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DE1073771T1 - Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying" - Google Patents

Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying"

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Publication number
DE1073771T1
DE1073771T1 DE1073771T DE99924859T DE1073771T1 DE 1073771 T1 DE1073771 T1 DE 1073771T1 DE 1073771 T DE1073771 T DE 1073771T DE 99924859 T DE99924859 T DE 99924859T DE 1073771 T1 DE1073771 T1 DE 1073771T1
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
library
clones
expression
poly
peptide
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
DE1073771T
Other languages
English (en)
Inventor
Konrad Buessow
Dolores Cahill
Hans Lehrach
Gerald Walter
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften
Original Assignee
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften filed Critical Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften
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Pending legal-status Critical Current

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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1086Preparation or screening of expression libraries, e.g. reporter assays

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Claims (28)

Patentansprüche
1. Verfahren zur Auswahl von Clonen aus einer Expressionsbibliothek, die Inserts exprimieren, umfassend die Schritte:
(a) Analysieren auf die Expression von mindestens einem nachweisbaren (Poly)Peptid, exprimiert als ein Fusionsprotein mit einem Expressionsprodukt eines rekombinanten Inserts eines Clons der Expressionsbibliothek, wobei die Clone der Expressionsbibliothek in einer Anordnung arrangiert sind; und
(b) Neuanordnen der Clone, in denen die Expression des mindestens einen (Poly)Peptids nachgewiesen wird.
2. Verfahren nach Anspruch 1, darüber hinaus umfassend die folgenden Schritte:
(c) Inkontaktbringen eines Liganden, der mit einem (Poly)Peptid spezifisch interagiert, das durch das Insert eines Clons exprimiert wird, der eine gewünschte biologische Eigenschaft verleiht, mit der Bibliothek oder einer ersten Kopie der neuangeordneten Bibliothek von Clonen und Analysieren der Bibliothek von Clonen auf das Vorliegen einer Interaktion; und/oder
(d) Durchführen einer Hybridisierung oder eines Oligonucleotid-Fingerprints mit einer für das Insert eines Clons, der die gewünschte biologische Eigenschaft verleiht, spezifischen Nucleinsäure-Sonde mit der Bibliothek oder der ersten Kopie oder einer zweiten Kopie der Bibliothek von Clonen und Analysieren der Bibliothek von neuangeordneten Clonen auf das Vorliegen einer Hybridisierung; und
(e) Identifizieren und/oder Charakterisieren von Clonen, wobei eine Expression des mindestens einen (Poly)Peptids in Schritt (a) und/oder eine Interaktion in Schritt (c) und/oder eine spezifische Hybridisierung oder ein Oligonucleotid-Fingerprint in Schritt (d) nachgewiesen werden kann.
3. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, wobei das (Poly)Peptid, welches als Teil eines Fusionsproteins mit dem Expressionsprodukt des rekombinanten Inserts exprimiert wird, ein Antikörper oder ein Fragment oder ein Derivat eines solchen, ein Tag, ein Enzym, ein Phagen-Protein oder Fragment davon oder ein Fusionsprotein ist.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei die Analyse auf die Expression eines, (Poly)Peptids in Schritt (a) durchgeführt wird durch Inkontaktbringen eines Liganden, der unterschiedlich von dem Liganden aus Schritt (c) ist, der spezifisch mit dem (Poly)Peptid interagiert, und Analysieren der Bibliothek von Cloneri, ob eine spezifische Interaktion vorkommt.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 4, wobei die gewünschte biologische Eigenschaft Spezifität für eine Zelle, ein Gewebe, ein Entwicklungsstadium einer Zelle oder eines Gewebes, einen Mikroorganismus, vorzugsweise ein Bakterium, eine Pflanze oder ein Organismus ist.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei die Zelle oder das Gewebe eine normale Zelle oder normales Gewebe, eine erkrankte Zelle oder erkranktes Gewebe oder eine vorbehandelte Zelle oder vorbehandeltes Gewebe ist.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die Clone transformierte Bakterien, rekombinante Phagen, oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen sind.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, wobei die Anordnung im wesentlichen jener in den Schritten (a) bis (d) entspricht.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei die Anordnung einem Gitter entspricht.
