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WO2019078342A1 - 心筋細胞への分化指向性を有する多能性幹細胞を選抜するための方法 - Google Patents

心筋細胞への分化指向性を有する多能性幹細胞を選抜するための方法 Download PDF

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WO2019078342A1
WO2019078342A1 PCT/JP2018/038951 JP2018038951W WO2019078342A1 WO 2019078342 A1 WO2019078342 A1 WO 2019078342A1 JP 2018038951 W JP2018038951 W JP 2018038951W WO 2019078342 A1 WO2019078342 A1 WO 2019078342A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
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gene
differentiation
pluripotent stem
cells
stem cell
Prior art date
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Ceased
Application number
PCT/JP2018/038951
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English (en)
French (fr)
Inventor
繁 宮川
芳樹 澤
文哉 大橋
鮫島 正
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Terumo Corp
University of Osaka NUC
Original Assignee
Terumo Corp
Osaka University NUC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Terumo Corp, Osaka University NUC filed Critical Terumo Corp
Priority to JP2019548816A priority Critical patent/JP7173496B2/ja
Publication of WO2019078342A1 publication Critical patent/WO2019078342A1/ja
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    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/34Muscles; Smooth muscle cells; Heart; Cardiac stem cells; Myoblasts; Myocytes; Cardiomyocytes
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61LMETHODS OR APPARATUS FOR STERILISING MATERIALS OR OBJECTS IN GENERAL; DISINFECTION, STERILISATION OR DEODORISATION OF AIR; CHEMICAL ASPECTS OF BANDAGES, DRESSINGS, ABSORBENT PADS OR SURGICAL ARTICLES; MATERIALS FOR BANDAGES, DRESSINGS, ABSORBENT PADS OR SURGICAL ARTICLES
    • A61L27/00Materials for grafts or prostheses or for coating grafts or prostheses
    • A61L27/36Materials for grafts or prostheses or for coating grafts or prostheses containing ingredients of undetermined constitution or reaction products thereof, e.g. transplant tissue, natural bone, extracellular matrix
    • A61L27/38Materials for grafts or prostheses or for coating grafts or prostheses containing ingredients of undetermined constitution or reaction products thereof, e.g. transplant tissue, natural bone, extracellular matrix containing added animal cells
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/10Cells modified by introduction of foreign genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions

Definitions

  • the present invention relates to pluripotent stem cells having a directivity toward differentiation into specific differentiation-inducing cells, particularly cardiomyocytes, embryoid bodies derived from the pluripotent stem cells, differentiation-inducing cells derived from the pluripotent stem cells , A method of screening the pluripotent stem cells, a method of treating a subject using the medical composition, a method of screening an effective drug using the medical composition, the medical use
  • the present invention relates to a quality control method and the like in the production of a composition.
  • Non-patent Document 1 Non-patent Document 1
  • ES cells embryonic stem cells
  • iPS cells induced pluripotent stem cells
  • preparing differentiation-inducing cells from pluripotent stem cells for example, when preparing cardiomyocytes, first, an embryoid body is formed while giving directionality of differentiation of pluripotent stem cells to mesoderm, and such embryos The cardiomyocytes are recovered by inducing differentiation of the body into cardiomyocytes and dispersing them into single cells (for example, Patent Document 2 and the like).
  • Patent Document 2 and Non-Patent Document 4 describe iPS cells having a differentiation directivity to cells of the nervous system.
  • the present invention relates to a method for selecting pluripotent stem cells having differentiation tropism for cardiomyocytes.
  • the present invention relates to the following: [1] A method of determining a differentiation tropism marker for evaluating differentiation tropism of pluripotent stem cells to a specific differentiation induction cell, (1) measuring gene expression levels in a plurality of pluripotent stem cell lines; (2) measuring the expression level of miRNA in the plurality of pluripotent stem cell lines; (3) extracting a gene having a significant difference in expression amount between the highly directed pluripotent stem cell line and the low pluripotent stem cell line directed to the specific differentiation-inducing cell; (4) extracting a miRNA having a significantly different expression level between the highly directed pluripotent stem cell line and the low pluripotent stem cell line directed to the specific differentiation-inducing cell; and (5) Selecting a gene involved with the miRNA extracted in (4) from the genes extracted in (3); Said method.
  • a method for indexing the differentiation tropism of pluripotent stem cell lines comprising: (A) measuring the expression level of at least one differentiation-oriented marker gene in the pluripotent stem cells of interest (b) comparing the expression level of the gene measured in (a) with a reference .
  • a differentiation-oriented marker gene is a gene selected from the group consisting of WNT signaling regulatory factor, mitochondrial related gene, TGF ⁇ signaling regulatory factor, mesoderm related gene, cardiomyocyte related gene and undifferentiated cell related gene There is a way [2].
  • the WNT signaling modulators are PF4, TMEM64, KDM6A, APC, ⁇ -catenin, Axin, CK1, Dsh, GSK-3 ⁇ , Dkk, WIF, FRP, Cerberus, TCF, Krn, WNT1, WNT2, WNT3, WNT4
  • the mitochondrial related gene is selected from the group consisting of CHCHD2, SFXN3, CREB1, PPARGC1A, PPARGC1B, CAMK4, PPP3CA, MYEF2, PPRC1, PKA, NRF1, GABPA, GABPB2, ESRRA, TFB2M, TFB1M, TFAM, POLRMT and MTERF
  • TGF ⁇ signaling modulators include SKIL, THBS1, CD3, TLR2, SMAD1, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD5, SMAD6, SMAD7, SMAD9, TGFBR1, TGFBR2, MAPK1, MAPK3, ROCK1, BMP2, BMP4, BMP5, The method of [2] to [5], which is at least one gene selected from the group consisting of BMP6, BMP7, BMP8B, BMPR1A and BMPR1B.
  • the mesodermal genes are FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID, PDGFR-a, IGF2, CD34, CLL1, HHEX, INHBA, LEF1, SRF, T, TWIST1, ADIPOQ, MME, KIT, ITGAL, Tbx1, Gata1, Klf1,
  • a cardiomyocyte related gene consists of TNT2, ML2, GATA4, MYH6, MYH7, Nkx2.5, SCN5A, RYR2, PPARGC1, MYL2, HCN4, CACNalC, ATP2A2, Actc1, Cx43, TEF-1 and Tbx-5
  • the undifferentiated cell-related genes are Oct-4, Nanog, Lin28, SOX2, c-Myc, Klf4, TRA-1-60, SSEA-4, Oct3 / 4, Nanog, Cripto, Dax1, ERas, Fgf4, At least one member selected from the group consisting of miRNAs of Esg1, Rexl, Zfp296, UTF1, GDF3, Sall4, Tbx3, Tcf3, DNMT3L, DNMT3B, Tra-1-81, miR-290 cluster and miR-302 cluster.
  • the method of [2] to [8] which is a gene.
  • a method for culturing pluripotent stem cells comprising PF4, CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796, NKTR, POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL, Culturing in a medium containing at least one protein selected from the group consisting of SORBS2 and SRSF11.
  • a medical composition comprising pluripotent stem cell-derived differentiation-inducing cells cultured by the method of [14]-[17].
  • the medical composition of [18] which is a composition for drug screening.
  • a method for quality control of a medical composition comprising cardiomyocytes induced to differentiate from pluripotent stem cells, which is a mesodermal gene, endodermal gene and embryoid body obtained by culturing pluripotent stem cells, and And / or measuring the expression level of the ectoderm gene.
  • the mesodermal genes are FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID, PDGFR-a, IGF2, CD34, CLL1, HHEX, INHBA, LEF1, SRF, T, TWIST1, ADIPOQ, MME, KIT, ITGAL, Tbx1, Gata1, Klf1,
  • the method of [22] which is selected from the group consisting of at least one gene selected from the group consisting of Csf1 r, CD45 and Ter119.
  • the present invention it is possible to easily select and obtain a pluripotent stem cell line having differentiation tropism with respect to specific differentiation-inducing cells such as cardiomyocytes, so that differentiation can be performed using such a pluripotent stem cell line. It will be possible to efficiently prepare cardiomyocytes by induction. In addition, since it can be determined whether or not a final preparation with a high proportion of cardiomyocytes can be obtained at an early stage of differentiation induction such as pluripotent stem cells and embryoid bodies, efficiently providing a high quality medical composition. Can. Furthermore, by providing a novel culture method for differentiating into desired differentiation-inducing cells, such as cardiomyocytes, it is possible to obtain desired differentiation-inducing cells more efficiently.
  • FIG. 1 is a photograph of a culture of iPS cells used in Example 1 and a embryoid body.
  • A is a photograph of cells in culture
  • B is a photograph of embryoid bodies.
  • FIG. 2 shows the positive rate of troponin T when iPS cells used in Example 1 were induced to differentiate into cardiomyocytes, and blue bars and red bars each added 12 ng / mL when activin was added at 6 ng / mL.
  • Positive rate when FIG. 3 shows the beating rate of the culture when the iPS cells used in Example 1 are induced to differentiate into cardiomyocytes. The red and blue bars show the results on day 8 and day 17 of culture, respectively.
  • FIG. 4 shows the survival rate of undifferentiated cells when differentiation induction of each iPS cell into cardiomyocytes is performed. Blue bars and red bars are the results when 6 ng / mL of activin was added and 12 ng / mL, respectively.
  • FIG. 5 shows the expression levels of related genes of each germ in embryoid bodies formed from each iPS cell line.
  • FIG. 6 is a heat map of cardiomyocyte associated gene expression in cell cultures induced to differentiate from each iPS cell.
  • FIG. 7 shows the expression level of each cardiomyocyte associated gene in cell cultures induced to differentiate from each iPS cell.
  • FIG. 8 shows the results of miRNA expression analysis in each iPS cell line.
  • A is a graph plotting changes in the expression level of miRNA between a differentiation-oriented iPS cell line and a low differentiation-oriented iPS cell line.
  • B is a graph showing the difference in the expression level of the 5 types of miRNAs identified as the miRNA whose expression level has been reduced, between the highly differentiation-oriented strain and the low differentiation-oriented strain.
  • C is a distribution map in which the expression levels in the high differentiation-oriented strain and the low differentiation-oriented strain are plotted as the vertical axis and the horizontal axis for all the analyzed miRNAs.
  • FIG. 9 shows the results of pathway analysis of the identified miRNAs and the test results for the expression of the identified two genes (PF4 and TMEM64).
  • A represents the expression levels of 10 mRNAs whose expression levels are significantly higher between the differentiation-oriented iPS cell line and the low differentiation-oriented iPS cell line and 10 mRNAs whose expression levels are significantly lower It is a graph.
  • B is a graph listing signal transduction pathways involving miRNAs and mRNAs identified by miRNA analysis and gene expression analysis.
  • C is a graph showing the difference in cTnT expression amount in the obtained cell population when differentiation-promoting and low-derivative targeting strains are induced to differentiate into cardiomyocytes, respectively.
  • D is a graph showing the expression level of PF4 and TMEM64 in the high differentiation-oriented strain and the low differentiation-oriented strain, respectively.
  • E is a graph showing the correlation between the expression levels of PF4 and TMEM64 in each iPS cell line and the cTnT expression level when the iPS cell line is differentiated into cardiomyocytes.
  • FIG. 10 is a graph showing the expression level of A: cTnT and the expression levels of B: PF4 and TMEM 64 when differentiation was induced by adding various agents to the medium.
  • a base sequence (including mRNA and miRNA) represented by a specific gene name means a sequence registered in a database known in the art such as GenBank. Those skilled in the art can immediately know what sequence is represented from such a gene name.
  • pluripotent stem cells is a term well known in the art and capable of differentiating into cells of all lineages belonging to three germs, ie endoderm, mesoderm and ectoderm.
  • Means cells with Non-limiting examples of pluripotent stem cells include, for example, embryonic stem cells (ES cells), nuclear transplanted embryonic stem cells (ntES cells), induced pluripotent stem cells (iPS cells) and the like.
  • ES cells embryonic stem cells
  • ntES cells nuclear transplanted embryonic stem cells
  • iPS cells induced pluripotent stem cells
  • pluripotent stem cells are suspended and cultured to form aggregates of any of the above three germ layers and then to form aggregates. To induce differentiation into specific cells of interest.
  • pluripotent stem cells are adherently cultured at high density to induce differentiation.
  • embryoid body means an aggregate of such cells.
  • endodermal embryoid body an embryoid body having differentiation tropism for endodermal cells
  • mesodermal embryoid body an embryoid body having differentiation tropism for mesodermal cells
  • mesodermal embryo An embryoid body that has differentiation tropism to ectoderm cells may be referred to as "ectodermal embryoid body”.
  • differentiation-inducing cells mean any cells that have been subjected to differentiation-inducing treatment to differentiate from pluripotent stem cells into specific types of cells.
  • Differentiation-inducing cells include adherent cells constituting tissues such as cardiomyocytes and skeletal myoblasts, and non-adherent cells such as blood cells.
  • Non-limiting examples of differentiation-inducing cells include muscle cells such as cardiac muscle cells and skeletal myoblasts, neural cells such as neuronal cells, oligodendrocytes and dopamine producing cells, retinal cells such as retinal pigment epithelial cells, and blood cells Cells, cells of hematopoietic lineage such as bone marrow cells, T cells, NK cells, NKT cells, dendritic cells, immune related cells such as B cells, cells constituting organs such as liver cells, pancreatic ⁇ cells, kidney cells, etc. Besides chondrocytes, germ cells and the like, precursor cells and somatic stem cells that differentiate into these cells are included.
  • somatic stem cells for example, mesenchymal stem cells in cardiomyocytes, multipotent cardiac progenitor cells, unipotent cardiac progenitor cells, neural stem cells in cells of nervous system, cells of hematopoietic system and immunity Hematopoietic stem cells and lymphoid stem cells in related cells can be mentioned.
  • Differentiation induction of pluripotent stem cells can be performed using any known method.
  • differentiation induction from pluripotent stem cells to cardiomyocytes can be performed by Miki et al., Cell Stem Cell 16, 699-711, June 4, 2015 or WO 2014/185358, Shugo Tohyama et al., Stem Cell Report, 9, It can be performed based on the method described in 1-9, Nov 14, 2017.
  • differentiation-directed means the property that pluripotent stem cells are more likely to differentiate into specific differentiation-inducing cells, and the higher the differentiation directivity into specific differentiation-inducing cells, the more differentiation-inducing cells become It means easy. Therefore, a pluripotent stem cell line highly directed to differentiation into a specific cell is induced to differentiate by the differentiation induction method to the specific cell, as compared to a pluripotent stem cell line not highly directed to differentiation. It is expected that more differentiation-inducing cells can be obtained even by the same differentiation-inducing method.
  • cardiomyocytes mean cells having characteristics of cardiomyocytes. Characteristics of cardiomyocytes include, but are not limited to, for example, the expression of cardiomyocyte markers, the presence of an autonomous beat, and the like. Non-limiting examples of cardiomyocyte markers include, for example, c-TNT (cardiac troponin T), CD172a (also known as SIRPA or SHPS-1), KDR (also known as CD309, FLK1 or VEGFR2), PDGFRA, EMILIN2, VCAM, etc. . In one embodiment, pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes are c-TNT positive and / or CD172a positive.
  • the “differentiation-directed marker” or the “differentiation-directed marker gene” is a marker (gene) expressed in pluripotent stem cells, and the differentiation directivity of the pluripotent stem cells according to the difference in expression amount. It means something that can be evaluated.
  • PF4 confirmed to be a differentiation-directed marker by the present inventors, when the expression level of PF4 in a given pluripotent stem cell is larger than that of a standard pluripotent stem cell, the pluripotent stem cell is It is evaluated that differentiation to cardiomyocytes is highly directed.
  • the “standard expression amount” is not limited to this, but includes, for example, an average value of gene expression amounts in a plurality of pluripotent stem cell lines.
  • the average expression level may be, for example, the average expression level of the gene to be measured in a predetermined number (eg, 5, 10, 15 etc.) of pluripotent stem cell lines randomly selected. .
