[go: up one dir, main page]

TR201816438T4 - Katalizörsüz yüzey işlevselleştirme ve polimer aşılama. - Google Patents

Katalizörsüz yüzey işlevselleştirme ve polimer aşılama. Download PDF

Info

Publication number
TR201816438T4
TR201816438T4 TR2018/16438T TR201816438T TR201816438T4 TR 201816438 T4 TR201816438 T4 TR 201816438T4 TR 2018/16438 T TR2018/16438 T TR 2018/16438T TR 201816438 T TR201816438 T TR 201816438T TR 201816438 T4 TR201816438 T4 TR 201816438T4
Authority
TR
Turkey
Prior art keywords
group
optionally substituted
alkyl
refers
silane
Prior art date
Application number
TR2018/16438T
Other languages
English (en)
Inventor
Berti Lorenzo
A Brown Andrew
N George Wayne
Original Assignee
Illumina Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Illumina Inc filed Critical Illumina Inc
Publication of TR201816438T4 publication Critical patent/TR201816438T4/tr

Links

Classifications

    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B32—LAYERED PRODUCTS
    • B32B—LAYERED PRODUCTS, i.e. PRODUCTS BUILT-UP OF STRATA OF FLAT OR NON-FLAT, e.g. CELLULAR OR HONEYCOMB, FORM
    • B32B27/00—Layered products comprising a layer of synthetic resin
    • B32B27/28—Layered products comprising a layer of synthetic resin comprising synthetic resins not wholly covered by any one of the sub-groups B32B27/30 - B32B27/42
    • B32B27/283—Layered products comprising a layer of synthetic resin comprising synthetic resins not wholly covered by any one of the sub-groups B32B27/30 - B32B27/42 comprising polysiloxanes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08J—WORKING-UP; GENERAL PROCESSES OF COMPOUNDING; AFTER-TREATMENT NOT COVERED BY SUBCLASSES C08B, C08C, C08F, C08G or C08H
    • C08J7/00—Chemical treatment or coating of shaped articles made of macromolecular substances
    • C08J7/12—Chemical modification
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B32—LAYERED PRODUCTS
    • B32B—LAYERED PRODUCTS, i.e. PRODUCTS BUILT-UP OF STRATA OF FLAT OR NON-FLAT, e.g. CELLULAR OR HONEYCOMB, FORM
    • B32B7/00—Layered products characterised by the relation between layers; Layered products characterised by the relative orientation of features between layers, or by the relative values of a measurable parameter between layers, i.e. products comprising layers having different physical, chemical or physicochemical properties; Layered products characterised by the interconnection of layers
    • B32B7/04—Interconnection of layers
    • B32B7/10—Interconnection of layers at least one layer having inter-reactive properties
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08F—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED BY REACTIONS ONLY INVOLVING CARBON-TO-CARBON UNSATURATED BONDS
    • C08F8/00—Chemical modification by after-treatment
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C09—DYES; PAINTS; POLISHES; NATURAL RESINS; ADHESIVES; COMPOSITIONS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; APPLICATIONS OF MATERIALS NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • C09D—COATING COMPOSITIONS, e.g. PAINTS, VARNISHES OR LACQUERS; FILLING PASTES; CHEMICAL PAINT OR INK REMOVERS; INKS; CORRECTING FLUIDS; WOODSTAINS; PASTES OR SOLIDS FOR COLOURING OR PRINTING; USE OF MATERIALS THEREFOR
    • C09D133/00—Coating compositions based on homopolymers or copolymers of compounds having one or more unsaturated aliphatic radicals, each having only one carbon-to-carbon double bond, and at least one being terminated by only one carboxyl radical, or of salts, anhydrides, esters, amides, imides, or nitriles thereof; Coating compositions based on derivatives of such polymers
    • C09D133/24—Homopolymers or copolymers of amides or imides
    • C09D133/26—Homopolymers or copolymers of acrylamide or methacrylamide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00527—Sheets
    • B01J2219/00529—DNA chips
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00527—Sheets
    • B01J2219/00533—Sheets essentially rectangular
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
    • B01J2219/00617—Delimitation of the attachment areas by chemical means
    • B01J2219/00619—Delimitation of the attachment areas by chemical means using hydrophilic or hydrophobic regions
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00623—Immobilisation or binding
    • B01J2219/00626—Covalent
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00632—Introduction of reactive groups to the surface
    • B01J2219/00637—Introduction of reactive groups to the surface by coating it with another layer
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00722—Nucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08F—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED BY REACTIONS ONLY INVOLVING CARBON-TO-CARBON UNSATURATED BONDS
    • C08F220/00—Copolymers of compounds having one or more unsaturated aliphatic radicals, each having only one carbon-to-carbon double bond, and only one being terminated by only one carboxyl radical or a salt, anhydride ester, amide, imide or nitrile thereof
    • C08F220/02—Monocarboxylic acids having less than ten carbon atoms; Derivatives thereof
    • C08F220/52—Amides or imides
    • C08F220/54—Amides, e.g. N,N-dimethylacrylamide or N-isopropylacrylamide
    • C08F220/60—Amides, e.g. N,N-dimethylacrylamide or N-isopropylacrylamide containing nitrogen in addition to the carbonamido nitrogen
    • C08F220/603—Amides, e.g. N,N-dimethylacrylamide or N-isopropylacrylamide containing nitrogen in addition to the carbonamido nitrogen and containing oxygen in addition to the carbonamido oxygen and nitrogen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08J—WORKING-UP; GENERAL PROCESSES OF COMPOUNDING; AFTER-TREATMENT NOT COVERED BY SUBCLASSES C08B, C08C, C08F, C08G or C08H
    • C08J2335/00—Characterised by the use of homopolymers or copolymers of compounds having one or more unsaturated aliphatic radicals, each having only one carbon-to-carbon double bond, and at least one being terminated by a carboxyl radical, and containing at least one other carboxyl radical in the molecule, or of salts, anhydrides, esters, amides, imides or nitriles thereof; Derivatives of such polymers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
    • C12Q2565/537—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the capture oligonucleotide acting as a primer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
    • C12Q2565/60—Detection means characterised by use of a special device
    • C12Q2565/629—Detection means characterised by use of a special device being a microfluidic device

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Polymers & Plastics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Materials Engineering (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Laminated Bodies (AREA)
  • Application Of Or Painting With Fluid Materials (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Surface Treatment Of Glass (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Transition And Organic Metals Composition Catalysts For Addition Polymerization (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

Burada tarif edilen bazı uygulamalar, bir polimer, bir hidrojel, bir amino asit, bir nükleosit, bir nükleotit, bir peptit, bir polinükleotid veya bir protein gibi, işlevselleştirilmiş bir molekül ile doğrudan konjugasyon için isteğe bağlı olarak ikame edilmiş sikloalkene veya isteğe bağlı olarak ikame edilmiş heterosikloalkene kovalent olarak bağlı bir silan veya bir silan türevini içeren bir yüzeye sahip bir substrat ile ilgilidir. Bazı düzenlemelerde, silan veya silan türevi isteğe bağlı olarak ikame edilmiş norbornen veya norbornen türevleri içerir. İşlevsel bir yüzeyin hazırlanması için yöntem ve DNA dizilemede ve diğer teşhis uygulamalarında kullanım da açıklanmaktadır.

