WO2011161239A1

WO2011161239A1 - Method of detecting ribonucleic acids

Info

Publication number: WO2011161239A1
Application number: PCT/EP2011/060622
Authority: WO
Inventors: Christoph Ritt; Martin Weber; Denis FLÜGGE; Stefan Pitsch
Original assignee: Qiagen GmbH
Current assignee: Qiagen GmbH
Priority date: 2010-06-25
Filing date: 2011-06-24
Publication date: 2011-12-29
Anticipated expiration: 2012-12-25
Also published as: DE102010025161A1

Abstract

The present invention relates to a method of detecting ribonucleic acids by displacement, by the ribonucleic acid to be detected, of a nucleic acid from a duplex composed of a nucleic acid modified at a sugar radical with a further nucleic acid or deoxyribonucleic acid modified at a sugar radical, and detection of the displacement event.

Description

Verfahren zum Nachweis von Ribonukleinsäuren Method for the detection of ribonucleic acids

Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis von Ribonukleinsäuren durch Verdrängen einer Nukleinsäure aus einem Duplex bestehend aus einer an einem Zuckerrest modifizierten Nukleinsäure mit einer weiteren an einem Zuckerrest modifizierten Nukleinsäure oder Desoxyribonukleinsäure durch die nachzuweisende Ribonukleinsäure und Detektion des Verdrängungsereignisses. The present invention relates to a method for the detection of ribonucleic acids by displacing a nucleic acid from a duplex comprising a nucleic acid modified on a sugar residue with a further sugar residue-modified nucleic acid or deoxyribonucleic acid by the ribonucleic acid to be detected and detection of the displacement event.

Zum spezifischen Nachweis von Nukleinsäuren mit bekannter Nukleotidsequenz sind aus dem Stand der Technik unterschiedliche Verfahren bekannt. So wird beispielsweise die komplementäre Basenpaarung von einzelsträngigen Nukleinsäuren ausgenutzt. Bei diesem Hybridisierung genannten Verfahren werden Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den komplementären Nukleotiden der jeweiligen einzelsträngigen Nukleinsäuren gebildet, es entsteht ein stabiler Duplex, der aus zwei Nukleinsäureeinzelsträngen aufgebaut ist. Das Prinzip der Hybridisierung ist im Stand der Technik in verschiedenen Variationen zur Detektion von spezifischen Nukleinsäuren seit Jahrzehnten bekannt. For the specific detection of nucleic acids with a known nucleotide sequence, different methods are known from the prior art. Thus, for example, the complementary base pairing of single-stranded nucleic acids is exploited. In this process called hydrogen bonding between the complementary nucleotides of the respective single-stranded nucleic acids are formed, resulting in a stable duplex, which is composed of two nucleic acid single strands. The principle of hybridization has been known in the art in various variations for the detection of specific nucleic acids for decades.

Ein Beispiel dafür stellt der Northern-Blot dar, mit dessen Hilfe spezifische mRNAs nachgewiesen werden können. Bei diesem erfolgt nach gelelektrophoretischer Auftrennung der RNA-Moleküle eine Immobilisierung dieser auf einer Membran. Anschließend werden spezifische RNAs durch Hybridisierung mit radioaktiv oder auf andere Art markierten Nukleinsäuresonden nachgewiesen. Meistens werden zu diesem Zweck Sonden verwendet, die aus DNA aufgebaut sind. Theoretisch würden bei diesem Nachweisverfahren sowohl sequenzkomplementäre DNA als auch RNA nachgewiesen, da es bei diesem Verfahren nicht möglich ist, durch die Hybridisierung zwischen DNA-DNA und DNA-RNA Hybriden zu unterscheiden. An example of this is the Northern Blot, with the help of specific mRNAs can be detected. In this case, after gel electrophoretic separation of the RNA molecules immobilized on a membrane. Subsequently, specific RNAs are detected by hybridization with radioactively or otherwise labeled nucleic acid probes. Mostly probes made of DNA are used for this purpose. Theoretically, in this detection method both sequence-complementary DNA and RNA would be detected, as it is not possible in this method to distinguish hybrids by hybridization between DNA-DNA and DNA-RNA.

Um nur die gewünschten DNA-RNA Hybride, nicht aber die unerwünschten DNA-DNA Hybride zu erhalten, werden in der Praxis vor dem Hybridisierungsschritt Reinigungsschritte durchgeführt, die spezifisch mRNAs anreichern. Zusätzlich wird allgemein ein Verdau mit DNase durchgeführt, der dafür sorgt, dass sämtliche in der Probe vorhandene DNA abgebaut wird, so dass diese nicht mit dem Nachweis der RNA interferieren kann. In order to obtain only the desired DNA-RNA hybrids, but not the unwanted DNA-DNA hybrids, purification steps which specifically accumulate mRNAs are carried out in practice before the hybridization step. In addition, DNase digestion is generally carried out, ensuring that all DNA present in the sample is degraded so that it can not interfere with the detection of the RNA.

Ein ähnliches Verfahren zum Nachweis von RNA stellt der Dot Blot dar. Im Gegensatz zum Northern Blot werden bei diesem Verfahren die Nukleinsäuren nicht vor der Hybridisierung elektrophoretisch aufgetrennt. Vielmehr wird eine kleine Menge RNA auf eine Nukleinsäure bindende Membran aufgebracht und durch Hitzeeinwirkung immobilisiert. Mittels einer Nukleinsäuresonde, die beispielsweise radioaktiv markiert ist, kann nun festgestellt werden, ob eine bestimmte RNA-Sequenz in der auf der Membran immobilisierten Nukleinsäure vorhanden gewesen ist. Wie beim Northern Blot ist es auch mit dem Dot Blot nicht möglich, allein durch die Hybridisierungsbedingungen nur RNA spezifisch nachzuweisen. Aufreinigungsschritte vor der Immobilisierung sowie ein DNase- Verdau sind nötig, um spezifisch nur RNA nachzuweisen. A similar method for the detection of RNA is the dot blot. In contrast to the Northern blot in this method, the nucleic acids do not become prior to hybridization separated by electrophoresis. Rather, a small amount of RNA is applied to a nucleic acid-binding membrane and immobilized by the action of heat. By means of a nucleic acid probe, which is for example radioactively labeled, it can now be determined whether a particular RNA sequence has been present in the nucleic acid immobilized on the membrane. As with the Northern Blot, it is also not possible with the dot blot to specifically detect RNA only by the hybridization conditions. Purification steps before immobilization and DNase digestion are needed to specifically detect RNA only.

Eine Erweiterung des Dot Blots zum Hochdurchsatzverfahren stellt das Microarray dar. Hierbei wird die mRNA nach Umschreiben in cDNA durch Hybridisierung an kurze synthetische Oligonukleotide oder auch an längere DNA-Stücke nachgewiesen. Auch bei diesem Verfahren kann noch anwesende genomische DNA gleicher Sequenz die vergleichende Quantifizierung der ursprünglich vorhandenen mRNA-Menge erschweren. Zusätzlich weist die cDNA Synthese eine schwankende Effizienz auf, was eine zusätzliche mögliche Fehlerquelle für eine vergleichende Quantifizierung beim Microarray darstellt. An extension of the dot blot to the high-throughput method is the microarray. Here, the mRNA is detected by rewriting in cDNA by hybridization to short synthetic oligonucleotides or even to longer pieces of DNA. Even in this method, genomic DNA of the same sequence still present can make the comparative quantification of the originally present mRNA amount more difficult. In addition, the cDNA synthesis has a fluctuating efficiency, which represents an additional potential source of error for comparative quantification in the microarray.

Die im Stand der Technik am häufigsten verwendete Methode zum Nachweis und zur Quantifizierung von RNA stellt die quantitative RT-PCR dar. Vor der Amplifikation der mRNA in der PCR muss die mRNA zunächst mittels der Reversen Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden. Hierbei besteht die Gefahr von Artefakten durch die unterschiedliche Effizienz der Reversen Transkriptase beim Umschreiben der mRNA in cDNA. Diese Effizienz ist vor allem abhängig von der Sekundärstruktur der umzuschreibenden mRNA. Aufgrund der exponentiellen Reaktionskinetik bei der Amplifikation der cDNA ist die Fehlerfortpflanzung ebenfalls exponentiell. Je nachdem, wie die Primer für die Amplifikation der cDNA gewählt werden können, stört noch anwesende genomische DNA aus der Nukleinsäurepräparation, da diese zusammen mit der cDNA in der quantitativen PCR amplifiziert wird. Um dies zu vermeiden, muss mit Hilfe von DNase die noch verbliebene residuale genomische DNA vor der cDNA Synthese zerstört werden. Allen hier aufgeführten Methoden aus dem Stand der Technik zum spezifischen Nachweis von RNA ist gemein, dass diese Technologien per se nicht zwischen DNA und RNA diskriminieren können. Zwar sind im Stand der Technik Aufreinigungsmethoden zur Präparation von Nukleinsäuren bekannt, die bevorzugt RNA aufreinigen, jedoch sind diese Methoden nicht absolut, d.h., auch bei einer RNA Präparation findet sich noch immer eine gewisse Menge DNA. Diese Reste kontaminierender DNA stören den Nachweis der spezifischen RNA durch die oben beschriebenen Methoden aus dem Stand der Technik. Um die Reste kontaminierender DNA, die bei der Präparation der RNA zwangsläufig auftauchen, zu eliminieren, ist es nötig, diese mit Hilfe von spezifischen Nukleasen, den so genannten DNasen, enzymatisch abzubauen. Dies bedeutet nicht nur einen zusätzlichen Arbeitsschritt, der zeitaufwendig und kostenintensiv ist, zudem besteht bei einem DNase Verdau die Gefahr, dass die DNase mit RNasen kontaminiert sein kann, so dass nicht nur die unerwünschte DNA, sondern auch die nachzuweisende RNA degradiert werden würde. The most frequently used method for the detection and quantification of RNA in the prior art is the quantitative RT-PCR. Before the amplification of the mRNA in the PCR, the mRNA must first be transcribed into cDNA by means of reverse transcriptase. There is a risk of artifacts due to the different efficiency of the reverse transcriptase when rewriting the mRNA into cDNA. This efficiency is primarily dependent on the secondary structure of the mRNA to be rewritten. Due to the exponential reaction kinetics in the amplification of the cDNA, the error propagation is also exponential. Depending on how the primers can be chosen for the amplification of the cDNA, still present genomic DNA interferes with the nucleic acid preparation, since this is amplified together with the cDNA in the quantitative PCR. In order to avoid this, the remaining residual genomic DNA must be destroyed with the aid of DNase before the cDNA synthesis. All of the methods listed here for the specific detection of RNA from the prior art have in common that these technologies per se can not discriminate between DNA and RNA. Although purification methods for the preparation of nucleic acids are known in the prior art, which preferably purify RNA, but these methods are not absolute, ie, even in an RNA preparation is still one certain amount of DNA. These residues of contaminating DNA interfere with the detection of the specific RNA by the methods of the prior art described above. In order to eliminate the residues of contaminating DNA, which inevitably occur during the preparation of the RNA, it is necessary to enzymatically degrade them with the aid of specific nucleases, the so-called DNases. This not only means an additional step, which is time-consuming and cost-intensive, moreover, with a DNase digestion there is the danger that the DNase may be contaminated with RNases, so that not only the unwanted DNA but also the RNA to be detected would be degraded.

Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, die Nachteile des Standes der Technik zu überwinden und ein kostengünstiges und wenig zeitaufwendiges Verfahren zum spezifischen Nachweis von Ribonukleinsäuren bereitzustellen, ohne dass während der Detektion eventuell vorhandene DNA mit diesem Nachweis interferiert. The object of the present invention is to overcome the disadvantages of the prior art and to provide a cost-effective and less time-consuming method for the specific detection of ribonucleic acids without any DNA present during the detection interfering with this detection.

Diese Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren gemäß Anspruch 1 zum spezifischen Nachweis von Ribonukleinsäruen, umfassend die folgenden Verfahrensschritte: This object is achieved by a method according to claim 1 for the specific detection of ribonucleic acids, comprising the following method steps:

a) Ausbilden eines Duplex durch Hybridisierung einer ersten Nukleinsäure (NAl) an eine mindestens teilweise komplementäre zweite Nukleinsäure (NA2), wobei NAl mindestens ein nicht natürlich vorkommendes Nukleotid enthält, das mindestens eine Modifikation an einem Zuckerrest aufweist und wobei NA2 ebenfalls mindestens ein nicht natürlich vorkommendes Nukleotid enthält, das mindestens eine Modifikation an einem Zuckerrest aufweist oder eine nicht modifizierte Desoxyribonukleinsäure ist; a) forming a duplex by hybridization of a first nucleic acid (NA1) to an at least partially complementary second nucleic acid (NA2), wherein NA1 contains at least one non-naturally occurring nucleotide having at least one modification to a sugar residue and wherein NA2 is also at least one non-natural containing occurring nucleotide having at least one modification to a sugar residue or is an unmodified deoxyribonucleic acid;

b) in Kontakt bringen des Duplex aus Schritt a) mit einer nachzuweisenden Ribonukleinsäure (NA3), die mindestens teilweise Sequenzhomologie mit NA2 aufweist; b) contacting the duplex from step a) with a ribonucleic acid (NA3) to be detected which has at least partial sequence homology with NA2;

c) Hybridisierung von NA3 an NAl, wobei NA2 von NAl verdrängt wird und ein Duplex aus NA3 und NAl ausgebildet wird; c) hybridization of NA3 to NA1, whereby NA2 is displaced by NA1 and a duplex of NA3 and NA1 is formed;

d) Detektion des Verdrängungsereignisses aus Schritt c). d) detection of the displacement event from step c).

Das Verfahren nach Anspruch 1 eignet sich besonders zum Nachweis von spezifischen Nukleinsäuren. Dazu ist bevorzugt, dass die modifizierte Nukleinsäure NAl in Schritt a) in Anspruch 1 mit einer weiteren Nukleinsäure NA2, die entweder DNA oder ebenfalls eine modifizierte Nukleinsäure ist, als Duplex vorliegt. Ganz besonders bevorzugt ist es, wenn die modifizierte Nukleinsäure NAl in Schritt a) in Anspruch 1 mit einer DNA als Duplex vorliegt. The method according to claim 1 is particularly suitable for the detection of specific nucleic acids. It is preferred for this that the modified nucleic acid NA1 in step a) in claim 1 is present as duplex with a further nucleic acid NA2, which is either DNA or also a modified nucleic acid. It is very particularly preferred if the modified nucleic acid NA1 is present in step a) in claim 1 with a DNA as duplex.

Der Duplex zwischen NAl und NA2 wird üblicherweise durch zwei zumindest teilweise zueinander komplementäre Nukleinsäuren ausgebildet. Durch jeweils freie einzelsträngige Bereiche an NAl und NA2 ist es aber auch denkbar, dass der Komplex nicht nur aus zwei Nukleinsäuren, sondern aus zwei oder mehr Nukleinsäuren aufgebaut ist, die jeweils zueinander überlappende Bereiche aufweisen, so dass in der Gesamtheit ebenfalls ein Nuklemsäuredoppelstrang ausgebildet wird, wobei der jeweilige Einzelstrang aus NAl oder NA2 dabei nicht über die volle Länge kovalent verbunden ist. The duplex between NA1 and NA2 is usually formed by two at least partially mutually complementary nucleic acids. However, by free single-stranded regions on NA1 and NA2, it is also conceivable that the complex is composed not only of two nucleic acids, but of two or more nucleic acids, each having overlapping regions, so that a nucleic acid double strand is likewise formed in the entirety , wherein the respective single strand of NAl or NA2 is not covalently connected over the full length.

Die nachzuweisende Nukleinsäure NA3 ist in dem erfindungsgemäßen Verfahren eine Ribonukleinsäure. Bei der Ribonukleinsäure NA3 kann es sich um eine natürlich vorkommende RNA, aber auch um eine nicht natürlich vorkommende RNA handeln. The nucleic acid NA3 to be detected is a ribonucleic acid in the method according to the invention. The ribonucleic acid NA3 may be a naturally occurring RNA, but may also be a non-naturally occurring RNA.

Zu den natürlich vorkommenden RNAs, die im erfindungsgemäßen Verfahren nachgewiesen werden können, gehören beispielsweise mRNAs, nicht-kodierende RNAs sowie virale RNAs. The naturally occurring RNAs which can be detected in the method according to the invention include, for example, mRNAs, noncoding RNAs and viral RNAs.

Unter nicht-kodierenden RNAs werden RNA- Moleküle verstanden, die nicht wie die mRNA in Proteine übersetzt werden sondern nach der Transkription eine Funktion haben. Darunter fallen unter anderem rRNAs, tRNAs, miRNAs, siRNAs, piRNAs, tiRNAs, antisense RNAs, Riboswitches und Ribozyme. Weitere nicht-kodiernde RNAs sind dem Fachmann geläufig. Non-coding RNAs are understood to mean RNA molecules which, unlike the mRNA, are not translated into proteins but have a function after transcription. These include rRNAs, tRNAs, miRNAs, siRNAs, piRNAs, tiRNAs, antisense RNAs, riboswitches and ribozymes. Other non-coding RNAs are familiar to the person skilled in the art.

In einer bevorzugten Ausführungsform handelt es sich bei den nachzuweisenden RNAs um natürlich vorkommende RNAs. Nicht natürlich vorkommende RNAs können in einem den Fachmann bekannten in vitro Verfahren hergestellt werden. Zu diesen Verfahren gehören beispielsweise die in vitro Transkription und die Nukleinsäuresynthese. In a preferred embodiment, the RNAs to be detected are naturally occurring RNAs. Non-naturally occurring RNAs can be prepared in an in vitro method known to those skilled in the art. These methods include, for example, in vitro transcription and nucleic acid synthesis.

Eine weitere Möglichkeit, nicht natürlich vorkommende Nukleinsäuren herzustellen, besteht darin, natürlich vorkommende Nukleinsäuren zu modifizieren. Dazu gehören beispielsweise die chemische Umwandlung durch oxidierende oder reduzierende Agenzien oder die Ankopplung von funktionellen Gruppen wie beispielsweise Methylierungen an die natürlich vorkommenden Nukleinsäuren. Weitere Verfahren zur Herstellung von nicht natürlich vorkommenden Ribonukleinsäuren sowie weitere Möglichkeiten zur Modifikation natürlich vorkommender Nukleinsäuren sind dem Fachmann geläufig. In einer bevorzugten Ausführungsform ist mindestens eine Nukleinsäure des Duplex aus Schritt a) in Anspruch 1 an eine feste Phase gekoppelt. Another way to produce non-naturally occurring nucleic acids is to modify naturally occurring nucleic acids. These include, for example, the chemical conversion by oxidizing or reducing agents or the coupling of functional groups such as methylation to the naturally occurring nucleic acids. Other methods for the preparation of non-naturally occurring ribonucleic acids and other possibilities for the modification of naturally occurring nucleic acids are familiar to the expert. In a preferred embodiment, at least one nucleic acid of the duplex from step a) in claim 1 is coupled to a solid phase.

