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WO2000065048A1 - Gene 581 associe a la pollinose - Google Patents

Gene 581 associe a la pollinose Download PDF

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Publication number
WO2000065048A1
WO2000065048A1 PCT/JP2000/002732 JP0002732W WO0065048A1 WO 2000065048 A1 WO2000065048 A1 WO 2000065048A1 JP 0002732 W JP0002732 W JP 0002732W WO 0065048 A1 WO0065048 A1 WO 0065048A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
gene
expression
seq
cells
allergic
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
PCT/JP2000/002732
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Takeshi Nagasu
Yuji Sugita
Tomoko Kashiwabara
Tadahiro Oshida
Masaya Obayashi
Shigemichi Gunji
Izumi Obayashi
Yukiho Imai
Nei Yoshida
Kaoru Ogawa
Keiko Matsui
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Genox Research Inc
Original Assignee
Genox Research Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Genox Research Inc filed Critical Genox Research Inc
Publication of WO2000065048A1 publication Critical patent/WO2000065048A1/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Ceased legal-status Critical Current

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00Drugs for immunological or allergic disorders
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136Screening for pharmacological compounds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Definitions

  • hay fever is one of the diseases seen in many people in recent years.
  • the pathogenesis of hay fever may involve several genes whose expression is affected by pollen, one of the environmental factors. Under such circumstances, it has been desired to isolate a gene associated with hay fever. Disclosure of the invention
  • An object of the present invention is to provide a gene associated with an allergic disease, particularly hay fever. Another object of the present invention is to provide a method for detecting an allergic disease and a method for screening a candidate compound for a therapeutic drug for allergic diseases, using the expression of the gene as an index.
  • the present inventors have proposed a method for preparing a plurality of humans based on the already established procedure of the “fluorescent DD (Fluorescent DD) method” (T. I to et al., 1994, FEBS Lett.
  • Fluorescent DD Fluorescent DD
  • the present inventors collected T cells from blood before and after pollen scattering in multiple subjects including pollinosis patients, and expressed T cells between subjects with different cedar pollen-specific IgE values and before and after pollen scattering.
  • the present inventors divided the subjects into a group having a high IgE value for cedar pollen (a group predisposed to cedar pollinosis) and another group (healthy subjects), and determined the expression level of the isolated “581” gene in both groups. As a result of comparative analysis, it was found that the gene showed a significantly lower value in the cedar pollinosis-diseased group as compared with healthy subjects. Therefore, the present inventors have determined that the expression level of the gene As an index, it has been found that it is possible to conduct an allergic disease test and to screen for a candidate drug for a therapeutic drug for allergic disease.
  • the present invention relates to a gene exhibiting high expression in a person having an allergic predisposition, a method for testing an allergic disease using the expression of the gene as an index, and a method for screening a candidate compound for a therapeutic drug for an allergic disease. More specifically, the present invention relates to the following nucleic acid molecules, a method for testing an allergic disease based on the nucleic acid molecule, and a method for screening a candidate compound for a therapeutic drug for an allergic disease.
  • nucleic acid molecule comprising the protein coding region of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11;
  • nucleic acid molecule according to any one of the following (a) to (c):
  • a protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12, in which one or several amino acids consist of a substituted, deleted, inserted, and / or added amino acid sequence;
  • [3] A protein encoded by the nucleic acid molecule according to [1] or [2].
  • [4] A vector into which the nucleic acid molecule according to [1] or [2] has been inserted.
  • [5] A transformant that retains the nucleic acid molecule of [1] or [2] or the vector of [4] in an expressible manner.
  • [6] The method for producing the protein according to [3], comprising culturing the transformant according to [5] and collecting an expression product.
  • a nucleic acid molecule comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11, or a polynucleotide that hybridizes with a complementary strand thereof, and has a chain length of at least 15 nucleotides .
  • [12] allergy including the step of measuring the expression level of a gene consisting of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 in a biological sample and comparing it with a control (in the case of a healthy subject) How to test for disease.
  • the biological sample is blood, and the expression level of the gene is determined by measuring a protein comprising the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 12 and / or a fragment thereof in the blood. [12] the method of.
  • a method for screening a candidate compound for a therapeutic drug for an allergic disease comprising:
  • step (c) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (b) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • step (f) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (e) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • step (e) In step (d), compared to the control (when no test compound is administered) Selecting a compound that increases the expression level of the gene to be measured.
  • step (c) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (b) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • lymphocytes are prepared from peripheral blood
  • allergic disease is a general term for diseases associated with allergic reactions. More specifically, it can be defined as identifying the allergen, demonstrating a deep link between exposure to the allergen and the development of the lesion, and demonstrating an immunological mechanism for the lesion.
  • the immunological mechanism means that T cells show an immune response by allergen stimulation.
  • Representative allergic diseases can include bronchial asthma, allergic rhinitis, atopic dermatitis, hay fever, or insect allergy.
  • Allergic diathesi s is a genetic factor transmitted from a parent with an allergic disease to a child. Allergic diseases that occur familially are also called atopic diseases, and the genetic factors that cause them are atopic predispositions.
  • the “nucleic acid molecule” in the present invention includes DNA and RNA.
  • the “test for allergic disease” in the present invention includes not only a test for a patient who has an allergic disease, but also a test for determining whether or not a subject who does not have an allergic disease has an allergic predisposition. Inspection is also included.
  • the expression level of the gene in the present invention is used as a term including either the amount of transcribed mRNA or the amount of a protein that is a translation product based on this mRNA.
  • the present invention relates to a novel gene “58 1” correlated with an IgE production response to cedar pollen of an individual.
  • the nucleotide sequence of the “581” cDNA found by the present inventors is shown in SEQ ID NO: 1.
  • the nucleotide sequence of the “581” cDNA isolated by the present inventors is a partial distribution sequence of the “581” cDNA, and those skilled in the art may use the sequence information of the “581” cDNA described in SEQ ID NO: 1. Alternatively, isolation of the full-length cDNA of "581" can be routinely performed. That is, a method for screening a T cell cDNA library or the like by hybridization using a sequence derived from “581” as a probe, or a method for screening DNA such as a T cell cDNA library using a sequence derived from “581” as a primer.
  • the full-length nucleotide sequence of “581” according to the present invention can be determined based on many ESTs and genomic information to be determined in the future.
  • the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1 has the same sequence as the 5 'end of KIAA1097 consisting of about 4.3 kb as a result of homology search. I understood. That is, the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1 was included in KIAA1097. Although no initiation codon is found in KIAA1097, an ORF of 981 amino acids is estimated.
  • KIAA1097 is an EST published after the present inventors determined the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1.
  • nucleic acid molecule comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11” according to the present invention includes a single nucleotide based on the sequence information of “581” cDNA described in SEQ ID NO: 1. Includes the releasable "581" full-length cDNA.
  • the nucleic acid molecule of the present invention can hybridize not only to the nucleic acid molecule having the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11 but also to these nucleic acid molecules under stringent conditions. Includes nucleic acid molecules that encode proteins functionally equivalent to number 12.
  • the stringent conditions include, for example, the following conditions. Hybridization conditions can be adjusted according to the length of the nucleic acid molecule and the constituent bases.
  • the functionally equivalent to “581” means that the atopic predisposing group (1 ⁇ value for cedar pollen is 3.5 l / ml or more) is significantly more significant than the non-atopic predisposing group. Indicates low expression. Nucleic acid molecules that can hybridize under stringent conditions are likely to encode proteins with high structural homology. Thus, a nucleic acid molecule encoding a protein functionally equivalent to “58 1” in can be obtained.
  • nucleic acid molecule of the present invention comprises an amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 12 in which one or several amino acids have been substituted, deleted, inserted, and / or added. And a nucleic acid molecule encoding a protein functionally equivalent to the protein consisting of the amino acid sequence described in (1).
  • the nucleic acid molecule of the present invention can be obtained by a known method based on SEQ ID NO: 1 or the base sequence information described in SEQ ID NO: 11.
  • the desired cDNA can be selected by screening a human T cell cDNA library with a probe set based on the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11.
  • the target gene can also be amplified by performing PCR using primers set based on SEQ ID NO: 1 or the base sequence shown in SEQ ID NO: 11. If cDNA derived from lymphocytes of non-human animals is used as a library for screening or a template for PCR, homologs of “581” in other species can be obtained.
  • nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11 can also be chemically synthesized.
  • Known methods (Sambrook II, Fritsch, EF, and Mania Us T. Molecular cloning: A Laboratory Manual (2nd edition). Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor.) Can be used.
  • the nucleic acid molecule of the present invention thus obtained is useful for producing the protein “58 1” of the present invention as a recombinant.
  • the protein of the present invention obtained as a recombinant can be used as an immunogen for obtaining an antibody against “581”.
  • the present invention relates to a polynucleotide that hybridizes with a nucleic acid molecule comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11, or a complementary strand thereof, and has a chain length of at least 15 nucleotides.
  • a polynucleotide that can hybridize to a given base sequence.
  • probes and primers that specifically hybridize to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11 as well as hybridizable to an unknown nucleotide sequence that is structurally similar are designed. Methods are also known.
  • a polynucleotide having the designed base sequence can be chemically synthesized by a technique such as the dideoxy method.
  • a polynucleotide comprising the required nucleotide sequence can be obtained by cleaving the cDNA clone with an appropriate restriction enzyme. These polynucleotides are useful as probes and primers for detecting and synthesizing the nucleic acid molecule of the present invention.
  • “581” showed significantly lower expression in the atopic predisposing group (IgE value for cedar pollen was 3.5 AU / ml or more) than in the non-atopic predisposing group. Therefore, it is possible to test for allergic diseases and screen candidate compounds for the treatment of allergic diseases using the expression of the “581” gene (including transcription into mRNA and translation into protein) as an index. it is conceivable that.
  • cedar pollinosis is particularly preferred as an allergic disease to be tested and treated.
  • Detection of the expression of the “581” gene in the test for allergic disease can be performed by a hybridization technique using a nucleic acid that hybridizes to the “581” gene as a probe, or a primer using a DNA that hybridizes to the gene of the present invention. It is possible to use the gene amplification technology described above.
  • a nucleic acid molecule that specifically hybridizes to the “581” gene and has a chain length of at least 15 nucleotides is used.
  • “specifically hybridize” means a normal hybrid. It refers to the fact that under hybridization conditions, preferably under stringent hybridization conditions, there is no significant cross-hybridization with DNA and / or RNA encoding other genes.
  • the probe and the transfer membrane are hybridized in Express Hybridization Solution (manufactured by CL0NTECH) at 68: and finally washed with 50 in 0.1X SSC, 0.05% SDS solution. Stringent conditions can be used.
  • nucleic acid molecules used in the test of the present invention may be synthetic or natural.
  • the probe DNA used for hybridization is usually labeled.
  • Labels include, for example, nick translation labeling using DNA polymerase 1, terminal labeling using polynucleotide kinase, and fill-in terminal labeling using Klenow fragment (Berger SL, Ki band el AR. (1987) Guide to Molecular Cloning Techniques, Method in Enzymology, Academic Press; Hames BD, Higgins SJ (1985) Genes Probes: A Practical Approach.IR L Press; Sambrook J, Fritsch EF, Maniat is T. (1989) Molecular Cloning: a Laboratory Manual , 2nd Edn.
