全部职工自动离职的，用人单位不得自己随意进行克扣劳动者工资，但如劳动者时自动离职然后因为他们的这一原因给用人单位造成经济损失的，用人单位就进行可以扣工资，但需要承担造成损失的相关举证责任。
依据《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。也就是说，工厂自离扣工资的天数不能多于6天，而且是在员工因为自己的过错导致工厂损失的，才可以进行扣工资，不然扣工资就是不合法的行为。
法律依据：
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的２０％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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