RU2830346C1 - Способ прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных - Google Patents
Способ прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных Download PDFInfo
- Publication number
- RU2830346C1 RU2830346C1 RU2024104141A RU2024104141A RU2830346C1 RU 2830346 C1 RU2830346 C1 RU 2830346C1 RU 2024104141 A RU2024104141 A RU 2024104141A RU 2024104141 A RU2024104141 A RU 2024104141A RU 2830346 C1 RU2830346 C1 RU 2830346C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- gene
- breast cancer
- women
- risk
- triple negative
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 30
- 208000003721 Triple Negative Breast Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 29
- 208000022679 triple-negative breast carcinoma Diseases 0.000 title claims abstract description 29
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 25
- 101150039299 Prmt6 gene Proteins 0.000 claims abstract description 24
- 101100377218 Homo sapiens ZBTB10 gene Proteins 0.000 claims abstract description 23
- 101150015020 Nr2f2 gene Proteins 0.000 claims abstract description 23
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims abstract description 12
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims abstract description 12
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 10
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims abstract description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 abstract description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 7
- 101000775582 Homo sapiens Protein arginine N-methyltransferase 6 Proteins 0.000 abstract description 3
- 101000860860 Homo sapiens COUP transcription factor 2 Proteins 0.000 abstract description 2
- 101000964419 Homo sapiens Zinc finger and BTB domain-containing protein 10 Proteins 0.000 abstract description 2
- 102100032140 Protein arginine N-methyltransferase 6 Human genes 0.000 abstract description 2
- 102100028226 COUP transcription factor 2 Human genes 0.000 abstract 1
- 102100040327 Zinc finger and BTB domain-containing protein 10 Human genes 0.000 abstract 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 43
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 41
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 41
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 12
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 12
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 11
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 8
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 5
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 5
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 5
- 101150076397 blm gene Proteins 0.000 description 4
- DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N creatinine Chemical compound CN1CC(=O)NC1=N DDRJAANPRJIHGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 4
- 229930003316 Vitamin D Natural products 0.000 description 3
- QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N Vitamin D3 Natural products C1(/[C@@H]2CC[C@@H]([C@]2(CCC1)C)[C@H](C)CCCC(C)C)=C/C=C1\C[C@@H](O)CCC1=C QYSXJUFSXHHAJI-XFEUOLMDSA-N 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 3
- 108010038795 estrogen receptors Proteins 0.000 description 3
- 102000015694 estrogen receptors Human genes 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 102000003998 progesterone receptors Human genes 0.000 description 3
- 108090000468 progesterone receptors Proteins 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 235000019166 vitamin D Nutrition 0.000 description 3
- 239000011710 vitamin D Substances 0.000 description 3
- 150000003710 vitamin D derivatives Chemical class 0.000 description 3
- 229940046008 vitamin d Drugs 0.000 description 3
- BPYKTIZUTYGOLE-IFADSCNNSA-N Bilirubin Chemical compound N1C(=O)C(C)=C(C=C)\C1=C\C1=C(C)C(CCC(O)=O)=C(CC2=C(C(C)=C(\C=C/3C(=C(C=C)C(=O)N\3)C)N2)CCC(O)=O)N1 BPYKTIZUTYGOLE-IFADSCNNSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 2
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 2
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 229940109239 creatinine Drugs 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 2
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 2
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DNXHEGUUPJUMQT-UHFFFAOYSA-N (+)-estrone Natural products OC1=CC=C2C3CCC(C)(C(CC4)=O)C4C3CCC2=C1 DNXHEGUUPJUMQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PROQIPRRNZUXQM-UHFFFAOYSA-N (16alpha,17betaOH)-Estra-1,3,5(10)-triene-3,16,17-triol Natural products OC1=CC=C2C3CCC(C)(C(C(O)C4)O)C4C3CCC2=C1 PROQIPRRNZUXQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VOXZDWNPVJITMN-ZBRFXRBCSA-N 17β-estradiol Chemical compound OC1=CC=C2[C@H]3CC[C@](C)([C@H](CC4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 VOXZDWNPVJITMN-ZBRFXRBCSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- DNXHEGUUPJUMQT-CBZIJGRNSA-N Estrone Chemical compound OC1=CC=C2[C@H]3CC[C@](C)(C(CC4)=O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 DNXHEGUUPJUMQT-CBZIJGRNSA-N 0.000 description 1