  • an RT-PCR method can be used as a method using gene amplification technology.
  • the expression of the “581” gene can be more accurately quantified by using the PCR amplification monitor method as shown in Example 8 in the gene amplification process.
  • probes that are labeled with different fluorescent dyes at both ends to cancel each other's fluorescence are used to hybridize to the detection target (reverse transcript of DNA or RNA).
  • the detection target reverse transcript of DNA or RNA
  • the number of copies of the target to be detected in the target sample is determined by the number of linear cycles of PCR amplification by simultaneously measuring a standard sample with a clear copy number for the target (Holland, PM et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:72 76-7280; Livak, KJ et al., 1995, PCR Methods and Applications 4 (6): 35 7-362; Heid, CA et al., Genome Research 6: 986. -994; Gibson, EMU et al., 1996, Genome Research 6: 995-1001).
  • ABI PRISM7700 PerkinElmer
  • the test for an allergic disease of the present invention may be performed by detecting the protein encoded by “581”.
  • a test method for example, a Western blotting method using an antibody that binds to a protein encoded by “581”, an immunoprecipitation method, an ELISA method, and the like can be used.
  • a sample for detecting protein a lysate of T cells or a blood sample such as serum or plasma can be used.
  • a whole blood sample containing T cells can be lysed to prepare a sample.
  • Antibodies to the protein encoded by "581" of the present invention can be obtained as polyclonal or monoclonal antibodies using techniques well known to those skilled in the art (Milstein C, et al., 1983, Nature 305 (5934). ): 537-40).
  • the protein used as an immunogen in the present invention may be, for example, a peptide consisting of an amino acid sequence selected from the amino acid sequences described in SEQ ID NO: 12.
  • the protein or its partial peptide used for the antigen is prepared by incorporating the “581” gene or a part thereof into an expression vector, introducing this into an appropriate host cell, and performing transformation. It can be obtained by preparing a recombinant, culturing the transformant to express a recombinant protein, and purifying the expressed recombinant protein from a culture or a culture supernatant.
  • the subject can be determined to have a high allergen such as cedar pollen antigen and to have an allergic predisposition.
  • the measurement of the expression level of the gene of the present invention in combination with the allergen-specific antibody titer, symptoms, and the like can be used for examination of allergic diseases.
  • the “581” gene expressed in T cells has high IgE specific for pollen antigen, and its expression is reduced in a group of hay fever patients. Even in an allergic patient who exhibits responsiveness to an antigen other than cedar pollen, the expression of the “581” gene may be reduced while T cell responsiveness to the antigen is enhanced. In such cases, a decrease in the expression of the “581” gene corresponds to an increase in T cell responsiveness, and therefore, monitoring of the expression of the “581” gene enables screening for therapeutic drugs for allergic diseases. .
  • the method for screening a candidate compound for treating an allergic disease of the present invention can be performed in vivo or in vitro.
  • in vivo screening for example, after administering a candidate drug and stimulating with a pollen antigen to a model animal such as a mouse, T cells are separated from peripheral blood, and the transcript of “581” is obtained. Measure.
  • lymphocytes are separated from peripheral blood, and the lymphocytes are stimulated in vitro with cedar pollen antigen or the like.
  • T cells are separated from the lymphocytes after the stimulation, and the transcript of the “581” gene is measured.
  • a compound that increases the transcription amount of the “581” gene is selected.
  • the stimulation with the pollen antigen is performed for the purpose of inducing an antigen-specific allergic reaction in T cells and determining the therapeutic effect of the candidate compound on it.
  • Peripheral blood lymphocytes are collected from a mouse or the like, and the peripheral blood lymphocytes are stimulated in vitro with cedar pollen antigen or the like.
  • Candidate compounds are added during in vitro stimulation.
  • T cells are separated from the stimulated peripheral blood lymphocytes, and “581” transcript is measured.
  • a compound that increases the transcription amount of the “581” gene is selected.
  • Screening of the candidate compound for treating an allergic disease of the present invention can also be performed using established T cells.
  • established T cells such as Molt4 cells and Jurkat cells are stimulated in vitro with a lymphocyte stimulator.
  • lymphocyte stimulating substances include calcium ionophore (A23187), PMA, and phytohemagglutinin (PHA).
  • Candidate drugs are added during in vitro stimulation. Thereafter, the transcription amount of the “581” gene in the established T cells is measured. As a result of this measurement, a compound that increases the transcription of the “581” gene is selected.
  • Detection of the expression of the “581” gene in the screening of candidate compounds for the treatment of allergic diseases is performed by the hybridization technique using a nucleic acid that hybridizes to the “581” gene as a probe, as in the test for allergic diseases of the present invention.
  • it can be carried out using a gene amplification technique using DNA that hybridizes to the gene of the present invention as a primer.
  • a Northern hybridization method for example, a dot blot method, a method using a DNA microarray, or the like can be used.
  • an RT-PCR method can be used as a method utilizing the gene amplification technique.
  • the expression of the “581” gene can be more accurately quantified by using a PCR amplification monitor method as shown in Example 8 in the gene amplification process.
  • Operations such as separation of lymphocytes and T cells, extraction of RNA from T cells, and synthesis of cDNA can be performed according to known techniques as described in Examples.
  • test compounds used in these screenings include compound preparations synthesized by existing chemical methods such as steroid derivatives, and combinatorial chemistry.
  • a mixture containing a plurality of compounds such as an animal or plant tissue extract or a microbial culture, and a preparation purified therefrom may be mentioned.
  • the compound isolated by the method for screening a candidate compound for a therapeutic drug for an allergic disease of the present invention is a candidate for a drug which improves allergic predisposition to an allergen such as a pollen antigen.
  • the compound isolated by the screening method of the present invention when used as a pharmaceutical, it can be used as a pharmaceutical preparation by a known pharmaceutical production method.
  • a pharmaceutically acceptable carrier or vehicle such as saline, vegetable oils, suspensions, surfactants, stabilizers, etc.
  • Administration will be transdermal, intranasal, transbronchial, intramuscular, intravenous, or oral, depending on the nature of the compound.
  • the dose varies depending on the patient's age, body weight, symptoms, administration method and the like, but those skilled in the art can appropriately select an appropriate dose.
  • FIG. 1 is a diagram showing the antibody titers of cedar pollen-specific IgE antibodies in a total of 18 blood samples from 10 subjects who collected blood.
  • the value of cedar pollen-specific IgE antibody in each blood sample of subjects ⁇ to ⁇ was expressed in ⁇ / ml.
  • the pair before pollen scattering is shown on the left (white column), and the one after scattering is shown on the right (black column).
  • Subjects A and B collected only blood after pollen scattering.
  • FIG. 2 is a diagram showing changes in the expression of “581” in a high IgE group and a normal IgE group when classified according to cedar pollen-specific IgE values. Error bars represent standard deviation.
  • FIG. 3 is a graph showing changes in the expression of “581” in the pre-scattering group and the post-scattering group when grouping was performed before and after the cedar pollen scattering time. Error bars represent standard deviation.
  • Fig. 1 shows the measured cedar pollen-specific IgE values before and after pollen scattering in each subject. As shown, most of the 10 subjects had increased serum levels of cedar pollen-specific IgE after pollen exposure. The presence of atopic predisposition was determined by whether the value of the CAP RAST test for cedar pollen-specific IgE was greater than 2. That is, subjects A to G and I were eight subjects as atopic predisposition group (hereinafter also referred to as “patient”), and subjects H and ⁇ were regarded as healthy subjects (hereinafter also referred to as “normal group”). Of the eight subjects with an atopic predisposition, seven exhibited symptoms of allergic rhinitis after pollen dispersal.
  • patient atopic predisposition group
  • normal group healthy subjects
  • the procedure was as follows. First, the wall of the syringe was treated with 1 ml of Heparin from Nopo, etc. without any restriction, and blood was collected in a 10 ml syringe containing a final concentration of 50 unit / ml heparin. At this time, two 22G needles were prepared for one blood sample. The injection needle was removed and transferred to a 50 ml centrifuge tube (made of polypropylene).
  • PRP PRP (Pla teletrich plasma, platelet-rich plasma) was transferred to another 15 ml centrifuge tube, and centrifuged at 1200 rpm (equivalent to 150 Xg in a Tommy centrifuge) for 5 minutes at room temperature. After centrifugation, platelets were in the supernatant. The precipitated cells were suspended in 5 ml of Ca- and Mg-free HBSS obtained from Gibco or the like. This was overlaid on one tube (Falcon tube: 2006 or 2059; made of polypropylene) containing 5 ml of Ficol Paque (Pharmacia) using a Pasteur pipe.
  • the mixture was centrifuged at 1500 rpm (equivalent to 400 Xg in a Tomy centrifuge) for 30 minutes at room temperature.
  • granulocytes and erythrocytes precipitated, and lymphocytes, monocytes, and platelets were contained in the middle layer with the ficoll layer in between.
  • the lymphocyte fraction obtained in Example 2 was centrifuged at 1200 ⁇ ⁇ ⁇ at 4 for 5 minutes, and suspended in BSA / PBS to a concentration of about 100 1. The capacity became about. This was transferred to an Eppendorf tube (1.5 ml), and the CD3 microbead solution was added. After that, it was left at 4-10 for 30 minutes (it was not placed on ice at this time). This sample was treated with a magnetic cell sorter (MACS) (Miltenyi Biotech In) as follows. The MS + / RS + column was attached to a Mini MACS or Vario MACS separation unit (without needles). 500 1 of BSA / PBS was gently applied to the column and the buffer was poured out.
  • MCS magnetic cell sorter
  • the obtained T cell fraction was centrifuged at 1,200 rpm at 4 for 5 minutes.
  • the precipitate was washed twice with BSA / PBS. After the first washing, the cells were suspended in 1 ml, and a part thereof was diluted 2-fold with trypan blue, and the cell number was measured. Total cell number was approximately 4 ⁇ 10 6 .
  • RNA from T cells was prepared using RNeasy Mini (Qiagen) according to the attached manual in principle. All operations were performed at room temperature, wearing gloves. Four volumes of ethanol were added to Posh Buffer RPE. Lysis buffer RLT was supplemented with 10 1 / ml 2-mercaptoethanol. The cell suspension was centrifuged at 1000-1200 ⁇ ⁇ ⁇ for 5 minutes, and the supernatant was removed with an aspirator. A lysis buffer RLT (containing 2-mercaptoethanol) solution was added to the precipitate. At this stage, lysates of cells in RLT buffer could be stored at -70.
  • RNeasy Mini Qiagen
  • the cell lysate was stored frozen, incubate at 37 for 10-15 minutes, and centrifuge for 3 minutes at maximum speed if insolubles were visible, collecting only the supernatant.
  • the lysate was homogenized with a syringe equipped with a 20G force teran needle and then treated with Q IAshredder. (That is, usually, 350/1 cell lysate was applied to a Kyaschlets dunit using a Pitman. This was centrifuged at 1500 ⁇ 01 for 2 minutes, and the effluent was collected.) % Ethanol was added and mixed well by pipetting.
  • DNase treatment was performed to remove DNA from total RNA prepared from T cells.
