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WO2024185775A1 - 長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体、及び該誘導体を用いたオリゴヌクレオチド合成方法 - Google Patents

長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体、及び該誘導体を用いたオリゴヌクレオチド合成方法 Download PDF

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WO2024185775A1
WO2024185775A1 PCT/JP2024/008311 JP2024008311W WO2024185775A1 WO 2024185775 A1 WO2024185775 A1 WO 2024185775A1 JP 2024008311 W JP2024008311 W JP 2024008311W WO 2024185775 A1 WO2024185775 A1 WO 2024185775A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
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group
carbon atoms
integer
substituent
formula
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
PCT/JP2024/008311
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
洋平 岡田
風人 稲永
幸矢 庄司
秀哉 水船
達也 須藤
創太 安達
和志 細井
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Spera Pharma Inc
Tokyo University of Agriculture and Technology NUC
Original Assignee
Spera Pharma Inc
Tokyo University of Agriculture and Technology NUC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Spera Pharma Inc, Tokyo University of Agriculture and Technology NUC filed Critical Spera Pharma Inc
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Priority to JP2025505349A priority patent/JPWO2024185775A1/ja
Publication of WO2024185775A1 publication Critical patent/WO2024185775A1/ja
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Pending legal-status Critical Current

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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07CACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
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    • C07C235/42Carboxylic acid amides, the carbon skeleton of the acid part being further substituted by oxygen atoms having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton
    • C07C235/44Carboxylic acid amides, the carbon skeleton of the acid part being further substituted by oxygen atoms having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton with carbon atoms of carboxamide groups and singly-bound oxygen atoms bound to carbon atoms of the same non-condensed six-membered aromatic ring
    • C07C235/52Carboxylic acid amides, the carbon skeleton of the acid part being further substituted by oxygen atoms having carbon atoms of carboxamide groups bound to carbon atoms of six-membered aromatic rings and singly-bound oxygen atoms bound to the same carbon skeleton with carbon atoms of carboxamide groups and singly-bound oxygen atoms bound to carbon atoms of the same non-condensed six-membered aromatic ring having the nitrogen atom of at least one of the carboxamide groups bound to an acyclic carbon atom of a hydrocarbon radical substituted by carboxyl groups
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    • C07C69/00Esters of carboxylic acids; Esters of carbonic or haloformic acids
    • C07C69/76Esters of carboxylic acids having a carboxyl group bound to a carbon atom of a six-membered aromatic ring
    • C07C69/84Esters of carboxylic acids having a carboxyl group bound to a carbon atom of a six-membered aromatic ring of monocyclic hydroxy carboxylic acids, the hydroxy groups and the carboxyl groups of which are bound to carbon atoms of a six-membered aromatic ring
    • C07C69/92Esters of carboxylic acids having a carboxyl group bound to a carbon atom of a six-membered aromatic ring of monocyclic hydroxy carboxylic acids, the hydroxy groups and the carboxyl groups of which are bound to carbon atoms of a six-membered aromatic ring with etherified hydroxyl groups
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    • C07H19/00Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06Pyrimidine radicals
    • C07H19/073Pyrimidine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
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    • C07H19/02Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06Pyrimidine radicals
    • C07H19/10Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids

Definitions

  • the present invention relates to long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivatives, which are pseudo-solid-phase protecting groups used in the synthesis of oligonucleotides by liquid-phase synthesis, oligonucleotides to which the derivatives are bound, and a method for synthesizing oligonucleotides using the derivatives.
  • oligonucleotides such as DNA probes, siRNA, antisense DNA, and antisense RNA have been widely used in bio-related fields.
  • Known methods for chemically synthesizing oligonucleotides include the phosphoramidite method and H-phosphonate method, but currently the solid-phase method using the phosphoramidite method is widely used.
  • the solid-phase method has been optimized and automated, and is advantageous in terms of speed, but has the disadvantage of being limited in terms of scale-up.
  • methods for producing oligonucleotides using the liquid-phase method have also been investigated, but the liquid-phase method requires complicated operations and has a low yield, making it difficult to synthesize oligonucleotides quickly and in large quantities.
  • Patent Document 1 JP 2010-275254 A
  • liquid-phase methods that use pseudo-solid-phase protecting groups, in which nucleosides or oligonucleotides in which the hydroxyl group at the 3' position is protected with a specific organic group
  • Patent Documents 2 to 10 WO 2012/157723 (Ajinomoto), WO 2013/122236 (Ajinomoto), WO 2017/104836 (Ajinomoto), WO 2013/179412 (Ajinomoto) (Hokkaido System Science), WO 2014/077292 (Takeda Pharmaceutical), WO 2017/086397 (Nissan Chemical), WO 2018/203574 (Nissan Chemical), JP 2020-11932 (Fujimoto Chemical Products), WO 2020/227618 (Biogen Ajinomoto) have been proposed, but in the
  • JP 2010-275254 A International Publication No. 2012/157723 International Publication No. 2013/122236 International Publication No. 2017/104836 International Publication No. 2013/179412 International Publication No. 2014/077292 International Publication No. 2017/086397 International Publication No. 2018/203574 JP 2020-11932 A International Publication No. 2020/227618
  • the present invention includes the following.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring; X represents C or N.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 .
  • Ra each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms), and a plurality of ORa may be the same or different.
  • the Ra independently represent any one of myristoleic acid (C14), palmitoleic acid (C16), sapienic acid (C16), oleic acid (C18), elaidic acid (C18), vaccenic acid (C18), gadoleic acid (C20), eicosenoic acid (C20), erucic acid (C22), nervonic acid (C24), linoleic acid (C18), eicosadienoic acid (C20), docosadienoic acid (C22), ⁇ - and ⁇ -linolenic acid (C18), pino
  • C20 homo-gamma-linolenic acid
  • C20 eicosatrienoic acid
  • stearidonic acid C18
  • arachidonic acid C20
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4′-carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a hal
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
  • each of o V's independently represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at position 4 is protected with a protecting group and which may be further substituted;
  • W′ represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
  • o R2s each independently represent O or S;
  • Tg is represented by the following formula (5):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • Tg in formula (I) or formula (II) is expressed by the following formula (6):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to O.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to O.) or The following formula (8):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to O.)
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4′-carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a hal
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
  • each of o V's independently represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at position 4 is protected with a protecting group and which may be further substituted;
  • Each W' independently represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
  • o R2s each independently represent O or S;
  • Tg is represented by the following formula (5):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • Tg in formula (V), formula (VI), formula (VII) or formula (VIII) is represented by the following formula (6):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to a base.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to a base.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to Base.
  • Base in formula (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is a pyrimidine base or a purine base which may be substituted by 1 to 3 substituents selected from the group consisting of a halogen atom, an alkyl group, an aralkyl group, an alkoxy group, an acyl group, an alkoxyalkyl group, a hydroxyl group, an amino group, a monoalkylamino group, a dialkylamino group, a carboxy group, a cyano group and a nitro group.
  • (A1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n being any integer of 1 or more) in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'- or 3'-hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride or tetrabutylammonium fluoride), in a nonpolar or polar solvent, to remove the temporary protecting group at the 5'- or 3'-hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution; (A2) A step of reacting a solution of the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'
  • a p-mer oligonucleotide (p is an arbitrary integer of 1 or more, preferably 1) in which the 5'-hydroxyl group has been phosphoramidite-converted and the 3'-hydroxyl group has been protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, to condense the n-mer oligonucleotide and the p-mer oligonucleotide via the 5'-hydroxyl group or the 3'-hydroxyl group through a phosphite triester bond; and (A3) using an oxidizing agent or a sulfurizing agent, converting the phosphite triester bond of the n+p-mer oligonucleotide obtained in step (A2) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond.
  • the carrier protecting group is represented by the following formula (5):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group, The following formula (7):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group, or The following formula (8):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to the 3'- or 5'-hydroxyl group.
  • the step of separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution after removing the temporary protecting group comprises neutralizing the reaction solution with a base, (i) isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
  • the method for producing the oligonucleotide according to the above [26] or [27], [29] The method according to [26] or [27] above, further comprising the following step (A4): (A4) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in the step (A1) and/or (A3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation.
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4'-position carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
  • each of o V's independently represents an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a di(C 1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at the 4-position is protected with a protecting group and which may be further substituted;
  • W′ represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
  • o R2s each independently represent O or S;
  • Tg is represented by the following formula (5):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • a method for producing a nucleotide represented by the formula: [32] The production method according to the above [31], wherein the reduction treatment uses a boron-containing reducing agent (preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, or tetrabutylammonium borohydride), or both a boron-containing reducing agent and an amine.
  • a boron-containing reducing agent preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, or tetrabutylammonium borohydride
  • (B1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which a carrier protecting group is bound to a nucleic acid base at the 3'-end or a nucleic acid base at the 5'-end and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), in a non-polar or polar solvent, to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution (B2).
  • n is any integer of 1 or more
  • n-mer oligonucleotide solution from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group has been removed obtained in step (B1) is reacted with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution.
  • a fluorine anion preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to a nucleic acid base.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to a nucleic acid base, The following formula (8):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to a nucleic acid base.
  • the step of separating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution comprises neutralizing the reaction solution with a base, and then (i) isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
  • the method for producing the oligonucleotide according to the above [33] or [34], [36] The method according to [33] or [34] above, further comprising the following step (B4): (B4) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in the step (B1) and/or (B3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation.
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified; each of o+1 D independently represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, or may form a bridge with the 4'-position carbon (preferably a bridge of a locked nucleic acid (LNA), an amide-bridged nucleic acid, a guanidine-bridged nucleic acid, or a spirocyclopropylene-bridged nucleic acid); each of o Q 1 's independently represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group (e.g., a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, etc.), an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • o represents an integer of 0 or more (preferably an integer of 1 to 50);
  • Each of the o+1 Bases independently represents a nucleobase which may be modified;
  • each of o V's independently represents an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a di(C 1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen at the 4-position is protected with a protecting group and which may be further substituted;
  • Each W' independently represents a hydrogen atom or a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion;
  • o R2s each independently represent O or S;
  • Tg is represented by the following formula (5):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • steps (C1) to (C4) (C1) A step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'-position hydroxyl group has been removed and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 3'-position hydroxyl group has been removed by carrying out the following steps (a) and (b), respectively: (a) reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which the 3'-position hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride or tetrabutylammonium fluoride), in a nonpolar or polar
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; X is C, N, O or S, and when X is C, it represents CH2 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent, and when X is N, it represents NR1 or may be combined with Y to form a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent, where R1 is H or a C1-6 alkyl group; Y may be a single bond, B(CH 2 ) t * (wherein B is a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a
  • the carrier protecting group is represented by the following formula (6):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 10 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents an integer of 1 to 5 (preferably an integer of 1 to 3); X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or a C1-6 alkyl group; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base, The following formula (7):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer from 1 to 5 (preferably 0 or an integer from 1 to 3, more preferably 0, 1, or 2); Ring A represents an optionally substituted 5- to 7-membered ring; X represents C or N; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base, The following formula (8):
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms (preferably having 14 to 50 carbon atoms, more preferably having 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably having 14 to 30 carbon atoms); n represents 2 or 3, and a plurality of ORs may be the same or different; m represents 0 or 1; p represents 1 or 2; u represents 0 or an integer of 1 to 5 (preferably 0 or an integer of 1 to 3, more preferably 0, 1 or 2); w represents 0, 1 or 2; Ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent; X represents NR 1 , O or S, where R 1 is H or CH 3 ; ** represents a bond to the 3'-position hydroxyl group or the 3'-terminal nucleic acid base.
  • a step of separating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution or a step of separating the p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed from impurities in the reaction solution comprises neutralizing the reaction solution with a base, and then (i) isolating the n-mer oligonucleotide or p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting groups have been removed, or (ii) washing the neutralized reaction solution with water to recover an organic layer;
  • the method for producing the oligonucleotide according to the above [39] or [40], [42] The method according to [39] or [40] above, further comprising the following step (C5): (C5) A step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in step (C1) and/or (C2) and/or (C4) to precipitate the n+p-mer oligon
  • the present invention provides a novel pseudo-solid-phase protecting group that can be used in the production of oligonucleotides, and enables a novel method for producing polyoligonucleotides by liquid-phase synthesis using the protecting group.
  • R each independently represents an optionally substituted alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms.
  • alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms refers to a linear or branched hydrocarbon group having one double bond at any position and having 14 to 60 carbon atoms.
  • alkyl group examples include, but are not limited to, myristoleyl group (C14), palmitoleyl group (C16), sapiel group (C16), oleyl group (C18), elaidyl group (C18), baxel group (C18), gadoleyl group (C20), eicosel group (C20), erucyl group (C22), nervol group (C24), linoleyl group (C18), eicosadiel group (C20), docosadiel group (C22), ⁇ - and ⁇ -linoleyl groups (C18), pinorel group (C18), and eleostearyl group.
  • C18 mideyl group (C20), dihomo- ⁇ -linoleyl group (C20), eicosatriyl group (C20), stearyl group (C18), arachidol group (C20), eicosatetrayl group (C20), adryl group (C22), bosopentayl group (C18), eicosapentayl group (C20), osbondol group (C22), isocosayl group (C22), tetracosapentayl group (C24), docosahexayl group (C22), and aperturenyl group (C24).
  • alkenyl groups may be naturally derived or may be obtained by synthesis using known synthesis techniques. These alkenyl groups include, but are not limited to, myristoleic acid (C14), palmitoleic acid (C16), sapienic acid (C16), oleic acid (C18), elaidic acid (C18), vaccenic acid (C18), gadoleic acid (C20), eicosenoic acid (C20), erucic acid (C22), nervonic acid (C24), linoleic acid (C18), eicosadienoic acid (C20), docosadienoic acid (C22), ⁇ - and ⁇ -linolenic acid (C18), pinoleic acid (C18), eleostearic acid (C18), mead acid (C20), dihomo- ⁇ -linolenic acid (C20), eicosatrienoic acid (C20), ), stearidonic acid (C18),
  • n 2 or 3
  • the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
  • the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
  • m 0 or 1.
  • p represents 1 or 2.
  • X is C, N, O or S, preferably C, N or O, more preferably C or N.
  • X is C, it is CH2 or, together with Y, represents a 5- to 7-membered carbocyclic ring which may have a substituent or a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent.
  • examples of “optionally substituted 5- to 7-membered carbocyclic rings” include, but are not limited to, cyclopentane, cyclopentene, cyclohexane, cyclohexene, benzene, cycloheptane, cycloheptene, and naphthalene, each of which may have a substituent, and preferably cyclohexane, benzene, or naphthalene, each of which may have a substituent.
  • examples of “optionally substituted 5- to 7-membered heterocycles” include, but are not limited to, pyrrolidine, piperidine, pyrrole, pyridine, pyrazole, imidazole, pyrimidine, pyrazine, pyridazine, and triazine, each of which may have a substituent, and preferably pyrrolidine or piperidine, each of which may have a substituent.
  • Examples of the substituents that the 5- to 7-membered carbocyclic ring or 5- to 7-membered heterocyclic ring may have include an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, an optionally substituted alkyl group, a halogen, a nitro group, and an optionally substituted carbonyl group, and preferably an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, or an optionally substituted alkyl group.
  • substituents may be substituted with one or any number of substituents, preferably 1 to 3. When it is substituted with multiple substituents, the substituents may be the same or different.
  • substituteduents include halogen atoms, C1-6 alkyl groups, C2-6 alkenyl groups, C2-6 alkynyl groups, C1-6 alkoxy groups, C7-16 aralkyl groups, C3-6 cycloalkyl groups, C6-14 aryl groups, 6-14 membered heteroaryl groups, aryloxy groups, acyl groups, amino groups, hydroxyl groups, oxo groups, thioxo groups, and trifluoromethyl groups.
  • C1-6 alkyl group examples include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, tert-butyl, pentyl, isopentyl, neopentyl, 1-ethylpropyl, hexyl, isohexyl, 1,1-dimethylbutyl, 2,2-dimethylbutyl, 3,3-dimethylbutyl, and 2-ethylbutyl.
  • C2-6 alkenyl group examples include ethenyl, 1-propenyl, 2-propenyl, 2-methyl-1-propenyl, 1-butenyl, 2-butenyl, 3-butenyl, 3-methyl-2-butenyl, 1-pentenyl, 2-pentenyl, 3-pentenyl, 4-pentenyl, 4-methyl-3-pentenyl, 1-hexenyl, 3-hexenyl, and 5-hexenyl.
  • C2-6 alkynyl group examples include ethynyl, 1-propynyl, 2-propynyl, 1-butynyl, 2-butynyl, 3-butynyl, 1-pentynyl, 2-pentynyl, 3-pentynyl, 4-pentynyl, 1-hexynyl, 2-hexynyl, 3-hexynyl, 4-hexynyl, 5-hexynyl, and 4-methyl-2-pentynyl.
  • C1-6 alkoxy group examples include methoxy, ethoxy, propoxy, isopropoxy, butoxy, isobutoxy, sec-butoxy, tert-butoxy, pentyloxy, and hexyloxy.
  • C7-16 aralkyl group examples include benzyl, phenethyl, naphthylmethyl, and phenylpropyl.
  • C3-6 cycloalkyl groups include cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, cyclohexyl, cycloheptyl, cyclooctyl, bicyclo[2.2.1]heptyl, bicyclo[2.2.2]octyl, bicyclo[3.2.1]octyl, and adamantyl.
  • C6-14 aryl group examples include phenyl, biphenyl, naphthyl (e.g., 1-naphthyl, 2-naphthyl), and anthracenyl (e.g., 1-anthryl, 2-anthryl, 9-anthryl).
  • examples of "6-14 membered heteroaryl group” include pyridyl, pyrimidinyl, pyridazinyl, pyrrolyl, isoquinolyl, quinolyl, indolyl, imidazolyl, benzimidazolyl, triazolyl, furyl, and thienyl.
  • optionally substituted alkyl group includes any linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, more preferably 1 to 4 carbon atoms, any branched alkyl group having the same or different branched chains and having 3 to 6 carbon atoms, and any cyclic alkyl group having 3 to 6 carbon atoms, which may be substituted with a substituent.
  • any linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms include methyl, ethyl, n-propyl, n-butyl, n-pentyl, and n-hexyl groups
  • specific examples of any branched alkyl group having 3 to 6 carbon atoms and having the same or different branched chains include isopropyl, isobutyl, tert-butyl, sec-butyl, neopentyl, and isopentyl groups
  • preferred cyclic alkyl groups having 3 to 6 carbon atoms are 3- to 6-membered monocyclic cycloalkyl groups, and specific examples include, but are not limited to, cyclopropyl, cyclobutyl, cyclopentyl, and cyclohexyl groups.
  • halogen atom includes, for example, a fluorine atom (fluoro), a chlorine atom (chloro), a bromine atom (bromo), or an iodine atom (iodo).
  • X when X is N, it is NR1 or, together with Y, represents a 5- to 7-membered heterocycle which may have a substituent.
  • R1 is H or a C1-6 alkyl group, preferably H or methyl. Examples of the 5- to 7-membered heterocycle which may have a substituent are the same as those described above.
  • Y represents a single bond, B(CH 2 ) t *, or a 5-7 membered ring which may be substituted together with X.
  • B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may be substituted, t is 0, 1 or 2, and * indicates a bond to X.
  • Examples of the carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may be substituted include, but are not limited to, cyclopentane, cyclopentene, cyclohexane, cyclohexene, benzene, cycloheptane, cycloheptane, and naphthalene which may be substituted, and preferably cyclohexane, benzene, or naphthalene which may be substituted.
  • Examples of the substituent of the carbon ring having 5 to 7 carbon atoms include an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, an optionally substituted alkyl group, a halogen, a nitro group, and a carbonyl group, and preferably an optionally substituted hydroxyl group, an optionally substituted amino group, or an optionally substituted alkyl group.
  • Z represents a single bond or (CH 2 ) S. s is an integer of 1 to 5, preferably an integer of 1 to 3. However, both Y and Z cannot be single bonds.
  • Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (2) (hereinafter, sometimes referred to as compound (2) in this specification).
  • R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
  • n 2 or 3
  • the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
  • the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
  • m 0 or 1.
  • p represents 1 or 2.
  • u represents an integer of 1 to 5, and preferably an integer of 1 to 3.
  • X represents NR 1 , O or S, and is preferably NR 1 or O.
  • R 1 is H or a C1-6 alkyl group, and is preferably H or methyl.
  • Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (3) (hereinafter, sometimes referred to as compound (3) in this specification).
  • R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
  • n 2 or 3
  • the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
  • the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
  • m 0 or 1, and is preferably 0.
  • p represents 1 or 2.
  • u represents 0 or an integer of 1 to 5, preferably 0 or an integer of 1 to 3, and more preferably 0, 1 or 2.
  • X represents C or N.
  • ring A represents a 5- to 7-membered carbocyclic or heterocyclic ring which may have a substituent
  • ring A represents a 5- to 7-membered heterocyclic ring which may have a substituent.
  • Another embodiment of the compound and salts thereof of the present invention is a compound and salts thereof represented by formula (4) (hereinafter, sometimes referred to as compound (4) in this specification).
  • R each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted. Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
  • n 2 or 3
  • the two or three ORs may be the same or different, but are preferably the same.
  • the arrangement of the OR groups is not particularly limited, but is preferably 3,4,5-substituted, 2,4-substituted, or 2,3,4-substituted.
  • m 0 or 1, and is preferably 0.
  • p represents 1 or 2.
  • u represents 0 or an integer of 1 to 5, preferably 0 or an integer of 1 to 3, and more preferably 0, 1 or 2.
  • w represents 0, 1 or 2.
  • ring B represents a carbon ring having 5 to 7 carbon atoms which may have a substituent.
  • Examples of compound (1) of the present invention include the compounds shown below.
  • Ra each independently represents an alkenyl group having 14 to 60 carbon atoms, preferably 14 to 50 carbon atoms, more preferably 14 to 40 carbon atoms, and even more preferably 14 to 30 carbon atoms, which may be substituted.
  • Examples of R are the same as those exemplified in compound (1).
  • nucleotides having pseudo solid-phase protecting groups bound thereto One embodiment of the present invention is a nucleotide having the above-mentioned pseudo solid-phase protecting group, a long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivative, bound thereto.
  • nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto according to the present invention is represented by the following formula (I) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (I) in this specification).
  • o represents any integer of 0 or more, preferably an integer of 1 to 50.
  • the o+1 Bases each independently represent a nucleic acid base which may be modified.
  • nucleobase includes natural nucleobases and unnatural nucleobases, and is not particularly limited as long as it is used in the synthesis of nucleic acids.
  • examples of the nucleobase include, but are not limited to, purine bases such as adenine and guanine, and pyrimidine bases such as uracil, cytosine, and thymine.
  • the nucleobase may also be modified.
  • nucleobases modified with 1 to 3 optional substituents e.g., halogen atoms, alkyl groups, aralkyl groups, alkoxy groups, acyl groups, alkoxyalkyl groups, hydroxyl groups, amino groups, monoalkylamino groups, dialkylamino groups, carboxy groups, cyano groups, nitro groups, alkylthio groups, etc.
  • substituents e.g., halogen atoms, alkyl groups, aralkyl groups, alkoxy groups, acyl groups, alkoxyalkyl groups, hydroxyl groups, amino groups, monoalkylamino groups, dialkylamino groups, carboxy groups, cyano groups, nitro groups, alkylthio groups, etc.
  • examples of the nucleobase that may be modified include, but are not limited to, 8-bromoadenine, 8-bromoguanine, 5-bromocytosine, 5-iodocytosine, 5-bromour
  • Preferred nucleic acid bases include, for example, adenine, guanine, 2,6-diaminopurine, thymine, 2-thiothymine, cytosine, 5-methylcytosine, uracil, 5-fluorocytosine, xanthine, 6-aminopurine, 2-aminopurine, 6-chloro-2-amino-purine, and 6-chloropurine, and particularly preferred nucleic acid bases include, for example, adenine, guanine, cytosine, 5-methylcytosine, thymine, or uracil.
  • the multiple nucleic acid bases present in a nucleotide may be different nucleic acid bases or may be the same type of nucleic acid base. In addition, the nucleic acid base may be protected.
  • nucleobase means that any functional group of the nucleobase may be protected with a protecting group, for example, the amino group in a nucleobase having an amino group (e.g., an adenyl group, a guanyl group, or a cytosyl group) may be protected, the hydroxyl group in a nucleobase having a hydroxyl group may be protected, the thiol group in a nucleobase having a thiol group may be protected, or the carbonyl group in a nucleobase having a carbonyl group may be protected in the form of a hydroxyl group by conjugating with the amino group or hydroxyl group substituted on the ring.
  • the protecting groups bound to these nucleobases are preferably capable of withstanding the deprotection conditions of the temporary protecting group at the 3' or 5' position of the oligonucleotide.
  • the "protecting group for the amino group" in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include pivaloyl group, pivaloyloxymethyl group, trifluoroacetyl group, phenoxyacetyl group, 4-isopropylphenoxyacetyl group, 4-tert-butylphenoxyacetyl group, acetyl group, benzyl (Bn) group, benzoyl (Bz) group, 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, 4-methoxytrityl group, triphenylmethyl group, 2-naphthylmethyl group, cyanoethoxycarbonyl group, tetrahydropyranyl group, trimethylsilyl group, triethylsilyl group, triisopropylsilyl group, t-butyldimethylsilyl group, t-butyldiphenyl
  • Such groups include silyl groups, 4-methoxybenzy
  • the "hydroxyl protecting group" in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include alkyl groups (e.g., methyl and tert-butyl groups), arylmethyl groups (e.g., benzyl and p-methoxybenzyl groups), alkoxyalkyl groups (e.g., methoxymethyl, methoxyethyl, cyanoethoxymethyl and ethoxyethyl groups), 2-tetrahydropyranyl groups, cyanoethyl groups, carbamoyl groups (e.g., phenylcarbamoyl and 1,1-dioxothiomorpholine-4-thiocarbamoyl groups), acyl groups (e.g., acetyl and pivaloyl groups), and the like.
  • alkyl groups e.g., methyl and tert-butyl groups
  • arylmethyl groups e.g., benzyl and p
  • silyl group examples include an isobutyryl group, a benzoyl group, a phenoxyacetyl group, a levulinyl group, and a 3-benzoylpropionyl group), a silyl group (e.g., a trimethylsilyl group, a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a tert-butyldimethylsilyl group, and a tert-butyldiphenylsilyl group), a [(triisopropylsilyl)oxy]methyl group (Tom group), and a 1-(4-chlorophenyl)-4-ethoxypiperidin-4-yl group (Cpep group), with an acetyl group, a benzoyl group, a benzyl group, and a p-methoxybenzyl group being preferred.
  • a silyl group e.g., a trimethyls
  • the “thiol group protecting group” in the nucleic acid base is not particularly limited, but examples thereof include protecting groups similar to the above-mentioned “hydroxyl group protecting group” and protecting groups that form disulfide bonds.
  • the carbonyl group of the nucleic acid base is conjugated and protected in the form of a hydroxyl group
  • the carbonyl group can be protected by reacting with, for example, phenol, 2,5-dichlorophenol, 3-chlorophenol, 3,5-dichlorophenol, 2-formylphenol, 2-naphthol, 4-methoxyphenol, 4-chlorophenol, 2-nitrophenol, 4-nitrophenol, 4-acetylaminophenol, pentafluorophenol, 4-pivaloyloxybenzyl alcohol, 4-nitrophenethyl alcohol, 2-(methylsulfonyl)ethanol, 2-(phenylsulfonyl)ethanol, 2-cyanoethanol, 2-(trimethylsilyl)ethanol, dimethylcarbamic acid chloride, diethylcarbamic acid chloride, ethylphenylcarbamic acid chloride, 1-pyrrolidinecarboxylic acid chloride, 4-morpholinecarboxylic acid chloride, diphenylcarbamic acid chloride
  • D in the oligonucleotide (I) represents a hydrogen atom, a halogen atom, or a hydroxyl group which may be protected, and may also form a bridge with the 4' carbon of ribose.
  • the protecting group for the "hydroxyl group which may be protected” is the same as the "protecting group for the hydroxyl group" described above.
  • bridged nucleic acids include, but are not limited to, bridged nucleic acids such as locked nucleic acids (LNA), amide bridged nucleic acids, guanidine bridged nucleic acids (GuNA), or spirocyclopropylene bridged nucleic acids.
  • LNA locked nucleic acids
  • GuNA guanidine bridged nucleic acids
  • spirocyclopropylene bridged nucleic acids spirocyclopropylene bridged nucleic acids.
  • BNAs examples include, but are not limited to, methyleneoxy (4'-CH 2 -O-2') BNA (also known as LNA, 2',4'-BNA), ethyleneoxy (4'-(CH 2 ) 2 -O-2') BNA (also known as ENA), ⁇ -D-thio (4'-CH 2 -S-2') BNA, aminooxy (4'-CH 2 -O-N(R 3 )-2') BNA (R is H or Me), oxyamino (4'-CH 2 -N(R 3 )-O-2') BNA (R is H or Me), 2',4'-BNAcoc, 3'-amino-2',4'-BNA, 5'-methyl BNA, (4'-CH(CH 3 )-O-2') BNA (also known as cEt BNA), (4'-CH(CH 2 OCH 3 )-O-2') BNAs (also known as cMOE BNAs), amide BNAs, (4
  • examples of amide-bridged nucleic acids and their production methods can be, for example, those described in WO2014/109384
  • examples of guanidine-bridged nucleic acids and their production methods can be, for example, those described in WO2014/046212, WO2017/047816, and JP2022-033869.
  • Q 1 in oligonucleotide (I) represents a C1-4 alkyl group having an electron-withdrawing group, an allyl group, a cyano group, a nitro group, a C2-6 alkenyl group having a halogen group, or a C6-10 aryl group, or a hydrogen atom.
  • the multiple Qs may be the same or different.
  • C1-4 alkyl group examples include methyl, ethyl, propyl, isopropyl, butyl, isobutyl, sec-butyl, and tert-butyl.
  • the term "electron-withdrawing group” refers to a substituent that is commonly used in organic chemistry and has the property of reducing electron density. Examples include, but are not limited to, a carboxy group, a halogen, a nitro group, an ester group, a cyano group, a nitro group, a 2-pyridyl group, a 4-pyridyl group, and an aryl group or an arylsulfonyl group that may have a substituent, with a cyano group being preferred.
  • W/Tg or Tg/W represents W or Tg, and when the 5' side is W, the 3' side is Tg, whereas when the 5' side is Tg, the 3' side is W, but preferably the 3' side is Tg and the 5' side is W.
  • W is a hydrogen atom or a temporary protecting group that can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
  • the term "general protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion” refers to a protecting group commonly used in the field of organic synthetic chemistry (particularly nucleic acid synthesis) as a protecting group for a hydroxyl group, and is not particularly limited as long as it is a protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
  • Examples include an aliphatic acyl group; an aromatic acyl group; an aminocarbonyl group which may be substituted; an alkoxycarbonyl group which may be substituted; an aliphatic sulfonyl group; an aromatic sulfonyl group; a methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups; a methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups which are substituted with an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a halogen atom and/or a cyano group; or a silyl group.
  • Benzyl (Bn) group a diphenylcarbonyl (DPC) group, a 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group (commonly known as a 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group), a 4-methoxytriphenylmethyl group (commonly known as a 4-methoxytrityl group), a triphenylmethyl (commonly known as a trityl (Tr) group), a 9-(9-phenyl)xanthenyl group, a 9-phenylthioxanthenyl group, a di(C1-6 alkoxy)trityl group, a mono(C1-18 alkoxy)trityl group, a 2-naphthylmethyl group, a cyanoethoxycarbonyl group, a tetrahydropyranyl group, a silyl group substituted with an alkyl group or an allyl group
  • benzyl (Bn) group 4,4'-dimethoxytrityl (DMTr) group, 4-methoxytrityl group, t-butyldimethylsilyl group, t-butyldiphenylsilyl group, trimethylsilyl (TMS) group, diphenylaminocarbonyl (DPC) group, methanesulfonyl group, and trifluoromethanesulfonyl group
  • TMS trimethylsilyl
  • DPC diphenylaminocarbonyl
  • methanesulfonyl group methanesulfonyl group
  • trifluoromethanesulfonyl group and particularly preferred are 4,4'-dimethoxytrityl group and 4-methoxytrityl group.
  • R2 in the oligonucleotide (I) is O or S.
  • nucleotide bound to the pseudo solid-phase protecting group of the present invention is represented by the following formula (II) (hereinafter, in this specification, it may be referred to as oligonucleotide (II). Formula).
  • o represents any integer of 0 or more, preferably an integer of 1 to 50.
  • the o+1 Bases each independently represent a nucleic acid base which may be modified.
  • W' is a hydrogen atom or a temporary protecting group which can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion.
  • R2 in the above oligonucleotide (II) is O or S.
  • V represents a C1-6 alkoxy group, a di(C1-6 alkyl)amino group, or a piperazino group in which the nitrogen atom at position 4 is protected with a protecting group and may be further substituted.
  • the multiple Vs may be the same or different.
  • nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (V) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (V) in this specification).
  • V oligonucleotide
  • o, Base, W, R 2 and D are the same as those in the oligonucleotide (I), provided that two Ws may be the same or different.
  • nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VI) (hereinafter, in this specification, this may be referred to as oligonucleotide (VI)).
  • oligonucleotide (VI) o, Base, W, R 2 and D are the same as those in the oligonucleotide (I), provided that two Ws may be the same or different.
  • nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VII) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (VII) in this specification).
  • oligonucleotide (VII) o, Base, W', R 2 and V are the same as those in the oligonucleotide (II), provided that the two W' may be the same or different.
  • nucleotide having a pseudo solid-phase protecting group bound thereto is represented by the following formula (VIII) (hereinafter, sometimes referred to as oligonucleotide (VIII) in this specification).
  • oligonucleotide (VIII) o, Base, W', R 2 and V are the same as those in the oligonucleotide (II), provided that the two W' may be the same or different.
  • the Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is: The following formula (5):
  • ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
  • the definitions of the other symbols are the same as those in formula (1).
  • the binding of Tg to O can be performed by a bond (e.g., an ester bond) between the hydroxyl group at the 3' or 5' position of the nucleotide and the terminal carboxylic acid of Tg, but is not limited to this.
  • the binding of Tg to Base can be performed by a bonding reaction between a reactive substituent of Base and the terminal carboxylic acid of Tg, for example, by a bond (e.g., an amide bond) between the amino group of the base adenine, guanine, or cytosine and the terminal carboxylic acid of Tg.
  • Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) may also be The following formula (6):
  • ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
  • the definitions of the other symbols are the same as those in formula (2).
  • Tg of the oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) is also The following formula (7):
  • ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
  • the definitions of the other symbols are the same as those in formula (3).
  • Tg of said oligonucleotide (I), (II), (V), (VI), (VII) or (VIII) or oligonucleotide (II) may also be The following formula (8):
  • ** represents a bond of the oligonucleotide to O or Base.
  • the definitions of the other symbols are the same as those in formula (4).
  • the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention represented by the above formula (I) or formula (II) can be deprotected by subjecting the nucleotide to a reduction treatment, a reaction with hydrazine or an alkylhydrazine, or hydrolysis.
  • the reduction treatment can be carried out using, but is not limited to, a boron-containing reducing agent, preferably lithium borohydride, sodium borohydride, lithium triethylborohydride, tetrabutylammonium borohydride, or both a boron-containing reducing agent and an amine.
  • the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention represented by the above formula (V), (VI), (VII) or (VIII) can be deprotected by hydrolysis or ammolysis of the nucleotide to which the pseudo-solid-phase protecting group of the present invention is bound.
  • Ammolysis can be carried out using, but is not limited to, an alcoholic solution of ammonia, for example, a methanolic solution of ammonia.
  • One aspect of the present invention is a method for producing an oligonucleotide, comprising the following steps (B1) to (B3) (hereinafter, in this specification, this may be referred to as a method for producing an oligonucleotide or simply as a production method of the present invention).
  • (B1) A step of reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which a carrier protecting group is bound to a nucleic acid base at the 3'-end or a nucleic acid base at the 5'-end and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), in a non-polar or polar solvent, to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution (B2).
  • n is any integer of 1 or more
  • n-mer oligonucleotide solution from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group has been removed obtained in step (B1) is reacted with an acid and a cation scavenger, or with a reagent containing a fluorine anion (preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride), to remove the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group, and then separating the n-mer oligonucleotide from impurities in the reaction solution.
  • a fluorine anion preferably pyridine hydrofluoride, tetrabutylammonium fluoride
  • Step (A1) includes a step of removing a temporary protecting group from an n-unit polymer (oligo)nucleotide in which one of the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier protecting group and the other is protected with a removable temporary protecting group (also referred to herein as a "deprotection step"), and a step of separating the n-unit polymer (oligo)nucleotide from which the temporary protecting group has been removed from impurities in the reaction solution (also referred to herein as a "separation step").
  • Step (B1) includes a step of removing the temporary protecting group at only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group from an n-membered oligonucleotide in which a carrier protecting group is bound to the 3'-terminal nucleic acid base or the 5'-terminal nucleic acid base and the 3'-position hydroxyl group and the 5'-position hydroxyl group are protected with temporary protecting groups that can be removed under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion (sometimes referred to as a "deprotection step” in this specification), and a step of separating the n-membered oligonucleotide from which the temporary protecting group has been removed from impurities in the reaction solution (sometimes referred to as a "separation step" in this specification).
  • a carrier protecting group is bound to the 3'-terminal nucleic acid base or the 5'-terminal nucleic acid base and the 3'-position
  • n represents any integer of 1 or more.
  • the upper limit of n is not particularly limited, but is preferably 50 or less, more preferably 40 or less, and even more preferably 30 or less.
  • step (1) The reaction for removing the temporary protecting group in step (1) (A1 or B1, hereinafter sometimes simply referred to as step (1)) can be carried out with reference to a method known per se.
  • a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
  • the reaction can be carried out as follows.
  • the solvent (non-polar or polar solvent) in step (1) of the production method of the present invention is not particularly limited as long as it does not affect the reaction, but since the higher the solubility in the solvent, the better the reactivity can be expected, it is preferable to select a solvent that has a high solubility for the nucleotide to which the pseudo solid-phase protecting group is bound.
  • the solvent used in step (1) include aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, ether solvents, amide solvents, sulfoxide solvents, nitrile solvents, halogen solvents, and combinations thereof.
  • Preferred examples include benzene, toluene, xylene, mesitylene, hexane, pentane, heptane, nonane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate, tetrahydrofuran, 2-methyltetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether, cyclopentyl methyl ether, N,N-dimethylformamide, N,N-dimethylacetamide, N-methylpyrrolidone, dimethyl sulfoxide, acetonitrile, propionitrile, dichloromethane, chloroform, 1,2-dichloroethane, and combinations thereof.
  • More preferred examples include toluene, xylene, hexane, heptane, cyclohexane, ethyl acetate, isopropyl acetate, tetrahydrofuran, 2-methyltetrahydrofuran, tert-butyl methyl ether, cyclopentyl methyl ether, N,N-dimethylformamide, N,N-dimethylacetamide, N-methylpyrrolidone, dimethyl sulfoxide, and combinations thereof.
  • the concentration of the n-mer (oligo)nucleotide in the solvent in the deprotection step of step (1) is not particularly limited as long as it is dissolved, but is preferably 1 to 30% by weight.
  • the acid used in step (1) is not particularly limited, but examples thereof include trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, trifluoromethanesulfonic acid, trichloroacetic acid, methanesulfonic acid, hydrochloric acid, acetic acid, and p-toluenesulfonic acid. Trifluoroacetic acid, dichloroacetic acid, and trichloroacetic acid are preferred.
  • the amount of acid used may be 1 to 100 moles, and preferably 1 to 40 moles, per mole of n-polymerized nucleotide.
  • the acid may be used alone or in the presence of a cation scavenger.
  • the cation scavenger are not particularly limited as long as they do not substantially cause reprotection of the removed temporary protecting group or side reactions with the deprotected functional group.
  • the cation scavenger used in step (1) is not particularly limited as long as it can be used in deprotecting a protecting group removable under acidic conditions, and examples thereof include optionally substituted alkylthiol derivatives, optionally substituted pyrrole derivatives, optionally substituted indole derivatives, and optionally substituted furan derivatives.
  • substituents include, but are not limited to, halogen atoms, C1-6 alkyl groups, C2-6 alkenyl groups, C2-6 alkynyl groups, C1-6 alkoxy groups, hydroxyl groups, aryloxy groups, amino groups, nitro groups, trifluoromethyl groups, phenyl groups, carboxy groups, and the like. Substitution with two or more of these groups may be used.
  • Preferred examples of the cation scavenger include thiomalic acid, acetylcysteine, pyrrole, 3-methylpyrrole, 2,4-dimethylpyrrole, indole, 4-methylindole, 5-methylindole, 6-methylindole, 7-methylindole, 5,6-dimethylindole, and 6,7-dimethylindole, furan, 2-methylfuran, 3-methylfuran, 2-pyrrolecarboxylic acid, 3-pyrrolecarboxylic acid, indole-2-carboxylic acid, indole-3-carboxylic acid, indole-5-carboxylic acid, 2-furancarboxylic acid, and 3-furancarboxylic acid.
  • the amount of the cation scavenger used is 1 to 50 moles, preferably 5 to 20 moles, per mole of n-polymerized (oligo)nucleotide.
  • the reagent containing fluorine anion used in step (1) is not particularly limited, but examples thereof include pyridine hydrofluoride and tetrabutylammonium fluoride.
  • the amount of the reagent containing fluorine anion used is 1 to 10 moles, preferably 1 to 5 moles, per mole of n-mer (oligo)nucleotide.
  • the carrier protecting group bonded to the 3' or 5' hydroxyl group of the n-mer (oligo)nucleotide used in step (A1), or the carrier protecting group bonded to the 3' or 5' terminal nucleic acid base of the n-mer (oligo)nucleotide used in step (B1) is a pseudo solid-phase protecting group of the present invention, specifically, a long-chain alkenyloxy-substituted benzoyl derivative represented by compounds (1)-(4) in this specification.
  • the reaction temperature in the deprotection step of step (1) is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably 10 to 50°C, and more preferably 0 to 40°C.
  • the reaction time can vary depending on the reaction conditions, such as the type of n-mer (oligo)nucleotide as the reaction substrate, the type of acid, the type of solvent, the reaction temperature, etc., but can be, for example, 5 minutes to 5 hours.
  • step (B1) the temporary protecting group of only one of the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group is removed. Removal of only one of the temporary protecting groups can be performed by appropriately selecting the type of temporary protecting group bonded to the 5'-position hydroxyl group or the 3'-position hydroxyl group. For example, when the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group is removed but the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group is not removed, a combination of temporary protecting groups that breaks the bond of the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group under appropriate reaction conditions but does not break the bond of the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group can be used.
  • Such a combination of temporary protecting groups and reaction conditions for the breaking reaction can be appropriately selected by those skilled in the art.
  • a silyl-type protecting group with high chemical stability that is not deprotected by acid can be used on one side
  • a trityl-type protecting group that is not deprotected by a reagent containing a fluorine anion can be used on the other side
  • a combination of a TBDPS group and a DMTr group can be used.
  • Step (1) includes a step of separating the compound containing the pseudo solid-phase protecting group after removing the temporary protecting group (sometimes referred to as the "separation step”).
  • the separation can be performed by (i) a step of isolating the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group has been removed from the reaction solution (sometimes referred to as the "isolation step"), or (ii) a step of washing the reaction solution with water and recovering the organic layer (sometimes referred to as the "washing step”).
  • step (1) it is preferable to neutralize the reaction solution with a base before the isolation step or recovery step.
  • Neutralizing the reaction solution with a base can, for example, suppress a decrease in purity, and may also make it possible to remove the protecting group after deprotection into the aqueous layer.
  • the base used as long as it can neutralize the reaction solution, but examples of the base include pyridine, 2,4,6-trimethylpyridine, benzimidazole, 1,2,4-triazole, N-phenylimidazole, 2-amino-4,6-dimethylpyrimidine, 1,10-phenanthroline, imidazole, N-methylimidazole, 2-chlorobenzimidazole, 2-bromobenzimidazole, 2-methylimidazole, 2-phenylbenzimidazole, N-phenylbenzimidazole, and 5-nitrobenzimidazole, and two or more of these may be used in combination.
  • the isolation step in step (1) can be carried out by crystallizing and recovering the (oligo)nucleotide to which the pseudo-solid-phase protecting group is bound from the reaction solution as is or after neutralization using a polar solvent. This allows the (oligo)nucleotide containing the pseudo-solid-phase protecting group to be isolated from the reaction solution containing impurities.
  • polar solvents examples include alcohol-based solvents such as methanol and ethanol, nitrile-based solvents such as acetonitrile, ketone-based solvents such as acetone, ether-based solvents such as tetrahydrofuran, amide-based solvents such as dimethylformamide, sulfoxide-based solvents such as dimethyl sulfoxide, water, and mixtures of two or more of these. Alcohol-based solvents and nitrile-based solvents are preferred, and specifically, methanol or acetonitrile are preferred.
  • the polar solvent may contain water to minimize loss of the product into the polar solvent.
  • the content of water in the polar solvent is, for example, 0 to 10% (v/v), preferably 0 to 8% (v/v). Solid-liquid separation can be carried out with reference to a method known per se.
  • the washing step in step (1) can be carried out by washing the reaction solution as is or after neutralization with water and recovering the organic layer. This allows impurities to be removed.
  • Step (2) Step (A2) or (B2) is a step of condensing an n-mer (oligo)nucleotide prepared in the above step (A1) or (B1), in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group or a temporary protecting group and the temporary protecting group of the other hydroxyl group has been removed, with a p-mer (oligo)nucleotide in which the 3'- or 5'-hydroxyl group is protected with a temporary protecting group and the other hydroxyl group has been phosphoramidite-modified, to prepare an n+p-mer oligonucleotide linked by a phosphite triester bond.
  • p represents any integer of 1 or more.
  • p is preferably 1
  • p is any integer, with no particular upper limit, but preferably 20 or less, more preferably 10 or less, and even more preferably 5 or less.
  • step (2) The condensation reaction in step (2) (A2 or B2, hereinafter sometimes simply referred to as step (2)) can be carried out with reference to a method known per se.
  • a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
  • the reaction can be carried out as follows.
  • n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) When the n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) is recovered by crystallization, it can be dissolved in the solvent used in step (2) to carry out the condensation reaction. When the n-mer oligonucleotide deprotected in step (1) is separated and recovered in the solvent, it can be carried out in the same solvent or, if necessary, by changing the solvent.
  • a weak acid or an acidic neutral salt can be added as an activator to improve the reaction efficiency.
  • weak acids or acidic neutral salts include pyridine trifluoroacetate, 1H-tetrazole, 5-benzylthio-1H-tetrazole, and 4,5-dicyanoimidazole.
  • the amount of weak acid or acidic neutral salt used can be 0.1 to 50 molar equivalents, for example 1 to 5 molar equivalents, per mole of the n-unit oligonucleotide from which the temporary hydroxyl protecting groups have been removed, obtained in step (1) as the reaction substrate.
  • step (2) if the acidity of the reaction solution becomes high, a side reaction in which the temporary protecting group is removed may occur, so it is preferable to add N-methylimidazole to suppress the acidification of the reaction solution.
  • the amount of N-methylimidazole used can be 0.1 to 10 molar equivalents, for example 0.1 to 1 molar equivalent, per mole of the n-mer (oligo)nucleotide from which the temporary protecting groups of the hydroxyl groups have been removed, obtained in step (1).
  • Step (2) can be carried out in a solvent that does not affect the condensation reaction.
  • the solvent include, but are not limited to, the same non-polar and polar solvents as those in step (1), such as aromatic solvents, ester solvents, aliphatic solvents, ether solvents, amide solvents, sulfoxide solvents, halogen solvents, nitrile solvents, and combinations thereof.
  • the reaction temperature in step (2) is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but is preferably -20 to 100°C, more preferably 20 to 50°C.
  • the reaction time may vary depending on the type of n-mer (oligo)nucleotide to be condensed, the reaction temperature, etc., but can be, for example, 5 minutes to 24 hours.
  • Step (3) Step (A3) or (B3) is a step (oxidation or sulfurization reaction step) of converting the phosphite triester bond of the n+p-mer oligonucleotide obtained by the above step (A2) or (B2) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond, respectively, using an oxidizing agent or a sulfurizing agent.
  • step (3) The oxidation or sulfurization reaction step in step (3) (A3 or B3, hereinafter sometimes simply referred to as step (3)) can be carried out with reference to a method known per se.
  • a method known per se for example, the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719 can be used.
  • the reaction can be carried out as follows.
  • step (3) the reaction can be carried out by simply adding an oxidizing agent or a sulfurizing agent directly to the reaction solution in step (2) without isolating the n+p oligonucleotide obtained in step (2).
  • the oxidation reaction using an oxidizing agent in step (3) can be carried out according to a method generally known in oligonucleotide synthesis.
  • oxidizing agents include, but are not limited to, iodine, (1S)-(+)-(10-camphorsulfonyl)oxaziridine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, 1,1-dihydroperoxycyclododecane, bis(trimethylsilyl)peroxide, cumene hydroperoxide, hydrogen peroxide, and m-chloroperbenzoic acid, with iodine, (1S)-(+)-(10-camphorsulfonyl)oxazolidine, tert-butyl hydroperoxide (TBHP), 2-butanone peroxide, and 1,1-dihydroperoxycyclododecane being preferred.
  • the sulfurization reaction using a sulfurizing agent in step (3) can be carried out according to a method generally known in oligonucleotide synthesis.
  • sulfurizing agents include, but are not limited to, N,N-dimethyl-N'-(3-thioxo-3H-1,2,4-dithiazol-5-yl)imidoformamide (DDTT), 3H-1,2-benzodithiol-3-one-1,1-dioxide (Beaucage reagent), 3H-1,2-benzodithiol-3-one, phenylacetyl disulfide (PADS), tetraethylthiuram disulfide (TETD), 3-amino-1,2,4-dithiazol-5-thione (ADTT), or sulfur, with N,N-dimethyl-N'-(3-thioxo-3H-1,2,4-dithiazol-5-yl)imidoformamide being preferred.
  • DDTT N,N-d
  • the phosphite triester bond of an oligonucleotide can be converted to a thiophosphate triester bond by a sulfurization reaction.
  • Thiophosphate has an asymmetric center at the phosphorus atom, giving an optically active substance. Even if a deprotection reaction is performed in the manufacturing process of an oligonucleotide thiophosphate, the asymmetric center at the phosphorus atom remains, giving an optically active substance.
  • the reaction in step (3) is usually carried out in a solvent.
  • the solvent used in the reaction is preferably anhydrous, and examples of the solvent include halogenated solvents (e.g., chloroform), aliphatic solvents (e.g., cyclohexane), aromatic solvents (e.g., toluene), ester solvents (e.g., ethyl acetate), ether solvents (e.g., tert-butyl methyl ether), nitrile solvents (e.g., acetonitrile), and mixed solvents of two or more selected from these.
  • halogenated solvents e.g., chloroform
  • aliphatic solvents e.g., cyclohexane
  • aromatic solvents e.g., toluene
  • ester solvents e.g., ethyl acetate
  • ether solvents e.g., tert-butyl methyl
  • the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent added can be about 1.0 to about 5.0 molar equivalents, preferably about 1.0 to about 1.5 molar equivalents, per mole of the phosphoramidite obtained in step (2).
  • the amount of the oxidizing agent or sulfurizing agent added can be, for example, 1 to 50 molar equivalents, preferably 1 to 5 molar equivalents, per mole of the (oligo)nucleotide obtained in step (2).
  • the reaction temperature is not particularly limited as long as the reaction proceeds, but may be 0 to 100°C, preferably 20 to 50°C.
  • the reaction time may vary depending on the type of n+p oligonucleotide, the type of oxidizing agent or sulfurizing agent used, and the reaction temperature, but may be, for example, 1 minute to 3 hours.
  • Step (4) The production method of the present invention may further include a step of recovering the n+p-mer oligonucleotide obtained in step (3) (sometimes referred to as a "recovery step").
  • the recovery step can be carried out in the same manner as the separation step (isolation step or water washing step) described in step (1).
  • it is an isolation step in which the (oligo)nucleotide bound to the pseudo solid-phase protecting group is crystallized and recovered using a polar solvent.
  • one embodiment of the production method of the present invention further includes a step of adding a polar solvent to the reaction solution obtained in step (3) to precipitate the n+p-mer oligonucleotide, and obtaining it by solid-liquid separation. Also, step (4) (recovery step) can be carried out after step (1).
  • Step (5) (Deprotection of all protecting groups)
  • the production method of the present invention may further include a step of removing all of the protecting groups of the n+p-polymerized oligonucleotide recovered in step (4) (sometimes referred to as a "total protecting group removal step").
  • the step of removing all of the protecting groups can be carried out with reference to a method known per se. Examples of the method known per se include the deprotection method described in Protective Group In Organic Synthesis, 3rd Edition, John Willy & Sons (1999), etc., and the conditions described in WO2012/157723 and WO2019/131719. Therefore, one embodiment of the production method of the present invention further comprises a step of removing all of the protecting groups of the n+p-mer oligonucleotide obtained in the step (4).
  • the progress of the reaction in each step of the above-mentioned oligonucleotide production method can be monitored and confirmed by the same method as in the case of a general liquid-phase organic synthesis reaction, for example, thin layer silica gel chromatography (TLC) and high performance liquid chromatography (HPLC).
  • TLC thin layer silica gel chromatography
  • HPLC high performance liquid chromatography
  • Another aspect of the present invention is a method for producing (oligo)nucleotides that does not use halogenated solvents.
  • halogenated solvents are used extensively in the extension reaction.
  • the solubility of the pseudo solid-phase protecting group is excellent, so that the extension reaction can be carried out without using halogenated solvents.
  • One embodiment of the present invention is a method for producing an oligonucleotide by coupling of oligonucleotides, comprising the following steps (C1)-(C4): (C1) A step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 5'-position hydroxyl group has been removed and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group at the 3'-position hydroxyl group has been removed by carrying out the following steps (a) and (b), respectively: (a) reacting an n-mer oligonucleotide (n is any integer of 1 or more) in which the 3'-position hydroxyl group is protected with a carrier-protecting group and the 5'-position hydroxyl group is protected with a temporary protecting group removable under acidic conditions or with a reagent containing a fluorine anion, with an acid and a cation scavenger, or with
  • Step (C1) is a step of obtaining an n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group has been removed, and a p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group has been removed.
  • n in the n-mer oligonucleotide represents any integer of 1 or more.
  • the lower limit of n is not particularly limited, but is preferably 2 or more, more preferably 5 or more, and even more preferably 10 or more
  • the upper limit of n is not particularly limited, but is preferably 40 or less, more preferably 30 or less, and even more preferably 20 or less.
  • p in the p-mer oligonucleotide represents any integer of 1 or more.
  • the lower limit of p is not particularly limited, but is preferably 2 or more, more preferably 5 or more, and even more preferably 10 or more, and the upper limit of p is not particularly limited, but is preferably 40 or less, more preferably 30 or less, and even more preferably 20 or less.
  • the deprotection step and the separation step in step C1 can be carried out with reference to a method known per se. Examples of methods known per se include reaction conditions described in WO2012/157723 and WO2019/131719. Although not limited thereto, the deprotection step and the separation step can be carried out, for example, in the same manner as described in step (1) above.
  • Step (C2) is a step of phosphoramidite-forming the 5'-position hydroxyl group of the n-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 5'-position hydroxyl group obtained in step (C1) has been removed, or a step of phosphoramidite-forming the 3'-position hydroxyl group of the p-mer oligonucleotide from which the temporary protecting group of the 3'-position hydroxyl group obtained in step (C1) has been removed.
  • the step of phosphoramidite-forming the hydroxyl group can be carried out with reference to a method known per se. As a method known per se, for example, it can be carried out using the reaction conditions described in Patent Document 10.
  • Step (C3) is a step of condensing an n-mer oligonucleotide, one of which has been phosphoramidite-modified, and a p-mer oligonucleotide through a phosphite triester bond.
  • the condensation step can be carried out with reference to a method known per se. It is not limited to this, but can be carried out, for example, in the same manner as described in step (2) above.
  • Step (C4) is a step of converting the phosphite triester bond of the n+p oligonucleotide obtained in step (C3) into a phosphate triester bond or a thiophosphate triester bond.
  • the oxidation or sulfurization reaction step can be carried out with reference to a method known per se. As a method known per se, for example, it can be carried out using the reaction conditions described in WO2012/157723 or WO2019/131719. Although not limited thereto, it can be carried out, for example, in the same manner as described in step (3) above.
  • a recovery step and a step of removing all of the protecting groups of the recovered n+p-mer oligonucleotide can be performed. Although not limited thereto, for example, these steps can be performed in the same manner as described in steps (4) and (5) above.
  • the recovery step can be carried out after step (C1) or after step (C2), or after any two of steps (C1), (C2), and (C4), or even after all of steps (C1), (C2), and (C4).
  • the separated aqueous layer was extracted with a mixed solution of n-heptane (10 mL) and ethyl acetate (10 mL).
  • the mixed organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product of compound 1.
  • the obtained crude product was purified by silica gel column chromatography (n-hexane/ethyl acetate) to obtain compound 1 as an oil (yield 2.48 g, 2.65 mmol, yield 94%).
  • Triethylamine (219 mg, 2.17 mmol) and tert-butyl bromoacetate (423 mg, 2.17 mmol) were added to the reaction solution, and stirred at 60 ° C. for 2 hours. After confirming the completion of the reaction, the mixture was allowed to cool to room temperature, and ethyl acetate (20 mL), n-hexane (20 mL), and water (20 mL) were added, and the aqueous layer was separated. The organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product. The resulting crude product was purified by silica gel column chromatography (n-hexane/ethyl acetate).
  • Example 2 Preparation of polyoligonucleotide bound to compound 4 A 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 4 as a pseudo solid-phase protecting group as follows. Synthesis of Compound 5
  • reaction solution was washed four times with a 5% NaHCO 3 (25 mL) aqueous solution and once with 10% saline (25 mL), and concentrated under reduced pressure to obtain compound 6 as a colorless amorphous solid (1.97 g, 100% yield).
  • the aqueous layer was separated from the organic layer.
  • the obtained organic layer was washed with 5% NaHCO 3 aqueous solution (3.0 mL) and 5% saline (3.0 mL), and then dehydrated with sodium sulfate (4.0 g).
  • the obtained crude product was purified by silica gel column chromatography (ethyl acetate/methanol) to obtain compound 8 as a pale yellow amorphous solid (256 mg, yield 86%).
  • ethyl sarcosine hydrochloride (0.54 g, 3.5 mmol) and triethylamine (375 mg, 3.7 mmol) were added to a solution of compound 2 (1.57 g, 1.7 mmol), EDCI (0.42 g, 2.2 mmol) and 1-hydroxybenzotriazole (0.29 g, 2.2 mmol) in N,N-dimethylformamide (13.9 mL) and toluene (3.3 mL) at room temperature, and the mixture was stirred for 14 hours. EDCI (85 mg, 0.44 mmol) was added and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • EDCI 85 mg, 0.44 mmol
  • n-Heptane (16.3 mL) and 1 M hydrochloric acid (14.7 mL) were added to the reaction solution, and the mixture was stirred, and then the organic layer and the aqueous layer were separated.
  • the obtained organic layer was washed with 1 M hydrochloric acid (8.1 mL) and then with 5% saline (8.1 mL).
  • the aqueous layers used in the washing were mixed and extracted with a solution of heptane (8.1 mL) and a small amount of ethyl acetate.
  • Example 5 Preparation of Polyoligonucleotide Conjugated with Compound 11
  • a 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 11 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
  • 0.1 M iodine (THF/pyridine/aqueous solution, 3.93 mL) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 30 minutes.
  • 0.1 M iodine (THF/pyridine/aqueous solution, 0.393 mL) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred for 10 minutes.
  • 1M sodium thiosulfate aqueous solution (4.32 mL) and ethyl acetate (about 3 mL) and stirring, the organic layer and the aqueous layer were separated. The organic layer was washed with saturated sodium bicarbonate solution (3 mL) and 5% saline solution (3 mL), and then concentrated.
  • trifluoroacetic acid (0.082 mL, 1.07 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred for 15 minutes.
  • Trifluoroacetic acid (0.082 mL, 1.07 mmol) and pyrrole (0.173 mL, 2.49 mmol) were added to the reaction solution and stirred for 30 minutes.
  • Saturated sodium bicarbonate water (4.6 mL) was added to the reaction solution and stirred, and then the solution was separated into an organic layer and an aqueous layer. The organic layer was washed with 5% saline (4.6 mL) and then concentrated.
  • Azeotropy was performed three times with ethyl acetate for compound 14 (147 mg, 0.0934 mmol). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (1.5 mL) was added to compound 14 to form a solution, and then DMTr-dC-CE phosphoramidite (159 mg, 0.191 mmol) and molecular sieves 3A (150 mg) were added and stirred at room temperature for 1 hour. DCI (37 mg, 0.317 mmol) was added and stirred at room temperature for 3 hours. 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 1.43 mL) was added to the reaction solution and stirred for 30 minutes.
  • 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 0.48 mL) was added to the reaction solution and stirred for 70 minutes.
  • Example 6 Deprotection of Pseudo Solid-Phase Protecting Group
  • the pseudo solid-phase protecting group, Compound 11 was removed from the oligonucleotide as follows.
  • Example 8 Preparation of polyoligonucleotide bound to compound 20 A 3mer polyoligonucleotide was prepared using compound 20 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
  • 0.2 M iodine (ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 2.4 mL) was added to the reaction solution and stirred at room temperature for 30 minutes. After adding 1 M aqueous sodium thiosulfate solution (3.2 mL) and stirring, the molecular sieves were filtered while being washed with ethyl acetate. The filtrate was separated, and the obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (3.2 mL) and then with 5% saline (3.2 mL).
  • Example 9 Deprotection of Pseudo Solid Phase Protecting Group
  • the pseudo solid phase protecting group, Compound 20 was removed from the oligonucleotide as follows.
  • Example 9 Preparation of Polyoligonucleotides An 8-mer polyoligonucleotide was prepared using compound 20 as a pseudo solid-phase protecting group as follows.
  • EDCI (2.52 g, 13.1 mmol) was added to a solution of compound 32 (4.30 g, 6.56 mmol), L-proline methyl hydrochloride (2.17 g, 13.1 mmol), DMAP (160 mg, 1.31 mmol), and DIPEA (4.57 mL, 26.3 mmol) in DMF (43 mL) at 0° C. under a nitrogen atmosphere, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours. Ethyl acetate (43 mL), n-hexane (43 mL), and water (43 mL) were added and stirred, and the aqueous layer was separated.
  • DMT-dT (2.88 g, 5.29 mmol) was added to a solution of compound 34 (1.99 g, 2.64 mmol), EDCI (2.03 g, 5.29 mmol), 1-hydroxybenzotriazole monohydrate (1.62 g, 5.29 mmol), and DIPEA (3.68 mL, 10.6 mmol) in DMF (20 mL) at 0° C., and the mixture was heated to room temperature and stirred for 15 hours.
  • EDCI (253 mg, 1.32 mmol
  • DIPEA (691 ⁇ L, 3.97 mmol)
  • DMT-dT 720 mg, 1.32 mmol
  • levulinic acid (6.16 mL, 60 mmol) and methanol (80 mL) were mixed, heated to 70° C., and stirred for 10 minutes.
  • dichloromethane 40 mL
  • water (20 mL) were added, and the aqueous layer was separated. The organic layer was washed with water (20 mL) and concentrated under reduced pressure to obtain a crude product.
  • TBDPSCl 0.529 mL was added dropwise at room temperature to a mixture of compound 1 (N 4 -Benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine) (0.868 g, 1.37 mmol) and imidazole (0.466 g, 6.85 mmol) in acetonitrile (7 mL).
  • methanol 0.277 mL
  • MTBE 7. mL
  • saturated sodium bicarbonate water 7 mL were added and stirred, and the precipitated solid was removed by filtration using MTBE as a washing solution.
  • Azeotropy was performed twice with ethyl acetate (2 mL) for compound 61 (198 mg, 0.125 mmol). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (2.4 mL) was added to compound 61 to form a solution, and then molecular sieves 3A (200 mg) was added and stirred for 30 minutes. DMTr-dC-CE phosphoramidite (157 mg, 0.188 mmol) and DCI (34 mg, 0.288 mmol) were added to the resulting solution and stirred at room temperature for 1 hour and 30 minutes.
  • Azeotropy was performed twice with compound 62 (238.7 mg, 0.119 mmol) using ethyl acetate (1.7 mL). Under a nitrogen atmosphere, ethyl acetate (2.4 mL) was added to compound 7 to form a solution, and molecular sieves 3A (240 mg) was added and stirred for 40 minutes.
  • DMTr-dA-CE phosphoramidite (153.6 mg, 0.179 mmol) and DCI (35.2 mg, 0.298 mmol) were added to the resulting reaction solution and stirred at room temperature for 2 hours. DCI (14.1 mg, 0.119 mmol) was further added and stirred at room temperature for 30 minutes.
  • Boc-Ser-OH (17.1 mg, 0.0833 mmmmol) was added and stirred for 18 minutes.
  • 0.2 M iodine ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 1.61 mL was added and stirred for 19 minutes while warming to room temperature.
  • the reaction solution was cooled to 0°C, 1M sodium thiosulfate aqueous solution (2.4mL) was added and stirred, and the molecular sieves were filtered while washing with ethyl acetate. The filtrate was separated, and the obtained organic layer was washed with saturated sodium bicarbonate water (2mL) and then with saturated saline (1mL).
  • EDCI (253 mg, 1.32 mmol), DIPEA (691 ⁇ L, 3.97 mmol), 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)thymidine (6.40 g, 11.75 mmol) were added to the reaction mixture, and the mixture was stirred at room temperature for 24 hours. After the reaction was completed, ethyl acetate (90 mL), n-hexane (45 mL) and water (45 mL) were added and stirred, and the aqueous layer was separated. The obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (20 mL), washed with water (20 mL), and then concentrated.
  • the organic layer was concentrated under reduced pressure, and azeotropy was performed three times using ethyl acetate (5 mL). The residue was dissolved in ethyl acetate (5 mL), and mercaptosuccinic acid (379 mg, 2.52 mmol) was added and cooled to 0° C. Trifluoroacetic acid (0.39 mL, 5.05 mmol) was added and stirred at the same temperature for 3 hours. After confirming the completion of the reaction, water (7.5 mmL) was added and the organic layer was separated. The obtained organic layer was washed three times with saturated sodium bicarbonate water (7.5 mL) and once with 10% NaCl aqueous solution (7.5 mL).
  • DMT-dA-CE phosphoramidite 138 mg, 0.160 mmol
  • DCI 31.5 mg, 0.270 mmol
  • DMT-dA-CE phosphoramidite 275 mg, 0.321 mmol
  • DCI 31.5 mg, 0.270 mmol
  • 0.2M iodine ethyl acetate/pyridine/aqueous solution, 4.2mL
  • 1M Na 2 S 2 O 3 aqueous solution (7.5mL) and THF (4.5mL) were added and stirred.
  • DMT-dT-CE phosphoramidite 115 mg, 0.155 mmol
  • DCI 73.0 mg, 0.618 mmol
  • DMT-dT-CE phosphoramidite 115 mg, 0.155 mmol
  • DCI 73.0 mg, 0.618 mmol
  • DMT-dT-CE phosphoramidite 76.7 mg, 0.103 mmol
  • DCI 110 mg, 0.927 mmol
  • Compound 85 (700 mg, 0.59 mmol) was subjected to azeotropy with ethyl acetate (9 mL) three times. Compound 85 was added with molecular sieves 3A (700 mg), DMT-dC-CE phosphoramidite (552 mg, 0.66 mmol), and ethyl acetate (7 mL), and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour. DCI (156 mg, 1.32 mmol) was added to the reaction solution, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • reaction solution was purified by silica gel column chromatography (spherical neutral silica gel, eluent: ethyl acetate) to obtain compound 108 as a white solid with a yield of 83.6% (yield 94.4 mg, 0.0613 mmol).
  • the obtained organic layer was washed with saturated aqueous sodium bicarbonate (3 mL) and saturated saline (3 mL), and then dried over magnesium sulfate.
  • the obtained solution was concentrated under reduced pressure and further crudely purified using silica gel to obtain a crude product of compound 111 (yield 356 mg) as a highly viscous colorless oil.
  • 87.2 mg was separated, and further compound 108 (94.4 mg, 0.0613 mmol) was added, and then azeotropy was performed twice with ethyl acetate (2 mL).
  • the present invention provides a novel pseudo-solid-phase protecting group that can be used in the synthesis of oligonucleotides by liquid phase synthesis, and a (poly)oligonucleotide to which the protecting group is bound.
  • the present invention is useful for the synthesis of polyoligonucleotides.

