WO2024185775A1 - 長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体、及び該誘導体を用いたオリゴヌクレオチド合成方法 - Google Patents
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- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
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- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
Definitions
- the present invention relates to long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivatives, which are pseudo-solid-phase protecting groups used in the synthesis of oligonucleotides by liquid-phase synthesis, oligonucleotides to which the derivatives are bound, and a method for synthesizing oligonucleotides using the derivatives.
- oligonucleotides such as DNA probes, siRNA, antisense DNA, and antisense RNA have been widely used in bio-related fields.
- Known methods for chemically synthesizing oligonucleotides include the phosphoramidite method and H-phosphonate method, but currently the solid-phase method using the phosphoramidite method is widely used.
- the solid-phase method has been optimized and automated, and is advantageous in terms of speed, but has the disadvantage of being limited in terms of scale-up.
- methods for producing oligonucleotides using the liquid-phase method have also been investigated, but the liquid-phase method requires complicated operations and has a low yield, making it difficult to synthesize oligonucleotides quickly and in large quantities.
- Patent Document 1 JP 2010-275254 A
- liquid-phase methods that use pseudo-solid-phase protecting groups, in which nucleosides or oligonucleotides in which the hydroxyl group at the 3' position is protected with a specific organic group
- Patent Documents 2 to 10 WO 2012/157723 (Ajinomoto), WO 2013/122236 (Ajinomoto), WO 2017/104836 (Ajinomoto), WO 2013/179412 (Ajinomoto) (Hokkaido System Science), WO 2014/077292 (Takeda Pharmaceutical), WO 2017/086397 (Nissan Chemical), WO 2018/203574 (Nissan Chemical), JP 2020-11932 (Fujimoto Chemical Products), WO 2020/227618 (Biogen Ajinomoto) have been proposed, but in the
- JP 2010-275254 A International Publication No. 2012/157723 International Publication No. 2013/122236 International Publication No. 2017/104836 International Publication No. 2013/179412 International Publication No. 2014/077292 International Publication No. 2017/086397 International Publication No. 2018/203574 JP 2020-11932 A International Publication No. 2020/227618
- the present invention includes the following.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring; X represents C or N.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 .
- Ra each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms), and a plurality of ORa may be the same or different.
- the Ra independently represent any one of myristoleic acid (C14), palmitoleic acid (C16), sapienic acid (C16), oleic acid (C18), elaidic acid (C18), vaccenic acid (C18), gadoleic acid (C20), eicosenoic acid (C20), erucic acid (C22), nervonic acid (C24), linoleic acid (C18), eicosadienoic acid (C20), docosadienoic acid (C22), ⁇ - and ⁇ -linolenic acid (C18), pino
- C20 homo-gamma-linolenic acid
- C20 eicosatrienoic acid
- stearidonic acid C18
- arachidonic acid C20
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4′-carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a hal
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
- each of o V's independently represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at position 4 is protected with a protecting group and which may be further substituted;
- W′ represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
- o R2s each independently represent O or S;
- Tg is represented by the following formula (5):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- Tg in formula (I) or formula (II) is expressed by the following formula (6):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to O.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to O.) or The following formula (8):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to O.)
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4′-carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a hal
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
- each of o V's independently represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at position 4 is protected with a protecting group and which may be further substituted;
- Each W' independently represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
- o R2s each independently represent O or S;
- Tg is represented by the following formula (5):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- Tg in formula (V), formula (VI), formula (VII) or formula (VIII) is represented by the following formula (6):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to a base.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to a base.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to Base.
- Base in formula (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is a pyrimidine base or a purine base which may be substituted by 1 to 3 substituents selected from the group consisting of a halogen atom, an alkyl group, an aralkyl group, an alkoxy group, an acyl group, an alkoxyalkyl group, a hydroxyl group, an amino group, a monoalkylamino group, a dialkylamino group, a carboxy group, a cyano group and a nitro group.
- (A1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n being any integer of 1 or more) in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'- or 3'-hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride or tetrabutylammonium fluoride), in a nonpolar or polar solvent, to remove the temporary protecting group at the 5'- or 3'-hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution; (A2) A step of reacting a solution of the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'
- a p-mer oligonucleotide (p is an arbitrary integer of 1 or more, preferably 1) in which the 5'-hydroxyl group has been phosphoramidite-converted and the 3'-hydroxyl group has been protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, to condense the n-mer oligonucleotide and the p-mer oligonucleotide via the 5'-hydroxyl group or the 3'-hydroxyl group through a phosphite triester bond; and (A3) using an oxidizing agent or a sulfurizing agent, converting the phosphite triester bond of the n+p-mer oligonucleotide obtained in step (A2) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond.
- the carrier protecting group is represented by the following formula (5):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group, The following formula (7):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group, or The following formula (8):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group.
- the step of separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution after removing the temporary protecting group comprises neutralizing the reaction solution with a base, (i) isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
- the method for producing the oligonucleotide according to the above [26] or [27], [29] The method according to [26] or [27] above, further comprising the following step (A4): (A4) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in the step (A1) and/or (A3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation.
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4'-position carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
- each of o V's independently represents an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a di(C 1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at the 4-position is protected with a protecting group and which may be further substituted;
- W′ represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
- o R2s each independently represent O or S;
- Tg is represented by the following formula (5):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- a method for producing a nucleotide represented by the formula: [32] The production method according to the above [31], wherein the reduction treatment uses a boron-containing reducing agent (preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, or tetrabutylammonium borohydride), or both a boron-containing reducing agent and an amine.
- a boron-containing reducing agent preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, or tetrabutylammonium borohydride
- (B1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which a carrier protecting group is bound to a nucleic acid base at the 3'-end or a nucleic acid base at the 5'-end and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), in a non-polar or polar solvent, to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution (B2).
- n is any integer of 1 or more
- n-mer oligonucleotide solution from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group has been removed obtained in step (B1) is reacted with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution.
- a fluorine anion preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to a nucleic acid base.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to a nucleic acid base, The following formula (8):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to a nucleic acid base.
- the step of separating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution comprises neutralizing the reaction solution with a base, and then (i) isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
- the method for producing the oligonucleotide according to the above [33] or [34], [36] The method according to [33] or [34] above, further comprising the following step (B4): (B4) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in the step (B1) and/or (B3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation.
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4'-position carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
- Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
- each of o V's independently represents an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a di(C 1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at the 4-position is protected with a protecting group and which may be further substituted;
- Each W' independently represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
- o R2s each independently represent O or S;
- Tg is represented by the following formula (5):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- steps (C1) to (C4) (C1) A step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'-position hydroxyl group has been removed and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 3'-position hydroxyl group has been removed by carrying out the following steps (a) and (b), respectively: (a) reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which the 3'-position hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride or tetrabutylammonium fluoride), in a nonpolar or polar
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
- the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base, The following formula (7):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base, The following formula (8):
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base.
- a step of separating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution or a step of separating the p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution comprises neutralizing the reaction solution with a base, and then (i) isolating the n-mer oligonucleotide or p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
- the method for producing the oligonucleotide according to the above [39] or [40], [42] The method according to [39] or [40] above, further comprising the following step (C5): (C5) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in step (C1) and/or (C2) and/or (C4) to precipitate the n+p-mer oligon
- the present invention provides a novel pseudo-solid-phase protecting group that can be used in the production of oligonucleotides, and enables a novel method for producing polyoligonucleotides by liquid-phase synthesis using the protecting group.
- R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms.
- alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms refers to a linear or branched hydrocarbon group having one double bond at any position and having 14 to 60 carbon atoms.
- alkyl group examples include, but are not limited to, myristoleyl group (C14), palmitoleyl group (C16), sapiel group (C16), oleyl group (C18), elaidyl group (C18), baxel group (C18), gadoleyl group (C20), eicosel group (C20), erucyl group (C22), nervol group (C24), linoleyl group (C18), eicosadiel group (C20), docosadiel group (C22), ⁇ - and ⁇ -linoleyl groups (C18), pinorel group (C18), and eleostearyl group.
- C18 mideyl group (C20), dihomo- ⁇ -linoleyl group (C20), eicosatriyl group (C20), stearyl group (C18), arachidol group (C20), eicosatetrayl group (C20), adryl group (C22), bosopentayl group (C18), eicosapentayl group (C20), osbondol group (C22), isocosayl group (C22), tetracosapentayl group (C24), docosahexayl group (C22), and aperturenyl group (C24).
- alkenyl groups may be naturally derived or may be obtained by synthesis using known synthesis techniques. These alkenyl groups include, but are not limited to, myristoleic acid (C14), palmitoleic acid (C16), sapienic acid (C16), oleic acid (C18), elaidic acid (C18), vaccenic acid (C18), gadoleic acid (C20), eicosenoic acid (C20), erucic acid (C22), nervonic acid (C24), linoleic acid (C18), eicosadienoic acid (C20), docosadienoic acid (C22), ⁇ - and ⁇ -linolenic acid (C18), pinoleic acid (C18), eleostearic acid (C18), mead acid (C20), dihomo- ⁇ -linolenic acid (C20), eicosatrienoic acid (C20), ), stearidonic acid (C18),
- n 2 or 3
- the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
- the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
- m 0 or 1.
- p represents 1 or 2.
- X is C, N, O or S, preferably C, N or O, more preferably C or N.
- X is C, it is CH2 or, together with Y, represents a 5- to 7-membered carbocyclic ring which may have a substituent or a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent.
- examples of “optionally substituted 5- to 7-membered carbocyclic rings” include, but are not limited to, cyclopentane, cyclopentene, cyclohexane, cyclohexene, benzene, cycloheptane, cycloheptene, and naphthalene, each of which may have a substituent, and preferably cyclohexane, benzene, or naphthalene, each of which may have a substituent.
- examples of “optionally substituted 5- to 7-membered heterocycles” include, but are not limited to, pyrrolidine, piperidine, pyrrole, pyridine, pyrazole, imidazole, pyrimidine, pyrazine, pyridazine, and triazine, each of which may have a substituent, and preferably pyrrolidine or piperidine, each of which may have a substituent.
- Examples of the substituents that the 5- to 7-membered carbocyclic ring or 5- to 7-membered heterocyclic ring may have include an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, an optionally substituted alkyl group, a halogen, a nitro group, and an optionally substituted carbonyl group, and preferably an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, or an optionally substituted alkyl group.
- substituents may be substituted with one or any number of substituents, preferably 1 to 3. When it is substituted with multiple substituents, the substituents may be the same or different.
- substituteduents include halogen atoms, C1-6 alkyl groups, C2-6 alkenyl groups, C2-6 alkynyl groups, C1-6 alkoxy groups, C7-16 aralkyl groups, C3-6 cycloalkyl groups, C6-14 aryl groups, 6-14 membered heteroaryl groups, aryloxy groups, acyl groups, amino groups, hydroxyl groups, oxo groups, thioxo groups, and trifluoromethyl groups.
- C1-6 alkyl group examples include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, isopentyl, neopentyl, 1-ethylpropyl, hexyl, isohexyl, 1,1-dimethylbutyl, 2,2-dimethylbutyl, 3,3-dimethylbutyl, and 2-ethylbutyl.
- C2-6 alkenyl group examples include ethenyl, 1-propenyl, 2-propenyl, 2-methyl-1-propenyl, 1-butenyl, 2-butenyl, 3-butenyl, 3-methyl-2-butenyl, 1-pentenyl, 2-pentenyl, 3-pentenyl, 4-pentenyl, 4-methyl-3-pentenyl, 1-hexenyl, 3-hexenyl, and 5-hexenyl.
- C2-6 alkynyl group examples include ethynyl, 1-propynyl, 2-propynyl, 1-butynyl, 2-butynyl, 3-butynyl, 1-pentynyl, 2-pentynyl, 3-pentynyl, 4-pentynyl, 1-hexynyl, 2-hexynyl, 3-hexynyl, 4-hexynyl, 5-hexynyl, and 4-methyl-2-pentynyl.
- C1-6 alkoxy group examples include methoxy, ethoxy, propoxy, isopropoxy, butoxy, isobutoxy, sec-butoxy, tert-butoxy, pentyloxy, and hexyloxy.
- C7-16 aralkyl group examples include benzyl, phenethyl, naphthylmethyl, and phenylpropyl.
- C3-6 cycloalkyl groups include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, cyclooctyl, bicyclo[2.2.1]heptyl, bicyclo[2.2.2]octyl, bicyclo[3.2.1]octyl, and adamantyl.
- C6-14 aryl group examples include phenyl, biphenyl, naphthyl (e.g., 1-naphthyl, 2-naphthyl), and anthracenyl (e.g., 1-anthryl, 2-anthryl, 9-anthryl).
- examples of "6-14 membered heteroaryl group” include pyridyl, pyrimidinyl, pyridazinyl, pyrrolyl, isoquinolyl, quinolyl, indolyl, imidazolyl, benzimidazolyl, triazolyl, furyl, and thienyl.
- optionally substituted alkyl group includes any linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, more preferably 1 to 4 carbon atoms, any branched alkyl group having the same or different branched chains and having 3 to 6 carbon atoms, and any cyclic alkyl group having 3 to 6 carbon atoms, which may be substituted with a substituent.
- any linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms include methyl, ethyl, n-propyl, n-butyl, n-pentyl, and n-hexyl groups
- specific examples of any branched alkyl group having 3 to 6 carbon atoms and having the same or different branched chains include isopropyl, isobutyl, tert-butyl, sec-butyl, neopentyl, and isopentyl groups
- preferred cyclic alkyl groups having 3 to 6 carbon atoms are 3- to 6-membered monocyclic cycloalkyl groups, and specific examples include, but are not limited to, cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, and cyclohexyl groups.
- halogen atom includes, for example, a fluorine atom (fluoro), a chlorine atom (chloro), a bromine atom (bromo), or an iodine atom (iodo).
- X when X is N, it is NR1 or, together with Y, represents a 5- to 7-membered heterocycle which may have a substituent.
- R1 is H or a C1-6 alkyl group, preferably H or methyl. Examples of the 5- to 7-membered heterocycle which may have a substituent are the same as those described above.
- Y represents a single bond, B(CH 2 ) t *, or a 5-7 membered ring which may be substituted together with X.
- B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may be substituted, t is 0, 1 or 2, and * indicates a bond to X.
- Examples of the carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may be substituted include, but are not limited to, cyclopentane, cyclopentene, cyclohexane, cyclohexene, benzene, cycloheptane, cycloheptane, and naphthalene which may be substituted, and preferably cyclohexane, benzene, or naphthalene which may be substituted.
- Examples of the substituent of the carbon ring having 5 to 7 carbon atoms include an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, an optionally substituted alkyl group, a halogen, a nitro group, and a carbonyl group, and preferably an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, or an optionally substituted alkyl group.
- Z represents a single bond or (CH 2 ) S. s is an integer of 1 to 5, preferably an integer of 1 to 3. However, both Y and Z cannot be single bonds.
- Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (2) (hereinafter, sometimes referred to as compound (2) in this specification).
- R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
- n 2 or 3
- the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
- the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
- m 0 or 1.
- p represents 1 or 2.
- u represents an integer of 1 to 5, and preferably an integer of 1 to 3.
- X represents NR 1 , O or S, and is preferably NR 1 or O.
- R 1 is H or a C1-6 alkyl group, and is preferably H or methyl.
- Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (3) (hereinafter, sometimes referred to as compound (3) in this specification).
- R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
- n 2 or 3
- the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
- the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
- m 0 or 1, and is preferably 0.
- p represents 1 or 2.
- u represents 0 or an integer of 1 to 5, preferably 0 or an integer of 1 to 3, and more preferably 0, 1 or 2.
- X represents C or N.
- ring A represents a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent
- ring A represents a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent.
- Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (4) (hereinafter, sometimes referred to as compound (4) in this specification).
- R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
- n 2 or 3
- the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
- the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
- m 0 or 1, and is preferably 0.
- p represents 1 or 2.
- u represents 0 or an integer of 1 to 5, preferably 0 or an integer of 1 to 3, and more preferably 0, 1 or 2.
- w represents 0, 1 or 2.
- ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent.
