MX2007006867A - Metodo para medir la reistencia o sensibilidad a docetaxel. - Google Patents

Abstract

La presente invencion se refiere a metodo nuevos y utiles que pronostican o controlan una respuesta del paciente a una molecula de la familia de los taxoides midiendo el aumento o disminucion de los marcadores geneticos especificos comparados con las referencias. La presente invencion tambien proporciona kits que pronostican o controlan la respuesta del paciente a una molecula de la familia de los taxoides midiendo las concentraciones de acido nucleico o de proteinas de determinados marcadores geneticos y comparando sus concentraciones con referencias o marcadores de referencia.

Description

MÉTODO PARA MEDIR LA RESISTENCIA O SENSIBILIDAD A DOCETAXEL Campo de la invención La presente invención se refiere a los nuevos, útiles y hasta ahora desconocidos métodos que pueden pronosticar o controlar una respuesta del paciente a una molécula de la familia de los taxoides mediante la medición del aumento o disminución de los marcadores genéticos específicos comparados con referencias. La presente invención también proporciona kits que predicen o controlan la respuesta del paciente a una molécula de la familia de los taxoides mediante medición de las concentraciones de ácido nucleico o de proteínas de determinados marcadores genéticos y comparando sus concentraciones con referencias o marcadores de referencia.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Docetaxel es un fármaco antimitósico ampliamente utilizado para el tratamiento del cáncer de mama, pulmón y ovario, y para una duración menor empleada en el tratamiento de los carcinomas de cráneo y cuello, gástrico y próstata (Hong, Oncology 16:9, 2002). Docetaxel inhibe los microtúbulos dinámicos uniéndose a la beta-tubulina y bloqueando el desmontaje de los heterodímeros alfa- y beta-tubulina eliminando de este modo el crecimiento del tumor (Ringel y Horwitz, J. Nati. Cáncer Inst. 83:288, 1991). Las actividades antitumorales de docetaxel y de un taxano relacionado, paclitaxel, se originan en los microtúbulos de direccionamiento del huso mitósico para impedir la alineación y segregación de cromosomas, bloquear la evolución del ciclo celular y activar la serie de reacciones de apoptosis (Wang et al.. Cáncer 88:2619, 2000). Las actividades proapoptósicas de paclitaxel han estado ligadas a la fosforilación e inactivación de Bcl-2 a través de episodios de señalización celular que involucran a p53/p21waf1/Cip1 , raf/ras y las proteína cinasas activadas por mitógenos (MAPKs) (Wang et al., Cáncer 88:2619, 2000). Aunque docetaxel es un agente anticanceroso más potente que paclitaxel, la serie de reacciones implicadas en su citotoxicidad están menos definidas (Katsumata, Br. J. Cáncer 89:S9, 2003). Se ha observado apoptosis inducida por docetaxel en líneas celulares seleccionadas mediante un mecanismo que comporta fosforilación de Bcl-2 y activación de caspasa-3 (Kolfschoten et al., Biochem. Pharmacol. 63:733, 2002). Otras proteínas que modulan la destrucción celular inducida por taxano en diferentes líneas cultivadas comprenden Aurora-A en las células HeLa (Anand eí al., Cáncer Cell 3:51 , 2003), HER-2 en células de cáncer de mama (Tanabe et al., Int. J. Oncol. 22:875, 2003), p21waf1/Cip1 en células de glioblastoma (Li ef al., J. Biol. Chem. 277:11352, 2002) y JNK/MKK1 en células de cáncer de ovario (Lee et al., J. Biol. Chem. 273:28253, 1998). Sigue habiendo necesidad en este campo de identificar proteínas farmacéuticamente aceptables que medien en la resistencia a docetaxel, lo que podría conducir a su utilización en el descubrimiento de fármacos para identificar reactivos (pequeñas moléculas, siARN, etc.) que invaliden su función in vivo y sensibilicen potencialmente las células a la farmacoquimioterapia antitumoral. Sigue habiendo necesidad también en este campo de un ensayo que prediga confidencialmente con antelación el tratamiento quimioterapéutico al que los pacientes respondan y no respondana la quimioterapia basada en el fármaco antitumoral docetaxel. Los solicitantes describen en la presente memoria un nuevo ensayo que puede pronosticar la resistencia y o la sensibilidad a docetaxel y proporcionar análisis de cribado para el desarrollo de nuevas terapias destinadas a anular la resistencia al fármaco en el cáncer.

SUMARIO DE LA INVENCIÓN De acuerdo con la presente invención, se proporcionan métodos nuevos y útiles para controlar y/o pronosticar una respuesta del paciente a una molécula de la familia de taxoides comparando los niveles de activación y/o de expresión de marcadores genéticos específicos en pacientes y referencias. En una realización, la presente invención proporciona un método para ' pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) obtener una muestra de referencia; c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos; y d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos en la muestra de ensayo y en la muestra de referencia; en el que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos medida en la muestra de ensayo comparada con la muestra de referencia indica un aumento de la resistencia a una molécula de la familia de los taxoides. Determinados marcadores genéticos proporcionados en este aspecto de la presente invención comprenden: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar al de la proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); ad2, ARNm de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto de BUB1 de Homo sapiens no inhibido por homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) de Homo sapiens II delta (CAMK2D), variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : N JD01221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens , ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086).

En otra realización, la presente invención se refiere a un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) obtener una muestra de referencia; c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos; y d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos en la muestra de ensayo y en la muestra de referencia; en la que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos medida en la muestra de ensayo comparada con la muestra de referencia indica un aumento de sensibilidad a una molécula de la familia de los taxoides. En este aspecto particular de la invención uno o más marcadores genéticos puede seleccionarse del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cínasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: N _002053); RXRA, receptor retinoide X de Homo sapiens, alfa (RXRA), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, ARNm de transformación de Homo sapiens, proteína 3 que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C, delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (H G20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719). En otra realización todavía, la presente invención se refiere a un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar a la proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto de BUB1 de Homo sapiens no inhibido por homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) de Homo sapiens II delta (CAMK2D), variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens , ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086) c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos de referencia seleccionado del grupo consistente en: GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens , ARNm( número de registro en GenBank: N _002046); y RPS9, cds parcial del clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens (número de registro en GenBank: BC071941); d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos y de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia en la muestra de análisis; en la que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos comparada con la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos indica un aumento de la resistencia a una molécula de la familia de los taxoides. Todavía no obstante otra realización de la presente invención se refiere a un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos seleccionado del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor retinoide X alfa (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, proteína 3 que contiene superenrollamiento ácido de transformación (TACC3) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C, delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719); c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos de referencia seleccionado del grupo consistente en: GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens ARNm (número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens , cds parcial(número de registro en GenBank: BC071941); d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos y de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia en la muestra de análisis; en la que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos comparada con la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia indica un aumento de la sensibilidad a una molécula de la familia de los taxoides. La presente invención se refiere a métodos para pronosticar o controlar una respuesta del paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides. Ésta, una realización adicional de la presente invención comprende las moléculas de la familia de los taxoides paclitaxel, docetaxel XRP9881 y XRP6258 Los marcadores genéticos descritos en la presente invención pueden evaluarse midiendo las concentraciones de ARN, ADN o de proteína utilizando una variedad de técnicas que se describen con más detalle a continuación. Otras realizaciones de la presente invención se refieren a kits para pronosticar o controlar una respuesta del paciente a una molécula de la familia de los taxoides. Los aspectos anteriores y otros aspectos, peculiaridades y ventajas de la presente invención se entenderán mejor a partir de la descripción detallada siguiente considerada juntamente con las figuras adjuntas.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La Figura 1 presenta la caracterización de los genes cuyo descenso comunica resistencia a docetaxel. Se presentan las curvas de respuesta a la dosis generadas para docetaxel para las células HCT116 transfectadas con los siARN de RB1 , BubR1 , Mad2 y Mps1 ( cuadrados negros) comparadas con siARN de referencia (cuadrados blancos). RB1 fue un ejemplo de un siARN que no puntuó en el cribado. La viabilidad celular se midió a una absorbancia de 450 nM después de la adición de WST-1. La relación mínima (MR) es el valor de WST-1 para un gen sobre el control a docetaxel 40 nM. La Figura 2 presenta las curvas de respuesta a la dosis de los shARN de BubR1 y Mps1 (cuadrados negros) comparadas con shARN de referencia (cuadrados blancos). La Figura 3 presenta el análisis TaqMan por PCR en tiempo real de las concentraciones de ARNm de BubR1 y Mps1 en las células que contienen shARN de BubR1 y MpsI , respectivamente. La Figura 4 presenta la viabilidad y morfología celular presentada para las células HCT116 transfectadas con los siARN de Mad2, BubR1 y Mps1 con o sin tratamiento de docetaxel. Veinticuatro horas después de la transfección, se dejaron las células sin tratar (-Docetaxel) o se trataron con docetaxel 200 nM (+Docetaxel) y se tiñeron con Calcein-AM para observar las células vivas, 16 y 72 horas después del tratamiento.

La Figura 5 presenta los índices mitósicos de las células HCT116 transfectadas con Mad2, BubR1 , Mps1 y los siARN de referencia después del tratamiento con docetaxel. Veinticuatro horas después de la transfección, las células se trataron con docetaxel 200 nM durante 16 y 72 horas y se procesaron. Las células mitósicas se detectaron mediante un anticuerpo H3 de histona fosforilada, mostrado aquí en forma de coloración con puntos rojos sobre el núcleo de las células (Mitotic Index Kit, Cellomics). Los núcleos se tiñeron de azul con colorante de Hoechst. La Figura 6 presenta el análisis TaqMan por PCR en tiempo real de las concentraciones de ARNm de Mps1 , BubR1 y Mad2 en las células HCT116 transfectadas con shARN de Mps1 , BubR1 y Mad2, respectivamente. La Figura 7 presenta el análisis del ciclo celular de células HCT116 transfectadas con tres siARN del gen del punto de control mitósico. Después de la transfección con los siARN de Mps1 , BubR1 y Mad2, las células no se trataron (-Docetaxel) o se trataron con docetaxel 200 nM (+Docetaxel) durante 24 horas. Setenta y dos horas después de la adición de docetaxel, se recogieron las células y se analizaron durante el ciclo celular. Los números sobre los picos indican el contenido en ADN tal como 2N, 4N, 8N, 16N o 32N. La Figura 8 presenta el ensayo de supervivencia celular ionógena utilizando líneas celulares estables modificadas genéticamente. Las células HCT116 que contienen BubR1 o los shARN de referencia del vector se colocaron en placas en platos de 10 cm y se mantuvieron en docetaxel 5 nM durante 10 días. Se lavaron las colonias con PBS y se tiñeron con violeta cristal. La Figura 9 presenta varias curvas de respuesta a la dosis de los genes cuyo aumento otorga un aumento de sensibilidad a docetaxel. Curvas de respuesta a la dosis mostradas para docetaxel para las células HCT116 transfectadas con los siARN de RB1 , Pim-1 , p21 , Aurora A y TACC3 (cuadrados negros) comparadas con siARN de referencia (cuadrados blancos). La proporción mínima (MR) es la proporción de ia lectura de WST-1 de un gen sobre la de la referencia a la concentración 40 nM de docetaxel. La relación IC50 (IR) es la relación de !C50 de un gen sobre la de la referencia. La Figura 10 presenta las curvas de respuesta a la dosis de shARN de Aurora A (cuadrados negros) comparadas con el vector de referencia (cuadrados blancos).

