RU2832872C1 - Strain of yeast fungus candida duobushaemulonii, intended for use as reference for phenotypic identification in laboratory diagnosis of candidiasis - Google Patents
Strain of yeast fungus candida duobushaemulonii, intended for use as reference for phenotypic identification in laboratory diagnosis of candidiasis Download PDFInfo
- Publication number
- RU2832872C1 RU2832872C1 RU2024120449A RU2024120449A RU2832872C1 RU 2832872 C1 RU2832872 C1 RU 2832872C1 RU 2024120449 A RU2024120449 A RU 2024120449A RU 2024120449 A RU2024120449 A RU 2024120449A RU 2832872 C1 RU2832872 C1 RU 2832872C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- strain
- duobushaemulonii
- candida
- fungi
- species
- Prior art date
Links
- 241000354488 [Candida] duobushaemulonii Species 0.000 title claims abstract description 29
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 title claims abstract description 5
- 201000003984 candidiasis Diseases 0.000 title claims abstract description 5
- 206010007134 Candida infections Diseases 0.000 title claims abstract description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 title claims description 7
- 238000003771 laboratory diagnosis Methods 0.000 title 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims abstract description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract description 8
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 claims abstract description 6
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims abstract description 4
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims abstract description 4
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 9
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims description 5
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 2
- 241000894007 species Species 0.000 abstract description 22
- 239000012568 clinical material Substances 0.000 abstract description 4
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 abstract description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 abstract 1
- 231100000676 disease causative agent Toxicity 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 19
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 16
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 13
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 13
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 12
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 12
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 10
- 238000000034 method Methods 0.000 description 10
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 9
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 8
- IICCLYANAQEHCI-UHFFFAOYSA-N 4,5,6,7-tetrachloro-3',6'-dihydroxy-2',4',5',7'-tetraiodospiro[2-benzofuran-3,9'-xanthene]-1-one Chemical compound O1C(=O)C(C(=C(Cl)C(Cl)=C2Cl)Cl)=C2C21C1=CC(I)=C(O)C(I)=C1OC1=C(I)C(O)=C(I)C=C21 IICCLYANAQEHCI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 5
- 229930187593 rose bengal Natural products 0.000 description 5
- 229940081623 rose bengal Drugs 0.000 description 5
- STRXNPAVPKGJQR-UHFFFAOYSA-N rose bengal A Natural products O1C(=O)C(C(=CC=C2Cl)Cl)=C2C21C1=CC(I)=C(O)C(I)=C1OC1=C(I)C(O)=C(I)C=C21 STRXNPAVPKGJQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 4
- MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N Raffinose Natural products O(C[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O[C@@]2(CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O1)[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-RMMQSMQOSA-N 0.000 description 4
- 239000006159 Sabouraud's agar Substances 0.000 description 4
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 4
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 4
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 4
- MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N UNPD196149 Natural products OC1C(O)C(CO)OC1(CO)OC1C(O)C(O)C(O)C(COC2C(C(O)C(O)C(CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010046334 Urease Proteins 0.000 description 4
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 4
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 4
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 4
- MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N raffinose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 MUPFEKGTMRGPLJ-ZQSKZDJDSA-N 0.000 description 4
- 239000012449 sabouraud dextrose agar Substances 0.000 description 4
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 4
- GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N D-Cellobiose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N 0.000 description 3
- SQUHHTBVTRBESD-UHFFFAOYSA-N Hexa-Ac-myo-Inositol Natural products CC(=O)OC1C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C1OC(C)=O SQUHHTBVTRBESD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PYMYPHUHKUWMLA-VPENINKCSA-N aldehydo-D-xylose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-VPENINKCSA-N 0.000 description 3
- DLRVVLDZNNYCBX-ZZFZYMBESA-N beta-melibiose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O1 DLRVVLDZNNYCBX-ZZFZYMBESA-N 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000006787 czapek-dox agar Substances 0.000 description 3
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 3
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 3
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 3
- CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N inositol Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N 0.000 description 3
- 229960000367 inositol Drugs 0.000 description 3
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N scyllo-inosotol Natural products OC1C(O)C(O)C(O)C(O)C1O CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 2
- 208000007163 Dermatomycoses Diseases 0.000 description 2
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 2
- 241000270295 Serpentes Species 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- YPHMISFOHDHNIV-FSZOTQKASA-N cycloheximide Chemical compound C1[C@@H](C)C[C@H](C)C(=O)[C@@H]1[C@H](O)CC1CC(=O)NC(=O)C1 YPHMISFOHDHNIV-FSZOTQKASA-N 0.000 description 2
- 201000003929 dermatomycosis Diseases 0.000 description 2
- FBPFZTCFMRRESA-GUCUJZIJSA-N galactitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-GUCUJZIJSA-N 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 2
- 239000001965 potato dextrose agar Substances 0.000 description 2
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 2
- 230000002335 preservative effect Effects 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 1
- 241000235349 Ascomycota Species 0.000 description 1
- 241000311100 Debaryomycetaceae Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 241000893980 Microsporum canis Species 0.000 description 1
- 206010048723 Multiple-drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 241000235343 Saccharomycetales Species 0.000 description 1
- 241000235342 Saccharomycetes Species 0.000 description 1
- 206010042938 Systemic candida Diseases 0.000 description 1
- 241001045770 Trichophyton mentagrophytes Species 0.000 description 1
- 241000191353 [Candida] haemulonis Species 0.000 description 1
- 241000354483 [Candida] haemulonis var. vulnera Species 0.000 description 1
- 241001037273 [Candida] pseudohaemulonii Species 0.000 description 1
- 241000222295 [Candida] zeylanoides Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 1
- 230000000843 anti-fungal effect Effects 0.000 description 1
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000721 bacterilogical effect Effects 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 230000034303 cell budding Effects 0.000 description 1
- 125000001547 cellobiose group Chemical group 0.000 description 1
- 239000006071 cream Substances 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- -1 dulcitol- Chemical compound 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 244000000013 helminth Species 0.000 description 1
- 230000006799 invasive growth in response to glucose limitation Effects 0.000 description 1
- 238000009533 lab test Methods 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 125000003421 melibiose group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 244000309462 non-albicans Candida Species 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000035764 nutrition Effects 0.000 description 1
- 244000039328 opportunistic pathogen Species 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 238000003825 pressing Methods 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
Abstract
Description
Изобретение относится к области ветеринарной и медицинской микологии, а также к клинической микробиологии, и может быть использовано лаборантом или врачом-исследователем для проведения идентификации грибов вида Candida duobushaemulonii, выделенных при лабораторном исследовании клинического материала от животных и человека.The invention relates to the field of veterinary and medical mycology, as well as to clinical microbiology, and can be used by a laboratory technician or a research physician to identify fungi of the Candida duobushaemulonii species isolated during laboratory testing of clinical material from animals and humans.
Поверхностные и системные кандидозы животных являются актуальной проблемой ветеринарной медицины. Большую долю в этиологии микозов занимают грибы рода Candida, являющиеся распространенными оппортунистическими патогенами животных и человека. В последние годы расширяется видовой состав клинически значимых грибов (в т.ч. рода Candida), распространяются новые для РФ виды, ранее не встречавшиеся. Если раньше наиболее часто встречался вид С.albicans, в последние годы у животных возросла распространенность видов Candida non-albicans [Овчинников Р.С, Самылина И.В., Гайнуллина А.Г. и др. Оппортунистические дрожжевые грибы у животных-компаньонов в Московском регионе. Ветеринария. 2023; 4:13-19].Superficial and systemic candidiasis in animals is a pressing problem in veterinary medicine. Fungi of the genus Candida, which are common opportunistic pathogens of animals and humans, account for a large share in the etiology of mycoses. In recent years, the species composition of clinically significant fungi (including the genus Candida) has expanded, and new species not previously encountered in the Russian Federation are spreading. If previously the most common species was C. albicans, in recent years the prevalence of non-albicans Candida species has increased in animals [Ovchinnikov R.S., Samylina I.V., Gainullina A.G. et al. Opportunistic yeast fungi in companion animals in the Moscow region. Veterinary Science. 2023; 4:13-19].
Учитывая, что известно около 200 видов рода Candida, лабораторная диагностика и видовая идентификация кандид представляет существенные трудности. Современные аппаратные методы идентификации, такие как масс-спектрометрия MALDI-TOF и бактериологические анализаторы, доступны лишь для единичных ветеринарных лабораторий, поэтому во многих лабораториях существует потребность в доступных фенотипических методах идентификации.Considering that there are about 200 known species of the genus Candida, laboratory diagnostics and species identification of Candida presents significant difficulties. Modern hardware identification methods, such as MALDI-TOF mass spectrometry and bacteriological analyzers, are available only to a few veterinary laboratories, so many laboratories need accessible phenotypic identification methods.
Для облегчения рутинной видовой идентификации грибов рода Candida, предлагается использовать референтные штаммы, обладающие типичными для определенного вида фенотипическими характеристиками, без необходимости использования дорогостоящего оборудования.To facilitate routine species identification of Candida fungi, it is proposed to use reference strains that have phenotypic characteristics typical for a particular species, without the need for expensive equipment.