In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist die NA1 des Duplex aus Schritt a) in Anspruch 1 an eine feste Phase gekoppelt. In a particularly preferred embodiment, the NA1 of the duplex from step a) in claim 1 is coupled to a solid phase.

In einer weiteren Ausführungsform sind sowohl die NA1 als auch die NA2 des Duplex aus Schritt a) in Anspruch 1 an unterschiedliche feste Phasen gekoppelt. In another embodiment, both the NA1 and NA2 of the duplex of step a) in claim 1 are coupled to different solid phases.

Als feste Phase kommen beispielsweise magnetische oder nicht magnetische Partikel, planare oder gebogene Oberflächen, Gefäßwände oder Pipettenspitzen in Frage. Weitere geeignete feste Phasen sind dem Fachmann geläufig. As a solid phase, for example, magnetic or non-magnetic particles, planar or curved surfaces, vessel walls or pipette tips come into question. Other suitable solid phases are familiar to the person skilled in the art.

In einer bevorzugten Ausführungsform ist der Duplex aus Schritt a) in Anspruch 1 einfach oder mehrfach detektierbar markiert. Die Markierung oder die Markierungen können sich am 5 '-Ende, am 3 '-Ende oder an jedem beliebigen Nukleotid einer oder beider Nukleinsäuren des Duplex befinden. In a preferred embodiment, the duplex from step a) in claim 1 is marked in a single or multiple detectable manner. The label or labels may be at the 5 'end, at the 3' end, or at any nucleotide of one or both of the nucleic acids of the duplex.

Gebräuchliche Markierungen von Nukleinsäuren umfassen beispielsweise Fluoreszenzfarbstoffe, Quencher, Radioaktivität, Chemilumineszenz, Nanopartikel von Metallen wie beispielsweise Gold oder Silber, Quantum Dots, Antikörper, Biotin, Avidin, Streptavidin, Streptactin, Digoxigenin und Enzyme. Weitere Möglichkeiten der Markierungen von Nukleinsäuren sind dem Fachmann geläufig. Common labels of nucleic acids include, for example, fluorescent dyes, quenchers, radioactivity, chemiluminescence, nanoparticles of metals such as gold or silver, quantum dots, antibodies, biotin, avidin, streptavidin, streptactin, digoxigenin, and enzymes. Further possibilities of labeling nucleic acids are familiar to the person skilled in the art.

Entsprechende Verfahren zur Detektion und zum Nachweis von Nukleinsäuren sind dem Fachmann ebenfalls bekannt. Zu den gebräuchlichen Verfahren gehören beispielsweise Fluoreszenzmikroskopie, Analyse mit FACS Geräten, Spectrophotometern und anderen Fluoreszenz-Lesegeräten, Autoradiographie, Szintillation, Nachweisverfahren mittels Enzym- Substratreaktion wie z.B. mittels Alkalischer Phosphatase oder Peroxidase, indirekte Nachweisverfahren z.B. mit Hilfe von Antikörpern, optische Detektionssysteme wie Surface Plasmon Resonance (SPR) und weitere Interferenz -basierte Verfahren. Corresponding methods for the detection and detection of nucleic acids are likewise known to the person skilled in the art. Common methods include, for example, fluorescence microscopy, analysis with FACS instruments, spectrophotometers and other fluorescence readers, autoradiography, scintillation, enzyme-substrate reaction detection methods, e.g. by alkaline phosphatase or peroxidase, indirect detection methods e.g. with the help of antibodies, optical detection systems such as Surface Plasmon Resonance (SPR) and other interference-based methods.

Gemäß der vorliegenden Erfindung ist die Modifikation der Nukleotide so gewählt, dass die Spezifität der Basenpaarung erhalten bleibt und die Basen der modifizierten Nukleinsäure nicht modifiziert sind. Vielmehr ist der Zuckerrest der Nukleotide modifiziert. Die Modifikation am Zuckerrest ist so gewählt, dass sich die Affinität von DNA und RNA an die Nukleotide mit modifiziertem Zuckerrest unterscheidet und sich somit auch Unterschiede in der Schmelztemperatur ergeben. Die Modifikation ist so gewählt, dass die Schmelztemperatur eines Duplexes aus modifizierter Nukleinsäure und RNA signifikant höher liegt als die Schmelztemperatur eines Duplexes aus modifizierter Nukleinsäure und DNA. According to the present invention, the modification of the nucleotides is chosen so that the specificity of the base pairing is retained and the bases of the modified nucleic acid are not modified. Rather, the sugar residue of the nucleotides is modified. The modification on the sugar residue is chosen so that the affinity of DNA and RNA to the Nucleotides with modified sugar residue differs and thus also result in differences in the melting temperature. The modification is chosen such that the melting temperature of a duplex of modified nucleic acid and RNA is significantly higher than the melting temperature of a duplex of modified nucleic acid and DNA.

In einer bevorzugten Ausführungsform ist dieser Zuckerrest eine Ribose. In a preferred embodiment, this sugar residue is a ribose.

In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist die mindestens eine Modifikation am In a particularly preferred embodiment, the at least one modification is on

Zuckerrest einer Ribose eine Modifikation durch einen Substituenten am 2 'C- Atom desSugar residue of a ribose a modification by a substituent on the 2 'C atom of

Zuckerrestes. Sugar residue.

In einer ganz besonders bevorzugten Ausführungsform gehört die Modifikation am 2'C-Atom des Zuckerrestes einer Ribose zur Gruppe der Hydroxyalkyl-oxymethyl Substituenden, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt handelt es sich um einen 2'-0-[((2R,3S)-2,3,4- trihydroxy-butyl)oxymethyl Substituenten, nachfolgend als (DL)-C₄ bezeichnet. Zur näheren Erläuterung ist die Strukturformel dieses Substituenten in Abbildung 1 angegeben. In a very particularly preferred embodiment, the modification at the 2'C atom of the sugar residue of a ribose belongs to the group of the hydroxyalkyl-oxymethyl substituents, moreover very particular preference is given to a 2'-O - [((2R, 3S) - 2,3,4-trihydroxy-butyl) oxymethyl substituent, hereinafter referred to as (DL) -C ₄ . For further explanation, the structural formula of this substituent is given in Figure 1.

In einer bevorzugten Ausführungsform ist mehr als ein Nukleotid in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, besonders bevorzugt sind mindestens 30% aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifziert, ganz besonders bevorzugt sind mindestens 50% aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt sind mindestens 70% aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt sind mindestens 80%> aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt sind mindestens 90% aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt sind mindestens 95% aller Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert, darüber hinaus ganz besonders bevorzugt sind alle Nukleotide in der modifizierten Nukleinsäure modifiziert. Beim Verwenden einer Nukleinsäure NA1, aufweisend mindestens ein modifiziertes Nukleotid, ergibt sich im Vergleich zu einer nicht modifizierten Nukleinsäure gleicher Sequenz ein Unterschied in der Schmelztemperatur, wenn diese modifizierte Nukleinsäure NA1 mit einer Ribonukleinsäure (RNA) oder Desoxyribonukleinsäure (DNA) hybridisiert ist. Während die Unterschiede in der Schmelztemperatur zwischen DNA-DNA, DNA-RNA und RNA-RNA Duplexen bei gleicher Sequenz abhängig von der spezifischen Sequenz, ihrem GC-Gehalt und der Länge der hybridisierenden Nukleinsäuren nur sehr gering sind und nur wenige Grad Celsius ausmachen, kann der Unterschied in der Schmelztemperatur deutlich erhöht sein, wenn ein oder mehrere Ribonukleotide an einem RNA- oder DNA-Strang an ihrem Zuckerrest modifiziert sind, also eine im Sinne der Erfindung modifizierte Nukleinsäure vorliegt. So unterscheiden sich Duplexe aus modifizierter Nukleinsäure mit DNA bzw. RNA deutlich in ihrer Schmelztemperatur, wobei die Duplexe aus modifizierter Nukleinsäure und RNA eine signifikant höhere Schmelztemperatur aufweisen als die Duplexe aus modifizierter Nukleinsäure mit DNA. Der genaue Unterschied in der Schmelztemperatur ist dabei abhängig von der Basenfolge und der Länge des Duplex sowie vom Anteil der modifizierten Nukleotide in der Nukleinsäure. In a preferred embodiment, more than one nucleotide is modified in the modified nucleic acid, more preferably at least 30% of all nucleotides are modified in the modified nucleic acid, very particularly preferably at least 50% of all nucleotides in the modified nucleic acid are modified, moreover are very particularly preferred In addition, at least 80% of all nucleotides in the modified nucleic acid are modified, moreover at least 80% of all nucleotides in the modified nucleic acid are modified, moreover at least 90% of all nucleotides in the modified nucleic acid are modified, moreover very particularly Preferably, at least 95% of all nucleotides in the modified nucleic acid are modified, moreover, very particular preference is given to modifying all nucleotides in the modified nucleic acid. When using a nucleic acid NA1 having at least one modified nucleotide, there is a difference in the melting temperature compared to an unmodified nucleic acid of the same sequence when this modified nucleic acid NA1 is hybridized with a ribonucleic acid (RNA) or deoxyribonucleic acid (DNA). While the differences in the melting temperature between DNA-DNA, DNA-RNA and RNA-RNA duplexes with the same sequence depending on the specific sequence, their GC content and the length of the hybridizing nucleic acids are very low and only a few degrees Celsius, can the difference in the melting temperature may be markedly increased if one or more ribonucleotides on an RNA or DNA strand are modified on their sugar moiety, ie a nucleic acid modified in the sense of the invention is present. Thus, duplexes of modified nucleic acid with DNA or RNA differ markedly in their melting temperature, wherein the duplexes of modified nucleic acid and RNA have a significantly higher melting temperature than the duplexes of modified nucleic acid with DNA. The exact difference in the melting temperature is dependent on the base sequence and the length of the duplex and the proportion of modified nucleotides in the nucleic acid.

