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TW201726722A - 對於共刺激tnf受體具四價之雙特異性抗體 - Google Patents

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TW201726722A
TW201726722A TW105132462A TW105132462A TW201726722A TW 201726722 A TW201726722 A TW 201726722A TW 105132462 A TW105132462 A TW 105132462A TW 105132462 A TW105132462 A TW 105132462A TW 201726722 A TW201726722 A TW 201726722A
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彼德 布恩克
克莉絲汀娜 克勞斯
寇勒 克勞蒂亞 伏拉拉
珊卓 葛洛－瑞秋
勞福 荷斯
克利斯添 克連
維克特 樂菲斯基
山謬 默瑟
帕洛 尤瑪那
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Abstract

本發明係關於新穎雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成之Fc結構域，且係關於製造此等分子之方法及其使用方法。

Description

對於共刺激TNF受體具四價之雙特異性抗體
本發明係關於新穎雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體超家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成之Fc結構域。本發明亦係關於此等分子之製備方法及其使用方法。
若干腫瘤壞死因子受體(TNFR)超家族之成員在初始T細胞活化之後用於支持T細胞反應，且因此在免疫系統之組構及功能中起關鍵作用。CD27、4-1BB(CD137)、OX40(CD134)、HVEM、CD30及GITR可對T細胞具有共刺激作用，意謂其在初始T細胞活化之後支持T細胞反應(Watts T.H.(2005)Annu.Rev.Immunol.23,23-68)。此等共刺激TNFR超家族成員(本文稱為TNFR家族成員)之作用通常可與CD28之作用及彼此功能上、時間上或空間上分離。不同共刺激因子對T細胞活化/存活信號之依序及短暫調節可用於允許反應耐久性，同時維持對T細胞存活之密切控制。視疾病病狀而定，共刺激TNF超家族成員之刺激可加重或改善疾病。儘管此等複雜性，但TNFR家族共刺激因子之刺激或阻斷展現若干治療性應用 (包括癌症、傳染病、移植及自體免疫)之前景。
在若干共刺激分子中，腫瘤壞死因子(TNF)受體超家族成員OX40(CD134)在效應子及記憶T細胞之存活及恆定起關鍵作用(Croft M.等人(2009),Immunological Reviews 229,173-191)。OX40(CD134)在若干細胞類型中表現且針對感染、腫瘤及自身抗原調節免疫反應，且已證實其在T細胞、NKT-細胞及NK細胞以及嗜中性白細胞表面上表現(Baumann R.等人(2004),Eur.J.Immunol.34,2268-2275)且顯示回應於多種刺激信號精確誘導或強烈上調。已在每一種OX40表現細胞類型中證實分子之功能活性，表明活體內OX40介導活性之複雜調節。與T細胞受體觸發相組合，T細胞上OX40經其天然配位體或促效抗體嚙合導致PI3K及NFκB信號傳導路徑的協同活化(Song J.等人(2008)J.Immunology 180(11),7240-7248)。繼而，此導致加強之增殖、增加之細胞激素受體及細胞激素產生以及更佳之活化T細胞存活。除了在效應子CD4+或CD8+ T細胞中的共刺激之外，OX40觸發最近已顯示抑制T調節細胞的發育及免疫抑制功能。此作用可能至少部分負責提高OX40對抗腫瘤或抗微生物免疫反應之活性。由於OX40嚙合可擴大T細胞群體，促進細胞激素分泌以及支持T細胞記憶，因此包括配位體OX40L之抗體及可溶性形式的促效劑已成功地用於多種臨床前腫瘤模型(Weinberg等人(2000),J.Immunol.164,2160-2169)。
糖皮質激素誘導之TNF受體相關基因(GITR；TNFRSF18)為TNF受體超家族之另一受體，其視為Treg以及經活化效應T細胞之標記物(Petrillo等人(2015),Autoimmun.Rev.14,117-26)。GITR觸發誘導原凋亡作用及抗凋亡作用，消除Treg細胞之抑止活性且共刺激反應T細胞，反 應T細胞活性過刺激免疫系統(Nocentini等人(2005),Eur.J.Immunol.35,1016-1022)。已顯示針對鼠類GITR之促效單株抗體有效誘導腫瘤特異性免疫性且減少小鼠同基因型腫瘤模型中已形成之腫瘤(Ko等人(2005)，J.Exp.Med.202,885-891)。然而鼠類與人類GITR之間存在結構差異。鼠類GITR為二聚體而人類GITR為三聚物。基於這一結構複雜性，其表明抗GITR抗體本身為不良GITR促效劑且CD4+及CD8+ T細胞之活化提高之FcR效應功能為必要的。因此，需要提供新型式之抗GITR抗體，其與提高之FcR效應功能無關，然而能夠活化三聚人類GITR。
4-1BB(CD137)為TNF受體超家族之成員，已最先鑑別為由T細胞活化誘導表現之分子(Kwon Y.H.及Weissman S.M.(1989),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86,1963-1967)。後續研究證實4-1BB於T-及B-淋巴細胞(Snell L.M.等人(2011)Immunol.Rev.244,197-217或Zhang X.等人(2010),J.Immunol.184,787-795)、NK細胞(Lin W.等人(2008),Blood 112,699-707)、NKT細胞(Kim D.H.等人(2008),J.Immunol.180,2062-2068)、單核細胞(Kienzle G.及von Kempis J.(2000),Int.Immunol.12,73-82或Schwarz H.等人(1995),Blood 85,1043-1052)、嗜中性白細胞(Heinisch I.V.等人(2000),Eur.J.Immunol.30,3441-3446)、肥大細胞(Nishimoto H.等人(2005),Blood 106,4241-4248)，及樹突狀細胞以及非造血來源之細胞，諸如內皮細胞及平滑肌細胞(Broll K.等人(2001),Am.J.Clin.Pathol.115,543-549或Olofsson P.S.等人(2008),Circulation 117,1292-1301)中之表現。4-1BB於不同細胞類型中之表現大部分可由多種刺激信號誘導及驅動，諸如T細胞受體(TCR)或B細胞受體觸發，以及經共刺激分子或促炎性細胞激素受體誘導之信號傳導(Diehl L. 等人(2002),J.Immunol.168,3755-3762；von Kempis J.等人(1997),Osteoarthritis Cartilage 5,394-406；Zhang X.等人(2010),J.Immunol.184,787-795)。
已知CD137信號傳導刺激IFNγ分泌及NK細胞增殖(Buechele C.等人(2012),Eur.J.Immunol.42,737-748；Lin W.等人(2008),Blood 112,699-707；Melero I.等人(1998),Cell Immunol.190,167-172)以及促進DC活化，由其存活率提高及分泌細胞激素及上調共刺激分子之能力指示(Choi B.K.等人(2009),J.Immunol.182,4107-4115；Futagawa T.等人(2002),Int.Immunol.14,275-286；Wilcox R.A.等人(2002),J.Immunol.168,4262-4267)。然而，CD137最佳表徵為共刺激分子，其調節T細胞之CD4+及CD8+子集中TCR誘導之活化。與TCR觸發組合，促效4-1BB特異性抗體提高T細胞之增殖、刺激淋巴激素分泌及降低T-淋巴細胞對活化誘導之細胞死亡的靈敏度(Snell L.M.等人(2011)Immunol.Rev.244,197-217)。符合4-1BB抗體對T細胞之此等活體外共刺激作用，其投與腫瘤攜帶小鼠導致許多實驗腫瘤模型中的強抗腫瘤作用(Melero I.等人(1997),Nat.Med.3,682-685；Narazaki H.等人(2010),Blood 115,1941-1948)。活體內消耗實驗表明CD8+ T細胞在4-1BB特異性抗體之抗腫瘤作用中起最重要作用。然而，視包括抗-4-1BB之腫瘤模型或組合療法而定，已報導其它類型之細胞(諸如DC、NK細胞或CD4+ T細胞)(Murillo O.等人(2009),Eur.J.Immunol.39,2424-2436；Stagg J.等人(2011),Proc.Natl.Acad.Sci.USA 108,7142-7147)。
除了對不同淋巴細胞亞群的直接作用之外，4-1BB促效劑亦可經腫瘤血管內皮上4-1BB介導之細胞間黏附分子1(ICAM1)及血管細胞黏附分子 1(VCAM1)的上調來誘發活化T細胞在腫瘤中之浸潤及滯留(Palazon A.等人(2011),Cancer Res.71,801-811)。4-1BB觸發亦可逆轉暴露於可溶性抗原誘發之T細胞失能的狀態，該可溶性抗原可促成腫瘤微環境中或慢性感染期間免疫耐受性破壞(Wilcox R.A.等人(2004),Blood 103,177-184)。
4-1BB促效抗體之活體內免疫調節特性看起來需要抗體分子上存在野生型Fc部分，由此暗示Fc受體結合為此類試劑之藥理學活性所需的重要事件，如已經針對對TNFR超家族之其他細胞凋亡誘發或免疫調節成員具有特異性之促效抗體所述(Li F.及Ravetch J.V.(2011),Science 333,1030-1034；Teng M.W.等人(2009),J.Immunol.183,1911-1920)。然而，全身性投與具有功能活性Fc結構域之4-1BB特異性促效抗體亦誘發與肝臟毒性有關的CD8+ T細胞之擴展(Dubrot J.等人(2010),Cancer Immunol.Immunother.59,1223-1233)，此在小鼠體內在無功能性Fc受體存在下減弱或顯著改善。在人類臨床試驗(ClinicalTrials.gov,NCT00309023)中，每三週一次投與Fc勝任型4-1BB促效抗體(BMS-663513)持續12週可誘發黑素瘤、卵巢或腎細胞癌之患者中之疾病穩定。然而，另一試驗中之相同抗體(NCT00612664)引起4級肝炎，導致試驗終止(Simeone E.及Ascierto P.A.(2012),J.Immunotoxicology 9,241-247)。因此，需要新一代促效劑，其應不僅有效嚙合造血及內皮細胞之表面上的4-1BB，且亦能夠經除結合於Fc受體以外的機制實現，以避免不可控制的副作用。
可用臨床前及臨床資料明確證明對共刺激TNFR家族成員(諸如Ox40及4-1BB)之有效促效劑的高度臨床需要，其能夠誘發及提高對癌症的有效內源性免疫反應。然而，該等作用幾乎從不限於單個細胞類型或經單一 機制起作用，且設計成說明細胞間及細胞內信號傳導機制之研究已揭示提高的複雜性水準。因此，需要較佳對單一細胞類型起作用的「靶向」促效劑。本發明的抗原結合分子組合能夠較佳結合於腫瘤特定性或腫瘤相關目標之部分與能夠促效結合於共刺激TNF受體之部分。本發明的抗原結合分子可能夠不僅有效觸發TNF受體，而且在所要部位極具選擇性，由此減少不合意的副作用。
本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其組合四個能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分(即四個靶向共刺激TNF受體之抗原結合位點)與至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體(即至少一個靶向目標細胞抗原之抗原結合側)。由於對目標細胞抗原之結合能力，此等雙特異性抗原結合分子是有利的，因為其將較佳活化共刺激TNF受體的表現目標細胞抗原之部位。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體中的各兩個彼此融合。視情況而言，其經肽連接子彼此融合。特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體中的各兩個彼此融合且融合到Fc結構域之子單元中的一個的C端到N端，其視情況經肽連接子在Fc結構域之子單元中之一個的C端到N端處連 接。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中分子包含兩個重鏈且重鏈中之每一者包含能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之兩個部分的可變域及能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體的可變域。
在一個特定態樣中，雙特異性抗原結合分子包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，其中該共刺激TNF受體家族成員選自由OX40、4-1BB及GITR組成之群，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個態樣中，共刺激TNF受體家族成員為OX40。因此，在一個特定態樣中，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含SEQ ID NO：1之胺基酸序列的多肽。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於OX40之四個部分體，其中該部分包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：4及SEQ ID NO：5組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11及SEQ ID NO：12組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域 (iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14及SEQ ID NO：15組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23及SEQ ID NO：24組成之群的胺基酸序列。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35及SEQ ID NO：37組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ IDNO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36及SEQ ID NO：38至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸 序列SEQ ID NO：30之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區VL，(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區VL，(vi)包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區VL，或(vii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區VL。
在另一態樣中，雙特異性抗原結合分子包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，其中目標細胞抗原選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、CD19、CD20及CD33，以及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成之Fc結構域。更特定言之，目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：39及SEQ ID NO：40組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：41及SEQ ID NO：42組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：43及SEQ ID NO：44組成 之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：45及SEQ ID NO：46組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：47及SEQ ID NO：48組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：49及SEQ ID NO：50組成之群的胺基酸序列。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含VH結構域，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在另一態樣中，本發明因此提供一種雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：37至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：38至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺 基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在另一態樣中，共刺激TNF受體家族成員為4-1BB。因此，在一個特定態樣中，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含SEQ ID NO：239之胺基酸序列的多肽。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：249及SEQ ID NO：250組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：251及SEQ ID NO：252組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：253、SEQ ID NO：254、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：256及SEQ ID NO：257組成之群的胺基酸序列及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：258及SEQ ID NO：259組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：260及SEQ ID NO：261組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：263、 SEQ ID NO：264、SEQ ID NO：265及SEQ ID NO：266組成之群的胺基酸序列。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：271之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：272之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：273之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：274之輕鏈可變區VL，或(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：275之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：276之輕鏈可變區VL。
因此，在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其 中(i)能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在另一態樣中，本發明提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中共刺激TNF受體家族成員為GITR。因此，在一個特定態樣中，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：357之多肽。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於GITR之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：371之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：372之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：373之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：374之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：375之CDR-L2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：376之CDR-L3。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個特定態樣中，提供一種如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含包括胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包括胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區VL。
在另一特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個態樣中，提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體為選自以下之群 的抗體片段：Fab片段、交叉Fab片段、單鏈抗體分子(例如scFv)、包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)之抗原結合域，及單結構域抗體(例如aVH)。
在另一態樣中，提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體為Fab片段且其中各兩個彼此連接。
在另一態樣中，提供如上文所述之雙特異性抗原結合分子，其中視情況經肽連接子，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第一Fab片段在CH1結構域之C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第二Fab片段的VH結構域，且能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第三Fab片段在CH1結構域之C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第四Fab片段的VH結構域。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之Fab片段中，在恆定域CL中，位置124處之胺基酸經離胺酸(K)、精胺酸(R)或組胺酸(H)獨立地取代(根據Kabat EU指數編號)，且在恆定域CH1中，位置147及213處之胺基酸經麩胺酸(E)或天冬胺酸(D)獨立地取代(根據Kabat EU指數編號)。
在另一態樣中，本發明係關於如上文所述之雙特異性抗原結合分子，其中雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對於目標細胞抗原為單價。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包含VH及VL結構域且其中VH結構域經肽連接子連接至Fc結構域之第一子單元的C端且VL結構域經肽連接子連接 至Fc結構域之第二子單元的C端。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合，其中該Fc結構域包含促進Fc結構域之第一子單元及第二子單元結合的改良。特定言之，根據杵-臼方法，Fc結構域之第一子單元包含杵且Fc結構域之第二子單元包含臼。更特定言之，Fc結構域之第一子單元包含氨基酸取代S354C及T366W(根據Kabat EU索引編號)且Fc結構域之第二子單元包含氨基酸取代Y349C、T366S及Y407V(根據Kabat EU索引之編號)。
在另一態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：213之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：214之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈，或(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：217之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：218之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈。
另外，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其中雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對目標細胞抗原為二價。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為Fab片段或交換Fab片段。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之Fab片段或交換Fab片段中之每一者在VH或VL結構域之N端經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。
在一個特定態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為VH-VL交換Fab片段且各自在VL結構域之N端處經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。
更特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)重鏈，其包含胺基酸序列SEQ ID NO：227、第一輕鏈SEQ ID NO：226及第二輕鏈SEQ ID NO：228，或(ii)重鏈，其包含胺基酸序列SEQ ID NO：224、第一輕鏈SEQ ID NO：226及第二輕鏈SEQ ID NO：225。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合，其中Fc結構域具有人類IgG1子類，其具有胺基酸突變L234A、L235A及P329G(根據Kabat EU指數編號)。
根據本發明之另一態樣，提供編碼如上文所述之雙特異性抗原結合分子的經分離聚核苷酸。本發明進一步提供載體，特定言之表現載體，其包含本發明之經分離之聚核苷酸，及宿主細胞，其包含本發明之經分離之聚核苷酸或載體。在一些態樣中，宿主細胞為真核細胞，特定言之哺乳動物細胞。
在另一態樣中，提供用於製造如上文所述之雙特異性抗原結合分子之方法，其包含步驟(i)在適於表現抗原結合分子之條件下培養本發明之宿主細胞，及(ii)回收抗原結合分子。本發明亦涵蓋藉由本發明之方法製造的雙特異性抗原結合分子或特異性結合於OX40之抗體或特異性結合於4-1BB之抗體或特異性結合於GITR抗體。
本發明進一步提供一種醫藥組合物，其包含如上文所述之雙特異性抗原結合分子及至少一種醫藥學上可接受之賦形劑。
本發明亦涵蓋如上文所述之雙特異性抗原結合分子，或包含雙特異 性抗原結合分子之醫藥組合物，其用作藥劑。
在一個態樣中，提供如上文所述之雙特異性抗原結合分子或本發明之醫藥組合物，其用於(i)刺激T細胞反應，(ii)支持經活化之T細胞存活，(iii)治療感染，(iv)治療癌症，(v)延遲癌症進展，或(vi)延長罹患癌症之患者的存活時間。
在一個特定實施例中，提供如上文所述之雙特異性抗原結合分子或本發明之醫藥組合物，其用於治療癌症。在另一特定態樣中，本發明提供如上文所述之用於治療癌症之雙特異性抗原結合分子，其中雙特異性抗原結合分子與化學治療劑、放射線及/或其他用於癌症免疫療法之藥劑組合投與。
在另一態樣中，本發明提供一種抑制個體中腫瘤細胞生長之方法，其包含向個體投與有效量之如上文所述之雙特異性抗原結合分子或本發明之醫藥組合物來抑制腫瘤細胞生長。
亦提供如上文所述之雙特異性抗原結合分子的用途，其用於製造供治療有需要之個體的疾病的藥劑，特定言之用於製造供治療癌症之藥劑，以及治療個體之疾病的方法，其包含向該個體投與治療有效量之組合物，其包含醫藥學上可接受之形式的本發明的雙特異性抗原結合分子。在一個特定態樣中，疾病為癌症。在上述態樣中之任一者中，個體為哺乳動物，特定言之人類。
圖1A展示Fc連接之TNF受體抗原的單體形式，其用於製備TNF受體抗體。圖1B展示二聚人類TNF受體抗原Fc融合分子，其具有用於在TNF配位體存在下測試TNF受體抗體結合的C端Ha標籤(配位體阻斷特性)。圖1C中展示實例2.4中所述的實驗的示意性設置。
圖2A-2D展示抗OX40抗體與經活化之人類CD4+及CD8+ T細胞的結合。OX40不表現於休眠人類PBMC上(圖2A及2C)。人類PBMC活化之後，CD4+及CD8+ T細胞上的OX40上調(圖2B及2D)。人類CD8+ T細胞上之OX40表現低於CD4+ T細胞上的表現。所述純系與OX40陽性細胞之結合強度(EC50值以及信號強度)有變化。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。全部OX40純系結合至經活化的OX40表現人類CD4+ T細胞，且以較低程度結合至經活化之人類CD8+ T細胞。
圖3A-3D展示抗-OX40抗體與經活化小鼠CD4+及CD8+ T細胞的結合。在休眠小鼠脾細胞上未偵測到OX40(圖3A及3C)。活化後，CD4+及CD8+ T細胞上的OX40上調(圖3B及3D)。藉由用從6-8週大雌性C57BL/6小鼠獲得的機械均質化脾臟的ACK裂解緩衝液的溶血作用分離小鼠脾細胞。使用FACS分析，用結合至FITC的山羊抗人類IgG Fc特異性二次抗體偵測抗OX40抗體與細胞表面蛋白質的結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。僅純系20B7結合至經活化之OX40表現小鼠CD4+及CD8+ T細胞，但 不結合至休眠T細胞。
圖4A及4B展示食蟹獼猴經活化CD4+及CD8+ T細胞上抗OX40抗體的結合。所述純系與OX40陽性經活化食蟹獼猴CD4+ T細胞之結合強度(EC50值以及信號強度)有變化。在此條件下，經活化CD8+ T細胞上的OX40表現較低且幾乎未發現所選純系的任何結合。使用FACS分析，用結合至FITC的山羊抗人類IgG Fc特異性二次抗體偵測抗OX40抗體與細胞表面蛋白質的結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。全部OX40純系結合至經活化之OX40表現食蟹獼猴CD4+ T細胞，且以較低程度結合至經活化食蟹獼猴CD8+ T細胞。
圖5A及5B展示缺乏結合於OX40陰性腫瘤細胞。所述純系不顯示結合於OX40陰性U-78MG(圖5A)及WM266-4腫瘤細胞(圖5B)。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。IgG型式的全部純系不結合至OX40陰性腫瘤細胞。結合對經活化白細胞上的OX40具有特異性。
圖6A至6F展示如利用表面電漿子共振所量測的抗-Ox40抗體8H9(圖6A)、20B7(圖6B)、1G4(圖6C)、49B4(圖6D)、CLC-563(圖6E)及CLC-564(圖6F)與預先形成的複合物huOx40配位體/huOx40-Fc之間的相互作用。
圖7A及7B展示本發明之抗人類OX40抗體對表現人類OX40及報導基因NF-kB螢光素酶之HeLa細胞的作用。所示為在具有(圖7B)或不具有(圖 7A)二次抗體交聯的情況下，P329GLALA huIgG1型式中報導體細胞株中NF-kB信號傳導路徑經多種抗OX40結合子的活化。在抗OX40構築體存在下，在指定濃度之1：2比率的w/或w/o交聯二次聚-純系抗huIgG1 Fcγ-特異性山羊IgG F(ab)2片段下，培養報導體細胞6小時。藉由在0.5秒期間所量測之所釋放之光之單位(URL)與測試抗-Ox40構築體之濃度(nM)之關係的墨點分析表徵活性。由於螢光素酶介導之螢光素氧化成氧化螢光素而發出URL。當觸發人類OX40+報導體細胞株中之OX40軸時，全部純系均能夠誘發NFκB活化。全部純系因此具有促效性且以劑量依賴性方式活化。藉由二次Fc部分特異性Ab交聯有力增加這一促效作用。
圖8A至8F示出了預活化人類CD4 T細胞中抗人類OX40抗體的生物活性。與培養板固定之抗OX40結合子(huIgG1 P329GLALA型式)共刺激促進次佳再刺激人類CD4 T細胞的細胞增殖及成熟且誘發加強之活化表型。PHA-L預先活化之CFSE標記之人類CD4 T細胞在培養板上培養四天，該等培養板用小鼠IgG Fcγ特異性抗體、人類IgG Fcγ特異性抗體(皆2μg/mL)、小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，[3ng/mL])及經滴定之抗Ox40結合子(huIgG1 P329GLALA型式)預先塗佈。所示為第4天時事件計數、增殖(CFSE-低)細胞百分比、效應子T細胞(CD127低/CD45RA低)百分比及CD62L低百分比、OX40陽性或Tim-3陽性細胞。減去僅含有培養板固定之抗人類CD3的樣品的基線值。因此，此處展示Ox40刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。當塗佈至培養板時，全部純系均能夠支持OX40陽性預先活化CD4 T細胞中的次佳TCR刺激。細胞存活的更好且增殖的更多。在腫瘤微環境中，此可導致T細胞的抗腫瘤活性增加。
圖9概述作為各別純系的促效能力之標記物的EC50值(針對全部生物標記物)(自圖8A-8F中所示的曲線計算之值)。效能自左向右增加。第4天的事件計數、增殖(CFSE-低)細胞百分比及CD62L低、CD45RA低或Tim-3陽性細胞之百分比對比於抗Ox40抗體濃度繪製，且EC50值在Prism4(GraphPad Software,USA)中使用內置S形劑量反應行情計算。
圖10A至10F顯示抗人類OX40抗體在溶液形式的預先活化之人類CD4 T細胞中的生物活性。在無培養板固定的抗Ox40結合子(hu IgG1 P329GLALA型式)存在的情況下，偵測不到對細胞增殖、次佳再刺激之人類CD4 T細胞的成熟或活化狀態的作用。PHA-L預先活化之CFSE標記之人類CD4 T細胞在用小鼠IgG Fcγ特異性抗體及小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，[3ng/mL])預先塗佈的培養板上培養四天。經滴定之抗Ox40結合子(hu IgG1 P329GLALA型式)添加至培養基且在實驗過程中以溶液形式存在。所示為第4天時的事件計數、增殖(CFSE-低)細胞百分比、效應子T細胞(CD127低CD45RA低)百分比及CD62L低百分比、OX40陽性或Tim-3陽性細胞。減去僅含有培養板固定之抗人類CD3的樣品的基線值。因此，此處展示OX40刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。在無強交聯(溶液形式之P329GLALA型式)存在的情況下不存在提高之TCR刺激。交聯因此對打算對T細胞具有促效性的二價aOx40型式是必需的。此交聯將由目標型式的腫瘤或腫瘤-基質細胞的細胞表面上表現之FAP提供。
圖11展示不同抗OX40純系的結合強度與促效能力之間的相關性。抗OX40純系(huIgG1 P329GLALA型式)在經活化CD4 T細胞上的結合如實例2.1.2中所述進行。根據使用純系8H9(huIgG1 P329GLALA型式)獲得的 值對平穩值進行標準化。抗Ox40純系(huIgG1 P329GLALA型式)的生物活性測試如實例3.2中所述進行且PD-1表現的平穩值根據針對純系8H9(huIgG1 P329GLALA型式)獲得的值標準化。標準化結合針對標準化生物活性繪圖，以測試結合強度與促效能力之間的相關性。多數純系存在直接相關性(顯示線性回歸，p值0.96；斜率0.91)。然而，兩個展現強得多的生物活性的純系(49B4，1G4)則可自其結合強度預測。縱使結合能力低但展現出乎意料地高促效效能的此純系子組對於本發明的雙特異性抗原結合分子尤其重要。
在圖12A中，展現本發明的例示性雙特異性二價抗原結合分子(2+2型式)的示意性流程。圖12B展現本發明的例示性雙特異性單價抗原結合分子(1+1型式)的示意性流程。在圖12C中，展現用於顯示同時結合於固定人類OX40及人類FAP的SPR實驗之設置。
圖13A-13D展現雙特異性二價2+2構築體(分析物1)同時結合於固定人類OX40及人類FAP(分析物2)的SPR圖。展示與OX40純系8H9(圖13A)、49B4(圖13B)、1G4(圖13C)及20B7(圖13D)之2+2構築體的SPR圖。在圖13E-13H中，展現雙特異性單價1+1構築體(分析物1)同時結合於固定人類Ox40及人類FAP(分析物2)。展示與OX40純系8H9(圖13E)、49B4(圖13F)、1G4(圖13G)及20B7(圖13H)之1+1構築體的SPR圖。
圖14A-14H分別展現靶向單價或二價型式之FAP中所選抗-OX40結合子(純系8H9，1G4)與休眠及活化人類PBMC的結合。與OX40陽性T細胞之結合特徵(圖14B及14D以及圖14E及14F)對於習知二價hu IgG型式(空心正方形)及FAP靶向二價型式(實心正方形)中的純系是相當的。FAP靶向單價型式的同一純系(實心三角形)之結合由於損失親合力結合而明顯較弱。 在無人類OX40表現細胞存在的情況下，觀測不到結合(休眠細胞，圖14A及14C以及圖14G及14H)。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI校正基線值。x軸展示抗體構築體之濃度。在圖14D中，可見純系1G4結合於經活化OX40表現人類CD4+ T細胞，及以較低程度結合於經活化人類CD8+ T細胞(圖14B)。二價構築體比單價構築體結合得更牢固。構築體不結合於OX40陰性休眠T細胞。圖14E展示純系8H9結合於經活化Ox40表現人類CD4+ T細胞，及以較低程度結合於經活化人類CD8+ T細胞(圖14F)。二價構築體比單價構築體結合得更牢固。構築體不結合於Ox40陰性休眠T細胞。
圖15A及15B展示FAP靶向單價或二價型式之所選抗-OX40結合子(純系8H9、1G4)與FAP陽性腫瘤細胞之結合。轉基因修飾之小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3-huFAP純系39或WM266-4細胞表現高含量之人類纖維母細胞活化蛋白(huFAP)。僅FAP靶向單價及二價抗Ox40構築體(實心正方形及三角形)但並非人類IgG1 P329GLALA型式(空心正方形)中之相同純系分別結合於NIH/3T3-huFAP純系39細胞(圖15A)及WM266-4細胞(圖15B)。以用作二次偵測抗體之異硫氰酸螢光素(FITC)標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞量測術量測MFI。x軸展示抗體構築體之濃度。二價FAP構築體比單價構築體結合得更牢固。
圖16A展示對目標細胞抗原呈單價的本發明之例示性雙特異性四價抗原結合分子(4+1型式)的示意性流程。圖16B展示對目標細胞抗原呈二價的本發明例示性雙特異性四價抗原結合分子(4+2型式)之示意性流程。
圖17A及17B展示抗OX40結合子(純系49B4)以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式結合至人類FAP陽性WM266-4細胞。WM266-4細胞表現大量人類纖維母細胞活化蛋白(huFAP)。僅FAP靶向單價及二價雙特異性49B4構築體(實心圓、正方形及三角形)而非未靶向之49B4構築體(空心圓、正方形及三角形)結合於WM266-4細胞。以用作二次偵測抗體之異硫氰酸螢光素(FITC)標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI。x軸展示抗體構築體之濃度。
圖18A-18D展示抗OX40結合子49B4以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式結合於休眠及經活化之人類CD4 T細胞。OX40未表現於休眠人類CD4 T細胞上(圖18A及18C)。在無人類OX40表現細胞存在下，未觀測到結合。人類PBMC活化之後，CD4+ T細胞上之OX40上調(圖18B及18D)。含有結合子49B4之全部構築體均結合於Ox40+活化之CD4+ T細胞。四價OX40結合(圓形及正方形)大大增加OX40之親合力，而FAP結合部分之存在無影響(比較空心與實心符號)。相比之下，兩種二價構築體(三角形)皆展示與CD4+ T細胞弱結合。純系49B4在二價雙特異性構築體中之結合明顯比習知IgG型式強。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。
圖19A-19D展示抗OX40結合子49B4以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式結合於休眠及經活化之人類CD8 T細胞。OX40未表現於休眠人類CD8 T細胞(圖19A及19C)上。在無人類OX40表現細胞存在下， 未觀測到結合。人類PBMC活化之後，CD8+ T細胞上之OX40上調(圖19B及19D)。人類CD8+ T細胞上之Ox40表現低於CD4+T細胞且在供體及時間點之間變化。所描繪之CD8 T細胞上OX40之表現較低。含有結合子49B4之全部構築體均結合於Ox40+活化之CD8+ T細胞。四價OX40結合(圓形及正方形)大大增加OX40之親合力，而FAP結合部分之存在無影響(比較空心與實心符號)。相比之下，兩種二價構築體(三角形)皆展示與CD8+ T細胞弱結合。純系49B4在二價雙特異性構築體中之結合明顯比習知IgG型式強。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。
圖20A-20D展示抗Ox40結合子49B4以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式結合於經活化之獼猴T細胞。所描繪之構築體與OX40陽性活化獼猴CD4+ T細胞的結合強度(EC50值)有變化。具有四價OX40結合部分之構築體展示的與OX40+ T細胞之結合比二價構築體強。四價及二價結合於OX40之間的親合力增益不如針對人類OX40觀測到的強。在此條件下經活化之CD8+ T細胞上的表現較低且僅發現弱結合。使用FACS分析，用結合至FITC的山羊抗人類IgG Fc特異性二次抗體偵測抗OX40抗體與細胞表面蛋白質的結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。
圖21A展示基於細胞之FRET分析法中人類OX40競爭結合之結果。在圖21B中，展現用於顯示同時結合於固定人類OX40及人類FAP的SPR實驗之設置。
圖22A、22B及22C展現雙特異性四價4+1構築體(分析物1)同時結合於固定人類OX40及人類FAP(分析物2)的SPR圖。構築體4+1(49B4/28H1)(圖22A)及4+1(49B4/4B9)(圖22B)展示同時結合，而構築體4+1(49B4/DP47)僅展示與OX40結合。在圖22D中，展現雙特異性四價4+2構築體(49B4/28H1)(分析物1)同時結合於固定人類Ox40及人類FAP(分析物2)。構築體4+2(49B4/DP47)不顯示同時結合(圖22E)。
圖23A-23D係關於抗OX40結合子(純系49B4)以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式結合至人類FAP人類OX40陰性A549細胞。所描繪之構築體不展示與OX40陰性FAP陰性A549腫瘤細胞之結合。以用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI來校正基線。x軸展示抗體構築體之濃度。右邊一欄顯示與人類FAP陽性WM266-4細胞結合之曲線用於比較。WM266-4細胞表現大量人類纖維母細胞活化蛋白(huFAP)。以用作二次偵測抗體之異硫氰酸螢光素(FITC)標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab')2片段之螢光強度之中值(MFI)形式展示結合。藉由流動式細胞測量術量測MFI。x軸展示抗體構築體之濃度。
圖24A-24D展示HeLa_hOx40_NFkB_Luc1報導體細胞中抗OX40結合子(純系49B4)以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式活化NFkB。所示為有(圖24B及24D)或無(圖24A及24D)二次抗體交聯之情況下，報導體細胞株中抗OX40結合子49B9以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式活化NF-κB信號傳導路徑。報導體細胞在抗Ox40構築體存在下，在指定濃度下，在有或無以1：2比率交聯二次多純系抗huIgG1 Fcγ特異性山羊 IgG F(ab)2片段的情況下，培養6小時。藉由在0.5秒期間量測之所釋放之光之單元(URL)與測試化合物之濃度(nM)之關係的墨點分析來表徵NF-κB介導之螢光素酶活性。由於螢光素酶介導之螢光素氧化成氧化螢光素而發出URL。四價構築體比二價構築體表現得略好。
HeLa_hOx40_NFkB_Luc1報導體細胞中，在FAP陽性細胞存在下，NFkB經抗OX40結合子49B4以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式之活化展示於圖25A-25F及26A-26C中。所示為在低FAP表現WM266-4細胞(圖25A-25C)、中等FAP表現NIH-3T3人類FAP細胞(圖25D-25F)及高FAP表現NIH-3T3小鼠FAP細胞(圖26A-26C)(比率4 FAP+腫瘤細胞比1報導體細胞)存在下，報導體細胞中NFκB信號傳導路徑經抗OX40結合子49B4以不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式活化。藉由在0.5秒期間量測之所釋放之光之單元(URL)與測試化合物之濃度(nM)之關係的墨點分析來表徵NFκB介導之螢光素酶活性。由於螢光素酶介導之螢光素氧化成氧化螢光素而發出URL。值為藉由減去空白對照物之URL而校正之基線。為了更好地比較全部型式，各別點印跡之劑量反應曲線之曲線下面積定量為各構築體之促效能力之標記。使用GraphPad Prism計算面積。值為藉由減去空白對照物之值而校正之基線。全部構築體均能夠在Ox40+ HeLa報導體細胞中誘發NFkB活化然而，藉由添加FAP陽性細胞交聯僅增加FAP靶向分子之促效可能，但不增加非靶向對照分子之促效可能。四價構築體比二價構築體表現得好。較高FAP表現提供較佳交聯且因此另外提供提高之OX40促效作用。
預先活化之CD4 T細胞經培養板固定之FAP靶向單價及二價抗OX40(49B4)構築體的次佳TCR再刺激的補救展示於圖27A及27H中。與培養板 固定之抗Ox40構築體共刺激促進次佳再刺激人類CD4 T細胞的細胞增殖及成熟且誘發加強之活化表型。PHA-L預先活化之CFSE標記之人類CD4 T細胞在培養板上培養四天，該等培養板用小鼠IgG Fcγ特異性抗體、人類IgG Fcγ特異性抗體(皆2μg/mL)、小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，[3ng/mL])及經滴定之抗Ox40構築體預先塗佈。所示為第4天時的事件計數，增殖(CFSE-低)細胞百分比、效應子T細胞(CD127低CD45RA低)百分比及CD62L低、OX40陽性或Tim-3陽性細胞之百分比。減去僅含有培養板固定之抗人類CD3的樣品的基線值。因此，此處展示OX40刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。在圖27A至27H中，可見全部OX40構築體能夠補救塗佈於培養板時預先活化之Ox40+ CD4 T細胞的次佳TCR刺激。細胞存活及增殖更佳。當塗佈於培養板時，全部四價構築體彼此表現得相當且表現得比二價構築體好。
在圖28A至28D中，展示溶液中之抗OX40構築體不改變預活化CD4 T細胞之次佳TCR再刺激。在無抗OX40構築體(huIgG1 P329GLALA型式)之培養板固定存在下，未偵測到對次佳再刺激人類CD4 T細胞之細胞增殖及成熟之作用。PHA-L預活化之CFSE標記之人類CD4 T細胞在用小鼠IgG Fcγ特異性抗體及小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，[3ng/mL])預塗佈的培養板上培養四天。經滴定之抗Ox40構築體(huIgG1 P329GLALA型式)添加至培養基且在實驗過程中以溶液形式存在。所示為第4天的事件數及效應T細胞(CD127低CD45RA低)的百分比。減去僅含有培養板固定之抗人類CD3的樣品的基線值。因此，此處展示OX40刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。
圖29A至29D係關於次佳TCR觸發之休眠人類PBMC及細胞表面FAP 高度交聯的OX40介導之共刺激。用非靶向四價抗Ox40(49B4)huIgG1 P329GLALA 4+1及4+2共刺激幾乎不補救次佳TCR刺激之CD4及CD8 T細胞。FAP靶向之二價及四價抗Ox40構築體與本發明NIH/3T3-huFAP純系39細胞之過交聯大大提高人類CD4及CD8 T細胞中之存活及增殖。所示為重要CD4+(圖29A及29B)及CD8+(圖29C及29D)T細胞之事件數。減去僅含有抗人類CD3(純系V9，huIgG1)、休眠人類PBMC及NIH/3T3-huFAP純系39之樣品的基線值。因此，此處可見OX40共刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。靶向之四價構築體優於二價構築體。在FAP陽性腫瘤微環境中，此可能導致在無全身性OX40活化存在下增加的T細胞抗腫瘤活性。
圖30A至30D係關於增殖期的細胞表面固定之FAP靶向四價抗Ox40(49B4)構築體對休眠人類PBMC之次佳TCR刺激的補救。用非靶向四價抗Ox40(49B4)huIgG1 P329GLALA 4+1及4+2共刺激幾乎不補救次佳TCR刺激之CD4及CD8 T細胞。FAP靶向之二價及四價抗Ox40構築體與本發明NIH/3T3-huFAP純系39細胞之過交聯大大提高人類CD4及CD8 T細胞中之存活及增殖。所示為CFSE低重要CD4+(圖30A及30B)及CD8+(圖30C及30D)T細胞的百分比。減去僅含有抗人類CD3(純系V9，huIgG1)、休眠人類PBMC及NIH/3T3-huFAP純系39之樣品的基線值。因此，此處可見OX40共刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。靶向之四價構築體優於二價構築體。
圖31A至31D展示提高之經活化表型CD25對細胞表面固定之FAP靶向四價抗Ox40(49B4)構築體對休眠人類PBMC之次佳TCR刺激的補救。用非靶向四價抗Ox40(49B4)huIgG1 P329GLALA 4+1及4+2共刺激幾乎 不補救次佳TCR刺激之CD4及CD8 T細胞。FAP靶向之二價及四價抗Ox40構築體與本發明NIH/3T3-huFAP純系39細胞之過交聯大大提高人類CD4及CD8 T細胞中之經活化表型。所示為CD25陽性重要CD4+(圖31A及31B)及CD8+(圖31C及31D)T細胞的百分比。減去僅含有抗人類CD3(純系V9，huIgG1)、休眠人類PBMC及NIH/3T3-huFAP純系39之樣品的基線值。因此，此處可見OX40共刺激之增強作用，而非次佳抗CD3刺激之作用本身。靶向四價構築體比二價構築體表現得好。
圖32A至32C中給出概述。FAP靶向之二價及四價抗OX40構築體經本發明NIH/3T3-huFAP純系39細胞之過交聯大大提高人類CD4及CD8 T細胞中之經活化表型以及持續之存活及增殖。為了全部型式之更佳比較，圖29A至29D、圖30A至30D及圖31A至31D之各別印跡劑量反應曲線之曲線下面積定量為各構築體之促效能力的標記物。使用GraphPad Prism計算面積。值為藉由減去空白對照物之值而校正之基線。僅含有FAP結合部分之構築體能夠補救由FAP陽性細胞(NIH)提供交聯時休眠CD4及CD8 T細胞的次佳TCR刺激。細胞顯示更強之增殖、擴展及活化(CD25)。靶向之四價構築體優於二價構築體。在FAP陽性腫瘤微環境中，此可能導致在無全身性OX40活化存在下增加的T細胞抗腫瘤活性。
EC50值之比較展示於圖33中。為了全部型式之更佳比較，圖29A至29D、圖30A至30D及圖31A至31D之各別印跡劑量反應曲線之EC50值為各構築體之促效能力的標記物。使用GraphPad Prism計算EC50值。容易發現靶向4+1及4+2構築體表現得比2+2構築體更好。
圖34A-34D展示與轉移至huIgG1 P329G LALA型式的四種抗人類4-1BB特異性純系(實心菱形：純系25G7，實心正方形：純系12B3，實心星 形：純系11D5，向上三角形：純系9B11)及轉移至huIgG1 P329G LALA型式的一種抗小鼠4-1BB特異性純系20G2(向下三角形)的休眠及活化人類T細胞的結合。使用非4-1BB特異性純系DP47 huIgG1 P329G LALA抗體作為陰性對照(空心灰色圓)。上圖展示與休眠CD4+ T細胞(圖34A)及經活化之CD4+ T細胞(圖34B)的結合，而下圖展示與休眠CD8+ T細胞(圖34C)及經活化之CD8+ T細胞(圖34D)的結合。結合之特徵為用作二次偵測抗體之FITC標記或PE標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab`)2片段的螢光中位值(MFI)對比所測試之一次抗4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體之濃度(nM)繪圖。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI校正基線值(無一次抗體)。
圖35A-35D展示與4-1BB表現小鼠T細胞之結合。所示為與四種抗人類4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體純系(實心菱形：純系25G7，實心正方形：純系12B3、實心星形：純系11D5、向上三角形：純系9B11)及一種抗小鼠4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體純系20G2(向下三角形)的休眠及活化小鼠T細胞的結合。使用非4-1BB結合DP47 huIgG1 P329G LALA抗體作為陰性對照(空心灰色圓)。上圖展示與休眠小鼠CD4+ T細胞(圖35A)及經活化之CD4+ T細胞(圖35B)的結合，而下圖展示與休眠小鼠CD8+ T細胞(圖35C)及經活化之CD8+ T細胞(圖35D)的結合。結合之特徵為用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab`)2片段的MFI對比所測試之一次抗4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體之濃度(nM)繪圖。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI校正基線值(無一次抗體)。
圖36A-36D展示小鼠IgG與4-1BB表現小鼠T細胞之結合。所示為與 轉移至小鼠IgG1 DAPG及小鼠IgG1野生型(wt)型式的抗小鼠4-1BB結合純系20G2的休眠及活化小鼠T細胞的結合。使用市售非4-1BB結合小鼠IgG1 wt同型對照(空心灰色圓，BioLegend，目錄號400153)作為陰性對照。上圖展示與休眠CD4+ T細胞(圖36A)及經活化之CD4+ T細胞(圖36B)的結合，而下圖展示與休眠CD8+ T細胞(圖36C)及經活化之CD8+ T細胞(圖36D)的結合。結合之特徵為用作二次偵測抗體之FITC標記之抗小鼠IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab`)2片段的螢光強度中位值(MFI)對比所測試之一次抗4-1BB結合moIgG抗體之濃度(nM)繪圖。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI校正基線值(無一次抗體)。
圖37A及37B展示與4-1BB表現食蟹獼猴T細胞之結合。所示為與四種抗人類4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體純系(實心菱形：純系25G7、實心正方形：純系12B3、實心星形：純系11D5、向上三角形：純系9B11)之經活化食蟹獼猴T細胞之結合。使用非4-1BB結合DP47 huIgG1 P329G LALA抗體作為陰性對照(空心灰色圓)。所示分別為與經活化CD4+ T細胞(圖37A)及經活化CD8+ T細胞(圖37B)的結合。結合之特徵為用作二次偵測抗體之FITC標記之抗人類IgG Fcγ特異性山羊IgG F(ab`)2片段的螢光強度中位值(MFI)對比所測試之一次抗4-1BB結合huIgG1 P329G LALA抗體之濃度(nM)繪圖。藉由流動式細胞量測術量測MFI且藉由減去空白對照之MFI校正基線值(無一次抗體)。
圖38A-38E涉及如表面電漿子共振所測定的本發明之抗4-1BB抗體的配位體結合特性。展示人類抗4-1BB IgG 25G7(圖38A)、11D5(圖38B)、9B11(圖38C)及12B3(圖38D)與預先形成的複合物hu4-1BB配位體/hu4-1BB之間的相互作用以及小鼠抗4-1BB純系20G2(圖38E)與預先 形成的複合物mu4-1BB配位體/mu4-1BB之間的相互作用。
圖39A-39D展現不同抗人類4-1BB純系之活體外功能特性。預先活化之人類CD8+ T細胞在無抗人類CD3抗體存在下(圖39A及39C)或在次佳濃度之表面固定抗人類CD3抗體存在下(圖39B及39D)用不同濃度之表面固定抗人類4-1BB特異性huIgG1 P329G LALA抗體活化。所示為總CD8+ T細胞群體中IFNγ+(A及B)及TNFα+(C及D)CD8+ T細胞之頻率對比表面固定4-1BB結合huIgG1 P329G LALA之濃度(pM)。在CD3刺激存在下，4-1BB共刺激以濃度依賴性方式增加IFNγ(圖39B)及TNFα(圖39D)分泌。在無CD3刺激存在下，4-1BB之活化對IFNγ(圖39A)及TNFα(圖39C)分泌無作用。
在圖40A中，展現包含兩個抗-4-1BB Fab片段及兩個抗FAP Fab片段的本發明的例示性雙特異性二價抗原結合分子(2+2型式)的示意性流程。圖40B展示包含一個抗-4-1BB Fab片段及一個抗FAP Fab片段的本發明的例示性雙特異性單價抗原結合分子(1+1型式)的示意性流程。在圖40C中展示包含兩個抗-4-1BB Fab片段及能夠特異性結合於FAP之VH及VL結構域的本發明的例示性雙特異性二價抗原結合分子(2+1型式)的示意性流程。實心圓象徵杵-臼突變。在圖40C中所示之構築體中，FAP抗體之VH結構域融合至Fc杵重鏈之C端，而在圖40D中所示之構築體中，FAP抗體之VH結構域結合於Fc臼鏈之C端。在圖40E及40F中展示對FAP(4+1型式)呈單價的本發明的例示性雙特異性四價抗原結合分子之示意性流程。
圖41A至41D說明雙特異性抗-4-1BB×抗FAP抗原結合分子(4+1構築體)的同時結合。分析之設定展示於圖41A中。在圖41B至41D中，展現雙特異性構築體(分析物1)同時結合於固定人類4-1BB及人類FAP(分析物 2)。圖41B展示雙特異性4+1構築體與純系12B3之結合，圖41C展示構築體與純系25G7之結合且圖41D展示構築體與純系11D5之結合。
圖42展示評定二價(IgG)及四價(4+1)4-1BB×FAP構築體與膜結合之4-1BB的結合的基於FRET之競爭分析。對於抗-4-1BB結合子12B3，四價4+1型式比各別二價IgG抗體更佳的競爭結合。
在圖43A至43D中，展示與休眠及經活化人類T細胞之結合。4-1BB結合分子之濃度針對PE結合之二次偵測抗體之幾何平均螢光強度(MFI)點印跡。全部值藉由減去空白對照(例如非一次偵測抗體，僅二次偵測抗體)之基線值進行基線校正。在圖43A中展示與休眠CD4 T細胞之結合且圖43B中展示與經活化CD4+ T細胞的結合。在圖43C中展示與休眠CD8 T細胞之結合且在圖43D中展示與經活化CD8+ T細胞之結合。僅含有4-1BB-結合域之構築體(如12B3 huIgG1 P329G LALA(黑色實心正方形)、12B3 x FAP(28H1)2+2抗原結合分子(黑色實心三角形)、12B3 x FAP(28H1)1+1抗原結合分子(半實心灰色圓)或12B3 x FAP(4B9)4+1抗原結合分子(灰色半實心正方形))有效結合於4-1BB表現細胞。生殖系對照分子DP47 huIgG1 P329G LALA(實心黑色圓，點劃線)偵測不到結合。
圖44概述與經活化人類CD8+ T細胞的結合。展示與高-4-1BB表現經活化CD8+ T細胞針對不同4-1BB特異性分子的結合曲線的曲線下面積(AUC)。型式及各別FAP特異性純系(28H1或4B9)在曲線下方以圖形符號形式說明。4-1BB結合純系12B3由灰色條形指示，而同型對照DP47 huIgG1 P329G LALA指示為白色條形(僅IgG，左圖)。
圖45A及45B係關於與人類FAP表現細胞之結合。4-1BB結合分子之濃度針對PE結合之二次偵測抗體之幾何平均螢光強度(MFI)點印跡。全部 值藉由減去空白對照(例如非一次偵測抗體，僅二次偵測抗體)之基線值進行基線校正。在圖45A中展示與中等FAP表現人類黑素瘤細胞株WM-266-4之結合且在圖45B中展示與高FAP表現NIH/3T3-huFAP純系19細胞的結合。僅含有FAP結合域之構築體(如12B3 x FAP(28H1)2+2抗原結合分子(黑色實心三角形)、12B3 x FAP(28H1)1+1抗原結合分子(半實心灰色圓)或12B3 x FAP(4B9)4+1抗原結合分子(灰色半實心正方形))有效結合於FAP表現細胞。非FAP靶向分子12B3 huIgG1 P329G LALA(黑色實心正方形)及對照分子DP47 huIgG1 P329G LALA(空心黑色圓，點劃線)偵測不到結合。
圖46概述與人類FAP表現NIH/3T3-huFAP細胞之結合。所示為與針對不同4-1BB特異性分子點印跡的FAP高表現NIH/3T3-huFAP細胞的結合曲線的曲線下面積(AUC)。型式及各別FAP特異性純系(28H1或4B9)在曲線下方以圖形符號形式說明。4-1BB結合純系由彩色條指示，而同型對照DP47以白色指示且含有4-1BB特異性純系12B3之分子以灰色指示。
圖47A至47I係關於4-1BB表現報導體細胞株中的NFκB對照螢光素酶表現(實例10)。4-1BB結合分子之濃度針對培育6小時後量測之釋放的光單位(URL)點印跡。全部值藉由減去空白對照(例如不添加抗體)之基線值進行基線校正。在圖47A、D及G中展示與FAP目標無關之4-1BB活化，而4-1BB結合在無任何FAP介導之交聯存在下誘導報導體細胞株中之NFkB對照螢光素酶表現。沒有構築體能夠誘導與FAP靶向無關之活化。在圖47B、47E及47H中，表現人類黑素瘤細胞株WM-266-4之FAP中間物，以及在圖47C、47F及47I中，高FAP表現細胞株NIH/3T3-huFAP純系19以比率5：1添加至報導體細胞株中。FAP表現細胞導致FAP靶向4-1BB結合分子 之交聯且提高其誘導4-1BB表現報導體細胞株中的NFkB/螢光素酶活化之可能。只要存在FAP表現細胞，四價4-1BB FAP靶向之4+1分子就展示最強活化。純系12B3(半實心灰色正方形，半點劃線，圖47B及C)、純系11D5(灰色條，點劃線，圖47E及F)及純系25G7(半實心三角形，點劃線，圖47H及I)亦如此。
圖48概述在NIH/3T3-huFAP細胞存在下4-1BB表現報導體細胞株中NFκB介導之螢光素酶活性。所示為在NIH/3T3-huFAP細胞存在下活化曲線之曲線下面積(AUC)(圖47C、F及I中所示)。所用抗體型式及抗-FAP純系(28H1或4B9)指示為曲線下之圖形符號，不同促效4-1BB純系以不同條顏色指示。同型對照DP47以白色(基線)指示，4-1BB特異性純系12B3以灰色指示，4-1BB特異性純系25G7以黑色指示且4-1BB特異性純系11D5以黑白格子指示。曲線展示僅FAP靶向分子可誘導高於背景之強活化且FAP(4B9)靶向之4+1構築體優於全部其他測試分子。
圖49A至49D係關於如實例11.4.1.1中所述之抗GITR抗體8A06之交叉特異性的量測。圖49A為用於測定物種交叉反應性之分析法設置的示意性流程。圖49B展示抗體8A06對人類GITR之特異性。圖49C及圖49D中所示之獼猴GITR之特異性展示8A06不結合於鼠類GITR。
用於測定GITR特異性抗體8A06對人類及獼猴GITR之親和力的分析法設置展示於圖50A中。圖50B展示人類GITR之結果，而獼猴GITR之結果展示於圖50C中。
圖51A至51C展示表面電漿子共振所測定的抗GITR純系8A06之配位體阻斷特性。實驗設置(參看實例11.4.1.2)展示於圖51A中且觀測到的抗GITR IgG 8A06與預先形成之複合huGITR/huGITR配位體之間的相互作 用可見於圖51B中。圖51C展示抗GITR IgG 6C8與預先形成之複合huGITR/huGITR配位體之間的相互作用。
圖52A至52C係關於實例11.4.1.3中所述之抗原決定基分組。量測抗GITR抗體與GITR複合之預先形成之抗體的結合。在圖52A中展示分析法之設置，抗GITR 8A06 IgG與預先形成之純系6C8/huGITR複合物之間的相互作用展示於圖52B中且抗GITR 6C8 IgG與預先形成之純系8A06/huGITR複合物之間的相互作用展示於圖52C中。
在圖53A中展示對FAP(4+1型式)呈單價的本發明的例示性雙特異性四價抗GITR抗原結合分子之示意性流程。黑點表示允許兩個不同重鏈更佳配對的杵-臼修飾。圖53B為本發明之對FAP(4+2型式)呈二價的例示性雙特異性四價抗原結合分子的示意性流程。抗GITR Fab片段之恆定區可含有修飾(帶電殘基)以允許輕鏈更佳配對。
圖54A至54C展示同時結合雙特異性4+1及4+2抗GITR x抗FAP構築體。實驗設置展示於圖54A中。含有抗GITR純系8A06之雙特異性4+1構築體(分析物1)與經固定人類GITR及人類FAP(分析物2)之同時結合展示於圖54B中。含有抗GITR純系8A06之雙特異性4+2構築體(分析物1)與經固定人類GITR及人類FAP(分析物2)之同時結合繪示於圖54C中。
圖55A及55B係關於與GITR表現HEK細胞之結合。如圖55A中所示，全部測試雙特異性抗GITR構築體有效結合於人類GITR表現HEK細胞，但不結合於或以可忽略比率結合於GITR陰性對照HEK細胞(圖55B)。因此，四價雙特異性FAP靶向型式亦保持抗GITR純系之GITR特異性。全部構築體使用抗GITR純系8A06及抗FAP純系28H1或未靶向型式時與生殖系對照DP47GS製成。4+2意謂如本文所揭示之具有4抗GITR部分及2抗 FAP部分之四價雙特異性抗原結合分子，而4+2 CR係指如本文所述具有額外帶電殘基的分子。
圖56A及56B係關於與FAP表現3T3細胞之結合。如圖56A中所示，所測試之雙特異性抗-GITR x抗-FAP構築體能夠結合於人類FAP表現3T3細胞，但不結合於或以可忽略比率結合於FAP陰性對照3T3細胞(圖56B)。因此，在C端具有單價或二價FAP靶向部分之四價雙特異性型式中亦保持抗FAP純系之FAP特異性。
圖57A及57B展示次佳刺激TCR之GITR介導之共刺激。非靶向四價抗GITR抗原結合分子(GITR 8A06 DP47GS 4+1 sf w(1a))(三角形)之共刺激對次佳TCR刺激之CD4(圖57A)及CD8 T細胞(圖57B)之增殖能力無作用，而T細胞共刺激及促進之增殖需要FAP靶向之抗GITR構築體(GITR 8A06 28H1 4+1 sf W(1))(圓形)經本發明NIH/3T3-huFAP細胞之過交聯。
定義
除非另外定義，否則本文所使用之技術及科學術語具有與本發明所屬領域中通常所使用相同之含義。出於解釋本說明書之目的，將應用以下定義且只要適合，以單數形式使用之術語亦將包括複數且反之亦然。
如本文所用，術語「抗原結合分子」在其最廣泛的意義上係指特異性結合抗原決定子的分子。抗原結合分子之實例為抗體、抗體片段及骨架抗原結合蛋白。
如本文中所使用，術語「能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體」係指特異性結合於抗原決定子之多肽分子。在一個態樣中，抗原結合 部分能夠經其目標細胞抗原活化信號傳導。在一個特定態樣中，抗原結合部分能夠將其所連接之實體(例如TNF家族配位體三聚體)引導至目標位點，例如引導至特定類型之攜帶抗原決定子之腫瘤細胞或腫瘤基質。能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包括抗體及其片段，如本文中進一步定義。此外，能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包括如本文中進一步定義之骨架抗原結合蛋白，例如結合域，其係基於經設計之重複蛋白質或經設計之重複結構域(參看例如WO 2002/020565)。
關於抗體或其片段，術語「能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體」係指包含特異性結合於一部分或所有抗原且與其互補之區域的分子之一部分。可例如藉由一或多個抗體可變域(亦稱為抗體可變區)提供能夠進行特異性抗原結合之部分。特定言之，能夠進行特異性抗原結合之部分體包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。在一個態樣中，「能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體」為Fab片段或交叉Fab片段。