  • the method of determining a differentiation directed marker of the present disclosure includes the following steps: (1) measuring gene expression levels in a plurality of pluripotent stem cell lines; (2) measuring the expression level of miRNA in the plurality of pluripotent stem cell lines; (3) extracting a gene having a significant difference in expression amount between a highly directed pluripotent stem cell line and a low pluripotent stem cell line directed to a specific differentiation-inducing cell; (4) extracting a miRNA having a significantly different expression level between the highly directed pluripotent stem cell line and the low pluripotent stem cell line directed to the specific differentiation-inducing cell; and (5) Select genes involved with miRNA extracted in (4) from genes extracted in (3).
  • the expression levels of genes in a plurality of pluripotent stem cell lines are each quantitatively measured.
  • the measurement of the gene expression level may be performed exhaustively.
  • a plurality of pluripotent stem cell lines have low directivity to at least one pluripotent stem cell line known to be highly directed to specific differentiation-inducing cells and to the specific differentiation-induced cells. And at least one pluripotent stem cell line known to be.
  • the directionality of differentiation into specific differentiation-inducing cells can be identified using a method known in the art, a method described in the present disclosure, or the like.
  • the expression level of the gene can be measured using methods known in the art, such as real-time PCR, microarray, high-throughput sequencing and the like.
  • step (2) the expression levels of miRNA in a plurality of pluripotent stem cell lines are each quantitatively measured.
  • the plurality of pluripotent stem cell lines are pluripotent stem cell lines identical to the plurality of pluripotent stem cell lines whose gene expression levels were measured in step (1).
  • the measurement of the expression level of miRNA can be performed using methods known in the art, such as real-time PCR method, microarray method, high-throughput sequencing method and the like.
  • a gene having a significant difference in expression amount between a highly pluripotent stem cell line and a low pluripotent stem cell line that are highly directed to specific differentiation-inducing cells is extracted. For example, comparing a pluripotent stem cell line highly differentiation-directed with a pluripotent stem cell line low differentiation-directed, 1.5 times or more, 2 times or more, 2.5 times or more, 3 times or more, 5 Genes having a difference in expression amount such as twice or more and 10 times or more may be extracted.
  • Such expression level may be high in either pluripotent stem cell line, for example, may be high expression in a pluripotent stem cell line highly directed for differentiation, or in a pluripotent stem cell line low for directed differentiation. It may be highly expressed.
  • genes that are significantly expressed at high differentiation-oriented pluripotent stem cell lines are extracted.
  • genes that are significantly highly expressed in low differentiation-oriented pluripotent stem cell lines are extracted.
  • step (4) miRNA having a significant difference in expression amount between pluripotent stem cell lines highly directed to specific differentiation-inducing cells and low pluripotent stem cell lines is extracted. For example, comparing a pluripotent stem cell line highly differentiation-directed with a pluripotent stem cell line low differentiation-directed, 1.5 times or more, 2 times or more, 2.5 times or more, 3 times or more, 5 It is possible to extract miRNA having a difference in expression amount such as twice or more and 10 times or more. Such expression level may be high in either pluripotent stem cell line, for example, may be high expression in a pluripotent stem cell line highly directed for differentiation, or in a pluripotent stem cell line low for directed differentiation. It may be highly expressed. In a preferred embodiment, miRNAs that are significantly highly expressed in highly differentiation-directed pluripotent stem cell lines are extracted. In another preferred embodiment, miRNAs that are highly highly expressed in low differentiation-oriented pluripotent stem cell lines are extracted.
  • a gene involved with the miRNA extracted in the step (4) is selected.
  • a method for identifying a gene involved with a certain miRNA a method known in the art may be used, and for example, a pathway analysis method, a database of target genes of miRNA (TargetScan) and the like can be mentioned.
  • a pathway analysis method a database of target genes of miRNA (TargetScan) and the like can be mentioned.
  • the indexing method of the present disclosure includes the following steps: (A) At least one differentiation-oriented marker gene in the pluripotent stem cells of interest, such as mitochondrial related gene, WNT signal transduction regulator, TGF ⁇ signal transduction regulator, associated gene of each germ and undifferentiated cell associated gene, etc. Measuring the expression level of (b) (a) comparing the expression level of the differentiation-oriented marker gene measured in (a) with the standard.
  • A At least one differentiation-oriented marker gene in the pluripotent stem cells of interest, such as mitochondrial related gene, WNT signal transduction regulator, TGF ⁇ signal transduction regulator, associated gene of each germ and undifferentiated cell associated gene, etc.
  • the “related gene of each germ” means a related gene of germ that the differentiation inducing cell is derived from, for example, a mesoderm related gene if the differentiation inducing cell is a cardiomyocyte, an ectoderm related gene if it is a cell of nervous system,
  • the cells of digestive tract mean endoderm related genes.
  • the expression level of the gene associated with a specific differentiation-inducing cell may be measured. For example, if the differentiation-inducing cells are cardiomyocytes, cardiomyocyte related genes may be further measured.
  • One aspect of the present disclosure relates to a method of indexing a differentiation directivity to a specific differentiation-inducing cell, particularly a cardiomyocyte.
  • the indexing method of the present disclosure includes the following steps (a) and (b): (A) At least one selected from the group consisting of mitochondrial related genes, WNT signal transduction regulators, TGF ⁇ signal transduction regulators, mesoderm associated genes, cardiomyocyte associated genes and undifferentiated cell associated genes in pluripotent stem cells of interest Measuring the expression level of the differentiation-directed marker gene of the species (b) comparing the expression level of the gene measured in (a) with the reference.
  • step (a) the expression level of a differentiation-oriented marker gene in pluripotent stem cells is measured.
  • the measurement of the expression level of the gene can be performed using a conventional method known in the art. Such methods include, but are not limited to, for example, real time PCR method, microarray method, high throughput sequencing method and the like.
  • Differentiation-oriented marker genes whose expression levels are measured are selected from the group consisting of mitochondrial related genes, WNT signaling regulatory factor, TGF ⁇ signaling regulatory factor, mesoderm related genes, cardiomyocyte related genes and undifferentiated cell related genes At least one gene.
  • Mitochondria-related genes include, but are not limited to, CHCHD2, SFXN3, CREB1, PPARGC1A, PPARGC1B, PPARGC1B, CAMK4, PPP3CA, MYEF2, PPRC1, PKA, NRF1, GABPA, GABPB2, ESRRA, TFB2M, TFB1M, TFAM, for example.
  • POLRMT or MTERF are examples of a cell related genes.
  • step (a) CHCHD2, SFXN3, CREB1, PPARGC1A, PPARGC1B, CAMK4, PPP3CA, MYEF2, PPRC1, PKA, NRF1, GABPA, GABPB2, ESRRA, TFB2M, TFB1M, TFAM, POLRMT and MTERF
  • the expression level of at least one mitochondrial related gene selected from the group is measured.
  • the expression level of CHCHD2 and / or SFXN3 is measured as a mitochondrial associated gene.
  • WNT signaling modulators include, but are not limited to, those described in the following table. Particularly preferred WNT signaling modulators include PF4, TMEM64, KDM6A, APC, ⁇ -catenin, Axin, CK1, Dsh, GSK-3 ⁇ , Dkk, WIF, FRP, Cerberus, TCF, Krn, WNT1, WNT2, WNT3, WNT4 , WNT5A, WNT7A, WNT7B, WNT8B, WNT10B, WNT11, WNT2B, WNT9A, WNT9B, LRP5 or LRP6 and the like.
  • step (a) PF4, TMEM64, KDM6A, APC, ⁇ -catenin, Axin, CK1, Dsh, GSK-3 ⁇ , Dkk, WIF, FRP, Cerberus, TCF, Krn, WNT1, WNT2, WNT3, Wnt3,
  • the amount of expression of at least one WNT signaling modulator selected from the group consisting of WNT4, WNT5A, WNT7A, WNT7B, WNT8B, WNT10B, WNT11, WNT2B, WNT9A, WNT9B, LRP5 and LRP6 is measured.
  • the expression level of PF4 or TMEM64 as a WNT signaling regulator is measured, and in a more preferred embodiment, the expression level of PF4 is measured.
  • the TGF ⁇ signaling regulator includes, but is not limited to, for example, those described in the following table.
  • Particularly preferred TGF ⁇ signaling modulators include SKIL, THBS1, CD3, TLR2, SMAD1, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD5, SMAD7, SMAD9, TGFD1, TGFBR2, MAPK1, MAPK3, ROCK1, BMP2, BMP4, BMP5, Examples include BMP6, BMP7, BMP8B, BMPR1A or BMPR1B.
  • step (a) SKIL, THBS1, CD3, TLR2, SMAD1, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMAD5, SMAD6, SMAD7, SMAD9, TGFBR1, TGFBR2, MAPK1, MAPK3, ROCK1, BMP2, BMP4, BMP5
  • the expression level of at least one TGF ⁇ signaling regulator selected from the group consisting of BMP6, BMP7, BMP8B, BMPR1A and BMPR1B is measured.
  • the expression level of SKIL is measured as a TGF ⁇ signaling regulator.
  • mesodermal genes include, but are not limited to, FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID, PDGFR-a, IGF2, CD34, CLL1, HHEX, INHBA, LEF1, SRF, T, TWIST1, ADIPOQ, MME, KIT , ITGAL, Tbx1, Gata1, Klf1, Csf1r, CD45 or Ter119 and the like.
  • step (a) FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID, PDGFR-a, IGF2, CD34, CLL1, HHEX, INHBA, LEF1, SRF, T, TWIST1, ADIPOQ, MME, KIT, ITGAL, Tbx1, Gata1
  • the amount of expression of at least one mesodermal gene selected from the group consisting of Klf1, Csf1 r, CD45 and Ter119 is measured.
  • the expression level of FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID and / or PDGFR-a is measured as a mesodermal gene.
  • TNT2, MYL2, GATA4, MYH6, MYH7, Nkx2.5, SCN5A, RYR2, PPARGC1, MYL2, HCN4, CACNalC, ATP2A2, Actc1, Cx43, TEF-1 or Tbx-5 may, for example, be mentioned.
  • step (a) TNT2, MYL2, GATA4, MYH6, MYH7, Nkx2.5, SCN5A, RYR2, PPARGC1, MYL2, HCN4, CACNalC, ATP2A2, Actc1, Cx43, TEF-1 and Tbx-5
  • the expression level of at least one cardiomyocyte related gene selected from the group consisting of
  • the expression levels of TNT2, MYL2, GATA4, MYH6, MYH7, NKx2.5, SCN5A, RYR2, PPARGC1, MYL2, HCN4, CACNalC and / or ATP2A2 as cardiomyocyte related genes are measured.
  • undifferentiated cell-related genes include, but are not limited to, Oct-4, Nanog, Lin28, SOX2, c-Myc, Klf4, TRA-1-60, SSEA-4, Oct3 / 4, Nanog , Cripto, Dax1, ERas, Fgf4, Esg1, Rex1, Zfp296, UTF1, GDF3, Sall4, Tbx3, Tcf3, DNMT3L, DNMT3B, Tra-1-81 or miRNA of miR-290 cluster, miRNA of miR-302 cluster, etc. It can be mentioned.
  • step (a) Oct-4, Nanog, Lin28, SOX2, c-Myc, Klf4, TRA-1-60, SSEA-4, Oct3 / 4, Nanog, Cripto, Dax1, ERas, Fgf4 , Esg1, Rex1, Zfp296, UTF1, GDF3, Sall4, Tbx3, Tcf3, DNMT3L, DNMT3B, Tra-1-81, miR-290 cluster miRNA and at least one selected from the group consisting of miR-302 cluster miRNAs
  • the expression levels of at least two genes selected from the aforementioned gene group are measured. That is, CHCHD2, SFXN3, KDM6A, SKIL, FLK1, BRACHYURY, GOOSECOID, PDGFR-a, TNT2, ML2, GATA4, MYH6, MYH7, NHx2.5, SCN5A, RYR2, PPARGC1, MYL2, HCN4, CACNa1Ct, ATP2
  • the expression levels of at least two genes selected from 4, Nanog and Lin28 are measured.
  • the differentiation-oriented marker gene includes PF4, CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796, NKTR, POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL,
  • the expression level of at least one gene selected from the group consisting of SORBS2 and SRSF11 is measured.
  • expression of at least one gene selected from the group consisting of TMEM64, ACTN3, LOC284373, LOC441666, PLCB1, SYNPR, TMEM163, U2AF1L4, VWDE, ZNF229 and ZNF354C as a differentiation-oriented marker gene The quantity is measured.
  • step (b) the amount of expression of the gene measured in (a) is compared with a reference.
  • the criteria to be compared are, but not limited to, for example, the expression amount of the same gene in a pluripotent stem cell line known to have low directivity for cardiomyocyte differentiation, directivity for cardiomyocyte differentiation.
  • the average expression level of the same gene in multiple pluripotent stem cell lines known to be low the expression level of the same gene in pluripotent stem cell lines known to be highly directional to cardiomyocytes, cardiomyocytes
  • Differentiation directional marker of the target pluripotent stem cell line is indexed by comparing with these criteria, and whether the target pluripotent stem cell line is a line with high directivity to cardiomyocytes based on such index Can be determined.
  • both values are preferably values measured by the same method, but it is not limited thereto. If the values are measured by different methods, the values may be converted to allow direct comparison.
  • a plurality of pluripotency known to exhibit low expression levels of the same gene in a pluripotent stem cell line known to have low directivity toward cardiomyocytes or low directivity to cardiomyocytes is made on the basis of the average value of the expression level of the same gene in stem cell lines. In this case, when the expression level measured in (a) is significantly higher than the reference value, it can be determined that the pluripotent stem cell line of interest has high directivity to cardiomyocytes.
  • a plurality of multiple genes known to have high expression levels of the same gene in cardiogenic cells or pluripotent stem cell lines that are known to have a high directivity for cardiomyocyte differentiation is compared as a standard. In this case, if the expression level measured in (a) is equal to or significantly higher than the reference value, it can be determined that the pluripotent stem cell line of interest is highly directional to cardiomyocytes .
  • "significantly” means that the difference is statistically significant. For example, it is considered to be "significant" when a certain measured value indicates a numerical value that deviates extremely from a certain statistic.
  • comparison is made on the basis of the average value of the expression level of the same gene in multiple pluripotent stem cell lines.
  • the expression level measured in (a) is significantly higher than the reference value, it can be determined that the pluripotent stem cell line of interest has high directivity to cardiomyocytes.
  • the differentiation-oriented marker gene includes PF4, CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796, NKTR, POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL, SORBS2 and SRSF11
  • the amount of expression of at least one gene selected from the group consisting of when the expression level measured in (a) is significantly higher than the reference value, it can be determined that the pluripotent stem cell line of interest has high directivity to cardiomyocytes.
  • the expression level of at least one gene selected from the group consisting of TMEM64, ACTN3, LOC284373, LOC441666, PLCB1, SYNPR, TMEM163, U2AF1L4, VWDE, ZNF229 and ZNF354C as a differentiation-oriented marker gene is used. measure.
  • the expression level measured in (a) is significantly lower than the reference value, it can be determined that the pluripotent stem cell line of interest has a high directivity to cardiomyocytes.
  • Pluripotent Stem Cells of the Present Disclosure there exist cell lines with high directivity to cardiomyocytes in pluripotent stem cells, particularly induced pluripotent stem cells (iPS cells), and The genetic features of pluripotent stem cell lines were found for the first time. Therefore, one aspect of the present disclosure relates to at least one member selected from the group consisting of a mitochondrial related gene, a WNT signaling regulator, a TGF ⁇ signaling regulator, a mesoderm related gene, a cardiomyocyte related gene and an undifferentiated cell related gene. It includes pluripotent stem cells highly directed to cardiomyocyte differentiation characterized by high gene expression levels.
  • the present inventors have found that mitochondrial related genes, WNT signal transduction regulatory factor, TGF beta signal transduction regulatory factor, mesoderm related gene, cardiomyocyte related gene And found that the undifferentiated cell-related gene is highly expressed.
  • “high expression level” or “high expression” means that the expression level of a certain gene is higher than a predetermined value.
  • a predetermined value typically, an average value of the expression amount of the gene, etc. may be mentioned.