Description

Tarifnamede ve ekteki istemlerde kullanildigi gibi, tekil formlar "bir", referanslari içerir. Aksi belirtilmedikçe, geleneksel kütle spektroskopisi, NMR, HPLC, protein kimyasi, biyokimya, rekombinant DNA teknikleri ve farmakoloji yöntemleri kullanilmaktadir. "Veya" veya "ve" nin kullanimi, aksi belirtilmedikçe "ve / veya" anlamina gelir. Ayrica, "içerme" teriminin yani sira "içermek", "içerir" ve "dahil" gibi diger formlarin kullanimi sinirlayici degildir. Bu tarifnamede kullanildigi üzere, bir geçis cümleciginde veya istemin gövdesinde, "içerme (ler)" ve "içeren" terimlerinin kullanimi açik uçlu bir anlami oldugu seklinde yorumlanmalidir. Yani, terimler "en azindan" veya "en azindan dahil" ifadeleriyle es anlamli olarak yorumlanmalidir. Bir islem baglaminda kullanildiginda, "içerme" terimi, islemin en azindan belirtilen adimlari içerdigi, ancak ilave adimlar içerebileçegi anlamina gelir. Bir bilesik, bilesim veya cihaz baglaminda kullanildiginda, "içeren" terimi, bilesigin, bilesimin veya cihazin en azindan belirtilen özellikleri veya bilesenleri içerdigi, fakat ayrica ek özellikler veya bilesenler içerebilecegi anlamina gelir. Burada kullanilan bölüm basliklari sadece organizasyon amaçlari içindir ve açiklanan konuyu sinirlayici olarak yorumlanmamalidir. Burada kullanildigi gibi, ortak organik kisaltmalar asagidaki gibi tanimlanmaktadir: Ac Asetil AC2O Asetik anhidrit APTS aminopropil silan APTES (3-aminopropil) trietoksisilan APTMS (3-aminopropil) trimetoksisilan azidoasetamidilpentil) akrilamid BCN Bicyclo [6.1.0] non- 4-yne BHT Bütilhidroksitoluen Bn Benzyl Brapa veya BRAPA N-(5- bromoasetamidilpentil) akrilamid Bz Benzoil BOC veya Boc tert-Butoksikarbonil Bu n-Butil cat. Katalitik Cbz Karbobenziloksi CMP Kimyasal mekanik parlatma CyCl Siyanürik klorür CVD Kimyasal buhar biriktirme ° C Sicaklik santigrat derece dATP Dezoksiadenozin trifosfat dCTP Deoksisitidin trifosfat dGTP Deoksiguanosin trifosfat dTTP Deoksitimidin trifosfat DBU 1,8-Diazabisiklo [5.4.0] undek-7-en DCA Dikloroasetik asit DCE 1,2-Dikloroetan DCM Metilen klorür DIEA Diizopropiletilamin DIPEA Diizopropiletilamin DMA Dimetilasetamid DME Dimetoksietan DMF N, N'-Dimetilformamid DMSO Dimetilsülfoksit DPPA Difenilfosforil azit EtOAc Etil asetat GPC Jel geçirgenlik kromatografisi h veya hr saat(ler) iPr Izopropil KPi PH 7.0'da lO mM potasyum fosfat tamponu KPS Potasyum persülfat LCMS Sivi kromatografi-kütle spektrometresi LDA Lityum diizopropilamit m veya min dakika(lar) MCPBA meta- Kloroperoksibenzoik Asit MeOH Metanol MeCN Asetonitril mL mililitre(ler) NaN3 Sodyum Azid NHS N-hidroksisüksinimit NHS-AA Akrilik asit N-hidroksisüksinimit ester PAZAM herhangi bir akrilamidin Azapa oranina sahip poli (N- (5-azidometil pentil) akrilamid-ko-akrilamid) PG Koruma grubu Ph Fenil PMEDTA N, N, N ', N", N "-Pentametildietilenetriamin ppt Çökelti rt Oda sicakligi SBS Sentez yoluyla dizileme SFA 20ll/0059865 numarali ABD Patent Yayininda tanimlandigi gibi Silansiz Akrilamid Sulfo-HSAB veya SHSAB N-Hidroksisüksinimidil-4-azidobenzoate TEA Trietilamin TEMPO (2,2,6,6-Tetrametilpiperidin-l-il) oksil TCDI l,l'-Tiokarbonil diimidazol Tert, t tertiari TFA Trifloroasetik asit THF Tetrahidrofuran TEMED tetrametllendiamin YES YieldMühendislik Sistemleri mL Mikrolitre(ler) Burada kullanildigi sekliyle "dizi" terimi, farkli prob moleküllerinin göreceli konuma göre birbirinden ayrilabildigi sekilde bir veya daha fazla substrata baglanan farkli prob moleküllerinin bir popülasyonuna karsilik gelir. Bir dizi, her biri bir substrat üzerinde farkli adreslenebilir bir konumda bulunan farkli prob molekülleri içerebilir. Alternatif veya ek olarak, bir dizi, her biri farkli bir prob molekülünü tasiyan ayri substratlar içerebilir olup, özelligi; farkli prob molekülleri, substratlarin tutturuldugu bir yüzey 'üzerindeki substratlarin yerlerine göre veya akiskan substratlarin yerlerine göre tanimlanabilir olmasidir. Ayri substratlarin bir yüzey üzerinde yer aldigi örnek diziler, sinirlama olmaksizin, tarif edildigi gibi kuyulardaki boncuklar da dahil olmak üzere WO 00/63437 da tarif edilmistir. Mevcut uygulamada, örnegin bir flüoresan aktiflestirilmis hücre ayiklayicisi (FACS) gibi bir mikroakiskan cihaz kullanilarak, tanecikleri sivi bir dizide ayirmak için kullanilabilen örnek biçimler, örnegin ABD Patent No. 6,524,793'te tarif edilmistir. Uygulamada kullanilabilen diger dizi örnekleri arasinda, sinirlama olmaksizin, 5,429,807 Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, "kovalent olarak baglanmis" ya da "kovalent olarak sinirlandirilmis" terimi, atomlar arasinda elektron çiftlerinin paylasilmasi ile karakterize edilen bir kimyasal bagin olusturulmasina isaret etmektedir. Örnegin, kovalent olarak baglanmis bir polimer kaplama, yüzeye, örnegin adezyon veya elektrostatik etkilesim gibi baska yollarla baglanmaya kiyasla, bir substratin islevsellestirilmis bir yüzeyi ile kimyasal baglar olusturan bir polimer kaplamaya deginmektedir. Bir yüzeye kovalent olarak baglanan polimerlerin, kovalent baglamaya ek olarak, örnegin, fiziksel sogurum gibi vasitalarla da baglanabilecegi takdir edilecektir. Burada kullanildigi üzere, "a" ve "b" "Ca ila Cb" veya "Cab", belirtilen gruptaki karbon atomlarinin sayisini belirten tam sayilardir. Yani, grup "a" ila "b" karbon atomlarini kapsayabilir. Bu nedenle, örnegin, bir bir "C1 ila C4 alkil" veya "CLA alkil" grubu, 1 ila 4 karbon atomuna sahip olan tüm alkil gruplarina, yani CH3-, CH3CH2-, CH3CH3CH3-, (CH3)2CH-, CH&HhCH2CH2-, CH3CH2CH (CH3)- ve (CH3) 3C-'e isaret eder. Burada kullanildigi sekliyle "halojen" veya "halo" terimi, Elementlerin Periyodik Tablosunun 7. sütununun atomlarindan herhangi birini ifade eder, florin, klorin, bromin veya iyodin gibi ve florin ve klorin tercih edilendir. Burada kullanildigi sekliyle "alkil", tamamen doymus olan düz veya dallanmis bir hidrokarbon zincirini belirtir (yani çift veya üçlü bag içermez). Alkil grubu 1 ila 20 karbon atomuna sahip olabilir (bu burada ne zaman görünürse, "1 ila 20" gibi bir sayisal aralik, verilen araliktaki her bir tam sayiyi belirtir; Örnegin "1 ila 20 karbon atomu" alkil grubunun 20 karbon atomuna kadar ve dahil olmak üzere 1 karbon atomu, 2 karbon atomu, 3 karbon atomu vb. içerebilecegi anlamina gelir ve ayni zamanda, mevcut tanim sayisal araligin belirtilmedigi "alkil" teriminin ortaya çikmasini da kapsamaktadir.) Alkil grubu ayrica 1 ila 9 karbon atomuna sahip bir orta boy alkil olabilir. Alkil grubu ayrica 1 ila 4 karbon atomuna sahip bir alt alkil olabilir. Alkil grubu "Ora alkil" veya benzer isaretler olarak tanimlanabilir. Sadece örnek olarak, "014 alkil", alkil zincirinde bir ila dört karbon atomu bulunduguna isaret eder, yani, alkil zinciri, metil, etil, propil, izo-propil, n- butil, izobütil, sek-bütil ve t-bütil grubundan seçilir. Tipik alkil gruplari, sinirlayici olmamakla birlikte, metil, etil, propil, izopropil, butil, izobütil, tersiyer butil, pentil, heksil ve benzerlerini içerir. Burada kullanildigi haliyle, alkoksi -OR formülüme isaret edip, özelligi; R'nin yukarida tanimlandigi, metoksi, etoksi, n- propoksi, l-metiletoksi (izopropoksi), n-bütoksi, izo-butoksi, sek-bütoksi ve tert-bütoksi ve benzerleri dahil ancak bunlarla sinirli olmamak üzere "Cpg" gibi bir bir alkil olmasidir. Burada kullanildigi haliyle, "alkiltiyo", -SR formülüne isaret edip; özelligi, "Cia alkiltiyo" ve benzerleri gibi, R, yukarida tanimlandigi gibi ve bunlarla sinirli olmamak üzere, metilmercapto, etilmerkapto, n-propilmerkapto, l-metiletil- metilkapto (izopropilmerkapto), n-butilmerkapto, izo- butilmerkapto, sek-butilmerkapto, tert-butilmerkapto ve benzerlerini içeren bir alkildir. Burada kullanildigi haliyle, "alkenil", bir veya daha fazla çift bag içeren düz veya dallanmis bir hidrokarbon zincirini belirtir. Alkenil grubu 2 ila 20 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim ayrica sayisal araligin belirtilmedigi ayrica 2 ila 9 karbon atomuna sahip bir orta boy alkenil de olabilir. Alkenil grubu ayrica 2 ila 4 karbon atomuna sahip daha düsük bir alkenil olabilir. Alkinil grubu, "Czi alkenil" veya benzer isaretlerle tanimlanabilir. Sadece örnek olarak, "Cß4 alkenil", alkenil zincirinde iki ila dört karbon atomu oldugunu gösterir, yani alkenil zinciri etenil, propen-l-il, propen-Z- il, propen-3-il, buten-l-il, buten-Z-il, buten-3-il, buten-4- il, 2-metil-propen-3-il, buta-l,3-dienil, buta-l,2, -dienil ve buta-l,2-dien-4-il'den olusan gruptan seçilir. Tipik alkenil gruplari, sinirlayici olmamakla birlikte, ethenil, propenil, bütenil, pentenil ve heksenil ve benzerlerini içerir. Burada kullanilan "alkinil", bir veya daha fazla üçlü bag içeren düz veya dallanmis bir hidrokarbon zincirini belirtir. Alkinil grubu, 2 ila 20 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim, sayisal araligin belirtilmedigi "alkinil" teriminin olusumunu da kapsar. Alkinil grubu ayrica 2 ila 9 karbon atomuna sahip bir orta boy alkinil de olabilir. Alkinil grubu ayrica 2 ila 4 karbon atomuna sahip daha düsük bir alkinil olabilir. Alkinil grubu "C24 alkinil" veya benzeri gösterimler ile tanimlanabilir. Sadece örnek olarak, "Cß4 alkinil", alkinil zincirinde iki ila dört karbon atomu oldugunu gösterir, yani yani, alkinil zinciri, etinil, propin-l-il, propin-2-il, butin-l-il, bütin-3-il, bütin- 4-il ve 2-bütinilden olusan gruptan seçilir. Tipik alkinil gruplari, sinirlayici olmamkla beraber, etinil, propinil, butinil, pentinil ve heksinil ve benzerlerini içerir. Burada kullanildigi haliyle, "heteroalkil", bir veya daha fazla heteroatom içeren düz veya dallanmis bir hidrokarbon zincirini, yani zincir omurgasinda, azot, oksijen ve sülfür dahil, ancak bunlarla sinirli olmamak üzere karbondan baska bir elementi belirtir. Mevcut tanim ayrica sayisal araligin belirtilmedigi heteroalkil grubu 1 ila 20 karbon atomuna sahip olabilir. Heteroalkil grubu ayrica 1 ila 9 karbon atomuna sahip bir orta boy heteroalkil olabilir. Heteroalkil grubu ayrica 1 ila 4 karbon atomuna sahip daha düsük bir heteroalkil olabilir. Heteroalkil grubu, "Cp4 heteroalkil" veya benzeri gösterimlerle tanimlanabilir. Heteroalkil grubu bir veya daha fazla heteroatom içerebilir. Sadece örnek olarak, "CLA heteroalkil", heteroalkil zincirinde bir ila dört karbon atomu ve ayrica zincirin omurgasinda bir veya daha fazla heteroatom olduguna isaret eder. Burada kullanildigi sekliyle "alkilen", molekülün geri kalanina iki nokta (yani bir alkanedil) ile baglanan sadece karbon ve hidrojen içeren bir dallanmis veya düz Zincirli tam doymus di- radikal kimyasal grup anlamina gelir. Alkilen grubu, 1 ila 20,000 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim, sayisal araligin belirtilmedigi alkilen terimini de kapsar. Alkilen grubu ayrica 1 ila 9 karbon atomuna sahip orta boy bir alkilen de olabilir. Alkilen grubu ayrica 1 ila 4 karbon atomuna sahip daha düsük bir alkilen de olabilir. Alkilen grubu "C14 alkilen" veya benzeri gösterimlerle tanimlanabilir. Sadece örnek olarak, oldugunu gösterir, yani, alkilen zinciri, metilen, etilen, etan- metiletilen, bütilen, bütandan olusan gruptan seçilir. -l,l- diil, bütan-2,2-diil, 2-metil-propan-l,l-diil, l-metil- propilen, 2-metil-propilen, l,l-dimetil-etilen, l, 2-dimetil- etilen ve l-etilileten' den olusan guptan seçilir. Burada kullanildigi sekliyle "heteroalkilen" terimi, alkilenin bir veya daha fazla iskelet atomunun karbon, örnegin oksijen, azot, sülfür, fosfor veya bunlarin kombinasyonlari disindaki bir atomdan seçildigi bir alkilen zincirini belirtir. Heteroalkilen zinciri 2 ila 20,000 arasinda bir uzunluga sahip olabilir. Örnek niteligindeki heteroalkilenler, ama bunlarla sinirli olmamak CHzNHCH2-, -CH2NHCH2CH2-, ve benzerlerini içerir. Burada kullanildigi sekliyle "alkenilen", sadece karbon ve hidrojen içeren ve molekülün geri kalanina iki noktadan baglanan en az bir karbon-karbon çift bagi içeren düz veya dallanmis Zincirli bir di-radikal kimyasal grup anlamina gelir. Alkenilen grubu 2 ila 20,000 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim ayrica sayisal araligin belirtilmedigi alkenilen terimini de kapsar. Alkenilen grubu ayrica 2 ila 9 karbon atomuna sahip orta boy bir alkenilen olabilir. Alkenilen grubu ayrica 2 ila 4 karbon atomuna sahip daha düsük bir alkenil olabilir. Alkenilen grubu, "C24 alkenilen" veya benzeri gösterimlerle tanimlanabilir. Sadece örnek olarak, "C24 alkenilen", alkenilen zincirinde iki ila dört karbon atomu olduguna isaret eder, yani alkenilen zinciri etenilen, eten-l,l-diil, propenilen, propen- l,1-diil, prop-Z-en-l,l-diil, l-metil-etenilen, but-l-enilen, 1,1-diil, but-2-en-l,l-diil, but-3-en-l, l-diil, l-metil-prop- 2-en-l,l-diil, 2-metil-prop-2-en-l,l-diil, l-etil-eteilen, 1,2- dimetil- etenilen, l-metil-propenilen, 2-metil-propenilen, 3- metil-propenilen, 2-metil-pro-pen-1,l-diil ve 2,2-dimetil-eten- l,l-diil'den olusan gruptan seçilir. Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, "alkinilen", sadece karbon ve hidrojen içeren ve molekülün geri kalanina iki noktadan baglanan en az bir karbon-karbon üçlü bagi içeren bir düz ya da dallanmis Zincirli di-radikal kimyasal grup anlamina gelmektedir. bir halka veya halka sistemini belirtir ve hem› karbosiklik aromatik (örnegin, fenil) ve heterosiklik. aromatik gruplari (örnegin, piridin) içerir. Terim, tüm halka sisteminin aromatik olmasi kosuluyla nwnosiklik veya kaynasik halkali polisiklik (yani, bitisik atom çiftlerini paylasan halkalar) gruplarini Burada kullanildigi sekliyle "aril", halka omurgasinda sadece karbon içeren bir aromatik halka veya halka sistemine (yani iki bitisik karbon atomunu paylasan iki veya daha fazla kaynasmis halka) isaret eder. Aril bir halka sistemi oldugunda, sistemdeki her halka aromatiktir. Aril grubu, 6 ila 18 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim, sayisal araligin belirtilmedigi karbon atomuna sahiptir. Aril grubu, "Cano aril", "Ceveya Cm aril" veya benzer gösterimlerle tanimlanabilir. Aril gruplarinin örnekleri, bunlarla sinirli kalmamak kaydiyla, fenil, naftil, Burada kullanildigi sekliyle "arilen", iki noktadan baglanma yoluyla molekülün geri kalan kismina baglanan sadece karbon ve hidrojen içeren bir aromatik halka veya halka sistemini belirtir. Burada kullanildigi sekliyle "ariloksi" ve "ariltiyo", R-Ve RS- benzerleri gibi, yukarida tanimlandigi gibi bir arildir; ancak feniloksi ile sinirli degildir. Bir "aralkil" veya "arilalkil", bir ikame olarak, "C7-l4 aralkil" gibi bir alkilen grubu ve benzil, 2-feniletil, 3- fenilpropil ve naftilalkil dahil, ancak bunlarla sinirli olmamak üzere, benzerleri ile baglanan bir aril grubudur. Bazi durumlarda, alkilen grubu daha düsük bir alkilen grubudur (yani bir Ci-4 alkilen grubu). Burada kullanildigi haliyle, "heteroaril", halka omurgasinda, azot, oksijen ve sülfür dahil, ancak bunlarla sinirli olmamak üzere, karbondan baska bir element olan bir veya daha fazla heteroatom içeren bir aromatik halka veya halka sistemini (yani, iki bitisik atomu paylasan iki veya daha fazla kaynasmis halka) isaret eder. Heteroaril bir halka sistemi oldugunda, sistemdeki her halka aromatiktir. Heteroaril grubu, 5-18 halka üyesine (yani, karbon atomlari ve heteroatomlar dahil olmak üzere halka omurgasini olusturan atomlarin sayisi) sahip olabilir, ancak mevcut tanim, sayisal araligin belirtilmedigi "heteroaril" teriminin olusmasini da kapsar. Bazi uygulamalarda, heteroaril grubu 5 ila 10 halka üyesine veya 5 ila 7 halka üyesine sahiptir. Heteroaril grubu, "5-7 üyeli heteroaril", "5-10 üyeli heteroaril" veya benzer gösterimlerle tanimlanabilir. Heteroaril halkalarinin örnekleri, fakat bunlarla sinirli olmamak üzere, furil, tiyenil, ftalazinil, pirolil, oksazolil, tiazolil, imidazolil, pirazolil, izoksazolil, izotiazolil, triazolil, tiadiazolil, piridinil, piridazinil, pirimidinil, pirazinil, triazinil, kinolinil, izokinolinil, benzimidazolil, benzoksazolil, benzotiazolil, indolil, izoindolil ve benzotienil Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, "heteroarilen", iki noktadan baglanma yoluyla molekülün geri kalan kismina baglanan halka omurgasinda bir ya da daha fazla heteroatom ihtiva eden bir aromatik halka ya da halka sistemini belirtmektedir. Bir "heteroaralkil" veya "heteroarilalkil", bir alkilen grubu yoluyla bir ikame edici olarak baglanmis heteroaril grubudur. Örnekler, bunlarla sinirli olmamak üzere, 2-tiyenilmetil, 3- tiyenilmetil, furilmetil, tieniletil, pirrolilalkil, piridil- lakil, izoksazolilalkil ve imidazolilalkil içerir. Bazi durumlarda, alkilen grubu daha düsük bir alkilen grubudur (yani bir Ci-4 alkilen grubu gibi). Burada kullanildigi haliyle, "karbosiklil", halka sistemi omurgasinda sadece karbon atomlari içeren, aromatik olmayan bir döngüsel halka veya halka sistemi anlamina gelir. Karbosiklil bir halka sistemi oldugunda, iki veya daha fazla halka kaynasmis bir araya, köprülü veya spiro baglantili bir tarzda birlestirilebilir. Bir halka sistemindeki en az bir halkanin aromatik olmamasi kosuluyla, karbosikller herhangi bir doyma derecesine sahip olabilir. Bu nedenle, karbosikliller, sikloalkilleri, sikloalkenilleri ve sikloalkinilleri içerir. Karboksil grubu, 3 ila 20 karbon atomuna sahip olabilir, ancak mevcut tanim, sayisal araligin belirtilmedigi "karbosiklil" teriminin olusumunu da kapsar. Karbosiklil grubu ayrica 3 ila 10 karbon atomuna sahip orta boy bir karbosiklil olabilir. Karbosiklil grubu ayrica 3 ila 6 karbon atomuna sahip bir karbosiklil olabilir. Karbosiklil grubu "C&ß karbosiklil" veya benzer gösterimlerle tanimlanabilir. Karbosiklil halkalarinin örnekleri, bunlarlar sinirli olmamak üzere, siklopropil, siklobutil, siklopentil, sikloheksil, sikloheksenil, 2,3-dihidro-inden, bisiklet [2.2.2] oktanil, adenil ve spiro [4.4] nonanil içerir. Bir "(karbosiklil) alkil", bir ikame edici olarak "C4-lO (karbosiklil) alkil" ve benzerleri gibi bir alkilen grubu yoluyla baglanan bir karbosiklil grubudur, siklopropilmetil, siklobütilmetil, siklopropiletil, siklopropilbütil, siklobütiletil, siklopropilizopropil, siklopentilmetil, siklopentiletil, sikloheksilmetil, sikloheksiletil, sikloheptilmetil ve benzerleri dahil olmak üzere ama bunlarla sinirli degildir. Bazi durumlarda, alkilen grubu, daha düsük bir alkilen grubudur. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalkil", tamamen doymus bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelir. Örnekler, siklopropil, siklobutil, siklopentil ve sikloheksili içerir. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalkilen", molekülün geri kalanina iki noktadan baglanan tam olarak doymus bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelir. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalkenil" veya "sikloalken", en az bir çift baga sahip olan bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Bir örnek sikloheksenil veya sikloheksendir. Baska bir örnek norbornen veya norbornenildir. Burada kullanildigi sekliyle "heterosikloalkenil" veya halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmadigi en az bir heteroatom içeren bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelir. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalkinil" veya "sikloalkin", en az bir üçlü baga sahip olan bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Bir örnek siklooktindir. Baska bir örnek bisiklonindir. Burada kullanildigi haliyle, "heterosikloalkinil" veya en az bir heteroatom içeren bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir Burada kullanildigi sekliyle "heterosiklil", halka omurgasinda en az bir heteroatom içeren aromatik olmayan bir döngüsel halka veya halka sistemi anlamina gelir. Heterosikliller kaynasik bir sekilde biraraya gelerek köprülü veya spiro baglantili bir tazda birlestirilebilir. Halka sistemindeki en az bir halkanin aromatik olmamasi kosuluyla, heterosiklillerin herhangi bir doygunluk derecesi olabilir. Heteroatom (lar), halka sisteminde aromatik olmayan veya aromatik bir halkada mevcut olabilir. Heterosiklil grubu 3 ila 20 halka üyesine sahip olabilir (yani, karbon atomlari ve heteroatomlar dahil olmak üzere halka omurgasini olusturan atomlarin sayisi), ancak mevcut tanim ayrica sayisal araligin belirtilmedigi "heterosiklil" teriminin olusumunu da kapsar. Heterosiklil grubu ayrica 3 ila 10 halka üyesine sahip bir orta boy heterosiklil olabilir. Heterosiklil grubu ayrica 3 ila 6 halka üyesine sahip bir heterosiklil olabilir. Heterosiklil grubu "3-6 üyeli heterosiklil" veya benzer gösterimlerle taminlanabilir. Tercih edilen alti elemanli monosiklik heterosiklillerde, heteroatom (lar) bire kadar 0, N veya S arasindan seçilir ve tercih edilen bes üyeli monosiklik heterosiklilde heteroatom (lar) 0, N veya S'dn seçilen bir veya iki heteroatomdan seçilir. Heterosiklil halkalarinin örnekleri, bunlarla sinirli olmamak üzere, azepinil, akridinil, karbazolil, sinolinil, dioksolanil, imidazolinil, imidazolidinil, morfolilil, oksiranil, oksepanil, thiepanyl, piperidinil, piperazinil, dioksopiperazinil, pirazolinil, pirazolidinil, 1,3-dioksinil, 1,3-dioksanil, 1,4- dioksinil, 1,4-dioksanil, 1,3-Oksathianil, 1,4-oksathiinil, 1,4-oksathianil, 2H-l,2-oksazinil, trioksanil, heksahidro-l, 3,5-triazinil, 1,3-dioksolil, 1,3-dioksolanil, 1,3-ditiyolil, 1,3-ditmi! Enil, izoksazolinil, izoksazolidinil, oksazolinil, oksazolidinil, oksazolidinonil, tiyazolinil, tiyazolidinil, 1,3- oksatiyolanil, in-dolinil, izoindolinil, tetrahidrofuranil, tetrahidropiranil, tetrahidrotiofenil, tetrahidrotiopiranil, tetrahidro-l,4-tiyazinil, tiamorfolinil, dihidrobenzofuranil, benzimidazolidinil ve tetrahidrokinolin Burada kullanildigi sekliyle "heterosiklil", molekülün geri kalan kismina iki noktadan baglanan en az bir heteroatom içeren bir aromatik olmayan döngüsel halka veya halka sistemi anlamina Bir "(heterosiklil) alkil", bir alkilen grubu yoluyla bir ikame edici olarak baglanmis bir heterosiklil grubudur. Örnekler, bunlarla sinirli olmamakla birlikte, imidazolinilmetil ve indolinyiletil içerir. Burada kullanildigi haliyle, `"asil", -C (= 0) R'ye isaret etmekte olup, özelligi; R, burada tanimlandigi gibi hidrojen, Ci4 alkil, Czß alkenil, CZß alkinil, C3q karbosiklil, C640 aril, -10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklil olmasidir. Sinirlayici olmayan örnekler, formil, asetil, propanoil, benzoil ve akril içerir. Bir "O-karboksi" grubu bir "-OC (= 0) R" grubuna karsilik gelmekte olup, özelligi; R'nin, burada tanimlandigi gibi, hidrojen, Ci-6 alkil, Cßß alkenil, C2% alkinil, C34 karbosiklil, Cödo aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilmesidir. Bir "C-karboksi" grubu bir "-C (= 0) OR" grubuna isaret etmektedir, burada, R'nin, tanimlandigi gibi, hidrojen, Ci-6 alkil, C2-6 alkenil, C24 alkinil, C34 karbosiklil, ngo aril, 5- üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilmektedir. Sinirlayici olmayan bir örnek, karboksili (yani, -C (= 0) OH) Bir "asetal" grubu RC (H) (OR ') 2'ye isaret etmekte olup, özelligi; R ve R"nin, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, Cim alkil, C2% alkenil, C2% alkinil, C34 karbosiklil, C640 aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilmesidir. Bir "siyano" grubu bir "-CN" grubuna isaret eder. Bir "siyanato" grubu bir "-OCN" grubuna isaret eder. Bir "izosiyanat" grubu bir "-NCO" grubuna isaret eder. Bir "tiyosiyanat" grubu bir "-SCN" grubuna isaret eder. Bir "izotiyosiyanat" grubu, bir "-NCS" grubuna isaret eder. Bir "sülfinil" grubu bir "-8 (= 0) R" grubuna isaret eder, burada R, burada tanimlandigi gibi, hidrojen, Cye alkil, Cßß alkenil, cis alkinil, C}a karbosiklil, Ceqo aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "sülfonil" grubu bir "-SOZR" grubuna isaret eder, burada R, burada tanimlandigi gibi, hidrojen, Cim alkil, Czw alkenil, cis alkinil, C34 karbosiklil, Csqo aril, 5-l0 üyeli heteroaril ve 5- lO üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "S-sülfonamido" grubu bir burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, CLß alkil, Cßß alkenil, C24 alkinil, C3q karbosiklil, Cano aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "N-sülfonamido" grubu bir "-N (RA) SOzRB" grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, ciß alkil, C2% alkenil, Cat alkinil, C3; karbosiklil, Caio aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Burada kullanilan "nitril oksit", "RC=N%T" grubuna isaret eder, burada R, burada tanimlandigi gibi, hidrojen, Cye alkil, Cß6 alkenil, Cß6 alkinil, Cy7 karbosiklil, Ceqo aril, 5-10 üyeli heteroaril veya 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Nitril oksidin hazirlanmasina yönelik sinirlayici olmayan örnekler arasinda kloramid-T ile muamele ile aldoximlerden in situ üretimi veya bazin imidoil klorürler üzerindeki etkisi [RC(Cl)= NOH] yer alir. Burada kullanilan "nitron", "Rýgc = NRc+O"'grubuna isaret eder, burada RA, RE ve Rc'nin her biri, burada, tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, Cyß alkil, C}6 alkenil, Cßß alkinil, C34 karbosiklil, Caqo aril, 5-10 üyeli heteroaril veya 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "O-karbamil" grubu bir "-OC(=O)NRý@" grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, CLß alkil, Czß alkenil, Cßß alkinil, C34 karbosiklil, Caio aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "N-karbamil" grubu bir "-N(RA)OC(=O)RB" grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, Cyt alkil, Czß alkenil, Czr alkinil, C34 karbosiklil, Caio aril, 5-lO üyeli heteroaril ve 5-lO üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "O-tiyokarbamil" grubu bir "-OC(=S)NRARE' grubuna isaret eder, burada RA ve Rß'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, C1% alkil, Cß6 alkenil, C}6 alkinil, C34 karbosiklil, Cano aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "N-tiyokarbamil" grubu bir "-N(RA)OC(=S)R5' grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, Cy6 alkil, Czß alkenil, Cßß alkinil, C34 karbosiklil, Cana aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "C-amido" grubu bir "-C(=O)NR&@" grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, C1% alkil, C2% alkenil, Czß alkinil, ng karbosiklil, ngo aril, 5-lO üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "N-amido" grubu bir "-N(RA)C(:O)R5' grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, CL& alkil, C2% alkenil, Czß alkinil, an karbosiklil, Cale aril, 5-10 üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Bir "amino" grubu bir "-NRARB" grubuna isaret eder, burada RA ve RB'nin her biri, burada tanimlandigi gibi, bagimsiz olarak hidrojen, Cim alkil, C2% alkenil, C2% alkinil, C34 karbosiklil, C640 aril, 5-lO üyeli heteroaril ve 5-10 üyeli heterosiklilden seçilir. Sinirlayici olmayan bir örnek, serbest amino (yani, - NH2) içerir. Bir "aminoalkil" grubu, bir alkilen grubu yoluyla baglanan bir amino grubuna karsilik gelir. Bir "alkoksialkil" grubu, bir "Czß alkoksialkil" ve benzerleri gibi bir alkilen grubu yoluyla baglanan bir alkoksi grubunu ifade Burada kullanildigi haliyle, "hidrazin" veya "hidrazinil" terimi, bir -NHNHZ grubuna karsilik gelir. Burada kullanildigi haliyle "hidrazon" veya "hidrazonil" terimi bu gruba isaret etmektedir; Burada kullanilan sekliyle "formil" terimi, bir -C(O)H grubuna karsilik Burada kullanilan "epoksi" terimi, su sekli ifade etmektedir; Burada kullanilan "ester" terimi, R-C(=O) O-R' anlamina gelip, özelligi; R ve R 'bagimsiz olarak alkil, alkenil, alkinil, sikloalkil, sikloalkenil, sikloalkinil, aril, heteroaril, heteroalisiklil, aralkil, (heteroalisiklil) alkil veya bunlarin istege bagli olarak ikame edilmis varyantlari olabilmesidir. Burada kullanildigi haliyle, "karboksilik asit" veya "karboksil" terimi -C(O)OH'yi belirtir. Burada kullanilan "tiyosiyanato" terimi -S-C = N grubuna karsilik gelir. Burada kullanilan "okso-amino" terimi, -NHz'nin bir veya daha fazla. hidrojenin istege bagli olarak bir R grubu ile ikame edilebildigi -O-NH2 grubuna karsilik gelir. R bagimsiz olarak hidrojen, alkil, alkenil, alkinil, sikloalkil, sikloalkenil, sikloalkinil, aril, heteroaril, heteroalisiklil, aralkil veya (heteroalisiklil) alkil olabilir. Burada kullanildigi haliyle, bir "nükleotit", heterosiklik baz, bir seker ve bir veya daha fazla fosfat grubu içeren bir nitrojen içerir. Bunlar bir nükleik asit dizisinin monomerik birimleridir. RNA'da, seker bir ribozdur` ve DNA'da ise bir deoksiribozdur, yani ribozda 2' konumunda bulunan bir hidroksil grubundan yoksun bir sekerdir. Nitrojen içeren heterosiklik baz, pürin veya pirimidin bazi olabilir. Pürin bazlari, adenin (A) ve guanin (G) ve degistirilmis türevleri veya bunlarin analoglarini içerir. Pirimidin bazlari arasinda sitosin (C), timin (T) ve urasil (U) ve bunlarin degistirilmis türevleri veya analoglari bulunur. C-l deoksiriboz atomu bir pirimidin N-l veya bir purinin N-9'una baglanir. Burada kullanildigi haliyle, bir "nükleosit", yapisal olarak bir nükleotide benzer, ancak 5' konumunda herhangi bir fosfat parçasindan yoksundur. "Nükleosit" terimi, buradaki normal anlaminda yani teknikte kalifiye olmus kisiler tarafindan anlasildigi gibi kullanilmaktadir. Örnekler, bunlarla sinirli olmamak kaydiyla, bir ribonükleosit bir riboz kismi ve bir deoksiriboz parçasi içeren bir deoksiribonükleosit içerir. Degistirilmis bir pentoz kismi, bir oksijen atomunun bir karbon ile degistirildigi ve / veya bir karbonun bir sülfür veya bir oksijen atomu ile degistirildigi bir pentoz grubudur. Bir sahip olabilen bir monomerdir. Ek olarak, daha büyük DNA ve / veya RNA. polimerleri ve oligomerlerine bir nükleosit dahil edilebilir. Burada kullanildigi haliyle, "polinükleotid" terimi, genel olarak DNA (örn., Genomik DNA cDNA), RNA (örnegin mRNA), sentetik oligonükleotidler ve sentetik nükleik asit analoglari dahil olmak üzere nükleik asitlere karsilik gelir. Polinükleotitler, dogal veya dogal olmayan bazlari veya bunlarin kombinasyonlarini ve dogal veya dogal olmayan omurga baglantilarini, ör. fosforotiozlar, PNA veya 2'-O-metil-RNA veya bunlarin kombinasyonlarini içerir. Burada kullanildigi üzere bir "BCN primer" veya "BCN modifiye primer", 5' terminusunda kovalent olarak eklenmis bisiklo bir serbest 3 'OH gruba sahip tek iplikli DNA (ssDNA) molekülü ve baglama tepkimelerine izin vermek için 5' termininde bir modifikasyon olarak tanimlanir. Primer uzunlugu herhangi bir sayida baz olabilir ve çesitli dogal olmayan nükleotidleri içerebilir. Burada kullanildigi sekliyle "silan" terimi, bir veya daha fazla silikon atomu içeren bir organik veya inorganik bilesige isaret eder. Bir inorganik silan bilesiginin sinirlayici olmayan bir örnegi SiH4 ya da hidrojenin bir ya da daha fazla halojen atomu ile degistirildigi halojenli SiH4'tür. Bir organik silan bilesiginin sinirlayici olmayan bir örnegi, X-RF-Si(ORM3 olup, özelligi; X'in amino, vinil, epoksi, metakrilat, sülfür, alkil, alkenil, alkinil gibi hidrolize girmeyen bir organik grup olmasi; RC -(CHûn- gibi bir ara parça olup, özellligi; n'in 0 ila 1000 olmasidir; RP, hidrojen, tercihe göre ikameli alkil, tercihe göre ikameli alkenil, tercihe göre ikameli alkinil, tercihe göre ikameli karbosiklil, tercihe göre ikameli aril, tercihe göre ikameli 5-10 üyeli heteroaril ve istege bagli olarak ornatilmis 5-10 üyeli heterosiklilden seçilmesidir. Burada kullanildigi haliyle, "silan" terimi, farkli silan bilesiklerinin karisimlarini içerebilir. Burada kullanildigi haliyle, "tetrazin" veya "tetrazinil" terimi, dört nitrojen atomunu içeren alti üyeli heteroaril grubunu ifade eder. Tetrazin istege bagli olarak ikame edilebilir. Burada kullanilan "tetrazol" veya "tetrazolil" terimi, dört nitrojen atomunu içeren bes üyeli heterosiklik gruba karsilik gelir. Tetrazol istege bagli olarak ikame edilebilir Burada kullanildigi haliyle, "doymamis molekül parçasi" terimi, en az bir çift bag veya bir üçlü bag içeren sikloalkenler, sikloalkinler, heterosikloalkenler, heterosikloalkinler veya bunlarin istege göre ikame edilmis varyantlarini içeren bir kimyasal grubu belirtir. Doymamis molekük parçalari tek degerlikli veya iki degerlikli olabilir. Doymamis molekük parçasi tek degerlikli oldugunda sikloalken, sikloalkin, heterosikloalken, heterosikloalkin, sikloalkenil, sikloalkinil, heterosikloalkenil, heterosikloalkinil ile birbirinin yerine kullanilabilir. Doymamis molekül parçasi iki degerlikli oldugunda, sikloalken, sikloalkin, heterosikloalken, heterosikloalkin, sikloalkenilen, sikloalkinilen, heterosikloalkenilen, heterosikloalkinilen ile birbirinin yerine kullanilabilir. Burada kullanildigi sekliyle "polimer" terimi, tekrarlanan birçok alt birimden olusan bir molekülü isaret eder. Polimerler dogrusal, dallanmis veya asiri dallanmis olabilir. Dallanmis polimerlerin sinirlayici olmayan örnekleri arasinda, yildiz polimerler, tarak polimerleri, firça polimerleri, dendronize polimerler, merdivenler ve dendrimerler bulunur. Burada tarif edilen polimerler, polimer nanopartikülleri seklinde de olabilir. Burada kullanilan "isik" ya da "foto-" önekleri, isik ya da elektromanyetik radyasyon ile ilgili anlamina gelir. Terim, spektrumun radyo, mikrodalga, kizil ötesi, görünür, ultraviyole, X-isini veya gama isini kisimlari olarak bilinen araliklarin bir veya daha fazlasini içeren, ancak bunlarla sinirli olmayan elektromanyetik spektrumun tamamini veya bir kismini kapsayabilir. Spektrumun bir kismi, burada ortaya konulan metaller gibi bir yüzeyin metal bir bölgesi tarafindan bloke edilmis olabilir. Alternatif olarak veya ek olarak, spektrumun parçasi, cam, plastik, silika veya burada ortaya konan baska bir materyalden yapilmis bir bölge gibi bir yüzeyin bir interstisyel bölgesinden geçebilen olabilir. Özel uygulamalarda, bir metalden geçebilen radyasyon kullanilabilir. Alternatif olarak veya ek olarak, cam, plastik, silika veya burada ortaya konan baska bir materyalle maskelenen radyasyon kullanilabilir. Burada kullanilan "reaktif bölge" terimi, bir kimyasal reaksiyon veya moleküler etkilesim yoluyla bir veya daha fazla molekülü baglamak için kullanilabilen, burada tarif edilen islevsellestirilmis molekül kaplamalari üzerinde bir alan anlamina gelir. Bu baglanma, bir kovalent bag yoluyla veya diger birlestirme veya interaktif kuvvetler yoluyla olabilir. Burada kullanildigi sekliyle "YES metodu" terimi, Verumina, Inc. tarafindan gelistirilen kimyasal buhar biriktirme prosesi ile Verim Mühendislik Sistemleri ("YES") tarafindan saglanan kimyasal buhar biriktirme aracini ifade eder. Üç farkli buhar biriktirme sistemi içerir. Otomatik YES-VertaCoat silan buhar sistemi, 200 veya 300 mm'lik plakalari barindirabilen esnek bir plaka tasima modülü ile hacim üretimi için tasarlanmistir. Manuel yüklemeli YES-1224? Silane Buhar Sistemi, yapilandirilabilirf büyük kapasiteli hazneleri ile çok yönlü hacim üretimi için tasarlanmistir. YES-LabKote, fizibilite çalismalari ve Ar-Ge çalismalari için ideal olan düsük maliyetli bir masaüstü sürümüdür. Burada kullanildigi haliyle, ikame edilmis bir grup, baska bir atom veya grup için bir veya daha fazla hidrojen atomunun degistirildigi ikame edilmemis ana gruptan türetilir. Aksi belirtilmedikçe, bir grup "ikame edilmis" olarak kabul edildiginde, grubun bagimsiz olarak asagidakilerden seçilen bir veya daha fazla ikame edici ile ikame edildigi ifade edilir: C1-06 alkil, Ci-Cs alkenil, Ci-Cs alkinil, Ci-Cg heteroalkil, C3- C7 karboksil (istege bagli olarak halo, Ci-Ca alkil, C1-C6 alkoksi, Ci-Ce haloalkil, and Ch-Ce haloalkoksi ile le ikame edilmis), C3-C7-karbosiklil-Ci-CG-alkil (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, Ci-Ce alkoksi, C1-C6 haloalkil, and C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heterosiklil (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, C1-C6 alkoksi, Ci-Cs haloalkil, and Ci-Cs haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heterosiklil- Ci-Cs-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cg alkil, Ci-Ce alkoksi, C1-C6 haloalkil, and C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), aril (istege bagli olarak halo, Ci-Ca alkil, Ci-Cg alkoksi, Ci-Cg haloalkil, and C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), aril(C1-C6)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, C1-C6 alkoksi, Ci-Cs haloalkil, and Ci-Cs haloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril (istege bagli olara halo, C1-C6 alkil, Ci-Ce alkoksi, Ci-Cs haloalkyi, and C1-C6 haloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril(C1- C6)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cs alkoksi, Ci-Ce haloalkil, and Ci-Cahaloalkoksi), halo, siyano, hidroksi, Ci-C6 alkoksi, C1-C6 alkoksi(C1-C6)alkil (yani, eter), ariloksi, sülfhidril (mercapto), halo(C1-C6)alkil (e.g., -CF3), halo(C1- C6)alkoksi (yani, -OCE3), Ci-Ce alkiltiyo, ariltiyo, amino, amino(Ci-C6)alkil, nitro, O-karbamil, N-karbamil, O-tiokarbamil, N-tiokarbamil, C-amido, N-amido, S-sulfonamido, N-sulfonamido, C-karboksi, O-karboksi, asil, siyanato, izosiyanato, tiosiyanato, izotiyosiyanato, sülfinil, sülfonil, ve okso (=O). Bir grup "istege bagli olarak ikame edilmis" olarak tanimlandiginda, bu grup yukaridaki ikame ediciler ile ikame edilebilir. Bazi radikal adlandirma kurallarinin, içerige bagli olarak bir mono-radikal veya bir di-radikal içerebilecegi anlasilmalidir. Örnegin, bir ornatigin` molekülünv geri kalanina iki noktadan baglanmasi gerektirdigi yerde, ornatigin bir di-radikal oldugu anlasilmaktadir. Örnegin, iki baglanti noktasi gerektiren bir alkil olarak tanimlanan bir ornatik, -CH2-, -CHzCHrn - CHzCH(CH3)CHT- ve benzeri di-radikalleri içerir. Diger radikal adlandirma kurallari, radikalin "alkilen" veya "alkenilen" gibi bir di-radikal oldugunu açikça gösterir. Bir ornatigin bir di-radikal olarak gösterilmesi durumunda (yani, molekülün geri kalan kismina iki baglanti noktasi vardir), aksi belirtilmedikçe ornatigin herhangi bir yönsel konfigürasyonda baglanabilecegi anlasilmalidir. Bu nedenle, örnegin, -AE- olarak gösterilen bir ornatik ya da "A" ifadesi, A'nin molekülün en soldaki tutturma noktasinda ve molekülün en sagdaki baglanti noktasinda A'nin tutturuldugu durumda tutturulacagi sekilde yönlendirilir. Burada açiklanan bilesiklerin en az bir stereo merkeze sahip olmasi durumunda, bunlar bireysel enantiyomerler ve diastereomerler~ olarak veya rasematlar dahil olmak üzere bu izomerlerin karisimlari olarak mevcut olabilir. Bireysel izomerlerin ayrilmasi veya tek tek izomerlerin seçici sentezi, teknikte uygulayicilar tarafindan iyi bilinen çesitli yöntemlerin uygulanmasiyla gerçeklestirilir. Aksi belirtilmedikçe, bu tür tüm izomerler ve bunlarin karisimlari, burada açiklanan bilesiklerin kapsamina dahil edilir. Ayrica, burada açiklanan bilesikler bir veya daha fazla kristalli veya amorf formda bulunabilir. Aksi belirtilmedikçe, bu tür tüm formlar, herhangi bir polimorfik form dahil olmak üzere, burada açiklanan bilesiklerin kapsamina dahil edilir. Ek olarak, burada açiklanan bilesiklerin bazilari, suyla (diger bir deyisle, hidratlar) veya ortak organik çözücülerle solvatlar olusturabilir. Aksi belirtilmedikçe, bu tür solvatlar* burada açiklanan bilesiklerin kapsamina dahil edilir. Burada kullanildigi haliyle, "kalan yüzeyin yüzdesi" terimi, P5 / P7 yüzey primerlerini koyulastirmak (kimyasal madde ile) için bir TET QC kullanilarak ölçülen yogunluga isaret edebilir. P5 ve P7 primerleri, HiSeq, MiSeq, Genome Analyzer ve NextSeq platformlarinda siralamak için Illumina Inc. tarafindan satilan ticari akis hücrelerinin yüzeyinde kullanilir. Primer dizileme, Patent yayininda tarif edilmistir. TET, PS / P7 primerlerine karsi serbest diziye sahip bir boya etiketli oligonükleotittir. TET, bir yüzey üzerinde PS / P7 primerlerine hibritlenebilir; Asiri TET, yikanabilir` ve eklenmis boya konsantrasyonu, bir Tayfun Scanner (General Electric) gibi bir tarama aleti kullanilarak floresan tespiti ile ölçülebilir. Teknikte uzman bir kisi, burada tarif edilen bazi yapilarin, diger kimyasal yapilar tarafindan oldukça temsil edilebilen rezonans formlari veya bilesiklerin totomerleri olabilecegini kabul edecektir; zanaatkar, bu tür yapilarin, sadece bu tür bilesik(ler) in bir numunesinin çok küçük bir kismini temsil edebilecegini kabul eder. Bu tür bilesikler tasvir edilen yapilar kapsaminda düsünülür, ancak bu tür rezonans formlari veya totomerler burada temsil edilmez. Silan veya Silan Türevleri Burada açiklanan bazi uygulamalar, sikloalkenler, sikloalkinler, heterosikloalkenler, heterosikloalkinler veya istege bagli olarak ikame edilmis varyantlar veya bunlarin kombinasyonlarindan seçilen çok sayida doymamis molekül parçacigi içeren silan veya silan türevleri ile ilgilidir. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalken", en az bir çift baga sahip olan bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özeliigi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Burada kullanildigi sekliyle "heterosikloalken", bir karboksil halkasi veya halka sistemi, halka omurgasinda en az bir çift baga sahip en az bir heteroatom içerdigi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Burada kullanildigi sekliyle "sikloalkin", en az bir üçlü baga sahip bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Burada kullanildigi haliyle, omurgasinda en az bir heteroatom içeren bir karbosiklil halkasi veya halka sistemi anlamina gelip, özelligi; halka sistemindeki hiçbir halkanin aromatik olmamasidir. Bazi uygulamalarda, heterosikloalken içindeki heteroatom, FL 0 veya S'den olusan gruptan seçilir. Hem sikloalken hem de heterosikloalken, istege bagli olarak ikame edilebilir. Doymamis molekül parçalari tek degerlikli veya iki degerlikli olabilir. Doymamis molekül parçalari, silan veya silan türevlerinin silikon atomlarina kovalent olarak ya dogrudan baglanabilir veya baglayicilar yoluyla dolayli olarak baglanabilir. Doymamis molekül parçalari, islevsellestirilmis moleklüle daha da sinirlandirilabilir. Bazi uygulamalarda, doymamis molekül parçalari, istege bagli olarak norbornen ve bunlari türevleri gibi sikloalkenlerle ikame edilir. Bazi uygulamalarda, doymamis molekül parçalari istege bagli olarak ikame edilmis siklooktin ya da bisiklonindir. Halka susu sunan diger sikloalkenler, heterosikloalkenler, sikloalkinler, heterosikloalkinler de doymamis moleküül parçalari olarak kullanilabilir. Norbornenler Bazi uygulamalarda, sikloalken norbornen veya bir norbornen türevidir. Bazi uygulamalarda norbornen, asagidaki seçilenlerden seçilen bir veya daha fazla ikame edici ile ikame edilebilir: Ci-Cgalkil, Ci-C6 alkenil, Ci-Ce alknil, C1-C6 heteroalkil, C3-C7 karbosiklil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cs alkokss, C1-C6 haloalkil, and Ci-Cs haloalkoksi ile ikame edilmis), C3-C7- karbosiklil-Cy4k-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cg alkoksi, Ci-Cs haloalkil, and Ci-Cs haloalkoksi), 5-10 üyeli heterosiklil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Ca alkoksi, Ci-Cs haloalkil, and. C1-C6 haloalkoksi), 5-10 üyeli heterosikil- Ci-CG-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Ce alkoksi, Ci-Cs haloalkil, and Ci-Ca haloalkoksi ile ikame edilmis), aril (istege bagli olarak halo, Ci-Ce alkil, Ci-C6 alkoksi, Ci-Ce haloalkil, ve Ci-Ce haloalkoksi ile ikame edilmis), aril(Cy{%)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Ce alkil, Ci-Cg alkoksi, Ci-Ce haloalkil, ve Ci-Ce haloalkoksi ile ikame edilmis), -10 üyeli heteroaril (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, Cl-C6 alkoksi, Cl-C6 haloalkil, ve Cl-C6 haloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril(Cl-C6)alkil (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, Cl-C6 alkoksi, Cl-C6 haloalkil, ve Cl-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), halo, siyano, hidroksi, Cl-C6 alkoksi, Cl-C6 alkoksi(Cl-C6)alkil (yani eter), ariloksi, sülfhidril (mercapto), halo(Cl-C6)alkil (örn, -CF3), halo(Cl-C6)alkoksi (örn, -OCF3), Cl-C6 alkiltiyo, ariltiyo, amino, amino(C1- C6)alkil, nitro, O-karbamil, N-karbamil, O-tiyokarbamil, N- tiyokarbamil, C-amido, N-amido, S-sülfonamido, N-sülfonamido, C- karboksi, O-karboksi, asil, siyanato, izosiyanato, tiyosiyanato, izotiyosiyanato, sülfinil, sülfonil ve okso (= 0). Alternatif olarak, norbornen üzerindeki iki bitisik ornatik, ilave halkalar olusturabilir. Örnegin, bir di-ikameli norborneni temsil edip, özelligi; burada Ra ve Rh, eklendikleri atom ile birlikte, istege bagli olarak ikame edilmis bir aril, istege bagli olarak ikame edilmis bir heteroaril, istege bagli olarak ikame edilmis bir sikloalkil veya istege bagli olarak ikame edilmis bir heterosiklil olusturmak üzere bir araya getirilebilmesidir. Bazi uygulamalarda, norbornen, baska sikloalkenlerle yer degistirebilir. Sinirlayici olmayan örnekler, istege bagli olarak ikame edilmis trans-siklookteni, istege bagli olarak ikame edilmis trans-siklopenten, istege bagli olarak ikame edilen trans-siklohepeni, istege bagli olarak ikame edilen trans-siklononen, istege bagli olarak ikame edilmis bicyclo bicyclo[4.3.l]dec-l(9)-ene, istege bagli olarak ikame edilmis bicyclo[4.2.l]non-l(8)-ene ve istege bagli olarak ikame edilmis bicyclo[4.2.l]-non- l-ene içerir. Hetero(norbornenler) Bazi uygulamalarda, burada kullanilan heterosikloalken bir heteronorbornendir. Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, (hetero) norbornen, bir ya da daha fazla heteroatom ile yer degistiren bir norbornen molekülünde bir ya da daha fazla karbon atomu anlamina gelir. (Hetero) norbornenlerin sinirlayici olmayan örnekleri bu sekildekileri ya da bunlarin istege bagli olarak ikame edilmis varyantlarini Örnek Norbornen Reaksiyonlari A Azides ile 1,3-Dipolar Halkalasma Reaksiyonu 1,2,3-triazolin olusumuna yol açan organik azidlerin ve olefinik baglarin tepkisi ilk olarak 1912 yilinda Wolff tarafindan bildirilmistir. Bkz. Wolff, Liebigs. Ann., 1912, 394, 23. Bu tip reaksiyon, 1,3-dipolar halkalasma reaksiyonu olarak adlandirilir. Terminal alkin'e olan azid ilaveleri, Huisgen'in arastirmasindan elde edilen 1,3-dipolar halkalasma reaksiyonunun bir örnegi olarak kabul edildi. Bkz. Kimyasal Toplumun norbornene kinetik arastirmasini bildirmistir (bkz. Scheiner ve semasi asagidaki gibi gösterilmistir: 1,3-dipolar halkalasma reaksiyonu Ek olarak, Shea ve dig. 2,4,6-trinitrofenil azid ile 1,3-dipolar siklokatlarda burulma ile gerilmis çift baglarin reaktivitesi ile ilgili çalismalari rapor etmistir. Trans-sikloalkenler ve köprübasi alkenleri içeren bir dizi mono- ve bi- siklik olefinler test edildi. Bakiniz, Shea ve arkadaslari, J. Am. Chem. Soc. B Tetrazinler ile Kenetlenme Reaksiyonu Polimer fonksiyonellesmesi için katki maddesi içermeyen (DAinV) tetrazin ve norbornen reaksiyonu ile eslestirme Hansell ve digerleri tarafinda rapor edilmistir. (Bkz. Hansell ve reaksiyon semasi asagidaki gibi gösterilmistir: ÖgraxfN . "î ÇA` .' s N %rêivf\`v"&î Diger örnek metal içermeyen `tiklama' tepkimeleri, Hoyle ve digerleri tarafindan bildirildigi üzere (hetero-) Diels-Alder ve radikal bazli tiol-ene reaksiyonunu içerir ((1995) Soc. 0 Tetrazoller ve Hidrazonlar ile Kenetlenme Reaksiyonu Kaya. ve digerleri. bir` bakir içermeyen tiklama reaksiyonunda protein modifikasyonu için bir norbornen amino asidi (1) rapor etmistir. Kaya ve digerleri, Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 4466-4469. Birinci Örnekte, bir nitril imin hidrazonil klorürden baz destekli HCl eliminasyonu ile üretildi ve daha sonra norbornen türeviyle (1) bir sikloidleme reaksiyonunda kullanildi. Ikinci örnekte, nitril imin bir foto-kimyasal reaksiyonda bir tetrazolden üretildi. NH; Q Click g Hidrazanol ;Ipi N HO 1 v __ . ` ;L Â` Reaksiycinu à klorür .. R Foto-click 3;/ g reaksiyonu ' D. Olefinlerle Halka Açma Reaksiyonu Kim ve digerleri bir normale ait yüzeyde baslatilan halka açici metatez polimerizasyonu kullanilarak bir dogal oksit (Si / SiOZ) tasiyan bir silikon gofretin yüzeyinden ince polimer filmlerin büyütülmesi için bir yöntem bildirmistir. Asagidaki sema üç adimli bir prosedürü Özetlemektedir:(i) norbornenil gruplarini içeren silikon üzerinde kendinden birlestirilmis tek tabakanin olusturulmasi; (ii) bir rutenyum katalizörünün [(Cy3P) 2C12Ru = CHPh, Cy = sikloheksil] yüzeye baglanmasi ve (iii) filmi üretmek için eklenen monomerlerin polimerizasyonu. Bkz Kim ve digerleri, Benzer sekilde, Liu ve digerleri sagidaki semada gösterildigi gibi, bir rutenyum katalizörü tarafindan katalize edilen, elektron bakimindan zengin olefinler ile norbornen türevlerinin, bölge seçici halka açma / çapraz-metatez reaksiyonlarini bildirmistir. Bakiniz Liu ve arkadaslari, Org. Lett, 2005, 7, 131-133. 3 \ HIM?? L \ 45`Y ` Nitril Oksitler ile Halkalasma Reaksiyonu R'(I`ê-5N(î1i:~4 _Ir - Gutsmiedl ve digerleri norbornen ile modifiye edilmis DNA substrati içeren gerginlige karsi uyarlanmis nitril oksit siklojenin ilk örneklerini rapor etmislerdir. Gerilmis alken ya hidroksamoil klorürlerden ya da dogrudan ana oksimin N- Klorosüksinimit ile muamele edilmesi yoluyla in situ olarak üretilen çesitli nitril oksitlerle sikloza karsi uygundur. Siklooktin getirilmesi ve bahsedilen substratlar üzerinde biyolojik moleküllerin hareketsizlestirilmesi için bir alkin fonksiyonu içeren bir siklik karbon zincirine sahip silan bilesiklerini tarif etmektedir. Mevcut açiklamanin bazi düzenlemelerinde, sikloalkin, C1-C6 alkil, C1-C6 alkenil, C1-C6 alkinil, Ci-C6 heteroalkil, C3-C7 karboksiklil (istege bagli olarak halo, C1_C6 alkil, Ci-Ca alkoksi, Ci-Cg haloalkil, ve C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), C3-C7-carbosiklil-Ci-Ce-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cg alkil, C1-C6 alkoksi, C1-C6 haloalkil, ve Ci-Cg haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heterosiklil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Ce alkoksi, C1-C6 haloalkil, ve Ci-Cs haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heterosiklil-Ci-Ca-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Ce alkil, Ci-Ce alkoksi, C1-C6 haloalkil, ve Ci-Cs haloalkoksi), aril (istege bagli olarak halo, Ci-Ca alkil, C1-C6 alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve Ci-Cghaloalkoksi ile ikame edilmis), aril(C1- C6)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Ca alkil, Ci-Ce alkoksi, Ci-Ce haloalkil, ve Ci-Cehaloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cs alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve Ci-Cs haloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril(Ci- C6)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Ce alkoksi, Cyfk haloalkil, ve Cyfk haloalkoksi ile ikame edilmis), halo, siyano, hidroksi, Ci-Ce alkoksi, Ci-Ce alkoksi(C1-C6)alkil (yani, eter), ariloksi, sülfihidril (mercapto), halo(Ci- C6)alkil (örn, -CF3), halo(C1-C6)alkoksi (orn, -OCF3), Ci-Cg alkiltiyo, ariltiyo, amino, amino(Cy{%)alkil, nitro, O- karbamil, N-karbamil, O-tiyokarbamil, N-tiyokarbamil, C-amido, N-amido, S-sülfonamido, N-sülfonamido, C-karboksi, O-karboksi, sülfinil, sülfonil, ve okso (=O)'den seçilen bir veya daha fazla ikame edici ile ikame edilebilir. Alternatif olarak, siklooktinin iki bitisik ikamesi, ilave halkalar olusturabilir. Örnegin, bir di-ikameli siklooktini temsil edip, burada, burada R? ve Rb, eklendikleri atom ile birlikte, istege göre ikame edilmis bir aril, tercihe göre ikameli bir heteroaril, tercihe göre ikameli bir sikloalkil veya istege göre ikame edilmis bir heterosiklil olusturmak üzere bir araya getirilebilir. Bazi uygulamalarda, siklooktin türevi asagidaki yapilari içerebilir: /.11:*.:::~\` "JIOR Meû` /nm\\ ,.-" W\ f; ..f/ .(1 3 5 3" \ Gerinim arttirici azid-alkin halkalasma veya nitril oksit- alkin halkalasma Siklooktinler azides ile 1,3-halkalasma olabilir. Bu tür gerinim arttirici azid-alkin halkalasma (SPAAC) reaksiyonu, bakir içermeyen DNA ligasyonunda kullanilmistir. Van Geel ve digerleri, azid etiketli proteinleri etkili bir sekilde etiketlemek için çesitli gergin oktillerin kullanilabilecegini rapor etmislerdir. Bkz. R. van Geel ve dig., "Thiol-yne ilavesinin önlenmesi, Gerinim Arttirici Azide-Alkin Halkalasmasinin Özelligini Gelistirir", Bioconjugate Chem., tarafindan gerilmis alkinlerin amino asitli filizlere florofor eklemek için kullanilabilecegini gösteren bir çalismada da bildirilmistir. Bkz. Tao ve dig., "Enzim aracili azid ligasyonu ve sus destekli siklojeksiyon yoluyla hücresel proteinleri hedefleyen fluorofor", J. Am. Chem. 800., 2012, Nitloil oksitlerin nispi aktivitesi, azot dipollere karsi alternatif olarak nitronlarin siklooktinlerle reaksiyona girmesi üzerine yapilan çalismalar, gerilme-destekli alkin / nitril oksit halkalasmasi için üstün reaktiviteler önermistir. Bakiniz 2] bisiklo [ 'nin benzonitril okside eklenmesi için hiz sabitinin, benzil azit ile ilgili reaksiyon için asilmis olandan 10 kat daha fazla oldugu gözlenmistir. Benzer sonuçlar dibenzosiklo-aktinol (DIBO) ve benzonitril oksit (in situ hidroksamoil klorürden elde edilen) veya benzil azid arasindaki siklokasyonda da gözlenmistir. Çalisma, önceki reaksiyonun ikincisinden yaklasik 60 kat daha hizli oldugunu göstermektedir. Bisikloninler Bazi uygulamalarda, sikloalkinler bisiklik halka sistemini, örnegin bisiklononinleri içerebilir. Bazi uygulamalarda, bisiklononinler bisiklo [6.1.0] non-4-yne veya bunlarin türevlerinden seçilebilir. Bazi baska uygulamalarda, bisiklononinler bisiklo [6.1.0] non-Z-yne veya bisiklo [6.1.0] non-3-yne arasindan seçilebilir. Bazi uygulamalarda bisiklononinler, asagidakilerden seçilen bir *veya daha fazla ikame edici ile ikame edilebilir: C1-C6 alkil, C1-C6 alkenil, C1- C6 alkinil, C1-C6 heteroalkil, C3-C7 karbosiklil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cs alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), C3-C7-karbosiklil-Ci-Cg-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Cs alkoksi, C1-C6 haloalkil, ve Ci-Ca haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heterosiklil (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, C1-C6 alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), -10 üyeli heterosiklil- Ci-Cs-alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Ce alkil, Ci-Cs alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve Ci-Ce haloalkoksi ile ikame edilmis), aril (istege bagli olarak halo, Cy4k alkil, Ci-Cg alkoksi, Ci-Cg haloalkil, ve C1-C6 haloalkoksi ile ikame edilmis), aril(C1-C6)alkil (istege bagli olarak halo, Ci-Cs alkil, Ci-Ca alkoksi, Ci-Ce haloalkil, ve Ci-Cs haloalkoksi), 5-10 üyeli heteroaril (istege bagli olarak halo, Ci-Ce alkil, Ci-C6 alkoksi, Ci-Ce haloalkil, ve Ci-Cs haloalkoksi ile ikame edilmis), 5-10 üyeli heteroaril(C1-C6)alkil (istege bagli olarak halo, C1-C6 alkil, Ci-Ce alkoksi, Ci-Cs haloalkil, ve (h-Cg haloalkoksi ile ikame edilmis), halo, siyano, hidroksi, Ci-C6 alkoksi, C1-C6 alkoksi(Cy%k)alkil (yani, eter), ariloksi, sülfihidril (mercapto), halo(Ci-C6)alkil (örn, -CF3), halo(C1-C6)alkoksi (örn, -OCE3), Ci-Cg alkiltiyo, ariltiyo, amino, amino(Ci-C6)alkil, nitro, O-karbamil, N-karbamil, O-tiyokarbamil, N-tiyokarbamil, C-amido, N-amido, S-sülfonamido, N-sülfonamido, C-karboksi, O- karboksi, asil, siyanato, izosiyanato, tiyosianato, izotiyosianato, sülfinil, sülfonil, ve okso (=O). Alternatif olarak, bir bisiklonin üzerinde iki bitisik ikame edici, ilave halkalar olusturabilir. Örnegin, di-ikameli bisiklo [6.l.0] non-4-yne'yi temsil eder, burada, Ra ve Rb bagli olduklari atom. ile birlikte, istege göre ikame edilmis bir aril, tercihe göre ikameli bir heteroaril, tercihe göre ikameli bir sikloalkil veya istege göre ikame edilmis bir heterosiklil olusturmak üzere bir araya getirilebilir. Bisiklononinler, bisiklik halka sistemindeki gerilime bagli olarak sikloo-tiyole iliskin olarak yukarida tarif edildigi gibi azidler veya nitril oksitleri ile benzer SPAAC alkin sikloza maruz kalabilirler. Hidrojeller Burada tarif edilen bazi uygulamalar, fonksiyonellestirilmis bir hidrojelin, fonksiyonellestirilmis silan veya silan türevlerinin doymamis molekül parçalari vasitasiyla bir substratin bir yüzeyine hareketsizlestirilmesini içerir. Mevcut uygulamada hidrojellerin sinirlayici olmayan örnekleri kullanilabilir. WO OO/3ll48, poliakrilamid hidrojeni ve poliakrilamid prepolimeri olarak adlandirilan, tercihen akrilamid ve bir akrilik asit veya bir Vinil grubu içeren bir akrilik asit türevinden olusan poliakrilamid hidrojel bazli dizileri açiklamaktadir. Ön polimerin Çapraz baglanmasi bundan sonra etkilenebilir. Bu sekilde üretilen hidrojeller, tercihen cam üzerinde kati desteklidir. Kati-destekli hidrojelin islevsellestirilmesi de gerçeklestirilebilir. birlikte, hidrojel, bu tür biyomoleküllerin immobilize edilmis dizilerini olusturmak üzere bir biyomolekül ile bir [2 -+ 2] fotocycloaddition reaksiyonuna katilabilen islevselligi tasimasi bakimindan farklidir. Dimetilmaleimid (DMI) özellikle tercih edilen bir islevselliktir. Poliakrilamid bazli mikrodizi teknolojisi baglaminda [2 + 2] fotohalkalasma reaksiyonlarinin açiklanmaktadir. 6,465,178 sayili ABD Patenti, nükleik asitlerin mikrodizilerinin hazirlanmasinda. kullanilmak› üzere aktiflestirilmis slaytlarin temin edilmesinde reaktif bilesimlerinin kullanimini anlatmaktadir; Reaktif bilesimleri arasinda akrilamid kopolimerleri bulunur. Aktive edilen slaytlarin, mikrodizilerin hazirlanmasinda geleneksel (ör., Sililatlanmis) cam slaytlarin yerini almak için özellikle uygun olduklari belirtilmektedir. WO 00/53812, DNA'nin poliakrilamid bazli hidrojel dizilerinin hazirlanmasini ve bu dizilerin çogaltma amplifikasyonu içinde kullanimini açiklar. Hidrojeller olusturulduktan sonra moleküller, istenirse, moleküler diziler üretecek sekilde bunlara eklenebilir. Ek, önceki teknikte farkli sekillerde gerçeklestirilmistir. Örnegin, 6,372,813 sayili ABD Patenti, dimetilmaleimid gruplari tasiyan polinükleotidlerin, immobilize edilecek polinükleotide baglanmis iki dimetilfaleimit grubu-bir hidrojenden bir sarkan arasinda bir [2 + 2] fotoisiklik giderme asamasi gerçeklestirerek dimetil-maleimid gruplari tasiyan hidrojellere immobilizasyonunu ögretmektedir. Hidrojenin olusturulmasindan sonra moleküler dizilimin olustugu yerde, bu 'uca 'ulasmak. için iki strateji kullanilmistir. Ilk olarak, hidrojel üretildikten sonra kimyasal olarak modifiye edilebilir. Bu yaklasimla ilgili sorunlar dizinin hazirlanmasinda genel olarak düsük bir verimi ve özellikle yüksek sicakliklara, iyonik çözeltilere ve çoklu yikama adimlarina. maruz kalmaya bagli olarak, baglanma kimyasi ile ilgili düsük stabiliteyi içerir. Daha yaygin bir alternatif polimerizasyonun, dizilecek moleküller ile reaksiyona girecek sekilde baslatilmis veya ön- aktiviteye sahip bir ko-monomer ile gerçeklestirilmesidir. Hidrojellerin ilk formasyonuna alternatifler` ve bunu takiben moleküllerin daha sonra dizilmesi, hidrojenin üretildigi sirada dizinin olusturuldugu önceki teknikte tarif edilmistir. Bu, örnegin, akrilamid türevli polinükleotidlerin dogrudan kopolimerizasyonuyla gerçeklestirilebilir. Bu yaklasimin bir örnegi, akrilamid türevli polinükleotidlerin solüsyonlarla karistirildigi, akrilamid ve polimerizasyonun dogrudan etkilendigi WOl / 62982'de tarif edilmistir. Mosaic Teknolojileri (Boston, Mass., ABD), elde edilen monomerin akrilamid ile kopolimerlestirilmesinden önce polinükleotidlerle reaksiyona girebilen ACRYDITE TM (bir akrilamid. fosforamidit) 4426), akrilamidin, reaktif akrilik asit türevlerinin ve 5'- veya 3'-sahip olan modifiye edilmis polinükleotidlerin kopolimerizasyonunun yapildigi bir hidrojel / dizi eszamanli olusumunun bir baska örnegini açiklar. Terminal akrilamid gruplari etkilenir. Polimerler Burada tarif edilen bazi düzenlemeler, bir fonksiyonellestirilmis polimerin bir substratin yüzeyine sikloalken veya heterosikloalken fonksiyonellestirilmis silan veya silan türevleri vasitasiyla hareketsizlestirilmesini içerir. Mevcut uygulamada kullanilabilecek polimerlerin sinirlayici olmayan örnekleri ABD Ser. 13 / 784,368 ve ABD Patenti No. Yay. 20ll/OOS9865'Da tarif edilmistir, ki bunlar burada bütünlügüyle referans olarak bulunmaktadir. Bazi uygulamalarda, burada kullanilan polimer, tekrarlayan bir Formül (I) ünitesini ve tekrar eden Formül (II) birimini izle" 1/)`\jrf burada: Rl, H veya alkildir; RA, azido, istege bagli olarak ikame edilmis amino, istege bagli olarak ikame edilmis alkenil, istege göre ikame edilmis hidrazon, istege bagli olarak ikame edilmis hidrazin, karboksil, hidroksi, istege bagli olarak ikame edilmis tetrazol, istege göre ikame edilmis tetrazin ve tiyolden olusan gruptan seçilir; X, istege göre ikame edilmis bir alkilen baglayici veya istege bagli olarak ikame edilmis bir heteroalkilen baglayicidir; R4, R4 ', R5 ve R5' in her biri bagimsiz olarak H, R6, OR6, -C (0) OR6, -C (0) R6, -OC (0) R6, -C (0) NR7R8'den seçilir veya - NR7R8'dir; R6 bagimsiz olarak H, OH, alkil, sikloalkil, hidroksialkil, aril, heteroaril, heterosiklil veya istege göre ikame edilmis varyantlarindan seçilir; R7 ve R8'in her biri bagimsiz olarak H veya alkilden seçilir, veya R7 ve R8 bir heterosiklik olusturmak üzere baglandiklari atom veya atomlarla birlikte birlestirilir. Bazi uygulamalarda RA, azidodur. Bazi uygulamalarda, X, istege göre ikame edilmis bir alkilen baglayicidir. Bazi uygulamalarda, R1, hidrojendir, diger bazi uygulamalarda, Rl metildir. Bazi uygulamalarda, R4, hidrojendir ve R", -C(O)NR7R8'dir. Bazi uygulamalarda, R5 ve R5' in her biri hidrojendir. Bazi uygulamalarda, R5 hidrojendir ve R5 metildir. Bazi uygulamalarda, burada kullanilan polimer bir Formül (III) veya (III ') polimerini içerir: R1 R5 (m) R5 R* (mü: burada: R1, H veya istege göre ikame edilmis alkilden seçilir; RA, azido, istege bagli olarak ikame edilmis amino, istege bagli olarak ikame edilmis alkenil, istege göre ikame edilmis hidrazon, istege bagli olarak ikame edilmis hidrazin, karboksil, hidroksi, istege bagli olarak ikame edilmis tetrazol, istege göre ikame edilmis tetrazin ve tiyolden olusan gruptan seçilir; - (CHZ) -p'nin her biri istege göre ikame edilebilir; p, 1-50 araliginda bir tamsayidir; R5, H veya istege göre ikame edilmis alkilden seçilir; n, 1 ila 50,000 arasinda bir tamsayidir; ve m, 1 ila 100,000 arasinda bir tamsayidir. Bazi özel uygulamalarda, p 5'dir. Bazi uygulamalarda RA, azidodur. Bir uygulamada, Formül (III) veya (III ')' ün polimeri ayrica Formül (IIIa) veya (IIIb) ile temsil edilir: " m (ma) m (Hits) burada, n, l-20.000 araliginda bir tamsayidir ve m, 1- 100.000 araliginda bir tamsayidir. Bazi uygulamalarda, dogrudan konjugasyon için