- Examples of compound (1) of the present invention include the compounds shown below.
- Ra each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted.
- Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
- nucleotides having pseudo solid-phase protecting groups bound thereto One embodiment of the present invention is a nucleotide having the above-mentioned pseudo solid-phase protecting group, a long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivative, bound thereto.
- nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto according to the present invention is represented by the following formula (I) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (I) in this specification).
- o represents any integer of 0 or more, preferably an integer of 1 to 50.
- the o+1 Bases each independently represent a nucleic acid base which may be modified.
- nucleobase includes natural nucleobases and unnatural nucleobases, and is not particularly limited as long as it is used in the synthesis of nucleic acids.
- examples of the nucleobase include, but are not limited to, purine bases such as adenine and guanine, and pyrimidine bases such as uracil, cytosine, and thymine.
- the nucleobase may also be modified.
- nucleobases modified with 1 to 3 optional substituents e.g., halogen atoms, alkyl groups, aralkyl groups, alkoxy groups, acyl groups, alkoxyalkyl groups, hydroxyl groups, amino groups, monoalkylamino groups, dialkylamino groups, carboxy groups, cyano groups, nitro groups, alkylthio groups, etc.
- substituents e.g., halogen atoms, alkyl groups, aralkyl groups, alkoxy groups, acyl groups, alkoxyalkyl groups, hydroxyl groups, amino groups, monoalkylamino groups, dialkylamino groups, carboxy groups, cyano groups, nitro groups, alkylthio groups, etc.
- examples of the nucleobase that may be modified include, but are not limited to, 8-bromoadenine, 8-bromoguanine, 5-bromocytosine, 5-iodocytosine, 5-bromour
- Preferred nucleic acid bases include, for example, adenine, guanine, 2,6-diaminopurine, thymine, 2-thiothymine, cytosine, 5-methylcytosine, uracil, 5-fluorocytosine, xanthine, 6-aminopurine, 2-aminopurine, 6-chloro-2-amino-purine, and 6-chloropurine, and particularly preferred nucleic acid bases include, for example, adenine, guanine, cytosine, 5-methylcytosine, thymine, or uracil.
- the multiple nucleic acid bases present in a nucleotide may be different nucleic acid bases or may be the same type of nucleic acid base. In addition, the nucleic acid base may be protected.
- nucleobase means that any functional group of the nucleobase may be protected with a protecting group, for example, the amino group in a nucleobase having an amino group (e.g., an adenyl group, a guanyl group, or a cytosyl group) may be protected, the hydroxyl group in a nucleobase having a hydroxyl group may be protected, the thiol group in a nucleobase having a thiol group may be protected, or the carbonyl group in a nucleobase having a carbonyl group may be protected in the form of a hydroxyl group by conjugating with the amino group or hydroxyl group substituted on the ring.
- the protecting groups bound to these nucleobases are preferably capable of withstanding the deprotection conditions of the temporary protecting group at the 3' or 5' position of the oligonucleotide.
- the "protecting group for the amino group" in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, 4-tert-butylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzyl (Bn) group, benzoyl (Bz) group, 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, 4-methoxytrityl group, triphenylmethyl group, 2-naphthylmethyl group, cyanoethoxycarbonyl group, tetrahydropyranyl group, trimethylsilyl group, triethylsilyl group, triisopropylsilyl group, t-butyldimethylsilyl group, t-butyldiphenyl
- Such groups include silyl groups, 4-methoxybenzy
- the "hydroxyl protecting group" in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include alkyl groups (e.g., methyl and tert-butyl groups), arylmethyl groups (e.g., benzyl and p-methoxybenzyl groups), alkoxyalkyl groups (e.g., methoxymethyl, methoxyethyl, cyanoethoxymethyl and ethoxyethyl groups), 2-tetrahydropyranyl groups, cyanoethyl groups, carbamoyl groups (e.g., phenylcarbamoyl and 1,1-dioxothiomorpholine-4-thiocarbamoyl groups), acyl groups (e.g., acetyl and pivaloyl groups), and the like.
- alkyl groups e.g., methyl and tert-butyl groups
- arylmethyl groups e.g., benzyl and p
- silyl group examples include an isobutyryl group, a benzoyl group, a phenoxyacetyl group, a levulinyl group, and a 3-benzoylpropionyl group), a silyl group (e.g., a trimethylsilyl group, a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a tert-butyldimethylsilyl group, and a tert-butyldiphenylsilyl group), a [(triisopropylsilyl)oxy]methyl group (Tom group), and a 1-(4-chlorophenyl)-4-ethoxypiperidin-4-yl group (Cpep group), with an acetyl group, a benzoyl group, a benzyl group, and a p-methoxybenzyl group being preferred.
- a silyl group e.g., a trimethyls
- the “thiol group protecting group” in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include protecting groups similar to the above-mentioned “hydroxyl group protecting group” and protecting groups that form disulfide bonds.
- the carbonyl group of the nucleic acid base is conjugated and protected in the form of a hydroxyl group
- the carbonyl group can be protected by reacting with, for example, phenol, 2,5-dichlorophenol, 3-chlorophenol, 3,5-dichlorophenol, 2-formylphenol, 2-naphthol, 4-methoxyphenol, 4-chlorophenol, 2-nitrophenol, 4-nitrophenol, 4-acetylaminophenol, pentafluorophenol, 4-pivaloyloxybenzyl alcohol, 4-nitrophenethyl alcohol, 2-(methylsulfonyl)ethanol, 2-(phenylsulfonyl)ethanol, 2-cyanoethanol, 2-(trimethylsilyl)ethanol, dimethylcarbamic acid chloride, diethylcarbamic acid chloride, ethylphenylcarbamic acid chloride, 1-pyrrolidinecarboxylic acid chloride, 4-morpholinecarboxylic acid chloride, diphenylcarbamic acid chloride
- D in the oligonucleotide (I) represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, and may also form a bridge with the 4' carbon of ribose.
- the protecting group for the "hydroxyl group which may be protected” is the same as the "protecting group for the hydroxyl group" described above.
- bridged nucleic acids include, but are not limited to, bridged nucleic acids such as locked nucleic acids (LNA), amide bridged nucleic acids, guanidine bridged nucleic acids (GuNA), or spirocyclopropylene bridged nucleic acids.
- LNA locked nucleic acids
- GuNA guanidine bridged nucleic acids
- spirocyclopropylene bridged nucleic acids spirocyclopropylene bridged nucleic acids.
- BNAs examples include, but are not limited to, methyleneoxy (4'-CH 2 -O-2') BNA (also known as LNA, 2',4'-BNA), ethyleneoxy (4'-(CH 2 ) 2 -O-2') BNA (also known as ENA), ⁇ -D-thio (4'-CH 2 -S-2') BNA, aminooxy (4'-CH 2 -O-N(R 3 )-2') BNA (R is H or Me), oxyamino (4'-CH 2 -N(R 3 )-O-2') BNA (R is H or Me), 2',4'-BNAcoc, 3'-amino-2',4'-BNA, 5'-methyl BNA, (4'-CH(CH 3 )-O-2') BNA (also known as cEt BNA), (4'-CH(CH 2 OCH 3 )-O-2') BNAs (also known as cMOE BNAs), amide BNAs, (4
- examples of amide-bridged nucleic acids and their production methods can be, for example, those described in WO2014/109384
- examples of guanidine-bridged nucleic acids and their production methods can be, for example, those described in WO2014/046212, WO2017/047816, and JP2022-033869.
- Q 1 in oligonucleotide (I) represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group, an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a halogen group, or a C6-10 aryl group, or a hydrogen atom.
- the multiple Qs may be the same or different.
- C1-4 alkyl group examples include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, and tert-butyl.
- the term "electron-withdrawing group” refers to a substituent that is commonly used in organic chemistry and has the property of reducing electron density. Examples include, but are not limited to, a carboxy group, a halogen, a nitro group, an ester group, a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, and an aryl group or an arylsulfonyl group that may have a substituent, with a cyano group being preferred.
- W/Tg or Tg/W represents W or Tg, and when the 5' side is W, the 3' side is Tg, whereas when the 5' side is Tg, the 3' side is W, but preferably the 3' side is Tg and the 5' side is W.
- W is a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
- the term "general protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion” refers to a protecting group commonly used in the field of organic synthetic chemistry (particularly nucleic acid synthesis) as a protecting group for a hydroxyl group, and is not particularly limited as long as it is a protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
- Examples include an aliphatic acyl group; an aromatic acyl group; an aminocarbonyl group which may be substituted; an alkoxycarbonyl group which may be substituted; an aliphatic sulfonyl group; an aromatic sulfonyl group; a methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups; a methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups which are substituted with an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a halogen atom and/or a cyano group; or a silyl group.
- Benzyl (Bn) group a diphenylcarbonyl (DPC) group, a 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group (commonly known as a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group), a 4-methoxytriphenylmethyl group (commonly known as a 4-methoxytrityl group), a triphenylmethyl (commonly known as a trityl (Tr) group), a 9-(9-phenyl)xanthenyl group, a 9-phenylthioxanthenyl group, a di(C1-6 alkoxy)trityl group, a mono(C1-18 alkoxy)trityl group, a 2-naphthylmethyl group, a cyanoethoxycarbonyl group, a tetrahydropyranyl group, a silyl group substituted with an alkyl group or an allyl group
- benzyl (Bn) group 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, 4-methoxytrityl group, t-butyldimethylsilyl group, t-butyldiphenylsilyl group, trimethylsilyl (TMS) group, diphenylaminocarbonyl (DPC) group, methanesulfonyl group, and trifluoromethanesulfonyl group
- TMS trimethylsilyl
- DPC diphenylaminocarbonyl
- methanesulfonyl group methanesulfonyl group
- trifluoromethanesulfonyl group and particularly preferred are 4,4'-dimethoxytrityl group and 4-methoxytrityl group.
- R2 in the oligonucleotide (I) is O or S.
- nucleotide bound to the pseudo solid-phase protecting group of the present invention is represented by the following formula (II) (hereinafter, in this specification, it may be referred to as oligonucleotide (II). Formula).
- o represents any integer of 0 or more, preferably an integer of 1 to 50.
- the o+1 Bases each independently represent a nucleic acid base which may be modified.
- W' is a hydrogen atom or a temporary protecting group which can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
- R2 in the above oligonucleotide (II) is O or S.
- V represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen atom at position 4 is protected with a protecting group and may be further substituted.
- the multiple Vs may be the same or different.
- nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (V) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (V) in this specification).
- V oligonucleotide
- o, Base, W, R 2 and D are the same as those in the oligonucleotide (I), provided that two Ws may be the same or different.
- nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VI) (hereinafter, in this specification, this may be referred to as oligonucleotide (VI)).
- oligonucleotide (VI) o, Base, W, R 2 and D are the same as those in the oligonucleotide (I), provided that two Ws may be the same or different.
- nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VII) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (VII) in this specification).
- oligonucleotide (VII) o, Base, W', R 2 and V are the same as those in the oligonucleotide (II), provided that the two W' may be the same or different.
- nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VIII) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (VIII) in this specification).
- oligonucleotide (VIII) o, Base, W', R 2 and V are the same as those in the oligonucleotide (II), provided that the two W' may be the same or different.
- the Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is: The following formula (5):
- ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
- the definitions of the other symbols are the same as those in formula (1).
- the binding of Tg to O can be performed by a bond (e.g., an ester bond) between the hydroxyl group at the 3' or 5' position of the nucleotide and the terminal carboxylic acid of Tg, but is not limited to this.
- the binding of Tg to Base can be performed by a bonding reaction between a reactive substituent of Base and the terminal carboxylic acid of Tg, for example, by a bond (e.g., an amide bond) between the amino group of the base adenine, guanine, or cytosine and the terminal carboxylic acid of Tg.
- Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) may also be The following formula (6):
- ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
- the definitions of the other symbols are the same as those in formula (2).
- Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is also The following formula (7):
- ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
- the definitions of the other symbols are the same as those in formula (3).
- Tg of said oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) or oligonucleotide (II) may also be The following formula (8):
- ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
- the definitions of the other symbols are the same as those in formula (4).
- the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention represented by the above formula (I) or formula (II) can be deprotected by subjecting the nucleotide to a reduction treatment, a reaction with hydrazine or an alkylhydrazine, or hydrolysis.
- the reduction treatment can be carried out using, but is not limited to, a boron-containing reducing agent, preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, tetrabutylammonium borohydride, or both a boron-containing reducing agent and an amine.
- the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention represented by the above formula (V), (VI), (VII) or (VIII) can be deprotected by hydrolysis or ammolysis of the nucleotide to which the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention is bound.
- Ammolysis can be carried out using, but is not limited to, an alcoholic solution of ammonia, for example, a methanolic solution of ammonia.
- One aspect of the present invention is a method for producing an oligonucleotide, comprising the following steps (B1) to (B3) (hereinafter, in this specification, this may be referred to as a method for producing an oligonucleotide or simply as a production method of the present invention).
- (B1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which a carrier protecting group is bound to a nucleic acid base at the 3'-end or a nucleic acid base at the 5'-end and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), in a non-polar or polar solvent, to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution (B2).
- n is any integer of 1 or more
- n-mer oligonucleotide solution from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group has been removed obtained in step (B1) is reacted with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution.
- a fluorine anion preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride
- Step (A1) includes a step of removing a temporary protecting group from an n-unit polymer (oligo)nucleotide in which one of the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier protecting group and the other is protected with a removable temporary protecting group (also referred to herein as a "deprotection step"), and a step of separating the n-unit polymer (oligo)nucleotide from which the temporary protecting group has been removed from impurities in the reaction solution (also referred to herein as a "separation step").
- Step (B1) includes a step of removing the temporary protecting group at only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group from an n-membered oligonucleotide in which a carrier protecting group is bound to the 3'-terminal nucleic acid base or the 5'-terminal nucleic acid base and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups that can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion (sometimes referred to as a "deprotection step” in this specification), and a step of separating the n-membered oligonucleotide from which the temporary protecting group has been removed from impurities in the reaction solution (sometimes referred to as a "separation step" in this specification).
- a carrier protecting group is bound to the 3'-terminal nucleic acid base or the 5'-terminal nucleic acid base and the 3'-position
- n represents any integer of 1 or more.
- the upper limit of n is not particularly limited, but is preferably 50 or less, more preferably 40 or less, and even more preferably 30 or less.
- step (1) The reaction for removing the temporary protecting group in step (1) (A1 or B1, hereinafter sometimes simply referred to as step (1)) can be carried out with reference to a method known per se.
- a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
- the reaction can be carried out as follows.
- the solvent (non-polar or polar solvent) in step (1) of the production method of the present invention is not particularly limited as long as it does not affect the reaction, but since the higher the solubility in the solvent, the better the reactivity can be expected, it is preferable to select a solvent that has a high solubility for the nucleotide to which the pseudo solid-phase protecting group is bound.
- the solvent used in step (1) include aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, ether solvents, amide solvents, sulfoxide solvents, nitrile solvents, halogen solvents, and combinations thereof.
- Preferred examples include benzene, toluene, xylene, mesitylene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate, tetrahydrofuran, 2-methyltetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether, cyclopentyl methyl ether, N,N-dimethylformamide, N,N-dimethylacetamide, N-methylpyrrolidone, dimethyl sulfoxide, acetonitrile, propionitrile, dichloromethane, chloroform, 1,2-dichloroethane, and combinations thereof.
- More preferred examples include toluene, xylene, hexane, heptane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate, tetrahydrofuran, 2-methyltetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether, cyclopentyl methyl ether, N,N-dimethylformamide, N,N-dimethylacetamide, N-methylpyrrolidone, dimethyl sulfoxide, and combinations thereof.
- the concentration of the n-mer (oligo)nucleotide in the solvent in the deprotection step of step (1) is not particularly limited as long as it is dissolved, but is preferably 1 to 30% by weight.
- the acid used in step (1) is not particularly limited, but examples thereof include trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, and p-toluenesulfonic acid. Trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, and trichloroacetic acid are preferred.
- the amount of acid used may be 1 to 100 moles, and preferably 1 to 40 moles, per mole of n-polymerized nucleotide.
