[go: up one dir, main page]

EA036566B1 - Способ и система определения статуса злокачественной опухоли - Google Patents

Способ и система определения статуса злокачественной опухоли Download PDF

Info

Publication number
EA036566B1
EA036566B1 EA201791569A EA201791569A EA036566B1 EA 036566 B1 EA036566 B1 EA 036566B1 EA 201791569 A EA201791569 A EA 201791569A EA 201791569 A EA201791569 A EA 201791569A EA 036566 B1 EA036566 B1 EA 036566B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
cancer
malignant tumor
tumor
methylation
malignant
Prior art date
Application number
EA201791569A
Other languages
English (en)
Other versions
EA201791569A1 (ru
Inventor
Кан Чжан
Жуй Хоу
Лянхун Чжэн
Original Assignee
Зе Реджентс Оф Зе Юниверсити Оф Калифорния
Юсхелс Байотек, Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Зе Реджентс Оф Зе Юниверсити Оф Калифорния, Юсхелс Байотек, Лимитед filed Critical Зе Реджентс Оф Зе Юниверсити Оф Калифорния
Publication of EA201791569A1 publication Critical patent/EA201791569A1/ru
Publication of EA036566B1 publication Critical patent/EA036566B1/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/20—Supervised data analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/30—Unsupervised data analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G16B50/30—Data warehousing; Computing architectures
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Artificial Intelligence (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Настоящее изобретение относится к способам, системам, платформам, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для определения типа злокачественной опухоли у индивидуума. Настоящее изобретение также относится к способам, системам, платформам, машиночитаемому носителю с постоянной записью и композициям для создания базы данных по профилям метилирования CpG.