Während eine Nukleinsäure, die nur aus nicht-modifizierten Desoxyribo- oder Ribonukleotiden besteht, mit in etwa der gleichen Affinität sowohl DNA als auch RNA bindet, ist die Affinität einer Nukleinsäure, die mindestens eine erfindungsgemäße Modifikation besitzt, für DNA und RNA sehr unterschiedlich. Duplexe aus modifizierter Nukleinsäure und RNA besitzen eine wesentlich höhere Schmelztemperatur und damit höhere Affinität zueinander als Duplexe mit der gleichen Nukleotidab folge aus modifizierter Nukleinsäure mit DNA oder Duplexe aus zwei modifizierten Nukleinsäuren. While a nucleic acid consisting only of unmodified deoxyribo- or ribonucleotides binds both DNA and RNA with approximately the same affinity, the affinity of a nucleic acid having at least one modification according to the invention is very different for DNA and RNA. Duplexes of modified nucleic acid and RNA have a significantly higher melting temperature and thus higher affinity for each other than duplexes with the same Nukleotidab sequence of modified nucleic acid with DNA or duplexes of two modified nucleic acids.

Dies wird in dem erfindungsgemäßen Verfahren ausgenutzt. Würde in den Schritten a) und c) aus Anspruch 1 im erfindungsgemäßen Verfahren als NA1 eine nicht modifizierte DNA oder RNA verwendet, die an Nukleinsäuren mit komplementärer Basenfolge hybridisiert, so würde diese in etwa gleichermaßen RNA und DNA mit der komplementären Sequenz binden. This is utilized in the process according to the invention. If, in steps a) and c) of claim 1, an unmodified DNA or RNA that hybridizes to nucleic acids with complementary base sequence would be used as NA1 in the method according to the invention, this would bind RNA and DNA with the complementary sequence in approximately equal amounts.

Wird hingegen in den Schritten a) und c) im erfindungsgemäßen Verfahren als NA1 eine modifizierte Nukleinsäure verwendet, so ist die Bindung einer zu dieser in der Nukleotidsequenz komplementären RNA wesentlich wahrscheinlicher als die Bindung einer zu dieser komplementären DNA, wenn diese beiden Nukleinsäurespezies als Gemisch zur Hybridisierung angeboten werden. If, on the other hand, a modified nucleic acid is used as NA1 in steps a) and c) in the method according to the invention, the binding of a complementary RNA to this in the nucleotide sequence is much more likely than the binding of a complementary to this DNA, if these two nucleic acid species as a mixture Hybridization are offered.

Die Affinität einer modifizierten Nukleinsäure zu einer komplementären weiteren modifizierten Nukleinsäure ist in etwa in derselben Größenordnung wie die Affinität einer modifizierten Nukleinsäure zu einer DNA. The affinity of a modified nucleic acid for a complementary further modified nucleic acid is about the same order of magnitude as the affinity of a modified nucleic acid for a DNA.

Demzufolge können erfindungsgemäß als NA2 entweder eine DNA oder eine weitere modifizierte Nukleinsäure verwendet werden, um einen Duplex mit NA1 auszubilden. Erfindungsgemäß wird demzufolge ein Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA oder aus modifizierter Nukleinsäure mit einer weiteren modifizierten Nukleinsäure in Schritt a) aus Anspruch 1 ausgebildet. Wird dieser Duplex aus NAl und NA2 in Schritt b) aus Anspruch 1 in Kontakt gebracht mit einer Ribonukleinsäure NA3 mit einer zumindest teilweisen Sequenzhomologie zur NA2, die eine modifizierte Nukleinsäure oder DNA sein kann, so ist diese Ribonukleinsäure durch ihre höhrere Affinität zur modifizierten Nukleinsäure NAl in der Lage, die DNA oder modifizierte Nukleinsäure (NA2) aus dem Duplex mit der NAl zu verdrängen und selbst mit der modifizierten Nukleinsäure NAl einen Duplex auszubilden. Das Ergebnis ist folglich ein Duplex aus modifizierter Nukleinsäure NAl mit der nachzuweisenden Ribonukleinsäure NA3. Accordingly, according to the invention, either DNA or another modified nucleic acid can be used as NA2 to form a duplex with NA1. According to the invention, a duplex of modified nucleic acid and DNA or of modified nucleic acid with a further modified nucleic acid in step a) of claim 1 is accordingly formed. If this duplex of NA1 and NA2 in step b) of claim 1 is brought into contact with a ribonucleic acid NA3 having an at least partial sequence homology to NA2, which may be a modified nucleic acid or DNA, this ribonucleic acid is due to its higher affinity for the modified nucleic acid NA1 able to displace the DNA or modified nucleic acid (NA2) from the duplex with the NA1 and form a duplex even with the modified nucleic acid NA1. The result is therefore a duplex of modified nucleic acid NA1 with the ribonucleic acid NA3 to be detected.

Die Schmelztemperatur eines Duplex aus NAl und NA3 ist folglich höher als die Schmelztemperatur eines Duplex aus NAl und NA2. The melting temperature of a duplex of NAl and NA3 is therefore higher than the melting temperature of a duplex of NAl and NA2.

Durch die höhere Affinität von RNA an die modifizierte Nukleinsäure im Vergleich zu DNA ist es nicht erforderlich, für den Nachweis einer spezifischen RNA aus einem Nukleinsäuregemisch nach dem erfindungsgemäßen Verfahren zuvor DNA gleicher oder ähnlicher Sequenz aus diesem Gemisch zu entfernen, es muss also keine Aufreinigung der RNA erfolgen, bevor diese nachgewiesen wird. Due to the higher affinity of RNA for the modified nucleic acid compared to DNA, it is not necessary to previously remove DNA of the same or similar sequence from this mixture for the detection of a specific RNA from a nucleic acid mixture by the method according to the invention, ie no purification of the RNA is made before it is detected.

Der Nachweis einer spezifischen RNA aus einem Nukleinsäuregemisch wäre nicht möglich, wenn als NAl anstelle von modifizierter Nukleinsäure DNA oder RNA verwendet werden würde, da in diesem Fall RNA und DNA mit vergleichbarer Affinität an die NAl in Schritt c) binden würden und sowohl RNA als auch DNA nachgewiesen werden würden. The detection of a specific RNA from a nucleic acid mixture would not be possible if DNA or RNA were used as NA1 instead of modified nucleic acid, since in this case RNA and DNA with comparable affinity would bind to the NA1 in step c) and both RNA and DNA would be detected.

Im Gegensatz zu den anderen im Stand der Technik bekannten Verfahren ist es mit dem erfindungsgemäßen Verfahren nicht erforderlich, einen DNase Verdau oder eine Aufreinigung durchzuführen, um eine spezifische Ribonukleinsäure nachweisen zu können. Das erfindungsgemäße Verfahren ermöglicht also einen direkten Nachweis von spezifischer RNA, ist somit wesentlich kostengünstiger, schneller und weist keine Artefakte auf, wie sie durch ungleichmäßige Effizienz in der Aufreinigung oder der Amplifikation von unterschiedlichen Ribonukleinsäuren auftreten können. In contrast to the other methods known in the prior art, it is not necessary with the method according to the invention to carry out a DNase digestion or a purification in order to be able to detect a specific ribonucleic acid. Thus, the method of the invention allows for direct detection of specific RNA, is thus much less expensive, faster and has no artifacts, as they can occur due to uneven efficiency in the purification or amplification of different ribonucleic acids.

Die Temperatur bei der Ausbildung des Duplex in Schritt a) aus Anspruch 1 ist so gewählt, dass die Temperatur unterhalb der Schmelztemperatur des Duplex zwischen der NAl und der NA2 liegt. In einer bevorzugten Ausfuhrungsform werden die Nukleinsäuren NA1 und NA2 auf eine Temperatur erhitzt, die mindestens um etwa 10 °C oberhalb der Schmelztemperatur ihres Duplex liegt, und langsam bis auf Raumtemperatur abkühlen gelassen. Sobald die Reaktionstemperatur unterhalb der Schmelztemperatur des Duplex liegt, beginnt sich der Duplex zwischen NA1 und NA2 auszubilden. The temperature in forming the duplex in step a) of claim 1 is selected so that the temperature is below the melting temperature of the duplex between the NA1 and the NA2. In a preferred embodiment, the nucleic acids NA1 and NA2 are heated to a temperature which is at least about 10 ° C above the melting temperature of their duplex, and allowed to cool slowly to room temperature. Once the reaction temperature is below the melting temperature of the duplex, the duplex begins to form between NA1 and NA2.

