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COMPOSITIONS POUR LA VECTORISATION D'OLIGONUCLÉOTIDES A TRAVERS LA BARRIERE HEMATOENCEPHALIQUE ET LEUR UTILISATION POUR LE TRAITEMENT DES MALADIES DU SYSTÈME NERVEUX CENTRAL.
La présente invention a pour objet un composé constitué d'au moins un oligonucléotide lié à au moins un peptide vecteur capable de transporter les oligonucléotides à travers la barrière hémato-encéphalique (BHE).
L'invention concerne aussi la préparation de ces composés et les compositions pharmaceutiques les contenant utiles pour le traitement des maladies du système nerveux central.
Les oligonucléotides antisens constituent une nouvelle catégorie d'agents thérapeutiques qui ont suscité l'intért pour lutter contre de nombreuses maladies. En effet, ils présentent la capacité d'inhiber l'expression d'un gène associé à la maladie, selon un mécanisme impliquant spécifiquement certaines séquences génétiques [Crooke, Exp. Opin. Invest. Drugs (1996) 14 : 376-387 ; Temsamani, J. & Guinot, P., Biotechnol. Appl. Biochem (1997) 26, 65-71]. L'expression génétique est inhibée par l'hybridation de l'oligonucléotide avec des séquences de l'ARN messager (ARNm) cible par appariement de base, mécanisme décrit par Watson et Crick.
Ces règles d'appariement de bases simples gouvernent l'interaction entre l'oligonucléotide antisens et la cible, ce qui permet de concevoir des oligonucléotides capables de cibler tout gène dont la séquence est connue. Un avantage majeur de cette stratégie sur les médicaments conventionnels tient à la spécificité potentielle de l'action des oligonucléotides antisens. En principe, un oligonucléotide d'une séquence spécifique de 17 nucléotides ou plus peut tre conçu pour reconnaître spécifiquement tout gène isolé du génome humain. De plus, les chercheurs pensent qu'une inhibition au niveau génétique est potentiellement beaucoup plus
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efficace qu'au niveau protéique pour lutter contre une maladie.
Or, les oligonucléotides phosphodiester qui existent à l'état naturel sont susceptibles d'tre dégradés par des nucléases présentes dans les milieux biologiques et à l'intérieur des cellules, ce qui limite leur utilisation comme agents thérapeutiques. Plusieurs structures modifiées des oligonucléotides phosphodiesters ont donc été synthétisées et testées aussi bien in vitro qu'in vivo.
L'objectif de ces travaux était d'augmenter la demi-vie de l'oligonucléotide tout en conservant sa capacité à se lier avec un degré d'affinité et de sélectivité élevés à sa cible d'ARN. Bien qu'en principe chacun des trois composants d'un oligonucléotide, la base, le sucre et la liaison phosphodiester, puisse tre modifié, les modifications les plus importantes ont été effectuées sur la liaison. Les oligonucléotides phosphorothioates, dans lesquels l'un des atomes d'oxygène de la liaison phosphodiester est remplacé par un atome de soufre, présentent un intért tout particulier [Agrawal, TIBTECH (1996) 14 ; 376-387]. Cette modification relativement simple a considérablement amélioré la résistance de l'antisens aux nucléases.
Durant ces dernières années, les oligonucléotides phosphorothioates ont été les analogues les plus largement utilisés et nombre d'entre eux font l'objet d'essais cliniques [Agrawal, TIBTECH (1996) 14 ; 376-387 ; Temsamani, J. & Guinot, P., Biotechnol. Appl.
Biochem (1997) 26,65-71]. Les connaissances acquises lors de ces essais ont conduit les chercheurs à concevoir des oligonucléotides chimiquement plus élaborés.
Un autre paramètre pouvant influencer l'activité de l'oligonucléotide est son internalisation et son passage à travers les membranes cellulaires. De nombreuses études d'internalisation ont montré que ces oligonucléotides traversent très peu les membranes cellulaires (Lebleu, B.