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Abstract

本発明は、液相法によるオリゴヌクレオチド合成に用いることができる新たな擬似固相保護基を提供することを目的とする。本発明はまた、新たな擬似固相保護基を用いたオリゴヌクレオチドの合成方法を提供することを目的とする。 本発明により、以下の式(1)で表される化合物: (式中、Rは、炭素数14~60のアルケニル基を表し、nは2又は3を表し、mは0又は1を表し、pは1又は2を表し、Xは、C、N、O又はSを表し、Yは、単結合、B(CH*を表すかXと一緒になって環を形成しても良い、Zは、単結合又は(CH(sは1~5の整数である)を表す)が提供される。本発明によりまた、当該化合物を用いたオリゴヌクレオチドの製造方法が提供される。

Description

長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体、及び該誘導体を用いたオリゴヌクレオチド合成方法
 本発明は、液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成に用いる擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体、その誘導体が結合したオリゴヌクレオチド、ならびに、その誘導体を用いたオリゴヌクレオチドの合成方法に関する。
 近年、DNAプローブ、siRNA、アンチセンスDNA、アンチセンスRNAなどのオリゴヌクレオチドがバイオ関連分野において盛んに利用されている。オリゴヌクレオチドの化学合成方法として、ホスホロアミダイト法、H-ホスホネート法などが知られているが、現在、ホスホロアミダイト法を用いた固相法が汎用されている。固相法はプロセス最適化がなされ自動化も進んでおり、スピード面で有利であるが、スケールアップに制限があるという欠点がある。また、液相法によるオリゴヌクレオチドの製造方法も検討されてきたが、液相法は、操作が煩雑であり、収率も低いため、オリゴヌクレオチドを大量且つ迅速に合成することは困難である。
 そこで、固相法と液相法のそれぞれの欠点を解消しようとして、疎水性基結合ヌクレオシドを用いる方法(特許文献1:特開2010-275254号公報)や、3’位の水酸基が特定の有機基で保護されたヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドを用いる、擬似固相保護基を使用した液相法(特許文献2~10:国際公開第2012/157723号(味の素)、国際公開第2013/122236号(味の素)、国際公開第2017/104836号(味の素)、国際公開第2013/179412号(北海道システムサイエンス)、国際公開第2014/077292号(武田薬品工業)、国際公開第2017/086397号(日産化学)、国際公開第2018/203574号(日産化学)、特開2020-11932号公報(藤本化学製品)、国際公開第2020/227618号(バイオジェン・味の素))などが提案されているが、擬似固相保護基を用いた液相法において、各伸長反応工程における精製工程を可能な限り省略して次の伸長反応を迅速に行うことについては課題が残されている。
特開2010-275254号公報 国際公開第2012/157723号 国際公開第2013/122236号 国際公開第2017/104836号 国際公開第2013/179412号 国際公開第2014/077292号 国際公開第2017/086397号 国際公開第2018/203574号 特開2020-11932号公報 国際公開第2020/227618号
 本発明の目的は、液相法によるオリゴヌクレオチド合成に用いることができる新たな擬似固相保護基を提供することである。本発明の目的はまた、その新たな擬似固相保護基を用いたオリゴヌクレオチドの合成方法を提供することである。
 本発明者らは、上記課題を解決するために鋭意検討した結果、ベンゼン環がアルケニルオキシ基で置換されたベンゾイル基を有し、かつ、末端にカルボキシ基を有することを特徴とする擬似固相保護基を見出し、本発明を完成した。本発明は以下のものを含む。
[1]以下の式(1)で表される化合物又はその塩:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成してもよく、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成してもよく、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSである(ここで、sは1~5の整数、好ましくは1~3の整数である)。但し、Yが単結合の場合は、Zは単結合ではない。)。
[2]以下の式(2)で表される、上記[1]に記載の化合物又はその塩:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基である。)。
[3]前記式(2)において、mは0であり、Xは、NR、O又はSを表す(ここで、Rは、H、又はC1-6アルキル基である。)、上記[2]に記載の化合物又はその塩。
[4]前記式(2)において、mは1であり、XはNR、O又はSを表す(ここで、Rは、H、又はC1-6アルキル基である。)、上記[2]に記載の化合物又はその塩。
[5]前記式(2)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[2]~[4]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
[6]以下の式(3)で表される、上記[1]に記載の化合物又はその塩:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1~5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を表し、
Xは、C又はNを表す。)。
[7]前記式(3)において、mは0であり、uは0、又は1~3の整数(好ましくは0、1又は2)であり、XはCを表す、上記[6]に記載の化合物又はその塩。
[8]前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[7]に記載の化合物又はその塩。
[9]前記式(3)において、uは0、1又は2であり、XはNを表し、Xを含む環Aは、置換基を有してもよい窒素原子を一つ含む5~7員の複素環を表し、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[6]に記載の化合物又はその塩。
[10]前記式(3)において、mは0である、上記[9]に記載の化合物又はその塩。
[11]前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいピロリジン又はピペリジンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアルキル基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[9]に記載の化合物又はその塩。
[12]前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[6]~[11]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
[13]以下の式(4)で表される、上記[1]に記載の化合物又はその塩。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1~5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHである。)。
[14]前記式(4)において、mは0である、上記[13]に記載の化合物又はその塩。
[15]前記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されていてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、上記[13]に記載の化合物又はその塩。
[16]前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、上記[13]~[15]のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
[17]前記式(1)で表される化合物は、下記式:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050
(ここで、Raは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、複数存在するORaは同一又は異なってもよい。)で表される化合物からなる群より選ばれる化合物である、上記[1]に記載の化合物又はその塩。
[18]前記Raは、独立してそれぞれ、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)からなる群より選ばれる化合物に由来する不飽和炭化水素基である、上記[17]に記載の化合物又はその塩。
[19]以下の式(I)で表されるヌクレオチド:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(II)で表されるヌクレオチド:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000053
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
[20]式(I)又は式(II)におけるTgは、以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000055

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す、上記[19]に記載のヌクレオチド。
[21]以下の式(V)或いは式(VI)で表されるヌクレオチド:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000058

[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059
(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII)で表されるヌクレオチド:
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000060
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
[22]式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるTgは、以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000062

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す、上記[21]に記載のヌクレオチド。
[23]式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基であって、フッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基は、アルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基であり、式(II)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基である、上記[19]~[22]のいずれか一つに記載のヌクレオチド、
ここで、前記アルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基として、例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル、ジエチルイソプロピルシリル、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBS(TBDMS))、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル、ジ-t-ブチルメチルシリルトリ(トリメチルシリル)シリル、t-ブチルメトキシフェニルシリル、t-ブトキシジフェニルシリル、TBoDPS、及びTBDASを例示できる。
[24]式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるBaseは、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、水酸基、アミノ基、モノアルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、カルボキシ基、シアノ基及びニトロ基からなる群から選ばれる1-3個の置換基で置換されてもよい、ピリミジン塩基又はプリン塩基である、上記[23]に記載のヌクレオチド。
[25]式(I)、式(V)又は式(VI)におけるDは、メチル基、ベンジル基、p-メトキシベンジル基、tert-ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、2-テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基(TBS)、[(トリイソプロピルシリル)オキシ]メチル基、又は1-(4-クロロフェニル)-4-エトキシピペリジン-4-イル基で保護されていてもよい水酸基である、上記[19]~[22]のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
[26]以下の工程(A1)-(A3):
(A1)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(A2)工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示し、好ましくは1である。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(A3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
 前記担体保護基が、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000065

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
[27]前記担体保護基は、以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000067

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
**は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、上記[26]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[28]工程(A1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[26]又は[27]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[29]さらに、下記工程(A4)を含む上記[26]又は[27]に記載の方法。
(A4)工程(A1)及び/又は(A3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[30]さらに、下記工程(A5)を含む上記[29]に記載の方法。
(A5)工程(A4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
[31]以下の式(I):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000070

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(II):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000072

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
*は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を還元処理、ヒドラジンもしくはアルキルヒドラジンとの反応、又は加水分解することにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(III):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073
(式中、Base、D、R、Q、及びWの定義は式(I)と同様であり、W/Hは、W又は水素を表し、5’側がWの場合、3’側は水素であり、一方、5’側が水素の場合、3’側はWである。)
、又は以下の式(IV):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000074
(式中、Base、R、V、及びW’の定義は式(II)と同様である。)
で表されるヌクレオチドの製造方法。
[32]前記還元処理が、ホウ素含有還元剤(好ましくは、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウム)、又は、ホウ素含有還元剤とアミンの両者、を用いる、上記[31]に記載の製造方法。
[33]以下の工程(B1)-(B3):
(B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
 前記担体保護基が、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
[34]前記担体保護基は、以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000076

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000078

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
**は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、上記[33]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[35]工程(B1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[33]又は[34]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[36]さらに、下記工程(B4)を含む上記[33]又は[34]に記載の方法。
(B4)工程(B1)及び/又は(B3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[37]さらに、下記工程(B5)を含む上記[36]に記載の方法。
(B5)工程(B4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
[38]以下の式(V)或いは式(VI):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000080

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
**は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、又は
以下の式(VII)或いは式(VIII):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000081
[式中、
oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
Tgは、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000082

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]
で表されるヌクレオチド、
を加水分解又はアンモリシスすることにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
以下の式(IX):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000083
(式中、Base、D、R、W及びoの定義は式(V)或いは式(VI)と同様である。)
、又は以下の式(X):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000084
(式中、Base、R、V、W’及びoの定義は式(VII)或いは式(VIII)と同様である。)
で表されるヌクレオチドの製造方法。
[39]以下の工程(C1)-(C4):
(C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
(a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
(b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
(C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
(C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
を含み、
 前記担体保護基が、以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000085

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
[40]前記担体保護基は、以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000086

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000087

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
Xは、C又はNを表し、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000088

(式中、
Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
mは、0又は1を表し、
pは、1又は2を表し、
uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
wは、0、1又は2を表し、
環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
**は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、上記[39]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[41]工程(C1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程又は一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
(i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド又はp個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
である上記[39]又は[40]に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
[42]さらに、下記工程(C5)を含む上記[39]又は[40]に記載の方法。
(C5)工程(C1)及び/又は(C2)及び/又は(C4)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
[43]さらに、下記工程(C6)を含む上記[42]に記載の方法。
(C6)工程(C5)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
 本発明により、オリゴヌクレオチドの製造において用いることができる新規な疑似固相保護基が提供され、該保護基を用いる液相合成法による新規なポリオリゴヌクレオチドの製造方法が可能となる。
 以下、本発明を、例示的な実施態様を例として、本発明の実施において使用することができる好ましい方法及び材料とともに説明するが、本発明は以下に記載の態様に限定されるものではない。なお、文中で特に断らない限り、本明細書で用いるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されるのと同じ意味をもつ。また、本明細書に記載されたものと同等又は同様の任意の材料及び方法は、本発明の実施において同様に使用することができる。また、本発明に関連して本明細書中で引用されるすべての刊行物及び特許は、例えば、本発明で使用できる方法や材料その他を示すものとして、本明細書中に引用されそして本明細書の一部を構成するものである。
 本明細書において、数値範囲を示す「A~B」の記載は、端点であるA及びBを含む数値範囲を意味する。また、「AないしB」についても同様である。また本明細書において、「約」とは、±10%を許容する意味で用いる。
I.擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体
 本発明の一つの態様は、オリゴヌクレオチドの製造に用いることができる擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体である。
 本発明の化合物及びその塩の一つの態様は、以下の式(1)(以下、本明細書において、化合物(1)と呼ぶ場合がある。また、他の式で表される化合物も同様である。)で表される化合物及びその塩である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000089
 上記式(1)において、Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60、好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30のアルケニル基を表す。
 本明細書において「炭素数14~60のアルケニル基」とは、任意の位置に1つの二重結合を有する、炭素数が14から60の直鎖又は分枝状の炭化水素基を意味する。これに限定されないが、例えば、ミリストレイル基(C14)、パルミトレイル基(C16)、サピエル基(C16)、オレイル基(C18)、エライジル基(C18)、バクセル基(C18)、ガドレイル基(C20)、エイコセル基(C20)、エルカル基(C22)、ネルボル基(C24)、リノレイル基(C18)、エイコサジエル基(C20)、ドコサジエル基(C22)、α-及びγ-リノレイル基(C18)、ピノレル基(C18)、エレオステアリル基(C18)、ミードル基(C20)、ジホモ-γ-リノレイル基(C20)、エイコサトリエル基(C20)、ステアリドル基(C18)、アラキドル基(C20)、エイコサテトラエル基(C20)、アドレル基(C22)、ボセオペンタエル基(C18)、エイコサペンタエル基(C20)、オズボンドル基(C22)、イワシル基(C22)、テトラコサペンタエル基(C24)、ドコサヘキサエル基(C22)、及びニシニル基(C24)を挙げることができる。これらのアルケニル基は、天然由来であっても、また公知の合成技術を用いて合成して得てもよい。これに限定されないが、これらのアルケニル基は、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)から選択される脂肪酸から得ることができる不飽和炭化水素基であり、例えば、上記化合物の末端のカルボキシ基がメチレン基に置きかわった不飽和炭化水素基であり、本明細書では、上記「化合物に由来する不飽和炭化水素基」という場合がある。
 上記式(1)において、nは、2又は3を表し、2又は3個存在するORは同一であっても異なってもよいが、好ましくは、同一である。OR基の配置は、特に限定されないが、好ましくは、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換を挙げることができる。
 上記式(1)において、mは、0又は1を表す。
 上記式(1)において、pは、1又は2を表す。
 上記式(1)において、Xは、C、N、O又はSであり、好ましくは、C、N又はOであり、より好ましくは、C又はNである。XがCの場合は、CH2であるか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は置換基を有してもよい5~7員の複素環を表す。
 本明細書において「置換基を有してもよい5~7員の炭素環」としては、例えば、これに限定されないが、置換基を有してもよい、シクロペンタン、シクロペンテン、シクロヘキサン、シクロヘキセン、ベンゼン、シクロヘプタン、シクロヘプテン、及びナフタレンを挙げることができ、好ましくは、置換基を有してもよいシクロヘキサン、ベンゼン又はナフタレンである。
 本明細書において「置換基を有してもよい5~7員の複素環」としては、例えば、これに限定されないが、置換基を有してもよい、ピロリジン、ピペリジン、ピロール、ピリジン、ピラゾール、イミダゾール、ピリミジン、ピラジン、ピリダジン、トリアジンを挙げることができ、好ましくは置換基を有してもよいピロリジン又はピペリジンである。
 5~7員の炭素環又は5~7員の複素環が有してもよい置換基としては、例えば、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基、及び置換されてもよいカルボニル基を挙げあることができ、好ましくは、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、又は置換されてもよいアルキル基である。
 本明細書において「置換されてもよい」とは、1又は任意の数の、好ましくは1~3個の置換基で置換されうることを意味する。複数の置換基で置換される場合は、置換基は、同一であっても異なってもよい。
 本明細書において「置換基」としては、例えば、ハロゲン原子、C1-6アルキル基、C2-6アルケニル基、C2-6アルキニル基、C1-6アルコキシ基、C7-16アラルキル基、C3-6シクロアルキル基、C6-14アリール基、6-14員環のヘテロアリール基、アリールオキシ基、アシル基、アミノ基、水酸基、オキソ基、チオキソ基、及びトリフルオロメチル基を挙げることができる。
 本明細書において「C1-6アルキル基」としては、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、1-エチルプロピル、ヘキシル、イソヘキシル、1,1-ジメチルブチル、2,2-ジメチルブチル、3,3-ジメチルブチル、2-エチルブチルが挙げられる。
 本明細書において「C2-6アルケニル基」としては、例えば、エテニル、1-プロペニル、2-プロペニル、2-メチル-1-プロペニル、1-ブテニル、2-ブテニル、3-ブテニル、3-メチル-2-ブテニル、1-ペンテニル、2-ペンテニル、3-ペンテニル、4-ペンテニル、4-メチル-3-ペンテニル、1-ヘキセニル、3-ヘキセニル、5-ヘキセニルが挙げられる。
 本明細書において「C2-6アルキニル基」としては、例えば、エチニル、1-プロピニル、2-プロピニル、1-ブチニル、2-ブチニル、3-ブチニル、1-ペンチニル、2-ペンチニル、3-ペンチニル、4-ペンチニル、1-ヘキシニル、2-ヘキシニル、3-ヘキシニル、4-ヘキシニル、5-ヘキシニル、4-メチル-2-ペンチニルが挙げられる。
 本明細書において「C1-6アルコキシ基」としては、例えば、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、イソプロポキシ、ブトキシ、イソブトキシ、sec-ブトキシ、tert-ブトキシ、ペンチルオキシ、ヘキシルオキシが挙げられる。
 本明細書において「C7-16アラルキル基」としては、例えば、ベンジル、フェネチル、ナフチルメチル、フェニルプロピルが挙げられる。
 本明細書において「C3-6シクロアルキル基」としては、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、ビシクロ[2.2.1]ヘプチル、ビシクロ[2.2.2]オクチル、ビシクロ[3.2.1]オクチル、アダマンチルが挙げられる。
 本明細書において「C6-14アリール基」としては、例えば、フェニル、ビフェニル、ナフチル(例えば、1-ナフチル、2-ナフチル)、アントラセニル(例えば、1-アントリル、2-アントリル、9-アントリル)が挙げられる。
 本明細書において「6-14員環のヘテロアリール基」としては、例えば、ピリジル、ピリミジニル、ピリダジニル、ピロリル、イソキノリル、キノリル、インドリル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、トリアゾリル、フリル、チエニルが挙げられる。
 本明細書において「置換されてもよいアルキル基」とは、置換基で置換されてもよい、炭素数1から6、より好ましくは炭素数1から4の任意の直鎖アルキル基、同一の又は異なる分岐鎖を有する炭素数3から6の任意の分岐鎖アルキル基、炭素数3から6の任意の環状アルキル基を含む。例えば、炭素数1から6の任意の直鎖アルキル基の具体例としては、メチル基、エチル基、n-プロピル基、n-ブチル基、n-ペンチル基、n-ヘキシル基などが挙げられ、同一の又は異なる分岐鎖を有する炭素数3から6の任意の分岐鎖アルキル基の具体例としては、イソプロピル基、イソブチル基、tert-ブチル基、sec-ブチル基、ネオペンチル基、イソペンチル基などが挙げられ、そして炭素数3から6の任意の環状アルキル基としては、3~6員単環式シクロアルキル基が好ましく、具体例としては、シクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基などが挙げられるが、これらに限定されない。
 本明細書において「ハロゲン原子」としては、例えば、フッ素原子(フルオロ)、塩素原子(クロロ)、臭素原子(ブロモ)、又はヨウ素原子(ヨード)が挙げられる。
 上記式(1)において、XがNの場合は、NRであるか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を表す。Rは、H又はC1-6アルキル基であり、好ましくは、H又はメチルである。置換基を有してもよい5~7員の複素環の例は前記と同様である。
 上記式(1)において、Yは、単結合、B(CH*、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員環を表す。Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環は、例えば、これに限定されないが、置換基を有してもよい、シクロペンタン、シクロペンテン、シクロヘキサン、シクロヘキセン、ベンゼン、シクロヘプタン、シクロヘプタテン及びナフタレンを挙げることができ、好ましくは、置換基を有してもよいシクロヘキサン又はベンゼン、ナフタレンである。炭素数5~7の炭素環が有する置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基、及びカルボニル基を挙げあることができ、好ましくは、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基である。
 Zは、単結合又は(CHSを表す。sは1~5の整数、好ましくは1~3の整数である。但し、YとZがともに単結合となることはない。
 本明細書において、その「塩」とは、カルボン酸部分の構造において生成される塩を意味し、例えば、カルボン酸金属塩、カルボン酸のアンモニウム塩などを挙げることができるが、カルボン酸金属塩が好ましい。カルボン酸金属塩の金属種としては、特に制限がないが、ナトリウム、カリウム、リチウム、セシウム、ニッケル、コバルト、カドミウム、バリウム、カルシウム、マグネシウム、亜鉛、マンガン、銅、セリウム、ジルコニウム、鉄、鉛、ゲルマニウム、アンチモン、アルミニウム、チタン、ビスマス等が挙げられるが、アルカリ金属もしくはアルカリ土類金属が好ましい。
 本発明の化合物及びその塩の別の一つの態様は、式(2)(以下、本明細書において、化合物(2)と呼ぶ場合がある。)で表される化合物及びその塩である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000090
 上記式(2)において、Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60、好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30のアルケニル基を表す。Rの例は、化合物(1)において例示されたものと同様である。
 上記式(2)において、nは、2又は3を表し、2又は3個存在するORは同一であっても異なってもよいが、好ましくは、同一である。OR基の配置は、特に限定されないが、好ましくは、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換を挙げることができる。
 上記式(2)において、mは、0又は1を表す。
 上記式(2)において、pは、1又は2を表す。
 上記式(2)において、uは、1から5の整数、好ましくは1~3の整数を表す。
 上記式(2)において、Xは、NR、O又はSを表し、好ましくは、NR又はOである。Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、好ましくは、H又はメチルである。
 本発明の化合物及びその塩の他の一つの態様は、式(3)(以下、本明細書において、化合物(3)と呼ぶ場合がある。)で表される化合物及びその塩である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000091
 上記式(3)において、Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60、好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30のアルケニル基を表す。Rの例は、化合物(1)において例示されたものと同様である。
 上記式(3)において、nは、2又は3を表し、2又は3個存在するORは同一であっても異なってもよいが、好ましくは、同一である。OR基の配置は、特に限定されないが、好ましくは、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換を挙げることができる。
 上記式(3)において、mは、0又は1を表し、好ましくは0である。
 上記式(3)において、pは、1又は2を表す。
 上記式(3)において、uは、0又は1から5の整数、好ましくは、0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2を表す。
 上記式(3)において、Xは、C又はNを表す。XがCの場合は、環Aは、置換基を有してもよい5~7員の炭素環もしくは複素環を表し、XがNの場合は、環Aは、置換基を有してもよい5~7員の複素環を表す。
 本発明の化合物及びその塩の他の一つの態様は、式(4)(以下、本明細書において、化合物(4)と呼ぶ場合がある。)で表される化合物及びその塩である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000092
 上記式(4)において、Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60、好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30のアルケニル基を表す。Rの例は、化合物(1)において例示されたものと同様である。
 上記式(4)において、nは、2又は3を表し、2又は3個存在するORは同一であっても異なってもよいが、好ましくは、同一である。OR基の配置は、特に限定されないが、好ましくは、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換を挙げることができる。
 上記式(4)において、mは、0又は1を表し、好ましくは0である。
 上記式(4)において、pは、1又は2を表す。
 上記式(4)において、uは、0又は1から5の整数、好ましくは、0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2を表す。
 上記式(4)において、wは、0、1又は2を表す。
 上記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表す。 
 本発明の化合物(1)の例示として、例えば、以下に記載の化合物を挙げることができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000093
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000094
 上記式中、Raは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60、好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30のアルケニル基を表す。Rの例は、化合物(1)において例示されたものと同様である。
II.擬似固相保護基が結合したヌクレオチド
 本発明の一つの態様は、上記した擬似固相保護基である長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体が結合したヌクレオチドである。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(I)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(I)と呼ぶ場合がある。)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000095
 上記オリゴヌクレオチド(I)において、oは、0以上の任意に整数、好ましくは、1~50の整数を表す。
 上記オリゴヌクレオチド(I)において、o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表す。
 本明細書において「核酸塩基」は、天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基を含み、核酸の合成に使用されるものであれば特に制限されない。これに限定されないが、例えば、アデニン、グアニン等のプリン塩基、ウラシル、シトシン、チミン等のピリミジン塩基が挙げられる。核酸塩基はまた、修飾されていてもよい。「修飾されていてもよい核酸塩基」としては、例えば、プリン環又はピリミジン環の任意の位置に1~3個の任意の置換基(例えば、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、水酸基、アミノ基、モノアルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、カルボキシ基、シアノ基、ニトロ基、アルキルチオ基等)で修飾された核酸塩基を挙げることができ、これに限定されないが、例えば、8-ブロモアデニン、8-ブロモグアニン、5-ブロモシトシン5-ヨードシトシン、5-ブロモウラシル、5-ヨードウラシル、5-フルオロウラシル、5-メチルシトシン、8-オキソグアニン、ヒポキサンチンを挙げることができる。好ましい核酸塩基としては、例えば、アデニン、グアニニン、2,6-ジアミノプリン、チミン、2-チオチミン、シトシン、5-メチルシトシン、ウラシル、5-フルオロシトシン、キサンチン、6-アミノプリン、2-アミノプリン、6-クロロ-2-アミノ-プリン、及び6-クロロプリンが挙げられ、特に好ましい核酸塩基としては、例えば、アデニン、グアニン、シトシン、5-メチルシトシン、チミン又はウラシルが挙げられる。ヌクレオチドに存在する複数の核酸塩基は異種の核酸塩基であってもよく、同種の核酸塩基であってもよい。また、核酸塩基は保護されていてもよい。
 本明細書において「保護されていてもよい核酸塩基」とは、核酸塩基の任意の官能性基が保護基で保護されていてもよいことを意味し、例えば、アミノ基を有する核酸塩基(例えば、アデニル基、グアニル基、又はシトシル基)においてアミノ基が保護されていてもよいこと、水酸基を有する核酸塩基において水酸基が保護されていてもよいこと、チオール基を有する核酸塩基においてチオール基が保護されていてもよいこと、又はカルボニル基を有する核酸塩基においてその環に置換されているアミノ基又は水酸基と共役してカルボニル基が水酸基の形になって保護されていてもよいこと等を意味する。これらの核酸塩基に結合した保護基は、オリゴヌクレオチドの3’位又は5’位における一時保護基の脱保護条件に耐え得るのが好ましい。
 前記核酸塩基における「アミノ基の保護基」は、特に限定されないが、例えば、ピバロイル基、ピバロイロキシメチル基、トリフルオロアセチル基、フェノキシアセチル基、4-イソプロピルフェノキシアセチル基、4-tert-ブチルフェノキシアセチル基、アセチル基、ベンジル(Bn)基、ベンゾイル(Bz)基、4,4’-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル基、トリフェニルメチル基、2-ナフチルメチル基、シアノエトキシカルボニル基、テトラヒドロピラニル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、4-メトキシベンジル基、3,4-ジメトキシベンジル基、イソブチリル基、ジメチルホルムアミジニル基、9-フルオレニルメチルオキシカルボニル(Fmoc)基、アルコキシカルボニル基(例えば、t-ブトキシカルボニル(Boc)基、ベンジロキシカルボニル(Cbz)基、ジフェニルアミノカルボニル(DPC)基、シアノエトキシカルボニル(Ceoc)基)、スルホニル基(例えば、メタンスルホニル基、及びp-トルエンスルホニル基)を挙げることができ、フェノキシアセチル基、4-イソプロピルフェノキシアセチル基、アセチル基、イソブチリル基、及びジメチルホルムアミジニル基が好ましい。
 前記核酸塩基における「水酸基の保護基」は、特に限定されないが、例えば、アルキル基(例えば、メチル基、tert-ブチル基)、アリールメチル基(例えば、ベンジル基、p-メトキシベンジル基)、アルコキシアルキル基(例えば、メトキシメチル基、メトキシエチル基、シアノエトキシメチル基、エトキシエチル基)、2-テトラヒドロピラニル基、シアノエチル基、カルバモイル基(例えば、フェニルカルバモイル基、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-チオカルバモイル基)、アシル基(例えば、アセチル基、ピバロイル基、イソブチリル基、ベンゾイル基、フェノキシアセチル基、レブリニル基、3-ベンゾイルプロピオニル基)、シリル基(例えば、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基、tert-ブチルジフェニルシリル基)、[(トリイソプロピルシリル)オキシ]メチル基(Tom基)、1-(4-クロロフェニル)-4-エトキシピペリジン-4-イル基(Cpep基)を挙げることができ、アセチル基、ベンゾイル基、ベンジル基又はp-メトキシベンジル基が好ましい。
 前記核酸塩基における「チオール基の保護基」は、特に限定されないが、例えば、上記した「水酸基の保護基」と同様の保護基、及びジスルフィド結合を形成する保護基を挙げることができる。
 前記の核酸塩基のカルボニル基が共役して水酸基の形になって保護される場合は、例えば、フェノール、2,5-ジクロロフェノール、3-クロロフェノール、3,5-ジクロロフェノール、2-ホルミルフェノール、2-ナフトール、4-メトキシフェノール、4-クロロフェノール、2-ニトロフェノール、4-ニトロフェノール、4-アセチルアミノフェノール、ペンタフルオロフェノール、4-ピバロイロキシベンジルアルコール、4-ニトロフェネチルアルコール、2-(メチルスルフォニル)エタノール、2-(フェニルスルフォニル)エタノール、2-シアノエタノール、2-(トリメチルシリル)エタノール、ジメチルカルバミン酸クロライド、ジエチルカルバミン酸クロライド、エチルフェニルカルバミン酸クロライド、1-ピロリジンカルボン酸クロライド、4-モルホリンカルボン酸クロライド、ジフェニルカルバミン酸クロライドなどを反応させて、カルボニル基を保護することが出来る。
 前記オリゴヌクレオチド(I)におけるDは、水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すほか、リボースの4’位の炭素との間で架橋を形成してもよい。「保護されてもよい水酸基における」保護基は、前記「水酸基の保護基」と同様である。
 「架橋型核酸(BNA)」としては、これに限定されないが、例えば、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸(GuNA)又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋核酸を挙げることができる。このようなBNAとしては、これに限定されないが、例えば、メチレンオキシ(4’-CH-O-2’)BNA(LNA、2’,4’-BNAとしても知られている)、エチレンオキシ(4’-(CH-O-2’)BNA(ENAとしても知られている)、β-D-チオ(4’-CH-S-2’)BNA、アミノオキシ(4’-CH-O-N(R)-2’)BNA(Rは、H又はMe)、オキシアミノ(4’-CH-N(R)-O-2’)BNA(Rは、H又はMe)、2’,4’-BNAcoc、3’-アミノ-2’,4’-BNA、5’-メチルBNA、(4’-CH(CH)-O-2’)BNA(cEt BNAとしても知られている)、(4’-CH(CHOCH)-O-2’)BNA(cMOE BNAとしても知られている)、アミドBNA、(4’-C(O)-N(R)-2’)BNA(Rは、H又はMe)(AmNAとしても知られている)、グアニジン架橋型BNA(GuNA、アミンBNA(2’-Amino-LNAとしても知られている)、2’-O,4’-C-スピロシクロプロピレン架橋型核酸(scpBNAとしても知られている)、及び当業者に公知の他のBNAが挙げられる。
 さらに、アミド架橋型核酸の例及びその製造方法は、例えばWO2014/109384に記載のものを挙げることができ、グアニジン架橋型核酸の例及びその製造方法は、例えばWO2014/046212、WO2017/047816、特開2022-033869に記載のものを挙げることができる。
 オリゴヌクレオチド(I)におけるQは、電子吸引性基を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を示す。Qが2以上存在する場合には、複数存在するQは同じであっても又は異なっていてもよい。
 本明細書において「C1-4アルキル基」とは、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチルが挙げられる。
本明細書において「電子吸引性基」とは、有機化学上一般的に使用される、電子密度を減弱させる効果を持つ性質を有する置換基を意味する。これに限定されないが、例えば、カルボキシ基、ハロゲン、ニトロ基、エステル基、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基、4-ピリジル基、及び置換基を有してもよいアリール基やアリールスルホニル基挙げることができ、好ましくはシアノ基である。
 オリゴヌクレオチド(I)におけるW/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであるが、好ましくは、3’側はTg、5’側がWである。ここで、Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基である。
 本明細書において「酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一般保護基」とは、水酸基の保護基として有機合成化学(特に、核酸合成)分野において通常用いる保護基であって、酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で、除去可能な保護基であれば特に制限されない。例えば、脂肪族アシル基;芳香族アシル基;置換されていてよいアミノカルボニル基;置換されていてよいアルコキシカルボニル基;脂肪族スルホニル基;芳香族スルホニル基;1から3個のアリール基で置換されたメチル基;炭素数1から6のアルキル基、炭素数1から6のアルコキシ基、ハロゲン原子及び/又はシアノ基で置換された1から3個のアリール基で置換されたメチル基;又はシリル基が挙げられる。具体例としては、ベンジル(Bn)基、ジフェニルカルボニル(DPC)基、4,4’-ジメトキシトリフェニルメチル基(通称、4,4'-ジメトキシトリチル(DMTr)基)、4-メトキシトリフェニルメチル基(通称、4-メトキシトリチル基)、トリフェニルメチル(通称、トリチル基(Tr)基)、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、2-ナフチルメチル基、シアノエトキシカルボニル基、テトラヒドロピラニル基、アルキル基もしくはアリル基等で置換されたシリル基(例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル(TIPS)、ジメチルイソプロピルシリル、ジエチルイソプロピルシリル、ジメチルテキシルシリル、t-ブチルジメチルシリル(TBS(TBDMS))、t-ブチルジフェニルシリル(TBDPS)、トリベンジルシリル、トリ-p-キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル、ジ-t-ブチルメチルシリルトリ(トリメチルシリル)シリル、t-ブチルメトキシフェニルシリル、t-ブトキシジフェニルシリル、TBoDPS、及びTBDASなど)、4-メトキシベンジル(p-メトキシベンジル)基、3,4-ジメトキシベンジル基、ベンゾイル(Bz)基、2,6-ジメトキシベンジル基、p-フェニルベンジル基、メタンスルホニル基、トリフルオロメタンスルホニル基、メトキシメチル基、及びアセチル基等が挙げられるが、これらに限定されない。好ましくは、例えば、ベンジル(Bn)基、4,4'-ジメトキシトリチル(DMTr)基、4-メトキシトリチル基、t-ブチルジメチルシリル基、t-ブチルジフェニルシリル基、トリメチルシリル(TMS)基、ジフェニルアミノカルボニル(DPC)基、メタンスルホニル基、トリフルオロメタンスルホニル基であり、特に好ましくは、4,4'-ジメトキシトリチル基又は4-メトキシトリチル基である。
 前記オリゴヌクレオチド(I)におけるRは、O又はSである。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(II)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(II)と呼ぶ場合がある。式)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000096
 上記オリゴヌクレオチド(II)において、oは、0以上の任意の整数、好ましくは、1~50の整数を表す。
 上記オリゴヌクレオチド(II)において、o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表す。
 上記オリゴヌクレオチド(II)において、W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基である。
 上記オリゴヌクレオチド(II)におけるRは、O又はSである。
 上記オリゴヌクレオチド(II)において、Vは、C1-6のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は、4位窒素原子が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同じであっても又は異なっていてもよい。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(V)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(V)と呼ぶ場合がある。)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000097
 上記オリゴヌクレオチド(V)における、o、Base、W、R、及びDは、オリゴヌクレオチド(I)における定義と同じである。ただし、2つのWは、同じであっても異なってもよい。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(VI)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(VI)と呼ぶ場合がある。)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000098
 上記オリゴヌクレオチド(VI)における、o、Base、W、R、及びDは、オリゴヌクレオチド(I)における定義と同じである。ただし、2つのWは、同じであっても異なってもよい。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(VII)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(VII)と呼ぶ場合がある。)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000099
 上記オリゴヌクレオチド(VII)における、o、Base、W’、R、及びVは、オリゴヌクレオチド(II)における定義と同じである。ただし、2つのW’は、同じであっても異なってもよい。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドの一つの態様は、以下の式(VIII)(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチド(VIII)と呼ぶ場合がある。)で表される。
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000100
 上記オリゴヌクレオチド(VIII)における、o、Base、W’、R、及びVは、オリゴヌクレオチド(II)における定義と同じである。ただし、2つのW’は、同じであっても異なってもよい。
 本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドにおいて、オリゴヌクレオチド(I)、(II)、(V)、(VI)、(VII)又は(VIII)におけるTgは、
以下の式(5):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000101