Description

Ссылка на родственную заявку
Согласно заявке на данный патент испрашивается преимущество в соответствии с предварительной заявкой на выдачу патента США № 62/104785, поданной 18 января 2015 г., настоящая заявка является продолжающей заявкой для заявки на выдачу патента США № 14/986520, поданной 31 декабря 2015 г., при этом все эти заявки включены в настоящий документ посредством отсылки.
Перечень последовательностей
Изобретение содержит перечень последовательностей, который был представлен в формате ASCII посредством приложения EFS-Web и, таким образом, включен в настоящий документ посредством отсылки в полном его объеме. Указанная копия в формате ASCII, созданная 12 января 2016 г., названа 49697-701.601_SL.txt и имеет размер 846 килобайт.
Область техники, к которой относится настоящее изобретение
Злокачественная опухоль является основной причиной смертности во всем мире, при этом ожидают, что ежегодные случаи увеличатся с 14 млн в 2012 году до 22 млн за следующие два десятилетия (ВОЗ). Диагностические процедуры в некоторых случаях начинают только после того, как у пациента уже присутствуют симптомы, что приводит к дорогостоящим, инвазивным и времязатратным процедурам. Помимо всего прочего, точной диагностике иногда препятствуют недоступные области. Кроме того, с поздним диагнозом ассоциированы высокие показатели заболеваемости злокачественной опухолью и смертности от нее.
Краткое раскрытие настоящего изобретения
В соответствии с некоторыми вариантах осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для определения типа злокачественной опухоли у индивидуума. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение также относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для ранней детекции злокачественной опухоли. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с еще дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для распознания различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для определения прогноза злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, прогнозирования ответа на лечение и отслеживания ответа на лечение. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для создания базы данных по профилям метилирования CpG и зондам, применяемым для создания данных по метилированию CpG.
Настоящее изобретение относится, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления, к вычислительной платформе для использования данных по злокачественному метилированию CpG для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, включающей:
(a) первое вычислительное устройство, содержащее процессор, модуль памяти, операционную систему и компьютерную программу, включающую исполняемые процессором инструкции для создания приложения для сбора данных с целью получения данных по метилированию CpG из набора биологических образцов, причем приложение для сбора данных содержит:
(1) модуль секвенирования, способный работать с устройством для секвенирования с целью создания данных по метилированию CpG из набора биологических образцов, причем набор содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец; причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; а также первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и (2) модуль приема данных, способный осуществлять прием:
(i) первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
(ii) второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормаль-
- 1 036566 ного биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и (iii) третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и (b) второе вычислительное устройство, содержащее процессор, модуль памяти, операционную систему и компьютерную программу, включающую инструкции, исполняемые процессором, для создания приложения для анализа данных с целью создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем приложение для анализа данных содержит модуль для анализа данных, способный:
(1) создавать набор данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных; и (2) анализировать набор данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных способом машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (i) способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (ii) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления создание набора данных по попарным различиям метилирования предусматривает (a) вычисление различия между первым набором данных и вторым набором данных в первой паре наборов данных; (b) вычисление различия между третьим набором данных и четвертым набором данных во второй паре наборов данных; и (c) вычисление различия между пятым набором данных и шестым набором данных в третьей паре наборов данных. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления создание набора данных по попарным различиям метилирования дополнительно основано на вычисленном различии первой пары наборов данных, вычисленном различии второй пары наборов данных и вычисленном различии третьей пары наборов данных.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает способ полуконтролируемого обучения или способ неконтролируемого обучения. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из следующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления данные по метилированию CpG получают из экстрагированной геномной ДНК, обработанной дезаминирующим средством. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления модуль для анализа данных дополнительно способен анализировать экстрагированную геномную ДНК способом секвенирования следующего поколения для получения данных по метилированию CpG. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ секвенирования следующего поколения представляет собой способ секвенирования с применением цифровой ПЦР.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15-18. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 16. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 17. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из
- 2 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964,cgl1779113, cgl2042264,cg27377213,cg26680502,cgl2504877,cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297,cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721,cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248,cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363,cg21249754, cg23147227,cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751,cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909,cg07119472, cgl4999168,cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701,cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601,cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016,cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 иcg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из табл. 20. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из
- 3 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870,cgl1252953,cgl0542975,cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213,cg24480810, cg24301930,cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530,cg27410601, cg27366280,cg26683005, cg25666403,cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205,cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130,cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 биомаркера, выбранных из cg25574765,cg25490145, cgl8384097, cg25922751 и cgl7126555.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой метастатический тип злокачественной опухоли или рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T-клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, опухоль лимфоидной ткани, диффузную B-крупноклеточную лимфому (DLBCL), злокачественную фиброзную гистиоцитомную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, овариальную злокачественную опухоль, овариальную эпителиальную злокачественную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, ова
- 4 036566 риальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы (CNS), первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному, тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки, увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контрольный набор данных включает набор профилей метилирования, причем каждый указанный профиль метилирования создан на основе биологического образца, полученного из известного типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают бесклеточный биологический образец. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец циркулирующей опухолевой ДНК. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец биопсии. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец ткани.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к вычислительной системе, содержащей процессор, модуль памяти, операционную систему, способную исполнять машиночитаемые инструкции, и компьютерную программу, включающую исполняемые процессором инструкции для создания приложения для анализа с целью создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем приложение для анализа содержит:
(a) модуль приема данных, способный осуществлять прием:
(1) первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический обра
- 5 036566 зец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
(2) второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и (3) третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и (b) модуль для анализа данных, способный:
(1) создавать набор данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных; и (2) анализировать набор данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных способом машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (i) способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (ii) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к реализуемому на компьютере способу создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, предусматривающему:
a) создание данных по метилированию CpG из набора биологических образцов способом секвенирования, причем набор содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец; причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и причем первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
b) получение с помощью первого процессора первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
c) получение с помощью первого вычислительного устройства второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью первого вычислительного устройства третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными;
e) создание с помощью второго процессора набора данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных; и
f) анализ набора данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных способом машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (1) способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множест- 6 036566 ва весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (2) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления стадия е) дополнительно предусматривает (a) вычисление различия между первым набором данных и вторым набором данных в первой паре наборов данных; (b) вычисление различия между третьим набором данных и четвертым набором данных во второй паре наборов данных; и (c) вычисление различия между пятым набором данных и шестым набором данных в третьей паре наборов данных. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления стадия e) дополнительно предусматривает создание набора данных по попарным различиям метилирования с помощью второго процессора из вычисленного различия первой пары наборов данных, вычисленного различия второй пары наборов данных и вычисленного различия третьей пары наборов данных.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает способ полуконтролируемого обучения или способ неконтролируемого обучения. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из следующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления данные по метилированию CpG получают из экстрагированной геномной ДНК, обработанной дезаминирующим средством.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15-18. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 16. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 17. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из
- 7 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgll779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897,cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621,cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721,cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538,cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292,cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668,cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130,cg07380416, cg27284288,cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164,cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701,cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975,cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480,cgl6748008, cgl6644023,cg06488150, cg09450197,cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001,cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146, cg09001226,cg06482498,cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360,cgl4083015,cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731,cg21461981,cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991,cglOO55231 иcg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из табл. 20. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из
- 8 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975, cg08098128,cg02874908,cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204,cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795,cgl5341833,cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669,cg06439655,cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736,cg21376733,cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432,cgl2967050,cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715,cg08858130,cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 иcg00025044.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 биомаркера, выбранных из cg25574765,cg25490145,cgl8384097, cg25922751 и cgl7126555.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T-клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, опухоль лимфоидной ткани, диффузную B-крупноклеточную лимфому (DLBCL), злокачественную фиброзную гистиоцитомную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, овариальную злокачественную опухоль, овариальную эпителиальную злокачест
- 9 036566 венную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, овариальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы, первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному, тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки, увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контрольный набор данных включает набор профилей метилирования, причем каждый указанный профиль метилирования создан на основе биологического образца, полученного из известного типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают бесклеточный биологический образец. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец циркулирующей опухолевой ДНК. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец биопсии. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец ткани.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к реализуемому на компьютере способу диагностики злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, предусматривающему:
a) получение с помощью первого процессора четвертой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от четвертого злокачественного биологического образца и четвертого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от четвертого злокачественного биологического образца, образуют седьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют восьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, и четвертый злокачественный биологический образец и четвертый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
b) получение с помощью первого процессора пятой пары наборов данных по метилированию CpG,
- 10 036566 полученной от пятого нормального биологического образца и шестого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого нормального биологического образца, образуют девятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого нормального биологического образца, образуют десятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой нормальные биологические образцы являются различными;
c) получение с помощью первого процессора шестой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого злокачественного биологического образца и шестого злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого злокачественного биологического образца, образуют одиннадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого злокачественного биологического образца, образуют двенадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой злокачественные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью второго процессора второго набора данных по попарным различиям метилирования из четвертой, пятой и шестой пары наборов данных; и
e) анализ второго набора данных по попарным различиям метилирования с помощью описанной выше базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем корреляция между вторым набором данных по попарным различиям метилирования и профилем метилирования CpG в рамках базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли определяет тип злокачественной опухоли у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления первый процессор находится на первом вычислительном устройстве, а второй процессор находится на втором вычислительном устройстве. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ дополнительно предусматривает реализацию режима лечения на основе диагностированного типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изображение относится к реализуемому на компьютере способу дифференцирования первичной опухоли от метастатической злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, предусматривающему:
a) получение с помощью первого процессора четвертой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от четвертого злокачественного биологического образца и четвертого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от четвертого злокачественного биологического образца, образуют седьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют восьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, и четвертый злокачественный биологический образец и четвертый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
b) получение с помощью первого процессора пятой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого нормального биологического образца и шестого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого нормального биологического образца, образуют девятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого нормального биологического образца, образуют десятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой нормальные биологические образцы являются различными;
c) получение с помощью первого процессора шестой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого злокачественного биологического образца и шестого злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого злокачественного биологического образца, образуют одиннадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого злокачественного биологического образца, образуют двенадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой злокачественные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью второго процессора второго набора данных по попарным различиям метилирования из четвертой, пятой и шестой пары наборов данных; и
e) анализ второго набора данных по попарным различиям метилирования с помощью описанной выше базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем корреляция между вторым набором данных по попарным различиям метилирования и профилем метилирования CpG в рамках базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли дифференцирует первичную опухоль от метастатической злокачественной опухоли у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к реализуемому на компьютере способу отслеживания прогрессирования злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, предусматривающему:
a) получение с помощью первого процессора четвертой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от четвертого злокачественного биологического образца и четвертого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от четвертого злокачест-
- 11 036566 венного биологического образца, образуют седьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют восьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, и четвертый злокачественный биологический образец и четвертый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
b) получение с помощью первого процессора пятой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого нормального биологического образца и шестого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого нормального биологического образца, образуют девятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого нормального биологического образца, образуют десятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой нормальные биологические образцы являются различными;
c) получение с помощью первого процессора шестой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого злокачественного биологического образца и шестого злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого злокачественного биологического образца, образуют одиннадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого злокачественного биологического образца, образуют двенадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой злокачественные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью второго процессора второго набора данных по попарным различиям метилирования из четвертой, пятой и шестой пары наборов данных; и
e) анализ второго набора данных по попарным различиям метилирования с помощью описанной выше базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем корреляция между вторым набором данных по попарным различиям метилирования и профилем метилирования CpG в рамках базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли определяет, есть ли прогрессирование злокачественной опухоли у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления индивидуумом было получено лечение перед получением первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к реализуемому на компьютере способу определения прогрессирования злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, предусматривающему:
a) получение с помощью первого процессора четвертой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от четвертого злокачественного биологического образца и четвертого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от четвертого злокачественного биологического образца, образуют седьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют восьмой набор данных в рамках четвертой пары наборов данных, и четвертый злокачественный биологический образец и четвертый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
b) получение с помощью первого процессора пятой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого нормального биологического образца и шестого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого нормального биологического образца, образуют девятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого нормального биологического образца, образуют десятый набор данных в рамках пятой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой нормальные биологические образцы являются различными;
c) получение с помощью первого процессора шестой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от пятого злокачественного биологического образца и шестого злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от пятого злокачественного биологического образца, образуют одиннадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от шестого злокачественного биологического образца, образуют двенадцатый набор данных в рамках шестой пары наборов данных, и четвертый, пятый и шестой злокачественные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью второго процессора второго набора данных по попарным различиям метилирования из четвертой, пятой и шестой пары наборов данных; и
e) анализ второго набора данных по попарным различиям метилирования с помощью описанной выше базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем корреляция между вторым набором данных по попарным различиям метилирования и профилем метилирования CpG в рамках базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли определяет прогноз злокачественной опухоли у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления прогноз злокачественной опухоли корре- 12 036566 лирует со стадией злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления прогноз злокачественной опухоли не коррелирует со стадией злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления прогноз злокачественной опухоли указывает на потенциальную возможность ответа на лечение у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к панели зондов, содержащей множество зондов, каждый зонд является зондом с формулой I
Формула I где A является первым связывающим цель участком;
B является вторым связывающим цель участком; и
L является линкерным участком;
где A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 30 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775;
В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 12 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775; L присоединен к A; а B присоединен либо к A, либо к L.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления L присоединен к A, а В присоединен к L. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления множество зондов представляет собой по меньшей мере 10, 20, 30, 50, 100 или более зондов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления множество проб применяют в реакции секвенирования следующего поколения в растворе для создания данных по метилированию CpG. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления реакция секвенирования следующего поколения в растворе представляет собой способ секвенирования с применением капельной цифровой ПЦР. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления каждый зонд коррелирует с сайтом CpG. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления L составляет в длину от 10 до 60, от 15 до 55, от 20 до 50, от 25 до 45 и от 30 до 40 нуклеотидов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления L дополнительно содержит адапторный участок. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления адапторный участок содержит последовательность, применяемую для идентификации каждого зонда.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к машиночитаемому носителю с постоянной записью с сохраненными на нем инструкциями, которые при выполнении процессором осуществляют стадии, предусматривающие:
a) создание данных по метилированию CpG из набора биологических образцов способом секвенирования, причем набор содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец; причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и причем первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
b) получение с помощью первого процессора первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
c) получение с помощью первого вычислительного устройства второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
d) получение с помощью первого вычислительного устройства третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий
- 13 036566 злокачественные биологические образцы являются различными;
е) создание с помощью второго процессора набора данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных; и
f) анализ набора данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных способом машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (1) способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (2) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления стадия e) дополнительно предусматривает (a) вычисление различия между первым набором данных и вторым набором данных в первой паре наборов данных; (b) вычисление различия между третьим набором данных и четвертым набором данных во второй паре наборов данных; и (c) вычисление различия между пятым набором данных и шестым набором данных в третьей паре наборов данных. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления стадия e) дополнительно предусматривает создание набора данных по попарным различиям метилирования с помощью второго процессора из вычисленного различия первой пары наборов данных, вычисленного различия второй пары наборов данных и вычисленного различия третьей пары наборов данных.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает способ полуконтролируемого обучения или способ неконтролируемого обучения. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из следующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления данные по метилированию CpG получают из экстрагированной геномной ДНК, обработанной дезаминирующим средством.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15-18. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 16. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 17. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит приблизительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880,cgl5797834, cg27125093,cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145,cgl1252953, cgl8456621,cg07058988, cgl7864646,cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649,cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634,cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cglOl86131,
- 14 036566 cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292,cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363,cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611,cg24480810, cg02053964,cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537,cg04330884, cg23130731,cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956,cg00015530, cg08632810, cgl2737392,cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669,cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023,cg06488150,cg09450197,cg20336172, cg08858130,cgl2098228,cg26811313, cg25432518,cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351,cg23429794,cg26401541, cg20046343,cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360,cgl4083015,cgl5046123, cg03190513,cg01456691,cgl7207512,cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455,cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008,cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918,cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055,cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из табл. 20. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из cg25922751, cg25432518, cg23612220,cg23130731, cgl3911392,cgll334870, cgll252953,cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272,cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050,cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050,cg01681367, cg01456691, cg00015530, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403,cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044.
- 15 036566
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 биомаркера, выбранных из cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cg25922751 и cgl7126555.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T-клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, опухоль лимфоидной ткани, диффузную B-крупноклеточную лимфому (DLBCL), злокачественную фиброзную гистиоцитомную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, овариальную злокачественную опухоль, овариальную эпителиальную злокачественную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, овариальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы, первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному, тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (ТНСА), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки,
- 16 036566 увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контрольный набор данных включает набор профилей метилирования, причем каждый указанный профиль метилирования создан на основе биологического образца, полученного из известного типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают бесклеточный биологический образец. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец циркулирующей опухолевой ДНК. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец биопсии. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец ткани.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к способу определения наличия злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, предусматривающему: (a) обработку экстрагированной геномной ДНК дезаминирующим средством для получения обработанной геномной ДНК, содержащей дезаминированные нуклеотиды, причем экстрагированная геномная ДНК получена из биологического образца от индивидуума; (b) создание профиля метилирования, содержащего один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 20, из обработанной геномной ДНК; и (c) сравнение профиля метилирования с контролем, причем корреляция между профилем метилирования и контролем определяет наличие злокачественной опухоли у индивидуума.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования дополнительно содержит один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования дополнительно содержит один или несколько биомаркеров, выбранных из
- 17 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474,cg06064964, cgl1779113,cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909,cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230,cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292,cg05287480,cgl6748008, cgl6644023,cg06488150, cg09450197,cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518,cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226,cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl6266227,cgl9675731, cg21461981,cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985,cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 iicg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сравнение дополнительно включает создание набора данных по попарным различиям метилирования, который содержит (i) первое различие между профилем метилирования обработанной геномной ДНК и профилем метилирования первого нормального образца; (ii) второе различие между профилем метилирования второго нормального образца и профилем метилирования третьего нормального образца и (iii) третье различие между профилем метилирования первого образца первичной злокачественной опухоли и профилем метилирования второго образца первичной злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сравнение дополнительно включает анализ набора данных по попарным различиям метилирования с контролем способом машинного обучения для создания профиля метилирования. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сравнение дополнительно включает определение типа злокачественной опухоли у индивидуума. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ машинного обучения предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из сле- 18 036566 дующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления создание дополнительно включает гибридизацию каждого из одного или нескольких биомаркеров с зондом и осуществление реакции секвенирования ДНК для количественного определения метилирования каждого из одного или нескольких биомаркеров. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления реакция секвенирования ДНК представляет собой цифровую ПЦР-реакцию.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контроль включает профили метилирования нормальных образцов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контроль включает профили метилирования образцов злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли представляет собой метастатический тип злокачественной опухоли или рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T-клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, опухоль лимфоидной ткани, диффузную B-крупноклеточную лимфому (DLBCL), злокачественную фиброзную гистиоцитомную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, овариальную злокачественную опухоль, овариальную эпителиальную злокачественную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, овариальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы (CNS), первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокаче- 19 036566 ственную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному, тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки, увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологические образцы включают образец циркулирующей опухолевой ДНК или образец ткани. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологический образец представляет собой образец биопсии. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологический образец представляет собой бесклеточный биологический образец.
Способ выбора терапии для индивидуума со злокачественной опухолью, предусматривающий: (a) идентификацию типа злокачественной опухоли индивидуума в соответствии с описываемым в настоящем документе способом; и, (b) исходя из результатов стадии (a), выбор терапии, подходящей для такого типа злокачественной опухоли.
Способ дифференцирования первичной опухоли от метастатической злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, который предусматривает (a) обработку экстрагированной геномной ДНК дезаминирующим средством для получения обработанной геномной ДНК, содержащей дезаминированные нуклеотиды, причем экстрагированная геномная ДНК получена из биологического образца от индивидуума; (b) создание профиля метилирования, содержащего один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 20, из обработанной геномной ДНК; и (c) сравнение профиля метилирования с контролем, причем корреляция между профилем метилирования и контролем позволяет дифференцировать первичную опухоль от метастатической злокачественной опухоли у индивидуума.
Способ отслеживания прогрессирования злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, который предусматривает (a) обработку экстрагированной геномной ДНК дезаминирующим средством для получения обработанной геномной ДНК, содержащей дезаминированные нуклеотиды, причем экстрагированная геномная ДНК получена из биологического образца от индивидуума; (b) создание профиля метилирования, содержащего один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 20, из обработанной геномной ДНК; и (c) сравнение профиля метилирования со вторым профилем метилирования, причем второй профиль метилирования создан из обработанной геномной ДНК, полученной из второго биологического образца, полученного от индивидуума до получения первого биологического образца, и причем различие между первым профилем метилирования и вторым профиль метилирования указывает на то, спрогрессировала ли у индивидуума злокачественная опухоль.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение также относится к набору, который содержит описанную выше панель зондов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение дополнительно относится к сервису, который включает описанный выше способ.
- 20 036566
Включение посредством ссылок
Все упомянутые в настоящем описании публикации, патенты и патентные заявки включены в настоящее описание посредством ссылки до такой же степени, как если бы каждая отдельная публикация, патент или патентная заявка были специально и индивидуально указаны как включенные посредством ссылки.
Краткое описание чертежей
Изложены новые признаки настоящего изобретения и особенно подробно для прилагаемой формулы изобретения. Более полное понимание признаков и преимуществ настоящего изобретения будет получено с учетом приведенного далее подробного описания, в котором раскрыты иллюстративные варианты осуществления, в которых использованы идеи настоящего изобретения, и прилагаемых чертежей, краткое описание которых приведено далее.
На фиг. 1A и 1B проиллюстрирована общая схема раскрываемых в настоящем документе способа, платформы и системы.
На фиг. 2 проиллюстрирована диаграмма раскрываемой в настоящем документе компьютерной системы.
На фиг. 3 проиллюстрирован выход бесклеточной ДНК из мочи. Бесклеточная ДНК в моче варьировала от 1 до 30 нг на 1 мл мочи, что составляет приблизительно 1/5 от концентрации, наблюдаемой в плазме. Диапазон варьирует среди образцов от различных индивидуумов, а также зависит от других факторов, например, пола, определенных стадий заболевания.
На фиг. 4 проиллюстрировано влияние стабилизирующего буфера для мочи (USB) на выход бесклеточной ДНК из мочи. Образцы мочи хранили при комнатной температуре в течение 14 дней после смешивания с USB-буфером или другим коммерческим электродным буфером. Спустя 14 дней высвобождение геномной ДНК из образцов без буфера давало намного более высокий выход ДНК. Но USB или электродный буфер предотвращали высвобождение клеточной ДНК.
На фиг. 5 проиллюстрирован выход ДНК с применением различных рабочих концентраций USB. Из выхода ДНК в различных соотношениях стабилизирующего буфера для мочи в моче в сравнении с коммерческим электродным буфером или без буфера видно, что USB-буфер работает в диапазоне от 1:10 до 1:50 разведения в моче.
На фиг. 6 проиллюстрировано кратное изменение детектирующего сигнала для эмбриональной ДНК в плазме по сравнению с мочой. Начиная с 4 мл исходного образца плазмы и мочи, сигнал мужской эмбриональной ДНК был детектирован в бесклеточной ДНК с помощью количественной ПЦР в режиме реального времени со специфичным для мужского пола геном SRY. Сигнал приблизительно в 2-8 раз сильнее в плазме, чем в моче с тем же объемом.
На фиг. 7 проиллюстрирован выход бесклеточной ДНК в моче и бронхоальвеолярном секрете от одного пациента со злокачественной опухолью легкого в различные моменты времени. Средняя бесклеточная ДНК в бронхоальвеолярном секрете составляет приблизительно 130 нг/мл, а в моче составляет приблизительно 20 нг/мл.
На фиг. 8 проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования у различных типов злокачественной опухоли.
На фиг. 9A-9C проиллюстрированы профили метилирования, которые используют для дифференцирования различных типов злокачественных опухолей в одном типе тканей с помощью неконтролируемой иерархической кластеризации и теплокарт, ассоциированных с эталонными профилями метилирования у различных типов злокачественных опухолей. Теплокарта, которая проиллюстрирована на фиг. 9A, получена от 511 образцов LGG, 138 GBM и 150 образцов нормальной ткани головного мозга на основании 1409 маркеров. Теплокарта, которая проиллюстрирована на фиг. 9B, получена от 311 образцов LUAD, 359 LUSC и 74 образцов нормальной ткани легкого на основании 926 маркеров. Теплокарта, которая проиллюстрирована на фиг. 9C, получена от 321 образца KIRC, 226 KIRP и 205 образцов нормальной ткани почки на основании 716 маркеров.
На фиг. 10A-10B приведены графики, на которых проиллюстрированы маркеры метилирования, которые используют для прогнозирования общей выживаемости пациентов с различными типами злокачественных опухолей, в том числе: LGG, KIRP, KIRC, LUSC и LUAD, а также стратифицированных в соответствии с опухолевым статусом и опухолевой стадией.
На фиг. 11A-11D проиллюстрировано, что классификация в отношении выживаемости на основании метилирования коррелирует со статусом инициирующей мутации. На фиг. 11A проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования и инициирующей мутацией генов у LGG. На фиг. 11B показана кривая 5-летней выживаемости у пациентов с LGG в зависимости от комбинации значения PCA и мутации IDH. На фиг. 11C проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования и часто мутирующими генами у LGG. На фиг. 11D проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования и часто мутирующими генами у KIRC.
На фиг. 12 проиллюстрирована теплокарта сравнения дифференциальной экспрессии гиперметили- 21 036566 рованных генов либо в злокачественной опухоли молочной железы, либо в злокачественной опухоли печени в сравнении с соответствующей нормальной тканью.
На фиг. 13A-13C проиллюстрированы данные РНК-секвенирования от TCGA в качестве группы обнаружения для вычисления дифференциальной экспрессии гиперметилированных генов либо в злокачественной опухоли молочной железы, либо в злокачественной опухоли печени по сравнению с соответствующей нормальной тканью.
На фиг. 14 показаны графики, на которых проиллюстрировано, что паттерны метилирования коррелируют с профилями экспрессии генов и характеристиками злокачественной опухоли. Экспрессию мРНК дифференциально метилированных генов в злокачественной опухоли молочной железы и злокачественной опухоли печени определяли с помощью qPCR. Экспрессия мРНК в образцах опухолей была нормализована к экспрессии в близлежащей нормальной ткани, полученной от того же пациента. Результаты представлены как средний процент изменения экспрессии нескольких образцов (n=3-7), причем для каждого образца было сделано 3 технических повторности. Все образцы объединяли в пул для статистического анализа с использованием рангового критерия Уилкоксона для определения, изменяется ли генная экспрессия обратно с метилированием, как это было спрогнозировано; p-значение для объединенных в пул образцов было определено как равное 1,21 х10'21.
На фиг. 15A-15J проиллюстрировано влияние сконструированного гена на ингибирование роста линии клеток злокачественной опухоли молочной железы. Сконструированный ген бы трансдуцирован в линии клеток злокачественной опухоли молочной железы. На фиг. 15A и 15F проиллюстрированы соответствующие сайты метилирования CpG. На фиг. 15B и 15G показаны иссеченные и измеренные опухоли после имплантации клеток, которые были трансдуцированы сконструированным геном, или контрольных клеток. На фиг. 15D и 15I показан количественный рост этих опухолей с течением времени. На фиг. 15C, 15E, 15H и 15J показано образование колоний in vitro клетками, которые были трансдуцированы сконструированным геном, в сравнении с контрольными клетками.
На фиг. 16 проиллюстрированы сигнатуры метилирования ДНК, ассоциированные со злокачественной опухолью толстой кишки. Неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с профилем метилирования 435 образцов от TCGA (злокачественная опухоль толстой кишки: 390; нормальная толстая кишка: 45) с панелью из 311 маркеров CpG. Каждый столбец представляет отдельного пациента, а каждый ряд представляет отдельный маркер CpG.
На фиг. 17 проиллюстрированы сигнатуры метилирования ДНК, ассоциированные со злокачественной опухолью толстой кишки, легкого и печени. Неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с профилем метилирования 1108 образцов от TCGA (злокачественная опухоль толстой кишки: 390; нормальная толстая кишка: 45; злокачественная опухоль печени: 238; нормальная печень: 50; злокачественная опухоль легкого: 311; нормальное легкое: 74) на основе 2793 маркеров CpG. Каждый столбец представляет отдельного пациента, а каждый ряд представляет отдельный маркер CpG.
На фиг. 18 проиллюстрированы сигнатуры метилирования ДНК, ассоциированные с первичной и метастатической злокачественной опухолью толстой кишки, злокачественной опухолью печени и злокачественной опухолью легкого в китайской группе. Неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с профилем метилирования 567 образцов первичной опухоли на основе 104 маркеров.
На фиг. 19A-19E проиллюстрированы маркеры метилирования, которые применяют для прогнозирования общей выживаемости пациентов с аденокарциномой толстой кишки (COAD) на кривой КапланаМейера. На фиг. 19A показан коэффициент 5-летней выживаемости, стратифицированный в соответствии с профилями метилирования. Группа со значением PCA>0 (n=127) имеет повышенную вероятность выживания (81,2%), чем у группы (42%) со значением PCA<0 (n=145) (P=0,007). На фиг. 19B показаны коэффициенты 5-летней выживаемости у пациентов с I-II стадией, стратифицированных в соответствии с результатами профилирования метилирования, группа со значением PCA>0 (n=73) имеет повышенную вероятность выживания (100%), чем у группы (51,3%) со значением PCA<0 (n=77) (P=0,007). На фиг. 19C показаны коэффициенты 5-летней выживаемости у пациентов с III-IV стадией, стратифицированных в соответствии с результатами профилирования метилирования, группа со значением PCA>0 (n=49) имеет повышенную вероятность выживания (81,1%), чем у группы (42%) со значением PCA<0 (n=66) (P=0,01). На фиг. 19D показаны коэффициенты 5-летней выживаемости у пациентов со II стадией, стратифицированных в соответствии с результатами профилирования метилирования, группа со значением PCA>0 (n=51) имеет повышенную вероятность выживания (100%), чем у группы (53,4%) со значением PCA<0 (n=58) (P=0,029). На фиг. 19E показаны коэффициенты 5-летней выживаемости у пациентов с III стадией, стратифицированных в соответствии с результатами профилирования метилирования, группа со значением PCA>0 (n=34) имеет повышенную вероятность выживания (94,1%), чем у группы (57,2%) со значением PCA<0 (n=46) (P=0,021).
На фиг. 20A-20F проиллюстрировано, что классификация в отношении выживаемости на основании метилирования коррелировала со статусом инициирующей мутации. На фиг. 20A проиллюстрирована кривая 5-летней выживаемости у пациентов с COAD в зависимости от значения PCA. На фиг. 20B показана кривая 5-летней выживаемости у пациентов с COAD в зависимости от мутации гена. На фиг. 20C
- 22 036566 проиллюстрирована кривая 5-летней выживаемости пациентов с COAD в зависимости от комбинации значения PCA и мутации гена. На фиг. 20D показана неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования и часто мутирующими генами у COAD. На фиг. 20E проиллюстрированы P-значения генов, которые значимо ассоциированы с общей выживаемостью. На фиг. 20F проиллюстрирована ассоциация между статусом мутации и выживаемостью пациентов (P-значения оценивали с помощью логарифмического рангового критерия).
На фиг. 21 проиллюстрированы характеристики группы пациентов.
На фиг. 22 проиллюстрирована экспрессия мРНК дифференциально метилированных генов в злокачественной опухоли толстой кишки, определенная с помощью qPCR. Экспрессия мРНК в образцах опухолей была нормализована к экспрессии в близлежащей нормальной ткани, полученной от того же пациента. Результаты представлены как средний процент изменения экспрессии нескольких образцов (n=3-7), причем для каждого образца было сделано 3 технических повторности. Все образцы объединяли в пул для статистического анализа с использованием рангового критерия Уилкоксона для определения, изменяется ли генная экспрессия обратно с метилированием, как это было спрогнозировано; p-значение для объединенных в пул образцов было определено как равное 1,21х10'21.
На фиг. 23A-23E проиллюстрировано влияние PCDH17 на ингибирование роста линии клеток злокачественной опухоли толстой кишки. PCDH17 был трансдуцирован в клетки HCT116. На фиг. 23A проиллюстрированы профили метилирования CpG. На фиг. 23B показаны иссеченные и измеренные опухоли после имплантации клеток, которые были трансдуцированы сконструированным геном, или контрольных клеток. На фиг. 23C показан количественный рост этих опухолей с течением времени. На фиг. 23D и 23E показано образование колоний in vitro клетками, которые были трансдуцированы сконструированным геном, в сравнении с контрольными клетками.
На фиг. 24 проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с профилем метилирования у AML в сравнении с нормальной кровью.
На фиг. 25 проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования в образцах AML в сравнении с образцами нормальной крови в репликационной группе.
На фиг. 26 проиллюстрирована неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования (в соответствии с показанной цветовой шкалой) в образцах ALL в сравнении с образцами нормальной крови.
На фиг. 27 проиллюстрировано, что с помощью профиля метилирования можно дифференцировать подтип лейкоза. Иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с типами злокачественных опухолей ALL, AML.
На фиг. 28A-28B проиллюстрированы профили маркеров метилирования. На фиг. 28A показаны маркеры метилирования, с помощью которых можно прогнозировать пятилетнюю общую выживаемость пациентов с AML, а на фиг. 28B показаны маркеры метилирования, с помощью которых можно прогнозировать пятилетнюю общую выживаемость пациентов с ALL.
На фиг. 29 проиллюстрированы степени метилирования иллюстративных сайтов CpG (cg06747543, cg15536663, cg22129276 и cg07418387) в образце как ткани злокачественной опухоли толстой кишки, так и ткани нормальной толстой кишки (Farsite).
На фиг. 30 проиллюстрированы степени метилирования пяти иллюстративных сайтов CpG в образце ткани метастатической злокачественной опухоли толстой кишки, эталонном образце первичной злокачественной опухоли толстой кишки и эталонном образце геномной ДНК нормальных лимфоцитов.
На фиг. 31A-31C показаны сигнатуры метилирования от образцов бесклеточной ДНК (cfDNA), полученных из злокачественной опухоли толстой кишки. На фиг. 31A показаны метилированные участки геномной cfDNA, а на фиг. 31B проиллюстрированы неметилированные участки геномной cfDNA. На фиг. 31C проиллюстрированы степени метилирования сайтов CpG cg10673833 от трех пациентов (2043089, 2042981 и 2004651), эталонного образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки и эталонного образца нормальной крови. У пациентов 2043089 и 2042981 - первичная злокачественная опухоль толстой кишки, а у пациента 2004651 - метастатическая злокачественная опухоль толстой кишки.
На фиг. 32A-32C показаны профили метилирования для первичных злокачественных опухолей печени, молочной железы и легкого. На фиг. 32A показана степень метилирования сайта CpG cg00401797 в образце cfDNA злокачественной опухоли печени, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли печени (геномной ДНК) и в эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). На фиг. 32B показана степень метилирования сайта CpG cg07519236 в образце cfDNA злокачественной опухоли молочной железы, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли молочной железы (геномной ДНК) и эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). На фиг. 32C показана степень метилирования сайта CpG cg02877575 в образце cfDNA злокачественной опухоли легкого, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли легкого (геномной ДНК) и эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК).
- 23 036566
На фиг. 33A 33B показаны два различных зонда, которые позволяют дифференцировать первичную злокачественную опухоль толстой кишки от нормального образца. На фиг. 33A показан зонд Cob-2, который нацелен на сайт CpG cg10673833, и профили метилирования из образцов cfDNA от трех пациентов со злокачественной опухолью толстой кишки, образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки (геномной DNA) и эталонного образца нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). У двух из трех пациентов (2043089 и 2042981) - первичная злокачественная опухоль толстой кишки. У оставшегося пациента (2004651) - метастатическая злокачественная опухоль толстой кишки. На фиг. 33B показан зонд Brb-2, который нацелен на сайт CpG cg07974511, и профили метилирования из образцов cfDNA от двух пациентов с первичной злокачественной опухолью толстой кишки (2043089 и 2042981), образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки (геномной DNA) и эталонного образца нормальных лимфоцитов (геномной ДНК).
На фиг. 34A-34D показаны результаты анализа cfDNA от пациентов со злокачественной опухолью молочной железы. Были использованы четыре зонда: Brb-3 (фиг. 34A), Brb-4 (фиг. 34B), Brb-8 (фиг. 34C) и Brb-13 (фиг. 34D). Степень метилирования cfDNA первичной злокачественной опухоли молочной железы сравнивали с образцом нормальной cfDNA, эталонным образцом ткани первичной злокачественной опухоли молочной железы (геномной ДНК) и эталонным образцом нормальных лимфоцитов (геномной ДНК).
На фиг. 35A-35B показана детекция метастатической злокачественной опухоли толстой кишки в образцах тканей от 49 пациентов от двух зондов, cob_3 и brb_13.
На фиг. 36 проиллюстрирован описанный в настоящем документе способ анализа с использованием фильтрации PCA и ICA.
На фиг. 37 показаны клинико-патологические характеристики обучающей группы.
На фиг. 38 показаны клинико-патологические характеристики группы проверки 1.
На фиг. 39 показаны клинико-патологические характеристики группы проверки 2.
На фиг. 40 показаны клинико-патологические характеристики подтипов злокачественных опухолей головного мозга, почки и легкого.
На фиг. 41 показаны сигнатуры метилирования ДНК, ассоциированные с первичной злокачественной опухолью молочной железы, метастазами злокачественной опухоли молочной железы в печень, нормальной молочной железой, злокачественной опухолью печени и нормальными тканями печени в китайской группе. Неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарта, ассоциированные с профилем метилирования 126 образцов опухолей и 75 нормальных образцов на основе 128 маркеров. Цветовая полоска показывает относительное метилирование.
На фиг. 42A-42B проиллюстрировано, что классификация в отношении выживаемости на основании метилирования коррелирует со статусом инициирующей мутации. На фиг. 42A проиллюстрирована кривая 5-летней выживаемости пациентов с LIHC в зависимости от комбинации значения PCA и мутантного статуса гена. На фиг. 42B проиллюстрирована кривая 5-летней выживаемости у пациентов с KIRC в зависимости от комбинации значения PCA и мутантного статуса гена.
На фиг. 43A-43B проиллюстрирована зависимость различных выбранных дифференциально метилированных маркеров CpG от генной экспрессии в BRCA (фиг. 43A) и LIHC (фиг. 43B). Каждая точка на графике рассеяния представляет уровень метилирования обозначенного маркера CpG, нанесенного на график относительно экспрессии соответствующего гена. В первом ряду набора изображений представлены гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, которые коррелируют с пониженной генной экспрессией; во втором ряду набора изображений представлены гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, которые, по-видимому, не оказывали влияния на генную экспрессию; а в третьем ряду набора изображений представлены гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, в которых каждая ассоциированная точка на графике разброса представляет уровень метилирования обозначенного маркера CpG, нанесенного на график относительно экспрессии соответствующего гена. В первом ряду набора изображений показаны гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, которые коррелируют с пониженной генной экспрессией; во втором ряду набора изображений показаны гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, которые, повидимому, не оказывали влияния на генную экспрессию; а в третьем ряду набора изображений показаны гиперметилированные при злокачественной опухоли сайты CpG, в котором они ассоциированы.
На фиг. 44A-44B показаны клинико-патологические характеристики групп TCGA и китайских пациентов.
На фиг. 45 показана связь дифференциально метилированных маркеров с генной экспрессией. Каждая точка на графике рассеяния демонстрировала уровень метилирования обозначенного маркера cg, нанесенного на график относительно экспрессии соответствующего гена. В наборе изображений в первой строке показано, что гиперметилирование коррелировало со сниженной генной экспрессией; в наборе изображений во второй строке показано, что уровни метилирования не коррелировали с уровнями генной экспрессии; в наборе изображений в третьей строке показано, что уровни метилирования не имели никакой взаимосвязи с уровнями генной экспрессии.
- 24 036566
На фиг. 46 проиллюстрированы изменения в профиле метилирования для двух иллюстративных сайтов CpG (сайт 1 CpG и сайт 2 CpG) с помощью двух различных зондов злокачественных опухолей толстой кишки (cob-2 и cob-9).
На фиг. 47 проиллюстрированы изменения в профиле метилирования для зондов злокачественной опухоли толстой кишки cob-2 и cob-9 в образцах от четырех пациентов (пациентов 2045021, 2044629, 2044645 и 2045021) после хирургического вмешательства.
На фиг. 48 проиллюстрированы изменения профиля метилирования для зондов злокачественной опухоли толстой кишки cob-2 и cob-9 в образцах с различной стадией злокачественной опухоли.
На фиг. 49A-49J проиллюстрированы изменения профилей метилирования десяти иллюстративных сайтов CpG для 19 образцов различных типов злокачественной опухоли и нормальной крови. В число типов злокачественной опухоли входят злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиокарцинома (CHOL), злокачественная опухоль толстой кишки, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль головы и шеи, злокачественная опухоль почки, злокачественная опухоль печени, злокачественная опухоль легкого, злокачественная опухоль поджелудочной железы, феохромоцитома и параганглиома (PCPG), злокачественная опухоль предстательной железы, злокачественная опухоль прямой кишки, саркома, злокачественная опухоль кожи, злокачественная опухоль желудка и злокачественная опухоль щитовидной железы.
На фиг. 50A-50N проиллюстрированы изменения профилей метилирования приблизительно 280 сайтов CpG (биомаркеров) для образца злокачественной опухоли молочной железы, злокачественной опухоли толстой кишки, злокачественной опухоли печени, злокачественной опухоли легкого и нормальной крови.
Подробное раскрытие настоящего изобретения
Злокачественная опухоль характеризуется аномальным ростом клетки, вызванным одной или несколькими мутациями или модификациями гена, что приводит к нарушению равновесия пролиферации клеток и гибели клеток. Метилирование ДНК вызывает сайленсинг экспрессии генов-супрессоров опухолей и представляет собой одно из первых неопластических изменений. У паттернов метилирования, обнаруженных в неопластической ткани и плазме, видна однородной, а в некоторых случаях их используют в качестве чувствительного диагностического маркера. Например, в одном исследовании было показано, что анализ cMethDNA приблизительно на 91% чувствителен и приблизительно на 96% специфичен при его применении для диагностики метастатической злокачественной опухоли молочной железы. В другом исследовании циркулирующая опухолевая ДНК (ctDNA) была приблизительно на 87,2% чувствительной и приблизительно на 99,2% специфичной при ее применении для идентификации мутации гена KRAS в большой группе пациентов с метастатической злокачественной опухолью толстой кишки (Bettegowda et al., Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci. Transl. Med, 6(224):ra24. 2014). В том же исследовании было дополнительно продемонстрировано, что ctDNA является детектируемой y >75% пациентов с поздней стадией злокачественных опухолей поджелудочной железы, яичника, толстой и прямой кишок, мочевого пузыря, гастроэзофагеальной злокачественной опухолью, молочной железы, меланомы, гепатоклеточной злокачественной опухолью и злокачественной опухолью головы и шеи (Bettegowda et al.).
Из результатов дополнительных исследований было видно, что паттерн метилирования CpG коррелирует с неопластическим прогрессированием. Например, в одном исследовании паттернов метилирования злокачественной опухоли молочной железы было установлено, что гиперметилирование P16 коррелирует со злокачественной опухолью молочной железы ранней стадии, тогда как гиперметилирование промотора TIMP3 коррелирует со злокачественной опухолью молочной железы поздней стадии. Кроме того, было показано, что гиперметилирование промотора BMP6, CST6 и TIMP3 ассоциировано с метастазами в лимфатические узлы при злокачественной опухоли молочной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профилирование метилирования ДНК обеспечивает более высокую клиническую чувствительность и динамический диапазон по сравнению с анализом соматических мутаций для детекции злокачественной опухоли. В других случаях было показано, что измененная сигнатура метилирования ДНК коррелирует с прогнозом ответа на лечение для некоторых видов злокачественной опухоли. Например, из результатов одного исследования было видно, что в группе пациентов с поздней стадией злокачественной опухоли прямой кишки для создания прогноза пациентов применяли десять дифференциально метилированных участков. Аналогичным образом, в другом исследовании на пациентах со злокачественной опухолью молочной железы применяли измерение метилирования ДНК RASSFIA в сыворотке для прогнозирования неблагоприятного исхода у пациентов, проходящих вспомогательную терапию. Кроме того, в другом исследовании гиперметилирование гена SRBC было ассоциировано с плохим исходом у пациентов со злокачественной опухолью толстой и прямой кишок, которых лечили оксалиплатином. В другом исследовании было продемонстрировано, что метилирование гена ESR1 коррелирует с клиническим ответом у пациентов со злокачественной опухолью молочной железы, получающих тамоксифен. Кроме того, было показано, что гиперметилирование промотора гена ARHI является предиктором долговременной выживаемости у пациентов со злокачест- 25 036566 венной опухолью молочной железы, которых не лечили тамоксифеном.
В некоторых случаях анализы с целью профилирования метилирования ДНК адаптируют к конкретным типам злокачественной опухоли. В некоторых случаях анализ с целью профилирования метилирования ДНК не позволяет отличить различные типы злокачественных опухолей в условиях анализа для различных форм злокачественной опухоли. В дополнительных случаях в условиях низкой концентрации образца (например, в условии концентрации ng) анализы с целью профилирования метилирования ДНК не обладают воспроизводимостью и имеют сниженную чувствительность по сравнению с условиями более высокой концентрации образца.
Настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для определения типа злокачественной опухоли у индивидуума. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение также относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для ранней детекции злокачественной опухоли. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с еще дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для распознания различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для определения прогноза злокачественной опухоли у нуждающегося в том индивидуума, прогнозирования ответа на лечение и отслеживания ответа на лечение. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе, машиночитаемому носителю с постоянной записью, сервисам и наборам для создания базы данных по профилям метилирования CpG и зондам, применяемым для создания данных по метилированию CpG.
Определение статуса злокачественной опухоли у пациента.
Метилирование ДНК представляет собой присоединение метильной группы в C5-положении у нуклеотидного основания цитозин и ^-положении у аденина. Метилирование аденина происходит преимущественно у прокариот, тогда как метилирование цитозина происходит как у прокариот, так и у эукариот. В некоторых случаях метилирование цитозина происходит в мотиве динуклеотидов CpG. В других случаях метилирование цитозина происходит, например, в мотивах CHG и CHH, где H представляет собой аденин, цитозин или тимин. В некоторых случаях один или несколько мотивов динуклеотида CpG или сайтов CpG образуют CpG-островок - короткую последовательность ДНК с богатым содержанием динуклеотида CpG. В некоторых случаях CpG-островок присутствует в 5'-участке приблизительно половины всех генов у человека. CpG-островки обычно, но не всегда, имеют длину от приблизительно 0,2 до приблизительно 1 т.о. Метилирование цитозина дополнительно включает 5-метилцитозин (5-mCyt) и 5гидроксиметилцитозин.
CpG (цитозин-фосфат-гуанин) или мотив CG относится к участкам молекулы ДНК, где цитозиновый нуклеотид встречается непосредственно за гуаниновым нуклеотидом в линейной цепи. В некоторых случаях цитозин в динуклеотиде CpG метилирован с образованием 5-метилцитозина. В некоторых случаях цитозин в динуклеотиде CpG метилирован с образованием 5-гидроксиметилцитозина.
База данных по профилям метилирования CpG.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления множество данных по метилированию CpG создают и интегрируют в базу данных по профилям метилирования CpG. В некоторых случаях базу данных по профилям метилирования CpG используют в качестве эталонной базы данных совместно со способом, системой, машиночитаемым носителем с постоянной записью или набором, которые описаны в настоящем документе. В некоторых случаях база данных по профилям метилирования CpG содержит библиотеку профилей метилирования CpG, в которой каждый профиль метилирования CpG коррелирует с типом злокачественной опухоли (например, злокачественной опухолью молочной железы, злокачественной опухолью толстой и прямой кишок, злокачественной опухолью головного мозга и т.п.). В некоторых случаях каждый указанный профиль метилирования CpG дополнительно коррелирует с подтипом злокачественной опухоли (например, трижды отрицательной злокачественной опухолью молочной железы, аденокарциномой толстой и прямой кишок, астроцитомами и т.п.).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления база данных по профилям метилирования CpG создают, как проиллюстрировано на фиг. 1A. В некоторых случаях геномную ДНК (например, ядерную ДНК или циркулирующую ДНК) выделяют из биологического образца, а затем обрабатывают дезаминирующим средством для получения экстрагированной геномной ДНК (101). В некоторых случаях экстрагированную геномную ДНК (например, экстрагированную ядерную ДНК или экстрагированную циркулирующую ДНК) необязательно обрабатывают одним или несколькими рестрикционными ферментами для получения набора фрагментов ДНК перед проведением анализа секвенирования с целью получения данных по метилированию CpG (102). Данные по метилированию CpG затем вводят в программу машинного обучения/классификации (103) для создания базы данных по профилям метилирова
- 26 036566 ния CpG (105).
В некоторых случаях создают набор биологических образцов, а затем вводят их в программу машинного обучения/классификации (103). В некоторых случаях набор биологических образцов содержит 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30 или более биологических образцов. В некоторых случаях набор биологических образцов содержит 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30 или более нормальных биологических образцов. В некоторых случаях набор биологических образцов содержит 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30 или более злокачественных биологических образцов. В некоторых случаях набор биологических образцов содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец; причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными. В некоторых случаях создают три пары наборов данных, при этом эти три пары наборов данных содержат первую пару наборов данных по метилированию CpG, полученных от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, а первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов; вторую пару наборов данных по метилированию CpG, полученных от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и третью пару наборов данных по метилированию CpG, полученных от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными. В некоторых случаях вычисляют различие в каждой указанной паре наборов данных, а затем эти различия вводят в программу машинного обучения/классификации (103). В некоторых случаях создают набор данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных, а затем анализируют в присутствии контрольного набора данных или обучающего набора данных (104) способом машинного обучения/классификации (103) с целью создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли (105). В некоторых случаях способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя (например, значения t-критерия, значения Р-критерия) и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений. В некоторых случаях база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли (105) содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет некий тип злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для детекции наличия злокачественной опухоли применяют первую панель биомаркеров. В некоторых случаях для определения типа злокачественной опухоли применяют, по меньшей мере, дополнительную панель биомаркеров, например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6 или более панелей биомаркеров. В некоторых случаях для необязательного определения стадии злокачественной опухоли применяют, по меньшей мере, дополнительную панель биомаркеров, например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6 или более панелей биомаркеров, для того, чтобы различить первичный подтип злокачественной опухоли от метастатического подтипа злокачественной опухоли, для отслеживания прогрессирования злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли или для отлеживания режима лечения.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для диагностики типа злкачественной опухоли в качестве эталонной базы данных применяют базу данных по профилям метилирования CpG. В некоторых случаях применение базы данных по профилям метилирования CpG в качестве эталонной базы данных для диагностики злокачественной опухоли имеет общую схему, проиллюстрированную на фиг. 1B. В некоторых случаях геномную ДНК (например, ядерную ДНК или циркулирующую ДНК) выделяют из биологического образца, а затем обрабатывают дезаминирующим средством для получения экстрагированной геномной ДНК (111). В некоторых случаях экстрагированную геномную ДНК (например, экстрагированную ядерную ДНК или экстрагированную циркулирующую ДНК) необязательно обрабатывают одним или несколькими рестрикционными ферментами для получения набора фрагментов ДНК перед проведением анализа секвенирования с целью получения данных по метилированию CpG. Данные по метилированию CpG дополнительно анализируют и компилируют в представляющий интерес
- 27 036566 профиль метилирования CpG (112). Представляющий интерес профиль метилирования CpG необязательно вводят в программу машинного обучения/классификации (114), а затем сравнивают с профилями метилирования CpG в рамках базы данных по профилям метилирования CpG (115). Совпадение между профилем метилирования CpG в базе данных по профилям метилирования CpG и представляющим интерес профилем метилирования CpG указывает на тип злокачественной опухоли.
В некоторых случаях в качестве эталонной базы данных дополнительно применяют базу данных по профилям метилирования CpG для определения первичного подтипа злокачественной опухоли и метастатического подтипа злокачественной опухоли или для отслеживания прогрессирования злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления базу данных по профилям метилирования CpG создают на основании данных по метилированию CpG образца биопсии. В некоторых случаях базу данных по профилям метилирования CpG создают на основании данных по метилированию CpG образца ткани. В некоторых случаях базу данных по профилям метилирования CpG создают на основании данных по метилированию CpG от бесклеточного биологического образца. В некоторых случаях базу данных по профилям метилирования CpG создают на основании данных по метилированию CpG от образца циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA).
Биомаркеры.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления описываемые в настоящем документе биомаркеры (или маркеры) дифференциально метилированы в злокачественной опухоли в сравнении с нормальной тканью. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биомаркер указывает на или представляет собой сигнатуру метилирования, такую как, например, сайт метилирования CpG, статус метилирования, индекс метилирования или профиль метилирования. В некоторых случаях в панели биомаркеров представлена коллекция сигнатур метилирования для создания, к примеру, профиля метилирования, метилирования одного или нескольких генов и т.п. В некоторых случаях биомаркеры используют отдельно или совместно в качестве диагностического инструмента, или в комбинации, или преобразованными в виде панели биомаркеров. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биомаркеры оценивают в одном или нескольких генах, в некоторых случаях дополнительно сравнивают с профилем метилирования одного или нескольких генов, таким как эталонные профили метилирования, что в результате дает характеристику статуса злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение относится к способам, системам, платформе и машиночитаемому носителю с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли на основе профиля метилирования или сигнатуры метилирования одного или нескольких биомаркеров. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления один или несколько биомаркеров используют для детекции злокачественной опухоли на ранних стадиях. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, один или несколько биомаркеров применяют для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с еще одними вариантами осуществления, один или несколько биомаркеров применяют для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, один или несколько биомаркеров применяют для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящее изобретение также относится к способам, системам, платформе и машиночитаемому носителю с постоянной записью для создания базы данных по профилям метилирования CpG. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для создания базы данных по профилям метилирования CpG используют один или несколько биомаркеров.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления описываемый в настоящем документе биомаркер включает такие биомаркеры, которые представлены в табл. 15. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления описываемый в настоящем документе биомаркер включает биомаркер, раскрытый в табл. 15, 16, 17 и/или 18. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17 и/или 18 для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17 и/или 18 для детекции злокачественной опухоли на ранних стадиях. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17 и/или 18 для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17 и/или 18 для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17
- 28 036566 и/или 18 для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочнокишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления описываемый в настоящем документе биомаркер включает:
cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264,cg27377213,cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915,cgl7122157,cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cgO4858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cgO6853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721,cg27023597, cg02782634,cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804,cg05304979,cg27598656, cg03549146,cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496,cg07641284,cg01681367, cg26769927,cg08480068,cg02914427,cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712,cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756, cg03569637, cg02522196,cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129,cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700,cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751,cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472,cgl4999168,cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930,cgl3395086,cg20136100, cgO9153O8O,cg09902130,cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086,cgl3555415,cg22552736, cgl6191087,cgl3925432,cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cgOOO1553O, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584,cgl7984956,cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cgO9335715,cgl2629796, cgl6454130,cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292,cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cgO885813O, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642,
- 29 036566 cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907,cgl3597051,cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513,cg01456691,cgl7207512,cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744,cg07428959,cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 или cg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров:
cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474,cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888,cg26683005, cg24166457,cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cgO4858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988,cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797,cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896,cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754,cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028,cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204,cgl4556909, cg07119472,cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978,
- 30 036566 cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497,cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366,cgl1105292, cg05287480,cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228,cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796,cg24835948,cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374,cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 и cg26017930 для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров:
cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502,cgl2504877,cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897,cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cgO4858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646,cg06153925,cg27410601, cg03297901,cg06853339,cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244,cg04147906,cg23878564,cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146,cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367,cg26769927,cg08480068, cg02914427,cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896,
- 31 036566 cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998,cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476,cgl8158859, cgl9300307,cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045,cg24165921, cgl8215449,cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130,cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962,cg05931497,cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240,cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479,cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701,cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228,cg26811313, cg25432518,cgl6622899, cgl2359001,cg01209642,cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146,cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826,cg04859102,cg01620360, cgl4083015,cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032,cg08052292, cg27366280,cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930
Для детекции злокачественной опухоли на ранних стадиях, неинвазивной детекции злокачественной опухоли, отличия различных стадий злокачественной опухоли, определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров:
- 32 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392,cgl1334870,cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343,cg01903374,cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029,cg22552736, cg21376733,cg20847580, cgl9704755,cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292,cg07428959, cg06153925,cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20) для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров:
cg25922751,cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975,cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731,cgl9252956,cgl8856478,cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292,cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cgO9153O8O, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cgO3891O5O, cg01681367, cg01456691, cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505,cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621,cgl7518965,cgl6748008,cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cgO9335715, cgO885813O, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20) для детекции злокачественной опухоли на ранних стадиях, неинвазивной детекции злокачественной опухоли, отличия различных стадий злокачественной опухоли, определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную
- 33 036566 опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления описываемый в настоящем документе биомаркер включает cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров: cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555 для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описываемых в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение одного или нескольких биомаркеров: cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555 для детекции злокачественной опухоли на ранних стадиях, неинвазивной детекции злокачественной опухоли, отличия различных стадий злокачественной опухоли, определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит один или несколько описанных в настоящем документе биомаркеров. В некоторых случаях панель содержит один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15 или 16. В некоторых случаях панель содержит один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 17 или 18. В некоторых случаях в табл. 15-18 представлены панели маркеров образцов злокачественной опухоли или нормальных образцов. В некоторых случаях в табл. 15 и 16 представлены панели маркеров образцов злокачественной опухоли или нормальных образцов. В некоторых случаях в табл. 17 и 18 представлены панели маркеров образцов злокачественной опухоли или нормальных образцов.
В некоторых случаях панель содержит один или несколько биомаркеров:
- 34 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888,cg26683005,cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129,cg04514998,cg07332880,cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449,cgl6402452, cg21376733,cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731,cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962,cg05931497, cgl3408086,cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956,cg05177060, cg24107852,cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130,cgl2098228,cg26811313,cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744,cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149,cgl4247287,cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035,cg01903374, cg23612220,cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930.
В некоторых случаях панель содержит один или несколько биомаркеров:
- 35 036566 cg25922751,cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975,cg08098128, cg02874908, cg26769927,cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415,cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213,cg24480810, cg24301930,cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530,cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762,cg23021796, cg21122474,cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959,cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит один или несколько биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит два или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит три или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит четыре или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркеры cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель состоит из одного или нескольких биомаркеров cg25574765, cg25490M5, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель состоит из двух или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель состоит из трех или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель состоит из четырех или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель состоит из биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркер cg25574765. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркер cg25490145. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркер cg18384097. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркер cg17126555. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит биомаркер cg25922751. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит один или несколько биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555 и необязательно один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18, и/или биомаркеров cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596,cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457,
- 36 036566 cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555,cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005,cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601,cg03297901,cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427,cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611,cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733,cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709,cgl1436362, cgl3924996, cg07420137,cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080,cg09902130, cg07380416, cg27284288,cgl3912307,cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086,cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284,cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197,cg20336172, cg08858130,cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351,cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691,cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008,cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601,cg05656900,cg08132573, cg24686918,cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016,cg21004490, cg24742520,cg23013029, cgl9704755, cg07589991,cglOO55231 иcg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит один или несколько биомаркеров из табл. 20 и необязательно один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18, и/или биомаркеров
- 37 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953,cgl8456621,cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910,cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733,cgl6509569, cg08075204,cgl4556909,cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795,cgl1791526,cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086,cgl3555415, cg22552736,cgl6191087,cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810,cgl2737392,cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985,cg21031128,cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244,cgl8887230,cg08486903, cg09335715,cgl2629796, cgl6454130,cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343,cg07573366, cgl1105292,cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008,cg27405400, cg09366118,cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573,cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231иcg26017930.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров. В некоторых случаях панель содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, причем биомаркеры выбраны из табл. 1517 и/или 18. В некоторых случаях панель содержит приблизительно 5 или более биомаркеров, включая 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37,
- 38 036566
38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275,
300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров или маркеров, выбранных из любой из табл. 15-17 и/или 18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, причем биомаркеры выбраны из табл. 15-16. В некоторых случаях панель содержит приблизительно 5 или более биомаркеров, включая 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров или маркеров, выбранных из любой из табл. 15-16.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления панель содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, причем биомаркеры выбраны из табл. 17-18. В некоторых случаях панель содержит приблизительно 5 или более биомаркеров, включая 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров или маркеров, выбранных из любой из табл. 17-18.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанном в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл.15, 16, 17 и/или 18, для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 15, 16, 17, и/или 18, для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с еще дополнительными вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17 и/или 18, для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоян
- 39 036566 ной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17 и/или 18, для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17 и/или 18, для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В соответствии с еще дополнительными вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17 и/или 18, для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, в описанных в настоящем документе способе, системе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17 и/или 18, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250 или более биомаркеров
- 40 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583,cgl5139596,cgl6927606, cgl2967050,cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264,cg27377213,cg26680502, cgl2504877,cg21913888,cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897,cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646,cg06153925, cg27410601,cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564,cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146,cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538,cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292,cg00037681, cg05596756,cg03569637, cg02522196,cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129,cg04514998, cg07332880, cgl6061668,cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307,cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045,cg24165921, cgl8215449,cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909,cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526,cg00862408, cgl6260696,cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978,cg25225070,cg20411756, cg24247537,cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272,cg05979232,cg00025044, cg04441857,cg09684112,cg27388962,cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087,cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956,cg05177060, cg24107852,cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023,cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518,cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907,cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870,cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833,cg02233149, cgl4247287,cg23824762, cg01604601,cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731,cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220,cg26315985, cgl8856478, cg23229016,cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930, для определения типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250 или более биомаркеров
- 41 036566 cg20468939,cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050,cg21122474, cg06064964,cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005,cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649,cg27219182, cgl5759721,cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490,cg07644807, cg00558804,cg05304979,cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496,cg07641284,cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696,cg09866569, cg20357538,cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272,cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086,cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956,cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343,cg07573366, cgl1105292,cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351,cg23429794, cg26401541, cg20046343,cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830,cgl9982684, cg22513455,cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008,cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601,cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055,cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930, для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии, для неинвазивной детекции злокачественной опухоли, для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В некоторых случаях в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100 или более биомаркеров
- 42 036566 cg25922751, cg25432518,cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343,cg01903374,cg00907272,cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362,cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810,cg24301930, cg22513455,cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795,cgl5341833,cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669,cg06439655,cg02522196, cg02233149,cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530, cg27410601,cg27366280, cg26683005,cg25666403,cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172,cgl8610205,cgl8456621,cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4 или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555, для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в описанных в настоящем документе способе, системе, платформе или машиночитаемом носителе с постоянной записью предусмотрено применение панели, которая содержит 1, 2, 3, 4 или более биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555, для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии, для неинвазивной детекции злокачественной опухоли, для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления база данных по профилям метилирования CpG содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления база данных по профилям метилирования CpG содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из табл. 17-18. В некоторых случаях база данных по профилям метилирования CpG содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000 или более биомаркеров, выбранных из
- 43 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502,cgl2504877, cg21913888,cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157,cg09844573,cg03087897, cg24706505,cgl7126555,cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965,cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597,cg02782634, cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284,cg01681367,cg26769927, cg08480068,cg02914427,cg03653601,cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756,cg03569637,cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754,cg23147227, cg01657186,cg23764129, cg04514998,cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476,cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353,cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408,cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432,cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796,cgl6454130, cg26433975,cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899,cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691,cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922,cg23021796,cg24835948,cgl0393744, cg07428959,cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032,cg08052292, cg27366280, cg06825448,cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688,cgl8384097,cgl6266227,cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713,cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 иcg26017930.
В некоторых случаях база данных по профилям метилирования CpG содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100 или более биомаркеров, выбранных из
- 44 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908,cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287,cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204,cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502,cg23013029, cg22552736,cg21376733,cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432,cgl2967050,cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068,cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20). В некоторых случаях база данных по профилям метилирования CpG содержит 1, 2, 3, 4 или более биомаркеров, выбранных из cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555.
Профиль метилирования.
Описываемый в настоящем документе профиль метилирования относится к набору данных, представляющему состояния или уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров (или локусов) в молекуле ДНК. В некоторых случаях описываемый в настоящем документе профиль метилирования относится к набору данных, представляющему состояния или уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-17 и/или 18. В некоторых случаях описываемый в настоящем документе профиль метилирования относится к набору данных, представляющему состояния или уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606,cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005,cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555,cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cgO4858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646,cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339,cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427,cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177,cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880,cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611,cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696,cg00220455, cg20826709,cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cgO9153O8O, cg09902130, cg07380416,cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240,cgl4633252, cgl9252956, cgOOO1553O,
- 45 036566 cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715,cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343,cg07573366, cgl1105292,cg05287480, cgl6748008,cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313,cg25432518,cgl6622899, cgl2359001,cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512,cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035,cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 и cg26017930.
В некоторых случаях описываемый в настоящем документе профиль метилирования относится к набору данных, представляющему состояния или уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870, cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145,cgl8384097,cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731,cgl9252956, cgl8856478,cgl6509569,cgl5797834,cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733,cg20847580,cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cgO9153O8O, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cgO3891O5O, cg01681367, cg01456691, cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505,cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621,cgl7518965, cgl6748008,cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cgO9335715, cgO885813O, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925,cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20). В некоторых случаях описываемый в настоящем документе профиль метилирования относится к набору данных, представляющему состояния или уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555. В некоторых случаях данные по метилированию ДНК содержат без ограничения индекс метилирования сайта CpG, плотность метилирования сайтов CpG в участке, распределение сайтов CpG в смежном участке, паттерн или уровень метилирования для одного или нескольких отдельных сайтов CpG в участке, который содержит более одного сайта CpG, отсутствие метилирования CpG и/или метилирование отличного от CpG сайта. В некоторых случаях профиль метилирования содержит набор индексов метилирования сайта CpG, набор показателей плотности метилирования сайтов CpG в участке, набор показателей распределения сайтов CpG в смежном участке, набора показателей паттерна или уровня метилирования одного или нескольких отдельных сайтов CpG в участке, который содержит более одного сайта CpG, набор показателей отсутствия метилирования CpG и/или метилирования отличного от CpG сайта или их комбинацию. В некоторых случаях профиль метилирования в настоящем документе также называют отпечатком метилирования или сигнатурой метилирования. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, приме
- 46 036566 няют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции наличия злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения прогноза злокачественной опухоли, для прогнозирования ответа на лечение и/или для отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, получают из образца ткани. В некоторых случаях сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, получают из образца бесклеточной ДНК (cfDNA). В некоторых случаях сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, получают из образца циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 16, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли. В некоторых случаях профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 17, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции наличия злокачественной опухоли в биологическом образце. В некоторых случаях за ним следует по меньшей мере второй профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18, который применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли и необязательно для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из
- 47 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888,cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965,cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988,cgl7864646,cg06153925,cg27410601, cg03297901,cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797,cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918,cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353,cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975,cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362,cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498,cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015,cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688,cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981,cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985,cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 и cg26017930, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции наличия злокачественной опухоли в биологическом образце. В некоторых случаях за ним следует по меньшей мере второй профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из
- 48 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877,cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093,cgl7518965, cg20695297,cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646,cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449,cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168,cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956,cg05177060, cg24107852, cg25652701,cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001,cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959,cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900,cg08132573, cg24686918,cgO5352688, cgl8384097,cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035,cg01903374, cg23612220, cg26315985,cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930, который применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли и необязательно для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение. В некоторых случаях первый профиль метилирования и/или второй профиль метилирования содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из
- 49 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870, cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343,cg01903374,cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157,cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833,cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964,cg27377213, cg24480810, cg24301930,cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755,cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005,cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691,cg00015530, cg27410601,cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 20, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции наличия злокачественной опухоли в биологическом образце. В некоторых случаях за ним следует по меньшей мере второй профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 20, который применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли и необязательно для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из табл. 20, применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для детекции наличия злокачественной опухоли в биологическом образце. В некоторых случаях за ним следует по меньшей мере второй профиль метилирования, который содержит сведения о состояниях или уровнях метилирования панели биомаркеров, выбранных из
- 50 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964,cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005,cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297,cg04858553, cg09419005,cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934,cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452,cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177,cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196,cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611,cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168,cg09399878, cg02874908,cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962,cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985,cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244,cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343,cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655,cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130,cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 HCg26017930, который применяют с помощью способа, системы, платформы или машиночитаемого носителя с постоянной записью для определения типа злокачественной опухоли и необязательно для отличия различных стадий злокачественной опухоли, для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В некоторых случаях профиль метилирования, который охватывает более 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 95% или более генома, рассматривают в качестве метилома. В некоторых случаях метилом получают на основании панели биомаркеров, выбранных из табл. 15-17 и/или 18. В некоторых случаях способ, система, платформа или машиночитаемый носитель с постоянной записью предусматривает применение описанного в настоящем документе метилома для определения типа злокачественной опухоли. В некоторых случаях способ, система или машиночитаемый носитель с постоянной записью предусматривает приме
- 51 036566 нение описанного в настоящем документе метилома для детекции злокачественной опухоли на ранней стадии. В некоторых случаях способ, система, платформа или машиночитаемый носитель с постоянной записью предусматривает применение описанного в настоящем документе метилома для неинвазивной детекции злокачественной опухоли. В некоторых случаях способ, система или машиночитаемый носитель с постоянной записью предусматривает применение описанного в настоящем документе метилома для отличия различных стадий злокачественной опухоли. В еще одних дополнительных случаях способ, система, платформа или машиночитаемый носитель с постоянной записью предусматривает применение описанного в настоящем документе метилома для определения прогноза злокачественной опухоли, прогнозирования ответа на лечение и/или отслеживания ответа на лечение.
В некоторых случаях статус метилирования или уровень метилирования указывает на наличие, отсутствие и/или количественный показатель метилирования в конкретном нуклеотиде, или нуклеотидах, в части ДНК. В некоторых случаях статус метилирования конкретной последовательности ДНК (например, описанного в настоящем документе биомаркера или участка ДНК) указывает на состояние метилирования каждого основания в последовательности, или может указывать на состояние метилирования подгруппы пар оснований (например, цитозинов или состояния метилирования одной или нескольких конкретных последовательностей распознавания рестрикционным ферментом) в последовательности, или может давать информацию касательно плотности метилирования участка в последовательности без предоставления точной информации о том, где в последовательности происходит метилирование. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления статус/уровни метилирования применяют для дифференцировки между различными подтипами или опухолями в целом. В некоторых случаях конкретные паттерны метилирования ДНК позволяют отличать опухоли с низким и высоким метастатическим потенциалом, что позволяет адаптировать режим лечения.
В некоторых случаях статус метилирования в одном или нескольких сайтах метилирования CpG в последовательность ДНК включают неметилированный, полностью метилированный и/или полуметилированный сайт. В некоторых случаях коллекцию профилей метилирования применяют для создания панели метилирования, например, для представления профилей метилирования для группы индивидуумов или для типа или характеристики опухоли. В некоторых случаях гиперметилирование представляет собой среднее состояние метилирования, соответствующее повышенному наличию 5-mCyt в одном или множестве динуклеотидов CpG в последовательности ДНК тестового образца ДНК относительно количества 5-mCyt, обнаруживаемого в соответствующих динуклеотидах CpG в контрольном образце нормальной ДНК. В некоторых случаях гипометилирование представляет собой среднее состояние метилирования, соответствующее сниженному наличию 5-mCyt в одном или множестве динуклеотидов CpG в последовательности ДНК тестового образца ДНК относительно количества 5-mCyt, обнаруживаемого в соответствующих динуклеотидах CpG в контрольном образце нормальной ДНК.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления индекс метилирования для каждого геномного сайта (например, сайта CpG) относится к части считываний последовательности, свидетельствующих о метилировании в сайте, относительно общего количества считываний, охватывающих этот сайт. В некоторых случаях плотность метилирования в участке представляет собой количество свидетельствующих о метилировании считываний в сайтах в участке, деленное на общее число считываний, охватывающих сайты в этом участке. В некоторых случаях плотность метилирования CpG в участке представляет собой количество считываний, свидетельствующих о метилировании CpG, деленное на общее количество считываний, охватывающих сайты CpG в участке (например, конкретном сайте CpG, сайтах CpG в CpG-островке или большем участке). Например, плотность метилирования для каждого интервала в 100 тыс. оснований в геноме человека определяют из общего количества неконвертированных цитозинов (что соответствует метилированному цитозину) в сайтах CpG как долю всех сайтов CpG, охватываемых считываниями последовательностей, картированных на участке в 100 тыс. оснований. В некоторых случаях этот анализ также выполняют для других размеров интервалов, например, 50 тыс. оснований или 1 млн оснований и т.д. В некоторых случаях участок представляет собой весь геном или хромосому или часть хромосомы (например, хромосомное плечо). В некоторых случаях индекс метилирования сайта CpG совпадает с плотностью метилирования для участка, если участок включает только этот сайт CpG. В некоторых случаях доля метилированных цитозинов относится к количеству сайтов цитозина С, для которых было показано, что они являются метилированными (например, неконвертированными после дезаминирующей обработки, такой как бисульфитная конверсия), относительно общего количества проанализированных остатков цитозина, т.е. в том числе цитозинов вне контекста CpG, в участке. В некоторых случаях индекс метилирования, плотность метилирования и доля метилированных цитозинов являются примерами уровней метилирования.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления определение профиля метилирования предусматривает определение статуса метилирования более чем по меньшей мере приблизительно 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 75, or 100, 150, 200, 250, 300, 400, 500, 750, 1000, 2000, 2500, 3000, 4000, 5000, 7500, 10000, 20000, 25000, 30000, 40000, 50000, 75000, 100000, 200000, 300000, 400000, 500000, 600000 и 700000 CpG из образца ДНК. В соответствии с одним аспектом настоящего варианта осуществления, профиль метилирования получают на основании статуса метилирования от приблизительно 1 до прибли- 52 036566 зительно 500000 сайтов CpG.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профиль метилирования получают из образца биопсии. В некоторых случаях профиль метилирования получают из образца ткани. В некоторых случаях профиль метилирования получают из бесклеточного биологического образца. В некоторых случаях профиль метилирования получают из образца циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA).
Контроль.
Различные описанные в настоящем документе методики предусматривают стадию, которая включает сравнение значения, уровня, признака, характеристики, свойства и т.д. с подходящим контролем, взаимозаменяемо называемым в настоящем документе соответствующим контролем, контрольным образцом или контролем. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контроль представляет собой значение, уровень, признак, характеристику, свойство и т.д., определенные в клетке, ткани, органе или образце, полученном от пациента. В некоторых случаях клетка, ткань, орган или образец являются нормальной клеткой, тканью, органом или образцом. В некоторых случаях клетка, ткань, орган или образец являются злокачественной клеткой, тканью, органом или образцом. Например, биомаркеры по настоящему изобретению анализируют в отношении уровня их метилирования в образце от непораженного индивидуума, или нормального контрольного индивидуума, или непораженного члена семьи субъекта. В соответствии с другим вариантом осуществления, контроль представляет собой значение, уровень, признак, характеристику, свойство и т.д., определенные до начала проведении терапии (например, лечения злокачественной опухоли) на пациенте или посреди терапевтического режима. В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, контроль представляет собой предопределенное значение, уровень, признак, характеристик, свойство и т.д.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления контроль представляет собой профиль метилирования одного или нескольких биомаркеров по настоящему изобретению, который коррелирует с одним типом злокачественной опухоли, с которым сравнивают образец пациента. В некоторых случаях контроль представляет собой профиль метилирования одного или нескольких биомаркеров из табл. 15-18 и/или 20. В некоторых случаях контроль представляет собой профиль метилирования одного или нескольких биомаркеров cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606,cgl2967050, cg21122474,cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888,cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553,cg09419005,
- 53 036566 cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988,cgl7864646,cg06153925,cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597,cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918,cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862,cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896,cg07116712,cgl0186131,cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756,cg03569637,cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353,cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472,cgl4999168, cg09399878,cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408,cgl6260696,cg00220455,cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884,cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252,cgl9252956, cgOOO1553O, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337,cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642,cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580,cg03431741, cg07417146,cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015,cgl5046123,cg03190513, cg01456691,cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448,cg25451702,cg08098128,cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762,cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478,cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 и cg26017930.
В некоторых случаях контроль представляет собой профиль метилирования одного или нескольких биомаркеров cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555.
В некоторых случаях контроль представляет собой положительный контроль, например, профиль метилирования, полученный из образца злокачественной опухоли, или представляет собой отрицательный контроль, например, профиль метилирования, полученный из нормального образца. В некоторых случаях контроль также называют обучающим набором или обучающим набором данных.
Способы детекции.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления используют ряд способов для измерения, детектирования, определения, идентификации и характеристики статуса/уровня метилирования биомаркера (т.е. участка/фрагмента ДНК или участка/фрагмента геномной ДНК (например, содержащего CpGостровки участка/фрагмента)) в ходе развития заболевания или состояния (например, злокачественной опухоли) и, таким образом, диагностики начала, наличия или статуса заболевания или состояния.
В некоторых случаях профиль метилирования создан на основе биологического образца, взятого у индивидуума. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологический образец представляет собой образец биопсии. В некоторых случаях биологический образец представляет собой образец ткани. В других случаях биологический образец представляет собой бесклеточный биологический
- 54 036566 образец. В других случаях биологический образец представляет собой образец циркулирующей опухолевой ДНК. В соответствии с одним вариантом осуществления, биологический образец представляет собой бесклеточный биологический образец, содержащий циркулирующую опухолевую ДНК.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биомаркер (также называемый в настоящем документе маркером) получают из образца ткани. В некоторых случаях ткань соответствует любой клетке(клеткам). Различные типы ткани соответствуют различным типам клеток (например, ткани печени, легкого, крови, соединительной ткани и т.п.), а также здоровым клеткам относительно опухолевых клеток, или опухолевым клеткам на разных стадиях неоплазии, или покинувшим место первичной локализации злокачественным опухолевым клеткам. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления образец ткани дополнительно охватывает клинический образец, а также включает клетки в культуре, клеточные супернатанты, органы и т.п. Образцы также содержат свежезамороженные и/или зафиксированные в формалине, залитые парафином тканевые блоки, такие как блоки, приготовленные из клинических или патологических образцов биопсии, подготовленные для патологического анализа или исследования с помощью иммуногистохимии.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биомаркер получают из жидкого образца. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления жидкий образец включает кровь и другие жидкие образцы биологического происхождения (включая без ограничения периферическую кровь, сыворотку, плазму, асцит, мочу, спинномозговую жидкость (CSF), мокроту, слюну, костный мозг, синовиальную жидкость, внутриглазную жидкость, амниотическую жидкость, серу, грудное молоко, бронхоальвеолярную лаважную жидкость, сперму, сок предстательной железы, Куперову жидкость или предэякулят, женский эякулят, пот, слезы, жидкость кисты, плевральную и перитонеальную жидкость, перикардиальную жидкость, асцит, лимфу, химус, хилус, желчь, интерстициальную жидкость, менструальные выделения, гной, кожное сало, рвоту, вагинальные выделения/промывку, синовиальную жидкость, секрецию слизистой оболочки, воду из стула, сок поджелудочной железы, лаважные жидкости из полостей синуса, бронхолегочные аспираты, жидкость сегментационной полости или пуповинную кровь. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биологическая жидкость представляет собой кровь, производное крови или фракцию крови, например, сыворотку или плазму. В соответствии с конкретным вариантом осуществления, образец включает образец крови. В соответствии с другим вариантом осуществления, применяют образец сыворотки. В соответствии с другим вариантом осуществления, образец включает мочу. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления жидкий образец также охватывает образец, который каким-либо образом был обработан после его получения, например, путем центрифугирования, фильтрации, осаждения, диализа, хроматографии, обработки реагентами, был промыт или обогащен в отношении определенных клеточных популяций.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления биомаркер является метилированным или неметилированным в нормальном образце (например, нормальной или контрольной ткани без заболевания или нормальной или контрольной жидкости организма, стуле, крови, сыворотке, амниотической жидкости), что наиболее важно, в здоровом стуле, крови, сыворотке, амниотической жидкости или другой жидкости организма. В соответствии с другими вариантами осуществления, биомаркер является гипометилированным или гиперметилированным в образце от пациента, у которого есть злокачественная опухоль или присутствует риск ее развития; например, с уменьшенной или увеличенной (соответственно) частотой метилирования по меньшей мере приблизительно на 50%, по меньшей мере приблизительно на 60%, по меньшей мере приблизительно на 70%, по меньшей мере приблизительно на 75%, по меньшей мере приблизительно на 80%, по меньшей мере приблизительно на 85%, по меньшей мере приблизительно на 90%, по меньшей мере приблизительно на 95% или приблизительно на 100% по сравнению с нормальным образцом. В соответствии с одним вариантом осуществления, образец также является гипометилированным или гиперметилированным по сравнению с ранее полученными результатами анализа образца от того же пациента, у которого есть злокачественная опухоль или присутствует риск ее развития, в частности для сравнения прогрессирования заболевания.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления метилом содержит набор биомаркеров, такой как описанный выше биомаркер. В некоторых случаях метилом, который соответствует метилому опухоли организма (например, человека), классифицируют как опухолевый метилом. В некоторых случаях опухолевый метилом определяют с применением опухолевой ткани или бесклеточной (или безбелковой) опухолевой ДНК в биологическом образце. В число других примеров представляющих интерес метиломов входят метиломы органов, которые способствуют попаданию ДНК в жидкость организма (например, метиломы ткани, например, головного мозга, молочной железы, легкого, предстательной железы и почек, плазмы и т.д.).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления метилом плазмы представляет собой метилом, определенный из плазмы или сыворотки животного (например, человека). В некоторых случаях метилом плазмы является примером бесклеточного или безбелкового метилома, поскольку плазма и сыворотка включают бесклеточную ДНК. Метилом плазмы также является примером смешанного метилома, поскольку он является смесью из опухолевого и других представляющих интерес метиломов. В некоторых случаях метилом мочи определяют из образца мочи субъекта. В некоторых случаях клеточный
- 55 036566 метилом соответствует метилому, определенному из клеток (например, клеток ткани из органа, такого как головной мозг, легкое, молочная железа и т.п.) пациента. Метилом гемоцитов называется метиломом гемоцитов (или метиломом крови).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления ДНК (например, геномную ДНК, такую как экстрагированная геномная ДНК или обработанная геномная ДНК) выделяют любыми стандартами в настоящей области техники способами, включая применение коммерчески доступных наборов. Вкратце, если представляющая интерес ДНК инкапсулирована клеточной мембраной, биологический образец должен быть разрушен и лизирован ферментативными, химическими или механическими способами. В некоторых случаях раствор ДНК затем очищают от белков и других примесей, например, путем расщепления протеиназой К. Затем извлекают ДНК из раствора. В таких случаях это осуществляют с помощью различных способов, включая высаливание, органическую экстракцию или связывание ДНК с твердофазной подложкой. В некоторых случаях на выбор способа влияют несколько факторов, включая время, расход и необходимое количество ДНК.
Если образец ДНК не заключен в мембрану (например, циркулирующая ДНК из бесклеточного образца, такого как кровь или моча), необязательно используют стандартные в настоящей области техники способы выделения и/или очистки ДНК (см., например, Bettegowda et al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci. Transl. Med, 6(224): ra24. 2014). Такие способы предусматривают применение разрушающего белок реагента, например, хаотропной соли, например, гидрохлорида гуанидина или мочевины; или детергента, например, додецилсульфата натрия (SDS), бромистого цианогена. Альтернативные способы предусматривают без ограничения осаждение этанолом или осаждение пропанолом, вакуумное концентрирование, в частности, с помощью центрифуги. В некоторых случаях специалист в настоящей области техники также применяет устройства, такие как фильтрующие устройства, например, ультрафильтрацию, кремнеземные поверхности или мембраны, магнитные частицы, полистироловые частицы, полистироловые поверхности, положительно заряженные поверхности и положительно заряженные мембраны, заряженные мембраны, заряженные поверхности, заряженные переключаемые мембраны, заряженные переключаемые поверхности.
В некоторых случаях после экстрагирования нуклеиновых кислот осуществляют анализ метилирования любыми известными в настоящей области способами. Из уровня техники известен ряд процедур для анализа метилирования, и их можно применять для осуществления на практике настоящего изобретения. Эти анализы позволяют проводить определение состояния метилирования одного или множества сайтов CpG в образце ткани. Кроме того, эти способы можно применять для абсолютной или относительной количественной оценки метилированных нуклеиновых кислот. Такие анализы метилирования включают, помимо прочих методов, две основные стадии. Первой стадией является специфическая к участкам метилирования реакция или разделение, например, (i) обработка бисульфитом, (ii) специфическое к участкам метилирования связывание или (iii) специфические к участкам метилирования рестрикционные ферменты. Вторая основная стадия предусматривает (i) амплификацию и детекцию или (ii) прямую детекцию рядом способов, такими как (a) ПЦР (специфичная к последовательности амплификация), такая как Taqman(R), (b) секвенирование ДНК не обработанной и обработанной бисульфитом ДНК, (c) секвенирование лигированием модифицированных красителем зондов (в том числе циклическое лигирование и отщепление), (d) пиросеквенирование, (e) одномолекулярное секвенирование, (f) массспектроскопия или (g) саузерн-блоттинг.
Кроме того, можно применять расщепление рестрикционными ферментами ПЦР-продуктов, амплифицированных с подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК, например, способом, описанным в работе Sadri и Hornsby (1996, Nucl. Acids Res. 24:5058-5059), или COBRA (комбинированным бисульфитным рестрикционным анализом) (Xiong and Laird, 1997, Nucleic Acids Res. 25:2532- 2534). Анализ COBRA представляет собой количественный анализ метилирования, пригодный для определения уровней метилирования ДНК в конкретных генных локусах в небольших количествах геномной ДНК. Вкратце, расщепление рестрикционными ферментами применяют для выявления зависимых от метилирования различий в ПЦР-продуктах обработанной бисульфитом натрия ДНК. Зависимые от метилирование различия последовательностей сначала вводят в геномную ДНК путем стандартной обработки бисульфитом в соответствии с процедурой, описанной в работе Frommer и соавт. (Frommer et al., 1992, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 89, 1827-1831). Затем проводят ПЦР-амплификацию подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК с применением праймеров, специфических к представляющим интерес сайтам CpG, с последующим расщеплением рестрикционным эндонуклеазам, гель-электрофорезом и детектированием с применением специфических меченых зондов гибридизации. Уровни метилирования в исходном образце ДНК представлены относительными количествами расщепленного и нерасщепленного ПЦР-продукта в линейноколичественной зависимости по широкому спектру уровней метилирования ДНК. Кроме того, эту методику можно надежно применять в отношении ДНК, полученной из микрообразцов, иссеченных из запечатанных в парафин образцов ткани. Типичные реагенты (например, которые можно найти в типичном наборе на основе COBRA) для анализа COBRA могут включать без ограничения: ПЦР-праймеры для конкретного гена (или измененной в результате метилирования последовательности ДНК или CpGостровка); рестрикционный фермент и соответствующий буфер; олигонуклеотиды гибридизации с гена- 56 036566 ми; олигонуклеотиды контрольной гибридизации; набор для мечения киназами для олигонуклеотидного зонда; и радиоактивные нуклеотиды. Кроме того, реагенты для бисульфитной конверсии могут включать: буфер для денатурации ДНК; буфер для сульфонирования; реагенты или наборы для выделения
ДНК (например, осаждением, ультрафильтрацией, на аффинной колонке); буфер для десульфонирования; и компоненты для выделения ДНК.
В соответствии с одним вариантом осуществления, профиль метилирования выбранных сайтов CpG определяют с помощью специфичной к участкам метилирования ПЦР (MSP). MSP позволяет производить оценку статуса метилирования практически любой группы сайтов CpG в CpG-островке, независимо от применения чувствительных к метилированию рестрикционных ферментов (Herman et al., 1996, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 93, 9821-9826; патенты США № 5786146, № 6017704, № 6200756, № 6265171 (Herman и Baylin); патентная публикация США № 2010/0144836 (Van Engeland и соавт.), содержание которых, таким образом, включено посредством ссылки в их полном объеме). Вкратце, ДНК модифицируют дезаминирующим средством, таким как бисульфит натрия, для конверсии неметилированных, но не метилированных цитозинов, в урацил, а затем амплифицируют с помощью праймеров, специфичных к метилированной, но не к неметилированной ДНК. Типичные реагенты (например, которые можно найти в типичном наборе на основе MSP) для анализа MSP могут включать без ограничения метилированные и неметилированные ПЦР-праймеры для конкретного гена (или измененной в результате метилирования последовательности ДНК или CpG-островка), оптимизированные для ПЦР буферы и дезоксинуклеотиды и специфические зонды. Тест ColoSure™ представляет собой коммерчески доступный тест на злокачественную опухоль толстой кишки на основе технологии MSP и для измерения метилирования гена виментина (Itzkowitz et al., 2007, Clin Gastroenterol. Hepatol. 5(1), 111-117). Альтернативно можно применять количественную мультиплексированную специфическую к участкам метилирования ПЦР (QM-PCR), которая описана в работе Fackler и соавт. Fackler et al., 2004, Cancer Res. 64(13) 4442-4452; или Fackler et al., 2006, Clin. Cancer Res. 12(11 Pt 1) 3306-3310.
В соответствии с одним вариантом осуществления, профиль метилирования выбранных сайтов CpG определяют с помощью способов MethyLight и/или Heavy Methyl. Анализы MethyLight и Heavy Methyl представляют собой высокотехнологичный количественный анализ метилирования, в котором используют технологию флуоресцентной ПЦР (Taq Man(R)) в режиме реального времени, которая не требует дальнейших манипуляций после стадии ПЦР (Eads, C.A. et al., 2000, Nucleic Acid Res. 28, e 32; Cottrell et al., 2007, J. Urology 177, 1753, патент США № 6331393 (Laird et al.), содержание которых, таким образом, включено посредством ссылки в их полном объеме). Вкратце, способ MethyLight начинают со смешанного образца геномной ДНК, которую конвертируют в реакции с бисульфитом натрия в смешанный пул зависимых от метилирования различий в соответствии со стандартными процедурами (с помощью бисульфитного способа конвертируют неметилированные остатки цитозина в урацил). Затем проводят флуоресцентную ПЦР либо в несмещенной (с праймерами, которые не перекрывают известные сайты метилирования CpG), либо в смещенной (с ПЦР-праймерами, которые перекрывают известные динуклеотиды CpG) реакции. В некоторых случаях распознание последовательности происходит либо на уровне процесса амплификации, либо на уровне процесса флуоресцентного детектирования, либо в обоих случаях. В некоторых случаях анализ MethyLight применяют в качестве количественного теста на паттерны метилирования в образце геномной ДНК, причем распознание последовательности происходит на уровне гибридизации зонда. В этом количественном варианте реакция ПЦР обеспечивает несмещенную амплификацию в присутствии флуоресцентного зонда, который перекрывает конкретный предполагаемый сайт метилирования. Несмещенный контроль количества входящей ДНК обеспечивают с помощью реакции, в которой ни праймеры, ни зонд не перекрывают какие-либо динуклеотиды CpG. Альтернативно, качественный тест в отношении геномного метилирования осуществляют путем зондирования пула смещенных ПЦР-продуктов с применением либо контрольных олигонуклеотидов, которые не охватывают известные сайты метилирования (флуоресцентный вариант методики MSP), либо олигонуклеотидов, охватывающих потенциальные сайты метилирования. В число типичных реагентов (например, которые можно найти в типичном наборе на основе MethyLight) для анализа MethyLight могут входить без ограничения: ПЦР-праймеры для конкретного гена (или измененной метилированием последовательности ДНК или CpG-островка); зонды TaqMan(R); оптимизированные для ПЦР буферы и дезоксинуклеотиды; и Taq-полимераза. Технологию MethyLight применяют для коммерчески доступных тестов на злокачественную опухоль легкого (набор для анализа epi proLung BL Reflex Assay); злокачественную опухоль толстой кишки (набор для анализа epi proColon и набор для анализа mSEPT9) (Epigenomics, Берлин, Германия), PCT публикация № WO 2003/064701 (Schweikhardt и Sledziewski), содержание которой, таким образом, включено посредством ссылки в полном ее объеме.
Количественный MethyLight предусматривает применения бисульфита для конвертации геномной ДНК, а метилированные сайты амплифицируют с помощью ПЦР с независимыми от метилирования праймерами. Детекторные зонды, специфичные к метилированным и неметилированным сайтам, с двумя различными флуорофорами обеспечивают одновременное количественное измерение метилирования. Методику Heavy Methyl начинают с бисульфатной конверсии ДНК. Затем при помощи специфических блокаторов предотвращают амплификацию неметилированной ДНК. Метилированная геномная ДНК не
- 57 036566 связывается с блокаторами, и ее последовательности будут амплифицироваться. Амплифицированные последовательности детектируют с помощью специфичного к участкам метилирования зонда. (Cottrell et al., 2004, Nuc. Acids Res. 32:e10, содержание которой, таким образом, включено в настоящий документ посредством ссылки в полном ее объеме).
Методика Ms-SNuPE представляет собой количественный способ оценки различий метилирования в конкретных сайтах CpG на основе обработки бисульфитом ДНК с последующей однонуклеотидной достройкой праймера (Gonzalgo and Jones, 1997, Nucleic Acids Res. 25, 2529-2531). Вкратце, геномную ДНК вводят в реакцию с бисульфитом натрия для конвертации неметилированного цитозина в урацил, при этом оставляя 5-метилцитозин неизмененным. Затем проводят амплификацию необходимой целевой последовательности с использованием ПЦР-праймеров, специфичных к подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК, и полученный продукт выделяют и применяют в качестве матрицы для анализа метилирования в представляющем интерес сайте(сайтах) CpG. В некоторых случаях анализируют небольшие количества ДНК (например, микрообразцы, иссеченные из срезов патологии), и такой способ позволяет избежать использования рестрикционных ферментов для определения статуса метилирования в сайтах CpG. В число типичных реагентов (например, которые можно найти в типичном наборе на основе MsSNuPE) для анализа Ms-SNuPE входят без ограничения: ПЦР-праймеры для конкретного гена (или измененной в результате метилирования последовательности ДНК или CpG-островка); оптимизированные для ПЦР буферы и дезоксинуклеотиды; набор для экстракции из геля; праймеры положительного контроля; Ms-SNuPE-праймеры для конкретного гена; реакционный буфер (для реакции Ms-SNuPE); и радиоактивные нуклеотиды. Кроме того, реагенты для бисульфитной конверсии могут включать: буфер для денатурации ДНК; буфер для сульфонирования; реагенты или набор для выделения ДНК (например, осаждением, ультрафильтрацией, на аффинной колонке); буфер для десульфонирования; и компоненты для выделения ДНК.
В соответствии с другим вариантом осуществления, статус метилирования выбранных сайтов CpG определяют с помощью способов детекции метилирования на основе дифференциального связывания. Что касается идентификации дифференциально метилированных участков, один подход заключается в захвате метилированной ДНК. Этот подход предусматривает применение белка, в котором метилсвязывающий домен MBD2 гибридизирован с Fc-фрагментом антитела (MBD-FC) (Gebhard et al., 2006, Cancer Res. 66:6118-6128; и PCT публикация № WO 2006/056480 A2 (Relhi), содержание которых, таким образом, включено посредством ссылки в их полном объеме). Такой гибридный белок обладает несколькими преимуществами относительно традиционных, специфичных к участкам метилирования антител. MBD FC имеет более высокое сродство к метилированной ДНК и связывает двухцепочечную ДНК. Самое главное, что эти два белка отличаются тем, как они связывают ДНК. Специфические к участкам метилирования антитела связывают ДНК стохастически, а это означает, что можно получить только бинарный ответ. Метилсвязывающий домен MBD-FC, с другой стороны, связывает молекулы ДНК независимо от статуса их метилирования. Прочность такого взаимодействия между белком и ДНК определяется уровнем метилирования ДНК. После связывания геномной ДНК можно применять растворы элюата с увеличивающимися концентрациями солей для фракционирования неметилированной и метилированной ДНК, что позволяет производить более контролируемое разделение (Gebhard et al., 2006, Nucleic Acids Res. 34: e82). Следовательно, с помощью этого способа, называемого метил-CpG-иммунопреципитацией (MCIP), не только обогащают, но и фракционируют геномную ДНК в соответствии с уровнем метилирования, что особенно полезно, если также необходимо исследовать фракцию неметилированной ДНК.
В соответствии с альтернативным вариантом осуществления, антитело к 5-метилцитидину связывает и осаждает метилированную ДНК. Антитела доступны от Abeam (Кембридж, Массачусетс), Diagenode (Спарта, Нью-Джерси) или Eurogentec (к/о AnaSpec, Фримонт, Калифорния). После отделения метилированных фрагментов их можно секвенировать с использованием методик на основе микрочипов, таких как анализ с выделением метилированных CpG-островков (MIRA) или иммунопреципитация метилированной ДНК (MeDIP) (Pelizzola et al., 2008, Genome Res. 18, 1652-1659; O'Geen et al., 2006, BioTechniques 41(5), 577-580, Weber et al., 2005, Nat. Genet. 37, 853-862; Horak and Snyder, 2002, Methods Enzymol, 350, 469-83; Lieb, 2003, Methods Mol Biol, 224, 99-109). Другая методика предусматривает связывание на колонке с доменами, связывающимися с метил-CpG/разделение частично расплавленных молекул (MBD/SPM, Shiraishi et al., 1999, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96(6):2913-2918).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способы детекции метилирования предусматривают случайное гидродинамическое фрагментирование или случайное фрагментирование геномной ДНК, разрезание ДНК с помощью зависимого от метилирования или чувствительного к метилированию рестрикционного фермента и последующую селективную идентификацию и/или анализ разрезанной или неразрезанной ДНК. Селективная идентификация может включать, например, разделение разрезанной и неразрезанной ДНК (например, по размеру) и количественную оценку представляющей интерес последовательности, которая была разрезана или, альтернативно, не была разрезана. См., например, патент США № 7186512. Альтернативно, способ может предусматривать амплификацию интактной ДНК после расщепления рестрикционным ферментом, тем самым обеспечивая только амплификацию ДНК, которая не была расщеплена рестрикционным ферментом в амплифицируемой области. См., например,
- 58 036566 патенты США № 7910296, № 7901880 и № 7459274. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления амплификацию можно выполнять с применением праймеров, которые являются геноспецифическими.