  • DD Fluorescent differential display using total RNA prepared from T cells
  • the PCR reaction conditions were 95 cycles of 3 minutes, 40 cycles of 5 minutes, and 72 cycles of 5 minutes for one cycle, followed by 30 cycles of 9415 seconds, 40 cycles of 2 minutes, and 72 1 minutes. It was 5 minutes at 72 and then continuously at 4.
  • the primer pairs used are the anchor primers GT15A (SEQ ID NO: 2), GT A total of 287 reactions were carried out using 15C (SEQ ID NO: 3) and GT15G (SEQ ID NO: 4) with optional primers in combination with AG1-110, AG111-199, and AG200-287, respectively.
  • an optional primer an oligomer composed of 10 nucleotides having a GC content of 50% was designed, synthesized, and used.
  • a 6% denaturing polyacrylamide gel was prepared, and samples were applied and electrophoresed at 40 W for 210 minutes. Thereafter, the gel plate was scanned using Hitachi Fluorescence Image Analyzer -FMBI0 I I, and electrophoresis images were obtained by fluorescence detection.
  • Two DD analyzes were performed using a number of arbitrary primers. Bands that differed before and after pollen dispersal or between the patient and healthy groups were selected and reproducible bands were excised from the gel in two experiments.
  • the band of “581” was found by DD analysis using GT15C (SEQ ID NO: 3) as an anchor primer and AG164 (CATTCTCAGG / SEQ ID NO: 5) as an arbitrary primer, and the expression of “581” was found in Japanese cedar. A difference was observed between the group with high specific IgE (atopic predisposition group) and the normal group.
  • a gel containing the band of “581” was cut out, stored in a TE solution, and heated at 60:10 for 10 minutes to elute DNA from the gel.
  • PCR was performed under the same conditions as DD-PCR, and a DNA fragment of about 260 bp was amplified.
  • GT15C was used as the primer and AG164 was used as the optional primer.
  • the amplified DNA fragment was cloned with a plasmid vector pCR2.1 (Invitrogen) to obtain a plasmid p58-23 carrying a DNA fragment of about 260 bp.
  • a plasmid DNA the nucleotide sequence of the DNA fragment was determined according to a conventional method.
  • the expression amount of “581” was quantified by the TaqMan method using ABI-PRISM7700. This method quantitatively detects the PCR-amplified DNA strand in real time using a fluorescent dye. System.
  • RNA samples before and after cedar pollen scattering were collected from 22 volunteers in the spring of 1998, T cells were prepared, and total RNA was extracted. The expression level of the target gene was quantified using a total of 44 RNA samples.
  • V fly ( ⁇ 0.34 ⁇ 0.34 0.79 0.81 180 fly tt 0.34 ⁇ 0.34 0.78 0.9 160
  • primers 5 ' (TGAGTTCCTAATTTCCTATCCAAAAATAC SEQ ID NO: 6), 581-3' (GCATTATCTAACTGTG AACCTTACCACTZ SEQ ID NO: 7), and TaqMan probe 581SEQS5 (TCTTTGCTGCAA GCATAACACCATACTCGA / SEQ ID NO: 8) was designed, synthesized, and used for the quantitative reaction.
  • TaqMan probe 581SEQS5 was fluorescently labeled at the 5 'end with FAM (6-carboxyfluorescein) and at the 3' end with TAMRA (6-carboxy-tetramethytriodamine).
  • FAM 6-carboxyfluorescein
  • TAMRA 6-carboxy-tetramethytriodamine
  • type I cDNA obtained by reverse transcription of poly T (12-18 mer) as a primer from all 44 RNAs was used.
  • a serial dilution of the plasmid p58-23 obtained in Example 7 was used to carry out the reaction.
  • Table 3 shows the composition of the reaction solution for monitoring PCR amplification.
  • the same quantitative analysis was performed for the ⁇ -actin (j3-actin) gene, and the correction was performed based on the copy number of those genes. ) was calculated.
  • Table 4 shows the number (copy number) of “581” in each sample corrected for the copy number of) 3-actin. For the correction, the average copy of i3-actin in all samples was determined, and the number of copies of “581” in each sample was divided by the relative value of 3-actin (in each sample assuming that it was 1).
  • V Flying M Before 286 Flying K After 121 Using this value, two-way analysis of variance was performed.
  • the groups were divided into groups that showed 3.5 AU / ml or more before and after cedar pollen scattering or at least one of the two measurements of serum specific IgE (high IgE group) and other groups (normal (IgE group). For example, in the case of cedar pollen, the number of individuals in each group was 10 in the high IgE group and 12 in the normal IgE group. The test was performed separately for the group showing 200 AU / ml for total IgE and the other groups. Two-way analysis of variance was tested using StatView software (Abacuus Concepts, Inc.).
  • 5 'RACE System for Rapid Amplification of cDNA Ends V.2 kit (BRL) was used. Furthermore, amplification was performed by PCR using a primer containing a 581-RT1 primer and a poly G adapter, to prepare double-stranded DNA. Using this as a type I, PCR was performed with 58 u1 (CTGAGTTCCAAATTTCCTATCC SEQ ID NO: 10), which is a primer specific to "581," and the AUAP primer in the adapter. The amplified DNA was subjected to sub-cloning and the nucleotide sequence was determined. As a result, a sequence of about 0.7 kb including the DD sequence was obtained. C This sequence is shown in SEQ ID NO: 1. Industrial applicability
  • a novel gene having a correlation with a cedar pollen-specific IgE value was provided.
  • the expression of the gene of the present invention as an index it has become possible to carry out an examination as to whether or not it has an allergic predisposition and to screen a candidate drug for a therapeutic agent for an allergic disease.
  • AAAAADAA CC CCDBBBBBB CCCCCCCBB
  • MMGU A UYKT AGYHN EER GL2BFRFZE JI T cells were prepared from multiple subjects with different cedar pollen-specific IgE values before and after pollen scattering, and genes were searched by differential display. We succeeded in isolating a novel gene with significantly lower expression in subjects. The present inventors have found that this gene can be used for testing allergic diseases and for screening candidate compounds for therapeutic drugs for allergic diseases.
  • a nucleic acid molecule comprising the protein coding region of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11.
  • a nucleic acid molecule according to any one of the following (a) to (c):
  • a protein comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12, comprising one or more amino acid substitution, deletion, insertion, and / or addition of an amino acid sequence;
  • a nucleic acid molecule encoding a protein functionally equivalent to the protein consisting of the described amino acid sequence;
  • a vector into which the nucleic acid molecule according to claim 1 or 2 has been inserted is inserted.
  • a method for producing the protein according to claim 3, comprising a step of culturing the transformant according to claim 5 and collecting an expression product.
  • a nucleic acid molecule consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11, or a polynucleotide that hybridizes with a complementary strand thereof, having a chain length of at least 15 nucleotides.
  • Claim 1 or Claim 2 consisting of the polynucleotide of Claim 7.
  • a method for testing an allergic disease comprising the step of measuring the expression level of a gene consisting of SEQ ID NO: 1 or the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 in a biological sample and comparing it with a control (in the case of a healthy subject) .
  • the biological sample is a T cell
  • the expression level of the gene in the T cell is measured by RT-PCR using mRNA as a type III.
  • a method for screening a candidate compound for a therapeutic agent for an allergic disease comprising:
  • step (c) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (b) compared to a control (in the case where the test compound is not administered).
  • a method for screening a candidate compound for a therapeutic agent for an allergic disease comprising:
  • step (f) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (e) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • a method for screening a candidate compound for a therapeutic agent for an allergic disease comprising:
  • step (e) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (d) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • a method for screening a candidate compound for a therapeutic agent for an allergic disease comprising:
  • step (b) measuring the expression level of the gene comprising the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 11 in the established T cells, (c) selecting a compound that increases the expression level of the gene measured in step (b) as compared to a control (in the case where no test compound is administered).
  • T cells are prepared from peripheral blood of a model animal of hay fever.
  • lymphocytes are prepared from peripheral blood.