  • the average value of the expression level may be, for example, the average value of the expression level of the gene to be measured in a predetermined number (eg, 5, 10, 15 etc.) of pluripotent stem cell lines randomly selected.
  • the genes highly expressed in the pluripotent stem cell line of the present disclosure include mitochondria related genes, WNT signal transduction regulatory factor, TGF ⁇ signal transduction regulatory factor, mesoderm related genes, cardiomyocyte related genes and undifferentiated cell related genes It can be mentioned. Specific examples of these genes include those described in the above ⁇ 1>.
  • the pluripotent stem cells are iPS cells, more preferably human iPS cells. It has been pointed out that iPS cells may differ in their cell line characteristics depending on the somatic cell origin, type of reprogramming factor and introduction method, etc. Therefore, the differentiation tropism is also cell line by cell line It is expected to be different. In addition, as a merit when iPS cells are used for regenerative medicine, it is possible to establish a cell line using autologous cells to be treated. Therefore, according to the present invention, it is also possible to screen iPS cells produced from autologous cells of interest from those having a high directivity toward cardiomyocytes and establish them as new cell lines.
  • pluripotent stem cells When preparing differentiation-inducing cells from pluripotent stem cells, it is necessary that the cells be highly undifferentiated. This is also confirmed by the high expression of undifferentiated cell-related genes in the pluripotent stem cells of the present disclosure. That is, high undifferentiating ability in pluripotent stem cells is considered to facilitate differentiation into desired differentiation-inducing cells. According to the tests of the present inventors, it has been obtained that it is considered that the undifferentiated nature of pluripotent stem cells is not directly related to the cardiopatic differentiation per se.
  • Embryoid body of the present disclosure The embryoid body obtained by culturing pluripotent stem cells highly directional to cardiomyocytes by the present inventors is also highly directional to cardiomyocytes highly It was found. Therefore, one aspect of the present disclosure relates to differentiation into cardiomyocytes characterized by high expression of at least one mesodermal gene and low expression of at least one endodermal gene and / or ectodermal gene. Includes highly oriented embryoid bodies.
  • the embryoid body of the present disclosure can be obtained by culturing pluripotent stem cells, preferably pluripotent stem cells described in ⁇ 2> above, by methods known in the art. Specifically, for example, human iPS cells are cultured for 1 day in StemFit AK03 medium (Ajinomoto) containing Y27632 (Wako Pure Chemical Industries, Ltd.), then for 2 days in StemFit AK03 medium not containing Y27632, and then BMP4 is It can be obtained by culturing in a medium containing it.
  • the embryoid bodies of the present disclosure highly express at least one mesodermal gene.
  • mesodermal genes include those described in the above ⁇ 1>.
  • the embryoid bodies of the present disclosure also have low expression levels of at least one endodermal gene and / or ectoderm gene.
  • low expression level means that the expression level of a certain gene is lower than a predetermined value, contrary to the above "high expression level”.
  • predetermined value typically, an average value of the expression amount of the gene, etc. may be mentioned.
  • the average value of the expression levels may be, for example, the average value of the expression levels of the measurement target genes in a predetermined number (for example, 5, 10, 15 etc.) of embryoid bodies randomly extracted.
  • the ectoderm gene includes, but is not limited to, for example, SOX1, PAX6 or ZIC1.
  • the endodermal genes include, but are not limited to, for example, AMN, SOX7, SOX17, HNF3 or ZIC1.
  • the embryoid body of the present disclosure is characterized in that the expression level of at least one mesodermal gene is high and the expression level of at least one endodermal gene and / or ectoderm gene is low, Thus, it has a high differentiation directivity to somatic cells of mesodermal origin, in particular cardiomyocytes.
  • Such features are particularly prominent in embryoid bodies produced from the pluripotent stem cells of the present disclosure having high differentiation tropism for cardiomyocytes. Therefore, in a preferred embodiment, the embryoid body of the present disclosure is produced from the pluripotent stem cells of the present disclosure described in the above ⁇ 2>.
  • the present inventors have found genetic characteristics of pluripotent stem cells highly directed to cardiomyocyte differentiation, and differentiated cardiomyocytes using pluripotent stem cells having such characteristics. It was found that cardiomyocytes can be obtained with high efficiency by induction. Thus, the present disclosure, in one aspect, encompasses methods of inducing cardiomyocytes to differentiate from pluripotent stem cells with high efficiency.
  • the differentiation induction method of the present disclosure uses, in a preferred embodiment, the pluripotent stem cells or embryoid bodies of the present disclosure.
  • the differentiation induction technique itself may use any technique known in the art. There are various known methods for inducing cardiomyocytes differentiation from pluripotent stem cells (for example, Burridge et al., Cell Stem Cell. 2012 Jan 6; 10 (1): 16-28).
  • a mesodermal inducer eg, activin A, BMP4, bFGF, VEGF, SCF, etc.
  • a cardiac specification factor eg, VEGF, DKK1, a Wnt signal inhibitor (eg, IWR-1) , IWP-2, IWP-3, IWP-4 etc.), BMP signal inhibitors (eg NOGGIN etc.), TGF ⁇ / activin / NODAL signal inhibitors (eg SB431542 etc.), retinoic acid signal inhibitors etc.
  • cardiac differentiation factors eg For example, enhancing induction efficiency by sequentially acting VEGF, bFGF, DKK1 etc. It can be.
  • cardiomyocyte induction treatment from pluripotent stem cells is carried out by causing BMP4 to act on embryoid bodies formed by (1) combining BMP4 and bFGF and activin A, (2) VEGF and IWP-3, And (3) sequentially acting on the combination of VEGF and bFGF.
  • a known method for obtaining cardiomyocytes from human iPS cells for example, the following steps: (1) maintaining and culturing human iPS cells in a culture solution containing no feeder cells (feeder free method), (2) forming an embryoid body from the obtained iPS cells, (3) culturing the obtained embryoid body in a culture solution containing activin A, bone morphogenetic protein (BMP) 4 and basic fibroblast growth factor (bFGF), (4) culturing the obtained embryoid body in a culture solution containing a Wnt inhibitor, a BMP4 inhibitor and a TGF ⁇ inhibitor, and (5) the obtained embryoid body in a culture solution containing VEGF and bFGF
  • a method comprising the step of culturing in
  • StemFit AK03 (Ajinomoto) can be used as a culture medium, and iPS cells can be cultured and adapted on iMatrix 511 (Nippi) to perform maintenance culture.
  • iPS cells can be cultured and adapted on iMatrix 511 (Nippi) to perform maintenance culture.
  • iMatrix 511 Nippi
  • passage may be performed as a single cell using TrypLE® Select (Thermo Fisher Scientific).
  • the step of purifying the obtained cardiomyocytes may be selectively performed.
  • Purification of cardiomyocytes includes a method of reducing non-cardiomyocytes using a glucose free medium, a method of reducing undifferentiated cells using heat treatment as described in WO 2017/038562, and the like.
  • One aspect of the present disclosure may include the step of performing the indexing method of the present disclosure described in the above ⁇ 1> before and / or after the step of the above (1).
  • a step of measuring the gene expression amount of the obtained embryoid body may be included.
  • the method further includes the steps of comparing the measured gene expression level with a reference value, and excluding embryoid bodies other than the embryoid bodies judged to be the embryoid bodies described in the above ⁇ 3> as a result of the comparison. May be.
  • a reference value for example, those described as the "predetermined value" in the above ⁇ 2> can be mentioned.
  • cardiomyocyte differentiation can be induced by applying treatment to enhance or reduce the expression of these genes.
  • Non-limiting examples of such treatment include, for example, addition of WNT signal inhibitor, TGF ⁇ signal inhibitor, modulation of TGF ⁇ signal or WNT signal, modulation of mitochondrial activity by addition of MitoBlock, etc.
  • pluripotent stem cells comprising enhancing or reducing the expression level of a differentiation-directed marker, or enhancing or reducing the action of a protein that is an expression product of a differentiation-directed marker gene. It also relates to a method for inducing differentiation.
  • Examples of methods for enhancing the expression level of the differentiation directed marker include inhibition of repressor of the differentiation directed marker gene, addition of an enhancer of the differentiation directed marker gene, and the like. Examples of methods for reducing the expression level of the differentiation directed marker include addition of repressor, introduction of antisense nucleic acid such as siRNA, and the like.
  • Examples of methods for enhancing the action of a protein that is an expression product of a differentiation-oriented marker gene include addition of the expression product protein to a medium, and the like.
  • a method of reducing the action of a protein which is an expression product of a differentiation-oriented marker gene for example, addition to a medium such as an inhibitor for the protein or an inhibitory antibody can be mentioned.
  • differentiation-oriented marker expression such as PF4, CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796, NKTR. It is expected that the induction of differentiation into cardiomyocytes is promoted by culturing in a medium containing proteins such as POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL, SORBS2 and SRSF11.
  • PF4 CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796, NKTR It is expected that the induction of differentiation into cardiomyocytes is promoted by culturing in a medium containing proteins such as POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL, SORBS2 and SRSF11.
  • the differentiation-inducing method of the present disclosure includes the expression of differentiation-oriented marker expression products significantly increased as described above, such as PF4, CHCHD2, AMMECR1, API5, BCOR, BRWD1, CLEC4G, GLIPR1, HELB, KDM6A, LOC388796. Also included is a method for culturing pluripotent stem cells, which comprises using a medium containing a protein such as NKTR, POMZP3, ZP3, PRUNE2, RBMX, RC3H1, SKIL, SORBS2 and SRSF11. Such a culture method is preferably used in the culture at the stage of differentiating pluripotent stem cells into embryoid bodies (especially mesodermal embryoid bodies).
  • cardiomyocytes can be efficiently obtained.
  • the cardiomyocyte content (purity) in the cardiomyocyte-containing composition obtained by the differentiation induction method of the present disclosure is more than about 50%, more than about 60%, more than about 70%, more than about 75%, more than about 80%, More than about 85%, more than about 86%, more than about 87%, more than about 88%, more than about 89%, more than about 90%, more than about 91%, more than about 92%, more than about 93%, more than about 94%, It may be more than about 95%, more than about 96%, more than about 97%, more than about 98%, more than about 99%, and so on.
  • the pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in the present disclosure is a cardiomyocyte population having a cardiomyocyte purity of greater than 90%.
  • the cardiomyocyte content is, for example, 50 to 99%. Preferably, it is 50% to 70%, or 75 to 99%.
  • the cardiomyocyte-containing composition obtained by the induction method of the present disclosure is characterized by a low survival rate of undifferentiated cells.
  • the survival rate of undifferentiated cells is, for example, 0.01% to 5%, 0.01% to 4%, 0.01% to 3%, 0.01% to 2%, 0.01% to 1%, It may be, for example, 0.01% to 1%.
  • Medical composition of the present disclosure includes a medical composition containing differentiation-inducing cells, for example, cardiac muscle cells, which are induced by the method described in the above ⁇ 4>.
  • medical composition means a composition used for medical purposes, and is not limited thereto, and for example, a pharmaceutical composition, a therapeutic composition, a composition for transplantation, etc.
  • compositions used for direct treatment of a subject compositions used in drug development and the like, such as, for example, compositions for drug screening, are also included.
  • the composition containing cardiomyocytes induced by the differentiation induction method of the present disclosure is a composition having a high cardiomyocyte content and can be said to be very useful in medical treatment.
  • a composition for transplantation is prepared using a composition containing cardiomyocytes induced by the differentiation induction method of the present disclosure, the content of cardiomyocytes is high, so the amount of cardiomyocytes contained is large, and An implant composition suitable for implant of the present invention can be prepared.
  • the medical composition of the present disclosure is a composition for implantation.
  • the cardiomyocyte content is greater than about 50%, about 60%, about 70%, about 75%, about 80%, about 85%, about 86%, about 87%, or more.
  • the pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in the present disclosure is a cardiomyocyte population having a cardiomyocyte purity of greater than 90%.
  • the cardiomyocyte content is, for example, 50 to 99%, preferably 50 to 70%, or 75 to 99%.
  • the medical composition of the present disclosure in particular the composition for transplantation, can also be such a cell culture.
  • the medical composition of the present disclosure is a sheet-like cell culture.
  • sheet-like cell culture refers to cells in which cells are linked to each other into a sheet.
  • the cells may be linked to each other directly (including via cell components such as adhesion molecules) and / or via an intermediary substance.
  • the mediator is not particularly limited as long as it is a substance capable of at least physically (mechanically) connecting cells to each other, and examples include extracellular matrix and the like.
  • the mediator is preferably of cell origin, in particular of the cells constituting the cell culture.
  • the cells are at least physically (mechanically) linked, but may be further functionally linked, for example, chemically or electrically.
  • the sheet-like cell culture is composed of one cell layer (monolayer), but is composed of two or more cell layers (layered (multilayer) body, for example, two or three layers, It may be four layers, five layers, six layers, etc.).
  • the sheet-like cell culture preferably does not contain a scaffold (support). Scaffolds may be used in the art to attach cells on and / or within their surface and maintain the physical integrity of sheet cell cultures, such as polyvinylidene difluoride (eg, Membranes and the like made of PVDF) are known, but the sheet-like cell culture in the present disclosure may be capable of maintaining its physical integrity even without such scaffolds.
  • the sheet-like cell culture preferably comprises only the substance derived from cells constituting the cell culture, and does not contain any other substance.
  • the cells that make up the sheet-like cell culture can be derived from any organism that can be treated by the sheet-like cell culture. Such organisms include, but are not limited to, humans, non-human primates, dogs, cats, pigs, horses, goats, sheep, rodents (eg, mice, rats, hamsters, guinea pigs, etc.), rabbits, etc. Is included. In one embodiment, the cells constituting the sheet-like cell culture are human cells.
  • the cells forming the sheet-like cell culture may be xenogeneic cells or allogeneic cells.
  • heterologous cell means a cell derived from an organism of a species different from that of the recipient when a sheet-like cell culture is used for transplantation.
  • cells derived from monkeys or pigs correspond to xenogeneic cells.
  • allogeneic derived cells mean cells derived from an organism of the same species as the recipient. For example, when the recipient is human, human cells correspond to allogeneic cells.
  • Allogeneic cells include autologous cells (also referred to as autologous cells or autologous cells), ie cells derived from a recipient and allogeneic non-autologous cells (also referred to as allogeneic cells). Autologous cells are preferred in the present disclosure as transplantation does not result in rejection. However, it is also possible to use heterologous cells or allogeneic non-autologous cells. When xenogeneic cells or allogeneic non-autologous cells are used, immunosuppressive treatment may be required to suppress rejection.
  • cells other than autologous cells, ie, xenogeneic cells and allogeneic nonautologous cells may be collectively referred to as nonautologous cells.
  • the cells are autologous cells or allogeneic cells.
  • the cells are autologous cells.
  • the cells are allogeneic cells.
  • the autologous or allogeneic pluripotent stem cells are not limited, for example, collected autologous or allogeneic cells (eg, skin cells (fibroblasts, keratinocytes, etc.) and blood cells (peripheral blood mononuclear cells, etc.), etc.) It can be obtained by introducing a gene such as OCT3 / 4, SOX2, KLF4 or C-MYC into autologous or allogeneic iPS cells. Methods for inducing iPS cells from somatic cells are well known in the art (see, eg, Bayart and Cohen-Haguenauer, Curr Gene Ther. 2013 Apr; 13 (2): 73-92, etc.).
  • the medical composition and the sheet-like cell culture of the present disclosure contain cardiomyocytes in a high degree as described above, and therefore, use of the composition and the sheet-like cell culture act on cardiomyocytes.
  • the effects of drugs can be effectively tested.
  • the medical composition of the present disclosure is a composition for drug screening.
  • the composition of the present disclosure can prepare cardiomyocytes derived from a specific subject, it becomes possible to screen an agent that effectively acts on the specific subject.
  • one aspect of the present disclosure relates to pluripotent stem cells comprising measuring expression levels of mesodermal genes, endodermal genes and / or ectoderm genes in embryoid bodies obtained by culturing pluripotent stem cells.