Одним из видов рода Candida non-albicans является Candida duobushaemulonii, который входит в комплекс, включающий также виды С.haemulonii sensu stricto, С.duobushaemulonii, и С.haemulonii var. vulnera. Близкородственными видами являются Candida pseudohaemulonii и Candida amis.One of the species of the genus Candida non-albicans is Candida duobushaemulonii, which is part of a complex that also includes the species C. haemulonii sensu stricto, C. duobushaemulonii, and C. haemulonii var. vulnera. Closely related species are Candida pseudohaemulonii and Candida amis.
Виды, входящие в этот комплекс, обладают множественной лекарственной устойчивостью к противогрибковым препаратам и способны вызвать различные проявления микозов - поверхностных, глубоких и системных.The species included in this complex have multiple drug resistance to antifungal drugs and are capable of causing various manifestations of mycoses - superficial, deep and systemic.
Вид С.duobushaemulonii, наряду с другими редкими и атипичными видами рода Candida, недавно был диагностирован у животных на территории РФ [Самылина И.В., Гайнуллина А.Г., Овчинников Р.С. Редкие и атипичные виды дрожжевых грибов у животных. Ветеринария и кормление. 2023; 6: 60-64]. Это демонстрирует потребность в доступных методах фенотипической диагностики (идентификации) грибов данного вида.The species C. duobushaemulonii, along with other rare and atypical species of the genus Candida, was recently diagnosed in animals in the territory of the Russian Federation [Samylina I.V., Gainullina A.G., Ovchinnikov R.S. Rare and atypical species of yeast fungi in animals. Veterinary Science and Nutrition. 2023; 6: 60-64]. This demonstrates the need for accessible methods of phenotypic diagnostics (identification) of fungi of this species.
Уровень техники.State of the art.
В настоящее время для видовой идентификации микроорганизмов наиболее современным и эффективным методом идентификации является масс-спектрометрия MALDI-TOF (Матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация с времяпролетной масс-спектрометрией). Недостатком данного метода является высокая стоимость оборудования (масс-спектрометра), что делает метод недоступным для многих ветеринарных лабораторий.Currently, the most modern and effective method for species identification of microorganisms is MALDI-TOF mass spectrometry (Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry). The disadvantage of this method is the high cost of the equipment (mass spectrometer), which makes the method inaccessible to many veterinary laboratories.
Существуют автоматические биохимические анализаторы, однако они также дорогостоящие, с высокой стоимостью расходных материалов, что делает их использование нерациональным при проведении рутинных лабораторных исследований в ветеринарии.There are automatic biochemical analyzers, but they are also expensive, with high cost of consumables, which makes their use irrational for routine laboratory tests in veterinary medicine.
Существуют наборы для ручной биохимической идентификации дрожжевых грибов рода Candida, где учитывается ферментация и ассимиляция различных субстратов (в основном углеводов). Пример - набор HiCandida (KB006R-20KT), производимый фирмой HiMedia (Индия). Однако данный набор, как и другие аналогичные наборы, не позволяет проводить идентификацию вида С.duobushaemulonii, т.к. не содержит в своей базе данных именно этот вид.There are kits for manual biochemical identification of yeast fungi of the genus Candida, where fermentation and assimilation of various substrates (mainly carbohydrates) are taken into account. An example is the HiCandida kit (KB006R-20KT), produced by HiMedia (India). However, this kit, like other similar kits, does not allow identification of the species C. duobushaemulonii, since it does not contain this species in its database.
Предложен хромогенный агар для грибов Candida (например https://himedialabs.ru/crome), однако он также не позволяет идентифицировать вид С.duobushaemulonii.A chromogenic agar for Candida fungi has been proposed (for example https://himedialabs.ru/crome), but it also does not allow identification of the species C. duobushaemulonii.
Известны штаммы грибов, предлагаемые для контроля ростовых свойств питательных сред [Штаммы мицелиальных грибов Microsporum canis и Trichophyton mentagrophytes, предназначенные для контроля ростовых свойств питательных сред. Патент RU 2741097 С1 от 09.04.2020].There are known strains of fungi proposed for monitoring the growth properties of nutrient media [Strains of mycelial fungi Microsporum canis and Trichophyton mentagrophytes intended for monitoring the growth properties of nutrient media. Patent RU 2741097 C1 dated 04/09/2020].
Однако данные штаммы не предполагается использовать в качестве референтных при видовой идентификации. Нам неизвестны примеры использования референтных штаммов грибов, включая Candida duobushaemulonii, для видовой идентификации, а также неизвестны неаппаратные методы фенотипической идентификации грибов данного вида.However, these strains are not intended to be used as reference strains for species identification. We are not aware of any examples of using reference strains of fungi, including Candida duobushaemulonii, for species identification, and we are also not aware of any non-instrumental methods for phenotypic identification of fungi of this species.