La Figura 11 presenta el análisis TaqMan por PCR en tiempo real de las concentraciones de ARNm de Aurora A en las células que contienen shARN de Aurora A. La Figura 12 presenta las diferencias en la proliferación de las células HCT116 transfectadas con los siARN de Pim-1 y TACC3 (cuadrados negros) comparadas con el siARN de referencia (cuadrados blancos). Número de células que quedan en las placas de 6 pocilios en diferentes puntos de tiempo después de la transfección con Pim-1 , TACC3 y los siARN de referencia. La Figura 13 presenta los análisis TaqMan de las concentraciones de ARNm de Pim-1 y TACC3 después de la transfección con siARN. La Figura 14 presenta las concentraciones de caspasa-3 activa en células HCT116 transfectadas con los siARN de Pim-1 y BubRL Las concentraciones de caspasa-3 activa se presentaron como intensidad fluorescente utilizando el kit con perlas de caspasa-3 activa (Upstate). Se examinaron tres concentraciones de docetaxel, 0, 5 y 40 nM y tres puntos de tiempo, 24, 48 y 72 horas después de la adición de docetaxel. La Figura 15 presenta los niveles de fosforilación de AKT en células HCT116 transfectadas con los siARN de Pim-1 y BubR1. La relación de las concentraciones de AKT fosforilado y total se determinó utilizando un análisis basado en bolas (Biosource). Veinticuatro horas después de la transfección, las células se dejaron sin tratar o se trataron con docetaxel 5 y 40 nM. Cuarenta y ocho horas después del tratamiento con docetaxel se analizaron los lisados celulares. El nivel de fosforilación se calculó como la relación de AKT fosforilado (p-AKT) sobre el AKT total (t-AKT). La Figura 16 presenta las transferencias Western mostrando las concentraciones reducidas de Pim-1 y BubR1 48 horas después de la transfección.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN La presente invención se basa en general en la identificación por ios solicitantes de los marcadores génicos que pueden predecir si un paciente de ensayo es resistente o sensible a fármacos de la familia de los taxoides. Utilizando un cribado de interferencia de ARN (ARNi) basado en las células, los solicitantes observaron que la resistencia o sensibilidad farmacéutica de docetaxel estaba asociada con determinados marcadores génicos.

Se observa que numerosos términos y frases se usan en toda la presente memoria y en las reivindicaciones. Las definiciones de estos términos y frases se proporcionan a continuación: Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "pronóstico" se refiere a la predicción o a la probabilidad de muerte o evolución atribuible al cáncer, incluyendo la resistencia al fármaco así como la recaída, la propagación metastásica y la enfermedad neoplásica. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "predicción" se refiere a la probabilidad de que un paciente responda favorablemente o desfavorablemente a un fármaco o conjunto de fármacos, y también al alcance de estas respuestas, como por ejemplo si el paciente sobrevivirá, tras la extirpación quirúrgica del tumor principal y/o a la quimioterapia durante un determinado periodo de tiempo sin recaída en el cáncer. Los métodos predictivos ideados por la presente invención pueden utilizarse clínicamente para generar decisiones de tratamiento seleccionando las modalidades de tratamiento más apropiadas, en particular un producto quimioterapéutico de la familia de los taxoides, para algún paciente concreto. Los métodos predictivos de la presente invención son herramientas valiosas para predecir si es probable que un paciente responda favorablemente a un régimen de tratamiento, tal como quimioterapia con un fármaco o una combinación de fármacos dados, y/o una terapia de radiación o si es probable la supervivencia de larga duración del paciente una vez terminada la quimioterapia o a otras modalidades de tratamiento. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "tumor", se refiere a cualquier desarrollo celular neoplásico y a la proliferación, ya sea maligna o benigna y a todas las células y tejidos precancerosos y cancerosos. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "cáncer" y "canceroso" se refiere a una enfermedad fisiológica en mamíferos típicamente caracterizada por un crecimiento celular no regulado. Ejemplos de cáncer comprenden pero no se limitan a los siguientes: cáncer de mama; cáncer de colon; cáncer de pulmón; cáncer de próstata; cáncer hepatocelular; cáncer gástrico; cáncer pancreático; cáncer cervical y de ovario; cáncer de hígado; cáncer de vejiga; cáncer del aparato urinario; carcinoma; melanoma; cáncer cerebral incluyendo glioblastomas y meduloblastomas; cáncer de conducto biliar; coriocarcinoma; cáncer de esófago; cáncer gástrico; neoplasmas hematológicos que incluyen las leucemias linfocítica y mielógena agudas; mieloma múltiple; leucemia asociada al SIDA y linfoma de leucemia de los linfocitos T del adulto; neoplasmas intraepiteliales que incluyen la enfermedad de Bowen y la enfermedad de Paget; linfomas que incluyen la enfermedad de Hodgkin y linfomas linfocíticos; neuroblastomas; cáncer oral que incluye carcinoma epidermoide, sarcomas que incluyen liomiosarcoma, rabdomiosarcoma, liposarcoma, fibrosarcoma y osteosarcoma; cáncer de piel que incluye melanoma, sarcoma de Kaposi, cáncer basocelular y cáncer espino-celular; cáncer de testículos que incluye los tumores reproductores tales como seminoma, no seminoma (teratomas, coriocarcinomas), tumores de estroma y tumores de las células reproductoras; cáncer de tiroides que incluye adenocarcinoma tiroideo y carcinoma modular; y cáncer renal que incluye adenocarcinoma y tumor de Wilms. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "paciente" se refiere preferentemente a un ser humano pero puede también incluir un primate no humano , vaca, caballo, cerdo, oveja, cabra, perro, gato o roedor. Preferentemente el individuo es un ser humano que se sospecha que padece cáncer o que ha sido diagnosticado de cáncer o que está clasificado de alto riesgo de desarrollar cáncer, por ejemplo, con antecedentes familiares de cáncer. En una realización preferida de la invención el cáncer es cáncer de mama. Los métodos de identificación de individuos sospechosos de padecer cáncer pueden incluir el examen manual, la biopsia, los antecedentes médicos de la familia del individuo, los antecedentes médicos del individuo o numerosas tecnologías de detección por la imagen tales como mamografía, detección por la imagen de resonancia magnética, espectroscopia de resonancia magnética o tomografía por emisión de positrones. Los métodos de diagnóstico del cáncer y las caracterizaciones clínicas de la diagnosis del cáncer son bien conocidos para los expertos en las técnicas médicas. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "muestra" es ei tejido obtenido utilizando métodos bien conocidos por cualquier experto en las técnicas médicas citadas. Los métodos tal como la biopsia comprenden un aporte macroscópico de masa, microdisección, microdisección basada en láser u otros métodos de separación de células conocidos en la técnica. Debido a la variabilidad de los tipos de células en el material de la biopsia del tejido enfermo y a la variabilidad en la sensibilidad de los métodos de diagnóstico utilizados, el tamaño de la muestra requerido para el análisis puede variar desde 1 , 10, 50, 100, 200, 300, 500, 1000, 5.000, 10.000 hasta 50.000 o más células. El tamaño de muestra apropiado puede determinarse basándose en la composición celular y estado de la biopsia y las etapas de preparación habituales para esta determinación y posterior aislamiento del ácido nucleico para su utilización en la invención son bien conocidos para cualquier experto en la materia. Por ejemplo, una muestra procedente de una biopsia puede ser suficiente para la evaluación de la expresión del ARN sin amplificación. Por el contrario, la falta de un número adecuado de células en una pequeña zona de la biopsia puede requerir la utilización de la conversión del ARN y/o de los métodos de amplificación o de otros métodos para aumentar la resolución de las moléculas de ácido nucleico. Dichos métodos, que permiten la utilización de materiales de biopsia limitados, son bien conocidos por cualquier experto en la materia. Algunos ejemplos comprenden pero no se limitan a la amplificación directa del ARN, la transcripción inversa de ARN a ADNc, la amplificación de ADNc o la generación de ácidos nucleicos radiomarcados. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "prueba " con respecto a una muestra se refiere a una muestra tomada de una zona cancerosa del cuerpo o de una zona del cuerpo que presenta una etapa del cáncer o sus características. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "referencia" con respecto a una muestra se refiere a las muestras que se utilizan a título comparativo. Preferentemente, estas muestras son "referencias" en el sentido de que las muestras no presentan ningún indicio de ninguna enfermedad o afección, ni se cree que lo tengan, que afecte la expresión génica, particularmente con respecto a la enfermedad que deben utilizar como modelo. Por otra parte, puede apreciarse que pueden compararse diferentes etapas de una enfermedad o afección y en tales casos, la muestra de "referencia" corresponde a la etapa inicial de la enfermedad o afección. Por ejemplo, una muestra de referencia puede ser una muestra tomada de una zona no cancerosa, pero comparable, del cuerpo. Además, una muestra de referencia puede ser una zona comparable del cuerpo del mismo individuo o una zona no cancerosa del cuerpo de un segundo individuo sustancialmente similar al primer individuo (de la misma o similar especie, edad, peso, sexo, etc.). Por último, una muestra de referencia podría ser así mismo de una zona cancerosa de un segundo individuo que responda bien al tratamiento utilizando una molécula de la familia de los taxoides. Una "molécula de ácido nucleico" se refiere a la forma polimérica del éster fosfato de los ribonucleósidos (adenosina, guanosina, uridina o citidina; a las "moléculas de ARN") o a desoxírribonucleósidos (desoxiadenosina, desoxiguanosina, desoxitimidina o desoxicitidina; a las "moléculas de ADN") o a cualquiera de sus análogos de fosfoéster, tales como los fosforotioatos y los tioésteres, ya sea en forma de una sola cadena o de una hélice de doble cadena. Son posibles las hélices ADN-ADN, ADN-ARN y ARN-ARN de doble cadena. El término molécula de ácido nucleico, y en particular molécula de ADN o ARN, se refiere únicamente a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no se limita a ninguna forma terciaria concreta. Por lo tanto, este término comprende el ADN de doble cadena hallado, entre otras, en las moléculas lineales o circulares de ADN (p. ej., fragmentos de restricción), plásmidos y cromosomas. En la exposición de la estructura de determinadas moléculas de ADN de doble cadena, las secuencias pueden describirse en la presente memoria según el acuerdo normal de proprocionar únicamente la secuencia en la dirección 5' a 3' a lo largo de la cadena no transcrita de ADN (es decir, la cadena que presenta una secuencia homologa a la del ARNm). Una "molécula de ADN recombinante" es una molécula de ADN que ha experimentado una manipulación molecular biológica. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "porción" de una molécula aislada de ácido nucleico que codifica una determinada proteína, se refiere a una parte o fragmento de la molécula aislada de ácido nucleico que comprende un número suficiente de nucleótidos contiguos que codifican un péptido o polipéptido. Naturalmente, una "porción" de una molécula aislada de ácido nucleico es mayor que un nucleótido, y el péptido o polipéptido codificado por la porción contiene numerosos restos de aminoácidos, tales como los descritos en las definiciones de péptido y polipéptido a continuación. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "péptido" se refiere a dos o más aminoácidos unidos por enlace covalente mediante enlaces peptídicos. En una realización particular, un péptido comprende al menos 10, preferentemente al menos 20, más preferentemente al menos 30, aún más preferentemente al menos 40 y lo más preferentemente 50 o más aminoácidos. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "polipéptido" se refiere a un polímero lineal compuesto por múltiples aminoácidos contiguos. En particular, un polipéptido puede poseer un peso molecular mayor de 100 kD. Tal como se utiliza en la presente memoria, la expresión "marcador genético" se refiere a una composición fisiológica cuya concentración de ARN, ADN o proteína medida en una muestra sirve para pronosticar si un individuo del ensayo es resistente o sensible a los fármacos de la familia de los taxoides. Además, un marcador genético puede codificar la proteína concreta o alternativamente, puede servir de marcador "suplente" para una proteína cuya actividad está relacionada con la concentración del marcador genético en una muestra corporal. Esta relación puede ser directa, en la que una disminución de la concentración de la actividad de la proteína corresponde a una disminución de la concentración del marcador genético, o alternativamente, la relación puede ser inversa, en la que una disminución de la concentración de la actividad proteica corresponde a un aumento de la concentración del marcador genético. Dichas composiciones fisiológicas comprenden, pero ciertamente no se limitan a, células (p. ej., células madre progenitoras) proteínas, polipéptidos, ADN, ARN, carbohidratos o ácidos grasos, por nombrar sólo unos pocos.