である。
 式(5)において、**は、オリゴヌクレオチドのO又はBaseへの結合を表す。
 式(5)において、その他の各記号の定義は、式(1)における定義と同じである。
 TgのOへの結合は、ヌクレオチドの3’位又は5’位の水酸基とTgの末端カルボン酸との間での結合(例えば、エステル結合)により行うことができるが、これに限定されない。TgのBaseへの結合は、Baseの反応性置換基とTgの末端カルボン酸との間での結合反応により行うことができ、例えば、Baseであるアデニン、グアニン、シトシンのアミノ基とTgの末端カルボン酸との間での結合(例えば、アミド結合)により 
 前記オリゴヌクレオチド(I)、(II)、(V)、(VI)、(VII)又は(VIII)におけるTgはまた、
以下の式(6):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000102

である。
 式(6)において、**は、オリゴヌクレオチドのO又はBaseへの結合を表す。
 式(6)において、その他の各記号の定義は、式(2)における定義と同じである。
 前記オリゴヌクレオチド(I)、(II)、(V)、(VI)、(VII)又は(VIII)におけるTgはまた、
以下の式(7):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000103

である。
 式(7)において、**は、オリゴヌクレオチドのO又はBaseへの結合を表す。
 式(7)において、その他の各記号の定義は、式(3)における定義と同じである。
 前記オリゴヌクレオチド(I)、(II)、(V)、(VI)、(VII)又は(VIII)又はオリゴヌクレオチド(II)におけるTgはまた、
以下の式(8):
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000104