Например, существуют метилчувствительные ферменты, которые преимущественно или в основном производят отщепление или расщепление в участке с распознаваемой последовательностью ДНК, если он является неметилированным. Таким образом, образец неметилированной ДНК разрезается на более мелкие фрагменты, чем образец метилированной ДНК. Аналогичным образом, образец гиперметилированной ДНК не расщепляется. И наоборот, существуют метилчувствительные ферменты, которые производят отщепление в участке с распознаваемой последовательностью ДНК, только если он метилирован. В число метилчувствительных ферментов, которые расщепляют неметилированную ДНК, пригодных для использования согласно способам этой технологии, входят без исключения Hpall, Hhal, Maell, BstUI и Acil. В некоторых случаях применяемым ферментом является Hpall, который разрезает только неметилированную последовательность CCGG. В других случаях другим применяемым ферментом является Hhal, который разрезает только неметилированную последовательность GCGC. Оба фермента доступны от New England BioLabs(R), Inc. Также применяют комбинации из двух или более метилчувствительных ферментов, которые расщепляют только неметилированную ДНК. В число подходящих ферментов, которые расщепляют только метилированную ДНК, входят без ограничения Dpnl, который разрезает только полностью метилированные последовательности 5'-GATC, и McrBC, эндонуклеаза, которая разрезает ДНК, содержащую модифицированные цитозины (5-метилцитозин, или 5гидроксиметилцитозин, или Ш-метилцитозин) и разрезает в сайте распознавания 5'... PumC(N4o-3ooo) PumC... 3' (New England BioLabs, Inc., Беверли, Массачусетс). Специалистам в настоящей области техники хорошо известны способы и процедуры расщепления для выбранных рестрикционных ферментов для разрезания ДНК в конкретных сайтах. Например, многие поставщики рестрикционных ферментов предоставляют информацию об условиях и типах последовательностей ДНК, разрезаемых конкретными рестрикционными ферментами, в том числе New England BioLabs, Pro-Mega Biochems, BoehringerMannheim и другие. В работе Sambrook и соавт. (см. Sambrook et al. Molecular Biology: A Laboratory Approach, Cold Spring Harbor, N.Y. 1989) приведено общее описание способов применения рестрикционных ферментов и других ферментов.
В некоторых случаях зависимый от метилирования рестрикционный фермент представляет собой рестрикционный фермент, который производит отщепление или расщепление ДНК в или близко к метилированной последовательности распознания, но не производит отщепления ДНК в или вблизи той же последовательности, если эта последовательность распознания не является метилированной. В число зависимых от метилирования рестрикционных ферментов входят такие, которые производят разрезание в метилированной последовательности распознания (например, Dpnl), и ферменты, которые производят разрезания возле, но не в последовательности распознания (например, McrBC). Например, последовательностью распознания для McrBC является 5' RmC (N40-3000) RmC 3', где R представляет собой пурин, а mC представляет собой метилированный цитозин, в то время как N40-3000 указывает на расстояние между двумя полусайтами RmC для каждого наблюдаемого события рестрикции. McrBC обычно производит разрезание вблизи одного полусайта или другого, но положения отщепления обычно распределены на протяжении нескольких пар оснований, примерно на расстоянии 30 пар оснований от метилированного основания. Иногда McrBC производит разрезание на 3' от обоих полусайтов, иногда на 5' от обоих полусайтов, а иногда между этими двумя сайтами. В число иллюстративных зависимых от метилирования рестрикционных ферментов входят, например, McrBC, McrA, MrrA, Bisl, Glal и Dpnl. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что любой зависимый от метилирования рестрикционный фермент, включая гомологи и ортологи описываемых в настоящем документе рестрикционных ферментов, также подходит для применения в настоящем изобретении.
В некоторых случаях чувствительный к метилированию рестрикционный фермент представляет собой рестрикционный фермент, который производит отщепление ДНК в или близко к неметилированной последовательности распознания, но не производит отщепления в или близко к той же последовательности, если эта последовательность распознания является метилированной. Иллюстративные чувствительные к метилированию рестрикционные ферменты описаны, например, в работе McClelland et al., 22(17) NUCLEIC ACIDS RES. 3640-59 (1994). В число подходящих чувствительных к метилированию рестрикционных ферментов, которые не отщепляют ДНК в или вблизи их последовательности распознания, если цитозин в последовательности распознания является метилированным в положении C5, входят, например, Aat II, Aci I, Acd I, Age I, Alu I, Asc I, Ase I, AsiS I, Bbe I, BsaA I, BsaH I, BsiE I, BsiW I, BsrF I, BssH II, BssK I, BstB I, BstN I, BstU I, Cla I, Eae I, Eag I, Fau I, Fse I, Hha I, HinPl I, HinC II, Hpa II, Hpy99 I, HpyCH4 IV, Kas I, Mbo I, Mlu I, MapAl I, Msp I, Nae I, Nar I, Not I, Pml I, Pst I, Pvu I, Rsr II, Sac II, Sap I, Sau3 A I, Sfl I, Sfo I, SgrA I, Sma I, SnaB I, Tsc I, Xma I и Zra I. В число подходящих чувствительных к метилированию рестрикционных ферментов, которые не отщепляют ДНК в или вблизи их последовательности распознания, если аденозин в последовательности распознания является метилированным в положении N6, входят, например, Mbo I. Специалисту в настоящей области техники будет понятно, что любой чувствительный к метилированию рестрикционный фермент, включая гомологи и ортологи опи- 59 036566 сываемых в настоящем документе рестрикционных ферментов, также подходит для применения в настоящем изобретении. Специалист в настоящей области техники к тому же поймет, что чувствительный к метилированию рестрикционный фермент, который не может производить разрезание при наличии метилирования у цитозина в или вблизи его последовательности распознания, может быть нечувствительным к наличию метилирования у аденозина в или вблизи его последовательности распознания. Аналогично, чувствительный к метилированию рестрикционный фермент, который не может производить разрезание при наличии метилирования у аденозина в или вблизи его последовательности распознания, может быть нечувствительным к наличию метилирования у цитозина в или вблизи его последовательности распознания. Например, Sau3AI чувствителен (т.е. может производить разрезание) к наличию метилированного цитозина в или вблизи его последовательности распознания, но не чувствителен (т.е. производит разрезание) к наличию метилированного аденозина в или вблизи его последовательности распознания. Специалисту в настоящей области техники также будет понятно, что некоторые чувствительные к метилированию рестрикционные ферменты блокируются метилированием оснований на одной или обеих цепях ДНК, охватывающих их последовательность распознания, тогда как другие чувствительные к метилированию рестрикционные ферменты блокируются только метилированием на обеих нитях, но могут производить разрезание, если сайт распознавания полуметилирован.
В соответствии с альтернативными вариантами осуществления, к концам случайным образом фрагментированной ДНК необязательно добавляют адаптеры, затем ДНК расщепляют посредством зависимого от метилирования или чувствительного к метилированию рестрикционного фермента, а интактную ДНК после этого амплифицируют с применением праймеров, которые гибридизируются с адапторными последовательностями. В этом случае для определения наличия, отсутствия или количества конкретного гена в амплифицированном пуле ДНК выполняют вторую стадию. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления ДНК амплифицируют с помощью количественной ПЦР в режиме реального времени.
В соответствии с другими вариантами осуществления, способы предусматривают количественную оценку средней плотности метилирования у целевой последовательности в совокупности геномной ДНК. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления способ предусматривает приведение в контакт геномной ДНК с зависимым от метилирования рестрикционным ферментом или чувствительным к метилированию рестрикционным ферментом в условиях, которые позволяют, по меньшей мере, некоторым копиям потенциальных сайтов расщепления рестрикционным ферментом в локусе оставаться нерасщепленными; количественное определение интактных копий локуса; и сравнение количества амплифицированного продукта с контрольным значением, представляющим количественный показатель метилирования контрольной ДНК, тем самым определяя среднюю плотность метилирования в локусе по сравнению с плотностью метилирования контрольной ДНК.
В некоторых случаях количественный показатель метилирования локуса ДНК определяют путем получения образца геномной ДНК, содержащей такой локус, расщепления ДНК посредством рестрикционного фермента, который является либо чувствительным к метилированию, либо зависимым от метилирования, а затем определения количества интактной ДНК или определения количества разрезанной ДНК в представляющем интерес локусе ДНК. Количество интактной или разрезанной ДНК будет зависеть от исходного количества геномной ДНК, содержащей локус, степени метилирования в локусе и количества (т.е. доли) нуклеотидов в локусе, которые являются метилированными в геномной ДНК. Степень метилирования в локусе ДНК можно определить путем сравнения количества интактной ДНК или разрезанной ДНК с контрольным значением, представляющим количество интактной ДНК или разрезанной ДНК в аналогичным образом обработанном образце ДНК. Контрольное значение может представлять собой известное или прогнозируемое количество метилированных нуклеотидов. Альтернативно, контрольное значение может представлять количество интактной или разрезанной ДНК из одного и того же локуса в другой (например, нормальной, не пораженной заболеванием) клетке или во втором локусе.
Путем применения по меньшей мере одного чувствительного к метилированию или зависимого от метилирования рестрикционного фермента в условиях, которые позволяют, по меньшей мере, некоторым копиям потенциальных сайтов расщепления рестрикционным ферментом в локусе оставаться нерасщепленными, а затем количественного определения оставшихся интактных копий и сравнения количества с контролем можно определить среднюю плотность метилирования локуса. Если чувствительный к метилированию рестрикционный фермент привести в контакт с копиями локуса ДНК в условиях, которые позволяют, по меньшей мере, некоторым копиям потенциальных сайтов расщепления рестрикционным ферментом в локусе оставаться нерасщепленными, тогда оставшаяся интактная ДНК будет прямо пропорциональна плотности метилирования, и, таким образом, ее можно сравнить с контролем для определения относительной плотности метилирования локуса в образце. Аналогичным образом, если зависимый от метилирования рестрикционный фермент привести в контакт с копиями локуса ДНК в условиях, которые позволяют, по меньшей мере, некоторым копиям потенциальных сайтов расщепления рестрикционным ферментом в локусе оставаться нерасщепленными, тогда оставшаяся интактная ДНК будет обратно пропорциональна плотности метилирования, и, таким образом, ее можно сравнить с контролем для определения относительной плотности метилирования локуса в образце. Такие анализы раскрыты, на
- 60 036566 пример, в патенте США № 7910296.
Методика амплификации метилированных CpG-островков (MCA) представляет собой способ, который можно применять для скрининга в отношении измененных паттернов метилирования в геномной ДНК и для выделения конкретных последовательностей, ассоциированных с этими изменениями (Toyota et al., 1999, Cancer Res. 59, 2307-2312, патент США № 7700324 (Issa и соавт.), содержание которых, таким образом, включено посредством ссылки в их полном объеме). Вкратце, рестрикционные ферменты с различными чувствительностями к метилированию цитозина в их сайтах распознавания применяют для расщепления геномных ДНК из первичных опухолей, линий клеток и нормальных тканей перед ПЦРамплификацией с произвольными праймерами. Фрагменты, у которых наблюдают дифференциальное метилирование, клонируют и секвенируют после разделения ПЦР-продуктов на полиакриламидных гелях высокого разрешения. Затем клонированные фрагменты применяют в качестве зондов для саузернблоттинга для подтверждения дифференциального метилирования этих участков. В число типичных реагентов (например, которые можно найти в типичном наборе на основе MCA) для анализа MCA могут входить без ограничения: ПЦР-праймеры для взаимодействия геномной ДНК в реакции с произвольными праймерами; буферы и нуклеотиды для ПЦР, рестрикционные ферменты и соответствующие буферы; олигонуклеотиды или зонды гибридизации с генами; олигонуклеотиды или зонды контрольной гибридизации.
В число дополнительных способов детекции метилирования входят такие способы, которые описаны, например, в патентах США № 7553627, № 6331393, патентном документе США с серийным № 12/476981, патентной публикации США № 2005/0069879; Rein, et al., 26(10) NUCLEIC ACIDS RES. 225564 (1998); и Olek et al., 17(3) NAT. GENET. 275-6 (1997).
В соответствии с другим вариантом осуществления, статус метилирования выбранных сайтов CpG определяют с помощью чувствительного к метилированию плавления с высокой степенью разрешения (HRM). Недавно Wojdacz и соавт. описали чувствительное к метилированию плавление с высокой степенью разрешения в качестве методики оценки метилирования. (Wojdacz and Dobrovic, 2007, Nuc. Acids Res. 35(6) e41; Wojdacz et al. 2008, Nat. Prot. 3(12) 1903-1908; Balic et al., 2009 J. Mol. Diagn. 11 102-108; и патентная публикация США № 2009/0155791 (Wojdacz и соавт.), содержание которых, таким образом, включено посредством ссылки в их полном объеме). Ряд коммерчески доступных приборов для ПЦР в режиме реального времени имеют HRM-системы, в том числе Roche LightCycler480, Corbett Research RotorGene6000 и Applied Biosystems 7500. HRM можно объединять в комбинации с другими методиками амплификации, такими как пиросеквенирование, как описано в работе Candiloro и соавт. (Candiloro et al., 2011, Epigenetics 6(4) 500-507).
В соответствии с другим вариантом осуществления, статус метилирования выбранного локуса CpG определяют с помощью анализа с достройкой праймеров, включающего оптимизированную реакцию ПЦР-амплификации, которая дает на выходе амплифицированные целевые участки для анализа с помощью масс-спектрометрии. Этот анализ также можно выполнять в мультиплексном режиме. Массспектрометрия является особенно эффективным способом детекции полинуклеотидов, ассоциированных с дифференциально метилированными регуляторными элементами. Наличие полинуклеотидной последовательности проверяют путем сравнения массы детектированного сигнала с ожидаемой массой представляющего интерес полинуклеотида. Относительная интенсивность сигнала, например, массовый пик на спектре, для конкретной полинуклеотидной последовательности указывает на относительное количество конкретного аллеля, что позволяет вычислять соотношение аллелей непосредственно из данных. Этот способ подробно описан в PCT публикации № WO 2005/012578A1 (Beaulieu и соавт.), которая, таким образом, включена в настоящий документ посредством ссылки в полном ее объеме. В ходе анализа метилирования этот анализ можно применять для детекции изменений в последовательности C на T, которые зависят от метилирования с включением бисульфита. Эти способы особенно пригодны для осуществления мультиплексированных реакций амплификации и мультиплексированных реакций достройки праймеров (например, мультиплексированные масс-анализы на основе достройки однородных праймеров (hME)) в одной лунке для дополнительного увеличения пропускной способности и уменьшения затрат на реакцию для реакций достройки праймера.
Другие способы анализа метилирования ДНК включают рестрикционно-ориентированное геномное сканирование (RLGS, Costello et al., 2002, Meth. Mol Biol, 200, 53-70), метил-чувствительный репрезентативный дифференциальный анализ (MS-RDA, Ushijima and Yamashita, 2009, Methods Mol Biol 507, 1 17130). Сравнительные высокотехнологичные методики определения относительного метилирования (CHARM) описаны в WO 2009/021141 (Feinberg и Irizarry). Микрочипы Roche(R) NimbleGen(R), в том числе иммунопреципитация хроматина на чипе (ChlP-чип) или иммунопреципитация метилированной ДНК на чипе (MeDIP-чип). Эти инструменты применяют для решения ряда онкологических задач, в том числе при меланоме, злокачественной опухоли печени и злокачественной опухоли легкого (Koga et al., 2009, Genome Res., 19, 1462-1470; Acevedo et al., 2008, Cancer Res., 68, 2641-2651; Rauch et al., 2008, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 105, 252-257). Другие авторы описывали бисульфатную конверсию, гибридизацию с padlock-зондами, замыкание в кольцо и амплификацию и секвенирование следующего поколения или мультиплексированное секвенирование для высокопроизводительной детекции метилирования (Deng et
- 61 036566 al., 2009, Nat. Biotechnol 27, 353-360; Ball et al., 2009, Nat. Biotechnol 27, 361-368; патент США № 7611869 (Fan)). В качестве альтернативы бисульфатному окислению, Bayeyt и соавт. описывали селективные окислители, которые окисляют 5-метилцитозин, не вступая в реакцию с тимидином, после чего проводят
ПЦР или пиросеквенирование (WO 2009/049916 (Bayeyt и соавт.). Литературные источники, касающиеся этих методик, таким образом, включены в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме.
В некоторых случаях способы количественной амплификации (например, количественную ПЦР или количественную линейную амплификацию) применяют для оценки количества интактной ДНК в локусе, фланкированном амплификационными праймерами после рестрикционного расщепления. Способы количественной амплификации раскрыты, например, в патентах США № 6180349, № 6033854 и № 5972602, а также, например, в работе DeGraves, et al., 34(1) BIOTECHNIQUES 106-15 (2003); Deiman B, et al., 20(2) MOL. BIOTECHNOL. 163-79 (2002); и в работе Gibson et al., 6 GENOME RESEARCH 995-1001 (1996).
После реакции или разделения нуклеиновой кислоты специфическим по метилированию способом, нуклеиновую кислоту в некоторых случаях подвергают анализу последовательности. Например, после определения, что одна конкретная меланомная геномная последовательность является гиперметилированной или гипометилированной по сравнению с доброкачественным аналогом, можно определить количество этой геномной последовательности. Впоследствии эту величину можно сравнить со стандартным контрольным значением, и она может служить индикатором меланомы. Во многих случаях желательно амплифицировать последовательность нуклеиновой кислоты с использованием любой из нескольких процедур амплификации нуклеиновой кислоты, которые хорошо известны из уровня техники. В частности, амплификация нуклеиновой кислоты представляет собой химический или ферментативный синтез копий нуклеиновой кислоты, которые содержат последовательность, комплементарную амплифицируемой (матричной) последовательности нуклеиновой кислоты. Способы и наборы по настоящему изобретению могут предусматривать применение любых способов амплификации или детекции нуклеиновых кислот, которые известны специалисту в настоящей области, таких как описанные в патенте США № 5525462 (Takarada и соавт.), № 6114117 (Hepp и соавт.), № 6127120 (Graham и соавт.), № 6344317 (Urnovitz), № 6448001 (Oku), № 6528632 (Catanzariti и соавт.) и PCT публикации № WO 2005/111209 (Nakajima и соавт.); причем все они включены в настоящий документ посредством ссылки в их полном объеме.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления нуклеиновые кислоты амплифицируют с помощью ПЦР-амплификации с применением известных специалисту в настоящей области техники методов. Тем не менее, специалисту в настоящей области техники будет понятно, что амплификацию можно выполнить с помощью любого известного способа, такого как лигазная цепная реакция (LCR), Qрепликазная амплификация, амплификация по типу катящегося кольца, транскрипционная амплификация, самоподдерживающаяся репликация последовательностей, амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA), каждый из которых обеспечивает достаточную степень амплификации. Технологию разветвленной ДНК также необязательно применяют для качественной демонстрации наличия последовательности указанной технологии, которая представляет конкретный паттерн метилирования, или для количественного определения количества конкретной геномной последовательности в образце. В работе Nolte рассмотрено усиление сигнала от разветвленной ДНК для прямой количественной оценки последовательностей нуклеиновой кислот в клинических образцах (Nolte, 1998, Adv. Clin. Chem. 33:201-235).
Способ ПЦР хорошо известен из уровня техники и включает, например, ПЦР с обратной транскрипцией, опосредованное лигированием ПЦР, цифровую ПЦР (dPCR) или капельную цифровую ПЦР (ddPCR). Обзор способов и протоколов ПЦР см., например, в работе Innis et al., eds., PCR Protocols, A Guide to Methods and Application, Academic Press, Inc., San Diego, Calif. 1990; в патенте США № 4683202 (Mullis). Реагенты и протоколы для ПЦР также доступны от коммерческих поставщиков, таких как Roche Molecular Systems. В некоторых случаях ПЦР проводят как автоматизированный способ с термостабильным ферментом. При таком способе температуру реакционной смеси циклически изменяют на протяжении участка денатурации, участка отжига праймера и участка реакции удлинения цепи. Приборы, специально предназначенные для этой цели, являются коммерчески доступными.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления амплифицированные последовательности также измеряют с помощью реакций инвазивного расщепления, таких как технология Invader(R) (Zou et al., 2010, Ассоциация клинических химиков (AACC), стендовый доклад от 28 июля 2010 г., Sensitive Quantification of Methylated Markers with a Novel Methylation Specific Technology; и патент США № 7011944 (Prudent и соавт.)).
Также широко доступны подходящие технологии секвенирования следующего поколения. В число примеров входит платформа 454 Life Sciences (Roche, Бранфорд, Коннектикут) (Margulies et al. 2005 Nature, 437, 376-380); анализатор генома от Illumina, набор для анализа статуса метилирования от GoldenGate или наборы для анализа статуса метилирования от Infinium, т.е. чип для анализа статуса метилирования Infinium HumanMethylation 27K BeadArray или VeraCode GoldenGate (Illumina, Сан-Диего, Калифорния; Bibkova et al., 2006, Genome Res. 16, 383-393; патенты США № 6306597 и 7598035 (Macevicz), № 7232656 (Balasubramanian и соавт)); ПЦР-система QX200™ Droplet Digital™ от Bio-Rad; или система для секвенирования ДНК с помощью лигирования, SOLiD (Applied Biosystems/Life Technologies; патенты
- 62 036566
США № 6797470, № 7083917, № 7166434, № 7320865, № 7332285, № 7364858 и 7429453 (Barany и соавт.); технология секвенирования ДНК Helicos True Single Molecule (Harris et al., 2008 Science, 320, 106109; патенты США № 7037687 и № 7645596 (Williams и соавт.); № 7169560 (Lapidus и соавт.); № 7769400 (Harris)), одномолекулярная технология секвенирования в режиме реального времени (SMRT™) от Pacific Biosciences (Soni and Meller, 2007, Clin. Chem. 53, 1996-2001); полупроводниковое секвенирование (Ion Torrent; Personal Genome Machine); секвенирование ДНК на наносферах; секвенирование с использованием технологии от Dover Systems (Polonator) и технологии, для которых не нужна амплификация или другая трансформация ДНК перед началом секвенирования (например, Pacific Biosciences и Helicos), такие как стратегии на основе нанопор (например, Oxford Nanopore, Genia Technologies и Nabsys). Такие системы позволяют проводить параллельное секвенирование многих молекул нуклеиновых кислот, выделенных из образца, при высоких порядках мультиплексирования. Каждая из этих платформ позволяет секвенировать клонально размноженные или неамплифицированные одиночные молекулы фрагментов нуклеиновых кислот. Некоторые платформы предусматривают, например, (i) секвенирование путем лигирования модифицированных красителем зондов (включая циклическое лигирование и расщепление), (ii) пиросеквенирование и (iii) одномолекулярное секвенирование.
Пиросеквенирование представляет собой способ секвенирования нуклеиновой кислоты, основанный на секвенировании синтезом, в основе которого лежит детекция пирофосфата, высвобождаемого при включении нуклеотидов. Обычно секвенирование синтезом предусматривает синтез, по одному нуклеотиду за раз, цепочки ДНК, которая комплементарна цепочке, последовательность которой исследуют. Исследуемые нуклеиновые кислоты можно иммобилизировать на твердом носителе, гибридизировать с секвенирующим праймером, инкубировать с ДНК-полимеразой, АТФ-сульфурилазой, люциферазой, апиразой, аденозин-5'-фосфосульфатом и люциферином. Последовательно добавляют и удаляют растворы нуклеотидов. Правильное включение нуклеотида высвобождает пирофосфат, который взаимодействует с АТФ-сульфурилазой и производит АТФ в присутствии аденозин-5'-фосфосульфата, снабжая топливом реакцию люциферина, в результате которой продуцируется хемилюминесцентный сигнал, позволяющий определять последовательность. Приборы для пиросеквенирования и специфические для метилирования реагенты доступны от Qiagen, Inc. (Валенсия, Калифорния). См. также работу Tost и Gut, 2007, Nat. Prot. 2 2265-2275. Пример системы, которая может быть использована рядовым специалистом, на основе пиросеквенирования обычно включает следующие стадии: лигирование адапторной нуклеиновой кислоты с исследуемой нуклеиновой кислотой и гибридизацию исследуемой нуклеиновой кислоты с гранулой; амплификацию нуклеотидной последовательности в исследуемой нуклеиновой кислоте в эмульсии; сортировку гранул с использованием твердой подложки со множеством лунок пиколитрового объема; и секвенирование амплифицированных нуклеотидных последовательностей с помощью метода пиросеквенирования (например, Nakano et al., 2003, J. Biotech. 102, 117-124). Такую систему можно применять для экспоненциальной амплификации продуктов амплификации, получаемых с помощью описанного в настоящем документе способа, например, путем лигирования гетерологичной нуклеиновой кислоты с первым продуктом амплификации, получаемым с помощью описанного в настоящем документе способа.
Зонды.
В некоторых случаях в описанном выше способе секвенирования применяют один или несколько зондов из панели зондов. В некоторых случаях один или несколько зондов из панели зондов представляет собой зонд с формулой I
где A является первым связывающим цель участком;
B является вторым связывающим цель участком; и
L является линкерным участком;
где A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 30 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775; В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 12 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775; L присоединен к A; а B присоединен либо к A, либо к L. В некоторых случаях L присоединен к A, а B присоединен к L. В некоторых случаях A, B и L соединены так, как проиллюстрировано в формуле Ia
В некоторых случаях множество зондов представляет собой по меньшей мере 10, 20, 30, 50, 100, 200, 500, 1000, 1500, 1775, 1800, 2000 или более зондов. В некоторых случаях множество зондов пред
- 63 036566 ставляет собой 10, 20, 30, 50, 100 или более зондов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 35 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 40 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 45 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 50 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 55 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 60 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 11775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 65 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 70 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 80 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях A содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 90 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 5' конце последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 14 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 15 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 18 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 20 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 22 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 25 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 28 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 30 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 35 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 40 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 45 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 50 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 55 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 60 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность,
- 64 036566 которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 65 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 70 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 80 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775. В некоторых случаях В содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70, 80, 90, 95 или 99% идентична по меньшей мере 90 смежным нуклеотидам, начиная с положения 1 на 3' конце той же последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-1775.
В некоторых случаях множество зондов применяют в реакции секвенирования следующего поколения для создания данных по метилированию CpG. В некоторых случаях множество зондов применяют в реакции секвенирования следующего поколения в растворе для создания данных по метилированию CpG. В некоторых случаях реакция секвенирования следующего поколения включает платформу 454 Life Sciences (Roche, Бранфорд, Коннектикут); анализатор генома от Illumina, набор для анализа статуса метилирования от GoldenGate или наборы для анализа статуса метилирования от Infimum, т.е. чип для анализа статуса метилирования Infimum HumanMethylation 27K BeadArray или VeraCode GoldenGate (Illumina, Сан-Диего, Калифорния); ПЦР-систему QX200™ Droplet Digital™ от Bio-Rad; систему для секвенирования ДНК с помощью лигирования, SOLiD (Applied Biosystems/Life Technologies); технологию секвенирования ДНК Helicos True Single Molecule; полупроводниковое секвенирование (Ion Torrent; Personal Genome Machine); секвенирование ДНК на наносферах; секвенирование с использованием технологии от Dover Systems (Polonator) и технологии, для которых не нужна амплификация или другая трансформация ДНК перед началом секвенирования (например, Pacific Biosciences и Helicos), такие как стратегии на основе нанопор (например, Oxford Nanopore, Genia Technologies и Nabsys). В некоторых случаях реакция секвенирования следующего поколения в растворе представляет собой способ секвенирования с применением капельной цифровой ПЦР.
В некоторых случаях каждый зонд коррелирует с сайтом CpG. В некоторых случаях каждый зонд коррелирует с биомаркером (например, сайтом CpG), выбранным из табл. 15-18 и/или 20. В некоторых случаях каждый зонд коррелирует с биомаркером, выбранным из cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606,cgl2967050,cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502,cgl2504877,cg21913888, cg26683005,cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573, cg03087897,cg24706505, cgl7126555,cgl3911392, cgl8901104, cg25982880,
- 65 036566 cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343,cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129,cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416,cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756,cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060,cg24107852,cg25652701, cg00282244,cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741,cg07417146,cg09001226,cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123,cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655,cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520,cg23013029,cgl9704755,cg07589991, cglOO55231 и cg26017930.
В некоторых случаях каждый зонд коррелирует с биомаркером, выбранным из
- 66 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870, cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908,cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555,cgl4247287,cg07420137, cg05098343,cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157,cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964,cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655,cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755,cgl8842353,cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691,cg00015530, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965,cgl6748008,cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045,cgl3924996,cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20). В некоторых случаях каждый зонд коррелирует с биомаркером, выбранным из cg25574765,cg25490145,cg18384097, cg25922751 и cg17126555.
В некоторых случаях L составляет в длину от 10 до 60, от 15 до 55, от 20 до 50, от 25 до 45 и от 30 до 40 нуклеотидов. В некоторых случаях L составляет в длину приблизительно 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60 нуклеотидов.
В некоторых случаях L дополнительно содержит адапторный участок. В некоторых случаях адапторный участок содержит последовательность, применяемую для идентификации каждого зонда.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления один или несколько зондов из панели зондов содержат последовательность, которая по меньшей мере на 50, 60, 70, 80, 90, 95, 98 или 99% идентична последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1-2333. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления один или несколько зондов из панели зондов содержат последовательность, которая по меньшей мере на 50, 60, 70, 80, 90, 95, 98 или 99% идентична последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1830-2321. В некоторых случаях один или несколько зондов из панели зондов содержат последовательность, которая приблизительно на 100% идентична последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1830-2321. В некоторых случаях один или несколько зондов из панели зондов состоят из последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 1830-2321. В некоторых случаях один или несколько зондов из панели зондов используют в способе секвенирования с применением цифровой ПЦР. В некоторых случаях один или несколько зондов из панели зондов используют в способе секвенирования с применением капельной цифровой ПЦР (ddPCR).
Способы анализа данных по метилированию CpG.
В соответствии с определенными вариантами осуществления, значения метилирования, измеренные для маркеров из панели биомаркеров, объединяют с помощью математических методов и определяют корреляцию объединенного значения с основным диагностическим запросом. В некоторых случаях значения метилированных биомаркеров объединяют с помощью любого подходящего из уровня техники математического способа. Хорошо известные математические способы определения корреляции комбинации маркеров со статусом заболевания предусматривают использование таких способов, как дискриминантный анализ (DA) (например, линейный, квадратический, регуляризованный DA), дискриминантный функциональный анализ (DFA), способы на базе ядра (например, SVM), многомерное шкалирование (MDS), непараметрические способы (например, классификаторы k-ближайших соседей), PLS (частные наименьшие квадраты), способы с использованием древовидных моделей (например, логическая регрессия, CART, способы решающих деревьев, способы бустинга/бэггинга), обобщенные линейные модели (например, логистическая регрессия), способы на основе главных компонент (например, SIMCA), обобщенные аддитивные модели, способы на основе нечеткой логики, нейронные сети и способы на основе генетических алгоритмов. У специалиста в настоящей области не возникнет проблемы в выборе подходящего способа оценки комбинации биомаркеров по настоящему изобретению. В соответствии с одним вариантом осуществления, способ, применяемый при определении корреляции статуса метилирования комбинации биомаркеров по настоящему изобретению, например, для диагностики CRC, выбирают из DA (например, линейного, квадратического, регуляризованного дискриминантного анализа), DFA, способов на базе ядра (например, SVM), MDS, непараметрических способов (например, классификаторов kближайших соседей), PLS (частных наименьших квадратов), способов с использованием древовидных моделей (например, логической регрессии, CART, способов решающих деревьев, способы бустинга) или обобщенных линейных моделей (например, логистической регрессии) и анализа главных компонент.
- 67 036566
Подробности касательно этих статистических способов приведены в следующих источниках: Ruczinski et al., 12 J. OF COMPUTATIONAL AND GRAPHICAL STATISTICS 475-511 (2003); Friedman, J. H., 84 J. OF THE AMERICAN STATISTICAL ASSOCIATION 165-75 (1989); Hastie, Trevor, Tibshirani, Robert, Friedman, Jerome, The Elements of Statistical Learning, Springer Series in Statistics (2001); Breiman, L., Friedman, J. H., Olshen, R. A., Stone, C. J. Classification and regression trees, California: Wadsworth (1984); Breiman, L., 45 MACHINE LEARNING 5-32 (2001); Pepe, M. S., The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction, Oxford Statistical Science Series, 28 (2003); и Duda, R. O., Hart, P. E., Stork, D. O., Pattern Classification, Wiley Interscience, 2nd Edition (2001).
В соответствии с одним вариантом осуществления, коррелирующие результаты для каждой панели метилирования ранжируют путем установления их корреляции с положительным статусом в отношении типа опухоли или заболевания, как, например, с помощью p-критерия, или t-критерия, или F-критерия. Ранжированные (сначала лучшие, т.е. с низким p- или t-значением) маркеры затем последовательно отбирают и вносят в панель метилирования до получения определенного диагностического значения. Такие способы предусматривают идентификацию панелей метилирования или, если шире, генов, которые были дифференциально метилированы среди различных классов, с помощью, например, t-критерия с неизвестной дисперсией (Wright G. W. and Simon R, Bioinformatics 19:2448-2455,2003). Другие способы предусматривают стадию определения уровня значимости, которую будут использовать для определения биомаркеров, которые будут включены в панель биомаркеров. В панель включают биомаркеры, которые дифференциально метилированы среди классов с одномерным параметрическим уровнем значимости ниже указанного порога. Для исключения достаточно ложных результатов выявления не имеет значения, достаточно ли мал указанный уровень значимости. При некоторых проблемах более качественный прогноз получают путем более свободного подхода в отношении панелей биомаркеров, используемых в качестве компонентов. В некоторых случаях панели остаются биологически интерпретируемыми и клинически приемлемыми, даже если включено меньшее количество биомаркеров. Аналогично перекрестной проверке повторяют отбор биомаркеров для каждого обучающего набора, созданного в процессе перекрестной проверки. Это необходимо для получения несмещенной оценки ошибки прогноза. Панель метилирования для применения с данными по новым образцам пациента является такой, которая получена в результате применения отбора по метилированию и классификатора известной информации по метилированию, или контрольной панелью метилирования.
Также можно применять модели для использования профиля метилирования с целью прогнозирования класса будущих образцов. Такие модели могут быть основаны на составном ковариантном предикторе (Radmacher et al. Journal of Computational Biology 9:505-511, 2002), диагональном линейном дискриминантном анализе (Dudoit et al. Journal of the American Statistical Association 97:77-87, 2002), классификации по ближайшим соседям (также Dudoit et al.) и опорно-векторных машинах с линейным ядром (Ramaswamy et al. PNAS USA 98:15149-54, 2001). В этих моделях включены биомаркеры, которые были дифференциально метилированы с заданным уровнем значимости (например, 0,01, 0,05 или 0,1), согласно оценке с помощью t-критерия с неизвестной дисперсией (Wright G. W. and Simon R. Bioinformatics 19:2448-2455, 2003). Можно оценить ошибку прогноза каждой модели с помощью перекрестной проверки, предпочтительно перекрестной проверки по сценарию исключение по одному (Simon et al. Journal of the National Cancer Institute 95:14-18, 2003). Для каждого обучающего набора для перекрестной проверки по сценарию исключение по одному повторяют весь процесс построения модели, включая процесс отбора биомаркеров. Также можно оценить, является ли результат оценки частоты появления ошибок перекрестной проверки для модели значимо меньшим, чем ожидали в результате случайного прогнозирования. Метки класса можно случайным образом переставить, а затем повторить весь процесс перекрестной проверки по сценарию исключение по одному. Уровень значимости представляет собой долю случайных перестановок, которая дает подтвержденную в результате перекрестной проверки частоту ошибок, не превышающую подтвержденную в результате перекрестной проверки частоту ошибок, полученную с реальными данными по метилированию.
Другим способом классификации является способ жадных пар, описанный Во и Jonassen (Genome Biology 3(4):research0017.1-0017.11, 2002). Подход жадных пар начинается с ранжирования всех биомаркеров на основе их индивидуальных t-показателей на обучающем наборе. С помощью этого способа пытаются отбирать пары биомаркеров, которые хорошо работают вместе для проведения различия среди классов.
Более того, при использовании профиля метилирования можно использовать классификатор бинарного древа для прогнозирования класса будущих образцов. Первый узел древа включал двоичный классификатор, который позволял различать два подмножества полного набора классов. Отдельные бинарные классификаторы основаны на опорно-векторных машинах, которые включают биомаркеры, которые дифференциально экспрессировались среди биомаркеров с определенным уровнем значимости (например, 0,01, 0,05 или 0,1), согласно оценке с помощью t-критерия с неизвестной дисперсией (Wright G. W. and Simon R. Bioinformatics 19:2448-2455, 2003). Оценивают классификаторы для всех возможных бинарных разделов и отбирают такой раздел, для которого минимальна ошибка прогнозирования после перекрестной проверки. Затем этот процесс последовательно повторяют для двух подмножеств классов,
- 68 036566 определенных предыдущим бинарным разделением. Ошибка прогнозирования классификатора бинарного древа может быть оценена путем перекрестной проверки всего процесса построения древа. Такая общая перекрестная проверка включает в себя повторный отбор оптимальных разделов в каждом узле и повторный отбор биомаркеров, применяемых для каждого подтвержденного перекрестной проверкой обучающего набора, как описано в работе Simon и соавт. (Simon et al. Journal of the National Cancer Institute 95:14-18, 2003). В ходе многократной перекрестной проверки, в которой опускают некоторую долю образцов, на основе оставшихся образцов создают бинарное древо, а затем прогнозируют членство в классе для опущенных образцов. Это повторяют несколько раз, каждый раз удерживая иной процент образцов. Образцы случайным образом разбивают на дробные тестовые наборы (Simon R and Lam A. BRBArrayTools User Guide, version 3.2. Biometric Research Branch, National Cancer Institute).
Такими образом, в соответствии с одним вариантом осуществления, коррелирующие результаты для каждого биомаркера b) ранжируют путем установления их правильной корреляции с положительным статусом в отношении типа опухоли или заболевания, предпочтительно с помощью p-критерия. Также можно включить стадию, на которой биомаркеры отбирают d) в порядке их ранга.
В соответствии с дополнительными вариантами осуществления, такие факторы, как значение, уровень, признак, характеристика, свойство и т.д. скорости транскрипции, уровня мРНК, скорости трансляции, уровня белка, биологической активности, клеточной характеристики или свойства, генотипа, фенотипа и т.д., могут быть дополнительно использованы до, во время или после проведения терапии на пациенте для проведения дополнительного анализа статуса злокачественной опухоли у пациента.
Специфичность и чувствительность.
Статистическая мощность диагностического теста в отношении правильного прогнозирования состояния обычно измеряют в виде чувствительности анализа, специфичности анализа или области под кривой соотношений правильного и ложного обнаружения сигналов (ROC). Чувствительность представляет собой процент истинных положительных результатов, которые, согласно прогнозу с помощью теста, должны быть положительными, в то время как специфичность представляет собой процент истинных отрицательных результатов, которые, согласно прогнозу с помощью теста, должны быть отрицательными. Кривая ROC характеризует чувствительность теста в зависимости от 1 - специфичность. Чем больше площадь под кривой ROC, тем большей статистической мощностью обладает прогнозируемое значение в тесте. Другими пригодными показателями полезности теста являются прогностическая ценность положительного результата и прогностическая ценность отрицательного результата. Прогностическая ценность положительного результата представляет собой процент положительных по результатам теста людей, которые действительно имеют положительный результат. Прогностическая ценность отрицательного результата представляет собой процент отрицательных по результатам теста людей, которые действительно имеют отрицательный результат.
В соответствии с конкретными вариантами осуществления, у панелей биомаркеров по настоящему изобретению можно наблюдать статистическую разницу в различных статусах злокачественной опухоли, составляющую по меньшей мере p<0,05, p<10-2, p<10-3, p<10-4 или p<10-5. Диагностические тесты, которые предусматривают применение таких биомаркеров, могут характеризоваться ROC по меньшей мере 0,6, по меньшей мере приблизительно 0,7, по меньшей мере приблизительно 0,8 или по меньшей мере приблизительно 0,9. Такие биомаркеры дифференциально метилированы у незатронутого индивидуума (или нормального контрольного индивидуума) и злокачественной опухоли, и такие биомаркеры дифференциально метилированы для каждого типа злокачественной опухоли и поэтому пригодны для облегчения определения статуса злокачественной опухоли. В соответствии с определенными вариантами осуществления, биомаркеры измеряют в образце от пациента с помощью описанных в настоящем документе способов и сравнивают, например, с предопределенными уровнями биомаркеров и устанавливают корреляцию со статусом злокачественной опухоли. В соответствии с другими вариантами осуществления, корреляцию комбинации биомаркеров в образце пациента сравнивают, например, с предопределенной панелью биомаркеров. В соответствии с еще одним вариантом осуществления, профиль метилирования одного или нескольких генов в образце пациента сравнивают с профилем метилирования выявленных дифференциально метилированных генов, который коррелирует с типом или состоянием опухоли или статусом злокачественной опухоли. В соответствии с конкретными вариантами осуществления, результат(ы) измерения затем можно сравнить с соответствующим диагностическим количеством(количествами), граничным значением(значениями) или показателями многомерной модели, которые позволяют различить положительный статус злокачественной опухоли от отрицательного статуса злокачественной опухоли. Диагностическое количество (количества) представляет собой измеренное количество эпигенетического биомаркера (биомаркеров), выше которого или ниже которого пациента классифицируют как имеющего определенный статус злокачественной опухоли. Как хорошо понятно из уровня техники, путем корректировки конкретного диагностического граничного значения (значений), используемого в анализе, можно повысить чувствительность или специфичность диагностического анализа, в зависимости от предпочтения специалиста по диагностике. В соответствии с конкретными вариантами осуществления, конкретное диагностическое граничное значение можно определить, например, путем измерения величины гиперметилирования или гипометилирования биомаркеров в статистически значи- 69 036566 мом количестве образцов от пациентов с различными статусами злокачественной опухоли и вычисления граничного значения, удовлетворяющего необходимым уровням специфичности и чувствительности.
Злокачественная опухоль.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в настоящем документе раскрыто применение одного или нескольких описываемых выше биомаркеров для обнаружения, характеристики и/или прогнозирования злокачественной опухоли. В некоторых случаях биомаркеры применяют в диагностических тестах для определения, характеристики, установления статуса и/или оценки злокачественной опухоли. В некоторых случаях в число биомаркеров входят показанные в табл. 15-18 и/или 20.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой солидную опухоль или гематологическую злокачественную опухоль. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой карциному, саркому, лимфому или лейкоз. В некоторых случаях злокачественная опухоль является интактной злокачественной опухолью или злокачественной опухолью, которую еще не пробовали лечить конкретным терапевтическим средством. В некоторых случаях злокачественная опухоль является первичной опухолью или первичной злокачественной опухолью, опухолью, которая возникла в локализации или органе, в котором она присутствует, а не метастазировала в эту локализацию из другой локализации. В некоторых случаях злокачественная опухоль является метастатической злокачественной опухолью. В некоторых случаях злокачественная опухоль является рецидивирующей или рефракторной злокачественной опухолью.
В некоторых случаях опухоль или злокачественная опухоль происходит из крови, лимфатического узла, печени, головного мозга/нейробластомы, пищевода, трахеи, желудка, кишечника, толстой кишки, прямой кишки, ануса, поджелудочной железы, горла, языка, кости, яичника, матки, шейки матки, брюшной полости, предстательной железы, яичек, молочной железы, почки, легкого или кожи, из опухоли желудка, толстой и прямой кишок, мочевого пузыря, головы и шеи, носоглотки, эндометрия, желчного протока, ротовой полости, множественной миеломы, лейкоза, саркомы мягких тканей, желчного пузыря, железы внутренней секреции, мезотелиомы, опухоли Вильмса, опухоли двенадцатиперстной кишки, нейроэндокринной опухоли, опухоли слюнной железы, гортани, хориокарциномы, сердца, тонкого кишечника, глаза, герминогенной злокачественной опухоли и тому подобного.
В некоторых случаях опухоль или злокачественная опухоль включает без ограничения острый лимфобластный лейкоз (ALL); острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML); адренокортикальную карциному (ACC); СПИД-ассоциированные злокачественные опухоли; СПИД-ассоциированную лимфому; злокачественную опухоль анального канала; злокачественную опухоль червеобразного отростка; астроцитомы; атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль; базальноклеточную карциному; злокачественную опухоль мочевого пузыря или уротелия мочевого пузыря (BLCA); глиому ствола головного мозга; глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG); опухоль головного мозга (в том числе глиому ствола головного мозга, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, астроцитомы, краниофарингиому, эпендимобластому, эпендимому, медуллобластому, медуллоэпителиому, пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли и пинеобластому); инвазивную злокачественную опухоль молочной железы или головного мозга (BRCA); бронхиальные опухоли; лимфому Беркитта; злокачественную опухоль без выявленного первичного очага; карциноидную опухоль; карциному без выявленного первичного очага; атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы; эмбриональные опухоли центральной нервной системы; в том числе цервикальную плоскоклеточную карциному и эндоцервикальную аденокарциному (CESC); детские злокачественные опухоли; холангиокарциному (CHOL); хордому; хронический лимфоцитарный лейкоз; хронический миелолейкоз; хронические миелопролиферативные нарушения; злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD); злокачественную опухоль толстой и прямой кишок; краниофарингиому; кожную T-клеточную лимфому; опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы; злокачественную опухоль эндометрия; эпендимобластому; эпендимому; злокачественную опухоль пищевода (ESCA); эстезионейробластому; саркому Юинга; экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль; внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль; злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей; злокачественную опухоль желчного пузыря; злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта; гастроинтестинальную карциноидную опухоль; опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток; гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST); гестациозную трофобластическую болезнь; глиобластомную мультиформную глиому (GBM); волосатоклеточный лейкоз; злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD); злокачественную опухоль сердца; лимфому Ходжкина; гипофарингеальную злокачественную опухоль; интраокулярную меланому; опухоли островковых клеток поджелудочной железы; саркому Капоши; злокачественную опухоль почки, в том числе хромофобную карциному почки (KIHC), светлоклеточную почечно-клеточную карциному (KIRC) и папиллярную почечно-клеточную карциному (KIRP); лангергансоклеточный гистиоцитоз; злокачественную опухоль гортани; злокачественную опухоль губы; злокачественную опухоль печени, в том числе гепатоклеточную карциному печени (LIHC), аденокарциному легкого (LUAD) и плоскоклеточную карциному легкого (LUSC); опухоль лимфоидной ткани, диф- 70 036566 фузную B-крупноклеточную лимфому (DLBC); злокачественную фиброзную гистиоцитомную опухоль костей; медуллобластому; медуллоэпителиому; меланому; карциному из клеток Меркеля; карциному кожи из клеток Меркеля; мезотелиому (MESO); метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи неизвестного происхождения; злокачественную опухоль ротовой полости; синдромы множественных эндокринных неоплазий; множественную миелому; множественную миелому/плазмоклеточную опухоль; фунгоидный микоз; миелодиспластические синдромы; миелопролиферативные неоплазий; злокачественную опухоль полости носа; носоглоточную злокачественную опухоль; нейробластому; неходжкинскую лимфому; немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи; немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого; злокачественную опухоль ротовой полости; злокачественную опухоль полости рта; злокачественную опухоль ротоглотки; остеосаркому; другие опухоли головного и спинного мозга; овариальную злокачественную опухоль, такую как серозная цистаденокарцинома яичника (OV); овариальную эпителиальную злокачественную опухоль; овариальную эмбрионально-клеточную опухоль; овариальную пограничную опухоль; злокачественную опухоль поджелудочной железы, такую как аденокарцинома поджелудочной железы (PAAD); папилломатоз; злокачественную опухоль придаточных пазух носа; злокачественную опухоль паращитовидной железы; злокачественную опухоль в тазовой области; злокачественную опухоль полового члена; фарингеальную злокачественную опухоль; феохромоцитому и параганглиому (PCPG); пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки; пинеобластому; опухоль гипофиза; плазмоклеточную опухоль/множественную миелому; плевролегочную бластому; первичную лимфому центральной нервной системы; первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени; злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD); злокачественную опухоль прямой кишки, такую как аденокарцинома прямой кишки (READ); ренальную злокачественную опухоль; почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки); почечно-клеточную злокачественную опухоль; злокачественную опухоль дыхательных путей; ретинобластому; рабдомиосаркому; злокачественную опухоль слюнной железы; саркому (SARC); синдром Сезари; меланому кожи (SKCM); мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого; злокачественную опухоль тонкого кишечника; саркому мягких тканей; плоскоклеточную карциному; сквамозную злокачественную опухоль шеи; (гастральную) злокачественную опухоль желудка, такую как аденокарцинома желудка (STAD); супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли; Tклеточную лимфому; злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT); злокачественную опухоль горла; карциному тимуса; тимому (THYM); злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA); злокачественную опухоль переходных клеток; злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника; трофобластическую болезнь; злокачественную опухоль мочеточника; уретральную злокачественную опухоль; злокачественную опухоль матки; такую злокачественную опухоль матки, как карциносаркома матки (UCS) и карцинома эндометрия тела матки (UCEC); увеальную меланому (UVM); вагинальную злокачественную опухоль; злокачественную опухоль наружных женских половых органов; макроглобулинемию Вальденстрема; или опухоль Вильма. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления злокачественная опухоль включает злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, злокачественную опухоль, гепатоклеточную карциному, злокачественную опухоль печени, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль поджелудочной железы или злокачественную опухоль толстой и прямой кишок.
В некоторых случаях злокачественная опухоль (например, первичная опухоль) включает острый лимфобластный лейкоз (ALL), острый миелоцитарный лейкоз (AML), злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки матки, злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, злокачественную опухоль яичников, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль предстательной железы, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В некоторых случаях злокачественная опухоль включает неоплазию лимфоидной ткани, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль толстой кишки или толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль предстательной железы, глиому или другие злокачественные опухоли головного/спинного мозга, злокачественную опухоль яичников, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль мочевого пузыря, меланому, злокачественную опухоль молочной железы, миелоидную неоплазию, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка, шейки матки, почки, печени или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает острый лимфобластный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль головного мозга, злокачественную опухоль шейки
- 71 036566 матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, злокачественную опухоль эндометрия, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль желудочно-кишечного тракта, глиому, глиобластому, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, неоплазию лимфоидной ткани, меланому, миелоидную неоплазию, овариальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, плоскоклеточную карциному, злокачественную опухоль яичка, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления тип злокачественной опухоли включает злокачественную опухоль мочевого пузыря, злокачественную опухоль молочной железы, злокачественную опухоль шейки матки, холангиокарциному (CHOL), злокачественную опухоль толстой кишки, злокачественную опухоль пищевода, злокачественную опухоль головы и шеи, злокачественную опухоль почки, злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль поджелудочной железы, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), злокачественную опухоль предстательной железы, злокачественную опухоль прямой кишки, саркому, злокачественную опухоль кожи, злокачественную опухоль желудка или злокачественную опухоль щитовидной железы. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой ALL. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой AML. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль головного мозга. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль толстой кишки. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль легкого. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль молочной железы. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль предстательной железы. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль мочевого пузыря. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль шейки матки. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой холангиокарциному (CHOL). В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль пищевода. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль головы и шеи. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль почки. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль печени. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль поджелудочной железы. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой феохромоцитому и параганглиому (PCPG). В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль прямой кишки. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой саркому. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль кожи. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль желудка. В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль щитовидной железы.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой лимфому. Лимфома относится к злокачественной опухоли части иммунной системы, называемой лимфатической системой. Ее обычно делят на неходжкинскую и ходжкинскую лимфому.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой неоплазию лимфоидной ткани. В контексте настоящего изобретения неоплазия лимфоидной ткани относится к новообразованию, возникающему в результате злокачественного изменения B- или T-лимфоцита, и включает без ограничения лимфому любого типа. Двумя основными типами лимфомы являются болезнь Ходжкина и неходжкинская лимфома. Болезнь Ходжкина является относительно простым заболеванием, включающим лишь четыре основных типа. Напротив, неходжкинская лимфома (NHL) является термином, применяемым для многих различных типов злокачественной опухоли лимфатической системы, включая следующие подтипы: лимфому предшественников В-клеток, мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому/хронический лимфоцитарный лейкоз, лимфомы из клеток маргинальной зоны (лимфому из клеток маргинальной зоны узлов, внеузловую MALT, селезеночную), волосатоклеточный лейкоз, фолликулярную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, диффузную B-крупноклеточную лимфому, лимфому Беркита, анапластическую крупноклеточную лимфому, периферическую T-клеточную лимфому и фунгоидный микоз. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления другие неоплазмы лимфоидной ткани, которые не имеют жесткой связи с неходжкинской лимфомой, но включены в настоящий документ, включают острый лимфобластный лейкоз, лимфоплазмоцитоидную лимфому, T-клеточный хронический лимфоцитарный лейкоз/пролимфоцитарный лейкоз и любые другие типы злокачественных опухолей лимфоидного происхождения, которые не поддаются легкой классификации.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль головы и шеи. Злокачественная опухоль головы и шеи представляет собой группу биологически сходных злокачественных опухолей, которые начинаются в верхнем участке пищеварительного тракта и дыхательных путей, в том числе на губе, в ротовой полости (во рту), в носовой полости (в носу), придаточных
- 72 036566 пазухах, глотке и гортани. 90% злокачественных опухолей головы и шеи являются плоскоклеточными карциномами (SCCHN), происходящими от слизистой оболочки (эпителия) этих участков. Плоскоклеточные карциномы головы и шеи (HNSCC) составляют значительное большинство злокачественных опухолей головы и шеи и возникают на поверхностях слизистых оболочек в данной анатомической области. В их число входят опухоли носовых полостей, придаточных пазух носа, ротовой полости, носоглотки, ротоглотки, гипофаринкса и гортани.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль поджелудочной железы или поджелудочную злокачественную опухоль. Злокачественная опухоль поджелудочной железы происходит от клеток поджелудочной железы, включая без ограничения аденокарциномы, аденосквамозные карциномы, перстневидно-клеточные карциномы, гепатоидные карциномы, коллоидные карциномы недифференцированные карциномы, недифференцированные карциномы с остеокласт-подобными гигантоцитами и карциномы островковых клеток.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль эндометрия. Злокачественная опухоль эндометрия является злокачественным новообразованием, которое возникает из внутренней оболочки матки (эндометрия). Этот термин относится без ограничения к карциномам эндометрия и аденокарциномам эндометрия. В контексте настоящего изобретения злокачественные опухоли эндометрия также включают другие хорошо известные типы клеток, такие как папиллярная серозная карцинома, гипернефрома, папиллярная эндометриоидная карцинома и слизеобразующая карцинома.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль толстой кишки, также называемую злокачественной опухолью толстой и прямой кишок или колоректальной злокачественной опухолью. Злокачественная опухоль толстой кишки относится к злокачественному новообразованию, которое возникает в толстом кишечнике (толстой кишке) или в прямой кишке (конце толстой кишки) и включает злокачественные образования в толстой кишке, прямой кишке и червеобразном отростке, в том числе аденокарциному. Злокачественной опухоли толстой и прямой кишок предшествуют аденомы, неоплазмы эпителиального происхождения, которые происходят из железистой ткани или имеют четко выраженные железистые структуры.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль предстательной железы. Злокачественная опухоль предстательной железы описывает неконтролируемый (злокачественный) рост клеток, происходящих из предстательной железы.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль почки, также называемой ренальной злокачественной опухолью. Злокачественная опухоль почки представляет собой заболевание, при котором клетки почки становятся злокачественными (раковыми) и выходят из-под контроля, образуя опухоль. Наиболее распространенные злокачественные опухоли почки сначала появляются в выстилке крошечных трубок (канальцев) почки, что представляет собой почечноклеточную карциному.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль щитовидной железы. Злокачественная опухоль щитовидной железы относится к злокачественной опухоли, происходящей из фолликулярных или парафолликулярных клеток щитовидной железы.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой глиому. Глиома относится к типу злокачественной опухоли, которая начинается в головном мозге или спинном мозге и которая возникает из глиальных клеток и/или их предшественников, включая эпендимомы (глиомы, происходящие из эпендимальных клеток), астроцитомы (глиомы, происходящие из астроцитов и которые включают мультиформную глиобластому, олигодендроглиомы, (глиомы, происходящие из олигодендроцитов) и смешанные глиомы, такие как олиго-астроцитомы (происходящие из клеток различных типов глии).
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль яичников. Злокачественная опухоль яичника представляет собой группу опухолей, которые возникают в яичниках и включают без ограничения серозную злокачественную опухоль яичников, неинвазивную злокачественную опухоль яичников, злокачественную опухоль яичников со смешанным фенотипом, слизеобразующую злокачественную опухоль яичников, эндометриоидную злокачественную опухоль яичников, светлоклеточную злокачественную опухоль яичников, папиллярную серозную злокачественную опухоль яичников, опухоль Бреннера и недифференцированную аденокарциному.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль легкого. Злокачественная опухоль легкого относится к любому неконтролируемому клеточному образованию в тканях легкого, в том числе без ограничения мелкоклеточную карциному легкого, мелкоклеточную карциному смешанного типа, немелкоклеточную карциному легкого, саркоматоидную карциному, опухоли слюнной железы, карциноидную опухоль, аденосквамозную карциному, плевролегочную бластому и карциноидную опухоль.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль мочевого пузыря. Злокачественная опухоль мочевого пузыря относится к любому из нескольких типов злокачественных образований мочевого пузыря и включает без ограничения переходно-клеточную карциному, плоскоклеточную карциному, аденокарциному, саркому и мелкоклеточную карциному.
- 73 036566
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой меланому. Меланома относится к любой форме злокачественной опухоли, которая начинается в меланоцитах. Меланома включает без ограничения следующие подтипы: злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся гематому, акральную лентигинозную меланому, меланому слизистых оболочек, узловую меланому, полипоидную меланому, десмопластическую меланому, амеланотическую меланому, меланому мягких тканей и метастатическую меланому.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль молочной железы. Злокачественную опухоль молочной железы или злокачественную неоплазму молочной железы широко используют в качестве общего названия для злокачественных опухолей, происходящих из ткани молочной железы, чаще всего из внутренней выстилки молочных протоков или долек, которые снабжают эти каналы молоком. В зависимости от их рецепторного статуса, по результатам детекции с помощью иммуногистохимии, в частности от наличия или отсутствия эстрогенового рецептора (ER), прогестеронового рецептора (PR) и от уровня экспрессии HER2/neu (нормальной экспрессии/недостаточной экспрессии в сравнении со сверхэкспрессией), злокачественные опухоли молочной железы можно разделить на ER-положительную (ER+) злокачественную опухоль молочной железы, ERотрицательную (ER-) злокачественную опухоль молочной железы, PR-положительную (PR+) злокачественную опухоль молочной железы, PR-отрицательную (PR-) злокачественную опухоль молочной железы, HER2-положительную (HER2+) злокачественную опухоль молочной железы (злокачественную опухоль со сверхэкспрессией HER2), HER2-отрицательную (HER2-) злокачественную опухоль молочной железы (злокачественную опухоль с нормальными уровнями экспрессии HER2 или недостаточной экспрессией HER2 или без экспрессии поддающегося детекции уровня HER2), отрицательную по рецепторам гормонов злокачественную опухоль молочной железы, т.е. злокачественную опухоль молочной железы как без эстрогеновых, так и без прогестероновых рецепторов (сокращенно ER-/PR-злокачественную опухоль молочной железы); и трижды отрицательную злокачественную опухоль молочной железы, т.е. злокачественную опухоль молочной железы как без эстрогеновых, так и без прогестероновых рецепторов и с нормальной экспрессией/недостаточной экспрессией (или с отсутствием поддающегося детекции уровня экспрессии) HER2 (сокращенно ER-/PR-/HER2- злокачественную опухоль молочной железы). В зависимости от их паттерна генной экспрессии злокачественные опухоли молочной железы в некоторых случаях разделяют на злокачественную опухоль молочной железы люминального подтипа A, злокачественную опухоль молочной железы люминального подтипа B, нормальноподобную злокачественную опухоль молочной железы, HER2+ злокачественная опухоль молочной железы и базальноподобную злокачественную опухоль молочной железы (Sorlie et al. (2001) Proc. Nat. Acad. Sci. 98: 10869-10874). Люминальные подтипы A и B преимущественно являются ER-положительными. Напротив, при HER2+ злокачественных опухолях молочной железы наблюдают высокую экспрессию генов, ассоциированную с ампликоном HER2, а для нормальноподобных злокачественных опухолей молочной железы характерны молекулярные признаки нормальной ткани молочной железы.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой миелоидную неоплазму. В числе миелоидных неоплазм входят злокачественные опухоли клеток миелоидного ростка, например, миелоидный (миелоцитарный или миелогенный) лейкоз, происходящий из гранулоцитов (например, нейтрофилов, эозинофилов и базофилов) или моноцитов) или моноцитов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в число миелоидных неоплазм входят хронический миелоцитарный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, хронический нейтрофильный лейкоз, хронический эозинофильный лейкоз и миелодиспластические синдромы.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль яичка. Злокачественная опухоль яичка представляет собой злокачественную опухоль семенников. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления злокачественная опухоль яичка включает без ограничения такие злокачественные опухоли, как сперматоцитомы, несеминомы, хориокарцинома, тератокарцинома, незрелая тератома, опухоли желточного мешка, опухоли из клеток Лейдига и Сертоли, PNET, лейомиосаркома, рабдомиосаркома и мезотелиома.
В некоторых случаях злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль желудка. Опухоль желудка или злокачественная опухоль желудка относится к любой опухоли или злокачественной опухоли желудка, в том числе, например, аденокарциномам (например, диффузного типа и кишечного типа) и менее распространенным формам, таким как лимфомы, лейомиосаркомы и плоскоклеточные карциномы.
Дополнительные способы.
В соответствии с конкретными вариантами осуществления, настоящее изобретение относится к способам определения риска развития злокачественной опухоли у пациента. Проценты, количества и паттерны метилирования биомаркеров характеризуют различные категории риска, например, высокий, средний или низкий. Риск развития злокачественной опухоли определяют путем измерения статуса метилирования соответствующих биомаркеров, а затем либо подстановки их в алгоритм классификации, либо сравнения их с эталонным количеством, т.е. предопределенным уровнем или паттерном метилированных (и/или неметилированных) биомаркеров, который ассоциирован с конкретным уровнем риска.
- 74 036566
Определение тяжести злокачественной опухоли.
В соответствии с другим вариантом осуществления, настоящее изобретение относится к способам определения тяжести злокачественной опухоли у пациента. Конкретная стадия или тяжесть злокачественной опухоли может иметь характерный уровень гиперметилирования или гипометилирования биомаркера или относительные уровни гиперметилирования или гипометилирования набора биомаркеров (паттерн). В некоторых случаях тяжесть злокачественной опухоли определяют путем измерения статуса метилирования соответствующих биомаркеров, а затем либо подстановки их в алгоритм классификации, либо сравнения их с эталонным количеством, т.е. предопределенным уровнем метилирования или паттерном метилированных биомаркеров, который ассоциирован с конкретной стадией.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента используют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18 и/или 20. В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15. В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 16. В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 17. В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 18.
В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg20468939, cg24790419,cg26836479,cgl6911583, cgl5139596,cgl6927606,cgl2967050,cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502, cgl2504877,cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157,cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880,cgl5797834, cg27125093,cgl7518965, cg20695297,cgO4858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646,cg06153925, cg27410601, cg03297901,cgO6853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244,cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979,cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284,cg01681367, cg26769927,cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538,cg22460896,
- 75 036566 cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998,cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476,cgl8158859, cgl9300307,cgl8842353, cgl0732611,cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449,cgl6402452, cg21376733, cgl6509569,cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975,cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701,cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197,cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001,cg01209642, cgl4564351,cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959,cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830,cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702,cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287,cg23824762, cg01604601,cg05656900,cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981,cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930.
В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25922751, cg25432518,cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975, cg08098128,cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736,cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432,cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cgO9153O8O, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cgO3891O5O, cg01681367, cg01456691,cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cgO9335715, cgO885813O, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В некоторых случаях для определения тяжести злокачественной опухоли у пациента применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и
- 76 036566 cg17126555.
Определение прогноза злокачественной опухоли.
В соответствии с одним вариантом осуществления, настоящее изобретение относится к способам определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессированию (улучшению) злокачественной опухоли. С течением времени изменяется величина или относительная величина (например, паттерн) метилирования биомаркеров. Например, гиперметилирование или гипометилирование биомаркеров X и Y в некоторых случаях увеличиваются с развитием злокачественной опухоли. Таким образом, тенденция этих биомаркеров, либо увеличение, либо уменьшение метилирования с течением времени в отношении злокачественной опухоли или отличного от злокачественной опухоли заболевания, указывает на динамику заболевания. Следовательно, этот способ предусматривает измерение уровня метилирования или статуса одного или нескольких биомаркеров у пациента по меньшей мере в двух разных моментах времени, например, в первый раз и во второй раз, и сравнение изменения, при его наличии. На основании результатов этих сравнений определяют динамику злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18 и/или 20, используют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли. В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли. В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 16, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли. В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 17, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли. В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 18, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли.
В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005,cg24166457, cg27141915,cgl7122157,cg09844573, cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104,cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cgO4858553, cg09419005,cg25490145,cgl1252953,cgl8456621, cg07058988,cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cgO6853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597, cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564,
- 77 036566 cg07860918,cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910,cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177,cg26363363, cg21249754,cg23147227, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476, cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353,cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733,cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756,cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736, cgl6191087, cgl3925432,cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956,cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796, cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582,cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150,cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691, cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130,cg03956042, cgl9266387,cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448,cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли.
В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из
- 78 036566 cg25922751,cg25432518, cg23612220, cg23130731,cgl3911392, cgll334870, cgll252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137,cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093,cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833,cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930, cg22513455, cgl9693177, cgl9675731,cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655, cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168,cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668, cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452,cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959,cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244и cg00025044 (табл. 20) применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли.
В некоторых случаях один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555, применяют для определения динамики злокачественной опухоли у пациента, динамика злокачественной опухоли относится к изменениям статуса злокачественной опухоли с течением времени, в том числе к прогрессированию (ухудшению) злокачественной опухоли и регрессии (улучшению) злокачественной опухоли.
Ведение пациента.
В соответствии с определенными вариантами осуществления способов установления статуса злокачественной опухоли такие способы дополнительно предусматривают ведение лечения пациента на основании такого статуса. Такое ведение включает определенные действия врача или клинициста после определения статуса злокачественной опухоли. Например, если врач ставит диагноз или делает прогноз злокачественной опухоли, то далее последует определенный режим отслеживания. Затем для оценки динамики злокачественной опухоли с помощью способов по настоящему изобретению необходим определенный режим терапии злокачественной опухоли. Альтернативно, после постановки диагноза отличного от злокачественной опухоли заболевания следует дополнительное обследование для определения конкретного заболевания, от которого страдает пациент. Необязательно, дополнительные обследования требуются, если диагностическое обследование дает неубедительный результат по статусу злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для установления статуса злокачественной опухоли используют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18 и/или 20. В некоторых случаях для установления статуса злокачественной опухоли применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15. В некоторых случаях для установления статуса злокачественной опухоли применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 16. В некоторых случаях для установления статуса злокачественной опухоли применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 17. В некоторых случаях для установления статуса злокачественной опухоли применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 18.
В некоторых случаях для установления статуса злокачественной опухоли применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из
- 79 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213, cg26680502, cgl2504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157, cg09844573,cg03087897, cg24706505, cgl7126555, cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988, cgl7864646, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597,cg02782634, cgl8942579, cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756, cg03569637,cg02522196,cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg01657186,cg23764129, cg04514998, cg07332880,cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697,cg05398700, cgl4058476, cgl8158859,cgl9300307, cgl8842353, cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921, cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204,cgl4556909, cg07119472, cgl4999168, cg09399878, cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408, cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930, cgl3395086, cg20136100, cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415, cg22552736,cgl6191087, cgl3925432, cgl3464240, cgl4633252, cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244,cgl8887230, cg08486903,cg09335715, cgl2629796,cgl6454130, cg26433975, cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313,cg25432518, cgl6622899, cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691,cgl7207512, cg20510285, cgOl149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097, cgl6266227, cgl9675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cgl8856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cglOO55231 и cg26017930.
В некоторых случаях для установления статуса злокачественного заболевания применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870, cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700, cg25574765, cg25490145, cgl8384097,cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272,cg27125093,cg26112797,
- 80 036566 cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415,cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213,cg24480810, cg24301930,cg22513455, cgl9693177, cgl9675731,cgl9252956, cgl8856478,cgl6509569,cgl5797834,cgl5698795, cgl5341833,cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655,cg02522196, cg02233149, cg00558804, cg26680502, cg23013029, cg22552736, cg21376733,cg20847580, cgl9704755, cgl8842353,cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448, cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cgOOO1553O, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762,cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008,cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045, cgl3924996, cgl2353452, cg09335715, cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В некоторых случаях для установления статуса злокачественного заболевания применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25574765, cg25490145, cg18384097, cg25922751 и cg17126555.
Определение терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства.
В соответствии с другим вариантом осуществления, настоящее изобретение относится к способам определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства. Эти способы пригодны при проведении клинических испытаний лекарственного средства, а также при отслеживании прогресса пациента на лекарственном средстве.
Терапия или клинические испытания предусматривают введение лекарственного средства в определенном режиме. В некоторых случаях такой режим предусматривает однократную дозу лекарственного средства или множество доз лекарственного средства с течением времени. Доктор или клинический исследователь отслеживает влияние лекарственного средства на пациента или субъекта в процессе его применения. Если лекарственное средство оказывает фармакологическое действие на состояние, то количества или относительные количества (например, паттерн или профиль) гиперметилирования или гипометилирования одного или нескольких биомаркеров по настоящему изобретению изменяются в сторону профиля отличного от злокачественной опухоли заболевания.
В некоторых случаях в ходе лечения следят за динамикой статуса метилирования одного или нескольких биомаркеров у пациента. Соответственно, этот способ предусматривает измерение уровней метилирования одного или нескольких биомаркеров у пациента, который проходит терапию лекарственным средством, и установления корреляции уровней со статусом злокачественной опухоли у пациента (например, путем сравнения с предопределенными уровнями метилирования биомаркеров, которые соответствуют различным статусам злокачественной опухоли). Один вариант осуществления этого способа предусматривает определение уровней метилирования одного или нескольких биомаркеров по меньшей в двух различных моментах времени в ходе терапии лекарственным средством, например, в первый раз и во второй раз, и сравнение изменения уровней метилирования биомаркеров, при его наличии. Например, уровни метилирования одного или нескольких биомаркеров измеряют до и после применения лекарственного средства или в два различных момента времени в процессе применения лекарственного средства. На основании результатов этих сравнений определяют влияние терапии. Если лечение является эффективным, то статус метилирования одного или нескольких биомаркеров имеет тенденцию к нормальному, при этом если лечение является неэффективным, то статус метилирования одного или нескольких биомаркеров имеет тенденцию к признакам злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства используют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15-18 и/или 20. В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 15. В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 16. В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 17. В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из табл. 18.
В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из
- 81 036566 cg20468939, cg24790419, cg26836479, cgl6911583, cgl5139596, cgl6927606, cgl2967050, cg21122474, cg06064964, cgl1779113, cgl2042264, cg27377213,cg26680502,cgl2504877, cg21913888,cg26683005, cg24166457, cg27141915, cgl7122157,cg09844573,cg03087897, cg24706505,cgl7126555,cgl3911392, cgl8901104, cg25982880, cgl5797834, cg27125093, cgl7518965,cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cgl1252953, cgl8456621, cg07058988,cgl7864646, cg06153925,cg27410601, cg03297901, cg06853339, cgl2900649, cg27219182, cgl5759721, cg27023597,cg02782634, cgl8942579,cg01409343, cgl0530767, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg27598656, cg03549146, cg22190721,cg01660934, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg26769927, cg08480068,cg02914427, cg03653601, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg22460896, cg07116712, cgl0186131, cg06380123, cgl8610205, cgl2353452, cgl0590292, cg00037681,cg05596756, cg03569637, cg02522196, cgl1655490, cgl9693177, cg26363363, cg21249754,cg23147227, cg01657186,cg23764129, cg04514998,cg07332880, cgl6061668, cg25574765, cgl4088196, cg03758697, cg05398700, cgl4058476,cgl8158859, cgl9300307, cgl8842353,cgl0732611, cg24480810, cg02053964, cg25922751, cg25954028, cgl4642045, cg24165921,cgl8215449, cgl6402452, cg21376733, cgl6509569, cg08075204, cgl4556909, cg07119472,cgl4999168, cg09399878,cg02874908, cgl0542975, cgl5698795, cgl1791526, cg00862408,cgl6260696, cg00220455, cg20826709, cgl1436362, cgl3924996, cg07420137, cg24301930,cgl3395086, cg20136100,cg09153080, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cgl3912307, cgl0511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cgl3408086, cgl3555415,cg22552736,cgl6191087, cgl3925432,cgl3464240,cgl4633252,cgl9252956, cg00015530, cg08632810, cgl2737392, cg26769700,cg03218479, cg02609337, cgl0351284, cg23554164, cgl9021985, cg21031128, cgl9421584, cgl7984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cgl8887230, cg08486903, cg09335715, cgl2629796,cgl6454130, cg26433975,cgl0673833, cg06787669, cgl2192582, cg05098343, cg07573366, cgl1105292, cg05287480, cgl6748008, cgl6644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cgl2098228, cg26811313, cg25432518, cgl6622899,cgl2359001, cg01209642, cgl4564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580,cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cgl3597051, cgl8113826, cg04859102, cg01620360, cgl4083015, cgl5046123, cg03190513, cg01456691,cgl7207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cgl1334870, cg08912922,cg23021796,cg24835948,cgl0393744, cg07428959, cgl7694130, cg03956042, cgl9266387, cgl3512830, cgl9982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448,cg25451702, cg08098128, cgl3821008, cg27405400, cg09366118, cgl5341833, cg02233149, cgl4247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cgl8384097,cgl6266227,cgl9675731, cg21461981,cg25765104,cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985,cgl8856478,cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cgl9704755, cg07589991, cgl0055231 иcg26017930.
В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из
- 82 036566 cg25922751, cg25432518, cg23612220, cg23130731, cgl3911392, cgl1334870, cgl1252953, cgl0542975, cg08098128, cg02874908, cg26769927, cg26769700,cg25574765, cg25490145, cgl8384097, cgl7126555, cgl4247287, cg07420137, cg05098343, cg01903374, cg00907272, cg27125093, cg26112797, cg24166457, cgl9300307, cgl7122157, cgl3555415, cgl1436362, cgl0673833, cg09866569, cg08075204, cg05614346, cg02053964, cg27377213, cg24480810, cg24301930,cg22513455, cgl9693177, cgl9675731, cgl9252956, cgl8856478, cgl6509569, cgl5797834, cgl5698795, cgl5341833, cgl4556909, cgl4083015, cgl4058476, cgl2192582, cgl0590292, cg06787669, cg06439655,cg02522196, cg02233149,cg00558804,cg26680502, cg23013029,cg22552736, cg21376733, cg20847580, cgl9704755, cgl8842353, cgl6622899, cgl4999168, cgl3925432, cgl2967050, cgl1105292, cg09419005, cg09153080, cg07380416, cg06825448,cg05596756, cg03891050, cg01681367, cg01456691, cg00015530, cg27410601, cg27366280, cg26683005, cg25666403, cg24706505, cg24107852, cg23824762, cg23021796, cg21122474, cg20336172, cgl8610205, cgl8456621, cgl7518965, cgl6748008, cgl6191087, cgl6061668,cgl4642045, cgl3924996,cgl2353452, cg09335715,cg08858130, cg08480068, cg08052292, cg07428959, cg06153925, cg04147906, cg03431741, cg00282244 и cg00025044 (табл. 20).
В некоторых случаях для определения терапевтической эффективности фармацевтического лекарственного средства применяют один или несколько биомаркеров, выбранных из cg25574765, cg25490145, cg18384097,cg25922751 и cg17126555.
Создание алгоритмов классификации для установления статуса злокачественной опухоли.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления один или несколько способов распознания паттернов применяют при анализе значений метилирования, измеряемых для маркеров в панели биомаркеров, которые корреляционно связаны с основным диагностическим запросом. В некоторых случаях способ распознания паттерна предусматривает линейное комбинирование уровней метилирования или нелинейное комбинирование уровней метилирования для извлечения вероятности, что биологический образец получен от пациента, у которого отсутствуют признаки заболевания, у которого присутствует системная злокачественная опухоль или у которого присутствует биохимический рецидив, а также для установления различия между этими стадиями и типами заболевания, особенно типа первичной опухоли. В некоторых случаях модели и/или алгоритмы представлены в машиночитаемом формате, и их применяют для установления корреляции уровней метилирования или профиля метилирования со стадией заболевания и/или для определения способа лечения пациента или класса пациентов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления анализ уровня метилирования для множества целей предусматривает применения алгоритма или классификатора. Массивом данных управляют, его классифицируют и анализируют с использованием методик, известных в настоящей области техники и описанных в настоящем документе. В некоторых случаях анализ уровня метилирования для множества целей предусматривает моделирование набора зондов и предварительную обработку данных. В некоторых случаях моделирование набора зондов и предварительная обработка данных производят с помощью алгоритма Robust Multi-Array (RMA) и его вариантов GC-RMA, RMA, алгоритма Probe Logarithmic Intensity Error (PLIER) или его варианта iterPLIER. Для предварительной обработки данных с использованием алгоритма RMA применяют фильтры отклонений или интенсивности, например, путем удаления целевых последовательностей соответственно со средним квадратичным отклонением <10 или средней интенсивностью <100 единиц интенсивности нормализованного диапазона данных.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления данные, которые были созданы с помощью таких образцов, как известные образцы или контроль, затем используют для обучения модели классификации. Известный образец представляет собой образец, который был предварительно классифицирован, такой как, например, подходящий контроль (например, биомаркеры) от не пораженного заболеванием или пораженного отличным от злокачественной опухоли заболеванием нормального образца и/или подходящего контроля (например, биомаркеры из ткани известного типа или стадии опухоли или статуса злокачественной опухоли. Данные, которые применяют для формирования модели классификации, называют набором обучающих данных. В некоторых случаях набор обучающих данных, который применяют для формирования модели классификации, включает необработанные данные или предварительно обработанные данные. После обучения модель классификации распознает паттерны в данных, полученных с применением неизвестных образцов. В некоторых случаях такую модель классификации затем применяют для классификации неизвестных образцов на классы. Это полезно, например, при прогнозировании того, ассоциирован ли конкретный биологический образец с определенным биологическим состоянием (например, пораженный против не пораженного заболеванием).
После построения и подтверждения модели, ее объединяют в пакет, доступный конечным пользо- 83 036566 вателям. Например, это предусматривает реализацию приложения для работы с электронными таблицами или альтернативной формы для визуального представления, в которое была встроена модель, создание сценария статистического программного пакета или реструктуризацию кода модели в жестко запрограммированное приложение сотрудниками отдела по информационным технологиям.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления модели классификации формируют и применяют на любом подходящем цифровом компьютере. В число подходящих цифровых компьютеров входят микро-, мини- или большие компьютеры с использованием любой стандартной или специализированной операционной системы, такой как операционная система Unix, Windows® или Linux™. В вариантах осуществления с применением масс-спектрометра используемый цифровой компьютер физически отделен от масс-спектрометра, который применяют для создания представляющих интерес спектров, или же он соединен с масс-спектрометром.
Набор обучающих данных и модели классификации в соответствии с вариантами осуществления настоящего изобретения реализованы в виде компьютерного кода, который выполняется или используется цифровым компьютером. Компьютерный код хранят на любом подходящем машиночитаемом носителе, в том числе на оптических или магнитных дисках, накопителях, лентах и т.д., и он может быть написан на любом подходящем языке программирования вычислительной машины, в том числе R, С, С++, visual basic и т.д.
Описанные выше обучающие алгоритмы полезны как для разработки алгоритмов классификации уже обнаруженных биомаркеров среди биомаркеров, так и для поиска новых биомаркеров среди биомаркеров. Алгоритмы классификации, в свою очередь, образуют основу для диагностических обследований, предоставляя диагностические значения (например, граничные точки) для биомаркеров, применяемые отдельно или в комбинации.
Компьютерные системы, платформы и программы.
В соответствии с некоторыми аспектами, описываемое настоящее изобретение относится к компьютерной системе или платформе, которая снабжена средствами для реализации одного или нескольких описываемых в настоящем документе способов. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления в состав компьютерной системы входит: (a) по меньшей мере одно запоминающее устройство, содержащее по меньшей мере одну компьютерную программу, предназначенную для управления работой компьютерной системы с целью реализации способа, который предусматривает (i) получение данных по метилированию ДНК, например, профиль метилирования CUP и профиль метилирования одной или нескольких первичных опухолей, (ii) определение степени идентичности между профилем метилирования CUP и профилем метилирования первичных опухолей, и (b) по меньшей мере один процессор для выполнения этой компьютерной программы. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления платформа содержит одну или несколько компьютерных систем.
Другой описываемый в настоящем документе аспект относится к компьютерной программе для управления компьютерной системой для выполнения стадий согласно одному или нескольким описываемым в настоящем документе способам.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления компьютерная система относится к содержащей компьютер системе, где компьютер содержит машиночитаемый носитель, на котором содержится программное обеспечение для управления компьютером. В некоторых случаях компьютерная система включает в себя один или несколько процессоров общего или специального назначения и ассоциированную с ними память, в том числе энергозависимые и энергонезависимые запоминающие устройства. В некоторых случаях память компьютерной системы хранит программное обеспечение или компьютерные программы для управления работой компьютерной системы для создания системы специального назначения в соответствии с настоящим изобретением или для реализации системы с целью осуществления способов в соответствии с настоящим изобретением. В некоторых случаях компьютерная система включает в себя одноядерный или многоядерный центральный процессор (CPU) Intel или AMD x86, процессор ARM или аналогичный компьютерный процессор для обработки данных. В некоторых случаях CPU или микропроцессор представляет собой любой обычный однокристальный или многокристальный микропроцессор общего назначения, такой как процессор Intel Pentium, процессор Intel 8051, процессор RISC или MISS, процессор Power PC или процессор ALPHA. В некоторых случаях микропроцессор представляет собой любой обычный или специальный микропроцессор, такой как цифровой сигнальный процессор или графический процессор. Микропроцессор обычно имеет обычные адресные магистрали, обычные шины передачи данных и одну или несколько обычных управляющих шин. Как описано ниже, программное обеспечение по настоящему изобретению выполняется на специализированной системе или на компьютере общего назначения с DOS, CPM, Windows, Unix, Linux или другой операционной системой. В некоторых случаях система включает в себя энергонезависимую память, такую как дисковая память и твердотельная память, для хранения компьютерных программ, программного обеспечения и данных, и энергозависимую память, такую как быстродействующая оперативная память для выполнения программ и программного обеспечения.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления машиночитаемый носитель относится к любому накопителю, применяемому для хранения данных, доступных компьютеру, а также к любым
- 84 036566 другим средствам для обеспечения компьютеру доступа к данным. Примеры машиночитаемого носителя по типу накопителя включают в себя: магнитный жесткий диск; гибкий магнитный диск; оптический диск, такой как CD-ROM и DVD; магнитную ленту; однокристальное запоминающее устройство. Машиночитаемый физический носитель данных, пригодный в различных вариантах осуществления настоящего изобретения, может включать в себя любой физический машиночитаемый носитель данных, например, твердотельную память (такую как флэш-память), магнитные и оптические машиночитаемые носители и накопители и память, которая использует другие технологии постоянной памяти. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления машиночитаемый носитель представляет собой любой материальный носитель, который позволяет компьютеру получать доступ к компьютерным программам и данным. Машиночитаемые носители могут включать в себя энергозависимые и энергонезависимые, съемные и несъемные материальные носители, реализованные любым способом или технологией, способные хранить информацию, такую как машиночитаемые инструкции, программные модули, программы, данные, структуры данных и информацию в виде базы данных. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящего изобретения, машиночитаемые носители включают в себя без ограничения RAM (оперативное запоминающее устройство), ROM (постоянное запоминающее устройство), EPROM (стираемое программируемое постоянное запоминающее устройство), EEPROM (электрически стираемое программируемое постоянное запоминающее устройство), флэш-память или другую технологию памяти, CD-ROM (постоянное запоминающее устройство на компакт-дисках), DVD диски (универсальные цифровые диски) или другие оптические накопители, магнитные кассеты, магнитную ленту, запоминающее устройство на магнитных дисках или другие магнитные накопители, другие типы энергозависимой и энергонезависимой памяти и любой другой материальный носитель, который можно применять для хранения информации и который может считываться компьютером, включая и любую подходящую комбинацию вышеизложенного.
В некоторых случаях один или несколько описываемых в настоящем документе способов реализуют на автономном компьютере или как часть сетевой компьютерной системы или вычислительной платформы. В автономном компьютере все программное обеспечение и данные могут располагаться на локальных запоминающих устройствах, например, для хранения программного обеспечения компьютера для реализации настоящего изобретения, а также данных можно применять оптический диск или устройство флэш-памяти. В соответствии с альтернативными вариантами осуществления, программное обеспечение, или данные, или как первое, так и вторые могут быть доступны через сетевое соединение с удаленными устройствами. В соответствии с одним вариантом осуществления сетевой компьютерной системы или вычислительной платформы, настоящим изобретением предусмотрено применение клиентсерверной среды по общедоступной сети, такой как интернет, или частной сети для подключения к данным и ресурсам, хранящимся в удаленных и/или расположенных на централизованных местоположениях. В соответствии с этим вариантом осуществления, сервер, включающий в себя веб-сервер, может предоставлять доступ, либо открытый доступ, либо оплачиваемый по факту потребления, либо доступ по подписке к информации, предоставляемой в соответствии с настоящим изобретением. В клиентсерверной среде клиентский компьютер, выполняющий клиентское программное обеспечение или программу, такую как веб-браузер, подключается к серверу по сети. Клиентское программное обеспечение или веб-браузер предоставляет пользовательский интерфейс для пользователя настоящего изобретения для ввода данных и информации и получения доступа к данным и информации. В некоторых случаях клиентское программное обеспечение просматривают на дисплее локального компьютера или другом устройстве вывода, и оно может позволять пользователю вводить информацию, например, с помощью компьютерной клавиатуры, мыши или другого устройства ввода. Сервер выполняет одну или несколько компьютерных программ, которые позволяют клиентскому программному обеспечению вводить данные, обрабатывать данные в соответствии с настоящим изобретением и выводить данные пользователю, а также предоставлять доступ к локальным и удаленным компьютерным ресурсам. Например, пользовательский интерфейс может включать в себя графический пользовательский интерфейс, содержащий элемент доступа, такой как текстовое поле, которое позволяет вводить данные, полученные в результате анализа, например, уровни данных по метилированию ДНК или уровни генной экспрессии ДНК целевых генов эталонной популяции плюрипотентных стволовых клеток и/или представляющей интерес популяции плюрипотентных стволовых клеток, а также элемент отображения, который может обеспечивать графический вывод результатов сравнения в виде оценочной карты или наборов данных, переданных или предоставленных процессором после выполнения инструкций, закодированных на машиночитаемом носителе. Применяемый в контексте настоящего изобретения термин программное обеспечение применяют взаимозаменяемо с термином программа, и он относится к предписанным правилам для работы с компьютером. Примеры программного обеспечения включают: программное обеспечение; сегменты кода; инструкции; компьютерные программы; и программируемую логику.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления профили метилирования от первичных опухолей, которые применяют в качестве эталонных, могут быть записаны в электронном виде или в цифровой форме, аннотированы и извлечены из баз данных, включая без ограничения базы данных по белкам и ДНК GenBank (NCBI), такие как genome, ESTs, SNPS, Traces, Celara, Ventor Reads, Watson reads,
- 85 036566
HGTS и т.д.; база данных от Швейцарского института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics), такие базы данных, как ENZYME, PROSITE, SWISS-2DPAGE, Swiss-Prot и TrEMBL; программный пакет Melanie или www-сервер ExPASy и т.д., SWISS-MODEL, Swiss-Shop и другие сетевые вычислительные инструменты; база данных Comprehensive Microbial Resource (от Института геномных исследований (The institute of Genomic Research)). В некоторых случаях полученную в результате информацию хранят в реляционной базе данных, которую используют для определения гомологии между эталонными данными или генами или белками в геноме и среди геномов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления система сравнивает данные в модуле сравнения, который использует множество доступных программных продуктов и форматов для операции сравнения, с целью сравнения информации последовательности, определенной в модуле определения, с эталонными данными. В соответствии с одним вариантом осуществления, модуль сравнения предназначен для использования методов распознавания образов для сравнения информации последовательности из одной или нескольких записей с одним или несколькими паттернами эталонных данных. Модуль сравнения можно сконфигурировать с использованием существующего коммерчески доступного или свободно доступного программного обеспечения для сравнения паттернов и можно оптимизировать под проводимые сравнения конкретных данных. Модуль сравнения также может предоставлять машиночитаемую информацию, относящуюся к информации последовательности, которая может включать, например, детекцию наличия или отсутствия сайтов метилирования CpG в последовательностях ДНК; определение уровня метилирования.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления модуль сравнения обеспечивает машиночитаемый результат сравнения, который может быть обработан в машиночитаемой форме по предопределенным критериям или критериям, заданным пользователем, с предоставлением отчета, который содержит информационный материал, отчасти основанное на результате сравнения, который может быть сохранен и выведен по запросу пользователя с помощью дисплейного модуля. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления дисплейный модуль позволяет отображать информационный материал, отчасти основанный на результате сравнения, пользователю, причем информационный материал представляет собой отчет, в котором показаны результаты сравнения профиля метилирования представляющего интерес CUP с профилем метилирования опухолевой клетки.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления дисплейный модуль позволяет отображать отчет или информационный материал, отчасти основанный на результате сравнения, конечному пользователю, причем информационный материал представляет собой отчет, в котором показаны результаты сравнения профиля метилирования CUP с профилем метилирования избранных первичных опухолей. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления этого аспекта и всех других аспектов настоящего изобретения, модуль сравнения или любой другой модуль по настоящему изобретению может включать в себя операционную систему (например, UNIX, Windows), на которой запускается система управления реляционными базами данных, веб-приложение и веб-сервер. Веб-приложение может включать в себя исполняемый код, необходимый для создания операторов языка базы данных [например, операторов стандартного языка запроса (Standard Query Language - SQL)]. Исполняемые модули могут включать в себя встроенные операторы SQL. Кроме того, веб-приложение может включать в себя файл конфигурации, который содержит указатели и адреса для различных программных элементов, входящих в состав сервера, а также различные внешние и внутренние базы данных, к которым необходимо получать доступ для обслуживания запросов пользователей. Файл конфигурации также направляет запросы к серверным ресурсам на соответствующее оборудование, которое может потребоваться, если сервер будет распределен между двумя или более отдельными компьютерами. В соответствии с одним вариантом осуществления, веб-сервер поддерживает протокол TCP/IP. Такие локальные сети иногда называют сетями Интранет. Преимущество таких сетей Интранет заключается в том, что они позволяют легко обмениваться данными с базами данных с открытым доступом, находящимися в интернете (например, на веб-сайте GenBank или Swiss Pro), такими как The Cancer Genome Atlas (TCGA) или International Cancer Genome Consortium (ICGC) и тому подобное. Таким образом, в соответствии с конкретным вариантом осуществления настоящего изобретения, пользователи могут получать прямой доступ к данным (например, через гипертекстовые ссылки), находящимся в интернет-базах данных, с помощью интерфейса HTML, предоставляемого веб-браузерами и веб-серверами. В соответствии с другими вариантами осуществления настоящего изобретения, для соединения с интернет-базами данных можно использовать другие интерфейсы, такие как HTTP, FTP, SSH и VPN интерфейсы.
В некоторых случаях компьютерные инструкции реализуются в программном обеспечении, программно-аппаратном средстве или аппаратном обеспечении и включают в себя любой тип программируемого шага, выполняемого модулями системы обработки информации. В некоторых случаях компьютерная система подключена к локальной сети (LAN) или глобальной сети (WAN). Одним примером локальной сети может быть корпоративная вычислительная сеть, включающая доступ к Интернету, к которой подключены компьютеры и вычислительные устройства, составляющие систему обработки данных. В соответствии с одним вариантом осуществления, в LAN для связи применяются стандартные сетевые протоколы управления передачей/межсетевые протоколы (TCP/IP). Протокол управления переда
- 86 036566 чей/межсетевой протокол (ТСР)можно использовать в качестве протокола транспортного уровня для обеспечения надежной связи с установлением соединения между транспортными уровнями среди компьютерных систем. Сетевой уровень обслуживает транспортный уровень. С помощью схемы двусторонней связи TCP обеспечивает механизм для создания, поддержки и завершения логических соединений между компьютерными системами. В качестве своего протокола сетевого уровня транспортный уровень TCP использует IP. Кроме того, TCP предоставляет порты протокола для дифференцировки нескольких программ, выполняемых на одном устройстве, путем включения номера порта назначения и номера порта источника с каждым сообщением. TCP выполняет такие функции, как передача байтовых потоков, определения потока данных, подтверждения данных, повторную передачу потерянных или поврежденных данных и мультиплексирование нескольких соединений через одно сетевое соединение. Наконец, TCP отвечает за включение информации в структуру датаграммы. В соответствии с альтернативными вариантами осуществления, LAN может поддерживать другие сетевые стандарты, в том числе без ограничения, стандарт взаимодействия открытых систем Международной организации по стандартизации, SNA от IBM, Netware от Novell и Banyan VINES.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления модуль сравнения обеспечивает машиночитаемые данные, которые могут быть обработаны в машиночитаемой форме по предопределенным критериям или критериям, заданным пользователем, с предоставлением загружаемого информационного материала, который может быть сохранен и выведен по запросу пользователя с помощью дисплейного модуля. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящего изобретения, компьютеризированная система может включать в себя или быть оперативно связана с дисплейным модулем, таким как компьютерный монитор, сенсорный экран или система отображения видеоинформации. Дисплейный модуль позволяет представлять пользователю системы пользовательские инструкции, просматривать введенные в систему данные и выводить системе результаты пользователю как часть пользовательского интерфейса. Необязательно, компьютеризованная система может включать в себя печатающее устройство, или может быть оперативно соединена с ним, для производства печатных копий выводимой системой информации.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления веб-браузер можно применять для предоставления пользовательского интерфейса, позволяющего пользователю взаимодействовать с системой для ввода информации, создания запросов и отображения загруженного информационного материала. Кроме того, для использования веб-браузера с целью создания пользовательского интерфейса можно адаптировать различные функциональные модули системы. С помощью веб-браузера пользователь может создавать запросы на получение данных из источников данных, таких как базы данных, и взаимодействовать с модулем сравнения для выполнения сравнений и сопоставления паттернов. Пользователь может указывать и кликать на элементы пользовательского интерфейса, такие как кнопки, выпадающие меню, полосы прокрутки и т.д., обычно используемые в графических пользовательских интерфейсах для того, чтобы взаимодействовать с системой и заставить систему осуществлять способы по настоящему изобретению. Запросы, составленные с помощью веб-браузера пользователя, могут быть переданы по сети веб-приложению, которое может обрабатывать или форматировать запрос для создания поискового запроса в одной или нескольких базах данных, которые могут быть использованы для получения соответствующей информации, связанной с уровнями метилирования ДНК и уровни генной экспрессии, загружаемого информационного материала, обработки этой информации и вывода результатов.
Сервер.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления представленные в настоящем документе способы обрабатывают на сервере или компьютерном сервере (фиг. 2). В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер 401 включает в себя центральный процессор (CPU, также процессор) 405, который является одноядерным процессором, многоядерным процессором или множеством процессоров для параллельной обработки. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления процессор, используемый как часть блок управления, представляет собой микропроцессор. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер 401 также включает в себя память 410 (например, оперативное запоминающее устройство, постоянное запоминающее устройство, флэш-память); электронный блок 415 хранения (например, жесткий диск); коммуникационный интерфейс 420 (например, сетевой адаптер) для коммуникации с одной или несколькими другими системами; и периферийные устройства 425, которые включают в себя кэш, другую память, хранилище данных и/или электронные дисплейные адаптеры. Память 410, блок 415 хранения, интерфейс 420 и периферийные устройства 425 сообщаются с процессором 405 через коммуникационную шину (сплошные линии), такую как материнская плата. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления блок 415 хранения является блоком хранения данных для хранения данных. Сервер 401 функционально связан с компьютерной сетью (сетью) 430 с помощью коммуникационного интерфейса 420. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления процессор с помощью дополнительного аппаратного обеспечения также функционально связан с сетью. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сеть 430 представляет собой интернет, интранет и/или экстранет, интранет и/или экстранет, которые находятся в коммуникации с интернетом, телекоммуникационной сетью или сетью передачи данных. В соответствии с некоторыми вариантами
- 87 036566 осуществления сеть 430 с помощью сервера 401 реализует одноранговую сеть, которая позволяет устройствам, соединенным с сервером 401, выполнять роль клиента или сервера. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер способен передавать и принимать машиночитаемые инструкции (например, протоколы или параметры работы устройства/системы) или данные (например, результаты измерения датчиков, необработанные данные, полученные в результате детекции метаболитов, анализ необработанных данных, полученных в результате детекции метаболитов, интерпретация необработанных данных, полученных в результате детекции метаболитов, и т.д.) посредством электронных сигналов, передаваемых по сети 430. Более того, в соответствии с некоторыми вариантами осуществления, сеть используют, например, для передачи или приема данных через международную границу.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер 401 находится в коммуникационной связи с одним или несколькими устройствами 435 вывода, такими как дисплей или принтер, и/или с одним или несколькими устройствами 440 ввода, такими как, например, клавиатура, мышь или джойстик. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления дисплей представляет собой сенсорный дисплей, и в этом случае он функционирует как дисплейное устройство, а также как устройство ввода. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления присутствуют различные и/или дополнительные устройства ввода, такие как извещатель тревожной сигнализации, динамик или микрофон. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер использует любую из ряда операционных систем, такую как, например, любая из нескольких версий Windows®, или MacOS®, или Unix®, или Linux®.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления блок 415 хранения хранит файлы или данные, связанные с работой устройства, систем или описываемых в настоящем документе способов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер находится в коммуникационной связи с одной или несколькими удаленными компьютерными системами через сеть 430. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления одна или несколько удаленных компьютерных систем включают в себя, например, персональные компьютеры, лаптопы, планшеты, телефоны, смартфоны или персональные цифровые помощники.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления блок управления включает в себя один сервер 401. В других ситуациях система включает в себя множество серверов, находящихся в коммуникационной связи друг с другом через интранет, экстранет и/или интернет.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления сервер 401 приспособлен для хранения параметров работы устройства, протоколов, описываемых в настоящем документе способов и другой имеющей потенциальное отношение информации. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления такая информация хранится в блоке 415 хранения или на сервере 401, и такие данные передаются через сеть.
Наборы и изделия.
В соответствии с другим аспектом, настоящее изобретение относится к наборам для детекции и/или характеристики статуса злокачественной опухоли и/или создания базы данных по профилям метилирования CpG, причем набор содержит множество праймеров или зондов для детекции или измерения статуса метилирования/уровней одного или нескольких описываемых в настоящем документе образцов. Такие наборы содержат в некоторых случаях по меньшей мере один полинуклеотид, который гибридизируется по меньшей мере с одной из последовательностей-биомаркеров метилирования по настоящему изобретению, и по меньшей мере один реагент для детекции метилирования гена. В число реагентов для детекции метилирования входят, например, бисульфат натрия, полинуклеотиды, сконструированные для гибридизации с последовательностью, которая является продуктом маркерной последовательности, если маркерная последовательно не метилирована (например, содержащая по меньшей мере одну C-U конверсию), и/или чувствительный к метилированию или зависящий от метилирования рестрикционный фермент. В некоторых случаях в наборах представлены твердые подложки в форме аналитического устройства, которое адаптировано для применения в анализе. В некоторых случаях наборы дополнительно содержат детектируемые метки, функционально связанные с полинуклеотидом, например, зонд в наборе.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы по настоящему изобретению содержат один или несколько (например, 1, 2, 3, 4 или более) различных полинуклеотидов (например, праймеров и/или зондов), которые могут специфически амплифицировать по меньшей мере часть участка ДНК биомаркера по настоящему изобретению. В некоторых случаях наборы содержат панель зондов, причем каждый зонд в указанной панели зондов содержит последовательность, которая приблизительно на 60-99% идентична зонду под SEQ ID NO: 1-1775. Необязательно, в набор также входит один или несколько меченых детектируемой меткой полипептидов, которые могут гибридизироваться с амплифицируемой частью. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы содержат достаточно праймеров для амплификации 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более различных участков ДНК или их частей и необязательно включают меченные детектируемой меткой полинуклеотиды, которые могут гибридизироваться с каждым амплифицируемым участком ДНК или его частью. Наборы дополнительно могут содержать зависимый от метилирования или чувствительный к метилированию рестрикционный фермент и/или бисульфит натрия.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы содержат бисульфит натрия,
- 88 036566 праймеры и адаптеры (например, олигонуклеотиды, которые можно лигировать или иным образом связать с геномными фрагментами) для амплификации всего генома и полинуклеотиды (например, меченные детектируемой меткой полинуклеотиды) для количественной оценки наличия конвертированной метилированной и или конвертированной неметилированной последовательности по меньшей одним с цитозином из участка ДНК биомаркера по настоящему изобретению.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы содержат чувствительные к метилированию рестрикционные ферменты (например, зависимый от метилирования рестрикционный фермент и/или чувствительный к метилированию рестрикционный фермент), праймеры и адаптеры для амплификации всего генома и полинуклеотиды для количественной оценки числа копий по меньшей мере части участка ДНК биомаркера по настоящему изобретению.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы содержат связывающийся с участком метилирования фрагмент и один или несколько полинуклеотидов для количественной оценки числа копий по меньшей мере части участка ДНК биомаркера по настоящему изобретению. Связывающийся с участком метилирования фрагмент обозначает молекулу (например, полипептид), который специфически связывается с метил-цитозином.
В число примеров входят рестрикционные ферменты и их фрагменты, которые лишены ДНКразрезающей активности, но сохраняют способность связывать метилированную ДНК, антитела, которые специфически связываются с метилированной ДНК, и т.д.).
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления набор включает упаковочный материал. Применяемый в контексте настоящего изобретения термин упаковочный материал может относиться к физической структуре, содержащей компоненты набора. В некоторых случаях упаковочный материал поддерживает стерильность компонентов набора и выполнен из материала, который традиционно применят для таких целей (например, бумаги, гофрированной фибры, стекла, пластика, фольги, ампул и т.д.). В наборы включены и другие материалы, пригодные при выполнении анализов, в том числе пробирки для проведения тестов, пипетки для переноса материала и т.п. В некоторых случаях наборы также включают письменные инструкции по применению одного или нескольких из этих реагентов в любом из описываемых в настоящем документе анализов.
В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы также включают буферное средство, консервант или стабилизатор белка/нуклеиновой кислоты. В некоторых случаях наборы также включают другие компоненты реакционной смеси, которые описаны в настоящем документе. Например, наборы включают одну или несколько аликвот описываемой в настоящем документе термостабильной ДНК-полимеразы и/или одну или несколько аликвот dNTP. В некоторых случаях наборы также включают контрольные образцы с известными количествами молекул матричной ДНК, несущих отдельные аллели локуса. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления наборы включают образец отрицательного контроля, например, образец, который не содержит молекул ДНК, несущих отдельные аллели локуса. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления набор включает образец положительного контроля, например, образец, содержащий известные количества одного или нескольких аллелей локуса.
Некоторые термины.
Если не указано иное, все используемые в настоящем документе технические и научные термины имеют то же значение, которое обычно понимается специалистом в области техники, к которой относится заявляемый предмет изобретения. Следует понимать, что приведенное выше общее описание и последующее подробное описание являются иллюстративными и пояснительными и не ограничивают ни один из заявляемых предметов изобретения. В настоящей заявке применение форм единственного числа включает формы с множественным числом, если специально не указано иное. Нужно отметить, что используемые в настоящем описании и в прилагаемой формуле изобретения формы единственного числа включают объекты в форме множественного числа, если контекст явно не диктует иное. В настоящей заявке применение или означает и/или, если не указано иное. Более того, применение термина включающий, а также других форм, таких как включать, включает и включенный, не является ограничивающим.
Применяемые в контексте настоящего изобретения диапазоны и количества могут быть выражены в виде приблизительно конкретного значения или диапазона. Приблизительно также включает точное количество. Таким образом, приблизительно 5 мкл означает приблизительно 5 мкл, а также 5 мкл. Как правило, термин приблизительно включает в себя количество, которое, согласно ожиданиям, будет находиться в пределах экспериментальной ошибки.
Применяемые в контексте настоящего изобретения заголовки разделов предназначены только для организационных целей и не должны истолковываться как ограничивающие описываемый предмет изобретения.
Применяемые в контексте настоящего изобретения термины индивидуум(ы), субъект(ы) и пациент(ы) означают любое млекопитающее. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления млекопитающим является человек. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления млекопитающим является отличное от человека животное.
- 89 036566
Сайт соответствует одному сайту, который может быть положением одного основания или группой положений скоррелированных оснований, например, сайтом CpG. Локус соответствует участку, который включает в себя несколько сайтов. В некоторых случаях локус включает в себя один сайт.
Применяемый в контексте настоящего изобретения по сравнению относится к оценке того, как статус метилирования, доля, уровень или геномная локализация одного или нескольких биомаркеров в образце от пациента относится к статусу метилирования, доле, уровню или геномной локализации соответствующего одного или нескольких биомаркеров в стандартном или контрольном образце. Например, по сравнению может относиться к оценке того, является ли статус метилирования, доля, уровень или клеточная локализация одного или нескольких биомаркеров в образце у пациента таким же, большим или меньшим или отличающимся от статуса метилирования, доли, уровня или клеточной локализации соответствующего одного или нескольких биомаркеров в стандартном или контрольном образце. В соответствии с одним вариантом осуществления термин по сравнению относится к оценке одного или нескольких образцов в сравнении (такой же, больше или меньше или отличающийся) со множеством стандартных или контрольных образцов.
Термин статистически значимый или значимо относится к статистической значимости и обычно обозначает двойное стандартное отклонение (2 SD) ниже нормы, или еще ниже, концентрации маркера. Этот термин относится к статистическому доказательству того, что имеет место различие. Его определяют как вероятность принятия решения об отказе от нулевой гипотезы, если нулевая гипотеза фактически истинна. Решение зачастую принимают с помощью p-значения.
Термин создание прогноза или предсказывать относится к прогнозу или расчету риска развития злокачественной опухоли или заболевания или типа опухоли, и насколько пациент будет прогрессировать, и есть ли шанс излечения. Создание прогноза злокачественной опухоли обычно относится к прогнозу или предсказанию возможного протекания или исхода в отношении злокачественной опухоли и/или пациента, оценке риска возникновения или рецидива злокачественной опухоли, определения способа лечения или определения эффективности лечения или ответов на него. При создании прогноза можно использовать информацию от индивидуума, а также внешние данные для сравнения относительно информации от индивидуума, такие как данные, полученные от населения, скорость ответа у оставшихся в живых, семейная или другая генетическая информация и тому подобное. Создание прогноза также применяют в контексте прогнозирования прогрессирования заболевания, в частности, для прогнозирования терапевтических результатов определенной терапии заболевания, в частности, неопластических состояний или типов опухолей. Создание прогноза терапии применяют, например, для прогнозирования шанса на успех (т.е. излечения от заболевания) или шанса уменьшения тяжести заболевания до определенного уровня. В целом, маркеры, по которым проводят скрининг с этой целью, предпочтительно получают из выборочных данных от пациентов, которые проходили лечение в соответствии с подлежащей прогнозированию терапией. Наборы маркеров также можно применять для отслеживания пациента в отношении появления терапевтических результатов или положительных результатов прогрессирования заболевания.
Термин уровень злокачественной опухоли или статус злокачественной опухоли относится к тому, присутствует ли злокачественная опухоль, к стадии злокачественной опухоли, размеру опухоли, есть ли метастазы, к общей опухолевой нагрузке на организм, локализации и/или происхождению злокачественной опухоли и/или к другому показателю тяжести злокачественной опухоли. Уровень злокачественной опухоли может быть выражен числом или другими символами. В некоторых случаях уровень равен нулю. В некоторых случаях уровень злокачественной опухоли также включает предопухолевые или предраковые состояния (статусы), ассоциированные с мутациями или рядом мутаций.
Применяемый в контексте настоящего изобретения термин проведение лечения и лечение относится к введению субъекту эффективного количества композиции, так чтобы у субъекта имело место уменьшение по меньшей мере одного симптома заболевания или ослабление заболевания, например, имели место благоприятные или необходимые клинические результаты. В контексте настоящего изобретения в число благоприятных или необходимых клинических результатов входят без ограничения облегчение одного или нескольких симптомов, уменьшение степени заболевания, стабилизированная (например, не ухудшающаяся) стадия заболевания, отсрочка или замедление прогрессирования заболевания, облегчение или ослабление болезненного состояния и ремиссия (либо частичная, либо полная), либо детектируемая, либо не детектируемая. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления проведение лечения относится к увеличению выживаемости по сравнению с ожидаемой выживаемостью без получения лечения. В некоторых случаях лечение включает профилактику. Альтернативно, лечение является эффективным, если прогрессирование заболевания уменьшается или прекращается. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления термин лечение также означает увеличение выживаемости по сравнению с ожидаемой выживаемостью без получения лечения. В число нуждающихся в лечении входят уже диагностированные с заболеванием или состоянием, а также те, у кого может развиться заболевание или состояние из-за генетической предрасположенности или других факторов, которые вносят свой вклад в развитие заболевания или состояния, так, в качестве неограничивающего примера, масса, рацион и состояние здоровья субъекта являются факторами, которые могут вносить свой вклад в вероят- 90 036566 ное развитие у субъекта сахарного диабета. В число нуждающихся в лечении также входят субъекты, нуждающиеся в медицинской или хирургической помощи, обслуживании или ведении. Субъект обычно является больным или пострадавшим или имеет повышенный риск стать больным, в сравнении со среднестатистическим гражданином, и нуждается в такой помощи, обслуживании или ведении.
Без дополнительного уточнения полагают, что специалист в настоящей области техники, с помощью приведенного выше описания, может использовать настоящее изобретение в полной мере. Последующие примеры являются лишь иллюстративными и никоим образом не ограничивают остальную часть раскрытия.
Примеры
Настоящие примеры представлены лишь в иллюстративных целях и не ограничивают объем представленной в настоящем документе формулы изобретения.
Пример 1.
Экстракция бесклеточной ДНК из мочи для неинвазивной диагностики.
Стабилизация и исходный материал.
Одобрения.
Настоящий проект был одобрен IRB SYSU и Сычуаньским университетом. От всех пациентов было получено информированное согласие. Опухолевые и нормальные ткани были получены после подписи пациентами информированного согласия.
стадии: стабилизирующий буфер для мочи - центрифугирование - замороженный супернатант.
Стабилизирующий буфер для мочи.
Стабилизирующий буфер для мочи был составлен для стабилизации ДНК из мочи и защиты бесклеточной ДНК. Консервант стабилизировал клетки в моче, предотвращая высвобождение геномной ДНК, что позволяло выделять высококачественную бесклеточную ДНК. Образцы, собранные в стабилизирующем буфере для мочи, были стабильны в течение 14 дней при комнатной температуре, что обеспечивало удобный сбор, транспортировку и хранение образцов.
Состав стабилизирующего буфера для мочи:
2,2% цитрата натрия,
0,8% лимонной кислоты,
0,245% декстрозы,
500 мМ EGTA,
1% глутаральдегида или 1% формальдегида.
Центрифугирование.
Образцы мочи центрифугировали на высокой скорости (например, 11000xg) в течение 15 мин, а супернатант использовали для экстракции нуклеиновых кислот. При помощи него из образца удаляли клеточный материал и клеточные нуклеиновые кислоты.
Исходный материал.
При долгосрочном хранении исходного материала супернатант хранили при температуре от -20 до -80°C.
Процедура.
1. Перенести до 40 мл мочи в коническую пробирку.
2. На каждый 1 мл мочи добавить 50 мкл стабилизирующего буфера для мочи. Тщательно перемешать смесь мочи путем переворачивания пробирки более 10 раз. После добавления и перемешивания мочи со стабилизирующим буфером для мочи мочу можно хранить до 14 дней при температуре окружающей среды.
3. Центрифугировать на 11000xg в течение 15 мин.
4. Не нарушая осадок, осторожно перенести супернатант мочи на новую коническую пробирку.
5. Затем бесклеточную мочу (супернатант мочи) либо хранить при температуре от -20 до -80°C в качестве исходного материала, либо обработать для экстракции ДНК.
Экстракция ДНК.
стадии: лизис - связывание - промывка - элюирование.
Лизирование образцов.
Образцы мочи лизировали в жестких денатурирующих условиях при повышенных температурах в присутствии протеиназы K и буфера для лизиса ДНК, которые вместе обеспечивали инактивацию ДНКаз и полное высвобождение нуклеиновых кислот от связанных с ними белков, липидов и везикул.
Связывание ДНК.
Высвобожденные нуклеиновые кислоты из мочи после лизирования избирательно связывали с колонкой с наполнителем из мембраны на основе диоксида кремния или гранулами на ее основе.
Условия связывания регулировали путем добавления буфера Bing для обеспечения оптимального связывания циркулирующих нуклеиновых кислот с мембраной на основе диоксида кремния. Затем лизаты переносили на мембрану на основе диоксида кремния, а циркулирующие нуклеиновые кислоты абсорбировали из большого объема на небольшую мембрану на основе диоксида кремния по мере прохож- 91 036566 дения через нее лизата под разреженным давлением.
Солевые и pH условия буфера для связывания обеспечивали, чтобы белки и другие примеси, которые в некоторых случаях ингибируют ПЦР и другие последующие ферментативные реакции, не сохранялись на мембране на основе диоксида кремния.
Промывка.
Нуклеиновые кислоты оставались связанными с мембраной, в то время как примеси эффективно смывались за 3 стадии промывки.
Элюирование чистых нуклеиновых кислот.
Высокочистые циркулирующие нуклеиновые кислоты элюировали в элюирующем буфере за одну стадию.
Выход и размер нуклеиновых кислот.
Для определения выходов использовали набор Qubit ds DNA HS или количественные способы амплификации. Выход зависел от объема образца и концентрации циркулирующих нуклеиновых кислот в образце. Абсолютный выход циркулирующей ДНК и РНК, полученной из образца, значительно варьировал среди образцов от разных индивидуумов, а также зависел от других факторов, например, пола, определенных стадий заболевания. Распределение размеров циркулирующих нуклеиновых кислот, очищенных с помощью такой процедуры, проверяли с помощью электрофореза в агарозном геле.
Пример 2.
Выделение свободной циркулирующей бесклеточной ДНК из мочи.
С помощью набора QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit производили выделение из 4 мл мочи, которые представляли собой супернатант, обработанный стабилизирующим буфером для мочи и центрифугированный, как описано выше. Образцы мочи были либо свежие, либо замороженные, а затем им позволяли уравновеситься с комнатной температурой.
Процедура.
1. Пипеткой отобрать 500 мкл протеиназы K QIAGEN в пробирку объемом 50 мл (не поставляется в наборе).
2. Внести 4 мл мочи в пробирку объемом 50 мл.
3. Внести 4 мл буфера ACL (при необходимости с РНК-носителем) и 1,0 мл буфера ATL; закрыть крышку и перемешивать встряхиванием на вортексе в течение 30 с.
4. Инкубировать при 60°C в течение 30 мин.
5. Поместить пробирку обратно на лабораторный стол и отвинтить крышку.
6. Внести 9,0 мл буфера ACB в лизат, закрыть крышку и тщательно перемешать встряхиванием на вортексе в течение 15-30 с.
7. Инкубировать смесь лизата - буфера АСВ в течение 5 мин на льду.
8. Вставить колонку QIAamp Mini в приемник VacConnector на устройстве QIAvac 24 Plus. Вставить 20 мл трубковый удлинитель в открытую колонку QIAamp Mini. Убедиться, что трубковый удлинитель прочно вставлен в колонку QIAamp Mini во избежание утечки образца.
9. Тщательно внести лизат со стадии 7 в трубковый удлинитель колонки QIAamp Mini. Включить вакуумный насос. После полной прокачки всех лизатов через колонки выключить вакуумный насос и опустить давление до 0 мбар. Осторожно удалить и выбросить трубковый удлинитель.
10. Внести 600 мкл буфера ACW1 в колонку QIAamp Mini. Оставить крышку колонки открытой и включить вакуумный насос. После прокачки всего буфера ACW1 через колонку QIAamp Mini выключить вакуумный насос и опустить давление до 0 мбар.
11. Внести 750 мкл буфера ACW2 в колонку QIAamp Mini. Оставить крышку колонки открытой и включить вакуумный насос. После прокачки всего буфера ACW2 через колонку QIAamp Mini выключить вакуумный насос и опустить давление до 0 мбар.
12. Внести 750 мкл этанола (96-100%) в колонку QIAamp Mini. Оставить крышку колонки открытой и включить вакуумный насос. После прокачки всего этанола через колонку QIAamp Mini выключить вакуумный насос и опустить давление до 0 мбар.
13. Закрыть крышку колонки QIAamp Mini, удалить ее из вакуумного коллектора и выбросить коннектор VacConnector. Поместить колонку QIAamp Mini в чистую пробирку для сбора объемом 2 мл (сохраненную со стадии 8) и центрифугировать на полной скорости (20000xg, 14000 об/мин) в течение 3 мин.
14. Поместить колонку QIAamp Mini в новую пробирку для сбора объемом 2 мл, открыть крышку и инкубировать сборку при температуре 56°C в течение 10 мин до полного высушивания мембраны.
15. Поместить колонку QIAamp Mini в чистую 1,5 мл пробирку для элюирования и удалить пробирку для сбора со стадии 14. Аккуратно внести 20-150 мкл буфера AVE в центр мембраны колонки QIAamp Mini. Закрыть крышку и инкубировать при комнатной температуре в течение 3 мин.
16. Центрифугировать на полной скорости (20000 xg, 14000 об/мин) в течение 1 мин для элюирования нуклеиновых кислот.
Свободно циркулирующую бесклеточную ДНК элюировали в буфер AVE, готовую для использова- 92 036566 ния в реакциях амплификации или для хранения при температуре от -15 до -30°C. Очищенные нуклеиновые кислоты не содержали белков, нуклеаз и других примесей. Выделенная ДНК идеально подходила для ПЦР, анализов на чипах, детекции метилирования и т.д.
Пример 3.
Создание маркеров метилирования.
Источники данных.
Данные по метилированию ДНК получали из различных источников, в том числе от Атласа ракового генома (The Cancer Genome Atlas - TCGA). Статус метилирования 485000 сайтов получали с помощью чипа Infinium 450K Methylation Array.
Дополнительные данные получали из следующих наборов данных GSE: GSE46306, GSE50192, GSE58298 и GSE41826. Были проанализированы профили метилирования для опухолей и их соответствующей нормальной ткани (табл. 1).