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 1
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 206010027452 Metastases to bone Diseases 0.000 description 1
- 206010059282 Metastases to central nervous system Diseases 0.000 description 1
- 208000023178 Musculoskeletal disease Diseases 0.000 description 1
- BKAYIFDRRZZKNF-VIFPVBQESA-N N-acetylcarnosine Chemical compound CC(=O)NCCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 BKAYIFDRRZZKNF-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000008050 Total Bilirubin Reagent Methods 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 208000025609 Urogenital disease Diseases 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000012850 discrimination method Methods 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 208000030172 endocrine system disease Diseases 0.000 description 1
- 229960005309 estradiol Drugs 0.000 description 1
- 229930182833 estradiol Natural products 0.000 description 1
- 229960001348 estriol Drugs 0.000 description 1
- PROQIPRRNZUXQM-ZXXIGWHRSA-N estriol Chemical compound OC1=CC=C2[C@H]3CC[C@](C)([C@H]([C@H](O)C4)O)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1 PROQIPRRNZUXQM-ZXXIGWHRSA-N 0.000 description 1
- 229960003399 estrone Drugs 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 108091008039 hormone receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 208000017445 musculoskeletal system disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011328 necessary treatment Methods 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 1
- 230000009984 peri-natal effect Effects 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 208000023504 respiratory system disease Diseases 0.000 description 1
- 238000005185 salting out Methods 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000009278 visceral effect Effects 0.000 description 1
Abstract
Изобретение относится к медицине, а именно к клинической онкологии, медицинской генетике и молекулярной диагностике, и может быть использовано для прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин. Из периферической венозной крови выделяют ДНК. Проводят анализ генетических маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs440837 гена ZBTB10, rs17496332 гена PRMT6. При выявлении комбинации генотипов rs8023580TT гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6 прогнозируют высокий риск развития тройного негативного рака молочной железы. Способ обеспечивает получение новых критериев оценки риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин русской национальности, уроженок Центрально-Черноземного региона РФ, на основе данных о полиморфных маркерах rs8023580 NR2F2 - rs440837 ZBTB10 - rs17496332 PRMT6. 3 ил., 4 пр.
Description
Изобретение относится к области медицины, в частности, к клинической онкологии, медицинской генетике, молекулярной диагностике и может быть использовано для прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных.
Рак молочной железы (РМЖ) - это опухоль молочной железы злокачественного характера, имеющая эпителиальное происхождение [Gradishar W.J., Anderson B.O., Blair S.L. et al. Breast cancer version 3.2014. J Natl Compr Canc Netw 2014;12(4):542-590]. Согласно данным мировой статистики (материалы Международного агентства по изучению рака) в настоящее время ежегодно среди населения мира выявляется более 2 миллионов новых случаев РМЖ. Среди всех случаев рака (ежегодно в мире регистрируется 19,3 млн новых случаев онкопатологии) РМЖ является наиболее частым (11,7%) [Ferlay J., Colombet M., Soerjomataram I., Parkin D.M., M., Znaor A., Bray F. Cancer statistics for the year 2020: An overview. Int. J. Cancer. 2021;149:778-789. doi: 10.1002/ijc.33588]. Среди женского населения удельный вес РМЖ среди всех онкозаболеваний составляет 24,5% [Sung H., Ferlay J., Siegel R.L., Laversanne M., Soerjomataram I., Jemal A., Bray F. Global cancer statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J. Clin. 2021;71:209-249. doi: 10.3322/caac.21660]. По данным Росстата в 2020 году в Российской Федерации количество женщин у которых был впервые в жизни установлен диагноз РМЖ составило 65,0 тыс. человек, а показатель заболеваемости был равен 82,8 на 100000 человек [Здравоохранение в России. 2021: Стат.сб./Росстат. - М., З-46 2021. - 171 с.]. Обращает на себя внимание имеющаяся тенденция к росту заболеваемости РМЖ в РФ: стандартизованный показатель заболеваемости на 100000 населения (мировой стандарт) за последние десять лет вырос с 42,83 в 2008 г. до 51,63 в 2018 г., параметр среднегодового темпа прироста заболеваемости составил 1,97%, а показатель прироста заболеваемости за данный временной период - 22,15% [Каприн А.Д., Старинский В.В., Петрова Г.В. Злокачественные новообразования в России в 2018 году. М., 2019. 250 с. [Kaprin A.D., Starinskij V.V., Petrova G.V. Malignant neoplasms in Russia in 2018. Moscow: 2019. 250 p. (in Russian)]].