である。
 式(8)において、**は、オリゴヌクレオチドのO又はBaseへの結合を表す。
 式(8)において、その他の各記号の定義は、式(4)における定義と同じである。
 上記の式(I)又は式(II)で表される本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドを還元処理、ヒドラジンもしくはアルキルヒドラジンとの反応、又は加水分解することにより、本発明の擬似固相保護基を脱保護することができる。還元処理は、これに限定されないが、ホウ素含有還元剤、好ましくは、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウム、又は、ホウ素含有還元剤とアミンの両者、を用いることにより行うことができる。
 上記の式(V)、(VI)、(VII)又は(VIII)で表される本発明の擬似固相保護基が結合したヌクレオチドを加水分解又はアンモリシスすることにより、本発明の擬似固相保護基を脱保護することができる。アンモリシスは、これに限定されないが、アンモニアのアルコール溶液、例えばアンモニアのメタノール溶液、を用いることにより行うことができる。
III.ヌクレオチドの製造方法
 本発明の一つの態様は、以下の工程(A1)-(A3)を含むオリゴヌクレオチドの製造方法(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチドの製造方法、又は単に本発明の製造方法と呼ぶ場合がある。)である。
工程(A1):非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合(オリゴ)ヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程(本明細書中で、「脱保護工程及び分離工程」という場合がある。)、
工程(A2):工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合(オリゴ)ヌクレオチドとp個重合(オリゴ)ヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程(本明細書中で、「縮合工程」という場合がある。)、及び
工程(A3):酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程(本明細書中で、「酸化又は硫化反応工程」という場合がある。)。
 本発明の一つの態様は、以下の工程(B1)-(B3)を含むオリゴヌクレオチドの製造方法(以下、本明細書において、オリゴヌクレオチドの製造方法、又は単に本発明の製造方法と呼ぶ場合がある。)である。
(B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
(B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
工程(1)
 工程(A1)は、3’位又は5’位の水酸基の一方が担体保護基で保護され、他方が除去可能な一時保護基で保護されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドから、一時保護基を除去する工程(本明細書中で、「脱保護工程」という場合がある。)、及び、一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程(本明細書中で、「分離工程」という場合がある。)を含む。
 工程(B1)は、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドから、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去する工程(本明細書中で、「脱保護工程」という場合がある。)、及び、一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程(本明細書中で、「分離工程」という場合がある。)を含む。
 nは、1以上の任意の整数を示す。nの上限値は、特に限定されないが、好ましくは50以下、より好ましくは40以下、さらに好ましくは30以下を挙げることができる。  
 工程(1)(A1又はB1、以下、単に工程(1)という場合がある。)における一時保護基の除去反応は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の反応条件を用いて行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、以下のようにして行うことができる。
 本発明の製造方法の工程(1)における溶媒(非極性又は極性溶媒)は、反応に影響を及ぼさなければ特に限定されないが、当該溶媒における溶解度が高い程、優れた反応性が期待できるため、疑似固相保護基が結合したヌクレオチドの溶解度の高い溶媒を選択することが好ましい。工程(1)で用いる溶媒としては、例えば、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、エーテル系溶媒、アミド系溶媒、スルホキシド系溶媒、ニトリル系溶媒、ハロゲン系溶媒、及びこれらの組合せを挙げることができる。好ましくは、ベンゼン、トルエン、キシレン、メシチレン、ヘキサン、ペンタン、ヘプタン、ノナン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、2-メチルテトラヒドロフラン、tert-ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、N,N-ジメチルホルムアミド、N,N-ジメチルアセトアミド、N-メチルピロリドン、ジメチルスルホキシド、アセトニトリル、プロピオニトリル、ジクロロメタン、クロロホルム、1,2-ジクロロエタン、及びこれらの組合せを挙げることができる。より好ましくは、トルエン、キシレン、ヘキサン、へプタン、シクロヘキサン、酢酸エチル、酢酸イソプロピル、テトラヒドロフラン、2-メチルテトラヒドロフラン、tert-ブチルメチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、N,N-ジメチルホルムアミド、N,N-ジメチルアセトアミド、N-メチルピロリドン、ジメチルスルホキシド、及びこれらの組合せを挙げることができる。
 工程(1)の脱保護工程におけるn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの溶媒中の濃度は、溶解していれば特に限定されるものではないが、好ましくは1~30重量%である。
 工程(1)で用いる酸は、特に限定されないが、例えば、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリフルオロメタンスルホン酸、トリクロロ酢酸、メタンスルホン酸、塩酸、酢酸、及びp-トルエンスルホン酸を挙げることができる。好ましくは、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸である。酸の使用量は、n個重合ヌクレオチド1モルに対して、1~100モル使用することができ、好ましくは1~40モルが挙げられる。
 酸は単独で使用することができるが、カチオン捕捉剤との共存下で使用してもよい。カチオン捕捉剤の例としては、除去された一時保護基による再保護や脱保護された官能基への副反応が実質的に起こらなければ特に限定されない。
 工程(1)で用いるカチオン補足剤は、酸性条件下で除去可能な保護基を脱保護する際に用いることができるものであれば特に限定されないが、例えば、置換されてもよいアルキルチオール誘導体、置換されてもよいピロール誘導体、置換されてもよいインドール誘導体、置換されていてもよいフラン誘導体を挙げることができる。置換基としては、これに限定されないが、ハロゲン原子、C1-6アルキル基、C2-6アルケニル基、C2-6アルキニル基、C1-6アルコキシ基、水酸基、アリールオキシ基、アミノ基、ニトロ基、トリフルオロメチル基、フェニル基、カルボキシ基、等が挙げられる。これらの2種以上の基によって置換されてもよい。好ましくは、チオリンゴ酸、アセチルシステイン、ピロール、3-メチルピロール、2,4-ジメチルピロール、インドール、4-メチルインドール、5-メチルインドール、6-メチルインドール、7-メチルインドール、5,6-ジメチルインドール、及び6,7-ジメチルインドール、フラン、2-メチルフラン、3-メチルフラン、2-ピロールカルボン酸、3-ピロールカルボン酸、インドール―2-カルボン酸、インドール-3-カルボン酸、インドール―5―カルボン酸、2-フランカルボン酸、3-フランカルボン酸を挙げることができる。カチオン捕捉剤の使用量は、n個重合(オリゴ)ヌクレオチド1モルに対し、1~50モルを使用することができ、好ましくは5~20モルが挙げられる。
 工程(1)で用いるフッ素アニオンを含む試薬は、特に限定されないが、例えば、フッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライドを挙げることができる。フッ素アニオンを含む試薬の使用量は、n個重合(オリゴ)ヌクレオチド1モルに対し、1~10モルを使用することができ、好ましくは1~5モルが挙げられる。
 工程(A1)で用いるn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの3’位又は5’位の水酸基に結合する担体保護基、又は工程(B1)で用いるn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合する担体保護基は、本発明の擬似固相保護基であり、具体的には、本明細書において化合物(1)-(4)で表される長鎖アルケニルオキシ置換ベンゾイル誘導体である。
 工程(1)の脱保護工程における反応温度は、反応が進行すれば特に限定されるものではないが、例えば、10~50℃が好ましく、0~40℃がより好ましい。反応時間は、反応条件、例えば、反応基質としてのn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの種類、酸の種類、溶媒の種類、反応温度等により変わり得るが、例えば5分~5時間が挙げられる。
 工程(B1)においては、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去する。一方のみの一時保護基の除去は、5’位水酸基又は3’位水酸基に結合する一時保護基の種類を適宜選別することにより行うことができる。例えば、5’位水酸基の一時保護基を除去するが3’位水酸基の一時保護基を除去しない場合は、適当な反応条件において、5’位水酸基の一時保護基の結合は切断するが、3’位水酸基の一時保護基の結合は切断しないような一時保護基の組合せを用いればよい。このような一時保護基の組合せ及び切断反応の反応条件は、当業者において適宜選択できる。例えば、これに限定されないが、一方に、酸では脱保護されない化学安定性が高いシリル型保護基を用い、一方に、フッ素アニオンを含む試薬では脱保護されないトリチル型保護基を用いることができ、例えば、TBDPS基とDMTr基の組合せをあげることができる。
 工程(1)においては、一時保護基の除去後、擬似固相保護基を含有する化合物を分離する工程(「分離工程」という場合がある。)を含む。分離は、(i)反応液から一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程(「単離工程」をいう場合がある。)、又は(ii)反応液を水洗し有機層を回収する工程(「水洗工程」という場合がある。)、により行うことができる。
 工程(1)の分離工程においては、反応液を塩基により中和する工程を、上記単離工程又は回収工程の前に行うのが好ましい。反応液を塩基により中和することにより、例えば、純度の低下を抑制することができ、さらに脱保護後された保護基を水層に除去可能な場合もある。用いる塩基は、反応液を中和できるものであれば特に制限がないが、例えば、ピリジン、2,4,6-トリメチルピリジン、ベンズイミダゾール、1,2,4-トリアゾール、N-フェニルイミダゾール、2-アミノ-4,6-ジメチルピリミジン、1,10-フェナントロリン、イミダゾール、N-メチルイミダゾール、2-クロロベンズイミダゾール、2-ブロモベンズイミダゾール、2-メチルイミダゾール、2-フェニルベンズイミダゾール、N-フェニルベンズイミダゾール及び5-ニトロベンズイミダゾールを挙げることができる、これらの2種以上を組み合わせて用いてもよい。
 工程(1)における単離工程は、そのままのあるいは中和した反応溶液を、極性溶媒を用いて擬似固相保護基が結合した(オリゴ)ヌクレオチドを晶析して回収することにより行うことができる。これにより不純物を含む反応液から擬似固相保護基を含有する(オリゴ)ヌクレオチドを単離できる。極性溶媒の例としては、メタノール、エタノールなどのアルコール系溶媒、アセトニトリルなどのニトリル系溶媒、アセトンなどのケトン系溶媒、テトラヒドロフランなどのエーテル系溶媒、ジメチルホルムアミドなどのアミド系溶媒、ジメチルスルホキシドなどのスルホキシド系溶媒、水等、及びこれらの2種以上の混合溶媒が挙げられる。アルコール系溶媒、ニトリル系溶媒が好ましく、具体的にはメタノール又はアセトニトリルが好ましい。極性溶媒は、生成物の極性溶媒中へのロスを最小限とするために、水を含んでいてもよい。極性溶媒に対する水の含量は、例えば0~10%(v/v)、好ましくは0~8%(v/v)が挙げられる。固液分離は、自体公知の方法を参照して行うことができる。
 工程(1)における水洗工程は、そのままのあるいは中和した反応溶液を水洗し、有機層を回収することにより行うことができる。これにより不純物を除去できる。
工程(2)
 工程(A2)又は(B2)は、上記工程(A1)又は(B1)により調製した、3’位又は5’位の水酸基が担体保護基又は一時保護基で保護され、他方の水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、3’位又は5’位水酸基が一時保護基で保護され、他方の水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、を縮合させて、ホスファイトトリエステル結合により結合したn+p個重合オリゴヌクレオチドを調製する工程である。
 pは、1以上の任意の整数を示す。ヌクレオチドの伸長反応を行う場合は、pは好ましくは1であり、オリゴヌクレオチドのカップリング反応を行う場合、pは任意の整数であり、その上限値は、特に限定されないが、好ましくは20以下、より好ましくは10以下、さらに好ましくは5以下である。
 工程(2)(A2又はB2、以下、単に工程(2)という場合がある。)における縮合反応は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の反応条件を用いて行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、以下のようにして行うことができる。
 工程(1)により脱保護したn個重合(オリゴ)ヌクレオチドを晶析により回収した場合は、工程(2)で用いる溶媒に溶解して、縮合反応を行うことができる。また、工程(1)により脱保護したn個重合(オリゴ)ヌクレオチドを溶媒中にて分離回収した場合は、そのままの溶媒にて、あるいは、必要に応じて溶媒の変更を行い、縮合反応を行うことができる。
 工程(2)においては、アクチベータとして弱酸もしくは酸性中和塩を添加して反応効率を向上させることもできる。弱酸もしくは酸性中和塩の例としては、ピリジン・トリフルオロ酢酸塩、1H-テトラゾール、5-ベンジルチオ-1H-テトラゾール、4,5-ジシアノイミダゾール等が挙げられる。弱酸もしくは酸性中和塩の使用量は、反応基質としての、工程(1)で得られた水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの1モルに対し、0.1~50モル当量使用することができ、例えば1~5モル当量が挙げられる。
 また、工程(2)の縮合工程においては、反応液の酸性度が高くなると、一時保護基が脱離する副反応が生じるおそれがあるので、反応液の酸性化を抑制する目的でN-メチルイミダゾールを添加することが好ましい。N-メチルイミダゾールの使用量は、工程(1)で得られた水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの1モルに対し、0.1~10モル当量使用することができ、例えば0.1~1モル当量が挙げられる。
 5’位又は3’位水酸基が一時保護基で保護され、他方の水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、工程(A1)で得られた3’位又は5’位の水酸基が担体保護基で保護され、他方の水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドとの配合量比は、n個重合(オリゴ)ヌクレオチドの1モルに対して、p個重合(オリゴ)ヌクレオチドを1~10モル当量、好ましくは1~5モル当量で使用することができる。
 5’位又は3’位水酸基が一時保護基で保護され、他方の水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合(オリゴ)ヌクレオチドと、工程(B1)で得られた3’位又は5’位水酸基の一方のみが一時保護基基で保護され、他方の水酸基の一時保護基が除去されたn個重合(オリゴ)ヌクレオチドとの配合量比は、n個重合(オリゴ)ヌクレオチドの1モルに対して、p個重合(オリゴ)ヌクレオチドを1~10モル当量、好ましくは1~5モル当量で使用することができる。
 工程(2)は、縮合反応に影響を及ぼさない溶媒中で行うことができる。これに限定されないが、例えば、前記工程(1)と同様の非極性及び極性溶媒が挙げられ、例えば、芳香族系溶媒、エステル系溶媒、脂肪族系溶媒、エーテル系溶媒、アミド系溶媒、スルホキシド系溶媒、ハロゲン系溶媒、ニトリル系溶媒及びこれらの組合せを挙げることができる。
 工程(2)の反応温度は、反応が進行すれば特に限定されないが、例えば-20~100℃が好ましく、20~50℃より好ましい。反応時間は、縮合させるn個重合(オリゴ)ヌクレオチドの種類、反応温度等によって変わり得るが、例えば5分~24時間を挙げられる。
工程(3)
 工程(A3)又は(B3)は、酸化剤又は硫化剤を用いて、上記工程(A2)又は(B2)により得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合にそれぞれ変換する工程(酸化又は硫化反応の工程)である。
 工程(3)(A3又はB3、以下、単に工程(3)という場合がある。)における酸化又は硫化反応工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の反応条件を用いて行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、以下のようにして行うことができる。
 工程(3)は、前記工程(2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドを単離することなく、工程(2)の反応液に、酸化剤又は硫化剤を直接に添加するだけで反応を行うこともできる。
 工程(3)における酸化剤を用いる酸化反応は、通常オリゴヌクレオチド合成において知られる方法に準じて行うことができる。酸化剤の例としては、特に限定されるものではないが、例えば、ヨウ素、(1S)-(+)-(10-カンファニルスルフォニル)オキサジリジン、tert-ブチルヒドロペルオキシド(TBHP)、2-ブタノンペルオキシド、1,1-ジヒドロペルオキシシクロドデカン、ビス(トリメチルシリル)ペルオキシド、クメンヒドロペルオキシド、過酸化水素水、又はm-クロロ過安息香酸を挙げることができ、ヨウ素、(1S)-(+)-(10-カンファスルホニル)オキサゾリジン、tert-ブチルヒドロペルオキシド(TBHP)、2-ブタノンペルオキシド、1,1-ジヒドロペルオキシシクロドデカンが好ましい。
 工程(3)における硫化剤を用いる硫化反応は、通常オリゴヌクレオチド合成において知られる方法に準じて行うことができる。硫化剤の例としては、特に限定されるものではないが、例えば、N,N-ジメチル-N’-(3-チオキソ-3H-1,2,4-ジチアゾール-5-イル)イミドホルムアミド(DDTT)、3H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン-1,1-ジオキシド(Beaucage試薬)、3H-1,2-ベンゾジチオール-3-オン、フェニルアセチルジスルフィド(PADS)、テトラエチルチウラムジスルフィド(TETD)、3-アミノ-1,2,4-ジチアゾール-5-チオン(ADTT)、又は硫黄を挙げることができ、N,N-ジメチル-N’-(3-チオキソ-3H-1,2,4-ジチアゾール-5-イル)イミドホルムアミドが好ましい。
 オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合は、硫化反応により、チオホスフェートトリエステル結合に変換することができる。チオホスフェートはリン原子上で不斉中心を有するため、光学活性体を与える。また、オリゴヌクレオチドチオホスフェートの製造工程において脱保護反応を行っても、リン原子上の不斉中心は残存し、光学活性体を与える。
 工程(3)の反応は、通常溶媒中で行われる。反応に用いられる溶媒としては、無水溶媒が好ましく、例えば、ハロゲン系溶媒(例えば、クロロホルム)、脂肪族系溶媒(例えば、シクロヘキサン)、芳香族系溶媒(例えば、トルエン)、エステル系溶媒(例えば、酢酸エチル)、エーテル系溶媒(例えば、tert-ブチルメチルエーテル)、ニトリル系溶媒(例えば、アセトニトリル)、及びこれらから選ばれる2つ以上の混合溶媒を挙げられる。
 酸化剤又は硫化剤の添加量は、工程(2)で得られたホスホラミダイトの1モルに対して、約1.0~約5.0モル当量、好ましくは約1.0~約1.5モル当量の割合で使用することができる。あるいは、酸化剤又は硫化剤の添加量は、例えば、工程(2)で得た(オリゴ)ヌクレオチドの1モルに対し、1~50モル当量、好ましくは1~5モル当量を使用することができる。
 反応温度は、反応が進行すれば特に限定されるものではないが、0~100℃、好ましくは20~50℃が挙げられる。反応時間は、n+p個重合オリゴヌクレオチドの種類、使用する酸化剤又は硫化剤の種類、及び反応温度等によって変わり得るが、例えば1分~3時間が挙げられる。
工程(4)(回収工程)
 本発明の製造方法は、さらに、工程(3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドを回収する工程(「回収工程」という場合がある。)を含んでもよい。回収工程は、工程(1)で記載した分離工程(単離工程又は水洗工程)と同様の方法により行うことができる。好ましくは、極性溶媒を用いて擬似固相保護基が結合した(オリゴ)ヌクレオチドを晶析して回収する単離工程である。
 よって本発明の製造方法の一態様は、さらに、工程(3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程、を含む。
 また、工程(4)(回収工程)は、工程(1)の後に行うこともできる。
工程(5)(全保護基の脱保護)
 本発明の製造方法は、さらに、工程(4)で回収したn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程(「全保護基除去工程」をいう場合がある。)を含んでもよい。全保護基の除去工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、Protective Group In Organic Synthesis、第3版、John Willy & Sons出版(1999年)等の記載されている脱保護方法、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の条件を用いて行うことができる。
 よって本発明の製造方法の一態様は、さらに、工程(4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程を含む。
(反応の進行の確認)
 上記オリゴヌクレオチド製造方法の各工程の反応の進行は、一般的な液相有機合成反応の場合と同様の手法により、追跡・確認することができる。例えば、薄層シリカゲルクロマトグラフィー(TLC)及び高速液体クロマトグラフィー(HPLC)等によって行うことができる。
 本発明の別の一つの態様は、ハロゲン溶媒を用いない(オリゴ)ヌクレオチド製造方法である。従来の(オリゴ)ヌクレオチド製造方法においては、その伸長反応においてハロゲン溶媒を多用している。一方、本発明の(オリゴ)ヌクレオチド製造方法においては、疑似固相保護基の溶解性が優れているので、その伸長反応において、ハロゲン溶媒を使用しなくとも行うことができる。
IV.オリゴヌクレオチド同士のカップリング
 本発明の一つの態様は、以下の工程(C1)-(C4)を含む、オリゴヌクレオチド同士のカップリングによるオリゴヌクレオチドの製造方法である。
(C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
(a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
(b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
(C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
(C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
(C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程。
 工程(C1)は、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程である。n個重合オリゴヌクレオチドにおけるnは、1以上の任意の整数を示す。nの下限値は、特に限定されないが、好ましくは2以上、より好ましくは5以上、さらに好ましくは10以上であり、nの上限値は、特に限定されないが、好ましくは40以下、より好ましくは30以下、さらに好ましくは20以下である。p個重合オリゴヌクレオチドにおけるpは、1以上の任意の整数を示す。pの下限値は、特に限定されないが、好ましくは2以上、より好ましくは5以上、さらに好ましくは10以上であり、pの上限値は、特に限定されないが、好ましくは40以下、より好ましくは30以下、さらに好ましくは20以下である。
 工程C1における脱保護工程及び分離工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の反応条件を用いて行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、上記工程(1)において記載した内容と同様にして行える。
 工程(C2)は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程である。水酸基をホスホロアミダイト化する工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、特許文献10に記載の反応条件を用いて行うことができる。
 工程(C3)は、一方のオリゴヌクレオチドがホスホロアミダイト化された、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程である。縮合工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、上記工程(2)において記載した内容と同様にして行える。
 工程(C4)は、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程である。酸化又は硫化反応工程は、自体公知の方法を参照して行うことができる。自体公知の方法としては、例えば、WO2012/157723やWO2019/131719に記載の反応条件を用いて行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、上記工程(3)において記載した内容と同様にして行える。
 工程(C4)の後に、さらに回収工程や、回収したn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程を行うことができる。これに限定される訳ではないが、例えば、上記工程(4)及び工程(5)において記載した内容と同様にして行える。
 また、回収工程は、工程(C1)の後や工程(C2)の後に行うことに行うこともでき、工程(C1)、(C2)、(C4)の何れか2つの工程の後、さらには、(C1)、(C2)及び(C4)の全ての工程の後に行うこともできる。
 以下、実施例により、本発明を具体的に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
(実施例1)化合物4(2-((3,4,5-Tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoyl)oxy)acetic acid )の合成
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物4を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000105
化合物1(Methyl 3,4,5-Tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoate)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000106
 窒素雰囲気下、没食子酸メチル(0.52g、2.82mmol)、KCO(2.34g、16.9mmol)、DMF(10.4mL)及びオレイルブロミド(2.99g、9.04mmol)を室温にて混合し、10分間攪拌した。その後、70℃に昇温した後、3.5時間攪拌した。反応終了後、室温まで放冷し、トルエン(20mL)、水(20mL,38v)及び酢酸エチル(10mL)を添加し水層を分離した。分離した水層をn-ヘプタン(10mL)と酢酸エチル(10mL)の混合溶液にて抽出した。混合した有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物1の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物1を油状物として得た(収量2.48g、2.65mmol、収率94%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.27 - 7.24 (m, 2H), 5.37 - 5.32 (m, 6H), 4.03 - 3.98 (m, 6H), 3.89 (s, 3H), 2.05 - 1.98 (m, 12H), 1.81 (quin, J =7.1 Hz, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.90 - 0.85 (m, 9H)
化合物2(3,4,5-Tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000107
 2.33gの化合物1(2.49mmol)、エタノール(23.3mL)及び1M NaOH水溶液(5.60mL、3.74mmol)を室温で混合し、80℃に昇温して5時間攪拌した。テトラヒドロフラン(THF)(4.66mL)を添加し、70℃で3時間攪拌した。反応終了後、0℃に冷却し、2M HCl水溶液(2.5mL、5.0mmol)を滴下し、pHを3~4に調整した。反応溶液に酢酸エチル(20mL)、n-ヘプタン(40mL)、水(20mL)を添加し、水層を分離した。有機層を減圧濃縮し、粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物2を無色の油状物として取得した(2.19g、収率95%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.33 - 7.28 (m, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.06 - 3.99 (m, 6H), 2.05 - 1.98 (m, 12H), 1.85 - 1.77 (m, 4H), 1.77 -1.71 (m, 2H), 1.52 - 1.42 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.90 - 0.85 (m, 9H)
化合物3の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000108
 窒素雰囲気下、2.00gの化合物2(2.17mmol)、THF(12mL)、トリエチルアミン(439mg、4.34mmol)及びブロモ酢酸tert-ブチル(847mg、4.34mmol)を混合し、60℃に昇温して2時間攪拌した。反応溶液にトリエチルアミン(219mg、2.17mmol)及びブロモ酢酸tert-ブチル(423mg、2.17mmol)を加え、60℃で1時間攪拌した。反応溶液にトリエチルアミン(219mg、2.17mmol)及びブロモ酢酸tert-ブチル(423mg、2.17mmol)を加え、60℃で2時間攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製した。トルエン(100mL)による共沸を3回実施し、化合物3を無色の油状物として取得した(2.21g、収率95%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.30 (s, 2H), 5.38 - 5.31 (m, 6H), 4.74 - 4.66 (m, 2H), 4.01 (q, J = 6.7 Hz, 6H), 2.05 - 1.97 (m, 12H), 1.83 - 1.76 (m, 4H), 1.76 - 1.69 (m, 2H), 1.50 - 1.43 (m, 15H), 1.36 - 1.23 (m, 60H), 0.91 - 0.85 (m, 9H)
化合物4の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000109
 窒素雰囲気下、2.00gの化合物3(1.93mmol)、クロロホルム(8mL)及びトリフルオロ酢酸(2.96mL、38.6mmol)を混合し、50℃で2時間攪拌した。反応の終了を確認後、0℃に冷却した反応溶液に5%NaHCO水溶液(40mL)をゆっくりと滴下し、pH=4~5に調整した。酢酸エチル(30mL)を加えて分液した。酢酸エチル(30mL)で水層から抽出し、前記有機層と合わせ、20%NaCl水溶液(20mL)で洗浄した後、減圧濃縮を行うことで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物4を粘性のある黄色の油状物として取得した(1.81g、収率96%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.30 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.87 (s, 2H), 4.05 - 3.97 (m, 6H), 2.04 - 1.99 (m, 12H), 1.81 (quin, J = 7.1 Hz, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.47 (quin, J = 7.4 Hz, 6H), 1.36 - 1.24 (m, 60H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
(実施例2)化合物4を結合したポリオリゴヌクレオチドの製造
 以下のようにして、疑似固相保護基として化合物4を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物5の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000110
 窒素雰囲気下、化合物4(1.10g、1.13mmol)、5’-O-(4,4’-ジメトキシトリチル)チミジン(DMT-dT)(1.23g、2.25mmol)及び4-ジメチルアミノピリジン(DMAP)(27.5mg、0.23mmol)のTHF(14mL)溶液に、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDCI)(432mg、2.25mmol)を室温下添加し、同温度で21時間攪拌した。反応の終了を確認後、酢酸エチル(30mL)及び5%NaHCO水溶液(20mL)を反応溶液に加え、有機層と水層を分離した。酢酸エチル(15mL)を用いて水層から抽出し、前記有機層と合わせ、20%NaCl水溶液(20mL)及び水(20mL)で洗浄した。有機層を減圧濃縮することで得られた粗生成物を、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで化合物5を粘性のある無色の油状物として取得した(1.43g、収率84%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.96 (s, 1H), 7.60 (s, 1H), 7.39 - 7.34 (m, 2H), 7.31 - 7.22 (m, 9H), 6.83 (d, J = 8.7 Hz, 4H), 6.46 - 6.41 (m, 1H), 5.58 - 5.53 (m, 1H), 5.37 - 5.32 (m, 6H), 4.84 - 4.79 (m, 2H), 4.18 (s, 1H), 4.03 - 3.98 (m, 6H), 3.78 (d, J = 1.1 Hz, 6H), 3.53 - 3.43 (m, 2H), 2.56 - 2.43 (m, 2H), 2.05 - 1.99 (m, 11H), 1.83 - 1.77 (m, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.50 - 1.43 (m, 6H), 1.36 - 1.23 (m, 63H), 0.87 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
化合物6の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000111
 窒素雰囲気下、化合物5(2.46g、1.63mmol)の酢酸エチル(24.6mL)溶液にメルカプトコハク酸(1.23g、8.17mmol)、トリフルオロ酢酸(1.25mL、16.4mmol)を添加し、氷冷下で1時間攪拌した。さらに、室温に昇温後、1.5時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応溶液を5%NaHCO(25mL)水溶液で4回、10%食塩水(25mL)で1回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物6を無色のアモルフォス状固体として取得した(1.97g、収率100%)。
 1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.08 - 7.97 (m, 1H), 7.47 - 7.42 (m, 1H), 7.29 (s, 2H), 6.23 - 6.15 (m, 1H), 5.51 - 5.44 (m, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 6H), 4.83 (s, 2H), 4.18 - 4.13 (m, 1H), 4.06 - 3.98 (m, 6H), 3.98 - 3.89 (m, 2H), 2.55 - 2.47 (m, 1H), 2.46 - 2.38 (m, 1H), 2.36 - 2.28 (m, 1H), 2.04 - 1.98 (m, 11H), 1.95 - 1.91 (m, 3H), 1.84 - 1.77 (m, 4H), 1.77 - 1.71 (m, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 6H), 1.37 - 1.23 (m, 60H), 0.88 (t, J = 7.0 Hz, 9H)
化合物7の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000112
 化合物6(500mg、0.42mmol)に対して酢酸エチル(10mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物6に対し、モレキュラーシーブス3A(500mg)、DMT-dT-CE-ホスホロアミダイト(464mg、0.62mmol)、酢酸エチル(5.0mL)を加え、室温下で1時間攪拌した。反応溶液に4,5-ジシアノイミダゾール(DCI)(121mg、1.03mmol)を加え、室温下で2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル:ピリジン:水=95:4:1水溶液(4.67mL)に溶解させたヨウ素(237mg,0.93mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(7.5mL)を加え、攪拌した。不溶物をろ去した後、分液した。有機層を5%食塩水(7.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(10g)を加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(5mL)を用いて2回共沸した。残渣に酢酸エチル(5mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(312mg、2.08mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(318μL,4.15mmol)を加え、同温度で1時間、さらに、室温に昇温し1時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(7.5mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(15mL)で6回及び5%NaCl水溶液(15mL)で6回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物7を白色のアモルフォス状固体として取得した(564mg、収率87%)。
化合物8の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000113
 化合物7(200mg、0.13mmol)に対して、酢酸エチル(2mL)を用いた共沸を4回実施した。得られた化合物7に対し、モレキュラーシーブス3A(200mg)、DMT-dC-CE-ホスホロアミダイト(214mg、0.26mmol)、酢酸エチル(2.0mL)を加え、室温下で1時間攪拌した。反応溶液にDCI(49.9mg、0.42mmol)を加え、室温下で2時間攪拌した。さらに、DMT-dC-CE-ホスホロアミダイト(106mg、0.13mmol)とDCI(25.0mg,0.21mmol)を加え室温下で2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル:ピリジン:水=95:4:1(2.7mL)に溶解させたヨウ素(146mg、0.58mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(3.0mL)及び酢酸エチル(3.0mL)を加えた。不溶物をろ去した後、水層を有機層から分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(3.0mL)、5%食塩水(3.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(4.0g)で脱水した。減圧濃縮後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで、化合物8を淡黄色のアモルフォス状固体として取得した(256mg、収率86%)。
(実施例3)疑似固相保護基の脱保護
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物4をオリゴヌクレオチドから除去した。
化合物9の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000114
 窒素雰囲気下、化合物8(100mg,0.04mmol)の無水THF(2.0mL)及びイソプロパノール(0.5mL)溶液に、0℃で4M水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(54.1μL,0.22mmol)を滴下した。0℃で1時間攪拌後、20%塩化アンモニウム水溶液(2.0mL)、10%食塩水(1.0mL)及び酢酸エチル(4.0mL)を加えて攪拌し分液した。水層から酢酸エチル(4.0mL)で抽出後、前記有機層と合わせ、10%食塩水(2.0mL)で洗浄した。得られた有機層を濃縮後、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで、化合物9を白色のアモルフォス状固体として取得した(26.9mg、46%)。
(実施例4)化合物11(2-((3,4,5-Tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoyl)-N-methylamino)acetic acid)の合成
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物11を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000115
化合物10の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000116
 窒素雰囲気下、化合物2(1.57g、1.7mmol)、EDCI(0.42g、2.2mmol)及び1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(0.29g、2.2mmol)のN,N-ジメチルホルムアミド(13.9mL)及びトルエン(3.3mL)の溶液に、サルコシンエチル塩酸塩(0.54g、3.5mmol)及びトリエチルアミン(375mg,3.7mmol)を室温で加え、14時間攪拌した。EDCI(85mg、0.44mmol)を加えて、室温で1時間攪拌した。更に、EDCI(85mg、0.44mmol)を加えて、室温で1時間攪拌した。反応液にn-ヘプタン(16.3mL)及び1M塩酸(14.7mL)を加えて攪拌後、有機層と水層を分液した。得られた有機層を1M塩酸(8.1mL)、続いて、5%食塩水(8.1mL)で洗浄した。洗浄で使用した水層を混合し、ヘプタン(8.1mL)と少量の酢酸エチルを加えた溶液で抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後濃縮し、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、油状の化合物10(1.61g、収率93%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.83-0.93 (m, 12H), 1.19-1.39 (m, 60H), 1.40-1.50 (m, 6H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.96-2.06 (m, 12H), 2.99-3.16 (m, 3H), 3.84-4.32 (m, 10H), 5.30-5.40 (m, 6H), 6.56-6.70 (m, 2H)
化合物11の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000117
 窒素雰囲気下、化合物10(1.47g、1.44mmol)のTHF(12.0mL)溶液へ1M NaOH水溶液(1.76mL)を加えて、室温で1時間攪拌した。エタノール(6.0mL)及び2M水酸化ナトリウム(0.6mL)を加えて室温で、40分攪拌した。エタノール(6.0mL)を加えて室温で、1時間攪拌した。2M塩酸(1.8mL)を加えて酸性とした後、反応混合物を減圧下濃縮した。濃縮物へ酢酸エチル(15mL)及び水(12mL)を加えて攪拌後、有機層と水層に分液した。水層から酢酸エチル(12mL)で抽出した。合わせた有機層を5%食塩水(12mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:n-ヘキサン/酢酸エチル→酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、油状の化合物11(1.39g、収率97.0%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.90 (m, 9H), 1.19-1.39 (m, 60H), 1.40-1.51 (m, 6H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.96-2.06 (m, 12H), 3.10 (s, 3H), 3.85-4.30 (m, 8H), 5.30-5.40 (m, 6H), 6.56-6.70 (m, 2H)
(実施例5)化合物11を結合したポリオリゴヌクレオチドの製造
 以下のようにして、疑似固相保護基として化合物11を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物12の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000118
 窒素雰囲気下、化合物11(380mg、0.38mmol)及びDMT-dT(336mg、0.62mmol)のTHF(4.1mL)溶液へ、DMAP(10.0mg)及びEDCI(118mg,0.62mmol)を加えて、室温で2時間攪拌した。EDCI(39mg)を加えて、室温で3時間攪拌した。水(4.1mL)及び酢酸エチル(4.1mL)を加えて攪拌後、有機層と水層を分液した。有機層を濃縮後、アセトニトリル及び酢酸エチルで共沸し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、アモルファス状の白色固体として化合物12(518mg、収率89.0%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.83-0.93 (m, 9H), 1.17-1.39 (m, 60H), 1.40-1.52 (m, 6H), 1.60 (s, 3H), 1.68-1.84 (m, 6H), 1.94-2.08 (m, 12H), 2.38-2.59 (m, 2H), 3.08 (s, 3H), 3.45-3.55 (m, 2H), 3.79 (s, 6H), 3.85-4.00 (m, 6H), 4.05-4.35 (m, 3H), 5.30-5.40 (m, 6H), 5.49-5.61 (m, 1H), 6.34-6.50 (m, 1H), 6.65 (s, 2H), 6.84 (d, 4H, J = 12.0 Hz), 7.20-7.40 (m, 9H), 7.62 (s, 1H), 8.12 (s, 1H)
化合物13の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000119
 窒素雰囲気下、化合物12(468mg、0.308mmol)のジクロロメタン(4.7mL)の溶液に、ピロール(0.107mL、1.54mmol)及びトリフルオロ酢酸(0.295mL、0.385mmol)を室温で加え、1時間攪拌した。メタノール(4.7mL)を加えた後濃縮し、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:n-ヘキサン/酢酸エチル→酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、アモルファス状の白色固体として化合物13(353mg、収率94%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.81-0.96 (m, 9H), 1.17-1.39 (m, 60H), 1.40-1.53 (m, 6H), 1.68-1.86 (m, 6H), 1.93 (s, 3H), 1.98-2.10 (m, 12H), 2.35-2.59 (m, 2H), 3.10 (s, 3H), 3.86-4.05 (m, 8H), 4.05-4.35 (m, 3H), 5.40-5.26 (m, 6H), 5.48 (brs, 1H), 6.00-6.28 (brs, 1H), 6.53-6.75 (brs, 2H), 7.48 (brs, 1H), 8.16 (brs, 1H)
化合物14の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000120
 窒素雰囲気下、化合物13(174.5mg、0.143mmol)及びDMTr-dT-CEホスホロアミダイト(213mg、0.286mmol)のジクロロメタン(2.6mL)溶液へ、5-ベンジルチオ-1H-テトラゾール(55mg,0.286mmol)を加えて、室温で2時間攪拌した。反応液へDMTr-dT-CEホスホロアミダイト(53mg、0.071mmol)及び5-ベンジルチオ-1H-テトラゾール(13.8mg,0.072mmol)を加えて、室温で30分攪拌した。反応液へ0.1Mヨウ素(THF/ピリジン/水溶液、3.93mL)を加えて室温で30分攪拌した。反応液へ0.1Mヨウ素(THF/ピリジン/水溶液,0.393mL)を追加し10分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(4.32mL)及び酢酸エチル(約3mL)を加えて攪拌後、有機層と水層を分液した。有機層を飽和重曹水(3mL)及び5%食塩水(3mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィーで粗精製した(球状中性シリカゲル、展開溶媒:ヘキサン/酢酸エチル→酢酸エチル/メタノール)。得られた粗精製物(325mg)から311mgを抜き取り、酢酸エチル(4.6mL)を加えて溶液とした。続いて、トリフルオロ酢酸(0.081mL、1.06mmol)及びピロール(0.092mL、1.33mmol)を加えて、室温で45分攪拌した。さらに、反応液へトリフルオロ酢酸(0.082mL,1.07mmol)を追加し、15分攪拌した。反応液へトリフルオロ酢酸(0.082mL、1.07mmol)及びピロール(0.173mL、2.49mmol)を追加し30分間攪拌した。反応液へ飽和重曹水(4.6mL)を加えて攪拌後、有機層と水層に分液した。有機層を5%食塩水(4.6mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、アモルファス状の白色固体として化合物14(189mg、収率88.1%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.82-0.92 (m, 9H), 1.20-1.39 (m, 60H), 1.40-1.52 (m, 6H), 1.70-1.83 (m, 6H), 1.91 (s, 3H), 2.0 (s, 3H), 1.98-2.06 (m, 12H), 2.37-2.63 (m, 4H), 2.77-2.86 (m, 2H), 3.11 (s, 3H), 3.79-4.04 (m, 8H), 4.08-4.50 (m, 8H), 5.20 (brs, 1H), 5.30-5.50 (m, 7H), 6.08-6.20 (m, 2H), 6.28 (brs, 1H), 6.64 (brs, 2H), 7.29-7.50 (m, 2H), 8.38-9.07 (m, 2H)
化合物15の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000121
 化合物14(147mg、0.0934mmol)に対して、酢酸エチルを用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物14に対して、酢酸エチル(1.5mL)溶液を加えて溶液とした後、DMTr-dC-CEホスホロアミダイト(159mg、0.191mmol)及びモレキュラーシーブス3A(150mg)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(37mg、0.317mmol)を加えて、室温で3時間攪拌した。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液,1.43mL)を加え、30分攪拌した。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液,0.48mL)を追加し、70分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.25mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を5%食塩水(1.5mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、白色固体として化合物15(210mg、収率97%)を得た。
(実施例6)疑似固相保護基の脱保護
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物11をオリゴヌクレオチドから除去した。
化合物16の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000122
 窒素雰囲気下、化合物15(98mg、0.042mmol)の無水THF(4.7mL)及びイソプロパノール(0.52mL)溶液へ、0℃で0.5M水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.42mL、0.21mmol)を滴下した。0℃で1時間20分攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(1.5mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し有機層と水層を分液した。水層から酢酸エチルで抽出後、合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、白色固体の化合物16(36mg、63%)を得た。
(実施例7)化合物20(2-(2,4-Di-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoyl)benzoic acid)の合成
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物20を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000123
化合物18(Ethyl 2-(2,4-dihydroxybenzoyl)benzoate)の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000124
 窒素雰囲気下、レゾルシノール(3.00g、27.2mmol)及び無水フタル酸(4.03g、27.2mmol)のニトロベンゼン(45mL)の溶液に、塩化アルミニウム(8.34g、62.56mmol)を加えて、室温で13.5時間攪拌した。激しく攪拌したヘキサン(90mL)及び0.5M塩酸(90mL)の混合液へ反応液を室温で滴下した。室温で5時間攪拌した後、析出した固体をろ取した。得られた黄色固体を室温で放置し、化合物17(2-(2,4-Dihydroxy benzoyl)benzoic acid)を粗生成物として7.75g得た。得られた粗生成物(化合物17)に対して、エタノールを用い共沸操作を3回実施後、エタノール(12mL)を加えて溶解した。0℃へ冷却後、塩化チオニル(2.96mL,40.8mmol)を滴下した。反応液を80℃まで昇温し、2時間攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、塩化チオニル(1mL)を追加し80℃まで昇温後、1時間攪拌した。反応液を室温へ冷却後濃縮し、酢酸エチル(77mL)及び水(62mL)を加え攪拌後、分液した。有機層を濃縮後、酢酸エチル(6mL)及びヘキサン(30mL)を投入し、室温で1時間攪拌した。析出した茶色固体を回収し、化合物18(4.00g、収率51%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 1.15 (t, 3H, J = 7.2 Hz), 4.17 (q, 2H, J = 7.2 Hz), 6.21 (dd, 1H, J = 9.0 Hz, 2.4 Hz), 6.40 (d, 1H, J = 2.4 Hz), 6.97 (d, 1H, J = 9.0 Hz), 7.38 (d, 1H, J = 7.2 Hz), 7.58 (t, 1H, J = 7.2 Hz), 7.65 (t, 1H, J = 7.2 Hz), 8.09 (d, 1H, J = 7.2Hz), 12.35 (brs, 1H)
 13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 13.56, 61.79, 103.48, 107.81, 114.76, 127.47, 128.79, 129.69, 130.43, 132.44, 134.91, 139.98, 162.82, 165.25, 165.97, 200.98
化合物19の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000125
 窒素雰囲気下、化合物18(0.80g、2.79mmol)及び炭酸カリウム(1.55g、11.2mol)のDMF(16mL)の懸濁液へ80℃でオレイルトシレート(2.95g,6.99mmol)のDMF(4mL)溶液を滴下した。80℃で2時間15分攪拌後、90℃へ昇温した。90℃で2時間15分攪拌後、オレイルトシレート(0.24g)を滴下した。90℃で1時間15分攪拌後、室温へ冷却した。反応液へ酢酸エチル(40mL)、水(20mL)を加えた後、攪拌し分液した。有機層を5%食塩水(10mL)で3回洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥し濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、油状の化合物19(2.13g、収率97%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.95 (m, 9H), 1.06-1.39 (m, 44H), 1.41-1.50 (m, 2H), 1.74-1.85 (m, 2H), 1.95-2.11 (m, 8H), 3.65 (t, 2H, J = 6.6Hz), 3.99 (t, 2H, J = 6.0Hz), 4.11 (q, 2H, J = 7.2Hz), 5.35 (m, 4H), 6.31 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.55 (dd, 1H, J = 2.4, 8.4Hz), 7.26 (d, 1H, J = 7.8Hz), 7.43 (t, 1H, J = 7.8Hz), 7.51 (t, 1H, J = 7.8Hz), 7.93 (d, 1H, J = 7.8Hz), 8.00 (d, 1H, J = 8.4Hz)
化合物20の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000126
 窒素雰囲気下、化合物19(2.05g、2.60mmol)のTHF(2.9mL)溶液へ、エタノール(19.3mL)及び2M水酸化ナトリウム(1.84mL)を加えた。85℃に加温した後、2時間攪拌した。反応混合物を室温に冷却後濃縮し、1M塩酸(19mL)及び酢酸エチル(19mL)を加えて攪拌後、分液した。得られた有機層を5%食塩水(19mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、無色油状の化合物20(1.94g、収率99%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.78-1.40 (m, 50H), 1.40-1.49 (m, 2H), 1.71-1.84 (m, 2H), 1.93-2.11 (m, 8H), 3.65 (brs, 2H), 3.91-4.04 (m, 2H), 5.29-5.41 (m, 4H), 6.32 (brs, 1H), 6.54 (brs, 1H), 7.25-7.67 (m, 3H), 7.80-8.08 (m, 2H)
(実施例8)化合物20を結合したポリオリゴヌクレオチドの製造
 以下のようにして、疑似固相保護基として化合物20を用いて、3merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物21の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000127
 窒素雰囲気下、0℃で、DMT-dT(594mg,1.09mmol)、EDCI(226mg、1.18mmol)及びDMAP(22.2mg、0.182mmol)のトルエン(10mL)懸濁液へ、化合物20(689mg,0.91mmol)のトルエン(3.5mL)溶液を滴下した。0℃で16時間攪拌した。EDCI(35mg)を加えて、0℃で2時間攪拌した。さらに、EDCI(87mg)を加えて、0℃で3時間攪拌した。酢酸エチル(5.5mL)及び飽和重曹水(10mL)を加えて攪拌後、分液した。得られた有機層を5%食塩水(3mL)で洗浄後、濃縮した。酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、粘性のある無色油状の化合物21(997mg、収率86%)を得た。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.88 (t, 6H, J = 7.0Hz), 1.19-1.47 (m, 44H), 1.39-1.47 (m, 2H), 1.58 (s, 3H), 1.70-1.80 (m, 2H), 1.96-2.07 (m, 8H), 2.27 (dd, 1H, J = 14.4, 6.0Hz), 2.32-2.40 (m, 1H), 3.34-3.45 (m, 2H), 3.63-3.73 (m, 2H), 3.78 (s, 6H), 3.93-4.00 (m, 2H), 4.01-4.05 (m, 1H), 5.38-5.30 (m, 4H), 5.54 (d, 1H, J = 6.0Hz), 6.02-6.15 (m, 1H), 6.35 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.56 (dd, 1H, J = 8.4, 2.4Hz), 6.81 (d, 4H, J = 9.0Hz), 7.30-7.20 (m, 8H), 7.35 (d, 2H, J = 7.2 Hz), 7.42-7.48 (m, 1H), 7.51-7.57 (m, 2H), 7.94 (d, 1H, J = 7.2Hz), 8.0-7.94 (m, 1H), 7.99 (d, 1H, J = 9.0 Hz)
化合物22の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000128
 窒素雰囲気下、化合物21(292mg、0.227mmol)の酢酸エチル(2.9mL)の溶液に、メルカプトコハク酸(170mg、1.14mmol)及びトリフルオロ酢酸(0.104mL,1.36mmol)を0℃で加え、室温へ昇温しながら1.5時間攪拌した。反応液へ飽和重曹水(3mL)を加え、攪拌・分液した。得られた有機層を飽和重曹水(3mL)で更に2回洗浄後、5%食塩水(3mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮し、粘性の高い無色油状物として化合物22(223mg、収率100%)を得た。得られた化合物22は特に精製することなく、次の反応に用いた。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.85-0.93 (m, 6H), 1.05-1.39 (m, 44H), 1.41-1.49 (m, 2H), 1.75-1.83 (m, 2H), 1.90 (s, 3H), 1.98-2.06 (m, 8H), 2.14 (dd, 1H, J = 13.8, 1.8Hz), 2.43-2.57 (m, 1H), 2.75 (brs, 1H), 3.70 (t, 2H, J = 6.3Hz), 3.76-3.87 (m, 2H), 3.90-3.96 (m, 1H), 4.00 (t, 2H, J = 6.3Hz), 5.31-5.40 (m, 4H), 5.43 (m, 1H), 5.65 (dd, 1H, J = 8.4, 6.0Hz), 6.37 (d, 1H, J = 1.8Hz), 6.60 (dd, 1H, J = 8.4, 2.4Hz), 7.20 (brs, 1H), 7.25 (d, 1H, J = 7.8Hz), 7.47 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.54 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.97 (d, 1H, J = 7.8Hz), 8.01 (d, 1H, J = 8.4Hz), 8.10 (brs, 1H)
化合物23の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000129
 化合物22(136.5mg、0.139mmol)に対して、酢酸エチル(1.4mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物22に対して酢酸エチル(1.4mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(137mg)及びDMTr-dT-CEホスホロアミダイト(207mg、0.278mmol)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(55mg、0.463mmol)を加えて、室温で3時間攪拌した。反応液へ0.1Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液,2.1mL)を加え、10分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.05mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を5%食塩水(2.05mL)で洗浄後、濃縮した。得られた残渣に酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、酢酸エチル(1.4mL)及びメルカプトコハク酸(104mg、0.695mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.101mL、1.32mmol)を加えた後、室温へ昇温しながら1時間30分攪拌した。反応液へ水(2mL)を加えて攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和重曹水(2mL)で3回洗浄後、5%食塩水(2mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、白色固体の化合物23(179mg、収率96%)を得た。得られた化合物23は特に精製することなく、次の反応に用いた。
 1H-NMR (600MHz, CDCl3): δ 0.81-0.93 (m, 6H), 1.04-1.39 (m, 44H), 1.40-1.50 (m, 2H), 1.76-1.83 (m, 2H), 1.87-1.91 (m, 3H), 1.93 (s, 3H), 1.97-2.06 (m, 8H), 2.20-2.29 (m, 1H), 2.32-2.58 (m, 3H), 2.72 - 2.85 (m, 2 H), 3.03-3.34 (brm, 1H), 3.67-3.75 (m, 2H), 3.81-3.90 (m, 2H), 4.01 (t, 2H, J = 6.6Hz), 4.04-4.08 (brm, 1H), 4.21-4.24 (m, 1H), 4.24-4.37 (m, 4H), 5.13-5.21 (m, 1H), 5.31-5.40 (m, 4H), 5.41-5.49 (m, 1H), 5.86-6.01 (m, 1H), 6.17 (q, 1H, J = 7.2Hz), 6.38 (d, 1H, J = 2.4Hz), 6.60 (d, 1H, J = 9.0Hz), 7.17-7.20 (m, 1H), 7.24-7.27 (m, 1H), 7.45 (d, 1H, J = 7.2Hz), 7.46-7.51 (m, 1H), 7.55 (t, 1H, J = 7.2Hz), 7.92-7.98 (m, 2H), 8.31-8.61 (brm, 2H)
化合物24の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000130
 化合物23(215mg、0.16mmol)に対して、酢酸エチル(2.2mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物23に対して酢酸エチル(2.15mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(215mg)、DMTr-dC-CEホスホロアミダイト(267mg、0.32mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。DCI(63mg、0.533mmol)を加えて、室温で2時間30分攪拌した。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液,2.4mL)を加えて室温で30分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(3.2mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(3.2mL)で3回洗浄後、5%食塩水(3.2mL)で洗浄した。有機層を2分割後、一方を濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、白色固体の化合物24(158mg、収率95%)を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 2088.9655.
(実施例9)疑似固相保護基の脱保護
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物20をオリゴヌクレオチドから除去した。
化合物25の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000131
 窒素雰囲気下、化合物24(84mg、0.04mmol)の無水THF(2.0mL)及びイソプロパノール(0.52mL)溶液へ、0℃で0.5M水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.4mL、0.2mmol)を滴下した。0℃で50分攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(1.25mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し分液した。水層から酢酸エチルで抽出後、合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、白色固体の化合物25(42mg、収率79%)を得た。
(実施例9)ポリオリゴヌクレオチドの製造
 以下のようにして、疑似固相保護基として化合物20を用いて、8merのポリオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物26の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000132
 化合物23(338mg、0.252mmol)に対して、酢酸エチル(3.4mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物23に対して、モレキュラーシーブス3A(340mg)及びDMTr-dC-CEホスホロアミダイト(315mg、0.378mmol)、酢酸エチル(3.4mL)を加えて室温で50分攪拌した。DCI(77.4mg、0.655mmol)を加えて、室温で80分攪拌した。反応の終了を確認後、反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、3.5mL)を加え、20分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(3.4mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を5%食塩水(1.7mL)で洗浄後、濃縮した。得られた残渣に酢酸エチルを加えて濃縮し水を除去した後、酢酸エチル(3.4mL)及びメルカプトコハク酸(189.2mg、1.26mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.289mL、3.78mmol)を加えた。室温に昇温しながら、37分攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(5.1mL)を加えて攪拌し分液した。得られた有機層を飽和重曹水、10%塩化アンモニウム水溶液、飽和食塩水でそれぞれ洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、淡黄色固体の化合物26(419mg、93%)を得た。得られた化合物26は特に精製することなく、次の反応に用いた。
MS(ESI+):[M]+ 1785.8345.
化合物27の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000133
化合物26(177mg、0.099mmol)に対して、酢酸エチル(1.8mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物26に対して酢酸エチル(1.8mL)を加えて溶解後、モレキュラーシーブス3A(177mg)を加えて室温で30分攪拌した。DMTr-dG-CEホスホロアミダイト(125mg、0.149mmol)を加えて室温で10分攪拌した。DCI(30.4mg、0.257mmol)を加えて約1時間攪拌した。DMTr-dG-CEホスホロアミダイト(合計41.7mg、0.0497mmol)及びDCI(合計60.8mg、0.515mmol)を追加し、反応を完結させた。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.98mL)を加え、20分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.7mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和食塩水(1.8mL)で洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。得られた残渣に、酢酸エチル(2.7mL)及びメルカプトコハク酸(74.3mg、0.495mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.0826mL、1.08mmol)を加えた。室温に昇温しながら、約1時間攪拌した。原料が確認された場合は、トリフルオロ酢酸を追加した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(2.7mL)を加えて攪拌し分液した。不溶物が確認された場合は少量のTHFを加えて溶解させた。得られた有機層を飽和食塩水(1.8mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、淡黄色固体の化合物27(246mg)を得た。得られた化合物27は特に精製することなく、次の反応に用いた。
MS(ESI+):[M+1]+ 2238.9575.
化合物28の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000134
化合物27(246mg)に対して対応するホスホロアミダイトを用いて化合物27の合成と同様の操作を行い、淡黄色固体の化合物28(272mg)を得た。得られた化合物28は特に精製することなく、次の反応に用いた。
MS(ESI+):[M+1]+ 2709.6452.
化合物29の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000135
化合物28(272mg、0.100mmol)に対して、酢酸エチル(2mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物28に対して酢酸エチル(1mL)及びTHF(1mL)を加えて溶解後、モレキュラーシーブス3A(266mg)を加えて室温で約30分攪拌した。DMTr-dT-CEホスホロアミダイト(111mg、0.149mmol)を加えて室温で15分攪拌した。DCI(52.7mg、0.446mmol)を加えて約1時間攪拌した。DMTr-dT-CEホスホロアミダイト(37mg、0.0497mmol)及びDCI(17.6mg、0.149mmol)を追加し、反応を完結させた。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.98mL)を加え、20分攪拌した。1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.7mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチル及びTHFで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し得られた有機層を飽和食塩水(1.8mL)で洗浄した。硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。得られた残渣に、酢酸エチル(2.7mL)及びメルカプトコハク酸(74.3mg、0.495mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.114mL、1.49mmol)を加えた。室温に昇温しながら、約1時間攪拌した。原料が確認された場合は、トリフルオロ酢酸を追加した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(3.5mL)を加えて攪拌し分液した。不溶物が確認された場合はTHFを加えて溶解させた。得られた有機層を飽和食塩水(1.8mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、淡黄色固体の化合物29(303mg)を得た。得られた化合物29は特に精製することなく、次の反応に用いた。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1533.5718.
化合物30の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000136
化合物29(303mg)に対して対応するホスホロアミダイトを用いて化合物29の合成と同様の操作を2回繰り返し、淡黄色固体の化合物30(280mg)を得た。
MS(ESI+):[M+2H]2+ 1935.1655.
(実施例10)化合物34の合成
 以下のようにして、疑似固相保護基である化合物34を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000137
化合物31の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000138
窒素雰囲気下、Methyl 2,4-Dihydroxybenzoate(1.20g、7.14mmol)、KCO(3.95g、28.6mmol)、DMAc(24mL)及びオレイルブロミド(5.20g、15.7mmol)を室温にて混合し、80℃に昇温した後3時間攪拌した。オレイルブロミド(2.36g、7.14mmol)を80℃にて混合し、2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、n-ヘキサン(24mL)、水(24mL)及び酢酸エチル(24mL)を添加し水層を分離した。分離した有機層を水(24mL)で3回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物31の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物31を油状物として収率98%(収量4.66g、6.96mmol)で得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.88 - 7.77 (m, 1H), 6.45 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 3.98 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 3.84 (s, 3H), 2.05 - 1.97 (m, 8H), 1.87 - 1.75 (m, 4H), 1.53 - 1.41 (m, 4H), 1.33 - 1.24 (m, 40H), 0.91 - 0.84 (m, 6H)
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 166.4, 163.7, 160.9, 133.8, 129.9, 112.4, 105.1, 100.3, 68.9, 68.2, 51.5, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.3, 29.2, 29.3, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 22.7, 14.1
化合物32の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000139
窒素雰囲気下、化合物31(4.52g、6.75mmol)のTHF(22.6mL)溶液へ、エタノール(22.6mL)及び4M 水酸化ナトリウム(6.75mL)を加えた。その後70℃に加温した後、2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、2M 塩酸(15mL)、酢酸エチル(90mL)、水(90mL)、n-ヘキサン(90mL)を加えて水層を分離した。分離した有機層を水(90mL)で洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物32の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物32を油状物として収率98%(収量4.35g、6.64mmol)で得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 10.75 (br s, 1H), 8.11 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.62 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.50 (s, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 4.19 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 4.01 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 2.02 (br s, 8H), 1.90 (quin, J = 6.9 Hz, 2H), 1.80 (quin, J = 6.8 Hz, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 4H), 1.34 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H)
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 165.3, 164.6, 159.0, 135.5, 130.0, 130.0, 129.8, 129.7, 110.3, 107.1, 99.8, 70.2, 68.6, 31.9, 29.8, 29.5, 29.4, 29.3, 29.2, 29.5, 29.1, 28.9, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 25.9, 22.7, 14.1
化合物33の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000140
窒素雰囲気下、0℃で化合物32(4.30g、6.56mmol)、L-プロリンメチル塩酸塩(2.17g、13.1mmol)、DMAP(160mg、1.31mmol)、DIPEA(4.57mL、26.3mmol)のDMF(43mL)溶液へ、EDCI(2.52g、13.1mmol)を加え、室温下2時間攪拌した。酢酸エチル(43mL)、n-ヘキサン(43mL)及び水(43mL)を加えて攪拌後、水層を分離した。得られた有機層を水(43mL)で3回洗浄後、濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物33を油状物として収率86%(収量4.35g、5.67mmol)で得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 7.24 (d, J = 8.3 Hz, 0.7H), 7.11 (br d, J = 8.3 Hz, 0.3H), 6.47 (br d, J = 8.3 Hz, 0.7H), 6.45 - 6.36 (m, 1.3H), 5.35 (br s, 4H), 4.64 (br s, 0.7H), 4.36 - 4.27 (m, 0.3H), 3.97 - 3.90 (m, 4H), 3.76 (s, 2.7H), 3.49 (s, 1H), 3.48 - 3.34 (m, 1.3H), 2.29 - 2.17 (m, 1H), 2.07 - 1.93 (m, 10.3H), 1.88 - 1.81 (m, 0.7H), 1.79 - 1.68 (m, 4H), 1.44 (s, 4H), 1.37 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.8 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.8, 168.1, 161.3, 156.4, 130.0, 129.8, 129.8, 129.4, 105.4, 100.0, 68.6, 68.2, 58.7, 52.1, 52.0, 47.9, 46.2, 31.9, 31.2, 29.8, 29.8, 29.7, 29.5, 29.5, 29.4, 29.4, 29.3, 29.3, 29.3, 29.2, 27.2, 27.2, 27.2, 26.1, 26.0, 26.0, 24.8, 23.2, 22.7, 14.1
化合物34の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000141
窒素雰囲気下、化合物33(4.25g、5.54mmol)のTHF(21mL)溶液へ、4M 水酸化ナトリウム(5.5mL)を加え、室温下1時間攪拌した。その後、エタノール(21mL)を加え、70℃に昇温し2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、2M 塩酸(12mL)、酢酸エチル(21mL)、水(21mL)、n-ヘキサン(21mL)を加えて水層を分離した。分離した有機層を水(21mL)で洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物34の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物34を油状物として収率98%(収量4.09g、5.43mmol)で得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.92 (s, 1H), 7.24 (br d, J = 8.3 Hz, 0.9H), 7.17 - 7.12 (m, 0.1H), 6.50 (br d, J = 8.3 Hz, 0.9H), 6.45 (s, 1H), 6.39 (s, 0.1H), 5.35 (s, 4H), 4.75 (d, J = 7.6 Hz, 0.9H), 4.35 - 4.27 (m, 0.1H), 3.99 - 3.91 (m, 4H), 3.80 - 3.68 (m, 0.2H), 3.45 (q, J = 8.1 Hz, 0.9H), 3.34 (br s, 0.9H), 2.56 - 2.50 (m, 0.9H), 2.26 - 1.93 (m, 10.1H), 1.90 - 1.83 (m, 1H), 1.81 - 1.71 (m, 4H), 1.47 - 1.37 (m, 4H), 1.34 - 1.25 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.0, 171.5, 162.1, 156.3, 130.0, 129.8, 129.8, 129.3, 117.7, 105.6, 100.0, 68.6, 68.3, 60.3, 48.8, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.4, 29.3, 29.3, 29.2, 29.2, 29.1, 27.7, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 24.6, 22.7, 14.1
(実施例11)化合物34を結合したオリゴヌクレオチドの製造
 以下のようにして、疑似固相保護基として化合物34を用いてオリゴヌクレオチドを製造した。
化合物35の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000142
窒素雰囲気下、0℃で化合物34(1.99g、2.64mmol)、EDCI(2.03g、5.29mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(1.62g、5.29mmol)、DIPEA(3.68mL、10.6mmol)のDMF(20mL)溶液へ、DMT-dT(2.88g、5.29mmol)を加え、室温に昇温し15時間攪拌した。反応混合物にEDCI(253mg、1.32mmol)、DIPEA(691μL、3.97mmol)、DMT-dT(720mg、1.32mmol)を加え、室温下20時間攪拌した。その後40℃に昇温し2時間攪拌した。反応混合物にEDCI(253mg、1.32mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(203mg、1.32mmol)、DMT-dT(720mg、1.32mmol)を加え、室温下24時間攪拌した。酢酸エチル(40mL)、n-ヘキサン(20mL)及び水(20mL)を加えて攪拌後、水層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(20mL)で3回洗浄し、水(20mL)で洗浄後、濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物35を油状物として収率78%(収量2.66g、2.08mmol)で得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.61 (s, 0.2H), 8.55 (s, 0.8H), 7.61 (s, 0.8H), 7.51 (m, 0.2H), 7.41 - 7.33 (m, 2H), 7.31 - 7.09 (m, 6H), 7.14 - 7.07 (m, 1H), 6.84 (br d, J = 8.3 Hz, 4H), 6.50 - 6.20 (m, 3H), 5.63 (br d, J = 5.3 Hz, 0.8H), 5.37 - 5.33 (m, 4H), 5.20 - 5.11 (m, 0.2H), 4.59 - 4.56 (m, 0.8H), 4.43 - 4.33 (m, 0.2H), 4.16 (br s, 0.7H), 3.96 - 3.64 (m, 10.8H), 3.53 - 3.36 (m, 3.5H), 2.63 - 2.46 (m, 1.5H), 2.33 - 2.21 (m, 1.2H), 2.08 - 1.92 (m, 10.5H), 1.91 - 1.82 (m, 0.8H), 1.81 - 1.67 (m, 5H), 1.51 - 1.13 (m, 47H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H) with rotamer
13C-NMR (150MHz, CDCl3): δ 172.0, 171.5, 162.1, 156.3, 130.0, 129.8, 129.8, 129.3, 117.7, 105.6, 100.0, 68.6, 68.3, 60.3, 48.8, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.4, 29.3, 29.3, 29.2, 29.2, 29.1, 27.7, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 24.6, 22.7, 14.
化合物36の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000143
 窒素雰囲気下、Levulinic acid(6.16mL、60mmol)及びメタノール(80mL)を混合し、70℃に昇温して10分攪拌した。反応溶液に臭素(3.08mL、60mmol)及びメタノール(20mL)の混合液を30分かけてゆっくりと滴下し、70℃に保ったまま2時間攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、ジクロロメタン(40mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物36を淡黄色の油状物として取得した(4.51g、収率36%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ3.96(s,2H),3.69(s,3H),2.97(t,J=7.5Hz,3H),2.67(t,J=7.5Hz,3H)
化合物37の合成 
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000144
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物36、10.05g、11.0mmol)、DMF(110mL)、炭酸水素ナトリウム(1.85g、22.0mmol)及び化合物36(3.76g、17.6mmol)を混合し、60℃に昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物37を無色の油状物として取得した(9.86g、収率85%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.30(s,2H),5.38-5.31(m,6H),4.90(s,2H), 4.02(q,J=6.7Hz,6H), 3.69(s, 3H), 2.81(t,J=6.3Hz,2H), 2.68(t,J=6.3HZ,2H), 2.04-1.99(m,12H), 1.84-1.70(m,6H), 1.49-1.43(m,6H), 1.40-1.20(m,60H), 0.88(t,J=7.0Hz,9H)
化合物38の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000145
 窒素雰囲気下、化合物37(9.86g、9.40mmol)、クロロホルム(350mL)及び0.5M水酸化ナトリウム水溶液(37.6mL)を混合し、室温で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(6mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物38を白色のアモルファス状固体として取得した(1.21g、収率18%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.30(s,2H),5.38-5.31(m,6H),4.90(s,2H),4.02(q,J=6.7Hz,6H),  2.81(t,J=6.3Hz,2H),2.68(t,J=6.3HZ,2H),2.04-1.99(m,12H),1.84-1.70(m,6H),1.49-1.43(m,6H), 1.40-1.20(m,60H), 0.88(t,J=7.0Hz,9H)
化合物39の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000146
 窒素雰囲気下、化合物38(439mg、0.42mmol)、DMT-dT(392mg、0.72mmol)、DMAP(88mg、0.72mmol)のジクロロメタン(11mL)溶液に、EDCI(138mg、0.72mmol)を室温下添加し、同温度で30時間攪拌した。反応の終了を確認後、溶媒を減圧濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで化合物39を白色のアモルファス状固体として取得した(543mg、83%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3): δ 8.74(s,1H),7.60(s,1H),7.39-7.35(m,2H),7.32-7.20(m,9H),6.83(d,J=9.5Hz,4H),6.46-6.42(m,1H),5.48-5.46(m,1H),5.38-.30(m,6H),4,90(s,2H),4.15-4.12(m,1H),4.04-3.97(m,6H),3.78(s,6H),3.50-3.42(m,2H),2.86-2.75(m,2H),2.68(t,J=6.3Hz,2H),2.50-2.40(m,2H),2.09-1.90(m,12H),1.84-1.70(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.40-1.20(m,67H),0.88(t,J=7.0Hz,3H)
化合物40の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000147