kullanilan islevsellestirilmis molekül, poli (N- (5-azidoasetami- dilpentil) akrilamid-ko-akrilamid) (PAZAM) 'dir. Bazi düzenlemelerde, PAZAM dogrusal bir polimerdir. Bazi diger uygulamalarda, PAZAM hafifçe çapraz bagli bir polimerdir. Bazi uygulamalarda, PAZAM yüzeye sulu bir çözelti olarak uygulanir. Bazi diger uygulamalarda, PAZAM, yüzeye, etanol gibi bir veya daha fazla çözücü katki maddesi ile sulu bir çözelti halinde uygulanir. Farkli PAZAM polimerlerinin hazirlanmasi için yöntem ABD Ser. No. l3/784,368 da tartisilmistir. Substratlar Bazi uygulamalarda, bu basvuruda kullanilan substratlar, cam, kaynasmis silika ve diger silika-içeren malzemeler gibi silika bazli substratlari içerir. Bazi uygulamalarda, silika bazli substratlar ayrica silikon, silikon dioksit, silikon nitrür, silikon hidritler olabilir. Bazi uygulamalarda, bu basvuruda kullanilan substratlar arasinda, polietilen, polistiren, poli (Vinil klorür), polipropilen, naylonlar, polyesterler, polikarbonatlar ve poli (metil metakrilat) gibi plastik malzemeler bulunur. Tercih edilen plastik malzeme poli (metil metakrilat), polistiren ve siklik olefin polimer substratlaridir. Bazi uygulamalarda, substrat, silika bazli bir materyal veya plastik bir malzemedir. Bir uygulamada, substrat, cam içeren en az bir yüzeye sahiptir. Bazi diger uygulamalarda, substratlar bir metal olabilir. Bu gibi bazi uygulamalarda, metal altindir. Bazi uygulamalarda, substrat, bir metal oksit içeren en az bir yüzeye sahiptir. Bir uygulamada, yüzey bir tantal oksit içerir. Akrilamid, enon veya akrilat ayrica bir substrat malzemesi olarak kullanilabilir. Diger substrat malzemeleri arasinda, bunlarla sinirli olmamakla birlikte galyum aresnid, indiyum fosfit, alüminyum, seramikler, poliimid, kuartz, reçineler, polimerler ve kopolimerler sayilabilir. Yukaridaki listeler açiklayicidir ancak mevcut uygulama ile sinirli degildir. Bazi uygulamalarda, substrat ve/veya substrat yüzeyi kuartz olabilir. Bazi diger düzenlemelerde, substrat ve/Veya substrat yüzeyi, yari iletken, yani GaA veya ITO olabilir. Substratlar tek bir materyal veya çok sayida farkli materyal içerebilir. Substratlar kompozit veya laminat olabilir. Yüzey düz, yuvarlak, dokulu ve desenli olabilir. Desenler, örnegin, metal olmayan yüzeyler üzerinde özellikler olusturan metal pedlerle olusturulabilir. Örnegin, ABD Patent Basvurusu Seri No. 13 / 661,524'te açiklandigi gibi. Bir baska kullanisli desenli yüzey, bir yüzey üzerinde olusturulmus iyi özelliklere sahip olan bir yüzeydir, örnegin ABD Ser. No. l3/787,396, ABD Patent tarif edildigi gibi. Desenli bir substrat kullanan uygulamalar için, bir jel, model özelliklerine seçici olarak eklenebilir (örnegin, metal tamponlara veya jele takilabilir, kuyucuklarin içine jel eklenebilir) veya alternatif olarak jel, model özellikleri ve interstisyel bölgeler boyunca esit olarak eklenebilir. Moleküler dizilerin hazirlanmasinda ve kullanilmasinda plastik bazli substratlann kullanilmasindaki avantajlar arasinda maliyet bulunur: Uygun plastik bazli substratlarin, örnegin enjeksiyonlu kaliplama ile hazirlanmasi, genellikle silika bazli substratlarin asindirma ve yapistirma ile hazirlanmasindan daha ucuzdur. Diger bir avantaj, destegin optik özelliklerinin, amaçlandigi veya uygulanabilecegi uygulamaya uyacak sekilde ince ayarini saglayan neredeyse sinirsiz plastik çesididir. Metallerin substrat olarak veya substrat üzerinde ped olarak kullanildigi durumlarda, bu, istenen uygulamadan kaynaklanabilir: metallerin iletkenligi, DNA tabanli sensörlerdeki elektrik alaninin modülasyonuna izin verebilir. Bu sekilde, DNA uyumsuzlugu ayrimciligi arttirilabilir, immobilize edilmis oligonükleotid moleküllerinin oryantasyonu etkilenebilir veya DNA hibridizasyon kinetikleri hizlandirilabilir. Tercihen, substrat silika esaslidir, fakat kullanilan substratin sekli, mevcut uygulamanin uygulandigi uygulamaya göre degistirilebilmektedir. Bununla birlikte, genellikle, silika, ör. kaynasmis silika, moleküllerin hazirlanmasi ve müteakip entegrasyonunda özellikle faydalidir. Mevcut basvurunun uygulamasinda özellikle kullanim, SPECTRASIL m ticari ismi altinda satilan eritilmis silika slaytlardir. Buna ragmen, uzman kisi için, bu basvurunun, boncuklar, çubuklar ve benzerleri gibi diger substrat sunumlarina (silika bazli destekler dahil) esit olarak uygulanabilecegi açiktir. Bazi uygulamalarda, substratin yüzeyi hem fonksiyonel moleküller kapli bölgeleri hem de kaplama içermeyen inert bölgeleri içerir. Bu gibi bazi düzeneklerde islevsellestirilmis molekül kaplamalari hidrojel veya polimer kaplamalardir. Fonksiyonel moleküller kapli bölgeler reaktif bölgeler içerebilir ve bu nedenle molekülleri kimyasal baglama veya diger moleküler etkilesimler yoluyla baglamak için kullanilabilir. Bazi düzenlemelerde, fonksiyonel moleküller kapli bölgeler (örnegin reaktif özellikler, pedler, boncuklar veya oyuklar) ve inert bölgeler (ara bölgeler olarak refere edilir), bir model veya bir izgara olusturacak sekilde degisebilir. Bu tür desenler bir veya iki boyutta olabilir. Bazi uygulamalarda, inert bölgeler cam bölgelerden, metal bölgelerden, maske bölgelerinden veya ara bölgelerden seçilebilir. Alternatif olarak bu malzemeler reaktif bölgeler olusturabilir. Inertlik. veya reaktivite, substratta kullanilan kimya ve süreçlere bagli olacaktir. Bir uygulamada, yüzey cam bölgeleri içerir. Baska bir uygulamada, yüzey metal bölgeleri içerir. Yine baska bir uygulamada, yüzey maske bölgelerini içerir. Burada açiklanan bilesimlerin bazi uygulamalarinda, substrat bir parçacik olabilir. Mevcut tarifnamenin bir polimeri ile kaplanabilen veya baska bir sekilde burada belirtilen bir bilesim veya yöntemde kullanilabilen sinirlayici olmayan örnek substrat malzemeleri Bazi uygulamalarda, burada tarif edilen bir substrat, bir akis hücresinin en azindan bir kismini olusturur veya bir akis hücresinde bulunur. Bu gibi bazi uygulamalarda, akis hücreleri ayrica, substratin yüzeyine, örnegin bir polimer kaplama gibi fonksiyonel moleküller kaplamasiyla baglanan polinükleotidleri içerir. Bazi uygulamalarda, polinükleotidler, polinükleotid kümelerindeki akis hücrelerinde bulunur, burada polinükleotit kümelerinin polinükleotidleri, polimer kaplama yoluyla akis hücresinin bir yüzeyine baglanir. Bu gibi uygulamalarda, polinükleotitlerin baglandigi akis hücresi gövdesinin yüzeyi, substrat olarak kabul edilir. Baska uygulamalarda, polimer kapli bir yüzeye sahip ayri bir substrat, akis hücresinin gövdesine sokulur. Tercih edilen düzenlemelerde, akis hücresi çok sayida serit veya çok sayida sektöre bölünen bir akis bölünebilir olup, özelligi, burada tarif edildigi gibi, çok sayida serit veya çok sayida sektör bir veya daha fazla sayida kovalent olarak eklenmis polimer kaplama ile kaplanmis bir yüzey içermesidir. Burada tarif edilen akis hücrelerinin bazi uygulamalarinda, bir tekli polinükleotid kümesindeki baglanmis polinükleotidler ayni veya benzer nükleotit dizilemesine sahiptir. Burada tarif edilen akis hücrelerinin bazi uygulamalarinda, farkli polinükleotid kümelerinin bagli polinükleotidleri farkli veya benzer olmayan nükleotit sekanslarina sahiptir. Burada ortaya konan yöntem veya kompozisyonda kullanilabilen akis hücrelerinin üretimi için örnek akis hücreleri ve substratlari, bunlarla sinirli olmamak kaydiyla, Illumina, Inc.'den ticari olarak temin edilebilir (San tarif edilir. silika Bazli Substrat Bazi uygulamalarda, mevcut basvuruda kullanilan substratlar silika bazli substratlardir. Genel olarak, silika bazli substrat yüzeyi, islevsellestirilmis moleküller, örnegin hidrojel, polimer veya kismen olusturulmus bir hidrojel (örnegin bir prepolimer (PRP)) ile reaksiyona girebilen kimyasal olarak reaktif bir grubu kovalent olarak baglayacak sekilde kimyasal olarak modifiye edilir. . Yüzey aktive edici kimyasal tipik olarak bir organosilan bilesigidir. Monoethoksidimetilsililbutanal, 3-merkaptopropil- trimetoksisilan ve 3-aminopropiltrimetoksisilan (hepsi Aldrich'den temin edilebilir) gibi diger silikon bazli yüzey aktive edici maddeler de bilinmekle beraber, Bir uygulamada, yüzey aktive edici madde, "Bind Silane" veya "Crosslink Silane" olarak bilinen ve Pharmacia'dan ticari olarak temin edilebilen P-metakriloksipropiltrimetoksisilan dir. Bu sekilde, silikaya, amino gruplari, aldehidro gruplari veya polimerlestirilebilen gruplar (ör., Olefinler) gibi asma fonksiyonel gruplari eklenebilir. Mevcut basvuru, kovalent olarak eklenmis sikloalkenleri veya heterosikloalkenleri içeren organosilan bilesiklerini kullanir. Bazi uygulamalarda, sikloalken istege bagli olarak ikame edilmis bir norbornendir. Bazi düzenlemelerde, organosilan bilesiklerinin silan molekül parçalari asagidaki yapiya sahip burada, RÃ, R2 ve Ryün her biri bagimsiz olarak hidrojen, halojen, istege bagli olarak ikame edilmis alkil, istege göre ikame edilmis alkoksi, istege bagli olarak ikame edilmis aril, istege bagli olarak ikame edilmis ariloksi, istege bagli olarak ikame edilmis heteroaril veya istege göre ikame edilmis heteroariloksi arasindan seçilir. Bu gibi bazi uygulamalarda, R1, R2 and R3 bagimsiz olarak istege göre ikame edilmis alkoksidir. Bazi ileri uygulamalarda, R4, R2 and R3 `ün her biri metoksidir. Bir düzenekte organosilan bilesigi, [(5-bisiklo Baglayici Burada açiklanan bazi uygulamalarda, silan veya silan türevi ve sikloalken veya heterosikloalken arasindaki baglayici, istege bagli olarak ikame edilmis bir alkilen, istege bagli olarak ikame edilmis bir heteroalkilen, istege bagli olarak ikame edilmis bir sikloalkilen, istege bagli olarak ikame edilmis bir heterosiklien, istege bagli olarak ikame edilmis bir aril, istege bagli olarak ikame edilmis bir heteroaril, istege bagli olarak ikame edilmis bir polietilen glikol, bir parçalanabilir baglayici veya bunlarin bir kombinasyonu arasindan seçilir. Bazi uygulamalarda, burada tarif edilen baglayici istege bagli olarak ikame edilmis bir alkilen baglayicidir. Bazi düzeneklerde baglayici, -(CH2)n-' dir` ve burada. n, ]. ila 20,000 arasinda seçilir. Bir uygulamalarda n, 2'yi ifade eder. Bazi diger uygulamalarda, burada tarif edilen baglayici, istege bagli olarak ikame edilmis bir heteroalkilen baglayicidir. Örnegin, baglayici, -(CHûn- dir, burada n, 1 ila 20,000 arasinda seçilir ve iskeletteki karbon atomlarinin bir veya daha fazlasi, 0, S, N veya P'den seçilen bir veya daha fazla heteroatom ile degistirilir. Bazi uygulamalarda, burada açiklanan baglayici parçalanabilir baglayicidir. Bazi uygulamalarda, baglayici, asit degisken baglayicilar ((dialkoksibenzil baglayicilar, Sieber baglayicilar, indol baglayicilar, t-bütil Sieber baglayicilar dahil), elektrofilik olarak parçalanabilen baglayicilar, nükleofilik olarak parçalanabilen baglayicilar, foto- kirilabilir baglayicilar, indirgeyici kosullar altinda bölünme, oksidatif kosullar, güvenlik-yakalayici baglayicilarin kullanimi ile parçalanma ve eleme mekanizmalari arasindan seçilir. Bu gibi bazi düzeneklerde LA, bir disülfit baglayici (- S-S-), ester, nitrobenzen, imin, enzimatik veya kimyasal olarak bölünebilen peptit ve DNA gibi polinükleotit arasindan seçilir. Parçalanabilir baglayicilar teknikte bilinmektedir ve geleneksel kimya bir nükleotid bazina ve bir etikete bir baglayici eklemek için uygulanabilir. Baglayici, asitler, bazlar, nükleofiller, elektrofiller, radikaller, metaller, indirgeyici veya oksitleyici maddeler, isik, sicaklik, enzimler Vb. gibi herhangi bir uygun yöntemle ayrilabilir. Burada tartisildigi gibi baglayici, 3'-O-koruma grubu bagini ayirmak için kullanilanla ayni katalizörle de ayrilabilir. Uygun baglayicilar Greene & Wuts, Organik Sentezde Koruyucu Gruplar, John Wiley & Sons veya Greg T. Hermanson'un "Bioconjugate Teknikleri", Academic Press'te açiklandigi gibi standart kimyasal koruyucu gruplardan uyarlanabilir. Kati faz sentezinde kullanilan diger uygun bölünebilir baglayicilar Guillier ve dig. Tarafindan baglayicinin, örnegin reaktif heterosiklinden çikarilmasi gerektigi anlamina gelmez. Bir örnek olarak, parçalanma bölgesi, baglayici üzerindeki bir parçanin, ayrilmadan sonra baglayicinin bir kisminin heterosikle bagli kalmasini saglayan bir konuma yerlestirilebilir. A Elektrofilik olarak ayrik baglayicilar Elektrofilik olarak ayrik baglayicilar tipik olarak protonlar tarafindan parçalanir ve asitlere duyarli bölünmeler içerir. Uygun baglayicilar arasinda tritil, p-alkoksibenzil esterler ve p-alkoksibenzil amidler gibi modifiye edilmis benzilik sistemler yer alir. Diger uygun baglayicilar arasinda tert- butiloksikarbonil (Boc) gruplari ve asetal sistemi bulunur. Tiyoasetal veya diger kükürt içeren koruyucu gruplarin ayrilmasinda nikel, gümüs veya civa gibi tiofilik metallerin kullanilmasi uygun baglayici moleküllerin hazirlanmasi için de düsünülebilir. 3 Nükleofilik olarak ayrilan baglayicilar Nükleofilik parçalanma ayrica baglayici moleküllerin hazirlanmasinda iyi bilinen bir yöntemdir. Suda kararsiz olan esterler (örnegin, bazik pH'ta basitçe bölünebilir) gibi gruplar ve susuz nükleofillere karsi kararsiz olan gruplar kullanilabilir. Florür iyonlari, triizopropil silan (TIPS) veya t-bütildimetil silan (TBDMS) gibi gruplarda silikon-oksijen baglarini parçalamak için kullanilabilir. 0 Isikla Parçalanabilir baglayicilar yaygin olarak kullanilmaktadir. Bölünmeyi aktive etmek için gerekli olan isigin, modifiye edilmis nükleotidlerin diger bilesenlerini etkilememesi tercih edilir. Örnegin, bir florofor, etiket olarak kullanildiginda, bu, baglayici molekülün ayrilmasi için gerekli olana farkli bir dalga boyunun isigini emerse tercih edilir. Uygun baglayicilar, O-nitrobenzil bilesikleri ve nitroveratril bilesiklerine dayananlari içerir. Benzoin kimyasina dayali baglayicilar da kullanilabilir. Bakiniz Sanders D Indirgeyici kosullar altinda parçalanma Indirgeyici parçalanmaya açik olan birçok baglayici vardir. Paladyum bazli katalizörler kullanilarak katalitik hidrojenasyon, benzil ve benziloksikarbonil gruplarini ayirmak için kullanilmistir. Disülfid baginin indirgenmesi de teknikte bilinmektedir. E Oksidatif kosullar altinda parçalanma Oksidasyona dayali yaklasimlar teknikte iyi bilinmektedir. Bunlar p-alkoksibenzil gruplarinin oksidasyonunu ve sülfür ve selenyum baglayicilarin oksidasyonunu içerir. Disülfürleri ve diger kükürt veya selenyum bazli baglayicilari ayirmak için sulu iyot kullanimi da bu basvurunun kapsamindadir. R Emniyet Mandalli baglayicilar Emniyet mandalli baglayicilar iki adimda parçalananlardir. Tercih edilen bir sistemde, ilk asama, reaktif nükleofilik bir merkezin üretilmesi ve ardindan, parçalanmaya neden olan bir intra-moleküler siklizasyonun dahil oldugu ikinci bir adimdir. Örnegin, levulinik ester baglari, aktif bir amin salinmasi için hidrazin veya fotokimya ile muamele edilebilir, bu daha sonra molekülün baska bir yerinde bir esterin bölünmesi için siklize edilebilir. (Burgess ve arkadaslari, J. Org. Chem. 62: 5165- 5168, 1997). G.Eleme mekanizmalari ile parçalanma Eliminasyon reaksiyonlari da kullanilabilir. Örnegin, Fmoc ve siyanoetil gibi gruplarin baz katalizli eliminasyonu ve alilik sistemlerin palladyum katalizörlü indirgeyici eliminasyonu kullanilabilir. Bazi uygulamalarda, baglayici bir ara parça birimi içerebilir. sayili ABD Yayininda tartisilmistir. Dizileme Uygulamasi Burada belirtilen yöntem çesitli amplifikasyon tekniklerinden herhangi birini kullanabilir. Kullanilabilen Örnek teknikler arasinda, bunlarla sinirli olmamak üzere, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), yuvarlama çember* büyütme (RCA), çoklu yer degistirme amplifikasyonu (MDA) veya rastgele ana amplifikasyon (RPA) yer alir. Özel uygulamalarda, amplifikasyon amaciyla kullanilan bir veya daha fazla primer bir polimer kaplamaya baglanabilir. PCR uygulamalarinda, amplifikasyon amaciyla kullanilan primerlerin biri veya her ikisi de bir polimer kaplamaya baglanabilir. Iki tür eklenmis primer kullanan formatlar genellikle köprü büyütme olarak adlandirilir, çünkü çift seritli amplikonlar, kopyalanmis olan sablon sekansini kusatan iki bagli primerler arasinda köprü benzeri bir yapi olusturur. Köprü amplifikasyonu için kullanilabilecek örnek reaktifler ve kosullar, örnegin, ABD Pat. 5,641,658; ABD Patent tarif edilmistir. PCR amplifikasyonu ayrica bir polimer kaplamaya eklenmis amplifikasyon primerlerinden ve solüsyondaki ikinci primerden biri ile de gerçeklestirilebilir. Bir birlestirilmis primer ve çözünebilir primerden olusan bir kombinasyonu kullanan örnek bir format, Dressman ve digerleri, edildigi gibi emülsiyon PCR'dir. Emülsiyon PCR formatin tasvirini göstermektedir ve burada ortaya konan yöntemlerin amaçlari için bir emülsiyonun kullaniminin istege bagli oldugu ve bazi düzenlemeler için bir emülsiyonun kullanilmadigi anlasilacaktir. Ayrica, primerler ePCR referanslarinda belirtildigi gibi dogrudan alt tabakaya veya kati desteklere baglanmaya ihtiyaç duymazlar ve bunun yerine burada belirtildigi gibi bir polimer kaplamaya eklenebilirler. RCA teknikleri, mevcut açiklamanin bir tekniginde kullanilmak üzere modifiye edilebilir. RCA reaksiyonunda kullanilabilecek örnek bilesenler ve RCA'nin amplikon ürettigi prensipler Lizardi çözelti içinde olabilir veya bir polimer kaplamaya baglanabilir. MDA teknikleri, mevcut açiklamanin bir teknigindekullanilmak üzere modifiye edilebilir. MDA için bazi temel prensipler ve kullanisli kosullar, örnegin, Dean ve digerleri, Proc Natl. için Moleküler Yöntemler, Academic Press, Inc., 1995; Walker ve için kullanilan primerler çözelti içinde olabilir veya bir polimer kaplamaya baglanabilir. Özel uygulamalarda, yukarida örnek verilen amplifikasyon tekniklerinin bir kombinasyonu kullanilabilir. Örnegin RCA ve MDA, RCA'nin solüsyonda bir konkatamerik amplikon (örnegin, faz- faz primerleri kullanarak) üretmek için kullanildigi bir kombinasyonda kullanilabilir. Amplikon daha sonra bir polimer kaplamaya baglanan primerler kullanilarak MDA için bir sablon olarak kullanilabilir. Bu örnekte, birlestirilmis RCA ve MDA asamalarindan sonra üretilen amplikonlar polimer kaplamasina eklenecektir. Bazi uygulamalarda, burada tarif edilen islevsellestirilmis hidrojel veya polimer kapli substrat, bir polinükleotidin bir nükleotit sekansinin saptanmasi için kullanilabilir. Bu tür uygulamalarda, yöntem, (a) bir polinükleotid polimerazin, burada tarif edilen polimer veya hidrojel kaplamalardan herhangi biri ile bir substratin bir yüzeyine tutturulmus polinükleotid kümeleriyle temas ettirilmesini; (b) bir veya daha fazla nükleotid. polinükleotid polimeraz tarafindan kullanildiginda saptanabilir bir sinyalin üretilecegi sekilde substratin polimer kapli yüzeyine nükleotidler saglanmasini; (c) bir veya daha fazla polinükleotit kümesinde sinyallerin saptanmasini; ve (d) bir veya daha fazla polinükleotit kümesinde mevcut olan bir polinükleotidin bir nükleotid dizisini belirleyerek (b) ve (c) asamalarini tekrarlamayi kapsayabilir. Nükleik asit dizilemesi, teknikte bilinen çesitli islemlerle bir polinükleotidin bir nükleotit dizisini belirlemek için kullanilabilir. Tercih edilen bir yöntemde, dizilim-sentez (SBS), burada tarif edilen polimer kaplamalarin herhangi biri araciligiyla bir substratin bir yüzeyine baglanmis bir polinükleotitin bir nükleotid dizisini belirlemek için kullanilir. Böyle bir islemde, bir polinükleotid polimeraz ile iliskili bir sablon polinükleotitine bir veya daha fazla nükleotid saglanir. Polinükleotid polimeraz, bir veya daha fazla nükleotidi, polinükleotid sablonuna tamamlayici olan yeni sentezlenmis bir` nükleik asit zincirine dahil eder. Sentez, sablon polinükleotitin bir kismina veya sablon polinükleotitin bir ucuna kovalent olarak baglanan bir evrensel veya degisken olmayan nükleik asidin bir bölümüne tamamlayici olan bir oligonükleotid primerinden baslatilir. Nükleotidler, sablon polinükleotide karsi eklendikçe, siralama isleminin her bir asamasinda hangi nükleotidin dahil edildiginin belirlenmesine izin veren saptanabilir bir sinyal üretilir. Bu sekilde, sablon polinükleotidin en azindan bir bölümüne tamamlayici olan bir nükleik asit dizisi üretilebilir, böylece sablon polinükleotitinin en azindan bir kisminin nükleotid dizisinin saptanmasina izin verilir. Akis hücreleri, mevcut açiklamanin yöntemleriyle üretilen bir diziyi barindirmak için uygun bir format saglar ve bu, bir dizi sentezleme sentezine (SBS) veya reaktiflerin döngü içinde tekrar tekrar verilmesini içeren baska bir saptama teknigine tabi tutulur. Örnegin, bir birinci SBS döngüsünü baslatmak için, bir veya daha fazla etiketli nükleotid, DNA polimerazi, vb., Burada ortaya konan yöntemlerle yapilan bir nükleik asit dizisine ev sahipligi yapan bir akis hücresine akabilir. Primer ekstansiyonun bir etiketlenmis nükleotidin eklenmesine neden oldugu bir dizinin yerleri tespit edilebilir. Istege bagli