En una realización particular de la presente invención, las concentraciones medidas de determinados marcadores génicos pueden predecir si un individuo del ensayo es resistente o sensible a fármacos de la familia de los taxoides. Ejemplos de dichos genéticos marcadores comprenden, pero ciertamente no están limitados a: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar a la proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por homólogos de benzimidazoles 1 (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens , ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086) P21 (Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1 ) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1 ) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM D02648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1 ), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor retinoide X de Homo sapiens, alfa (RXRA), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1 ) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, proteína 3 que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), de transformación de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C de Homo sapiens, delta (PRKCD), variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1 A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11 ) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719) Tal como se utiliza en la presente memoria, la expresión "marcador genético de referencia" se refiere a una composición fisiológica cuyas medidas de las concentraciones de ARN, ADN o de proteínas permanecen inalteradas antes, durante o después de la exposición a los fármacos de la familia de los taxoides. Los "marcadores genéticos de referencia" se denominan genes constitutivos. Estos son genes que se seleccionan basándose en los niveles de expresión relativamente invariables en el sistema que se está examinando, por ejemplo, en una enfermedad determinada tal como el cáncer. Los genes constitutivos se utilizan para normalizar los resultados de la expresión. Ejemplos de dichos genéticos marcadores comprenden, pero ciertamente no están limitados a: GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens, ARNm( número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens, cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941); Tal como se utiliza en la presente memoria, la expresión "una molécula de la familia de los taxoides" se refiere a una clase de compuestos quimioterapéuticos que pertenecen a la familia de los taxanos. Miembros específicos de la familia de los taxoides comprenden pero no se limitan a paclitaxel (taxol) , docetaxel ( taxotere) y sus análogos (es decir, XRP9881 y XRP6258; véase Ojima y Geney, Curr. Opin. Investig. Drugs 4:737, 2004). Dado que esta clase de moléculas son aglutinantes de beta-tubulina y estabilizan la forma polimerizada del microtúbulo similar a docetaxel, se prevé que la expresión clínica del biomarcador descrito en la presente memoria reflejará estados de respuesta similares a estos fármacos. Tal como se utiliza en la presente memoria, los términos "molécula", "compuesto" o "agente" se refieren a cualquier composición conocida actualmente o descubierta posteriormente. Ejemplos de compuestos o agentes que tienen aplicaciones en la presente memoria comprenden compuestos orgánicos (p. ej., sintéticos, naturales y ópticamente activos), péptidos (sintéticos, naturales y ópticamente activos, es decir, aminoácidos D o L), carbohidratos, moléculas de ácido nucleico, etc.

Tal como se utiliza en la presente memoria, "severidad de hibridación" o 'hibridación en condiciones severas" se refiere a condiciones fácilmente determinables por cualquier experto en la materia, y generalmente es un cálculo empírico que depende de la longitud de la sonda, temperatura de lavado y concentración salina. En general, las sondas más largas requieren temperaturas más altas para una hibridación apropiada, mientras que las sondas más cortas necesitan temperaturas más bajas. La hibridación depende generalmente de la capacidad del ADN desnaturalizado para volverse a hibridar cuando las cadenas complementarias están presentes en un medio por debajo de su temperatura de fusión. Cuanto mayor es el grado de homología deseado entre la sonda y la secuencia hibridable, mayor es la temperatura relativa que puede utilizarse. Como resultado, se deduce que las temperaturas relativas más altas tenderán a hacer más severas las condiciones de reacción, mientras que temperaturas más bajas menos por lo tanto. Para detalles adicionales y explicación de la severidad de las reacciones de hibridación, véase Ausubel et al., Current Protocols ¡n Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995). Tal como se utiliza en la presente memoria, "condiciones severas" o "condiciones de gran severidad", se refiere a aquellos parámetros que: (1) emplean fuerza iónica baja y alta temperatura para el lavado, por ejemplo cloruro de sodio 0,015 M/citrato de sodio 0,0015 M/dodecilsulfato de sodio 0,1% a 50°C; (2) emplean durante ia hibridación un agente desnaturalizante, tal como formamida, por ejemplo, formamida al 50% (v/v) con albúmina de suero bovino al 0,1%/Ficoll al 0,1%/pollvinilpirrolidona al 0,1% /tampón de fosfato de sodio 50 mM a pH 6,5 con cloruro de sodio 750 mM, citrato de sodio 75 mM a 42°C; o (3) hibridación durante la noche en una solución que emplea formamida al 50%, 5x SSC (NaCI 0,75 M, citrato de sodio 0,075 M), fosfato de sodio 50 mM (pH 6,8), pirofosfato de sodio al 0,1%, 5x solución de Denhardt, ADN de esperma de salmón expuesto a ultrasonidos (50 .mu.g/ml), SDS al 0,1 % y sulfato de dextrano al 10% a 42°C, con un lavado de 10 minutos a 42°C en 0,2x SSC (cloruro de sodio/citrato de sodio) seguido de un lavado a alta severidad de 10 minutos consistente en 0,1 x SSC que contiene EDTA a 55°C. Las condiciones moderadamente severas pueden identificarse de la forma descrita por Sambrook et al.., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Nueva York: Cold Spring Harbor Press, 1989, e incluyen la utilización de una solución de lavado y condiciones de hibridación (p. ej., temperatura, fuerza iónica y % de SDS) menos severas que las descritas anteriormente. Un ejemplo de condiciones moderadamente severas es la incubación durante la noche a 37°C en una solución que comprende: formamida al 20%, 5x SSC (NaCI 150 mM, citrato trisódico 15 mM), fosfato de sodio 50 mM (pH 7,6), 5x solución de Denhardt, sulfato de dextrano al 10% y 20 mg/ml de ADN de esperma de salmón batido y desnaturalizado, seguido de lavado de los filtros en 1x SSC a aproximadamente 37 a 50°C. Los especialistas expertos reconocerán cómo ajustar la temperatura, fuerza iónica, etc. a medida que sea necesario para acomodar factores tales como la longitud de la sonda y similares. La severidad apropiada para la hibridación de ácidos nucleicos depende de la longitud de los ácidos nucleicos y del grado de complementación, variables bien conocidas en la técnica. Cuanto mayor sea el grado de similitud u homología entre dos secuencias de nucleótidos, mayor será el valor de Tm para los híbridos de ácidos nucleicos que tienen esas secuencias. La estabilidad relativa (correspondiente al mayor Tm) de las hibridaciones de ácido nucleico disminuye en el siguiente orden: ARN:ARN, ADN:ARN, ADN:ADN. Preferentemente una longitud mínima para un ácido nucleico hibridable es al menos de aproximadamente 12 nucleótidos; preferentemente al menos de aproximadamente 16 nucleótidos; y más preferentemente la longitud es al menos de aproximadamente 24 nucleótidos; y lo más preferentemente al menos de aproximadamente 36 nucleótidos. Tal como se utiliza en la presente memoria, "marcador" o "marcador detectable" se refiere a un compuesto o composición de marcador detectable que está conjugado directa o indirectamente con un anticuerpo, oligopéptido u otra molécula orgánica para generar un anticuerpo, oligopéptido u otra molécula orgánica marcada". El marcador puede ser detectable por si mismo (p. ej. marcadores radioisótopos o marcadores fluorescentes) o, en el caso de un marcador enzimático, puede catalizar la alteración química de un compuesto o composición del sustrato que es detectable. Tal como se utiliza en la presente memoria, "marcador directo" se refiere a un ente, que en su estado natural, es fácilmente visible, a simple vista o con ayuda de un filtro óptico y/o de estimulación aplicada, p. ej. luz ultravioleta para favorecer la fluorescencia. Los ejemplos comprenden, pero no se limitan a, marcadores coloreados, partículas metálicas de sol, látex coloreado por partículas colorantes de sol o liposomas encapsulados por colorantes (descritos por la Pat. U.S. n° 4.313.734, Pat. U.S. n° 4.373.932, documento WO 88/08534), EP-A 0 280 559, 0 281 327, Pat.

U.S. n° 4.703.017). Otros marcadores directos comprenden un radionucleótido, sustancias radiopacas, un grupo fluorescente o un grupo luminescente. Tal como se utiliza en la presente memoria, "marcadores indirectos" se refiere a enzimas que pueden también utilizarse conforme a la presente invención. Varios tipos de inmunoanálisis ligados a enzimas son bien conocidos en la técnica, por ejemplo, fosfatasa alcalina y peroxidasa de rábano picante, lisozima, glucosa-6-fosfato deshidrogenasa, lactato deshidrogenasa, ureasa, éstas y otras han sido expuestas con detalle por Eva Engvall en Enzyme Immunoassay ELISA and EMIT en Methods in Enzymology, 70:419-439 (1980) y en la Pat. U.S. n° 4.857.453. Tal como se utiliza en la presente memoria, el término "kit" se refiere a un artículo de fabricación que comprende uno o más recipientes y una etiqueta o prospecto del envase en los recipientes o relacionado con ellos. En una realización preferida, los recipientes pueden contener un anticuerpo marcado de forma detectable, fragmentos de anticuerpo marcado de forma detectable u oligonucleótidos marcados de forma detectable. En otra realización, los recipientes proporcionan medios para obtener ARN total a partir de una muestra corporal, transcriben a la inversa el ARN total para obtener ADNc y someten al ADNc a una reacción en cadena de polimerasa utilizando una serie de cebadores en los que uno o ambos cebadores están marcados de forma detectable. Pueden incluirse otros recipientes del kit los cuales contienen, p. ej., diluyentes y tampones, anticuerpos de referencia, oligopéptidos o pequeñas moléculas orgánicas. La etiqueta o prospecto del envase pueden proporcionar una descripción de la composición así como instrucciones de almacenaje y para la utilización in vitro o de diagnóstico pretendida. Además, de acuerdo con la presente invención pueden emplearse técnicas convencionales de biología molecular, microbiología y ADN recombinante dentro de la experiencia en la técnica. Dichas técnicas están explicadas totalmente en la bibliografía. Véase, p. ej., Sambrook, Fritsch y Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, segunda edición (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Nueva York (en la presente memoria "Sambrook et al., 1989"); DNA Cloning: A Practical Approach, volúmenes I y II (D.N. Glover ed. 1985); Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait ed. 1984); Nucleic Acid Hybridization [B.D. Hames y S.J. Higgins eds. (1985)]; Transcription And Translation [B.D. Hames & S.J. Higgins, eds. (1984)]; Animal Cell Culture [R.l. Freshney, ed. (1986)]; Immobilized Cells And Enzymes [IRL Press, (1986)]; B. Perbal, A Practical Guide To Molecular Cloning (1984); F.M. Ausubel ef al. (eds.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (1994). En general, la tecnología del ARNi utiliza ARN sintético o de doble cadena generada por un vector para inducir la degradación del ARNm que contiene 5 secuencias homologas (McManus y Sharp, Nat. Rev. Genet. 3:737, 2002). Se ha utilizado el cribado de ARNi para aclarar la función génica en muchos organismos como por ejemplo Caenorhabditis elegans (Si mer ef al., PloS Biol. 1 :E12, 2003), Drosophila (Lum et al., Science 299:2039, 2003) y células de mamíferos (Aza-Blanc et al., Mol Cell 12:627, 2003). I O En la presente invención, se utilizaron células HCT1 16 de cáncer de colon para cribar los siARN dirigidos contra genes relacionados con el cáncer 101 , que comprenden la mayoría miembros de la familia de las cinasas y los efectos destructores de docetaxel fueron cuantificados mediante curvas de respuesta a la dosis de alta resolución. Utilizando este método, los solicitantes han demostrado que 15 la infraexpresión de 9 genes, incluyendo BubR1 , Bub1 , Mad2, Mps1 y GEFT Rac/CDC, puede inhibir la destrucción por docetaxel, mientras que infraexpresa otros 15, incluyendo Pim1 , p21 , TACC3 y Aurora-A, puede potenciar la muerte celular inducida por docetaxel. Por lo tanto, la presente invención amplía extensamente los métodos de 20 diagnóstico y los kits que pueden utilizarse para identificar si el individuo que está tomando o piensa tomar docetaxel será resistente o sensible al fármaco. Los solicitantes han observado resistencia farmacéutica a docetaxel, por lo cual la resistencia farmacéutica está asociada a la pérdida de una serie ampliada de genes de referencia de punto de control incluyendo BubR1 , Bub1 , Mad2, Msp1 y GEFT 25 Rac/CDC. El aumento de sensibilidad a docetaxel corresponde a la pérdida de uno cualquiera de varios genes, incluyendo GBP-1 , STK11 , RXRA, Hec1 , SPF45, Rafl , RELB, MKK3, PRKCD, HSPA1A, BRAF35, Aurora-A, Pim-1 , TACC3 y p21waf1/Cip1 y los inhibidores contra estos genes pueden servir de auxiliares valiosos para la terapia 30 con docetaxel. Los genes mitósicos de punto de control sirven como mecanismo de seguridad contra defectos para retardar la anafase por inhibición de Cdc20-APC (complejo estimulante de la anafase), hasta que los centrómeros de las cromátides gemelas están acopladas de manera apropiada al huso mitósico y alineadas en el ecuador (Zhou ef al., J. Cell Sci. 115:3547, 2002), permitiendo de este modo a las células abandonar de manera fiable la mitosis e introducir ciclos celulares adicionales con un complemento preciso de ADN. En presencia de inhibidores microtubulares, las células existentes en la mitosis pueden no segregar ya de manera apropiada sus cromosomas y experimentar típicamente apoptosis inmediatamente o después de varios ciclos celulares (Taylor y McKeon, Cell 89:727, 1997). La combinación de inhibidores microtubulares con pérdida de genes mitósicos de punto de control tal como BubR1 permite a las células escapar de la captura mitósica sin experimentar apoptosis y conduce a inestabilidad cromosómica (CIN) y aneuploidia (Shin et al., Cáncer Cell 4:483, 2003). Recientemente, se generaron datos de resistancia farmacéutica al utilizar el inhibidor microtubular paclitaxel para tratar células MCF-7 reguladas por disminución de BubR1 y Mad2 (Sudo et al., Cáncer Res. 64:2502, 2004). El gen Pim-1 codifica una serine/treonina cinasa que pertenece a una pequeña familia de cinasas afines. La función de Pim-1 ha estado ligada a la proliferación, diferenciación, apoptosis, tumorigénesis, hipoxia, angiogénesis y mitosis (Wang ef al., Biochim. Biophys. Acta 1593:45, 2002). Los datos microscópicos de detección por imagen, junto con los datos de hipofosforilación de AKT y las mediciones de actividad elevada de caspasa-3, demuestran que el descenso de Pim-1 aumentó la apoptosis inducida por docetaxel al inactivar la señalización de AKT, que media en la supervivencia celular. Plm-1 y p21 tienen características muy similares en la sensibilización de las células HCT116 a docetaxel; acorde con los informes que demuestran que p21 es un sustrato de fosforilación de Pim-1 (Wang et al., Biochim Biophys Acta 1593:45, 2002). El descenso de Pim-1 produjo cierta apoptosis en ausencia de docetaxel pero fue más eficaz en presencia de fármaco, mientras que el descenso de la proteína transformadora TACC3 con superenrollamiento ácido no provocó muerte celular en ausencia de docetaxel, lo que indica que el ARNi solo no tuvo efecto sobre la proliferación celular. Estos resultados sugieren que la eliminación de diferentes proteínas puede producir diferentes mecanismos para la sensibilización de las células a docetaxel. Por consiguiente, en un aspecto de la invención, la activación de uno o más de los genes descritos en las Tablas I y II y las concentraciones de proteínas de estos genes pueden utilizarse para seleccionar una estrategia de tratamiento terapéutico y para controlar la eficacia de la estrategia de tratamiento seleccionada.