 窒素雰囲気下、化合物39(543mg、0.35mmol)の酢酸エチル(5.4mL)溶液にメルカプトコハク酸(263mg、1.75mmol)、トリフルオロ酢酸(0.40mL、5.25mmol)を添加し、氷冷下1.5時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液を5%NaHCO水溶液(8mL)で3回、10%NaCl水溶液(8mL)で1回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物40を白色のアモルファス状固体として取得した(401mg、収率91%)。得られた化合物40は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物41の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000148
 化合物40(401mg、0.32mmol)に対して酢酸エチル(4.0mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物40にモレキュラーシーブス3A(400mg)、DMT-dT-CEホスホロアミダイト(715mg、0.96mmol)、酢酸エチル(4.0mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(113mg、0.96mmol)を加え、室温下、2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(4.8mL)に溶解させたヨウ素(244mg、0.96mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(6.0mL)を加え、攪拌した。不溶物をろ去した後、分液した。有機層を5%食塩水(6.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(5g)を加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(5mL)を用いた共沸を2回実施した。残渣に酢酸エチル(4.0mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(240mg、1.60mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.37mL、4.80mmol)を加え、同温度で1時間、更に、室温に昇温し1時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(6mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(6mL)で3回、5%NaCl水溶液(6mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物41を白色のアモルファス状固体として取得した(311mg、収率59%)。得られた化合物41は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物42の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000149
 「化合物41(311mg、0.19mmol)を用い、化合物8の合成と同様にして、但し、試薬量は適宜変更して、化合物42を淡黄色のアモルファス状固体として取得した(301mg、収率68%)。
化合物43の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000150
 窒素雰囲気下、化合物42(301mg、0.13mmol)の無水THF(6.4mL)、ピリジン(3.2mL)及び酢酸(1.6mL)溶液に、ヒドラジン一水和物(12.1μL、0.39mmol)を滴下した。2.5時間攪拌後、THF(1mL)を加えてさらに4時間攪拌した。反応の終了を確認したのちに溶液を濃縮し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで、化合物43を白色のアモルファス状固体として取得した。
化合物44の合成 
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000151
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、5.68g、6.16mmol)、DMF(270mL)、THF(30mL)、L-Proline Methyl Ester Hydrochloride(1.34g、8.09mmol)、COMU(3.47g、8.09mmol)及びDIPEA(3.45ml、20.5mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物44を無色の油状物として取得した(9.86g、収率85%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.77(s,2H),5.39-5.30(m,6H),4.65-4.60(m,1H),3.97(q,J=6.5MHz,6H),3.96-3.88(m,1H),3.78(s,3H),3.72-3.64(m,1H),3.63-3.55(m,1H),2.36-2.26(m,1H),2.01-2.95(m,13H),1.93-1.84(m,1H),1.83-1.68(m,6H),1.52-1.40(m,6H),1.38-1.20(m,60H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
化合物45の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000152
 窒素雰囲気下、化合物44(4.95g、4.79mmol)、水酸化カリウム(0.47g、8.4mmol)、THF(25mL)、メタノール(5mL)及びイオン交換水(1mL)を混合し、60℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物45を白色のアモルファス状固体として取得した(2.69g、収率56%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.73(s,2H),5.39-5.30(m,6H),4.81-4.72(1H),3.98(q,J=6.3MHz,6H),3.70-3.62(m,1H),3.59-3.48(m,1H),2.60-2.50(m,1H),2.19-2.07(m,1H),2.06-1.95(m,13H),1.95-1.85(m,1H),1.84-1.69(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.38-1.20(m,60H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
化合物46の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000153
 化合物45(501mg、0.49mmol)を用い、化合物39の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更し、化合物46を白色のアモルファス状固体として取得した(648mg、86%)。得られた化合物46は特に精製することなく、次の反応に用いた。
1H-NMR(500MHz,CDCl3): δ 8.94(s,1H),7.60(s,1H),7.40-7.35(m,2H),7.32-7.20(m,9H),6.83(d,J=9.5Hz,4H),6.78(s,2H),6.50(m,1H),5.62(m,1H),5.39-5.30(m,6H),4.60-4.55(m,1H),4.12(s,1H),4.00-3.90(m,6H),3.79(s,6H),3.71-3.55(m,2H),3.54-3.44(m,2H),2.63-2.46(m,1H),2.54-2.44(m,1H),2.40-2.30(m,1H),2.20-1.85(m,15H),1.84-1.60(m,6H), 1.65-1.20(m,69H),0.87(t,J=7.0MHz,9H)
化合物47の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000154
 化合物46(604mg、0.39mmol)を用い、化合物40の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更し、化合物47を白色のアモルファス状固体として取得した(357mg、収率74%)。得られた化合物47は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物48の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000155
 化合物47(357mg、0.29mmol)を用い、化合物41の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更して、化合物48を白色のアモルファス状固体として取得した(250mg、収率86%)。得られた化合物48は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物49の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000156
 化合物48(397mg、0.25mmol)を用い、化合物42の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更して、化合物49をを淡黄色のアモルファス状固体として取得した(423mg、収率72%)。
化合物50の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000157
 窒素雰囲気下、化合物49(423mg、0.18mmol)の無水THF(8.0mL)及びイソプロパノール(2.0mL)溶液へ、0℃で4M 水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.23mL、0.90mmol)を滴下した。0℃で1時間攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(7.0mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し分液し、有機層を得た。水層から酢酸エチルで抽出後、前記有機層と合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで白色固体の化合物50を得た。
化合物51の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000158
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、1.88g、2.04mmol)、DMF(90mL)、THF(10mL)、Methyl 4-Piperidinecarboxylate(351μL、2.65mmol)、COMU(1.11g、2.65mmol)及びDIPEA(1.12mL、2.65mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物51を無色の油状物として取得した(1.50g、収率71%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.56(s,2H),5.41-5.29(m,6H),4.15-4.09(m,1H),3.95(q,J=6.8MHz,6H),3.71(s,3H),3.11-2.91(m,2H),2.64-2.54(m,1H),2.07-1.88(m,13H),1.82-1.66(m,7H),1.51-1.41(m,6H),1.38-1.20(m,62H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
化合物52の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000159
 窒素雰囲気下、化合物51(1.50g、1.45mmol)、水酸化カリウム(143mg、25.4mmol)、THF(10mL)、メタノール(2.5mL)及びイオン交換水(500μL)を混合し、60℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物52を白色のアモルファス状固体として取得した(1.45g、収率97%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ6.56(s,2H),5.41-5.29(m,6H),4.15-4.09(m,1H),3.95(q,J=6.5MHz,6H),3.71(s,3H),3.11-2.95(m,2H),2.69-2.60(m,1H),2.06-1.90(m,13H),1.82-1.70(m,8H),1.50-1.40(m,6H),1.39-1.20(m,60H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
化合物53の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000160
 窒素雰囲気下、化合物52(450mg、0.43mmol)、DMT-dT(396mg、0.73mmol)、DMAP(89mg、0.73mmol)のジクロロメタン(10mL)溶液に、EDCI(140mg、0.73mmol)を室温下添加し、同温度で30時間攪拌した。反応の終了を確認後、溶媒を減圧濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで化合物53を白色のアモルファス状固体として取得した(571mg、収率85%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ7.99(s,1H),7.61(s,1H),7.39-7.36(m,2H),7.33-7.21(m,9H),6.84(d,J=8.5Hz,4H),6.56(s,2H),6.44-6.39(m,1H),5.50-5.45(m,1H),5.40-5.30(m,6H),4.06-4.10(m,1H),4.00-3.90(m,6J),3.79(m,6H),3.54-3.43(m,2H),3.10-2.90(m,2H),2.65-2.55(m,1H),2.50-2.40(m,2H),2.10-1.90(m,13H),1.84-1.69(m,6H),1.50-1.40(m,6H),1.40-1.20(m,66H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
化合物54の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000161
 化合物53(571mg、0.37mmol)を用い、化合物40の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更し、化合物54を白色のアモルファス状固体として取得した(520mg、収率99%)。化合物54は特に精製することなく、次工程に使用した。
化合物55の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000162
 化合物54(469mg、0.37mmol)を用い、化合物41の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更して、化合物55を白色のアモルファス状固体として取得した(501mg、収率76%)。化合物55は特に精製することなく、次工程に使用した。
化合物56の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000163
 化合物55(501mg、0.31mmol)を用い、化合物42の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更して、化合物56を淡黄色のアモルファス状固体として取得した(147mg、収率20%)。
化合物9の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000164
 化合物56(147mg、0.06mmol)を用い、化合物50の合成と同様にして、但し、試薬や溶媒の量は適宜変更して、化合物9を得た。
化合物58の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000165
 窒素雰囲気下、化合物1(N4-Benzoyl-5’-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-2’-deoxycytidine)(0.868g、1.37mmol)及びイミダゾール(0.466g,6.85mmol)のアセトニトリル(7mL)混合液へ、TBDPSCl(0.529mL)を室温で滴下した。室温で3.5時間攪拌した後、メタノール(0.277mL)を加えた。MTBE(7mL)及び飽和重曹水(7mL)を加えて攪拌後、MTBEを洗浄液として用い析出した固体を濾去した。濾液を分液後、得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:ヘキサン/酢酸エチル)で精製することにより、白色固体の化合物57を得た。化合物57のTHF(9.7mL)溶液へ室温で7Mアンモニアのメタノール溶液(9.7mL)を加えた。室温で88時間攪拌した。反応液を濃縮後、シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、白色固体の化合物58(1.067g、収率101%)を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 768.3470.
化合物59の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000166
 窒素雰囲気下、化合物20(123mg、0.162mmol)のトルエン(1.23mL)溶液に、室温でピリジン(0.0196mL、0.243mmol)及び塩化チオニル(0.0584mL、0.81mmol)を加えて、45分攪拌した。反応液を濃縮後、トルエンで共沸を行い化合物20の酸クロライドを調製した。
 窒素雰囲気下、別の反応容器に化合物58(136.7mg、0.178mmol)、トルエン(0.86mL)及びピリジン(0.86mL)を加え溶液とした。更にDIPEA(0.14mL、0.81mmol)及びモレキュラーシーブス4A(200mg)を加えて、30分攪拌した。上記で調製した化合物20の酸クロライドを含む溶液を添加し、室温で45分攪拌した。DMAP(2mg、0.0162mmol)を加えて室温で更に20分攪拌した後、45℃へ昇温し1時間30分攪拌した。反応液を室温付近へ冷却後、飽和重曹水及び酢酸エチルを加えて攪拌し、分液した。得られた有機層を飽和食塩水で洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥し濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、粘性の高い無色油状物として化合物59(124mg、収率51%)を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1508.9227.
化合物61の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000167
 窒素雰囲気下、化合物59(212mg、0.140mmol)の酢酸エチル(2.54mL)の溶液に、メルカプトコハク酸(105mg、0.7mmol)及びトリフルオロ酢酸(0.078mL、1.02mmol)を0℃で加え、室温へ昇温しながら1時間15分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.020mL、0.261mmol)を追加し、室温に昇温しながら37分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.020mL、0.261mmol)を追加し、室温に昇温しながら30分攪拌した。0℃に冷却後、反応液に飽和重曹水(3.1mL)を加え、室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和食塩水(2mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮し、粘性の高い無色油状物として60(180.6mg)を得た。得られた化合物60に対して、酢酸エチル(1.8mL)を用いた共沸を2回実施した。窒素雰囲気下、化合物60に対して酢酸エチル(2.5mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(180mg)を加えて30分攪拌した。得られた溶液にDMTr-dT-CEホスホロアミダイト(130mg、0.175mmol)及びDCI(33.9mg、0.288mmol)を加えて、室温で45分攪拌した。DMTr-dT-CEホスホロアミダイト(26.1mg、0.035mmol)及びDCI(16.5mg、0.14mmol)を加えて、室温で40分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.89mL)を加え、室温に昇温しながら40分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2mL)を加えて室温へ昇温しながら攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(2mL)及び飽和食塩水(2mL)で洗浄後、硫酸マグネシウムを用いて乾燥し濃縮した。得られた残渣に酢酸エチル(2.5mL)及びメルカプトコハク酸(105mg、0.70mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.096mL、1.26mmol)を加えた後、室温へ昇温しながら1時間攪拌した。反応液を0℃へ冷却し、飽和重曹水(2.8mL)を加えて室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和食塩水(1mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、白色固体の化合物61(207mg、収率93.6%)を得た。得られた化合物61は特に精製することなく、次の反応に用いた。
MS(ESI+):[M+H]+ 1563.8636.
化合物62の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000168
 化合物61(198mg、0.125mmol)に対して、酢酸エチル(2mL)を用いた共沸を2回実施した。窒素雰囲気下、化合物61に対して酢酸エチル(2.4mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(200mg)を加えて30分攪拌した。得られた溶液にDMTr-dC-CEホスホロアミダイト(157mg、0.188mmol)及びDCI(34mg、0.288mmol)を加えて、室温で1時間30分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.69mL)を加えて室温に昇温しながら23分攪拌した。反応液を0℃に冷却後し1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.5mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(2mL)で洗浄後、飽和食塩水(1mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。得られた残渣に酢酸エチル(2mL)及びメルカプトコハク酸(98mg、0.655mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.0765mL、1mmol)を加えた後、室温へ昇温しながら1時間攪拌した。反応液を0℃へ冷却し、飽和重曹水(2.5mL)を加えて室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和食塩水(1mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、白色固体の化合物62(248.7mg、収率94.7%)を得た。得られた化合物62は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物63の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000169
 化合物62(238.7mg、0.119mmol)に対して、酢酸エチル(1.7mL)を用いた共沸を2回実施した。窒素雰囲気下、化合物7に対して酢酸エチル(2.4mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(240mg)を加えて40分攪拌した。得られた反応液にDMTr-dA-CEホスホロアミダイト(153.6mg、0.179mmol)及びDCI(35.2mg、0.298mmol)を加えて、室温で2時間攪拌した。更に、DCI(14.1mg、0.119mmol)を加えて、室温で30分攪拌した。反応の完結を確認後、Boc-Ser-OH(17.1mg、0.0833mmmmol)を加えて18分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.61mL)を加えて室温に昇温しながら19分攪拌した。反応液を0℃へ冷却し、1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.4mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(2mL)で洗浄後、飽和食塩水(1mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。得られた残渣に酢酸エチル(2.9mL)及びメルカプトコハク酸(89.3mg、0.595mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.111mL、1.45mmol)を加えた後、室温へ昇温しながら1時間攪拌した。反応液を0℃へ冷却し、飽和重曹水(2.8mL)を加えて室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和食塩水(2mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮乾固し、淡黄色固体の化合物63(279.3mg、収率94.6%)を得た。得られた化合物63は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物64の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000170
 化合物63(269.3mg、0.109mmol)に対して、酢酸エチル(1.5mL)を用いた共沸を2回実施した。窒素雰囲気下、化合物63に対して酢酸エチル(2.4mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(240mg)、DMTr-dT-CEホスホロアミダイト(124.4mg、0.167mmol)及びDCI(39.3mg、0.333mmol)を加えて、室温で52分攪拌した。反応の完結を確認後、Boc-Ser-OH(17.1mg、0.0833mmol)を加えて24分攪拌した。反応液を0℃へ冷却後、0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、1.55mL)を加えて室温に昇温しながら10分攪拌した。反応液を0℃へ冷却し、1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2.5mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(2.4mL)で2回洗浄後、飽和食塩水(1.2mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。シリカゲルクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/メタノール)で精製することにより、淡黄色の固体として化合物64(325.4mg、収率95.4%)を得た。
MS(ESI+):[M+H]+ 1570.1425.
化合物64の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000171
 化合物64(10.2mg、0.00325mmol)に対して、7Mアンモニア・メタノール溶液(0.3mL)及びTHF(0.3mL)を加えて、室温で40時間攪拌した。反応液のLC―Mass分析を行い、化合物65が主生成物であることを確認した。
MS(ESI+):[M+H]+ 1978.5303.
化合物66の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000172
 窒素雰囲気下、Methyl 2,4-Dihydroxybenzoate(1.20g、7.14mmol)、KCO(3.95g、28.6mmol)、DMAc(24mL)及びオレイルブロミド(5.20g、15.7mmol)を室温にて混合し、80℃に昇温した後3時間攪拌した。オレイルブロミド(2.36g、7.14mmol)を80℃にて混合し、2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、n-ヘキサン(24mL)、水(24mL)及び酢酸エチル(24mL)を添加し水層を分離した。分離した有機層を水(24mL)で3回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物66の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物66を油状物として収率96%(収量4.59g、6.86mmol)で得た。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ 7.88 - 7.77 (m, 1H), 6.45 (s, 2H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 3.98 (q, J = 6.9 Hz, 4H), 3.84 (s, 3H), 2.05 - 1.97 (m, 8H), 1.87 - 1.75 (m, 4H), 1.53 - 1.41 (m, 4H), 1.33 - 1.24 (m, 40H), 0.91 - 0.84 (m, 6H)
13C-NMR (500MHz, CDCl3) δ 166.4, 163.7, 160.9, 133.8, 129.9, 112.4, 105.1, 100.3, 68.9, 68.2, 51.5, 31.9, 29.8, 29.8, 29.5, 29.5, 29.5, 29.3, 29.2, 29.3, 27.2, 27.2, 26.0, 26.0, 22.7, 14.1
化合物67の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000173
 窒素雰囲気下、化合物66(4.52g、6.75mmol)のTHF(22.6mL)溶液へ、エタノール(22.6mL)及び4M 水酸化ナトリウム(6.75mL)を加えた。その後70℃に加温した後、2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、2M 塩酸(15mL)、酢酸エチル(90mL)、水(90mL)、n-ヘキサン(90mL)を加えて水層を分離した。分離した有機層を水(90mL)で洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物67の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物67を油状物として収率98%(収量4.35g、6.64mmol)で得た。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ 10.75 (br s, 1H), 8.11 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.62 (br d, J = 8.7 Hz, 1H), 6.50 (s, 1H), 5.38 - 5.32 (m, 4H), 4.19 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 4.01 (br t, J = 6.4 Hz, 2H), 2.02 (br s, 8H), 1.90 (quin, J = 6.9 Hz, 2H), 1.80 (quin, J = 6.8 Hz, 2H), 1.51 - 1.38 (m, 4H), 1.34 - 1.24 (m, 40H), 0.88 (br t, J = 6.6 Hz, 6H)
13C-NMR (500MHz, CDCl3) δ 165.3, 164.6, 159.0, 135.5, 130.0, 130.0, 129.8, 129.7, 110.3, 107.1, 99.8, 70.2, 68.6, 31.9, 29.8, 29.5, 29.4, 29.3, 29.2, 29.5, 29.1, 28.9, 27.2, 27.2, 27.2, 26.0, 25.9, 22.7, 14.1
化合物68の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000174
 窒素雰囲気下、0℃で化合物67(4.30g、6.56mmol)、4-ピペリジンカルボン酸メチル(1.88g、13.1mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(1.77g、13.1mmol)、DIPEA(4.57mL、26.3mmol)のDMF(43mL)溶液へ、1-(3-Dimethylaminopropyl)-3-ethylcarbodiimide Hydrochloride[EDCI](2.52g、13.1mmol)を加え、室温下4時間攪拌した。EDCI(1.26g、6.56mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(0.86g、6.56mmol)を加え、更に2時間攪拌した。酢酸エチル(43mL)、n-ヘキサン(43mL)及び水(43mL)を加えて攪拌後、水層を分離した。得られた有機層を水(43mL)で3回洗浄後、濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物68を油状物として収率92%(収量4.69g、6.01mmol)で得た。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-0.91 (m, 6H), 1.24-1.33 (m, 35H), 1.43 (s, 3H), 1.72-1.81 (m, 5H), 1.96-2.05 (m, 9H), 2.50-2.55 (m, 1H), 2.93 (br t, J = 12.14 Hz, 1H), 3.04 (br s, 1H), 3.49-3.57 (m, 1H), 3.69 (s, 3H), 3.90-3.99 (m, 3H), 4.59 (br t, J = 14.66 Hz, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 6.40-6.48 (m, 2H), 7.11 (br d, J = 8.51 Hz, 0.3H) , 7.16 (br d, J = 8.20 Hz, 0.7H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.13, 22.69, 26.00, 26.05, 27.21, 27.24, 28.04, 29.17, 29.24, 29.34, 29.38, 29.48, 29.54, 29.78, 29.78, 30.33, 31.92, 41.04, 4.18, 51.83, 68.19, 68.34, 68.53, 99.82, 9.86 105.44, 05.44, 125.53, 129.81, 130.00, 168.00, 174.79.
化合物69の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000175
 窒素雰囲気下、化合物68(4.60g、5.90mmol)のTHF(21mL)溶液へ、4M 水酸化ナトリウム(5.9mL、23.58mmol)を加え、室温下1時間攪拌した。その後、エタノール(21mL)を加え、70℃に昇温し2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、2M 塩酸 (18.4mL)、酢酸エチル(21mL)、水(21mL)、n-ヘキサン(21mL)を加えて水層を分離した。分離した有機層を水(21mL)で洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物69の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物69をアモルファス固体として収率99%(収量4.60g、5.90mmol)で得た。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (td, J = 7.01, 1.73 Hz, 6H), 1.22-1.35 (m, 42H), 1.39-1.45 (m, 2H), 1.49-1.60 (m, 1H), 1.83-1.93 (m, 1H), 1.97-2.04 (m, 8H), 2.23-2.33 (m, 1H), 2.65-2.76 (m, 1H), 2.87-2.98 (m, 1H), 3.42 (br d, J = 10.09Hz, 1H), 
3.85 (br s, 4H), 4.48 (br d, J = 8.83 Hz, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 7.14 (br d, J = 7.88 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 22.69, 25.79, 26.19, 27.25, 29.04, 29.12, 29.33, 29.39, 29.59, 29.67, 29.70, 29.82, 29.93, 30.32, 31.92, 42.23, 44.19, 47.39, 68.14, 68.38, 99.61, 105.54, 118.16, 129.56, 129.75, 129.90, 129.95, 155.92, 161.28, 168.20, 182.53.
化合物70の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000176
 窒素雰囲気下、0℃で化合物69(4.50g、5.87mmol)、1-(3-Dimethylaminopropyl)-3-ethylcarbodiimide Hydrochloride[EDCI](2.25g、11.75mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(1.80g、11.75mmol)、DIPEA(3.04g、23.49mmol)のDMF(45mL)溶液へ、5’-O-(4,4’-Dimethoxytrityl)thymidine(2.88g、5.29mmol)を加え、室温に昇温し24時間攪拌した。反応混合物にEDCI(253mg、1.32mmol)、DIPEA(691μL、3.97mmol)、5’-O-(4,4’-Dimethoxytrityl)thymidine(6.40g、11.75mmol)を加え、室温下24時間攪拌した。反応終了後、酢酸エチル(90mL)、n-ヘキサン(45mL)及び水(45mL)を加えて攪拌後、水層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(20mL)で3回洗浄し、水(20mL)で洗浄後、濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物70を油状物として収率99%(収量8.10g、5.86mmol)で得た。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.83-0.91 (m, 6H), 1.23-1.34 (m, 38H), 1.36 (br s, 7H), 1.37-1.52 (m, 5H), 1.65-1.81 (m, 7H), 1.97-2.05 (m, 9H), 2.39-2.48 (m, 2H), 2.50-2.58 (m, 1H), 2.85-2.94 (m, 1H), 3.43-3.52 (m, 2H), 3.79 (s, 6H), 3.88-4.00 (m, 4H), 4.04-4.09 (m, 1H), 4.65 (br s, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 5.47 (br s, 1H), 6.42 (br s, 2H), 6.47(br d, J = 8.20 Hz, 1H), 6.83 (d, J = 8.51 Hz, 4H), 7.23-7.31 (m, 8H), 7.37 (br d, J = 7.57 Hz, 2H), 7.59-7.62 (m, 1H), 8.21-8.32 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 11.59, 14.12, 22.68, 26.04, 27.20, 27.22, 29.24, 29.28, 29.32, 29.38, 29.47, 29.53, 29.77, 31.90, 55.26, 68.20, 76.90, 77.12, 84.30, 87.26, 105.50, 113.34, 27.28, 128.06, 128.13, 129.79, 129.80, 130.00, 130.09, 135.33, 158.82.
化合物71の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000177
 窒素雰囲気下、化合物70(4.00g、3.09mmol)の酢酸エチル(40mL)溶液にメルカプトコハク酸(2.32g、15.47mmol)、トリフルオロ酢酸(2.37mL、30.9mmol)を添加し、氷冷下4時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液を飽和NaHCO水溶液(40mL)で4回、10%NaCl水溶液(40mL)で1回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物71をアモルファス状固体として取得した(3.09g、収率100%)。得られた化合物71は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.91 (m, 6H), 1.24-1.46 (m, 48H), 1.73-1.80 (m, 4H), 2.02 (br s, 10H), 2.31-2.46 (m, 2H), 2.57 (br s, J = 10.40 Hz, 1H), 2.89-2.98 (m, 1H), 3.57 (br s, 1H), 3.88-4.06 (br s, 4H), 4.60-4.69 (m, 1H), 5.32-5.39 (m, 5H), 6.22-6.26 (m, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.18 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.53-7.56 (m, 1H), 8.54-8.65 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.58, 14.12, 22.68, 25.95, 26.04, 27.20, 27.22, 29.16, 29.24, 29.32, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 62.59, 68.20, 75.09, 85.20, 85.93, 105.51, 111.44, 129.79, 130.00, 150.31.
化合物72の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000178
 化合物71(500mg、0.51mmol)に対して酢酸エチル(10mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物71にモレキュラーシーブス3A(500mg)、DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(752mg、1.01mmol)、酢酸エチル(5mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(197mg、1.67mmol)を加え、室温下、2時間攪拌した。反応の完結を確認後、0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、7.6mL)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(7.5mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後、分液した。有機層を10%食塩水(7.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(5mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(5mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(379mg、2.52mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.39mL、5.05mmol)を加え、同温度で3時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(7.5mmL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(7.5mL)で3回、10%NaCl水溶液(7.5mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物72をアモルファス状固体として取得した(470mg、収率69%)。得られた化合物72は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (t, J = 6.78 Hz, 6H), 1.25-1.48 (m, 44H), 1.75-1.82 (m, 4H), 1.86-1.93 (m, 3H), 2.01 (br s, 8H), 2.38-2.43 (m, 2H), 2.43-2.62 (m, 3H), 2.82 (br t, J = 5.36 Hz, 2H), 2.87-2.97 (m, 1H), 3.50-3.64 (m, 1H), 3.84-4.01 (m, 6H), 4.14 (br s, 1H), 4.23 (br dd, J = 7.41, 2.36 Hz, 1H), 4.29-4.36 (m, 2H), 4.39 (br s, 2H), 4.62-4.70 (m, 1H), 5.18-5.24 (m, 1H), 5.30-5.40 (m, 5H), 6.12-6.21 (m, 1H), 6.25 (br d, J = 6.62 Hz, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.15-7.21 (m, 1H), 7.35 (br dd, J = 3.15, 1.89 Hz, 1H), 7.46 (d, J = 6.18 Hz, 1H), 9.03 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.52, 14.12, 22.68 26.05, 2720, 27.22, 29.25, 29.28, 29.32, 29.38, 29.48, 29.52, 29.77, 31.91, 41.02, 68.23, 76.89, 76.90, 105.57, 129.89.
HRMS (ESI): m/z calculated for C72H111N6O16P: [M + H]+ : 1347.7794; found, 1347.7795
化合物73の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000179
 化合物72(450mg、0.33mmol)に対して、酢酸エチル(9.0mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物72に対して、モレキュラーシーブス3A(450mg)及びDMT-dC-CE ホスホロアミダイト(418mg、0.501mmol)、酢酸エチル(4.5mL)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(130mg、1.102mmol)を加えて、室温で1時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、5.0mL)を加え、1時間攪拌した。1MNa水溶液(7.0mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後。濾液を分液した。有機層を10%食塩水(7.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。濃縮した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(9.0mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(4.5mL)及びメルカプトコハク酸(251mg、1.67mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.383mL、5.01mmol)を加えた。同温度で3時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(7.5mL)を加えて攪拌し分液した。得られた有機層を飽和重曹水(7.5mL)で更に2回洗浄、10%食塩水(7.5mL)でそれぞれ洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮乾固し、化合物73を淡黄色固体として取得した(560mg、94%)。得られた化合物73は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.90 (m, 6H), 1.11-1.15 (m, 1H), 1.22-1.35 (m, 18H), 1.36-1.48 (m, 2H), 1.70-1.92 (m, 5H), 1.98-2.04 (m, 4H), 2.40 (bd dd, J = 6.94, 4.41 Hz, 1H), 2.52-2.60 (m, 1H), 2.83 (br s, 2H), 2.86-2.94 (m, 1H), 3.51-3.60 (m, 1H), 3.84-4.00 (m, 3H), 4.06-4.22 (m, 1H), 4.32 (br s, 4H), 4.59-4.67 (m, 1H), 5.22 (br s, 1H), 6.14-6.26 (m, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.40-7.61 (m, 2H), 7.93 (br d, J= 7.57 Hz, 1H), 7.93 (br d, J = 7.57 Hz, 1H), 8.34 (br dd, J = 17.18, 8.04 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.41, 14.12, 19.25, 19.77, 19.77, 19.81, 22.68, 25.92, 26.06, 27.22, 27.22, 29.14, 29.26, 29.31, 29.40, 29.49, 29.52, 29.66, 29.77, 31.91, 40.99, 62.84, 68.25, 105.57, 127.38, 128.02, 128.02, 128.63, 128.83, 129.90, 168.18.
HRMS (ESI): m/z calculated for C91H130N10O23P2: [M + H]+ : 1793.8786; found, 1793.8833
化合物74の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000180
 化合物73(550mg、0.31mmol)に対して、酢酸エチル(11.0mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物73に対して、モレキュラーシーブス3A(550mg)及びDMT-dG-CE ホスホロアミダイト(515mg、0.613mmol)、酢酸エチル(6.0mL)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(123mg、0.687mmol)を加えて、室温で2時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、4.0mL)を加え、1時間攪拌した。1MNa水溶液(11.0mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後。濾液を分液した。有機層を10%食塩水(11.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。濃縮した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(11.0mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(6.0mL)及びメルカプトコハク酸(230mg、1.53mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.235mL、3.07mmol)を加えた。その後室温に昇温し2時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(9.0mL)を加えて攪拌し分液した。得られた有機層を飽和重曹水(9.0mL)で更に2回洗浄、飽和食塩水(9.0mL)でそれぞれ洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮乾固し、化合物74を淡黄色固体として取得した(500mg、73%)。得られた化合物74は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-.90 (m, 6H), 1.16-1.24 (m, 5H), 1.24-1.33 (m, 21H), 1.34-1.47 (m, 6H), 1.98-2.04 (m, 5H), 2.08-2.26 (m, 3H), 2.33-2.41 (m, 1H), 2.49-2.61 (m, 1H), 2.73-2.96 8m, 5H), 3.50-3.62 (m, 1H), 3.74-3.84 (m, 1H), 3.88-3.95 (m, 2H), 3.98 (br s, 1H), 4.09-4.19 (m, 1H), 4.24 (br d, J = 5.36 Hz, 1H), 4.32 (br s, 3H), 4.41-4.51 (m, 1H), 4.62 (br dd, J = 3.31, 2.05 Hz, 1H), 5.15-5.30 (m, 1H), 5.30-5.39 (m, 3H), 6.12-6.26 (m, 1H), 6.42 (s, 1H), 6.47 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.40-7.58 (m, 2H), 7.89-7.94 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 22.67, 26.06, 27.22, 29.25, 29.31, 29.41, 29.48, 29.51, 29.76, 30.33, 31.90, 129.76, 129.79, 130.00, 130.00.
化合物75の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000181
 化合物74(480mg、0.33mmol)に対して、酢酸エチル(10.0mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物74に対して、モレキュラーシーブス3A(480mg)及びDMT-dA-CE ホスホロアミダイト(413mg、0.481mmol)、酢酸エチル(5.0mL)、THF(5.0mL)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(94.6mg、0.804mmol)を加えて、室温で2時間攪拌した。DMT-dA-CE ホスホロアミダイト(138mg、0.160mmol)、DCI(31.5mg、0.270mmol)を加えて、室温で更に30時間攪拌した。DMT-dA-CE ホスホロアミダイト(275mg、0.321mmol)、DCI(31.5mg、0.270mmol)を加えて、室温で更に60時間攪拌した。反応後、反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、4.2mL)を加え、14時間攪拌した。1MNa水溶液(7.5mL)、THF(4.5mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後。濾液を分液した。有機層を10%食塩水(7.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。濃縮した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(10.0mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(10.0mL)及びメルカプトコハク酸(321mg、2.14mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.654mL、8.54mmol)を加えた。同温度で2時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(7.5mL)、THF(4.5mL)を加えて攪拌し分液した。得られた有機層を飽和重曹水(7.5mL)で更に2回洗浄、10%食塩水(7.5mL)でそれぞれ洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮乾固し、化合物75を淡黄色固体として取得した(720mg、99%)。得られた化合物75は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.86 (br d, J = 6.62 Hz, 12H), 1.18-1.40 (m, 78H), 1.43 (s, 14H), 1.78-1.93 (m, 6H), 2.01 (br s, 12H), 2.27 (s, 2H), 2.56-2.63 (m, 3H), 2.70-2.93 (m, 12H), 3.69-3.87 (m, 6H), 3.87-3.93 (m, 5H),4.30-4.45 (m, 8H), 4.46-4.68 (m, 4H), 5.28 (br s, 1H), 5.35 (br s, 6H), 6.98 (s, 1H), 7.12-7.25 (m, 2H), 7.39-7.54 (m, 6H), 7.56 (br s, 4H), 7.64-7.68 (m, 2H), 7.74-7.89 (m, 2H), 7.91-7.97 (m, 1H), 8.02 (br d, J = 6.94 Hz, 5H), 8.09 (br d, J = 8.83 Hz, 1H), 8.40 (br s, 2H), 8.78 (br s, 2H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.19, 21.19, 22.67, 26.08, 27.22, 27.22, 29.26, 29.31, 29.43, 29.51, 29.77, 30.33, 31.90, 34.24, 55.26, 67.98, 113.18, 113.57, 125.52, 127.78, 127.85, 128.26, 129.15, 129.75, 129.79, 129.99, 132.58, 135.80, 151.52.
HRMS (ESI): m/z calculated for C128H170N22O36P4: [M + 2H]2+ : 1358.5628; found, 1358.5629 
化合物76の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000182
 化合物75(560mg、0.206mmol)に対して、酢酸エチル(11.0mL)を用いた共沸を3回実施した。窒素雰囲気下、化合物75に対して、モレキュラーシーブス3A(560mg)及びDMT-dT-CE ホスホロアミダイト(230mg、0.309mmol)、酢酸エチル(11.0mL)、THF(9.0mL)を加えて室温で1時間攪拌した。DCI(73.0mg、0.618mmol)を加えて、室温で6時間攪拌した。DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(115mg、0.155mmol)、DCI(73.0mg、0.618mmol)を加えて、室温で更に18時間攪拌した。DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(115mg、0.155mmol)、DCI(73.0mg、0.618mmol)を加えて、室温で更に7時間攪拌した。DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(76.7mg、0.103mmol)、DCI(110mg、0.927mmol)を加えて、室温で更に90時間攪拌した。反応後、反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、4.1mL)を加え、2時間攪拌した。1MNa水溶液(7.5mL)、THF(5.6mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後。濾液を分液した。有機層を飽和食塩水(7.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(11.0mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(11.0mL)、THF(5.5mL)及びメルカプトコハク酸(309mg、2.06mmol)を加えた。得られた混合液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.315mL、4.12mmol)を加えた。同温度で3時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(7.5mL)を加えて攪拌し、分液した。得られた有機層を飽和重曹水(8.0mL)で更に2回洗浄、10%食塩水(8.0mL)でそれぞれ洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥後、濃縮乾固し、化合物76を淡黄色固体として取得した(500mg、79%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.86 (br d, J = 6.94 Hz, 6H), 1.19-1.38 (m, 40H), 1.41 (dt, J = 4.10, 2.05 Hz, 4H), 1.43 (s, 8H), 2.01 (br s, 4H), 2.27 (s, 4H), 2.48-2.70 (m, 12H), 2.75-2.83 (m, 4H), 3.80 (s, 4H), 3.83-3.99 (m, 1H), 4.09-4.14 (m, 1H), 5.32-5.36 (m, 1H), 6.36-6.44 (m, 1H), 6.68-6.85 (m, 1H), 6.93-6.98 (m, 1H), 7.09-7.32 (m, 4H), 7.34-7.57 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 21.19, 22.68, 23.86, 26.08, 27.22, 27.22, 29.26, 29.31, 29.43, 29.52, 29.70, 29.77, 30.34, 31.90, 34.07, 34.24, 55.26, 70.65, 81.45, 113.18, 113.57, 125.52, 127.08, 127.78, 127.85, 128.19, 128.26, 129.15, 129.77, 129.80, 130.00, 135.80, 139.49, 147.35, 158.66.
HRMS (ESI): m/z calculated for C141H186N25O43P5: [M + 2H]2+ : 1537.0990; found, 1537.0990 
化合物77の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000183
 化合物76(500mg、0.51mmol)に対して酢酸エチル(5mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物76にモレキュラーシーブス3A(500mg)、DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(564mg、0.757mmol)、酢酸エチル(5mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(197mg、1.67mmol)を加え、室温下、18時間攪拌した。反応終了を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(135mg、0.656mmol)を加え、室温下、24時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(18.2mg、0.303mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。飽和重曹水(5mL)を加え、不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後、分液した。有機層を飽和食塩水(5.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(5mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(5mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(379mg、2.52mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.39mL、5.05mmol)を加え、室温に昇温したのち7時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(7.5mmL)を加え、水層を分離した。有機層を飽和重曹水(7.5mL)で更に3回、10%NaCl水溶液(7.5mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固し、化合物77を淡黄色固体として取得した(590mg、収率86%)。得られた化合物77は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (t, J = 6.94 Hz, 6H), 1.24-1.47 (m, 45H), 1.50-1.57 (m, 1H), 1.71-1.84 (m, 9H), 1.88-1.95 (m, 4H), 2.01 (br s, 8H), 2.30-2.54 (m, 4H), 2.55-2.63 (m, 1H), 2.75-2.86 (m, 3H), 2.88-2.98 (m, 1H), 3.01-3.12 (m, 1H), 3.54-3.60 (m, 1H), 3.84-3.97 (m, 6H), 4.15 (br s, H), 4.24 (br s, 1H), 4.26-4.37 (m, 3H), 4.41 (br s, 1H), 4.65 (br s, H), 5.20-5.27 (m, H), 5.29-5.39 (m, 5H), 6.14-6.20 (m, 1H), 6.29 (br s, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.19 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 7.35 (br d, J = 7.57 Hz, 1H), 8.99 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.54, 14.11, 22.67, 26.05, 27.21, 27.21, 9.24, 29.28, 29.31, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 40.93, 41.00, 62.14, 62.79, 62.96, 68.23, 86.66, 105.56, 111.44, 111.83, 129.89, 136.59, 150.41, 156.12, 163.52, 63.60, 168.13.
HRMS (ESI): m/z calculated for C72H111N6O15PS: [M + H]+ : 1363.7566; found, 1363.7658
化合物78の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000184
 化合物77(580mg、0.43mmol)に対して酢酸エチル(5.8mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物77にモレキュラーシーブス3A(580mg)、DMT-dC-CE ホスホロアミダイト(709mg、0.851mmol)、酢酸エチル(5.8mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(200mg、1.70mmol)を加え、室温下、18時間攪拌した。((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(114mg、0.553mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(18mg、0.255mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。飽和重曹水(5.8mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後、分液した。有機層を飽和食塩水(5.8mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(5.8mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(5.8mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(319mg、2.13mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.33mL、4.25mmol)を加え、室温にン昇温したのち2時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(5.8mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(5.8mL)で3回、飽和NaCl水溶液(5.8mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固し、化合物78を淡黄色固体として取得した(700mg、収率90%)。得られた化合物78は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (br t, J = 6.46 Hz, 6H), 1.23-1.44 (m, 50H), 1.72-1.81 (m, 8H), 1.83-1.97 (m, 12H), 1.98-2.04 (m, 8H), 2.32-2.54 (m, 4H), 2.54-2.62 (m, 2H), 2.68-2.84 (m, 6H), 2.84-2.97 (m, 3H), 3.47-3.64 (m, 1H), 3.73-3.82 (m, 4H), 3.85-4.01 (m, 6H), 4.13-4.19 (m, 1H), 4.19-4.26 (m, 1H), 4.29-4.48 (m, 8H), 4.63 (br d, J = 3.78 Hz, 1H), 5.17 (br s, 1H), 5.19-5.24 (m, 1H), 5.31-5.38 (m, 4H), 6.15-6.18 (m, 1H), 6.19-6.28 (m, 2H), 6.42 (br s, 1H), 6.48 (br d, J = 8.20 Hz, 1H), 6.79-6.87 (m, 2H), 7.15-7.25 (m, 2H), 7.27-7.45 (m, 4H), 7.45-7.62 (m, 5H), 7.89-7.97 (m, 2H), 8.32 (br dd, J = 7.25, 3.78 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 12.48, 14.12, 19.56, 22.68, 26.06, 27.23, 29.40, 29.26, 29.26, 29.31, 29.49, 29.49, 29.52, 29.78, 31.91, 32.61, 55.26, 55.33, 68.25, 113.19, 113.53, 127.78, 127.85, 127.96, 127.98, 128.63, 128.70, 128.86, 129.00, 129.30, 129.90.
HRMS (ESI): m/z calculated for C91H130N10O21P2S2: [M + H]+ : 1825.8329; found, 1825.8406
化合物79の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000185
 化合物78(680mg、0.37mmol)に対して酢酸エチル(7mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物78にモレキュラーシーブス3A(680mg)、DMT-dG-CE ホスホロアミダイト(626mg、0.75mmol)、酢酸エチル(7mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(176mg、1.41mmol)を加え、室温下、2時間攪拌した。反応の完結を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(99.4mg、0.48mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(20mg、0.22mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。メルカプトコハク酸(280mg、1.86mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.29mL、3.72mmol)を加え、その後室温に昇温し同15時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(6.8mmL)を加え、有機層を分離した。有機層を飽和重曹水(7.5mL)で更に3回、飽和NaCl水溶液(6.8mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮乾固し、化合物79をアモルファス状固体として取得した(830mg、収率97%)。得られた化合物79は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.84-0.91 (m, 6H), 1.17-1.35 (m, 40H), 1.37-1.46 (m, 2H), 1.71-1.82 (m, 5H), 1.88-1.98 (m, 8H), 1.98-2.03 (m, 6H), 2.06-2.14 (m, 1H), 2.32-2.53 (m, 3H), 2.55-2.62 (m, 1H), 2.70-2.80 (m, 2H), 2.81-2.90 (m, 5H), 2.95-3.01 (m, 1H), 3.25 (d, J = 14.50 Hz, 1H), 3.75-3.96 (m, 7H), .14-4.26 (m, 1H), 4.34 (br s, 5H), 4.39-4.44 (m, 1H), 4.46-4.54 (m, 1H), 4.62 (br dd, J 7.09, 5.20 Hz, 1H), 5.12-5.31 (m, 2H), 5.31-5.39 (m, 3H), 6.12-6.28 (m, 2H), 6.82-6.87 (m, 1H), 7.15-7.20 (m, 1H), 7.28-7.49 (m, 4H), 7.51-7.58 (m, 1H), 7.70-7.89 (m, 2H), 8.02 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.62, 22.68, 26.06, 27.23, 29.18, 29.26, 29.31, 29.41, 29.49, 29.52, 29.67, 29.77, 31.91, 32.61, 55.33, 76.58, 113.53, 127.38, 127.96, 127.98, 128.26, 128.64, 129.30, 129.90.
HRMS (ESI): m/z calculated for C108H151N16O27P3S3: [M + H]+ : 2293.9310; found, 2293.9310
化合物80の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000186
 化合物79(800mg、0.35mmol)に対して酢酸エチル(8mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物79にモレキュラーシーブス3A(800mg)、DMT-dA-CE ホスホロアミダイト(598mg、0.70mmol)、酢酸エチル(8mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(165mg、1.40mmol)を加え、室温下、2時間攪拌した。DMT-dA-CE ホスホロアミダイト(150mg、0.18mmol)、DCI(41mg、0.35mmol)を加え、更に2時間攪拌した。反応の完結を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(93.1mg、0.45mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(18mg、0.21mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。飽和重曹水(8.0mL)を加え、攪拌した。不溶物を酢酸エチルで洗い込みながら濾去した後、分液した。有機層を飽和重曹水(8.0mL)で更に3回、飽和食塩水(8.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧下、濃縮した。残渣に酢酸エチル(8mL)を加えて共沸を3回実施した。残渣に酢酸エチル(7.0mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(170mg、1.14mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.17mL、2.27mmol)を加え、同温度で2時間攪拌した。反応の終了を確認後、飽和重曹水(7.0mL)、THF(3.5mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(5.8mL)で更に2回、飽和NaCl水溶液(7.0mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(展開溶媒、酢酸エチル/メタノール)で精製し、化合物80を淡黄色固体として取得した(480mg、収率50%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (br t, J = 6.46 Hz, 6H),1.10-1.33 (m, 54H), 1.34-1.46 (m, 6H), 1.7-1.80 (m, 2H), 1.81-1.99 (m,6H), 1.99-2.04 (m, 3H), 2.06 (s, 1H), 2.07-2.15 (m, 1H), 2.22-2.36 (m, 1H), 2.36-2.42 (m, 1H), 2.51-2.66 (m, 1H), 2.73-2.96 (m, 4H), 3.75-3.84 (m, 1H), 3.86-3.96 (m, 2H), 4.11-4.20 (m, 1H), 4.23 (br s, 1H), 4.26-4.47 (m, 6H), 4.49-4.60 (m, 1H), 4.60-4.67 (m, 1H), 5.11-5.30 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 2H), 6.05-6.26 (m, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.47 (br d, J = 8.51 Hz, 1H), 7.27-7.45 (m, 2H), 7.46-7.64 (m, 2H), 7.86 (br d, J = 5.99 Hz, 1H), 8.04 (br d, J = 7.25 Hz, 1H), 9.62-9.74 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.63, 21.19, 22.68, 26.06, 27.22, 27.22, 29.13, 29.13, 29.26, 29.26, 29.31, 29.40, 29.48, 29.52, 29.66, 29.77, 30.33, 31.91, 34.23, 68.25, 113.19, 125.52, 127.85, 128.27, 128.72, 129.15, 129.90, 135.81.
HRMS (ESI): m/z calculated for C128H170N22O32P4S4: [M + 2H]2+ : 1390.5171; found, 1390.5170 
化合物81の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000187
 窒素雰囲気下、化合物80(50mg、0.02mmol)の無水THF(0.2mL)溶液へ、室温にて7M アンモニアのメタノール溶液(0.2mL)を添加した。50℃で48時間攪 した。反応後、反応液を減圧下にて濃縮乾固した。残渣にMTBEを添加して懸濁させた。懸濁物を濾過、MTBEで洗浄し、化合物81(26mg)を淡黄色固体として得た。
化合物82の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000188
 窒素雰囲気下、Deoxycytidine(1.50g、2.37mmol)、MeCN(12mL)を仕込んだ。イミダゾール(0.81g、11.84mmol)、TBDPSCl(1.30g、4.73mmol)を室温にて混合し、2時間攪拌した。反応終了後、0℃に氷冷し、飽和重曹水(15mL)を添加し濾過、MTBE(30mL)で洗い込んだ。ろ液を分液後、得られた有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水した。有機層を減圧濃縮して粗生成物を得、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物82を油状物として得た(2.04g、収率100%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 1.02 (s, 9H), 1.99-2.05 (m, 1H), 2.67-2.74 (m, 1H), 3.08 (dd, J = 10.56, 3.63 Hz, 1H), 3.29 (dd, J = 10.56, 2.68 Hz, 1H), 3.79 (dd, J = 2.21 Hz, 6H), 4.10-4.18 (m, 1H), 4.47-4.51 (m, 1H), 6.36 (t, J = 5.83 Hz, 1H), 6.75-6.79 (m, 4H), 7.12 (dd, J = 8.83, 1.26 Hz, 5H), 7.21 (m, 1H), 7.30 (t, J = 7.43 Hz, 2H), 7.34-7.38 (m, 2H), 7.40-7.45 (m, 2H), 7.51 (t, J = 7.49 Hz, 2H), 7.55-7,62 (m, 5H), 7.82-7.90 (m, 2H), 8.14 (br d, J= 6.94 Hz, 1H), 8.59 (br s, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 19.03, 26.83, 42.24, 55.23, 62.50, 72.64, 86.82, 86.95, 113.21, 127.04, 127.87, 12792, 128.16, 129.03, 129.97, 130.03, 130.06, 132.93, 133.02, 133.10, 135.18, 135.32, 135.70, 144.03, 158.61.
化合物83の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000189
 窒素雰囲気下、化合物82(1.80g、2.06mmol)の無水THF(18mL)溶液に、室温にて7Mアンモニアのメタノール溶液(18mL)を添加し、50℃で15時間攪拌した。反応終了を確認後、減圧下にて濃縮して粗生成物を得、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物83を白色固体として得た(1.60g。収率100%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 1.00 (s, 9H), 1.26 (t, J = 7.09 Hz, 1H), 1.85 (s, 1H), 1.96 (dt, J= 13.24, 5.99 Hz, 1H), 2.04 (s, 1H), 2.53-2.59 (m, 1H), 3.04 (dd, J = 10.56, 3.31 Hz, 1H), 3.28 (dd, J = 10.40, 2.84 Hz, 1H), 3.78 (s, 6H), 4.06-4.14 (m, 1H), 4.45-4.49 (m, 1H), 5.19 (d, J = 7.25 Hz, 1H), 6.36 (t, J = 5.99 Hz, 1H), 6.71-7\6.76 (m, 4H), 7.09-7.13 (m, 34H), 7.18-7.22 (m, 5H), 7.25-7.30 (m, 3H), 7.32-7.36 (m, 2H), 7.37-7.45 (m, 2H), 7.53-7.59 (m, 4H), 7.81 (d, J = 7.57 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 19.03,26.82, 42.08, 55.24, 62.48, 72.51, 6.23, 86.29,86.62, 93.27, 113.12, 126.90, 127.79, 127.82, 128.19, 129.87, 129.94, 130.06, 130.11, 133.05, 133.12, 135.34, 135.41, 135.70, 141.73, 144.32, 155.70, 158.52, 158.52, 165.30.
化合物84の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000190
 窒素雰囲気下、化合物69(551mg、0.72mmol)、化合物83(500mg、13.1mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(100mg、0.65mmol)、DIPEA(337mg、2.61mmol)のDMF(5mL)溶液へ、室温にて1-(3-Dimethylaminopropyl)-3-ethylcarbodiimide Hydrochloride[EDCI](250mg、1.31mmol)を加え、室温下24時間攪拌した。反応終了を確認後0℃に冷却し、酢酸エチル(10mL)、n-ヘキサン(10mL)及び水(10mL)を加えて攪拌後、水層を分離した。得られた有機層を飽和重曹水(5mL)、水(43mL)で順次洗浄後、得られた有機層に硫酸ナトリウムを添加し脱水した。有機層を減圧下にて濃縮して粗生成物を得、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで、化合物84を固体として得た(940mg、収率95%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.88 (bd t, J = 6.94 Hz, 6H), 1.01 (s, 9H), 1.24-1.34 (m, 37H), 1.42-1.46 (m, 2H), 1.70-1.82 (m, 7H), 1.92-2.05 (m, 10H), 2.49-2.58 (m, 1H), 2.63-2.70 (m, 1H), 2.83 (br d, J = 11.03 Hz, 1H), 3.06 (br d, J = 10.40 Hz, 1H), 3.28 (br d, J = 10.40Hz, 1H), 3.57-3.65 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.87-4.00 (m, 4H), 4.16 (br s, 1H), 4.45 (br s, 1H), 4.71-4.80 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 4H), 6.30 (t, J =5.83 Hz, 1H), 6.42 (br s, 1H), 6.46-6.50 (m, 1H), 6.75 (dd, J = 8.99, 3.00 Hz, 4H), 7.10 (br d, J = 7.88 Hz, 5H), 7.28-7.36 (m, 4H), 7.42 (q, J = 7.46 Hz, 2H), 7.54-7.60 (m, 4H), 8.09 (br d, J = 7.25 Hz, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.03, 22.68, 26.05, 26.81, 27.22 29.24, 29.27, 29.32, 29.38, 29.47, 29.52, 29.77, 31.90, 42.20, 55.21, 113.19, 127.86, 127.86, 127.90, 18.15, 129.80, 130.01, 135.67, 158.59.
化合物85の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000191
 化合物84(900mg、0.59mmol)に対して酢酸エチル(9mL)を用いた共沸を3回実施した。化合物84に酢酸エチル(9mL)、メルカプトコハク酸(446mg、2.97mmol)を添加し、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.46mL、2.97mmol)を加え、室温に昇温したのち2時間攪拌した。反応終了を確認後、飽和食塩水(9mL)を加えて水層を分離した。有機層を飽和重曹水(9mL)で更に2回、飽和食塩水(9mL)でそれぞれ洗浄した。得られた有機層に硫酸ナトリウムを添加して脱水した。有機層を減圧下にて濃縮し、酢酸エチル(9mL)を用いた共沸を3回実施した。残渣にモレキュラーシーブス3A(900mg)、DMT-dT-CE ホスホロアミダイト(663mg、0.890mmol)、酢酸エチル(9mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(210mg、1.78mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。反応終了を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(158mg、0.772mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(20mg、0.36mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。メルカプトコハク酸(535mg、3.56mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.68mL、5.05mmol)を加え、室温に昇温したのち18時間攪拌した。反応終了を確認後、飽和重曹水(9.0mL)を加え、水層を分離した。有機層を飽和重曹水(9.0mL)で更に3回、飽和NaCl水溶液(9.0mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固し、化合物85を淡黄色固体として取得した(900mg、収率95%)。得られた化合物化合物85は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (t, J = 6.62 Hz, 6H), 1.08 (s, 9H), 1.24-1.34 (m, 40H), 1.35-1.47 (m, 6H), 1.72-1.80 (m, 6H), 2.01 (br s, 8H), 2.19-2.34 (m 2H), 2.40-2.46 (m, 1H), 2.57-2.78 (m, 2H), 2.79-2.95 (m, 1H), 2.96 (s, 1H), 3.60 (br d, J = 12.61 Hz, 1H), 3.64-3.82 (m, 3H), 3.84-3.95 (m, 3H), 3.98-4.20 (m, 2H), 4.30-4.37 (m, 1H), 5.06-5.15 (m, 1H), 5.31-5.39 (m, 2H), 6.04-6.14 (m, 1H), 6.31 (br s, 1H), 6.46-.49 (m, 1H), 6.83 (d, J 8.75 Hz, 1H), 7.12-7.22 (m, 1H), 7.23-7.38 (m, 2H), 7.38-7.50 (m, 4H), 7.60-7.66 (m, 2H), 8.88-9.05 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.00, 22.68, 26.05, 26.83, 27.20, 27.23, 29.25, 29.32, 29.39, 29.48, 29.52, 29.77, 31.90, 5.25, 68.20, 113.17, 127.07, 127.95, 128.12, 129.14, 129.80, 129.99, 130.27, 135.72.
HRMS (ESI): m/z calculated for C87H128N7O14PSSi: [M + H]+ : 1586.8747; found, 1586.8832
化合物86の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000192
 化合物85(700mg、0.59mmol)に対して酢酸エチル(9mL)を用いた共沸を3回実施した。化合物85にモレキュラーシーブス3A(700mg)、DMT-dC-CE ホスホロアミダイト(552mg、0.66mmol)、酢酸エチル(7mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(156mg、1.32mmol)を加え、室温で1時間攪拌した。反応終了を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(118mg、0.57mmol)を加え、室温下、2時間攪拌した。反応の完結を確認後、2-プロパノール(16mg、0.26mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。メルカプトコハク酸(331mg、2.21mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.34mL、4.41mmol)を加え、室温に昇温したのち2時間攪拌した。反応終了を確認後、飽和重曹水(7.0mL)を加え、酢酸エチルで洗い込みを行いながら濾過し、水層を分離した。有機層を飽和重曹水(7.0mL)で更に4回、飽和NaCl水溶液(7.0mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固し、化合物86を淡黄色固体として取得した(930mg、収率99%)。得られた化合物86は特に精製することなく、次の工程に用いた。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.87 (t, J = 6.46 Hz, 6H), 1.04-1.11 (m, 9H), 1.25-1.34 (m, 40H), 1.38 (br d, J = 6.62 Hz, H), 1.43 (s, 2H), 1.76 (br s, 6H), 1.83-1.84 (m, 1H), 1.86-1.93 (m, 4H), 1.95-2.03 (m, 9H), 2.27 (s, 1H), 2.35-2.55 (m, 2H), 2.63-2.86 (m, 8H), 2.96 (s, 1H), 2.96-3.03 (m, 1H), 3.21-3.32 (m, 1H), 3.53-3.66 (m, 1H), 3.72-3.81 m, 6H), 3.84-4.04 (m, 8H), 4.14-4.36 (m, 7H), 5.10 (br d, J = 5.99 Hz, 1H), 5.32-5.39 (m, 4H), 6.02-6.14 (m, 1H), 6.16-6.33 (m, 2H), 6.79-6.86 (m, 3H), 7.13-7.21 (m, 3H), 7.25-7.34 (m, 7H), 7.35-7.52 (m, 10H), 7.57-7.66 (m, 5H), 7.87-7.97 (m, 3H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 19.00, 22.67, 26.05, 26.83, 27.20, 27.23, 29.25, 29.31, 29.40, 29.48, 29.52, 29.77, 31.90, 55.25, 55.32, 113.18, 113.52, 127.07, 130.27, 135.71, 139.47, 158.64.
HRMS (ESI): m/z calculated for C106H147N11O20P2S2Si: [M + H]+ : 2048.9510; found, 2048.9567 
化合物87の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000193
 化合物86(800mg、0.39mmol)に対して酢酸エチル(8mL)を用いた共沸を3回実施した。化合物86にモレキュラーシーブス3A(800mg)、DMT-dG-CEホスホロアミダイト(492mg、0.59mmol)、酢酸エチル(8mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(138mg、1.17mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。反応終了を確認後、((dimethylamino-methylidene)amino-3H-1,2,4-dithiazaoline)-3-thione(104mg、0.51mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応終了を確認後、2-プロパノール(16mg、0.26mmol)を加えて同温度で30分攪拌した。メルカプトコハク酸(293mg、1.95mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.30mL、3.90mmol)を加え、室温に昇温したのち2時間攪拌した。反応終了を確認後、飽和重曹水(8.0mL)を加え、酢酸エチルで洗い込みを行いながら濾過し、水層を分離した。有機層を飽和重曹水(8.0mL)で更に3回、飽和NaCl水溶液(8.0mL)で1回洗浄した。有機層に硫酸ナトリウムを加えて脱水したのち、減圧下にて濃縮乾固し、化合物87を淡黄色固体として取得した(790mg、収率72%)。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ ppm 0.85-0.90 (m, 6H), 1.05-1.10 (m, 9H), 1.19-1.38 (m, 57H), 1.73-1.93 (m, 2H), 1.95-2.03 (m, 12H), 2.05 (s, 6H), 2.08 (br d, J = 6.94 Hz, 1H), 2.30-2.52 (m, 6H), 2.67-2.90 (m, 12H), 2.91-3.04 (m, 6H), 3.22-3.32 (m, 1H), 3.73-3.96 (m, 2H), 4.17-4.26 (m, 1H), 4.32 (br s, 1H), 4.37 (br s, 1H), 4.46-4.54 (m, 1H), 5.01-5.18 (m, 1H), 5.32-5.39 (m, 1H), 6.14-6.33 (m, 1H), 6.79-6.87 (m, 1H), 7.15-7.25 (m, 1H) , 7.27-7.45 (m, 1H), 7.45-7.50 (m, 1H), 7.55 (br dd, J = 16.39, 7.25 Hz, 1H), 7.63 (br d, J = 6.62 Hz, 1H), 7.75-7.91 (m, 1H).
13C-NMR (126 MHz, CDCl3) δ ppm 14.12, 18.96, 19.01, 21.76, 22.67, 26.05, 26.84, 27.21, 27.22, 27.23, 29.25, 29.31, 29.40, 29.48, 29.51, 29.77, 31.90, 55.32, 77.41, 113.18, 113.52, 127.94, 127.98, 128.06, 128.25, 129.14, 129.28, 129.80, 129.98, 130.27, 135.62, 135.71.
化合物88の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000194

