TWI710577B

TWI710577B - 單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體及/或其抗原結合片段之組成物暨其使用

Info

Publication number: TWI710577B
Application number: TW108113675A
Authority: TW
Inventors: 莊詠鈞; 鄭又瑋; 高誌暉
Original assignee: 偉喬生醫股份有限公司
Priority date: 2018-04-18
Filing date: 2019-04-18
Publication date: 2020-11-21
Also published as: JP2021523694A; US20200031909A1; US10723791B2; TW201943733A; CN111741974A; EP3794029A4; WO2019201311A1; CN111741974B; US11560423B2; JP7366353B2; US20200308263A1; EP3794029A1

Abstract

本發明有關於一種專一性辨識蛋白結合型尿毒素-硫酸吲哚酚(IS)之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，編碼上述單離單株抗體及/或其抗原結合片段之單離聚核苷酸區段，利用上述單離抗IS之單株抗體及/或其抗原結合片段的免疫分析法、元件組成物暨其用於診斷及治療IS相關疾病的藥學組成物。

Description

單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體及/或其抗原結合片段之組成物暨其使用

本發明揭露一種針對尿毒素-硫酸吲哚酚(IS)之抗原結合片段，特別是有關於專一性辨識IS之單離單株抗體及/或其抗原結合片段及其用於診斷及治療IS相關疾病。

尿毒症(uremia)是由多種尿毒素在體內病理累積而引起的疾病，而這種虛弱的狀況會導致永久喪失腎功能，逐漸進入慢性腎病(chronic kidney disease，CKD)的階段，最後變成危及生命的末期腎臟病(end-stage renal disease，ESRD)。尿毒症患者可能有各種以下臨床癥候及症狀，涉及神經、消化、循環、骨骼系統(1)。雖然尿毒症及其產生的併發症通常是利用透析治療控制，包括血液透析及腹膜透析，然而在患者進展到腎衰竭的狀況時，可能會產生嚴重的電解質不平衡，代謝廢物已累積達危險的程度，需要進行腎移植才能存活。話雖如此，這種治療選擇受限於捐贈者腎臟短缺、手術相關的死亡風險、以及患者於術後終生必須抑制免疫功能以避免發生器官排斥。

目前已鑑定出數百種潛在的尿毒素。尿毒素根據透析時的物化性質或其行為可分成三大類：(a)小分子、水溶性且非蛋白質結合的化合物(分子量<300D，例如尿素)；(b)「中大型分子」化合物，以胜肽為主，其分子量為300D至12,000D，以及(c)小分子且與蛋白質結合的化合物(2)。尿毒素與例如白蛋白之血清蛋白結合，會限制透析清除這些蛋白質結合的化合物。因此，接受透析的病患，其體內這些毒素的平均濃度可能逐漸累積到正常濃度的10倍至20倍。

硫酸吲哚酚(indoxyl sulfate，IS)及對硫甲酚(p-Cresyl Sulfate，PCS)是二個典型之白蛋白結合的毒素，且此二者皆由腸胃道的微生物菌相醱酵食物中的色胺酸及酪胺酸所產生的。有些團隊證實，CKD病患血清中IS及PCS的濃度與總死亡率及心血管疾病(cardiovascular disease，CVD)具有病理相關性。因此，IS及PCS不僅是預測腎功能及疾病進展的生物標記，也是治療操作上的標的(3,4)。

在正常情況下，尿毒素可透過尿液排出體外。尿毒素依其生理特性及其對透析的反應性，可分為三類：(1)小分子、水溶性且非蛋白質結合的化合物，例如尿素及肌酸酐；(2)「中型分子」化合物，例如胜肽及β2-微球蛋白；(3) 小分子且與蛋白質結合的化合物。例如對甲酚、馬尿酸及硫酸吲哚酚(indoxyl sulfate，IS)。與例如白蛋白之血清蛋白結合會限制透析清除這些蛋白結合化合物在這些尿毒症毒素中，據報導，IS與其前驅物(如吲哚)及其衍生物已被報導與CKD患者的預估腎小球濾過率(estimated glomerular filtration rates，eGFRs)呈顯著高度負相關，並發現IS有助於診斷CKD及預測預後評估。

A ST-120〔克裏美淨(Kremezin)；吳羽株式會社(Kureha Corporation)，東京，日本〕，是口服球形碳質吸附劑，可吸附各種小分子尿毒素。AST-120可吸附腸道中IS的前驅物-吲哚，藉此抑制IS生合成，進而間接減少血清及尿液中的IS濃度(5)。雖然已有多項前瞻性隨機臨床研究證明AST-120具有延緩CKD進展的效果，但結論是中度至重度CKD患者的標準治療中加入AST-120的益處，並未獲得這些試驗數據的支持(6,7)。

利用例如液相層析-質譜法(liquid chromatography-mass spectrometry，LC-MS)以及高效液相層析(high-performance liquid chromatography，HPLC)的分析化學方法偵測及判定IS，其設備成本高、樣本製備複雜、樣本體積量大又不適合偵測數量大的生物樣本(8)。反之，酵素連結免疫吸附分析法(Enzyme-linked immunosorbent assays，ELISA)操作簡單，且試劑相對便宜。省略複雜的樣本前處理，ELISA操作流程可自動化，進而提供更準確且可重複的結果、更快的處理時間(turnaround time)且更低人力成本。星(Hoshi)等人開發一種定量偵測IS的競爭型ELISA法，不過該方法使用的單株抗體株9A2F6會被牛或人的血清白蛋白抑制(9,10)。在進行實驗步驟前，進行例如去蛋白(deproteinization)的樣本前處理是特別優選或必要的，不過這有可能會降低該技術在實驗室或工業應用性的標準。

綜言之，儘管技術不斷推進，實際上仍持續需要提供用於改善定性或定量的免疫分析法，其中單離抗-IS之單株抗體(mAb)是必要的功能性成分。同時，此免疫分析法能具有對於待分析的生物樣品中的血漿蛋白不敏感的性能，特別是對白蛋白不敏感。其次，實際上亦持續需要提供用於從受試對象有效去除IS的方法，藉此治療IS相關疾病。上述方法包括對受試對象施以有效劑量的單離抗-IS之單株抗體，或將單離抗-IS之單株抗體結合至實體支持物，使IS與單離抗-IS之單株抗體彼此接觸，從而捕獲或去除生物樣品中的IS。

因此，本發明之一態樣是提供一種單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其係專一性結合硫酸吲哚酚(或稱為抗-IS之mAb)。

其次，本發明之另一態樣係提供一種多特異性結合分子，其包含上述單離單株抗體及/或其抗原結合片段之部分或整體。

再者，本發明之又一態樣係提供一種偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，藉此判斷從受試對象收集之生物樣本的硫酸吲哚酚的濃度。

又，本發明之再一態樣係提供一種去除硫酸吲哚酚之元件組成物。

再者，本發明之又另一態樣係提供一種去除或減少硫酸吲哚酚之藥學組成物。

再者，本發明之又一態樣係提供一種單離聚核苷酸區段，其編碼上述單離單株抗體及/或其抗原結合片段。

另，本發明之又一態樣係提供一種單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其具有抗原表位(epitope)以及斯卡查德鍵結親和力(Scatchard binding affinity)，且斯卡查德鍵結親和力為針對硫酸吲哚酚但排除_L-色氨酸、吲哚及3-吲哚乙酸。

根據本發明之上述態樣，提出一種單離單株抗體及/或其抗原結合片段。上述單離單株抗體及/或其抗原結合片段可包含重鏈可變(heavy chain variable，VH)域及輕鏈可變(light chain variable，VL)域。VH域包含複數個互補性決定區(complementarity-determining regions，CDRs)CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3，而VL域包含複數個互補性決定區CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3。在一實施例中，上述互補性決定區包含以下一或多個胺基酸序列：CDR-H1選自於序列辨識編號(SEQ ID NO)：1或11之任一者；CDR-H2選自於SEQ ID NO：2或 12之任一者；CDR-H3選自於SEQ ID NO：3或13之任一者；CDR-L1選自於SEQ ID NO：6或16之任一者；CDR-L2選自於SEQ ID NO：7或17之任一者；以及CDR-L3選自於SEQ ID NO：8或18之任一者。