En una realización determinada, se proporciona un método que controla los niveles de activación de uno o más genes mostrados en las Tablas I y II durante el transcurso de la quimioterapia para evaluar y predecir la eficacia de la quimioterapia durante el paciente. Las biopsias de tumores (p. ej., tumores de mama, colon, amicrocítico de pulmón y gástrico) o los cultivos de corta duración de biopsias tumorales de pacientes de cáncer no diagnosticado o de pacientes que reciben tratamiento actualmente se procesan a fin "de aislar ADN (Hafner ef al., Arch. Pathol. Lab. Med. 127:1221 , 2003; Rodríguez et al., Clin. Cáncer Res. 10:5785, 2004), ARN mensajero (Chang et al., Lancet. 362:340, 2003) y/o proteínas (Espina ef al., J. Immunol. Methods 290:121 , 2004) para evaluar los niveles de activación génica o las concentraciones de proteínas de los genes descritos en las Tablas I y II o de uno de sus subconjuntos. La transcripción génica y las características de la expresión proteica tiene utilidad en el diagnóstico, la predicción de respuestas terapéuticas para estrategias de tratamiento potenciales y puede ser una herramienta útil para controlar una respuesta del paciente a la terapia. Según la presente invención, el ARN puede aislarse de muestras tumorales utilizando alguno de los métodos disponibles frecuentemente utilizado en la técnica (Ullmann et al., J. Biomol. Screen 9:95, 2004; Badiee et al., BMC Biotechnol. 3:23, 2003). Se extraen una o más células de individuos del ensayo y se aisla el ARN procedente de estas células. Como ejemplo, pueden extraerse del individuo leucocitos de la sangre periférica (PBL) o también es posible extraer una muestra de células y enriquecer la muestra en un tipo de células deseado. Las células pueden aislarse a partir de una mezcla de células utilizando una variedad de técnicas, como por ejemplo el aislamiento de células utilizando anticuerpos que se unen a un epítopo determinado en el tipo de células deseado. Cuando las células deseadas están en un tejido sólido, pueden diseccionarse determinadas células, por ejemplo, por microdisección o por microdisección con captura por láser (LCM) (Bonner et al., Science 278:1481 , 1997; Fend et al., Am. J. Path. 154:61 , 1999). Puede extraerse ARN de muestras de tejido o de células por una variedad de métodos, por ejemplo, lisis con tiocianato de guanidio seguida de centrifugación con CsCl (Chirgwin ef al., Biochemistry 18:5294, 1979). Puede extraerse ARN de células aisladas como se describe en los métodos de preparación de bancos de ADNc a partir de células aisladas (Dulac, Curr. Top Dev. Biol.. 36:245, 1998). La muestra de ARN puede enriquecerse más para una especie determinada. En una realización se puede aislar, por ejemplo, poli(A)+ARN a partir de una muestra de ARN. En particular, pueden inmovilizarse poli-T oligonucleótidos sobre un soporte sólido para servir como ligandos por afinidad para ARNm. Con esta finalidad están disponibles en el mercado kits, por ejemplo, el kit MessageMaker (Life Technologies, Grand Island, N.Y.). El enriquecimiento puede realizarse, por ejemplo, por síntesis de ADNc específico para el cebador o múltiples rondas de amplificación lineal basadas en la síntesis de ADNc y transcripción in vitro dirigida a la plantilla (Wang et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 86:9717, 1989; Dulac et al., supra). Una variedad de métodos de amplificación son adecuados para su utilización en los métodos de la presente invención, incluyendo, por ejemplo, PCR; reacción en cadena de ligase (LCR) (Wu y Wallace, Genomics 4:560, 1989); replicación de la secuencia autosoportada (SSR) (Guatelli et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 87:1874, 1990); amplificación de secuencia basada en ácido nucleico (NASBA) y amplificación de la transcripción (Kwoh eí al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 86:1173, 1989). Los métodos para la tecnología PCR son bien conocidos en la técnica (véase, p. ej., PCR Technology: Principies and Applications for DNA Amplification (ed. H. A. Erlich, Freeman Press, N.Y., N.Y., 1992); PCR Protocois: A Guide to Methods and Applications (eds. Innis, et al., Academic Press, San Diego, Calif., 1990). El ARN puede estar marcado para su detección utilizando alguno de los métodos conocidos por los expertos en la técnica. Por ejemplo, utilizando micromatrices, tales como las fabricadas por Affymetrix. El ARN se marca y se detecta por hibridación utilizando alguno de los métodos habitualmente utilizados, tales como, marcador directo del ARN con colorantes tales como Cyanine-3 o Cyanine-5 (Perkin Elmer MPS544001 KT). Otros métodos comprenden el marcado directo del ADNc que se realiza por transcripción inversa utilizando nucleótidos marcados con Cyanine-3 o Cyanine-5 (Badiee A 2003), fluoresceína o colorantes de Alexa (Molecular Probes) u otros fluoróforos. Además, puede utilizarse marcado indirecto del ADNc tal como FairPlay R/marcado con aminoalilo (número de catálogo de Stratagene: 252002), marcado con dendrímero 3ADN (Genisphere Inc.) o ampliación de señal enzimática (MICROMAX TSA, Perkin Elmer). Por otra parte, puede cuantificarse el ARN utilizando sondas de ARN que se detectan por métodos enzimáticos, de fluorescencia, radioactivos o emisores de luz. En un aspecto de la presente invención, se extrae ARN de la muestra de tumor y se emplea tecnología Taqman para la detección de marcadores genéticos. Se generan cebadores para detectar los ARN específicos diseñados en las Tablas I y II o su subconjunto y se amplían utilizando transcriptasa inversa. La detección del fragmento específico ampliado por transcripción inversa se realiza por electroforesis en gel, electroforesis en polímero, secuenciado directo de ADN, detección de la luz, pérdida de una señal de fluorescencia, reacción enzimática o detección por hibridación a un ARN complementario. En otro aspecto de la presente invención, se utiliza PCR en tiempo real para detectar oligonucleótidos. El ARNm extraído de una muestra de tumor se traduce a la inversa en el ADNc. Se generan cebadores para ampliar los ARN específicos diseñados en las Tablas I y II o su subconjunto utilizando tecnología de reacción en cadena de polimerasa. La detección de la concentración de ARNm se consigue por eiectroforesis en gel y bromuro de etidio o tinción verde CYBR o midiendo la intensidad de la fluorescencia de las sondas específicas con secuencia marcada con fluoróforo liberadas por la polimerasa. En un aspecto adicional de la presente invención, se utiliza tecnología de transferencia Northern. Se extrae ARN de la muestra de tumor y a continuación se separa por electroforesis en gel y se transfiere sobre una membrana. La abundancia de ARN se determina por hibridación utilizando sondas marcadas con isótopo radioactivo tal como P32 o mediante análisis enzimáticos cromógenos o luminescentes.

