitopos seleccionados
US5876972A (en) 1996-09-23 1999-03-02 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Nucleic acid molecules coding for tumor suppressor proteins and methods for their isolation
US5990091A (en) 1997-03-12 1999-11-23 Virogenetics Corporation Vectors having enhanced expression, and methods of making and uses thereof
US6004777A (en) 1997-03-12 1999-12-21 Virogenetics Corporation Vectors having enhanced expression, and methods of making and uses thereof
US6287569B1 (en) 1997-04-10 2001-09-11 The Regents Of The University Of California Vaccines with enhanced intracellular processing
AU739189B2 (en) 1997-07-10 2001-10-04 Mannkind Corporation A method of inducing a CTL response
US7084239B1 (en) 1997-10-08 2006-08-01 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Cancer peptides of NY-ESO-1/CAG-3
WO1999024596A1 (en) * 1997-11-12 1999-05-20 Valentis, Inc. Expression plasmids for multiepitope nucleic acid-based vaccines
US20030138808A1 (en) 1998-02-19 2003-07-24 Simard John J.L. Expression vectors encoding epitopes of target-associated antigens
JP2002507397A (ja) 1998-03-13 2002-03-12 エピミューン，インコーポレイティド Ｈｌａ結合ペプチド及びその使用
US6495136B1 (en) * 1998-03-26 2002-12-17 The Procter & Gamble Company Proteases having modified amino acid sequences conjugated to addition moieties
GB9808932D0 (en) 1998-04-27 1998-06-24 Chiron Spa Polyepitope carrier protein
IL125608A0 (en) 1998-07-30 1999-03-12 Yeda Res & Dev Tumor associated antigen peptides and use of same as anti-tumor vaccines
US6800730B1 (en) 1998-10-02 2004-10-05 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated peptides which bind to MHC class II molecules, and uses thereof
AU2150900A (en) 1998-11-16 2000-06-05 Board Of Regents, The University Of Texas System Hiv-specific t-cell induction
DE60013242D1 (de) 1999-01-08 2004-09-30 Wisconsin Alumni Res Found Impfungsmethode zur effizienten induktion der t-lymphozyten zytotoxischantwort
DK1157267T3 (en) 1999-03-03 2017-01-23 Olympus Corp Method for fluorescence binding assay
DE19909503A1 (de) 1999-03-04 2000-09-07 Boehringer Ingelheim Int Tumorassoziiertes Antigen
DE19919225A1 (de) 1999-04-28 2000-11-16 Boehringer Ingelheim Int Tumorassoziiertes Antigen
CA2374070A1 (en) 1999-05-26 2000-11-30 Fred L. Heffron Tagged epitope protein transposable element
DE19924199A1 (de) 1999-05-27 2000-11-30 Boehringer Ingelheim Int Tumorassoziiertes Antigen
FR2794370B1 (fr) 1999-06-03 2003-10-17 Biovector Therapeutics Fragments proteiques polyepitopiques, leur obtention et leurs utilisations notamment en vaccination
DE19936563A1 (de) 1999-08-04 2001-02-08 Boehringer Ingelheim Int Tumorassoziiertes Antigen
DE60030450T2 (de) 1999-09-08 2007-08-30 Transgene S.A. Von MUC-1 abgeleitete Peptide
AU785319B2 (en) 1999-09-16 2007-01-11 Eisai Inc. Nucleic acids encoding polyepitope polypeptides
AU7917200A (en) 1999-09-30 2001-04-30 Institut Pasteur Hybrid or chimeric polynucleotides, proteins, and compositions comprising hepatitis b virus sequences
EP1118860A1 (en) * 2000-01-21 2001-07-25 Rijksuniversiteit te Leiden Methods for selecting and producing T cell peptide epitopes and vaccines incorporating said selected epitopes
EP2311950A1 (en) 2000-01-28 2011-04-20 The Government of the United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Novel MHC class II restricted T cell epitopes from the cancer antigen, NY ESO-1
US6756044B1 (en) 2000-02-09 2004-06-29 Genvec, Inc. Antigenic complexes and methods
WO2001062917A1 (en) * 2000-02-22 2001-08-30 Ludwig Institute For Cancer Research Isolated genomic sequences which encode the ny-eso-1 cancer testis tumor antigen and uses thereof
US20030215425A1 (en) 2001-12-07 2003-11-20 Simard John J. L. Epitope synchronization in antigen presenting cells
ES2347762T3 (es) * 2000-04-28 2010-11-04 Mannkind Corporation Sincronizacion de epitopos en celulas que presentan antigenos.
DE10025521A1 (de) 2000-05-23 2001-12-06 Boehringer Ingelheim Int Tumor-assoziiertes Antigen B132
AUPQ776100A0 (en) 2000-05-26 2000-06-15 Australian National University, The Synthetic molecules and uses therefor
CU23235A1 (es) 2001-02-28 2007-09-26 Ct Ingenieria Genetica Biotech POXVIRUS RECOMBINANTES PARA PROTEINAS QUIMéRICAS DEL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA Y SU APLICACION EN LA TERAPéUTICA Y LA PREVENCION DEL SIDA
WO2003008537A2 (en) 2001-04-06 2003-01-30 Mannkind Corporation Epitope sequences
GB0118532D0 (en) * 2001-07-30 2001-09-19 Isis Innovation Materials and methods relating to improved vaccination strategies
EP1453471B1 (en) 2001-11-07 2011-01-05 Mannkind Corporation Expression vectors encoding epitopes of antigens and methods for their design
JP4179585B2 (ja) 2002-03-29 2008-11-12 ユニ・チャーム株式会社 印刷が施された生分解性プラスチックフィルム
CN1691964A (zh) 2002-09-06 2005-11-02 曼康公司 表位序列

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