Die Temperatur bei der Hybridisierung in Schritt c) aus Anspruch 1 kann im Prinzip bei jeder Temperatur durchgeführt werden, die unterhalb der Schmelztemperatur des Duplex aus NA1 und NA2 liegt. Unter diesen Temperaturbedingungen ist es möglich, dass die RNA (NA3) die NA2 aus dem Duplex mit der modifizierten Nukleinsäure (NA1) verdrängt. Läge die Reaktionstemperatur oberhalb der Schmelztemperatur des Duplex aus NA1 und NA2, so würde die NA2 auch ohne Anwesenheit einer spezifischen RNA aus dem Duplex mit NA1 dehybridisieren, da ihre Affinität zur NA1 zu gering wäre. The temperature in the hybridization in step c) of claim 1 can in principle be carried out at any temperature which is below the melting temperature of the duplex of NA1 and NA2. Under these temperature conditions, it is possible that the RNA (NA3) displaces the NA2 from the duplex with the modified nucleic acid (NA1). If the reaction temperature were above the melting temperature of the duplex from NA1 and NA2, the NA2 would also dehybridize to NA1 without the presence of a specific RNA from the duplex, since its affinity to NA1 would be too low.

Der Fachmann kann die Temperatur in Schritt c) aus Anspruch 1 so wählen, dass für ihn optimale Bedingungen bezüglich der Reaktionszeit und der Spezifität des Nachweises der RNA vorliegen. Während die Reaktionskinetik bei einer Hybridisierungstemperatur, die nur wenige °C unterhalb der Schmelztemperatur des NA1-NA2 Duplexes liegt, höher ist, und somit der Nachweis der spezifischen RNA schneller vonstatten geht, ist die Spezifität des Nachweises der spezifischen RNA höher, wenn die Hybridisierungstemperatur um mehr als etwa 10 °C unterhalb der Schmelztemperatur des Duplex zwischen NA1 und NA2 liegt. The person skilled in the art can choose the temperature in step c) of claim 1 in such a way that optimal conditions for the reaction time and the specificity of the detection of the RNA are present for him. While the reaction kinetics are higher at a hybridization temperature only a few degrees below the melting temperature of the NA1-NA2 duplex, and thus the detection of specific RNA is faster, the specificity of detecting the specific RNA is higher when the hybridization temperature is around is more than about 10 ° C below the melting temperature of the duplex between NA1 and NA2.

Weitere Parameter, die die Schmelztemperatur von Nukleinsäuren beeinflussen sind beispielsweise die Länge und der GC-Gehalt der Nukleinsäure, die Salzkonzentration und die Art der Salze im Hybridisierungspuffer sowie das Vorhandensein weiterer Agenzien wie beispielsweise denaturierende Substanzen. Weitere Einfiussfaktoren sind dem Fachmann bekannt. Further parameters which influence the melting temperature of nucleic acids are, for example, the length and the GC content of the nucleic acid, the salt concentration and the type of salts in the hybridization buffer and the presence of further agents such as denaturing substances. Further influencing factors are known to the person skilled in the art.

Der Fachmann wird aufgrund der Kenntnis aller Einflussfaktoren entsprechend die Reaktionstemperatur für Schritt c) auswählen. Abbildungen: The person skilled in the art will accordingly select the reaction temperature for step c) on the basis of the knowledge of all influencing factors. pictures:

Abbildung 1 zeigt die Strukturformel eines Ribonukleotids mit 2^'-0-[((2R,3S)-2,3,4- trihydroxy-butyl)oxymethyl] Substituenten. Figure 1 shows the structural formula of a ribonucleotide with 2 ^'-0 - [((2R, 3S) -2,3,4-trihydroxy-butyl) oxymethyl] substituent.

Abbildung 2 zeigt die Schmelzkurvenanalyse eines Duplex zwischen modifizierter Nukleinsäure und RNA bzw. modifizierter Nukleinsäure und DNA. Auf der x- Achse ist die Temperatur, auf der y-Achse die Optische Dichte bei 260 nm angegeben. Details zum Versuch sind im Beispiel 3 angegeben. Figure 2 shows the melting curve analysis of a duplex between modified nucleic acid and RNA or modified nucleic acid and DNA. The temperature is plotted on the x-axis, and the optical density at 260 nm on the y-axis. Details of the experiment are given in Example 3.

Abbildung 3 zeigt die Verdrängung von DNA (helle Balken) durch RNA (dunkle Balken) aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure. Auf der x-Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Abbildung 4 zeigt die Verdrängung von Fluoreszenz markierter DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch unmarkierte RNA in Anwesenheit von nicht sequenzhomologer RNA und DNA. Auf der x- Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Abbildung 5 zeigt die Verdrängung von Fluoreszenz markierter DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch unmarkierte RNA in Anwesenheit eines Zell-Lysates aus menschlichen Zellkultur-Zellen. Auf der x- Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Abbildung 6 zeigt die Verdrängung von Fluoreszenz markierter DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure, die mit einem Quencher markiert ist, durch unmarkierte RNA. In der Abbildung ist die Fluoreszenz der freigesetzten DNA gezeigt. Als 100 % wurde die Fluoreszenzmenge der freien DNA definiert, als 0 % die Fluoreszenzmenge, bei der die gesamte DNA im Duplex mit modifizierter Nukleinsäure vorlag. Auf der x-Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Figure 3 shows the displacement of DNA (light bars) by RNA (dark bars) from the duplex with modified nucleic acid. The x-axis shows the relative amount of RNA (in%) relative to the duplex, and the y-axis the relative fluorescence. Figure 4 shows the displacement of fluorescently labeled DNA from the duplex with modified nucleic acid by unlabelled RNA in the presence of non-sequence homologous RNA and DNA. The relative amount of RNA (in%) in relation to the duplex amount is indicated on the x-axis, and the relative fluorescence on the y-axis. Figure 5 shows the displacement of fluorescently labeled DNA from the duplex with modified nucleic acid by unlabeled RNA in the presence of a cell lysate from human cell culture cells. The relative amount of RNA (in%) in relation to the duplex amount is indicated on the x-axis, and the relative fluorescence on the y-axis. Figure 6 shows the displacement of fluorescently labeled DNA from the duplex with modified nucleic acid labeled with a quencher by unlabeled RNA. The figure shows the fluorescence of the released DNA. The fluorescence amount of the free DNA was defined as 100%, and the fluorescent amount at which the entire DNA was present in the duplex with modified nucleic acid was 0%. The x-axis shows the relative amount of RNA (in%) relative to the duplex, and the y-axis the relative fluorescence.

Abbildung 7 zeigt den Nachweis von sequenzhomologer RNA. Bei den hellen Balken wurde zusätzlich nicht sequenzhomologe RNA verwendet, bei den dunklen Balken nicht. Auf der x- Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Figure 7 shows the detection of sequence-homologous RNA. In addition, non-sequence-homologous RNA was used for the light bars, but not for the dark bars. On the x Axis is the relative amount of RNA (in%) expressed in relation to the duplex, and the relative fluorescence on the y-axis.

Abbildung 8 zeigt den Nachweis von sequenzhomologer RNA. Bei den hellen Balken wurde zusätzlich Zell-Lysat von menschlichen Zellkultur-Zellen verwendet, bei den dunklen Balken nicht. Auf der x-Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Figure 8 shows the detection of sequence-homologous RNA. The light bars additionally used cell lysate from human cell culture cells, but not at the dark bars. The x-axis shows the relative amount of RNA (in%) relative to the duplex, and the y-axis the relative fluorescence.

Abbildung 9 zeigt den Nachweis von langer sequenzhomologer RNA. Auf der x- Achse ist die relative Menge an RNA (in %) in Relation zur Duplexmenge angegeben, auf der y- Achse die relative Fluoreszenz. Figure 9 shows the detection of long sequence homologous RNA. The relative amount of RNA (in%) in relation to the duplex amount is indicated on the x-axis, and the relative fluorescence on the y-axis.

Beispiele: Examples:

Die nachfolgenden Beispiele sind dazu gedacht, die Erfindung weiter zu erläutern, ohne dass diese auf die Ausführungsbeispiele beschränkt sein soll. The following examples are intended to further illustrate the invention without it being limited to the embodiments.

Verwendete Sequenzen: Sequences used:

SeqA: 5 -GUUGCAUCAGAUACdT (im Fall von modifizierter Nukleinsäure und RNA)SeqA: 5 -GUUGCAUCAGAUACdT (in the case of modified nucleic acid and RNA)

5 -GTTGCATCAGATACT (im Fall von DNA) 5 -GTTGCATCAGATACT (in the case of DNA)

SeqB: 5 -GUAUCUGAUGCAACdT (im Fall von modifizierter Nukleinsäure und RNA) SeqB: 5 -GTATCTGATGCAACT (im Fall von DNA) SeqB: 5-GUAUCUGAUGCAACdT (in the case of modified nucleic acid and RNA) SeqB: 5 -GTATCTGATGCAACT (in the case of DNA)

SeqX: 5 -TGCCAACCCCGAGAAGAAATG (im Fall von DNA) SeqX: 5 -TGCCAACCCCGAGAAGAAATG (in the case of DNA)

5 -UGCCAACCCCGAGAAGAAAUdG (im Fall von RNA) 5 -UGCCAACCCCGAGAAGAAAUdG (in the case of RNA)

SeqY: 5 -CAUUUCUUCUCGGGGUUGGCdA SeqY: 5 -CAUUUCUUCUCGGGGUUGGCdA

RANTES: RANTES:

5 GGGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCCCCGGAGTTAATCCGGGACCTTTAATTC AACCCAACACAATATATTATAGTTAAATAAGAATTATTATCAAATCATTTGTATA TTAATTAAAATACTATACTGTAAATTACATTTTATTTACAATCAAAGGAGATATAC CATGAAAGTCTCCGCTGCTGCTCTGGCCGTGATCCTGATCGCCACCGCCCTGTGC GCCCCTGCCAGCGCCAGCCCCTACAGCAGCGACACCACCCCCTGCTGCTTCGCCT ATATCGCCAGGCCCCTGCCCAGGGCCCACATCAAAGAGTACTTCTACACCAGCGG CAAGTGCTCCAACCCCGCCGTGGTGTTCGTGACCCGGAAGAACCGGCAAGTGTGT GCCAACCCCGAGAAGAAATGGGTGCGGGAGTACATCAACAGCCTGGAAATGAGC CACCACCACCACCACCACTGATAACTCGAGCACCACCATCACCATCACCATCACT AAGTGATTAACCTCAGGTGCAGGCTGCCTATCAGAAGGTGGTGGCTGGTGTGGCC AATGCCCTGGCTCACAAATACCACTGAGATCGATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATT ATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATT TATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACAT ATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGC AACATATGCCC ATATGTAACTAGCATAACCCCTTGGGGCCTCTAAACGGGTCTTG AGGGGTTTTTTGCTGAAAGCATGCGGAGGAAATTCT 5 GGGGAATTGTGAGCGGATAACAATTCCCCGGAGTTAATCCGGGACCTTTAATTC AACCCAACACAATATATTATAGTTAAATAAGAATTATTATCAAATCATTTGTATA TTAATTAAAATACTATACTGTAAATTACATTTTATTTACAATCAAAGGAGATATAC CATGAAAGTCTCCGCTGCTGCTCTGGCCGTGATCCTGATCGCCACCGCCCTGTGC GCCCCTGCCAGCGCCAGCCCCTACAGCAGCGACACCACCCCCTGCTGCTTCGCCT ATATCGCCAGGCCCCTGCCCAGGGCCCACATCAAAGAGTACTTCTACACCAGCGG CAAGTGCTCCAACCCCGCCGTGGTGTTCGTGACCCGGAAGAACCGGCAAGTGTGT GCCAACCCCGAGAAGAAATGGGTGCGGGAGTACATCAACAGCCTGGAAATGAGC CACCACCACCACCACCACTGATAACTCGAGCACCACCATCACCATCACCATCACT AAGTGATTAACCTCAGGTGCAGGCTGCCTATCAGAAGGTGGTGGCTGGTGTGGCC AATGCCCTGGCTCACAAATACCACTGAGATCGATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATT ATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATT TATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACAT ATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGC AACATATGCCC ATATGTAACTAGCATAACCCCTTGGGGCCTCTAAACGGGTCTTG AGGGGTTTTTTGCTGAAAGCATGCGGAGGAAATTCT

Beispiel 1 : Example 1 :

Verfahren zur Herstellung des Duplexes aus modifizierter Nukleinsäure und DNA an einer festen Phase Process for the preparation of the duplex of modified nucleic acid and DNA on a solid phase

Paramagnetische Mikropartikel mit Streptavidin-Funktionalisierung an der Oberfläche (Dynabeads Biotin Binder, Invitrogen) wurden umgepuffert in 50 μΐ Puffer 1 (10 mM Tris-Cl, pH 7,4; 150 mM NaCl; 0,01 % BSA). Zur Kopplung an diese Mikropartikel wurden 5 ^'- biotinylierte Oligonukleotide der Sequenz SeqB im zweifachen Überschuss relativ zu den Bindungsstellen auf den Partikeln gegeben und 25 Minuten unter Schütteln inkubiert. Nach der erfolgten Kopplung über die Biotin-Streptavidin Wechselwirkung wurden zwei Waschschritte mit jeweils 500 μΐ des Puffers 1 durchgeführt. Anschließend erfolgte die finale Aufnahme der Partikel in 50 μΐ Puffer 1. Als biotinylierte Oligonukleotide wurden am 2 ^' Zuckerrest mit (DL)-C₄ modifizierte Ribonukleinsäuren verwendet. Zu diesen modifizierten Oligonukleotiden wurden komplementäre DNA-Oligonukleotide gegeben und hybridisiert. Diese DNA-Oligonukleotide waren am 5 ^'-Ende mit dem Fluoreszenzfarbstoff FAM (6-FAM) markiert. Der Duplex aus modifiziertem Oligonukleotid und markierten DNA-Oligonukleotid wurde unter Lichtausschluss für 60 min bei Raumtemperatur und Schütteln ausgebildet. Anschließend wurde zweimal mit 500 μΐ Puffer 1 gewaschen und die Partikel bis zu ihrer Verwendung unter Lichtausschluss gelagert. In diesem Zustand können die Partikel mehrere Tage gelagert werden, bevor sie für den Nachweis von spezifischen Ribonukleinsäuren verwendet werden. Paramagnetic microparticles with surface streptavidin functionalization (Dynabeads biotin binder, Invitrogen) were buffered in 50 μM buffer 1 (10 mM Tris-Cl, pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.01% BSA). Biotinylated oligonucleotides of the sequence SEQB added in two-fold excess relative to the binding sites on the particles and incubated for 25 min with shaking - for coupling to these microparticles 5 ^'were. After the coupling via the biotin-streptavidin interaction two washing steps were carried out with 500 μΐ each of the buffer 1. Subsequently, the final uptake of the particles in 50 μΐ buffer 1 was carried out. As biotinylated oligonucleotides, ribonucleic acids modified with (DL) -C ₄ were used on the 2 ^' sugar residue. To these modified oligonucleotides, complementary DNA oligonucleotides were added and hybridized. These DNA oligonucleotides were labeled at the 5 ^' end with the fluorescent dye FAM (6-FAM). The duplex of modified oligonucleotide and labeled DNA oligonucleotide was designed with exclusion of light for 60 min at room temperature and shaking. It was then washed twice with 500 μM buffer 1 and the particles until their Use under the exclusion of light. In this state, the particles can be stored for several days before being used for the detection of specific ribonucleic acids.

Beispiel 2: Example 2:

Verfahren zur Herstellung des Duplexes aus modifizierter Nukleinsäure und DNA in flüssiger Phase Process for the preparation of the duplex of modified nucleic acid and DNA in the liquid phase

Der Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA in flüssiger Phase wurde in Puffer 1 (siehe Beispiel 1) hybridisiert. Es wurden DNA-Oligonukleotide mit der Sequenz SeqA verwendet, die am 3 ^'-Ende den Fluoreszenzfarbstoff Alexa 532 trugen sowie (DL)-C₄ Ribonukleotide, die am 5 ^'-Ende einen Black Hole Quencher BHQ1 (Biosearch Technologies Inc., Novato) trugen, so dass nach Ausbilden des Duplex keine Fluoreszenz detektierbar war. Der Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA wurde bis zu seiner Verwendung unter Lichtausschluss gelagert. In diesem Zustand kann der Duplex mehrere Tage gelagert werden, bevor er für den Nachweis von spezifischen Ribonukleinsäuren verwendet wird. The modified nucleic acid and liquid phase DNA duplex was hybridized in Buffer 1 (see Example 1). DNA oligonucleotides with the sequence SeqA were used, which carried the fluorescence dye Alexa 532 at the 3 ^' end and (DL) -C ₄ ribonucleotides, which at the 5 ^' end a black hole quencher BHQ1 (Biosearch Technologies Inc., Novato) carried so that no fluorescence was detectable after forming the duplex. The modified nucleic acid and DNA duplex was stored under exclusion of light until used. In this state, the duplex can be stored for several days before being used for the detection of specific ribonucleic acids.

Beispiel 3 : Example 3:

Schmelzverhalten der verschiedenen Duplexe Melting behavior of the different duplexes

Zwei Nukleinsäurestränge mit komplementärer Basenabfolge liegen unterhalb der Schmelztemperatur als Duplex vor. Dadurch, dass einzelsträngige Nukleinsäuren mehr UV- Licht der Wellenlänge 260 nm absorbieren als doppelsträngige Nukleinsäuren derselben Sequenz, lässt sich eine UV-Schmelzkurzve bei 260 nm aufnehmen. Für diesen Versuch wurden Duplexe gebildet, bestehend aus modifizierter Nukleinsäure der Sequenz SeqA und DNA der Sequenz SeqB, modifizierter Nukleinsäure der Sequenz SeqA und RNA der Sequenz SeqB, modifizierter Nukleinsäure der Sequenz SeqB und DNA der Sequenz SeqA sowie modifizierter Nukleinsäure der Sequenz SeqB und RNA der Sequenz SeqA. Als modifizierte Ribonukleotide wurden am 2^' Zuckerrest mit (DL)-C₄ modifizierte Ribonukleotide verwendet. Two nucleic acid strands with complementary base sequence are below the melting temperature as duplex. Since single-stranded nucleic acids absorb more UV light of wavelength 260 nm than double-stranded nucleic acids of the same sequence, a UV melting peak at 260 nm can be recorded. For this experiment duplexes were formed consisting of modified nucleic acid of the sequence SeqA and DNA of the sequence SeqB, modified nucleic acid of the sequence SeqA and RNA of the sequence SeqB, modified nucleic acid of the sequence SeqB and DNA of the sequence SeqA and modified nucleic acid of the sequence SeqB and RNA of the Sequence SeqA. When modified ribonucleotides were used on the 2 ^' sugar residue with (DL) -C ₄ modified ribonucleotides.