在一實施例中，上述單離抗體及/或其抗體結合片段可為單離人類抗體、嵌合抗體、人源化抗體、合成抗體、重組抗體及/或其抗體結合片段的全長免疫球蛋白分子、單鏈可變區片段(single-chain variable fragment，scFv)、可變區片段(variable fragment，Fv)、Fab片段、Fab'片段、單域抗體(single domain antibody，dAb)、多特異性結合分子或上述之任意組合。

在一實施例中，上述單離單株抗體及/或其片段可由體外表面呈現系統篩選而得。

在一實施例中，上述單離單株抗體及/或其片段可經化學性修飾或與藥學上可接受之載體混合。

根據本發明之其他態樣，提出一種多特異性結合分子，包含上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段之一部分或整體。

在一實施例中，上述多特異性結合分子專一性結合硫酸吲哚酚。

根據本發明之其他態樣，提出一種偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，其包含上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。

根據本發明之其他態樣，提出一種偵測硫酸吲哚酚相關疾病之免疫分析法，其包含上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，藉此判斷從受試對象收集之生物樣本的硫酸吲哚酚的濃度。

在一實施例中，上述生物樣品包括血液、血清、血漿、腹膜液、尿液及活體組織檢體(biopsy specimen)。

在一實施例中，上述生物樣品包括白蛋白。

根據本發明之其他態樣，提出一種去除硫酸吲哚酚之元件組成物，其包含上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。

在一實施例中，上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段係結合至固相。

根據本發明之其他態樣，提出一種去除或減少受試對象的硫酸吲哚酚之藥學組成物，其包含上述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。

在一實施例中，上述藥學組成物更包含醫藥用吸附劑。

在一實施例中，上述醫藥用吸附劑包括活性碳吸附劑。

根據本發明之其他態樣，提出一種單離聚核苷酸區段(segment)，其中單離聚核苷酸區段編碼抗硫酸吲哚酚的單離單株抗體及/或其抗原結合片段，且單離單株抗體及/或其抗原結合片段包含VH域及VL域之一或多個多肽序列。在一實施例中，上述VH域可如SEQ ID NO：4或14所示，而VL域可如SEQ ID NO：9或19所示。

根據本發明之其他態樣，提出一種單離聚核苷酸區段，其中單離聚核苷酸區段編碼抗硫酸吲哚酚之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。在一實施例中，上述該單離單株抗體及/或其抗原結合片段包含以下一或多個多肽序列：CDR-H1選自於SEQ ID NO：1或11之任一者；CDR-H2選自於SEQ ID NO：2或12之任一者；CDR-H3選自於SEQ ID NO：3或13之任一者；CDR-L1選自於SEQ ID NO：6或16之任一者；CDR-L2選自於SEQ ID NO：7或17之任一者；以及CDR-L3選自於SEQ ID NO：8或18之任一者。

根據本發明之其他態樣，提出一種單離單株抗體及/或其抗原結合片段。在一實施例中，單離單株抗體及/或其抗原結合片段具有抗原表位(epitope)以及斯卡查德鍵結親和力(Scatchard binding affinity)，且斯卡查德鍵結親和力為針對硫酸吲哚酚但排除_L-色氨酸、吲哚及3-吲哚乙酸。

應用本發明之單離單株抗體及/或其片段，其專一性辨識硫酸吲哚酚，在有白蛋白的存在下，可優異地呈現偵測硫酸吲哚酚的靈敏性及動力學的廣度，並可應用到各種用途，例如偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，去除硫酸吲哚酚之元件組成物，去除或減少受試對象的硫酸吲哚酚之藥學組成物，單離聚核苷酸區段，以及具有抗原決定位以及針對硫酸吲哚酚但排除_L-色氨酸、吲哚及3-吲哚乙酸之斯卡查德鍵結親和力之單離單株抗體及/或其抗原結合片段等。

為讓本發明之上述和其他目的、特徵、優點與實施例能更明顯易懂，所附圖式之詳細說明如下：〔圖1A〕及〔圖1B〕係顯示根據本發明一實施例之數株單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體LG303(圖1A)及LG332(圖1B)對硫酸吲哚酚-牛血清白蛋白(indoxyl sulfate-bovine serum albumin，IS-BSA)的滴定曲線圖。

〔圖2A〕至〔圖2D〕係分別繪示本發明一實施例之數株單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體LG303及LG332在不同濃度之硫酸吲哚酚(圖2A)、左旋色胺酸(_L-tryptophan；圖2B)、吲哚(圖2C)、3-吲哚乙酸(3-indoleacetic acid；圖2D)之存在下的B/B%直條圖。

〔圖3〕係繪示本發明另一實施例之利用競爭型ELISA法在序列濃度之硫酸吲哚酚下，檢測單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體LG332之空白試驗極限(limit of blank，LoB)與偵測極限(limit of detection，LoD)的標準曲線圖。

〔圖4〕係繪示根據本發明一實施例之慢性腎病動物模式之實驗策略流程圖。

〔圖5A〕與〔圖5B〕係顯示根據本發明一實施例之試驗動物的腎臟(圖5A)及心臟(圖5B)切片經蘇木素-伊紅(hematoxylin and eosin，H&E)染色的組織切片影像。

〔圖6〕係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經天狼星紅(Sirius red)染色偵測膠原蛋白的組織切片影像。

〔圖7〕係繪示本發明一實施例之利用第IV型膠原蛋白抗體對試驗動物的腎臟及心臟切片之免疫組織化學(immunohistochemistry，IHC)影像。

〔圖8〕係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經α-平滑肌動蛋白(α-smooth muscle actin，α-SMA)抗體偵測纖維增生區域的IHC影像。

〔圖9〕係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經M30抗體偵測細胞凋亡區域的IHC影像。

以下詳細說明配合所附圖式將清楚呈現本發明的實施例，其中相同的元件編號代表相同的元件。

此處參照引用的所有文獻，視同透過引用每篇個別文獻或專利申請書特定且個別併入參考文獻。如果引用文獻對一術語的定義或用法，與此處對該術語的定義不一致或相反，則適用此處對該術語的定義，而不適用該引文對該術語的定義。

為了解釋說明書，將適用以下定義，在適當的情況中，單數名詞也包括複數，反之亦然。整個詳細說明闡述額外的定義。

除非上下文不適當，否則此處所述的「一(a/an)」及「該(the/said)」係定義為「一或多」且包括複數型。

本發明揭露利用抗蛋白質結合的尿毒素-硫酸吲哚酚(IS)之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，診斷及治療慢性腎病(chronic kidney disease，CKD)病患合併尿毒症之偵測及清除方法。關於診斷使用，本發明提供一種同時定性及定量偵測生物樣本之IS的免疫分析法。為有效去除受試對象體內循環的IS，可對受試對象投予有效劑量的單離抗-IS之單株抗體，或使生物樣本通過結合單離抗-IS之單株抗體的固相載體以吸附IS。生物樣本可以是血液、血清、血漿、腹膜液、尿液、生物檢體樣本(biopsy specimen)等。由於從受試對象收集之上述生物樣本，其中常包含正常或異常生理狀態的各種血漿蛋白，上述單離抗-IS之單株抗體的結合活性的呈現不該被任何血漿蛋白干擾，特別是最常見的白蛋白。儘管IS被認為會加重CKD及一些其他的腎病變，不過本發明的應用並不限於腎病變。

此處所述「受試對象(subject)」一詞包括人類或非人類的動物。非人類的動物包括所有的脊椎動物，例如哺乳類動物及非哺乳類動物，諸如非人類的靈長類動物、羊、狗、牛、雞、兩棲動物及爬行類動物。除非另有所指，否則此處所述「患者(patient)」或「受試對象」可互相置換。

此處所述「核酸」一詞可與「聚核苷酸(polynucleotide)」互相置換，其係指單股或雙股形式的去氧核醣核酸或核醣核酸及其聚合物。核酸一詞包括含有已知核苷酸類似物或經修飾之骨架殘基或連接基的核酸，可為合成、天然存在及非天然存在者，其結合特性與參考核酸相似，且其代謝方式亦與參考核苷酸類似。前述類似物的具體例可包括但不限於硫代磷酸酯(phosphorothioates)、胺基磷酸鹽(phosphoramidate)、磷酸甲酯(methyl phosphonates)、旋光性-磷酸甲酯(chiral-methyl phosphonates)、2-O-甲基核醣核苷酸(2-O-methyl ribonucleotides)、胜肽-核酸(peptide-nucleic acids，PNAs)。

除非另有所指，特定的核酸序列亦隱含其經保守修飾的變體(例如簡併密碼子取代，degenerate codon substitutions)、互補序列以及明確指出的序列。進言之，選定的一或多個(或全部)密碼子之第三位置被混合鹼基及/或脫氧肌酐殘基取代所產生的序列，可產生簡併密碼子取代。

此處所述「多肽」一詞可與「蛋白」互相置換，係指胺基酸殘基的聚合物。「多肽」一詞用於胺基酸聚合物時，其中一或多個胺基酸殘基可為對應的天然存在胺基酸之人工化學模擬物、自然存在胺基酸聚合物以及非自然存在的胺基酸聚合物。除非另有所指，特定多肽序列亦隱含其經保守修飾的變體。

「抗體」一詞係指完整免疫球蛋白分子或其功能性片段。天然存在的抗體一般包括四聚體(tetramer)，通常由至少二重(H)鏈及至少二輕(L)鏈所組成。每個重(H)鏈包含一重鏈可變(heavy chain variable，以下簡稱為 VH)域及一重鏈恆定(heavy chain constant，CH)域，其中重鏈恆定域包含CH1、CH2及CH3等三個恆定域。輕鏈可變(light chain variable，以下簡稱為VL)域。重鏈可為任何一種的同型(isotype)，包括IgG(IgG1、IgG2、IgG3及IgG4亞型)、IgA(IgA1及IgA2亞型)、IgM以及IgE。每個輕鏈則包含輕鏈可變(light chain variable，以下簡稱為VL)域以及一輕鏈恆定(light chain constant，CL)域。輕鏈包括kappa(κ)鏈以及lambda(λ)鏈。VH域及VL域之結合一般負責辨識抗原，而CH域則可介導免疫球蛋白結合至宿主組織或因子，包括免疫系統的各種細胞(例如效應細胞)以及經典途徑之補體系統的第1補體成分(C1q)。VH與VL域可再細分成高度可變(hypervariability)區，亦稱為互補性決定區(complementarity determining regions，CDRs)，而CDRs之間另穿插著更保守的抗體骨架區(framework regions，FRs)。每個VH與VL域分別由三個CDRs及四個FRs所構成，其順序從N端到C端安排如下：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3及FR4。重鏈及輕鏈可變區含有結合域，以與抗原交互作用。

「抗體片段」或「其特定結合片段」一詞係指抗體的完整結構或一部分，可包含Fab片段片段、Fab’、F(ab’)₂片段、Fd片段、Fv片段及雙硫鍵連結之Fv片段；單鏈可變區片段(single chain variable fragment，scFv)、單鏈可變區片段二聚體〔(scFv)₂，亦稱為二價抗體(diabodies)〕、單鏈可變區片段三聚體〔(scFv)₃，亦稱為三價抗體(triabodies)單鏈可變區片段四聚體〔(scFv)₄，亦稱為四價抗體(tetrabodies)；單域抗體(single domain antibodies，dAb)、微抗體(minibodies)、奈米抗體(nanobodies)、以及由抗體片段形成的多特異性(multispecific)抗體。其次，「抗體片段」或「其特定結合片段」一詞亦可指單株抗體、多株抗體、由至少二個抗體片段形成的多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、人類抗體、人源化抗體、駱駝源化的(camelized)抗體、嵌合抗體或鼠類抗體。

此處所述「抗體藥物複合體(antibody drug conjugate，ADC)」或「免疫複合體(immunoconjugate)」一詞係指抗體或其抗原結合片段連接另一種藥劑，例如化學治療劑、毒素、免疫治療劑、成像探針(imaging probe)等。連接方式可為共價鍵、或例如通過靜電力之非共價性的交互作用。可使用本領域已知的各種連接基團，以形成抗體藥物複合體。此外，抗體藥物複合體的型式亦可為由編碼免疫複合體的聚核苷酸表現而得之融合蛋白。此處所述之「融合蛋白」係指將原本各自編碼不同的蛋白(包括胜肽及多肽)之基因或基因片段，經連接二或二個以上的基因或基因片段所產生的蛋白。融合基因經轉譯後產生單一蛋白具有由原本蛋白所衍生的多個功能特性。

「單離」一詞係指免疫球蛋白、抗體或多肽，視情況可以是存在於物理環境中，但不同於自然界存在者。

「抗原表位(epitope)」或「抗原決定位 (antigenic determinant sites)」一詞係指抗原分子的一部份，用來負責與抗體之抗原結合位置進行專一性交互作用。抗原結合位置可由一或多的抗體可變域所提供。將單株抗體(mAb)的VH與VL域分離，經過多次的重組及篩選，可獲得功能性抗原結合片段。

「互補性決定區(complementarity determining regions，CDRs)」一詞係定義為抗體可變鏈的多個部分，以鍵結至其專一性的抗原。在本揭露內容中，重鏈的CDRs一般係指CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3，輕鏈的CDRs一般係指CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3。上述CDRs從N端到C端的方向依序編號。

此處所述單株抗體或其抗原結合片段係指由cDNA-來源、重組RNA-來源或任何合成的來源、或結合上述部分的來源，所產生的蛋白或胜肽，也包括以下任何一種來源或衍生的來源所產生的蛋白或胜肽：(1)與自然界發現的蛋白無關；(2)不含相同來源的其他蛋白質，例如不含鼠類蛋白；(3)由不同物種的細胞所表達者；或(4)自然界並不存在者。

此處所述「抗硫酸吲哚酚之單株抗體(anti-IS mAb)」係指專一性結合硫酸吲哚酚之抗體型式及/或其片段的上位用語。

其次，本發明亦提供產生單離抗-IS之單株抗體及/或其片段的方法。再者，前述單離抗-IS之單株抗體係以二株單株抗體LG303及LG332為例示，其係根據生產抗體之融合瘤細胞株的名稱分別命名。

另外，本發明亦提供編碼上述抗-IS之單株抗體可變域的聚核苷酸序列，其係由重鏈可變(heavy chain variable，VH)域及輕鏈可變(light chain variable，VL)域所組成。舉例而言，抗體LG303及LG332的VH域分別為序列辨識編號(SEQ ID NOs)：5及15，而抗體LG303及LG332的VL域分別為SEQ ID NOs：10及20。

本發明亦提供由上述聚核苷酸序列轉譯之胺基酸序列。舉例而言，抗體LG303及LG332的VH域分別為序列辨識編號(SEQ ID NOs)：4及14，而抗體LG303及LG332的VL域分別為SEQ ID NOs：9及19。上述抗體之VH域內的互補性決定區CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3以及VL域內的互補性決定區CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3亦經確認。

在一具體實施例中，抗體LG303及LG332對應的上述CDRs之胺基酸序列如下所述：CDR-H1選自於序列辨識編號(SEQ ID NO)：1或11之任一者；CDR-H2選自於SEQ ID NO：2或12之任一者；CDR-H3選自於SEQ ID NO：3或13之任一者；CDR-L1選自於SEQ ID NO：6或16之任一者；CDR-L2選自於SEQ ID NO：7或17之任一者；以及CDR-L3選自於SEQ ID NO：8或18之任一者。

「序列相似度(sequence identity)百分比(%)」或「同源性(homology)」一詞係定義為候選序列與參考序列經比對序列並引入間隙後，候選序列與參考序列相同之胺基酸殘基或核苷酸的百分比，如有必要，可達到序列相似度百分比上限值，且排除核酸保守性的取代。除了手動方式外，藉由習知的區域性相似度演算法或使用這些演算法的電腦程式(例如BLAST P)，以產生較佳的序列比對。

再者，上述核酸序列及胺基酸序列係列於後附的序列表中。

又，本發明提供利用上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體作為診斷硫酸吲哚酚相關疾病之試劑的方法。

另，本發明亦提供利用上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體作為治療硫酸吲哚酚相關疾病之試劑的方法。

次則，本發明亦提供利用上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體作為取代IS的試劑的方法，以用於體外清潔的生物流體。

再者，本發明亦提供上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體用於免疫分析、元件組成物(device composition)的方法。

此外，本發明亦提供開發上述免疫分析、元件組成物及藥學組成物的方法。

另則，本發明亦提供包含上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體之免疫分析，藉此定性及定量檢測生物樣本的硫酸吲哚酚。

又，本發明亦提供利用前述免疫分析以診斷硫酸吲哚酚相關疾病的方法。

再則，本發明亦提供包含上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體的元件組成物，從而於體外去除受試對象體液中之硫酸吲哚酚或減少尿毒負擔。

另外，本發明亦提供去除硫酸吲哚酚或減少尿毒負擔的方法，其係施以含有效劑量之上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體的藥學組成物。

在一實施例中，當上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體用於免疫分析或元件組成物時，上述單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體可結合至固相載體以作為實體支持。

在一實施例中，上述藥學組成物可施用於降低受試對象伴隨CVD而需要降低腎衰竭或CVD風險。

在一實施例中，上述藥學組成物可與其他藥物結合，前述藥物即口服球狀碳吸附劑、血管收縮素轉化酶抑制劑(angiotensin-converting enzyme inhibitors，ACEI)、血管收縮素受體阻斷劑(angiotensin receptor blockers，ARB)及活性維生素D。

此處所述之「元件組成物」係指用於在特定設備中實現的組成物。在一實施例中，上述元件組成物可整合至血液透析(hemodialysis)或血漿去除(plasmapheresis)系統，以降低受試對象伴隨CVD而需要降低腎衰竭或CVD風險。

在一實施例中，上述元件組成物可與用於體外清潔血液的裝置結合，其中血液可將分成第一清潔部分及第二清潔部分。去除與蛋白鍵結的毒素及/或溶解在血漿中的毒素後，產生第二清潔的部分。

在一實施例中，上述待分析的生物樣品(或液體)包括血液、血清、血漿、腹膜液、尿液及活體組織檢體(biopsy specimen)。

在一實施例中，上述生物樣品包括白蛋白。

以下利用數個示範實施例以說明本發明之應用，然其並非用以限定本發明，本發明技術領域中具有通常知識者，在不脫離本發明之精神和範圍內，當可作各種之更動與潤飾。

專一性結合硫酸吲哚酚(IS)之組成物

此實施例提供結合分子，其可為單離單株抗體及/或其抗原結合片段(以下亦稱為抗-IS單株抗體或抗-IS mAb)，可專一性辨識/結合硫酸吲哚酚(IS)。抗-IS單株抗體包含重鏈可變(heavy chain variable，VH)域，其包含複數個互補性決定區(complementarity determining regions，CDR)CDR-H1、CDR-H2與CDR-H3，以及輕鏈可變(light chain variable，VL)域，其包含複數個互補性決定區CDR-L1,CDR-L2及CDR-L3。上述互補性決定區(CDRs)包含以下一或多個胺基酸序列：CDR-H1選自於序列辨識編號(SEQ ID NO)：1或11之任一者；CDR-H2選自於SEQ ID NO：2或12之任一者；CDR-H3選自於SEQ ID NO：3或13之任一者；CDR-L1選自於SEQ ID NO：6或16之任一者；CDR-L2選自於SEQ ID NO：7或17之任一者；以及CDR-L3選自於SEQ ID NO：8或18之任一者。

在一些實施例中，抗-IS單株抗體之VH域的胺基酸序列可為SEQ ID NO：4或14，或者與SEQ ID NO：4或14之序列相似度(identity)呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。此外，抗-IS單株抗體之VL域的胺基酸序列可為SEQ ID NO：9或19，或者與SEQ ID NO：9或19之序列相似度(identity)呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。

用於偵測及定量IS的免疫分析及臨床診斷

「免疫分析(immunoassay)」一詞係指一種偵測樣本中之分析物的方法，其涉及令樣本與專一性結合至分析物的抗體接觸，以及偵測抗體與分析物之鍵結。此處所述之免疫分析可應用至利用前述單株抗體引起之抗體-抗原反應的各種形式之免疫或生化診斷技術。前述分析方法包括但不限於放射免疫分析(radioimmunoassay)、免疫組織化學分析(immunohistochemistry assay)、原位雜合分析(in situ hybridization assay)、競爭型結合分析(competitive-binding assay)、西方墨點分析(Western Blot analyses)以及ELISA分析。其次，前述分析技術包括(a)利用螢光抗體或利用染料(例如螢光染料)經化學染色法，標定於前述單株抗體，以使前述單株抗體與抗原之結合是肉眼可觀察的；(b)利用酶取代螢光染料，經酶-抗體方法標定於前述單株抗體；(c)利用蛋白標定之二級抗體進行ELISA法，以測量抗原等之含量；(d)同位素標定之單株抗體之放射免疫分析法；以及(e)利用抗體-抗原反應引起凝集反應之免疫沉澱法。

本發明係有關於一種免疫分析法，定性及定量偵測生物樣本之IS，包括判斷正常及異常的水準。在一些實施例中，生物樣本可為血液、血清、血漿、腹膜液、尿液、生物檢體樣本等。其次，待分析之生物樣本在血漿蛋白，即白蛋白之存在下仍可分析。在又一實施例中，本發明提供之免疫分析法包含上述單離抗IS之單株抗體，其可用於診斷異常或疾病，此乃藉由從受試對象收集的生物樣品濃度而估計。前述的病理生理的狀況或臨床症狀之一具體例可為尿毒症或CKD。

去除IS的元件組成物

根據本揭露內容之一實施例，提供去除或減少IS的元件組成物。在一些實施例中，前述單離抗-IS之單株抗體係連接至固相載體，以作為實體支持，其中此固相載體係例如瓊脂糖、玻璃、塑膠或磁性的樹脂珠，透析膜以及中空纖維管。其次，上述連接至單離抗-IS之單株抗體的透析膜或中空纖維管可整合至血液透析或血漿置換(plasmapheresis)的系統。

關於移除病患血液中與白蛋白鍵結的尿毒素的方法係記載於美國專利公告號(U.S.Pat.No.)第8,206,591 B2號專利中。此方法包括在血液中導入置換物質(displacer substance)，使置換物質取代白蛋白鍵結的尿毒素。接著，在血液回到病人體內之前，利用體外腎取代治療(extracorporeal renal displacement)移除未鍵結的尿毒素。前述置換物質可例如上述單離抗-IS之單株抗體。此方法建議可併用其他藥物，即口服球狀碳吸附劑、血管收縮素轉化酶抑制劑(angiotensin-converting enzyme inhibitors，ACEI)、血管收縮素受體阻斷劑(angiotensin receptor blockers，ARB)及活性維生素D。

在又一具體實施例中，單離抗-IS之單株抗體可進行還原胺化反應(reductive amination reaction)，以連接至瓊脂糖珠，再將單株抗體連接的珠體填入空管柱中，以形成IS移除管柱。利用蠕動幫浦(peristaltic pump)使生物液體流經IS移除管柱兩次。利用定量質譜儀〔quantitative mass spectrometry，例如液相層析串聯質譜儀(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)〕分析未處理及已處理的血漿樣本，以評估IS去除率。利用算式([未處理組之IS]-[已處理組之IS])/[未處理組之IS]×100%，計算出IS去除百分比(%)。

去除或減少受試對象之IS的藥學組成物

根據本揭露內容之一實施例，提供去除或減少受試對象之IS的藥學組成物。治療IS相關異常之臨床領域的通常知識者可輕易判斷投予抗-IS單株抗體之劑量及療法。在一或多個應用中投以預設劑量可獲致預設結果。根據本發明之實施例，可提供單位劑型之藥學組成物。藥學組成物可在任何適當的藥學載劑中投藥。前述藥學組成物可以任何形式投予，以預防、緩解、避免或治療人或動物病患之尿毒症的情況。應用到本實施例時，單離抗-IS之單株抗體可以藥學組成物的形式提供，其包含藥學上可接受之載體或稀釋劑，而活性成分則為單離抗-IS之單株抗體及/或其結合片段。此組成物含有單離抗-IS之單株抗體，其劑量足以完全或部分拮抗IS之細胞毒性，或拮抗IS與尿毒素的細胞生物受體之天然結合，在需要上述拮抗作用的病患中，上述受體可例如陰離子運輸蛋白(anion transporters，OATs)(10)或芳香烴受體(aryl hydrocarbon receptor，AhRs)(11)。此藥學組成物包含上述單離抗-IS之單株抗體之至少一者。其次，上述藥學組成物可併用其他藥物，即口服球狀碳吸附劑、血管收縮素轉化酶抑制劑(angiotensin-converting enzyme inhibitors，ACEI)、血管收縮素受體阻斷劑(angiotensin receptor blockers，ARB)及活性維生素D。在一些具體例中，上述藥物可例如活性碳吸附劑，例如AST-120。

單離抗IS之單株抗體可變區之聚核苷酸及多肽序列

根據本揭露內容之一實施例，提供編碼上述單離抗IS之單株抗體及/或抗原結合片段之聚核苷酸序列或區段(segment)。在一些實施例中，上述編碼SEQ ID NO：4之VH域的聚核苷酸序列可為SEQ ID NO：5之序列，或者與SEQ ID NO：5之序列相似度呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。同時，上述編碼SEQ ID NO：9之VL域的聚核苷酸序列可為SEQ ID NO：10之序列，或者與SEQ ID NO：10之序列相似度呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。

另一種方式，上述編碼SEQ ID NO：14之VH域的聚核苷酸序列可為SEQ ID NO：15之序列，或者與SEQ ID NO：15之序列相似度呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。同時，上述編碼SEQ ID NO：19之VL域的聚核苷酸序列可為SEQ ID NO：20之序列，或者與SEQ ID NO：20之序列相似度呈現至少80%、90%、95%或99%(或介於上述數值之任何百分比)之任何序列。

在此實施例中，上述聚核苷酸序列包括實質等同於編碼上述胺基酸序列的多肽。實質等同序列包含突變序列，包括含有沉默突變(silent mutations)的序列。突變可包含一或多個核苷酸殘基的變異、一或多個核苷酸殘基的缺失、或者一或多個額外核苷酸殘基的插入。基於核酸密碼(nucleic acid code)的簡併性(degeneracy)，實質等同序列也包含在上述揭露的胺基酸序列中，在預定胺基酸位置上編碼相同胺基酸之各種核苷酸序列。上述編碼單離抗IS之單株抗體及/或其抗原結合片段的聚核苷酸序列可利用任何習知方法獲得。舉例而言，倘若已知一抗體的核苷酸序列，則編碼該抗體的聚核苷酸序列可由多段化學合成之寡核苷酸序列組合而成。上述寡核苷酸序列可涉及例如合成含有編碼該抗體序列部分之重疊寡核苷酸序列，黏合並連接前述寡核苷酸序列，然後利用PCR擴增前述連接之寡核苷酸序列(12)。

概言之，上述編碼單離抗IS之單株抗體及/或其抗原結合片段的聚核苷酸序列可重組至表現載體中，作為開放讀序框架(open reading frame)之片段。在一些應用中，上述表現載體可導入受試對象或寄主細胞(例如原核細胞之大腸桿菌BL21、真核細胞之CHO細胞)中，以產生可專一性辨識IS之蛋白質產物，如前述實施例所提供者。詳而言之，此實施例之聚核苷酸序列片段為重組DNA或RNA，在一些案例中，這些片段可被非編碼調控的元件(non-coding regulatory elements)或內含子(introns)隔開。較佳地，上述單離核酸可為cDNA分子。為了產生scFv基因，編碼VH及VL的DNA片段在操作上可連接至另一片段，另一片段可編碼彈性連接子，例如編碼胺基酸序列(Gly4-Ser)₃(如SEQ ID NO：21所示)，使VH及VL序列表現成連續的單鏈蛋白，其中VH區域及VL區域以彈性連接子連接。對於利用噬菌體展示技術(phage display techniques)獲得的抗體而言，帶有如前述實施例提供的單離抗IS之單株抗體及/或其抗原結合片段之單離核酸之噬菌體株可經篩選噬菌體展示庫(library)回收獲得(13)。前述揭露的聚核苷酸亦可從任何其他適合來源的核酸產生，例如抗體cDNA庫，或由表現該抗體之任何組織或細胞(例如從選定表現一抗體之融合瘤細胞中)分離的cDNA庫。

在一些實施例中，上述揭露的聚核苷酸序列之任一者可嵌入表現載體中，在預設的啟動子的控制下進行表現。適用於人類及動物細胞類型中表現的習知載體為本技術領域所熟知。適用的寄主細胞可包括但不限於HEK293、CHO、酵母菌(Pichia)、SF9、E.coli BL21及或其他人類或非人類細胞株。在一些實施例中，只要培養上述細胞，即可將表現載體的所述核酸以短暫或穩定的方式表現出來，而前述產生抗IS之單株抗體及/或抗原結合片段的方法則揭露於本文中。

5/6腎切除手術(5/6 Nx)之大鼠慢性腎病(CKD)模式及治療

典型CKD動物模式有單側輸尿管阻塞(unilateral ureteral obstruction，UUO)、艾黴素(Adriamycin，ADR)腎病變以及5/6腎切除手術。UUO的模式可快速且完全阻塞腎小管，且呈現不同病理階段及纖維化的特徵，包括發炎細胞浸潤、腎小管細胞凋亡、肌纖維母細胞(纖維母細胞)活化、纖維連結蛋白及第I型膠原蛋白沉積。ADR腎病變的模式目前常用於模擬人類腎絲球疾病，其特徵在於大量的蛋白尿(proteinuria)、腎小管圓柱體(renal tubular casts)、腎小管塌陷(renal tubular collapse)、局部節段型腎絲球硬化症〔focal segmental glomerulosclerosis，FSGS；亦稱為進展式局部節段型硬化症(progressive focal segmental sclerosis)〕以及腎絲球硬化症，嚴重腎間質及發炎形成。5/6腎切除手術的模式的特徵則是動脈高血壓、蛋白尿以及腎絲球硬化症。在上述可行的實驗模式中，5/6腎切除手術的大鼠最常用於研究進展式腎病，乃因這個實驗方法的特點與人類觀察到的CKD，二者具有共通性。5/6腎切除手術也已被建立用於測試新的治療方式，且已證實其具有臨床相關性(14,15)。

腎小管間質纖維化(tubulointerstitial fibrosis)通常與CKD具有病理相關性，並呈現共通的特徵，包括持續性發炎細胞浸潤；間質細胞數量隨著肌纖維母細胞表現細胞骨架蛋白α-平滑肌肌動蛋白(α-smooth muscle actin，α-SMA)的出現而增加；腎小管萎縮及上皮細胞凋亡；圍繞腎小管的微血管(peritubular capillaries)完全受損；以及細胞外基質(extracellular matrix，ECM)的累積(16)。在正常腎臟中，不同膠原蛋白分子是在不同區域生產的，管狀上皮細胞(tubular epithelial cells，TECs)作為主要生產第IV型膠原蛋白的細胞，而常駐的纖維母細胞則生產第I型及第III型膠原蛋白。在腎小管間質纖維化中，較顯著的是間質膠原蛋白累積，常駐的纖維母細胞轉分化為α-SMA陽性的肌纖維母細胞，使得ECM擴張。此外，通常在腎絲球及管狀基底膜表現的第IV型膠原蛋白，不再受限，在間質中也可觀察到。5/6腎切除手術的大鼠因腎損傷，誘導細胞凋亡，進而使近端的腎小管細胞及足細胞 (podocytes)釋放出凋亡蛋白酶裂解的細胞角蛋白(caspase-cleaved cytokeratin)18(M30)，因此不同區域的M30可視為治療方案之藥效動力學的生物標記。由於第I型及第IV型膠原蛋白與過量的ECM沉積有關，α-SMA可評估腎絲球硬化症，而M30可作為腎絲球細胞凋亡的指數，利用組織染色及特殊的免疫組織化學(IHC)檢驗，應可闡明抗IS之單株抗體干預IS相關組織萎縮的效果。

以下利用數個實施例以說明本發明單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體及/或其抗原結合片段之應用。

具體實施例 實施例1、製備抗原性IS共軛物

為了由半抗原(hapten)IS製備完整抗原，將IS的鉀鹽(Santa Cruz Biotechnology)以化學性耦合至具有下列載體材料之平板上，其中載體材料包括藍色載體蛋白(blue carrier protein，BCP；商品名：Imject^TM Blue Carrier^TM Protein；製造商：BCP,Thermo Scientific)、牛血清白蛋白(bovine serum albumin，BSA；製造商：Thermo Scientific)以及與二胺基二丙基胺(diaminodipropylamine；DADPA)交聯之瓊脂糖凝膠珠(商品名：CarboxyLink^TM Coupling Gel；製造商：Thermo Scientific)。簡言之，將1mL之IS〔10mg/mL之磷酸鹽緩衝溶液(phosphate-buffered saline，PBS)〕，在試管中分別與1mL之上述三種載體材料(三種載體材料皆為10 mg/mL PBS)混合。將0.25mL之甲醛(formaldehyde，37%)或戊二醛(glutaraldehyde，50%)加入2mL之混合物中，於50℃進行72小時之曼尼希式反應(Mannich-type reaction)(17)。在前述耦合反應後，IS-載體蛋白複合體(IS-carrier protein conjugates)利用Sephadex G-25樹脂管柱(GE Healthcare)之層析法進行純化，其濃度利用布拉德福(Bradford)試劑(Bio-Rad)測定。至於IS-DADPA瓊脂糖複合體(IS-DADPA agarose conjugates)，利用去離子水將耦合的凝膠珠清洗三次後，重新配製於5mL的PBS中。

實施例2、利用融合瘤技術生產抗-IS之單株抗體

小鼠(8至10周大，雌性BALB/c)利用上述製備之抗原性的IS複合體，以下述2種免疫途徑進行免疫。其中一種免疫途徑是傳統的腹腔內(intraperitoneal，IP)免疫。在此途徑中，IS-BCP/IS-BSA複合體(50μg/100μL PBS)或IS-DADPA瓊脂糖複合體(100μL)與等體積的完全弗氏佐劑(Complete Freund's Adjuvant，CFA；製造商：Sigma-Aldrich)或不完全弗氏佐劑(Incomplete Freund's Adjuvant，IFA；製造商：Sigma-Aldrich)混合。每隻小鼠在4周內接受4次免疫，包括第一次的促發(priming)免疫及3次補強(boosters)免疫。另一種免疫途徑則是直接脾臟免疫(direct spleen immunization)。第一次注射可利用34G號的針將5μg之IS-BCP複合體(配製於5 μL PBS)注入5隻小鼠的胰臟。若可成功引發抗原反應，這些小鼠後續將經由皮下(subcutaneous，SC)注射IS-BCP複合體(50μg，配製於200μL之IFA中)以進行三次的補強免疫。結合IS的脾細胞在與骨髓瘤細胞融合前，先將結合IS的脾細胞貼附於塗覆IS複合體的培養盤(直徑10cm；商品名：Nunc^TM；製造商：Thermo Scientific)上，並用培養液沖洗未貼附的細胞，藉此濃縮(enrich)這些細胞。上述兩種途徑在每次免疫前，利用ELISA或流式細胞儀監控小鼠的血清力價(serum titers)，當達到預設力價時，犧牲小鼠以篩選融合瘤。篩選的標準是從分布的細胞中，挑選出其上清液可辨識游離型IS者，經限制性稀釋(limiting dilution)培養建立單一細胞株()。然而，只辨識IS複合體但不與游離型IS反應或者與未連結的載體反應的細胞則捨棄。將分離之融合瘤細胞株注射至BALB/c小鼠的腹腔後，收集所得的腹水。上述收集的腹水利用蛋白A(protein A)管柱(製造商：GE Healthcare)之層析法進行純化，藉此萃取出預設的抗體。抗體的濃度上限值為10mg/mL。

實施例3、利用競爭型ELISA檢測抗-IS之單株抗體的專一性

在此處所述之競爭型ELISA中，抗-IS之單株抗體或IS複合體可互換作為游離的分析物或固定化的捕獲子(catcher)。至於上述兩個反應物的角色所指為何，端視實驗設計而定。

在抗-IS之單株抗體作為游離的分析物的例子中(即IS複合體塗覆於微量滴定盤上)，例如抗小鼠IgG.Fcγ片段之HRP-連接山羊IgG之二級抗體可作為報導子(reporter)。IS複合體塗覆在微量滴定盤的濃度可為50ng/mL至50μg/mL。抗IS之單株抗體的濃度可為10pg/mL至10μg/mL。

當抗IS之單株抗體經固定化為捕獲子時，IS分析物可連接至酵素報導子(enzyme reporter)(本案即為HRP)藉此繪製出標準曲線。可利用前述章節之曼尼希式加成反應製備IS-HRP複合物，其操作濃度為10ng/mL至10μg/mL。可使用1pg/mL至500μg/mL之IS參考標準品繪製標準曲線。

為了初步測試候選單株抗體的專一性，利用競爭型ELISA比較各抗體對於抗IS、吲哚、_L-色氨酸及3-吲哚乙酸(上述化合物皆購自於Sigma-Aldrich)的活性。ELISA培養盤(製造商：Corning Costar)之各孔以IS-BSA複合物(0.5μg/mL，每孔100μL)塗覆，4℃下隔夜培養，並以300μL含3% BSA之PBST(PBS含0.05% TWEEN® 20，在37℃進行1小時的阻隔反應1小時，接著利用PBST潤洗三次。在塗覆抗原的各孔中，於上述阻隔緩衝溶液中加入二倍序列稀釋(16~128ng/mL)之粗萃取的候選單株抗體、20μg/mL之各化合物或空白控制組。在室溫下反應30分鐘至60分鐘，吸出各孔並以300μL之PBST潤洗三次。而後，每孔加入100μL之HRP-連接的山羊IgG抗-小鼠IgG (製造商：偉喬生醫股份有限公司，台南，台灣)作為二級抗體(1：5000，溶於PBST)，在室溫下反應30分鐘。各孔以PBST潤洗六次後，加入四甲基聯苯胺(3,3',5,5'-tetramethylbenzidine，TMB)受質溶液(KPL)進行呈色反應。當成色反應達可區別的程度時，加入0.1N硫酸停止反應，並利用微量盤讀取儀器(microtiter plate reader；製造商：Molecular Devices)檢測450nm之吸光度，以分析候選單株抗體之活性。待測候選物之相對鍵結活性百分比係以下式計算：B/B₀×100%[(加入化合物之各孔平均吸光度)/(空白控制組之各孔平均吸光度)]。倘若吲哚、_L-色氨酸及3-吲哚乙酸等競爭物對於IS的鍵結活性，顯著勝過待測候選物(判斷標準：B_IS/B₀<30%；B_競爭物/B₀>70%)，則這類待測候選物則不入選。

實施例4、二株抗-IS之單株抗體的定性

經過連二輪篩選，從數十株候選抗體中選出對IS親和力及專一性較佳的二株抗體，抗體LG303及抗體LG332。抗體LG303及抗體LG332之力價曲線及預估的Kd值(平衡解離常數)如圖1A及圖1B所示，且此兩種單株抗體對於IS具有斯卡查德鍵結親和力(Scatchard binding affinity)。

利用小鼠單株抗體分型套組(mouse mAb isotyping kit；製造商：Thermo Fisher)鑑定亞型，分別鑑定出抗體LG303屬於IgG1/κ亞型，而抗體LG332屬於 IgG2a/κ亞型。併用反轉錄-PCR及小鼠Ig引子組(製造商：Merck Millipore)，可由融合瘤細胞的mRNA萃取物解出抗體可變區的基因序列。抗體LG303之VH域的聚核苷酸序列(SEQ ID NO：5)轉錄成如SEQ ID NO：4所示之多肽序列，而其三個CDR序列分別為SEQ ID NO：1(CDR-H1)、SEQ ID NO：2(CDR-H2)及SEQ ID NO：3(CDR-H3)。抗體LG303之VL域的聚核苷酸序列(SEQ ID NO：10)轉錄成如SEQ ID NO：9所示之多肽序列，而其三個CDR序列分別為SEQ ID NO：6(CDR-L1)、SEQ ID NO：7(CDR-L2)及SEQ ID NO：8(CDR-L3)。抗體LG332之VH域的聚核苷酸序列(SEQ ID NO：15)轉錄成如SEQ ID NO：14所示之多肽序列，而其三個CDR序列分別為SEQ ID NO：11(CDR-H1)、SEQ ID NO：12(CDR-H2)及SEQ ID NO：13(CDR-H3)。抗體LG332之VL域的聚核苷酸序列(SEQ ID NO：20)轉錄成如SEQ ID NO：19所示之多肽序列，而其三個CDR序列分別為SEQ ID NO：16(CDR-L1)、SEQ ID NO：17(CDR-L2)及SEQ ID NO：18(CDR-L3)。

利用競爭型ELISA再度檢測純化之抗體LG303及抗體LG332(100ng/mL)之鍵結親和力，其中抗-IS之單株抗體係塗覆於培養盤上，而IS-HRP複合物則作為分析物。以濃度0.125、5、20以及100μg/mL之四種化合物競爭，比較抗體LG303及抗體LG332之鍵結活性，其結果如圖2A(IS)、圖2B(_L-色氨酸)、圖2C(吲哚)及圖2D(3-吲哚乙酸)所示。上述結果顯示，抗體LG303 及抗體LG33鍵結至IS具有高度專一性，然而對於_L-色氨酸及其他代表性的生化代謝物則無顯著反應。

實施例5、檢測生物樣本中的IS

為了判斷單離抗-IS之單株抗體可否檢測生物樣本中的抗原目標物，尤其是生物樣本中存在血漿蛋白之干擾時可否檢測，故於人類血清及血漿中加入不同濃度的IS，然後利用競爭型ELISA進行評估。在此評估中，抗體LG332係塗覆在微量培養盤之孔表面作為捕獲抗體。請參閱圖3，其係繪示利用競爭型ELISA法在序列濃度之硫酸吲哚酚下，檢測單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體LG332之空白試驗極限(limit of blank，LoB)與偵測極限(limit of detection，LoD)的標準曲線圖。圖3的結果顯示抗體LG332的LoB與LoD，且LoD約25.2ng/mL。

表1係顯示人類血清及血漿的抗體LG332回收率，結果顯示單離抗-IS之單株抗體的結合力不受人類血漿蛋白(例如白蛋白)的干擾，被視為可吸收血流中循環的IS。

表1、從人類血清及血漿回收的抗體LG332

實施例6、去除生物樣本中的IS

抗體LG303及抗體LG332係連接至乙二醛瓊脂糖凝膠(glyoxal agarose gel；製造商：BioScience Bead Division of Colloidal Science Solutions,Inc.)管柱，以檢測上述抗體是否可以從血漿中移除IS。在此實施例中，將IS加入二個健康捐贈者之血漿樣本中，其最終濃度約40μg/mL，而IS與PCS的總量則由長庚紀念醫院(桃園，台灣)檢驗醫學部提供LC-MS/MS定量的服務。請參閱表2及表3，抗體332對IS的去除率優於抗體LG303。出乎意料地，經抗-IS之單株抗體處理後，另一個重要的蛋白質結合尿毒素PCS的濃度亦下降了。由於PCS與IS在人類血清白蛋白上競爭相同鍵結點(18)，當血清白蛋白鍵結的IS大部分被抗-IS之單株抗體取代時，PCS與IS這二種有害物質之間或許存在不明的關係，留待商榷。

表2、血漿樣本之IS總濃度

實施例7、單離抗-IS之單株抗體在5/6腎切除(5/6 Nx)大鼠內的功效

誠如上述，血液透析無法有效移除與蛋白結合的尿毒素。關於抗-IS之單株抗體應用於治療的潛力，可在5/6腎切除(5/6 Nx)大鼠中探討，因為在人類CKD病人觀察到許多病理生理學的特徵，在5/6 Nx大鼠之實驗動物中亦可觀察到。因此，5/6 Nx大鼠應可作為適合的受試對象，以研究例如抗-IS之單株抗體對腎臟形狀或其他組織壞死的效果有無差異。

簡言之，將雄性斯普拉格-道利(Sprague Dawley®)品系的大鼠(體重~300公克)分成五組，包括健康控制組、5/6腎切除(5/6 Nx)組、利用控制抗體處理之5/6腎切除(5/6 Nx)組、利用抗體LG303處理之5/6 Nx組、利用抗體LG332處理之5/6 Nx組。所有實驗根據國立成功大學(台南，台灣)生物化學及分子生物學系進行。除了健康控制組以外，所有動物組在第0週進行腎臟手術後休息1週。接著，暴露出左腎，其上下兩端綁上聚乙醇酸縫線，然後切除右腎(right nephrectomy)。在縫合腹膜及皮膚後，將動物關回各自的籠子內。從第1週至第5週，根據大鼠的組別，以每公斤體重10mg抗體之劑量，每週由腹腔注射一次。實驗結束時，所有大鼠以過量的硫噴妥鈉(sodium thiopental)予以安樂死後，於左心室灌注磷酸鹽緩衝溶液(phosphate-buffered saline(PBS，pH 7.4；0.1M)，接著再利用甲醛溶液進行固定，移除腎臟，清除結締組織並以石蠟包埋。之後，委由立眾生技有限公司(Litzung Biotechnology Inc.；台北，台灣)進行腎臟及心臟組織學的分析。

請參閱圖4，其係繪示根據本發明之慢性腎病動物模式之實驗策略流程圖。如圖4所示，大鼠經歷5/6腎切除(5/6 Nx)或是假處理之控制組。讓大鼠休息一週後，接著注射如上所述之小鼠IgG、抗體LG303及抗體LG332。在第42天(6週)，犧牲所有大鼠，收集有興趣的活體組織檢體(biopsy specimen)進行分析。

請參閱圖5A與圖5B，其係顯示根據本發明一實施例之試驗動物的腎臟(圖5A)及心臟(圖5B)切片經蘇木素-伊紅(hematoxylin and eosin，H&E)染色的組織切片影像。在圖5A中，黃色箭頭指的是腎絲球硬化(glomerular sclerosis)，紅色箭頭指的是管狀空泡(tubular vacuoles)，淺藍色箭頭指的是間質纖維化(interstitial fibrosis)，綠色箭頭指的是促發炎細胞浸潤(pro-inflammatory cell infiltration)。在圖5B中，綠色箭頭指的是心肌細胞(cardiomyocytes)的重分佈，而黃色箭頭指的是免疫細胞浸潤。在圖5A與圖5B的結果中，可以發現利用抗體LG303處理的實驗組，其病理變化少於其他實驗組。如圖5A所示，5/6 Nx大鼠具有腎絲球硬化、管狀空泡擴張、間質纖維化以及免疫細胞浸潤。利用控制IgG及抗體LG332處理的大鼠與5/6 Nx大鼠的現象類似。有趣的是，結果顯示抗體LG303對5/6 Nx大鼠有利，也發現大幅減少促發炎細胞浸潤及其他病理變化。其次，相較於利用控制IgG及抗體LG332處理的結果(如圖5B所示)，在經抗體LG303處理後，可減少心肌重新分佈(cardiac rearrangement)。