Файлы с данными по метилированию получали в формате IDAT с пропорциональными показателями каждой гранулы, которая была отсканирована. Для преобразования этих файлов данных в показатель, который называется бета-значением, использовали пакет minfi от Bioconductor.
После получения бета-значений для всех образцов были исключены все маркеры, которые не были во всех 20 наборах данных.
Таблица 1
Количество образцов для каждого типа образцов от атласа ракового генома (TCGA)
Тип злокачественной опухоли Количество образцов
Злокачественная опухоль мочевого пузыря 412
Нормальный мочевой пузырь 21
Нормальный головной мозг 145
Злокачественная опухоль молочной железы 783
Нормальная молочная железа 97
Холангиокарцинома 36
Норма без холангиокарциномы 9
Злокачественная опухоль толстой кишки 294
Нормальная толстая кишка 38
Злокачественная опухоль пищевода 185
Нормальный пищевод 16
Мультиформная глиобластома (GBM) 140
Злокачественная опухоль головы и шеи 528
Нормальные голова и шея 50
Злокачественная опухоль почки 659
Нормальная почка 205
Глиома головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG) 516
Злокачественная опухоль печени 376
- 93 036566
Нормальная печень 50
Злокачественная опухоль легкого 839
Нормальное легкое 74
Злокачественная опухоль поджелудочной железы 184
Нормальная поджелудочная железа 10
Феохромоцитома и параганглиома (PCPG) 179
Норма без феохромоцитомы и параганглиомы (PCPG) 3
Злокачественная опухоль предстательной железы 501
Нормальная предстательная железа 50
Злокачественная опухоль прямой кишки 96
Нормальная прямая кишка 7
Саркома 261
Норма без саркомы 4
Меланома кожи (SKCM) 104
Норма без меланомы кожи (SKCM) 2
Злокачественная опухоль желудка 393
Нормальный желудок 2
Злокачественная опухоль щитовидной железы 507
Нормальная щитовидная железа 56
Идентификация приоритетных маркеров в каждом сравнении Идентификацию специфической для типа злокачественной опухоли сигнатуры производили путем сравнения попарного различия метилирования между конкретным типом злокачественной опухоли и окружающей его нормальной тканью, различия между двумя разными типами злокачественной опухоли, а также различия между двумя различными нормальными тканями. Все 485000 сайтов метилирования CpG исследовали в обучающей группе из 1100 образцов опухолей и 231 образца соответствующих смежных нормальных тканей.
Сравнивали профиль каждой группы со всеми остальными группами. При общей сложности 20 групп злокачественных опухолей, перечисленных выше (табл. 1), всего было проведено 20 * 19/2= 190 различных групповых сравнений. Для всех 450 тыс. маркеров проводили сравнения из одной группы с другой с использованием функции colttests() в пакете R genefilter. С помощью этого анализа было получено p-значение с t-статистикой и различием в средней доле метилирования между категориями для каждого маркера в сравнении. После этого сравнения маркеры сортировали и ранжировали по абсолютному значению t-статистики для идентификации маркеров, с помощью которых, вероятнее всего, можно было бы проводить дифференцировать на две категории. Десять наиболее приоритетных маркеров из каждого сравнения отбирали для последующего проверочного анализа. Из 190 групп сравнения было выбрано
10x190=1900 маркеров для будущего анализа. После удаления дубликатов было выбрано 958 уникальных маркеров для панели для различных форм злокачественных опухолей, которые были протестированы в группе проверочного анализа, состоящей из 4000 опухолей и 1000 нормальных тканей. Эту панель затем использовали для обследования образцов плазмы и жидкости организма от пациентов со злокачественной опухолью легких, молочной железы, печени и толстой и прямой кишок, а также от контролей без злокачественной опухоли для подтверждения их диагностических и прогностических значений. Паттерны метилирования коррелировали с профилями генной экспрессии маркеров в этой панели.
Расчет весовых значений для десяти наиболее приоритетных маркеров в каждом сравнении.
Анализ главных компонент применяли к десяти наиболее приоритетным маркерам в каждой группе сравнения с использованием функции в среде для расчета статистики: prcomp(), и получали весовые значения первой главной компоненты в каждой группе, и сопоставляли эти весовые значения с десятью соответствующими маркерами в каждой группе. Было 190 группировок весовых значений с маркерами.
Создание переменных.
Для каждого образца в данных было создано 190 переменных. С помощью комбинации весовое значение/маркер рассчитывали каждую переменную V с использованием следующего уравнения:
V =^(1¥*М) ю где W представляет собой весовое значение, а M представляет собой бета-значение метилирования от 0 до 1 для соответствующего маркера.
Создавали матрицу, размеры которой представляли собой (1) количество образцов на (2) 190 пере менных.
- 94 036566
Классификация образцов.
Вышеупомянутую матрицу использовали для классификации образцов. Было несколько алгоритмов классификации, которые были использованы в данном случае, включая логистическую регрессию, по ближайшим соседям (NN) и опорно-векторные машины (SVM).
Для создания опорно-векторных машин использовали библиотеку kernlab для R. Алгоритм по Crammer, Singer имел несколько лучшие результаты, чем алгоритм по Weston, Watson. В анализе наблюдали четыре возможных типа ошибок классификации.
1. Неправильная ткань. Она имела место, если ткань толстой кишки была идентифицирована как ткань легкого.
2. Ложноотрицательный.
3. Ложноположительный.
4. Правильная ткань и прогноз. Неверный тип злокачественной опухоли. Например, это имело место в случае, когда светлоклеточная почечно-клеточная карцинома была идентифицирована как папиллярная почечно-клеточная карцинома.
Для подтверждения результатов были использованы три способа. Первые два были проверены с последней стадией.
1. Образцы разделяли на пять равных частей и 4 части использовали для обучения, а пятую часть использовали для тестирования результатов.
2. Использовали сценарий исключение по одному, при котором для обучения были использованы все образцы, кроме одного. Оставшийся один использовали для тестирования. Цикл повторяли для каждого образца, пока все они не были протестированы.
3. В двухэтапном репликационном исследовании в начале процесса образцы разделяли на два набора. С помощью обучающего набора было идентифицировано 10 маркеров в каждом сравнении с наиболее высокими t-критериями. Эти маркеры затем были использованы для создания главных компонент, а затем использовали эти переменные для создания SVM. Полученные маркеры затем применяли к тестовому набору для создания главных компонент и результатов от SVM.
Для каждого из этих способов точность прогнозирования была выше 95%. Количество ошибок тканей составляло менее 1%. Специфичность составляла приблизительно 95%, а чувствительность составляла почти 99% с тестовым набором данных.
Кроме того, также применяли PCA в комбинации с ICA. Полагали, что в ICA процессы-компоненты суммировались с измеренными значениями метилирования без предварительно заданных шумовых составляющих, хотя некоторые компоненты были включены или были представлены как один или несколько типов шума в данных. Например, в этом случае количество переменных (например, 117 тыс. значений метилирования) было намного больше, чем количество образцов (например, 7706 образцов). Разложение с помощью ICA, осуществленное без понижения размерности, в некоторых случаях не сходилось, поскольку для ICA необходимо достаточное количество образцов для обучения несмешивающейся матрицы из вводимых данных. Стадии дополнительно проиллюстрированы на фиг. 36 и рассмотрены ниже.
Неконтролируемое обучение - часть 1: отбор маркеров.
Эта часть заключалась в отборе N наиболее информативных маркеров (например, N составляло 5000) из общего объема необработанных маркеров (117 тыс.). В результате этого получали экономичный и точный массив маркеров для забора клеток крови для последовательной категоризации образца крови. В число дополнительных модификаций входили увеличение значения N или дублирование одного и того же набора маркеров (т.е. размещение каждого из 5000 маркеров в двух разных локализациях) для увеличения отношения сигнал/шум (SNR) при заборе клеток крови.
Стадия 1: анализ независимых компонент (ICA).
С помощью ICA получали несмешивающуюся матрицу W, которая линейно не смешивала матрицу входных данных X (7176x117 тыс.) в пространственно независимой исходной матрице U, где U=WX. Строки оцениваемой исходной матрицы U (активации-компоненты) имели формы кривых IC по каждому из маркеров. На этой стадии ICA-анализ давал 7176 компонент для последующего анализа. Полагали, что в ICA процессы-компоненты суммировались с измеренными значениями метилирования без предварительно заданных шумовых составляющих, хотя некоторые компоненты могли фактически включать или представлять собой один или несколько типов шума в данных.
Стадия 2: стандартизация путем Z-преобразования для компоненты-активации.
Для правильной оценки вклада каждого маркера среди 7176 IC, к компонентам-активации применяли стандартизацию путем Z-преобразования. В частности, каждая компонента-активация (одна строка из U) извлекала свое среднее значение и делила значение на стандартное отклонение с получением нулевого среднего и единичной дисперсии. С помощью этой процедуры создавали нормализованную U компоненту-активации (т.е. со взвешенными значениями маркеров) в так называемых Z-значениях.
Стадия 3: ранжирование Z-оцененного маркера для каждой компоненты.
Эта стадия заключалась в идентификации ценности 117 тыс. маркеров для каждой из 7176 компонент. Для каждой компоненты все маркеры в соответствии с абсолютными Z-значениями ранжировали
- 95 036566 таким образом, чтобы каждый маркер был помечен меткой от 1 до 117 тыс. Маркер, обозначенный как
1, был выявлен как вносивший наибольший вклад, в то время как маркер, обозначенный как 117 тыс., был наименее ценным. После этой стадии каждый маркер ассоциировали с 7176 значениями; каждое из них указывало на вклад в каждый из 7176 компонент.
Стадия 4: извлечение N приоритетных маркеров с наибольшим вкладом среди всех компонент.
Эта стадия заключалась в извлечении N наиболее значимых маркеров из 117 тыс. Поиск начинали с коллекции маркера, помеченного как 1 по любой компоненте, затем шли маркеры, помеченные как 2 по любым компонентам, и так далее. Поиск завершали при полном сборе необходимого числа маркеров с наибольшим вкладом.
Часть 2: извлечение параметра на основе ICA.
После отбора маркеров с наибольшим вкладом (5000 из 117 тыс.) применяли разложение с помощью ICA (описанное выше) к усеченной по маркерам матрице (7176x5000) для получения компонент, обозначаемых параметрами. Перед разложением с помощью ICA использовали анализ главных компонент (PCA) для уменьшения размера с 7176 до 25. Таким образом, PCA и ICA на этой стадии создавали матрицу параметров 35 на 5000 для классификации образцов крови.
Часть 3: классификация образцов крови.
После сравнения k-ближайших соседей (KNN) и опорно-векторной машины (SVM), SVM, оснащенная керн-функцией радиальной базисной функции (RBF), превосходила KNN и давала эффективность классификации 93,99% для правильного распознания одного из 7176 образцов из 30 классов (KNN=91,54%, где K=5).
В сравнении с эффективностью классификации 95,55%, полученной с использованием всех необработанных маркеров (117 тыс.), усеченная по маркерам матрица давала сопоставимую эффективность (93,99%).
Выделение ДНК/РНК и количественная ПЦР.
Характеристики пациентов и тканей: в качестве контролей использовали соответствующую смежную нормальную ткань. Для этих нормальных тканей было подтверждено с помощью гистологического исследования, что они не имеют никаких признаков злокачественной опухоли.
Образцы опухоли и соответствующих удаленных участков были получены у пациентов, перенесших хирургическое удаление опухоли; образцы замораживали и хранили при -80°C до использования. Выделение ДНК и РНК из образцов проводили с использованием набора AllPrep DNA/RNA Mini kit (Qiagen, Валенсия, Калифорния) и РНК подвергали расщеплению на колонке с ДНКазой. РНК количественно оценивали с использованием Nanodrop 2000 (Thermo Scientific), 200 нг РНК каждого образца использовали для комплементарного синтеза ДНК с использованием набора для синтеза кДНК iScript (Bio-rad, Inc) в соответствии с инструкциями производителя. Вкратце, образцы инкубировали в течение 5 мин при 25°C, 30 мин при 42°C, а затем проводили инкубацию при 85°C в течение 5 мин. qPCR проводили при помощи 40 циклов амплификации с применением геноспецифических праймеров и мастер-микса Power SYBR Green PCR Master Mix на системе для ПЦР в режиме реального времени 7500 Real Time PCR system (Applied Biosystems). Измерения проводили в трех повторностях, а результаты нормализовали к эндогенным уровням ACTB. Относительное кратное изменение экспрессии рассчитывали с использованием способа ΔΔCT (пороговые значения цикла <30). Данные представлены как среднее ± среднее квадратичное отклонение на основе трех повторностей.
Обширное профилирование метилирования генома выявляло специфические сигнатуры метилирования в различных злокачественных опухолях.
Для выявления специфической сигнатуры типа злокачественной опухоли производили попарное сравнение различий метилирования между конкретным типом злокачественной опухоли и окружающей его нормальной тканью, различий между двумя разными типами злокачественной опухоли, а также различий между двумя нормальными тканями. Профиль метилирования полногеномной ДНК от обучающей группы пациентов со злокачественными опухолями двенадцати типов, в том числе двумя NSCLC подтипами злокачественной опухоли легкого (аденокарциномой и плоскоклеточной карциномой) и злокачественных опухолей толстой и прямой кишок анализировали с помощью микрочипа от Illumina для исследования метилирования 450000 CpG. При общей сложности 21 группа тканей, в том числе 12 групп опухолей и 9 групп нормальных тканей, проводили всего 21 * 20/2 = 210 уникальных попарных сравнений. Для 450 тыс. маркеров проводили сравнения из одной группы с другой группой с использованием функции colttests() в пакете R genefilter. Маркеры ранжировали с наименьшими p-значениями с помощью tстатистики и с наибольшим различием в средней доле метилирования между каждым сравнением и десятью наиболее приоритетными маркерами в каждой группе и отбирали для последующего проверочного анализа. После 190 сравнений были получены 958 уникальных неизбыточных маркеров в форме панели для различных форм злокачественных опухолей. Каждый маркер взвешивали путем применения анализа главных компонент к десяти наиболее приоритетным маркерам в каждой группе сравнения с использованием функции в среде для расчета статистики: prcomp(), и получали весовые значения первой главной компоненты в каждой группе, и сопоставляли эти весовые значения с десятью соответствующими марке- 96 036566 рами в каждой группе. Эти маркеры использовали для классификации образцов с помощью нескольких алгоритмов, включая нейронные сети, логистическую регрессию, ближайших соседей (NN) и опорновекторные машины (SVM), причем все они давали согласованные результаты. Было обнаружено, что анализ с использованием SVM был наиболее надежным, и поэтому его использовали во всех последующих анализах. Из этих 958 сайтов CpG с наиболее высоким рангом строили график независимо для образцов со злокачественными опухолями и нормальных образцов.
Иерархическая кластеризация позволяла с высокой специфичностью и чувствительностью проводить различие типа злокачественной опухоли. С учетом, что выявление наличия и местоположения злокачественной опухоли, наиболее вероятно, будет обеспечивать максимальную клиническую полезность, для оценки эффективности алгоритма злокачественные опухоли, возникающие из одной и той же ткани, были объединены. В число комбинированных опухолей входили злокачественные опухоли толстой и прямой кишок, плоскоклеточная карцинома и аденокарцинома легких, карцинома клеток почечных сосочков и светлоклеточная почечно-клеточная карцинома и глиома с низкой степенью злокачественности и мультиформная глиобластома. Алгоритм был достаточно эффективен в проведении различия между злокачественными опухолями, возникающими из одной и той же ткани, за исключением злокачественной опухоли толстой и прямой кишок, что, по-видимому, отражало схожую биологию у этих опухолей. Обучающая группа состояла из 2852 образцов злокачественной опухоли и 1278 нормальных образцов. 4087 из 4130 или 98,9% образцов были правильно идентифицированы как злокачественная опухоль или нормальные. Лишь 2 из образцов злокачественной опухоли были правильно идентифицированы в отношении злокачественной опухоли, но неправильно в отношении ткани. Общая чувствительность к злокачественной опухоли составляла 99,5% и была совместима между отдельными злокачественными опухолями, тогда как специфичность составляла 97,8%, при этом было большее варьирование между типами тканей. В частности, как предстательная железа, так и щитовидная железа имели низкие показатели специфичности, составлявшие соответственно 74,1 и 75%, что, возможно, отражало ограничения в алгоритме, низкие количества образцов, доступные для обучения, или высокую распространенность медленно растущего злокачественного новообразования в этих тканях. Способность алгоритма выявлять злокачественные опухоли проверяли на независимой группе, состоящей из 1220 образцов злокачественных опухолей и 550 нормальных образцов. Аналогичные результаты были получены и в этой группе, причем 98,7% образцов были правильно идентифицированы как злокачественная опухоль или нормальный и лишь 4 образца злокачественной опухоли были неправильно идентифицированы в отношении типа ткани. Общая чувствительность и специфичность в группе проверки составляли соответственно 98,9% и 98,4% с очень похожими характеристиками прогнозирования, как и в обучающей группе. В целом, из этих результатов видна устойчивая природа этих паттернов метилирования при выявлении наличия злокачественного новообразования, а также места ее происхождения.
Профиль метилирования злокачественной опухоли коррелировал с паттерном ее генной экспрессии.
С учетом, что метилирование ДНК является существенным эпигенетическим регулятором генной экспрессии, в группе исследовали корреляцию дифференциального метилирования сайтов генов в опухолевых и нормальных тканях с генной экспрессией. В частности, интерес представляли те сайты метилирования, которые предсказывали наличие злокачественного новообразования в вышеуказанном алгоритме. Отбирали наиболее приоритетные маркеры, у которых наблюдали гиперметилирование по типу злокачественной опухоли по сравнению с таковым у их соответствующего нормального аналога ткани, и идентифицировали их соответствующие гены в злокачественной опухоли молочной железы, печени, легких и толстой кишки. Данные последовательностей РНК от TCGA использовали в качестве группы обнаружения для вычисления дифференциальной экспрессии этих генов, а в качестве группы проверки использовали коллекцию тканей злокачественных опухолей. Почти каждый выбранный ген характеризовался заметным гиперметилированием CpG относительно нормального, и в каждом из этих генов наблюдали сниженную экспрессию, p-значение 1,21x10-21 определяли с использованием рангового критерия Уилкоксона. В некоторых случаях выбранные гены ассоциировались с канцерогенезом.
Панель для различных форм злокачественной опухоли для ранней диагностики злокачественных опухолей.
После проверки 8000 маркеров метилирования и их проверки во второй группе пациентов со злокачественными опухолями, их применение для детекции ранней стадии злокачественной опухоли изучали путем обследования бесклеточной ДНК опухоли в плазме и моче.
Пример 4.
Маркеры метилирования различных форм злокачественной опухоли в диагностике и прогнозировании распространенных форм злокачественной опухоли.
Одобрения.
Данные от Атласа ракового генома (TCGA) скачивали с веб-сайта TCGA. Настоящий проект был одобрен IRB SYSU и Сычуаньским университетом. От всех пациентов было получено информированное согласие. Опухолевые и нормальные ткани были получены после подписи пациентами информированного согласия.
- 97 036566
Источники данных.
Данные по метилированию ДНК из начального обучающего набора и первого тестового набора были получены от Атласа ракового генома (TCGA). Клинические характеристики и молекулярное профилирование, в том числе данные по метилированию для обучающей группы из 4032 образцов опухолей и соответствующих смежных нормальных тканей, а также группы проверки из 1150 образцов опухолей и соответствующих нормальных тканей от пациентов были получены от TCGA. Создавали отдельную группу проверки из 810 китайских пациентов со злокачественной опухолью с использованием способа бисульфитного секвенирования из Западно-Китайской больницы (West China Hospital) и онкологического центра при университете Сунь Ятсена (Sun Yat-sen University Cancer Center). Клинические характеристики пациентов в группах исследования приведены в табл. 2 и на фиг. 37-40. Образцы соответствующих смежных нормальных тканей собирали одновременно с опухолью у одного и того же пациента и подтверждали гистологией, что у них отсутствовали признаки злокачественной опухоли. Статус метилирования 485000 сайтов получали с помощью чипа Infimum 450K Methylation Array. Дополнительные данные получали из следующих наборов данных GSE: GSE46306, GSE50192, GSE58298 и GSE41826. Файлы с данными по метилированию получали в формате IDAT с пропорциональными показателями каждой гранулы, которая была отсканирована. Для преобразования этих файлов данных в показатель, который называется бета-значением, использовали пакет minfi от Bioconductor. После получения бета-значений для всех образцов были исключены все маркеры, которые не были во всех 20 наборах данных.
Таблица 2
Характеристики группы злокачественных опухолей
обучающая тестовая 1 тестовая 2 всего
злокачественная 649 195 0 844
опухоль головного мозга
нормальный головной мозг 150 44 0 194
злокачественная 790 225 73 1088
опухоль_молочной железы
злокачественная опухоль 0 0 20 20
молочной железы
метастазирует в печень
нормальнаямолочная 97 23 45 165
железа
злокачественная 306 124 194 624
опухол ь_тол стой/прямой
кишки
злокачественная 0 0 30 30
опухол ь_тол стой/прямой
кишки метастазирует в
печень
нор мальная_тол стая/прямая 38 12 164 214
кишки
злокачественная 597 164 32 793
опухольпочки
нормальнаяпочка 205 54 38 297
злокачественная 238 70 48 356
опухольпечени
нормальнаяпечень 50 17 73 140
злокачественная 838 199 47 1084
опухоль_легкого
нормальное_легкое 74 23 46 143
всего 4032 1150 810 5992
- 98 036566
Создание набора маркеров для различных форм злокачественной опухоли.
Специфическую сигнатуру типа злокачественной опухоли выявляли путем сравнения попарного различия метилирования между конкретным типом злокачественной опухоли и ее соответствующей нормальной тканью, различия между двумя разными типами злокачественной опухоли, а также различия между двумя различными нормальными тканями, в общей сложности было 12 групп тканей, в том числе 6 групп опухолей и 6 групп нормальных тканей. Случайным образом разделяли образцы пациентов от TCGA, которые представляли 9 типов злокачественных опухолей из 6 различных тканей с соответствующей смежной нормальной тканью, в обучающую группу и группу проверки. Для этого было проведено всего 12 * 11/2 = 66 уникальных попарных сравнений. С помощью микрочипа Illumina для анализа метилирования 450000 CpG проводили сравнения 450 тыс. маркеров из одной группы с другой группой с использованием функции [column t test] colttests() в пакете R genefilter. Маркеры ранжировали с наименьшими p-значениями с помощью t-статистики, и наибольшее различие в средней доле метилирования между каждым сравнением и десятью наиболее приоритетными маркерами в каждой группе отбирали для последующего проверочного анализа. После 450 сравнений были получены 432 уникальных неизбыточных маркеров в форме панели для различных форм злокачественных опухолей. Из этих 432 сайтов CpG с наиболее высоким рангом строили график независимо для образцов каждого типа злокачественной опухоли и нормальных образцов (фиг. 8).
Иерархическая кластеризация этих образцов согласно дифференциальному метилированию сайтов CpG таким образом позволяла проводить различие злокачественного происхождения ткани, а также нормальной ткани в обучающей группе TCGA (табл. 3). Общая степень правильной диагностики составляла 99,2%. Затем эти маркеры применяли к группе проверки TCGA (табл. 4) со схожей степенью правильной диагностики, составлявшей 97,9%. Результаты также были подтверждены в третьей независимой группе китайских пациентов со злокачественной опухолью (табл. 5) со степенью правильной диагностики 95,2%, причем анализ метилирования проводили с использованием альтернативного способа бисульфитного секвенирования на отличном этническом и географическом фоне от TCGA (достаточные количества случаев глиомы с низкой степенью злокачественности (LGG) и мультиформной глиобластомы (GBM) не были доступны в китайской группе).
Изучали 20 метастаз злокачественных опухолей молочной железы и 30 метастаз злокачественных опухолей толстой и прямой кишок. Иерархическая кластеризация этих метастаз в сравнении с первичной злокачественной опухолью молочной железы, первичной злокачественной опухолью толстой и прямой кишок, первичной злокачественной опухолью печени и нормальной печению проиллюстрирована на фиг. 41. Из результатов анализа виден диагноз 19/20 метастаз злокачественных опухолей молочной железы и 29/30 метастаз злокачественных опухолей толстой и прямой кишок (табл. 5). Два неправильных диагноза были идентифицированы как нормальная печень, что свидетельствовало, что причиной ошибки было загрязнение тканей.
- 99 036566
Обучающая группа
Злокачественная опухоль головного мозга
Злокачественная опухоль молочной железы
Злокачественная опухоль толстой кишки
Злокачественная опухоль почки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальный головной мозг
Нормальная молочная железа
Нормальная толстая кишка
Нормальная почка
Нормальная печень
Нормальное легкое
Всего
Правильные
Ложно положител ьный
Ложноотрицатель ный
Неправильная ткань
Правильные (%)
Таблица 3
Обучающая группа TCGA
- 100 036566
Обучающая группа 1
Злокачественная опухоль головного мозга
Злокачественная опухоль молочной железы
Злокачественная опухоль толстой кишки
Злокачественная опухоль почки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальный головной мозг
Нормальная молочная железа
Нормальная толстая кишка
Нормальная почка
Нормальная печень
Нормальное легкое
Всего
Правильные
Ложно положител ьный
Ложноотрицатель ный
Неправильная ткань
Правильные (%)
Таблица 4
Тестовая группа TCGA
- 101 036566
Таблица 5
Китайская тестовая группа
Тестовая группа 2
Злокачественная опухоль молочной железы
Злокачественная опухоль толстой/прямой кишки
Злокачественная опухоль почки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальная молочная железа
Нормальная толстая кишка
Нормальная почка
Нормальная печень
Нормальное легкое
Всего
Правильные
Л ожно по ложитс л ьн ы й
Л ожн оотр и цате л ь н ы й Неправильная ткань Правильные (%)
Алгоритм отличал тканевое происхождение злокачественного новообразования и злокачественные опухоли, возникающие из одной и той же ткани. В выборе и прогнозе терапии участвовали гистологические подтипы. Поэтому дополнительно исследовали способность алгоритма проводить различия гистологического подтипа, происходящего из общей ткани, для случаев глиомы с низкой степенью злокачественности (LGG) относительно мультиформной глиобластомы (GBM) (фиг. 9A, табл. 6), аденокарциномы легкого (LUAD) относительно плоскоклеточной карциномы (LUSC) (фиг. 9B, табл. 7) и светлоклеточной почечно-клеточной карциномы (KIRC) относительно папиллярной почечно-клеточной карциномы (KIRP) (фиг. 9C, табл. 8). Теплокарты, иллюстрирующие неконтролируемую иерархическую кластеризацию гистологических подтипов, приведены на фиг. 9A-9C, а результаты классификации на основе метилирования показаны в табл. 6-8. Эти сигнатуры метилирования позволяли правильно идентифицировать гистологический подтип у 97,6% злокачественных опухолей головного мозга, 95,5% злокачественных опухолей легкого и 98% злокачественных опухолей почки в группе TCGA. В подавляющем большинстве неправильных случаев классификации была правильно идентифицирована злокачественная опухоль, но неправильно идентифицирован гистологический подтип; менее 1% образцов были ошибочно идентифицированы как нормальная ткань.
- 102 036566
Таблица 6
Группа опухоли головного мозга
Группа опухоли головного мозга
Глиобластома 120 О
Глиомы с низкой степенью ” 505 злокачественности
Нормальный головной мозг 2 0 146 Всего
Всего 138 511 150 799
Правильные 129 505 146 780
Близкие 7 6 0 ' 13
Л ож н о п о л ожите л ь н ы й 0 0 4 4
Ложноотрицательный 2 0 0 2
Неправильная ткань 0 0 0 0
Специфичность (%) 97,3 97,3
Чувствительность(%) 93,5 98.8 97,6
Таблица 7
Группа злокачественной опухоли легкого
Группа злокачественной опухоли легкого LUAD LUSC Нормальное легкое
LUAD LUSC 458 8 Λ Λ 34ο 0 1
Нормальное легкое 3 Λ 73 Всего
Всего 469 369 74 912
Правильные 458 340 73 871
Близкие 8 22 ' 0 30
Ложноположительный 0 0 ' 1 1
Ложноотрицательный 3 2 0 5
Неправильная ткань 0 5 0 5
Правильные (%) 97,7 92 1 98,6 95,5
- 103 036566
Таблица 8
Г руппа опухоли почки
Группа опухоли почки KIRC KIRP Нормальная почка
К IRC 314 X 0
KRIP X 267 0
Нормальная почка и и 2<>5 Всего
Всего 322 275 205 802
Правильные 314 267 205 786
Близкие 8 8 0 16
Ложноположительный 0 0 0 0
Л ожн оотр и цател ь н ы й 0 0 ' 0 0
Неправильная ткань 0 0 ' 0 16
Специфичность (%) 100 100
Чувствительность (%) 97,5 97.1 98
Расчет весовых значений для десяти наиболее приоритетных маркеров в каждом сравнении.
Анализ главных компонент применяли к десяти наиболее приоритетным маркерам в каждой группе сравнения с использованием функции в среде для расчета статистики: prcomp(), и получали весовые значения первой главной компоненты в каждой группе, и сопоставляли эти весовые значения с десятью соответствующими маркерами в каждой группе. Было 45 группировок весовых значений с маркерами. Эти маркеры использовали для классификации образцов с помощью нескольких алгоритмов, включая нейронные сети, логистическую регрессию, ближайших соседей (NN) и опорно-векторные машины (SVM), причем все они давали согласованные результаты. Было обнаружено, что анализ с использованием SVM был наиболее надежным, и поэтому его использовали во всех последующих анализах.
Для каждого типа опухоли образцы делили на две группы на основе полученных сигнатур метилирования, и строили кривые их выживаемости с использованием кривых Каплана-Мейера (фиг. 10A-10B). Также анализировали подгруппы на основе стадии опухоли и наличия остаточной опухоли после лечения. Такие профили метилирования позволяли прогнозировать очень статистически значимые различия в выживаемости для всех типов опухолей и в большинстве исследованных подгрупп. Несколько конкретных результатов оказались потенциально клинически значимыми. У всех пациентов с LGG, а также у пациентов с остаточной опухолью с помощью метилирования идентифицировали подгруппу индивидуумов с особенно благоприятной выживаемостью (фиг. 10A-10B, P<0,001). При светлоклеточной почечноклеточной карциноме (KIRC) с помощью анализа идентифицировали небольшую подгруппу пациентов с относительно малой выживаемостью по сравнению с группой с относительно более лучшей выживаемостью среди пациентов без остаточной опухоли после лечения (86,3% относительно 34,8%) (фиг. 10A10B). При KIRP с помощью алгоритма выявляли пациентов с особенно неблагоприятным прогнозом в подгруппах пациентов с остаточной опухолью после лечения или с поздней стадией заболевания (фиг. 10A-10B). Хотя и была статистически значимой, оценка величины этого эффекта ограничена низкими количествами в этих группах. Подгруппа пациентов с LUAD без остаточной опухоли после лечения была дополнительно идентифицирована с особенно благоприятным прогнозом по сравнению с большинством пациентов (фиг. 10A-10B), что свидетельствовало о низкой частоте рецидива у этих пациентов. Наконец, при LUSC паттерны метилирования давали прогноз аналогичной превосходящей выживаемости у подмножества пациентов без остаточной опухоли после лечения (фиг. 10A-10B). Эти результаты подчерки вали возможность использования паттернов метилирования для дополнения гистологии при прогнозировании выживаемости и, в нескольких описанных выше примерах, выявления групп пациентов, которым может быть необходимо более или менее агрессивное отслеживание или лечение.
Проводили эксперименты для проверки того, добавляли ли соматические мутации только дополнительную прогностическую информацию по сигнатуре метилирования или же сигнатура метилирования коррелировала с соматическими мутациями. При трех типах злокачественных опухолей (LGG, LIHC и KIRC) было обнаружено, что прогнозирование на основе метилирования ДНК коррелировало с соматическими мутациями и что комбинация анализа метилирования и соматических мутаций давала повышенную эффективность прогнозирования 5-летней выживаемости. Распределение и относительная частота соматических мутаций показаны на фиг. 43A-43B. При LGG мутации либо в IDH1, либо в IDH2 были общими и взаимоисключающими, причем мутации чаще встречались в IDH1, чем в IDH2. Мутации ILH1 или IDH2 присутствовали в 92% образцов с сигнатурой метилирования, которая давала улучшенный
- 104 036566 прогноз, и только у 42% в сигнатуре метилирования был плохой прогноз (фиг. 11A). Что интересно, мутаций IDH2 вообще не наблюдали в группе с сигнатурой метилирования, которая давала плохой прогноз. Единственно, что среди соматических мутаций для типа опухоли статус IDH1/IDH2 независимо давал улучшенный прогноз в дополнение к сигнатуре метилирования (фиг. 11B). Несмотря на то что IDH1 и положительная сигнатура метилирования давали отличный прогноз, при мутациях IDH2 прогнозировали, по-видимому, еще лучшую выживаемость. Не было обнаружено смертельных случаев среди мутантов IDH2 в наборе образцов, хотя это наблюдение было ограничено размером выборки, составлявшей 22 образца. Известно, что мутации IDH1 и IDH2 распространены при LGG, и по ним дают хороший прогноз касательно этой опухоли, при этом для LGG без мутаций IDH1/2 наблюдали клиническую картину, более схожую с GBM. IDH1 и IDH2 вовлечены в метаболические процессы в клетке; полагают, что мутации в этих генах препятствуют гидроксилированию и деметилированию сайтов mCpG. Примечательно, что сигнатура метилирования, которая давала прогноз, не была ассоциирована ни с соматическими мутациями, ни с гистологическими маркерами, в том числе с экспрессией HER2 и ER/PR.
При LIHC общее количество соматических мутаций было ассоциировано с сигнатурой метилирования, дающей худший прогноз (фиг. 11C). Что касается KIRC, на фиг. 11D показаны неконтролируемая иерархическая кластеризация и теплокарты, ассоциированные с профилем метилирования и часто мутировавшими генами, а на фиг. 42A показано, что общее количество соматических мутаций было ассоциировано с сигнатурой метилирования, которая давала худший прогноз. Кроме того, для создания прогноза использовали комбинацию сигнатуры метилирования и соматических мутаций одного из трех генов (BAP1, TP53 и PTH1) (фиг. 42B, p<0,0001) и идентифицировали небольшую подгруппу с особенно плохой выживаемостью жизни при такой злокачественной опухоли, при которой в ином случае был благоприятный прогноз.
Профиль метилирования злокачественной опухоли коррелировал с паттерном ее генной экспрессии и ее функцией.
Дополнительно изучали дифференциальное метилирование сайтов в генах опухолевой ткани в сравнении с нормальной тканью, которое коррелировало с генной экспрессией. Отбирали наиболее приоритетные маркеры со средним значением метилирования <5% в нормальной ткани и >50% в ткани злокачественной опухоли, у которых наблюдали хорошую корреляцию уровней метилирования и генной экспрессии как в ткани злокачественной опухоли, так и в нормальной ткани. Для расчета дифференциальной экспрессии этих генов использовали данные РНК-секвенирования от TCGA (фиг. 15A). Гиперметилирование CpG наблюдали в образцах злокачественной опухоли относительно нормальных образцов, и в них имела место обратно сниженная экспрессия в соответствующем гене. Дополнительно проверяли гены, у которых были выявлены вновь обнаруженные супрессорные в отношении опухоли функции. ZSCAN18 был отобран для проверки его функциональной значимости для биологии злокачественной опухоли, а ZNF502 был вовлечен в патогенез злокачественной опухоли молочной железы. ZNF502 гиперметилирован в злокачественной опухоли молочной железы с обратно сниженной генной экспрессией (p=xx, p=xx) (фиг. 15A-15E). Кроме того, экспрессия ZNF502 была супрессирована в злокачественной опухоли молочной железы, а также наблюдали снижение роста опухоли в культуре клеток и у голых мышей (фиг. 15G). Аналогичным образом, уровни метилирования в FUZ были увеличены в злокачественной опухоли печени с обратно сниженными уровнями генной экспрессии, и было показано ингибирование роста опухоли в культуре клеток и у голых мышей (фиг. 15F-15J).
Создание переменных.
Для каждого образца в данных было создано 45 переменных. С помощью комбинации весовое значение/маркер рассчитывали каждую переменную V с использованием следующего уравнения:
V где W представляет собой весовое значение, а M представляет собой бета-значение метилирования от 0 до 1 для соответствующего маркера. Создавали матрицу, размеры которой представляли собой (1) количество образцов на (2) 190 переменных.
Классификация образцов.
Вышеупомянутую матрицу использовали для классификации образцов. Было несколько алгоритмов классификации, которые были использованы в данном случае, включая логистическую регрессию, по ближайшим соседям (NN) и опорно-векторные машины (SVM). Во всех последующих анализах использовали анализ с помощью SVM.
Для создания опорно-векторных машин использовали библиотеку Лаборатория машинного обучения на базе ядра (Kernel-Based Machine Learning Lab - kernlab) для R. Наилучшие результаты были с ядром RBF. Алгоритм по Crammer, Singer имел несколько лучшие результаты, чем алгоритм по Weston, Watson. В анализе наблюдали четыре возможных типа ошибок классификации:
1. Неправильная ткань; например, ткань толстой кишки была идентифицирована как ткань легкого.
2. Ложноотрицательный; например, злокачественную опухоль легких была идентифицирована как нормальное легкое.
- 105 036566
3. Ложноположительный; например, нормальная толстая кишка была идентифицирована как злокачественная опухоль толстой кишки.
4. Правильная ткань, неправильный тип злокачественной опухоли; например, светлоклеточная почечно-клеточная карцинома была идентифицирована как папиллярная почечно-клеточная карцинома.
Для подтверждения результатов были использованы три способа.
1. Образцы разделяли на пять равных частей и 4 части использовали для обучения, а пятую часть использовали для тестирования результатов.
2. Использовали сценарий исключение по одному, при котором для обучения были использованы все образцы, кроме одного. Оставшийся один использовали для тестирования. Цикл повторяли для каждого образца, пока все они не были протестированы.
3. Двухэтапное репликационное исследование: в начале процесса образцы разделяли на два набора. С помощью обучающего набора было идентифицировано 10 маркеров в каждом сравнении с наиболее высокими t-критериями. Эти маркеры затем были использованы для создания главных компонент, а затем использовали эти переменные для создания SVM. Полученные маркеры применяли к тестовому набору и получали главные компоненты и результаты от SVM.
Экстракция ДНК из опухоли.
Экстракцию геномной ДНК из кусочков свежезамороженной здоровой ткани или ткани злокачественной опухоли проводили с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) в соответствии с рекомендациями производителя. Для получения в среднем 5 мкг геномной ДНК использовали около 0,5 мг ткани. ДНК хранили при -20°C и анализировали в течение одной недели после получения.
Экстракция ДНК из образцов FFPE.
Геномную ДНК из замороженных образцов FFPE экстрагировали с помощью набора QIAamp DNA FFPE Tissue Kit с некоторыми модификациями. ДНК хранили при -20°C для дальнейшего анализа.
Бисульфитная конверсия геномной ДНК.
мкг геномной ДНК конвертировали в бис-ДНК с помощью набора EZ DNA MethylationLightning™ Kit (Zymo Research) в соответствии с протоколом производителя. Полученная в результате бис-ДНК имела распределение по размерам ~200-3000 п.о. с пиком около ~500-1000 п.о. Эффективность бисульфитной конверсии составляла >99,8%, по результатам проверки с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК и анализа соотношения C/T конверсии в динуклеотидах CH (не-CG).
Определение уровней метилирования ДНК второй группы проверки с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК захваченной зондами с молекулярной инверсией (замыкающимися в кольцо при лигировании - padlock)
Маркеры CpG, уровни метилирования которых значительно различались при любом сравнении между тканью злокачественной опухоли и нормальной тканью, использовали для разработки padlockзондов для секвенирования. Padlock-захват и секвенирование бис-ДНК были основаны на методике, разработанной G. Church и коллегами (Porreca GJ, Nat Methods. 2007 Nov; 4 (11):931-6) и K. Zhang и коллегами (Diep, D Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-2, Deng, J. et al. Nat. Biotechnol. 27, 353-360 (2009)) с модификациями.
Разработка и синтез зондов.
Padlock-зонды были разработаны с использованием программного обеспечения ppDesigner (Diep, D, Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-272). Средняя длина захватываемого участка составляла 70 п.о. с маркером CpG, расположенным в центральной части захватываемого участка. Для предупреждения ошибки случайной выборки, вводимой неизвестным статусом метилирования маркеров CpG, плечи захвата были расположены исключительно в последовательности, лишенной динуклеотидов CG. Линкерная последовательность между плечами содержала последовательности связывания для амплификационных праймеров, разделенные вариабельным фрагментом из многочисленных C для получения зондов равной длины. Средняя длина зондов составляла 91 п.о. Зонды включали последовательность с уникальным молекулярным идентификатором (UMI) из 6 п.о., позволяющую идентифицировать отдельные события молекулярного захвата и осуществлять точную оценку уровней метилирования ДНК.
Зонды синтезировали в виде отдельных олигонуклеотидов с использованием стандартных коммерческих способов синтеза. Для экспериментов по захвату зонды смешивали, in-vitro фосфорилировали с помощью T4 PNK (NEB) в соответствии с рекомендациями производителя и очищали с использованием колонок P-30 Micro Bio-Spin (Bio-Rad).
Захват бис-ДНК.
нг подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК смешивали в определенном молярном соотношении с padlock-зондами в 20 мкл реакционных смесей, содержащих IX буфер Ampligase (Epicenter). Оптимальное мольное отношение зондов к ДНК было экспериментально определено как равное 20000:1. Реакционные смеси покрывали 50 мкл минерального масла для предотвращения испарения. Для гибридизации зондов с ДНК после 30-секундной денатурации при 95°C проводили медленное охлаждение до 55°C со скоростью 0,02°C в секунду (°C/c). Гибридизации позволяли проходить до завершения в течение 15 ч при 55°C. Для заполнения гэпов между гибридизированными плечами в каждую реакционную смесь добавляли 5 мкл следующей смеси: 2 ед. полимеразы PfuTurboCx (предварительно активированной в
- 106 036566 течение 3 мин при 95°C (Agilent)), 0,5 ед. Ampligase (Epicentre) и 250 пмоль каждого dNTP в IX буфере для Ampligase. Спустя 5 ч инкубирования при 55°C реакционные смеси подвергали денатурации в течение 2 мин при 94°C и быстро охлаждали на льду. Вносили 5 мкл смеси экзонуклеаз (20 ед. ExoI и 100 ед.
ExoIII, обе от Epicentre) и осуществляли разрушение одноцепочечной ДНК при 37°C в течение 2 ч с последующей инактивацией ферментов в течение 2 мин при 94°C.
Кольцевые продукты сайт-специфического захвата амплифицировали с помощью ПЦР с сопутствующим штрих-кодированием отдельных образцов. Амплификацию осуществляли с использованием праймеров, специфичных к линкерной ДНК в padlock-зондах, один из которых содержал специфичные штрих-коды из 6 п.о. Оба праймера содержали адапторные последовательности для секвенирования следующего поколения Illumina. ПЦР проводили следующим образом: 1X мастер-микс Phusion Flash Master Mix, 3 мкл захваченной ДНК и 200 нМ конечного [с] праймеров, с применением следующего цикла: 10 с при 98°C, 8Х по (1 с при 98°C, 5 с при 58°C, 10 с при 72°C), 25X по (1 с при 98°C, 15 с при 72°C), 60 с при 72°C. Реакционные смеси для ПЦР смешивали и полученную библиотеку подвергали отбору по размеру с включением эффективных последовательностей захвата (~230 п.о.) и исключением пустых последовательностей захвата (~150 п.о.) с применением гранул Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter). Чистоту библиотек проверяли с помощью ПЦР с применением праймеров к адаптерам для проточной ячейки Illumina (P5 и P7) и определяли концентрации с использованием аналитического набора Qubit dsDNA HS (Thermo Fisher). Библиотеки секвенировали с помощью систем MiSeq и HiSeq2500 (Illumina).
Оптимизация однородности охвата у последовательностей захвата.
По результатам глубокого секвенирования в исходных первоначальных экспериментах по захвату были видны значительные различия между количеством считываний, полученных с помощью наиболее эффективных зондов и неэффективных зондов (60-65% захваченных участков с охватом >0,2 от среднего). Для его усовершенствования рассчитывали относительные эффективности из данных секвенирования, а зонды смешивали в скорректированных мольных соотношениях. Это увеличивало однородность захвата до 85% участков с >0,2 от среднего охвата.
Анализ данных секвенирования.
Картирование результатов считывания при секвенировании проводили с помощью программного инструмента bisReadMapper (Diep, D, Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-272) с некоторыми модификациями. Сначала извлекали UMI из каждого результата считывания при секвенировании и связывали с заголовками в считываниях в файлах FASTQ с использованием специального скрипта, великодушно предоставленного D.D. Считывание осуществляли на лету, результаты которого конвертировали, как если бы все C были неметилированными, и картировали на конвертированных in-silico цепях ДНК генома человека, также как если бы все C были неметилированными, с помощью Bowtie2 (Langmead В, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359). Исходные результаты считывания объединяли и фильтровали по одному UMI, т.е. результаты считывания, несущие одинаковый UMI, отбрасывали, оставив один единственный. Значения частоты метилирования извлекали для всех маркеров CpG, для которых были разработаны padlock-зонды. Из анализа исключали маркеры с менее чем 20 результатами считывания в любом образце. Это в результате давало ~600 маркеров CpG, для которых определяли уровень метилирования с точностью приблизительно 5% или более.
Выделение ДНК/РНК и количественная ПЦР.
Образцы опухоли и соответствующих удаленных участков были получены у пациентов, перенесших хирургическое удаление опухоли; образцы замораживали и хранили при -80°C до использования. Выделение ДНК и РНК из образцов проводили с использованием набора AllPrep DNA/RNA Mini kit (Qiagen, Валенсия, Калифорния) и РНК подвергали расщеплению на колонке с ДНКазой. РНК количественно оценивали с использованием Nanodrop 2000, 200 нг РНК каждого образца использовали для комплементарного синтеза ДНК с использованием набора для синтеза кДНК iScript (Bio-rad, Inc) в соответствии с инструкциями производителя. Вкратце, образцы инкубировали в течение 5 мин при 25°C, 30 мин при 42°C, а затем проводили инкубацию при 85°C в течение 5 мин. qPCR проводили при помощи 40 циклов амплификации с применением геноспецифических праймеров (табл. 9) и мастер-микса Power SYBR Green PCR Master Mix на системе для ПЦР в режиме реального времени 7500 Real Time PCR system (Applied Biosystems). Измерения проводили в трех повторностях, а результаты нормализовали к эндогенным уровням ACTB. Относительное кратное изменение экспрессии рассчитывали с использованием способа AACT (пороговые значения цикла <30). Данные представлены как среднее ± среднее квадратичное отклонение на основе трех повторностей.
- 107 036566
Таблица 9
Праймеры, использованные для ПЦР в режиме реального времени
Ген Прямой праймер Обратный праймер
АСАСВ GACGAGCTGATCTCCATCCTCA (SEQ Ш NO: 1776) ATGGACTCCACCTGGTTATGCC (SEQ Ш NO: 1777)
AGER CACCTTCTCCTGTAGCTTCAGC (SEQ Ш NO: 1778) AGGAGCTACTGCTCCACCTTCT (SEQ Ш NO: 1779)
ARHGEF17 АСТВ ВСО2 CGN CLDN10 CLDN18 ЕМР2 GATA6 GATA6 GRASP GLS2 GPR116 JDP2 ATGACCCTGCTGGACACAGAGC (SEQ Ш NO: 1780) CACCATTGGCAATGAGCGGTTC (SEQ Ш NO: 1782) CTACCTCTGCACTGAGACCAAC (SEQ Ш NO: 1784) CAAGGAGGATCTTAGAGCCACC (SEQ Ш NO: 1786) GGCTGTGCTCAATGACTGGATG (SEQ Ш NO: 1788) ATGGAGGACTCTGCCAAAGCCA (SEQ Ш NO: 1790) CCTGGTGGGTAGGAGATGAGTT (SEQ Ш NO: 1792) GCCACTACCTGTGCAACGCCT (SEQ Ш NO: 1794) GCCACTACCTGTGCAACGCCT (SEQ Ш NO: 1796) GCTCAGGATTCCGCTGGAAGAA (SEQ Ш NO: 1798) TGAGGCACTGTGCTCGGAAGTT (SEQ Ш NO: 1800) CATTGGCGGGACCATCACTTAC (SEQ Ш NO: 1802) CACTTCCTGGAGGTGAAACTGG (SEQ Ш NO: 1804) ACGGAGTTCTCTGGCTGCTTCA (SEQ Ш NO: 1781) AGGTCTTTGCGGATGTCCACGT (SEQ Ш NO: 1783) GTGCAGTTGCTCCATTCACAGC (SEQ Ш NO: 1785) TGGCGAGTATCTCCAGCACTAG (SEQ Ш NO: 1787) GCCCATCCAATAAACAGAGCGG (SEQ Ш NO: 1789) TGGACATCCAGAAGTTAGTCACC (SEQ Ш NO: 1791) GAGAATGGTGGAGAGGATCATGG (SEQ Ш NO: 1793) CAATCCAAGCCGCCGTGATGAA (SEQ Ш NO: 1795) CAATCCAAGCCGCCGTGATGAA (SEQ Ш NO: 1797) AGGTCACCATTTCCACACGCTG (SEQ Ш NO: 1799) TCGAAGAGCTGAGACATCGCCA (SEQ Ш NO: 1801) CCTTCAGGTATGTAGGGAGCATC (SEQ Ш NO: 1803) GAAACTCCGTGCGCTCCTTCTT (SEQ Ш NO: 1805)
KHDRBS2 GCTTGGACCAAGAGGAAACTCC (SEQ Ш NO: 1806) CAAGTGGGCATATTTGGCTTCCC (SEQ Ш NO: 1807)
LIFR CACCTTCCAAAATAGCGAGTATGG (SEQ Ш NO: 1808) ATGGTTCCGACCGAGACGAGTT (SEQ Ш NO: 1809)
MAS1L CTCTCAGAGTGATTCTCCAACGG (SEQ Ш NO: 1810) GGTTCTCCACATGCTGAGTAGAG (SEQ Ш NO: 1811)
NR3C2 AAATCACACGGCGACCTGTCGT (SEQ Ш NO: 1812) ATGGCATCCTGAAGCCTCATCC (SEQ Ш NO: 1813)
NR5A2 GGCTTATGTGCAAAATGGCAGATC (SEQ Ш NO: 1814) GCTCACTCCAGCAGTTCTGAAG (SEQ Ш NO: 1815)
NODI CAACGGCATCTCCACAGAAGGA (SEQ Ш NO: 1816) CCAAACTCTCTGCCACTTCATCG (SEQ Ш NO: 1817)
PRKCE AGCCTCGTTCACGGTTCTATGC (SEQ Ш NO: 1818) GCAGTGACCTTCTGCATCCAGA (SEQ Ш NO: 1819)
- 108 036566
RAPGEF2 GTTGGATTGCCGACTGGAAGGA (SEQIDNO: 1820) CTCTCAGACTCCAAGGATGTGG (SEQIDNO: 1821)
RGS6 GGCACCTTTTATCGTTTCCAGGC (SEQIDNO: 1822) TCTGCCAGTTCCAGCCTTGCTT (SEQIDNO: 1823)
STAT5A GTTCAGTGTTGGCAGCAATGAGC (SEQ ГО NO: 1824) AGCACAGTAGCCGTGGCATTGT (SEQIDNO: 1825)
SMAD7 TGTCCAGATGCTGTGCCTTCCT (SEQIDNO: 1826) CTCGTCTTCTCCTCCCAGTATG (SEQIDNO: 1827)
TGFBR2 GTCTGTGGATGACCTGGCTAAC (SEQIDNO: 1828) GACATCGGTCTGCTTGAAGGAC (SEQIDNO: 1829)
ZNF502-1 GATGTTAATATGCAAGGAGCT (SEQIDNO: 2322) CAGTTTTCCAGACCTGAAGTGT (SEQ ID NO: 2323)
ZNF502-2 CTTCAAATGTAGAATCTTGGT (SEQIDNO: 2324) CAATTTTACAGACATCCTGCT (SEQ ID NO: 2325)
FUZ-F1 CAGTTATTGCCTCATCGACAGCT (SEQIDNO: 2326) CATCACCCTCATTGTTCTGTCAT (SEQ ID NO: 2327)
FUZ-R1 CTCAGCGAACCCGGAGAGGGCT GAAGCTGTCGATGAGGCATAACT
(SEQIDNO: 2328) (SEQ ID NO: 2329)
Дополнительно исследовали корреляцию дифференциального метилирования сайтов CpG в генах с генной экспрессией в ткани опухоли по сравнению с нормальной тканью в группе. Отбирали наиболее приоритетные дифференциально метилированные маркеры CpG, у которых наблюдали гиперметилирование либо в злокачественной опухоли молочной железы, либо в злокачественной опухоли печени по сравнению со статусом метилирования их соответствующей нормальной ткани. Данные РНКсеквенирования от TCGA использовали в качестве группы обнаружения для расчета дифференциальной экспрессии этих генов в сравнении с соответствующей нормальной тканью (фиг. 12 и 13A-13C). RTqPCR применяли для характеристики экспрессии этих генов в коллекции тканей злокачественной опухоли в качестве группы проверки (фиг. 14). Сниженную экспрессию наблюдали в каждом из этих гиперметилированных генов.
Ксенотрансплантат опухоли.
Все исследования на животных проводили в соответствии с ведомственными и международными нормами обращения с животными. Протоколы для животных были одобрены Институциональным комитетом по содержанию и использованию животных онкологического центра при университете Сунь Ятсена и Западно-Китайской больницы. Бестимусных самок BALB/c голых мышей (4-5 недель, 18-20 г) приобретали у поставщика (лабораторный центр по разведению животных провинции Гуандун, Гуанчжоу, Китай). Опухолевые клетки суспендировали в 100 мкл бессывороточной среды и вводили подкожной инъекцией мышам. Рост опухолей отслеживали каждые 3 дня путем обследования до тех пор, пока наибольшая опухоль не достигла опухолевой нагрузки, заданной 10 мм или более. Размеры опухолей измеряли с помощью штангенциркуля, а объем опухоли рассчитывали в соответствии со следующим уравнением: объем опухоли (мм3) = (длина (мм)хширина (мм)2)х0,5. Иллюстративные данные получали от пяти мышей на экспериментальную группу. Статистический анализ осуществляли при помощи однофакторного дисперсионного анализа повторных измерений.
Пример 5.
Сигнатуры на основе метилирования ДНК и диагностика и прогноз злокачественной опухоли толстой кишки и ее метастаз.
Одобрения.
Этот проект был одобрен IRB онкологического центра при университете Сунь Ятсена и ЗападноКитайской больницы. От всех пациентов было получено информированное согласие. Опухолевые и нормальные ткани были получены после подписи пациентами информированного согласия.
Бессимптомная злокачественная опухоль.
В это исследование были вовлечены пациенты с метастатической аденокарциномой неизвестного происхождения. У них наблюдали прогрессирующую потерю массы тела, усталость и слабость. Обследование включало подробную историю болезни, полное обследование, включая тазовые, ректальные, тестикулярные ткани, лабораторные тесты, в том числе CBC, CMP, UA, скрытую кровь в стуле, гистопатологию, диагностическую визуализацию эндоскопию.
Характеристики пациентов и тканей.
Поскольку целью была диагностика злокачественной опухоли толстой кишки и ее метастаз, помимо сигнатур злокачественной опухоли толстой кишки было необходимо создать точные сигнатуры злокачественной опухоли для злокачественной опухоли печени и аденокарциномы легкого, поскольку печень и
- 109 036566 легкое являются наиболее частыми местами метастаз. Таким образом, были исследованы 2487 пациентов со злокачественными опухолями и нормальных пациентов (табл. 10 и 21). В качестве контроля использовали смежную нормальную ткань, полученную от тех же пациентов. Для этих нормальных тканей было подтверждено с помощью гистологического исследования, что они не имели признаков злокачественной опухоли. Характеристики пациентов подытожены на фиг. 44A-44B.
Таблица 10
Краткое описание трех групп злокачественных опухолей
злокачественная Обучающая 390 Тестовая! 124 Тестовая2 161 всего 675
опухоль_толстой/прямой
кишки
нор мальная_тол стая/ пряма 45 12 164 221
я кишки
Злокачественная 0 0 33 33
опух оль_тол стой/прямой
кишки, которая
метастазировала в печень
Злокачественная 0 0 34 34
опух оль_тол стой/прямой
кишки, которая
метастазировала в печень
злокачественная 238 70 48 356
опухольпечени
нормальнаяпечень 50 17 73 140
злокачественная 311 199 47 557
опухоль_легкого
нормальное_легкое 74 23 46 143
всего 1108 445 606 2159
Создание набора маркеров злокачественной опухоли.
Для выявления специфической для типа злокачественной опухоли сигнатуры производили сравнения для выявления различий метилирования между конкретным типом злокачественной опухоли и окружающей его нормальной тканью для злокачественной опухоли толстой кишки, печени и легкого. Проводили три попарных сравнительных анализа для создания сигнатур метилирования специфичных для злокачественной опухоли и ткани: 1) попарное различие метилирования между конкретным типом злокачественной опухоли и ее соответствующей нормальной тканью, 2) различие между двумя различными типами злокачественной опухоли и 3) различие между двумя различными нормальными тканями. При общей сложности 6 групп тканей, в том числе 3 группы опухолей и 3 группы нормальных тканей, проводили всего 15 уникальных попарных сравнений (6*5/2). С помощью микрочипа Illumina для анализа метилирования 470000 CpG использовали 450000 маркеров для сравнения с применением функции [column t test] colttests() в пакете R genefilter. Маркеры ранжировали как с наименьшими p-значениями, которые были определены с помощью статистических t-критериев, так и с наибольшим различием в средней доле метилирования между каждым сравнением и десятью наиболее приоритетными маркерами в каждой группе для последующего проверочного анализа. После 15 сравнений были получены 127 уникальных неизбыточных маркеров в форме панели злокачественных опухолей.
Производили попарные сравнения различий между различными типами злокачественной опухоли, а также различий между тремя нормальными тканями. Проводили анализ профиля метилирования цельногеномной ДНК (полученного с помощью микрочипа Illumina в ходе анализа метилирования 470000 CpG) в обучающей группе из 1108 пациентов от TCGA. Были получены 786 уникальных неизбыточных маркеров в форме панели злокачественных опухолей. Иерархическую кластеризацию этих 786 сайтов CpG с наиболее высоким рангом представляли в виде графика независимо для 939 образцов злокачественной опухоли и 169 нормальных образцов (фиг. 16). Затем различные типы злокачественных опухолей (злокачественная опухоль толстой кишки, печени, легкого) сравнивали с применением 939 образцов злокачественной опухоли и 169 нормальных образцов при помощи других 311 маркеров (фиг. 17).
Иерархическая кластеризация позволяла отличать каждый тип злокачественной опухоли от остальных и от нормальной ткани. Образцы от TCGA случайным образом разделали в обучающую группу и тестовую группу, и обучающая группа состояла из 939 образцов злокачественной опухоли и 169 нормальных образцов. Иерархическую кластеризацию обучающей группы использовали для проведения различия типов злокачественной опухоли и нормальных тканей на основании паттерна метилирования (табл. 11A). 926 из 939 образцов злокачественной опухоли и 166 из 169 нормальных образцов были идентифицированы правильно, что давало общую чувствительность 98,6% и специфичность 99%. Для каждой
- 110 036566 отдельной злокачественной опухоли наблюдали неизменно высокую специфичность и чувствительность (табл. 11A). Способность алгоритма выявлять злокачественные опухоли проверяли на отдельной тестовой группе от TCGA, состоящей из 393 образцов злокачественных опухолей и 52 нормальных образцов (табл. 11B). В этой группе были получены аналогичные результаты, причем 384 образца были правильно идентифицированы как злокачественная опухоль, а 47 были правильно идентифицированы как нормальные. Общая степень правильной идентификации в этой группе проверки составляла 96,9%. Этот алгоритм затем тестировали на другой тестовой группе, состоящей из 323 образцов злокачественной опухоли и 283 нормальных образцов (табл. 11C). И в этот раз снова общая степень правильной диагностики составляла 95,9%. Третью группу образцов тестировали с использованием платформы для секвенирования следующего поколения, таким образом уменьшая возможность ошибки случайной выборки или систематической ошибки платформы. Для 33 случаев метастазирования злокачественной опухоли толстой и прямой кишок в печень и 34 случаев метастазирования злокачественной опухоли толстой и прямой кишок в легкое правильно было идентифицировано соответственно 93,9 и 94,1% образцов. 4 неправильно диагностированных образца были спрогнозированы как нормальная ткань органа с метастазами, что свидетельствовало о потенциальном загрязнении ткани биоптата, что и привело к постановке ошибочного диагноза.
Таблица 11A
Обучающая группа от TCGA
Обучающая группа
Злокачественная опухоль толстой/ прямой кишки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальная толстая/прямая кишка
Нормальная печень ; 3 : ИИИМ1ИИИДИ^И1И
Нормальное легкое 4 Всего
Всего 390 238 311 45 50 74 1108
Правильные 388 235 303 45 49 72 1092
Ложноположитсльн
1 2 э
ый
Лож ноотр и цате л ь н 1 3 4 8
ый
Неправильная ткань 1 4 5
Правильные (%) 99.5 98.7 97,4 100.0 98 0 97,3 98,6
- 111 036566
Таблица 11B
Тестовая группа 1 от TCGA
Тестовая группа 1
Злокачественная опухоль толстой/ прямой кишки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальная толстая/прямая кишка
Нормальная печень
Нормальное легкое
Всего
Правильные Ложноположительн ый
Ложноотрицательн ый
Неправильная ткань Правильные (%)
Таблица 11C
Китайская тестовая группа (тестовая группа 2)
Тестовая группа 2
Злокачественная опухоль толстой/ прямой кишки
Злокачественная опухоль печени
Злокачественная опухоль легкого
Нормальная толстая/прямая кишка
Нормальная печень
Нормальное легкое
Всего
Правильные Ложноположительн ый
Ложноотрицательн ый
Неправильная ткань Правильные (%)
- 112 036566
Затем изучали возможность применения сигнатур метилирования для определения наличия злокачественной опухоли и ткани происхождения в метастазах. В группе китайских пациентов собирали образцы различных нормальных тканей и злокачественных очагов (табл. 10). С помощью этой сигнатуры можно было воспроизводимо идентифицировать происхождение злокачественной опухоли при метастатических поражениях в печени, легком и лимфатических узлах. Более того, была протестирована панель злокачественных опухолей неизвестного происхождения и было установлено, что все они могли быть спрогнозированы из первичных аденокарцином толстой кишки (фиг. 18).
Расчет весовых значений для десяти наиболее приоритетных маркеров в каждом сравнении.
Анализ главных компонент применяли к десяти наиболее приоритетным маркерам в каждой группе сравнения с использованием функции prcomp() в среде для расчета статистики. Получали весовые значения первой главной компоненты в каждой группе, и сопоставляли эти весовые значения с десятью соответствующими маркерами в каждой группе. Всего было 45 группировок весовых значений с маркерами. Эти маркеры использовали для классификации образцов с помощью нескольких алгоритмов, включая нейронные сети, логистическую регрессию, ближайших соседей (NN) и опорно-векторные машины (SVM), причем все они давали согласованные результаты. Было обнаружено, что анализ с использованием SVM был наиболее надежным, и поэтому его использовали во всех последующих анализах.
Поскольку паттерны метилирования могут отражать различия в лежащей в основе биологии конкретных опухолей, исследовали возможность с помощью сигнатур метилирования прогнозировать общую выживаемость в группах пациентов со злокачественными опухолями толстой и прямой кишок, легких и печени. Для каждой злокачественной опухоли сравнивали пациентов, которые были живыми или мертвыми через 5 лет, и использовали анализ главных компонент (PCA) для получения сигнатуры метилирования для прогнозирования 5-летней выживаемости. Значимо отличающаяся общая выживаемость для группы злокачественной опухоли толстой кишки и каждой подгруппы была спрогнозирована на основе определения стадии (фиг. 19A-19E). Прогноз по сигнатуре метилирования давал 5-летнюю OS для 81,2% в группе с хорошим прогнозом против 42% в группе с плохим прогнозом для всех пациентов. При анализе подгрупп пациентов со злокачественной опухолью толстой кишки I-II стадии (фиг. 19B) была идентифицирована группа пациентов со 100% OS против 51,3% OS через 5 лет. Эти результаты свидетельствовали о том, что профилирование метилирования этих опухолей может играть важную роль в постановке прогноза и потенциально при руководстве в выборе лечения. Распределение и относительная частота соматических мутаций показаны на фиг. 45.
Источники данных.
Данные по метилированию ДНК были получены из нескольких источников, в том числе от Атласа ракового генома (TCGA), анализа 485000 сайтов, произведенного с помощью чипа Infinium для 450 тыс. анализов по метилированию, и дополнительных данных из следующих наборов данных GSE: GSE46306, GSE50192, GSE58298 и GSE41826. Были проанализированы профили метилирования для опухолей и их соответствующей нормальной ткани. Файлы с данными по метилированию получали в формате IDAT с пропорциональными показателями каждой гранулы, которая была отсканирована. Для преобразования этих файлов данных в показатель, который называется бета-значением, использовали пакет minfi от Bioconductor. Были исключены бета-значения для всех маркеров, которые не были во всех 20 наборах дан ных.
Создание переменных.
Для каждого образца в данных было создано 45 переменных. С помощью комбинации весовое значение/маркер рассчитывали каждую переменную V с использованием следующего уравнения:
V = Ύβ/ν * М) где W представляет собой весовое значение, а M представляет собой бета-значение метилирования от 0 до 1 для соответствующего маркера. Создавали матрицу, размеры которой представляли собой (1) количество образцов на (2) 190 переменных.
Классификация образцов.
Вышеупомянутую матрицу использовали для классификации образцов. Было несколько алгоритмов классификации, которые были использованы в данном случае, включая логистическую регрессию, по ближайшим соседям (NN) и опорно-векторные машины (SVM). Все они давали согласованные результаты. Тем не менее, результаты анализа с использованием SVM был намного лучшими и наиболее надежными, и поэтому их использовали во всех последующих анализах.
Для создания опорно-векторных машин использовали библиотеку Лаборатория машинного обучения на базе ядра (Kernel-Based Machine Learning Lab - kernlab) для R. Наилучшие результаты были с ядром RBF. Алгоритм по Crammer, Singer имел несколько лучшие результаты, чем алгоритм по Weston, Watson. В анализе наблюдали четыре возможных типа ошибок классификации:
1. Неправильная ткань; например, ткань толстой кишки была идентифицирована как ткань легкого.
2. Ложноотрицательный.
3. Ложноположительный.
- 113 036566
4. Правильная ткань и прогноз, неправильный тип злокачественной опухоли. Использовались три способа проверки результатов.
1. Образцы делили на пять равных частей. Четыре части использовали для обучения, а пятый - для тестирования результатов.
2. Сценарий исключение по одному, при котором все образцы были использованы для обучения за исключением одного, использовали для тестирования оставшейся группы. Цикл повторяли для каждого образца, пока все они не были протестированы.
3. Двухэтапное репликационное исследование: В начале процесса образцы разделяли на два набора. С помощью обучающего набора было отобрано 10 маркеров в каждом сравнении с наиболее высокими tкритериями. Эти маркеры затем были использованы для создания главных компонент, а полученные переменные использовали для создания SVM. Полученные маркеры затем применяли к тестовому набору и получали главные компоненты и результаты от SVM.
Для каждого из этих способов точность прогнозирования была выше 95%. Количество ошибок тканей составляло менее 1%. Специфичность составляла приближенно 95%, а чувствительность составляла почти 99% с тестовым набором данных.
Экстракция ДНК из опухоли.
Начиная с приближенно 0,5 мг ткани, геномную ДНК экстрагировали с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) в соответствии с протоколом производителя. Использовали образцы как опухоли, так и соответствующей нормальной и пораженной метастазами ткани и получали в среднем 5 мкг общей ДНК. ДНК хранили при -20°C и анализировали в течение одной недели после получения.
Экстракция ДНК из образцов FFPE.
Геномную ДНК из образцов FFPE экстрагировали с помощью набора QIAamp DNA FFPE Tissue Kit с некоторыми модификациями. ДНК хранили при -20°C и анализировали в течение одной недели после получения.
Бисульфитная конверсия геномной ДНК.
мкг геномной ДНК от здоровой, опухолевой и пораженной метастазами ткани конвертировали в бис-ДНК с помощью набора EZ DNA Methylation-Lightning™ Kit (Zymo Research) в соответствии с протоколом производителя. Исходя из результатов анализа на программном обеспечении TapeStation (Agilent), полученная в результате бис-ДНК имела распределение по размерам ~200-3000 п.о. с пиком около ~500-1000 п.о. Эффективность бисульфитной конверсии составляла >99,8%, по результатам проверки с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК и анализа соотношения C/T конверсии в динуклеотидах CH (не-CG).
Количественная оценка метилирования CpG с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК захваченной зондами с молекулярной инверсией (замыкающимися в кольцо при лигировании - padlock)
Маркеры CpG, уровни метилирования которых значительно различались при любом сравнении между тканью злокачественной опухоли и нормальной тканью, использовали для разработки padlockзондов для секвенирования. Padlock-захват и секвенирование бис-ДНК были основаны на методике, разработанной G. Church и коллегами (Porreca GJ, Nat Methods. 2007 Nov; 4 (11):931-6) и K. Zhang и коллегами (Diep, D Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-2; Deng, J. et al. Nat. Biotechnol. 27, 353-360 (2009)) с модификациями.
Разработка и синтез зондов.
Padlock-зонды были разработаны с использованием программного обеспечения ppDesigner (Diep, D, Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-272) со средней длиной участка захвата 70 п.о. Маркеры CpG были расположены в центральной части захватываемого участка. Плечи захвата были расположены исключительно в участках, где отсутствовали динуклеотиды CG, для предупреждения непреднамеренной ошибки выборки, вводимой неизвестными статусами метилирования посторонних маркеров CpG. Плечи захвата были соединены линкерной последовательностью, которая содержала последовательности связывания для амплификационных праймеров. Вариабельный фрагмент повторяющихся C был вставлен между праймерными сайтами для получения зондов, которые составляли в длину в среднем 91 п.о. Зонды включали последовательность с уникальным молекулярным идентификатором (UMI) из 6 п.о., позволяющую идентифицировать отдельные события молекулярного захвата и осуществлять точную оценку уровней метилирования ДНК.
Зонды синтезировали в виде отдельных олигонуклеотидов с использованием стандартных коммерческих способов синтеза. Для экспериментов по захвату зонды смешивали, in-vitro фосфорилировали с помощью T4 PNK (NEB) в соответствии с рекомендациями производителя и очищали с использованием колонок P-30 Micro Bio-Spin (Bio-Rad).
Захват бис-ДНК.
нг подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК смешивали в определенном молярном соотношении с padlock-зондами (1:20000, что было определено экспериментально) в 20 мкл реакционных смесей, содержащих 1X буфер Ampligase (Epicenter). Для предотвращения испарения реакционные смеси покрывали 50 мкл минерального масла (Sigma). ДНК денатурировали в течение 30 с при 95°C с последующим медленным охлаждением до 55°C со скоростью 0,02°C/c, чтобы позволить зондам гибридизиро
- 114 036566 ваться с ДНК. Гибридизации позволяли проходить до завершения в течение 15 ч при 55°C. Для полимеризации участка захвата в каждую реакционную смесь добавляли 5 мкл следующей смеси: 2 ед. полимеразы PfuTurboCx (предварительно активированной в течение 3 мин при 95°C (Agilent)), 0,5 ед. Ampligase (Epicentre) и 250 пмоль каждого dNTP в 1X буфере для Ampligase. Спустя 5 ч инкубирования при 55°C реакционные смеси подвергали денатурации в течение 2 мин при 94°C и быстро охлаждали на льду. Вносили 5 мкл смеси экзонуклеаз (20 ед. ExoI и 100 ед. ExoIII, обе от Epicentre) и осуществляли разрушение одноцепочечной ДНК при 37°C в течение 2 ч с последующей инактивацией ферментов в течение 2 мин при 94°C.
Кольцевые продукты сайт-специфического захвата амплифицировали с помощью ПЦР с сопутствующим штрих-кодированием отдельных образцов. Амплификацию проводили с использованием праймеров, специфичных к линкерной ДНК в padlock-зондах, одна из которых была общим сайтом для амплификационных праймеров на всех зондах, а все остальные содержали уникальные штрихкоды из 6 п.о. Оба праймера содержали адапторные последовательности для секвенирования следующего поколения Illumina. ПЦР проводили следующим образом: 1X мастер-микс Phusion Flash Master Mix, 3 мкл захваченной ДНК и 200 нМ конечного [c] праймеров, с применением следующего цикла: 10 с при 98°C, 8X по (1 с при 98°C, 5 с при 58°C, 10 с при 72°C), 25X по (1 с при 98°C, 15 с при 72°C), 60 с при 72°C. Смешивали по 5 мкл от каждой реакционной смеси для ПЦР и полученную библиотеку подвергали отбору по размеру с включением эффективных последовательностей захвата (~230 п.о.) и исключением пустых последовательностей захвата (~150 п.о.) с применением гранул Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter). Чистоту библиотек проверяли с помощью ПЦР с применением праймеров к адаптерам для проточной ячейки Illumina (P5 и P7) и определяли концентрации с использованием аналитического набора Qubit dsDNA HS (Thermo Fisher). Библиотеки секвенировали с помощью систем MiSeq и HiSeq2500 (Illumina).
Оптимизация однородности охвата у последовательностей захвата.
По результатам глубокого секвенирования в исходных первоначальных экспериментах по захвату были видны значительные различия между количеством считываний, полученных с помощью наиболее эффективных зондов и неэффективных зондов (60-65% захваченных участков с охватом >0,2 от среднего). Для его усовершенствования рассчитывали относительные эффективности из данных секвенирования, а зонды смешивали в скорректированных мольных соотношениях. Это увеличивало однородность захвата до 85% участков с >0,2 от среднего охвата.
Анализ данных секвенирования.
Результаты считывания при секвенировании картировали с помощью программного инструмента bisReadMapper (Diep, D, Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-272) с некоторыми модификациями. Сначала извлекали UMI из каждого результата считывания при секвенировании и связывали с заголовками в считываниях в файлах FASTQ с использованием специального скрипта, великодушно предоставленного D.D. Считывание осуществляли на лету, результаты которого конвертировали, как если бы все C были неметилированными, и картировали на конвертированных in-silico цепях ДНК генома человека, также как если бы все C были неметилированными, с помощью Bowtie2 (Langmead В, Salzberg S. Fast gappedread alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359). Исходные результаты считывания объединяли и фильтровали по одному UMI, т.е. результаты считывания, несущие одинаковый UMI, отбрасывали для исключения дублирующих результатов считывания. Значения частоты метилирования извлекали для всех маркеров CpG, для которых были разработаны padlock-зонды. Из анализа исключали маркеры с менее чем 20 результатами считывания в любом образце. Это в результате давало ~600 маркеров CpG, для которых определяли уровень метилирования с точностью приблизительно 5% или более.
Выделение ДНК/РНК и количественная ПЦР.
Образцы опухоли и соответствующих удаленных участков были получены у пациентов, перенесших хирургическое удаление опухоли; образцы замораживали и хранили при ~80°C до использования. Выделение ДНК и РНК из образцов проводили с использованием набора AllPrep DNA/RNA Mini kit (Qiagen, Валенсия, Калифорния) в соответствии с рекомендациями производителя и РНК подвергали расщеплению на колонке с ДНКазой. РНК количественно оценивали с помощью Nanodrop 2000 (Thermo Scientific). 200 нг РНК из каждого образца использовали для синтеза кДНК с помощью набора для синтеза кДНК iScript (Bio-rad, Inc) в соответствии с инструкциями производителя. qPCR проводили с помощью стандартного протокола амплификации за 40 циклов с применением геноспецифических праймеров (табл. 9 и 12) и мастер-микса Power SYBR Green PCR Master Mix на системе для ПЦР в режиме реального времени 7500 Real Time PCR system (Applied Biosystems). Эксперименты проводили в трех повторностях, а результаты нормализовали к эндогенным уровням ACTB. Относительное кратное изменение экспрессии рассчитывали с использованием способа ΔΔCT (пороговые значения цикла <30). Данные представлены как среднее ± среднее квадратичное отклонение на основе трех повторностей.
- 115 036566
Таблица 12
Праймеры, использованные для ПЦР в режиме реального времени
Ген Прямой праймер Обратный праймер
ZSCAN18- 1 GTGGCACAGTACCCTGAGAGCT (SEQIDNO: 2330) CTGGAACAGAGGAGGGTCAG (SEQIDNO: 2331)
ZSCAN18- 2 GCAGAGGGTCCATGTGCCTCT (SEQID NO: 2332) CAGGCTGGGAAAGCTGATACC (SEQ Ш NO: 2333)
С учетом, что метилирование ДНК является существенным эпигенетическим регулятором генной экспрессии, в нашей группе исследовали корреляцию дифференциального метилирования сайтов генов в опухолевых и нормальных тканях с генной экспрессией. В частности, интерес представляли те сайты метилирования, которые предсказывали наличие злокачественного новообразования в вышеуказанном алгоритме. Отбирали наиболее приоритетные маркеры, у которых наблюдали гиперметилирование по типу злокачественной опухоли по сравнению с таковым у их соответствующего нормального аналога ткани, и идентифицировали их соответствующие гены в злокачественной опухоли толстой кишки. Данные РНК-секвенирования от TCGA использовали в качестве группы обнаружения для вычисления дифференциальной экспрессии этих генов и из коллекции тканей злокачественной опухоли в качестве группы проверки (см. фиг. 20A-20F и 22). Большинство выбранных генов характеризовались заметным гиперметилированием CpG относительно нормального, и в каждом из этих генов наблюдали сниженную экспрессию, p-значение 1,21 х10-21 определяли с использованием рангового критерия Уилкоксона. Важно отметить, что выбранные гены известны как важные в канцерогенезе, что предусматривает возможность осуществления биологической проверки этих маркеров как предикторов злокачественного новообразования. Неудивительно, что в число этих выбранных генов, причем все они супрессированы, входили известные опухолевые супрессоры, так и некоторые только что обнаруженные гены. PCDH17 был выбран для тестирования его функциональной значимости для биологии злокачественной опухоли. PCDH17 (cg02994463) является гиперметилированным в злокачественной опухоли толстой кишки с обратно сниженной генной экспрессией. С помощью анализа образования колоний в культуре клеток и анализа образования опухоли у голых мышей было показано, что повышенная экспрессия PCDH17 супрессирует рост злокачественной опухоли в культуре клеток и in vivo (фиг. 23A-23E).
Клеточная линия.
Линия злокачественной опухоли толстой и прямой кишок человека DLD-1 была получена от ATCC. Эту клеточную линию трансфицировали для стабильной экспрессии GFP или необходимой гибридной конструкции GFP и сортировали на FACS для очистки. Клетки поддерживали в DMEM, дополненной 10% FBS, 1% пенициллина-стрептомицина и 1% незаменимых аминокислот.
Способы оценки клоногенности.
Клетки, выращенные в описанных выше условиях культивирования, обрабатывали трипсином и подсчитывали с помощью автоматического счетчика клеток. 500 клеток высевали в каждую лунку 6луночного планшета и позволяли сформироваться колониям. Спустя 7-10 дней клетки фиксировали в 10 об.% уксусной кислоты/метанола и окрашивали посредством 0,1% кристаллического фиолетового. Количество колоний определяли путем ручного подсчета из лунок в трех повторностях.
Анализ на мягком агаре.
1% очищенный агар (Gifco) разводили до 0,5% в 2X культуральной среде, соответствующей каждой клеточной линии, с 20% FBS, 2% пенициллина-стрептомицина и 2% незаменимых аминокислот при 42°C. 1,5 мл 0,5% смеси агара и культуральной среды помещали в каждую лунку 6-луночной чашки и давали ей остыть до комнатной температуры в течение 45 мин. Клетки, выращенные в описанных выше условиях культивирования, обрабатывали трипсином и подсчитывали с помощью автоматического счетчика клеток и разводили в 2X культуральной среде до 4000 клеток/мл. 0,6% мягкого агара смешивали с равным объемом разведенных клеток при 42°C до конечной концентрации 0,3%. 1,5 мл высевали в каждую лунку на поверхность нижнего слоя агара и позволяли остывать до комнатной температуры в течение 45 мин. Планшеты выращивали при 37°C и добавляли 100 мкл среды дважды в неделю. Спустя 3 недели колонии фиксировали посредством 10 об.% уксусной кислоты/метанола и окрашивали посредством 0,005% кристаллического фиолетового. Количество колоний определяли путем ручного подсчета из лунок в трех повторностях для каждой клеточной линии-конструкции.
Ксенотрансплантат опухоли.
Все исследования на животных проводили в соответствии с ведомственными и международными нормами обращения с животными. Протоколы для животных были одобрены Институциональным комитетом по содержанию и использованию животных при университете Сунь Ятсена и Западно-Китайской больницы. Бестимусных самок BALB/c голых мышей (4-5 недель, 18-20 г) приобретали у поставщика (лабораторный центр по разведению животных провинции Гуандун, Гуанчжоу, Китай). Опухолевые клетки суспендировали в 100 мкл бессывороточной среды и вводили подкожной инъекцией мышам. Рост опухолей отслеживали каждые 3 дня посредством обследования. Размеры опухолей измеряли с помощью штангенциркуля, а объем опухоли рассчитывали в соответствии со следующим уравнением: объем опу- 116 036566 холи (мм3) = (длина (мм)хширина (мм)2)х0,5. Спустя 3-4 недели всех животных умерщвляли и собирали ксенотрансплантаты. Иллюстративные данные получали от пяти мышей на экспериментальную группу.
Статистический анализ осуществляли при помощи однофакторного дисперсионного анализа повторных измерений.
Пример 6.
Маркеры метилирования ДНК в диагностике и прогнозировании распространенных типов лейкоза. Одобрения.
Данные от Атласа ракового генома (TCGA) скачивали с веб-сайта TCGA. Этот проект был одобрен IRB Центра женщин и детей Гуанчжоу, Западно-Китайской больницы. От всех пациентов было получено информированное согласие. Опухолевые и нормальные ткани были получены после подписи пациентами информированного согласия.
Характеристика пациентов.
Клинические характеристики и молекулярное профилирование, в том числе данные по метилированию для группы исследования, включавшей 232 образца AML 161 ALL и 647 образцов нормальной крови. Клинические характеристики пациентов в группах исследования приведены в табл. 13.
Таблица 13
Клинические характеристики пациентов в группах исследования
I о & с С S А § S' i es а о < н ες нО Λ CQ <2 It О к
Характеристика Всего (п) Пол 194 161 38 356
Женщины, кол-во (%) 90 55 15
Мужчины, кол-во (%) 104 106 23
Возраст при постановке диагноза - лет
Среднее 55 5.4 6.8
Диапазон 18-88 1-13 1-13
Белая раса-кол-во/всего кол-во (%)
Белые 176 0
Азиаты 2 161
Остальные 16 0
Количество лейкоцитов при диагностике
Среднее
Медианное
Подтип FAB — кол-во (%) AML с минимальным созреванием: МО
AML без созревания: Ml
AML с созреванием: М2 Острый промиелоцитарный лейкоз: М3
37,94+30,7
8,7+11,78
190
421
437
1910
- 117 036566
Острый миеломоноцитарный лейкоз: М4 41 4
Острый монобластный или моноцитарный лейкоз Острый эритроидный лейкоз: Мб Острый мегакариобластный лейкоз: М L1 L2 L3 22 3 3 82 41 19 8 1 2
Другой подтип Группа цитогенетического риска-колво (%) Благоприятный Промежуточный Неблагоприятный Данные отсутствуют Иммунофенотип - кол-во (%) 2 36 ПО 43 3 10 49 72 22 18 4
CD33+ 153 13 24
CD34+ 119 63 16
TDT 9 30 4
Источники данных.
Данные по метилированию ДНК из начального обучающего набора и первого тестового набора были получены от Атласа ракового генома (TCGA). Статус метилирования 470000 сайтов получали с помощью чипа Infinium 450K Methylation Array. Данные по метилированию ДНК второй группы китайских пациентов со злокачественной опухолью получали с использованием способа бисульфитного секвенирования.
Расчет весовых значений для десяти наиболее приоритетных маркеров в каждом сравнении.
Анализ главных компонент применяли к десяти наиболее приоритетным маркерам в каждой группе сравнения с использованием функции в среде для расчета статистики: prcomp(), и получали весовые значения первой главной компоненты в каждой группе, и сопоставляли эти весовые значения с десятью соответствующими маркерами в каждой группе. Было 45 группировок весовых значений с маркерами. Эти маркеры использовали для классификации образцов с помощью нескольких алгоритмов, включая нейронные сети, логистическую регрессию, ближайших соседей (NN) и опорно-векторные машины (SVM), причем все они давали согласованные результаты. Было обнаружено, что анализ с использованием SVM был наиболее надежным, и поэтому его использовали во всех последующих анализах.
Классификация образцов.
Вышеупомянутый способ машинного обучения использовали для классификации ALL, AML и образцов нормальной крови. Было несколько алгоритмов классификации, которые были использованы в данном случае, включая логистическую регрессию, по ближайшим соседям (NN) и опорно-векторные машины (SVM). Все они давали согласованные результаты. Во всех последующих анализах дополнительно использовали анализ с помощью SVM.
Для создания опорно-векторных машин использовали библиотеку Лаборатория машинного обучения на базе ядра (Kernel-Based Machine Learning Lab - kernlab) для R. Наилучшие результаты были с ядром RBF. Алгоритм по Crammer, Singer имел несколько лучшие результаты, чем алгоритм по Weston, Watson. В анализе наблюдали четыре возможных типа ошибок классификации.
1. Неправильная ткань.
2. Ложноотрицательный; например, ALL был идентифицирован как нормальная кровь.
3. Ложноположительный; например, нормальная кровь была идентифицирована как ALL или AML.
4. Правильная ткань, неправильный тип лейкоза; например, ALL идентифицирован как AML.
Экстракция ДНК из опухоли.
Экстракцию геномной ДНК из кусочков свежезамороженной здоровой ткани или ткани злокачественной опухоли проводили с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) в соответствии с рекомендациями производителя. Для получения в среднем 5 мкг геномной ДНК использовали около 0,5 мг ткани. ДНК хранили при -20°C и анализировали в течение одной недели после получения.
- 118 036566
Бисульфитная конверсия геномной ДНК.
мкг геномной ДНК конвертировали в бис-ДНК с помощью набора EZ DNA MethylationLightning™ Kit (Zymo Research) в соответствии с протоколом производителя. Полученная в результате бис-ДНК имела распределение по размерам ~200-3000 п.о. с пиком около ~500-1000 п.о. Эффективность бисульфитной конверсии составляла >99,8%, по результатам проверки с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК и анализа соотношения C/T конверсии в динуклеотидах CH (не-CG).
Определение уровней метилирования ДНК второй группы проверки с помощью глубокого секвенирования бис-ДНК захваченной зондами с молекулярной инверсией (замыкающимися в кольцо при лигировании - padlock).
Маркеры CpG, уровни метилирования которых различались при любом сравнении между тканью злокачественной опухоли и нормальной тканью, использовали для разработки padlock-зондов для секвенирования. Padlock-захват и секвенирование бис-ДНК были основаны на методике, разработанной G. Church и коллегами (Porreca GJ, Nat Methods. 2007 Nov; 4 (11):931-6) и K. Zhang и коллегами (Diep, D Nat Methods. 2012 Feb 5; 9(3):270-2, Deng, J. et al. Nat. Biotechnol. 27, 353-360 (2009)) с модификациями.
Разработка и синтез зондов.
Padlock-зонды были разработаны с использованием программного обеспечения ppDesigner. Средняя длина захватываемого участка составляла 70 п.о. с маркером CpG, расположенным в центральной части захватываемого участка. Для предупреждения ошибки случайной выборки, вводимой неизвестным статусом метилирования маркеров CpG, плечи захвата были расположены исключительно в последовательности, лишенной динуклеотидов CG. Линкерная последовательность между плечами содержала последовательности связывания для амплификационных праймеров, разделенные вариабельным фрагментом из многочисленных C для получения зондов равной длины. Средняя длина зондов составляла 91 п.о. Зонды включали последовательность с уникальным молекулярным идентификатором (UMI) из 6 п.о., позволяющую идентифицировать отдельные события молекулярного захвата и осуществлять точную оценку уровней метилирования ДНК.
Зонды синтезировали в виде отдельных олигонуклеотидов с использованием стандартных коммерческих способов синтеза. Для экспериментов по захвату зонды смешивали, in-vitro фосфорилировали с помощью T4 PNK (NEB) в соответствии с рекомендациями производителя и очищали с использованием колонок P-30 Micro Bio-Spin (Bio-Rad).
Захват бис-ДНК.
нг подвергнутой бисульфитной конверсии ДНК смешивали в определенном молярном соотношении с padlock-зондами в 20 мкл реакционных смесей, содержащих 1X буфер Ampligase (Epicenter). Оптимальное мольное отношение зондов кДНК было экспериментально определено как равное 20000:1. Реакционные смеси покрывали 50 мкл минерального масла для предотвращения испарения. Для гибридизации зондов с ДНК после 30-секундной денатурации при 95°C проводили медленное охлаждение до 55°C со скоростью 0,02°C/c. Гибридизации позволяли проходить до завершения в течение 15 ч при 55°C. Для заполнения гэпов между гибридизированными плечами в каждую реакционную смесь добавляли 5 мкл следующей смеси: 2 ед. полимеразы PfuTurboCx (предварительно активированной в течение 3 мин при 95°C (Agilent)), 0,5 ед. Ampligase (Epicentre) и 250 пмоль каждого dNTP в 1X буфере для Ampligase. Спустя 5 ч инкубирования при 55°C реакционные смеси подвергали денатурации в течение 2 мин при 94°C и быстро охлаждали на льду. Вносили 5 мкл смеси экзонуклеаз (20 ед. ExoI и 100 ед. ExoIII, обе от Epicentre) и осуществляли разрушение одноцепочечной ДНК при 37°C в течение 2 ч с последующей инактивацией ферментов в течение 2 мин при 94°C.
Кольцевые продукты сайт-специфического захвата амплифицировали с помощью ПЦР с сопутствующим штрих-кодированием отдельных образцов. Амплификацию осуществляли с использованием праймеров, специфичных к линкерной ДНК в padlock-зондах, один из которых содержал специфичные штрих-коды из 6 п.о. Оба праймера содержали адапторные последовательности для секвенирования следующего поколения Illumina. ПЦР проводили следующим образом: 1X мастер-микс Phusion Flash Master Mix, 3 мкл захваченной ДНК и 200 нМ конечного [c] праймеров, с применением следующего цикла: 10 с при 98°C, 8X по (1 с при 98°C, 5 с при 58°C, 10 с при 72°C), 25X по (1 с при 98°C, 15 с при 72°C), 60 с при 72°C. Реакционные смеси для ПЦР смешивали и полученную библиотеку подвергали отбору по размеру с включением эффективных последовательностей захвата (~230 п.о.) и исключением пустых последовательностей захвата (~150 п.о.) с применением гранул Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter). Чистоту библиотек проверяли с помощью ПЦР с применением праймеров к адаптерам для проточной ячейки Illumina (P5 и P7) и определяли концентрации с использованием аналитического набора Qubit dsDNA HS (Thermo Fisher). Библиотеки секвенировали с помощью систем MiSeq и HiSeq2500 (Illumina).
Оптимизация однородности охвата у последовательностей захвата.
По результатам глубокого секвенирования в исходных первоначальных экспериментах по захвату были видны значительные различия между количеством считываний, полученных с помощью наиболее эффективных зондов и неэффективных зондов (60-65% захваченных участков с охватом >0,2 от среднего). Для его усовершенствования рассчитывали относительные эффективности из данных секвенирования, а зонды смешивали в скорректированных мольных соотношениях. Это увеличивало однородность
- 119 036566 захвата до 85% участков с >0,2 от среднего охвата.
Анализ данных секвенирования.
Картирование результатов считывания при секвенировании проводили с помощью программного инструмента с некоторыми модификациями. Сначала извлекали UMI из каждого результата считывания при секвенировании и связывали с заголовками в считываниях в файлах FASTQ с использованием специального скрипта, великодушно предоставленного D.D. Считывание осуществляли на лету, результаты которого конвертировали, как если бы все C были неметилированными, и картировали на конвертированных in-silico цепях ДНК генома человека, также как если бы все C были неметилированными, с помощью Bowtie2. Исходные результаты считывания объединяли и фильтровали по одному UMI, т.е. результаты считывания, несущие одинаковый UMI, отбрасывали, оставив один единственный. Значения частоты метилирования извлекали для всех маркеров CpG, для которых были разработаны padlockзонды. Из анализа исключали маркеры с менее чем 20 результатами считывания в любом образце. Это в результате давало ~600 маркеров CpG, для которых определяли уровень метилирования с точностью 5% или более.
Обширное профилирование метилирования генома выявляло специфические сигнатуры метилирования при лейкозе.
Для выявления специфичной к типу лейкоза сигнатуры, проводили попарное сравнение полногеномных различий в метилировании между образцами ALL или AML относительно образцов нормальной крови. Маркеры CpG с наибольшими различиями в метилировании ранжировали. Из этих 50 сайтов CpG с наиболее высоким рангом строили график независимо для образцов AML относительно образцов нормальной крови (фиг. 24). AML была дифференцирована от образцов нормальной крови (фиг. 24, табл. 14A). Результаты дополнительно воспроизводили на группе китайских пациентов с AML (фиг. 25 и табл. 14C). Аналогично, образцы ALL были дифференцированы от образцов нормальной крови (фиг. 26, табл. 14B). В совокупности из этих данных видно, что по дифференциальному метилированию сайтов CpG можно было со специфичностью и чувствительностью отличать конкретный тип лейкоза от нормальной крови (табл. 14). Общая чувствительность составляла приблизительно 98%, а специфичность составляла приблизительно 97%. В целом, из этих результатов видна устойчивая природа этих паттернов метилирования при выявлении наличия конкретного типа лейкоза.
Таблица 14A
Обучающая группа TCGA
Обучающая группа га
AML
Нормальная кровь
Всего
Правильные
Л ожн о п ол ожител ь н ы й
Л ож н оотр и цател ь н ы й Неправильная ткань Специфичность (%)
Чувствительность(%)
14<)
Всего
194
146
340
192
140
332
99,0
95,9
97,3
97,7
- 120 036566
Таблица 14B
Тестовая группа TCGA
Тестовая группа 1 AML Нормальная кровь
AML 4о
Нормальная кровь 0 140 Всего
Всего 40 145 185
Правильные 40 140 180
Л ожн о п ол ожител ь н ы й 0 5 0
Ложноотрицательный 0 0 0
Неправильная ткань 0 0 0
Специфичность (%) 96 6 97,3
Чувствительность (%) 100 100
Таблица 14C
Китайские группы с лейкозом
Тестовая группа 2 ALL A ML Нормальная кровь
ALL 158 : 7 0
AML 1 36 ΐ 0 '
ALL/AML 0
Нормальная кровь 0 : о 356 Всего
Всего 161 38 356 555
Правильные 158 36 356 550
Ложноположительный 0 : 0 0 0
Ложноотрицательный 0 ' 0 0 0
Неправильная ткань 3 : 2 0 17
Специфичность (%) 100
Чувствительность (%) 98,1 94.8 100 97,5
Профили метилирования позволяют различать различные формы лейкоза.
Способ позволял проводить различие между образцами с конкретным типом лейкоза и нормальной кровью, поэтому исследовали способность алгоритма производить различие различных типов лейкозных злокачественных опухолей (ALL и AML), происходящие из костного мозга, в отношении ALL и AML (табл. 14C). Каждый подтип опухоли был отличен от остальных с более 90% чувствительностью и специфичностью (фиг. 27). Из этих совместных результатов видна эффективность применения паттернов метилирования для точной диагностики гистологического подтипа злокачественной опухоли.
Профили метилирования позволяют прогнозировать достоверность прогноза и степень выживаемо сти.
Каждый подтип лейкоза (AML и ALL) анализировали с использованием анализа главных компонент (PCA) для идентификации сигнатуры метилирования, с помощью которой прогнозировали выживаемость (в частности, живые относительно мертвых через 5 лет после постановки диагноза). Для каждого типа лейкоза образцы делили на две группы на основе полученных сигнатур метилирования, и строили кривые их выживаемости с использованием кривой Каплана-Мейера (фиг. 28A-28B). Такие профили метилирования позволяли прогнозировать очень значимые различия в выживаемости при ALL и AML.
Пример 7.
Анализ образцов ткани и бесклеточной ДНК с помощью цифровой капельной ППР.
Обработка образцов бесклеточной ДНК.
Образцы плазмы центрифугировали на 1500 g в течение 5 мин при температуре 4°C для удаления клеточного дебриса. После центрифугирования бесклеточную ДНК лимфоцитов (cfDNA) экстрагировали из супернатанта с помощью набора QIAamp Blood DNA Mini Kit (Qiagent) в соответствии с протоколом производителя.
Геномную ДНК преобразовывали в бис-ДНК с помощью набора EZ DNA Methylation-Lightning™
- 121 036566
Kit (Zymo Research) в соответствии с протоколом производителя. Бис-ДНК дополнительно количественно оценивали с помощью набора для анализа одноцепочечной ДНК Qubit™.
Обработка образцов геномной ДНК из опухолевых тканей.
Экстракцию геномной ДНК из кусочков свежезамороженной здоровой ткани или ткани злокачественной опухоли проводили с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen) в соответствии с рекомендациями производителя. Для получения в среднем 5 мкг геномной ДНК использовали около 0,5 мг ткани. ДНК хранили при -20°C и анализировали в течение одной недели после получения.
мкг геномной ДНК конвертировали в бис-ДНК с помощью набора EZ DNA MethylationLightning™ Kit (Zymo Research) в соответствии с протоколом производителя. Полученная в результате бис-ДНК имела распределение по размерам ~200-3000 п.о. с пиком около ~500-1000 п.о.
Капельная цифровая ПЦР (ddPCR).
Капельную цифровую ПЦР (ddPCR) осуществляли с использованием системы для капельной цифровой ПЦР QX200™ в соответствии с рекомендациями производителя (Bio-Rad). ddPCR проводили согласно рекомендованному Bio-Rad двухступенчатому протоколу термоциклирования. Последовательности праймеров и зондов проиллюстрированы в табл. 17-18. От приблизительно 1 нг до приблизительно 20 нг образца бис-ДНК использовали для каждой реакции с приблизительно 0,4-0,8 мкМ прямого и обратного праймеров и с приблизительно 0,2 мкМ каждого зонда. Анализ данных проводили с использованием QuantaSoft (Bio-Rad).
Результаты профилирования метилирования позволяют дифференцировать типы злокачественной опухоли и подтипы злокачественной опухоли.
Степени метилирования иллюстративных сайтов CpG (cg06747543, cg15536663, cg22129276 и cg07418387) в образце как ткани злокачественной опухоли толстой кишки, так и ткани нормальной толстой кишки (Farsite) проиллюстрированы на фиг. 29. Каждый столбец представляет среднее из 24 образцов. Эти четыре сайта CpG наряду с сайтом CpG cg14519356 дополнительно анализировали в образцах ткани злокачественной опухоли толстой кишки, которая метастазировала в легкое. На фиг. 30 проиллюстрированы степени метилирования этих пяти сайтов CpG в образце ткани метастатической злокачественной опухоли толстой кишки, эталонном образце первичной злокачественной опухоли толстой кишки и эталонном образце геномной ДНК нормальных лимфоцитов. Степени метилирования cg15536663 и cg14519356 были схожими при сравнении образцов метастатической злокачественной опухоли толстой кишки с эталонными образцами их соответствующей первичной злокачественной опухоли толстой кишки. Тем не менее, степени метилирования cg06747543, cg22129276 и cg07418387 отличались при сравнении образцов метастатической злокачественной опухоли толстой кишки с эталонными образцами их соответствующей первичной злокачественной опухоли толстой кишки. Аналогичным образом, степени метилирования этих пяти сайтов CpG также отличались при сравнении образцов метастатической злокачественной опухоли толстой кишки с эталонными образцами геномной ДНК их соответствующих нормальных лимфоцитов. Степени метилирования пяти сайтов CpG свидетельствовали о различном паттерне метилирования для метастатической злокачественной опухоли толстой кишки, первичной злокачественной опухоли толстой кишки и образца нормальных лимфоцитов.
Сигнатуры метилирования из образцов бесклеточной ДНК (cfDNA), полученных из злокачественной опухоли толстой кишки, проиллюстрированы на фиг. 31A-31C. На фиг. 31A показаны метилированные участки геномной cfDNA, а на фиг. 31B проиллюстрированы неметилированные участки геномной cfDNA. На фиг. 31C проиллюстрированы степени метилирования сайтов CpG cg10673833 от трех пациентов (2043089, 2042981 и 2004651), эталонного образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки и эталонного образца нормальной крови. У пациентов 2043089 и 2042981 имела место первичная злокачественная опухоль толстой кишки, а у пациента 2004651 была метастатическая злокачественная опухоль толстой кишки.
Профили метилирования для первичных злокачественных опухолей печени, молочной железы и легкого проиллюстрированы на фиг. 32A-32C. На фиг. 32A показана степень метилирования сайта CpG cg00401797 в образце cfDNA злокачественной опухоли печени, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли печени (геномной ДНК) и в эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). На фиг. 32B показана степень метилирования сайта CpG cg07519236 в образце cfDNA злокачественной опухоли молочной железы, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли молочной железы (геномной ДНК) и эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). На фиг. 32C показана степень метилирования сайта CpG cg02877575 в образце cfDNA злокачественной опухоли легкого, образце нормальной cfDNA, эталонном образце ткани первичной злокачественной опухоли легкого (геномной ДНК) и эталонном образце нормальных лимфоцитов (геномной ДНК).
На фиг. 33A-33B показаны два различных зонда, которые позволяют дифференцировать первичную злокачественную опухоль толстой кишки от нормального образца. На фиг. 33A показан зонд Cob-2, который нацелен на сайт CpG cg10673833, и профили метилирования из образцов cfDNA от трех пациентов со злокачественной опухолью толстой кишки, образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани
- 122 036566 первичной злокачественной опухоли толстой кишки (геномной DNA) и эталонного образца нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). У двух из трех пациентов (2043089 и 2042981) была первичная злокачественная опухоль толстой кишки. У оставшегося пациента (2004651) была метастатическая злокачественная опухоль толстой кишки. Степень метилирования у cg10673833 отличалась при сравнении cfDNA образца первичной злокачественной опухоли толстой кишки и cfDNA образца метастатической злокачественной опухоли толстой кишки; в то время как степени метилирования у cfDNA образца метастатической злокачественной опухоли толстой кишки и эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки были схожими. На фиг. 33B показан зонд Brb-2, который нацелен на сайт CpG cg07974511, и профили метилирования из образцов cfDNA от двух пациентов с первичной злокачественной опухолью толстой кишки (2043089 и 2042981), образца нормальной cfDNA, эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки (геномной DNA) и эталонного образца нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). В сайте CpG cg07974511 степени метилирования между cfDNA образца злокачественной опухоли толстой кишки и эталонного образца ткани первичной злокачественной опухоли толстой кишки были схожими, но отличались от степеней метилирования образца нормальной cfDNA и эталонного образца нормальных лимфоцитов (геномной ДНК).
На фиг. 34A-34D показаны результаты анализа cfDNA от пациентов со злокачественной опухолью молочной железы. Использовали четыре зонда (Brb-3, Brb-4, Brb-8 и Brb-13). Степень метилирования cfDNA первичной злокачественной опухоли молочной железы сравнивали с образцом нормальной cfDNA, эталонным образцом ткани первичной злокачественной опухоли молочной железы (геномной ДНК) и эталонным образцом нормальных лимфоцитов (геномной ДНК). С помощью всех четырех зондов можно было детектировать наличие злокачественной опухоли молочной железы в образцах cfDNA.
На фиг. 35A и 35B показано, что с помощью каждого из двух зондов, cob_3 и brb_13, можно было детектировать метастатическую злокачественную опухоль толстой кишки в образцах ткани от 49 пациентов. На фиг. 35A показан профиль метилирования от 49 пациентов в сравнении с эталонным образцом ткани злокачественной опухоли толстой кишки, эталонным образцом ткани злокачественной опухоли легкого и эталонного образца нормальной ткани легкого, полученный с помощью зонда cob_3. Степени метилирования у приблизительно 47 из 49 пациентов были выше в сравнении со степенью метилирования эталонного образца нормальной ткани легкого. На фиг. 35В, где показано применение зонда brb_13, видно, что приблизительно 30 из 49 пациентов имели более низкие степени метилирования в сравнении со степенью метилирования эталонного образца нормальной ткани легкого.
Пример 8.
Результаты профилирования метилирования дифференцируются с лечением.
Образцы плазмы обрабатывали, как описано в примере 7. На фиг. 46 проиллюстрированы изменения в профиле метилирования для двух иллюстративных сайтов CpG (сайт 1 CpG и сайт 2 CpG) с помощью двух различных зондов злокачественных опухолей толстой кишки (cob-2 и cob-9). На фиг. 47 проиллюстрированы изменения в профиле метилирования для зондов злокачественной опухоли толстой кишки cob-2 и cob-9 в образцах от четырех пациентов (пациентов 2045021, 2044629, 2044645 и 2045021) после хирургической операции. В профилях метилирования образцов от четырех пациентов видны отличающиеся профили, полученные с помощью зонда cob-2, в сравнении с профилем метилирования от образца нормальной cfDNA. Для зонда cob-9 профили метилирования оставались одинаковыми среди образцов четырех пациентов и образцом нормальной cfDNA.
Пример 9.
Результаты профилирования метилирования дифференцируются со стадиями злокачественной опухоли.
Образцы плазмы обрабатывали, как описано в примере 7. На фиг. 48 проиллюстрированы изменения профиля метилирования для зондов злокачественной опухоли толстой кишки cob-2 и cob-9 в образцах с различной стадией злокачественной опухоли.
Пример 10.
Результаты профилирования метилирования дифференцируются у нормального образца и образца опухолевой бесклеточной ДНК.
Образцы плазмы обрабатывали, как описано в примере 7. На фиг. 49A-49J проиллюстрированы изменения профилей метилирования десяти иллюстративных сайтов CpG (cg02874908, cg08098128, cg10542975, cg11252953, cg11334870, cg13911392, cg23130731, cg23612220, cg25432518 и cg25922751) для 19 образцов различных типов злокачественной опухоли и нормальной крови. В число типов злокачественной опухоли входят злокачественная опухоль мочевого пузыря, злокачественная опухоль молочной железы, злокачественная опухоль шейки матки, холангиокарцинома (CHOL), злокачественная опухоль толстой кишки, злокачественная опухоль пищевода, злокачественная опухоль головы и шеи, злокачественная опухоль почки, злокачественная опухоль печени, злокачественная опухоль легкого, злокачественная опухоль поджелудочной железы, феохромоцитома и параганглиома (PCPG), злокачественная опухоль предстательной железы, злокачественная опухоль прямой кишки, саркома, злокачественная опухоль кожи, злокачественная опухоль желудка и злокачественная опухоль щитовидной железы.
На фиг. 50 проиллюстрированы изменения профилей метилирования приблизительно 280 сайтов
- 123 036566
CpG (биомаркеров) для образца злокачественной опухоли молочной железы, злокачественной опухоли толстой кишки, злокачественной опухоли печени, злокачественной опухоли легкого и нормальной крови.
В табл. 19 проиллюстрированы Р-значения для каждого типа злокачественной опухоли для сайта
CpG cg25922751.
Таблица 19
Р-значение для каждого типа злокачественной опухоли для сайта CpG cg25922751
cg25922751 Т-критерий стандартное отклонение Р-значение
уротелиальная карцинома мочевого 16,34462022 0,601182986 6,38985Е-47
пузыря (Ыса) молочной железы 21,87448871 0,619300564 2,43054Е-83
шейки матки 21,03468298 0,598258269 2,04323Е-62
толстой кишки 27,33947147 0,604185647 8,60154Е-84
карцинома пищевода (esca) 14,8137861 0,520304816 1,23777Е-38
мультиформная глиобластома (GBM) 14,9718459 0,572086085 1,69767Е-32
светлоклеточная почечно-клеточная 21,42978761 0,550532188 1,62713Е-64
карцинома (KIRC) папиллярная почечно-клеточная 24,16191278 0,623690786 7,51615Е-71
карцинома (KIRP) глиома головного мозга с низкой 32,29725339 0,693987061 7,6746Е-127
степенью злокачественности (LGG) печени 25,52328515 0,615984542 8,28314Е-85
легкого 22,15852819 0,56258761 3,46267Е-86
аденокарцинома поджелудочной железы 19,52056276 0,540212144 1,45855Е-47
(PAAD) прямой кишки 30,35206522 0,629810766 8,60958Е-54
аденокарцинома желудка (STAD) 23,07515776 0,560810165 9,2942Е-76
карцинома щитовидной железы (ТНСА) 30,84742584 0,67927263 3,3162Е-119
инвазивная карцинома молочной железы 195,6605496 0,69334734 0
(BRCA) сосудистой оболочки 188,0199211 0,73341019 0
аденокарцинома толстой кишки (COAD) 220,8474249 0,678232423 0
карцинома пищевода (ESCA) 182,4039648 0,67052176 0
гепатоклеточная карцинома печени 215,030997 0,690031319 0
(LIHC) аденокарцинома легкого (LUAD) 199,2100086 0,636634387 0
легкого 199,2100086 0,636634387 0
плоскоклеточная карцинома легкого 199,2100086 0,636634387 0
(LUSC) аденокарцинома поджелудочной железы 159,5560613 0,614258921 0
(PAAD) феохромоцитома и параганглиома 199,1906999 0,71581833 0
(PCPG) плевра 123,6551935 0,608575049 0
предстательная железа 319,0143215 0,773438517 0
аденокарцинома прямой кишки (READ) 192,6625826 0,703857542 0
саркома 106,4910758 0,651917318 0
меланома кожи (SKCM) 215,1243812 0,72844573 0
аденокарцинома желудка (STAD) 197,2738161 0,634868339 0
опухоли половых клеток яичка (TGCT) 62,80674383 0,469291291 0
карцинома щитовидной железы (ТНСА) 259,7002251 0,753319407 0
матки 150,0130503 0,724290607 0
Пример 11.
Таблицы.
В табл. 15 и 16 проиллюстрированы сайты CpG, применяемые с одним или несколькими из следующего: способа, системы, машиночитаемого носителя с постоянной записью или наборов, которые описаны в настоящем документе.
В табл. 17 и 18 проиллюстрированы сайты CpG и зонды, пригодные с одним или несколькими из следующего: способа, системы, машиночитаемого носителя с постоянной записью или наборов, которые описаны в настоящем документе.
В табл. 20 проиллюстрированы сайты CpG (или маркеры CpG), пригодные с одним или несколькими из следующего: способа, системы, машиночитаемого носителя с постоянной записью или наборов, которые описаны в настоящем документе.
- 124 036566
Таблица 15
cg00000108 cg00032643 cg00079056 cgOO117005 cgOO168942
cg00005847 cgOOO33551 cg00081799 cgOO121876 cgOO169897
cg00006459 cg00037763 cg00081975 cgOO127894 cgOO170487
cg00008629 cg00037930 cg00082285 cgOO129232 cg00171565
cg00009088 cg00040837 cgOOO85O13 cg00130819 cg00171565
cgOOO12194 cg00041575 cg00086283 cgOO132509 cgOO172603
cgOOO12529 cg00044665 cg00087792 cgOO138407 cgOO172803
cgOOO12698 cg00045532 cg00088797 cgOO139681 cgOO173659
cgOOO13804 cg00045607 cg00090147 cgOO141162 cg00176888
cgOOO14786 cg00048370 cg00090813 cgOO142402 cgOO177787
cgOOO14998 cg00049616 cg00092383 cgOO144180 cgOO179026
cgOOO15530 cg00052385 cg00092551 cgOO146755 cg00179217
cgOOO16406 cgOOO53135 cg00092682 cg00151370 cgOO182639
cgOOO17461 cg00059652 cg00093544 cgOO151922 cg00183186
cg00025357 cg00061185 cg00096328 cg00153306 cgOO183468
cg00026222 cg00061792 cg00097800 cg00160388 cgOO187692
cg00026346 cg00068038 cg00102183 cgOO161124 cgOO188748
cg00027081 cg00073794 cg00107916 cgOO163372 cgOO191052
cg00029282 cg00077898 cgOO114478 cgOO168694 cgOO192026
- 125 036566
cgOO198436 cg00283857 cg00340958 cg00415665 cg00491603
cg00201819 cg00287122 cg00341885 cg00415993 cg00498211
cg00207279 cg00289053 cg00342530 cg00417823 cg00500498
cg00208153 cg00292135 cg00343092 cg00421144 cg00501272
cg00208218 cg00292135 cg00344372 cg00422461 cg00506168
cg00209424 cg00293303 cg00345443 cg00423486 cg00510149
cg00215224 cg00294025 cg00347746 cg00428457 cg00510718
cg00218406 cg00294382 cg00347863 cg00429618 cgOO512404
cg00220413 cg00299230 cg00348992 cg00429618 cg00513611
cg00220455 cgOO300298 cg00354381 cg00430287 cgOO515905
cg00221494 cg00300879 cg00356811 cg00431187 cgOO516092
cg00221718 cgOO302479 cg00363813 cg00431549 cgOO516481
cg00226923 cg00306851 cg00364339 cg00432953 cg00517511
cg00228799 cgOO310375 cg00370106 cg00443307 cgOO518941
cg00236832 cgOO311883 cg00370123 cg00444151 cgOO519299
cg00237391 cgOO313498 cg00370229 cg00446235 cg00522231
cg00239071 cgOO317020 cg00371195 cg00450617 cg00524374
cg00239171 cgOO317837 cg00372375 cg00451642 cg00529371
cg00240378 cgOO318899 cg00381755 cg00456593 cg00532451
cg00242035 cgOO319334 cg00387445 cg00458454 cg00532492
cg00253228 cgOO319761 cg00387524 cg00458607 cg00533827
cg00253248 cg00321286 cg00394718 cg00460589 cg00535514
cg00253379 cg00321478 cg00394823 cg00461901 cg00535785
cg00253398 cg00321478 cg00396667 cg00462430 cg00537979
cg00253681 cg00325866 cg00397479 cg00463859 cg00538495
cg00257920 cg00327185 cg00400165 cg00466268 cg00542992
cg00261690 cg00329411 cg00400221 cg00481951 cg00545804
cg00261781 cg00332153 cg00401797 cg00484711 cg00546897
cg00264298 cg00332680 cg00401972 cg00486113 cg00549566
cg00268149 cg00332950 cg00405198 cg00487187 cg00552087
cg00269725 cg00333226 cg00407537 cg00488514 cg00555456
cg00273124 cgOO334274 cg00409434 cg00489401 cg00558804
cg00273198 cg00334507 cg00409636 cg00489795 cg00560747
cg00275449 cg00335591 cg00411097 cg00489988 cg00562180
cg00280270 cg00336376 cg00412772 cg00491404 cg00563229
cg00282267 cg00338893 cg00414077 cg00491404 cg00563229
cg00283535 cg00339769 cg00415011 cg00491577 cg00563352
- 126 036566
cg00563566 cg00661970 cg00734931 cg00806644 cg00883166
cg00566369 cg00663986 cg00738178 cg00806900 cg00883831
cg00567872 cg00664406 cg00739120 cg00808492 cg00888336
cg00569091 cg00664454 cg00739667 cg00812096 cg00895174
cg00571634 cg00665374 cg00740813 cg00813135 cg00897875
cg00571809 cg00668685 cg00744433 cg00814909 cg00900735
cg00573410 cg00671600 cg00746446 cg00817367 cg00901574
cg00575744 cg00675160 cg00747160 cg00819233 cg00904548
cg00576689 cg00679556 cg00748072 cg00819310 cg00907204
cg00579402 cg00679731 cg00748589 cg00830492 cg00907272
cg00582524 cg00679763 cg00748589 cg00831127 cg00907810
cg00584456 cg00685614 cg00750225 cg00836482 cg00909286
cg00584840 cg00687306 cg00752047 cg00839584 cg00909706
cg00585790 cg00687714 cg00753248 cg00839584 cg00911351
cg00588853 cg00688591 cg00756058 cg00840310 cg00912247
cg00589493 cg00689225 cg00756450 cg00840403 cg00912407
cg00590251 cg00689340 cg00759427 cg00840516 cg00913787
cg00595472 cg00690049 cg00761129 cg00842351 cg00916635
cg00600684 cg00690082 cg00766220 cg00842351 cg00916635
cg00602295 cg00690280 cg00767581 cg00849267 cg00916659
cg00607630 cg00690554 cg00768439 cg00850073 cg00916899
cg00612828 cg00692173 cg00768487 cg00850538 cg00917847
cg00616624 cg00695416 cg00773370 cg00852549 cg00920960
cg00619628 cg00696323 cg00777121 cg00852549 cg00926267
cg00620628 cg00698602 cg00778807 cg00852603 cg00926420
cg00622702 cg00705992 cg00779313 cg00852705 cg00926926
cg00630164 cg00710456 cg00781839 cg00857907 cg00928751
cg00637104 cg00713400 cg00784161 cg00859478 cg00929635
cg00641409 cg00714309 cg00785620 cg00861010 cg00933411
cg00643293 cg00721170 cg00786305 cg00862408 cg00933696
cg00645755 cg00727310 cg00786761 cg00862588 cg00934037
cg00651016 cg00729275 cg00791430 cg00866690 cg00935388
cg00652796 cg00729875 cg00794055 cg00870269 cg00937515
cg00653387 cg00731304 cg00794174 cg00881370 cg00940560
cg00655552 cg00732878 cg00799748 cg00881370 cg00942552
cg00660272 cg00733324 cg00804354 cg00881378 cg00943287
cg00661222 cg00733722 cg00806214 cg00882451 cg00945862
- 127 036566
cg00951599 cgO1043831 cgOl140660 cg01224366 cg01289769
cg00952822 cgO1044293 cgOl141445 cg01228636 cg01289874
cg00953154 cg01049530 cgOl141572 cg01233786 cgO1291474
cg00954931 cg01051318 cgOl141838 cgO1233897 cg01293346
cg00957698 cg01055543 cgOl142676 cgO1233922 cg01295785
cg00958560 cg01056358 cgOl143454 cg01234063 cg01301117
cg00960772 cg01063813 cgOl143454 cgO1234420 cgO1302240
cg00962254 cgO1066220 cgOl144086 cg01235983 cg01302853
cg00968270 cgO1066494 cgOl144768 cg01236137 cg01303372
cg00969162 cg01074325 cgOl149192 cg01238435 cgO1304499
cg00970396 cg01077100 cgOl149677 cgO1240931 cgO1305625
cg00974685 cg01077846 cgOl150411 cg01243312 cgO1306747
cg00981877 cg01080862 cgOl150683 cgO1246254 cg01308827
cg00982974 cg01083652 cgOl151686 cgO1246622 cg01312316
cg00983904 cg01086868 cgOl152019 cgO1248445 cgO1316378
cg00987534 cg01092546 cgOl152056 cg01254505 cg01318557
cg00988056 cgOl103730 cgOl157780 cgO1259423 cgO1321962
cg00990613 cgOl105356 cgOl159194 cgO1261503 cgO1324261
cg00993830 cg01106881 cgOl161811 cg01261503 cgO1327474
cg00994629 cgOl107741 cgOl168833 cgO1262913 cg01330456
cg00995986 cgOl108476 cgOl177854 cgO1262913 cg01334682
cg00998124 cgOl109219 cgOl178099 cg01263942 cg01335367
cg00999988 cgOl112778 cgOl179095 cg01267797 cg01335980
cgO1002242 cg01116137 cgO11811O5 cg01267899 cg01336162
cgO1002529 cgOl117384 cgOl182973 cg01268541 cgO1340312
cgO1009664 cgOl119135 cgOl185755 cg01269048 cg01341572
cg01013031 cg01119718 cgOl189072 cg01269795 cgO1342196
cg01013171 cgOl120308 cgOl191815 cg01271812 cg01343313
cgO1021743 cgO1122251 cgOl196744 cgO1274916 cgO1344452
cgO1023808 cgOl126560 cg01207684 cg01280080 cg01345354
cg01027937 cgOl128482 cgO1209642 cg01280080 cg01346152
cg01029395 cgOl132893 cg01212848 cg01281718 cg01346152
cgO1029592 cgOl133779 cg01213573 cg01283300 cgO1346718
cg01030534 cgOl135626 cg01214054 cg01284306 cgO1351315
cg01031400 cgOl136458 cgO1219549 cg01287833 cg01352882
cg01031616 cgOl138020 cgO1219924 cgO1288258 cgO1354473
cgO1041405 cgOl138020 cgO1221209 cg01288598 cgO1359274
- 128 036566
cg01359809 cg01413632 cgO1489756 cgO1541867 cgO1594214
cgO1360605 cg01414185 cgO1490004 cgO1541867 cg01595717
cg01361361 cg01414882 cgO1492909 cgO1542423 cgO1596292
cg01361499 cg01414934 cgO1493303 cgO1544351 cg01602153
cgO1362776 cg01423916 cgO1493379 cgO1546047 cgO1602345
cgO1364755 cgO1426125 cg01493517 cgO1546430 cgO1604946
cgO1367992 cgO1426303 cgO1494399 cgO1549977 cgO1609275
cg01368075 cgO1429360 cgO1495509 cg01550148 cg01610488
cg01372811 cgO1429360 cgO1497527 cg01551699 cg01612366
cg01373595 cg01433297 cgO1504784 cg01552919 cg01614759
cgO1377268 cg01434562 cg01506917 cg01555431 cgO1616225
cgO1377459 cg01437411 cgO1509427 cg01556552 cgO1620164
cg01377911 cg01438291 cgO1510990 cgO1557297 cgO1623438
cg01381846 cg01439631 cgO1513078 cgO1558777 cgO1623438
cgO1383890 cgO1440489 cgO1516005 cgO1558960 cg01635061
cg01384111 cgO1440570 cgO1517033 cgO1560185 cg01637125
cg01388889 cg01441777 cgO1518459 cg01561719 cg01641368
cg01391063 cgO1441777 cg01518607 cg01561916 cg01644850
cg01391084 cg01445163 cgO1518723 cg01564135 cgO1649611
cgO1392544 cgO1446907 cgO1519063 cgO1566460 cgO1654312
cgO1393234 cg01448098 cg01519261 cgO1574390 cg01655008
cg01394199 cg01449715 cg01520586 cg01575836 cg01655356
cgO1397046 cg01450522 cg01521036 cg01577165 cg01655898
cg01399219 cg01452189 cgO1526089 cg01578341 cg01656216
cgO1400685 cg01452847 cgO1527394 cg01578875 cg01656853
cg01401337 cg01453281 cgO1528542 cgO1579299 cgO1660407
cgO1401824 cg01456691 cg01529552 cg01580568 cgO1660934
cgO1402746 cg01459453 cg01530101 cg01585794 cgO1676795
cgO1402832 cgO1462546 cgO1531198 cg01586116 cg01678313
cgO1405040 cg01472101 cgO1534423 cg01586779 cg01681367
cg01406317 cg01473816 cg01534527 cg01588438 cgO1688202
cg01406381 cgO1484075 cgO1537445 cgO1588725 cgO1692842
cg01408508 cg01484156 cgO1538731 cg01589580 cg01693305
cg01408558 cg01484686 cg01539484 cg01589587 cgO1696784
cgO1409343 cg01485157 cgO1540102 cg01589998 cgO1697163
cgO1410472 cg01487468 cgO1541443 cg01590338 cgO1699293
cg01413582 cg01489441 cgO1541629 cg01593385 cgO1699430
- 129 036566
cgO1702055 cgO1794555 cgO1879723 cgO1962969 cg02021919
cgO1707076 cg01794853 cg01881255 cgO1962969 cg02025879
cgO1712428 cgO1795894 cgO1884681 cg01963059 cg02026204
cg01712737 cg01797036 cg01886570 cgO1963702 cg02029908
cg01715699 cg01805480 cg01887353 cg01965552 cg02030542
cgO1718602 cg01805540 cg01888566 cg01968178 cg02030908
cg01719854 cgO18111OO cg01889169 cg01968178 cg02034222
cg01720033 cgO1812499 cg01891736 cgO1968793 cg02034328
cgO1720945 cgO1812894 cgO1897823 cgO1969473 cg02035605
cgO1722297 cg01813877 cgO1897823 cg01970383 cg02037307
cgO1725199 cg01815912 cgO1897944 cgO1971120 cg02043000
cg01725531 cg01816936 cgO1899676 cg01971813 cg02043070
cgO1726775 cgO1817009 cgO1899937 cgO1973029 cg02043697
cg01727317 cgO1819995 cg01901579 cgO1974091 cg02044879
cgO1729491 cgO1820374 cgO1902849 cgO1974375 cg02046017
cg01733599 cgO1824466 cgO1903374 cgO1975093 cg02046143
cg01737507 cgO1824804 cgO1904393 cg01978213 cg02047577
cgO1743020 cg01824933 cgO1907476 cgOl980591 cg02050376
cgO1754267 cg01829817 cg01915433 cg01983216 cg02050917
cg01755369 cg01830154 cg01915885 cg01985965 cg02055963
cg01759672 cg01835489 cg01919632 cgO1987702 cg02059176
cgO1760189 cg01835695 cgO1921845 cgO1987925 cg02059952
cg01760983 cg01841651 cgO1923775 cg01988129 cg02061820
cgO1765152 cg01843018 cg01935096 cg01993576 cg02064106
cg01767053 cg01844321 cg01937809 cgO1994252 cg02064267
cg01767116 cg01851378 cgO1938825 cgO1996643 cg02064724
cg01768686 cgO1852522 cg01939117 cgO1997629 cg02066936
cgO1770400 cgO1854776 cg01940181 cg02001991 cg02071712
cg01777397 cgO1860897 cgO1942226 cg02003272 cg02072492
cg01778994 cg01861509 cgO1946401 cg02007434 cg02072495
cg01781725 cgO1867320 cgO1946574 cg02008770 cg02075142
cg01782486 cgO1868729 cgO1951274 cg02009103 cg02076020
cg01782486 cg01868869 cgO1951459 cg02013838 cg02076607
cgO1790002 cgO1873977 cg01953456 cg02014003 cg02077558
cg01792117 cg01876130 cgO1956420 cg02016985 cg02077702
cg01793387 cgO1877606 cgO1959238 cg02017041 cg02078292
cgO1793445 cg01878308 cgO1962821 cg02021180 cg02078525
- 130 036566
cg02081065 cg02152290 cg02254581 cg02345417 cg02436686
cg02082342 cg02154765 cg02257681 cg02345886 cg02443732
cg02084814 cg02159381 cg02258444 cg02346342 cg02449461
cg02085507 cg02164046 cg02259047 cg02347984 cg02451670
cg02085953 cg02164225 cg02259775 cg02348751 cg02452500
cg02091489 cg02164574 cg02261780 cg02355411 cg02452586
cg02092098 cg02164615 cg02262553 cg02361013 cg02452985
cg02093951 cg02166532 cg02264079 cg02363202 cg02454464
cg02094018 cg02168857 cg02276817 cg02364279 cg02456451
cg02094337 cg02184413 cg02277520 cg02366931 cg02459569
cg02098460 cg02187822 cg02280309 cg02370667 cg02462868
cg02100848 cg02192117 cg02284014 cg02370923 cg02463253
cg02101355 cg02192855 cg02286549 cg02371119 cg02464551
cg02101812 cg02192965 cg02289040 cg02371376 cg02466801
cg02104162 cg02194211 cg02289754 cg02374207 cg02470521
cg02106850 cg02194211 cg02297063 cg02376703 cg02470959
cg02108623 cg02196651 cg02297831 cg02377021 cg02473540
cg02111865 cg02196805 cg02298612 cg02381853 cg02474926
cg02113429 cg02198617 cg02298862 cg02384546 cg02479575
cg02115818 cg02205073 cg02300825 cg02387639 cg02479744
cg02119494 cg02211805 cg02307880 cg02387679 cg02482497
cg02125365 cg02213663 cg02311193 cg02388150 cg02483101
cg02126424 cg02215357 cg02321903 cg02394186 cg02487823
cg02127509 cg02216727 cg02323003 cg02395363 cg02490034
cg02130905 cg02225720 cg02326386 cg02396020 cg02490626
cg02131155 cg02225988 cg02328239 cg02396797 cg02495743
cg02131853 cg02227217 cg02328326 cg02397064 cg02497558
cg02131967 cg02228185 cg02329038 cg02399455 cg02497758
cg02132909 cg02229757 cg02329430 cg02400595 cg02501155
cg02136690 cg02231590 cg02329886 cg02411088 cg02501779
cg02137970 cg02234352 cg02330106 cg02412345 cg02502358
cg02138098 cg02235659 cg02330271 cg02419362 cg02505676
cg02138331 cg02237342 cg02330500 cg02423318 cg02506353
cg02144647 cg02244431 cg02334775 cg02430183 cg02512860
cg02145220 cg02252828 cg02338271 cg02431260 cg02515899
cg02145310 cg02253760 cg02339888 cg02433515 cg02516530
cg02149446 cg02254407 cg02343648 cg02436686 cg02520804
- 131 036566
cg02523400 cg02587316 cg02638348 cg02716826 cg02788637
cg02525997 cg02587606 cg02642549 cg02720618 cg02791765
cg02530753 cg02592743 cg02642958 cg02721902 cg02791973
cg02534164 cg02596427 cg02643834 cg02723533 cg02793948
cg02534659 cg02597128 cg02645135 cg02724472 cg02794358
cg02535060 cg02597698 cg02647408 cg02733444 cg02794695
cg02535674 cg02598430 cg02647835 cg02733650 cg02794695
cg02537838 cg02600394 cg02647998 cg02734358 cg02798280
cg02537838 cg02603784 cg02649608 cg02735486 cg02799905
cg02539882 cg02605601 cg02650121 cg02737268 cg02805890
cg02541125 cg02606218 cg02650128 cg02737619 cg02806156
cg02543462 cg02606840 cg02650266 cg02738255 cg02813863
cg02543636 cg02607544 cg02654411 cg02746684 cg02816425
cg02547035 cg02607810 cg02657012 cg02746913 cg02823132
cg02547426 cg02609337 cg02660440 cg02747390 cg02825887
cg02548364 cg02609724 cg02666566 cg02751839 cg02827572
cg02551743 cg02610327 cg02672397 cg02752037 cg02828785
cg02552255 cg02612270 cg02672493 cg02754470 cg02829601
cg02560310 cg02613803 cg02673417 cg02756056 cg02829654
cg02561482 cg02620147 cg02676052 cg02756735 cg02830202
cg02563407 cg02621287 cg02678414 cg02756856 cg02830438
cg02564061 cg02621779 cg02692785 cg02762475 cg02830438
cg02564175 cg02627286 cg02693157 cg02762634 cg02831294
cg02565132 cg02627403 cg02693857 cg02762689 cg02832915
cg02569718 cg02627455 cg02697979 cg02764093 cg02837128
cg02571436 cg02629506 cg02698806 cg02768721 cg02838683
cg02573176 cg02630207 cg02699898 cg02770252 cg02838877
cg02573703 cg02631838 cg02706018 cg02770672 cg02840535
cg02574861 cg02631838 cg02708922 cg02770745 cg02848097
cg02579959 cg02632314 cg02710485 cg02770835 cg02850602
cg02580045 cg02632362 cg02711212 cg02771299 cg02853152
cg02582754 cg02633729 cg02711397 cg02772121 cg02854902
cg02584498 cg02633924 cg02711479 cg02782634 cg02855558
cg02584537 cg02634861 cg02712464 cg02784696 cg02861178
cg02585598 cg02635407 cg02713960 cg02785101 cg02861260
cg02585702 cg02637253 cg02716635 cg02785814 cg02861615
cg02586182 cg02637352 cg02716792 cg02786912 cg02862885
- 132 036566
cg02863947 cg02921122 cg02983451 cg03050022 cg03135023
cg02867102 cg02922879 cg02985617 cg03052099 cg03136712
cg02867102 cg02924834 cg02988698 cg03052794 cg03137700
cg02868790 cg02926868 cg02988755 cg03057072 cg03137792
cg02873991 cg02927346 cg02989244 cg03061518 cg03138091
cg02874908 cg02928476 cg02992118 cg03063658 cg03138091
cg02877575 cg02930963 cg02992645 cg03064067 cg03140412
cg02878439 cg02935338 cg02993013 cg03064642 cg03143441
cg02879423 cg02935904 cg03000603 cg03065202 cg03143486
cg02880679 cg02936049 cg03001305 cg03071808 cg03146625
cg02883503 cg02939078 cg03003434 cg03074946 cg03147185
cg02884826 cg02942159 cg03004249 cg03076324 cg03148927
cg02885519 cg02946294 cg03007522 cg03077492 cg03150108
cg02886033 cg02951514 cg03009240 cg03078239 cg03158400
cg02886284 cg02952451 cg03009363 cg03080142 cg03161476
cg02886375 cg02954123 cg03010018 cg03081478 cg03161803
cg02888748 cg02955287 cg03014495 cg03082589 cg03165378
cg02891048 cg02958004 cg03014882 cg03085712 cg03165700
cg02891522 cg02959277 cg03016571 cg03085719 cg03169170
cg02891945 cg02959939 cg03017264 cg03087203 cg03169557
cg02896768 cg02963229 cg03017653 cg03089651 cg03170670
cg02896872 cg02963973 cg03019505 cg03090436 cg03172688
cg02898159 cg02965078 cg03020951 cg03092551 cg03176917
cg02901122 cg02965295 cg03024537 cg03096803 cg03177025
cg02902770 cg02965892 cg03025825 cg03098643 cg03177025
cg02905065 cg02968890 cg03027227 cg03103549 cg03178232
cg02905426 cg02970919 cg03030267 cg03104936 cg03179450
cg02907064 cg02971546 cg03030757 cg03106245 cg03180552
cg02908942 cg02971920 cg03032180 cg03110787 cg03181524
cg02909176 cg02973693 cg03032497 cg03112433 cg03184424
cg02909298 cg02973883 cg03033176 cg03112433 cg03187713
cg02912007 cg02973971 cg03038685 cg03119829 cg03189082
cg02912476 cg02974085 cg03042666 cg03122511 cg03190219
cg02914427 cg02975107 cg03043665 cg03124318 cg03191794
cg02916283 cg02977810 cg03044281 cg03124636 cg03194038
cg02917603 cg02978297 cg03046812 cg03130910 cg03196720
cg02919422 cg02983090 cg03048372 cg03134947 cg03199983
- 133 036566
cg03213374 cg03290131 cg03347632 cg03435866 cg03517024
cg03216043 cg03290213 cg03347739 cg03442712 cg03519577
cg03217587 cg03292149 cg03352106 cg03444722 cg03520624
cg03217954 cg03292149 cg03353885 cg03445151 cg03521774
cg03217995 cg03292388 cg03354554 cg03445663 cg03528946
cg03218909 cg03294491 cg03355526 cg03447880 cg03529641
cg03218909 cg03296204 cg03355690 cg03447908 cg03530168
cg03223172 cg03301058 cg03358468 cg03449456 cg03533858
cg03223734 cg03301282 cg03359362 cg03454705 cg03534410
cg03223894 cg03301331 cg03359508 cg03455736 cg03535099
cg03224418 cg03301331 cg03361085 cg03459656 cg03537810
cg03224621 cg03302287 cg03364486 cg03459809 cg03539204
cg03232342 cg03302822 cg03364683 cg03464224 cg03541903
cg03232484 cg03307103 cg03367387 cg03464573 cg03544320
cg03232620 cg03312643 cg03369247 cg03466124 cg03545227
cg03239970 cg03314977 cg03370106 cg03467001 cg03547631
cg03240301 cg03315407 cg03383268 cg03471346 cg03548415
cg03241461 cg03317811 cg03387497 cg03472880 cg03548673
cg03241649 cg03317820 cg03389789 cg03473387 cg03549705
cg03243768 cg03320754 cg03391568 cg03473518 cg03550864
cg03249630 cg03322057 cg03393769 cg03473532 cg03554051
cg03251079 cg03323953 cg03395546 cg03475821 cg03558010
cg03256198 cg03326606 cg03399905 cg03476195 cg03560685
cg03257417 cg03327829 cg03399971 cg03476195 cg03562120
cg03260021 cg03329576 cg03399971 cg03477080 cg03562978
cg03261004 cg03329755 cg03403265 cg03479710 cg03565081
cg03268893 cg03330678 cg03409187 cg03490200 cg03565868
cg03270167 cg03331229 cg03420580 cg03494430 cg03567830
cg03272310 cg03331474 cg03421440 cg03494648 cg03572011
cg03276401 cg03332546 cg03422651 cg03495868 cg03574306
cg03278564 cg03332903 cg03427120 cg03497652 cg03577157
cg03280622 cg03334213 cg03428945 cg03498081 cg03579904
cg03283421 cg03339057 cg03429348 cg03498175 cg03580247
cg03283842 cg03339247 cg03430067 cg03501128 cg03581459
cg03284113 cg03340408 cg03430116 cg03501666 cg03582371
cg03286774 cg03343063 cg03431741 cg03512098 cg03585122
cg03289548 cg03346415 cg03431918 cg03514843 cg03585323
- 134 036566
cg03587557 cg03672021 cg03746015 cg03840259 cg03906434
cg03593014 cg03673694 cg03750478 cg03840259 cg03907174
cg03594078 cg03675171 cg03750587 cg03841065 cg03907363
cg03594790 cg03679305 cg03750778 cg03841638 cg03909081
cg03595018 cg03679305 cg03752885 cg03844762 cg03913989
cg03595580 cg03679394 cg03754582 cg03844838 cg03915012
cg03599855 cg03681481 cg03760191 cg03846767 cg03915740
cg03605686 cg03684977 cg03762081 cg03847535 cg03915932
cg03606269 cg03685063 cg03762535 cg03847796 cg03917666
cg03607117 cg03687070 cg03763391 cg03848555 cg03918304
cg03607117 cg03689129 cg03764161 cg03850117 cg03918304
cg03612357 cg03691170 cg03764585 cg03852144 cg03920003
cg03613525 cg03695871 cg03766264 cg03852551 cg03923561
cg03614132 cg03696327 cg03767807 cg03854913 cg03925970
cg03615683 cg03696327 cg03770548 cg03855388 cg03929366
cg03619586 cg03696603 cg03771456 cg03856411 cg03929747
cg03622664 cg03697308 cg03771840 cg03858703 cg03930153
cg03629458 cg03699566 cg03772020 cg03860051 cg03934354
cg03632704 cg03699623 cg03777405 cg03860252 cg03934354
cg03635766 cg03705558 cg03778207 cg03860400 cg03944099
cg03641225 cg03707168 cg03779937 cg03867465 cg03945895
cg03642518 cg03707599 cg03781123 cg03868944 cg03946324
cg03645007 cg03714676 cg03782130 cg03874199 cg03950009
cg03647436 cg03716852 cg03782220 cg03875496 cg03953626
cg03649649 cg03716999 cg03783110 cg03876618 cg03954048
cg03651493 cg03718677 cg03787988 cg03877767 cg03954858
cg03652715 cg03722909 cg03794445 cg03882242 cg03954918
cg03653573 cg03723845 cg03796224 cg03887092 cg03957095
cg03653601 cg03724882 cg03799530 cg03889263 cg03958344
cg03653726 cg03727333 cg03800922 cg03889767 cg03959079
cg03654273 cg03731131 cg03812546 cg03890877 cg03959306
cg03655330 cg03734783 cg03820795 cg03891302 cg03961010
cg03662459 cg03735592 cg03821727 cg03891346 cg03961189
cg03663556 cg03739378 cg03833604 cg03900284 cg03966486
cg03664992 cg03742137 cg03837313 cg03900314 cg03966751
cg03664992 cg03742214 cg03837909 cg03900378 cg03966785
cg03665785 cg03743861 cg03837935 cg03900492 cg03967798
- 135 036566
cg03969696 cg04029455 cg04110105 cg04219544 cg04298323
cg03971454 cg04030848 cg04111078 cg04221117 cg04301104
cg03972745 cg04035064 cg04111789 cg04221521 cg04301614
cg03973663 cg04036593 cg04112704 cg04222933 cg04302388
cg03977657 cg04037732 cg04115878 cg04223956 cg04303335
cg03977657 cg04037970 cg04117375 cg04225368 cg04303901
cg03979241 cg04039397 cg04118910 cg04227591 cg04307587
cg03979258 cg04042305 cg04124962 cg04228042 cg04308657
cg03980224 cg04044188 cg04126261 cg04232128 cg04308797
cg03984209 cg04048249 cg04127342 cg04233664 cg04311964
cg03986665 cg04049033 cg04148163 cg04245294 cg04312209
cg03991152 cg04051396 cg04152767 cg04246521 cg04314111
cg03991547 cg04052038 cg04155718 cg04249706 cg04317399
cg03992069 cg04057485 cg04155862 cg04254916 cg04318855
cg03992638 cg04057956 cg04156293 cg04256470 cg04319611
cg03993087 cg04062040 cg04158612 cg04259001 cg04320956
cg03993463 cg04062576 cg04170535 cg04259358 cg04323365
cg03995457 cg04064583 cg04176452 cg04262428 cg04324995
cg03997145 cg04065767 cg04180868 cg04263215 cg04329382
cg03998606 cg04067249 cg04185310 cg04263436 cg04330449
cg04001668 cg04070692 cg04194001 cg04266474 cg04330884
cg04002454 cg04070986 cg04195454 cg04268405 cg04332422
cg04002794 cg04073934 cg04196119 cg04270085 cg04333785
cg04005707 cg04075990 cg04203238 cg04272613 cg04337594
cg04007987 cg04081402 cg04203702 cg04273148 cg04340430
cg04008703 cg04084026 cg04205041 cg04273573 cg04340928
cg04008888 cg04084157 cg04205769 cg04275695 cg04342737
cg04009429 cg04085447 cg04209913 cg04276057 cg04344997
cg04011470 cg04085768 cg04212021 cg04276084 cg04348872
cg04011995 cg04089246 cg04212239 cg04278702 cg04351205
cg04014609 cg04089901 cg04213384 cg04280772 cg04352288
cg04016660 cg04093633 cg04214430 cg04281204 cg04352505
cg04017769 cg04096619 cg04215055 cg04284192 cg04353438
cg04021962 cg04100595 cg04216051 cg04291025 cg04355435
cg04025049 cg04104695 cg04218124 cg04293307 cg04356381
cg04025244 cg04105511 cg04218548 cg04297093 cg04357789
cg04027043 cg04106196 cg04218899 cg04297329 cg04358131
- 136 036566
cg04361015 cg04448487 cg04493432 cg04581327 cg04684516
cg04362586 cg04450037 cg04493740 cg04581938 cg04687437
cg04365699 cg04450797 cg04495354 cg04586563 cg04688645
cg04366815 cg04453552 cg04497684 cg04586928 cg04693379
cg04382468 cg04454951 cg04498511 cg04588356 cg04693928
cg04383154 cg04455137 cg04498913 cg04588840 cg04697056
cg04389398 cg04455999 cg04499514 cg04589975 cg04698114
cg04389994 cg04456029 cg04499792 cg04593859 cg04701618
cg04391800 cg04456219 cg04502601 cg04596071 cg04702045
cg04394967 cg04456238 cg04503093 cg04598121 cg04704193
cg04396791 cg04456238 cg04504004 cg04601090 cg04704531
cg04399899 cg04456754 cg04505023 cg04603031 cg04705952
cg04400972 cg04457051 cg04505435 cg04605980 cg04711063
cg04411625 cg04457794 cg04508649 cg04607671 cg04717485
cg04413147 cg04460185 cg04509882 cg04608811 cg04717534
cg04413148 cg04460364 cg04511534 cg04609694 cg04718342
cg04413148 cg04462931 cg04512966 cg04619381 cg04718845
Cg04414816 cg04463638 cg04515001 cg04619437 cg04718883
cg04415132 cg04464446 cg04523661 cg04631202 cg04719574
cg04416414 cg04465078 cg04528477 cg04638710 cg04719766
cg04416734 cg04468081 cg04528819 cg04648402 cg04720330
cg04420917 cg04468741 cg04528819 cg04650676 cg04721934
cg04421553 cg04470060 cg04528829 cg04650789 cg04725426
cg04422896 cg04472592 cg04531704 cg04652957 cg04725442
cg04424621 cg04473302 cg04531710 cg04658021 cg04728296
cg04424621 cg04474832 cg04534765 cg04660410 cg04730794
cg04427860 cg04476286 cg04546097 cg04661040 cg04735123
cg04428853 cg04477010 cg04548715 cg04663487 cg04737131
cg04431596 cg04478698 cg04549583 cg04664309 cg04739485
cg04434339 cg04481096 cg04552418 cg04665565 cg04739485
cg04437648 cg04482075 cg04554720 cg04667640 cg04740046
cg04439215 cg04483460 cg04561753 cg04674060 cg04742135
cg04439215 cg04486940 cg04563543 cg04678315 cg04745805
cg04440811 cg04488647 cg04563996 cg04678916 cg04747619
cg04441857 cg04488758 cg04563996 cg04680919 cg04747693
cg04444771 cg04489066 cg04569190 cg04682845 cg04751149
cg04448487 cg04490349 cg04576021 cg04683210 cg04754011
- 137 036566
cg04757389 cg04835051 cg04890851 cg04954111 cg05050858
cg04759439 cg04836038 cg04892766 cg04958703 cg05054998
cg04761267 cg04836038 cg04894958 cg04970352 cg05062854
cg04761824 cg04837898 cg04897892 cg04973183 cg05063999
cg04761824 cg04838847 cg04897900 cg04977376 cg05073044
cg04762412 cg04844534 cg04899446 cg04978107 cg05075562
cg04763558 cg04848452 cg04900186 cg04981492 cg05078091
cg04765675 cg04848693 cg04907244 cg04982308 cg05081953
cg04768463 cg04851465 cg04907257 cg04983687 cg05083414
cg04770088 cg04853218 cg04907664 cg04984818 cg05088356
cg04771413 cg04854189 cg04908960 cg04987071 cg05089897
cg04772818 cg04854343 cg04909529 cg04988978 cg05091653
cg04777726 cg04855433 cg04911005 cg04993279 cg05091653
cg04778178 cg04856689 cg04911139 cg04993605 cg05093315
cg04779752 cg04858709 cg04914221 cg04994456 cg05093535
cg04786142 cg04859102 cg04915044 cg04996020 cg05094216
cg04789318 cg04859826 cg04915566 cg04996873 cg05097899
cg04791718 cg04860664 cg04918350 cg04997017 cg05098566
cg04793527 cg04863197 cg04918708 cg04999691 cg05105110
cg04794690 cg04865506 cg04920951 cg05000339 cg05106191
cg04797323 cg04867634 cg04921315 cg05005343 cg05109049
cg04797496 cg04868764 cg04926361 cg05006142 cg05110391
cg04801085 cg04869122 cg04928049 cg05006473 cg05110962
cg04807108 cg04869380 cg04934595 cg05008975 cg05111779
cg04809136 cg04872593 cg04936619 cg05010623 cg05116002
cg04814352 cg04872689 cg04939326 cg05012676 cg05118364
cg04817300 cg04873098 cg04940570 cg05028274 cg05120944
cg04818331 cg04874286 cg04940570 cg05029288 cg05124021
cg04820159 cg04875041 cg04941630 cg05038216 cg05127574
cg04822177 cg04875128 cg04942260 cg05039004 cg05127924
cg04822621 cg04875128 cg04947157 cg05041265 cg05128003
cg04827551 cg04875162 cg04948892 cg05044994 cg05129610
cg04828792 cg04877910 cg04951051 cg05047401 cg05130485
cg04832450 cg04880138 cg04951371 cg05048259 cg05130485
cg04832557 cg04880751 cg04951797 cg05048927 cg05134987
cg04833050 cg04882759 cg04952324 cg05050042 cg05138892
cg04834502 cg04886221 cg04952694 cg05050341 cg05139187
- 138 036566
cg05140806 cg05213661 cg05307957 cg05350879 cg05442902
cg05142677 cg05215004 cg05308317 cg05354929 cg05445326
cg05143530 cg05215004 cg05308617 cg05360477 cg05447100
cg05144259 cg05221167 cg05308819 cg05364072 cg05447556
cg05145233 cg05221664 cg05309179 cg05364884 cg05450477
cg05154546 cg05222671 cg05309505 cg05368762 cg05451210
cg05155595 cg05222924 cg05309989 cg05373256 cg05458052
cg05155595 cg05224741 cg05311180 cg05374956 cg05460571
cg05159732 cg05233128 cg05314394 cg05377162 cg05464506
cg05159799 cg05235171 cg05314622 cg05377587 cg05468303
cg05159909 cg05240166 cg05316065 cg05379509 cg05469118
cg05163329 cg05241143 cg05316065 cg05381692 cg05469695
cg05163588 cg05245070 cg05317396 cg05385282 cg05471495
cg05165862 cg05251000 cg05321960 cg05386769 cg05478818
cg05167251 cg05254747 cg05323683 cg05389236 cg05480110
cg05168229 cg05255168 cg05327192 cg05391892 cg05481929
cg05170342 cg05256043 cg05330472 cg05398700 cg05485379
cg05170759 cg05256204 cg05330921 cg05398883 cg05486872
cg05171937 cg05256612 cg05335030 cg05400732 cg05487105
cg05173913 cg05258294 cg05336982 cg05402891 cg05490023
cg05175020 cg05258757 cg05337753 cg05409038 cg05490233
cg05179645 cg05259836 cg05338167 cg05409218 cg05492113
cg05179757 cg05260236 cg05338167 cg05412696 cg05501357
cg05186455 cg05260466 cg05338384 cg05413628 cg05503433
cg05187247 cg05265234 cg05341539 cg05415840 cg05516390
cg05189127 cg05266796 cg05342835 cg05422883 cg05516499
cg05189517 cg05270106 cg05342945 cg05425699 cg05516773
cg05190718 cg05270634 cg05343689 cg05427381 cg05519105
cg05191839 cg05279137 cg05345286 cg05427639 cg05524246
cg05194316 cg05279738 cg05345310 cg05429117 cg05525374
cg05194362 cg05287481 cg05346878 cg05429895 cg05526364
cg05200313 cg05288172 cg05347108 cg05433391 cg05526731
cg05205842 cg05290695 cg05347334 cg05433642 cg05527091
cg05207048 cg05293510 cg05347898 cg05434870 cg05535113
cg05207048 cg05303999 cg05347965 cg05440289 cg05539265
cg05207067 cg05304729 cg05348366 cg05441133 cg05539509
cg05209514 cg05307752 cg05348708 cg05441133 cg05543520
- 139 036566
cg05545635 cg05603252 cg05674437 cg05766140 cg05854261
cg05546038 cg05605029 cg05675373 cg05767159 cg05855347
cg05546264 cg05605377 cg05675373 cg05769344 cg05857825
cg05547777 cg05608541 cg05675373 cg05769889 cg05859264
cg05547778 cg05613718 cg05679002 cg05777919 cg05859264
cg05548488 cg05617027 cg05684195 cg05778820 cg05861567
cg05554936 cg05617798 cg05684891 cg05782888 cg05869392
cg05558712 cg05617980 cg05687083 cg05784193 cg05874478
cg05560951 cg05618647 cg05687091 cg05784951 cg05875410
cg05561386 cg05618767 cg05696153 cg05786601 cg05876174
cg05566397 cg05621339 cg05696406 cg05788638 cg05877497
cg05568054 cg05623392 cg05696678 cg05795157 cg05878337
cg05569131 cg05624196 cg05696950 cg05797594 cg05878558
cg05572370 cg05626226 cg05697249 cg05797770 cg05879334
cg05573829 cg05627441 cg05697976 cg05798059 cg05884705
cg05575213 cg05628549 cg05698069 cg05798125 cg05887405
cg05576974 cg05629781 cg05709468 cg05798126 cg05887405
cg05576974 cg05633152 cg05711710 cg05798147 cg05888583
cg05578055 cg05633523 cg05714496 cg05798501 cg05889541
cg05579652 cg05635754 cg05715492 cg05798664 cg05890550
cg05580991 cg05642264 cg05715998 cg05801374 cg05890855
cg05585149 cg05647567 cg05718034 cg05807991 cg05892329
cg05587158 cg05647756 cg05718253 cg05809668 cg05895353
cg05587394 cg05648303 cg05721858 cg05819268 cg05895507
cg05590294 cg05653400 cg05726109 cg05820959 cg05898545
cg05590982 cg05654163 cg05726239 cg05826295 cg05898591
cg05592959 cg05655953 cg05729480 cg05828992 cg05901196
cg05593669 cg05656364 cg05739476 cg05832051 cg05906024
cg05593715 cg05656364 cg05739816 cg05833610 cg05907976
cg05595345 cg05656374 cg05745631 cg05834895 cg05911990
cg05596756 cg05659947 cg05749855 cg05839235 cg05915004
cg05597181 cg05664039 cg05750926 cg05840553 cg05916707
cg05597349 cg05664072 cg05755408 cg05845533 cg05917732
cg05598886 cg05664352 cg05757907 cg05847233 cg05917748
cg05599160 cg05670596 cg05764061 cg05849676 cg05921889
cg05602356 cg05671644 cg05765734 cg05852143 cg05921905
cg05602648 cg05672569 cg05766064 cg05852537 cg05923681
- 140 036566
cg05926314 cg05989312 cg06075311 cg06161697 cg06243866
cg05926640 cg05989861 cg06077738 cg06162324 cg06244417
cg05926784 cg05991442 cg06079273 cg06172871 cg06257052
cg05927017 cg05995220 cg06079710 cg06173663 cg06257378
cg05934333 cg05995267 cg06080300 cg06175036 cg06269753
cg05936004 cg05999324 cg06085890 cg06176929 cg06271128
cg05938409 cg06000556 cg06093719 cg06182311 cg06275788
cg05940691 cg06005169 cg06096336 cg06184926 cg06277849
cg05941634 cg06008435 cg06097580 cg06185532 cg06282059
cg05947740 cg06010390 cg06098276 cg06186245 cg06285337
cg05948372 cg06010724 cg06099014 cg06186808 cg06285340
cg05948763 cg06013113 cg06101212 cg06197966 cg06290096
cg05949173 cg06021088 cg06104877 cg06198069 cg06294470
cg05949331 cg06022562 cg06107816 cg06201642 cg06294561
cg05949640 cg06023345 cg06113789 cg06202585 cg06295238
cg05956452 cg06024930 cg06114334 cg06204101 cg06298519
cg05957544 cg06029308 cg06119575 cg06204730 cg06298740
cg05958352 cg06029700 cg06120000 cg06204948 cg06302803
cg05959508 cg06030535 cg06121469 cg06206670 cg06305609
cg05959508 cg06033531 cg06130322 cg06206957 cg06306636
cg05959932 cg06033721 cg06131338 cg06209035 cg06310844
cg05960024 cg06035970 cg06134860 cg06209197 cg06315390
cg05963604 cg06038201 cg06137032 cg06210783 cg06316121
cg05963690 cg06039355 cg06139749 cg06211724 cg06319919
cg05966228 cg06043201 cg06142324 cg06213287 cg06320380
cg05967596 cg06043315 cg06144905 cg06213287 cg06322557
cg05968188 cg06048436 cg06147895 cg06214007 cg06325209
cg05968369 cg06051311 cg06148264 cg06216883 cg06325540
cg05971966 cg06055392 cg06149733 cg06218079 cg06326072
cg05973398 cg06059810 cg06150803 cg06219103 cg06328338
cg05973772 cg06061966 cg06151165 cg06228542 cg06329392
cg05976325 cg06062571 cg06151171 cg06228828 cg06330323
cg05979232 cg06064964 cg06154570 cg06232466 cg06332339
cg05980719 cg06069441 cg06154597 cg06235390 cg06334857
cg05981907 cg06070445 cg06155620 cg06237151 cg06336792
cg05984244 cg06072835 cg06156376 cg06240947 cg06338119
cg05986288 cg06074534 cg06158434 cg06241101 cg06339573
- 141 036566
cg06339606 cg06393830 cg06486088 cg06555468 cg06627617
cg06341701 cg06394229 cg06487082 cg06556593 cg06630241
cg06341721 cg06394229 cg06487870 cg06557376 cg06634717
cg06346857 cg06396724 cg06488150 cg06560754 cg06634862
cg06349174 cg06398643 cg06488678 cg06564132 cg06635797
cg06352352 cg06399427 cg06489418 cg06564900 cg06636541
cg06352750 cg06400745 cg06493994 cg06567855 cg06637330
cg06353345 cg06407371 cg06495233 cg06570224 cg06637550
cg06353720 cg06410591 cg06495961 cg06570224 cg06637618
cg06354543 cg06413794 cg06496222 cg06570358 cg06638156
cg06356912 cg06415153 cg06496728 cg06571387 cg06638451
cg06357940 cg06417460 cg06502570 cg06572160 cg06638913
cg06358171 cg06417962 cg06503456 cg06580318 cg06639320
cg06358671 cg06419432 cg06507244 cg06582663 cg06639320
cg06359931 cg06419846 cg06510617 cg06585203 cg06640279
cg06361405 cg06420903 cg06514371 cg06590173 cg06640593
cg06362313 cg06431953 cg06516124 cg06593906 cg06641366
cg06363129 cg06432753 cg06516502 cg06594281 cg06643882
cg06363801 cg06433467 cg06517181 cg06601666 cg06646494
cg06366981 cg06436185 cg06518271 cg06604467 cg06650260
cg06371489 cg06436854 cg06518271 cg06606949 cg06650260
cg06372779 cg06442489 cg06520450 cg06610259 cg06655100
cg06374962 cg06444781 cg06520821 cg06610548 cg06655216
cg06376598 cg06452129 cg06521347 cg06612355 cg06657721
cg06378107 cg06454084 cg06522833 cg06613392 cg06660522
cg06379876 cg06457357 cg06523556 cg06614002 cg06663068
cg06380725 cg06460328 cg06525453 cg06615154 cg06665109
cg06385583 cg06464468 cg06525670 cg06615380 cg06665322