Todavía en otro aspecto de la presente invención, la dosis génica puede utilizarse como indicador suplente de las concentraciones transcritas. La dosis génica de los transcritos en las Tablas I y II o de uno de sus subconjuntos puede determinarse cuantitativamente y evaluarse por si un tumor fuera sensible o no a la terapia de docetaxel. (Rodríguez et al., Clin. Cáncer Res. 10:5785, 2004). Dado que esta evaluación" puede ser bosquejada antes de la terapia neoadyuvante (tratamiento antes de la intervención quirúrgica), el paciente puede ser tratado con docetaxel si está clasificado como un agente que responde al tratamiento o puede administrarse otro agente quimioterapéutico si está clasificado como un agente que no responde al tratamiento. Se extrae ADN de las biopsias del tumor del paciente y se purifica para eliminar los contaminantes utilizando métodos como los realizados por los expertos en la materia. Los métodos utilizados para determinar la dosis génica en el ADN del tumor comprenden, pero no se limitan a, PCR cuantitativa, chips de ADN genómico, hibridación in situ o Southern (Hafner ef al., Arch. Pathol. Lab. Med. 127:1221, 2003; Rodríguez eí al., Clin Cáncer Res 10:5785, 2004). Por consiguiente, estos métodos pueden utilizarse para determinar el número de copia de uno o más genes en las Tablas I y II y comparar con una muestra de referencia o con marcadores de referencia. Todavía en otro aspecto de la presente invención, las concentraciones de proteínas se utilizan como medición suplente de las concentraciones transcritas. Se ha demostrado que las concentraciones de proteínas se correlacionan con la supresión o elevación de las concentraciones transcritas. Por lo tanto, la presente invención comprende las técnicas para medir las concentraciones de proteínas que corresponden a los productos polipeptídicos codificados por los transcritos en las Tablas I y II. Las proteínas son detectadas y utilizadas como marcadores de una respuesta pronóstico a docetaxel. Los métodos de la detección de proteínas son bien conocidos en ia técnica. Por ejemplo, los ' ¡nmunoanálisis son metodologías que emplean anticuerpos para detectar la expresión de una proteína diana. En una realización determinada, se utiliza un inmunoanálisis para detectar los productos proteicos de uno o más genes enumerados en las Tablas I y II. Además, los anticuerpos contra una cualquiera de las proteínas enumeradas en las Tablas I y II pueden utilizarse en numerosos otros métodos de detección. Estos métodos de detección comprenden, pero no se limitan a, los siguientes: transferencias Western, análisis ELISA y sandwich ELISA. Como alternativa, se contemplan otros análisis que no emplean anticuerpos y comprenden los métodos que utilizan oligonucleótidos de ADN o polipéptidos que reconocen proteínas codificadas por transcritos en las Tablas I y II (p. ej., aptámeros). Puede utilizarse también análisis espectrométrico de masas de muestras biológicas que determina la composición de polipéptidos determinando el peso molecular exacto de los fragmentos peptídicos después de la escisión proteolítica. La presente invención abarca además marcadores adecuados incluyendo enzimas, fluoróforos (p. ej., isotiocianato de fluoresceína (FITC), ficoeritrina (PE), rojo Texas (TR), rodamina, sales libres o queladas de la serie lantánida, cromóforos, radioisótopos, agentes quelantes, colorantes, oro coloidal, partículas de látex, ligandos (p. ej., biotina) y agentes quimioluminescentes. En un aspecto de la presente invención, los marcadores radioactivos utilizados puedes ser isótopos tales como 3H, 14C,32P, 35S, 36CI, 51Cr, 57Co, S8Co, 59Fe, 90Y, 125l, 1311 y 186Re. La cuantificación de los niveles de radioactividad puede realizarse mediante los procedimientos de recuento conocidos y disponibles actualmente. Por el contrario, pueden utilizarse sustancias radiopacas. En la realización en la que el marcador es una enzima, la detección puede realizarse mediante cualquiera de las técnicas colorimétricas, espectrofotométricas, fluoroespectrofotométricas, ampero-métricas o gasométricas actualmente utilizadas conocidas en la técnica. Un aspecto adicional de la invención es la utilización de agentes aglutinantes de péptidos tales como anticuerpos o fragmentos de anticuerpos. Los anticuerpos comprenden anticuerpos policlonales y monoclonales, preparados según la metodología convencional. Únicamente una pequeña parte de una molécula de anticuerpo, el parátopo, está implicada en la unión del anticuerpo a su epítopo (véase, en general, Clark, W. R. (1986) The Experimental Foundations of Modem Immunology Wiley & Sons, Inc., Nueva York; Roitt, I. (1991) Essential Immunology, 7a Ed., Blackwell Scientific Publications, Oxford). Las zonas pFc y Fe, por ejemplo, son efectores de la cascada del complemento pero no están implicados en la unión del antígeno. Un anticuerpo a partir del cual la zona pFc se ha escindido enzimáticamente o que ha sido producido sin la zona pFc, denominada fragmento F(ab')2, conserva ambos puntos de unión al antígeno de un anticuerpo intacto. Por este motivo, una realización de la presente invención utiliza un fragmento de anticuerpo marcado de manera detectable tal como el fragmento F(ab')2. Así mismo, un anticuerpo a partir del cual la zona Fe se ha escindido enzimátícamente o que ha sido producido sin la zona Fe, denominada fragmento Fab, conserva uno de los puntos de unión al antígeno de una molécula de anticuerpo intacto. Los fragmentos Fab consisten en una cadena ligera de anticuerpos unidos por enlaces covalentes y una parte de la cadena pesada de anticuerpos denominada Fd. Los fragmentos Fd son el principal determinante de ia especificidad del anticuerpo (un solo fragmento Fd puede estar asociado con hasta diez cadenas ligeras diferentes sin alterar la especificidad del anticuerpo) y los fragmentos Fd conservan la capacidad de unión al epítopo en aislamiento. Como es bien sabido en la técnica, en la porción de la unión al antígeno de un anticuerpo, existen zonas determinantes de complementariedad (CDR), que interactúan directamente con el epítopo del antígeno, y zonas de soporte (FRs), que mantienen la estructura terciaria del parátopo (véase, en general, Clark, 1986; Roitt, 1991). En ambos fragmentos Fd de la cadena pesada y de la cadena ligera de las inmunoglobulinas IgG, existen cuatro zonas de soporte (FR1 a FR4) separadas respectivamente por tres zonas determinantes de complementariedad (CDR1 a CDR3). Las zonas CDR, y en particular la CDR3, y más particularmente la cadena pesada CDR3, son responsables en gran medida de la especificidad del anticuerpo. Actualmente está demostrado en la técnica que las zonas no CDR de un anticuerpo de mamífero pueden sustituirse con zonas similares de anticuerpos homoespecíficos o heteroespecíficos mientras conserven la especificidad epitópica del anticuerpo original. Esto es lo que se manifiesta más claramente en el desarrollo y utilización de anticuerpos "humanizados" en los que los CDR no humanos están unidos por enlaces covalentes a las zonas FR y/o Fc/pFc humanas para producir un anticuerpo operativo (referirse a las patentes U.S. n° 4.816.567, n° 5.225.539, n° 5.585.089, n° 5.693.762 y n° 5.859.205). Los anticuerpos monoclonales totalmente humanos también pueden prepararse inmunizando ratones transgénicos para grandes fragmentos de loci de las cadenas pesada y ligera de la inmunoglobulina humana. Tras la inmunización de estos ratones (p. ej., XenoMouse (Abgeníx), ratones HuMAb (Medarex/GenPharm)), pueden prepararse anticuerpos monoclonales según la tecnología de hibridoma habitual. Estos anticuerpos monoclonales tendrán secuencias de aminoácidos de inmunoglobulina humana y por consiguiente no provocarán respuestas al anticuerpo anti-ratón humano (HAMA) cuando se administren a seres humanos. Por consiguiente, es muy evidente para cualquier experto en la materia, que la presente invención también comprende fragmentos F(ab')2, Fab, Fv y Fd; anticuerpos híbridos en los que los Fe y/o las zonas FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido sustituidas por secuencias homologas humanas o no humanas; anticuerpos híbridos con fragmento F(ab')2 en los que las zonas FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido sustituidas por secuencias homologas humanas o no humanas; anticuerpos híbridos con fragmento Fab' en los que las zonas FR y/o CDR1 y/o CDR2 y/o CDR3 de cadena ligera han sido sustituidas por secuencias homologas humanas o no humanas; y anticuerpos híbridos con fragmento Fd en ios que las zonas FR y/o CDR1 y/o CDR2 han sido sustituidas por secuencias homologas humanas o no humanas. La presente invención también comprende los denominados anticuerpos de una sola cadena. La presente invención pueden entenderse mejor haciendo referencia a los siguientes ejemplos no limitativos, que se proporcionan a título de ejemplo de la invención. Los siguientes ejemplos se presentan para ¡lustrar con más detalle realizaciones preferidas de la invención. Sin embargo, no deben considerarse de ninguna manera limitativos del amplio alcance de la invención.

EJEMPLOS EJEMPLO 1 : Cribado de siARN Para identificar los genes que hacen a las células más resistentes o sensibles al tratamiento con docetaxel, se cribaron los siARN frente a 101 genes en células HCT116 utilizando un intervalo de concentraciones de docetaxel para la generación de curvas de respuesta a la dosis. La línea celular HCT116 de cáncer de colon humano se adquirió en ATCC y se cultivó en McCoy 5A enriquecido con 100 unidades/ml de penicilina, 100 µg/ml de estreptomicina, L-glutamina 4 mM y suero bovino fetal ai 10% a 37°C con C02 al 95% y 02 al 5%. La lista de siARN estaba comprendida por genes relacionados con el cáncer, incluyendo los que se sobreexpresaron en tumores de mama resistentes a docetaxel detectados por experimentos con características de expresión génica (Chang eí al., Lancet 362:362, 2003). Otros criterios consistían en que las dianas eran susceptibles de desarrollo farmacéutico. El esquema general se resume de la manera siguiente. El primer día, las células HCT116 se colocaron en placas a razón de 5.000 células por pocilio en un formato de 96 pocilios y los días siguientes se transfectaron con un grupo de 3 a 4 siARN por gen. En las Tablas I y II se presenta una muestra representativa de los siARN utilizados. Se utilizó Lipofectamina 2000 (Invitrogen) para transfectar los siARN (Dharmacon) en células HCT 116 en placas de 96 pocilios. El tercer día se eliminaron los siARN y se añadió docetaxel en concentraciones que oscilan de 0 a 40 nM. El sexto día se cuantificó la viabilidad celular utilizando el análisis WST-1. Este es un análisis que controla la actividad de las deshidrogenasas mitocondriales presentes en las células viables que producen la escisión de la sal de tetrazolio WST-1 para formar formazán. El día del análisis, se extrajeron medios de las placas de 96 pocilios. El reactivo WST-1 (Roche) se diluyó 10 veces en medio McCoy 5A y se añadió 100 µl reactivo cada pocilio. Se incubaron a continuación las placas durante 40 a 80 minutos a 37°C antes de la lectura en SpectroMax (Molecular Devices) a 450 nm. Se agruparon jerárquicamente los valores WST-1 calculando la proporción del siARN experimental con relación al de referencia y se caracterizaron un total de 15 genes que comunicaban sensibilidad, y 9 genes que proporcionaban resistencia mostrados en la Tabla lll a continuación. Las poblaciones sensibles y resistentes además podrían dividirse en grupos adicionales: 1) cuando se observaba el efecto del siARN a las concentraciones más bajas de docetaxel (1a 6 nM) para modificar el IC5o o 2) cuando se observaba el mayor efecto a concentraciones mayores (> 6nM) con una modificación más pequeña en IC50. En comparación con los siARN de Mad2, BubR1 y Mps1 , el Grb2 de direccionamiento de los siARN, CDK6, sefarasa y la proteína cinasa II delta dependiente de calcio/calmodulina (CamKIID) presentó efectos más pronunciados a las concentraciones más bajas (1 a 6 nM) de docetaxel, con una modificación característica en el IC50. En general, este subgrupo presentó resistencia más débil que los genes mitósicos de punto de control y el siARN de CamKIID generó el mayor nivel de protección, que era el doble del de las células de referencia. Estos datos demuestran que la pérdida de cuatro genes mitósicos de punto de control junto con varios otros genes puede aumentar la resistencia a docetaxel en grados variables. Los datos de la Figura 1 presentan varias curvas características de respuesta a la dosis para las células transfectadas con siARN seguido de exposición a varias concentraciones de docetaxel. Los siARN frente a cuatro genes mitósicos de punto de control, que incluyen BubR1 , Bub1 , Mad2 y Mps1 (datos no mostrados para Bub1) así como el factor de intercambio del nucleótido guanina (GEFT) para Rac/Cdc42 demostraron resistencia significativa a docetaxel siendo el efecto más pronunciado a concentraciones más altas de docetaxel (>6 nM). El mayor nivel de resistencia se mostró para Mad2 en el que la viabilidad celular aumentó cinco veces más que en las células de referencia transfectadas con siARN. La mayoría de los siARN no puntuaron en el cribado y aquí se presenta el retinoblastoma 1 (RB1) humano como ejemplo representativo. Considerados en conjunto, estos resultados demuestran que el cribado de siARN puede proporcionar ¡deas acerca de cómo la expresión génica con regulación por disminución sensibiliza o protege las células del tratamiento con docetaxel y, dependiendo de las concentraciones, provoca diferentes mecanismos de actuación para modular la muerte celular mediada por docetaxel. 10 Tabla lll: Genes que afectan la respuesta de Docetaxel siARN que proporcionan aumento de sensibilidad a Docetaxel: EJEMPLO 2: Validación cruzada en un subconjunto de siARN que proporcionan aumento de resistencia a Docetaxel Un inconveniente potencial en los métodos de cribado de siARN reside en la observación de que los siARN pueden hibridar a transcritos con identidad parcial o iniciar bloques de traducción micro-ARN (miARN), dificultando la distinción entre los efectos específicos y los efectos no específicos (deslocalizados) de la diana (Jackson ef al., Nat. Biotechnol. 21 :635, 2003). Para confirmar la resistencia utilizando un método independiente con una segunda secuencia, se generaron líneas celulares estables reducidas para BubR1 y Mps1 infectando células HCT116 con un vector retrovírico que lleva oligonucleótidos de ADN que codifican un (sh)ARN de horquilla corta. El shARN contenía una secuencia diferente que el siARN, dirigiéndose a una zona distinta del marco de lectura abierto. La línea celular GP2-293 retrovírica de la envoltura se adquirió en Clontech. Las células se mantuvieron en DMEM enriquecido con 100 unidades/mi de penicilina, 100 g/ml de estreptomicina, L-glutamina 4 mM y suero bovino fetal al 10%. El virus fue generado por células GP2-293 que se transfectan temporalmente. Se sembraron un total de 3,6 x 106 células en una placa de 10 cm 24 horas antes de la transfección. Se sustituyó el medio 4 horas antes de la transfección por DMEM que contenía FBS al 10% sin antibióticos. Se transfectaron las células con 6 µg de vector ADN, 6 µg de plásmido VSV-G de la envoltura (Clontech) y 72 µ\ de Lipofectamina-2000. Se sustituyó el medio después de 14 a 16 horas; Se recogió el sobrenadante vírico 24 horas más tarde, se filtró a través de un de filtro 0,45 µM y se utilizó para infectar células HCT116 a un M.O.I de 5 en presencia de 8 //g/ml de polibreno. Cuarenta y ocho horas después de la infección se seleccionaron las células en 0,5 /g/ml de puromicina durante 7 días o hasta que murieron las células del fondo. Las curvas de respuesta a la dosis generadas con las líneas celulares BubR1 y Mps1 de reducción presentaron de nuevo aumento de resistencia que fue más pronunciado a concentraciones más altas de docetaxel (Figura 2), similar a los resultados obtenidos mediante transfecciones transitorias de siARN. Para examinar si los shARN reducían las concentraciones de ARNm se empleó PCR en tiempo real para detectar transcritos endógenos y se confirmó que las concentraciones de ARN disminuían en las líneas celulares BubR1 y Mps1 estables de reducción en comparación con la línea estable de control del vector (Figura 3).