10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei das Gitter die Größenordnung einer Mikrotiterplatte, eines Silika-Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei die Clone auf einem festen Träger fixiert sind.
12. Verfahren nach Anspruch 11, wobei der feste Träger ein Filter, eine Membran, ein magnetisches Kügelchen, ein Silika-Wafer, Glas, Metall, ein Chip, ein massenspektometrisches Target oder eine Matrix ist.
13. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 12, wobei mindestens einer der Liganden ein (Poly)Peptid, ein Phage oder ein Fragment davon, Blut, Serum, ein Toxin, ein Inhibitor, ein Wirkstoff oder ein Wirkstoff-Kandidat, ein nicht proteinartiger oder zum Teil proteinartiger Rezeptor, ein katalytisches Polymer, ein Enzym, eine Nucleinsäure, eine PNA, ein Virus oder ein Teil davon, eine Zelle oder ein Teil davon, eine anorganische Verbindung, ein Konjugat, ein Farbstoff, ein Gewebe oder ein Konjugat des Liganden ist.
14. Verfahren nach Anspruch 13, wobei das (Poly)Peptid ein Antikörper oder ein Fragment oder Derivat davon, ein Hormon oder ein Fragment davon oder ein Enzym oder ein Fragment oder ein Derivat davon ist.
15. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt (c) eine spezifische Interaktion ist.
16. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt (c) eine unspezifische Interaktion ist.
17. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 16, wobei die Hybridisierung in Schritt (d) unter stringenten Bedingungen zustande kommt.
DE/EM 073 771 Tl
18. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 16, wobei die Hybridisierung in Schritt (d) unter nicht-stringenten Bedingungen zustande kommt.
19. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 18, wobei das Tag c-myc, His-Tag, FLAG, alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, ein Fusionsprotein, vorzugsweise GST, eine Cellulose-bindende Domäne, grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein oder lacZ ist.
20. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 19, wobei die Bibliothek von Clonen eine cDNA-Bibliothek umfasst.
21. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 20, wobei die Anordnung der Bibliothek und/oder die Kopien mit einer automatischen Vorrichtung hergestellt wird/werden..
22. Verfahren nach Anspruch 21, wobei die automatische Vorrichtung ein Sortierautomat und/oder ein Tropfenautomat und/oder ein Rasterautomat ist.
23. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 22, wobei die Analyse auf die Expression eines (Poly)Peptids in Schritt (a) mit optischen Mitteln, vorzugsweise durch Massenspektrometrie durchgeführt wird.
24. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 23, darüber hinaus umfassend die Sequenzierung des Nucleinsäureinserts des gewünschten Clons.
25. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 23, darüber hinaus umfassend die Identifizierung und/oder Charakterisierung des (Poly)Peptids das von dem Insert des gewünschten Clons codiert wird.
26. Verfahren zur Herstellung eines Arzneimittels, umfassend das Ausführen der Schritte nach einem der Ansprüche 13 bis 25 und Formulieren des Inserts, gegebenenfalls enthalten in einem Vektor, oder des Expressionsprodukts
"DE/&Idigr;&Rgr;&Iacgr; 073 771 Tl
bestimmte biologische Eigenschaft verleiht, mit einem pharmazeutisch verträglichen Träger.
27. Kit umfassend mindestens zwei Kopien von Expressionsbibliotheken gemäß der Auswahl in einem der Ansprüche 1 bis 23, fixiert an einen festen Träger.
28. Proteinanordnung wie in einem der Ansprüche 1 bis 23 beschrieben.
DE1073771T 1998-04-30 1999-04-30 Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying" Pending DE1073771T1 (de)

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US7054798A 1998-04-30 1998-04-30
PCT/EP1999/002964 WO1999057312A1 (en) 1998-04-30 1999-04-30 New method for the selection of clones of an expression library involving rearraying

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DE1073771T1 true DE1073771T1 (de) 2002-06-13

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AU (1) AU771716B2 (de)
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