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Description

が変化した遺伝子を検出することが可能である。 このような方法を用いて、 変異 が生じた遺伝子や、 時間や環境とともに発現が変わるような遺伝子を調べること によって、 病因遺伝子の解明のために重要な情報がもたらされることが期待され る。 これらの遺伝子には、 環境要因によって発現に影響を受けるような遺伝子も 含まれる。
アレルギー疾患の中でも花粉症は、近年多くの人に見られる疾患の一つである。 花粉症の病因には、 環境要因の一つである花粉によって発現が影響を受ける複数 の遺伝子が関わっていると考えられる。 このような事情から、 花粉症に関連する 遺伝子を単離することが望まれていた。 発明の開示
本発明は、 アレルギー疾患、 特に花粉症に関連する遺伝子を提供することを課 題とする。 さらに、 本発明は該遺伝子の発現を指標とした、 アレルギー疾患の検 査方法およびアレルギー疾患治療薬候補化合物のスクリーニング方法を提供する ことを課題とする。
本発明者らは、 既に確立された 「蛍光 DD (F l uorescen t DD)法」 (T. I t oら, 199 4, FEBS Le t t . 351 : 231-236) の手順に基づき、 複数のヒトの血液から調製した T細胞 RNAサンプルを解析できる DDシステムを新たに開発した。このシステムを 用いて、 本発明者らは花粉症患者を含む複数の被験者について、 花粉飛散の前後 の血液から T細胞を採取し、 スギ花粉特異的 IgE値の異なる被験者間や花粉飛散 前後で発現量が変化する遺伝子のスクリーニングを行い、 新規遺伝子 (「581」 遺 伝子) を単離した。
本発明者らは、被験者をスギ花粉に対する IgE値の高い群(スギ花粉症素因群) とそれ以外の群 (健常者) に分け、 単離した 「581」 遺伝子の発現量を両群におい て比較解析した結果、 該遺伝子が健常者と比較してスギ花粉症素因群において有 意に低値を示すことを見出した。 このため、 本発明者らは、 該遺伝子の発現量を 指標として、 ァレルギ一疾患の検査およびァレルギ一疾患治療薬候補化合物のス クリーニングを行うことが可能であることを見出した。
すなわち、 本発明は、 アレルギー素因を有する者に高い発現を示す遺伝子、 お よび該遺伝子の発現を指標としたァレルギ一疾患の検査方法およびァレルギー疾 患治療薬候補化合物のスクリーニング方法に関する。 より具体的には、 以下の核 酸分子、 並びにこの核酸分子に基づくアレルギー疾患の検査方法、 およびアレル ギー疾患の治療薬候補化合物のスクリーニング方法に関する。
〔 1〕 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列のタンパク質コー ド領域を含む核酸分子。
〔2〕 次の (a ) 〜 (c ) のいずれかに記載の核酸分子。
( a ) 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする 核酸分子、
( b ) 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列からなる DNA とストリンジェン卜な条件下でハイブリダィズし、 配列番号: 1 2に記載の アミノ酸配列を含むタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードする核 酸分子、
( c ) 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列を含むタンパク質において、 1 若しくは数個のアミノ酸が置換、 欠失、 挿入、 およびノまたは付加したアミ ノ酸配列からなり、 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列からなるタンパク 質と機能的に同等なタンパク質をコードする核酸分子、
〔3〕 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の核酸分子によってコードされるタンパク質。
〔4〕 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の核酸分子が挿入されたベクター。
〔5〕 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の核酸分子、 または 〔4〕 に記載のベクター を発現可能に保持する形質転換体。
〔6〕 〔5〕に記載の形質転換体を培養し、発現産物を回収する工程を含む、〔3〕 に記載のタンパク質を製造する方法。 〔7〕 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列からなる核酸分子、 またはその相補鎖とハイプリダイズするポリヌクレオチドであって、 少なく とも 1 5ヌクレオチドの鎖長を有するポリヌクレオチド。
〔8〕 〔7〕 に記載のポリヌクレオチドからなる 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の 核酸分子合成用プライマー。
〔9〕 〔7〕 に記載のポリヌクレオチドからなる 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の 核酸分子検出用プローブ。
〔1 0〕 〔3〕 に記載のタンパク質に対する抗体。
〔1 1〕 〔7〕 に記載のポリヌクレオチドを用いることを特徴とする 〔1〕、 または 〔2〕 に記載の核酸分子の検出方法。
〔1 2〕 生体試料中の配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基 配列からなる遺伝子の発現レベルを測定し、 対照 (健常者の場合) と比較す る工程を含む、 アレルギー疾患の検査方法。
〔1 3〕 生体試料が T細胞であり、 T細胞における遺伝子の発現レベルを、 mRNAを铸型とする RT-PCRによって測定する 〔1 2〕 に記載の方法。
〔1 4〕 RT- PCRを PCR増幅モニター法により行う、 〔1 3〕 に記載の方法。
〔1 5〕 T細胞が被験者の末梢血から調製される、 〔1 2〕 から 〔1 4〕 の いずれかに記載の方法。
〔1 6〕 生体試料が血液であり、 血中の配列番号: 1 2に示すアミノ酸配 列からなるタンパク質および またはその断片を測定することによって遺伝 子の発現レベルを測定する 〔1 2〕 に記載の方法。
〔1 7〕 アレルギー疾患がスギ花粉症である、 〔1 2〕 から 〔1 6〕 のいず れかに記載の方法。
〔1 8〕 アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法で あって、
( a ) 花粉症のモデル動物に被検化合物の投与および花粉抗原による刺激 を行う工程、
(b) 該モデル動物の T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1 に記載の塩基配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(c) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (b) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
〔19〕 アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法で あって、
( a ) 被検化合物を花粉症のモデル動物に投与する工程、
( ) 該モデル動物からリンパ球を調製する工程、
(c) 該リンパ球を花粉抗原で刺激する工程、
(d) 該抗原刺激を受けたリンパ球から T細胞を分離する工程、
(e) 該 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基 配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(f ) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (e) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
〔20〕 アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法で あって、
( a ) 花粉症のモデル動物または花粉症を有するヒトからリンパ球を調製 する工程、
(b) 被検化合物の存在下、 該リンパ球を花粉抗原で刺激する工程、 ( c ) 該抗原刺激を受けたリンパ球から T細胞を分離する工程、
(d) 該 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基 配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(e) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (d) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
〔21〕 アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法で あって、
( a ) 被検化合物の存在下、 株化 T細胞をリンパ球刺激物質で刺激するェ 程、
(b) 株化 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩 基配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(c) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (b) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
〔22〕 遺伝子の発現レベルを、 mRNAを铸型とする RT- PCRによって測定 する 〔18〕 〜 〔21〕 のいずれかに記載の方法。
〔23〕 T細胞が、 花粉症のモデル動物の末梢血から調製される、 〔18〕 に記載の方法。
〔24〕 リンパ球が末梢血から調製される、 〔19〕 または 〔20〕 に記載 の方法。
〔25〕 アレルギー疾患がスギ花粉症である、 〔18〕 から 〔24〕 のいず れかに記載の方法。
本発明において、 アレルギー疾患(allergic desease)とはアレルギー反応の関 与する疾患の総称である。 より具体的には、 アレルゲンが同定され、 アレルゲン への曝露と病変の発症に深い結びつきが証明され、 その病変に免疫学的な機序が 証明されることと定義することができる。 ここで、 免疫学的な機序とは、 アレル ゲンの刺激によって T細胞が免疫応答を示すことを意味する。 代表的なアレルギ 一疾患には、 気管支喘息、 アレルギー性鼻炎、 アトピー性皮膚炎、 花粉症、 ある いは昆虫アレルギー等を示すことができる。 アレルギー素因(allergic diathesi s)とは、 アレルギー疾患を持つ親から子に伝えられる遺伝的な因子である。 家族 性に発症するアレルギー疾患はァトピー性疾患とも呼ばれ、 その原因となる遺伝 的に伝えられる因子がアトピー素因である。
なお、 本発明における 「核酸分子」 には、 DNAおよび RNAが含まれる。 また、 本発明における 「アレルギー疾患の検査」 には、 アレルギー疾患を発症している 患者に対する検査だけでなく、 アレルギー疾患を発症していない被験者に対して アレルギー素因を有するか否かを判定するための検査も含まれる。 更に本発明に おける遺伝子の発現レベルとは、 転写された mRNAの量と、 この mRNAに基づ く翻訳産物であるタンパク質の量のいずれかを含む用語として用いられる。
本発明は、 個体のスギ花粉に対する IgE産生反応に相関する新規な遺伝子 「58 1」 に関する。 本発明者らにより見出された 「581」 cDNAの塩基配列を配列番号: 1に示す。
本発明者らにより単離された 「581」 cDNAの塩基配列は、 「581」 cDNAの部分配 列であるが、 当業者においては、 配列番号: 1に記載の 「581」 cDNA の配列情報 を基に、 「581」 の全長 cDNAを単離することは、 通常行いうる。 即ち、 「581」 由来 の配列をプローブとして T細胞 cDNA ライブラリ一などをハイブリダィゼーショ ンによってスクリーニングする方法や、 「581」 由来の配列をプライマーとして用 い、 T細胞 cDNAライブラリーなどの DNAを铸型として、プライマーに特異的なサ ィズの増幅産物が得られることを指標としてライブラリーをスクリーニングして cDNAの全長を取得する方法がある。 また、 「581」 由来の配列をプライマーとして 用い、 T細胞などの mRNAを一本鎖 cDNAに変換し、 末端にオリゴマーを付加して から PCRを行う RACE法(Frohman, M. A. e t al .: Proc. Nat l . Acad. Sc i . USA, 85 : 8992, 1988) によって 「581」 の配列を延長する方法がある。
更に、今後明らかにされる多くの ESTやゲノムの情報に基づいて、本発明による「58 1」の全長塩基配列を明らかにすることもできる。たとえば配列番号: 1に示す塩基配列 は、相同性検索の結果、約 4.3kbからなる KIAA1097の 5'端部分と同じ配列を持つこと がわかった。つまり、配列番号: 1に示す塩基配列が、 KIAA1097 に含まれていた。 KIAA1097 には開始コドンは見出せなレ、が、 981 アミノ酸力 なる ORFが推定される。 KIAA1097 は、本発明者らが配列番号:1に示す塩基配列を決定した後に公開された ESTである。この ESTとアレルギー疾患との関連を示唆する知見は無レ、。そしてさらに詳 しい検索の結果、 KIAA1097に対して配列番号: 1に示す B581配列内に 180bpのリピ —ト配列が挿入されていることが解った。これらの知見に基づいて、 KIAA1097の塩基配 列は、本発明の遺伝子「 581」を構成するものと結論した。