Технической проблемой, на решение которой направлено данное изобретение, является необходимость расширение арсенала штаммов грибов вида Candida duobushaemulonii, используемых в качестве референтных для фенотипической идентификацииThe technical problem that this invention is aimed at solving is the need to expand the arsenal of strains of Candida duobushaemulonii fungi used as reference strains for phenotypic identification.
Раскрытие сущности изобретенияDisclosure of the essence of the invention
Техническим результатом изобретения является расширение арсенала штаммов грибов вида Candida duobushaemulonii, используемых в качестве референтных для фенотипической идентификации.The technical result of the invention is the expansion of the arsenal of strains of fungi of the species Candida duobushaemulonii used as reference strains for phenotypic identification.
В качестве референтного предлагается использовать штамм Candida duobushaemulonii M155-23SnC, достоверно идентифицированный, хорошо изученный, охарактеризованный и депонированный во Всероссийской государственной коллекции патогенных и вакцинных штаммов микроорганизмов возбудителей инфекционных болезней животных ФГБНУ ФНЦВИЭВ РАН под номером F-89. Данный штамм обладает типичными для вида для вида культуральными и морфологическими свойствами.The strain Candida duobushaemulonii M155-23SnC, reliably identified, well studied, characterized and deposited in the All-Russian State Collection of Pathogenic and Vaccine Strains of Microorganisms Causing Infectious Diseases of Animals of the Federal Scientific Center for Experimental Veterinary Medicine of the Russian Academy of Sciences under number F-89, is proposed to be used as a reference strain. This strain has cultural and morphological properties typical for the species.
Благодаря использованию предлагаемого изобретения лаборант или врач-исследователь, может провести видовую идентификацию клинических изолятов грибов вида Candida duobushaemulonii, которые нельзя идентифицировать с помощью имеющихся в продаже наборов для биохимической идентификации грибов рода Candida. Идентификация проводится путем культивирования изолятов на наборе питательных сред, изучения макро- и микроморфологических признаков, определения ферментации набора углеводов и дополнительных тестов.By using the proposed invention, a laboratory technician or a research physician can perform species identification of clinical isolates of Candida duobushaemulonii fungi that cannot be identified using commercially available kits for biochemical identification of Candida fungi. Identification is performed by culturing isolates on a set of nutrient media, studying macro- and micromorphological features, determining the fermentation of a set of carbohydrates, and additional tests.
Candida duobushaemulonii относится к отделу Ascomycota, классу Saccharomycetes, порядку Saccharomycetales, семейству Debaryomycetaceae, род Candida, вид С.duobushaemulonii.Candida duobushaemulonii belongs to the division Ascomycota, class Saccharomycetes, order Saccharomycetales, family Debaryomycetaceae, genus Candida, species C. duobushaemulonii.
Штамм выделен с кожного покрова змеи с признаками дерматомикоза (г.Москва), в июле 2023 г. The strain was isolated from the skin of a snake with signs of dermatomycosis (Moscow) in July 2023.
Культура штамма растет на твердых питательных средах: среда Сабуро, картофельно-декстрозный агар, агар Чапека-Докса, хромогенный агар Candida, агар с бенгальским розовым при 25-27°С в аэробных условиях 24-72 часа.The strain culture grows on solid nutrient media: Sabouraud medium, potato dextrose agar, Czapek-Dox agar, chromogenic Candida agar, rose Bengal agar at 25-27°C under aerobic conditions for 24-72 hours.
На среде Сабуро образует округлые, блестящие, выпуклые колонии кремового-белого цвета, край ровный. Реверс желтый. Диаметр колоний при инкубировании 25-27°С в аэробных условиях 72 часа составляет 2-3 мм. Пигмент не образуют.On Sabouraud medium it forms round, shiny, convex colonies of creamy-white color, the edge is smooth. The reverse is yellow. The diameter of the colonies during incubation at 25-27°C under aerobic conditions for 72 hours is 2-3 mm. Pigment is not formed.
Осуществление изобретенияImplementation of the invention
Приведенные ниже примеры являются иллюстративными и тем самым не ограничивают рамки настоящего изобретения.The following examples are illustrative and therefore do not limit the scope of the present invention.
Пример № 1. Авторский штамм микроорганизма Candida duobushaemulonii F-89.Example No. 1. Author's strain of the microorganism Candida duobushaemulonii F-89.
1. Вид микроорганизма: Candida duobushaemulonii1. Type of microorganism: Candida duobushaemulonii
2. Штамм депонирован во Всероссийская государственная коллекция патогенных и вакцинных штаммов микроорганизмов-возбудителей инфекционных болезней животных ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН под номером F-892. The strain is deposited in the All-Russian State Collection of Pathogenic and Vaccine Strains of Microorganisms Causing Infectious Diseases of Animals, Federal Scientific Center of All-Russian Research Institute of Experimental Veterinary Medicine, Russian Academy of Sciences, under number F-89.
3. Основание для депонирования: референтный штамм для проведения идентификации по фенотипическим признакам при лабораторной диагностике кандидозов3. Basis for deposit: reference strain for identification by phenotypic characteristics in laboratory diagnostics of candidiasis
4. Патогенность: в соответствии с классификацией микроорганизмов -возбудителей инфекционных заболеваний человека, простейших, гельминтов и ядов биологического происхождения по группам патогенности санитарных правил СП 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней» грибы рода Candida относятся к четвертой группе патогенности4. Pathogenicity: in accordance with the classification of microorganisms - pathogens of human infectious diseases, protozoa, helminths and poisons of biological origin by pathogenicity groups of sanitary rules SP 3.3686-21 "Sanitary and epidemiological requirements for the prevention of infectious diseases", fungi of the genus Candida belong to the fourth pathogenicity group.
5. Способ получения штамма (когда, где и кем получен): штамм выделен от естественного хозяина при микологическом исследовании клинического материала от змеи с признаками дерматомикоза (г.Москва), в июле 2023 г. в лаборатории микологии и антибиотиков им. А.Х. Саркисова ФНЦВИЭВ РАН авторами штамма5. Method of obtaining the strain (when, where and by whom obtained): the strain was isolated from a natural host during a mycological study of clinical material from a snake with signs of dermatomycosis (Moscow), in July 2023 in the A.Kh. Sarkisov Laboratory of Mycology and Antibiotics of the Federal Scientific Center for VieV RAS by the authors of the strain
6. Где и кем идентифицирована культура: в лаборатории микологии и антибиотиков им. А.Х. Саркисова ФНЦ ВИЭВ РАН, авторами штамма.6. Where and by whom the culture was identified: in the Laboratory of Mycology and Antibiotics named after A.Kh. Sarkisov, Federal Scientific Center of All-Russian Society of Experimental Veterinary Medicine, Russian Academy of Sciences, by the authors of the strain.
7. Методы идентификации: штамм идентифицирован на основании изученных морфологических и физиологических свойств в соответствии с микологическими определителями клинически значимых грибов с использованием масс-спектрометрии MALDI-TOF.7. Identification methods: the strain was identified based on the studied morphological and physiological properties in accordance with mycological identifiers of clinically significant fungi using MALDI-TOF mass spectrometry.
8. Культуральные особенности: культура штамма растет на твердых питательных средах: среда Сабуро, картофельно-декстрозный агар, агар Чапека-Докса, хромогенный агар Candida, агар с бенгальским розовым при 25-27°С в аэробных условиях. Время температура8. Cultural characteristics: the strain culture grows on solid nutrient media: Sabouraud medium, potato dextrose agar, Czapek-Dox agar, Candida chromogenic agar, rose bengal agar at 25-27°C under aerobic conditions. Time, temperature
9. При культивировании в жидкой среде Сабуро спустя 24 часа образуется 1*108-1*109 КОЕ/мл дрожжевых клеток.9. When cultivated in liquid Sabouraud medium, after 24 hours 1*10 8 -1*10 9 CFU/ml yeast cells are formed.
10. Морфологические особенности:10. Morphological features:
А. Макроморфологические признаки на питательных средах A. Macromorphological features on nutrient media
Колонии на среде Сабуро: округлые, блестящие, выпуклые, кремового-белого цвета, край ровный. Реверс желтый. Диаметр колоний на 3 сутки 2-3 мм. Пигмент не образуют.Colonies on Sabouraud medium: round, shiny, convex, creamy-white, smooth edge. Reverse is yellow. Colony diameter on day 3 is 2-3 mm. Pigment is not formed.
Б. Микроморфологические признаки: после 48-часовой инкубации при 25-27°С образуются только шаровидные дрожжевые клетки (2,5-10 мкм в диаметре)B. Micromorphological features: after 48 hours of incubation at 25-27°C, only spherical yeast cells (2.5-10 µm in diameter) are formed.
11. Тест на образование хламидоспор по Дальмау: хламидоспоры и псевдогифы не образуются11. Dalmau test for chlamydospore formation: chlamydospores and pseudohyphae are not formed
12. Рост с 0,1% раствором циклогексимида: наблюдается наличие роста12. Growth with 0.1% cycloheximide solution: growth is observed
13. Биохимическая характеристика штамма: глюкоза+, мелибиоза -, лактоза -, мальтоза+, сахароза+, галактоза -, целлобиоза -, инозит -, ксилоза-, дульцит -, раффиноза+, трегалоза+, уреазная активность -.13. Biochemical characteristics of the strain: glucose+, melibiose -, lactose -, maltose+, sucrose+, galactose -, cellobiose -, inositol -, xylose-, dulcitol -, raffinose+, trehalose+, urease activity -.
14. Условия культивирования: культура штамма выращивается на агаре Сабуро (pH 6,7-6,9) при температуре 26-28°С.Срок инкубирования 24-72 часа.14. Cultivation conditions: the strain culture is grown on Sabouraud agar (pH 6.7-6.9) at a temperature of 26-28°C. Incubation period is 24-72 hours.
15. Условия хранения: культуры штамма хранятся при температуре -70°С в криогенных пробирках, при температуре 4-6°С или в пробирках на агаре Сабуро под ватно-марлевыми пробками при температуре 4-6°С. Периодичность пересевов на питательной среде один раз в месяц, из криогенных пробирок раз в год.15. Storage conditions: strain cultures are stored at a temperature of -70°C in cryogenic test tubes, at a temperature of 4-6°C or in test tubes on Sabouraud agar under cotton-gauze stoppers at a temperature of 4-6°C. The frequency of transfers on a nutrient medium is once a month, from cryogenic test tubes once a year.
Пример № 2. Пример роста на хромогенной среде Candida Chrom agar. На питательной среде Candida Chrom agar при 26°С через 48 часов инкубации культура С.duobushaemulonii сформировала округлые, выпуклые, блестящие колонии белого цвета с ровным краем, при длительной инкубации (72 часа) наблюдался розоватый оттенок.Example No. 2. Example of growth on the chromogenic medium Candida Chrom agar. On the nutrient medium Candida Chrom agar at 26°C after 48 hours of incubation, the culture of C. duobushaemulonii formed round, convex, shiny colonies of white color with a smooth edge; with prolonged incubation (72 hours), a pinkish tint was observed.
Пример № 3. Пример роста культуры на агаре с бенгальским розовым. На питательной среде RBA (rose bengal agar) при 26°С через 48 часов инкубации культура С.duobushaemulonii сформировала округлые, выпуклые, матовые колонии с ровным краем. По краям колонии светло-розового цвета, к центру становятся насыщенно малиновыми.Example No. 3. An example of culture growth on agar with rose bengal. On the RBA (rose bengal agar) nutrient medium at 26°C after 48 hours of incubation, the C. duobushaemulonii culture formed round, convex, matte colonies with a smooth edge. The colonies are light pink along the edges, becoming deep crimson toward the center.
Пример № 4. Пример роста на агаре Чапека-Докса. На питательной среде при 26°С через 48 часов инкубации культура С.duobushaemulonii сформировала округлые, слегка выпуклые, блестящие колонии в форме «пуговки», в центре небольшой бугорок, плоский, ровный край, цвет - светло-бежевый.Example No. 4. Example of growth on Czapek-Dox agar. On a nutrient medium at 26°C after 48 hours of incubation, the C. duobushaemulonii culture formed round, slightly convex, shiny colonies in the shape of a "button", with a small tubercle in the center, a flat, even edge, light beige color.
Пример №5. Пример роста культуры на сердечно-мозговом агаре. На питательной среде при 26°С через 48 часов инкубации культура С.duobushaemulonii сформировала округлые, выпуклые, блестящие колонии с ровным краем. Цвет колонии от белого до кремового.Example No. 5. Example of culture growth on brain-heart agar. On a nutrient medium at 26°C after 48 hours of incubation, the C. duobushaemulonii culture formed round, convex, shiny colonies with a smooth edge. The color of the colony ranges from white to cream.
Пример № 6. Определение ферментации углеводов на наборе HiCandida (KB006R-20KT). Определение основано на изменении цвета среды, содержащей углевод и индикатор. Для этого теста на агаре Сабуро получали чистую культуру штамма. Использованы следующие тесты: наличие фермента уреазы, утилизация мелибиозы, лактозы, мальтозы, сахарозы, галактозы, целлобиозы, инозитола, ксилозы, раффинозы, трегалозы.Example No. 6. Determination of carbohydrate fermentation using the HiCandida kit (KB006R-20KT). The determination is based on a change in the color of the medium containing the carbohydrate and indicator. For this test, a pure culture of the strain was obtained on Sabouraud agar. The following tests were used: the presence of the urease enzyme, the utilization of melibiose, lactose, maltose, sucrose, galactose, cellobiose, inositol, xylose, raffinose, and trehalose.
Результаты теста: уреазная активность-, мелибиоза-, лактоза-, мальтоза, сахароза+, галактоза-, целлобиоза-, инозит-, ксилоза-, дульцит-, раффиноза+, трегалоза+.Test results: urease activity-, melibiose-, lactose-, maltose, sucrose+, galactose-, cellobiose-, inositol-, xylose-, dulcitol-, raffinose+, trehalose+.
В базе данных, прилагаемых к набору HiCandida, микроорганизма с указанными характеристиками не было обнаружено.No microorganism with the specified characteristics was found in the database supplied with the HiCandida kit.
Пример № 7. Способ криогенного хранения штамма и его реактивации из замороженного состояния для использования в качестве референтного в лабораторной диагностике. Технология криогенной заморозки: взвесь чистой культуры микроорганизма (коэффициент мутности по МакФарланду 3-4) асептически инокулировали в пробирку CRYOBANK (DELTALAB, Испания), затем перемешивали и добавляли консервант. Стерильной пипеткой удаляли консервант и закрывали пробирку. После этого помещали в морозильную камеру при -60°…-80°С.Example No. 7. Method of cryogenic storage of a strain and its reactivation from a frozen state for use as a reference in laboratory diagnostics. Cryogenic freezing technology: a suspension of a pure culture of a microorganism (turbidity coefficient according to McFarland 3-4) was aseptically inoculated into a CRYOBANK test tube (DELTALAB, Spain), then mixed and a preservative was added. The preservative was removed with a sterile pipette and the test tube was closed. After that, it was placed in a freezer at -60°…-80°C.
Пример № 8. Пример идентификации клинического изолята X неизвестного дрожжевого гриба.Example No. 8. Example of identification of clinical isolate X of an unknown yeast fungus.
При микологическом посеве клинического материала на среде Сабуро были получены округлые белые выпуклые колонии с матовым блеском, диаметр 2-3 мм (72 часа роста). На среде с роз бенгалом RBA получили округлые, выпуклые колонии, малинового цвета, по периферии розовые. На хромогенной среде Candida Chrom agar получили округлые выпуклые колонии белого цвета.Mycological seeding of clinical material on Sabouraud medium yielded rounded white convex colonies with a matte shine, 2-3 mm in diameter (72 hours of growth). On the medium with rose bengal RBA, rounded, convex colonies of crimson color, pink at the periphery, were obtained. On the chromogenic medium Candida Chrom agar, rounded convex colonies of white color were obtained.
При микроскопии наблюдали округлые дрожжевые почкующиеся клетки, дочерние клетки меньше материнских. Клетки образуют короткие цепочки. Тест на ростовую трубку отрицательный.Microscopic examination revealed round yeast budding cells, daughter cells smaller than mother cells. Cells form short chains. Germ tube test negative.
Сравнение изученных характеристик изолята X с характеристиками референс-штамма С.duobushaemulonii M155-23SnC установило их полное фенотипическое соответствие по морфологии колоний на различных питательный средах (агар Сабуро, роз-бенгал агар RBC, хромогенная среда Candida Chrom agar) и по микроморфологическим свойствам.Comparison of the studied characteristics of isolate X with the characteristics of the reference strain C. duobushaemulonii M155-23SnC established their complete phenotypic correspondence in terms of colony morphology on various nutrient media (Sabouraud agar, Rose Bengal agar RBC, chromogenic medium Candida Chrom agar) and micromorphological properties.
На наборе HiCandida (KB006R-20KT) был получен следующий биохимический профиль изолята X: уреаза -, мелибиоза -, лактоза -, мальтоза -, сахароза +, галактоза -, целлобиоза -, инозит -, ксилоза-, дульцит -, раффиноза+, трегалоза+.The following biochemical profile of isolate X was obtained using the HiCandida kit (KB006R-20KT): urease -, melibiose -, lactose -, maltose -, sucrose +, galactose -, cellobiose -, inositol -, xylose-, dulcitol -, raffinose+, trehalose+.
По биохимическим признакам с помощью данного набора изолят идентифицировали как Candida zeylanoides с вероятностью 85,2%, что является недостоверным результатом. Однако полученный биохимический профиль был идентичен профилю референс-штамма С.duobushaemulonii M155-23SnC.Based on biochemical characteristics, the isolate was identified as Candida zeylanoides with a probability of 85.2% using this kit, which is an unreliable result. However, the obtained biochemical profile was identical to the profile of the reference strain C. duobushaemulonii M155-23SnC.
Таким образом, по изученным фенотипическим характеристикам изолят X проявил полное сходство с референс-штаммом С.duobushaemulonii M155-23SnC, что позволило отнести изолят X к данному виду. Масс-спектрометрический анализ MALDI-TOF подтвердил принадлежность изолята X к виду С.duobushaemulonii.Thus, according to the studied phenotypic characteristics, isolate X showed complete similarity with the reference strain C. duobushaemulonii M155-23SnC, which allowed us to classify isolate X as belonging to this species. MALDI-TOF mass spectrometric analysis confirmed that isolate X belonged to the species C. duobushaemulonii.