  • the present invention also includes a method of controlling the quality of a medical composition containing differentiation-induced cardiomyocytes, and a method of producing a medical composition including such a method of quality control.
  • the method of the present aspect further comprises comparing the measured gene expression amount with a reference value, and excluding the embryoid body judged to be the embryoid body as described in the above ⁇ 3> as a result of the comparison. It may include excluding the embryoid bodies of The reference value typically includes an average value of the expression level of the gene, and the like.
  • the average value of the expression levels may be, for example, the average value of the expression levels of the measurement target genes in a predetermined number (for example, 5, 10, 15 etc.) of embryoid bodies randomly extracted.
  • embryoid bodies with high differentiation efficiency may be selected.
  • embryoid bodies with high differentiation efficiency may be selected based on morphological features of the embryoid bodies, such as the size of the formed embryoid bodies, and the manner of aggregation.
  • the method of producing the medical composition of the present disclosure includes the following steps: (A) Differentiating and culturing pluripotent stem cells to form an embryoid body, (B) Directing cardiomyocyte differentiation, including measuring the expression levels of mesodermal genes, endodermal genes and / or ectodermal genes in the obtained embryoid body, and comparing such measured values with reference values Selecting an embryo-like body of high sex, (C) a step of inducing differentiation and culturing the selected embryoid body to obtain a cell population containing cardiomyocytes.
  • step (A) embryoid bodies are formed from pluripotent stem cells.
  • the pluripotent stem cells that can be used are preferably, but not limited to, allogeneic cells to be treated (eg, human) with the medical composition.
  • pluripotent stem cells prepared from autologous cells such as autologous iPS cells are preferable.
  • the pluripotent stem cells to be used may further be screened by the method of the present disclosure.
  • embryoid bodies highly directional to cardiomyocytes are selected. Examples of embryoid bodies highly directed to cardiomyocyte differentiation are as described in ⁇ 3> above.
  • an embryoid body having a particularly high expression level of mesodermal genes and a low expression level of ectodermal genes and / or endodermal genes is selected. Specific examples and reference values of ectoderm gene, endoderm gene, mesoderm gene may be those described in ⁇ 3>.
  • step (C) the embryoid bodies selected in step (B) are induced to differentiate to obtain a medical composition containing cardiomyocytes.
  • a medical composition containing cardiomyocytes for induction of differentiation from embryoid bodies, methods known in the art can be used, and specifically, for example, methods described in the above ⁇ 4> may be used.
  • step (C) it may further include the step of optionally modifying the medical composition.
  • a sheeting step for forming a sheet-like cell culture, a step of cryopreserving a medical composition and the like can be mentioned.
  • Example 1 Differentiation to cardiomyocytes Differentiation of highly directed iPS cell lines to cardiomyocyte differentiation
  • the (1) Differentiation induction Ten types of cells listed in Table 5 were used as iPS cell lines.
  • 201B7, 253G1, 409B2, HiPS-RIKEN-1A, HiPS-RIKEN-2A and HiPS-RIKEN-12A were obtained from RIKEN BioResource Center.
  • ATCC-DYR0100 and ATCC-HYR0103 were obtained from ATCC.
  • mc-iPS was obtained from System Biosciences. Tic was obtained from National Institute of Biomedical Innovation.
  • RNA of human iPS cell line immediately before induction of differentiation was extracted according to procoll using miRNeasy Mini Kit (QIAGEN).
  • SuperScript TM VILO Invitrogen
  • PCR primers for SYBR Green and SYBR Green PCR master mixes (Applied Biosystems) or Taqman probe and Taqman Gene Expression Master Mix (Applied Biosystems) described in Table 4, PCR with ViiA 7 Real-Time PCR System (Applied Biosystems) Carried out. GAPDH was used as a housekeeping gene for analysis of gene expression. Gene expression analysis was performed using ViiA 7 Sysytem. In TaqMan Gene Expression Assays, temperature cycling conditions were as follows: hold at 95 ° C.
  • iPS cell lines are referred to methods described in Matsuura, et al., Biochemical and Biophysical Research Communications 425 (2012) 321-327, Miki K. Cell Stem Cell (2015), WO 2014/185358 A1 and WO 2017/038562, etc.
  • cardiomyocytes were induced to differentiate.
  • undifferentiated human iPS cells are treated on a feeder cell mitomycin C-treated MEF (ReproCell), which is a feeder cell, using 5 ng / mL bFGF added to Primate ES medium (ReproCell) as the undifferentiated maintenance medium. Cultures were performed and passaged once every 3-4 days. Differentiation induction dissociates human iPS cells with Dissociation solution (ReproCell) and Accumax (Innovation Cell Technologies), StemPro 34 (Life Technologies) supplemented with 0.5 ng / mL BMP-4 and 10 ⁇ M Y27632 (Rock inhibitor) The suspension was suspended with and cultured for 1 day with EZSPHERE (IWAKI) to form a mass.
  • FIG. 1 is a photograph of iPS cells in culture.
  • the troponin positive rate was determined by dispersing the embryoid bodies using TrypLE Select, and then dispersing the dispersed cells using BD Cytofix / Cytoperm® Fixation / Permeabilization Solution Kit (BD Bioscience) and permeabilizing the cells, then anti-human. After a troponin antibody (Thermo Fisher Scientific) and a labeled secondary antibody (Thermo Fisher Scientific) were sequentially reacted, the measurement was performed using a flow cytometer.
  • the beating rate is obtained by moving picture imaging of a germinal body after induction of differentiation from each iPS cell line to a cardiomyocyte by cell motion imaging (Sony) and pulsing among those observed. It counted and calculated.
  • Residual rate of undifferentiated cells The residual rate of undifferentiated cells in cardiomyocyte cultures prepared from the three cell lines identified as cell lines highly directed to cardiomyocyte differentiation in (2) above. As a percentage of the number of cells expressing Lin28, which is an undifferentiated cell marker, it was measured by quantitative PCR. The results are shown in FIG. In the three cell lines identified as highly directed to cardiomyocyte differentiation, the residual rate of undifferentiated cells tended to be significantly lower than in other cell lines.
  • Example 2 Gene expression in embryoid bodies Next, SOX2, PAX6, ZIC1, BRACHYURY, FLK1, PDGFR-a, GOOSECOID, HNF3, SOX17, SOX7, AMN in each embryoid body at the 4th day of culture in Example 1 above The expression of various genes was measured.
  • the results are shown in FIG.
  • the three cell lines 201B7, 253G1 and 409B2 which are cell lines highly directed to cardiomyocytes, express a large amount of mesodermal genes, and the expression levels of endodermal genes and ectodermal genes were low. Pearson's correlation coefficient between the expression level and the troponin T positive rate after differentiation induction of each cell line was calculated for each gene, and the result is as shown in the table below.
  • double-stranded cDNA synthesis including T7 promoter sequence was performed from total RNA, and biotin labeled aRNA using cDNA as a template was synthesized by in vitro reverse transcription reaction.
  • calcium random degradation using a hammerhead reaction was performed to generate an ⁇ 100-120 nt aRNA fragment.
  • Biotin-labeled aRNA prepared in Genechip Array Human Genome U133 Plus 2.0 Array was hybridized using GeneChip Hybridization Oven (Affymetrix). After hybridization, washing and phycoerythrin staining were performed using GeneChip Wash and Stain Kit (Affymetrix) and GeneChip Fluidics Station 450 (Affymetrix).
  • Cardiac muscle related gene expression comparison Each cell line was differentiated to cardiac muscle cells in the same manner as in Example 1, and the expression levels of cardiac muscle related genes were compared. The results are shown in FIG. 6 and FIG. Differentiation of cardiomyocytes into 3 cell lines highly induced expression of high cardiac muscle related genes was confirmed in all cell cultures induced to differentiate. In addition, the troponin positive rate was also significantly higher in the three cell lines highly directed to cardiomyocytes.
  • biomarker candidate genes genes showing a significant difference in expression amount were identified as biomarker candidate genes.
  • mitochondrial related genes CHCHD2 and SFXN3, WNT signal regulator KDM6A, TGF- ⁇ signal related factor SKIL, etc. were identified as biomarker gene candidates.
  • miRNA-139 and miRNA-204 were identified as the genes that showed significantly high expression in cell lines with low directivity for cardiomyocytes.
  • Example 4 miRNA expression analysis (1) miRNA microarray From each iPS cell line, total RNA was extracted using miRNeasy mini kit (QIAGEN). Biotin-labeled RNA was prepared from total RNA containing low molecular weight RNA using FlashTag Biotin HSR RNA labeling kit (Affymetrix) according to the product protocol. Biotin-labeled RNA prepared in a miRNA 3.0 array (Affymetrix) was hybridized using GeneChip Hybridization Oven (Affymetrix). After hybridization, washing and phycoerythrin staining were performed using GeneChip Fluidics Station 450 (Affymetrix).