本発明における 「配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列を含 む核酸分子」 には、 このように配列番号: 1に記載の 「581」 cDNA の配列情報を 基に単離しうる、 「581」 の全長 cDNAが含まれる。
本発明の核酸分子は、 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に示す塩基配列を 含む核酸分子のみならず、 これらの核酸分子とストリンジェン卜な条件下でハイ ブリダィズすることができ、 配列番号: 1 2と機能的に同等なタンパク質をコ一 ドする核酸分子を含む。 本発明においてストリンジェン卜な条件とは、 たとえば 次のような条件を示すことができる。 ハイブリダィズの条件は、 核酸分子の鎖長 や構成塩基に応じて、 調整することができる。
八イブリダィズ条件:
5 X SSC
7 % SDS
5 0〜6 0 ^
洗浄条件:
0 . 1 X SSC
0 . 1 % SDS
6 0〜7 0で
また本発明において、 「5 8 1」 と機能的に同等とは、 アトピー素因群(スギ花 粉に対する 1^値が3. 5 Αϋ/ml以上) において、 アトピー非素因群よりも有意に 低い発現を示すことを意味する。 ストリンジェントな条件下でハイブリダィズす ることができる核酸分子は、 構造的に相同性の高いタンパク質をコ一ドしている 可能性が高いので、 このような条件下でスクリーニングすることにより、 本発明 における 「58 1」 と機能的に同等なタンパク質をコードする核酸分子を得るこ とができる。
更に本発明の核酸分子は、 配列番号: 1 2に示すアミノ酸配列において、 1若 しくは数個のアミノ酸が置換、 欠失、 挿入、 および または付加したアミノ酸配 列からなり、 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列からなるタンパク質と機能的 に同等なタンパク質をコードする核酸分子を含む。
本発明の核酸分子は、 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載した塩基配 列情報を基に、 公知の方法によって得ることができる。 たとえば、 ヒト T細胞の cDNAライブラリ一を、 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1の塩基配列に基づい て設定したプローブでスクリーニングすることにより目的とする cDNA を選択す ることができる。 あるいは。 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に示す塩基配 列に基づいて設定したプライマーによって PCRを行って、 目的とする遺伝子を増 幅することもできる。 スクリーニング用のライブラリーや PCRのためのテンプレ —トとして、 ヒト以外の動物のリンパ球に由来する cDNAを用いれば, 「58 1」 の他の種におけるホモログを得ることができる。 更に, 配列番号: 1、 または配 列番号: 1 1に示した塩基配列を化学的に合成することもできる。 このような分 子遺 学的な手法には、 公知の方法 (Sambrook 〗·, Fritsch, E. F. , and Mania Us T. Molecular cloning : A Laboratory Manual (2nd edition). Cold Sprin g Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor.) を利用することができる。 このようにして得られる本発明の核酸分子は、 本発明のタンパク質 「58 1」 を組み換え体として産生させるために有用である。 組み換え体として得られた本 発明のタンパク質は, 「58 1」に対する抗体を得るための免疫原として用いるこ とができる。 あるいは本発明は、 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列か を含む核酸分子、 またはその相補鎖とハイブリダィズするポリヌク.レオチドであ つて、 少なくとも 1 5ヌクレオチドの鎖長を有するポリヌクレオチドに関する。 当業者は、 与えられた塩基配列に対してハイブリダィズすることができるポリヌ クレオチドを設計することができる。 更に、 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1の塩基配列に特異的にハイブリダィズするもののみならず、 構造的に類似した 未知の塩基配列に対してハイブリダィズすることができるプローブやプライマー を設計する方法も公知である。 設計された塩基配列を持つポリヌクレオチドは、 ジデォキシ法等の手法によって化学的に合成することができる。 あるいは、 cDNA クローンを適当な制限酵素で切断することによって、 必要な塩基配列からなるポ リヌクレオチドを得ることもできる。 これらのポリヌクレオチドは、 本発明の核 酸分子の検出や合成のためのプローブやプライマーとして有用である。
「581」 は、 アトピー素因群 (スギ花粉に対する IgE値が 3. 5 AU/ml以上) の方 がアトピー非素因群よりも有意に低い発現を示した。 従って、 「581」 の遺伝子の 発現 (mRNAへの転写およびタンパク質への翻訳を含む) を指標に、 アレルギー疾 患の検査およびァレルギ一疾患治療薬候補化合物のスクリ一ニングを行うことが 可能であると考えられる。
本発明において検査 ·治療の対照となるアレルギー疾患としては、 特にスギ花 粉症が好ましい。
本発明におけるアレルギー疾患の検査における「581」の遺伝子の発現の検出は、 「581」遺伝子にハイブリダィズする核酸をプローブとしたハイブリダィゼーショ ン技術、 または本発明の遺伝子にハイブリダィズする DNAをプライマーとした遺 伝子増幅技術を利用して行うことが可能である。
本発明の検査に用いられるプローブまたはプライマ一としては、 「581」 遺伝子 に特異的にハイブリダィズし、少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有する核酸分 子が用いられる。 ここで 「特異的にハイブリダィズする」 とは、 通常のハイプリ ダイゼーション条件下、 好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーシヨン 条件下で、 他の遺伝子をコードする DNAおよび または RNAとクロスハイブリダ ィゼーシヨンが有意に生じないことを指す。 たとえば、 Express Hybridization Solution (CL0NTECH社製)中でプローブと転写膜を 68 :でハイブリダィゼーショ ンし、 最終的に 0.1 X SSC, 0.05% SDS溶液にて、 50でで洗浄することにより、 ストリンジェン卜な条件とすることができる。
本発明の検査に用いるこれら核酸分子は合成されたものでも天然のものでもよ い。 また、 ハイブリダィゼ一シヨンに用いるプローブ DNAは、 通常、 標識したも のが用いられる。 標識としては、 例えば、 DNA ポリメラ一ゼ 1を用いるニックト ランスレーシヨンによる標識、 ポリヌクレオチドキナーゼを用いる末端標識、 ク レノーフラグメントによるフィルイン末端標識 (Berger SL, Ki匪 el AR. (1987) Guide to Molecular Cloning Techniques, Method in Enzymology, Academic P ress ; Hames BD, Higgins SJ (1985) Genes Probes: A Practical Approach. IR L Press ; Sambrook J, Fri tsch EF, Maniat is T. (1989) Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 2nd Edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press) > RNAポ リメラーゼを用いる転写による標識 (Melton DA, Krieg, PA, Rebagkiati MR, Ma niatis T, Zinn K, Green MR. (1984) Nucleic Acid Res. , 12, 7035- 7056)、放射 性同位体を用いない修飾ヌクレオチドを DNAに取り込ませる方法 (Kricka LJ. (1 992) Nonisotopic DNA Probing Techniques. Academic Press)等が挙けられる。 ハイブリダィゼ一シヨン技術を利用したアレルギー疾患の検査は、 例えば、 ノ ーザンハイブリダィゼ一シヨン法、 ドットプロット法、 DNA マイクロアレイを用 いた方法などを使用して行うことができる。
一方、 遺伝子増幅技術を利用した方法としては、 例えば、 RT-PCR法を用いるこ とができる。 RT-PCR法においては、 遺伝子の増幅過程において実施例 8に示すよ うに PCR増幅モニター法を用いれば、 「581」 遺伝子の発現のより正確な定量を行 うことができる。 PCR遺伝子増幅モニター法においては、 両端に互いの蛍光を打ち消し合う異な つた蛍光色素で標識したプローブを用い、 検出対象 (DNAもしくは RNAの逆転写 産物)にハイブリダィズさせる。 PCR反応が進んで Taqポリメラーゼの 5'- 3'ェク ソヌクレアーゼ(exonuclease)活性により同プローブが分解されると二つの蛍光 色素が離れ、 蛍光が検出されるようになる。 この蛍光の検出をリアルタイムに行 う。 検出対象についてコピー数の明らかな標準試料について同時に測定すること により、 PCR増幅の直線性のあるサイクル数で目的試料中の検出対象のコピー数 を決定する (Holland, P.M. et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:72 76-7280; Livak, K. J. et al. , 1995, PCR Methods and Applications 4(6) :35 7-362; Heid, C. A. et al. , Genome Research 6:986-994; Gibson, E. M. U. e t al., 1996, Genome Research 6:995-1001)。 PCR増幅モニター法においては、 例えば、 ABI PRISM7700 (パーキンエルマ一社) を用いることができる。
また、 本発明のアレルギー疾患の検査は、 「581」 によりコードされるタンパク 質を検出することにより行うことも考えられる。 このような検査方法としては、 例えば、 「581」 によりコードされるタンパク質に結合する抗体を利用したウェス 夕ンブロッテイング法、 免疫沈降法、 ELISA法などを利用することができる。 夕 ンパク質の検出を行うための試料には、 T細胞のライセ一トや血清や血漿などの 血液試料を用いることができる。 あるいは T細胞を含む全血試料を溶血させて試 料とすることもできる。
本発明の「581」 によりコードされるタンパク質の抗体は、 当業者に周知の技法 を用いて、 ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体として得ることができ る (Milstein C, et al., 1983, Nature 305 (5934): 537-40)。 本発明において免 疫原として用いられるタンパク質として、 たとえば配列番号: 1 2に記載のアミ ノ酸配列から選択されたァミノ酸配列からなるペプチドを示すことができる。 抗 原に用いるタンパク質もしくはその部分ペプチドは、 例えば「581」遺伝子もしく はその一部を発現ベクターに組込み、 これを適当な宿主細胞に導入して、 形質転 換体を作成し、 該形質転換体を培養して組み換えタンパク質を発現させ、 発現さ せた組み換えタンパク質を培養体または培養上清から精製することにより得るこ とができる。
本発明によるアレルギー疾患の検査の結果、 本発明の遺伝子の発現が有意に低 ければ、被験者は例えばスギ花粉抗原のようなアレルゲンに対する IgE値が高く、 ァレルギ一素因を有すると判定することができる。 ァレルゲン特異的抗体価や、 症状などと併せて、 本発明の遺伝子の発現レベルの測定を、 アレルギー疾患の検 査に用いることが可能である。
T細胞に発現する 「581」遺伝子は花粉抗原に対する特異的 IgEの高い、 花粉症 患者群において発現が低下している。 スギ花粉以外の抗原に対する応答性を示す アレルギー患者においても、 当該抗原に対する T細胞の応答性の亢進している状 態で 「581」遺伝子の発現が低下する可能性がある。 このようなケースでは「581」 遺伝子の発現低下が T細胞の応答性の亢進に対応しており、従って「581」遺伝子 の発現をモニターすることによってアレルギー疾患治療薬のスクリーニングを行 うことができる。
本発明のアレルギー疾患治療候補化合物のスクリーニング方法は、 in vivo で 行なうことも in vi t roで行なうこともできる。 in vivoでのスクリーニングにお いては、 例えば、 マウス等のモデル動物に、 候補薬剤の投与および花粉抗原での 刺激を行った後、 末梢血より T細胞を分離し、 「581」 の転写産物を測定する。 あ るいは、 マウス等のモデル動物に候補薬剤を投与した後、 末梢血よりリンパ球を 分離し、該リンパ球をスギ花粉抗原等で in vi t roで刺激する。該刺激後のリンパ 球から T細胞を分離し、 その 「581」遺伝子の転写産物を測定する。 これら測定の 結果、 「581」 遺伝子の転写量を増大させる化合物を選択する。 ここで花粉抗原に よる刺激は、 T細胞において抗原特異的なアレルギー反応を惹起し、 それに対す る候補化合物の治療効果を判定することを目的として行うものである。
また、 in vi t roでのスクリーニングにおいては、 例えば、 花粉症のヒトまたは マウス等から末梢血リンパ球を採取し、 スギ花粉抗原などで、 該末梢血リンパ球 を in vi t roで刺激する。 in vi t ro刺激の際に候補化合物を添加する。 その後、 刺激された末梢血リンパ球から T細胞を分離し、 「581」 の転写産物を測定する。 この測定の結果、 「581」 遺伝子の転写量を増大させる化合物を選択する。