cg06386517 cg06466782 cg06528306 cg06616710 cg06667574
cg06386983 cg06470626 cg06534853 cg06617528 cg06668073
cg06387622 cg06475541 cg06540636 cg06620254 cg06675538
cg06388350 cg06475764 cg06544111 cg06620390 cg06676049
cg06388363 cg06475764 cg06547766 cg06620723 cg06677151
cg06389019 cg06478823 cg06549275 cg06621784 cg06679087
cg06392426 cg06482904 cg06550165 cg06625767 cg06680481
cg06392426 cg06483795 cg06550629 cg06625767 cg06681566
cg06393679 cg06485706 cg06554069 cg06627043 cg06682039
- 142 036566
cg06685111 cg06754197 cg06848775 cg06931356 cg07025989
cg06685737 cg06757810 cg06850687 cg06933965 cg07027075
cg06688182 cg06760830 cg06855803 cg06939307 cg07027075
cg06691343 cg06761530 cg06856155 cg06942770 cg07028533
cg06692050 cg06765947 cg06856687 cg06945634 cg07028914
cg06694381 cg06766367 cg06857116 cg06945807 cg07029024
cg06694561 cg06769202 cg06864391 cg06951326 cg07030727
cg06694734 cg06769820 cg06867822 cg06954481 cg07031797
cg06699564 cg06774703 cg06869505 cg06958829 cg07036035
cg06702718 cg06778853 cg06871974 cg06960457 cg07038187
cg06703803 cg06780032 cg06872331 cg06960600 cg07039180
cg06706670 cg06781209 cg06872381 cg06961025 cg07039423
cg06706813 cg06783429 cg06873916 cg06967304 cg07041323
cg06707993 cg06786219 cg06874016 cg06980053 cg07042007
cg06708237 cg06787669 cg06874144 cg06981182 cg07044458
cg06708255 cg06788514 cg06879394 cg06983551 cg07046030
cg06710672 cg06790324 cg06880420 cg06986263 cg07053114
cg06713098 cg06792154 cg06880930 cg06989253 cg07053546
cg06717565 cg06794543 cg06882877 cg06991495 cg07056057
cg06717750 cg06794581 cg06888121 cg06991732 cg07064050
cg06720467 cg06795722 cg06888746 cg06993191 cg07064544
cg06721601 cg06800962 cg06889746 cg06995003 cg07065759
cg06721712 cg06801857 cg06893273 cg06995715 cg07067993
cg06722069 cg06801994 cg06893273 cg06998238 cg07068768
cg06723829 cg06811300 cg06894812 cg06998238 cg07071449
cg06724019 cg06815112 cg06898823 cg07002058 cg07075930
cg06724078 cg06818532 cg06900821 cg07002201 cg07082267
cg06724588 cg06818777 cg06901238 cg07006325 cg07085167
cg06728055 cg06820990 cg06906087 cg07006526 cg07086380
cg06733794 cg06823060 cg06909248 cg07006935 cg07089056
cg06738887 cg06824394 cg06909646 cg07007400 cg07092805
cg06739004 cg06825878 cg06911113 cg07009002 cg07093485
cg06740897 cg06836020 cg06911354 cg07011913 cg07099000
cg06746318 cg06837040 cg06911744 cg07014174 cg07101841
cg06748147 cg06841832 cg06912282 cg07017114 cg07101926
cg06749053 cg06844526 cg06913345 cg07024339 cg07103618
cg06752054 cg06848185 cg06913958 cg07025312 cg07104706
- 143 036566
cg07113653 cg07180212 cg07251141 cg07328796 cg07409471
cg07118376 cg07180538 cg07259687 cg07330114 cg07414392
cg07119315 cg07184578 cg07265541 cg07338464 cg07418387
cg07120346 cg07185131 cg07266350 cg07339393 cg07419011
cg07120889 cg07185664 cg07266404 cg07344019 cg07420137
cg07125991 cg07186138 cg07266412 cg07347049 cg07420232
cg07126783 cg07186138 cg07268431 cg07347148 cg07423149
cg07126979 cg07186962 cg07269138 cg07351322 cg07424155
cg07128900 cg07188523 cg07273304 cg07352054 cg07428907
cg07131274 cg07190763 cg07275179 cg07354008 cg07433769
cg07132492 cg07195577 cg07280105 cg07354440 cg07438401
cg07133930 cg07197230 cg07281370 cg07354440 cg07439056
cg07135032 cg07204724 cg07283896 cg07355507 cg07441272
cg07136054 cg07205203 cg07285167 cg07356342 cg07442479
cg07137244 cg07207670 cg07292237 cg07356549 cg07443710
cg07139440 cg07214314 cg07292816 cg07359545 cg07448060
cg07139440 cg07216133 cg07294541 cg07360250 cg07450210
cg07140459 cg07216194 cg07297322 cg07361056 cg07451370
cg07141504 cg07216436 cg07297896 cg07363637 cg07451524
cg07142893 cg07220152 cg07298431 cg07366188 cg07452799
cg07144026 cg07221258 cg07299510 cg07366553 cg07455685
cg07145664 cg07221454 cg07300408 cg07367113 cg07455975
cg07148645 cg07221454 cg07302959 cg07368069 cg07457785
cg07151747 cg07223106 cg07305933 cg07372034 cg07458272
cg07154944 cg07224221 cg07307078 cg07374632 cg07459019
cg07158339 cg07229767 cg07308257 cg07380416 cg07460010
cg07160420 cg07230792 cg07309102 cg07380496 cg07463059
cg07160602 cg07230999 cg07313162 cg07384961 cg07463059
cg07160871 cg07236190 cg07313319 cg07385362 cg07464206
cg07161369 cg07237830 cg07313504 cg07388493 cg07467716
cg07162000 cg07237830 cg07314337 cg07390647 cg07469445
cg07164133 cg07237939 cg07315493 cg07392324 cg07469594
cg07166171 cg07241170 cg07317846 cg07395000 cg07470207
cg07174665 cg07243141 cg07318983 cg07398429 cg07471052
cg07175582 cg07248223 cg07319315 cg07399288 cg07472373
cg07178563 cg07249730 cg07324116 cg07403228 cg07473175
cg07178825 cg07250128 cg07327468 cg07405796 cg07477924
- 144 036566
cg07478098 cg07558704 cg07664000 cg07734975 cg07808712
cg07479030 cg07559526 cg07664029 cg07736115 cg07811634
cg07484220 cg07560096 cg07665060 cg07737063 cg07816074
cg07486017 cg07560587 cg07665466 cg07739205 cg07817608
cg07486252 cg07567376 cg07665510 cg07740599 cg07818646
cg07493499 cg07571734 cg07668993 cg07740640 cg07823492
cg07498879 cg07573965 cg07669260 cg07740705 cg07824422
cg07498879 cg07580128 cg07670266 cg07747924 cg07832674
cg07499032 cg07581973 cg07671949 cg07749074 cg07833420
cg07507559 cg07583137 cg07672479 cg07749951 cg07837085
cg07516307 cg07585069 cg07675184 cg07756788 cg07837534
cg07519235 cg07585257 cg07675656 cg07759857 cg07838427
cg07522403 cg07589342 cg07675682 cg07761912 cg07839536
cg07525077 cg07589991 cg07677157 cg07763768 cg07842386
cg07526974 cg07597386 cg07684152 cg07763768 cg07846220
cg07530759 cg07598052 cg07685034 cg07769421 cg07846737
cg07531516 cg07601148 cg07686872 cg07771727 cg07850154
cg07532183 cg07602008 cg07690734 cg07772309 cg07850477
cg07533148 cg07602984 cg07690768 cg07776993 cg07850967
cg07533511 cg07602998 cg07693270 cg07777540 cg07858728
cg07536914 cg07613752 cg07695771 cg07778315 cg07858728
cg07537750 cg07618085 cg07697227 cg07780118 cg07859439
cg07537821 cg07623567 cg07697256 cg07782795 cg07860918
cg07538039 cg07627464 cg07700837 cg07783183 cg07863354
cg07541559 cg07636142 cg07705908 cg07785552 cg07864632
cg07544187 cg07641284 cg07706776 cg07785936 cg07864632
cg07544187 cg07641807 cg07708516 cg07786675 cg07864883
cg07547549 cg07643912 cg07710481 cg07786995 cg07864976
cg07550267 cg07644807 cg07713361 cg07789083 cg07866001
cg07551060 cg07645228 cg07713361 cg07790638 cg07869023
cg07553761 cg07646467 cg07717632 cg07795766 cg07871153
cg07553761 cg07651914 cg07721569 cg07799299 cg07873488
cg07554046 cg07651914 cg07725925 cg07802350 cg07876051
cg07555102 cg07652854 cg07727358 cg07803375 cg07879785
cg07555397 cg07654934 cg07728579 cg07804470 cg07880109
cg07556151 cg07658508 cg07733247 cg07805542 cg07883333
cg07558153 cg07661480 cg07733918 cg07806886 cg07883457
- 145 036566
cg07885191 cg07948480 cg08047907 cg08123444 cg08220149
cg07887891 cg07949060 cg08056069 cg08126211 cg08223235
cg07890238 cg07949863 cg08056146 cg08128361 cg08224212
cg07890954 cg07953015 cg08057038 cg08128734 cg08224238
cg07895149 cg07955887 cg08057475 cg08128768 cg08224785
cg07897701 cg07955995 cg08059845 cg08130265 cg08233909
cg07897871 cg07955995 cg08060322 cg08131059 cg08234504
cg07903860 cg07958192 cg08068820 cg08135379 cg08237401
cg07903860 cg07960360 cg08071700 cg08137085 cg08239282
cg07904452 cg07965335 cg08071719 cg08139247 cg08241465
cg07906688 cg07972322 cg08076018 cg08141395 cg08241785
cg07906724 cg07974511 cg08076158 cg08147187 cg08243465
cg07907670 cg07974890 cg08077071 cg08151470 cg08247289
cg07908654 cg07982208 cg08077673 cg08155116 cg08248751
cg07910680 cg07982740 cg08079330 cg08155625 cg08249424
cg07911353 cg07989221 cg08080923 cg08157310 cg08250921
cg07911905 cg07991621 cg08082763 cg08157638 cg08253808
cg07912922 cg07993112 cg08084788 cg08161491 cg08254089
cg07915117 cg07999415 cg08087868 cg08169778 cg08255233
cg07917502 cg08000684 cg08089301 cg08173959 cg08256691
cg07920503 cg08003150 cg08090772 cg08179530 cg08258650
cg07920503 cg08008692 cg08090772 cg08182975 cg08261094
cg07921144 cg08010865 cg08093097 cg08183300 cg08261841
cg07922606 cg08015762 cg08093568 cg08185095 cg08261841
cg07925867 cg08016257 cg08097417 cg08186362 cg08262534
cg07926491 cg08018572 cg08097417 cg08189989 cg08263647
cg07927379 cg08021727 cg08098128 cg08191854 cg08264885
cg07927379 cg08024766 cg08100149 cg08196106 cg08264906
cg07927953 cg08024992 cg08102516 cg08196512 cg08268099
cg07928191 cg08028295 cg08105396 cg08200851 cg08269188
cg07932300 cg08032476 cg08105834 cg08201451 cg08269316
cg07935264 cg08034413 cg08106279 cg08203284 cg08270005
cg07936037 cg08036764 cg08106393 cg08203715 cg08278554
cg07940011 cg08041408 cg08106973 cg08208317 cg08278731
cg07945906 cg08041603 cg08110785 cg08209184 cg08282819
cg07946277 cg08044694 cg08111895 cg08210297 cg08284213
cg07946977 cg08047457 cg08118241 cg08219183 cg08287471
- 146 036566
cg08293531 cg08376310 cg08452327 cg08507270 cg08615333
cg08294044 cg08378742 cg08452348 cg08508455 cg08618173
cg08296903 cg08379987 cg08452964 cg08508763 cg08621624
cg08301503 cg08381620 cg08454015 cg08514736 cg08621778
cg08305436 cg08383315 cg08457178 cg08517455 cg08621957
cg08308801 cg08383315 cg08457620 cg08519905 cg08622198
cg08310400 cg08385097 cg08461840 cg08523456 cg08625803
cg08310837 cg08390172 cg08465346 cg08525145 cg08626653
cg08311321 cg08393516 cg08466082 cg08528170 cg08626653
cg08313420 cg08396985 cg08467103 cg08528204 cg08627125
cg08314996 cg08399444 cg08467371 cg08529529 cg08628428
cg08315613 cg08399733 cg08468689 cg08539620 cg08636573
cg08321272 cg08400124 cg08469255 cg08540945 cg08639762
cg08324862 cg08400494 cg08469834 cg08542351 cg08639799
cg08327151 cg08401628 cg08469834 cg08543028 cg08643646
cg08328160 cg08403043 cg08472583 cg08545136 cg08643928
cg08331313 cg08408433 cg08474164 cg08548498 cg08644341
cg08332074 cg08409642 cg08474786 cg08549335 cg08647446
cg08337959 cg08411881 cg08480068 cg08552167 cg08651590
cg08341874 cg08415592 cg08482837 cg08554257 cg08654960
cg08342134 cg08415731 cg08483376 cg08558886 cg08655844
cg08342194 cg08418978 cg08483876 cg08560874 cg08655953
cg08343834 cg08422599 cg08483876 cg08564172 cg08659204
cg08349093 cg08422793 cg08489309 cg08570458 cg08660295
cg08351489 cg08424966 cg08491681 cg08572611 cg08663109
cg08354372 cg08425796 cg08494871 cg08577953 cg08663890
cg08360728 cg08432452 cg08495126 cg08578703 cg08667600
cg08361180 cg08432727 cg08495878 cg08583240 cg08667721
cg08363345 cg08441170 cg08495878 cg08586426 cg08667721
cg08363794 cg08441314 cg08497239 cg08595667 cg08670465
cg08365738 cg08441806 cg08499046 cg08597067 cg08677617
cg08368520 cg08441850 cg08501292 cg08598221 cg08679238
cg08368654 cg08442149 cg08501402 cg08604594 cg08680085
cg08370996 cg08443563 cg08504583 cg08605773 cg08684511
cg08371532 cg08443845 cg08504583 cg08610901 cg08687163
cg08373573 cg08446038 cg08505243 cg08614481 cg08687386
cg08374799 cg08448479 cg08506113 cg08614481 cg08687753
- 147 036566
cg08688393 cg08762247 cg08830300 cg08924430 cg09037813
cg08693490 cg08764162 cg08831594 cg08924619 cg09038267
cg08695223 cg08764925 cg08833741 cg08934785 cg09038676
cg08696107 cg08771408 cg08836954 cg08939850 cg09038914
cg08696192 cg08773462 cg08839808 cg08943045 cg09038962
cg08698523 cg08775230 cg08841544 cg08943107 cg09039672
cg08703595 cg08779649 cg08845722 cg08944236 cg09042277
cg08704934 cg08779777 cg08846002 cg08945711 cg09043518
cg08705647 cg08779982 cg08846566 cg08946844 cg09046168
cg08706141 cg08783253 cg08847737 cg08951452 cg09050670
cg08706258 cg08785133 cg08847775 cg08951958 cg09051630
cg08706258 cg08790491 cg08857906 cg08954277 cg09053536
cg08709276 cg08796240 cg08858649 cg08954352 cg09053680
cg08709385 cg08797471 cg08858751 cg08956101 cg09059945
cg08711067 cg08798116 cg08861115 cg08957484 cg09061733
cg08716982 cg08802944 cg08862479 cg08957484 cg09062638
cg08717880 cg08804013 cg08872550 cg08960448 cg09064486
cg08718097 cg08804013 cg08875705 cg08965235 cg09067465
cg08719712 cg08804892 cg08877357 cg08965337 cg09068128
cg08719712 cg08804892 cg08878368 cg08965685 cg09069446
cg08724517 cg08806408 cg08879910 cg08972170 cg09075787
cg08724636 cg08808720 cg08884974 cg08975445 cg09077096
cg08725319 cg08808812 cg08886154 cg08981777 cg09080173
cg08730070 cg08810397 cg08887400 cg08988543 cg09081544
cg08730743 cg08811259 cg08888905 cg08992581 cg09083627
cg08731435 cg08812108 cg08889009 cg09007236 cg09083627
cg08732352 cg08813925 cg08890883 cg09011038 cg09089421
cg08734053 cg08818337 cg08891110 cg09014775 cg09092280
cg08734477 cg08818866 cg08893839 cg09018810 cg09093409
cg08736918 cg08818984 cg08897054 cg09018824 cg09095122
cg08744726 cg08822227 cg08900426 cg09019648 cg09101941
cg08749443 cg08823554 cg08901662 cg09022325 cg09107055
cg08752433 cg08823975 cg08905080 cg09022584 cg09109383
cg08757624 cg08823985 cg08906015 cg09022808 cg09115473
cg08758887 cg08824221 cg08908855 cg09025324 cg09118625
cg08761208 cg08826839 cg08911152 cg09029193 cg09119494
cg08761396 cg08830105 cg08924430 cg09036996 cg09119665
- 148 036566
cg09120035 cg09238677 cg09321019 cg09394600 cg09460229
cg09129067 cg09238992 cg09322259 cg09396068 cg09461420
cg09130288 cg09240095 cg09325711 cg09396865 cg09462575
cg09134314 cg09244071 cg09326702 cg09399281 cg09469554
cg09138892 cg09244707 cg09331986 cg09400037 cg09469667
cg09146232 cg09247255 cg09334629 cg09401099 cg09470010
cg09147068 cg09247619 cg09336988 cg09401099 cg09470059
cg09153080 cg09249152 cg09337563 cg09404617 cg09471455
cg09158314 cg09250087 cg09340279 cg09408143 cg09473180
cg09159452 cg09251197 cg09340639 cg09410271 cg09473585
cg09163035 cg09252677 cg09340639 cg09410389 cg09476997
cg09167825 cg09256448 cg09341015 cg09410512 cg09479286
cg09169117 cg09257635 cg09342997 cg09410871 cg09480190
cg09169796 cg09270514 cg09347151 cg09411922 cg09481404
cg09169874 cg09272948 cg09347582 cg09412069 cg09481537
cg09173768 cg09274810 cg09349409 cg09412619 cg09482780
cg09175724 cg09276158 cg09349530 cg09412707 cg09483043
cg09175724 cg09279942 cg09350274 cg09414535 cg09491709
cg09179845 cg09283043 cg09353052 cg09414827 cg09494609
cg09183671 cg09286367 cg09354037 cg09418984 cg09496762
cg09186006 cg09287096 cg09356442 cg09421083 cg09499629
cg09187107 cg09287864 cg09356916 cg09425279 cg09499629
cg09190408 cg09293816 cg09358071 cg09427944 cg09499698
cg09192940 cg09297468 cg09360041 cg09430118 cg09499844
cg09193479 cg09298313 cg09362796 cg09433910 cg09503045
cg09203199 cg09299055 cg09363735 cg09434500 cg09506001
cg09222115 cg09300089 cg09365002 cg09434500 cg09507934
cg09225287 cg09303236 cg09366118 cg09435227 cg09510077
cg09226692 cg09303642 cg09373786 cg09435920 cg09510476
cg09226692 cg09305503 cg09374838 cg09436823 cg09510752
cg09227119 cg09307985 cg09374949 cg09440340 cg09511662
cg09227533 cg09308639 cg09375033 cg09450200 cg09511741
cg09229231 cg09311052 cg09376583 cg09451235 cg09513469
cg09229912 cg09313745 cg09377980 cg09452568 cg09522147
cg09229960 cg09318283 cg09383816 cg09453760 cg09527126
cg09234616 cg09318763 cg09387749 cg09458420 cg09527670
cg09238199 cg09319815 cg09394128 cg09459339 cg09531959
- 149 036566
cg09532502 cg09600715 cg09666573 cg09748975 cg09837648
cg09536336 cg09606564 cg09667289 cg09755102 cg09837977
cg09537259 cg09607548 cg09667303 cg09755872 cg09839592
cg09537621 cg09610332 cg09667606 cg09759289 cg09842331
cg09539538 cg09615821 cg09669754 cg09761080 cg09844573
cg09540676 cg09621330 cg09676390 cg09761224 cg09845205
cg09541248 cg09621472 cg09678836 cg09762021 cg09847626
cg09541794 cg09626984 cg09678939 cg09768859 cg09851343
cg09547190 cg09630706 cg09682183 cg09769113 cg09852744
cg09548403 cg09632029 cg09683258 cg09774287 cg09853702
cg09548780 cg09632136 cg09685096 cg09774917 cg09854011
cg09550083 cg09632273 cg09686013 cg09775312 cg09858224
cg09550909 cg09634469 cg09688546 cg09781994 cg09859040
cg09554443 cg09634469 cg09692396 cg09787504 cg09863441
cg09555736 cg09634659 cg09694403 cg09789650 cg09864325
cg09556515 cg09635866 cg09698220 cg09790137 cg09864712
cg09557149 cg09636525 cg09704415 cg09791621 cg09866303
cg09561365 cg09636715 cg09706243 cg09797337 cg09866569
cg09563216 cg09638208 cg09709457 cg09797390 cg09867883
cg09564133 cg09639735 cg09712216 cg09798023 cg09869144
cg09569432 cg09639964 cg09716613 cg09800500 cg09869167
cg09571345 cg09640070 cg09721047 cg09804503 cg09870609
cg09571369 cg09643186 cg09721047 cg09806262 cg09871315
cg09574499 cg09643186 cg09726703 cg09806318 cg09871315
cg09577651 cg09643398 cg09727050 cg09806934 cg09872616
cg09578475 cg09644974 cg09728102 cg09809672 cg09882118
cg09580336 cg09645888 cg09728393 cg09809672 cg09884146
cg09582042 cg09645993 cg09728487 cg09814128 cg09887589
cg09588360 cg09646593 cg09729182 cg09816180 cg09890400
cg09592463 cg09647671 cg09729848 cg09818397 cg09891226
cg09595079 cg09647884 cg09729848 cg09822907 cg09893305
cg09595163 cg09650180 cg09730500 cg09827048 cg09895029
cg09595185 cg09651136 cg09731211 cg09827833 cg09896345
cg09596645 cg09652142 cg09731745 cg09831553 cg09896412
cg09596975 cg09654261 cg09734418 cg09832911 cg09899868
cg09597022 cg09657114 cg09744051 cg09835220 cg09902130
cg09599740 cg09664216 cg09747827 cg09836395 cg09902130
- 150 036566
cg09905852 cg09994356 cgl0080732 cgl0153214 cgl0224037
cg09906995 cgl0003766 cgl0084370 cgl0156217 cgl0226546
cg09908110 cgl0005998 cgl0088985 cgl0156302 cgl0228500
cg09911316 cgl0007534 cgl0089145 cgl0157208 cgl0235116
cg09914773 cgl0009801 eg10090241 cgl0157926 cgl0235741
cg09915444 cgl0010780 cgl0090326 cgl0158280 cgl0235741
cg09919917 cgl0011232 cgl0096100 cgl0159529 cgl0237362
cg09921821 cgl0012393 cgl0097313 cgl0161111 cgl0237911
cg09923855 cgl0013716 cgl0098888 cgl0163955 cgl0244368
cg09927251 cgl0018933 cgl0098888 cgl0165071 cgl0245048
cg09931909 cgl0020892 cgl0099209 cgl0165847 cgl0249506
cg09933836 eg10024587 cgl0099572 cgl0166090 cgl0249734
cg09935667 cgl0025514 cgl0100220 cgl0170214 cgl0256052
cg09936561 cgl0025586 cgl0106388 cgl0170504 eg10256976
cg09937039 eg10029411 cgl0108296 cgl0172783 eg10257049
cg09938227 cgl0030684 cgl0110271 cgl0173075 cgl0259521
cg09938408 cgl0031651 cgl0113231 cgl0174683 cgl0259872
cg09938881 eg10037005 cgl0114327 cgl0174687 cgl0261191
cg09940675 cgl0037913 cgl0119288 cgl0175203 cgl0261191
cg09947844 cgl0039299 cgl0120807 cglO183885 eg10262747
cg09948350 cgl0045881 cgl0122103 cgl0185478 cgl0266490
cg09948419 cgl0045881 cgl0126181 cgl0186347 cgl0268345
cg09954385 eg10047173 cgl0126234 cgl0187713 cgl0271186
cg09960553 cgl0049535 cgl0126372 cgl0190509 eg10272731
cg09962377 cgl0052840 cgl0126903 cgl0191240 cgl0275766
cg09962952 cgl0055471 cgl0135483 cgl0194536 cgl0278046
cg09964625 cgl0055580 cgl0136560 cgl0194829 cgl0283505
cg09965668 cgl0056482 cglO140240 cgl0195215 cgl0283844
cg09966895 cgl0057264 cgl0141942 cgl0199606 cgl0284771
cg09967440 cgl0061770 cgl0142237 cgl0203943 cgl0287137
cg09967487 cgl0062065 cgl0143751 eg10210094 cgl0288525
cg09975620 eg10064162 cgl0146216 cgl0211252 cgl0293925
cg09978533 eg10064162 cgl0148280 cgl0211776 cgl0294820
cg09987889 cgl0068464 cglO15O53O cgl0211877 cgl0298741
cg09988116 eg10077746 cgl0150813 cgl0219037 cgl0299448
cg09988805 cgl0078415 cgl0151248 eg10221896 cgl0300684
cg09992387 cgl0078415 cgl0151367 cgl0222534 cgl0307052
- 151 036566
cgl0310595 cgl0402715 cgl0503138 cgl0568796 cgl0665616
cgl0313047 cgl0415021 cgl0503298 cgl0569414 cgl0667970
cgl0317145 cgl0416814 cgl0504392 cgl0570544 cgl0668926
cgl0319505 eg10417457 cgl0505610 cgl0572670 cgl0669449
cgl0319857 eg10418263 cgl0506618 cgl0580335 cgl0671066
eg10322876 eg10418626 cgl0507231 cgl0581876 cgl0673740
cgl0328877 eg10419849 cgl0507988 cgl0584024 cgl0673833
cgl0328877 cgl0420756 cgl0508783 cgl0586672 cgl0680621
cgl0329579 cgl0423607 cgl0510478 cgl0586756 cgl0681065
eg10329928 cgl0427868 cgl0518264 cgl0588962 cgl0681065
cgl0331100 cgl0434728 cgl0522770 cgl0589577 cgl0681125
cgl0331779 cgl0435245 cgl0523019 cgl0590292 cgl0681137
cgl0331989 eg10440196 cgl0523019 cgl0591174 cgl0687219
cgl0334121 cgl0441691 cgl0523671 cgl0593400 cgl0690440
cgl0345936 cgl0445708 cgl0523671 cgl0594510 cgl0692870
cgl0347828 cgl0451565 cgl0525372 cgl0597661 cgl0700634
cgl0351284 cgl0452704 cgl0525372 cgl0599446 cgl0700718
cgl0351808 cgl0453365 cgl0528989 cgl0599948 cgl0704263
eg10356463 cgl0454596 cgl0528989 eg10601002 cgl0707788
cgl0361765 cgl0455321 cgl0530767 cgl0602180 cgl0708675
eg10362475 cgl0456035 cgl0531355 cgl0608333 cgl0708739
eg10362842 cgl0458216 cgl0536999 cgl0608341 cgl0708793
eg10364040 cgl0463451 cgl0539700 cgl0609310 cgl0713002
eg10367244 cgl0464529 cgl0539808 cgl0612997 cgl0713589
cgl0369688 cgl0474368 cgl0540679 cgl0621597 cgl0714284
cgl0369955 cgl0475153 cgl0542975 cgl0627737 cgl0715426
cgl0370591 cgl0475433 cgl0546562 cgl0628699 cgl0720966
cgl0371483 cgl0488141 cgl0547050 cgl0629165 eg10722267
eg10375964 cgl0488141 cgl0548978 cgl0634551 cgl0722799
cgl0376161 cgl0490577 cgl0549973 cgl0646968 cgl0723020
cgl0378521 cgl0491452 cgl0550416 cgl0651637 cgl0725344
cgl0379653 cgl0493436 cgl0552385 cgl0653926 cgl0725623
cgl0381113 cgl0496150 cgl0556636 cgl0655371 cgl0727820
cgl0393811 cgl0498502 cgl0557552 cgl0657965 cgl0728503
eg10395252 cgl0500167 cgl0558740 cgl0660136 cgl0732834
cgl0398682 cgl0500219 cgl0559416 cgl0660256 cgl0734665
cgl0398761 cgl0501210 cgl0562586 cgl0663144 cgl0735211
- 152 036566
cgl0735319 cgl0808195 cgl0878966 cgl0977667 cgll081833
eg10746447 cgl0809560 cgl0881071 cgl0977795 cgl1083235
cgl0750182 cgl0818284 cgl0884539 cgl0981439 cgll084015
cgl0752575 cgl0820936 cgl0888111 cgl0982851 cgl1084035
cgl0753836 cgl0821226 cgl0894453 cgl0983853 cgl1084266
cgl0754777 eg10824722 cgl0894512 cgl0985914 cgll084518
eg10762199 cgl0827768 cgl0894512 cgl0991454 cgl1086066
cgl0764068 cgl0830496 cgl0896609 cgl0993460 cgl1090582
cgl0764357 cgl0830649 cgl0896774 cgl0996148 cgll091914
cgl0765212 cgl0833014 cgl0899274 cgl0996589 cgl1093142
cgl0767216 cgl0833014 cgl0899768 cgl0999312 cgl1099899
cgl0768321 cgl0834893 cgl0900049 cgll003133 cgl1100658
cgl0768932 cgl0835083 cgl0904856 cgl1005826 cgl1100795
cgl0769844 cgl0835286 cgl0905180 cgl1009596 cgl1104416
eg10770662 cgl0836733 cgl0918927 cgl1009695 cgl1105292
cgl0773016 cgl0837843 eg10920224 cgll011736 cgl1108115
cgl0775551 cgl0841253 cgl0924857 cgl1014468 cgl1113216
cgl0775595 cgl0841756 cgl0925082 cgll014921 cgl1114141
cgl0777461 cgl0845380 cgl0925991 cgl1028052 cgl1114242
cgl0784030 cgl0846328 cgl0928544 cgl1032640 cgl1114465
cgl0784090 cgl0849854 cgl0931190 cgll033833 cgl1116288
cgl0784341 cgl0850791 cgl0933959 cgl1036962 cgl1118198
cgl0784511 cgl0850791 cgl0935064 cgl1042320 cgl1119131
cgl0784519 cgl0851763 cgl0935064 cgl1051843 cgl1119596
cgl0786043 cgl0857807 cgl0944063 cgll052516 cgl1119760
cgl0787197 cgl0858686 cgl0947827 cgl1052535 cgl1119767
eg10790704 cgl0861751 cgl0949007 cgl1053489 cgl1122255
cgl0791260 cgl0861751 cgl0949322 cgl1055493 cgl1123720
cgl0791260 cgl0861897 cgl0950111 cgl1055795 cgl1124350
cgl0791959 cgl0862567 eg10950297 cgl1057497 cgl1132661
cgl0792302 cgl0863207 cgl0952925 cgl1065271 cgl1136886
cgl0797850 cgl0863922 cgl0954765 cgl1066209 cgl1142013
cgl0798171 cgl0865887 cgl0956857 cgl1067179 cgl1146550
cgl0801752 cgl0872447 cgl0958452 cgl1069338 cgl1148581
cgl0803871 cgl0874403 cgl0960632 cgl1073558 cgl1155222
cgl0804656 cgl0876767 cgl0969178 cgl1073811 cgl1157816
cgl0805254 cgl0878307 cgl0976772 cgl1075693 cgl1158374
- 153 036566
cgl1161417 cgl1243304 cgl1314274 cgl1394785 cgl1482422
cgl1164400 cgl1246695 cgll314684 cgll395414 cgl1484353
cglll66108 cgl1247674 cgl1316131 cgl1397957 cgl1484576
cgll171719 cgll251858 cgll319403 cgl1399508 cgl1484721
cgl1172483 cgl1252765 cgl1321156 cgl1403907 cgl1486694
cgl1176159 cgl1252953 cgll328885 cgl1404751 cgll507178
cgl1176990 cgl1254361 cgl1334870 cgl1407345 cgl1508406
cgl1176990 cgl1254532 cgl1335133 cgl1408395 cgll508714
cgl1179695 cgl1255230 cgl1335171 cgl1413133 cgl1510131
cglll80129 cgl1255590 cgll339587 cgl1416290 cgll510182
cgl1180966 cgl1257728 cgl1340260 cgll418389 cgll511084
cgl1183227 cgl1271605 cgl1342468 cgl1420192 cgl1525409
cgl1192895 cgl1272332 cgl1343177 cgl1421073 cgll526198
cgl1194132 cgl1272491 cgl1343941 cgl1422964 cgl1526413
cgl1196788 cgl1272874 cgl1344572 cgll423130 cgl1528101
cgll197101 cgl1276198 cgl1345909 cgl1423517 cgl1528176
cgl1197258 cgl1282353 cgl1345955 cgl1423891 cgll528914
eg111 97945 cgl1284147 cgl1346669 cgl1429271 cgl1530678
cgl1198895 cgl1285496 cgll348165 cgl1430077 cgl1534596
cgl1199506 cgll285912 cgll350833 cgl1432797 cgl1534680
cgl1200568 cgl1286122 cgl1351709 cgl1432797 cgl1536940
cgl1201447 cgl1286122 cgl1354603 cgl1433866 cgl1540997
cgl1204212 cgll290188 cgl1356247 cgl1436025 cgl1542165
cgl1208222 cgl1290225 cgl1357542 cgl1436113 cgl1542336
cgl1209394 cgl1290265 cgll358199 cgll441617 cgl1544522
cgll213150 cgl1290720 cgl1360860 cgl1445797 cgl1544657
cgl1214889 cgl1291003 cgl1363527 cgl1447335 cgl1546385
cgl1219400 cgl1291009 cgll365617 cgl1452043 cgl1547724
cgll219883 cgl1296937 cgll366178 cgl1452329 cgl1550234
cgl1225528 cgl1300809 cgll377136 cgl1456838 cgl1550865
cgl1226328 cgl1304234 cgll380051 cgl1464160 cgl1558551
cgl1227141 cgl1306767 cgll384014 cgl1464842 cgl1559446
cgl1228682 cgll308319 cgll389172 cgl1468363 cgl1566244
cgll233153 cgl1310496 cgl1389756 cgl1468953 cgll571702
cgl1235297 cgl1312353 cgll391732 cgl1469587 cgl1572340
cgl1235787 cgl1313468 cgl1393848 cgl1472424 cgl1574745
cgl1240230 cgl1314042 cgl1393995 cgl1473104 cgl1576424
- 154 036566
cgl1582226 cgl1653466 cgl1738724 cgl1822932 cgl1884933
cgl1582403 cgl1653864 cgl1739297 eg11822964 cgll886187
cgll582717 cgl1654662 cgl1743827 cgl1825899 cgl1893698
cgl1584098 cgl1656547 cgl1748640 cgl1829371 cgl1895696
cgl1584690 cgl1657808 cgl1750962 cgl1829528 cgl1902362
cgl1584936 cgl1659747 cgl1752275 cgl1832281 cgll903177
cgll585071 cgll667117 cgll753018 cgll834106 cgl1903920
cgl1586448 cgl1668844 cgll754185 cgl1836119 cgl1905488
cgll588197 cgl1669824 cgl1754778 cgll838152 cgll906718
cgl1590700 cgl1672772 cgl1756734 cgl1840467 cgl1911305
cgll591485 cgl1676024 cgl1761622 cgl1841231 cgll911769
cgl1592951 cgl1684826 cgll775215 cgl1841704 cgll912239
cgl1594833 cgll691300 cgl1779113 cgl1846905 cgl1924260
cgl1597131 cgl1692070 cgl1780549 cgl1847636 cgl1930477
cgl1598720 cgll692191 cgl1782635 cgl1847992 cgl1932387
cgl1599981 cgl1692307 cgl1783497 cgl1847992 cgl1934832
cgll600161 cgll693019 cgl1784887 cgl1854877 cgl1935248
cgl1609668 cgl1693709 cgl1786338 cgl1855117 cgl1936809
cgl1611676 cgl1693709 cgl1786870 cgll855555 cgll938832
cgl1615029 cgl1700490 cgll791526 cgl1855643 cgl1946165
cgll617144 cgll701148 cgl1793332 cgl1857093 cgl1946165
cgl1617484 cgll701148 cgl1796233 cgll857142 cgl1946583
cgll619216 cgl1703007 cgl1797226 cgl1859594 cgl1947493
cgl1624479 cgll706911 cgl1800672 cgll861709 cgl1948055
cgl1625107 cgl1707035 cgll801524 cgl1862144 cgl1948766
cgl1629889 cgl1713515 cgl1802899 cgl1863609 cgll953516
cgl1630242 cgl1719784 cgl1804789 cgl1865119 cgl1953749
cgll631271 cgl1721464 cgl1806672 cgl1865578 cgl1954355
cgl1631592 cgl1722990 cgl1807829 cgl1868461 cgll956819
cgl1638399 cgl1723565 cgll809014 cgl1873482 cgl1962524
cgl1638842 cgl1727338 cgl1809476 cgl1873482 cgll963912
cgl1639651 cgl1729934 cgll812748 cgl1875028 cgl1964578
cgll639815 cgll732134 cgl1815363 cgll876012 cgl1970797
cgl1642382 cgl1732301 cgll816577 cgl1880367 cgl1976592
cgl1645155 cgl1735358 cgll818555 cgl1883737 cgl1976790
cgl1648471 cgl1737879 cgl1821702 cgl1884546 cgl1976790
cgl1652360 cgl1738543 cgl1821702 cgl1884704 cgl1983245
- 155 036566
cgl1984608 cgl2058385 cgl2136256 cgl2217400 cgl2319004
cgl1985321 cgl2058875 cgl2136716 cgl2218406 cgl2320986
cgl1985341 cgl2062464 cgl2137206 cgl2219838 cgl2322132
cgl1985754 cgl2063992 cgl2139707 cgl2221087 cgl2326299
cgl1986760 cgl2067547 cgl2144852 cgl2224045 cgl2332316
cgl1988036 cgl2070159 cgl2146829 cgl2224131 cgl2332526
cgl1989407 cgl2071073 cgl2149986 cgl2226735 cgl2332674
cgl1990902 cgl2072001 cgl2157941 cgl2228707 cgl2334079
cgl1991516 cgl2073537 cgl2160258 cgl2229172 cgl2336540
cgl1993160 cgl2074585 cgl2162100 cgl2229555 cgl2347429
cgl1994229 cgl2074915 cgl2163132 cgl2232308 cgl2347740
cgl1997708 cgl2075498 cgl2163490 cgl2235073 cgl2351310
cgl1998200 cgl2077754 cgl2164282 cgl2238593 cgl2351433
cgl1998307 cgl2081303 cgl2164955 cgl2242373 cgl2352622
cgl2003230 cgl2083852 cgl2165551 cgl2243738 cgl2355586
cgl2004206 cgl2087643 cgl2165685 cgl2250841 cgl2359904
cgl2005186 cgl2087643 cgl2165758 cgl2254430 cgl2361088
eg12010995 cgl2090052 cgl2167239 cgl2258785 cgl2361772
cgl2014181 cgl2096762 cgl2177087 cgl2273284 cgl2363903
cgl2019109 cgl2100791 cgl2177677 cgl2278179 cgl2365667
cgl2028674 cgl2100791 cgl2178980 cgl2278653 cgl2371569
cgl2031346 cgl2102235 cgl2181751 cgl2279125 cgl2371587
cgl2032049 cgl2103152 cgl2182453 cgl2279138 cgl2372106
cgl2033125 cgl2105450 cgl2186771 cgl2280317 cgl2373771
cgl2038710 cgl2109455 cgl2192582 cgl2284769 cgl2373771
cgl2038710 cgl2109968 cgl2193277 cgl2286194 cgl2378888
cgl2039611 cgl2111137 cgl2194594 cgl2286415 cgl2380764
cgl2041387 cgl2111714 cgl2198729 cgl2293634 cgl2382415
cgl2041387 cgl2112870 cgl2198841 cgl2294121 cgl2385643
cgl2042587 cgl2116288 cgl2199321 cgl2297440 cgl2389346
cgl2042714 cgl2117658 cgl2200412 cgl2298996 cgl2390011
cgl2047425 cgl2124767 cgl2201155 cgl2299554 cgl2391048
cgl2048965 cgl2127282 cgl2204395 cgl2299795 cgl2393623
cgl2052661 cgl2128839 cgl2205429 cgl2306086 cgl2396057
cgl2052661 cgl2130672 cgl2206093 cgl2313149 cgl2396523
cgl2054453 cgl2133664 cgl2209075 cgl2314682 cgl2397349
cgl2055515 cgl2134633 cgl2210457 cgl2315997 cgl2401842
- 156 036566
cgl2402318 cgl2491710 cgl2593746 cgl2680131 cgl2763668
cgl2402427 cgl2492087 cgl2596182 cgl2681370 cgl2765028
cgl2406559 cgl2492380 cgl2598025 cgl2682870 cgl2779301
cgl2406559 cgl2496975 cgl2598575 cgl2684668 cgl2793924
cgl2407867 cgl2497564 cgl2600631 cgl2687215 cgl2797070
cgl2409547 cgl2502325 cgl2609665 cgl2689285 cgl2804104
cgl2410980 cgl2504877 cgl2610744 cgl2690127 cgl2813108
cgl2416830 cgl2505085 cgl2610744 cgl2691004 cgl2813754
cgl2416856 cgl2505184 cgl2611448 cgl2691330 cgl2813802
cg!2420683 cgl2506930 cgl2615766 cgl2691620 cgl2815916
cgl2421110 cgl2508214 cgl2616487 cgl2693135 cgl2827283
cgl2422539 cgl2513975 cgl2616923 cgl2694870 cgl2829687
cg!2422844 cgl2520276 cgl2620645 cgl2697139 cgl2830671
cg!2423473 cgl2522311 cgl2622519 cgl2699648 cgl2833018
cg!2423493 cgl2525219 cgl2624523 cgl2701603 cgl2840248
eg12427162 cgl2526997 cgl2624523 cgl2703333 cgl2840847
eg12427264 cgl2527909 cgl2629325 cgl2706396 cgl2845432
cg!2433395 eg12530994 cgl2634591 cgl2708841 cgl2847373
cgl2433486 cgl2531542 cgl2635790 cgl2710519 cgl2852187
eg12441066 cgl2534216 cgl2637448 cgl2715395 cgl2855851
eg12441928 cgl2536279 cgl2638776 cgl2720921 cgl2861034
cgl2458003 cgl2542656 cgl2639192 cgl2727795 cgl2865888
cgl2459502 cgl2550866 cgl2643917 cgl2729838 cgl2866104
cgl2460187 cgl2551813 cgl2649238 cgl2730381 cgl2866112
cgl2461735 cgl2554573 cgl2653105 cgl2732155 cgl2869058
cgl2462916 cgl2555233 cgl2655250 cgl2734024 cgl2872238
cgl2471171 cgl2556991 cgl2656653 cgl2737497 cgl2873903
cgl2472603 cgl2559197 cgl2658387 cgl2737833 cgl2876594
cgl2473697 cgl2561776 cgl2658982 cgl2738765 cgl2878228
cgl2475142 cgl2565635 cgl2659158 cgl2739119 cgl2881520
cgl2476487 cgl2571005 cgl2661744 cgl2741420 cgl2892471
cgl2483340 cgl2577610 cgl2663253 cgl2744812 cgl2894883
cgl2483545 cgl2579212 cgl2663253 cgl2754854 cgl2901917
cgl2485020 cgl2581598 cgl2663550 cgl2755471 cgl2903530
cgl2486308 cgl2587213 cgl2671632 cgl2756312 cgl2906108
cgl2486795 cgl2593223 cgl2676149 cgl2760508 cgl2911732
cgl2491643 cgl2593515 cgl2679308 cgl2762799 cgl2914511
- 157 036566
cgl2914657 cgl3007988 eg13092901 cgl3187539 cgl3278004
cgl2914733 cgl3007988 cgl3096278 cgl3187885 cgl3278353
cgl2918213 cgl3014333 cgl3096701 cgl3191127 cgl3283691
cgl2921750 cgl3015534 cgl3098071 cgl3191508 cgl3285213
cgl2921750 cgl3015534 cgl3098379 cgl3191951 cgl3285387
cgl2922751 cgl3030332 cgl3100965 cgl3192013 cgl3287621
cgl2924936 cgl3030404 cgl3102133 cgl3197521 cgl3288195
cgl2929027 cgl3030790 cgl3102585 cgl3197551 cgl3288195
cgl2930100 cgl3035254 cgl3104185 cgl3203394 cgl3291607
cgl2932195 cgl3035743 cgl3106758 cgl3204568 cgl3292703
cgl2935350 cgl3036944 cgl3120814 cgl3204798 cgl3294602
cgl2935656 cgl3042288 cgl3123964 cgl3207733 cgl3294849
cgl2937434 cgl3042575 cgl3131015 cgl3208438 cgl3298147
cgl2942038 cgl3045134 cgl3131015 cgl3208922 cgl3300301
cgl2946225 cgl3049992 cgl3132121 cgl3209335 cgl3301391
eg12947224 cgl3050884 cgl3136655 cgl3213799 cgl3302154
cgl2951282 cgl3055709 cgl3137458 cgl3214190 cgl3304638
cgl2951282 cgl3057576 cgl3144059 cgl3220900 cgl3305823
cgl2952341 cgl3057898 cgl3149307 cgl3221458 cgl3306921
cgl2958836 cgl3058623 cgl3150021 cgl3221924 cgl3307782
cgl2961069 cgl3060154 cgl3150925 cgl3224852 cgl3308137
cgl2961842 cgl3064571 cgl3153394 cgl3225830 cgl3310671
cgl2962542 cgl3066703 cgl3153865 cgl3230197 cgl3316433
cgl2962778 cgl3067635 cgl3154413 cgl3234063 cgl3320291
cgl2966875 cgl3070763 cgl3155549 cgl3235059 cgl3320558
cgl2967050 cgl3072717 cgl3158481 cgl3239713 cgl3321114
cgl2970724 cgl3073773 cgl3159388 cgl3241681 cgl3324103
cgl2971694 cgl3078381 cgl3166577 cgl3245983 cgl3325261
cgl2972064 cgl3078911 cgl3168187 cgl3247663 cgl3327911
cgl2985235 cgl3078969 cgl3169065 cgl3249256 cgl3331610
cgl2989128 cgl3083037 cgl3172906 cgl3249591 cgl3335054
cgl2994228 cgl3084525 cgl3173392 cgl3255096 cgl3337949
cgl2999109 cgl3090007 cgl3173536 cgl3255398 cgl3338734
cgl3001142 cgl3090402 cgl3179056 cgl3259290 cgl3339825
cgl3001868 cgl3090969 cgl3183496 cgl3260377 cgl3341441
cgl3003878 cgl3091717 cgl3184872 cgl3269964 cgl3341668
cgl3005202 cgl3092487 cgl3187009 cgl3270625 cgl3343687
- 158 036566
cgl3345558 eg13420744 cgl3476777 cgl3564459 eg13624631
cgl3349346 cgl3423076 cgl3476901 cgl3567205 eg13626676
cgl3351583 eg13424446 cgl3480937 cgl3567404 cgl3629753
cgl3353311 eg13425174 cgl3482233 cgl3567542 cgl3631913
cgl3353550 cgl3425335 cgl3485320 cgl3568258 cgl3633560
cgl3354872 cgl3428086 cgl3486532 cgl3568432 cgl3633756
cgl3358873 cgl3431037 cgl3488078 cgl3573358 cgl3635184
cgl3359415 cgl3431342 cgl3488201 cgl3573513 cgl3636014
cgl3372658 cgl3432294 cgl3488570 cgl3575139 cgl3636189
cgl3374701 cgl3432339 cgl3494954 cgl3577076 cgl3636952
cgl3380204 cgl3434842 cgl3496041 cgl3577149 eg13640200
cgl3381110 cgl3436110 cgl3496662 cgl3578303 cgl3641903
cgl3382100 cgl3436343 cgl3500819 cgl3578647 cgl3643585
cgl3387826 cgl3445604 cgl3502686 cgl3582457 cgl3647527
cgl3389211 cgl3445938 cgl3504059 cgl3582950 cgl3648550
cgl3391244 cgl3446584 cgl3514955 cgl3584608 cgl3649056
cgl3393408 eg13446622 cgl3517866 cgl3585930 cgl3649056
cgl3394216 cgl3449535 cgl3520715 cgl3586051 cgl3651876
cgl3395373 cgl3450266 cgl3523386 cgl3588954 cgl3655635
cgl3396713 cgl3451483 cgl3525639 cgl3590711 eg13660477
cgl3399773 cgl3454226 eg13526264 cgl3591701 cgl3663170
cgl3399952 cgl3458651 cgl3531977 cgl3595556 cgl3663218
cgl3401339 cgl3459104 cgl3536080 cgl3597051 cgl3665060
cgl3403636 cgl3459217 cgl3538637 cgl3597317 eg13667243
cgl3404054 cgl3460409 cgl3540312 cgl3598409 cgl3667389
cgl3404331 cgl3462082 cgl3540805 cgl3599477 cgl3668207
cgl3406860 cgl3462557 cgl3544966 cgl3603214 cgl3672348
cgl3408086 cgl3463203 cgl3545874 cgl3603551 cgl3673094
cgl3408795 cgl3464448 cgl3548810 eg13606025 cgl3673094
eg13409449 cgl3464573 eg13549444 eg13609040 cgl3673779
cgl3411789 cgl3466809 cgl3554018 cgl3609053 cgl3675051
cgl3413719 cgl3468685 cgl3555415 cgl3611006 cgl3680844
cgl3413982 cgl3469457 cgl3557031 cgl3612317 cgl3686042
cgl3414270 cgl3471188 cgl3557530 cgl3615963 cgl3686042
cgl3415628 cgl3471209 cgl3559306 cgl3616930 cgl3687834
cgl3417862 cgl3473894 cgl3562542 cgl3617047 cgl3688808
cgl3420366 cgl3474750 cgl3563298 cgl3617795 cgl3688966
- 159 036566
cgl3692426 cgl3771629 cgl3836627 cgl3894813 cgl3978156
cgl3699808 cgl3774505 cgl3840968 cgl3897627 cgl3978767
cgl3699808 cgl3777730 eg13842648 cgl3899108 cgl3980454
cgl3700912 cgl3781158 eg13844922 cgl3900763 cgl3980719
cgl3702005 cgl3781408 eg13847724 cgl3901526 cgl3982505
cgl3703737 cgl3781956 cgl3848598 cgl3905899 cgl3982505
cgl3705888 cgl3782301 cgl3848598 cgl3906823 cgl3982956
cgl3706058 cgl3784017 cgl3849691 cgl3908977 cgl3983182
cgl3707793 cgl3784312 cgl3850063 cgl3909661 cgl3985518
cgl3709271 cgl3784855 cgl3851334 cgl3912117 cgl3985639
cgl3712197 cgl3786163 cgl3853046 cgl3912641 cgl3991631
cgl3714026 cgl3787850 cgl3853198 cgl3914324 cgl3992911
cgl3714344 cgl3788381 cgl3853198 cgl3916928 eg13994241
cgl3715502 cgl3791131 cgl3855729 cgl3917504 cgl3995599
cgl3717541 cgl3793584 cgl3857210 cgl3917560 cgl3997435
cgl3718960 cgl3794641 cgl3858127 cgl3917614 cgl4001429
cgl3725825 cgl3798885 cgl3858900 eg13920460 cgl4001486
cgl3726166 cgl3799919 cgl3860281 cgl3920529 cgl4001914
cgl3731761 cgl3800802 cgl3860360 cgl3920529 cgl4002682
cgl3732582 cgl3804838 cgl3863396 cgl3924510 cgl4003974
cgl3733394 cgl3805761 cgl3865347 cgl3926833 cgl4011077
cgl3738327 cgl3808058 cgl3868604 eg13929065 cgl4011229
cgl3739345 cgl3808071 cgl3868855 cgl3929328 cgl4012294
cgl3739417 cgl3809441 eg13869942 cgl3932501 cgl4013040
cgl3744194 cgl3814654 eg13870494 cgl3945749 cgl4015502
cgl3745870 cgl3814677 cgl3870866 cgl3946956 cgl4016554
cgl3747967 cgl3815872 cgl3875033 cgl3951190 cgl4022202
cgl3750214 cgl3816042 cgl3877315 cgl3957558 cgl4022995
cgl3752933 cgl3821008 cgl3878066 eg13958426 cgl4023309
cgl3755270 cgl3823136 cgl3880868 cgl3961587 cgl4023451
cgl3755795 cgl3823144 cgl3882988 cgl3966609 cgl4024937
cgl3756879 cgl3828227 cgl3883576 cgl3969327 cgl4026971
cgl3759513 cgl3828701 cgl3884295 cgl3972124 cgl4027204
cgl3761284 cgl3829089 cgl3887966 cgl3973086 cgl4028684
cgl3765278 cgl3831540 cgl3889934 eg13974531 cgl4029001
cgl3765685 cgl3832604 cgl3890706 cgl3975362 cgl4029170
cgl3766329 cgl3836518 cgl3893555 eg13977623 cgl4029580
- 160 036566
cgl4029663 cgl4085017 cgl4155482 cgl4218435 cgl4290576
cgl4030258 cgl4086599 cgl4155831 cgl4219938 cgl4293129
cgl4033039 cgl4088811 cgl4156751 cgl4221460 cgl4294758
cgl4034870 cgl4089474 cgl4156905 cgl4221831 cgl4295960
cgl4037652 cgl4094063 cgl4160480 cgl4221831 cgl4297867
cgl4037665 cgl4098951 cgl4161399 cgl4223017 cgl4299572
cgl4040131 cgl4102055 cgl4161477 cgl4226064 cgl4302083
cgl4041701 cgl4103123 cgl4164262 cgl4228238 cgl4302214
cgl4044057 cgl4106234 cgl4164596 cgl4228460 cgl4302224
eg14044216 eg14106263 cgl4165142 cgl4228484 cgl4304073
cgl4046477 cgl4106308 cgl4170597 cgl4229404 cgl4305701
cgl4046757 cgl4111334 cgl4173736 cgl4233838 cgl4312114
cgl4047153 cgl4112075 cgl4175304 cgl4247287 cgl4312334
cgl4051662 cgl4114282 cgl4175438 cgl4249872 cgl4313748
cgl4054357 cgl4117138 cgl4175438 cgl4252059 cgl4323109
cgl4054582 eg14117297 cgl4179401 cgl4255337 cgl4326210
cgl4055379 eg14118226 cgl4181956 cgl4255981 cgl4326909
cgl4055502 cgl4118546 cgl4185860 cgl4258143 cgl4326991
cgl4059339 cgl4118946 cgl4187266 cgl4258250 cgl4327531
cgl4060417 cgl4119680 cgl4187585 cgl4258285 cgl4327759
cgl4063008 eg14120476 cgl4189614 cgl4260643 cgl4328477
cgl4063129 cgl4120703 cgl4189614 cgl4260918 cgl4329889
cgl4063191 cgl4120784 cgl4189678 cgl4262681 cgl4333338
cgl4063654 cgl4127589 cgl4191134 cgl4264773 cgl4333454
cgl4066298 cgl4127954 cgl4192401 cgl4264994 cgl4333454
cgl4073057 eg14129040 cgl4193007 cgl4265043 cgl4338451
cgl4073497 cgl4129735 cgl4193097 cgl4270002 cgl4338590
cgl4076977 cgl4132388 cgl4196790 cgl4274357 cgl4338887
cgl4078070 cgl4137625 cgl4196998 cgl4275095 cgl4339007
cgl4078687 cgl4145194 cgl4200572 cgl4275273 cgl4339466
cgl4079785 cgl4145667 cgl4202477 cgl4278148 cgl4340110
cgl4080001 cgl4150115 cgl4204619 cgl4282850 cgl4340336
cgl4082127 cgl4151158 cgl4204735 cgl4283454 cgl4341579
cgl4082893 cgl4153649 cgl4205126 cgl4287742 cgl4344095
cgl4083015 cgl4153654 cgl4210311 cgl4288086 cgl4361627
cgl4083421 cgl4154651 cgl4210817 cgl4288464 cgl4361627
cgl4083603 cgl4155446 cgl4213581 cgl4289511 cgl4362814
- 161 036566
eg14364903 eg14422315 cgl4488466 cgl4540297 cgl4630692
cgl4369455 cgl4423778 cgl4490428 cgl4541915 cgl4632485
cgl4369981 cgl4424070 cgl4494313 cgl4549256 cgl4633742
cgl4370448 cgl4425294 cgl4494812 cgl4549524 cgl4633820
cgl4374347 eg14425564 cgl4495753 cgl4549976 cgl4635955
cgl4376625 cgl4426428 cgl4496282 cgl4550145 cgl4637919
cgl4377152 cgl4431024 cgl4496909 cgl4550559 cgl4642045
cgl4377791 cgl4433074 cgl4498227 cgl4553740 cgl4642259
cgl4378057 cgl4434062 cgl4500070 cgl4553824 cgl4642832
eg14379462 cgl4435109 cgl4500486 cgl4554869 cgl4644871
cgl4381712 cgl4436056 cgl4502651 cgl4556683 cgl4645721
cgl4383135 cgl4436231 cgl4502651 cgl4556683 cgl4646111
cgl4384093 cgl4437534 cgl4506515 cgl4564351 cgl4646244
cgl4384532 cgl4442841 cgl4507146 cgl4565903 cgl4649566
cgl4385738 eg14444126 cgl4507433 cgl4567917 cgl4653284
cgl4391855 cgl4444297 cgl4509809 cgl4568971 cgl4654385
cgl4395060 cgl4445229 cgl4513680 cgl4575790 cgl4659008
cgl4395885 cgl4448116 cgl4515791 cgl4578247 cgl4661464
cgl4397893 cgl4454796 cgl4517217 cgl4585967 cgl4662379
cgl4398860 cgl4458834 cgl4518209 cgl4591340 cgl4664464
cgl4399060 cgl4461974 cgl4518346 cgl4592365 cgl4665203
cgl4400528 cgl4463853 cgl4519350 cgl4592406 cgl4665366
cgl4401837 cgl4463995 cgl4520214 cgl4599596 cgl4667273
cgl4405197 cgl4464791 cgl4520360 cgl4601053 cgl4669524
cgl4405528 cgl4467464 cgl4520448 cgl4601621 cgl4671011
cgl4407437 cgl4467840 cgl4520571 cgl4602087 cgl4672128
cgl4408969 cgl4470792 cgl4520947 cgl4602471 cgl4673904
cgl4409083 cgl4470851 cgl4520957 cgl4602839 cgl4674582
cgl4412322 cgl4473662 cgl4523847 cgl4606858 cgl4676272
cgl4414154 cgl4476745 cgl4527029 cgl4607642 cgl4679230
cgl4415629 cgl4480035 cgl4528056 cgl4611152 cgl4687785
cgl4415956 cgl4482093 cgl4532519 cgl4612966 cgl4689122
cgl4417329 cgl4483162 cgl4533068 cgl4614211 cgl4689338
eg14417498 cgl4483244 cgl4533595 cgl4615559 cgl4689537
cgl4418802 cgl4483391 cgl4534144 cgl4621763 cgl4691671
cgl4419051 cgl4487292 cgl4537332 cgl4625604 cgl4692377
cgl4420953 cgl4487665 cgl4539231 cgl4629075 cgl4696311
- 162 036566
cgl4696348 cgl4769121 cgl4848772 cgl4993167 cgl5083233
cgl4696396 cgl4774364 cgl4859749 cgl4994947 cgl5084433
cgl4697743 cgl4777768 cgl4861934 cgl4997942 cgl5084543
cgl4699932 cgl4779376 cgl4864022 cgl4999168 cgl5087147
cgl4701867 cgl4781394 cgl4870271 cgl5001032 cgl5087178
cgl4703002 cgl4789818 cgl4880184 cgl5002250 cgl5089387
cgl4705010 cgl4789828 cgl4886269 cgl5003194 cgl5089567
cgl4708360 cgl4793844 cgl4891195 cgl5008991 cgl5090198
cgl4708893 cgl4795528 cgl4893129 cgl5010903 cgl5095335
eg14710465 cgl4799696 cgl4893163 cgl5013768 cgl5103195
cgl4711067 cgl4800014 cgl4893163 cgl5014458 cgl5103675
cgl4719055 cgl4802771 cgl4895775 cgl5016062 cgl5105060
eg14719722 cgl4802951 cgl4901243 cgl5021292 cgl5106134
cgl4719959 cgl4804903 cgl4906976 cgl5022359 cgl5108590
cgl4721213 cgl4807945 cgl4908245 cgl5028339 cgl5108590
cgl4723977 cgl4808739 cgl4908307 cgl5028458 cgl5108645
cgl4727763 cgl4809191 cgl4913777 eg15030949 cgl5110243
cgl4729148 cgl4813485 cgl4917572 cgl5031579 cgl5110300
cgl4732540 cgl4822966 cgl4918082 cgl5034135 cgl5114328
cgl4737571 cgl4823429 cgl4921884 cgl5034300 cgl5115728
cgl4738921 cgl4825976 eg14929421 cgl5034393 cgl5118204
cgl4740860 cgl4826331 cgl4940165 eg15037004 cgl5121267
cgl4741228 cgl4827198 cgl4945937 cgl5045356 cgl5121420
eg14741474 cgl4827502 cgl4947787 eg15045441 cgl5121420
cgl4743346 cgl4830740 cgl4947955 eg15045441 cgl5122358
cg14744463 cgl4831085 cgl4952949 cgl5046123 cgl5123730
cgl4747813 cgl4832904 cgl4957660 eg15046675 cgl5124540
cgl4748455 cgl4833385 cgl4960043 eg15046675 cgl5127443
cgl4750144 cgl4835138 cgl4960043 cgl5056105 cgl5128898
cgl4751552 cgl4836522 cgl4975347 cgl5061008 cgl5131282
cgl4752089 cgl4839134 cgl4976276 cgl5067583 cgl5136129
cgl4752598 cgl4839558 cgl4977059 cgl5068552 cgl5139063
cgl4753321 cgl4839898 cgl4978242 cgl5070677 cgl5147841
cgl4754581 cgl4844236 cgl4981637 cgl5075988 cgl5148918
cgl4762436 cgl4846244 cgl4987309 cgl5076217 cgl5151364
cgl4764357 cgl4846380 cgl4991487 cgl5078958 cgl5155209
cgl4764876 cgl4846965 cgl4991487 cgl5081886 cgl5156078
- 163 036566
cgl5156712 cgl5289427 cgl5403961 cgl5502231 cgl5609734
cgl5161959 cgl5289899 cgl5407570 cgl5503752 cgl5612947
cgl5164103 cgl5294851 cgl5408889 cgl5503752 cgl5622619
cgl5165154 cgl5299978 cgl5412772 cgl5512851 cgl5626285
eg15170942 cgl5302379 cgl5418783 cgl5514848 cgl5626828
cgl5171154 cgl5307891 cgl5422147 cgl5515265 cgl5632826
eg15172734 cgl5309006 cgl5424477 cgl5520279 cgl5633699
cgl5180617 cgl5310162 cgl5427232 cgl5523238 cgl5636365
cgl5181441 cgl5310162 cgl5431659 cgl5526708 cgl5644756
cgl5186638 cgl5312298 cgl5436123 cgl5534366 cgl5645309
eg15187606 cgl5313459 cgl5438314 cgl5536552 cgl5648345
cgl5191648 cgl5314382 cgl5441973 cgl5536663 cgl5651925
cgl5202954 cgl5315385 cgl5444217 cgl5540820 cgl5652212
cgl5207619 cgl5319576 cgl5447231 cgl5541401 cgl5654779
cgl5208689 cgl5320905 cgl5449049 cgl5543284 cgl5665276
cgl5210526 cgl5322542 eg15452204 eg15544721 cgl5665792
cgl5210851 cgl5323253 cgl5452970 cgl5547534 eg15669228
cgl5212038 cgl5335334 cgl5458504 cgl5547534 cgl5679095
cgl5215114 cgl5339026 cgl5464481 cgl5549927 cgl5684563
cgl5221831 cgl5339605 cgl5465439 cgl5554678 cgl5684563
cgl5226532 cgl5341575 cgl5470102 cgl5559700 cgl5689969
cgl5227982 cgl5341833 cgl5472071 cgl5560495 eg15690721
cgl5228639 cgl5343119 cgl5473502 cgl5564098 eg15690721
cgl5228639 cgl5350036 cgl5474318 cgl5571405 cgl5698065
cgl5233062 cgl5351652 cgl5476602 cgl5571730 cgl5698795
cgl5233681 cgl5357078 cgl5477363 cgl5575641 cgl5700197
cgl5246232 cgl5361231 cgl5477500 cgl5577272 cgl5701111
cgl5247093 cgl5364131 cgl5480475 cgl5580355 cgl5701203
cgl5250073 cgl5368868 cgl5485247 cgl5587792 cgl5703377
cgl5254559 cgl5370732 cgl5488978 cgl5600935 cgl5705813
cgl5260951 cgl5375311 cgl5489301 cgl5602037 eg15707428
cgl5261730 cgl5375883 cgl5494597 eg15602241 cgl5711404
eg15264162 cgl5378605 cgl5495091 cgl5602548 cgl5718289
cgl5275965 cgl5379858 cgl5496336 cgl5605448 eg15722679
cgl5281283 cgl5387123 cgl5496956 cgl5607311 eg15723222
cgl5288779 cgl5393490 cgl5500658 eg15607445 cgl5723350
cgl5288800 cgl5395971 cgl5500658 eg15609272 cgl5731815
- 164 036566
cgl5732530 cgl5808835 cgl5900979 cgl5986251 cgl6072777
cgl5733114 cgl5814508 cgl5905200 cgl5988232 cgl6073958
cgl5733367 cgl5815843 cgl5905979 cgl5991104 cgl6076997
cgl5736336 cgl5815843 cgl5908367 cgl5994519 cgl6076997
cgl5741583 cgl5817130 cgl5913725 cgl5995714 cgl6078836
cgl5746620 cgl5818800 cgl5924102 cgl5996480 cgl6078836
cgl5746620 cgl5821319 cgl5928106 cgl5996534 cgl6080552
cgl5746719 cgl5822346 cgl5931471 cgl5996914 cgl6085649
cgl5749858 cgl5822346 eg15936446 cgl5997512 cgl6086237
cgl5749858 cgl5824056 cgl5937958 cgl5998761 cgl6087541
cgl5752885 cgl5825304 cgl5942368 cgl5999165 cgl6097772
cgl5754594 cgl5829056 cgl5945235 cgl6000989 cgl6100355
cgl5765212 eg15829092 cgl5948795 cgl6003672 cgl6102706
cgl5765889 cgl5832847 eg15949277 cgl6008966 cgl6107553
cgl5767955 cgl5833565 cgl5952725 cgl6009558 cgl6109012
cgl5768226 cgl5835542 cgl5955277 cgl6016036 cgl6110314
cgl5768443 cgl5837470 cgl5958289 cgl6018002 cgl6118539
cgl5770446 cgl5839913 cgl5961716 cgl6018972 cgl6118817
cgl5770585 cgl5840891 cgl5963913 cgl6020346 cgl6119522
cgl5770687 eg15840949 cgl5963988 cgl6021428 eg16122424
cgl5771683 cgl5840985 cgl5964018 cgl6028753 cgl6123421
cgl5777760 cgl5844365 cgl5966757 cgl6028753 cgl6126079
cgl5777781 cgl5853125 cgl5967525 cgl6031528 cgl6142313
cgl5778745 cgl5862841 cgl5972148 cgl6031973 cgl6143804
cgl5781838 cgl5864571 eg15972264 cgl6034546 cgl6145324
cgl5783800 cgl5868692 eg15972294 cgl6038120 cgl6148454
cgl5784615 cgl5871766 cgl5972572 cgl6040900 cgl6151538
cgl5787039 cgl5874481 cgl5975802 eg16041660 cgl6152753
cgl5788059 cgl5877915 cgl5975865 cgl6047279 cgl6155382
cgl5791248 cgl5878685 eg15976404 cgl6048006 cgl6163756
cgl5792134 cgl5879316 cgl5976539 cgl6053334 cgl6163847
cgl5797110 cgl5879716 eg15977272 cgl6054275 cgl6170708
cgl5798153 cgl5889057 cgl5980539 cgl6055914 cgl6173067
cgl5803671 cgl5889594 cgl5982099 cgl6061668 cgl6175725
eg15804973 cgl5893493 cgl5982595 cgl6065538 cgl6176600
eg15804973 cgl5895121 cgl5982700 cgl6068038 cgl6176929
cgl5806880 cgl5898840 cgl5983520 eg16071029 cgl6177830
- 165 036566
cgl6179125 cgl6248515 cgl6342115 cgl6423337 cgl6525761
cgl6181396 cgl6260696 cgl6342780 cgl6426459 cgl6527041
cgl6187635 eg16266227 cgl6343134 cgl6429070 cgl6527877
cgl6189954 eg16266672 cgl6348316 cgl6430687 cgl6528345
eg16193203 cgl6268473 cgl6352830 cgl6431433 cgl6532438
cgl6193278 cgl6268734 cgl6353624 cgl6431978 cgl6541275
eg16199747 cgl6269097 cgl6354345 cgl6434190 cgl6547579
cgl6200531 cgl6272084 cgl6356622 cgl6435601 cgl6549994
cgl6201038 cgl6272981 cgl6357921 cgl6438432 cgl6553083
cgl6203758 cgl6274678 cgl6361890 eg16440299 cgl6553500
eg16204205 cgl6282910 cgl6361890 cgl6440978 cgl6554164
cgl6204559 cgl6283183 cgl6364085 cgl6442712 cgl6556145
cgl6205058 cgl6284684 cgl6364675 eg16444607 cgl6559361
eg16206090 cgl6289449 cgl6366685 cgl6445423 cgl6565031
cgl6206341 cgl6292885 cgl6367511 cgl6447680 cgl6565154
cgl6206504 cgl6296417 cgl6367976 cgl6447823 cgl6565696
cgl6208206 eg16296442 cgl6368146 eg16449219 cgl6567330
cgl6209517 cgl6297030 cgl6369288 cgl6456087 cgl6567723
cgl6209630 cgl6299358 cgl6370398 cgl6462075 cgl6569650
eg16214492 cgl6301617 cgl6371477 cgl6465939 cgl6571836
cgl6223546 eg16306670 cgl6371538 cgl6468729 cgl6573346
cgl6223976 cgl6308533 cgl6372520 cgl6471830 cgl6574134
eg16226586 cgl6311302 cgl6382322 cgl6472853 cgl6577647
eg16227072 cgl6311740 cgl6384355 eg16474725 cgl6578568
cgl6228365 cgl6312163 cgl6389901 cgl6478236 cgl6585820
cgl6231917 cgl6312870 cgl6391792 cgl6478792 cgl6589843
cgl6232979 cgl6315582 cgl6391792 cgl6480008 cgl6592658
cgl6233036 cgl6321975 cgl6393012 cgl6482314 cgl6592897
cgl6236157 cgl6323293 cgl6393935 cgl6484162 cgl6597993
eg16240480 cgl6324409 cgl6396919 cgl6493416 cgl6600991
eg16240480 cgl6326123 cgl6396948 cgl6499607 cgl6601231
cgl6240683 cgl6326402 cgl6397176 cgl6509569 cgl6605590
eg16241867 eg16332927 cgl6406892 cgl6510010 cgl6607065
cgl6243359 cgl6335762 cgl6411279 cgl6514513 cgl6608407
eg16243644 cgl6337763 cgl6415646 cgl6516490 cgl6616769
eg16245261 cgl6340268 cgl6417374 cgl6518861 cgl6620032
eg16247183 cgl6341836 cgl6419235 cgl6519399 cgl6624482
- 166 036566
cgl6627358 cgl6719865 cgl6789707 cgl6900604 cgl7000343
cgl6628641 cgl6721321 cgl6789995 cgl6904580 cgl7001430
eg16629695 cgl6723180 cgl6791781 cgl6907514 cgl7004733
cgl6632715 cgl6726435 cgl6792800 cgl6911583 cgl7009731
cgl6636571 cgl6729899 cgl6797751 cgl6912563 cgl7010895
eg16642299 cgl6731016 cgl6797831 cgl6914035 cgl7016175
eg16643169 cgl6731240 cgl6801887 cgl6927606 cgl7017189
cgl6644366 cgl6735881 cgl6807089 cgl6927606 cgl7022488
cgl6645705 cgl6739530 cgl6808481 cgl6932672 cgl7026456
eg16647844 cgl6739580 cgl6821992 cgl6934178 cgl7028039
cgl6648841 cgl6740364 cgl6822666 eg16936421 eg17031727
cgl6660591 cgl6744710 cgl6823064 cgl6937611 eg17039022
cgl6661654 eg16744741 cgl6823466 cgl6937769 cgl7041511
cgl6663891 eg16744741 cgl6826777 cgl6940012 cgl7046586
cgl6665765 eg16747164 cgl6840616 cgl6941656 cgl7049328
cgl6669455 cgl6748008 cgl6842485 cgl6944597 cgl7051543
cgl6669650 cgl6755475 cgl6842767 eg16944941 cgl7052756
cgl6676292 cgl6755500 cgl6848937 cgl6953816 cgl7053854
cgl6677112 cgl6757724 cgl6849046 cgl6954385 cgl7054691
cgl6677191 cgl6759976 cgl6852955 cgl6956999 cgl7061156
cgl6678564 cgl6761390 cgl6855929 cgl6957313 cgl7063929
cgl6679837 cgl6762778 cgl6855929 eg16959747 cgl7067993
cgl6682903 cgl6763574 cgl6858415 cgl6962115 cgl7069313
cgl6686273 cgl6764781 cgl6859884 cgl6963144 cgl7069650
cgl6687447 cgl6765268 cgl6862361 cgl6964716 cgl7070073
cgl6689634 cgl6765393 cgl6863382 cgl6964946 cgl7076780
cgl6696234 cgl6767590 cgl6863795 cgl6969207 cgl7080697
cgl6698623 cgl6773043 cgl6865446 cgl6969368 cgl7087974
cgl6698623 cgl6777510 cgl6867657 cgl6970232 cgl7090600
cgl6701105 cgl6782117 cgl6867657 cgl6971991 eg17094249
cgl6702815 cgl6782524 cgl6869622 cgl6973527 cgl7094363
cgl6703390 cgl6783204 cgl6873443 cgl6979445 cgl7095279
cgl6703466 cgl6783349 cgl6875629 cgl6982087 cgl7095315
cgl6705777 cgl6784970 cgl6890093 cgl6983159 cgl7097782
eg16708264 cgl6785291 cgl6895493 cgl6987638 cgl7101296
cgl6711124 cgl6787600 cgl6896134 cgl6990083 cgl7103081
cgl6712828 cgl6787652 cgl6897462 cgl6990945 cgl7104824
- 167 036566
cgl7105014 cgl7209188 cgl7290127 cgl7352045 cgl7426146
cgl7107017 cgl7212304 cgl7291001 cgl7352215 cgl7427305
cgl7107572 cgl7213381 eg17294620 cgl7352995 cgl7427639
cgl7108141 cgl7213713 cgl7295878 cgl7356718 cgl7429587
cgl7117243 cgl7214456 cgl7297305 cgl7362483 eg17430228
cgl7117459 cgl7216758 cgl7297775 cgl7367884 cgl7430393
cgl7122157 cgl7217691 cgl7298352 cgl7369196 cgl7434008
eg17125472 eg17224401 cgl7298733 cgl7374433 cgl7438636
eg17127702 eg17224754 cgl7301223 cgl7375585 cgl7444849
eg17127769 eg17226042 cgl7304276 cgl7378193 cgl7445157
cgl7130457 eg17229173 cgl7304678 cgl7380661 cgl7446142
cgl7141577 eg17229197 cgl7304878 cgl7383329 cgl7453456
cgl7142134 eg17229197 cgl7306740 cgl7383853 cgl7455261
cgl7142134 eg17231524 cgl7307479 cgl7384323 cgl7457560
cgl7142183 eg17231690 cgl7309904 cgl7388996 eg17459225
cgl7143606 cgl7236709 cgl7316030 cgl7390562 eg17462417
cgl7152436 cgl7238065 cgl7319142 cgl7391620 cgl7463527
cgl7153122 cgl7239876 cgl7319788 cgl7393267 cgl7464436
cgl7162024 cgl7241310 cgl7321561 cgl7393917 cgl7465631
cgl7162031 eg17247026 cgl7321954 cgl7394304 cgl7467525
eg17164954 cgl7251713 cgl7324339 cgl7394649 cgl7468459
cgl7165158 cgl7253459 cgl7326597 cgl7394978 cgl7469978
cgl7165284 eg17267493 cgl7327492 cgl7395738 cgl7470674
eg17167468 eg17272620 cgl7329518 cgl7397420 eg17470942
eg17167920 eg17274064 cgl7330097 cgl7397493 cgl7473377
eg17169998 eg17274072 cgl7330765 cgl7398312 cgl7475456
cgl7171539 eg17274742 cgl7334453 cgl7403397 cgl7475813
eg17178220 cgl7274881 cgl7335108 cgl7404289 cgl7477273
cgl7178888 eg17276002 cgl7335199 eg17412974 cgl7480760
eg17178922 cgl7276535 cgl7339202 cgl7415265 eg17481047
cgl7180633 cgl7277892 cgl7342283 cgl7416146 cgl7483510
eg17184704 cgl7277939 cgl7342973 cgl7417584 cgl7487741
eg17186066 cgl7277939 cgl7344516 eg17419626 cgl7489690
cgl7195771 cgl7279839 cgl7347253 cgl7419731 cgl7490196
eg17202781 cgl7284236 cgl7347634 cgl7420968 cgl7494034
cgl7204557 cgl7285663 cgl7349352 cgl7423650 eg17494199
cgl7208060 cgl7288471 cgl7352004 cgl7425818 cgl7496661
- 168 036566
cgl7496788 cgl7611742 cgl7706173 cgl7810944 cgl7892556
eg17496921 eg17617228 cgl7721879 cgl7810944 cgl7892629
cgl7501395 cgl7621438 eg17724627 cgl7811994 cgl7895254
cgl7501774 cgl7624536 cgl7725019 cgl7813310 cgl7901038
eg17504394 cgl7624891 cgl7726575 cgl7820022 cgl7907628
cgl7509039 cgl7625535 cgl7729667 cgl7820591 cgl7910564
cgl7511707 cgl7627559 cgl7729667 cgl7823004 cgl7915429
eg17516247 cgl7627654 cgl7738213 cgl7824690 eg17922226
cgl7518550 cgl7630294 cgl7740399 cgl7825194 cgl7927096
cgl7520027 cgl7631429 cgl7741572 cgl7829314 cgl7943672
eg17522207 cgl7631451 cgl7746316 cgl7837492 cgl7945323
eg17522249 cgl7632579 cgl7750946 cgl7843665 cgl7945789
cgl7525406 cgl7636366 cgl7751550 cgl7844448 cgl7945976
cgl7526573 cgl7637342 cgl7754510 cgl7846016 cgl7947992
cgl7541528 eg17644208 cgl7754680 cgl7846621 cgl7950095
cgl7543123 eg17644611 cgl7755554 cgl7849156 cgl7952262
eg17547742 cgl7646392 cgl7758721 cgl7849194 cgl7953300
cgl7548735 eg17647273 cgl7766305 cgl7851392 cgl7961200
cgl7552650 cgl7648080 cgl7771150 cgl7851657 cgl7962854
eg17560267 cgl7654660 cgl7771150 cgl7851725 cgl7971328
cgl7566735 cgl7655614 cgl7774559 cgl7852482 cgl7972789
cgl7571559 cgl7657618 cgl7775621 cgl7854440 cgl7975443
cgl7575314 cgl7665601 cgl7777592 cgl7857870 cgl7982102
cgl7578322 cgl7667625 cgl7778120 cgl7863076 cgl7983632
cgl7578639 cgl7670496 cgl7778867 cgl7864469 cgl7988310
cgl7582336 cgl7673897 cgl7779002 cgl7868307 cgl7991430
cgl7583432 cgl7677524 cgl7783401 cgl7870484 cgl7994788
cgl7586302 cgl7680767 cgl7786959 cgl7872757 cgl7998964
cgl7589056 cgl7681527 eg17792192 cgl7875483 cgl8002480
cgl7591574 cgl7682828 cgl7792315 cgl7882867 cgl8003231
eg17596249 cgl7687282 cgl7793621 cgl7884169 cgl8003231
cgl7601191 cgl7688525 cgl7794788 cgl7884698 cgl8003970
eg17602167 cgl7694130 cgl7795586 cgl7884766 cgl8007957
cgl7605084 cgl7697633 cgl7799287 cgl7885542 cgl8010302
cgl7605084 cgl7697873 cgl7802486 cgl7886959 cgl8011099
cgl7606785 cgl7701886 cgl7804348 cgl7887993 cgl8011672
eg17607231 cgl7702736 cgl7804348 cgl7888086 cgl8016148
- 169 036566
cgl8019810 cgl8109874 cgl8205668 cgl8303215 cgl8387839
cgl8023080 cgl8113826 cgl8208742 cgl8304242 cgl8389827
cgl8023283 cgl8119407 cgl8211633 cgl8304305 cgl8393747
cgl8024037 cgl8119407 cgl8220920 cgl8309286 cgl8393958
cgl8025275 cgl8121066 cgl8226096 cgl8316500 cgl8394120
cgl8025409 cgl8125090 cgl8226700 cgl8317554 cgl8394496
cgl8031675 cgl8127648 cgl8229049 cgl8320188 cgl8396865
cgl8035229 cgl8129786 cgl8231184 cgl8321976 cgl8397653
cgl8035229 cgl8138484 cgl8232347 cgl8322510 cgl8399451
cgl8044543 cgl8139806 cgl8234130 cgl8322569 cgl8401785
eg18044585 cgl8144247 cgl8235799 cgl8325866 cgl8409845
cgl8050139 cgl8147485 eg18236477 cgl8326022 cgl8413218
cgl8053228 cgl8147865 cgl8236877 cgl8328612 cgl8413706
cgl8056600 cgl8148314 cgl8238808 cgl8330203 cgl8414381
cgl8058230 cgl8151030 cgl8239753 cgl8334392 cgl8414381
cgl8063278 cgl8151275 cgl8240331 cgl8334681 cgl8416503
cgl8066946 cgl8151345 cgl8245890 cgl8335068 cgl8418928
cgl8067859 cgl8154283 cgl8247054 cgl8337287 cgl8419977
cgl8068521 cgl8155853 cgl8247090 cgl8343292 cgl8420781
cgl8073874 cgl8157896 cgl8247124 cgl8346402 cgl8421360
eg18074297 cgl8160302 cgl8248586 cgl8348337 eg18422423
cgl8081104 cgl8163452 cgl8252903 cgl8351099 eg18422443
cgl8082082 cgl8165707 cgl8257996 cgl8352516 cgl8422587
cgl8082788 cgl8166376 cgl8262591 cgl8363192 cgl8424134
cgl8084554 cgl8167466 cgl8263587 cgl8365383 cgl8428265
cgl8085517 cgl8172358 cgl8264728 cgl8367631 cgl8430152
cgl8085627 cgl8174404 cgl8265162 cgl8368125 cgl8431127
cgl8085683 cgl8174834 cgl8269493 cgl8368411 cgl8433086
cgl8093120 cgl8185189 cgl8269526 cgl8373158 cgl8434152
cgl8096388 cgl8188010 cgl8270343 cgl8373623 cgl8440188
cgl8096987 cgl8188653 cgl8270687 cgl8374393 cgl8440692
cgl8099488 cgl8189236 cgl8275316 cgl8375441 eg18442019
cgl8100008 cgl8189994 cgl8275321 cgl8378955 cgl8443359
cgl8103150 cgl8191540 cgl8278184 cgl8382893 cgl8443378
cgl8104285 cgl8192417 cgl8279625 cgl8383585 cgl8443412
cgl8104645 cgl8200783 cgl8280126 cgl8384097 cgl8445088
cgl8108818 cgl8203466 cgl8281723 cgl8384588 cgl8445088
- 170 036566
cgl8449048 cgl8542098 cgl8631798 cgl8738906 cgl8829411
cgl8450254 cgl8546419 cgl8633230 cgl8738985 cgl8830118
cgl8453621 cgl8552413 cgl8633600 cgl8740289 cgl8832348
cgl8456803 cgl8553732 cgl8638180 eg18742441 cgl8833140
cgl8456933 cgl8555277 cgl8638769 cgl8748374 cgl8833880
cgl8457597 cgl8558767 cgl8641463 cgl8749563 cgl8836576
cgl8458509 eg18560264 cgl8645150 cgl8750756 cgl8836689
cgl8458993 cgl8561589 cgl8650367 cgl8750756 cgl8842353
cgl8459806 cgl8565510 cgl8660898 cgl8750960 cgl8843682
cgl8461584 cgl8566177 cgl8663307 cgl8752527 cgl8843739
cgl8463686 cgl8566883 cgl8669406 cgl8758482 eg18844900
eg18466173 cgl8571045 cgl8671950 cgl8759732 cgl8851795
cgl8469036 cgl8572214 cgl8672030 cgl8760534 cgl8854666
cgl8470710 cgl8573383 cgl8674980 cgl8760621 cgl8854872
cgl8471471 eg 185 73 842 cgl8675847 cgl8766210 cgl8855030
cgl8473521 cgl8576301 cgl8677603 cgl8766847 eg18857467
eg18477949 cgl8580385 cgl8679487 cgl8771538 eg18864227
cgl8482593 cgl8580491 cgl8690385 cgl8773937 cgl8866599
cgl8488157 eg18584265 cgl8692273 cgl8776876 cgl8867659
cgl8488855 cgl8586886 cgl8698699 cgl8776945 cgl8869061
cgl8489009 cgl8587984 cgl8702935 cgl8783374 cgl8869368
cgl8489440 cgl8588835 cgl8703066 cgl8783781 cgl8869709
cgl8502142 eg18592026 cgl8703983 cgl8790143 cgl8873878
cgl8505593 cgl8592195 cgl8710162 cgl8792528 cgl8879177
cgl8505752 eg18592964 cgl8712231 cgl8793688 cgl8881778
cgl8507125 cgl8595324 cgl8715793 cgl8801945 cgl8884037
cgl8512948 cgl8604215 cgl8716912 cgl8807515 cgl8886444
cgl8515872 cgl8606700 cgl8723409 cgl8809076 cgl8887230
cgl8517369 cgl8607961 cgl8725573 cgl8811423 cgl8887458
eg18518074 eg18610205 cgl8725867 cgl8817955 cgl8890112
cgl8525352 cgl8613421 cgl8727700 cgl8818075 eg18890249
cgl8526140 cgl8621256 cgl8728025 cgl8818531 cgl8891604
cgl8530299 cgl8621299 cgl8733230 cgl8824330 eg18894440
cgl8532316 cgl8621299 cgl8733925 cgl8825221 cgl8894781
cgl8533397 cgl8623836 cgl8736168 eg18826274 eg18899777
cgl8541042 cgl8630667 cgl8736431 cgl8826637 cgl8899999
cgl8541087 cgl8630748 cgl8736448 cgl8827756 cgl8900271
- 171 036566
cgl8901104 cgl9003304 cgl9122260 cgl9234412 cgl9328583
eg18904477 eg19004465 cgl9125370 eg19236431 cgl9328711
eg18907202 cgl9005210 cgl9125584 eg19240213 cgl9331876
cgl8908499 cgl9005335 cgl9126169 cgl9240857 cgl9334176
cgl8919659 cgl9008097 cgl9129336 cgl9244312 cgl9339179
cgl8920088 cgl9008877 cgl9129687 cgl9247032 cgl9341309
cgl8923230 cgl9014295 cgl9130973 cgl9248557 cgl9343088
cgl8925726 eg19017254 cgl9138325 cgl9252956 cgl9343464
eg18929240 eg19022006 cgl9138538 cgl9253379 cgl9343707
cgl8933331 cgl9023977 cgl9139832 cgl9254118 cgl9345165
cgl8934187 cgl9030682 cgl9140262 cgl9255783 cgl9358202
cgl8936620 cgl9032799 cgl9140928 eg19257200 cgl9358373
eg18940674 cgl9033073 cgl9168338 eg19258425 cgl9358397
cgl8942579 cgl9034132 cgl9177125 cgl9266387 cgl9358493
eg18944451 cgl9035792 cgl9184818 cgl9268652 cgl9358493
cgl8950779 cgl9035966 cgl9184897 cgl9271142 cgl9358805
cgl8951352 eg19042062 cgl9190519 cgl9275091 cgl9361542
cgl8952647 cgl9045700 cgl9193136 cgl9283806 cgl9362874
cgl8954434 cgl9049194 cgl9194595 cgl9285799 cgl9365151
cgl8956547 cgl9051213 cgl9198386 cgl9287349 cgl9365614
cgl8959422 cgl9051802 cgl9201019 cgl9289072 cgl9366479
cgl8959478 cgl9055098 cgl9205041 cgl9290577 cgl9369955
cgl8961101 eg19058262 cgl9206010 cgl9300307 cgl9381810
cgl8971054 cgl9060371 cgl9206146 cgl9303187 cgl9382136
cgl8973101 cgl9062108 cgl9213703 cgl9307543 cgl9387750
cgl8975416 cgl9062189 cgl9216056 cgl9310430 cgl9389370
cgl8978493 cgl9062478 cgl9216286 cgl9312305 cgl9392138
cgl8982286 cgl9064601 cgl9216731 cgl9314470 cgl9392831
cgl8982286 cgl9090437 cgl9219366 cgl9317715 cgl9393677
cgl8984165 cgl9091784 cgl9219778 cgl9318393 cgl9395441
cgl8988110 cgl9095187 cgl9220282 cgl9319558 cgl9396666
cgl8994063 cgl9096475 eg19220719 cgl9323289 cgl9398115
cgl8994063 cgl9101893 cgl9220825 cgl9324462 eg19401923
cgl8997129 cgl9103536 cgl9220825 cgl9324627 cgl9402939
cgl8999185 cgl9108718 eg19222405 cgl9325985 cgl9403021
cgl9001226 cgl9118289 cgl9223129 cgl9326876 cgl9403377
eg19002941 eg19120695 cgl9225923 cgl9326876 cgl9403541
- 172 036566
cgl9407266 cgl9497444 cgl9592185 cgl9688752 cgl9757176
cgl9408398 eg19497702 cgl9592277 cgl9689330 cgl9757631
cgl9410471 cgl9504860 cgl9594666 cgl9690984 cgl9758859
eg19412295 cgl9505136 cgl9596983 cgl9693031 cgl9759366
eg19412478 cgl9505546 cgl9598567 cgl9693177 cgl9761273
eg19412663 eg19506623 cgl9598584 cgl9698340 cgl9770281
cgl9418951 eg19516647 cgl9600494 cgl9699893 cgl9770715
eg19419246 eg19519964 cgl9601328 cgl9700658 cgl9770748
cgl9419519 cgl9524009 cgl9601666 cgl9702397 cgl9773474
eg19420720 cgl9530831 cgl9607387 cgl9704755 cgl9773547
eg19421752 cgl9530885 eg19609242 cgl9706900 cgl9776833
cgl9428417 cgl9533443 cgl9611886 cgl9708418 cgl9777001
eg19429405 cgl9533977 cgl9612309 cgl9709355 cgl9780563
cgl9439331 eg19534945 cgl9612574 cgl9709585 cgl9783626
cgl9445598 eg19536922 cgl9614321 cgl9710184 cgl9786733
eg19446077 cgl9537511 cgl9618438 cgl9711602 cgl9786751
eg19446385 cgl9539004 cgl9618706 cgl9714737 cgl9788754
cgl9452316 eg19539224 cgl9619014 cgl9714940 cgl9789466
cgl9453726 eg19552441 cgl9620383 cgl9717150 cgl9790294
cgl9453938 cgl9561297 cgl9622138 cgl9717150 cgl9790321
cgl9455306 cgl9561774 cgl9628988 cgl9717586 cgl9791630
cgl9456540 cgl9563433 cgl9630665 cgl9718306 cgl9794481
cgl9456540 eg19565262 cgl9630689 cgl9718686 cgl9795594
cgl9465268 eg19570749 cgl9643252 cgl9722698 cgl9797376
cgl9466563 cgl9572242 eg19658522 cgl9722847 cgl9798224
cgl9468528 cgl9573230 eg19659642 cgl9722847 cgl9799702
cgl9470159 eg19574297 cgl9661309 eg19724470 cgl9800670
cgl9470372 eg19576422 cgl9664945 cgl9728382 cgl9804027
eg19477977 cgl9576843 cgl9665882 cgl9734228 cgl9807685
cgl9480263 eg19579005 cgl9668476 cgl9737787 cgl9809052
cgl9480965 eg19580263 cgl9670883 cgl9738463 cgl9814116
cgl9481953 cgl9580810 cgl9671395 cgl9744122 cgl9817118
cgl9482842 cgl9580930 cgl9674669 cgl9747465 cgl9817882
cgl9483007 cgl9584803 cgl9675731 cgl9750321 cgl9817912
cgl9484481 cgl9586165 cgl9680850 cgl9752861 cgl9819654
cgl9485539 eg19589427 cgl9687152 cgl9753174 cgl9822110
cgl9494591 cgl9591417 cgl9688652 cgl9755108 cgl9823847
- 173 036566
cgl9826026 cgl9895380 cg20021784 cg20098659 cg20199333
cgl9826026 cgl9896142 cg20024687 cg20099458 cg20199333
cgl9827182 cgl9903229 cg20026576 cg20101529 cg20199655
cgl9829001 cgl9903229 cg20029347 cg20102280 cg20199655
cgl9830147 cgl9909613 cg20030711 cg20107668 cg20202112
cgl9831356 cgl9921353 cg20031845 cg20116555 cg20202760
cgl9834563 cgl9921577 cg20042662 cg20118424 cg20205704
cgl9836199 cgl9926480 cg20045394 cg20122518 cg20208398
cgl9836199 cgl9927214 cg20050484 cg20122645 cg20209308
cgl9837259 cgl9928247 cg20050826 cg20124376 cg20209308
cgl9838043 cgl9931596 cg20051324 cg20135230 cg20211134
cgl9839798 cgl9935065 cg20052760 cg20136100 cg20217872
cgl9841005 cgl9936016 cg20059312 cg20137312 cg20218460
cgl9841369 cgl9942459 cg20060185 cg20140940 cg20218614
cgl9841506 cgl9945912 cg20060685 cg20146030 cg20225745
cgl9842134 cgl9946699 cg20061155 cg20146909 cg20228731
cgl9845249 cgl9949137 cg20061378 cg20147100 cg20230305
eg19846154 cgl9953799 cg20070090 cg20149362 cg20231444
cgl9846609 cgl9970883 cg20071744 cg20151221 cg20238525
cgl9848683 eg19974227 cg20073153 cg20151301 cg20242781
cgl9850370 cgl9975917 cg20073320 cg20153751 cg20249071
cgl9852827 cgl9978416 cg20074593 cg20155035 cg20251943
cgl9853703 cgl9982609 cg20074593 cg20161965 cg20253855
cgl9853760 cgl9988449 cg20076468 cg20162599 cg20255231
cgl9855470 cgl9999567 cg20080624 cg20165746 cg20260127
cgl9855470 cg20000602 cg20080878 cg20166027 cg20261167
cgl9856705 cg20000847 cg20082641 cg20168806 cg20262021
cgl9858214 cg20002177 cg20085077 cg20172563 cg20263853
cgl9861260 cg20003368 cg20086219 cg20173014 cg20264543
cgl9861914 cg20004634 cg20087093 cg20175702 cg20270863
cgl9864130 cg20004910 cg20088477 cg20181739 cg20272146
cgl9881895 cg20006618 cg20088535 cg20181887 cg20274462
eg19882093 cg20010076 cg20090497 cg20182358 cg20275344
cgl9882915 cg20011134 cg20091107 cg20189761 cg20277282
cgl9884658 cg20011352 cg20091215 cg20191453 cg20284239
cgl9893316 cg20017590 cg20093139 cg20194314 cg20284982
cgl9893664 cg20018782 cg20095338 cg20195319 cg20285002
- 174 036566
cg20288341 cg20379239 cg20475322 cg20561863 cg20651018
cg20289346 cg20382675 cg20478261 cg20562447 cg20651995
cg20289911 cg20384325 cg20481312 cg20567361 cg20659752
cg20289911 cg20384620 cg20481640 cg20568402 cg20661303
cg20290850 cg20392842 cg20482698 cg20570179 cg20666386
cg20291049 cg20393620 cg20482698 cg20574732 cg20666585
cg20293609 cg20402382 cg20483374 cg20577468 cg20670302
cg20294319 cg20402658 cg20485084 cg20583073 cg20671578
cg20295442 cg20402783 cg20487608 cg20584732 cg20673075
cg20300129 cg20403938 cg20488657 cg20585500 cg20674521
cg20309677 cg20404150 cg20493497 cg20585500 cg20676716
cg20312012 cg20407483 cg20498685 cg20587968 cg20681747
cg20312687 cg20410114 cg20504007 cg20588069 cg20683151
cg20315995 cg20414082 cg20504202 cg20592017 cg20683151
cg20318272 cg20422318 cg20510033 cg20592700 cg20685713
cg20324165 cg20424400 cg20511548 cg20604286 cg20690667
cg20326248 cg20425058 cg20514061 cg20608783 cg20691436
cg20326647 cg20425130 cg20516209 cg20610594 cg20692268
cg20329303 cg20425384 cg20518446 cg20617977 cg20692569
cg20330472 cg20426866 cg20522398 cg20618610 cg20692569
cg20338754 cg20426994 cg20522483 cg20623503 cg20699586
cg20340242 cg20426994 cg20525486 cg20623506 cg20700740
cg20340501 cg20427865 cg20539816 cg20627916 cg20702527
cg20341504 cg20427879 cg20540913 cg20629021 cg20706495
cg20342079 cg20429911 cg20541039 cg20629315 cg20711218
cg20342105 cg20431191 cg20543651 cg20630151 cg20713492
cg20342184 cg20442697 cg20544605 cg20632978 cg20721467
cg20348298 cg20445283 cg20544605 cg20634074 cg20726195
cg20353227 cg20448594 cg20550118 cg20637223 cg20736065
cg20355731 cg20449048 cg20555507 cg20639396 cg20737266
cg20356637 cg20449670 cg20555562 cg20640246 cg20740434
cg20358834 cg20449726 cg20556304 cg20640374 cg20740711
cg20361429 cg20459035 cg20556517 cg20640432 cg20744163
cg20366397 cg20459849 cg20557104 cg20643991 cg20754145
cg20373326 cg20465207 cg20558320 cg20644425 cg20759626
cg20377232 cg20468081 cg20559594 cg20646500 cg20761322
cg20378628 cg20468939 cg20560283 cg20650545 cg20761322
- 175 036566
cg20763327 cg20856064 cg20969242 cg21042749 cg21147203
cg20764656 cg20860112 cg20969242 cg21046413 cg21147829
cg20765408 cg20861314 cg20969424 cg21046874 cg21150921
cg20770175 cg20861822 cg20971407 cg21049501 cg21151432
cg20775254 cg20863673 cg20971527 cg21049762 cg21155100
cg20775959 cg20865778 cg20972917 cg21050001 cg21156756
cg20777796 cg20869844 cg20975074 cg21052383 cg21156912
cg20778600 cg20873136 cg20978460 cg21058822 cg21157873
cg20778688 cg20873416 cg20978858 cg21058973 cg21163617
cg20780180 cg20885179 cg20980592 cg21059878 cg21164509
cg20783697 cg20888386 cg20981848 cg21063899 cg21166964
cg20785674 cg20893838 cg20986887 cg21067465 cg21167532
cg20790030 cg20895877 cg20988616 cg21068610 cg21167817
cg20791593 cg20896113 cg20989409 cg21072795 cg21171130
cg20792294 cg20903900 cg20993403 cg21073927 cg21172011
cg20792833 cg20906291 cg20993403 cg21082028 cg21179088
cg20793665 cg20910303 cg20995753 cg21086153 cg21182103
cg20795401 cg20910746 cg20999427 cg21088108 cg21186296
cg20805475 cg20912752 cg21002542 cg21091985 cg21186299
cg20806040 cg20916523 cg21004490 cg21092324 cg21186299
cg20807254 cg20927547 cg21005369 cg21096345 cg21186955
cg20810046 cg20928429 cg21007342 cg21100638 cg21188037
cg20816612 cg20933239 cg21008894 cg21104449 cg21194776
cg20817822 cg20934096 cg21009747 cg21106505 cg21194776
cg20822579 cg20935165 cg21011133 cg21111471 cg21198455
cg20822628 cg20937139 cg21013395 cg21111471 cg21198502
cg20822990 cg20937934 cg21019662 cg21113318 cg21199093
cg20826416 cg20943999 cg21022435 cg21115346 cg21199922
cg20826709 cg20947849 cg21026469 cg21115691 cg21201401
cg20827128 cg20953047 cg21031128 cg21118367 cg21201572
cg20834178 cg20953047 cg21033440 cg21119074 cg21201830
cg20837735 cg20963814 cg21035142 cg21122774 cg21205663
cg20837735 cg20967028 cg21037527 cg21128569 cg21210758
cg20844771 cg20967028 cg21038780 cg21132536 cg21211187
cg20849032 cg20967220 cg21039380 cg21137417 cg21213593
cg20851030 cg20968595 cg21040575 cg21139312 cg21215337
cg20853370 cg20968743 cg21041775 cg21144587 cg21218627
- 176 036566
cg21221690 cg21303011 cg21435375 cg21523812 cg21615663
cg21222370 cg21304163 cg21436413 cg21529807 cg21618333
cg21222426 cg21304234 cg21441211 cg21531389 cg21623633
cg21222559 cg21311834 cg21446955 cg21533262 cg21629166
cg21225548 cg21319932 cg21449569 cg21538216 cg21629591
cg21230435 cg21324456 cg21450888 cg21544931 cg21632975
cg21232671 cg21328082 cg21452219 cg21545720 cg21632975
cg21233879 cg21331510 cg21455600 cg21547649 cg21634602
cg21234032 cg21338747 cg21457147 cg21548340 cg21635858
cg21234506 cg21340500 cg21458907 cg21550483 cg21638219
cg21235151 cg21346043 cg21459645 cg21552014 cg21641834
cg21236655 cg21351483 cg21460081 cg21554552 cg21643045
cg21236845 cg21353724 cg21461300 cg21559386 cg21643178
cg21238457 cg21363050 cg21468971 cg21561712 cg21655444
cg21239439 cg21363348 cg21473407 cg21565960 cg21658616
cg21240283 cg21365602 cg21475076 cg21569714 cg21660130
cg21241823 cg21366688 cg21475402 cg21571135 cg21661379
cg21242356 cg21368161 cg21478137 cg21571160 cg21663341
cg21243631 cg21370255 cg21486341 cg21572722 cg21663580
cg21245729 cg21373996 cg21487856 cg21572722 cg21663580
cg21249091 cg21374307 cg21488156 cg21572997 cg21663667
cg21249829 cg21376733 cg21488876 cg21574271 cg21664636
cg21253087 cg21377950 cg21491443 cg21576525 cg21665774
cg21255438 cg21382382 cg21492378 cg21581873 cg21667878
cg21255438 cg21382890 cg21493727 cg21582785 cg21669679
cg21263566 cg21383284 cg21493768 cg21582831 cg21672992
cg21270593 cg21385746 cg21494075 cg21585100 cg21683390
cg21270847 cg21394171 cg21494776 cg21591742 cg21684012
cg21273036 cg21402071 cg21495715 cg21593030 cg21685565
cg21275690 cg21404851 cg21499869 cg21596858 cg21691367
cg21279316 cg21405929 cg21501234 cg21602520 cg21698310
cg21286782 cg21406271 cg21501358 cg21605283 cg21703138
cg21292981 cg21407899 cg21502154 cg21607649 cg21710826
cg21296230 cg21413797 cg21505334 cg21608605 cg21712678
cg21299491 cg21430752 cg21509846 cg21609808 cg21715751
cg21300373 cg21432842 cg21510284 cg21613549 cg21730858
cg21302133 cg21434530 cg21523751 cg21614107 cg21743182
- 177 036566
cg21745586 cg21861151 cg21949194 cg22074858 cg22188918
cg21747271 cg21861233 cg21950534 cg22076123 cg22189618
cg21748136 cg21864730 cg21954542 cg22076311 cg22191277
cg21752469 cg21865249 cg21957174 cg22079102 cg22192069
cg21753652 cg21870038 cg21959598 cg22093306 cg22192489
cg21766592 cg21870229 cg21961149 cg22095263 cg22198044
cg21770617 cg21870884 cg21961766 cg22098115 cg22199080
cg21772178 cg21870884 cg21964649 cg22101249 cg22203219
cg21775245 cg21872383 cg21966410 cg22103601 cg22210627
cg21777166 cg21876918 cg21966860 cg22108360 cg22213042
cg21788615 cg21879102 cg21968796 cg22108469 cg22213242
cg21790626 cg21879272 cg21972382 cg22110839 cg22220722
cg21801378 cg21880888 cg21979032 cg22112832 cg22225849
cg21801378 cg21881093 cg21988461 cg22118112 cg22227345
cg21808053 cg21883598 cg21995304 cg22118297 cg22231400
cg21812277 cg21887193 cg22004774 cg22121647 cg22232859
cg21812313 cg21889604 cg22007110 cg22122715 cg22233512
cg21814178 cg21890423 cg22008490 cg22123885 cg22239213
cg21820677 cg21890646 cg22009751 cg22124221 cg22242539
cg21820890 cg21896720 cg22009908 cg22124564 cg22243439
cg21821308 cg21898046 cg22013564 cg22125433 cg22254463
cg21827203 cg21899777 cg22016779 cg22125968 cg22261226
cg21830368 cg21902327 cg22016949 cg22127491 cg22261669
cg21838625 cg21903395 cg22022716 cg22143285 cg22262702
cg21842274 cg21912556 cg22024479 cg22143352 cg22262704
cg21843902 cg21913376 cg22029275 cg22148827 cg22269291
cg21844956 cg21916461 cg22031964 cg22153994 cg22269795
cg21845390 cg21920221 cg22032528 cg22156456 cg22271353
cg21845794 cg21926883 cg22036487 cg22158769 cg22274117
cg21850852 cg21932672 cg22037648 cg22158769 cg22274745
cg21851553 cg21932814 cg22043361 cg22162847 cg22275125
cg21851937 cg21935981 cg22046121 cg22167515 cg22277567
cg21853021 cg21936959 cg22047295 cg22169990 cg22278901
cg21854332 cg21937886 cg22049858 cg22171613 cg22280238
cg21857843 cg21939215 cg22059812 cg22181664 cg22280705
cg21858764 cg21942218 cg22061523 cg22184944 cg22281697
cg21860846 cg21944234 cg22063056 cg22188058 cg22282410
- 178 036566
cg22282410 cg22392708 cg22497969 cg22617819 cg22732549
cg22283058 cg22396755 cg22498143 cg22618405 cg22733608
cg22284302 cg22399111 cg22500132 cg22618720 cg22734058
cg22285878 cg22403851 cg22500261 cg22627427 cg22734085
cg22286764 cg22407458 cg22501608 cg22627427 cg22734236
cg22289360 cg22407942 cg22502502 cg22630169 cg22736354
cg22291711 cg22413209 cg22512670 cg22632947 cg22736354
cg22292753 cg22413388 cg22512779 cg22637941 cg22738281
cg22295573 cg22415591 cg22514229 cg22638505 cg22740835
cg22304262 cg22416916 cg22518433 cg22647018 cg22740835
cg22306009 cg22417733 cg22522688 cg22648929 cg22745143
cg22306015 cg22418909 cg22523050 cg22658846 cg22749810
cg22310062 cg22424284 cg22529396 cg22660578 cg22753340
cg22319147 cg22433862 cg22530691 cg22660933 cg22755142
cg22327646 cg22436086 cg22537280 cg22674717 cg22756211
cg22328746 cg22436753 cg22541143 cg22682161 cg22756951
cg22328895 cg22437221 cg22542731 cg22688012 cg22758916
cg22332339 cg22443975 cg22544485 cg22689909 cg22762091
cg22335801 cg22445447 cg22544679 cg22692158 cg22764497
cg22338446 cg22449854 cg22547775 cg22694318 cg22768487
cg22346461 cg22452170 cg22561647 cg22696167 cg22770294
cg22350438 cg22453656 cg22566058 cg22699768 cg22771548
cg22352818 cg22453826 cg22566906 cg22701534 cg22771904
cg22359581 cg22454011 cg22571393 cg22702056 cg22772747
cg22359781 cg22454022 cg22572820 cg22708087 cg22775000
cg22365167 cg22454769 cg22575127 cg22710840 cg22777467
cg22365276 cg22455694 cg22575966 cg22711111 cg22778957
cg22366001 cg22459664 cg22581200 cg22714942 cg22779765
cg22367264 cg22461758 cg22584911 cg22718139 cg22783363
cg22368262 cg22462657 cg22585988 cg22719241 cg22785294
cg22375009 cg22469841 cg22588546 cg22720029 cg22786486
cg22376758 cg22482278 cg22589778 cg22721827 cg22788953
cg22377389 cg22485938 cg22591964 cg22727783 cg22789318
cg22379472 cg22486630 cg22598885 cg22729726 cg22792176
cg22381196 cg22488568 cg22601215 cg22730004 cg22792862
cg22388634 cg22490695 cg22610620 cg22731271 cg22792910
cg22391205 cg22493809 cg22614759 cg22731578 cg22793129
- 179 036566
cg22793142 cg22888181 cg22995449 cg23078268 cg23174919
cg22795216 cg22892373 cg22997040 cg23079252 cg23174932
cg22795345 cg22895377 cg22999099 cg23079727 cg23175074
cg22796363 cg22901840 cg23002761 cg23080818 cg23181133
cg22796704 cg22901840 cg23004031 cg23082393 cg23186333
cg22797514 cg22905097 cg23007087 cg23085167 cg23190089
cg22797884 cg22906709 cg23008404 cg23089272 cg23192683
cg22799321 cg22909609 cg23010507 cg23090583 cg23193870
cg22800400 cg22911462 cg23013029 cg23091758 cg23194776
cg22801799 cg22920873 cg23015118 cg23091758 cg23199335
cg22803868 cg22924545 cg23016776 cg23093496 cg23201812
cg22804475 cg22929506 cg23021014 cg23093496 cg23205648
cg22805688 cg22932313 cg23023970 cg23098693 cg23206160
cg22808478 cg22932808 cg23024047 cg23099587 cg23206851
cg22809047 cg22933646 cg23028772 cg23105697 cg23207054
cg22809047 cg22934200 cg23029021 cg23108580 cg23208881
cg22809683 cg22934449 cg23031103 cg23109867 cg23209285
cg22820108 cg22940273 cg23032032 cg23114594 cg23209302
cg22821606 cg22943986 cg23032032 cg23119977 cg23211949
cg22822219 cg22945824 cg23033014 cg23124755 cg23212751
cg22844623 cg22947000 cg23034818 cg23125970 cg23213217
cg22848982 cg22954906 cg23037132 cg23126152 cg23213217
cg22851944 cg22958315 cg23037321 cg23126915 cg23213449
cg22855020 cg22969108 cg23041410 cg23128495 cg23214249
cg22862656 cg22977481 cg23042148 cg23130254 cg23216434
cg22864500 cg22979615 cg23044884 cg23130731 cg23219570
cg22867729 cg22980079 cg23046231 cg23132327 cg23220769
cg22871227 cg22980079 cg23047271 cg23138261 cg23222278
cg22872553 cg22985172 cg23047544 cg23141355 cg23229016
cg22872857 cg22985785 cg23049142 cg23141855 cg23239344
cg22873165 cg22986569 cg23049737 cg23146358 cg23240479
cg22879834 cg22986597 cg23051392 cg23152667 cg23241914
cg22881914 cg22987116 cg23055735 cg23152743 cg23243267
cg22885000 cg22988566 cg23060646 cg23163013 cg23244913
cg22886323 cg22988581 cg23067085 cg23167351 cg23246666
cg22887467 cg22989407 cg23068499 cg23171972 cg23248910
cg22887845 cg22991506 cg23069297 cg23173301 cg23250795
- 180 036566
cg23250906 cg23346622 cg23441616 cg23538468 cg23639692
cg23251798 cg23348155 cg23444894 cg23539753 cg23640701
cg23255934 cg23352492 cg23445604 cg23541975 cg23641267
cg23257220 cg23352712 cg23455982 cg23542968 cg23646375
cg23259694 cg23355126 cg23457901 cg23551494 cg23651728
cg23261319 cg23355126 cg23462242 cg23553480 cg23651872
cg23261343 cg23361092 cg23464619 cg23553912 cg23655939
cg23264429 cg23361127 cg23466059 cg23555120 cg23656110
cg23266398 cg23366752 cg23466491 cg23555120 cg23661000
cg23266869 cg23367119 cg23471848 cg23557926 cg23661721
cg23267110 cg23371476 cg23478225 cg23558337 cg23663476
cg23278418 cg23371584 cg23487226 cg23558764 cg23663476
cg23282674 cg23371754 cg23489273 cg23563866 cg23669081
cg23287005 cg23373850 cg23489434 cg23567627 cg23670779
cg23290313 cg23379806 cg23491790 cg23571857 cg23670794
cg23290344 cg23382741 cg23492432 cg23577865 cg23673974
cg23297477 cg23382741 cg23497016 cg23580024 cg23674202
cg23301563 cg23383149 cg23497020 cg23586595 cg23 674602
cg23303685 cg23383189 cg23499956 cg23587176 cg23677000
cg23311108 cg23387863 cg23500537 cg23590202 cg23678254
cg23314200 cg23394391 cg23502378 cg23595413 cg23679141
cg23314364 cg23395449 cg23502772 cg23601905 cg23679492
cg23314826 cg23398076 cg23503691 cg23602690 cg23680451
cg23317857 cg23402986 cg23505966 cg23606718 cg23681213
cg23320056 cg23404366 cg23507945 cg23606718 cg23681599
cg23320056 cg23404877 cg23510258 cg23608384 cg23681687
cg23322242 cg23412850 cg23510527 cg23610820 cg23681745
cg23322523 cg23413697 cg23512958 cg23612220 cg23683800
cg23331981 cg23414595 cg23516310 cg23614811 cg23684198
cg23334507 cg23416081 cg23517605 cg23620639 cg23684410
cg23336143 cg23416667 cg23520347 cg23621817 cg23685856
cg23336996 cg23418467 cg23521140 cg23625106 cg23686014
cg23340218 cg23418591 cg23528975 cg23625458 cg23689080
cg23341299 cg23430295 cg23531640 cg23628350 cg23689428
cg23342718 cg23432345 cg23531697 cg23629187 cg23690893
cg23344780 cg23432368 cg23533683 cg23630423 cg23695504
cg23346408 cg23438015 cg23533881 cg23635560 cg23696618
- 181 036566
cg23696712 cg23797100 cg23895495 cg24002003 cg24101049
cg23696886 cg23797100 cg23898073 cg24002149 cg24101359
cg23696886 cg23804620 cg23912072 cg24002183 cg24103651
cg23696949 cg23811057 cg23914969 cg24003306 cg24107674
cg23697093 cg23815853 cg23918047 cg24003542 cg24112628
cg23700859 cg23817637 cg23920251 cg24003542 cg24114556
cg23704082 cg23817981 cg23924222 cg24009074 cg24114813
cg23704362 cg23821329 cg23924737 cg24010336 cg24121001
cg23704802 cg23821359 cg23924887 cg24014538 cg24122922
cg23705113 cg23827531 cg23929194 cg24016044 cg24123824
cg23710218 cg23828876 cg23931819 cg24027780 cg24126880
cg23717696 cg23829949 cg23933216 cg24029028 cg24127874
cg23719367 cg23833452 cg23933289 cg24030037 cg24133115
cg23719367 cg23834593 cg23935616 cg24032190 cg24136780
cg23719713 cg23835646 cg23936476 cg24033742 cg24137774
cg23722790 cg23836413 cg23937059 cg24034992 cg24138691
cg23732024 cg23839180 cg23937582 cg24038764 cg24141135
cg23736307 cg23841186 cg23941599 cg24039081 cg24141153
cg23741639 cg23845773 cg23942526 cg24039697 cg24141382
cg23743114 cg23855093 cg23945952 cg24042452 cg24141991
cg23744638 cg23855989 cg23947872 cg24046474 cg24145118
cg23749046 cg23856138 cg23949925 cg24047926 cg24147582
cg23749482 cg23859313 cg23953396 cg24054700 cg24147596
cg23752752 cg23866403 cg23953820 cg24065807 cg24148817
cg23756272 cg23871507 cg23966363 cg24067911 cg24151207
cg23757461 cg23873021 cg23972301 cg24075745 cg24152251
cg23757899 cg23873415 cg23972738 cg24079702 cg24152976
cg23759826 cg23877608 cg23975564 cg24079727 cg24154336
cg23768572 cg23881601 cg23979832 cg24082460 cg24155668
cg23769785 cg23881926 cg23981150 cg24083702 cg24157982
cg23777479 cg23882019 cg23983887 cg24088438 cg24158259
cg23777956 cg23888462 cg23987257 cg24088438 cg24163360
cg23778596 cg23889010 cg23989963 cg24090529 cg24164564
cg23780488 cg23892310 cg23999170 cg24091474 cg24164786
cg23780491 cg23894219 cg24000223 cg24092253 cg24169915
cg23782145 cg23894287 cg24000797 cg24094897 cg24170040
cg23788167 cg23894539 cg24000908 cg24098131 cg24172570
- 182 036566
cg24173049 cg24280925 cg24391122 cg24457118 cg24541021
cg24174557 cg24281697 cg24392479 cg24459563 cg24541176
cg24175188 cg24290574 cg24393783 cg24459563 cg24541835
cg24179734 cg24290948 cg24396400 cg24459792 cg24542714
cg24183173 cg24296761 cg24397007 cg24460268 cg24543939
cg24194539 cg24299913 cg24398933 cg24461194 cg24544082
cg24201034 cg24300607 cg24401262 cg24461337 cg24545967
cg24203709 cg24304714 cg24402880 cg24463509 cg24546446
cg24211304 cg24315421 cg24402880 cg24464265 cg24547575
cg24211388 cg24315815 cg24404630 cg24466100 cg24553417
cg24212240 cg24323726 cg24407065 cg24467387 cg24562819
cg24216701 cg24327132 cg24408469 cg24467535 cg24563501
cg24217704 cg24328095 cg24408776 cg24472375 cg24570211
cg24219058 cg24331162 cg24409539 cg24478966 cg24572204
cg24222580 cg24331475 cg24411488 cg24480453 cg24575128
cg24227481 cg24332422 cg24414363 cg24484138 cg24576945
cg24228306 cg24332577 cg24428372 cg24492778 cg24578875
cg24230696 cg24334634 cg24429708 cg24495017 cg24579224
cg24232083 cg24335051 cg24430580 cg24495062 cg24579851
cg24232444 cg24339574 cg24430580 cg24496349 cg24579896
cg24239961 cg24340657 cg24433302 cg24497819 cg24580199
cg24242051 cg24340657 cg24434387 cg24499411 cg24580782
cg24245352 cg24341236 cg24436462 cg24499605 cg24582500
cg24247370 cg24341800 cg24436715 cg24500294 cg24585690
cg24248317 cg24348240 cg24436906 cg24501381 cg24586870
cg24248317 cg24350011 cg24439686 cg24506130 cg24586978
cg24249542 cg24361385 cg24439713 cg24508475 cg24592790
cg24249925 cg24363858 cg24441440 cg24509919 cg24597774
cg24249973 cg24366168 cg24441810 cg24512303 cg24599017
cg24251111 cg24371033 cg24441911 cg24516799 cg24600608
cg24251890 cg24371954 cg24446823 cg24517066 cg24602369
cg24254196 cg24376214 cg24447890 cg24525461 cg24603444
cg24258886 cg24376776 cg24450303 cg24526433 cg24603926
cg24260359 cg24377694 cg24452260 cg24530432 cg24606533
cg24274665 cg24386135 cg24452260 cg24536349 cg24606701
cg24276395 cg24390871 cg24454932 cg24537836 cg24607642
cg24278076 cg24391122 cg24455236 cg24538396 cg24616382
- 183 036566
cg24617171 cg24688939 cg24754277 cg24844046 cg24926185
cg24619618 cg24689976 cg24755163 cg24844295 cg24928687
cg24620436 cg24691330 cg24757310 cg24855780 cg24929896
cg24621042 cg24691336 cg24757926 cg24858591 cg24935409
cg24623244 cg24694549 cg24762359 cg24860886 cg24935900
cg24625388 cg24697184 cg24765446 cg24861272 cg24938727
cg24628744 cg24702147 cg24769295 cg24864241 cg24938752
cg24629380 cg24704287 cg24769846 cg24864831 cg24939196
cg24630516 cg24704593 cg24775616 cg24865623 cg24940706
cg24630957 cg24709511 cg24776480 cg24866923 cg24950894
cg24634333 cg24713122 cg24777950 cg24867501 cg24951263
cg24635971 cg24715988 cg24778614 cg24868271 cg24952936
cg24640577 cg24717401 cg24787470 cg24869815 cg24959428
cg24640610 cg24717490 cg24787755 cg24870273 cg24960947
cg24642468 cg24719901 cg24788090 cg24870391 cg24961970
cg24642820 cg24722577 cg24794433 cg24870568 cg24965479
cg24643393 cg24724428 cg24795748 cg24871414 cg24966958
cg24645679 cg24724428 cg24796546 cg24872425 cg24967811
cg24648061 cg24724513 cg24799830 cg24873093 cg24969820
cg24653772 cg24724587 cg24803202 cg24875415 cg24970181
cg24653967 cg24725201 cg24808754 cg24876577 cg24971112
cg24662107 cg24726121 cg24809973 cg24884444 cg24973226
cg24662961 cg24727122 cg24811290 cg24885937 cg24974704
cg24669449 cg24729617 cg24812523 cg24887211 cg24976262
cg24670715 cg24734575 cg24812523 cg24887387 cg24980213
cg24672624 cg24741563 cg24815529 cg24888257 cg24980653
cg24674703 cg24743122 cg24816460 cg24890045 cg24980904
cg24674703 cg24743310 cg24818418 cg24900666 cg24983752
cg24675098 cg24746666 cg24822053 cg24901637 cg24984423
cg24677093 cg24746938 cg24823222 cg24902339 cg24985525
cg24679317 cg24747122 cg24829483 cg24903006 cg24986868
cg24681499 cg24748548 cg24830730 cg24910675 cg24988451
cg24681845 cg24750391 cg24833277 cg24911837 cg24989962
cg24683222 cg24750752 cg24834740 cg24914860 cg24997231
cg24686957 cg24753061 cg24838345 cg24916358 cg24997562
cg24687051 cg24753998 cg24839386 cg24921221 cg24997562
cg24687806 cg24754199 cg24842753 cg24922143 cg25002125
- 184 036566
cg25004840 cg25101936 cg25189564 cg25292098 cg25374649
cg25009498 cg25102206 cg25195968 cg25296103 cg25375420
cg25010752 cg25104555 cg25196088 cg25296314 cg25376316
cg25011252 cg25105990 cg25198340 cg25298754 cg25376593
cg25015277 cg25110734 cg25198847 cg25302419 cg25378917
cg25020204 cg25113462 cg25203286 cg25305774 cg25382573
cg25021051 cg25115460 cg25203980 cg25305879 cg25384089
cg25021182 cg25115460 cg25210609 cg25309567 cg25384897
cg25021247 cg25117091 cg25212701 cg25310241 cg25388882
cg25021247 cg25121227 cg25212763 cg25313172 cg25391092
cg25023994 cg25123470 cg25214346 cg25319570 cg25397054
cg25026013 cg25124406 cg25214966 cg25321549 cg25397840
cg25028189 cg25124433 cg25215834 cg25321549 cg25407979
cg25028308 cg25132230 cg25221625 cg25322094 cg25408237
cg25032595 cg25132276 cg25221625 cg25329734 cg25408314
cg25033993 cg25135333 cg25225756 cg25334660 cg25410010
cg25036707 cg25141674 cg25227803 cg25334934 cg25410668
cg25039325 cg25141674 cg25228126 cg25335258 cg25416149
cg25042226 cg25142500 cg25228995 cg25336579 cg25418001
cg25055477 cg25148589 cg25234611 cg25340403 cg25420952
cg25063165 cg25149122 cg25242556 cg25341726 cg25422943
cg25063515 cg25151376 cg25245569 cg25343388 cg25423135
cg25064331 cg25152942 cg25247520 cg25343661 cg25425078
cg25065535 cg25153233 cg25248094 cg25344503 cg25426743
cg25067197 cg25154482 cg25249728 cg25351353 cg25426743
cg25069807 cg25156443 cg25250358 cg25353399 cg25431916
cg25071429 cg25159149 cg25259754 cg25355904 cg25432518
cg25073700 cg25161029 cg25261059 cg25356006 cg25433648
cg25074170 cg25164996 cg25261181 cg25362585 cg25433648
cg25076881 cg25170017 cg25264265 cg25363807 cg25441338
cg25080182 cg25174412 cg25268678 cg25365421 cg25446086
cg25082710 cg25174438 cg25277632 cg25368651 cg25449862
cg25090604 cg25177139 cg25282976 cg25369015 cg25454110
cg25095697 cg25179876 cg25286715 cg25370039 cg25459280
cg25095814 cg25181507 cg25287482 cg25371267 cg25459300
cg25096745 cg25182523 cg25288034 cg25373579 cg25462303
cg25098793 cg25186492 cg25288675 cg25373595 cg25463688
- 185 036566
cg25467973 cg25574175 cg25673591 cg25753473 cg25865120
cg25468928 cg25574765 cg25678929 cg25754195 cg25865553
cg25469406 cg25578176 cg25684105 cg25758828 cg25866075
cg25474373 cg25579180 cg25686746 cg25761326 cg25868126
cg25477769 cg25580656 cg25690715 cg25763788 cg25870420
cg25478614 cg25581222 cg25691167 cg25765315 cg25871890
cg25479682 cg25587069 cg25692621 cg25769469 cg25872855
cg25481253 cg25587233 cg25698726 cg25769980 cg25874782
cg25483003 cg25588852 cg25701444 cg25772418 cg25883066
cg25486399 cg25588935 cg25701646 cg25778166 cg25883149
cg25488206 cg25590181 cg25703346 cg25778262 cg25883405
cg25488206 cg25602692 cg25706012 cg25778479 cg25885280
cg25490145 cg25603108 cg25718402 cg25781162 cg25886621
cg25492645 cg25607249 cg25718467 cg25782293 cg25890678
cg25495650 cg25616787 cg25719378 cg25788549 cg25892168
cg25499099 cg25620220 cg25719851 cg25790133 cg25893679
cg25502267 cg25623339 cg25720804 cg25792581 cg25898146
cg25504868 cg25626264 cg25726549 cg25797455 cg25908434
cg25509174 cg25633678 cg25727025 cg25799059 cg25913233
cg25509184 cg25634000 cg25730564 cg25799109 cg25913233
cg25511807 cg25637473 cg25736145 cg25799864 cg25913612
cg25515269 cg25638611 cg25737218 cg25799986 cg25915982
cg25518968 cg25649000 cg25737491 cg25814383 cg25916282
cg25528121 cg25649765 cg25737664 cg25816127 cg25919221
cg25535999 cg25650964 cg25738116 cg25817430 cg25922751
cg25538571 cg25652701 cg25739715 cg25819429 cg25928199
cg25539628 cg25655096 cg25739938 cg25821785 cg25929976
cg25547580 cg25663823 cg25741452 cg25823926 cg25933726
cg25547580 cg25664034 cg25743043 cg25826226 cg25934700
cg25552768 cg25665528 cg25746092 cg25827710 cg25936138
cg25561140 cg25666403 cg25748441 cg25835936 cg25939644
cg25562664 cg25668058 cg25748958 cg25840318 cg25941083
cg25564800 cg25669504 cg25750259 cg25840378 cg25941716
cg25564800 cg25670076 cg25750259 cg25840536 cg25941751
cg25567048 cg25670376 cg25750363 cg25854298 cg25942990
cg25570495 cg25670583 cg25752514 cg25856811 cg25943276
cg25574024 cg25671716 cg25752703 cg25859998 cg25945374
- 186 036566
cg25945642 cg26015513 cg26079857 cg26150462 cg26228280
cg25946605 cg26015888 cg26080305 cg26152017 cg26232412
cg25946646 cg26016267 cg26087625 cg26152051 cg26233468
cg25947619 cg26016985 cg26088629 cg26158959 cg26236972
cg25947970 cg26018685 cg26093687 cg26159905 cg26238727
cg25949502 cg26019295 cg26096837 cg26160564 cg26246138
cg25951430 cg26021007 cg26099164 cg26161816 cg26251865
cg25953239 cg26023389 cg26099316 cg26162147 cg26252167
cg25953692 cg26024843 cg26099316 cg26164488 cg26255314
cg25954028 cg26026416 cg26103845 cg26164907 cg26259171
cg25956089 cg26026558 cg26109030 cg26165146 cg26259363
cg25960038 cg26026748 cg26109154 cg26166817 cg26264032
cg25961432 cg26027052 cg26109199 cg26170660 cg26267038
cg25963511 cg26029997 cg26109568 cg26174326 cg26267310
cg25964007 cg26030804 cg26110064 cg26182406 cg26273417
cg25966705 cg26031954 cg26110834 cg26186727 cg26275543
cg25969122 cg26033586 cg26111030 cg26188212 cg26275858
cg25976672 cg26034341 cg26111283 cg26189303 cg26279336
cg25978327 cg26039954 cg26112797 cg26189983 cg26280326
cg25981920 cg26046204 cg26113512 cg26190381 cg26285698
cg25981998 cg26050734 cg26116400 cg26193427 cg26285698
cg25985778 cg26050975 cg26117023 cg26196087 cg26285749
cg25987020 cg26052885 cg26117023 cg26200347 cg26290632
cg25993718 cg26053480 cg26118821 cg26200585 cg26291600
cg25999267 cg26053840 cg26119740 cg26203328 cg26292910
cg25999578 cg26055747 cg26120093 cg26203383 cg26293512
cg25999604 cg26061357 cg26120636 cg26205890 cg26296574
cg25999637 cg26063719 cg26124016 cg26207503 cg26296653
cg26003222 cg26065488 cg26127425 cg26207909 cg26297005
cg26005082 cg26065841 cg26132947 cg26209169 cg26299169
cg26006910 cg26066361 cg26134665 cg26214026 cg26301689
cg26007358 cg26069745 cg26140366 cg26216618 cg26306289
cg26008272 cg26070379 cg26140475 cg26216760 cg26306329
cg26008877 cg26071414 cg26144567 cg26217402 cg26311782
cg26009832 cg26071556 cg26146561 cg26218269 cg26312920
cg26010218 cg26073060 cg26147845 cg26221105 cg26314534
cg26013975 cg26079753 cg26149678 cg26226555 cg26314765
- 187 036566
cg26316946 cg26407106 cg26478401 cg26565660 cg26650359
cg26317555 cg26407316 cg26482939 cg26568031 cg26653714
cg26328335 cg26407558 cg26485376 cg26570233 cg26654807
cg26328757 cg26408382 cg26487259 cg26570804 cg26655004
cg26333660 cg26412358 cg26495393 cg26570844 cg26655340
cg26334507 cg26417346 cg26495711 cg26573382 cg26656452
cg26334888 cg26418880 cg26496307 cg26575622 cg26658846
cg26335251 cg26422458 cg26496307 cg26578983 cg26661922
cg26337312 cg26424013 cg26501139 cg26579578 cg26663636
cg26340149 cg26427777 cg26508200 cg26583078 cg26665274
cg26342670 cg26428825 cg26511075 cg26584983 cg26668608
cg26344532 cg26429042 cg26511507 cg26589025 cg26671477
cg26348487 cg26429629 cg26514793 cg26591066 cg26673195
cg26353287 cg26430059 cg26515926 cg26595828 cg26673629
cg26353877 cg26431815 cg26517376 cg26595893 cg26673975
cg26361535 cg26433975 cg26518580 cg26598899 cg26674160
cg26362368 cg26439963 cg26521139 cg26601431 cg26675129
cg26363363 cg26441910 cg26521404 cg26608199 cg26675485
cg26363759 cg26449680 cg26523005 cg26610808 cg26675523
cg26364809 cg26450149 cg26524347 cg26614073 cg26676129
cg26365553 cg26451373 cg26531174 cg26619296 cg26676405
cg26365553 cg26453360 cg26533595 cg26619317 cg26680502
cg26365925 cg26456435 cg26535992 cg26619790 cg26681770
cg26366109 cg26456957 cg26536164 cg26619894 cg26682499
cg26376241 cg26456957 cg26537478 cg26620655 cg26683005
cg26379012 cg26457013 cg26537639 cg26620747 cg26684319
cg26380756 cg26457248 cg26537941 cg26621088 cg26687072
cg26385097 cg26457700 cg26538442 cg26624294 cg26687173
cg26385256 cg26461695 cg26538442 cg26624628 cg26692085
cg26385286 cg26466801 cg26539736 cg26624794 cg26697605
cg26386472 cg26469379 cg26539823 cg26626042 cg26700215
cg26390598 cg26469895 cg26541218 cg26632897 cg26701826
cg26391080 cg26472036 cg26541233 cg26639906 cg26704078
cg26393630 cg26472133 cg26552030 cg26640110 cg26705561
cg26394055 cg26473189 cg26556065 cg26644395 cg26706403
cg26401551 cg26474124 cg26561401 cg26645082 cg26711820
cg26401673 cg26474549 cg26561681 cg26649504 cg26719625
- 188 036566
cg26720010 cg26804423 cg26880525 cg26945748 cg27009392
cg26720338 cg26806924 cg26881535 cg26946259 cg27010096
cg26720338 cg26807340 cg26889552 cg26946259 cg27012424
cg26723847 cg26807961 cg26889659 cg26954174 cg27018070
cg26727372 cg26808293 cg26894575 cg26954609 cg27019278
cg26727372 cg26811313 cg26895804 cg26955512 cg27022827
cg26728422 cg26814100 cg26896255 cg26959257 cg27032781
cg26728709 cg26814635 cg26898077 cg26959655 cg27039662
cg26731187 cg26817382 cg26904406 cg26960083 cg27041619
cg26735478 cg26817546 cg26905768 cg26960719 cg27043531
cg26738880 cg26817573 cg26906629 cg26962618 cg27048140
cg26740249 cg26817877 cg26907768 cg26963545 cg27048684
cg26745032 cg26818489 cg26908825 cg26964636 cg27049094
cg26746309 cg26819590 cg26909981 cg26966989 cg27049766
cg26750002 cg26823505 cg26912890 cg26968025 cg27051231
cg26750742 cg26827987 cg26915558 cg26971042 cg27051260
cg26752613 cg26830108 cg26915799 cg26971928 cg27057525
cg26755793 cg26831119 cg26916966 cg26974444 cg27067618
cg26757793 cg26832211 cg26917873 cg26975459 cg27067621
cg26758857 cg26834244 cg26917899 cg26976437 cg27067781
cg26764980 cg26841277 cg26919387 cg26978172 cg27067781
cg26765385 cg26842024 cg26921881 cg26980692 cg27070162
cg26766373 cg26842024 cg26923629 cg26983710 cg27079341
cg26767154 cg26842802 cg26923862 cg26984694 cg27080119
cg26767897 cg26845300 cg26924825 cg26986438 cg27083891
cg26769927 cg26845300 cg26924967 cg26987690 cg27084746
cg26775866 cg26847438 cg26928972 cg26987699 cg27089675
cg26776722 cg26849830 cg26931208 cg26988523 cg27090029
cg26779330 cg26851107 cg26931990 cg26988617 cg27090784
cg26780125 cg26851650 cg26931990 cg26992600 cg27092248
cg26786253 cg26853371 cg26932693 cg26999360 cg27092594
cg26788142 cg26856604 cg26937148 cg27000120 cg27093918
cg26789038 cg26864905 cg26937389 cg27000496 cg27093944
cg26791879 cg26873457 cg26938676 cg27000590 cg27094698
cg26798861 cg26873935 cg26940122 cg27002325 cg27104173
cg26799416 cg26876680 cg26940261 cg27002516 cg27105990
cg26799474 cg26876703 cg26942829 cg27005749 cg27107685
- 189 036566
cg27107970 cg27201679 cg27285599 cg27369307 cg27461254
cg27108984 cg27208307 cg27285720 cg27372015 cg27463491
cg27109650 cg27209395 cg27285720 cg27373390 cg27465569
cg27115788 cg27214856 cg27288226 cg27377213 cg27468976
cg27115863 cg27215131 cg27289137 cg27377213 cg27470554
cg27117792 cg27215236 cg27292389 cg27377289 cg27471192
cg27120405 cg27215768 cg27294268 cg27377863 cg27478167
cg27121758 cg27221338 cg27295118 cg27380915 cg27480371
cg27126442 cg27222162 cg27297441 cg27385126 cg27485596
cg27127903 cg27223047 cg27306986 cg27387888 cg27496339
cg27130993 cg27225068 cg27307240 cg27391679 cg27499925
cg27133310 cg27226147 cg27307781 cg27391934 cg27500983
cg27134365 cg27239243 cg27308319 cg27392775 cg27507473
cg27138018 cg27243507 cg27309098 cg27394486 cg27508545
cg27142354 cg27244120 cg27316811 cg27395654 cg27512727
cg27143049 cg27244482 cg27317813 cg27398499 cg27523417
cg27143664 cg27246571 cg27318546 cg27400772 cg27526549
cg27150896 cg27252696 cg27320213 cg27405706 cg27526774
cg27152661 cg27255275 cg27322071 cg27405731 cg27527798
cg27160395 cg27255653 cg27324804 cg27408345 cg27528330
cg27160952 cg27256309 cg27332026 cg27412093 cg27531236
cg27165456 cg27257408 cg27333706 cg27412857 cg27534624
cg27165836 cg27258272 cg27333993 cg27413290 cg27536151
cg27169020 cg27261219 cg27335855 cg27415283 cg27537125
cg27173971 cg27261397 cg27338109 cg27416337 cg27537972
cg27176614 cg27262041 cg27340480 cg27420224 cg27539060
cg27177296 cg27262850 cg27345111 cg27433088 cg27539480
cg27178401 cg27265499 cg27347290 cg27436184 cg27545367
cg27178567 cg27268486 cg27351449 cg27436952 cg27547841
cg27179101 cg27271368 cg27353308 cg27444290 cg27549944
cg27188703 cg27273946 cg27353361 cg27446570 cg27550918
cg27189973 cg27275023 cg27357306 cg27449041 cg27553890
cg27190138 cg27276079 cg27358154 cg27449114 cg27558485
cg27197276 cg27277403 cg27362010 cg27452922 cg27563027
cg27197524 cg27278017 cg27365208 cg27453857 cg27565067
cg27198071 cg27284288 cg27365701 cg27455540 cg27567206
cg27198931 cg27285599 cg27366162 cg27456707 cg27569300
- 190 036566
cg27569446 cg27648216 ch.l 1.102211250F ch.2.16090152F ch.5.762713R
cg27570256 cg27648556 ch.ll.H0310046R ch.2.168147954R ch.6.107549394R
cg27571590 cg27648858 ch.ll.H0329410F ch.2.1904845F ch.6.113866684R
cg27572068 cg27650175 ch.H.1435292F ch.2.200609314R ch.6.115952F
cg27573017 cg27651480 ch.l 1.1877857R ch.2.216208170F ch.6.2510917R
cg27579745 cg27652350 ch.l 1.1980478F ch.2.217478R ch.6.2958553R
cg27583010 cg27661846 ch.l 1.2716790F ch.2.217484879F ch.6.3068315F
cg27586249 cg27662412 ch,12.105153690R ch.2.226789810F ch.6.33611621F
cg27587141 cg27665659 ch,12.1173053R ch.2.2729437F ch.7.114512964F
cg27592331 ch,1.1356605F ch,12.1993261F ch.2.4104651R ch.7.1147807F
cg27596297 ch,1.1604750R ch,12.2480290F ch.2.4116732R ch.7.135065R
cg27598340 ch,1.171672612F ch,12.2506678F ch.2.47286786F ch.7.137597056R
cg27598583 ch. 1.219558214F ch,13.39564907R ch.2.66207210F ch.7.1427355R
cg27601809 ch.l.234902740R ch,13.470465F ch.2.740763F ch.7.2184863F
cg27606396 ch. 1.2582316R ch,13.654879R ch.20.1019750F ch.7.2902493F
cg27607584 ch.l.3056292F ch,15.1197129R ch.20.12652500F ch.7.313144R
cg27608806 ch.l.3128389F ch,15.814613R ch.20.1295406F ch.7.3189261R
cg27610561 ch.l.3280899F ch,15.920727F ch.20.209864F ch.7.33727552F
cg27614534 ch.l.3571292R ch,15.934240F ch.20.22943799F ch.7.45985950F
cg27616751 ch.l.38337696R ch,16.364290R ch.21.40139802R ch.7.51839018F
cg27619475 ch.l.4512450F ch,16.406779R ch.21.825836R ch.7.93764192R
cg27620946 ch.l.64660926R ch,16.49831971R ch.3.1083063F ch.8.120035F
cg27622679 ch,10.14508944R ch,16.50203954R ch.3.3021133F ch.8.128185533F
cg27624162 ch,10.1700276F ch,16.82520294R ch.3.3371471R ch.8.2343166R
cg27625732 ch,10.20960905R ch,16.83989841F ch.3.72737075R ch.8.842844F
cg27626102 ch,10.2166669R ch,16.97779F ch.3.82259654F ch.8.903080R
cg27628340 ch,10.2480690F ch,17.45797972F ch.4.1463482R ch.8.91748119F
cg27629453 ch,10.2563868F ch,18.265776F ch.4.1889364R ch.8.93711588R
cg27635271 ch,10.2610459F ch,18.310800R ch.5.2313526R ch.9.1241711R
cg27637521 ch,10.2770541R ch,19.1066737F ch.5.2522686R ch.9.1395144F
cg27638288 ch,10.2988224F ch,19.36684304F ch.5.3304132F ch.9.837340R
cg27641239 ch,10.31370070F ch,19.931611R ch.5.5396883R ch.9.84078312F
cg27641628 ch,10.80061816F ch.2.119267486F ch.5.58219013F cg25428494
- 191 036566
Таблица 16
статистика p. значение ' Этал UCSC Назван иегена
Злокачественная опухоль мочевого пузыря
cg22OW3 О.57Ю2441Ш7Ч7 l.MBlWFilW) €7ой55
-22.IH2495S 145055 W.W611l74№e-75 VPS52;RPS!8
MW4Bh2m29 1.8265425033036^4^ ZC'3113
«14534Е44 t9MW5l4ft%l 0.269584753727(1!* 1.012501801)1 1545й4»2 TMCO3
eg17758721 -19 2Ш0?данш -Wfe'53512997.W54 7.2(12! 135930.325 k-60 S5JRPILSNRPU
cgOnJWN -18.7403850082165 9.4X825841339976C-5S SPC25
cgl144733? 18.6522 НШ5122ь 11иК(ДО2ОпрадК ?.36!4W5hl45kW RRIXBRIXBRIW
cg231fi724h l8.MlW9hMWl 1C35412534212053 lh24W2244W4>57 IX1CW
cgl7467525 -18.0666522442532 ^5815968551212 1.0ni5MW7795<)7e-54
«250’5277 47.9530)7012944 -HijW4MW952ii58 3.202554*6153.4^^4
cg24U92UM 17.7302861353551 3.19Ш5Ш77734А-53 TIJCD
«OIW8E7W 17,0797812 to Ш57 0 2^5^115799524 5.W6716.W357e-53 Λ( ΏΓ 7;ΑΓΟΠ:Λ(ΌΙ 7:ΛΓΟΤ?
cg{U55!6W <iO64?5 17.57438527277^ 17.324564635031 <J.1.3743SI1SO593S5 0.4675167592110 ' 1.58K55^N30894c-52 H.W4531892702e-51
«10788216 -l? ПЗК67ЧЧ6507 -WJ5)6035lJ459H872 2.(1755(0227 life) I DJ MU3.1ИДИ1 i
<172 W J Π.28359ή29Η464 0429441)7114628 .M35.WWU86k-5l КП -BI1
«140091 -17.2239509748501 -0.096403456623M6 5.7745681 lOMtbil Ζ1)ΙΠΚΊ2
«<18549)35 -16.0)39] 38904431 -ι·.52?3.'41Μ6-ί0> ].ll<v51«63hkM9 ZNKI 2
«122( MW -It).9!85947m837 41, ЦШП44Ш Ш573 1.3084248^707^-49 /пина 2
cgl 1(0)1 -16.891340464501 tlowouwschw 1.727645 ll(Wh?83e-44 TAF5
cgl5103195 cg25564800 cg06385324 cg25743481 cg03622664 cg05845376 cg23049737 cg04880751 cgl7726575 cg03663556 cg01504784 cgl2551813 cgl0255237 ch.2.217478R cg24579224 cg22720029 cg22310062 cgl2352399 ch.4.194519R cg22454022 -16.751974190985 -16.7513583409591 -16.739649101605 -16.6073950720582 16.5875108377517 16.5529366092749 16.5418988327734 -16.5240043296113 -16.5236852119725 -16.4866436193502 16.4403197737016 16.329927878381 -16.2577100029378 -16.1278732067056 16.1256201991789 -16.1065002941557 -16.0660917444665 -16.0476923183733 -16.0237045058865 -15.9793499492721 -0.124544533442909 -0.203278491745982 -0.0802841036382095 -0.085520617708043 0.173164656349484 0.345734119282022 0.194612180860708 -0.232072776266277 -0.297693801618786 -0.238915487473683 0.203194205657518 0.163909037547665 -0.382963769596819 -0.082806210832541 0.253714839925411 -0.155462511653003 -0.0827904126444746 -0.354253208479164 -0.0910256256794298 -0.287333714498312 7.14863 8465739e-49 7.19360359893161e-49 8.1043573080769e-49 3.111386172046016-48 3.80810204611931e-48 5.410541013598946-48 6.052320878113926-48 7.25820657297687e-48 7.28175953884864e-48 1.06050985836159e-47 1.69666349175639e-47 5.192932569475236-47 1.078520038287096-46 4.00557724045975e-46 4.097733285113916-46 4.97008496294075e-46 7.47192675789654e-46 8.99543986715439e-46 1.14565936757733e-45 1.791284427500036-45 AP1S1 KPNA1;KPNA1 SNHG9;SNORA78;RPS2 KIF15;KIF15;KIAA1143 XPO4 SLC25A2 RERE;RERE;RERE KMO E2F6;E2F6;E2F6;E2F6;E2F6 KHSRP CAMSAP IL 1 SKI ESCO1 TOP2B C8orB4
cg02397064 15.9032981698878 0.176244015747242 3.851927748182286-45 SEPT9; SEPT9; SEPT9; SEPT9; SEPT9 ;SEPT9
cg08847919 15.8605490438808 0.140431146956435 5.92120511681486e-45 TPCN2
cg20765408 -15.8556369203745 -0.307441302134877 6.22097566829647e-45 PARP4
cg09853702 -15.802931571161 -0.345413560080071 1.05653760687489e-44
- 192 036566
cgl7306740 -15.6869108879714 -0.209360449489875 3.38486660471907c-44 ZBP1 ;ZBP 1;ZBP 1 ;ZBP 1 ;ZBP 1 ;ZBP 1 ;ZBP 1; ZBP1
cgO1205324 -15.5859142782972 -0.0711817357993311 9.30920672207116e-44
cgl6561172 -15.5355012967092 -0.109147569080023 1.5414868485462e-43
cg08404702 15.529429689078 0.113698207926064 1.63796945215574e-43 TSC2;TSC2;TSC2
cg05256204 15.5263375067131 0.222404308989926 1.6894001272086e-43
cg09086037 15.5026226372848 0.0755773120908412 2.141320302279 l7e-43 TRIO
cg00660272 -15.4954170497564 -0.133150340741212 2.301194713880116-43 CNR2
cg21052656 -15.4684447694063 -0.290403018693104 3.() 128.3536279913e-43 AIP
eg24888989 -15.449978802621 -0.0567217615689298 3.62292415436116e-43 KIF15;KIF15;KIAA1143
cgl8773937 -15.4277555395569 -0.261673570571674 4.522748586653 l7e-43 IL IB
cg02632314 -15.3988743733308 -0.291663031565454 6.033247280784426-43 ELF1;ELF1
egl3289869 -15.3781053871552 -0.0557901490427667 7.42176177711632e-43 OTX1
cgl8867912 15.3768690231623 0.123527014929543 7.5138226756657 lc-43 WDR88;WDR88
cg00702638 -15.3705340973473 -0.0675036873705257 8.00371639962428e-43 KIF15;KIF15;KIAA1143
eg21151287 15.3281406690675 0.121593231211836 1.22116951707282e-42 TRIO
cgl5186638 -15.3234867831995 -0.206940228427436 1.27911551006608e-42
cg05337753 15.3203317248242 0.170299083976909 1.31995 248355669e-42 SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9
cgl4119680 15.3186054248203 0.118845068069845 1.342844713004446-42 ABL1;ABL1
cgO1176748 -15.3102506846408 -0.0697288092449808 1.45936080245404e-42 HAUS4;HAUS4;HAUS4
cgl4723977 15.3005218568819 0.156262757606449 1.60781392801 l97e-42 WIZ
cg24803059 15.2984446114526 0.0573679678333138 1.64141352427486e-42 HCCA2
cg06580800 -15.2668764930113 -0.324150316320211 2.247390078558486-42
cg25159927 15.1602861535578 0.157024417948677 6.48383863294l24e-42 MON1A;MON1A
cg05948763 15.130606948801 0.210365107002299 8.70540662639626e-42 SKI
cg05110391 -15.1274351212782 -0.243529352905369 8.98378708279514e-42
cg25336332 -15.0808229770578 -0.180860902021758 1.42644891650142e-41 THRB;THRB;THRB
cg22699768 15.0740326324395 0.222570691793268 1.52578134624218M1
cgl0569694 -15.0223770580604 -0.0814091493043428 2.54546439716553e-41 RNF216L;RNF216L;RNF216L
cg08202226 -15.0061831442839 -0.379753733233799 2.98814728796076-41 GATAD2B
cg04470557 -14.9627407489508 -0.248600599381384 4.592973368982726-41 SLC22A4
cgl3802506 14.9567396512101 0.216738090217469 4.873829589134076-41 NINJ1
cg06761530 14.9305491381733 0.146857513258864 6.3143502801326e-41 SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9
cg26109199 -14.9304531327008 -0.156289150185094 6.320345098085776-41
cg26698460 14.9091293398436 0.319241059988894 7.80291507388246-41 ZNF274;ZNF274;ZNF274
cg26660541 -14.9072503138242 -0.032813653206089 7.9491230023415e-41 RNF216L;RNF216L;RNF216L
cg26353287 14.8714018609483 0.199390189759146 1.132592063229286-40
cg25204094 -14.8487380146482 -0.0882349920855498 1.41650844002121e-40 ANP32B
cg25790133 14.83367786072 0.211513897517561 1.64341339235483e-40 FAM193A
cg26026748 -14.8296633576986 -0.263327380705373 1.70979532142312e-40 PBX1
cg21182694 -14.8199262453844 -0.0924974601564864 1.88213079968268e-40 MRPS22
cg02457644 14.8091440438139 0.123587871072898 2.0932527378478e-40 LIN37
cg20364632 -14.8008103004197 -0.283525245166125 2.27248686872866e-40
cg21341586 -14.7988704594071 -0.161732512795683 2.316357654444856-40 EIF4E;EIF4E;EIF4E;EIF4E;EIF4E
cg09340639 -14.7908871508181 -0.26925047053685 2.505979991791356-40 FCRL1;FCRL1;FCRL1
cgl1493223 -14.7799391133037 -0.267490449375599 2.791453269267766-40 TMC8;TMC6
cg24554061 -14.7675310684351 -0.0441714202452504 3.154408637133186-40 NAA40
cg23262094 -14.7366745913472 -0.155501226578603 4.274398717397696-40
- 193 036566
cgl1468193 -14.729880250485 -0.229503944286454 4.57002947291767e-40
cg01440489 -14.6946252123989 -0.306763872359896 6.46480585606763e40 ELF1;ELF1
cgl9565757 -14.6789091409542 -0.124466669836929 7.54516892755599e-40 PAIP1;PAIP1;PAIP1
cg06346138 14.6786634845174 0.295182570876251 7.56341320274081e40 MST1P9
cgl3394216 14.6654137338755 0.205551211854111 8.61550602131046e-40 GMDS
cg05602648 -14.6622009053701 -0.0717043625912714 8.891884244411086-40 COG2;COG2
cg25840354 -14.6560825587025 -0.229711859297867 9.44290135664162eA0 TLR10;TLR10
ch.20.12652500F -14.6378642391032 -0.0657485612416234 1.12936903548154e-39
cg08517455 14.6345900499645 0.187452107638178 1.16627833972131e-39 C2orf55
Злокачественная опухоль молочной железы
cgl9533977 -37.0048080979213 -0.342721378582159 2.22579941799523e-181 CLTC
cgl4789818 36.9792527990063 0.411244760478912 3.22156810280072e-181
cgl8265162 -36.1385973550742 -0.240474879086228 6.36406304788676e-176 Clorfl33;SERTAD4
cg23690893 35.4738053194879 0.383606880012756 1.02074662062821e-171 TECR
eg17046586 35.1959481134669 0.333380238390852 5.899096950811486-170 LIMA1;LIMA1
cg05434287 34.9126300380338 0.309281563032565 3.71316899971703e-168 MAD 1L1 ;MAD 1L1 ;MAD IL 1
cg20699586 34.8198666220897 0.408129343624993 1.4430517944147e-167
cgl8675097 34.627060191877 0.484406224304343 2.429006323 99687e-166 NKAPL;NKAPL
cg08658787 34.6112807059863 0.356116360732656 3.060733077105e-166
cgl8269493 -34.5727235044718 -0.312985777748994 5.3848697999714e-166 RERE;RERE
cg08549335 -34.2676498410046 -0.368962427709201 4.71968351224556e-l 64 ZNRF2
cg01393234 -34.2277454925606 -0.30869060185155 8.47651030869139e-164
cgl5602548 -33.5725460455918 -0.281884254670567 1.28717130117867e-159 SPTBN1;SPTBN1
cg22001208 33.2461465662174 0.208838151040861 1.572567591544 8e-157
cg27616751 33.2353360277949 0.204821715163955 1.8440506013445e-157 FIS1
cg!7901038 32.1899059239539 0.169409589242318 9.238022910521256-151 UBE2O
cg24974704 31.7726799009563 0.296044616347763 4.414950624388436-148 ZC3H3
cg05890855 -31.7377268620397 -0.352799478526305 7.40470815765416e-148
cg09887059 31.254800757396 0.504027031741788 9.421184481786796-145
cg06471596 31.0749199218047 0.411158759207863 1.352771994410026-143 CUX1;CUX1;CUX1
cg06173663 30.9790440849484 0.420744886832563 5.598903169980926-143 CUX1;CUX1;CUX1
cgO1817009 30.9287458517079 0.228936852058296 1.17968104971752e-142 SLC12A4; SLC 12 A4;SLC 12A4;LCAT;SLC 12
A4;SLC12A4
cg04009429 30.9199877418857 0.152642595254005 1.34314894665209e-142 FIS1
cg06794543 30.7490635669418 0.373438581454567 1.691144557690136-141 ZFP106
cg20192747 30.4984106388471 0.323137710762694 6.94687673071716e-140
cg00692173 30.4428753249702 0.359158283939246 1.58257472078784e-139 ZYGI IB
cg!9130973 30.4203979248605 0.311669244151221 2.20848621505746e-139 IQSEC1;IQSEC1
cgl4231297 30.2691159946399 0.424825785400388 2.080962027022296-138 ZSCAN18;ZSCAN18
cg08951958 30.1947281996488 0.180315426993702 6.2707942607704e-138 ABL1;ABL1
cg21821308 30.19122516185 0.270008816761491 6.60515169751241e-138 ASAP2;ASAP2
cgl8115040 30.1830788065392 0.366567693232514 7.45327453761938e-138 HOXD10
cg!2492087 30.155712122465 0.369378519228657 1.11839884235038e-137 ZFP106
cg07241170 30.0171404596787 0.226289112853981 8.73142151531264e-137 C6orfl45
cg25198340 29.9894753364861 0.251548462362805 1.31605406705205e-136 IL17RD
cg09851343 29.9477300376437 0.27494041092219 2.44430917847526e-136 LMF1
cg!7780246 29.8969465012737 0.360916264816594 5.191112915190976-136 CACNG8
- 194 036566
cg02196651 -29.8759046919612 -0.294585031955127 7.09244176608341e-136 LNX1
cg07315493 29.7707982370532 0.1551599389724 3.37151496515864e-135 IFT140
cg05336395 29.6934561094698 0.357454686955679 1.06175724131112e-134 PCDH8;PCDH8
cgl2157941 29.5947400021749 0.108649569471167 4.59106926471409e-134 RBM33
cgl5084543 29.5340478488511 0.395439302839266 1.12945597176272e-133 ELTD1;ELTD1
cg25766247 -29.5121374578432 -0.28298363705399 1.56317459521664e-133
cg25790133 29.357342230494 0.261754500152872 1.55284533028655e-132 FAM 193 A
cg20353227 29.3385120987763 0.229067429187395 2.05315353061022e-132 SMAD3;SMAD3;SMAD3
cg24546446 -29.3188434253197 -0.255419390203644 2.74862465129347e-132 LNX1
cg22954906 29.263351240883 0.305028014756694 6.2597851158387e-132 LOC121952
cgl7391620 29.1863898824977 0.281492339480862 1.96011683953147e-131 C6orf27
cgl0172584 29.1768543217146 0.226299826765045 2.25788178729323e-131 YJEFN3
cgl5174623 29.1394928912366 0.301377152452034 3.92958143608801e-131
cg00909706 29.1308231712644 0.218549545508484 4.46876346111931e-131 MIR34A
cg02030908 29.0780342359224 0.222470449579923 9.7766899331934e-131 THRA;NR1D1
cgl7127702 -29.0505576278305 -0.250145725237444 1.46946756059717e-130 PARP1
cg27418434 29.0194797771027 0.257309832787325 2.32980249975576e-130 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1
В ;PRKAR1 B;PRKAR1 В
cgl2681370 28.9993255588433 0.262937319241361 3.14138868703822e-130 TNS1
cg07651914 28.9942354063683 0.221268084813228 3.38769545006292e-130 CLDN15
cg03170670 28.9873380066505 0.232913427487807 3.75254826970477e-130 C3orf21
cgl0284771 -28.9516226366547 -0.216148125391034 6.37299733893761e-130
cg27478167 28.9419700566806 0.147704066641901 7.353738487073 le-130 HEATR2
cg24541176 28.8902078545336 0.234138655791603 1.58437840786754e-129 TMEM106C;TMEM106C;TMEM106C;TME
M106C
cgl0427868 28.8623990198476 0.261226830330997 2.39300374653191e-129 ZMIZ1
cg07799299 28.8327383163512 0.344507948016193 3.71491630304353e-129 ASAP1
cgl9593741 28.8213369849193 0.306999554036297 4.39914980181354e-129 C6orf27
cgl6081096 28.8136995564219 0.280805392281698 4.92663203562989e-129 IQSEC1;IQSEC1
cgll303301 28.7686870126953 0.196670943186191 9.60290038554889e-129 ZC3H3
cg26080154 28.7571589936443 0.173019959329851 1.13928825765697e-128 TOLLIP
cg05386769 28.7545987419722 0.26623628963293 1.18336706501207e-128 TNS1
cg08296903 28.6337266311139 0.196407621833958 7.10207452271195e-128 ERCC4
cg09165441 28.6148861420469 0.462159554688228 9.39042914283713e-128
cg07204662 28.6001172088786 0.28119725507688 1.16888034518508e-127 ESRRA
cgl3387113 28.5514256546646 0.407595102581443 2.40570298101609e-127 MXRA7;MXRA7;MXRA7
cg06905453 28.452312462064 0.362718631340345 1.04535976679632e-126 RFX1
cgl6766632 28.4487333603753 0.280607934382 1.1023108515326e-126 LRP1
cgl5574321 28.4445600583698 0.28352428461218 1.17264633177887e-126 WNT11
cgl7094249 -28.3988504612112 -0.346891451170991 2.3087842780045e-126
cgl0628699 28.3841278466098 0.319124426934243 2.87172970004715e-l 26 LOC121952
cgl0715092 28.3615792814823 0.48243764617549 4.01116578652206e-126 MIR663
cg20271620 28.3116700371767 0.110622709559236 8.40387067184859e-126 TBCD
cg23746497 28.2794030658487 0.435789242141912 1.3556015569442ε-125
cg26444528 28.2726254430281 0.413454065435096 1.49881433026216e-125 PCDH17
cgO1877606 -28.2337181711744 -0.263088443573083 2.66757879490457e-125 LNX1
cg03998066 28.2286912325199 0.252056154961521 2.87385340025292e-125 TGFB1I1;TGFB1I1
cg03143486 28.2275756012878 0.228534776406635 2.92175260763207e-125 HEATR2
- 195 036566
cg05422883 28.2163816568672 0.171359916456639 3.44884097600532e-125
cg05207048 -28.2007186476137 -0.254809947427781 4.34968478074527e-125 ODZ2
cg22871253 -28.1870588467091 -0.316104870063545 5.32537857381444e-125 EZR;EZR
cg05937737 28.1705831972055 0.419343009692935 6.79765018114287e-125 SLC7A14
cgl1624060 -28.1268305896423 -0.220266749058254 1.29974798483805e-124
cg05979020 28.1192500620933 0.281835425210015 1.45421761156651e-124 HOXDIO
cg02744216 -28.1030564025974 -0.341246894488261 1.84846436199365e-124
cg03162410 28.0992553048535 0.279574417125867 1.9555321216717e-124 TECR
cgl8397073 28.0480712206768 0.259898460471069 4.173829412872486-124 POU2F2
cg05342467 28.0418513328035 0.141832370355527 4.5766259767284e-124 MAD1L1;MAD1L1;MAD1L1
cgll213690 28.0278895531668 0.474399996895933 5.628021911994616-124
cgl2669271 27.9862915750655 0.230420097988479 1.04213557885928e-123 EXT1
cg08443563 -27.9765990728792 -0.372976589134304 1.20300018305009e-123
cgl0773016 -27.974408370695 -0.114979721761202 1.24267043782556-123
cg23811057 -27.9704572437146 -0.300801425027653 1.31755538359706e-123
cgl5430661 27.9634222930868 0.166883903439189 1.46223064855704e-123 GRASP
cg03517024 27.9493439373987 0.228685146945036 1.80120179203294e-123 TRAF7
cgl2711760 -27.9316596732831 -0.185731444888063 2.340437471894596-123 NAV2;NAV2;NAV2;NAV2
Холангиокарцинома
cg08105396 -35.5588718210826 -0.663078367941125 1.60755728150535e-33 S100A2
cg21409833 35.3498989126245 0.395050851024056 2.05436546893024e-33 DOCK7;ANGPTL3
cgl9128723 -33.8859129289166 -0.392194922080842 1.19061898456519e-32 OBFC1
cg04852323 31.8190974037391 0.428985471667184 1.61035732801726e-31
cgl9525780 31.0212296710856 0.394454034760035 4.58989656558616e-31 C 14orf80;C 14orf80;C 14orf80
cg06154084 -30.0305700483033 -0.364078942275408 1.74483171121776-30 PDZD7;SFXN3
cg01449469 29.2698027702947 0.519663275236754 5.00128240138825e-30 KIAA1949 ;KIAA 1949
cg00946753 28.7051003094237 0.35517486083572 1.11063565610279e-29 C14orf68
cgl7213304 28.1162473427951 0.372750853555482 2.59118684709784e-29 BHMT2;DMGDH
cg23679798 27.9030274660195 0.433122183872061 3.535369493741746-29 ZNF444
cg07573965 27.870787748986 0.501175143793242 3.70610949826421e-29 HMGXB4;HMGXB4
cg03595672 27.8001494873523 0.362947629337897 4.1102908867006e-29 GLYATL1
cgl5029138 27.4757828857784 0.400129835527321 6.63168443855356e-29 PNPLA3
cg03582736 27.4570030464261 0.403634971791905 6.81897601244576-29 TMEM56
cg03353699 27.3313913379001 0.47131744713065 8.218852590912846-29 KIAA1949 ;KIAA 1949
cgl8554976 27.2145946406481 0.55983731119579 9.783896246750 lle-29 FXYD1;FXYD1
cg08865625 27.1054173477006 0.450104259959515 1.15222369409695e-28 HLF
cg03610629 26.8687191623829 0.350171311896986 1.64588817150787e-28 PHRF1
cg25503540 26.3449991834911 0.430071523494753 3.65941459653826e-28 FASN
cgl3613439 26.2333809543819 0.402898985253898 4.34669354877006e-28 PHYHD1 ;PHYHD 1 ;PHYHD 1 ;PHYHD 1 ;PH YHD1
cg25068915 26.187179718213 0.357438681824676 4.66853947164331e-28 FASN
cgl9276318 26.1205472321249 0.357482221372874 5.17615268687014e-28 APOF
cg03641958 25.9293735146078 0.384267791056771 6.96914867164816e-28
cgl3478974 25.795537467099 0.423311250097119 8.59234260246262e-28 C12orf51
cg24904145 -25.7611475160698 -0.485558601980159 9.06868307838953e-28 LRCH4
cgl6161418 25.4485202649957 0.349787115861829 1.48537035763967e-27 K1AA1949 ;KIAA 1949
cg06795960 25.3368259863052 0.41123676847625 1.77401368200759e-27 ARL4D
- 196 036566
cg06131338 25.2537209670575 0.435773868675077 2.02550249341548e-27 ACACB
cg08929133 25.117899403296 0.440600694187515 2.51761616898294e-27 AHSG
cg26507988 24.6781803930873 0.428289537005601 5.127259173999e-27 CCDC57
cg05359249 -23.808994437275 -0.39694994598902 2.16185546746435e-26 CHPF
cg23672425 23.7544426343141 0.390471205229331 2.36975761585126e-26 MTOR;ANGPTL7
cg09516529 23.6656708769834 0.404424916698531 2.75273826134295e-26
cg!2228061 23.4741982759108 0.386028380340417 3.80902257264916e-26
cgl1024165 23.4642256231895 0.312820199621553 3.87424402100121e-26
cg05896042 -23.4595327391191 -0.535591648700761 3.905329250523 6e-26 RAB3D
cgl5391151 23.4538023444835 0.358355636128762 3.9436326148548e-26 Clorfl77;Clorfl77
cg06086933 23.4519600624549 0.374718184874275 3.95602822781083e-26 AGL;AGL;AGL;AGL;AGL;AGL
cgl1971852 23.3876008297076 0.506822232345526 4.41499815830466e-26 BIRC6
cgl2589486 23.3744623682254 0.354036646897076 4.515190396423 9e-26 NDST1
cg07064050 23.1047654502863 0.353301971275107 7.17413655578156e-26 ARMC6
cg09872523 23.0913059237227 0.41168174068474 7.34273656699873e-26 GRK5
cg20118424 23.0898867967805 0.443863088190225 7.360747452133 89e-26 ABCB11
cg03880458 23.0580731814092 0.418670717173586 7.77657542036821e-26
cgO1808050 23.0136588679495 0.448423325322603 8.39759514109578e-26 ADI1
cg26282205 22.9279616259612 0.465140687300116 9.74296475471423e-26 CAMK2G;CAMK2G;CAMK2G;CAMK2G;C AMK2G
cgl7278960 22.8115460094632 0.416403602692968 1.1931377818444e-25 FGGY;FGGY
cg04505897 22.6715774360354 0.39782195815084 1.52405721598972e-25 LAMP1
cgl3414629 -22.6427240021248 -0.453497651355862 1.60319259187615e-25 FREQ
cg!2590346 22.6173540048069 0.355463541935364 1.67623780344694e-25 TOLLIP
cg09797971 22.4921357909317 0.381534864791574 2.08983151915634e-25 KCNS1
cg02094018 22.4623355943709 0.500117732649428 2.202779862073 lle-25 PEMT;PEMT
cg00089100 22.4105342258607 0.422056080687961 2.4141778690776e-25 TPST2;TPST2
cg25189201 22.3885792181384 0.426167582762562 2.50992323027587e-25
cgl3640769 22.361665678885 0.481969659684665 2.63260438729914e-25 C14orf68
cgl3928068 22.3181766647589 0.398701523399129 2.84393428833833e-25 MIC AL3 ;MICAL3
cg07726085 22.2173620703372 0.414427673209405 3.40305908555024e-25 SLC27A5
cg02967812 22.2125701827805 0.400340988358036 3.432274451717156-25 CCDC57
cg22840650 22.1681958430371 0.342996030396284 3.7152939654075 le-25 UBTD1
cg21423557 21.9473250412204 0.409658350465903 5.52256479930779e-25 C2orB
cg07659663 21.8779905483952 0.343615718263111 6.25865162090617e-25 CHID1
cg04756168 21.8640454653782 0.379343848514058 6.41841066584808e-25 APOC3
cg03776042 21.8382304436886 0.385458166695023 6.72523476330569e-25 C22orf9
cg23251170 21.7762791722096 0.441303189533732 7.52415417188652e-25 GPD1
cg03741653 21.7759997709383 0.441396579578269 7.52796884867159e-25 BMP1;BMP1;BMP1
cgl9351617 21.7550656391967 0.3242843297332 7.81947494716375e-25 SIGIRR; SIGIRR;SIGIRR
cg25007781 21.7241949318701 0.301748050038511 8.270531446558036-25 C 14orf80;C 14orf80;C 14orf80
cgl3139203 -21.5823669935132 -0.306424617435288 1.071035215368226-24 Cllorf84
cg21009747 21.5724624405171 0.493947545041035 1.09060417656941e-24 MYH9
cg09276315 -21.5343734644159 -0.590730859443169 1.16932382802483e-24 ZC3H4
cgl6719582 21.5106223715962 0.370759864479941 1.22132535942885e-24 FBRSL1
cgl4153069 21.4711817370139 0.399188193488142 1.31295293551023e-24 PHYHD1 jPHYHD 1 ;PHYHD 1 ;PHYHD 1 ;PH YHD1
cg03385262 21.4103738371832 0.418296876136988 1.4681895673114e-24 C4orf29
- 197 036566
cgl8736775 21.3582841654806 0.374621495389809 1.61602520851861e-24 NAT2
cg04658027 -21.2693479362949 -0.436633570334032 1.904509091400816-24 CLIC1
cg03193893 21.2030315630162 0.402277585855672 2.15345714652244e-24 KIAA1949 ;KIAA 1949
cg07031551 -21.1638796315723 -0.236601730547612 2.31579429564093e-24 ARAP1
cgl7232254 21.1418896060184 0.208767523717478 2.41239973708666e-24 JMJD1C;JMJD1C
cgl4399839 21.1177961075115 0.409370886008809 2.52298088553149e-24 NAIF1
cg08954701 21.116547158873 0.290673148513395 2.52885229608161e-24 C16orf70
cg03956606 21.0985121368169 0.401782423847267 2.61520886131241e-24 MTOR;ANGPTL7
cgl6745091 21.0829123471158 0.440694004625513 2.692331429565016-24 CLASP 1 ;CLASP 1 ;CLASP 1
cg04471375 20.9979679756764 0.337764600194331 3.1549672803792e-24 GOT2
cg05296180 20.9682073411025 0.351162305832231 3.33562314314036e-24 ANG;RNASE4;ANG;RNASE4
cg24062571 20.9434740295192 0.355402985388624 3.493781259111096-24 PON1
cgl9786751 20.8662006497594 0.406828250839906 4.039043634 L5086e-24 ACACB
cgl3907255 20.8295369717043 0.449296403904411 4.32742095240209e-24
cg26481896 20.8055825429712 0.443537974588346 4.5271096717778e-24 WWP2;WWP2
cgl9879265 20.7692202472955 0.450460431478502 4.848379208889336-24 C 14orf80;C 14orf80;C 14orf80
eg14574905 20.7649878187767 0.474868298612802 4.88725643168667e-24 CLASP 1 ;CLASP 1 ;CLASP 1
cglll55222 20.7142852698056 0.436191608673197 5.37851036825859e-24 PTPRK;PTPRK
cgl2393104 20.6745160550926 0.365499754192156 5.798927846079116-24 RTN4R
cgl5936999 -20.6686424574824 -0.336018404861063 5.86380475209209e-24 UNCI 3D
cg20465207 -20.6172738059145 -0.542944488138249 6.46375683986977e-24 ARHGEF2 ;ARHGEF2 ;ARHGEF2
eg14524724 20.5744754275152 0.433162882080129 7.01129831199633e-24
cgl6724148 20.5111183542802 0.380839242038398 7.910170350709756-24 AGL;AGL;AGL;AGL;AGL;AGL
cg02744699 20.5079449770064 0.418016709588568 7.95817084337566e-24
cgl0190509 20.4901187915863 0.512567019438628 8.23339165335734e-24 CCL16
cgl0004976 20.4694946743231 0.306370768711813 8.56396650424532e-24 COLI 8A1 ;COL 18A1 ;COL18A1
cg05919312 20.4641306640015 0.346666249669482 8.65214363184255e-24 CYB5R2
Злокачественная опухоль толстой кишки
cg03130910 -46.0343592095821 -0.50426673282509 1.09769361570054e-145
cg00664697 -41.9765490197336 -0.389400811810812 2.19007558931344e-134
cg04456219 -41.011889665991 -0.494314110307472 1.37426457522538e-131
cg22689909 -39.7563053459646 -0.332971765019239 7.021029253998396-128 GLRX;GLRX
cg20175702 -38.2581538036396 -0.537027633495984 2.35959056490536e-123
cg23558337 -37.9180772933123 -0.27488574734339 2.60641102962285e-122 C20orf94
cgl2628196 37.7904238440188 0.549442941266251 6.4438750625488e-122 SND1;LRRC4
cg02853152 -36.5620579711223 -0.347084577241345 4.31170486018452e-l 18
cg03301058 -36.3922091190272 -0.469533407076475 1.47829767557868e-l 17 GABRR2
cg02861178 -36.0730727545474 -0.387388446420649 1.511080378080866-116 C20orf94
cg09296001 35.7715670209753 0.621980675683589 1.3738909920236-115 SND1
cg09087503 35.515324650804 0.427902719978029 9.04614794362037e-l 15 SND1;LRRC4
cg03800922 -35.3963130819993 -0.349005706095442 2.17671213958731e-114
cg24032190 -35.2910603133633 -0.526670015417972 4.738899406073416-114 SMAD3;SMAD3;SMAD3
cg20873416 -35.2321606824926 -0.511092483379825 7.328416527589076-114
cgl7304678 35.1268249892703 0.374069304936184 1.59981822389659e-l 13 RGMB
cg05259836 -34.5495731005873 -0.283643580201282 1.18209956519602e-l 11
cg07220152 -34.2911942044368 -0.39502040501788 8.2187441623853 le-111
cg23683800 -34.166683165247 -0.353910338723702 2.09851041315398e-l 10
- 198 036566
cg00269245 34.0836951162467 0.337503298587948 3.92386758782552ε-110 NUP93
cgl9592277 33.1082187289293 0.397348441166111 6.55301596992688e-107 GPR75;LOC 100302652
cgl3405887 32.8758923632209 0.504614968961261 3.90463986090199e-106 C9orf50
cgl9017254 32.5616689523798 0.369505972575271 4.41191713865239e-105 TRPM4
cg04786142 -32.5498709331609 -0.552388705736569 4.83359438681153e-105
cg09287864 -32.5443824621846 -0.444168454794595 5.04329938249457e-105
cg22882523 32.2327401523501 0.407304540354065 5.65859526249196e-104 OPLAH
cgl4129735 -31.7475076151683 -0.420361702001893 2.50092022984316-102
cgl6601494 31.7209106334673 0.599568884004578 3.08077188234098e-102 Clorf70;Clorf70
cg02627455 31.5964929995698 0.409071416282719 8.18087743342346e-102 HOXA3;HOXA3
cg03716852 31.2502444704801 0.422119491056831 1.25201125494958e-100 TRPM4
cgl3895235 31.1871101401237 0.646212075763485 2.062287033255286-100 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1B;PRKAR1B
cg02037307 31.186989874128 0.489547207154852 2.06424952432287e-100 PITX1
cg26140475 -30.848940926835 -0.268883521642137 3.012932313884266-99
cg05433391 -30.7824299128161 -0.489321894308414 5.114278882410036-99
cgl0784519 -30.5561430804099 -0.309988744494129 3.10748772815681e-98
cgl7301223 30.474278302428 0.56243805974059 5.97849859635783e-98 OPLAH
cg01588438 30.2692760593367 0.573477266925622 3.08909457007169e-97 ADHFE1
cg06197966 -30.1987037605709 -0.446071339396285 5.44369592013129e-97 SVIL
cg22932808 -30.1904130345227 -0.545404661052853 5.818602693796e-97
cg20493497 -30.1053847522898 -0.341380627461032 1.15261092586678e-96
cg05649391 -30.0434569405592 -0.380774587597229 1.89732667160012e-96 MYBPC3
cgl2451530 30.036827326335 0.388916124299843 2.001369523393 le-96 LOC100302652;GPR75
cg23811057 -30.000523405376 -0.308447999718531 2.68121812155353e-96
cgl6971991 -29.8178506477959 -0.264001285460201 1.170783285128676-95
cg05847233 29.7504206138603 0.236303294222108 2.01943841921514e-95 AFG3L2
cg23023970 -29.6720983516537 -0.36079354071098 3.80660566131051e-95 INPP5A
cgl3356253 29.4915545690108 0.318807326964162 1.64598221716658e-94 LOC100302652;GPR75
cgl1209394 29.2674187617315 0.303718922504194 1.019291386633516-93 ZNF775
cg07128900 29.254417625051 0.490966439771851 1.13322114807232e-93 MTSS1L
cg27539480 29.1151898496043 0.327237132940892 3.52914670021916-93 HOX АЗ ;HOXA3; HOXA3
cg27093918 -29.0888303253563 -0.34730009018604 4.37716091026669e-93
cgl9664945 29.0413932625947 0.426190964978664 6.45047929945886e-93 LOC100302652;GPR75
cg02973693 29.0368939757404 0.29258207545646 6.69222510616915e-93 ZFHX3
cgl0299448 -29.0355669461671 -0.238007247094918 6.76524453340615e-93 GAS7
cg25063165 -28.9944792334226 -0.319635090132463 9.46790210530583e-93
cgl5487867 28.9589709504522 0.587752562750697 1.26612143273137e-92 Clorf70
cg20295442 28.9563686754354 0.643992434509462 1.293386592815136-92 ADHFE1
cgll838152 -28.9206532959724 -0.451263851068872 1.732843943 896e-92 ITGBL1
cg23804620 -28.7849624931488 -0.188514123790839 5.27234103721285e-92
cg09129067 -28.7759692425577 -0.431754343955213 5.67631649058639e-92
cg02001991 -28.6841323203573 -0.379601185756212 1.207078100735556-91
cg05336982 -28.5698253756979 -0.28467841911615 3.09176305027171e-91
cgO1817009 28.5204007358249 0.226159991239395 4.64557148804258e-91 SLC12A4;SLC12A4;SLC12A4;LCAT;SLC12 A4;SLC12A4
cg08738570 28.4637432204565 0.460038506866043 7.41157389440189e-91 Clorf70
cgl4642259 -28.4225341746286 -0.605787322809401 1.041294388402416-90 MYBPC3
- 199 036566
cgl3414270 -28.3983686328215 -0.305009832474428 1.27118055162853e-90
cg08611810 28.2437500653528 0.326206664262161 4.56301304395e-90 LOCI 003 02652;GPR75
cgl9453938 -28.2078905391659 -0.251340633314612 6.13988825024428e-90
cgl6306898 28.0775399586896 0.531514762168848 1.80851638526531e-89 Clorf70
cg20912169 27.9295958927024 0.621216816063042 6.17869146815109e-89 ADHFE1;ADHFE1
cgl7520027 27.8939557015202 0.352214169419306 8.31014991275538e-89 NR5A2;NR5A2
cgl2305431 27.8746119761273 0.453750334043868 9.761027922706986-89 HOXA3;HOXA3
cgl7698295 27.8172201541475 0.592981341869349 1.57384400007897e-88 OPLAH
cg00813378 27.7781497596252 0.533748928966367 2.17919796245736e-88 Clorf/O
cg23272088 27.5615509868133 0.426504446292249 1.32826239985069e-87 KCNQ1;KCNQ1
cg01029623 27.5228160023691 0.422480053631603 1.8362181919442e-87 KDM2B;KDM2B
cgl5661389 -27.4902757107658 -0.371569649666198 2.410645401209986-87 GAS7
cgl6616514 -27.4661690083084 -0.502891231816849 2.949451926498676-87 PPP2R2C;PPP2R2C
cgl3324103 -27.4478782074574 -0.443717454905755 3.43742729966424e-87 SVIL
cgl0773016 -27.3320336878768 -0.186672999876806 9.07330310849036e-87
cgl3415566 -27.3221229209757 -0.354862122612324 9.859635318983216-87
cg26256223 27.287620353137 0.505554157788273 1.3169231826915e-86 OPLAH
cg11868461 -27.2528608521591 -0.43290865757686 1.763025284858456-86
cgl8601167 27.2504067341793 0.655176318548664 1.79972499483633e-86 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1B;PRKAR1B
cg26199906 27.2257525258748 0.459474727108914 2.21366364400971e-86 OPLAH
cg09383816 27.2182452969855 0.559950015102034 2.35773063774009e-86 ADHFE1
cg21410293 27.1662664695865 0.212389392833636 3.64893839758851e-86 KIAA0427 ;K1AAO427
cg06825878 -26.9005838531493 -0.356858893580967 3.41843364458815e-85
cg06786372 26.7542396942969 0.395781701019566 1.17648872899491e-84 HOXA2
cg05168229 -26.7238081154878 -0.346306224322757 1.521745354720186-84
cgll315991 26.6527072738249 0.386192357700732 2.77734723021656-84 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 В
cgl3661519 26.6313286218699 0.387205525823339 3.32847092378976-84 HOXA2
cg25969107 -26.6262568687218 -0.320169234526163 3.47454758754718e-84
cgl4118226 -26.6052922518403 -0.188156844087624 4.14971506971613e-84
cgl5446845 -26.5236793631838 -0.332482999850655 8.28800455219642e-84
cg03241244 26.5218178269469 0.409333909432153 8.419892827698726-84 KDM2B;KDM2B
cg25223771 26.4394328212554 0.411177740846718 1.69406460469803e-83
cg00466116 -26.3458166164013 -0.213223395453262 3.752842237794436-83
cgl8058689 26.2609154593661 0.503029207291655 7.72705536285821e-83 GPC6;GPC6
cg23084245 -26.2472977120568 -0.300434414577925 8.67673263330387e-83
Злокачественная опухоль пищевода
cg18733925 16.0051907288097 0.235405775094019 1.32770491433033e-37 EIF4H;EIF4H
cgl8421360 15.6100766592907 0.284779114566978 2.13959435642747e-36 GPR98;GPR98
cgl0395252 15.4706108778419 0.220331144870498 5.71851644931084e-36 TTLL5
cg03143486 15.358981838572 0.244390243813657 1.25688877569656e-35 HEATR2
cg00664697 -15.180799203229 -0.303113774951929 4.42275351364958e-3 5
cg25688164 14.755219044418 0.238012970418897 8.96855156958882e-34 WDR1;WDR1
cg20740711 -14.7292633017696 -0.248791677922156 1.07773621694686e-33
cg06523556 -14.649118048338 -0.33575213753181 1.90077640696229e-33 CHRNA6
cgOl817009 14.5002156389832 0.291416048469144 5.45651979040918e-33 SLC12A4;SLC12A4;SLC12A4;LCAT;SLC12
- 200 036566
A4;SLC12A4
cg20252769 14.4154956900164 0.240822109534837 9.94424925914453e-33 SUV42OH1;SUV42OH1
cg06379876 14.3779498703566 0.208579807257543 1.29749050407986e-32 NFYC ;NFYC ;NFYC ;NFYC ;NFYC ;MIR30E
cg25837213 14.3377457070437 0.202599801830366 1.72514593690151e-32 TBCD
cgl0364040 14.2370521594591 0.470060039049629 3.52152315812055e-32 HOXDIO
cg09698220 14.2242856395031 0.210565549469104 3.85500 842765573e-32 C7orf50;C7orf50;C7orf50
cg06733794 14.2197137597775 0.427192263969094 3.98196583870015e-32 TACC2;TACC2;TACC2;TACC2
cg25974626 14.1377469889688 0.281946349333895 7.11872986502901e-32 RP9P
cg02983090 -14.0511215843301 -0.265674610346249 1.31542502012326e-31 IL21R;IL21R;IL21R
cgl0788213 14.0240679676056 0.207144020006533 1.59348915709336e-31 FAM118A;FAM118A
cgl4723977 13.9599830695028 0.266096237657517 2.50976345103533e-31 WIZ
cg24040595 13.9156522949335 0.336435480389141 3.43640128489917e-31 HOXA6
cgl8397073 13.8618824953603 0.389792158840037 5.03072373822808e-31 POU2F2
cgl6085649 13.8508729265434 0.295807631833667 5.43903873745435e-31 AKAP13;AKAP13
cgl7304678 13.8359526523728 0.267747569936455 6.045777093 85679e-31 RGMB
cg05753046 13.7562203583432 0.260883825388072 1.0638680168234e-30 NDUFS8
cg08282819 -13.7499324847068 -0.251273522511733 1.11235286316521e-30 IL21R;IL21R;IL21R
cgl0523671 13.7211731503934 0.285008496808649 1.36384631797635e-30 SLC15A2;SLC15A2
cgl6284684 13.6889882372941 0.216814319185672 1.71328085384614e-30 C7orf50;C7orf50;C7orf50
cg00704780 13.6797571406367 0.288267279380513 1.82911271227575e-30 HDLBP;HDLBP
cgl1360546 13.6148254850831 0.209114661257689 2.89786666172017e-30 C7orf50;C7orf50;C7orf50
cg01814495 13.5636860003017 0.223933867580616 4.16343745820322e-30 CDIPT
cgl8990050 13.5455904520341 0.419383013628431 4.73297545912262e-30 C7orf50;C7orf50;C7orf50
cg26034341 13.5213753157956 0.308968517647042 5.61880115292004e-30 VPS53;VPS53
cgl1201447 -13.4649963059195 -0.4121338983037 8.3772930119654e-30 MIR12O4;PVT1
cg07953015 13.3296693805854 0.411886195005017 2.184483499414 82e-29 SEPW1
cg03885270 13.3210492551001 0.303627776608947 2.32197145111883e-29 PIP4K2A
cg27371456 13.3085349295772 0.169178912530882 2.53710698378352e-29 FBXW4
cg21037180 -13.2806524739014 -0.217174234324867 3.09080719795149e-29
cg!4904697 13.2771744922813 0.195374176062452 3.1678558966545 le-29 AKAP8L
cgl0888281 13.2248081894875 0.43448204461841 4.58939188651274e-29 CEP68
cgl5347156 13.2203338435724 0.146256185227529 4.737062140997736-29 MMRN2
cg20989443 13.2192766658297 0.215784167987901 4.772640939091926-29 GALNT2
cgl6803678 13.1990418074937 0.278926321664449 5.50752384687168e-29 RYK;RYK
cg!6615776 13.1919713309481 0.193767417349975 5.790129557387036-29 CAPN10;CAPN10;CAPN10;CAPN10
cg09792881 13.1699754295379 0.34835415541959 6.76536041174789e-29 DMRTA2
cg04267184 13.1629644123418 0.187620450021749 7.109472641097236-29 GNRH2;GNRH2;GNRH2
cg21011133 -13.1029816891796 -0.230781951969855 1.086801091264076-28 ADCY3
cgl6400238 13.0904382716724 0.14346941064472 1.1876445569752e-28 PHF12
cg09470010 13.071640487841 0.26942845759485 1.356542591788926-28 GBF1
cg06761530 12.9943351155727 0.255680395964511 2.34346398496042e-28 SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9
cg26353287 12.9670052614434 0.173871890735054 2.84296794377676e-28
cg07171687 12.9309133204999 0.303065779387559 3.66918025110322e-28 PIP4K2A
cg!6180796 12.9160947672079 0.318261986176348 4.074301742648776-28
cg25247520 -12.9056460503124 -0.35772988342348 4.38654047300558e-28 MIR12O4;PVT1
cg07746514 12.8990309019047 0.151328292826318 4.59646715065399e-28 MLEC
cgl6732616 12.8924967875521 0.405900025494843 4.81367418321746e-28 DMRTA2
cg22274117 -12.8881766178904 -0.313620891261368 4.96288732822136-28 ATXN1;ATXN1
- 201 036566
cgl9523667 12.868201916564 0.227025263888537 5.71515694033297e-28 ZMIZ2;ZMIZ2
cgl7277615 12.8499633164111 0.285519179726435 6.501115997 8415e-28 PIP4K2A
cg09343092 12.8454402781812 0.263185644839857 6.71219438929173e-28 HOXA6
cgl3938187 12.8226084146867 0.247327542642088 7.88689740654786e-28 OAZ2
cg07834408 12.8040381500809 0.0854347414247083 8.9922178460697 le-28 DGKDjDGKD
cgl4274357 12.7561518412755 0.263502426913035 1.26100261954106e-27 AKT1;AKT1;AKT1
cg20935317 12.7421786561947 0.260472818473003 1.39173759391592e-27 CASZ1;CASZ1
cgl0512745 12.7253435925895 0.485767675581536 1.56735571234122e-27 DMRTA2
cg04588356 12.7205601866108 0.267009742451503 1.6211777537279e-27 TTC15
cgl8471029 12.7144967998475 0.149810469764542 1.69206340763192e-27 MAP3K5
cg00283857 12.681364997603 0.24054223184023 2.13776779560955e-27 ZDHHC14;ZDHHC14
cg23O51392 12.6506589399508 0.342494415326161 2.65489656215092e-27 C1QTNF3;C1QTNF3
cg03498081 -12.6463808736417 -0.301053413500302 2.73624122668659e-27
cgl3895004 12.59413577134 0.181608720310221 3.95533602882548e-27 PTPN3;PTPN3
cgl8926450 12.5804857752493 0.260587311525033 4.35494830538602e-27 GIT2;GIT2;GIT2;GIT2;GIT2
cg09129067 -12.5500659952284 -0.336499538350683 5.39658593973755e-27
cg07493435 12.5478080740449 0.285937629015425 5.48316396964796e-27
cg23783444 12.5318240195729 0.195917887671938 6.13704378673913e-27 GPER;C7orf50;GPER;C7orf50;C7orf50;GPE R
cg24586978 12.5179061641077 0.222542748500842 6.76950803749584e-27 DOCK9;DOCK9;DOCK9;DOCK9
cg05314639 12.4931424785565 0.221820798096685 8.06005333102632e-27
cg07046870 12.4895831024875 0.208291144811193 8.26473319282236e-27 PDIA5;PDIA5
cg25307318 12.4823896958256 0.426944209479186 8.69436918657197e-27 TACC2;TACC2;TACC2;TACC2
cg21647227 12.4721749122274 0.367423958358937 9.34306260514595e-27 TBX15
cg27045835 12.4622478820317 0.205367028548273 1.00197614882076e-26 TMEM159
cgl9257274 12.4238149642962 0.358499269604519 1.31341922981223e-26 LOC148696
cg23683800 -12.42197790596 -0.228587343019544 1.33051854914911e-26
cg06507244 12.4206318255529 0.294028548725975 1.343188822350346-26 DHX32;DHX32
cgO1871498 12.4130410278894 0.250941439198765 1.41692795140204e-26 GLYR1
cgl3191508 12.4076429542122 0.124088152818834 1.47181319523602e-26 ZC3H3
cgl6237565 12.4042098494105 0.273096689217733 1.507818890504756-26 PCSK6;PCSK6;PCSK6;PCSK6;PCSK6;PCS K6;PCSK6
cgl0024406 12.390501806565 0.210684320066322 1.66057024222559e-26 MIR1178;CIT
cg27000590 12.3889684944941 0.245748531942844 1.67858964702149e-26 P RAGMIN
cgl4297867 12.3531741581395 0.240714286869851 2.15947098270268e-26 MOBKL2B;IFNK
cg03130910 -12.338667188316 -0.353082828027426 2.391531850398076-26
cg21385480 12.3320670609193 0.341113699196952 2.50519787627402e-26 LRIG1
cgl2083852 12.3266646145977 0.254304622399113 2.602241290275836-26 PI4KB
cg00539976 12.321574608603 0.36818131903881 2.69710418218306e-26 IRX4
cg03366858 12.3133989811857 0.166845105776138 2.85675457061186e-26 LRP8;LRP8;LRP8;LRP8
cgl4377973 12.3040569151634 0.158876199411743 3.05076624263925e-26 C7orf50;C7orf50;C7orf50
cgl0783149 12.3002990374884 0.222636759241332 3.13246973356668e-26
cg08566455 12.2891239231464 0.344180088669618 3.3885762422178e-26
cgl2600530 12.2818426676143 0.219891479219035 3.56658985603381e-26 RASA1;RASA1
cgl0406264 12.2672663685477 0.232658012425978 3.9515013692486e-26 DIAPH3;DIAPH3
cgl6686174 12.2594010596005 0.282152834637333 4.17615126421344e-26 SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9;SEPT9
Мультиформная глиобластома
- 202 036566
ch.7.51839018F -75.8587187403596 -0.491476763548468 5.09151728525694e-191
cgl2421032 -69.9391135659963 -0.0607104927626321 1.78575111377e-181 ETV3;ETV3
cg04366381 -69.8490407998874 -0.0523129719365328 2.52677647246638e-181 FAM49B
cg07146173 -68.3430393144459 -0.0485084730406751 8.8909406798476e-179 ALKBH5;ALKBH5
cg09981184 -68.2698198139737 -0.0539403260964843 1.18580467024348ε-178 FAM135A;FAM135A;FAM135A;FAM135A
cg22798045 -68.2107263138668 -0.0409213084738305 1.49636224873993e-178 HIPK3;HIPK3
cgOl158046 -68.0041958932997 -0.0695273345522558 3.37847883446052e-178 MED23;MED23
cg25548615 -67.9260278045372 -0.042176677986444 4.6007893582244e-178 WHSC2
cgl7335108 -67.9215160823397 -0.481205585654996 4.68357166615753e-178
cg01087645 -67.8330098119324 -0.0361740474573771 6.64659206096588e-178 CLN3;CLN3;CLN3
cg26775961 -67.5735784088984 -0.0616481050892107 1.85874839732551C-177 UTP3
cg09105479 -66.9443292903113 -0.0478141078922517 2.28463689330095e-176 HCFC2
cgl9455421 -66.7668334399572 -0.0406609357728355 4.65369499785506e-176 C7orf41;C7orf41
cg22491961 -66.726214446135 -0.0680341990523695 5.47782568270957e-176 LASS4
cgl3220109 -66.7141574804142 -0.0278203599934497 5.74955431190832e-176 LHPP;LHPP
cg03697856 -66.6170393539529 -0.0402215714380071 8.4941352099639e-176 C19orf36;C19ort36;MOBKL2A
cgl3889422 -66.5922996077709 -0.0505490523442806 9.38271011694331e-176 SLC4A3;SLC4A3
cg08522707 -66.5588194421542 -0.047295928955503 1.07355789953637e-175 MRPS33;MRPS33;MRPS33
ch. 12.2480290F -66.5536203705981 -0.520386626684005 1.09625530695085e-175 CCDC64
cg20201566 -66.5404412959476 -0.042185233769518 1.15597147456496e-175 MMAB;MMAB;MVK;MVK
cgl6940617 -66.5388567546626 -0.0507026628256645 1.16336761928351e-175 MRPL32;MRPL32;PSMA2
cgl0557147 -66.3133725231859 -0.0611656932354101 2.88713326074403e-175 SESN3
cg06334857 -66.2419439813638 -0.0513424564809562 3.85266392164952e-175 PIGT
cg00034416 -66.2172690458901 -0.0486664119969241 4.25668516170659e-175 FDPS;FDPS;FDPS;FDPS;FDPS;FDPS
cg04276524 -66.0543325657348 -0.0716769644541208 8.2303877126126e-175
cg23981504 -65.6819539699432 -0.0484549946967239 3.73406914678428e-174 SNX3;SNX3;SNX3;SNX3
ch.5.2313526R -65.6350199229682 -0.66047628312808 4.52054952607937e-174
cg01094684 -65.6336468315935 -0.0511489525132478 4.54590654050128e-174 UQCR
cg07772309 -65.6305845889541 -0.0351589991178273 4.60297247862812e-174 NELF;NELF;NELF;NELF
cgl5535093 -65.5515094384 -0.0421087260191793 6.35358619121112e-174 TNKS1BP1
cgl1297382 cgl7205461 -65.5066100949226 -65.4810672964643 -0.0404375371434976 -0.0716332006763666 7.63073864882166e-174 8.46918809878592e-174 ATP5G2;ATP5G2;ATP5G2 TAX1BP1;TAX1BP1;TAX1BP1;TAX1BP1
cg05780074 -65.4590064401908 -0.039035715425611 9.26739353146471e-174 SEC31A;SEC31A;SEC31A;SEC31A;SEC31 A;SEC31 A;SEC31A;SEC31A;SEC31A;SEC3 IA
cg23099587 -65.3386184464357 -0.645306323123966 1.51572227850422e-173
cg08845510 -65.1914349376021 -0.0530176320621327 2.7688945559746e-173 CLSTN1;CLSTN1;CLSTN1;CLSTN1
cg02396888 -65.1767422016111 -0.0422001397428602 2.94074875764621e-173 MATN1
cg02941219 -65.147438969005 -0.0526356919628953 3.31611784788677e-173 NUDT21 ;OGFOD 1 ;NUDT21
cgl0667044 -65.030909686395 -0.0452252265228173 5.34938916834283e-173 EIF4B;EIF4B
cg24048759 -64.9807701424519 -0.0531008448217842 6.57296297793986e-173 BAI2
cg24734865 -64.8926417229277 -0.0474970615639179 9.44371196700312e-173 EFHA1
eg18634086 -64.8076869657606 -0.09753340461987 1.33978021478359e-172 PTPN12;PTPN12;PTPN12
cg27628854 -64.7922855279462 -0.0457439774712197 1.4275405414122e-l 72 SNTB1
ch.7.1427355R -64.748972660078 -0.499459406677671 1.70651723237616e-172 TYW1
cg09827037 -64.6537611052163 -0.040822883284484 2.52744367451807e-172
cgl0594818 -64.4800662988205 -0.0465709077812265 5.18107653906461e-172 ACAD 11 ;UB A5; ACAD 11 ;UB A5
cg26447968 -64.3892992277017 -0.0887276993007257 7.54424180970719e-172 IN080B;IN080B
- 203 036566
cg05830192 -64.3161044091399 -0.0481235399206959 1.02179348565028e-171 BEND3
cg06986705 -64.2643879830678 -0.0527769897172755 1.26627865145817e-171 UBTF;UBTF;UBTF
cg08219302 -64.2543733636048 -0.0585356371382559 1.320012310640436-171 SUPT5H; SUPT5 H; SUPT5H;SUPT5H;SUPT5 H
cgl9948397 -64.215679338863 -0.0506629917090509 1.55001799633396-171 Cllorf61
cg09726208 -64.1381878615558 -0.0906137576546357 2.13870502339553e-171 PRR11;SKA2;SKA2
cgl0203522 -64.1230863008447 -0.04908231048111 2.27727269281377e-171 NUDT16L1
cg06080267 -64.1080952249392 -0.0387717301725355 2.423735649308836-171 MANIC 1
cgl5407226 -64.1054059865667 -0.0575133147370201 2.45099225986762e-171 ERN1
cg00386581 -64.0717823648898 -0.0434133965861409 2.81890368797276e-171 UBXN1
cg02244269 -64.067445495219 -0.0418530061690451 2.870228388154496-171 ATP6V0C;ATP6V0C
cg24885126 -64.0077640819698 -0.0536115571950443 3.67960109508416e-171 RHOU;RHOU
cgl4029891 -63.9738431921362 -0.0493363351270662 4.23796666772257e-171 COG5;COG5;COG5;DUS4L
cg26984694 -63.9133462656565 -0.0546535860138437 5.45325641119192e-171 MAPK7;MAPK7;MAPK7 ;MAPK7
cg21982467 -63.8325049739234 -0.0463446244910493 7.640435115917076-171 MPV17L2;MPV17L2