Die Duplexe wurden in eine beheizbare Küvette überführt (Beckmann), und die Absorption bei 260 nm wurde gemessen. Alle 2 min wurde die Temperatur in dieser Küvette mit Hilfe einer Heizpumpe (Julabo) um 1 °C hochreguliert. Der Verlauf der Absorptionskurven in Abbildung 2 zeigt, dass die Schmelztemperatur der Duplexe bei unterschiedlichen Temperaturen lag, je nachdem, ob ein Komplex aus modifizierter Nukleinsäure mit DNA oder mit RNA vorlag. Während die Schmelztemperatur eines Komplexes von modifizierter Nukleinsäure mit DNA bei 37 °C lag, war die Schmelztemperatur eines Komplexes von modifizierter Nukleinsäure mit RNA deutlich höher und lag bei 54 °C. Die Bindung von RNA an mit am 2' Zuckerrest mit (DL)-C₄ modifizierter RNA ist also wesentlich stärker als die Bindung von DNA. The duplexes were transferred to a heatable cuvette (Beckmann) and absorbance at 260 nm was measured. Every 2 min, the temperature in this cuvette was up-regulated by 1 ° C by means of a heating pump (Julabo). The course of the absorption curves in Figure 2 shows that the melting temperature of the duplexes was at different temperatures, depending on whether a complex of modified nucleic acid with DNA or with RNA was present. While the melting temperature of a complex of modified nucleic acid with DNA was 37 ° C, the melting temperature of a complex of modified nucleic acid with RNA was significantly higher at 54 ° C. The binding of RNA with the 2 'sugar residue with (DL) -C ₄ modified RNA has a significantly greater than the binding of DNA.

Beispiel 4: Example 4:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA

Wie in Beispiel 1 angegeben wurde ein Duplex bestehend aus modifizierter Nukleinsäure und DNA hergestellt und an eine feste Phase gekoppelt. In diesem Fall wurde als modifizierte Nukleinsäure die Sequenz SeqB, für die DNA die Sequenz SeqA verwendet. Die DNA war an ihrem 5 '-Ende mit dem Fluoreszenzfarbstoff FAM (6-FAM) markiert. Zu diesem Duplex wurde in unterschiedlichen Konzentrationen RNA der Sequenz SeqA hinzugegeben, die an ihrem 5 ^'-Ende mit dem Fluoreszenzfarbstoff Hex (6-carboxy-2^', 4, 4^', 5 ^', 7, 7^'- hexachlorofluorescein-succinimidyl Ester) markiert war. Nach Hybridisierung und Waschen wurden die Mikropartikel in Puffer 1 (siehe Beispiel 1) aufgenommen und die Fluoreszenz an den Partikeln in einem Stratagene 3005p gemessen. Die detektierte FAM-Fluoreszenz stammt von DNA, die an die modifizierte Nukleinsäure an den Mikropartikeln hybridisiert war. Die detektierte Hex-Fluoreszenz stammt von RNA, die die DNA von den am 2' Zuckerrest mit (DL)-C₄ modifizierten Oligonukleotiden verdrängt hatte. Das Versuchsergebnis ist in Abbildung 3 gezeigt und zeigt eine deutliche Verdrängung der DNA durch die RNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure. Beispiel 5 : As indicated in Example 1, a duplex consisting of modified nucleic acid and DNA was prepared and coupled to a solid phase. In this case the sequence used was SeqB as modified nucleic acid, SeqA for the DNA. The DNA was labeled at its 5 'end with the fluorescent dye FAM (6-FAM). RNA of the sequence SeqA was added to this duplex at different concentrations, which at its 5 ^' end was labeled with the fluorescent dye hex (6-carboxy-2 ^' , 4, 4 ^' , 5 ^' , 7, 7 ^' - hexachlorofluorescein-succinimidyl ester). was marked. After hybridization and washing, the microparticles were taken up in Buffer 1 (see Example 1) and the fluorescence on the particles measured in a Stratagene 3005p. The detected FAM fluorescence is from DNA hybridized to the modified nucleic acid on the microparticles. The detected hex fluorescence originates from RNA, which displaced the DNA from oligonucleotides modified with (DL) -C ₄ at the 2 'sugar residue. The test result is shown in FIG. 3 and shows a clear displacement of the DNA by the RNA from the duplex with modified nucleic acid. Example 5:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA bei gleichzeitiger Anwesenheit von weiteren Nukleinsäuren Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA in the simultaneous presence of other nucleic acids

Vorgegangen wurde wie in Beispiel 4 beschrieben. Zusätzlich zur RNA wurden zum Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA noch 500 ng Gesamt-RNA sowie 50 ng genomische DNA, die jeweils aus menschlichen Zellkultur-Zellen (Jurkat) mit Hilfe des RNeasy bzw. DNeasy Kits (QIAGEN) isoliert worden waren, zum Hybridisierungsansatz hinzugegeben. Mittels Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) wurde zuvor ausgeschlossen, dass die Sequenzen SeqA und SeqB in menschlichen Zellkultur-Zellen vorkommen. Eine konkurrierende sequenzhomologe Hybridisierung der genomischen DNA oder der Gesamt- RNA konnte also ausgeschlossen werden. In diesem Experiment wurde die Fluoreszenzabnahme der DNA der Sequenz SeqA aus dem Duplex gemessen in Abhängigkeit der Menge an RNA der Sequenz SeqA. Die Fluoreszenzabnahme wurde mit Hilfe des FacsCalibur (Becton Dickinson) bestimmt. In Abbildung 4 ist das Ergebnis dieses Experimentes wiedergegeben. Das Experiment zeigt, dass nicht sequenzhomologe Nukleinsäuren den Nachweis einer sequenzhomologen RNA nicht beeinträchtigen. The procedure was as described in Example 4. In addition to the RNA, 500 ng of total RNA and 50 ng of genomic DNA, which had each been isolated from human cell culture cells (Jurkat) with the aid of the RNeasy or DNeasy kit (QIAGEN), were added to the duplex of modified nucleic acid and DNA for hybridization added. Using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), it was previously ruled out that the sequences SeqA and SeqB occur in human cell culture cells. A competing sequence homologous hybridization of genomic DNA or total RNA could thus be ruled out. In this experiment, the fluorescence decrease of the SeqA DNA sequence from the duplex was measured as a function of the amount of SeqA RNA. The fluorescence decrease was determined by FacsCalibur (Becton Dickinson). Figure 4 shows the result of this experiment. The experiment shows that non-sequence homologous nucleic acids do not interfere with the detection of a sequence-homologous RNA.

Beispiel 6: Example 6:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA bei gleichzeitiger Anwesenheit von weiteren zellulären Bestandteilen Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA in the simultaneous presence of other cellular components

Vorgegangen wurde wie in Beispiel 4 beschrieben. Zusätzlich wurde zum Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA noch das Lysat von etwa 500.000 menschlichen Zellkultur-Zellen (Jurkat) gegeben, das durch mechanische Lyse gewonnen wurde. Die RNA- Menge, die die DNA aus dem Duplex verdrängen sollte, wurde in unterschiedlichen Konzentrationen relativ zum Duplex aus modifizierter Nukleinsäure mit DNA hinzugegeben. Nach Waschen wurde die Fluoreszenzabnahme der DNA der Sequenz SeqA aus dem Duplex gemessen in Abhängigkeit der Menge an eingesetzter Menge RNA der Sequenz SeqA. Die Messung wurde wie in Beispiel 5 mit Hilfe des FacsCalibur (Becton Dickinson) durchgeführt. In Abbildung 5 ist das Ergebnis dieses Experimentes wiedergegeben. Dieser Versuch zeigt, dass auch beim Hinzufügen zellulärer Bestandteile die sequenzhomologe RNA in der Lage ist, die DNA gleicher Sequenz aus dem Duplex mit am 2' Zuckerrest durch (DL)-C₄ modifizerte Oligonukleotide zu verdrängen, wobei auch geringere molare Mengen an RNA relativ zur molaren Menge an Duplex hierfür ausreichend sind. Da zelluläre Bestandteile den Nachweis der RNA nicht stören, ist eine Aufreinigung der biologischen Probe vor dem Nachweis einer sequenzhomologen RNA mit Hilfe des Duplex aus modifizierter Nukleinsäure und DNA nicht erforderlich. The procedure was as described in Example 4. In addition, the lysate of approximately 500,000 human cell culture cells (Jurkat) obtained by mechanical lysis was added to the duplex of modified nucleic acid and DNA. The amount of RNA that was to displace the DNA from the duplex was added in different concentrations relative to the modified nucleic acid duplex with DNA. After washing, the fluorescence decrease of the DNA of the sequence SeqA from the duplex was measured as a function of the amount of RNA used of the sequence SeqA. The measurement was carried out as in Example 5 using FacsCalibur (Becton Dickinson). Figure 5 shows the result of this experiment. This experiment shows that even when adding cellular components the sequence homologous RNA is able is to displace the DNA of the same sequence from the duplex with at the 2 'sugar residue by (DL) -C ₄ modified oligonucleotides, wherein even lower molar amounts of RNA relative to the molar amount of duplex are sufficient for this. Since cellular components do not interfere with the detection of the RNA, purification of the biological sample prior to detection of a sequence-homologous RNA using the duplex of modified nucleic acid and DNA is not required.