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et al., Ciba Found Symp 1997 ; 209 : 47-54 ; Stein, CA. & Narayanan., Curr Opin Oncol 1994 6 : 587-94) et, en général, ne passent pas à travers la barrière hémato-encéphalique.
En effet, plusieurs études de pharmacocinétique et de biodistribution ont montré que les oligonucléotides s'accumulent dans la plupart des organes sauf le cerveau (Beng et al., Antisense Nucleic Acid Drug Dev 2001.11 : 15- 27 ; Agrawal et al., Proc Natl Acad Sci U S A 1991 ; 88 : 7595-9).
En conséquence, plusieurs stratégies ont été proposées pour améliorer le propriétés des oligonucléotides : - Synthèse d'oligonucléotides modifiés pour améliorer les propriétés physico-chimiques de la molécule (Hughes, et al., In Delivery Strategies for Antisense Oligonucleotides Therapeutics, Edited by S. Akhtar ; 1995, CRC Press). La plupart de ces modifications se sont révélées toxiques et/ou diminuent l'affinité de l'oligonucléotide à sa cible ARN.
- Utilisation de particules telles que les liposomes ou les nanoparticules (Juliano & Akhtar (1992) Antisense Res Dev 2 : 165 ; Chavany et al 1992 ; Pharm Res 9 : 441). Bien que des résultats intéressants aient été obtenus in vitro, les résultats in vivo ont été décevants.
- Conjugaison de l'oligonucléotide à des anticorps monoclonaux tels que le OX26 (Boado, et al., J Pharm Sci 1998 87 : 1308-1315) ou à des polymères tels que la polylysine (Leonetti, et al., 1990 ; Bioconj. Chem 1 : 149).
Le couplage de ces macromolécules est complexe et peut engendrer dans certains cas le développement d'une immunogénicité chez l'animal.
La Demanderesse a mis en évidence que des vecteurs peptidiques linéaires, tels que les peptides linéaires dérivés de peptides naturels comme la Protégrine et la Tachyplésine transportent des molécules actives à travers
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la BHE et améliorent les propriétés pharmacologiques de ces molécules. Les travaux et résultats concernant ces peptides linéaires et leur utilisation comme vecteurs de molécules actives ont été décrits dans les demandes de brevet français N 98/15074 déposée le 30 Novembre 1998 et dans la demande de brevet français N 99/02938 déposée le 26 Novembre 1999.
La Demanderesse a maintenant mis en évidence que ces peptides linéaires sont capables d'augmenter très significativement la pénétration d'oligonucléotides à travers la barrière hémato-encéphalique.
La présente invention a donc pour objet des composés constitués d'au moins un oligonucléotide lié à au moins un peptide linéaire capable de vectoriser ledit oligonucléotide à travers la barrière hémato-encéphalique.
Plus particulièrement ces peptides linéaires sont des dérivés de protégrines ou de tachyplésines.
Les Protégrines et Tachyplésines sont des peptides antibiotiques naturels dont la structure est de type épingle à cheveux maintenue par des ponts disulfures. Ces ponts jouent un rôle important dans l'activité cytolytique observée sur cellules humaines.
On désigne sous le nom de protégrines un ensemble de cinq peptides désignés PG-1, PG-2, PG-3, PG-4 et PG-5 dont les séquences sont données ci-dessous, étroitement apparentés et isolés de leucocytes de porc (V. N. Kokryakov & col. 1993, FEBS lett. 327, 231-236) : PG-1 : RGGRLCYCRRRFCVCVGR-NH2 PG-2 : RGGRLCYCRRRFCICV-NH2 PG-3 : RGGGLCYCRRRFCVCVGR-NH2 PG-4 : RGGRLCYCRGWICFCVGR-NH2 PG-5 : RGGRLCYCRPRFCVCVGR-NH2
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ou lesdits peptides de formules (I) ou (II), sous forme rétro, constitués d'acides aminés de configuration D et/ou L, ou un fragment de ceux-ci constitué d'une séquence d'au moins 5 et de préférence d'au moins 7 acides aminés successifs des peptides de formules (I) ou (II).
