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TW202021982A - T細胞受體構築體及其用途 - Google Patents

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TW202021982A
TW202021982A TW108129290A TW108129290A TW202021982A TW 202021982 A TW202021982 A TW 202021982A TW 108129290 A TW108129290 A TW 108129290A TW 108129290 A TW108129290 A TW 108129290A TW 202021982 A TW202021982 A TW 202021982A
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TW
Taiwan
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tcr
seq
chain construct
amino acid
nucleic acid
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TW108129290A
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Inventor
維克藍 朱內賈
宰原 崔
Original Assignee
美商尼恩醫療公司
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Publication date
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Abstract

本發明提供針對肽-MHC複合物之T細胞受體(TCRs)、編碼針對肽-MHC複合物之TCRs之分離核酸分子、表現針對肽-MHC複合物之TCRs之T細胞，及用於治療疾病之醫藥組合物。

Description

T細胞受體構築體及其用途
T細胞受體(TCR)係免疫球蛋白超家族之成員且通常由兩種亞單元(亦即α亞單元及β亞單元)組成。該等成員擁有一個N-末端免疫球蛋白(Ig)-可變(V)結構域、一個Ig-恆定(C)結構域、跨膜/細胞膜跨越區及短胞質尾(在C-末端處)。TCR α鏈及β鏈之可變結構域具有三個超變或互補決定區(CDR)，而β鏈之可變區具有額外超變區(HV4)，該額外超變區通常不接觸抗原且由此並不視為CDR。
CDR3係負責識別經處理抗原之主要CDR，但α鏈之CDR1亦展示與抗原性肽之N-末端部分相互作用，而β鏈之CDR1則與該肽之C-末端部分相互作用。據信，CDR2識別MHC。TCR結構域之恆定結構域由短連結序列組成，其中半胱胺酸殘基形成二硫鍵，此在兩條鏈之間形成連接。TCR對特異性抗原之親和力使得其對於若干治療方式具有價值。舉例而言，可藉由使用接受性免疫療法來有效治療癌症患者(例如黑色素瘤患者)，此乃因TCR對於其抗原極其敏感且可在表現其同族抗原之腫瘤細胞處引導免疫反應。因此，需要用於研發新有效治療之針對肽-MHC複合物之TCR。
本申請案係基於針對肽-MHC複合物之TCR及包括TCR之有效治療之研發。本文提供編碼針對肽-MHC複合物之TCR之經分離核酸分子、表現針對肽-MHC複合物之TCR之T細胞及用於治療疾病之醫藥組合物。
本文提供編碼包括TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)之重組核酸，該TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 52中所述之胺基酸序列之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，T細胞受體(TCR)構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中CDR1具有SEQ ID NO: 50中所述之胺基酸序列；且CDR2具有SEQ ID NO: 51中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述之胺基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 58中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，編碼前述實施例中之任一者之T細胞受體(TCR)之重組核酸進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3的TCR α鏈構築體，其中CDR1具有SEQ ID NO: 47中所述之胺基酸序列；CDR2具有SEQ ID NO: 48中所述之胺基酸序列；且CDR3具有SEQ ID NO: 49中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，前述實施例中之任一者之重組核酸包括： (a)與SEQ ID NO: 56或57具有至少80%序列一致性之序列，進一步包括至少編碼SEQ ID NO: 52之序列；及(b)與SEQ ID NO: 53或54具有至少80%序列一致性之序列，進一步包括至少編碼SEQ ID NO: 49之序列。在一些實施例中，編碼前述實施例中之任一者之T細胞受體(TCR)之重組核酸包括TCR α鏈構築體，該TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述之胺基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 55中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，編碼上述TCR之重組核酸包括： (a) β鏈，其具有SEQ ID NO: 60中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 60至少80%一致之胺基酸序列；及(b) α鏈，其具有SEQ ID NO: 59中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 59至少80%一致之胺基酸序列。在一些實施例中，編碼前述實施例中之任一者之TCR之重組核酸結合至來自包括突變G12V之人類RAS的表位。
本文提供編碼包括TCR β鏈構築體及TCR α鏈構築體之TCR之重組核酸，TCR β鏈構築體包括具有選自SEQ ID NO: 537及563之胺基酸序列之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 537之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，包括具有SEQ ID NO: 537之胺基酸序列之CDR3之TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 541中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體具有SEQ ID NO: 541中所述之胺基酸序列一致性。在一些實施例中，包括具有SEQ ID NO: 537之胺基酸序列之TCR β鏈CDR3之TCR進一步包括TCR α鏈構築體，該TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 539或SEQ ID NO: 552中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體具有SEQ ID NO: 539中所述之胺基酸序列一致性。在一些實施例中，TCR α鏈構築體具有SEQ ID NO: 552中所述之胺基酸序列一致性。在一些實施例中，上述重組核酸編碼包括以下之TCR：β鏈，其具有SEQ ID NO: 543中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 543具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈，其具有SEQ ID NO: 542中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 542具有至少80%序列一致性之序列。在一些實施例中，上述重組核酸編碼包括以下之TCR：β鏈，其具有SEQ ID NO: 543中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 543具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈，其具有SEQ ID NO: 555中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 555具有至少80%序列一致性之序列。在一些實施例中，上述重組核酸編碼包括以下之TCR：β鏈可變結構域，其具有SEQ ID NO: 541中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 541具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈可變結構域，其具有SEQ ID NO: 539中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 539具有至少80%序列一致性之序列。在一些實施例中，上述重組核酸編碼包括以下之TCR：β鏈可變結構域，其具有SEQ ID NO: 541中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 541具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈可變結構域，其具有SEQ ID NO: 552中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 552具有至少80%序列一致性之序列。
在一些實施例中，重組核酸編碼包括TCR β鏈構築體及TCR α鏈構築體之TCR，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 563之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 567中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 565中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之可變區。在一些實施例中，上述重組核酸編碼包括以下之TCR：β鏈，其具有SEQ ID NO: 569中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 569具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈可變結構域，其具有SEQ ID NO: 568中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 568具有至少80%序列一致性之序列。本文揭示包括上述實施例中之任一者之重組核酸之載體。本文亦揭示包括上述實施例中之任一者之重組核酸或如上文所闡述之載體的細胞。
本文提供編碼TCR構築體之重組核酸，該TCR構築體包括：(a) TCR β鏈構築體；及(b) TCR α鏈構築體；其中TCR識別且結合至來自包括點突變G12V或G12C之人類RAS之表位，該表位位於人類MHC蛋白複合物中，其中人類MHC蛋白係由HLA A03:01等位基因編碼之HLA抗原。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 68中所述之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，TCR β鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中CDR1具有SEQ ID NO: 66中所述之胺基酸序列；且CDR2具有SEQ ID NO: 67中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，編碼此段落中所闡述T細胞受體(TCR)之重組核酸進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCR α鏈構築體，其中CDR1具有SEQ ID NO: 63中所述之胺基酸序列；CDR2具有SEQ ID NO: 64中所述之胺基酸序列；且CDR3具有SEQ ID NO: 65中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 74中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 74中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，T細胞受體(TCR)包括TCR α鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 71中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 71中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，TCR包括β鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 76中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 76具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 75中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 75具有至少80%序列一致性之序列。本文提供包括此段落中所闡述任一實施例之重組核酸之載體。本文亦提供包括此段落中所闡述任一實施例之任一重組核酸或此段落中所闡述載體之細胞。
在一些實施例中，識別且結合至來自包括點突變G12V且與由HLA A03:01等位基因編碼之HLA抗原複合之人類RAS之表位的TCR包括TCR β鏈構築體，該TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 84中所述之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，TCR β鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中CDR1具有SEQ ID NO: 82中所述之胺基酸序列；且CDR2具有SEQ ID NO: 83中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCR α構築體，其中CDR1具有SEQ ID NO: 79中所述之胺基酸序列；CDR2具有SEQ ID NO: 80中所述之胺基酸序列；且CDR3具有SEQ ID NO: 81中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 90中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 90中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，上述TCR進一步包括含有具有與SEQ ID NO: 87中所述之胺基酸序列至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區之TCR α鏈構築體。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 71中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，TCR包括β鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 92之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 92具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 91之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 91具有至少80%序列一致性之序列。本文提供包括此段落中所闡述任一實施例之重組核酸之載體及包括本文所闡述任一實施例之任一重組核酸之細胞。
在一些實施例中，前述段落中所闡述實施例之重組核酸、識別且結合至來自包括點突變G12V或G12C且與由HLA A03:01等位基因編碼之HLA抗原複合之人類RAS之表位的TCR包括TCR β鏈構築體，該TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 388中所述之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，TCR β鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中CDR1具有SEQ ID NO: 386中所述之胺基酸序列；且CDR2具有SEQ ID NO: 387中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCR α構築體，其中CDR1具有SEQ ID NO: 383中所述之胺基酸序列；CDR2具有SEQ ID NO: 384中所述之胺基酸序列；且CDR3具有SEQ ID NO: 385中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 394中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，上述TCR進一步包括含有與SEQ ID NO: 391中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區之TCR α鏈構築體。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 391中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，TCR包括β鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 396之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 396具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 395之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 395具有至少80%序列一致性之序列。本文提供包括此段落中所闡述任一實施例之重組核酸之載體及包括本文所闡述任一實施例之任一重組核酸之細胞。
在一些實施例中，前述段落中所闡述實施例之重組核酸、識別且結合至來自包括點突變G12C且與由HLA A03:01等位基因編碼之HLA抗原複合之人類RAS之表位的TCR包括TCR β鏈構築體，該TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 100中所述之胺基酸序列之CDR3。在一些實施例中，TCR β鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中CDR1具有SEQ ID NO: 98中所述之胺基酸序列；且CDR2具有SEQ ID NO: 99中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCR α構築體，其中CDR1具有SEQ ID NO: 95中所述之胺基酸序列；CDR2具有SEQ ID NO: 96中所述之胺基酸序列；且CDR3具有SEQ ID NO: 97中所述之胺基酸序列。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 106中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 106中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，上述TCR進一步包括含有與SEQ ID NO: 103中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區之TCR α鏈構築體。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 103中所述之胺基酸序列之可變區。在一些實施例中，TCR包括β鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 108之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 108具有至少80%序列一致性之序列；及α鏈構築體，其具有SEQ ID NO: 107之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 107具有至少80%序列一致性之序列。本文提供包括此段落中所闡述任一實施例之重組核酸之載體及包括本文所闡述任一實施例之任一重組核酸之細胞。
在一些實施例中，表位之長度為8-25個胺基酸。在一些實施例中，表位包括與野生型表位之不同在於至少一個胺基酸之突變。在一些實施例中，表位以大於相應野生型表位之親和力結合至人類MHC。在一些實施例中，表位以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至人類MHC。在一些實施例中，突變並不存在於個體之非癌細胞中。在一些實施例中，TCR以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至MHC-肽複合物。在一些實施例中，核酸可操作地連接至啟動子。在一些實施例中，細胞係CD4+ T細胞。在一些實施例中，細胞係CD8+ T細胞。在一些實施例中，細胞係分離自具有RAS突變之個體。
本文提供一種醫藥組合物，其包括：(a)上述任一實施例之核酸；上述任一實施例之載體；或上述任一實施例之細胞；及(b)醫藥上可接受之賦形劑或稀釋劑。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包括免疫調節劑或佐劑。在一些實施例中，佐劑係聚I:C。在一些實施例中，上述任一實施例之醫藥組合物係用於治療免疫疾病或癌症。
本文提供治療患有疾病或病狀之個體之方法，其包括向個體投與上述任一實施例之醫藥組合物。在一些實施例中，治療患有癌症之個體之方法包括向個體投與上述任一實施例之醫藥組合物。
本文亦提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括確定個體為表現由HLA-A03:01等位基因或HLA-A11:01等位基因編碼之蛋白質之個體，其中治療劑係選自上述任一實施例之醫藥組合物。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3、18、33、49、65、81、97、113、241、257、273、289、305、321、337、353、369、385、401、417及433之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6、21、36、52、68、84、100、116、244、260、276、292、308、324、340、356、372、388、404、420及436之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自RAS之表位包括與選自SEQ ID NO: 15、30、45、46、61、62、77、78、93、94、109、110、125、126、219-222、253、254、269、270、285、286、301、302、317、318、333、334、349、350、365、366、381、382、397、398、413、414、429、430、445及446之胺基酸序列具有至少70%序列一致性之區域。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 71、87、103、295、311、327、343、359及391之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 74、90、106、298、314、330、346、362及394之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 63、79、95、287、303、319、335、351及383之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 66、82、98、290、306、322、338、354及386之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 64、80、96、288、304、320、336、352及384之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 67、83、99、291、307、323、339、355及387之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 65、81、97、289、305、321、337、353及385之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 68、84、100、292、308、324、340、356及388之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 9及24之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 12及27之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 1及16之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 4及19之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 2及17之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 5及20之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3及18之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6及21之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 39、55、122、247、263、279、375、407及423之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 42、58、125、250、266、282、378、413及426之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 31、47、111、239、255、271、367、399及415之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 34、50、114、242、258、274、370、402及418之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 32、48、112、240、256、272、368、400及416之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 35、51、115、243、259、275、371、403及419之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 33、49、113、241、257、273、369、401、417及433之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 36、52、116、244、260、276、372、404及420之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 9具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 12具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 1之CDR1、SEQ ID NO: 2之CDR2及SEQ ID NO: 3之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 4之CDR1、SEQ ID NO: 5之CDR2及SEQ ID NO: 6之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 13之序列或與SEQ ID NO: 13具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 14之序列或與SEQ ID NO: 14具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 24具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 27具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 16之CDR1、SEQ ID NO: 17之CDR2及SEQ ID NO: 18之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 19之CDR1、SEQ ID NO: 20之CDR2及SEQ ID NO: 21之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 28之序列或與SEQ ID NO: 28具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 29之序列或與SEQ ID NO: 29具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 39具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 42具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 31之CDR1、SEQ ID NO: 32之CDR2及SEQ ID NO: 33之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 34之CDR1、SEQ ID NO: 35之CDR2及SEQ ID NO: 36之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 43之序列或與SEQ ID NO: 43具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 44之序列或與SEQ ID NO: 44具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 47之CDR1、SEQ ID NO: 48之CDR2及SEQ ID NO: 49之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 50之CDR1、SEQ ID NO: 51之CDR2及SEQ ID NO: 52之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 71具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 74具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 63之CDR1、SEQ ID NO: 64之CDR2及SEQ ID NO: 65之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 66之CDR1、SEQ ID NO: 67之CDR2及SEQ ID NO: 68之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 75之序列或與SEQ ID NO: 75具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 76之序列或與SEQ ID NO: 76具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 87具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 90具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 79之CDR1、SEQ ID NO: 80之CDR2及SEQ ID NO: 81之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 82之CDR1、SEQ ID NO: 83之CDR2及SEQ ID NO: 84之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 91之序列或與SEQ ID NO: 91具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 92之序列或與SEQ ID NO: 92具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 103具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 106具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 95之CDR1、SEQ ID NO: 96之CDR2及SEQ ID NO: 97之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 98之CDR1、SEQ ID NO: 99之CDR2及SEQ ID NO: 100之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 107之序列或與SEQ ID NO: 107具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 108之序列或與SEQ ID NO: 108具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 119具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 122具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 111之CDR1、SEQ ID NO: 112之CDR2及SEQ ID NO: 113之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 114之CDR1、SEQ ID NO: 115之CDR2及SEQ ID NO: 116之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 123之序列或與SEQ ID NO: 123具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 124之序列或與SEQ ID NO: 124具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 247具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 250具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 239之CDR1、SEQ ID NO: 240之CDR2及SEQ ID NO: 241之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 242之CDR1、SEQ ID NO: 243之CDR2及SEQ ID NO: 244之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 251之序列或與SEQ ID NO: 251具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 252之序列或與SEQ ID NO: 252具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 263具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 266具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 255之CDR1、SEQ ID NO: 256之CDR2及SEQ ID NO: 257之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 258之CDR1、SEQ ID NO: 259之CDR2及SEQ ID NO: 260之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 267之序列或與SEQ ID NO: 267具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 268之序列或與SEQ ID NO: 268具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 279具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 282具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 271之CDR1、SEQ ID NO: 272之CDR2及SEQ ID NO: 273之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 274之CDR1、SEQ ID NO: 275之CDR2及SEQ ID NO: 276之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 283之序列或與SEQ ID NO: 283具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 284之序列或與SEQ ID NO: 284具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 295具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 298具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 287之CDR1、SEQ ID NO: 288之CDR2及SEQ ID NO: 289之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 290之CDR1、SEQ ID NO: 291之CDR2及SEQ ID NO: 292之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 299之序列或與SEQ ID NO: 299具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 300之序列或與SEQ ID NO: 300具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 311具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 314具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 303之CDR1、SEQ ID NO: 304之CDR2及SEQ ID NO: 305之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 306之CDR1、SEQ ID NO: 307之CDR2及SEQ ID NO: 308之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 315之序列或與SEQ ID NO: 315具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 316之序列或與SEQ ID NO: 316具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 327具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 330具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 319之CDR1、SEQ ID NO: 320之CDR2及SEQ ID NO: 321之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 322之CDR1、SEQ ID NO: 323之CDR2及SEQ ID NO: 324之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 331之序列或與SEQ ID NO: 331具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 332之序列或與SEQ ID NO: 332具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 343具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 346具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 335之CDR1、SEQ ID NO: 336之CDR2及SEQ ID NO: 337之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 338之CDR1、SEQ ID NO: 339之CDR2及SEQ ID NO: 340之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 347之序列或與SEQ ID NO: 347具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 348之序列或與SEQ ID NO: 348具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 359具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 362具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 351之CDR1、SEQ ID NO: 352之CDR2及SEQ ID NO: 353之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 354之CDR1、SEQ ID NO: 355之CDR2及SEQ ID NO: 356之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 363之序列或與SEQ ID NO: 363具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 364之序列或與SEQ ID NO: 364具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 375具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 378具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 367之CDR1、SEQ ID NO: 368之CDR2及SEQ ID NO: 369之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 370之CDR1、SEQ ID NO: 371之CDR2及SEQ ID NO: 372之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 379之序列或與SEQ ID NO: 379具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 380之序列或與SEQ ID NO: 380具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 383之CDR1、SEQ ID NO: 384之CDR2及SEQ ID NO: 385之CDR3；TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 386之CDR1、SEQ ID NO: 387之CDR2及SEQ ID NO: 388之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 395之序列或與SEQ ID NO: 395具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 396之序列或與SEQ ID NO: 396具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 407具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 410具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 399之CDR1、SEQ ID NO: 400之CDR2及SEQ ID NO: 401之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 402之CDR1、SEQ ID NO: 403之CDR2及SEQ ID NO: 404之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 411之序列或與SEQ ID NO: 411具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 412之序列或與SEQ ID NO: 412具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 423具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 426具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 415之CDR1、SEQ ID NO: 416之CDR2及SEQ ID NO: 417之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 418之CDR1、SEQ ID NO: 419之CDR2及SEQ ID NO: 420之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 427之序列或與SEQ ID NO: 427具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 428之序列或與SEQ ID NO: 428具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性之可變區。