cgl2748915 -63.8173244015367 -0.0537600775529228 8.140275494214536-171 PDLIM5 ;PDLIM5 ;PDLIM5 ;PDLIM5;PDLIM 5
cg08056863 -63.7895409237759 -0.0337605304294832 9.141612238311296-171 SPC24;SPC24
cg06135725 -63.6421191026103 -0.0612623016509357 1.69310222036524e-170 DGCR6L
cgl5797843 -63.5795987059336 -0.0420574961031579 2.19967503067861e-170 FAM134C;FAM134C;TUBG1;FAM134C
cg27105478 -63.5577572523237 -0.0367316619167249 2.41042605340116-170 ZSWIM6
cg25052180 -63.5361333728215 -0.0395527756383085 2.63903386720272e-170 GOLT 1 B;RECQL;RECQL;GOLT 1В
cgl7973889 -63.5261294367324 -0.0543971598140653 2.752035738510246-170 IDH3B;IDH3B;IDH3B
cg02976405 -63.4757859523913 -0.0547492681254523 3.39880934621943e-170 C7orflO;C7orfll
cg01260085 -63.4120587625948 -0.0320661687230164 4.44079904006177e-170 PDXDC2
cg20041683 -63.3858583104598 -0.0555533403073267 4.95721037613878e-170 MAGOHB
cg03000603 -63.3351468388305 -0.0880046620913777 6.13419905206716-170 DHX34;DHX34
cg25931580 -63.2649223227231 -0.0597648700298429 8.241099331163336-170 PDHX;PDHX;PDHX;PDHX;APIP;PDHX
cgl2796428 -63.2166721427978 -0.044854785316994 1.00962413447796e-l 69 STK19;STK19;DOM3Z;STK19
cg25108382 -63.1075902361271 -0.0726339174384702 1.598513471214826-169 MICALL2
cg04218270 -63.0685486522319 -0.0565981368946922 1.88457062800052e-169 ASXL1; ASXL1; ASXL1; ASXL1
cg09173344 -63.0519570648363 -0.0453776619648569 2.02119351586282e-169 CANXjCANX
cgl1710924 -63.0023502388778 -0.04111529451973 2.49188524880726-169 YIPF4;YIPF4
cg24930634 -62.9925869917568 -0.0378826262408107 2.59674660506258e-169 ANKRD13A
cg20208648 -62.9525571104288 -0.0572289502785893 3.07504902686098e-169 POLD2;POLD2
cg06541550 -62.9130668291521 -0.0417044574337747 3.633493 84722306e-169 PYCRL
cg20483962 -62.8782741442222 -0.0619866600705505 4.20928628653952e-169 DVL2
cgl8482098 -62.8744508103678 -0.0457936291865875 4.27789858813468e-169 MTIF2;MTIF2
cg00945244 -62.8118750478465 -0.0609864894921143 5.57456664743089e-169 POM121C
cg05943368 -62.7994023829392 -0.0409320210192668 5.876801498815916-169
cg21532378 -62.7513860692667 -0.0401185940852826 7.2019757818644e-169 ZNF498
cgl0348543 -62.7397372202435 -0.0631962246703145 7.56632166604052ε-169 MOSPD3;MOSPD3;MOSPD3;MOSPD3
cgl3018071 -62.7325303512523 -0.0449943104999131 7.80093586155282e-169 NRF1
cgl8631920 -62.6860858068234 -0.0410691830891643 9.49826934147556e-169 COG5 ;COG5 ;COG5 ;DUS4L
cg25573740 -62.6779232820975 -0.0387010242141866 9.83277691113032e-169 DYNLL1;SFRS9
cg03527422 -62.6722452394041 -0.0450057724751909 1.00724145047397ε-168 POU3F2;POU3F2
cg06514371 -62.6717973598669 -0.0406009101616134 1.00915644090977ε-168 RAP2B
cgl9939555 -62.6514234645433 -0.0351810538382413 1.10024303508594e-168 CRTC2
- 204 036566
cgl8973778 cg22431590 cg04001935 cgl2811552 cg07308931 cg06680214 cg02705895 cg25124965 Злокачественна cg07470207 eg10364040 cgO1712948 cg22674699 cg02259047 cgl5811515 cg26450106 cg05057720 cgl6717008 cg09853702 cg23597178 cg03663556 cg08566455 cg04227922 -62.6409486189567 -62.5941433784951 -62.5843916883833 -62.5749230568524 -62.5710688956075 -62.567379321418 -62.5195943174382 -62.5094013056762 я опухоль головы -35.3013691665723 32.9983455202795 -32.4072939494312 32.2494159949326 32.1971575942784 32.0840754581026 -31.6227244412756 31.283058566786 -31.2307065308465 -30.9585787776298 -30.1475356694696 -29.9749892510481 29.8450772984137 29.6316888959535 -0.0431311460965983 -0.0585385059125674 -0.0481990130135673 -0.0487615684537823 -0.0402984633208857 -0.0395621759956247 -0.0301316353996373 -0.0426627643943503 и шеи -0.336570713209517 0.505043983300548 -0.394775543045875 0.519925600780261 0.335374417931334 0.477791738783793 -0.421623841106516 0.442930188370353 -0.283082053351953 -0.298558529751288 -0.230117411508112 -0.240661051209146 0.417100257205185 0.363312976851816 1.15023911389081е-168 1.40300469530976е-168 1.46231311166159е-168 1.52230617002209е-168 1.54742759227967е-168 1.57186581151869е-168 1.92567300295709е-168 2.01093015329086е-168 3.5861542658662е-146 7.17665678470701е-135 6.26813486425099е-132 3.850081736084716-131 7.025190458853456-131 2.583812341114846-130 5.31660773452876-128 2.7208828674027е-126 4.99528954361226е-126 1.18006367872962ε-124 1.5231260400465е-120 1.149752709588376-119 5.275927969090926-119 6.46434621877491е-118 SNAPC1;SNAPC1 ZBTB48 LOG 100128731 ATP6VOE1;ATP6VOE1 TRIP13;TRIP13;BRD9;TRIP13;TRIP13;BRD 9;BRD9 ZBTB9;ZBTB9 MRFAP1 PAIP2;PAIP2;PAIP2 HOXD10 HOXD9 XRCC3;XRCC3;XRCC3 CSDAP1 CST7 CLEC14A
cg!3299942 -29.3931709215426 -0.254407967184718 1.06869022233551е-116 CCDC60
cgl2305431 29.0199469022912 0.384731399153329 8.69437836604022е-115 HOXA3;HOXA3
cg07953015 28.898395645934 0.388707168281104 3.65116751385036е-114 SEPW1
cg06051311 -28.827096975801 -0.424772190253925 8.47632255292612е-114 TRIM15;TRIM15
cgO1719405 -28.6760561627386 -0.392199488687687 5.053849254600236-113
cg01477835 28.6462164169977 0.327381250153774 7.19284473006961е-113 AFF1;AFF1
cgl6404157 28.6337954331482 0.363886852969581 8.331288215338446-113 CLEC14A
cg26353287 28.6202928602403 0.25085447527864 9.77430175264744е-113
cgl9685205 -28.5702130560975 -0.315041814261293 1.76781333964166ε-112 CLEC4D
cg03078269 28.4980267528235 0.475654660252658 4.15457844496576е-112
cg!7518550 -28.28113882663 -0.386332363757523 5.42573534284309ε-111 Clorfl50
cg07537821 -27.6425714182318 -0.252807137744128 1.06667048006949е-107 CRTAM
cg09887059 27.6193223797127 0.407918197431626 1.40655610853358е-107
cg04715649 27.5527274678598 0.260612957111062 3.106915422712138-107 CDC42BPB
cg!3768872 -27.5473105766435 -0.303843126963098 3.31382724394856-107 MAPKAP1: M A РК А P1 ;MAPKAP 1; МАРКА P1;MAPKAP1
cg03282689 -27.3159496414455 -0.266774230149625 5.211500147311986-106 FAM40B;FAM40B
cg23641672 -27.310061865448 -0.230871866121132 5.590271243055596-106 RABGAP1L
cgl5834072 27.2860991703593 0.280101188151672 7.43793377028748е-106 DCHS2;DCHS2
cg26835440 -27.2186102840078 -0.305461298009668 1.66271741303136е-105
cgl2579640 -27.2046284345044 -0.232840355192099 1.96431645647189е-105
cg22956811 -27.1380547372917 -0.182850252207612 4.344811521884056-105
cg23669081 26.9764330032058 0.465909551939379 2.98802233457701е-104 HOXB7
- 205 036566
cg05592278 -26.9473229641467 -0.280682482458913 4.22937647951184e-104 LRRC37A3
cg06962177 26.9143724055201 0.444527484644641 6.26757409137649e-104
cgl7527177 -26.9110135972535 -0.356951452413114 6.52399579829013e-104
cg21806580 -26.7831533075514 -0.357310488661616 3.00337220309602e-103
cg27052900 -26.7472109565822 -0.229816571647088 4.61396192028275e-103
cg05661282 26.7233477281793 0.45113995007778 6.13605 265057279e-103 ZNF154;ZNF154
cg04146553 -26.7013223211687 -0.231661663265194 7.98324280192104e-103 BLOC1S2;BLOC1S2
cg20649017 26.6684634904047 0.392413811874885 1.1822342304674e-102 HOXDIO
cg05666526 -26.6220046324596 -0.231496844450826 2.05989475993432e-102
cg20779964 26.5942218241725 0.316914869196126 2.87125103087242C-102 CBLN4
cg02627455 26.4991496627497 0.306107807106228 8.94805786793555e-102 HOXA3;HOXA3
cgl0659886 26.414689293144 0.251798856583692 2.45717593539403e-101 ZSCAN18;ZSCAN18
cg26364809 26.3514785794337 0.302174333504725 5.23429802148527e-101
cg05937737 26.3440663469114 0.352135333761752 5.71972266086164e-101 SLC7A14
cg02772121 -26.1706629883028 -0.482758193821262 4.55752676168878e-100 TRIM 15
cg22990967 -26.1637185545271 -0.309952802824616 4.952652724753516-100
cgl6073378 26.1314349909265 0.370073371448524 7.28974579250796-100
cg05697849 26.110569601918 0.42085285231982 9.35884149030317e-100 ELAVL4;ELAVL4
cg27446570 26.0839920959126 0.260171068722888 1.28661430195836e-99 Clorfl74
cgl3944175 26.0563353647957 0.341835641817897 1.7918449574656e-99 HAS1
cg20763327 26.0063648285124 0.252390908920142 3.260220330502576-99 MYO 10
cgO1195545 -26.0005932160788 -0.300503916146228 3.49360293522636e-99
cg02614785 -25.9566725526485 -0.223358985886024 5.912717098825156-99
cgl3305823 -25.9345806952971 -0.30261481704248 7.704422445786176-99 MAS1L
cgl7974575 -25.9200009121839 -0.373104603488503 9.17506156241149e-99 ABL2;ABL2;ABL2;ABL2;ABL2;ABL2;ABL 2;ABL2;ABL2
cg00863654 -25.854710274738 -0.239811740833379 2.00633608200596e-98
cg21587238 25.8463937429564 0.500924984410659 2.21661642358305e-98
cg22824635 25.8176482505767 0.439435221964763 3.12835979613805e-98 NE IX
cg22167515 25.7981826728666 0.426203248495928 3.95044648201816e-98
cg03192598 25.7910981678573 0.443739195429817 4.300574929970986-98
cg06383163 25.6414112961857 0.256125374045627 2.5878306918491e-97 FAM135B
cg08475953 25.6279036729115 0.388296583321396 3.04288091303646e-97 COL23A1
cg05649391 -25.5942882630997 -0.32675328781375 4.55374257004637e-97 MYBPC3
cgl8705773 25.5908444822368 0.448705638602675 4.74576300217195e-97
cgl5446845 -25.5899694611942 -0.252816908138348 4.79583001361898e-97
cgl0255237 -25.5336929647256 -0.314796112425298 9.41919395032498e-97
cgl6057598 -25.5220853972357 -0.0725920284023779 1.08263980778563e-96 DLX2
cgl3471932 25.518837492801 0.243190981606373 1.12565276850053e-96 RALGDS;RALGDS
cg21771528 -25.4623665322215 -0.385404579980122 2.21625 85443284 le-96
cgl6971991 -25.4533035694223 -0.164990650766263 2.47082868427805e-96
cg22720790 25.4413529183844 0.333984815012988 2.85175767572696e-96 ZNF274 ;ZNF274 ;ZNF274
cgl8862481 25.4218325906879 0.359497768583043 3.6043666545653e-96 TRH;TRH
cgl1653519 -25.4167995974748 -0.309119332223791 3.8287376335053e-96
cg07883457 25.4118201049102 0.195182785297365 4.06446857945974e-96
cg09340639 -25.3687883017865 -0.237839826258604 6.81169795627628e-96 FCRL1;FCRL1;FCRL1
cg27288226 25.3049140291716 0.352219424431872 1.46610199195731e-95
cg06809342 -25.3011662234168 -0.210288781504998 1.53355373699977e-95
- 206 036566
cg21054521 25.2912514213597 0.353195408799517 1.72734479274633e-95
cgl9303187 -25.2798058443694 -0.245342338790583 1.98170724980539e-95 DLX2
cg03943218 25.2750715406646 0.483576761753537 2.09757575152794e-95
cg05696153 25.2507598451523 0.179840073537101 2.80833821206066e-95 CMIP;CMIP
cg24845535 -25.1594023561848 -0.274807933781668 8.40881175315786e-95
cg23575099 25.1463364814261 0.299252008323577 9.8369350494611e-95 LGALS3;LGALS3
cgl8343437 25.1350732835683 0.356818397055287 1.12612675133775e-94
cg05926314 -25.1344654749078 -0.393086569655532 1.13437458850135e-94 PTPRN2;PTPRN2;PTPRN2
cgl3987334 -25.0775404473901 -0.262455642055291 2.24692927623776-94
cgl2492087 25.0480076843588 0.343268004680502 3.20331171826186e-94 ZFP106
cg01521036 -25.0402274042425 -0.278636545564277 3.51701175495686e-94 FAM90A14;FAM90A13
cg03964958 25.0373749313493 0.310673928661768 3.6395674933663 le-94 HOXD12
cg22541735 25.0091164217761 0.480563884315919 5.11004968077844e-94 HOXD9
cg06794543 25.0058799781618 0.36566477474354 5.31256769382488e-94 ZFP106
cgl0333594 24.9991335286278 0.259582006192738 5.76089863196126e-94 CRAMP IL
cg20157003 -24.9453075914293 -0.226037839536201 1.099591429805426-93 ANKRD45
cg04074004 24.9317063458005 0.343977819024489 1.29471957736444e-93 DDAH2
Злокачественная опухоль почки
cg20003368 -60.3900722320859 -0.325008707302119 5.979858160078516-312
cgl9680850 -53.8691711199639 -0.145774222230352 3.93211962823944e-278 ZC3H12A
cgl7983632 53.0637178798889 0.42077254545006 8.49546495318266e-274
cg00981877 -52.4471446480175 -0.113497640598598 1.86649122108422e-270 ATP9A
cgl7888086 -50.964582509955 -0.155952929339574 2.46055439260289e-262 ZC3H12A
cg26221105 -49.1314424699443 -0.142672420148813 3.94813567576085e-252 CAPN2;CAPN2
cg25799109 -48.5562790791931 -0.352513262137342 6.85518927340736e-249 ARHGEF3;SPATA12
cgl3415371 48.3259087903109 0.142224473246049 1.37598348009306e-247 BRD3;NCRNA00094
cg06349174 -47.4859055351042 -0.167474565812389 8.17649173845152e-243 STIM1;STIM1
cgl6382778 -46.6974882461924 -0.144200393982585 2.678444622771556-238 S100A11
cgl4601621 46.2155572735033 0.315804149926263 1.60070076176455e-235 C9orf3
cg04999352 -46.1166279912886 -0.283594787441432 5.967290423888716-235 RARRES3
cg05194102 45.8768427843977 0.22347079123807 1.45565502336083e-233 SLC9A3R2;SLC9A3R2
cg05575213 45.0797475111477 0.217571024219073 6.25919707365498e-229
cg07283896 -44.2878924621317 -0.277782306847482 2.70713729016347e-224
cgl6468729 -44.1964335663665 -0.3622287542471 9.333949052478466-224 ILS
cg04075990 -43.692992035977 -0.303241943817197 8.64563081414196e-221
cg24185397 -43.6480054488419 -0.190207015288007 1.59415990020605e-220
cgl7094249 -43.2299626929264 -0.211375487132757 4.75165118210345e-218
cgO1343313 -43.1301913060418 -0.302673880614885 1.85645664902618e-217
cg05101437 -43.0893395798105 -0.353716799777689 3.24460017233852e-217 CDK6;CDK6
cgl8456803 -43.0130517900391 -0.266341242439949 9.20862886080582e-217 ELF1
cg22537280 42.7735844739035 0.119833607196772 2.44440504650325e-215 SSBP3;SSBP3;SSBP3
cg07093324 -42.6977808321425 -0.375998918201606 6.91091288808288e-215 ACTR3
cg22164891 -42.6795327404545 -0.342722811091531 8.87634437317273e-215 ZNF217
cgl7113029 -42.6230762457996 -0.372948584473776 1.925905877929266-214
cgl5364131 -42.366731865164 -0.112091645252315 6.51757545691273e-213 C22orf24;YWHAH
cgl5103195 -41.8824129715592 -0.0690511235427278 5.159531783727326-210 AP1S1
cg09029902 -41.7716774845487 -0.375774700774562 2.38206464436899e-209 ZNF217;ZNF217
- 207 036566
cg21243631 -41.6718810883978 -0.243841096942398 9.466340425 97579e-209 NPC1
cgl5759721 -41.658611829117 -0.301592459009803 1.13734987026059e-208 MIR21
cg08141142 41.5704192747238 0.311368404449801 3.85396450623343e-208 MTA1
cg00319761 -41.5664851663617 -0.0476155629889706 4.06967238726996e-208 PKMYT1 ;PKMYT 1 ;PKMYT 1 ;PKMYT 1
cgl7367884 41.4919115687013 0.245532274197034 1.14297191235958e-207 TBC1D16
cg07495389 -41.3020328819572 -0.38487125641321 1.58911589092802e-206 MAPRE3
cg08943045 -40.9372944114835 -0.290143056970123 2.52251653245607e-204
cg02284014 -40.759896534263 -0.157098825676918 2.98172551912239e-203 TFEB;TFEB
cg27115863 -40.6756372159191 -0.357478287067862 9.64853387788963e-203
cg25743481 -40.5537367870245 -0.135640596734871 5.28293330061597e-202 KIF15;KIF15;KIAA1143
cg02064267 -40.5514856408056 -0.269445655483411 5.45152536544385e-202
cg05228359 -40.2107107301382 -0.206282285429371 6.37507317742469e-200
cg20979153 -40.1158375701983 -0.29964411378308 2.4053256559696e-199 ZNF217
cg!5034393 -39.8805537517927 -0.164945956182979 6.50333362064497e-198
cg22720029 -39.8732402190802 -0.124247357816791 7.20588815855202e-198
cg26203328 -39.6758345558622 -0.385182871780517 1.15114892344021e-196
cg09228833 -39.6517578837613 -0.352539096510539 1.61447302704262e-196 ZNF217
cg02515217 -39.612988894734 -0.329961280735937 2.78373189345726ε-196 MIR21
cg24680129 -39.21076057827 -0.181040168006266 8.00363454993226e-194
cg01346158 39.1526301507387 0.157808794863553 1.81639069333392e-193 SLC9A3R2;SLC9A3R2
cg22274117 -39.1378318389702 -0.407393312386085 2.23789861383251e-193 ATXN1;ATXN1
cg20968743 -39.1159953558447 -0.27001288618924 3.04504620393294e-193 TSPAN18
cgl9782880 -39.0960329710454 -0.163566793233788 4.03539838377962e-193 CPNE9
cg21182694 -38.8191309954381 -0.130777053691537 2.01384076348508e-191 MRPS22
cgO1077100 -38.8000118898782 -0.286330290905886 2.63875216570993e-191 BTBD16
cg21469505 -38.7963464442886 -0.242622019046428 2.77909136554106e-191
cgl1993160 -38.7229883621987 -0.190633698167034 7.841715137203 89e-l 91
cg02896970 38.5870863208311 0.146901288577342 5.36570521505889e-190 ZCCHC14
cg22193385 -38.5706929142184 -0.203109085792361 6.76751942332117e-190 KRT7
cg03272310 -38.5551364879808 -0.382741175004781 8.43521665674044e-190
cg07846737 38.5545228982048 0.0906727581343537 8.50882950931761e-190 KDM4B
cg00702638 -38.1627712946091 -0.132687299058321 2.19986224438419e-l 87 KIF15;KIF15;KIAA1143
cgl9453938 -38.1139074991994 -0.154006531612487 4.40316625131859e-187
cg02776128 37.7943758592612 0.111371529875803 4.13923820727945e-185 SLC26A1;IDUA;SLC26A1;SLC26A1
cgO1582066 -37.7772673113776 -0.158607322946221 5.28063508580316e-185
cgl6206504 -37.6527952994898 -0.475903212760675 3.10838158242134e-184
cg03890877 -37.5943027070999 -0.143383186047252 7.15355050353108e-184 TWF2
cg02632314 -37.5113779531716 -0.226214586861512 2.33316267150501e-183 ELF1;ELF1
cgl2682870 -37.451451678713 -0.222740213484942 5.48460823710287e-l 83
cg21410293 37.4116596130239 0.246787906607671 9.67626987229963e-183 KIAA0427;KIAA0427
cgl7962854 -37.3731016141544 -0.209265550916089 1.6775812331588e-182 ST3GAL1;ST3GAL1
cg25247183 -37.3137214760311 -0.124601372568968 3.91584821356717e-182 LGALS1
eg12433486 -37.2830835526306 -0.147211498897595 6.06495710510428e-182 PKM2;PKM2;PKM2
cg01106881 -37.2738535115597 -0.368036448760463 6.91950932754663e-182
cg08404702 37.2370332512386 0.109062394075342 1.17079039139474e-181 TSC2;TSC2;TSC2
cg24704287 -37.1583829352188 -0.276467792362888 3.60197811279709e-181
cg20740711 -36.9689620871158 -0.262784381821276 5.40717105555544e-180
cg01298102 -36.9620086963142 -0.264600039552263 5.97284928457102e-180
- 208 036566
cg07101841 -36.758910345992 -0.308618298499297 1.09430168190119e-178 SEPT9;SEPT9;SEPT9
cg22790839 -36.6751084139317 -0.287441794227773 3.6367116970185e-178
cgl6094145 -36.6455013023948 -0.174654040210914 5.55958521824922e-178 NINJ2
cg08282819 -36.5317765900485 -0.0838479856077166 2.8404976366169e-177 IL21R;IL21R;IL21R
cg00406023 36.5310858861486 0.14761242964453 2.86878534410686e-177 OAF
cgl2315892 -36.5229946142075 -0.113323819954701 3.22191640836723e-177
cgl6581738 36.4123892094335 0.211272115267876 1.57590971140815e-176 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1
B;PRKAR1B;PRKAR1B
cg07690326 36.3375964853747 0.22294961015979 4.61293482557108e-176 PLEC1 ;PLEC 1 ;PLEC 1 ;PLEC 1 ;PLEC 1 ;PLEC
cg00697703 -36.3374153567122 -0.104881120079345 4.62495144360566e-176 OSBPL3;OSBPL3;OSBPL3;OSBPL3
cg08016257 -36.2653204388269 -0.156248551994578 1.302929858147e-175 TMEM140
cg20414098 -36.2307802264034 -0.105304079347125 2.14037804078869e-175 SLC25A45;SLC25A45
cg00513611 36.1907233469585 0.0830437329764637 3.80665759010193e-175 KDM4B
cgl3763287 36.0790843574259 0.215878677929682 1.89560590056479e-174
cg07181702 -36.0586502618925 -0.270879938828817 2.543374939333e-174 MIR21
cg00524374 -36.0281457933108 -0.151685733302331 3.944709439041566-174
cgl6033151 -36.0124794314051 -0.184322394784503 4.94217070245091e-174 SSH2
cgl9154027 -36.0001001078434 -0.0756899670112879 5.90588676827428e-174 YAP1;YAP1
cgO1904393 -35.9678674978859 -0.243953309609604 9.39194107911456-174
cgl4292522 -35.9033784726255 -0.265780686633161 2.376588007964256-173 UHRF1 BP 1 L;UHRF 1 BP 1L
cgl5063366 -35.8433238741081 -0.127508541177265 5.6436209821614e-173
cg06093152 -35.7852124119271 -0.28033637309162 1.30354973761052e-172
cg22074858 -35.7270400208755 -0.226987203225944 3.01435938750049e-172 GBP3;GBP3
cgO1645729 -35.6520311105925 -0.22995257607102 8.88798610890922e-172
Глиома головного мозга с низкой степенью злокачественности
cg07311968 127.432001935759 0.0424137310600108 0 MEPCE;ZCWPW1
cgl7025484 125.322520431113 0.0532209214380451 0 ZKSCAN5 ;ZKSCAN5 ;ZKSCAN5
cgl9983815 122.659229072904 0.0449046968821236 0 ATP6V0C
cgO1067724 121.592960650843 0.0493749326094194 0 CCDC102A
cg05203615 121.158763208274 0.0545503859805657 0 SLC38A10;SLC38A10
cg21705063 120.513283674587 0.0727006811437691 0 SEC63;SEC63
cg05456022 119.618048913949 0.0377248541463961 0 FAM96B;FAM96B;CES2;CES2
cg07026259 119.547256867156 0.0665351616663283 0 NFATC3;NFATC3;NFATC3 ;NFATC3
cg27332026 119.534998049794 0.0397724768414041 0 SLC39A6;ELP2;ELP2;SLC39A6
cg05584166 119.25010575468 0.0333098563775184 0 GPR172A;FBXL6;FBXL6
cgl0450921 118.139154728145 0.0346403234053113 0 C16orf91
cgl5110300 116.774260609348 0.0554081659458187 0 CCM2;CCM2;CCM2;CCM2
cgl0507099 116.514851624399 0.0519315219123975 0 FHOD1;SLC9A5
cglOl13231 115.50916018328 0.0506706551587445 0 NKIRAS1;RPL15
cg03860051 115.36138407783 0.0439464448319326 0 IKZF5;ACADSB
cg22804475 114.967114077503 0.0403625306613353 0 ATP6V1B2
cgl5535093 114.56574038531 0.0423805382558422 0 TNKS1BP1
cg03976895 114.229071729411 0.0416260396275087 0 ARF6
cgl6877606 113.825720604473 0.0414355171613119 0 FXC1;FXC1;ARFIP2
cg23354319 113.774410780672 0.099881394765007 0 ING4;ING4;ING4;ING4;ING4;ING4
eg14326210 113.739668867132 0.0696282778264073 0 TPX2;TPX2
- 209 036566
cg06709324 113.076603701421 0.0342519458499082 0 SOAT1
cgl1871345 111.828266149217 0.0428914981010427 0 SOX 12
cgl8526602 111.468233003125 0.0431692741711436 0 DAGLB;DAGLB
cg26407106 111.306657724731 0.0491633861877907 0 ARFIP1; ARFIP1 ;TIGD4;ARFIP 1
cg00511731 111.131128265051 0.0449945128552503 0 В MF
cg26576481 111.079346618816 0.055927365639034 0 NAPILIjNAPILl
cgl6659480 110.786813168314 0.109308229821386 0 CYB5B
eg14664464 110.773680469528 0.0399511840971694 0 LMBR1
cgl5487992 110.741864882507 0.0380002683139628 0 UBL5;UBL5
cg24712108 110.740465431642 0.0420992279612518 0 B9D2;TMEM91
cg07200850 110.722895377441 0.0519437548935887 0 FA2H
cgl9225923 110.636255921545 0.0392132258932752 0 GTPBP4
cgl3895172 110.616186283516 0.0401471156283577 0 EIF4ENIF1 ;EIF4ENIF 1 ;EIF4ENIF 1
cg26448406 110.483574737285 0.0434975165844416 0 PISD
cg01055543 110.270082244049 0.0733854724731464 0 MRPL33;MRPL33
cg02289741 110.253750697042 0.0527967277530644 0 PAK4;PAK4;PAK4;PAK4;PAK4
cg04366381 110.223420099742 0.0525495874517619 0 FAM49B
cgO1439854 110.052904050917 0.0600566915065098 0 AARS;AARS
cg05284480 109.968253141515 0.0359753542252536 0 RNPS1;RNPS1
cgl3086581 109.842377188053 0.0397489541342044 0 GLUL:GLUL;GLUL:GLUL
cg06125055 109.641188055398 0.0710926972962954 0 FKBP7;MIR54 8N;FKBP7
cg05377417 109.494549279696 0.0819268590730886 0 BRIP1
cg25589039 109.222610207167 0.0416584548185497 0 C6orf70;TCTE3
cg26094646 109.144446314243 0.0493420852788431 0 DVWA;CAPN7
cg07917502 109.135845621906 0.0446357453448343 0 PREPL;PREPL;C2orf34;PREPL;PREPL;PRE PL
cg05827058 109.102274659714 0.0872318814882328 0
cg27167184 109.028836645152 0.0546599999831815 0 METTL13;METTL13;METTL13
cg03898805 108.988250470132 0.0478082437304087 0 MIR548G;C3orf26;C3orf26
cg08056863 108.924908341163 0.0339578570059739 0 SPC24;SPC24
cgl4921691 108.717647056475 0.0543857456464987 0 DGKA;DGKA;DGKA;DGKA
cgl2198729 108.597325274431 0.0698900086669551 0 BTRQBTRC
cg05981907 108.578426149213 0.0747231478872462 0 CDC6
cg24717401 108.459544448762 0.04935649510242 0 CCM2;CCM2;CCM2;CCM2
cg07308931 108.447148400752 0.0407576216668551 0 TRIP13;TRIP13;BRD9;TRIP13;TR1P13;BRD 9;BRD9
cgl8907202 108.385140067921 0.0268608885036449 0 CCDC41 ;CCDC41 ;CCDC41 ;CCDC41 ;LOC 1 44486
cgl5215114 108.338477810883 0.0449014177831978 0 C17orf61
cgl0488141 108.250772968399 0.0357429785564022 0 SUFU
cg26800462 108.082624264717 0.0327107811408955 0 SPSB3;NUBP2;SPSB3
cg04263685 108.012265118822 0.0371065268725429 0 ATP6V1H;ATP6V1H;ATP6V1H
cg08569242 107.922329298943 0.0465237576274884 0 PRKAR1A;PRKAR1A;PRKAR1A
cg03254627 107.819345163253 0.0536354009103054 0 PSME3;PSME3
cg22341865 107.781365009049 0.0314797966121219 0 PGD
cg00461901 107.609665870785 0.0879870576409467 0 PPFIA3
cgl5042995 107.551660183949 0.0442817543025952 0 CYFIP2;CYFIP2
cg08262582 107.433143048155 0.0371506978804749 0 SFRS13 A; SFRS13 A; SFRS13 A; SFRS13 A
- 210 036566
cgl0063233 107.294586865294 0.0313647619351982 0 LMBR1;LMBR1
cg09437885 107.283172648164 0.0474339411840465 0 GMIP
cg27505984 107.277091243753 0.0369514193436807 0 DDX55
cgl8207141 107.254089451322 0.146184551487881 0 MRPS18B;PPP1R1O
cg04301102 107.21345141072 0.0321222649775362 0 SEPT8;SEPT8;SEPT8;SEPT8
cg20979732 107.162328236532 0.045017924697572 0 SF1;SF1;SF1;SF1
cg07914309 107.11222820622 0.0485360432317424 0 RGS2
cg23172884 107.015476112072 0.0335007107028745 0 LOG 100188947;HECTD2;HECTD2
cg05348272 106.986706723159 0.0500191116316726 0 TBCD;TBCD
cg03176453 106.932807119182 0.0290320294726412 0 PRR3;PRR3 ;PRR3 ;GNL 1 ;PRR3 ;GNL 1
cgl4835062 106.915405574937 0.0443437041898348 0 C12orf53
cg04748923 106.804210759888 0.0625935586210725 0 HSD1 lBlL;C19orf70;HSDHBlL;HSDl 1B1
L;HSD11B1L;HSD11B1L;HSD11B1L
cg27185138 106.790182595059 0.0424782838584063 0 AFF1;AFF1
cg25632672 106.635568504401 0.0386654175272393 0 GTPBP1
cgl7414580 106.538055076201 0.0427102810925721 0 KPNA4
cgl0815543 106.292039517991 0.0429755879006439 0 TTPA
cgl5719572 106.185994617372 0.0417288807683601 0 CAP1;CAP1;CAP1;CAP1
cg06157539 106.076958237575 0.0556565784473559 0 MAPRE2;MAPRE2;MAPRE2;MAPRE2
cg23845773 105.768444411064 0.0451193024371821 0 TAF10
cg22812972 105.732428703101 0.0349323702095137 0 EIF4B;EIF4B
cg01394138 105.661788357301 0.0625422732371145 0 RECQL5;SAP30BP;RECQL5;RECQL5
cgl8603466 105.455040978153 0.0550586330416612 0 RAD51L3;RAD51L3;RAD51L3
cg22431433 105.432529265081 0.0441367677054154 0 RAB4A
cgO1590844 105.402666005626 0.0542766638010672 0 XRCC2
cgl2528753 105.350326213216 0.0614004007431217 0 ASPM
cgl7281556 105.33164453737 0.0471502279221896 0 C12orQ5
cgl9593314 105.311738757716 0.0345989774967558 0 C5orf56
cg22127491 105.292887412563 0.0509082154821186 0 NDUFC1
cgl7871792 105.076375732476 0.0344094277481292 0 LOC400657
cgl8313148 105.00503456306 0.0458441857355395 0 ZNF271 ;ZNF397OS ;ZNF271 ;ZNF397OS
cgl0557147 104.95658296998 0.0608454599905247 0 SESN3
cg26828320 104.813246329924 0.0543428694192704 0 C 12orf49;RNFT2;RNFT2
cg23618323 104.769295400937 0.037508097047315 0 EDEM3;EDEM3
cg23615779 104.685323636452 0.044700101440252 0 ZYX;ZYX
Злокачественная опухоль печени
cgl3814654 30.9709845255001 0.293933543981331 6.32207772820339e-lll TBC1D8
cg26915558 28.3845572057094 0.327788240058423 4.41249117443706e-100 LRP5
cgl3053914 27.5322313891312 0.194177333806826 1.94406055757072e-96 RHBDD2;RHBDD2
cgl3894813 27.4969546293556 0.296312700039045 2.75575669717984e-96 LRP5
ch. 19.1066737F -25.478323601239 -0.156774637525223 1.5793476898546e-87 ANKRD27
ch.7.135065R -25.2072851779025 -0.243724440822715 2.43528087154233e-86 TTYH3
cg07688052 24.7363496763099 0.266270830939742 2.86388050419788e-84 CHERP
cg24985525 24.561015931201 0.363554147162534 1.6969845076265 le-83 LRP5
ch.7.2902493F -24.4330998743783 -0.13831000003906 6.22364001069419e-83 UBN2
cg06621784 -24.3498832920825 -0.140436995527416 1.4503455894602le-82 SCP2;SCP2;SCP2;SCP2
ch. 10.2610459F -23.9459696035691 -0.0829050024226206 8.86825042383636e-81 FGFR2;FGFR2;FGFR2;FGFR2;FGFR2;FGF
- 211 036566
R2;FGFR2;FGFR2;FGFR2
cg27000120 23.911210184607 0.30036082140768 1.264119704860 8e-80 GALNS
cgl9786751 23.7714820489124 0.332495655903509 5.26002119999026e-80 ACACB
ch.H.1435292F -23.6402476025728 -0.104219788148484 2.00924187213904e-79 IGHMBP2
ch. 19.50335620F cg00981877 ch. 15.1197129R cg!0905180 cg!4054357 ch. 1.219558214F cg05375100 ch. 10.2988224F ch.21.825836R cg21072795 ch.7.313144R cg03497652 ch. 12.25 0667 8F cgl0505257 cgl8842353 ch. 10.1700276F ch. 16.97779F cg25564800 ch.3.1083063F ch. 10.633958 IF ch. 1.3128389F -23.2876345106276 -23.2129613112858 -23.0717921381343 -22.9440662601859 22.8485488022654 -22.8031688002729 22.7680424781058 -22.4014714438213 -22.3580901245368 -22.2258888067042 -21.9917195030094 21.8422997702625 -21.7780890689987 21.7384777614787 -21.6603545680503 -21.6494289080006 -21.645310732957 -21.6211181661925 -21.5914407357184 -21.4567271040697 -21.389995772352 -0.133842475104186 -0.106329925795167 -0.164855890711103 -0.225730485162975 0.319758790858638 -0.118175454397103 0.133288697620473 -0.134926796034033 -0.16116997086082 -0.349669473090075 -0.111854938915938 0.391653036686768 -0.188464210467625 0.312609356530504 -0.300492220893749 -0.111661453902534 -0.198181620856486 -0.155191864731003 -0.158326191833915 -0.0911771593368788 -0.0983176672864604 7.39838409764619e-78 1.5892281703624e-77 6.74962780504676e-77 2.50005244274369e-76 6.65962297875037e-76 1.06089104063832e-75 1.52134927327009e-75 6.56862149810298e-74 1.02602601512882e-73 3.99570129799932e-73 4.447485676490 8 le-72 2.07155588259614e-71 4.01353691815706e-71 6.03592931197231e-71 1.34993 825830779e-70 1.510801565 82495e-70 1.57629339926837e-70 2.02258734864115e-70 2.74620503760167e-70 1.10097757463221e-69 2.19061645214681e-69 ATP9A ARID3B OR51E2 KIAA0664 RABI 1FIP3;RAB11FIP3 TUBGCP2 PCNT NCKAP1L ANKS3 UNC119B MGRN1;MGRN1;MGRN1;MGRN1 CRAMP IL KPNA1;KPNA1 SEMA3F
ch. 15.814613R -21.1889665467698 -0.206158658012661 1.74139380828141e-68 MYO IE
ch.6.168367002R -21.1293390601918 -0.166097065231839 3.22108857277755e-68
cg27143049 -20.9813546152405 -0.145883262683201 1.4825308696994e-67 PDE3B;PSMA1;PDE3B
ch.9.1395144F -20.900922065011 -0.169837567885193 3.39942836029904e-67 FANCC
ch.2.226789810F -20.7999270252865 -0.0804023337187208 9.6378901073645 le-67
cgl3678641 -20.7276073292956 -0.0364519319789314 2.03272802246707e-66 AURKB
ch.2.200726997F -20.6964998793371 -0.13388512956724 2.80214082003257e-66
ch.l.2582316R -20.6843946962571 -0.065897253651393 3.17497953338289e-66 PSMA5
cgl5602548 -20.5788281510241 -0.0997857608484757 9.43760031743091e-66 SPTBN1;SPTBN1
ch.6.3068315F -20.5619580450567 -0.0980475250245069 1.123233510295816-65 ARID1B;ARID1B;ARID1B
cgl0537708 -20.5386843483977 -0.356414110548366 1.4281652599593e-65
ch.H.1980478F -20.5174560111008 -0.174126494081213 1.77795258622166e-65 AMOTL1
ch.l.3056292F -20.3893543971762 -0.151492931619203 6.66880400607692e-65 CCT3;CCT3;CCT3
cgl4096180 -20.372053681723 -0.0664737275018358 7.9723369565781C-65 CLCF1 ;LOC 100130987;CLCF 1 ;CLCF 1
ch. 1.4512450F -20.3612874815502 -0.0784523375848128 8.90916496196778e-65 URB2
cg08269316 -20.3586312904673 -0.148791140734289 9.15674972772146e-65 HMGB2;HMGB2;HMGB2
cgl8110520 20.2884899407988 0.255349429204541 1.88839102713264e-64 CAPN5
ch. 10.2770541R -20.2784694910316 -0.113631454241305 2.09411006120044e-64 FAM196A;DOCK1
cgl8476530 -20.2705335389994 -0.128845185892406 2.27282000570861e-64 LOC1001309 87;CLCF 1 ;CLCF 1
ch. 15.934240F -20.2512825966347 -0.182428690955831 2.77229144591574e-64 SNX1;SNX1;SNX1
ch. 15.920727F -20.2439747908128 -0.121045359694535 2.9894331669229e-64 HERC1
ch. 16.406779R -20.235668652028 -0.115210717947485 3.25696184061368e-64 CLEC16A
ch.7.2184863F -20.1940051735212 -0.212128354937819 5.006380052491 le-64 CUX1;CUX1;CUX1
- 212 036566
ch,1.1603567F -20.1751094154016 -0.0581071526413584 6.08417432492772e-64 MRPL37
ch.9.1241711R -20.1462561382741 -0.0598589390429582 8.19407334152305e-64 SECISBP2
cg00738178 -20.1327759894242 -0.381799016528551 9.41686716067609e-64 SCP2;SCP2;SCP2;SCP2
ch.2.216208170F -20.0156085812868 -0.192413760865411 3.15441169621867e-63
ch.l.2975077F -19.8816786124152 .0.0544485993052248 1.25589068280519e-62 GATAD2B
ch. 12.105153690R -19.8619808708892 -0.120477831495458 1.53883525718986e-62
ch. 10.80061816F -19.8540452241081 -0.2488582234024 1.67009359161019e-62
cg22113807 -19.7861167586844 -0.166061662048093 3.36523681748462e-62 UBOX5;FASTKD5;UBOX5
ch. 17.1150167F -19.7214820837648 -0.125489587785178 6.55394361599873e-62 HDAC5;HDAC5
cgl8456803 -19.7027085015299 -0.385429827281805 7.95388972689925e-62 ELF1
cg21009747 19.6616210258667 0.407427279555618 1.21500326891469e-61 MYH9
cg23679141 -19.6208675977105 -0.175923127398167 1.84954028369906e-61 MARCH 1;ANP32C
cg04703620 -19.5925336077977 -0.451018913459556 2.47701479206194e-61
ch.4.77087090F -19.5553152920005 -0.183632076328146 3.63546787005426e-61
cg05750824 -19.5465528634627 -0.309679381094385 3.97913647925598e-61
ch. 17.45797972F -19.5387636463936 -0.106858090689702 4.31181080394805e-61
cgl9685205 -19.5176465097666 -0.242197291449909 5.3603583877627e-61 CLEC4D
ch. 15.1530357F -19.4852966960436 -0.0675676878242108 7.48174923914055e-61 POLG;POLG
cg25792518 19.4378660620973 0.439065651525786 1.21982567414246e-60 ACSF2;CHAD
cg25641145 -19.4313704975334 -0.202481252496334 1.30427498045045e-60 ANKRD46
cg01651915 -19.3959559987161 -0.215877948423431 1.87871261091607e-60
ch.8.842844F -19.381288160939 -0.134923466943989 2.18523938331085e-60 UNC5D
ch. 12.2545474F -19.3772410017864 -0.105404948073623 2.27829313059724e-60 TMEM120B
cg24721350 19.3401394396815 0.105550441629175 3.33906624282345e-60 RHBDD2;RHBDD2
ch. 16.2085963R -19.3266072639418 -0.105452152754962 3.83859137062674e-60 KLHDC4
cg26914705 -19.3133264131928 -0.149972988721195 4.40141012166586e-60 C22orf24;YWHAH
ch. 12.1173053R -19.2979010844264 -0.156016090892035 5.1594499626264e-60 ESYT1
cgl1009596 -19.2171975717518 -0.229550239261227 1.18470240328334e-59 AURKB
cg05009047 19.1971773065683 0.200327121499001 1.45596175443679e-5 9 FAM100A
cg24035245 19.1869337407768 0.418794205716242 1.61793853145443e-59
cgl5364131 -19.1433534202296 -0.227940176913957 2.53423709613732e-59 C22orf24;YWHAH
cg26435670 -19.1007857175179 -0.153227458787093 3.9280346748955 le-59 BMPR1A
cgl8529294 -19.0635646423732 -0.1518180086696 5.76200273596645e-59 C2orf79;CENPO
cgl7295666 -19.0581117830914 -0.198033041510934 6.0946493914263 8e-5 9 UBOX5;FASTKD5;UBOX5
ch. 15.465126R -19.0452708094763 -0.120009526576027 6.95581812899221e-59 ZFP106
cgl2371587 -19.029769780879 -0.164136329099197 8.15 8954034665 3e-59 C22orf46
ch.3.2410502F -19.0289592629221 -0.0607044832662739 8.22729773743669e-59 PTPLB
ch. 1.64660926R -19.0202378027011 -0.2560144385226 8.99991341324652e-59
ch.3.38006391R -18.9489249069132 -0.0532184005534698 1.87467322411446e-58
ch. 16.82520294R -18.944520123564 -0.225563813245258 1.96158410169333e-58
ch.22.533187F -18.9339332914114 -0.0441881935303353 2.18730491311508e-58 HMOX1
cg21878746 -18.9300806526769 -0.396637528296776 2.27573957484973e-58 LAIR1;LAIR1
Злокачественная опухоль легкого
cgO3169557 44.7260711971417 0.247836550880329 4.61418979758284e-232 SPG7;SPG7
cg02627286 43.4990530706925 0.208383505836363 1.45763279465325e-224 SPG7;SPG7
cg02075410 43.1724795598899 0.251300196532306 1.48710067478744e-222 LRBA;MAB21L2 ;MAB21L2
cgl4789818 42.7483230306733 0.467780803826933 6.15 266796650162e-220
- 213 036566
cg20699586 41.0140564319255 0.478504040046711 3.78182448876408e-209
cg08943107 40.6646060097964 0.201308221731291 5.867922747595 29e-207 MACF1;MACF1
cgl3531667 -40.6124492505219 -0.250983187790336 1.24720 8230673 02e-206 MCC
cg09325711 -39.5878848652573 -0.1917784357526 3.5707011190700 le-200 RALA
cg25386676 39.5836751043877 0.320829958283862 3.7964456294357e-200
cg05336395 38.9069542545006 0.389234087288719 7.39282027951585e-196 PCDH8;PCDH8
cg03286774 38.8088910677529 0.200475362496636 3.10425858420544e-195 SPG7;SPG7
cgO1772014 -38.0001437232442 -0.176642348366363 4.42401243 84645e-190 C20orfl60
cg08566455 37.6596118454676 0.551510952759785 6.66012821873494e-188
cgl4823851 37.3486068559556 0.323840073250382 6.54793941303481e-186 TBX4
cg03663556 -36.175027895587 -0.288496717528049 2.32295643749365e-178
cg09464735 35.5410895061832 0.220981799020792 2.905054178143e-174
cgl3394216 35.2816000491821 0.223838553032839 1.39229485202496e-172 GMDS
cg03177025 -35.2735593413643 -0.175471685640618 1.569776895301e-172 BRE;BRE;BRE;BRE;RBKS;BRE;LOC 10030 2650
cgO1839430 -35.2563424979422 -0.167266857818171 2.02962398291855e-172 ATIC
cgl7701921 35.2201669145247 0.159768081199215 3.48246908899358e-172 CDC34
cg05945615 -34.862335201787 -0.086256471197359 7.29702382397104e-170 SH3BP1
cgOO129232 34.6482705855197 0.194790763775366 1.79245462404266ε-168 ST ARD3; STARD3; STARD3
cg25351606 34.623591517771 0.39567749662279 2.59304913519603e-168
cg02174232 -34.4636261094903 -0.156925135252835 2.84205627386401e-167 АРЕН
cgl0707788 34.3643587007104 0.256447460437565 1.25668140542093ε-166 GMDS
cgl5628956 -34.1877862435497 -0.134809854955896 1.77082688568409ε-165 TENC1;TENC1;TENC1
cg07195577 -34.1676216933338 -0.17590566347358 2.39570908108853ε-165 TLCD1;TLCD1
cgl5938260 34.0781485451288 0.284764085807831 9.16139966498101e-165 TBCD
cg23413697 -34.0320783641018 -0.194932010934781 1.82802294603043е-164
cg23209302 33.6020399605075 0.170832216584055 1.16092270310685е-161 CCNL2;CCNL2;CCNL2;CCNL2
cg02580005 33.2063559973266 0.215267912830955 4.43782264670949ε-159 LRBA;MAB21L2
cg23023126 33.0780217262848 0.234809927942776 3.05759035959582е-158 MIER2
cg23746497 32.9713494244524 0.442376118827722 1.52172293083188е-157
cg01280080 -32.9242500824801 -0.233176530371585 3.09121875248342е-157 ATIC
cg27616751 32.8881454402486 0.196059494134073 5.32230762430268е-157 FIS1
cg04864807 32.7509753012977 0.536673371164181 4.19576856185448е-156
cg01552919 32.7237294433446 0.238463428340874 6.32355700347545е-156 GAK
cg26521404 32.6458446068087 0.481360829049637 2.04308655304138е-155 HOXA9
cg25774643 32.6145822392402 0.560527549415833 3.27154976685005е-155 SCT
cgl9211880 32.2540398197325 0.283408672612201 7.48005405814547е-153 AMOTL2
cgl2433486 -32.2333605358463 -0.22377491406864 1.02158239341364е-152 PKM2;PKM2;PKM2
cg06525280 -32.0688560788805 -0.216858891828279 1.21994639458203е-151 ATIC
cg06962177 32.0394837083248 0.543595122419031 1.8997167444945ε-151
cg24035245 31.9597990109748 0.440126483835943 6.31781400810054е-151
cg25602159 -31.8811320708151 -0.110228692485176 2.06944874066721е-150 ADCK4;ITPKC;ADCK4
cg00310375 -31.871951865708 -0.123461392437625 2.37679665460738е-150
cg06491116 -31.8632216513985 -0.112475120393182 2.71133077612723ε-150 MPZL3
cg08328160 31.8469575314678 0.17834756379272 3.46520503843605е-150 AGER;AGER
cg05696153 31.8263810085006 0.188815521745608 4.72639812773351ε-150 CMIP;CMIP
cg04834502 -31.8203773688887 -0.135877669986187 5.17442838355374е-150 N4BP1
cg04549287 31.8087729432599 0.191943459600774 6.16436640309819ε-150 THSD1;THSD1
- 214 036566
cgl6768018 31.7493573531895 0.476206256208943 1.51067632087547e-149 ZIC4;ZIC4;ZIC4;ZIC4;ZIC4
cg24586978 31.6798325225869 0.3021703451981 4.31258117992376e-149 DOCK9;DOCK9;DOCK9;DOCK9
cg26993251 -31.4857308590565 -0.122908943259586 8.06976038897683e-148 MACROD1
cg03517024 31.4604084723399 0.215566709626287 1.18262662660156e-147 TRAF7
cg07450698 31.3920436201255 0.222006781775515 3.31897996424706e-147 TBCD
cg25588852 -31.3479452932013 -0.166793453130813 6.4581336949206e-147 MREG
cgl3153865 -31.3031333947266 -0.107349964988116 1.27029362395288e-146 OSGIN2;OSGIN2;OSGIN2
cg08171483 31.2745179341201 0.203874099875352 1.95669052042891e-146 CTDSPL;CTDSPL;MIR26A1
cg01059331 31.2732193819178 0.268657672288356 1.995429032964 8e-146
cg09479241 -31.2362608637736 -0.194396787921821 3.48630738096344e-146 TLCD1;TLCD1
cg24251800 31.164218980245 0.17090952899208 1.03456816013677e-145
cg07883457 31.0159887288742 0.245807224870301 9.70173772622603e-145
cgl4754787 30.9053376411184 0.46384037808464 5.15924996536649e-144 LHX1
cg06783737 30.8018114805016 0.533657915821956 2.46407223126108e-143
cgl5672768 30.7869142420846 0.367940494321671 3.08584694954473e-143 PCDHGA4;PCDHGA2;PCDHGB2;PCDHGA
1 ;PCDHGB 1 ;PCDHGA3 ;PCDHGB2
cg09317554 30.6962725892614 0.223974038493306 1.21331929718633e-142 LRBA;MAB21L2
cg03964958 30.6752896207181 0.399659355734893 1.66581335507289e-142 HOXD12
cgl9069882 -30.6601980233081 -0.147229601520218 2.09233113139607e-142 MPZL3
cgl1563680 30.6505798396593 0.379590306544365 2.41951430494553e-142
cg20906291 30.646834590387 0.329039524742423 2.56034266909224e-142
cgl8675097 30.6256320306278 0.40728560999834 3.5269060067798e-142 ΝΚΛΡΤ.:ΝΚΛΡΤ.
cg01399319 30.6230670759927 0.131472605476598 3.66624045353459e-142 CCNL2;CCNL2;CCNL2;CCNL2
cgl5105326 30.6131498035839 0.30466290706874 4.2587502432825e-142 ZIC4;ZIC4;ZIC4;ZIC4;ZIC4
cg08443563 -30.3689670998091 -0.338199466851754 1.70336887114586e-140
cg06024289 -30.3613642278358 -0.0931750722416427 1.9106962164483e-140 KRT18;KRT18
cg07961632 -30.3241584326472 -0.178655046917449 3.35198971540068e-140 SYTL1
cg26319363 30.2961994554443 0.190581136833356 5.11382376984454e-140 PCGF3
cgl3014333 -30.2845936496127 -0.168329368846094 6.09387453702532e-140 VARS
cgl3283952 30.282941407814 0.464306420986787 6.24790149092617e-140
cg26908825 30.2101097207601 0.18209467558494 1.87758300533592e-139 GMDS
cg09496762 -30.1868536424465 -0.101527047380666 2.66801551439127e-139
cg03738025 30.1472371409965 0.487491952186808 4.8542612209181e-139
cgl1302791 30.1193394067537 0.20327497907103 7.3989161297819e-139 PINX1
cg08491487 30.0509648314833 0.366218720749433 2.078704998689396-138 RNF39;RNF39
cg07452625 30.0224475672278 0.161260988796476 3.19817409381668e-138 SPG7;SPG7
cg03915012 29.998263602443 0.184381008703549 4.60870595730428e-138 GAK
cgl3382100 -29.9889532763176 -0.115768206708092 5.30476556291043e-138 PUS1;PUS1;PUS1
cg09887059 29.9638525669243 0.488808446826414 7.75099251568685e-138
cg21870038 -29.9434181689268 -0.163279003624625 1.05543443960707e-137 RFFL;RFFL;RFFL
cg08722200 29.7751356318626 0.197036011873264 1.341340400893 96e-136
cg08139247 29.7748247186889 0.324950017138526 1.34765542341373e-136 CLEC14A;CLEC14A
cg22270027 29.7597610238007 0.312153562570759 1.69203506637373e-136
cgl0659886 29.7279158982469 0.314906429781818 2.73739931931197e-136 ZSCAN18;ZSCAN18
cgl7276002 -29.7034342996286 -0.198487933412634 3.96236546472636e-136 ANXA7;ANXA7
cg02597246 29.6592850484077 0.234040981056107 7.71968812184923e-136 CMIP;CMIP
cg06972019 -29.641401665646 -0.214291237867499 1.01140128289557e-135 ENO1
cg06029935 -29.6039606686048 -0.186613641592634 1.78053734506875e-135 PLEC1;PLEC1
- 215 036566
cgl6919569 29.5314332565169 0.383651843614408 5.32529681352267e-135 NBLA00301;HAND2
cg07004744 29.4948820773882 0.239179286390657 9.24948579143744e-l 35 ERICH 1
Злокачественная опухоль поджелудочной железы
cg24748548 10.876926634944 0.502467918066604 8.92089489972584e-22
cg20157572 10.8473693396081 0.497154795274002 1.0901430048017e-21 DCUN1D2
cg27324804 10.7176157545963 0.110441233709022 2.62480228623554e-21 CUX1;CUX1;CUX1
cgl0858686 10.0183494856111 0.435887035131395 2.854033457213936-19 SORCS2
cgl1964578 9.76222260678036 0.4886942206199 1.55416857589136e-18 LMNB2
cg02396020 9.69412735441034 0.45981295110368 2.4332233493978e-18
cgl8736168 9.64871288746107 0.421456658215597 3.27927017865414e-18 HDGF2;HDGF2
cg07077277 9.33714475208013 0.261190444081113 2.50807448119758e-17 HIST 1 H2AA;HIST 1H2BA
cgl3682223 -9.30250372661071 -0.208415120000779 3.14018418705022e-17 HYAL3;NAT6
cg02564175 9.05997864227821 0.214642030164514 1.50194212630964e-16
cg00763315 8.93785016517477 0.450136464628692 3.28373038934644e-16 NCRNA00182 ;MIR374B;MIR421
cg02708922 8.57925462404981 0.0938895304575148 3.18559567956016e-15 ADI1
cg23942526 8.54929499651289 0.201382613573337 3.84487111565422e-15 JAZF1
cg27529346 8.48184619117641 0.443158129073166 5.8661126973557e-15 HLA-B
cgl7902007 8.45920172875149 0.149442048172008 6.75781702120952e-15 A2LD1
cg22789318 8.45065971295339 0.186806743028766 7.12804904179683e-15 ABR;ABR;ABR
cg01289769 8.4390049049404 0.293673720404533 7.66584255055063e-15 ZNF 148
cg08858649 8.42298221491452 0.358653872277243 8.471435357994566-15 TRIM 15
cgl0277836 8.40096280492132 0.253562962594049 9.717120864893 9e-15 SLC30A6
cgl1903177 8.38103122022852 0.217186928860068 1.1000444602494c-14 MED9
cg!5485247 8.35360718669386 0.126424373531442 1.30449472818035e-14 ABR;ABR;ABR
cg!3283691 -8.32864111664935 -0.172190362496808 1.52316200075668e-14
cg24288527 8.29598671699935 0.266572598721667 1.86483919898801e-14 PPP1R3C
cg00228281 8.27883780592001 0.166176237852898 2.07366813444726e-14 GRB10;GRB10;GRB10
cg27226147 8.26741836817315 0.38499203594354 2.22542067410986-14
cg!4037652 8.21647267803407 0.231334314429353 3.04804586391642e-14 PPP1R3C
cg02229757 -8.14613564334794 -0.211453423561079 4.6989237084009e-14
cg05757474 8.14251773180924 0.216137649303584 4.80449067761014e-14 MACROD1
cg22424284 8.11043807150333 0.338552820422463 5.849483069033596-14 FAM46C
cg00132509 8.08481564356487 0.261888210370785 6.84339536784927e-14 SLC22A23;SLC22A23
cg00733324 8.03024784105445 0.215561902099595 9.5517801491726e-14 EIF2S1
cg!9240319 7.97650093813682 0.179370767793281 1.32516053541479e-13
cgl4001664 7.96695962686845 0.31654737189174 1.404307822767226-13
cg02747390 7.96593920576003 0.164732371887772 1.41304466604105e-13 SRPK2
cg03256198 7.94616365628383 0.275826624883829 1.59339868722407e-13 GALNT2
cg00690554 7.92856779018925 0.237137714643411 1.77292774667082e-13 ZFYVE21
cg!4156751 7.90778986663778 0.30176540539352 2.010848574971746-13
cg!3580196 7.89844799084456 0.24134519765218 2.127870313791736-13 PDE8A;PDE8A
cg04051396 7.88299902660004 0.260168791328223 2.33636014096286e-13 PLEKHG7
cg25397945 7.85211625027355 0.379190163685361 2.815622023380476-13 ZNF529;ZNF529;ZNF529;ZNF382;ZNF529; ZNF529
cg27015161 7.84651538778348 0.192579771780324 2.9124213520565e-13 NCOA1 ;NCOA 1 ;NCOA 1
cg09326087 7.80999218910263 0.221017697941033 3.629582429142586-13 CABCI
cg02386420 -7.80641525978118 -0.177682573651122 3.70858203886119e-13 RPTOR;RPTOR
- 216 036566
ch.l.3056292F -7.79961139724736 -0.0838892987081369 3.86357699232609e-13 CCT3;CCT3;CCT3
egl6855929 7.78748355625777 0.274741566038735 4.15591353227943e-13 EGLN1
cgl9163395 -7.78697257594082 -0.349686465202603 4.16869971298572e-13 HDAC5;HDAC5
cg03544320 7.7711904853663 0.391874310767393 4.58336721786216e-13 CRMP1
cg20989443 7.77047384014319 0.215631071166015 4.603135905 54025e-13 GALNT2
egl4473102 7.76485970734245 0.39844183053159 4.76094937479144e-13 HOXD8
cg07675334 -7.7597377576151 -0.201975917843174 4.90959133439561C-13 MAZ;MAZ
cg26099837 7.75565621684185 0.109612437308457 5.031319607517e-13 AKT1;AKT1;AKT1
cg23811057 -7.73514636676316 -0.257585816594137 5.68969700540066e-13
cg01058717 7.73456976646418 0.194387317881353 5.7093883676721e-13 SSU72
cgl6583088 7.73443982062353 0.236624266410546 5.71383542336003e-13
cgl8422423 7.73317565324604 0.216733675769513 5.'7572774654537 le-13 RAD54L2
cgl7927493 7.71975097485417 0.202493004149458 6.23925157840507e-13 SEL1L
cg05784193 7.71931807296456 0.263796127334509 6.25544057541293e-13
egl8354248 7.70973135063042 0.177054933171031 6.62479230312423e-13 PPP1R3C
eg01385836 7.70867324497751 0.143218736562951 6.66685752040397e-13 ORMDL1;ORMDL1
cgl9728601 -7.69428766927037 -0.0968945773741529 7.26566870220514e-13 GJC3
cgl5834072 7.68327323961855 0.296538516365375 7.75984092587261e-13 DCHS2;DCHS2
eg09194815 7.68007173417184 0.218021267847172 7.9096156515383e-13 PCCA;PCCA
eg07037852 7.67940982516604 0.2484640432123 7.94093633350853e-13
eg09641127 7.65872506322656 0.301371630243591 8.98400854941535e-13 KLF11
cg02148562 7.65678670560492 0.266969753575067 9.08843551911661e-13
cg07877257 7.64422774959783 0.263172522613008 9.794730728681 le-13
cg02209075 7.64348849590243 0.121865320776882 9.83795659329992e-13 HIC2
cgl8466420 7.64266501997519 0.200260956309092 9.88632927586753e-13 ERP27
cg04588455 -7.63995123693156 -0.219464940593604 1.0047413456491e-12 MAZ;MAZ
cg26650359 -7.63341505259323 -0.233076583100922 1.04461192695713e-12 R3HDM2
cgl8022344 7.62431281750507 0.16538532331032 1.10275398514487e-12 METTL9;IGSF6;METTL9
cg26997966 7.60939707196806 0.125085523498643 1.205024945283 88e-12 RNF214;RNF214
egl4928149 7.60022626783846 0.170287076673068 1.27250408499312e-12 RBM33
cgO1294808 7.57533709701558 0.292839028304656 1.47505124696838e-12 IRX1
cgl3114125 7.56290631605433 0.0799735485574017 1.58783540226695e-12 BRF1
cg19962424 7.56120593375413 0.296639326835039 1.60391148391152e-12
cg02923485 -7.5500227988345 -0.265411700869749 1.71372452939779e-12 CAPN2;CAPN2
cgl8690385 7.53846122513456 0.214250050997344 1.835067548303 le-12 MOBKL2C;MOBKL2C
cgl2201110 7.52475719080665 0.147296509222481 1.98993393660628e-12
cgl9333201 7.52284389702812 0.161027330060883 2.012559094475376-12 PRKG1;PRKG1
cg05336395 7.52267985184612 0.293014407761819 2.01451076224086-12 PCDH8;PCDH8
egl2904880 7.5145818191807 0.385517799653285 2.11321563871423e-12 TRIM 15
cgl6784745 7.51032404058962 0.247489161450218 2.16701476125653e-12 MIR148B;COPZ1
cgO1383799 -7.48618518667648 -0.249854743693082 2.49861883969984e-12 MAZ;MAZ
cg03663556 -7.48513675963331 -0.292144979243432 2.51410559009842e-12
cg24613080 7.47969828863064 0.337850246524396 2.59597467529235e-12 ACCN1
cg20146541 7.47705725612639 0.36246099031453 2.63667691828791e-12 TRIM58
cg24709001 7.46871258651993 0.144577023082265 2.769470279482576-12 HTT
eg20297544 -7.45986001569912 -0.211180353963636 2.91757401217763e-12 EPHB2;EPHB2
cgl3048147 7.4583957278939 0.206172199278162 2.942814805110816-12 ATP5H;ATP5H;KCTD2
eg26034658 7.45356638187075 0.221742912298741 3.027600293637726-12 PACS1
- 217 036566
cg04210254 7.45012838819408 0.246730087164741 3.08942522249094e-12 CELA3A
cg05305413 7.44950116380382 0.158972835529912 3.10083831135511e-12 CELA3A
cg08712082 7.44767470148312 0.19729734601105 3.13431079222945e-12 GARS
cg06876872 7.44220536156056 0.183878262998406 3.23669420049882e-12 ARL8A
cgl4023291 7.4239037013934 0.197074610615438 3.60391838300890e-12 TTLL11
cg05037270 7.4214711380203 0.188813721616941 3.65572919754224e-12 EIF4G3
cg07187971 7.41132292115514 0.207476925123494 3.87993094810114e-12 PHLPP1
cg05834895 7.40794983343195 0.406801270819574 3.95741854825375e-12 LMOD3
eg14754787 7.40301986459384 0.360089281679965 4.07342916862779e-12 LHX1
Феохромоцитома и параганглиома
cgO1022974 -23.7644396067065 -0.563944057100413 2.12165124538845e-57 TRIM2
cgl3966609 20.0525363037273 0.114281765098129 9.49354890055815e-48 DSC AML 1
cg03905413 -19.0775976041127 -0.216473918891258 4.30192895620467e45
cg00349895 -19.0090856899751 -0.557929304900766 6.6393437834963e-45 TRIM2
cg23049847 -18.7305750532075 -0.198315187917113 3.89601166883805e44 CRMP1;CRMP1
cgl5802555 -18.7262856915055 -0.196756602321208 4.003920177850096-44 MPP2;MPP2
cgO1191815 18.3433988584953 0.463461973746453 4.62560625570327e43 TLN2
eg18588504 -18.1323892320091 -0.204238397648226 1.79376708711645e-42 STARD9
cg05300184 17.8161796408115 0.419512485164187 1.37921125650062e-41
cg09308026 -17.5525749475331 -0.414132156816056 7.61254941436441e41 FAM57B;FAM57B
cg04770433 17.3436656426444 0.297165471039214 2.962294661673 986-40 NCOR2;NCOR2
eg18549292 -17.2493837069445 -0.334723473361261 5.47705012215413e40
eg18784943 -17.1377149175496 -0.294691000748522 1.13544297603968e-39
cg20381798 -17.0643655841741 -0.386243895447803 1.834057782491396-39 SHH
cgl7108838 -16.8185640977139 -0.207935903269244 9.18002055614181e-39 ADM
cg02760939 -16.5897015259282 -0.171892834621615 4.132234870319926-38 MPP2
cg04367486 -16.5356045733577 -0.544575436747673 5.90072828110176-38 CD200;CD200;CD200;CD200
cgl7838182 16.324345517824 0.488149674982759 2.377620750824416-37 CANT1;CANT1;CANT1
cg24604988 16.2065400210073 0.46290635391055 5.1800402702735e-37 CHMP4B
cg03557733 -16.0830506945384 -0.219387301922702 1.17314839868847e-36 MPP2
cg27188703 -15.940850743837 -0.351226901617455 3.01157942556308e-36 FAIM2;FAIM2
cg01029590 15.937936024197 0.4393788608072 3.07039095610747e-3 6 FDFT1
cg23561934 -15.9074513631696 -0.29538776924928 3.75887412673547e-36
cgl7693013 15.9019248563822 0.456890438600101 3.89932727861232e-36 NCRNA00171
cgl0944379 15.8995582536195 0.480711797634655 3.96106954724654e-36 CCNY;CCNY
cgl8479798 15.8703326430047 0.294337533823592 4.80931153123052e-36 SF1;SF1;SF1
cgl2378722 -15.8466721991639 -0.092906703460184 5.62763996970096e-36
cg06873452 -15.8086157212483 -0.275275224507927 7.24650826818117e-36
cgl3441983 -15.7988972360915 -0.137673306940648 7.72994314827733e-36 ADM
cg27351813 -15.7574891077807 -0.237780761951127 1.01791782865495e-35 SHANK 1
cg06422108 -15.746613596318 -0.304418282507416 1.094250464817756-35 ZEB 1 ;ZEB 1 ;ZEB 1 ;ZEB 1 ;ZEB 1 ;ZEB 1
cg20982476 -15.5962299468081 -0.16171776868387 2.97665494273307e-35 HBXIP
cgO1004056 -15.5358151162261 -0.464121799846854 4.451600410211926-35
cgl3520026 -15.4555852797378 -0.307562388538338 7.5996271836802e-35 C9orf3
cg24561348 15.4159994440418 0.487589069417648 9.896120077432176-35 SERINC3;SERINC3
cgl6448037 15.3997438434629 0.471620979404653 1.10297801921398e-34 EIF4EBP2
cg21096141 15.261585554694 0.446510683951951 2.77446128979954e-34 SCD5;SCD5
- 218 036566
cg25556690 -15.2403343885519 -0.238485625995774 3.19774918044078e-34
cg09234297 15.1957818038823 0.578146433798543 4.30688012935887e-34 IRF2
cgl5266705 -15.1650620504774 -0.286169127097379 5.2888257061307e-34
cgl5855170 -15.1604589796962 -0.200206490326986 5.45414346011742e-34
cg07363543 -15.114004861021 -0.371800593603974 7.4414664453035 le-34
cg!4001992 -15.0780863286228 -0.426431558474026 9.46291015568712e-34 TRIM2
cg20929387 15.0709150685097 0.428676216096068 9.92808577398498e-34 AFAP1; AF AP 1 ;LOC84740
cg!3407601 14.9794529491888 0.50883906681788 1.83136752085486e-33 EHMT1;EHMT1
cg25052374 14.9730804681765 0.573240114406066 1.91121538869991e-33 CANT 1 ;CANT 1 ;CANT 1
cgl8941211 14.9720665973905 0.51411269715841 1.92423684080119e-33 SOAT1
cg!4131555 14.9496034734978 0.448303823054829 2.23665816208914e-33 LAMP1
cg!4769121 14.9122650340067 0.450867430130186 2.87233766627393e-33 SMURF 1; SMURF 1
cg09006015 -14.9121704335701 -0.363569089493721 2.87415888298796e-33 CD200;CD200
cgO1979157 -14.8995736374419 -0.125892703177674 3.12728958472285e-33 SKI
cg05354171 -14.8820409917483 -0.251998720506272 3.51718195299209e-33 FAM20C
cg09914182 14.8668093394086 0.38989672477095 3.89520455033381e-33 MICALL2
cgl7639265 -14.8579256753606 -0.183841375111208 4.134192242845 le-33 SRPK1
cg21770622 -14.8546717447961 -0.41058057218241 4.22535601237614e-33 DGKZ;DGKZ;DGKZ;DGKZ
cg24712249 -14.8134827173744 -0.164911640819404 5.56916228584654e-33 SYT11
cgl0281478 -14.7984305382559 -0.334191472908325 6.1606283011441 le-33 DYNC111 ;DYNC 111 ;DYNC 111
cg03329165 -14.7681995530124 -0.3740687701283 7.54533199351423e-33 CD200;CD200
cg07251099 -14.7545397980496 -0.446976290625205 8.26934523454933e-33 CD200;CD200
cg25166006 14.7339093208767 0.225438011100558 9.49681133481676e-33
cg27324804 eg13849495 cg04663790 cg26493193 cg06223466 cgl1694223 cg03470207 cg21109167 cgl6115588 cgO9311630 ch. 12.4168779F cg00651401 cg21365287 cg00381131 cg26017564 cgl8616091 cgl1447335 cg26253438 cgl1746341 cg21104798 cg06223736 14.698228843276 14.6930088168839 -14.6871962544601 14.6559167600984 -14.6443422209998 14.6325775670162 -14.6138673704071 -14.6008555184203 -14.5960584614289 -14.5766636033323 -14.5605365758439 -14.529438355745 14.5209739311724 -14.4953657610303 14.4836820204629 -14.4525914411412 14.4519029207963 -14.442091205 14.4202904988701 14.396150397204 14.3894729714037 0.512148634747529 0.390628466543228 -0.385381601644766 0.487663395781124 -0.235488006706092 0.495643305494672 -0.273742543587657 -0.496543401874165 -0.246139592584288 -0.158686037114817 -0.18341092671186 -0.186222204579106 0.588816640907648 -0.298494632292359 0.460050348419932 -0.436404476541397 0.273386334017055 -0.189162370280223 0.448161011647677 0.393670335419159 0.453658070173279 1.206570738923 le-32 1.24958664896169e-32 1.29929427035561e-32 1.60282204952904e-32 1.73232424166179e-32 1.874692074983916-32 2.125623752709436-32 2.31969623855773e-32 2.39563656366708e-32 2.72889701705991e-32 3.041079780030946-32 3.74758093865419e-32 3.96686467430789e-32 4.71162987874964e-32 5.096449581604156-32 6.28073593048659e-32 6.30986803126761e-32 6.74001472518487e-32 7.80374798950925e-32 9.17876191236069e-32 9.60022878200023e-32 CUX1;CUX1;CUX1 RAD23B HDAC4 RADIL CLU MLH1 ;MLH 1 ;MLH 1 ;EPM2 AIP 1 ;MLH 1 FAIM2;FAIM2 TNK2;TNK2 PPP2R2D;PPP2R2D;PPP2R2D TRIM2 FNDC3B;FNDC3B MPP2 BRD9;BRD9;BRD9 ATP2B4;ATP2B4 PLEKHA2 CRLF1 HDAC4
eg12892054 14.3838229382241 0.463241882244223 9.97194162572114e-32 PHF3
cgl4368691 14.2991899498989 0.311899082171506 1.761848892799786-31 CNNM2;CNNM2
cg00786138 cg04726821 14.2909197374752 -14.2143855352881 0.207490475581119 -0.562082567755972 1.86264230141703e-31 3.11720625316644e-31 RERE;RERE;RERE MLH 1 ;MLH 1 ;MLH 1 ;EPM2 AIP 1 ;MLH 1
- 219 036566
cg20143982 -14.1976149395527 -0.199747166395577 3.48964245900749e-31 PEX5;PEX5;PEX5;PEX5
cgl4230238 -14.1715721835309 -0.416732021630399 4.15818320338418e-31 RFX2;RFX2
cgl0606269 14.1582994356165 0.479503549781188 4.54677215168543e-31
cgl2719510 -14.1483834577265 -0.342560691733441 4.860619097857256-31 ADAM 15;ADAM15;ADAM 15;ADAM 15 ;AD
AM15;ADAM15
cgl3710586 14.1375183375474 0.398310910481215 5.22945191994057e-31 RALGAPA1 ;RALGAPA1
cg05409391 14.1364353496933 0.433295221303744 5.26771673327873e-31 LSP1
cgl3957113 14.1351891183936 0.40025024433514 5.31209619928456e-31 ROR2
cg24789596 -14.1214483152774 -0.29722098247544 5.82693608504559e-31
cg01031032 -14.0770814742257 -0.502007161695103 7.85548024708575e-31 CD200;CD200
cg07562821 -14.0377460839966 -0.3246407280629 1.02379410582067e-30 ΜΑΡΙΑ
cg23568341 -14.0203158782602 -0.353154746039169 1.151316027380656-30 ABR;ABR;ABR
cgl3445608 -13.9842944824409 -0.431352243221007 1.46745 540996169e-30
cgl7552029 -13.9781207387676 -0.341543002677596 1.52976902565208e-30 MPP2
cg02155796 -13.9614329863951 -0.371290725984639 1.711776232053346-30 CRIP2
cg26216857 13.9534329437366 0.444022317923438 1.806561209954776-30 TMEM50A
Злокачественная опухоль предстательной железы
cg23119604 23.1142267537722 0.285221601548098 4.59511003284204e-83 HLA-L
cg24033558 22.6672002321667 0.48078974717753 8.71735908463361e-81 SHF
cg08879910 21.2754321327747 0.460371725225109 1.04776548513362e-73 HLA-J;NCRNA00171
cgl8004701 21.0319305258372 0.354096704581173 1.80077647136369e-72 PTPRN2;PTPRN2;PTPRN2
cg27134365 20.8002574819599 0.364378171083158 2.68712221339074e-71 DHRS4L2
cgl8713646 20.7542669339314 0.30785346146619 4.59343394042092e-71 HLA-J;NCRNA00171
cg!7397631 20.6336947398412 0.438667730242647 1.872003434707286-70 CPLX1
cg08163199 20.6275045899288 0.476896006467487 2.01196798543704e-70 HLA-J;NCRNA00171
cgl8582992 20.5416550090811 0.434842981538284 5.46755327763135e-70 SHF
cg04978107 20.4483847189153 0.386375386252431 1.61895383230669e-69 DHRS4L2
cg25318809 20.3717846379444 0.461790334949304 3.94644107243795e-69 HLA-J;NCRNA00171
cg26206183 20.3367361628305 0.369026964771764 5.93198521582026e-69 DHRS4L2
cg00817367 20.2271118910851 0.532415376463188 2.12095405909756e-68 GRASP
cg08901662 20.2167328612079 0.546970689425489 2.39275381160363e-68
cg!1716106 20.1095234790917 0.417336093529433 8.30980358426075e-68
cg02125316 20.0854874157838 0.321070650003851 1.09838653553031e-67 FGF18
cg09296001 20.0101768880481 0.495867291918432 2.63179190815788e-67 SND1
cg24922143 19.9070203382454 0.481915291750611 8.70390104045908e-67
cg23483840 19.9067349824268 0.338719625230568 8.73273588012969e-67 HLA-J;NCRNA00171
cg06409824 19.8792174304455 0.205345416132994 1.20129254628312e-66 HLA-L
cg12628196 19.7582207152069 0.418521903084745 4.8783574211336e-66 SND1;LRRC4
cg08300419 19.7525360221281 0.384750091958643 5.21018738459099e-66 PACSIN3
cg07519235 19.7236526041125 0.485014780000878 7.2785266879907e-66 GPRC5B
cgO1030534 19.5855757613815 0.535381062646447 3.59443927621633e-65 FAM 115 A
cg24847366 19.571676613508 0.265855305815414 4.22088344542156e-65
cg07198194 19.5644235007274 0.448455506328971 4.58996946826425e-65 PFKP
cg08325845 19.552985200328 0.426143489652888 5.23864180257782e-65 HLA-J;NCRNA00171
cg25720815 19.5507731406405 0.372186868426513 5.37428104410824e-65 HLA-J;NCRNA00171
cgO1934626 19.5217071025307 0.4340945261811 7.519237795434856-65 SCGB3A1
cg!6794576 19.5177449911001 0.435964045768851 7.87141414343387e-65 HLA-J;NCRNA00171
- 220 036566
cg06733794 19.4757962122136 0.401852211373471 1.27784171243671e-64 TACC2;TACC2;TACC2;TACC2
cg21013866 19.4479995755721 0.385843802095836 1.76143585580162e-64 EFS;EFS
cg04879832 19.4245637854314 0.418003925543704 2.30866487803978e-64 CYBA;CYBA
cgl3247663 19.3815313625881 0.452321049688371 3.79345551833305e-64 FAM 11 OB
cg08862890 19.3276914632272 0.501804016946572 7.05914411159531e-64 DOCK2
cg08843517 19.3184837581813 0.512879732148942 7.849920204954 82e-64 CYBA
cgl4781281 19.3181838531103 0.380705243357602 7.87711400604837e-64 HLA-J;NCRNA00171
cg00970396 19.3154634566768 0.465117026739917 8.12812466024554e-64
cgl2433395 19.2677023929345 0.327762785533355 1.40964700735234e-63 NUAK1;NUAK1
cg26250609 19.2413760098739 0.290132974118187 1.90927402006744e-63 GSTP1;GSTP1
cg04207084 19.1521427918 0.352455277980499 5.33588021353019e-63 PTPRN2;PTPRN2;PTPRN2
cg26075747 19.1500795443372 0.244649167653066 5.46413676156681e-63 HLA-E
cgl5267232 19.1365947346877 0.455887540754496 6.38168572896352e-63 GATA3;GATA3
cg26537639 19.1147664565599 0.39293272766222 8.204284575949e-63 CYBA
cg08535928 19.1143098958548 0.428280044711042 8.24750343909488e-63 LOCI 49134
cg23855505 19.0423373964361 0.508774332870296 1.8875174260956e-62 CHST11
cg09087503 19.0268104762028 0.319404340493135 2.25645601947873e-62 SND1;LRRC4
cgl3011388 19.0134090149478 0.361655437887266 2.6323208863288e-62 EFS;EFS
cg22473620 19.0133556706087 0.509058129330246 2.63393560488022e-62
cg03596016 19.0019654523766 0.519194302835697 3.00239439792325e-62 LOG 149134
cg25888561 18.9263300700569 0.387254400902094 7.1594894097773 le-62
cgl6755500 18.922275276884 0.441078466115111 7.50078077044446e-62
cgl2615766 18.8761970855854 0.341439267199468 1.27312703470142e-61 FAM 11 OB
cgl4736058 18.8752444362794 0.405487600301259 1.28712530807576e-61 PROM1;PROM1;PROM1
cg05415131 18.8633217679537 0.499300978614384 1.47588589142153e-61 DTX4
cg22859061 18.837186778156 0.409311987128681 1.9920615314507e-61 SCGB3A1
cg00929635 18.81721375309 0.332579974606356 2.50505702294354e-61 DBNDD2;DBNDD2;DBNDD2;DBNDD2;SY S1 -DBNDD2;DBNDD2;DBNDD2
cgl4117138 18.8045888848604 0.546254293881629 2.89540361860427e-61 HIF3A
cgl3555354 18.7736925091369 0.418256501952953 4.12651600243052e-61 DHRS4L2
cgl4001664 18.7396509681442 0.350871210668924 6.09620607478608e-61
cgl5726260 18.7264557341654 0.407394716095873 7.09144160585841e-61 HLA-J;NCRNA00171
cg21286782 18.6896892038482 0.315331022406595 1.0806253823956e-60 FAM19A3;FAM19A3
cgl3338877 18.6784576586607 0.293147567051296 1.22898019540243e-60 HLA-J;NCRNA00171
cg22178238 18.6767332999172 0.440043352800654 1.253492718475 86e-60 PTPRN2;PTPRN2;PTPRN2
cg08857994 18.6598745993149 0.326016333028527 1.52043418901628e-60
cgl2162377 18.654724476757 0.419709002794717 1.61279134247554e-60 B3GNT7
cgl7759274 18.6259860023412 0.39565709110649 2.24109675476679e-60
cgl4088357 18.6049559562259 0.386355088353459 2.85093588104042e-60 HIF3A;HIF3A
cg09500443 18.5799070379847 0.295930748304081 3.79712987022275e-60 SCGB3A1;SCGB3A1
cg24375409 18.5525921831205 0.428336685690433 5.18967765846525e-60 EPHA10
eg18844382 18.4781600028808 0.446230508620651 1.21520697938405e-59 EFS;EFS
cgl9023309 18.4729307914829 0.423114656719008 1.29002291970662e-59
cg08965276 18.4728415565572 0.242966676222614 1.29133877756979e-59 SOX8
cgl7403609 18.4618206826329 0.397319007976362 1.46460280458978e-59 FLT4;FLT4
cg05157171 18.4435238294911 0.237796521076873 1.8050223479422e-59 HLA-A
cgl9943330 18.443451011742 0.292684964920316 1.80652409837433e-59 DHRS4L1
cg20927242 18.4250038294412 0.355718011601894 2.23013541776673e-59 HLA-F;HLA-F;HLA-F
- 221 036566
cgl9759135 18.4191319735227 0.394863168668594 2.3847775091697e-59 LTC4S;LTC4S
cg01940855 18.4015843474916 0.430790063026685 2.91372197372824e-59 CHST11
cgl2539796 18.3857720117035 0.586613985321341 3.4900242402565e-59 C5orf49
cg21908235 18.3636706753531 0.40253794023185 4.49113976903267e-59
cg07153010 18.3344551054526 0.403520429064349 6.26749060654859e-59
cg06928838 18.3315278441292 0.417021166304624 6.48026384314416e-5 9 GSTP1
cgl8349298 18.301513666398 0.357395732919765 9.12481907841713e-59 RARRES1;RARRES1
cgl1867546 18.2888225351135 0.377282880207809 1.0545180663679 le-5 8 HLA-J;NCRNA00171
cgl1448068 18.2071829029578 0.382948204754607 2.67286806687342e-58 C2orf88;C2orf88;C2orf88;C2orf88
cg22399133 18.1929215247765 0.526290942447326 3.14407691354398e-58 CRYGD;CRYGD
cg05063999 18.1553287748742 0.428707861004941 4.82288612432526e-58
cg00489401 18.1097143244405 0.357951307711893 8.1029772465302e-58 FLT4;FLT4
cg05745631 18.109410049446 0.419562833965584 8.13106224533074e-58
cgl4329059 18.1023748291502 0.430328275047335 8.80823891778246e-58 DTX4
cgl7588266 18.0993573655438 0.374893150271439 9.11568080638904e-58 CYP11A1 ;CYP11A1;CYP11A1
cgOO157477 18.0978007431978 0.417524390487816 9.2784485093956e-58 HLA-H
cg23026024 18.0944921311418 0.362188101832536 9.63411897624218e-5 8 HLA-J;NCRNA00171
cg24826644 18.0855892309053 0.202316622541158 1.06602505287176e-57 HLA-E
cg22059073 18.0832648745172 0.292801752534588 1.09456698632732e-57 CECR6;CECR6
cgl5338327 18.0817286424128 0.339998681921961 1.11384882048056e-57
cg24938632 18.0587439659014 0.327935681187712 1.44635677697003e-57
cgl0069493 18.0549511643173 0.516716090466143 1.51005488877091e-57 ALOX5
cg01837657 18.0519541686301 0.440249695469708 1.56236346818996O-57 RHCG
Злокачественная опухоль прямой кишки
cg24974704 27.2855581509205 0.194453061042956 2.11206326851255e48 ZC3H3
cg04659689 -23.4220124751005 -0.18201048829792 1.30181052549096e-42
cg08544002 22.3854095068441 0.187858714199327 6.05975435716722c-41 EXOC2
cg03301058 -22.1124308053654 -0.473150584849413 1.69948402003078e-40 GABRR2
cg21084119 21.3974875395347 0.112158228080927 2.63503770887919e-39 EXOC2
cg09296001 19.8499653686515 0.668261269176783 1.22155511600576e-36 SND1
cg21324456 -19.282828075757 -0.261563289039876 1.24592111712716e-35 ATP9A
cg03183540 -18.9604429675542 -0.269486091537888 4.7479084247893 le-35
cg05336982 -18.9571957296876 -0.230735738687783 4.81263755599566e-35
cg22882523 17.9899229046488 0.428242742206368 2.88197292744579e-33 OPLAH
cg09705456 17.4219415197743 0.0291167469951576 3.36688238767162e-32 MACROD1
cg09087503 17.2541490835603 0.471125184226734 7.01456934417443e-32 SND1;LRRC4
cg04456219 -17.1307750972708 -0.451245211324086 1.20608672124746e-31
cg00664697 -17.0947602598407 -0.417225565437296 1.41334225318659e-31
cg20765408 -16.9887072221652 -0.219168307732873 2.25663417659095e-31 PARP4
cg03130910 -16.7701677691134 -0.504208632398431 5.94527417106187e-31
cgl1209394 16.656916396009 0.321714011560788 9.84526738456283e-31 ZNF775
cgl9599827 16.5725477250335 0.256341761815072 1.43507910895481e-30 EXOC2
cg05309989 -16.5352706860445 -0.201696011164782 1.69553249192036e-30
cg27215236 16.511328928628 0.117370482947528 1.88740834640682e-30 UNC84A;UNC84A
cg02853152 -16.5036636232575 -0.332359328847849 1.9533466323094e-30
cgl9453938 -16.4960943250469 -0.188487371076152 2.02073397695436e-30
- 222 036566
cgl2593746 -16.4919001386965 -0.224069849458411 2.0590759688022e-30
cg22689909 -16.4446744503132 -0.338813366509508 2.54480985857836e-30 GLRX;GLRX
cgl9017254 16.3212914898199 0.39086990103933 4.43149175390568e-30 TRPM4
cg09287864 -16.1567315005883 -0.457147300565301 9.31402507489159e-30
cg23804620 -16.1236859146072 -0.146373191279977 1.08167142494465e-29
cg07220152 -16.0094676096612 -0.395194549950717 1.81582599686757e-29
cgl7304678 15.95220433153 0.376574864627532 2.35578083973705e-29 RGMB
cg02520816 15.9509683510748 0.426309656260474 2.36906607661842e-29 ADCY9
cg23572908 15.9485584677002 0.514329748911867 2.3951864481018e-29 VIPR2
cg05649391 -15.934248706948 -0.456177105950737 2.55636722691887e-29 MYBPC3
cg27539480 15.803072807197 0.381427101878323 4.64961607720617e-29 HOXA3 ;HOXA3 ;HOXA3
cgl3327911 -15.714472410996 -0.359686822394318 6.97297560112744e-29 COL21A1
cgl7373442 15.7075065867039 0.487818279709504 7.199021686623e-29 CHST2
cg00269245 15.6009950977164 0.25723486407243 1.17342673402471e-28 NUP93
cgl3700197 15.5774995119662 0.181990343679864 1.30720624024535e-28 PTCH1 ;PTCH 1 ;PTCH 1 ;PTCH 1 ;PTCH 1 ;PTC H1;PTCH1
cg22262702 15.4466871434964 0.201642226684242 2.38746992701132e-28 TAF4
cg24190603 15.4152124963462 0.457223322992194 2.7606846342662 le-28 SNAP91;SNAP91
cg!0077746 -15.3785652817533 -0.47747463170223 3.26985829641266e-28 DUSP6;DUSP6
cgl0507988 15.2655424269186 0.103801427552418 5.51693320931869e-28 EPASI
cg08100687 15.1156424870649 0.422035993511641 1.10671319148796e-27
cg03653726 15.1147013618102 0.117798673652928 1.11157054070322e-27 GNA12
cgl9579005 -15.1092342032668 -0.381889682740893 1.14021476792717e-27
cgO1483824 15.047982135597 0.130282732034826 1.51666835813047e-27 GRIN2D
cg06947694 15.0264511068406 0.116293326445792 1.67684038392008e-27 TNRC18
cgl2628196 15.0231037837718 0.563540284451018 1.70322633980762e-27 SND1;LRRC4
cg20873416 -14.9781204747565 -0.515729260753143 2.10112443695697e-27
cgl0784519 -14.9732733648577 -0.299818535763043 2.14923062383169e-27
cgl4318199 -14.8283895900361 -0.290704838956816 4.23364298566133e-27
cg01233786 14.8199598244348 0.177491606501215 4.4043197454857e-27 ATP11A;ATP11A
cg07153966 14.7856919488993 0.429882929240947 5.172408484942256-27 HOXA3;HOXA3;HOXA3
cgl4653814 14.7464446765783 0.140647413480685 6.21908138020239e-27 EXOC2
cg27395654 -14.6840423692026 -0.347157642444919 8.33953624939644e-27 CHRNA6
cg06762332 -14.673934699094 -0.436839726950755 8.74579117298684e-27
cg21037180 -14.5743022294119 -0.177794957706674 1.39862404457614e-26
cg05847233 14.569504361381 0.27430519229171 1.43064831426867e-26 AFG3L2
cg24553673 14.4982683351017 0.495176951005508 2.0028566351633 le-26 NR5A2;NR5A2
cgl2894883 14.4573641420834 0.0298447565963309 2.430346485042916-26 PPM IF
cg05168229 -14.4313670021536 -0.361254127193605 2.74859814358357e-26
cg23056703 -14.4240438466339 -0.354090624898194 2.84558694172356e-26
cgl3207733 -14.4181022881264 -0.268864196217159 2.92680043916443e-26
cg06761167 14.3784288941244 0.0565680022602503 3.5321858276237e-26
cgl0007534 14.303794664908 0.13458347659549 5.03339504246936e-26 C21orf70
cg05633070 14.2958235079983 0.125204484400008 5.22764091994687e-26 ABR;ABR;ABR
cgl7301223 14.2745787459862 0.611092681860932 5.782956101505816-26 OPLAH
cg02912476 14.2540248604816 0.098254927586765 6.376608714611556-26 PRKCZ;PRKCZ;PRKCZ
cgO6460652 14.2462828752448 0.0347547910033134 6.61577888092827e-26 FGFR4;FGFR4;FGFR4
cgO8404702 14.2354074281995 0.149467530703697 6.96705885797789e-26 TSC2;TSC2;TSC2
- 223 036566
cgl0773016 -14.234777831017 -0.148291886531011 6.98795980286756e-26
cg07723598 14.210039997846 0.0956755862629012 7.86106050858941e-26 HDAC4
cg00806214 14.2005428808141 0.130275542105897 8.22467758772648e-26 RAB11FIP3
cg25969107 -14.1798327624701 -0.401816356451076 9.07732698861383e-26
cg20402747 14.1687190387561 0.13488626575939 9.57096285942292e-26 TBC1D16
cg24803059 14.1382040036423 0.130047498901594 1.10696016135784e-25 HCCA2
cgl0503655 -14.113960361595 -0.205939093825132 1.24267442051913e-25
cg20175702 -14.0266458152791 -0.549147127587554 1.88576068754793e-25
cg23558337 -14.0242058845424 -0.26892869360552 1.90789058348643e-25 C20orf94
cgl3802506 14.004788920548 0.167641618331823 2.09356350662853e-25 NINJ1
cgO1586506 14.0038763812071 0.131490789746291 2.10272321247515e-25 SOX 10
cg23023970 -13.9703847909236 -0.293518191634951 2.46828476514629e-25 INPP5A
cg03409187 13.9497121672372 0.490330832631944 2.72515482123748e-25
cg02627455 13.894026769242 0.364207450820684 3.55886686270242e-25 HOXA3;HOXA3
cg19273773 -13.881432576981 -0.196827831998305 3.78050641816587e-25 NAPEPLD;NAPEPLD
cg05460425 13.8403889822838 0.144509086858435 4.60375013133746e-25 EXOC2
cgl7494199 -13.7474857575235 -0.482279325153154 7.19584873800287e-25
cg03716852 13.69868155162 0.431887957473032 9.10215433766767C-25 TRPM4
cgl7868307 13.6947676942644 0.385459395242105 9.27542843341729e-25 EIF4H;EIF4H
cg24951263 -13.6899091380036 -0.284107660776486 9.4951441831643 8e-25
cg25189564 13.6624037145887 0.429958367175279 1.08413584480714e-24 VIPR2
cg17504135 13.5870976140378 0.189537825220453 1.55925874094278e-24 MED 16
cg26987690 13.5658337385706 0.354856158491972 1.72795891999626e-24 UNC84A;UNC84A
cg25063165 -13.5463996179794 -0.317824340217298 1.89813877824487e-24
cg22098115 13.5443428305328 0.328152547947732 1.91710736171058e-24 ARHGEF4 ;ARHGEF4
cg06332339 13.5401927578408 0.0256031132162133 1.95596289642516e-24 NPTN;NPTN;NPTN;NPTN
cgl8488157 13.5238404327171 0.476696285247683 2.11692000478736e-24
cgl4642259 -13.4858716617809 -0.655211462062888 2.54387566095236e-24 MYBPC3
cgl9783626 -13.4776104606862 -0.153855143768991 2.64768089841396e-24
cg01515802 -13.4396361594953 -0.441258761894351 3.18236344255464e-24 LAIR1;LAIR1
cg22617773 13.4180122442632 0.53806374360552 3.53401392161588e-24
Саркома
cg00702638 -16.5161269323054 -0.0753997839924838 1.58039169462552e-42 KIF15;KIF15;KIAA1143
cgl4210311 13.6849900201637 0.138291988324612 1.48292132663639e-32 ERI3
cg27648858 12.0468392412554 0.225827653657815 6.57416710110833e-27 PIK3R2
ch. 12.199326 IF -11.5528197831951 -0.136264382478259 3.05249512267458e-25 ANO4
ch,11.110310046R -10.5898242409115 -0.214980351744475 4.64604178994258e-22
ch.8.93711588R -10.4777872800919 -0.120679339029355 1.07328081634042e-21
ch.6.33611621F -10.1555845425481 -0.133899333815588 1.16895767480262e-20
cg24888989 -10.0101121426176 -0.0405173488252353 3.40109152847357e-20 KIF15;KIF15;KIAA1143
ch. 16.49831971R -9.83215066212292 -0.21462195000902 1.24477668713048e-19
cgl2914733 9.72612785241844 0.289247208530218 2.68324722794727e-19 AP2A2
cg25743481 -9.45473669800729 -0.067579414562581 1.88350358194634e-18 KIF15;KIF15;KIAA1143
ch.20.126525 OOF -9.41687411725854 -0.187347576774975 2.46687777372208e-18
ch. 7.114512964F -9.26065864245822 -0.100345539429779 7.46858595681921e-18
cg22359581 9.16054749239728 0.162970157380363 1.51177935554567e-17 EHD2
ch.2.168147954R -9.13791481270924 -0.091862894148047 1.772135029803 le-17
- 224 036566
ch. 11.110329410F cg!0503298 cg00719108 ch.21.40139802R ch.2.217484879F ch.8.91748119F ch.l 1.1877857R ch. 16.50203954R ch.7.137597056R ch.l.234902740R ch. 16.83989841F ch.6.2510917R ch. 19.36684304F ch.9.84078312F cgl2427264 cg!1316510 cg00891608 ch.2.4104651R cgl3953735 cg26625629 cg08514736 ch.3.1083063F ch.7.45985950F ch. 10.31370070F -9.10720631345078 8.95047226501412 8.88724565913778 -8.82921365702984 -8.79899531352636 -8.78307727877093 -8.70887490959487 -8.68770875923312 -8.5703209387298 -8.567884330937 -8.56253857002057 -8.53726826924761 -8.45678609217553 -8.43115856588713 8.30398663496321 8.30012809238888 -8.27324947408043 -8.25004893819137 8.22045149515025 -8.21559969583149 -8.14431086716857 -8.11185983443477 -8.07193803310051 -8.05181498097589 -0.0855041668198817 0.0470955935742418 0.0720575747425746 -0.0838808193336502 -0.0612943060787002 -0.0885874967378503 -0.0704512082933723 -0.11336002480149 -0.0793924793951838 -0.0830387551949259 -0.109146576404938 -0.0848465510780976 -0.0607312286583866 -0.144802083259866 0.0464059685106536 0.309252414261576 -0.153582951867912 -0.139256496991226 0.111309551554598 -0.0750385137119883 -0.0864937083556962 -0.110143510134809 -0.0941830632616179 -0.0886561199771362 2.19782673374723e-17 6.55737000307888e-17 1.01637042281286e-16 1.517490783330956-16 1.86868240653405ε-16 2.08494833997713e-16 3.46897147188625e-16 4.009494519260776-16 8.92056033684462e-16 9.06930993947441e-16 9.40432171451764e-16 1.11615330542915e-15 1.922516315189436-15 2.284591940314596-15 5.35574664265954e-15 5.495380714250156-15 6.573271350421996-15 7.670218390008346-15 9.33600175421425e-15 9.641310570087026-15 1,54503375233845e-14 1.91349991499296e-14 2.487783968017246-14 2.83886862221759e-14 CTBP1;CTBP1 ABCB6 STX11 RARA;RARA;RARA;RARA C19orf40;CCDC123 PARD3B;PARD3B;PARD3B EHD2 C2orf43 CCNO;CCNO SEMA3F
ch.3.2787532R -8.01607552358676 -0.075817728944818 3.587295648570126-14
ch,15.68126615R -7.88031789389457 -0.134799597214926 8.67724016610615e-14
ch.20.22943799F -7.87186859747445 -0.0603770773671872 9.164950473145636-14
ch.8.903080R -7.85725718094766 -0.182785435633358 1.00730994377163e-13 WHSC1L1;WHSC1L1
ch.X.652438R -7.8262130962189 -0.0756037179891682 1.230819109017816-13 MED 14
cg09340639 -7.80872895447767 -0.369910843838201 1.3775921457056e-13 FCRL1;FCRL1;FCRL1
cgl3648312 -7.78110053835795 -0.0386819877101882 1.645514158271546-13 LOC285830;LOC285830
cg08581512 -7.74367860653161 -0.0636982961503184 2.092093561580866-13 CYP2R1
cgl0546562 7.70742411199986 0.136212217036154 2.638277377965816-13 TNRC18
cg20844771 -7.68701382456835 -0.068850475625202 3.00544673123728e-13 CCNA2
cg08707110 7.68382634947277 0.0903647611197548 3.067173361281996-13 SNX32
ch.5.3304132F -7.66986501172497 -0.0823502055631923 3.35262633759084e-13 STC2
cgl5926099 -7.66620024159406 -0.166547126051385 3.431805748307916-13 C6orf48;C6orf48
ch.X.772254F -7.66484156867102 -0.115741404770415 3.46162753659387e-13 UBA1;UBA1;INE1
ch. 17.1364760R -7.61839094339668 -0.073028501074676 4.650557051107916-13 CA10;CA10;CA10
ch. 1.64660926R -7.51598609554976 -0.163186269165556 8.881994866350216-13
ch. 12.105153690R -7.47771119290641 -0.110389427297438 1.12964104716403e-12
cgl7758721 -7.46332438715541 -0.061599571110919 1.23625683592257e-12 SNRPB;SNRPB
ch.8.90327161R -7.44907434884482 -0.126992952117625 1.351632592287236-12
cgl9791003 .7.44445382861946 -0.0410431624308308 1.39127616218042e-12 SLC36A4
ch.6.2132867R -7.4282573789613 -0.0634086876731622 1.539513764481796-12
ch.9.2049598F -7.41870136939405 -0.0914630485461767 1.634174549828576-12 MAPKAP1 ;MAPKAP 1 ;MAPKAP 1 ;MAPKA P1;MAPKAP1
ch. 19.50335620F -7.41029563917959 -0.100982754834969 1.722172917432546-12
- 225 036566
ch.2.1685112F -7.35142425062508 -0.0644390864658684 2.48404076069853e-12 MTHFD2;MTHFD2
ch.9.109447758R -7.34336132318368 -0.125750215369144 2.61146745889349e-12
cgl5732530 7.3285829604077 0.0748761313344324 2.8619812505612e-12 ZNF296
cg04377850 7.30164204323865 0.214309119644156 3.38111673891697e-12 ZC3H18
ch.4.1463482R -7.29797304185761 -0.071681494339898 3.45864699458318e-12 PARM1
ch. 12.41530717F -7.28649745951529 -0.142333698450245 3.71263129977057e-12
cg05470389 -7.27261915665446 -0.0378504105016094 4.04445804802671e-12 SYN3;TIMP3;TIMP3;SYN3;SYN3
ch.2.200609314R -7.26570795811334 -0.119831012161779 4.22044296264604e-12
ch.5.762713R -7.23434673236346 -0.121633634598647 5.11865820590117e-12 PRLR
ch. 10.296387R -7.15951667935811 -0.104643754422329 8.09420122755246e-12
ch.7.33727552F -7.15578173585825 -0.133634565992611 8.28081149709614e-12
ch. 2.472 86786F -7.15309747155409 -0.207164150564691 8.41753821837376e-12
cg06839483 7.14631056646786 0.107095564301733 8.77323987421281e-12 KIAA1161
cg05991442 7.14203169966362 0.115982026184988 9.00506482262228e-12 RECQL5 ;LOC643008 ;LOC643 00 8
ch. 10.277054 IR -7.13467811001666 -0.166716290750606 9.41765604752786e-12 FAM196A;DOCK1
ch.2.2729437F -7.1159499182628 -0.0876165117754084 1.05544479984868e-ll
cgl8423737 7.08779364067545 0.139266518129493 1.25223705205556e-l 1
ch. 12.1667570F -7.07222009783818 -0.0643421099062496 1.3761769367525e-l 1 TMTC2
ch.2.740763F -7.05078629821993 -0.122969101873783 1.56671668636073e-ll ALK
cg06503715 7.03206499559067 0.0634491824614292 1.75424154446569e-ll FOXK2
ch. 16.406779R -7.0253862977641 -0.104791277549113 1.82635277353469e-l 1 CLEC16A
cg20606662 6.97953230574179 0.13271314069851 2.4066390735644e-ll HEATR2
ch.l.55746252R -6.95984489498283 -0.0868055665017709 2.70833160280322e-ll
ch. 10.1515233F -6.95448066154241 -0.124072174963508 2.79679550016677e-l 1 UNC5B
ch.9.945770F -6.95168685269652 -0.092792555009334 2.84398968772787c-11
ch,12.602695F -6.94499187058384 -0.102192531067471 2.96029759374094ε-11 ITPR2
cg19484481 6.92035867009189 0.256624535493559 3.42995835784773ε-11 FOXO3;FOXO3
cg04885475 -6.88695344478324 -0.0381238491392921 4.18580302430128e-ll RSRC1;RSRC1
ch.l.227329902F -6.88423369284765 -0.0827607156949081 4.25410741294131ε-11
ch.2.2570960F -6.87460043580334 -0.0763759054511965 4.50497703703347ε-11
ch,15.76992553F -6.86022152756587 -0.0980528130489383 4.90673736863229ε-11
ch.7.130936447R -6.84301044070062 -0.0482788067144982 5.434171463132118-11
ch. 10.73 3293 20R -6.84100076089407 -0.0811996512074259 5.4992826664459ε-11
ch. 15.97746216F -6.82982223917104 -0.184487979830579 5.87570654281245ε-11
cgl3596910 6.81618586759015 0.0497717071978323 6.36933857228342ε-11 C17orf65;ASB16
cg02974976 6.81428559043818 0.161579373576853 6.4412893478518e-ll CD58;CD58;CD58
ch.2.66207210F -6.80752138099528 -0.0788243482778235 6.70395173390376ε-11
ch.10.1700276F -6.79380991391167 -0.117662104393555 7.26911846977972ε-11
Меланома кожи
cgl6956999 24.2244354406851 0.247468278502374 1.464663367984 82e-44 POLE
cgl6662267 -20.8168283279685 -0.299113752270544 7.09372061591857ε-39 CBR1
cg27197524 18.3234613118133 0.295576787635172 2.44784073027098e-34 POLE
cgO1804345 -16.244553604195 -0.386410823334185 2.70147612426903e-30
cgl8675847 15.923705328238 0.170751750020602 1.19305261928653e-29 AFF1
cg20361429 15.5162186030892 0.246064338421025 8.01506887504273e-29 POLE
cg09396850 14.6777847531127 0.305453421132458 4.30161908780774e-27 ATP1 lAjATPllA
cg03841977 -14.6069019920183 -0.313828503468586 6.04686729958853e-27 CBR1
- 226 036566
cg27586410 14.3967589545927 0.233507968288827 1.66527520244128e-26 TBCD
cg20039257 13.5034290188471 0.444748047826878 1.30537532161008e-24 NCALD;NCALD;NCALD;NCALD;NCALD; NCALD;NCALD;NCALD
cg00695416 -13.1988235654282 -0.31151625364519 5.88916552435061e-24 CBR1
cg06725997 -12.9657591234995 -0.297499931503382 1.87671811950922e-23
cgl6964533 12.5578794973096 0.251492209286204 1.4441562134404e-22 POM121L9P
cg!6719517 -12.3071816429647 -0.324889842667155 5.09878193703715e-22 CBR1;CBR1
cg05876635 -11.8833316958773 -0.199261813140417 4.35176179132109e-21
cg04838847 11.6709797007189 0.345301195426321 1.280340548003046-20 GOLSYN;GOLSYN;GOLSYN;GOLSYN;GO LSYN;GOLSYN;GOLSYN;GOLSYN;GOLS YN;GOLSYN;GOLSYN;GOLSYN;GOLSYN ;GOLSYN;GOLSYN
cg05364750 -11.5027352584385 -0.349954162401204 3.016779667041e-20 FLJ36031
cgl7262328 -10.8862158752464 -0.332774526620527 7.06708418992563e-19
cg15996592 10.7715226935415 0.17910526690437 1.27308014018351e-18 ATP1 lAjATPHA
cg27307781 -10.6366525017334 -0.328895221516761 2.54498050971758e-18 CBR1;CBR1
cg!7802005 10.4844827694926 0.214927079002439 5.56373642359089e-18
cg03629458 -10.4586148378143 -0.0221506642442869 6.35527298161307e-18 C3orf75
cg08583240 10.3236888939475 0.302526811686891 1.27215037365176e-17 MAP4K4;MAP4K4;MAP4K4
cg08247289 10.2065297144895 0.31722637117156 2.32461749984612e-17 ATP11A;ATP11A
cgl4498227 10.1998570980232 0.362424573143841 2.40582849693644e-17
cg09731745 10.1732695764704 0.204721004064027 2.758601320206356-17 INPP5A
cgO1962969 -10.1583885807102 -0.167068742849417 2.978171518874576-17 CBR1
cg08945711 10.1457072838879 0.452856418511695 3.17902863660045e-17
cgl2997166 -10.1157941658155 -0.361710917427 3.70814596716128e-17 PMS2;PMS2;AIMP2;PMS2
cg03347632 10.0979595141384 0.465432186715955 4.06464086462979e-17 PGBD5
cgOOO10672 10.0618700850928 0.550726398091936 4.89433514461693e-17
cgl4041701 10.0079172339681 0.314527977227948 6.46097675484226e-17
cg07697256 9.95602225006924 0.186896799855877 8.439224401286856-17 EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;E XOC7
cgl8107611 -9.95072869811468 -0.415624995434401 8.672323025578036-17
cg05546264 9.85597838387695 0.349435459490108 1.41229660764706e-16
cg06773963 9.8523749291165 0.157862930571062 1.438732505213556-16 SPSB1
cg27309098 9.81453881363042 0.277089333820042 1.748015438623516-16 AGAP1;AGAP1
cg06149733 9.80269379263429 0.240150133661326 1.857882075432396-16
cgl8365383 9.80049913658864 0.367022293097024 1.87898362092716e-16
cg08940097 9.79066495210609 0.157979518208339 1.97651991271661e-16 EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;E XOC7
cg05377587 9.75340672865503 0.182978436962507 2.394221529850876-16 TBCD
cg07756788 9.75088654540747 0.337839023977197 2.42547085671936e-16
cgl7725019 9.74553360080892 0.232994986703702 2.49320448483726e-16 PIK3IP1;PIK3IP1
cg05869392 9.73593167659558 0.176844973478289 2.61947465731266e-16 KIAA0913
cg22793142 9.72333473957875 0.362650798176464 2.794874117073376-16 LOC148696
cgl7983632 9.71392308766346 0.395117444660023 2.93354039663672e-16
cg24371155 9.71364561409295 0.267152279432201 2.937731254918796-16 MYO 16
cg06670039 9.71321593299769 0.3819833496939 2.944232809789116-16 SNX29
cgl8009376 -9.69607783390897 -0.108523888896856 3.21561976884989e-16 FASN
cg25750363 9.67681192716482 0.266660256807305 3.5506595114367e-16 FBRSL1
- 227 036566
cg05892329 9.63987676802124 0.472943292405015 4.29360905361817e-16 TRAPPC9;TRAPPC9
cg05265234 9.63424619317086 0.293862493338457 4.41977619350628e-16 DDX17;DDX17;DDX17;DDX17;DDX17;DD X17
cg26591066 9.60726946856527 0.316756794119219 5.07759477172218e-16 ZZEF1
cgl8754842 9.58634189342836 0.310672681335854 5.65456605977617e-16 KDM6A
cgO1921845 9.58102139357644 0.150146429061361 5.81141415594328e-16 AKT1;AKT1;AKT1
cg00171166 9.58075122741086 0.0913775539179866 5.81949360825152e-16 C20orfl 17;C20orfl 17
cg21496408 -9.56099819209026 -0.303374691818775 6.44166528249444e-16 FLJ36031;FLJ36031
cg!6123421 9.52603280578062 0.191796408787768 7.7103440365935e-16 INPP5A
cg07428697 -9.51715344564602 -0.172393964935186 8.07046777403307e-16 FLJ36031
cg07395000 9.49885685770487 0.225740912141204 8.86638662721412e-16 TECPR1
cg!6990083 9.47896668143073 0.271820958209676 9.82082318492944ε-16 LOC728661;CDK11B;CDK11B;CDK11B;C DK11B;CDK11B;CDK1 IB
cg26986438 9.471296667789 0.266242400124752 1.0215709229881e-15 FOXK2
cgl4454796 9.44199954843967 0.21040127571772 1.18756465676303ε-15 MTERFD2;MTERFD2; SNED1 ;MTERFD2
cg04311722 9.39988071267713 0.304946974971242 1.47449381401487e-15
cg04099036 9.39433573062972 0.184239188831617 1.5171006909439e-15 TBCD
cgl5391499 -9.38958981813037 -0.079751125445274 1.55454284040157e-15 MCQMCC
cg23486580 9.34434750376909 0.250315636379931 1.96120481054348e-15 BRF1;BRF1
cg09827048 9.32991566217322 0.310182227300368 2.11207256958477e-15 RPS15AP1O;GPBP1L1
cg21541120 -9.30891538122269 -0.22419954473724 2.35254339387643e-15 MCC;MCC;MCC
cgl1385003 -9.30348342804804 -0.266683165901465 2.4190744954043e-15 PDXK
cgl7477946 9.2928149352038 0.317606325795655 2.55526110237993e-15 TBCD
cg!6586152 -9.2585029757536 -0.223540953572826 3.04735124546574e-15 FLJ36031
cg24003542 -9.24787429765943 -0.0995968930834876 3.21818803449827e-15 MCC;MCC
cg03685063 9.24489182235278 0.290190885395768 3.267821338091 le-15 CLRN2
cg02853497 9.24179075912166 0.332284771922976 3.32023872562032e-15 RPS15AP1O;GPBP1L1
cgO1800442 9.2289045560751 0.0579555350548749 3.54719857133529e-15 EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;EXOC7;E XOC7
eg12460765 9.20823519186748 0.17607761437032 3.94402360858632e-15 EIF3B;EIF3B
cg07207833 9.15903464564403 0.218645602961862 5.07611001618754e-15 EPHA2
cg21353724 9.12098390234458 0.173077918618258 6.16954129030306e-15 SNX8
cgl8466378 9.06741297727446 0.285444823271988 8.11853401248393e-15 RNF213;LOC 100294362
cg08696303 9.0550467085099 0.226368923560843 8.64948139686271e-15 BCCIP;DHX32;BCCIP
cgl5425061 9.04648402952047 0.25924167251369 9.03728961173081e-15 RALB
cg20076468 9.02429158580048 0.167108148915149 1.01250765356646e-14 PROZ
cgl1183227 9.01949067393847 0.238176225994678 1.03770728481963e-14 MAN2A2
cgl2555233 9.00092026947326 0.215819257599342 1.14121502281098e-14 MAN2A2
cgl4930335 8.98319357829581 0.208011858888996 1.24961430581349e-14 AGAP1;AGAP1
cg21864730 8.96582144850279 0.272805449795868 1.36580432120428e-14 THRSP
cg01813877 8.94090485330515 0.121300462524282 1.55151534450164e-14 TRAF3 ;TRAF3 ;TRAF3
cg05575213 8.92391856440775 0.237882603068035 1.69235749158998e-14
eg14444297 8.91760847325465 0.504271068425332 1.74786686906454e-14
eg18606700 8.89690213605531 0.194223625314012 1.94309680656051e-14 LRP5L;LRP5L;LRP5L
cg07710971 8.89547571658227 0.247372411489372 1.957320259159726-14 GPT2;GPT2
eg18969029 8.88980747374726 0.270647270906731 2.014874555284746-14 HDLBP;HDLBP
cg08204939 8.88958461071329 0.268709008769203 2.01717163684498e-14 MAD1L1;MAD1L1;MAD1L1
eg14379462 8.87043016317011 0.249064826806124 2.22468089462082e-14 SURF4
- 228 036566
cgO1666796 8.86534003828339 0.219244584335505 2.28331886916223e-14 TLE3;TLE3;TLE3
cgl7287998 8.8509159749569 0.142839677203177 2.45799161090464e-14 PDE4D
cg20410537 8.83763321716028 0.184603472963638 2.63060552914464e-14 TRIM62
cgl3461718 8.83252710836422 0.11235950529953 2.70013286026801e-14 TRAF2
cg24607755 -8.82038224390718 -0.0988443139901188 2.87295584701163e-14 LDLRAD3
Злокачественная опухоль желудка
cg08314021 -13.6505542607786 -0.136684793979411 5.37704329231194e-35 TSPO;TSPO
cg22513169 -12.7073609291567 -0.149729315966022 3.12417804749266e-31 RAB11FIP1;RAB11FIP1;RAB11FIP1;RAB1 1FIP1
cgl0788213 10.6723687893586 0.303203505631008 1.60675834593496e-23 FAM118A;FAM118A
cg21395152 -10.0437300944305 -0.0806132512914668 2.80107104722042e-21 ATF3
cg08847724 -9.52381032121276 -0.128647629123054 1.7446885207291 le-19 LRP6
cg05009141 -9.48179532830809 -0.155735407264141 2.42235111330293e-19 PLXNB1;PLXNB1
cgl8369257 -9.35958408496502 -0.125613926179094 6.26047254928176e-19 Cl lor©
cg05767788 -9.35477431585958 -0.0599319909685562 6.49784656898872e-19 HSPD1;HSPD1;HSPD1;HSPE1
cg03631331 -9.29166591570888 -0.088614553834325 1.05769268818372e-18 Cl lor©
eg12618546 -9.12757524465734 -0.065631590720675 3.71840207846957e-18
cgl3703737 8.96573612018963 0.30578865621425 1.26724765267893e-17 SLC22A23;SLC22A23
cg05923587 -8.93184701561226 -0.0946318916504394 1.63531500249813e-17 BCAR1 ;BCAR 1 ;BCAR1 ;BCAR1 ;BCAR 1 ;B CARI ;BCAR1 ;BC ARI ;BC ARI
cg09445727 -8.64849638996196 -0.114760405871329 1.34555608245381e-16 BCAR1 ;BCAR1 ;BCAR1 ;BCAR1 ;BCAR1 ;B CAR1;BCAR1
cgl5631966 -8.52169334269509 -0.103990511383402 3.40607940539398e-16 ACADS;ACADS
cg07240673 -8.50288425824812 -0.159289652955929 3.90615906691689e-16 CLUAP1
cg04931063 -8.45556354707162 -0.21056726559193 5.50863626136955e-16 BACE2;BACE2;BACE2
cg02638755 8.4170351155668 0.413746251497185 7.28096625093464e-16 RPTOR;RPTOR
cg03243768 8.25772383825633 0.494355519394682 2.28646281896386e-15 FLJ46111
cg00318865 -8.23241896432981 -0.144929658444789 2.7385009400764e-15 ACVR1B;ACVR1B;ACVR1B
cg!9646445 -8.20863372961478 -0.120663206961904 3.24345410105853e-15 KCTD3
cg04664153 -8.1450394799111 -0.26220552169426 5.0909476689668e-15 GPR39
cg!6841327 -8.12276515090949 -0.112555146343801 5.95840270770797e-15
cg09235125 8.11028072605445 0.097572168319399 6.50687497816131e-15 TULP4;TULP4
cg!3191129 -8.02733502440011 -0.0646966453784718 1.16527258885771e-14 ACVR1B; ACVR1B; ACVR1В
cg04645063 8.00952812863204 0.0531875584274928 1.31983634237616e-14 ZNF205 ;ZNF205
cg20390150 -8.00479566172545 -0.0759148134357941 1.364212716519e-14 TSPO;TSPO;TSPO;TSPO
cg!2275723 -8.00469713083478 -0.308167698035408 1.3651521301239e-14 CASZ1;CASZ1
cg!4902356 -7.99501271227701 -0.0546892097866049 1.46067175212306e-14 ANKRD5;ANKRD5
cg21716444 -7.98875773737019 -0.305876338420804 1.5258438432737e-14 CARDIO
cgO1439669 -7.98514570355352 -0.0853954854663747 1.56477788420264e-14 ENCI
cgl0338082 -7.94391841320111 -0.284000147236023 2.08500615672026e-14 KALRN;KALRN;KALRN
cg25793630 -7.88721626524568 -0.0704473182392215 3.08900931251385e-14
cgl4917572 7.80966357400676 0.369303269681654 5.271360169038e-14
cgl3584608 -7.80580125064937 -0.0960401038034941 5.41302537166343e-14 HNRPLLjHNRPLL
cgl5201400 -7.78572699973487 -0.0361522132056796 6.21207501536064e-14 GNPDA1
ch. 12.59779038F -7.69840366417559 -0.328816407966907 1.12743378189286e-13
cgO1909551 7.69721826471676 0.242346701919417 1.13655582404289e-13
cg02566698 -7.65431603430621 -0.144934253409438 1.52053656678339e-13 CLUAP1
- 229 036566
cgl7792315 -7.62588712561009 -0.202700805289877 1.84282057114499e-13 RGNEF
cgl3904493 -7.61329531465267 -0.0403039361604375 2.00627493362881e-13 KIAA1804
cg04616797 -7.58764085689695 -0.292586421367972 2.38479455263505e-13 DSP;DSP;DSP;DSP
cg05314639 7.56207738133043 0.257859669755903 2.8318199980382e-13
cg27266479 -7.51358466969807 -0.173779012354888 3.91842582289898e-13 H6PD;H6PD
cgl2004206 -7.50819123265874 -0.236914601005441 4.06217708471667e-13 NACC2;NACC2
cg04000140 -7.50218660472362 -0.0789940937556956 4.22833865775126e-13 SDC4;SDC4
cg20448717 -7.49631327060555 -0.292879421770374 4.39734273683568e-13 DSP;DSP;DSP;DSP
cg05604112 -7.41778693455576 -0.163143552861656 7.41026679210953e-13 GALM;GALM
cg05183229 -7.41407779058109 -0.0895140096962896 7.59445651187181e-13 ARHGAP21 ;ARHGAP21
cg21205463 -7.40631351581526 -0.114072301427008 7.99474431688872e-13
cg09951650 -7.40277621632384 -0.0630345849404699 8.1839347255948e-13 AP4E1
cgl9306368 -7.37584909373865 -0.352657666710314 9.77620187241317e-13
cg22356593 -7.36406812965033 -0.0629124295830979 1.05653935728192e-12 KCTD3
cg02259047 7.35208271678242 0.181664616105183 1.14326330991671e-12 XRCC3;XRCC3;XRCC3
cgl7178966 -7.32548816667278 -0.267715246118042 1.3615166299537e-12 LRP6
cg05999255 -7.31668867330415 -0.10965304895221 1.44239691027846-12 CKAP4
cgO1814495 7.28638369687936 0.238258851974912 1.758850185887646-12 CDIPT
cg25251249 -7.25014651803672 -0.135247161398423 2.22789058121772e-12 FAM18B
cg04233664 -7.2236567943191 -0.220524193075846 2.64671199384315e-12 CTBP2;CTBP2
cg00734483 -7.19840311306881 -0.220292409419602 3.11775714147475e-12 BACE2;BACE2;BACE2;BACE2;BACE2;BA CE2
cg25678929 -7.19773706938496 -0.265310898924973 3.13123710639863e-12 TLCD2;TLCD2
cgl2148919 -7.19154949688025 -0.270165628969816 3.25924027835384e-12 PTPRK;PTPRK;PTPRK;PTPRK
cgl9522900 -7.17969412750802 -0.0866790246236306 3.519045793630116-12 KALRN;KALRN
cg00148892 7.1744951183828 0.285488312208193 3.63931140742199e-12 GATA6
cg22869239 -7.1685283274325 -0.214367407386447 3.78232838483439e-12 LRP6
cg26078244 -7.15134995934547 -0.180394541661857 4.22568003286253e-12 SLC12A7;SLC12A7
cg27005179 -7.137348662112 -0.144031000958868 4.62453897449256e-12 ERBB2;ERBB2
eg18644710 -7.13193289662667 -0.107600364869129 4.78856249074163e-12 SPATS2L;SPATS2L;SPATS2L;SPATS2L
cgl2116939 -7.12872985264896 -0.197489587074601 4.88825086894331e-12 CDC42BPB
cg24633648 -7.11899199350659 -0.156827243196119 5.20403173809495e-12 TC2N;TC2N;TC2N
cgl0631582 -7.11492329252311 -0.0840410759595744 5.34184105848295e-12 JAG1
cg24836204 -7.10199299580095 -0.0755247090621632 5.804070911839536-12 RHPNl;C8orf51
cg03267342 -7.0617179805219 -0.152529077210001 7.51077961509514e-12 KLF4
cg01580613 -7.05708262255838 -0.0386578906210398 7.73641491708484e-12 ANKRD5;ANKRD5
cg26220018 -7.00155811220856 -0.363037292535488 1.10162654417052e-ll
eg13309429 6.98960378334434 0.341021436786754 1.188403712084396-11 KIAA1244;PBOV1
cgl6232504 -6.98867551125329 -0.250074887598137 1.19541661689193ε-1 1 SNX7;SNX7
cg01349858 -6.98639202906809 -0.024091600328428 1.21284148227959e-ll
eg13742648 -6.94170037763761 -0.291526486831847 1.60879327800457e-l 1 NACC2;NACC2
cgl4169521 -6.92291239377297 -0.233005348041334 1.81094714533689e-ll ARL4A;ARL4A;ARL4A
cgl9350682 -6.92073894875184 -0.245145226702038 1.835886429284156-11 EPHB4
cglll76889 -6.89562334354614 -0.320905605616725 2.149740391291176-11 FKBP9;FKBP9
cg09770904 -6.89551264308771 -0.0626308522383452 2.15123425 829618e-11 CD9;CD9
cgl0168763 -6.87367739763469 -0.123357658106897 2.46674355748054e-l 1 ADCY9
cg25764464 -6.87088163711223 -0.217312571310156 2.51029055378626-11 PLEKHA5;PLEKHA5
cg05040544 -6.85772398181393 -0.133809973351048 2.72559108385805e-l 1 EFNB2
- 230 036566
cgl9970200 cgl9496782 cg25906419 cg25591867 cg05471509 cg09654562 cgl0739132 cg00313498 cg07882171 cgl3898166 cgl0599345 cg06780358 cg02519037 cg20989443 cg03473387 Злокачественна cg05375100 cgl2218406 cgl6956999 cg00327072 cgO0474840 cg27197524 cg26996201 cg27320213 -6.85765849708355 -6.83239643947392 -6.82782093643803 -6.80679719658252 6.76966238375313 -6.76963707222042 6.76913016962558 6.76161380677572 -6.74628865126064 6.73954978894211 -6.73687127767194 -6.73066340204316 -6.70285922276 6.6903740940147 -6.68313529198687 я опухоль щитови 33.8127454460814 32.3749842818033 31.5085363760679 30.7221268377159 29.7298266341022 27.8282127772563 -26.6543181622455 -25.6223085306593 -0.105220221557005 -0.218016643624802 -0.16140452382728 -0.203878558592074 0.247357708481087 -0.0375234873527704 0.289226995417043 0.14145873199723 -0.0505942522975802 0.401207165040929 -0.169298295531879 -0.220765845057885 -0.281734561040993 0.272068241027949 -0.230040525235401 дной железы 0.102111198842301 0.118592598950599 0.0932214333519589 0.194438673132775 0.069568652161927 0.0387072790776717 -0.164468810293175 -0.0627403621783125 2.726706735153е-11 3.19232427022887ε-11 3.28464088351366ε-11 3.74365917019516ε-11 4.7132146555695е-11 4.71395307115413ε-11 4.7287649284908е-11 4.95383420565817ε-11 5.44580777148780ε-11 5.67704002457683ε-11 5.77160221748559ε-11 5.99675113558577ε-11 7.11559473790116ε-11 7.68240209437992ε-11 8.03108992452286ε-11 1.77366680940227ε-137 1.79673199819827е-130 3.33274114901156ε-126 2.66326340306316ε-122 2.43351410876814ε-117 9.86876540104792ε-108 9.57011092303138ε-102 1.86419796924485е-96 GATA6 BACE2;BACE2;BACE2 CKAP4 FXR1;FXR1;FXR1 AFAP1;AFAP1 SDC4 LOC84740 MAP3K5 PTPRJ;PTPRJ TACC2;TACC2 GALNT2 GATA6 RAB11FIP3;RAB11FIP3 ARRDC2;ARRDC2 POLE NEURL1B ARRDC2;ARRDC2 POLE PAK1;PAK1 STAT6;STAT6
cg08597067 24.8019931557442 0.433883532578124 3.07434143869217е-92 ELOVL5
cgl3324103 -24.5156316436152 -0.0943973002313781 9.15749896705433е-91 SVIL
cg22648929 24.1082798099543 0.0961662931283654 1.14725957703189е-88 PXDN
eg10174683 23.9511718057647 0.295319532374164 7.39618731603954ε-88
cg05402891 -23.8350542519118 -0.373670250543354 2.93252937634107ε-87 TCL1B;TCL1B
cg09705456 23.3490589807446 0.210143971321384 9.35884678129709е-85 MACROD1
cg26915558 23.1210533816836 0.0822898815853444 1.39907948789949e-83 LRP5
cg08543028 -22.6387087913665 -0.328052116037539 4.26403370420953e-81
cgl6528272 21.6286024232804 0.053475603374374 6.65505861184997ε-76
cg27166177 -21.6271132803194 -0.331563103411799 6.77322569566603e-76
cg26016985 21.4605247766599 0.226261227970375 4.84826072388741e-75 PTK2;PTK2
cg03014882 21.1717658527072 0.13382164252068 1.46467393073782e-73 ARRDC2;ARRDC2
cg22112832 -20.9613218337541 -0.176479507312629 1.75030011557888e-72
cg23780491 20.9238472619629 0.0670899605138615 2.72166567038099e-72 Cllorf41
cgl3678641 -20.5178174043647 -0.0397400869116685 3.2311097279959e-70 AURKB
cg01056358 20.4899158617352 0.0461316238097735 4.484464723 8687e-70 RPS6KA2;RPS6KA2
eg12840248 -20.4839427590406 -0.0622173652904327 4.81042009789901e-70 HLA-DMB;HLA-DMB
cgl5547534 -20.4690790131596 -0.0449097703249518 5.72804651277033e-70 C7orf47
cg27362010 -20.3897825392049 -0.239887691946526 1.45340061462409e-69 LUC7L;LUC7L
eg14848772 -20.3052009936855 -0.339942898527632 3.92162560099559e-69 HIST1H2AG
cg03042666 20.2440141491058 0.0621993782983301 8.0379934887147e-69 HDAC4
cg20392842 -20.142185877394 -0.192209005636367 2.65177771469104e-68 HLA-DMB
cg25743481 -20.1154639390522 -0.157784186533844 3.62665880890988e-68 KIF15;KIF15;KIAA1143
- 231 036566
cg26808293 -20.0325904728709 -0.105093542024025 9.57218843623273e-68 TNFRSF12A
cgl1037750 19.9875925091209 0.266855054403451 1.62091137542181e-67 TGFB1
cgl7202086 -19.9719953298246 -0.0758238248120152 1.94548680372647e-67 PAK1;PAK1
cg02743256 19.9428844099124 0.0681002684484072 2.73495728024055e-67 MAD1L1;MAD1L1;MAD1L1
cg08224212 -19.8882644196517 -0.0497779059636209 5.18079323310913e-67 ABTB2
cgl6484162 19.8726886963791 0.322466769463586 6.215710598405316-67 RIC3;RIC3
cgl2833018 -19.8391220936789 -0.235723805730886 9.20255715608429e-67 SCGB2A2
cg00702638 -19.80637429949 -0.141909282773601 1.34934137502409e-66 KIF15;KIF15;KIAA1143
cg26650359 -19.7187005111089 -0.327877954240187 3.75734635857164e-66 R3HDM2
cg09571345 -19.6004481023578 -0.295035224452567 1.49351313073088e-65 LOC731789
cg24667575 19.5594454828979 0.193840104040632 2.40916497554315e-65 NEURL1B
cgl8236877 19.4223025129318 0.554539521542301 1.19079972083179e-64 CASZ1;CASZ1
cgl9691260 -19.410165046264 -0.32465580259662 1.37155250078369e-64 SPTBN5
cgl8011672 -19.3896473392635 -0.321178661333996 1.74158450557954e-64
cg05460965 -19.3499492583302 -0.292687882517368 2.764315161149916-64 CDKN1A;CDKN1A
cg04858709 19.3456943367586 0.145117130602548 2.90461220231957e-64 TMEM90A
cgO1504784 19.1522488023607 0.129687574648312 2.7517011960763e-63 KHSRP
cg20805475 -19.101118117751 -0.297657160397298 4.981701688146316-63
cg00718470 -19.0812804067263 -0.223812620549574 6.27121553015058e-63
cgOSl11857 18.9937445628112 0.137532377940015 1.73076359943202e-62 CNTNAP1
cg04483460 18.921587756522 0.395308299524849 3.993394728744896-62 LRP8;LRP8;LRP8;LRP8
cgl8309286 -18.9044341498157 -0.0447843535122213 4.87100159025176-62 PAK1;PAK1
cgl2965095 18.8803411573071 0.0465457273214285 6.43825450002973e-62 ARRDC2;ARRDC2
cg04456029 18.8675538630276 0.13673368577939 7.46542411802466e-62 DTX1
cg22074858 -18.8235822919402 -0.0893182675922927 1.24177452 894425e-61 GBP3;GBP3
cg08639762 -18.7071870359285 -0.297539850093341 4.76934846746937e-61 PHLDA3
cgl6581738 18.6896277946897 0.085119288368767 5.84188051848212e-61 PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 B;PRKAR1 В ;PRKAR1 B;PRKAR1 В
cg05889541 -18.688247657457 -0.0698841990909554 5.93575459742098e-61
cgl3755270 18.6230132172903 0.312074474304152 1.26061462433199e-60
cg23037321 -18.6117687473187 -0.288291757005903 1.43528846714949e-60 MR1
cg20584732 -18.586386985446 -0.206713809812474 1.92363508765653e-60
cg21574271 -18.5743477599658 -0.332620313832444 2.21021758993807e-60 BMPR1B
cg26450149 18.5576267207237 0.273331743859234 2.68031932261211e-60 TNS3
cg09677252 -18.4855182153861 -0.272556826697855 6.15399589658957e-60
cgl0944063 -18.4460712685837 -0.265789338782329 9.69360432355172e-60 SCTR
cg09007236 -18.3696801623355 -0.0477384384574307 2.3352524060024e-59
cg04519462 -18.3443273805519 -0.234714859936164 3.12591632327839e-59 HRNBP3
cg24888989 -18.3389611897011 -0.1070718060058 3.32489050952271e-59 KIF15;KIF15;KIAA1143
cgl7180633 -18.3368905675475 -0.19757817744139 3.405006947043 84e-59
cg21724796 -18.3317571254605 -0.0495741789571307 3.6120445473222e-59 AURKB
cg20324356 -18.3245450810563 -0.0591968759846633 3.92432738112849e-59 CARS ;CARS ;C ARS ;CARS
cg26600753 18.2928563778667 0.0673808140694911 5.64879965650799e-59 TRIM7;TRIM7;TRIM7;TRIM7;TRIM7
cgl1412248 -18.2664221137429 -0.297499050516227 7.65358790695903e-59 CHRNB4
cgl8499250 18.2406775394683 0.251873471532752 1.02869550179786-58 CTDSPL;CTDSPL
cg03643998 -18.1515513048997 -0.0927196156625921 2.86104412878835e-58 C1QTNF1;C1QTNF1;C1QTNF1
cg24726783 18.1309252164233 0.0456102552795263 3.62454955135557e-58 SVIL;SVIL
cg07209244 -18.1237355261796 -0.292062037631507 3.93600581779777e-58 NEURL1B
- 232 036566
cgl5495463 18.0877302139454 0.190796568935651 5.9469272602808 le-5 8 MBP;MBP;MBP;MBP;MBP;MBP
cg08178956 -18.0205240111492 -0.526901747184591 1.28411392372928e-57
cg06968164 -17.970972778944 -0.258327035178225 2.26403802044296e-57
cg26875135 -17.9616753868566 -0.266823734308043 2.51810529410092e-57
cg06399735 -17.9357822364063 -0.236476796961925 3.38594431098603e-57 PSD3
cg26108976 -17.888518406158 -0.058793838495996 5.81168976502162e-57 KIAA0247
cg22016779 -17.8603933176059 -0.253412180644757 8.01382368076475e-57 DNER
cg26904406 -17.7739530620103 -0.0335275140469841 2.14944105070594e-56 TRAF3IP2;TRAF3IP2;TRAF3IP2;TRAF3IP2 ;TRAF3IP2
cg07596819 17.7644241887274 0.306971877908853 2.39621452909679e-56 STOX2
cg20703579 17.7642683568276 0.0528911634782505 2.40047691969242e-5 6 N4BP3
cg20943461 -17.7628153908177 -0.311586761885111 2.44058538232825e-56 TMC8;TMC6;TMC8
cg23715749 -17.7312485801959 -0.18943023224591 3.49786482831034e-56 GRIK3
cgOO175838 -17.7159745332107 -0.362730639439416 4.16301397835301e-56 DDAH2
cgl4756202 17.677629613035 0.0516785987212949 6.44364368390913e-56 ATP11A;ATP11A
cgO1890836 -17.6691977150782 -0.430388872261105 7.0930935505532e-56 MPRIP;MPRIP
cg02861178 -17.6459985042426 -0.0462860014350513 9.23741267244616e-56 C20orf94
cg05301494 17.639502663871 0.185850491976228 9.94633771759137e-56 RAB4B
cg!5001032 -17.6358486390887 -0.190955072721925 1.03687354293506e-55 DDC;DDC
cg25053413 -17.5564297071973 -0.138564401511779 2.55887536563759e-55 C14orfl82
cg!2449974 17.5230575221341 0.271096309176339 3.73899694990403e-55 CORO2B
cgl6005145 -17.4939687897367 -0.0478996537502431 5.20292117406169e-55 PSPCljPSPCl
cg!1062417 17.4642517425324 0.29489246901848 7.29067844476201e-55 PDE8B;PDE8B;PDE8B;PDE8B;PDE8B
Таблица 17A 3-буквенное название состоит из 2-буквенной аббревиатуры типа злокачественной опухоли (lu - легкого, co - толстой кишки, br - молочной железы, li - печени, ki - почки, pa - щитовидной железы), за которой следует 1-буквенный код исходного назначения, лежащего в основе схемы исследования, b - кровь, s выживаемость). 2-буквенные названия применяли для анализов, чтобы отличить опухолевую ткань от __________________________здоровой ткани ______________________
Название анализа Ген Маркерr Левый праймер SEQ ID NO: Правый праймер SEQ ID NO:
lub_l GRK6 cg05614346 cg05614346_lub_GRK6-F 5’- GGGAAGGAGGTTTAGTTG 1830 cg05614346_lub_GRK6-R 5’- CAAACCCACACCTACTAC 1831
lub_2 S1PR4 cgl7518965 cgl7518965_lub_SlPR4-F 5’- GGTTTGGGGGTTTTG 1834 cgl7518965_lub_SlPR4-R 5'- GACIGCATATAACTAATAATAA 1835
lub_4 PSD4 cg09366118 cg09366118_lub_PSD4-F 5’- GTAGGAGGGGTGTGTG 1838 cg09366118_lub_PSD4-R 5’- ACAATIGACTTACCCAATAAA 1839
lub_6 SEN cg07786675 cg07786675_lub_SFN-F 5'- AGTATIGGGAGAAGGT 1842 cg07786675_lub_SFN-R 5'- CCCTTCATCTTCAAATAAAAAA 1843
lub_8 ELMO1 cg05098343 cg05098343_lub_ELM01-F 5'- ATATTTGTTTGGTTTGATTTAGG 1846 cg05098343_lub_ELM01-R 5'- CCAATCAATAAAAATACACTCTA 1847
lub_9 STK16 cg08098128 cg08098128_lub_STK16-F 5'- TTTTAGGATTGGGTAGTTTAG 1850 cg08098128_lub_STK16-R 5'- CCCACCCACATACTC 1851
lub_15 RNF166 cg07644807 cg07644807_lub_RNF166-F 5’- AAAGGGTTTTAGGTAGAGTTTG 1854 cg07644807_lub_RNF166-R 5'- GAACTAAATTCCCTCTTATATCTTT C 1855
lub_16 FERMT3 cgO1447914 cgO 1447914_lub_FERMT3-F 5’- GGAGAGGAGGATTTAGAG 1858 cg01447914_lub_FERMT3-R 5'- CTCCACAATCTTCAAAAAC 1859
- 233 036566
lub_19 PTPN6 eg19693177 cgl9693177_lub_PTPN6-F 5’- TTAGTGGAGTGGTAGTTTTAGA 1862 cgl9693177_lub_PTPN6-R 5’- TCAAAAACTAAACCTCAAATACA 1863
lub_20 PRSS8 cg03363863 cg03363863_lub_PRSS8-F 5'- TGTGGAIGAGTTATTAGTA 1866 cg03363863_lub_PRSS8-R 5’- AIGAAACCCAACCAATAAA 1867
cob_l BIN2 eg10590292 cgl0590292_cob_BIN2-F 5’- TGTTAGTTTTTATGGAAGTTT 1870 cgl0590292_cob_BIN2-R 5’- AAAIGAACAAAATACTCAAA 1871
cob_2 MYO1G cgl0673833 cgl0673833_cob_MY01G-F 5'- GTTTTATAAGGAGGTTGTGTT 1874 cgl0673833_cob_MY01G-R 5'- AAIGAAAAACCCTCCAAA 1875
cob_3 BCAT1 cg20399616 cg20399616_cob_BCATl-F 5’- GGTTATGGGGAGGTTG 1878 cg20399616_cob_BCATl-R 5’- GCIGAAACTTAACCAC 1879
cob_6 ARHGEF1 cg24296761 cg24296761_cob_ARHGEFl-F 5’- GATTTGTTGTTGTTGTTTTAG 1882 cg24296761_cob_ARHGEFl-R 5'- CIGCAACATAATCTTACC 1883
cob_9 HOXA3 eg16748008 cgl6748008_cob_HOXA3-F 5’- ATGGTATATTGTAGAGTAATTTG 1886 cgl6748008_cob_HOXA3-R 5'- AIGCCTTCTTTCTTCA 1887
cob_12 COL4A2 cg08924619 cg08924619_cob_COL4A2-F 5'- GGTGATGTTTGTTATTATGT 1890 cg08924619_cob_COL4A2-R 5'- AAIGACTAATATAAAACTTAATCT C 1891
cob_13 RMI2 cg00933696 cg00933696_cob_RMI2-F 5'- GTTATGTGAIGAGATTAGG 1894 cg00933696_cob_RMI2-R 5'- CCIGCCAAACACAAC 1895
cob_16 NCKAP1L eg16509569 cgl6509569_cob_NCKAPlL-F 5’- GTGGTTATTATGTTTTTGATATTTG T 1898 cgl6509569_cob_NCKAPlL-R 5’- CCCATTATTCATACTTACCTTCTTA 1899
cob_17 TNFAIP8L2 cg23612220 cg23612220_cob_TNFAIP8L2-F 5'- GTAATGGTGGTAGAGGAAT 1902 cg23612220_cob_TNFAIP8L2-R 5’- AAAACTAAACTAAACTCTACAAA AA 1903
cob_18 MAFK cgl6622899 cgl6622899_cob_MAFK-F 5'- GTIGTAGATGATTTGTATTAGG 1906 cgl6622899_cob_MAFK-R 5'- CCCCACAACAACAACT 1907
cob_20 OGFOD3 cgl1252953 cgl 1252953_cob_OGFOD3-F 5’- TTAGGGGTTATGGAAGGAG 1910 cgl 1252953_cob_OGFOD3-R 5'- CACTTTAACCACTTCCTTTT 1911
brb_l GRASP cgOOS17367 cg00817367_br_GRASP-F 5’- GATTTTTTATAGGGTTTGTTGAT 1914 cgOOS 17367_br_GRASP-R 5’- CATAAAAIGIGAAATTAAAAACCA 1915
brb_2 OTX1 cg07974511 cg0797451 l_br_OTXl-F 5'- IGTTGAGTATATTAGTTGTTTT 1918 cg0797451 l_br_OTXl-R 5’- AACTACIGCCCTAACC 1919
brb_3 F2RL3 cg08066035 cg08066035_br_F2RL3-F 5'- TGATTTTAGGAAAGGTTTAGA 1922 cg08066035_br_F2RL3-R 5’- TACCAAACCAACAAAATACAA 1923
brb_4 CUEDC1 cg07665510 cg07665510_br_CUEDCl-F 5’- AGGAGGTTTTTATAGTTTTATGGT 1926 cg07665510_br_CUEDC 1-R 5'- AAAAACTCCCCTCCAATAAAAA 1927
brb_6 CA3 cgl7480760 cgl7480760_br_CA3-F 5'- AGGGGTTAGGAGTTAC 1930 cgl7480760_br_CA3-R 5’- AAAACCAATAAATTCCAAAA 1931
brb_7 ITGA5 cg03826594 cg03826594_br_ITGA5-F 5’- GAGTTIGTTTTTAGTTTTAG 1934 cg03826594_br_ITGA5-R 5'- TCCCTCTCCTTTCTC 1935
brb_8 BBX cg06818532 cg06818532_br_BBX-F 5'- TGTGTAATAGTTTATTAGATTGAT AGAG 1938 cg06818532_br_BBX-R 5'- AACACAAACAATACTAACTACTT 1939
brb_13 PROM1 cg04203238 cg04203238_br_PROMl-F 5'- GGGGATTTGTTTTAGTTATTTAAA G 1942 cg04203238_br_PROMl-R 5'- AAAAAATTAAACAAACACCTCTA C 1943
brb_15 KLF6 cgl3454226 cgl3454226_br_KLF6-F 5'- 1946 cgl3454226_br_KLF6-R 5’- 1947
- 234 036566
brb_17 UBXN11 cg00768487 GTGAGGATTTGTTTGTTTTG cg00768487_br_UBXNl 1-F 5’GGGGTTAGGAGAGGATAAA 1950 AAACTCCCACTTAAAAACAC cg00768487_br_UBXNl 1-R 5'- AAACATATATCACCAAAACTCAA A 1951
brb_18 MAML2 cg08141395 cg08141395_br_MAML2-F 5'- TAGTTATIGGAGATTTTTATTTAAT 1954 cg08141395_br_MAML2-R 5’- ACTTCCTTCCTATAACTTTTTT 1955
brb_20 MAP3K14 cg00897875 cg00897875_br_MAP3K14-F 5'- TAGGATTGATTTTGTTTTTAAGA 1958 cg00897875_br_MAP3K14-R 5’- CAATAAACAACACATAAACTTTC 1959
brb_22 IFFO1 cg00363813 cg00363813_br_IFF01-F 5'- GTIGGATGGGGTTGA 1962 cg00363813_br_IFF01-R 5’- TACTTCCTAACCAAAATACA 1963
lib_l SCP2 cg00738178 cg00738178_li_SCP2-F 5'- GGTGTAAAGGTGGTTTTGTA 1966 cg00738178_li_SCP2-R 5'- ATTAACTAACACACAAAACTCTAA AT 1967
lib_3 PRDM16 cg00401797 cg00401797_li_PRDM16-F 5'- TTIGAGTTTGGTAGATTAGTA 1970 cg00401797_li_PRDM16-R 5’- CAATCTTCATAACAAAACAAAAAT A 1971
lib_5 CACNA1C cg05579652 cg05579652_li_CACNAlC-F 5'- GAGTGATTGATATTGTTTTTGTTTA 1974 cg05579652_li_CACNAlC-R 5’- ACCAAACACCAATTTCCTATTA 1975
lib_6 B3GNTL1 cgO1826354 cg01826354_li_B3GNTLl-F 5'- TTAGATTTGTTTTGAAAGTAGAA 1978 cg01826354_li_B3GNTLl-R 5'- CCATAAAACTATCTATTTTCAATA ATAC 1979
lib_7 NFE2L3 cgl0536999 cgl0536999_li_NFE2L3-F 5'- GGAIGATGTGAAGGA 1982 cgl0536999_li_NFE2L3-R 5'- AIGAACAACAATTAAACTAAA 1983
lib_8 SPP1 cg20261167 cg20261167_li_SPPl-F 5'- TAGTAGTAGTAGGAGGAGGTAG 1986 cg20261167_li_SPPl-R 5'- AATACACAACCCAATAACAAAC 1987
lib_12 CRTC1 cg07614018 cg07614018_li_CRTCl-F 5’- GGIGTTTGGGATTGG 1990 cg07614018_li_CRTC 1 -R 5'- ACAAACCCCTACAACC 1991
lib_13 TFPI2 cgl6934178 cgl6934178_li_TFPI2-F 5'- GGGGTTTATGGTGTAGG 1994 cgl6934178_li_TFPI2-R 5’- ACCACCCCTCAAACT 1995
Iib_18 E2F6 cgl7726575 cgl7726575_Ii_E2F6-F 5'- AGTGTTGATGTTTAGTAAATG 1998 cgl7726575_Ii_E2F6-R 5'- CCCAATATCTAACACTATAAATC 1999
lib_20 NSMCE2 cgl6296417 cgl6296417_li_NSMCE2-F 5’- TTTGTTGAAAGTTAGGATTAG 2002 cgl6296417_li_NSMCE2-R 5'- CCTTCCCATATTTATCAATAAAC 2003
Co-6 CYP27A1 cg02930667 5’- GAGATATTTGTGGTAGTTATAATT TAG 2006 5’- ATTATACAATAACAACCCAAAATT ACTC 2007
Co-10 ELL cg06747543 5'-GAAAGGGTGAGGAGGAATTTTT 2010 5’- AAAAACCAAAAATAACTCCAAAC ATT 2011
Co-12 FMN2 cg07418387 5'-TAGTTTTGGGAAGTAAAGA 2014 5’-CTCCAAATCATATACCTAACTA 2015
Co-13 DHRS9 cg22129276 5'-AATGGGAGTGATTTATAGAG 2018 5’-AAATTATACCACCCTAACC 2019
Co-20 EPB41L4A cgl5536663 5'-TTTAGTTGAAGGTAGTAAGT 2022 5’-GACAATCACATAACCTTATAAA 2023
Co-21 SEMA3E cgl4519356 5'-TAGGTATGGTGAAAATATGT 2026 5’-TCAATCTAACTCAACTAAAC 2027
Lu-8 CCR7 cg07248223 cg07248223_lu_CCR7-F 5’- TGAGTTTAAGTTTAIGTTTAC 2030 cg07248223_lu_CCR7-R 5’- TCATTTCTCCCTAACAATC 2031
Lu-9 SEMA4A cg05047401 cg05047401_lu_SEMA4A-F 5’- CGGIGAAAAGTTGTTGT 2034 cg05047401_lu_SEMA4A-R 5’- ACCCTACTACTCACCACTA 2035
Lu-17 ZFP106 cg06794543 cg06794543_lu_ZFP106-F 5’- 2038 cg06794543_lu_ZFP106-R 5'- 2039
- 235 036566
TATATTTATGGTGTTAGTTGTATTT AGAAG ATTAACTACGCCACCTACTC
Lu-19 SIPA1L9 cg02058870 cgO2O5887O_lu_SIPAlLl-F 5'- GTTTGTTTTGGAGGTAGGAAGT 2042 cg02058870_lu_SIPAlLl-R 5’- TTTAAATTCTTACCAAATACATAT TT 2043
Lu-21 NTM cg02877575 cg02877575_lu_NTM-F 5'- AAATTACGGAGGTTGTTAAATATT A 2046 cg02877575_lu_NTM-R 5'- TCTAACCTATATAACTATAAAATC TACTC 2047
Br-4 ZNRF2 cg08549335 cg08549335_br_ZNRF2-F 5’- AAGTAGTTAAAGTGTTTAAGTTAG 2050 cg08549335_br_ZNRF2-R 5'- TCCCAACATACAACATAATA 2051
Br-5 F2RL3 cg08066035 cg08066035_br_F2RL3-F 5'- TGATTTTAGGAAAGGTTTAGA 2054 cg08066035_br_F2RL3-R 5’- TACCAAACCAACAAAATACAA 2055
Br-7 C22orf9 cg07795766 cg07795766_br_C22orf9-F 5'- TCGATTTAAAGGGATAGTC 2058 cg07795766_br_C22orf9-R 5'- AAACCCAAATCTTCCCTAC 2059
Br-8 CUEDC1 cg07665510 cg07665510_br_CUEDCl-F 5'- AGGAGGTTTTTATAGTTTTATGGT 2062 cg07665510_br_CUEDC 1-R 5’- AAAAACTCCCCTCCAATAAAAA 2063
Br-9 GPRC5B cg07519235 cg07519235_br_GPRC5B-F 5'- GGGTTTTGTTTAGGTGTTT 2066 cg07519235_br_GPRC5B-R 5’- TAACCAATCCTCCCTTTC 2067
Br-11 C7orf23 cg06824394 cg06824394_br_C7orf23-F 5'- GAAATTATTTGTGAGATTAGGATA G 2070 cg06824394_br_C7orf23-R 5'- AAAIGACACAATAACCACTTC 2071
Br-17 PRDM16 cgO0401797 cg00401797_br_PRDM16-F 5’- GGGATTTGGAGGAGGTTTT 2074 cg00401797_br_PRDM16-R 5'- CCTCACATCTTATTTATCATATCTA C 2075
Br-18 PITX1 cg00396667 cg00396667_br_PITXl-F 5’- ATTIGGAGTGGGAAGTG 2078 cg00396667_br_PITXl-R 5'- GTACCAATACAACAACTAAC 2079
Таблица 17B
Название анализа Ген Маркер Зонд к метилированному участку SEQ ID NO: Зонд к неметилированному участку SEQ ID NO:
lubl GRK6 cg05614346 cg05614346_lub_GRK6-M 576- FAM/AGTTTTTTTTCGTATTTTIGTT AGGT/BHQ1/-3’ 1832 cg05614346_lub_GRK6-NM 57HEX/TTATAGTTTTTTTTTGTATT TTIGTTAGGT/BHQ1/-3' 1833
lub_2 S1PR4 cgl7518965 cgl7518965_lub_S 1PR4-M 576- FAM/GGTGGTCGTTAGTTGTTTGG/ BHQ1/-3' 1836 cg17518965_lub_SlPR4-NM 57HEX/GGTGGTTGTTAGTTGTTTG GT/BHQ1/-3’ 1837
lub_4 PSD4 cg09366118 cg09366118_lub_PSD4-M 576- FAM/AGIGGAAGTCGGAAGTTT/BH Q1/-3’ 1840 cg09366118_lub_PSD4-NM 57HEX/AGIGGAAGTTGGAAGTTTT AG/BHQ1/-3' 1841
lub_6 SFN cg07786675 cg07786675_lub_SFN-M 576- FAM/TTTTAGGGCGTGTGIGA/BHQ1 /-3' 1844 cg077 86675_lub_SFN-NM 57HEX/AGTTTTAGGGTGTGTGIGA/ BHQ1/-3’ 1845
lub_8 ELMO1 cg05098343 cg05098343_lub_ELM01-M 576- FAM/ATTTTAGGTTTGCGTGAGTTA TTG/BHQ1/-3’ 1848 cg05098343_lub_ELMO 1-NM 57HEX/ATTTTAGGTTTGTGTGAGTT ATTGGA/BHQ1/-3’ 1849
lub_9 STK16 cg08098128 cg08098128_lub_STK16-M 576- FAM/TIGATGAGCGGATTGATGT/B HQ1/-3’ 1852 cg08098128_lub_STK16-NM 57HEX/TIGATGAGTGGATTGATGTT TG/BHQ1/-3' 1853
lub_15 RNF166 cg07644807 cg07644807_lub_RNF166-M 576- FAM/GGAAGATAGTTTCGTTTTTTT 1856 cg07644807_lub_RNFl 66-NM 57HEX/AGGAAGATAGTTTTGTTTT 1857
- 236 036566
IGGA/BHQ1/-3' TTTIGGAA/BHQ1/-3’
lub_16 FERMT3 cgO1447914 cg01447914_lub_FERMT3-M 576- FAM/ATTGGGGAGTCGTATATIGG/ BHQ1/-3’ 1860 cgO 1447914_lub_FERMT3-NM 57HEX/GTTATTGGGGAGTTGTATA TIGG/BHQ1/-3’ 1861
lub_19 PTPN6 eg19693177 cg!9693177_lub_PTPN6-M 576- FAM/AGGIGGTTCGGTATTGG/BHQ 1/-3’ 1864 eg 19693177_lub_PTPN6-NM 57HEX/AGGIGGTTTGGTATTGGG/B HQ1/-3' 1865
lub_20 PRSS8 cg03363863 cg03363863_lub_PRSS8-M 576- FAM/GTTTGGTTACGTAGGGTTTTT TTAG/BHQ1/-3' 1868 cg03363863_lub_PRSS8-NM 57HBX/GTTTGGTTATGTAGGGTTTT TTTAGG/BHQ1/-3' 1869
cob_l BIN2 cgl0590292 cg!0590292_cob_BIN2-M 576- FAM/TGGGAGAGCGGGAGAT/BHQ 1/-3’ 1872 cgl0590292_cob_BIN2-NM 57HEX/TTTGGGAGAGTGGGAGATT T/BHQ1/-3' 1873
cob_2 MYO1G cgl0673833 cgl0673833_cob_MY01G-M 576- FAM/GAGGGGTCGGATGTTGG/BH Q1/-3' 1876 cgl0673833_cob_MY01G-NM 57HEX/GAGGGGTTGGATGTTGGG/ BHQ1/-3' 1877
cob_3 BCAT1 cg20399616 cg20399616_cob_BCATl-M 576- FAM/GGTAGTGGTACGGAGIG/BHQ 1/-3’ 1880 cg20399616_cob_BCATl-NM 57HEX/GTAGTGGTATGGAGTGTG/B HQ1/-3' 1881
cob_6 ARHGEF1 cg24296761 cg24296761_cob_ARHGEFl-M 576FAM/GTIGGATATTGACGTTTAIGTT /BHQ1/-3' 1884 cg24296761_cob_ARHGEFl-NM 57HEX/ATAGTIGGATATTGATGTTT AIGTT/BHQ1/-3' 1885
cob_9 HOXA3 cgl6748008 cgl6748008_cob_HOXA3-M 576- FAM/AGTTGGTCGIGTAGGAG/BHQ 1888 cgl6748008_cob_HOXA3-NM 57HEX/AGTTGGTTGIGTAGGAGG/B 1889
cob_12 cob_13 cob_16 cob_17 cob_18 cob_20 brb_l COL4A2 RMI2 NCKAP1L TNFAIP8L2 MAFK OGFOD3 GRASP cg08924619 cg00933696 cgl6509569 cg23612220 cgl6622899 cgl1252953 cgOOS17367 1/-3’ cg08924619_cob_COL4A2-M 576FAM/TTTTTATTATTGCGTIGTTGTT TATGA/BHQ1/-3' cg00933696_cob_RMI2-M 576FAM/ATTTTAATTIGGCGATTTTTTI GAAG/BHQ1/-3’ cgl6509569_cob_NCKAPlL-M 576FAM/TTTTGAATGATCGIGGTTAGG G/BHQ1/-3' cg23612220_cob_TNFAIP8L2-M 576FAM/TGTGAAATTTTCGTTTGTATA ATTTTTGG/BHQ1/-3' cgl6622899_cob_MAFK-M 576FAM/GIGGTGATACGGGTTTTTTAG/ BHQ1/-3’ cgll252953_cob_OGFOD3-M 576FAM/GATTAGGGCGAATTTGTTGTT TG/BHQ1/-3’ cg00817367_br_GRASP-M 576- FAM//BHQ1/-3' 1892 1896 1900 1904 1908 1912 1916 HQ1/-3' cg08924619_cob_COL4A2-NM 57HEX/TTTTTATTATTGTGTIGTTGT TTATGATG/BHQ1/-3’ cg00933696_cob_RMI2-NM 57HEX/ATTTTAATTIGGTGATTTTT TIGAAGA/BHQ1/-3’ eg 165 095 69_cob_NC КАР 1L-NM 57HEX/TTTTGAATGATTGIGGTTAG GGG/BHQ1/-3’ cg23612220_cob_TNFAIP8L2-NM 57HEX/TGTGAAATTTTTGTTTGTAT aatttttggg/BHq 1/3, cgl6622899_cob_MAFK-NM 57HEX/GIGGTGATATGGGTTTTTTA GG/BHQ1/-3’ cgl 1252953_cob_OGFOD3-NM 57HEX/GATTAGGGTGAATTTGTTG TTTGTG/BHQ1/-3' cgOOS 17367_br_GRASP-NM 57HEX/ZBHQ1/-3' 1893 1897 1901 1905 1909 1913 1917
brb_2 OTX1 cg07974511 cg0797451 l_br_OTXl-M 576- FAM/ATGTAGIGTTTCGTAGTTGTA G/BHQ1/-3' 1920 cg0797451 l_br_OTXl-NM 57HEX/ATGTAGIGTTTTGTAGTTGT AGG/BHQ1/-3’ 1921
- 237 036566
brb_3 F2RL3 cg08066035 cg08066035_br_F2RL3-M 576- FAM/ATAGGGTTGTCGTGAGAATA GT/BHQ1/-3’ 1924 cg08066035_br_F2RL3-NM 57HEX/GATAGGGTTGTTGTGAGAA TAGTG/BHQ1/-3’ 1925
brb_4 CUEDC1 cg07665510 cg07665510_br_CUEDCl-M 576- FAM/AGGGTCGGGIGGT/BHQ1/-3 ’ 1928 cg07665510_br_CUEDCl-NM 57HEX/AGGGTTGGGIGGTG/BHQ1/- 3’ 1929
brb_6 CA3 cgl7480760 cgl7480760_br_CA3-M 576- FAM/GAGGGGCGTGGGTG/BHQ1/-3 ’ 1932 cgl7480760_br_CA3-NM 57HEX/GGAGGGGTGTGGGTGZBHQ 1/-3' 1933
brb_7 ITGA5 cg03826594 cg03826594_br_ITGA5-M 576- FAM/GTGTTAGGGTTTTCGTATTIG T/BHQ1/-3’ 1936 cg038265 94_br_ITGA5 -NM 57HEX/AGTGTTAGGGTTTTTGTATT IGT/BHQ1/-3' 1937
brb_8 BBX cg06818532 cg06818532_br_BBX-M 576- FAM/GATGGATGTTTACGTTGTTTA TAAATT/BHQ1/-3' 1940 cg068185 32_br_BBX-NM 57HEX/GGATGGATGTTTATGTTGT TTATAAATT/BHQ1/-3’ 1941
brb_13 PROM1 cg04203238 cg04203238_br_PROMl-M 576- FAM/TTGATTGGATCGGTTGAGTTG /BHQ1/-3' 1944 cg04203238_br_PROM1-NM 57HEX/TTGATTGGATTGGTTGAGT TGT/BHQ1/-3' 1945
brb_15 KLF6 cg13454226 cgl3454226_br_KLF6-M 576- FAM/AGTTAGGTTCGGTTTTTTTTA GGG/BHQ1/-3' 1948 cgl3454226_br_KLF6-NM 57HEX/GTAGTTAGGTTTGGTTTTTT TTAGGG/BHQ1/-3' 1949
brb_17 UBXN11 cg00768487 cg00768487_br_UBXNl 1-M 576- FAM/AGTTTGTAGTATAAATCGTAT TATIGT/BHQ1/-3’ 1952 cg00768487_br_UBXNl 1-NM 57HEX/TAGTTTGTAGTATAAATTG TATTATIGTA/BHQ1/-3 ’ 1953
brb_18 MAML2 cg08141395 cg08141395_br_MAML2-M 576- FAM/AATAGTAATCGTATTTTTTAG AAAGAGT/BHQ1/-3’ 1956 cg08141395_br_MAML2-NM 57HEX/TAAATAGTAATTGTATTTTT TAGAAAGAGT/BHQ1/-3' 1957
hrh_20 MAP3K14 cg00897875 cg00897875_br_MAP3K14-M 576- FAM/TAGTTTTTTATCGAGGTAGGT AGG/BHQ1/-3' 1960 cg00897875_br_MAP3K14-NM 57HEX/TTAGTTTTTTATTGAGGTAG GTAGGA/BHQ1/-3’ 1961
brb_22 IFFO1 cg00363813 cg00363813_br_IFF01-M 576- FAM/TTTTTTTAGCGTTTGTTGTAG TTGT/BHQ1/-3' 1964 cg003 63 813_br_IFFO 1 -NM 57HEX/TATTTTTITTAGTGTTTGTT GTAGTTGT/BHQ1/-3' 1965
lib_l SCP2 cg00738178 cg00738178_li_SCP2-M 576- FAM/GTTTTTIGGAAGTCGTTAGGT G/BHQ1/-3' 1968 cg0073 8178_li_SCP2-NM 57HEX/GTTTTTIGGAAGTTGTTAGG TGA/BHQ1/-3' 1969
lib_3 PRDM16 cgO0401797 cg00401797_li_PRDM16-M 576- FAM/TTTIGGTTTTTCGGGGTTATTA G/BHQ1/-3’ 1972 cg00401797_li_PRDM16-NM 57HEX/TTTIGGTTTTTTGGGGTTAT TAGG/BHQ1/-3' 1973
lib_5 CACNA1C cg05579652 cg05579652_li_CACNAlC-M 576- FAM/AATAAAAAAAATCGGTGTTT TTATATTTAGT/BHQ1/-3' 1976 cg05579652_li_CACNAlC-NM 57HEX/AAATAAAAAAAATTGGTGT TTTTATATTTAGT/BHQ1/-3 ’ 1977
lib_6 B3GNTL1 cgO1826354 cg01826354_li_B3GNTLl-M 576- FAM/AATAGTTAATCGTTGTTTATA TTGGGG/BHQ1/-3’ 1980 cgO 1826354_li_B3GNTL 1-NM 57HEX/AATAGTTAATTGTTGTTTAT ATTGGGGT/BHQ1/-3’ 1981
lib_7 NFE2L3 cgl0536999 cgl0536999_li_NFE2L3-M 576- FAM/TGTTTTTAAGAACGATTTTTTI GGT/BHQ1/-3' 1984 cgl0536999_li_NFE2L3-NM 57HEX/TATGTTTTTAAGAATGATTT TTTIGGTT/BHQ1/-3' 1985
- 238 036566
lib_8 SPP1 cg20261167 cg20261167_li_SPPl-M 576- FAM/TTTTTTAGTTAAACGTIGATT AAGGTAT/BHQ1/-3' 1988 cg20261167_li_SPPl-NM 57HEX/TTTTTTAGTTAAATGTTGAT TAAGGTATAG/BHQ1/-3' 1989
lib_12 CRTC1 cg07614018 cg07614018_li_CRTCl-M 576- FAM/GGTIGAGCGTGTTIGT/BHQ1/- 3’ 1992 cg07614018_li_CRTC 1-NM 57HEX/GAGGTIGAGTGTGTTIGT/BH Q1/-3’ 1993
lib_13 TFPI2 cgl6934178 cgl6934178_li_TFPI2-M 576- FAM/TGTTTTAGGCGGTTIGGG/BH Q1/-3' 1996 cgl6934178_li_TFPI2-NM 57HEX/TGTTTTAGGTGGTTIGGGTG /BHQ1/-3' 1997
lib_18 E2F6 cgl7726575 cgl7726575_li_E2F6-M 576- FAM/ATATTATTGTGGAATCGTTTT ATTTTTGT/BHQ1/-3’ 2000 cgl7726575_li_E2F6-NM 57HEX/ATATTATTGTGGAATTGTTT T ATTTTTGTTT/BHQ1/-3 ’ 2001
lib_20 NSMCE2 cgl6296417 cgl6296417_li_NSMCE2-M 576- FAM/TGTTATAGTTTATTAAAGACG TTAGTGAGA/BHQ1/-3 ’ 2004 cgl6296417_li_NSMCE2-NM 57HBX/TGTTATAGTTTATTAAAGA TGTTAGTGAGATA/BHQ1/-3 ’ 2005
Co-6 CYP27A1 cg02930667 576- FAM/GTAAIGTATATTATTGTCGGT TATAA/BHQ1/-3’ 2008 57HEX/GTAAIGTATATTATTGTTGG TTAT AAT A/BHQ1/-3' 2009
Co-10 ELL cg06747543 576- FAM/TTTATTTTTAGGTCGAGTGAT TAGTT/BHQ1/-3’ 2012 57HEX/AATTTATTTTTAGGTTGAGT GATTAGTT/BHQ1/-3' 2013
Co-12 FMN2 cg07418387 576- FAM/GGGTGATTTTTCGAATTTGTG /BHQ1/-3' 2016 57HEX/GGGTGATTTTTTGAATTIGT GTT/BHQ1/-3' 2017
Co-13 DHRS9 cg22129276 576- FAM/ATTTAGGTATTTCGATTTTAA GAGGA/BHQ1/-3’ 2020 57HEX/ATTTAGGTATTTTGATTTTA AGAGGATT/BHQ1/-3’ 2021
Co-20 EPB41L4A cgl5536663 576- FAM/GGGTGGTTCGTAGGGT/BHQ1 /-3' 2024 57HEX/GTGGGTGGTTTGTAGGGT/B HQ1/-3' 2025
Co-21 SEMA3E cgl4519356 576- FAM/TTGATATATCGTTATATTTGA GAGGG/BHQ1/-3’ 2028 57HEX/TTTTGATATATTGTTATATT TGAGAGGG/BHQ1/-3' 2029
Lu-8 CCR7 cg07248223 cg07248223_lu_CCR7-M 576- FAM/GGTIGAGTTTCGAGGTTT/BH Q1/-3' 2032 cg07248223_lu_CCR7-NM 57HEX/AGGTIGAGTTTTGAGGTTT/ BHQ1/-3’ 2033
Lu-9 SEMA4A cg05047401 cg05047401_lu_SEMA4A-M 576- FAM/TGTATTTAGTCGGGGTAGTTG T/BHQ1/-3’ 2036 cg0504740 l_lu_SEMA4A-NM 57HEX/TTGTATTTAGTTGGGGTAG TTGTT/BHQ1/-3’ 2037
Lu-17 ZFP106 cg06794543 cg06794543_lu_ZFP106-M 576- FAM/TTGGTGATAGCGTTTATATTT AATTT/BHQ1/-3' 2040 cg06794543_lu_ZFP106-NM 57HEX/TTGGTGATAGTGTTTATATT TAATTTTT/BHQ1/-3’ 2041
Lu-19 SIPA1L9 cg02058870 cg02058870_lu_SIPAlLl-M 576- FAM/AGGTIGTTTTTCGGTGTTAG/B HQ1/-3' 2044 cg02058870_lu_SIPAlLl-NM 57HEX/TAGGTIGTTTTTTGGTGTTA GA/BHQ1/-3’ 2045
Lu-21 NTM cg02877575 cg02877575_lu_NTM-M 576- FAM/GGAGGTTTTAGAACGTTTTA GAATTG/BHQ1/-3’ 2048 cg02877575_lu_NTM-NM 57HEX/TGGAGGTTTTAGAATGTTT TAGAATTG/BHQ1/-3’ 2049
- 239 036566
Вг-4 ZNRF2 cg08549335 cg08549335_br_ZNRF2-M 576- FAM/TTTTGAGATCGGTTGTTTTAT TAGTT/BHQ1/-3' 2052 cg08549335_br_ZNRF2-NM 57HEX/TTTTGAGATTGGTTGTT1TA TTAGTTG/BHQ1/-3' 2053
Вг-5 F2RL3 cg08066035 cg08066035_br_F2RL3-M 576- FAM/ATAGGGTTGTCGTGAGAATA GT/BHQ1/-3' 2056 cg08066035_br_F2RL3-NM 57HEX/GATAGGGTTGTTGTGAGAA TAGTG/BHQ1/-3' 2057
Вг-7 C22orf9 cg07795766 cg07795766_br_C22orf9-M 576- FAM/AGGGAGATAGTATTCGTTTT ATTTTTG/BHQl/-3' 2060 cg07795766_br_C22orf9-NM 57HEX/AGGGAGATAGTATTTGTTT TATTTTTGT/BHQ1/-3’ 2061
Вг-8 CUEDC1 cg07665510 cg07665510_br_CUEDCl-M 576- FAM/AGGGTCGGGIGGT/BHQ1/-3 ’ 2064 cg07665510_br_CUEDCl-NM 57HEX/AGGGTTGGGIGGTG/BHQ1/3' 2065
Вг-9 GPRC5B cg07519235 cg07519235_br_GPRC5B-M 576- FAM/TAATGTGGCGIGTGGG/BHQ1/ -3' 2068 cg07519235_br_GPRC5B-NM 57HEX/TTAATGTGGTGIGTGGGT/B HQ1/-3' 2069
Вг-11 C7orf23 cg06824394 cg06824394_br_C7orf23-M 576- FAM/TTTTCGATGTTTTTAGAATTT GTAGT/BHQ1/-3' 2072 cg06824394_br_C7orf23-NM 57HEX/TTTTTTTGATGTTTTTAGAA TTTGTAGT/BHQ1/-3' 2073
Вг-17 PRDM16 cgO0401797 cg00401797_br_PRDM16-M 576- FAM/GTTTTTCGGGGTTATTAGGTA TTG/BHQ1/-3' 2076 cg00401797_br_PRDM16-NM 57HEX/GTTTTTTGGGGTTATTAGGT ATTGA/BHQ1/-3' 2077
Вг-18 PITX1 cgOO396667 cg00396667_br_PITXl-M 576- FAM/GTTTGIGAGTCGGGGT/BHQ1/- 3' 2080 cg00396667_br_PITXl-NM 57HEX/GGTTTGIGAGTTGGGGT/BH Q1/-3’ 2081
Таблица 18A
тип маркер ген левый праймер SEQ ID NO: правый праймер SEQ ID NO:
BRCA cg00819310 VANGL1 cg00819310_brs_VANGLl-F 5’- TGTATGGGTGGAGTATTTATAG 2082 cg00819310_brs_VANGLl-R 5’- CTTCAAAACCAACCTTAATAAAAC 2083
BRCA cg02001200 HCG14 cg02001200_brs_HCG14-F 5'- TTATAGGGATTATTATATGGGTAA 2086 cg02001200_brs_HCG14-R 5’- ACCTAACAATAATCACTTAAAA 2087
BRCA cgO3142856 TCTEX1D4 cg03142856_brs_TCTEXlD4-F 5'- AAGAGIGAGGTGTTG 2090 cg03142856_brs_TCTEXlD4-R 5'- AIGCTACAAACTAATATACAA 2091
BRCA cg05562828 ZZEF1 cg05562828_brs_ZZEFl-F 5’- GTTGGTGTTGGTTTAGTTAT 2094 cg05562828_brs_ZZEFl-R 5’- GATCTCTAAAACCTAATACAAAT 2095
BRCA cgO8096946 DIRC2 cg08096946_brs_DIRC2-F 5’- GGGTTGGGGGTTTTT 2098 cg08096946_brs_DIRC2-R 5’- AAACCCCAAATATTCCAAA 2099
BRCA cgl2870876 ICA1L cgl2870876_brs_ICAlL-F 5'- GTTTGAGGGGGAATAGG 2102 cgl2870876_brs_ICAlL-R 5'- ATACIGAAAIGAATCAC 2103
BRCA eg15408407 RPS15 cgl5408407_brs_RPS15-F 5'- TTTTGAGGATTIGGTAAGA 2106 cgl5408407_brs_RPS 15-R 5'- GAAAIGATCAAAAATTAAATAAAA C 2107
BRCA eg!8219532 DMTF1 cgl 8219532_brs_DMTF 1 -F 5'- TAGTATTGAGATTATTGGTTTTT 2110 cgl 8219532_brs_DMTF 1 -R 5'- CAACTATAATTCCTCTAATTCTAA A 2111
BRCA cg21378238 CACNA1E cg21378238_brs_CACNA!E-F 5’- TTTTTAGAAATTGGGTATTTTTAA 2114 cg21378238_brs_CACNA!E-R 5'- CiGCTATAAACTATTAAATCTAAAT 2115
- 240 036566
G АСА
BRCA cg22532061 ELACI cg22532061_brs_ELACl-F 5’- GIGGTAGGGTATATTAGAG 2118 cg22532061_brs_ELACl-R 5'- GCTCCCCAAACTTAAATCC 2119
COAD cgO1452506 DNAJB12 cg01452506_cos_DNAJB12-F 5’- GGATATAGTIGTTGTGTTT 2122 cg01452506_cos_DNAJB12-R 5'- CCATAAAATCCAACAAAAATAA 2123
COAD cg04346272 NME1 cg04346272_cos_NMEl-F 5'- AGAGAAGAAAGTAAGTAGTTAAT 2126 cg04346272_cos_NMEl-R 5’- TTCCTCTTAAAAATAAACAATCAT 2127
COAD cg07797431 NIPBL cg07797431_cos_NIPBL-F 5'- GTTAGGAGTTGGAGATTAG 2130 cg07797431_cos_NIPBL-R 5’- TTCTCCTACCTCAACTTAC 2131
COAD cg08601574 PYGB cg08601574_cos_PYGB-F 5’- TAAGTAAATAGTTGGTATTTTTAG A 2134 cg08601574_cos_PYGB-R 5’- TIGAAAAAACTAATTACAACTTA 2135
COAD cgl2090388 RPL11 cgl2090388_cos_RPLll-F 5’- GTGAGTAGTTGGGATTTGG 2138 cgl2090388_cos_RPLl 1-R 5'- AACATTAIGAACTCCATATTC 2139
COAD cgl5096432 LGR6 cgl5096432_cos_LGR6-F 5’- TGGTGGGATTTTAGTTTTAGG 2142 cgl5096432_cos_LGR6-R 5'- AAACTATAAACAACTCAACTAATT АТС 2143
COAD cgl6066221 CCDC55 cgl6066221_cos_CCDC55-F 5’- GGAAAGAAAGGGATTTTTATAGG 2146 cgl6066221_cos_CCDC55-R 5’- CCCTTTTCCATACTCTATC 2147
COAD cgl7542225 HMMR cgl7542225_cos_HMMR-F 5'- GGGATAGAATTGGAATTAGTG 2150 cgl7542225_cos_HMMR-R 5'- CCCACCCACCCAATC 2151
COAD cg22288235 GAK cg22288235_cos_GAK-F 5'- GAGTTTAIGGTATTTATTAAATAG 2154 cg22288235_cos_GAK-R 5'- GACTACAAACCAAAATAAAAAA 2155
COAD cg22946679 PPP1R10 cg22946679_cos_PPPlR10-F 5’- 2158 cg22946679_cos_PPPlR10-R 5’- 2159
GGTGGTTATGGGGTTT AACCCTAAIGAAAAAATAAATACC
KIRC cgl6419354 FAM163A cgl6419354_kis_FAM163A-F 5'- GAGTTTGGGGTTAGGATA 2162 cgl6419354_kis_FAM163A-R 5’- TIGCCIGCTCTAAAA 2163
KIRC eg13944175 HAS1 cgl3944175_kis_HASl-F 5’- GTTTTTAGGGTTGGTGGTAG 2166 cgl3944175_kis_HASl-R 5'- GIGTCCTCATAATAATAAATAAC 2167
KIRC cg06135139 BHLHE23 cg06135139_kis_BHLHE23-F 5'- ATGTTGAGTIGTAGAGAT 2170 cg06135139_kis_BHLHE23-R 5’- CAAAIGAIGAAAAACAA 2171
KIRC cg02237470 NPBWR1 cg02237470_kis_NPBWRl-F 5’- GTAGAATIGGGTTTTAGGA 2174 cg02237470_kis_NPBWRl-R 5’- AIGAAAIGTTATCCATCTC 2175
KIRC eg14047094 cgl4047094_kis_-F 5’- GTTTIGGGAAATTTGTG 2178 cgl4047094_kis_-R 5'- AAATCCCAAACCAAATAAAC 2179
KIRC cg24496475 NKX1-1 cg24496475_kis_NKXl-l-F 5'- GTGIGGGTTTIGAATT 2182 cg24496475_kis_NKXl-l-R 5'- GAIGAAAAACIGACATAAAC 2183
KIRC cg22346124 ASCL2 cg22346124_kis_ASCL2-F 5'- TAGGAAGGTGTAGGTAGAG 2186 cg22346124_kis_ASCL2-R 5’- CACCACTAAACCTCCTATC 2187
KIRC eg19292062 CSNK2A1 cgl9292062_kis_CSNK2Al-F 5'- TGGTTGTTTTTTAGGTATTTG 2190 cgl9292062_kis_CSNK2Al-R 5'- CAACCTIGCTCTAATCC 2191
KIRC cgl8485844 ASCL2 cgl8485844_kis_ASCL2-F 5'- GTAGGAAGGTGTAGGTAGAG 2194 cgl8485844_kis_ASCL2-R 5’- CCACTAAACCTCCTATCC 2195
KIRC cgl8279094 FOXD3 cgl8279094_kis_FOXD3-F 5'- GGTAGIGTTTATGGTTATTTATTA 2198 cgl8279094_kis_FOXD3-R 5’- CAAAAACTATCIGAAAAATAACA 2199
LIHC cg23217126 DOK6 cg23217126_lis_DOK6-F 5’- GAAGGTGAGIGTTAGAA 2202 cg23217126_lis_DOK6-R 5’- GAAATIGCCTACAAAAC 2203
LIHC cg21217886 HSPB1 cg21217886_lis_HSPBl-F 5’- 2206 cg21217886_lis_HSPBl-R 5’- 2207
- 241 036566
GGGAAAAATAGGATTTTTGAT AAIGCTAAAATTACAAAACA
LIHC cg20979703 PYGB cg20979703_lis_PYGB-F 5'- TTTTGTIGGGTTTGTTT 2210 cg20979703_lis_PYGB-R 5’- CTCATAACTAAAATCTCTAATATA АТС 2211
LIHC cgl7213048 ATAD2 cgl7213048_lis_ATAD2-F 5’- GAATTGTGGTGTAGTTAGAAG 2214 cgl7213048_lis_ATAD2-R 5’- CTCCCATCTACCTTAAAATTC 2215
LIHC eg12362404 KCTD14 cgl2362404_lis_KCTD14-F 5'- TTTAGGATGGGTTTGAAATAG 2218 cgl2362404_lis_KCTD14-R 5’- ACTCAAAACTAACAAAAATATTC 2219
LIHC cgl2199165 MGEA5 cgl2199165_lis_MGEA5-F 5’- GGATAGAAIGTGTTAGTG 2222 cgl2199165_lis_MGEA5-R 5’- GAIGATAACIGAAACTAC 2223
LIHC cg09910998 SGCE- PEG10 cg09910998_lis_SGCE-PEG10-F 5’- GAGTATGIGGTGAGG 2226 cg09910998_lis_SGCE-PEG10-R 5'- TTCTAAAATACTACTCCATCTC 2227
LIHC cg03550506 DEPDC5 cg03550506_lis_DEPDC5-F 5'- TGTGGGGAGATTATTGAG 2230 cg03550506_lis_DEPDC5-R 5'- CCTIGAACACTAAAACC 2231
LIHC cgO3404362 ULK1 cg03404362_lis_ULKl-F 5'- GGGGTAAGGAATTAATATTGAG 2234 cg03404362_lis_ULKl-R 5'- CATTAIGAAACIGAATAAAC 2235
LIHC cg00477582 CAPN10 cg00477582_lis_CAPN10-F 5'- TTGTAATGAGAGGTTTGTTAAT 2238 cg00477582_lis_CAPN10-R 5'- CTAAATATIGCAAAAAACTCTT 2239
LUAD cg00980698 RNASE6 cg00980698_lus_RNASE6-F 5’- GTGTTTAGGATGTTAGATTAG 2242 cg00980698_lus_RNASE6-R 5'- TCTTTACTATCTTCCCTATTC 2243
LUAD cg03781098 GDF3 cg03781098_lus_GDF3-F 5’- GTTTGGTTTAAAGTTAGAATTAAT AG 2246 cg03781098_lus_GDF3-R 5'- CAACCTCTAAATTATTAAACAATC 2247
LUAD cg05214511 cg0521451 l_lus_-F 5’- 2250 cgO5214511_lus_-R5'- 2251
ATTGAGAAATTTTAAATAGGTATT AT GCTCTATTTATATACTTTTAATTTT TCAT
LUAD cg05875696 BICD2 cg05875696_lus_BICD2-F 5'- TTAGGGGTGATGGTAGTG 2254 cg05875696_lus_BICD2-R 5'- CCCAAAAAACTACTAACTCCTAA 2255
LUAD cg08535411 GAL-KMT cg08535411_lus_GAL-KMT-F 5'- GAATTTIGGGGAGGATT 2258 cg0853541 l_lus_GAL-KMT-R 5'- ACCTAAACCCCACCAAA 2259
LUAD cg08821811 RMI2 cg08821811_lus_RMI2-F 5’- TGTAGATTTTTTIGATATTATTATT T 2262 cg0882181 l_lus_RMI2-R 5’- TAAACCCCAACTAACAACTA 2263
LUAD cgl1959316 PPAP2B cgl 1959316_lus_PPAP2B-F 5’- TTTGGGAGTAGTTTATTAGGTAA 2266 cgl 1959316_lus_PPAP2B-R 5'- CIGCTATACCCAAAAATATAATAA AA 2267
LUAD cgl7252884 SH3BP5 cgl7252884_lus_SH3BP5-F 5’- TGAAAAGGTTAGTTAGTAATTTAG T 2270 cgl7252884_lus_SH3BP5-R 5’- AATATTTCCTACCTAACTCTAAAA A 2271
LUAD cg23526087 RAD51L1 cg23526087_lus_RAD51Ll-F 5'- GGGGGATAAAGGAGAAG 2274 cg235260 87_lus_RAD51L1 -R 5 CAAAATTTCCCTCAATTTCC 2275
LUAD cg27525876 ZNF778 cg27525876_lus_ZNF778-F 5’- ATGTAAGTAGTGTGGTAAAGT 2278 cg27525876_lus_ZNF778-R 5’- CCACAATCCTTACATTCATAA 2279
PAAD cg02365862 DSP cg02365862_pas_DSP-F 5’- GGGGATIGAGGAAATTTT 2282 cg02365862_pas_DSP-R 5’- AACCCAAAIGCCCTAA 2283
PAAD cg05299198 GLBL1 cg05299198_pas_GLBLl-F 5’- GAGAATTTTTATTAGGGTTTTG 2286 cg05299198_pas_GLBLl-R 5’- TCAACAACIGCTAAACATC 2287
PAAD PAAD PAAD PAAD PAAD PAAD cg07881228 cgl0733616 cg05513509 cg06663668 cg07911682 cg24038180 PLEKHA8 ADD1 RBBP8 CD3EAP FAF1 ECHS1 cg07881228_pas_PLEKHA8-F 5'- AGTIGAGGGTTTAGGT cgl0733616_pas_ADDl-F 5'- GGAGGGTAGGGTTTTT cg05513509_pas_RBBP8-F 5’- TGGGGTTGTGTTTGAT cg06663668_pas_CD3EAP-F 5'- GGGTTTTTGATTTTAGTAATATAG cg07911682_pas_FAFl-F 5'- GIGTIGAGGGGTT cg24038180_pas_ECHSl-F 5’- GAIGTAGGATAGTAGGATA 2290 2294 2298 2302 2306 2310 cg07881228_pas_PLEKHA8-R 5’CAIGCTATTCACAAAAAA cglO733616_pas_ADDl-R 5’AAIGCCAAATCATAACTTC cg05513509_pas_RBBP8-R 5'GAAAAAIGCTTCCTCA cg06663668_pas_CD3EAP-R 5’TIGACTCCIGATCTA cg07911682_pas_FAFl-R 5'CIGAAAIGCCTAAAAATTAC cg24038180_pas_ECHSl-R 5'GAAAIGAACCCTAAAAAAC 2291 2295 2299 2303 2307 2311
PAAD cg00371627 PTPN12 cg00371627_pas_PTPN12-F 5'- TIGIGATTATTTATTGTTTAT 2314 cg00371627_pas_PTPN12-R 5’- TTACCTIGACCCTCCTA 2315
PAAD cgl2271199 JUN cgl2271199_pas_JUN-F 5’- TGGGTTGAAGTTGTTGA 2318 eg 12271199_pas_JUN-R 5 TCAAIGAAACAAACATAATAA 2319
- 242 036566
Таблица 18B
тип маркер ген левый праймер Зонд к метилированному участку SEQ ID NO: Зонд к неметилированному участку SEQ ID NO:
BRCA cg0081 9310 VANGL1 cg00819310_brs_VANGLl-F 5'- TGTATGGGTGGAGTATTT ATAG cg00819310_brs_VANGLl Μ 576- FAM/ATTTTTATTCGTTTG TTTTATGATAGAGAT/BH Q1/-3’ 2084 cgOOS 19310_brs_VANGLlNM 57HEX/TTTATTTTTATTT GTTTGTTTTATGATAGAG AT/BHQ1/-3’ 2085
BRCA cg0200 1200 HCG14 cg02001200_brs_HCG14-F 5'- TTATAGGGATTATTATAT GGGTAA cg02001200_brs_HCGl 4-M 576- FAM/GTTIGIGTCGAGGGA T/BHQ1/-3’ 2088 cg02001200_brs_HCG14NM 57HEX/TGTTIGIGTTGAGG GAT/BHQ1/-3' 2089
BRCA cg0314 2856 TCTEX1 D4 cg03142856_brs_TCTEXlD4 -F 5'- AAGAGIGAGGTGTTG cg03142856_brs_TCTEXlD4 -M 576- FAM/GGTTAGTTTATCGIG IGTT/BHQ1/-3’ 2092 cg03142856_brs_TCTEXlD4 -NM 57HEX/AGGTTAGTTTATT GIGIGTT/BHQ1/-3' 2093
BRCA cg0556 2828 ZZEF1 cg05562828_brs_ZZEFl-F 5’- GTTGGTGTTGGTTTAGTT AT cg05 562 828_brs_ZZEF 1 -M 576- FAM/TTTAGATGGAIGCG TTTGTTT/BHQ1/-3' 2096 cg05562828_brs_ZZEF 1 -NM 57HEX/GGTTTAGATGGAI GTGTTTGTTT/BHQ1/-3' 2097
BRCA cg0809 6946 DIRC2 cg08096946_brs_DIRC2-F 5’-GGGTTGGGGGTTTTT cg08096946_brs_DIRC2-M 576- FAM/TTGTTGGCGTTIGTT TAGG/BHQ1/-3’ 2100 cg08096946_brs_DIRC2-NM 57HEX/TTGTTGGTGTTTG TTTAGGG/BHQ1/-3’ 2101
BRCA eg1287 0876 ICA1L cgl2870876_brs_ICAlL-F 5’- GTTTGAGGGGGAATAGG cgl2870876_brs_ICAlL-M 576- FAM/TIGTTTTTTCGTTTT TTIGGG/BHQ1/-3’ 2104 cgl2870876_brs_ICAlL-NM 57HEX/TIGTTTTTTTGTTT TTTIGGGT/BHQ1/-3' 2105
BRCA eg1540 RPS15 cgl5408407_brs_RPS15-F 5’- cgl5408407_brs_RPS15-M 2108 cgl5408407_brs_RPS15-NM 2109
8407 TTTTGAGGATTIGGTAAG A 576- FAM/GGTGAGTGTTGCGA TTTGG/BHQ1/-3' 57HEX/TGGTGAGTGTTGT GATTTGG/BHQ1/-3'
BRCA cgl821 9532 DMTF1 eg 182195 32_brs_DMTF 1 -F 5’- TAGTATTGAGATTATTGG ttttt cgl8219532_brs_DMTFl-M 576- FAM/GAATTATGAAAATC GGTAIGIGA/BHQ1/-3' 2112 cgl8219532_brs_DMTFl- NM 57HEX/GGAATTATGAAA ATTGGTAIGIGA/BHQ1/-3' 2113
BRCA cg2137 8238 CACNA1 E cg21378238_brs_CACNA!E- F 5'- TTTTTAGAAATTGGGTAT TTTTAAG cg2137823 8_brs_CACNAl E- M 576- FAM/GTTTTATTATTCGTT TTTTTTTTTTTTTTTTT/BH Q1/-3' 2116 cg21378238_brs_CACNAlE- NM 57HEX/AGTTTTATTATTT GTTTTTTTTTTTTTTTTTT TT/BHQ1/-3' 2117
BRCA cg2253 2061 ELACI cg2253206 l_brs_ELAC 1 -F 5’- GIGGTAGGGTATATTAGA G cg22532061 _brs_ELAC 1 -M 576- FAM/TTIGGGATTCGTIGG TT/BHQ1/-3' 2120 cg22532061_brs_ELACl- NM 57HEX/TTTTTIGGGATTTG TIGGTT/BHQ1/-3’ 2121
COAD cg0145 2506 DNAJB12 cgO 14525 06_cos_DNAJB 12- F 5'- GGATATAGTIGTTGTGTT T cgO 1452506_cos_DNAJB 12- M 576- FAM/TTTGAGGGCGATGT TGATATAG/BHQ1/-3’ 2124 cgO 14525 06_cos_DNAJB 12NM 57HEX/GGTTTTGAGGGTG ATGTTGATATAG/BHQ1/- 3' 2125
COAD cg0434 6272 NME1 cg04346272_cos_NMEl-F 5’- AGAGAAGAAAGTAAGTA cg04346272_cos_NMEl-M 576- FAM/GAAAAAGTTAGCGT 2128 cg04346272_cos_NME 1 -NM 57HEX/TTGAAAAAGTTA GTGTIGGAAGT/BHQ1/-3’ 2129
- 243 036566
GTTAAT IGGAAGT/BHQ1/-3’
COAD cg0779 7431 NIPBL cg0779743 l_cos_NIPBL-F 5’- GTTAGGAGTTGGAGATT AG cg0779743 l_cos_NIPBL-M 576- FAM/TGGIGGTGCGTTTTT G/BHQ1/-3' 2132 cg0779743 l_cos_NIPBL-NM 57HEX/TGGIGGTGTGTTT TTGTAA/BHQ1/-3' 2133
COAD cgO860 1574 PYGB cg08601574_cos_PYGB-F 5'- TAAGTAAATAGTTGGTA TTTTTAGA cg08601574_cos_PYGB-M 576- FAM/ATAGAGAAGATCG GGTTTAGTAGG/BHQ1/-3 ’ 2136 cg086015 74_cos_PYGB-NM 57HEX/GATAGAGAAGAT TGGGTTTAGTAGG/BHQ1/ -3’ 2137
COAD cgl209 0388 RPL11 cgl 20903 88_cos_RPLl 1-F 5’- GTGAGTAGTTGGGATTT GG cgl2090388_cos_RPLll-M 576- FAM/TGTTTTTTTTTATTC GTIGTTATTTATGG/BHQ1/ -3’ 2140 cgl2090388_cos_RPLl 1-NM 57HEX/TGTTTTTTTTTATT TGTIGTTATTTATGGT/BH Q1/-3’ 2141
COAD cgl509 6432 LGR6 cgl5096432_cos_LGR6-F 5'- TGGTGGGATTTTAGTTTT AGG eg 15 096432_cos_LGR6-M 576- FAM/GTGTAGTATTCGGT TTTTAGGTGG/BHQ1/-3’ 2144 cgl5096432_cos_LGR6-NM 57HEX/GGTGTAGTATTTG GTTTTTAGGTGG/BHQ1/3’ 2145
COAD cgl606 6221 CCDC55 cgl 606622 l_cos_CCDC55-F 5’- GGAAAGAAAGGGATTTT TATAGG cgl6066221_cos_CCDC55- M 576- FAM/AAATTAAGGGCGA GGGATTAAAG/BHQ1/-3 ’ 2148 cgl6066221_cos_CCDC55NM 57HEX/GATAAATTAAGG GTGAGGGATTAAAGA/B HQ1/-3' 2149
COAD cgl754 2225 HMMR eg 17542225_cos_HMMR-F 5’- GGGATAGAATTGGAATT AGTG cgl7542225_cos_HMMR-M 576- FAM/GGAAGTGCGTTTGI GT/BHQ1/-3' 2152 cgl7542225_cos_HMMR- NM 57HEX/GGGAAGTGTGTTT GIGTAA/BHQ1/-3’ 2153
COAD cg2228 8235 GAK cg22288235_cos_GAK-F 5'GAGTTTAIGGTATTTATT AAATAG cg22288235_cos_GAK-M 576- FAM/AGAAGTGAGCGTAT TGTGGT/BHQ1/-3’ 2156 cg22288235_cos_GAK-NM 57HEX/TGAGAAGTGAGT GTATTGTGGT/BHQ1/-3 ’ 2157
COAD cg2294 6679 PPP1R10 cg22946679_cos_PPP 1R10-F 5’-GGTGGTTATGGGGTTT cg22946679_cos_PPPlR10M 576- FAM/TTTTTATTTATGTTT TCGTTAGGGTTTT/BHQ1/3' 2160 cg22946679_cos_PPP 1 RI 0NM 57HEX/TTATTTTTATTTA TGTTTTTGTTAGGGTTTT/ BHQ1/-3' 2161
KIRC cgl641 9354 FAM163 A cgl6419354_kis_FAM163A- F 5’- GAGTTTGGGGTTAGGAT A cgl6419354_kis_FAM163AM 576- FAM/GGGGTIGCGGTGTT T/BHQ1/-3’ 2164 cgl6419354_kis_FAM163ANM 57HEX/TGGGGTIGTGGTG TTTTT/BHQ1/-3' 2165
KIRC eg1394 4175 HAS1 cgl3944175_kis_HASl-F 5'- GTTTTTAGGGTTGGTGGT AG cgl3944175_kis_HASl-M 576- FAM/GGGTTTTCGTTAGIG AAGAT/BHQ1/-3' 2168 cgl3944175_kis_HASl-NM 57HEX/GGGGTTTTTGTTA GIGAAGAT/BHQ1/-3' 2169
KIRC cg0613 5139 BHLHE2 3 cg06135139_kis_BHLHE23- F 5’- ATGTTGAGTIGTAGAGAT cg06135139_kis_BHLHE23M 576- FAM/GTTIGAAGGCGTIGT TTT/BHQ1/-3' 2172 cg06135139_kis_BHLHE23 - NM 57HEX/TTGTTIGAAGGTG TIGTTTT/BHQ1/-3’ 2173
- 244 036566
KIRC cg0223 7470 NPBWR1 cg02237470_kis_NPBWRl-F 5'- GTAGAATIGGGTTTTAGG A cg02237470_kis_NPBWRl - M 576- FAM/GAIGTTAGGTCGTIG GTT/BHQ1/-3’ 2176 cg02237470_kis_NPBWRlNM 57HEX/GGAIGTTAGGTTG TIGGTT/BHQ1/-3' 2177
KIRC eg1404 7094 cgl4047094_kis_-F 5'- GTTTIGGGAAATTTGTG cgl4047094_kis_-M 576- FAM/TTTGTGTGCGIGAA AGTT/BHQ1/-3' 2180 cgl4047094_kis_-NM 57HEX/GAATTTGTGTGTG IGAAAGTTTA/BHQ1/-3' 2181
KIRC cg2449 6475 NKX1-1 cg24496475_kis_NKX 1 -1 -F 5'-GTGIGGGTTTIGAATT cg24496475_kis_NKXl-l-M 576- FAM/GGTAGCGIGGGAAT GI7BHQ1/-3' 2184 cg24496475_kis_NKX 1-1NM 57HEX/GGTAGTGIGGGAA TGTTTT/BHQ1/-3' 2185
KIRC cg2234 6124 ASCL2 cg22346124_kis_ASCL2-F 5'- TAGGAAGGTGTAGGTAG AG cg22346124_kis_ASCL2-M 576- FAM/TGGTAIGGCGTIGTT AG/BHQ1/-3’ 2188 cg22346124_kis_ASCL2-NM 57HEX/TGGTAIGGTGTIGT TAGG/BHQ1/-3' 2189
KIRC cgl929 2062 CSNK2A 1 cgl9292062_kis_CSNK2Al- F 5'- TGGTTGTTTTTTAGGTAT TTG cgl9292062_kis_CSNK2Al- M 576- FAM/GGIGGTCGTTTTTTT TTTTGI7BHQ1/-3' 2192 cgl9292062_kis_CSNK2Al- NM 57HEX/GGIGGTTGTTTTTT TTTTTGTTTA/BHQ1/-3' 2193
KIRC cgl848 5844 ASCL2 eg 184 85844_kis_ASCL2-F 5'- GTAGGAAGGTGTAGGTA GAG eg 18485 844_kis_ASCL2-M 576- FAM/GAAAATTGTGGCGT TTTAAGGG/BHQ1/-3 ’ 2196 eg 184 85844_kis_ASCL2-NM 57HEX/GGAAAATTGTGG TGTTTTAAGGG/BHQ1/-3’ 2197
KIRC cgl827 9094 FOXD3 eg 18279094_kis_FOXD3-F 5’- GGTAGIGTTTATGGTTAT TTATTA cgl8279094_kis_FOXD3-M 576- FAM/TIGTTGAGTCGGAIG ATT/BHQ1/-3’ 2200 cgl8279094_kis_FOXD3- NM 57HEX/TIGTTGAGTTGGAI GATTGT/BHQ1/-3’ 2201
LIHC cg2321 7126 DOK6 cg23217126_lis_DOK6-F 5’- GAAGGTGAGIGTTAGAA cg23217126_lis_DOK6-M 576- FAM/AGGGTTGGCGIGGT T/BHQ1/-3’ 2204 cg23217126_lis_DOK6-NM 57HEX/GGAGGGTTGGTGI GGTT/BHQ1/-3' 2205
LIHC cg2121 7886 HSPB1 cg21217886_lis_HSPBl-F 5'- GGGAAAAATAGGATTTT TGAT cg21217886_lis_HSPBl-M 576- FAM/AGTGIGGGTCGTTTT TAAG/BHQ1/-3’ 2208 cg21217886_lis_HSPBl-NM 57HEX/AGTGIGGGTTGTT TTTAAGG/BHQ1/-3' 2209
LIHC cg2097 9703 PYGB cg20979703_lis_PYGB-F 5’- TTTTGTIGGGTTTGTTT cg20979703_lis_PYGB-M 576- FAM/TGGATAGGTCGTTG TIGTT/BHQ1/-3’ 2212 cg20979703_lis_PYGB-NM 57HEX/GTGGATAGGTTGT TGTIGTTT/BHQ1/-3' 2213
LIHC cgl721 3048 ATAD2 cgl7213048_lis_ATAD2-F 5’- GAATTGTGGTGTAGTTA GAAG cgl7213048_lis_ATAD2-M 576- FAM/AAGAGTTTTTTCGT AAATTATGATTTGT/BHQ 1/-3' 2216 cgl7213048_lis_ATAD2-NM 57HEX/TTTAAGAGTTTTT TTGTAAATTATGATTTGT /BHQ1/-3’ 2217
LIHC cgl236 2404 KCTD14 cgl2362404_lis_KCTD14-F 5'- TTTAGGATGGGTTTGAA ATAG eg 12362404JisKCTD 14-M 576- FAM/TTGGGGCGGTIGAT G/BHQ1/-3’ 2220 cgl2362404_lis_KCTD14- NM 57HEX/GTTGGGGTGGTIG ATGA/BHQ1/-3' 2221
- 245 036566
LIHC cgl219 9165 MGEA5 eg 12199165_lis_MGE A5-F 5’- GGATAGAAIGTGTTAGTG cgl2199165_lis_MGEA5-M 576- FAM/ATTTTTTATTATATC GTAGAGGAATIGT/BHQ1/3’ 2224 cgl2199165_lis_MGEA5- NM 57ΗΕΧ/ΤΤΤΑΤΤΤΊΤΤΑΤΓ ATATTGTAGAGGAATIGT /BHQ1/-3’ 2225
LIHC cg0991 0998 SGCE- PEG10 cg09910998_lis_SGCE- PEG10-F 5'- GAGTATGIGGTGAGG cg09910998JisSGCE- PEG10-M 576- FAM/TAIGTTTATTTTTCG TGTTTATIGG/BHQ1/-3' 2228 cg09910998_lis_SGCE- PEG10-NM 57HEX/TAIGTTTATTTTTT GTGTTTATIGGG/BHQ1/-3 ’ 2229
LIHC cg0355 0506 DEPDC5 cg03550506_lis_DEPDC5-F 5’- TGTGGGGAGATTATTGA G cg03550506_lis_DEPDC5-M 576- FAM/ATGGATTTATTTCG GATAGATTAGGAG/BHQ1 /-3’ 2232 cg03550506_lis_DEPDC5- NM 57HEX/TATGGATTTATTT TGGATAGATTAGGAGG/B HQ1/-3’ 2233
LIHC cg0340 4362 ULK1 cg03404362_lis_ULKl-F 5'- GGGGTAAGGAATTAATA TTGAG cg03404362_lis_ULKl-M 576- FAM/GGIGGGTTCGTTGTT G/BHQ1/-3' 2236 cg03404362_lis_ULKl-NM 57HEX/GGIGGGTTTGTTG TTGG/BHQ1/-3' 2237
LIHC cg0047 7582 CAPN10 cg004775 82_lis_CAPNl 0-F 5’- TTGTAATGAGAGGTTTGT TAAT cg004775 82_lis_C APN10-M 576- FAM/TTTTGTGTAGGCGTI GATATTTA/BHQ1/-3' 2240 cg004775 82_lis_CAPNl 0- NM 57HEX/TTTTGTGTAGGTG TIGATATTTAGG/BHQ1/-3 ’ 2241
LUAD cg0098 0698 RNASE6 cg00980698_lus_RNASE6-F 5'- cg00980698_lus_RNASE6-M 576- 2244 cg00980698_lus_RNASE6- NM 2245
GTGTTTAGGATGTTAGAT TAG FAM/TTGTAGTTTTGTATT TTTCGAGAGAAG/BHQ1/3' 57HEX/TTTTGTAGTTTTG TATTTTTTGAGAGAAG/B HQ1/-3'
LUAD cg0378 1098 GDF3 cg03781098_lus_GDF3-F 5'- GTTTGGTTTAAAGTTAGA ATTAATAG cgO3 781098_lus_GDF3-M 576- FAM/GTTGTTAGATCGGG GAGAGT/BHQ1/-3' 2248 cg03781098_lus_GDF3-NM 57HEX/GGTTGTTAGATTG GGGAGAGT/BHQ1/-3’ 2249
LUAD cg0521 4511 cgO5214511_lus_-F 5'- ATTGAGAAATTTTAAAT AGGTATTAT cg0521451 l_lus_-M 576FAM/TGGTTATTTTAATT ACGTAGAAATGAATT/BH Q1/-3' 2252 cg0521451 l_lus_-NM 57HEX/TTTGGTTATTTTA ATTATGTAGAAATGAAT TT/BHQ1/-3' 2253
LUAD cg0587 5696 BICD2 cg05875696_lus_BICD2-F 5’- TTAGGGGTGATGGTAGT G cg05 875696_lus_BICD2-M 576- FAM/GGTTGTTGTTTTTC GTTTT ATTATTTGT/BHQ1 / -3’ 2256 cg05875696_lus_BICD2-NM 57HEX/GGGTTGTTGTTTT TTGTTTTATTATTTGT/BH Q1/-3' 2257
LUAD cg0853 5411 GAL- KMT cg0853541 l_lus_GAL-KMT- F 5'- GAATTTIGGGGAGGATT cg08535411 _lus_GAL-KMTM 576- FAM/AGGIGGCGGTAAGT G/BHQ1/-3' 2260 cg0853541 l_lus_GAL-KMT- NM 57HEX/AGGIGGTGGTAAG TGTT/BHQ1/-3' 2261
LUAD cg0882 1811 RMI2 cgO8821811_lus_RMI2-F 5’- TGTAGATTTTTTIGATATT ATTATTT cg0882181 l_lus_RMI2-M 576- FAM/GTATTTGTTTGACG GGAAAGAGA/BHQ1/-3 ’ 2264 cg0882181 l_lus_RMI2-NM 57HEX/GGTATTTGTTTGA TGGGAAAGAGA/BHQ1/-3' 2265
- 246 036566
LUAD cgl195 9316 PPAP2B cgl 1959316_lus_PPAP2B-F 5’- TTTGGGAGTAGTTTATTA GGTAA cgl 1959316_lus_PPAP2B-M 576- FAM/ATAGAGAGTGACG AGTATGTGAT/BHQ1/-3’ 2268 cgl 1959316_lus_PPAP2B- NM 57HEX/TGTTATAGAGAGT GATGAGTATGTGAT/BHQ 1/-3' 2269
LUAD cgl725 2884 SH3BP5 cgl7252884_lus_SH3BP5-F 5’- TGAAAAGGTTAGTTAGT AATTTAGT cgl7252884_lus_SH3BP5-M 576- FAM/TAGTTIGTTTTTTAT ACGGTTTTAAATG/BHQ1/ -3’ 2272 cgl7252884_lus_SH3BP5- NM 57HEX/TTTTAGTTIGTTTT TTATATGGTTTTAAATG/ BHQ1/-3’ 2273
LUAD cg2352 6087 RAD51L1 cg23526087_lus_RAD51L1- F 5'- GGGGGATAAAGGAGAA G cg23526087_lus_RAD51L1M 576- FAM/GGTTGTGTGTTCGT GTATGTA/BHQ1/-3’ 2276 cg23526087_lus_RAD51L1- NM 57HEX/TGGTTGTGTGTTT GTGTATGTA/BHQ1/-3' 2277
LUAD cg2752 5876 ZNF778 cg27525876_lus_ZNF778-F 5’- ATGTAAGTAGTGTGGTA AAGT cg27525 876_lus_ZNF778-M 576- FAM/TTTATAGGGCGTTT AGGTTTTATTAAAT/BHQ 1/-3’ 2280 cg27525876_lus_ZNF778- NM 57HEX/TTTATAGGGTGTT TAGGTTTTATTAAATATA T/BHQ1/-3’ 2281
PAAD cg0236 5862 DSP cg02365862_pas_DSP-F 5’- GGGGATIGAGGAAATTTT cg02365 862_pas_DSP-M 576- FAM/AAGTIGGGTTACGT ATTTTTAGTT/BHQ1/-3' 2284 cg02365862_pas_DSP-NM 57HEX/AAAAGTIGGGTTA TGT ATTTTTAGTT/BHQ 1/3' 2285
PAAD cg0529 9198 GLBL1 cg05299198_pas_GLBLl-F 5’- GAGAATTTTTATTAGGGT TTTG cg05299198_pas_GLBLl-M 576- FAM/GAGTTTTTTAGTTTI GCGTTTTTATATT/BHQ1/3' 2288 cg05299198_pas_GLBLl- NM 57HEX/GGAGTTTTTTAGT TTIGTGTTTTTATATTT/B HQ1/-3’ 2289
PAAD cg0788 1228 PLEKHA 8 cg07881228_pas_PLEKHA8- F 5'- AGTIGAGGGTTTAGGT cg07 881228_pas_PLEKHA8- M 576- FAM/GTTIGTCGTATTTTG GAGGTT/BHQ1/-3’ 2292 cg07881228_pas_PLEKHA8- NM 57HEX/GTTIGTTGTATTTT GGAGGTTT/BHQ1/-3' 2293
PAAD cgl073 3616 ADD1 cgl0733616_pas_ADDl-F 5'- GGAGGGTAGGGTTTTT cglO733616_pas_ADDl-M 576- FAM/AGGGGTTIGTCGTA GTTTATT/BHQ1/-3' 2296 cglO733616_pas_ADDl-NM 57HEX/AGGGGTTIGTTGT AGTTT ATTTG/BHQ1/-3' 2297
PAAD cg0551 3509 RBBP8 cg05513509_pas_RBBP8-F 5'-TGGGGTTGTGTTTGAT cg05513509_pas_RBBP8-M 576- FAM/GGGTTTTTCGIGIGG/ BHQ1/-3' 2300 cg05513509_pas_RBBP8- NM 57HEX/TGGGTTTTTTGIGI GG/BHQ1/-3’ 2301
PAAD cg0666 3668 CD3EAP cg06663668_pas_CD3EAP-F 5’- GGGTTTTTGATTTTAGTA ATATAG cg06663668_pas_CD3EAPM 576- FAM/AGATTTTTTTTTCG GTTTTTTGTTTTG/BHQ1/3’ 2304 cg06663668_pas_CD3EAPNM 57HEX/AGATTTTTTTTTT GGTTTTTTGTTTTGT/BHQ 1/-3’ 2305
PAAD cg0791 1682 FAF1 cgO7911682_pas_FAFl-F 5’- GIGTIGAGGGGTT cg07911682_pas_FAFl-M 576- FAM/AAGIGTTAGGCGTT 2308 cg07911682_pas_FAFl-NM 57HEX/GGAAGIGTTAGGT GTTTATGTAT/BHQ1/-3' 2309
TATGTATT/BHQ1/-3’
PAAD cg2403 8180 ECHS1 cg2403 8180_pas_ECHS 1-F 5'- GAIGTAGGATAGTAGGA TA cg24038180_pas_ECHS 1-M 576- FAM/TTTTTGGATTTTTCG TTIGGTTT/BHQ1/-3' 2312 cg24038180_pas_ECHS 1- NM 57HEX/GTTTTTTGGATTT TTTGTTIGGTTT/BHQ1/-3’ 2313
PAAD cg0037 1627 PTPN12 cg003 71627_pas_PTPN 12-F 5'- TIGIGATTATTTATTGTTT AT cg00371627_pas_PTPN12-M 576- FAM/TGTAGGTCGGGGGG G/BHQ1/-3’ 2316 cg003 71627_pas_PTPN 12- NM 57HEX/GTGTAGGTTGGG GGGG/BHQ1/-3' 2317
PAAD eg1227 1199 JUN cgl2271199_pas_JUN-F 5'- TGGGTTGAAGTTGTTGA cgl2271199_pas_JUN-M 576- FAM/TIGTTGTCGTTGTTT TTTGTTAT/BHQ1/-3' 2320 eg 12271199_pas_JUN-NM 57HEX/GTIGTTGTTGTTGT TTTTTGTTAT/BHQ1/-3' 2321 1
- 247 036566
Таблица 20
Маркеры CpG Маркеры CpG Маркеры CpG Маркеры CpG Маркеры CpG Маркеры CpG Маркеры CpG
cg25922751 cgl7126555 cg08075204 cgl4556909 cgl9704755 cgOOO1553O cgl6191087
cg25432518 cgl4247287 cg05614346 cgl4083015 cgl8842353 cg27410601 cgl6061668
cg23612220 cg07420137 cg02053964 cgl4058476 cgl6622899 cg27366280 cgl4642045
cg23130731 cgO5O98343 cg27377213 cgl2192582 cgl4999168 cg26683005 cgl3924996
cgl3911392 cg01903374 cg24480810 cgl0590292 cgl3925432 cg25666403 cgl2353452
cgl1334870 cg00907272 cg24301930 cg06787669 cgl2967050 cg24706505 cgO9335715
cgl1252953 cg27125093 cg22513455 cgO6439655 cgl1105292 cg24107852 cg08858130
cgl0542975 cg26112797 cgl9693177 cg02522196 cg09419005 cg23824762 cg08480068
cg08098128 cg24166457 cgl9675731 cgO2233149 cg09153080 cg23021796 cg08052292
cg02874908 cgl9300307 cgl9252956 cg00558804 cg07380416 cg21122474 cg07428959
cg26769927 cgl7122157 cgl8856478 cg26680502 cg06825448 cg20336172 cgO6153925
cg26769700 cgl3555415 cgl6509569 cg23013029 cg05596756 cgl8610205 cg04147906
cg25574765 cgll436362 cgl5797834 cg22552736 cg03891050 cgl8456621 cgO3431741
cg25490145 cglO673833 cgl5698795 cg21376733 cg01681367 cgl7518965 cg00282244
cgl8384097 cg09866569 cgl5341833 cg20847580 cgO1456691 cgl6748008 cg00025044
Несмотря на то что в настоящем документе были показаны и описаны предпочтительные варианты осуществления настоящего изобретения, специалистам в настоящей области техники будет очевидно, что такие варианты осуществления приведены лишь в качестве примера. Теперь специалистами в настоящей области техники смогут внести многочисленные изменения, модификации и замены без отступления от настоящего изобретения. Следует понимать, что при осуществлении на практике настоящего изобретения могут быть использованы различные альтернативы описанным в настоящем документе вариантам осуществления настоящего изобретения. Предполагается, что приведенная далее формула изобретения определяет объем настоящего изобретения и что таким образом охватываются способы и структуры, входящие в объем настоящей формулы изобретения, и их эквиваленты.