為了進一步判定5/6 Nx大鼠體內之抗體LG303的抗纖維化效果，以天狼星紅(Sirius red)對心臟及腎臟組織的活體組織檢體(biopsy specimen)進行染色。請參閱圖6，其係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經天狼星紅(Sirius red)染色觀察膠原蛋白表現形態的組織切片影像。請參閱圖7，其係繪示本發明一實施例之利用第IV型膠原蛋白抗體對試驗動物的腎臟及心臟切片之免疫組織化學(immunohistochemistry，IHC)影像，其中大鼠腎臟及心臟切片利用第IV型膠原蛋白抗體進行IHC，藉此具體觀察膠原蛋白。相較於利用控制抗體及健康假處理(sham)的動物組，圖6及圖7的結果認為，接受抗-IS之單株抗體處理的大鼠顯示第I型與第IV型膠原蛋白的表現量有下降的趨勢。請參閱圖8，其係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經α-平滑肌動蛋白(α-smooth muscle actin，α-SMA)抗體偵測的IHC影像，以確認纖維母細胞轉分化為肌纖維母細胞(紅色箭頭所指之深棕色區域)。如圖8所示，抗-IS之單株抗體處理後，α-SMA表現量顯著下降，而抗體LG303的效果比抗體LG332更佳。圖6及圖7觀察到抑制膠原蛋白過量沈積的活性，同為抗體LG303的表現優於抗體LG332。

圖9係繪示本發明一實施例之試驗動物的腎臟及心臟切片經M30抗體偵測細胞凋亡區域的IHC影像，其中試驗動物之腎損傷可造成腎臟及心臟病變，而M30抗體可用於偵測細胞凋亡(如紅色箭頭所示)。根據M30抗體免疫染色結果，只有在腎臟切片確認出細胞凋亡，心臟則無，而且針對腎絲球細胞特別是上皮細胞而言，抗IS之單株抗體防止可產生非計畫性的細胞凋亡。一旦上述單株抗體用於臨床，可保留或挽救CKD病人的腎功能。

綜言之，對選定的CKD動物模式投予單離抗-IS之單株抗體，對腎臟及心臟的細胞發揮顯著的抗纖維化及抗細胞凋亡的效果，此可由上述實驗結果獲得支持。其次，上述結果指出，可望藉由專一性單株抗體中和IS，減緩IS相關的病理症狀。

雖然本發明已以數個實施例揭露如上，然其並非用以限定本發明，在本發明所屬技術領域中任何具有通常知識者，在不脫離本發明之精神和範圍內，當可作各種之更動與潤飾，因此本發明之保護範圍當視後附之申請專利範圍所界定者為準。

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<110> 偉喬生醫股份有限公司

<120> 單離抗硫酸吲哚酚之單株抗體及/或其抗原結合片段之組成物暨其使用

<130> 無

<150> US 62/659,256

<151> 2018-04-18

<160> 21

<210> 1

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-H1

<400> 1

<210> 2

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-H2

<400> 2

<210> 3

<211> 13

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-H3

<400> 3

<210> 4

<211> 120

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的重鏈可變域

<400> 4

<210> 5

<211> 360

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的重鏈可變域

<400> 5

<210> 6

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-L1

<400> 6

<210> 7

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-L2

<400> 7

<210> 8

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的CDR-L3

<400> 8

<210> 9

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的輕鏈可變域

<400> 9

<210> 10

<211> 324

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG303的輕鏈可變域

<400> 10

<210> 11

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-H1

<400> 11

<210> 12

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-H2

<400> 12

<210> 13

<211> 14

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-H3

<400> 13

<210> 14

<211> 121

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的重鏈可變域

<400> 14

<210> 15

<211> 363

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的重鏈可變域

<400> 15

<210> 16

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-L1

<400> 16

<210> 17

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-L2

<400> 17

<210> 18

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的CDR-L3

<400> 18

<210> 19

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的輕鏈可變域

<400> 19

<210> 20

<211> 323

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 抗體LG332的輕鏈可變域

<400> 20

<210> 21

<211> 15

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 連接子(linker)

<400> 21

Claims

一種單離單株抗體及/或其抗原結合片段，包含：一重鏈可變(heavy chain variable，VH)域，包含複數個互補性決定區(complementarity determining regions，CDR)CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；以及一輕鏈可變(light chain variable，VL)域，包含複數個互補性決定區CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，且其中該些互補性決定區包含以下多個胺基酸序列：如序列辨識編號(SEQ ID NO)：1所示序列的CDR-H1、如SEQ ID NO：2所示序列的CDR-H2、如SEQ ID NO：3所示序列的CDR-H3、如SEQ ID NO：6所示序列的CDR-L1、如SEQ ID NO：7所示序列的CDR-L2以及如SEQ ID NO：8所示序列的CDR-L3；或如SEQ ID NO：11所示序列的CDR-H1、如SEQ ID NO：12所示序列的CDR-H2、如SEQ ID NO：13所示序列的CDR-H3、如SEQ ID NO：16所示序列的CDR-L1、如SEQ ID NO：17所示序列的CDR-L2以及如SEQ ID NO：18所示序列的CDR-L3。
根據申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其中該單離單株抗體及/或其抗原結合片段為一單離人類抗體、一嵌合抗體、一人源化抗體、一合成抗體、一重組抗體及/或其抗原結合片段的一全長免疫球蛋白分子、一單鏈可變區片段(single-chain variable fragment，scFv)、一可變區片段(variable fragment，Fv)、一Fab片段、一Fab'片段、一單域抗體(single domain antibody，dAb)、一多特異性結合分子或上述之任意組合。
根據申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其中該單離單株抗體及/或其片段係由一體外表面呈現系統篩選而得。
根據申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其中該單離單株抗體及/或其片段為經化學性修飾或與一藥學上可接受之載體混合。
一種偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，包含根據申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段，藉此判斷從一受試對象收集之一生物樣本的硫酸吲哚酚的一濃度。
根據申請專利範圍第5項所述之偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，其中該生物樣品包括血液、血清、血漿、腹膜液、尿液及活體組織檢體(biopsy specimen)。
根據申請專利範圍第5項所述之偵測硫酸吲哚酚之免疫分析法，其中該生物樣品包括白蛋白。
一種去除硫酸吲哚酚之元件組成物，包含根據申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。
根據申請專利範圍第8項所述之去除硫酸吲哚酚之元件組成物，其中該單離單株抗體及/或其抗原結合片段係結合至一固相載體。
一種去除或減少受試對象的硫酸吲哚酚之藥學組成物，包含如申請專利範圍第1項所述之單離單株抗體及/或其抗原結合片段。
根據申請專利範圍第10項所述之去除或減少受試對象的硫酸吲哚酚之藥學組成物，更包含一醫藥用吸附劑。
根據申請專利範圍第11項所述之去除或減少受試對象的硫酸吲哚酚之藥學組成物，其中該醫藥用吸附劑包括一活性碳吸附劑。
一種單離聚核苷酸區段，該單離聚核苷酸區段編碼抗硫酸吲哚酚的一單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其中該單離單株抗體及/或其抗原結合片段包含以下多個多肽序列：如SEQ ID NO：4所示之一VH域以及如SEQ ID NO：9所示之一VL域；或如SEQ ID NO：14所示之一VH域以及如SEQ ID NO：19所示之一VL域。
一種單離聚核苷酸區段，該單離聚核苷酸區段編碼抗硫酸吲哚酚之一單離單株抗體及/或其抗原結合片段，其中該單離單株抗體及/或其抗原結合片段包含以下多個多肽序列：如序列辨識編號(SEQ ID NO)：1所示序列的CDR-H1、如SEQ ID NO：2所示序列的CDR-H2、如SEQ ID NO：3所示序列的CDR-H3、如SEQ ID NO：6所示序列的CDR-L1、如SEQ ID NO：7所示序列的CDR-L2以及如SEQ ID NO：8所示序列的CDR-L3；或如SEQ ID NO：11所示序列的CDR-H1、如SEQ ID NO：12所示序列的CDR-H2、如SEQ ID NO：13所示序列的CDR-H3、如SEQ ID NO：16所示序列的CDR-L1、如SEQ ID NO：17所示序列的CDR-L2以及如SEQ ID NO：18所示序列的CDR-L3。