また、 本発明のアレルギー疾患治療候補化合物のスクリーニングは、 株化 T細 胞を用いて行なうこともできる。 例えば、 Mo l t4細胞、 Jurkat細胞などの株化 T 細胞をリンパ球刺激物質で in vi t roで刺激する。 リンパ球刺激物質としては、例 えば、 カルシウムィオノフォア (A23187)、 PMA、 フィ卜へマグルチニン (PHA) な どが挙げられる。 in vi t ro刺激の際に候補薬剤を添加する。 その後、 該株化 T細 胞における 「581」遺伝子の転写量を測定する。 この測定の結果、 「581」遺伝子の 転写を増大させる化合物を選択する。
アレルギー疾患治療候補化合物のスクリーニングにおける「581」の遺伝子の発 現の検出は、 本発明のアレルギー疾患の検査と同様、 「581」 遺伝子にハイブリダ ィズする核酸をプローブとしたハイブリダィゼーシヨン技術、 または本発明の遺 伝子にハイプリダイズする DNAをプライマーとした遺伝子増幅技術を利用して行 うことが可能である。
ハイブリダィゼーシヨン技術を利用した方法としては、 例えば、 ノーザンハイ ブリダイゼーション法、 ドットブロット法、 DNAマイクロアレイを用いた方法な どを使用して行うことができる。一方、遺伝子増幅技術を利用した方法としては、 RT - PCR法を用いることができる。 RT- PCR法においては、遺伝子の増幅過程におい て実施例 8に示すような PCR増幅モニタ一法を用いれば、 「581」 遺伝子の発現を より正確に定量することができる。 リンパ球や T細胞の分離、 T細胞からの RNA の抽出、あるいは cDNAの合成などの操作は、実施例に示すような公知の手法にし たがつて実施することができる。
これらスクリーニングに用いる被検化合物としては、 ステロイド誘導体等既存 の化学的方法により合成された化合物標品、 コンビナトリァルケミストリーによ り合成された化合物標品のほか、 動 ·植物組織の抽出物もしくは微生物培養物等 の複数の化合物を含む混合物、またそれらから精製された標品などが挙げられる。 本発明のアレルギー疾患治療薬候補化合物のスクリーニング方法により単離さ れる化合物は、 花粉抗原等のアレルゲンに対するアレルギー素因を改善する薬剤 の候補になる。
本発明のスクリーニング方法により単離される化合物を、 医薬品として用いる 場合には、 公知の製剤学的製造法により製剤化して用いることが可能である。 例 えば、 薬理学上許容される担体または媒体 (生理食塩水、 植物油、 懸濁剤、 界面 活性剤、 安定剤など) とともに患者に投与される。 投与は、 化合物の性質に応じ て、 経皮的、 鼻腔内的、 経気管支的、 筋内的、 静脈内、 または経口的に行われる。 投与量は、 患者の年齢、 体重、 症状、 投与方法などにより変動するが、 当業者で あれば適宜適当な投与量を選択することが可能である。 図面の簡単な説明
図 1は、 血液を採取した被験者 10人、 計 18の血液試料におけるスギ花粉特異 的 IgE抗体の抗体価を表す図である。 被験者 Α〜_ί (試料番号 1〜18) の各血液試 料のスギ花粉特異的 IgE抗体の値を Αϋ/mlで表した。 花粉飛散前を左 (白いカラ ム)、 飛散後を右 (黒いカラム) に対で表した。 被験者 Aおよび Bは、 花粉飛散後 の血液のみ採取した。
図 2は、 スギ花粉特異的 IgE値によって群分けした場合の高 IgE群および正常 IgE群における 「581」 の発現変化を示す図である。 エラ一バーは標準偏差を表す。 図 3は、 スギ花粉飛散時期前後によって群分けした場合の飛散前群および飛散 後群における 「581」 の発現変化を示す図である。 エラーバーは標準偏差を表す。 発明を実施するための最良の形態
以下、 本発明を実施例により具体的に説明するが、 本発明はこれら実施例に制 限されるものではない。
[実施例 1] 10人の成人ボランティアからの血液採取
花粉飛散前後の T細胞を採取するため、成人ポランティア 10名(A〜; 0から 10 mlの血液サンプルを、 花粉飛散前および花粉飛散後に採取した。 最初の血液サン プルは、 日本のスギ花粉飛散の季節の前(1997年 1月および 2月)に採取し、 2回 目は日本のスギ花粉飛散後(1997年 3、 4および 5月)に採取した。 ポランティア のうち 8人については、 2つの時期のサンプルを得た。 残る 2名のポランティア に関しては、 花粉飛散後のサンプルのみ入手できた。 これらの血液サンプルの一 部を用いて、 スギ花粉特異的 IgEの量を測定した。 特異的 IgEの測定はペーパー ディスクを固相とする RAST法(radio allergo sorbent test, Wide, L. et, al.: Lancet 2: 1105-1107, 1967) を改良した CAP RAST法 (Pharmacia社) により行 つた。 Pharmacia社製の標準の抗体価を含む血清を用いて、 それを基準にしてそ れぞれの検体の IgE抗体価 (単位は Pharmacia RAST Unit, PRU、 あるいは AU (a rbitrary unit) とも表示する) を決定した。
測定された各被験者における花粉飛散前後でのスギ花粉特異的 IgE値を図 1に 示す。 図に示されるように、 10人の被験者の大半で、 花粉被曝後にスギ花粉特異 的 IgEの血清中の濃度が増加した。 アトピー素因を有するかどうかは、 スギ花粉 特異的 IgEの CAP RAST試験の値が 2より大きいかどうかで判断した。すなわち、 被験者 A〜Gおよび Iの 8人の被験者をアトピー素因群(以後「患者」 とも記す)、 被験者 H、 〗の 2人を健常者 (以後 「正常群」 とも記す) とした。 8人のアトピー 素因を有する被験者のうち 7人が、 花粉飛散後にアレルギー性鼻炎の症状を示し た。
[実施例 2 ] 血液試料からのリンパ球画分の調製
血液 10 mlから T細胞を調製する場合は、 以下のようにした。 まずノポ社製等 のへパリン 1 mlで注射筒壁を万逼なく処理し、 最終濃度 50 unit/mlのへパリン を含む 10 ml注射筒に採血した。 このとき一人の採血に 22G針を 2本準備した。 注射針をはずし、 50 mlの遠心チューブ (ポリプロピレン製) に移した。 1500 rp m、 室温で 5分間遠心し、 できるだけ表面近くから 1.1 ml を採取し、 15000 rpm で 5分間、 4 で遠心して上清 1 mlを血漿(plasma)として回収した。 血漿を回収 した残りに 3%のデキストラン(ナカライ社製)を含む 0.9% NaClを等量(9 ml) 加え、 静かに数回転倒させて混和した。 その後 30分間室温で静置した。 PRP(Pla telet rich plasma,血小板に富む血漿)を別の 15 ml遠心チューブに移し、 1200 rpm (トミー社製の遠心機で 150Xgに相当する) で 5分間、 室温で遠心した。 遠 心後、 血小板は上清にあった。 沈殿した細胞をギブコ社等から入手した Ca、 Mg 不含の HBSS 5 mlに懸濁した。 これを、 パスツールピぺットを用いて Ficol Paqu e (フアルマシア社製)が 5 mlが入ったチューブ (ファルコンチューブ: 2006また は 2059;ポリプロピレン製) 1本に上層した。 1200 rpmで 5分間遠心後、 1500 rpm (Tomy社製の遠心機で 400Xgに相当する) で 30分間室温で遠心した。 その 結果、 顆粒細胞(granulocyte)、 赤血球(erythrocyte)が沈殿し、 フイコール層を 挟んで中間層にリンパ球(lymphocyte)、 単球(monocyte)、 血小板(platelet)が含 まれた。
パスツールピペットで中間層を回収し、 2〜3倍の容量の BSA/PBS(0.5% BSA, 2 mM EDTA in PBS, pH7.2;使用直前に脱気した)を添加し、 1200 rpm, 4t:で 5分 間遠心した。 沈殿を回収し、 BSA/PBSで 2回洗浄した。 2回目の洗浄後、 細胞を 5 ml に懸濁し、 その一部をトリパンブルーで 2倍に希釈して細胞数を測定した。 全細胞数は約 1 X 107であった。 これをリンパ球画分とした。
[実施例 3 ] リンパ球画分からの T細胞の分離
実施例 2で得たリンパ球画分を 1200 ι·ριηで 4で、 5分間遠心し、 100 1あたり になるように BSA/PBSに懸濁した。容量は約 になった。 これをエツペン ドルフチューブ (1.5 ml) に移し、 CD3マイクロビーズ液を添加した。 その後、 3 0分間 4〜10でに放置した (このとき氷上には置かなかった)。 この試料をマグネ チックセルソーター(MACS) (Miltenyi Biotech In 製)で以下のように処理した。 MS+/RS+カラムを Mi n i MACSまたは Var i o MACSセパレーシヨンユニットに装着 した (針は付けなかった)。 500 1の BSA/PBSをカラムに静かにアプライし、 バ ッファ一は流し出した。 次に CD3マイクロビーズ標識した細胞をカラムにァプラ ィした。 カラムを 500 lで 3回洗浄した (B細胞画分)。 カラムをセパレ一ショ ンユニットからはずし、 溶出液を集めるチューブ上に置いた。 1 mlの BSA/PBSを カラムにアプライし、 カラム添付のプランジャーを用いポジティブ細胞を急速に 流し出した。 これを T細胞画分とした。
得られた T細胞画分について、 1 200 rpm、 5分間 4でで遠心した。 沈殿を BSA/P BSで 2回洗浄した。 1回目の洗浄後、 細胞を 1 m lに懸濁し、 その一部をトリパン ブルーで 2倍に希釈して細胞数を測定した。 全細胞数は約 4 X 106であった。
[実施例 4 ] T細胞からの全 RNAの調製
T細胞からの全 RNAの調製は RNeasy Mi n i (Qi agen製) を用い、 原則として添 付のマニュアルに従い行った。 操作はすべて手袋を着用して、 室温で行った。 ま たゥォッシュバッファー RPEに 4倍量のエタノールを加えた。 リシスバッファー R LTには 10 1/mlの 2 -メルカプトエタノールを加えた。細胞浮遊液を 1000〜1200 ι·ρπιで 5分間遠心し、 上清をァスピレ一シヨンで除いた。 沈殿に のリシ スバッファー RLT (2-メルカプトエタノールを含む)溶液を加えた。 この段階で、 R LT バッファ一中の細胞のライセ一トは、 -70でで保存可能であった。 細胞のライ セートを冷凍保存していた場合は、 37でで 10〜15分間インキュベートして、不溶 物が見えるようなら最大速度で 3分間遠心し、 上清のみを回収した。 このライセ —トを 20Gの力テラン針を付けた注射筒でホモゲナイズ後、 キアシユレッダー(Q IAshredder)で処理した。 (即ち、通常 350 / 1の細胞のライセートをキアシュレツ ダ一ュニッ卜にピぺットマンを用いてアプライした。これを 1500 卬01で 2分間遠 心し、 流出液を回収した。) 350 1の 70 %エタノールを加え、 ピペッティングし てよく混ぜた。 RNeasyスピンカラムを添付の 2 mlチューブに装着し、 細胞のラ イセート混合物をアプライし、 8000 X g (1 1500 rpm)で 1分間遠心し、 流出液は捨 てた。 ゥォッシュバッファー RW1 700 i lをカラムにアプライし、 5分間フタをし た形で立てた。 1 1500 卬111で 15秒間遠心し、 流出液は捨てた。 カラムを新しい 2 ml チューブに装着し、 ゥォッシュバッファ一 RPE (エタノールを含む) 500 ^ 1 をカラムにアプライした後、 1 1500 i"pmで 15秒間遠心し、 流出液は捨てた。 ゥォ ッシュバッファー RPE 500 / lをカラムにアプライし、最大速度で 2分間遠心した。 カラムを新しい 1. 5 mlチューブに装着し、 DEPC処理した水 30 /z lをアプライし、 フタをして 10分間立てた。 1 1500 i"pmで 10分間遠心し、 全 RNAを得た。 濃度を 測定し、 量が少ないようなら、 再度カラムを新しい 1. 5 mlチューブに装着し、 D EPC処理した水 30 1 をアプライし、 フタをして 10分間立て、 1 1500 rpmで 10 分間遠心した。
[実施例 5 ] 全 RNAの DNase処理
T細胞から調製した全 RNAから DNAを除くため、 DNase処理を行った。反応は 2 ユニットの DNase (二ツボンジーン社) および 50ユニットの RNaseインヒビター (フアルマシア社) を含む 100 i lの l XDNaseバッファ一 (二ツボンジーン社) 中で行った。これを 37で 1 5分間ィンキュベ一トした後、等量の PCI (フエノール: クロ口ホルム:イソアミルアルコール = 25 : 24 : 1)を加え、 ポルテックスした。 12 000 rpmで室温、 10分間遠心し、 上層 (水層) を新しい 1. 5 mlチューブに移した。
1/10量の 3M酢酸ナトリウム(pH 5. 2)を加え、 2. 5倍量の 100%エタノールおよび エタ沈メイト を加えて、 転倒混和させた。 - 20でで 15分間静置させた後、 1 2000 rpmで 4で、 15分間遠心し、 上清を除去し、 70%エタノールを加えた。 沈殿 がはがれる程度にタッピングした後、 上清をきれいに除去した。 3分間乾燥させ、 10〜20 1 の DDW (DNaseおよび RNase不含) に溶解させた。 濃度を測定し、 使用 まで- 80 に保存した。
[実施例 6 ] T細胞から調製した全 RNAを用いたディファレンシャルディスプ レイ (DD) 解析
T細胞から調製した全 RNAを用いた蛍光ディファレンシャルディスプレイ (F1 uorescent Differential Display, 「DD」 と略記する) 解析は文献 (T. Itoら, 19 94, FEBS Lett. 351: 231-236) に記載の方法に準じて行った。 T細胞から調製し た全 RNAを逆転写し、 cDNAを得た。 第一次 DD- PCR反応用には 3種のアンカープ ライマ一の各々について全 RNAの各 0. を用いて cDNAを調製した。第二次 DD -PCR反応用には、 3種のアンカープライマーの各々について RNA 0.4 zgを用い て cDNAを調製した。 いずれの cDNAも、 0.4ng// l RNA相当の最終濃度に希釈し、 実験に用いた。 1反応あたり 1 ng RNA相当の cDNAを用いて DD- PCR反応を行った。 反応液の組成は表 1の通りである。
表 1 cDNA(0.4ng/ i 1 RNA相当) 2.5^1
任意プライマー (2 M) 2.5 1
lOXAmpliTaq PCRバッファ- 1.0 1
2.5mM dNTP 0.8 zl
50 M アンカ一プライマー 0.1 1
(GT15A, GT15C, GT15G)
Gene Taq (5U/ 1) 0.05 1
Am liTaq (W 1) 0.05/ 1
dH20 3.0 1
10.0 z 1
PCRの反応条件は、 「95で3分、 40で5分、 72で 5分」 を 1サイクル、 続いて、 「9 4 15秒、 40で2分、 72 1分」 を 30サイクルの後、 72で5分、 その後連続的に 4で にした。
使用したプライマー対はアンカープライマ一である GT15A (配列番号: 2)、 GT 15C (配列番号: 3 )、 および GT15G (配列番号: 4 ) に対して任意プライマーを それぞれ AG 1〜110、 AG 1 11〜199、 および AG 200〜287を組み合わせ、 計 287組 の反応をおこなった。 なお、 任意プライマーとしては GC含量 50%の 10ヌクレオ チドからなるオリゴマーを設計し、 合成して用いた。
ゲル電気泳動は、 6%変性ポリアクリルアミドゲルを作製し、 の試料を アプライし、 40Wで 210分間泳動した。 その後、 日立製蛍光イメージアナライザ -FMBI0 I Iを用いてゲル板をスキャンし、 蛍光検出によって泳動画像を得た。
[実施例 7 ] D D解析で切り出したバンドの増幅と配列決定
多数の任意プライマーを用いて 2回の D D解析を行った。 花粉飛散前後または 患者と健常者のグループの間で差のあるバンドを選択し、 2回の実験で再現性の あるバンドをゲルから切り出した。
切り出したバンドの 1つ (「581」 と称する) についてさらに解析を進めた。 「5 81」 のバンドはアンカープライマーとして GT15C (配列番号: 3 ) を、 任意プラ イマ一として AG164 (CATTCTCAGG/配列番号: 5 ) を用いた D D解析によって見 出され、 「581」 の発現はスギ特異的 IgEが高値を示す群 (アトピー素因群) と正 常群との間で差が認められた。
「581」 の塩基配列を決定するために、 「581」 のバンドを含むゲルを切り出し、 TE溶液に保存し 60 :、 10分加温して DNAをゲルから溶出させた。 この TE溶液を 铸型として DD-PCRと同条件で PCRを行い、約 260bpの DNA断片を増幅した。アン 力一プライマーとして、 GT15Cを、 任意プライマ一として AG164を用いた。 増幅 した DNA断片をプラスミドベクタ一 pCR2. 1 (Invi t rogen社)にてクロ一ニングし、 約 260bpの DNA断片を保持するプラスミド p58卜 23を得た。 プラスミド DNAを用 いて常法に従い DNA断片の塩基配列を決定した。
[実施例 8 ] ABI- 7700による定量
ABI- PRISM7700を用いた TaqMan法により、 「581」 の発現量の定量を行った。 こ の方法は PCR増幅された DNA鎖を蛍光色素を用いてリアルタイムに定量検出する システムである。
定量のために新たに 1998年春にスギ花粉飛散前 ·後の血液試料を 22名のボラ ンティアから採取し、 T細胞を調製して全 RNAを抽出した。 計 44種の全 RNA試料 を用いて目的の遺伝子の発現量を定量した。
実施例 1と同様にしてスギ花粉、 ヒノキ花粉、 ャケヒヨウダニ、 およびコナヒ ヨウダニの特異的 IgE値、 並びに総 IgE値を測定した (表 2 )。
表 2 特 S的 IgE (UA/ml)
被 者 血液採取時期 i _ 一一 (UA/ml)
A 飛敢前 no Π "¾4 300 飛 後 o-a ρς 460
B 飛敗前 ■a Q ¾ ζ 770 飛敏後 e o ¾ cc q 840
C 飛 Κϊβΰ co c 450 飛敗後 7 330
D 飛散前 -a q 1.11 4 200
飛 tt後 Q 81 31 9 547 120
E 飛敵前 25 Π 48 <0.34 <0.34 30 飛 K後 8.33 046 <G 4 <G ^ 38
F 飛 前 g g Q 39 <0 4 <G ^4 26 飛 tt後 8.21 O.47 <Q 34 <0.34 27
G 飛 前 ?q <Q 34 <0.34 <G ¾ 26 飛數後 Q2 <0 ¾4 <0.34 <0.34 30
H 飛散前 Ί .99 0. 1 26.5 35 I ΖΖΌ
飛 365 23,2 29.5 150
1 飛敗前 0.93 <Q 34 54 β ci 7 130
35-] <Q34 433 399 100
J 飛散前 355 0,58 Q55 <0.34 96
飛 K後 2.77 0 Q 39 <Q 34 78
K 飛 tt前 1.2 G ^ < 34 96 飛 tt後 2 <Q3 0.34 <G 34 no し 飛敗前 リ,
飛 K後 2 C Q51 14 18
M 飛 m前 <0 ?4 0 ?4 G 34 36 飛》後 2^08 0 ?4 <Q3 43
N 飛》;前 2 ^4 <Q 34 22 飛 tt後 1.67 Q ^5 034 73
0 飛《前 0 ^4 <0 281 272 180 飛 it後 1.42 <0 ^4 27 , 160
P 飛 ΜΚΰ 0 0 ? 508 280 飛 Κ後 0.68 <0.34 4.49 3.02 240
Q 飛散前 0.34 0.34 <0.34 <0.34 <5.0 飛散後 0.34 0.34 0.34 <0.34 <5.0
R 飛 lit前 <0.34 <0.34 0.34 <0.34 53 飛 M後 <0.34 <0.34 <0.34 <0.34 62
S 飛散 0.34 <0.34 <0.34 <0.34 420 飛散後 <0.34 0.34 <0.34 <0.34 370
T 飛 前 0.34 0.34 <0.34 <0.34 82 飛 Mtt <0.34 <0.34 0.34 <0.34 62 u 飛散前 <0.34 0.34 <0.34 <0.34 18
飛 it後 <0.34 <0.34 0.34 <0.34 16
V 飛 Κ(ΐ· <0.34 <0.34 0.79 0.81 180 飛 tt後 0.34 <0.34 0.78 0.9 160 実施例 7において決定した DDバンドの塩基配列を基にしてプライマ一 58卜 5' (TGAGTTCCTAATTTCCTATCCAAAAATAC 配列番号: 6)、 581-3' (GCATTATCTAACTGTG AACCTTACCACTZ配列番号: 7)、 および TaqManプローブ 581SEQS5 (TCTTTGCTGCAA GCATAACACCATACTCGA/配列番号: 8) を設計、 合成し定量反応に用いた。 TaqMan プローブ 581SEQS5は 5 ' 端を FAM(6- carboxyf luorescein)で、 3, 端を TAMRA(6 - carboxy- tetramethy卜 rhodamine)で蛍光標識して用いた。铸型には 44種の全 RN Aからポリ T(12〜18マー)をプライマ一として逆転写した cDNAを用いた。コピー 数を算出する標準曲線のために実施例 7で得たプラスミド p58卜 23の段階希釈液 を铸型として反応を行った。 PCR増幅のモニタリングのための反応液の組成は表 3に示した。 また、 試料中の cDNA濃度の差を補正するため、 β -了クチン (j3-a ctin) 遺伝子について同様の定量解析を行い、 それら遺伝子のコピー数を基に補 正して、 目的遺伝子 (581) のコピー数を算出した。
表 3
ABI -PRISM 7700の反応組成 ( 1ゥエルあたりの反応量) 滅菌蒸留水 25.66 ( )
10x TaqMan バッファー A 5
25mM MgCl2 7
dATP(lOniM) 1.2
dCTP(lOmM) 1.2
dGTP(lOmM) 1.2
dUTP(lOmM) 1.2
Forward Primer (100 M) 0.15
Reverse Primer (100/ M) 0.15
581 TaqMan プローブ(6.7 M) 1.49
Am liTaq Gold (5U/ttL) 0.25 AmpErase UNG (lU/wD 0.5
'一ト溶液 5
50
)3-ァクチンのコピー数で補正した各試料中の 「581」 の存在数 (コピー数) を 表 4に示す。補正は全試料における i3-ァクチンの平均コピーを求め、それを 1と したときの各試料中の) 3-ァクチンの相対値で各試料中の 「581」 のコピ一数を除 した。
表 4
ABI7700による定量信 (copy/ngRNA) beta actin補正 data 被験者 血液採取時期 パンド ID
581
A 飛散前 216 飛 ϋ後 141
B 飛敗前 126 飛散後 51 c 飛散前 1 59 飛敗後 82
D 飛敗前 236 飛敗後 76
E 飛 Κ前 170 飛 tt後 62
F 飛敗前 281 飛敗後 1 29
G 飛敗前 1 17 飛敗後 1 37
H 飛敗前 74 飛敗後 103
1 飛敗前 58 飛散後 75
J 飛散前 72 飛 後 98
K 飛敗前 174 飛 後 51 し 飛敗前 1099 飛敗後 471
M 飛敗前 66 飛 K後 180
N 飛 ϋ前 41 Z 飛散後 21 3
0 飛散前 379 飛敗後 181
P 飛敗前 69 飛敏後 227
Q 飛散前 333 飛敗後 308
R 飛敗前 317 飛敗後 71
S 飛敗前 222 飛 後 190
T 飛散前 275 飛 後 169 u 飛敗前 279 飛敗後 248
V 飛 M前 286 飛 K後 121 この値を用いて二元配置分散分析を行った。 群分けは、 スギ花粉飛散前と後、 または血清中の各特異的 IgEについて 2回の測定のうち 1回でも 3.5 AU/ml以上 を示した群 (高 IgEグループ) とそれ以外の群 (正常 IgEグループ) の 2つの要 因にわけて検定した。 各グループの人数は、 たとえばスギ花粉の場合、 高 IgEグ ループ 1 0人:正常 IgEグループ 1 2人であった。 また、 総 IgEについて 200 AU /mlを示した群とそれ以外の群に分けて検定した。 二元配置分散分析の検定は St atViewソフトウェア (Abacuus Concepts, Inc. ) を用いて行った。
その結果、 スギ花粉に対する IgE値で群分けすると、 「581」 の発現は高 IgEグ ループにおいて正常 IgEグループよりも有意に低いことが示された(表 5、図 2)。 飛散前後のデータを合わせた場合の高 IgEグループおよび正常 IgEグループにお ける 581 の発現量はそれぞれ 123.2±63.1および 264.2±209.4コピー ng RNA (平均土標準偏差) であった。 スギ花粉以外に対する IgE値で群分けしてもこの ような差は認められなかった。
また、 二元配置分散分析により、 花粉飛散前の発現が、 飛散後に比べ有意に高 いことが判明した (表 5、 図 3)。 花粉飛散前および飛散後で群分けした場合の 5 81 の発現量は、 それぞれ 246· 4土 218.3および 153· 7±99.2コピー Zng RNA (平 均土標準偏差) であった。 さらに、 花粉飛散前後の差の t検定を行ったところ、 やはり有意差が認められた (表 5)。
表 5
581
Figure imgf000028_0001
[実施例 9] 「581」 のクロ一ニングと塩基配列の解析 「581」 をクローニングするために、 DDバンドの配列中にプライマ一 58卜 RT1 (A TCMATACGGCAACCAGAGGA 配列番号: 9) を作製し、 Human Peripheral Blood Le ukocyte(PBL) (二ツボンジーン製) を铸型として BcaBEST RNA PCR Kit V.1.1 (Ta KaRa)を用いて逆転写反応を行った。 Grassmax Spin Cartridge(BRL)を用いて逆転 写産物を精製した後、 得られた cDNAの 3'末端に、 ターミナルデォキシヌクレオ チジルトランスフェラーゼ(TdT)を用いて poly Cを付加した。 その反応には、 5' RACE System for Rapid Amplification of cDNA Ends, V.2 kit (BRL 社) を使 用した。 さらに、 581-RT1プライマーと poly Gアダプターを含むプライマ一を用 いて PCRによる増幅を行い、 2本鎖 DNAを作製した。 これを铸型として、 「581」 に特異的なプライマ一である 58卜 1 (CTGAGTTCCAAATTTCCTATCC 配列番号: 10) とアダプタ一中の AUAPプライマーで PCRを行った。増幅された DNAをサブク口一 ニングし、 塩基配列を決定したところ、 DD配列を含む約 0.7kbの配列が得られた c この配列を配列番号: 1に示す。 産業上の利用の可能性
本発明により、 スギ花粉特異的 IgE値と相関を示す新規遺伝子が提供された。 本発明の遺伝子の発現を指標に、 ァレルギ一素因を有するか否かの検査およびァ レルギ一疾患治療薬候補化合物のスクリーニングを行うことが可能となった。
AAAAADAA CC CCDBBBBBB CCCCCCCBB
MMGU A UYKT AGYHN EER GL2BFRFZE JI スギ花粉特異的 IgE値が異なる複数の被験者から花粉飛散時期前後に T細胞を 調製し、 ディファレンシャルディスプレイ法により遺伝子を検索した結果、 スギ 花粉特異的 IgE値が高値を示す被験者で有意に発現が低い新規遺伝子を単離する ことに成功した。 本発明者らは、 この遺伝子をアレルギー疾患の検査およびァレ ルギー疾患治療薬候補化合物のスクリーニングに使用できることを見出した。
MMMM M M M M K N N N RLLLLLLLL p p
WUADG ZCKRTVCKNOOR XTS LZELZLI
セモモモマ共モカスルママモモマル-オ一ラメボポレノ一リリリ
ザべナル和一ザ一ンケールーダキヒクロンジラソラユリリトト
テセファ国ルーガマ πシンユンッゴラヴウリリト ·トドドト
ルスァ一ルインス一ニラ一ン一タコダンガィヴビウ.