- the acid may be used alone or in the presence of a cation scavenger.
- the cation scavenger are not particularly limited as long as they do not substantially cause reprotection of the removed temporary protecting group or side reactions with the deprotected functional group.
- the cation scavenger used in step (1) is not particularly limited as long as it can be used in deprotecting a protecting group removable under acidic conditions, and examples thereof include optionally substituted alkylthiol derivatives, optionally substituted pyrrole derivatives, optionally substituted indole derivatives, and optionally substituted furan derivatives.
- substituents include, but are not limited to, halogen atoms, C1-6 alkyl groups, C2-6 alkenyl groups, C2-6 alkynyl groups, C1-6 alkoxy groups, hydroxyl groups, aryloxy groups, amino groups, nitro groups, trifluoromethyl groups, phenyl groups, carboxy groups, and the like. Substitution with two or more of these groups may be used.
- Preferred examples of the cation scavenger include thiomalic acid, acetylcysteine, pyrrole, 3-methylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5,6-dimethylindole, and 6,7-dimethylindole, furan, 2-methylfuran, 3-methylfuran, 2-pyrrolecarboxylic acid, 3-pyrrolecarboxylic acid, indole-2-carboxylic acid, indole-3-carboxylic acid, indole-5-carboxylic acid, 2-furancarboxylic acid, and 3-furancarboxylic acid.
- the amount of the cation scavenger used is 1 to 50 moles, preferably 5 to 20 moles, per mole of n-polymerized (oligo)nucleotide.
- the reagent containing fluorine anion used in step (1) is not particularly limited, but examples thereof include pyridine hydrofluoride and tetrabutylammonium fluoride.
- the amount of the reagent containing fluorine anion used is 1 to 10 moles, preferably 1 to 5 moles, per mole of n-mer (oligo)nucleotide.
- the carrier protecting group bonded to the 3' or 5' hydroxyl group of the n-mer (oligo)nucleotide used in step (A1), or the carrier protecting group bonded to the 3' or 5' terminal nucleic acid base of the n-mer (oligo)nucleotide used in step (B1) is a pseudo solid-phase protecting group of the present invention, specifically, a long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivative represented by compounds (1)-(4) in this specification.
- the reaction temperature in the deprotection step of step (1) is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 10 to 50°C, and more preferably 0 to 40°C.
- the reaction time can vary depending on the reaction conditions, such as the type of n-mer (oligo)nucleotide as the reaction substrate, the type of acid, the type of solvent, the reaction temperature, etc., but can be, for example, 5 minutes to 5 hours.
- step (B1) the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group is removed. Removal of only one of the temporary protecting groups can be performed by appropriately selecting the type of temporary protecting group bonded to the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group. For example, when the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group is removed but the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group is not removed, a combination of temporary protecting groups that breaks the bond of the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group under appropriate reaction conditions but does not break the bond of the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group can be used.
- Such a combination of temporary protecting groups and reaction conditions for the breaking reaction can be appropriately selected by those skilled in the art.
- a silyl-type protecting group with high chemical stability that is not deprotected by acid can be used on one side
- a trityl-type protecting group that is not deprotected by a reagent containing a fluorine anion can be used on the other side
- a combination of a TBDPS group and a DMTr group can be used.
- Step (1) includes a step of separating the compound containing the pseudo solid-phase protecting group after removing the temporary protecting group (sometimes referred to as the "separation step”).
- the separation can be performed by (i) a step of isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group has been removed from the reaction solution (sometimes referred to as the "isolation step"), or (ii) a step of washing the reaction solution with water and recovering the organic layer (sometimes referred to as the "washing step”).
- step (1) it is preferable to neutralize the reaction solution with a base before the isolation step or recovery step.
- Neutralizing the reaction solution with a base can, for example, suppress a decrease in purity, and may also make it possible to remove the protecting group after deprotection into the aqueous layer.
- the base used as long as it can neutralize the reaction solution, but examples of the base include pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine, 1,10-phenanthroline, imidazole, N-methylimidazole, 2-chlorobenzimidazole, 2-bromobenzimidazole, 2-methylimidazole, 2-phenylbenzimidazole, N-phenylbenzimidazole, and 5-nitrobenzimidazole, and two or more of these may be used in combination.
- the isolation step in step (1) can be carried out by crystallizing and recovering the (oligo)nucleotide to which the pseudo-solid-phase protecting group is bound from the reaction solution as is or after neutralization using a polar solvent. This allows the (oligo)nucleotide containing the pseudo-solid-phase protecting group to be isolated from the reaction solution containing impurities.
- polar solvents examples include alcohol-based solvents such as methanol and ethanol, nitrile-based solvents such as acetonitrile, ketone-based solvents such as acetone, ether-based solvents such as tetrahydrofuran, amide-based solvents such as dimethylformamide, sulfoxide-based solvents such as dimethyl sulfoxide, water, and mixtures of two or more of these. Alcohol-based solvents and nitrile-based solvents are preferred, and specifically, methanol or acetonitrile are preferred.
- the polar solvent may contain water to minimize loss of the product into the polar solvent.
- the content of water in the polar solvent is, for example, 0 to 10% (v/v), preferably 0 to 8% (v/v). Solid-liquid separation can be carried out with reference to a method known per se.
- the washing step in step (1) can be carried out by washing the reaction solution as is or after neutralization with water and recovering the organic layer. This allows impurities to be removed.
- Step (2) Step (A2) or (B2) is a step of condensing an n-mer (oligo)nucleotide prepared in the above step (A1) or (B1), in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group or a temporary protecting group and the temporary protecting group of the other hydroxyl group has been removed, with a p-mer (oligo)nucleotide in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a temporary protecting group and the other hydroxyl group has been phosphoramidite-modified, to prepare an n+p-mer oligonucleotide linked by a phosphite triester bond.
- p represents any integer of 1 or more.
- p is preferably 1
- p is any integer, with no particular upper limit, but preferably 20 or less, more preferably 10 or less, and even more preferably 5 or less.
- step (2) The condensation reaction in step (2) (A2 or B2, hereinafter sometimes simply referred to as step (2)) can be carried out with reference to a method known per se.
- a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
- the reaction can be carried out as follows.
- n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) When the n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) is recovered by crystallization, it can be dissolved in the solvent used in step (2) to carry out the condensation reaction. When the n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) is separated and recovered in the solvent, it can be carried out in the same solvent or, if necessary, by changing the solvent.
- a weak acid or an acidic neutral salt can be added as an activator to improve the reaction efficiency.
- weak acids or acidic neutral salts include pyridine trifluoroacetate, 1H-tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, and 4,5-dicyanoimidazole.
- the amount of weak acid or acidic neutral salt used can be 0.1 to 50 molar equivalents, for example 1 to 5 molar equivalents, per mole of the n-unit oligonucleotide from which the temporary hydroxyl protecting groups have been removed, obtained in step (1) as the reaction substrate.
- step (2) if the acidity of the reaction solution becomes high, a side reaction in which the temporary protecting group is removed may occur, so it is preferable to add N-methylimidazole to suppress the acidification of the reaction solution.
- the amount of N-methylimidazole used can be 0.1 to 10 molar equivalents, for example 0.1 to 1 molar equivalent, per mole of the n-mer (oligo)nucleotide from which the temporary protecting groups of the hydroxyl groups have been removed, obtained in step (1).
- Step (2) can be carried out in a solvent that does not affect the condensation reaction.
- the solvent include, but are not limited to, the same non-polar and polar solvents as those in step (1), such as aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, ether solvents, amide solvents, sulfoxide solvents, halogen solvents, nitrile solvents, and combinations thereof.
- the reaction temperature in step (2) is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably -20 to 100°C, more preferably 20 to 50°C.
- the reaction time may vary depending on the type of n-mer (oligo)nucleotide to be condensed, the reaction temperature, etc., but can be, for example, 5 minutes to 24 hours.
- Step (3) Step (A3) or (B3) is a step (oxidation or sulfurization reaction step) of converting the phosphite triester bond of the n+p-mer oligonucleotide obtained by the above step (A2) or (B2) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond, respectively, using an oxidizing agent or a sulfurizing agent.
- step (3) The oxidation or sulfurization reaction step in step (3) (A3 or B3, hereinafter sometimes simply referred to as step (3)) can be carried out with reference to a method known per se.
- a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
- the reaction can be carried out as follows.
- step (3) the reaction can be carried out by simply adding an oxidizing agent or a sulfurizing agent directly to the reaction solution in step (2) without isolating the n+p oligonucleotide obtained in step (2).
- the oxidation reaction using an oxidizing agent in step (3) can be carried out according to a method generally known in oligonucleotide synthesis.
- oxidizing agents include, but are not limited to, iodine, (1S)-(+)-(10-camphorsulfonyl)oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane, bis(trimethylsilyl)peroxide, cumene hydroperoxide, hydrogen peroxide, and m-chloroperbenzoic acid, with iodine, (1S)-(+)-(10-camphorsulfonyl)oxazolidine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, and 1,1-dihydroperoxycyclododecane being preferred.
- the sulfurization reaction using a sulfurizing agent in step (3) can be carried out according to a method generally known in oligonucleotide synthesis.
- sulfurizing agents include, but are not limited to, N,N-dimethyl-N'-(3-thioxo-3H-1,2,4-dithiazol-5-yl)imidoformamide (DDTT), 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide (Beaucage reagent), 3H-1,2-benzodithiol-3-one, phenylacetyl disulfide (PADS), tetraethylthiuram disulfide (TETD), 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione (ADTT), or sulfur, with N,N-dimethyl-N'-(3-thioxo-3H-1,2,4-dithiazol-5-yl)imidoformamide being preferred.
- DDTT N,N-d
- the phosphite triester bond of an oligonucleotide can be converted to a thiophosphate triester bond by a sulfurization reaction.
- Thiophosphate has an asymmetric center at the phosphorus atom, giving an optically active substance. Even if a deprotection reaction is performed in the manufacturing process of an oligonucleotide thiophosphate, the asymmetric center at the phosphorus atom remains, giving an optically active substance.
- the reaction in step (3) is usually carried out in a solvent.
- the solvent used in the reaction is preferably anhydrous, and examples of the solvent include halogenated solvents (e.g., chloroform), aliphatic solvents (e.g., cyclohexane), aromatic solvents (e.g., toluene), ester solvents (e.g., ethyl acetate), ether solvents (e.g., tert-butyl methyl ether), nitrile solvents (e.g., acetonitrile), and mixed solvents of two or more selected from these.
- halogenated solvents e.g., chloroform
- aliphatic solvents e.g., cyclohexane
- aromatic solvents e.g., toluene
- ester solvents e.g., ethyl acetate
- ether solvents e.g., tert-butyl methyl
- the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent added can be about 1.0 to about 5.0 molar equivalents, preferably about 1.0 to about 1.5 molar equivalents, per mole of the phosphoramidite obtained in step (2).
- the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent added can be, for example, 1 to 50 molar equivalents, preferably 1 to 5 molar equivalents, per mole of the (oligo)nucleotide obtained in step (2).
- the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but may be 0 to 100°C, preferably 20 to 50°C.
- the reaction time may vary depending on the type of n+p oligonucleotide, the type of oxidizing agent or sulfurizing agent used, and the reaction temperature, but may be, for example, 1 minute to 3 hours.
- Step (4) The production method of the present invention may further include a step of recovering the n+p-mer oligonucleotide obtained in step (3) (sometimes referred to as a "recovery step").
- the recovery step can be carried out in the same manner as the separation step (isolation step or water washing step) described in step (1).
- it is an isolation step in which the (oligo)nucleotide bound to the pseudo solid-phase protecting group is crystallized and recovered using a polar solvent.
- one embodiment of the production method of the present invention further includes a step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in step (3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation. Also, step (4) (recovery step) can be carried out after step (1).
- Step (5) (Deprotection of all protecting groups)
- the production method of the present invention may further include a step of removing all of the protecting groups of the n+p-polymerized oligonucleotide recovered in step (4) (sometimes referred to as a "total protecting group removal step").
- the step of removing all of the protecting groups can be carried out with reference to a method known per se. Examples of the method known per se include the deprotection method described in Protective Group In Organic Synthesis, 3rd Edition, John Willy & Sons (1999), etc., and the conditions described in WO2012/157723 and WO2019/131719. Therefore, one embodiment of the production method of the present invention further comprises a step of removing all of the protecting groups of the n+p-mer oligonucleotide obtained in the step (4).
- the progress of the reaction in each step of the above-mentioned oligonucleotide production method can be monitored and confirmed by the same method as in the case of a general liquid-phase organic synthesis reaction, for example, thin layer silica gel chromatography (TLC) and high performance liquid chromatography (HPLC).
- TLC thin layer silica gel chromatography
- HPLC high performance liquid chromatography
- Another aspect of the present invention is a method for producing (oligo)nucleotides that does not use halogenated solvents.
- halogenated solvents are used extensively in the extension reaction.
- the solubility of the pseudo solid-phase protecting group is excellent, so that the extension reaction can be carried out without using halogenated solvents.
- One embodiment of the present invention is a method for producing an oligonucleotide by coupling of oligonucleotides, comprising the following steps (C1)-(C4): (C1) A step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'-position hydroxyl group has been removed and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 3'-position hydroxyl group has been removed by carrying out the following steps (a) and (b), respectively: (a) reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which the 3'-position hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with
- Step (C1) is a step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group has been removed, and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group has been removed.
- n in the n-mer oligonucleotide represents any integer of 1 or more.
- the lower limit of n is not particularly limited, but is preferably 2 or more, more preferably 5 or more, and even more preferably 10 or more
- the upper limit of n is not particularly limited, but is preferably 40 or less, more preferably 30 or less, and even more preferably 20 or less.
- p in the p-mer oligonucleotide represents any integer of 1 or more.
- the lower limit of p is not particularly limited, but is preferably 2 or more, more preferably 5 or more, and even more preferably 10 or more, and the upper limit of p is not particularly limited, but is preferably 40 or less, more preferably 30 or less, and even more preferably 20 or less.
- the deprotection step and the separation step in step C1 can be carried out with reference to a method known per se. Examples of methods known per se include reaction conditions described in WO2012/157723 and WO2019/131719. Although not limited thereto, the deprotection step and the separation step can be carried out, for example, in the same manner as described in step (1) above.
- Step (C2) is a step of phosphoramidite-forming the 5'-position hydroxyl group of the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group obtained in step (C1) has been removed, or a step of phosphoramidite-forming the 3'-position hydroxyl group of the p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group obtained in step (C1) has been removed.
- the step of phosphoramidite-forming the hydroxyl group can be carried out with reference to a method known per se. As a method known per se, for example, it can be carried out using the reaction conditions described in Patent Document 10.
- Step (C3) is a step of condensing an n-mer oligonucleotide, one of which has been phosphoramidite-modified, and a p-mer oligonucleotide through a phosphite triester bond.
- the condensation step can be carried out with reference to a method known per se. It is not limited to this, but can be carried out, for example, in the same manner as described in step (2) above.
- Step (C4) is a step of converting the phosphite triester bond of the n+p oligonucleotide obtained in step (C3) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond.
- the oxidation or sulfurization reaction step can be carried out with reference to a method known per se. As a method known per se, for example, it can be carried out using the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719. Although not limited thereto, it can be carried out, for example, in the same manner as described in step (3) above.
- a recovery step and a step of removing all of the protecting groups of the recovered n+p-mer oligonucleotide can be performed. Although not limited thereto, for example, these steps can be performed in the same manner as described in steps (4) and (5) above.
- the recovery step can be carried out after step (C1) or after step (C2), or after any two of steps (C1), (C2), and (C4), or even after all of steps (C1), (C2), and (C4).
- the separated aqueous layer was extracted with a mixed solution of n-heptane (10 mL) and ethyl acetate (10 mL).
- the mixed organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product of compound 1.
- the obtained crude product was purified by silica gel column chromatography (n-hexane/ethyl acetate) to obtain compound 1 as an oil (yield 2.48 g, 2.65 mmol, yield 94%).