Claims (31)

  1. ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
    1. Вычислительная платформа для использования данных по метилированию CpG злокачественной опухоли с целью создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, содержащая:
    (a) первое вычислительное устройство, содержащее процессор, модуль памяти, операционную систему и компьютерную программу, включающую исполняемые процессором инструкции для создания приложения для сбора данных с целью получения данных по метилированию CpG из набора биологических образцов, причем приложение для сбора данных содержит:
    (1) модуль секвенирования, выполненный с возможностью работать с устройством для секвенирования с целью создания данных по метилированию CpG из набора биологических образцов, причем набор содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец; причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; а также первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и (2) модуль приема данных, выполненный с возможностью осуществлять прием:
    (i) первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
    (ii) второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными; и (iii) третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественно-
    - 248 036566 го биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными; и (b) второе вычислительное устройство, содержащее процессор, модуль памяти, операционную сис тему и компьютерную программу, включающую инструкции, исполняемые процессором, для создания приложения для анализа данных с целью создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем приложение для анализа данных содержит модуль для анализа данных, выполненный с возможностью:
    (1) создавать набор данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей пары наборов данных; и (2) анализировать набор данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных при помощи машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (i) машинное обучение предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (ii) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
  2. 2. Платформа по п.1, причем создание набора данных по попарным различиям метилирования включает:
    (a) вычисление различия между первым набором данных и вторым набором данных в первой паре наборов данных;
    (b) вычисление различия между третьим набором данных и четвертым набором данных во второй паре наборов данных и (c) вычисление различия между пятым набором данных и шестым набором данных в третьей паре наборов данных.
  3. 3. Платформа по п.1, причем машинное обучение предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из следующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
  4. 4. Платформа по п.1, причем данные по метилированию CpG получены из экстрагированной геномной ДНК, обработанной дезаминирующим средством.
  5. 5. Платформа по п.1, причем устройство для секвенирования дополнительно выполнено с возмож- ностью анализировать экстрагированную геномную ДНК секвенированием следующего поколения для получения данных по метилированию CpG.
  6. 6. Платформа по п.5, причем секвенирование следующего поколения представляет собой секвенирование с применением цифровой ПЦР.
  7. 7. Платформа по п.1, причем профиль метилирования содержит по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15-18.
  8. 8. Платформа по п.1, причем профиль метилирования содержит по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из cg15139596, cg26680502, cg03087897, cg17518965, cg17864646, cg27023597, cg22589778, cg05304979, cg01681367, cg20357538, cg00037681, cg23147227, cg03758697, cg02053964, cg16509569, cg15698795, cg07420137, cg13912307, cg16927606, cg12504877, cg24706505, cg20695297, cg06153925, cg02782634, cg07137244, cg27598656, cg26769927, cg22460896, cg05596756, cg01657186, cg05398700, cg25922751, cg08075204, cg11791526, cg24301930, cg10511890, cg12967050, cg21913888, cg17126555, cg04858553, cg27410601, cg18942579, cg04147906, cg03549146, cg08480068, cg07116712, cg03569637, cg23764129, cg14058476, cg25954028, cg14556909, cg00862408, cg13395086, cg00242035, cg21122474, cg26683005, cg13911392, cg09419005, cg03297901, cg01409343, cg23878564, cg22190721, cg02914427, cg10186131, cg02522196, cg04514998, cg18158859, cg14642045, cg07119472, cg16260696, cg20136100, cg04314978, cg20468939, cg06064964, cg24166457, cg18901104, cg25490145, cg06853339, cg10530767, cg07860918, cg01660934, cg03653601, cg06380123, cg11655490, cg07332880, cg19300307, cg24165921, cg14999168, cg00220455, cg09153080, cg25225070, cg24790419, cg11779113, cg27141915, cg25982880, cg11252953, cg12900649, cg26112797, cg00206490, cg02358862, cg01990910, cg18610205, cg19693177, cg16061668, cg18842353, cg18215449, cg09399878, cg20826709, cg09902130, cg20411756, cg26836479, cg12042264, cg17122157, cg15797834, cg18456621, cg27219182, cg00253248, cg07644807, cg23093496, cg00933696, cg12353452, cg26363363, cg25574765, cg10732611, cg16402452, cg02874908, cg11436362, cg07380416, cg24247537, cg16911583, cg27377213, cg09844573, cg27125093, cg07058988, cg15759721, cg01722297, cg00558804, cg07641284, cg09866569, cg10590292, cg21249754, cg14088196, cg24480810, cg21376733, cg10542975, cg13924996, cg27284288, cg04330884,
    - 249 036566 cg23130731, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cg13408086, cg13555415, cg22552736, cg16191087, cg13925432, cg13464240, cg14633252, cg19252956, cg00015530, cg08632810, cg12737392, cg26769700, cg03218479, cg02609337, cg10351284, cg23554164, cg19021985, cg21031128, cg19421584, cg17984956, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cg18887230, cg08486903, cg09335715, cg12629796, cg16454130, cg26433975, cg10673833, cg06787669, cg12192582, cg05098343, cg07573366, cg11105292, cg05287480, cg16748008, cg16644023, cg06488150, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cg12098228, cg26811313, cg25432518, cg16622899, cg12359001, cg01209642, cg14564351, cg23429794, cg26401541, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cg13597051, cg18113826, cg04859102, cg01620360, cg14083015, cg15046123, cg03190513, cg01456691, cg17207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg06439655, cg11334870, cg08912922, cg23021796, cg24835948, cg10393744, cg07428959, cg17694130, cg03956042, cg19266387, cg13512830, cg19982684, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cg13821008, cg27405400, cg09366118, cg15341833, cg02233149, cg14247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cg18384097, cg16266227, cg19675731, cg21461981, cg25765104, cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cg18856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cg19704755, cg07589991, cg10055231 и cg26017930.
  9. 9. Платформа по п.1, причем профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из табл. 20.
  10. 10. Платформа по п.1, причем тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли.
  11. 11. Платформа по п.1, причем тип злокачественной опухоли представляет собой метастатический тип злокачественной опухоли или рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли.
  12. 12. Платформа по п.1, причем тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T-клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбриональноклеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, опухоль лимфоидной ткани, диффузную В-крупноклеточную лимфому (DLBCL), фиброзную гистиоцитомную злокачественную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, злокачественную опухоль яичников, овариальную эпителиальную злокачественную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, овариальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и
    - 250 036566 параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы (CNS), первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному, тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки, увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма.
  13. 13. Платформа по п.1, причем контрольный набор данных включает набор профилей метилирования, причем каждый указанный профиль метилирования создан на основе биологического образца, полученного из известного типа злокачественной опухоли.
  14. 14. Платформа по п.1, причем биологические образцы содержат образец циркулирующей опухолевой ДНК или образец ткани.
  15. 15. Платформа по п.1, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1-1775 и 1830-2321.
  16. 16. Платформа по п.15, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1-1775.
  17. 17. Платформа по п.15, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1830-2321.
  18. 18. Реализуемый на компьютере способ создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем указанный способ включает:
    a) создание данных по метилированию CpG из набора биологических образцов способом секвенирования с использованием по меньшей мере одного зонда, пригодного для получения данных по метилированию CpG из одного или более биомаркеров, выбранных из табл. 15-18 и 20, причем набор содержит первый злокачественный биологический образец, второй злокачественный биологический образец, третий злокачественный биологический образец, первый нормальный биологический образец, второй нормальный биологический образец и третий нормальный биологический образец, причем первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными, и причем первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
    b) получение первой пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от первого злокачественного биологического образца и первого нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от первого злокачественного биологического образца, образуют первый набор данных в рамках первой пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от первого нормального биологического образца, образуют второй набор данных в рамках первой пары наборов данных, и первый злокачественный биологический образец и первый нормальный биологический образец происходят из одного и того же источника биологических образцов;
    c) получение второй пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго нормального биологического образца и третьего нормального биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго нормального биологического образца, образуют третий набор данных в рамках второй пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего нормального биологического образца, образуют четвертый набор данных в рамках второй пары наборов данных, и первый, второй и третий нормальные биологические образцы являются различными;
    d) получение третьей пары наборов данных по метилированию CpG, полученной от второго злокачественного биологического образца и третьего злокачественного биологического образца, причем данные по метилированию CpG, полученные от второго злокачественного биологического образца, образуют пятый набор данных в рамках третьей пары наборов данных, данные по метилированию CpG, полученные от третьего злокачественного биологического образца, образуют шестой набор данных в рамках третьей пары наборов данных, и первый, второй и третий злокачественные биологические образцы являются различными;
    e) создание набора данных по попарным различиям метилирования из первой, второй и третьей па-
    - 251 036566 ры наборов данных; и
    f) анализ набора данных по попарным различиям метилирования с помощью контрольного набора данных способом машинного обучения для создания базы данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли, причем (1) способ машинного обучения предусматривает идентификацию множества маркеров и множества весовых значений на основе наивысшего показателя и классификацию образцов на основе множества маркеров и множества весовых значений; и (2) база данных по профилям метилирования CpG злокачественной опухоли содержит набор профилей метилирования CpG, и каждый профиль метилирования CpG представляет тип злокачественной опухоли.
  19. 19. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что стадия e) дополнительно предусматривает:
    a) вычисление различия между первым набором данных и вторым набором данных в первой паре наборов данных;
    b) вычисление различия между третьим набором данных и четвертым набором данных во второй паре наборов данных; и
    c) вычисление различия между пятым набором данных и шестым набором данных в третьей паре наборов данных.
  20. 20. Реализуемый на компьютере способ по п.18, причем способ машинного обучения предусматривает использование алгоритма, выбранного из одного или нескольких из следующих: анализа главных компонент, логистического регрессивного анализа, анализа ближайших соседей, опорно-векторной машины и модели нейронной сети.
  21. 21. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что данные по метилированию CpG получают из экстрагированной геномной ДНК, обработанной дезаминирующим средством.
  22. 22. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что профиль метилирования содержит по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из табл. 15-18.
  23. 23. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что профиль метилирования содержит по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200 или более биомаркеров, выбранных из cg20468939, cg24790419, cg26836479, cg16911583, cg15139596, cg11779113, cg12042264, cg27377213, cg26680502, cg27141915, cg17122157, cg09844573, cg03087897, cg25982880, cg15797834, cg27125093, cg17518965, cg11252953, cg18456621, cg07058988, cg17864646, cg12900649, cg27219182, cg15759721, cg27023597, cg26112797, cg00253248, cg01722297, cg22589778, cg00206490, cg07644807, cg00558804, cg05304979, cg02358862, cg23093496, cg07641284, cg01681367, cg01990910, cg00933696, cg09866569, cg20357538, cg18610205, cg12353452, cg10590292, cg00037681, cg19693177, cg26363363, cg21249754, cg23147227, cg16061668, cg25574765, cg14088196, cg03758697, cg18842353, cg10732611, cg24480810, cg02053964, cg18215449, cg16402452, cg21376733, cg16509569, cg09399878, cg02874908, cg10542975, cg15698795, cg20826709, cg11436362, cg13924996, cg07420137, cg09902130, cg07380416, cg27284288, cg13912307, cg20411756, cg24247537, cg04330884, cg23130731, cg04441857, cg09684112, cg27388962, cg05931497, cg13925432, cg13464240, cg14633252, cg19252956, cg03218479, cg02609337, cg10351284, cg23554164, cg05177060, cg24107852, cg25652701, cg00282244, cg16454130, cg26433975, cg10673833, cg06787669, cg05287480, cg16748008, cg16644023, cg06488150, cg26811313, cg25432518, cg16622899, cg12359001, cg20046343, cg20847580, cg03431741, cg07417146, cg13597051, cg18113826, cg04859102, cg01620360, cg17207512, cg20510285, cg01149192, cg05614346, cg24835948, cg10393744, cg07428959, cg17694130, cg22513455, cg07186032, cg08052292, cg27366280, cg27405400, cg09366118, cg15341833, cg02233149, cg08132573, cg24686918, cg05352688, cg18384097, cg16927606, cg12967050, cg21122474, cg06064964, cg12504877, cg21913888, cg26683005, cg24166457, cg24706505, cg17126555, cg13911392, cg18901104, cg20695297, cg04858553, cg09419005, cg25490145, cg06153925, cg27410601, cg03297901, cg06853339, cg02782634, cg18942579, cg01409343, cg10530767, cg07137244, cg04147906, cg23878564, cg07860918, cg27598656, cg03549146, cg22190721, cg01660934, cg26769927, cg08480068, cg02914427, cg03653601, cg22460896, cg07116712, cg10186131, cg06380123, cg05596756, cg03569637, cg02522196, cg11655490, cg01657186, cg23764129, cg04514998, cg07332880, cg05398700, cg14058476, cg18158859, cg19300307, cg25922751, cg25954028, cg14642045, cg24165921, cg08075204, cg14556909, cg07119472, cg14999168, cg11791526, cg00862408, cg16260696, cg00220455, cg24301930, cg13395086, cg20136100, cg09153080, cg10511890, cg00242035, cg04314978, cg25225070, cg04888360, cg00907272, cg05979232, cg00025044, cg13408086, cg13555415, cg22552736, cg16191087, cg00015530, cg08632810, cg12737392, cg26769700, cg19021985, cg21031128, cg19421584, cg17984956, cg18887230, cg08486903, cg09335715, cg12629796, cg12192582, cg05098343, cg07573366, cg11105292, cg09450197, cg20336172, cg08858130, cg12098228, cg01209642, cg14564351, cg23429794, cg26401541, cg09001226, cg06482498, cg03891050, cg00899907, cg14083015, cg15046123, cg03190513, cg01456691, cg06439655, cg11334870, cg08912922, cg23021796, cg03956042, cg19266387, cg13512830, cg19982684, cg06825448, cg25451702, cg08098128, cg13821008, cg14247287, cg23824762, cg01604601, cg05656900, cg16266227, cg19675731, cg21461981, cg25765104,
    - 252 036566 cg26394055, cg20685713, cg23589035, cg01903374, cg23612220, cg26315985, cg18856478, cg23229016, cg21004490, cg24742520, cg23013029, cg19704755, cg07589991, cg10055231 иcg26017930.
  24. 24. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что профиль метилирования содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 100 или более биомаркеров, выбранных из табл.
    20.
  25. 25. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что тип злокачественной опухоли представляет собой солидный тип злокачественной опухоли или гематологический тип злокачественной опухоли.
  26. 26. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что тип злокачественной опухоли представляет собой рецидивирующий или рефрактерный тип злокачественной опухоли.
  27. 27. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что тип злокачественной опухоли включает острый миелоцитарный лейкоз (LAML или AML), острый лимфобластный лейкоз (ALL), адренокортикальную карциному (ACC), злокачественную опухоль уротелия мочевого пузыря (BLCA), глиому ствола головного мозга, глиому головного мозга с низкой степенью злокачественности (LGG), опухоль головного мозга, злокачественную опухоль молочной железы (BRCA), бронхиальные опухоли, лимфому Беркитта, злокачественную опухоль без выявленного первичного очага, карциноидную опухоль, карциному без выявленного первичного очага, атипичную тератоидную/рабдоидную опухоль центральной нервной системы, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, цервикальную плоскоклеточную карциному, эндоцервикальную аденокарциному (CESC), детские злокачественные опухоли, холангиокарциному (CHOL), хордому, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронический миелолейкоз, хронические миелопролиферативные нарушения, злокачественную опухоль (аденокарциному) толстой кишки (COAD), злокачественную опухоль толстой и прямой кишок, краниофарингиому, кожную T -клеточную лимфому, опухоли островковых клеток эндокринной части поджелудочной железы, злокачественную опухоль эндометрия, эпендимобластому, эпендимому, злокачественную опухоль пищевода (ESCA), эстезионейробластому, саркому Юинга, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль лежащих за пределами печени желчевыводящих путей, злокачественную опухоль желчного пузыря, злокачественную опухоль (желудка) желудочно-кишечного тракта, гастроинтестинальную карциноидную опухоль, опухоль гастроинтестинальных стромальных клеток, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), гестациозную трофобластическую болезнь, глиобластому мультиформную (GBM), волосатоклеточный лейкоз, злокачественную опухоль головы и шеи (HNSD), злокачественную опухоль сердца, лимфому Ходжкина, гипофарингеальную злокачественную опухоль, интраокулярную меланому, опухоли островковых клеток поджелудочной железы, саркому Капоши, злокачественную опухоль почки, лангергансоклеточный гистиоцитоз, злокачественную опухоль гортани, злокачественную опухоль губы, злокачественную опухоль печени, лимфоидной ткани, диффузную B-крупноклеточную лимфому (DLBCL), фиброзную гистиоцитомную злокачественную опухоль костей, медуллобластому, медуллоэпителиому, меланому, карциному из клеток Меркеля, карциному кожи из клеток Меркеля, мезотелиому (MESO), метастатическую сквамозную злокачественную опухоль шеи с источником неизвестного происхождения, злокачественную опухоль ротовой полости, синдромы множественных эндокринных неоплазий, множественную миелому, множественную миелому/плазмоклеточную опухоль, фунгоидный микоз, миелодиспластические синдромы, миелопролиферативные неоплазий, злокачественную опухоль полости носа, носоглоточную злокачественную опухоль, нейробластому, неходжкинскую лимфому, немеланоцитарную злокачественную опухоль кожи, немелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль ротовой полости, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, остеосаркому, другие опухоли головного и спинного мозга, злокачественную опухоль яичников, овариальную эпителиальную злокачественную опухоль, овариальную эмбрионально-клеточную опухоль, овариальную пограничную опухоль, злокачественную опухоль поджелудочной железы, папилломатоз, злокачественную опухоль придаточных пазух носа, злокачественную опухоль паращитовидной железы, злокачественную опухоль в тазовой области, злокачественную опухоль полового члена, фарингеальную злокачественную опухоль, феохромоцитому и параганглиому (PCPG), пинеальную паренхиматозную опухоль промежуточной дифференцировки, пинеобластому, опухоль гипофиза, плазмоклеточную опухоль/множественную миелому, плевролегочную бластому, первичную лимфому центральной нервной системы (CNS), первичную гепатоклеточную злокачественную опухоль печени, злокачественную опухоль предстательной железы, такую как аденокарцинома предстательной железы (PRAD), злокачественную опухоль прямой кишки, ренальную злокачественную опухоль, почечно-клеточную злокачественную опухоль (почки), почечно-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль дыхательных путей, ретинобластому, рабдомиосаркому, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (SARC), синдром Сезари, меланому кожи (SKCM), мелкоклеточную злокачественную опухоль легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, саркому мягких тканей, плоскоклеточную карциному, сквамозную злокачественную опухоль шеи, (гастральную) злокачественную опухоль желудка, супратенториальные примитивные нейроэктодермальные опухоли, T-клеточную лимфому, злокачественную опухоль яичка, опухоли половых клеток яичка (TGCT), злокачественную опухоль горла, тимусную карциному,
    - 253 036566 тимому (THYM), злокачественную опухоль щитовидной железы (THCA), злокачественную опухоль переходных клеток, злокачественную опухоль переходных клеток почечной лоханки и мочеточника, трофобластическую болезнь, злокачественную опухоль мочеточника, уретральную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль матки, увеальную меланому (UVM), вагинальную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль наружных женских половых органов, макроглобулинемию Вальденстрема или опухоль Вильма.
  28. 28. Реализуемый на компьютере способ по п.18, предусматривающий, что биологические образцы содержат образец циркулирующей опухолевой ДНК или образец ткани.
  29. 29. Реализуемый на компьютере способ по п.18, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1-1775 и 1830-2321.
  30. 30. Реализуемый на компьютере способ по п.29, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1-1775.
  31. 31. Реализуемый на компьютере способ по п.29, причем данные по метилированию CpG получены с помощью по меньшей мере одного зонда, содержащего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1830-2321.
EA201791569A 2015-01-18 2016-01-15 Способ и система определения статуса злокачественной опухоли EA036566B1 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562104785P 2015-01-18 2015-01-18
US14/986,520 US9984201B2 (en) 2015-01-18 2015-12-31 Method and system for determining cancer status
PCT/US2016/013716 WO2016115530A1 (en) 2015-01-18 2016-01-15 Method and system for determining cancer status