Тройной негативный рак молочной железы (ТН РМЖ) охватывает гетерогенную группу принципиально разных заболеваний с различными гистологическими, геномными и иммунологическими профилями, которые объединяются под этим термином из-за отсутствия в них эстрогеновых рецепторов (ЭР), прогестероновых рецепторов (ПР) и рецепторов эпидермального фактора роста человека 2 типа (HER2).
ТН РМЖ представляет собой гетерогенную опухоль, на долю которой приходится от 15 до 20% всех случаев рака молочной железы, поэтому ее распространенность варьируется среди разных этнических групп и обычно является отрицательной (трижды отрицательной) для экспрессии ЭР, ПР и HER2. ТН РМЖ поражает 170 000 женщин во всем мире в год, из общего миллиона диагнозов рака молочной железы. Заболевание также протекает более агрессивно, характеризуется более высокой частотой рецидивов и худшим прогнозом, чем гормон-рецептор-позитивные опухоли. Опасность ТН РМЖ заключается в высокой распространенности высокопролиферационных опухолей 3 степени при постановке диагноза [Sporikova Z., Koudelakova V., Trojanec R., Hajduch M. Genetic Markers in Triple-Negative Breast Cancer. Clin Breast Cancer. 2018;18(5):e841-e850. doi:10.1016/j.clbc.2018.07.023].
ТН РМЖ имеет отчетливый клинический фенотип из-за его молекулярных характеристик. Его отличают отдаленные метастазы (висцеральные и мозговые метастазы), отсутствие метастазов в кости и ранние рецидивы (обычно в течение трех лет). ТН РМЖ ассоциирован с агрессивным клиническим поведением, которое быстрее растет и распространяется на окружающие ткани, менее поддается лечению и имеет более низкий прогноз [Sarhangi N., Hajjari S., Heydari S.F., Ganjizadeh M., Rouhollah F., Hasanzad M. Breast cancer in the era of precision medicine. Mol Biol Rep. 2022;49(10):10023-10037. doi:10.1007/s11033-022-07571-2].
Несмотря на активное исследование генетических основ РМЖ, которое активно проводится многочисленными научными коллективами, в течении последних десятилетий, значительная часть генетических детерминант, вовлеченных в возникновение заболевания до настоящего времени остается неизвестной, что диктует необходимость продолжения генетико-эпидемиологических исследований РМЖ.
В Российской Федерации исследования вовлеченности генетических маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 в формирование предрасположенности к тройному негативному раку молочной железы у женщин единичны и фрагментарны, а данные о роли генетических вариантов rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 в развитии тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных отсутствуют.
Для оценки сложившейся патентной ситуации был выполнен поиск по охранным документам за период с 1990 по 2023 гг. Анализ документов производился по направлению: способ прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин. Источники информации: сайты Федерального института промышленной собственности http://fips.ru.
В изученной научно-медицинской и доступной патентной литературе авторами не было обнаружено способа прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин на основе данных о полиморфных маркерах rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6.