  • the expression of miRNA in various iPS cell lines used in Example 1 was analyzed using a miRNA microarray. Of the 534 miRNAs that can be analyzed, five miRNAs (ACA24 that showed half or less of the expression level in the high differentiation-oriented group compared with the high differentiation-oriented group and the low differentiation-oriented group , Hsa-miR-629-star, mmi-miR-204, ACA61 and hsa-miR-139-5p) were identified. The results are shown in FIG. We analyzed which signal transduction pathway the identified miRNA was, and referred to the results analyzed in Example 3 (3) above, and narrowed down the strongly related genes. The results are shown in FIG. We found PF4 as a gene whose expression level is significantly higher in iPS cell lines with strong differentiation-directed to cardiomyocytes, and TMEM64 as a gene whose expression level is significantly lower.
  • ACA24 that showed half or less of the expression level in the high differentiation-oriented group compared with the high differentiation-

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Abstract

本開示は、心筋細胞に対する分化指向性を有する多能性幹細胞を選別するための方法を提供することを目的とする。 (a)対象の多能性幹細胞におけるミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量を計測すること、および(b)(a)で測定した遺伝子の発現量を基準と比較すること、を含み、測定した発現量が基準より有意に高い場合、前記対象の多能性幹細胞を心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると決定する方法により、上記課題は解決された。

Description

心筋細胞への分化指向性を有する多能性幹細胞を選抜するための方法
 本発明は、特定の分化誘導細胞、特に心筋細胞への分化指向性を有する多能性幹細胞、該多能性幹細胞から誘導される胚様体、該多能性幹細胞から誘導される分化誘導細胞を含む医療用組成物、該多能性幹細胞をスクリーニングする方法、前記医療用組成物を用いて対象を処置する方法、前記医療用組成物を用いて有効な薬剤をスクリーニングする方法、前記医療用組成物の製造における品質管理方法などに関する。
 成体の心筋細胞は自己複製能に乏しく、心筋組織が損傷を受けた場合、その修復は極めて困難である。近年、損傷した心筋組織の修復のために、細胞工学的手法により作製した心筋細胞を含む移植片を患部に移植する試みが行われている(特許文献1、非特許文献1)。かかる移植片の作製に用いる心筋細胞として最近注目されているのが、胚性幹細胞(ES細胞)や人工多能性幹細胞(iPS細胞)などの多能性幹細胞から誘導した心筋細胞であり、このような多能性幹細胞由来の心筋細胞を含むシート状細胞培養物の作製や動物での治療実験が試みられている(非特許文献2~3)。しかしながら、多能性幹細胞由来の心筋細胞を含むシート状細胞培養物の開発は始まったばかりであり、その機能的特性や、それに影響する因子などについては依然不明な部分が多い。
 多能性幹細胞から分化誘導細胞を調製する場合、例えば心筋細胞を調製する場合であれば、まず多能性幹細胞から中胚葉への分化の方向性を与えつつ胚様体を形成し、かかる胚様体を心筋細胞に分化誘導し、これを単一の細胞に分散させることにより心筋細胞を回収する(例えば特許文献2など)。
 近年ES細胞やiPS細胞などの多能性幹細胞に関する研究が進んでおり、また多くの細胞株が樹立されていく中で、細胞株間で分化の特性に違いがあることがわかってきた。例えば特許文献2や非特許文献4には、神経系の細胞への分化指向性を有するiPS細胞について記載されている。
特表2007-528755号公報 国際公開第2013/187416号
Shimizu et al., Circ Res. 2002 Feb 22;90(3):e40-e48 Matsuura et al., Biomaterials. 2011 Oct;32(30):7355-62 Kawamura et al., Circulation. 2012 Sep 11;126(11 Suppl 1):S29-37 Kojima et al., Cell Stem Cell 14, 107?120 (2014)
 本発明は、心筋細胞に対する分化指向性を有する多能性幹細胞を選別するための方法などに関する。
 本発明者らは、多能性幹細胞由来の心筋細胞を用いたシート状細胞培養物の作製について研究する中で、同様の分化誘導法を用いても、最終調製物中の心筋細胞の割合が大きく異なるという課題に直面した。かかる課題を解決すべく鋭意研究を進めたところ、多能性幹細胞株によって心筋細胞に分化しやすい株と分化しにくい株が存在し、心筋細胞に分化しやすい多能性幹細胞株を用いると、最終調製物中の心筋細胞の割合が多くなることを見出した。そこで、これらの細胞株の際について研究を続けたところ、心筋細胞に分化しやすい細胞株において特徴的に発現している遺伝子の特定に成功し、さらに研究を進めた結果本発明を完成させるに至った。
 すなわち、本発明に下記に掲げるものに関する:
[1]多能性幹細胞の特定の分化誘導細胞への分化指向性を評価するための分化指向性マーカーの決定方法であって、
(1)複数の多能性幹細胞株における遺伝子発現量を測定すること;
(2)前記複数の多能性幹細胞株におけるmiRNAの発現量を測定すること;
(3)前記特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のある遺伝子を抽出すること;
(4)前記特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のあるmiRNAを抽出すること;および
(5)(3)で抽出された遺伝子から(4)で抽出されたmiRNAと関与する遺伝子を選択すること;
を含む、前記方法。
[2]多能性幹細胞株の分化指向性を指標化する方法であって、
(a)対象の多能性幹細胞における少なくとも1種の分化指向性マーカー遺伝子の発現量を計測すること
(b)(a)で測定した遺伝子の発現量を基準と比較すること
を含む、前記方法。
[3]分化指向性マーカー遺伝子が、WNTシグナル伝達調節因子、ミトコンドリア関連遺伝子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される遺伝子である、[2]の方法。
[4]WNTシグナル伝達調節因子が、PF4、TMEM64、KDM6A、APC、βカテニン、Axin、CK1、Dsh、GSK-3β、Dkk、WIF、FRP、Cerberus、TCF、Krn、WNT1、WNT2、WNT3、WNT4、WNT5A、WNT7A、WNT7B、WNT8B、WNT10B、WNT11、WNT2B、WNT9A、WNT9B、LRP5およびLRP6からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]または[3]の方法。
[5]ミトコンドリア関連遺伝子が、CHCHD2、SFXN3、CREB1、PPARGC1A、PPARGC1B、CAMK4、PPP3CA、MYEF2、PPRC1、PKA、NRF1、GABPA、GABPB2、ESRRA、TFB2M、TFB1M、TFAM、POLRMTおよびMTERFからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]~[4]の方法。
[6]TGFβシグナル伝達調節因子が、SKIL、THBS1、CD3、TLR2、SMAD1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SMAD9、TGFBR1、TGFBR2、MAPK1、MAPK3、ROCK1、BMP2、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8B、BMPR1AおよびBMPR1Bからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]~[5]の方法。
[7]中胚葉遺伝子が、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45およびTer119からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]~[6]の方法。
[8]心筋細胞関連遺伝子が、TNT2、ML2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1C、ATP2A2、Actc1、Cx43、TEF-1およびTbx-5からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]~[7]の方法。
[9]未分化細胞関連遺伝子が、Oct-4、Nanog、Lin28、SOX2、c-Myc、Klf4、TRA-1-60、SSEA-4、Oct3/4、Nanog、Cripto、Dax1、ERas、Fgf4、Esg1、Rex1、Zfp296、UTF1、GDF3、Sall4、Tbx3、Tcf3、DNMT3L、DNMT3B、Tra-1-81、miR-290クラスターのmiRNAおよびmiR-302クラスターのmiRNAからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]~[8]の方法。
[10]分化指向性マーカー遺伝子が、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、[2]の方法。
[11]測定した発現量が基準より有意に高い場合、対象の多能性幹細胞を心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると判断する、[10]の方法
[12]分化指向性マーカー遺伝子が、TMEM64、ACTN3、LOC284373、LOC441666、PLCB1、SYNPR、TMEM163、U2AF1L4、VWDE、ZNF229およびZNF354Cからなる群から選択される、[2]の方法。
[13]測定した発現量が基準より有意に低い場合、対象の多能性幹細胞を心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると判断する、[12]の方法。
[14]多能性幹細胞の培養方法であって、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種のタンパク質を含む培地で培養することを特徴とする、前記方法。
[15]少なくとも1種のタンパク質が、PF4である、[14]の方法。
[16]培養が、多能性幹細胞から胚様体を形成するための培養である、[14]または[15]の方法。
[17]胚様体が、中胚葉性胚様体である、[16]の方法。
[18][14]~[17]の方法により培養された多能性幹細胞由来の分化誘導細胞を含む、医療用組成物。
[19]薬剤スクリーニング用組成物である、[18]の医療用組成物。
[20]移植用組成物である、[18]の医療用組成物。
[21]シート状細胞培養物であることを特徴とする、[19]または[20]の医療用組成物。
[22]多能性幹細胞から分化誘導された心筋細胞を含む医療用組成物の品質管理方法であって、多能性幹細胞を培養して得られる胚様体における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量を計測することを含む、前記方法。
[23]中胚葉遺伝子が、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45およびTer119からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子からなる群から選択される、[22]の方法。
[24]内胚葉遺伝子が、AMN、SOX7、SOX17およびHNF3からなる群から選択され、外胚葉遺伝子が、SOX1、PAX6およびZIC1からなる群から選択される、[22]または[23]の方法。
[25]さらに、多能性幹細胞や胚様体の形態的特徴を取得することを含む、[22]~[24]の方法。
 本発明によれば、特定の分化誘導細胞、例えば心筋細胞に対する分化指向性を有する多能性幹細胞株を容易に選抜し、得ることができるため、かかる多能性幹細胞株を用いることで、分化誘導による心筋細胞の調製を効率よく行うことができるようになる。また多能性幹細胞や胚様体など分化誘導の初期段階で、心筋細胞の割合が高い最終調製物を得られるか否かを判断できるため、効率よく高品質な医療用組成物を提供することができる。さらには、所望の分化誘導細胞、例えば心筋細胞に分化させる新規な培養方法を提供することで、所望の分化誘導細胞をより効率的に得ることを可能とする。
図1は、例1で用いたiPS細胞の培養中および胚葉体の写真図である。Aは培養中の細胞の写真、Bは胚様体の写真図である。 図2は、例1で用いたiPS細胞を心筋細胞に分化誘導した際の、トロポニンTの陽性率を表す、青いバーと赤いバーはそれぞれ、アクチビンを6ng/mL加えた場合、12ng/mL加えた場合の陽性率である。 図3は、例1で用いたiPS細胞を心筋細胞に分化誘導した際の、培養物の拍動率を表す。赤いバーと青いバーはそれぞれ培養8日目および17日目の結果を示す。
図4は、各iPS細胞を心筋細胞に分化誘導した際の、未分化細胞の残存率を表す。青いバーと赤いバーはそれぞれ、アクチビンを6ng/mL加えた場合、12ng/mL加えた場合の結果である。 図5は、各iPS細胞株から形成された胚様体における各胚葉の関連遺伝子の発現レベルを表す。 図6は、各iPS細胞から分化誘導された細胞培養物における心筋細胞関連遺伝子発現のヒートマップである。
図7は、各iPS細胞から分化誘導された細胞培養物における各心筋細胞関連遺伝子の発現量を表す。 図8は各iPS細胞株におけるmiRNA発現解析の結果を表す図である。Aは、分化指向性の高いiPS細胞株と分化指向性の低いiPS細胞株との間でのmiRNAの発現量の変化をプロットしたグラフである。Bは、発現量が低減したmiRNAとして特定された5種のmiRNAの、高分化指向性株と低分化指向性株との間の発現量の違いを表すグラフである。Cは、解析した全miRNAについて、高分化指向性株および低分化指向性株での発現量を縦軸および横軸としてプロットした分布図である。
図9は、特定されたmiRNAのパスウェイ解析の結果と、特定された2遺伝子(PF4およびTMEM64)の発現についての試験結果を表す図である。Aは分化指向性の高いiPS細胞株と分化指向性の低いiPS細胞株との間で有意に発現量が高い10種のmRNAと、有意に発現量が低い10種のmRNAの発現量を表すグラフである。Bは、miRNA解析と遺伝子発現解析によって特定されたmiRNAおよびmRNAが関与するシグナル伝達経路を列挙するグラフである。Cは、高分化指向性株と低分化指向性株とをそれぞれ心筋細胞へと分化誘導した場合の、得られた細胞集団におけるcTnT発現量の違いを表すグラフである。Dは高分化指向性株および低分化指向性株における、PF4およびTMEM64の発現量をそれぞれ表すグラフである。Eは、各iPS細胞株におけるPF4およびTMEM64の発現量と、同iPS細胞株を心筋細胞へと分化誘導した際のcTnT発現量との相関関係を表すグラフである。 図10は、培地に種々の剤を添加して分化誘導した場合における、A:cTnTの発現量、ならびにB:PF4およびTMEM64の発現量を表すグラフである。
 以下、本発明を詳細に説明する。
 本明細書において別様に定義されない限り、本明細書で用いる全ての技術用語および科学用語は、当業者が通常理解しているものと同じ意味を有する。本明細書中で参照する全ての特許、出願および他の出版物や情報は、その全体を参照により本明細書に援用する。また本明細書において参照された出版物と本明細書の記載に矛盾が生じた場合は、本明細書の記載が優先されるものとする。
 本開示において、特定の遺伝子名で表される塩基配列(mRNAおよびmiRNAなどを含む)は、例えばGenBankなどの当該技術分野において公知のデータベースに登録された配列を意味する。当業者であれば、かかる遺伝子名から、いかなる配列を表しているか直ちに知ることができる。
 本開示において、「多能性幹細胞」という語は、当該技術分野で周知の用語であり、三胚葉、すなわち内胚葉、中胚葉および外胚葉に属する全ての系列の細胞に分化することができる能力を有する細胞を意味する。多能性幹細胞の非限定例としては、例えば、胚性幹細胞(ES細胞)、核移植胚性幹細胞(ntES細胞)、人工多能性幹細胞(iPS細胞)などが挙げられる。通常多能性幹細胞を特定の細胞に分化誘導する際には、まず多能性幹細胞を浮遊培養して、上記三胚葉のいずれかの細胞の凝集体を形成し、その後凝集体を形成する細胞を目的とする特定の細胞に分化誘導させる。または、多能性幹細胞を高密度で接着培養して、分化誘導させる。本開示において「胚様体」とは、かかる細胞の凝集体を意味する。本開示においては特に、内胚葉系の細胞に分化指向性を有する胚様体を「内胚葉性胚様体」、中胚葉系の細胞に分化指向性を有する胚様体を「中胚葉性胚様体」、外胚葉系の細胞に分化指向性を有する胚様体を「外胚葉性胚様体」と称する場合がある。
 本開示において、「分化誘導細胞」は、多能性幹細胞から特定の種類の細胞に分化するように分化誘導処理された任意の細胞を意味する。分化誘導細胞は、心筋細胞や骨格筋芽細胞などの組織を構成する接着性の細胞および、血球細胞などの非接着性の細胞が含まれる。分化誘導細胞の非限定例は、心筋細胞、骨格筋芽細胞などの筋肉系の細胞、ニューロン細胞、オリゴデンドロサイト、ドーパミン産生細胞などの神経系の細胞、網膜色素上皮細胞などの網膜細胞、血球細胞、骨髄細胞などの造血系の細胞、T細胞、NK細胞、NKT細胞、樹状細胞、B細胞などの免疫関連の細胞、肝細胞、膵β細胞、腎細胞などの臓器を構成する細胞、軟骨細胞、生殖細胞などの他、これらの細胞に分化する前駆細胞や体性幹細胞などを含む。かかる前駆細胞や体性幹細胞の典型例としては、例えば心筋細胞における間葉系幹細胞、多分化性心臓前駆細胞、単能性心臓前駆細胞、神経系の細胞における神経幹細胞、造血系の細胞や免疫関連の細胞における造血幹細胞およびリンパ系幹細胞などが挙げられる。多能性幹細胞の分化誘導は、既知の任意の手法を用いて行うことができる。例えば、多能性幹細胞から心筋細胞への分化誘導は、Miki et al., Cell Stem Cell 16, 699-711, June 4, 2015やWO2014/185358、Shugo Tohyama et al., Stem Cell Report, 9, 1?9, Nov 14, 2017に記載の手法に基づいて行うことができる。
 本開示において、「分化指向性」は、多能性幹細胞が特定の分化誘導細胞に分化しやすい性質を意味し、特定の分化誘導細胞への分化指向性が高いほど、当該分化誘導細胞になりやすいことを意味する。したがって特定の細胞への分化指向性が高い多能性幹細胞株は、分化指向性が高くない多能性幹細胞株と比較して、当該特定の細胞への分化誘導方法により分化誘導を行った場合、同一の分化誘導方法であってもより多くの分化誘導細胞を得られることが期待される。
 本開示において、「心筋細胞」とは、心筋細胞の特徴を有する細胞を意味する。心筋細胞の特徴としては、限定されずに、例えば、心筋細胞マーカーの発現、自律的拍動の存在などが挙げられる。心筋細胞マーカーの非限定例としては、例えば、c-TNT(cardiac troponin T)、CD172a(別名SIRPAまたはSHPS-1)、KDR(別名CD309、FLK1またはVEGFR2)、PDGFRA、EMILIN2、VCAMなどが挙げられる。一態様において、多能性幹細胞由来の心筋細胞は、c-TNT陽性かつ/またはCD172a陽性である。
 本開示の一側面は、特定の分化誘導細胞への分化指向性を評価するための分化指向性マーカーを決定する方法に関する。本開示において「分化指向性マーカー」または「分化指向性マーカー遺伝子」は、多能性幹細胞に発現しているマーカー(遺伝子)であって、発現量の多寡により該多能性幹細胞の分化指向性を評価することが可能なものを意味する。例えば本発明者らにより分化指向性マーカーであることが確認されたPF4の場合、ある多能性幹細胞においてPF4の発現量が標準的な多能性幹細胞より多い場合に、当該多能性幹細胞は心筋細胞への分化指向性が高いと評価される。本開示において「標準的な発現量」とは、これに限定するものではないが、例えば複数の多能性幹細胞株における遺伝子の発現量の平均値などが挙げられる。発現量の平均値としては、例えば無作為抽出された所定の個数(例えば5個、10個、15個など)の多能性幹細胞株における計測対象遺伝子の発現量の平均値などであってよい。