- Triethylamine (219 mg, 2.17 mmol) and tert-butyl bromoacetate (423 mg, 2.17 mmol) were added to the reaction solution, and stirred at 60 ° C. for 2 hours. After confirming the completion of the reaction, the mixture was allowed to cool to room temperature, and ethyl acetate (20 mL), n-hexane (20 mL), and water (20 mL) were added, and the aqueous layer was separated. The organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product. The resulting crude product was purified by silica gel column chromatography (n-hexane/ethyl acetate).
- Example 2 Preparation of polyoligonucleotide bound to compound 4 A 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 4 as a pseudo solid-phase protecting group as follows. Synthesis of Compound 5
- reaction solution was washed four times with a 5% NaHCO 3 (25 mL) aqueous solution and once with 10% saline (25 mL), and concentrated under reduced pressure to obtain compound 6 as a colorless amorphous solid (1.97 g, 100% yield).
- the aqueous layer was separated from the organic layer.
- the obtained organic layer was washed with 5% NaHCO 3 aqueous solution (3.0 mL) and 5% saline (3.0 mL), and then dehydrated with sodium sulfate (4.0 g).
- the obtained crude product was purified by silica gel column chromatography (ethyl acetate/methanol) to obtain compound 8 as a pale yellow amorphous solid (256 mg, yield 86%).
- ethyl sarcosine hydrochloride (0.54 g, 3.5 mmol) and triethylamine (375 mg, 3.7 mmol) were added to a solution of compound 2 (1.57 g, 1.7 mmol), EDCI (0.42 g, 2.2 mmol) and 1-hydroxybenzotriazole (0.29 g, 2.2 mmol) in N,N-dimethylformamide (13.9 mL) and toluene (3.3 mL) at room temperature, and the mixture was stirred for 14 hours. EDCI (85 mg, 0.44 mmol) was added and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
- EDCI 85 mg, 0.44 mmol
- n-Heptane (16.3 mL) and 1 M hydrochloric acid (14.7 mL) were added to the reaction solution, and the mixture was stirred, and then the organic layer and the aqueous layer were separated.
- the obtained organic layer was washed with 1 M hydrochloric acid (8.1 mL) and then with 5% saline (8.1 mL).
- the aqueous layers used in the washing were mixed and extracted with a solution of heptane (8.1 mL) and a small amount of ethyl acetate.
- Example 5 Preparation of Polyoligonucleotide Conjugated with Compound 11
- a 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 11 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
- 0.1 M iodine (THF/pyridine/aqueous solution, 3.93 mL) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes.
- 0.1 M iodine (THF/pyridine/aqueous solution, 0.393 mL) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred for 10 minutes.
- 1M sodium thiosulfate aqueous solution (4.32 mL) and ethyl acetate (about 3 mL) and stirring, the organic layer and the aqueous layer were separated. The organic layer was washed with saturated sodium bicarbonate solution (3 mL) and 5% saline solution (3 mL), and then concentrated.
- trifluoroacetic acid (0.082 mL, 1.07 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred for 15 minutes.
- Trifluoroacetic acid (0.082 mL, 1.07 mmol) and pyrrole (0.173 mL, 2.49 mmol) were added to the reaction solution and stirred for 30 minutes.
- Saturated sodium bicarbonate water (4.6 mL) was added to the reaction solution and stirred, and then the solution was separated into an organic layer and an aqueous layer. The organic layer was washed with 5% saline (4.6 mL) and then concentrated.
- Azeotropy was performed three times with ethyl acetate for compound 14 (147 mg, 0.0934 mmol). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (1.5 mL) was added to compound 14 to form a solution, and then DMTr-dC-CE phosphoramidite (159 mg, 0.191 mmol) and molecular sieves 3A (150 mg) were added and stirred at room temperature for 1 hour. DCI (37 mg, 0.317 mmol) was added and stirred at room temperature for 3 hours. 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 1.43 mL) was added to the reaction solution and stirred for 30 minutes.
- 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 0.48 mL) was added to the reaction solution and stirred for 70 minutes.
- Example 6 Deprotection of Pseudo Solid-Phase Protecting Group
- the pseudo solid-phase protecting group, Compound 11 was removed from the oligonucleotide as follows.
- Example 8 Preparation of polyoligonucleotide bound to compound 20 A 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 20 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
- 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 2.4 mL) was added to the reaction solution and stirred at room temperature for 30 minutes. After adding 1 M aqueous sodium thiosulfate solution (3.2 mL) and stirring, the molecular sieves were filtered while being washed with ethyl acetate. The filtrate was separated, and the obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (3.2 mL) and then with 5% saline (3.2 mL).
- Example 9 Deprotection of Pseudo Solid Phase Protecting Group
- the pseudo solid phase protecting group, Compound 20 was removed from the oligonucleotide as follows.
- Example 9 Preparation of Polyoligonucleotides An 8-mer polyoligonucleotide was prepared using compound 20 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
- EDCI (2.52 g, 13.1 mmol) was added to a solution of compound 32 (4.30 g, 6.56 mmol), L-proline methyl hydrochloride (2.17 g, 13.1 mmol), DMAP (160 mg, 1.31 mmol), and DIPEA (4.57 mL, 26.3 mmol) in DMF (43 mL) at 0° C. under a nitrogen atmosphere, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours. Ethyl acetate (43 mL), n-hexane (43 mL), and water (43 mL) were added and stirred, and the aqueous layer was separated.
- DMT-dT (2.88 g, 5.29 mmol) was added to a solution of compound 34 (1.99 g, 2.64 mmol), EDCI (2.03 g, 5.29 mmol), 1-hydroxybenzotriazole monohydrate (1.62 g, 5.29 mmol), and DIPEA (3.68 mL, 10.6 mmol) in DMF (20 mL) at 0° C., and the mixture was heated to room temperature and stirred for 15 hours.
- EDCI (253 mg, 1.32 mmol
- DIPEA (691 ⁇ L, 3.97 mmol)
- DMT-dT 720 mg, 1.32 mmol
- levulinic acid (6.16 mL, 60 mmol) and methanol (80 mL) were mixed, heated to 70° C., and stirred for 10 minutes.
- dichloromethane 40 mL
- water (20 mL) were added, and the aqueous layer was separated. The organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product.
- TBDPSCl 0.529 mL was added dropwise at room temperature to a mixture of compound 1 (N 4 -Benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine) (0.868 g, 1.37 mmol) and imidazole (0.466 g, 6.85 mmol) in acetonitrile (7 mL).
- methanol 0.277 mL
- MTBE 7. mL
- saturated sodium bicarbonate water 7 mL were added and stirred, and the precipitated solid was removed by filtration using MTBE as a washing solution.
- Azeotropy was performed twice with ethyl acetate (2 mL) for compound 61 (198 mg, 0.125 mmol). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (2.4 mL) was added to compound 61 to form a solution, and then molecular sieves 3A (200 mg) was added and stirred for 30 minutes. DMTr-dC-CE phosphoramidite (157 mg, 0.188 mmol) and DCI (34 mg, 0.288 mmol) were added to the resulting solution and stirred at room temperature for 1 hour and 30 minutes.
- Azeotropy was performed twice with compound 62 (238.7 mg, 0.119 mmol) using ethyl acetate (1.7 mL). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (2.4 mL) was added to compound 7 to form a solution, and molecular sieves 3A (240 mg) was added and stirred for 40 minutes.
- DMTr-dA-CE phosphoramidite (153.6 mg, 0.179 mmol) and DCI (35.2 mg, 0.298 mmol) were added to the resulting reaction solution and stirred at room temperature for 2 hours. DCI (14.1 mg, 0.119 mmol) was further added and stirred at room temperature for 30 minutes.
- Boc-Ser-OH (17.1 mg, 0.0833 mmmmol) was added and stirred for 18 minutes.
- 0.2 M iodine ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 1.61 mL was added and stirred for 19 minutes while warming to room temperature.
- the reaction solution was cooled to 0°C, 1M sodium thiosulfate aqueous solution (2.4mL) was added and stirred, and the molecular sieves were filtered while washing with ethyl acetate. The filtrate was separated, and the obtained organic layer was washed with saturated sodium bicarbonate water (2mL) and then with saturated saline (1mL).
- EDCI (253 mg, 1.32 mmol), DIPEA (691 ⁇ L, 3.97 mmol), 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)thymidine (6.40 g, 11.75 mmol) were added to the reaction mixture, and the mixture was stirred at room temperature for 24 hours. After the reaction was completed, ethyl acetate (90 mL), n-hexane (45 mL) and water (45 mL) were added and stirred, and the aqueous layer was separated. The obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (20 mL), washed with water (20 mL), and then concentrated.
- the organic layer was concentrated under reduced pressure, and azeotropy was performed three times using ethyl acetate (5 mL). The residue was dissolved in ethyl acetate (5 mL), and mercaptosuccinic acid (379 mg, 2.52 mmol) was added and cooled to 0° C. Trifluoroacetic acid (0.39 mL, 5.05 mmol) was added and stirred at the same temperature for 3 hours. After confirming the completion of the reaction, water (7.5 mmL) was added and the organic layer was separated. The obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (7.5 mL) and once with 10% NaCl aqueous solution (7.5 mL).
- DMT-dA-CE phosphoramidite 138 mg, 0.160 mmol
- DCI 31.5 mg, 0.270 mmol
- DMT-dA-CE phosphoramidite 275 mg, 0.321 mmol
- DCI 31.5 mg, 0.270 mmol
- 0.2M iodine ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 4.2mL
- 1M Na 2 S 2 O 3 aqueous solution (7.5mL) and THF (4.5mL) were added and stirred.
- DMT-dT-CE phosphoramidite 115 mg, 0.155 mmol
- DCI 73.0 mg, 0.618 mmol
- DMT-dT-CE phosphoramidite 115 mg, 0.155 mmol
- DCI 73.0 mg, 0.618 mmol
- DMT-dT-CE phosphoramidite 76.7 mg, 0.103 mmol
- DCI 110 mg, 0.927 mmol
- Compound 85 (700 mg, 0.59 mmol) was subjected to azeotropy with ethyl acetate (9 mL) three times. Compound 85 was added with molecular sieves 3A (700 mg), DMT-dC-CE phosphoramidite (552 mg, 0.66 mmol), and ethyl acetate (7 mL), and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. DCI (156 mg, 1.32 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
- reaction solution was purified by silica gel column chromatography (spherical neutral silica gel, eluent: ethyl acetate) to obtain compound 108 as a white solid with a yield of 83.6% (yield 94.4 mg, 0.0613 mmol).
- the obtained organic layer was washed with saturated aqueous sodium bicarbonate (3 mL) and saturated saline (3 mL), and then dried over magnesium sulfate.
- the obtained solution was concentrated under reduced pressure and further crudely purified using silica gel to obtain a crude product of compound 111 (yield 356 mg) as a highly viscous colorless oil.
- 87.2 mg was separated, and further compound 108 (94.4 mg, 0.0613 mmol) was added, and then azeotropy was performed twice with ethyl acetate (2 mL).
- the present invention provides a novel pseudo-solid-phase protecting group that can be used in the synthesis of oligonucleotides by liquid phase synthesis, and a (poly)oligonucleotide to which the protecting group is bound.
- the present invention is useful for the synthesis of polyoligonucleotides.
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Abstract
Description
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成してもよく、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成してもよく、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sである(ここで、sは1~5の整数、好ましくは1~3の整数である)。但し、Yが単結合の場合は、Zは単結合ではない。)。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基である。)。
[3]前記式(2)において、mは0であり、Xは、NR1、O又はSを表す(ここで、R1は、H、又はC1-6アルキル基である。)、上記[2]に記載の化合物又はその塩。
[4]前記式(2)において、mは1であり、XはNR1、O又はSを表す(ここで、R1は、H、又はC1-6アルキル基である。)、上記[2]に記載の化合物又はその塩。
[5]前記式(2)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[2]~[4]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1~5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を表し、
Xは、C又はNを表す。)。
[7]前記式(3)において、mは0であり、uは0、又は1~3の整数(好ましくは0、1又は2)であり、XはCを表す、上記[6]に記載の化合物又はその塩。
[8]前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[7]に記載の化合物又はその塩。
[9]前記式(3)において、uは0、1又は2であり、XはNを表し、Xを含む環Aは、置換基を有してもよい窒素原子を一つ含む5~7員の複素環を表し、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[6]に記載の化合物又はその塩。
[10]前記式(3)において、mは0である、上記[9]に記載の化合物又はその塩。
[11]前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいピロリジン又はピペリジンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアルキル基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[9]に記載の化合物又はその塩。
[12]前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[6]~[11]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1~5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3である。)。
[14]前記式(4)において、mは0である、上記[13]に記載の化合物又はその塩。
[15]前記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されていてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[13]に記載の化合物又はその塩。
[16]前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[13]~[15]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
[18]前記Raは、独立してそれぞれ、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)からなる群より選ばれる化合物に由来する不飽和炭化水素基である、上記[17]に記載の化合物又はその塩。
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(II)で表されるヌクレオチド:
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す、上記[19]に記載のヌクレオチド。
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII)で表されるヌクレオチド:
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す、上記[21]に記載のヌクレオチド。
ここで、前記アルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基として、例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル、ジエチルイソプロピルシリル、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBS(TBDMS))、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル、ジ-t-ブチルメチルシリルトリ(トリメチルシリル)シリル、t-ブチルメトキシフェニルシリル、t-ブトキシジフェニルシリル、TBoDPS、及びTBDASを例示できる。
[25]式(I)、式(V)又は式(VI)におけるDは、メチル基、ベンジル基、p-メトキシベンジル基、tert-ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、2-テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基(TBS)、[(トリイソプロピルシリル)オキシ]メチル基、又は1-(4-クロロフェニル)-4-エトキシピペリジン-4-イル基で保護されていてもよい水酸基である、上記[19]~[22]のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
(A1)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(A2)工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示し、好ましくは1である。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(A3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、上記[26]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[28]工程(A1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[26]又は[27]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[29]さらに、下記工程(A4)を含む上記[26]又は[27]に記載の方法。