 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、4.26g、4.62mmol)、DMF(180mL)、THF(20mL)、Methyl 2-Aminobenzoate(0.91g、6.02mmol)、COMU(2.57g、6.00mmol)及びDIPEA(2.58ml、15.2mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物88を無色の油状物として取得した(2.55g、収率52%)。 
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ8.12-8.04(m,2H),7.85-7.76(m,2H),7.47(t,J=8.0MHz,1H),7.05(s,2H),5.39-5.31(m,6H),4.07-3.99(m,6H),3.93(s,3H),2.05-1.98(m,12H),1.88-1.69(m,6H),1.58-1.20(m,66H),0.88(t,J=7.0MHz,9H)
化合物89の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000195
 窒素雰囲気下、化合物88(2.55g、2.45mmol)、水酸化カリウム(0.24g、4.28mmol)、THF(12.5mL)、メタノール(3.2mL)及びイオン交換水(0.6mL)を混合し、60℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物89を白色のアモルファス状固体として取得した(1.54g、収率60%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ8.21-8.13(m,2H),7.93-7.86(m,2H),7.50(t,J=8.0MHz,1H),7.09(s,2H),5.39-5.31(m,6H),4.08-4.00(m,6H),2.07-1.96(m,12H),1.88-1.71(m,6H),1.58-1.20(m,63H),0.87(t,J=6.8MHz,9H)
化合物90の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000196
 窒素雰囲気下、化合物89(624mg、0.60mmol)、DMT-dT(555mg、1.02mmol)、DMAP(124mg、1.02mmol)のジクロロメタン(15mL)溶液に、EDCI(194mg、1.02mmol)を室温下添加し、同温度で30時間攪拌した。反応の終了を確認後、溶媒を減圧濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製することで化合物90を白色のアモルファス状固体として取得した(847mg、90%)。
1H-NMR(500MHz,CDCl3)δ 8.18-8.13(m,1H),8.06-8.00(m,2H),7.91(s,1H),7.85-7.80(m,1H),7.67(s,1H),7.49(t,J=8.0MHz,1H),7.44-7.40(m,2H),7.35-7.20(m,9H),7.01(s,2H),6.85(d,J=8.0MHz,4H),6.55-6.50(m,1H),5.73-5.70(m,1H),5.40-5.31(m,6H),4.32-4.28(m,1H),4.08-3.99(m,6H),3.80(s,6H),3.60-3.52(m,2H),2.66-2.52(m,2H),2.08-1.95(m,12H),1.88-1.72(m,6H),1.57-1.20(m,67H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
化合物91の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000197
 窒素雰囲気下、化合物90(647mg、0.41mmol)の酢酸エチル(6.0mL)溶液にメルカプトコハク酸(308mg、2.05mmol)、トリフルオロ酢酸(0.47mL、6.15mmol)を添加し、氷冷下1.5時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液を5%NaHCO水溶液(9mL)で3回、10%NaCl水溶液(9mL)で1回洗浄し、減圧濃縮を行うことで化合物91を白色のアモルファス状固体として取得した(415mg、収率80%)。得られた化合物91は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物92の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000198
 化合物91(415mg、0.33mmol)に対して酢酸エチル(4.0mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物91にモレキュラーシーブス3A(400mg)、DMT-dT-CEホスホロアミダイト(492mg、0.66mmol)、酢酸エチル(4.0mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(117mg、0.99mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(5.0mL)に溶解させたヨウ素(251mg、0.99mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(6.0mL)を加え、攪拌した。不溶物をろ去した後、分液した。有機層を5%食塩水(6.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(5g)を加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(4.0mL)を用いた共沸を2回実施した。残渣に酢酸エチル(4.0mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(311mg、1.65mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.63mL、8.25mmol)を加え、同温度で1時間、更に、室温に昇温し1時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(6mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(6mL)で3回、5%NaCl水溶液(6mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物92を白色のアモルファス状固体として取得した(467mg、収率89%)。得られた化合物92は特に精製することなく、次の反応に用いた。
化合物93の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000199
 化合物92(470mg、0.29mmol)に対して、酢酸エチル(4mL)を用いた共沸を4回実施した。モレキュラーシーブス3A(400mg)、DMT-dC-CEホスホロアミダイト(484mg、0.58mmol)、酢酸エチル(4mL)を加え、室温下1時間攪拌した。反応溶液にDCI(103mg、0.87mmol)を加え、室温下2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(4.4mL)に溶解させたヨウ素(221mg、0.87mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(6.0mL)及び酢酸エチル(6.0mL)を加えた。不溶物をろ去した後、分液した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(6.0mL)、5%NaCl水溶液(6.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(4.0g)で脱水した。濃縮後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで化合物93を淡黄色のアモルファス状固体として取得した(658mg、収率97%)。
化合物50の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000200
 窒素雰囲気下、化合物93(658mg、0.28mmol)の無水THF(12mL)及びイソプロパノール(3.0mL)溶液へ、0℃で4M 水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.35mL、1.4mmol)を滴下した。0℃で1時間攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(5mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し分液し、有機層を得た。水層から酢酸エチルで抽出後、前記有機層と合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで白色固体の化合物50を得た。
化合物94の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000201
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(2.73g、2.30mmol)、DMF(90mL)、THF(10mL)、Methyl 4-(Aminomethyl)cyclohexanecarboxylate Hydrochloride(0.63g、3.00mmol)、COMU(1.28g、3.00mmol)及びDIPEA(1.29ml、7.60mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物94を無色の油状物として取得した(2.13g、収率87%)。 
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.94(s,2H),6.05(t,J=6MHz,1H),5.41-5.29(m,6H),3.66(s,3H),3.30(t,J=6.4MHz,2H),2.32-2.20(m,1H),2.08-1.94(m,14H),1.93-1.85(m,2H),1.84-1.67(m,6H),1.67-1.52(m,1H),1.53-1.17(74H),1.15-0.97(m,2H),0.88(t,J=6.8MHz,9H)
化合物95の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000202
 窒素雰囲気下、化合物94(2.12g、2.00mmol)、水酸化カリウム(0.22g、4.00mmol)、THF(15.4mL)、メタノール(3.8mL)及びイオン交換水(0.8mL)を混合し、60℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物95を白色のアモルファス状固体として取得した(1.01g、収率48%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.94(s,2H),6.06(t,J=6MHz,1H),5.40-5.28(m,6H),4.05-3.94(m,6H),3.31(t,J=6.4MHz,2H),2.35-2.24(m,1H),2.11-1.94(m,14H),1.93-1.84(m,2H),1.84-1.66(m,6H),1.65-1.61(m,1H),1.51-1.15(m,69H),1.94-0.94(m,2H),0.88(t,J=6.8MHz,3H)
化合物96の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000203
 窒素雰囲気下、化合物95(106mg、0.10mmol)、DMT-dT(93mg、0.17mmol)、DMAP(21mg、0.17mmol)のジクロロメタン(3mL)溶液に、EDCI(32mg、1.02mmol)を室温下添加し、同温度で30時間攪拌した。反応の終了を確認後、溶媒を減圧濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製することで化合物96を白色のアモルファス状固体の混合物として回収し、次の反応に用いた。
化合物97の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000204
 窒素雰囲気下、化合物96を含む混合物(192mg)の酢酸エチル(1.5mL)溶液にメルカプトコハク酸(75mg、0.50mmol)、トリフルオロ酢酸(0.11mL、1.50mmol)を添加し、氷冷下1.5時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液を5%NaHCO水溶液(2mL)で3回、10%NaCl水溶液(2mL)で1回洗浄して減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製し、化合物97を白色のアモルファス状固体として取得した(126mg、収率quant)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ8.33-8.15(m,1H),7.49(s,1H),6.93(s,2H),6.25-6.20(m,1H),6.01(t,J=3.8MHz,1H),5.39-5.29(m,9H),4.05-3.86(m,9H),3.30(t,J=4.4MHz,2H),2.49-2.24(m,4H),2.13-1.95(m,12H),1.95-1.87(m,4H),1.86-1.68(m,6H),1.64-1.55(m,3H),1.53-1.17(m,73H),1.16-1.10(m,2H),0.87(t,J=4.6MHz,3H)
化合物98の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000205
 化合物97(126mg、0.10mmol)に対して酢酸エチル(1.5mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物97にモレキュラーシーブス3A(100mg)、DMT-dT-CEホスホロアミダイト(149mg、0.20mmol)、酢酸エチル(1.5mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(35mg、0.30mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(1.5mL)に溶解させたヨウ素(76mg、0.30mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(2.0mL)を加え、攪拌した。不溶物をろ去した後、分液した。有機層を5%食塩水(2.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(5g)を加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(2.0mL)を用いた共沸を2回実施した。残渣に酢酸エチル(2.0mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(94mg、0.50mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.19mL、2.50mmol)を加え、同温度で1時間、更に、室温に昇温し1時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(2mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(2mL)で3回、5%NaCl水溶液(2mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物98を白色のアモルファス状固体として取得した(161mg、収率99%)。得られた化合物98は特に精製することなく、次の工程に用いた。
化合物99の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000206
 化合物98(161mg、0.10mmol)に対して、酢酸エチル(1.5mL)を用いた共沸を4回実施した。モレキュラーシーブス3A(150mg)、DMT-dC-CEホスホロアミダイト(167mg、0.20mmol)、酢酸エチル(1.5mL)を加え、室温下1時間攪拌した。反応溶液にDCI(36mg、0.30mmol)を加え、室温下2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(1.5mL)に溶解させたヨウ素(76mg、0.30mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(1.5mL)及び酢酸エチル(1.5mL)を加えた。不溶物をろ去した後、分液した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(1.5mL)、5%NaCl水溶液(1.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(1.0g)で脱水した。濃縮後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製することで化合物99を淡黄色のアモルファス状固体として取得した(394mg、収率quant)。
化合物50の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000207
 窒素雰囲気下、化合物99(394mg、0.10mmol)の無水THF(4mL)及びイソプロパノール(1.0mL)溶液へ、0℃で4M 水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.12mL、0.48mmol)を滴下した。0℃で1時間攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(2mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し分液し、有機層を得た。水層から酢酸エチルで抽出後、前記有機層と合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで白色固体の化合物50を得た。
化合物100の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000208
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、2.73g、2.30mmol)、DMF(90mL)、THF(10mL)、Methyl 4-Aminocyclohexanecarboxylate Hydrochloride(0.63g、3.00mmol)、COMU(1.28g、3.00mmol)及びDIPEA(1.29ml、7.60mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物100を無色の油状物として取得した(1.30g、収率52%)。 
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.91(s,2H),6.77(d,J=8MHz,1H),5.40-5.29(m,6H),4.06-3.87(m,7H),3.69(s,3H),2.34-2.22(m,1H),2.22-2.12(m,2H),2.12-1.93(m,14H),1.92-1.59(m,6H),1.53-1.40(m,6H),1.40-1.16(m,64H),0.88(t,J=7MHz,9H)
化合物101の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000209
 窒素雰囲気下、化合物100(1.30g、1.24mmol)、水酸化カリウム(0.22g、4.00mmol)、THF(15.4mL)、メタノール(3.8mL)及びイオン交換水(0.8mL)を混合し、60℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物101を白色のアモルファス状固体として取得した(0.29g、収率23%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ6.90(s,2H),5.78(d,J=8MHz,1H),5.40-5.26(m,6H),4.04-3.88(m,7H),2.38-2.24(m,1H),2.23-2.06(m,4H),2.06-1.90(m,12H),1.88-1.55(m,7H),1.54-1.39(m,6H),1.39-1.16(m,64H),0.87(t,J=7MHz,9H)
化合物102の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000210
 窒素雰囲気下、化合物101(104mg、0.10mmol)、DMT-dT(93mg、0.17mmol)、DMAP(21mg、0.17mmol)のジクロロメタン(3mL)溶液に、EDCI(32mg、1.02mmol)を室温下添加し、同温度で30時間攪拌した。反応の終了を確認後、溶媒を減圧濃縮して得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製することで化合物102を白色のアモルファス状固体の混合物として回収し、次の反応に用いた。
化合物103の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000211
 窒素雰囲気下、化合物102を含む混合物(184mg)の酢酸エチル(1.5mL)溶液にメルカプトコハク酸(75mg、0.50mmol)、トリフルオロ酢酸(0.11mL、1.50mmol)を添加し、氷冷下1.5時間攪拌した。反応の終了を確認後、反応液を5%NaHCO水溶液(2mL)で3回、10%NaCl水溶液(2mL)で1回洗浄して減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製し、化合物103を白色のアモルファス状固体として取得した(125mg、収率99%)。
1H-NMR(400MHz,CDCl3)δ7.59(m,1H),6.91(s,2H),6.30-6.25(m,1H),6.03-5.84(m,1H),5.42(m,7H),4.06-4.01(m,1H),4.01-3.85(m,9H),2.45-2.24(m,3H),2.21-2.11(m,2H),2.10-2.02(m,2H),2.02-1.93(m,12H),1.92-1.85(m,3H),1.83-1.67(m,6H),1.64-1.52(m,1H),1.50-1.38(m,4H),1.38-1.04(m,67H),0.86(t,J=4.8MHz,9H)
化合物104の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000212
 化合物103(126mg、0.10mmol)に対して酢酸エチル(1.5mL)を用いた共沸を3回実施した。得られた化合物103にモレキュラーシーブス3A(100mg)、DMT-dT-CEホスホロアミダイト(149mg、0.20mmol)、酢酸エチル(1.5mL)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応溶液にDCI(35mg、0.30mmol)を加え、室温下、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(1.5mL)に溶解させたヨウ素(76mg、0.30mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(2.0mL)を加え、攪拌した。不溶物をろ去した後、分液した。有機層を5%食塩水(2.0mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(5g)を加えて脱水した。有機層を減圧濃縮後、酢酸エチル(2.0mL)を用いた共沸を2回実施した。残渣に酢酸エチル(2.0mL)を加え溶解し、メルカプトコハク酸(94mg、0.50mmol)を加え、0℃に冷却した。トリフルオロ酢酸(0.19mL、2.50mmol)を加え、同温度で1時間、更に、室温に昇温し1時間攪拌した。反応の終了を確認後、水(2mL)を加え、有機層を分離した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(2mL)で3回、5%NaCl水溶液(2mL)で1回洗浄した。得られた有機層を濃縮し、化合物104を白色のアモルファス状固体として取得した(160mg、収率quant)。得られた化合物104は特に精製することなく、次の工程に用いた
化合物105の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000213
 化合物104(160mg、0.10mmol)に対して、酢酸エチル(1.5mL)を用いた共沸を4回実施した。モレキュラーシーブス3A(150mg)、DMT-dC-CEホスホロアミダイト(167mg、0.20mmol)、酢酸エチル(1.5mL)を加え、室温下1時間攪拌した。反応溶液にDCI(36mg、0.30mmol)を加え、室温下2時間攪拌した。反応の完結を確認後、アセトニトリル/ピリジン/水溶液(1.5mL)に溶解させたヨウ素(76mg、0.30mmol)を室温下で反応溶液に滴下し、1時間攪拌した。反応の完結を確認後、1M Na水溶液(1.5mL)及び酢酸エチル(1.5mL)を加えた。不溶物をろ去した後、分液した。得られた有機層を5%NaHCO水溶液(1.5mL)、5%NaCl水溶液(1.5mL)で洗浄後、硫酸ナトリウム(1.0g)で脱水した。濃縮後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール)で精製することで化合物105を淡黄色のアモルファス状固体として取得した(353mg、収率quant)。
化合物50の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000214
 窒素雰囲気下、化合物105(353mg、0.10mmol)の無水THF(4mL)及びイソプロパノール(1.0mL)溶液へ、0℃で4M 水素化ホウ素リチウムのTHF溶液(0.12mL、0.48mmol)を滴下した。0℃で1時間攪拌後、10%塩化アンモニウム水溶液(2mL)及び酢酸エチルを加えて攪拌し分液し、有機層を得た。水層から酢酸エチルで抽出後、前記有機層と合わせた有機層を濃縮し水を除去した後、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/メタノール)で精製することで白色固体の化合物50を得た。
化合物106の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000215
 窒素雰囲気下、3,4,5-tri-((Z)-octadec-9-enyloxy)benzoic acid(化合物2、1.99g、2.16mmol)、DMF(10mL)、THF(90mL)、Ethyl (R)-(-)-3-piperidinecarboxylate(0.462mL、3.00mmol)、COMU(1.29g、3.00mmol)及びDIPEA(1.28mL、7.60mmol)を混合し、室温で昇温して一晩攪拌した。反応の終了を確認後、室温まで放冷し、酢酸エチル(20mL)、n-ヘキサン(20mL)、水(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物106を無色の油状物として取得した(1.99g、収率88%)。
1H NMR (300 MHz, CDCl3) δ 6.58 (2H, s), 5.40-5.30 (6H, m), 4.19-4.05 (2H, m), 3.96 (6H, t, J = 6.5 Hz), 3.21-2.92 (2H, m), 2.59-2.44 (1H, m), 2.14-1.98 (12H, m), 1.84-1.66 (8H, m), 1.61-1.08 (73H, m), 0.88 (9H, t, J = 6.9 Hz); 13C{1H} NMR (125 MHz, CDCl3) δ 176.4, 170.8, 153.3, 140.9, 139.5, 130.1, 130.0, 105.7, 73.6, 69.4, 60.9, 32.1, 30.0, 29.7, 29.6, 29.5, 27.4, 26.3, 22.9, 14.4, 14.3.
化合物107の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000216
 窒素雰囲気下、化合物106(1.99g、1.89mmol)、水酸化カリウム(0.22g、3.92mmol)、THF(15.4mL)、エタノール(3.84mL)及びイオン交換水(0.77mL)を混合し、70℃で一晩攪拌した。反応の終了を確認後、6M塩酸(2mL)、水(20mL)及び酢酸エチル(20mL)を加え、水層を分離した。有機層を水(20mL)で洗浄し、減圧濃縮することで粗生成物を取得した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(n-ヘキサン/酢酸エチル)で精製し、化合物107を白色のアモルファス状固体として取得した(1.46g、収率76%)。
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ 6.58 (2H, s), 5.37-5.32 (6H, m), 3.97-3.94 (6H, m), 3.17-3.02 (2H, m), 2.62-2.49 (1H, m), 2.16-2.14 (1H, m), 2.03-2.00 (12H, m), 1.81-1.71 (8H, m), 1.50-1.43 (6H, m), 1.33-1.26 (64H, m), 0.88 (9H, t, J = 6.9 Hz); 13C{1H} NMR (100 MHz, CDCl3) δ 177.8, 171.0, 153.3, 139.6, 130.5, 130.1, 129.9, 105.8, 73.6, 69.4, 32.1, 30.5, 30.0, 29.9, 29.8, 29.7, 29.6, 29.5, 27.4, 26.3, 22.8, 14.3.
化合物108の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000217
窒素雰囲気下、化合物23(98.3mg、0.0733mmol)及び2―シアノエチル N,N,N’,N’―テトライソプロピルホスホロジアミダイト(72.4mg、0.24mmol)のジクロロメタン(2.8mL)溶液に、5―(ベンジルチオ)―1H―テトラゾール(49.4mg、0.257mmol)を加えて、室温で40分攪拌した。反応液をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル)で精製することで、化合物108を白色固体として収率83.6%(収量94.4mg、0.0613mmol)で得た。
化合物109の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000218
 窒素雰囲気下、化合物34(416mg、0.553mmol)及び化合物58(467mg、0.608mmol)のDMF(4.2mL)溶液に、EDCI(212mg、1.106mmol)及びHOBT水和物(84.7mg、0.553mmol)を加えた後、DIPEA(0.385mL、2.21mmol)を加え、室温で2時間攪拌した。EDCI(106mg、0.553mmol)及びDIPEA(0.193mL、1.11mmol)を追加し、室温で2時間攪拌した。反応液へ水(5mL)及び酢酸エチル(10mL)を加え攪拌後分液した。得られた有機層を水(5mL)で2回洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥後、減圧濃縮を行うことで化合物109の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル/ヘキサン)で精製することで、化合物109を粘性のある無色油状物として収率69.2%(収量575mg、0.383mmol)で得た。
MS(ESI+):[M+1]+ 1501.9947.
化合物110の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000219
 窒素雰囲気下、化合物109(484mg、0.322mmol)の酢酸エチル(4.9mL)溶液に、メルカプトコハク酸(242mg、1.611mmol)及びトリフルオロ酢酸(0.225mL、2.94mmol)を0℃で加え、室温へ昇温しながら1時間攪拌した。0℃に冷却後、反応液に飽和重曹水(6.5mL)を加え、室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和食塩水(3.4mL)で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後、濃縮した。得られた残渣に、酢酸エチル(3.4mL)を用いた共沸を2回実施した。窒素雰囲気下、得られた残渣に酢酸エチル(3.4mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(484mg)を加えて30分攪拌した。得られた溶液にDMTr-dT-CEホスホロアミダイト(300mg、0.403mmol)及びDCI(99.0mg、0.838mmol)を加えて、室温で1時間攪拌した。更に、DCI(38.1mg、0.323mmol)を加えて、室温で45分攪拌した。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、4.67mL)を加え、室温で30分攪拌した。反応液へ1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(3.8mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(3.4mL)で3回洗浄した。更に飽和食塩水(3.4mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムを用いて乾燥後、減圧濃縮を行うことで化合物110の粗生成物を得た。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル、展開溶媒:酢酸エチル)で精製することで、化合物110を白色固体として収率92.5%(収量553mg、0.298mmol)で得た。
化合物112の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000220
 窒素雰囲気下、化合物110(307mg、0.165mmol)及びイミダゾール(449mg、6.6mmmol)のTHF(3.1mL)溶液へ、予め調製したフッ化水素ピリジン(0.0924mL、フッ化水素3.3mmol相当)の酢酸エチル(3mL)溶液を0℃で滴下した。反応液を0℃で1時間45分攪拌後、飽和重曹水(3mL)及び酢酸絵エチル(3mL)を加え、室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層を飽和重曹水(3mL)及び飽和食塩水(3mL)で洗浄後、硫酸マグネシウムで乾燥した。得られた溶液を減圧濃縮し、更に、シリカゲルを用いて粗精製し、粘性の高い無色油状物として化合物111の粗生成物(収量356mg)を得た。得られた化合物111の粗生成物から87.2mgを分取し、更に、化合物108(94.4mg、0.0613mmol)を加えた後、酢酸エチル(2mL)で2回共沸を実施した。窒素雰囲気下、得られた残渣に酢酸エチル(1.6mL)を加えて溶液とした後、モレキュラーシーブス3A(100mg)を加えて30分攪拌した。得られた溶液にDCI(15.9mg、0.135mmol)を加えて、室温で30分攪拌した。更に、DCI(8mg、0.0677mmol)を加えて、室温で18時間攪拌した。反応液へ0.2Mヨウ素(酢酸エチル/ピリジン/水溶液、0.613mL)を加え、室温で10分攪拌した。反応液へ1Mチオ硫酸ナトリウム水溶液(2mL)を加えて攪拌後、モレキュラーシーブスを酢酸エチルで洗いこみながら濾別した。濾液を分液し、得られた有機層を飽和重曹水(2mL)で洗浄した。更に飽和食塩水で洗浄し、硫酸マグネシウムを用いて乾燥後、減圧濃縮を行うことで粗生成物(168mg)を得た。得られた粗生成物にメルカプトコハク酸(41.8mg、0.279mmol)を加えた後、酢酸エチル(1.7mL)及びTHF(0.2mL)を加えて、懸濁液とした。反応液を0℃へ冷却後、トリフルオロ酢酸(0.135mL、1.70mmol)を加え、室温へ昇温しながら70分攪拌した。反応液を0℃に冷却後、飽和重曹水(2.37mL)を加え、室温に昇温しながら攪拌後、分液した。得られた有機層へTHFを加えた後、飽和食塩水で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥後濃縮し、化合物112を主生成物として含む淡黄色固体(収量127mg)を得た。
MS(ESI+):[M + 2H]2+ 1387.1904.
 上記の詳細な記載は、本発明の目的及び対象を単に説明するものであり、添付の特許請求の範囲を限定するものではない。添付の特許請求の範囲から離れることなしに、記載された実施態様に対しての、種々の変更及び置換は、本明細書に記載された教示より当業者にとって明らかである。
 本発明により、液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成に用いることができる新規な擬似固相保護基、及びその保護基が結合した(ポリ)オリゴヌクレオチドが提供された。本発明は、ポリオリゴヌクレオチドの合成に有用である。

Claims (43)

  1.  以下の式(1)で表される化合物又はその塩:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成してもよく、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成してもよく、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSである(ここで、sは1~5の整数である)。但し、Yが単結合の場合は、Zは単結合ではない。)。
  2.  以下の式(2)で表される、請求項1に記載の化合物又はその塩:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基である。)。
  3.  前記式(2)において、mは0であり、Xは、NR、O又はSを表す(ここで、Rは、H、又はC1-6アルキル基である。)、請求項2に記載の化合物又はその塩。
  4.  前記式(2)において、mは1であり、XはNR、O又はSを表す(ここで、Rは、H、又はC1-6アルキル基である。)、請求項2に記載の化合物又はその塩。
  5.  前記式(2)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項2~4のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
  6.  以下の式(3)で表される、請求項1に記載の化合物又はその塩:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1~5の整数を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を表し、
    Xは、C又はNを表す。)。
  7.  前記式(3)において、mは0であり、uは0、又は1~3の整数であり、XはCを表す、請求項6に記載の化合物又はその塩。
  8.  前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項7に記載の化合物又はその塩。
  9.  前記式(3)において、uは0、1又は2であり、XはNを表し、Xを含む環Aは置換基を有してもよい窒素原子を一つ含む5~7員の複素環を表し、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項6に記載の化合物又はその塩。
  10.  前記式(3)において、mは0である、請求項9に記載の化合物又はその塩。
  11.  前記式(3)において、環Aは、置換基を有してもよいピロリジン又はピペリジンであり、置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアルキル基及びカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項9に記載の化合物又はその塩。
  12.  前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項6~11のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
  13.  以下の式(4)で表される、請求項1に記載の化合物又はその塩。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1~5の整数を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHである。)。
  14.  前記式(4)において、mは0である、請求項13に記載の化合物又はその塩。
  15.  前記式(4)において、環Bは、置換基を有してもよいベンゼン又はシクロヘキサンであり、前記置換基は、置換されてもよい水酸基、置換されてもよいアミノ基、置換されてもよいアルキル基、ハロゲン、ニトロ基及び置換されてもよいカルボニル基からなる群より選ばれる基である、請求項13に記載の化合物又はその塩。
  16.  前記式(3)において、ベンゼン環におけるOR基の配置が、3,4,5置換、2,4置換、又は2,3,4置換である、請求項13~15のいずれか一つに記載の化合物又はその塩。
  17.  前記式(1)で表される化合物は、下記式:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
    (ここで、Raは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、複数存在するORaは同一又は異なってもよい。)で表される化合物からなる群より選ばれる化合物である、請求項1に記載の化合物又はその塩。
  18.  前記Raは、独立してそれぞれ、ミリストレイン酸(C14)、パルミトレイン酸(C16)、サピエン酸(C16)、オレイン酸(C18)、エライジン酸(C18)、バクセン酸(C18)、ガドレイン酸(C20)、エイコセン酸(C20)、エルカ酸(C22)、ネルボン酸(C24)、リノール酸(C18)、エイコサジエン酸(C20)、ドコサジエン酸(C22)、α-及びγ-リノレン酸(C18)、ピノレン酸(C18)、エレオステアリン酸(C18)、ミード酸(C20)、ジホモ-γ-リノレン酸(C20)、エイコサトリエン酸(C20)、ステアリドン酸(C18)、アラキドン酸(C20)、エイコサテトラエン酸(C20)、アドレン酸(C22)、ボセオペンタエン酸(C18)、エイコサペンタエン酸(C20)、オズボンド酸(C22)、イワシ酸(C22)、テトラコサペンタエン酸(C24)、ドコサヘキサエン酸(C22)、及びニシン酸(C24)からなる群より選ばれる化合物に由来する不飽和炭化水素基である、請求項17に記載の化合物又はその塩。
  19.  以下の式(I)で表されるヌクレオチド:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋を形成してもよく、
    o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
    W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
    Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
    以下の式(II)で表されるヌクレオチド:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
    W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
  20.  式(I)又は式(II)におけるTgは、以下の式(6):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基、
    以下の式(7):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
    Xは、C又はNを表し、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基、又は、
    以下の式(8):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す、請求項19に記載のヌクレオチド。
  21.  以下の式(V)或いは式(VI)で表されるヌクレオチド:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
    o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
    Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]、又は
    以下の式(VII)或いは式(VIII)で表されるヌクレオチド:
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o個のVは、独立してそれぞれ、C1-6アルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
    W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7員の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]。
  22.  式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるTgは、以下の式(6):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基、
    以下の式(7):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1又は2)を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
    Xは、C又はNを表し、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基、又は、
    以下の式(8):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す、請求項21に記載のヌクレオチド。
  23.  式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基であって、フッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基は、アルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基であり、式(II)における酸性条件下で除去可能な一時保護基は、トリチル基、9-(9-フェニル)キサンテニル基、9-フェニルチオキサンテニル基、ジ(C1-6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1-18アルコキシ)トリチル基、及びアルキルもしくはアリル基で置換されたシリル基からなる群より選ばれる基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
  24.  式(I)、式(II)、式(V)、式(VI)、式(VII)又は式(VIII)におけるBaseは、ハロゲン原子、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、アシル基、アルコキシアルキル基、水酸基、アミノ基、モノアルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、カルボキシ基、シアノ基及びニトロ基からなる群から選ばれる1-3個の置換基で置換されてもよい、ピリミジン塩基又はプリン塩基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
  25.  式(I)、式(V)又は式(VI)におけるDは、メチル基、ベンジル基、p-メトキシベンジル基、tert-ブチル基、メトキシメチル基、メトキシエチル基、2-テトラヒドロピラニル基、エトキシエチル基、シアノエチル基、シアノエトキシメチル基、フェニルカルバモイル基、1,1-ジオキソチオモルホリン-4-チオカルバモイル基、アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert-ブチルジメチルシリル基(TBS)、[(トリイソプロピルシリル)オキシ]メチル基、又は1-(4-クロロフェニル)-4-エトキシピペリジン-4-イル基で保護されていてもよい水酸基である、請求項19~22のいずれか一つに記載のヌクレオチド。
  26.  以下の工程(A1)-(A3):
    (A1)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基又は5’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基又は3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
    (A2)工程(A1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
    (A3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(A2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
    を含み、
     前記担体保護基が、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  27.  前記担体保護基は、以下の式(6):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    **は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、
    以下の式(7):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
    Xは、C又はNを表し、
    **は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基、又は、
    以下の式(8):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
    **は、3’位水酸基又は5’位水酸基への結合を表す。)で表される基である、請求項26に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  28.  工程(A1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
    (i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
    である請求項26又は27に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  29.  さらに、下記工程(A4)を含む請求項26又は27に記載の方法、
    (A4)工程(A1)もしくは(A3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
  30.  さらに、下記工程(A5)を含む、請求項29に記載の方法、
    (A5)工程(A4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
  31.  以下の式(I):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋を形成してもよく、
    o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
    W/Tg又はTg/Wは、W又はTgを表し、5’側がWの場合、3’側はTgであり、一方、5’側がTgの場合、3’側はWであり、ここで、
    Wは、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0,1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
    で表されるヌクレオチド、又は
    以下の式(II):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
    W’は、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0,1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    *は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
    で表されるヌクレオチド、
    を還元処理、ヒドラジンもしくはアルキルヒドラジンとの反応、又は加水分解することにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
    以下の式(III):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
    (式中、Base、D、R、Q、及びWの定義は式(I)と同様であり、W/Hは、W又は水素を表し、5’側がWの場合、3’側は水素であり、一方、5’側が水素の場合、3’側はWである。)
    、又は以下の式(IV):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
    (式中、Base、R、V、及びW’の定義は式(II)と同様である。)
    で表されるヌクレオチドの製造方法。
  32.  前記還元処理が、ホウ素含有還元剤、又はホウ素含有還元剤とアミンの両者、を用いる、請求項31に記載の製造方法。
  33.  以下の工程(B1)-(B3):
    (B1)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基又は5’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基又は3’位水酸基の一方のみの一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程
    (B2)工程(B1)で得られた5’位水酸基又は3’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、3’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護された、又は5’位水酸基がホスホロアミダイト化されかつ3’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)を添加して、5’位水酸基又は3’位水酸基を介してn個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
    (B3)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(B2)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
    を含み、
     前記担体保護基が、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  34.  前記担体保護基は、以下の式(6):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    **は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
    以下の式(7):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
    Xは、C又はNを表し、
    **は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
    以下の式(8):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
    **は、核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、請求項33に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  35.  工程(B1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
    (i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
    である請求項33又は34に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  36.  さらに、下記工程(B4)を含む請求項33又は34に記載の方法、
    (B4)工程(B1)及び/又は(B3)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
  37.  さらに、下記工程(B5)を含む請求項36に記載の方法、
    (B5)工程(B4)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
  38.  以下の式(V)或いは式(VI):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o+1個のDは、独立してそれぞれ水素原子、ハロゲン原子、あるいは保護されてもよい水酸基を表すか、を表すか、又は、4’位の炭素との間で架橋(好ましくは、ロック核酸(Locked Nucleic Acid:LNA)、アミド架橋型核酸、グアニジン架橋型核酸又はスピロシクロプロピレン架橋型核酸の架橋)を形成してもよく、
    o個のQは、独立してそれぞれ電子吸引性基(例えば、シアノ基、ニトロ基、2-ピリジル基もしくは4-ピリジル基など)を有するC1-4アルキル基、アリル基、シアノ基、ニトロ基、ハロゲン基を有するC2-6アルケニル基もしくはC6-10アリール基、又は水素原子を表し、
    Wは、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合でなく、
    **は、Oへの結合を表す。)で表される基を示す。]
    で表されるヌクレオチド、又は
    以下の式(VII)或いは式(VIII):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
    [式中、
    oは、0以上の任意に整数(好ましくは、1~50の整数)を表し、
    o+1個のBaseは、独立してそれぞれ修飾されていてもよい核酸塩基を表し、
    o個のVは、独立してそれぞれ、炭素数1~6個のアルコキシ基、ジ(C1-6アルキル)アミノ基、又は4位の窒素が保護基で保護されさらに置換されてもよいピペラジノ基を表し、
    W’は、それぞれ独立して、水素原子、又は酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基を表し、
    o個のRは、独立してそれぞれO又はSを表し、
    Tgは、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6のアルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、Baseへの結合を表す。)で表される基を示す。]
    で表されるヌクレオチド、
    を加水分解もしくはアンモリシスすることにより、上記式(5)で表される保護基を除去する工程を含む、
    以下の式(IX):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
    (式中、Base、D、R、W及びoの定義は式(V)或いは式(VI)と同様である。)
    、又は以下の式(X):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
    (式中、Base、R、V、W’及びoの定義は式(VII)或いは式(VIII)と同様である。)
    で表されるヌクレオチドの製造方法。
  39.  以下の工程(C1)-(C4):
    (C1)以下の(a)及び(b)の工程をそれぞれ行い、5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド、及び3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを得る工程:
    (a)非極性又は極性溶媒中において、3’位水酸基が担体保護基で保護され、かつ5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたn個重合オリゴヌクレオチド(nは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、5’位水酸基の一時保護基を除去した後、n個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、及び
    (b)非極性又は極性溶媒中において、担体保護基が3’末端の核酸塩基に結合し、3’位水酸基及び5’位水酸基が酸性条件下もしくはフッ素アニオンを含む試薬で除去可能な一時保護基で保護されたp個重合オリゴヌクレオチド(pは、1以上の任意の整数を示す。)と、酸及びカチオン補足剤とを、又はフッ素アニオンを含む試薬(好ましくはフッ化水素酸ピリジン塩、テトラブチルアンモニウムフルオライド)とを反応させて、3’位水酸基の一時保護基のみを除去した後、p個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程、
    ここで、(a)及び(b)の担体保護基は、同じであっても異なってもよい、
    (C2)工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの5’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、又は、工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの3’位水酸基をホスホロアミダイト化する工程、
    (C3)工程(C1)で得られた3’位水酸基の一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた5’位水酸基がホスホロアミダイト化されたn個重合オリゴヌクレオチドを添加して、又は、工程(C1)で得られた5’位水酸基の一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドの溶液に、工程(C2)で得られた3’位水酸基がホスホロアミダイト化されたp個重合オリゴヌクレオチドを添加して、n個重合オリゴヌクレオチドとp個重合オリゴヌクレオチドとを、ホスファイトトリエステル結合により縮合させる工程、及び
    (C4)酸化剤又は硫化剤を用いて、工程(C3)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドのホスファイトトリエステル結合を、ホスフェートトリエステル結合又はチオホスフェートトリエステル結合へと変換する工程、
    を含み、
     前記担体保護基が、以下の式(5):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    Xは、C、N、O又はSであって、XがCの場合は、CH2を表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、XがNの場合は、NRを表すか、又はYと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の複素環を形成しても良く、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    Yは、単結合、B(CH*(ここで、Bは置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、tは0、1又は2であり、*はXへの結合を示す。)、又はXと一緒になって置換基を有してもよい5~7員の炭素環又は複素環を形成しても良く、
    Zは、単結合又は(CHSであり、ここで、sは1から5の整数(好ましくは1~3の整数)である。但し、Yが単結合の場合、Zは単結合ではなく、
    **は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、オリゴヌクレオチドの製造方法。
  40.  前記担体保護基は、以下の式(6):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数10~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、1から5の整数(好ましくは1~3の整数)を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はC1-6アルキル基であり、
    **は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、
    以下の式(7):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0,1,又は2)を表し、
    環Aは、置換基を有してもよい5~7員環を表し、
    Xは、C又はNを表し、
    **は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基、又は、
    以下の式(8):
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044

    (式中、
    Rは、独立してそれぞれ、置換されてもよい、炭素数14~60(好ましくは炭素数14~50、より好ましくは炭素数14~40、さらに好ましは炭素数14~30)のアルケニル基を表し、
    nは、2又は3を表し、複数存在するORは同一又は異なってもよく、
    mは、0又は1を表し、
    pは、1又は2を表し、
    uは、0又は1から5の整数(好ましくは0又は1~3の整数、より好ましくは0、1又は2)を表し、
    wは、0、1又は2を表し、
    環Bは、置換基を有してもよい炭素数5~7の炭素環を表し、
    Xは、NR、O又はSを表し、ここで、Rは、H又はCHであり、
    **は、3’位水酸基又は3’末端の核酸塩基への結合を表す。)で表される基である、請求項39に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  41.  工程(C1)における、一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程又は一時保護基が除去されたp個重合オリゴヌクレオチドを反応液中の不純物から分離する工程が、反応液を塩基で中和した後、
    (i)一時保護基が除去されたn個重合オリゴヌクレオチド又はp個重合オリゴヌクレオチドを単離する工程、又は(ii)中和した反応液を水洗し有機層を回収する工程、
    である請求項39又は40に記載のオリゴヌクレオチドの製造方法。
  42.  さらに、下記工程(C5)を含む請求項39又は40に記載の方法、
    (C5)工程(C1)及び/又は(C2)及び/又は(C4)で得られた反応液に極性溶媒を添加して、n+p個重合オリゴヌクレオチドを沈殿させて、固液分離により取得する工程。
  43.  さらに、下記工程(C6)を含む請求項42に記載の方法、
    (C6)工程(C5)で得られたn+p個重合オリゴヌクレオチドの保護基を全て除去する工程。
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