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 144及SEQ ID NO: 147之序列或與選自SEQ ID NO: 144及SEQ ID NO: 147之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之序列之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 154之序列或與SEQ ID NO: 154具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 155之序列或與SEQ ID NO: 155具有至少80%一致性之序列之β鏈。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自TMPRSS2:ERG之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 156具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括分別具有SEQ ID NO: 142之序列或與SEQ ID NO: 142具有至少90%序列一致性之序列及SEQ ID NO: 145之序列或與SEQ ID NO: 145具有至少90%序列一致性之序列之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體分別包括與SEQ ID NO: 143或SEQ ID NO: 146具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 150之序列或與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 153之序列或與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 142之CDR1、SEQ ID NO: 143之CDR2及SEQ ID NO: 144之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 145之CDR1、SEQ ID NO: 146之CDR2及SEQ ID NO: 147之CDR3。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 129、132、191、194、206及209之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變GATA3肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變GATA3肽與HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 129、132、191、194、206或209具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括具有SEQ ID NO: 141、203或218之序列或具有與其具有至少70%序列一致性之序列之區域的突變GATA3肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自GATA3之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 141、203或218具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 135、197或212之序列或與SEQ ID NO: 135、197或212具有至少80%序列一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 138、200或215之序列或與SEQ ID NO: 138、200或215具有至少80%序列一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 127、130、189、192、204及207之胺基酸序列或與選自其之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 128、131、190、193、205及208之胺基酸序列或與選自其之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，GATA3結合：TCR α鏈，其包括具有SEQ ID NO: 135之序列或與SEQ ID NO: 135具有至少80%一致性之序列之可變區；及β鏈，其包括具有SEQ ID NO: 138之序列或與SEQ ID NO: 138具有至少80%一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 127之CDR1、SEQ ID NO: 128之CDR2及SEQ ID NO: 129之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 130之CDR1、SEQ ID NO: 131之CDR2及SEQ ID NO: 132之CDR3。在一些實施例中，TCR含有具有SEQ ID NO: 139之序列或與SEQ ID NO: 139具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR含有具有SEQ ID NO: 140之序列或與SEQ ID NO: 140具有至少80%一致性之序列之β鏈。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 197之胺基酸序列或與其具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 200具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈具有SEQ ID NO: 201之序列或與SEQ ID NO: 201具有至少80%一致性之序列。在一些實施例中，TCR β鏈具有SEQ ID NO: 202之序列或與SEQ ID NO: 202具有至少80%一致性之序列。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 189之CDR1、SEQ ID NO: 190之CDR2及SEQ ID NO: 191之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 192之CDR1、SEQ ID NO: 193之CDR2及SEQ ID NO: 194之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 212具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 215具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 204之CDR1、SEQ ID NO: 205之CDR2及SEQ ID NO: 206之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 207之CDR1、SEQ ID NO: 208之CDR2及SEQ ID NO: 209之CDR3。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 216之序列或與SEQ ID NO: 216具有至少80%一致性之序列之α鏈。在一些實施例中，TCR包括具有SEQ ID NO: 217之序列或與SEQ ID NO: 217具有至少80%一致性之序列之β鏈。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 161及SEQ ID NO: 176之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 164及SEQ ID NO: 179之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變體BTK肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變BTK肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 161、164、176或179具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 173或188具有至少70%序列一致性之區域之突變BTK肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自BTK之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 173或188具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 159、162、174及177之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 160、163、175及178之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 159或174之CDR1、SEQ ID NO: 160或175之CDR2及SEQ ID NO: 161或176之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 162或177之CDR1、SEQ ID NO: 163或178之CDR2及SEQ ID NO: 164或179之CDR3。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 449、SEQ ID NO: 466、SEQ ID NO: 483、SEQ ID NO: 500及SEQ ID NO: 517之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 452、SEQ ID NO: 469、SEQ ID NO: 486、SEQ ID NO: 503及SEQ ID NO: 520之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變EGFR肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變EGFR肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括具有SEQ ID NO: 449、466、483、500、517、452、469、486、503或520之序列或與其具有至少90%序列一致性之序列之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括具有SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531之序列或與其具有至少70%序列一致性之序列之區域的突變EGFR肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自EGFR之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 449、466、483、500或517之序列或與其具有至少80%序列一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 452、469、486、503或520之序列或與其具有至少80%序列一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 447、464、481、498、515、450、467、484、501及518之序列或與選自其之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之序列之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 448、465、482、499、516、451、468、485、502及519之序列或與選自其之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之序列之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 455、472、489、506或523之序列或與其具有至少80%序列一致性之序列之可變區；且TCR β鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 458、475、492、509或526之序列或與其具有至少80%序列一致性之序列之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 447、464、481、498或515之CDR1、SEQ ID NO: 448、465、482、499或516之CDR2及SEQ ID NO: 449、466、483、500或517之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 450、467、484、501或518之CDR1、SEQ ID NO: 451、468、485、502或519之CDR2及SEQ ID NO: 452、469、486、503或520之CDR3。
在一些實施例中，表位包括選自由以下組成之群之突變：點突變、剪接位點突變、框移突變、連讀突變、抗性突變、基因融合突變及其任一組合。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因或HLA-A03:01等位基因或HLA-A11:01等位基因編碼。在一些實施例中，RAS表位包括點突變。在一些實施例中，點突變係G12V突變。在一些實施例中，點突變係G12C突變。在一些實施例中，點突變係G12D突變。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在一些實施例中，TMPRSS2:ERG表位包括基因融合突變。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼。在一些實施例中，表位包括框移突變。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在一些實施例中，BTK表位包括點突變。在一些實施例中，點突變係C481S突變。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在一些實施例中，EGFR表位包括點突變。在一些實施例中，點突變係T790M。
在一些實施例中，表位之長度為至少8個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為至少16個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為8-25個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為8-12個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為16-25個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸。
在一些實施例中，表位以大於相應野生型表位之親和力結合至人類MHC。在一些實施例中，表位以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至人類MHC。
在一些實施例中，突變並不存在於個體之非癌細胞中。在一些實施例中，表位係由個體癌細胞之基因或表現基因編碼。
在一些實施例中，TCR以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至MHC-肽複合物。
在一些實施例中，核酸可操作地連接至啟動子。
本文提供包括本文所闡述之核酸之載體。在一些實施例中，載體係自擴增RNA複製子、質體、噬菌體、轉座子、黏粒、病毒或病毒體。在一些實施例中，其中載體係病毒載體。在一些實施例中，其中載體係衍生自逆轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、皰疹病毒、痘病毒、α病毒、牛痘病毒、B型肝炎病毒、人類乳頭瘤病毒或其假型。在一些實施例中，載體係非病毒載體。在一些實施例中，非病毒載體係奈米顆粒、陽離子脂質、陽離子聚合物、金屬奈米聚合物、奈米棒、脂質體、微胞、微泡、細胞穿透肽或脂質球。
本文提供由上述任一部分之核酸編碼之蛋白質。
本文提供包括上述核酸、上述載體或上述蛋白質之宿主細胞。在一些實施例中，宿主細胞係CD4+ T細胞。在一些實施例中，宿主細胞係CD8+ T細胞。在一些實施例中，宿主細胞係自體細胞。在一些實施例中，宿主細胞係同種異體細胞。在一些實施例中，宿主細胞係天然殺手細胞、B細胞或永生化細胞系。在一些實施例中，宿主細胞係人類細胞。
本文提供一種醫藥組合物，其包括本文所闡述之核酸、本文所闡述之載體、本文所闡述之蛋白質或本文所闡述之宿主細胞及醫藥上可接受之賦形劑或稀釋劑。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包括免疫調節劑或佐劑。在一些實施例中，醫藥組合物中之免疫調節劑係細胞介素。在一些實施例中，醫藥組合物中之佐劑係聚I:C。在一些實施例中，醫藥組合物係用於治療免疫疾病或癌症。
本文提供上述醫藥組合物用於治療免疫疾病或癌症之用途。
本文提供本文所闡述之載體、本文所闡述之蛋白質或本文所闡述之宿主細胞，其用以製造用於治療免疫疾病或癌症之藥劑。在一些實施例中，藥劑係接受性T細胞療法或TCR基因療法。
本文提供治療患有疾病或病狀之個體之方法，其包括向個體投與本文所揭示之醫藥組合物。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與本文所揭示之醫藥組合物。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與醫藥組合物。在一些實施例中，其中將個體鑑別為正表現或表現由個體基因體之以下各項編碼之蛋白質：HLA-A02:01等位基因、HLA-B07:02、HLA-B08:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與TCR或表現TCR之T細胞，其中TCR特異性結合至突變RAS肽與由以下各項編碼之蛋白質之複合物：HLA-A02:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01；其中將個體鑑別為正表現或表現由以下各項編碼之蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因，其中個體表現HLA等位基因。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與本文所闡述之醫藥組合物；其中TCR結合至在G12處包括突變之突變RAS肽與HLA-A02:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01之複合物；其中將個體鑑別為正表現由以下各項編碼之蛋白質：HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變GATA3肽包括至少一個突變胺基酸且係源自癌細胞GATA3基因中之突變之突變GATA3蛋白之至少8個鄰接胺基酸的片段；其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變GATA3肽包括一或多個由GATA3 neoORF序列編碼之突變GATA3胺基酸，其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與TCR或表現TCR之T細胞；其中TCR特異性結合至突變GATA3肽與由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質之複合物；其中將個體鑑別為正表現或表現由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變TMPRSS2:ERG肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變TMPRSS2:ERG肽包括至少一個突變胺基酸且係TMPRSS2:ERG基因融合突變之片段；其中突變TMPRSS2:ERG肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括至少一個突變胺基酸；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括抗性突變或點突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括C481S突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括T細胞受體(TCR)或表現TCR之T細胞之組合物，其中TCR特異性結合至突變EGFR肽與由HLA-A02:01編碼之蛋白質之複合物；其中突變EGFR肽包括抗性突變或點突變，其中將個體鑑別為正表現或表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。在一些實施例中，突變EGFR肽包括T790M突變。
本文提供預防癌症療法抗性之方法，該方法包括向有需要之個體投與本文所闡述之醫藥組合物。
本文提供誘導免疫反應之方法，該方法包括向有需要之個體投與本文所闡述之醫藥組合物。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質之個體，其中治療劑係本文所闡述之醫藥組合物。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變GATA3肽包括至少一個突變胺基酸且係源自癌細胞GATA3基因中之突變之突變GATA3蛋白之至少8個鄰接胺基酸的片段；其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對在G12處包括突變之突變RAS肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變RAS肽結合至由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變TMPRSS2:ERG肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變TMPRSS2:ERG肽包括至少一個突變胺基酸且係TMPRSS2:ERG基因融合突變之片段；其中突變TMPRSS2:ERG肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括至少一個突變胺基酸；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑係對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括抗性突變或點突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑係對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括C481S突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
本文提供將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑係包括對突變EGFR肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變EGFR肽包括至少一個突變胺基酸T790M；其中突變EGFR肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。
在一些實施例中，癌症係選自由以下組成之群：乳癌、肺癌、非小細胞肺癌、胰臟癌、結腸直腸癌、子宮癌、黑色素瘤、卵巢癌、前列腺癌、子宮內膜癌、慢性淋巴球性白血病(CLL)及肝癌。在一些實施例中，個體患有乳癌，該乳癌抵抗抗雌激素療法，係MSI乳癌，係轉移性乳癌，係Her2陰性乳癌，係Her2陽性乳癌，係ER陰性乳癌，係ER陽性乳癌，係復發性乳癌，係轉移性乳癌，或係其任一組合。在一些實施例中，乳癌表現具有突變之雌激素受體。
在一些實施例中，個體患有抵抗抗雌激素療法之乳癌。在一些實施例中，乳癌表現具有突變之雌激素受體。在一些實施例中，個體患有抵抗依魯替尼(ibrutinib)療法之CLL。在一些實施例中，CLL表現具有突變(例如C481S突變)之布魯頓酪胺酸激酶(Bruton tyrosine kinase，BTK)。在一些實施例中，個體患有抵抗酪胺酸激酶抑制劑之肺癌。在一些實施例中，肺癌表現具有突變(例如T790M、L792F或C797S突變)之表皮生長因子受體(EGFR)。
在一些實施例中，免疫反應誘發於個體中。在一些實施例中，免疫反應係體液反應。在一些實施例中，免疫反應係細胞毒性T細胞反應。
在一些實施例中，該方法進一步包括投與至少一種其他治療劑或治療方式。在一些實施例中，至少一種其他治療劑或治療方式係手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、多核苷酸、溶瘤病毒或其任一組合。在一些實施例中，至少一種其他治療劑係抗PD-1劑及抗PD-L1劑、抗CTLA-4劑或抗CD40劑。在一些實施例中，其他治療劑係在投與本文所闡述之醫藥組合物之前、同時或之後投與。
在一些實施例中，投與包括經皮下或經靜脈內投與。
在一些實施例中，個體係在內分泌療法與CDK 4/6抑制劑之組合後具有疾病進展之個體。
本文提供包括以下之方法：自包括T細胞群體之試樣鑑別新抗原特異性T細胞；鑑別由抗原呈遞細胞(APC)呈遞之肽-MHC複合物之一或多種肽；自新抗原特異性T細胞鑑別T細胞受體(TCR)之可變序列；表現包括TCR細胞中所鑑別TCR之可變序列之重組TCR；及實施功能分析，其中功能分析包括使TCR細胞接觸包括一或多種所鑑別肽中之肽之肽-MHC複合物。
在一些實施例中，該方法包括獲得包括含有新抗原特異性T細胞之細胞群體之試樣。在一些實施例中，獲得試樣包括自健康個體或自患有癌症之個體獲得T細胞試樣。在一些實施例中，T細胞試樣係來自健康供體。在一些實施例中，T細胞試樣係末梢血單核細胞(PBMC)試樣。
在一些實施例中，鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體接觸至少一種包括新抗原肽之肽-MHC多聚體複合物。在一些實施例中，鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體接觸包括新抗原肽之肽-MHC複合物。在一些實施例中，鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體接觸包括肽-MHC複合物之APC。在一些實施例中，鑑別新抗原特異性T細胞進一步包括分離T細胞群體中對肽-MHC複合物具有特異性之T細胞。在一些實施例中，鑑別新抗原特異性T細胞進一步包括基於TCR單株性來鑑別或預測T細胞群體中對肽-MHC複合物具有特異性之T細胞。在一些實施例中，在鑑別新抗原特異性T細胞之前自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列。在一些實施例中，自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對一或多種新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之DNA、RNA或其擴增產物進行測序。在一些實施例中，自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對單一新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之DNA、RNA或其擴增產物進行測序。在一些實施例中，自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對一或多種新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之條碼化DNA或條碼化RNA或其擴增產物進行測序。在一些實施例中，自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括使TCR α鏈與TCR β鏈進行配對。
在一些實施例中，表現重組TCR包括表現自包括編碼所鑑別可變序列之序列之多核苷酸鑑別之可變序列。在一些實施例中，多核苷酸係載體。在一些實施例中，載體係病毒載體。在一些實施例中，病毒載體係慢病毒載體。在一些實施例中，表現重組TCR包括將多核苷酸轉導或轉染至細胞中。在一些實施例中，細胞係T細胞系或健康供體PMBC。
在一些實施例中，鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括在細胞中表現一或多種肽。在一些實施例中，鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括將一或多種肽加載於細胞之MHC上。在一些實施例中，鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括自肽MHC複合物洗脫或分離一或多種肽中之肽。在一些實施例中，鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括對自肽-MHC複合物所分離或洗脫之一或多種肽中之肽實施質譜。在一些實施例中，實施功能分析包括測定一或多種細胞標記物之表現。在一些實施例中，一或多種細胞標記物包括TNF-α、IFN-γ、LAMP-1、4-1BB、IL-2、IL-17A、顆粒酶B、PD-1、CD25、CD69、TIM3、LAG3、CTLA-4、CD62L、CD45RA、CD45RO、FoxP3或其任一組合。以引用方式併入
本說明書中所提及之所有公開案、專利及專利申請案皆以引用方式併入本文中，其併入程度如同明確地且個別地指示將每一個別公開案、專利或專利申請案以引用方式併入一般。
交叉參考
本申請案主張2018年8月16日提出申請之美國臨時申請案第62/764,817號及2019年2月25日提出申請之美國臨時申請案第62/810, 112號之權益，其全部內容皆以引用方式併入本文中。
術語「約」或「大約」意指在熟習此項技術者所測定之特定值之可接受誤差範圍內，其部分地取決於該值之量測或測定方式，亦即量測系統之侷限性。舉例而言，根據業內實踐，「約」可意指在1個或大於1個標準偏差內。或者，「約」可意指給定值之最高20%、最高10%、最高5%或最高1%之範圍。或者，尤其相對於生物系統或程序而言，該術語可意指在一值之一數量級內、較佳在5倍內及更佳在2倍內。若在申請案及申請專利範圍中闡述特定值，除非另外陳述，否則應假設術語「約」意指在特定值之可接受誤差範圍內。
除非另外定義，否則本文所使用之所有技術及科學術語皆具有與熟習本發明所屬技術領域者通常所理解相同之含義。儘管任一類似或等效於彼等本文所闡述方法及材料之方法及材料皆亦可用於本發明之實踐或測試中，但目前所述係較佳之方法及材料。一或多個特定實施例之詳細內容陳述於下文說明中。I. 定義
除非另外陳述，否則術語「TCR」應理解為涵蓋全TCR以及其抗原結合部分或抗原結合片段(亦稱為MHC-肽結合片段)。在一些實施例中，TCR係完整或全長TCR。在一些實施例中，TCR係抗原結合部分，其小於全長TCR，但結合至特異性亦結合至(亦即在其背景中) MHC分子之抗原性肽(亦即MHC-肽複合物)。在一些情形下，TCR之抗原結合部分或片段可僅含有全長或完整TCR之一部分結構域，但仍能夠結合全TCR所結合之表位(例如MHC-肽複合物)。在一些情形下，TCR之抗原結合部分或片段含有足以形成用於結合至特異性MHC-肽複合物之結合位點之TCR可變結構域(例如TCR之可變α鏈及可變β鏈)，例如通常其中每一鏈含有三個互補決定區。包含具有結合結構域之多肽或蛋白質，該結合結構域係抗原結合結構域或與抗原結合結構域同源。該等術語亦涵蓋互補決定區(CDR)接枝TCR及其他人類化TCR (包含CDR修飾及框架區修飾)。應注意，儘管可提及免疫球蛋白鏈(例如重鏈及輕鏈)，但所揭示發明可適用於多種其他不同類型之配對序列(例如T細胞受體鏈對(TCRα及TCRβ鏈以及TCRγ及TCR δ鏈))，且並不限於免疫球蛋白。
術語「互補決定區」及「CDR」與「超變區」或「HVR」同義，其在業內已知係指TCR可變區內賦予對MHC-肽複合物之特異性及/或結合親和力之非鄰接胺基酸序列。一般而言，每一α鏈可變區中存在三個CDR (CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3)且每一β鏈可變區中存在三個CDR (CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3)。「框架區」及「FR」在業內已知係指α及β鏈之可變區之非CDR部分。一般而言，每一全長α鏈可變區中存在4個FR (FR-H1、FR-H2、FR-H3及FR-H4)，且每一全長β鏈可變區中存在4個FR (FR-L1、FR-L2/FR-L3及FR-L4)。
術語「可變區」或「可變結構域」係指TCR α、β、γ或δ鏈中涉及使TCR結合至抗原-MHC複合物之結構域。天然TCR之α鏈及β鏈(分別為Vα及Vβ)以及γ鏈及δ鏈(分別為Vγ及Vδ)之可變結構域通常具有類似結構，其中每一結構域包括4個保守框架區(FR)及三個CDR。單一Vα或Vβ結構域或Vγ或Vδ結構域可足以賦予對肽-MHC複合物之結合特異性。
本文亦提供TCR片段，包含抗原結合片段。在一些實施例中，TCR係抗原結合部分，例如全長TCR之不含其跨膜及/或細胞質區域之變體，其可為全可溶性TCR。在一些實施例中，TCR係二聚體TCR (dTCR)。在一些實施例中，TCR係單鏈TCR (scTCR)，例如具有如PCT專利公開案第WO2003/020763號、第WO2004/033685號或第WO2011/044186號中所闡述之結構之scTCR。在某些實施例中，TCR係包括連接至β鏈可變區之α鏈可變區之單鏈TCR片段(例如scTv)。在一些實施例中，scTv亦稱為scFv。單鏈Tv或scTv在一些態樣中係指包括TCR之可變α或γ鏈(Vα或Vγ)及可變β或δ鏈(Vβ或Vδ)結構域之TCR片段，其中該等結構域存在於單一多肽鏈中。通常，Tv多肽進一步包括Vα結構域與Vβ結構域或Vγ結構域與Vδ結構域之間之多肽連接體，其使得scTv能夠形成用於抗原結合之期望結構。在一些態樣中，二價抗體係指具有兩個抗原結合位點之TCR片段，該等片段包括在同一多肽鏈中連結至Vβ之Vα (Vα-Vβ)或在同一多肽鏈中連結至Vδ之Vγ (Vγ-Vδ)。藉由使用過短而不容許在同一鏈上之兩個結構域之間配對之連接體，迫使該等結構域與另一鏈之互補結構域配對並產生兩個抗原結合位點。實例性二價抗體更全面闡述於(例如) EP404097及WO93111161中。在一些態樣中，Fv係指含有完整肽-MHC複合物識別及肽-MHC複合物結合位點之TCR片段。此區域由緊密地非共價締合之一條TCR α鏈及一條TCR β鏈或一條TCRγ鏈及一條TCRδ鏈之二聚體組成。在此構形中，每一可變結構域上之三個CDR相互作用以界定Vα-Vβ二聚體或Vγ-Vδ二聚體之表面上之肽-MHC複合物結合位點。來自每一Vα-Vβ鏈或Vγ-Vδ鏈之一或多個CDR之組合共同賦予TCR肽-MHC複合物結合特異性。舉例而言，應理解，舉例而言，在轉移至所選接受TCR或其抗原結合片段之Vα及Vβ鏈或Vγ-Vδ鏈中時，CDRα3及CDRβ3或CDRγ3及CDRδ3可足以賦予TCR抗原結合特異性，且可測試此CDR組合之結合、親和力等。另外，儘管Tv片段之兩個結構域(Vα及Vβ或Vγ及Vδ)係由單獨基因編碼，但可使用重組方法藉由使得其能夠成為單一蛋白質鏈之合成連接體使其接合，其中Vα及Vβ或Vγ及Vδ鏈區域發生配對以形成單價分子(稱為單鏈Tv (scTv)。該等scTv亦意欲涵蓋於TCR之肽-MHC複合物結合部分內。
在一些態樣中，「雙特異性TCR」係指對兩種不同肽-MHC複合物或兩種不同類型之肽-MHC複合物展示特異性之TCR。本文所用之術語特異性包含(但不限於)對靶肽-MHC複合物及另一肽-MHC複合物展示結合特異性以促進遞送至特定組織之TCR。類似地，多特異性TCR具有兩種或更多種結合特異性。在一些態樣中，線性TCR係指形成抗原結合區對之串聯Fd區段對(例如Vα-Cα1 -Vα-Cα1 )。線性TCR可為雙特異性或單特異性。
在一些態樣中，「抗原結合結構域」係指TCR中保留特異性結合至肽-MHC複合物之能力之一或多個片段。包含於該等術語內之TCR片段之非限制性實例包含(但不限於) (i) Tab片段，其係由Vβ、Vα、Cβ 及Cα結構域組成之單價片段；(ii) T(ab’)2 片段，其係含有兩個在鉸鏈區處藉由二硫橋連接之Tab片段之二價片段；(iii) Td片段，其由Vα及Cα1 結構域組成；(iv) Tv片段，其含有TCR之單臂之Vβ及Vα結構域，包含scTv；(v) dAb片段(Ward等人(1989) Nature 341:544 546)，其含有Vα結構域；及(vi) 經分離CDR。此定義包含具有單一α鏈或單一β鏈之TCR。
所提供TCR包括人類化及人類TCR。「人類化」 TCR係其中所有或實質上所有CDR胺基酸殘基皆衍生自非人類CDR且所有或實質上所有FR胺基酸殘基皆衍生自人類FR之TCR。人類化TCR可視情況包含衍生自人類TCR之TCR恆定區之至少一部分。非人類TCR之「人類化形式」係指非人類TCR之變體，其通常已發生人類化以減小對人類之免疫原性，而保留親代非人類TCR之特異性及親和力。在一些實施例中，人類化TCR中之一些FR殘基經來自非人類TCR (例如產生CDR殘基之TCR)之相應殘基取代以(例如)恢復或改良TCR特異性或親和力。「人類TCR」係具有對應於由人類或人類細胞或利用人類TCR譜或其他人類TCR編碼序列(包含人類TCR庫)之非人類來源所產生TCR之胺基酸序列的胺基酸序列之TCR。該術語不包含人類化形式之包括非人類肽-MHC複合物結合區之非人類TCR，例如其中所有或實質上所有CDR皆係非人類者。可藉由向轉基因動物投與免疫原來製備人類TCR，該轉基因動物已經改良以產生完整人類TCR或具有因應於抗原性攻擊之人類可變區的完整TCR。該等動物通常含有人類TCR基因座之全部或一部分，該等基因座代替內源TCR基因座，或存在於染色體外或隨機整合至動物之染色體中。在該等轉基因動物中，內源TCR基因座通常已不活化。人類TCR亦可衍生自含有衍生自人類譜之TCR編碼序列之人類TCR庫(包含噬菌體顯示及無細胞庫)。
術語「癌症新抗原」或「新抗原」或「新表位」可係指未編碼於正常、非突變宿主基因體中之抗原。新抗原可係關於與親代抗原相比包含一或多個胺基酸修飾之抗原。舉例而言，新抗原可為腫瘤相關性新抗原，其中術語「腫瘤相關性新抗原」可包含含有由腫瘤特異性突變所致之胺基酸修飾之肽或蛋白質。在一些情況下，新抗原代表致癌病毒蛋白或源於體細胞突變之異常蛋白質。舉例而言，新抗原可源於經由病毒蛋白活性之細胞機制破壞。另一實例可為致癌化合物之暴露，其在一些情形下可引起體細胞突變。此體細胞突變可最終導致形成腫瘤/癌症。新抗原可為一類源自蛋白質中之腫瘤特異性變化之腫瘤抗原。新抗原涵蓋(但不限於)源自(例如)以下各項之腫瘤抗原：蛋白質序列中之取代、框移突變、融合多肽、框內缺失、插入及內源性逆轉錄病毒多肽之表現。新表位可為不存在於參考(例如非病態細胞，例如非癌細胞或種系細胞)中但發現於病態細胞(例如癌細胞)中之表位。此包含以下情況：其中相應表位發現於正常非病態細胞或種系細胞中，但因病態細胞(例如癌細胞)中之一或多個突變，表位序列發生改變以產生新表位。
在一些態樣中，「表位」係指抗原或其他大分子中能夠與TCR之可變區結合袋形成結合相互作用之部分。在一些態樣中，表位係指肽-MHC複合物中能夠與TCR之可變區結合袋形成結合相互作用之部分。該等結合相互作用可表現為與一或多個CDR之一或多個胺基酸殘基之分子間接觸。肽-MHC複合物結合可涉及(例如) CDR3、CDR3對，或在一些情況下涉及Vα及Vβ鏈或Vγ或Vδ鏈之最多所有6個CDR之相互作用。表位可為線性肽序列(亦即「連續」)或可由非鄰接胺基酸序列構成(亦即「構形」或「不連續」)。TCR可識別一或多個胺基酸序列。因此，表位可定義一個以上之不同胺基酸序列。在一些態樣中，TCR可識別MHC背景中之一或多個胺基酸序列或表位。可藉由熟習此項技術者熟知之肽定位及序列分析技術來測定由TCR識別之表位。結合相互作用表現為與CDR之一或多個胺基酸殘基之分子間接觸。表位可係指分子(例如抗原)中之抗原決定子，亦即係指分子中由免疫系統識別之部分或片段，例如由T細胞識別者，尤其在呈遞於MHC分子背景中時。蛋白質(例如腫瘤抗原)之表位可包括連續或不連續蛋白質部分且長度可介於5與100、5與50、8與30或10與25個胺基酸之間，舉例而言，表位長度可為9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸。
術語「結合」係指兩個分子之間因(例如)共價、靜電、疏水性及離子及/或氫鍵相互作用在生理學條件下之直接締合，且包含諸如鹽橋及水橋以及任一其他習用結合方式等相互作用。
在一些實施例中，提及TCR具有「特異性結合」係指如下情況：其中TCR並不對除含有由TCR識別之表位之肽-MHC複合物外之分子展示任何顯著結合。該術語亦適用於(例如)抗原結合結構域對由諸多肽-MHC複合物攜載之特定表位具有特異性之情形，在該情形下，攜載肽-MHC複合物結合結構域之所選TCR或其肽-MHC複合物結合片段將能夠結合至攜載該表位之各種肽-MHC複合物。術語「優先結合」或「特異性結合」意指，TCR或其片段以大於其結合非相關胺基酸序列之親和力結合至表位，且若與含有該表位之其他多肽具有交叉反應性，則在其經調配用於投與人類應用之含量下無毒。在一態樣中，與TCR或其片段對非相關胺基酸序列之親和力相比，該親和力至少大1倍、至少大2倍、至少大3倍、至少大4倍、至少大5倍、至少大6倍、至少大7倍、至少大8倍、至少大9倍、大10倍、至少大20倍、至少大30倍、至少大40倍、至少大50倍、至少大60倍、至少大70倍、至少大80倍、至少大90倍、至少大100倍或至少大1000倍。
術語「親和力」係指結合對之兩個成員(例如人類白血球抗原(HLA)結合肽及種類I或II HLA，或肽-HLA複合物及T細胞受體(TCR))之間之結合強度的量度。親和力可表示為兩種試劑之可逆結合之平衡常數且可表示為KD 、KA 、 K 解離 或K 締合 。K D 係指結合對之兩個成員之間之解離常數且具有莫耳濃度之單位。K A 係指結合對之兩個成員之間之親和力常數且係解離常數之倒數。可以實驗方式(例如藉由表面電漿共振(SPR)使用市售Biacore SPR單元)來測定親和力。K 解離 係指結合對之兩個成員之解離速率常數(例如HLA結合肽及種類I或II HLA或肽-HLA複合物及TCR之解離速率常數)。K 締合 係指結合對之兩個成員之締合速率常數(例如HLA結合肽及種類I或II HLA或肽-HLA複合物及TCR之締合速率常數)。結合蛋白與配體之親和力(例如TCR對表位之親和力)可(例如)為約100毫微莫耳(nM)至約0.1 nM、約100 nM至約1皮莫耳(pM)或約100 nM至約1飛莫耳(fM)。術語「親合性」係指兩種或更多種試劑之複合物在稀釋之後對解離之抗性。
在整個本發明中，「結合數據」結果可以「IC50 」形式來表示。親和力亦可表示為抑制濃度50 (IC50 )，或50%之結合對第一成員(例如肽)被置換之濃度。同樣，ln(IC50 )係指IC50 之自然對數。舉例而言，IC50 可為在結合分析中觀察到經標記參考肽之結合抑制50%時測試肽之濃度。考慮到運行分析之條件(例如限制HLA蛋白濃度及/或經標記參考肽濃度)，該等值可近似於K D 值。用於測定結合之分析在業內已眾所周知且詳細闡述於(例如) PCT公開案WO 94/20127及WO 94/03205及其他公開案(例如Sidney等人，Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998)；Sidney等人，J. Immunol. 154:247 (1995)；及Sette等人，Mol. Immunol. 31:813 (1994))中。或者，可相對於藉由參考標準肽之結合來表示結合。亦可使用其他分析系統來測定結合，該等分析系統包含使用以下各項者：活細胞(例如Ceppellini等人，Nature 339:392 (1989)；Christnick等人，Nature 352:67 (1991)；Busch等人，Int. Immunol. 2:443 (1990)；Hill等人，J. Immunol. 147:189 (1991)；del Guercio等人，J. Immunol. 154:685 (1995))；使用洗滌劑溶解物之無細胞系統(例如Cerundolo等人，J. Immunol. 21:2069 (1991))；固定純化MHC (例如Hill等人，J. Immunol. 152, 2890 (1994)；Marshall等人，J. Immunol. 152:4946 (1994))；ELISA系統(例如Reay等人，EMBO J. 11:2829 (1992))；表面電漿共振(例如Khilko等人，J. Biol. Chem. 268:15425 (1993))；高通量可溶性相分析(Hammer等人，J. Exp. Med. 180:2353 (1994))；及種類I MHC穩定化或組裝之量測(例如Ljunggren等人，Nature 346:476 (1990)；Schumacher等人，Cell 62:563 (1990)；Townsend等人，Cell 62:285 (1990)；Parker等人，J. Immunol. 149:1896 (1992))。
術語「主要組織相容性複合物」及縮寫「MHC」可包含MHC種類I及MHC種類II分子且係關於出現於所有脊椎動物中之基因複合物。MHC蛋白或分子對於免疫反應中淋巴球與抗原呈遞細胞或病態細胞之間之信號傳導可能較為重要，其中MHC蛋白或分子結合肽且將其呈遞用於由T細胞受體識別。由MHC編碼之蛋白質可表現於細胞表面上，且向T細胞顯示自體抗原(來自細胞本身肽片段)及非自體抗原(例如侵襲性微生物之片段)。MHC區可分成三個子組，亦即種類I、種類II及種類III。MHC種類I蛋白可含有α鏈及β2-微球蛋白(並非由染色體15編碼之MHC部分)。其可將抗原片段呈遞至細胞毒性T細胞。MHC種類II蛋白可含有α-及β鏈且其可將抗原片段呈遞至T輔助細胞。MHC種類III區可編碼其他免疫組分(例如補體組分及細胞介素)。MHC可為多基因(存在若干MHC種類I及MHC種類II基因)及多晶型(每一基因存在多個等位基因)。
術語「單倍型」可係指發現於一種染色體上之人類白血球抗原(HLA)等位基因及由此編碼之蛋白質。單倍型亦可係指存在於MHC內之任一基因座處之等位基因。每一類MHC由若干基因座代表：例如用於種類I之HLA-A (人類白血球抗原-A)、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-G、HLA-H、HLA-J、HLA-K、HLA-L、HLA-P及HLA-V及用於種類II之HLA-DRA、HLA-DRB1-9、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DPB2、HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOA及HLA-DOB。術語「HLA等位基因」及「MHC等位基因」可在本文中互換使用。
術語「多核苷酸」、「核苷酸」、「核苷酸序列」、「核酸」及「寡核苷酸」可互換使用。其可係指任何長度核苷酸之聚合形式(去氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)或其類似物。多核苷酸可具有任何三維結構，且可實施任何已知或未知功能。以下係多核苷酸之非限制性實例：基因或基因片段之編碼或非編碼區、自連鎖分析界定之多個基因座(基因座)、外顯子、內含子、信使RNA (mRNA)、轉移RNA (tRNA)、核糖體RNA (rRNA)、短干擾RNA (siRNA)、短髮夾RNA (shRNA)、微小RNA (miRNA)、核酶、cDNA、重組多核苷酸、具支鏈多核苷酸、質體、載體、任何序列之經分離DNA、任何序列之經分離RNA、核酸探針及引子。多核苷酸可包括一或多種經修飾核苷酸，例如甲基化核苷酸及核苷酸類似物。若存在，則可在組裝聚合物之前或之後賦予對核苷酸結構之修飾。多核苷酸可包含非標準核苷酸(例如核苷酸類似物或經修飾核苷酸)。在一些實施例中，非標準核苷酸可穩定雜合物形成。在一些實施例中，非標準核苷酸可使雜合物形成去穩定。在一些實施例中，非標準核苷酸可增強雜交特異性。在一些實施例中，非標準核苷酸可減小雜交特異性。非標準核苷酸修飾之實例包含2’ O-Me、2’ O-烯丙基、2’ O-炔丙基、2’ O-烷基、2’氟、2’阿拉伯糖基、2’木糖基、2’氟阿拉伯糖基、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷醯胺酯、2’胺基、5-烷基-取代嘧啶、3’去氧鳥苷、5-鹵基-取代嘧啶、烷基-取代嘌呤、鹵基-取代嘌呤、雙環核苷酸、2’MOE、PNA分子、LNA分子、LNA樣分子、二胺基嘌呤、S2T、5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黃嘌呤、黃嘌呤、4-乙醯基胞嘧啶、5-(羧基羥甲基)尿嘧啶、5-羧甲基胺基甲基-2-硫基尿苷、5-羧甲基胺基甲基尿嘧啶、二氫尿嘧啶、β-D-半乳糖基辮苷、肌苷、N6-異戊烯基腺嘌呤、1-甲基鳥嘌呤、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鳥嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鳥嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6 -腺嘌呤、7-甲基鳥嘌呤、5-甲基胺基甲基尿嘧啶、5-甲氧基胺基甲基-2-硫基尿嘧啶、β-D-甘露糖基辮苷、5’-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲基硫基-D46-異戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧基乙酸(v)、懷丁氧苷(wybutoxosine)、假尿嘧啶、辮苷、2-硫基胞嘧啶、5-甲基-2-硫基尿嘧啶、2-硫基尿嘧啶、4-硫基尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧基乙酸甲酯、尿嘧啶-5-氧基乙酸(v)、5-甲基-2-硫基尿嘧啶、3-(3-胺基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶、(acp3)w、2,6-二胺基嘌呤及其衍生物。非核苷酸組分可中斷核苷酸序列。多核苷酸可在聚合後藉由(例如)與標記組分結合經進一步修飾。
「互補性」可係指核酸與另一核酸序列藉由傳統沃森-克裡克(Watson-Crick)或其他非傳統類型形成氫鍵之能力。互補性百分比可指示核酸分子中可與第二核酸序列形成氫鍵(例如沃森-克裡克鹼基配對)之殘基的百分比(舉例而言，10個中之5、6、7、8、9、10個分別係50%、60%、70%、80%、90%及100%互補)。「完全互補」可意指核酸序列之所有鄰接殘基皆將與第二核酸序列中相同數量之鄰接殘基氫鍵結。「實質上互補」係指在8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50或更多個核苷酸之區域中互補程度為至少60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%或100%，或可係指兩個核酸在嚴格條件下雜交。可藉由任一適宜比對算法來量測序列一致性(例如用於評估互補性百分比之目的)，包含(但不限於) Needleman-Wunsch算法(例如可在www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html處獲得之EMBOSS Needle比對器，視情況使用預設設置)、BLAST算法(例如參見可在blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi處獲得之BLAST比對工具，視情況使用預設設置)或Smith-Waterman算法。可使用所選算法之任何適宜參數(包含預設參數)來評估最佳比對。
術語「多肽」及「蛋白質」可互換地用於係指胺基酸殘基之聚合物，且並不限於最小長度。舉例而言，多肽可包括至少約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000個肽或胺基酸。多肽之實例包含(但不限於)胺基酸鏈、蛋白質、肽、激素、多肽醣、脂質、醣脂、磷脂、抗體、酶、激酶、受體、轉錄因子及配體。多肽(包含所提供TCR及TCR鏈以及其他肽，例如連接體及結合肽)可包含胺基酸殘基(包含天然及/或非天然胺基酸殘基)。該等術語亦包含多肽之表現後修飾，例如醣基化、唾液酸化、乙醯化、磷酸化及諸如此類。在一些態樣中，多肽可含有針對原始或天然序列之修飾，只要蛋白質維持期望活性即可。該等修飾可為特意的(如經由定點誘變)，或可為偶然的(例如經由宿主突變，此會因PCR擴增而產生蛋白質或誤差)。
如本文中所使用，熟習此項技術者已知之20種習用胺基酸及其縮寫遵循習用用法。20種習用胺基酸之立體異構體(例如D-胺基酸)、非天然胺基酸(例如α-,α-二取代胺基酸、N-烷基胺基酸及其他非習用胺基酸)亦可為本發明多肽之適宜組分。非習用胺基酸之實例包含：4-羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸鹽、ε-N,N,N-三甲基離胺酸、ε-N-乙醯基離胺酸、O-磷絲胺酸、N-乙醯基絲胺酸、N-甲醯基甲硫胺酸、3-甲基組胺酸、5-羥基離胺酸、σ-N-甲基精胺酸及其他類似胺基酸以及亞胺基酸(例如4-羥基脯胺酸)。在本文所用之多肽符號中，根據標準用法及慣例，左手方向係胺基末端方向且右手方向係羧基末端方向。就參考多肽序列(或核酸序列)而言，序列一致性百分比(%)係在比對序列並引入空位(視需要)以達到最大序列一致性百分比後候選序列中與參考肽序列(或核酸序列)中之胺基酸殘基(或在核酸序列情形下之核苷酸)一致之胺基酸殘基(或核苷酸)的百分比，且不將任何保守取代視為序列一致性之一部分。出於確定胺基酸序列一致性百分比之目的，可以熟習此項技術者所熟知之各種方式來達成比對，例如使用可公開獲得之電腦軟體，例如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign (DNASTAR)軟體。熟習此項技術者可確定用於比對序列之合適參數，包含在所比較序列之全長範圍內達成最大比對所需要之任何算法。然而，出於本文目的，使用序列對比電腦程式ALIGN-2來生成胺基酸序列一致性%之值。ALIGN-2序列對比電腦程式係由Genentech, Inc.設計，且原始碼已與使用者文件一起編入美國版權局，Washington D.C., 20559中，其中其以美國版權註冊號TXU510087註冊。ALIGN-2程式可自Genentech, Inc.，South San Francisco, Calif.公開獲得，或可自原始碼編譯。ALIGN-2程式應經編譯在UNIX操作系統(包含數位UNIX V4.0D)上使用。所有序列對比參數皆由ALIGN-2程式設定且不變化。在將ALIGN-2用於胺基酸序列對比之情形下，給定胺基酸序列A相對於(to)、與(with)或針對(against)給定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性% (或者可表達為給定胺基酸序列A相對於、與或對給定胺基酸序列B所具有或包含之某一胺基酸序列一致性%)計算如下：100乘以分數X/Y，其中X係在A與B之程式比對中由序列比對程式ALIGN-2評定為一致性匹配之胺基酸殘基數，且其中Y係B中胺基酸殘基之總數。應瞭解，在胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度時，A相對於B之胺基酸序列一致性%將不等於B相對於A之胺基酸序列一致性%。除非另外明確說明，否則本文所用之所有胺基酸序列一致性%值係如前面緊接段落中所述使用ALIGN-2電腦程式獲得。
「種系序列」係指來自單倍體配子及形成其之彼等二倍體細胞之基因序列。種系DNA含有多個編碼單一TCR α或TCR β鏈或單一TCRγ或TCRδ鏈之基因區段。該等基因區段攜載於生殖細胞中，但不能轉錄及轉譯直至其配置於功能基因中為止。在骨髓中之T細胞分化期間，該等基因區段由能夠生成大於108 種特異性之動態基因系統隨機改組。
抑制、「治療(treatment及treating)」可互換使用且係指(例如)停滯症狀、延長存活、部分或完全改善症狀及部分或完全根除與過量蛋白質有關或與蛋白質活性相關之病狀、疾病或病症。舉例而言，癌症治療包含(但不限於)停滯、部分或完全消除癌性生長或腫瘤。治療或部分消除包含(例如)生長或腫瘤大小及/或體積之倍數減小，例如約2倍、約3倍、約4倍、約5倍、約10倍、約20倍、約50倍或其間之任一倍數減小。類似地，治療或部分消除可包含生長或腫瘤大小及/或體積之約1%、2%、3%、4%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%之百分比減小或其間之任一百分比減小。預防係指預防(prophylaxis、prevention)症狀發作，預防與過量蛋白質有關或與蛋白質活性相關之疾病或病症之進展。
「個體(subject、individual)」、「宿主」或「患者」係指活生物體，例如哺乳動物。個體及宿主之實例包含(但不限於)馬、牛、駱駝、綿羊、豬、山羊、狗、貓、兔、天竺鼠、大鼠、小鼠(例如人類化小鼠)、沙鼠、非人類靈長類動物(例如獼猴)、人類及諸如此類、非哺乳動物(包含(例如)非哺乳動物脊椎動物，例如鳥(例如雞或鴨)、魚(例如鯊魚)或青蛙(例如爪蟾(Xenopus))；及非哺乳動物無脊椎動物)以及其轉基因物種。在某些態樣中，個體係指單一生物體(例如人類)。在某些態樣中，或提供構成具有研究及/或疾病之公共免疫因子之小組及/或無疾病個體小組(例如陰性/正常對照)之個體組。自其獲得試樣之個體可患有疾病及/或病症(例如一或多種過敏、感染、癌症或自體免疫病症或諸如此類)且可與未受疾病影響之陰性對照個體進行比較。
「套組」係指用於遞送實施本文所揭示方法之材料或試劑之遞送系統。在一些實施例中，套組包含容許儲存、自一個位置至另一位置傳輸或遞送反應試劑(例如於適當容器中之探針、酶等)及/或輔助材料(例如緩衝液、用於實施分析之書面說明書等)之系統。舉例而言，套組包含一或多個含有相關反應試劑及/或輔助材料之外殼(例如盒子)。該等內容物可一起或分開遞送至預期接受者。舉例而言，第一容器可含有用於分析中之酶，而第二容器含有複數個引子。包裝材料係指容納套組組分之物理結構。包裝材料可維持組分無菌且可由通常用於該等目的之材料(例如紙、波狀纖維、玻璃、塑膠、箔、安瓿等)製得。標記或包裝插頁可包含適當書面說明書。套組由此可另外包含關於在任一本發明方法中使用套組組分之標記或說明書。套組可包含於包裝或分配器中之化合物以及關於在本文所闡述方法中投與該化合物之說明書。
術語「抗性突變」係指基因中容許基因或含有基因之宿主細胞變得抵抗藥物治療之突變。舉例而言，BTK C481S突變係可賦予依魯替尼抗性之抗性突變。II. 概述
本發明提供針對新抗原之T細胞受體(TCR)、編碼針對新抗原之TCR之經分離核酸分子、表現該等TCR之T細胞及用於治療涉及表現該等新抗原之惡性細胞之疾病之醫藥組合物。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括體能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3、18、33、49、65、81、97及113之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，及/或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6、21、36、52、68、84、100及116之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自RAS之表位包括與選自SEQ ID NO: 15、30、45、46、61、62、77、78、93、94、109、110、125、126及219-222之胺基酸序列具有至少70%序列一致性之區域。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自 SEQ ID NO: 9、24、39、55、71、87、103及119之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 12、27、42、58、74、90、106及122之胺基酸序列具有至少80%序列一致性可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 1、16、31、47、63、79、95及111之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 4、19、34、50、66、82、98及114之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 2、17、32、48、64、80、96及112之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 5、20、35、51、67、83、99及115之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 9具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 12具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 1之CDR1、SEQ ID NO: 2之CDR2及SEQ ID NO: 3之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 4之CDR1、SEQ ID NO: 5之CDR2及SEQ ID NO: 6之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 24具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 27具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 16之CDR1、SEQ ID NO: 17之CDR2及SEQ ID NO: 18之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 19之CDR1、SEQ ID NO: 20之CDR2及SEQ ID NO: 21之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 39具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 42具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 31之CDR1、SEQ ID NO: 32之CDR2及SEQ ID NO: 33之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 34之CDR1、SEQ ID NO: 35之CDR2及SEQ ID NO: 36之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 47之CDR1、SEQ ID NO: 48之CDR2及SEQ ID NO: 49之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 50之CDR1、SEQ ID NO: 51之CDR2及SEQ ID NO: 52之CDR3。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 144及SEQ ID NO: 147之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自TMPRSS2:ERG之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 156具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 142或SEQ ID NO: 145具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 143或SEQ ID NO: 146具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 142之CDR1、SEQ ID NO: 143之CDR2及SEQ ID NO: 144之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 145之CDR1、SEQ ID NO: 146之CDR2及SEQ ID NO: 147之CDR3。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 129及SEQ ID NO: 132之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變GATA3肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變GATA3肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括具有與SEQ ID NO: 129或SEQ ID NO: 132至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 141具有至少70%序列一致性之區域之突變GATA3肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自GATA3之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 141具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 127及SEQ ID NO: 130之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 128及SEQ ID NO:131之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 127之CDR1、SEQ ID NO: 128之CDR2及SEQ ID NO: 129之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 130之CDR1、SEQ ID NO: 131之CDR2及SEQ ID NO: 132之CDR3。
在另一態樣中，本文所提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 161及SEQ ID NO: 176之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 164及SEQ ID NO: 179之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在另一態樣中，本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變BTK肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。在另一態樣中，本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變BTK肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 161、164、176或179具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 173或188具有至少70%序列一致性之區域之突變BTK肽。在另一態樣中，本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自BTK之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 173或188具有至少90%序列一致性之區域。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 159、162、174及177之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 160、163、175及178之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 159或174之CDR1、SEQ ID NO: 160或175之CDR2及SEQ ID NO: 161或176之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 162或177之CDR1、SEQ ID NO: 163或178之CDR2及SEQ ID NO: 164或179之CDR3。
在又一態樣中，本發明提供包括本文所提供編碼針對新抗原之TCR之核酸之宿主細胞、含有核酸序列之載體或由本文所提供核酸編碼之蛋白質。在一些實施例中，宿主細胞係CD4+ T細胞。在一些實施例中，宿主細胞係CD8+ T細胞。宿主細胞可為天然殺手(NK)細胞或B細胞。宿主細胞可為永生化細胞系。
在又一態樣中，本發明提供包括以下各項之醫藥組合物：本文所提供編碼針對新抗原之TCR之核酸、包括本文所提供編碼針對新抗原之TCR之核酸之宿主細胞、含有核酸序列之載體或由本文所提供核酸編碼之蛋白質。在一些實施例中，本文所提供者亦包括使用本文所揭示之醫藥組合物之方法。
在另一態樣中，本文亦提供治療患有疾病或病狀之個體之方法，其包括向個體投與本文所揭示之醫藥組合物。在一些實施例中，個體患有癌症。III.   T 細胞受體 (TCR)
T細胞識別與各種癌症或感染性生物體有關之抗原之能力係由其TCR所賦予，TCR係由阿爾法(α)鏈及貝塔(β)鏈或伽馬(γ)及德耳塔(δ)鏈構成。構成該等鏈之蛋白質係由採用獨特機制來生成巨大TCR多樣性之DNA所編碼。此多亞單元免疫識別受體與CD3複合物締合且結合由MHC種類I及II蛋白呈現於抗原呈遞細胞(APC)之表面上之肽。使TCR結合至APC上之抗原性肽係T細胞活化中之主要事件，其發生於T細胞與APC之間之接觸點之免疫學突觸處。
每一TCR含有可變互補決定區(CDR)以及框架區(FR)及恆定區。α及β鏈可變結構域中第三互補決定區(CDR3)環之胺基酸序列在很大程度上決定了αβ T細胞中分別源自β鏈基因座中之可變(Vβ)、多樣性(Dβ)及接合(Jβ)基因區段間及α鏈基因座中之類似Vα及Jα基因區段間之重組的序列多樣性。TCR α及β鏈基因座中該多個基因區段之存在容許編碼大量不同CDR3序列。在TCR基因重排過程期間，Vβ-Dβ、Dβ-Jβ及Vα-Jα接點處之獨立核苷酸添加及缺失進一步增加了CDR3序列多樣性。就此而言，免疫活性反映於TCR多樣性中。γδ TCR與αβ TCR之不同之處在於，其編碼與先天性免疫系統密切相互作用之受體。TCRγδ表現於發育早期，具有特殊解剖學分佈，具有獨特病原體及小分子特異性，且具有寬範圍之先天性及適應性細胞相互作用。在個體發育早期，隨著有限子組之TCRγδ細胞在出生前遍佈各個組織，TCRγ V及J區段表現之偏向模式得以確立。
本文所提供之TCR可為經改造TCR，例如嵌合抗原受體(CAR)。CAR可由以下三個區域構成：胞外結構域、跨膜結構域及胞內結構域。
胞外結構域可為暴露於細胞外流體之受體區域且可由抗原識別區組成。在一些實施例中，胞外結構域進一步包括間隔體。在一些實施例中，胞外結構域進一步包括信號肽。信號肽可將初生蛋白引入內質網中。CAR中之信號蛋白可為單鏈可變片段(scFv)。融合蛋白可為藉由合併兩種或更多種基因所形成之蛋白質，該等基因最初編碼不同蛋白質，但在其轉譯於細胞中時，該轉譯產生一或多種具有衍生自每一原始基因之功能性質之多肽。scFv係由輕鏈結構域及重鏈可變結構域(經短連接體肽連結)構成之嵌合蛋白。連接體可包括具有甘胺酸及/或絲胺酸殘基片段之親水性殘基。連接體可包括麩胺酸鹽及離胺酸殘基片段，此可改良溶解性。
跨膜結構域可為跨越膜之疏水性結構域。在一些實施例中，跨膜結構域包括α-螺旋結構域。跨膜結構域可有利於受體之整體穩定性。在一些實施例中，跨膜結構域包括來自胞內結構域之最近端膜組分之跨膜結構域。在一些實施例中，跨膜結構域包括CD3-ζ跨膜結構域。在一些實施例中，跨膜結構域容許將人工TCR納入天然TCR複合物中。在一些實施例中，跨膜結構域包括CD28跨膜結構域。
胞內結構域可為受體(例如TCR或CAR)之細胞內功能部分。在抗原識別之後，受體團簇及信號可傳輸至細胞。在一些實施例中，胞內結構域包括CD3-ζ細胞內結構域。在一些實施例中，胞內結構域包括至少一個ITAM。在一些實施例中，胞內結構域包括至少3個或至少3個ITAM。在一些實施例中，胞內結構域包括CD28細胞內結構域。在一些實施例中，胞內結構域包括OX40細胞內結構域。在一些實施例中，胞內結構域包括嵌合細胞內結構域。舉例而言，胞內結構域可包括CD28細胞內結構域、OX40細胞內結構域及CD3-ζ細胞內結構域。IV .   T 細胞
T細胞屬稱為淋巴球之白血球組，且在細胞介導之免疫性中發揮主要作用。T細胞包含CD4+ T細胞(輔助性T細胞)及CD8+ T細胞(細胞毒性T細胞)。CD4+ T細胞可在免疫學過程(包含B細胞成熟以及細胞毒性T細胞及巨噬球之活化)中輔助其他白血球。在藉由表現於抗原呈遞細胞(APC)之表面上之MHC種類II分子呈遞肽抗原時，CD4+ T細胞得以活化。在活化後，T細胞可立即快速分裂且分泌調控活性免疫反應之細胞介素。CD8+ T細胞可破壞病毒感染性細胞及腫瘤細胞，且亦可參與移植排斥。CD8+ T細胞可藉由結合至與MHC種類I締合之抗原(其存在於身體之幾乎每一細胞之表面上)來識別其靶。大部分T細胞具有T細胞受體(TCR)。T細胞識別與各種癌症或感染性生物體有關之抗原之能力係由其TCR所賦予，TCR係由阿爾法(α)鏈及貝塔(β)鏈或伽馬(γ)及德耳塔(δ)鏈構成。構成該等鏈之蛋白質係由採用獨特機制來生成TCR多樣性之DNA所編碼。此多亞單元免疫識別受體可與CD3複合物締合且結合由MHC種類I及II蛋白呈現於抗原呈遞細胞(APC)之表面上之肽。T細胞活化中之第一信號可藉由使T細胞受體結合至由MHC呈遞於另一細胞上之短肽來提供。此確保僅活化對該肽具有特異性之TCR之T細胞。配偶體細胞通常係抗原呈遞細胞，例如專職性抗原呈遞細胞，在天然反應之情形下通常係樹突狀細胞，但B細胞及巨噬球可為重要APC。使TCR結合至APC上之抗原性肽可為T細胞活化中之主要事件，其發生於T細胞與APC之間之接觸點之免疫學突觸處。
可根據業內已知方法來製備T細胞。T細胞可為經富集T細胞製劑、APC消耗性細胞製劑或實質上經純化之T細胞製劑。T細胞可為混合T細胞群體或經純化T細胞子組。T細胞可為含有相對於經分離T細胞群體具有增加之數量或百分比之T細胞之經富集T細胞製劑。
T細胞或T細胞子組可自各種淋巴樣組織獲得。T細胞可自諸多來源獲得，包含末梢血單核細胞(PBMC)、骨髓、胸腺、組織生檢、腫瘤、淋巴結組織、腸相關淋巴樣組織、黏膜相關淋巴樣組織、脾組織、淋巴樣組織及腫瘤。本文所用之術語「末梢血淋巴球」 (PBL)及其語法等效形式可係指循環於血液(例如末梢血)中之淋巴球。末梢血淋巴球可係指未局部化至器官中之淋巴球。末梢血淋巴球可包括T細胞、NK細胞、B細胞或其任何組合。
該方法可包括自個體分離T細胞。該方法可包括獲得自個體分離之T細胞。可自T細胞系獲得T細胞。可自自體來源獲得T細胞。可自同種異體來源獲得T細胞。亦可自異基因來源(例如自小鼠、大鼠、非人類靈長類動物及豬)獲得T細胞。
T細胞可為APC消耗性細胞製劑。T細胞可實質上不含APC。舉例而言，T細胞可包括與75%以上之APC分離之T細胞。在一實例性實施例中，可自(例如)肝素化小瓶中之血液獲得末梢血單核細胞(PBMC)。可藉由離心自紅血球分離PBMC且自界面回收PBMC。可視情況洗滌(例如使用PBS)所回收PBMC。
可(例如)藉由正向或負向選擇來達成T細胞純化，包含(但不限於)使用針對CD2、CD3、CD4、CD5、CD8、CD14、CD19及/或MHC種類II分子之抗體。可藉由正向或負向選擇技術來分離特異性T細胞子組(例如CD28+ 、CD4+ 、CD8+ 、CD45RA+ 及/或CD45RO+ T細胞)。舉例而言，可使用CD3/CD28偶聯磁珠粒來正向選擇CD3+ 、CD28+ T細胞。在本發明之一態樣中，藉由負向選擇之T細胞群之富集可使用針對負向選擇細胞所獨有之表面標記之抗體的組合來達成。
舉例而言，T細胞試樣可包括來自個體循環血液之細胞且可藉由血球分離或白細胞單采術來獲得。T細胞試樣可含有淋巴球(包含T細胞)、單核球、顆粒球、B細胞、其他有核白血球、紅血球及/或血小板。可去除T細胞試樣之不期望組分且可將剩餘T細胞懸浮於培養基中。舉例而言，可洗滌細胞以去除血漿部分。舉例而言，可藉由裂解紅血球及藉由離心經由PERCOLL™梯度自末梢血淋巴球分離T細胞。
在一些實施例中，T細胞包括至少一種包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體的T細胞受體(TCR)。在一些實施例中，T細胞包括至少一種包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體的T細胞受體(TCR)。在一些實施例中，T細胞包括至少一種包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體的T細胞受體(TCR)。在一些實施例中，宿主細胞包括本文所揭示之至少一種TCR，其中宿主細胞係CD4+ T細胞。在一些實施例中，宿主細胞係CD8+ T細胞。在一些實施例中，宿主細胞係自體細胞。在一些實施例中，宿主細胞係同種異體細胞。在一些實施例中，宿主細胞係人類細胞。在一些其他情形下，宿主細胞可為天然殺手(NK)細胞、B細胞或永生化細胞系。
在一些實施例中，可藉由正向選擇及/或負向選擇來獲得T細胞。在正向選擇中，可使用親和劑(例如抗體、抗體片段及適配體)結合表現於細胞群體上之細胞表面標記物(例如用於T細胞之CD3)。使用親和劑，可標記T細胞。然後可使用業內熟知之各種方法來富集經標記T細胞。彼等方法之非限制性實例包含螢光活化細胞分選(FACS)及基於(順)磁性顆粒之細胞分離(例如來自Miltenyi Biotec之MACS細胞分離套組)。
在負向選擇中，可使用親和劑結合表現於除期望群體外之血球上之細胞表面標記物。舉例而言，在試圖分離T細胞時，可使用親和劑混合劑標記B細胞、NK細胞、單核球、血小板、樹突狀細胞、顆粒球及紅血球。然後可消耗經標記細胞，從而留下經富集T細胞。消耗經標記細胞之實例性方法包含FACS及基於(順)磁性顆粒之細胞分離。
除基於標記之分離外，可使用特殊生長條件來促進一種特定細胞群體之生長。舉例而言，可使用特殊細胞介素或生長因子來獲得特殊生長條件。在另一實例中，在含有植物血球凝集素(PHA)、IL-2及/或IL-15之培養基中，T細胞可優先增殖。
在一些情況下，可使用非功能標記物分離T細胞，此乃因功能標記物之結合(例如CD3與抗CD3抗體(單獨或偶聯至磁顆粒)之結合)可觸發T細胞上之不期望信號傳導事件。因此，可使用針對CD14、CD15、CD16、CD19、CD34、CD36、CD56、CD123及CD235a (血型醣蛋白A)之抗體之混合劑分離T細胞。
詳細方案可參見公開文獻(例如參見Lefort等人，J Vis Exp .2010；(40): 2017)，該等公開文獻以引用方式併入本文中。可自(例如) STEMCELL Technologies、Thermofisher及Miltenyi Biotec獲得T細胞分離套組。
本文所闡述之T細胞可為同種異體T細胞。
在一些實施例中，T細胞可為基因修飾之細胞，在基因體中包括經修飾之人類T細胞受體(TCR)α鏈基因及/或經修飾之人類TCRβ鏈基因，其中該細胞具有減少之內源性TCR細胞表面表現。
可採用基因編輯核酸酶以破壞TCR組分。TCRα鏈(TCRα)係由單一TRAC基因編碼且與兩種TCRB基因編碼之TCRβ鏈(TCRβ)配對。因TCRα/β二聚體可產生完全功能TCR複合物，故破壞TCRα及/或TCRβ功能可減少(甚至消除)內源性TCR表現。
可使用各種方法破壞內源性TCRα或TCRβ基因。舉例而言，存在4類基因編輯蛋白，其在結合使用者定義之DNA序列及介導雙股DNA斷裂(DSB)中共享共同作用模式。鋅指核酸酶(ZFN)係異二聚體陣列，共定位(co-localize)於靶DNA位點。ZFNs包含個別指形亞單元，結合DNA且繫於裂解DNA之Fokl核酸酶域。轉錄活化因子樣效應核酸酶(TALEN)包含重複單元，其藉由控制DNA鹼基識別之超變雙胺基酸序列(重複可變雙殘基；RVD)結合DNA。類似於ZFNS，TALENs以二聚體蛋白作用，其融合至用於DSB生成之Fokl內核酸酶域。巨核酸酶(Meganucleases)(MN)係具有先天核酸酶活性之單體蛋白，其係衍生自細菌歸巢(homing)內核酸酶且經改造用於獨特靶位點。成簇規律間隔短回文重複(CRISPR)及相關Cas9核酸酶平臺涉及小導引RNA (gRNA)轉錄物經由沃森-克裡克鹼基配對接觸靶DNA序列及Cas9核酸酶裂解DNA。
在一些實施例中，在T細胞中引入基因體編輯核酸酶包含在T細胞中引入編碼該基因體編輯核酸酶之多核苷酸。
在一些實施例中，在T細胞中引入基因體編輯核酸酶包含在T細胞中引入Cas9多肽。在一些實施例中，基因體編輯核酸酶包含TALEN核酸酶、CRISPR/Cas9核酸酶或megaTAL核酸酶。
在一些實施例中，CRISPR/Cas9核酸酶係衍生自釀膿鏈球菌(Streptococcus pyogenes)或金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。在一些該等實施例中，CRISPR/Cas9核酸酶包含抗核酸酶gRNA，例如至少一個2'-OMe-硫代磷酸酯修飾之鹼基、至少一個2'-O-甲基修飾之鹼基或至少一個2'-O-甲基3' 硫基PACE修飾之鹼基。
在一些實施例中，TALEN核酸酶或megaTAL核酸酶係由具有外源性多腺苷酸化信號之RNA編碼。
在一些實施例中，本文所闡述之方法可進一步包含T細胞在有效擴增基因體修飾之T細胞群體之條件下培養。
在一些實施例中，破壞TCRα及/或TCRβ之表現進一步破壞TCRα及TCRβ之組裝。在一些實施例中，破壞TCRα表現進一步破壞TCR與CD3之間複合物之形成。在一些實施例中，破壞TCRα之表現涉及進一步破壞TCRα及TCRβ之組裝。
在一些實施例中，經基因修飾之T細胞包括經破壞TCR α鏈及/或β鏈及編碼免疫檢查點蛋白(例如PD1及CTLA-4)之不活化基因。此可藉由使用針對TCRα或TCRβ之特異性TALE-核酸酶使基因不活化且不活化編碼免疫檢查點蛋白(例如PD1及CTLA-4)之基因來達成。
在一些實施例中，基因修飾依賴於一或兩種選自由以下組成之群之基因之不活化：PD1、CTLA-4、LAG3、Tim3、BTLA、BY55、TIGIT、B7H5、LAIR1、SIGLEC10、2B4、TCR α及TCRβ。在一些實施例中，基因修飾依賴於兩種選自由以下組成之群之基因之不活化：PD1及TCR α、PD1及TCRβ、CTLA-4及TCR α、CTLA-4及TCRβ、LAG 3及TCR α、LAG 3及TCRβ、Tim3及TCR α、Tim3及TCRβ、BTLA及TCR α、BTLA及TCRβ、BY55及TCR α、BY55及TCRβ、TIGIT及TCR α、TIGIT及TCRβ、B7H5及TCR α、B7H5及TCRβ、LAIRl及TCR α、LAIR1及TCRβ、SIGLEC10及TCR α、SIGLEC10及TCRβ、2B4及TCR α、2B4及TCRβ。在一些實施例中，基因修飾依賴於兩種以上基因之不活化。基因修飾可離體操作。V. RAS 肽 -MHC 複合物之特異性 TCR
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3、18、33、49、65、81、97、113、241、257、273、289、305、321、337、353、369、385、401、417及433之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6、21、36、52、68、84、100、116、244、260、276、292、308、324、340、356、372、388、404、420及436之胺基酸序列具有至少84%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自RAS之表位包括與選自SEQ ID NO: 15、30、45、46、61、62、77、78、93、94、109、110、125、126、219-222、253、254、269、270、285、286、301、302、317、318、333、334、349、350、365、366、381、382、397、398、413、414、429、430、445及446之胺基酸序列具有至少70%序列一致性之區域。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 71、87、103、295、311、327、343、359及391之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 74、90、106、298、314、330、346、362及394之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 63、79、95、287、303、319、335、351及383之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 66、82、98、290、306、322、338、354及386之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 64、80、96、288、304、320、336、352及384之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 67、83、99、291、307、323、339、355及387之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 65、81、97、289、305、321、337、353及385之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 68、84、100、292、308、324、340、356及388之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 9及24之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 12及27之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 1及16之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 4及19之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 2及17之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 5及20之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3及18之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6及21之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼至少一種包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)；其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 39、55、122、247、263、279、375、407、423及439之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 42、58、125、250、266、282、378、413、426及442之胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區，其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。
在一些實施例中，如上文所闡述之TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 31、47、111、239、255、271、367、399、415及431之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，如上文所闡述之TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 34、50、114、242、258、274、370、402、418及434之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 32、48、112、240、256、272、368、400、416及432之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 35、51、115、243、259、275、371、403、419及435之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 33、49、113、241、257、273、369、401、417及433之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO:36、52、116、228、244、260、276、372、404、420及434之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 9具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 12具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 1之CDR1、SEQ ID NO: 2之CDR2及SEQ ID NO: 3之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 4之CDR1、SEQ ID NO: 5之CDR2及SEQ ID NO: 6之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 24具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 27具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 16之CDR1、SEQ ID NO: 17之CDR2及SEQ ID NO: 18之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 19之CDR1、SEQ ID NO: 20之CDR2及SEQ ID NO: 21之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 39具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 42具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 31之CDR1、SEQ ID NO: 32之CDR2及SEQ ID NO: 33之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 34之CDR1、SEQ ID NO: 35之CDR2及SEQ ID NO: 36之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 47之CDR1、SEQ ID NO: 48之CDR2及SEQ ID NO: 49之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 50之CDR1、SEQ ID NO: 51之CDR2及SEQ ID NO: 52之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 71具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 74具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 63之CDR1、SEQ ID NO: 64之CDR2及SEQ ID NO: 65之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 66之CDR1、SEQ ID NO: 67之CDR2及SEQ ID NO: 68之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 87具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 90具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 79之CDR1、SEQ ID NO: 80之CDR2及SEQ ID NO: 81之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 82之CDR1、SEQ ID NO: 83之CDR2及SEQ ID NO: 84之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 103具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 106具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 95之CDR1、SEQ ID NO: 96之CDR2及SEQ ID NO: 97之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 98之CDR1、SEQ ID NO: 99之CDR2及SEQ ID NO: 100之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 119具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 122具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 111之CDR1、SEQ ID NO: 112之CDR2及SEQ ID NO: 113之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 114之CDR1、SEQ ID NO: 115之CDR2及SEQ ID NO: 116之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 263具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 266具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 255之CDR1、SEQ ID NO: 256之CDR2及SEQ ID NO: 257之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 258之CDR1、SEQ ID NO: 259之CDR2及SEQ ID NO: 260之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 279具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 282具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 271之CDR1、SEQ ID NO: 272之CDR2及SEQ ID NO: 273之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 274之CDR1、SEQ ID NO: 275之CDR2及SEQ ID NO: 276之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 295具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 298具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 287之CDR1、SEQ ID NO: 288之CDR2及SEQ ID NO: 289之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 290之CDR1、SEQ ID NO: 291之CDR2及SEQ ID NO: 292之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 311具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 314具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 303之CDR1、SEQ ID NO: 304之CDR2及SEQ ID NO: 305之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 306之CDR1、SEQ ID NO: 307之CDR2及SEQ ID NO: 308之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 327具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 330具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 319之CDR1、SEQ ID NO: 320之CDR2及SEQ ID NO: 321之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 322之CDR1、SEQ ID NO: 323之CDR2及SEQ ID NO: 324之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 343具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 346具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 335之CDR1、SEQ ID NO: 336之CDR2及SEQ ID NO: 337之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 338之CDR1、SEQ ID NO: 339之CDR2及SEQ ID NO: 340之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 343具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 346具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 351之CDR1、SEQ ID NO: 352之CDR2及SEQ ID NO: 353之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 354之CDR1、SEQ ID NO: 355之CDR2及SEQ ID NO: 356之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 343具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 346具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 367之CDR1、SEQ ID NO: 368之CDR2及SEQ ID NO: 369之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 370之CDR1、SEQ ID NO: 371之CDR2及SEQ ID NO: 372之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 383之CDR1、SEQ ID NO: 384之CDR2及SEQ ID NO: 385之CDR3；TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 386之CDR1、SEQ ID NO: 387之CDR2及SEQ ID NO: 388之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 399之CDR1、SEQ ID NO: 400之CDR2及SEQ ID NO: 401之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 402之CDR1、SEQ ID NO: 403之CDR2及SEQ ID NO: 404之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 423具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 426具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 415之CDR1、SEQ ID NO: 416之CDR2及SEQ ID NO: 417之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 418之CDR1、SEQ ID NO: 419之CDR2及SEQ ID NO: 420之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 431之CDR1、SEQ ID NO: 432之CDR2及SEQ ID NO: 433之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 434之CDR1、SEQ ID NO: 435之CDR2及SEQ ID NO: 426之CDR3。
在各個實施例中，使編碼TCR之核酸序列密碼子最佳化。
三種ras 基因：H-ras 、K-ras 及N-ras 中之任一者中之突變係人類腫瘤形成中之最常見事件之一。發現所有人類腫瘤之約30%攜載任一規範ras 基因中之至少一種突變。Ras突變在(例如)以下腫瘤中顯而易見：膽道腺癌、膀胱移行細胞癌、乳癌、子宮頸腺癌、結腸腺癌、結腸腺瘤、神經母細胞瘤(自主神經節)、急性骨髓樣白血病、慢性骨髓樣白血病、慢性骨髓單核球性白血病、幼年型骨髓單核球性白血病、急性淋巴母細胞性白血病、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt's lymphoma)、何傑金氏淋巴瘤(Hodgkin’s lymphoma)、漿細胞骨髓瘤、肝細胞癌、大細胞癌、非小細胞癌、導管癌、內分泌腫瘤、前列腺癌、基底細胞癌、鱗狀細胞癌、惡性黑色素瘤、血管肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、橫紋肌肉瘤、黏液瘤、惡性纖維性組織細胞瘤、多形性肉瘤、生殖細胞瘤、精原細胞瘤、間變性癌、濾泡性癌、乳頭狀癌及許特耳細胞癌(Hurthle cell carcinoma)。Ras突變發現於影響身體之許多組織及器官(例如肺、肝、乳房、膀胱、結腸、子宮頸、胰臟、前列腺腺、胃、甲狀腺、睪丸、軟組織、皮膚及血液)之癌症中。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中RAS肽包括G12V突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中RAS肽包括G12C突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中RAS肽包括G12D突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中RAS肽在Q61處包括突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中RAS肽包括VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、KLVVVGACGV、LVVVGACGV、KLVVVGADGV、LVVVGADGV、KLVVVGAVGV或LVVVGAVGV之序列。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A03:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A11:01等位基因編碼。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼且其中RAS肽包括VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、KLVVVGACGV、LVVVGACGV、KLVVVGADGV、LVVVGADGV、KLVVVGAVGV或LVVVGAVGV之序列。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A03:01等位基因編碼且其中RAS肽包括VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、KLVVVGACGV、LVVVGACGV、KLVVVGADGV、LVVVGADGV、KLVVVGAVGV或LVVVGAVGV之序列。在各個實施例中，TCR結合至MHC:RAS肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A11:01等位基因編碼且其中RAS肽包括VVGAVGVGK、VVVGAVGVGK、VVGADGVGK、VVVGADGVGK、VVGACGVGK、VVVGACGVGK、KLVVVGACGV、LVVVGACGV、KLVVVGADGV、LVVVGADGV、KLVVVGAVGV或LVVVGAVGV之序列。
在一些實施例中，在含有發現於癌症中之點突變之表位肽與由特異性等位基因編碼之MHC複合時，如本文所揭示之一種TCR對該表位肽展現特異性結合親和力；且另外，在含有相同癌症蛋白之不同點突變之另一表位肽與由特異性等位基因編碼之MHC複合時，TCR可對該表位肽展現不同結合親和力，但並不對不含任一突變之WT肽展現結合親和力。VI.   TMPRSS2:ERG 肽 -MHC 複合物之特異性 TCR
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 144及SEQ ID NO: 147之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自TMPRSS2:ERG之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 156具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 142或SEQ ID NO: 145具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 143或SEQ ID NO: 146具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 142之CDR1、SEQ ID NO: 143之CDR2及SEQ ID NO: 144之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 145之CDR1、SEQ ID NO: 146之CDR2及SEQ ID NO: 147之CDR3。
在一些實施例中，TCR包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 144或147具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
在一些實施例中，TCR包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自TMPRSS2:ERG之表位包括與SEQ ID NO: 156具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150或153具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 142或145具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 143或146具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。
在一些實施例中，編碼TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈之核酸包括與SEQ ID NO: 148、149、151及152中之任一者具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之核酸序列。在各個實施例中，使編碼TCR之核酸序列密碼子最佳化。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:TMPRSS2::ERG肽複合物，其中TMPRSS2::ERG肽包括基因融合突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:TMPRSS2::ERG肽複合物，其中TMPRSS2::ERG肽包括含有至少兩個連續胺基酸之基因融合突變，其中該至少兩個連續胺基酸包括TMPRSS2之至少一種胺基酸及ERG之至少一種胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:TMPRSS2::ERG肽複合物，其中TMPRSS2::ERG肽包括ALNSEALSV之序列。
在各個實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:TMPRSS2::ERG肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。
在各個實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:TMPRSS2::ERG肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼，其中TMPRSS2::ERG肽包括ALNSEALSV之序列。VII.  GATA3 肽 -MHC 複合物之特異性 TCR
在一些其他實施例中，TCR包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 129、132、191、194、206或209具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
在一些實施例中，TCR包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自GATA3之表位包括與SEQ ID NO: 141、203或218具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135、138、197、200、212或215具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 127、130、189、192、204或207具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 128、131、190、193、205或208具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 129、132、191、194、206或209之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變GATA3肽與由患有癌症之個體之HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變GATA3肽與HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 129、132、191、194、206或209具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 141、203或218具有至少70%序列一致性之區域之突變GATA3肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自GATA3之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 141、203或218具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135、197或212具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138、200或215具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 127、130、189、192、204及207之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 128、131、190、193、205及208之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 197具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 200具有至少80%序列一致性之可變區。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 212具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 215具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 127之CDR1、SEQ ID NO: 128之CDR2及SEQ ID NO: 129之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 130之CDR1、SEQ ID NO: 131之CDR2及SEQ ID NO: 132之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 189之CDR1、SEQ ID NO: 190之CDR2及SEQ ID NO: 191之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 192之CDR1、SEQ ID NO: 193之CDR2及SEQ ID NO: 194之CDR3。在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 204之CDR1、SEQ ID NO: 205之CDR2及SEQ ID NO: 206之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 207之CDR1、SEQ ID NO: 208之CDR2及SEQ ID NO: 209之CDR3。
在一些實施例中，編碼TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈之核酸包括與SEQ ID NO: 133、134、136或137中之任一者具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之核酸序列。在一些實施例中，編碼TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈之核酸包括與SEQ ID NO: 195、196、198或199中之任一者具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之核酸序列。在一些實施例中，編碼TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈之核酸包括與SEQ ID NO: 210、211、213或214中之任一者具有至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少98%序列一致性之核酸序列。
在各個實施例中，使編碼TCR之核酸序列密碼子最佳化。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少一個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少一個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸及至少一個由GATA3野生型序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸及至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個由GATA3野生型序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少一個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸及至少一個並非由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸及至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個並非由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA肽之每一胺基酸係由GATA3 neoORF序列編碼之胺基酸。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中GATA3肽包括MLTGPPARV、KPKRDGYMF或ESKIMFATL之序列。
在各個實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中人類MHC係由HLA-B07:02等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中人類MHC係由HLA-B08:01等位基因編碼。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:GATA3肽複合物，其中人類MHC係由HLA-B08:01等位基因編碼且其中GATA3肽包括MLTGPPARV、KPKRDGYMF或ESKIMFATL之序列。VIII. BTK 肽 -MHC 複合物之特異性 TCR
BTK 基因可編碼布魯頓酪胺酸激酶(BTK)蛋白，後者可與B細胞之發育及成熟相關。BTK蛋白可傳輸指示B細胞成熟且產生抗體之化學信號。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 161及SEQ ID NO: 176之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 164及SEQ ID NO: 179之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文亦提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變BTK肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 161、164、176或179具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 173或188具有至少70%序列一致性之區域之突變BTK肽。
本文亦提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自BTK之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 173或188具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 159、162、174及177之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 160、163、175及178之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 159或174之CDR1、SEQ ID NO: 160或175之CDR2及SEQ ID NO: 161或176之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 162或177之CDR1、SEQ ID NO: 163或178之CDR2及SEQ ID NO: 164或179之CDR3。
在一些實施例中，表位包括點突變。在一些實施例中，點突變係C481S突變。
在各個實施例中，使編碼TCR之核酸序列密碼子最佳化。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:BTK肽複合物，其中BTK肽包括點突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:BTK肽複合物，其中BTK肽包括C481S點突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:BTK肽複合物，其中BTK肽包括SLLNYLREM之序列。
在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:BTK肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:BTK肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼且其中BTK肽包括SLLNYLREM之序列。IX.   EGFR 肽 -MHC 複合物之特異性 TCR
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 449、SEQ ID NO: 466、SEQ ID NO: 483、SEQ ID NO: 500及SEQ ID NO: 517之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 452、SEQ ID NO: 469、SEQ ID NO: 486、SEQ ID NO: 503及SEQ ID NO: 520之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。
本文提供編碼至少一種能夠特異性結合至突變EGFR肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因所編碼蛋白質之複合物之T細胞受體(TCR)的核酸，其中TCR包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體。
本文提供經分離核酸或包括重組核酸之細胞，其中該核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR特異性結合至突變EGFR肽與HLA-A02:01蛋白之複合物；包括與SEQ ID NO: 449、466、483、500、517、452、469、486、503或520具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或特異性結合至包括與SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531具有至少70%序列一致性之區域之突變EGFR肽。
本文提供編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自EGFR之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531具有至少90%序列一致性之區域。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 449、466、483、500或517具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 452、469、486、503或520具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 447、464、481、498、515、450、467、484、501及518之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 448、465、482、499、516、451、468、485、502及519之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 455、472、489、506或523具有至少80%序列一致性之可變區；且TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 458、475、492、509或526具有至少80%序列一致性之可變區。
在一些實施例中，TCR α鏈構築體包括SEQ ID NO: 447、464、481、498或515之CDR1、SEQ ID NO: 448、465、482、499或516之CDR2及SEQ ID NO: 449、466、483、500或517之CDR3；且TCR β鏈構築體包括SEQ ID NO: 450、467、484、501或518之CDR1、SEQ ID NO: 451、468、485、502或519之CDR2及SEQ ID NO: 452、469、486、503或520之CDR3。
在一些實施例中，表位包括點突變。在一些實施例中，點突變係T790M突變。在一些實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。
在各個實施例中，使編碼TCR之核酸序列密碼子最佳化。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:EGFR肽複合物，其中EGFR肽包括點突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:EGFR肽複合物，其中EGFR肽包括T790M點突變。在各個實施例中，TCR結合至MHC:EGFR肽複合物，其中EGFR肽包括QLIMQLMPF、LIMQLMPFGC或MQLMPFGCLL之序列。
在各個實施例中，人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。在各個實施例中，TCR結合至MHC:EGFR肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。
在各個實施例中，TCR結合至MHC:EGFR肽複合物，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼且其中EGFR肽包括QLIMQLMPF、LIMQLMPFGC或MQLMPFGCLL之序列。
核酸或載體之遞送
可將編碼TCR之核酸或含有該等核酸之載體遞送至宿主細胞中以用於表現及處理。
諸如「轉移」、「引入」或「轉染」等術語可在本文中互換使用且係關於將核酸、尤其外源性或異源性核酸引入細胞中。
可使用可與核酸締合之任何載體(例如)藉由與核酸形成複合物或形成囊泡來轉染細胞，該囊泡包封或囊封核酸，從而使得核酸之穩定性大於裸核酸。可用於本發明中之載體包含(例如)含脂質載體(例如陽離子脂質、脂質體、尤其陽離子脂質體及微胞)及奈米顆粒。陽離子脂質可與帶負電核酸形成複合物。任一陽離子脂質可用於本發明中。
在各個實施例中，編碼本文所揭示TCR之核酸可操作地連接至啟動子。另外，本發明提供包括如上文所揭示核酸中之一或多者之載體，例如質體、穿梭載體、噬菌粒、黏粒、表現載體、逆轉錄病毒載體、腺病毒載體或顆粒及/或擬用於基因療法中之載體。「載體」係能夠傳輸另一核酸之核酸分子。載體包括編碼期望表現於細胞(例如宿主細胞)中之多肽或蛋白質之核酸插入體。出於本發明目的，插入體可為編碼TCR、TCR之α鏈或β鏈或二者之核酸。術語在載體中「納入」核酸序列可意指使用包括該核酸序列之插入體來製備適宜表現載體。「表現載體」係可在存在於適當環境中時引導表現由一或多種由載體攜載之基因編碼之蛋白質之載體。「逆轉錄病毒」係具有RNA基因體之病毒。「γ逆轉錄病毒」係指逆轉錄病毒科家族之屬。實例性γ逆轉錄病毒包含(但不限於)小鼠幹細胞病毒、鼠類白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒及禽類網狀內皮組織增殖病病毒。「慢病毒」係指能夠感染分裂細胞及非分裂細胞之逆轉錄病毒屬。慢病毒之若干實例包含HIV (人類免疫缺陷病毒：包含1型HIV及2型HIV)；馬感染性貧血病毒；貓免疫缺陷病毒(FIV)；牛免疫缺陷病毒(BIV)；及猿免疫缺陷病毒(SIV)。編碼核心病毒之載體亦稱為「病毒載體」。存在大量適用於本發明之可用病毒載體，包含經鑑別用於人類基因療法應用者，例如由Pfeifer及Verma (Pfeifer, A.及I. M. Verma. 2001. Ann. Rev. Genomics Hum. Genet. 2:177-211)所闡述者。適宜病毒載體包含基於RNA病毒之載體(例如逆轉錄病毒源載體嗎，例如莫洛尼鼠類白血病病毒(Moloney murine leukemia virus，MLV)源載體)，且包含多種複雜逆轉錄病毒源載體(例如慢病毒源載體)。HIV-1源載體屬此類別。其他實例包含衍生自HIV-2、FIV、馬感染性貧血病毒、SIV及維斯那-梅迪病毒(maedi/visna virus)之慢病毒載體。使用逆轉錄病毒及慢病毒病毒載體以及包裝細胞利用含有TCR轉基因之病毒顆粒來轉導哺乳動物靶細胞之方法在業內已眾所周知且先前已闡述於(例如)以下文獻中：美國專利第8,119,772號；Walchli等人，2011, PLoS One 6:327930；Zhao等人，J. Immunol., 2005, 174:4415-4423；Engels等人，2003, Hum. Gene Ther. 14:1155-68；Frecha等人，2010, Mol. Ther. 18:1748-57；Verhoeyen等人，2009, Methods Mol. Biol. 506:97-114。逆轉錄病毒及慢病毒載體構築體及表現系統亦市面有售。在一些實施例中，使用病毒載體將編碼對肽抗原具有特異性之TCR α鏈之非內源性核酸序列引入造血祖細胞中。病毒載體可為逆轉錄病毒載體或慢病毒載體。病毒載體亦可包含編碼轉導用標記物之核酸序列。業內已知用於病毒載體之轉導標記物且包含可賦予藥物抗性之選擇標記物或可檢測標記物(例如螢光標記物或細胞表面蛋白，其可藉由諸如流式細胞術等方法進行檢測)。在病毒載體基因體包括一個以上擬作為單獨轉錄物表現於宿主細胞中之核酸序列之情形下，病毒載體亦可在兩個(或更多個)轉錄物之間包括其他序列以容許雙順反子或多順反子表現。用於病毒載體中之該等序列之實例包含內部核糖體進入位點(IRES)、弗林蛋白酶(furin)裂解位點、病毒2A肽。其他載體亦可用於多核苷酸遞送，包含DNA病毒載體，包含(例如)基於腺病毒之載體及基於腺相關病毒(AAV)之載體；衍生自單純皰疹病毒(HSV)之載體，包含擴增子載體、複製缺陷型HSV及減毒HSV (Krisky等人，1998, Gene Ther. 5: 1517-30)。其他載體包含衍生自桿狀病毒及α-病毒者。(Jolly D J. 1999. Emerging viral vectors. pp 209-40，Friedmann T.編輯，1999. The development of human gene therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab)。
載體可包含允許核酸複製於宿主細胞中之核酸序列(例如複製起點)。載體亦可包含一或多種可選標記物基因及熟習此項技術者已知之其他基因要素。載體較佳係包含可操作地連接至容許表現本發明核酸之序列之該核酸之表現載體。
在一些實施例中，本文提供包括編碼本文所揭示TCR之核酸之載體。在一些實施例中，載體係自擴增RNA複製子、質體、噬菌體、轉座子、黏粒、病毒或病毒體。在一些實施例中，載體係病毒載體。在一些實施例中，載體係衍生自逆轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、皰疹病毒、痘病毒、α病毒、痘苗病毒、B型肝炎病毒、人類乳頭瘤病毒或其假型。在一些實施例中，載體係非病毒載體。在一些實施例中，非病毒載體係奈米顆粒、陽離子脂質、陽離子聚合物、金屬奈米聚合物、奈米棒、脂質體、微胞、微泡、細胞穿透肽或脂質球。
本文呈現構築體，例如編碼用於表現於細胞中之TCR之α鏈及β鏈之核酸構築體。在一些實施例中，構築體包括一或多個編碼TCR α鏈及TCR β鏈之多核苷酸。在一些實施例中，將多核苷酸納入適宜載體中。在一些實施例中，將編碼α鏈及β鏈之多核苷酸納入相同載體中。在一些實施例中，將編碼α鏈及β鏈之多核苷酸納入不同載體中，且遞送兩種載體以用於表現於單一細胞中。
在一些實施例中，可使用編碼TCR之核酸轉導或轉染細胞，其中該細胞能夠表現TCR且將該細胞用作治療劑。在一些實施例中，細胞係衍生自個體或宿主，其中個體或宿主係人類。在一些實施例中，個體或宿主包括在表位中具有突變之細胞，且表現於細胞中之TCR能夠特異性結合至具有突變之表位。在一些實施例中，細胞係淋巴球細胞。在一些實施例中，T-淋巴球。在一些實施例中，細胞係淋巴球前體細胞。在一些實施例中，細胞係T淋巴球前體細胞。在一些實施例中，細胞係T淋巴球祖細胞。在一些實施例中，細胞係胸腺細胞。
在一些實施例中，T細胞係不成熟T細胞。在一些實施例中，T細胞係抗原天然T細胞。可將宿主細胞離體培養1、2、3、4、5天或更多天以用於監測且在使用編碼TCR之多核苷酸轉染或轉導之後回收。X. 新抗原
本文所揭示之TCR對免疫原性新抗原具有特異性。在一些實施例中，新抗原肽係來自RAS。在一些實施例中，新抗原肽係來自GATA3。在一些實施例中，新抗原肽係來自BTK。在一些實施例中，新抗原肽係來自TMPRSS2:ERG。在一些實施例中，將一或多種新抗原肽加載於APC上，其中然後使用加載肽之APC刺激T細胞以產生抗原特異性T細胞。在一些實施例中，用於肽加載之APC係樹突狀細胞。可藉由業內已知之任一適宜方法來鑑別免疫原性新抗原序列。
在各個實施例中，新抗原包括表位。在動物及人類二者中，突變表位可潛在地有效誘導免疫反應或活化T細胞。在一些實施例中，表位包括突變。在一些實施例中，突變係選自由以下組成之群：點突變、剪接位點突變、框移突變、連讀突變、基因融合突變及其任一組合。
在一些實施例中，表位之長度為至少8個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為至少16個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為8-25個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為8-12個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為16-25個胺基酸。在一些實施例中，表位之長度為7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸。
在某些實施例中，新抗原或其表位可包括(但不限於)約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30、約31、約32、約33、約34、約35、約36、約37、約38、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49、約50、約60、約70、約80、約90、約100、約110、約120個或更多胺基酸殘基及其中所衍生之任一範圍。在具體實施例中，新抗原或其表位等於或小於100個胺基酸。
在一些實施例中，用於MHC種類I之新抗原或其表位之長度為13個殘基或更少且通常由約8至約11個殘基、尤其9或10個殘基組成。在一些實施例中，用於MHC種類II之新抗原或其表位之長度為9-24個殘基。
在一些實施例中，新抗原結合HLA蛋白(例如HLA種類I或HLA種類II)。在具體實施例中，新抗原以大於相應野生型肽之親和力結合HLA蛋白。在具體實施例中，新抗原性肽或多肽具有至少小於5000 nM、至少小於500 nM、至少小於100 nM、至少小於50 nM或更小之IC50。
在一些實施例中，表位以大於相應野生型表位之親和力結合至人類MHC。在一些實施例中，表位以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至人類MHC。在一些實施例中，表位包括突變，其中突變並不存在於個體之非癌細胞中。在一些實施例中，表位係由個體癌細胞之基因或表現基因編碼。在一些實施例中，TCR以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD 或IC50 結合至HLA-肽複合物。
在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為約8至約50個胺基酸殘基，或長度為約8至約30、約8至約20、約8至約18、約8至約15或約8至約12個胺基酸殘基。在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為約8至約500個胺基酸殘基，或長度為約8至約450、約8至約400、約8至約350、約8至約300、約8至約250、約8至約200、約8至約150、約8至約100、約8至約50或約8至約30個胺基酸殘基。
在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50個或更多胺基酸殘基。在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500個或更多胺基酸殘基。在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為至多8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50個或較少胺基酸殘基。在一些實施例中，新抗原性肽之長度可為至多8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、55、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500個或較少胺基酸殘基。
在一些實施例中，新抗原性肽之總長度為至少8、至少9、至少10、至少11、至少12、至少13、至少14、至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24、至少25、至少26、至少27、至少28、至少29、至少30、至少40、至少50、至少60、至少70、至少80、至少90、至少100、至少150、至少200、至少250、至少300、至少350、至少400、至少450或至少500個胺基酸。
在一些實施例中，新抗原性肽之總長度為至多8、至多9、至多10、至多11、至多12、至多13、至多14、至多15、至多16、至多17、至多18、至多19、至多20、至多21、至多22、至多23、至多24、至多25、至多26、至多27、至多28、至多29、至多30、至多40、至多50、至多60、至多70、至多80、至多90、至多100、至多150、至多200、至多250、至多300、至多350、至多400、至多450或至多500個胺基酸。
在一些實施例中，新抗原性肽可具有值約0.5至約12、約2至約10或約4至約8之pI。在一些實施例中，新抗原性肽可具有至少4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5或更大之pI值。在一些實施例中，新抗原性肽可具有至多4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5或較小之pI值。
在一些實施例中，新抗原性肽可具有介於約1pM與約1mM、約100pM與約500µM、約500pM與約10µM、約1nM與約1µM或約10nM與約1µM之間之HLA結合親和力。在一些實施例中，新抗原性肽可具有至少2 µM、3 µM、4 µM、5 µM、6 µM、7 µM、8 µM、9 µM、10 µM、15 µM、20 µM、25 µM、30 µM、35 µM、40 µM、45 µM、50 µM、55 µM、60 µM、65 µM、70 µM、75 µM、80 µM、85 µM、90 µM、95 µM、100 µM、150 µM、200 µM、250 µM、300 µM、350 µM、400 µM、450 µM、500 µM、550 µM、600 µM、700 µM、800 µM、900 µM或更大之HLA結合親和力。在一些實施例中，新抗原性肽可具有至多2 µM、3 µM、4 µM、5 µM、6 µM、7 µM、8 µM、9 µM、10 µM、15 µM、20 µM、25 µM、30 µM、35 µM、40 µM、45 µM、50 µM、55 µM、60 µM、65 µM、70 µM、75 µM、80 µM、85 µM、90 µM、95 µM、100 µM、150 µM、200 µM、250 µM、300 µM、350 µM、400 µM、450 µM、500 µM、550 µM、600 µM、700 µM、800 µM、900 µM之HLA結合親和力。
在一些實施例中，本文所闡述之新抗原性肽可包括載體，例如業內所熟知者，例如甲狀腺球蛋白、白蛋白(例如人類血清白蛋白)、破傷風類毒素、聚胺基酸殘基(例如聚L-離胺酸)、聚L-麩胺酸、流行性感冒病毒蛋白、B型肝炎病毒核心蛋白及諸如此類。
在一些實施例中，可藉由末端-NH2醯基化(例如藉由烷醯基(C1-C20)或硫基乙醇醯基乙醯化)、末端-羧基醯胺化(例如氨、甲胺等)來修飾本文所闡述之新抗原性肽。在一些實施例中，該等修飾可提供用於連接至載體或其他分子之位點。
在一些實施例中，本文所闡述之新抗原性肽可含有修飾(例如(但不限於)醣基化、側鏈氧化、生物素化、磷酸化、添加表面活性材料(例如脂質))，或可以化學方式進行修飾(例如乙醯化等)。此外，肽中之鍵可不為肽鍵(例如共價鍵、酯或醚鍵、二硫鍵、氫鍵、離子鍵等)。
在一些實施例中，本文所闡述之新抗原性肽可含有取代以改良所得肽之物理性質(例如穩定性或溶解性)。舉例而言，可藉由使用α-胺基丁酸(「B」)取代半胱胺酸(C)來修飾新抗原性肽。因其化學性質，半胱胺酸易於形成二硫橋且足以改變肽結構以減小結合能力。使用α-胺基丁酸取代C不僅減輕此問題，且在某些情況下實際上改良結合及交叉結合能力。可在新抗原性肽之任一殘基處(例如在表位或肽內類似物之任一錨或非錨位置或肽之其他位置使用α-胺基丁酸取代半胱胺酸。
在一些實施例中，本文所闡述之新抗原性肽可包括胺基酸模擬物或非天然胺基酸殘基，例如D-或L-萘基丙胺酸；D-或L-苯基甘胺酸；D-或L-2-噻吩基丙胺酸；D-或L-1、-2、3-或4-芘基丙胺酸；D-或L-3噻吩基丙胺酸；D-或L-(2-吡啶基)-丙胺酸；D-或L-(3-吡啶基)-丙胺酸；D-或L-(2-吡嗪基)-丙胺酸；D-或L-(4-異丙基)-苯基甘胺酸；D-(三氟甲基)-苯基甘胺酸；D-(三氟-甲基)-苯基丙胺酸；D-對-氟苯基丙胺酸；D-或L-對-聯苯-苯基丙胺酸；D-或L-對-甲氧基聯苯苯基丙胺酸；D-或L-2-吲哚(烯丙基)丙胺酸；及D-或L-烷基丙胺酸，其中烷基可為經取代或未經取代之甲基、乙基、丙基、己基、丁基、戊基、異丙基、異丁基、第二異基(sec-isotyl)、異戊基；或非酸性胺基酸殘基。非天然胺基酸之芳香族環包含(例如)噻唑基、噻吩基、吡唑基、苯并咪唑基、萘基、呋喃基、吡咯基及吡啶基芳香族環。具有各種胺基酸模擬物或非天然胺基酸殘基之經修飾肽尤其有用，此乃因其往往表現增加之活體內穩定性。該等肽亦可擁有改良之儲放壽命或製造性質。
可以諸多方式來分析肽穩定性。舉例而言，已使用肽酶及各種生物介質(例如人類血漿及血清)來測試穩定性。例如參見Verhoef等人，Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986)。使用25%人類血清(v/v)分析來便利地測定本文所闡述肽之半衰期。方案如下：在使用之前藉由離心來破壞所彙集人類血清(AB型，非熱滅活)。然後使用RPMI-1640或另一適宜組織培養基將血清稀釋至25%。在預定時間間隔下，取出少量反應溶液並添加至6%三氯乙酸(TCA)水溶液或乙醇中。將渾濁反應試樣冷卻(4℃) 15分鐘且然後旋轉以粒化沈澱之血清蛋白。然後藉由反相HPLC使用穩定性特異性層析條件來測定肽之存在。
在一些實施例中，本文所闡述之新抗原性肽可以合成方式藉由重組DNA技術或化學合成來製備，或可自天然來源(例如天然腫瘤或病原性生物體)分離。表位可個別地合成或直接或間接地接合於肽中。儘管本文所闡述之新抗原性肽實質上不含其他天然宿主細胞蛋白及其片段，但在一些實施例中，肽可以合成方式偶聯或接合至天然片段或顆粒。
在一些實施例中，可以眾多種方式來製備本文所闡述之新抗原性肽。在一些實施例中，可在溶液中或固體載體上根據習用技術來合成肽。各種自動合成器市面有售且可根據已知方案來使用。(例如參見Stewart & Young, SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS, 2D. ED., Pierce Chemical Co., 1984)。另外，可使用化學連接來接合個別肽以產生仍在本發明範圍內之較大肽。
或者，可採用重組DNA技術，其中將編碼肽之核苷酸序列插入表現載體中，轉變或轉染至適當宿主細胞中且在適於表現之條件下培養。業內通常已知該等程序，如通常在Sambrook等人，MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)中所闡述。因此，可使用包括本文所闡述之一或多種表位或由其組成之重組肽來呈遞適當T細胞表位。XI. 醫藥組合物
可使用一或多種生理上可接受之載劑(包含賦形劑及輔助劑)來調配醫藥組合物，該等載劑有助於將活性劑處理成可在醫藥上使用之製劑。適宜調配物可取決於所選投與途徑。適宜地且如業內所理解，可使用熟知技術、載劑及賦形劑中之任一者。
在一些情形下，將醫藥組合物調配為基於細胞之治療劑，例如T細胞治療劑。在一些實施例中，醫藥組合物包括基於肽之療法、基於核酸之療法、基於抗體之療法及/或基於細胞之療法。在一些實施例中，醫藥組合物包括基於肽之治療劑或基於核酸之治療劑，其中核酸編碼多肽。組合物可包括對兩種或更多種免疫原性抗原或新抗原肽具有特異性之T細胞。在一些實施例中，T細胞特異性治療可補充有一或多種其他療法。
在一些實施例中，醫藥組合物包括：編碼靶向本文所揭示新抗原之TCR之核酸、含有核酸之載體、由核酸編碼之蛋白質或包括核酸蛋白質或載體之宿主細胞；及醫藥上可接受之賦形劑或稀釋劑。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包括免疫調節劑或佐劑。在一些實施例中，免疫調節劑係細胞介素。在一些實施例中，佐劑係聚I:C。
本文亦提供醫藥組合物在治療免疫疾病或癌症中之用途。
除活性成分外，醫藥組合物亦可包含醫藥上可接受之賦形劑、載劑、緩衝劑、穩定劑或熟習此項技術者熟知之其他材料。該等材料應無毒且應不干擾活性成分之效能。載劑或其他材料之精確性質取決於投與途徑。可接受載劑、賦形劑或穩定劑係在所用劑量及濃度下對接受者無毒者，且包含緩衝劑，例如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包含抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(例如十八烷基二甲基苄基氯化銨；氯化六甲雙銨；苯紮氯銨、苄索氯銨；苯酚、丁醇或苄醇；對羥基苯甲酸烷基酯，例如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(少於約10個殘基)多肽；蛋白質，例如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，例如聚乙烯基吡咯啶酮；胺基酸，例如甘胺酸、麩醯胺酸、天門冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單糖、二糖及其他碳水化合物，包含葡萄糖、甘露糖或糊精；鼇合劑，例如EDTA；糖，例如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成鹽相對離子，例如鈉；金屬錯合物(例如Zn-蛋白質錯合物)；及/或非離子型表面活性劑，例如TWEEN®、PLURONICS®或聚乙二醇(PEG)。
可接受載劑在生理上為所投與患者可接受且保留一起/其中所投與化合物之治療性質。可接受載劑及其調配物通常闡述於(例如) Remington’s Pharmaceutical Sciences (第18版，A. Gennaro, Mack Publishing Co., Easton, PA 1990)中。一種載劑實例係生理學鹽水。醫藥上可接受之載劑意指涉及將標的化合物自身體之一個器官或部分之投與部位攜載或傳輸至身體之另一器官或部分或活體外分析系統中之醫藥上可接受之材料、組合物或媒劑，例如液體或固體填充劑、稀釋劑、賦形劑、溶劑或囊封材料。可接受載劑與調配物之其他成分相容且對投與個體無害。可接受載劑不應改變其他成分之比活性。
在一態樣中，本文提供包含與醫藥投與相容之溶劑(水性或非水性)、溶液、乳液、分散介質、包衣、等滲劑及吸收促進或延遲劑之醫藥上可接受或生理上可接受之組合物。醫藥組合物或醫藥調配物由此係指適用於個體醫藥應用之組合物。組合物可經調配以與特定投與途徑(亦即全身性或局部)相容。因此，組合物包含適於藉由各種途徑投與之載劑、稀釋劑或賦形劑。
在一些實施例中，醫藥組合物可進一步包括可接受之添加劑以改良組合物穩定性。可接受添加劑可不改變活性劑(例如免疫細胞)之比活性。可接受添加劑之實例包含(但不限於)糖，例如甘露醇、山梨醇、葡萄糖、木糖醇、海藻糖、山梨糖、蔗糖、半乳糖、右旋糖酐、右旋糖、果糖、乳糖及其混合物。可接受添加劑可與可接受之載劑及/或賦形劑(例如右旋糖)進行組合。或者，可接受添加劑之實例包含(但不限於)表面活性劑(例如聚山梨醇酯20或聚山梨醇酯80)，其可增加肽穩定性且降低溶液之膠凝。可以佔溶液0.01%至5%之量將表面活性劑添加至組合物中。添加該等可接受添加劑可增加組合物在儲存中之穩定性及半衰期。
在一些實施例中，醫藥組合物包括一種治療劑，該治療劑係表現一或多種編碼T細胞受體之多核苷酸之T細胞。在一些實施例中，醫藥組合物包括適用於細胞懸浮液之生理上可接受之載劑。
可(例如)藉由注射投與醫藥組合物。用於注射之醫藥組合物包含水溶液(在水溶性之情形下)或分散液及用於臨時製備無菌可注射溶液或分散液之無菌粉劑。對於靜脈內投與而言，適宜載劑包含生理學鹽水、抑菌水或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。載劑可為溶劑或分散介質，其含有(例如)水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇及液體聚乙二醇及諸如此類)及其適宜混合物。可藉由(例如)以下方式來維持流動性：利用諸如卵磷酯等包衣，在分散液之情形下藉由維持所需粒徑，以及利用表面活性劑。抗細菌劑及抗真菌劑包含(例如)對羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗壞血酸及硫柳汞。等滲劑(例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨醇)及氯化鈉)可包含於組合物中。可包裝所得溶液以供按原樣使用，或可將其凍乾；可隨後將凍乾製劑在投與之前與無菌溶液合併。對於靜脈內注射或疼痛部位處注射而言，活性成分將呈非經腸可接受之水溶液形式，該水溶液無熱原且具有適宜pH、等滲性及穩定性。熟習此項技術者能夠充分使用(例如)等滲媒劑(例如氯化鈉注射液、林格氏注射液(Ringer’s Injection)、乳酸化林格氏注射液)來製備適宜溶液。可視需要包含防腐劑、穩定劑、緩衝劑、抗氧化劑及/或其他添加劑。無菌可注射溶液可藉由以下步驟來製備：將所需量活性成分納入具有上文所列舉成分中之一者或其組合(若需要)之適宜溶劑中，隨後進行過濾滅菌。通常，藉由將活性成分納入含有基本分散介質及來自上文所列舉者之所需其他成分的無菌媒劑中來製備分散液。在使用無菌粉末來製備無菌可注射溶液之情形下，較佳製備方法可為真空乾燥及冷凍乾燥，此自預先經無菌過濾之溶液產生具有活性成分加上任一其他期望成分之粉末。
醫藥組合物通常可經靜脈內投與，例如藉由注射單位劑量。對於注射而言，活性成分可呈非經腸可接受之水溶液形式，該水溶液實質上無熱原且具有適宜pH、等滲性及穩定性。可使用(例如)等滲媒劑(例如氯化鈉注射液、林格氏注射液、乳酸化林格氏注射液)來製備適宜溶液。可視需要包含防腐劑、穩定劑、緩衝劑、抗氧化劑及/或其他添加劑。另外，可經由氣溶膠化投與組合物。
在考慮將醫藥組合物用於藥劑中或本文所提供之任一方法中時，組合物預計可實質上不含熱原，從而組合物在投與人類患者時並不引起發炎性反應或不安全過敏性反應。熱原組合物之測試及實質上不含熱原之組合物之製備為熟習此項技術者所充分理解且可使用市售套組來達成。
可接受載劑可含有穩定、增加或延遲吸收或增加或延遲清除之化合物。該等化合物包含(例如)碳水化合物，例如葡萄糖、蔗糖或右旋糖酐；低分子量蛋白質；減小肽之清除或水解之組合物；或賦形劑或其他穩定劑及/或緩衝劑。延遲吸收之試劑包含(例如)單硬脂酸鋁及明膠。亦可使用洗滌劑來穩定或增加或降低醫藥組合物(包含脂質體載劑)之吸收。為防止消解，可使化合物與組合物複合以使其抵抗酸性及酶促水解，或可使化合物在適當抗性載劑(例如脂質體)中複合。業內已知防止化合物消解之方式(例如Fix (1996) Pharm Res.13:1760 1764；Samanen (1996) J. Pharm. Pharmacol. 48:119 135；及美國專利第5,391,377號)。
可以與劑量調配物相容之方式且以治療有效量來投與醫藥組合物。擬投與量取決於擬治療個體、個體免疫系統利用活性成分之能力及期望結合能力程度。需要投與之活性成分之精確量取決於從業人員之判斷且對於每一個體而言係獨特的。用於初始投與及加強注射之適宜方案亦係可變的，但通常進行初始投與，隨後以一或多個小時間隔藉由後續注射或其他投與來投與重複劑量。或者，涵蓋足以維持血液中之濃度之連續靜脈內輸注。
在一些實施例中，本發明係關於能夠產生新抗原特異性反應(例如體液或細胞介導之免疫反應)之免疫原性組合物(例如醫藥組合物)。在一些實施例中，免疫原性組合物包括本文所闡述對應於腫瘤特異性抗原或新抗原之新抗原治療劑(例如肽、多核苷酸、TCR、CAR、含有TCR或CAR之細胞、含有多肽之樹突狀細胞、含有多核苷酸之樹突狀細胞、抗體等)。
在一些實施例中，本文所闡述之醫藥組合物能夠產生特異性細胞毒性T細胞反應、特異性輔助性T細胞反應或B細胞反應。
在一些實施例中，抗原多肽或多核苷酸可以含有該等多肽或多核苷酸之抗原呈遞細胞(例如樹突狀細胞)之形式來提供。在其他實施例中，使用該等抗原呈遞細胞刺激用於患者中之T細胞。在一些實施例中，抗原呈遞細胞係樹突狀細胞。在相關實施例中，樹突狀細胞係經新抗原肽或核酸脈衝化之自體樹突狀細胞。新抗原肽可為任一產生適當T細胞反應之適宜肽。在一些實施例中，T細胞係CTL。在一些實施例中，T細胞係HTL。因此，本發明之一實施例係一種免疫原性組合物，其含有至少一種經本文所闡述之一或多種新抗原多肽或多核苷酸脈衝化或加載其之抗原呈遞細胞(例如樹突狀細胞)。在一些實施例中，該等APC係自體性(例如自體樹突狀細胞)。或者，自患者分離之末梢血單核細胞(PBMC)可離體加載有新抗原肽或多核苷酸。在相關實施例中，將該等APC或PBMC注射回患者中。多核苷酸可為任一能夠轉導樹突狀細胞且由此呈遞新抗原肽並誘導免疫性之適宜多核苷酸。在一些實施例中，使用該等抗原呈遞細胞(APC) (例如樹突狀細胞)或末梢血單核細胞(PBMC)刺激T細胞(例如自體T細胞或同種異體T細胞)。在相關實施例中，T細胞係CTL。在其他相關實施例中，T細胞係HTL。在一些實施例中，T細胞係CD8+ T細胞。在一些實施例中，T細胞係CD4+ T細胞。然後將該等T細胞注射至患者中。在一些實施例中，將CTL注射至患者中。在一些實施例中，將HTL注射至患者中。在一些實施例中，將CTL及HTL二者注射至患者中。可同時或依序且以任一順序來投與任一治療劑。
在一些實施例中，本文所闡述用於治療性治療之醫藥組合物(例如免疫原性組合物)可經調配用於非經腸、局部(topical)、經鼻、經口或局部(local)投與。在一些實施例中，非經腸(例如經靜脈內、經皮下、經真皮內或經肌內)投與本文所闡述之醫藥組合物。在一些實施例中，可經腫瘤內投與組合物。可在手術切除部位處投與組合物以對腫瘤誘導局部免疫反應。在一些實施例中，本文闡述包括新抗原肽溶液之用於非經腸投與之組合物且將免疫原性組合物溶解或懸浮於可接受載劑(例如水性載劑)中。可使用多種水性載劑，例如水、緩衝水、0.9%鹽水、0.3%甘胺酸、玻尿酸及諸如此類。該等組合物可藉由習用熟知滅菌技術來滅菌，或可經無菌過濾。可包裝所得水溶液以供按原樣使用，或可將其凍乾，將凍乾製劑在投與之前與無菌溶液合併。組合物可含有接近生理條件所需之醫藥上可接受之輔助物質，例如pH調節及緩衝劑、張力調節劑、潤濕劑及諸如此類，例如乙酸鈉、乳酸鈉、氯化鈉、氯化鉀、氯化鈣、去水山梨醇單月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯等。
佐劑增加抗原免疫反應之能力通常表現為顯著增加免疫介導之反應或減少疾病症狀。舉例而言，體液免疫性增加可表現為針對抗原所產生抗體之效價顯著增加，且T細胞活性增加可表現為細胞增殖或細胞毒性或細胞介素分泌之增加。佐劑亦可(例如)藉由將主要之體液反應或T輔助細胞2反應變為主要之細胞反應或T輔助細胞1反應來改變免疫反應。
業內已知適宜佐劑(參見WO 2015/095811)且包含(但不限於)聚(I:C)、聚-ICLC、STING激動劑、1018 ISS、鋁鹽、Amplivax、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM-CSF、IC30、IC31、咪喹莫特(Imiquimod)、ImuFact IMP321、IS貼劑、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、單磷醯基脂質A、孟他奈德(Montanide) IMS 1312、孟他奈德ISA 206、孟他奈德ISA 50V、孟他奈德ISA-51、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTel®載體系統、PLG微顆粒、瑞喹莫德(resiquimod)、SRL172、病毒體及其他病毒樣顆粒、YF-17D、VEGF trap、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys、Pam3CSK4、Aquila’s QS21刺激子(Aquila Biotech, Worcester, Mass., USA，其係衍生自皂素、分支桿菌提取物及合成細菌細胞壁模擬物)及其他專屬佐劑(例如Ribi’s Detox.Quil或Superfos)。已闡述對樹突狀細胞及其製劑具有特異性之若干免疫學佐劑(例如MF59) (Dupuis M等人，Cell Immunol. 1998；186(1):18-27；Allison A C；Dev Biol Stand. 1998；92:3-11) (Mosca等人，Frontiers in Bioscience, 2007；12:4050-4060) (Gamvrellis等人，Immunol & Cell Biol. 2004；82: 506-516)。亦可使用細胞介素。若干細胞介素直接涉及影響樹突狀細胞至淋巴樣組織之遷移(例如TNF-α)、加速樹突狀細胞至用於T-淋巴球之有效抗原呈遞細胞之成熟(例如GM-CSF、PGE1、PGE2、IL-1、IL-1β、IL-4、IL-6及CD40L) (美國專利第5,849,589號，其全部內容以引用方式併入本文中)及用作免疫佐劑(例如IL-12) (Gabrilovich D I等人，J Immunother Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418)。
亦報導，CpG免疫刺激性寡核苷酸可增強佐劑在治療環境中之效應。不受限於理論，CpG寡核苷酸藉由經由類鐸受體(TLR) (主要係TLR9)活化先天性(非適應性)免疫系統來發揮作用。經CpG觸發之TLR9活化可增強對眾多種抗原(包含肽或蛋白質抗原)、活或死病毒、樹突狀細胞免疫原性醫藥組合物、自體細胞免疫原性醫藥組合物以及防治性及治療免疫原性醫藥組合物中之多醣偶聯物之抗原特異性體液及細胞反應。重要的是，其增強樹突狀細胞之成熟及分化，從而增強TH1細胞之活化且強烈生成細胞毒性T-淋巴球(CTL)，即使在不存在CD4+ T細胞幫助下。由TLR9刺激誘導之TH1偏移得以維持，即使在存在通常促進TH2偏移之佐劑(例如明礬或不完全弗羅因德氏佐劑(incomplete Freund’s adjuvant，IFA))下。在與其他佐劑一起調配或共投與或處於調配物(例如微顆粒、奈米顆粒、脂質乳液或類似調配物)中時，CpG寡核苷酸展示極大佐劑活性，此尤其可在抗原相對較弱時用於誘導較強反應。在一些實驗中，其亦可加速免疫反應且使得能夠減小抗原劑量，且與不含CpG之全劑量免疫原性醫藥組合物具有相當之抗體反應(Arthur M. Krieg, Nature Reviews, Drug Discovery, 5，2006年6月，471-484)。美國專利第6,406,705號闡述組合使用CpG寡核苷酸、非核酸佐劑及抗原來誘導抗原特異性免疫反應。市售CpG TLR9拮抗劑係Mologen (Berlin, DE)之dSLIM (雙莖環免疫調節劑)，其係本文所闡述之醫藥組合物之組分。亦可使用其他TLR結合分子，例如結合TLR7、TLR8及/或TLR9之RNA。
有用佐劑之其他實例包含(但不限於)經化學修飾之CpG (例如CpR, Idera)、聚(I:C)(例如聚I:CI2U)、聚IC:LC、非CpG細菌DNA或RNA、用於TLR8之ssRNA40以及免疫活性小分子及抗體(例如環磷醯胺(cyclophosphamide)、舒尼替尼(sunitinib)、貝伐珠單抗(bevacizumab)、西樂葆(celebrex)、NCX-4016、西地那非(sildenafil)、他達拉非(tadalafil)、伐地那非(vardenafil)、索拉非尼(sorafinib)、XL-999、CP-547632、帕唑帕尼(pazopanib)、ZD2171、AZD2171、伊匹單抗(ipilimumab)、曲美目單抗(tremelimumab)及SC58175)，該等試劑可用於治療中及/或用作佐劑。熟習此項技術者可易於無需過多實驗即可測定可用於本發明背景中之佐劑及添加劑之量及濃度。其他佐劑包含群落刺激因子，例如顆粒球巨噬球群落刺激因子(GM-CSF，沙格司亭(sargramostim))。
在一些實施例中，本發明之免疫原性組合物可包括一種以上不同佐劑。另外，本發明涵蓋包括任一佐劑物質(包含上文之任一者或其組合)之醫藥組合物。在一些實施例中，免疫原性組合物包括新抗原治療劑(例如肽、多核苷酸、TCR、CAR、含有 TCR或CAR之細胞、含有多肽之樹突狀細胞、含有多核苷酸之樹突狀細胞、抗體等)且佐劑可以任一適當序列單獨投與。
脂化可分成若干不同類型，例如N-肉豆蔻醯化、棕櫚醯化、GPI-錨添加、異戊二烯化及若干其他類型之修飾。N-肉豆蔻醯化係使肉豆蔻酸酯(C14飽和酸)共價附接至甘胺酸殘基。棕櫚醯化係長鏈脂肪酸(C16)至半胱胺酸殘基之硫基酯鍵聯。GPI-錨添加係經由醯胺鍵之醣基-磷酸肌醇(GPI)鍵聯。異戊二烯化係類異戊二烯脂質(例如法尼基(farnesyl) (C-15)、牛龍牛兒基牛龍牛兒基(C-20))至半胱胺酸殘基之硫醚鍵聯。其他類型之修飾可包含S-二醯基甘油藉由半胱胺酸之硫原子之附接、經由絲胺酸或蘇胺酸殘基之O-新醯基偶聯、S-阿克醇至半胱胺酸殘基之偶聯及膽固醇附接。
用於生成脂質化肽之脂肪酸可包含C2 - C30飽和、單不飽和或多不飽和脂肪醯基。實例性脂肪酸可包含棕櫚醯基、肉豆蔻醯基、硬脂醯基及癸醯基。在一些情況下，具有佐劑性質之脂質部分附接至所關注多肽以在不存在外源性佐劑下誘發或增強免疫原性。脂質化肽或脂肽可稱為自我輔助脂肽。上文及本文其他處所闡述之任一脂肪酸可誘發或增強所關注多肽之免疫原性。可誘發或增強免疫原性之脂肪酸可包含櫚醯基、肉豆蔻醯基、硬脂醯基、月桂醯基、辛醯基及癸醯基。
可將多肽(例如裸肽或脂質化肽)納入脂質體中。有時，可將脂質化肽納入脂質體中。舉例而言，脂質化肽之脂質部分可自發整合至脂質體之脂質雙層中。因此，脂肽可呈現於脂質體之「表面」上。
亦可使用脂質體將核酸遞送至細胞中。所關注核酸包括一或多個編碼T細胞受體之序列。可使用脂質體遞送DNA或RNA。可使用脂質體遞送納入載體中之核酸。核酸可長50-200,000個核苷酸，或可長100-500,000個核苷酸，或可長20-500,000個核苷酸。適於納入調配物中之實例性脂質體包含(且不限於)多層囊泡(MLV)、寡層囊泡(OLV)、單層囊泡(UV)、小單層囊泡(SUV)、中等單層囊泡(MUV)、大單層囊泡(LUV)、巨大單層囊泡(GUV)、多泡性囊泡(MVV)、藉由反相蒸發方法製得之單層或寡層囊泡(REV)、藉由反相蒸發方法製得之多層囊泡(MLV-REV)、穩定多層囊泡(SPLV)、冷凍及解凍MLV (FATMLV)、藉由擠出方法製得之囊泡(VET)、藉由弗氏細胞壓碎器(French press)製得之囊泡(FPV)、藉由融合製得之囊泡(FUV)、去水-再水合囊泡(DRV)及氣泡體(BSV)。
端視製備方法，脂質體可為單層或多層，且直徑大小可介於約0.02 μm至大於約10 μm之間。脂質體可吸附許多類型之細胞且然後釋放所納入藥劑(例如本文所闡述之肽)。在一些情形下，脂質體與靶細胞融合，藉此脂質體內容物然後移動至靶細胞中。脂質體可由吞噬細胞胞吞。在胞吞後，可在溶酶體內降解脂質體脂質且釋放所囊封藥劑。
本文所提供之脂質體亦可包括載體脂質。在一些實施例中，載體脂質係磷脂。能夠形成脂質體之載體脂質包含(但不限於)二棕櫚醯基磷脂醯膽鹼(DPPC)、磷脂醯膽鹼(PC；卵磷脂)、磷脂酸(PA)、磷脂醯甘油(PG)、磷脂醯乙醇胺(PE)、磷脂醯絲胺酸(PS)。其他適宜磷脂進一步包含二硬脂醯基磷脂醯膽鹼(DSPC)、二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼(DMPC)、二棕櫚醯基磷脂醯甘油(DPPG)、二硬脂醯基磷脂醯甘油(DSPG)、二肉豆蔻醯基磷脂醯甘油(DMPG)、二棕櫚醯基磷脂酸(DPPA)、二肉豆蔻醯基磷脂酸(DMPA)、二硬脂醯基磷脂酸(DSPA)、二棕櫚醯基磷脂醯基絲胺酸(DPPS)、二肉豆蔻醯基磷脂醯基絲胺酸(DMPS)、二硬脂醯基磷脂醯基絲胺酸(DSPS)、二棕櫚醯基磷脂醯基乙醇胺(DPPE)、二肉豆蔻醯基磷脂醯基乙醇胺(DMPE)、二硬脂醯基磷脂醯基乙醇胺(DSPE)及諸如此類或其組合。在一些實施例中，脂質體進一步包括調節脂質體形成之固醇(例如膽固醇)。載體脂質可為任何已知非磷酸鹽極性脂質。
可使用熟知技術將醫藥組合物囊封於脂質體內。亦可採用生物可降解微球體作為本發明之醫藥組合物之載體。
可以脂質體或微球體(或微顆粒)形式投與醫藥組合物。製備用於投與患者之脂質體及微球體之方法為熟習此項技術者所熟知。基本而言，將材料溶於水溶液中，添加適當磷脂及脂質以及表面活性劑(若需要)，且視需要透析材料或超音波處理。
由聚合物或蛋白質形成之微球體為熟習此項技術者所熟知，且可經調整以通過胃腸道並直接進入血流中。或者，可將化合物納入微球體或微球體複合物中，並植入以在數天至數月範圍之時間段內緩慢釋放。
亦可向個體投與基於細胞之免疫原性醫藥組合物。舉例而言，適宜地且如業內所理解，可使用熟知技術、載劑及賦形劑中之任一者來調配基於抗原呈遞細胞(APC)之免疫原性醫藥組合物。APC包含單核球、單核球源細胞、巨噬球及樹突狀細胞。有時，基於APC之免疫原性醫藥組合物可為基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物。
可藉由業內熟知之任何方法來製備基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物。在一些情形下，可經由離體或活體內方法來製備基於樹突狀細胞之免疫原性醫藥組合物。離體方法可包括在投與患者之前使用經本文所闡述多肽離體脈衝化之自體DC來活化或加載DC。活體內方法可包括使用與本文所闡述多肽偶合之抗體靶向特異性DC受體。基於DC之免疫原性醫藥組合物可進一步包括DC活化劑(例如TLR3、TLR-7-8及CD40激動劑)。基於DC之免疫原性醫藥組合物可進一步包括佐劑及醫藥上可接受之載劑。
可使用佐劑來增強在接受免疫原性醫藥組合物之患者中誘發之免疫反應(體液及/或細胞)。有時，佐劑可誘發Th1型反應。另外，佐劑可誘發Th2型反應。Th1型反應之特徵可在於產生諸如IFN-γ等細胞介素，與之相比，Th2型反應之特徵可在於產生諸如IL-4、IL-5及IL-10等細胞介素。
在一些態樣中，基於脂質之佐劑(例如MPLA及MDP)可與本文所揭示之免疫原性醫藥組合物一起使用。舉例而言，單磷醯基脂質A (MPLA)係增加脂質體抗原至特異性T淋巴球之呈遞之佐劑。另外，亦可使用胞壁醯二肽(MDP)作為與本文所闡述之免疫原性醫藥調配物聯合使用之適宜佐劑。
佐劑亦可包括刺激分子(例如細胞介素)。細胞介素之非限制性實例包含：CCL20、α-干擾素(IFNα)、β-干擾素(IFNβ)、γ-干擾素(IFNγ)、血小板源生長因子(PDGF)、TNFα、GM-CSF、表皮生長因子(EGF)、皮膚T細胞虜獲趨化介素(CTACK)、上皮胸腺表現之趨化介素(TECK)、黏膜相關性上皮趨化介素(MEC)、IL-12、IL-15、IL-28、MHC、CD80、CD86、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-18、MCP-1、MIP-la、MIP-1-、IL-8、L-選擇素、P-選擇素、E-選擇素、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-1、VLA-1、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、突變體形式之IL-18、CD40、CD40L、血管生長因子、纖維母細胞生長因子、IL-7、神經生長因子、血管內皮生長因子、Fas、TNF受體、Fit、Apo-1、p55、WSL-1、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DRS、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、半胱天冬酶ICE、Fos、c-jun、Sp-1、Ap-1、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IκB、惰性NIK、SAP K、SAP-I、JNK、干擾素反應基因、NFκB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANK配體、Ox40、Ox40配體、NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAPI及TAP2。
其他佐劑包含：MCP-1、MIP-la、MIP-lp、IL-8、RANTES、L-選擇素、P-選擇素、E-選擇素、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-1、VLA-1、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、IL-4、突變體形式之IL-18、CD40、CD40L、血管生長因子、纖維母細胞生長因子、IL-7、IL-22、神經生長因子、血管內皮生長因子、Fas、TNF受體、Fit、Apo-1、p55、WSL-1、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DR5、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、半胱天冬酶ICE、Fos、c-jun、Sp-1、Ap-1、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IκB、惰性NIK、SAP K、SAP-1、JNK、干擾素反應基因、NFκB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANK配體、Ox40、Ox40配體、NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAP1、TAP2及其功能片段。
在一些態樣中，佐劑可為類鐸受體之調節劑。類鐸受體調節劑之實例包含TLR9激動劑且並不限於類鐸受體之小分子調節劑(例如咪喹莫特)。有時，佐劑係選自細菌類毒素、聚氧丙烯-聚氧乙烯嵌段聚合物、鋁鹽、脂質體、CpG聚合物、水包油型乳液或其組合。有時，佐劑係水包油型乳液。水包油型乳液可包含至少一種油及至少一種表面活性劑，其中油及表面活性劑係生物可降解(可代謝)及生物相容的。乳液中之油滴之直徑可小於5 μm，且可甚至具有亞微米直徑，其中使用微流化器達成該等小大小以提供穩定乳液。可對小於220 nm大小之液滴實施無菌過濾。
在一些情況下，免疫原性醫藥組合物可包含載劑及賦形劑(包含(但不限於)緩衝劑、碳水化合物、甘露醇、蛋白質、多肽或胺基酸(例如甘胺酸)、抗氧化劑、抑菌劑、螯合劑、懸浮劑、增稠劑及/或防腐劑)、水、油(包含石油、動物、植物或合成來源之油，例如花生油、大豆油、礦物油、芝麻油及諸如此類)、鹽水溶液、右旋糖水溶液及甘油溶液、矯味劑、著色劑及其他可接受添加劑、佐劑或黏合劑、接近生理學條件所需之其他醫藥上可接受之輔助物質(例如pH緩衝劑、張力調節劑、乳化劑、潤濕劑及諸如此類)。賦形劑實例包含澱粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明膠、麥芽、水稻、麵粉、白堊、矽膠、硬脂酸鈉、甘油單硬脂酸酯、滑石粉、氯化鈉、脫脂奶粉、甘油、丙二醇、水、乙醇及諸如此類。在另一情況下，醫藥製劑實質上不含防腐劑。在其他情況下，醫藥製劑可含有至少一種防腐劑。應認識到，儘管可採用熟習此項技術者已知之任一適宜載劑來投與本文所闡述之醫藥組合物，載劑類型將端視投與模式而有所變化。
免疫原性醫藥組合物可包含防腐劑(例如硫柳汞或2-苯氧基乙醇)。在一些情況下，免疫原性醫藥組合物實質上不含(例如＜10 μg/mL)含汞材料(例如無硫柳汞)。可使用α-生育酚琥珀酸鹽來替代含汞化合物。
為控制張力，可在免疫原性醫藥組合物中包含生理學鹽(例如鈉鹽)。其他鹽可包含氯化鉀、磷酸二氫鉀、磷酸二鈉鹽及/或氯化鎂或諸如此類。
免疫原性醫藥組合物可具有介於200 mOsm/kg與400 mOsm/kg之間、介於240-360 mOsm/kg之間或在290-310 mOsm/kg範圍內之滲透壓。
免疫原性醫藥組合物可包括一或多種緩衝液，例如Tris緩衝液；硼酸鹽緩衝液；琥珀酸鹽緩衝液；組胺酸緩衝液(尤其與氫氧化鋁佐劑一起)；或檸檬酸鹽緩衝液。在一些情形下，包含在5-20 mM或10-50 mM範圍內之緩衝液。
免疫原性醫藥組合物之pH可介於約5.0與約8.5之間，介於約6.0與約8.0之間，介於約6.5與約7.5之間，或介於約7.0與約7.8之間。
免疫原性醫藥組合物可無菌。免疫原性醫藥組合物可為無致熱源(例如含有＜1 EU (內毒素單位，標準量度)/劑量)，且可＜0.1 EU/劑量。組合物可不含麩質。
免疫原性醫藥組合物可包含洗滌劑，例如聚氧乙烯山梨醇酐酯表面活性劑(稱為「Tween」)或辛苯昔醇(octoxynol) (例如辛苯昔醇-9 (Triton X-100)或第三辛基苯氧基聚乙氧基乙醇)。洗滌劑可僅以痕量存在。免疫原性醫藥組合物可包含小於1 mg/mL之辛苯昔醇-10及聚山梨醇酯80中之每一者。其他痕量殘餘組分可為抗生素(例如新黴素(neomycin)、卡那黴素(kanamycin)、多黏菌素(polymyxin) B)。
可將免疫原性醫藥組合物調配為孔業內已知之於適宜媒劑中之無菌溶液或懸浮液。可藉由習用、熟知無菌技術將醫藥組合物滅菌，或可無菌過濾。可包裝所得水溶液以供按原樣使用，或可將其凍乾，將凍乾製劑在投與之前與無菌溶液合併。
包括(例如)活性劑(例如本文所揭示之免疫細胞)與一或多種佐劑之組合之醫藥組合物可經調配以包括某些莫耳比率。舉例而言，可使用約99:1至約1:99之莫耳比率之活性劑(例如本文所闡述之免疫細胞)與一或多種佐劑之組合。在一些情況下，活性劑(例如本文所闡述之免疫細胞)與所組合之一或多種佐劑之莫耳比率範圍可選自約80:20至約20:80、約75:25至約25:75、約70:30至約30:70、約66:33至約33:66、約60:40至約40:60、約50:50及約90:10至約10:90。活性劑(例如本文所闡述之免疫細胞)與所組合之一或多種佐劑之莫耳比率可為約1:9且在一些情形下可為約1:1。活性劑(例如本文所闡述之免疫細胞)與一或多種佐劑之組合可一起調配於同一劑量單元(例如在一個小瓶、栓劑、錠劑、膠囊、氣溶膠噴霧劑中)；或每一藥劑、形式及/或化合物可調配於單獨單元中(例如兩個小瓶、栓劑、錠劑、兩個膠囊、錠劑及小瓶、氣溶膠噴霧劑及諸如此類)。
在一些情況下，免疫原性醫藥組合物可與其他藥劑一起投與。其他藥劑之選擇可至少部分地取決於所治療病狀。其他藥劑可包含(例如)檢查點抑制劑，例如抗PD1劑、抗CTLA4劑、抗PD-L1劑、抗CD40劑或抗TIM3劑(例如抗PD1、抗CTLA4、抗PD-L1、抗CD40或抗TIM3抗體)；或任何對病原體感染(例如病毒感染)具有治療效應之藥劑，包含(例如)用於治療發炎性病狀(例如NSAID)之藥物，例如布洛芬(ibuprofen)、萘普生(naproxen)、乙醯胺酚(acetaminophen)、酮洛芬(ketoprofen)或阿司匹林(aspirin)。舉例而言，檢查點抑制劑可為選自由以下組成之群之PD-1/PD- L1拮抗劑：尼沃魯單抗(nivolumab) (ONO-4538/BMS-936558, MDX1 106, OPDIVO)、派姆單抗(pembrolizumab) (MK-3475, KEYTRUDA)、匹利珠單抗(pidilizumab) (CT-011)及MPDL328OA (ROCHE)。作為另一實例，調配物可另外含有一或多種補充劑(例如維他命C、E或其他抗氧化劑)。
可以習用方式使用一或多種生理上可接受之載劑(包括賦形劑、稀釋劑及/或輔助劑)來調配包括活性劑(例如本文所闡述之免疫細胞)與一或多種佐劑之組合之醫藥組合物，該等載劑可(例如)促進將活性劑處理成可投與之製劑。適當調配物可至少地部分取決於所選投與途徑。可使用諸多投與途徑或模式將本文所闡述之藥劑遞送至患者，包含口服、經頰、局部、直腸、經皮、經黏膜、皮下、靜脈內及肌內施加以及藉由吸入。
活性劑可經調配用於非經腸投與(例如藉由注射，例如濃注或連續輸注)且可以單位劑型以安瓿(ampoule)、預填充注射器、小體積輸注器形式或以添加防腐劑之多劑量容器形式呈現。組合物可呈諸如存於油性或水性媒劑中之懸浮液、溶液或乳液等形式，例如存於水性聚乙二醇中之溶液。
對於可注射調配物而言，媒劑可選自已知適宜者，包含水溶液或油性懸浮液或乳液，其使用芝麻油、玉米油、棉籽油或花生油以及酏劑、甘露醇、右旋糖或無菌水溶液及類似醫藥媒劑。調配物亦可包括生物相容之生物可降解性聚合物組合物，例如聚(乳酸-共-乙醇酸)。該等材料可製成加載有藥物且進一步經包衣或衍生以提供優良持續釋放性能之微球體或奈米球體。適於眼周或眼內注射之媒劑包含(例如)治療劑於注射級水、脂質體及適用於親脂性物質之媒劑中之懸浮液。用於眼周或眼內注射之其他媒劑在業內已眾所周知。
在一些情況下，根據常規程序將醫藥組合物調配為適於經靜脈內投與人類之醫藥組合物。通常，用於靜脈內投與之組合物係無菌等滲水性緩衝劑中之溶液。若需要，組合物亦可包含增溶劑及局部麻醉劑(例如利多卡因(lidocaine))以減輕注射部位處之疼痛。一般而言，成分可單獨供應或以單位劑型混合在一起，例如作為於指示活性劑之量之氣密性密封容器(例如安瓿或小藥囊)中之乾燥凍乾粉劑或無水濃縮物。倘若組合物擬藉由輸注來投與，則可使用含有無菌醫藥級水或鹽水之輸注瓶來分配該組合物。倘若組合物藉由注射來投與，則可提供含有注射用無菌水或鹽水之安瓿，從而可在投與之前混合各成分。
在藉由注射投與時，可在水溶液、具體而言生理相容緩衝液(例如漢克氏溶液(Hanks solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理學鹽水緩衝液)中調配活性劑。該溶液可含有諸如懸浮劑、穩定劑及/或分散劑等調配劑。在另一實施例中，醫藥組合物不包括佐劑或任一經添加以增強免疫反應之其他物質。
除前述調配物外，活性劑亦可調配為儲積製劑。可藉由植入或透皮遞送(例如經皮下或經肌內)、肌內注射或使用經皮貼劑來投與該等長效調配物。因此，舉例而言，藥劑可使用適宜聚合或疏水性材料(例如作為於可接受油中之乳液)或離子交換樹脂來調配，或作為微溶衍生物(例如微溶鹽)來調配。
在一些情形下，在經局部投與或特定感染部位處或其附近注射時，包括一或多種藥劑之醫藥組合物會施加局部及區域效應。直接局部施加(例如)黏性液體、溶液、懸浮液、基於二甲基亞碸(DMSO)之溶液、脂質體調配物、凝膠、膠狀物、乳霜、洗劑、軟膏、栓劑、發泡體或氣溶膠噴霧可用於局部投與以產生(例如)局部及/或區域效應。用於該調配物之醫藥上適當之媒劑包含(例如)低碳脂肪族醇、聚二醇(例如甘油或聚乙二醇)、脂肪酸酯、油、脂肪、聚矽氧及諸如此類。該等製劑亦可包含防腐劑(例如對羥基苯甲酸酯)及/或抗氧化劑(例如抗壞血酸及生育酚)。亦參見Dermatological Formulations: Percutaneous absorption, Barry (編輯), Marcel Dekker Incl, 1983。在另一實施例中，使用包括轉運蛋白、載劑或離子通道抑制劑之局部(local /topical)調配物來治療表皮或黏膜病毒感染。
醫藥組合物可含有佐劑，例如親水性或親脂性膠凝劑、親水性或親脂性活性劑、防腐劑、抗氧化劑、溶劑、芳香劑、填充劑、防曬劑、氣味吸收劑及染料。該等各種佐劑之量係常用於所考慮領域中者且(例如)佔組合物總重量之約0.01%至約20%。端視性質，該等佐劑可引入脂肪相中、水相中及/或脂質囊泡中。XII. 治療方法
本文提供使用上文所揭示之任一核酸之方法、含有上文所揭示之任一核酸序列之載體、由上文所揭示之任一核酸編碼之蛋白質或用以製造用於治療免疫疾病或癌症之藥劑之上文所揭示之宿主細胞。
本文亦提供治療患有疾病、病症或病狀之個體之方法。治療方法可包括向患有疾病、病症或病狀之個體投與本文所揭示之醫藥組合物。本發明提供包括免疫原性療法之治療方法。提供治療疾病(例如癌症或病毒感染)之方法。方法可包括向個體投與有效量之包括免疫原性抗原特異性T細胞之醫藥組合物。在一些實施例中，抗原包括腫瘤抗原。
在一些實施例中，治療患有疾病或病狀之個體之方法包括向個體投與本文所揭示之醫藥組合物。在一些實施例中，該方法係預防癌症療法抗性之方法，其中該方法包括向有需要之個體投與本文所揭示之醫藥組合物。在一些實施例中，該方法誘導免疫反應之方法，其中該方法包括向有需要之個體投與本文所揭示之醫藥組合物。在一些實施例中，免疫反應係體液反應。在一些實施例中，免疫反應係細胞毒性T細胞反應。
在一些實施例中，個體患有癌症，其中癌症係選自由以下組成之群：黑色素瘤、卵巢癌、肺癌、前列腺癌、乳癌、結腸直腸癌、子宮內膜癌及慢性淋巴球性白血病(CLL)。
在一些實施例中，個體患有抵抗抗雌激素療法之乳癌。在一些實施例中，乳癌表現具有突變之雌激素受體。在一些實施例中，個體患有抵抗依魯替尼療法之CLL。在一些實施例中，CLL表現具有突變(例如C481S突變)之布魯頓酪胺酸激酶。在一些實施例中，個體患有抵抗酪胺酸激酶抑制劑之肺癌。在一些實施例中，肺癌表現具有突變(例如T790M、L792F或C797S突變)之表皮生長因子受體(EGFR)。
在一些實施例中，該方法進一步包括投與至少一種其他治療劑或治療方式。在一些實施例中，至少一種其他治療劑或治療方式係手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、多核苷酸、溶瘤病毒或其任一組合。在一些實施例中，至少一種其他治療劑係抗PD-1劑及抗PD-L1劑、抗CTLA-4劑或抗CD40劑。在一些實施例中，其他治療劑係在投與本文所揭示之醫藥組合物之前、同時或之後投與。
在一些其他態樣中，本文提供醫藥組合物用以製造用於療法中之藥劑之用途。在一些實施例中，治療方法包括向個體投與有效量之特異性識別免疫原性新抗原肽之T細胞。在一些實施例中，治療方法包括向個體投與有效量之特異性識別免疫原性新抗原肽之TCR (例如表現於T細胞中之TCR)。
在一些實施例中，癌症係選自由以下組成之群：癌瘤、淋巴瘤、母細胞瘤、肉瘤、白血病、鱗狀細胞癌、肺癌(包含小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及鱗狀肺癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(gastric或stomach cancer) (包含胃腸道癌)、胰臟癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝細胞瘤、乳癌、結腸癌、黑色素瘤、子宮內膜或子宮癌、唾液腺癌、腎癌(kidney或renal cancer)、肝癌、前列腺癌、外陰癌、甲狀腺癌、肝癌、頭頸癌、結腸直腸癌、直腸癌、軟組織肉瘤、卡波西氏肉瘤(Kaposi's sarcoma)、B細胞淋巴瘤(包含低級/濾泡性非何傑金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma) (NHL)、小淋巴球性(SL) NHL、中級/濾泡性NHL、中級彌漫性NHL、高級免疫母細胞性NHL、高級淋巴母細胞性NHL、高級小無核裂細胞NHL、巨塊型疾病NHL、外套細胞淋巴瘤、AIDS相關淋巴瘤及瓦登斯特隆巨球蛋白血症(Waldenstrom’s macroglobulinemia))、慢性淋巴球性白血病(CLL)、急性淋巴母細胞性白血病(ALL)、骨髓瘤、毛細胞白血病、慢性骨髓母細胞性白血病及移植後淋巴組織增殖性病症(PTLD)、與斑痣性錯構瘤病有關之異常血管增殖、水腫、梅格斯氏症候群(Meigs’ syndrome)及其組合。
本發明方法可用於治療業內已知之任一類型之癌症。擬藉由本發明方法治療之癌症之非限制性實例可包含黑色素瘤(例如轉移性惡性黑色素瘤)、腎癌(例如澄清細胞癌)、前列腺癌(例如激素難治性前列腺腺癌)、胰臟腺癌、乳癌、結腸癌、肺癌(例如非小細胞肺癌)、食管癌、頭頸鱗狀細胞癌、肝癌、卵巢癌、子宮頸癌、甲狀腺癌、神經膠母細胞瘤、神經膠質瘤、白血病、淋巴瘤及其他贅瘤性惡性腫瘤。
另外，本文所提供之疾病或病狀包含可使用本發明之治療方法抑制生長之難治性或復發性惡性腫瘤。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係選自由以下組成之群：癌瘤、鱗狀癌、腺癌、惡性肉瘤、子宮內膜癌、乳癌、卵巢癌、子宮頸癌、輸卵管癌、原發性腹膜腔癌、結腸癌、結腸直腸癌、生殖器區鱗狀細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、肺癌、非小細胞肺癌、肺鱗狀細胞癌、胃癌、膀胱癌、膽囊癌、肝癌、甲狀腺癌、喉癌、唾液腺癌、食管癌、頭頸癌、神經膠母細胞瘤、神經膠質瘤、頭頸鱗狀細胞癌、前列腺癌、胰臟癌、間皮瘤、肉瘤、血液癌、白血病、淋巴瘤、神經瘤及其組合。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症包含(例如)癌瘤、鱗狀癌(例如子宮頸管、眼瞼、結膜、陰道、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉及食管之鱗狀癌)及腺癌(例如前列腺、小腸、子宮內膜、子宮頸管、大腸、肺、胰臟、食管、直腸、子宮、胃、乳腺及卵巢之腺癌)。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症進一步包含惡性肉瘤(例如肌源性肉瘤)、白血病、神經瘤、黑色素瘤及淋巴瘤。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症係乳癌。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係三陰性乳癌(TNBC)。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係卵巢癌。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係結腸直腸癌。
在一些實施例中，擬使用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體患有實體腫瘤。在一些實施例中，實體腫瘤係黑色素瘤、腎細胞癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、膽囊癌、喉癌、肝癌、甲狀腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰臟癌或默克爾細胞癌(Merkel cell carcinoma)。在一些實施例中，擬使用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體患有血液癌。在一些實施例中，患者患有血液癌，例如瀰漫性大B細胞淋巴瘤(「DLBCL」)、何傑金氏淋巴瘤((「HL」)、非何傑金氏淋巴瘤(「NHL」)、濾泡性淋巴瘤(「FL」)、急性骨髓樣白血病(「AML」)或多發性骨髓瘤(「MM」)。在一些實施例中，擬治療之患者或患者群體患有選自由以下組成之群之癌症：卵巢癌、肺癌及黑色素瘤。
可根據本發明預防及/或治療之癌症之具體實例包含(但不限於)下列疾病：腎癌(renal cancer、kidney cancer)、多形性神經膠母細胞瘤、轉移性乳癌；乳癌；乳房肉瘤；神經纖維瘤；神經纖維瘤病；兒科腫瘤；神經母細胞瘤；惡性黑色素瘤；表皮癌；白血病，例如(但不限於)急性白血病、急性淋巴球性白血病、急性骨髓細胞性白血病(例如骨髓母細胞性白血病、前髓細胞性白血病、骨髓單核球性白血病、單核球性白血病、紅白血病及骨髓發育不良症候群)、慢性白血病(例如(但不限於)慢性骨髓細胞性(顆粒球性)白血病、慢性淋巴球性白血病、毛細胞白血病)；真性紅血球增多症；淋巴瘤，例如(但不限於)何傑金氏病(Hodgkin’s disease)、非何傑金氏病(non-Hodgkin’s disease)；多發性骨髓瘤，例如(但不限於)燜燃型多發性骨髓瘤、非分泌骨髓瘤、骨硬化性骨髓瘤、漿細胞白血病、單發性漿細胞瘤及髓外漿細胞瘤；瓦登斯特隆巨球蛋白血症；未定性之單株丙種球蛋白病；良性單株丙種球蛋白病；重鏈病；骨癌及結締組織肉瘤，例如(但不限於)骨肉瘤、骨髓瘤骨病、多發性骨髓瘤、膽脂瘤誘導性骨肉瘤、骨佩吉特氏病(Paget’s disease of bone)、骨肉瘤、軟骨肉瘤、尤恩氏肉瘤(Ewing’s sarcoma)、惡性巨細胞腫瘤、骨纖維肉瘤、脊索瘤、骨膜肉瘤、軟組織肉瘤、血管肉瘤(angiosarcoma、hemangiosarcoma)、纖維肉瘤、卡波西氏肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、淋巴管肉瘤、神經鞘瘤、橫紋肌肉瘤及滑膜肉瘤；腦腫瘤，例如(但不限於)神經膠質瘤、星形細胞瘤、腦幹神經膠質瘤、室管膜瘤、少突神經膠質瘤、非神經膠質腫瘤、聽神經鞘瘤、顱咽管瘤、髓母細胞瘤、腦膜瘤、松果體細胞瘤、松果體母細胞瘤及原發性腦淋巴瘤；乳癌，包含(但不限於)腺癌、小葉(小細胞)癌、導管內癌、髓質乳癌、黏液性乳癌、管狀乳癌、乳頭狀乳癌、佩吉特氏病(Paget’s disease) (包含幼年型佩吉特氏病)及發炎性乳癌；腎上腺癌，例如(但不限於)嗜鉻細胞瘤及腎上腺皮質癌；甲狀腺癌，例如(但不限於)乳頭狀或濾泡性甲狀腺癌、髓質甲狀腺癌及間變性甲狀腺癌；胰臟癌，例如(但不限於)胰島素瘤、胃泌素瘤、胰高血糖素瘤、胰腺瘤、促生長素抑制素分泌型腫瘤及類癌或胰島細胞腫瘤；垂體癌，例如(但限於)庫欣氏病(Cushing’s disease)、催乳素分泌型腫瘤、肢端肥大症及尿崩症；眼癌，例如(但不限於)眼部黑色素瘤(例如虹膜黑素瘤、脈絡膜黑素瘤及睫狀體黑素瘤)及視網膜母細胞瘤；陰道癌，例如鱗狀細胞癌、腺癌及黑色素瘤；外陰癌，例如鱗狀細胞癌、黑色素瘤、腺癌、基底細胞癌、肉瘤及佩吉特氏病；子宮頸癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌及腺癌；子宮癌，例如(但不限於)子宮內膜癌及子宮肉瘤；卵巢癌，例如(但不限於)卵巢上皮癌、交界瘤、生殖細胞腫瘤及基質腫瘤；子宮頸癌；食管癌，例如(但不限於)鱗狀癌、腺癌、腺樣囊性癌、黏液表皮樣癌、腺鱗狀癌、肉瘤、黑色素瘤、漿細胞瘤、疣狀癌及燕麥細胞(小細胞)癌；胃癌，例如(但不限於)腺癌、真菌樣生長(息肉樣)型癌、潰瘍型癌、淺表擴展型癌、擴散擴展型癌、惡性淋巴瘤、脂肪肉瘤、纖維肉瘤及癌肉瘤；結腸癌；結腸直腸癌、KRAS突變性結腸直腸癌；結腸癌；直腸癌；肝癌，例如(但不限於)肝細胞癌及肝母細胞瘤、膽囊癌，例如腺癌；膽管癌，例如(但不限於)乳突狀癌、結節性癌及擴散性癌；肺癌，例如KRAS突變性非小細胞肺癌、非小細胞肺癌、鱗狀細胞癌(表皮樣癌)、腺癌、大細胞癌及小細胞肺癌；肺癌；睪丸癌，例如(但不限於)生殖細胞腫瘤、精原細胞瘤、間變性癌、經典(典型)癌、生殖細胞癌、非精原細胞瘤、胚胎性癌、畸胎瘤癌、絨毛膜癌(卵黃囊瘤)；前列腺癌，例如(但不限於)雄激素獨立性前列腺癌、雄激素依賴性前列腺癌、腺癌、平滑肌肉瘤及橫紋肌肉瘤；陰莖癌；口腔癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌；基底癌；唾液腺癌，例如(但不限於)腺癌、黏液表皮樣癌及腺樣囊狀癌；咽癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌及疣狀癌；皮膚癌，例如(但不限於)基底細胞癌、鱗狀細胞癌及黑色素瘤、淺表擴展黑色素瘤、結節性黑色素瘤、小痣型惡性黑色素瘤、肢端著色斑性黑色素瘤；腎癌，例如(但不限於)腎細胞癌、腺癌、腎上腺樣瘤、纖維肉瘤、移行細胞癌(腎盂及/或子宮)；腎癌；維爾姆斯氏腫瘤(Wilms’ tumor)；膀胱癌，例如(但不限於)移行細胞癌、鱗狀細胞癌、腺癌、癌肉瘤。另外，癌症包含黏液肉瘤、成骨性肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、間皮瘤、滑膜瘤、血管母細胞瘤、上皮癌、囊腺癌、支氣管原癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳突狀癌及乳突狀腺癌。
癌症包含(但不限於) B細胞癌(例如多發性骨髓瘤)、瓦登斯特隆巨球蛋白血症、重鏈病(例如α鏈病、γ鏈病及μ鏈病)、良性單株丙種球蛋白病及免疫細胞類澱粉變性、黑色素瘤、乳癌、肺癌、支氣管癌、結腸直腸癌、前列腺癌(例如轉移性激素難治性前列腺癌)、胰臟癌、胃癌、卵巢癌、膀胱癌、腦癌或中樞神經系統癌、周邊神經系統癌、食管癌、子宮頸癌、子宮或子宮內膜癌、口腔癌或咽癌、肝癌、腎癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、甲狀腺癌、腎上腺癌、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血液組織癌及諸如此類。適用於本發明所涵蓋方法之癌症類型之其他非限制性實例包含人類肉瘤及癌瘤，例如纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、軟骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤恩氏腫瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、結腸癌、結腸直腸癌、胰臟癌、乳癌、卵巢癌、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺癌、髓質癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、肝癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、維爾姆斯氏腫瘤、子宮頸癌、骨癌、腦腫瘤、睪丸癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星形細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦膜瘤、黑色素瘤、神經母細胞瘤、視網膜母細胞瘤；白血病，例如急性淋巴球性白血病及急性骨髓細胞性白血病(骨髓母細胞性白血病、前髓細胞性白血病、骨髓單核球性白血病、單核球性白血病及紅白血病)；慢性白血病(慢性骨髓細胞性(顆粒球性)白血病及慢性淋巴球性白血病)；及真性多血症、淋巴瘤(何傑金氏病及非何傑金氏病)、多發性骨髓瘤、瓦登斯特隆巨球蛋白血症及重鏈病。在一些實施例中，藉由本發明方法測定表型之癌症係上皮癌，例如(但不限於)膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、婦科癌、腎癌、喉癌、肺癌、口腔癌、頭頸癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌或皮膚癌。在其他實施例中，癌症係乳癌、前列腺癌、肺癌或結腸癌。在再其他實施例中，上皮癌係非小細胞肺癌、非乳頭狀腎細胞癌、子宮頸癌、卵巢癌(例如漿液性卵巢癌)或乳癌。可以各種其他方式來描述上皮癌，包含(但不限於)漿液性、子宮內膜樣、黏液性、透明細胞性、布倫納氏(Brenner)或未分化性。在一些實施例中，本發明用於治療、診斷及/或預後淋巴瘤或其亞型(包含(但不限於)外套細胞淋巴瘤)。淋巴組織增殖性病症亦視為增殖性疾病。
在一些實施例中，個體乳癌，該乳癌抵抗抗雌激素療法，係MSI乳癌，係轉移性乳癌，係Her2陰性乳癌，係Her2陽性乳癌，係ER陰性乳癌，係ER陽性乳癌，或其任一組合。
在一些實施例中，乳癌表現具有突變之雌激素受體。
在一些實施例中，癌症係復發性或轉移性乳癌。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係三陰性乳癌(TNBC)。
本文所提供之醫藥組合物可單獨使用或與習用治療方案(例如手術、輻照、化學療法及/或骨髓移植(自體、同基因、同種異體或非相關))組合使用。
在一些實施例中，除包括免疫原性療法之醫藥組合物外，亦可投與至少一種或多種化學治療劑。在一些實施例中，一或多種化學治療劑可屬不同種類之化學治療劑。
在實踐本文所提供之治療方法或用途時，可向患有疾病或病狀之個體投與治療有效量之醫藥組合物。治療有效量可端視以下因素廣泛變化：疾病嚴重程度、個體之年齡及相對健康狀況、所用化合物之功效及其他因素。
個體可為(例如)哺乳動物、人類、懷孕女性、老年人、成人、青少年、前青少年、兒童、幼兒、嬰兒、新生兒或初生嬰兒。個體可為患者。在一些情形下，個體可為人類。在一些情形下，個體可為兒童(亦即小於青春期年齡之年輕人)。在一些情形下，個體可為嬰兒。在一些情形下，個體可為配方奶粉餵養嬰兒。在一些情形下，個體可為招募於臨床研究中之個體。在一些情形下，個體可為實驗室動物，例如哺乳動物或齧齒類動物。在一些情形下，個體可為小鼠。在一些情形下，個體可為肥胖或超重個體。
在一些實施例中，先前已使用一或多種不同癌症治療方式治療個體。在一些實施例中，先前已使用放射療法、化學療法或免疫療法中之一或多者治療個體。在一些實施例中，已使用一、二、三、四或五線之先前療法治療個體。在一些實施例中，先前療法係細胞毒性療法。
在一些實施例中，可使用本文所揭示之方法治療之疾病或病狀係細胞異常生長。在一些實施例中，可使用本文所揭示之方法治療之疾病或病狀係癌症。在一些實施例中，癌症係惡性癌症。在一些實施例中，癌症係良性癌症。在一些實施例中，癌症係侵襲性癌症。在一些實施例中，癌症係實體腫瘤。在一些實施例中，癌症係液體癌症。
本發明方法可用於治療業內已知之任一類型之癌症。擬藉由本發明方法治療之癌症之非限制性實例包含黑色素瘤(例如轉移性惡性黑色素瘤)、腎癌(例如澄清細胞癌)、前列腺癌(例如激素難治性前列腺腺癌)、胰臟腺癌、乳癌、結腸癌、肺癌(例如非小細胞肺癌)、食管癌、頭頸鱗狀細胞癌、肝癌、卵巢癌、子宮頸癌、甲狀腺癌、神經膠母細胞瘤、神經膠質瘤、白血病、淋巴瘤及其他贅瘤性惡性腫瘤。
另外，本文所提供之疾病或病狀包含可使用本發明之治療方法抑制生長之難治性或復發性惡性腫瘤。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係選自由以下組成之群：癌瘤、鱗狀癌、腺癌、惡性肉瘤、子宮內膜癌、乳癌、卵巢癌、子宮頸癌、輸卵管癌、原發性腹膜腔癌、結腸癌、結腸直腸癌、生殖器區鱗狀細胞癌、黑色素瘤、腎細胞癌、肺癌、非小細胞肺癌、肺鱗狀細胞癌、胃癌、膀胱癌、膽囊癌、肝癌、甲狀腺癌、喉癌、唾液腺癌、食管癌、頭頸癌、神經膠母細胞瘤、神經膠質瘤、頭頸鱗狀細胞癌、前列腺癌、胰臟癌、間皮瘤、肉瘤、血液癌、白血病、淋巴瘤、神經瘤及其組合。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症包含(例如)癌瘤、鱗狀癌(例如子宮頸管、眼瞼、結膜、陰道、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉及食管之鱗狀癌)及腺癌(例如前列腺、小腸、子宮內膜、子宮頸管、大腸、肺、胰臟、食管、直腸、子宮、胃、乳腺及卵巢之腺癌)。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症進一步包含惡性肉瘤(例如肌源性肉瘤)、白血病、神經瘤、黑色素瘤及淋巴瘤。在一些實施例中，擬藉由本發明方法治療之癌症係乳癌。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係三陰性乳癌(TNBC)。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係卵巢癌。在一些實施例中，擬藉由本發明之治療方法治療之癌症係結腸直腸癌。
在一些實施例中，擬使用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體患有實體腫瘤。在一些實施例中，實體腫瘤係黑色素瘤、腎細胞癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、膽囊癌、喉癌、肝癌、甲狀腺癌、胃癌、唾液腺癌、前列腺癌、胰臟癌或默克爾細胞癌。在一些實施例中，擬使用本發明之醫藥組合物治療之患者或患者群體患有血液癌。在一些實施例中，患者患有血液癌，例如瀰漫性大B細胞淋巴瘤(「DLBCL」)、何傑金氏淋巴瘤((「HL」)、非何傑金氏淋巴瘤(「NHL」)、濾泡性淋巴瘤(「FL」)、急性骨髓樣白血病(「AML」)或多發性骨髓瘤(「MM」)。在一些實施例中，擬治療之患者或患者群體患有選自由以下組成之群之癌症：卵巢癌、肺癌及黑色素瘤。
可根據本發明預防及/或治療之癌症之具體實例包含(但不限於)下列疾病：腎癌(renal cancer、kidney cancer)、多形性神經膠母細胞瘤、轉移性乳癌；乳癌；乳房肉瘤；神經纖維瘤；神經纖維瘤病；兒科腫瘤；神經母細胞瘤；惡性黑色素瘤；表皮癌；白血病，例如(但不限於)急性白血病、急性淋巴球性白血病、急性骨髓細胞性白血病(例如骨髓母細胞性白血病、前髓細胞性白血病、骨髓單核球性白血病、單核球性白血病、紅白血病及骨髓發育不良症候群)、慢性白血病(例如(但不限於)慢性骨髓細胞性(顆粒球性)白血病、慢性淋巴球性白血病、毛細胞白血病)；真性紅血球增多症；淋巴瘤，例如(但不限於)何傑金氏病、非何傑金氏病；多發性骨髓瘤，例如(但不限於)燜燃型多發性骨髓瘤、非分泌骨髓瘤、骨硬化性骨髓瘤、漿細胞白血病、單發性漿細胞瘤及髓外漿細胞瘤；瓦登斯特隆巨球蛋白血症；未定性之單株丙種球蛋白病；良性單株丙種球蛋白病；重鏈病；骨癌及結締組織肉瘤，例如(但不限於)骨肉瘤、骨髓瘤骨病、多發性骨髓瘤、膽脂瘤誘導性骨肉瘤、骨佩吉特氏病、骨肉瘤、軟骨肉瘤、尤恩氏肉瘤、惡性巨細胞腫瘤、骨纖維肉瘤、脊索瘤、骨膜肉瘤、軟組織肉瘤、血管肉瘤(angiosarcoma、hemangiosarcoma)、纖維肉瘤、卡波西氏肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、淋巴管肉瘤、神經鞘瘤、橫紋肌肉瘤及滑膜肉瘤；腦腫瘤，例如(但不限於)神經膠質瘤、星形細胞瘤、腦幹神經膠質瘤、室管膜瘤、少突神經膠質瘤、非神經膠質腫瘤、聽神經鞘瘤、顱咽管瘤、髓母細胞瘤、腦膜瘤、松果體細胞瘤、松果體母細胞瘤及原發性腦淋巴瘤；乳癌，包含(但不限於)腺癌、小葉(小細胞)癌、導管內癌、髓質乳癌、黏液性乳癌、管狀乳癌、乳頭狀乳癌、佩吉特氏病(包含幼年型佩吉特氏病)及發炎性乳癌；腎上腺癌，例如(但不限於)嗜鉻細胞瘤及腎上腺皮質癌；甲狀腺癌，例如(但不限於)乳頭狀或濾泡性甲狀腺癌、髓質甲狀腺癌及間變性甲狀腺癌；胰臟癌，例如(但不限於)胰島素瘤、胃泌素瘤、胰高血糖素瘤、胰腺瘤、促生長素抑制素分泌型腫瘤及類癌或胰島細胞腫瘤；垂體癌，例如(但限於)庫欣氏病、催乳素分泌型腫瘤、肢端肥大症及尿崩症；眼癌，例如(但不限於)眼部黑色素瘤(例如虹膜黑素瘤、脈絡膜黑素瘤及睫狀體黑素瘤)及視網膜母細胞瘤；陰道癌，例如鱗狀細胞癌、腺癌及黑色素瘤；外陰癌，例如鱗狀細胞癌、黑色素瘤、腺癌、基底細胞癌、肉瘤及佩吉特氏病；子宮頸癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌及腺癌；子宮癌，例如(但不限於)子宮內膜癌及子宮肉瘤；卵巢癌，例如(但不限於)卵巢上皮癌、交界瘤、生殖細胞腫瘤及基質腫瘤；子宮頸癌；食管癌，例如(但不限於)鱗狀癌、腺癌、腺樣囊性癌、黏液表皮樣癌、腺鱗狀癌、肉瘤、黑色素瘤、漿細胞瘤、疣狀癌及燕麥細胞(小細胞)癌；胃癌，例如(但不限於)腺癌、真菌樣生長(息肉樣)型癌、潰瘍型癌、淺表擴展型癌、擴散擴展型癌、惡性淋巴瘤、脂肪肉瘤、纖維肉瘤及癌肉瘤；結腸癌；結腸直腸癌、RAS突變性結腸直腸癌；結腸癌；直腸癌；肝癌，例如(但不限於)肝細胞癌及肝母細胞瘤、膽囊癌，例如腺癌；膽管癌，例如(但不限於)乳突狀癌、結節性癌及擴散性癌；肺癌，例如RAS突變性非小細胞肺癌、非小細胞肺癌、鱗狀細胞癌(表皮樣癌)、腺癌、大細胞癌及小細胞肺癌；肺癌；睪丸癌，例如(但不限於)生殖細胞腫瘤、精原細胞瘤、間變性癌、經典(典型)癌、生殖細胞癌、非精原細胞瘤、胚胎性癌、畸胎瘤癌、絨毛膜癌(卵黃囊瘤)；前列腺癌，例如(但不限於)雄激素獨立性前列腺癌、雄激素依賴性前列腺癌、腺癌、平滑肌肉瘤及橫紋肌肉瘤；陰莖癌；口腔癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌；基底癌；唾液腺癌，例如(但不限於)腺癌、黏液表皮樣癌及腺樣囊狀癌；咽癌，例如(但不限於)鱗狀細胞癌及疣狀癌；皮膚癌，例如(但不限於)基底細胞癌、鱗狀細胞癌及黑色素瘤、淺表擴展黑色素瘤、結節性黑色素瘤、小痣型惡性黑色素瘤、肢端著色斑性黑色素瘤；腎癌，例如(但不限於)腎細胞癌、腺癌、腎上腺樣瘤、纖維肉瘤、移行細胞癌(腎盂及/或子宮)；腎癌；維爾姆斯氏腫瘤；膀胱癌，例如(但不限於)移行細胞癌、鱗狀細胞癌、腺癌、癌肉瘤。另外，癌症包含黏液肉瘤、成骨性肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、間皮瘤、滑膜瘤、血管母細胞瘤、上皮癌、囊腺癌、支氣管原癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳突狀癌及乳突狀腺癌。
在一些實施例中，藉由投與醫藥組合物來治療具有RAS基因突變之個體之癌症，該醫藥組合物包括識別RAS突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。在一些實施例中，醫藥組合物包括編碼TCR之核酸序列。在一些實施例中，核酸係DNA或RNA。在一些實施例中，核酸係信使RNA，其編碼具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區之TCR。在一些實施例中，醫藥組合物包括含有編碼TCR之核酸序列且能夠驅動表現TCR之載體，其中TCR識別RAS突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物，且其中TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。在一些實施例中，醫藥組合物包括細胞，該細胞包括編碼識別RAS突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物之TCR的核酸序列，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。在一些實施例中，向患有癌症之個體投與醫藥組合物，該醫藥組合物包括識別RAS突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區，其中癌症係選自膽道腺癌、膀胱移行細胞癌、乳癌、子宮頸腺癌、結腸腺癌、結腸腺瘤、神經母細胞瘤(自主神經節)、急性骨髓樣白血病、慢性骨髓樣白血病、慢性骨髓單核球性白血病、幼年型骨髓單核球性白血病、急性淋巴母細胞性白血病、伯基特氏淋巴瘤、何傑金氏淋巴瘤、漿細胞骨髓瘤、肝細胞癌、大細胞癌、非小細胞癌、導管癌、內分泌腫瘤、前列腺癌、基底細胞癌、鱗狀細胞癌、惡性黑色素瘤、血管肉瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、橫紋肌肉瘤、黏液瘤、惡性纖維性組織細胞瘤、多形性肉瘤、生殖細胞瘤、精原細胞瘤、間變性癌、濾泡性癌、乳頭狀癌及許特耳細胞癌。
在一些實施例中，藉由投與醫藥組合物來治療具有GATA3基因突變之個體之癌症，該醫藥組合物包括識別GATA3突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。在一些實施例中，治療之具有GATA3基因突變之個體之乳癌。
在一些實施例中，藉由投與醫藥組合物來治療具有EGFR基因突變之個體之癌症，該醫藥組合物包括識別EGFR突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。在一些實施例中，藉由投與醫藥組合物來治療具有TMPRSS2:ERG基因突變之個體之癌症，該醫藥組合物包括識別TMPRSS2:ERG突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。
在一些實施例中，藉由投與醫藥組合物來治療具有BTK基因突變之個體之癌症，該醫藥組合物包括識別BTK突變表位與由個體之HLA等位基因編碼之MHC蛋白之複合物的TCR，TCR具有擁有本文所揭示之胺基酸序列之TCR α鏈可變區及TCR β鏈可變區。
儘管已在本文中展示並闡述了本發明之較佳實施例，但熟習此項技術者將顯而易見，該等實施例僅作為實例來提供。熟習此項技術者現將構想出多種變化形式、改變形式及取代形式，此並不背離本發明。應理解，可在實踐本發明中採用本文所闡述之本發明實施例之各種替代形式。下列申請專利範圍意欲界定本發明範圍並由此覆蓋該等申請專利範圍及其等效形式範圍內之方法及結構。實例 實例 1 ： 抗原特異性 T 細胞鑑別及驗證之工作流程
在此實例中，闡述生成及使用抗原肽特異性TCR之實例性工作流程。圖 1 顯示工作流程之圖形表示。圖 2 詳述工作流程過程之實例性時間線，其中首先自個體獲得PBMC並培養，然後在過夜培養物中穩定PBMC，並在存在肽及細胞介素下進行培育；單核球-及DC源抗原呈遞細胞(APC)幫助因應於由APC呈遞之肽抗原而誘導T細胞；在第10天至2週其間，抗原特異性T細胞發生擴增且針對抗原特異性及活化進行分選(舉例而言，CD8+標記物表現指示生成細胞毒性T淋巴球)。活化抗原反應性T細胞含有抗原特異性TCR。
簡言之，使用肽合成器合成含有突變靶表位之突變肽(例如突變TMPRSS2:ERG、RAS、BTK及GATA3肽)。使用合成肽來加載APC以刺激來自健康供體末梢血單核細胞(PBMC)之試樣之T細胞。亦可使用來自含有所關注新抗原之患者之PBMC來獲得新抗原特異性T細胞。在與加載肽之APC一起培育之後，藉由流式細胞術分析T細胞群體。使用流式細胞術分離抗原特異性T細胞(圖 1 、 2 、 4A 、 5 、 6 、 8F 、 8G 、 9 、 10A 、 10B 、 11 、 13 、 15 、 16A 及 16B )。針對經分離抗原特異性T細胞使用10x Genomics Single Cell V(D)J系統來實施單細胞TCR測序以描述經分離抗原特異性TCR之序列。使用Cell RangerTM 分析流水線來分析測序讀數，且選擇候選TCR序列以用於進一步之分析及功能分析(圖 1 、 6A 、 10A 、 10B 、 11 、 13 、 15 及 16A 以及16B )。
為分析TCR功能性，將編碼含有靶突變表位之TMPRSS2:ERG、RAS、BTK或GATA3肽之載體或mRNA轉導至HEK293T或A375細胞中以產生抗原表現細胞系。使用編碼候選TCR之核酸在慢病毒載體中轉導Jurkat細胞、TCRβ缺陷性Jurkat細胞或來自健康供體之PBMC (圖 3A )。實例性載體展示於圖 3B 中。圖 4B 、 6A 及 6B 、 10C-10F 、 11 及 13 展示TCR表現載體轉導細胞之功能分析。將TMPRSS2:ERG、RAS、BTK及GATA3抗原表現細胞系與用於抗原識別分析之經TCR轉導之Jurkat細胞、TCRβ缺陷性Jurkat細胞或來自健康供體之PBMC一起共培養以分析候選TCR的功能性(圖 7A-7B 、 8A-8E 、 10A-10F 、 12B 及 14 )。實例 2 ： 獲得抗原特異性 T 細胞
使用活體外T細胞誘導來擴增抗原特異性T細胞。將健康人類供體PBMC接種於24孔板之每一孔之AIM V培養基(Invitrogen)中。在24小時培育之後，向各孔中添加突變肽(TMPRSS2:ERG、RAS、BTK或GATA3)、TNF-α、IL-1β、PGE1及IL-7。每2天使用新鮮培養基更換培養基。在第10至20天，評估抗原特異性T細胞並分離(圖 2 )。實例 3 ： HLA- 多聚體染色及分選
藉由組合HLA-多聚體染色與2種不同螢光色素偶聯之重組HLA (HLA-A02.01、HLA-A03.01或HLA-A11.01)多聚體以及新抗原肽來檢測新抗原特異性T細胞。使用抗CD8、抗CD4、抗CD19、抗CD16、抗CD14、抗CD56抗體及Live/Dead IR染料(Invitrogen)進行細胞表面染色。將CD8+ T細胞鑑別為CD8+ CD4- CD19- CD16- CD14- CD56- IR- (圖 1 、 2 、 4A 、 5 、 6A 、 8F 、 8G 、 9 、 10A 、 10B 、 11 、 13 、 15 、 16A 及16B )。對於分選而言，將最多5×106 個細胞與1-20 μg多聚體在100 μL PBS + 0.5%人類血清中一起培育。使用抗體及Live/Dead IR染料將細胞再染色30 min。在染色之後，將細胞洗滌兩次並在PBS + 0.5%人類血清中稀釋。選通Live/Dead IR染料陰性細胞且在FACSAria細胞分選儀(BD Biosciences)上分選CD8+ /多聚體+ T細胞。實例 4 ：抗原特異性 TCR 之深度測序
在PBS及2% FBS (Hyclone Defined)之混合物中分選抗原特異性T細胞，且使用10x Genomics V(D)J套組基因來將來自單一T細胞之RNA條碼化。根據製造商方案來製備RNA庫。使用ILLUMINA’s MiSeq平臺對所得庫進行測序。然後使用10x Genomics分析軟體分析測序數據以獲得配對之TCR α及β序列。基於含有公共TCR α及/或TCRβ之細胞之頻率來鑑別顯性純系(圖 1 、 6 、 8F 、 8G 、 10A 、 10B 、 11 、 13 、 15 及 16A )。實例 5 ： 抗原特異性 TCR 基因合成及選殖
圖3A 代表納入TCR α鏈及TCR β鏈構築體之實例性載體設計之圖形圖；其中TCR α-及β-鏈構築體在TCR阿爾法(α)鏈及TCR貝塔(β)鏈中之每一者中包括編碼可變(V)、多樣性((D)，僅在β鏈構築體中)、接合(J)及恆定(C)區之核酸序列，如圖中所展示，在載體中具有包括表現所納入核酸序列所需之元件之上游調控元件(包含(例如)啟動子，例如如圖中所展示之EF1a區域))，且進一步納入F2A及P2A蛋白水解裂解位點及編碼用於嘌呤黴素調介之選擇之嘌呤黴素抗性(Puro)之序列。自pCDH-EF1-T2A-Puro (SBI system bioscience)構築慢病毒載體。藉由依次插入TCRβ可變區、TCRβ小鼠恆定區、弗林蛋白酶裂解位點、SGSG連接體、F2A位點、TCR α可變區、TCR α恆定區、T2A位點及嘌呤黴素抗性基因來生成抗原特異性TCR慢病毒載體(圖3A及3B)。實例 6 ：轉染及轉導
藉由瞬時轉染293T細胞來製備編碼抗原特異性TCR之慢病毒。在使用7 μg慢病毒載體、7 μg包裝質體混合物(pPAX及pMD2.G)、28 μL Fugene (Promega)及1 mL Opti-MEM (Gibco)轉染之前16小時，將細胞以7×106 個細胞接種於10 cm板上。在轉染之後每天更換培養基。在轉染之後72小時，收穫上清液並濃縮10倍。
使用編碼TCR序列之經濃縮慢病毒轉導Jurkat細胞或PBMC。洗滌Jurkat細胞並再懸浮於含有聚凝胺及10% FBS之RPMI-1640中。將5×105 個於100 μL培養基中之CD8-Jurkat細胞平鋪於96孔板中之每一孔中且添加25 μL經濃縮慢病毒。將細胞在2400旋/分鐘(rpm)下離心1小時並在CO2 培育器中培育。使用含有聚凝胺及FBS之新鮮培養基及25 μL經濃縮慢病毒再次轉導細胞。在第二轉導之後小時，將培養基更換為含有10% FBS及Pen/Strep 24之RPMI-1640。在轉導之後第4天開始嘌呤黴素處理(1 μg/ml)。實例 7 ： 結合至 HLA- 肽之經 TCR 轉導之 Jurkat
為評估TCR轉導，使用螢光色素偶聯多聚體(HLA-新抗原)、抗CD8抗體、抗mTCR恆定區抗體及Live /Dead IR染料將經轉導Jurkat細胞染色。藉由流式細胞術量測mTCR及多聚體陽性細胞(圖 4B 、 6A 、 6B 、 10A-10F 、 11 及 13 )。實例 8 ： 靶細胞之肽加載
對於外源性肽脈衝化而言，將1×106 個T2、293T或A375細胞在37℃及5% CO2 下與10 pg/mL人類β2 -微球蛋白(Calbiochem)及滴定量(介於1×10−5 M至1×10−12 M之間)之RAS或GATA3肽一起培育2 h，經10−5 M流行性感冒肽GIL (流行性感冒肽基質蛋白58-66 GILGFVTL, Metabion)脈衝化之T2細胞用作陰性對照。在洗滌之後，將加載肽之T2細胞用於IL-2釋放分析中(圖 6B 、 7 、 8 、 12E 及 14 )。實例 9 ： 新抗原表現性靶細胞
對於內源性抗原表現性靶細胞而言，使用編碼TMPRSS2::ERG、BTK、GATA3或KRAS突變肽之慢病毒載體轉導1×106 個HEK293或A375細胞。藉由嘌呤黴素(1 µg/ml)於培養基(DMEM，含有10% FBS)中選擇經轉導靶細胞。實例 10 ： IL-2 釋放分析
為探究特異性，可將T細胞純系(2.5×105 個細胞，50 μL)與HEK293T、經HLA-A03.01轉導之A375或經HLA-A11.01轉導之A375細胞系(5×104 個細胞，50 μL)及TMPRSS2::ERG、BTK、GATA3或KRAS突變肽新抗原一起培育。下列各圖顯示在各別TCR情形下之IL2釋放分析結果，如以下各圖內所繪示：圖 6B 、 7A 、 7B 、 8E 、 10C 、 12A 、 12B 及 14 )。在24 h共培養之後收穫培養上清液且藉由標準MSD使用V-PLEX人類IL-2分析(Meso Scale Discovery)評估IL-2濃度。實例 11 ： IFN- γ 釋放分析
為探究特異性，將T細胞純系(2×103 個細胞，100 μL)與表現TMPRSS2::ERG、BTK、GATA3或KRAS突變肽新抗原之細胞系一起培育。在24 h共培養之後收穫培養上清液且藉由標準ELISA使用OptEIA™ Human IFN-γ Set (BD Biosciences Pharmingen)進行評估。實例 12 ： 細胞毒性分析
可在標準4 h 51-鉻釋放分析中分析T細胞純系之細胞毒性活性。簡言之，可使用100 μCi Na2 51 CrO4 (ICN Biochemicals)將1×106 個靶細胞標記1-1.5 h。可將經51 Cr-標記之靶細胞與T細胞在含有12% FCS之RPMI 1640中一起培養。為測定功能親合性，可將1×104 個T細胞添加至1×103 個加載有滴定量TMPRSS2::ERG、BTK、GATA3或KRAS突變肽新抗原之肽脈衝化T2細胞中，從而得到10:1之恆定E:T。
在37℃共培養4 h之後，可收集50 μL上清液及可在γ計數器中量測放射性。特異性溶解之百分比可計算如下：100×(實驗釋放−自發釋放)/(最大釋放−自發釋放)。自發釋放可藉由在不存在效應細胞下培育靶細胞評估。為計算相對溶解百分比，可將最大特異性溶解百分比設定為參考值100%且可對應於此參考計算相應值。為測定半最大溶解，可將相對溶解百分比對肽濃度繪圖。該曲線與50%相對溶解交叉之肽濃度可視為半最大溶解值。實例 13 ： 細胞殺死分析
將RAS-新抗原特異性重組TCR轉導至PBMCs中且分析其殺死癌細胞系之能力(圖8A 、8B) 。與對照相比，重組TCR表現細胞展示殺死大於30%之癌細胞系。自SFFV啟動子表現具有小鼠恆定區之經修飾之重組TCR (rTCR)，且在來自健康供體之PBMCs中達成30%之新抗原特異性TCR轉導產率。使用SW620細胞系作為天然表現KRAS G12V突變之靶細胞。藉由慢病毒轉導將HLA-A11:01引入SW620細胞系中。將經rTCR轉導之PBMCs與兩種表現或不表現HLA-A11:01之不同SW620細胞系共培養6小時。然後收穫上清液及細胞以分析細胞介素分泌及細胞凋亡。
在共培養6小時之後，與未轉導之SW620 (Rasmut 細胞系)相比，在經HLA-A11:01轉導之SW620細胞系(Rasmut 細胞系+ HLA-A11:01)之組中檢測到顯著較高含量之IFNγ、IL-2及TNFα。此顯示，rTCR PBMC可特異性識別在接近真實腫瘤模型之細胞系之HLA-A11:01上含有G12V突變的RAS肽。同樣，與對照相比，在經HLA-A11:01轉導之SW620細胞系中觀察到顯著較高百分比之半胱天冬酶-3 (細胞凋亡標記物)陽性細胞。因此，經rTCR轉導之PBMCs不僅可分泌細胞介素(IFNγ、IL-2及TNFα)，且亦在功能上特異性殺死靶細胞。
在一些實例中，藉由以下評估細胞毒性活性：共培養表現對特定HLA上突變RAS肽具有特異性之TCR之T細胞與表現相應 HLA之經突變RAS肽轉導的靶癌細胞，及測定靶細胞之相對生長，並量測特異性靶癌細胞中之細胞凋亡標記物膜聯蛋白V (圖8C 、8D 、10D 、10E )。改造靶癌細胞以表現突變肽以及適當MHC-I等位基因。使用經模擬轉導之靶細胞(亦即不表現突變肽)作為陰性對照。亦轉導細胞以穩定表現GFP，允許追蹤靶細胞生長。轉導來自健康供體之PBMCs (用作效應細胞)以表現對突變RAS肽具有特異性之TCR。使用經模擬轉導之細胞作為陰性對照。將靶細胞與不同量之效應細胞一起在含有膜聯蛋白V-檢測試劑之培養基中共培養72h。使用IncuCyte S3裝置隨時間量測GFP信號及膜聯蛋白-V信號。藉由粒徑篩析濾出源自效應細胞之膜聯蛋白V信號。將靶細胞生長及死亡分別表示為隨時間之GFP及膜聯蛋白-V面積(mm2 )。圖8C顯示TCR含量(如藉由TCR/CD8+:靶比率測定)與靶細胞生長之高逆相關程度(上圖)。類似地，較高TCR含量與較高膜聯蛋白V陽性靶細胞相關，指示較高數目之凋亡靶細胞。此指示RAS TCR4在靶細胞破壞中之高度特異性及效率。
在一些實例中，在TCR選殖之前評估細胞毒性活性。將針對特異性HLA上之突變RAS肽誘導之T細胞與表現加載有多種濃度RAS突變肽之相應HLA之突變靶癌細胞一起共培養(圖 8F 、 8G )。量測特異性靶癌細胞中之相對生長及細胞凋亡標記物膜聯蛋白V。亦轉導靶細胞以穩定表現GFP，從而容許追蹤靶細胞生長。使用IncuCyte S3裝置隨時間量測GFP信號及膜聯蛋白-V信號。藉由粒徑篩析濾出源自效應細胞之膜聯蛋白V信號。將靶細胞生長及死亡分別表示為隨時間之GFP及膜聯蛋白-V面積(mm2 )。對於與無肽及/或野生型肽相比在低肽濃度下顯示細胞毒性之T細胞而言，可如上所述來實施TCR測序。就圖8F及8G中所展示實驗中展示之數據(右上角之圖)而言，T細胞之細胞毒性展示對於肽之良好劑量反應性，如藉由使用較高劑量肽之較低GFP表現細胞在指示時間內所指示。逆相關繪示，使用較高量之用於刺激T細胞上之TCR之肽，觀察到靶細胞生長之較高抑制，如所藉由較低GFP陽性細胞所證實。此證實，T細胞在限制靶細胞進展方面展現高TCR特異性及有效性。實例 14 ： 所研發重組 TCR 之匯總
此實例提供所研發TCR之細節。表1提供本文所闡述之TCR之概述且表2提供特定胺基酸及編碼序列。表 1.
Figure 108129290-A0304-0001
儘管已在本文中展示並闡述了本發明之較佳實施例，但熟習此項技術者將明瞭，該等實施例僅作為實例來提供。熟習此項技術者現將構想出多種變化形式、改變形式及取代形式，此並不背離本發明。應理解，可在實踐本發明中採用本文所闡述之本發明實施例之各種替代形式。下列申請專利範圍意欲界定本發明範圍並由此覆蓋該等申請專利範圍及其等效形式範圍內之方法及結構。
表2.序列 實施例
下列實施例涵蓋於本發明內： 1.     一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3、18、33、49、65、81、97、113、241、257、273、289、305、321、337、353、369、385、401、417、534、547及560之胺基酸序列具有至少84%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，且/或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6、21、36、52、68、84、100、116、244、260、276、292、308、324、340、356、372、388、404、420、537、550及563之胺基酸序列具有至少84%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 2.     一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之RAS之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自RAS之表位包括與選自SEQ ID NO: 15、30、45、46、61、62、77、78、93、94、109、110、125、126、219-222、253、254、269、270、285、286、301、302、317、318、333、334、349、350、365、366、381、382、397、398、413、414、429、430、544、557及600之胺基酸序列具有至少70%序列一致性或100%序列一致性之區域。 3.     一種核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼至少一種包括以下之T細胞受體(TCR)： a. TCR α鏈構築體及/或 b.     TCR β鏈構築體 其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A03:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。 4.     一種核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼至少一種包括以下之T細胞受體(TCR)： a. TCR α鏈構築體及/或 b.     TCR β鏈構築體 其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A02:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。 5.     一種核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼至少一種包括以下之T細胞受體(TCR)： a. TCR α鏈構築體及/或 b.     TCR β鏈構築體 其中TCR特異性結合至來自與由HLA-A11:01等位基因編碼之人類MHC複合之RAS之表位。 6.     如段落3中之實施例之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 71、87、103、295、311、327、343、359及391之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 7.     如段落4中之實施例之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 9及24之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 8.     如段落5中之實施例之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO:39、55、119、247、263、279、375、407、423、539、552及565之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 9.     如段落3中之實施例之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 74、90、106、298、314、330、346、362及394之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 10.   如實施例4之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 12及27之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 11.   如實施例5之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 42、58、122、250、266、282、378、410、426、541、554及567之胺基酸序列具有至少80%或至少90%或100%序列一致性之可變區。 12.   如段落1-3及6中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 63、79、95、287、303、319、335、351及383之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 13.   如段落1-3及6中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 66、82、98、290、306、322、338、354及386之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 14.   如段落1-2、4及7中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 1及16之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 15.   如段落1-2、4及10中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 4及19之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 16.   如段落1-2、5及8中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 31、47、111、239、255、271、367、399、415、532、545及558之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 17.   如段落1-2、5及11中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO:34、50、114、242、258、274、370、402、418、53、548及561之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 18.   如段落1-3、6及12中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 64、80、96、288、304、320、336、352及384之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 19.   如段落1-3、6及13中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 67、83、99、291、307、323、339、355及387之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 20.   如段落1-2、4、7及14中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 2及17之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 21.   如段落1-2、4、10及15中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 5及20之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 22.   如段落1-2、5、8及16中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與自SEQ ID NO: 32、48、112、240、256、272、368、400、416、533、546及559之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性選之互補決定區2 (CDR2)。 23.   如段落1-2、5、11及17中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 35、51、115、243、259、275、371、403、419、536、549及562之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 24.   如段落1-3、6、12及18中任一項之實施例之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 65、81、97、289、305、321、337、353及385之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 25.   如段落1-3、6、13及19中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 68、84、100、292、308、324、340、356及388之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 26.   如實施例1-2、4、7、14及20中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 3及18之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 27.   如段落1-2、4、10、15及21中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 6及21之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 28.   如段落1-2、5、8、16及22中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO:33、49、113、241、257、273、369、401、417、534、547及560之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 29.   如段落1-2、5、11、17及23中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO:36、52、116、244、260、276、372、404、420、537、550及563之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 30.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 9具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 12具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 31.   如段落1-5或30中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 1之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 2之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 3之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 4之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 5之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 6之CDR3。 32.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 24具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 27具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 33.   如段落1-5及32中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 16之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 17之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 18之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 19之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 20之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 21之CDR3。 34.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 39具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 42具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 35.   如段落1-5及34中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 31之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 32之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 33之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 34之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 35之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 36之CDR3。 36.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 37.   如段落1-5及36中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 47之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 48之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 49之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 50之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 51之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 52之CDR3。 38.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 71具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 74具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 39.   如段落1-5及38中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 63之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 64之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 65之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 66之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 67之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 68之CDR3。 40.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 87具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 90具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 41.   如段落1-5及40中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 79之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 80之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 81之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 82之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 83之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 84之CDR3。 42.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 103具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 106具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 43.   如段落1-5及42中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 95之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 96之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 97之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 98之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 99之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 100之CDR3。 44.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 119具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 122具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 45.   如段落1-5及44中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 111之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 112之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 113之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 114之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 115之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 116之CDR3。 46.   如實施例1-5中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 247具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 250具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 47.   如段落1-5及46中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 239之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 240之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 241之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 242之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 243之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 244之CDR3。 48.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 263具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 266具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 49.   如段落1-5及48中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 255之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 256之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 257之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 258之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 259之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 260之CDR3。 50.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 279具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 282具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 51.   如段落1-5及50中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 271之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 272之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 273之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 274之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 275之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 276之CDR3。 52.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 295具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 298具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 53.   如段落1-5及52中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 287之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 288之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 289之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 290之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 291之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 292之CDR3。 54.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 311具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 314具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 55.   如段落1-5及54中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 303之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 304之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 305之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 306之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 307之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 308之CDR3。 56.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 327具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 330具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 57.   如段落1-5及56中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 319之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 320之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 321之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 322之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 323之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 324之CDR3。 58.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 343具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 346具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 59.   如段落1-5及58中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 335之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 336之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 337之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 338之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 339之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 340之CDR3。 60.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 359具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 361具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 61.   如段落1-5及60中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 351之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 352之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 353之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 354之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 355之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 356之CDR3。 62.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 375具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 378具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 63.   如段落1-5及62中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 367之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 368之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 369之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 370之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 371之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 372之CDR3。 64.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 65.   如段落1-5及64中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 383之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 384之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 385之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 386之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 387之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 388之CDR3。 66.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 407具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 410具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 67.   如段落1-5及66中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 399之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 400之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 401之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 402之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 403之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 404之CDR3。 68.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 423具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 426具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 69.   如段落1-5及68中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 415之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 416之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 417之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 418之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 419之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 420之CDR3。 70.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 542具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 543具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 71.   如段落1-5及70中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 532之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 533之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 534之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 535之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 536之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 537之CDR3。 72.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 555具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 556具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 73.   如段落1-5及72中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 545之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 546之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 547之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 548之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 549之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 550之CDR3。 74.   如段落1-5中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 568具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 569具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 75.   如段落1-5及74中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 558之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 559之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 560之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 561之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 562之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 563之CDR3。 76.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 144及SEQ ID NO: 147之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 77.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之TMPRSS2:ERG之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自TMPRSS2:ERG之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 156具有至少90%序列一致性之區域。 78.   如段落76或77中之實施例之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 79.   如段落76或77中之實施例之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 80.   如段落76-80中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體分別包括與SEQ ID NO: 142或SEQ ID NO: 145具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 81.   如段落76-80中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 143或SEQ ID NO: 146具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 82.   如段落76-81中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 150具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 153具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 83.   如段落76-82中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 142之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 143之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 144之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 145之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 146之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 147之CDR3。 84.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 129、132、191、194、206及209之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 85.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體能夠特異性結合至突變GATA3肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因編碼之蛋白質的複合物，其中TCR包括 a. TCR α鏈構築體及/或 b.     TCR β鏈構築體。 86.   一種重組核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR a. 特異性結合至突變GATA3肽與HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01蛋白之複合物； b.     包括與SEQ ID NO: 129、132、191、194、206或209具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之α鏈互補決定區3 (CDR3)；且/或 c. 特異性結合至包括與SEQ ID NO: 141、203或218具有至少70%序列一致性或100%序列一致性之區域之突變GATA3肽。 87.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之GATA3之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自GATA3之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 141、203或218具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之區域。 88.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135、197或212具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 89.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138、200或215具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 90.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 127、130、189、192、204及207之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 91.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 128、131、190、193、205及208之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 92.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 135具有至少80%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 138具有至少80%序列一致性之可變區。 93.   如段落86中之實施例之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 127之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 128之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 129之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 130之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 131之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 132之CDR3。 94.   如段落84-87中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 197具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 200具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 95.   如段落94中之實施例之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 189之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 190之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 191之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 192之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 193之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 194之CDR3。 96.   如段落78-85中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 212具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 215具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 97.   如段落90中之實施例之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 204之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 205之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 206之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 207之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 208之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 209之CDR3。 98.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 161及SEQ ID NO: 176之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 164及SEQ ID NO: 179之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 99.   一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體能夠特異性結合至突變BTK肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因編碼之蛋白質的複合物，其中TCR包括 (a)    TCR α鏈構築體及/或 (b)    TCR β鏈構築體。 100.  一種重組核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR a. 特異性結合至突變BTK肽與HLA-A02:01蛋白之複合物； b.     包括與SEQ ID NO: 161、164、176或179具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或 c. 特異性結合至包括與SEQ ID NO: 173或188具有至少70%序列一致性或100%序列一致性之區域之突變BTK肽。 101.  一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之BTK之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自BTK之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 173或188具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之區域。 102.  如段落98-101中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 103.  如段落98-102中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 104.  如段落98-103中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 159、162、174及177之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 105.  如段落98-104中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 160、163、175及178之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 106.  如段落98-105中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 167或182具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 170或185具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 107.  如段落98-106中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 159或174之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 160或175之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 161或176之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 162或177之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 163或178之CDR2，且 iii.    SEQ ID NO: 164或179之CDR3。 108.  一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中TCR α鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 449、SEQ ID NO: 466、SEQ ID NO: 483、SEQ ID NO: 500及SEQ ID NO: 517之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)，或其中TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 452、SEQ ID NO: 469、SEQ ID NO: 486、SEQ ID NO: 503及SEQ ID NO: 520之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)。 109.  一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體能夠特異性結合至突變EGFR肽與由患有癌症之個體之HLA等位基因編碼之蛋白質的複合物，其中TCR包括 a. TCR α鏈構築體及/或 b.     TCR β鏈構築體。 110.  一種重組核酸或包括重組核酸之細胞，其中核酸編碼包括TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體之T細胞受體(TCR)，其中TCR a. 特異性結合至突變EGFR肽與HLA-A02:01蛋白之複合物； b.     包括與SEQ ID NO: 449、466、483、500、517、452、469、486、503或520具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區3 (CDR3)；且/或 c. 特異性結合至包括與SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531具有至少70%序列一致性或100%序列一致性之區域之突變EGFR肽。 111.  一種編碼至少一種T細胞受體(TCR)之核酸，該T細胞受體包括能夠特異性結合至來自與人類MHC複合之EGFR之表位之TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體，其中來自EGFR之表位包括與胺基酸序列SEQ ID NO: 461、462、463、478、479、480、495、496、497、512、513、514、529、530或531具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之區域。 112.  如段落108-111中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 455、472、489、506或526具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 113.  如段落108-112中之實施例中任一項之核酸，其中TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 458、475、492、509或526具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區。 114.  如段落108-113中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 447、464、481、498、515、450、467、484、501及518之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區1 (CDR1)。 115.  如段落108-114中之實施例中任一項之核酸，其中TCR α鏈構築體及/或TCR β鏈構築體包括與選自SEQ ID NO: 448、465、482、499、516、451、468、485、502及519之胺基酸序列具有至少90%序列一致性或100%序列一致性之互補決定區2 (CDR2)。 116.  如段落108-115中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括與SEQ ID NO: 455、472、489、506或523具有至少80%序列一致性或100%序列一致性之可變區；且 b.     TCR β鏈構築體包括與SEQ ID NO: 458、475、492、509或526具有至少80%序列一致性之可變區。 117.  如段落108-116中之實施例中任一項之核酸，其中 a. TCR α鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 447、464、481、498或515之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 448、465、482、499或516之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 449、466、483、500或517之CDR3；且 b.     TCR β鏈構築體包括 i. SEQ ID NO: 450、467、484、501或518之CDR1， ii.     SEQ ID NO: 451、468、485、502或519之CDR2，及 iii.    SEQ ID NO: 452、469、486、503或520之CDR3。 118.  如段落1-117中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括選自由以下組成之群之突變：點突變、剪接位點突變、框移突變、連讀突變、抗性突變、基因融合突變及其任一組合。 119.  如實施例1-69中任一項之核酸，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因或HLA-A03:01等位基因或HLA-A11:01等位基因編碼。 120.  如段落1-69中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括點突變。 121.  如段落120中之實施例之核酸，其中點突變係G12V突變。 122.  如段落120中之實施例之核酸，其中點突變係G12C突變。 123.  如段落120中之實施例之核酸，其中點突變係G12D突變。 124.  如段落76-83中之實施例中任一項之核酸，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。 125.  如段落76-83及124中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括基因融合突變。 126.  如段落84-97中之實施例中任一項之核酸，其中人類MHC係由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼。 127.  如段落84-97及126中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括框移突變。 128.  如段落98-107中之實施例中任一項之核酸，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。 129.  如段落98-107及128中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括點突變。 130.  如段落129中之實施例之核酸，其中點突變係C481S突變。 131.  如段落108-117中之實施例中任一項之核酸，其中人類MHC係由HLA-A02:01等位基因編碼。 132.  如段落108-117中之實施例中任一項之核酸，其中表位包括點突變。 133.  如段落132中之實施例之核酸，其中點突變係T790M。 134.  如段落1-130中之實施例中任一項之核酸，其中表位具有至少8個胺基酸之長度。 135.  如段落1-134中之實施例中任一項之核酸，其中表位具有至少16個胺基酸之長度。 136.  如實施例1-135中任一項之核酸，其中表位具有8-25個胺基酸之長度。 137.  如實施例1-136中任一項之核酸，其中表位具有8-12個胺基酸之長度。 138.  如段落1-136中之實施例中任一項之核酸，其中表位具有16-25個胺基酸之長度。 139.  如段落1-136中之實施例中任一項之核酸，其中表位具有7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸之長度。 140.  如段落1-139中之實施例中任一項之核酸，其中表位以大於相應野生型表位之親和力結合至人類MHC。 141.  如段落1-140中之實施例中任一項之核酸，其中表位w以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD或IC50結合至人類MHC。 142.  如實施例108-141中任一項之核酸，其中突變並不存在於個體之非癌細胞中。 143.  如段落1-142中之實施例中任一項之核酸，其中表位係由個體癌細胞之基因或表現基因所編碼。 144.  如段落1-143中之實施例中任一項之核酸，其中TCR以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD或IC50結合至MHC-肽複合物。 145.  如段落1-144中之實施例中任一項之核酸，其中核酸可操作地連接至啟動子。 146.  一種載體，其包括如段落1-145中之實施例中任一項之核酸。 147.  如段落146之實施例之載體，其中載體係自擴增 RNA複製子、質體、噬菌體、轉座子、黏粒、病毒或病毒體。 148.  如段落146或147之實施例之載體，其中載體係病毒載體。 149.  如段落148之實施例之載體，其中載體係衍生自逆轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒、皰疹病毒、痘病毒、α病毒、牛痘病毒、B型肝炎病毒、人類乳頭瘤病毒或其假型。 150.  如段落146或147之實施例之載體，其中載體係非病毒載體。 151.  如段落150之實施例之載體，其中非病毒載體係奈米顆粒、陽離子脂質、陽離子聚合物、金屬奈米聚合物、奈米棒、脂質體、微胞、微泡、細胞穿透肽或脂質球。 152.  一種蛋白質，其由如段落1-145中之實施例中任一項之核酸編碼。 153.  一種細胞，其包括如段落1-149中之實施例中任一項之核酸、如實施例144-149中任一項之載體或如實施例146之蛋白質。 154.  如實施例153之細胞，其中該細胞係CD4+ T細胞。 155.  如實施例153之細胞，其中該細胞係CD8+ T細胞。 156.  如實施例153之細胞，其中該細胞係自體細胞。 157.  如實施例153之細胞，其中該細胞係同種異體細胞。 158.  如實施例153之細胞，其中該細胞係天然殺手細胞、B細胞或永生化細胞系。 159.  如段落153-156中之實施例中任一項之細胞，其中該細胞係人類細胞。 160.  一種醫藥組合物，其包括如段落1-143中之實施例中任一項之核酸、如段落146-151中之實施例中任一項之載體、如段落152中之實施例之蛋白質或如段落153-159中之實施例中任一項之細胞；及醫藥上可接受之賦形劑或稀釋劑。 161.  如段落160中之實施例之醫藥組合物，其進一步包括免疫調節劑或佐劑。 162.  如段落161中之實施例之醫藥組合物，其中免疫調節劑係細胞介素。 163.  如段落160-162中之實施例中任一項之醫藥組合物，其中佐劑係聚I:C。 164.  如段落160-163中之實施例中任一項之醫藥組合物，其用於治療免疫疾病或癌症。 165.  一種如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物之用途，其用於治療免疫疾病或癌症。 166.  一種如段落1-145中之實施例中任一項之核酸、如段落146-151中之實施例中任一項之載體、如段落152中之實施例之蛋白質或如實施例153-159中任一項之細胞之用途，其用以製造用於治療免疫疾病或癌症之藥劑。 167.  如段落166中之實施例之用途，其中該藥劑係接受性T細胞療法或TCR基因療法。 168.  一種治療患有疾病或病狀之個體之方法，其包括向個體投與如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物。 169.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物。 170.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物；其中將個體鑑別為正表現或表現由個體基因體之HLA-A02:01等位基因、HLA-B07:02、HLA-B08:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質。 171.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與TCR或表現TCR之T細胞，其中TCR特異性結合至突變RAS肽與由HLA-A02:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01編碼之蛋白質之複合物；其中將個體鑑別為正表現或表現由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質，其中個體表現HLA等位基因。 172.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與如段落154-158中之實施例中任一項之醫藥組合物；其中TCR結合至在G12處包括突變之突變RAS肽與HLA-A02:01、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01之複合物；其中將個體鑑別為表現由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質。 173.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變GATA3肽包括至少一個突變胺基酸且係源自癌細胞GATA3基因中之突變之突變GATA3蛋白之至少8個鄰接胺基酸的片段；其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。 174.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變GATA3肽包括一或多個由GATA3 neoORF序列編碼之突變GATA3胺基酸，其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。 175.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與TCR或表現TCR之T細胞；其中TCR特異性結合至突變GATA3肽與由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質之複合物；其中將個體鑑別為正表現或表現由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。 176.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變TMPRSS2:ERG肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變TMPRSS2:ERG肽包括至少一個突變胺基酸且係TMPRSS2:ERG基因融合突變之片段；其中突變TMPRSS2:ERG肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 177.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括至少一個突變胺基酸；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 178.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括抗性突變或點突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 179.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)之組合物；其中突變BTK肽包括C481S突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 180.  一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向個體投與包括T細胞受體(TCR)或表現TCR之T細胞之組合物，其中TCR特異性結合至突變EGFR肽與由HLA-A02:01編碼之蛋白質之複合物；其中突變EGFR肽包括抗性突變或點突變，其中將個體鑑別為正表現或表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 181.  如段落178中之實施例之方法，其中突變EGFR肽包括T790M突變。 182.  一種預防癌症療法抗性之方法，該方法包括向有需要之個體投與如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物。 183.  一種誘導免疫反應之方法，該方法包括向有需要之個體投與如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物。 184.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因、HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質之個體，其中治療劑係如段落160-164中之實施例中任一項之醫藥組合物。 185.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變GATA3肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變GATA3肽包括至少一個突變胺基酸且係源自癌細胞GATA3基因中之突變之突變GATA3蛋白之至少8個鄰接胺基酸的片段；其中突變GATA3肽結合至由HLA-A02:01、HLA-B07:02或HLA-B08:01等位基因編碼之蛋白質。 186.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對在G12處包括突變之突變RAS肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變RAS肽結合至由HLA-A03:01等位基因、HLA-A11:01等位基因、HLA-A03:02等位基因、HLA-A30:01等位基因、HLA-A31:01等位基因、HLA-A33:01等位基因、HLA-A33:03等位基因、HLA-A68:01等位基因或HLA-A74:01等位基因編碼之蛋白質。 187.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變TMPRSS2:ERG肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變TMPRSS2:ERG肽包括至少一個突變胺基酸且係TMPRSS2:ERG基因融合突變之片段；其中突變TMPRSS2:ERG肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 188.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括至少一個突變胺基酸；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 189.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑係對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括抗性突變或點突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 190.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑係對突變BTK肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變BTK肽包括C481S突變；其中突變BTK肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 191.  一種將患有癌症之個體鑑別為治療候選者之方法，該方法包括將個體鑑別為表現由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質者，其中治療劑包括對突變EGFR肽與HLA蛋白之複合物具有特異性之T細胞受體(TCR)；其中突變EGFR肽包括至少一個突變胺基酸T790M；其中突變EGFR肽結合至由HLA-A02:01等位基因編碼之蛋白質。 192.  如段落162-185中之實施例中任一項之方法，其中癌症係選自由以下組成之群：乳癌、肺癌、非小細胞肺癌、胰臟癌、結腸直腸癌、子宮癌、黑色素瘤、卵巢癌、前列腺癌、子宮內膜癌、慢性淋巴球性白血病(CLL)及肝癌。 193.  如段落162-185中之實施例中任一項之方法，其中個體患有乳癌，該乳癌抵抗抗雌激素療法，係MSI乳癌，係轉移性乳癌，係Her2陰性乳癌，係Her2陽性乳癌，係ER陰性乳癌，係ER陽性乳癌，係復發性乳癌，係轉移性乳癌，或係其任一組合。 194.  如實施例193之方法，其中乳癌表現具有突變之雌激素受體。 195.  如段落169-191中之實施例中任一項之方法，其中個體患有抵抗抗雌激素療法之乳癌。 196.  如段落195中之實施例之方法，其中乳癌表現具有突變之雌激素受體。 197.  如段落169-196中之實施例中任一項之方法，其中個體患有抵抗依魯替尼療法之CLL。 198.  如段落197中之實施例之方法，其中CLL表現具有突變(例如C481S突變)之布魯頓酪胺酸激酶(BTK)。 199.  如段落169-197中之實施例中任一項之方法，其中個體患有抵抗酪胺酸激酶抑制劑之肺癌。 200.  如段落199中之實施例之方法，其中肺癌表現具有突變(例如T790M、L792F或C797S突變)之表皮生長因子受體(EGFR)。 201.  如段落169-200中之實施例中任一項之方法，其進一步包括投與至少一種其他治療劑或治療方式。 202.  如段落168-200中之實施例中任一項之方法，其中在個體中誘發免疫反應。 203.  如段落200中之實施例之方法，其中免疫反應係體液反應。 204.  如段落200中之實施例之方法，其中免疫反應係細胞毒性T細胞反應。 205.  如段落168-204中之實施例中任一項之方法，其進一步包括投與至少一種其他治療劑或治療方式。 206.  如段落205中之實施例之方法，其中至少一種其他治療劑或治療方式係手術、檢查點抑制劑、抗體或其片段、化學治療劑、輻射、疫苗、小分子、T細胞、載體及APC、多核苷酸、溶瘤病毒或其任一組合。 207.  如段落206中之實施例之方法，其中至少一種其他治療劑係抗PD-1劑及抗PD-L1劑、抗CTLA-4劑或抗CD40劑。 208.  如段落206或207中之實施例之方法，其中在投與如實施例160-164中任一項之醫藥組合物之前、同時或之後投與其他治療劑。 209.  如段落169-183中之實施例中任一項或如段落201-208中之實施例中任一項之方法，其中投與包括經皮下或經靜脈內投與。 210.  如段落169-209中之實施例中任一項之方法，其中個體係在內分泌療法與CDK 4/6抑制劑之組合後具有疾病進展之個體。 211.  一種方法，其包括： a. 自包括T細胞群體之試樣鑑別新抗原特異性T細胞； b.     鑑別由抗原呈遞細胞(APC)呈遞之肽-MHC複合物之一或多種肽； c. 自新抗原特異性T細胞鑑別T細胞受體(TCR)之可變序列； d.     表現包括TCR細胞中所鑑別TCR之可變序列之重組TCR；及 e. 實施功能分析，其中該功能分析包括使TCR細胞接觸包括一或多種所鑑別肽中之肽之肽-MHC複合物。 212.  如段落211中之實施例之方法，其中該方法包括獲得包括含有新抗原特異性T細胞之細胞群體之試樣。 213.  如段落212中之實施例之方法，其中獲得試樣包括自健康個體或自患有癌症之個體獲得T細胞試樣。 214.  如段落213中之實施例之方法，其中T細胞試樣係來自健康供體。 215.  如段落213或214中之實施例之方法，其中T細胞試樣係末梢血單核細胞(PBMC)試樣。 216.  如段落211-215中之實施例中任一項之方法，其中鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體接觸至少一種包括新抗原肽之肽-MHC多聚體複合物。 217.  如段落205-209中之實施例中任一項之方法，其中鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體接觸包括新抗原肽之肽-MHC複合物。 218.  如段落211中之實施例之方法，其中鑑別新抗原特異性T細胞包括使T細胞群體包括肽-MHC複合物之APC接觸。 219.  如段落216-218中之實施例中任一項之方法，其中鑑別新抗原特異性T細胞進一步包括分離對肽-MHC複合物具有特異性之T細胞群體之T細胞。 220.  如實施例216-218中任一項之方法，其中鑑別新抗原特異性T細胞進一步包括基於TCR單株性來鑑別或預測對肽-MHC複合物具有特異性之T細胞群體之T細胞。 221.  如段落220中之實施例之方法，其中自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列係實施於鑑別新抗原特異性T細胞之前。 222.  如段落211-221中之實施例中任一項之方法，其中自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對一或多種新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之DNA、RNA或其擴增產物進行測序。 223.  如段落211-222中之實施例中任一項之方法，其中自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對單一新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之DNA、RNA或其擴增產物進行測序。 224.  如段落215-223中之實施例中任一項之方法，其中自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括對一或多種新抗原特異性T細胞中編碼可變序列之條碼化DNA或條碼化RNA或其擴增產物進行測序。 225.  如段落221-224中之實施例中任一項之方法，其中自新抗原特異性T細胞鑑別TCR之可變序列包括使TCR-α鏈與TCR-β鏈進行配對。 226.  如段落211-225中之實施例中任一項之方法，其中表現重組TCR包括表現自包括編碼所鑑別可變序列之序列之多核苷酸鑑別之可變序列。 227.  如段落226中之實施例之方法，其中多核苷酸係載體。 228.  如段落227中之實施例之方法，其中載體係病毒載體。 229.  如段落228中之實施例之方法，其中病毒載體係慢病毒載體。 230.  如段落226-229中之實施例中任一項之方法，其中表現重組TCR包括將多核苷酸轉導或轉染至細胞中。 231.  如段落230中之實施例之方法，其中該等細胞係T細胞系或健康供體PMBC。 232.  如段落211-231中之實施例中任一項之方法，其中鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括在細胞中表現一或多種肽。 233.  如段落211-231中之實施例中任一項之方法，其中鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括將一或多種肽加載於細胞之MHC上。 234.  如段落211-233中之實施例中任一項之方法，其中鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括自肽MHC複合物洗脫或分離一或多種肽中之肽。 235.  如段落211-234中之實施例中任一項之方法，其中鑑別肽-MHC複合物中由APC呈現之一或多種肽包括對自肽-MHC複合物分離或洗脫之一或多種肽中之肽實施質譜。 236.  如段落211-235中之實施例中任一項之方法，其中實施功能分析包括測定一或多種細胞標記物之表現。 237.  如段落236中之實施例之方法，一或多種細胞標記物包括TNF-α、IFN-γ、LAMP-1、4-1BB、IL-2、IL-17A、顆粒酶B、PD-1、CD25、CD69、TIM3、LAG3、CTLA-4、CD62L、CD45RA、CD45RO、FoxP3或其任一組合。
本發明之新穎特徵特定闡述於隨附申請專利範圍中。參照陳述其中利用本發明原理之闡釋性實施例之下文詳細說明及附圖將會更佳地理解本發明之特徵及優點，在附圖中：
圖1 繪示抗原特異性TCR之鑑別及分析之工作流程。可使用所關注抗原刺激來自健康供體之PBMC，然後可使用肽-MHC多聚體來鑑別抗原特異性T細胞(左)。可分離抗原特異性T細胞且可對TCR進行測序並分析(中左)。可在細胞系或PBMC中合成且表現TCR，且可藉由肽-MHC多聚體再次證實特異性(中右)。然後可將TCR表現細胞系或PBMC與抗原表現細胞系一起共培養以證實TCR之功能性(右)。
圖2 係抗原特異性CD8+ T細胞擴增之實例性示意圖。可使用所關注抗原及細胞介素刺激PBMC。在擴增之後，可使用肽-MHC多聚體鑑別抗原特異性CD8+ T細胞。
圖3A 係重組TCR構築體及用於在細胞中表現TCR構築體之載體設計之實例性示意圖。
圖3B 係編碼用於轉導或轉染至細胞中之重組TCR之病毒載體之實例性示意圖。
圖4A 繪示因應於RAS肽刺激之RAS抗原特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析。
圖4B 繪示在分選前10%在嘌呤黴素(puromycin)選擇之後表現重組TCR之多聚體陽性細胞之後之RAS抗原特異性Jurkat細胞的實例性流式細胞術分析。
圖5 繪示因應於RAS G12V肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增(左)、因應於RAS G12C肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增(中)及因應於RAS G12D肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增(右)的實例性流式細胞術分析。
圖6A 繪示因應於G12V或G12C突變RAS肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析(左)；在對來自所彙集命中物之TCR進行測序之後之TCR純系豐度分析(中)；及在Jurkat細胞中重組表現TCR之後前2種擷取純系之突變體特異性與野生型特異性之證實(右)。
圖6B 繪示用以評估三種RAS TCR (RAS TCR-3、RAS TCR-4、RAS TCR-11)之特異性(左)及親合性(右)之TCR功能分析之實驗結果。該等圖展示在共培養經RAS TCR轉導之細胞與表現加載有RAS野生型或RAS突變肽(左)或增加量之RAS突變肽(右)之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生。
圖7A 繪示TCR功能親合性分析(肽滴定)之實驗結果。該圖形展示在共培養經RAS TCR轉導之Jurkat細胞與表現加載有增加量之RAS野生型或RAS突變肽之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生。
圖 7B 繪示展示在共培養經RAS TCR-4轉導之Jurkat細胞與A375細胞後之IL-2產生之實例性圖形，該等A375細胞經修飾以僅表現HLA-A11:01、經修飾以表現HLA-A11:01及KRAS G12V突變或經修飾以表現HLA-A11:01及不相關突變。
圖8A 繪示展示在共培養經RAS TCR-4轉導之PBMC與天然RAS G12V突變SW620結腸癌細胞系後之IFNγ分泌之實例性圖形，該結腸癌細胞系未經操縱、表現HLA-A11:01以及所添加RAS G12V肽及僅表現HLA-A11:01。
圖8B 繪示展示在共培養經RAS TCR轉導之PBMC與天然RAS G12V突變SW620結腸癌細胞系後之半胱天冬酶(Caspase)-3活化之實例性圖形，該結腸癌細胞系未經操縱、表現HLA-A11:01以及所添加RAS G12V肽及僅表現HLA-A11:01。
圖8C 繪示細胞毒性分析之實驗結果，其中將經不相關TCR (左)或RAS TCR-4 (右)轉導之PBMC與表現HLA-A11:01及GFP之SW620靶腫瘤細胞在增加之PBMC對靶比率範圍內一起共培養。該等圖繪示靶細胞經72小時之生長(如藉由GFP信號所量測) (上)及靶細胞之死亡(如藉由膜聯蛋白V信號傳導所量測) (下)，其展示，經RAS TCR轉導之PBMC有效地殺死靶細胞。
圖8D 繪示細胞毒性分析之實驗結果，其中將經不相關TCR (左)或RAS TCR-4 (右)轉導之PBMC與SNG-M靶腫瘤細胞在增加之PBMC對靶比率範圍內一起共培養。繪示靶細胞之死亡(如藉由經72小時之膜聯蛋白V信號傳導所量測)之圖展示，經RAS TCR轉導之PBMC殺死靶細胞。
圖8E 繪示RAS TCR-4之安全性篩選之實驗結果。左側繪圖展示在共培養經RAS TCR轉導之Jurkat細胞與表現加載有同族RAS G12V表位或肽之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生，其中同族表位之一個位置變為丙胺酸。中間繪圖展示在共培養經RAS TCR轉導之Jurkat細胞與表現加載有自初始安全性篩選所鑑別RAS G12V表位或肽之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生。右側繪圖展示在共培養經RAS TCR轉導之Jurkat細胞與表現經脂滴包被蛋白(Perilipin) 4轉導且加載有RAS G12V肽或脂滴包被蛋白4肽或無肽之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生(右)。
圖8F 繪示用於鑑別RAS TCR-26及RAS TCR-27之工作流程。左上部繪示因應於RAS G12V肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之流式細胞術分析。右上部繪示在與經擴增CD8+ T細胞共培養之後表現HLA-A11:01及GFP之靶A375細胞經54小時之細胞生長的量測。在此實驗中，將在肽存在下擴增之T細胞與加載有指示量肽之A375細胞一起培育。左下部繪示在48小時時所計算之特異性細胞毒性，其可比較加載有增加量之正規化至對照之突變RAS肽與野生型肽之靶細胞。右下部繪示在單細胞TCR測序多聚體陽性細胞之後TCR α及TCR β CDR3區域之相對豐度。
圖8G 繪示用於鑑別RAS TCR-28之工作流程。左上部繪示因應於RAS G12V肽刺激之RAS-肽-HLA-A11:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之流式細胞術分析。右上部繪示在與經擴增CD8+ T細胞一起共培養之後表現HLA-A11:01及GFP且加載有不同劑量肽之靶A375細胞經54小時之細胞生長的量測。數據展示細胞生長與肽劑量之良好逆相關，此證實了TCR之肽特異性。左下部繪示在48小時時所計算之特異性細胞毒性，其可比較加載有增加量之正規化至對照之突變RAS肽與野生型肽之靶細胞。右下部繪示在單細胞TCR測序多聚體陽性細胞之後TCR α及TCR β CDR3區域之相對豐度。
圖9 繪示因應於RAS G12V肽刺激之RAS-肽-HLA-A03:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增(左)及因應於RAS G12C肽刺激之RAS-肽-HLA-A03:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增(右)之實例性流式細胞術分析。
圖10A 繪示圖 9 中所繪示試樣之抗原特異性TCR之鑑別及分析之工作流程。
圖10B 繪示圖 9 中所繪示試樣之抗原特異性TCR鑑別之工作流程。
圖10C 繪示TCR功能親合性分析(肽滴定)之實驗結果。左側繪圖展示在共培養經RAS TCR-5轉導之Jurkat細胞與表現加載有增加量之RAS野生型或RAS突變肽之HLA-A03:01之A375細胞後的IL-2產生。右側繪圖展示在共培養經RAS TCR-6轉導之Jurkat細胞與表現加載有增加量之RAS野生型或RAS突變肽之HLA-A03:01之A375細胞後的IL-2產生。
圖10D 繪示細胞毒性分析之實驗結果，其中將經不相關TCR (左)、RAS TCR-5 (中)或RAS TCR-6 (右)轉導之PBMC與表現HLA-A03:01及GFP之A375靶腫瘤細胞在增加之PBMC對靶比率範圍內一起共培養。靶細胞經72小時之生長(如藉由GFP信號所量測)之圖形展示，經RAS TCR轉導之PBMC有效地殺死靶細胞。
圖10E 繪示細胞毒性分析之實驗結果，其中將經不相關TCR、RAS TCR-5或RAS TCR-6轉導之PBMC與NCI-H441靶腫瘤細胞一起共培養。靶細胞在48小時內之增加之膜聯蛋白V信號展示，RAS TCR能夠識別且殺死此靶腫瘤細胞。
圖10F 繪示RAS TCR-5 (上)及RAS TCR-6 (下)之安全性篩選之實驗結果。該等圖展示在共培養經RAS TCR轉導之Jurkat細胞與表現加載有同族RAS G12V表位或肽之HLA-A11:01之A375細胞後的IL-2產生，其中同族表位之一個位置變為丙胺酸。
圖11 繪示GATA3抗原特異性TCR之鑑別及分析之實例性工作流程。左側繪示因應於GATA3突變肽刺激之GATA3-肽-HLA-A02:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析。
圖12A 繪示TCR功能親合性分析(肽滴定)之結果。該圖形展示在共培養經GATA3 TCR-1轉導之T細胞與加載增加量之GATA3突變肽或經其轉導之細胞後的IL-2產生。
圖 12B 繪示展示在共培養經GATA3 TCR轉導之Jurkat細胞與以下細胞後之IL-2產生之圖形：加載有不相關肽或突變GATA3肽之細胞；及經不相關載體或編碼GATA3 neoORF突變之載體轉導之細胞。
圖 12C 繪示展示2個表現對照肽或GATA3突變肽之細胞試樣中之IFNγ產生上調之圖形。
圖12D 繪示展示2個表現對照肽或GATA3突變肽之細胞試樣中之CD8及CD107a陽性細胞百分比之圖形。
圖12E 繪示展示2個表現對照肽或GATA3突變肽之細胞試樣中之活半胱天冬酶3陽性細胞百分比之圖形。
圖13 繪示TMPRSS2:ERG抗原特異性TCR之鑑別及分析之實例性工作流程。左側繪示因應於TMPRSS2:ERG突變肽刺激之TMPRSS2:ERG-肽-HLA-A02:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析。
圖 14 繪示展示在共培養經TMPRSS2:ERG TCR-1轉導之Jurkat細胞與未操縱、加載有不相關肽或加載有TMPRSS2:ERG肽之293T細胞後之IL-2產生的實例性圖形。
圖15 繪示BTK抗原特異性TCR之鑑別及分析之實例性工作流程。左側繪示因應於BTK突變肽刺激之BTK-肽-HLA-A02:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析。
圖16A 繪示因應於EGFR T790M肽刺激之EGFR-肽-HLA-A02:01複合物特異性CD8+ T細胞擴增之實例性流式細胞術分析。圖16A上之每一繪圖代表含有EGFR T790M肽之代表性T細胞擴增試樣(孔)。對來自細胞之TCR進行測序。
圖16B 繪示因應於EGFR T790M肽刺激之潛在EGFR-肽-HLA-A02:01複合物特異性CD8+ T細胞群體之實例性流式細胞術分析，亦對其TCR進行測序。圖16B上之每一繪圖代表因應於EGFR T790M肽之代表性T細胞擴增試樣(孔)。

Claims (67)

  1. 一種編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，該T細胞受體包括TCRβ鏈構築體，該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 52中所述胺基酸序列之互補決定區3 (CDR3)。
  2. 如請求項1之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中該CDR1具有SEQ ID NO: 50中所述之胺基酸序列；且該CDR2具有SEQ ID NO: 51中所述之胺基酸序列。
  3. 如請求項1或2之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區。
  4. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述胺基酸序列具有至少90%序列一致性之可變區。
  5. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 58中所述胺基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  6. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 58中所述胺基酸序列之可變區。
  7. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCR α鏈構築體， 其中，該CDR1具有SEQ ID NO: 47中所述之胺基酸序列； 該CDR2具有SEQ ID NO: 48中所述之胺基酸序列；且 該CDR3具有SEQ ID NO: 49中所述之胺基酸序列。
  8. 如前述請求項中任一項之重組核酸，其包括： (a)與SEQ ID NO: 56或57具有至少80%序列一致性之序列，其中該序列包括至少編碼SEQ ID NO: 52之序列；及 (b)與SEQ ID NO: 53或54具有至少80%序列一致性之序列，其中該序列包括至少編碼SEQ ID NO: 49之序列。
  9. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述胺基酸序列具有至少80%序列一致性之可變區。
  10. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述胺基酸序列具有至少90%序列一致性之可變區。
  11. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 55中所述胺基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  12. 如前述請求項中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 55中所述胺基酸序列之可變區。
  13. 如請求項1之編碼TCR之重組核酸，其中該TCR包括： (a)    β鏈，其具有SEQ ID NO: 60中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 60至少80%一致之胺基酸序列， (b)    α鏈，其具有SEQ ID NO: 59中所述之胺基酸序列或與SEQ ID NO: 59至少80%一致之胺基酸序列。
  14. 如前述請求項中任一項之編碼TCR之重組核酸，其中該TCR結合至來自包括突變G12V之人類RAS之表位(epitope)。
  15. 一種重組核酸，其編碼包括TCRβ鏈構築體及TCRα鏈構築體之TCR，該TCRβ鏈構築體包括具有選自SEQ ID NO: 537及563之胺基酸序列之互補決定區3 (CDR3)。
  16. 如請求項15之重組核酸，其中該包括具有SEQ ID NO: 537胺基酸序列之CDR3之TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 541中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性的可變區。
  17. 如請求項16之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 539或SEQ ID NO: 552中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之可變區。
  18. 如請求項15之重組核酸，其中該包括具有SEQ ID NO: 563胺基酸序列之CDR3之TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 567中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性的可變區。
  19. 如請求項18之重組核酸，其中包括該TCRα鏈構築體之該TCR包括與SEQ ID NO: 565中所述之胺基酸序列具有至少80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之可變區。
  20. 一種載體，其包括如請求項1至19中任一項之重組核酸。
  21. 一種細胞，其包括如請求項1至19中任一項之重組核酸或如請求項20之載體。
  22. 一種編碼TCR構築體之重組核酸，該TCR構築體包括： (a)     TCRβ鏈構築體，及 (b)    TCRα鏈構築體； 其中該TCR識別且結合至來自包括點突變G12V或G12C之人類RAS之表位，該表位係於人類MHC蛋白複合物中，其中該人類MHC蛋白係由HLA A03:01等位基因編碼之HLA抗原。
  23. 如請求項22之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 68中所述胺基酸序列之CDR3。
  24. 如請求項22之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中該CDR1具有SEQ ID NO: 66中所述之胺基酸序列；且該CDR2具有SEQ ID NO: 67中所述之胺基酸序列。
  25. 如請求項23或24之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCRα鏈構築體， 其中，該CDR1具有SEQ ID NO: 63中所述之胺基酸序列； 該CDR2具有SEQ ID NO: 64中所述之胺基酸序列；且 該CDR3具有SEQ ID NO: 65中所述之胺基酸序列。
  26. 如請求項23至25中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 74中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  27. 如請求項23至26中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 74中所述胺基酸序列之可變區。
  28. 如請求項23至27中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 71中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  29. 如請求項23至28中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 71中所述胺基酸序列之可變區。
  30. 一種載體，其包括如請求項23至29中任一項之重組核酸。
  31. 一種細胞，其包括如請求項23至29中任一項之重組核酸或如請求項30之載體。
  32. 如請求項22之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 84中所述胺基酸序列之CDR3。
  33. 如請求項32之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中該CDR1具有SEQ ID NO: 82中所述之胺基酸序列；且該CDR2具有SEQ ID NO: 83中所述之胺基酸序列。
  34. 如請求項32或33之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCRα鏈構築體， 其中，該CDR1具有SEQ ID NO: 79中所述之胺基酸序列； 該CDR2具有SEQ ID NO: 80中所述之胺基酸序列；且 該CDR3具有SEQ ID NO: 81中所述之胺基酸序列。
  35. 如請求項32至34中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 90中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  36. 如請求項32至35中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 90中所述胺基酸序列之可變區。
  37. 如請求項32至36中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 87中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  38. 如請求項32至37中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 87中所述胺基酸序列之可變區。
  39. 一種載體，其包括如請求項32至38中任一項之重組核酸。
  40. 一種細胞，其包括如請求項32至38中任一項之重組核酸或如請求項39之載體。
  41. 如請求項22之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 388中所述胺基酸序列之CDR3。
  42. 如請求項41之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體進一步包括互補決定區1 (CDR1)及互補決定區2 (CDR2)，其中該CDR1具有SEQ ID NO: 386中所述之胺基酸序列；且該CDR2具有SEQ ID NO: 387中所述之胺基酸序列。
  43. 如請求項41或42之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其進一步包括具有CDR1、CDR2及CDR3之TCRα鏈構築體， 其中，該CDR1具有SEQ ID NO: 383中所述之胺基酸序列； 該CDR2具有SEQ ID NO: 384中所述之胺基酸序列；且 該CDR3具有SEQ ID NO: 385中所述之胺基酸序列。
  44. 如請求項41至43中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括與SEQ ID NO: 394中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  45. 如請求項41至44中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRβ鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 394中所述胺基酸序列之可變區。
  46. 如請求項32至36中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括與SEQ ID NO: 391中所述之胺基酸序列具有至少80%或至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之可變區。
  47. 如請求項32至37中任一項之編碼T細胞受體(TCR)之重組核酸，其中該TCRα鏈構築體包括具有SEQ ID NO: 391中所述胺基酸序列之可變區。
  48. 一種重組載體，其包括如請求項41至47中任一項之重組核酸。
  49. 一種細胞，其包括如請求項41至47中任一項之重組核酸或如請求項48之載體。
  50. 如請求項1至49中任一項之核酸，其中該表位具有8至25個胺基酸之長度。
  51. 如請求項1至50中任一項之核酸，其中該表位包括與野生型表位相差至少一個胺基酸之突變。
  52. 如請求項1至51中任一項之核酸，其中該表位以大於相應野生型表位之親和力結合至人類MHC。
  53. 如請求項1至52中任一項之核酸，其中該表位以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD或IC50結合至該人類MHC。
  54. 如請求項1至53中任一項之核酸，其中該突變不存在於個體之非癌細胞中。
  55. 如請求項1至54中任一項之核酸，其中該TCR以小於500 nM、250 nM、150 nM、100 nM、50 nM、25 nM或10 nM之KD或IC50結合至MHC-肽複合物。
  56. 如請求項1至55中任一項之核酸，其中該核酸可操作地連接至啟動子。
  57. 如請求項21、31、40及49中任一項之細胞，其中該細胞係CD4+ T細胞。
  58. 如請求項21、31、40及49中任一項之細胞，其中該細胞係CD8+ T細胞。
  59. 如請求項21、31、40及49中任一項之細胞，其中該細胞係自具有RAS突變之個體分離。
  60. 一種醫藥組合物，其包括： (a)如請求項1至56中任一項之核酸；或 如請求項15、25、34、43中任一項之載體；或 如請求項16、26、35、44中任一項之細胞； 及(b)醫藥上可接受之賦形劑或稀釋劑。
  61. 如請求項55之醫藥組合物，其進一步包括免疫調節劑或佐劑。
  62. 如請求項56之醫藥組合物，其中該佐劑係聚I:C。
  63. 如請求項60至62中任一項之醫藥組合物，其用於治療免疫疾病或癌症。
  64. 一種如請求項60至62中任一項之醫藥組合物之用途，其用於治療免疫疾病或癌症。
  65. 一種治療患有疾病或病狀之個體之方法，其包括向該個體投與如請求項60至63中任一項之醫藥組合物。
  66. 一種治療患有癌症之個體之方法，其包括向該個體投與如請求項60至63中任一項之醫藥組合物。
  67. 一種鑑別患有癌症之個體作為治療劑之候選者之方法，該方法包括確定該個體為表現由HLA-A03:01等位基因或HLA-A11:01等位基因編碼之蛋白質之個體，其中該治療劑係如請求項60至63中任一項之醫藥組合物。
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