(A4)工程(A1)及び/又は(A3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[30]さらに、下記工程(A5)を含む上記[29]に記載の方法。
(A5)工程(A4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(II):
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
*は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を還元処理、ヒドラジンもしくはアルキルヒドラジンとの反応、又は加水分解することにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(III):
、又は以下の式(IV):
で表されるヌクレオチドの製造方法。
[32]前記還元処理が、ホウ素含有還元剤(好ましくは、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウム)、又は、ホウ素含有還元剤とアミンの両者、を用いる、上記[31]に記載の製造方法。
(B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、上記[33]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[35]工程(B1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[33]又は[34]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[36]さらに、下記工程(B4)を含む上記[33]又は[34]に記載の方法。
(B4)工程(B1)及び/又は(B3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[37]さらに、下記工程(B5)を含む上記[36]に記載の方法。
(B5)工程(B4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII):
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を加水分解又はアンモリシスすることにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(IX):
(C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
(a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
(b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
(C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
(C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、上記[39]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[41]工程(C1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程又は一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド又はp個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[39]又は[40]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[42]さらに、下記工程(C5)を含む上記[39]又は[40]に記載の方法。
(C5)工程(C1)及び/又は(C2)及び/又は(C4)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[43]さらに、下記工程(C6)を含む上記[42]に記載の方法。
(C6)工程(C5)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
本発明の一つの態様は、オリゴヌクレオチドの製造に用いることができる擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体である。
本発明の化合物及びその塩の一つの態様は、以下の式(1)(以下、本明細書において、化合物(1)と呼ぶ場合がある。また、他の式で表される化合物も同様である。)で表される化合物及びその塩である。
本明細書において「炭素数14~60のアルケニル基」とは、任意の位置に1つの二重結合を有する、炭素数が14から60の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味する。これに限定されないが、例えば、ミリストレイル基(C14)、パルミトレイル基(C16)、サピエル基(C16)、オレイル基(C18)、エライジル基(C18)、バクセル基(C18)、ガドレイル基(C20)、エイコセル基(C20)、エルカル基(C22)、ネルボル基(C24)、リノレイル基(C18)、エイコサジエル基(C20)、ドコサジエル基(C22)、α-及びγ-リノレイル基(C18)、ピノレル基(C18)、エレオステアリル基(C18)、ミードル基(C20)、ジホモ-γ-リノレイル基(C20)、エイコサトリエル基(C20)、ステアリドル基(C18)、アラキドル基(C20)、エイコサテトラエル基(C20)、アドレル基(C22)、ボセオペンタエル基(C18)、エイコサペンタエル基(C20)、オズボンドル基(C22)、イワシル基(C22)、テトラコサペンタエル基(C24)、ドコサヘキサエル基(C22)、及びニシニル基(C24)を挙げることができる。これらのアルケニル基は、天然由来であっても、また公知の合成技術を用いて合成して得てもよい。これに限定されないが、これらのアルケニル基は、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)から選択される脂肪酸から得ることができる不飽和炭化水素基であり、例えば、上記化合物の末端のカルボキシ基がメチレン基に置きかわった不飽和炭化水素基であり、本明細書では、上記「化合物に由来する不飽和炭化水素基」という場合がある。
上記式(1)において、pは、1又は2を表す。
上記式(2)において、pは、1又は2を表す。
上記式(2)において、uは、1から5の整数、好ましくは1~3の整数を表す。
上記式(3)において、pは、1又は2を表す。
上記式(3)において、uは、0又は1から5の整数、好ましくは、0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2を表す。
上記式(4)において、pは、1又は2を表す。
上記式(4)において、uは、0又は1から5の整数、好ましくは、0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2を表す。
上記式(4)において、wは、0、1又は2を表す。
上記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表す。
本発明の一つの態様は、上記した擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体が結合したヌクレオチドである。
本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(I)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(I)と呼ぶ場合がある。)で表される。
上記オリゴヌクレオチド(I)において、o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表す。
さらに、アミド架橋型核酸の例及びその製造方法は、例えばWO2014/109384に記載のものを挙げることができ、グアニジン架橋型核酸の例及びその製造方法は、例えばWO2014/046212、WO2017/047816、特開2022-033869に記載のものを挙げることができる。
上記オリゴヌクレオチド(II)において、o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表す。
上記オリゴヌクレオチド(II)において、W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基である。
上記オリゴヌクレオチド(II)におけるR2は、O又はSである。
上記オリゴヌクレオチド(V)における、o、Base、W、R2、及びDは、オリゴヌクレオチド(I)における定義と同じである。ただし、2つのWは、同じであっても異なってもよい。
以下の式(5):
以下の式(6):
以下の式(7):
以下の式(8):
本発明の一つの態様は、以下の工程(A1)-(A3)を含むオリゴヌクレオチドの製造方法(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチドの製造方法、又は単に本発明の製造方法と呼ぶ場合がある。)である。
工程(A1):非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合(オリゴ)ヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程(本明細書中で、「脱保護工程及び分離工程」という場合がある。)、
工程(A2):工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合(オリゴ)ヌクレオチドとp個重合(オリゴ)ヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程(本明細書中で、「縮合工程」という場合がある。)、及び
工程(A3):酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程(本明細書中で、「酸化又は硫化反応工程」という場合がある。)。
(B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
工程(A1)は、3’位又は5’位の水酸基の一方が担体保護基で保護され、他方が除去可能な一時保護基で保護されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドから、一時保護基を除去する工程(本明細書中で、「脱保護工程」という場合がある。)、及び、一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程(本明細書中で、「分離工程」という場合がある。)を含む。
工程(1)で用いるカチオン補足剤は、酸性条件下で除去可能な保護基を脱保護する際に用いることができるものであれば特に限定されないが、例えば、置換されてもよいアルキルチオール誘導体、置換されてもよいピロール誘導体、置換されてもよいインドール誘導体、置換されていてもよいフラン誘導体を挙げることができる。置換基としては、これに限定されないが、ハロゲン原子、C1-6アルキル基、C2-6アルケニル基、C2-6アルキニル基、C1-6アルコキシ基、水酸基、アリールオキシ基、アミノ基、ニトロ基、トリフルオロメチル基、フェニル基、カルボキシ基、等が挙げられる。これらの2種以上の基によって置換されてもよい。好ましくは、チオリンゴ酸、アセチルシステイン、ピロール、3-メチルピロール、2,4-ジメチルピロール、インドール、4-メチルインドール、5-メチルインドール、6-メチルインドール、7-メチルインドール、5,6-ジメチルインドール、及び6,7-ジメチルインドール、フラン、2-メチルフラン、3-メチルフラン、2-ピロールカルボン酸、3-ピロールカルボン酸、インドール―2-カルボン酸、インドール-3-カルボン酸、インドール―5―カルボン酸、2-フランカルボン酸、3-フランカルボン酸を挙げることができる。カチオン捕捉剤の使用量は、n個重合(オリゴ)ヌクレオチド1モルに対し、1~50モルを使用することができ、好ましくは5~20モルが挙げられる。
工程(A2)又は(B2)は、上記工程(A1)又は(B1)により調製した、3’位又は5’位の水酸基が担体保護基又は一時保護基で保護され、他方の水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、3’位又は5’位水酸基が一時保護基で保護され、他方の水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、を縮合させて、ホスファイトトリエステル結合により結合したn+p個重合オリゴヌクレオチドを調製する工程である。
工程(A3)又は(B3)は、酸化剤又は硫化剤を用いて、上記工程(A2)又は(B2)により得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合にそれぞれ変換する工程(酸化又は硫化反応の工程)である。
本発明の製造方法は、さらに、工程(3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドを回収する工程(「回収工程」という場合がある。)を含んでもよい。回収工程は、工程(1)で記載した分離工程(単離工程又は水洗工程)と同様の方法により行うことができる。好ましくは、極性溶媒を用いて擬似固相保護基が結合した(オリゴ)ヌクレオチドを晶析して回収する単離工程である。
よって本発明の製造方法の一態様は、さらに、工程(3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程、を含む。
また、工程(4)(回収工程)は、工程(1)の後に行うこともできる。
本発明の製造方法は、さらに、工程(4)で回収したn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程(「全保護基除去工程」をいう場合がある。)を含んでもよい。全保護基の除去工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、Protective Group In Organic Synthesis、第3版、John Willy & Sons出版(1999年)等の記載されている脱保護方法、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の条件を用いて行うことができる。
よって本発明の製造方法の一態様は、さらに、工程(4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程を含む。
上記オリゴヌクレオチド製造方法の各工程の反応の進行は、一般的な液相有機合成反応の場合と同様の手法により、追跡・確認することができる。例えば、薄層シリカゲルクロマトグラフィー(TLC)及び高速液体クロマトグラフィー(HPLC)等によって行うことができる。
本発明の一つの態様は、以下の工程(C1)-(C4)を含む、オリゴヌクレオチド同士のカップリングによるオリゴヌクレオチドの製造方法である。
(C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
(a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
(b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
(C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
(C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
また、回収工程は、工程(C1)の後や工程(C2)の後に行うことに行うこともでき、工程(C1)、(C2)、(C4)の何れか2つの工程の後、さらには、(C1)、(C2)及び(C4)の全ての工程の後に行うこともできる。
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物4を合成した。
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.27 - 7.24 (m, 2H), 5.37 - 5.32 (m, 6H), 4.03 - 3.98 (m, 6H), 3.89 (s, 3H), 2.05 - 1.98 (m, 12H), 1.81 (quin, J =7.1 Hz, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.90 - 0.85 (m, 9H)
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.33 - 7.28 (m, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.06 - 3.99 (m, 6H), 2.05 - 1.98 (m, 12H), 1.85 - 1.77 (m, 4H), 1.77 -1.71 (m, 2H), 1.52 - 1.42 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.90 - 0.85 (m, 9H)
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.30 (s, 2H), 5.38 - 5.31 (m, 6H), 4.74 - 4.66 (m, 2H), 4.01 (q, J = 6.7 Hz, 6H), 2.05 - 1.97 (m, 12H), 1.83 - 1.76 (m, 4H), 1.76 - 1.69 (m, 2H), 1.50 - 1.43 (m, 15H), 1.36 - 1.23 (m, 60H), 0.91 - 0.85 (m, 9H)
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.30 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.87 (s, 2H), 4.05 - 3.97 (m, 6H), 2.04 - 1.99 (m, 12H), 1.81 (quin, J = 7.1 Hz, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.47 (quin, J = 7.4 Hz, 6H), 1.36 - 1.24 (m, 60H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
以下のようにして、疑似固相保護基として化合物4を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物5の合成
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.96 (s, 1H), 7.60 (s, 1H), 7.39 - 7.34 (m, 2H), 7.31 - 7.22 (m, 9H), 6.83 (d, J = 8.7 Hz, 4H), 6.46 - 6.41 (m, 1H), 5.58 - 5.53 (m, 1H), 5.37 - 5.32 (m, 6H), 4.84 - 4.79 (m, 2H), 4.18 (s, 1H), 4.03 - 3.98 (m, 6H), 3.78 (d, J = 1.1 Hz, 6H), 3.53 - 3.43 (m, 2H), 2.56 - 2.43 (m, 2H), 2.05 - 1.99 (m, 11H), 1.83 - 1.77 (m, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.50 - 1.43 (m, 6H), 1.36 - 1.23 (m, 63H), 0.87 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.08 - 7.97 (m, 1H), 7.47 - 7.42 (m, 1H), 7.29 (s, 2H), 6.23 - 6.15 (m, 1H), 5.51 - 5.44 (m, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.83 (s, 2H), 4.18 - 4.13 (m, 1H), 4.06 - 3.98 (m, 6H), 3.98 - 3.89 (m, 2H), 2.55 - 2.47 (m, 1H), 2.46 - 2.38 (m, 1H), 2.36 - 2.28 (m, 1H), 2.04 - 1.98 (m, 11H), 1.95 - 1.91 (m, 3H), 1.84 - 1.77 (m, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物4をオリゴヌクレオチドから除去した。
化合物9の合成
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物11を合成した。
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.83-0.93 (m, 12H), 1.19-1.39 (m, 60H), 1.40-1.50 (m, 6H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.96-2.06 (m, 12H), 2.99-3.16 (m, 3H), 3.84-4.32 (m, 10H), 5.30-5.40 (m, 6H), 6.56-6.70 (m, 2H)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.90 (m, 9H), 1.19-1.39 (m, 60H), 1.40-1.51 (m, 6H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.96-2.06 (m, 12H), 3.10 (s, 3H), 3.85-4.30 (m, 8H), 5.30-5.40 (m, 6H), 6.56-6.70 (m, 2H)
以下のようにして、疑似固相保護基として化合物11を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.83-0.93 (m, 9H), 1.17-1.39 (m, 60H), 1.40-1.52 (m, 6H), 1.60 (s, 3H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.94-2.08 (m, 12H), 2.38-2.59 (m, 2H), 3.08 (s, 3H), 3.45-3.55 (m, 2H), 3.79 (s, 6H), 3.85-4.00 (m, 6H), 4.05-4.35 (m, 3H), 5.30-5.40 (m, 6H), 5.49-5.61 (m, 1H), 6.34-6.50 (m, 1H), 6.65 (s, 2H), 6.84 (d, 4H, J = 12.0 Hz), 7.20-7.40 (m, 9H), 7.62 (s, 1H), 8.12 (s, 1H)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.81-0.96 (m, 9H), 1.17-1.39 (m, 60H), 1.40-1.53 (m, 6H), 1.68-1.86 (m, 6H), 1.93 (s, 3H), 1.98-2.10 (m, 12H), 2.35-2.59 (m, 2H), 3.10 (s, 3H), 3.86-4.05 (m, 8H), 4.05-4.35 (m, 3H), 5.40-5.26 (m, 6H), 5.48 (brs, 1H), 6.00-6.28 (brs, 1H), 6.53-6.75 (brs, 2H), 7.48 (brs, 1H), 8.16 (brs, 1H)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.82-0.92 (m, 9H), 1.20-1.39 (m, 60H), 1.40-1.52 (m, 6H), 1.70-1.83 (m, 6H), 1.91 (s, 3H), 2.0 (s, 3H), 1.98-2.06 (m, 12H), 2.37-2.63 (m, 4H), 2.77-2.86 (m, 2H), 3.11 (s, 3H), 3.79-4.04 (m, 8H), 4.08-4.50 (m, 8H), 5.20 (brs, 1H), 5.30-5.50 (m, 7H), 6.08-6.20 (m, 2H), 6.28 (brs, 1H), 6.64 (brs, 2H), 7.29-7.50 (m, 2H), 8.38-9.07 (m, 2H)
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物11をオリゴヌクレオチドから除去した。
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物20を合成した。
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 1.15 (t, 3H, J = 7.2 Hz), 4.17 (q, 2H, J = 7.2 Hz), 6.21 (dd, 1H, J = 9.0 Hz, 2.4 Hz), 6.40 (d, 1H, J = 2.4 Hz), 6.97 (d, 1H, J = 9.0 Hz), 7.38 (d, 1H, J = 7.2 Hz), 7.58 (t, 1H, J = 7.2 Hz), 7.65 (t, 1H, J = 7.2 Hz), 8.09 (d, 1H, J = 7.2Hz), 12.35 (brs, 1H)
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 13.56, 61.79, 103.48, 107.81, 114.76, 127.47, 128.79, 129.69, 130.43, 132.44, 134.91, 139.98, 162.82, 165.25, 165.97, 200.98
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.95 (m, 9H), 1.06-1.39 (m, 44H), 1.41-1.50 (m, 2H), 1.74-1.85 (m, 2H), 1.95-2.11 (m, 8H), 3.65 (t, 2H, J = 6.6Hz), 3.99 (t, 2H, J = 6.0Hz), 4.11 (q, 2H, J = 7.2Hz), 5.35 (m, 4H), 6.31 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.55 (dd, 1H, J = 2.4, 8.4Hz), 7.26 (d, 1H, J = 7.8Hz), 7.43 (t, 1H, J = 7.8Hz), 7.51 (t, 1H, J = 7.8Hz), 7.93 (d, 1H, J = 7.8Hz), 8.00 (d, 1H, J = 8.4Hz)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.78-1.40 (m, 50H), 1.40-1.49 (m, 2H), 1.71-1.84 (m, 2H), 1.93-2.11 (m, 8H), 3.65 (brs, 2H), 3.91-4.04 (m, 2H), 5.29-5.41 (m, 4H), 6.32 (brs, 1H), 6.54 (brs, 1H), 7.25-7.67 (m, 3H), 7.80-8.08 (m, 2H)
以下のようにして、疑似固相保護基として化合物20を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.88 (t, 6H, J = 7.0Hz), 1.19-1.47 (m, 44H), 1.39-1.47 (m, 2H), 1.58 (s, 3H), 1.70-1.80 (m, 2H), 1.96-2.07 (m, 8H), 2.27 (dd, 1H, J = 14.4, 6.0Hz), 2.32-2.40 (m, 1H), 3.34-3.45 (m, 2H), 3.63-3.73 (m, 2H), 3.78 (s, 6H), 3.93-4.00 (m, 2H), 4.01-4.05 (m, 1H), 5.38-5.30 (m, 4H), 5.54 (d, 1H, J = 6.0Hz), 6.02-6.15 (m, 1H), 6.35 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.56 (dd, 1H, J = 8.4, 2.4Hz), 6.81 (d, 4H, J = 9.0Hz), 7.30-7.20 (m, 8H), 7.35 (d, 2H, J = 7.2 Hz), 7.42-7.48 (m, 1H), 7.51-7.57 (m, 2H), 7.94 (d, 1H, J = 7.2Hz), 8.0-7.94 (m, 1H), 7.99 (d, 1H, J = 9.0 Hz)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.93 (m, 6H), 1.05-1.39 (m, 44H), 1.41-1.49 (m, 2H), 1.75-1.83 (m, 2H), 1.90 (s, 3H), 1.98-2.06 (m, 8H), 2.14 (dd, 1H, J = 13.8, 1.8Hz), 2.43-2.57 (m, 1H), 2.75 (brs, 1H), 3.70 (t, 2H, J = 6.3Hz), 3.76-3.87 (m, 2H), 3.90-3.96 (m, 1H), 4.00 (t, 2H, J = 6.3Hz), 5.31-5.40 (m, 4H), 5.43 (m, 1H), 5.65 (dd, 1H, J = 8.4, 6.0Hz), 6.37 (d, 1H, J = 1.8Hz), 6.60 (dd, 1H, J = 8.4, 2.4Hz), 7.20 (brs, 1H), 7.25 (d, 1H, J = 7.8Hz), 7.47 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.54 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.97 (d, 1H, J = 7.8Hz), 8.01 (d, 1H, J = 8.4Hz), 8.10 (brs, 1H)
1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.81-0.93 (m, 6H), 1.04-1.39 (m, 44H), 1.40-1.50 (m, 2H), 1.76-1.83 (m, 2H), 1.87-1.91 (m, 3H), 1.93 (s, 3H), 1.97-2.06 (m, 8H), 2.20-2.29 (m, 1H), 2.32-2.58 (m, 3H), 2.72 - 2.85 (m, 2 H), 3.03-3.34 (brm, 1H), 3.67-3.75 (m, 2H), 3.81-3.90 (m, 2H), 4.01 (t, 2H, J = 6.6Hz), 4.04-4.08 (brm, 1H), 4.21-4.24 (m, 1H), 4.24-4.37 (m, 4H), 5.13-5.21 (m, 1H), 5.31-5.40 (m, 4H), 5.41-5.49 (m, 1H), 5.86-6.01 (m, 1H), 6.17 (q, 1H, J = 7.2Hz), 6.38 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.60 (d, 1H, J = 9.0Hz), 7.17-7.20 (m, 1H), 7.24-7.27 (m, 1H), 7.45 (d, 1H, J = 7.2Hz), 7.46-7.51 (m, 1H), 7.55 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.92-7.98 (m, 2H), 8.31-8.61 (brm, 2H)
MS(ESI+):[M+H]+ 2088.9655.