Dans une seconde forme de mise en oeuvre, l'invention envisage tout particulièrement comme peptides linéaires dérivés de Protégrines, un peptide qui répond à la formule (I) suivante :
BX (X ou B) BXXXXBBBXXXXXXB (I) et par peptide linéaire dérivé de Tachyplésines, un peptide qui répond à la formule (II) suivante : BXXXBXXXBXXXXBBXB (II), dans lesquelles : - B est choisi parmi l'arginine, la lysine, l'acide diaminoacétique, l'acide diaminobutyrique, l'acide diaminopropionique, l'ornithine.
- X est choisi parmi la glycine, l'alanine, la valine, la norleucine, l'isoleucine, la leucine, la cystéine, la cystéine la penicillamine, la méthionine, le serine, la thréonine, l'asparagine, la glutamine, la phényalanine, l'histidine, le tryptophane, la tyrosine, la proline, l'Abu, l'acide amino-1-cyclohexane carboxylique, l'Aib, la 2-aminotétraline carboxylique, la 4- bromophényalanine, tert-Leucine, la 4-chlorophénylalanine, la béta-cyclohexyalanine, la 3,4-dichlorophényalanine, la 4-fluorophényalanine, l'homoleucine, la bta-homoleucine, l'homophényalanine, la 4-méthylphényalanine, la 1- naphtyalanine, la 2-naphtyalanine, la 4-nitrophényalanine, la 3-nitrotyrosine, la norvaline, la phénylglycine, la 3- pyridyalanine, la [2-thiényl] alanine,
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Les tachyplésines (Tamura, H. et al., 1993, Chem.
Pharm. Bul. Tokyo 41,978-980), désignées T1, T2 et T3 et les polyphémusines (Muta, T., 1994, CIBA Found. Sym. 186, 160-174), désignées P1 et P2, dont les séquences sont données ci-dessous, sont des peptides homologues isolés de l'hémolymphe de deux crabes, Tachyplesus tridentatus pour les tachyplésines T1, T2 et T3 et Limmulus polyphemus pour les polyphémusines P1 et P2 : PI : RRWCFRVCYRGFCYRKCR-NH2
P2 : RRWCFRVCYKGFCYRKCR-NH2
Protégrines, tachyplésines et polyphémusines contiennent une forte proportion de résidus basiques (lysines et arginines) et possèdent quatre cystéines qui forment deux ponts disulfures parallèles. Ces trois familles de peptides présentent également des homologies avec certaines défensines et en particulier avec la défensine humaine NP-1 (Kokryakov, V.
N. et al., 1993, Febs Let. 327,231-236).
Dans une première forme de mise en oeuvre, l'invention envisage tout particulièrement comme peptides linéaires dérivés de Protégrines, un peptide qui répond à la formule (I) suivante :
BX (X ou B) BXXXXBBBXXXXXXB (I) et par peptide linéaire dérivé de Tachyplésines, un peptide qui répond à la formule (II) suivante : BXXXBXXXBXXXXBBXB (II), dans lesquelles :
- les groupes B, identiques ou différents, représentent un résidu d'acide aminé dont la chaîne latérale porte un groupement basique, et - les groupes X, identiques ou différents, représentent un résidu d'acide aminé aliphatique ou aromatique,
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ou lesdits peptides de formules (I) ou (II), sous forme rétro, constitués d'acides aminés de configuration D et/ou L, ou un fragment de ceux-ci constitué d'une séquence d'au moins 5 et de préférence d'au moins 7 acides aminés successifs des peptides de formules (I) ou (II).
A titre d'exemples d'oligonucléotides mis en oeuvre dans le cadre des composés de l'invention, on peut citer des oligonucléotides phosphodiesters, phosphorothioates, methylphosphonates, hybrides comprenant une partie ARN et une partie ADN, les PNA (Peptide Nucleic acids), etc. Il s'agit avantageusement d'oligonucléotides antisens comme défini précédemment.
La liaison entre l'oligonucléotide et le peptide linéaire dans les composés de l'invention est choisie parmi une liaison covalente, une liaison hydrophobe, une liaison ionique, une liaison clivable ou une liaison non clivable dans les milieux physiologiques ou à l'intérieur des cellules.
Cette liaison peut tre directe ou indirecte par l'intermédiaire d'un bras de liaison (linker) et effectuée au moyen d'un groupe fonctionnel naturellement présent ou introduit soit sur le peptide, soit sur l'oligonucléotide, soit sur les deux. Ce bras de liaison s'il est présent doit tre acceptable compte tenu de la nature chimique et de l'encombrement tant du peptide que de l'oligonucléotide. On peut citer à titre d'exemple non exhaustif de tels linkers des molécules contenant des liaisons de type amide, ester, carbamate, carbonate, disulfure, anhydride, hydrazone, hydrazine, imine, éther, amine, un bras de liaison alkyle, aryle, alkylaryle ainsi que leurs divers dérivés insaturés ou polyinsaturés.
Ce linker peut tre ramifié et porter
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divers substituants fonctionnalisés ou non tels que alcool, amine, carboxyle, sulfhydrile.
Comme groupes fonctionnels, on peut citer :-OH,- SH, -COOH, ou-NH2. Ainsi, le ou les oligonucléotides peuvent tre liés par des liaisons covalentes au niveau des extrémités N-terminale ou C-terminale ou bien au niveau des chaînes latérales du peptide.
Le ou les peptides linéaires peuvent tre liés à l'oligonucléotide, au niveau de ses fonction 3'-OH et/ou 5'OH ou bien sur un autre site tel que la base ou le sucre.
Un type de liaison préféré entre le ou les oligonucléotides et le ou les peptides linéaires implique au moins un pont disulfure. En effet, ce type de liaison se caractérise par sa stabilité dans le plasma après injection du composé, puis une fois que les composés de l'invention ont traversé la barrière hémato-encéphalique, ledit pont disulfure est réduit en libérant l'oligonucléotide. La liaison peut tre effectuée en n'importe quel site du peptide comme indiqué précédemment.
La présente invention a aussi pour objet une méthode de traitement des maladies du système nerveux central (SNC), comme le cancer du cerveau ou les maladies neurodégénératives consistant à administrer à un sujet souffrant d'une telle maladie une quantité efficace d'un composé décrit précédemment. L'invention concerne donc une composition pharmaceutique pour le traitement des maladies du système nerveux central comprenant à titre d'agent actif au moins un composé décrit précédemment.
Pour le traitement de ces maladies, on peut citer les gènes cibles suivants : protéine kinase pour le cancer, protéine bta amyloïde pour la maladie d'Alzheimer, le TNF- alpha pour la neuroprotection, le récepteur dopamine pour la maladie de Parkinson.
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Une forme de réalisation particulière de l'invention consiste à associer dans la composition le composé décrit précédemment avec une ou plusieurs substances utiles pour le traitement des maladies du SNC. A titre d'exemples de telles substances, on peut citer un agent anticancéreux, comme la carmustine pour le traitement du cancer du cerveau, le L-Dopa pour le traitement de la maladie de Parkinson, ou la galantamine pour le traitement de la maladie d'Alzheimer.
Une composition pharmaceutique selon l'invention se présente sous une forme appropriée pour une administration par voie intraveineuse, par voie sous-cutanée, par voie intramusculaire, par voie orale, par voie rectale, par voie nasale, par voie transdermique, par voie pulmonaire.
D'autres avantages et caractéristiques de l'invention apparaîtront à la lecture des exemples qui suivent concernant la préparation d'un composé constitué d'un oligonucléotide et d'un peptide linéaire, sa pénétration et son activité. Il sera fait référence aux dessins en annexe dans lesquels : - La figure 1 représente schématiquement la synthèse chimique d'un composé vectorisé de l'oligonucléotide.
- La figure 2 illustre les résultats de pénétration cellulaire comparant l'internalisation entre le composé 1 (oligonucléotide seul) et le composé 2 (oligonucléotide vectorisé).
- La figure 3 illustre le passage à travers la barrière hémato-encéphalique du composé 1 (oligonucléotide), le composé 2 (oligonucléotide vectorisé).
I-Synthèse Chimique de l'oligonucléotide vectorisé.
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1) Synthèse du peptide vecteur.
Le peptide SynB3 de formule SEQ ID NO. 1 :
RRLSYSRRRF est assemblé sur phase solide selon une stratégie Fmoc/tu, clivé et déprotégé par l'acide trifluoroacétique, puis purifié par chromatographie haute pression préparative en phase inverse et lyophilisé. Sa pureté ( > 95%) et son identité sont confirmées par HPLC analytique et par spectrométrie de masse.
2) Synthèse de l'oligonucléotide.
L'oligonucléotide phosphodiester complémentaire à l'ARN c-myc a été assemblé sur phase solide (Biosearch 8700, Milligen). Après déprotection, l'oligonucléotide a été purifié par HPLC échangeuse d'ions et désalé par une colonne SepPak C18. Dans le cas des expériences de pénétration cellulaire, un groupe fluorescent (Fluorescine) a été rajouté à l'oligonucléotide.
3) Couplage de l'oligonucléotide sur SynB3.
L'oligonucléotide phosphodiester (1. équivalent) est solubilisé dans du tampon PBS (500 ul) et le vecteur SynB3 (2 équivalents) est solubilisé dans du DMF (100 ul).
Le peptide vecteur est rajouté lentement à la solution d'oligonucléotide et le mélange est incubé pendant environ 8 heures à 55 C. Le rendement de la réaction est mesurée par une analyse d'une aliquote par spectroscopie de masse.
Le produit est ensuite purifié par HPLC semi-prparative (colonne C18 10mm/250mm) en contrôlant l'absorbance à 215 nm, 280 nm et 480 nm et 525 nm (pour la fluorescence). Le gradient utilisé est de 0 à 60% acétonitrile en 60 min.
II-Composés testés.
Les composés testés sont donnés dans le tableau 1 ci-dessous.
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Tableau 1
EMI11.1
<tb> Composé <SEP> 1 <SEP> 5'-GTG <SEP> CCG <SEP> GGG <SEP> TCT <SEP> TCG--GGC-3'
<tb>
<tb> Composé <SEP> 2 <SEP> RRLSYSRRRF-S-S-GTGCCGGGGTCTTCGGGC
<tb>
III-Essais utilisés.
1) Pénétration Cellulaire.
La pénétration cellulaire des composés a été étudiée par cytométrie de flux. Les cellules K562 (obtenues de l'ATCC) sont cultivées dans du milieu RPMI avec 10% de sérum de veau foetal. Les cellules sont diluées à 0,3 x 106 cellules par ml, 24 heures avant l'expérience. La pénétration cellulaire a été mesurée par cytométrie de flux en utilisant un FACScan (Becton Dickinson, USA). Les composés fluorescents (concentration finale 5 uM) sont incubés avec les cellules K562 (5 x 105 cellules par ml) dans un milieu Optimem à 37 C pendant des temps variables (Le volume final était de 0.5 ml). Après l'incubation, les cellules sont lavées deux fois et ensuite re-suspendues dans 0,5 ml de PBS froid. La pénétration a été ensuite analysée par FACS.