Se Usaron las células y se extrajo el ARN utilizando RNAqueous-96 (Ambion). Se diseñaron sondas TaqmanMR y cebadores transcritos y complementarios con el programa informático Primer ExpressMR (PE Applied Biosystems, UK). Las investigaciones con BLAST de las secuencias de la sonda y del cebador no pusieron de manifiesto ninguna identidad significativa con otras secuencias aparte de la del gen específico a ensayo. Se realizó la PCR en ese momento, 20 µ\ de mezcla patrón TaqMan R para cada pocilio: 4,825 µ\ de agua exenta de ARNasa, 12,5 µ\ de 2x mezcla patrón PCR Universal y 0,625 µ\ de 40x MultiscribeTM y Rnase Inhibitor Mix (Applied BioSystems), 0,9 µ\ de cebadores transcritos y complementarios (100 DM), sonda de 0,25 µ\ (100 µM). Se añadió a cada pocilio 5//I de ARN de muestra (aproximadamente 1 ng/ /l). Se analizaron las placas en un TaqManMR ABI Prism 7700 Sequence DetectorM (Perkin-Elmer, UK). Los parámetros de ciclación fueron 48°C durante 30 minutos, 95°C durante 10 minutos, 40 ciclos de 95°C durante 15 segundos y 60°C durante 1 minuto. Los valores del ARNm del gen de ensayo se extrapolaron en la curva patrón y se presentaron como porcentaje restante.

EJEMPLO 3: La regulación por disminución de Mad2, BubR1 y Mps1 protege las células de la muerte inducida por Docetaxel escapando de la interrupción mitósica, acoplada con la generación de aneuploidia La pérdida de genes mitósicos de punto de control en presencia de docetaxel, determinaba por análisis WST-1 , se correlacionó con el aumento de la viabilidad celular lo que significa resistencia (Figura 1). Para probar más la validez de las mediciones WST-1 , se realizaron experimentos citológicos para examinar ia morfología celular y la viabilidad (Figura 4). Se hizo un seguimiento de las células utilizando microcopia confocal y Calcein-AM, colorante vital convertido en fluorescencia verde por la esterasa intracelular que sirve como indicador de células metabólicamente activas. La Figura 4 demuestra que 16 horas después de la adición de docetaxel, las células transfectadas con siARN de Mad2, BubR1 y, en menor medida, de Mps1 abandonaron prematuramente la mitosis en un estado de interfase aparente coincidente con una morfología celular aplastada, mientras que la mayoría de las células transfectadas con siARN de referencia se detuvieron en la mltosis con una morfología celular redondeada. El fenotipo de la célula plana ha sido descrito anteriormente para otros inhibidores microtubulares y se refiere a la capacidad de las células para abandonar la interrupción mitósica en un estado de ¡nterfase aparente sin completar de hecho la mitosis (Kung et al., Proc. Nati. Acad. Sci. 87:9553, 1990; Lanni y Jacks, Mol. Cell Biol. 18:1055, 1998). 72 horas después del tratamiento, las observaciones más impactantes para las células reguladas por disminución con siARN de Mad2, BubR1 o Mps1 fueron la presencia de muchas más células y su gran tamaño, en comparación con las células de referencia transfectadas con siARN que fueron prácticamente eliminadas mediante tratamiento con docetaxel. En ausencia de docetaxel, las células reguladas por disminución con punto de control mitósico parecían similares a las células de referencia en dos puntos de tiempos diferentes y el aumento del número de células a las 72 horas sugirió que las células se estaban desarrollando activamente en presencia del siARN. Las células mitósicas con el punto de control alterado pueden desviar la interrupción mitósica y abandonar prematuramente la mitosis después del tratamiento con inhibidores microtubulares tales como, colcemid, nocodazol y paclitaxel (Taylor y McKeon, Cell 89:727, 1997; Shin et al., Cáncer Cell 4:483, 2003; Masuda et al., Am. J. Pathol. 163:1109, 2003; Sudo et al., Cáncer Res. 64:2502, 2004). Para determinar si las células HCT116 tratadas con docetaxel abandonan prematuramente la mitosis después de la supresión de tres genes Mad2, BubR1 o Mps1 con punto de control específico, se midieron los índices mitósicos de las células transfectadas. Por consiguiente, las células Mad2, BubR1 o Mps1 transfectadas con siARN se recogieron sin tratamiento (0) o a las 8, 16, 24, 36, 48 y 72 horas después del tratamiento con docetaxel, a continuación se fijaron y se incubaron con un anticuerpo policlonal que detecta la fosforilación de histona H3 como una indicación de la mitosis (Mitotic Index Kit, Cellomics). En la Figura 5 se presenta una representación gráfica para todos los puntos de tiempo. El índice mitósico alcanzó el máximo entre 16 y 24 horas después del tratamiento lo que indica que en todos los casos existió interrupción mitósica. El índice mitósico alcanzó el valor más alto en las células transfectadas con el siARN de referencia, mientras que las células transfectadas con siARN de Mad2 y BubR1 presentaban una disminución significativa en el índice mitósico. Los efectos de siARN de Mps1 no fueron tan severos como los de Mad2 y BubRL Estos resultados demuestran claramente que las células mitósicas con punto de control alterado pueden desviar la interrupción mitósica inducida por docetaxel y que siARN de BubR1 fue el más eficaz seguido de Mad2 y Mps1.

Para eliminar la posibilidad de que los cambios en el índice mitósico sean coincidentes con grandes diferencias en las eficacias de reducción, se empleó PCR en tiempo real para medir los niveles de transcrito con punto de control mitósico. El experimento mostrado en la Figura 6 demuestra que las concentraciones de ARNm disminuyeron hasta concentraciones comparables en las células Mad2, BubR1 y Mps1 transfectadas con siARN, lo que sugiere que las diferencias del índice mitósico reflejaban más la función génica. A partir de los datos del microscopio, parece que las células muy grandes pueden albergar un contenido anormal de ADN. A fin de investigar más si estas células mitósicas con punto de control alterado eran capaces de sobrecontrolar la interrupción del ciclo celular inducido por docetaxel, y reintroducir la fase S para generar células aneuploides, se realizó el análisis FACS para medir el contenido de ADN. Las células Mps1 , BubR1 , Mad2 y de referencia transfectadas con siARN se cultivaron en ausencia o presencia de docetaxel, se fijaron y se tiñeron con yoduro de propidio y se analizaron por FACS. Se recogieron los datos en varios puntos de tiempo diferentes después de la adición de docetaxel (datos no mostrados) y los histogramas del punto de tiempo de la hora 72 se presentan en la Figura 7. A las 72 horas después de la adición de docetaxel, las transfecciones con Mps1 , BubR1 , Mad2 y los siARN produjeron una acumulación de células con un contenido en ADN 8 N, 16 N y en el caso de BubR1 32 N. Utilizando sólo el siARN de referencia, se detectó una población 8 N de células en presencia de docetaxel, pero el número de 8 N fue mucho mayor para las células mitósicas con punto de control reguladas por disminución. En un punto de tiempo inicial después de la adición de docetaxel (datos no mostrados), la mayoría de las células de referencia se interrumpieron en 4 N, mientras que las células transfectadas con los siARN de Mps1 , BubR1 y Mad2 fueron evolucionando desde 4 N hasta 8 N. Estos resultados indican que la reducción de los genes mitósicos con punto de control permite a las células acumular más rápidamente concentraciones anormales de ADN y atravesar un umbral mayor de ploidia en comparación con las células naturales. Estos resultados demuestran funciones para Mad2, BubR1 y Mps1 en la regulación del índice mitósico y en la evolución del ciclo celular con un inhibidor microtubular de docetaxel no caracterizado anteriormente.

EJEMPLO 4: Formación de colonias resistentes a docetaxel en células BubR1 reguladas por disminución La función apoptósica de BubR1 parece ser importante para la regulación de la fidelidad cromosómica dado que la infraexpresión de BubR1 en combinación con agentes antimicrotubulares se asoció a la aneuploidia, y el restablecimiento de BubR1 se asoció a un punto de control activado y a la apoptosis de las células aneuploides (Shin et al., Cáncer Cell 4:483, 2003). Para determinar si los genes con punto de control mitósico que se regulan por disminución permanentemente permiten que las células se desarrollen con una capacidad proliferante mayor, se determinó la capacidad para proliferar de las líneas de reducción estables de BubR1 y Mps1 (Figura 4) y se crearon colonias en presencia continua de docetaxel. La línea celular de reducción estable de Mad2 podría no generarse dado que la alteración de Mad2 era letal para las células (Michel et al., Proc. Nati. Acad. Sci. 101 :4459, 2004). Las líneas celulares de reducción estable de BubR1 , Mps1 y shARN de referencia se sometieron a docetaxel 5 nM durante 10 días y después de esto se tiñeron con vioieta cristal. La Figura 8 demuestra que la línea celular de reducción de BubR1 produjo colonias mucho más grandes en comparación con la línea celular de referencia. La línea celular de reducción de Mps1 no pudo desarrollar colonias en presencia de docetaxel 5 nM. Cuando se Incubaron las placas durante un periodo de hasta 17 días, se observaron colonias en las placas de referencia pero eran todavía menores en número en comparación con la línea de reducción de BubRL Estos resultados vinculan los bajos niveles de BubR1 , pero no de Mps1 , con el crecimiento celular avanzado en presencia del fármaco quimioterapéutico docetaxel.