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物20をオリゴヌクレオチドから除去した。
以下のようにして、疑似固相保護基として化合物20を用いて、8merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
MS(ESI+):[M]+ 1785.8345.
MS(ESI+):[M+1]+ 2238.9575.
MS(ESI+):[M+1]+ 2709.6452.
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1533.5718.
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1935.1655.
以下のようにして、疑似固相保護基である化合物34を合成した。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.88 - 7.77 (m, 1H), 6.45 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 3.98 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 3.84 (s, 3H), 2.05 - 1.97 (m, 8H), 1.87 - 1.75 (m, 4H), 1.53 - 1.41 (m, 4H), 1.33 - 1.24 (m, 40H), 0.91 - 0.84 (m, 6H)
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 166.4, 163.7, 160.9, 133.8, 129.9, 112.4, 105.1, 100.3, 68.9, 68.2, 51.5, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.3, 29.2, 29.3, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 22.7, 14.1
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 10.75 (br s, 1H), 8.11 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.62 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.50 (s, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 4.19 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 4.01 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 2.02 (br s, 8H), 1.90 (quin, J = 6.9 Hz, 2H), 1.80 (quin, J = 6.8 Hz, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 4H), 1.34 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H)
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 165.3, 164.6, 159.0, 135.5, 130.0, 130.0, 129.8, 129.7, 110.3, 107.1, 99.8, 70.2, 68.6, 31.9, 29.8, 29.5, 29.4, 29.3, 29.2, 29.5, 29.1, 28.9, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 25.9, 22.7, 14.1
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.24 (d, J = 8.3 Hz, 0.7H), 7.11 (br d, J = 8.3 Hz, 0.3H), 6.47 (br d, J = 8.3 Hz, 0.7H), 6.45 - 6.36 (m, 1.3H), 5.35 (br s, 4H), 4.64 (br s, 0.7H), 4.36 - 4.27 (m, 0.3H), 3.97 - 3.90 (m, 4H), 3.76 (s, 2.7H), 3.49 (s, 1H), 3.48 - 3.34 (m, 1.3H), 2.29 - 2.17 (m, 1H), 2.07 - 1.93 (m, 10.3H), 1.88 - 1.81 (m, 0.7H), 1.79 - 1.68 (m, 4H), 1.44 (s, 4H), 1.37 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.8 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.8, 168.1, 161.3, 156.4, 130.0, 129.8, 129.8, 129.4, 105.4, 100.0, 68.6, 68.2, 58.7, 52.1, 52.0, 47.9, 46.2, 31.9, 31.2, 29.8, 29.8, 29.7, 29.5, 29.5, 29.4, 29.4, 29.3, 29.3, 29.3, 29.2, 27.2, 27.2, 27.2, 26.1, 26.0, 26.0, 24.8, 23.2, 22.7, 14.1
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.92 (s, 1H), 7.24 (br d, J = 8.3 Hz, 0.9H), 7.17 - 7.12 (m, 0.1H), 6.50 (br d, J = 8.3 Hz, 0.9H), 6.45 (s, 1H), 6.39 (s, 0.1H), 5.35 (s, 4H), 4.75 (d, J = 7.6 Hz, 0.9H), 4.35 - 4.27 (m, 0.1H), 3.99 - 3.91 (m, 4H), 3.80 - 3.68 (m, 0.2H), 3.45 (q, J = 8.1 Hz, 0.9H), 3.34 (br s, 0.9H), 2.56 - 2.50 (m, 0.9H), 2.26 - 1.93 (m, 10.1H), 1.90 - 1.83 (m, 1H), 1.81 - 1.71 (m, 4H), 1.47 - 1.37 (m, 4H), 1.34 - 1.25 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.0, 171.5, 162.1, 156.3, 130.0, 129.8, 129.8, 129.3, 117.7, 105.6, 100.0, 68.6, 68.3, 60.3, 48.8, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.4, 29.3, 29.3, 29.2, 29.2, 29.1, 27.7, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 24.6, 22.7, 14.1
以下のようにして、疑似固相保護基として化合物34を用いてオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物35の合成
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.61 (s, 0.2H), 8.55 (s, 0.8H), 7.61 (s, 0.8H), 7.51 (m, 0.2H), 7.41 - 7.33 (m, 2H), 7.31 - 7.09 (m, 6H), 7.14 - 7.07 (m, 1H), 6.84 (br d, J = 8.3 Hz, 4H), 6.50 - 6.20 (m, 3H), 5.63 (br d, J = 5.3 Hz, 0.8H), 5.37 - 5.33 (m, 4H), 5.20 - 5.11 (m, 0.2H), 4.59 - 4.56 (m, 0.8H), 4.43 - 4.33 (m, 0.2H), 4.16 (br s, 0.7H), 3.96 - 3.64 (m, 10.8H), 3.53 - 3.36 (m, 3.5H), 2.63 - 2.46 (m, 1.5H), 2.33 - 2.21 (m, 1.2H), 2.08 - 1.92 (m, 10.5H), 1.91 - 1.82 (m, 0.8H), 1.81 - 1.67 (m, 5H), 1.51 - 1.13 (m, 47H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.0, 171.5, 162.1, 156.3, 130.0, 129.8, 129.8, 129.3, 117.7, 105.6, 100.0, 68.6, 68.3, 60.3, 48.8, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.4, 29.3, 29.3, 29.2, 29.2, 29.1, 27.7, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 24.6, 22.7, 14.
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ3.96(s,2H),3.69(s,3H),2.97(t,J=7.5Hz,3H),2.67(t,J=7.5Hz,3H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.30(s,2H),5.38-5.31(m,6H),4.90(s,2H), 4.02(q,J=6.7Hz,6H), 3.69(s, 3H), 2.81(t,J=6.3Hz,2H), 2.68(t,J=6.3HZ,2H), 2.04-1.99(m,12H), 1.84-1.70(m,6H), 1.49-1.43(m,6H), 1.40-1.20(m,60H), 0.88(t,J=7.0Hz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.30(s,2H),5.38-5.31(m,6H),4.90(s,2H),4.02(q,J=6.7Hz,6H), 2.81(t,J=6.3Hz,2H),2.68(t,J=6.3HZ,2H),2.04-1.99(m,12H),1.84-1.70(m,6H),1.49-1.43(m,6H), 1.40-1.20(m,60H), 0.88(t,J=7.0Hz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3): δ 8.74(s,1H),7.60(s,1H),7.39-7.35(m,2H),7.32-7.20(m,9H),6.83(d,J=9.5Hz,4H),6.46-6.42(m,1H),5.48-5.46(m,1H),5.38-.30(m,6H),4,90(s,2H),4.15-4.12(m,1H),4.04-3.97(m,6H),3.78(s,6H),3.50-3.42(m,2H),2.86-2.75(m,2H),2.68(t,J=6.3Hz,2H),2.50-2.40(m,2H),2.09-1.90(m,12H),1.84-1.70(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.40-1.20(m,67H),0.88(t,J=7.0Hz,3H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.77(s,2H),5.39-5.30(m,6H),4.65-4.60(m,1H),3.97(q,J=6.5MHz,6H),3.96-3.88(m,1H),3.78(s,3H),3.72-3.64(m,1H),3.63-3.55(m,1H),2.36-2.26(m,1H),2.01-2.95(m,13H),1.93-1.84(m,1H),1.83-1.68(m,6H),1.52-1.40(m,6H),1.38-1.20(m,60H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.73(s,2H),5.39-5.30(m,6H),4.81-4.72(1H),3.98(q,J=6.3MHz,6H),3.70-3.62(m,1H),3.59-3.48(m,1H),2.60-2.50(m,1H),2.19-2.07(m,1H),2.06-1.95(m,13H),1.95-1.85(m,1H),1.84-1.69(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.38-1.20(m,60H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3): δ 8.94(s,1H),7.60(s,1H),7.40-7.35(m,2H),7.32-7.20(m,9H),6.83(d,J=9.5Hz,4H),6.78(s,2H),6.50(m,1H),5.62(m,1H),5.39-5.30(m,6H),4.60-4.55(m,1H),4.12(s,1H),4.00-3.90(m,6H),3.79(s,6H),3.71-3.55(m,2H),3.54-3.44(m,2H),2.63-2.46(m,1H),2.54-2.44(m,1H),2.40-2.30(m,1H),2.20-1.85(m,15H),1.84-1.60(m,6H), 1.65-1.20(m,69H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.56(s,2H),5.41-5.29(m,6H),4.15-4.09(m,1H),3.95(q,J=6.8MHz,6H),3.71(s,3H),3.11-2.91(m,2H),2.64-2.54(m,1H),2.07-1.88(m,13H),1.82-1.66(m,7H),1.51-1.41(m,6H),1.38-1.20(m,62H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.56(s,2H),5.41-5.29(m,6H),4.15-4.09(m,1H),3.95(q,J=6.5MHz,6H),3.71(s,3H),3.11-2.95(m,2H),2.69-2.60(m,1H),2.06-1.90(m,13H),1.82-1.70(m,8H),1.50-1.40(m,6H),1.39-1.20(m,60H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.99(s,1H),7.61(s,1H),7.39-7.36(m,2H),7.33-7.21(m,9H),6.84(d,J=8.5Hz,4H),6.56(s,2H),6.44-6.39(m,1H),5.50-5.45(m,1H),5.40-5.30(m,6H),4.06-4.10(m,1H),4.00-3.90(m,6J),3.79(m,6H),3.54-3.43(m,2H),3.10-2.90(m,2H),2.65-2.55(m,1H),2.50-2.40(m,2H),2.10-1.90(m,13H),1.84-1.69(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.40-1.20(m,66H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
MS(ESI+):[M+H]+ 768.3470.
窒素雰囲気下、別の反応容器に化合物58(136.7mg、0.178mmol)、トルエン(0.86mL)及びピリジン(0.86mL)を加え溶液とした。更にDIPEA(0.14mL、0.81mmol)及びモレキュラーシーブス4A(200mg)を加えて、30分攪拌した。上記で調製した化合物20の酸クロライドを含む溶液を添加し、室温で45分攪拌した。DMAP(2mg、0.0162mmol)を加えて室温で更に20分攪拌した後、45℃へ昇温し1時間30分攪拌した。反応液を室温付近へ冷却後、飽和重曹水及び酢酸エチルを加えて攪拌し、分液した。得られた有機層を飽和食塩水で洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥し濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、粘性の高い無色油状物として化合物59(124mg、収率51%)を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1508.9227.
MS(ESI+):[M+H]+ 1563.8636.
MS(ESI+):[M+H]+ 1570.1425.
MS(ESI+):[M+H]+ 1978.5303.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.88 - 7.77 (m, 1H), 6.45 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 3.98 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 3.84 (s, 3H), 2.05 - 1.97 (m, 8H), 1.87 - 1.75 (m, 4H), 1.53 - 1.41 (m, 4H), 1.33 - 1.24 (m, 40H), 0.91 - 0.84 (m, 6H)
13C-NMR (500MHz, CDCl3) δ 166.4, 163.7, 160.9, 133.8, 129.9, 112.4, 105.1, 100.3, 68.9, 68.2, 51.5, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.3, 29.2, 29.3, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 22.7, 14.1
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ 10.75 (br s, 1H), 8.11 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.62 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.50 (s, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 4.19 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 4.01 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 2.02 (br s, 8H), 1.90 (quin, J = 6.9 Hz, 2H), 1.80 (quin, J = 6.8 Hz, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 4H), 1.34 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H)
13C-NMR (500MHz, CDCl3) δ 165.3, 164.6, 159.0, 135.5, 130.0, 130.0, 129.8, 129.7, 110.3, 107.1, 99.8, 70.2, 68.6, 31.9, 29.8, 29.5, 29.4, 29.3, 29.2, 29.5, 29.1, 28.9, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 25.9, 22.7, 14.1
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-0.91 (m, 6H), 1.24-1.33 (m, 35H), 1.43 (s, 3H), 1.72-1.81 (m, 5H), 1.96-2.05 (m, 9H), 2.50-2.55 (m, 1H), 2.93 (br t, J = 12.14 Hz, 1H), 3.04 (br s, 1H), 3.49-3.57 (m, 1H), 3.69 (s, 3H), 3.90-3.99 (m, 3H), 4.59 (br t, J = 14.66 Hz, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 6.40-6.48 (m, 2H), 7.11 (br d, J = 8.51 Hz, 0.3H) , 7.16 (br d, J = 8.20 Hz, 0.7H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.13, 22.69, 26.00, 26.05, 27.21, 27.24, 28.04, 29.17, 29.24, 29.34, 29.38, 29.48, 29.54, 29.78, 29.78, 30.33, 31.92, 41.04, 4.18, 51.83, 68.19, 68.34, 68.53, 99.82, 9.86 105.44, 05.44, 125.53, 129.81, 130.00, 168.00, 174.79.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (td, J = 7.01, 1.73 Hz, 6H), 1.22-1.35 (m, 42H), 1.39-1.45 (m, 2H), 1.49-1.60 (m, 1H), 1.83-1.93 (m, 1H), 1.97-2.04 (m, 8H), 2.23-2.33 (m, 1H), 2.65-2.76 (m, 1H), 2.87-2.98 (m, 1H), 3.42 (br d, J = 10.09Hz, 1H),
3.85 (br s, 4H), 4.48 (br d, J = 8.83 Hz, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 7.14 (br d, J = 7.88 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 22.69, 25.79, 26.19, 27.25, 29.04, 29.12, 29.33, 29.39, 29.59, 29.67, 29.70, 29.82, 29.93, 30.32, 31.92, 42.23, 44.19, 47.39, 68.14, 68.38, 99.61, 105.54, 118.16, 129.56, 129.75, 129.90, 129.95, 155.92, 161.28, 168.20, 182.53.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.83-0.91 (m, 6H), 1.23-1.34 (m, 38H), 1.36 (br s, 7H), 1.37-1.52 (m, 5H), 1.65-1.81 (m, 7H), 1.97-2.05 (m, 9H), 2.39-2.48 (m, 2H), 2.50-2.58 (m, 1H), 2.85-2.94 (m, 1H), 3.43-3.52 (m, 2H), 3.79 (s, 6H), 3.88-4.00 (m, 4H), 4.04-4.09 (m, 1H), 4.65 (br s, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 5.47 (br s, 1H), 6.42 (br s, 2H), 6.47(br d, J = 8.20 Hz, 1H), 6.83 (d, J = 8.51 Hz, 4H), 7.23-7.31 (m, 8H), 7.37 (br d, J = 7.57 Hz, 2H), 7.59-7.62 (m, 1H), 8.21-8.32 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 11.59, 14.12, 22.68, 26.04, 27.20, 27.22, 29.24, 29.28, 29.32, 29.38, 29.47, 29.53, 29.77, 31.90, 55.26, 68.20, 76.90, 77.12, 84.30, 87.26, 105.50, 113.34, 27.28, 128.06, 128.13, 129.79, 129.80, 130.00, 130.09, 135.33, 158.82.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.91 (m, 6H), 1.24-1.46 (m, 48H), 1.73-1.80 (m, 4H), 2.02 (br s, 10H), 2.31-2.46 (m, 2H), 2.57 (br s, J = 10.40 Hz, 1H), 2.89-2.98 (m, 1H), 3.57 (br s, 1H), 3.88-4.06 (br s, 4H), 4.60-4.69 (m, 1H), 5.32-5.39 (m, 5H), 6.22-6.26 (m, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.18 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.53-7.56 (m, 1H), 8.54-8.65 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.58, 14.12, 22.68, 25.95, 26.04, 27.20, 27.22, 29.16, 29.24, 29.32, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 62.59, 68.20, 75.09, 85.20, 85.93, 105.51, 111.44, 129.79, 130.00, 150.31.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (t, J = 6.78 Hz, 6H), 1.25-1.48 (m, 44H), 1.75-1.82 (m, 4H), 1.86-1.93 (m, 3H), 2.01 (br s, 8H), 2.38-2.43 (m, 2H), 2.43-2.62 (m, 3H), 2.82 (br t, J = 5.36 Hz, 2H), 2.87-2.97 (m, 1H), 3.50-3.64 (m, 1H), 3.84-4.01 (m, 6H), 4.14 (br s, 1H), 4.23 (br dd, J = 7.41, 2.36 Hz, 1H), 4.29-4.36 (m, 2H), 4.39 (br s, 2H), 4.62-4.70 (m, 1H), 5.18-5.24 (m, 1H), 5.30-5.40 (m, 5H), 6.12-6.21 (m, 1H), 6.25 (br d, J = 6.62 Hz, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.15-7.21 (m, 1H), 7.35 (br dd, J = 3.15, 1.89 Hz, 1H), 7.46 (d, J = 6.18 Hz, 1H), 9.03 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.52, 14.12, 22.68 26.05, 2720, 27.22, 29.25, 29.28, 29.32, 29.38, 29.48, 29.52, 29.77, 31.91, 41.02, 68.23, 76.89, 76.90, 105.57, 129.89.
HRMS (ESI): m/z calculated for C72H111N6O16P: [M + H]+ : 1347.7794; found, 1347.7795
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.90 (m, 6H), 1.11-1.15 (m, 1H), 1.22-1.35 (m, 18H), 1.36-1.48 (m, 2H), 1.70-1.92 (m, 5H), 1.98-2.04 (m, 4H), 2.40 (bd dd, J = 6.94, 4.41 Hz, 1H), 2.52-2.60 (m, 1H), 2.83 (br s, 2H), 2.86-2.94 (m, 1H), 3.51-3.60 (m, 1H), 3.84-4.00 (m, 3H), 4.06-4.22 (m, 1H), 4.32 (br s, 4H), 4.59-4.67 (m, 1H), 5.22 (br s, 1H), 6.14-6.26 (m, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.40-7.61 (m, 2H), 7.93 (br d, J= 7.57 Hz, 1H), 7.93 (br d, J = 7.57 Hz, 1H), 8.34 (br dd, J = 17.18, 8.04 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.41, 14.12, 19.25, 19.77, 19.77, 19.81, 22.68, 25.92, 26.06, 27.22, 27.22, 29.14, 29.26, 29.31, 29.40, 29.49, 29.52, 29.66, 29.77, 31.91, 40.99, 62.84, 68.25, 105.57, 127.38, 128.02, 128.02, 128.63, 128.83, 129.90, 168.18.
HRMS (ESI): m/z calculated for C91H130N10O23P2: [M + H]+ : 1793.8786; found, 1793.8833
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-.90 (m, 6H), 1.16-1.24 (m, 5H), 1.24-1.33 (m, 21H), 1.34-1.47 (m, 6H), 1.98-2.04 (m, 5H), 2.08-2.26 (m, 3H), 2.33-2.41 (m, 1H), 2.49-2.61 (m, 1H), 2.73-2.96 8m, 5H), 3.50-3.62 (m, 1H), 3.74-3.84 (m, 1H), 3.88-3.95 (m, 2H), 3.98 (br s, 1H), 4.09-4.19 (m, 1H), 4.24 (br d, J = 5.36 Hz, 1H), 4.32 (br s, 3H), 4.41-4.51 (m, 1H), 4.62 (br dd, J = 3.31, 2.05 Hz, 1H), 5.15-5.30 (m, 1H), 5.30-5.39 (m, 3H), 6.12-6.26 (m, 1H), 6.42 (s, 1H), 6.47 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.40-7.58 (m, 2H), 7.89-7.94 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 22.67, 26.06, 27.22, 29.25, 29.31, 29.41, 29.48, 29.51, 29.76, 30.33, 31.90, 129.76, 129.79, 130.00, 130.00.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.86 (br d, J = 6.62 Hz, 12H), 1.18-1.40 (m, 78H), 1.43 (s, 14H), 1.78-1.93 (m, 6H), 2.01 (br s, 12H), 2.27 (s, 2H), 2.56-2.63 (m, 3H), 2.70-2.93 (m, 12H), 3.69-3.87 (m, 6H), 3.87-3.93 (m, 5H),4.30-4.45 (m, 8H), 4.46-4.68 (m, 4H), 5.28 (br s, 1H), 5.35 (br s, 6H), 6.98 (s, 1H), 7.12-7.25 (m, 2H), 7.39-7.54 (m, 6H), 7.56 (br s, 4H), 7.64-7.68 (m, 2H), 7.74-7.89 (m, 2H), 7.91-7.97 (m, 1H), 8.02 (br d, J = 6.94 Hz, 5H), 8.09 (br d, J = 8.83 Hz, 1H), 8.40 (br s, 2H), 8.78 (br s, 2H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.19, 21.19, 22.67, 26.08, 27.22, 27.22, 29.26, 29.31, 29.43, 29.51, 29.77, 30.33, 31.90, 34.24, 55.26, 67.98, 113.18, 113.57, 125.52, 127.78, 127.85, 128.26, 129.15, 129.75, 129.79, 129.99, 132.58, 135.80, 151.52.
HRMS (ESI): m/z calculated for C128H170N22O36P4: [M + 2H]2+ : 1358.5628; found, 1358.5629
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.86 (br d, J = 6.94 Hz, 6H), 1.19-1.38 (m, 40H), 1.41 (dt, J = 4.10, 2.05 Hz, 4H), 1.43 (s, 8H), 2.01 (br s, 4H), 2.27 (s, 4H), 2.48-2.70 (m, 12H), 2.75-2.83 (m, 4H), 3.80 (s, 4H), 3.83-3.99 (m, 1H), 4.09-4.14 (m, 1H), 5.32-5.36 (m, 1H), 6.36-6.44 (m, 1H), 6.68-6.85 (m, 1H), 6.93-6.98 (m, 1H), 7.09-7.32 (m, 4H), 7.34-7.57 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 21.19, 22.68, 23.86, 26.08, 27.22, 27.22, 29.26, 29.31, 29.43, 29.52, 29.70, 29.77, 30.34, 31.90, 34.07, 34.24, 55.26, 70.65, 81.45, 113.18, 113.57, 125.52, 127.08, 127.78, 127.85, 128.19, 128.26, 129.15, 129.77, 129.80, 130.00, 135.80, 139.49, 147.35, 158.66.
HRMS (ESI): m/z calculated for C141H186N25O43P5: [M + 2H]2+ : 1537.0990; found, 1537.0990
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (t, J = 6.94 Hz, 6H), 1.24-1.47 (m, 45H), 1.50-1.57 (m, 1H), 1.71-1.84 (m, 9H), 1.88-1.95 (m, 4H), 2.01 (br s, 8H), 2.30-2.54 (m, 4H), 2.55-2.63 (m, 1H), 2.75-2.86 (m, 3H), 2.88-2.98 (m, 1H), 3.01-3.12 (m, 1H), 3.54-3.60 (m, 1H), 3.84-3.97 (m, 6H), 4.15 (br s, H), 4.24 (br s, 1H), 4.26-4.37 (m, 3H), 4.41 (br s, 1H), 4.65 (br s, H), 5.20-5.27 (m, H), 5.29-5.39 (m, 5H), 6.14-6.20 (m, 1H), 6.29 (br s, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.19 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.35 (br d, J = 7.57 Hz, 1H), 8.99 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.54, 14.11, 22.67, 26.05, 27.21, 27.21, 9.24, 29.28, 29.31, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 40.93, 41.00, 62.14, 62.79, 62.96, 68.23, 86.66, 105.56, 111.44, 111.83, 129.89, 136.59, 150.41, 156.12, 163.52, 63.60, 168.13.
HRMS (ESI): m/z calculated for C72H111N6O15PS: [M + H]+ : 1363.7566; found, 1363.7658
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (br t, J = 6.46 Hz, 6H), 1.23-1.44 (m, 50H), 1.72-1.81 (m, 8H), 1.83-1.97 (m, 12H), 1.98-2.04 (m, 8H), 2.32-2.54 (m, 4H), 2.54-2.62 (m, 2H), 2.68-2.84 (m, 6H), 2.84-2.97 (m, 3H), 3.47-3.64 (m, 1H), 3.73-3.82 (m, 4H), 3.85-4.01 (m, 6H), 4.13-4.19 (m, 1H), 4.19-4.26 (m, 1H), 4.29-4.48 (m, 8H), 4.63 (br d, J = 3.78 Hz, 1H), 5.17 (br s, 1H), 5.19-5.24 (m, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 6.15-6.18 (m, 1H), 6.19-6.28 (m, 2H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 6.79-6.87 (m, 2H), 7.15-7.25 (m, 2H), 7.27-7.45 (m, 4H), 7.45-7.62 (m, 5H), 7.89-7.97 (m, 2H), 8.32 (br dd, J = 7.25, 3.78 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.48, 14.12, 19.56, 22.68, 26.06, 27.23, 29.40, 29.26, 29.26, 29.31, 29.49, 29.49, 29.52, 29.78, 31.91, 32.61, 55.26, 55.33, 68.25, 113.19, 113.53, 127.78, 127.85, 127.96, 127.98, 128.63, 128.70, 128.86, 129.00, 129.30, 129.90.
HRMS (ESI): m/z calculated for C91H130N10O21P2S2: [M + H]+ : 1825.8329; found, 1825.8406
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-0.91 (m, 6H), 1.17-1.35 (m, 40H), 1.37-1.46 (m, 2H), 1.71-1.82 (m, 5H), 1.88-1.98 (m, 8H), 1.98-2.03 (m, 6H), 2.06-2.14 (m, 1H), 2.32-2.53 (m, 3H), 2.55-2.62 (m, 1H), 2.70-2.80 (m, 2H), 2.81-2.90 (m, 5H), 2.95-3.01 (m, 1H), 3.25 (d, J = 14.50 Hz, 1H), 3.75-3.96 (m, 7H), .14-4.26 (m, 1H), 4.34 (br s, 5H), 4.39-4.44 (m, 1H), 4.46-4.54 (m, 1H), 4.62 (br dd, J 7.09, 5.20 Hz, 1H), 5.12-5.31 (m, 2H), 5.31-5.39 (m, 3H), 6.12-6.28 (m, 2H), 6.82-6.87 (m, 1H), 7.15-7.20 (m, 1H), 7.28-7.49 (m, 4H), 7.51-7.58 (m, 1H), 7.70-7.89 (m, 2H), 8.02 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.62, 22.68, 26.06, 27.23, 29.18, 29.26, 29.31, 29.41, 29.49, 29.52, 29.67, 29.77, 31.91, 32.61, 55.33, 76.58, 113.53, 127.38, 127.96, 127.98, 128.26, 128.64, 129.30, 129.90.
HRMS (ESI): m/z calculated for C108H151N16O27P3S3: [M + H]+ : 2293.9310; found, 2293.9310
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (br t, J = 6.46 Hz, 6H),1.10-1.33 (m, 54H), 1.34-1.46 (m, 6H), 1.7-1.80 (m, 2H), 1.81-1.99 (m,6H), 1.99-2.04 (m, 3H), 2.06 (s, 1H), 2.07-2.15 (m, 1H), 2.22-2.36 (m, 1H), 2.36-2.42 (m, 1H), 2.51-2.66 (m, 1H), 2.73-2.96 (m, 4H), 3.75-3.84 (m, 1H), 3.86-3.96 (m, 2H), 4.11-4.20 (m, 1H), 4.23 (br s, 1H), 4.26-4.47 (m, 6H), 4.49-4.60 (m, 1H), 4.60-4.67 (m, 1H), 5.11-5.30 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 2H), 6.05-6.26 (m, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.47 (br d, J = 8.51 Hz, 1H), 7.27-7.45 (m, 2H), 7.46-7.64 (m, 2H), 7.86 (br d, J = 5.99 Hz, 1H), 8.04 (br d, J = 7.25 Hz, 1H), 9.62-9.74 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.63, 21.19, 22.68, 26.06, 27.22, 27.22, 29.13, 29.13, 29.26, 29.26, 29.31, 29.40, 29.48, 29.52, 29.66, 29.77, 30.33, 31.91, 34.23, 68.25, 113.19, 125.52, 127.85, 128.27, 128.72, 129.15, 129.90, 135.81.
HRMS (ESI): m/z calculated for C128H170N22O32P4S4: [M + 2H]2+ : 1390.5171; found, 1390.5170
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 1.02 (s, 9H), 1.99-2.05 (m, 1H), 2.67-2.74 (m, 1H), 3.08 (dd, J = 10.56, 3.63 Hz, 1H), 3.29 (dd, J = 10.56, 2.68 Hz, 1H), 3.79 (dd, J = 2.21 Hz, 6H), 4.10-4.18 (m, 1H), 4.47-4.51 (m, 1H), 6.36 (t, J = 5.83 Hz, 1H), 6.75-6.79 (m, 4H), 7.12 (dd, J = 8.83, 1.26 Hz, 5H), 7.21 (m, 1H), 7.30 (t, J = 7.43 Hz, 2H), 7.34-7.38 (m, 2H), 7.40-7.45 (m, 2H), 7.51 (t, J = 7.49 Hz, 2H), 7.55-7,62 (m, 5H), 7.82-7.90 (m, 2H), 8.14 (br d, J= 6.94 Hz, 1H), 8.59 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 19.03, 26.83, 42.24, 55.23, 62.50, 72.64, 86.82, 86.95, 113.21, 127.04, 127.87, 12792, 128.16, 129.03, 129.97, 130.03, 130.06, 132.93, 133.02, 133.10, 135.18, 135.32, 135.70, 144.03, 158.61.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 1.00 (s, 9H), 1.26 (t, J = 7.09 Hz, 1H), 1.85 (s, 1H), 1.96 (dt, J= 13.24, 5.99 Hz, 1H), 2.04 (s, 1H), 2.53-2.59 (m, 1H), 3.04 (dd, J = 10.56, 3.31 Hz, 1H), 3.28 (dd, J = 10.40, 2.84 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 4.06-4.14 (m, 1H), 4.45-4.49 (m, 1H), 5.19 (d, J = 7.25 Hz, 1H), 6.36 (t, J = 5.99 Hz, 1H), 6.71-7\6.76 (m, 4H), 7.09-7.13 (m, 34H), 7.18-7.22 (m, 5H), 7.25-7.30 (m, 3H), 7.32-7.36 (m, 2H), 7.37-7.45 (m, 2H), 7.53-7.59 (m, 4H), 7.81 (d, J = 7.57 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 19.03,26.82, 42.08, 55.24, 62.48, 72.51, 6.23, 86.29,86.62, 93.27, 113.12, 126.90, 127.79, 127.82, 128.19, 129.87, 129.94, 130.06, 130.11, 133.05, 133.12, 135.34, 135.41, 135.70, 141.73, 144.32, 155.70, 158.52, 158.52, 165.30.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (bd t, J = 6.94 Hz, 6H), 1.01 (s, 9H), 1.24-1.34 (m, 37H), 1.42-1.46 (m, 2H), 1.70-1.82 (m, 7H), 1.92-2.05 (m, 10H), 2.49-2.58 (m, 1H), 2.63-2.70 (m, 1H), 2.83 (br d, J = 11.03 Hz, 1H), 3.06 (br d, J = 10.40 Hz, 1H), 3.28 (br d, J = 10.40Hz, 1H), 3.57-3.65 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.87-4.00 (m, 4H), 4.16 (br s, 1H), 4.45 (br s, 1H), 4.71-4.80 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 4H), 6.30 (t, J =5.83 Hz, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.46-6.50 (m, 1H), 6.75 (dd, J = 8.99, 3.00 Hz, 4H), 7.10 (br d, J = 7.88 Hz, 5H), 7.28-7.36 (m, 4H), 7.42 (q, J = 7.46 Hz, 2H), 7.54-7.60 (m, 4H), 8.09 (br d, J = 7.25 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.03, 22.68, 26.05, 26.81, 27.22 29.24, 29.27, 29.32, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 42.20, 55.21, 113.19, 127.86, 127.86, 127.90, 18.15, 129.80, 130.01, 135.67, 158.59.
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (t, J = 6.62 Hz, 6H), 1.08 (s, 9H), 1.24-1.34 (m, 40H), 1.35-1.47 (m, 6H), 1.72-1.80 (m, 6H), 2.01 (br s, 8H), 2.19-2.34 (m 2H), 2.40-2.46 (m, 1H), 2.57-2.78 (m, 2H), 2.79-2.95 (m, 1H), 2.96 (s, 1H), 3.60 (br d, J = 12.61 Hz, 1H), 3.64-3.82 (m, 3H), 3.84-3.95 (m, 3H), 3.98-4.20 (m, 2H), 4.30-4.37 (m, 1H), 5.06-5.15 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 2H), 6.04-6.14 (m, 1H), 6.31 (br s, 1H), 6.46-.49 (m, 1H), 6.83 (d, J 8.75 Hz, 1H), 7.12-7.22 (m, 1H), 7.23-7.38 (m, 2H), 7.38-7.50 (m, 4H), 7.60-7.66 (m, 2H), 8.88-9.05 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.00, 22.68, 26.05, 26.83, 27.20, 27.23, 29.25, 29.32, 29.39, 29.48, 29.52, 29.77, 31.90, 5.25, 68.20, 113.17, 127.07, 127.95, 128.12, 129.14, 129.80, 129.99, 130.27, 135.72.
HRMS (ESI): m/z calculated for C87H128N7O14PSSi: [M + H]+ : 1586.8747; found, 1586.8832
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (t, J = 6.46 Hz, 6H), 1.04-1.11 (m, 9H), 1.25-1.34 (m, 40H), 1.38 (br d, J = 6.62 Hz, H), 1.43 (s, 2H), 1.76 (br s, 6H), 1.83-1.84 (m, 1H), 1.86-1.93 (m, 4H), 1.95-2.03 (m, 9H), 2.27 (s, 1H), 2.35-2.55 (m, 2H), 2.63-2.86 (m, 8H), 2.96 (s, 1H), 2.96-3.03 (m, 1H), 3.21-3.32 (m, 1H), 3.53-3.66 (m, 1H), 3.72-3.81 m, 6H), 3.84-4.04 (m, 8H), 4.14-4.36 (m, 7H), 5.10 (br d, J = 5.99 Hz, 1H), 5.32-5.39 (m, 4H), 6.02-6.14 (m, 1H), 6.16-6.33 (m, 2H), 6.79-6.86 (m, 3H), 7.13-7.21 (m, 3H), 7.25-7.34 (m, 7H), 7.35-7.52 (m, 10H), 7.57-7.66 (m, 5H), 7.87-7.97 (m, 3H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.00, 22.67, 26.05, 26.83, 27.20, 27.23, 29.25, 29.31, 29.40, 29.48, 29.52, 29.77, 31.90, 55.25, 55.32, 113.18, 113.52, 127.07, 130.27, 135.71, 139.47, 158.64.
HRMS (ESI): m/z calculated for C106H147N11O20P2S2Si: [M + H]+ : 2048.9510; found, 2048.9567
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.90 (m, 6H), 1.05-1.10 (m, 9H), 1.19-1.38 (m, 57H), 1.73-1.93 (m, 2H), 1.95-2.03 (m, 12H), 2.05 (s, 6H), 2.08 (br d, J = 6.94 Hz, 1H), 2.30-2.52 (m, 6H), 2.67-2.90 (m, 12H), 2.91-3.04 (m, 6H), 3.22-3.32 (m, 1H), 3.73-3.96 (m, 2H), 4.17-4.26 (m, 1H), 4.32 (br s, 1H), 4.37 (br s, 1H), 4.46-4.54 (m, 1H), 5.01-5.18 (m, 1H), 5.32-5.39 (m, 1H), 6.14-6.33 (m, 1H), 6.79-6.87 (m, 1H), 7.15-7.25 (m, 1H) , 7.27-7.45 (m, 1H), 7.45-7.50 (m, 1H), 7.55 (br dd, J = 16.39, 7.25 Hz, 1H), 7.63 (br d, J = 6.62 Hz, 1H), 7.75-7.91 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 18.96, 19.01, 21.76, 22.67, 26.05, 26.84, 27.21, 27.22, 27.23, 29.25, 29.31, 29.40, 29.48, 29.51, 29.77, 31.90, 55.32, 77.41, 113.18, 113.52, 127.94, 127.98, 128.06, 128.25, 129.14, 129.28, 129.80, 129.98, 130.27, 135.62, 135.71.
窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、4.26g、4.62mmol)、DMF(180mL)、THF(20mL)、Methyl 2-Aminobenzoate(0.91g、6.02mmol)、COMU(2.57g、6.00mmol)及びDIPEA(2.58ml、15.2mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物88を無色の油状物として取得した(2.55g、収率52%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ8.12-8.04(m,2H),7.85-7.76(m,2H),7.47(t,J=8.0MHz,1H),7.05(s,2H),5.39-5.31(m,6H),4.07-3.99(m,6H),3.93(s,3H),2.05-1.98(m,12H),1.88-1.69(m,6H),1.58-1.20(m,66H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ8.21-8.13(m,2H),7.93-7.86(m,2H),7.50(t,J=8.0MHz,1H),7.09(s,2H),5.39-5.31(m,6H),4.08-4.00(m,6H),2.07-1.96(m,12H),1.88-1.71(m,6H),1.58-1.20(m,63H),0.87(t,J=6.8MHz,9H)
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ 8.18-8.13(m,1H),8.06-8.00(m,2H),7.91(s,1H),7.85-7.80(m,1H),7.67(s,1H),7.49(t,J=8.0MHz,1H),7.44-7.40(m,2H),7.35-7.20(m,9H),7.01(s,2H),6.85(d,J=8.0MHz,4H),6.55-6.50(m,1H),5.73-5.70(m,1H),5.40-5.31(m,6H),4.32-4.28(m,1H),4.08-3.99(m,6H),3.80(s,6H),3.60-3.52(m,2H),2.66-2.52(m,2H),2.08-1.95(m,12H),1.88-1.72(m,6H),1.57-1.20(m,67H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.94(s,2H),6.05(t,J=6MHz,1H),5.41-5.29(m,6H),3.66(s,3H),3.30(t,J=6.4MHz,2H),2.32-2.20(m,1H),2.08-1.94(m,14H),1.93-1.85(m,2H),1.84-1.67(m,6H),1.67-1.52(m,1H),1.53-1.17(74H),1.15-0.97(m,2H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.94(s,2H),6.06(t,J=6MHz,1H),5.40-5.28(m,6H),4.05-3.94(m,6H),3.31(t,J=6.4MHz,2H),2.35-2.24(m,1H),2.11-1.94(m,14H),1.93-1.84(m,2H),1.84-1.66(m,6H),1.65-1.61(m,1H),1.51-1.15(m,69H),1.94-0.94(m,2H),0.88(t,J=6.8MHz,3H)
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ8.33-8.15(m,1H),7.49(s,1H),6.93(s,2H),6.25-6.20(m,1H),6.01(t,J=3.8MHz,1H),5.39-5.29(m,9H),4.05-3.86(m,9H),3.30(t,J=4.4MHz,2H),2.49-2.24(m,4H),2.13-1.95(m,12H),1.95-1.87(m,4H),1.86-1.68(m,6H),1.64-1.55(m,3H),1.53-1.17(m,73H),1.16-1.10(m,2H),0.87(t,J=4.6MHz,3H)
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.91(s,2H),6.77(d,J=8MHz,1H),5.40-5.29(m,6H),4.06-3.87(m,7H),3.69(s,3H),2.34-2.22(m,1H),2.22-2.12(m,2H),2.12-1.93(m,14H),1.92-1.59(m,6H),1.53-1.40(m,6H),1.40-1.16(m,64H),0.88(t,J=7MHz,9H)
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ7.59(m,1H),6.91(s,2H),6.30-6.25(m,1H),6.03-5.84(m,1H),5.42(m,7H),4.06-4.01(m,1H),4.01-3.85(m,9H),2.45-2.24(m,3H),2.21-2.11(m,2H),2.10-2.02(m,2H),2.02-1.93(m,12H),1.92-1.85(m,3H),1.83-1.67(m,6H),1.64-1.52(m,1H),1.50-1.38(m,4H),1.38-1.04(m,67H),0.86(t,J=4.8MHz,9H)
1H NMR (300 MHz, CDCl3) δ 6.58 (2H, s), 5.40-5.30 (6H, m), 4.19-4.05 (2H, m), 3.96 (6H, t, J = 6.5 Hz), 3.21-2.92 (2H, m), 2.59-2.44 (1H, m), 2.14-1.98 (12H, m), 1.84-1.66 (8H, m), 1.61-1.08 (73H, m), 0.88 (9H, t, J = 6.9 Hz); 13C{1H} NMR (125 MHz, CDCl3) δ 176.4, 170.8, 153.3, 140.9, 139.5, 130.1, 130.0, 105.7, 73.6, 69.4, 60.9, 32.1, 30.0, 29.7, 29.6, 29.5, 27.4, 26.3, 22.9, 14.4, 14.3.
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 6.58 (2H, s), 5.37-5.32 (6H, m), 3.97-3.94 (6H, m), 3.17-3.02 (2H, m), 2.62-2.49 (1H, m), 2.16-2.14 (1H, m), 2.03-2.00 (12H, m), 1.81-1.71 (8H, m), 1.50-1.43 (6H, m), 1.33-1.26 (64H, m), 0.88 (9H, t, J = 6.9 Hz); 13C{1H} NMR (100 MHz, CDCl3) δ 177.8, 171.0, 153.3, 139.6, 130.5, 130.1, 129.9, 105.8, 73.6, 69.4, 32.1, 30.5, 30.0, 29.9, 29.8, 29.7, 29.6, 29.5, 27.4, 26.3, 22.8, 14.3.
MS(ESI+):[M+1]+ 1501.9947.
MS(ESI+):[M + 2H]2+ 1387.1904.
Claims (43)
- 以下の式(1)で表される化合物又はその塩:
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成してもよく、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成してもよく、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sである(ここで、sは1~5の整数である)。但し、Yが単結合の場合は、Zは単結合ではない。)。 - 前記式(2)において、mは0であり、Xは、NR1、O又はSを表す(ここで、R1は、H、又はC1-6アルキル基である。)、請求項2に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(2)において、mは1であり、XはNR1、O又はSを表す(ここで、R1は、H、又はC1-6アルキル基である。)、請求項2に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(2)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項2~4のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、mは0であり、uは0、又は1~3の整数であり、XはCを表す、請求項6に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項7に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、uは0、1又は2であり、XはNを表し、Xを含む環Aは置換基を有してもよい窒素原子を一つ含む5~7員の複素環を表し、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項6に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、mは0である、請求項9に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいピロリジン又はピペリジンであり、置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアルキル基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項9に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項6~11のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
- 前記式(4)において、mは0である、請求項13に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項13に記載の化合物又はその塩。
- 前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項13~15のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
- 前記Raは、独立してそれぞれ、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)からなる群より選ばれる化合物に由来する不飽和炭化水素基である、請求項17に記載の化合物又はその塩。
- 以下の式(I)で表されるヌクレオチド:
[式中、
oは、0以上の任意に整数を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(II)で表されるヌクレオチド:
[式中、
oは、0以上の任意に整数を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]。 - 式(I)又は式(II)におけるTgは、以下の式(6):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す、請求項19に記載のヌクレオチド。 - 以下の式(V)或いは式(VI)で表されるヌクレオチド:
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII)で表されるヌクレオチド:
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]。 - 式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるTgは、以下の式(6):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す、請求項21に記載のヌクレオチド。 - 式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基であって、フッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基は、アルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基であり、式(II)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
- 式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるBaseは、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、水酸基、アミノ基、モノアルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、カルボキシ基、シアノ基及びニトロ基からなる群から選ばれる1-3個の置換基で置換されてもよい、ピリミジン塩基又はプリン塩基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
- 式(I)、式(V)又は式(VI)におけるDは、メチル基、ベンジル基、p-メトキシベンジル基、tert-ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、2-テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基(TBS)、[(トリイソプロピルシリル)オキシ]メチル基、又は1-(4-クロロフェニル)-4-エトキシピペリジン-4-イル基で保護されていてもよい水酸基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
- 以下の工程(A1)-(A3):
(A1)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(A2)工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(A3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。 - 前記担体保護基は、以下の式(6):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、請求項26に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - 工程(A1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である請求項26又は27に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - さらに、下記工程(A4)を含む請求項26又は27に記載の方法、
(A4)工程(A1)もしくは(A3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。 - さらに、下記工程(A5)を含む、請求項29に記載の方法、
(A5)工程(A4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。 - 以下の式(I):
[式中、
oは、0以上の任意に整数を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0,1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(II):
[式中、
oは、0以上の任意に整数を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0,1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
*は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を還元処理、ヒドラジンもしくはアルキルヒドラジンとの反応、又は加水分解することにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(III):
(式中、Base、D、R2、Q1、及びWの定義は式(I)と同様であり、W/Hは、W又は水素を表し、5’側がWの場合、3’側は水素であり、一方、5’側が水素の場合、3’側はWである。)
、又は以下の式(IV):
(式中、Base、R2、V、及びW’の定義は式(II)と同様である。)
で表されるヌクレオチドの製造方法。 - 前記還元処理が、ホウ素含有還元剤、又はホウ素含有還元剤とアミンの両者、を用いる、請求項31に記載の製造方法。
- 以下の工程(B1)-(B3):
(B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。 - 前記担体保護基は、以下の式(6):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、請求項33に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - 工程(B1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である請求項33又は34に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - さらに、下記工程(B4)を含む請求項33又は34に記載の方法、
(B4)工程(B1)及び/又は(B3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。 - さらに、下記工程(B5)を含む請求項36に記載の方法、
(B5)工程(B4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。 - 以下の式(V)或いは式(VI):
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQ1は、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII):
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のR2は、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を加水分解もしくはアンモリシスすることにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(IX):
(式中、Base、D、R2、W及びoの定義は式(V)或いは式(VI)と同様である。)
、又は以下の式(X):
(式中、Base、R2、V、W’及びoの定義は式(VII)或いは式(VIII)と同様である。)
で表されるヌクレオチドの製造方法。 - 以下の工程(C1)-(C4):
(C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
(a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
(b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
(C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
(C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
前記担体保護基が、以下の式(5):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NR1を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH2)t*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CH2)Sであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。 - 前記担体保護基は、以下の式(6):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR1、O又はSを表し、ここで、R1は、H又はCH3であり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、請求項39に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - 工程(C1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程又は一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド又はp個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である請求項39又は40に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。 - さらに、下記工程(C5)を含む請求項39又は40に記載の方法、
(C5)工程(C1)及び/又は(C2)及び/又は(C4)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。 - さらに、下記工程(C6)を含む請求項42に記載の方法、
(C6)工程(C5)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
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