Claims (1)
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2832872C1 true RU2832872C1 (en) | 2025-01-09 |
Family
ID=
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2018213641A1 (en) * | 2017-05-17 | 2018-11-22 | T2 Biosystems, Inc. | Nmr methods and systems for the rapid detection of candida species |
| RU2809386C1 (en) * | 2022-12-30 | 2023-12-11 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова" Министерства здравоохранения Российской Федерации | Method of diagnosing invasive candidiasis and species identification of its main pathogens using pcr with hybridization-fluorescent detection in real time |
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2018213641A1 (en) * | 2017-05-17 | 2018-11-22 | T2 Biosystems, Inc. | Nmr methods and systems for the rapid detection of candida species |
| RU2809386C1 (en) * | 2022-12-30 | 2023-12-11 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова" Министерства здравоохранения Российской Федерации | Method of diagnosing invasive candidiasis and species identification of its main pathogens using pcr with hybridization-fluorescent detection in real time |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| BOATTO HUMBERTO FABIO ET AL., Candida duobushaemulonii: an emerging rare pathogenic yeast isolated from recurrent vulvovaginal candidiasis in Brazil, Mem Inst Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2016, v. 111, n.6, p. 407-410, KUMAR ANIL ET AL., Simple low cost differentiation of Candida auris from Candida haemulonii complex using CHROMagar Candida medium supplemented with Pal's medium, Rev Iberoam Micol, 2017, v.34, n.2, p.109-111, * |
| ОГАНЕСЯН Э.Г. И ДР. К ВОПРОСУ О ПРОБЛЕМАХ ИДЕНТИФИКАЦИИ CANDIDA AURIS, ПРОБЛЕМЫ МЕДИЦИНСКОЙ МИКОЛОГИИ, 2022, т.24, н.3, с.54-61. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Neppelenbroek et al. | Identification of Candida species in the clinical laboratory: a review of conventional, commercial, and molecular techniques | |
| Robert et al. | Conventional methods for the diagnosis of dermatophytosis | |
| US4598045A (en) | Triphasic mycoplasmatales detection method | |
| CN102449137B (en) | Mycobacterial culture medium and method for culturing including mycobacteria of the Mycobacterium tuberculosis complex | |
| Dictar et al. | Mycoses in the transplanted patient | |
| EP0160743A2 (en) | Miniaturized yeast identification system | |
| RU2832872C1 (en) | Strain of yeast fungus candida duobushaemulonii, intended for use as reference for phenotypic identification in laboratory diagnosis of candidiasis | |
| Mårdh et al. | Detection of candida by polymerase chain reaction vs microscopy and culture in women diagnosed as recurrent vulvovaginal cases | |
| EP0104001B1 (en) | Triphasic mycoplasmatales culture device and method and competing microorganism inhibiting device for use therein | |
| CN103014120B (en) | Trace mycobacterium susceptibility test method | |
| US20030124643A1 (en) | Method and kit forrapid concurrent identification and antimicrobial susceptibility testing of microorganisms from broth culture | |
| Retnaningtyas et al. | Identification of Candida species in faeces of children with Autism Spectrum Disorder (ASD) carbohydrate and noncarbohydrates diets | |
| Kappe et al. | Laboratory diagnosis of Aspergillus fumigatus-associated diseases | |
| US4847128A (en) | Miniaturized yeast identification system | |
| RU2745159C1 (en) | Selective nutritional medium for isolation of dermatophytosi causes | |
| Verweij et al. | The role of conventional diagnostic tools | |
| RU2741097C1 (en) | Mycelial fungi microsporum canis and trichophyton mentagrophytes strains to control nutrient medium growth properties | |
| Melvin et al. | An evaluation of media for diagnostic cultures of tubercle bacilli | |
| Amirkhanova et al. | MALDI mass spectrometry for identification lactic acid bacilli isolated from lactic acid products produced in the Karaganda region | |
| RU2791966C1 (en) | Identification of yeast-like fungus candida auris | |
| US4721678A (en) | Triphasic mycoplasmatales culture device | |
| Saeed et al. | Identification of Candida species by direct inoculation of cornmeal tween™ 80 agar from blood culture bottles: Rapid and cost-effective approach | |
| RU2766185C1 (en) | Sample preparation method for accelerated identification of microorganisms from positive hematological cultures | |
| Yahaya et al. | Diversity of respiratory yeasts from suspected pulmonary tuberculosis patients | |
| Lima et al. | Phenotypic Characteristics of Yeasts of the Genus Candida and Cryptococcus in Differential Culture Media |