EJEMPLO 5: Validación cruzada de siARN que proporciona aumento de sensibilidad a docetaxel Además de identificar los siARN que protegen las células de la destrucción inducida por docetaxel, el cribado identificó los siARN que sensibilizan las células a la destrucción. En la Tabla lll, Pim-1 , p21waf1/CiP1, GBP-1 , RXRA, Hed , SPF45 y Raf1 representan un grupo de los siARN que presentan una destrucción pronunciada a mayores concentraciones de docetaxel (>6 nM) sólo con un pequeño cambio en IC50. Las curvas de respuesta a la dosis de siARN para la serina/treonina cinasa oncógena Pim-1 y del inhibidor del ciclo celular p2iwaf1/C?p1 eran muy similares (Figura 9), lo que puede reflejar funciones de solapamiento o cooperativas en una serie de procesos de señalización; y los informes previos han demostrado que p2lwaf /C?p1 es un sustrato para Pim-1 (Wang ef al., Biochim. Biophys. Acta 1593:45, 2002). De mayor interés eran los datos sobre la sobreexpresión de Pim-1 en las células epiteliales de la próstata, que condujeron a la interferencia del punto de control mitósico y a inestabilidad genética (Roh et al., Cáncer Res. 63:8079, 2003). Estos resultados están línea con los datos de ¡nfraexpresión de Mad2, BubR1 y Mps1 que presentan un fenotipo comparable con niveles de expresión opuestos (véase la Figura 1). Otro siARN que proporciona sensibilidad a docetaxel era Hec1. En la Tabla lll, TACC3, RELB, Aurora-A, PRKCD (PKC), HSPA1A, y BRAF35 representan los siARN que aumentan la sensibilidad a concentraciones más bajas de docetaxel (1 a 6 nM) con un cambio característico en IC50. Aurora-A es una serine/treonina cinasa que opera al principio de la mitosis y ha estado implicada en la maduración del centrosoma y en el montaje del huso (reseñado en Meraldi et al., Curr. Opin. Genet. Dev. 14:29, 2004). Se publicaron datos de mayor interés que demuestran que la sobreexpresión de Aurora-A en las células HeLa protegía las células de paclitaxel, de acuerdo con los resultados de los solicitantes donde la infraexpresión de Aurora-A aumentaba la destrucción de docetaxel (Anand ef al., Cáncer Cell 3:51 , 2003). Esta fue una pequeña disminución aceptada en 1C50 para Aurora-A que representa una disminución de la supervivencia del 25%; sin embargo, los resultados se duplicaron exactamente utilizando administración retrovírica de shARN que genera una reducción estable de Aurora-A en las células HCT116 (compárese las Figuras 9 con las Figuras 10 y 11 ).

EJEMPLO 6: Pim1 inhibe la proliferación de las células HCT116 en ausencia de docetaxel Para evaluar además los positivos procedentes del cribado, era importante distinguir entre los siARN que afectan la viabilidad celular en ausencia de docetaxel, y los que actúan cooperando con docetaxel para potenciar la destrucción. Para distinguir entre las posibilidades los solicitantes estudiaron los efectos de la transfección con siARN sobre la proliferación utilizando una ensayo de exclusión de azul de tripano con recuento de células para determinar el número de células viables en placas de 6 pocilios a las 24, 48 y 72 horas después de la transfección. Los resultados de los solicitantes demuestran que los siARN de Pim-1 inhiben el crecimiento en las células HCT116 mientras que los siARN de TACC3 no tienen efecto sobre el crecimiento (Figura 12; reducción cuantificada en la Figura 13), aunque ambos siARN potencian la muerte celular inducida por docetaxel (Figura 9).

EJEMPLO 7: Validación de subconjuntos de genes resistentes y sensibles utilizando ensayos de vida/muerte Para comparar a simple vista los siARN que dotan de sensibilidad y resistencia a docetaxel, se utiliza detección por imagen microscópica para determinar la relación de células vivas a muertas donde se utiliza Calcein-AM para teñir las células vivas de verde y yoduro de propidio (Pl) para teñir el núcleo de las células muertas de rojo.

Después de la adición de docetaxel (72 horas), las células BubR1 transfectadas con siARN tenían el mayor número de células viables, mientras que Pim-1 transfectada con siARN y TACC3 tenía el mayor número de células muertas y las células de referencia estaban entre ambas (datos no mostrados). Aunque el siARN de BubR1 solo presentaba aumento de muerte celular en 72 horas, las células finalmente se hicieron más resistentes a docetaxel. síARN de Pim-1 solo indujo muerte celular en 24 horas mientras que el siARN de TACC3 no produjo muerte. Estos resultados demuestran que el descenso de BubR1 estaba asociada al aumento de viabilidad celular y con la resistencia al fármaco, mientras que el descenso de Pim-1 y TACC3 estaba asociada con aumento de muerte celular y con la sensibilidad al fármaco. Tanto Pim-1 como TACC3 mostraban más destrucción en presencia de docetaxel pero este ensayo no pudo distinguir entre efecto aditivo y destrucción cooperativa.

EJEMPLO 8: La actividad de caspasa-3 inducida por docetaxel disminuyó por descenso de BubR1 y aumentó por descenso de Pim-1 Docetaxel puede producir muerte celular por Inducción de apoptosis (Kim et ai, Int. J. Mol. Med. 11 :799, 2003). Para determinar si los siARN de Pim-1 y BubR1 podían modular una serie de procesos apoptósicos canónicos en ausencia y presencia de docetaxel, los solicitantes estudiaron las concentraciones de caspasa-3 activada en células HCT116 (utilizando un ensayo bioplex) (Figura 14). Después de 48 horas de docetaxel 40 nM, se produjo actividad de caspasa-3 en las células de referencia y se aumentó más la inducción por descenso de Pim-1 y disminuyó por descenso de BubR1 (paneles medio e inferior). En ausencia de docetaxel, el descenso de Pim-1 produjo un ligero aumento en la actividad de caspasa-3 en 24 horas, pero volvió al nivel de referencia en 48 y 72 horas (panel superior), lo que indica que se activó otro mecanismo apoptósico para mantener el aumento de destrucción observado a 72 horas mediante ensayos WST-1 y VIDA/MUERTE. El descenso de BubR1 en ausencia de docetaxel produjo un aumento muy ligero en la actividad de caspasa-3, que es coherente con la observación de que la reducción de BubR1 produjo inicialmente la muerte celular en 72 horas en el ensayo VIDA/MUERTE. Estos resultados involucran además a Pim-1 y BubR1 como efectores de la destrucción de docetaxel mediante la modulación de la actividad de caspasa-3.

EJEMPLO 9: Serie de procesos de señalización implicados en la sensibilidad asociada a Pim-1 y en la resistencia asociada a BubR1 inducidas por docetaxel Las actividades atribuidas a Pim-1 sugieren poderosamente que desempeña una función central en el bloqueo de los episodios de señalización que conducen a la muerte celular mientras que favorece aquellos que estimulan la supervivencia celular. En un intento para definir las bases moleculares del aumento de la muerte celular asociada a una reducción de Pim-1, se examinó el estado de activación de una serie de procesos en clave celular involucrados en la supervivencia celular, AKT. Se sembraron HCT116 a razón de 4 X 105 células/pocilio en placas de 6 pocilios y al día siguiente se transfectaron con siARN a 16 nM utilizando Lipofectamina 2000 (Invltrogen). Después de 24 horas, las células no se trataron o se trataron con docetaxel 5 y 40 nM. Se usaron las células 24, 48 y 72 horas después de la adición de docetaxel con tampón de lisis enfriado con hielo (tampón HEPES 50 mM (pH 7,4), NP40 al 1%, EDTA 2,5 mM, fluoruro de sodio 100 mM, PP, de sodio 10 mM, mezcla de comprimidos de inhibidor de proteasa (Roche), ortovanadato de sodio 2 mM) y se centrifugó a 12.000 g durante 10 minutos. Se cuantificaron a continuación los lisados para las concentraciones totales de proteína utilizando el ensayo de proteína DC (BioRad). Se determinaron las concentraciones de caspasa-3 activa utilizando el kit con perlas de caspasa-3 activa (Upstate) y el sistema Luminex 100MR con los protocolos sugeridos por el fabricante. Se determinaron las concentraciones de AKT total y fosforilado utilizando un kit con bolas de anticuerpo de AKT total y un kit con bolas de anticuerpo AKTS473 fosfoespecífico (Biosource) y el sistema Luminex 100MR con los protocolos sugeridos por el fabricante. El experimento mostrado en la Figura 15 demuestra que el descenso de Pim-1 disminuyó la fosforilación inicial de AKT, en comparación con la referencia y el efecto se acentuó de manera significativa al aumentar las concentraciones de docetaxel. En comparación, el descenso de BubR1 aumentó la fosforilación inicial de AKT y el efecto se acentuó a la concentración más baja pero no a la más alta de docetaxel, lo que indica que la serie de procesos alternativos de señalización puede activarse a dosis mayores. Los solicitantes realizaron análisis por transferencia Western utilizando anticuerpos contra Pim-1 y BubR1 para medir las concentraciones de proteína en el punto de tiempo de 48 horas. Se cargaron cantidades iguales de proteínas en geles NuPAGE Novex Bis-Tris (Invitrogen). Se utilizaron anticuerpos contra Pim-1 (Santa Cruz biotechnology), BubR1 (BD bioscience) y s-tubulina (Sigma) como sugirió el fabricante. Se conjugaron anticuerpos secundarios con HRP (BioRad) y se detectaron por el sistema de detección de transferencia Western ECL (Amhersham Biosciences) seguido de exposición a Hyperfilm ECL (Amhersham Biosciences). El experimento mostrado en la Figura 16 demostró que las concentraciones de proteína de Pim-1 y BubR1 disminuyeron en comparación con las de la referencia, lo que demuestra que las concentraciones reducidas de proteína correspondían con un cambio operativo (Figura 15). Estos datos sugieren que el descenso de las concentraciones de la proteína Pim-1 puede bloquear la fosforilación y la activación de AKT a fin de forzar las células a la apoptosis. Pim-1 parece mediar la supervivencia celular activando la serie de procesos para la supervivencia. La presente invención no está limitada en su alcance por las realizaciones específicas descritas en esta memoria. De hecho, para los especialistas en la técnica serán evidentes diversas modificaciones de la invención además de las descritas en la presente memoria en la descripción anterior y en las figuras adjuntas. Tales modificaciones pretenden incluirse dentro del alcance de las reivindicaciones adjuntas. Todas las referencias citadas en la presente memoria están incorporadas como referencia en su totalidad.

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Claims (31)

REIVINDICACIONES

1. Un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) obtener una muestra de referencia; c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos; y d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos en la muestra de ensayo y en la muestra de referencia; en el que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos medida en la muestra de ensayo comparada con la muestra de referencia indica un aumento de la resistencia a una molécula de la familia de los taxoides.

2. El método de la reivindicación 1 , en el que dicho un o más marcadores genéticos se selecciona del grupo consistente en: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar de proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, mRNA de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por el homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) de Homo sapiens II delta (CAMK2D), variante transcrita 3, ARNm (número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086).

3. El método de la reivindicación 1 , en el que dicha molécula de la familia de los taxoides se selecciona del grupo consistente en paclitaxel, docetaxel XRP9881 y XRP6258.

4. El método de la reivindicación 1 , en el que dicha concentración de uno o más marcadores genéticos es medido mediante ARNm, ADN o proteína.

5. El método de la reivindicación 4, en el que dicho ARNm se mide utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en hibridación in situ, reacción en cadena de polimerasa con transcriptasa inversa, hibridación de ácido nucleico, electroforesis, transferencia Northern y espectrometría de masas.

6. El método de la reivindicación 4, en el que dicho ADN se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en reacción en cadena de polimerasa cuantitativa, chips de ADN genómico, hibridación in situ, electroforesis, transferencia Southern y espectrometría de masas.