 本開示の分化指向性マーカーの決定方法は、以下の工程を含む:
(1)複数の多能性幹細胞株における遺伝子発現量を測定すること;
(2)前記複数の多能性幹細胞株におけるmiRNAの発現量を測定すること;
(3)特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のある遺伝子を抽出すること;
(4)前記特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のあるmiRNAを抽出すること;および
(5)(3)で抽出された遺伝子から(4)で抽出されたmiRNAと関与する遺伝子を選択すること。
 工程(1)において、複数の多能性幹細胞株における遺伝子の発現量を、それぞれ定量的に測定する。かかる遺伝子発現量の測定は、網羅的に行われてよい。複数の多能性幹細胞株は、特定の分化誘導細胞への分化指向性が高いことが知られている少なくとも1種の多能性幹細胞株と前記特定の分化誘導細胞への分化指向性が低いことが知られている少なくとも1種の多能性幹細胞株とを含む。特定の分化誘導細胞への分化指向性は、当該技術分野において既知の方法や本開示に記載の方法などを用いて同定することができる。遺伝子の発現量の測定は、当該技術分野において既知の方法、例えばリアルタイムPCR法、マイクロアレイ法、ハイスループットシークエンシング法などを用いて行うことができる。
 工程(2)において、複数の多能性幹細胞株におけるmiRNAの発現量を、それぞれ定量的に測定する。かかる複数の多能性幹細胞株は、工程(1)において遺伝子の発現量を測定された複数の多能性幹細胞株と同一の多能性幹細胞株である。miRNAの発現量の測定は、当該技術分野において既知の方法、例えばリアルタイムPCR法、マイクロアレイ法、ハイスループットシークエンシング法などを用いて行うことができる。
 工程(3)において、特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のある遺伝子を抽出する。例えば、分化指向性の高い多能性幹細胞株と分化指向性の低い多能性幹細胞株とを比較して、1.5倍以上、2倍以上、2.5倍以上、3倍以上、5倍以上、10倍以上などの発現量の差がある遺伝子を抽出してよい。かかる発現量は、どちらの多能性幹細胞株で高くてもよく、例えば分化指向性の高い多能性幹細胞株において高発現していてもよいし、分化指向性の低い多能性幹細胞株において高発現していてもよい。好ましい一態様において、分化指向性の高い多能性幹細胞株において有意に高発現している遺伝子が抽出される。別の好ましい一態様において、分化指向性の低い多能性幹細胞株において有意に高発現している遺伝子が抽出される。
 工程(4)において、特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のあるmiRNAを抽出する。例えば、分化指向性の高い多能性幹細胞株と分化指向性の低い多能性幹細胞株とを比較して、1.5倍以上、2倍以上、2.5倍以上、3倍以上、5倍以上、10倍以上などの発現量の差があるmiRNAを抽出してよい。かかる発現量は、どちらの多能性幹細胞株で高くてもよく、例えば分化指向性の高い多能性幹細胞株において高発現していてもよいし、分化指向性の低い多能性幹細胞株において高発現していてもよい。好ましい一態様において、分化指向性の高い多能性幹細胞株において有意に高発現しているmiRNAが抽出される。別の好ましい一態様において、分化指向性の低い多能性幹細胞株において有意に高発現しているmiRNAが抽出される。
 工程(5)において、工程(3)で抽出された遺伝子の中から工程(4)で抽出されたmiRNAと関与する遺伝子が選択される。あるmiRNAと関与する遺伝子を同定する方法としては、当該技術分野において既知の方法を用いてよく、かかる方法としては、例えばパスウェイ解析法、miRNAの標的遺伝子のデーターベース(TargetScan)などが挙げられる。本工程により、miRNAの発現における有意差に起因して発現量に有意差が生じている遺伝子が選択されることになる。
 本開示の別の一側面は、特定の分化誘導細胞への分化指向性を指標化する方法に関する。本開示の指標化方法は以下の工程を含む:
(a)対象の多能性幹細胞における少なくとも1種の分化指向性マーカー遺伝子、例えばミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、各胚葉の関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子など、の発現量を計測すること
(b)(a)で測定した分化指向性マーカー遺伝子の発現量を基準と比較すること。
 「各胚葉の関連遺伝子」は、分化誘導細胞が由来する胚葉の関連遺伝子を意味し、例えば分化誘導細胞が心筋細胞であれば中胚葉関連遺伝子、神経系の細胞であれば外胚葉関連遺伝子、消化管の細胞であれば内胚葉関連遺伝子を意味する。
 遺伝子の発現量を計測する工程においては、さらに特定の分化誘導細胞に関連する遺伝子の発現量を計測してもよい。例えば分化誘導細胞が心筋細胞であれば心筋細胞関連遺伝子をさらに計測してよい。
 以下に分化誘導細胞が心筋細胞である場合を例として、本発明を詳述する。
<1>本開示の指標化方法
 本開示の一側面は、特定の分化誘導細胞、特に心筋細胞への分化指向性を指標化する方法に関する。本開示の指標化方法は以下の工程(a)および(b)を含む:
(a)対象の多能性幹細胞におけるミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される少なくとも1種の分化指向性マーカー遺伝子の発現量を計測すること
(b)(a)で測定した遺伝子の発現量を基準と比較すること。
 工程(a)において、多能性幹細胞における分化指向性マーカー遺伝子の発現量を計測する。遺伝子の発現量の計測は、当該技術分野において知られた通常の方法を用いて行うことができる。かかる方法としては、これに限定するものではないが、例えばリアルタイムPCR法、マイクロアレイ法、ハイスループットシークエンシング法などが挙げられる。
 発現量が計測される分化指向性マーカー遺伝子は、ミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である。
 ミトコンドリア関連遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えばCHCHD2、SFXN3、CREB1、PPARGC1A、PPARGC1B、CAMK4、PPP3CA、MYEF2、PPRC1、PKA、NRF1、GABPA、GABPB2、ESRRA、TFB2M、TFB1M、TFAM、POLRMTまたはMTERFなどが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、CHCHD2、SFXN3、CREB1、PPARGC1A、PPARGC1B、CAMK4、PPP3CA、MYEF2、PPRC1、PKA、NRF1、GABPA、GABPB2、ESRRA、TFB2M、TFB1M、TFAM、POLRMTおよびMTERFからなる群から選択される少なくとも1種のミトコンドリア関連遺伝子の発現量が計測される。好ましい一態様において、ミトコンドリア関連遺伝子として、CHCHD2および/またはSFXN3の発現量が計測される。
 WNTシグナル伝達調節因子としては、これに限定するものではないが、例えば下表に記載のものなどが挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
特に好ましいWNTシグナル伝達調節因子としては、PF4、TMEM64、KDM6A、APC、βカテニン、Axin、CK1、Dsh、GSK-3β、Dkk、WIF、FRP、Cerberus、TCF、Krn、WNT1、WNT2、WNT3、WNT4、WNT5A、WNT7A、WNT7B、WNT8B、WNT10B、WNT11、WNT2B、WNT9A、WNT9B、LRP5またはLRP6などが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、PF4、TMEM64、KDM6A、APC、βカテニン、Axin、CK1、Dsh、GSK-3β、Dkk、WIF、FRP、Cerberus、TCF、Krn、WNT1、WNT2、WNT3、WNT4、WNT5A、WNT7A、WNT7B、WNT8B、WNT10B、WNT11、WNT2B、WNT9A、WNT9B、LRP5およびLRP6からなる群から選択される少なくとも1種のWNTシグナル伝達調節因子の発現量が計測される。好ましい一態様において、WNTシグナル伝達調節因子としてPF4またはTMEM64の発現量が、より好ましい一態様においてPF4の発現量が計測される。
 TGFβシグナル伝達調節因子としては、これに限定するものではないが、例えば下表に記載のものなどが挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
特に好ましいTGFβシグナル伝達調節因子としては、SKIL、THBS1、CD3、TLR2、SMAD1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SMAD9、TGFBR1、TGFBR2、MAPK1、MAPK3、ROCK1、BMP2、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8B、BMPR1AまたはBMPR1Bなどが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、SKIL、THBS1、CD3、TLR2、SMAD1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SMAD9、TGFBR1、TGFBR2、MAPK1、MAPK3、ROCK1、BMP2、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8B、BMPR1AおよびBMPR1Bからなる群から選択される少なくとも1種のTGFβシグナル伝達調節因子の発現量が計測される。好ましい一態様において、TGFβシグナル伝達調節因子として、SKILの発現量が計測される。
 中胚葉遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えば、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45またはTer119などが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45およびTer119からなる群から選択される少なくとも1種の中胚葉遺伝子の発現量が計測される。好ましい一態様において、中胚葉遺伝子として、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOIDおよび/またはPDGFR-aの発現量が計測される。
 心筋細胞関連遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えば、TNT2、MYL2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1C、ATP2A2、Actc1、Cx43、TEF-1またはTbx-5などが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、TNT2、MYL2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1C、ATP2A2、Actc1、Cx43、TEF-1およびTbx-5からなる群から選択される少なくとも1種の心筋細胞関連遺伝子の発現量が計測される。好ましい一態様において、心筋細胞関連遺伝子として、TNT2、MYL2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1Cおよび/またはATP2A2の発現量が計測される。
 未分化細胞関連遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えば、Oct-4、Nanog、Lin28、SOX2、c-Myc、Klf4、TRA-1-60、SSEA-4、Oct3/4、Nanog、Cripto、Dax1、ERas、Fgf4、Esg1、Rex1、Zfp296、UTF1、GDF3、Sall4、Tbx3、Tcf3、DNMT3L、DNMT3B、Tra-1-81またはmiR-290クラスターのmiRNA、miR-302クラスターのmiRNAなどが挙げられる。したがって一態様において、工程(a)において、Oct-4、Nanog、Lin28、SOX2、c-Myc、Klf4、TRA-1-60、SSEA-4、Oct3/4、Nanog、Cripto、Dax1、ERas、Fgf4、Esg1、Rex1、Zfp296、UTF1、GDF3、Sall4、Tbx3、Tcf3、DNMT3L、DNMT3B、Tra-1-81、miR-290クラスターのmiRNAおよびmiR-302クラスターのmiRNAからなる群から選択される少なくとも1種の未分化細胞関連遺伝子の発現量が計測される。好ましい一態様において、未分化細胞関連遺伝子として、Oct-4、Nanogおよび/またはLin28の発現量が計測される。
 より好ましい一態様において、上述の遺伝子群から選択される少なくとも2種の遺伝子の発現量を計測する。すなわち、CHCHD2、SFXN3、KDM6A、SKIL、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、TNT2、ML2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1C、ATP2A2、Oct-4、NanogおよびLin28から選択される少なくとも2種の遺伝子の発現量が計測される。
 別の好ましい一態様において、分化指向性マーカー遺伝子として、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量が計測される。
 さらに別の好ましい一態様において、分化指向性マーカー遺伝子として、TMEM64、ACTN3、LOC284373、LOC441666、PLCB1、SYNPR、TMEM163、U2AF1L4、VWDE、ZNF229およびZNF354Cからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量が計測される。
 工程(b)において、(a)で測定した遺伝子の発現量を基準と比較する。比較対象となる基準としては、これに限定するものではないが、例えば心筋細胞への分化指向性が低いことが既知の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、心筋細胞への分化指向性が低いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値、心筋細胞への分化指向性が高いことが既知の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、心筋細胞への分化指向性が高いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値、複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値、中胚葉系列組織への分化指向性が低いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、中胚葉系列組織への分化指向性が高いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、内胚葉系列組織への分化指向性が低いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、内胚葉系列組織への分化指向性が高いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、外胚葉系列組織への分化指向性が高いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量、外胚葉系列組織への分化指向性が低いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量などが挙げられる。
 これらの基準は、当該技術分野において既知の数値や予め測定および記録していた値を用いてもよいし、上記(a)の工程と併せて本開示の指標化方法を実施する時に測定してもよい。これらの基準と比較することにより対象多能性幹細胞株の分化指向性マーカーを指標化し、かかる指標に基づいて対象多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高い株であるか否かを決定することができる。
 (a)で測定した発現量と基準とを比較する場合、両値は同じ方法により測定された値であることが好ましいが、これに限定されない。異なる方法で測定された値である場合、直接的な比較が可能となるように値を変換してもよい。
 本開示の一態様において、心筋細胞への分化指向性が低いことが既知の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量または心筋細胞への分化指向性が低いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値を基準として比較する。この場合、(a)で測定した発現量が基準値よりも有意に高い場合、対象の多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高いと決定し得る。
 本開示の別の一態様において、心筋細胞への分化指向性が高いことが既知の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量または心筋細胞への分化指向性が高いことが既知の複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値を基準として比較する。この場合、(a)で測定した発現量が基準値と同等であるか、またはそれよりも有意に高い場合、対象の多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高いと決定し得る。本開示において「有意に」とは、統計学上意味のある差異であることを意味する。例えば、ある計測値がある統計量と比較して極端に乖離した数値を示す場合に「有意」であるとする。
 本開示のさらに別の一態様において、複数の多能性幹細胞株における同一遺伝子の発現量の平均値を基準として比較する。この場合、(a)で測定した発現量が基準値よりも有意に高い場合、対象の多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高いと決定し得る。
 一態様において、分化指向性マーカー遺伝子として、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量を計測する。この場合、(a)で測定した発現量が基準値よりも有意に高い場合、対象の多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高いと決定し得る。別の一態様において、分化指向性マーカー遺伝子として、TMEM64、ACTN3、LOC284373、LOC441666、PLCB1、SYNPR、TMEM163、U2AF1L4、VWDE、ZNF229およびZNF354Cからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量を計測する。この場合、(a)で測定した発現量が基準値よりも有意に低い場合、対象の多能性幹細胞株が心筋細胞への分化指向性が高いと決定し得る。
<2>本開示の多能性幹細胞
 本発明者らにより、多能性幹細胞、とくに誘導多能性幹細胞(iPS細胞)において心筋細胞への分化指向性が高い細胞株が存在すること、およびかかる多能性幹細胞株の遺伝的特徴が初めて見いだされた。したがって本開示の一側面は、ミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量が高いことを特徴とする、心筋細胞への分化指向性が高い多能性幹細胞を包含する。
 上述のとおり本発明者らは、心筋細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株において、ミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子が高発現していることを見出した。
 本開示において、「発現量が高い」または「高発現している」とは、ある遺伝子の発現量が所定の値よりも高いことを言う。かかる「所定の値」としては、典型的には、当該遺伝子の発現量の平均値などが挙げられる。発現量の平均値としては、例えば無作為抽出された所定の個数(例えば5個、10個、15個など)の多能性幹細胞株における計測対象遺伝子の発現量の平均値であってよい。
 本開示の多能性幹細胞株において高発現している遺伝子としては、ミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子が挙げられる。これらの遺伝子の具体的な例としては、上記<1>において記載したものなどが挙げられる。
 本開示の好ましい一態様において、多能性幹細胞がiPS細胞であり、より好ましくはヒトiPS細胞である。iPS細胞は、ベースとする体細胞の由来やリプログラミング因子の種類および導入方法などにより、それぞれの細胞株の特性に違いが生じる可能性が指摘されており、したがって分化指向性も細胞株ごとに異なることが予測される。また、iPS細胞を再生医療に用いる際のメリットとして、処置対象の自家細胞を用いて細胞株を樹立することが可能であることが挙げられる。したがって本発明によれば、対象の自家細胞から作製したiPS細胞から心筋細胞への分化指向性の高いものをスクリーニングして、新たな細胞株として樹立することも可能である。
 多能性幹細胞から分化誘導細胞を調製する場合、未分化性が高いことが必要である。このことは、本開示の多能性幹細胞において未分化細胞関連遺伝子が高発現していることからも首肯される。すなわち、多能性幹細胞において未分化性が高いことは、所望の分化誘導細胞に分化させやすいと考えられる。本発明者らの試験により、心筋細胞への分化指向性そのものには、多能性幹細胞の未分化性は直接的には関係がないと考えられる結果が得られている。
<3>本開示の胚様体
 本発明者らにより、心筋細胞への分化指向性が高い多能性幹細胞を培養して得られる胚様体もまた心筋細胞への分化指向性が高いことが見出された。したがって本開示の一側面は、少なくとも1種の中胚葉遺伝子の発現量が高く、少なくとも1種の内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量が低いことを特徴とする、心筋細胞への分化指向性が高い胚様体を包含する。
 本開示の胚様体は、多能性幹細胞、好ましくは上記<2>に記載の多能性幹細胞を、当該技術分野において知られた方法で培養することにより得られる。具体的には例えば、ヒトiPS細胞をY27632(和光純薬)を含有するStemFit AK03培地(味の素)中で1日培養し、その後Y27632を含有しないStemFit AK03培地で2日間培養し、さらにその後BMP4を含有する培養液中で培養することにより得られる。
 本開示の胚様体は、少なくとも1種の中胚葉遺伝子を高発現している。中胚葉遺伝子の具体的な例としては、上記<1>において記載したものなどが挙げられる。本開示の胚様体はまた、少なくとも1種の内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量が低い。ここで、「発現量が低い」とは、上記「発現量が高い」と逆で、ある遺伝子の発現量が所定の値よりも低いことを言う。かかる「所定の値」としては、典型的には、当該遺伝子の発現量の平均値などが挙げられる。発現量の平均値としては、例えば無作為抽出された所定の個数(例えば5個、10個、15個など)の胚様体における計測対象遺伝子の発現量の平均値であってよい。
 外胚葉遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えば、SOX1、PAX6、またはZIC1などが挙げられる。内胚葉遺伝子としては、これに限定するものではないが、例えば、AMN、SOX7、SOX17、HNF3またはZIC1などが挙げられる。
 本開示の胚様体は、上述のとおり、少なくとも1種の中胚葉遺伝子の発現量が高く、少なくとも1種の内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量が低いという特徴を有し、これにより中胚葉由来の体細胞、特に心筋細胞に高い分化指向性を有するものである。かかる特徴は、心筋細胞に対して高い分化指向性を有する本開示の多能性幹細胞から作製される胚様体において、特に顕著に表れる。したがって好ましい一態様において、本開示の胚様体は、上記<2>に記載の本開示の多能性幹細胞から作製される。
<4>本開示の分化誘導方法
 本発明者らは、心筋細胞への分化指向性が高い多能性幹細胞の遺伝的特徴を見出し、かかる特徴を有する多能性幹細胞を用いて心筋細胞を分化誘導することにより、高効率で心筋細胞を得ることができることを見出した。したがって、本開示は一側面において、多能性幹細胞から高効率で心筋細胞を分化誘導する方法を包含する。
 本開示の分化誘導方法は、好ましい一態様において、本開示の多能性幹細胞または胚様体を用いる。かかる態様においては、分化誘導手法自体は当該技術分野において知られたいかなる手法を用いてもよい。多能性幹細胞から心筋細胞を分化誘導する手法としては、様々なものが知られている(例えば、Burridge et al., Cell Stem Cell. 2012 Jan 6;10(1):16-28)が、いずれの方法においても、中胚葉誘導因子(例えば、アクチビンA、BMP4、bFGF、VEGF、SCFなど)、心臓特異化(cardiac specification)因子(例えば、VEGF、DKK1、Wntシグナルインヒビター(例えば、IWR-1、IWP-2、IWP-3、IWP-4等)、BMPシグナルインヒビター(例えば、NOGGIN等)、TGFβ/アクチビン/NODALシグナルインヒビター(例えば、SB431542等)、レチノイン酸シグナルインヒビターなど)および心臓分化因子(例えば、VEGF、bFGF、DKK1など)を、順次作用させることにより誘導効率を高めることができる。一態様において、多能性幹細胞からの心筋細胞誘導処理は、BMP4を作用させて形成した胚様体に、(1)BMP4とbFGFとアクチビンAとの組み合わせ、(2)VEGFとIWP-3、および、(3)VEGFとbFGFとの組み合わせを順次作用させることを含む。
 ヒトiPS細胞から心筋細胞を得る公知の方法としては、例えば、以下のステップ:
(1)ヒトiPS細胞を、フィーダー細胞を含まない培養液で維持培養するステップ(フィーダーフリー法)、
(2)得られたiPS細胞から胚様体を形成するステップ、
(3)得られた胚様体をアクチビンA、骨形成タンパク質(BMP)4および塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)を含有する培養液中で培養するステップ、
(4)得られた胚様体をWnt阻害剤、BMP4阻害剤およびTGFβ阻害剤を含む培養液中で培養するステップ、および
(5)得られた胚様体をVEGFおよびbFGFを含む培養液中で培養するステップ
を含む方法が挙げられる。
 (1)のステップにおいて、例えばWO2017038562に記載のように、StemFit AK03(味の素)を培地として用い、iMatrix511(ニッピ)上でiPS細胞を培養して適応させ、維持培養を行うことができる。また、例えばNakagawa M.,et al.A novel efficient feeder-free culture system for the derivation of human induced pluripotent stem cells.Sci Rep.2014;4:3594に記載のように、iPS細胞を、7~8日毎に、TrypLE(登録商標)Select(Thermo Fisher Scientific)を使用してシングルセルとして継代を行うことができる。上記(1)~(5)のステップのあとに、任意で、(6)得られた心筋細胞を精製するステップを選択的に行ってもよい。心筋細胞の精製としては、グルコースフリー培地を用いて心筋細胞以外を減少させる方法やWO2017/038562に記載のように熱処理を用いて未分化細胞を減少させる方法などが挙げられる。
 本開示の一態様において、上記(1)のステップの前および/または後に、上記<1>に記載の本開示の指標化方法を実施するステップを含んでよい。また、(2)のステップの後に、得られた胚様体の遺伝子発現量を計測するステップを含んでもよい。さらに、計測した遺伝子発現量を基準値と比較するステップ、およびかかる比較の結果上記<3>に記載の胚様体であると判断された胚様体以外の胚様体を除外するステップを含んでもよい。かかる基準値としては、例えば上記<2>において「所定の値」として記載されたものなどが挙げられる。
 上述のとおり、本発明者らにより、心筋細胞への分化指向性を有する多能性幹細胞においては、ミトコンドリア関連遺伝子、WNTシグナル伝達調節因子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現量が、心筋細胞への分化指向性を有しない多能性幹細胞と比較して有意に差異があることが見出された。したがって上記(1)~(5)の各ステップにおいて、これらの遺伝子の発現が亢進または低減するような処置を施すことにより、心筋細胞への分化を誘導し得る。このような処置の非限定的な例としては、例えばWNTシグナル阻害剤、TGFβシグナル阻害剤の添加など、TGFβシグナルやWNTシグナルの調節、MitoBlockの添加などによるミトコンドリアの活動の調節などが挙げられる。
 したがって本開示の一側面において、分化指向性マーカーの発現量を亢進または低減するか、あるいは分化指向性マーカー遺伝子の発現産物であるタンパク質の作用を増強または低減させることを含む、多能性幹細胞の分化誘導方法にも関する。
 分化指向性マーカーの発現量を亢進する方法としては、例えば分化指向性マーカー遺伝子のリプレッサーの阻害、分化指向性マーカー遺伝子のエンハンサーの添加などが挙げられる。分化指向性マーカーの発現量を低減させる方法としては、例えばリプレッサーの添加、siRNAなどのアンチセンス核酸の導入などが挙げられる。
 分化指向性マーカー遺伝子の発現産物であるタンパク質の作用を増強する方法としては、例えば当該発現産物タンパク質の培地への添加などが挙げられる。分化指向性マーカー遺伝子の発現産物であるタンパク質の作用を低減する方法としては、例えば当該タンパク質に対する阻害剤や阻害性抗体などの培地への添加などが挙げられる。
 例えば心筋細胞への分化誘導の場合、有意に発現が増大している分化指向性マーカー発現産物、例えばPF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11などのタンパク質を含む培地で培養することにより、心筋細胞への分化誘導が促進されることが期待される。したがって本開示の分化誘導方法には、上述の有意に発現が増大している分化指向性マーカー発現産物、例えばPF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11などのタンパク質を含む培地を用いることを特徴とする、多能性幹細胞の培養方法も包含される。かかる培養方法は、特に多能性幹細胞を胚様体(特に中胚葉性胚様体)に分化させる段階における培養において用いることが好ましい。
 本開示の分化誘導方法によれば、効率よく心筋細胞を得ることができる。本開示の分化誘導方法により得られる心筋細胞含有組成物中の心筋細胞含有率(純度)は、約50%超、約60%超、約70%超、約75%超、約80%超、約85%超、約86%超、約87%超、約88%超、約89%超、約90%超、約91%超、約92%超、約93%超、約94%超、約95%超、約96%超、約97%超、約98%超、約99%超などであり得る。一態様において、本開示における多能性幹細胞由来の心筋細胞は、心筋細胞の純度が90%超の心筋細胞集団である。また別の一態様において、心筋細胞含有率は、例えば50~99%であり。好ましくは50%~70%であり、または75~99%である。別の一態様において、本開示の誘導方法により得られる心筋細胞含有組成物は、未分化細胞の残存率が低いことを特徴とする。未分化細胞の残存率としては、例えば0.01%~5%、0.01%~4%、0.01%~3%、0.01%~2%、0.01%~1%、0.01%~1%などであり得る。
<5>本開示の医療用組成物
 本開示の別の側面は、上記<4>に記載の方法により誘導された分化誘導細胞、例えば心筋細胞を含む医療用組成物を包含する。
 本開示において「医療用組成物」とは、医療目的に用いられる組成物を意味し、これに限定するものではないが、例えば医薬用組成物、治療用組成物、移植用組成物などの、直接対象の処置に用いる組成物のほか、例えば薬剤スクリーニング用組成物など、薬剤開発などにおいて用いられる組成物も包含する。
 本開示の分化誘導方法により誘導される心筋細胞を含む組成物は、心筋細胞含有率が高い組成物であり、医療上非常に有用であるといえる。例えば、本開示の分化誘導方法により誘導される心筋細胞を含む組成物を用いて移植用組成物を調製する場合、心筋細胞含有率が高いため、含有される心筋細胞量が多くなり、心臓への移植に好適な移植用組成物を調製することができる。したがって一態様において、本開示の医療用組成物は、移植用組成物である。かかる態様において、心筋細胞の含有率は、約50%超、約60%超、約70%超、約75%超、約80%超、約85%超、約86%超、約87%超、約88%超、約89%超、約90%超、約91%超、約92%超、約93%超、約94%超、約95%超、約96%超、約97%超、約98%超、約99%超などであってよい。一態様において、本開示における多能性幹細胞由来の心筋細胞は、心筋細胞の純度が90%超の心筋細胞集団である。また別の一態様において、心筋細胞含有率は、例えば50~99%であり、好ましくは50%~70%であり、または75~99%である。
 近年重症心不全患者に対する心機能回復には細胞移植法が有用とされ、既に自己骨格筋芽細胞やiPS細胞由来心筋細胞による臨床応用・研究が開始されている。その一例として、組織工学を応用した温度応答性培養皿を用いることによって、成体の心筋以外の部分に由来する細胞を含む心臓に適用可能な三次元に構成された細胞培養物が開発されている。本開示の医療用組成物、特に移植用組成物もまた、かかる細胞培養物とすることができる。したがって好ましい一態様において、本開示の医療用組成物はシート状細胞培養物である。
 本開示において、「シート状細胞培養物」は、細胞が互いに連結してシート状になったものをいう。細胞同士は、直接(接着分子などの細胞要素を介するものを含む)および/または介在物質を介して、互いに連結していてもよい。介在物質としては、細胞同士を少なくとも物理的(機械的)に連結し得る物質であれば特に限定されないが、例えば、細胞外マトリックスなどが挙げられる。介在物質は、好ましくは細胞由来のもの、特に、細胞培養物を構成する細胞に由来するものである。細胞は少なくとも物理的(機械的)に連結されるが、さらに機能的、例えば、化学的、電気的に連結されてもよい。シート状細胞培養物は、1の細胞層から構成されるもの(単層)であっても、2以上の細胞層から構成されるもの(積層(多層)体、例えば、2層、3層、4層、5層、6層など)であってもよい。
 シート状細胞培養物は、好ましくはスキャフォールド(支持体)を含まない。スキャフォールドは、その表面上および/またはその内部に細胞を付着させ、シート状細胞培養物の物理的一体性を維持するために当該技術分野において用いられることがあり、例えば、ポリビニリデンジフルオリド(PVDF)製の膜等が知られているが、本開示におけるシート状細胞培養物は、かかるスキャフォールドがなくともその物理的一体性を維持することができるものであってもよい。また、シート状細胞培養物は、好ましくは、細胞培養物を構成する細胞由来の物質のみからなり、それら以外の物質を含まない。
 シート状細胞培養物を構成する細胞は、シート状細胞培養物による治療が可能な任意の生物に由来し得る。かかる生物には、限定されずに、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ブタ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、げっ歯目動物(例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモットなど)、ウサギなどが含まれる。一態様において、シート状細胞培養物を構成する細胞はヒト細胞である。
 シート状細胞培養物を形成する細胞は、異種由来細胞であっても同種由来細胞であってもよい。ここで「異種由来細胞」は、シート状細胞培養物が移植に用いられる場合、そのレシピエントとは異なる種の生物に由来する細胞を意味する。例えば、レシピエントがヒトである場合、サルやブタに由来する細胞などが異種由来細胞に該当する。また、「同種由来細胞」は、レシピエントと同一の種の生物に由来する細胞を意味する。例えば、レシピエントがヒトである場合、ヒト細胞が同種由来細胞に該当する。同種由来細胞は、自己由来細胞(自己細胞または自家細胞ともいう)、すなわち、レシピエントに由来する細胞と、同種非自己由来細胞(他家細胞ともいう)を含む。自己由来細胞は、移植しても拒絶反応が生じないため、本開示においては好ましい。しかしながら、異種由来細胞や同種非自己由来細胞を利用することも可能である。異種由来細胞や同種非自己由来細胞を利用する場合は、拒絶反応を抑制するため、免疫抑制処置が必要となることがある。なお、本明細書中で、自己由来細胞以外の細胞、すなわち、異種由来細胞と同種非自己由来細胞を非自己由来細胞と総称することもある。本開示の一態様において、細胞は自家細胞または他家細胞である。本開示の一態様において、細胞は自家細胞である。本開示の別の態様において、細胞は他家細胞である。
 自家または他家多能性幹細胞は、限定されずに、例えば、採取した自家または他家体細胞(例えば、皮膚細胞(線維芽細胞、ケラチノサイト等)や血球(末梢血単核球等)など)に、OCT3/4、SOX2、KLF4、C-MYC等の遺伝子を導入するなどして自家または他家iPS細胞を誘導することにより得ることができる。体細胞からiPS細胞を誘導する方法は当該技術分野において周知である(例えば、Bayart and Cohen-Haguenauer, Curr Gene Ther. 2013 Apr;13(2):73-92など参照)。
 本開示の医療用組成物やシート状細胞培養物は、上述のとおり心筋細胞を高度に含有しているため、かかる組成物やシート状細胞培養物を用いることにより、心筋細胞に対して作用する薬剤の効果を効果的に試験することができる。したがって本開示の別の一態様において、本開示の医療用組成物は、薬剤スクリーニング用組成物である。とくに本開示の組成物は、特定の対象由来の心筋細胞を調製することが可能であるため、かかる特定の対象に対して有効に作用する薬剤をスクリーニングすることが可能となる。
<6>本開示の品質管理方法
 本開示の医療用組成物の調製において、効率よく高純度の心筋細胞含有組成物を得ることは、医療用組成物の品質を高めることにつながるものである。しかしながら通常は、多能性幹細胞から最終的に心筋細胞まで分化誘導して見なければどの程度の心筋細胞が含有されているか予測することは困難である。
 しかしながら本開示の多能性幹細胞または胚様体を用いて分化誘導することにより、心筋細胞含有率の高い組成物を容易に得ることができる。すなわち多能性幹細胞から胚様体を形成するまで培養した段階で、胚様体における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量を計測することにより、かかる胚様体が心筋細胞に対して分化指向性を有するものであるかを試験することが可能である。したがって本開示の一側面は、多能性幹細胞を培養して得られる胚様体における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量を計測することを含む、多能性幹細胞から分化誘導された心筋細胞を含む医療用組成物の品質管理方法、およびかかる品質管理方法を工程として含む医療用組成物の製造方法も包含する。
 本方法における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および外胚葉遺伝子の具体的な例としては、上記<3>において記載したものなどが挙げられる。これらの遺伝子の発現量の測定には、当該技術分野において公知の任意の方法を用いることができる。
 一態様において、本側面の方法は、さらに、計測した遺伝子発現量を基準値と比較すること、およびかかる比較の結果上記<3>に記載の胚様体であると判断された胚様体以外の胚様体を除外することを含んでもよい。基準値としては、典型的には、当該遺伝子の発現量の平均値、などが挙げられる。発現量の平均値としては、例えば無作為抽出された所定の個数(例えば5個、10個、15個など)の胚様体における計測対象遺伝子の発現量の平均値であってよい。
 また、胚様体形成の段階で、その後の分化効率の高い胚様体を選抜してもよい。例えば形成された胚様体の大きさ、凝集の仕方など、胚様体の形態的特徴に基づいて分化効率の高い胚様体を選抜してもよい。
 本開示の医療用組成物の製造方法は、以下の工程を含む:
(A)多能性幹細胞を分化誘導および培養して、胚様体を形成する工程、
(B)得られた胚様体における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量を計測し、かかる計測値と基準値とを比較することを含む、心筋細胞への分化指向性の高い胚様体を選抜する工程、
(C)選抜された胚様体を分化誘導および培養して、心筋細胞を含む細胞集団を得る工程。
 工程(A)において、多能性幹細胞から胚様体を形成する。胚様体形成には、当該技術分野において知られた手法を用いることができ、具体的には例えば上記<3>において記載された手法を用いることができる。用い得る多能性幹細胞は、特に限定されないが、医療用組成物による処置対象(例えばヒト)と同種細胞であることが好ましい。また医療用組成物を移植などに用いる場合は、自家iPS細胞など、自家細胞から調製された多能性幹細胞が好ましい。また工程(A)の前に、用いる多能性幹細胞を、本開示の方法によりスクリーニングする工程をさらに含んでもよい。
 工程(B)において、心筋細胞への分化指向性の高い胚様体が選抜される。心筋細胞への分化指向性の高い胚様体の例は、上記<3>において記載されたとおりである。本工程においては、特に中胚葉遺伝子の発現量が高く、外胚葉遺伝子および/または内胚葉遺伝子の発現量が低い胚様体が選抜される。外胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子、中胚葉遺伝子の具体例および基準値については、<3>において記載したものであってよい。