Beispiel 7: Example 7:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA in der Flüssigphase Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA in the liquid phase

Vorgegangen wurde wie in Beispiel 2 skizziert. In Puffer 1 wurde ein Duplex gebildet, bestehend aus DNA der Sequenz SeqA, die am 3 '-Ende mit Alexa 532 markiert war, sowie modifizierter Nukleinsäure der Sequenz SeqB, die am 5 '-Ende durch den Black Hole Quencher BHQ 1 (Biosearch Technologies) markiert war. Zu diesem Duplex wurde nun nicht markierte RNA der Sequenz SeqA in unterschiedlichen Konzentrationen hinzugegeben. Anschließend wurde die freigesetzte Alexa 532 Fluoreszenz in einem Stratagene 3005p gemessen. So lange die DNA im Duplex mit modifizierter Nukleinsäure vorliegt, ist die Alexa 532 Fluoreszenz durch den Black Hole Quencher BHQ 1 gelöscht. Erst wenn die DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure verdrängt wird, ist Alexa 532 nicht mehr in räumlicher Nähe zu BHQ 1, und eine Fluoreszenzsteigerung lässt sich beobachten. Das Ergebnis dieses Experimentes ist in Abbildung 6 dargestellt. Bei einem 2-fachen Überschuss an RNA (80 nM) relativ zur DNA (40 nM) ist die gesamte DNA aus dem Duplex verdrängt, bei einem äquimolaren Verhältnis (jeweils 40 nM) sind etwa 80% der DNA aus dem Duplex verdrängt worden. Auch ein 5-facher Unterschuss (8 nM) an eingesetzter RNA relativ zum Duplex reicht aus, um deutlich die Anwesenheit der RNA durch eine Fluoreszenzzunahme durch die freigesetzte DNA nachzuweisen. Beispiel 8: The procedure was as outlined in Example 2. In buffer 1, a duplex was formed consisting of SeqA DNA labeled with Alexa 532 at the 3 'end and SeqB modified nucleic acid separated at the 5' end by the Black Hole Quencher BHQ 1 (Biosearch Technologies ) was marked. Unlabeled RNA of the sequence SeqA in different concentrations was added to this duplex. Subsequently, the released Alexa 532 fluorescence was measured in a Stratagene 3005p. As long as the DNA is present in duplex with modified nucleic acid, the Alexa 532 fluorescence is deleted by the Black Hole Quencher BHQ 1. Only when the DNA is displaced from the duplex with modified nucleic acid, Alexa 532 is no longer in close proximity to BHQ 1, and a fluorescence increase can be observed. The result of this experiment is shown in Figure 6. With a 2-fold excess of RNA (80 nM) relative to the DNA (40 nM), the entire DNA is displaced from the duplex, at an equimolar ratio (40 nM each), approximately 80% of the DNA has been displaced from the duplex. Also a 5-fold deficit (8 nM) of inserted RNA relative to the duplex is sufficient to clearly detect the presence of RNA by a fluorescence increase by the released DNA. Example 8:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA in der Flüssigphase bei gleichzeitiger Anwesenheit von weiteren Nukleinsäuren Vorgegangen wurde wie in Beispiel 7 beschrieben, nur dass diesmal mit den Sequenzen SeqX für RNA und DNA und SeqY für modifizierter Nukleinsäure gearbeitet wurde. In einen Teil der Reaktionsansätze wurden zusätzlich zur nachzuweisenden RNA noch 10 μΐ einer Gesamt- RNA Präparation aus E. coli, die mit Hilfe von RNeasy (QIAGEN) gewonnen wurde, hinzugefügt. Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA in the liquid phase in the simultaneous presence of further nucleic acids The procedure was as described in Example 7, except that this time worked with the sequences SeqX for RNA and DNA and SeqY for modified nucleic acid. In addition to the RNA to be detected, 10 μl of a total RNA preparation from E. coli obtained with the aid of RNeasy (QIAGEN) were added to one part of the reaction mixtures.

Das Ergebnis dieses Experiments ist in Abbildung 7 dargestellt. Es zeigte sich, dass durch die Zugabe von E. coli Gesamt-RNA die Fluoreszenzwerte generell etwas höher waren (helle Balken) als ohne diese Zugabe (dunkle Balken), der Verlauf der Fluoreszenzzunahme mit steigender Menge an RNA der SeqX jedoch identisch ist, so dass durch die Zugabe von nicht komplementärer RNA die Spezifität und die Nachweisgrenze der nachzuweisenden RNA nicht beeinträchtigt sind. The result of this experiment is shown in Figure 7. It was found that the fluorescence values were generally slightly higher (light bars) by the addition of E. coli total RNA than without this addition (dark bars), but the course of the fluorescence increase is identical to the increasing amount of SeqX RNA that the addition of non-complementary RNA does not affect the specificity and the detection limit of the RNA to be detected.

Beispiel 9: Example 9:

Verdrängung von DNA aus dem Duplex mit modifizierter Nukleinsäure durch RNA in der Flüssigphase bei gleichzeitiger Anwesenheit von weiteren Zellbestandteilen Displacement of DNA from the duplex with modified nucleic acid by RNA in the liquid phase in the simultaneous presence of other cell components

Vorgegangen wurde wie in Beispiel 8 beschrieben, nur dass diesmal anstelle von E. coli Gesamt-RNA das Zell-Lysat von etwa 500.000 menschlichen Zellkultur-Zellen (Jurkat), die durch mechanische Lyse gewonnen wurden, in den Hybridisierungsansatz eingesetzt wurde. Abbildung 8 zeigt, dass die Fluoreszenzprofile nahezu identisch sind, die Bestandteile eines Zell-Lysates wie beispielsweise Proteine, weitere Nukleinsäuren und Zucker, haben demzufolge weder einen Einfluss auf die Spezifität noch auf die Sensitivität des Testsystems. Beispiel 10: The procedure was as described in Example 8, except that this time instead of E. coli total RNA, the cell lysate of about 500,000 human cell culture cells (Jurkat), which were obtained by mechanical lysis, was used in the hybridization approach. Figure 8 shows that the fluorescence profiles are almost identical, the components of a cell lysate such as proteins, other nucleic acids and sugars, therefore, have neither an effect on the specificity nor on the sensitivity of the test system. Example 10:

Nachweis von langen RNA-Molekülen In den Beispielen 3 bis 9 wurden jeweils kurze RNA-Oligonukleotide mit Hilfe des erfindungsgemäßen Verfahrens nachgewiesen. Dieses Verfahren ist jedoch nicht nur für kurze RNA-Oligonukleotide geeignet, auch RNA, die in der Länge der Länge einer typischen mRNA entspricht, kann mit Hilfe dieses Verfahrens nachgewiesen werden. Vorgegangen wurde wie im Beispiel 4 beschrieben, jedoch wurden folgende Nukleinsäuren für dieses Experiment verwendet: Detection of Long RNA Molecules In Examples 3 to 9, short RNA oligonucleotides were detected using the method according to the invention. However, this method is not only suitable for short RNA oligonucleotides, also RNA that corresponds in length to the length of a typical mRNA can be detected using this method. The procedure was as described in Example 4, but the following nucleic acids were used for this experiment:

DNA der Sequenz SeqX, am 3 '-Ende mit Alexa 532 markiert DNA of the sequence SeqX, labeled at the 3 'end with Alexa 532

Modifizierte Nukleinsäure der Sequenz SeqY, am 5 ^'-Ende mit BHQ 1 markiert Modified nucleic acid sequence SeqY, labeled at the 5 ^' end with BHQ 1

RNA: in vitro transkribierte 860 Nukleotide lange artifizielle RNA, die das offene Leseraster des humanen RANTES Gens, einem Mitglied der Interleukin-8 Überfamilie der Cytokine, beinhaltete. RNA: In vitro transcribed 860 nucleotides long artificial RNA that contained the open reading frame of the human RANTES gene, a member of the interleukin-8 superfamily of cytokines.

Das Ergebnis dieses Experimentes ist in Abbildung 9 gezeigt. Es verdeutlicht, dass sich nicht nur kurze RNA-Oligonukleotide, sondern auch RNA-Moleküle von mehreren hundert Nukleotiden Länge mit dem erfindungsgemäßen Verfahren nachweisen lassen. The result of this experiment is shown in Figure 9. It makes clear that not only short RNA oligonucleotides, but also RNA molecules of several hundred nucleotides in length can be detected by the method according to the invention.

Claims

claims

1) Method for the specific detection of ribonucleic acids, comprising the following method steps:

a) forming a duplex by hybridization of a first nucleic acid (NA1) to an at least partially complementary second nucleic acid (NA2), wherein NA1 contains at least one non-naturally occurring nucleotide having at least one modification to a sugar residue and wherein NA2 is also at least one non-natural containing occurring nucleotide having at least one modification to a sugar residue or is an unmodified deoxyribonucleic acid;

b) contacting the duplex from step a) with a ribonucleic acid (NA3) to be detected which has at least partial sequence homology with NA2;

c) hybridization of NA3 to NA1, whereby NA2 is displaced by NA1 and a duplex of NA3 and NA1 is formed;

d) detection of the displacement event from step c).

2) Method according to claim 1, wherein the duplex from step a) or step c) is detectably marked. 3) Method according to one of claims 1 or 2, wherein at least one of the nucleic acids NAl, NA2 and / or NA3 of the duplex is coupled to a solid phase.

4) Method according to one of claims 1 to 3, wherein the ribonucleic acid NA3 is a naturally occurring ribonucleic acid.

5) Method according to claim 4, wherein the naturally occurring ribonucleic acid NA3 is selected from the group of mRNAs, non-coding RNAs or viral RNAs.

6) Method according to claim 1, characterized in that NA1 and / or NA2 contain at least one non-naturally occurring nucleotide, the at least one

Having modification on a sugar residue, wherein the sugar residue is a ribose.

7) A method according to claim 6, characterized in that the at least one modification of the sugar residue is a modification at the 2 'carbon atom of the sugar moiety. 8) Process according to claim 7, characterized in that the modification at the 2 ^' C-atom of the sugar residue is a hydroxyalkyl-oxymethyl substituent.

9) Process according to claim 8, characterized in that the modification at the 2'C atom of the sugar residue is a 2'-O - [((2R, 3S) -2,3,4-trihydroxy-butyl) oxymethyl] substituent.