DE1073771T1 - Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying" - Google Patents
Neue methode zur selektion von klonen einer expressionsbibliothek mittels "rearraying"Info
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Claims (28)
1. Verfahren zur Auswahl von Clonen aus einer Expressionsbibliothek, die
Inserts exprimieren, umfassend die Schritte:
(a) Analysieren auf die Expression von mindestens einem nachweisbaren
(Poly)Peptid, exprimiert als ein Fusionsprotein mit einem Expressionsprodukt eines rekombinanten Inserts eines Clons der
Expressionsbibliothek, wobei die Clone der Expressionsbibliothek in einer Anordnung arrangiert sind; und
(b) Neuanordnen der Clone, in denen die Expression des mindestens einen
(Poly)Peptids nachgewiesen wird.
2. Verfahren nach Anspruch 1, darüber hinaus umfassend die folgenden Schritte:
(c) Inkontaktbringen eines Liganden, der mit einem (Poly)Peptid spezifisch
interagiert, das durch das Insert eines Clons exprimiert wird, der eine gewünschte biologische Eigenschaft verleiht, mit der Bibliothek oder einer
ersten Kopie der neuangeordneten Bibliothek von Clonen und Analysieren der Bibliothek von Clonen auf das Vorliegen einer Interaktion; und/oder
(d) Durchführen einer Hybridisierung oder eines Oligonucleotid-Fingerprints
mit einer für das Insert eines Clons, der die gewünschte biologische
Eigenschaft verleiht, spezifischen Nucleinsäure-Sonde mit der Bibliothek
oder der ersten Kopie oder einer zweiten Kopie der Bibliothek von Clonen und Analysieren der Bibliothek von neuangeordneten Clonen auf das
Vorliegen einer Hybridisierung; und
(e) Identifizieren und/oder Charakterisieren von Clonen, wobei eine
Expression des mindestens einen (Poly)Peptids in Schritt (a) und/oder eine Interaktion in Schritt (c) und/oder eine spezifische Hybridisierung oder
ein Oligonucleotid-Fingerprint in Schritt (d) nachgewiesen werden kann.
3. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, wobei das (Poly)Peptid,
welches als Teil eines Fusionsproteins mit dem Expressionsprodukt des rekombinanten Inserts exprimiert wird, ein Antikörper oder ein Fragment oder
ein Derivat eines solchen, ein Tag, ein Enzym, ein Phagen-Protein oder Fragment davon oder ein Fusionsprotein ist.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei die Analyse auf die
Expression eines, (Poly)Peptids in Schritt (a) durchgeführt wird durch
Inkontaktbringen eines Liganden, der unterschiedlich von dem Liganden aus Schritt (c) ist, der spezifisch mit dem (Poly)Peptid interagiert, und Analysieren
der Bibliothek von Cloneri, ob eine spezifische Interaktion vorkommt.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 4, wobei die gewünschte
biologische Eigenschaft Spezifität für eine Zelle, ein Gewebe, ein Entwicklungsstadium einer Zelle oder eines Gewebes, einen Mikroorganismus,
vorzugsweise ein Bakterium, eine Pflanze oder ein Organismus ist.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei die Zelle oder das Gewebe eine normale
Zelle oder normales Gewebe, eine erkrankte Zelle oder erkranktes Gewebe oder eine vorbehandelte Zelle oder vorbehandeltes Gewebe ist.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die Clone transformierte
Bakterien, rekombinante Phagen, oder transformierte Zellen von Säugern,
Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen sind.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, wobei die Anordnung im
wesentlichen jener in den Schritten (a) bis (d) entspricht.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei die Anordnung einem
Gitter entspricht.
10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei das Gitter die Größenordnung einer
Mikrotiterplatte, eines Silika-Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei die Clone auf einem
festen Träger fixiert sind.
12. Verfahren nach Anspruch 11, wobei der feste Träger ein Filter, eine Membran,
ein magnetisches Kügelchen, ein Silika-Wafer, Glas, Metall, ein Chip, ein
massenspektometrisches Target oder eine Matrix ist.
13. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 12, wobei mindestens einer der
Liganden ein (Poly)Peptid, ein Phage oder ein Fragment davon, Blut, Serum,
ein Toxin, ein Inhibitor, ein Wirkstoff oder ein Wirkstoff-Kandidat, ein nicht proteinartiger oder zum Teil proteinartiger Rezeptor, ein katalytisches Polymer,
ein Enzym, eine Nucleinsäure, eine PNA, ein Virus oder ein Teil davon, eine Zelle oder ein Teil davon, eine anorganische Verbindung, ein Konjugat, ein
Farbstoff, ein Gewebe oder ein Konjugat des Liganden ist.
14. Verfahren nach Anspruch 13, wobei das (Poly)Peptid ein Antikörper oder ein
Fragment oder Derivat davon, ein Hormon oder ein Fragment davon oder ein Enzym oder ein Fragment oder ein Derivat davon ist.
15. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt
(c) eine spezifische Interaktion ist.
16. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt
(c) eine unspezifische Interaktion ist.
17. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 16, wobei die Hybridisierung in
Schritt (d) unter stringenten Bedingungen zustande kommt.
DE/EM 073 771 Tl
18. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 16, wobei die Hybridisierung in
Schritt (d) unter nicht-stringenten Bedingungen zustande kommt.
19. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 18, wobei das Tag c-myc, His-Tag,
FLAG, alkalische Phosphatase, V5-Tag, T7-Tag oder Strep-Tag, ein Fusionsprotein, vorzugsweise GST, eine Cellulose-bindende Domäne,
grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein oder lacZ ist.
20. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 19, wobei die Bibliothek von
Clonen eine cDNA-Bibliothek umfasst.
21. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 20, wobei die Anordnung der
Bibliothek und/oder die Kopien mit einer automatischen Vorrichtung hergestellt
wird/werden..
22. Verfahren nach Anspruch 21, wobei die automatische Vorrichtung ein
Sortierautomat und/oder ein Tropfenautomat und/oder ein Rasterautomat ist.
23. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 22, wobei die Analyse auf die
Expression eines (Poly)Peptids in Schritt (a) mit optischen Mitteln,
vorzugsweise durch Massenspektrometrie durchgeführt wird.
24. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 23, darüber hinaus umfassend die
Sequenzierung des Nucleinsäureinserts des gewünschten Clons.
25. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 23, darüber hinaus umfassend die
Identifizierung und/oder Charakterisierung des (Poly)Peptids das von dem Insert des gewünschten Clons codiert wird.
26. Verfahren zur Herstellung eines Arzneimittels, umfassend das Ausführen der
Schritte nach einem der Ansprüche 13 bis 25 und Formulieren des Inserts, gegebenenfalls enthalten in einem Vektor, oder des Expressionsprodukts
"DE/&Idigr;&Rgr;&Iacgr; 073 771 Tl
bestimmte biologische Eigenschaft verleiht, mit einem pharmazeutisch
verträglichen Träger.
27. Kit umfassend mindestens zwei Kopien von Expressionsbibliotheken gemäß
der Auswahl in einem der Ansprüche 1 bis 23, fixiert an einen festen Träger.
28. Proteinanordnung wie in einem der Ansprüche 1 bis 23 beschrieben.
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