ルシアブァカァルタシン二ァァ -ジド
ルァカルンユ一一旧ァク
ュタグラ
ィ一ン
ンゴ K ァ
PCTに基づいて公開される国際出願のパンフレツト第一頁に掲载された PCT加盟国を同定するために使用されるコード (参考情報) アラブ首長国連邦 DM ドミニカ RU ロシア
アンティグア .バ一ブーダ DZ アルジェリア SD ダン
アルバニア EE エストニア SE スゥヱーデン アルメニア ES SG シンガポール オーストリア F I フィンランド S I スロヴェニア オーストラリア FR フランス SK スロヴァキア アゼルバイジャン GA ガボン S L シエラ · レオネ ボズユア 'ヘルツェゴビナ GB 英国 SN セネガル
バルバドス G D グレナダ S Z スヮジランド ベルギー GE グルジア TD チヤ一ド
ブルギナ ·ファン GH ガーナ 丁 G トーゴ一
ブルガリア GM ガンビア 丁 J タジキスタン ベナン GN ギニァ TM トルクメニスタン ブラジル GR ギリシャ 丁 R トルコ
ベラル一シ GW ギニァ ' ビサォ 丁丁 トリニダッド · トバゴ カナダ HR クロアチア T2 タンザニア
中央アフリカ HU ハンガリー UA ウクライナ
コンゴ一 I D インドネシア UG ウガンダ
スイス I E アイルランド US 米国
コートジボアール I L イスラエル U2 ゥズべキスタン カメルーン I N インド V ヴ- トナム
中国 I S アイスランド YU ユーゴースラヴィァ コスタ · リカ I T イタリア 2A 南アフリカ共 聰 キューバ J P 日本 2W ジンバブエ
キプロス KE ケニア
チェッコ KG キルギスタン
ドィッ K P 北朝鲜
デンマーク KR 糠国 請求の範囲
配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列のタンパク質コード 領域を含む核酸分子。
次の (a ) 〜 (c ) のいずれかに記載の核酸分子。
( a ) 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする 核酸分子、
( b ) 配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列からなる DNA とストリンジェン卜な条件下でハイブリダィズし、 配列番号: 1 2に記載の アミノ酸配列を含むタンパク質と機能的に同等なタンパク質をコードする核 酸分子、
( c ) 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列を含むタンパク質において、 1 若しくは数個のアミノ酸が置換、 欠失、 挿入、 および/または付加したアミ ノ酸配列からなり、 配列番号: 1 2に記載のアミノ酸配列からなるタンパク 質と機能的に同等なタンパク質をコードする核酸分子、
請求項 1、 または請求項 2に記載の核酸分子によってコードされるタンパク 質。
請求項 1、 または請求項 2に記載の核酸分子が挿入されたベクター。
請求項 1、 または請求項 2に記載の核酸分子、 または請求項 4に記載のべク 夕一を発現可能に保持する形質転換体。
請求項 5に記載の形質転換体を培養し、 発現産物を回収する工程を含む、 請 求項 3に記載のタンパク質を製造する方法。
配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列からなる核酸分子、 またはその相補鎖とハイブリダィズするポリヌクレオチドであって、 少なく とも 1 5ヌクレオチドの鎖長を有するポリヌクレオチド。
請求項 7に記載のポリヌクレオチドからなる請求項 1、 または請求項 2 に記 載の核酸分子合成用プライマー。
請求項 7に記載のポリヌクレオチドからなる請求項 1、 または請求項 2 に記 載の核酸分子検出用プローブ。
. 請求項 3に記載のタンパク質に対する抗体。
. 請求項 7に記載のポリヌクレオチドを用いることを特徴とする、請求項 1、 または請求項 2に記載の核酸分子の検出方法。
. 生体試料中の配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基配列から なる遺伝子の発現レベルを測定し、 対照 (健常者の場合) と比較する工程を 含む、 アレルギー疾患の検査方法。
. 生体試料が T 細胞であり、 T 細胞における遺伝子の発現レベルを、 mRNA を铸型とする RT-PCRによって測定する請求項 1 2に記載の方法。
. RT- PCRを PCR増幅モニター法により行う、 請求項 1 3に記載の方法。 . T細胞が被験者の末梢血から調製される、 請求項 1 2から 1 4のいずれか に記載の方法。
. 生体試料が血液であり、血中の配列番号: 1 2に示すアミノ酸配列からな るタンパク質および またはその断片を測定することによって遺伝子の発現 レベルを測定する請求項 1 2に記載の方法。
. アレルギー疾患がスギ花粉症である、請求項 1 2から 1 6のいずれかに記 載の方法。
. アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法であって、
( a ) 花粉症のモデル動物に被検化合物の投与および花粉抗原による刺激 を行う工程、
( b ) 該モデル動物の T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1 に記載の塩基配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
( c ) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (b ) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
. アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法であって、
(a) 被検化合物を花粉症のモデル動物に投与する工程、
( ) 該モデル動物からリンパ球を調製する工程、
(c) 該リンパ球を花粉抗原で刺激する工程、
(d) 該抗原刺激を受けたリンパ球から T細胞を分離する工程、
(e) 該 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基 配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(f ) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (e) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
. アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法であって、
(a) 花粉症のモデル動物または花粉症を有するヒトからリンパ球を調製 する工程、
(b) 被検化合物の存在下、 該リンパ球を花粉抗原で刺激する工程、 ( c ) 該抗原刺激を受けたリンパ球から T細胞を分離する工程、
(d) 該 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩基 配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、
(e) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (d) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
. アレルギー疾患の治療薬候補化合物をスクリーニングする方法であって、
(a) 被検化合物の存在下、 株化 T細胞をリンパ球刺激物質で刺激するェ 程、
(b) 株化 T細胞における配列番号: 1、 または配列番号: 1 1に記載の塩 基配列を含む遺伝子の発現レベルを測定する工程、 ( c ) 対照 (被検化合物非投与の場合) と比較して、 工程 (b ) において 測定される遺伝子の発現レベルを増大させる化合物を選択する工程、 を含む 方法。
. 遺伝子の発現レベルを、 DIRNAを铸型とする RT- PCRによって測定する請求 項 1 8〜 2 1のいずれかに記載の方法。
. T細胞が、 花粉症のモデル動物の末梢血から調製される、 請求項 1 8に記 載の方法。
. リンパ球が末梢血から調製される、請求項 1 9または 2 0に記載の方法。
. アレルギー疾患がスギ花粉症である、請求項 1 8から 2 4のいずれかに記 載の方法。

Claims

明細書 花粉症関連遺伝子、 58 1 技術分野
本発明は、 アレルギー疾患、 特に花粉症に関連する遺伝子、 並びに該遺伝子の 発現を指標としたァレルギ一疾患の検査方法およびァレルギ一疾患治療薬候補化 合物のスクリーニング方法に関する。 背景技術
花粉症を含むアレルギー疾患は多因子性の病気(multifactorial diseases)と 考えられている。 これらの病気は多くの異なる遺伝子の発現の相互作用によって 起こり、 これらの個々の遺伝子の発現は、複数の環境要因によって影響を受ける。 このため、 特定の病気を起こす特定の遺伝子を解明することは、 非常に困難であ る。
またアレルギ一疾患は、 変異や欠陥を有する遺伝子の発現や、 特定の遺伝子の 過剰発現や発現量の減少が関わっていると考えられている。 病気に関して遺伝子 発現が果たしている役割を解明するためには、遺伝子が発症にどのように関わり、 薬剤などの外的な刺激が遺伝子発現をどのように変化させるのかを理解する必要 がある。
近年の遺伝子発現の解析技術の発達により、 多くの臨床試料で、 遺伝子の発現 を解析 ·比較することが可能となった。 このような方法としては、 ディファレン シャルディスプレイ(DD)法が有用である。ディファレンシャルディスプレイ法は、 ライアンおよびパディ一(Liang and Pardee)によって 1992 年に最初に開発され た(Science, 1992, 257:967- 971)。 この方法を用いることによって、 1回に数十種 類以上のサンプルをスクリーニングすることができ、 それらのサンプル中で発現
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