Publications (2)

Publication Number Publication Date
EA201791569A1 EA201791569A1 (ru) 2018-01-31
EA036566B1 true EA036566B1 (ru) 2020-11-24

Family

ID=56406499

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EA201791569A EA036566B1 (ru) 2015-01-18 2016-01-15 Способ и система определения статуса злокачественной опухоли

Country Status (13)

Country Link
US (2) US9984201B2 (ru)
EP (1) EP3245604B1 (ru)
JP (3) JP2018508228A (ru)
KR (1) KR20170120595A (ru)
CN (2) CN113724786B (ru)
AU (1) AU2016206505B2 (ru)
CA (1) CA2974097A1 (ru)
EA (1) EA036566B1 (ru)
IL (1) IL253546A0 (ru)
MX (1) MX2017009351A (ru)
SG (2) SG11201705878VA (ru)
TW (2) TW202011416A (ru)
WO (1) WO2016115530A1 (ru)

Families Citing this family (124)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2015195949A2 (en) 2014-06-18 2015-12-23 Clear Gene, Inc. Methods, compositions, and devices for rapid analysis of biological markers
TWI895765B (zh) 2014-07-18 2025-09-01 香港中文大學 Dna混合物中之組織甲基化模式分析
US9984201B2 (en) 2015-01-18 2018-05-29 Youhealth Biotech, Limited Method and system for determining cancer status
US11401558B2 (en) 2015-12-18 2022-08-02 Clear Gene, Inc. Methods, compositions, kits and devices for rapid analysis of biological markers
WO2017212428A1 (en) * 2016-06-07 2017-12-14 The Regents Of The University Of California Cell-free dna methylation patterns for disease and condition analysis
CN109906275B (zh) 2016-06-08 2023-05-12 爱荷华大学研究基金会 检测心血管疾病易感性的组合物和方法
WO2018005668A2 (en) * 2016-06-29 2018-01-04 Chopra Sameer Classification of subtypes of kidney tumors using dna methylation
EP3481403B1 (en) * 2016-07-06 2022-02-09 Youhealth Biotech, Limited Solid tumor methylation markers and uses thereof
JP2019522993A (ja) * 2016-07-06 2019-08-22 ケース ウエスタン リザーブ ユニバーシティ 食道新生物および／または食道における化生を検出するための方法および組成物
EP3481951A4 (en) * 2016-07-06 2020-08-05 Youhealth Biotech, Limited COLON CANCER SPECIFIC METHYLATION MARKERS AND USES OF THESE MARKERS
US12359258B2 (en) 2016-07-06 2025-07-15 Helio Health Inc. Lung cancer methylation markers and uses thereof
US10093986B2 (en) 2016-07-06 2018-10-09 Youhealth Biotech, Limited Leukemia methylation markers and uses thereof
CA3040930A1 (en) * 2016-11-07 2018-05-11 Grail, Inc. Methods of identifying somatic mutational signatures for early cancer detection
IL315032A (en) 2016-11-30 2024-10-01 Univ Hong Kong Chinese Analysis of cell-free dna in urine and other samples
MX2019007444A (es) * 2016-12-22 2019-08-16 Guardant Health Inc Metodos y sistemas para analisis de moleculas de acido nucleico.
CN106544341A (zh) * 2017-01-17 2017-03-29 上海亿康医学检验所有限公司 高效检测样本中的ctDNA的方法
CN110603329B (zh) * 2017-03-02 2023-12-05 优美佳肿瘤技术有限公司 用于诊断肝细胞癌和肺癌的甲基化标志物
CN110770354B (zh) 2017-04-19 2024-03-19 鹍远基因公司 用于文库构建和序列分析的组合物和方法
US20200048697A1 (en) * 2017-04-19 2020-02-13 Singlera Genomics, Inc. Compositions and methods for detection of genomic variance and DNA methylation status
CA3063405A1 (en) * 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Universal early cancer diagnostics
WO2018210877A1 (en) * 2017-05-15 2018-11-22 Katholieke Universiteit Leuven Method for analysing cell-free nucleic acids
US12275994B2 (en) 2017-06-22 2025-04-15 Clear Gene, Inc. Methods and compositions for the analysis of cancer biomarkers
CA3069754A1 (en) * 2017-07-12 2019-01-17 University Health Network Cancer detection and classification using methylome analysis
US12227737B2 (en) 2017-07-12 2025-02-18 University Health Network Cancer detection and classification using methylome analysis
WO2019055829A1 (en) 2017-09-15 2019-03-21 Nazarian Javad METHODS OF DETECTION OF CANCER BIOMARKERS
WO2019068082A1 (en) * 2017-09-29 2019-04-04 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Dna methylation biomarkers for cancer diagnosing
CN111742062B (zh) * 2017-10-06 2023-11-17 优美佳肿瘤技术有限公司 用于诊断癌症的甲基化标志物
US10748040B2 (en) * 2017-11-20 2020-08-18 Kavya Venkata Kota Sai KOPPARAPU System and method for automatic assessment of cancer
WO2019108555A1 (en) 2017-11-28 2019-06-06 Crail, Inc. Models for targeted sequencing
WO2019157214A2 (en) * 2018-02-07 2019-08-15 Ai Technologies Inc. Deep learning-based diagnosis and referral of diseases and disorders
WO2019178277A1 (en) * 2018-03-13 2019-09-19 Grail, Inc. Anomalous fragment detection and classification
DE202019005627U1 (de) 2018-04-02 2021-05-31 Grail, Inc. Methylierungsmarker und gezielte Methylierungssondenpanels
EP3775290A4 (en) * 2018-04-12 2021-12-29 Singlera Genomics, Inc. Compositions and methods for cancer or neoplasia assessment
US20190316209A1 (en) * 2018-04-13 2019-10-17 Grail, Inc. Multi-Assay Prediction Model for Cancer Detection
EP3802830A4 (en) * 2018-05-31 2022-03-09 The Regents of the University of California, A California Corporation Dna methylation based biomarkers for irritable bowel syndrome and irritable bowel disease
AU2019277698A1 (en) 2018-06-01 2020-11-19 Grail, Llc Convolutional neural network systems and methods for data classification
CN108866192B (zh) * 2018-07-26 2021-06-22 上海奕谱生物科技有限公司 基于甲基化修饰的肿瘤标记物stamp-ep1
CN110791563B (zh) * 2018-08-01 2024-02-09 立森印迹诊断技术（无锡）有限公司 一种用于检测甲状腺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用
CN109022556A (zh) * 2018-08-29 2018-12-18 天津智鱼生物科技有限公司 一种dna甲基化程度的定量方法及应用
WO2020049404A2 (en) * 2018-09-04 2020-03-12 3M Innovative Properties Company Visualization of social determinants of health
AU2019351130B2 (en) 2018-09-27 2025-10-23 GRAIL, Inc Methylation markers and targeted methylation probe panel
TWI687937B (zh) * 2018-10-05 2020-03-11 中國醫藥大學附設醫院 染色體異常檢測模型之建立方法、染色體異常檢測系統及染色體異常檢測方法
CN109182526A (zh) * 2018-10-10 2019-01-11 杭州翱锐生物科技有限公司 用于早期肝癌辅助诊断的试剂盒及其检测方法
EP3881233A4 (en) * 2018-11-15 2022-11-23 Ampel Biosolutions, LLC DISEASE PREDICTION AND TREATMENT PRIORIZATION WITH MACHINE LEARNING
GB201819452D0 (en) * 2018-11-29 2019-01-16 Ucl Business Plc Differential methylation
US11581062B2 (en) 2018-12-10 2023-02-14 Grail, Llc Systems and methods for classifying patients with respect to multiple cancer classes
WO2020132151A1 (en) * 2018-12-19 2020-06-25 Grail, Inc. Cancer tissue source of origin prediction with multi-tier analysis of small variants in cell-free dna samples
CN113424263A (zh) * 2018-12-21 2021-09-21 格里尔公司 异常片段检测与分类
WO2020132572A1 (en) 2018-12-21 2020-06-25 Grail, Inc. Source of origin deconvolution based on methylation fragments in cell-free-dna samples
KR102211240B1 (ko) * 2018-12-28 2021-02-01 아주대학교산학협력단 허혈성 심장질환에 대한 보조 의사 시스템에 의해 수행되는 허혈성 심장질환 진단 방법
US20210310067A1 (en) * 2019-01-24 2021-10-07 Illumina, Inc. Methods and systems for monitoring organ health and disease
CN113728115A (zh) * 2019-01-25 2021-11-30 格里尔公司 侦测癌症、癌症来源组织及/或癌症细胞类型
CA3127894A1 (en) * 2019-02-05 2020-08-13 Grail, Inc. Detecting cancer, cancer tissue of origin, and/or a cancer cell type
KR102068310B1 (ko) 2019-02-28 2020-01-20 주식회사 레피다인 간암 재발 예측용 dna 메틸화 마커 및 이의 용도
WO2020179646A1 (ja) * 2019-03-01 2020-09-10 国立大学法人佐賀大学 成人ｔ細胞白血病／リンパ腫の検出方法
CN114026644A (zh) * 2019-03-28 2022-02-08 相位基因组学公司 通过测序进行核型分析的系统和方法
US11773450B2 (en) 2019-04-03 2023-10-03 Grail, Llc Methylation-based false positive duplicate marking reduction
CN110157804A (zh) * 2019-04-04 2019-08-23 广州优泽生物技术有限公司 用于肺癌诊断、疗效预测或预后的甲基化位点、检测引物及试剂盒
US12009061B2 (en) 2019-04-10 2024-06-11 University of Pittsburgh—of the Commonwealth System of Higher Education Computational filtering of methylated sequence data for predictive modeling
CN110163102A (zh) * 2019-04-18 2019-08-23 麦克奥迪（厦门）医疗诊断系统有限公司 一种基于卷积神经网络的宫颈细胞图像分类识别方法
WO2020219514A1 (en) * 2019-04-22 2020-10-29 Behavioral Diagnostics, Llc Compositions and methods for correcting for cellular admixture in epigenetic analyses
US20220218847A1 (en) * 2019-04-23 2022-07-14 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods characterizing metastasis
JP7590348B2 (ja) * 2019-05-13 2024-11-26 グレイル リミテッド ライアビリティ カンパニー モデルベースの特徴量化および分類
NZ773619A (en) * 2019-05-31 2025-07-25 Freenome Holdings Inc Methods and systems for high-depth sequencing of methylated nucleic acid
CN111204867B (zh) * 2019-06-24 2021-12-10 北京工业大学 膜生物反应器-mbr膜污染智能决策方法
TWI765262B (zh) * 2019-06-26 2022-05-21 長佳智能股份有限公司 根據仿真分離重疊染色體之分離模型的訓練方法及利用該分離模型分離重疊染色體的方法及系統
US20220290245A1 (en) * 2019-09-11 2022-09-15 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Servic Cancer detection and classification
CN114616343A (zh) 2019-09-30 2022-06-10 夸登特健康公司 用于在甲基化分区测定中分析无细胞dna的组合物和方法
US11795495B1 (en) * 2019-10-02 2023-10-24 FOXO Labs Inc. Machine learned epigenetic status estimator
EP4058601A4 (en) * 2019-11-13 2023-11-29 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Classifier models to predict tissue of origin from targeted tumor dna sequencing
CN110867254A (zh) * 2019-11-18 2020-03-06 北京市商汤科技开发有限公司 预测方法及装置、电子设备和存储介质
US20230136481A1 (en) * 2019-12-09 2023-05-04 Keio University Method for assessing risk of developing hepatocellular carcinoma from non-alcoholic steatohepatitis
EP4096694A4 (en) 2020-01-30 2024-01-24 Prognomiq Inc LUNG BIOMARKERS AND METHODS OF USE THEREOF
AU2021217241A1 (en) * 2020-02-06 2022-09-01 OncoHost Ltd. Machine learning prediction of therapy response
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
CN112662765A (zh) * 2020-03-17 2021-04-16 博尔诚（北京）科技有限公司 一种检测6种中国高发癌症的探针组合物
CA3178302A1 (en) * 2020-03-31 2021-10-07 Freenome Holdings, Inc. Methods and systems for detecting colorectal cancer via nucleic acid methylation analysis
CN111334572B (zh) * 2020-04-26 2020-10-27 江苏大学附属医院 Ctsz基因甲基化的新用途
US20230212684A1 (en) * 2020-05-05 2023-07-06 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Cell-free dna biomarkers and their use in diagnosis, monitoring response to therapy, and selection of therapy for prostate cancer
CN119193839A (zh) * 2020-05-09 2024-12-27 广州燃石医学检验所有限公司 癌症预后方法
CN112391466B (zh) * 2020-05-19 2025-09-05 广州市基准医疗有限责任公司 用于检测乳腺癌的甲基化生物标记物或其组合和应用
CN111863138B (zh) * 2020-05-26 2024-07-30 浙江大学 人子宫组织细胞组成分析模型及其建立方法和应用
JP2023530983A (ja) * 2020-06-17 2023-07-20 ユーシーエル ビジネス リミテッド がんおよび／またはｃｉｎ３を検出および予測するための方法
US11255762B1 (en) * 2020-08-11 2022-02-22 Specialty Diagnostic (SDI) Laboratories, Inc. Method and system for classifying sample data for robotically extracted samples
KR102461582B1 (ko) * 2020-08-11 2022-10-31 한림대학교 산학협력단 인공지능을 활용하여 검진 정보에 대응하는 진단 정보를 제공하기 위한 컴퓨터 프로그램
AU2021329899A1 (en) * 2020-08-19 2023-03-09 Exact Sciences Corporation Detecting non-hodgkin lymphoma
AU2021337736A1 (en) * 2020-09-04 2023-04-13 Cardio Diagnostics, Inc. Methods and compositions for predicting and/or monitoring cardiovascular disease and treatments therefor
EP4214329A4 (en) * 2020-09-17 2024-12-04 The Regents of the University of Colorado, a body corporate Signatures in cell-free dna to detect disease, track treatment response, and inform treatment decisions
WO2022087309A1 (en) 2020-10-23 2022-04-28 Guardant Health, Inc. Compositions and methods for analyzing dna using partitioning and base conversion
JP2023549850A (ja) * 2020-11-13 2023-11-29 トリプルバー バイオ， インコーポレイテッド マルチパラメトリックな発見および最適化プラットフォーム
KR102811608B1 (ko) * 2020-11-20 2025-05-21 주식회사 레피다인 간암의 예후 예측을 위한 정보 제공 방법
KR102507489B1 (ko) * 2020-12-24 2023-03-08 가톨릭대학교 산학협력단 진단 분류 장치 및 방법
CN113095376A (zh) * 2021-03-24 2021-07-09 四川大学 一种基于深度学习的口腔上皮异常增生判别与分级设备及系统
US12334190B2 (en) 2021-03-31 2025-06-17 PrognomIQ, Inc. Multi-omic assessment using proteins and nucleic acids
WO2022226229A1 (en) * 2021-04-21 2022-10-27 Helio Health Inc. Cellular heterogeneity–adjusted clonal methylation (chalm): a methylation quantification method
JP2024514936A (ja) * 2021-04-23 2024-04-03 ポステック・リサーチ・アンド・ビジネス・ディベロップメント・ファウンデーション 遺伝子突然変異を検出する装置及び方法
CN113376199A (zh) * 2021-05-12 2021-09-10 兰立生物科技(苏州)有限公司 一种用于癌症检测的生化分析检测系统
WO2022243566A1 (en) 2021-05-21 2022-11-24 Ophiomics - Investigação E Desenvolvimento Em Biotecnologia Dna methylation biomarkers for hepatocellular carcinoma
WO2023287953A1 (en) * 2021-07-14 2023-01-19 The Regents Of The University Of California Mycobiome in cancer
US20240321421A1 (en) * 2021-07-23 2024-09-26 Kaohsiung Medical University Clinical therapeutic drug prediction and recommendation system and method for evaluating efficacy of second-generation hormone drug in treatment of prostate cancer
EP4385024A4 (en) 2021-08-11 2025-06-25 Oncohost Ltd PREDICTING PATIENT RESPONSE
WO2023031485A1 (en) 2021-09-06 2023-03-09 Christian-Albrechts-Universität Zu Kiel Method for the diagnosis and/or classification of a disease in a subject
US12387508B2 (en) 2021-09-10 2025-08-12 PrognomIQ, Inc. Direct classification of raw biomolecule measurement data
EP4402473A4 (en) 2021-09-13 2025-07-30 Prognomiq Inc ENHANCED DETECTION AND QUANTIFICATION OF BIOMOLECULES
CN117957331A (zh) * 2021-10-15 2024-04-30 富士胶片株式会社 用于癌检测的生物标志物组的制作方法
CN114003752B (zh) * 2021-11-24 2022-11-15 重庆邮电大学 基于粒球人脸聚类图像质量评估的数据库精简方法及系统
KR102893129B1 (ko) 2021-12-07 2025-12-03 한양대학교 에리카산학협력단 필터와 다중 진입점 구조를 이용한 캐싱 방법 및 장치
CN114657247B (zh) * 2022-02-28 2022-12-02 北京莱盟君泰国际医疗技术开发有限公司 用于早期肝癌检测的dna甲基化生物标记物或组合及其应用
WO2024020036A1 (en) * 2022-07-18 2024-01-25 Grail, Llc Dynamically selecting sequencing subregions for cancer classification
US20240055073A1 (en) * 2022-07-25 2024-02-15 Grail, Llc Sample contamination detection of contaminated fragments with cpg-snp contamination markers
CN116262942B (zh) * 2022-09-02 2025-05-06 南方医科大学 一种8CpG panel检测试剂盒以及体液分类的两种预测模型
EP4609407A2 (en) * 2022-10-28 2025-09-03 Cedars-Sinai Medical Center Methods and systems of multi-omic approach for molecular profiling of tumors
CN115627541B (zh) * 2022-12-01 2023-03-28 中国医学科学院肿瘤医院 从微量DNA建立cfDNA库的方法、系统和应用
WO2024186606A2 (en) * 2023-03-03 2024-09-12 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Assay for the detection of oropharyngeal cancer
PL444000A1 (pl) * 2023-03-07 2024-09-09 Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie Sposób leczenia i diagnozowania nowotworu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
PL444001A1 (pl) * 2023-03-07 2024-09-09 Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie Sposób realizowany komputerowo i powiązane produkty programów komputerowych do określania wieku biologicznego oraz przewidywania stanu zdrowia osobnika z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
PL443999A1 (pl) * 2023-03-07 2024-09-09 Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie Sposób realizowany komputerowo i platforma obliczeniowa do charakteryzowania badanej próbki od osobnika z wykorzystaniem informacji o zmianie epigenetycznej
PL443998A1 (pl) * 2023-03-07 2024-09-09 Pomorski Uniwersytet Medyczny W Szczecinie Sposoby, systemy i powiązane produkty programów komputerowych do rozróżniania typu próbki biologicznej z organizmu z wykorzystaniem informacji o modyfikacjach epigenetycznych
US20240304328A1 (en) * 2023-03-09 2024-09-12 Yun Xiang Investment Consulting Co., Ltd. Method of detecting early recurrence of liver cancer
WO2025019297A1 (en) * 2023-07-14 2025-01-23 Guardant Health, Inc. Classification of colorectal tumors using dna methylation from liquid biopsy
GB202317261D0 (en) * 2023-11-10 2023-12-27 Cancer Research Tech Ltd Methods for determining cancers
CN119359755B (zh) * 2024-10-08 2025-08-29 合肥膳之纤生物科技有限公司 一种石斛原球茎干细胞无激素培养生长监测方法

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005019477A2 (en) * 2003-08-12 2005-03-03 Epigenomics Ag Methods and compositions for differentiating tissues or cell types using epigenetic markers
WO2012031329A1 (en) * 2010-09-10 2012-03-15 Murdoch Childrens Research Institute Assay for detection and monitoring of cancer
WO2012104642A1 (en) * 2011-02-04 2012-08-09 Ucl Business Plc Method for predicting risk of developing cancer
WO2012149171A1 (en) * 2011-04-27 2012-11-01 The Regents Of The University Of California Designing padlock probes for targeted genomic sequencing
US20140080715A1 (en) * 2012-09-20 2014-03-20 The Chinese University Of Hong Kong Non-invasive determination of methylome of fetus or tumor from plasma
US20140094380A1 (en) * 2011-04-04 2014-04-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methylation Biomarkers for Diagnosis of Prostate Cancer

Family Cites Families (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US5525462A (en) 1991-05-02 1996-06-11 Toyo Boseki Kabushiki Kaisha Nucleic acid sequence amplification method, detection method, and reagent kit therefor
US6033854A (en) 1991-12-16 2000-03-07 Biotronics Corporation Quantitative PCR using blocking oligonucleotides
WO1995006137A1 (en) 1993-08-27 1995-03-02 Australian Red Cross Society Detection of genes
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
GB9517955D0 (en) 1995-07-25 1995-11-08 Univ Strathclyde Nucleotide sequence detection and analysis
US5985557A (en) 1996-01-24 1999-11-16 Third Wave Technologies, Inc. Invasive cleavage of nucleic acids
US6852487B1 (en) 1996-02-09 2005-02-08 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
WO1997045559A1 (en) 1996-05-29 1997-12-04 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
US5786146A (en) 1996-06-03 1998-07-28 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids
US6017704A (en) 1996-06-03 2000-01-25 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids
US5858665A (en) 1996-07-25 1999-01-12 Navix, Inc. Homogeneous diagnostic assay method utilizing simultaneous target and signal amplification
US6344317B2 (en) 1996-10-04 2002-02-05 Chronix Biomedical, Inc. Diagnostic detection of nucleic acids
JPH10253632A (ja) 1997-03-10 1998-09-25 Nissui Pharm Co Ltd 分析方法、キット及び装置
US6558901B1 (en) 1997-05-02 2003-05-06 Biomerieux Vitek Nucleic acid assays
US6054276A (en) 1998-02-23 2000-04-25 Macevicz; Stephen C. DNA restriction site mapping
US6780591B2 (en) 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
JP3813818B2 (ja) 1998-05-01 2006-08-23 アリゾナ ボード オブ リージェンツ オリゴヌクレオチドおよびｄｎａ分子のヌクレオチド配列の決定方法
US6787308B2 (en) 1998-07-30 2004-09-07 Solexa Ltd. Arrayed biomolecules and their use in sequencing
US7700324B1 (en) 1998-11-03 2010-04-20 The Johns Hopkins University School Of Medicine Methylated CpG island amplification (MCA)
US6331393B1 (en) 1999-05-14 2001-12-18 University Of Southern California Process for high-throughput DNA methylation analysis
US6180349B1 (en) 1999-05-18 2001-01-30 The Regents Of The University Of California Quantitative PCR method to enumerate DNA copy number
US7611869B2 (en) 2000-02-07 2009-11-03 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
DE10130800B4 (de) 2001-06-22 2005-06-23 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung mit hoher Sensitivität
AU2003212878A1 (en) 2002-01-30 2003-09-02 Epigenomics Ag Identification of cell differentiation states based on methylation patterns
EP2339025B1 (en) 2002-06-26 2013-10-09 Cold Spring Harbor Laboratory Methods for determining the methylation profiles
EP1660680B1 (en) 2003-07-31 2009-03-11 Sequenom, Inc. Methods for high level multiplexed polymerase chain reactions and homogeneous mass extension reactions for genotyping of polymorphisms
CA2542526C (en) 2003-10-21 2014-05-13 Orion Genomics Llc Methods for quantitative determination of methylation density in a dna locus
US7169560B2 (en) 2003-11-12 2007-01-30 Helicos Biosciences Corporation Short cycle methods for sequencing polynucleotides
ES2801379T3 (es) * 2003-12-01 2021-01-11 Epigenomics Ag Métodos y ácidos nucleicos para el análisis de la expresión génica asociada con el desarrollo de trastornos proliferativos de células de próstata
US7459274B2 (en) 2004-03-02 2008-12-02 Orion Genomics Llc Differential enzymatic fragmentation by whole genome amplification
JP2005328709A (ja) 2004-05-18 2005-12-02 Toyobo Co Ltd 高速ｄｎａポリメラーゼを用いた高速ｐｃｒ
US20080171318A1 (en) * 2004-09-30 2008-07-17 Epigenomics Ag Epigenetic Methods and Nucleic Acids for the Detection of Lung Cell Proliferative Disorders
US7643818B2 (en) 2004-11-22 2010-01-05 Seven Networks, Inc. E-mail messaging to/from a mobile terminal
US9074013B2 (en) 2004-11-29 2015-07-07 Sequenom, Inc. Means and methods for detecting methylated DNA
US20080261217A1 (en) * 2006-10-17 2008-10-23 Melnikov Anatoliy A Methylation Profile of Cancer
GB0700374D0 (en) 2007-01-09 2007-02-14 Oncomethylome Sciences S A NDRG family methylation markers
US20090170082A1 (en) * 2007-02-02 2009-07-02 Orion Genomics Llc Gene methylation in renal cancer diagnosis
US8911937B2 (en) 2007-07-19 2014-12-16 Brainreader Aps Method for detecting methylation status by using methylation-independent primers
WO2009021141A1 (en) 2007-08-07 2009-02-12 The Johns Hopkins University Comprehensive high throughput arrays for relative methylation
EP2053131A1 (en) 2007-10-19 2009-04-29 Ludwig-Maximilians-Universität München Method for determining methylation at deoxycytosine residues
JP5394409B2 (ja) * 2008-03-14 2014-01-22 ゲノミクトリー インコーポレーテッド 肺癌特異的メチル化マーカー遺伝子を利用した肺癌検出方法
US20130296328A1 (en) 2011-01-20 2013-11-07 Université Libre de Bruxelles Epigenetic portraits of human breast cancers
WO2013033380A1 (en) 2011-08-31 2013-03-07 Genentech, Inc. Diagnostic markers
US8846316B2 (en) 2012-04-30 2014-09-30 Industrial Technology Research Institute Biomarker for human liver cancer
AU2012380717B2 (en) * 2012-05-24 2018-08-16 Fundacio Institucio Catalana De Recerca I Estudis Avancats Method for the identification of the origin of a cancer of unknown primary origin by methylation analysis
JP6269493B2 (ja) * 2012-09-19 2018-01-31 シスメックス株式会社 脳腫瘍に関する情報の取得方法、ならびに脳腫瘍に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット
US20140271455A1 (en) * 2013-03-14 2014-09-18 City Of Hope Dna methylation biomarkers for small cell lung cancer
US9984201B2 (en) 2015-01-18 2018-05-29 Youhealth Biotech, Limited Method and system for determining cancer status

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005019477A2 (en) * 2003-08-12 2005-03-03 Epigenomics Ag Methods and compositions for differentiating tissues or cell types using epigenetic markers
WO2012031329A1 (en) * 2010-09-10 2012-03-15 Murdoch Childrens Research Institute Assay for detection and monitoring of cancer
WO2012104642A1 (en) * 2011-02-04 2012-08-09 Ucl Business Plc Method for predicting risk of developing cancer
US20140094380A1 (en) * 2011-04-04 2014-04-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methylation Biomarkers for Diagnosis of Prostate Cancer
WO2012149171A1 (en) * 2011-04-27 2012-11-01 The Regents Of The University Of California Designing padlock probes for targeted genomic sequencing
US20140080715A1 (en) * 2012-09-20 2014-03-20 The Chinese University Of Hong Kong Non-invasive determination of methylome of fetus or tumor from plasma

Also Published As

Publication number Publication date
HK1248285A1 (zh) 2018-10-12
TW202011416A (zh) 2020-03-16
NZ734255A (en) 2024-11-29
SG10202010694PA (en) 2020-12-30
US9984201B2 (en) 2018-05-29
CN108064314A (zh) 2018-05-22
JP2021003108A (ja) 2021-01-14
EP3245604B1 (en) 2022-03-02
AU2016206505B2 (en) 2022-03-10
IL253546A0 (en) 2017-09-28
CN108064314B (zh) 2021-03-09
CA2974097A1 (en) 2016-07-21
US20180341745A1 (en) 2018-11-29
EP3245604A4 (en) 2018-06-20
BR112017015413A2 (pt) 2018-08-07
WO2016115530A1 (en) 2016-07-21
US20160210403A1 (en) 2016-07-21
KR20170120595A (ko) 2017-10-31
AU2016206505A1 (en) 2017-08-31
MX2017009351A (es) 2017-10-24
JP2018508228A (ja) 2018-03-29
EA201791569A1 (ru) 2018-01-31
JP2022078120A (ja) 2022-05-24
CN113724786A (zh) 2021-11-30
SG11201705878VA (en) 2017-08-30
CN113724786B (zh) 2025-01-14
TW201638815A (zh) 2016-11-01
EP3245604A1 (en) 2017-11-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108064314B (zh) 判定癌症状态之系统
US20250115964A1 (en) Methylation markers for diagnosing cancer
US20250092462A1 (en) Methylation markers for diagnosing hepatocellular carcinoma and lung cancer
US10544467B2 (en) Solid tumor methylation markers and uses thereof
US12359257B2 (en) Liver cancer methylation markers and uses thereof
US12351876B2 (en) Colon cancer methylation markers and uses thereof
US11396678B2 (en) Breast and ovarian cancer methylation markers and uses thereof
US20240209453A1 (en) Liver cancer methylation and protein markers and their uses
WO2018009702A1 (en) Leukemia methylation markers and uses thereof
JP2024126029A (ja) 循環腫瘍核酸分子のマルチモーダル分析
HK40064557A (en) Method and system for determining cancer status
WO2025251032A1 (en) Liver cancer methylation markers and machine models
HK1248285B (zh) 判定癌症状态之系统
BR112017015413B1 (pt) Plataforma de computação para utilização de dados de metilação de cpg de câncer, método para a geração de um banco de dados de perfil de metilação de cpg de câncer, método de determinação da presença de câncer em um indivíduo necessitado e método de seleção de uma terapia para um indivíduo que possui um câncer