術語「能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分」係指特異性結合於共刺激TNF受體超家族成員之多肽分子。在一個態樣中，抗原結合部分能夠經共刺激TNF受體家族成員活化信號傳導。能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包括抗體及其片段，如本文中進一步定義。此外，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分包括如本文進一步定義之骨架抗原結合蛋白，例如基於所設計之重複蛋白或所設計之重複結構域的結合域(參看例如WO 2002/020565)。詳言之，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。在一個特定態樣中，「能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分」為抗體片段。在一個態樣中，「能夠特異性結合於共刺激 TNF受體家族成員之部分」選自由以下組成之群：單鏈抗體分子(例如scFv)、雙重可變域(DVD)及單結構域抗體、Fab片段及交叉Fab片段。更特定言之，「能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分」為Fab片段或交叉Fab片段。
術語「抗體」在本文中以最廣泛意義使用且涵蓋各種抗體結構，包括(但不限於)單株抗體、多株抗體、單特異性及多特異性抗體(例如雙特異性抗體)及抗體片段，只要其呈現所需抗原結合活性即可。
如本文所用之術語「單株抗體」係指自實質上均質抗體之群體獲得之抗體，亦即除可能變異抗體(例如含有天然存在之突變或在產生單株抗體製劑期間出現之變異抗體，此類變異體通常以較小量存在)以外，構成該群體之個別抗體相同及/或結合相同抗原決定基。相比於典型地包括針對不同決定子(抗原決定基)之不同抗體的多株抗體製劑，單株抗體製劑之各單株抗體係針對抗原上之單一決定子。
如本文所使用之術語「單特異性」抗體表示具有一或多個結合位點之抗體，該一或多個結合位點中之每一者結合於相同抗原之相同抗原決定基。術語「雙特異性」意謂抗原結合分子能夠特異性結合至至少兩個不同的抗原決定子。典型地，雙特異性抗原結合分子包含兩個抗原結合位點，其中之每一者特異性針對不同抗原性決定子。在某些實施例中，雙特異性抗原結合分子能夠同時結合兩個抗原性決定子，詳言之，兩個不同細胞上所表現的兩個抗原性決定子。
如本申請案中所用的術語「化合價」指示存在對抗原結合分子中一個獨特抗原決定子特異的指定數目的結合位點，其對一個獨特抗原決定子特異。因此，術語「二價」、「四價」及「六價」分別表示抗原結合分子中 存在對某一抗原決定子特異的兩個結合位點、四個結合位點及六個結合位點。在本發明之特定態樣中，根據本發明的雙特異性抗原結合分子可以針對某一抗原決定子為單價的，意謂其僅具有一個針對該抗原決定子之結合位點，或其可以針對某一抗原決定子為二價的，意謂其具有兩個針對該抗原決定子之結合位點。本發明之特定分子對共刺激TNF受體呈四價，意謂其具有四個針對共刺激TNF受體之結合位點。
術語「全長抗體」、「完整抗體」及「完全抗體」在本文中可互換使用，其係指具有與原生抗體結構實質上類似之結構的抗體。「原生抗體」係指具有不同結構之天然存在的免疫球蛋白分子。舉例而言，原生IgG類抗體為約150,000道爾頓(dalton)之雜四聚體糖蛋白，其由二硫鍵鍵結之兩個輕鏈及兩個重鏈構成。自N端至C端，各重鏈具有可變區(VH)，亦稱為可變重鏈結構域或重鏈可變域；繼之以三個恆定域(CH1、CH2及CH3)，亦稱為重鏈恆定區。類似地，自N端至C端，各輕鏈具有可變區(VL)，亦稱為可變輕鏈域或輕鏈可變域，繼之為輕鏈恆定域(CL)，亦稱為輕鏈恆定區。抗體之重鏈可歸為五種類型中之一種，該五種類型稱為α(IgA)、δ(IgD)、ε(IgE)、γ(IgG)或μ(IgM)，其中一些可進一步分成亞型，例如γ1(IgG1)、γ2(IgG2)、γ3(IgG3)、γ4(IgG4)、α1(IgA1)及α2(IgA2)。抗體輕鏈可基於其恆定域之胺基酸序列而歸為兩種類型之一，稱為卡帕(kappa)(κ)及拉姆達(lambda)(λ)。
「抗體片段」係指不同於完整抗體，包含完整抗體之一部分且結合完整抗體所結合之抗原的分子。抗體片段之實例包括(但不限於)Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；雙功能抗體、三功能抗體、四功能抗體、交叉Fab片段；線性抗體；單鏈抗體分子(例如scFv)；雙重可變域(DVD) 及單結構域抗體。關於某些抗體片段之綜述，參看Hudson等人，Nat Med 9,129-134(2003)。關於scFv片段之綜述，參看例如Plückthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag,New York，第269-315頁(1994)；亦參看WO 93/16185；及美國專利第5,571,894號及第5,587,458號。關於包含救助受體結合抗原決定基殘基及具有延長之活體內半衰期之Fab及F(ab')2片段的論述，參看美國專利第5,869,046號。雙功能抗體為具有兩個抗原結合位點之抗體片段，其可為二價或雙特異性，參看例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat Med 9,129-134(2003)；及Hollinger等人，Proc Natl Acad Sci USA 90,6444-6448(1993)。三功能抗體及四功能抗體亦描述於Hudson等人，Nat Med 9,129-134(2003)中。單結構域抗體為包含抗體之重鏈可變域的全部或一部分或輕鏈可變域的全部或一部分的抗體片段。在某些實施例中，單結構域抗體為人類單結構域抗體(Domantis,Inc.,Waltham,MA；參看例如美國專利第6,248,516 B1號)。抗體片段可藉由多種技術製得，包括(但不限於)完整抗體之蛋白分解消化以及藉由重組型宿主細胞(例如大腸桿菌或噬菌體)產生，如本文中所描述。
完整抗體之番木瓜蛋白酶消化產生兩個相同的抗原結合片段，稱為「Fab」片段，其各含有重鏈及輕鏈可變結構域以及輕鏈之恆定域及重鏈之第一恆定域(CH1)。如本文所用，因此，術語「Fab片段」係指包含有包含輕鏈之VL結構域及恆定域(CL)之輕鏈片段，及重鏈之VH結構域及第一恆定域(CH1)的抗體片段。Fab'片段與Fab片段之不同之處在於，在包括一或多個來自抗體鉸鏈區之半胱胺酸之重鏈CH1結構域的羧基端處添加 幾個殘基。Fab'-SH為其中恆定域之半胱胺酸殘基具有游離硫醇基之Fab'片段。胃蛋白酶處理產生F(ab')2片段，其具有兩個抗原組合位點(兩個Fab片段)及Fc區之一部分。根據本發明，術語「Fab片段」亦包括如下文所定義之「交叉Fab片段」或「交換Fab片段」。
術語「交叉Fab片段」或「xFab片段」或「交換Fab片段」係指其中重鏈及輕鏈之可變區或恆定區經互換之Fab片段。交換Fab分子之兩種不同鏈組成是可能的且包含於本發明之雙特異性抗體中：一方面，Fab重鏈及輕鏈之可變區經互換，即交換Fab分子包含由輕鏈可變區(VL)及重鏈恆定區(CH1)構成之肽鏈以及由重鏈可變區(VH)及輕鏈恆定區(CL)構成之肽鏈。此交換Fab分子亦稱為CrossFab(VLVH)。另一方面，當Fab重鏈及輕鏈之恆定區互換時，交換Fab分子包含由重鏈可變區(VH)及輕鏈恆定區(CL)構成之肽鏈以及由輕鏈可變區(VL)及重鏈恆定區(CH1)構成之肽鏈。此交換Fab分子亦稱為CrossFab(CLCH1)。
「單鏈Fab片段」或「scFab」為由抗體重鏈可變域(VH)、抗體恆定域1(CH1)、抗體輕鏈可變域(VL)、抗體輕鏈恆定域(CL)及連接子組成之多肽，其中該等抗體結構域及該連接子按N端至C端方向之次序具有以下中之一者：a)VH-CH1-連接子-VL-CL，b)VL-CL-連接子-VH-CH1，c)VH-CL-連接子-VL-CH1或d)VL-CH1-連接子-VH-CL；且其中該連接子為至少30個胺基酸，較佳32與50個胺基酸之間的多肽。該等單鏈Fab片段經由CL結構域與CH1結構域之間的天然雙硫鍵穩定化。此外，此等單鏈Fab分子可經由插入半胱胺酸殘基(例如可變重鏈中之位置44及可變輕鏈中之位置100，根據Kabat編號)而產生鏈間二硫鍵來進一步穩定化。
「交換單鏈Fab片段」或「x-scFab」為由抗體重鏈可變域(VH)、抗 體恆定域1(CH1)、抗體輕鏈可變域(VL)、抗體輕鏈恆定域(CL)及連接子組成之多肽，其中該等抗體結構域及該連接子按N端至C端方向之次序具有以下中之一者：a)VH-CL-連接子-VL-CH1及b)VL-CH1-連接子-VH-CL；其中VH及VL共同形成抗原結合位點，其特異性結合於抗原且其中該連接子為至少30個胺基酸之多肽。此外，此等x-scFab分子可經由插入半胱胺酸殘基(例如可變重鏈中之位置44及可變輕鏈中之位置100，根據Kabat編號)而產生鏈間二硫鍵來進一步穩定化。
「單鏈可變片段(scFv)」為抗體之重鏈(VH)及輕鏈(VL)之可變區之融合蛋白質，其與十至約25個胺基酸之短連接子肽連接。連接子通常富含甘胺酸以具有可撓性，以及絲胺酸或蘇胺酸以具有可溶性，且可連接VH之N端與VL之C端，或反之亦然。儘管移除恆定區且引入連接子，但此蛋白質保留初始抗體之特異性。scFv抗體例如描述於Houston,J.S.,Methods in Enzymol.203(1991)46-96)中。此外，抗體片段包含單鏈多肽，其具有VH結構域(亦即能夠與VL結構域一起組裝至功能性抗原結合位點)或VL結構域(亦即能夠與VH結構域一起組裝至功能性抗原結合位點)之特徵，且藉此提供全長抗體之抗原結合性質。
術語「雙重可變域」或「DVD」係指包含具有兩個可變域之兩個重鏈多肽及具有兩個可變域之兩個輕鏈多肽的抗原結合分子。在DVD抗體(「DVD-Ig」)中，每一半包含具有兩個目標結合位點之重鏈多肽及輕鏈多肽。各結合位點包含具有總共6個涉及於目標結合的CDR的重鏈可變域及輕鏈可變域。DVD-Ig蛋白中之各可變域(VD)可獲自結合一或多個所要抗原或抗原決定基之一或多個「親本」單株抗體(mAb)。所得DVD-Ig分子保留兩個親本mAb之活性。其他細節參看例如WO 2008/024188。
「骨架抗原結合蛋白」為此項技術中已知，例如纖維結合蛋白及經設計之錨蛋白重複蛋白質(DARPins)已用作抗原結合域之替代性骨架，參看例如Gebauer及Skerra,Engineered protein scaffolds as next-generation antibody therapeutics.Curr Opin Chem Biol 13：245-255(2009)及Stumpp等人，Darpins：A new generation of protein therapeutics.Drug Discovery Today 13：695-701(2008)。在本發明之一個態樣中，骨架抗原結合蛋白係選自由以下組成之群：CTLA-4((艾維伯迪)Evibody)；脂質運載蛋白(抗運載蛋白)；蛋白質A衍生之分子，諸如蛋白質A之Z結構域(親和抗體)；A結構域(高親和性多聚體/最大抗體)；血清運鐵蛋白(反式體)；經設計之錨蛋白重複蛋白質(DARPin)；抗體輕鏈或重鏈之可變結構域(單域抗體，sdAb)；抗體重鏈之可變結構域(奈米抗體，aVH)；VNAR片段；纖維結合蛋白(阿耐克汀(AdNectin))；C型凝集素結構域(四連接素)；新型抗原受體β-內醯胺酶之可變結構域(VNAR片段)；人類γ-晶狀體球蛋白或泛素(阿菲林(Affilin)分子)；人類蛋白酶抑制劑之kunitz型結構域，微體，諸如來自knottin家族之蛋白質、肽適體及纖維結合蛋白(阿耐克汀)。CTLA-4(細胞毒性T淋巴細胞相關抗原4)為表現於大部分CD4+ T細胞上之CD28家族受體。其胞外域具有可變結構域類Ig摺疊。對應於抗體之CDR之環可經異源序列取代以賦予不同結合特性。經工程改造以具有不同結合特異性之CTLA-4分子亦稱為艾維伯迪(Evibodies)(例如US7166697B1)。艾維伯迪與抗體(例如結構域抗體)之經分離之可變區之尺寸大致相同。關於其他細節，參看Journal of Immunological Methods 248(1-2),31-45(2001)。脂質運載蛋白為細胞外蛋白質之家族，其傳遞小型疏水性分子，諸如類固醇、後色膽素、類視黃素及脂質。其具有剛性 β-片狀第二結構，其在圓錐結構之開放端具有許多環，其可經工程改造以結合於不同目標抗原。抗運載蛋白之尺寸在160-180個胺基酸之間，且來源於脂質運載蛋白。關於其他細節，參看Biochim Biophys Acta 1482：337-350(2000)、US7250297B1及US20070224633。親和抗體為來源於金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)之蛋白質A之骨架，其可經工程改造以結合於抗原。結構域由具有約58個胺基酸之三螺旋束組成。已藉由表面殘基之隨機化產生文庫。關於其他細節，參看Protein Eng.Des.Sel.2004,17,455-462及EP 1641818A1。高親合性多聚體為來源於A-結構域骨架家族之多域蛋白質。約35個胺基酸之原生結構域採用既定二硫鍵鍵結之結構。藉由改組由A-結構域之家族呈現之天然變化來產生多樣性。關於其他細節，參看Nature Biotechnology 23(12),1556-1561(2005)及Expert Opinion on Investigational Drugs 16(6),909-917(2007年6月)。運鐵蛋白為單體血清傳遞糖蛋白。運鐵蛋白可藉由在允許的表面環中插入肽序列而經工程改造以結合不同目標抗原。經工程改造之運鐵蛋白骨架之實例包括反式體。關於其他細節，參看J.Biol.Chem 274,24066-24073(1999)。經設計之錨蛋白重複蛋白質(DARPins)來源於錨蛋白，其為介導整合膜蛋白質與細胞骨架之連接的蛋白質之家族。單一錨蛋白重複為由兩個α螺旋及β回旋(beta-turn)組成之33殘基主結構。其可藉由隨機化各重複之第一個α螺旋及β回旋中之殘基而經工程改造以結合不同目標抗原。可藉由增加模組數目來增加其結合界面(親和力成熟方法)。關於其他細節，參看J.Mol.Biol.332,489-503(2003),PNAS 100(4),1700-1705(2003)及J.Mol.Biol.369,1015-1028(2007)以及US20040132028A1。單域抗體為由單一單體可變抗體結構域組成之抗體片段。第一個單結構域來源於來 自駱駝之抗體重鏈之可變結構域(奈米抗體或VHH片段)。此外，術語單域抗體包括自主人類重鏈可變域(aVH)或來源於鯊魚之VNAR片段。纖維結合蛋白為可經工程改造以結合於抗原之骨架。纖連蛋白由III型人類纖維結合蛋白(FN3)之15個重複單元之第10個結構域之天然胺基酸序列之主鏈組成。β-夾層結構之一端處的三個環可經工程改造以使阿耐克汀能夠特異性識別相關治療目標。關於其他細節，參看Protein Eng.Des.Sel.18,435-444(2005)、US20080139791、WO2005056764及US6818418B1。肽適體為組合性識別分子，其由恆定骨架蛋白質(通常為硫氧還蛋白(TrxA))組成，該恆定骨架蛋白質含有在活性位點處插入之限制性可變肽環。關於其他細節，參看Expert Opin.Biol.Ther.5,783-797(2005)。微體來源於天然存在之長度為25-50個胺基酸之微型蛋白質，其含有3-4個半胱胺酸橋，微型蛋白質之實例包括KalataBI及芋螺毒素(conotoxin)及打結素。微型蛋白質具有環，其可經工程改造以包括至多25個胺基酸而不影響微型蛋白質之整體摺疊。關於經工程改造之打結素結構域之其他細節，參看WO2008098796。
與參考分子「結合於相同抗原決定基之抗原結合分子」係指一種抗原結合分子，其在競爭分析中阻斷參考分子與其抗原之結合達50%或50%以上，且相反，參考分子在競爭分析中阻斷抗原結合分子與其抗原之結合達50%或50%以上。
術語「抗原結合域」或「抗原結合位點」係指包含特異性結合於部分或全部抗原且與部分或全部抗原互補之區域的抗原結合分子的部分。當抗原較大時，抗原結合分子可僅結合於抗原之特定一部分，該部分稱為抗原決定基。抗原結合域可由例如一或多個可變結構域(亦稱為可變區)提 供。較佳地，抗原結合域包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。
如本文所用，術語「抗原決定子」與「抗原」及「抗原決定基」同義且係指多肽大分子上與抗原結合部分結合，形成抗原結合部分-抗原複合物的位點(例如胺基酸之相鄰延伸或由非相鄰胺基酸之不同區域組成的構形組態)。適用的抗原決定子可發現於例如腫瘤細胞表面上、病毒所感染細胞之表面上、其他病變細胞表面上、免疫細胞表面上、游離於血清中及/或細胞外基質(ECM)中。除非另有指示，否則本文中適用作抗原之蛋白質可為來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之蛋白質的任何原生形式。在一個特定實施例中，抗原為人類蛋白質。在本文中提及特定蛋白質的情況下，該術語涵蓋「全長」的未經處理之蛋白質，以及由細胞中之處理所產生的任何形式之蛋白質。該術語亦涵蓋天然存在之蛋白質變異體，例如剪接變異體或對偶基因變異體。
「特異性結合」意謂結合對於抗原而言具有選擇性且可與非所需或非特異性相互作用區分。抗原結合分子結合於特異性抗原之能力可經由酶聯結免疫吸附分析(ELISA)或熟習此項技術者熟悉之其他技術(例如表面電漿子共振(SPR)技術(在BIAcore儀器上分析)(Liljeblad等人，Glyco J 17,323-329(2000))及傳統結合分析(Heeley,Endocr Res 28,217-229(2002))量測。在一個實施例中，抗原結合分子與無關蛋白質之結合程度小於抗原結合分子與抗原之結合的約10%，如藉由例如SPR所量測。在某些實施例中，結合於抗原之分子具有1μM、100nM、10nM、1nM、0.1nM、0.01nM或0.001nM(例如10-8M或更低，例如10-8M 至10-13M，例如10-9M至10-13M)之解離常數(Kd)。
「親和力」或「結合親和力」係指分子(例如抗體)之單一結合位點與其結合搭配物(例如抗原)之間的非共價相互作用之總和之強度。除非另外指明，否則如本文所使用之「結合親和力」係指反映結合對(例如抗體與抗原)成員之間的1：1相互作用之固有結合親和力。分子X對其搭配物Y之親和力通常可由解離常數(Kd)表示，解離常數為解離速率常數與結合速率常數(分別為koff及kon)之比率。因此，等效親和力可包含不同速率常數，只要速率常數之比率保持相同即可。可藉由此項技術中已知之常用方法(包括本文所描述之彼等方法)來量測親和力。一種用於量測親和力之具體方法為表面電漿子共振(SPR)。
「親和力成熟」抗體係指相較於在一或多個高變區(HVR)中不具有一或多個變化之親本抗體，具有此類變化之抗體，此等變化使抗體對抗原之親和力得到改良。
如本文所用，「目標細胞抗原」係指目標細胞(例如腫瘤細胞，諸如癌細胞或腫瘤基質細胞)表面上所呈遞的抗原決定子。在某些實施例中，目標細胞抗原為腫瘤細胞之表面上的抗原。在一個實施例中，目標細胞抗原係選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白質(FAP)、癌胚抗原(CEA)、黑素瘤相關軟骨素硫酸鹽蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、CD19、CD20及CD33。特定言之，目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白質(FAP)。
除非另有指示，否則術語「纖維母細胞活化蛋白質(FAP)」，亦稱為脯胺醯基內肽酶FAP或Seprase(EC 3.4.21)，係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食 蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生FAP。該術語涵蓋「全長」的未經處理之FAP以及由細胞中之處理產生的FAP之任何形式。該術語亦涵蓋FAP之天然存在之變異體，例如剪接變異體或對偶基因變異體。在一個實施例中，本發明之抗原結合分子能夠特異性結合於人類、小鼠及/或獼猴FAP。人類FAP之胺基酸序列展示於UniProt(www.uniprot.org)寄存編號Q12884(版本149，SEQ ID NO：55)或NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov/)RefSeq NP_004451.2中。人類FAP之胞外域(ECD)自胺基酸位置26延伸至胺基酸位置760。His標記之人類FAP ECD之胺基酸及核苷酸序列分別展示於SEQ ID NO：56及57中。小鼠FAP之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P97321(版本126，SEQ ID NO：58)或NCBI RefSeq NP_032012.1中。小鼠FAP之胞外域(ECD)自胺基酸位置26延伸至胺基酸位置761。SEQ ID NO：59及60分別展示His標記之小鼠FAP ECD之胺基酸及核苷酸序列。SEQ ID NO：61及62分別展示His標記之獼猴FAP ECD之胺基酸及核苷酸序列。本發明之抗FAP結合分子較佳結合於FAP之胞外域。
除非另有指示，否則術語「癌胚抗原(CEA)」，亦稱為癌胚抗原相關細胞黏附分子5(CEACAM5)，係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生CEA。人類CEA之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P06731(版本151，SEQ ID NO：63)中。除非另有指示，否則術語「黑素瘤相關軟骨素硫酸鹽蛋白聚糖(MCSP)」，亦稱為軟骨素硫酸鹽蛋白聚糖4(CSPG4)，係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙 齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生MCSP。人類MCSP之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號Q6UVK1(版本103，SEQ ID NO：64)中。除非另有指示，否則術語「表皮生長因子受體(EGFR)」，亦稱為原癌基因c-ErbB-1或受體酪胺酸-蛋白質激酶erbB-1，係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生EGFR。人類EGFR之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P00533(版本211，SEQ ID NO：65)中。除非另有指示，否則術語「CD19」係指B-淋巴細胞抗原CD19，亦稱為B-淋巴細胞表面抗原B4或T細胞表面抗原Leu-12且包括來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生CD19。人類CD19之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P15391(版本160，SEQ ID NO：66)中。「CD20」係指B淋巴細胞抗原CD20，亦稱為跨膜4-結構域子族A成員1(MS4A1)、B-淋巴細胞表面抗原B1或白細胞表面抗原Leu-16，且包括來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生CD20。人類CD20之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P11836(版本149，SEQ ID NO：67)中。除非另有指示，否則「CD33」係指骨髓細胞表面抗原CD33，亦稱為SIGLEC3或gp67，且包括來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生CD33。人類CD33之胺基酸序列展示於UniProt寄存編號P20138(版本157，SEQ ID NO：68)中。
術語「可變區」或「可變結構域」係指抗體重鏈或輕鏈中涉及抗原 結合分子與抗原之結合的結構域。天然抗體之重鏈及輕鏈(分別為VH及VL)可變域一般具有類似的結構，其中各結構域均包含四個保守性構架區(FR)及三個高變區(HVR)。參看例如Kindt等人，Kuby Immunology，第6版，W.H.Freeman and Co.，第91頁(2007)。單一VH或VL域可足以賦予抗原結合特異性。
如本文所用，術語「高變區」或「HVR」係指抗體可變域中在序列上具有高變性及/或形成結構上定義之環(「高變環」)的各區域。一般而言，原生四鏈抗體包含六個HVR；三個位於VH中(H1、H2、H3)，且三個位於VL中(L1、L2、L3)。HVR一般包含來自高變環及/或來自互補決定區(CDR)的胺基酸殘基，後者具有最高的序列可變性及/或與抗原識別相關。例示性高變環出現在胺基酸殘基26-32(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2)及96-101(H3)處。(Chothia及Lesk,J.Mol.Biol.196：901-917(1987)。)例示性CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3)出現在L1之胺基酸殘基24-34、L2之胺基酸殘基50-56、L3之胺基酸殘基89-97、H1之胺基酸殘基31-35B、H2之胺基酸殘基50-65及H3之胺基酸殘基95-102處。(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991)。)高變區(HVR)亦稱為「互補決定區」(CDR)，且此等術語在本文中、在提及形成抗原結合區之可變區之一部分時可互換使用。此具體區域已由Kabat等人，U.S.Dept.of Health and Human Services,「Sequences of Proteins of Immunological Interest」(1983)及Chothia等人，J.Mol.Biol.196：901-917(1987)描述，其中定義包括彼此比較時胺基酸殘基之重疊或亞群。然 而，涉及抗體或其變異體之CDR之任何定義的應用意欲處於如本文中所定義及所用之術語的範疇內。涵蓋如上文所引用之參考文獻中之每一者所定義之CDR的適當胺基酸殘基闡述於下表A中作為比較。包含特定CDR的確切殘基數目將視CDR序列及大小而變。在抗體之可變區胺基酸序列指定的情況下，熟習此項技術者可以常規方式確定哪個殘基包含特定CDR。
1 表A中之所有CDR定義之編號皆依據Kabat等人所闡述之編號約定(參看下文)。
2 如表A中所用之含有小寫「b」的「AbM」係指如由Oxford Molecular之「AbM」抗體模型化軟體所定義的CDR。
Kabat等人亦定義適用於任何抗體的可變區序列編號系統。一般技術者可將此「Kabat編號」系統明確地分配給任何可變區序列，而不依賴於超過序列本身的任何實驗資料。如本文所用，「Kabat編號」係指由Kabat等人，U.S.Dept.of Health and Human Services,「Sequence of Proteins of Immunological Interest」(1983)所闡述之編號系統。除非另外說明，否則提及抗體可變區中之特定胺基酸殘基位置的編號係根據Kabat編號系統。
除VH中之CDR1之外，CDR一般包含形成高變環的胺基酸殘基。CDR亦包含「特異性決定殘基」或「SDR」，其為接觸抗原之殘基。SDR 含於簡稱為-CDR或a-CDR之CDR區域內。例示性a-CDR(a-CDR-L1、a-CDR-L2、a-CDR-L3、a-CDR-H1、a-CDR-H2及a-CDR-H3)出現在L1之胺基酸殘基31-34、L2之胺基酸殘基50-55、L3之胺基酸殘基89-96、H1之胺基酸殘基31-35B、H2之胺基酸殘基50-58及H3之胺基酸殘基95-102。(參看Almagro及Fransson,Front.Biosci.13：1619-1633(2008).)除非另外指示，否則在本文中，根據Kabat等人，同前文獻對可變域中之HVR殘基及其他殘基(例如FR殘基)進行編號。
「構架」或「FR」係指除高變區(HVR)殘基以外的可變結構域殘基。可變域之FR一般由四個FR域組成：FR1、FR2、FR3及FR4。因此，在VH(或VL)中，HVR及FR序列一般以以下序列呈現：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
術語「嵌合」抗體係指重鏈及/或輕鏈之一部分衍生自特定來源或物種，而重鏈及/或輕鏈之其餘部分衍生自不同來源或物種之抗體。
抗體之「類別」係指其重鏈所具有之恆定域或恆定區的類型。存在五種主要類別之抗體：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且此等類別中之若干者可進一步分成子類(同型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。對應於不同類別之免疫球蛋白之重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ及μ。
「人類化」抗體係指包含來自非人類HVR之胺基酸殘基及來自人類FR之胺基酸殘基之嵌合抗體。在某些實施例中，人類化抗體將包含至少一個且通常兩個可變域之實質上全部，其中所有或實質上所有HVR(例如CDR)均對應於非人類抗體之HVR，且所有或實質上所有FR均對應於人類抗體之FR。人類化抗體視情況可包含源自人類抗體之抗體恆定區的至少 一部分。抗體(例如非人類抗體)之「人類化形式」係指已經歷人類化之抗體。本發明涵蓋之「人類化抗體」之其他形成為其中恆定區已經額外修飾或自原始抗體發生變化以產生根據本發明之特性，尤其在C1q結合及/或Fc受體(FcR)結合方面。
「人類」抗體為胺基酸序列對應於由人類或人類細胞產生或來源於利用人類抗體譜系或其他人類抗體編碼序列之非人類來源之抗體之胺基酸序列的抗體。人類抗體之此定義特定排除包含非人類抗原結合殘基之人類化抗體。
術語「Fc結構域」或「Fc區」在本文中用於定義抗體重鏈中含有恆定區之至少一部分的C端區域。該術語包括原生序列Fc區及變異型Fc區。IgG Fc區包含IgG CH2及IgG CH3結構域。人類IgG Fc區之「CH2結構域」通常自約位置231處之胺基酸殘基延伸至約位置340處之胺基酸殘基。在一個實施例中，碳水化合物鏈連接至CH2結構域。本文中，CH2結構域可為原生序列CH2結構域或變異型CH2結構域。「CH3結構域」包含Fc區中C端殘基延伸至CH2結構域(亦即自IgG之約位置341之胺基酸殘基至約位置447處之胺基酸殘基)。本文中，CH3區可為原生序列CH3結構域或變異型CH3結構域(例如在其一個鏈中具有引入之「隆凸」(「杵」)且在其另一個鏈中具有相應的引入之「凹穴」(「臼」)的CH3結構域，參看美國專利第5,821,333號，其以引用之方式明確併入本文中)。此類變異型CH3結構域可用於促進如本文中所描述之兩個非一致抗體重鏈之雜二聚化。在一個實施例中，人類IgG重鏈Fc區自Cys226或自Pro230延伸至重鏈之羧基末端。然而，Fc區之C端離胺酸(Lys447)可存在或可不存在。除非本文另外說明，否則Fc區或恆定區胺基酸殘基之編號係依據EU編號系 統，亦稱為EU索引，如Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991中所述。
「杵-臼」技術描述於例如US 5,731,168；US 7,695,936；Ridgway等人，Prot Eng 9,617-621(1996)及Carter,J Immunol Meth 248,7-15(2001)中。一般而言，該方法涉及在第一多肽之界面處引入隆凸(「杵」)及在第二多肽之界面處引入相應空腔(「臼」)，使得隆凸可定位於空腔中以便促進雜二聚體形成且阻礙均二聚體形成。藉由用較大側鏈(例如酪胺酸或色胺酸)置換第一多肽界面中之小胺基酸側鏈來構建隆凸。大小與隆凸相同或相似的補償性空腔藉由用較小胺基酸側鏈(例如丙胺酸或蘇胺酸)置換大胺基酸側鏈而形成於第二多肽之界面中。隆凸及空腔可藉由改變編碼多肽之核酸(例如藉由定點突變誘發或藉由肽合成來改變)來產生。在一個特定實施例中，結修飾包含Fc結構域之兩個子單元中之一者中之胺基酸取代T366W，且孔修飾包含Fc結構域之兩個子單元中之另一者中的胺基酸取代T366S、L368A及Y407V。在另一特定實施例中，包含結修飾之Fc結構域之子單元額外包含胺基酸取代S354C，且包含孔修飾之Fc結構域之子單元額外包含胺基酸取代Y349C。引入此等兩個半胱胺酸殘基使得Fc區之兩個子單元之間形成二硫橋鍵，由此進一步穩定二聚體(Carter,J Immunol Methods 248,7-15(2001))。
「與免疫球蛋白之Fc區等效之區域」意欲包括免疫球蛋白之Fc區之天然存在之對偶基因變異體以及具有變化之變異體，該等變化產生取代、添加或缺失，但不實質上降低免疫球蛋白介導效應功能(諸如抗體依賴性細胞毒性)之能力。舉例而言，免疫球蛋白之Fc區之N端或C端可缺失一或 多個胺基酸而不實質性損失生物功能。此類變異體可根據此項技術中已知的一般法則選擇以對活性具有最小影響(參看例如Bowie,J.U.等人，Science 247：1306-10(1990))。
術語「效應功能」係指可歸因於抗體之Fc區之彼等生物活性，其因抗體同型而異。抗體效應功能之實例包括：C1q結合及補體依賴性細胞毒性(CDC)、Fc受體結合、抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)、抗體依賴性細胞吞噬(ADCP)、細胞激素分泌、免疫複合物介導抗原呈遞細胞攝入抗原、細胞表面受體(例如B細胞受體)下調及B細胞活化。
可藉由抗體之Fc-區與Fc受體(FcR)相互作用來調節Fc受體結合依賴性效應功能，其為造血細胞上經特殊化之細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族，且已展示經由抗體依賴性細胞毒性(ADCC)其調節包被抗體之病原體之移除(藉由免疫複合體吞噬作用)，及紅血球及包被相對應抗體的不同其他細胞靶(例如腫瘤細胞)之裂解兩者(參看例如，Van de Winkel,J.G.及Anderson,C.L.,J.Leukoc.Biol.49(1991)511-524)。FcR由其針對免疫球蛋白同型之特異性定義：針對IgG抗體之Fc受體被稱為FcγR。Ravetch,J.V.及Kinet,J.P.,Annu.Rev.Immunol.9(1991)457-492；Capel,P.J.等人，Immunomethods 4(1994)25-34；de Haas,M.等人，J.Lab.Clin.Med.126(1995)330-341；及Gessner,J.E.等人，Ann.Hematol.76(1998)231-248描述Fc受體結合。
IgG抗體之Fc區(FcγR)的受體交聯觸發多種效應功能，包括噬菌作用、抗體依賴性細胞毒性及炎性介質釋放，以及免疫複合物清除及抗體產量之調節。在人類中，已表徵三種類別之FcγR，其為：
- FcγRI(CD64)以高親和力結合於單體IgG，且在巨噬細胞、單核細 胞、嗜中性白細胞及嗜酸性細胞上表現。在Fc-區IgG內在胺基酸殘基E233-G236、P238、D265、N297、A327及P329(根據Kabat之EU索引編號)中之一者修飾，減小FcγRI結合。位置233-236處之IgG2殘基(經取代至IgG1及IgG4)減少103倍FcγR結合，並消除人單核細胞與抗體敏化紅細胞之響應(Armour,K.L.等人，Eur.J.Immunol.29(1999)2613-2624)。
- FcγRII(CD32)以中等至低親和力結合於複合型IgG，且廣泛地表現。此受體可分為兩種次類：FcγRIIA及FcγRIIB。在許多涉及殺滅之細胞(例如，巨噬細胞、單核細胞、嗜中性白細胞)上發現FcγRIIA，且其似乎能夠激活殺滅程序。FcγRIIB似乎在抑制程序中起一定作用，且在B細胞、巨噬細胞上及肥大細胞及嗜酸性細胞上發現FcγRIIB。在B細胞上，其似乎起到遏制進一步產生免疫球蛋白及同型轉換至(例如)IgE類別之功能。在巨噬細胞上，當調節至FcγRIIA時，FcγRIIB用以抑制吞噬作用。在嗜酸性細胞及肥大細胞上，在IgE結合至其獨立受體的整個過程中，B形態可有助於遏制此等細胞。發現FcγRIIA結合減小，例如包含至少在胺基酸殘基E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292及K414中之一者處具有突變之IgG Fc-區的抗體(根據Kabat之EU索引編號)。
- FcγRIII(CD16)以中等至低親和力結合於IgG，且以兩種類型存在。在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性細胞及一些單核細胞及T細胞上發現FcγRIIIA，且FcγRIIIA調節ADCC。FcγRIIIB在嗜中性白細胞上高度表現。發現FcγRIIIA結合減小，例如包含至少在胺基酸殘基E233-G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338及D376中之一者處具有突變 之IgG Fc-區的抗體(根據Kabat之EU索引編號)。
在人IgG1上映射Fc受體結合位點、上述突變位點及用於量測FcγRI及FcγRIIA結合之方法描述於Shields,R.L.等人J.Biol.Chem.276(2001)6591-6604中。
術語「ADCC」或「抗體依賴性細胞毒性」為藉由Fc受體結合調節之功能，且係指在效應細胞存在下的情況下藉由如本文所報導之抗體裂解目標細胞。藉由量測該等結合Fcγ受體表現細胞，諸如以重組方式表現FcγRI及/或FcγRIIA或NK細胞(基本上表現FcγRIIIA)之細胞，來研究引起調節ADCC之最初步驟的抗體含量。特定言之，量測NK細胞上與FcγR之結合。
「活化Fc受體」為一種Fc受體，其與抗體之Fc區接合之後，引發信號傳導事件，刺激攜帶受體之細胞執行效應功能。活化Fc受體包括FcγRIIIa(CD16a)、FcγRI(CD64)、FcγRIIa(CD32)及FcαRI(CD89)。特定活化Fc受體為人類FcγRIIIa(參看UniProt寄存編號P08637，版本141)。
「腫瘤壞死因子受體超家族」或「TNF受體超家族」目前由27受體組成。其為特徵為經富含半胱胺酸之胞外域(CRD)結合腫瘤壞死因子(TNF)之能力細胞激素受體之群。此等偽重複由受體鏈內高度保守半胱胺酸殘基產生之鏈內二硫化物界定。除神經生長因子(NGF)以外，全部TNF與原型TNF-α同源。大部分TNF受體以其活性形式在漿膜中形成三聚複合物。因此，大部分TNF受體含有跨膜結構域(TMD)。若干此等受體亦含有胞內死亡結構域(DD)，其在配位體結合之後募集卡斯蛋白酶相互作用蛋白以起始卡斯蛋白酶活化之外源路徑。缺乏死亡結構域之其他TNF超家族 受體結合TNF受體相關因子且活化可導致增殖或分化之胞內信號傳導路徑。此等受體亦可起始細胞凋亡，但其經間接機制進行。除了調整細胞凋亡之外，若干TNF超家族受體涉及於調整免疫細胞功能(諸如B細胞穩定及活化)、自然殺手細胞活化及T細胞共刺激。若干其他受體調整細胞類型特異性反應，諸如毛囊發育及蝕骨細胞發育。TNF受體超家族之成員包括以下：腫瘤壞死因子受體1(1A)(TNFRSF1A、CD120a)、腫瘤壞死因子受體2(1B)(TNFRSF1B、CD120b)、淋巴毒素β受體(LTBR、CD18)、OX40(TNFRSF4、CD134)、CD40(Bp50)、Fas受體(Apo-1、CD95、FAS)、誘餌受體3(TR6、M68、TNFRSF6B)、CD27(S152、Tp55)、CD30(Ki-1、TNFRSF8)、4-1BB(CD137、TNFRSF9)、DR4(TRAILR1、Apo-2、CD261、TNFRSF10A)、DR5(TRAILR2、CD262、TNFRSF10B)、誘餌受體1(TRAILR3、CD263、TNFRSF10C)、誘餌受體2(TRAILR4、CD264、TNFRSF10D)、RANK(CD265、TNFRSF11A)、骨保護素(OCIF、TR1、TNFRSF11B)、TWEAK受體(Fn14、CD266、TNFRSF12A)、TACI(CD267、TNFRSF13B)、BAFF受體(CD268、TNFRSF13C)、疱疹病毒侵入介體(HVEM、TR2、CD270、TNFRSF14)、神經生長因子受體(p75NTR、CD271、NGFR)、B細胞成熟抗原(CD269、TNFRSF17)、糖皮質激素誘導之TNFR相關(GITR、AITR、CD357、TNFRSF18)、TROY(TNFRSF19)、DR6(CD358、TNFRSF21)、DR3(Apo-3、TRAMP、WS-1、TNFRSF25)以及外異蛋白A2受體(XEDAR、EDA2R)。
腫瘤壞死因子受體(TNFR)家族之若干成員在初始T細胞活化之後用於維持T細胞反應。術語「共刺激TNF受體家族成員」或「共刺激TNF受 體超家族成員」或「共刺激TNF超家族受體」係指能夠共刺激T細胞之增殖及細胞激素產生的TNF受體超家族成員之子群。除非另外指示，否則該術語係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)、非人類靈長類動物(例如食蟹獼猴)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生TNF家族受體。在本發明之具體實施例中，共刺激TNF受體超家族成員係選自由以下組成之群：OX40(CD134)、4-1BB(CD137)、CD27、HVEM(CD270)、CD30及GITR，其均可對T細胞具有共刺激作用。更特定言之，共刺激TNF受體超家族成員選自由OX40及4-1BB組成之群。
TNF受體超家族成員之其他資訊(特定言之，序列)可自公開可用資料庫(諸如Uniprot(www.uniprot.org))獲得。舉例而言，人類共刺激TNF受體具有以下胺基酸序列：人類OX40(UniProt寄存編號P43489，SEQ ID NO：69)、人類4-1BB(UniProt寄存編號Q07011，SEQ ID NO：70)、人類CD27(UniProt寄存編號P26842，SEQ ID NO：71)、人類HVEM(UniProt寄存編號Q92956，SEQ ID NO：72)、人類CD30(UniProt寄存編號P28908，SEQ ID NO：73)以及人類GITR(UniProt寄存編號Q9Y5U5，SEQ ID NO：74)。
除非另外指示，否則如本文所用之術語「OX40」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生OX40。該術語涵蓋「全長」的未經處理之OX40以及由細胞中之處理產生的OX40之任何形式。該術語亦涵蓋OX40之天然存在之變異體，例如剪接變異體或對偶基因變異體。例示性人類OX40之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：1(Uniprot P43489，型式112)且例示性鼠類 OX40之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：75(Uniprot P47741，型式101)中。
術語「抗OX40抗體」、「抗OX40」、「OX40抗體」及「特異性結合於OX40之抗體」係指能夠以足夠親和力結合OX40以使得抗體在靶向OX40時適用作診斷劑及/或治療劑之抗體。在一個實施例中，抗OX40抗體與不相關非OX40蛋白質之結合程度小於例如放射免疫分析(RIA)或流動式細胞量測術(FACS)量測之抗體與OX40之結合的約10%。在某些實施例中，結合於OX40之抗體的解離常數(KD)1μM、100nM、10nM、1nM、0.1nM、0.01nM或0.001nM(例如10-6M或更低，例如10-68M至10-13M，例如10-8M至10-10M)。
除非另外指示，否則如本文所用之術語「4-1BB」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生4-1BB。該術語涵蓋「全長」未經處理之4-1BB以及由細胞中之處理產生的4-1BB之任何形式。該術語亦涵蓋4-1BB之天然存在之變異體，例如剪接變異體或對偶基因變異體。例示性人類4-1BB之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：70(Uniprot寄存編號Q07011)中，例示性鼠類4-1BB之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：76(Uniprot寄存編號P20334)中且例示性獼猴4-1BB(來自恆河猴)之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：77(Uniprot寄存編號F6W5G6)中。
術語「抗4-1BB抗體」、「抗4-1BB」、「4-1BB抗體」及「特異性結合於4-1BB之抗體」係指能夠以足夠親和力結合4-1BB以使得抗體在靶向4-1BB時適用作診斷劑及/或治療劑之抗體。在一個實施例中，抗4-1BB抗體與不相關非4-1BB蛋白質的結合程度低於例如放射免疫分析(RIA)或流動 式細胞量測術(FACS)所量測之抗體與4-1BB之結合的約10%。在某些實施例中，結合於4-1BB之抗體的解離常數(KD)1μM、100nM、10nM、1nM、0.1nM、0.01nM或0.001nM(例如10-6M或更低，例如10-68M至10-13M，例如10-8M至10-10M)。
除非另外指示，否則如本文所用之術語「GITR」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠))之任何原生GITR。該術語涵蓋「全長」的未經處理之GITR以及由細胞中之處理產生的GITR之任何形式。該術語亦涵蓋GITR之天然存在之變異體，例如剪接變異體或對偶基因變異體。例示性人類GITR之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：74(Uniprot P43489，112版)中。
術語「抗GITR抗體」、「抗GITR」、「GITR抗體」及「特異性結合於GITR之抗體」係指能夠以足夠親和力結合GITR以使得抗體在靶向GITR時適用作診斷劑及/或治療劑之抗體。在一個態樣中，如藉由放射免疫分析(RIA)或流動式細胞測量術(FACS)所量測，抗GITR抗體與不相關非GITR蛋白之結合程度低於抗體與GITR之結合的約10%。在某些實施例中，結合於GITR之抗體的解離常數(KD)1μM、100nM、10nM、1nM、0.1nM、0.01nM或0.001nM(例如10-6M或更低，例如10-68M至10-13M，例如10-8M至10-10M)。
術語「肽連接子」係指包含一或多個胺基酸(通常約2至20個胺基酸)的肽。肽連接子在此項技術中已知或描述於本文中。適合非免疫原性連接肽為例如(G4S)n、(SG4)n或G4(SG4)n肽連接子，其中「n」一般為介於1與10之間，通常介於2與4之間，具體而言為2之數字，即肽選自由以下組成之群：GGGGS(SEQ ID NO：78)GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：79)、 SGGGGSGGGG(SEQ ID NO：80)及GGGGSGGGGSGGGG(SEQ ID NO：81)，但亦包括序列GSPGSSSSGS(SEQ ID NO：82)、(G4S)3(SEQ ID NO：83)、(G4S)4(SEQ ID NO：84)、GSGSGSGS(SEQ ID NO：85)、GSGSGNGS(SEQ ID NO：86)、GGSGSGSG(SEQ ID NO：87)、GGSGSG(SEQ ID NO：88)、GGSG(SEQ ID NO：89)、GGSGNGSG(SEQ ID NO：90)、GGNGSGSG(SEQ ID NO：91)以及GGNGSG(SEQ ID NO：92)。尤其受關注之肽連接子為(G4S)(SEQ ID NO：78)、(G4S)2或GGGGSGGGGS(SEQ ID NO：79)及(G4S)4(SEQ ID NO：84)。
如本申請案內所用，術語「胺基酸」表示天然存在之羧基α-胺基酸之群，其包含丙胺酸(三字母代碼：ala，一字母代碼：A)、精胺酸(arg，R)、天冬醯胺(asn，N)、天冬胺酸(asp，D)、半胱胺酸(cys，C)、麩醯胺酸(gln，Q)、麩胺酸(glu，E)、甘胺酸(gly，G)、組胺酸(his，H)、異白胺酸(ile，I)、白胺酸(leu，L)、離胺酸(lys，K)、甲硫胺酸(met，M)、苯丙胺酸(phe，F)、脯胺酸(pro，P)、絲胺酸(ser，S)、蘇胺酸(thr，T)、色胺酸(trp，W)、酪胺酸(tyr，Y)及纈胺酸(val，V)。
「融合」或「連接」意謂組分(例如抗體及Fab片段之重鏈)經肽鍵直接或經一或多個肽連接子連接。
相對於參考多肽序列之「胺基酸序列一致性百分比(%)」定義為在比對參考多肽序列與候選序列且必要時引入間隙以達成最大序列一致性百分比之後，且在不將保守性取代視為序列一致性之一部分之情況下，候選序列中與參考多肽序列中之胺基酸殘基一致的胺基酸殘基之百分比。出於測定胺基酸序列一致性百分比目地之比對可以使用此項技術範圍內的多種方法例如使用公開可獲得之電腦軟體(諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN.SAWI或Megalign(DNASTAR)軟件)實現。熟習此項技術者可測 定用於比對序列之適當參數，包括在所比較序列之全長內達成最大比對所需的任何算法。然而，出於本文之目的，使用序列比較電腦程式ALIGN-2產生胺基酸序列一致性百分比值。ALIGN-2序列比較電腦程式由Genentech,Inc.創作，且原始程式碼已隨使用者文件一起提交於美國版權局(U.S.Copyright Office),Washington D.C.,20559，其在美國版權局以美國版權登記號TXU510087登記。ALIGN-2程序可公開獲自Genentech,Inc.,South San Francisco,California，或可自原始碼編寫。ALIGN-2程序經編寫可用於UNIX操作系統，包括數位UNIX V4.0D。所有序列比較參數由ALIGN-2程序設定且不變化。在採用ALIGN-2進行胺基酸序列比較之情形下，給定胺基酸序列A與給定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性%(或者，其可表述為與給定胺基酸序列B具有或包含一定胺基酸序列一致性%的給定胺基酸序列A)如下計算：100乘以分率X/Y
其中X為利用序列比對程式ALIGN-2對A與B進行程式比對時評為一致匹配的胺基酸殘基之數目，且其中Y為B中胺基酸殘基的總數。應瞭解，當胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度時，A與B之胺基酸序列一致性%將不等於B與A之胺基酸序列一致性%。除非另外特定說明，否則本文中使用之所有胺基酸序列一致性%值均使用ALIGN-2電腦程式如剛剛前一段落中所述獲得。
在某些實施例中，涵蓋本文中提供之含有TNF配位三聚體之抗原結合分子的胺基酸序列變異體。舉例而言，可能需要改良含有TNF配位三聚體之抗原結合分子之結合親和力及/或其他生物特性。含有TNF配位三聚體之抗原結合分子之胺基酸序列變異體可藉由將適合的修飾引入編碼核苷酸序列之分子或藉由肽合成來製備。此類修飾包括例如在抗體之胺基酸序 列內的殘基之缺失及/或插入及/或取代。可製造缺失、插入及取代之任一組合以獲得最終構築體，其限制條件為最終構築體具有所需特徵，例如抗原結合。用於取代性突變誘發之相關位點包括HVR及構架(FR)。保守性取代以標題「較佳取代」提供於表B中且在下文中參考胺基酸側鏈分類(1)至(6)進一步描述。可將胺基酸取代引入相關分子且針對所需活性篩選產物，例如保持/改良之抗原結合、降低之免疫原性或改良之ADCC或CDC。
胺基酸可根據共有側鏈特性進行分組： (1)疏水性：正白胺酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；(2)中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；(3)酸性：Asp、Glu；(4)鹼性：His、Lys、Arg；(5)影響鏈取向之殘基：Gly、Pro；(6)芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守取代將必然伴有將此等類別中之一者之成員換成另一個類別。
術語「胺基酸序列變異體」包括實質性變異體，其中在親本抗原結合分子(例如人類化或人類抗體)之一或多個高變區殘基中存在胺基酸取代。通常，所選擇之用於進一步研究之所得變異體與親本抗原結合分子相比將具有某些生物特性之修飾(例如改良)(例如提高之親和力、降低之免疫原性)及/或將實質上保持親本抗原結合分子之某些生物特性。一種例示性取代型變異體為親和力成熟抗體，其可例如使用基於噬菌體呈現之親和力成熟技術(諸如本文所描述之技術)便利地產生。簡言之，一或多個HVR殘基突變且變異型抗原結合分子在噬菌體上呈現且針對特定生物活性(例如結合親和力)進行篩選。在某些實施例中，一或多個HVR內可存在取代、插入或缺失，只要此類變化不實質上降低抗原結合分子結合抗原之能力即可。舉例而言，可在HVR中進行不實質上降低結合親和力之保守改變(例如如本文所提供之保守取代)。可靶向突變誘發之用於鑑別抗體之殘基或區域之適用方法稱為「丙胺酸掃描突變誘發」，如由Cunningham及Wells(1989)Science,244：1081-1085所描述。在此方法中，鑑別殘基或目標殘基(例如帶電殘基，諸如Arg、Asp、His、Lys及Glu)之群且由中性 或帶負電胺基酸(例如丙胺酸或聚丙胺酸)置換以測定抗體與抗原之相互相用是否受到影響。可在對初始取代顯示功能敏感性之胺基酸位置處引入其他取代。或者或另外，抗原-抗原結合分子之晶體結構複合以鑑別抗體與抗原之間的接觸點。此類接觸殘基及鄰近殘基可作為取代候選物之標靶或排除在取代候選物之外。可篩選變異體以判定其是否含有所需特性。
胺基酸序列插入包括在一個殘基至含有一百個或一百個以上殘基之多肽長度範圍內的胺基及/或羧基端融合物，以及具有單個或多個胺基酸殘基之序列內插入。末端插入的實例包括具有N端甲硫胺醯基殘基的本發明之雙特異性抗原結合分子。分子之其他插入型變異體包括N或C端與多肽之融合，此延長雙特異性抗原結合分子之血清半衰期。
在某些態樣中，本文提供之雙特異性抗原結合分子經改變以提高或降低抗體經糖基化之程度。可藉由改變胺基酸序列使得創造或移除之一或多個糖基化位點便利地獲得分子之糖基化變異體。當含有TNF配位三聚體之抗原結合分子包含Fc區時，可改變與其連接之碳水化合物。由哺乳動物細胞產生之天然抗體通常包含分支鏈雙觸角寡醣，其一般藉由N鍵連接至Fc區之CH2域的Asn297。參看例如Wright等人TIBTECH 15：26-32(1997)。寡醣可包括各種碳水化合物，例如甘露糖、N-乙醯基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖及唾液酸，以及連接至雙觸寡醣結構之「主幹」中之GlcNAc的海藻糖。在一些實施例中，可進行含有TNF家族配位三聚體之抗原結合分子中寡糖之修飾以產生具有某些改良之特性的變異體。在一個態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的變異體，其具有碳水化合物結構且不具有連接(直接或間接)至Fc區的海藻糖。此類海藻糖基化變異體可具有改良之ADCC功能，參看例如美國專利公開案第US 2003/0157108號(Presta,L.)或US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。在另一態樣中，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的變異體具有對分寡糖，例如其中連接至Fc區的二觸角寡醣經GlcNAc對分。此類變異體可具有降低之海藻糖基化及/或改良之ADCC功能，參看例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等人)；美國專利第6,602,684號(Umana等人)；及US 2005/0123546(Umana等人)。亦提供寡糖中之至少一個半乳糖殘基與Fc區連接之抗體變異體。此類抗體變異體可具有改良之CDC功能且描述於例如WO 1997/30087(Patel等人)；WO 1998/58964(Raju,S.)；及WO 1999/22764(Raju,S.)中。
在某些態樣中，可能需要形成本發明之雙特異性抗原結合分子的半胱胺酸工程改造之變異體，例如「thioMAb」，其中分子之一或多個殘基經半胱胺酸殘基取代。在特定態樣中，經取代之殘基存在於分子之可達位點處。藉由用半胱胺酸取代此等殘基，藉此將反應性硫醇基安置於抗體之可達位點且可用於使抗體與其他部分(諸如藥物部分或連接子-藥物部分)結合以產生免疫結合物。在某些態樣中，以下殘基中之任一者或多者可經半胱胺酸取代：輕鏈之V205(Kabat編號)；重鏈之A118(EU編號)；及重鏈Fc區之S400(EU編號)。半胱胺酸工程改造之抗原結合分子可例如美國專利第7,521,541號中所述產生。
術語「聚核苷酸」係指分離之核酸分子或構築體，例如信使RNA(mRNA)、病毒源RNA或質體DNA(pDNA)。聚核苷酸可包含習知磷酸二酯鍵或非習知鍵(例如醯胺鍵，諸如肽核酸(PNA)中所發現)。術語「核酸分子」係指聚核苷酸中存在的任何一或多個核酸區段，例如DNA或RNA片段。
「經分離」核酸分子或聚核苷酸意指已自原生環境中轉移的核酸分子、DNA或RNA。舉例而言，出於本發明之目的，編碼載體中所含之多肽的重組性聚核苷酸視為經分離。分離之聚核苷酸之其他實例包括異質宿主細胞中所維持的重組聚核苷酸或溶液中經純化(部分或實質上)之聚核苷酸。經分離聚核苷酸包括通常含有聚核苷酸分子之細胞中所含的聚核苷酸分子，但聚核苷酸分子存在於染色體外或不同於其天然染色體位置之染色體位置。經分離RNA分子包括本發明的活體內或活體外RNA轉錄物，以及正股及負股形式，及雙股形式。本發明之經分離之聚核苷酸或核酸進一步包括以合成方式產生的此類分子。另外，聚核苷酸或核酸可為或可包括調節元件，諸如啟動子、核糖體結合位點或轉錄終止子。
一種核酸或聚核苷酸的核苷酸序列與本發明之參考核苷酸序列至少例如95%「一致」意指該聚核苷酸之核苷酸序列與參考序列一致，但該聚核苷酸序列相對於參考核苷酸序列可每100個核苷酸中包括至多五個點突變。換言之，為了獲得核苷酸序列與參考核苷酸序列至少95%一致的聚核苷酸，參考序列中至多5%的核苷酸可缺失或經另一核苷酸取代，或參考序列中可插入佔參考序列核苷酸總數至多5%的多個核苷酸。參考序列之此等改變可發生於參考核苷酸序列之5'或3'端位置或彼等末端位置之間的任何位置，此等位置個別地穿插於參考序列殘基中或參考序列內的一或多個鄰近基團中。實際來看，任何特定聚核苷酸序列是否與本發明之核苷酸序列至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致可習知地使用已知電腦程式確定，諸如上文關於多肽所論述的電腦程式(例如ALIGN-2)。
術語「表現卡匣」係指重組或合成方式產生的聚核苷酸，其具有允 許靶細胞中之特定核酸發生轉錄的一系列特定核酸元件。重組表現卡匣可併入質體、染色體、粒線體DNA、質體DNA、病毒或核酸片段中。通常，表現載體之重組表現卡匣部分包括待轉錄的核酸序列及啟動子，以及其他序列。在某些實施例中本發明之表現卡匣包含編碼本發明之雙特異性抗原結合分子或其片段的聚核苷酸序列。
術語「載體」或「表現載體」與「表現構築體」同義且係指用於引入特定基因且引導該基因表現的DNA分子，該DNA分子與該基因在目標細胞中可操作地連接。該術語包括呈自我複製核酸結構之載體以及併入已引入其之宿主細胞之基因組中的載體。本發明之表現載體包含表現卡匣。表現載體允許大量的穩定mRNA發生轉錄。一旦表現載體進入靶細胞內，則藉由細胞轉錄及/或轉譯機構產生由該基因編碼的核糖核酸分子或蛋白質。在一個實施例中，本發明之表現載體包含表現卡匣，該表現卡匣包含編碼本發明之雙特異性抗原結合分子或其片段的聚核苷酸序列。
術語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指已引入外源核酸之細胞，包括此類細胞之後代。宿主細胞包括「轉化體」及「轉化細胞」，其包括初級轉化細胞及自其衍生之後代(不考慮繼代次數)。後代之核酸含量與親代細胞可能不完全相同，而是可能含有突變。本文包括針對原始轉型細胞篩選或選擇的具有相同功能或生物活性之突變型後代。宿主細胞為可用於產生本發明之雙特異性抗原結合分子的任何類型之細胞株統。宿主細胞包括培養細胞，例如哺乳動物培養細胞，諸如CHO細胞、BHK細胞、NS0細胞、SP2/0細胞、YO骨髓瘤細胞、P3X63小鼠骨髓瘤細胞、PER細胞、PER.C6細胞或融合瘤細胞、酵母細胞、昆蟲細胞及植物細胞(僅舉數例)，而且包括轉殖基因動物、轉殖 基因植物或培養植物或動物組織內所含的細胞。
藥劑之「有效量」係指在所投與之細胞或組織中產生生理變化所需的量。
藥劑(例如醫藥組合物)之「治療有效量」係指在必需的劑量及時間段情況下，有效達成所要治療或預防結果的量。舉例而言，治療有效量之藥劑消除、減少、延遲、最小化或預防疾病副作用。
「個體(individual)」或「個體(subject)」為哺乳動物。哺乳動物包括(但不限於)家養動物(例如牛、綿羊、貓、狗及馬)、靈長類動物(例如人類及非人類靈長類動物，諸如猴)、家兔及嚙齒動物(例如小鼠及大鼠)。特定言之，個體為人類。
術語「醫藥組合物」係指所呈形式允許其中所含活性成分之生物活性有效發揮的製劑，且其不含對調配物將投與之個體具有不可接受毒性之其他組分。
「醫藥學上可接受之賦形劑」係指醫藥組合物中之除活性成分以外的對個體無毒的成分。醫藥學上可接受之賦形劑包含(但不限於)緩衝液、穩定劑或防腐劑。
術語「藥品說明書」用於指通常包括於治療性產品之商業包裝中之說明書，其含有關於與使用此類治療性產品有關之適應症、用法、劑量、投與、組合療法、禁忌症及/或警告的資訊。
如本文所用，「治療(treatment)」(及其語法變化形式，諸如「治療(treat)」或「治療(treating)」)係指臨床介入以試圖改變所治療個體之自然病程，且可以為實現預防或在臨床病理學病程中進行。所需治療作用包括(但不限於)預防疾病發生或復發、緩解症狀、減輕疾病之任何直接或間 接病理性後果、預防轉移、降低疾病進展速率、改善或緩和疾病病況及緩解或改善預後。在一些實施例中，本發明之分子用於延遲疾病發展或減慢疾病之進程。
如本文所用之術語「癌症」係指增殖性疾病，諸如淋巴瘤、淋巴球性白血病、肺癌、非小細胞肺(NSCL)癌、支氣管肺泡細胞肺癌、骨癌、胰腺癌、皮膚癌、頭癌或頸癌、皮膚或眼內黑素瘤、子宮癌、卵巢癌、直腸癌、肛門區癌、胃癌(stomach cancer)、胃癌(gastric cancer)、結腸癌、乳癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、陰道癌、外陰癌、霍奇金氏病(Hodgkin's Disease)、食道癌、小腸癌、內分泌系統癌、甲狀腺癌、副甲狀腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、前列腺癌、膀胱癌、腎癌或輸尿管癌、腎細胞癌、腎盂癌、間皮瘤、肝細胞癌、膽道癌、中樞神經系統(CNS)贅瘤、脊軸腫瘤、腦幹神經膠質瘤、多形性膠質母細胞瘤、星形細胞瘤、神經鞘瘤、室管膜瘤、神經管胚細胞瘤、腦膜瘤、鱗狀細胞癌、垂體腺瘤及尤文氏肉瘤(Ewing's sarcoma)，包括任何上述癌症之難治癒型式，或上述癌症中之一或多者的組合。
本發明之雙特異性抗體
本發明提供具有尤其有利特性之新穎雙特異性抗原結合分子，諸如生產能力、穩定性、結合親和力、生物活性、靶向效率及降低之毒性。
例示性雙特異性抗原結合分子
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個特定態樣中，此等雙特異性抗原結合分子特徵在於促效結合於共刺激TNF受體家族成員。特定言之，共刺激TNF受體家族成員選自由OX40、4-1BB及GITR。更特定言之，共刺激TNF受體家族成員係選自由OX40及4-1BB組成之群。
結合於OX40之雙特異性四價抗原結合分子
在一個態樣中，共刺激TNF受體家族成員為OX40。特定言之，本發明提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：1之胺基酸序列的多肽。
在一個態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於OX40之四個部分體，其中該等部分包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：4及SEQ ID NO：5組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11及SEQ ID NO：12組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14及SEQ ID NO：15組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18組成之群的胺基酸序列，及 (vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23及SEQ ID NO：24組成之群的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於OX40之四個部分體，其中該等部分包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：2之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：4之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：6之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：13之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：16之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：19之CDR-H3，(b)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：2之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：4之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：7之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：13之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：16之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：20之CDR-H3，(c)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：2之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：4之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：8之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：13之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：16之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：21之CDR-H3，(d)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：2之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：4之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：9之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：13 之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：16之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：22之CDR-H3，(e)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：3之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：5之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：10之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：14之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：17之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：23之CDR-H3，(f)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：3之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：5之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：11之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：14之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：17之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：23之CDR-H3，或(g)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：3之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：5之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：12之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：15之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：18之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：24之CDR-H3。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35及SEQ ID NO：37組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與選自由SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO： 30、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36及SEQ ID NO：38組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分體包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：30之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區VL，(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區VL，(vi)包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區VL，或(vii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區VL。