7. El método de ia reivindicación 4, en la que dicha proteína se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en inmunoanálisis, transferencia Western, ELISA y espectrometría de masas.

8. Un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) obtener una muestra de referencia; c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos; y d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos en la muestra de ensayo y en la muestra de referencia; en el que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos medida en la muestra de ensayo comparada con la muestra de referencia indica un aumento de sensibilidad a una molécula de la familia de los taxoides.

9. El método de la reivindicación 8, en el que dicho uno o más marcadores 5 genéticos se selecciona del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en 10 GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanllato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA), de Homo sapiens ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); I5 SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: 20 X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 relacionada con aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, proteína 3 de transformación de Homo sapiens, que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), ARNm (número de registro en GenBank: 25 NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la retlculoendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C de Homo sapiens, delta (PRKCD), variante 30 transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens , ARNm (número de registro en GenBank: NM__005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719). 5

10. El método de la reivindicación 8, en el que dicha molécula de la familia de los taxoides se selecciona del grupo consistente en paclitaxel, docetaxel XRP9881 y XRP6258. I0

11. El método de la reivindicación 8, en el que dicha concentración de uno o más marcadores genéticos se determina mediante ARNm, ADN o proteína.

12. El método de la reivindicación 11 , en el que dicho ARNm se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en hibridación in situ, 15 reacción en cadena de polimerasa con transcriptasa inversa, hibridación de ácido nucleico, electroforesis, transferencia Northern y espectrometría de masas.

13. El método de la reivindicación 11 , en el que dicho ADN se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en reacción en cadena de 20 polimerasa cuantitativa, chips de ADN genómico, hibridación in situ, electroforesis, transferencia Southern y espectrometría de masas.

14. El método de la reivindicación 11 , en la que dicha proteína se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en inmunoanálisis, 25 transferencia Western, ELISA y espectrometría de masas.

15. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 1 , en el que el kit comprende anticuerpos marcados de manera 30 detectable, fragmentos de anticuerpo marcado de manera detectable u oligonucleótidos marcados de manera detectable que comprenden ácidos nucleicos capaces de hibridarse en condiciones severas, es decir uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar a la proteína cinasa (BUBR1 ), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por homólogo de 1 benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086).

16. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 8, en el que el kit comprende anticuerpos marcados de manera detectable, fragmentos de anticuerpo marcado de manera detectable u oligonucleótidos marcados de manera detectable que comprenden ácidos nucleicos capaces de hibridarse en condiciones severas, es decir uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Rafl , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551 ); TACC3, proteína 3 de transformación de Homo sapiens, que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C, delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11 ) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719).

17. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 1 , en el que el kit comprende los medios para: a) obtener ARN total de una muestra corporal; b) transcripción inversa del ARN total para obtener ADNc; y c) someter al ADNc a una reacción en cadena de polimerasa utilizando un conjunto de cebadores en el que uno o ambos cebadores están marcados de forma detectable y ambos cebadores proceden de una secuencia de nucleótidos de uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar al de proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por el homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodullna (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086).

18. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 8, en el que el kit comprende los medios para: , a) obtener ARN total de una muestra corporal; b)' transcripción inversa del ARN total para obtener ADNc; y c) someter al ADNc a una reacción en cadena de polimerasa utilizando un conjunto de cebadores en el que uno o ambos cebadores están marcados de forma detectable y ambos cebadores proceden de una secuencia de nucleótido de uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, ¡nducible por el ¡nterferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Rafl , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, proteína 3 de transformación de Homo sapiens, que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenclador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C, delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 de Homo sapiens (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11) , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719).

19. El marcador detectable de una cualquiera de las reivindicaciones 15 a 18, 5 en el que el marcador detectable se selecciona del grupo consistente en enzima, un isótopo radioactivo o un producto químico que emite fluorescencia, una molécula quimioluminescente, sustancias radiopacas, liposomas y moléculas hapténicas.

20. Un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de l? cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos seleccionado del grupo consistente en: 15 BubR1, ARNm de Homo sapiens similar al de proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro 20 en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por el homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: 25 NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm (número de registro en 30 GenBank : NM_001221 ); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086) c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos de referencia seleccionado del grupo consistente en: GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens, ARNm(número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens , cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941); d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos y de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia en la muestra de análisis; en el que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos comparada con la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos indica un aumento de la resistencia a una molécula de la familia de los taxoides.

21. Un método para pronosticar o controlar una respuesta de un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides, que comprende las etapas de: a) obtener una muestra de ensayo procedente de un área cancerosa de dicho paciente; b) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos seleccionado del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551 ); TACC3, proteína 3 de transformación de Homo sapiens, que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 de Homo sapiens (síndrome de Peutz-Jeghers) (STK11) , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719); c) medir la concentración de uno o más marcadores genéticos de referencia seleccionado del grupo consistente en: GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens , ARNm(número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941 ); d) comparar las concentraciones medidas de uno o más de dichos marcadores genéticos y de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia en la muestra de análisis; en el que una disminución de la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos comparada con la concentración de uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia indica un aumento de la sensibilidad a una molécula de la familia de los taxoides.

22. El método de la reivindicación 20 o 21 , en el que dicha molécula de la familia de los taxoides se selecciona del grupo consistente en paclitaxel, docetaxel XRP9881 y XRP6258.

23. El método de la reivindicación 20 o 21 , en el que dicha concentración de uno o más marcadores genéticos se determina mediante ARNm, ADN o proteína.

24. El método de la reivindicación 23, en el que dicho ARNm se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en hibridación in situ, reacción en cadena de polimerasa con transcriptasa inversa, hibridación de ácido nucleico, electroforesis, transferencia Northern y espectrometría de masas.

25. El método de la reivindicación 23, en el que dicho ADN se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en reacción en cadena de polimerasa cuantitativa, chips de ADN genómico, hibridación in situ, electroforesis, transferencia Southern y espectrometría de masas.

26. El método de la reivindicación 23, en la que dicha proteína se analiza utilizando una técnica seleccionada del grupo consistente en inmunoanálisis, transferencia Western, ELISA y espectrometría de masas.

27. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta en un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 20, en el que el kit comprende anticuerpos marcados de manera detectable, fragmentos de anticuerpo marcados de manera detectable u oligonucleótidos marcados de manera detectable que comprenden ácidos nucleicos capaces de hibridarse en condiciones severas, es decir uno o más marcadores genéticos y uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia se seleccionan del grupo consistente en: BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar al de proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por el homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm ( número de registro en GenBank : NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086); GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens, ARNm( número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens, cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941 );

28. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta en un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 21 , en el que el kit comprende anticuerpos marcados de manera detectable, fragmentos de anticuerpo marcados de manera detectable u oligonucleóticos marcados de manera detectable que comprenden ácidos nucleicos capaces de hibrídarse en condiciones severas, es decir uno o más marcadores genéticos y uno o más de dichos marcadores genéticos de referencia se seleccionan del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1 ) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, inducible por el interferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551 ); TACC3, proteína 3 de transformación de Homo sapiens que contiene superenrollamiento ácido (TACC3), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel del Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 de Homo sapiens (síndrome de Peutz- Jeghers) (STK11), ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719); GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens , ARNm( número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens.cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941);

29. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta en un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 20, en el que el kit comprende los medios para: a) obtener ARN total de una muestra corporal; 5 b) transcripción inversa del ARN total para obtener ADNc; y c) someter al ADNc a una reacción en cadena de polimerasa utilizando un conjunto de cebadores en los que uno o ambos cebadores están marcados de manera detectable y ambos cebadores proceden de una secuencia de nucleótidos de uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: 10 BubR1 , ARNm de Homo sapiens similar a la proteína cinasa (BUBR1), cds completo (número de registro en GenBank: AF046079); Mad2, ARNm de Homo sapiens para la proteína MAD2 (número de registro en GenBank: AJ000186); Mps1 , TTK proteína cinasa (TTK) de Homo sapiens, ARNm (número de registro I5 en GenBank: NM_003318); GEFT para Rac1/CDC42, factor de intercambio RAC/CDC42 de Homo sapiens (GEFT), variante transcrita 2, ARNm (número de registro en GenBank: NM_133483); Bub1 , injerto BUB1 de Homo sapiens no inhibido por homólogo 1 de benzimidazoles (levadura) (BUB1), ARNm (número de registro en GenBank: 0 NM_004336); hSepharase, polos del huso adicionales de Homo sapiens similares a 1 (S. cerevisiae) (ESPL1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_012291); CamKlld, proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina (CaM cinasa) II delta (CAMK2D) de Homo sapiens, variante transcrita 3, ARNm ( número de registro 25 en GenBank: NM_001221); CDK6, cinasa 6 dependiente de ciclina (CDK6) de Homo sapiens , ARNm (número de registro en GenBank: NM_001259); y GRB2, proteína 2 ligada al receptor del factor de crecimiento (GRB2) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_002086); 30 GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa (GAPD) de Homo sapiens , ARNm(número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens, cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941);

30. Un kit para pronosticar o controlar una respuesta en un paciente de cáncer a una molécula de la familia de los taxoides según el método de la reivindicación 19, en el que el kit comprende los medios para: a) obtener ARN total de una muestra corporal; b) transcripción inversa del ARN total para obtener ADNc; y c) someter al ADNc a una reacción en cadena de polimerasa utilizando un conjunto de cebadores en los que uno o ambos cebadores están marcados de manera detectable y ambos cebadores proceden de una secuencia de nucleótidos de uno o más marcadores genéticos seleccionados del grupo consistente en: P21(Waf1), inhibidor 1A (p21 , Cip1 ) de cinasa dependiente de ciclina (CDKN1A) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000389); Pim-1 , oncogén pim-1 (PIM1) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002648); GBP-1 , proteína 1 de fijación al guanilato de Homo sapiens, ¡nducible por el ¡nterferón, 67 kDa (GBP1), ARNm (número de registro en GenBank: NM_002053); RXRA, receptor alfa del retinoide X (RXRA) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_002957); SPF45, proteína 17 con motivo de fijación al ARN (RBM17) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_032905); Hec1 , centrómero asociado 2 (KNTC2) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006101 ); Raf1 , ARNm humano para el oncogén raf (número de registro en GenBank: X03484); Aurora A, ARNm de cinasa 1 asociada a aurora (ARK1) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: AF008551); TACC3, proteína 3 de transformación que contiene superenrollamiento ácido (TACC3) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006342); RelB, homólogo B del oncogén vírico de la reticuloendoteliosis v-rel de Homo sapiens, factor nuclear del gen potenciador del polipéptido ligero kappa en linfocitos B 3 (aviar) (RELB), ARNm (número de registro en GenBank: NM_006509); PRKCD, proteína cinasa C delta (PRKCD) de Homo sapiens, variante transcrita 1 , ARNm (número de registro en GenBank: NM_006254); BRAF35, grupo 20B de gran movilidad (HMG20B) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_006339); HSPA1 L, proteína 1A de 70 kDa del choque térmico (HSPA1A) de Homo sapiens, ARNm (número de registro en GenBank: NM_005345); STK11 , serina/treonina cinasa 11 de Homo sapiens (síndrome de Peutz- Jeghers) (STK11) , ARNm (número de registro en GenBank: NM_000455); y MKK3, ARNm de MAP cinasa cinasa 3 (MKK3) de Homo sapiens, cds completo (número de registro en GenBank: L36719); GAPDH, gliceraldehído-3-fosfato deshldrogenasa (GAPD) de Homo sapiens , ARNm(número de registro en GenBank: NM_002046); y RPS9, clon IMAGE:6647283 del ADNc de Homo sapiens, cds parcial (número de registro en GenBank: BC071941);

31. El marcador detectable de una cualquiera de las reivindicaciones 24 a 27, en el que el marcador detectable comprende una enzima, un isótopo radioactivo o un producto químico que emite fluorescencia, una molécula quimioluminescente, sustancias radiopacas, liposomas y moléculas hapténicas.