olarak, nükleotidler ayrica bir primere bir nükleotid eklendikten sonra primer ekstansiyonu sona erdiren bir tersine çevrilebilir sonlandirma özelligini içerebilir. Örnegin, tersine çevrilebilir bir terminatör parçasina sahip olan bir nükleotid analogu, bir prime eklenebilmekte, böylelikle bir uzantiyi çikarmak için bir deblokaj maddesi verilinceye kadar müteakip uzanti olusamaz. Bu nedenle, tersine çevrilebilir fesih kullanan düzenlemeler için, bir deblokaj reaktifi akis hücresine iletilebilir (tespit edilmeden önce veya sonra). Yikamalar çesitli dagitim adimlari arasinda gerçeklestirilebilir. Döngü daha sonra n-nükleotidlerle primerin uzatilmasi için n kez tekrarlanabilir, böylece n uzunlugunda bir dizi tespit edilir. Mevcut açiklamanin yöntemleri ile üretilen bir dizi ile kullanim için kolayca uyarlanabilen örnek SBS prosedürleri, akiskan sistemleri ve tespit platformlari, Pirosekanslama gibi siklik reaksiyonlari kullanan diger dizileme prosedürleri kullanilabilir. Pirosekanslama inorganik pirofosfatin (PPi) salinimini algilar, çünkü Özel nükleotidler bir nükleik asit dizisine dahil edilir (Ronaghi ve digerleri, Pirodizilemede, serbest PPi, ATP sülfurylaz ile adenosin trifosfata (ATP) hemen dönüstürülerek saptanabilir ve üretilen ATP seviyesi, lusiferaz tarafindan üretilen fotonlar ile tespit edilebilir. Böylece, siralama reaksiyonu bir lüminesans algilama sistemi ile izlenebilir. Floresan bazli tespit sistemleri için kullanilan uyarim radyasyon kaynaklari pirositma prosedürleri için gerekli degildir. Mevcut açiklamanin dizilerine pirosekanlamanin uygulanmasi için kullanilabilecek yararli akiskan sistemler, detektörler ve prosedürler, örnegin WO Ligasyon yoluyla dizileme reaksiyonlari ayica, Shendure ve dig. tarif edildigi gibi kullanislidir. Bunlarin her biri bütün olarak referans ile bu bulusa dahil edilmistir. Bazi uygulamalar melezleme yoluyla dizileme prosedürlerini, örnegin edildigi gibi içermektedir. Baglama yoluyla dizileme ve hibridizasyon yoluyla dizileme prosedürlerinde, bir dizinin bölgelerinde bulunan nükleik asitler tekrarlanan oligonükleotit verme ve saptama döngülerine tabi tutulur. Burada veya burada belirtilen referanslarda belirtildigi gibi SBS yöntemleri için akiskan sistemleri, ligasyon. yoluyla› dizileme 'veya Jnelezleme yoluyla dizileme prosedürleri için reaktiflerin verilmesi için kolaylikla adapte edilebilir. Tipik olarak, oligonükleotidler, floresan olarak etiketlenir ve burada veya burada belirtilen referanslarda SBS prosedürleri ile ilgili olarak tarif edilenlere benzer floresan detektörleri kullanilarak bulgulanabilir. Bazi uygulamalar, DNA polimeraz aktivitesinin gerçek zamanli izlenmesini içeren yöntemleri faydali kilabilir. Örnegin, nükleotid olusumlari, bir florofor içeren polimeraz ve y-fosfat etiketli nükleotidler veya zeromode dalga kilavuzlari (ZMW'ler) arasindaki floresan rezonans enerji transferi (FRET) etkilesimleri vasitasiyla tespit edilebilir. FRET tabanli dizileme için teknikler` ve reaktifler, örnegin, Levene dig. 1181 (2008) tarafindan tarif edildigi gibidir. Bazi SBS uygulamalari bir nükleotidin bir uzatma ürününe katilmasi üzerine salinan bir protonun saptanmasini içerir. Örnegin, serbest birakilan protonlarin tespitine dayali dizileme, Ion Torrent'den ticari olarak temin edilebilen (Guilford, CT, bir Life Technologies yan kurulusu) veya ABD bir elektrik detektörü ve ilgili teknikleri kullanabilir. Mevcut açiklamanin bir dizisi için, örnegin, burada ortaya konan bir yöntemle üretilmis olan bir baska yararli uygulama, gen anlatim analizidir. Gen anlatimi, dijital RNA dizilemesi olarak adlandirilanlar gibi RNA dizileme teknikleri kullanilarak saptanabilir veya sayisal olarak belirlenebilir. RNA dizileme teknikleri, yukarida belirtilenler gibi teknolojide bilinen dizileme metodolojileri kullanilarak gerçeklestirilebilir. Gen anlatimi, bir diziye dogrudan hibridizasyon ile gerçeklestirilen hibridizasyon teknikleri kullanilarak 'veya bir dizi üzerinde tespit edilen bir multipleks deney kullanilarak, saptanabilir veya sayisallastirilabilir. Mevcut tarifnamenin bir dizisi, örnegin burada ortaya konulan bir yöntemle üretilmistir ve bir veya daha fazla kisiden bir genomik DNA numunesi için genotiplerin belirlenmesi için de kullanilabilir. Bu açiklamanin bir dizisi üzerinde gerçeklestirilebilen dizi bazli ifade ve genotipleme analizi için örnek yöntemler, ABD Patent kullanildigi yukarida tarif edilen yöntemin bazi düzenlemelerinde, tek bir akis asamasi sirasinda akis hücresinde sadece tek bir tipte nükleotit bulunur. Bu gibi uygulamalarda nükleotid, dATP, dCTP, dGTP, dTTP ve bunlarin analoglarindan olusan gruptan seçilebilir. Bir' akis hücresinin kullanildigi yukarida tarif edilen yöntemin diger uygulamalarinda, tek bir akis asamasi sirasinda akis hücresinde birçok farkli tipte nükleotit bulunur. Bu gibi yöntemlerde, nükleotidler dATP, dCTP, dGTP, dTTP ve bunlarin analoglari arasindan seçilebilir. Akis hücresinde mevcut olan substratin yüzeyi üzerindeki polimer kaplamasina baglanmis bir veya daha fazla polinükleotid için her bir akis basamaginda dahil edilen nükleotit veya nükleotitlerin belirlenmesi, polinükleotid sablonunda veya bunun yakininda üretilen bir sinyalin saptanmasiyla elde edilir. Yukarida tarif edilen metotlarin bazi uygulamalarinda, saptanabilir sinyal, optik sinyal içerir. Diger uygulamalarda, saptanabilir sinyal optik olmayan bir sinyali içerir. Bu gibi uygulamalarda, optik olmayan sinyal, polinükleotid sablonlarinin birinde veya daha fazlasinda veya yakininda pH'ta bir degisiklik ÖRNEKLER Ek uygulamalar, herhangi bir sekilde istemlerin kapsamini sinirlama amaci tasimayan asagidaki örneklerde daha ayrintili olarak açiklanmaktadir. PAZAM'in Norbornene la Silanize Cam Yüzeyinde Hareketsizlestirilmesi MeO Si ..4 `Via / M _ F' / PALM!' _________ kova lent OMG 015:*xo/îîxoxsxo/î'xo _ olarak bagli 1a J 5 g g 1 1 halkalaSma Yüzey Silanizasyonu Yöntem 1 (cam vakum desikatör kullanilarak silanizasyon): 200 mL-SOO mL sivi norbornen silan, bir cam sise içine yerlestirildi ve bir cam vakum desikatörünün içine yerlestirildi. Cam substratlar da desikatörün içine yerlestirildi. Desikatör daha sonra 15-30 mTorr basinçta bosaltilmis ve 60-125 C arasinda bir sicaklikta bir firinin içine yerlestirilmistir. Silanizasyon 1 saat devam ettirildi, sonra desikatör firindan çikarildi, sogutuldu ve havada havalandirildi. Bu asamadan sonra substratlar kullanildi veya ek bir kürleme asamasina (lOO ° C'de 1 saat) ve / veya bir etanol durulama gibi bir çözücü yikama asamasina tabi tutuldular. Yöntem 2 (YES CVD firini kullanilarak silanizasyon): Ilk olarak, substratlar CVD firin bölmesine yerlestirildi ve hazne 300 mTorr basinca kadar bosaltildi. Numuneler baslangiçta 10 dakika boyunca bir oksijen plazma ile muamele edildi. Plazma aktivasyonundan sonra, hazne tahliye edildi ve 500 mTorr bir baz basinçta 0.5 mL su enjekte edilerek 10 dakikalik bir rehidrasyon döngüsü gerçeklestirildi. Ilave bir temizleme döngüsünden sonra, silanizasyon programi yürütüldü. 15 dakikalik bir gecikme süresinden sonra, silan valfi, 0.15 saniye süreyle açilacak ve saniye boyunca kapanacak sekilde ayarlandi. Silanizasyon 500 mTorr'lik bir baz basinçta ve 60 dakika boyunca 125 ° C'lik bir oda sicakliginda gerçeklestirildi ve ardindan 125 ° C'de 2 azot temizleme döngüsü yapildi. Bölme daha sonra 3 dakika boyunca havalandirildi. YES firinin silanizasyon döngüsü yüksek oranda otomatiklestirildi ve kontrol edildi. Silanizasyon asamasi sirasinda, norbornen silan tanki 120 C'de tutuldu ve silan buhar hatlari sabit bir 125 ° C'de tutuldu. Vakum hatlari 145 ° C'de tutuldu. Çevrim tamamlandiktan sonra, substratlar çikarildi, kisa bir süre boyunca firinin disinda sogutuldu ve daha sonra ilave çalisma olmaksizin kullanildi. Bu substratlar, silanizasyondan en az bir ay sonra uygulanabilirdi. PAZAM Biriktirme ve Yüzey Çaprazlama Norbornen silanize cam substratin üzerine 500 mL sulu PAZAM (%0.25 +%5 etanol) konuldu ve yüzeye yayildi. PAZAM' a ait ince film asagidaki prosedür izlenerek döndürmeli kaplama yoluyla elde edilebilir: Adim 1- 600 rpm, 5 sn, hizlanma 1500 rpm / sn; 5000 rpm / sn. Diger döndürmeli kaplama tarifleri de kullanilabilir. Döndürerek kaplamadan sonra, substratlar 1 saat boyunca firin veya sicak plakada 65-75 ° C'de isitildi. Yikayip temizlemek: Isitma asamasindan sonra, substratlar, 45 C'de bir sonikasyon adimi (10 dakika) ilave edilerek baglanmamis PAZAM'i uzaklastirmak için su içinde yikanabilir, ardindan genis su ile durulanir ve bir nitrojen tabancasiyla kurutulur. Primer asilama: Hazirlanan substrat, KPI (10 mM) içindeki alkin oligonükleotitlerini PMDETA, bakir sülfat ve NaAsc (500 mg / mL sulu çözelti) ile 60 ° C'de 30 dakika boyunca reaksiyona sokarak primer asilama asamasinda kullanilmistir. QC Primer asilama asamasi tamamlandiktan sonra, asili primerler TET kalite kontrolüne tabi tutuldu. TET, P5 / P7 primerine karsi serbest diziye sahip bir etiketli oligonükleotittir. TET, bir yüzey üzerinde P5 ,/ P7 primerine hibritlenebilir; Asiri TET, yikanabilir ve eklenmis boya konsantrasyonu, bir Tayfun Scanner (General Electric) gibi bir tarama aleti kullanilarak floresan tespiti ile ölçülebilir. Boya konsantrasyonunun yogunlugu, hidrojel immobilizasyonundan sonra kalan yüzeyin yüzdesinin bir göstergesi olarak ölçüldü. PAZAM biriktirme ve yüzey çapraz baglama prosedürleri, 13/784,368 sayili ABD Basvurusunda da açiklanmistir. SEKIL 1A, norbornen-silan türevi [(5-bisik [2.2.1] hept-Z-enil) etil] trimetoksisilan (la) ile silanize edilmis ve daha sonra PAZAM ile kaplanmis ve termal olarak çapraz baglanmis bir D263 Schott cam alt-tabakasini göstermektedir. Karanlik alan, PS / P7 primerlerinin asilanmasi ve TET-boya türevlendirilmis tamamlayici iplikler ile melezlenerek gözlemlenen fiili floresan yogunlugudur. SEKIL 1B, ayni TET boya içeren oligonükleotid sekansi ile hibridize edilmis ayni asilanmis norbornen (la) silanize / PAZAM kapli tek yanli yüzeyin her seridi için ilgili ortalama floresan yogunluk grafigini gösterir. Nanowell Substrat üzerinde PAZAM ile Desenli Yüzey Hazirlanmasi Nanowell substratlarinin PAZAM polimeri ve kimyasal mekanik cilalama (CMP) ile entegre edilmesiyle, desenli, sekanslanabilir kümeler olusturuldu. Nanowell substrati (400 nm çapli 750 nm zift, 300 nm derinlik kuyu) Illumina tarafindan gelistirilen ve nanoimprint litografi kullanilarak Tayvan Semiconductor Manufacturing Company Ltd'ye (TSMC) dis kaynakli tescilli bir nanofabrikasyon ile imal edilmistir. Örnek 1 'in norbornen silani, substratin tüm yüzeyi üzerinde CVD ile çökeltildi ve PAZAM, 60-70 ° C'de spinle kaplandi ve isitildi ve bu, polimerin substrat yüzeyine kovalent bir baglanti olusturmasini sagladi. Interstisyel kovalent olarak baglanmis polimer, CMP islemiyle yüzeyin agirlikça%lO agirlik oraninda 3 mm SiO2 mikro partikül bulamaciyla parlatilmasiyla uzaklastirilmistir. Desenli polimer substrat daha sonra standart Illumina protokolünü takiben primerler ile asilandi. Alt tabaka üzerindeki desenli primerler bir Tayfun görüntüleyici ile görüntülendi. Substrat daha sonra, Twus DX kitinden (izotermal amplifikasyon) türetilen ve dizilenmis olan Illumina'nin tescilli amplifikasyon protokolüyle kümelenen phiX DNA ile tohumlandi. Dizilim, standart SBS dizileme reaktif kitini kullanarak bir Illumina HiSeq 2000 üzerinde gerçeklestirildi ve metrikler, Illumina dizileme analiz görüntüleyicisi kullanilarak ekstrakte edildi. Dizileme analizi verileri, norbornen silanize edilmis substrat akisinin dizilim ölçümlerinin akrilamidlerle fonksiyonellestirilmis substratlarinkilere esdeger oldugunu gösterdi. SEKIL 2A, norbornen-silah türevi (la) ile silanize edilmis ve daha sonra PAZAM ile kaplanmis ve termal olarak çapraz baglanmis nanowells desenli bir D263 Schott cam substrati gösterir. Karanlik alan, fazla PAZAM'in kimyasal mekanik parlatilmasindan sonra ve P5 / P7 primerlerinin asilanmasi ve bir TET-boya türevlendirilmis tamamlayici seritlerle melezlestirilmesinden sonra gözlemlenen fiili floresan yogunlugudur. SEKIL 2B, bir serbest TET boya içeren oligonükleotid sekansi ile hibridize edilmis ayni asilanmis norbornen (la) silanize / PAZAM kapli tek-tabakali yüzeyin her seridi için ilgili ortalama floresan yogunluk grafigini gösterir. Norbornen silanize edilmis substrat ek çapraz baglama maddesi ihtiyacini ortadan kaldirmakla kalmamis, norbornen silanize edilmis substratlar PAZAM için tercihli bir afinite sergilemis ve sulu PAZAM çözeltisinin yayilmasini kolaylastirmistir. Sonuç olarak, PAZAM kaplamalari, substrat kalitesindeki degisikliklere daha homojen ve daha az duyarlidir. SEKIL 3A, standart akrilamidlerin islevsellestirilmis yüzey kullanilarak döndürmeli kaplamanin tipik basarisiz bir sonucu olarak olusan akis hücresinin tayfun görüntüsünü göstermektedir. SEKIL 3B, norbornen silan türevi (la) silanlastirilmis akis hücresinin, daha homojen bir kaplamayla sonuçlanan tayfun görüntüsünü gösterir. SEKIL 3C, %0.25'lik sulu bir PAZAM çözeltisinin, kati- sivi ara yüzünün yüzey enerjileri arasinda büyük bir enerji uyumsuzlugunun varliginda bile, su lekeleri ile karsilastirildiginda norbornen silan türevi (la) silanize edilmis bir yüzey islattigini göstermektedir. Yüzey Kararlilik Testi Norbornen› silanize / PAZAM kapli substratlar ayrica iyi raf ömrüne sahiptir. Çesitli desenli ve desensiz substratlar, YES metodu kullanilarak Örnek 1 norbornen silan ile silanize edildi, daha sonra PAMAM kaplamasina tabi tutuldu ve Örnek 1 ve 2'de tarif edilen metot kullanilarak çapraz baglamaya tabi tutuldu. Desenli substratlar, bir desikatör içinde, oda sicakliginda karanlikta bir slayt tasiyicisinda saklandi. 30 gün sonra, bu substratlar sekanslandi ve kabul edilebilir TET QC sonuçlari ve siralama metrikleri saglandi (Sekil 4). BCN ile modifiye edilmis oligos ile primer asilama MN.`?ÖO MNIO ' î( `Z ; Cl) : KO" PAZAM Primer = PS veya P? PAZAM mN' I? `2,45 PAZAM / 1 ;FH BCN ile modifiye edilmis oligolarin PAZAM kapli bir yüzeye asilanmasi için yöntemin bir uygulamasi asagidaki gibidir: Standart PS ve P7 (tiofosfat ve alkin) oligolari ile ayni dizileri ihtiva eden modifiye edilmis BCN PS ve P7 oligolari, herhangi bir katalizör olmaksizin PAZAM (%0.25 a / h) ile kaplanmis bir akis hücresi yüzeyi ile reaksiyona girmek için kullanilmistir (Sema 2). PAZAM kaplanmis yüzey, doymamis akrilamid gruplarini olusturmak için pH = , ilk olarak yüzeyin 3- aminopropiltrimetoksisilan (APTMS) ile islenmesi, akrilloil klorür (80mL neat akriloil klorür ve l880mL susuz MeCN'de 40mL DIPEA) veya aktive edilmis akriloil NHS ester (KPi'de 20mg / mL) ile muamele edilerek hazirlandi. Doymamis akrilamid gruplarini olusturmak için pH = . Daha sonra, doymamis yüzeye PAZAM sokuldu ve substrat 50-75 dakika (statik) için 60 ° C'de inkübe edildi. Genel yöntem l3/784,368 sayiili ABD Basvurusunda tarif edilmistir. Akis hücresinin her seridi için detayli deney kosullari, asagidaki Tablo 1'de gösterilmistir. Detaylar Toplam [alkin] / uM PAZAM, Bakirsiz Asilama, PS ve P7 BCN Primerleri PAZAM, Bakirsiz Asilama, PS ve P7 BCN Primerleri PAZAM, Bakirsiz Asilama, PS ve P7 BCN Primerleri Yukarida tarif edilen BCN nwdifiye edilmis oligolarin katalizörsüz asisi kullanilarak akis hücresinin asilanmis yüzeyinin bir ilk Tayfun görüntüsü, SEKIL 5A'da tasvir edilmistir. Akis hücresi yüzeyi, asilanmis kaplamanin saglamligini belirlemek için bir termal Stres testine tabi tutuldu ve Sekil 5B'de gösterilen sonuç, sinyal azalmasinin (yüzey kaybi ile yaklasik korelasyon) minimum oldugunu ve standart seritlerle tutarli oldugunu gösterdi. Optimal primer yogunluklari elde etme amaciyla deney kosullarini arastirmak için farkli BCN modifiye oligo konsantrasyonlari da test edilmistir (Tablo 2). PAZAM kapli akis hücre yüzeyi, Örnek l'de tarif edilen benzer prosedür kullanilarak bir norbornen modifiye silandan hazirlandi. Daha sonra farkli BCN modifiye primer konsantrasyonlari polimer tabakasina asilandi. Bakirsiz asilama yöntemi ve farkli BCN primer konsantrasyonlari kullanilarak bir akis hücresinin asilanmis yüzeyinin ilk Tayfun görüntüsü, SEKIL 6A'da gösterilmistir. Akis hücresi yüzeyi ayni zamanda bir termal Stres testine tabi tutulmustur ve Sekil 6B yüzey isil gerilmesinden önce ve sonra gerçeklestirilen TET QC analizlerinin sonuçlarini göstermektedir. Kanallar Detaylar Toplam 3 %0.25 PAZAM, P5 ve P7 BCN 4 4 primerleri kullanilarak bakirsiz 4 2 asilama :g Her iki asilanmis akis hücresi yüzeyinde gerçeklestirilen köprü amplifikasyonu sorunsuz ilerledi. Kümeler bir floresan mikroskop kullanilarak incelendi ve kontrol seritlerinde yetistirilenlerle karsilastirilabilir göründüler. SEKIL 7A, bir BCN primer asili yüzeyden büyütülen kümelerin bir flüoresan görüntüsünü gösterir. Sablon tohumlama konsantrasyonu 0.5 pM olmustur. Benzer sekilde, SEKIL 7B, sablon konsantrasyonunun 3 pM oldugu bir BCN primer asilanmis yüzeyinden büyütülen kümelerin flüoresans görüntülerini gösterir. BCN modifiye edilmis oligos-asilanmis akis hücresi yüzeyleri daha sonra bir HiSeq cihazi kullanilarak birkaç dizi siralama yoluyla alinmistir. Üst düzey ölçümler kontrol seritleriyle karsilastirilabilirdi. SBS verilerinin karsilastirilmasi, yüksek seviyeli siralama ölçümlerinin, standart alkin oligos kullanilarak asilanmis PAZAM yüzeylerinden elde edilen sonuçlarla çok benzer oldugunu göstermektedir. BCN-oligos ile primer asilama Burada tarif edilen substrat yüzey hazirlama islemlerinin bazi uygulamalarinda, ham substratlar ilk olarak bir silan türevi, ör. Norbornen türevli silan. ile kaplanir, daha sonra PAZAM, yüzeye sikica kaplanir. Substrat daha sonra parlatilir ve birlestirilir, daha sonra primer asilama ve QC'ye maruz birakilir. PAZAM'in çözelti içindeki standart PS ve P7 oligolari ile fonksiyonellestirilmesiyle önceden asilanmis PAZAM kullanilarak substratin hazirlanmasina yönelik alternatif yaklasim da yüzeylerin elde edilmesi için Özel akiskan enstrümantasyonunun kullanilmasi ihtiyacini ortadan kaldirdigi için, bitmis bir substratin is akisi kisaltilabilir. Karisik PS / P7 BCN modifiye primerlerin (toplam konsantrasyon = 15 mM) bir solüsyonu sulu bir PAZAM çözeltisine (agirlik / hacim olarak%0,5) ilave edildi ve elde edilen karisim 2 saat 70 ° C'de isitildi. Oda sicakligina sogutulduktan sonra, karisim standart bir HiSeq akis hücresinin kaplanmasi için kullanilmis, bir norbornen türevli silan tabakasi ile önceden kimyasal isleme tabi tutulmustur (Sema 3). m; v.. w. QC, dehyb, i köprü amplifikasyonu CVD yoluyla biriktime Sema 3 Önceden asilanmis yüzey standart termal stres testine tabi tutulmus ve sinyal kayiplari (yüzey kayiplarina karsilik gelen) kontrol ile karsilastirilabilir olmustur. Bir 2x26 HiSeq SBS dizileme deneyi, lllumina standart protokolünde tarif edilen standart reaktifler kullanilarak. gerçeklestirildi. SEKIL 8A, Önceden hazirlanmis bir PAZAM yüzeyinden elde edilen kümelerin türünü gösterir. Tohumlama sablonu konsantrasyonu azaltildi (. SEKIL 8B'de, ayni akis hücresindeki bir kanalin alt yüzeyi, tohumlama konsantrasyonu 3 pM'ye yükseltimis olarak gösterilir. Küme yogunlugundaki degisim beklenen limitlerdedir ve bu nedenle bu yeni yüzeyin kontrol yüzeylerine çok benzer sekilde davrandigini göstermektedir. Görüntülerin incelenmesi (SEKILLER 8A ve 8B), kümelerin, Tam Genislik Yarim Max (FWHM) dikkate alinarak tahmin edilen "küme" görünür küme oldugu tek varyasyon ile tipik oldugunu göstermistir, ki görünen kümelenme boyutu için bir proxy olarak dahili olarak kullanilir. Bu, bu kümelerin azaltilmis yogunlugu ile tutarlidir. Asilanmis, kontrol ve BCN modifiye primer asili kanallar için SBS ölçümleri arasinda bir karsilastirma, SBS döngülerinin yüzey üzerinde olusturulan kümelerden ilerledigini teyit eder. Benzer, daha uzun bir SBS çalismasi bir MiSeq cihazi kullanilarak gerçeklestirilmistir. Bu durumda, standart bir PAZAM çözeltisi, 70 ° C'de 3 saat BCN-degistirilmis primerler ile inkübe edildi. Elde edilen asilanmis polimer karisimi daha sonra standart protokolleri izleyen bir norbornen islevsellestirilmis MiSeq akis hücrelerine uygulandi. Yerlesik küme üretimini, standart bir dört kanalli sistem kullanilarak gerçeklestirilen bir 23151 döngü SBS çalismasi izledi. Sekil 9, standart bir MidSeq sisteminden ( elde edilen önceden konjuge PAZAM karisimi ile kaplanmis bir kanal yüzeyinden büyütülen kümelerin bir küçük resmini göstermektedir. Görüntünün sag kismi görüntünün sol kisminin büyütülmesidir. Bu çalismadaki tüm döngülerin SBS görüntüleri, standart (SFA ve PAZAM) SBS deneylerinden elde edilenlerle karsilastirilabilir. Sinyal-gürültü ölçümleri ayni zamanda standart yüzeylere kiyasla çok. benzerdir, bu da boya Inoleküllerinin bariz tutulmasinin siralama sirasinda gerçeklesmedigini göstermektedir (yani polimer kaplama ek degisikliklere ugramamaktadir). TR TR TR TR TR TR TR TR