Известен патент RU № 2741232 (опубл. 22.01.2021) описан способ прогнозирования прогрессирования рака молочной железы. Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для прогнозирования прогрессирования рака молочной железы. Проводят определение в периферической крови промежуточного метаболита витамина D 25(OH)D. При значении его содержания в сыворотке крови ≤ 18,9 нг/мл прогнозируют прогрессирование заболевания. Способ обеспечивает повышение точности прогнозирования прогрессирования рака молочной железы за счет определения промежуточного метаболита витамина D 25(OH)D в венозной крови, проявляющееся в снижении показателя промежуточного метаболита витамина D 25(OH)D, предшествующем прогрессированию заболевания. Недостатком этого способа является трудоемкость выполнения и кроме того не учитывается роль генетических полиморфизмов.
Известен патент RU № 2336822 (опубл. 27.10.2008), в котором описан способ прогнозирования рака молочной железы. Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и может быть использовано в качестве способа ранней диагностики рака молочной железы. Проводят исследование крови пациента. Дополнительно при обследовании определяют показатели: возраст, социальный статус, сопутствующие заболевания, количество моноцитов крови, скорость оседания эритроцитов (СОЭ), общий билирубин крови, креатинин крови, удельный вес мочи, реакцию мочи. Затем определяют прогностический коэффициент (ПК) для каждого показателя. В системе возраст при маркере до 20 лет устанавливают ПК равным (0), при маркере 20-29 лет - равным (-10), при маркере 30-39 лет - равным (-7), при маркере 40-49 лет - равным (+4), при маркере 50-59 лет - равным (+3), при маркере 60-69 лет - равным (+2), при маркере 70-79 лет - равным (+4), при маркере 80 и более лет - равным (-3). В системе социальный статус при маркере рабочие устанавливают ПК равным (+4), при маркере служащие - равным (-1), при маркере учащиеся - равным (0), при маркере безработные - равным (-12), при маркере пенсионеры и инвалиды труда (ИТР) - равным (+1). В системе сопутствующие заболевания при маркере заболевания желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) устанавливают ПК равным (-10), при маркере заболевания сердечно-сосудистой системы - равным (+2), при маркере заболевания эндокринной системы - равным (+1,5), при маркере заболевания дыхательной системы - равным (0), при маркере заболевания опорно-двигательного аппарата - равным (0), при маркере заболевания мочеполовой системы - равным (-13), при маркере сочетание сопутствующий заболеваний - равным (-1), при маркере отсутствие сопутствующих заболеваний - равным (+2). В системе моноциты крови при маркере нет устанавливают ПК равным (0), при маркере 1-3% - равным (-2,5), при маркере 4-6% - равным (+2), при маркере 7-10% - равным (+2,5), при маркере более 10% - равным (0). В системе скорость оседания эритроцитов при маркере - 1-10 мм/ч устанавливают ПК равным (-1), при маркере 11-20 мм/ч - равным (-3), при маркере 21-30 мм/ч - равным (+7), при маркере 31-40 мм/ч - равным (0), при маркере более 40 мм/ч - равным (0). В системе общий билирубин при маркере менее 8,8 мкмоль/л устанавливают ПК равным (0), при маркере 8,8-17 мкмоль/л - равным (-1), при маркере более 17 мкмоль/л - равным (+5,5). В системе креатинин при маркере менее 0,07 ммоль/л устанавливают ПК равным (+11), при маркере 0,07-0,17 - равным (-3), при маркере более 0,17 мкмоль/л - равным (0). В системе удельный вес мочи при маркере менее 1008 устанавливают ПК равным (0), при маркере 1008-1026 - равным (+2), при маркере более 1026 - равным (+6). В системе реакция мочи при маркере кислая, устанавливают ПК равным (+3), при маркере нейтральная - равным (-3), при маркере щелочная - равным (-12). При сумме ПК от (-54,5) до (-21,5) прогнозируют низкую вероятность рака молочной железы, при сумме от (+11) до (+44,5) прогнозируют высокую вероятность рака молочной железы. Способ позволяет прогнозировать рак молочной железы на этапе лабораторного обследования и может применяться в ранней диагностике рака молочной железы, характеризуется доступностью и простотой выполнения. Однако прогнозирование таким способом рака молочной железы сопряжено с профилактическими осмотрами, при этом диспансеризация лиц из групп повышенного риска должна проводиться длительное время вплоть до возраста 55 лет.
Известен патент RU №2263319 (опубл. 27.10.2005), в котором описан способ прогнозирования рецидива рака молочной железы. Изобретение относится к медицине, а именно к биохимическим методам исследования в онкологии. Сущность способа заключается в том, что в динамике наблюдения за менопаузальными женщинами после комплексного лечения констатируют развитие рецидива рака молочной железы при снижении соотношения концентрации эстриола к сумме концентраций эстрона и эстрадиола в моче с 1,68±0,23 у больных без рецидива до 0,74±0,12 - у пациенток, проживших без рецидива менее одного года, до 0,65±0,13 у больных, проживших без рецидива от 2-х до 6 лет, и до 0,50±0,10 у больных с безрецидивным периодом от 6 до 10 лет. Изобретение обеспечивает доклиническое выявление рецидива рака молочной железы, а также точность и простоту способа. Недостатком данного способа является высокая стоимость анализа, что особенно важно при его многократном повторении в ходе наблюдения за больными после комплексного лечения.
Известен патент RU № 2522501 (опубл. 20.07.2014), в котором описан способ прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы. Изобретение относится к области медицины, в частности, к клинической онкологии, медицинской генетике, молекулярной диагностике и может быть использовано для прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы. Способ характеризуется тем, что проводят амплификацию коротких фрагментов гена BLM протяженностью до 200 п.о., с последующим высокоразрешающим плавлением, включающим оптимизированный для гена BLM этап формирования гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и медленное снижение температуры до 50°С; выбирают один фрагмент с аберрантным профилем плавления для секвенирования, секвенируют выбранный фрагмент и при выявлении мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к раку молочной железы. Способ повышает точность детекции мутации, прост в исполнении и высокоинформативен: позволяет выявлять до 100% мутаций в гене BLM. Недостатком этого способа является его трудоемкость, он не учитывает роль генетических полиморфизмов.
Задачей настоящего исследования является расширение арсенала способов диагностики, а именно создание способа прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных о полиморфных маркерах rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6.
Технический результат использования изобретения - получение критериев оценки риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин русской национальности, уроженок Центрально-Черноземного региона РФ, на основе молекулярно-генетических данных о полиморфных маркерах rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6, включающий:
- выделение ДНК из периферической венозной крови;
- анализ полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6;
- прогнозирование риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных при выявлении комбинации генотипов rs8023580TT гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6.
Новизна и изобретательский уровень заключаются в том, что из уровня техники не известна возможность прогноза риска развития тройного негативного рака молочной железы у пациенток на основе данных о комбинации генотипов rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6.
Способ осуществляют следующим образом:
Выделение геномной ДНК из периферической крови осуществляют методом фенольно-хлороформной экстракции (Miller, S. A. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells / S. A. Miller, D. D. Dykes, H. F. Polesky // Nucleic. Acids. Res. - 1988. - Vol. 16, № 3. - P. 1215) в два этапа. На первом этапе к 4 мл крови с ЭДТА добавляют 25 мл лизирующего буфера, содержащего 320 мМ сахарозы, 1% тритон Х-100, 5мМ MgCl2, 10мМ трис-HCl (pH=7,6). Полученную смесь перемешивают и центрифугируют при 4°С, 4000 об/мин. в течение 20 минут. После центрифугирования надосадочную жидкость сливают, к осадку добавляют 4 мл раствора, содержащего 25 мМ ЭДТА (рН=8,0) и 75 мМ NaCl, ресуспензируют. Затем прибавляют 0,4 мл 10% SDS, 35 мкл протеиназы К (10мг/мл) и инкубируют образец при 37°С в течение 16 часов.
На втором этапе из полученного лизата последовательно проводят экстракцию ДНК равными объемами фенола, фенол-хлороформа (1:1) и хлороформа с центрифугированием при 4000 об/мин в течение 10 минут. После каждого центрифугирования производят отбор водной фазы. ДНК осаждают из раствора двумя объемами охлажденного 96% этанола. После лиофилизации полученную ДНК растворяют в бидистиллированной, деионизованной воде и хранят при -20°С.
Анализ полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 осуществлялся методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на термоциклере CFX-96 Real-Time System (Bio-Rad) c использованием стандартных олигонуклеотидных праймеров и зондов (синтезированы в ООО «Тест - Ген» (Ульяновск)).
Амплификация геномной ДНК производилась в реакционной смеси, суммарным объемом 10 мкл, включающей смесь для ПЦР rs7910927 гена rs8023580 гена NR2F2 или rs440837 гена ZBTB10 или rs17496332 гена PRMT6- 4 мкл, Taq-полимеразу - 2 мкл, исследуемый образец (~30 нг ДНК/мкл) - 1 мкл, деионизированная вода - 3мкл.
Генотипирование исследуемых образцов осуществлялось с использованием программного обеспечения «CFX-Manager™» методом дискриминации аллелей по величинам относительных единиц флуоресценции (ОЕФ) (фиг. 1, фиг. 2, фиг. 3).
Изобретение характеризуется фигурами:
фиг. 1 - Визуализация дискриминации генотипов rs8023580 NR2F2 (где красный круг - гомозиготы ТТ, зеленый треугольник - гетерозиготы ТС, синий квадрат - гомозиготы СС, голубой ромб - неопределённый образец);
фиг. 2 - Визуализация дискриминации генотипов rs440837 ZBTB10 (где красный круг - гомозиготы АА, зеленый треугольник - гетерозиготы AG, синий квадрат - гомозиготы GG, голубой ромб - неопределённый образец);
фиг. 3 - Визуализация дискриминации генотипов rs 17496332 PRMT6 (где красный круг - гомозиготы АА, зеленый треугольник - гетерозиготы AG, синий квадрат - гомозиготы GG, голубой ромб - неопределённый образец).
На следующем этапе работы, моделировались в программном комплексе MB-MDR (доступ-https ://github.com/imbs-hl/mbmdR) межлокусные взаимодействия, имеющие рисковое значения для РМЖ (проводился учет ковариат и выполнялись пермутационные процедуры). Оценивались модели с участием 2-,3-,4-,5- локусов. При этом, с целью снижения вероятности ложноположительных результатов для «выделения» наиболее значимых моделей, детерминирующих риск развития заболевания (на каждом уровне мы отбирали 2-3 наиболее значимые модели), на этапе отбора моделей для пермутационного тестирования, нами дополнительно была введена поправка Бонферрони с учетом возможных комбинаций 3 рассматриваемых локусов: для 2-х локусных моделей в качестве «порогового» уровня был установлен показатель р=0,05/36 = 1,39*10-3, для 3-х локусных - р=0,05/84 = 5,95*10-4, для 4-х локусных - р=0,05/126 = 3,97*10-4, для 5-ти локусных - р=0,05/126 = 3,97*10-4. Визуализация межлокусных взаимодействий, связанных с РМЖ, была проведена с применением программы MDR (до ступ-http ://www. multifactordimensionalityreduction.org/).
Возможность использования предложенного способа для оценки прогнозирования риска развития тройного негативного РМЖ у женщин с использованием молекулярно-генетических данных, подтверждает анализ результатов наблюдений 1248 пациенток, из них 108 пациентки с тройным негативным РМЖ и 1140 женщины контрольной группы. Возрастные характеристики больных и контроля были сопоставимы. В выборки для исследования включались (критерии включения): 1) пациентки русской национальности, являющиеся уроженками Центрального Черноземья РФ, не имеющие родства между собой и проживающие в Белгородской области (Чурносов М.И., Сорокина И.Н., Балановская Е.В. Генофонд населения Белгородской области. Динамика индекса эндогамии в районных популяциях // Генетика. 2008. Т. 44. № 8. С. 1117-1125), добровольно согласившиеся на проведение исследования; 2) в группу больных включались пациентки только после установления диагноза заболевания тройного негативного РМЖ, подтвержденного с помощью клинических и лабораторно-инструментальных (в т.ч. морфологических) методов обследования.
Обследование больных раком молочной железы проводилось на базе поликлинического и химиотерапевтического отделений Белгородского областного онкологического диспансера; формирование контрольной группы (без клинико-анамнестических признаков РМЖ) проводилось на базе перинатального центра БОКБ Святителя Иоасафа (в ходе проф. осмотров).
Все больные тройным негативным раком молочной железы и женщины контрольной группы подписали информированное согласие на участие в исследовании (проведение исследования было согласовано с этическим комитетом медицинского института НИУ «БелГУ»).
Типирование молекулярно-генетических маркеров осуществлялось на кафедре медико-биологических дисциплин медицинского института НИУ «БелГУ».
При изучении SNP х SNP взаимодействий установлена генетическая модель, включающая наличие значимой трехлокусной модели, вовлеченной в формирование тройного негативного РМЖ у женщин с использованием молекулярно-генетических данных, является rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 (рperm≤0,001). С развитием заболевания наиболее значимая ассоциация выявлена для комбинации rs8023580-TT гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6 (beta= 1,091; p= 0,008), имеющая рисковую направленность.
В качестве примеров конкретного применения разработанного способа проведено генетическое обследование женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья РФ и не имеющих родства между собой: проведено генетическое исследование по полиморфным маркерам rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6.
У пациентки О. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-TT гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6, что позволило отнести пациентку в группу больных с риском развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных. Дальнейшее наблюдение подтвердило диагноз тройного негативного рака молочной железы у пациентки.
У пациентки Ю. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 была выявлена комбинации генотипов rs8023580GG гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332AA гена PRMT6, что позволило отнести пациентку в группу пациенток с низким риском развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз у пациентки.
У пациентки Л. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-TC гена NR2F2 - rs440837GG гена ZBTB10 - rs17496332AG гена PRMT6, что позволило отнести пациентку в группу больных с низким риском развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных. Дальнейшее наблюдение не подтвердило диагноз рака молочной железы у пациентки.
У пациентки Ж. была взята венозная кровь, проведено генотипирование ДНК-маркеров, при анализе вовлеченности полиморфных маркеров rs8023580 гена NR2F2 - rs440837 гена ZBTB10 - rs17496332 гена PRMT6 была выявлена комбинации генотипов rs8023580-CC гена NR2F2 - rs440837GG гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6, что позволило отнести пациентку в группу индивидуумов с низким риском развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных. При дальнейшем наблюдении диагноз рака молочной железы у пациентки Р. не подтвердился.
Применение данного способа позволит на доклиническом этапе формировать среди женщин группы риска и своевременно реализовывать в этих группах необходимые лечебно-профилактические мероприятия по предупреждению развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных.
Claims (1)
- Способ прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин, включающий выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ генетических маркеров rs8023580 гена NR2F2, rs440837 гена ZBTB10, rs17496332 гена PRMT6, где при выявлении комбинации генотипов rs8023580TT гена NR2F2 - rs440837AA гена ZBTB10 - rs17496332GG гена PRMT6 прогнозируют высокий риск развития тройного негативного рака молочной железы у женщин.
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2830346C1 true RU2830346C1 (ru) | 2024-11-18 |
Family
ID=
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105986024A (zh) * | 2015-02-27 | 2016-10-05 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 一组用于三阴性乳腺癌预后的基因及其应用 |
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105986024A (zh) * | 2015-02-27 | 2016-10-05 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 一组用于三阴性乳腺癌预后的基因及其应用 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| ПОНОМАРЕВА Т.А. Анализ функционального потенциала полиморфного локуса rs8023580 гена NR2F2. Актуальные вопросы совершенствования медицинской помощи и медицинского образования: сборник материалов VII Междисциплинарного медицинского форума с международным участием (г. Белгород, 10-11 марта 2022 г.). - Белгород: ИД "БелГУ" НИУ "БелГУ", 2022; с. 117. SHIMELIS H. et al. Triple-Negative Breast Cancer Risk Genes Identified by Multigene Hereditary Cancer Panel Testing. J Natl Cancer Inst. 2018 Aug 1; 110(8): 855-862. DIMOU N.L. et al. Sex hormone binding globulin and risk of breast cancer: a Mendelian randomization study. Int J Epidemiol. 2019 Jun 1; 48(3): 807-816. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Resnick et al. | Current and emerging trends in Lynch syndrome identification in women with endometrial cancer | |
| Qin et al. | Potential role of circulating microRNAs as a biomarker for unexplained recurrent spontaneous abortion | |
| JP6369857B2 (ja) | 肝細胞癌に関する情報の取得方法、ならびに肝細胞癌に関する情報を取得するためのマーカーおよびキット | |
| Bittla et al. | Exploring circulating tumor DNA (CtDNA) and its role in early detection of cancer: a systematic review | |
| US20140011199A1 (en) | Non-invasive cancer diagnosis | |
| US20160102358A1 (en) | Methods and compositions for correlating genetic markers with cancer risk | |
| US20130090258A1 (en) | Method for detecting colorectal tumor | |
| WO2017054325A1 (zh) | 乳腺癌联合诊断标志物及检测试剂盒 | |
| WO2019227821A1 (zh) | 一种用于突发性弱精辅助诊断的生物标志物及其应用 | |
| Cabezas-Camarero et al. | ctDNA detection in cerebrospinal fluid and plasma and mutational concordance with the primary tumor in a multicenter prospective study of patients with glioma | |
| WO2025055298A1 (zh) | 一种基因标志物组合、试剂盒及检测方法 | |
| US20210214807A1 (en) | Method and kit for the diagnosis of colorectal cancer | |
| JP6608424B2 (ja) | 前癌性結腸直腸ポリープおよび結腸直腸癌を特定するための方法およびキット | |
| RU2830346C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития тройного негативного рака молочной железы у женщин с использованием молекулярно-генетических данных | |
| CN105441454A (zh) | Scap基因突变体及其应用 | |
| Abe et al. | The clinical validity of urinary pellet DNA monitoring for the diagnosis of recurrent bladder Cancer | |
| CN102159728A (zh) | 乳腺癌转移的判断方法及血清的评价方法 | |
| CN114045344B (zh) | 前列腺癌诊断用尿液miRNA标志物、诊断试剂及试剂盒 | |
| RU2828523C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития люминального подтипа рака молочной железы у женщин | |
| Wang et al. | Uncommon Variants in FLG2 and NOD2 Are Associated with Atopic Dermatitis in the Ethiopian Population | |
| JP6494356B2 (ja) | 非アルコール性脂肪性肝疾患及び／又は非アルコール性脂肪肝炎の発症リスク及び／又は重症化リスクの判定方法、並びに該判定用オリゴヌクレオチドキット | |
| RU2828525C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития рака молочной железы у женщин без ожирения по результатам генетического тестирования | |
| RU2830352C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития 3 степени злокачественности опухолевых клеток при раке молочной железы | |
| RU2830466C1 (ru) | Способ прогнозирования повышенного риска развития рака молочной железы 3-4 стадий заболевания у женщин | |
| RU2815932C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития рака молочной железы у женщин на основе данных о межлокусных взаимодействиях |