在一個特定態樣中，本發明提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：27至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：28至少約 95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
更特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區VL。
本發明之雙特異性抗原結合分子特徵進一步為包含至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體。雙特異性抗原結合分子因此具有優於能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之習知抗體的優勢，優勢在於其在目標細胞(通常癌細胞)處選擇性誘發共刺激T細胞反應。在一個態樣中，目標細胞抗原選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、CD19、CD20及CD33。
在一個特定態樣中，目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。FAP結合部分已描述於WO 2012/02006中，其以全文引用之方式納入。尤其受關注之FAP結合部分描述於下文中。
在一個態樣中，本發明提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：39及SEQ ID NO：40組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：41及SEQ ID NO：42組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：43及SEQ ID NO：44組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域 (iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：45及SEQ ID NO：46組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：47及SEQ ID NO：48組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：49及SEQ ID NO：50組成之群的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：40之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：42之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：44之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：46之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：48之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：50之CDR-H3，或(b)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：39之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：41之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：43之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：45之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：47之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：49之CDR-H3。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於OX40之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：37至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包 含與胺基酸序列SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：38至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(a)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(b)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(c)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(d)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區， 且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(e)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：3O之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(f)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：30之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(g)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(h)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(i)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(j)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(k)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(l)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(m)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，或(n)能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區。
更特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸 序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，或其中能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之四個部分體中的每兩個彼此融合。視情況而言，其經肽連接子彼此融合。特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之四個部分體中的每兩個彼此且在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處融合，任選地其經肽連接子在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處連接。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中分子包含兩個重鏈且重鏈中之每一者包含能夠特異性結合於OX40之兩個部分的可變域及能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體的可變域。
在另一態樣中，提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之四個部分體為Fab片段且其每兩個彼此連接。在另一態樣中，能夠特異性結合於OX40之部分各自包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。
結合於4-1BB之雙特異性四價抗原結合分子
在一個態樣中，共刺激TNF受體家族成員為4-1BB(CD137)。詳言之，本發明提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：239之多肽。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體，其中該等部分包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：249及SEQ ID NO：250組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：251及SEQ ID NO：252組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：253、SEQ ID NO：254、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：256及SEQ ID NO：257組成之群的胺基酸序列及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：258及SEQ ID NO：259組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：260及SEQ ID NO：261組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：263、SEQ ID NO：264、SEQ ID NO：265及SEQ ID NO：266組成之群的胺基酸序列。
特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體，其中該等部分包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：249之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：251之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：253之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：258之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：260之CDR-H2及包含胺 基酸序列SEQ ID NO：262之CDR-H3，(b)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：249之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：251之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：255之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：258之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：260之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：264之CDR-H3，(c)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：249之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：251之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：256之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：258之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：260之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：265之CDR-H3，(d)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：249之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：251之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：257之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：258之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：260之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：266之CDR-H3，或(e)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：250之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：252之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：254之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：259之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：261之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：263之CDR-H3。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：271之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：272之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：273之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：274之輕鏈可變區VL，或(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：275之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：276之輕鏈可變區VL。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：267至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：268至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。更特定言 之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區VL。
在另一特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：269至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：270至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。更特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區VL。
本發明之雙特異性抗原結合分子特徵進一步為包含至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體。雙特異性抗原結合分子因此具有優於能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之習知抗體的優勢，其選擇性誘導目標細胞(通常癌細胞)處的共刺激T細胞反應。在一個態樣中，目標細胞抗原選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、CD19、CD20及CD33。
在一個特定態樣中，目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。FAP結合部分已經描述於WO 2012/02006中，其以全文引用之方式包括在內。下文描述尤其受關注之FAP結合部分。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含包括以下之VH結構域 (i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：39及SEQ ID NO：40組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：41及SEQ ID NO：42組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：43及SEQ ID NO：44組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：45及SEQ ID NO：46組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：47及SEQ ID NO：48組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：49及SEQ ID NO：50組成之群的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：40之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：42之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：44之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：46之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：48之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：50之CDR-H3，或(b)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：39之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：41之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：43之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：45之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：47之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：49之CDR-H3。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(a)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(b)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53 之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(c)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(d)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(e)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：271之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：272之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(f)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：271之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：272之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(g)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：273之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：274之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，(h)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：273之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：274之輕鏈可變 區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區，(i)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：275之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：276之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，或(j)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：275之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：276之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體中的每兩個彼此融合。視情況而言，其經肽連接子彼此融合。特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之四個部分體中的每兩個彼此且在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處融合，任選地其經肽連接子在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處連接。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中分子包含兩個重鏈且重鏈中之每一者包含能夠特異性結合於4-1BB之兩個部分的可變域及能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體的可變域。
在另一態樣中，提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體為Fab片段且其每兩個彼此連接。在另一態樣中，能夠特異性結合於OX40之部分各自包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。
結合於GITR之雙特異性四價抗原結合分子
在一個態樣中，共刺激TNF受體家族成員為GITR。詳言之，本發明提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：357之多肽。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於GITR之四個部分體，其中該等部分包含VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：371之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：372之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：373之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：374之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：375之CDR-L2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：376之CDR-L3。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區VL。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於GITR之四個部分體，其中該等部分包含VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：377之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：378之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：379之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：380之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：381之CDR-L2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：381之CDR-L3。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：385至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：386至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：385之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：386之輕鏈可變區VL。
本發明之雙特異性抗原結合分子特徵進一步為包含至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體。雙特異性抗原結合分子因此具有優於能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之習知抗體的優勢，其選擇性誘導目標細胞(通常癌細胞)處的共刺激T細胞反應。在一個態樣中，目標細胞抗原選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、CD19、CD20及CD33。
在一個特定態樣中，目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。FAP結合部分已經描述於WO 2012/02006中，其以全文引用之方式包括在內。下文描述尤其受關注之FAP結合部分。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：39及SEQ ID NO：40組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：41及SEQ ID NO：42組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：43及SEQ ID NO：44組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：45及SEQ ID NO：46組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：47及SEQ ID NO：48組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：49及SEQ ID NO：50組成之群的胺基酸序列。
特定言之，提供雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於FAP之部分體包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：40之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：42之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：44之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：46之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：48之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：50之CDR-H3，或(b)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：39之CDR- H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：41之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：43之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：45之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：47之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：49之CDR-H3。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(a)能夠特異性結合於GITR之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，或(b)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53 之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：385至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：386至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中(a)能夠特異性結合於GITR之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：385之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：386之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：51之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：52之輕鏈可變區，或(b)能夠特異性結合於4-1BB之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：385之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：386之輕鏈可變區，且能夠特異性結合於FAP之部分包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：53之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：54之輕鏈可變區。
在一個態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之四個部分體中的每兩個彼此融合。視情況而言，其 經肽連接子彼此融合。特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於OX40之四個部分體中的每兩個彼此且在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處融合，任選地其經肽連接子在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端處連接。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中分子包含兩個重鏈且重鏈中之每一者包含能夠特異性結合於GITR之兩個部分的可變域及能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體的可變域。
在另一態樣中，提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於GITR之四個部分體為Fab片段且其中每兩個彼此連接。在另一態樣中，能夠特異性結合於OX40之部分各自包含抗體輕鏈可變區(VL)及抗體重鏈可變區(VH)。
在另一態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中四個能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體中的各兩個彼此融合。視情況而言，其經肽連接子彼此融合。特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體中的每兩個在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端進一步融合，視情況其經肽連接子在Fc結構域之子單元中之一者的C端至N端連接。
在一個特定態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子，其中分子包含兩個重鏈且重鏈中之每一者包含能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之兩個部分的可變域及能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體的可變域。因此，本發明提供如上文所定義之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體為Fab片段且其中各兩個彼此連接。
在另一態樣中，提供如上文所述之雙特異性抗原結合分子，其中視情況經肽連接子，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第一Fab片段在CH1結構域之C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第二Fab片段的VH結構域，且能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第三Fab片段在CH1結構域之C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第四Fab片段的VH結構域。
對目標細胞抗原呈單價之四價雙特異性抗原結合分子(4+1型式)
在一個態樣中，本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其中雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對目標細胞抗原為單價。因此，本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之一個部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成之Fc結構域。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中該分子包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個部分體，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個特定態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中該分子包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包含VH及VL結構域且其中VH結構域經肽 連接子連接至Fc結構域之第一子單元的C端且VL結構域經肽連接子連接至Fc結構域之第二子單元的C端。在一個特定態樣中，肽連接子為(G4S)4。
在一個態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中根據杵-臼方法，Fc結構域之第一子單元包含杵且Fc結構域之第二子單元包含臼，且其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH結構域經肽連接子連接至包含杵的Fc結構域之第一子單元的C端且其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之VL結構域經肽連接子連接至包含臼的Fc結構域之第二子單元的C端。
在另一態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中根據杵-臼方法，Fc結構域的第一子單元包含杵且Fc結構域之第二子單元包含臼，且其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之VL結構域經肽連接子連接至包含杵的Fc結構域之第一子單元的C端且其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之VH結構域經肽連接子連接至包含臼的Fc結構域之第二子單元的C端。
在一個態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中該分子包含(a)能夠特異性結合於OX40之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於FAP之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：213之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：214之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈，或(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：217之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：218之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈。
在另一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：233之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：234之第二重鏈及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈。
在另一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：237之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：238之第二重鏈及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中該分子包含(a)能夠特異性結合於4-1BB之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於FAP之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：327之第一重鏈，包含胺基酸序列 SEQ ID NO：328之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：289之輕鏈，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：331之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：332之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：293之輕鏈，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：335之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：336之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：297之輕鏈，或(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：339之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：340之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：301之輕鏈。
在另一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：343之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：344之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：289之輕鏈，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：347之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：348之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：293之輕鏈，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：351之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：352之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：297之輕鏈，或(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：355之第一重鏈，包含胺基酸序列 SEQ ID NO：356之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：301之輕鏈。
在另一態樣中，提供雙特異性抗原結合分子，其中該分子包含(a)能夠特異性結合於GITR之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於FAP之VH及VL結構域，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一特定態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：401之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：402之第二重鏈及包含胺基酸序列SEQ ID NO：393之輕鏈。
在另一態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：405之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：406之第二重鏈及包含胺基酸序列SEQ ID NO：397之輕鏈。
對目標細胞抗原呈二價之四價雙特異性抗原結合分子(4+2型式)
在另一態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
在一個態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其中雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對目標細胞抗原為二價。
在一個態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為Fab片段或交換Fab片段。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之Fab片段或交換Fab片段中之每一者在VH或VL結構域之N端經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。在一個特定態樣中，肽連接子為(G4S)4。
在一個特定態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為VH-VL交換Fab片段且各自在VL結構域之N端處經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為CH-CL交換Fab片段且各自在VH結構域之N端處經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。
在一特定態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於OX40之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於FAP之兩個部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
更特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：227之重鏈、第一輕鏈SEQ ID NO：226及第二輕鏈SEQ ID NO：228。
在一特定態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於GITR之四個Fab片段， (b)能夠特異性結合於FAP之兩個部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
更特定言之，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：409之重鏈、第一輕鏈SEQ ID NO：393及第二輕鏈SEQ ID NO：410。
在另一態樣中，提供一種雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：412之重鏈、第一輕鏈SEQ ID NO：397及第二輕鏈SEQ ID NO：410。
降低Fc受體結合及/或效應功能之Fc結構域修飾
本發明之雙特異性抗原結合分子進一步包含由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成之Fc結構域。
在某些態樣中，可將一或多個胺基酸修飾引入至本文所提供之抗體的Fc區中，從而產生Fc區變異體。Fc區變異體可包含人類Fc區序列(例如人類IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc區)，其在一或多個胺基酸位置處包含胺基酸修飾(例如取代)。
Fc結構域賦予本發明之雙特異性抗體有利的藥物動力學特性，包括長血清半衰期，其促進目標組織中之良好聚集及有利的組織-血液分佈率。然而，其同時可引起本發明之雙特異性抗體不合需要地靶向表現Fc受體之細胞並非較佳的攜有抗原之細胞。因此，在特定實施例中，本發明之雙特異性抗體與原生IgG Fc結構域(特定言之IgG1 Fc結構域或IgG4 Fc結構域)相比展現降低之對Fc結構域的結合親和力及/或降低之效應功能。更特定言之，Fc結構域為IgG1 FC結構域。
在一個此類態樣中，Fc結構域(或包含該Fc結構域的本發明之雙特異 性抗原結合分子)與原生IgG1 Fc結構域(或包含原生IgG1 Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)相比展現低於50%，較佳低於20%，更佳低於10%且最佳低於5%的與Fc受體之結合親和力，及/或與原生IgG1 Fc結構域(或包含原生IgG1 Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)相比低於50%、較佳低於20%、更佳低於10%且最佳低於5%效應功能。在一個態樣中，Fc結構域(或包含該Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)不會實質上結合於Fc受體及/或誘發效應功能。在一個特定態樣中，Fc受體為Fcγ受體。在一個態樣中，Fc受體為人類Fc受體。在一個態樣中，Fc受體為活化Fc受體。在一個特定態樣中，Fc受體為活化人類Fcγ受體，更特定言之，人類FcγRIIIa、FcγRI或FcγRIIa，最特定言之，人類FcγRIIIa。在一個態樣中，Fc受體為抑制Fc受體。在一特定態樣中，Fc受體為抑制人類Fcγ受體，更具體言之人類FcγRIIB。在一個態樣中，效應功能為CDC、ADCC、ADCP及細胞激素分泌中之一或多者。在一個特定態樣中，效應功能為ADCC。在一個態樣中，Fc結構域對新生兒Fc受體(FcRn)展現的結合親和力與原生IgG1 Fc結構域相比實質上類似。當Fc結構域(或包含該Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)展現大於約70%，特定言之大於約80%，更特定言之大於約90%的原生IgG1 Fc結構域(或包含原生IgG1 Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)與FcRn的結合親和力時，實現實質上類似的與FcRn之結合。
在一個特定態樣中，相較於未經工程改造之Fc結構域，Fc結構域經工程改造從而對Fc受體的結合親和力減小及/或效應功能降低。在一個特定態樣中，本發明之雙特異性抗原結合分子的Fc結構域包含一或多個降低Fc結構域對Fc受體之結合親和力及/或效應功能的胺基酸突變。通常，Fc 結構域之兩個子單元中之每一者中存在相同的一或多個胺基酸突變。在一個態樣中，胺基酸突變使Fc結構域對Fc受體的結合親和力減小。在另一態樣中，胺基酸突變使Fc結構域對Fc受體的結合親和力減小至少2倍、至少5倍或至少10倍。在一個態樣中，包含經工程改造之Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子與包含未經工程改造之Fc結構域的本發明之雙特異性抗體相比展現小於20%，特定言之小於10%，更特定言之小於5%的對Fc受體之結合親和力。在一個特定態樣中，Fc受體為Fcγ受體。在其他態樣中，Fc受體為人類Fc受體。在一個態樣中，Fc受體為抑制Fc受體。在一特定態樣中，Fc受體為抑制人類Fcγ受體，更具體言之人類FcγRIIB。在一些態樣中，Fc受體為活化Fc受體。在一個特定態樣中，Fc受體為活化人類Fcγ受體，更特定言之，人類FcγRIIIa、FcγRI或FcγRIIa，最特定言之，人類FcγRIIIa。較佳地，與此等受體中之每一者的結合減少。在一些態樣中，相對於補體組分的結合親和力，即對C1q的特異性結合親和力，亦減小。在一個態樣中，對新生兒Fc受體(FcRn)的結合親和力未減小。當Fc結構域(或包含該Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子)對FcRn展現的結合親和力大於Fc結構域之未經工程改造形式(或包含該Fc結構域之未經工程改造形式的本發明之雙特異性抗原結合分子)之結合親和力的約70%時，對FcRn達成實質上相似的結合，即保持Fc結構域對該受體的結合親和力。Fc結構域或包含該Fc結構域的本發明之雙特異性抗原結合分子可展現大於約80%以及甚至大於約90%此類親和力。在某些實施例中，本發明之雙特異性抗原結合分子的Fc結構域經工程改造以具有與非工程改造之Fc結構域相比降低之效應功能。降低之效應功能可包括(但不限於)以下中之一或多者：降低之補體依賴性細胞毒性 (CDC)、降低之抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)、降低之抗體依賴性細胞吞噬(ADCP)、降低之細胞激素分泌、降低之免疫複合物介導之抗原呈現細胞之抗原捕捉、降低之與NK細胞之結合、降低之與巨噬細胞之結合、降低之與單核細胞之結合、降低之與多形核細胞之結合、降低之誘導細胞凋亡之直接信號傳導、降低之樹突狀細胞成熟或降低之T細胞激活。
效應功能減小之抗體包括具有Fc區殘基238、265、269、270、297、327及329中之一或多者之取代的彼等抗體(美國專利第6,737,056號)。此類Fc突變異體包括具有胺基酸位置265、269、270、297及327中之兩者或兩者以上之取代的Fc突變異體，包括殘基265及297取代為丙胺酸的所謂「DANA」Fc突變異體(美國專利第7,332,581號)。描述具有提高或降低之與FcR之結合的某些抗體變異體。(例如美國專利第6,737,056號；WO 2004/056312，及Shields,R.L.等人，J.Biol.Chem.276(2001)6591-6604)。
在本發明之一個態樣中，Fc結構域包含在選自E233、L234、L235、N297、P331及P329之位置處的胺基酸取代。在一些態樣中，Fc結構域包含胺基酸取代L234A及L235A(「LALA」)。在一個此類實施例中，Fc結構域為IgG1 Fc結構域，特定言之人類IgG1 Fc結構域。在一個態樣中，Fc結構域包含在位置P329處之胺基酸取代。在一更具體態樣中，胺基酸取代為P329A或P329G，特定言之P329G。在一個實施例中，Fc結構域包含位置P329處之胺基酸取代及選自由以下組成之群的另一胺基酸取代：E233P、L234A、L235A、L235E、N297A、N297D或P331S。在更特定實施例中，Fc結構域包含胺基酸突變L234A、L235A及P329G(「P329G LALA」)。胺基酸取代之「P329G LALA」組合幾乎完全消除人類IgG1 Fc結構域的Fcγ受體結合，如PCT專利申請案第WO 2012/130831 A1號中所述。該文獻亦描述製備此類突變Fc結構域之方法及測定其特性(諸如Fc受體結合或效應功能)的方法。此類抗體為具有突變L234A及L235A或具有突變L234A、L235A及P329G之IgG1(根據Kabat等人之EU索引、Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991)。
在一個態樣中，Fc結構域為IgG4 Fc結構域。在一更特定實施例中，Fc結構域為包含位置S228(Kabat編號)處之胺基酸取代(特定言之，胺基酸取代S228P)的IgG4 Fc結構域。在一個更特定實施例中，Fc結構域為IgG4 Fc結構域，其包含胺基酸取代L235E及S228P及P329G。此胺基酸取代減少活體內IgG4抗體之Fab臂交換(參看Stubenrauch等人，Drug Metabolism and Disposition 38,84-91(2010))。
半衰期延長且與負責將母體IgG轉移至胎兒之新生兒Fc受體(FcRn)(Guyer,R.L.等人，J.Immunol.117(1976)587-593；及Kim,J.K.等人，J.Immunol.24(1994)2429-2434)之結合改良之抗體描述於US 2005/0014934中。彼等抗體包含具有一或多個取代之Fc區，該等取代改良Fc區與FcRn之結合。此類Fc變異體包括在以下Fc區殘基中之一或多者處具有取代之彼等變異體：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如Fc區殘基434之取代(美國專利第7,371,826號)。Fc區變異體之其他實例亦參看Duncan,A.R.及Winter,G.,Nature 322(1988) 738-740；US 5,648,260；US 5,624,821；及WO 94/29351。
與Fc受體的結合可容易測定，例如藉由ELISA，或藉由表面電漿子共振(SPR)、使用標準儀器，諸如BIAcore儀器(GE Healthcare)，且諸如可藉由重組表現來獲得Fc受體。適合的此類結合分析描述於本文中。或者，Fc結構域或包含Fc結構域之細胞活化雙特異性抗原結合分子對Fc受體的結合親和力可使用已知表現特定Fc受體的細胞株(諸如表現FcγIIIa受體的人類NK細胞)評價。Fc結構域或包含Fc結構域之本發明之雙特異性抗體之效應功能可藉由此項技術中已知之方法量測。適用於量測ADCC之分析描述於本文中。用於評定相關分子之ADCC活性的活體外分析之其他實例描述於美國專利第5,500,362號；Hellstrom等人Proc Natl Acad Sci USA 83,7059-7063(1986)及Hellstrom等人，Proc Natl Acad Sci USA 82,1499-1502(1985)；美國專利第5,821,337號；Bruggemann等人，J Exp Med 166,1351-1361(1987)中。或者，可採用非放射性分析方法(參看例如流動式細胞量測術用的ACTITM非放射性細胞毒性分析(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA)；及CytoTox 96®非放射性細胞毒性分析(Promega,Madison,WI))。適用於此類分析之效應細胞包括周邊血液單核細胞(PBMC)及天然殺手(NK)細胞。或者或另外，可評定相關分子之活體內ADCC活性，例如在動物模型中，諸如Clynes等人，Proc Natl Acad Sci USA 95,652-656(1998)中所揭示之動物模型。
以下部分描述本發明之雙特異性抗原結合分子的較佳態樣，其包含降低Fc受體結合及/或效應功能之Fc結構域修飾。在一個態樣中，本發明係關於雙特異性抗原結合分子(a)至少一個能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之 部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中Fc結構域包含一或多個降低抗體與Fc受體，特定言之對Fcγ受體之結合親和力的胺基酸取代。在另一態樣中，本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其包含(a)至少一個能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中Fc結構域包含一或多個降低效應功能之胺基酸取代。在具體態樣中，Fc結構域為具有胺基酸突變L234A、L235A及P329G(根據Kabat EU索引編號)的人類IgG1子類。
促進雜二聚化之Fc結構域修飾
在本發明之一些態樣中，本發明之雙特異性抗原結合分子包含融合至Fc結構域之兩個子單元的一個或另一個的不同抗原結合位點，因此Fc結構域之兩個子單元可包含兩個不相同多肽鏈。此等多肽之重組共表現及隨後二聚化引起兩種多肽出現若干種可能的組合。為了提高重組製造中本發明之雙特異性抗體的產量及純度，因此將適宜在本發明之雙特異性抗原結合分子的Fc結構域中引入促進所要多肽結合之修飾。
因此，在特定態樣中，本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中Fc結構域包含促進Fc結構域的第一及第二子單元結合之修飾。人類IgG Fc結構域中之兩個亞單元之間最廣泛蛋白質-蛋白質相互作用的位點存在於Fc結構域之CH3域中。因此，在一個實施例中，該修飾存在於Fc結構域之CH3結構域中。
在一個特定態樣中，該修飾為所謂的「結進孔」修飾，其包含Fc結構域之兩個子單元中之一者中的「杵」修飾及Fc結構域之兩個子單元之另一者中的「臼」修飾。因此，本發明係關於雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中根據杵-臼方法，Fc結構域之第一子單元包含杵且Fc結構域之第二子單元包含臼。在一個特定態樣中，Fc結構域之第一子單元包含胺基酸取代S354C及T366W(EU編號)，且Fc結構域之第二子單元包含胺基酸取代Y349C、T366S及Y407V(根據Kabat EU索引編號)。
杵-臼技術描述於例如US 5,731,168；US 7,695,936；Ridgway等人，Prot Eng 9,617-621(1996)及Carter,J Immunol Meth 248,7-15(2001)中。一般而言，該方法涉及在第一多肽之界面處引入隆凸(「杵」)及在第二多肽之界面處引入相應空腔(「臼」)，使得隆凸可定位於空腔中以便促進雜二聚體形成且阻礙均二聚體形成。藉由用較大側鏈(例如酪胺酸或色胺酸)置換第一多肽界面中之小胺基酸側鏈來構建隆凸。大小與隆凸相同或相似的補償性空腔藉由用較小胺基酸側鏈(例如丙胺酸或蘇胺酸)置換大胺基酸側鏈而形成於第二多肽之界面中。
因此，在一個態樣中，在本發明之雙特異性抗原結合分子的Fc結構域的第一子單元的CH3結構域中，胺基酸殘基置換為具有較大側鏈體積之胺基酸殘基，由此在第一子單元之CH3結構域內產生隆凸，其可定位於第二子單元之CH3結構域內的空腔中，且在Fc結構域之第二子單元的CH3結構域中，胺基酸殘基置換為具有較小側鏈體積之胺基酸殘基，由此在第二 子單元之CH3結構域內產生空腔，第一子單元之CH3結構域內的隆凸可可定位於該空腔中。隆凸及空腔可藉由改變編碼多肽之核酸(例如藉由定點突變誘發或藉由肽合成來改變)來產生。在一個特定態樣中，在Fc結構域之第一子單元之CH3結構域中，位置366處之蘇胺酸殘基經色胺酸殘基(T366W)置換，且在Fc結構域之第二子單元之CH3結構域中，位置407處之酪胺酸殘基經纈胺酸殘基(Y407V)置換。在一個態樣中，在Fc結構域之第二子單元中，位置366處之蘇胺酸殘基另外經絲胺酸殘基(T366S)置換且位置368處之白胺酸殘基經丙胺酸殘基(L368A)置換。
在另一態樣中，在Fc結構域之第一子單元中，位置354處之絲胺酸殘基另外經半胱胺酸殘基(S354C)置換，且在Fc結構域之第二子單元中，位置349處之酪胺酸殘基另外經半胱胺酸殘基(Y349C)置換。引入此等兩個半胱胺酸殘基使得Fc結構域之兩個子單元之間形成二硫橋鍵，進一步穩定二聚體(Carter(2001),J Immunol Methods 248,7-15)。在一個特定態樣中，Fc結構域之第一子單元包含胺基酸取代S354C及T366W(EU編號)，且Fc結構域之第二子單元包含胺基酸取代Y349C、T366S及Y407V(根據Kabat EU索引編號)。
在一個替代性態樣中，促進Fc結構域之第一及第二子單元之結合的修飾包含調節靜電導引作用之修飾，例如PCT公開案WO 2009/089004中所描述。一般而言，此方法涉及用帶電胺基酸殘基置換兩個Fc結構域子單元之界面處之一或多個胺基酸殘基，使得均二聚體形成變成在靜電方面不利的，但雜二聚在靜電上為有利的。
Fab結構域中之修飾
在一個態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含 (a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段中或在能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段中，可變域VH及VL或恆定域CH1及CL經更換。根據互換單抗技術製備雙特異性抗體。
在一個結合臂中具有結構域置換/交換的多特異性抗體(CrossMabVH-VL或CrossMabCH-CL)詳細描述於WO2009/080252及Schaefer,W.等人，PNAS,108(2011)11187-1191中。其明顯地減少由針對第一抗原之輕鏈與針對第二抗原之錯誤重鏈失配(與無此類域交換之方法相比)而造成的副產物。
在一個態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中在能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段中，可變域VL及VH彼此置換使得VH結構域為輕鏈之部分且VL結構域為重鏈之部分。
在另一態樣中，本發明涉及一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段，(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域，其中在能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個Fab片段中，恆定域CL及CH1彼此置換使得CH1結構域為輕鏈之部分且CL結構域為重鏈之部分。
在另一態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)包含能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段及Fc結構域的抗體之四個輕鏈及兩個重鏈，以及(b)兩個能夠特異性結合於目標細胞抗原之額外Fab片段，其中該等額外Fab片段各自經肽連接子(特定言之(G4S)4)連接至(a)之重鏈的C端。在一個特定態樣中，額外Fab片段為交叉Fab片段，其中可變域VL及VH彼此置換使得VH結構域為輕鏈之部分且VL結構域為重鏈之部分，或其中恆定域CL及CH1彼此置換使得CH1結構域為輕鏈之部分且CL結構域為重鏈之部分。
因此，在一個特定態樣中，本發明包含雙特異性抗原結合分子，其包含(a)包含能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段及Fc結構域的抗體之四個輕鏈及兩個重鏈，及(b)兩個能夠特異性結合於目標細胞抗原之額外Fab片段，其中該兩個能夠特異性結合於目標細胞抗原之額外Fab片段為交換Fab片段，其中可變域VL及VH彼此置換且VL-CH鏈各自經肽連接子連接於(a)之重鏈的C端。在一個特定態樣中，肽連接子為(G4S)4。
在另一態樣中且進一步改良不同重鏈與輕鏈之校正配對，包含以下之雙特異性抗原結合分子：(a)包含能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段及Fc結構域的抗體的四個輕鏈及兩個重鏈，及(b)能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個額外Fab片段，可含有不同帶電荷胺基酸(所謂的「帶電殘基」)取代。將此等修飾引入交叉或非交叉CH1及CL結構域中。在一個態樣中，在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段的一個CL結構域的恆定域CL中，位置123處之胺基酸經R取代且位置124處之胺基酸經K取代(根據Kabat之EU索引編號)。在另一態 樣中，在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段的一個CH1結構域之恆定域CH1中，位置147及213處之胺基酸經E取代(根據Kabat之EU索引編號)。
在一個特定態樣中，本發明係關於一種雙特異性抗原結合分子，其中在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段的一個CL結構域中，位置123(EU編號)處之胺基酸經精胺酸(R)置換且位置124(EU編號)處之胺基酸經離胺酸(K)取代，且其中在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個Fab片段的一個CH1結構域中，位置147(EU編號)及位置213(EU編號)處之胺基酸經麩胺酸(E)取代。
更特定言之，本發明係關於包含Fab片段之雙特異性結合分子，其中在與能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之可變域相鄰之CL結構域中，位置123(EU編號)處之胺基酸由精胺酸(R)置換且位置124(EU編號)處之胺基酸經離胺酸(K)取代，且其中在與TNF配位體家族成員相鄰之CH1結構域中，位置147(EU編號)及位置213(EU編號)處之胺基酸經麩胺酸(E)取代。
本發明之例示性抗體
在一個態樣中，本發明提供特異性結合於GITR之新抗體及其片段。特定言之，提供一種特異性結合於GITR之抗體，其中該抗體包含(a)VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：371之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：372之CDR-H2、包含胺基酸序列SEQ ID NO：373之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：374之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：375之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：376之CDR-H3。
在一個態樣中，提供一種特異性結合於GITR之抗體，其中該抗體包含包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區VL。
在另一態樣中，提供與特異性結合於GITR之抗體競爭結合的抗體，其中該抗體包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區VL。
聚核苷酸
本發明進一步提供編碼如本文所述之雙特異性抗原結合分子的經分離之聚核苷酸或其片段。
編碼本發明之雙特異性抗體的經分離之聚核苷酸可以表現為編碼整個抗原結合分子之單個聚核苷酸或共表現之多個(例如兩個或更多個)聚核苷酸。由共表現之聚核苷酸編碼之多肽可經例如二硫鍵或其他手段結合，以形成功能性抗原結合分子。舉例而言，免疫球蛋白之輕鏈部分可由來自免疫球蛋白之重鏈部分的單獨聚核苷酸編碼。當共表現時，重鏈多肽與輕鏈多肽結合以形成免疫球蛋白。
在一些態樣中，經分離之聚核苷酸編碼如本文所述的根據本發明之雙特異性分子中所包含之多肽。
在一個態樣中，經分離聚核苷酸包含選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：155、SEQ ID NO：159、SEQ ID：163、SEQ ID NO：167、SEQ ID NO：171、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：184、SEQ ID NO：211、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：215、SEQ ID NO：216、SEQ ID NO：223、SEQ ID NO：224、SEQ ID NO：225、SEQ ID NO：235及SEQ ID NO：236。在一個特定態樣中，提供由包含序列SEQ ID NO：155、SEQ ID NO：211及SEQ ID NO：212之聚核苷酸或包含序列SEQ ID NO：155、SEQ ID NO：215及SEQ ID NO：216之聚核苷酸編碼之雙特異性抗原結合分子。
在另一態樣中，經分離聚核苷酸包含選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：287、SEQ ID NO：291、SEQ ID NO：295、SEQ ID：299、SEQ ID NO：303、SEQ ID NO：325、SEQ ID NO：326、SEQ ID NO：329、SEQ ID NO：330、SEQ ID NO：333、SEQ ID NO：334、SEQ ID NO：337、SEQ ID NO：338、SEQ ID NO：341、SEQ ID NO：342、SEQ ID NO：345、SEQ ID NO：346、SEQ ID NO：349、SEQ ID NO：350、SEQ ID NO：353及SEQ ID NO：354。
在另一態樣中，經分離聚核苷酸包含選自由以下組成之群的序列：SEQ ID NO：391、SEQ ID NO：399、SEQ ID NO：400、SEQ ID 407及SEQ ID NO：408。
在一個態樣中，本發明係針對一種編碼雙特異性抗原結合分子之經分離聚核苷酸，其包含(a)能夠特異性結合於OX40之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域。
在另一態樣中，本發明係針對一種編碼雙特異性抗原結合分子之經分離聚核苷酸，其包含(a)能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域。
在另一態樣中，本發明係針對編碼雙特異性抗原結合分子之經分離聚核苷酸，其包含(a)能夠特異性結合於GITR之四個部分體，(b)能夠特異 性結合於目標細胞抗原之至少一個部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一及第二子單元構成的Fc結構域。
在某些實施例中，該聚核苷酸或核酸為DNA。在其他實施例中，本發明之聚核苷酸為RNA，例如呈信使RNA(mRNA)形式。本發明之RNA可為單股或雙股RNA。
重組方法
本發明之雙特異性抗體可例如藉由固態肽合成(例如梅里菲爾德固相合成(Merrifield solid phase synthesis))或重組製造獲得。對於重組製造，例如上文所述之一或多個編碼雙特異性抗原結合分子或其多肽片段之聚核苷酸經分離且插入至一或多個載體中以供在宿主細胞中進一步選殖及/或表現。此類聚核苷酸可使用習知程序容易地分離及測序。在本發明之一個態樣中，提供包含本發明之聚核苷酸中之一或多者的載體，較佳表現載體。可使用熟習此項技術者熟知的方法構築含有活化T細胞之雙特異性抗原結合分子(片段)之編碼序列與適當轉錄/轉譯控制信號的表現載體。此等方法包括活體外重組DNA技術、合成技術及活體內重組/基因重組。參看例如Maniatis等人，MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL,Cold Spring Harbor Laboratory,N.Y.(1989)；及Ausubel等人，CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY,Greene Publishing Associates and Wiley Interscience,N.Y.(1989)中所描述之技術。表現載體可為質體、病毒之一部分，或可為核酸片段。表現載體包括表現卡匣，其中編碼雙特異性抗原結合分子或其多肽片段之聚核苷酸(即編碼區)以與啟動子及/或其他轉錄或轉譯控制元件可操作結合之方式選殖。如本文所用，「編碼區」為由轉譯成胺基酸之密碼子組成的核酸之一 部分。「終止密碼子」(TAG、TGA或TAA)雖然未轉譯成胺基酸，但其可視為編碼區(若存在)之一部分，但任何側接序列(例如啟動子、核糖體結合位點、轉錄終止子、內含子、5'及3'未轉譯區及類似序列)並非編碼區之一部分。兩個或更多個編碼區可存在於單個聚核苷酸構築體中，例如單個載體上，或存在於各別聚核苷酸構築體中，例如各別(不同)載體上。此外，任何載體可含有單個編碼區，或可包含兩個或更多個編碼區，例如本發明之載體可編碼一或多種多肽，其經蛋白水解分裂而轉譯後或共轉譯分離成最終蛋白質。另外，本發明之載體、聚核苷酸或核酸可編碼異源編碼區，其融合或未融合至編碼本發明之雙特異性抗原結合分子或其多肽片段的聚核苷酸，或其變異體或衍生物。異質編碼區包括(不限於)專門化元件或基元，諸如分泌性信號肽或異質功能域。可操作結合為例如多肽之基因產物的編碼區與一或多個調節序列按使基因產物之表現受到調節序列之影響或控制的方式結合。若誘導啟動子功能導致編碼所要基因產物之mRNA轉錄且若兩個DNA片段之間連接的性質不干擾表現調節序列導引基因產物表現的能力或不干擾DNA模板轉錄的能力，則兩個DNA片段(諸如多肽編碼區及與其相關聯的啟動子)為「可操作地相關聯」。因此，若啟動子能夠實現編碼多肽之核酸的轉錄，則啟動子區域將與彼核酸可操作地相關聯。啟動子可為僅導引預定細胞中之DNA實質性轉錄之細胞特異性啟動子。除啟動子以外的其他轉錄控制元件(例如增強子、操縱子、抑制子及轉錄終止信號)與引導細胞特異性轉錄之聚核苷酸可操作地結合。
適合啟動子及其他轉錄控制區揭示於本文中。多種轉錄控制區已為熟習此項技術者所知。此等區域包括(但不限於)在脊椎動物細胞中起作用的轉錄控制區，諸如(但不限於)啟動子及強化子區段，其來自巨細胞病毒 (例如即刻早期啟動子，連同內含子A)、猿猴病毒40(例如早期啟動子)及反轉錄病毒(諸如勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus))。其他轉錄控制區包括來源於脊椎動物基因(諸如肌動蛋白、熱休克蛋白、牛生長激素及兔α-血球蛋白)之區域，以及能夠控制真核細胞中之基因表現的其他序列。額外適合的轉錄控制區包括組織特異性啟動子及增強子以及誘導性啟動子(例如啟動子誘導性四環素(tetracyclins))。類似地，多種轉譯控制元件已為一般技術者所知。此等元件包括(但不限於)核糖體結合位點、轉譯起始及終止密碼子，以及來源於病毒系統的元件(特定言之，內部核糖體入口位點或IRES，亦稱為CITE序列)。表現卡匣亦可包括其他特徵，諸如複製起點，及/或染色體整合元件，諸如反轉錄病毒長末端重複序列(LTR)，或腺相關病毒(AAV)反向末端重複序列(ITR)。
本發明之聚核苷酸及核酸編碼區可與編碼分泌肽或信號肽的其他編碼區結合，從而引導由本發明之聚核苷酸編碼的多肽的分泌。舉例而言，若需要分泌雙特異性抗原結合分子或其多肽片段，則編碼信號序列之DNA可置於編碼本發明之雙特異性抗原結合分子的核酸或其多肽片段上游。根據信號假設，哺乳動物細胞所分泌的蛋白質具有自成熟蛋白質裂解(一旦生長蛋白質鏈跨越粗糙內質網輸出已起始)的信號肽或分泌性前導序列。一般熟習此項技術者認識到，脊椎動物細胞分泌的多肽通常具有與多肽之N端融合的信號肽，該信號肽自所轉譯之多肽裂解而產生呈分泌或「成熟」形式的多肽。在某些實施例中，使用原生信號肽(例如免疫球蛋白重鏈或輕鏈信號肽)，或該序列之功能衍生物，該功能衍生物保留引導與其可操作地結合之多肽之分泌的能力。或者，可使用異源哺乳動物信號肽或其功能衍生物。舉例而言，野生型前導序列可經人類組織纖維蛋白溶 酶原活化因子(TPA)或小鼠β-葡糖醛酸酶之前導序列取代。
編碼可用於促進隨後純化(例如組胺酸標籤)或幫助標記融合蛋白之短蛋白質序列之DNA可包括於編碼本發明之雙特異性抗原結合分子的聚核苷酸或其多肽片段內或末端處。
在本發明之另一態樣中，提供包含一或多種本發明之聚核苷酸的宿主細胞。在某些態樣中，提供包含一或多種本發明之載體的宿主細胞。聚核苷酸及載體可合併本文分別關於聚核苷酸及載體所述之任一特徵(單個或組合)。在一個態樣中，宿主細胞包含載體(例如經載體轉型或轉染)，該載體包含編碼本發明之雙特異性抗原結合分子的聚核苷酸(或其部分)。如本文中所使用，術語「宿主細胞」係指任何類型之可經工程改造以產生本發明之融合蛋白質或其片段的細胞株。適用於複製及支持抗原結合分子之表現的宿主細胞為此項技術中熟知。此類細胞可視需要經特定表現載體轉染或轉導，且可生長含有大量載體之細胞以用於接種大型醱酵槽，以獲得足量抗原結合分子以用於臨床應用。適合的宿主細胞包括原核微生物，諸如大腸桿菌，或各種真核生物細胞，諸如中國倉鼠卵巢細胞(CHO)、昆蟲細胞或其類似物。舉例而言，可利用細菌產生多肽，特別是不需要糖基化時。在表現之後，可自可溶性部分之細菌細胞糊狀物分離出多肽且可將該多肽進一步純化。除原核生物外，諸如絲狀真菌或酵母之真核微生物亦為適用於編碼抗體之載體的選殖或表現宿主，包括糖基化路徑已經「人類化」、從而產生具有部分或完全人類糖基化型態之多肽的真菌及酵母株。參看Gerngross,Nat Biotech 22,1409-1414(2004)，及Li等人，Nat Biotech 24,210-215(2006)。
適用於表現(糖基化)多肽的宿主細胞亦來源於多細胞生物體(無脊椎 動物及脊椎動物)。無脊椎動物細胞之實例包括植物及昆蟲細胞。已鑑別出眾多可與昆蟲細胞聯合使用，尤其用於轉染草地黏蟲(Spodoptera frugiperda)細胞之桿狀病毒株。植物細胞培養物亦可用作宿主。參看例如美國專利第5,959,177號、第6,040,498號、第6,420,548號、第7,125,978號及第6,417,429號(描述利用轉殖基因植物產生抗體的PLANTIBODIESTM技術)。脊椎動物細胞亦可用作宿主。舉例而言，適於在懸浮液中生長之哺乳動物細胞株可為適用的。適用哺乳動物宿主細胞株之其他實例為經SV40轉型的猴腎CV1細胞株(COS-7)；人類胎腎細胞株(293或293T細胞，如例如Graham等人，J Gen Virol 36,59(1977)中所述)；幼倉鼠腎細胞(BHK)；小鼠塞特利氏細胞(mouse sertoli cell)(TM4細胞，如例如Mather,Biol Reprod 23,243-251(1980)中所述)；猴腎細胞(CV1)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76)；人類子宮頸癌細胞(HELA)；犬腎細胞(MDCK)；水牛鼠肝細胞(buffalo rat liver cell)(BRL 3A)；人類肺細胞(W138)；人類肝細胞(Hep G2)；小鼠乳腺腫瘤細胞(MMT 060562)；TRI細胞(如例如Mather等人，Annals N.Y.Acad Sci 383,44-68(1982)中所述)；MRC 5細胞及FS4細胞。其他適用的哺乳動物宿主細胞株包括中國倉鼠卵巢(CHO)細胞，包括dhfr-CHO細胞(Urlaub等人，Proc Natl Acad Sci USA 77,4216(1980))；及骨髓瘤細胞株，諸如YO、NS0、P3X63及Sp2/0。關於適於產生蛋白質的某些哺乳動物宿主細胞株之綜述，參看例如Yazaki及Wu,Methods in Molecular Biology，第248卷(B.K.C.Lo編，Humana Press,Totowa,NJ)，第255-268頁(2003)。宿主細胞包括經培養細胞，例如經培養之哺乳動物細胞、酵母細胞、昆蟲細胞、細菌細胞及植物細胞(僅舉數例)，而且包括轉殖基因動物、轉殖基因植物 或經培養之植物或動物組織中所包含的細胞。在一個實施例中，宿主細胞為真核生物細胞，較佳為哺乳動物細胞，諸如中國倉鼠卵巢(CHO)細胞、人類胚腎(HEK)細胞或淋巴細胞(例如Y0、NS0、Sp20細胞)。此項技術中已知在此等系統中表現外源基因的標準技術。表現包含免疫球蛋白之重鏈或輕鏈之多肽的細胞可經工程改造以亦表現免疫球蛋白鏈中之另一者，使得所表現產物為具有重鏈及輕鏈的免疫球蛋白。
在一個態樣中，提供製造本發明之雙特異性抗原結合分子或其多肽片段的方法，其中該方法包含在適於表現本發明之雙特異性抗原結合分子或其多肽片段的條件下培養如本文所提供的包含編碼本發明之雙特異性抗原結合分子的聚核苷酸或其多肽片段的宿主細胞，且自宿主細胞(或宿主細胞培養基)回收本發明之雙特異性抗原結合分子或其多肽片段。
如本文所述製備的本發明之雙特異性分子可藉由此項技術中已知的技術(諸如高效液相層析法、離子交換層析法、凝膠電泳、親和力層析法、尺寸排阻層析法等)純化。用於純化特定蛋白質之實際條件部分地視諸如淨電荷、疏水性、親水性等因素而定，且對於熟習此項技術者而言為顯而易見的。對於親和力層析純化，可使用雙特異性抗原結合分子結合之抗體、配位體、受體或抗原。舉例而言，關於本發明之融合蛋白質之親和層析純化，可使用具有蛋白質A或蛋白質G之基質。可使用序列蛋白質A或G親和層析及尺寸排阻層析來分離實質上如實例中所描述之抗原結合分子。雙特異性抗原結合分子或其片段之純度可藉由多種眾所周知的分析方法中之任一者測定，包括凝膠電泳、高壓液相層析法等。舉例而言，如實例中所述表現之雙特異性抗原結合分子顯示為完整的且如還原及非還原SDS-PAGE所證實適當地裝配。
分析
可藉由此項技術中已知之各種分析對本文中提供之抗原結合分子針對其物理/化學特性及/或生物活性進行鑑別、篩選或表徵。
1. 親和力分析
本文提供之雙特異性抗原結合分子、抗體及抗體片段對相應TNF受體之親和力可根據實例中所述之方法，藉由表面電漿子共振(SPR)，使用諸如BIAcore儀器(GE Healthcare)之標準儀器測定，且受體或目標蛋白諸如可藉由重組表現獲得。雙特異性抗原結合分子對目標細胞抗原之親和力亦可藉由表面電漿子共振(SPR)，使用諸如BIAcore儀器(GE Healthcare)之標準儀器測定，且受體或目標蛋白諸如可藉由重組表現獲得。用於量測結合親和力之特定說明性及例示性實施例描述於實例2中。根據一個態樣，藉由表面電漿子共振、使用BIACORE® T100機器(GE Healthcare)、在25℃量測KD。
2. 結合分析及其他分析
本文提供之雙特異性抗原結合分子與表現相應受體之細胞的結合可例如藉由流動式細胞量測術(FACS)使用表現具體受體或目標抗原之細胞株評估。在一個態樣中，結合分析中使用表現TNF受體之新鮮的周邊血液單核細胞(PBMC)。此等細胞在分離後(原生PMBC)或在刺激後(經活化之PMBC)直接使用。在另一態樣中，使用經活化之小鼠脾細胞(表現TNF受體分子)證明本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體與表現相應TNF受體之細胞的結合。在另一態樣中，自健康食蟹獼猴之肝素化血液分離之PBMC用於顯示相應表現食蟹獼猴TNF受體之細胞的雙特異性抗原結合分子或抗體。
在另一態樣中，使用表現目標細胞抗原(例如FAP)之癌細胞株說明抗原結合分子與目標細胞抗原之結合。
在另一態樣中，可使用競爭分析來鑑別分別與特定抗體或抗原結合分子競爭結合於目標或TNF受體之抗原結合分子。在某些實施例中，此類競爭抗原結合分子結合於與由特異性抗目標抗體或特異性抗TNF受體抗體所結合相同之抗原決定基(例如直鏈或構形抗原決定基)。用於定位抗體所結合之抗原決定基之具體例示性方法提供於Morris(1996)「Epitope Mapping Protocols」,Methods in Molecular Biology第66卷(Humana Press,Totowa,NJ)中。
3. 活性分析
在一個態樣中，提供用於鑑別雙特異性抗原結合分子之分析法，該等分子結合於特異性目標細胞抗原及具有生物活性的特異性TNF受體。生物活性可包括例如經細胞上表現目標細胞抗原之TNF受體進行之促效性信號傳導。亦提供由分析鑑別為具有此類活體外生物活性之含有TNF家族配位三聚體之抗原結合分子。
在某些態樣中，測試本發明之雙特異性抗原結合分子的此類生物活性。此外，用於偵測細胞溶解(例如藉由量測LDH釋放)、誘導之細胞凋亡動力學(例如藉由量測卡斯蛋白酶3/7活性)或細胞凋亡(例如使用TUNEL分析)之分析為此項技術中熟知的。此外，此類複合物之生物活性可藉由評估其對多種淋巴細胞子集(諸如NK細胞、NKT細胞或γδ T細胞)之存活、增殖及淋巴激素分泌之作用或評估其調節抗原呈現細胞(諸如樹突狀細胞、單核細胞/巨噬細胞或B細胞)之表現型及功能的能力來評估。
醫藥組合物、調配物及投與途徑
在另一態樣中，本發明提供包含本文所提供雙特異性抗原結合分子或抗體中之任一者的醫藥組合物，其例如用於以下治療方法中之任一者中。在一個實施例中，醫藥組合物包含本文提供的雙特異性抗原結合分子中之任一者及至少一種醫藥學上可接受之賦形劑。在另一實施例中，醫藥組合物包含本文提供之雙特異性抗原結合分子中之任一者及至少一種例如下文所述之額外治療劑。
本發明的醫藥組合物包含治療有效量之一或多種雙特異性抗原結合分子，其溶解或分散於醫藥學上可接受之賦形劑中。短語「醫藥學上或藥理學上可接受」係指分子實體及組合物在所用劑量及濃度下對於接受者而言一般為無毒性的，亦即當適當時投與動物(諸如人類)時，不會產生有害的過敏反應或其他不良反應。含有至少一種根據本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體及視情況選用之額外活性成分的醫藥組合物的製備將為熟習本發明之技術者已知，如以引用的方式併入本文中Remington's Pharmaceutical Sciences，第18版.Mack Printing Company,1990所例示。特定言之，組合物為凍乾調配物或水溶液。如本文所用，如一般技術人員已知，「醫藥學上可接受之賦形劑」包括任何及全部溶劑、緩衝液、分散液培養基、塗料、界面活性劑、抗氧化劑、防腐劑(例如抗菌劑、抗真菌劑)、等張劑、鹽、穩定劑以及其組合。
非經腸組合物包括經設計以藉由注射(例如皮下、皮內、病灶內、靜脈內、動脈內、肌肉內、鞘內或腹膜內注射)來投與的組合物。對於注射，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體可在水溶液中，較佳生理學相容緩衝液(諸如漢克氏溶液(Hanks'solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理食鹽水緩衝液)中調配。溶液可含有調配劑，諸如懸浮 劑、穩定劑及/或分散劑。或者，雙特異性抗原結合分子或抗體可在使用之前呈用適合媒劑(例如無菌無熱原質水)復原之粉末形式。無菌可注射溶液藉由將所需量的本發明之抗原結合分子視需要與下文列舉的多種其他成分一起併入適當溶劑中來製備。無菌性可容易藉由例如經由無菌過濾膜過濾來實現。一般而言，分散液係藉由將各種經滅菌之活性成分併入含有基本分散介質及/或其他成分的無菌媒劑中來製備。在用於製備無菌可注射溶液之無菌粉末情況下，較佳製備方法為真空乾燥及冷凍乾燥技術，其利用預先無菌過濾之液體介質產生活性成分與任何其他所需成分之粉末。必要時，液體介質宜經緩衝，且在注射之前，首先用足量鹽水或葡萄糖使液體稀釋劑呈等張性。該組合物在製造及儲存條件下必須為穩定的，且必須避免諸如細菌及真菌之微生物的污染作用。應瞭解，內毒素污染應最低限度地保持在安全水準，例如低於0.5ng/mg蛋白質。適合的醫藥學上可接受之賦形劑包括(但不限於)：緩衝液，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(諸如十八烷基二甲基苯甲基氯化銨；氯化六羥季銨；苯紮氯銨；苄索氯銨；酚、丁醇或苯甲醇；對羥基苯甲酸烷基酯，諸如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(小於約10個殘基)多肽；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、雙醣及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成鹽相對離子，諸如鈉；金屬錯合物(例如Zn-蛋白質錯合物)；及/或非離子性界面活性劑，諸如聚乙二醇(PEG)。水性注射懸浮液 可含有增加懸浮液黏度之化合物，諸如羧甲基纖維素鈉、山梨糖醇、聚葡萄糖或其類似物。視情況，懸浮液亦可含有適合穩定劑或增加化合物溶解性之試劑以允許製備高度濃縮之溶液。此外，活性化合物之懸浮液可製備成適當的油性注射懸浮液。適合親脂性溶劑或媒劑包括脂肪油，諸如芝麻油；或合成脂肪酸酯，諸如油酸乙酯或甘油三酯；或脂質體。
活性成分可截留於微膠囊中，例如藉由凝聚技術或藉由界面聚合法所製備之微膠囊，例如分別為羥基甲基纖維素或明膠微膠囊及聚(甲基丙烯酸甲酯)微膠囊；截留於膠態藥物遞送系統(例如脂質體、白蛋白微球體、微乳液、奈米顆粒及奈米膠囊)中或巨乳液中。此類技術揭示於Remington's Pharmaceutical Sciences(第18版，Mack Printing Company,1990)中。可製備持續釋放製劑。持續釋放型製劑之適合實例包括含有多肽之固體疏水性聚合物之半滲透基質，該等基質呈成形物品形式，例如膜或微膠囊。在特定實施例中，可注射組合物之延長吸收可藉由在組合物中使用延遲吸收劑(諸如單硬脂酸鋁、明膠或其組合)來達成。
本文中之例示性醫藥學上可接受之載劑進一步包括間質藥物分散劑，諸如可溶性中性活性玻尿酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人類可溶性PH-20玻尿酸酶糖蛋白，諸如rHuPH20(HYLENEX®,Baxter International,Inc.)。某些示例性SHASEGP及使用方法，包括rHuPH20，描述於美國專利公開案第2005/0260186號及第2006/0104968號中。在一個態樣中，sHASEGP與一或多種其他葡萄糖胺聚糖酶(諸如軟骨素酶)組合。
例示性凍乾抗體調配物描述於美國專利第6,267,958號中。抗體調配物水溶液包括美國專利第6,171,586號及WO2006/044908中所描述之抗體 調配物水溶液，WO2006/044908中所描述之調配物包括組胺酸-乙酸鹽緩衝液。
除了事先描述的組合物之外，抗原結合分子亦可調配為儲槽製劑。此類長效調配物可藉由植入(例如皮下或肌肉內植入)或藉由肌肉內注射來投與。因此，舉例而言，融合蛋白質可用適合的聚合或疏水性材料(例如呈可接受之油中的乳液形式)或離子交換樹脂調配，或調配成微溶性衍生物，例如微溶性鹽。
包含本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的醫藥組合物可以藉助於習知混合、溶解、乳化、囊封、包覆或凍乾法製造。醫藥組合物可使用一或多種有利於將蛋白質處理成可在醫藥學上使用之製劑的生理學上可接受之載劑、稀釋劑、賦形劑或助劑以習知方式調配。適當調配物視所選投與途徑而定。
雙特異性抗原結合分子可以調配成游離酸或鹼、中性或鹽形式之組合物。醫藥學上可接受之鹽為實質上保留游離酸或鹼之生物活性的鹽。此等鹽包括酸加成鹽，例如與蛋白質組合物之游離胺基形成的鹽，或與無機酸(諸如鹽酸或磷酸)或有機酸(諸如乙酸、乙二酸、酒石酸或杏仁酸)形成的鹽。與游離羧基形成的鹽亦可衍生自無機鹼，諸如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣或氫氧化鐵；或有機鹼，諸如異丙胺、三甲胺、組胺酸或普魯卡因(procaine)。相較於對應游離鹼形式，醫藥鹽傾向於更溶於水性及其他質子溶劑中。
本文中之組合物亦可含有一種以上為所治療之特定適應症所必需之活性成分，較佳為具有不會對彼此產生不利影響之互補活性的活性成分。此類活性成分適合地以對預期目的有效之量組合存在。
用於活體內投與之調配物通常為無菌的。無菌性可容易藉由例如經由無菌過濾膜過濾來實現。
治療方法及組合物
本文所提供之雙特異性抗原結合分子或抗體中之任一者可用於治療方法中。
為了用於治療方法中，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體可用與良好醫學實踐相符之方式調配、給藥及投與。在此情形中考慮之因素包括所治療之特定病症、所治療之特定哺乳動物、個別患者之臨床病況、病症起因、藥劑遞送部位、投與方法、投與時程及醫學從業者已知的其他因素。
在一個態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體用作藥物。
在其他態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體，其用於(i)刺激或提高T細胞反應，(ii)支持經活化之T細胞存活，(iii)治療感染，(iv)治療癌症，(v)延遲癌症進展，或(vi)延長罹患癌症之患者的存活。在一個特定態樣中，提供本發明的含有TNF家族配位體三聚物之抗原結合分子或抗體，其用於治療疾病，特定言之用於治療癌症。
在某些態樣中，提供本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體，其用於治療方法中。在一個態樣中，本發明提供如本文所述之雙特異性抗原結合分子或抗體，其用於治療有需要之個體的疾病。在某些態樣中，本發明提供一種雙特異性抗原結合分子或抗體，其用於治療患有疾病之個體的方法中，該方法包含向個別投與治療有效量之雙特異性抗原結合分子或抗體。在某些態樣中，待治療之疾病為癌症。個體、患者或需要治療之「個 體」典型地為哺乳動物，更特定言之，人類。
在一個態樣中，提供一種方法，其用於(i)刺激或提高T細胞反應，(ii)支持經活化之T細胞存活，(iii)治療感染，(iv)治療癌症，(v)延遲癌症進展或(vi)延長罹患癌症之患者的存活，其中該方法包含向有需要之個體投與治療有效量的本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體。
在另一態樣中，本發明提供本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的用途，其用於製造或製備供治療有需要之個體中的疾病的藥劑。在一個態樣中，藥劑用於治療疾病之方法，其包含投與患有疾病之個體治療有效量之藥劑。在某些態樣中，所治療之疾病為增生性病症，特定言之，癌症。癌症的實例包括膀胱癌、腦癌、頭頸癌、胰臟癌、肺癌、乳癌、卵巢癌、子宮癌、子宮頸癌、子宮內膜癌、食道癌、結腸癌、結腸直腸癌、直腸癌、胃癌、前列腺癌、血液癌、皮膚癌、鱗狀細胞癌、骨癌及腎癌。可使用本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體治療的其他細胞增殖病症包括(但不限於)定位於以下部位中之贅瘤：腹部、骨骼、乳房、消化系統、肝臟、胰臟、腹膜、內分泌腺體(腎上腺、副甲狀腺、垂體、睾丸、卵巢、胸腺、甲狀腺)、眼部、頭部及頸部、神經系統(中樞及周邊)、淋巴系統、骨盆、皮膚、軟組織、脾臟、胸部以及泌尿生殖系統。亦包括癌前病況或病變及癌症轉移。在某些實施例中，癌症係選自由以下組成之群：腎細胞癌、皮膚癌、肺癌、結腸直腸癌、乳癌、腦癌、頭頸癌。熟習此項技術者容易認識到在多數情況下，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體可能不提供治癒但可提供益處。在一些實施例中，具有一些益處之生理學變化亦視為治療上有利的。因此，在一些態樣中，提供生理學改變的本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體之量視為「有效量」或「治療有效量」。
為了預防或治療疾病，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體(當單獨使用或與一或多種其他額外治療劑組合使用時)的適當劑量將取決於待治療的疾病類型、投與途徑、患者體重、特異性分子、疾病之嚴重程度及時程、本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體是出於預防性還是治療性目的投與、先前或同時治療性干預、患者之臨床病史及對融合蛋白之反應，以及主治醫師之判斷。負責投與的從業者將在任何情況下確定組合物中活性成分之濃度及適用於單獨個體的劑量。本文中涵蓋各種給藥時程，包括(但不限於)單次投與或經各個時間點多次投與、快速投與及脈衝式輸注。
本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體適合一次性或經一連串治療向患者投與。視疾病之類型及嚴重程度而定，約1μg/kg至15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)之含有TNF家族配位體三聚物之抗原結合分子可為投與患者之初始候選劑量，無論例如藉由一或多次單獨投與或藉由連續輸注。視上文所述之因素而定，一個典型日劑量可在約1μg/kg至100mg/kg或更多之範圍內。對於歷經數日或更長時間之重複投與，治療一般將視病況而定持續至發生疾病症狀之所需抑制為止。本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的一個例示性劑量將在約0.005mg/kg至約10mg/kg範圍內。在其他實例中，劑量亦可包含每次投與約1μg/kg體重、約5μg/kg體重、約10μg/kg體重、約50μg/kg體重、約100μg/kg體重、約200μg/kg體重、約350μg/kg體重、約500μg/kg體重、約1mg/kg體重、約5mg/kg體重、約10mg/kg體重、約50mg/kg體重、約100mg/kg體重、約200mg/kg體重、約350mg/kg體重、約500mg/kg體重至約1000mg/kg體重或更高，及其中可衍生之任何範圍。在來自本文中列舉之數值之可衍生範圍之實例中，基於上述數值，可投與約5mg/kg體重至約100mg/kg體重、 約5μg/kg體重至約500mg/kg體重等之範圍。因此，可向患者投與約0.5mg/kg、2.0mg/kg、5.0mg/kg或10mg/kg(或其任何組合)之一或多種劑量。此類劑量可間歇地投與，例如每週或每三週(例如以使得患者接收約二至約二十或例如約六個劑量之融合蛋白)。可投與初始較高起始劑量，隨後可投與一或多種較低劑量。然而，其他給藥方案可為適用的。此療法之進展易於藉由習知技術及分析監測。
本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體一般將以有效實現預期目的之量使用。為了用於治療或預防疾病病狀，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體或其醫藥組合物以治療有效量投與或施用。治療有效量之確定完全屬於熟習此項技術者之能力範圍內，尤其根據本文所提供之詳細揭示內容。
關於全身性投與，可首先自活體外分析(諸如細胞培養分析)估算治療有效劑量。接著可在動物模型中調配劑量以實現循環濃度範圍，包括如在細胞培養物中測定的IC50。此類資訊可用於更準確地判定適用於人類之劑量。
初始劑量亦可自活體內資料(例如動物模型)、使用此項技術中熟知的技術估算。一般熟習此項技術者容易基於動物資料最佳化人類投與。
可以個別調整劑量及間隔，以提供足以維持治療作用的本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的血漿含量。常見的患者注射投藥劑量範圍為約0.1至50毫克/公斤/天，通常為約0.5至1毫克/公斤/天。可藉由每日投與多次劑量來達成治療有效性血漿含量。血漿含量可藉由例如HPLC量測。
在局部投與或選擇性攝入之情況下，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的有效局部濃度可能與血漿濃度無關。熟習此項技術者無需過度 實驗即能夠最佳化治療有效局部劑量。
本文所述的本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的治療有效劑量一般將提供治療益處而不引起實質毒性。可在細胞培養物或實驗動物中，藉由標準醫藥學程序測定融合蛋白質之毒性及治療功效。可使用細胞培養分析及動物研究來確定LD50(50%群體致死劑量)及ED50(50%群體治療有效劑量)。毒性作用與治療作用之間的劑量比率為治療指數，其可表示為比率LD50/ED50。較佳為展現大治療指數的雙特異性抗原結合分子。在一個態樣中，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體展現高治療指數。自細胞培養分析及動物研究獲得之資料可用於調配適用於人類的劑量範圍。該劑量較佳在循環濃度範圍內，包括毒性極小或無毒性的ED50。該劑量可視各種因素而定在此範圍內變化，該等因素為例如所採用之劑型、所採用之投與途徑、個體之狀況及類似因素。精確配方、投與途徑及劑量可由個別醫師根據患者之病狀選擇(參看例如Fingl等人，1975，述於：The Pharmacological Basis of Therapeutics，第1章，第1頁，以全文引用的方式併入本文中)。
用本發明之融合蛋白質治療之患者之主治醫師將知曉如何及何時基於毒性、器官功能不全及其類似原因而終止、中斷或調節投與。相反，主治醫師亦知曉若臨床反應不充足(不包括毒性)，則將治療調節至較高水準。處理所關注病症時所投與劑量之量值將因所治療之病狀之嚴重程度及投與途徑及類似因素而不同。病況之嚴重程度可例如部分地藉由標準預後評估方法來評估。另外，劑量及可能的給藥頻率亦將根據個別患者之年齡、體重及反應而變。
其他藥劑及治療
本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體可在療法中與一或多種其他藥劑組合投與。舉例而言，本發明之本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體可與至少一種額外治療劑共投與。術語「治療劑」涵蓋可投與用於治療需要此類治療之個體中之症狀或疾病的任何藥劑。此類其他治療劑可包含適於治療特定適應症的任何活性成分，較佳為具有互補活性、彼此間無不利影響的彼等活性成分。在某些實施例中，額外治療劑為另一抗癌劑。
此類其他藥劑宜以可有效達成預定目的之量組合存在。此類其他藥劑之有效量視所使用之融合蛋白質之量、病症或治療之類型及如上文所述之其他因素而定。本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體一般以相同劑量及如本文所述之投與途徑，或約1至99%本文所述的劑量，或經驗上/臨床上確定為適當的任何劑量及任何途徑使用。
上文提及之此類組合療法涵蓋組合投與(其中相同或不同組合物中包括兩種或更多種治療劑)以及分別投與，在此情況下，本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體的投與可在額外治療劑及/或助劑投與之前、同時及/或之後進行。
製品
在本發明之另一態樣中，提供含有適用於治療、預防及/或診斷上文所描述之病症之製品。製品包含容器及容器上或容器隨附之標記或藥品說明書。適合的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、IV溶液袋等。容器可由各種材料形成，諸如玻璃或塑膠。容器容納單獨或與有效治療、預防及/或診斷病狀之另一組合物組合之組合物，且可具有無菌接取口(例如容器可為具有可由皮下注射針刺穿之塞子的靜脈內溶液袋或小瓶)。組合物中的至少一種活性劑為本發明之雙特異性抗原結合分子或抗體。
標記或藥品說明書指示組合物用於治療所選病狀。此外，製品可包含(a)其中含有組合物的第一容器，其中組合物包含本發明之T細胞活化雙特異性抗原結合分子；及(b)其中含有組合物的第二容器，其中組合物包含另一種細胞毒性劑或其他治療劑。本發明之此實施例中之製品可進一步包含指示組合物可用於治療特定病狀之藥品說明書。
或者或另外，該製品可進一步包含第二(或第三)容器，其包含醫藥學上可接受之緩衝液，諸如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液(Ringer's solution)及右旋糖溶液。其可進一步包括就商業及使用者觀點而言所需之其他物質，包括其他緩衝液、稀釋劑、過濾器、針及注射器。
呈現的全部核苷酸序列不具有各別終止密碼子序列。
在下文中，列舉本發明之特定實施例：
1.一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
2.如技術方案1之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員選自由OX40及4-1BB組成之群。
3.如技術方案1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員為OX40。
4.如技術方案1至3中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：1之多肽。
5.如技術方案1至4中任一項之雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於OX40之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：4及SEQ ID NO：5組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11及SEQ ID NO：12組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域 (iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14及SEQ ID NO：15組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23及SEQ ID NO：24組成之群的胺基酸序列。
6.如技術方案1至5中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35及SEQ ID NO：37組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36及SEQ ID NO：38至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
7.如技術方案1至5中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸 序列SEQ ID NO：30之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區VL，(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區VL，(vi)包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區VL，或(vii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區VL。
8.如技術方案1至7中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該目標細胞抗原係選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、CD19、CD20及CD33。
9.如技術方案1至8中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。
10.如技術方案1至9中任一項之雙特異性抗原結合分子，其包含至少一個能夠特異性結合於FAP之部分體，其包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：68及SEQ ID NO：69組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：70及SEQ ID NO：71組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：72及SEQ ID NO：73組成之群的胺基酸序列， 及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：74及SEQ ID NO：75組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：76及SEQ ID NO：77組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：78及SEQ ID NO：79組成之群的胺基酸序列。
11.如技術方案1至10中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：37至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：38至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：80或SEQ ID NO：82至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：81或SEQ ID NO：83至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
12.如技術方案1至11中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體為Fab片段且其各兩 個彼此連接。
13.如技術方案1至12中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中視情況經肽連接子，能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第一Fab片段在CH1結構域之C端處融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第二Fab片段的VH結構域且能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第三Fab片段在CH1結構域之C端處融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第四Fab片段的VH結構域。
14.如技術方案1至13中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中在能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之Fab片段中在恆定域CL中，位置124處之胺基酸獨立地經離胺酸(K)、精胺酸(R)或組胺酸(H)取代(根據Kabat EU索引編號)，且在恆定域CH1中，位置147及213處之胺基酸獨立地經麩胺酸(E)或天冬胺酸(D)取代(根據Kabat EU索引編號)。
15.如技術方案1至14中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對於目標細胞抗原為單價。
16.如技術方案1至15中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包含VH及VL結構域且其中VH結構域經肽連接子連接至Fc結構域的第一子單元之C端且VL結構域經肽連接子連接至Fc結構域的第二子單元之C端。
17.如技術方案1至16中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該Fc結構域包含促進Fc結構域之第一及第二子單元結合的修飾。
18.如技術方案1至17中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中根據杵-臼方法，該Fc結構域之該第一子單元包含杵且該Fc結構域之該第二子 單元包含臼。
19.如技術方案1至18中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該Fc結構域之該第一子單元包含氨基酸取代S354C及T366W(根據Kabat EU索引編號)且該Fc結構域之該第二子單元包含氨基酸取代Y349C、T366S及Y407V(根據Kabat EU索引編號)。
20.如技術方案1至19中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：213之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：214之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈，或(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：217之第一重鏈，包含胺基酸序列SEQ ID NO：218之第二重鏈，及包含胺基酸序列SEQ ID NO：157之輕鏈。
21.如技術方案1至14中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該雙特異性抗原結合分子對於共刺激TNF受體家族成員為四價且對於目標細胞抗原為二價。
22.如技術方案1至14或21中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為Fab片段或交換Fab片段。
23.如技術方案1至14或21至22中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之Fab片段或交換Fab片段中之每一者在VH或VL結構域之N端處經肽連接子融合至Fc結構域之子單元中之一者的C端。
24.如技術方案1至14或21至23中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為VH-VL交換Fab片段且各自在VL結構域之N端處經肽連接子融合至Fc結構域的子單元中之一者的C端。
25.如技術方案1至14或21至24中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該抗原結合分子包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：227之重鏈，第一輕鏈SEQ ID NO：226及第二輕鏈SEQ ID NO：228。
26.如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子，其中該Fc結構域為具有胺基酸突變L234A、L235A及P329G(根據KabatEU索引編號)之人類IgG1子類。
27.一種聚核苷酸，其編碼如技術方案1至26之雙特異性抗原結合分子。
28.一種醫藥組合物，其包含如技術方案1至27中任一項之雙特異性抗原結合分子及至少一種醫藥學上可接受之賦形劑。
29.如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子或如技術方案28之醫藥組合物，其用作藥劑。
30.如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子或如技術方案28之醫藥組合物，其用於(i)刺激T細胞反應，(ii)支持活化T細胞之存活，(iii)治療感染，(iv)治療癌症， (v)延遲癌症進展，或(vi)延長罹患癌症之患者的存活期。
31.如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子或如技術方案28之醫藥組合物，其用於治療癌症。
32.如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子或如技術方案28之醫藥組合物，其用於治療癌症，其中雙特異性抗原結合分子與化學治療劑、放射線及/或其他用於癌症免疫療法之藥劑組合投與。
33.一種抑制個體中腫瘤細胞生長之方法，其包含向該個體投與有效量之如技術方案1至25中任一項之雙特異性抗原結合分子或如技術方案28之醫藥組合物來抑制該等腫瘤細胞生長。
實例
以下為本發明之方法及組合物之實例。應理解，考慮到上文所提供之一般說明，可實施各種其他實施例。
重組型DNA技術
使用標準方法操縱DNA，如Sambrook等人，Molecular cloning：A laboratory manual；Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,New York,1989中所述。根據製造商說明書，使用分子生物學試劑。關於人類免疫球蛋白輕鏈及重鏈之核苷酸序列之一般資訊提供於Kabat,E.A.等人，(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest，第五版，NIH公開案第91-3242號中。
DNA測序
藉由雙股測序法測定DNA序列。
基因合成
所需基因區段係使用適當模板藉由PCR產生，或藉由自動化基因合成法，藉由Geneart AG(Regensburg,Germany)自合成寡核苷酸及PCR產物合成。在確切基因序列無法獲得的情況下，根據來自最近同源物的序列來設計寡核苷酸引子且藉由RT-PCR自來源於適當組織之RNA分離基因。將側接有單數個限制性核酸內切酶裂解位點的基因區段選殖至標準選殖/定序載體中。自經轉型之細菌純化質體DNA且藉由UV光譜學來測定濃度。經次選殖之基因片段之DNA序列藉由DNA定序來證實。基因區段經設計具有允許次選殖入各別表現載體中的適合限制位點。所有構築體經設計具有5'端DNA序列，該序列編碼靶向真核細胞中分泌之蛋白質的前導肽。
蛋白質純化
參考標準方案，自經過濾之細胞培養物清液層純化蛋白質。簡言之，將抗體施用於蛋白質A瓊脂糖凝膠管柱(GE Healthcare)且用PBS洗滌。在pH 2.8下實現抗體之溶離，接著立即中和樣品。在PBS或20mm組胺酸、150mM NaCl pH 6.0中藉由尺寸排阻層析(Superdex 200，GE Healthcare)自單體抗體分離聚集之蛋白質。單體抗體份數經合併、用MILLIPORE Amicon Ultra(30 MWCO)離心濃縮器濃縮(必要時)、凍結且在-20℃或-80℃下儲存。提供部分樣品用於後續蛋白質分析及分析型特徵化，例如藉由SDS-PAGE、尺寸排阻層析(SEC)或質譜。
SDS-PAGE
根據製造商說明使用NuPAGE® Pre-Cast凝膠系統(Invitrogen)。特定言之，使用10%或4-12% NuPAGE® Novex® Bis-TRIS Pre-Cast凝膠(pH 6.4)及NuPAGE® MES(還原性凝膠，具有NuPAGE® Antioxidant操 作緩衝液添加劑)或MOPS(非還原性凝膠)操作緩衝液。
分析型尺寸排阻層析
藉由HPLC層析進行用於測定抗體之聚集及寡聚狀態之尺寸排阻層析(SEC)。簡言之，將蛋白質A純化抗體施用於Agilent HPLC 1100系統上300mM NaCl、50mM KH2PO4/K2HPO4，pH 7.5中之Tosoh TSKgel G3000SW管柱或Dionex HPLC系統上2×PBS中之Superdex 200管柱(GE Healthcare)。藉由UV吸光度及峰值面積之積分來定量溶離之蛋白質。BioRad Gel過濾標準151-1901用作標準。
質譜
此部分描述具有VH/VL或CH/CL交換(CrossMabs)之多特異性抗體之表徵，其中強調其正確組裝。藉由去糖基化完整CrossMabs及去糖基化/纖維蛋白溶酶消化或以其他方式去糖基化/受限LysC消化CrossMabs之電噴霧電離質譜(ESI-MS)來分析預期主要結構。
在蛋白質濃度為1mg/ml下，CrossMab在磷酸鹽或Tris緩衝液中，在37℃下用N-糖苷酶去糖基化17小時。纖維蛋白溶酶或受限LysC(Roche)消化用100μg去糖基化VH/VL CrossMab分別在Tris緩衝液pH 8中，在室溫下進行120小時及在37℃下進行40分鐘。在質譜分析之前，在Sephadex G25管柱(GE Healthcare)上經由HPLC將樣品去鹽。在配備有TriVersa NanoMate來源(Advion)之maXis 4G UHR-QTOF MS系統(Bruker Daltonik)上經由ESI-MS測定總質量。
實例1 產生Ox40抗體及工具結合子 1.1 抗原之製備、純化及表徵以及藉由噬菌體呈現產生新OX40結合子的 篩選工具
編碼人類、小鼠或獼猴OX40之胞外域的DNA序列(表1)與人類IgG1重鏈CH2及CH3結構域在杵上同框次選殖(Merchant等人，1998)。在抗原胞外域與人類IgG1之Fc之間引入AcTEV蛋白酶裂解位點。在抗原-Fc杵之C端引入用於引導生物素化之Avi標籤。含有S354C/T366W突變之抗原-Fc杵鏈與含有Y349C/T366S/L368A/Y407V突變之Fc臼鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括含有OX40胞外域之鏈之單一複本，因此產生Fc連接之抗原之單體形式(圖1A)。表1展示多種OX40胞外域之胺基酸序列。表2為如圖1中所描繪之單體抗原Fc(kih)融合分子的cDNA及胺基酸序列。
全部OX40-Fc融合編碼序列選殖至驅動來自MPSV啟動子之插入物的表現及含有位於CDS之3'端處的合成聚A信號序列的質體載體。此外，載體含有用於質體之游離型維護之EBV OriP序列。
關於生物素化單體抗原/Fc融合分子之製備，用三個編碼融合蛋白之兩個組分(結及孔鏈)的載體以及BirA(生物素化反應所需之酶)共轉染以指數方式生長之懸浮液HEK293 EBNA細胞。以2：1：0.05比率(「抗原ECD- AcTEV-Fc杵」：「Fc臼」：「BirA」)使用相應載體。
關於在500ml搖瓶中製造蛋白質，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。關於轉染，使細胞在210g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD CHO培養基置換清液層。使表現載體再懸浮於20mL含有200μg載體DNA之CD CHO培養基中。在添加540μL聚乙烯亞胺(PEI)之後，將溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。在轉染之後一天，向培養物中添加1mM丙戊酸及7%饋料。培養7天之後，藉由使細胞在210g下短暫離心15分鐘收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
藉由使用蛋白質A進行親和層析，接著進行尺寸排阻層析自細胞培養物清液層純化所分泌之蛋白質。關於親和力層析，將清液層裝載至經40mL 20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉(pH 7.5)平衡的HiTrap蛋白A HP管柱(CV=5mL，GE Healthcare)上。藉由用至少10管柱體積之含有20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉及0.5M氯化鈉之緩衝液(pH 7.5)洗滌來移除未結合之蛋白質。使用經20管柱體積之20mM檸檬酸鈉、0.01%(v/v)Tween-20(pH 3.0)產生之氯化鈉之線性pH梯度(0至500mM)來溶離結合之蛋白質。管柱接著用10管柱體積的含有20mM檸檬酸鈉、500mM氯化鈉及0.01%(v/v)Tween-20(pH 3.0)的溶液洗滌。
藉由添加1/40(v/v)2M Tris，pH 8.0來調整所收集之溶離份之pH。濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用2mM MOPS、150mM氯化鈉、0.02% (w/v)疊氮化鈉溶液(pH 7.4)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
1.2 自通用Fab及常用輕鏈文庫選擇Ox40特異性8H9、20B7、49B4、1G4、CLC-563、CLC-564及17A9抗體
抗OX40抗體選自三個不同通用噬菌體呈現文庫：DP88-4(純系20B7、8H91G4及49B4)、共用輕鏈文庫Vk3_20/VH3_23(純系CLC-563及CLC-564)及λ-DP47(純系17A9)。
DP88-4文庫基於人類生殖系基因使用V結構域對Vk1_5(κ輕鏈)及VH1_69(重鏈)建構，其包含輕鏈之CDR3(L3，3種不同長度)及重鏈之CDR3(H3，3種不同長度)中的隨機序列間隔。藉由重疊延長(SOE)PCR施加剪接，藉由3 PCR擴增之片段的組合件進行文庫繼代。片段1包含包括隨機L3之抗體基因的5'端，片段2為自L3跨越至H3的中部恆定片段而片段3包含抗體基因之隨機H3及3'部分。分別使用以下引子組合產生DP88-4文庫之此等文庫片段：片段1(正向引子LMB3與反向引子Vk1_5_L3r_S或Vk1_5_L3r_SY或Vk1_5_L3r_SPY之組合)、片段2(正向引子RJH31與反向引子RJH32之組合)及片段3(正向引子DP88-v4-4或DP88-v4-6或DP88-v4-8與反向引子fdseqlong之組合)。用於製造文庫片段之PCR參數為94℃下5分鐘初始變性，1分鐘94℃，1分鐘58℃，1分鐘72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的凝膠純化之單一片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及30秒94℃、1分鐘58℃、2分鐘72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子(LMB3及fdseqlong)且進行額外20次循環，隨後在72℃下末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機Fab構築體之後，將其用NcoI/NheI消化且接合至類似處理的受體噬菌粒 載體中。經純化的連接用於約60次轉型至電感受態大腸桿菌TG1中。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子經補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。此等文庫建構步驟重複三次以獲得最終文庫尺寸4.4×109。如藉由點印跡墨法中之C端標籤偵測所測定的功能性純系之百分比分別為輕鏈92.6%及重鏈93.7%。
共用輕鏈文庫Vk3_20/VH3_23基於人類生殖系基因使用V結構域對Vk3_20(κ輕鏈)及VH3_23(重鏈)建構，其包含恆定非隨機共用輕鏈Vk3_20及重鏈之CDR3(H3，3種不同長度)中的隨機序列間隔。藉由重疊延長(SOE)PCR施加剪接，藉由2 PCR擴增之片段的裝配進行文庫繼代。片段1為自L3跨越至H3的恆定片段，而片段2包含抗體基因之隨機H3及3'部分。分別使用以下引子組合產生Vk3_20/VH3_23共用輕鏈文庫之此等文庫片段：片段1(正向引子MS64與反向引子DP47CDR3_ba(mod.)之組合)及片段2(正向引子DP47-v4-4、DP47-v4-6、DP47-v4-8與反向引子fdseqlong之組合)。用於製造文庫片段之PCR參數為94℃下5分鐘初始變性，1分鐘94℃，1分鐘58℃，1分鐘72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的凝膠純化之單一片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及30秒94℃、1分鐘58℃、2分鐘72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子(MS64及fdseqlong)且進行額外18次循環，隨後在72℃下末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機VH構築體之後，將其用MunI/NotI消化且接合至類似處理的受體噬菌粒載體中。經純化的連接用於約60次轉型至電感受態大腸桿菌TG1中。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。獲得最終文庫尺寸3.75×100。如藉由點印跡墨法中之C端標籤偵測所測定的功能性 純系之百分比分別為輕鏈98.9%及重鏈89.5%。
基於人類生殖系基因使用以下V結構域對建構λ-DP47文庫：V13_19λ輕鏈與VH3_23重鏈。將輕鏈之CDR3(L3)及重鏈之CDR3(H3)中之文庫隨機化且藉由「重疊延長剪接」(SOE)PCR自3個片段裝配。片段1包含包括隨機L3之抗體基因的5'端，片段2為自L3端跨越至H3的開始的中部恆定片段，而片段3包含Fab片段之隨機H3及3'部分。使用以下引子組合產生文庫之文庫片段：片段1(LMB3-V1_3_19_L3r_V/V1_3_19_L3r_HV/V1_3_19_L3r_HLV)、片段2(RJH80-DP47CDR3_ba(mod))及片段3(DP47-v4-4/DP47-v4-6/DP47-v4-8-fdseqlong)。用於製造文庫片段之PCR參數為94℃下5分鐘初始變性，60秒94℃，60秒55℃，60秒72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的3個片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及60秒94℃、60秒55℃、120秒72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子且進行額外20次循環，隨後72℃下的末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機Fab片段之後，將其用NcoI/NheI以及類似處理之受體噬菌粒載體消化。15μg Fab文庫插入物用13.3μg噬菌粒載體接合。經純化之接合用於60次轉型，產生1.5×109轉型體。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。
作為用於噬菌體呈現選擇之抗原的人類OX40(CD134)在HEK EBNA細胞中短暫表現為N端單體Fc融合且在經位於攜帶受體鏈(Fc杵鏈)之Fc部分的C端的avi標籤識別序列處經BirA生物素接合酶之共表現活體內部位特異性生物素化。
根據以下模式，在溶液中進行數輪選擇(生物淘選)： 1.預清除經10μg/ml不相關的人類IgG塗佈之maxisorp培養板上約1012個噬菌粒粒子以消耗識別抗原之Fc部分的抗體文庫，2.在100nM不相關非生物素化Fc杵-臼構築體存在下用100nM生物素化人類OX40培育非結合噬菌粒粒子0.5小時，進一步消耗總體積1mL之Fc結合子，3.藉由轉移至經中性抗生物素蛋白預塗佈之微量滴定盤的4個孔中持續10分鐘，捕捉生物素化hu OX40及所連接之特異性結合噬菌體(在第1輪及第3輪中)，4.使用5×PBS/Tween20及5×PBS洗滌相應的孔，5.藉由每孔添加250μl 100mM TEA(三乙胺)溶離噬菌粒粒子持續10分鐘，且藉由向來自4個孔之經合併之溶離液中添加500μl 1M Tris/HCl pH 7.4進行中和，6.藉由在經中性抗生物素蛋白預塗佈之微量滴定盤上與100nM經生物素捕捉之Fc杵-臼構築體一起培育，後清除經中和之溶離液，以便最終移除Fc結合子，7.用經溶離之噬菌粒粒子的清液層再感染對數期大腸桿菌TG1細胞，用輔助噬菌體VCSM13感染，在震盪器上在30℃下培育隔夜且對下一輪選擇中所用之噬菌粒粒子進行後續PEG/NaCl沈澱。
使用100nM之恆定抗原濃度進行3或4輪選擇。為了增加結合子不僅與獼猴OX40而且與鼠類OX40的交叉反應的可能性，在一些選擇回合中，使用鼠類目標代替人類OX40。在第2輪及第4輪中，為避免中性抗生物素蛋白之結合子增濃，捕捉抗原：藉由添加5.4×107抗生蛋白鏈菌素塗佈之磁珠進行噬菌體複合。藉由ELISA如下鑑別特異性結合子：100μl 25nM 生物素化人類OX40及10μg/ml人類IgG分別塗佈於中性抗生物素蛋白培養板及maxisorp培養板上。添加含Fab之細菌清液層且使用抗Flag/HRP二次抗體經由其Flag標籤偵測結合Fab。將在人類OX40上展現信號且在人類IgG上為陰性的純系列入候選清單進行進一步分析且亦以類似方式針對獼猴及鼠類OX40進行測試。其在0.5公升培養體積中經細菌表現，進行親和力純化且使用BioRad之ProteOn XPR36生物感測器藉由SPR分析進行進一步表徵。
表3展示通用噬菌體呈現之抗體文庫(DP88-4)的序列，表4提供文庫DP88-4生殖系模板之cDNA及胺基酸序列且表5展示用於產生DP88-4生殖系模板的引子序列。
表6展示通用噬菌體呈現之抗體共用輕鏈文庫(Vk3_20/VH3_23)的序列。表7提供共用輕鏈文庫(Vk3_20/VH3_23)生殖系模板之cDNA及胺基酸序列且表8展示用於產生共用輕鏈文庫(Vk3_20/VH3_23)之引子序列。
1：G/D=20%，E/V/S=10%，A/P/R/L/T/Y=5%；2：G/Y/S=15%，A/D/T/R/P/L/V/N/W/F/I/E=4.6%；3：G/A/Y=20%，P/W/S/D/T=8%；4：F=46%，L/M=15%，G/I/Y=8%；5：K=70%，R=30%。
表9展示用於PCR之通用噬菌體呈現λ-DP47文庫(V13_19/VH3_23)模板之序列。表10提供λ-DP47文庫(V13_19/VH3_23)生殖系模板之cDNA及 胺基酸序列且表11展示用於產生λ-DP47文庫(V13_19/VH3_23)之引子序列。
用於建構λ-DP47文庫之額外引子，即DP47CDR3_ba(mod.)、 DP47-v4-4、DP47-v4-6、DP47-v4-8以及fdseqlong，與用於建構共用輕鏈文庫(Vk3_20/VH3_23)且已列於表8中之引子一致。
純系8H9、20B7、49B4、1G4、CLC-563、CLC-564及17A9經上文所述之程序鑑別為人類Ox40特異性結合子。其可變區之cDNA序列展示於下表12中，相應胺基酸序列可見於表C中。
1.3 抗Ox40 IgG1 P329G LALA抗體之製備、純化及表徵
在具有人類IgG1之恆定重鏈或恆定輕鏈之框架中次選殖所選擇之抗Ox40結合子之重鏈及輕鏈DNA序列之可變區。根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入杵及臼重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
抗Ox40純系之cDNA及胺基酸序列展示於表13中。全部抗OX40-Fc 融合編碼序列選殖至驅動來自MPSV啟動子之插入物的表現及含有位於CDS之3'端處的合成聚A信號序列的質體載體。此外，載體含有用於質體之游離型維護之EBV OriP序列。
藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生所選擇之抗Ox40抗體。細胞用相應表現載體以1：1比率(「載體重鏈」：「載體輕鏈」)轉染。
對於在500mL搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。轉染細胞在210×g下離心5分鐘，且清液層置換為預 溫熱之CD CHO培養基。在20mL CD CHO培養基中混合表現載體(200μg完全DNA)。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。在轉染之後一天，添加1mM丙戊酸及具有補充劑之7% Feed。培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集清液層。溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，用疊氮化鈉補充至最終濃度0.01%(w/v)，且保持於4℃下。
使用用於抗原Fc融合物之純化的如上文所描述之蛋白質A，藉由親和層析進行抗體分子自細胞培養物清液層之純化。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數，藉由在280nm型量測OD來測定經純化之抗體之蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在存在及不存在還原劑(Invitrogen,USA)之情況下藉由CE-SDS分析抗體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析抗體樣品之聚集物含量。
表14概述抗Ox40 P329G LALA IgG1抗體之產量及最終含量。
實例2 抗OX40抗體之表徵 2.1 人類OX40上之結合 2.1.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
藉由表面電漿子共振(SPR)評定源自噬菌體之OX40特異性抗體與重組OX40 Fc(kih)之結合。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以 HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗OX40純系8H9、49B4、1G4、20B7、CLC-563、CLC-564及17A9(全部人類IgG1 P329GLALA)以及重組OX40(人類、獼猴及鼠類)之間的的物種選擇性及相互作用親合力。生物素化人類、獼猴及鼠類OX40 Fc(kih)直接偶合至抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之不同流槽。使用至多600個共振單位(RU)之固定程度。
源自噬菌體呈現之抗OX40人類IgG1 P329GLALA抗體在2至500nM範圍內之濃度(3倍稀釋)下以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測複合物解離210秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式且用於定性評估親合力(表16)。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗體8H9、49B4、1G4、20B7、CLC-563及CLC-564(人類IgG1 P329GLALA)與重組OX40之間的相互作用之親和力。為此目的，人類或鼠類Ox40之胞外域亦與avi(GLNDIFEAQKIEWHE)及六組胺酸標籤(序列參看表15)次選殖或藉由使用AcTEV蛋白酶裂解獲得且藉由層析法移除Fc。
如上文針對Fc融合蛋白所述進行蛋白質製造。分泌之蛋白質藉由螯合層析，隨後尺寸排阻層析自細胞培養物清液層純化。
在於20mM磷酸鈉、500nM氯化鈉，pH 7.4中平衡之NiNTA Superflow濾筒(5ml，Qiagen)上進行第一層析步驟。藉由經12管柱體積施用5%至45%溶離緩衝液(20mM磷酸鈉、500nM氯化鈉、500mM咪唑，pH 7.4)之梯度來進行溶離。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用2mM MOPS、150mM氯化鈉、0.02%(w/v)疊氮化鈉溶液(pH 7.4)平衡之HiLoad Superdex 75管柱(GE Healthcare)上。
使用兩種設定進行親和力測定。
設定1)抗人類Fab抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。 固定含量為約9000RU。在25至50nM濃度下捕捉針對OX40的源自噬菌體呈現之抗體持續60秒。重組人類OX40 Fc(kih)以4至1000nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。
設定2)抗人類Fc抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約8000RU。在20nM濃度下捕捉針對OX40的源自噬菌體呈現之抗體持續60秒。重組人類OX40 avi His以2.3至600nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。
使用Biacore T200評估軟體(vAA，Biacore AB,Uppsala/Sweden)獲得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合速率等式。
純系49B4、1G4及CLC-564以低於純系8H9、20B7及CLC-563之親和力結合人類Ox40 Fc(kih)。
藉由與1：1朗格繆爾結合擬合來測定抗OX40 P329GLALA IgG1與人類OX40 Fc(kih)之間的相互作用之親和力常數。
2.1.2 結合於人類Ox40表現細胞：原生及經活化之人類周邊單核血液白細胞(PBMC)
自Zürich血液供給中心獲得白血球層。為了分離新鮮的周邊血液單核細胞(PBMC)，白血球層用相同體積之DPBS(Gibco，Life Technologies，目錄號14190 326)稀釋。提供50mL聚丙烯離心管(TPP，目錄號91050)及15mL Histopaque 1077(SIGMA Life Science，目錄號10771，聚蔗糖及泛影酸鈉，調節至1.077g/mL之密度)且經稀釋之白血球層溶液在Histopaque 1077上分層。試管在400×g下，在室溫下且在低加速度及不破裂情況下離心30分鐘。隨後，自界面收集PBMC，用DPBS洗滌三次且再懸浮於由以下組成之T細胞培養基中：具有10%胎牛血清(FBS，Gibco，Life Technology，目錄號16000-044，批號941273，γ照射、無支原體且在56℃下熱不活化35分鐘)、1%(v/v)GlutaMAX I(GIBCO，Life Technologies，目錄號35050 038)、1mM丙酮酸鈉(SIGMA，目錄號S8636)、1%(v/v)MEM非必需胺基酸(SIGMA，目錄號M7145)及50μM β-巰基乙醇(SIGMA，M3148)之RPMI 1640培養基(Gibco，Life Technology，目錄號42401-042)。
PBMC在分離之後直接使用(原生人類PBMC上之結合)或其經刺激以接收T細胞之細胞表面上之強人類Ox40表現(經活化之人類PBMC上之結合)。因此，原生PBMC在6孔組織培養板中的具有200U/mL Proleukin及2μg/mL PHA-L之T細胞培養基中培養五天，接著在37℃及5% CO2下，在預塗佈之6孔組織培養板[2μg/mL抗人類CD3(純系OKT3)及2μg/mL抗人類CD28(純系CD28.2)]上在具有200U/mL Proleukin之T細胞培養基中培養1天。
對於Ox40之偵測，混合原生人類PBMC與經活化之人類PBMC。為了能夠區分原生PBMC與經活化之人類PBMC，在結合分析之前使用eFluor670細胞增殖染料(eBioscience，目錄號65-0840-85)標記休眠細胞。
關於標記，採集細胞，用預溫熱(37℃)之DPBS洗滌且在DPBS中調整至1×107個細胞/毫升之細胞密度。eFluor670細胞增殖染料(eBioscience，目錄號65-0840-85)添加至原生人類PBMC於DPBS中之懸浮液(最終濃度為2.5mM且最終細胞密度為0.5×107個細胞/毫升)中。接著細胞在室溫下，在黑暗中培育10分鐘。為了停止標記反應，添加2mL FBS且用T細胞培養基洗滌各孔三次。接著將1×105個原生eFluor670標記之人類PBMC與未標記之經活化之人類PBMC的1：1混合物添加至圓底懸浮單元96孔培養板(greiner bio-one，Cellstar，目錄號650185)之各孔中。
培養板用400×g且在4℃下離心4分鐘，且拂去清液層。細胞用200μL 4℃冷FACS緩衝液(具有2% FBS、5mM EDTA pH 8(Amresco，目錄號E177)及7.5mM疊氮化鈉(Sigma-Aldrich S2002))洗滌一次。細胞在4℃下在50μL/孔含有經滴定之抗Ox40抗體構築體的4℃冷FACS緩衝液中培 育120分鐘。培養板用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次，移除未經結合之構築體。
細胞在4℃下，在暗處，在25μL/孔含有螢光標記之抗人類CD4(純系RPA-T4，小鼠IgG1 k，BioLegend，目錄號300532)、抗人類CD8(純系RPa-T8，小鼠IgG1k，BioLegend，目錄號3010441)、抗人類CD45(純系HI30，小鼠IgG1k，BioLegend，目錄號304028)及異硫氰酸螢光素(FITC)結合之親和純化抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)的4℃冷FACS緩衝液中染色30分鐘。
用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌兩次的培養板最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
如圖2中所示，沒有對Ox40特異之抗體構築體結合於不表現Ox40之休眠人類CD4+ T細胞或CD8+ T細胞。相比之下，全部構築體均結合於表現Ox40的經活化之CD8+或CD4+ T細胞。與CD4+ T細胞之結合比與CD8+ T細胞之結合牢固得多。經活化之人類CD8+ T細胞僅表現在經活化之CD4+ T細胞上偵測之Ox40含量之一部分。差異為供體以及時間依賴性。分析之抗Ox40純系的結合強度有變化。EC50值顯示於表17中。對於靶向二價及單價FAP之構築體的進一步評估，選擇具有高(8H9)及低(49B4/1G4)結合能力之純系。
2.2 鼠類OX40上之結合 2.2.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
藉由如上文針對人類OX40 Fc(kih)所述的表面電漿子共振(參看實例2.1.1)評定源自噬菌體之OX40特異性抗體20B7與重組鼠類OX40 Fc(kih)之結合。使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式且用於定性評估親合力(表18)。
對於親和力測定，由於Fc融合蛋白與參考流槽之非特異性相互作用，因此使用以AcTEV蛋白酶裂解之鼠類Ox40 His(參看實例2.1.2)或Ox40 Fc(kih)。抗人類Fc抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約8000RU。在25nM濃度下捕捉針對OX40的源自噬菌體呈現之抗體持續60秒。重組鼠類OX40(遵照經銷商說明藉由AcTEV消化裂解)在4.1至1000nM範圍內之濃度下，以30μL/min流速，經120秒通過流槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。
使用Biacore T200評估軟體(vAA，Biacore AB,Uppsala/Sweden)獲 得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合速率等式。顯示純系20B7結合鼠類OX40(表18)。
抗OX40 P329GLALA IgG1分子與鼠類OX40之間的相互作用之親和力常數使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導，藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式。
2.2.2 與小鼠OX40表現細胞之結合：原生及經活化之小鼠脾細胞(所選純系)
在3mL PBS中收集小鼠脾臟且使用溫和MACS試管(Miltenyi Biotec目錄號130-096-334)及gentleMACS Octo解離劑(Miltenyi Biotec)產生單細胞懸浮液。隨後，脾細胞經30μm Pre-Separation過濾器(Miltenyi Biotec目錄號130-041-407)過濾且在350×g及4℃下離心7分鐘。抽吸清液層且細胞再懸浮於具有10%(v/v)FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I、1mM丙酮酸鈉、1%(v/v)MEM非必需胺基酸、50μM β-巰基乙醇及10%青黴素-鏈黴素(SIGMA，目錄號P4333)之RPMI 1640培養基中。106個細胞/毫升在塗有10μg/mL抗小鼠CD3ε Armenian Hamster IgG(純系145-2C11，BioLegend，目錄號100331)及2μg/mL抗小鼠CD28 Syrian Hamster IgG(純系37.51，BioLegend，目錄號102102)之6孔組織培養板中培養3天。收集經活化之小鼠脾細胞，在DPBS中洗滌，計數且將0.1×106個細胞轉移至96孔U型底經非組織培養物處理之盤之各孔中。細胞用DPBS洗滌且在50μL含有不同濃度之抗OX40人類IgG1 P329GLALA抗體(僅所選結合子) 的FACS緩衝液中染色。細胞在4℃下培育120分鐘。接著，在4℃下，細胞用FACS緩衝液洗滌兩次且在25μL/孔含有抗小鼠CD8b大鼠IgG2bκ-APC-Cy7(BioLegend，目錄號100714，純系53-6.7)、抗小鼠CD4大鼠IgG2bκ-PE-Cy7(BioLegend，目錄號100422，純系GK1.5)及FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)之FACS緩衝液中染色30分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌培養板兩次，將細胞最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
如圖3中所示，僅純系20B7及良好表徵之小鼠特異性基準抗體OX86顯示結合於經活化之小鼠CD4+及CD8+ T細胞。休眠小鼠脾細胞上未觀測到結合。
2.3 獼猴OX40上之結合
為了測試所選抗OX40結合子與獼猴細胞之反應性，使用如針對具有次要修飾之人類細胞所述之密度梯度離心分離健康食蟹獼猴之PBMC與肝素化血液。使用以DPBS稀釋之淋巴細胞分離劑培養基(90% v/v,Axon Lab，目錄號1114545)，用密度梯度離心分離獼猴PBMC與肝素化新鮮血液。在520×g下，在室溫下，不中斷的離心30分鐘。在室溫下，在150×g下相鄰離心15分鐘來減少血小板計數，隨後在室溫下進行400×g的若干離心步驟持續10分鐘，用無菌DPBS洗滌PBMC。刺激PBMC以接收T細胞之細胞表面上的強Ox40表現(經活化之獼猴PBMC上的結合)。因此，在37℃及5% CO2下，原生PBMC在預塗佈之12孔組織培養板[10μg/mL獼猴交叉 反應性抗人類CD3(純系SP34)]及2μg/mL獼猴交叉反應性抗人類CD28(純系CD28.2)]上，在具有200U/mL Proleukin之T細胞培養基中培養72小時。
0.5×105經活化之獼猴PBMC接著添加至圓底懸浮單元96孔培養板(greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)的各孔中。細胞用200μL 4℃冷FACS緩衝液洗滌一次且在4℃下，在50μL/孔含有經滴定之抗Ox40抗體構築體的4℃冷FACS中培育120分鐘。接著，培養板用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次。將細胞再懸浮於25μL/孔含有螢光標記之獼猴交叉反應性抗人類CD4(純系OKT-4，小鼠IgG1 k，BD，目錄號317428)、抗人類CD8(純系HIT8a，小鼠IgG1k，BD，目錄號555369)及FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)的4℃冷FACS緩衝液中，且在4℃下在暗處培育30分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌培養板兩次，將細胞最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
如圖4中所示，大部分構築體結合於經活化之CD4+獼猴T細胞。與CD4+ T細胞之結合比與CD8+ T細胞之結合牢固得多。OX40之表現水準視動力學及刺激強度而定，且針對CD4+獼猴T細胞而非CD8+獼猴T細胞最佳化，使得CD8+ T細胞上僅誘發極少OX40表現。所分析之抗OX40純系的結合強度發生變化。EC50值顯示於表19中。由於非典型曲線擬合，純系8H9、49B4、21H4不可計算EC50值。
2.3.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
藉由表面電漿子共振(SPR)評定源自噬菌體之OX40特異性抗體(全部人類IgG1 P329GLALA)與重組獼猴OX40 Fc(kih)之結合。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。
生物素化獼猴OX40 Fc(kih)直接偶合至抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之不同流槽。使用至多800個共振單位(RU)之固定程度。
源自噬菌體呈現之抗OX40人類IgG1 P329GLALA抗體在2至500nM範圍內之濃度(3倍稀釋)下以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測複合物解離210秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式且用於定性評估親合力(表20)。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗體(人類IgG1 P329GLALA)與重組獼猴OX40 Fc(kih)之間的相互作用之親和力。抗人類Fab抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore， Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約9000RU。在25至50nM濃度下捕捉針對OX40的源自噬菌體呈現之抗體持續60秒。重組獼猴OX40 Fc(kih)以4至1000nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。
使用Biacore T200評估軟體(vAA，Biacore AB,Uppsala/Sweden)獲得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合速率等式(表20)。
純系49B4、1G4及CLC-564以低於純系8H9、20B7及CLC-563之親和力結合獼猴Ox40 Fc(kih)。
抗OX40 P329GLALA IgG1與獼猴OX40 Fc(kih)之間的相互作用之親和力常數使用Biacore T100評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導，藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式。
2.3.2 獼猴OX40表現細胞：經活化之獼猴周邊單核血液白細胞(PBMC)上的結合 與Ox40陰性腫瘤細胞之結合
使用WM266-4細胞(ATCC CRL-1676)及U-87 MG(ATCC HTB-14)腫瘤細胞測試與Ox40陰性腫瘤細胞之結合的缺乏。為了分離兩種腫瘤細胞，WM266-4細胞用PKH-26紅色螢光細胞連接子試劑盒(Sigma，目錄號PKH26GL)預標記。採集細胞且用RPMI 1640培養基洗滌三次。糰粒在室溫下，在暗處，以最終細胞密度1×107個細胞在新鮮製備之PKH26-紅色染色溶液(所提供之稀釋劑C中最終濃度[1nM])中染色5分鐘。添加過量FBS來停止標記反應且細胞用補充有10%(v/v)FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I之RPMI 1640培養基洗滌四次，移除過量染料。
將5×104 PKH26標記之WM266-4細胞及未經標記之U-87 MG細胞於DPBS中之混合物添加至96孔培養板的圓底懸浮單元中。培養板用400×g且在4℃下離心4分鐘，且拂去清液層。細胞用200μL DPBS洗滌一次且糰粒藉由短且平緩渦流再懸浮。在4℃下，將全部樣品再懸浮於50μL/孔含有滴定濃度之抗Ox40人類IgG1 P329GLALA抗體構築體的4℃冷FACS緩衝液中持續120分鐘。培養板用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次。將細胞再懸浮於25μL/孔含有FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)之4℃冷FACS緩衝液中且在4℃下在暗處培育30分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌兩次的培養板最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
如圖5中所示，沒有對OX40特異之抗體構築體結合於OX40陰性的人類腫瘤細胞WM266-4及U-78 MG。
2.4 配位體阻斷特性
使用人類OX40配位體(R&D systems)測定OX40特異性人類IgG1 P329GLALA抗體分子干擾OX40/OX40-配位體相互作用的能力。由於OX40與OX40配位體之間的相互作用的低親和力，製備具有C端Ha標籤的二聚人類OX40 Fc融合物(圖1B)。此二聚人類Ox40 Fc融合分子的核苷酸及胺基酸序列顯示於表21中。如實例1.1中針對單體OX40 Fc(kih)所述進行製造及純化。
人類OX40配位體(R&D systems)使用標準胺偶合試劑盒(Biacore,Freiburg/Germany)在約2500RU，pH 5.0下直接偶合至CM5晶片的兩個流槽。重組人類Ox40 Fc以200nM濃度以30μL/min的流速經90秒通過第 二流槽。忽略解離且源自噬菌體的抗Ox40人類IgG1P329LALA以500nM濃度以30μL/min流速經90秒通過兩個流槽。監測解離60秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗體流經具有固定人類OX40配位體之表面，但上面已注射HBS-EP代替重組人類OX40 Fc。圖1C展示實驗設計。
源自噬菌體的純系20B7結合於人類OX40與其OX40配位體的複合物(表22，圖6)。因此，此抗體不與結合於人類OX40之配位體競爭且因此稱為「非配位體阻斷」。相反地，純系8H9、1G4、49B4、CLC-563及CLC-564不結合於人類OX40與其配位體之複合物且因此稱為「配位體阻斷」。
實例3 抗人類OX40結合純系之功能特性 3.1 表現人類OX40及報導基因NF-κB-螢光素酶之HeLa細胞
OX40與其配位體之促效結合經核因子κB(NFκB)之活化誘導下游信號傳導(A.D.Weinberg等人，J.Leukoc.Biol.2004,75(6),962-972)。產生重組型報導體細胞株HeLa_hOx40_NFκB_Luc1以在其表面上表現人類Ox40。此外，其具有受NFκB敏感性強化子片段控制之含有螢光素酶基因之報導體質體。Ox40觸發可誘導在細胞核中易位之NFκB之劑量依賴性活 化，其中NFκB在報導體質體之NFκB敏感性強化子上結合以增加螢光素酶蛋白質之表現。螢光素酶催化螢光素氧化產生會發光的氧化螢光素。此可藉由光度計定量。一個實驗的範疇為測試多種抗Ox40結合子(P329GLALA huIgG1型式)在HeLa_hOx40_NFκB_Luc1報導體細胞中誘發NFκB活化的能力。
在37℃下，使用細胞解離緩衝液(Invitrogen，目錄號13151-014)經10分鐘收集黏著性HeLa_hOx40_NFκB_Luc1細胞。細胞用DPBS洗滌一次且在包含MEM(Invitrogen，目錄號22561-021)、10%(v/v)熱不活化FBS、1mM丙酮酸鈉及1%(v/v)非必需胺基酸之分析培養基中調整至2×105個之細胞密度。細胞以0.3*105個細胞/孔之密度在具有蓋子之無菌白色96孔平底組織培養板(greiner bio-one，目錄號655083)中接種，且在培育箱(Hera Cell 150)中保持在37℃及5% CO2下隔夜。
第二天，添加含有多種經滴定之抗OX40結合子(P329GLALA huIgG1型式)之分析培養基刺激HeLa_hOX40_NFκB_Luc1持續6小時。關於測試抗OX40抗體上之超交聯作用，以1：2比率(二次抗體比初級單次抗OX40 P329GLALA huIgG1多2倍)添加50微升/孔含有二次抗體抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgG F(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，109-006-098)之培養基。在培育之後，抽吸清液層且培養板用DPBS洗滌兩次。根據製造商說明，使用螢光素酶1000分析系統及報導體溶解緩衝液(皆來自Promega，目錄號E4550及目錄號E3971)進行發光之定量。簡言之，細胞藉由添加30微升/孔1×溶解緩衝液在-20℃下溶解10分鐘。細胞在37℃下解凍20分鐘，隨後添加90微升/孔螢光素酶分析試劑。立即藉由SpectraMax M5/M5e微板讀取器(Molecular Devices,USA)使用500ms積分時間定量 發光，無任何過濾器收集所有波長。所發射之相關光單元(URL)藉由HeLa_hOx40_NFκB_Luc1細胞之基本螢光校正且使用Prism4(GraphPad Software,USA)針對對數一次抗體濃度點印跡。使用嵌入式S形劑量反應擬合曲線。
如圖7中所示，已藉由向報導體細胞株添加抗OX40 P329GLALA huIgG1抗體(左側)來誘導有限劑量依賴性NFκB活化。抗OX40抗體與抗人類IgG特異性二次抗體的超交聯以濃度依賴性方式大大增加NFκB介導之螢光素酶活化的誘導(右側)。活化之EC50值概述於表23中。
3.2 OX40介導之次佳TCR之共刺激觸發預活化之人類CD4 T細胞
OX40之接合提供在次佳T細胞受體(TCR)刺激之後促進T細胞之分裂及存活的協同共刺激信號(M.Croft等人，Immunol.Rev.2009,229(1),173-191)。另外，若干細胞激素之產量及T細胞活化標記之表面表現增加(I.Gramaglia等人，J.Immunol.1998,161(12),6510-6517；S.M.Jensen等人，Seminars in Oncology 2010,37(5),524-532)。
為了測試多種抗OX40結合子之促效特性，經預活化之Ox40陽性CD4 T細胞用次佳濃度之培養板固定之抗CD3抗體在溶液中或固定於培養板表 面上之抗OX40抗體存在下刺激72小時。藉由流動式細胞量測術，經由監測總細胞計數及活細胞中之CFSE稀釋來分析對T細胞存活及增殖之作用。另外，細胞用針對T細胞活化及分化標記的經螢光標識之抗體(例如CD127、CD45RA、Tim-3、CD62L及OX40本身)共染色。
人類PBMC經菲科爾密度離心(ficoll density centrifugation)分離且如實例2.1.2下所述用PHA-L[2μg/mL]及Proleukin[200U/mL]刺激三天。細胞接著在37℃下，用細胞密度1×106個細胞/毫升的CFSE用最終濃度[50nM]之CFDA-SE(Sigma-Aldrich，目錄號2188)標記10分鐘。隨後，細胞用含有FBS(10% v/v)之過量DPBS洗滌兩次。經標記之細胞在T細胞培養基中在37℃下休眠30分鐘。隨後，用DPBS藉由兩個額外洗滌步驟移除未經轉化之CFDA-SE。根據製造商說明使用MACS陰性的CD4 T細胞分離試劑盒(Miltenyi Biotec)分離CD4 T細胞與預活化之CFSE標記之人類PBMC。
Morris等人顯示用習知抗Ox40抗體促效共刺激依賴於表面固定(N.P.Morris等人，Mol.Immunol.2007,44(12),3112-3121)。因此，在4℃下，在有(表面固定之抗OX40)或無(溶液中之抗OX40)山羊抗人類Fcγ特異性抗體(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-006-098)存在下，將山羊抗小鼠Fcγ特異性抗體(Jackson ImmunoResearch，目錄號111-500-5008)以PBS中[2μg/mL]之濃度塗佈於96孔U型底細胞培養板(Greiner Bio One)之表面上隔夜。此後，培養板表面用含有BSA(1% v/w)之DPBS阻斷。培育步驟之後全部在37℃下在含有BSA(1% v/w)之PBS中處理90分鐘。在培育步驟之間，培養板用DPBS洗滌。
小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，eBioscience，目錄號16-0037- 85，固定濃度[3ng/mL])在隨後培育步驟中經表面塗佈之抗小鼠Fcγ特異性抗體捕捉。在一個實驗中，接著藉由DPBS中的額外培育步驟將經滴定之人類抗OX40抗體(人類IgG1 P329G LALA)固定於培養板上。在第二實驗中，在活化分析期間將抗OX40抗體直接添加至培養板中之培養基中，該培養板未經抗人類IgG Fc特異性抗體預塗佈。
將經CFSE標記之預活化CD4+ T細胞以每孔0.6*105個細胞之細胞密度添加至預塗佈之培養板中的200μL T細胞培養基中且培養96小時。在4℃下，在暗處，細胞用螢光染料標記之小鼠抗人類Ox40(純系BerACT35，Bioledgend，目錄號35008)、TIM-3(純系F38-2E2，Biolegend，目錄號345008)、CD127(純系A019D5，Biolegend，目錄號351234)、CD62L(純系DREG 56，Biolegend，目錄號304834)及CD45RA(純系HI100，BD Biosciences，目錄號555489)之組合染色20分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌兩次的培養板最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
分析DAPI陰性活細胞中作為增殖標記物之中位CFSE螢光的降低。監測作為T細胞活化標記物的OX40陽性、CD62L低及TIM-3陽性T細胞之百分比。分析CD45RA及CD127之表現來測定T細胞之成熟狀態的改變，由此將CD45RA低CD127低細胞分類為效應T細胞。
用培養板固定之抗體共刺激以劑量依賴性方式大大提高預活化之人類CD4 T細胞用培養板固定抗人類CD3之次佳刺激(圖8)。T細胞增殖較強，顯示具有較高百分比之效應T細胞的更成熟表型且具有較高百分比之CD62L低、Tim-3陽性及OX40陽性活化細胞。一些純系(8H9、20B7)在 結合於細胞OX40方面超過市售偵測抗體。沒有EC50值計算對於其可行且因此OX40誘導之全部EC50值均自整體EC50值計算排除。T細胞活化之全部其他參數的半最大改變在3至700pM範圍內之濃度下實現且概述於圖9及表24中。當在無表面固定存在下添加溶液中之抗Ox40抗體時，次佳TCR刺激未增強(圖10)。此再次證實Ox40軸線活化對OX40受體之超交聯的高度依賴性。
抗OX40抗體(hu IgG1 P329GLALA型式)的結合強度與促效活性(生物活性)之間的相關性顯示於圖11中。對於多數純系而言，存在直接相關性，然而出乎意料地，兩個純系(49B4、1G4)顯示的生物活性比自其結合強度預測的生物活性強得多。
實例4 產生靶向Ox40及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性構築體 4.1 產生靶向Ox40及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性二價抗原結合分子(2+2型式，比較實例)
製備對Ox40及FAP具有二價結合之雙特異性促效Ox40抗體。應用根據國際專利申請案第WO 2010/145792 A1號之互換單抗技術減少錯誤配對輕鏈之形成。
FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用之方式併入本文中。
在此實例中，FAP結合子28H1之交叉Fab單元(VHCL)使用(G4S)4連接體序列C端融合至抗OX40 huIgG1之重鏈。此重鏈融合與抗OX40之輕鏈及相應FAP交叉輕鏈(VLCH1)共表現。根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。所得雙特異性二價構築體描繪於圖12A中。
表25分別展示成熟雙特異性二價抗OX40/抗FAP人類IgG1 P329GLALA抗體之核苷酸及胺基酸序列。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生雙特異性抗Ox40抗FAP構築體。細胞用相應表現載體以1：1：1比 率(「載體重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)轉染。
關於在500ml搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。關於轉染，使細胞在210×g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD CHO培養基置換清液層。表現載體於20ml CD CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。轉染一天後，添加1mM丙戊酸及7%饋料。在培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
使用如上文針對抗原Fc融合物及抗體之純化所述的蛋白質A，藉由親和層析進行雙特異性構築體自細胞培養物清液層之純化。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之雙特異性構築體的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen,USA)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量(表26)。
表26：例示性雙特異性二價抗Ox40/抗FAP IgG1 P329G LALA抗原結合
4.2 產生靶向Ox40及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性單價抗原結合分子(1+1型式，比較實例)
藉由根據國際專利申請案第WO 2010/145792 A1號應用互換單抗技術製備對Ox40及FAP單價結合之雙特異性促效Ox40抗體來減少錯誤配對輕鏈之形成。
在此實例中，FAP結合子28H1之交叉Fab單元(VHCL)融合至huIgG1之臼重鏈。針對抗Ox40之Fab融合至杵重鏈。靶向之抗FAP-Fc臼與抗Ox40-Fc杵鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括FAP結合Fab及Ox40結合Fab(圖12B)。
根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
所得雙特異性單價構築體描繪於圖12B中且核苷酸及胺基酸序列可見於表27中。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生雙特異性抗Ox40抗FAP構築體。細胞用相應表現載體以1：1：1：1比率(「載體重鏈臼」：「載體重鏈杵」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)轉染。
關於在500ml搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。關於轉染，使細胞在210×g下離心5分鐘，且用預溫 熱之CD CHO培養基置換清液層。表現載體於20ml CD CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。轉染一天後，添加1mM丙戊酸及7%饋料。在培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
如上文針對抗原-Fc融合物及抗體之純化所述藉由親和層析使用蛋白質A自細胞培養物清液層純化雙特異性抗原結合分子。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之雙特異性構築體的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen,USA)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量。
表28概述雙特異性單價抗Ox40/抗FAP IgG1 P329G LALA kih抗原結合分子之生物化學分析。
4.3 靶向Ox40及FAP之雙特異性二價構築體的表徵 4.3.1 表面電漿子共振(同時結合)
藉由表面電漿子共振(SPR)評定同時結合人類Ox40 Fc(kih)及人類FAP之能力。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。生物素化人類Ox40 Fc(kih)與抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之流槽直接偶合。使用至多1000個共振單位(RU)之固定程度。
靶向Ox40及FAP之雙特異性構築體在250nM範圍內之濃度下以30μL/min之流速經90秒穿過流槽且解離設為零秒。以250nM之濃度，以30微升/分鐘之流速，經流槽經90秒注射人類FAP作為第二分析物(圖12C)。監測解離120秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
如針對2+2構築體之圖13A-13D及圖13E-13H之曲線中可見，所有雙特異性構築體可同時結合人類Ox40及人類FAP。
4.3.2 細胞上之結合 4.3.2.1 FAP靶向抗Ox40抗體的與原生對比經活化之人類PBMC的結合
如實例2.1.2中所述藉由ficoll密度離心來分離人類PBMC。PBMC在分離之後直接使用(結合在休眠人類PBMC上)或其經刺激以在T細胞之細胞表面上接收強力人類Ox40表現(結合在活化之人類PBMC上)。因此，在37℃及5% CO2下，原生PBMC在6孔組織培養板中，在具有200U/mL Proleukin及2μg/mL PHA-L之T細胞培養基中培養四至七天，接著在經預塗佈之6孔組織培養板[10μg/mL抗人類CD3(純系OKT3)及2μg/mL抗人類CD28(純系CD28.2)]中，在具有200U/mL Proleukin之T細胞培養基中培養1天。
偵測Ox40時，混合原生人類PBMC與經活化之人類PBMC。為了能夠區分原生PBMC與經活化之人類PBMC，在結合分析之前使用eFluor670細胞增殖染料(eBioscience，目錄號65-0840-85)標記原生細胞。接著將1×105個標記eFluor670之原生人類PBMC與未標記之經活化之人類PBMC的1：1混合物添加至圓底懸浮細胞96孔培養板(greiner bio-one，cellstar，目錄號650185)之各孔中且如實例2.1.2中所述進行結合分析。接著將1×105個標記eFluor670之原生人類PBMC與未標記之經活化之人類PBMC的1：1混合物添加至圓底懸浮細胞96孔培養板(greiner bio-one，cellstar，目錄號650185)之各孔中且如章節2.1.2中所述進行結合分析。
一次抗體為經滴定之抗Ox40抗體構築體，在4℃下培育120分鐘。二 次抗體溶液為螢光標記之抗人類CD4(純系RPA-T4，小鼠IgG1 k，BioLegend，目錄號300532)、抗人類CD8(純系RPa-T8，小鼠IgG1k，BioLegend，目錄號3010441)與異硫氰酸螢光素(FITC)結合之AffiniPure抗人類IgG Fcγ-片段特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)的混合物，其在4℃下在暗處培育30分鐘。最終，培養板再懸浮於80微升/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)之FACS緩衝液中且在同一天使用5支雷射之LSR-Fortessa(BD Bioscience，採用DIVA軟體)讀取。
如圖14A及14B中所示，對Ox40特異之抗原結合分子均未與休眠人類CD4+ T細胞或CD8+ T細胞結合。反之，所有抗原結合分子均會與經活化之CD8+或CD4+ T細胞結合。與實例1.4.1.2中所述類似，與CD4+ T細胞之結合比與CD8+ T細胞之結合牢固得多。如圖14A及14B中所示，如習知IgG抗體型式之各別純系中，靶向Ox40構築體之二價FAP對Ox40陽性及陰性細胞顯示類似的結合特徵，而單價抗體對Ox40陽性細胞之結合能力則由於損失親合力而明顯降低。
4.3.2.2 與表現人類FAP之腫瘤細胞之結合
使用表現人類纖維母細胞活化蛋白(huFAP)之細胞NIH/3T3-huFAP純系39或WM266-4細胞(ATCC CRL-1676)測試與細胞表面FAP之結合。藉由在1.5μg/mL嘌呤黴素(Puromycin)選擇下，使用表現huFAP之表現載體pETR4921轉染小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3細胞株(ATCC CRL-1658)，產生NIH/3T3-huFAP純系39。在一些分析中，如實例2.3.2中所述，用PKH-26紅色螢光細胞連接子試劑盒(Red Fluorescence Cell linker Kit)(Sigma，目錄號PKH26GL)標記WM266-4細胞，使此等腫瘤細胞與存 在的其他細胞分離(例如人類PBMC)。
0.5×105 NIH/3T3-huFAP純系39或WM266-4細胞接著添加至圓底懸浮細胞96孔培養板(greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)的各孔中，且以與實例2.3.2中所述類似之方式進行結合分析。培養板用400×g且在4℃下離心4分鐘，且拂去清液層。細胞用200μL DPBS洗滌一次且糰粒藉由短且平緩渦流再懸浮。全部樣品再懸浮於50μL/孔含有指定濃度範圍(經滴定)之雙特異性抗原結合分子(一次抗體)的4℃冷FACS緩衝液中且在4℃下培育120分鐘。隨後，細胞用200μL 4℃ FACS緩衝液洗滌四次且藉由短渦流再懸浮。細胞用25μL/孔含有異硫氰酸螢光素(FITC)結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊IgG F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)的4℃冷二次抗體溶液進一步染色且在4℃下在暗處培育30分鐘。最終，培養板再懸浮於80微升/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)之FACS緩衝液中且在同一天使用5-雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
如圖15中所示，FAP靶向單價及二價抗Ox40抗原結合分子(但並非huIgG1 P329GLALA型式之相同純系)有效結合於人類FAP表現目標細胞。因此，僅FAP靶向單價及二價抗Ox40抗原結合分子顯示直接腫瘤靶向特性。二價構築體(實心正方形)顯示相較於單價構築體更牢固的與FAP結合，此由二價型式相對於單價型式之親合力增益解釋。此在高FAP表現NIH/3T3-huFAP純系39細胞(左圖)中比較低FAP表現WM266-4細胞中更顯著。WM266-4細胞上較低密度之表面FAP可能不提供始終允許抗OX40構築體二價結合的FAP分子之緊密貼近。與經活化之人類CD4 T細胞及 FAP陽性腫瘤細胞結合的EC50值概述於表29中。
4.4 靶向Ox40及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性四價抗原結合分子(4+1型式)的產生
藉由應用允許裝配兩種不同重鏈之杵-臼技術來製備對Ox40四價結合且對FAP單價結合之雙特異性促效Ox40抗體。
在此實例中，第一重鏈(HC 1)包含抗OX40結合子49B4之兩個Fab單元(VHCH1_VHCH1)，隨後為經(G4S)連接子融合至抗FAP結合子28H1或4B9之VH結構域的Fc杵鏈。構築體之第二重鏈(HC 2)包含抗OX40結合子49B4之兩個Fab單元(VHCH1_VHCH1)，隨後為經(G4S)連接子融合至抗FAP結合子28H1或4B9之VH結構域的Fc臼鏈。
FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用之方式併入本文中。
根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。重鏈融合蛋白與抗OX40結合子49B4(CLVL)之輕鏈共表現。所得雙特異性四價構築體描繪於圖16A中且核苷酸及胺基酸序列可見 於表30中。
另外，製備「未靶向之」4+1構築體，其中抗FAP結合子之VH及VL結構域置換為不結合於抗原的生殖系對照物(稱為DP47)。
在另一實例中，第一重鏈(HC 1)包含抗OX40結合子49B4的兩個Fab單元(VHCH1_VHCH1)，隨後為經(G4S)連接子融合至抗FAP結合子4B9之VH結構域的Fc杵鏈。構築體之第二重鏈(HC 2)包含抗OX40結合子49B4之兩個Fab單元(VHCHI_VHCH1)，隨後為經(G4S)連接子融合至抗FAP結合子4B9之VH結構域的Fc臼鏈。
4+1抗Ox40之胺基酸序列、a-FAP VL融合至杵且VH融合至臼鏈的抗FAP構築體可分別在表31中發現。
表31：成熟雙特異性四價抗Ox40/單價抗FAP huIgG1 P329GLALA kih抗體(4+1型式)的胺基酸序列，抗-FAP VH融合至臼且抗FAP VL融合至杵鏈
另外，不含P329G LALA突變之4+1抗OX40，抗FAP構築體之鹼基對及胺基酸序列可分別發現於表32中。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
使用聚乙烯亞胺(PEI；Polysciences Inc.)藉由用哺乳動物表現載體共轉染HEK293-EBNA細胞來製造雙特異性抗Ox40/抗FAP 4+1構築體。細胞用相應表現載體以1：1：4比率(「載體HC1」：「載體HC2」：「載體LC」)轉染。
對於500mL搖瓶中的200mL產量，250,000,000個HEK293 EBNA細胞接種24小時，隨後在具有補充劑之Excell培養基(Sigma)中轉染。關於轉染，使細胞在210×g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD CHO培養基(Gibco)置換清液層。表現載體於20mL CD-CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI(1mg/mL)(Polysciences Inc.)之後，將溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在37℃下，在5% CO2氛圍下且在165rpm下振盪下，在培育箱中培育3小時。培育後，添加160mL具有補充劑(1mM丙戊酸、5g/l PepSoy、6mM L-麩醯胺酸)之Excell培養基且培養細胞24小時。轉染24小時之後，以12%最終體積(24mL)及3g/L葡萄糖(來自500g/L原料的1.2mL)的胺基酸及葡萄糖饋料補充細胞。在培養7天之後，藉由在2000-3000×g下離心45分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
使用MabSelectSure藉由親和力層析法自細胞培養物清液層純化雙特 異性構築體。濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl、0.01%Tween-20溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
關於親和力層析，將清液層裝載至經30mL 20mM檸檬酸鈉、20mM磷酸鈉(pH 7.5)平衡的ProtA MabSelect Sure管柱(CV=5mL，GE Healthcare)上。藉由用6-10管柱體積之含有20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉(pH 7.5)的緩衝液洗滌來去除未經結合之蛋白質。未經結合之蛋白質使用分級或線性pH梯度的15 CV(0至100%)之20mM檸檬酸鈉、100mM氯化鈉、100mM甘胺酸、0.01%(v/v)Tween-20，pH 3.0溶離。管柱接著用10管柱體積之含有20mM檸檬酸鈉、100mM氯化鈉、100mM甘胺酸、0.01%(v/v)Tween-20，pH 3.0之溶液洗滌，隨後進行再平衡步驟。
藉由添加1/10(v/v)0.5M磷酸鈉，pH 8.0來調整所收集之溶離份的pH。濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl(pH 6.0)、0.01% Tween-20平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之雙特異性構築體的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM磷酸鉀、125mM氯化鈉、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量(表31)。
表33：例示性雙特異性四價抗Ox40/抗FAP IgG1 P329G LALA抗原結合
4.5 產生靶向OX40及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性四價抗原結合分子(4+2型式)
製備與OX40四價結合且與FAP二價結合之雙特異性促效OX40抗體。應用根據國際專利申請案第WO2010/145792A1號之互換單抗技術減少錯誤配對輕鏈之形成。
FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006A2中，其以引用之方式併入本文中。
在此實例中，FAP結合子28H1之交叉Fab單元(VLCH)融合至兩個重鏈的Fc部分之C端。針對OX40之兩個Fab融合至如實例4.3中所述之各重鏈之N端。抗OX40 Fab之CH及CL在CH1結構域(K147E、K213E，根據Kabat EU索引編號)及抗OX40結合子49B4之CL(E123R及Q124K，根據 Kabat EU索引編號)中含有胺基酸突變(所謂帶電殘基)，以防止產生Bence Jones蛋白且進一步穩定化輕鏈之正確配對。在此情形中，將杵引入至臼中並非必需，因為兩個重鏈含有相同結構域。
根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。所得雙特異性四價構築體描繪於圖16B中。
表34分別展示成熟雙特異性四價抗OX40/抗FAP人類IgG1 P329GLALA抗體之核苷酸及胺基酸序列。
另外，製備「非靶向」4+2構築體，其中抗FAP結合子之Fab結構域置換為生殖系對照之Fab結構域(稱為DP47)，其不結合於抗原。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
使用聚乙烯亞胺(PEI；Polysciences Inc.)藉由用哺乳動物表現載體共轉染HEK293-EBNA細胞來製造雙特異性抗Ox40/抗FAP構築體。細胞用相應表現載體以1：2：1比率(「載體重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)轉染。
對於500mL搖瓶中的200mL產量，250,000,000個HEK293 EBNA細胞接種24小時，隨後在具有補充劑之Excell培養基(Sigma)中轉染。關於 轉染，使細胞在210×g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD-CHO培養基(Gibco)置換清液層。表現載體於20mL CD-CHO培養基(Gibco)中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI(1mg/mL)(Polysciences Inc.)之後，將溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在37℃下，在5% CO2氛圍下且在165rpm下振盪下，在培育箱中培育3小時。培育後，添加160mL具有補充劑(1mM丙戊酸、5g/l PepSoy、6mM L-麩醯胺酸)之Excell培養基(Sigma)且培養細胞24小時。轉染24小時之後，以12%最終體積(24mL)及3g/L葡萄糖(來自500g/L原料的1.2mL)的胺基酸及葡萄糖饋料補充細胞。培養7天後，藉由在2000-3000 xg下離心45分鐘收集細胞清液層。溶液經無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉達到最終濃度0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
關於親和力層析，將清液層裝載至經30mL 20mM檸檬酸鈉、20mM磷酸鈉(pH 7.5)平衡的ProtA MabSelect Sure管柱(CV=5mL，GE Healthcare)上。藉由用6-10管柱體積之含有20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉(pH 7.5)的緩衝液洗滌來去除未經結合之蛋白質。經結合之蛋白質使用用8 CV 20mM檸檬酸鈉、100mM氯化鈉、100mM甘胺酸pH 3.0溶離的步驟溶離。
藉由添加1/10(v/v)0.5M磷酸鈉，pH 8.0來調整所收集之溶離份的pH。濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl、0.01% Tween-20，pH6.0平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
藉由量測280nm下之OD，使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數 測定經純化雙特異性四價4+2構築體之蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。使用TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量，所述尺寸排阻管柱在25℃下在25mM磷酸鉀、125mM氯化鈉、200mML-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3，pH 6.7操作緩衝液中平衡(表35)。
4.6 測定雙特異性四價4+1及4+2抗OX40抗原結合分子之聚集溫度
為了直接比較全部型式，藉由靜態光散射(SLS)且藉由量測回應於施加之溫度應力的內源蛋白質螢光來監測熱穩定性。將蛋白質濃度為1mg/ml之30μg經過濾蛋白質樣品一式兩份施加至Optim 2儀器(Avacta Analytical Ltd)。溫度以0.1℃/min自25℃勻速升至85℃，收集半徑及總散射強度。測定內源蛋白質螢光時，樣品在266nm激發且收集275nm與460nm之間的發射。
對於全部構築體，聚集溫度視結合子組合及型式而定介於49℃與67℃之間。
4.7 靶向Ox40及FAP之雙特異性四價構築體的表徵 4.7.1 與表現人類FAP之腫瘤細胞之結合
使用WM266-4細胞(ATCC CRL-1676)測試與細胞表面FAP之結合。0.5×105 WM266-4細胞添加至圓底懸浮細胞96孔培養板(greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)的各孔中。細胞在4℃下，在黑暗中用50μL/孔含有經滴定之抗OX40抗體構築體之4℃冷FACS緩衝液(DPBS(Gibco，Life Technologies，目錄號14190 326)及BSA(0.1% v/w，Sigma-Aldrich，目錄號A9418))染色120分鐘。在用過量FACS緩衝液洗滌三次之後，細胞在4℃下，在黑暗中在25μL/孔含有異硫氰酸螢光素(FITC)結合之親和純化抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgG F(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-096-098)之4℃冷FACS緩衝液中染色45分鐘。
最終，培養板再懸浮於85μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)之FACS緩衝液中且在同一天使用5-雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
如圖17中所示，FAP靶向之雙特異性四價OX40構築體而非非靶向OX40構築體有效結合於人類FAP表現目標細胞。因此，僅FAP靶向之抗OX40構築體顯示直接腫瘤靶向特性。對於4+1型式，FAP純系4B9與人類FAP的結合比FAP純系28H1強的多，其中在所用洗滌條件下，使用流動式細胞量測分析幾乎未觀測到任何結合。對於純系28H1，2+2及4+2構築體(實心圓及三角形)顯示與FAP之結合比4+1構築體(正方形)強，如二價型式 相對於單價型式之親合力增益所解釋。含有相同二價FAP結合部分的四價與二價49B4構築體(實心三角形對比圓形)之間的FAP結合差異提示FAP結合中已存在空間位阻，可能是由於四價構築體之較大尺寸引起。與經活化人類及獼猴CD4 T細胞(如實例4.3.2.1及4.3.2.2所述量測)以及FAP陽性腫瘤細胞結合之EC50值概述於表36中。
n.t.=未靶向，n.d.=未偵測
4.7.2 表面電漿子共振
藉由表面電漿子共振(SPR)評定雙特異性構築體結合人類、鼠類及獼猴FAP之能力。所有SPR實驗均在Biacore T200(Biacore)上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20(Biacore)來進行。
藉由以流動速率10μL/min注射500nM huFAP持續60秒、以流動速率20μL/min注射10nM鼠類FAP持續20秒且以以流動速率20Ll/min注射10nM cynoFAP持續20秒，將His標記之人類、鼠類或食蟹獼猴二聚FAP捕捉於用抗His抗體(Qiagen目錄號34660)固定的CM5晶片(GE Healthcare)上。使用至多18000個共振單位(RU)之抗His抗體固定程度。
捕捉步驟之後，雙特異性構築體以及對照分子立即以0.006-100nM範圍內之濃度，以30μL/min之流動速率穿過晶片表面持續280秒，且解離期為180秒。藉由減去在參考流槽(其中無固定FAP)中獲得之反應來校正整體折射率差異。使用朗格繆爾1：1曲線擬合測定親和力。對於二價結合，使用相同1：1擬合產生表觀KD值。
4.7.3 結合於OX40 4.7.3.1 結合於人類Ox40表現細胞：原生及經活化之人類周邊單核血液白細胞(PBMC)
自Zürich血液供給中心獲得白血球層。為了分離新鮮的周邊血液單核細胞(PBMC)，白血球層用相同體積之DPBS(Gibco，Life Technologies，目錄號14190 326)稀釋。提供50mL聚丙烯離心管(TPP，目錄號91050)及15mL Histopaque 1077(SIGMA Life Science，目錄號10771，聚蔗糖及泛影酸鈉，調整至1.077g/mL之密度)且經稀釋之白血球層溶液在Histopaque 1077上分層。試管在400×g下，在室溫下且在低加速 度及不破裂情況下離心30分鐘。隨後，自界面收集PBMC，用DPBS洗滌三次且再懸浮於由以下組成之T細胞培養基中：具有10%胎牛血清(FBS，Gibco，Life Technology，目錄號16000-044，批號941273，γ照射、無支原體且在56℃下熱不活化35分鐘)、1%(v/v)GlutaMAXI(GIBCO，Life Technologies，目錄號35050 038)、1mM丙酮酸鈉(SIGMA，目錄號S8636)、1%(v/v)MEM非必需胺基酸(SIGMA，目錄號M7145)及50μM β-巰基乙醇(SIGMA，M3148)之RPMI1640培養基(Gibco，Life Technology，目錄號42401-042)。
PBMC在分離之後直接使用(休眠人類PBMC上之結合)或其經刺激以接收T細胞之細胞表面上之強人類Ox40表現(經活化之人類PBMC上之結合)。因此，原生PBMC在供應有200U/mL Proleukin(Novartis)及2μg/mL PHA-L(Sigma-Aldrich，L2769-10)之T細胞培養基中在6孔組織培養板中培養四天，接著在37℃及5% CO2下在預塗佈之6孔組織培養板[4μg/mL]抗人類CD3(純系OKT3,eBioscience，目錄號16-0037-85)及[2μg/mL]抗人類CD28(純系CD28.2，eBioscience，目錄號16-0289-85]上在供應有200U/mL Proleukin之T細胞培養基中培養1天。
對於OX40之偵測，混合原生人類PBMC與經活化之人類PBMC。為了能夠區分原生PBMC與經活化之人類PBMC，在結合分析之前使用eFluor670細胞增殖染料(eBioscience，目錄號65-0840-85)標記原生細胞。
關於標記，採集細胞，用預溫熱(37℃)之DPBS洗滌且在DPBS中調整至1×107個細胞/毫升之細胞密度。eFluor670細胞增殖染料(eBioscience，目錄號65-0840-85)添加至原生人類PBMC於DPBS中之懸 浮液(最終濃度為2.5mM且最終細胞密度為0.5×107個細胞/毫升)中。接著細胞在室溫下，在黑暗中培育10分鐘。為了停止標記反應，添加4mL熱不活化之FBS且細胞用T細胞培養基洗滌三次。接著將1×105個休眠eFluor670標記之人類PBMC與0.5×105個未標記之經活化之人類PBMC的2：1混合物添加至圓底懸浮單元96孔培養板(greiner bio-one，cellstar，目錄號650185)之各孔中。
細胞在4℃下，在黑暗中，在50μL/孔含有經滴定之抗Ox40抗體構築體之4℃冷FACS緩衝液中染色120分鐘。用過量FACS緩衝液洗滌三次後，細胞在4℃下，在暗處，在25μL/孔含有螢光標記之抗人類CD4(純系RPA-T4，小鼠IgG1 k，BioLegend，目錄號300532)、抗人類CD8(純系RPa-T8，小鼠IgG1k，BioLegend，目錄號3010441)及異硫氰酸螢光素(FITC)結合之親和純化抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgGF(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109 096 098)的4℃冷FACS緩衝液中染色45分鐘。
最終，培養板再懸浮於85μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)之FACS緩衝液中且在同一天使用5-雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
如圖18及圖19中所示，沒有對OX40特異之抗體構築體結合於對OX40呈陰性之休眠人類CD4+ T細胞或CD8+ T細胞。相比之下，全部構築體均結合於表現OX40的經活化之CD8+或CD4+ T細胞。與CD4+ T細胞之結合比與CD8+ T細胞之結合牢固得多。經活化之人類CD8+ T細胞僅表現在經活化之CD4+ T細胞上偵測之OX40含量之一部分。OX40之表現量取決於刺激之動力學及強度且此處，針對CD4+ T細胞而非CD8+ T細胞上之 OX40表現來最佳化。因此，在CD8 T細胞上僅誘導極少Ox40表現。分析之雙特異性抗OX40構築體的結合強度變化(EC50值參看表34)。四價OX40結合(圓形及正方形)大大提高OX40之親合力。相比之下，兩種二價構築體(三角形)皆顯示較弱的與CD4+ T細胞之結合。FAP結合部分之存在對四價OX40結合子之OX40結合無影響(例如藉由空間位阻，比較空心與實心符號)。然而，二價雙特異性構築體中的純系49B9之結合比習知IgG型式明顯強。
4.7.3.2 獼猴OX40表現細胞：經活化之獼猴周邊單核血液白細胞(PBMC)上的結合
為了測試抗OX40構築體與獼猴細胞之反應性，使用如部分4.7.3.1中針對具有次要修飾之人類細胞所述之密度梯度離心分離健康食蟹獼猴之PBMC與肝素化血液。使用DPBS(90體積%)稀釋之Histopaque 1077(SIGMA Life Science，目錄號10771，聚蔗糖及泛影酸鈉，調整至密度1.077g/mL)用密度梯度離心分離獼猴PBMC與肝素化新鮮血液。在520×g下，在室溫下，不中斷的離心30分鐘。刺激PBMC以接收T細胞之細胞表面上的強OX40表現(經活化之獼猴PBMC上的結合)。因此，在37℃及5% CO2下，原生PBMC在預塗佈之12孔組織培養板[10μg/mL]獼猴交叉反應抗人類CD3(純系SP34-2，BDBioscience，目錄號551916)及[2μg/mL]獼猴交叉反應抗人類CD28(純系CD28.2，eBioscience，目錄號16-0289-85]上在補充有200U/mL Proleukin之T細胞培養基中培養72消失。
0.5×105經活化之獼猴PBMC接著添加至圓底懸浮單元96孔培養板(greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)的各孔中。細胞用200μL 4℃冷FACS緩衝液洗滌一次且在4℃下，在50μL/孔含有經滴定之抗Ox40抗體 構築體的4℃冷FACS中培育120分鐘。接著，培養板用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次。將細胞再懸浮於25μL/孔含有螢光標記之獼猴交叉反應性抗人類CD4(純系OKT-4，小鼠IgG1 k，BD，目錄號317428)、抗人類CD8(純系HIT8a，小鼠IgG1k，BD，目錄號555369)及FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊IgG F(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109 096 098)的4℃冷FACS緩衝液中，且在4℃下在暗處培育60分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌兩次的培養板最終再懸浮於80μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
如圖20中所示，全部49B4構築體結合於經活化之CD4+獼猴T細胞。分析之抗OX40抗體構築體的結合強度變化(EC50值概述於表34)。具有四價OX40結合部分之構築體展示的與OX40+ T細胞之結合比二價構築體強。與OX40之四價及二價結合之間的親合力增益不如人類OX40觀測到的強(約5x增益對比約50x增益，比較表34中的值)。與CD4+ T細胞之結合比與CD8+ T細胞之結合牢固得多。OX40之表現水準視動力學及刺激強度而定，且針對CD4+獼猴T細胞而非CD8+獼猴T細胞最佳化，使得CD8+T細胞上僅誘發極少OX40表現。
4.7.3.3 與人類OX40之結合-二價對比四價Ox40結合的競爭結合
為了確認全部四個抗OX40 Fab結構域結合於huOX40之能力，施加基於細胞之FRET分析法(TagLite)。因此，用huOX40-SNAP融合物轉染且用FRET供體鋱(Cisbio)標記之900個Hek293 EBNA細胞/孔與1.56nM用FRET受體d2(Cisbio)標記之(49B4)IgG混合。另外，添加0.01-750nM 範圍之(49B4)IgG或雙特異性構築體49B4/28H1(4+1)的濃度稀釋液且在室溫下培育2-4小時。在620nm下量測螢光供體(鋱)之螢光信號且在665nm下量測螢光受體染料(M100 Pro,Tecan)之螢光信號。計算665/620*1000之比率，且減去參考(僅細胞)(圖21A)。對於EC50測定，在Graph Pad Prism5中分析結果。觀測之EC50值顯示於表38中。
4.7.4 與OX40及FAP之同時結合
藉由表面電漿子共振(SPR)評定同時結合人類Ox40Fc(kih)及人類FAP之能力。所有SPR實驗均在Biacore T200(Biacore)上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20(Biacore)來進行。
生物素化人類OX40 Fc(kih)與抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之流槽直接偶合。使用至多1000個共振單位(RU)之固定程度。
靶向OX40及FAP之雙特異性抗體以250nM之濃度，以流動速率30μL/min穿過晶片表面持續90秒，且解離設為零秒。以濃度250nM，以流動速率30μL/min注射人類FAP持續90秒作為第二分析物(參看圖21B)。監測解離120秒。藉由減去在參考流槽(其中無固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
除DP47對照分子之外，全部雙特異性構築體可同時結合於人類OX40及人類FAP(圖22)。
4.7.5 結合於OX40及FAP陰性腫瘤細胞
使用表現NucLight Red螢光蛋白之A549 NucLightTM Red細胞(Essenbioscience，目錄號4491)測試與OX40陰性FAP陰性腫瘤細胞之結合之缺乏，該NucLight Red螢光蛋白質受限於細胞核以允許自未標記之人類FAP陽性WM266-4細胞分離。根據標準Essen方案，親本A549(ATCC CCL-185)在8μg/ml凝聚胺存在下，用Essen CellPlayer NucLight Red慢病毒(Essenbioscience，目錄號4476；EF1α、嘌呤黴素)在MOI為3(TU/細胞)之情況下轉導。此導致70%轉導效率。
5×104個未標記之WM266-4細胞及未標記之A549 NucLightTM Red細胞於FACS緩衝液中之混合物添加至圓底懸浮液細胞96孔培養板之各孔中且如章節4.7.1中所描述進行結合分析。
如圖23中所示，無49B4抗體構築體結合於Ox40陰性FAP陰性人類腫瘤細胞。
實例5 雙特異性抗人類OX40結合分子之功能特性 5.1 表現人類OX40及報導基因NFκB-螢光素酶之HeLa細胞
Ox40與其配位體之促效結合經核因子κB(NFκB)之活化誘導下游信號傳導(A.D.Weinberg等人，J.Leukoc.Biol.2004,75(6),962-972)。產生重組型報導體細胞株HeLa_hOx40_NFkB_Luc1以在其表面上表現人類OX40。此外，其具有受NFκB敏感性強化子片段控制之含有螢光素酶基因之報導體質體。OX40觸發可誘導在細胞核中易位之NFκB之劑量依賴性活化，其中NFκB在報導體質體之NFκB敏感性強化子上結合以增加螢光素酶蛋白質之表現。螢光素酶催化螢光素氧化產生會發光的氧化螢光素。此可藉由光度計定量。因此，以量測生物活性形式來分析多種抗OX40抗原結 合分子誘導HeLa_hOx40_NFkB_Luc1報導體細胞中之NFκB活化的能力。
在37℃下，使用細胞解離緩衝液(Invitrogen，目錄號13151-014)經10分鐘收集黏著性HeLa_hOx40_NFkB_Luc1細胞。細胞用DPBS洗滌一次且在包含MEM(Invitrogen，目錄號22561-021)、10%(v/v)熱不活化FBS、1mM丙酮酸鈉及1%(v/v)非必需胺基酸之分析培養基中調整至0.64×105個之細胞密度。細胞以0.1*105個細胞/孔之密度在具有蓋子之無菌白色96孔平底組織培養板(greinerbio-one，目錄號655083)中接種，且在培育箱(Hera Cell 150)中保持在37℃及5% CO2下隔夜。
第二天，藉由添加含有多種P329GLALA huIgG1型式的經滴定之雙特異性抗OX40(純系49B4)抗體構築體之分析培養基，刺激HeLa_hOx40_NFkB_Luc1持續6小時。關於測試抗Ox40抗體上之超交聯作用，以1：2比率(二次抗體比初級抗Ox40 P329GLALA huIgG1多2倍)添加25微升/孔含有二次抗體抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊IgGF(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，109-006-098)之培養基。在培育之後，抽吸清液層且培養板用DPBS洗滌兩次。根據製造商說明，使用螢光素酶100分析系統及報導體溶解緩衝液(皆來自Promega，目錄號E4550及目錄號E3971)進行發光之定量。簡言之，細胞藉由添加30微升/孔1×溶解緩衝液在-20℃下溶解10分鐘。細胞在37℃下解凍20分鐘，隨後添加90微升/孔螢光素酶分析試劑。立即藉由SpectraMax M5/M5e微板讀取器(Molecular Devices,USA)使用500ms積分時間定量發光，無任何過濾器收集所有波長。所發射之相關光單元(URL)藉由HeLa_hOx40_NFkB_Luc1細胞之基本螢光校正且使用Prism4(GraphPad Software,USA)針對對數初級抗體濃度點印跡。使用嵌入式S形劑量反應擬合曲線。
如圖24中所示，已藉由向報導體細胞株添加抗OX40 P329GLALA huIgG1抗體(左側)來誘導有限劑量依賴性NFκB活化。具有四價OX40結合部分之構築體誘導比具有二價OX40結合部分之構築體強的NFkB活化。此與OX40受體之最小信號傳導單元為三聚物的發現一致(M.Croft,Nat rev Immunol.2009,9,271-285)。抗OX40抗體與抗人類IgG特異性二次抗體的超交聯以濃度依賴性方式大大增加NFκB介導之螢光素酶活化的誘導(右側)。增益在構築體的四價及二價基團內。
因此，測試構築體與FAP+腫瘤細胞株超交聯的不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式的aOx40結合子49B9的NFkB活化能力。
測試之腫瘤細胞株為WM266-4細胞(ATCC CRL-1676)、NIH/3T3-moFAP純系26及NIH/3T3-huFAP純系39。藉由用表現huFAP之表現載體pETR4921及表現moFAP之表現載體pETR4906轉染小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3細胞株(ATCC CRL-1658)產生NIH/3T3-huFAP純系39及NIH/3T3-moFAP純系26，其均在1.5μg/mL嘌呤黴素選擇下進行。根據製造商說明使用Quifikit(Dako目錄號K0078)定量FAP之表面表現。用於偵測細胞表面FAP表現之初級抗體為人類/小鼠交叉反應性純系F11-24(小鼠IgG1，Calbiochem，目錄號OP188)。WM266-4細胞上的表面表現為平均每細胞約40000huFAP(低表現，FAP+/-)，對於NIH/3T3-huFAP純系39為每細胞約90000huFAP(中等表現，FAP+)以及對於NIH/3T3-moFAP純系26為每細胞約160000moFAP(高表現，FAP++)。
如上文所述，黏著性HeLa_hOx40_NFkB_Luc1細胞以0.1*105個細胞/孔之細胞密度培養隔夜且用含有經滴定之抗OX40構築體之分析培養基刺激5至6小時。為了測試細胞表面FAP結合的超交聯作用，25μL/孔含有 FAP+腫瘤細胞之培養基(WM266-4，NIH/3T3-huFAP純系39，NIH/3T3-moFAP cl 26)以4：1比率共培養(每孔比報導體細胞多四倍FAP+腫瘤細胞)。藉由如上文所述使用螢光素酶100分析系統及報導體溶解緩衝液(皆Promega，目錄號E4550及目錄號：E3971)量測發光來定量經活化之NFκB。
如圖25及圖26中所示，全部抗OX40構築體之存在均誘發有限NFκB活化。當使用FAP靶向之分子(實心圓、正方形及三角形)時但是並非添加非靶向雙特異性構築體(比較各別空心圓、正方形及三角形)時，FAP表現腫瘤細胞大大提高NFκB介導之螢光素酶活化的誘導。
為了更好地比較全部型式，各別點印跡之劑量反應曲線之曲線下面積定量為各構築體之促效能力之標記。如圖26中所示，四價FAP靶向之構築體優於二價FAP靶向之分子。FAP之高表現確保較高交聯且因此FAP靶向之構築體的更佳促效作用(比較低FAP表現WM266-4細胞、與中等FAP表現NIH-3T3人類FAP細胞、與高FAP表現NIH-3T3小鼠FAP細胞)。
5.2 OX40介導之次佳TCR之共刺激觸發預活化之人類CD4 T細胞
OX40之接合提供在次佳T細胞受體(TCR)刺激之後促進T細胞之分裂及存活的協同共刺激信號(M.Croft等人，Immunol.Rev.2009,229(1),173-191)。另外，若干細胞激素之產量及T細胞活化標記之表面表現增加(I.Gramaglia等人，J.Immunol.1998,161(12),6510-6517；S.M.Jensen等人，Seminars in Oncology 2010,37(5),524-532)。
為了測試不同雙特異性人類IgG1 P329GLALA型式的純系49B9的促效特性，經預活化之OX40陽性CD4 T細胞在溶液中或固定於培養板表面的抗Ox40抗體存在下用次佳濃度之培養板固定之抗CD3抗體刺激72小 時。藉由流動式細胞量測術，經由監測總細胞計數及活細胞中之CFSE稀釋來分析對T細胞存活及增殖之作用。另外，細胞用針對T細胞活化及分化標記的經螢光標識之抗體(例如CD127、CD45RA、Tim-3、CD62L及OX40本身)共染色。
人類PBMC經菲科爾密度離心(ficoll density centrifugation)分離且如實例4.7.3.1下所述用PHA-L[2μg/mL]及Proleukin[200U/mL]刺激三天。細胞接著在37℃下，用細胞密度1×106個細胞/毫升的CFSE用最終濃度[50nM]之CFDA-SE(Sigma-Aldrich，目錄號2188)標記10分鐘。隨後，細胞用含有FBS(10體積%)之過量DPBS洗滌兩次。經標記之細胞在T細胞培養基中在37℃下休眠30分鐘。隨後，用DPBS藉由兩個額外洗滌步驟移除未經轉化之CFDA-SE。根據製造商說明使用MACS陰性CD4 T細胞分離套組(Miltenyi Biotec，目錄號130-096.533)分離CD4 T細胞與經預活化之CFSE標記之人類PBMC。
Morris等人顯示用習知抗Ox40抗體促效共刺激依賴於表面固定(N.P.Morris等人，Mol.Immunol.2007,44(12),3112-3121)。因此，在4℃下，在存在(表面固定之抗OX40)或不存在(溶液中之抗OX40)山羊抗人類Fcγ特異性抗體(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-006-098)下，山羊抗小鼠Fcγ特異性抗體(Jackson ImmunoResearch，目錄號111-500-5008)以PBS中[2μg/mL]濃度塗佈於96孔U型底細胞培養板(Greiner Bio One)之表面隔夜。此後，培養板表面用含有BSA(1% v/w)之DPBS阻斷。全部以下培育步驟在37℃下在含有BSA(1% v/w)之PBS中處理90分鐘。在培育步驟之間，培養板用DPBS洗滌。
小鼠抗人類CD3抗體(純系OKT3，eBioscience，目錄號16-0037- 85，固定濃度[3ng/mL])在隨後培育步驟中經表面塗佈之抗小鼠Fcγ特異性抗體捕捉。在一個實驗中，接著藉由DPBS中的額外培育步驟將經滴定之人類抗OX40抗原結合分子固定於培養板上。在第二實驗中，在活化分析期間將抗OX40抗原結合分子直接添加至培養板中之培養基中，該培養板未經抗人類IgG Fc特異性抗體預塗佈。
將經CFSE標記之預活化CD4+ T細胞以每孔0.5*105個細胞之細胞密度添加至預塗佈之培養板中的200μL T細胞培養基中且培養96小時。細胞在4℃下在暗處用螢光染料標記之小鼠抗人類Ox40(純系BerACT35，Bioledgend，目錄號35008)、TIM-3(純系F38-2E2，Bioledgend，目錄號345008)、CD127(純系A019D5，Bioledgend，目錄號351234)、CD25(純系M-AQ251，Bioledgend，目錄號356112)及CD45RA(純系HI100，BD Biosciences，目錄號555489)之組合染色20分鐘。用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌兩次的培養板最終再懸浮於85μL/孔含有0.2μg/mL DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)的FACS-緩衝液中且同一天使用5雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲得。
分析DAPI陰性活細胞中作為增殖標記物之中位CFSE螢光的降低。監測作為T細胞活化標記物的OX40陽性、CD25高及TIM-3陽性T細胞之百分比。分析CD45RA及CD127之表現來測定T細胞之成熟狀態的改變，由此將CD45RA低CD127低細胞分類為效應T細胞。
用培養板固定之抗體共刺激以劑量依賴性方式大大提高經預先活化之人類CD4 T細胞用培養板固定之抗人類CD3的次佳刺激(圖27)。更有效增殖之T細胞顯示具有較高百分比之效應T細胞且具有較高百分比之Ox40陽性活化細胞。具有四價OX40結合部分之分子比僅二價結合於OX40之分 子更強促效。全部五個四價分子及兩個二價分子均能夠將TCR刺激提高至類似程度。因此，此等兩個基團內在FAP+腫瘤細胞存在下活化潛力的差異由不同FAP結合能力及交聯介導且並非因為解決OX40之不同能力。當在無表面固定存在下添加溶液中之抗Ox40抗原結合分子時，次佳TCR刺激未增強(圖28)。此再次證實OX40軸線活化對OX40受體之超交聯的高度依賴性。
5.3 OX40介導之次佳TCR觸發之休眠人類PBMC及藉由細胞表面FAP進行之超交聯之共刺激
實例5.1中顯示添加FAP+腫瘤細胞可藉由提供OX40受體之強寡聚大大提高人類OX40陽性報導體細胞株中FAP靶向四價抗OX40構築體誘導之NFκB活性。同樣，吾人在NIH/3T3-huFAP純系39細胞存在下測試FAP靶向四價抗OX40構築體補救休眠人類PBMC細胞之次佳TCR刺激的能力。
人類PBMC製劑含有(1)休眠OX40陰性CD4+及CD8+ T細胞及(2)在細胞表面上具有多種Fcγ受體之分子之抗原呈現細胞，例如B細胞及單核細胞。人類IgG1同型之抗人類CD3抗體可藉由其Fc部分結合於本發明之Fc-γ受體分子且介導休眠Ox40陰性CD4+及CD8+ T細胞上之延長TCR活化。接著，此等細胞開始在若干小時內表現Ox40。針對OX40之功能性促效化合物可經由經活化之CD8+及CD4+ T細胞上呈現之OX40受體進行信號傳導及支持TCR介導之刺激。
休眠的經CFSE標記之人類PBMC用次佳濃度之抗CD3抗體在輻射FAP+ NIH/3T3-huFAP純系39細胞及經滴定之抗OX40構築體存在下刺激五天。藉由流動式細胞量測術，經由監測總細胞計數及活細胞中之CFSE稀釋來分析對T細胞存活及增殖之作用。另外，細胞用針對T細胞活化標 記物CD25之螢光標記之抗體共染色。
在37℃下，使用細胞解離緩衝液(Invitrogen，目錄號13151-014)收集小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3-huFAP純系39細胞(參看實例4.3.2.2)持續10分鐘。細胞用DPBS洗滌一次。NIH/3T3-huFAP純系39細胞在培育箱(Hera Cell 150)中，在37℃及5% CO2下，在無菌96孔圓底黏著組織培養板(TPP，目錄號92097)中之T細胞培養基中以0.2×105個細胞/孔之密度培養隔夜。第二天，其在xRay輻射器中使用4500RAD之劑量輻射以防止稍後由腫瘤細胞株引起之人類PBMC之過度生長。
人類PBMC藉由ficoll密度離心分離且如實例4.3.2.1中所述用CFSE標記。細胞以0.5×105個細胞/孔之密度添加至各孔中。添加最終濃度[10nM]之抗人類CD3抗體(純系V9，人類IgG1，如Rodrigues等人，Int J Cancer Suppl 7,45-50(1992)及美國專利第6,054,297號中所述)及抗OX40構築體。細胞在培育箱(Hera Cell 150)中在37℃及5% CO2下活化五天。接著，細胞在4℃下用螢光染料結合之抗體抗人類CD4(純系RPA-T4,BioLegend，目錄號300532)、CD8(純系RPa-T8,BioLegend，目錄號3010441)及CD25(純系M-A251,BioLegend，目錄號356112)表面染色20分鐘。對於透化細胞膜，細胞糰粒用FACS緩衝液洗滌兩次，接著在室溫下在暗處再懸浮於50微升/孔新鮮製備之FoxP3 Fix/Perm緩衝液(eBioscience目錄號00-5123及00-5223)中45分鐘。用Perm-洗滌緩衝液(eBioscience，目錄號00-8333-56)洗滌三次後，細胞在室溫下在暗處用25μL/孔含有抗人類顆粒酶B抗體(純系GB-11,BD Bioscience，目錄號561142)之Perm-洗滌緩衝液胞內染色1小時。細胞再懸浮於85微升/孔FACS緩衝液中且使用5-雷射Fortessa流式細胞儀(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
如圖29、30及31中所示，用非靶向四價抗OX40(49B4)4+1構築體(空心正方形)及OX40(49B4)4+2構築體(空心圓形)共刺激僅略微補救次佳TCR刺激之CD4及CD8 T細胞。FAP靶向之4+1(實心及半實心正方形)及4+2(實心圓性)抗OX40構築體經本發明NIH/3T3-huFAP純系39細胞超交聯大大提高增殖(圖29)、存活率(圖30)且在人類CD4及CD8 T細胞中誘導強化之經活化表型(圖31)。FAP靶向之四價OX40結合子明確優於FAP靶向之二價OX40結合子(圖29至30：實心三角形，比較參看圖32及33)。然而，二價OX40促效劑之細胞表面固定比添加非靶向之四價OX40促效劑更有效支持活化(圖32及33中比較2+2(28H1)與4+1(DP47)/4+2(DP47))。初級細胞背景中之此發現略微不同於NFκB報導體分析中進行的觀測(圖26)。此處，甚至在未經表面固定時，比較導致較強NFκB活化的對OX40呈四價與二價。因此，為了獲得針對T細胞之最佳OX40促效作用，不僅需要獲得OX40受體之充分寡聚，而且另外需要OX40受體寡聚物之細胞表面固定。與FAP二價結合相較於與FAP單價結合降低四價OX40分子之促效能力(圖31中比較4+1(28H1)與4+2(28H1))。此可能由於每個FAP陽性細胞可結合的FAP靶向之OX40分子數目減少。針對單價FAP結合子的與FAP之較高親和力最可能藉由OX40受體寡聚物的最佳超交聯另外提高四價OX40促效劑之促效能力(圖31中比較4+1(28H1)與4+1(4B9))。
實例6 產生4-1BB抗體及工具結合子 6.1 抗原之製備、純化及表徵以及藉由噬菌體呈現產生新4-1BB結合子的篩選工具
編碼人類、小鼠或獼猴4-1BB之胞外域的DNA序列(表39)與人類IgG1重鏈CH2及CH3結構域在杵上同框次選殖(Merchant等人，1998)。在抗原胞外域與人類IgG1之Fc之間引入AcTEV蛋白酶裂解位點。在抗原-Fc杵之C端引入用於引導生物素化之Avi標籤。含有S354C/T366W突變之抗原-Fc杵鏈與含有Y349C/T366S/L368A/Y407V突變之Fc臼鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括含有4-1BB胞外域之鏈之單一複本，因此產生Fc連接之抗原之單體形式(圖1A)。表40展示抗原Fc-融合物構築體之cDNA及胺基酸序列。
將所有4-1BB-Fc-融合物分子編碼序列選殖入質體載體，其驅動插入物自MPSV啟動子之表現且含有位於CDS之3'端處的合成polyA信號序列。此外，載體含有用於質體之游離型維護之EBV OriP序列。
關於生物素化單體抗原/Fc融合分子之製備，用三個編碼融合蛋白之兩個組分(結及孔鏈)的載體以及BirA(生物素化反應所需之酶)共轉染以指數方式生長之懸浮液HEK293 EBNA細胞。以2：1：0.05比率(「抗原ECD-AcTEV-Fc杵」：「Fc臼」：「BirA」)使用相應載體。
關於在500ml搖瓶中製造蛋白質，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。關於轉染，使細胞在210g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD CHO培養基置換清液層。使表現載體再懸浮於20mL含有200μg載體DNA之CD CHO培養基中。在添加540μL聚乙烯亞胺(PEI)之後，將溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。製備培養基補充有5μM基夫鹼(kifunensine)。在轉染之後一天，向培養物中添加1mM丙戊酸及7%饋料。培養7天之後，藉由使細胞在210g下短暫離心15分鐘收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
藉由使用蛋白質A進行親和層析，接著進行尺寸排阻層析自細胞培養物清液層純化所分泌之蛋白質。關於親和力層析，將清液層裝載至經40mL 20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉(pH 7.5)平衡的HiTrap蛋白A HP管柱(CV=5mL，GE Healthcare)上。藉由用至少10管柱體積之含有20mM磷酸鈉、20mM檸檬酸鈉及0.5M氯化鈉之緩衝液(pH 7.5)洗滌來移除未結合之蛋白質。使用經20管柱體積之20mM檸檬酸鈉、0.01%(v/v)Tween-20(pH 3.0)產生之氯化鈉之線性pH梯度(0至500mM)來溶離結合之蛋白質。接著用10管柱體積之20mM檸檬酸鈉、500mM氯化鈉、 0.01%(v/v)Tween-20(pH 3.0)洗滌管柱。藉由添加1/40(v/v)2M Tris，pH 8.0來調整所收集之溶離份之pH。濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用2mM MOPS、150mM氯化鈉、0.02%(w/v)疊氮化鈉溶液(pH 7.4)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
6.2 自通用F(ab)庫選擇4-1BB特異性12B3、25G7、11D5、9B11及20G2抗體
對人類及獼猴4-1BB具有特異性之抗體11D5、9B11及12B3選自Fab型式之通用噬菌體呈現抗體文庫(DP88-4)。亦自同一文庫選擇對鼠類4-1BB具有反應性的額外抗體純系20G2。此文庫基於人類生殖系基因使用V結構域成對Vk1_5(κ輕鏈)及VH1_69(重鏈)建構，其包含輕鏈之CDR3(L3，3種不同長度)及重鏈之CDR3(H3，3種不同長度)中的隨機序列間隔。藉由重疊延長(SOE)PCR施加剪接，藉由3PCR擴增之片段的組合件進行文庫繼代。片段1包含包括隨機L3之抗體基因的5'端，片段2為自L3跨越至H3的中部恆定片段而片段3包含抗體基因之隨機H3及3'部分。分別使用以下引子組合產生DP88-4文庫之此等文庫片段：片段1(正向引子LMB3與反向引子Vk1_5_L3r_S或Vk1_5_L3r_SY或Vk1_5_L3r_SPY之組合)、片段2(正向引子RJH31與反向引子RJH32之組合)及片段3(正向引子DP88-v4-4或DP88-v4-6或DP88-v4-8與反向引子fdseqlong之組合)。用於製造文庫片段之PCR參數為94℃下5分鐘初始變性，1分鐘94℃，1分鐘58℃，1分鐘72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的凝膠純化之單一片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及30秒94℃、1分鐘58℃、2分鐘72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子(LMB3及fdseqlong)且進行額外20次循環，隨後在72℃ 下末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機Fab構築體之後，將其用NcoI/NheI消化且接合至類似處理的受體噬菌粒載體中。經純化的連接用於約60次轉型至電感受態大腸桿菌TG1中。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。此等文庫建構步驟重複三次以獲得最終文庫尺寸4.4×109。如藉由點印跡墨法中之C端標籤偵測所測定的功能性純系之百分比分別為輕鏈92.6%及重鏈93.7%。
對人類及獼猴4-1BB具有特異性之抗體25G7選自Fab型式的通用噬菌體呈現抗體文庫(λ-DP47)。此文庫基於人類生殖系基因使用V結構域成對Vl3_l9(λ輕鏈)及VH3_23(重鏈)建構，其包含輕鏈之CDR3(L3，3種不同長度)及重鏈之CDR3(H3，3種不同長度)中的隨機序列間隔。藉由重疊延長(SOE)PCR施加剪接，藉由3PCR擴增之片段的組合件進行文庫繼代。片段1包含包括隨機L3之抗體基因的5'端，片段2為自L3跨越至H3的中部恆定片段而片段3包含抗體基因之隨機H3及3'部分。分別使用以下引子組合產生λ-DP47文庫之此等文庫片段：片段1(正向引子LMB3與反向引子Vl_3_19_L3r_V或Vl_3_19_L3r_HV或Vl_3_19_L3r_HLV之組合)、片段2(正向引子RJH80與反向引子MS63之組合)及片段3(正向引子DP47-v4-4或DP47-v4-6或DP47-V4-8與反向引子fdseqlong之組合)。用於製造文庫片段之PCR參數為94℃下5分鐘初始變性，1分鐘94℃，1分鐘58℃，1分鐘72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的凝膠純化之單一片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及30秒94℃、1分鐘58℃、2分鐘72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子(LMB3及fdseqlong)且進行額外20次循環，隨後在72℃下末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機Fab構築體之後，將其用NcoI/NheI消化 且接合至類似處理的受體噬菌粒載體中。經純化的連接用於約60次轉型至電感受態大腸桿菌TG1中。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。獲得最終文庫尺寸9.5×109。如藉由點印跡墨法中之C端標籤偵測所測定的功能性純系之百分比分別為輕鏈81.1%及重鏈83.2%。
表41展示通用噬菌體呈現之抗體文庫(DP88-4)的序列，表42提供文庫DP88-4生殖系模板之cDNA及胺基酸序列且表43展示用於產生DP88-4生殖系模板的引子序列。
表44展示用於PCR之通用噬菌體呈現λ-DP47文庫(Vl3_19/VH3_23)模板之序列。表45提供λ-DP47文庫(Vl3_19/VH3_23)生殖系模板之cDNA及胺基酸序列且表46展示用於產生λ-DP47文庫(Vl3_19/VH3_23)之引子 序列。
1：G/D=20%，E/V/S=10%，A/P/R/L/T/Y=5%；2：G/Y/S=15%，A/D/T/R/P/L/V/N/W/F/I/E=4.6%；3：G/A/Y=20%，P/W/S/D/T=8%；4：F=46%，L/M=15%，G/I/Y=8%；5：K=70%，R=30%。
人類、鼠類及獼猴4-1BB(CD137)作為用於噬菌體呈現選擇以及基於ELISA及SPR之篩選的抗原，在HEK EBNA細胞中經短暫表現為N端單體Fc融合物且經由位於攜帶受體鏈(Fc杵鏈)之Fc部分的C端處之avi標籤識別序列處的BirA生物素接合酶之共表現發生活體內位點特異性生物素化。
根據以下程序，在溶液中進行數輪選擇(生物淘選)。第一步，在用10μg/ml不相關人類IgG塗佈之maxisorp培養板上預清理約1012個噬菌粒粒子消耗識別抗原之Fc部分的抗體庫；第二，在100nM不相關非生物素化Fc杵-臼構築體存在下用100nM生物素化人類或鼠類4-1BB培育非結合噬菌粒粒子0.5小時，進一步消耗總體積1ml之Fc結合子；第三，捕捉生物素 化hu 4-1BB且藉由轉移至中性抗生物素蛋白預塗佈之微量滴定盤的4個孔中連接特異性結合噬菌體10分鐘(在第1輪及第3輪中)；第四，使用5×PBS/Tween20及5×PBS洗滌各別孔；第五，藉由每孔添加250μl 100mM TEA(三乙胺)溶離噬菌粒粒子10分鐘且藉由向來自4個孔之彙聚溶離液添加500μl 1M Tris/HCl pH 7.4中和；第六，藉由在中性抗生物素蛋白預塗佈之微量滴定盤上與100nM生物素捕捉之Fc杵-臼構築體一起培育來後清理經中和之溶離液，最終移除Fc結合子；第七，用經溶離之噬菌粒粒子的清液層重新感染對數期大腸桿菌TG1細胞，用輔助噬菌體VCSM13感染，在30℃下在震盪器上培育隔夜且隨後PEG/NaCl沈澱打算用於後續選擇回合之噬菌粒粒子。使用100nM之恆定抗原濃度進行3或4輪選擇。在第2輪及第4輪中，為避免中性抗生物素蛋白之結合子增濃，捕捉抗原：藉由添加5.4×107抗生蛋白鏈菌素塗佈之磁珠進行噬菌體複合。藉由ELISA如下鑑別特異性結合子：100μl 25nM生物素化人類或鼠類4-1BB及10μg/ml人類IgG分別塗佈於中性抗生物素蛋白培養板及maxisorp培養板上。添加含Fab之細菌清液層且使用抗Flag/HRP二次抗體經由其Flag標籤偵測結合Fab。將在人類或鼠類4-1BB上展現信號且在人類IgG上為陰性的純系列入候選清單進行進一步分析且亦以類似方式針對其餘兩個物種之4-1BB進行測試。其在0.5公升培養體積中經細菌表現，進行親和力純化且使用BioRad之ProteOn XPR36生物感測器藉由SPR分析進行進一步表徵。
純系12B3、25G7、11D5及9B11經上文所述之程序識別為人類4-1BB特異性結合子。純系20G2經上文所述之程序識別為鼠類4-1BB特異性結合子。其可變區之cDNA序列展示於下表47中，相應胺基酸序列可見於表C中。
6.3 抗-4-1BB IgG1 P329G LALA抗體之製備、純化及表徵
在具有人類IgG1之恆定重鏈或恆定輕鏈之框架中次選殖所選擇之抗-4-1BB結合子之重鏈及輕鏈DNA序列之可變區。根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入杵及臼重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
抗-4-1BB純系之核苷酸及胺基酸序列展示於表48中。全部抗-4-1BB-Fc-融合編碼序列選殖至驅動來自MPSV啟動子之插入物的表現及含有位於CDS之3'端處的合成聚A信號序列的質體載體。此外，載體含有用於質體之游離型維護之EBV OriP序列。
表48：P329GLALA人類IgG1型式中之抗-4-1BB純系之序列
藉由使用聚伸乙基亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生所選擇之抗-4-BB抗體。細胞用相應表現載體以1：1比率(「載體重鏈」：「載體輕鏈」)轉染。
對於在500mL搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。轉染細胞在210×g下離心5分鐘，且清液層置換為預溫熱之CD CHO培養基。在20mL CD CHO培養基中混合表現載體(200μg完全DNA)。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。在轉染之後一天，添加1mM丙戊酸及具有補充劑之7% Feed。培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集清液層。溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，用疊氮化鈉補充至最終濃度0.01%(w/v)，且保持於4℃下。
使用用於抗原Fc融合物之純化的如上文所描述之蛋白質A，藉由親和層析進行抗體分子自細胞培養物清液層之純化。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數，藉由在280nm型量測OD來測定經純化之抗體之蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在存在及不存在還原劑(Invitrogen,USA)之情況下藉由CE-SDS分析抗體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析抗體樣品之聚集物含量。
表49概述抗-4-BB P329G LALA IgG1抗體之產量及最終含量。
實例7 抗-4-BB抗體之表徵 7.1 人類4-1BB上之結合 7.1.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
藉由表面電漿子共振(SPR)評定源自噬菌體之4-1BB特異性抗體與重組4-1BB Fc(kih)之結合。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗-4-1BB純系12B3、25G7、11D5、9B11及20G2(全部人類IgG1 P329GLALA)以及重組4-1BB(人類、獼猴及鼠類)之間的的物種選擇性及相互作用親合力。生物素化人類、獼猴及鼠類4-1BB Fc(kih)直接偶合至抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之不同流槽。使用至多100個共振單位(RU)之固定程度。源自噬菌體呈現之抗-4-1BB人類IgG1 P329GLALA抗體在4至450nM範圍內之濃度(3倍稀釋)下以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測複合物解離220秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分擬合1：1朗格繆爾結合之速率等式且用於定性評估親合力(表50)。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗體(人類IgG1 P329GLALA)與重組4-1BB(人類、獼猴及鼠類)之間的相互作用之親和力。抗人類Fab抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約7500RU。在25nM範圍內之濃度下捕捉針對4-1BB的源自噬菌 體呈現之抗體持續60秒。重組人類4-1BB Fc(kih)以4.1至1000nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經120秒通過流動槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。使用Biacore T200評估軟體(vAA，Biacore AB,Uppsala/Sweden)獲得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合比率等式。
純系25G7及9B11以低於純系12B3及11D5之親和力結合人類4-1BB Fc(kih)。純系20G2不結合於人類4-1BB。藉由與1：1朗格繆爾結合擬合來測定抗-4-1BB P329GLALA IgG1與人類4-1BB Fc(kih)之間的相互作用之親和力常數。
7.1.2 結合於人類4-1BB表現細胞：休眠及經活化之人類周邊單核血液白細胞(PBMC)
休眠及原生人類T細胞上不存在人類4-1BB之表現(Kienzle G.及von Kempis J(2000),Int.Immunol.12(1)：,73-82,Wen T.等人(2002),J.Immunol.168,4897-4906)。用經固定之抗人類CD3促效抗體活化後，CD4+及CD8+ T細胞上的4-1BB上調。亦報導經活化之人類NK細胞上之4-1BB表現(Baessler T.等人(2010)Blood 115(15),3058-3069)、經活化之人類NKT細胞上之4-1BB表現(Cole S.L.等人(2014)J.Immunol.192(8), 3898-3907)、經活化之人類B細胞上之4-1BB表現(Zhang等人(2010)J.Immunol.184(2),787-795)、經活化之人類嗜酸性細胞上之4-1BB表現(Heinisch等人2001)、人類嗜中性白細胞上之組成性4-1BB表現(Heinisch I.V.(2000)J Allergy Clin Immunol.108(1),21-28)、經活化之人類單核細胞上之4-1BB表現(Langstein J.等人(1998)J Immunol.160(5),2488-2494,Kwajah M.及Schwarz H.(2010)Eur J Immunol.40(7),1938-1949)、人類調節T細胞上之組成性4-1BB表現(Bacher P.等人(2014)Mucosal Immunol.7(4),916-928)、人類濾泡樹突狀細胞上之4-1BB表現(Pauly S.等人(2002)J Leukoc Biol.72(1),35-42)、經活化之人類樹突狀細胞上之4-1BB表現(Zhang L.等人(2004)Cell Mol Immunol.1(1),71-76)以及惡性人類腫瘤之血管上之4-1BB表現(Broll K.等人(2001)Am J Clin Pathol.115(4),543-549)。
為了測試吾人抗-4-1BB純系對天然細胞表現之人類4-1BB的結合，使用新鮮分離之休眠周邊血液單核細胞(PBMC)或PHA-L/Proleukin預活化及CD3/CD28再活化PBMC。來自獲自Zurich血液供給中心之白血球層的PBMC使用Histopaque 1077(SIGMA Life Science，目錄號10771，聚蔗糖及泛影酸鈉，調整至密度1.077g/mL)藉由ficoll密度離心分離，且再懸浮於由具有10%胎牛血清(FBS,Gibco by Life Technology，目錄號16000-044，批號941273,γ照射，無支原體且在56℃下熱不活化35分鐘)、1%(v/v)GlutaMAX-I(GIBCO by Life Technologies，目錄號35050 038)、1mM丙酮酸鈉(SIGMA，目錄號S8636)、1%(v/v)MEM非必需胺基酸(SIGMA，目錄號M7145)以及50μM b-巰基乙醇(SIGMA,M3148)之RPMI 1640培養基(Gibco by Life Technology，目錄號42401-042)組成的T細胞 培養基中。PBMC在分離之後直接使用(休眠細胞)或經刺激以藉由在37℃及5% CO2下，在6孔組織培養板中在補充有200U/mL Proleukin(Novartis Pharma Schweiz AG，CHCLB-P-476-700-10340)及2μg/mL PHA-L(SIGMA，目錄號L2769)之T細胞中培養3至5天且接著在塗有含10μg/mL抗人類CD3(純系OKT3，BioLegend，目錄號317315)及2μg/mL抗人類CD28(純系CD28.2，BioLegend，目錄號；302928)之6孔組織培養板中在T細胞培養基中培養2天來誘導4-1BB表現。
為了測定與人類PBMC表現之人類4-1BB之結合，向圓底懸浮細胞96孔培養板(Greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)之各孔中添加0.1-0.2×106新鮮分離或活化之PBMC。培養板用400×g且在4℃下離心4分鐘，且棄去清液層。細胞用200微升/孔DPBS洗滌，接著在4℃下與100μL/mL含有1：5000倍稀釋之可固定活力染料eFluor 450(eBioscience，目錄號64-0863-18)或可固定的活力染料eFluor 660(eBioscience，目錄號65-0864-18)之DPBS一起培育30分鐘。隨後，細胞用200微升/孔冷FACS緩衝液(具有2%(v/v)FBS、5mM EDTA pH8(Amresco，目錄號E177)及7.5mM疊氮化鈉(Sigma-Aldrich S2002)之DPBS)洗滌一次。隨後，添加50μL/孔含有經滴定之抗人類4-1BB結合子的4℃冷FACS緩衝液且在4℃下培育120分鐘。細胞用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次，移除未經結合之分子。隨後，細胞與50μL/孔含有2.5μg/mL PE結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-116-098)或30μg/mL FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109 096 098)、抗人類CD45 AF488(純系HI30,BioLegend，目錄號304019)、0.67μg/mL APC/Cy7結合之抗人類CD3 moIgG1κ(純系UCH1,BioLegend，目錄號300426)或0.125μg/mL PE結合之抗人類CD3小鼠IgG1κ(純系SK7,BioLegend目錄號344806)或0.67μg/mL PerCP/Cy5.5結合之抗人類CD3小鼠IgG1 κ(純系UCHT1,BioLegend，目錄號300430)、0.125μg/mL BV421結合之抗人類CD4 moIgG1κ(純系RPA-T4,BioLegend，目錄號300532)或0.23μg/mL BV421結合之抗人類CD4小鼠IgG2b κ(純系OKT4,BioLegend，目錄號317434)或0.08μg/mL PE/Cy7結合之抗人類CD4小鼠IgG1κ(純系SK3,BioLegend目錄號344612)、0.17μg/mL APC/Cy7結合之抗人類CD8(小鼠IgG1κ，純系RPA-T8,BioLegend目錄號301016)或0.125μg/mL PE/Cy7結合之抗人類CD8a(moIgG1κ，純系RPA-T8,BioLegend，目錄號301012)或0.33μg/mL抗人類CD8 BV510(moIgG1κ，純系SK1,BioLegend，目錄號344732)及0.25μg/mL APC結合之抗人類CD56(小鼠IgG1κ，純系HCD56,BioLegend，目錄號318310)或1μL AF488結合之抗人類CD56(moIgG1κ，純系B159,BD Pharmingen，目錄號557699)及0.67μg/mL抗人類CD19-PE/Cy7(moIgG1κ，純系HIB19,BioLegend，目錄號302216)之4℃冷FACS緩衝液一起進一步培育且在4℃下培育30分鐘。
細胞用200μL FACS緩衝液/孔洗滌兩次且藉由再懸浮於50μL/孔含有1%甲醛(Sigma,HT501320-9.5L)之DPBS中固定。同一天或第二天使用3-雷射Canto II(BD Bioscience with DIVA software)或5-雷射Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)或3-雷射MACSQuant分析器10(Miltenyi Biotech)獲取細胞。閘設於CD8+及CD4+ T細胞上且使用中位螢光強度(MFI)或二次偵測抗體之螢光強度的幾何平均值分析一次抗體之結 合。使用Graph Pad Prism(Graph Pad Software Inc.)，藉由減去空白值(未添加一次抗體)將資料基線化且使用非線性回歸曲線擬合(穩固擬合)計算EC50值。
人類T細胞在休眠狀態缺乏4-1BB表現，但活化之後4-1BB上調。人類CD8+ T細胞顯示比CD4+ T強的上調。如圖34A-34D中所示，產生之抗人類4-1BB特異性抗體可結合於經活化之人類T細胞表現的人類4-1BB。所示之抗人類4-1BB純系可分類成強結合(純系12B3及11D5)及低結合子(純系25G7及9B11)。不僅EC50值而且MFI都發現差異。與經活化之CD8 T細胞結合的EC50值顯示於表51中。抗小鼠4-1BB特異性純系20G2不結合於人類4-1BB且因此不具有人類交叉反應性。
7.2 鼠類4-1BB上之結合 7.2.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
藉由如上文針對人類4-1BB Fc(kih)所述的表面電漿子共振(參看實例7.1.1)評定源自噬菌體之4-1BB特異性抗體20G2與重組鼠類4-1BB Fc(kih)之結合。使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分擬合1：1朗格繆爾結合之速率等式且用於定性評估親合力(表52)。
對於親和力測定，由於Fc融合蛋白與參考流槽之非特異性相互作 用，因此使用以AcTEV蛋白酶裂解之鼠類4-1BB Fc(kih)且藉由層析法移除Fc部分。抗人類Fc抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約7500RU。在25nM範圍內之濃度下捕捉針對4-1BB的源自噬菌體呈現之抗體持續60秒。重組鼠類4-1BB AcTEV以4.1至1000nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經120秒通過流槽。監測解離120秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fc抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動。
使用Biacore T200評估軟體(vAA，Biacore AB,Uppsala/Sweden)獲得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合比率等式。顯示純系20G2結合鼠類4-1BB(表52)。
抗-4-1BB P329GLALA IgG1分子與鼠類4-1BB之間的相互作用之親和力常數使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導，藉由數值積分擬合1：1朗格繆爾結合之速率等式。
7.2.2 與小鼠4-1BB表現細胞之結合：休眠及經活化之小鼠脾細胞(所選純系)
類似於人類，新鮮分離之休眠小鼠T細胞不表現4-1BB但表現可藉由TCR活化經肽脈衝之APC(Cannons J.等人(2001)J.Immunol.167(3)：1313-1324)或經固定之抗小鼠CD3或抗小鼠CD3與抗小鼠CD28抗體之組合(Pollok K.等人(1995),European J.Immunol.25(2),488-494)誘導。 經表面固定之抗CD3抗體活化之後，報導CD8+ T細胞上的4-1BB表現較高(Shuford W等人，(1997)J.of Experimental Med.186(1),47-55)，但此可取決於活化方案。進一步4-1BB表現亦報導於經活化之小鼠NK細胞(Melero等人(1998)Cell Immunol.190(2),167-172)、經活化之小鼠NKT細胞(Vinay D等人，.(2004)J Immunol.173(6),4218-4229)、經活化之小鼠B細胞(Vinay,Kwon(2011)Cell Mol Immunol.8(4),281-284)、小鼠嗜中性白細胞上之組成性表現(Lee S.等人(2005)Infect Immun.73(8),5144-5151)以及小鼠調節T細胞(Gavin等人(2002)Nat Immunol.3(1),33-41)、小鼠IgE刺激肥大細胞(Nishimoto等人(2005)Blood 106(13)：4241-4248)、小鼠骨髓系統細胞(Lee等人(2008)Nat Immunol.9(8),917-926)、小鼠濾泡樹突狀細胞(Middendorp等人(2009)Blood 114(11),2280-2289)以及經活化之小鼠樹突狀細胞(Wilcox,Chapoval等人(2002)J Immunol.168(9),4262-4267)。
自健康雌性C57BL/6小鼠分離脾細胞之後以及用表面固定之促效抗小鼠CD3及抗小鼠CD28抗體活體外活化72小時之後，直接測試抗-4-1BB特異性抗體結合。雌性C57BL/6小鼠(年齡7-9週)購自Charles River,France。動物在到達之後維持一週以使其適應新環境且進行觀測。根據提交的指導原則(GV-Solas；Felasa；TierschG)，小鼠保持在任意獲取食物及水且12小時光/12小時黑暗的日常循環的無特異性病原體之條件下。在常規基礎上進行連續健康監測。藉由頸椎脫位術處死小鼠。解剖脾臟且在補充有10%(v/v)加熱不活化FBS及1%(v/v)GlutaMAX-I之RPMI 1640中儲存於冰。為了獲得單細胞溶液，脾臟經70μm細胞過濾器(BD Falcon；Germany)均質化且在37℃下在ACK溶解緩衝液(ddH2O中0.15M NH4CL、10mM KHCO3、0.1mM EDTA，pH 7.2)中溶血10分鐘。用無菌DPBS進行兩個洗滌步驟之後，將脾細胞在T細胞培養基中復原。任一細胞均新鮮使用(休眠)或106個細胞/mL脾細胞在由補充有10% FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I、1mM丙酮酸鈉、1%(v/v)MEM非必需胺基酸及50μM β-巰基乙醇培養基組成之T細胞培養基中在塗佈有1μg/mL抗小鼠CD3抗體(大鼠IgG2b，純系17A2,BioLegend，目錄號100223)及2μg/mL抗小鼠CD28抗體(敍利亞倉鼠(syrian hamster)，純系37.51,BioLegend目錄號102112)之6孔細胞培養板的RPMI 1640進一步刺激72小時。
為了測試與小鼠4-1BB之結合，新鮮分離或活化之小鼠脾細胞再懸浮於DPBS中且將0.1×106/孔脾細胞轉移至圓底96懸浮細胞培養板(Greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)中。細胞在4℃及400×g下離心4分鐘且移除清液層。再懸浮於100μ/孔含有1：5000倍稀釋之可固定活力染料eFluor 450(eBioscience，目錄號65-0863-18)或可固定活力染料eFluor 660(eBioscience，目錄號65-0864-18)之DPBS中之後，細胞在4℃下培育30分鐘。細胞用FACS緩衝液及50微升/孔含有滴定濃度之抗人類4-1BB huIgG1 P329G LALA抗體-純系12B3、25G7、11D5、9B11及抗小鼠4-1BB-特異性純系20G2作為huIgG1 P329G LALA或小鼠IgG1或小鼠IgG1 DAPG的FACS緩衝液洗滌。在4℃下培育1小時之後，洗滌細胞四次移除過量抗體。若測試小鼠IgG1及小鼠IgG1 DAPG型式之抗小鼠20G2的結合，則細胞在4℃下在50μL FACS緩衝液/孔含有30μg/mL FITC結合之抗小鼠IgG Fcγ-片段-特異性親和純化山羊F(ab')γ片段中培育30分鐘且用FACS緩衝液洗滌兩次。若測試含有人類IgG1 P329G LALA Fc片段之抗-4-1BB結合子的結合，則跳過此步驟。隨後，細胞在含有0.67μg/mL PE結合之抗小鼠 CD3(大鼠IgG2bκ，純系17A2,BD Pharmingen，目錄號555275)或APC-Cy7結合之抗小鼠CD3(大鼠IgG2aκ，純系53-6.7,BioLegend，目錄號100708)、0.67μg/mL PE/Cy7結合之抗小鼠CD4(大鼠IgG2bκ，純系GK1.5,BioLegend，目錄號100422)、0.67μg/mL APC/Cy7結合之抗小鼠CD8(大鼠IgG2aκ，純系53-6.7,BioLegend，目錄號1007141)或PE結合之抗小鼠CD8(大鼠IgG2aκ，純系53-6.7,BioLegend，目錄號100708)、2μg/mL APC結合之抗小鼠NK1.1(小鼠IgG2a,κ，純系PK136,BioLegend,目錄號108710)或PerCP/Cy5.5結合之抗小鼠NK1.1(小鼠IgG2a,κ，純系PK136,BioLegend，目錄號108728)及10μg/mL抗小鼠CD16/CD32(小鼠Fc-Block，大鼠IgG2b κ，純系2.4G2,BD Bioscience，目錄號553142)之50μL FACS緩衝液/孔中培育。若測試含有人類IgG1 P329G LALA Fc片段之抗-4-1BB結合子之結合，則亦添加30μg/mL FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段特異性山羊F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109 096 098)。在4℃下培育細胞30分鐘，用200微升/孔FACS緩衝液洗滌兩次且用50微升/孔含有1%(v/v)甲醛之DPBS再懸浮以供固定。第二天，細胞再懸浮於200微升/孔FACS緩衝液中且使用2-雷射CantoII(BD Bioscience with DIVA software)或5-雷射Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)獲取。閘設於CD8+及CD4+ T細胞上且使用二次偵測抗體之中位螢光強度(MFI)分析一次抗體之結合。使用Graph Pad Prism(Graph Pad Software Inc.)，藉由減去空白值(未添加一次抗體)將資料基線化且使用非線性回歸曲線擬合(穩固擬合)計算EC50值。
如圖35B及35D中所示，僅抗小鼠4-1BB結合純系20G2結合於經活化之小鼠CD8+及CD4+ T細胞，而結合純系9B11、11D5、12B3及25G7之抗 人類4-1BB不結合於小鼠4-1BB且因此不具有小鼠交叉反應性。僅來自測試純系之純系20G2可用作小鼠替代物。正如所料，抗-4-1BB結合純系均不顯示結合於新鮮分離之休眠小鼠T細胞(圖35A及35C)。類似於經活化之人類CD4+ T細胞，經活化之小鼠CD4+ T細胞表現4-1BB亦比經活化之小鼠CD8+ T細胞少。然而，差異不像人類T細胞一樣強，此亦可涉及不同活化方案。EC50值展示於表53中。
如圖36B及36D中所示，結合純系20G2之抗小鼠-4-1BB以類似方式結合於moIgG1野生型(wt)或moIgG1 DAPG型式的經活化之小鼠CD8+及CD4+ T細胞。結合與圖35B及35D中所示之結合類似；因此，型式之改變不影響結合特性。吾人將純系20G2轉移至moIgG以防止在免疫勝任小鼠中觸發抗藥物抗體(ADA)。在人類IgG1構築體中，DAPG突變等效於P329G LALA突變，例如其防止經FcR+免疫細胞交聯。EC50值展示於表54中。
7.3 獼猴4-1BB上之結合 7.3.1 表面電漿子共振(親合力+親和力)
如上文針對人類4-1BB Fc(kih)(參看實例7.1.1)所述藉由表面電漿子共振(SPR)評定源自噬菌體之4-1BB特異性抗體12B3、25G7、11D5及9B11與重組獼猴4-1BB Fc(kih)之結合。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。使用Biacore T200評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分擬合1：1朗格繆爾結合之速率等式且用於定性評估親合力(表55)。
在同一實驗中，測定源自噬菌體呈現之抗體(人類IgG1 P329GLALA)與重組獼猴4-1BB Fc(kih)之間的相互作用之親和力。抗人類Fab抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約9000RU。使用濃度25至100nM捕捉源自噬菌體呈現之4-1BB的抗體。如針對人類4-1BB Fc(kih(實例7.1.1)所述進行實驗。
純系12B3、25G7、11D5及9B11以類似親和力結合獼猴4-1BB Fc(kih)(表55)，但12B3及11D5以較高親合力結合於表現獼猴4-1BB之細胞。抗-4-1BB P329GLALA IgG1與獼猴4-1BB Fc(kih)之間的相互作用之親和力常數使用Biacore T100評估軟體(vAA,Biacore AB,Uppsala/Sweden)推導，藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合擬合速率等式。
7.3.2 獼猴4-1BB表現細胞：經活化之獼猴周邊單核血液白細胞(PBMC)上的結合
為了測試抗人類4-1BB結合純系與獼猴細胞之交叉反應性，如針對人類PBMC(7.1.2)所述以微小差異使用密度梯度離心自肝素化血液分離健康食蟹猴(cynomolgus fascicularis)之PBMC。經分離之PBMC在1.5×106個細胞/mL細胞密度下在由具有10% FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I、1mM丙酮酸鈉、1%(v/v)MEM非必需胺基酸及50μM β-巰基乙醇之RPMI 1640培養基組成之T細胞培養基中在用10μg/mL抗-cyno-交叉反應性CD3(mo IgG3 λ，抗人類CD3，純系SP34,BD Pharmingen，目錄號556610)及2μg/mL抗-cyno-交叉反應性D28(moIgG1κ，抗人類CD28，純系CD28.2,BioLegend，目錄號140786)抗體塗佈的6孔細胞培養板(Greiner Bio-One,Germany)上培養72小時。72小時後，採集刺激細胞且以0.1×106個細胞/孔之濃度接種至圓底懸浮細胞96孔培養板(Greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)中。在4℃下，在50微升/孔含有不同濃度之一次抗人類4-1BB特異性huIgG P32G LALA抗體之FACS緩衝液中培育細胞2小時。隨後，細胞用200μL/孔FACS緩衝液洗滌四次且在4℃下與50μL/孔含有2μL PE-結合之抗cyno-交叉反應性CD4(moIgG2aκ，抗人類CD4，純系M-T477,BD Pharmingen，目錄號556616)、1μg/mL PerCP/Cy5.5-結合之抗-cyno-交叉反應性CD8(moIgG1κ，抗人類CD8，純系RPA-T8,BioLegend,目錄號301032)及30μg/mL FITC結合之親和純化抗人類IgG Fcγ-片段-特異性山羊F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109 096 098)之FACS緩衝液一起進一步培育30分鐘。細胞用FACS緩衝液洗滌兩次且再 懸浮於100微升/孔具有0.2μg/mL之FACS緩衝液中來區別死細胞與活細胞。使用5-雷射Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)立即獲取細胞。閘設於CD8+及CD4+ T細胞上且使用二次偵測抗體之中位螢光強度(MFI)分析一次抗體之結合。使用Graph Pad Prism(Graph Pad Software Inc.)，藉由減去空白值(未添加一次抗體)將資料基線化且使用非線性回歸曲線擬合(穩固擬合)計算EC50值。
如圖37A及37B中所示，至少三個抗人類4-1BB純系(即12B3、11D5及25G7)對活化CD4+及CD8+ T細胞上表現之獼猴4-1BB亦具有交叉反應性。有趣的是，結合曲線看起來與人類4-1BB類似，例如全部測試構築體中12B3及11D5顯示最高MFI及最低EC50值，而25G7為較低MFI及較高EC50值的較弱結合子(表56)。純系9B11僅在最高濃度100nM下結合。此與人類4-1BB之結合相反，其中純系9B11優於純系25G7。經活化之獼猴CD4+及CD8+ T細胞上4-1BB表現量之其他差異類似於經活化之人類T細胞(例如CD4+ T細胞)表現比CD8+ T細胞少得多的4-1BB。
7.4 配位體阻斷特性
使用人類4-1BB配位體(R&D systems)測定4-1BB特異性人類IgG1 P329GLALA抗體分子干擾4-1BB/4-1BB-配位體相互作用的能力。類似地，使用鼠類4-1BB配位體(R&D systems)評定抗鼠類4-1BB特異性IgG1 P329GLALA抗體20G2之配位體阻斷特性。
人類或鼠類4-1BB配位體(R&D systems)使用標準胺偶合試劑盒(Biacore,Freiburg/Germany)在約1500RU，pH 5.0下直接偶合至CM5晶片的兩個流槽。重組人類或鼠類4-1BB Fc(kih)以濃度500nM以30μL/min之流速經90秒穿過第二流槽。忽略解離且源自噬菌體的抗-4-1BB人類IgG1 P329GLALA以200nM濃度以30μL/min流速經90秒通過兩個流槽。監測解離60秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗體流經具有固定之人類或鼠類4-1BB配位體但上面已注射HBS-EP代替重組人類4-1BB Fc(kih)的表面。
源自噬菌體的純系25G7結合於人類4-1BB與其4-1BB配位體的複合物(表57，圖38A)。因此，此抗體不與結合於人類4-1BB之配位體競爭且因此稱為「非配位體阻斷」。相反地，純系12B3、11D5及9B11不結合於與其配位體關聯的人類4-1BB且因此稱為「配位體阻斷」。鼠類替代物20G2不結合於與其配位體關聯的鼠類4-1BB且亦稱為「配位體阻斷」。
實例8 抗4-1BB結合純系之功能特性
4-1BB用作共刺激受體且以TCR依賴性方式改良T細胞之擴展、細胞激素產生及功能特性。經表面固定之抗CD3抗體或肽脈衝之抗原呈現細胞的TCR活化體誘發T細胞上之4-1BB上調(Pollok等人(1993)J.Immunol. 150(3)：771-781)且藉由強化擴展及細胞激素釋放在嚙合後支持免疫反應(Hurtado等人(1995)J Immunology 155(7),3360-3367)。為了測試所產生之抗人類4-1BB抗體之強化能力，圓底懸浮96孔培養板(Greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)用含有2μg/mL親和純化F(ab')2片段山羊抗人類IgG,Fcγ-片段特異性(Jackson Immunoresearch，目錄號109-006-008)及2μg/mL親和純化山羊抗小鼠IgG,Fcγ-片段特異性(Jackson Immunoresearch，目錄號115-005-008)之DPBS塗佈隔夜。培養板用DPBS洗滌以移除過量分子且在37℃下用含有1%(w/v)BSA之DPBS(SIGMA-Aldrich，目錄號A3059-100G)阻斷90分鐘。移除清液層且培養板與具有1%(w/v)BSA且具有或不具有10ng/mL抗人類CD3抗體之DPBS(BioLegend，目錄號317315，純系OKT3)一起在37℃下培育90分鐘。培養板用DPBS洗滌且與具有1%(w/v)BSA及不同濃度之經滴定抗人類4-1BB IgG1 P329 G LALA抗體之DPBS一起培育。培養板用DPBS洗滌且抽吸清液層。
人類PBMC如上文所述(7.1.2)分離且在含有10%(v/v)FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I、2μg/mL PHA-L及200U/mL Proleukin之RPMI 1640中活化5天。細胞以1-2×106個細胞/毫升之密度在含有10%(v/v)FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I及200U/mL Proleukin之RPMI 1640中進一步培養21天。採集、洗滌長期培養之PBMC，且根據製造商方案使用人類CD8+ T細胞分離試劑盒(Miltenyi Biotec，目錄號130-096-495)分離CD8 T細胞。預活化及分選之CD8+ T細胞在200μL/孔由具有10% FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I、1mM丙酮酸鈉、1%(v/v)MEM非必需胺基酸及50μM β-巰基乙醇之RPMI 1640培養基組成之T細胞培養基中接種達到7×104 個細胞/孔。細胞培育72小時，最後4小時有Golgi-Stop(BD Bioscience,目錄號554724)存在。細胞用DPBS洗滌且在4℃下在100μL/孔含有1：5000倍稀釋之LIVE/DEAD可固定綠色死細胞染色劑之DPBS(Molecular Probes,Life Technologies，目錄號L-23101)中培育30分鐘。隨後，洗滌細胞且在4℃下在50微升/孔含有0.5μg/mL PerCP/Cy5.5結合之抗人類CD8(小鼠IgG1 κ，純系RPA-T8,BioLegend，目錄號301032)、0.5μg/mL PE/Cy7-結合之抗人類CD25(小鼠IgG1 κ，純系BC96,BioLegend，目錄號302612)及1μg/mL APC/Cy7-結合之抗人類PD-1(小鼠IgG1 κ，純系EH12.2H7,BioLegend，目錄號329922)之FACS緩衝液中培育30分鐘。細胞用FACS緩衝液洗滌且以50微升/孔再懸浮於新鮮製備之固定/滲透溶液(eBioscience，目錄號00-5523-00)中。在4℃下培育30分鐘之後，細胞用新鮮製備之滲透緩衝液(eBioscience，目錄號00-5523-00)洗滌且在4℃下與50μL/孔含有2μg/mL APC標記之抗人類IFNγ(mo IgG1 κ，純系B27,BD Pharmingen，目錄號554702)及2μg/mL PE結合之抗人類TNFα(mo IgG1 κ，純系MAb11,BD Pharmingen，目錄號554513)之Perm-緩衝液一起培育1小時。細胞用含有1%甲醛之DPBS洗滌及固定。第二天使用2-雷射Canto II(BD，DIVA軟件)獲取細胞。閘設於CD8+ T細胞上且測定TNFα及IFNγ分泌CD8+ T細胞之頻率。使用Graph Pad Prism(Graph Pad Software Inc.)，對資料進行墨點分析且使用非線性消退曲線擬合(穩固擬合)計算曲線。
如上文所述，在無TCR或CD3刺激存在下，4-1BB嚙合對CD8+ T細胞功能(Pollok 1995)無作用，而在次佳CD3活化存在下，4-1BB之共刺激提高細胞激素分泌(圖39A或39C)。經CD3抗體次佳活化誘發總CD8+ T細 胞群體中30% CD8+ T細胞中之IFNγ分泌。添加4-1BB共刺激以濃度依賴性方式將IFNγ+ CD8 T細胞群體增加至高達55%(圖39B)。表58展示相應EC50值。總CD8+ T細胞群體之TNFα分泌可自23%增加至39%(圖39D)。類似於其結合特性，純系12B3及11D5對INFγ表現之提高的頻率及EC50優於25G7及9B11。因此，吾人產生之純系為功能性的且可提高TCR介導之T細胞活化及功能。若抗-4-1BB特異性抗體未經表面固定，則其不提高CD8+ T細胞活化(未示出)。
實例9 靶向4-1BB及腫瘤相關抗原(TAA)之雙特異性二價抗體的製備、純化及表徵 9.1 產生靶向4-1BB及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性二價抗體(2+2型式，比較實例)
製備對4-1BB及FAP具有二價結合之雙特異性促效4-1BB抗體。如國際專利申請案第2010/145792 A1號中所述，應用互換單抗技術來減少錯誤配對輕鏈之形成。
FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用之方式併入本文中。
在此實例中，FAP黏合劑28H1之交叉Fab單元(VHCL)使用(G4S)4連接體序列C端融合至抗-4-1BB huIgG1之重鏈。此重鏈融合與抗-4-1BB之 輕鏈及相應FAP交叉輕鏈(VLCH1)共表現。根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。所得雙特異性二價構築體類似於圖40A中描繪者。
表59分別展示成熟雙特異性二價抗-4-1BB/抗FAP人類IgG1 P329GLALA抗體之核苷酸及胺基酸序列。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生雙特異性抗-4-1BB/抗FAP構築體。細胞用相應表現載體以1：1：1比率(「載體重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)轉染。
關於在500ml搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。關於轉染，使細胞在210×g下離心5分鐘，且用預溫熱之CD CHO培養基置換清液層。表現載體於20ml CD CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。轉染一天後，添加1mM丙戊酸及7%饋料。在培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
使用如上文針對抗原Fc融合物及抗體之純化所述的蛋白質A，藉由親和層析進行雙特異性構築體自細胞培養物清液層之純化。
濃縮且過濾蛋白質，隨後裝載於用20mM組胺酸、140mM NaCl溶液(pH 6.0)平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上。
藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之雙特異性構築體的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen,USA)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析性尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量(表60)。
9.2 產生單價型式的靶向4-1BB及纖維母細胞活化蛋白(FAP)的雙特異性抗體(1+1型式，比較實例)
製備對4-1BB及FAP具有單價結合之雙特異性促效4-1BB抗體。如國際專利申請案第2010/145792 A1號中所述，應用互換單抗技術來減少錯誤配對輕鏈之形成。
FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用 之方式併入本文中。
雙特異性構築體單價結合於4-1BB及FAP(圖40B)。其含有與抗-4-1BB huIgG1之杵重鏈(含有S354C/T366W突變)融合的FAP結合子之交叉Fab單元(VHCL)。Fc臼重鏈(含有Y349C/T366S/L368A/Y407V突變)融合至針對抗-4-1BB之Fab。靶向之抗FAP-Fc杵與抗4-1BB-Fc臼鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括特異性結合於FAP之Fab及特異性結合於4-1BB之Fab。
根據國際專利申請公開案第WO 2012/130831 A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入杵及臼重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
使用聚乙烯亞胺藉由共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來製造雙特異性單價抗-4-1BB及抗FAP huIgG1 P329GLALA。細胞用相應表現載體以1：1：1：1比率(「載體杵重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體臼重鏈」：「載體輕鏈2」)轉染。
如針對雙特異性二價抗-4-1BB及抗FAP huIgG1 P329GLALA所述(參看實例9.1)製造及純化所得雙特異性單價構築體。核苷酸及胺基酸序列可見於表61中。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。
藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生雙特異性抗-4-1BB/抗FAP構築體。細胞用相應表現載體以1：1：1：1比率(「載體杵重鏈」：「載體臼重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)轉染。
對於在500mL搖瓶中製造，在轉染之前24小時接種400,000,000個HEK293 EBNA細胞。轉染細胞在210×g下離心5分鐘，且清液層置換為預溫熱之CD CHO培養基。表現載體於20ml CD CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI之後，溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，將細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在具有5% CO2氛圍的培育箱中在37℃下培育3小時。在培育之後，添加160mL F17培養基且培養細胞24小時。轉染一天後，添加1mM丙戊酸及7%饋料。在培養7天之後，藉由在210×g下離心15分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
使用如上文針對抗原/Fc融合分子及抗體之純化所述的蛋白質A，藉 由親和層析進行雙特異性構築體自細胞培養物清液層之純化。藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之雙特異性構築體的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen,USA)存在下藉由CE-SDS分析雙特異性構築體之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM K2HPO4、125mM NaCl、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析雙特異性構築體之聚集物含量。
9.3 產生二價結合於4-1BB且單價結合於腫瘤相關抗原(TAA)之雙特異性抗體(2+1型式，比較實例)
對4-1BB二價結合且對FAP單價結合之雙特異性促效4-1BB抗體(亦稱為2+1)已如圖40C及40D中所描繪製備。
在此實例中，構築體之第一重鏈HC1包含以下組分：抗4-1BB結合子之VHCH1，隨後Fc杵，在該C端融合有抗FAP結合子之VL或VH。第二重鏈HC2包含抗-4-1BB之VHCH1，隨後Fc臼，在該C端分別融合有抗FAP結合子(純系4B9)之VH或VL。FAP結合子4B9之產生及製備描述於WO 2012/020006A2中，其以引用之方式併入本文中。如實例6中所述產生針對4-1BB(12B3、9B11、11D5及25G7)之結合子。靶向抗FAP-Fc杵與抗- 4-1BB-Fc臼鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括FAP結合部分及兩個4-1BB結合Fab(圖40C及40D)。
根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入杵及臼重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
使用聚乙烯亞胺藉由共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來製造雙特異性2+1抗-4-1BB抗FAP huIgG1 P329GLALA抗體。細胞用相應表現載體以1：1：1比率(「載體杵重鏈」：「載體輕鏈」：「載體臼重鏈」)轉染。構築體如針對雙特異性二價抗-4-1BB及抗-FAP huIgG1 P329GLALA抗體所述產生及純化(參看實例9.1)。
2+1抗-4-1BB、抗FAP構築體之鹼基對及胺基酸序列可分別在表63中發現，其中構築體之a-FAP VH融合至杵且VL融合至臼鏈。
9.4 作為篩選工具的FAP抗原之製備、純化及表徵
為了測試與FAP之結合，編碼與C端HisTag融合之人類、小鼠或獼猴FAP之胞外域的DNA序列選殖至含有由MPSV核啟動子以及CMV啟動子強化片段組成之嵌合MPSV啟動子的表現載體中。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。His標記之人類FAPECD之胺基酸及核苷酸序列分別展示於SEQ ID NO：85及86中。SEQ ID NO：88及89分別展示His標記之小鼠FAP ECD之胺基酸及核苷酸序列。SEQ ID NO：90及91分別展示His標記之獼猴FAP ECD之胺基酸及核苷酸序列。
藉由使用聚乙烯亞胺(PEI；Polysciences Inc.)共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生FAP抗原。
對於500mL搖瓶中的200mL產量，300,000,000個HEK293 EBNA細胞接種24小時，隨後在100% F17+6mM麩醯胺酸中轉染。關於轉染，使400,000,000個細胞在210×g下離心5分鐘，且用20mL預溫熱之CD-CHO 培養基(Gibco)置換清液層。表現載體於20mL CD-CHO培養基中混合至200μg DNA之最終量。在添加540μL PEI(1mg/mL)(Polysciences Inc.)之後，將溶液渦旋15秒且在室溫下培育10分鐘。隨後，再懸浮之細胞與DNA/PEI溶液混合，轉移至500mL搖瓶中且在37℃下，在5% CO2氛圍下且在165rpm下振盪下，在培育箱中培育3小時。培育後，添加160mL F17培養基及補充劑(1mM丙戊酸、5g/l Pepsoy及6mM L-麩醯胺酸)且培養細胞24小時。轉染24小時後，細胞接著用12%最終體積(24mL)的胺基酸及葡萄糖饋料補充。在培養7天之後，藉由在2000-3000×g下離心45分鐘來收集細胞清液層。將溶液無菌過濾(0.22μm過濾器)，補充疊氮化鈉至最終濃度為0.01%(w/v)，且保持在4℃下。
以兩步驟純化自細胞培養物清液層純化抗原，首先使用5ml IMAC管柱(Roche)或5ml NiNTA管柱(Qiagen)之親和力層析步驟，隨後使用分別用20mM組胺酸、140mM NaCl，pH6.0或2mM MOPS 150mM NaCl 0.02% NaN3 pH 7.3平衡之HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)的尺寸排阻層析。
對於使用IMAC管柱(Roche)之親和力層析法，用25mM Tris-HCl、500mM氯化鈉、20mM咪唑，pH 8.0平衡8CV。裝載清液層且藉由用10CV 25mM Tris-HCl、500mM氯化鈉、20mM咪唑，pH 8.0洗滌非結合之蛋白質。經結合之蛋白質使用線性梯度之20CV(0-100%)25mM Tris-HCl、500mM氯化鈉、500mM咪唑，pH 8.0，隨後100%持續8CV之步驟下溶離。
對於使用NiNTA管柱(Qiagen)之親和力層析，用50mM磷酸鈉、300mM氯化鈉，pH 8.0平衡8CV。裝載清液層且未結合之蛋白質藉由用10管 柱體積之50mM磷酸鈉、300mM氯化鈉，pH 8.0洗滌移除。結合之蛋白質使用線性梯度之20CV(0至100%)50mM磷酸鈉、300mM氯化鈉、500mM咪唑，pH 7.4，隨後5CV 50mM磷酸鈉、300mM氯化鈉、500mM咪唑，pH 7.4之步驟溶離。管柱接著用8CV 50mM磷酸鈉、300mM氯化鈉，pH 8.0重新平衡。
收集之溶離份接著用1/10(v/v)0.5M EDTA，pH 8.0補充。蛋白質在Vivaspin管柱(30kD截止值，Sartorius)中濃縮，且在裝載於用2mM MOPS 150mM NaCl 0.02% NaN3 pH 7.3或20mM組胺酸，140mM NaCl,pH 6.0平衡的HiLoad Superdex 200管柱(GE Healthcare)上之前過濾。
藉由使用基於胺基酸序列計算之莫耳消光係數量測280nm下的OD來測定經純化之抗原的蛋白質濃度。使用LabChipGXII(Caliper)在有及無還原劑(Invitrogen)存在下藉由CE-SDS分析抗原之純度及分子量。在25℃下，使用在25mM磷酸鉀、125mM氯化鈉、200mM L-精胺酸單鹽酸鹽、0.02%(w/v)NaN3、pH 6.7操作緩衝液中平衡之TSKgel G3000 SW XL分析型尺寸排阻管柱(Tosoh)分析抗原之聚集物含量。
9.5 產生靶向4-1BB及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性四價抗原結合分子(4+1型式)
對4-1BB四價結合且對FAP單價結合之雙特異性促效4-1BB抗體亦稱為4+1雙特異性抗原結合分子，其如圖40E及40F中所描繪製備。
在此實例中，構築體之HC1包含以下組分，抗-4-1BB之VHCH1_VHCH1隨後Fc臼，在其C端分別融合抗FAP結合子(純系4B9)之VL或VH。HC2包含抗-4-1BB之VHCH1_VHCH1繼之以Fc杵，在其C端 融合抗FAP結合子之VH或VL。
如實例6中所述產生針對4-1BB、12B3、9B11、11D5及25G7之結合子。FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用之方式併入本文中。
靶向之抗FAP-Fc杵與抗-4-1BB-Fc臼鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括FAP結合部分及四個4-1BB結合Fab。根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。重鏈融合蛋白與抗-4-1BB結合子(CLVL)之輕鏈共表現。所得雙特異性四價構築體描繪於圖40E及40F中且核苷酸及胺基酸序列可見於表65中。
使用聚乙烯亞胺藉由共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來製造雙特異性4+1抗-4-1BB抗FAP huIgG1 P329GLALA。細胞用相應表現載體以1：1：1比率(「載體杵重鏈」：「載體輕鏈」：「載體臼重鏈」)轉染。如針對雙特異性二價抗-4-1BB及抗FAP huIgG1 P329GLALA所述(參看實例9.1)製造及純化4+1雙特異性抗原結合分子。
另外，製備「未靶向之」4+1構築體，其中抗FAP結合子之VH及VL結構域置換為不結合於抗原的生殖系對照物(稱為DP47)。
4+1抗-4-1BB、抗FAP構築體之鹼基對及胺基酸序列可分別在表66中發現，其中該等構築體之a-FAP VL融合至杵且VH融合至臼鏈。
表66：成熟雙特異性四價抗-4-1BB/單價抗FAP huIgG1 P329GLALA kih抗體(4+1型式)的胺基酸序列，抗-FAP VH融合至臼且抗FAP VL融合至杵鏈
表67：例示性雙特異性四價抗-4-1BB/抗FAP IgG1 P329G LALA抗原結
9.6 表徵靶向4-1BB及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性四價抗體 9.6.1 表面電漿子共振(同時結合)
藉由表面電漿子共振(SPR)評定同時結合人類4-1BB Fc(kih)及人類FAP之能力。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20，Biacore,Freiburg/Germany)來進行。
生物素化人類4-1BB Fc(kih)與抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之流槽直接偶合。使用至多400個共振單位(RU)之固定程度。靶向4-1BB及FAP之雙特異性抗體在200nM範圍內之濃度下以30μL/min之流速經90秒穿過流槽且解離設為零秒。以500nM之濃度，以30微升/分鐘之流速，經流槽經90秒注射人類FAP作為第二分析物。監測解離120秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
全部雙特異性構築體均可同時結合於人類4-1BB及人類FAP如圖41B-41D中所示。
9.6.2 結合於人類4-1BB-二價4-1BB抗體對比四價抗-4-1BB抗原結合分子之競爭分析
為了確認全部四個抗-4-1BB Fab結構域結合於人類4-1BB之能力，應用基於細胞之FRET分析法(TagLite)。因此，將每孔2500個用hu4-1BB-SNAP融合蛋白轉染且用FRET donor Terbium(Cisbio)標記之Hek293 EBNA細胞與0.6nM抗4-1BB Urelumab或0.39nM用FRET受體d2標記之抗4-1BB 12B3(Cisbio)混合。另外，添加0.006-1000nM範圍內的稀釋濃度的未經標記之IgG(12B3)或四價(12B3/4B9 4+1)雙特異性抗體且在室溫下培育2至4小時。在620nm下量測螢光供體(鋱)之螢光信號且在665nm下量測螢光受體染料(M100 Pro,Tecan)之螢光信號。計算665/620*1000之比率，且減去參考值(僅細胞)。對於EC50測定，在Graph Pad Prism6中分析結果。4小時培育之後的觀測EC50值顯示於表68中。相應曲線展示於圖42中。
9.6.3 細胞上之結合 9.6.3.1 結合於人類4-1BB表現細胞：休眠及經活化之人類周邊單核血液白細胞(PBMC)
休眠(原生)人類T細胞上不存在人類4-1BB之表現(Kienzle G.及von Kempis J(2000),Int.Immunol.12(1)：,73-82,Wen T.等人(2002),J.Immunol.168,4897-4906)。用經固定之抗人類CD3促效抗體活化後，CD4+及CD8+T細胞上的4-1BB上調。亦報導經活化之人類NK細胞上之4-1BB表現(Baessler T.等人(2010)Blood 115(15),3058-3069)、經活化之人類NKT細胞上之4-1BB表現(Cole S.L.等人(2014)J.Immunol.192(8),3898-3907)、經活化之人類B細胞上之4-1BB表現(Zhang等人(2010)J.Immunol.184(2),787-795)、經活化之人類嗜酸性細胞上之4-1BB表現(Heinisch等人2001)、人類嗜中性白細胞上之組成性4-1BB表現(Heinisch I.V.(2000)J Allergy Clin Immunol.108(1),21-28)、經活化之人類單核細胞上之4-1BB表現(Langstein J.等人(1998)J Immunol.160(5),2488-2494,Kwajah M.及Schwarz H.(2010)Eur J Immunol.40(7),1938-1949)、人類調節T細胞上之組成性4-1BB表現(Bacher P.等人(2014)Mucosal Immunol.7(4),916-928)、人類濾泡樹突狀細胞上之4-1BB表現(Pauly S.等人(2002)J Leukoc Biol.72(1),35-42)、經活化之人類樹突狀細胞上之4-1BB表現(Zhang L.等人(2004)Cell Mol Immunol.1(1),71-76)以及惡性人類腫瘤之血管上之4-1BB表現(Broll K.等人(2001)Am J Clin Pathol.115(4),543-549)。
為了測試吾人抗-4-1BB純系對天然細胞表現之人類4-1BB的結合，使用休眠周邊血液單核細胞(PBMC)或PHA-L/Proleukin預活化及CD3/CD28再活化PBMC。來自獲自Zurich血液供給中心之白血球層的PBMC使用Histopaque 1077(SIGMA Life Science，目錄號10771，聚蔗糖及泛影酸鈉，調整至密度1.077g/mL)藉由ficoll密度離心分離，且再懸浮於由具有10%胎牛血清(FBS,Gibco by Life Technology，目錄號16000-044，批號941273,γ照射，無支原體且在56℃下熱不活化35分鐘)、1%(v/v)GlutaMAX-I(GIBCO by Life Technologies，目錄號35050 038)、1mM丙酮酸鈉(SIGMA，目錄號S8636)、1%(v/v)MEM非必需胺基酸(SIGMA，目錄號M7145)以及50μM β-巰基乙醇(SIGMA,M3148)之RPMI 1640培養基(Gibco by Life Technology，目錄號42401-042)組成的T細胞培養基中。PBMC在分離之後直接使用(休眠細胞)或經刺激以藉由在37℃及5% CO2下，在6孔組織培養板中在補充有200U/mL Proleukin(Novartis Pharma Schweiz AG，CHCLB-P-476-700-10340)及2μg/mL PHA-L (SIGMA，目錄號L2769)之T細胞中培養3至5天且接著在塗有含10μg/mL抗人類CD3(純系OKT3，BioLegend，目錄號317315)及2μg/mL抗人類CD28(純系CD28.2，BioLegend，目錄號：302928)之6孔組織培養板中在T細胞培養基中培養2天來誘導4-1BB表現。
為了測定與人類PBMC表現之人類4-1BB之結合，向圓底懸浮細胞96孔培養板(Greiner bio-one,cellstar，目錄號650185)之各孔中添加0.1-0.2×106新鮮分離(例如休眠)或活化之PBMC。培養板用400×g且在4℃下離心4分鐘，且棄去清液層。細胞用200μL/孔DPBS洗滌，接著在4℃下用100μL/mL含有1：5000倍稀釋之可固定活力染料eFluor 660之DPBS(eBioscience，目錄號65-0864-18)培育30分鐘。隨後，細胞用200微升/孔冷FACS緩衝液(具有2%(v/v)FBS、5mM EDTA pH8(Amresco，目錄號E177)及7.5mM疊氮化鈉(Sigma-Aldrich S2002)之DPBS)洗滌一次。隨後，添加50μL/孔含有經滴定之抗人類4-1BB結合子的4℃冷FACS緩衝液且在4℃下培育120分鐘。細胞用200μL/孔4℃ FACS緩衝液洗滌四次，移除未經結合之分子。隨後，細胞進一步用50μL/孔含有2.5μg/mL PE結合之親和純化抗人類IgG Fcg-片段-特異性山羊F(ab`)2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-116-098)、抗人類CD45 AF488(純系HI30，BioLegend，目錄號304019)、0.67μg/mL PerCP/Cy5.5結合之抗人類CD3小鼠IgG1 κ(純系UCHT1，BioLegend，目錄號300430)、0.125μg/mL BV421結合之抗人類CD4 moIgG1κ(純系RPA-T4,BioLegend，目錄號300532)或0.23μg/mL BV421結合之抗人類CD4小鼠IgG2b κ(純系OKT4,BioLegend，目錄號317434,0.33μg/mL抗人類CD8-BV510(moIgG1κ，純系SK1,BioLegend，目錄號344732)及0.67μg/mL抗人類 CD19-PE/Cy7(moIgG1κ，純系HIB19,BioLegend，目錄號302216)之4℃冷FACS緩衝液培育且在4℃下培育30分鐘。
細胞用200μL FACS緩衝液/孔洗滌兩次且藉由再懸浮於50μL/孔含有1%甲醛(Sigma,HT501320-9.5L)之DPBS中固定。同一天或第二天使用3雷射MACSQuant分析器10(Miltenyi Biotech)獲取細胞。閘設於CD8+及CD4+ T細胞上且使用二次偵測抗體之螢光強度(MFI)的幾何平均值分析一次抗體之結合。使用Graph Pad Prism(Graph Pad Software Inc.)，藉由減去空白值(未添加一次抗體)將資料基線化且使用非線性回歸曲線擬合(穩固擬合)計算EC50值。
人類T細胞在休眠狀態缺乏4-1BB表現，但活化之後4-1BB上調。人類CD8+ T細胞顯示比CD4+ T細胞強的上調。如圖43B及43D中所示，所產生之抗人類4-1BB特異性抗體可結合於經活化人類T細胞表現之人類4-1BB，而在休眠CD4及CD8 T細胞上，偵測不到顯著結合(圖43A及43C)。結合受細胞之4-1BB表現程度影響，例如4-1BB特異性分子(圖43D)比經活化之CD4+ T細胞(圖43B)更強結合於經活化之CD8+ T細胞。分子之型式亦觀測到差異，例如單價4-1BB結合子與二價或四價4-1BB不同地結合。單價4-1BB結合導致EC50值增加及MFI由於較低結合親和力而降低，四價4-1BB-結合子可因為較強親和力亦由於4-1BB特異性抗原決定基之內部競爭而展示不同結合曲線。含有Fc融合之FAP靶向結構域的分子(例如FAP靶向之2+2或4+1而非1+1型式)可遮蔽多株二次偵測抗體之抗原決定基，該等抗原決定基可能影響MFI及EC50值。與經活化之CD8+ T細胞結合的EC50值顯示於表69中。在圖44中，概述圖43中所展示之結合曲線的曲線下面積(AUC)。
9.6.3.2 與表現人類FAP之腫瘤細胞之結合
為了結合於細胞表面表現之人類纖維母細胞活化蛋白(FAP)，使用NIH/3T3-huFAP純系19細胞或人類黑素瘤細胞株WM-266-4(ATCC CRL-1676)。藉由在CMV啟動子下用編碼人類FAP之表現pETR4921質體轉染小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3細胞(ATCC CRL-1658)來產生NIH/3T3-huFAP純系19。在1.5μg/mL嘌呤黴素(InvivoGen，目錄號：ant-pr-5)存在下維持細胞。2×105個FAP表現腫瘤細胞添加至圓底懸浮細胞96孔培養板(greinerbio-one,cellstar，目錄號650185)的各孔中。細胞用200μL DPBS洗滌一次且糰粒再懸浮於100μL/孔含有1：5000倍稀釋之可固定活力染料eFluor 450(eBioscience，目錄號65 0863 18)或可固定活力染料eFluor 660(eBioscience，目錄號65-0864-18)的4℃冷DPBS緩衝液。培養板在4℃下培育30分鐘且用200μL 4℃冷DPBS緩衝液洗滌一次。隨後，細胞再懸浮於50μL/孔含有不同滴定濃度之4-1BB特異性FAP靶向及非靶向抗體之4℃冷FACS緩衝液中，隨後在4℃下培育1小時。在以200微升/孔洗滌四次之後，細胞用50微升/孔含有2.5μg/mL PE結合之親和純化抗人類IgG Fcγ片段特異性山羊F(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109-116-098)或30μg/mL FITC結合之親和純化抗人類IgGFgγ片段特異 性山羊F(ab')2片段(Jackson ImmunoResearch，目錄號109096098)之4℃冷FACS緩衝液在4℃下染色30分鐘。細胞用200μL 4℃ FACS緩衝液洗滌兩次且接著再懸浮於50μL/孔含有1%甲醛之DPBS中以供固定。同一天或第二天，將細胞再懸浮於100μL FACS緩衝液中且使用5-雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience with DIVA software)或MACSQuant分析器10(Miltenyi Biotec)獲取。
如圖45A及45B中所示，FAP靶向之分子而非DP47靶向或親本huIgG1 P293G LALA純系12B3有效結合於人類FAP表現WM-266-4(A)及NIH/3T3-huFAP純系19細胞(B)。因此，包括FAP結合側誘導對人類FAP表現細胞之高效靶向作用。FAP結合側之部分(例如1+1或2+2或4+1)以及FAP結合純系(28H1或4B9)起作用且影響結合於FAP表現細胞之EC50(表70)及AUC(圖46)。4-1BB(12B3)×FAP(28H1)2+2(黑色實心三角形)、4-1BB(12B3)x FAP(28H1)1+1(灰色半實心圓形)以及4-1BB(12B3)x FAP(4B9)4+1(灰色半實心正方形)展示結合差異(圖45B)，此亦可影響其交聯且因此亦影響活化可能(圖47A-47I中所示及實例10中所論述)。
實例10 雙特異性抗人類4-1BB結合分子之功能特性 10.1 NFκB活化 10.1.1 產生表現人類4-1BB及NF-κB螢光素酶之HeLa細胞
子宮頸癌瘤細胞株HeLa(ATCC CCL-2)在CMV啟動子及嘌呤黴素抗性基因之控制下用基於表現載體pETR10829之質體轉導，該質體含有人類4-1BB(Uniprot寄存號Q07011)之序列。細胞在補充有10%(v/v)FBS、1%(v/v)GlutaMAX-I及3μg/mL嘌呤黴素之DMEM培養基中培養。
藉由流動式細胞測量術測試經4-1BB轉導之HeLa細胞之4-1BB表現：0.2×106個活細胞再懸浮於含有0.1μg PerCP/Cy5.5結合之抗人類4-1BB小鼠IgG1κ純系4B4-1(BioLegend目錄號309814)或其同型對照物(PerCP/Cy5.5結合之小鼠IgG1κ同型對照抗體純系MOPC-21，BioLegend目錄號400150)之100μL FACS緩衝液中且在4℃下培育30分鐘。細胞用FACS緩衝液洗滌兩次，再懸浮於含有0.06μg DAPI(Santa Cruz Biotec，目錄號Sc-3598)之300μL FACS緩衝液中且使用5-雷射LSR-Fortessa(BD Bioscience,DIVA software)獲取。如所描述進行有限稀釋以產生單一純系：經人類4-1BB轉導之HeLa細胞再懸浮於培養基中達到10、5及2.5個細胞/毫升之密度且將200μl細胞懸浮液轉移至經組織培養物處理之圓底96孔培養板(6個培養板/細胞濃度，TPP目錄號92697)中。收集單一純系，擴增且如上文所描述測試4-1BB表現。選擇具有最高4-1BB表現之純系(純系5)用於隨後用NF-κB螢光素酶表現載體5495p Tranlucent HygB進行之轉染。載體賦予經轉染細胞對濕黴素B之耐藥性及在NF-kB反應元素(Panomics，目錄號LR0051)之控制下表現螢光素酶之能力。為了轉 染，將人類-4-1BB HeLa純系5細胞培養至70%彙聚。將50μg(40μL)線性化(限制酶AseI及SalI)5495p Tranlucent HygB表現載體添加至無菌0.4cm Gene Pulser/MicroPulser Cuvette(Biorad，目錄號165-2081)。添加含2.5×106個人類4-1BB HeLa純系5細胞之400μl不含DMEM培養基之補充劑且與質體溶液小心混合。使用Gene Pulser Xcell完全系統(Biorad，目錄號1652660)在以下設置下進行細胞之轉染：指數脈衝，電容500μF，電壓160V，電阻∞。在脈衝之後立即將經轉染之細胞轉移至具有15mL 37℃溫熱的具有10%(v/v)FBS及1%(v/v)GlutaMAX-I之DMEM培養基的75cm2組織培養燒瓶(TPP，目錄號90075)中。第二天，添加含有3μg/mL嘌呤黴素及200μg/mL潮黴素B(Roche，目錄號10843555001)之培養基。擴增活細胞且如上文所描述進行有限稀釋以產生單一純系。
如上文所描述測試純系之4-1BB表現且如下測試NF-κB螢光素酶活性：在選擇培養基中收集純系且使用Cell Counter Vi-細胞xr 2.03(Beckman Coulter，目錄號731050)計數。細胞設為細胞密度0.33×106個細胞/mL且將150μL此細胞懸浮液轉移至具有蓋子的無菌白色96孔平底組織培養板(greiner bio one，目錄號655083)之各孔中。細胞在37℃及5% CO2下在細胞培育箱(Hera Cell)中培育隔夜。第二天，50μL含有不同濃度之重組型人類腫瘤壞死因子α(rhTNFα，PeproTech，目錄號30001A)之培養基添加至96孔培養板之各孔中達到100、50、25、12.5、6.25及0ng/孔之rhTNFα之最終濃度。細胞在37℃及5% CO2下培育6小時且接著用200微升/孔DPBS洗滌三次。報導體溶解緩衝液(Promega，目錄號：E3971)添加至各孔(40μl)中且培養板在-20℃下儲存隔夜。第二天，冷凍細胞及偵測緩衝液(Luciferase 1000分析系統，Promega，目錄號E4550)解凍至 室溫。100μL偵測緩衝液添加至各孔中且使用SpectraMax M5/M5e微板讀取器及SoftMax Pro軟體(Molecular Devices)儘可能快地量測盤。所量測之釋放光超過對照物(未添加rhTNFα)500毫秒/孔(URL)之單元視為螢光素酶活性。選擇呈現最高螢光素酶活性及大量4-1BB表現之HeLa-hu4-1BB-NF-κB-luc純系26用於進一步使用。
10.1.2 與表現FAP之腫瘤細胞共同培養之表現人類4-1BB之HeLa細胞中之NFκB活化
採集HeLa-hu4-1BB-NF-κB-luc純系26細胞且再懸浮於具有10%(v/v)FBS及1%(v/v)GlutaMAX-I之DMEM培養基中達到0.2×106個細胞/毫升之濃度。此細胞懸浮液之100μl(2×104個細胞)轉移至具有蓋子之無菌白色96孔平底組織培養板(greiner bio-one，目錄號655083)之各孔中且培養板在37℃及5% CO2下培育隔夜。第二天，添加50μL含有經滴定FAP靶向抗人類4-1BB構築體或其親本huIgG1 P329G LALA抗體之培養基。將FAP表現NIH/3T3-huFAP純系19或WM-266-4再懸浮於具有10%(v/v)FBS及1%(v/v)GlutaMAX-I之DMEM培養基中達到濃度2×106細胞/ml。
FAP表現腫瘤細胞之懸浮液(50μl)或作為陰性對照之培養基添加至各孔中且培養板在37℃及5% CO2下在細胞培育箱中培育6小時。細胞用200微升/孔DPBS洗滌兩次。40μl新近製備之報導體溶解緩衝液(Promega，目錄號：E3971)添加至各孔中且板在-20℃下儲存隔夜。第二天，在室溫下解凍冷凍細胞培養板及偵測緩衝液(Luciferase 1000分析系統，Promega，目錄號E4550)。向各孔添加100μL偵測緩衝液且儘快使用SpectraMax M5/M5e微量培養板讀取器及SoftMax Pro軟體(Molecular Devices)量測螢光素酶活性。
在圖47A-47I中，展示不同FAP靶向4-1BB特異性構築體之活化特性。在上圖中，展示在無FAP存在下之活化特性(圖47A、D及G)。在無FAP存在下，偵測不到與4-1BB結合純系無關之活化。在中部圖中，展示在無中等FAP表現人類WM-266-4存在下之活化。僅在4+1及2+1 FAP(4B9)靶向構築體存在下，可觀測到NFkB介導之螢光素酶活化；即：圖47B中之4-1BB(12B3)x FAP(4B9)4+1(半實心灰色正方形，半點劃線)、圖47E中之4-1BB(11D5)x FAP(4B9)4+1(灰色星形，點劃線)及4-1BB(11D5)x FAP(4B9)2+1(黑色十字，點劃線)以及圖47H中之4-1BB(25G7)x FAP(4B9)4+1(向上半實心黑色三角形，點劃線)及4-1BB(25G7)x FAP(4B9)2+1(半實心向下黑色三角形)。在下圖中，展示在無高FAP表現NIH/3T3-純系19存在下之活化。此處，不僅4+1及2+1FAP(4B9)靶向之構築體而且2+2及1+1 FAP(28H1)靶向之構築體可誘導報導體細胞株中NFkB介導之螢光素酶活化。此等結果亦作為活化曲線之曲線下面積(AUC)概述於圖48A及B中。所用型式及FAP結合純系在曲線下以圖形符號形式指示，且所用純系藉由條形圖指示。明顯，四價4-1BB x FAP 4+1分子在4-1BB表現報導體細胞株中誘導最強NFkB/螢光素酶活化。
實例11 產生GITR抗體及工具結合子 11.1 藉由噬菌體呈現作為產生新穎GITR結合子之篩選工具的抗原Fc融合的製備、純化及表徵
編碼人類、小鼠或獼猴GITR之胞外域的DNA序列(表72)與Fc杵上的人類IgG1重鏈CH2及CH3結構域同框融合(Merchant等人，1998)。在抗原胞外域與人類IgG1之Fc之間引入IgAse蛋白酶裂解位點。在抗原-Fc杵融合物之C端引入用於引導生物素化之Avi標籤。含有S354C/T366W突變之抗原-Fc杵鏈與含有Y349C/T366S/L368A/Y407V突變之Fc-臼鏈的組合允許產生具有一個GITR胞外域鏈之雜二聚體，因此產生Fc連接的單體形式 (圖1A)。表73展示抗原Fc-融合物構築體之cDNA及胺基酸序列。
全部GITR-Fc融合分子編碼序列選殖至驅動來自嵌合MPSV啟動子之插入物的表現及含有位於CDS之3'端處的合成聚A信號序列的質體載體。 另外，載體含有用於質體之游離型維護之EBV OriP序列。
關於生物素化單體抗原/Fc融合分子之製備，用三個編碼融合蛋白之兩個組分(杵及臼鏈)的載體以及BirA(生物素化反應所需之酶)共轉染以指數方式生長之懸浮液HEK293 EBNA細胞。以2：1：0.05比率(「抗原ECD-IgAse-Fc杵」：「Fc臼」：「BirA」)使用相應載體。
抗原製造及純化類似於實例1(1.1)中所述之程序進行。三種不同GITR-Fc融合蛋白之產量、濃度及品質概述於表74中。
11.2 通用F(ab)庫的抗GITR抗體之選擇
自通用噬菌體呈現庫λ-DP88選擇Fab型式的抗GITR抗體8A06。
庫建構
λ-DP88文庫基於人類生殖系基因使用V結構域成對Vl3_19(λ輕鏈)及VH1_69(重鏈)建構，其包含輕鏈之CDR3(L3，3種不同長度)及重鏈之CDR3(H3，3種不同長度)中的隨機序列間隔。藉由重疊延長(SOE)PCR施加剪接，藉由3PCR擴增之片段的組合件進行文庫繼代。片段1包含包括隨機L3之抗體基因的5'端，片段2為自L3跨越至H3的中部恆定片段而片段3包含抗體基因之隨機H3及3'端。分別使用以下引子組合產生λ-DP88文庫之此等文庫片段：片段1(正向引子LMB3與反向引子Vl_3_19_L3r_V或Vl_3_19_L3r_HV或Vl_3_19_L3r_HLV之組合)、片段2(正向引子RJH80與反向引子RJH32之組合)及片段3(正向引子DP88-v4-4或DP88-v4-6或DP47-v4-8與反向引子fdseqlong之組合)。用於製造文庫片段之PCR參數為 94℃下5分鐘初始變性，1分鐘94℃，1分鐘58℃，1分鐘72℃的25次循環及在72℃下10分鐘的末端延長。對於裝配PCR，使用等莫耳比的凝膠純化之單一片段作為模板，參數為在94℃下3分鐘初始變性及30秒94℃、1分鐘58℃、2分鐘72℃的5次循環。在此階段，添加外部引子(LMB3及fdseqlong)且進行額外20次循環，隨後在72℃下末端延長10分鐘。裝配足夠量的全長隨機Fab構築體之後，將其用NcoI/NheI消化且接合至類似處理的受體噬菌粒載體中。經純化的連接用於約60次轉型至電感受態大腸桿菌TG1中。呈現Fab文庫之噬菌粒粒子補救且藉由PEG/NaCl純化進行純化，以供選擇。獲得最終文庫尺寸9.0×109。如藉由點印跡墨法中之C端標籤偵測所測定的功能性純系之百分比分別為輕鏈73.7%及重鏈80.0%。
噬菌體呈現選擇及ELISA篩選
作為噬菌體呈現選擇之抗原的人類GITR暫時表現為HEK EBNA細胞中之N端單體Fc融合物(Fc之杵-臼雜二聚)，且經BirA生物素接合酶之共表現在位於攜帶受體鏈(Fc杵鏈)之Fc部分的C端處之avi標籤辨識序列處經活體內定點生物素化。
根據以下模式在溶液中進行選擇回合(生物淘選)：1.以10μg/ml塗佈於NUNC Maxisorp培養板上的人類IgG預先清除約1012個噬菌粒粒子來消耗識別抗原之Fc部分的抗體庫，2.用100nM生物素化人類GITR培育清液層中之預先清除噬菌粒粒子0.5小時，總體積1ml，3.藉由轉移至中性抗生物素蛋白預塗佈之微量滴定盤的4個孔中10分鐘來捕捉生物素化人類GITR及特異性結合噬菌體(第1及3回合)，4.使用5×PBS/Tween20及5×PBS洗滌各別孔，5.藉由每孔添加250μl 100mM TEA(三乙胺)持續10分鐘來溶離噬菌體粒子且藉由向來自4個孔的彙聚溶離液添加500μl 1M Tris/HCl pH 7.4中和，6.用溶離之噬菌體粒子清液層重新感染對數期大腸桿菌TG1細胞，用輔助噬菌體VCSM13感染，在震盪器上在30℃下培育隔夜且在隨後選擇回合使用噬菌粒粒子的後續PEG/NaCl沈澱。使用100nM之恆定抗原濃度進行4輪選擇。在第2輪及第4輪中，為避免中性抗生物素蛋白之結合子增濃，捕捉抗原：藉由添加5.4×107抗生蛋白鏈菌素塗佈之磁珠進行噬菌體複合。在第4回合之後藉由ELISA如下鑑別特異性結合子：將100μl 100nM生物素化人類GITR塗佈於中性抗生物素蛋白培養板上。添加含Fab之細菌清液層且使用抗Flag/HRP二級抗體經由其Flag標籤偵測結合Fab。篩選對人類GITR展示信號且對人類Fc呈陰性的純系用於進一步分析。其在0.5L培養物體積中細菌表現，親和力純化且藉由SPR-分析使用BioRad's ProteOn XPR36生物感測器表徵以測定結合動力學以及測試與獼猴及鼠類GITR的交叉反應性。
使用BioRad's ProteOn XPR36生物感測器SPR分析
在25℃下，藉由表面電漿子共振(SPR)使用ProteOn XPR36儀器(Biorad)量測純系8A06對人類、獼猴及鼠類GITR之親和力(KD)，其中生物素化之人類、獼猴及鼠類GITR抗原藉由中性抗生物素蛋白捕捉固定於NLC芯片上。抗原(配位體)之固定：用PBST(10mM磷酸鹽、150mM氯化鈉pH 7.4、0.005% Tween 20)將重組抗原稀釋至10μg/ml，隨後沿垂直取向以30微升/分鐘注射。分析物注射：對於『一步法動力學』量測，注射方向變為水平取向，經純化之Fab的兩倍連續稀釋液同時沿各別通道1-5注入，分別使用200s之結合時間及240s之解離時間。沿第六通道注射緩衝液(PBST)以提供用於參考之「在線」空白。使用簡單的一比一朗格繆爾結合模型，在ProteOn Manager軟體中，藉由同時擬合結合及解離感測 器圖譜來計算結合速率常數(kon)及解離速率常數(koff)。平衡解離常數(KD)按比率koff/kon來計算。純系8A06分別以4.4及67nM之親和力結合於人類及獼猴單體GITR-Fc融合物。未偵測到與鼠類單體GITR-Fc融合物的結合。
pRJH52文庫模板λ-DP88文庫基於完全Fab編碼區，該區的輕鏈包含PelB前導序列+Vl3_19 λ V結構域+CL恆定域且包括標記之重鏈包含pelB+VH1_69 V結構域+CH1恆定域。表75展示用於PCR之通用噬菌體呈現λ-DP88文庫(Vl3_19/VH1_69)模板的序列且表76展示用於產生λ-DP88文庫模板的引子序列。
純系8A06經上文所述之程序識別為人類GITR特異性結合子。其可變區之cDNA序列展示於下表77中，相應胺基酸序列可見於表C中。另外，基準抗體6C8(根據WO 2006/105021製備)之可變區的cDNA序列展示於表77中。
11.3 抗GITR IgG1 P329G LALA抗體之製備、純化及表徵
在具有人類IgG1之恆定重鏈或恆定輕鏈之框架中次選殖所選擇之抗GITR結合子之重鏈及輕鏈DNA序列之可變區。根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入杵及臼重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。
抗GITR純系之核苷酸及胺基酸序列展示於表78中。藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生所選擇之抗GITR抗體。細胞用相應表現載體以1：1比率(「載體重鏈」：「載體輕鏈」)轉染。GITR特異性抗體8A06之製造及純化與實例1.3中所述類似地進行。表79概述藉由噬菌體呈現選擇之純系8A06的製造及純化結果。
11.4 GITR純系8A06之表徵 11.4.1 表面電漿子共振(親合力+親和力) 11.4.1.1 純系8A06及6C8之物種交叉反應性及親和力
藉由表面電漿子共振(SPR)評定GITR特異性抗體(純系8A06及6C8)與重組GITR Fc(kih)之結合。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20，Biacore,Freiburg/Germany)來進行。在同一實驗中，測定GITR結合子(人類IgG1 P329GLALA)與重組GITR(人類、獼猴及鼠類)之間的相互作用之物種選擇性及親合力。生物素化人類、獼猴及鼠類GITR Fc(kih)直接偶合至抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之不同流槽。使用至多100個共振單位(RU)之固定程度。
抗GITR人類IgG1 P329GLALA抗體在0.2至200nM(4倍稀釋)濃度下以30μL/min之流動速率經120秒通過流槽。監測複合物解離180秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差 異。使用Biacore T200評估軟體(vAA,BiacoreAB,Uppsala/Sweden)推導動力學常數，以藉由數值積分擬合1：1朗格繆爾結合之速率等式且用於定性評估親合力(圖49A-49D)。
在同一實驗中，測定GITR抗體(人類IgG1 P329GLALA)與重組GITR(人類及獼猴)之間的相互作用之親和力。抗人類Fab抗體(Biacore,Freiburg/Germany)使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.0下在CM5晶片上直接偶合。固定含量為約7000RU。捕捉5nM之GITR抗體90秒。重組人類及獼猴GITR Fc(kih)以2.7至2000nM範圍內之濃度，以30μL/min之流速，經180秒通過流槽。監測解離180秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗原在具有固定之抗人類Fab抗體但已注射HBS-EP而非抗體之表面上流動(圖50A)。使用Biacore T200評估軟體(vAA，BiacoreAB,Uppsala/Sweden)獲得動力學常數，以藉由數值積分針對1：1朗格繆爾結合來擬合速率等式。藉由與1：1朗格繆爾結合擬合來測定抗GITR P329GLALA IgG1(純系8A06)與GITR Fc(kih)之間的相互作用的親和力常數(表80)。
純系8A06及6C8結合於人類及獼猴GITR Fc(kih)，但對鼠類GITR不具有交叉反應性。
11.4.1.2 配位體阻斷特性
為了測定GITR特異性人類IgG1 P329GLALA抗體8A06干擾GITR/GITR配位體相互作用之能力，吾人使用人類GITR配位體(R&D systems)。
人類GITR配位體使用標準胺偶合試劑盒(Biacore,Freiburg/Germany)在約2000RU，pH 5.0下直接偶合至CM5晶片的兩個流槽。重組人類GITR Fc(kih)以100nM濃度以30μL/min的流速經90秒通過第二流槽。忽略解離且抗GITR人類IgG1P329LALA以500nM的濃度以30μL/min之流動速率經90秒通過兩個流槽。監測解離60秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。此處，抗體流經具有固定人類GITR配位體之表面，但上面已注射HBS-EP代替重組人類GITR Fc(kih)。
GITR純系8A06結合於人類GITR與其GITR配位體之複合物(圖51)。因此，此抗體不與結合於人類GITR之配位體競爭且因此稱為「非配位體阻斷」。
11.4.1.3 抗原決定基分組
抗GITR抗體識別之抗原決定基藉由表面電漿子共振表徵。首先，藉由表面電漿子共振評定抗體競爭結合於人類GITR之能力。此等實驗之目 標為界定「抗原決定基分組」。競爭類似或重疊抗原決定基之抗體不能同時結合於GITR且屬於「抗原決定基分組」。可同時結合於GITR之抗GITR抗體不共用抗原決定基或其部分體，且因此分至不同抗原決定基分組。
為了分析抗GITR人類IgG1 P329GLALA之人類或鼠類受體的競爭性結合，源自噬菌體之抗GITR純系8A06及基準抗體6C8使用標準胺偶合套組(Biacore，Freiburg/Germany)在pH 5.5下以約1000RU直接偶合至CM5晶片。重組人類GITR Fc(kih)以濃度200nM以30μL/min流速經180秒注射。忽略解離且第二抗GITR人類IgG1 P329GLALA抗體以濃度200nM以流速30μL/min經90秒通過。監測解離90秒。藉由減去參考流槽上所得之反應來校正整體折射率差異。
SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20,Biacore,Freiburg/Germany)來進行。
競爭結合實驗展示抗GITR純系8A06及6C8結合於不同空間抗原決定基，因為兩種抗體可同時結合於人類GITRFc(kih)(表82，圖52B及52C)。
O=無結合；1，結合
實例12 靶向GITR及腫瘤相關抗原(TAA)之雙特異性二價抗體的製備、純化及表徵 12.1 產生靶向GITR及纖維母細胞活化蛋白(FAP)之雙特異性四價構築體(4+1及4+2型式)
對GITR四價結合且對FAP單價結合之雙特異性促效GITR抗體亦稱為4+1雙特異性抗原結合分子，其如圖53A中所描繪製備。
構築體之一個重鏈HC1包含以下組分：抗GITR之VHCH1_VHCH1繼之以Fc臼，在其C端分別融合抗FAP結合子(純系28H1)之VL或VH。重鏈HC2包含抗GITR之VHCH1_VHCH1繼之以Fc杵，在其C端融合抗FAP結合子之VH或VL。
如實例11中所述產生針對GITR之結合子。FAP結合子之產生及製備描述於WO 2012/020006 A2中，其以引用之方式併入本文中。
兩個重鏈之組合允許產生雜二聚體，其包括FAP結合部分及四個GITR結合Fab。根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。重鏈融合蛋白與抗GITR結合子(CLVL)之輕鏈共表現。所得雙特異性四價構築體之核苷酸及胺基酸序列可見於表83中。
亦製備與GITR四價結合且與FAP二價結合之雙特異性促效GITR抗體(4+2構築體)。應用根據國際專利申請案第WO2010/145792A1號之互換單抗技術減少錯誤配對輕鏈之形成。在此實例中，FAP結合子28H1之交叉Fab單元(VHCL)融合至兩個重鏈的Fc部分之C端。針對GITR之兩個Fab融合至如實例4.2中所述之各重鏈之N端。在此情形中，將杵引入至臼中並非必需，因為兩個重鏈含有相同結構域。
根據國際專利申請公開案第WO2012/130831A1號中描述之方法，將Pro329Gly、Leu234Ala及Leu235Ala突變引入重鏈之恆定區以消除與Fcγ受體之結合。所得雙特異性四價構築體描繪於圖53B中。表84分別展示成熟雙特異性四價抗OX40/抗FAP人類IgG1 P329GLALA抗體之核苷酸及胺基酸序列。
全部基因在嵌合MPSV啟動子控制下短暫表現，該啟動子由MPSV核啟動子與CMV啟動子強化子片段之組合組成。表現載體亦含有針對含有EBNA(埃-巴二氏病毒核抗原)之宿主細胞中游離型複製之oriP區。藉由使用聚乙烯亞胺共轉染HEK293-EBNA細胞與哺乳動物表現載體來產生雙特異性抗GITR/抗FAP構築體。該等細胞用相應表現載體以1：1：1之比率轉染(「載體重鏈1」：「載體重鏈2」：「載體輕鏈」或「載體重鏈」：「載體輕鏈1」：「載體輕鏈2」)。
根據如部分4.5中針對製造Ox40雙特異性分子之方案進行製造及純化。
12.2 同時結合雙特異性GITR/FAP構築體
藉由表面電漿子共振(SPR)評定同時結合人類GITR Fc(kih)及人類FAP之能力。所有SPR實驗均在Biacore T200上在25℃下以HBS-EP作為操作緩衝液(0.01M HEPES pH 7.4、0.15M NaCl、3mM EDTA、0.005%界面活性劑P20，Biacore,Freiburg/Germany)來進行。生物素化人類GITR Fc(kih)與抗生蛋白鏈菌素(SA)感測器晶片之流槽直接偶合。使用至多1000個共振單位(RU)之固定程度。靶向GITR及FAP之雙特異性構築體在200nM範圍內之濃度下以30μL/min之流速經90秒穿過流槽且解離設為零秒。以500nM之濃度，以30微升/分鐘之流速，經流槽經90秒注射人類FAP作為第二分析物。監測解離120秒。藉由減去在參考流槽(其中未固定蛋白質)中獲得之反應來校正整體折射率差異。
全部雙特異性構築體均可同時結合於人類GITR及人類FAP(圖54B及54C)。
12.3 與GITR表現HEK細胞及FAP表現3T3細胞之結合
以與實例9.6.2.中針對4-1BB所述類似之方式，使用經工程改造以在細胞表面上過度表現人類GITR蛋白質之人胚腎293(HEK)細胞(HEK- GITR)測試與細胞表面GITR之結合。作為對照之HEK-GITR細胞或親本GITR陰性HEK細胞(HEK WT)在補充有10% FBS(Gibco目錄號16140-071)、50U/mL青黴素-鏈黴素(Gibco目錄號15070-063)及GlutaMAX(Gibco目錄號35050-061)，具有僅用於HEK-GITR細胞之1μg/mL嘌呤黴素(Gibco目錄號A11138-03)之DMEM培養基(Gibco目錄號42430-025)中生長。使用經轉染以表現人類纖維母細胞活化蛋白(huFAP)之3T3細胞(ATCC CRL-1658)測試與細胞表面FAP之結合(參看實例9.6.3.2)。親本3T3細胞在補充有10% CS(Sigma目錄號C8056)之培養基中生長。3T3-huFAP細胞在DMEM+10% CS以及1.5μg/mL嘌呤黴素中生長。
採集細胞，用PBS(Gibco目錄號20012-019)洗滌且在PBS中調整至1×107個細胞/毫升之細胞密度。在37℃下，對照細胞(HEK WT及3T3 WT)用PBS中之2.5μM細胞增殖染料eFluor 670(eBioscience目錄號65-0840-85)標記7分鐘。細胞用完全培養基洗滌兩次且用PBS+2% FBS洗滌一次，隨後在PBS+2% FBS中將細胞密度調整至1×107個細胞/毫升。圓底96孔培養板(TPP，目錄號92097)每孔接種2×105個細胞(105 HEK WT+105 HEK GITR或105 3T3 WT+105 3T3-huFAP)。
培養板用600×g且在4℃下離心3分鐘，且拂去清液層。細胞在4℃下在50μL/孔含有經滴定之抗GITR抗體構築體的4℃冷PBS+2% FBS中培育120分鐘。培養板用200μL/孔4℃ PBS+2% FBS洗滌兩次以移除未經結合之構築體。細胞在4℃下用PBS中之Zombie Aqua可固定活力套組(Biolegend目錄號423102)及二次抗體(Jackson ImmunoResearch目錄號109-116-098)染色30分鐘。培養板在4℃下在600×g下離心3分鐘且用PBS+2% FBS洗滌兩次。細胞在室溫下用PBS+2%甲醛(Polysciences目錄 號04018)固定20分鐘。培養板用600×g且在4℃下離心3分鐘，且拂去清液層。細胞用200μL/孔FACS緩衝液(eBioscience目錄號00-4222-26)洗滌且最終再懸浮於100μL/孔FACS緩衝液中以供第二天使用4雷射LSR II(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
如圖55A中所示，全部測試雙特異性抗GITR構築體有效結合於人類GITR表現目標細胞，但不結合於或以可忽略比率結合於GITR陰性對照HEK細胞(圖55B)。因此，抗GITR抗體在表現為雙特異性FAP靶向型式時亦維持其GITR特異性。
如圖56A中所示，全部測試雙特異性抗GITR構築體有效結合於人類FAP表現目標細胞，但不結合於或以可忽略比率結合於親本3T3細胞(陰性對照，圖56B)。因此，雙特異性型式的雙特異性抗GITR/抗GITR抗體維持其FAP特異性。
實例13 雙特異性抗人類GITR結合分子之功能特性 13.1 在次佳TCR刺激存在下人類CD4及CD8 T細胞的GITR介導之共刺激
GITR之接合提供在次佳T細胞受體(TCR)刺激之後促進T細胞之分裂及存活的協同共刺激信號(Clouthier等人，Cytokine Growth Factor Rev.2014年4月；25(2)：91-106)。
為了分析雙特異性抗人類GITR結合分子之促效特性，測試FAP靶向之單價型式或作為對照的其相應非靶向型式的所選結合子(純系8A06)在表面固定時共活化T細胞之能力。為此，休眠的經ef450標記之人類PBMC用次佳濃度之抗CD3抗體在輻射FAP+ NIH/3T3-huFAP純系19細胞及經滴定之抗GITR構築體存在下刺激六天。藉由流動式細胞測量術，藉由監測總細胞計數及活細胞中之ef450稀釋來分析對T細胞存活及增殖之作用。
自Zürich血液供給中心獲得白血球層。為了分離新鮮的周邊血液單核細胞(PBMC)，白血球層用相同體積之PBS(Gibco，Life Technologies，目錄號20012-019)稀釋。向50mL聚丙烯離心管(TPP，目錄號0785)供應15mL淋巴細胞分離劑(Stemcell，目錄號07851)且白血球層溶液在淋巴細胞分離劑上方分層。試管在400×g下，在室溫下且在無加速度及不破裂情況下離心30分鐘。隨後，自界面收集PBMC，用PBS洗滌三次且再懸浮於由預先補充有Glutamax(Gibco by Life Technology，目錄號72400-021)之RPMI 1640培養基組成之T細胞培養基中，該Glutamax供應有10%胎牛血清(FBS,Gibco by Life Technology，目錄號16140-071)、1%(v/v),1mM丙酮酸鈉(SIGMA，目錄號S8636)、1%(v/v)MEM非必需胺基酸(SIGMA，目錄號M7145)及50μM β-巰基乙醇(SIGMA，M3148)。PBMC在分離後直接使用。
PBMC用ef450以細胞密度1×106個細胞/毫升標記，ef450(eBioscience，目錄號65-0842-85)在37℃下在PBS中稀釋8分鐘達到最終濃度為2.5μM。此後，細胞用T細胞培養基洗滌兩次。經標記之細胞在T細胞培養基中在37℃下休眠30分鐘。
在37℃下，使用細胞解離緩衝液(Invitrogen，目錄號13151-014)收集小鼠胚胎纖維母細胞NIH/3T3-huFAP純系19細胞(參看實例4.3.2.2)持續10分鐘。細胞用PBS洗滌一次。細胞以107/ml再懸浮於PBS中且在x射線照射器中藉由ao 5000 RAD劑量照射以防止稍後腫瘤細胞株的人類PBMC過度生長。NIH/3T3-huFAP純系39細胞在培育箱(Hera Cell 150)中，在37℃及5% CO2下，在無菌96孔平底黏著組織培養板(TPP，目錄號92096)中之T細胞培養基中以0.25×105個細胞/孔之密度接種隔夜。
十六小時後，人類ef450標記之PBMC以每孔0.75×105個細胞的密度添加至各孔中。添加最終濃度0.12ng/ml之抗人類CD3抗體(eBioscience,純系OKT3,Ref：16-0037-85)以及指定濃度的FAP靶向之單價及二價抗GITR抗原結合分子。細胞在37℃及5% CO2下在培育箱(Hera細胞150)中培養六天。接著，細胞用螢光染料結合之抗體抗人類CD4(純系L200，BD Pharmingen，目錄號：550631)、CD8(純系RPa-T8，BioLegend，目錄號301044)、CD25(BC96，BioLegend，目錄號302632)及用於活/死區分之Zombie Aqua(Biolegend，目錄號：423102)表面染色，在PBS中稀釋且在4℃下培育30分鐘。細胞再懸浮於140微升/孔FACS緩衝液加10微升/孔絕對計數珠粒(CountBright,Molecular Probes,C36950)中，且使用5雷射Fortessa流式細胞儀(BD Bioscience with DIVA software)獲取。
分析Zombie Aqua陰性活細胞中作為增殖標記物之中位ef450螢光的 降低。
如圖57A及57B中所示，用非靶向之抗GITR(GITR 8A06 DP47GS 4+1 sf w(1a))(三角形)共刺激對次佳TCR刺激之CD4 CD8 T細胞的增殖能力不具有作用。FAP靶向之抗GITR構築體(GITR 8A06 28H1 4+1 sf W(1))(圓形)與本發明NIH/3T3-huFAP細胞的超交聯為T細胞共刺激及明顯促進之增殖所需。
<110> 瑞士商赫孚孟拉羅股份公司
<120> 對於共刺激TNF受體具四價之雙特異性抗體
<130> P33117-WO
<150> EP15188809.6
<151> 2015-10-07
<160> 412
<170> PatentIn version 3.5
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<211> 186
<212> PRT
<213> 智人
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 19
<210> 20
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 20
<210> 21
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 21
<210> 22
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 22
<210> 23
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 23
<210> 24
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-OX40 CDR-L3
<400> 24
<210> 25
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8H9 VH
<400> 25
<210> 26
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8H9 VL
<400> 26
<210> 27
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 49B4 VH
<400> 27
<210> 28
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 49B4 VL
<400> 28
<210> 29
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 1G4 VH
<400> 29
<210> 30
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 1G4 VL
<400> 30
<210> 31
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 20B7 VH
<400> 31
<210> 32
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 20B7 VL
<400> 32
<210> 33
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CLC-563 VH
<400> 33
<210> 34
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CLC-563 VL
<400> 34
<210> 35
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CLC-564 VH
<400> 35
<210> 36
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> CLC-564 VL
<400> 36
<210> 37
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 17A9 VH
<400> 37
<210> 38
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 17A9 VL
<400> 38
<210> 39
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP CDR-H1
<400> 39
<210> 40
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP-CDR-H1
<400> 40
<210> 41
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP-CDR-H2
<400> 41
<210> 42
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP CDR-H2
<400> 42
<210> 43
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP CDR-H3
<400> 43
<210> 44
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP-CDR-H3
<400> 44
<210> 45
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FAP CDR-L1
<400> 45
<210> 46
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-FAP CDR-L1
<400> 46
<210> 47
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-FAP CDR-L2
<400> 47
<210> 48
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-FAP CDR-L2
<400> 48
<210> 49
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-FAP CDR-L3
<400> 49
<210> 50
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗-FAP CDR-L3
<400> 50
<210> 51
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 28H1 VH
<400> 51
<210> 52
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 28H1 VL
<400> 52
<210> 53
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 4B9 VH
<400> 53
<210> 54
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 4B9 VL
<400> 54
<210> 55
<211> 760
<212> PRT
<213> 智人
<400> 55
<210> 56
<211> 748
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之人類FAP ECD
<400> 56
<210> 57
<211> 2244
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之人類FAP ECD
<400> 57
<210> 58
<211> 761
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 58
<210> 59
<211> 749
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之鼠類FAP ECD
<400> 59
<210> 60
<211> 2247
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之鼠類FAP ECD
<400> 60
<210> 61
<211> 748
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之獼猴FAP ECD
<400> 61
<210> 62
<211> 2244
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 經標記之獼猴FAP結構域
<400> 62
<210> 63
<211> 702
<212> PRT
<213> 智人
<400> 63
<210> 64
<211> 2322
<212> PRT
<213> 智人
<400> 64
<210> 65
<211> 1210
<212> PRT
<213> 智人
<400> 65
<210> 66
<211> 556
<212> PRT
<213> 智人
<400> 66
<210> 67
<211> 297
<212> PRT
<213> 智人
<400> 67
<210> 68
<211> 364
<212> PRT
<213> 智人
<400> 68
<210> 69
<211> 277
<212> PRT
<213> 智人
<400> 69
<210> 70
<211> 255
<212> PRT
<213> 智人
<400> 70
<210> 71
<211> 260
<212> PRT
<213> 智人
<400> 71
<210> 72
<211> 283
<212> PRT
<213> 智人
<400> 72
<210> 73
<211> 595
<212> PRT
<213> 智人
<400> 73
<210> 74
<211> 241
<212> PRT
<213> 智人
<400> 74
<210> 75
<211> 272
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 75
<210> 76
<211> 256
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 76
<210> 77
<211> 254
<212> PRT
<213> 獼猴
<400> 77
<210> 78
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 78
<210> 79
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 79
<210> 80
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 80
<210> 81
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 81
<210> 82
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 82
<210> 83
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 83
<210> 84
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 84
<210> 85
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 85
<210> 86
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 86
<210> 87
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 87
<210> 88
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 88
<210> 89
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 89
<210> 90
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 90
<210> 91
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 91
<210> 92
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽連接子
<400> 92
<210> 93
<211> 186
<212> PRT
<213> 獼猴
<400> 93
<210> 94
<211> 192
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 94
<210> 95
<211> 681
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fc臼鏈
<400> 95
<210> 96
<211> 1335
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人類OX40抗原Fc杵鏈
<400> 96
<210> 97
<211> 1335
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 獼猴OX40抗原Fc杵鏈
<400> 97
<210> 98
<211> 1353
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 鼠類OX40抗原Fc杵鏈
<400> 98
<210> 99
<211> 227
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fc臼鏈
<400> 99
<210> 100
<211> 445
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人類OX40抗原Fc杵鏈
<400> 100
<210> 101
<211> 445
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 獼猴OX40抗原Fc杵鏈
<400> 101
<210> 102
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 鼠類OX40抗原Fc杵鏈
<400> 102
<210> 103
<211> 1613
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pRJH33庫模板DP88-4庫
<400> 103
<210> 104
<211> 723
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈Vk1_5
<400> 104
<210> 105
<211> 241
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈Vk1_5
<400> 105
<210> 106
<211> 720
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab重鏈VH1_69
<400> 106
<210> 107
<211> 240
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab重鏈VH1_69
<400> 107
<210> 108
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> LMB3引子
<400> 108
<210> 109
<211> 71
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk1_5_L3r_S引子
<400> 109
<210> 110
<211> 74
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk1_5_L3r_SY引子
<400> 110
<210> 111
<211> 77
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Vk1_5_L3r_SPY
<400> 111
<210> 112
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> RJH31引子
<400> 112
<210> 113
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> RJH32引子
<400> 113
<210> 114
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP88-v4-4
<400> 114
<210> 115
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP88-v4-6
<400> 115
<210> 116
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP88-v4-8
<400> 116
<210> 117
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> fdseqlong引子
<400> 117
<210> 118
<211> 1596
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pRJH110庫模板
<400> 118
<210> 119
<211> 714
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈Vk3_20
<400> 119
<210> 120
<211> 238
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈Vk3_20
<400> 120
<210> 121
<211> 711
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab重鏈VH3_23
<400> 121
<210> 122
<211> 237
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab重鏈VH3_23(DP47)
<400> 122
<210> 123
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> MS64引子
<400> 123
<210> 124
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP47CDR3_ba引子
<400> 124
<210> 125
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP47-v4-4
<400> 125
<210> 126
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP47-v4-6
<400> 126
<210> 127
<211> 64
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DP47-v4-8
<400> 127
<210> 128
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> fdseqlong
<400> 128
<210> 129
<211> 1605
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> pRJH53庫模板
<400> 129
<210> 130
<211> 726
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈V13_19
<400> 130
<210> 131
<211> 242
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈V13_19
<400> 131
<210> 132
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> LMB3 λ-DP47庫
<400> 132
<210> 133
<211> 85
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> V1_3_19_L3r_Vλ-DP47庫
<400> 133
<210> 134
<211> 88
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> V1_3_19_L3r_HV λ-DP47
<400> 134
<210> 135
<211> 91
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> V1_3_19_L3r_HLV λ-DP47
<400> 135
<210> 136
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> RJH80 λ-DP47
<400> 136
<210> 137
<211> 318
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(8H9)VL
<400> 137
<210> 138
<211> 360
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(8H9)VH
<400> 138
<210> 139
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(49B4)VL
<400> 139
<210> 140
<211> 354
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(49B4)VH
<400> 140
<210> 141
<211> 324
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(1G4)VL
<400> 141
<210> 142
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(1G4)VH
<400> 142
<210> 143
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(20B7)VL
<400> 143
<210> 144
<211> 366
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(20B7)VH
<400> 144
<210> 145
<211> 324
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(CLC-563)VL
<400> 145
<210> 146
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(CLC-563)VH
<400> 146
<210> 147
<211> 324
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(CLC-564)VL
<400> 147
<210> 148
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(CLC-564)VH
<400> 148
<210> 149
<211> 318
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(17A9)VL
<400> 149
<210> 150
<211> 360
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(17A9)VH
<400> 150
<210> 151
<211> 645
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 8B9輕鏈
<400> 151
<210> 152
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 8B9重鏈
<400> 152
<210> 153
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8B9輕鏈
<400> 153
<210> 154
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8B9重鏈
<400> 154
<210> 155
<211> 642
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 49B4輕鏈
<400> 155
<210> 156
<211> 1344
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 49B4重鏈
<400> 156
<210> 157
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 49B4輕鏈
<400> 157
<210> 158
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 49B4重鏈
<400> 158
<210> 159
<211> 645
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 159
<210> 160
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 1G4重鏈
<400> 160
<210> 161
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 1G4輕鏈
<400> 161
<210> 162
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 1G4重鏈
<400> 162
<210> 163
<211> 642
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 20B7輕鏈
<400> 163
<210> 164
<211> 1356
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 20B7重鏈
<400> 164
<210> 165
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 20B7輕鏈
<400> 165
<210> 166
<211> 452
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 20B7重鏈
<400> 166
<210> 167
<211> 645
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA CLC-563輕鏈
<400> 167
<210> 168
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA CLC-563重鏈
<400> 168
<210> 169
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> CLC-563輕鏈
<400> 169
<210> 170
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> CLC-563重鏈
<400> 170
<210> 171
<211> 645
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA CLC-564輕鏈
<400> 171
<210> 172
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA CLC-564重鏈
<400> 172
<210> 173
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> CLC-564輕鏈
<400> 173
<210> 174
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> CLC-564重鏈
<400> 174
<210> 175
<211> 639
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA 17A9輕鏈
<400> 175
<210> 176
<211> 1350
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA 17A9重鏈
<400> 176
<210> 177
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 17A9輕鏈
<400> 177
<210> 178
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 17A9重鏈
<400> 178
<210> 179
<211> 221
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 人類OX40 His標記
<400> 179
<210> 180
<211> 226
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 鼠類OX40 His標記
<400> 180
<210> 181
<211> 1317
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> DNA二聚人類OX40抗原Fc
<400> 181
<210> 182
<211> 439
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 二聚人類OX40抗原Fc
<400> 182
<210> 183
<211> 2064
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (8H9)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 183
<210> 184
<211> 642
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> VLCH1-輕鏈2(28H1)DNA
<400> 184
<210> 185
<211> 688
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (8H9)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 185
<210> 186
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> VLCH1-輕鏈2(28H1)
<400> 186
<210> 187
<211> 2070
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 187
<210> 188
<211> 690
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 188
<210> 189
<211> 2064
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (1G4)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 189
<210> 190
<211> 688
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (1G4)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 190
<210> 191
<211> 2082
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (20B7)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 191
<210> 192
<211> 694
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (20B7)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 192
<210> 193
<211> 2064
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-563)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 193
<210> 194
<211> 688
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-563)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 194
<210> 195
<211> 2064
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-564)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL DNA
<400> 195
<210> 196
<211> 688
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-564)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 196
<210> 197
<211> 1350
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (28H1)VHCL-重鏈臼DNA
<400> 197
<210> 198
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (28H1)VHCL-重鏈臼
<400> 198
<210> 199
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (8H9)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 199
<210> 200
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (8H9)VHCH1-重鏈杵
<400> 200
<210> 201
<211> 1343
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 201
<210> 202
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1-重鏈杵
<400> 202
<210> 203
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (1G4)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 203
<210> 204
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (1G4)VHCH1-重鏈杵
<400> 204
<210> 205
<211> 1356
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (20B7)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 205
<210> 206
<211> 452
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (20B7)VHCH1-重鏈杵
<400> 206
<210> 207
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-563)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 207
<210> 208
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-563)VHCH1-重鏈杵
<400> 208
<210> 209
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-564)VHCH1-重鏈杵DNA
<400> 209
<210> 210
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (CLC-564)VHCH1-重鏈杵
<400> 210
<210> 211
<211> 2448
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)DNA
<400> 211
<210> 212
<211> 2421
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)DNA
<400> 212
<210> 213
<211> 816
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 213
<210> 214
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 214
<210> 215
<211> 2445
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)DNA
<400> 215
<210> 216
<211> 2421
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)DNA
<400> 216
<210> 217
<211> 815
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)
<400> 217
<210> 218
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)
<400> 218
<210> 219
<211> 2442
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(DP47)DNA
<400> 219
<210> 220
<211> 2421
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(DP47)DNA
<400> 220
<210> 221
<211> 814
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(DP47)
<400> 221
<210> 222
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(DP47)
<400> 222
<210> 223
<211> 642
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VLCL*-輕鏈1 DNA
<400> 223
<210> 224
<211> 2736
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1*_VHCH1*Fc杵VLCH1(28H1)DNA
<400> 224
<210> 225
<211> 669
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (28H1)VHCL-輕鏈DNA
<400> 225
<210> 226
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VLCL*-輕鏈
<400> 226
<210> 227
<211> 912
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1*_VHCH1*Fc杵VLCH1(28H1)
<400> 227
<210> 228
<211> 223
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (28H1)VHCL-輕鏈
<400> 228
<210> 229
<211> 2736
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1*_VHCH1*Fc杵VLCH1(DP47)DNA
<400> 229
<210> 230
<211> 666
<212> DNA
<213> 人工
<220>
<223> (DP47)VHCL-輕鏈DNA
<400> 230
<210> 231
<211> 912
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (49B4)VHCH1*_VHCH1*Fc杵VLCH1 (DP47)
<400> 231
<210> 232
<211> 222
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> (DP47)VHCL-輕鏈
<400> 232
<210> 233
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 233
<210> 234
<211> 816
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 234
m210> 235
<211> 2448
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc wt杵VH(4B9)DNA
<400> 235
<210> 236
<211> 2421
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc wt臼VL(4B9)DNA
<400> 236
<210> 237
<211> 816
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc wt杵VH(4B9)
<400> 237
<210> 238
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1_VHCH1 Fc wt臼VL(4B9)
<400> 238
<210> 239
<211> 163
<212> PRT
<213> 智人
<400> 239
<210> 240
<211> 163
<212> PRT
<213> 獼猴
<400> 240
<210> 241
<211> 164
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 241
<210> 242
<211> 1266
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人類4-1BB抗原Fc杵鏈之核苷酸序列
<400> 242
<210> 243
<211> 1266
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 獼猴4-1BB抗原Fc杵鏈之核苷酸序列
<400> 243
<210> 244
<211> 1269
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 鼠類4-1BB抗原Fc杵鏈之核苷酸序列
<400> 244
<210> 245
<211> 422
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人類4-1BB抗原Fc杵鏈
<400> 245
<210> 246
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<213> 人工序列
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<223> 獼猴4-1BB抗原Fc杵鏈
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<210> 247
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 鼠類4-1BB抗原Fc杵鏈
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<213> 人工序列
<220>
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<212> PRT
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<212> PRT
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<212> PRT
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 25G7 P329GLALA IgG1重鏈
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 25G7 P329GLALA IgG1重鏈
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
<220>
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
<220>
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<212> DNA
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<220>
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 9B11 P329GLALA IgG1重鏈
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<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 9B11 P329GLALA IgG1輕鏈
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 9B11 P329GLALA IgG1重鏈
<400> 302
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<211> 639
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 20G2 P329GLALA IgG1輕鏈
<400> 303
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<211> 1350
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 20G2 P329GLALA IgG1重鏈
<400> 304
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<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 20G2 P329GLALA IgG1輕鏈
<400> 305
<210> 306
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 20G2 P329GLALA IgG1重鏈
<400> 306
<210> 307
<211> 2076
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
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<211> 2070
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
<400> 310
<210> 311
<211> 2073
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
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<211> 691
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1-重鏈-(28H1)VHCL
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<210> 313
<211> 1350
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1-重鏈杵
<400> 313
<210> 314
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1-重鏈杵
<400> 314
<210> 315
<211> 1344
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1-重鏈杵
<400> 315
<210> 316
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1-重鏈杵
<400> 316
<210> 317
<211> 1752
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1 Fc杵VH(4B9)之核苷酸序列
<400> 317
<210> 318
<211> 1725
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1 Fc臼VL(4B9)之核苷酸序列
<400> 318
<210> 319
<211> 584
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 319
<210> 320
<211> 575
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (49B4)VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 320
<210> 321
<211> 1755
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 321
<210> 322
<211> 1728
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 322
<210> 323
<211> 585
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 323
<210> 324
<211> 576
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 324
<210> 325
<211> 2460
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
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<211> 2433
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
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<210> 327
<211> 820
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 327
<210> 328
<211> 811
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 328
<210> 329
<211> 2448
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 329
<210> 330
<211> 2421
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 330
<210> 331
<211> 816
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 331
<210> 332
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 332
<210> 333
<211> 2454
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 333
<210> 334
<211> 2427
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 334
<210> 335
<211> 818
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 335
<210> 336
<211> 809
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 336
<210> 337
<211> 2460
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(9B11)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 337
<210> 338
<211> 2433
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(9B11)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 338
<210> 339
<211> 820
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (9B11)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(4B9)
<400> 339
<210> 340
<211> 811
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (9B11)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(4B9)
<400> 340
<210> 341
<211> 2433
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 341
<210> 342
<211> 2460
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(12B3)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 342
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<211> 811
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
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<211> 820
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (12B3)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
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<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 345
<210> 346
<211> 2448
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(25G7)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 346
<210> 347
<211> 807
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 347
<210> 348
<211> 816
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (25G7)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 348
<210> 349
<211> 2427
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 349
<210> 350
<211> 2454
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(11D5)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 350
<210> 351
<211> 809
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 351
<210> 352
<211> 818
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (11D5)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 352
<210> 353
<211> 2433
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(9B11)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 353
<210> 354
<211> 2460
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(9B11)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 354
<210> 355
<211> 811
<212> PRT
<213> 人工序列
<220<
<223> (9B11)VHCH1_VHCH1 Fc杵VL(4B9)
<400> 355
<210> 356
<211> 820
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (9B11)VHCH1_VHCH1 Fc臼VH(4B9)
<400> 356
<210> 357
<211> 137
<212> PRT
<213> 智人
<400> 357
<210> 358
<211> 137
<212> PRT
<213> 獼猴
<400> 358
<210> 359
<211> 132
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 359
<210> 360
<211> 1188
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA人類GITR抗原Fc杵鏈
<400> 360
<210> 361
<211> 1191
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA獼猴GITR抗原Fc杵鏈
<400> 361
<210> 362
<211> 1176
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA鼠類GITR抗原Fc杵鏈
<400> 362
<210> 363
<211> 397
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人類GITR抗原Fc杵鏈
<400> 363
<210> 364
<211> 397
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 獼猴GITR抗原Fc杵鏈
<400> 364
<210> 365
<211> 392
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 鼠類GITR抗原Fc杵鏈
<400> 365
<210> 366
<211> 242
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab輕鏈Vl3_19模板
<400> 366
<210> 367
<211> 240
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Fab重鏈VH1_69模板
<400> 367
<210> 368
<211> 726
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA Fab輕鏈Vl3_19模板
<400> 368
<210> 369
<211> 720
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA Fab重鏈VH1_69模板
<400> 369
<210> 370
<211> 1617
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA pRJH52 Fab序列
<400> 370
<210> 371
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-H1
<400> 371
<210> 372
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-H2
<400> 372
<210> 373
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-H3
<400> 373
<210> 374
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-L1
<400> 374
<210> 375
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-L2
<400> 375
<210> 376
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)CDR-L3
<400> 376
<210> 377
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-H1
<400> 377
<210> 378
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-H2
<400> 378
<210> 379
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-H3
<400> 379
<210> 380
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-L1
<400> 380
<210> 381
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-L2
<400> 381
<210> 382
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)CDR-L3
<400> 382
<210> 383
<211> 116
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)VH
<400> 383
<210> 384
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(8A06)VL
<400> 384
<210> 385
<211> 119
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)VH
<400> 385
<210> 386
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> GITR(6C8)VL
<400> 386
<210> 387
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA GITR(8A06)VL
<400> 387
<210> 388
<211> 348
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA GITR(8A06)VH
<400> 388
<210> 389
<211> 321
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA GITR(6C8)VL
<400> 389
<210> 390
<211> 357
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA GITR(6C8)VH
<400> 390
<210> 391
<211> 639
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 8A06 P329GLALA IgG1(輕鏈)
<400> 391
<210> 392
<211> 1338
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 8A06 P329GLALA IgG1(重鏈)
<400> 392
<210> 393
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8A06 P329GLALA IgG1(輕鏈)
<400> 393
<210> 394
<211> 446
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 8A06 P329GLALA IgG1(重鏈)
<400> 394
<210> 395
<211> 642
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 6C8 P329GLALA IgG1(輕鏈)
<400> 395
<210> 396
<211> 1347
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA 6C8 P329GLALA IgG1(重鏈)
<400> 396
<210> 397
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 6C8 P329GLALA IgG1(輕鏈)
<400> 397
<210> 398
<211> 449
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 6C8 P329GLALA IgG1(重鏈)
<400> 398
<210> 399
<211> 2433
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(8A06)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)
<400> 399
<210> 400
<211> 2409
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(8A06)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)
<400> 400
<210> 401
<211> 811
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (8A06)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)
<400> 401
<210> 402
<211> 803
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (8A06)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)
<400> 402
<210> 403
<211> 2451
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(6C8)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)
<400> 403
<210> 404
<211> 2427
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(6C8)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)
<400> 404
<210> 405
<211> 817
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (6C8)VHCH1_VHCH1 Fc杵VH(28H1)
<400> 405
<210> 406
<211> 809
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (6C8)VHCH1_VHCH1 Fc臼VL(28H1)
<400> 406
<210> 407
<211> 2754
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(8A06)VHCH1_VHCH1Fc VHCL(28H1)
<400> 407
<210> 408
<211> 639
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(28H1)VLCH1-輕鏈
<400> 408
<210> 409
<211> 918
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (8A06)VHCH1_VHCH1Fc VHCL(28H1)
<400> 409
<210> 410
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (28H1)VLCH1-輕鏈
<400> 410
<210> 411
<211> 2772
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> DNA(6C8)VHCH1_VHCH1Fc VHCL(28H1)
<400> 411
<210> 412
<211> 924
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (6C8)VHCH1_VHCH1Fc VHCL(28H1)
<400> 412

Claims (41)

  1. 一種雙特異性抗原結合分子，其包含(a)能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體，(b)至少一個能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體，及(c)由能夠穩定結合之第一子單元及第二子單元構成的Fc結構域。
  2. 如請求項1之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員的四個部分體中之各兩個視情況經肽連接子彼此融合。
  3. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員係選自由OX40、4-1BB及GITR組成之群。
  4. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員為OX40。
  5. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：1的多肽。
  6. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於OX40之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含包括以下之VH結構域 (i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：2及SEQ ID NO：3組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：4及SEQ ID NO：5組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11及SEQ ID NO：12組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14及SEQ ID NO：15組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17及SEQ ID NO：18組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23及SEQ ID NO：24組成之群的胺基酸序列。
  7. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35及SEQ ID NO：37組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與選自由SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36及SEQ ID NO：38組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
  8. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：25之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：26之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：27之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：28之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：29之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：30之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：31之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：32之輕鏈可變區VL，(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：33之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：34之輕鏈可變區VL，(vi)包含胺基酸序列SEQ ID NO：35之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：36之輕鏈可變區VL，或(vii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：37之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：38之輕鏈可變區VL。
  9. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該目標細胞抗原係選自由以下組成之群：纖維母細胞活化蛋白(FAP)、黑素瘤相關之硫酸軟骨素蛋白聚糖(MCSP)、表皮生長因子受體(EGFR)、癌胚抗原(CEA)、 CD19、CD20及CD33。
  10. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該目標細胞抗原為纖維母細胞活化蛋白(FAP)。
  11. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於FAP之部分體包含包括以下之VH結構域(i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：39及SEQ ID NO：40組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：41及SEQ ID NO：42組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：43及SEQ ID NO：44組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：45及SEQ ID NO：46組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：47及SEQ ID NO：48組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：49及SEQ ID NO：50組成之群的胺基酸序列。
  12. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中(i)該等能夠特異性結合於OX40之部分體中之每一者包含重鏈可變 區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35或SEQ ID NO：37組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與選自由SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：36或SEQ ID NO：38組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)該能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
  13. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員為4-1BB。
  14. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：239之多肽。
  15. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於4-1BB之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含包括以下之VH結構域 (i)CDR-H1，其包含選自由SEQ ID NO：249及SEQ ID NO：250組成之群的胺基酸序列，(ii)CDR-H2，其包含選自由SEQ ID NO：251及SEQ ID NO：252組成之群的胺基酸序列，及(iii)CDR-H3，其包含選自由SEQ ID NO：253、SEQ ID NO：254、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：256及SEQ ID NO：257組成之群的胺基酸序列，及包含以下之VL結構域(iv)CDR-L1，其包含選自由SEQ ID NO：258及SEQ ID NO：259組成之群的胺基酸序列，(v)CDR-L2，其包含選自由SEQ ID NO：260及SEQ ID NO：261組成之群的胺基酸序列，及(vi)CDR-L3，其包含選自由SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：263、SEQ ID NO：264、SEQ ID NO：265及SEQ ID NO：266組成之群的胺基酸序列。
  16. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包括重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或 100%一致的胺基酸序列。
  17. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含(i)包含胺基酸序列SEQ ID NO：267之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：268之輕鏈可變區VL，(ii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：269之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：270之輕鏈可變區VL，(iii)包含胺基酸序列SEQ ID NO：271之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：272之輕鏈可變區VL，(iv)包含胺基酸序列SEQ ID NO：273之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：274之輕鏈可變區VL，或(v)包含胺基酸序列SEQ ID NO：275之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：276之輕鏈可變區VL。
  18. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於4-1BB之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與選自由SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：269、SEQ ID NO：271、SEQ ID NO：273及SEQ ID NO：275組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與選自由SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ ID NO：274及SEQ ID NO：276組成之群的胺基酸序列至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及 (ii)該能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
  19. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該共刺激TNF受體家族成員為GITR。
  20. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之部分體結合於包含胺基酸序列SEQ ID NO：357之多肽。
  21. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其包含能夠特異性結合於GITR之四個部分體，其中該等部分體中之每一者包含VH結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：371之CDR-H1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：372之CDR-H2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：373之CDR-H3；及VL結構域，其包含：包含胺基酸序列SEQ ID NO：374之CDR-L1、包含胺基酸序列SEQ ID NO：375之CDR-L2及包含胺基酸序列SEQ ID NO：376之CDR-L3。
  22. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列 SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區VL，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
  23. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包括包含胺基酸序列SEQ ID NO：383之重鏈可變區VH及包含胺基酸序列SEQ ID NO：384之輕鏈可變區VL。
  24. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中(i)能夠特異性結合於GITR之部分體中之每一者包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：383至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：384至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及(ii)能夠特異性結合於FAP之部分體包含重鏈可變區VH，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：51或SEQ ID NO：53至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，及輕鏈可變區，其包含與胺基酸序列SEQ ID NO：52或SEQ ID NO：54至少約95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列。
  25. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之四個部分體為Fab片段且其中各兩個視情況經肽連接子彼此融合。
  26. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第一Fab片段在該CH1結構域之該C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第二Fab片段的該VH結構域，且能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第三Fab片段在該CH1結構域之該C端融合至能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之第四Fab片段的該VH結構域，其中視情況利用肽連接子。
  27. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中在該能夠特異性結合於共刺激TNF受體家族成員之Fab片段中，在該恆定域CL中，位置124處之胺基酸獨立地經離胺酸(K)、精胺酸(R)或組胺酸(H)取代(根據Kabat EU索引編號)，且在該恆定域CH1中，位置147及213處之胺基酸獨立地經麩胺酸(E)或天冬胺酸(D)取代(根據Kabat EU索引編號)。
  28. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該雙特異性抗原結合分子對於該共刺激TNF受體家族成員為四價，且對於該目標細胞抗原為單價。
  29. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於目標細胞抗原之部分體包含VH及VL結構域，且其中該VH結構域利用肽連接子連接至該Fc結構域之該第一子單元的該C端，且該VL結構域利用肽連接子連接至該Fc結構域之該第二子單元之該C端。
  30. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該雙特異性抗原結合分子對於該共刺激TNF受體家族成員為四價，且對於該目標細胞抗原為二價。
  31. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為Fab片段或交換Fab片段。
  32. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該等能夠特異性結合於目標細胞抗原之Fab片段或交換Fab片段中之每一者在該VH或VL結構域之該N端利用肽連接子融合至該Fc結構域之其中一個子單元的C端。
  33. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該能夠特異性結合於目標細胞抗原之兩個部分體為VH-VL交換Fab片段且各自在該VL結構域之該N端處利用肽連接子融合至該Fc結構域之其中一個子單元的C端。
  34. 如請求項1或2之雙特異性抗原結合分子，其中該Fc結構域屬於具有胺基酸突變L234A、L235A及P329G(根據Kabat EU索引編號)之人類IgG1子類。
  35. 一種聚核苷酸，其編碼如請求項1至34中任一項之雙特異性抗原結合分子。
  36. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至34中任一項之雙特異性抗原結 合分子及至少一種醫藥學上可接受之賦形劑。
  37. 如請求項36之醫藥組合物，其用作藥劑。
  38. 如請求項37之醫藥組合物，其用於(i)刺激T細胞反應，(ii)支持活化T細胞之存活，(iii)治療感染，(iv)治療癌症，(v)延遲癌症進展，或(vi)延長罹患癌症之患者的存活期。
  39. 如請求項36之醫藥組合物，其用於治療癌症。
  40. 如請求項36之醫藥組合物，其用於治療癌症，其中該雙特異性抗原結合分子與化學治療劑、輻射及/或用於癌症免疫療法之其他試劑組合投與。
  41. 一種如請求項1至34中任一項之雙特異性抗原結合分子或如請求項36之醫藥組合物之用途，其用於製造供抑制腫瘤細胞生長用的藥劑。
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