Claims (1)

1.
TR2018/16438T 2013-07-01 2014-06-26 Katalizörsüz yüzey işlevselleştirme ve polimer aşılama. TR201816438T4 (tr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361841647P 2013-07-01 2013-07-01
US201461971381P 2014-03-27 2014-03-27

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TR201816438T4 true TR201816438T4 (tr) 2018-11-21

Family

ID=51211889

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TR2018/16438T TR201816438T4 (tr) 2013-07-01 2014-06-26 Katalizörsüz yüzey işlevselleştirme ve polimer aşılama.

Country Status (16)

Country Link
US (5) US9994687B2 (tr)
EP (3) EP3431614B1 (tr)
JP (3) JP6511046B2 (tr)
KR (3) KR102070483B1 (tr)
CN (2) CN109734946B (tr)
AU (3) AU2014284584B2 (tr)
CA (1) CA2915598C (tr)
DK (2) DK3017065T3 (tr)
ES (2) ES2700529T3 (tr)
HU (1) HUE041318T2 (tr)
IL (2) IL273519B2 (tr)
MX (1) MX363806B (tr)
PL (2) PL3431614T3 (tr)
PT (1) PT3017065T (tr)
TR (1) TR201816438T4 (tr)
WO (1) WO2015002813A1 (tr)