 工程(C)において、工程(B)で選抜された胚様体を分化誘導して心筋細胞を含む医療用組成物を得る。胚様体からの分化誘導には、当該技術分野において公知の方法を用いることができ、具体的には例えば上記<4>において記載した方法などを用いてよい。
 工程(C)の後に、任意に医療用組成物を改変する工程をさらに含んでよい。かかる工程としては、例えばシート状細胞培養物を形成するためのシート化工程、医療用組成物を凍結保存する工程などが挙げられる。
 本開示を以下の例を参照してより詳細に説明するが、これらは本開示の特定の具体例を示すものであり、本開示はこれらに限定されるものではない。
例1.心筋細胞への分化指向性の高いiPS細胞株の特定
 心筋細胞への分化指向性の高いiPS細胞の遺伝的特徴を調べるため、まずは心筋細胞への分化指向性の高いiPS細胞株の特定を試みた。
(1)分化誘導
 iPS細胞株として表5に記載の10種の細胞を用いた。201B7、253G1、409B2、HiPS-RIKEN-1A、HiPS-RIKEN-2AおよびHiPS-RIKEN-12Aは理研バイオリソースセンターより入手した。ATCC-DYR0100およびATCC-HYR0103はATCCより入手した。mc-iPSはSystem Biosciencesより入手した。Ticは医薬基盤研究所より入手した。分化誘導直前のヒトiPS細胞株のTotal RNAはmiRNeasy Mini Kit(QIAGEN)を用いて、プロコールに従い抽出した。RT-PCRにはSuperScriptTM VILO(Invitrogen)を用い、cDNAを合成した。表4に記載したSYBR Green用PCRプライマーおよびSYBR Green PCRマスターミックス(Applied Biosystems)またはTaqman probeとTaqman Gene Expression Master Mix(Applied Biosystems)を用いて、ViiA 7 Real-Time PCR System(Applied Biosystems)でPCRを実施した。遺伝子発現の解析にはハウスキーピング遺伝子としてGAPDHを用いた。ViiA 7 Sysytemを用いて遺伝子発現解析を行った。TaqMan Gene Expression Assaysでは温度サイクリング条件としてホールド:95℃で20秒、サイクル:95℃で1秒、60℃で20秒、で行った。SYBR Greenの温度サイクリング条件はホールド:95℃で20秒、サイクル:95℃で1秒、60℃で20秒を40サイクル、および95℃で15秒、60℃で1分、95℃で15秒で行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
これらのiPS細胞株を、Matsuura, et al., Biochemical and Biophysical Research Communications 425 (2012) 321?327、Miki K. Cell Stem Cell (2015)、WO2014/185358A1およびWO2017/038562などに記載の方法を参考に、心筋細胞まで分化誘導した。具体的には、Primate ES培地(ReproCell)に5ng/mLのbFGFを添加したものを未分化維持培地として用い、フィーダー細胞であるマイトマイシンC処理済みのMEF(ReproCell)上で未分化ヒトiPS細胞を培養して、3-4日に1回継代を行った。分化誘導はヒトiPS細胞をDissociation solution(ReproCell)およびAccumax(イノベーションセルテクノロジーズ)で解離して、0.5ng/mLのBMP-4と10μMのY27632(Rock阻害剤)を添加したStemPro34(ライフテクノロジーズ)で懸濁し、EZSPHERE(IWAKI)で1日培養して集塊を形成させた。得られた胚様体をアクチビンA、骨形成タンパク質(BMP)4および塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)を含有する培養液中で培養し、さらにWnt阻害剤(IWR1)を含む培養液中で培養し、その後VEGFおよびbFGFを含む培養液中で培養を行った。図1は培養中のiPS細胞の写真図である。
(2)分化誘導指向性の順位付け
 各iPS細胞株から分化誘導された心筋細胞含有胚様体におけるトロポニン陽性率および拍動率、心筋細胞関連遺伝子発現量を計測し、各iPS細胞株の心筋細胞への分化指向性の順位付けを行った。
 トロポニン陽性率は、胚様体をTrypLE Selectを用いて分散後、分散した細胞をBD Cytofix/Cytoperm(登録商標)Fixation/Permeabilization Solution Kit(BD Bioscience)を用いて固定、透過処理した後、抗ヒトトロポニン抗体(Thermo Fisher Scientific)、標識2次抗体(Thermo Fisher Scientific)を順次反応させた後、フローサイトメーターにより測定を行って算出した。
 拍動率は、各iPS細胞株から心筋細胞へ分化誘導後の胚葉体をセルモーションイメージング(Sony)で動画撮影して、観察されたすべての胚葉体のうち、拍動している胚葉体をカウントして算出した。
 結果を図2および図3に示す。201B7、253G1および409B2の3細胞株において特に高いトロポニン陽性率および拍動率が算出された。したがって、これら3種の細胞株を、心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると特定した。
(3)未分化細胞の残存率
 上記(2)で心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると特定された3細胞株から調製された心筋細胞培養物における未分化細胞の残存率を、未分化細胞マーカーであるLin28を発現する細胞数の割合として、定量PCRで測定した。
 結果を図4に示す。心筋細胞への分化指向性が高いと特定された3細胞株においては、他の細胞株に比べて顕著に未分化細胞の残存率が低くなる傾向があった。
例2.胚様体における遺伝子発現
 次に上記例1における培養4日目の時点の各胚様体における、SOX2、PAX6、ZIC1、BRACHYURY、FLK1、PDGFR-a、GOOSECOID、HNF3、SOX17、SOX7、AMNの11種類の遺伝子の発現を計測した。
 結果を図5に示す。心筋細胞への分化指向性の高い細胞株である201B7、253G1および409B2の3細胞株ではいずれも中胚葉遺伝子が多く発現しており、内胚葉遺伝子および外胚葉遺伝子の発現量は低かった。各遺伝子に対して、発現量と各細胞株の分化誘導後のトロポニンT陽性率とのピアソンの相関係数を算出したところ、下表のとおりとなった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
例3.各細胞株における主成分解析
 iPS細胞株をそれぞれを、RNeasy Kit(QIAGEN)を用いてtotal RNAを抽出した。各RNAの品質評価はAgilent RNA 6000 Nano Assay(Agilent Technologies)を用いて、28Sと18SのrRNA比率を算出することにより純度を確認した。抽出したRNAサンプルは-80℃で冷凍保存した。RNAサンプルのビオチンラベル化cRNA合成は、GeneChip 3’ IVT Express kit(Affymetrix)を用いて、製品プロトコールに従い行った。
 まず、total RNAからT7プロモーター配列を含む2本鎖cDNA合成を行い、in vitro逆転写反応によりcDNAを鋳型としたビオチンラベルされたaRNAを合成した。次いでハンマーヘッド反応を利用したカルシウムランダム分解により、~100-120ntのaRNA断片を作製した。GeneChip Hybridization Oven(Affymetrix)を用いて、Genechip アレイ Human Genome U133 Plus 2.0 Array(Affymetrix)に作製したビオチンラベル化aRNAをハイブリダイズさせた。ハイブリダイズ後、GeneChip Wash and Stain Kit(Affymetrix)とGeneChip Fluidics Station 450(Affymetrix)を用いて洗浄とフィコエリスリン染色を行った。その後、GeneChip Scanner 3000 7G(Affymetrix)を用いてGenechipアレイの蛍光画像をスキャンし、イメージ画像を取得した。得られた蛍光強度のデータはExpression Console Ver.1.1(Affymetrix)を用いて解析した。シグナルのノーマライズはMAS5アルゴリズム、およびMSKファイル(Affymetrix)を用いて行った。
 心筋細胞への分化指向性の高い細胞株として201B7、253G1および409B2を用い、心筋細胞への分化指向性の低い細胞株としてRIKEN-1A、RIKEN-2A、RIKEN-12Aを用いて、心筋細胞への分化指向性の高い細胞株において特徴的に発現する遺伝子を解析した。
(1)心筋関連遺伝子発現比較
 各細胞株を例1と同様に心筋細胞まで分化させ、心筋関連遺伝子の発現量を比較した。結果を図6および図7に示す。
 心筋細胞への分化指向性の高い3細胞株から分化誘導された細胞培養物においては、いずれも高い心筋関連遺伝子の発現が確認された。また、トロポニン陽性率についても心筋細胞への分化指向性の高い3細胞株の方が有意に高かった。
(2)マイクロアレイ解析
 次に心筋細胞への分化指向性の高い3細胞株と、低い3細胞株との間での遺伝子発現量の違いを、Affymetrix GeneChip(R) Arraysを用いたマイクロアレイ解析を行った。
 Affymetrix GeneChip(R) Arraysで解析可能な3300遺伝子のうち、分化指向性の高い群と分化指向性の低い群とで比較して、分化指向性の高い群において2倍以上の発現量を示した84遺伝子を特定し、その遺伝子群がどのシグナル伝達経路に関連する遺伝子であるかを解析した。結果を下表に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
(3)マーカー候補遺伝子の絞り込み
 上記84遺伝子の中でも特に顕著な発現量の差を示した遺伝子について、バイオマーカー候補遺伝子として特定した。これによりミトコンドリア関連遺伝子CHCHD2およびSFXN3、WNTシグナル調節因子KDM6A、TGF-βシグナル関連因子SKILなどがバイオマーカー遺伝子候補として特定された。また、逆に心筋細胞への分化指向性の低い細胞株において顕著に高い発現を示した遺伝子として、miRNA-139およびmiRNA-204が特定された。
例4:miRNA発現解析
(1)miRNAマイクロアレイ
 各iPS細胞株それぞれから、miRNeasy mini kit(QIAGEN)を用いてtotal RNAを抽出した。低分子量RNAを含むTotal RNAからFlashTag Biotin HSR RNA labelling kit (Affymetrix)を用いて、製品プロトコールに従い、ビオチンラベル化RNAの作製を行った。GeneChip Hybridization Oven(Affymetrix)を用いて、miRNA 3.0 array(Affymetrix)に作製したビオチンラベル化RNAをハイブリダイズさせた。ハイブリダイズ後、GeneChip Fluidics Station 450(Affymetrix)を用いて洗浄とフィコエリスリン染色を行った。その後、GeneChip Scanner 3000 7G(Affymetrix)を用いてGenechipアレイの蛍光画像をスキャンし、イメージ画像を取得した。得られた蛍光強度のデータはExpression Console Ver.1.1(Affymetrix)を用いて解析した。シグナルのノーマライズはthe miRNA array RMA+DABG分析およびExpression Console software (Affymetrix)を用いて行った。
 心筋細胞への分化指向性の高い細胞株として201B7、253G1および409B2を用い、心筋細胞への分化指向性の低い細胞株としてRIKEN-1A、RIKEN-2A、RIKEN-12Aを用いて、心筋細胞への分化指向性の高い細胞株において特徴的に発現する遺伝子を解析した。
 上記例1で用いた各種iPS細胞株におけるmiRNAの発現を、miRNAマイクロアレイを用いて解析した。
 解析可能な534種のmiRNAのうち、分化指向性の高い群と分化指向性の低い群とで比較して、分化指向性の高い群において半分以下の発現量を示した5種のmiRNA(ACA24、hsa-miR-629-star、mmi-miR-204、ACA61およびhsa-miR-139-5p)を特定した。結果を図8に示す。
 特定されたmiRNAがどのシグナル伝達経路に関連するmiRNAであるかを解析し、上記例3(3)で解析された結果を参照し、関連の強い遺伝子を絞り込んだ。結果を図9に示す。心筋細胞への分化指向性の強いiPS細胞株において有意に発現量が高い遺伝子としてPF4が、有意に発現量が低い遺伝子としてTMEM64が見出された。
(2)心筋細胞への分化指向性への関与の確認
 上記遺伝子の分化指向性マーカー遺伝子としての有効性を確認するため、DMSO、IWR-1および2、CHIR99021またはMitoBlock6をそれぞれ加えた培地を用いてiPS細胞を心筋細胞に分化誘導し、得られた細胞集団におけるcTnT陽性率、PF4の発現量およびTMEM64の発現量を計測した。
 結果を図10に示す。特にCHIR99021を添加した培地を用いた場合において、cTnT陽性率およびPF4の発現量において有意な低減が確認された。またMitoBlock-6を添加した培地においてもcTnTが有意に低減しており、この場合にはPF4では低減傾向が確認され、TMEM64では増加傾向が確認された。したがって、PF4は心筋細胞の分化誘導において正に相関し、TMEM64は負に相関する可能性が示唆された。

Claims (25)

  1.  多能性幹細胞の特定の分化誘導細胞への分化指向性を評価するための分化指向性マーカーの決定方法であって、
    (1)複数の多能性幹細胞株における遺伝子発現量を測定すること;
    (2)前記複数の多能性幹細胞株におけるmiRNAの発現量を測定すること;
    (3)前記特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のある遺伝子を抽出すること;
    (4)前記特定の分化誘導細胞への分化指向性の高い多能性幹細胞株と低い多能性幹細胞株との間に有意に発現量に差異のあるmiRNAを抽出すること;および
    (5)(3)で抽出された遺伝子から(4)で抽出されたmiRNAと関与する遺伝子を選択すること;
    を含む、前記方法。
  2.  多能性幹細胞株の分化指向性を指標化する方法であって、
    (a)対象の多能性幹細胞における少なくとも1種の分化指向性マーカー遺伝子の発現量を計測すること
    (b)(a)で測定した遺伝子の発現量を基準と比較すること
    を含む、前記方法。
  3.  分化指向性マーカー遺伝子が、WNTシグナル伝達調節因子、ミトコンドリア関連遺伝子、TGFβシグナル伝達調節因子、中胚葉関連遺伝子、心筋細胞関連遺伝子および未分化細胞関連遺伝子からなる群から選択される遺伝子である、請求項2に記載の方法。
  4.  WNTシグナル伝達調節因子が、PF4、TMEM64、KDM6A、APC、βカテニン、Axin、CK1、Dsh、GSK-3β、Dkk、WIF、FRP、Cerberus、TCF、Krn、WNT1、WNT2、WNT3、WNT4、WNT5A、WNT7A、WNT7B、WNT8B、WNT10B、WNT11、WNT2B、WNT9A、WNT9B、LRP5およびLRP6からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2または3に記載の方法。
  5.  ミトコンドリア関連遺伝子が、CHCHD2、SFXN3、CREB1、PPARGC1A、PPARGC1B、CAMK4、PPP3CA、MYEF2、PPRC1、PKA、NRF1、GABPA、GABPB2、ESRRA、TFB2M、TFB1M、TFAM、POLRMTおよびMTERFからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2~4のいずれか一項に記載の方法。
  6.  TGFβシグナル伝達調節因子が、SKIL、THBS1、CD3、TLR2、SMAD1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SMAD9、TGFBR1、TGFBR2、MAPK1、MAPK3、ROCK1、BMP2、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8B、BMPR1AおよびBMPR1Bからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2~5のいずれか一項に記載の方法。
  7.  中胚葉遺伝子が、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45およびTer119からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2~6のいずれか一項に記載の方法。
  8.  心筋細胞関連遺伝子が、TNT2、ML2、GATA4、MYH6、MYH7、Nkx2.5、SCN5A、RYR2、PPARGC1、MYL2、HCN4、CACNa1C、ATP2A2、Actc1、Cx43、TEF-1およびTbx-5からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2~7のいずれか一項に記載の方法。
  9.  未分化細胞関連遺伝子が、Oct-4、Nanog、Lin28、SOX2、c-Myc、Klf4、TRA-1-60、SSEA-4、Oct3/4、Nanog、Cripto、Dax1、ERas、Fgf4、Esg1、Rex1、Zfp296、UTF1、GDF3、Sall4、Tbx3、Tcf3、DNMT3L、DNMT3B、Tra-1-81、miR-290クラスターのmiRNAおよびmiR-302クラスターのmiRNAからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2~8のいずれか一項に記載の方法。
  10.  分化指向性マーカー遺伝子が、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である、請求項2に記載の方法。
  11.  測定した発現量が基準より有意に高い場合、対象の多能性幹細胞を心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると判断する、請求項10に記載の方法
  12.  分化指向性マーカー遺伝子が、TMEM64、ACTN3、LOC284373、LOC441666、PLCB1、SYNPR、TMEM163、U2AF1L4、VWDE、ZNF229およびZNF354Cからなる群から選択される、請求項2に記載の方法。
  13.  測定した発現量が基準より有意に低い場合、対象の多能性幹細胞を心筋細胞への分化指向性が高い細胞株であると判断する、請求項12に記載の方法。
  14.  多能性幹細胞の培養方法であって、PF4、CHCHD2、AMMECR1、API5、BCOR、BRWD1、CLEC4G、GLIPR1、HELB、KDM6A、LOC388796、NKTR、POMZP3、ZP3、PRUNE2、RBMX、RC3H1、SKIL、SORBS2およびSRSF11からなる群から選択される少なくとも1種のタンパク質を含む培地で培養することを特徴とする、前記方法。
  15.  少なくとも1種のタンパク質が、PF4である、請求項14に記載の方法。
  16.  培養が、多能性幹細胞から胚様体を形成するための培養である、請求項14または15に記載の方法。
  17.  胚様体が、中胚葉性胚様体である、請求項16に記載の方法。
  18.  請求項14~17のいずれか一項に記載の方法により培養された多能性幹細胞由来の分化誘導細胞を含む、医療用組成物。
  19.  薬剤スクリーニング用組成物である、請求項18に記載の医療用組成物。
  20.  移植用組成物である、請求項18に記載の医療用組成物。
  21.  シート状細胞培養物であることを特徴とする、請求項19または20に記載の医療用組成物。
  22.  多能性幹細胞から分化誘導された心筋細胞を含む医療用組成物の品質管理方法であって、多能性幹細胞を培養して得られる胚様体における中胚葉遺伝子、内胚葉遺伝子および/または外胚葉遺伝子の発現量を計測することを含む、前記方法。
  23.  中胚葉遺伝子が、FLK1、BRACHYURY、GOOSECOID、PDGFR-a、IGF2、CD34、CLL1、HHEX,INHBA,LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、Tbx1、Gata1、Klf1、Csf1r、CD45およびTer119からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子からなる群から選択される、請求項22に記載の方法。
  24.  内胚葉遺伝子が、AMN、SOX7、SOX17およびHNF3からなる群から選択され、外胚葉遺伝子が、SOX1、PAX6およびZIC1からなる群から選択される、請求項22または23に記載の方法。
  25.  さらに、多能性幹細胞や胚様体の形態的特徴を取得することを含む、請求項22~24のいずれか一項に記載の方法。
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