Les fluorophores sont excités à 488 nm et la fluorescence est mesurée à 525 nm. Un histogramme de l'intensité de fluorescence (pour 1X104 cellules) est obtenu et la moyenne de distribution était considérée comme représentative de la quantité de peptide associé aux cellules. Les résultats sont représentés en pourcentage de cellules qui ont incorporé la fluorescence.
2) Marquage au 3'-terminal.
L'oligonucléotide libre ou vectorisé a été marqué à son 3'-OH terminal grâce à l'enzyme terminal transferase (Promega) en suivant le protocole décrit par le
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fournisseur. Brièvement, environ 10 pmoles de composé sont inbubés avec la terminal transférase à 37 C en présence de dideoxyadenosine triphosphate radiomarquée au phosphore 32 (32P-ddATP). Après 30 min d'incubation, la réaction est arrtée par chauffage à 65 C. Le produit radiomarqué est ensuite séparé du nucléotide marqué libre grâce à une colonne de gel exclusion (spin column, Qiagen).
3) Test de Perfusion Cérébrale in situ.
Des souris (20-25 g, Iffa-Credo ; l'Arbresle, France) sont anesthésiées. Après exposition de la carotide commune, l'artère carotide externe droite est liée au niveau de la bifurcation avec la carotide interne et la carotide commune est liée entre le coeur et le site d'implantation du cathéter (cathéter polyéthylène, ID : 0.76). Celui-ci, préalablement rempli par une solution d'héparine (100 unités/ml) est inséré dans la carotide commune. Les souris sont perfusées avec le tampon de perfusion (128 mM NaCl, 24 mM NaHCO3, 4,2 mM KCl, 2,4 mM NaH2PO4, 1. 5 mM CaCl2, 0.9 mM MgSO4, et 9 mM D-glucose).
Ce tampon est filtré puis bullé par un mélange contenant 95% 2/5% C 2 afin de maintenir le pH proche de 7,4 et d'alimenter le cerveau en oxygène au cours de la perfusion.
Les souris sont perfusées avec le tampon contenant l'oligonucléotide libre ou l'oligonucléotide vectorisé.
Dans chaque produit l'oligonucléotide est radiomarqué au 32p. Juste avant le début de la perfusion, le coeur est arrté par section des ventricules, ceci afin d'éviter au cours de la perfusion un reflux du perfusat. L'hémisphère droit est alors perfusé à une vitesse de 10 ml/min pendant 60 secondes après quoi la souris est décapitée. La quantité de radioactivité dans l'hémisphère droit est alors mesurée et la pénétration cérébrale (Kin) est calculée.
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IV-Résultats.
1) Pénétration cellulaire
Nous avons d'abord comparé l'internalisation de l'oligo libre (composé 1) par rapport à celle de l'oligonucléotide vectorisé (composé 2). Les deux produits étaient marqués à la fluorescine au 3'-OH de l'oligonucléotide.
Les résultats représentés dans la Figure 2 montrent les cinétiques d'internalisation des deux produits.
L'oligonucléotide libre a une pénétration très faible.
Ainsi, après 90 min d'incubation, seulement 3% des cellules sont fluorescentes. Par contre, pour l'oligonucléotide vectorisé, environ 60% des cellules ont incorporé l'oligonucléotide. Ceci indique que la vectorisation permet d'améliorer de façon significative l'internalisation de l'oligonucléotide.
2) Pénétration dans le cerveau.
Dans cette étude, nous avons comparé la pénétration dans la BHE de l'oligonucléotide libre avec celle de l'oligonucléotide vectorisé. Les deux produits ont été perfusés dans le cerveau de la souris. Après 60 secondes de perfusion dans le tampon, la pénétration des produits est estimée par la constante d'influx ou Kin en ul/sec/g. La figure 3 montre que la vectorisation de l'oligonucléotide par le vecteur SynB3 augmente son passage dans le cerveau d'environ 3 fois après une perfusion de 60 secondes dans du tampon.