Families Citing this family (106)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PT2556171E (pt) 2010-04-05 2015-12-21 Prognosys Biosciences Inc Ensaios biológicos codificados espacialmente
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
DK3511423T4 (da) 2012-10-17 2024-07-29 Spatial Transcriptomics Ab Fremgangsmåder og produkt til optimering af lokaliseret eller rumlig detektion af genekspression i en vævsprøve
EP4234716A3 (en) 2013-06-25 2023-12-06 Prognosys Biosciences, Inc. Methods for determining spatial patterns of biological targets in a sample
IL273519B2 (en) 2013-07-01 2023-04-01 Illumina Inc Surface activation and polymer assembly without a catalyst
EP3084523B1 (en) 2013-12-19 2019-07-03 Illumina, Inc. Substrates comprising nano-patterning surfaces and methods of preparing thereof
CA3163156C (en) 2014-07-31 2025-07-08 Illumina Inc HYBRID NANOPORE SENSORS
EP3183577B1 (en) 2014-08-21 2020-08-19 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
CN114805710B (zh) * 2014-10-31 2023-11-17 伊鲁米纳剑桥有限公司 聚合物以及dna共聚物涂层
EP4119677B1 (en) 2015-04-10 2023-06-28 Spatial Transcriptomics AB Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens
SG11201708689RA (en) 2015-05-11 2017-11-29 Illumina Inc Platform for discovery and analysis of therapeutic agents
WO2017007753A1 (en) 2015-07-07 2017-01-12 Illumina, Inc. Selective surface patterning via nanoimrinting
US20180207920A1 (en) 2015-07-17 2018-07-26 Illumina, Inc. Polymer sheets for sequencing applications
AU2016330924A1 (en) * 2015-10-02 2018-04-26 PixarBio Corporation Compositions for an injectable, in situ forming neuroscaffold and methods of using the same
CA3021915A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 Illumina, Inc. Self-assembled patterning using patterned hydrophobic surfaces
CN117822128A (zh) 2016-07-22 2024-04-05 俄勒冈健康与科学大学 单细胞全基因组文库及制备其的组合索引方法
US11213976B2 (en) 2016-12-22 2022-01-04 Illumina, Inc. Imprinting apparatus
US20180195115A1 (en) * 2016-12-22 2018-07-12 Illumina, Inc. Arrays with quality control tracers
MY203439A (en) 2016-12-22 2024-06-28 Illumina Inc Array including sequencing primer and non-sequencing entity
JP7236999B2 (ja) * 2016-12-22 2023-03-10 イラミーナ インコーポレーテッド フローセルパッケージおよびその製造方法
KR102512186B1 (ko) 2016-12-22 2023-03-20 일루미나, 인코포레이티드 수지 필름 및 패턴화된 중합체층을 포함하는 어레이
IL268613B2 (en) * 2017-02-24 2023-10-01 Illumina Inc Calcium Carbonate Slurry
WO2018197945A1 (en) 2017-04-23 2018-11-01 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
US10995369B2 (en) 2017-04-23 2021-05-04 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
FI3842545T3 (fi) 2017-04-23 2023-01-31 Koostumuksia ja menetelmiä näytteiden tunnistuksen parantamiseksi indeksoiduissa nukleiinihappokirjastoissa
NL2019044B1 (en) 2017-05-11 2018-11-15 Illumina Inc Protective surface coatings for flow cells
EP3635136B1 (en) 2017-06-07 2021-10-20 Oregon Health & Science University Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
US11987780B2 (en) 2017-07-14 2024-05-21 Cedars-Sinai Medical Center L-glass: a novel functionalization method for covalently attaching ECM protein to optical glass
CN110785813A (zh) 2017-07-31 2020-02-11 伊鲁米那股份有限公司 具有多路生物样本聚合的测序系统
ES2999650T3 (en) 2017-08-01 2025-02-26 Illumina Inc Spatial indexing of genetic material and library preparation using hydrogel beads and flow cells
CN111093819B (zh) * 2017-12-21 2022-04-05 伊鲁米纳公司 具有水凝胶涂层的流动池
BR112019027630B1 (pt) * 2017-12-22 2023-03-21 Illumina, Inc Substâncias cataliticamente ativas
NL2020625B1 (en) 2017-12-22 2019-07-02 Illumina Inc Two-filter light detection devices and methods of manufacturing same
EP3775278A1 (en) 2018-04-02 2021-02-17 Illumina Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
WO2019204229A1 (en) 2018-04-20 2019-10-24 Illumina, Inc. Methods of encapsulating single cells, the encapsulated cells and uses thereof
EP3794012B1 (en) 2018-05-15 2023-10-18 Illumina Inc. Compositions and methods for chemical cleavage and deprotection of surface-bound oligonucleotides
IL271454B2 (en) 2018-05-17 2025-04-01 Illumina Inc Rapid single-cell genetic sequencing with low Aggregation bias
PE20220773A1 (es) 2018-06-29 2022-05-16 Illumina Inc Cubetas de lectura
US20220017471A1 (en) * 2018-07-18 2022-01-20 Shanghai Tech University Functionality independent labeling of organic compounds
TW202019989A (zh) * 2018-08-06 2020-06-01 美商康寧公司 具有穩定聚合物塗層之流動槽及其用於基因定序之用途
WO2020076976A1 (en) 2018-10-10 2020-04-16 Readcoor, Inc. Three-dimensional spatial molecular indexing
CN111100785B (zh) * 2018-10-25 2023-08-11 深圳市真迈生物科技有限公司 固相基底、其处理方法和确定处理条件的方法
EP3870721B1 (en) 2018-10-26 2025-08-13 Illumina, Inc. Modulating polymer beads for dna processing
US12385083B2 (en) 2018-12-10 2025-08-12 10X Genomics, Inc. Methods of using master / copy arrays for spatial detection
BR112020026320A2 (pt) 2018-12-17 2021-03-30 Illumina, Inc. Células de fluxo, kits de sequenciamento e método
JP2022512058A (ja) * 2018-12-21 2022-02-02 イルミナ インコーポレイテッド ヌクレアーゼを利用したｒｎａ枯渇
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
CA3113841A1 (en) 2019-03-01 2020-09-10 Illumina, Inc. High-throughput single-nuclei and single-cell libraries and methods of making and of using
US11210554B2 (en) 2019-03-21 2021-12-28 Illumina, Inc. Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
WO2020191390A2 (en) 2019-03-21 2020-09-24 Illumina, Inc. Artificial intelligence-based quality scoring
NL2023310B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Training data generation for artificial intelligence-based sequencing
NL2023316B1 (en) 2019-03-21 2020-09-28 Illumina Inc Artificial intelligence-based sequencing
NL2023311B9 (en) 2019-03-21 2021-03-12 Illumina Inc Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata
NL2023679B1 (en) 2019-08-09 2021-04-13 Illumina Inc System and method for patterning flow cell substrates
WO2021028815A1 (en) 2019-08-09 2021-02-18 Illumina Inc. System and method for patterning flow cell substrates
AU2020407641A1 (en) 2019-12-19 2021-09-23 Illumina, Inc. High-throughput single-cell libraries and methods of making and of using
BR112021026592A2 (pt) 2019-12-20 2022-06-21 Illumina Inc Células de fluxo
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
US12076701B2 (en) 2020-01-31 2024-09-03 10X Genomics, Inc. Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics
CN115461143A (zh) * 2020-02-21 2022-12-09 10X基因组学有限公司 用于样品处理的组合物、方法和系统
KR20230007915A (ko) * 2020-04-24 2023-01-13 일루미나 케임브리지 리미티드 플로우 셀
US11188778B1 (en) 2020-05-05 2021-11-30 Illumina, Inc. Equalization-based image processing and spatial crosstalk attenuator
CN115916967A (zh) 2020-05-12 2023-04-04 伊鲁米纳公司 使用重组末端脱氧核苷酸转移酶生成具有经修饰的碱基的核酸
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
WO2022006081A1 (en) 2020-06-30 2022-01-06 Illumina, Inc. Catalytically controlled sequencing by synthesis to produce scarless dna
AU2021306281A1 (en) 2020-07-08 2023-01-05 Illumina, Inc. Beads as transposome carriers
CN111743857A (zh) * 2020-07-30 2020-10-09 瑞希(重庆)生物科技有限公司 一种壳聚糖水凝胶及其制备方法
US20220049303A1 (en) 2020-08-17 2022-02-17 Readcoor, Llc Methods and systems for spatial mapping of genetic variants
US20240011975A1 (en) * 2020-09-15 2024-01-11 3M Innovative Properties Company Nanopatterned Films with Patterned Surface Chemistry
EP4232485B1 (en) * 2020-10-20 2024-07-10 Illumina, Inc. Flow cells
US11361194B2 (en) 2020-10-27 2022-06-14 Illumina, Inc. Systems and methods for per-cluster intensity correction and base calling
CN114573764B (zh) * 2020-11-30 2023-08-29 深圳市真迈生物科技有限公司 聚合物、芯片及其制备方法和应用
US12060448B2 (en) * 2021-01-05 2024-08-13 Illumina, Inc. Compositions including functional groups coupled to substrates, and methods of making the same
CA3206511A1 (en) 2021-01-29 2022-08-04 Yir-Shyuan WU Methods, compositions and kits to improve seeding efficiency of flow cells with polynucleotides
EP4294569A4 (en) 2021-02-22 2025-01-22 Illumina, Inc. HYBRID GLASS PLASTIC FLOW CELL AND METHODS OF MANUFACTURE
JP2024515428A (ja) 2021-03-09 2024-04-10 イルミナ インコーポレイテッド ポリマー、ポリマーを作製する方法、及びオリゴヌクレオチドをポリマーにカップリングする方法
KR102488382B1 (ko) * 2021-04-19 2023-01-17 한국화학연구원 클릭반응을 이용한 고밀도 및 고안정성 cnt 필름 코팅 기판 및 이의 제조방법
BR112023022509A2 (pt) * 2021-04-30 2024-01-02 Illumina Cambridge Ltd Célula de fluxo e métodos
US20230016633A1 (en) 2021-06-15 2023-01-19 Illumina, Inc. Hydrogel-free surface functionalization for sequencing
US11455487B1 (en) 2021-10-26 2022-09-27 Illumina Software, Inc. Intensity extraction and crosstalk attenuation using interpolation and adaptation for base calling
EP4374343B1 (en) 2021-07-19 2025-12-03 Illumina, Inc. Intensity extraction with interpolation and adaptation for base calling
EP4373958A1 (en) 2021-07-23 2024-05-29 Illumina, Inc. Methods for preparing substrate surface for dna sequencing
EP4419705A1 (en) 2021-10-20 2024-08-28 Illumina, Inc. Methods for capturing library dna for sequencing
US20230158469A1 (en) * 2021-11-01 2023-05-25 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for synthesis
CN114231401B (zh) * 2022-02-21 2022-05-03 北京芯迈微生物技术有限公司 一种核酸检测试剂盒及检测方法
EP4496658A1 (en) 2022-03-22 2025-01-29 Illumina, Inc. Substrate with orthogonally functional nanodomains
IL315876A (en) 2022-04-07 2024-11-01 Illumina Inc Modification of cytidine deaminases and methods of use
CN115010852B (zh) * 2022-06-01 2023-10-10 郑州玛特瑞斯生物科技有限公司 一种测序芯片表面修饰用聚合物、测序芯片及其表面修饰方法
JP2025526537A (ja) 2022-06-09 2025-08-15 イルミナ インコーポレイテッド フローセル傾斜に対する塩基コーリングの依存性
EP4594482A1 (en) 2022-09-30 2025-08-06 Illumina, Inc. Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024073043A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides
CN120153070A (zh) 2022-09-30 2025-06-13 因美纳有限公司 解旋酶-胞苷脱氨酶复合物及其使用方法
US20240199659A1 (en) * 2022-12-01 2024-06-20 Gelest, Inc. Cycloalkylnorbornene compounds with heterocyclic functionality for voc-free crosslinking and surface functionalization
WO2024123748A1 (en) 2022-12-07 2024-06-13 Illumina, Inc. Etch-free photoresist patterning in multi-depth nanowells
US20240417792A1 (en) 2023-06-08 2024-12-19 Illumina, Inc. Capturing and amplifying polynucleotides, and reusing flowcells, using silica particles
WO2025006441A1 (en) 2023-06-28 2025-01-02 Illumina, Inc. Capturing and amplifying polynucleotides using particles
WO2025006431A1 (en) 2023-06-28 2025-01-02 Illumina, Inc. Photoresist patterning in multi-depth nanowells
US20250011834A1 (en) 2023-06-29 2025-01-09 Illumina, Inc. Methods of functionalizing magnetic particles and methods of generating amplicons using magnetic particles
WO2025072783A1 (en) 2023-09-28 2025-04-03 Illumina, Inc. Altered cytidine deaminases and methods of use
WO2025081064A2 (en) 2023-10-11 2025-04-17 Illumina, Inc. Thermophilic deaminase and methods for identifying modified cytosine
CN117486500A (zh) * 2023-11-03 2024-02-02 郑州玛特瑞斯生物科技有限公司 一种玻片量产工艺、玻片加工用装置
EP4567128A1 (en) 2023-12-07 2025-06-11 Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft Improved method and means for spatial nucleic acid detection in-situ
WO2025137222A1 (en) 2023-12-19 2025-06-26 Illumina, Inc. Methylation detection assay
WO2025240905A1 (en) 2024-05-17 2025-11-20 The Broad Institute, Inc. Imaging-free high-resolution spatial macromolecule abundance reconstruction

Family Cites Families (108)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8810400D0 (en) 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5130238A (en) 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
GB8822228D0 (en) 1988-09-21 1988-10-26 Southern E M Support-bound oligonucleotides
US6346413B1 (en) 1989-06-07 2002-02-12 Affymetrix, Inc. Polymer arrays
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
DE3924454A1 (de) 1989-07-24 1991-02-07 Cornelis P Prof Dr Hollenberg Die anwendung von dna und dna-technologie fuer die konstruktion von netzwerken zur verwendung in der chip-konstruktion und chip-produktion (dna chips)
WO1991006678A1 (en) 1989-10-26 1991-05-16 Sri International Dna sequencing
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
CA2118806A1 (en) 1991-09-18 1993-04-01 William J. Dower Method of synthesizing diverse collections of oligomers
AU675054B2 (en) 1991-11-22 1997-01-23 Affymetrix, Inc. Combinatorial strategies for polymer synthesis
WO1993017126A1 (en) 1992-02-19 1993-09-02 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Novel oligonucleotide arrays and their use for sorting, isolating, sequencing, and manipulating nucleic acids
US5583211A (en) 1992-10-29 1996-12-10 Beckman Instruments, Inc. Surface activated organic polymers useful for location - specific attachment of nucleic acids, peptides, proteins and oligosaccharides
US5472672A (en) 1993-10-22 1995-12-05 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Apparatus and method for polymer synthesis using arrays
AU8126694A (en) 1993-10-26 1995-05-22 Affymax Technologies N.V. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US6156501A (en) 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
US5429807A (en) 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface
JPH09510351A (ja) 1994-03-16 1997-10-21 ジェン−プローブ・インコーポレイテッド 等温鎖置換核酸増幅法
US5552278A (en) 1994-04-04 1996-09-03 Spectragen, Inc. DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
US5807522A (en) 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US5641658A (en) 1994-08-03 1997-06-24 Mosaic Technologies, Inc. Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
US5624711A (en) 1995-04-27 1997-04-29 Affymax Technologies, N.V. Derivatization of solid supports and methods for oligomer synthesis
US5545531A (en) 1995-06-07 1996-08-13 Affymax Technologies N.V. Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays
EP0852004B1 (en) 1995-10-11 2011-01-19 Luminex Corporation Multiplexed analysis of clinical specimens
US5658734A (en) 1995-10-17 1997-08-19 International Business Machines Corporation Process for synthesizing chemical compounds
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
US6020141A (en) 1996-05-09 2000-02-01 3-Dimensional Pharmaceuticals, Inc. Microplate thermal shift assay for ligand development and multi-variable protein chemistry optimization
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
US6297006B1 (en) 1997-01-16 2001-10-02 Hyseq, Inc. Methods for sequencing repetitive sequences and for determining the order of sequence subfragments
US7622294B2 (en) 1997-03-14 2009-11-24 Trustees Of Tufts College Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
EP1498494A3 (en) 1997-04-01 2007-06-20 Solexa Ltd. Method of nucleic acid sequencing
US6465178B2 (en) 1997-09-30 2002-10-15 Surmodics, Inc. Target molecule attachment to surfaces
US6485944B1 (en) 1997-10-10 2002-11-26 President And Fellows Of Harvard College Replica amplification of nucleic acid arrays
US6087102A (en) 1998-01-07 2000-07-11 Clontech Laboratories, Inc. Polymeric arrays and methods for their use in binding assays
US6287776B1 (en) 1998-02-02 2001-09-11 Signature Bioscience, Inc. Method for detecting and classifying nucleic acid hybridization
JP3944996B2 (ja) 1998-03-05 2007-07-18 株式会社日立製作所 Ｄｎａプローブアレー
US6031078A (en) 1998-06-16 2000-02-29 Millennium Pharmaceuticals, Inc. MTbx protein and nucleic acid molecules and uses therefor
AR021833A1 (es) 1998-09-30 2002-08-07 Applied Research Systems Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico
US6277628B1 (en) 1998-10-02 2001-08-21 Incyte Genomics, Inc. Linear microarrays
US6391937B1 (en) 1998-11-25 2002-05-21 Motorola, Inc. Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
HK1046156B (en) 1999-04-20 2009-01-23 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20050244870A1 (en) 1999-04-20 2005-11-03 Illumina, Inc. Nucleic acid sequencing using microsphere arrays
FR2792631B1 (fr) * 1999-04-21 2004-03-19 Pasteur Institut Support solide fonctionnalise pour la synthese de composes comportant au moins une fonction alpha oxoaldehyde et ses applications.
US6664061B2 (en) 1999-06-25 2003-12-16 Amersham Biosciences Ab Use and evaluation of a [2+2] photoaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix
US6372813B1 (en) 1999-06-25 2002-04-16 Motorola Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7244559B2 (en) 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6913884B2 (en) 2001-08-16 2005-07-05 Illumina, Inc. Compositions and methods for repetitive use of genomic DNA
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
EP1259643B1 (en) 2000-02-07 2008-10-15 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
CA2399908A1 (en) 2000-02-10 2001-08-16 Todd Dickinson Array of individual arrays as substrate for bead-based simultaneous processing of samples and manufacturing method therefor
US6770441B2 (en) 2000-02-10 2004-08-03 Illumina, Inc. Array compositions and methods of making same
WO2001062982A2 (en) 2000-02-25 2001-08-30 Mosaic Technologies, Inc. Methods for multi-stage solid phase amplification of nucleic acids
WO2001084234A1 (en) 2000-05-01 2001-11-08 Proligo Llc Method for immobilizing oligonucleotides employing the cycloaddition bioconjugation method
JP2004513619A (ja) 2000-07-07 2004-05-13 ヴィジゲン　バイオテクノロジーズ　インコーポレイテッド リアルタイム配列決定
EP1307414A2 (en) 2000-08-09 2003-05-07 Amersham Biosciences AB The use and evaluation of a 2+2] photocycloaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix
WO2002044425A2 (en) 2000-12-01 2002-06-06 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
AR031640A1 (es) 2000-12-08 2003-09-24 Applied Research Systems Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido
US20030027226A1 (en) 2001-05-10 2003-02-06 Cory Abate-Shen Monoclonal antibody for NKX3.1 and method for detecting same
GB0127564D0 (en) 2001-11-16 2002-01-09 Medical Res Council Emulsion compositions
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
US20040002090A1 (en) 2002-03-05 2004-01-01 Pascal Mayer Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype
JP2004085556A (ja) * 2002-06-28 2004-03-18 Canon Inc プローブ担体の製造方法、製造装置及び品質保証方法
SI3363809T1 (sl) 2002-08-23 2020-08-31 Illumina Cambridge Limited Modificirani nukleotidi za polinukleotidno sekvenciranje
US7595883B1 (en) 2002-09-16 2009-09-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biological analysis arrangement and approach therefor
CA2513535C (en) 2003-01-29 2012-06-12 454 Corporation Bead emulsion nucleic acid amplification
WO2005003304A2 (en) 2003-06-20 2005-01-13 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
WO2005010145A2 (en) 2003-07-05 2005-02-03 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
JP2007525571A (ja) 2004-01-07 2007-09-06 ソレクサ リミテッド 修飾分子アレイ
WO2006044078A2 (en) 2004-09-17 2006-04-27 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
EP1907571B1 (en) 2005-06-15 2017-04-26 Complete Genomics Inc. Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping fragments
US7892737B2 (en) * 2005-06-30 2011-02-22 Life Technologies Corporation Compositions, kits and methods pertaining to stability modulation of PNA oligomer/nucleic acid complexes
GB0514909D0 (en) * 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Methods of nucleic acid amplification and sequencing
GB0514936D0 (en) * 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
EP2269724A1 (de) * 2005-10-29 2011-01-05 Bayer Technology Services GmbH Verfahren zur Bestimmung eines oder mehrerer Analyten in komplex zusammengesetzten Proben biologischen Ursprungs und dessen Verwendung
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
CA2641851A1 (en) * 2006-02-08 2007-08-16 Eric Hans Vermaas Method for sequencing a polynucleotide template
EP2021503A1 (en) 2006-03-17 2009-02-11 Solexa Ltd. Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays
SG170802A1 (en) 2006-03-31 2011-05-30 Solexa Inc Systems and devices for sequence by synthesis analysis
US7754429B2 (en) * 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
AU2007309504B2 (en) 2006-10-23 2012-09-13 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
AU2007334393A1 (en) 2006-12-14 2008-06-26 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
JP5532648B2 (ja) 2008-04-03 2014-06-25 信越化学工業株式会社 カルボキシル基を有するオルガノポリシロキサンで表面処理された粉体、該粉体の分散物および該粉体を含む化粧料
JP5285949B2 (ja) * 2008-04-16 2013-09-11 Ｒｉｍｔｅｃ株式会社 複合成形体
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
FR2943344B1 (fr) 2009-03-18 2011-04-15 Commissariat Energie Atomique Nouveaux composes silanes porteurs d'une chaine carbonee cyclique comprenant une fonction alcyne pour fonctionnaliser des supports solides et immobiliser sur ces supports des molecules biologiques
US20110143966A1 (en) * 2009-12-15 2011-06-16 Affymetrix, Inc. Surface Modifications and Methods for their Synthesis and Use
US8496997B2 (en) * 2010-03-10 2013-07-30 The University Of Melbourne Process for the preparation of a cross-linked multilayer film
EP3928867B1 (en) 2010-10-27 2024-07-17 Illumina, Inc. Microdevices and biosensor cartridges for biological or chemical analysis and systems and methods for the same
WO2012079030A2 (en) 2010-12-10 2012-06-14 The Regents Of The University Of California Bioconjugation using bifunctional linkers
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
EP2718465B1 (en) * 2011-06-09 2022-04-13 Illumina, Inc. Method of making an analyte array
EP2532639A1 (en) 2011-06-09 2012-12-12 ModiQuest B.V. Method for preparing a reactive coating
EP2753607B1 (en) 2011-09-09 2016-04-13 Berry And Associates, Inc. Bicyclo[6.1.0]non-4-yne reagents for chemical modification of oligonucleotides
US8778849B2 (en) 2011-10-28 2014-07-15 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
JP2013151468A (ja) * 2011-11-30 2013-08-08 Agilent Technologies Inc オリゴマーの合成及び精製の新規方法
WO2013092998A1 (en) * 2011-12-23 2013-06-27 Innate Pharma Enzymatic conjugation of antibodies
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US9512422B2 (en) * 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
IL273519B2 (en) * 2013-07-01 2023-04-01 Illumina Inc Surface activation and polymer assembly without a catalyst
EP3183577B1 (en) * 2014-08-21 2020-08-19 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization

Also Published As

Publication number Publication date
CN109734946B (zh) 2021-10-26
HUE041318T2 (hu) 2019-05-28
JP2016525466A (ja) 2016-08-25
US9994687B2 (en) 2018-06-12
KR20200009136A (ko) 2020-01-29
IL243132B (en) 2020-05-31
EP3919624A3 (en) 2021-12-29
US20250171604A1 (en) 2025-05-29
IL273519B (en) 2022-12-01
AU2020233601A1 (en) 2020-10-01
AU2014284584A1 (en) 2016-01-21
JP6873300B2 (ja) 2021-05-19
AU2019246865B2 (en) 2020-06-18
EP3919624A2 (en) 2021-12-08
JP6744944B2 (ja) 2020-08-19
PT3017065T (pt) 2018-12-18
AU2019246865A1 (en) 2019-10-31
DK3431614T3 (da) 2021-12-06
EP3431614A1 (en) 2019-01-23
US10975210B2 (en) 2021-04-13
US20230250248A1 (en) 2023-08-10
AU2014284584B2 (en) 2019-08-01
PL3431614T3 (pl) 2022-03-07
CN105431554B (zh) 2019-02-15
HK1223655A1 (en) 2017-08-04
US20150005447A1 (en) 2015-01-01
CA2915598A1 (en) 2015-01-08
US12202950B2 (en) 2025-01-21
DK3017065T3 (en) 2018-11-26
CN109734946A (zh) 2019-05-10
JP6511046B2 (ja) 2019-05-08
IL273519B2 (en) 2023-04-01
WO2015002813A1 (en) 2015-01-08
EP3017065A1 (en) 2016-05-11
IL273519A (en) 2020-05-31
KR20160027065A (ko) 2016-03-09
AU2020233601B2 (en) 2022-10-20
KR102070483B1 (ko) 2020-01-29
WO2015002813A8 (en) 2015-08-27
JP2021011111A (ja) 2021-02-04
ES2899618T3 (es) 2022-03-14
KR102177225B1 (ko) 2020-11-10
JP2019147383A (ja) 2019-09-05
EP3431614B1 (en) 2021-09-08
KR102266002B1 (ko) 2021-06-16
US20180265660A1 (en) 2018-09-20
US11618808B2 (en) 2023-04-04
EP3017065B1 (en) 2018-09-12
US20210189082A1 (en) 2021-06-24
PL3017065T3 (pl) 2019-03-29
KR20200128211A (ko) 2020-11-11
ES2700529T3 (es) 2019-02-18
MX2015018049A (es) 2016-06-24
CA2915598C (en) 2020-03-24
MX363806B (es) 2019-04-03
CN105431554A (zh) 2016-03-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US12202950B2 (en) Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting
JP2022130521A (ja) 新規のポリマーおよびｄｎａコポリマーコーティング
HK40065936A (en) Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting
HK40007862A (en) Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting
HK40007862B (zh) 无催化剂的表面官能化和聚合物接枝
HK1223655B (en) Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting