RU2799438C2 - Antibody and drug conjugates as a splicing modulator and methods of their use - Google Patents
Antibody and drug conjugates as a splicing modulator and methods of their use Download PDFInfo
- Publication number
- RU2799438C2 RU2799438C2 RU2020143425A RU2020143425A RU2799438C2 RU 2799438 C2 RU2799438 C2 RU 2799438C2 RU 2020143425 A RU2020143425 A RU 2020143425A RU 2020143425 A RU2020143425 A RU 2020143425A RU 2799438 C2 RU2799438 C2 RU 2799438C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- cancer
- groups
- antibody
- antigen
- linker
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 57
- 239000003814 drug Substances 0.000 title abstract description 142
- 229940079593 drug Drugs 0.000 title abstract description 134
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 424
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 380
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 379
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 379
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims abstract description 326
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims abstract description 324
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 159
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims abstract description 83
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims abstract description 75
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 41
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 claims abstract description 31
- 229940049595 antibody-drug conjugate Drugs 0.000 claims description 223
- 239000000611 antibody drug conjugate Substances 0.000 claims description 210
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 143
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 claims description 130
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 114
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 claims description 95
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 85
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 81
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 79
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 64
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 57
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 56
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims description 55
- 101000874179 Homo sapiens Syndecan-1 Proteins 0.000 claims description 50
- 102100030340 Ephrin type-A receptor 2 Human genes 0.000 claims description 45
- -1 p-aminobenzyloxycarbonyl Chemical group 0.000 claims description 43
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 claims description 41
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 claims description 41
- 125000006552 (C3-C8) cycloalkyl group Chemical group 0.000 claims description 40
- 239000000562 conjugate Substances 0.000 claims description 40
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 39
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 claims description 36
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 claims description 36
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 35
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 claims description 34
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 claims description 34
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 34
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims description 32
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 32
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims description 31
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 31
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims description 31
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 30
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims description 30
- 101000914324 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Proteins 0.000 claims description 28
- 101000628547 Homo sapiens Metalloreductase STEAP1 Proteins 0.000 claims description 27
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 claims description 26
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 claims description 26
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 claims description 26
- 102100025475 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 Human genes 0.000 claims description 25
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 24
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 24
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims description 24
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 23
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 23
- 102100026712 Metalloreductase STEAP1 Human genes 0.000 claims description 23
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 claims description 23
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 23
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 22
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 claims description 22
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 claims description 22
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 claims description 20
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 claims description 20
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 claims description 20
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 claims description 20
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 claims description 19
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 19
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 claims description 19
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 claims description 19
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 claims description 19
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 claims description 19
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 claims description 19
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 claims description 19
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 claims description 19
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 claims description 19
- 125000004890 (C1-C6) alkylamino group Chemical group 0.000 claims description 18
- 229960002173 citrulline Drugs 0.000 claims description 17
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 claims description 16
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 claims description 16
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 claims description 15
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 claims description 15
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 claims description 15
- 208000020989 salivary duct carcinoma Diseases 0.000 claims description 15
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 claims description 15
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 claims description 14
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 claims description 14
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 14
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 claims description 13
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 claims description 12
- PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N Maleimide Chemical compound O=C1NC(=O)C=C1 PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- SNOOUWRIMMFWNE-UHFFFAOYSA-M sodium;6-[(3,4,5-trimethoxybenzoyl)amino]hexanoate Chemical compound [Na+].COC1=CC(C(=O)NCCCCCC([O-])=O)=CC(OC)=C1OC SNOOUWRIMMFWNE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 11
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 9
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 9
- DAMSURYLURICHN-SBUREZEXSA-N 6-(2,5-dioxopyrrol-1-yl)-N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[4-(hydroxymethyl)anilino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]hexanamide Chemical compound O=C1N(C(C=C1)=O)CCCCCC(=O)N[C@H](C(=O)N[C@H](C(=O)NC1=CC=C(C=C1)CO)C)C(C)C DAMSURYLURICHN-SBUREZEXSA-N 0.000 claims description 7
- AMKBTTRWLGVRER-OFVILXPXSA-N n-[(2s)-1-[[(2s)-5-(carbamoylamino)-1-[4-(hydroxymethyl)anilino]-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-6-(2,5-dioxopyrrol-1-yl)hexanamide Chemical compound N([C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=O)C(=O)NC=1C=CC(CO)=CC=1)C(=O)CCCCCN1C(=O)C=CC1=O AMKBTTRWLGVRER-OFVILXPXSA-N 0.000 claims description 6
- RHGKLRLOHDJJDR-BYPYZUCNSA-N L-citrulline Chemical compound NC(=O)NCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O RHGKLRLOHDJJDR-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims description 4
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 claims description 4
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 4
- RHGKLRLOHDJJDR-UHFFFAOYSA-N Ndelta-carbamoyl-DL-ornithine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=O RHGKLRLOHDJJDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 102100035721 Syndecan-1 Human genes 0.000 claims description 3
- 235000013477 citrulline Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000004474 valine Substances 0.000 claims description 3
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 claims 14
- 125000004178 (C1-C4) alkyl group Chemical group 0.000 claims 7
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims 4
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 claims 3
- AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O AAQGRPOPTAUUBM-ZLUOBGJFSA-N 0.000 claims 2
- 101150076616 EPHA2 gene Proteins 0.000 claims 2
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 1
- 208000017897 Carcinoma of esophagus Diseases 0.000 claims 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 21
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 11
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 350
- 102000051957 human ERBB2 Human genes 0.000 description 57
- 125000004435 hydrogen atom Chemical class [H]* 0.000 description 44
- 101710116743 Ephrin type-A receptor 2 Proteins 0.000 description 43
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 42
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 40
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 39
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 39
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 39
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 35
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 35
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 35
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 35
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 28
- 101001023230 Homo sapiens Folate receptor alpha Proteins 0.000 description 26
- 101000576802 Homo sapiens Mesothelin Proteins 0.000 description 26
- 101000623901 Homo sapiens Mucin-16 Proteins 0.000 description 26
- 102100025096 Mesothelin Human genes 0.000 description 26
- 102100024292 Cryptic family protein 1B Human genes 0.000 description 25
- 101000980071 Homo sapiens Cryptic family protein 1B Proteins 0.000 description 25
- 101000897042 Homo sapiens Nucleotide pyrophosphatase Proteins 0.000 description 25
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 25
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 description 25
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 24
- 102100041003 Glutamate carboxypeptidase 2 Human genes 0.000 description 23
- 102100029756 Cadherin-6 Human genes 0.000 description 22
- 102100039496 Choline transporter-like protein 4 Human genes 0.000 description 22
- 102100035139 Folate receptor alpha Human genes 0.000 description 22
- 108090000369 Glutamate Carboxypeptidase II Proteins 0.000 description 22
- 102100023123 Mucin-16 Human genes 0.000 description 22
- 102100021969 Nucleotide pyrophosphatase Human genes 0.000 description 22
- 102100023144 Zinc transporter ZIP6 Human genes 0.000 description 22
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 22
- 102000007343 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 1 Human genes 0.000 description 21
- 108010007712 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 1 Proteins 0.000 description 21
- 101000794604 Homo sapiens Cadherin-6 Proteins 0.000 description 21
- 108091006938 SLC39A6 Proteins 0.000 description 21
- 108091007561 SLC44A4 Proteins 0.000 description 21
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 20
- 229960000575 trastuzumab Drugs 0.000 description 19
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 17
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 16
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 16
- SDUSVHUQNWGNCQ-MLQHUJDKSA-N [(2s,3s,4e,6s,7r,10r)-7,10-dihydroxy-2-[(2e,4e,6r)-6-hydroxy-7-[(2r,3r)-3-[(2r,3s)-3-hydroxypentan-2-yl]oxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-3,7-dimethyl-12-oxo-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] acetate Chemical compound CC[C@H](O)[C@@H](C)[C@H]1O[C@@H]1C[C@@](C)(O)\C=C\C=C(/C)[C@@H]1[C@@H](C)/C=C/[C@H](OC(C)=O)[C@](C)(O)CC[C@@H](O)CC(=O)O1 SDUSVHUQNWGNCQ-MLQHUJDKSA-N 0.000 description 15
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 15
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 14
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 14
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 14
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 14
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 12
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 12
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 12
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 12
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 11
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 11
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 11
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 11
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 11
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 11
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 11
- 210000001324 spliceosome Anatomy 0.000 description 11
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 11
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 10
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 10
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 9
- 208000010507 Adenocarcinoma of Lung Diseases 0.000 description 9
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 230000009471 action Effects 0.000 description 9
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 9
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 9
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 9
- 201000005249 lung adenocarcinoma Diseases 0.000 description 9
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 9
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 8
- 102000053187 Glucuronidase Human genes 0.000 description 8
- 108010060309 Glucuronidase Proteins 0.000 description 8
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 8
- SDOUORKJIJYJNW-QHOUZYGJSA-N [(2s,3s,4e,6s,7r,10r)-7,10-dihydroxy-2-[(2e,4e,6s)-7-[(2r,3r)-3-[(2r,3s)-3-hydroxypentan-2-yl]oxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-3,7-dimethyl-12-oxo-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] acetate Chemical compound CC[C@H](O)[C@@H](C)[C@H]1O[C@@H]1C[C@H](C)\C=C\C=C(/C)[C@@H]1[C@@H](C)/C=C/[C@H](OC(C)=O)[C@](C)(O)CC[C@@H](O)CC(=O)O1 SDOUORKJIJYJNW-QHOUZYGJSA-N 0.000 description 8
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 8
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 8
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 8
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 8
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 8
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 8
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 8
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 8
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 8
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 8
- 125000002911 monocyclic heterocycle group Chemical group 0.000 description 8
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 8
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 8
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 7
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 7
- 238000012054 celltiter-glo Methods 0.000 description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 description 7
- 125000000151 cysteine group Chemical group N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 7
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 7
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 7
- 230000002132 lysosomal effect Effects 0.000 description 7
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 7
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 7
- 230000004044 response Effects 0.000 description 7
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 7
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 7
- 101150108281 ADL1 gene Proteins 0.000 description 6
- 101100332244 Arabidopsis thaliana DRP1A gene Proteins 0.000 description 6
- 101100332246 Arabidopsis thaliana DRP1C gene Proteins 0.000 description 6
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 6
- 238000011579 SCID mouse model Methods 0.000 description 6
- 208000033218 Serous carcinoma of the corpus uteri Diseases 0.000 description 6
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 6
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 6
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 6
- 230000003833 cell viability Effects 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 6
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 6
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 6
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 6
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 6
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 6
- 241000894007 species Species 0.000 description 6
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 6
- 108090000712 Cathepsin B Proteins 0.000 description 5
- 102000004225 Cathepsin B Human genes 0.000 description 5
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 5
- 108010056045 K cadherin Proteins 0.000 description 5
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 5
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 5
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 102000025171 antigen binding proteins Human genes 0.000 description 5
- 108091000831 antigen binding proteins Proteins 0.000 description 5
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 5
- 230000009137 competitive binding Effects 0.000 description 5
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 5
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 5
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 5
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 5
- 150000008134 glucuronides Chemical group 0.000 description 5
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 5
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 5
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 5
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 5
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 5
- 230000007281 self degradation Effects 0.000 description 5
- 229940124530 sulfonamide Drugs 0.000 description 5
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 5
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 5
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 5
- 101100500029 Arabidopsis thaliana DRP2A gene Proteins 0.000 description 4
- 101100500048 Arabidopsis thaliana DRP3A gene Proteins 0.000 description 4
- 101100402572 Arabidopsis thaliana MS5 gene Proteins 0.000 description 4
- 208000017891 HER2 positive breast carcinoma Diseases 0.000 description 4
- 101000889282 Homo sapiens Choline transporter-like protein 4 Proteins 0.000 description 4
- 101000938346 Homo sapiens Ephrin type-A receptor 2 Proteins 0.000 description 4
- 101000892862 Homo sapiens Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 description 4
- 101001068136 Homo sapiens Hepatitis A virus cellular receptor 1 Proteins 0.000 description 4
- 101001008874 Homo sapiens Mast/stem cell growth factor receptor Kit Proteins 0.000 description 4
- 101000685848 Homo sapiens Zinc transporter ZIP6 Proteins 0.000 description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 4
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 4
- 229960003767 alanine Drugs 0.000 description 4
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 4
- 125000002837 carbocyclic group Chemical group 0.000 description 4
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 4
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 4
- 230000001085 cytostatic effect Effects 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 4
- 201000006585 gastric adenocarcinoma Diseases 0.000 description 4
- 102000047627 human CEACAM5 Human genes 0.000 description 4
- 102000048180 human ENPP3 Human genes 0.000 description 4
- 102000044745 human EPHA2 Human genes 0.000 description 4
- 102000046689 human FOLH1 Human genes 0.000 description 4
- 102000053180 human FOLR1 Human genes 0.000 description 4
- 102000051539 human HAVCR1 Human genes 0.000 description 4
- 102000055152 human KIT Human genes 0.000 description 4
- 102000057421 human MET Human genes 0.000 description 4
- 102000055862 human MUC16 Human genes 0.000 description 4
- 102000051827 human SLC39A6 Human genes 0.000 description 4
- 102000054656 human SLC44A4 Human genes 0.000 description 4
- 102000054725 human STEAP1 Human genes 0.000 description 4
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 4
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 4
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 4
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 4
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 4
- 108010066733 mRNA (guanine(N7))-methyltransferase Proteins 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 4
- 229910052720 vanadium Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 4
- AXKGIPZJYUNAIW-UHFFFAOYSA-N (4-aminophenyl)methanol Chemical compound NC1=CC=C(CO)C=C1 AXKGIPZJYUNAIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 3
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 102100024940 Cathepsin K Human genes 0.000 description 3
- 102000005600 Cathepsins Human genes 0.000 description 3
- 108010084457 Cathepsins Proteins 0.000 description 3
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 108700022150 Designed Ankyrin Repeat Proteins Proteins 0.000 description 3
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010016626 Dipeptides Proteins 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 description 3
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 description 3
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101100501688 Homo sapiens ERBB2 gene Proteins 0.000 description 3
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 3
- 101710160107 Outer membrane protein A Proteins 0.000 description 3
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010043958 Peptoids Proteins 0.000 description 3
- 108090000058 Syndecan-1 Proteins 0.000 description 3
- 102000003705 Syndecan-1 Human genes 0.000 description 3
- 230000037453 T cell priming Effects 0.000 description 3
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 description 3
- 230000006229 amino acid addition Effects 0.000 description 3
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 3
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 3
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 3
- 125000002618 bicyclic heterocycle group Chemical group 0.000 description 3
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 3
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960002433 cysteine Drugs 0.000 description 3
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 3
- 239000000824 cytostatic agent Substances 0.000 description 3
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 3
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 3
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N glutathione Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 229940127121 immunoconjugate Drugs 0.000 description 3
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 3
- 229960003646 lysine Drugs 0.000 description 3
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 3
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 3
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 3
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 3
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 3
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 3
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 3
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 3
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 3
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 3
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 3
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 3
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 3
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 3
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 3
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 3
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 3
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 3
- JSHOVKSMJRQOGY-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 4-(pyridin-2-yldisulfanyl)butanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCCSSC1=CC=CC=N1 JSHOVKSMJRQOGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GKSPIZSKQWTXQG-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 4-[1-(pyridin-2-yldisulfanyl)ethyl]benzoate Chemical compound C=1C=C(C(=O)ON2C(CCC2=O)=O)C=CC=1C(C)SSC1=CC=CC=N1 GKSPIZSKQWTXQG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000006273 (C1-C3) alkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 206010000871 Acute monocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 101100347605 Arabidopsis thaliana VIII-A gene Proteins 0.000 description 2
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 2
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 102000003902 Cathepsin C Human genes 0.000 description 2
- 108090000267 Cathepsin C Proteins 0.000 description 2
- 102100035654 Cathepsin S Human genes 0.000 description 2
- 108090000613 Cathepsin S Proteins 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 2
- 108090000371 Esterases Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 2
- 108010024636 Glutathione Proteins 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 2
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 2
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 2
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 2
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 2
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- 108091027974 Mature messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 239000000637 Melanocyte-Stimulating Hormone Substances 0.000 description 2
- 108010007013 Melanocyte-Stimulating Hormones Proteins 0.000 description 2
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000035489 Monocytic Acute Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 102000014842 Multidrug resistance proteins Human genes 0.000 description 2
- 108050005144 Multidrug resistance proteins Proteins 0.000 description 2
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 2
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 2
- 102000039471 Small Nuclear RNA Human genes 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 2
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 2
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 2
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000035269 cancer or benign tumor Diseases 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 2
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 2
- 238000012875 competitive assay Methods 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 229910052805 deuterium Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 229960002449 glycine Drugs 0.000 description 2
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 2
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N hexadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 2
- 150000007857 hydrazones Chemical class 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 2
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 2
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- 125000005439 maleimidyl group Chemical group C1(C=CC(N1*)=O)=O 0.000 description 2
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 2
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N methyl carbamate Chemical compound COC(N)=O GTCAXTIRRLKXRU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 2
- PSZYNBSKGUBXEH-UHFFFAOYSA-N naphthalene-1-sulfonic acid Chemical compound C1=CC=C2C(S(=O)(=O)O)=CC=CC2=C1 PSZYNBSKGUBXEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 231100001223 noncarcinogenic Toxicity 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 2
- 230000003285 pharmacodynamic effect Effects 0.000 description 2
- 229960005190 phenylalanine Drugs 0.000 description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 2
- 229960002429 proline Drugs 0.000 description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 2
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000010837 receptor-mediated endocytosis Effects 0.000 description 2
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 2
- 238000002821 scintillation proximity assay Methods 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate Chemical compound C1CC(CN2C(C=CC2=O)=O)CCC1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O JJAHTWIKCUJRDK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000565 sulfonamide group Chemical group 0.000 description 2
- 150000003456 sulfonamides Chemical class 0.000 description 2
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 2
- 125000001984 thiazolidinyl group Chemical group 0.000 description 2
- 150000003568 thioethers Chemical class 0.000 description 2
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002110 toxicologic effect Effects 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010044412 transitional cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- UFIVODCEJLHUTQ-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 2-(1-phenylethyldisulfanyl)-2h-pyridine-1-carboxylate Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(C)SSC1C=CC=CN1C(=O)ON1C(=O)CCC1=O UFIVODCEJLHUTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VQZYZXLBKBUOHE-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-(pyridin-2-yldisulfanyl)butanoate Chemical compound C=1C=CC=NC=1SSC(C)CC(=O)ON1C(=O)CCC1=O VQZYZXLBKBUOHE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JWDFQMWEFLOOED-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-(pyridin-2-yldisulfanyl)propanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSSC1=CC=CC=N1 JWDFQMWEFLOOED-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-pyridin-2-ylsulfanylpropanoate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCSC1=CC=CC=N1 QMXCRMQIVATQMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LIAOYFMFNCCCGC-STYFAFABSA-N (2S)-2-amino-3-phenylpropanoic acid (2S)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O.N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O.N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O LIAOYFMFNCCCGC-STYFAFABSA-N 0.000 description 1
- KQRHTCDQWJLLME-XUXIUFHCSA-N (2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-aminopropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]propanoyl]amino]-4-methylpentanoic acid Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)N KQRHTCDQWJLLME-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N (2s)-2-amino-3-phenylpropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O.OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N (S)-malic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 125000004607 1,2,3,4-tetrahydroquinolinyl group Chemical group N1(CCCC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000005871 1,3-benzodioxolyl group Chemical group 0.000 description 1
- IGERFAHWSHDDHX-UHFFFAOYSA-N 1,3-dioxanyl Chemical group [CH]1OCCCO1 IGERFAHWSHDDHX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JPRPJUMQRZTTED-UHFFFAOYSA-N 1,3-dioxolanyl Chemical group [CH]1OCCO1 JPRPJUMQRZTTED-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ILWJAOPQHOZXAN-UHFFFAOYSA-N 1,3-dithianyl Chemical group [CH]1SCCCS1 ILWJAOPQHOZXAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FLOJNXXFMHCMMR-UHFFFAOYSA-N 1,3-dithiolanyl Chemical group [CH]1SCCS1 FLOJNXXFMHCMMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VXNZUUAINFGPBY-UHFFFAOYSA-N 1-Butene Chemical group CCC=C VXNZUUAINFGPBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 1-O-galloyl-3,6-(R)-HHDP-beta-D-glucose Natural products OC1C(O2)COC(=O)C3=CC(O)=C(O)C(O)=C3C3=C(O)C(O)=C(O)C=C3C(=O)OC1C(O)C2OC(=O)C1=CC(O)=C(O)C(O)=C1 TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WEZDRVHTDXTVLT-GJZGRUSLSA-N 2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[(2-aminoacetyl)amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]acetic acid Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 WEZDRVHTDXTVLT-GJZGRUSLSA-N 0.000 description 1
- MFZCCULJNROUEF-PZMMFNHRSA-N 2-aminoacetic acid;(2s)-2-amino-3-phenylpropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound NCC(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O.OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 MFZCCULJNROUEF-PZMMFNHRSA-N 0.000 description 1
- DJQYYYCQOZMCRC-UHFFFAOYSA-N 2-aminopropane-1,3-dithiol Chemical group SCC(N)CS DJQYYYCQOZMCRC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMUXBWLKTHLRQC-UHFFFAOYSA-N 2-azanylethanoic acid Chemical compound NCC(O)=O.NCC(O)=O.NCC(O)=O BMUXBWLKTHLRQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JUIKUQOUMZUFQT-UHFFFAOYSA-N 2-bromoacetamide Chemical compound NC(=O)CBr JUIKUQOUMZUFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- KGIGUEBEKRSTEW-UHFFFAOYSA-N 2-vinylpyridine Chemical compound C=CC1=CC=CC=N1 KGIGUEBEKRSTEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 3-azaniumyl-2-hydroxypropanoate Chemical compound NCC(O)C(O)=O BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 8-[3-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-2-one Chemical class C1(CC1)N1N=CC(=C1)C1=NNC2=C1N=C(N=C2)N1C2C(N(CC1CC2)C)=O HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DALMAZHDNFCDRP-VMPREFPWSA-N 9h-fluoren-9-ylmethyl n-[(2s)-1-[[(2s)-5-(carbamoylamino)-1-[4-(hydroxymethyl)anilino]-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate Chemical group O=C([C@H](CCCNC(N)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21)C(C)C)NC1=CC=C(CO)C=C1 DALMAZHDNFCDRP-VMPREFPWSA-N 0.000 description 1
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 1
- 206010004146 Basal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010008629 CA-125 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 102000007269 CA-125 Antigen Human genes 0.000 description 1
- 108091016585 CD44 antigen Proteins 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-OUBTZVSYSA-N Carbon-13 Chemical compound [13C] OKTJSMMVPCPJKN-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-NJFSPNSNSA-N Carbon-14 Chemical compound [14C] OKTJSMMVPCPJKN-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 108010022366 Carcinoembryonic Antigen Proteins 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003908 Cathepsin D Human genes 0.000 description 1
- 108090000258 Cathepsin D Proteins 0.000 description 1
- 108090000610 Cathepsin F Proteins 0.000 description 1
- 102000004176 Cathepsin F Human genes 0.000 description 1
- 108090000619 Cathepsin H Proteins 0.000 description 1
- 108090000625 Cathepsin K Proteins 0.000 description 1
- 108090000624 Cathepsin L Proteins 0.000 description 1
- 102000004172 Cathepsin L Human genes 0.000 description 1
- 102100026540 Cathepsin L2 Human genes 0.000 description 1
- 101710177066 Cathepsin O Proteins 0.000 description 1
- 108010061112 Cathepsin W Proteins 0.000 description 1
- 102000011933 Cathepsin W Human genes 0.000 description 1
- 102000016289 Cell Adhesion Molecules Human genes 0.000 description 1
- 108010067225 Cell Adhesion Molecules Proteins 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710148283 Choline transporter-like protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 102000007644 Colony-Stimulating Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010071942 Colony-Stimulating Factors Proteins 0.000 description 1
- 102100024300 Cryptic protein Human genes 0.000 description 1
- 101710185307 Cryptic protein Proteins 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- YZCKVEUIGOORGS-OUBTZVSYSA-N Deuterium Chemical compound [2H] YZCKVEUIGOORGS-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 1
- 230000010777 Disulfide Reduction Effects 0.000 description 1
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 description 1
- 108060006698 EGF receptor Proteins 0.000 description 1
- 108010055196 EphA2 Receptor Proteins 0.000 description 1
- 102000051096 EphA2 Receptor Human genes 0.000 description 1
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102000013345 FBXW5 Human genes 0.000 description 1
- 101150101596 FBXW5 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000001263 FEMA 3042 Substances 0.000 description 1
- 102000016359 Fibronectins Human genes 0.000 description 1
- 108010067306 Fibronectins Proteins 0.000 description 1
- 238000012413 Fluorescence activated cell sorting analysis Methods 0.000 description 1
- 102000010451 Folate receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 108050001931 Folate receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 230000010190 G1 phase Effects 0.000 description 1
- 230000004668 G2/M phase Effects 0.000 description 1
- 208000032612 Glial tumor Diseases 0.000 description 1
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 1
- 102000016354 Glucuronosyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108010092364 Glucuronosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101710183768 Glutamate carboxypeptidase 2 Proteins 0.000 description 1
- 108010009504 Gly-Phe-Leu-Gly Proteins 0.000 description 1
- 102000008055 Heparan Sulfate Proteoglycans Human genes 0.000 description 1
- 229920002971 Heparan sulfate Polymers 0.000 description 1
- 241000709721 Hepatovirus A Species 0.000 description 1
- 101000914321 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000761509 Homo sapiens Cathepsin K Proteins 0.000 description 1
- 101000983577 Homo sapiens Cathepsin L2 Proteins 0.000 description 1
- 101000910979 Homo sapiens Cathepsin Z Proteins 0.000 description 1
- 101500025419 Homo sapiens Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 1
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001024605 Homo sapiens Next to BRCA1 gene 1 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000617725 Homo sapiens Pregnancy-specific beta-1-glycoprotein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000707567 Homo sapiens Splicing factor 3B subunit 1 Proteins 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N Hydroxyproline Chemical compound O[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N L-Ornithine Chemical compound NCCC[C@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- JTTHKOPSMAVJFE-VIFPVBQESA-N L-homophenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC1=CC=CC=C1 JTTHKOPSMAVJFE-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N L-norleucine Chemical compound CCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- 208000031671 Large B-Cell Diffuse Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 208000025205 Mantle-Cell Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100027754 Mast/stem cell growth factor receptor Kit Human genes 0.000 description 1
- 101710087603 Mast/stem cell growth factor receptor Kit Proteins 0.000 description 1
- 102000003735 Mesothelin Human genes 0.000 description 1
- 108090000015 Mesothelin Proteins 0.000 description 1
- 206010027406 Mesothelioma Diseases 0.000 description 1
- 101710130205 Metal reductase Proteins 0.000 description 1
- 102100040420 Mitochondrial thiamine pyrophosphate carrier Human genes 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N N-Hydroxysuccinimide Chemical compound ON1C(=O)CCC1=O NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 108020004485 Nonsense Codon Proteins 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N Orn-delta-NH2 Natural products NCCCC(N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N Ornithine Natural products OC(=O)C(C)CCCN UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021314 Palmitic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920002230 Pectic acid Polymers 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N Penta-digallate-beta-D-glucose Natural products OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N 0.000 description 1
- RBRNEFJTEHPDSL-ACRUOGEOSA-N Phe-Phe-Lys Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RBRNEFJTEHPDSL-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 102100025974 Pro-cathepsin H Human genes 0.000 description 1
- 102100033237 Pro-epidermal growth factor Human genes 0.000 description 1
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Propanedioic acid Natural products OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000006010 Protein Disulfide-Isomerase Human genes 0.000 description 1
- 102000008022 Proto-Oncogene Proteins c-met Human genes 0.000 description 1
- 108010089836 Proto-Oncogene Proteins c-met Proteins 0.000 description 1
- 102000015097 RNA Splicing Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010039259 RNA Splicing Factors Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 1
- 102000004278 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000873 Receptor Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000004389 Ribonucleoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108010081734 Ribonucleoproteins Proteins 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 108091006423 SLC25A19 Proteins 0.000 description 1
- 101150014798 SLC25A19 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 102100028948 Serine/threonine-protein kinase TAO1 Human genes 0.000 description 1
- 101710106079 Serine/threonine-protein kinase TAO1 Proteins 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108020004688 Small Nuclear RNA Proteins 0.000 description 1
- 102100031711 Splicing factor 3B subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000054 Syndecan-2 Proteins 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100023935 Transmembrane glycoprotein NMB Human genes 0.000 description 1
- YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N Tritium Chemical compound [3H] YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 208000008385 Urogenital Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 238000002441 X-ray diffraction Methods 0.000 description 1
- 101710097851 Zinc transporter ZIP6 Proteins 0.000 description 1
- PSLUFJFHTBIXMW-WYEYVKMPSA-N [(3r,4ar,5s,6s,6as,10s,10ar,10bs)-3-ethenyl-10,10b-dihydroxy-3,4a,7,7,10a-pentamethyl-1-oxo-6-(2-pyridin-2-ylethylcarbamoyloxy)-5,6,6a,8,9,10-hexahydro-2h-benzo[f]chromen-5-yl] acetate Chemical compound O([C@@H]1[C@@H]([C@]2(O[C@](C)(CC(=O)[C@]2(O)[C@@]2(C)[C@@H](O)CCC(C)(C)[C@@H]21)C=C)C)OC(=O)C)C(=O)NCCC1=CC=CC=N1 PSLUFJFHTBIXMW-WYEYVKMPSA-N 0.000 description 1
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001241 acetals Chemical class 0.000 description 1
- 229960000583 acetic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000011054 acetic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 108010054982 alanyl-leucyl-alanyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- HAXFWIACAGNFHA-UHFFFAOYSA-N aldrithiol Chemical compound C=1C=CC=NC=1SSC1=CC=CC=N1 HAXFWIACAGNFHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000783 alginic acid Substances 0.000 description 1
- 235000010443 alginic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960001126 alginic acid Drugs 0.000 description 1
- 229920000615 alginic acid Polymers 0.000 description 1
- 150000004781 alginic acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000005055 alkyl alkoxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005189 alkyl hydroxy group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002947 alkylene group Chemical group 0.000 description 1
- IYABWNGZIDDRAK-UHFFFAOYSA-N allene Chemical group C=C=C IYABWNGZIDDRAK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N alpha-hydroxysuccinic acid Natural products OC(=O)C(O)CC(O)=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 229940094957 androgens and estrogen Drugs 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000001028 anti-proliverative effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000009830 antibody antigen interaction Effects 0.000 description 1
- 238000011394 anticancer treatment Methods 0.000 description 1
- 125000000637 arginyl group Chemical group N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)* 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960005070 ascorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003725 azepanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002393 azetidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004069 aziridinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960004365 benzoic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000000975 bioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 238000010504 bond cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 239000003560 cancer drug Substances 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 150000001721 carbon Chemical group 0.000 description 1
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 210000004323 caveolae Anatomy 0.000 description 1
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 1
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000025084 cell cycle arrest Effects 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000011712 cell development Effects 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 230000004709 cell invasion Effects 0.000 description 1
- 230000009087 cell motility Effects 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000010902 chronic myelomonocytic leukemia Diseases 0.000 description 1
- GTZCVFVGUGFEME-HNQUOIGGSA-N cis-Aconitic acid Natural products OC(=O)C\C(C(O)=O)=C/C(O)=O GTZCVFVGUGFEME-HNQUOIGGSA-N 0.000 description 1
- GTZCVFVGUGFEME-IWQZZHSRSA-N cis-aconitic acid Chemical compound OC(=O)C\C(C(O)=O)=C\C(O)=O GTZCVFVGUGFEME-IWQZZHSRSA-N 0.000 description 1
- 229960004106 citric acid Drugs 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000011260 co-administration Methods 0.000 description 1
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 229940047120 colony stimulating factors Drugs 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 230000006552 constitutive activation Effects 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 125000005959 diazepanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 238000002050 diffraction method Methods 0.000 description 1
- 206010012818 diffuse large B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- 125000005043 dihydropyranyl group Chemical group O1C(CCC=C1)* 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 125000000118 dimethyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000002228 disulfide group Chemical group 0.000 description 1
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N dl-hydroxyproline Natural products OC1C[NH2+]C(C([O-])=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 1
- 230000008482 dysregulation Effects 0.000 description 1
- 210000001163 endosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 1
- 230000014818 extracellular matrix organization Effects 0.000 description 1
- 229950009929 farletuzumab Drugs 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000003444 follicular lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 239000001530 fumaric acid Substances 0.000 description 1
- 229960002598 fumaric acid Drugs 0.000 description 1
- 235000011087 fumaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-QWKBTXIPSA-N gallotannic acid Chemical compound OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@H]2[C@@H]([C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-QWKBTXIPSA-N 0.000 description 1
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 1
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 1
- 229950006191 gluconic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229930182480 glucuronide Natural products 0.000 description 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 229960003180 glutathione Drugs 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229940093915 gynecological organic acid Drugs 0.000 description 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 1
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000035876 healing Effects 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 102000050954 human SDC1 Human genes 0.000 description 1
- 229940116978 human epidermal growth factor Drugs 0.000 description 1
- 229940098197 human immunoglobulin g Drugs 0.000 description 1
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 1
- 229960002591 hydroxyproline Drugs 0.000 description 1
- 210000003026 hypopharynx Anatomy 0.000 description 1
- 125000002632 imidazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002636 imidazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001841 imino group Chemical group [H]N=* 0.000 description 1
- 239000012642 immune effector Substances 0.000 description 1
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 description 1
- 229940051026 immunotoxin Drugs 0.000 description 1
- 239000002596 immunotoxin Substances 0.000 description 1
- 230000002637 immunotoxin Effects 0.000 description 1
- 231100000608 immunotoxin Toxicity 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 208000030776 invasive breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- PGLTVOMIXTUURA-UHFFFAOYSA-N iodoacetamide Chemical compound NC(=O)CI PGLTVOMIXTUURA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012948 isocyanate Substances 0.000 description 1
- 150000002513 isocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 125000000741 isoleucyl group Chemical group [H]N([H])C(C(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[H])C(=O)O* 0.000 description 1
- 125000004628 isothiazolidinyl group Chemical group S1N(CCC1)* 0.000 description 1
- 125000005969 isothiazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 230000000155 isotopic effect Effects 0.000 description 1
- 229950003188 isovaleryl diethylamide Drugs 0.000 description 1
- 125000003965 isoxazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003971 isoxazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000000867 larynx Anatomy 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 125000001909 leucine group Chemical group [H]N(*)C(C(*)=O)C([H])([H])C(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- 239000011976 maleic acid Substances 0.000 description 1
- 229940098895 maleic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000001630 malic acid Substances 0.000 description 1
- 229940099690 malic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000011090 malic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 1
- 102000006240 membrane receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020004084 membrane receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229940098779 methanesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- 125000002757 morpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 1
- WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N n-Pentadecanoic acid Natural products CCCCCCCCCCCCCCC(O)=O WQEPLUUGTLDZJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001989 nasopharynx Anatomy 0.000 description 1
- 230000017095 negative regulation of cell growth Effects 0.000 description 1
- GVUGOAYIVIDWIO-UFWWTJHBSA-N nepidermin Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C(C)C)C(C)C)C1=CC=C(O)C=C1 GVUGOAYIVIDWIO-UFWWTJHBSA-N 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 108010067588 nucleotide pyrophosphatase Proteins 0.000 description 1
- 231100000590 oncogenic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002246 oncogenic effect Effects 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 229960003104 ornithine Drugs 0.000 description 1
- 150000002905 orthoesters Chemical class 0.000 description 1
- 230000001151 other effect Effects 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 125000005963 oxadiazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005882 oxadiazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940116315 oxalic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 1
- 125000000160 oxazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005968 oxazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 1
- 229940098695 palmitic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000000149 penetrating effect Effects 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 229940124531 pharmaceutical excipient Drugs 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000405 phenylalanyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 1
- 125000004193 piperazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003386 piperidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000036470 plasma concentration Effects 0.000 description 1
- 239000010318 polygalacturonic acid Substances 0.000 description 1
- 229920002643 polyglutamic acid Polymers 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000002028 premature Effects 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002335 preservative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 201000005825 prostate adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 108020003519 protein disulfide isomerase Proteins 0.000 description 1
- 125000004309 pyranyl group Chemical group O1C(C=CC=C1)* 0.000 description 1
- 125000003373 pyrazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003072 pyrazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002755 pyrazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002098 pyridazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004076 pyridyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000719 pyrrolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001422 pyrrolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 1
- 238000002708 random mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 208000016691 refractory malignant neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 150000007659 semicarbazones Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 125000003607 serino group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C(O[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 108091029842 small nuclear ribonucleic acid Proteins 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000003270 steroid hormone Substances 0.000 description 1
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 229940033123 tannic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000015523 tannic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920002258 tannic acid Polymers 0.000 description 1
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 1
- 229960001367 tartaric acid Drugs 0.000 description 1
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 125000003718 tetrahydrofuranyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001412 tetrahydropyranyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005958 tetrahydrothienyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940126585 therapeutic drug Drugs 0.000 description 1
- 231100001274 therapeutic index Toxicity 0.000 description 1
- 125000005304 thiadiazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005305 thiadiazolinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001544 thienyl group Chemical group 0.000 description 1
- SRVJKTDHMYAMHA-WUXMJOGZSA-N thioacetazone Chemical compound CC(=O)NC1=CC=C(\C=N\NC(N)=S)C=C1 SRVJKTDHMYAMHA-WUXMJOGZSA-N 0.000 description 1
- 125000004568 thiomorpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000341 threoninyl group Chemical group [H]OC([H])(C([H])([H])[H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 231100000759 toxicological effect Toxicity 0.000 description 1
- 231100000027 toxicology Toxicity 0.000 description 1
- FGMPLJWBKKVCDB-UHFFFAOYSA-N trans-L-hydroxy-proline Natural products ON1CCCC1C(O)=O FGMPLJWBKKVCDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GTZCVFVGUGFEME-UHFFFAOYSA-N trans-aconitic acid Natural products OC(=O)CC(C(O)=O)=CC(O)=O GTZCVFVGUGFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 108091007466 transmembrane glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 125000001425 triazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000169 tricyclic heterocycle group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005455 trithianyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229910052722 tritium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 208000037964 urogenital cancer Diseases 0.000 description 1
- 229960004295 valine Drugs 0.000 description 1
- 125000002987 valine group Chemical group [H]N([H])C([H])(C(*)=O)C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
Images
Abstract
Description
[01] Настоящее изобретение испрашивает преимущество приоритета на основании предварительной заявки на патент США № 62/679672, поданной 1 июня 2018 года; предварительной заявки на патент США № 62/679631, поданной 1 июня 2018 года, и предварительной заявки на патент США № 62/779324, поданной 13 декабря 2018 года. Все из вышеуказанных заявок включены в данный документ посредством ссылки во всей их полноте.[01] The present invention claims the benefit of priority based on US Provisional Application No. 62/679,672, filed June 1, 2018; U.S. Provisional Application No. 62/679631 filed June 1, 2018 and U.S. Provisional Application No. 62/779324 filed December 13, 2018. All of the above applications are incorporated herein by reference in their entirety.
[02] Настоящее изобретение относится к конъюгатам антитела и лекарственного средства (ADC), содержащим модулятор сплайсинга и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связывают опухолевую антигенную мишень человека. Настоящее изобретение дополнительно относится к способам и композициям, применимым в лечении или диагностике видов рака, которые экспрессируют антиген-мишень и/или поддаются лечению путем нарушения сплайсинга РНК, а также к способам получения таких композиций.[02] The present invention relates to antibody drug conjugates (ADC) containing a splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment that binds a human tumor antigenic target. The present invention further relates to methods and compositions useful in the treatment or diagnosis of cancers that express a target antigen and/or are treatable by disrupting RNA splicing, as well as methods for preparing such compositions.
[03] Большинство белок-кодирующих генов в геноме человека состоят из нескольких экзонов (кодирующих областей), которые разделены интронами (некодирующими областями). Экспрессия гена приводит к образованию единой матричной РНК-предшественника (pre-mRNA). Интронные последовательности впоследствии удаляются из pre-mRNA за счет процесса, называемого сплайсингом, который приводит к зрелой матричной РНК (mRNA). Путем включения разных комбинаций экзонов альтернативный сплайсинг обусловливает образование мРНК, кодирующих различные изоформы белка. [03] Most protein-coding genes in the human genome consist of several exons (coding regions) that are separated by introns (non-coding regions). Gene expression leads to the formation of a single messenger RNA precursor (pre-mRNA). The intron sequences are subsequently removed from the pre-mRNA through a process called splicing, which results in mature messenger RNA (mRNA). By including different combinations of exons, alternative splicing causes the formation of mRNAs encoding different protein isoforms.
[04] Сплайсинг РНК катализируется сплайсосомой, динамическим мультибелковым РНК-комплексом, состоящим из пяти малых ядерных РНК (snRNA U1, U2, U4, U5 и U6) и ассоциированных белков. Сплайсосома собирается на pre-mRNA для обеспечения динамического каскада из множественных взаимодействий РНК и белка, что катализирует вырезание интронов и лигирование экзонов (Matera and Wang (2014) Nat Rev Mol Cell Biol. 15(2):108-21). Накапливающие сведения установили связь заболеваний человека с дисрегуляцией сплайсинга РНК, что затрагивает множество генов (Scotti and Swanson (2016) Nat Rev Genet. 17(1):19-32). [04] RNA splicing is catalyzed by the spliceosome, a dynamic multiprotein RNA complex consisting of five small nuclear RNAs (snRNA U1, U2, U4, U5 and U6) and associated proteins. The spliceosome assembles onto pre-mRNA to provide a dynamic cascade of multiple RNA-protein interactions that catalyze intron excision and exon ligation (Matera and Wang (2014) Nat Rev Mol Cell Biol. 15(2):108-21). Accumulating evidence has linked human diseases to RNA splicing dysregulation that affects multiple genes (Scotti and Swanson (2016) Nat Rev Genet. 17(1):19-32).
[05] Сплайсосома представляет собой важную мишень в онкобиологии. В настоящее время несколько исследований документально подтвердили значительные изменения в профиле сплайсинга у раковых клеток, а также в факторах сплайсинга самих по себе (Agrawal et al. (2018) Curr Opin Genet Dev. 48:67-74). Альтернативный сплайсинг может приводить к дифференциальному включению/исключению экзонов, сохранению интрона или использованию криптических сайтов сплайсинга (Seiler et al. (2018) Cell Rep. 23(1):282-296). В совокупности эти события лежат в основе функциональных изменений, которые могут вносить вклад в онкогенез или устойчивость к терапии (Siegfried and Karni (2018) Curr Opin Genet Dev. 48:16-21). [05] The spliceosome is an important target in oncobiology. Several studies have now documented significant changes in the splicing profile of cancer cells, as well as in the splicing factors themselves (Agrawal et al. (2018) Curr Opin Genet Dev. 48:67-74). Alternative splicing can result in differential exon inclusion/exclusion, intron retention, or the use of cryptic splicing sites (Seiler et al. (2018) Cell Rep. 23(1):282-296). Collectively, these events underlie functional changes that may contribute to tumorigenesis or therapy resistance (Siegfried and Karni (2018) Curr Opin Genet Dev. 48:16-21).
[06] Определенные природные продукты могут связывать комплекс сплайсосомы SF3b. Эти малые молекулы модулируют сплайсинг путем содействия сохранению интрона и/или пропуску экзона (Teng et al. (2017) Nat Commun. 8:15522). Значительная часть полученных транскриптов содержит преждевременные стоп-кодоны, запускающие нонсенс-опосредованное разложение mRNA (NMD). Кроме того, поскольку канонический сплайсинг нарушен, количество канонических транскриптов значительно снижено, что может отрицательно воздействовать на функцию и жизнеспособность клетки. В связи с этим модуляторы сплайсинга становятся перспективным классом лекарственных средств для лечения рака (Puthenveetil et al (2016) Bioconjugate Chem. 27:1880-8). [06] Certain natural products can bind the SF3b spliceosome complex. These small molecules modulate splicing by promoting intron retention and/or exon skipping (Teng et al. (2017) Nat Commun. 8:15522). A significant proportion of the resulting transcripts contain premature stop codons that trigger nonsense-mediated mRNA degradation (NMD). In addition, since canonical splicing is disrupted, the number of canonical transcripts is greatly reduced, which can adversely affect cell function and viability. In this regard, splicing modulators are becoming a promising class of drugs for the treatment of cancer (Puthenveetil et al (2016) Bioconjugate Chem. 27:1880-8).
[07] Протоонкогенный рецептор-2 эпидермального фактора роста человека (HER2) кодирует трансмембранный тирозинкиназный рецептор, который входит в семейство рецепторов эпидермального фактора роста человека (EGFR) (King et al. (1985) Science 229:974-6). Сверхэкспрессия HER2 обеспечивает конститутивную активацию сигнальных путей фактора роста, таких как путь PI3K-AKT-mTOR, и тем самым выступает в качестве онкогенного фактора при нескольких типах рака, включая примерно 20% инвазивных карцином молочной железы (Slamon et al. (1989) Science 244:707-12; Gajria and Chandarlapaty (2011) Expert Rev Anticancer Ther. 11:263-75). С учетом того, что амплификация HER2 опосредует трансформированный фенотип, и поскольку экспрессия HER2 ограничена по большей части злокачественными клетками, HER2 представляет собой перспективный антиген для целенаправленного воздействия на определенные виды рака и/или доставки новых средств лечения рака (Parakh et al. (2017) Cancer Treat Rev. 59:1-21). Дополнительные антигены для целенаправленной доставки видов противораковой терапии включают без ограничения CD138 (также называемый синдекан-1) и рецептор 2 эфрина типа-A (EPHA2). [07] Human epidermal growth factor proto-oncogenic receptor-2 ( HER2 ) encodes a transmembrane tyrosine kinase receptor that is part of the human epidermal growth factor receptor (EGFR) family (King et al. (1985) Science 229:974-6). HER2 overexpression mediates constitutive activation of growth factor signaling pathways, such as the PI3K-AKT-mTOR pathway, and thus acts as an oncogenic factor in several types of cancer, including approximately 20% of invasive breast carcinomas (Slamon et al. (1989) Science 244 :707-12; Gajria and Chandarlapaty (2011) Expert Rev Anticancer Ther. 11:263-75). Given that HER2 amplification mediates a transformed phenotype, and since HER2 expression is restricted largely to malignant cells, HER2 is a promising antigen for targeting certain cancers and/or delivering novel cancer therapies (Parakh et al. (2017) Cancer Treat Rev. 59:1-21). Additional antigens for targeted delivery of cancer therapies include, but are not limited to, CD138 (also referred to as syndecan-1) and ephrin type-A receptor 2 (EPHA2).
[08] CD138 представляет собой гепарансульфатный протеогликан клеточной поверхности, которые является необходимым для поддержания морфологии клетки и ее взаимодействия с близлежащим микроокружением (Akl et al. (2015) Oncotarget 6(30):28693-715; Szatmári et al. (2015) Dis Markers 2015:796052). В целом, утрата экспрессии CD138 в клетках карциномы снижает адгезию клеток к внеклеточному матриксу и увеличивает подвижность клеток и инвазию (Teng et al. (2012) Matrix Biol. 31:3-16). Повышение экспрессии CD138 в строме также изменяет выработку фибронектина и организацию внеклеточного матрикса (Yang et al. (2011) Am J Pathol. 178:325-35). Дополнительно, повышение экспрессии CD138 в фибробластах стромы ассоциировано с ангиогенезом и прогрессированием рака (Maeda et al. (2006) Oncogene 25:1408-12). Экспрессия CD138 повышается во время развития B-клеток и его присутствие является характерным признаком плазматических клеток (Ribatti (2017) Immunol Lett. 188:64-7). Экспрессия CD138 сохраняется при множественной миеломе, злокачественном новообразовании из плазматических клеток. Следовательно, CD138 представляет собой привлекательный антиген для целенаправленного лечения нескольких видов рака и других гематологических злокачественных новообразований (Sherbenou et al. (2015) Blood Rev. 29(2):81-91; Wijdenes et al. (1996) Br J Haematol. 94(2):318-23).[08] CD138 is a cell surface heparan sulfate proteoglycan that is essential for maintaining cell morphology and its interaction with the surrounding microenvironment (Akl et al. (2015) Oncotarget 6(30):28693-715; Szatmári et al. (2015) Dis Markers 2015:796052). In general, loss of CD138 expression in carcinoma cells reduces cell adhesion to the extracellular matrix and increases cell motility and invasion (Teng et al. (2012) Matrix Biol. 31:3-16). Upregulation of CD138 expression in the stroma also alters fibronectin production and extracellular matrix organization (Yang et al. (2011) Am J Pathol. 178:325-35). Additionally, increased expression of CD138 in stromal fibroblasts has been associated with angiogenesis and cancer progression (Maeda et al. (2006) Oncogene 25:1408-12). CD138 expression is upregulated during B cell development and its presence is a hallmark of plasma cells (Ribatti (2017) Immunol Lett. 188:64-7). Expression of CD138 is conserved in multiple myeloma, a malignant neoplasm of plasma cells. Therefore, CD138 is an attractive antigen for the targeted treatment of several cancers and other hematological malignancies (Sherbenou et al. (2015) Blood Rev. 29(2):81-91; Wijdenes et al. (1996) Br J Haematol. 94 (2):318-23).
[09] EPHA2 представляет собой трансмембранный гликопротеин, который широко сверхэкспрессируется на нескольких линиях клеток, происходящих из злокачественного рака, и на поздних формах рака (Wykosky and Debinski (2008) Mol Cancer Ref. 6(12):1795-1806). Например, EPHA2 сильно сверхэкспрессирован на примерно 61% опухолях пациентов с GBM (Wykosky et al. (2008) Clin Cancer Res. 14:199-208), 76% раковых опухолях яичника (Thaker et al. (2004) Clin Cancer Res. 10:5145-50) и 85% аденокарциномах предстательной железы (Zeng et al. (2003) Am J Pathol. 163:2271-6). Белок EPHA2 сверхэкспрессируется в высокой степени, если говорить о проценте опухолей пациентов и проценте клеток в пределах опухоли, и он представляет собой рецептор, локализованный в плазматической мембране, который может подвергаться интернализации при связывании с лигандом (Walker-Daniels et al. (2002) Mol Cancer Res. 1:79-87). Более того, экспрессия EPHA2 ассоциирована с неблагоприятным прогнозом, увеличением метастазирования и уменьшением выживания. Таким образом, вследствие его паттерна экспрессии, локализации и функциональной важности при определении исхода у пациентов с раком EPHA2 представляет собой другой привлекательный антиген для целенаправленной доставки новых видов противораковой терапии.[09] EPHA2 is a transmembrane glycoprotein that is widely overexpressed in several cancer-derived cell lines and advanced cancers (Wykosky and Debinski (2008) Mol Cancer Ref. 6(12):1795-1806). For example, EPHA2 is highly overexpressed in approximately 61% of GBM patient tumors (Wykosky et al. (2008) Clin Cancer Res. 14:199-208), 76% of ovarian cancers (Thaker et al. (2004) Clin Cancer Res. 10 :5145-50) and 85% of prostate adenocarcinomas (Zeng et al. (2003) Am J Pathol. 163:2271-6). The EPHA2 protein is highly overexpressed in terms of the percentage of patient tumors and the percentage of cells within the tumor, and is a plasma membrane localized receptor that can be internalized when bound to a ligand (Walker-Daniels et al. (2002) Mol Cancer Res. 1:79-87). Moreover, EPHA2 expression is associated with poor prognosis, increased metastasis, and decreased survival. Thus, due to its expression pattern, localization, and functional importance in determining outcome in patients with cancer, EPHA2 represents another attractive antigen for targeted delivery of novel cancer therapies.
[10] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения, помимо прочего, представлены новые соединения с биологической активностью против неопластических клеток. Соединения могут замедлять, подавлять и/или обращать опухолевый рост у млекопитающих и могут быть применимы для лечения пациентов-людей с раком. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлены новые конъюгаты антитела и лекарственного средства, использующие новые соединения или другие функциональные молекулы ингибиторы сплайсинга.[10] In various embodiments, implementation of the present invention, among other things, presents new compounds with biological activity against neoplastic cells. The compounds may slow, inhibit and/or reverse tumor growth in mammals and may be useful in the treatment of human patients with cancer. In various embodiments, the present invention provides novel antibody-drug conjugates using novel compounds or other functional splicing inhibitor molecules.
[11] В различных вариантах осуществления настоящее изобретение, более конкретно, относится соединениям, представляющим собой конъюгат антитела и лекарственного средства (ADC), которые способны к связыванию и уничтожению неопластических клеток. В различных вариантах осуществления соединения ADC, раскрытые в данном документе, содержат линкер, который прикрепляет модулятор сплайсинга к полноразмерному антителу или антигенсвязывающему фрагменту. В различных вариантах осуществления соединения ADC также способны к интернализации в клетку-мишень после связывания.[11] In various embodiments, the present invention more specifically relates to antibody drug conjugate (ADC) compounds that are capable of binding to and killing neoplastic cells. In various embodiments, the ADC compounds disclosed herein contain a linker that attaches the splicing modulator to a full-length antibody or antigen-binding fragment. In various embodiments, the ADC compounds are also capable of internalizing into the target cell after binding.
[12] В различных вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [12] In various embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку или другую связанную с опухолью мишень;where Ab is an antibody or an antigen-binding fragment thereof that specifically targets a neoplastic cell or other tumor-associated target;
D представляет собой модулятор сплайсинга; D is a splicing modulator;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[13] В различных вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [13] In various embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;where Ab is an antibody or antigen-binding fragment that specifically affects the neoplastic cell;
D представляет собой модулятор сплайсинга формулы (II):D is a splicing modulator of formula (II):
(II), (II)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп и -NR15R16;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups and -NR 15 R 16 ;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17;each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
Z выбран из , , , и ;Z is selected from , , , And ;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups,
групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups groups,
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород;where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen;
и где L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и and where L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[14] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны к интернализации в клетку-мишень. В некоторых вариантах осуществления линкер ковалентно прикрепляется к модулятору сплайсинга формулы (II) ("L-D"), и L-D имеют структуру формулы (II-A):[14] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is capable of internalization into the target cell. In some embodiments, the linker is covalently attached to a splicing modulator of formula (II) ("L-D") and L-D has the structure of formula (II-A):
(II-A), (II-A),
или ее фармацевтически приемлемой соли,or a pharmaceutically acceptable salt thereof,
где Z' выбран из , , , и ; иwhere Z' is selected from , , , And ; And
где все остальные переменные являются такими, как определено для формулы (II).where all other variables are as defined for formula (II).
[15] В различных других вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [15] In various other embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;where Ab is an antibody or antigen-binding fragment that specifically affects the neoplastic cell;
D представляет собой модулятор сплайсинга формулы (IV):D is a splicing modulator of formula (IV):
(IV), (IV)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп и -NR15R16;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups and -NR 15 R 16 ;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups,
групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups groups,
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород;where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen;
и где L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и and where L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[16] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны к интернализации в клетку-мишень. В некоторых вариантах осуществления линкер ковалентно прикрепляется к модулятору сплайсинга ("L-D"), и L-D имеет структуру формулы (IV-A):[16] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is capable of internalization into the target cell. In some embodiments, the linker is covalently attached to a splicing modulator ("L-D") and L-D has the structure of formula (IV-A):
(IV-A), (IV-A),
или ее фармацевтически приемлемой соли.or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
[17] В различных других вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [17] In various other embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;where Ab is an antibody or antigen-binding fragment that specifically affects the neoplastic cell;
D представляет собой модулятор сплайсинга формулы (VI):D is a splicing modulator of formula (VI):
(VI), (VI)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
каждый из R1 и R9 независимо выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;each of R 1 and R 9 is independently selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups ;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
R10 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, групп -C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, -C(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and
-C(=O)-O-R17;-C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10;a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9, R10, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 9 , R 10 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from atoms halogen, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O- (C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 - C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где оба R1 и R9 не могут отсутствовать;where both R 1 and R 9 cannot be absent;
и где L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и and where L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[18] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны к интернализации в клетку-мишень. В некоторых вариантах осуществления линкер ковалентно прикрепляется к модулятору сплайсинга ("L-D"), и L-D имеют структуру формулы (VI-A):[18] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is capable of internalization into the target cell. In some embodiments, the linker is covalently attached to a splicing modulator ("L-D") and the L-D has the structure of formula (VI-A):
(VI-A), (VI-A),
или ее фармацевтически приемлемой соли.or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
[19] В различных других вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [19] In various other embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;where Ab is an antibody or antigen-binding fragment that specifically affects the neoplastic cell;
D представляет собой модулятор сплайсинга формулы (VIII):D is a splicing modulator of formula (VIII):
(VIII), (VIII)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; иR 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, and C 1 -C 6 alkyl groups; And
R10 выбран из 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-3 Ra, где каждый Ra независимо выбран из атомов галогена, C1-C6алкильных групп, -O-(C1-C6)алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкилгидроксигрупп, -S(=O)w-(4-7-членные гетероциклы), 4-7-членных карбоциклов и 4-7-членных гетероциклов;R 10 is selected from 3-10 membered carbocycles and 3-10 membered heterocycles, each of which is substituted with 0-3 R a , where each R a is independently selected from halogen atoms, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-( C 1 -C 6 )alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, -S(=O) w -(4-7-membered heterocycles), 4-7-membered carbocycles and 4-7 -membered heterocycles;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R3, R4, R10, R15, R16 и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иwhere each of R 1 , R 3 , R 4 , R 10 , R 15 , R 16 and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O -(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups ,
-(C=O)-(C1-C6алкил)-(C3-C10гетероциклильных групп), групп -S(=O)w-(C3-C8гетероциклил) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, каждая из которых замещена 0, 1 или 2 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16 и C1-C3алкильных групп; и-(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(C 3 -C 10 heterocyclyl groups), -S(=O) w -(C 3 -C 8 heterocyclyl) groups and C 1 -C 6 groups alkylcarboxylic acids each substituted with 0, 1 or 2 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 and C 1 -C 3 alkyl groups; And
w составляет 0, 1 или 2;w is 0, 1 or 2;
и где L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и and where L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[20] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны к интернализации в клетку-мишень. В некоторых вариантах осуществления линкер ковалентно прикрепляется к модулятору сплайсинга ("L-D"), и L-D имеют структуру формулы (VIII-A):[20] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is capable of internalization into the target cell. In some embodiments, the linker is covalently attached to a splicing modulator ("L-D") and the L-D has the structure of formula (VIII-A):
(VIII-A), (VIII-A),
или ее фармацевтически приемлемой соли.or a pharmaceutically acceptable salt thereof.
[21] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает модулятор комплекса SF3b. [21] In some embodiments, the splicing modulator includes an SF3b complex modulator.
В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает пладиенолид или производное пладиенолида. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает пладиенолид D или производное пладиенолида D. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают D2, D1, D4, D8, D10, D11 (E7107), D20, D21, D22, D12, или D25. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают D2. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают D1. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают D4. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают D12.In some embodiments, the splicing modulator comprises a pladienolide or a pladienolide derivative. In some embodiments, the splicing modulator provides for pladienolide D or a pladienolide D derivative. In some embodiments, pladienolide D or a derivative provides for D2, D1, D4, D8, D10, D11 (E7107), D20, D21, D22, D12, or D25. In some embodiments, the pladienolide D or derivative provides for D2. In some embodiments, the pladienolide D or derivative provides for D1. In some embodiments, the pladienolide D or derivative provides for D4. In some embodiments, the pladienolide D or derivative provides for D12.
[22] В некоторых вариантах осуществления пладиенолид D или производное предусматривают цвиттер-ионный пладиенолид D или его производное. В некоторых вариантах осуществления цвиттер-ионный пладиенолид D или производное предусматривают D22 или D25. [22] In some embodiments, pladienolide D or a derivative provides for a zwitterionic pladienolide D or derivative thereof. In some embodiments, the zwitterionic pladienolide D or derivative provides D22 or D25.
[23] В некоторых других вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает пладиенолид B или производное пладиенолида B. В некоторых вариантах осуществления пладиенолид B или производное предусматривают D9, D18, D19 или D13.[23] In some other embodiments, the splicing modulator provides for pladienolide B or a pladienolide B derivative. In some embodiments, pladienolide B or a derivative provides for D9, D18, D19, or D13.
В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает арильный пладиенолид. В некоторых вариантах осуществления арильный пладиенолид предусматривает D15, D14, D16, D17, D26 или D33. В некоторых вариантах осуществления арильный пладиенолид предусматривает D15. В некоторых вариантах осуществления арильный пладиенолид представляет собой цвиттер-ионный арильный пладиенолид. В некоторых вариантах осуществления цвиттер-ионный арильный пладиенолид предусматривает D33.In some embodiments, the splicing modulator comprises an aryl pladienolide. In some embodiments, the implementation of the aryl pladienolide provides D15, D14, D16, D17, D26 or D33. In some embodiments, the implementation of the aryl pladienolide provides D15. In some embodiments, the aryl pladienolide is a zwitterionic aryl pladienolide. In some embodiments, the zwitterionic aryl pladienolide provides for D33.
[24] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D1:[24] In some embodiments, the splicing modulator provides D1:
(D1). (D1).
[25] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D2:[25] In some embodiments, the splicing modulator provides D2:
(D2). (D2).
[26] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D3:[26] In some embodiments, the splicing modulator provides D3:
(D3). (D3).
[27] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4:[27] In some embodiments, the splicing modulator provides D4:
(D4). (D4).
[28] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4':[28] In some embodiments, the splicing modulator provides D4':
(D4'). (D4').
[29] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D5:[29] In some embodiments, the splicing modulator provides D5:
(D5). (D5).
[30] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D6:[30] In some embodiments, the splicing modulator provides D6:
(D6). (D6).
[31] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D7:[31] In some embodiments, the splicing modulator provides D7:
(D7). (D7).
[32] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D8:[32] In some embodiments, the splicing modulator provides D8:
(D8). (D8).
[33] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D9:[33] In some embodiments, the splicing modulator provides D9:
(D9). (D9).
[34] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D10:[34] In some embodiments, the splicing modulator provides D10:
(D10). (D10).
[35] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D11:[35] In some embodiments, the splicing modulator provides D11:
(D11). (D11).
[36] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D12:[36] In some embodiments, the splicing modulator provides D12:
(D12). (D12).
[37] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D13:[37] In some embodiments, the splicing modulator provides D13:
(D13). (D13).
[38] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D14:[38] In some embodiments, the splicing modulator provides D14:
(D14). (D14).
[39] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D15:[39] In some embodiments, the splicing modulator provides D15:
(D15). (D15).
[40] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D16:[40] In some embodiments, the splicing modulator provides D16:
(D16). (D16).
[41] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D17:[41] In some embodiments, the splicing modulator provides D17:
(D17). (D17).
[42] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D18:[42] In some embodiments, the splicing modulator provides D18:
(D18). (D18).
[43] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D19:[43] In some embodiments, the splicing modulator provides D19:
(D19). (D19).
[44] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D20:[44] In some embodiments, the splicing modulator provides D20:
(D20). (D20).
[45] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D21:[45] In some embodiments, the splicing modulator provides D21:
(D21). (D21).
[46] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D22:[46] In some embodiments, the splicing modulator provides D22:
(D22). (D22).
[47] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D23:[47] In some embodiments, the splicing modulator provides D23:
(D23). (D23).
[48] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D24:[48] In some embodiments, the splicing modulator provides D24:
(D24). (D24).
[49] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D25:[49] In some embodiments, the splicing modulator provides D25:
(D25). (D25).
[50] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D26:[50] In some embodiments, the splicing modulator provides D26:
(D26). (D26).
[51] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D27:[51] In some embodiments, the splicing modulator provides D27:
(D27). (D27).
[52] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D28:[52] In some embodiments, the splicing modulator provides D28:
(D28). (D28).
[53] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D29:[53] In some embodiments, the splicing modulator provides D29:
(D29). (D29).
[54] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D30:[54] In some embodiments, the splicing modulator provides D30:
(D30). (D30).
[55] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D31:[55] In some embodiments, the splicing modulator provides D31:
(D31). (D31).
[56] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D32:[56] In some embodiments, the splicing modulator provides D32:
(D32). (D32).
[57] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D33:[57] In some embodiments, the splicing modulator provides D33:
(D33). (D33).
[58] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D34:[58] In some embodiments, the splicing modulator provides D34:
(D34). (D34).
[59] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D35:[59] In some embodiments, the splicing modulator provides D35:
(D35). (D35).
[60] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает один из фрагментов-лекарственных средств, перечисленных в таблице 7. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D1, D2, D3, D4, D4', D5, D6, D7, D8, D9, D10, D11, D12, D13, D14, D15, D16, D17, D18, D19, D20, D21, D22, D23, D24, D25, D26, D27, D28, D29, D30, D31, D32, D33, D34, и/или D35.[60] In some embodiments, the splicing modulator provides one of the drug fragments listed in Table 7. In some embodiments, the splicing modulator provides D1, D2, D3, D4, D4', D5, D6, D7, D8, D9, D10, D11, D12, D13, D14, D15, D16, D17, D18, D19, D20, D21, D22, D23, D24, D25, D26, D27, D28, D29, D30, D31, D32, D33, D34, and/or D35.
[61] В некоторых вариантах осуществления раскрывается модулятор сплайсинга, а также его применение в качестве терапевтического препарата или в качестве части ADC. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4, D4', D12, D15, D8, D9, D10, D13, D18, D19, D20, D21, D22, D25, или D33.[61] In some embodiments, a splicing modulator is disclosed, as well as its use as a therapeutic drug or as part of an ADC. In some embodiments, the splicing modulator provides D4, D4', D12, D15, D8, D9, D10, D13, D18, D19, D20, D21, D22, D25, or D33.
[62] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4, и линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4, и линкер предусматривает MC-β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D12, и линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D12, и линкер предусматривает MC-β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D15, и линкер предусматривает MC-Val-Ala-pAB. [62] In some embodiments, the splicing modulator provides for D4 and the linker provides for MC-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the splicing modulator provides D4 and the linker provides an MC-β-glucuronide. In some embodiments, the splicing modulator provides D12 and the linker provides MC-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the splicing modulator provides D12 and the linker provides an MC-β-glucuronide. In some embodiments, the splicing modulator provides D15 and the linker provides MC-Val-Ala-pAB.
[63] В различных вариантах осуществления линкер, применяемый в ADC, раскрытом в данном документе, является стабильным за пределами клетки, вследствие чего ADC остается интактным, когда находится во внеклеточных условиях, но способен подвергаться расщеплению после интернализации в клетку, например, опухолевую или раковую клетку. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга отщепляется от антитела или антигенсвязывающего фрагмента, когда ADC проникает в клетку, которая экспрессирует антиген, на который целенаправленно воздействует антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC. В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый линкер. [63] In various embodiments, the linker used in the ADC disclosed herein is stable outside the cell, such that the ADC remains intact when in extracellular conditions, but is capable of being cleaved after internalization into a cell, for example, a tumor or cancer cell. cell. In some embodiments, the splicing modulator is cleaved from the antibody or antigen binding fragment when the ADC enters a cell that expresses the antigen that is targeted by the antibody or antigen binding fragment of the ADC. In some embodiments, the linker is a cleavable linker.
[64] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или линкер предусматривают аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает валин-цитруллин ("Val-Cit" или "VC"). В некоторых других вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает валин-аланин ("Val-Ala" или "VA"). В некоторых других вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает глутаминовую кислоту-валин-цитруллин ("Glu-Val-Cit" или "EVC"). В некоторых других вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает аланин-аланин-аспарагин ("Ala-Ala-Asn" или "AAN").[64] In some embodiments, the implementation of the linker provides a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or linker provides an amino acid unit. In some embodiments, the amino acid unit comprises valine-citrulline ("Val-Cit" or "VC"). In some other embodiments, the amino acid unit comprises valine-alanine ("Val-Ala" or "VA"). In some other embodiments, the amino acid unit comprises glutamic acid-valine-citrulline ("Glu-Val-Cit" or "EVC"). In some other embodiments, the amino acid unit comprises alanine-alanine-asparagine ("Ala-Ala-Asn" or "AAN").
[65] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает расщепляемый глюкуронидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый глюкуронидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый глюкуронидный фрагмент расщепляется под действием глюкуронидазы. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый глюкуронидный фрагмент расщепляется под действием β-глюкуронидазы.[65] In some embodiments, the implementation of the linker provides a cleavable glucuronide fragment. In some embodiments, the cleavable glucuronide moiety is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the cleavable glucuronide moiety is cleaved by a glucuronidase. In some embodiments, the cleavable glucuronide moiety is cleaved by β-glucuronidase.
[66] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере одно спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено или линкер предусматривают полиэтиленгликольный (PEG) фрагмент. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG) m -, и m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых других вариантах осуществления спейсерное звено или линкер предусматривают алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления алкильный фрагмент предусматривает -(CH2) n -, и n составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления n составляет 2. В некоторых вариантах осуществления n составляет 5. В некоторых вариантах осуществления n составляет 6.[66] In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one spacer link. In some embodiments, the spacer or linker comprises a polyethylene glycol (PEG) moiety. In some embodiments, the PEG moiety is -(PEG) m - and m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 2. In some other embodiments, the spacer unit or linker is an alkyl moiety. In some embodiments, the alkyl moiety is -(CH 2 ) n - and n is an integer from 1 to 10. In some embodiments, n is 2. In some embodiments, n is 5. In some embodiments, n is 6.
[67] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено прикрепляется к антителу или антигенсвязывающему фрагменту через малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено реагирует с остатком цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено соединяется с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через остаток цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.[67] In some embodiments, the spacer unit is attached to the antibody or antigen-binding fragment via a maleimide (Mal) fragment ("Mal spacer unit"). In some embodiments, the Mal spacer unit reacts with a cysteine residue on an antibody or antigen binding fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit is connected to the antibody or antigennegative fragment through a cysteine residue on the antibody or antigennegative fragment.
[68] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает PEG-фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC).[68] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit and a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is provided by Val-Cit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is provided by Val-Ala. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is provided by Glu-Val-Cit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is provided by Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the Mal spacer unit provides an alkyl moiety. In some embodiments, the Mal spacer unit provides a PEG fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC).
В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к расщепляемому фрагменту в линкере. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере предусматривает расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit или Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает PEG-фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC).In some embodiments, a Mal spacer unit attaches an antibody or antigen-binding fragment to a cleavable fragment in a linker. In some embodiments, the cleavable fragment in the linker provides a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit, or Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Glu-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the Mal spacer unit provides an alkyl moiety. In some embodiments, the Mal spacer unit provides a PEG fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC).
[69] В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере непосредственно соединяется с модулятором сплайсинга, или спейсерное звено прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления расщепление конъюгата высвобождает модулятор сплайсинга от антитела или антигенсвязывающего фрагмента и линкера. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено, прикрепляющее расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга, является саморасщепляющимся. [69] In some embodiments, the cleavable moiety in the linker is directly coupled to the splicing modulator, or the spacer unit attaches the cleavable moiety in the linker to the splicing modulator. In some embodiments, cleavage of the conjugate releases the splicing modulator from the antibody or antigen-binding fragment and the linker. In some embodiments, the spacer linking the cleavable fragment in the linker to the splicing modulator is self-cleaving.
[70] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено, прикрепляющее расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга, предусматривает п-аминобензилоксикарбонил (pABC). В некоторых вариантах осуществления pABC прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере предусматривает расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit или Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pABC. В некоторых других вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pABC. [70] In some embodiments, the spacer linking the cleavable moiety in the linker to the splicing modulator is p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC). In some embodiments, pABC attaches a cleavable fragment in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the cleavable fragment in the linker provides a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit, or Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pABC. In some other embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pABC.
[71] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено, прикрепляющее расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга, предусматривает п-аминобензил (pAB). В некоторых вариантах осуществления pAB прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере предусматривает расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент или аминокислотное звено предусматривают Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit или Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pAB. В некоторых других вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pAB. В некоторых других вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pAB. В некоторых других вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pAB.[71] In some embodiments, the spacer linking the cleavable fragment in the linker to the splicing modulator comprises p-aminobenzyl (pAB). In some embodiments, the pAB attaches a cleavable fragment in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the cleavable fragment in the linker provides a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment or amino acid unit is Val-Cit, Val-Ala, Glu-Val-Cit, or Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pAB. In some other embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pAB. In some other embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pAB. In some other embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pAB.
[72] В различных вариантах осуществления линкер представляет собой нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга высвобождается из ADC за счет разрушения антитела или антигенсвязывающего фрагмента. В некоторых вариантах осуществления линкер остается ковалентно связанным с по меньшей мере одной аминокислотой антитела и лекарственным средством после интернализации в клетку-мишень и разрушения в ней. [72] In various embodiments, the linker is a non-cleavable linker. In some embodiments, the splicing modulator is released from the ADC by disruption of the antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the linker remains covalently linked to at least one amino acid of the antibody and drug after internalization into and degradation in the target cell.
[73] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой нерасщепляемый линкер, содержащий по меньшей мере одно спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено или линкер предусматривают полиэтиленгликольный (PEG) фрагмент. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG) m -, и m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых других вариантах осуществления спейсерное звено или линкер предусматривают алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления алкильный фрагмент предусматривает -(CH2) n - или -(CH2) n -O-(CH2) n , и n составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления n составляет 2. В некоторых вариантах осуществления n составляет 5. В некоторых вариантах осуществления n составляет 6.[73] In some embodiments, the linker is a non-cleavable linker containing at least one spacer unit. In some embodiments, the spacer or linker comprises a polyethylene glycol (PEG) moiety. In some embodiments, the PEG moiety is -(PEG) m - and m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 2. In some other embodiments, the spacer unit or linker is an alkyl moiety. In some embodiments, the implementation of the alkyl fragment provides -(CH 2 ) n - or -(CH 2 ) n -O-(CH 2 ) n and n is an integer from 1 to 10. In some embodiments, n is 2. In some embodiments , n is 5. In some embodiments, n is 6.
[74] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено в нерасщепляемом линкере прикрепляется антителу или антигенсвязывающему фрагменту через малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено реагирует с остатком цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено соединяется с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через остаток цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает PEG-фрагмент. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают малеимидокапроил (MC) и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают MC-(PEG)2. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают MC-(PEG)2 и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Hex. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Hex и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Et и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер или Mal-спейсерное звено предусматривают Mal-Et-O-Et и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к модулятору сплайсинга.[74] In some embodiments, a spacer unit in a non-cleavable linker is attached to an antibody or antigen-binding fragment via a maleimide (Mal) fragment ("Mal spacer unit"). In some embodiments, the Mal spacer unit reacts with a cysteine residue on an antibody or antigen binding fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit is connected to the antibody or antigennegative fragment through a cysteine residue on the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the Mal spacer unit provides an alkyl moiety. In some embodiments, the Mal spacer unit provides a PEG fragment. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer link provide maleimidocaproyl (MC). In some embodiments, the linker or Mal spacer unit comprises maleimidocaproyl (MC) and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer link provide MC-(PEG) 2 . In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer unit provide MC-(PEG) 2 and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer link provide Mal-Hex. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer unit provide Mal-Hex and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer link provide Mal-Et. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer unit provide Mal-Et and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer link provide Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker or Mal-spacer unit provide Mal-Et-O-Et and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit attaches the antibody or antigennegative fragment to the splicing modulator.
[75] В различных вариантах осуществления соединения ADC могут быть представлены формулой (I): [75] In various embodiments, ADC compounds may be represented by formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку или другую связанную с опухолью мишень, такую как раковый антиген (например, любую из последовательностей антитела или связывающего домена, раскрытых в данном документе); D представляет собой любую малую молекулу, подходящую для лечения рака (например, модулятор сплайсинга, например, любой из модуляторов сплайсинга, раскрытых в данном документе); L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D (например, любой из линкеров, раскрытых в данном документе); и p составляет целое число от 1 до 15.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically targets a neoplastic cell or other tumor-associated target, such as a cancer antigen (eg, any of the antibody or binding domain sequences disclosed herein); D is any small molecule suitable for the treatment of cancer (eg a splicing modulator, eg any of the splicing modulators disclosed herein); L is a linker that covalently attaches Ab to D (eg, any of the linkers disclosed herein); and p is an integer from 1 to 15.
[76] В некоторых вариантах осуществления Ab выбран из любой из последовательностей антитела или связывающего домена, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на HER2 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на CD138 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на EPHA2 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на MSLN и/или неопластическую клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на FOLH1 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на CDH6 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на CEACAM5 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на CFC1B и/или неопластическую клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на ENPP3 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на FOLR1 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на HAVCR1 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на KIT и/или неопластическую клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на MET и/или неопластическую клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на MUC16 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на SLC39A6 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на SLC44A4 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на STEAP1 и/или неопластическую клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой последовательность антитела или связывающего домена, которая целенаправленно воздействует на другой раковый антиген.[76] In some embodiments, the Ab is selected from any of the antibody sequences or binding domain disclosed herein. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets HER2 and/or a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets CD138 and/or a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets EPHA2 and/or a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets the MSLN and/or the MSLN-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets FOLH1 and/or a neoplastic cell expressing FOLH1. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets CDH6 and/or a CDH6-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets CEACAM5 and/or a neoplastic cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets CFC1B and/or a CFC1B-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets ENPP3 and/or a neoplastic cell expressing ENPP3. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets FOLR1 and/or a FOLR1-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets HAVCR1 and/or a neoplastic cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets a KIT and/or a KIT-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets MET and/or a MET-expressing neoplastic cell. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets MUC16 and/or a neoplastic cell expressing MUC16. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets SLC39A6 and/or a neoplastic cell expressing SLC39A6. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets SLC44A4 and/or a neoplastic cell expressing SLC44A4. In some embodiments, Ab is an antibody or binding domain sequence that targets STEAP1 and/or a neoplastic cell expressing STEAP1. In some embodiments, the Ab is an antibody or binding domain sequence that targets another cancer antigen.
[77] В некоторых вариантах осуществления D представляет собой модулятор сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления D выбран из любого из модуляторов сплайсинга, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления D представляет собой модулятор сплайсинга, выбранный из D2, D1, D4, D8, D10, D11 (E7107), D20, D21, D22, D12, D25, D9, D18, D19, D13, D15, D14, D16, D17, D26, и D33 или любого их производного. В некоторых вариантах осуществления D представляет собой модулятор сплайсинга, выбранный из D4, D12, D15, D8, D9, D10, D13, D18, D19, D20, D21, D22, D25, и D33 или любого их производного. В некоторых вариантах осуществления D представляет собой модулятор сплайсинга, предусматривающий D2 или любое его производное. В некоторых вариантах осуществления D представляет собой модулятор сплайсинга, предусматривающий D1 или любое его производное. [77] In some embodiments, D is a splicing modulator. In some embodiments, D is selected from any of the splicing modulators disclosed herein. In some embodiments, D is a splicing modulator selected from D2, D1, D4, D8, D10, D11 (E7107), D20, D21, D22, D12, D25, D9, D18, D19, D13, D15, D14, D16 , D17, D26, and D33 or any derivative thereof. In some embodiments, D is a splicing modulator selected from D4, D12, D15, D8, D9, D10, D13, D18, D19, D20, D21, D22, D25, and D33, or any derivative thereof. In some embodiments, D is a splicing modulator comprising D2 or any derivative thereof. In some embodiments, D is a splicing modulator comprising D1 or any derivative thereof.
[78] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL10, ADL12, ADL13, ADL14, ADL15, ADL21, ADL22, или ADL23. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL2 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL5 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL6 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL7 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL14 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL15 и может необязательно предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В различных вариантах осуществления ADC, описанных в данном документе, p составляет от 1 до 10. В различных вариантах осуществления p составляет от 2 до 8. В различных вариантах осуществления p составляет от 4 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет 4. В некоторых вариантах осуществления p составляет 8.[78] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL10, ADL12, ADL13, ADL14, ADL15, ADL21, ADL22, or ADL23 linker. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL2 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL5 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL6 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL7 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL12 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL14 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL15 linker and may optionally include one or more additional spacer units. In various embodiments of the ADC described herein, p is from 1 to 10. In various embodiments, p is from 2 to 8. In various embodiments, p is from 4 to 8. In some embodiments, p is 4. In some embodiments, p is 8.
[79] В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL6-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D2. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D18. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D19. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL14-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL15-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D20. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL10-D1. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D2. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL15-D2. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D21. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL6-D9. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D4. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D3. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D12. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D7. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D6. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D5. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL22-D4. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D10. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D11. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D13. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D8. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D22. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D25. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D22. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D15. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D14. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D26. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D16. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D17. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D33. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D28. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D31. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D29. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D35. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D32. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL5-D27. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D35. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL12-D28. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D23. В некоторых вариантах осуществления L-D из формулы (I) представляют собой ADL1-D24.[79] In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL6-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) is ADL5-D2. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D18. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D19. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL14-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) is ADL15-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D20. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL10-D1. In some embodiments, L-D of formula (I) is ADL12-D2. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL15-D2. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D21. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL6-D9. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D4. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D3. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D12. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D7. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D6. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D5. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL22-D4. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D10. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D11. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D13. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D8. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D22. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D25. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D22. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D15. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D14. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D26. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D16. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D17. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D33. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D28. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D31. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D29. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D35. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D32. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL5-D27. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D35. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL12-D28. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D23. In some embodiments, L-D of formula (I) are ADL1-D24.
[80] В некоторых вариантах осуществления представлен пул ADC, в котором происходит произвольная конъюгация, и среднее значение p в пуле составляет от приблизительно 2 до приблизительно 8. В некоторых вариантах осуществления представлен пул ADC, в котором происходит произвольная конъюгация, и среднее значение p в пуле составляет от приблизительно 4 до приблизительно 8. В некоторых вариантах осуществления представлен пул ADC, в котором происходит произвольная конъюгация, и среднее значение p в пуле составляет приблизительно 4. В некоторых вариантах осуществления представлен пул ADC, в котором происходит произвольная конъюгация, и среднее значение p в пуле составляет приблизительно 8. В данном документе представлены композиции (например, фармацевтические композиции), содержащие множественные копии любого из описанных ADC, где средняя нагрузка лекарственным средством (среднее значение p) ADC в композиции составляет от приблизительно 3,5 до приблизительно 5,5 (например, приблизительно 4) или от приблизительно 7 до приблизительно 9 (например, приблизительно 8).[80] In some embodiments, an ADC pool is provided in which random conjugation occurs and the average p in the pool is from about 2 to about 8. In some embodiments, an ADC pool is provided in which random conjugation occurs and the average p in pool is from about 4 to about 8. In some embodiments, an ADC pool is represented in which random conjugation occurs and the average p in the pool is approximately 4. In some embodiments, an ADC pool is represented in which random conjugation occurs and the average p in the pool is about 8. This document provides compositions (for example, pharmaceutical compositions) containing multiple copies of any of the ADCs described, where the average drug load (average p ) of the ADC in the composition is from about 3.5 to about 5, 5 (eg, about 4) or from about 7 to about 9 (eg, about 8).
[81] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) из ADC целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, полученную из гематологического злокачественного новообразования или солидной опухоли. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, полученную из гематологического злокачественного новообразования. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза (например, острого миелоидного лейкоза), лимфомы и миеломы (например, множественной миеломы). В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, полученную из солидной опухоли. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы (например, HER2-положительного рака молочной железы), рака желудка (например, аденокарциномы желудка), рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[81] In some embodiments, an antibody or antigen binding fragment (Ab) from an ADC targets a neoplastic cell derived from a hematologic malignancy or solid tumor. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a neoplastic cell derived from a hematologic malignancy. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia (eg, acute myeloid leukemia), lymphoma, and myeloma (eg, multiple myeloma). In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a neoplastic cell derived from a solid tumor. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer (e.g., HER2 positive breast cancer), stomach cancer (e.g., gastric adenocarcinoma), prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer (e.g., lung adenocarcinoma), uterine cancer ( eg, endometrial serous carcinoma), salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer, and esophageal cancer. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
[82] В различных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) из ADC представляют собой антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент связываются с HER2 и целенаправленно воздействуют на неопластические клетки, экспрессирующие HER2 (т. е. ADC целенаправленно воздействует на неопластические клетки, экспрессирующие HER2). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент из ADC представляют собой интернализующееся антитело к HER2 или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. [82] In various embodiments, the antibody or antigen-binding fragment (Ab) from ADC is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment binds to HER2 and targets HER2-expressing neoplastic cells (ie, the ADC targets HER2-expressing neoplastic cells). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment from the ADC is an internalizing anti-HER2 antibody or internalizing antigen-binding fragment thereof.
[83] В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат каркасные последовательности человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа- или лямбда-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий участок конкурируют за связывание и/или связываются с тем же эпитопом, что и антитело, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи под SEQ ID NO:19, и вариабельный домен легкой цепи под SEQ ID NO:20.[83] In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment is an internalizing antibody or an internalizing antigen binding fragment. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises human framework sequences. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa or lambda light chain constant region. In some embodiments, an anti-HER2 antibody or antigen binding site competes for binding and/or binds to the same epitope as an antibody comprising a heavy chain variable domain of SEQ ID NO:19 and a light chain variable domain of SEQ ID NO:20.
[84] В различных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) из ADC представляют собой антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент связываются с CD138 и целенаправленно воздействуют на неопластические клетки, экспрессирующие CD138 (т. е. ADC целенаправленно воздействует на неопластические клетки, экспрессирующие CD138). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент из ADC представляют собой интернализующееся антитело к CD138 или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. [84] In various embodiments, the antibody or antigen-binding fragment (Ab) from ADC is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment binds to CD138 and targets CD138-expressing neoplastic cells (ie, the ADC targets CD138-expressing neoplastic cells). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment from the ADC is an internalized anti-CD138 antibody or internalized antigen-binding fragment thereof.
[85] В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат каркасные последовательности человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа- цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа- или лямбда-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий участок конкурируют за связывание и/или связываются с тем же эпитопом, что и антитело, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи под SEQ ID NO:21, и вариабельный домен легкой цепи под SEQ ID NO:22.[85] In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment is an internalizing antibody or an internalizing antigen binding fragment. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment comprises human framework sequences. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment comprises a human IgG heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen binding fragment comprises a human Ig kappa or lambda light chain constant region. In some embodiments, an anti-CD138 antibody or antigen binding site competes for binding and/or binds to the same epitope as an antibody comprising a heavy chain variable domain of SEQ ID NO:21 and a light chain variable domain of SEQ ID NO:22.
[86] В различных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) из ADC представляют собой антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент связываются с EPHA2 и целенаправленно воздействуют на неопластические клетки, экспрессирующие EPHA2 (т. е. ADC целенаправленно воздействует на неопластические клетки, экспрессирующие EPHA2). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент из ADC представляют собой интернализующееся антитело к EPHA2 или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. [86] In various embodiments, the antibody or antigen-binding fragment (Ab) from ADC is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment binds to EPHA2 and targets EPHA2-expressing neoplastic cells (i.e., the ADC targets EPHA2-expressing neoplastic cells). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment from the ADC is an internalized anti-EPHA2 antibody or internalized antigen-binding fragment thereof.
[87] В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат каркасные последовательности человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа- или лямбда-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий участок конкурируют за связывание и/или связываются с тем же эпитопом, что и антитело, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи под SEQ ID NO:23, и вариабельный домен легкой цепи под SEQ ID NO:24.[87] In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen binding fragment is an internalizing antibody or an internalizing antigen binding fragment. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment comprises human framework sequences. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa or lambda light chain constant region. In some embodiments, an anti-EPHA2 antibody or antigen binding site competes for binding and/or binds to the same epitope as an antibody comprising a heavy chain variable domain of SEQ ID NO:23 and a light chain variable domain of SEQ ID NO:24.
[88] В различных вариантах осуществления в данном документе также представлены соединения, содержащие линкер-лекарственное средство, определяемые общей формулой: L-D, где L=линкерный фрагмент, и D=фрагмент-лекарственное средство (например, фрагмент-лекарственное средство, представляющее собой модулятор сплайсинга). В различных вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, могут прикрепляться к антителу или антигенсвязывающему фрагменту и/или являются подходящими для применения в ADC, раскрытых в данном документе, например, в ADC формулы (I). [88] In various embodiments, this document also provides compounds containing a linker-drug, defined by the General formula: L-D, where L=linker fragment, and D=drug fragment (for example, a drug fragment that is a modulator splicing). In various embodiments, the linker-drug (L-D) compounds disclosed herein can be attached to an antibody or antigen-binding fragment and/or are suitable for use in the ADCs disclosed herein, e.g., in the ADCs of formula (I ).
[89] В различных вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (III). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (III): [89] In various embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (III). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (III):
(III), (III)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and
-C(=O)-O-R17;-C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
Z'' выбран из , , , и ;Z'' selected from , , , And ;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups , benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и, если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует.where, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent.
[90] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (V). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (V): [90] In various other embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (V). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (V):
(V), (V)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups , benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и, если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует.where, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent.
[91] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (VII). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (VII): [91] In various other embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (VII). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (VII):
(VII), (VII)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
каждый из R1 и R9 независимо отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;each of R 1 and R 9 is independently absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
R10 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, групп -C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, -C(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and
-C(=O)-O-R17;-C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10;a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9, R10, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 9 , R 10 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups, independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkyl hydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen;
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует; иwhere, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent; And
где оба R1 и R9 не могут отсутствовать.where both R 1 and R 9 cannot be absent.
[92] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (IX). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (IX): [92] In various other embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (IX). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (IX):
(IX), (IX)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 представляет собой линкер;R 2 is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
R10 выбран из 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-3 Ra, где каждый Ra независимо выбран из атомов галогена, C1-C6алкильных групп, -O-(C1-C6)алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкилгидроксигрупп, -S(=O)w-(4-7-членные гетероциклы), 4-7-членных карбоциклов и 4-7-членных гетероциклов;R 10 is selected from 3-10 membered carbocycles and 3-10 membered heterocycles, each of which is substituted with 0-3 R a , where each R a is independently selected from halogen atoms, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-( C 1 -C 6 )alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, -S(=O) w -(4-7-membered heterocycles), 4-7-membered carbocycles and 4-7 -membered heterocycles;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R10, R15, R16 и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иwhere each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 10 , R 15 , R 16 and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups groups; And
где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(C3-C10гетероциклил) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, каждая из которых замещена 0, 1 или 2 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16 и C1-C3алкильных групп; иwhere each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups , groups -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(C 3 -C 10 heterocyclyl) and groups C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid, each of which is substituted with 0, 1 or 2 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 and C 1 -C 3 alkyl groups; And
w составляет 0, 1 или 2.w is 0, 1, or 2.
[93] Также, в различных вариантах осуществления в данном документе представлены пути терапевтического применения описанных соединений ADC и композиций на их основе, например, при лечении неопластического нарушения, например рака. В определенных аспектах настоящего изобретения представлены способы лечения неопластического нарушения, например рака, который экспрессирует антиген, на который целенаправленно воздействует антитело или антигенсвязывающий фрагмент из ADC, такой как HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, или STEAP1. [93] Also, in various embodiments, this document provides ways of therapeutic use of the described ADC compounds and compositions based on them, for example, in the treatment of neoplastic disorders, such as cancer. In certain aspects, the present invention provides methods for treating a neoplastic disorder, such as cancer, that expresses an antigen that is targeted by an antibody or antigen-binding fragment from an ADC, such as HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1 , HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, or STEAP1.
[94] В определенных аспектах настоящего изобретения представлены способы лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, путем введения субъекту терапевтически эффективного количества любого из описанных ADC или композиций на их основе и/или применения соответствующей схемы лечения. В некоторых вариантах осуществления неопластическое нарушение представляет собой гематологическое злокачественное новообразование или солидную опухоль. В некоторых вариантах осуществления неопластическое нарушение представляет собой гематологическое злокачественное новообразование. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза, лимфомы и миеломы. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления неопластическое нарушение представляет собой солидную опухоль. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы (например, HER2-положительного рака молочной железы), рака желудка (например, аденокарциномы желудка), рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[94] In certain aspects, the present invention provides methods for treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject a therapeutically effective amount of any of the described ADCs or compositions thereof and/or administering an appropriate treatment regimen. In some embodiments, the neoplastic disorder is a hematologic malignancy or a solid tumor. In some embodiments, the neoplastic disorder is a hematologic malignancy. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia, lymphoma, and myeloma. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the neoplastic disorder is a solid tumor. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer (e.g., HER2 positive breast cancer), stomach cancer (e.g., gastric adenocarcinoma), prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer (e.g., lung adenocarcinoma), uterine cancer ( eg, endometrial serous carcinoma), salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer, and esophageal cancer. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
[95] В некоторых вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение неопластических клеток, которые не экспрессируют антиген-мишень, но являются смежными с неопластическими клетками, которые экспрессируют антиген-мишень. В некоторых вариантах осуществления у субъекта имеется одна или несколько неопластических клеток, которые экспрессируют антиген-мишень. [95] In some embodiments, treatment with the antibody-drug conjugate or composition induces non-specific killing of neoplastic cells that do not express the target antigen but are adjacent to neoplastic cells that express the target antigen. In some embodiments, the subject has one or more neoplastic cells that express the target antigen.
[96] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HER2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака яичника, рака желудка, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), остеосаркомы или карциномы слюнных протоков, экспрессирующих HER2. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к HER2 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[96] In some embodiments, the target antigen is HER2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, ovarian cancer, gastric cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma), osteosarcoma or salivary duct carcinomas expressing HER2. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-HER2 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[97] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CD138. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из множественной миеломы, экспрессирующей CD138. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к CD138 при введении его по отдельности и/или (b) модулятору сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[97] In some embodiments, the target antigen is CD138. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from multiple myeloma expressing CD138. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-CD138 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[98] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой EPHA2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, меланомы, рака толстой кишки или рака пищевода, экспрессирующих EPHA2. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к EPHA2 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[98] In some embodiments, the target antigen is EPHA2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, melanoma, colon cancer, or esophageal cancer expressing EPHA2. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-EPHA2 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[99] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MSLN. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки, рак поджелудочной железы или рака легкого (например, аденокарциномы легкого), экспрессирующих MSLN. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к MSLN при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[99] In some embodiments, the target antigen is MSLN. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, or lung cancer (eg, lung adenocarcinoma) expressing MSLN. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-MSLN antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[100] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLH1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего FOLH1. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к FOLH1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[100] In some embodiments, the target antigen is FOLH1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLH1-expressing prostate cancer. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-FOLH1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[101] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CDH6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего CDH6. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к CDH6 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[101] In some embodiments, the target antigen is CDH6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing CDH6. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-CDH6 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[102] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из колоректального рака, экспрессирующего CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к CEACAM5 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[102] In some embodiments, the target antigen is CEACAM5. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from colorectal cancer expressing CEACAM5. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-CEACAM5 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[103] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CFC1B. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака поджелудочной железы, экспрессирующего CFC1B. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к CFC1B при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[103] In some embodiments, the target antigen is CFC1B. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from pancreatic cancer expressing CFC1B. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-CFC1B antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[104] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой ENPP3. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего ENPP3. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к ENPP3 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[104] In some embodiments, the target antigen is ENPP3. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing ENPP3. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-ENPP3 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[105] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, экспрессирующего FOLR1. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к FOLR1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[105] In some embodiments, the target antigen is FOLR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLR1-expressing ovarian cancer. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-FOLR1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[106] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к HAVCR1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[106] In some embodiments, the target antigen is HAVCR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing HAVCR1. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-HAVCR1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[107] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой KIT. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего KIT. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к KIT при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[107] In some embodiments, the target antigen is a KIT. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing KIT. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-KIT antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[108] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MET. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих MET. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к MET при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[108] In some embodiments, the target antigen is MET. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing MET. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-MET antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[109] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MUC16. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки или рака молочной железы, экспрессирующих MUC16. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к MUC16 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[109] In some embodiments, the target antigen is MUC16. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, or breast cancer expressing MUC16. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-MUC16 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[110] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы или рака предстательной железы, экспрессирующих SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к SLC39A6 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[110] In some embodiments, the target antigen is SLC39A6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer or prostate cancer expressing SLC39A6. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-SLC39A6 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[111] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к SLC44A4 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[111] In some embodiments, the target antigen is SLC44A4. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing SLC44A4. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-SLC44A4 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[112] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой STEAP1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего STEAP1. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью (a) антитела к STEAP1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к лечению с помощью модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[112] In some embodiments, the target antigen is STEAP1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing STEAP1. In some embodiments, the subject is unresponsive or insufficiently responsive to treatment with (a) an anti-STEAP1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or insufficiently responsive to treatment with a splicing modulator when administered alone.
[113] В других определенных аспектах настоящего изобретения представлены способы снижения или подавления роста опухоли у субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, путем введения субъекту терапевтически эффективного количества любого из описанных ADC или композиций на их основе и/или применения соответствующей схемы лечения. [113] In certain other aspects of the present invention, methods are provided for reducing or inhibiting tumor growth in a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject a therapeutically effective amount of any of the described ADCs or compositions thereof and/or administering an appropriate treatment regimens.
[114] В некоторых вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение неопластических опухолевых клеток, которые не экспрессируют антиген-мишень, но являются смежными с неопластическими клетками, которые экспрессируют антиген-мишень. В некоторых вариантах осуществления опухоль содержит одну или несколько неопластических клеток, которые экспрессируют антиген-мишень. [114] In some embodiments, treatment with the antibody drug conjugate or composition induces non-specific killing of neoplastic tumor cells that do not express the target antigen but are adjacent to neoplastic cells that express the target antigen. In some embodiments, the tumor contains one or more neoplastic cells that express the target antigen.
[115] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HER2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака яичника, рака желудка, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), остеосаркомы или карциномы слюнных протоков, экспрессирующих HER2. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к HER2 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[115] In some embodiments, the target antigen is HER2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, ovarian cancer, gastric cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma), osteosarcoma or salivary duct carcinomas expressing HER2. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-HER2 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[116] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CD138. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из множественной миеломы, экспрессирующей CD138. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к CD138 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[116] In some embodiments, the target antigen is CD138. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from multiple myeloma expressing CD138. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-CD138 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[117] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой EPHA2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, меланомы, рака толстой кишки или рака пищевода, экспрессирующих EPHA2. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к EPHA2 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[117] In some embodiments, the target antigen is EPHA2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, melanoma, colon cancer, or esophageal cancer expressing EPHA2. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-EPHA2 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[118] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MSLN. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки, рак поджелудочной железы или рака легкого (например, аденокарциномы легкого), экспрессирующих MSLN. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к MSLN при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[118] In some embodiments, the target antigen is MSLN. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, or lung cancer (eg, lung adenocarcinoma) expressing MSLN. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-MSLN antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[119] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLH1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего FOLH1. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к FOLH1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [119] In some embodiments, the target antigen is FOLH1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLH1-expressing prostate cancer. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-FOLH1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[120] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CDH6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего CDH6. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к CDH6 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [120] In some embodiments, the target antigen is CDH6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing CDH6. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-CDH6 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[121] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из колоректального рака, экспрессирующего CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к CEACAM5 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [121] In some embodiments, the target antigen is CEACAM5. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from colorectal cancer expressing CEACAM5. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-CEACAM5 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[122] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CFC1B. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака поджелудочной железы, экспрессирующего CFC1B. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к CFC1B при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [122] In some embodiments, the target antigen is CFC1B. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from pancreatic cancer expressing CFC1B. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-CFC1B antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[123] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой ENPP3. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего ENPP3. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антител а к ENPP3 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[123] In some embodiments, the target antigen is ENPP3. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing ENPP3. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) anti-ENPP3 antibody a when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[124] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, экспрессирующего FOLR1. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к FOLR1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [124] In some embodiments, the target antigen is FOLR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLR1-expressing ovarian cancer. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-FOLR1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[125] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к HAVCR1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [125] In some embodiments, the target antigen is HAVCR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing HAVCR1. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-HAVCR1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[126] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой KIT. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего KIT. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к KIT при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [126] In some embodiments, the target antigen is a KIT. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing KIT. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-KIT antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[127] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MET. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих MET. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к MET при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [127] In some embodiments, the target antigen is MET. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing MET. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-MET antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[128] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MUC16. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки или рака молочной железы, экспрессирующих MUC16. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к MUC16 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [128] In some embodiments, the target antigen is MUC16. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, or breast cancer expressing MUC16. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-MUC16 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[129] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы или рака предстательной железы, экспрессирующих SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к SLC39A6 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [129] In some embodiments, the target antigen is SLC39A6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer or prostate cancer expressing SLC39A6. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-SLC39A6 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[130] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к SLC44A4 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности.[130] In some embodiments, the target antigen is SLC44A4. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing SLC44A4. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-SLC44A4 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[131] В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой STEAP1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего STEAP1. В некоторых вариантах осуществления опухоль является резистентной или рефрактерной к лечению с помощью (a) антитела к STEAP1 при введении его по отдельности и/или (b) модулятора сплайсинга при введении его по отдельности. [131] In some embodiments, the target antigen is STEAP1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing STEAP1. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with (a) an anti-STEAP1 antibody when administered alone and/or (b) a splicing modulator when administered alone.
[132] В еще одних аспектах настоящего изобретения представлены способы определение того, будет ли субъект, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, восприимчивым к лечению с помощью любого из описанных ADC или композиций на их основе, путем получения биологического образца от субъекта и приведения биологического образца в контакт с ADC или композицией. В некоторых вариантах осуществления биологический образец представляет собой образец опухоли. В некоторых вариантах осуществления образец опухоли представляет собой биоптат опухоли или образец крови. В некоторых вариантах осуществления образец крови выбран из крови, фракции крови или клетки, полученной из крови или фракции крови. В некоторых вариантах осуществления у субъекта имеется одна или несколько неопластических клеток, которые экспрессируют антиген-мишень. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HER2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака яичника, рака желудка, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), остеосаркомы или карциномы слюнных протоков, экспрессирующих HER2. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CD138. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из множественной миеломы, экспрессирующей CD138. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой EPHA2. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, меланомы, рака толстой кишки или рака пищевода, экспрессирующих EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MSLN. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки, рак поджелудочной железы или рака легкого (например, аденокарциномы легкого), экспрессирующих MSLN. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLH1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CDH6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего CDH6. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из колоректального рака, экспрессирующего CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой CFC1B. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака поджелудочной железы, экспрессирующего CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой ENPP3. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой FOLR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, экспрессирующего FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой KIT. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки, экспрессирующего KIT. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MET. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака почки или рака пищевода, экспрессирующих MET. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой MUC16. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака яичника, рака шейки матки или рака молочной железы, экспрессирующих MUC16. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака молочной железы или рака предстательной железы, экспрессирующих SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антиген-мишень представляет собой STEAP1. В некоторых вариантах осуществления одна или несколько неопластических клеток получены из рака предстательной железы, экспрессирующего STEAP1. [132] In still other aspects of the present invention, methods are provided for determining whether a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder will be responsive to treatment with any of the described ADCs or compositions based thereon by obtaining a biological sample from the subject. and bringing the biological sample into contact with the ADC or composition. In some embodiments, the biological sample is a tumor sample. In some embodiments, the tumor sample is a tumor biopsy or a blood sample. In some embodiments, the blood sample is selected from blood, a blood fraction, or a cell derived from blood or a blood fraction. In some embodiments, the subject has one or more neoplastic cells that express the target antigen. In some embodiments, the target antigen is HER2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, ovarian cancer, gastric cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma), osteosarcoma or salivary duct carcinomas expressing HER2. In some embodiments, the target antigen is CD138. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from multiple myeloma expressing CD138. In some embodiments, the target antigen is EPHA2. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, melanoma, colon cancer, or esophageal cancer expressing EPHA2. In some embodiments, the target antigen is MSLN. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, or lung cancer (eg, lung adenocarcinoma) expressing MSLN. In some embodiments, the target antigen is FOLH1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLH1-expressing prostate cancer. In some embodiments, the target antigen is CDH6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing CDH6. In some embodiments, the target antigen is CEACAM5. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from colorectal cancer expressing CEACAM5. In some embodiments, the target antigen is CFC1B. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from pancreatic cancer expressing CFC1B. In some embodiments, the target antigen is ENPP3. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing ENPP3. In some embodiments, the target antigen is FOLR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from FOLR1-expressing ovarian cancer. In some embodiments, the target antigen is HAVCR1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing HAVCR1. In some embodiments, the target antigen is a KIT. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney cancer expressing KIT. In some embodiments, the target antigen is MET. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from kidney or esophageal cancer expressing MET. In some embodiments, the target antigen is MUC16. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from ovarian cancer, cervical cancer, or breast cancer expressing MUC16. In some embodiments, the target antigen is SLC39A6. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from breast cancer or prostate cancer expressing SLC39A6. In some embodiments, the target antigen is SLC44A4. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing SLC44A4. In some embodiments, the target antigen is STEAP1. In some embodiments, one or more neoplastic cells are derived from prostate cancer expressing STEAP1.
[133] В различных вариантах осуществления в данном документе дополнительно представлены фармацевтические композиции, содержащие ADC и фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель и/или вспомогательное вещество. Также раскрыты способы получения описанных соединений ADC и композиций на их основе.[133] In various embodiments, this document further provides pharmaceutical compositions containing an ADC and a pharmaceutically acceptable diluent, carrier, and/or excipient. Also disclosed are methods for preparing the described ADC compounds and compositions based on them.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВBRIEF DESCRIPTION OF GRAPHICS
[134] На фиг. 1 показан дозозависимый эффект иллюстративных соединений, представляющих собой полезные нагрузки, в анализе конкурентного связывания. Ядерные экстракты из клеток 293F, сверхэкспрессирующих SF3B1 дикого типа, меченный flag, подвергали иммунопреципитации с использованием антитела к SF3B1 и коктейля гранул для проведения сцинтилляционного анализа сближения (SPA). Реакционные смеси для связывания содержали смесь антитело-гранулы и возрастающие концентрации соединения, после чего проводили конкурентный анализ с использованием зонда (PB) на основе3H-меченого пладиенолида B. Ось y представляет собой процент изменения (% ответа) специфического связывания по сравнению с контролем DMSO (0%). Данные представлены в виде среднего значения ± стандартное отклонение (SD).[134] FIG. 1 shows the dose-response effect of exemplary payload compounds in a competitive binding assay. Nuclear extracts from 293F cells overexpressing wt-flag SF3B1 were immunoprecipitated using an anti-SF3B1 antibody and a scintillation proximity assay (SPA) bead cocktail. Binding reaction mixtures contained a mixture of antibody-bead and increasing concentrations of the compound, after which a competitive assay was performed using a 3 H-labeled pladienolide B probe (PB). The y-axis represents the percent change (% response) in specific binding compared to control DMSO (0%). Data are presented as mean ± standard deviation (SD).
[135] На фиг. 2 показана модуляция сплайсинга иллюстративными соединениями, представляющими собой полезные нагрузки, в in vitro анализе сплайсинга. Ядерные экстракты из клеток HeLa S3 инкубировали с pre-mRNA Ad2.2 и возрастающими концентрациями соединения с последующей количественной оценкой модуляции сплайсинга посредством RT-PCR. Последовательность Ad2.2 получена из аденовирусной Ad2 пре-мРНК в качестве субстрата с модификациями рядом с точкой ветвления последовательности. Ось y представляет собой процент изменения (% ответа) сплайсинга по сравнению с контролем DMSO (0%). Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[135] FIG. 2 shows the modulation of splicing by exemplary payload compounds in an in vitro splicing assay. Nuclear extracts from HeLa S3 cells were incubated with pre-mRNA Ad2.2 and increasing concentrations of the compound, followed by quantification of splicing modulation by RT-PCR. The Ad2.2 sequence was derived from the adenoviral Ad2 pre-mRNA as a substrate with modifications near the sequence branch point. The y-axis represents the percentage change (% response) in splicing compared to the DMSO control (0%). Data are presented as mean ± SD.
[136] На фиг. 3 показан дозозависимый эффект иллюстративных соединений, представляющих собой полезные нагрузки, в отношении жизнеспособности клеток на клетках рака молочной железы с амплификацией HER2 (HCC1954). Клетки инкубировали с соединением в течение 144 часов (6 дней) и считывали жизнеспособность с использованием реагента CellTiter-Glo®. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[136] FIG. 3 shows the dose-dependent effect of exemplary payload compounds on cell viability on HER2-amplifying breast cancer cells (HCC1954). Cells were incubated with compound for 144 hours (6 days) and viability was read using the CellTiter-Glo® reagent. Data are presented as mean ± SD.
[137] На фиг. 4 показаны результаты анализа связывания клеток. Связывание иллюстративных HER2-ADC с клетками JIMT1 оценивали посредством проточной цитометрии. Средние значения интенсивности флуоресценции получали для определения связывания конъюгатов с последующим окрашиванием PE-меченым вторичным антителом. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[137] FIG. 4 shows the results of the cell binding assay. Binding of exemplary HER2-ADCs to JIMT1 cells was assessed by flow cytometry. Average fluorescence intensity values were obtained to determine the binding of the conjugates, followed by staining with PE-labeled secondary antibody. Data are presented as mean ± SD.
[138] На фиг. 5А показан дозозависимый эффект иллюстративных HER2-ADC в отношении жизнеспособности клеток на клетках рака молочной железы с амплификацией HER2 (HCC1954). На фиг. 5В показан дозозависимый эффект иллюстративных HER2-ADC в отношении жизнеспособности клеток на клетках рака желудка с амплификацией HER2 (N87). На фиг. 5С показан дозозависимый эффект иллюстративных HER2-ADC в отношении жизнеспособности клеток на клетках рака молочной железы с амплификацией HER2 (SKBR3). Клетки инкубировали с конъюгатами в течение 144 часов (6 дней) и считывали жизнеспособность с использованием реагента CellTiter-Glo®. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[138] FIG. 5A shows the dose-dependent effect of exemplary HER2-ADCs on cell viability on HER2-amplifying breast cancer cells (HCC1954). In FIG. 5B shows the dose-dependent effect of exemplary HER2-ADCs on cell viability on HER2-amplified gastric cancer cells (N87). In FIG. 5C shows the dose-dependent effect of exemplary HER2-ADCs on cell viability on HER2-amplifying breast cancer cells (SKBR3). Cells were incubated with conjugates for 144 hours (6 days) and viability was read using the CellTiter-Glo® reagent. Data are presented as mean ± SD.
[139] На фиг. 6 показан дозозависимый эффект иллюстративных HER2-ADC в отношении жизнеспособности клеток на клетках рака молочной железы, не экспрессирующих HER2 (MCF7). Клетки инкубировали с конъюгатами в течение 144 часов (6 дней) и считывали жизнеспособность с использованием реагента CellTiter-Glo®. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[139] FIG. 6 shows the dose-dependent effect of exemplary HER2-ADCs on cell viability on HER2-non-expressing breast cancer cells (MCF7). Cells were incubated with conjugates for 144 hours (6 days) and viability was read using the CellTiter-Glo® reagent. Data are presented as mean ± SD.
[140] На фиг. 7 показаны результаты анализа сплайсинга в гене SLC25A19 на клетках рака молочной железы с амплификацией HER2 (HCC1954). Клетки инкубировали с конъюгатами в течение 24 часов и сплайсинг в транскрипте SLC25A19 измеряли посредством qPCR в режиме реального времени с использованием набора специфических праймеров-зондов Taqman. Ось y представляет собой процент (%) ответа по сравнению с контролем DMSO (0%). Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[140] FIG. 7 shows the results of a splicing analysis in the SLC25A19 gene on HER2 amplifying breast cancer cells (HCC1954). Cells were incubated with the conjugates for 24 hours and splicing in the SLC25A19 transcript was measured by real time qPCR using the Taqman specific primer probe set. The y-axis represents the percentage (%) response compared to the DMSO control (0%). Data are presented as mean ± SD.
[141] На фиг. 8 показаны результаты анализа неспецифического уничтожения. Клетки H1568, сверхэкспрессирующие HER2 (положительные по мишени) или клетки H1568, меченные люциферазой (отрицательные по мишени), высеянные отдельно или инкубированные вместе в совместной культуре в течение 144 часов (6 дней), обрабатывали иллюстративными HER2-ADC. Результаты анализа считывали с использованием реагента OneGlo®. Ось y представляет собой процент (%) ответа по сравнению с контролем PBS (100%). Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[141] FIG. 8 shows the results of the non-specific killing analysis. H1568 cells overexpressing HER2 (target positive) or H1568 cells labeled with luciferase (target negative) seeded alone or incubated together in co-culture for 144 hours (6 days) were treated with exemplary HER2-ADC. The results of the analysis were read using the OneGlo® reagent. The y-axis represents the percentage (%) response compared to the PBS control (100%). Data are presented as mean ± SD.
[142] На фиг. 9 показана кинетика роста опухоли для каждой группы мышей CB17-SCID с имплантированными HCC1954, которых обрабатывали посредством внутривенного введения однократной дозы иллюстративного HER2-ADC или соответствующей полезной нагрузки в той же дозе (6-10 животных на группу). Объемы опухолей измеряли дважды в неделю после обработки. Данные представлены в виде среднего значения ± стандартной погрешности среднего (SEM).[142] FIG. 9 shows tumor growth kinetics for each group of HCC1954-implanted CB17-SCID mice treated with intravenous administration of a single dose of exemplary HER2-ADC or an appropriate payload at the same dose (6-10 animals per group). Tumor volumes were measured twice a week after treatment. Data are presented as mean ± standard error of the mean (SEM).
[143] На фиг. 10 показан дозозависимый эффект иллюстративных CD138-ADC в отношении жизнеспособности линии клеток множественной миеломы, экспрессирующих CD138. Клетки MOLP8 инкубировали с конъюгатами в течение 144 часов (6 дней) и считывали жизнеспособность с использованием реагента CellTiter-Glo®. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[143] FIG. 10 shows the dose-dependent effect of exemplary CD138-ADCs on the viability of a multiple myeloma cell line expressing CD138. MOLP8 cells were incubated with the conjugates for 144 hours (6 days) and viability was read using the CellTiter-Glo® reagent. Data are presented as mean ± SD.
[144] На фиг. 11 показан дозозависимый эффект иллюстративных EPH2A-ADC в отношении жизнеспособности линии клеток рака предстательной железы, экспрессирующих EPHA2. Клетки PC3 инкубировали с конъюгатами в течение 144 часов (6 дней) и считывали жизнеспособность с использованием реагента CellTiter-Glo®. Данные представлены в виде среднего значения ± SD.[144] FIG. 11 shows the dose-dependent effect of exemplary EPH2A-ADCs on the viability of a prostate cancer cell line expressing EPHA2. PC3 cells were incubated with the conjugates for 144 hours (6 days) and viability was read using the CellTiter-Glo® reagent. Data are presented as mean ± SD.
[145] На фиг. 12A и фиг. 12B показаны результаты in vitro анализа стабильности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2, AB185-ADL1-D1. На оси y представлена концентрация общего антитела (фиг. 12A) и конъюгированной (интактной) полезной нагрузки (фиг. 12B); на оси x представлено время инкубации при 37°C в часах.[145] FIG. 12A and FIG. 12B shows the results of an in vitro stability assay of exemplary anti-HER2 antibody ADCs, AB185-ADL1-D1. The y-axis represents the concentration of total antibody ( Fig. 12A ) and conjugated (intact) payload ( Fig. 12B ); the x-axis represents the incubation time at 37°C in hours.
[146] На фиг. 13 показана концентрации в плазме крови иллюстративных ADC на основе антитела к HER2, AB185-ADL1-D1 после внутривенного введения однократной дозы мышам CD17-SCID с опухолью N87.[146] FIG. 13 shows plasma concentrations of exemplary anti-HER2 antibody ADCs, AB185-ADL1-D1, following single dose intravenous administration to N87 tumor CD17-SCID mice.
[147] На фиг. 14 показана схематическая диаграмма иллюстративного эксперимента по секвенированию РНК и определению белкового лигандoма.[147] FIG. 14 is a schematic diagram of an exemplary RNA sequencing and protein ligandome detection experiment.
[148] На фиг. 15 показана схематическая диаграмма иллюстративного эксперимента по примированию Т-клеток.[148] FIG. 15 is a schematic diagram of an exemplary T cell priming experiment.
[149] На фиг. 16 показаны результаты FACS-анализа. Моноциты выделяли из мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) и индуцировали их дифференцировку в дендритные клетки (DC) посредством культивирования в коктейле цитокинов. FACS проводили, чтобы удостовериться в дифференцировке DC из моноцитов и их созревании.[149] FIG. 16 shows the results of the FACS analysis. Monocytes were isolated from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and induced to differentiate into dendritic cells (DC) by culturing in a cytokine cocktail. FACS was performed to ascertain the differentiation of DC from monocytes and their maturation.
[150] На фиг. 17A - D показаны результаты анализа ELISpot. На фиг. 17A показаны планшеты анализа ELISpot, демонстрирующие активацию примирования CD8+ T-клеток посредством неоантигена 1. Стимуляцию CD8+ T-клеток контролировали по секреции IFNγ. На фиг. 17B показано количественное определение пятен IFNγ (число пятен) в планшетах анализа ELISpot с неоантигеном 1 (фиг. 17A). На фиг. 17С показаны планшеты анализа ELISpot, демонстрирующие активацию примирования CD8+ T-клеток посредством неоантигена 3. Стимуляцию CD8+ T-клеток контролировали по секреции IFNγ. На фиг. 17D показано количественное определение пятен IFNγ (кратность изменения) в планшетах анализа ELISpot с неоантигеном 3 (фиг. 17С). [150] FIG. 17A-D show the results of the ELISpot assay. In FIG. 17A shows ELISpot assay plates demonstrating activation of CD8+ T cell priming by
[151] На фиг. 18 показан график сравнения активности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 в отношении сплайсинга (IC50, qPCR) против активности в отношении клеток (GI50, CTG) на клетках рака молочной железы HCC1954. Показанные значения размещены по размеру в зависимости от летальной активности в отношении клеток и заштрихованы по качеству ответа в виде альтернативного сплайсинга.[151] FIG. 18 shows a graph comparing exemplary anti-HER2 antibody-based splicing activity (IC50, qPCR) versus cell activity (GI50, CTG) on HCC1954 breast cancer cells. Values shown are sized according to cell lethal activity and hatched for response quality in alternative splicing.
[152] На фиг. 19 показан график сравнения активности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 в отношении сплайсинга (IC50, qPCR) против активности в отношении клеток (GI50, CTG) на клетках рака желудка N87. Показанные значения размещены по размеру в зависимости от летальной активности в отношении клеток и заштрихованы по качеству ответа в виде альтернативного сплайсинга.[152] FIG. 19 shows a graph comparing exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs for splicing (IC50, qPCR) versus cell activity (GI50, CTG) on N87 gastric cancer cells. Values shown are sized according to cell lethal activity and hatched for response quality in alternative splicing.
[153] На фиг. 20 показан график сравнения активности и эффективности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 (на клетках рака молочной железы HCC1954) в зависимости от стабильности и проникающей способности соответствующих полезных нагрузок. Показанные значения размещены по размеру в зависимости от стабильность полезной нагрузки и заштрихованы по степени проникающей способности полезной нагрузки.[153] FIG. 20 is a graph comparing the potency and potency of exemplary anti-HER2 antibody ADCs (on HCC1954 breast cancer cells) versus stability and permeability of the respective payloads. Values shown are sized according to payload stability and shaded by payload penetration.
[154] На фиг. 21 показана кинетика роста опухоли для каждой группы мышей CB17-SCID с имплантированными N87, которых обрабатывали посредством внутривенного введения среды-носителя или 10 мг/кг трастузумаба, TDM1 или иллюстративного соединения HER2-ADC Q7D в течение 2 циклов (N=8 на группу). Данные представлены в виде среднего значения ± стандартной погрешности среднего (SEM) (мм3).[154] FIG. 21 shows tumor growth kinetics for each group of N87-implanted CB17-SCID mice treated with intravenous vehicle or 10 mg/kg trastuzumab, TDM1, or exemplary HER2-ADC compound Q7D for 2 cycles (N=8 per group) . Data are presented as mean ± standard error of the mean (SEM) (mm 3 ).
[155] На фиг. 22 показано изменение веса тела для каждой группы мышей CB17-SCID с имплантированными N87, которых обрабатывали посредством внутривенного введения среды-носителя или 10 мг/кг трастузумаба, TDM1 или иллюстративного соединения HER2-ADC Q7D в течение 2 циклов (N=8 на группу). Данные представлены в виде среднего значения ± стандартной погрешности среднего (SEM) (%).[155] FIG. 22 shows change in body weight for each group of N87-implanted CB17-SCID mice treated with intravenous vehicle medium or 10 mg/kg trastuzumab, TDM1, or exemplary HER2-ADC compound Q7D for 2 cycles (N=8 per group) . Data are presented as mean ± standard error of the mean (SEM) (%).
[156] На фиг. 23 показана кинетика роста опухолей (слева) и изменение веса тела (справа) для каждой группы мышей CB17-SCID с имплантированными N87, которых обрабатывали посредством внутривенного введения среды-носителя или 10 мг/кг трастузумаба, TDM1 или иллюстративного соединения HER2-ADC Q7D в течение 2 циклов (N=8 на группу). Данные представлены в виде среднего значения ± SEM (объем опухоли, мм3) или среднего значения ± SEM (вес тела,%).[156] FIG. 23 shows tumor growth kinetics (left) and change in body weight (right) for each group of N87-implanted CB17-SCID mice treated with intravenous vehicle or 10 mg/kg trastuzumab, TDM1, or exemplary HER2-ADC compound Q7D in for 2 cycles (N=8 per group). Data are presented as mean ± SEM (tumor volume, mm 3 ) or mean ± SEM (body weight, %).
[157] На фиг. 24A - 24D показана фармакодинамическая модуляция границ сплайсинга mRNA у мышей CB17-SCID с имплантированными N87, которых обрабатывали посредством внутривенного введения среды-носителя или 10 мг/кг трастузумаба, TDM1 или иллюстративного соединения HER2-ADC Q7D в течение 2 циклов. Посредством RT-qPCR отслеживали присутствие FBXW5 (зрелого мРНК-транскрипта) и результаты показаны на фиг. 24А и фиг. 24С. Посредством RT-qPCR отслеживали присутствие TAOK1 (транскрипта с новой границей сплайсинга) и результаты показаны на фиг. 24B и фиг. 24D. Животных (N=4 на группу) отбирали или в момент времени 48 часов (фиг. 24A и фиг. 24B), или в указанные моменты времени (фиг. 24C и фиг. 24D). Опухоли извлекали для выделения РНК и проведения RT-qPCR. [157] FIG. 24A - 24D show pharmacodynamic modulation of mRNA splice boundaries in N87-implanted CB17-SCID mice treated with intravenous vehicle or 10 mg/kg trastuzumab, TDM1, or exemplary HER2-ADC compound Q7D for 2 cycles. The presence of FBXW5 (mature mRNA transcript) was monitored by RT-qPCR and the results are shown in FIG. 24A and FIG. 24C . The presence of TAOK1 (new splice boundary transcript) was monitored by RT-qPCR and the results are shown in FIG. 24B and FIG. 24D . Animals (N=4 per group) were sampled either at the 48 hour time point ( FIG. 24A and FIG. 24B ) or at the indicated time points ( FIG. 24C and FIG. 24D ). Tumors were harvested for RNA isolation and RT-qPCR.
[158] На фиг. 25 показана схематическая диаграмма иллюстративного анализа определения мишени.[158] FIG. 25 is a schematic diagram of an exemplary target detection analysis.
[159] На фиг. 26 показана схема иллюстративной биоконъюгации для получения ADC с использованием модуляторов сплайсинга.[159] FIG. 26 shows an exemplary bioconjugation scheme for ADC production using splicing modulators.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЛЛЮСТРАТИВНЫХ ВАРИАНТОВ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯDETAILED DESCRIPTION OF ILLUSTRATIVE EMBODIMENTS
[160] Раскрытые композиции и способы можно легче понять со ссылкой на следующее подробное описание, взятое в сочетании с сопутствующими фигурами, которые образуют часть настоящего изобретения. [160] The disclosed compositions and methods may be more readily understood with reference to the following detailed description, taken in conjunction with the accompanying figures, which form part of the present invention.
[161] На всем протяжении данного текста описания относятся к композициям и способам применения композиций. Если в настоящем изобретении описывается или заявляется признак или вариант осуществления, ассоциированные с композицией, такие признак или вариант осуществления равным образом приложимы к способам применения композиции. Аналогичным образом, если в настоящем изобретении описывается или заявляется признак или вариант осуществления, ассоциированные со способом применения композиции, такие признак или вариант осуществления равным образом приложимы к композиции.[161] Throughout this text, descriptions refer to compositions and methods of using the compositions. Where the present invention describes or claims a feature or embodiment associated with a composition, such feature or embodiment is equally applicable to methods of using the composition. Similarly, if the present invention describes or claims a feature or embodiment associated with a method of using a composition, such feature or embodiment is equally applicable to the composition.
[162] Если представлен диапазон значений, он включает варианты осуществления с применением любого конкретного значения в пределах диапазона. Кроме того, ссылка на значения, изложенные в диапазоне, включает все без исключения значения в пределах данного диапазона. Все диапазоны включают свои предельные значения и являются комбинируемыми. Если значения выражены как приблизительные значения с помощью применения предшествующего слова "приблизительно", будет понятно, что конкретное значение образует другой вариант осуществления. Ссылка на конкретное числовое значение включает по меньшей мере данное конкретное значение, если контекст явно не предусматривает иное. Применение "или" будет означать "и/или", если конкретный контекст его применения не предусматривает иное. Все ссылки, процитированные в данном документе, включены посредством ссылки для любой цели. Если ссылка и описание противоречат, описание будет иметь преимущественную силу. [162] If a range of values is provided, it includes embodiments using any particular value within the range. In addition, reference to values stated in a range includes any and all values within that range. All ranges include their limit values and are combinable. If values are expressed as approximate values by using the preceding word "approximately", it will be understood that a particular value constitutes another embodiment. Reference to a specific numerical value includes at least that specific value, unless the context clearly dictates otherwise. The use of "or" will mean "and/or" unless the specific context of its use provides otherwise. All references cited in this document are incorporated by reference for any purpose. If a link and a description conflict, the description will take precedence.
[163] Следует понимать, что определенные признаки раскрытых композиций и способов, которые для ясности описаны в данном документе в контексте отдельных вариантов осуществления, также могут быть представлены в комбинации в одном варианте осуществления. И наоборот, различные признаки раскрытых композиций и способов которые для краткости описаны в контексте одного варианта осуществления, также могут быть представлены по отдельности или в любой подкомбинации.[163] It should be understood that certain features of the disclosed compositions and methods, which for clarity are described herein in the context of separate embodiments, can also be presented in combination in one embodiment. Conversely, various features of the disclosed compositions and methods, which are described for brevity in the context of a single embodiment, may also be presented singly or in any subcombination.
ОпределенияDefinitions
[164] На всем протяжении настоящей заявки и формулы изобретения используются различные термины, связанные с аспектами настоящего описания. Если не указано иное, таким терминам присваивается их обычное значение из области техники. Другие специфически определяемые термины следует толковать в том смысле, который соответствует определениям, представленным в данном документе.[164] Throughout the present application and the claims, various terms are used in connection with aspects of the present description. Unless otherwise indicated, such terms are given their usual meaning in the art. Other specifically defined terms should be interpreted in the sense that corresponds to the definitions presented in this document.
[165] Применяемые в данном документе формы единственного числа включают формы множественного числа, если контекст явно не предусматривает иное.[165] As used herein, the singular forms include the plural forms, unless the context clearly requires otherwise.
[166] Термины "приблизительно" или "примерно" в контексте числовых значений и диапазонов относятся к значениям или диапазонам, которые приблизительно равны описанным значениям или диапазонам или близки к ним, так что вариант осуществления можно осуществлять, как задумано, как, например, имеется требуемое количество нуклеиновых кислот или полипептидов в реакционной смеси, как очевидно специалисту в данной области техники на основании идей, содержащихся в данном документе. В некоторых вариантах осуществления "приблизительно" означает плюс или минус 10% от числового количества.[166] The terms "about" or "about" in the context of numerical values and ranges refer to values or ranges that are approximately equal to or close to the described values or ranges, so that the embodiment can be carried out as intended, as, for example, there is the desired amount of nucleic acids or polypeptides in the reaction mixture, as is obvious to a person skilled in the art based on the ideas contained in this document. In some embodiments, "about" means plus or minus 10% of the numerical amount.
[167] Термины "конъюгат антитела и лекарственного средства" "конъюгат на основе антитела", "конъюгат", "иммуноконъюгат" и "ADC" используются взаимозаменяемо и относятся к одному или нескольким терапевтическим соединениям (например, модулятору сплайсинга), которые соединены с одним или несколькими антителами или антигенсвязывающими фрагментами и определяются общей формулой: Ab-(L-D) p (формула I), где Ab=антитело или антигенсвязывающий фрагмент, L=линкерный фрагмент, D=фрагмент-лекарственное средство (например, фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга), и p=число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент. ADC, содержащий фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, также может обозначаться в данном документе более специфически как "антитело, загруженное модулятором сплайсинга" или "SMLA." В ADC, содержащих фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, "p" относится к числу соединений, представляющих собой модулятор сплайсинга, связанных с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер L может включать расщепляемый фрагмент между антителом или антигенсвязывающим фрагментом и терапевтическим соединением. В некоторых вариантах осуществления линкер L может включать расщепляемый фрагмент, который может быть присоединен к одному из антитела или антигенсвязывающего фрагмента и терапевтического соединения или к ним обоим с помощью спейсерного(-ых) звена(-ьев). В некоторых вариантах осуществления, если спейсерное звено прикрепляет расщепляемый фрагмент к терапевтическому соединению, оно представляет собой саморасщепляющееся спейсерное звено. В других вариантах осуществления линкер L не включает расщепляемый фрагмент, и он представляет собой нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления линкер L может включать по меньшей мере одно спейсерное звено, которое может непосредственно прикрепляться к антителу или антигенсвязывающему фрагменту и к терапевтическому соединению. В данном документе описаны иллюстративные расщепляемые и нерасщепляемые линкеры описаны и приведены их примеры.[167] The terms "antibody drug conjugate,""antibody-basedconjugate,""conjugate,""immunoconjugate," and "ADC" are used interchangeably and refer to one or more therapeutic compounds (e.g., a splicing modulator) that are coupled to one or multiple antibodies or antigen-binding fragments and are defined by the general formula: Ab-(LD) p (Formula I), where Ab=antibody or antigen-binding fragment, L=linker fragment, D=drug fragment (e.g., drug fragment representing is a splicing modulator), and p =number of drug fragments per antibody or antigen-binding fragment. An ADC containing a splicing modulator drug fragment may also be referred to herein more specifically as "antibody loaded with splicing modulator" or "SMLA." In ADCs containing a splice modulator drug moiety, " p " refers to the number of splice modulator compounds associated with the antibody or antigen-binding moiety. In some embodiments, the linker L may include a cleavable fragment between the antibody or antigen-binding fragment and the therapeutic compound. In some embodiments, the linker L may include a cleavable fragment that can be attached to either or both of the antibody or antigen-binding fragment and the therapeutic compound via spacer(s) unit(s). In some embodiments, if the spacer unit attaches a cleavable moiety to the therapeutic compound, it is a self-cleaving spacer unit. In other embodiments, linker L does not include a cleavable moiety and is a non-cleavable linker. In some embodiments, the linker L may include at least one spacer unit that can be directly attached to the antibody or antigen-binding fragment and to the therapeutic compound. Illustrative cleavable and non-cleavable linkers are described and exemplified herein.
[168] Термин "антитело" применяется в самом широком смысле для обозначения молекулы иммуноглобулина, которая распознает и специфически связывается с мишенью, такой как белок, полипептид, углевод, полинуклеотид, липид или комбинации вышеуказанного, посредством по меньшей мере одного сайта распознавания антигена в пределах вариабельной области молекулы иммуноглобулина. Тяжелая цепь антитела состоит из вариабельного домена тяжелой цепи (VH) и константной области тяжелой цепи (CH). Легкая цепь состоит из вариабельного домена легкой цепи (VL) и константного домена легкой цепи (CL). Для целей настоящей заявки каждый зрелый вариабельный домен тяжелой цепи и легкой цепи содержит три области, определяющие комплементарность (CDR1, CDR2 и CDR3), в пределах четырех каркасных участков (FR1, FR2, FR3 и FR4), расположенных от N-конца до C-конца: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 и FR4. "Антитело" может быть встречающимся в природе или созданным человеком, таким как моноклональные антитела, полученные с помощью традиционной гибридомной технологии. Термин "антитело" включает полноразмерные моноклональные антитела и полноразмерные поликлональные антитела, а также фрагменты антител, такие как Fab, Fab', F(ab')2, Fv и одноцепочечные антитела. Антитело может принадлежать к любому из пяти основных классов иммуноглобулинов: IgA, IgD, IgE, IgG и IgM, или к их подклассам (например, изотипам IgG1, IgG2, IgG3, IgG4). Термин дополнительно охватывает человеческие антитела, химерные антитела, гуманизированные антитела и любую модифицированную молекулу иммуноглобулина, содержащую сайт распознавания антигена, при условии, что она демонстрируют требуемую биологическую активность (например, связывает целевой антиген, интернализуется в клетку, экспрессирующую целевой антиген). [168] The term "antibody" is used in the broadest sense to refer to an immunoglobulin molecule that recognizes and specifically binds to a target, such as a protein, polypeptide, carbohydrate, polynucleotide, lipid, or combinations of the above, through at least one antigen recognition site within variable region of an immunoglobulin molecule. The heavy chain of an antibody consists of a heavy chain variable domain (V H ) and a heavy chain constant region ( CH ). The light chain consists of a light chain variable domain (V L ) and a light chain constant domain (C L ). For the purposes of this application, each heavy chain and light chain mature variable domain contains three complementarity determining regions (CDR1, CDR2, and CDR3) within four framework regions (FR1, FR2, FR3, and FR4) extending from the N-terminus to the C- ends: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 and FR4. An "antibody" may be naturally occurring or man-made, such as monoclonal antibodies produced using conventional hybridoma technology. The term "antibody" includes full length monoclonal antibodies and full length polyclonal antibodies, as well as antibody fragments such as Fab, Fab', F(ab') 2 , Fv and single chain antibodies. An antibody may belong to any of the five major immunoglobulin classes: IgA, IgD, IgE, IgG, and IgM, or subclasses thereof (eg, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4 isotypes). The term further encompasses human antibodies, chimeric antibodies, humanized antibodies, and any modified immunoglobulin molecule containing an antigen recognition site so long as it exhibits the desired biological activity (e.g., binds the target antigen, is internalized into a cell expressing the target antigen).
[169] Применяемый в данном документе термин "моноклональное антитело" относится к антителу, полученному из популяции практически однородных антител, т. е. отдельные антитела, входящие в состав популяции, являются идентичными, за исключением возможных встречающихся в природе мутаций, которые могут присутствовать в незначительных количествах. Моноклональные антитела являются высокоспецифичными, направлены против одного антигенного эпитопа. В отличие от этого, традиционные препараты (поликлональных) антител, как правило, включают большое разнообразие антител, направленных против (или специфических в отношении) разных эпитопов. Модификатор "моноклональный" указывает на характеристику антитела как полученного из практически однородной популяции антител и не должен рассматриваться как требующий получения антитела с помощью какого-либо конкретного способа. Например, моноклональные антитела, подлежащие применению в соответствии с настоящим изобретением, могут быть получены посредством гибридомного способа, впервые описанного в Kohler et al. (1975) Nature 256:495, или могут быть получены посредством способов рекомбинантной ДНК (см., например, патент США № 4816567). Моноклональные антитела также могут быть выделены из фаговых библиотек антител с применением, например, методик, описанных в Clackson et al. (1991) Nature 352:624-8, и Marks et al. (1991) J Mol Biol. 222:581-97. [169] As used herein, the term "monoclonal antibody" refers to an antibody derived from a population of substantially homogeneous antibodies, i.e., the individual antibodies that make up the population are identical except for possible naturally occurring mutations that may be present in small quantities. Monoclonal antibodies are highly specific, directed against a single antigenic epitope. In contrast, conventional (polyclonal) antibody preparations typically include a wide variety of antibodies directed against (or specific for) different epitopes. The modifier "monoclonal" indicates the characterization of the antibody as derived from a substantially homogeneous population of antibodies and should not be construed as requiring the production of the antibody by any particular method. For example, monoclonal antibodies to be used in accordance with the present invention can be obtained by the hybridoma method first described in Kohler et al. (1975) Nature 256:495, or can be obtained by recombinant DNA methods (see, for example, US patent No. 4816567). Monoclonal antibodies can also be isolated from antibody phage libraries using, for example, the techniques described in Clackson et al. (1991) Nature 352:624-8, and Marks et al. (1991) J Mol Biol. 222:581-97.
[170] Моноклональные антитела, описанные в данном документе, в частности, включают "химерные" антитела, в которых часть тяжелой и/или легкой цепь идентична или гомологична соответствующим последовательностям в антителах, полученных от конкретного вида или принадлежащих к конкретному классу или подклассу антител, в то время как остальная часть цепи(-ей) идентична или гомологична соответствующим последовательностям в антителах, полученных от другого вида или принадлежащих к другому классу или подклассу антител, а также фрагменты таких антител, при условии, что они специфически связывают антиген-мишень и/или проявляют требуемую биологическую активность. [170] The monoclonal antibodies described herein specifically include "chimeric" antibodies in which a portion of the heavy and/or light chain is identical or homologous to corresponding sequences in antibodies derived from a particular species or belonging to a particular class or subclass of antibodies, while the remainder of the chain(s) are identical or homologous to the corresponding sequences in antibodies derived from a different species or belonging to a different class or subclass of antibodies, as well as fragments of such antibodies, provided that they specifically bind the target antigen and/ or exhibit the desired biological activity.
[171] Применяемый в данном документе термин "человеческое антитело" относится к антителу, продуцируемому в человеке, или к антителу, имеющему аминокислотную последовательность антитела, продуцируемого в человеке.[171] As used herein, the term "human antibody" refers to an antibody produced in a human, or an antibody having the amino acid sequence of an antibody produced in a human.
[172] Применяемый в данном документе термин "химерное антитело" относится к антителам, в которых аминокислотная последовательность молекулы иммуноглобулина получена от двух или более видов. В некоторых случаях вариабельные области обеих тяжелой и легкой цепей соответствуют вариабельным областям антител, полученных из одного вида с требуемой специфичностью, аффинностью и активностью, в то время как константные области гомологичны антителам, полученным из другого вида (например, человека), чтобы свести к минимуму иммунный ответ у последнего вида.[172] As used herein, the term "chimeric antibody" refers to antibodies in which the amino acid sequence of an immunoglobulin molecule is derived from two or more species. In some cases, the variable regions of both heavy and light chains correspond to the variable regions of antibodies derived from one species with the desired specificity, affinity, and activity, while the constant regions are homologous to antibodies derived from another species (e.g., human) to minimize immune response in the latter species.
[173] Применяемый в данном документе термин "гуманизированное антитело" относится к формам антител, которые содержат последовательности из антител отличного от человека вида (например, мыши), а также человеческих антител. Такие антитела представляют собой химерные антитела, которые содержат минимальную последовательность, полученную из иммуноглобулина, не принадлежащего человеку. В целом, гуманизированное антитело будет содержать практически весь из по меньшей мере одного и, как правило, двух вариабельных доменов, в которых все или практически все из гипервариабельных петель соответствуют петлям иммуноглобулина, на принадлежащего человеку, а все или практически все каркасные (FR) области являются областями из последовательности иммуноглобулина человека. Гуманизированное антитело необязательно также будет содержать по меньшей мере часть константной области (Fc) иммуноглобулина, как правило, константную область иммуноглобулина человека. Гуманизированное антитело может быть дополнительно модифицировано путем замещения остатков или в каркасной области Fv и/или в пределах замещенных остатков, не принадлежащих человеку, для улучшения и оптимизации специфичности, аффинности и/или активности антитела. [173] As used herein, the term "humanized antibody" refers to forms of antibodies that contain sequences from antibodies of a non-human species (eg, mouse) as well as human antibodies. Such antibodies are chimeric antibodies that contain a minimal sequence derived from a non-human immunoglobulin. In general, a humanized antibody will contain substantially all of at least one, and typically two, variable domains in which all or substantially all of the hypervariable loops correspond to human immunoglobulin loops, and all or substantially all of the framework (FR) regions are regions from the human immunoglobulin sequence. The humanized antibody will optionally also comprise at least a portion of an immunoglobulin constant region (Fc), typically a human immunoglobulin constant region. The humanized antibody can be further modified by substitution of residues either within the Fv framework region and/or within the substituted non-human residues to improve and optimize the specificity, affinity and/or activity of the antibody.
[174] Применяемый в данном документе термин "антигенсвязывающий фрагмент" или "антигенсвязывающая часть" антитела относится к одному или нескольким фрагментам антитела или белка, которые сохраняют способность специфически связываться с антигеном (например, HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KITР, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). Антигенсвязывающие фрагменты также могут сохранять способность к интернализации в клетку, экспрессирующую антиген. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающие фрагменты также сохраняют иммунную эффекторную активность. Было показано, что фрагменты полноразмерного антитело могут осуществлять антигенсвязывающую функцию полноразмерного антитела. Примеры связывающих фрагментов, охватываемых термином "антигенсвязывающий фрагмент" или "антигенсвязывающая часть" антитела включают: (i) Fab-фрагмент, одновалентный фрагмент, состоящий доменов VL, VH, CL и CH1; (ii) F(ab')2-фрагмент, двухвалентный фрагмент, содержащий два Fab-фрагмента, связанные дисульфидным мостиком в шарнирной области; (iii) Fd-фрагмент, состоящий из доменов VH и CH1; (iv) Fv-фрагмент, состоящий из доменов VL и VH одного плеча антитела; (v) dAb-фрагмент, который содержит один вариабельный домен, например, домен VH (см., например, Ward et al. (1989) Nature 341:544-6; и публикацию международной заявки № WO 1990/005144); и (vi) выделенную область, определяющую комплементарность (CDR). Кроме того, хотя два домена Fv-фрагмента, VL и VH, кодируются отдельными генами, с применением рекомбинантных способов они могут быть соединены с помощью синтетического линкера, который позволяет получать их как единую белковую цепь, в которой области VL и VH формируют пару с образованием одновалентной молекулы (известной как одноцепочечный Fv (scFv)). См., например, Bird et al. (1988) Science 242:423-6; и Huston et al. (1988) Proc Natl Acad Sci. USA 85:5879-83. Подразумевается, что такие одноцепочечные антитела также охватываются термином "антигенсвязывающий фрагмент" или "антигенсвязывающая часть" антитела, и они известны из уровня техники как иллюстративный тип связывающего фрагмента, который может подвергаться интернализации в клетки после связывания (см., например, Zhu et al. (2010) 9:2131-41; He et al. (2010) J Nucl Med. 51:427-32; и Fitting et al. (2015) MAbs 7:390-402). В определенных вариантах осуществления молекулы scFv могут быть включены в слитый белок. Также охватываются другие формы одноцепочечных антител, такие как диатела. Диатела представляют собой двухвалентные, биспецифические антитела, у которых домены VH и VL экспрессируются в одной полипептидной цепи, но с применением линкера, который слишком короткий, чтобы позволить формирование пары между двумя доменами в одной цепи, тем самым заставляя домены формировать пары с комплементарными доменами другой цепи и создавать два антигенсвязывающий сайта (см., например, Holliger et al. (1993) Proc Natl Acad Sci. USA 90:6444-8; и Poljak et al. (1994) Structure 2:1121-3). Антигенсвязывающие фрагменты получают с применением традиционных методик, известных специалистам в данной области техники, и связывающие фрагменты подвергают скринингу в отношении применимости (например, аффинности связывания, интернализации) так же, как и интактные антитела. Антигенсвязывающие фрагменты можно получать путем расщепления интактного белка, например, с помощью протеазы или химического расщепления. [174] As used herein, the term "antigen-binding fragment" or "antigen-binding portion" of an antibody refers to one or more fragments of an antibody or protein that retain the ability to specifically bind to an antigen (e.g., HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KITP, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). Antigen-binding fragments may also retain the ability to internalize into a cell expressing the antigen. In some embodiments, antigen-binding fragments also retain immune effector activity. It has been shown that fragments of a full-length antibody can perform the antigen-binding function of a full-length antibody. Examples of binding fragments encompassed by the term "antigen binding fragment" or "antigen binding portion" of an antibody include: (i) Fab fragment, a monovalent fragment consisting of V domainsL, VH, CL and CH1; (ii) F(ab')2-fragment, a bivalent fragment containing two Fab fragments connected by a disulfide bridge in the hinge region; (iii) Fd fragment consisting of V domainsH and CH1; (iv) Fv fragment consisting of V domainsL and VH one arm of the antibody; (v) a dAb fragment that contains a single variable domain, such as the V domainH (See, for example, Ward et al. (1989) Nature 341:544-6; and International Publication No. WO 1990/005144); and (vi) a dedicated complementarity determining region (CDR). In addition, although the two domains of the Fv fragment, VL and VH, are encoded by separate genes, using recombinant methods, they can be connected using a synthetic linker, which allows them to be obtained as a single protein chain, in which the VL and VH pair to form a monovalent molecule (known as single chain Fv (scFv)). See, for example, Bird et al. (1988) Science 242:423-6; and Huston et al. (1988) Proc Natl Acad Sci. USA 85:5879-83. Such single chain antibodies are also intended to be encompassed by the term "antigen binding fragment" or "antigen binding portion" of an antibody, and are known in the art as an illustrative type of binding fragment that can be internalized into cells after binding (see, e.g., Zhu et al. (2010) 9:2131-41, He et al (2010) J Nucl Med 51:427-32 and Fitting et al (2015) MAbs 7:390-402). In certain embodiments, scFv molecules may be included in a fusion protein. Other forms of single chain antibodies, such as diabodies, are also covered. Diabodies are bivalent, bispecific antibodies in which the V domainsH and VL are expressed on the same polypeptide chain, but using a linker that is too short to allow pairing between two domains on the same chain, thereby causing the domains to pair with complementary domains on the other chain and create two antigen-binding sites (see, e.g., Holliger et al (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90:6444-8 and Poljak et al (1994) Structure 2:1121-3). Antigen binding fragments are prepared using conventional techniques known to those skilled in the art, and the binding fragments are screened for utility (eg, binding affinity, internalization) in the same manner as intact antibodies. Antigen-binding fragments can be obtained by cleavage of the intact protein, for example with a protease or chemical cleavage.
[175] "Интернализующиеся", как применяется в данном документе при ссылке на антитело или антигенсвязывающий фрагмент, относится к антителу или антигенсвязывающему фрагменту, которые могут захватываться через липидную бислойную мембрану клетки во внутренний компартмент (т. е. "подвергаться интернализации") после связывания с клеткой, предпочтительно в компартмент деградации в клетке. Например, интернализующееся антитело к HER2 представляет собой антитело, которое может захватываться в клетку после связывания с HER2 на клеточной мембране. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, применяемые в ADC, раскрытых в данном документе, целенаправленно воздействуют на антиген клеточной поверхности (например, HER2) и представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент (т. е. ADC переносится через клеточную мембрану после связывания антигена). В некоторых вариантах осуществления интернализующееся антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывают рецептор на клеточной поверхности. Интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на рецептор на клеточной мембране, могут индуцировать опосредованный рецептором эндоцитоз. В некоторых вариантах осуществления интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент захватываются в клетку посредством опосредованного рецептором эндоцитоза. [175] “Internalizing,” as used herein when referring to an antibody or antigen-binding fragment, refers to an antibody or antigen-binding fragment that can be taken up through the lipid bilayer membrane of a cell into an internal compartment (i.e., “subject to internalization”) after binding with the cell, preferably in the degradation compartment of the cell. For example, an internalizing anti-HER2 antibody is an antibody that can be taken up into a cell after binding to HER2 on the cell membrane. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment used in the ADCs disclosed herein targets a cell surface antigen (e.g., HER2) and is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment (i.e., the ADC is transported across the cell membrane upon binding antigen). In some embodiments, the internalizing antibody or antigen-binding fragment binds a receptor on the cell surface. An internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment that targets a receptor on the cell membrane can induce receptor-mediated endocytosis. In some embodiments, the internalizing antibody or internalizing antigen-binding fragment is taken up into the cell via receptor-mediated endocytosis.
[176] "Неинтернализующиеся", как применяется в данном документе при ссылке на антитело или антигенсвязывающий фрагмент, относится к антителу или антигенсвязывающему фрагменту, которые сохраняются на клеточной поверхности после связывания с клеткой. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, применяемые в ADC, раскрытых в данном документе, целенаправленно воздействуют на антиген клеточной поверхности и представляют собой неинтернализующееся антитело или неинтернализующийся антигенсвязывающий фрагмент (т. е. ADC остается на клеточной поверхности и не переносится через клеточную мембрану после связывания антигена). В некоторых вариантах осуществления неинтернализующееся антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывают неинтернализующийся рецептор или другой антиген клеточной поверхности. Иллюстративные неинтернализующиеся антигены поверхности клетки включают без ограничения CA125 и CEA, и антитела, которые связываются с неинтернализующимися антигенами-мишенями также известны из уровня техники (см., например, Bast et al. (1981) J Clin Invest. 68(5):1331-7; Scholler and Urban (2007) Biomark Med. 1(4):513-23; и Boudousq et al. (2013) PLoS One 8(7):e69613).[176] "Non-internalizing", as used herein when referring to an antibody or antigen-binding fragment, refers to an antibody or antigen-binding fragment that is retained on the cell surface after binding to a cell. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment used in the ADCs disclosed herein targets a cell surface antigen and is a non-internalizing antibody or non-internalizing antigen-binding fragment (i.e., the ADC remains on the cell surface and is not transported across the cell membrane after antigen binding). In some embodiments, the non-internalizing antibody or antigen-binding fragment binds a non-internalizing receptor or other cell surface antigen. Illustrative non-internalizing cell surface antigens include, without limitation, CA125 and CEA, and antibodies that bind to non-internalizing target antigens are also known in the art (see, for example, Bast et al. (1981) J Clin Invest. 68(5):1331 -7; Scholler and Urban (2007) Biomark Med. 1(4):513-23; and Boudousq et al. (2013) PLoS One 8(7):e69613).
[177] Применяемый в данном документе термин "рецептор 2 эпидермального фактора роста человека", "HER2" или "HER2/NEU" относится к любой нативной форме HER2 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность HER2 (например, эталонную последовательность в UniProt: P04626; SEQ ID NO:31), а также любую форму HER2 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты HER2 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций HER2 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). HER2 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[177] As used herein, the term "human epidermal
[178] Термин "антитело к HER2" или "антитело, которое связывается с HER2" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с HER2, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с HER2. В патенте США № 5821337, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные HER2-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. Трастузумаб (патент США № 5821337; Molina et al. (2001) Cancer Res. 61(12):4744-9) представляет собой иллюстративное антитело к HER2 человека.[178] The term "anti-HER2 antibody" or "antibody that binds to HER2" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to HER2, and includes monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to HER2. US Pat. No. 5,821,337, incorporated herein by reference, provides exemplary HER2 binding sequences, including exemplary anti-HER2 antibody sequences. In some embodiments, the anti-HER2 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. Trastuzumab (US Pat. No. 5,821,337; Molina et al. (2001) Cancer Res. 61(12):4744-9) is an exemplary anti-human HER2 antibody.
[179] Применяемый в данном документе термин "синдекан-1", "SDC1" или "CD138" относится к любой нативной форме CD138 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность CD138 (например, эталонную последовательность в UniProt: P18827; SEQ ID NO:32), а также любую форму CD138 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты CD138 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций CD138 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). CD138 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[179] As used herein, the term "syndecan-1", "SDC1", or "CD138" refers to any native form of human CD138. The term encompasses the full-length sequence of CD138 (eg, the reference sequence in UniProt: P18827; SEQ ID NO:32) as well as any form of human CD138 that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of human CD138, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human CD138 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). CD138 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[180] Термин "антитело к CD138 " или "антитело, которое связывается с CD138" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с CD138, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. B-B4 (Tassone et al. (2004) Blood 104:3688-96) представляет собой иллюстративное антитело к CD138 человека. [180] The term "anti-CD138 antibody" or "antibody that binds to CD138" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to CD138, and includes monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to CD138. In some embodiments, the anti-CD138 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. B-B4 (Tassone et al. (2004) Blood 104:3688-96) is an exemplary anti-human CD138 antibody.
[181] Применяемый в данном документе термин "рецептор 2 эфрина типа-A" или "EPHA2" относится к любой нативной форме EPHA2 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность EPHA2 (например, эталонную последовательность в UniProt: P29317; SEQ ID NO:33), а также любую форму EPHA2 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты EPHA2 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций EPHA2 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). EPHA2 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[181] As used herein, the term "ephrin type-
[182] Термин "антитело к EPHA2" или "антитело, которое связывается с EPHA2" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с EPHA2, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с EPHA2. В WO 2007/030642, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные EPHA2-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. 1C1 (WO 2007/030642; Jackson et al. (2008) Cancer Res. 68(22): 9367-74) представляет собой иллюстративное антитело к EPHA2 человека.[182] The term "anti-EPHA2 antibody" or "antibody that binds to EPHA2" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to EPHA2, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to EPHA2. WO 2007/030642, incorporated herein by reference, provides exemplary EPHA2 binding sequences, including exemplary anti-EPHA2 antibody sequences. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. 1C1 (WO 2007/030642; Jackson et al. (2008) Cancer Res. 68(22): 9367-74) is an exemplary anti-human EPHA2 antibody.
[183] Применяемый в данном документе термин "мезотелин" или "MSLN" относится к любой нативной форме MSLN человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность MSLN (например, эталонную последовательность в UniProt: Q13421; SEQ ID NO:43), а также любую форму MSLN человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты MSLN человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций MSLN человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). MSLN может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[183] As used herein, the term "mesothelin" or "MSLN" refers to any native form of human MSLN. The term encompasses the full-length MSLN sequence (eg, the reference sequence in UniProt: Q13421; SEQ ID NO:43) as well as any form of human MSLN that may be processed in a cell. The term also encompasses functional variants or fragments of human MSLNs, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of a human MSLN (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). The MSLN may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[184] Термин "антитело к MSLN" или "антитело, которое связывается с MSLN" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с MSLN, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с MSLN. В WO 2011/074621, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные MSLN-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело к MSLN, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. 11-25, IC14-30, IC7-4, IC17-35 и 2-9 представляют собой иллюстративные антитела к MSLN человека.[184] The term "anti-MSLN antibody" or "antibody that binds to MSLN" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to MSLNs, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to MSLNs. WO 2011/074621, incorporated herein by reference, provides exemplary MSLN binding sequences, including exemplary anti-MSLN antibody sequences. In some embodiments, the anti-MSLN antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. 11-25, IC14-30, IC7-4, IC17-35, and 2-9 are exemplary anti-human MSLN antibodies.
[185] Применяемый в данном документе термин "глутаматкарбоксипептидаза 2" или "FOLH1" относится к любой нативной форме FOLH1 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность FOLH1 (например, эталонную последовательность в UniProt: Q04609; SEQ ID NO:44), а также любую форму FOLH1 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты FOLH1 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций FOLH1 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). FOLH1 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[185] As used herein, the term "
[186] Термин "антитело к FOLH1" или "антитело, которое связывается с FOLH1" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с FOLH1, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с FOLH1. В WO 2019/012260 и WO 2017/212250, включенных в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные FOLH1-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело к FOLH1, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. J591 (деиммунизированное) представляет собой иллюстративное антитело к FOLH1 человек.[186] The term "anti-FOLH1 antibody" or "antibody that binds to FOLH1" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g., specifically binds, to FOLH1, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to FOLH1. WO 2019/012260 and WO 2017/212250, incorporated herein by reference, provide exemplary FOLH1 binding sequences, including exemplary anti-FOLH1 antibody sequences. In some embodiments, the anti-FOLH1 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. J591 (deimmunized) is an exemplary anti-human FOLH1 antibody.
[187] Применяемый в данном документе термин "кадгерин-6" или "CDH6" относится к любой нативной форме CDH6 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность CDH6 (например, эталонную последовательность в UniProt: P55285; SEQ ID NO:45), а также любую форму CDH6 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты CDH6 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций CDH6 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). CDH6 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[187] As used herein, the term "cadherin-6" or "CDH6" refers to any native form of human CDH6. The term encompasses the full-length sequence of CDH6 (eg, the reference sequence in UniProt: P55285; SEQ ID NO:45) as well as any form of human CDH6 that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of human CDH6, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human CDH6 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). CDH6 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[188] Термин "антитело к CDH6" или "антитело, которое связывается с CDH6" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с CDH6, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с CDH6. В WO 2018/185618, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные CDH6-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело к CDH6, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[188] The term "anti-CDH6 antibody" or "antibody that binds to CDH6" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to CDH6, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to CDH6. WO 2018/185618, incorporated herein by reference, provides exemplary CDH6 binding sequences, including exemplary anti-CDH6 antibody sequences. In some embodiments, the anti-CDH6 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[189] Применяемый в данном документе термин "молекула 5 клеточной адгезии, родственная карциноэмбриональному антигену" или "CEACAM5" относится к любой нативной форме CEACAM5 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность CEACAM5 (например, эталонную последовательность в UniProt: P06731; SEQ ID NO:46), а также любую форму CEACAM5 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты CEACAM5 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций CEACAM5 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). CEACAM5 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[189] As used herein, the term "cell adhesion molecule 5 related to carcinoembryonic antigen" or "CEACAM5" refers to any native form of human CEACAM5. The term encompasses the full length sequence of CEACAM5 (eg, the reference sequence in UniProt: P06731; SEQ ID NO:46) as well as any form of human CEACAM5 that may be processed in a cell. The term also encompasses functional variants or fragments of human CEACAM5, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human CEACAM5 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). CEACAM5 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[190] Термин "антитело к CEACAM5" или "антитело, которое связывается с CEACAM5" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с CEACAM5, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с CEACAM5. В US 2015/0125386, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные CEACAM5-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело к CEACAM5, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. hMN14 представляет собой иллюстративное антитело к CEACAM5 человека.[190] The term "anti-CEACAM5 antibody" or "antibody that binds to CEACAM5" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to CEACAM5, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to CEACAM5. US 2015/0125386, incorporated herein by reference, provides exemplary CEACAM5 binding sequences, including exemplary anti-CEACAM5 antibody sequences. In some embodiments, the anti-CEACAM5 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. hMN14 is an exemplary anti-human CEACAM5 antibody.
[191] Применяемый в данном документе термин "представитель 1B семейства криптических белков" или "CFC1B" относится к любой нативной форме CFC1B человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность CFC1B (например, эталонную последовательность в UniProt: P0CG36; SEQ ID NO:47), а также любую форму CFC1B человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты CFC1B человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций CFC1B человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). CFC1B может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[191] As used herein, the term "cryptic protein family member 1B" or "CFC1B" refers to any native form of human CFC1B. The term encompasses the full-length sequence of CFC1B (eg, the reference sequence in UniProt: P0CG36; SEQ ID NO:47) as well as any form of human CFC1B that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of human CFC1B, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human CFC1B (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). CFC1B may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[192] Термин "антитело к CFC1B" или "антитело, которое связывается с CFC1B" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с CFC1B, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с CFC1B. В WO 2002/088170, включенном в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные CFC1B-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело к CFC1B, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[192] The term "anti-CFC1B antibody" or "antibody that binds to CFC1B" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to CFC1B, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to CFC1B. WO 2002/088170, incorporated herein by reference, provides exemplary CFC1B binding sequences, including exemplary anti-CFC1B antibody sequences. In some embodiments, the anti-CFC1B antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[193] Применяемый в данном документе термин "член 3 семейства эктонуклеотидпирофосфатаз/фосфодиэстераз" или "ENPP3" относится к любой нативной форме ENPP3 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность ENPP3 (например, эталонную последовательность в UniProt: O14638; SEQ ID NO:48), а также любую форму ENPP3 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты ENPP3 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций ENPP3 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). ENPP3 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[193] As used herein, the term "ectonucleotide pyrophosphatase/
[194] Термин "антитело к ENPP3" или "антитело, которое связывается с ENPP3" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с ENPP3, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с ENPP3. В работе Donate et al. ((2016) Clin Cancer Res. 22(8):1989-99), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные ENPP3-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело к ENPP3, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[194] The term "anti-ENPP3 antibody" or "antibody that binds to ENPP3" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g., specifically binds, to ENPP3, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to ENPP3. Donate et al. ((2016) Clin Cancer Res. 22(8):1989-99), incorporated herein by reference, provides exemplary ENPP3 binding sequences, including exemplary anti-ENPP3 antibody sequences. In some embodiments, the anti-ENPP3 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[195] Применяемый в данном документе термин "фолатный рецептор-альфа" или "FOLR1" относится к любой нативной форме FOLR1 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность FOLR1 (например, эталонную последовательность в UniProt: P15328; SEQ ID NO:49), а также любую форму FOLR1 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты FOLR1 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций FOLR1 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). FOLR1 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[195] As used herein, the term "folate receptor alpha" or "FOLR1" refers to any native form of human FOLR1. The term encompasses the full length sequence of FOLR1 (eg, the reference sequence in UniProt: P15328; SEQ ID NO:49) as well as any form of human FOLR1 that may be processed in the cell. The term also encompasses functional variants or fragments of human FOLR1, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human FOLR1 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). FOLR1 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[196] Термин "антитело к FOLR1" или "антитело, которое связывается с FOLR1" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с FOLR1, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с FOLR1. В WO 2005/080431 и Coney et al. ((1991) Cancer Res. 51(22):6125-32), включенных в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные FOLR1-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело к FOLR1, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела. Фарлетузумаб и MOv19 представляют собой иллюстративные антитела к FOLR1 человека.[196] The term "anti-FOLR1 antibody" or "antibody that binds to FOLR1" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to FOLR1, and includes monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided they bind, eg bind specifically, to FOLR1. In WO 2005/080431 and Coney et al. ((1991) Cancer Res. 51(22):6125-32), incorporated herein by reference, provides exemplary FOLR1 binding sequences, including exemplary anti-FOLR1 antibody sequences. In some embodiments, the anti-FOLR1 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment. Farletuzumab and MOv19 are exemplary anti-human FOLR1 antibodies.
[197] Применяемый в данном документе термин "клеточный рецептор 1 вируса гепатита A" или "HAVCR1" относится к любой нативной форме HAVCR1 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность HAVCR1 (например, эталонную последовательность в UniProt: Q96D42; SEQ ID NO:50), а также любую форму HAVCR1 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты HAVCR1 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций HAVCR1 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). HAVCR1 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[197] As used herein, the term "hepatitis A
[198] Термин "антитело к HAVCR1" или "антитело, которое связывается с HAVCR1" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с HAVCR1, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с HAVCR1. В работе Thomas et al. ((2016) Mol Cancer Ther. 15(12):2946-54), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные HAVCR1-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело к HAVCR1, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[198] The term "anti-HAVCR1 antibody" or "antibody that binds to HAVCR1" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to HAVCR1, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to HAVCR1. Thomas et al. ((2016) Mol Cancer Ther. 15(12):2946-54), incorporated herein by reference, provides exemplary HAVCR1 binding sequences, including exemplary anti-HAVCR1 antibody sequences. In some embodiments, the anti-HAVCR1 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[199] Применяемый в данном документе термин " рецептор Kit фактора роста тучных/стволовых клеток" или "KIT" относится к любой нативной форме KIT человек. Термин охватывает полноразмерную последовательность KIT (например, эталонную последовательность в UniProt: P10721; SEQ ID NO:51), а также любую форму KIT человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты KIT человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций KIT человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). KIT может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[199] As used herein, the term "mast/stem cell growth factor receptor Kit" or "KIT" refers to any native form of human KIT. The term encompasses the full-length sequence of KIT (eg, the reference sequence in UniProt: P10721; SEQ ID NO:51) as well as any form of human KIT that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of a human KIT, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of a human KIT (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). The KIT may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[200] Термин "антитело к KIT" или "антитело, которое связывается с KIT" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с KIT, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с KIT. В работах Shi et al. ((2016) Proc Natl Acad Sci USA 113(33):E4784-93) и Abrams et al. ((2018) Clin Cancer Res. 24(17):4297-308), включенных в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные KIT-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело к KIT, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[200] The term "anti-KIT antibody" or "antibody that binds to KIT" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to KIT, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to the KIT. Shi et al. ((2016) Proc Natl Acad Sci USA 113(33):E4784-93) and Abrams et al. ((2018) Clin Cancer Res. 24(17):4297-308), incorporated herein by reference, provides exemplary KIT binding sequences, including exemplary anti-KIT antibody sequences. In some embodiments, the anti-KIT antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[201] Применяемый в данном документе термин "рецептор фактора роста гепатоцитов" или "MET" относится к любой нативной форме MET человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность MET (например, эталонную последовательность в UniProt: P08581; SEQ ID NO:52), а также любую форму MET человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты MET человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций MET человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). MET может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[201] As used herein, the term "hepatocyte growth factor receptor" or "MET" refers to any native form of human MET. The term encompasses the full-length sequence of MET (eg, the reference sequence in UniProt: P08581; SEQ ID NO:52) as well as any form of human MET that may be processed in a cell. The term also encompasses functional variants or fragments of human MET, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human MET (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). MET may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[202] Термин "антитело к MET" или "антитело, которое связывается с MET" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с MET, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с MET. В работе Yang et al. ((2019) Acta Pharmacol Sin.), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные MET-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к MET. В некоторых вариантах осуществления антитело к MET, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[202] The term "anti-MET antibody" or "antibody that binds to MET" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g., specifically binds, to MET, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to MET. Yang et al. ((2019) Acta Pharmacol Sin.), incorporated herein by reference, provides exemplary MET binding sequences, including exemplary anti-MET antibody sequences. In some embodiments, the anti-MET antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[203] Применяемый в данном документе термин "муцин-16" или "MUC16" относится к любой нативной форме MUC16 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность MUC16 (например, эталонную последовательность в UniProt: Q8WXI7; SEQ ID NO:53), а также любую форму MUC16 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты MUC16 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций MUC16 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). MUC16 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[203] As used herein, the term "mucin-16" or "MUC16" refers to any native form of human MUC16. The term encompasses the full-length sequence of MUC16 (eg, the reference sequence in UniProt: Q8WXI7; SEQ ID NO:53) as well as any form of human MUC16 that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of human MUC16, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human MUC16 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). MUC16 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[204] Термин "антитело к MUC16" или "антитело, которое связывается с MUC16" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с MUC16, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с MUC16. В работе Liu et al. ((2016) Ann Oncol. 27(11):2124-30), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные MUC16-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело к MUC16, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[204] The term "anti-MUC16 antibody" or "antibody that binds to MUC16" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to MUC16, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to MUC16. Liu et al. ((2016) Ann Oncol. 27(11):2124-30), incorporated herein by reference, provides exemplary MUC16 binding sequences, including exemplary anti-MUC16 antibody sequences. In some embodiments, the anti-MUC16 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[205] Применяемый в данном документе термин "транспортер цинка ZIP6" или "SLC39A6" относится к любой нативной форме SLC39A6 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность SLC39A6 (например, эталонную последовательность в UniProt:Q13433; SEQ ID NO:54), а также любую форму SLC39A6 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты SLC39A6 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций SLC39A6 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). SLC39A6 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[205] As used herein, the term "zinc transporter ZIP6" or "SLC39A6" refers to any native form of human SLC39A6. The term encompasses the full length sequence of SLC39A6 (eg, the reference sequence in UniProt:Q13433; SEQ ID NO:54) as well as any form of human SLC39A6 that may be processed in the cell. The term also encompasses functional variants or fragments of human SLC39A6, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human SLC39A6 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). SLC39A6 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[206] Термин "антитело к SLC39A6" или "антитело, которое связывается с SLC39A6" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с SLC39A6, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с SLC39A6. В работе Sussman et al. ((2014) Mol Cancer Ther. 13(12):2991-3000), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные SLC39A6-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело к SLC39A6, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[206] The term "anti-SLC39A6 antibody" or "antibody that binds to SLC39A6" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to SLC39A6, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to SLC39A6. Sussman et al. ((2014) Mol Cancer Ther. 13(12):2991-3000), incorporated herein by reference, provides exemplary SLC39A6 binding sequences, including exemplary anti-SLC39A6 antibody sequences. In some embodiments, the anti-SLC39A6 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[207] Применяемый в данном документе термин "белок 4, подобный транспортеру холина" или "SLC44A4" относится к любой нативной форме SLC44A4 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность SLC44A4 (например, эталонную последовательность в UniProt: Q53GD3; SEQ ID NO:55), а также любую форму SLC44A4 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты SLC44A4 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций SLC44A4 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). SLC44A4 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[207] As used herein, the term "choline transporter-
[208] Термин "антитело к SLC44A4" или "антитело, которое связывается с SLC44A4" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с SLC44A4, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с SLC44A4. В работе Mattie et al. ((2016) Mol Cancer Ther. 15(11):2679-87), включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные SLC44A4-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело к SLC44A4, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[208] The term "anti-SLC44A4 antibody" or "antibody that binds to SLC44A4" refers to any form of antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to SLC44A4, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided they bind, eg bind specifically, to SLC44A4. Mattie et al. ((2016) Mol Cancer Ther. 15(11):2679-87), incorporated herein by reference, provides exemplary SLC44A4 binding sequences, including exemplary anti-SLC44A4 antibody sequences. In some embodiments, the anti-SLC44A4 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[209] Применяемый в данном документе термин "металлоредуктаза STEAP1" или "STEAP1" относится к любой нативной форме STEAP1 человека. Термин охватывает полноразмерную последовательность STEAP1 (например, эталонную последовательность в UniProt: Q9UHE8; SEQ ID NO:56), а также любую форму STEAP1 человека, которая может происходить в результате процессинга в клетке. Термин также охватывает функциональные варианты или фрагменты STEAP1 человека, включая без ограничения сплайс-варианты, аллельные варианты и изоформы, которые сохраняют одну или несколько биологических функций STEAP1 человека (т. е. охватываются варианты и фрагменты, если контекст не указывает на то, что термин применяется для обозначения только белка дикого типа). STEAP1 может быть выделен из человека или может быть получен рекомбинантным образом или с помощью синтетических способов.[209] As used herein, the term "metal reductase STEAP1" or "STEAP1" refers to any native form of human STEAP1. The term encompasses the full length sequence of STEAP1 (eg, the reference sequence in UniProt: Q9UHE8; SEQ ID NO:56) as well as any form of human STEAP1 that may result from cellular processing. The term also encompasses functional variants or fragments of human STEAP1, including, without limitation, splice variants, allelic variants, and isoforms that retain one or more of the biological functions of human STEAP1 (i.e., variants and fragments are covered unless the context indicates that the term used to refer to the wild-type protein only). STEAP1 may be isolated from a human or may be produced recombinantly or by synthetic means.
[210] Термин "антитело к STEAP1" или "антитело, которое связывается с STEAP1" относится к любой форме антитела или его фрагмента, которые связываются, например специфически связываются, с STEAP1, и охватывает моноклональные антитела (включая полноразмерные моноклональные антитела), поликлональные антитела и биологически функциональные фрагменты антител, при условии, что они связываются, например специфически связываются, с STEAP1. В WO 2008/052187, включенной в данный документ посредством ссылки, представлены иллюстративные STEAP1-связывающие последовательности, включая иллюстративные последовательности антител к STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело к STEAP1, применяемое в ADC, раскрытых в данном документе, представляет собой интернализующееся антитело или интернализующийся фрагмент антитела.[210] The term "anti-STEAP1 antibody" or "antibody that binds to STEAP1" refers to any form of an antibody or fragment thereof that binds, e.g. specifically binds, to STEAP1, and encompasses monoclonal antibodies (including full-length monoclonal antibodies), polyclonal antibodies and biologically functional antibody fragments, provided that they bind, eg bind specifically, to STEAP1. WO 2008/052187, incorporated herein by reference, provides exemplary STEAP1 binding sequences, including exemplary anti-STEAP1 antibody sequences. In some embodiments, the anti-STEAP1 antibody used in the ADCs disclosed herein is an internalizing antibody or an internalizing antibody fragment.
[211] Применяемый в данном документе термин "специфический" "специфически связывает" или "связывается специфическим образом" относится к реакции связывания между антителом или антигенсвязывающим фрагментом (например, антителом к HER2 ) и антигеном-мишенью (например, HER2) в неоднородной популяции белков и других биологических молекул. Антитела можно тестировать в отношении специфичности связывания путем сравнения связывания с соответствующим антигеном со связыванием с нерелевантным антигеном или смесью антигенов при определенном наборе условий. Если антитело связывается с соответствующим антигеном с аффинностью, прерывающей в по меньшей мере 2, 5, 7 и предпочтительно 10 или более раз, аффинность нерелевантного антигена или смеси антигенов, то считается, что оно является специфическим. "Специфическое антитело" или "мишень-специфическое антитело" представляет собой антитело, которое связывается только с антигеном-мишенью (например, HER2), но не связывается (или проявляет минимальное связывание) с другими антигенами. В определенных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые специфически связывают антиген-мишень (например, HER2), характеризуются KD, составляющей менее 1×10-6 M, менее 1×10-7 M, менее 1×10-8 M, менее 1×10-9 M, менее 1×10-10 M, менее 1×10-11 M, менее 1×10-12 M или менее 1×10-13 M. В некоторых вариантах осуществления KD составляет от 1 пМ до 500 пМ. В некоторых вариантах осуществления KD составляет от 500 пМ до 1 мкМ, от 1 мкМ до 100 нМ или от 100 мМ до 10 нМ.[211] As used herein, the term "specific""specificallybinds" or "binds in a specific manner" refers to a binding reaction between an antibody or antigen-binding fragment (eg, an anti-HER2 antibody) and a target antigen (eg, HER2) in a heterogeneous population of proteins and other biological molecules. Antibodies can be tested for binding specificity by comparing binding to an appropriate antigen with binding to an irrelevant antigen or mixture of antigens under a defined set of conditions. If an antibody binds to the corresponding antigen with an affinity interrupting at least 2, 5, 7 and preferably 10 or more times the affinity of an irrelevant antigen or mixture of antigens, then it is considered to be specific. A "specific antibody" or "target-specific antibody" is an antibody that binds only to a target antigen (eg, HER2) but does not bind (or shows minimal binding) to other antigens. In certain embodiments, an antibody or antigen-binding fragment that specifically binds a target antigen (eg, HER2) has a K D of less than 1×10 -6 M, less than 1×10 -7 M, less than 1×10 -8 M, less than 1×10 -9 M, less than 1×10 -10 M, less than 1×10 -11 M, less than 1×10 -12 M, or less than 1×10 -13 M. In some embodiments, the implementation of K D is from 1 pM up to 500 pM. In some embodiments, the K D is 500 pM to 1 μM, 1 μM to 100 nM, or 100 mM to 10 nM.
[212] Термин "эпитоп" относится к части антигена, которую может распознавать антитело или специфически связываться с ней. Если антиген представляет собой полипептид, эпитопы могут быть образованы из смежных аминокислот или несмежных аминокислот, приводимых в соприкосновение за счет третичной укладки полипептида. Эпитоп, связываемый антителом, может быть идентифицирован с применением любой методики картирования эпитопов, известной из уровня техники, включая рентгеноструктурную кристаллографию для идентификации эпитопов путем непосредственной визуализации комплекса антиген-антитело, а также отслеживания связывания антитела с фрагментами или мутированными вариантами антигена или отслеживание доступа растворителя к разным частям антитела и антигена. Иллюстративные стратегии, применяемые для картирования эпитопов антитела, включают без ограничения олигопептидное сканирование на основе массива, ограниченный протеолиз, сайт-направленный мутагенез, высокопроизводительное картирование на основе мутагенеза, водород-дейтериевый обмен и масс-спектрометрию (см., например, Gershoni et al. (2007) 21:145-56; и Hager-Braun and Tomer (2005) Expert Rev Proteomics 2:745-56). [212] The term "epitope" refers to the portion of an antigen that an antibody can recognize or specifically bind to. If the antigen is a polypeptide, epitopes can be formed from contiguous amino acids or non-contiguous amino acids brought into contact by the tertiary folding of the polypeptide. An antibody-bound epitope can be identified using any epitope mapping technique known in the art, including X-ray diffraction crystallography to identify epitopes by directly visualizing the antigen-antibody complex, as well as monitoring antibody binding to antigen fragments or mutants, or monitoring solvent access to different parts of the antibody and antigen. Exemplary strategies used to map antibody epitopes include, but are not limited to, array-based oligopeptide scanning, limited proteolysis, site-directed mutagenesis, high-throughput mutagenesis-based mapping, hydrogen-deuterium exchange, and mass spectrometry (see, e.g., Gershoni et al. (2007) 21:145-56 and Hager-Braun and Tomer (2005) Expert Rev Proteomics 2:745-56).
[213] Для определения антител, совместно связывающих идентичные или перекрывающиеся эпитопы, также можно применять конкурентное связывание и эпитоп-специфическую сортировку. Конкурентное связывание может оцениваться с применением анализ перекрестного блокирования, такого как анализ, описанный в "Antibodies, A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory, Harlow and Lane (1ое изд. 1988, 2ое изд. 2014). В некоторых вариантах осуществления конкурентное связывание идентифицируют, если тестируемое антитело или связывающий белок снижают связывание эталонного антитела или связывающего белка с антигеном-мишенью, таким как HER2 (например, связывающего белка, содержащего CDR и/или вариабельные домены, выбранные из идентифицированных в таблицах 2-4), на по меньшей мере приблизительно 50% в анализе перекрестного блокирования (например, на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, 99,5% или больше, или на любой процент между ними) и/или наоборот. В некоторых вариантах осуществления конкурентное связывание может быть обусловлено общими или подобными (например, частично перекрывающимися) эпитопами или обусловлено стерическим несоответствием, при котором антитела или связывающие белки связываются на близкорасположенных эпитопах (см., например, Tzartos, Methods in Molecular Biology (Morris, ed. (1998) vol. 66, pp. 55-66)). В некоторых вариантах осуществления конкурентное связывание можно использовать для сортировки групп связывающих белков, которые имеют аналогичные эпитопы. Например, связывающие белки, которые конкурируют за связывание, могут быть "отсортированы" как группа связывающих белков, которые имеют перекрывающиеся или близкорасположенные эпитопы, в то время как белки, которые не конкурируют, помещают в отдельную группу связывающих белков, которые не имеют перекрывающихся или близкорасположенных эпитопов.[213] Competitive binding and epitope-specific sorting can also be used to identify antibodies that co-bind identical or overlapping epitopes. Competitive binding can be assessed using a cross-blocking assay, such as the assay described in "Antibodies, A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory, Harlow and Lane ( 1st ed. 1988, 2nd ed. 2014). In some embodiments, competitive binding is identified if a test antibody or binding protein reduces the binding of a reference antibody or binding protein to a target antigen such as HER2 (e.g., a binding protein containing CDRs and/or variable domains selected from those identified in Tables 2- 4), at least about 50% in a cross-blocking assay (e.g., 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, 99.5% or more, or any percentage between them) and/or vice versa. In some embodiments, competitive binding may be due to common or similar (e.g., partially overlapping) epitopes, or due to steric mismatch in which antibodies or binding proteins bind to closely spaced epitopes (see, e.g., Tzartos, Methods in Molecular Biology (Morris, ed. (1998) vol.66, pp. 55-66)). In some embodiments, competitive binding can be used to sort groups of binding proteins that have similar epitopes. For example, binding proteins that compete for binding can be "sorted" into a group of binding proteins that have overlapping or closely spaced epitopes, while proteins that do not compete are placed into a separate group of binding proteins that do not have overlapping or closely spaced epitopes. epitopes.
[214] Термин "kon" или "ka" относится к константе скорости ассоциации в случае ассоциации антитела с антигеном с образованием комплекса антитело/антиген. Скорость может быть определена с применением стандартных анализов, таких как поверхностный плазмонный резонанс, биослойная инферометрия или ELISA-анализ.[214] The term "k on " or "k a " refers to the association rate constant when an antibody associates with an antigen to form an antibody/antigen complex. Velocity can be determined using standard assays such as surface plasmon resonance, biolayer inferometry, or ELISA analysis.
[215] Термин "koff" или "kd" относится к константе скорости диссоциации в случае диссоциации антитела из комплекса антитело/антиген. Скорость может быть определена с применением стандартных анализов, таких как поверхностный плазмонный резонанс, биослойная инферометрия или ELISA-анализ.[215] The term "k off " or "k d " refers to the dissociation rate constant when an antibody dissociates from an antibody/antigen complex. Velocity can be determined using standard assays such as surface plasmon resonance, biolayer inferometry or ELISA.
[216] Термин "KD" относится к равновесной константе диссоциации для конкретного взаимодействия антитело-антиген. KD рассчитывают как ka/kd. Скорость может быть определена с применением стандартных анализов, таких как поверхностный плазмонный резонанс, биослойная инферометрия или ELISA-анализ.[216] The term "K D " refers to the equilibrium dissociation constant for a particular antibody-antigen interaction. K D is calculated as k a /k d . Velocity can be determined using standard assays such as surface plasmon resonance, biolayer inferometry, or ELISA analysis.
[217] Термин "p", или "нагрузка лекарственным средством", или "отношение лекарственное средство:антитело", или "соотношение лекарственного средства и антитела", или "DAR" относится к числу фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент, т. е. нагрузке лекарственным средством, или количеству фрагментов -L-D на антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) в ADC формулы (I). В ADC, содержащих фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, "p" относится к числу соединений, представляющих собой модулятор сплайсинга, связанных с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. Например, если с антителом или антигенсвязывающим фрагментом связаны два соединения, представляющие собой модулятор сплайсинга (например, два соединения, каждое из которых имеет структуру D1), p=2. В композициях, содержащих множественные копии ADC формулы (I), "среднее значение p" относится к среднему числу фрагментов -L-D на антитело или антигенсвязывающий фрагмент, также называемому "средняя нагрузка лекарственным средством". [217] The term " p " or "drug loading" or "drug:antibody ratio" or "drug to antibody ratio" or "DAR" refers to the number of drug fragments per antibody or antigen-binding fragment, ie, drug loading, or number of -LD fragments per antibody or antigen binding fragment (Ab) in an ADC of formula (I). In ADCs containing a splice modulator drug moiety, " p " refers to the number of splice modulator compounds associated with the antibody or antigen-binding moiety. For example, if two splicing modulator compounds are bound to an antibody or antigen-binding fragment (eg, two compounds each having a D1 structure), p =2. In compositions containing multiple copies of ADCs of formula (I), "average p " refers to the average number of -LD fragments per antibody or antigen-binding fragment, also referred to as "average drug load".
[218] "Линкер" или "линкерный фрагмент" применяют в данном документе для обозначения любого химического фрагмента, который способен ковалентно соединить соединение, обычно фрагмент-лекарственное средство, такой как фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, с другим фрагментом, таким как антитело или антигенсвязывающий фрагмент. Линкеры могут быть восприимчивыми или в значительной степени устойчивыми к индуцированному кислотой расщеплению, индуцированному пептидазой расщеплению, расщеплению на основе света, индуцированному эстеразой расщеплению и/или расщеплению дисульфидной связи в условиях, при которых соединение или антитело остается активным.[218] "Linker" or "linker moiety" is used herein to refer to any chemical moiety that is capable of covalently linking a compound, typically a drug moiety, such as a splicing modulator drug moiety, to another moiety, such as as an antibody or antigen-binding fragment. Linkers may be susceptible or substantially resistant to acid-induced cleavage, peptidase-induced cleavage, light-based cleavage, esterase-induced cleavage, and/or disulfide bond cleavage under conditions under which the compound or antibody remains active.
[219] Термин "средство" применяют в данном документе для обозначения химического соединения, смеси химических соединений, биологической макромолекулы или экстракта, полученного из биологических материалов. Термин "терапевтическое средство" или "лекарственное средство" относится к средству, которое способно модулировать биологический процесс и/или обладает биологической активностью. Соединения, представляющие собой модулятор сплайсинга, описанные в данном документе, представляю собой иллюстративные терапевтические средства. [219] The term "agent" is used herein to refer to a chemical compound, a mixture of chemical compounds, a biological macromolecule, or an extract derived from biological materials. The term "therapeutic agent" or "drug" refers to an agent that is capable of modulating a biological process and/or has biological activity. The splicing modulator compounds described herein are exemplary therapeutic agents.
[220] Термин "химиотерапевтическое средство" или "противораковое средство" применяют в данном документе для обозначения средств, которые являются эффективными в лечении рака, независимо от механизма действия. Подавление метастазирования или ангиогенеза зачастую является характерной особенностью химиотерапевтического средства. Химиотерапевтические средства включают антитела, биологические молекулы и малые молекулы и охватывают соединения, представляющие собой модулятор сплайсинга, описанные в данном документе. Химиотерапевтическое средство может быть цитотоксическим или цитостатическим средством. Термин "цитостатическое средство" относится к средству, которое ингибирует или подавляет клеточный рост и/или размножение клеток. Термин "цитотоксическое средство" относится к веществу, которое вызывает гибель клеток в первую очередь за счет вмешательства в активность экспрессии и/или функционирование клетки.[220] The term "chemotherapeutic agent" or "anticancer agent" is used herein to refer to agents that are effective in the treatment of cancer, regardless of the mechanism of action. Inhibition of metastasis or angiogenesis is often a feature of a chemotherapeutic agent. Chemotherapeutic agents include antibodies, biological molecules, and small molecules, and encompass the splicing modulator compounds described herein. The chemotherapeutic agent may be a cytotoxic or cytostatic agent. The term "cytostatic agent" refers to an agent that inhibits or inhibits cell growth and/or cell reproduction. The term "cytotoxic agent" refers to a substance that causes cell death primarily by interfering with the expression activity and/or functioning of the cell.
[221] Применяемые в данном документе термины "модулятор сплайсинга", "модулятор сплайсосомы" или "сплайс-модулятор" относятся к соединениям, которые характеризуются противораковой активностью за счет взаимодействия с компонентами сплайсосомы. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга изменяет скорость или форму сплайсинга в клетке-мишени. Модуляторы сплайсинга, которые действуют как ингибирующие средства, например, способны к уменьшению неконтролируемой клеточной пролиферации. В некоторых вариантах осуществления модуляторы сплайсинга могут проявлять свое действие путем связывания с комплексом сплайсосомы SF3b. Такие модуляторы могут быть природными соединениями или синтетическими соединениями. Неограничивающие примеры модуляторов сплайсинга и категории таких модуляторов включают пладиенолид (например, пладиенолид D или пладиенолид B), производные пладиенолида (например, производные пладиенолида D или пладиенолида B), гербоксдиен, производные гербоксдиена, сплайсостатин, производные сплайсостатина, судемицин или производные судемицина. Применяемые в данном документе термины "производное" и "аналог" при ссылке на модулятор сплайсинга и т. п. означают любое такой соединение, которое сохраняет по сути такую же, аналогичную или улучшенную биологическую функцию или активность, что и исходное соединение, но имеет измененную химическую или биологическую структуру. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга представляет собой пладиенолид или производное пладиенолида.[221] As used herein, the terms "splicing modulator", "spliceosome modulator", or "splice modulator" refer to compounds that exhibit anti-cancer activity by interacting with components of the spliceosome. In some embodiments, a splicing modulator changes the rate or shape of splicing in a target cell. Splicing modulators that act as inhibitory agents, for example, are capable of reducing uncontrolled cell proliferation. In some embodiments, splicing modulators may exert their effect by binding to the SF3b spliceosome complex. Such modulators may be natural compounds or synthetic compounds. Non-limiting examples of splicing modulators and categories of such modulators include pladienolide (e.g., pladienolide D or pladienolide B), pladienolide derivatives (e.g., pladienolide D or pladienolide B derivatives), herboxiene, herboxiene derivatives, splicestatin, splicestatin derivatives, sudemycin, or sudemycin derivatives. As used herein, the terms "derivative" and "analogue" when referring to a splicing modulator, etc., mean any such compound that retains substantially the same, similar, or improved biological function or activity as the parent compound, but has an altered chemical or biological structure. In some embodiments, the splicing modulator is a pladienolide or a pladienolide derivative.
[222] Применяемое в данном документе "производное пладиенолида" относится к соединению, которое является структурно связанным с представителем семейства природных продуктов, известных как пладиенолиды, и которое сохраняет одну или несколько биологических функций исходного соединения. Пладиенолиды были впервые идентифицированы у бактерий Streptomyces platensis (Mizui et al. (2004) J Antibiot. 57:188-96) как потенциальные цитотоксические вещества, и они приводят к остановке клеточного цикла на фазе G1 и G2/M клеточного цикла (например, Bonnal et al. (2012) Nat Rev Drug Dis 11:847-59). В природе встречается семь пладиенолидов, пладиенолид A-G (Mizui et al. (2004) J Antibiot. 57:188-96; Sakai et al. (2004) J Antibiotics 57:180-7). В патентах США №№ 7884128 и 7816401 описаны иллюстративные способы синтеза пладиенолида B и D, и каждый из них включен в данный документ посредством ссылки в случае таких способов. Синтез пладиенолида B и D можно также осуществлять с применением иллюстративных способов, описанных в Kanada et al. ((2007) Angew Chem Int Ed. 46:4350-5). В документе Kanada et al. и публикации международной заявки № WO 2003/099813 описаны иллюстративные способы синтеза E7107 (D11) (соединение 45 из WO 2003/099813) из пладиенолида D (11107D из WO 2003/099813). Соответствующий патент США представлен под № 7550503, выданный Kotake et al. Каждая из этих ссылок включена в данный документ для описанных способов синтеза.[222] As used herein, "pladienolide derivative" refers to a compound that is structurally related to a member of the family of natural products known as pladienolides and that retains one or more of the biological functions of the parent compound. Pladienolides were first identified in bacteriaStreptomyces platensis(Mizui et al. (2004) J Antibiot. 57:188-96) as potential cytotoxic agents and they result in cell cycle arrest at the G1 and G2/M phases of the cell cycle (e.g. Bonnal et al. (2012) Nat Rev drugdis 11:847-59). Seven pladienolides occur naturally, pladienolide A-G (Mizui et al. (2004) J Antibiot. 57:188-96; Sakai et al. (2004) J Antibiotics 57:180-7). US Pat. Nos. 7,884,128 and 7,816,401 describe illustrative methods for the synthesis of pladienolide B and D, and are each incorporated herein by reference in the case of such methods. The synthesis of pladienolide B and D can also be carried out using the exemplary methods described in Kanada et al. ((2007) Angew Chem Int. Ed. 46:4350-5). In Kanada et al. and International Application Publication No. WO 2003/099813 describe illustrative methods for the synthesis of E7107 (D11) (compound 45 of WO 2003/099813) from pladienolide D (11107D of WO 2003/099813). The corresponding US Pat. No. 7,550,503 to Kotake et al. Each of these references is included in this document for the described methods of synthesis.
[223] Применяемый в данном документе "фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга" относится к компоненту ADC или композиции, который предусматривает структуру соединения, представляющего собой модулятор сплайсинга, например, компонент-модулятор сплайсинга (D) в ADC формулы (I) или в композиции, содержащей -L-D. [223] As used herein, "splicing modulator drug moiety" refers to an ADC component or composition that provides the structure of a splicing modulator compound, such as the splicing modulator component (D) in an ADC of formula (I) or in a composition containing -L-D.
[224] Применяемая в данном документе "сплайсосома" относится к рибонуклеопротеиновому комплексу, который удаляет интроны из одного или нескольких сегментов РНК, таких сегменты pre-mRNA.[224] As used herein, "spliceosome" refers to a ribonucleoprotein complex that removes introns from one or more RNA segments, such as pre-mRNA segments.
[225] Термин "гомолог" относится к молекуле, которая проявляет гомологию с другой молекулой, например, имеет последовательности химических остатков, которые являются такими же или аналогичными в соответствующих положениях. [225] The term "homolog" refers to a molecule that exhibits homology to another molecule, for example, has sequences of chemical residues that are the same or similar at the appropriate positions.
[226] Применяемый в данном документе термин "ингибировать" или "ингибирование" означает снижение измеряемого количества и может включать, но это не обязательное требуется, полное предотвращение или ингибирование. [226] As used herein, the term "inhibit" or "inhibition" means a reduction in a measurable amount and may include, but is not necessarily required, complete prevention or inhibition.
[227] Термин "отрицательные по мишени", "отрицательные по антигену-мишени" или "отрицательные по антигену" относится к отсутствию экспрессии антигена-мишени в клетке или ткани. Термин "положительные по мишени", "положительные по антигену-мишени" или "положительные по антигену" относится к присутствию экспрессии антигена-мишени. Например, клетка или клеточная линия, которые не экспрессируют антиген-мишень, могут быть описаны как отрицательные по мишени, при этом клетка или клеточная линия, которые экспрессируют антиген-мишень, могут быть описаны как положительные по мишени.[227] The term "target negative", "target antigen negative", or "antigen negative" refers to the absence of target antigen expression in a cell or tissue. The term "target positive", "target antigen positive", or "antigen positive" refers to the presence of expression of the target antigen. For example, a cell or cell line that does not express the target antigen may be are described as target-negative, while a cell or cell line that expresses the target antigen can be described as target-positive.
[228] Термин "неспецифическое уничтожение" или "неспецифический эффект" относится к уничтожению отрицательных по мишени клеток в присутствии положительных по мишени клеток, где уничтожение отрицательных по мишени клеток не наблюдается в отсутствие положительных по мишени клеток. Межклеточный контакт или по меньшей мере близость между положительными по мишени и отрицательными по мишени клетками делает возможным неспецифическое уничтожение. Данный тип уничтожения отличим от "нецелевого уничтожения", которое относится к неизбирательному уничтожению отрицательных по мишени клеток. "Нецелевое уничтожение" может наблюдаться в отсутствие положительных по мишени клеток.[228] The term "non-specific killing" or "non-specific effect" refers to the killing of target-negative cells in the presence of target-positive cells, where killing of target-negative cells is not observed in the absence of target-positive cells. Cell-to-cell contact, or at least proximity, between target-positive and target-negative cells allows non-specific killing. This type of killing is distinguishable from "non-target killing", which refers to the indiscriminate killing of target-negative cells. "Off-target killing" can be observed in the absence of target-positive cells.
[229] Термины "неопластическое нарушение" и "рак" используются в данном документе взаимозаменяемо для обозначения присутствия клеток, обладающих характеристиками, типичными для вызывающих рак клеток, такими как неконтролируемая пролиферация, бессмертие, метастатический потенциал, быстрый рост и скорость пролиферации и/или определенные морфологические признаки. Зачастую раковые клетки могут быть в форме опухоли или массы, но такие клетки могут существовать по отдельности в субъекте или могут циркулировать в кровотоке как независимые клетки, такие как лейкозные или лимфомные клетки. Термины "неопластическое нарушение" и "рак" включают все типы рака и метастазы рака, включая гематологическое злокачественное новообразование, солидные опухоли, саркомы, карциномы и другие виды рака, представляющие собой солидные опухоли и не являющиеся солидными опухолями. Гематологические злокачественные новообразования могут включать B-клеточные злокачественные новообразования, виды рака крови (лейкозы), виды рака плазматических клеток (миеломы, например, множественную миелому) или виды рака лимфатических узлов (лимфомы). Иллюстративные B-клеточные злокачественные новообразования включают хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), фолликулярную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны и диффузную В-крупноклеточную лимфому. Лейкозы могут включать острый лимфобластный лейкоз (ALL), острый миелогенный лейкоз (AML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), хронический миелогенный лейкоз (CML), хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML), острый моноцитарный лейкоз (AMoL) и т. д. Лимфомы могут включать лимфому Ходжкина и неходжкинскую лимфому. Другие гематологические злокачественные новообразования могут включать миелодиспластический синдром (MDS). Солидные опухоли могут включать карциномы, такие как аденокарцинома, например, рак молочной железы, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак толстой кишки или колоректальный рак, рак легкого, рак желудка, рак шейки матки, рак эндометрия, рак яичника, холангиокарциному, глиому, меланому и т. д.[229] The terms "neoplastic disorder" and "cancer" are used interchangeably herein to refer to the presence of cells having characteristics typical of cancer-causing cells, such as uncontrolled proliferation, immortality, metastatic potential, rapid growth and proliferation rate, and/or certain morphological features. Often, cancer cells may be in the form of a tumor or mass, but such cells may exist singly in a subject or may circulate in the bloodstream as independent cells such as leukemic or lymphoma cells. The terms "neoplastic disorder" and "cancer" include all types of cancer and cancer metastases, including hematological malignancies, solid tumors, sarcomas, carcinomas, and other cancers that are solid tumors and non-solid tumors. Hematologic malignancies may include B-cell malignancies, blood cancers (leukemias), plasma cell cancers (myelomas, eg, multiple myeloma), or cancers of the lymph nodes (lymphomas). Illustrative B cell malignancies include chronic lymphocytic leukemia (CLL), follicular lymphoma, mantle cell lymphoma, and diffuse large B cell lymphoma. Leukemias may include acute lymphoblastic leukemia (ALL), acute myelogenous leukemia (AML), chronic lymphocytic leukemia (CLL), chronic myelogenous leukemia (CML), chronic myelomonocytic leukemia (CMML), acute monocytic leukemia (AMoL), etc. Lymphomas may include Hodgkin's lymphoma and non-Hodgkin's lymphoma. Other hematologic malignancies may include myelodysplastic syndrome (MDS). Solid tumors may include carcinomas such as adenocarcinoma, eg, breast cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, colon or colorectal cancer, lung cancer, gastric cancer, cervical cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, cholangiocarcinoma, glioma , melanoma, etc.
[230] Термины "опухоль" и "неоплазма" относятся к любой массе ткани, которая образуется в результате избыточного роста или пролиферации клеток, либо доброкачественной, либо злокачественной, включая предраковые поражения.[230] The terms "tumor" and "neoplasm" refer to any mass of tissue that results from excess growth or proliferation of cells, whether benign or malignant, including precancerous lesions.
[231] Термины "опухолевая клетка" и "неопластическая клетка" используются взаимозаменяемо и относятся к отдельным клеткам или к общей популяции клеток, полученной из опухоли или неоплазмы, включая как неканцерогенные клетки, так и раковые стволовые клетки. Применяемый в данном документе термин "опухолевая клетка" будет модифицирован с помощью термина "неканцерогенная", когда он относится исключительно к тем опухолевым клеткам, у которых отсутствует способность обновляться и дифференцироваться, чтобы отличать эти опухолевые клетки от раковых стволовых клеток.[231] The terms "tumor cell" and "neoplastic cell" are used interchangeably and refer to individual cells or to a general population of cells derived from a tumor or neoplasm, including both non-carcinogenic cells and cancer stem cells. As used herein, the term "tumor cell" will be modified by the term "non-carcinogenic" when it refers solely to those tumor cells that lack the ability to renew and differentiate to distinguish these tumor cells from cancer stem cells.
[232] Термины "субъект" и "пациент" используются взаимозаменяемо в данном документе для обозначения любого животного, такого как любое млекопитающее, включая без ограничения человека, отличных от человека приматов, грызунов и т. п. В некоторых вариантах осуществления млекопитающее является мышью. В некоторых вариантах осуществления млекопитающее является человеком. В некоторых вариантах осуществления субъект является мышью. В некоторых вариантах осуществления субъект является человеком.[232] The terms "subject" and "patient" are used interchangeably herein to refer to any animal, such as any mammal, including, without limitation, humans, non-human primates, rodents, and the like. In some embodiments, the mammal is a mouse. In some embodiments, the mammal is a human. In some embodiments, the subject is a mouse. In some embodiments, the subject is a human.
[233] Термин "совместное введение" или введение "в комбинации с" одним или несколькими терапевтическими средствами включает одновременное введение и последовательное введение в любом порядке.[233] The term "co-administration" or administration "in combination with" one or more therapeutic agents includes simultaneous administration and sequential administration in any order.
[234] "Фармацевтическая композиция" относится к препарату, который находится в такой форме, которая допускает введение и впоследствии обеспечивает предусмотренную биологическую активность активного(-ых) ингредиента(-ов) и/или достижение терапевтического эффекта и которая не содержит дополнительных компонентов, которые являются недопустимо токсичными для субъекта, которому состав будет вводиться. Фармацевтическая композиция может быть стерильной. [234] "Pharmaceutical composition" refers to a preparation that is in a form that allows administration and subsequently provides the intended biological activity of the active(s) ingredient(s) and/or the achievement of a therapeutic effect and which does not contain additional components that are unacceptably toxic to the subject to whom the formulation will be administered. The pharmaceutical composition may be sterile.
[235] "Фармацевтическое вспомогательное вещество" предусматривает материал, такой как адъювант, носитель, pH-регулирующие и буферные средства, регулирующие тоничность средства, смачивающие средства, консервант и т. п. [235] A "pharmaceutical excipient" includes a material such as an adjuvant, a carrier, pH adjusters and buffers, tonicity adjusters, wetting agents, a preservative, and the like.
[236] "Фармацевтически приемлемый" означает одобренный или тот, который может быт одобрен, органом регулирования Федерального правительства или правительства штата, или перечисленный в фармакопее США или другой общепризнанной фармакопее для применения у животных и, более конкретно, у человека.[236] "Pharmaceutical acceptable" means approved, or as may be approved, by a federal or state government regulatory agency, or listed in the United States Pharmacopeia or other generally accepted pharmacopoeia for use in animals and, more specifically, in humans.
[237] "Фармацевтически приемлемая соль" представляет собой соль, которая сохраняет требуемую биологическую активность исходного соединения и не вызывает нежелательных токсикологических эффектов. Примеры таких солей представляют собой: (a) соли присоединения кислоты, образованные с неорганическими кислотами, например, хлористоводородной кислотой, бромистоводородной кислотой, серной кислотой, фосфорной кислотой, азотной кислотой и т. п.; и соли, образованные с органическими кислотами, например, уксусной кислотой, щавелевой кислотой, винной кислотой, янтарной кислотой, малеиновой кислотой, фумаровой кислотой, глюконовой кислотой, лимонной кислотой, яблочной кислотой, аскорбиновой кислотой, бензойной кислотой, дубильной кислотой, пальмитиновой кислотой, альгиновой кислотой, полиглутаминовой кислотой, нафталинсульфоновой кислотой, метансульфоновой кислотой, п-толуолсульфоновой кислотой, нафталиндисульфоновой кислотой, полигалактуроновой кислотой и т. п.; и (b) соли, образованные из элементарных анионов, таких как хлор, бром и йод. См. например, Haynes et al. "Commentary: Occurrence of Pharmaceutically Acceptable Anions and Cations in the Cambridge Structural Database," J Pharmaceutical Sciences, vol. 94, no. 10 (2005), и Berge et al. "Pharmaceutical Salts," J Pharmaceutical Sciences, vol. 66, no. 1 (1977), которые [237] A "pharmaceutically acceptable salt" is a salt that retains the desired biological activity of the parent compound and does not cause undesirable toxicological effects. Examples of such salts are: (a) acid addition salts formed with inorganic acids such as hydrochloric acid, hydrobromic acid, sulfuric acid, phosphoric acid, nitric acid, and the like; and salts formed with organic acids such as acetic acid, oxalic acid, tartaric acid, succinic acid, maleic acid, fumaric acid, gluconic acid, citric acid, malic acid, ascorbic acid, benzoic acid, tannic acid, palmitic acid, alginic acid acid, polyglutamic acid, naphthalenesulfonic acid, methanesulfonic acid, p-toluenesulfonic acid, naphthalenesulfonic acid, polygalacturonic acid, and the like; and (b) salts formed from elemental anions such as chlorine, bromine and iodine. Cm. For example, Haynes et al. "Commentary: Occurrence of Pharmaceutically Acceptable Anions and Cations in the Cambridge Structural Database," J Pharmaceutical Sciences, vol. 94, no. 10 (2005), and Berge et al. "Pharmaceutical Salts," J Pharmaceutical Sciences, vol. 66, no. 1 (1977), which
включены в данный документ посредством ссылки.incorporated into this document by reference.
[238] Применяемый в данном документе термин "эффективное количество" относится к количеству соединения, ADC или композиции, описанных в данном документе (например, модулятора сплайсинга или ADC), которое является достаточным для осуществления специально поставленной цели, например, для осуществления терапевтического эффекта после введения, такого как снижение скорости опухолевого роста или объема опухоли, уменьшение симптома рака или некоторые другие признаки эффективности лечения. Эффективное количество можно определять традиционным образом относительно поставленной цели. Термин "терапевтически эффективное количество" относится к количеству соединения, ADC или композиции, описанных в данном документе, которое является эффективным для обнаруживаемого уничтожения, снижения и/или подавления роста или распространения опухолевых клеток, размера или числа опухолей и/или другого показателя уровня, стадии, прогрессирования и/или тяжести рака. Терапевтически эффективное количество может варьироваться в зависимости от предусмотренного применения (in vitro или in vivo) или субъекта и болезненного состояния, подлежащих лечению, например, массы и возраста субъекта, тяжести болезненного состояния, способа введения и т. п., что может легко определить специалист в данной области техники. Термин также применим к дозе, которая будет индуцировать конкретный ответ в клетках-мишенях, например, подавление клеточного роста. Конкретная доза может варьироваться, например, в зависимости от конкретной фармацевтической композиции, субъекта и его возраста и состояния здоровья в настоящее время или рисков, связанных с состоянием здоровья, схемы введения, которой будут следовать, тяжести заболевания, того, вводят ли ее в комбинации с другими средствами, времени введения, ткани, в которую ее вводят, и физической системы доставки, в которой она переносится. В случае рака терапевтически эффективное количество ADC может снижать число раковых клеток, уменьшать размер опухоли, подавлять (например, замедлять или останавливать) метастазирование опухоли, подавлять (например, замедлять или останавливать) опухолевый рост и/или ослаблять один или несколько симптомов. [238] As used herein, the term "effective amount" refers to an amount of a compound, ADC, or composition described herein (e.g., a splicing modulator or ADC) that is sufficient to accomplish a specific purpose, e.g., to effect a therapeutic effect after administration, such as a decrease in tumor growth rate or tumor volume, a decrease in a cancer symptom, or some other indication of the effectiveness of the treatment. An effective amount can be determined in a conventional manner with respect to the intended purpose. The term "therapeutically effective amount" refers to an amount of a compound, ADC, or composition described herein that is effective to detectably kill, reduce, and/or inhibit the growth or spread of tumor cells, the size or number of tumors, and/or other indication of level, stage , progression and/or severity of the cancer. A therapeutically effective amount may vary depending on the intended use (in vitro or in vivo) or the subject and disease state being treated, for example, the weight and age of the subject, the severity of the disease state, the route of administration, etc., which can be easily determined by a person skilled in the art. in this field of technology. The term is also applicable to a dose that will induce a specific response in target cells, such as inhibition of cell growth. The specific dosage may vary, for example, depending on the particular pharmaceutical composition, the subject and their age and current health or health risks, the regimen to be followed, the severity of the disease, whether it is administered in combination with by other means, the time of administration, the tissue into which it is administered, and the physical delivery system in which it is carried. In the case of cancer, a therapeutically effective amount of ADC can reduce the number of cancer cells, reduce tumor size, inhibit (eg, slow or stop) tumor metastasis, suppress (eg, slow or stop) tumor growth, and/or relieve one or more symptoms.
[239] "Профилактически эффективное количество" относится к количеству, при дозировках и в течение необходимых периодов времени, эффективному в достижении требуемого профилактического результата. Как правило, поскольку профилактическую дозу применяют у субъектов до проявления заболевания или на более ранней стадии заболевания, профилактически эффективное количество будет меньшим, чем терапевтически эффективное количество.[239] A "prophylactically effective amount" refers to an amount, at dosages and over periods of time, effective in achieving the desired prophylactic result. Generally, since a prophylactic dose is administered to subjects prior to the onset of the disease or at an earlier stage of the disease, the prophylactically effective amount will be less than the therapeutically effective amount.
[240] Применяемые в данном документе "лечить" или "терапевтический" и грамматически родственные термины относятся к любому улучшению любого последствия заболевания, такому как продление выживания, меньшие клинические проявления и/или ослабление побочных эффектов, которые являются результатом альтернативного терапевтического способа воздействия. Как легко понять из уровня техники, полное устранение заболевания охватывается лечебным действием, но не требуется для него. Применяемые в данном документе "лечение" или "лечить" относятся к введению описанного ADC или композиции субъекту, например пациенту. Лечение может представлять собой излечение, заживление, смягчение, ослабление, изменение, устранение, облегчение, временное ослабление, улучшение или воздействие на нарушение, симптомы нарушения или предрасположенность к нарушению, например раку. В некоторых вариантах осуществления в дополнение к лечению субъекта, у которого имеется состояние, композицию, раскрытую в данном документе, также можно давать профилактически для предотвращения или снижения вероятности развития данного состояния.[240] As used herein, "treat" or "therapeutic" and grammatically related terms refer to any improvement in any outcome of a disease, such as prolongation of survival, less clinical manifestations, and/or reduction in side effects that result from an alternative therapeutic mode of action. As is readily understood from the prior art, complete elimination of the disease is covered by, but not required for, curative action. As used herein, "treatment" or "treat" refers to the administration of the described ADC or composition to a subject, such as a patient. The treatment may be a cure, healing, amelioration, amelioration, alteration, elimination, alleviation, temporary amelioration, amelioration, or treatment of a disorder, the symptoms of a disorder, or a predisposition to a disorder, such as cancer. In some embodiments, in addition to treating a subject who has a condition, the composition disclosed herein can also be given prophylactically to prevent or reduce the likelihood of developing the condition.
[241] В некоторых вариантах осуществления применяют меченый ADC. Подходящие "метки" включают радионуклиды, ферменты, субстраты, кофакторы, ингибиторы, флуоресцентные фрагменты, хемилюминесцентные фрагменты, магнитные частицы и т. п. [241] In some embodiments, a labeled ADC is used. Suitable "labels" include radionuclides, enzymes, substrates, cofactors, inhibitors, fluorescent moieties, chemiluminescent moieties, magnetic particles, and the like.
[242] Под применяемым в данном документе "белком" подразумевают по меньшей мере две ковалентно связанные аминокислоты. Термин охватывает полипептиды, олигопептиды и пептиды. В некоторых вариантах осуществления две или более ковалентно связанные аминокислоты связаны посредством пептидной связи. Белок может быть составлен из встречающихся в природе аминокислот и пептидных связей, например, когда белок получают рекомбинантным образом с применением систем экспрессии и клеток-хозяев. В качестве альтернативы белок может включать синтетические аминокислоты (например, гомофенилаланин, цитруллин, орнитин и норлейцин) или пептидомиметические структуры, т. е."пептидные или белковые аналоги," такие как пептоиды. Пептоиды представляют собой иллюстративный класс пептидомиметиков, боковые цепи которых прикреплены к атому азота пептидного остова, а не к α-атомам углерода (как они расположены в аминокислотах), и обладают иным образованием водородных связей и характеристиками конформации по сравнению с пептидами (см., например, Simon et al. (1992) Proc Natl Acad Sci. USA 89:9367). В связи с этим, пептоиды могут быть устойчивыми к протеолизу или другим физиологическим условиям или условиям хранения, и эффективными при проникновении через клеточные мембраны. Такие синтетические аминокислоты можно включать, в частности, когда антитело синтезируется in vitro с помощью общепринятых способов, широко известных из уровня техники. Кроме того, может применяться любая комбинация пептидомиметических, синтетических и встречающихся в природе остатков/структур. "Аминокислота" также включает иминокислотные остатки, такие как пролин и гидроксипролин. "R группа" или "боковая цепь" аминокислоты могут находиться в одной из (L)- или (S)-конфигурации. В специфическом варианте осуществления аминокислоты находятся в (L)- или (S)-конфигурации. [242] As used herein, "protein" refers to at least two covalently linked amino acids. The term encompasses polypeptides, oligopeptides and peptides. In some embodiments, two or more covalently linked amino acids are linked via a peptide bond. The protein can be composed of naturally occurring amino acids and peptide bonds, for example, when the protein is produced in a recombinant manner using expression systems and host cells. Alternatively, the protein may include synthetic amino acids (eg, homophenylalanine, citrulline, ornithine, and norleucine) or peptidomimetic structures, ie, "peptide or protein analogs," such as peptoids. Peptoids are an illustrative class of peptidomimetics whose side chains are attached to the nitrogen atom of the peptide backbone, rather than to the α-carbons (as they are in amino acids), and have different hydrogen bonding and conformational characteristics compared to peptides (see e.g. , Simon et al (1992) Proc Natl Acad Sci USA 89:9367). In this regard, peptoids may be resistant to proteolysis or other physiological or storage conditions, and effective in penetrating cell membranes. Such synthetic amino acids can be included, in particular, when the antibody is synthesized in vitro using conventional methods widely known in the art. In addition, any combination of peptidomimetic, synthetic and naturally occurring residues/structures can be used. "Amino acid" also includes imino acid residues such as proline and hydroxyproline. The "R group" or "side chain" of an amino acid may be in one of the (L) or (S) configurations. In a specific embodiment, the amino acids are in the (L)- or (S)-configuration.
[243] "Рекомбинантный белок" представляет собой белок, полученный с применением рекомбинантных методик с применением любых методик и способов, известных из уровня техники, т. е. благодаря экспрессии рекомбинантной нуклеиновой кислоты. Способы и методики получения рекомбинантных белков широко известны из уровня техники. [243] "Recombinant protein" is a protein obtained using recombinant techniques using any of the techniques and methods known in the art, ie, through the expression of a recombinant nucleic acid. Methods and techniques for obtaining recombinant proteins are widely known in the art.
[244] "Выделенный" белок не сопровождается по меньшей мере некоторой частью материала, с которым он в норме ассоциирован в природном состоянии, например, составляет по меньшей мере приблизительно 5% или по меньшей мере приблизительно 50% по весу от общего белка в указанном образце. Известно, что выделенный белок может составлять от 5% до 99,9% по весу от общего содержания белка в зависимости от обстоятельств. Например, белок может производиться в значительно более высокой концентрации благодаря применению индуцибельного промотора или высокоэкспрессионного промотора, за счет чего белок производится на повышенных уровнях концентрации. Определение включает продуцирование антитела в самых разнообразных организмах и/или клетках-хозяевах, которые известны из уровня техники. [244] An "isolated" protein is not accompanied by at least some of the material with which it is normally associated in the natural state, such as at least about 5% or at least about 50% by weight of the total protein in said sample. . It is known that the isolated protein may comprise from 5% to 99.9% by weight of the total protein content, depending on the circumstances. For example, a protein can be produced at a significantly higher concentration through the use of an inducible promoter or a high expression promoter, whereby the protein is produced at higher concentration levels. The definition includes the production of an antibody in a wide variety of host organisms and/or cells that are known in the art.
[245] В случае аминокислотных последовательностей идентичность и/или сходство последовательности могут быть определены с применением стандартных методик, известных из уровня техники, включая без ограничения алгоритм локальной идентичности последовательностей из Smith and Waterman (1981) Adv Appl Math. 2:482, алгоритм выравнивания для определения идентичности последовательностей из Needleman and Wunsch (1970) J Mol Biol. 48:443, способ поиска сходства из Pearson and Lipman (1988) Proc Nat Acad Sci. USA 85:2444, компьютеризированные реализации таких алгоритмов (GAP, BESTFIT, FASTA и TFASTA в пакете программного обеспечения Wisconsin Genetics, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Мэдисон, Висконсин, США), программу анализа последовательностей Best Fit, описанную в работе Devereux et al. (1984) Nucl Acid Res. 12:387-95, предпочтительно с применением установок по умолчанию, или путем визуального просмотра. Предпочтительно, процент идентичность рассчитывают с помощью FastDB на основе следующих параметров: штраф за несовпадение - 1; штраф за гэп - 1; штраф за удлинение гэпа- 0,33 и штраф за соединение - 30 ("Current Methods in Sequence Comparison and Analysis," Macromolecule Sequencing and Synthesis, Selected Methods and Applications, pp. 127-149 (1988), Alan R. Liss, Inc). [245] In the case of amino acid sequences, sequence identity and/or similarity can be determined using standard techniques known in the art, including, without limitation, the local sequence identity algorithm from Smith and Waterman (1981) Adv Appl Math. 2:482, an alignment algorithm for determining sequence identity from Needleman and Wunsch (1970) J Mol Biol. 48:443, similarity search method from Pearson and Lipman (1988) Proc Nat Acad Sci. USA 85:2444, computerized implementations of such algorithms (GAP, BESTFIT, FASTA and TFASTA in the Wisconsin Genetics software package, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wisconsin, USA), the Best Fit sequence analysis program described by Devereux et al. (1984) Nucl Acid Res. 12:387-95, preferably using default settings, or by visual inspection. Preferably, percent identity is calculated by FastDB based on the following parameters: mismatch penalty - 1; gap penalty - 1; gap lengthening penalty of 0.33 and connection penalty of 30 ("Current Methods in Sequence Comparison and Analysis," Macromolecule Sequencing and Synthesis, Selected Methods and Applications, pp. 127-149 (1988), Alan R. Liss, Inc. ).
[246] Примером применимого алгоритма является PILEUP. PILEUP создает выравнивание множественных последовательностей из группы родственных последовательностей с применением прогрессивных попарных выравниваний. Он также может строить дерево, показывающее кластеризующие взаимосвязи, применяемые для создания выравнивания. PILEUP использует упрощение способа прогрессивного выравнивания из Feng & Doolittle (1987) J Mol Evol. 35:351-60; причем способ подобен способу, описанному в работе Higgins and Sharp (1989) CABIOS 5:151-3. Применимые параметры в PILEUP включают штраф за введение гэпа по умолчанию - 3,00, штраф за удлинение гэпа по умолчанию - 0,10 и оцениваемые концевые гэпы. [246] An example of an applicable algorithm is PILEUP. PILEUP creates a multiple sequence alignment from a group of related sequences using progressive pairwise alignments. It can also build a tree showing the clustering relationships used to create the alignment. PILEUP uses a simplification of the progressive alignment method from Feng & Doolittle (1987) J Mol Evol. 35:351-60; wherein the method is similar to that described in Higgins and Sharp (1989) CABIOS 5:151-3. Applicable parameters in PILEUP include a default gap insertion penalty of 3.00, a default gap extension penalty of 0.10, and estimated end gaps.
[247] Другим примером применимого алгоритма является алгоритм BLAST, описанный в Altschul et al. (1990) J Mol Biol. 215:403-10; Altschul et al. (1997) Nucl Acid Res. 25:3389-402; и Karin et al. (1993) Proc Natl Acad Sci. USA 90:5873-87. Особенно применимой программой BLAST является программа WU-BLAST-2, которую получили из Altschul et al. (1996) Methods in Enzymology 266:460-80. WU-BLAST-2 применяет несколько параметров поиска, большинство из которых установлены как значения по умолчанию. Регулируемые параметры установлены на следующие значения: длина перекрывания=l, доля перекрывания=0,125, пороговая длина слова (T)=II. Параметры HSP S и HSP S2 представляют собой динамические значения и устанавливаются программой самостоятельно в зависимости от состава конкретной последовательности и состава конкретной базы данных, относительно которой производится поиск представляющей интерес последовательности; однако значения можно корректировать для повышения чувствительности. [247] Another example of a useful algorithm is the BLAST algorithm described in Altschul et al. (1990) J Mol Biol. 215:403-10; Altschul et al. (1997) Nucl Acid Res. 25:3389-402; and Karin et al. (1993) Proc Natl Acad Sci. USA 90:5873-87. A particularly useful BLAST program is the WU-BLAST-2 program, which was obtained from Altschul et al. (1996) Methods in Enzymology 266:460-80. WU-BLAST-2 applies several search parameters, most of which are set as default. The adjustable parameters are set to the following values: overlap length=l, overlap fraction=0.125, threshold word length (T)=II. The parameters HSP S and HSP S2 are dynamic values and are set by the program independently depending on the composition of a particular sequence and the composition of a particular database, against which the sequence of interest is searched; however, the values can be adjusted to increase sensitivity.
[248] Дополнительным применимым алгоритмом является BLAST с введением гэпов, сообщаемый в работе Altschul et al. (1997) Nucl Acid Res. 25:3389-402. BLAST с введением гэпов применяет матрицу замен BLOSUM-62; пороговый параметр T, установленный на 9; метод "двух совпадений" для запуска продлений без гэпов, штраф за удлинение гэпов на k составляет 10+k; Xu установлен на 16, и Xg установлен на 40 для стадии поиска в базе данных и на 67 для стадии вывода результатов алгоритмов. Выравнивания с введением гэпов запускаются при показателе, соответствующем приблизительно 22 битам. [248] An additional useful algorithm is gapped BLAST reported by Altschul et al. (1997) Nucl Acid Res. 25:3389-402. Gapped BLAST uses the BLOSUM-62 substitution matrix; threshold parameter T set to 9; "two matches" method for triggering extensions without gaps, the penalty for extending gaps by k is 10+k; Xu is set to 16 and Xg is set to 40 for the database search stage and 67 for the output stage of the algorithms. Gapped alignments start at a rate corresponding to approximately 22 bits.
[249] Обычно аминокислотная гомология, сходство или идентичность между белками, раскрытыми в данном документе и их вариантами, включая варианты антигенов-мишеней (таких как HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, или STEAP1) и варианты вариабельных доменов антител (включая отдельные варианты CDR), составляет по меньшей мере 80% с последовательностями, изображенными в данном документе, например, показатели гомологии или идентичности составляют по меньшей мере 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, почти 100% или 100%. [249] Generally, amino acid homology, similarity, or identity between the proteins disclosed herein and their variants, including target antigen variants (such as HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1 , KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, or STEAP1) and antibody variable domain variants (including individual CDR variants) is at least 80% with the sequences depicted herein, e.g., homology or identity is at least 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, almost 100% or 100%.
[250] Аналогичным образом "процент (%) идентичности последовательности нуклеиновой кислоты " по отношению к последовательности нуклеиновой кислоты антител и других белков, идентифицированных в данном документе, определяют как процент нуклеотидных остатков в кандидатной последовательности, которые идентичны нуклеотидным остаткам в кодирующей последовательности антигенсвязывающего белка. В специфическом способе используется модуль BLASTN из WU-BLAST-2, установленный на параметры по умолчанию, при этом длина перекрывания и доля перекрывания установлены на 1 и 0,125 соответственно. [250] Similarly, "percent (%) nucleic acid sequence identity" with respect to the nucleic acid sequence of antibodies and other proteins identified herein is defined as the percentage of nucleotide residues in a candidate sequence that are identical to nucleotide residues in the coding sequence of an antigen binding protein. The specific method uses the BLASTN module from WU-BLAST-2 set to default parameters with the overlap length and overlap ratio set to 1 and 0.125, respectively.
[251] Поскольку сайт или область введения вариации аминокислотной последовательности предварительно определены, то мутацию саму по себе не нужно предварительно определять. Например, чтобы оптимизировать свойства мутации в заданном сайте, в кодоне- или области-мишени можно выполнять случайный мутагенез, а экспрессированные варианты CDR антигенсвязывающих белков подвергать скринингу в отношении оптимальной комбинации требуемой активности. Широко известны методики получения мутаций, представляющих собой замены в предварительно определенных сайтах в ДНК с известной последовательностью, например, мутагенез с праймером MI3 и ПЦР-мутагенез.[251] Since the site or region of introduction of the amino acid sequence variation is predetermined, the mutation itself does not need to be predetermined. For example, to optimize the properties of a mutation at a given site, random mutagenesis can be performed at a target codon or region and expressed CDR variants of antigen binding proteins screened for the optimal combination of desired activity. Techniques for producing mutations that are substitutions at predetermined sites in DNA with a known sequence are widely known, such as mutagenesis with the MI3 primer and PCR mutagenesis.
[252] Применяемые в данном документе "алкил" или "алкильная группа" означают углеводород с неразветвленной, разветвленной или циклической цепью, который является полностью насыщенным. В определенных вариантах осуществления алкильные группы могут содержать 1-8 атомов углерода ("C1-C8алкил"). В определенных вариантах осуществления алкильные группы могут содержать 1-6 атомов углерода ("C1-C6алкил"). В определенных вариантах осуществления алкильные группы содержат 1-3 атома углерода. В еще одних вариантах осуществления алкильные группы содержат 2-3 атома углерода, и в других вариантах осуществления алкильные группы содержат 1-2 атома углерода.[252] As used herein, "alkyl" or "alkyl group" means a straight, branched, or cyclic hydrocarbon that is fully saturated. In certain embodiments, the implementation of the alkyl groups may contain 1-8 carbon atoms ("C 1 -C 8 alkyl"). In certain embodiments, the implementation of the alkyl groups may contain 1-6 carbon atoms ("C 1 -C 6 alkyl"). In certain embodiments, the implementation of the alkyl groups contain 1-3 carbon atoms. In still other embodiments, the implementation of the alkyl groups contain 2-3 carbon atoms, and in other embodiments, the implementation of the alkyl groups contain 1-2 carbon atoms.
[253] Применяемый в данном документе "алкилалкокси" означает алкильную группу, замещенную алкоксигруппой. Применяемый в данном документе термин "алкокси" относится к алкильной группе, как определено ранее, присоединенной к основной углеродной цепи через атом кислорода ("алкокси").[253] As used herein, "alkylalkoxy" means an alkyl group substituted with an alkoxy group. As used herein, the term "alkoxy" refers to an alkyl group, as previously defined, attached to the main carbon chain via an oxygen atom ("alkoxy").
[254] Применяемый в данном документе "алкиламино" означает алкильную группу, замещенную аминогруппой. Применяемый в данном документе "амино" относится к -NH2, -NH(алкил) или -N(алкил)(алкил).[254] As used herein, "alkylamino" means an alkyl group substituted with an amino group. As used herein, "amino" refers to -NH 2 , -NH(alkyl) or -N(alkyl)(alkyl).
[255] Применяемый в данном документе "алкилгидрокси" означает алкильную группу, замещенную аминогруппой. Применяемые в данном документе "гидрокси" или "гидроксил" относятся к -OH.[255] As used herein, "alkylhydroxy" means an alkyl group substituted with an amino group. As used herein, "hydroxy" or "hydroxyl" refers to -OH.
[256] "Алкилен" относится к двухвалентному радикалу алкильной группы. Например, -CH2-, -CH2CH2-, -CH2CH2CH2-, -CH2CH2CH2CH2-, -CH2CH2CH2CH2CH2- и -CH2CH2CH2CH2CH2CH2- относится к метилену, этилену, н-пропилену, н-бутилену, н-пентилену и н-гексилену соответственно.[256] "Alkylene" refers to a divalent radical of an alkyl group. For example, -CH 2 -, -CH 2 CH 2 -, -CH 2 CH 2 CH 2 -, -CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 -, -CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 - and -CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 - refers to methylene, ethylene, n-propylene, n-butylene, n-pentylene and n-hexylene, respectively.
[257] Применяемый в данном документе "карбоцикл" включает как ароматическую (например, арильную), так и неароматическую (например, циклоалкильную) группы. В определенных вариантах осуществления карбоциклические группы содержат 3-10 атомов углерода ("3-10-членный карбоцикл"). В определенных вариантах осуществления карбоциклические группы содержат 3-8 атомов углерода ("3-8-членный карбоцикл"). В определенных вариантах осуществления карбоциклические группы содержат 3-6 атомов углерода ("3-6-членный карбоцикл"). В определенных вариантах осуществления карбоциклические группы содержат 3-5 атомов углерода ("3-5-членный карбоцикл").[257] As used herein, "carbocycle" includes both aromatic (eg, aryl) and non-aromatic (eg, cycloalkyl) groups. In certain embodiments, the implementation of carbocyclic groups contain 3-10 carbon atoms ("3-10-membered carbocycle"). In certain embodiments, the implementation of carbocyclic groups contain 3-8 carbon atoms ("3-8-membered carbocycle"). In certain embodiments, the implementation of carbocyclic groups contain 3-6 carbon atoms ("3-6-membered carbocycle"). In certain embodiments, the implementation of carbocyclic groups contain 3-5 carbon atoms ("3-5-membered carbocycle").
[258] "Галоген" относится к радикалу любого галогена, например, -F, -Cl, -Br или -I.[258] "Halogen" refers to any halogen radical, such as -F, -Cl, -Br, or -I.
[259] Применяемые в данном документе термины "гетероцикл", "гетероциклил" и "гетероциклический" означают моноциклический гетероцикл, бициклический гетероцикл или трициклический гетероцикл, содержащий по меньшей мере один гетероатом в кольце. [259] Used in this document, the terms "heterocycle", "heterocyclyl" and "heterocyclic" mean a monocyclic heterocycle, bicyclic heterocycle or tricyclic heterocycle containing at least one heteroatom in the ring.
[260] Моноциклический гетероцикл представляет собой 3-, 4-, 5-, 6-, 7- или 8-членное кольцо, содержащее по меньшей мере один гетероатом, независимо выбранный из O, N и S. В некоторых вариантах осуществления гетероцикл представляет собой 3- или 4-членное кольцо, содержащее один гетероатом, выбранный из O, N и S. В некоторых вариантах осуществления гетероцикл представляет собой 5-членное кольцо, не содержащее двойных связей или содержащее одну двойную связь, и один, два или три гетероатома, выбранные из O, N и S. В некоторых вариантах осуществления гетероцикл представляет собой 6-, 7- или 8-членное кольцо, не содержащее двойных связей, содержащее одну или две двойные связи, и один, два или три гетероатома, выбранные из O, N и S. Иллюстративные примеры моноциклического гетероцикла включают без ограничения азетидинил, азепанил, азиридинил, диазепанил, 1,3-диоксанил, 1,3-диоксоланил, дигидропиранил (включая 3,4-дигидро-2H-пиран-6-ил), 1,3-дитиоланил, 1,3-дитианил, имидазолинил, имидазолидинил, изотиазолинил, изотиазолидинил, изоксазолинил, изоксазолидинил, морфолинил, оксадиазолинил, оксадиазолидинил, оксазолинил, оксазолидинил, пиперазинил, пиперидинил, пиранил, пиразолинил, пиразолидинил, пирролинил, пирролидинил, тетрагидрофуранил, тетрагидропиранил (включая тетрагидро-2H-пиран-4-ил), тетрагидротиенил, тиадиазолинил, тиадиазолидинил, тиазолинил, тиазолидинил, тиоморфолинил, 1,1-диоксидотиоморфолинил (тиоморфолинсульфон), тиопиранил и тритианил. [260] A monocyclic heterocycle is a 3-, 4-, 5-, 6-, 7-, or 8-membered ring containing at least one heteroatom independently selected from O, N, and S. In some embodiments, the heterocycle is A 3- or 4-membered ring containing one heteroatom selected from O, N, and S. In some embodiments, the heterocycle is a 5-membered ring containing no double bonds or containing one double bond and one, two, or three heteroatoms, selected from O, N, and S. In some embodiments, the heterocycle is a 6-, 7-, or 8-membered ring containing no double bonds, containing one or two double bonds, and one, two, or three heteroatoms selected from O, N and S. Illustrative examples of a monocyclic heterocycle include, without limitation, azetidinyl, azepanyl, aziridinyl, diazepanyl, 1,3-dioxanyl, 1,3-dioxolanyl, dihydropyranyl (including 3,4-dihydro-2H-pyran-6-yl), 1 ,3-dithiolanyl, 1,3-dithianyl, imidazolinyl, imidazolidinyl, isothiazolinyl, isothiazolidinyl, isoxazolinyl, isoxazolidinyl, morpholinyl, oxadiazolinyl, oxadiazolidinyl, oxazolinyl, oxazolidinyl, piperazinyl, piperidinyl, pyranyl, pyrazolinyl, pyrazolidinyl , pyrrolinyl, pyrrolidinyl, tetrahydrofuranyl, tetrahydropyranyl (including tetrahydro-2H-pyran-4-yl), tetrahydrothienyl, thiadiazolinyl, thiadiazolidinyl, thiazolidinyl, thiazolidinyl, thiomorpholinyl, 1,1-dioxidothiomorpholinyl (thiomorpholinesulfone), thiopyranil and trithianyl.
[261] Бициклические гетероциклы по настоящему изобретению могут включать моноциклический гетероцикл, конденсированный с арильной группой, или моноциклический гетероцикл, конденсированный с моноциклическим циклоалкилом, или моноциклический гетероцикл, конденсированный с моноциклическим циклоалкенилом, или моноциклический гетероцикл, конденсированный с моноциклическим гетероциклом, имеющие в общей сложности 5-12 атомов в кольце. Примеры бициклических гетероциклов включают без ограничения, 3,4-дигидро-2H-пиранил, 1,3-бензoдиоксолил, 1,3-бензoдитиолил, 2,3-дигидро-1,4-бензoдиоксинил, 2,3-дигидро-1-бензофуранил, 2,3-дигидро-1-бензотиенил, 2,3-дигидро-1H-индолил и 1,2,3,4-тетрагидрохинолинил. [261] The bicyclic heterocycles of the present invention may include a monocyclic heterocycle fused to an aryl group, or a monocyclic heterocycle fused to a monocyclic cycloalkyl, or a monocyclic heterocycle fused to a monocyclic cycloalkenyl, or a monocyclic heterocycle fused to a monocyclic heterocycle, having a total of 5 -12 atoms in the ring. Examples of bicyclic heterocycles include, without limitation, 3,4-dihydro-2H-pyranyl, 1,3-benzodioxolyl, 1,3-benzodithiolyl, 2,3-dihydro-1,4-benzodioxinyl, 2,3-dihydro-1-benzofuranyl , 2,3-dihydro-1-benzothienyl, 2,3-dihydro-1H-indolyl and 1,2,3,4-tetrahydroquinolinyl.
[262] Термины "гетероцикл", "гетероциклил" и "гетероциклический" охватывают гетероарилы. "Гетероарил" относится к циклическому фрагменту, содержащему одно или несколько замкнутых колец с одним или несколькими гетероатомами (кислорода, азота или серы) в по меньшей мере одном из колец, где по меньшей мере одно из колец является ароматическим, и где кольцо или кольца независимо могут быть конденсированными и/или соединенными мостиковой связью. Примеры включают без ограничения фенил, тиофенил, триазолил, пиридинил, пиримидинил, пиридазинил и пиразинил.[262] The terms "heterocycle", "heterocyclyl", and "heterocyclic" encompass heteroaryls. "Heteroaryl" refers to a cyclic moiety containing one or more closed rings with one or more heteroatoms (oxygen, nitrogen, or sulfur) in at least one of the rings, where at least one of the rings is aromatic, and where the ring or rings are independently may be condensed and/or bridged. Examples include, without limitation, phenyl, thiophenyl, triazolyl, pyridinyl, pyrimidinyl, pyridazinyl, and pyrazinyl.
[263] Как описано в данном документе, соединения по настоящему изобретению могут содержать "необязательно замещенные" фрагменты. В целом, термин "замещенный", независимо от того предшествует ли ему термин "необязательно" или нет, означает, что один или несколько атомов водорода в обозначенном фрагменте заменены подходящим заместителем. Если не указано иное, "необязательно замещенная группа" может иметь подходящий заместитель в каждом замещаемом положении группы, и если более одного положения в любой приведенной структуре могут быть замещены более чем одним заместителем, выбранным из указанной группы, то в каждом положении заместитель может быть либо одинаковым, либо разным. Комбинации заместителей, предусмотренные в настоящем изобретении, предпочтительно являются такими, которые приводят к образованию стабильных или химически возможных соединений. [263] As described herein, the compounds of the present invention may contain "optionally substituted" moieties. In general, the term "substituted", whether preceded by the term "optional" or not, means that one or more hydrogen atoms in the designated moiety have been replaced by a suitable substituent. Unless otherwise indicated, an "optionally substituted group" may have a suitable substituent at each substitutable position of the group, and if more than one position in any given structure can be substituted by more than one substituent selected from the specified group, then at each position the substituent may be either the same or different. The substituent combinations contemplated in the present invention are preferably those that result in stable or chemically feasible compounds.
[264] Специалист в данной области техники будет понимать, что "замещение", или "замещенный", или "отсутствует" включают неявное условие, что такое замещение или его отсутствие находятся в соответствии с допустимой валентностью замещаемого атома и заместителя, что замещение или его отсутствие приводят к стабильному соединению, например, которое не подвергается самопроизвольному преобразованию, как, например, за счет перегруппировки, циклизации, элиминации и т. д. Для целей данного изобретения гетероатомы, такие как азот, могут иметь водородные заместители и/или любые допускаемые заместители органических соединений, описанные в данном документе, которые удовлетворяют валентностям гетероатомов. [264] One of ordinary skill in the art will understand that "substitution" or "substituted" or "absent" includes the implicit condition that such substitution or lack thereof is in accordance with the allowable valency of the atom being replaced and the substituent, that the substitution or its absence results in a stable compound, e.g. which does not undergo spontaneous transformation, such as by rearrangement, cyclization, elimination, etc. For the purposes of this invention, heteroatoms such as nitrogen may have hydrogen substituents and/or any permitted substituents organic compounds described in this document, which satisfy the valencies of heteroatoms.
[265] "Стабильный" относится к соединениям, которые по сути не изменяются химически и/или физически при воздействии условий, обеспечивающих их получение, обнаружение и, в определенных вариантах осуществления, их извлечение, очистку и применение для обеспечения одной или нескольких целей, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления стабильное соединение или химически возможное соединение представляют собой соединение, которое по сути не изменяется во время хранения при температуре 40°C или меньше в отсутствие влаги или других химически активных условий в течение по меньшей мере недели. В некоторых вариантах осуществления соединения, раскрытые в данном документе, являются стабильными.[265] "Stable" refers to compounds that are not substantially altered chemically and/or physically when subjected to conditions that enable them to be made, found, and, in certain embodiments, recovered, purified, and used to achieve one or more of the purposes disclosed. in this document. In some embodiments, a stable compound or a chemically feasible compound is a compound that is essentially unchanged during storage at 40° C. or less in the absence of moisture or other reactive conditions for at least a week. In some embodiments, the compounds disclosed herein are stable.
[266] Изложенные в данном документа энантиомеры могут включать "энантиомерно чистые" изомеры, которые содержат по сути один энантиомер, например, ровно 90%, 92%, 95%, 98% или 99% или более или ровно 100% одного энантиомера по конкретному асимметричному центру или центрам. "Асимметричный центр" или "хиральный центр" относятся к тетраэдрическому атому углерода, который содержит четыре различных заместителя. [266] Enantiomers set forth herein may include "enantiomerically pure" isomers that contain essentially one enantiomer, for example, exactly 90%, 92%, 95%, 98%, or 99% or more, or exactly 100% of one enantiomer for a particular asymmetric center or centers. "Asymmetric center" or "chiral center" refers to a tetrahedral carbon atom that contains four different substituents.
[267] Соединения, описанные в данном документе, также могут содержать неприродные доли атомных изотопов по одному или нескольким атомам, которые составляют эти соединения. Например, соединения могут иметь радиоактивную метку с помощью радиоактивных изотопов, таких как, например дейтерий (2H), тритий (3H), углерод-13 (13C) или углерод-14 (14C). Подразумевается, что все изотопные варианты соединений, раскрытых в данном документе, независимо от того являются ли они радиоактивными или нет, охвачены в пределах объема настоящего изобретения. Кроме того, подразумевается, что все таутомерные формы соединений, описанных в данном документе, находятся в пределах объема заявляемого изобретения.[267] The compounds described herein may also contain unnatural proportions of atomic isotopes on one or more of the atoms that make up these compounds. For example, compounds can be radioactively labeled with radioactive isotopes such as, for example, deuterium ( 2 H), tritium ( 3 H), carbon-13 ( 13 C) or carbon-14 ( 14 C). It is implied that all isotopic variants of the compounds disclosed in this document, whether they are radioactive or not, are covered within the scope of the present invention. Furthermore, all tautomeric forms of the compounds described herein are intended to be within the scope of the claimed invention.
Конъюгаты антитела и лекарственного средстваAntibody drug conjugates
[268] Соединения по настоящему изобретению, представляющие собой конъюгат антитела и лекарственного средства (ADC), включают соединения с противораковой активностью. В частности, соединения ADC включают антитело или антигенсвязывающий фрагмент (включая его антигенсвязывающий фрагмент), конъюгированные (т. е. ковалентно присоединенные с помощью линкера) с фрагментом-лекарственным средством (например, модулятором сплайсинга), где фрагмент-лекарственное средство, когда он не конъюгирован с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, характеризуется цитотоксическим или цитостатическим эффектом. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство, когда он не конъюгирован с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, способен связывать и/или взаимодействовать с комплексом сплайсосомы SF3b. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство, когда он не конъюгирован с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, способен модулировать сплайсинг РНК in vitro и/или in vivo. В различных вариантах осуществления за счет целенаправленного воздействия на сплайсинг РНК фрагменты-лекарственные средства и ADC, раскрытые в данном документе, представляют собой активные антипролиферативные средства. В различных вариантах осуществления фрагменты-лекарственные средства и ADC, раскрытые в данном документе, могут целенаправленно воздействовать как на активно делящиеся, так и на покоящиеся клетки. [268] The antibody drug conjugate (ADC) compounds of the present invention include compounds with anticancer activity. In particular, ADC compounds include an antibody or antigen-binding fragment (including its antigen-binding fragment) conjugated (i.e., covalently attached via a linker) to a drug moiety (e.g., a splicing modulator), where the drug moiety, when not conjugated with an antibody or antigen-binding fragment, characterized by a cytotoxic or cytostatic effect. In various embodiments, the drug moiety, when not conjugated to an antibody or antigen-binding moiety, is capable of binding and/or interacting with the SF3b spliceosome complex. In various embodiments, the drug moiety, when not conjugated to an antibody or antigen-binding moiety, is capable of modulating RNA splicing in vitro and/or in vivo. In various embodiments, by targeting RNA splicing, the drug fragments and ADCs disclosed herein are active antiproliferative agents. In various embodiments, the drug fragments and ADCs disclosed herein can target both actively dividing and quiescent cells.
[269] В различных вариантах осуществления настоящее изобретение по меньшей мере частично основано на обнаружении того, что определенные биологически активные модуляторы сплайсинга могут обеспечивать улучшенные свойств, когда применяются в ADC. Хотя модулятор сплайсинга может демонстрировать желательным образом улучшенные признаки (например, надежное связывание комплекса сплайсосомы SF3b, сильную модуляцию сплайсинга РНК) при применении его самого по себе, в различных вариантах осуществления модулятор сплайсинга может проявлять меньшее количество из тех же желательным образом улучшенных признаков, будучи конъюгированным с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. Таким образом, разработка и получение ADC для применения в качестве терапевтического средства для человека, например, в качестве средства для онкотерапии, могут потребовать больше, чем идентификация антитела, способного к связыванию с требуемой мишенью или мишенями, и прикрепления к лекарственному средству, применяемому само по себе для лечения рака. Связывание антитела с лекарственным средство может оказывать значительные эффекты на активность одного или обоих из антитела и лекарственного средства, при этом эффекты будут варьироваться в зависимости от выбранного типа линкера и/или лекарственного средства. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления компоненты ADC выбирают так, чтобы (i) сохранить одно или несколько терапевтических свойств, проявляемых антителом и фрагментами-лекарственными средствами отдельно, (ii) поддержать свойства специфического связывания антитела или антигенсвязывающего фрагмента; (iii) оптимизировать нагрузку лекарственным средством и соотношения лекарственного средства и антитела; (iv) обеспечить доставку, например внутриклеточную доставку, фрагмента-лекарственного средства за счет стабильного прикрепления к антителу или антигенсвязывающему фрагменту; (v) сохранить стабильность ADC в качестве интактного конъюгата до момента транспортировки или доставки в сайт-мишень; (vi) свести к минимуму агрегацию ADC до или после введения; (vii) обеспечить терапевтический эффект, например цитотоксический эффект, фрагмента-лекарственного средства после отщепления или другого механизма высвобождения в клеточной среде; (viii) обеспечить проявление эффективности противоракового лечения in vivo, сравнимой или превосходящей эффективность антитела и фрагментов-лекарственных средств отдельно; (ix) свести к минимум нецелевое уничтожение под действием фрагмента-лекарственного средства и/или (x) обеспечить проявление требуемых фармакокинетических и фармакодинамических свойств, возможности получения составов и токсикологического/иммунологического профилей. Каждое из этих свойств может быть необходимо идентифицировать к улучшенного ADC для терапевтического применения (Ab et al. (2015) Mol Cancer Ther. 14:1605-13). [269] In various embodiments, the present invention is based at least in part on the discovery that certain bioactive splicing modulators can provide improved properties when used in an ADC. While a splicing modulator may exhibit desirably enhanced features (e.g., robust binding of the SF3b spliceosome complex, strong modulation of RNA splicing) when used on its own, in various embodiments, the splicing modulator may exhibit fewer of the same desirably enhanced features when conjugated with an antibody or antigen-binding fragment. Thus, the development and production of an ADC for use as a human therapeutic agent, for example, as an agent for oncotherapy, may require more than identifying an antibody capable of binding to the desired target or targets and attaching to the drug used on its own. yourself for cancer treatment. The binding of an antibody to a drug can have significant effects on the activity of one or both of the antibody and the drug, with effects varying depending on the chosen type of linker and/or drug. Therefore, in some embodiments, the components of the ADC are selected to (i) retain one or more of the therapeutic properties exhibited by the antibody and drug fragments separately, (ii) maintain the specific binding properties of the antibody or antigen-binding fragment; (iii) optimize drug loading and drug to antibody ratios; (iv) provide delivery, such as intracellular delivery, of the drug fragment by stably attaching to the antibody or antigen-binding fragment; (v) keep the ADC stable as an intact conjugate until transport or delivery to the target site; (vi) minimize ADC aggregation before or after administration; (vii) provide a therapeutic effect, such as a cytotoxic effect, of the drug moiety upon cleavage or other release mechanism in the cellular environment; (viii) provide an in vivo anti-cancer treatment efficacy comparable to or superior to that of the antibody and drug fragments alone; (ix) minimize off-target killing by the drug moiety and/or (x) ensure that desired pharmacokinetic and pharmacodynamic properties, formulation capabilities and toxicological/immunological profiles are exhibited. Each of these properties may need to be identified to an improved ADC for therapeutic use (Ab et al. (2015) Mol Cancer Ther. 14:1605-13).
[270] В различных вариантах осуществления ADC, раскрытые в данном документе, проявляют неожиданно благоприятные свойства в некоторых или каждой из категорий, перечисленных выше. Например, в некоторых вариантах осуществления конструкции ADC, раскрытые в данном документе, проявляют неожиданно благоприятные профили нагрузки лекарственных средством, агрегации и/или стабильности и/или сохраняют функцию связывания антитела, активность лекарственного средства и/или улучшенное неспецифическое уничтожение, при этом снижая нецелевое уничтожение, по сравнению с ADC, содержащими альтернативный линкер и/или фрагмент-лекарственное средство (например, альтернативный модулятор сплайсинга). В некоторых вариантах осуществления конструкции ADC, раскрытые в данном документе, демонстрируют превосходную стабильность, активность, эффективность или другой эффект (измеренный in vivo или in vitro) по сравнению с ADC, в которых применяется альтернативный линкер и/или фрагмент-лекарственное средство (например, альтернативный модулятор сплайсинга). В некоторых вариантах осуществления конструкции ADC, раскрытые в данном документе, проявляют эффективность лечения in vivo при введении в виде одиночной дозы. В некоторых вариантах осуществления конструкции ADC, раскрытые в данном документе, являются неожиданно стабильными по сравнению с ADC, в которых применяется альтернативный линкер и/или фрагмент-лекарственное средство (например, альтернативный модулятор сплайсинга).[270] In various embodiments, the ADCs disclosed herein exhibit surprisingly beneficial properties in some or each of the categories listed above. For example, in some embodiments, the ADC constructs disclosed herein exhibit unexpectedly favorable drug loading, aggregation, and/or stability profiles and/or retain antibody binding function, drug activity, and/or improved non-specific killing while reducing off-target killing. compared to ADCs containing an alternative linker and/or drug fragment (eg, an alternative splicing modulator). In some embodiments, the ADC constructs disclosed herein demonstrate superior stability, potency, efficacy, or other effect (measured in vivo or in vitro) compared to ADCs using an alternative linker and/or drug moiety (e.g., alternative splicing modulator). In some embodiments, the ADC constructs disclosed herein exhibit in vivo treatment efficacy when administered as a single dose. In some embodiments, the ADC constructs disclosed herein are surprisingly stable compared to ADCs using an alternative linker and/or drug moiety (eg, an alternative splicing modulator).
[271] Соединения ADC по настоящему изобретению могут селективно доставлять эффективную дозу цитотоксического или цитостатического средства к раковым клеткам или к опухолевой ткани. Было обнаружено, что раскрытые ADC характеризуются сильной цитотоксической и/или цитостатической активностью в отношении клеток, экспрессирующих соответствующий антиген-мишень (например, HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). В некоторых вариантах осуществления цитотоксическая и/или цитостатическая активность ADC зависит от экспрессии антигена-мишени в клетке. В некоторых вариантах осуществления раскрытые ADC особенно эффективны в уничтожении раковых клеток, экспрессирующих антиген-мишень, при это сводится с к минимуму нецелевое уничтожение. В некоторых вариантах осуществления раскрытые ADC не проявляют цитотоксический и/или цитостатический эффект в отношении раковых клеток, которые не экспрессируют антиген-мишень.[271] The ADC compounds of the present invention can selectively deliver an effective dose of a cytotoxic or cytostatic agent to cancer cells or tumor tissue. The disclosed ADCs have been found to have potent cytotoxic and/or cytostatic activity against cells expressing the respective target antigen (e.g., HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). In some embodiments, the implementation of the cytotoxic and/or cytostatic activity of ADC depends on the expression of the target antigen in the cell. In some embodiments, the disclosed ADCs are particularly effective in killing cancer cells expressing the target antigen while minimizing off-target killing. In some embodiments, the disclosed ADCs do not exhibit a cytotoxic and/or cytostatic effect on cancer cells that do not express the target antigen.
[272] Иллюстративные виды рака, экспрессирующие HER2, включают без ограничения рак молочной железы, рак желудка, рак мочевого пузыря, уротелиальную клеточную карциному, рак пищевода, рак легкого (например, аденокарциному легкого), рак матки (например, серозную карциному эндометрия матки), карциному слюнных протоков, рак шейки матки, рак эндометрия и рак яичника (English et al. (2013) Mol Diagn Ther. 17:85-99).[272] Exemplary HER2-expressing cancers include, but are not limited to, breast cancer, gastric cancer, bladder cancer, urothelial cell carcinoma, esophageal cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma) , salivary duct carcinoma, cervical cancer, endometrial cancer, and ovarian cancer (English et al. (2013) Mol Diagn Ther. 17:85-99).
[273] Иллюстративные виды рака, экспрессирующие CD138, включают без ограничения рак внутригрудной локализации (например, рак легкого, мезотелиому), рак кожи (например, базальноклеточную карциному, плоскоклеточную карциному), рак головы и шеи (например, гортани, гипофаринкса, носоглотки), рак молочной железы, урогенитальный рак (например, рак шейки матки, рак яичника, рак эндометрия, рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, уротелиальный рак), гематологические злокачественные новообразования (например, миелому, такую как множественная миелома, лимфома Ходжкина) и рак щитовидной железы (Szatmári et al. (2015) Dis Markers 2015:796052).[273] Exemplary CD138-expressing cancers include, but are not limited to, hilar cancer (eg, lung cancer, mesothelioma), skin cancer (eg, basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma), head and neck cancer (eg, larynx, hypopharynx, nasopharynx) , breast cancer, urogenital cancer (eg, cervical cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, prostate cancer, bladder cancer, urothelial cancer), hematologic malignancies (eg, myeloma such as multiple myeloma, Hodgkin's lymphoma), and cancer thyroid gland (Szatmári et al. (2015) Dis Markers 2015:796052).
[274] Иллюстративные виды рака, экспрессирующие EPHA2, включают рак молочной железы, рак головного мозга, рак яичника, рак мочевого пузыря, рак поджелудочной железы, рак пищевода, рак легкого, рак предстательной железы, меланому, рак пищевода и рак желудка (Tandon et al. (2011) Expert Opin Ther Targets 15(1):31-51). [274] Illustrative cancers expressing EPHA2 include breast cancer, brain cancer, ovarian cancer, bladder cancer, pancreatic cancer, esophageal cancer, lung cancer, prostate cancer, melanoma, esophageal cancer, and gastric cancer (Tandon et al (2011) Expert Opin Ther Targets 15(1):31-51).
[275] В некоторых вариантах осуществления расщепление ADC высвобождает модулятор сплайсинга от антитела или антигенсвязывающего фрагмента и линкера. В некоторых вариантах осуществления разработан линкер и/или модулятор сплайсинга для облегчения неспецифического уничтожения (уничтожения соседних клеток). В некоторых вариантах осуществления разработан линкер и/или модулятор сплайсинга для облегчения неспецифического уничтожения за счет расщепления после интернализации в клетку и диффузии линкера-фрагмента-лекарственного средства и/или фрагмента-лекарственного средства самого по себе в соседние клетки. В некоторых вариантах осуществления линкер способствует интернализации в клетку. В некоторых вариантах осуществления разработан линкер для сведения к минимуму расщепления во внеклеточной среде и тем самым снижения токсичности для нецелевой ткани (например, нераковой ткани), при этом сохраняющий связывание ADC с тканью-мишенью и неспецифическое уничтожение раковой ткани, которая не экспрессирует антиген, на который целенаправленно воздействует антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC, но которая окружает раковую ткань-мишень, экспрессирующую данный антиген. В некоторых вариантах осуществления разработаны фрагмент-лекарственное средство или катаболит фрагмента-лекарственного средства, получаемый при расщеплении ADC, для облегчения захвата клетками-мишенями или соседними клетками (т. е. способные к проникновению в клетку). Такие фрагменты-лекарственные средства и катаболиты могут обозначаться в данном документе как "неспецифически активные", при этом фрагменты-лекарственные средства или катаболиты со сниженной способностью проникновения в клетку могут называться "неспецифически неактивными". [275] In some embodiments, cleavage of the ADC releases the splicing modulator from the antibody or antigen-binding fragment and the linker. In some embodiments, a linker and/or splicing modulator is designed to facilitate non-specific killing (killing adjacent cells). In some embodiments, a linker and/or splicing modulator is designed to facilitate non-specific killing by cleavage after internalization into a cell and diffusion of the linker-drug moiety and/or drug moiety itself into neighboring cells. In some embodiments, the implementation of the linker promotes internalization into the cell. In some embodiments, a linker is designed to minimize extracellular degradation and thereby reduce toxicity to non-target tissue (e.g., non-cancerous tissue), while still retaining ADC binding to the target tissue and non-specific killing of cancer tissue that does not express the antigen, at which is targeted by an antibody or antigen-binding fragment of the ADC, but which surrounds the cancer target tissue expressing the antigen. In some embodiments, a drug moiety or a drug moiety catabolite derived from ADC cleavage is designed to facilitate uptake by target cells or neighboring cells (i.e., capable of entering the cell). Such drug and catabolite moieties may be referred to herein as "non-specifically active", while drug or catabolite moieties with reduced cellular penetration may be referred to as "non-specifically inactive".
[276] В некоторых вариантах осуществления раскрытые ADC также демонстрируют активность неспецифического уничтожения, но низкую нецелевую цитотоксичность. Не ограничиваясь теорией, активность неспецифического уничтожения у ADC может быть особенно полезной, если его проникновение в солидную опухоль ограничено, и/или экспрессия антигена-мишени среди опухолевых клеток является неоднородной. В некоторых вариантах осуществления ADC, содержащий расщепляемый линкер, является особенно эффективным в неспецифическом уничтожении и/или демонстрирует увеличенную активность неспецифического уничтожения по сравнению со сравнимым лечением с помощью ADC, содержащего нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления ADC, раскрытые в данном документе, проявляют увеличенную растворимость и проникновение в клетки-мишени по сравнению с фрагментами-лекарственными средствами самими по себе. В некоторых вариантах осуществления ADC, раскрытые в данном документе, проявляют увеличенную цитотоксичность по сравнению с таковой у фрагмента-лекарственного средства самого по себе. В некоторых вариантах осуществления в ADC, раскрытых в данном документе, применяются фрагменты-лекарственные средства, которые проявляют более низкую цитотоксичность при оценке в качестве отдельного лекарственного средства, в то же время они неожиданно оказываются лучшими, чем ADC, содержащие другие фрагменты-лекарственные средства, которые характеризуются более высокой цитотоксичностью при оценке в качестве отдельного лекарственного средства. В некоторых вариантах осуществления расщепление и высвобождение модулятора сплайсинга улучшает цитотоксичность ADC относительно сравнимого лечения с помощью ADC, содержащего нерасщепляемый линкер. В других вариантах осуществления расщепление и высвобождение модулятора сплайсинга не требуются для того, чтобы ADC обладал требуемой биологической активностью. В некоторых вариантах осуществления ADC, содержащий нерасщепляемый линкер со спейсером увеличенной длины (например, ADL12), обеспечивает такую же или аналогичную цитотоксичность относительно сравнимого лечения с помощью ADC, содержащего расщепляемый линкер (например, ADL1, ADL5), и неожиданно превосходящую цитотоксичность относительно сравнимого лечения с помощью ADC, содержащего более короткий нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления ADC, содержащий нерасщепляемый линкер со спейсером увеличенной длины без карбонильной группы (например, ADL12), обеспечивает такую же или аналогичную цитотоксичность относительно сравнимого лечения с помощью ADC, содержащего расщепляемый линкер (например, ADL1, ADL5), и неожиданно превосходящую цитотоксичность относительно сравнимого лечения с помощью ADC, содержащего нерасщепляемый линкер со спейсером такой же или аналогичной длины с карбонильной группой (например, ADL10). В некоторых вариантах осуществления удаление карбонильной группы из нерасщепляемого MC-линкера (например, ADL12) может приводить к увеличению цитотоксичности в более 50 раз, более 75 раз, более 100 раз, более 150 раз или более 200 раз относительно сравнительного лечения с помощью ADC, содержащего немодифицированный нерасщепляемый MC-линкер (например, ADL10). В некоторых вариантах осуществления удаление карбонильной группы из нерасщепляемого MC-линкера (например, ADL12) и увеличение длины спейсера (например, добавление по меньшей мере одного спейсерного звена) может приводить к увеличению цитотоксичности в более 50 раз, более 75 раз, более 100 раз, более 150 раз или более 200 раз относительно сравнительного лечения с помощью ADC, содержащего немодифицированный нерасщепляемый MC-линкер (например, ADL10). [276] In some embodiments, the disclosed ADCs also exhibit non-specific killing activity but low off-target cytotoxicity. Without being limited by theory, non-specific killing activity in ADC may be particularly useful if its entry into a solid tumor is limited and/or expression of the target antigen among tumor cells is heterogeneous. In some embodiments, an ADC containing a cleavable linker is particularly effective in non-specific killing and/or exhibits increased non-specific killing activity compared to a comparable treatment with an ADC containing a non-cleavable linker. In some embodiments, the ADCs disclosed herein exhibit increased solubility and penetration into target cells compared to the drug moieties themselves. In some embodiments, the ADCs disclosed herein exhibit increased cytotoxicity compared to that of the drug moiety itself. In some embodiments, the ADCs disclosed herein use drug moieties that exhibit lower cytotoxicity when evaluated as a single drug, while surprisingly superior to ADCs containing other drug moieties, which are characterized by higher cytotoxicity when evaluated as a single drug. In some embodiments, cleavage and release of the splicing modulator improves the cytotoxicity of the ADC relative to comparable treatment with an ADC containing a non-cleavable linker. In other embodiments, cleavage and release of the splicing modulator is not required for the ADC to have the desired biological activity. In some embodiments, an ADC containing a non-cleavable linker with an extended spacer (e.g., ADL12) provides the same or similar cytotoxicity relative to a comparable treatment with an ADC containing a cleavable linker (e.g., ADL1, ADL5) and unexpectedly superior cytotoxicity relative to a comparable treatment. with an ADC containing a shorter non-cleavable linker. In some embodiments, an ADC containing a non-cleavable linker with an extended spacer without a carbonyl group (e.g., ADL12) provides the same or similar cytotoxicity relative to comparable treatment with an ADC containing a cleavable linker (e.g., ADL1, ADL5) and unexpectedly superior cytotoxicity relatively comparable ADC treatment containing a non-cleavable linker with a spacer of the same or similar length with a carbonyl group (eg ADL10). In some embodiments, the removal of the carbonyl group from a non-cleavable MC linker (e.g., ADL12) may result in an increase in cytotoxicity greater than 50-fold, greater than 75-fold, greater than 100-fold, greater than 150-fold, or greater than 200-fold relative to a comparative ADC treatment containing unmodified non-cleavable MC linker (eg ADL10). In some embodiments, removing the carbonyl group from a non-cleavable MC linker (e.g., ADL12) and increasing the length of the spacer (e.g., adding at least one spacer unit) can result in an increase in cytotoxicity of over 50-fold, over 75-fold, over 100-fold, more than 150 times or more than 200 times relative to comparative treatment with an ADC containing an unmodified, non-cleavable MC linker (eg, ADL10).
[277] В данном документе представлены соединения ADC, содержащие антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (Ab), которые целенаправленно воздействуют на опухолевую клетку, фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга (D), и линкерный фрагмент (L), который ковалентно прикрепляет Ab к D. В определенных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны связываться с опухолеассоциированным антигеном (например, HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1) с высокой специфичностью и высокой аффинностью. В определенных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент подвергаются интернализации в клетку-мишень после связывания, например, в компартмент деградации в клетке. В различных вариантах осуществления для уничтожения раковых клеток могут применяться ADC, которые подвергаются интернализации после связывания с клеткой-мишенью, претерпевают деградацию и высвобождение фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга. Фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, может высвобождаться от антитела и/или линкерного фрагмента ADC за счет действия ферментов, гидролиза, окисления или любого другого механизма.[277] Provided herein are ADC compounds comprising an antibody or antigen-binding fragment (Ab) thereof that targets a tumor cell, a drug fragment that is a splicing modulator (D), and a linker fragment (L) that covalently attaches Ab to D. In certain aspects, an antibody or antigen-binding fragment is capable of binding to a tumor-associated antigen (e.g., HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4 , STEAP1) with high specificity and high affinity. In certain embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is internalized into the target cell after binding, for example, into a degradation compartment in the cell. In various embodiments, ADCs that are internalized after binding to a target cell, undergo degradation, and release a splicing modulator drug moiety can be used to kill cancer cells. The splicing modulator drug moiety may be released from the antibody and/or the ADC linker moiety by enzymatic action, hydrolysis, oxidation, or any other mechanism.
[278] Иллюстративный ADC имеет формулу (I): [278] An exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab=антитело или антигенсвязывающий фрагмент, L=линкерный фрагмент, D=фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, и p=число фрагментов-лекарственных средств, представляющих собой модулятор сплайсинга, на антитело или антигенсвязывающий фрагмент.where Ab=antibody or antigen-binding fragment, L=linker fragment, D=splicing modulator drug fragment, and p =number of splicing modulator drug fragments per antibody or antigen-binding fragment.
[279] В некоторых предпочтительных вариантах осуществления нацеливающий лекарственное средство фрагмент для применения в описанных ADC и композициях представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент. Другие иллюстративные нацеливающие лекарственное средство фрагменты для применения в описанных ADC и композициях также представлены и приведены в качестве примера в данном документе. В некоторых вариантах осуществления нацеливающий лекарственное средство фрагмент может быть любым из множества средств, связывающихся с клеткой, и остовов, не являющихся антителом. В некоторых вариантах осуществления нацеливающий лекарственное средство фрагмент представляет собой средство, связывающееся с клеткой. Применяемый в данном документе термин "средство, связывающееся с клеткой" относится к любому средству, которое способно к связыванию с клеткой животного (например, человека) и доставке фрагмента-лекарственного средства (например, фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, раскрытого в данном документе). Термин охватывает иллюстративные антитела и антигенсвязывающие фрагменты, раскрытые в данном документе (например, моноклональные антитела и их фрагменты, такие как Fab и scFV). Термин дополнительно охватывает иллюстративные средства, связывающиеся с клеткой, такие как DARPin, дуотела, бициклические пептиды, нанотела, центирины, MSH (меланоцит-стимулирующий гормон), слитые молекулы рецептор-Fc, T-клеточные рецепторные структуры, стероидные гормоны, такие как андрогены и эстрогены, факторы роста, колониестимулирующие факторы, такие как EGF, и другие остовы, не являющиеся антителом. В различных вариантах осуществления остовы, не являющиеся антителом, в широком смысле можно разделить на два структурных класса, а именно соединения, имеющие размер домена (примерно 6-20 кДа), и ограниченные пептиды (примерно 2-4 кДа). Иллюстративные остовы, имеющие размер домена, включают без ограничения аффитела, аффилины, антикалины, атримеры, DARPin, FN3-остовы (например, аднектины и центирины), финомеры, домены Кунитца, пронектины, O-тела и слитые белки рецептор-Fc, при этом иллюстративные ограниченные пептиды включают авимеры, бициклические пептиды и Cys-узлы. В некоторых вариантах осуществления нацеливающий лекарственное средство фрагмент, применяемый в описанных ADC и композициях, выбран из аффитела, аффилина, антикалина, атримера, DARPin, FN3-остова, такого как аднектин или центирин, финомера, домена Кунитца, пронектина, O-тела, авимера, бициклического пептида и Cys-узла. В некоторых вариантах осуществления нацеливающий лекарственное средство фрагмент, применяемый в описанных ADC и композициях, представляет собой слитый белок рецептор-Fc, например, химерный слитый белок HER2-Fc. Обзор остовов, не являющихся антителом, приведен, например, в Vazquez-Lombardi et al. (2015) Drug Dis Today 20(10):1271-83.[279] In some preferred embodiments, the drug-targeting fragment for use in the described ADCs and compositions is an antibody or antigen-binding fragment. Other exemplary drug-targeting moieties for use in the described ADCs and compositions are also provided and exemplified herein. In some embodiments, the drug-targeting fragment may be any of a variety of cell-binding agents and non-antibody backbones. In some embodiments, the drug-targeting moiety is a cell-binding agent. As used herein, the term "cell-binding agent" refers to any agent that is capable of binding to an animal (e.g., human) cell and delivering a drug moiety (e.g., the splicing modulator drug moiety disclosed in this document). The term encompasses exemplary antibodies and antigen-binding fragments disclosed herein (eg, monoclonal antibodies and fragments thereof such as Fab and scFV). The term further encompasses exemplary cell-binding agents such as DARPin, duotel, bicyclic peptides, nanobodies, centirins, MSH (melanocyte-stimulating hormone), receptor-Fc fusion molecules, T-cell receptor structures, steroid hormones such as androgens and estrogens, growth factors, colony stimulating factors such as EGF, and other non-antibody backbones. In various embodiments, non-antibody backbones can be broadly divided into two structural classes, namely domain size compounds (about 6-20 kDa) and limited peptides (about 2-4 kDa). Exemplary backbones having a domain size include, but are not limited to, affitels, affilins, anticalins, atrimers, DARPins, FN3 backbones (e.g., adnectins and centirins), finomers, Kunitz domains, pronectins, O-bodies, and receptor-Fc fusion proteins, wherein exemplary limited peptides include avimers, bicyclic peptides, and Cys knots. In some embodiments, the drug-targeting moiety used in the described ADCs and compositions is selected from affitele, affilin, anticalin, atrimer, DARPin, FN3 backbone such as adnectin or centirin, finomer, Kunitz domain, pronectin, O-body, avimer , a bicyclic peptide, and a Cys node. In some embodiments, the drug-targeting moiety used in the described ADCs and compositions is a receptor-Fc fusion protein, eg, a chimeric HER2-Fc fusion protein. For a review of non-antibody backbones, see, for example, Vazquez-Lombardi et al. (2015) Drug Dis Today 20(10):1271-83.
АнтителаAntibodies
[280] Антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) формулы (I) включают в пределах своего объема любое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые специфически связываются с антигеном-мишенью на раковой клетке. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент могут связываться с антигеном-мишенью с константой диссоциации (KD), составляющей ≤1 мМ, ≤100 нМ или ≤10 нМ или любое значение между ними, как измерено, например, с помощью анализа BIAcore®. В определенных вариантах осуществления KD составляет от 1 пМ до 500 пМ. В некоторых вариантах осуществления KD составляет от 500 пМ до 1 мкМ, от 1 мкМ до 100 нМ или от 100 мМ до 10 нМ. [280] An antibody or antigen-binding fragment (Ab) of formula (I) includes within its scope any antibody or antigen-binding fragment that specifically binds to a target antigen on a cancer cell. An antibody or antigen-binding fragment can bind to a target antigen with a dissociation constant (K D ) of ≦1 mM, ≦100 nM, or ≦10 nM, or any value in between, as measured, for example, by a BIAcore® assay. In certain embodiments, the implementation of K D is from 1 pM to 500 pM. In some embodiments, the K D is 500 pM to 1 μM, 1 μM to 100 nM, or 100 mM to 10 nM.
[281] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой четырехцепочечное антитело (также называемое иммуноглобулин или полноразмерное или интактное антитело), содержащее две тяжелые цепи и две легкие цепи. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой двухцепочечное полуантитело (одна легкая цепь и одна тяжелая цепь) или антигенсвязывающий фрагмент иммуноглобулина. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антигенсвязывающий фрагмент иммуноглобулина, который сохраняет способность связывать раковый антиген-мишень и/или обеспечивать функцию иммуноглобулина.[281] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is a four-chain antibody (also referred to as an immunoglobulin or full-length or intact antibody) containing two heavy chains and two light chains. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is a double-chain semi-antibody (one light chain and one heavy chain) or an immunoglobulin antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an antigen-binding fragment of an immunoglobulin that retains the ability to bind a cancer target antigen and/or confer immunoglobulin function.
[282] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления интернализующееся антитело или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент связываются с раковым антигеном-мишенью, экспрессированным на поверхности клетки, и попадают в клетку после связывания. В некоторых вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, в ADC высвобождается от антитела или антигенсвязывающего фрагмента в ADC после того, как ADC попадет и будет находиться в клетке, экспрессирующей раковый антиген-мишень (т. е. после того, как ADC подвергся интернализации), например, за счет отщепления, за счет разрушения антитела или антигенсвязывающего фрагмента или за счет любого другого подходящего механизма высвобождения.[282] In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an antibody or antigennegative fragment thereof. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment thereof. In some embodiments, an internalizing antibody, or an internalizing antigen-binding fragment thereof, binds to a cancer target antigen expressed on a cell surface and enters the cell after binding. In some embodiments, the splice modulator drug fragment in the ADC is released from the antibody or antigen-binding fragment in the ADC after the ADC enters and resides in a cell expressing the cancer target antigen (i.e., after The ADC has been internalized), for example, by cleavage, by destruction of the antibody or antigen-binding fragment, or by any other suitable release mechanism.
[283] Аминокислотные последовательности иллюстративных антител по настоящего изобретению представлены в таблицах 2-4.[283] Amino acid sequences of exemplary antibodies of the present invention are shown in Tables 2-4.
Таблица 1. Антитела Table 1. Antibodies
Таблица 2. Аминокислотные последовательности вариабельных областей mAbTable 2. Amino acid sequences of mAb variable regions
Таблица 3. Аминокислотные последовательности CDR mAb Table 3. Amino acid sequences of CDR mAb
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
Таблица 4. Аминокислотные последовательности цепей Ig полноразмерного mAbTable 4. Amino acid sequences of the Ig chains of the full-length mAb
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB185)Trastuzumab
(AB185)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB205)B-B4
(AB205)
(AB206)1C1
(AB206)
(AB206)1C1
(AB206)
Таблица 5. Иллюстративные аминокислотные последовательности антигена-мишениTable 5 Exemplary target antigen amino acid sequences
[284] В различных вариантах осуществления ADC, раскрытый в данном документе, может содержать любой набор из вариабельных доменов тяжелой и легкой цепей, перечисленных в таблицах выше, или набор из последовательностей шести CDR из набора тяжелой и легкой цепей, например, введенный путем прививания шести CDR в выбранный каркас донорного антитела человека. В различных вариантах осуществления ADC, раскрытый в данном документе, может содержать аминокислотные последовательности, которые гомологичны последовательностям, перечисленным в таблицах выше, при условии, что ADC сохраняет способность связываться со своим раковым антигеном-мишенью (например, с KD, составляющей менее 1×10-8 M) и сохраняет одно или несколько функциональных свойств ADC, раскрытых в данном документе (например, способность к интернализации, модулированию сплайсинга РНК, подавлению клеточного роста и т. д.).[284] In various embodiments, the ADC disclosed herein may comprise any set of heavy and light chain variable domains listed in the tables above, or a set of six CDR sequences from a set of heavy and light chains, for example, introduced by grafting six CDR into a selected human donor antibody framework. In various embodiments, the ADC disclosed herein may contain amino acid sequences that are homologous to the sequences listed in the tables above, provided that the ADC retains the ability to bind to its target cancer antigen (e.g., a K D of less than 1× 10 -8 M) and retains one or more of the functional properties of the ADCs disclosed herein (eg, the ability to internalize, modulate RNA splicing, suppress cell growth, etc.).
[285] В некоторых вариантах осуществления ADC дополнительно содержит константные домены тяжелой и легкой цепей человека или их фрагменты. Например, ADC может содержать константный домен тяжелой цепи IgG человека (такого как IgG1) и константный домен легкой каппа- или лямбда-цепи человека. В различных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент описанных ADC содержат константный домен тяжелой цепи иммуноглобулин G подтипа 1 (IgG1) человека с константным доменом легкой каппа-цепи Ig человека. [285] In some embodiments, the ADC further comprises human heavy and light chain constant domains or fragments thereof. For example, an ADC may comprise a human IgG heavy chain constant domain (such as IgG1) and a human kappa or lambda light chain constant domain. In various embodiments, the antibody or antigen-binding fragment of the disclosed ADCs comprise a human immunoglobulin G subtype 1 (IgG1) heavy chain constant domain with a human Ig kappa light chain constant domain.
[286] В различных других вариантах осуществления раковый антиген-мишень для ADC представляет собой рецептор 2 эпидермального фактора роста человека (HER2). [286] In various other embodiments, the cancer target antigen for ADC is human epidermal growth factor receptor 2 (HER2).
[287] В различных вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи, указанные ниже: CDR1 тяжелой цепи (HCDR1), состоящий из SEQ ID NO:1, CDR2 тяжелой цепи (HCDR2), состоящий из SEQ ID NO:2, CDR3 тяжелой цепи (HCDR3), состоящий из SEQ ID NO:3; CDR1 легкой цепи (LCDR1), состоящий из SEQ ID NO:4, CDR2 легкой цепи (LCDR2), состоящий из SEQ ID NO:5, и CDR3 легкой цепи (LCDR3), состоящий из SEQ ID NO:6, как определено по системе нумерации по Kabat. [287] In various embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises three heavy chain CDRs and three light chain CDRs as follows: Heavy chain CDR1 (HCDR1) consisting of SEQ ID NO:1, Heavy chain CDR2 (HCDR2), consisting of SEQ ID NO:2, heavy chain CDR3 (HCDR3) consisting of SEQ ID NO:3; Light chain CDR1 (LCDR1) consisting of SEQ ID NO:4, Light chain CDR2 (LCDR2) consisting of SEQ ID NO:5, and Light chain CDR3 (LCDR3) consisting of SEQ ID NO:6, as determined by the system numbering according to Kabat.
[288] В различных вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи под SEQ ID NO:19 и аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи под SEQ ID NO:20 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент имеют аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:19, и/или аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:20.[288] In various embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises the heavy chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and the light chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:20, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. . In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof has a heavy chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:19 , and/or a light chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:20.
[289] В различных вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В различных вариантах осуществления антитело к HER2 содержит константный домен тяжелой цепи IgG1 человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. [289] In various embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In various embodiments, the anti-HER2 antibody comprises a human IgG1 heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain.
[290] В различных вариантах осуществления антитело к HER2 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:19 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:19, и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:20 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:20. В конкретных вариантах осуществления антитело к HER2 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:19 и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:20 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 имеет аминокислотную последовательность тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:19, и аминокислотную последовательность легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:20. В различных вариантах осуществления антитело к HER2 представляет собой трастузумаб или его антигенсвязывающий фрагмент.[290] In various embodiments, the anti-HER2 antibody comprises a heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:19 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:19 and a light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:20 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:20. In specific embodiments, the anti-HER2 antibody comprises the heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and the light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:20, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. In some embodiments, the anti-HER2 antibody has a heavy chain amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:19 and a light chain amino acid sequence , which is at least 96%, at least 97%, at least 98% or at least 99% identical to SEQ ID NO:20. In various embodiments, the anti-HER2 antibody is trastuzumab or an antigen-binding fragment thereof.
[291] В различных вариантах осуществления антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи трастузумаба, или где CDR включают не более одной, двух, трех, четырех, пяти или шести аминокислотных добавлений, делеций или замен в HCDR1 (SEQ ID NO:1), HCDR2 (SEQ ID NO:2), HCDR3 (SEQ ID NO:3); LCDR1 (SEQ ID NO:4), LCDR2 (SEQ ID NO:5) и LCDR3 (SEQ ID NO:6).[291] In various embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises three heavy chain CDRs and three light chain CDRs of trastuzumab, or wherein the CDRs comprise no more than one, two, three, four, five, or six amino acid additions, deletions, or substitutions in HCDR1 (SEQ ID NO:1), HCDR2 (SEQ ID NO:2), HCDR3 (SEQ ID NO:3); LCDR1 (SEQ ID NO:4), LCDR2 (SEQ ID NO:5) and LCDR3 (SEQ ID NO:6).
[292] В различных других вариантах осуществления раковый антиген-мишень для ADC представляет собой синдекан-1 человека (CD138). [292] In various other embodiments, the cancer target antigen for ADC is human syndecan-1 (CD138).
[293] В различных вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи, указанные ниже: CDR1 тяжелой цепи (HCDR1), состоящий из SEQ ID NO:7, CDR2 тяжелой цепи (HCDR2), состоящий из SEQ ID NO:8, CDR3 тяжелой цепи (HCDR3), состоящий из SEQ ID NO:9; CDR1 легкой цепи (LCDR1), состоящий из SEQ ID NO:10, CDR2 легкой цепи (LCDR2), состоящий из SEQ ID NO:11, и CDR3 легкой цепи (LCDR3), состоящий из SEQ ID NO:12, как определено по системе нумерации по Kabat. [293] In various embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises three heavy chain CDRs and three light chain CDRs as follows: a heavy chain CDR1 (HCDR1) consisting of SEQ ID NO:7, a heavy chain CDR2 (HCDR2), consisting of SEQ ID NO:8, heavy chain CDR3 (HCDR3) consisting of SEQ ID NO:9; Light chain CDR1 (LCDR1) consisting of SEQ ID NO:10, Light chain CDR2 (LCDR2) consisting of SEQ ID NO:11, and Light chain CDR3 (LCDR3) consisting of SEQ ID NO:12 as determined by the system numbering according to Kabat.
[294] В различных вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи под SEQ ID NO:21 и аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи под SEQ ID NO:22 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент имеют аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:21, и/или аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:22.[294] In various embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises the heavy chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and the light chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:22, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. . In some embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof has a heavy chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:21 , and/or a light chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:22.
[295] В различных вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В различных вариантах осуществления антитело к CD138 содержит константный домен тяжелой цепи IgG2a мыши и константный домен легкой каппа-цепи Ig мыши. В различных вариантах осуществления антитело к CD138 содержит константный домен тяжелой цепи IgG2a человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. [295] In various embodiments, the anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In various embodiments, the anti-CD138 antibody comprises a mouse IgG2a heavy chain constant domain and a mouse Ig kappa light chain constant domain. In various embodiments, the anti-CD138 antibody comprises a human IgG2a heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain.
[296] В различных вариантах осуществления антитело к CD138 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:21 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:21, и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:22 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:22. В конкретных вариантах осуществления антитело к CD138 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:21 и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:22 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 имеет аминокислотную последовательность тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:21, и аминокислотную последовательность легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:22. В различных вариантах осуществления антитело к CD138 представляет собой B-B4 или его антигенсвязывающий фрагмент.[296] In various embodiments, the anti-CD138 antibody comprises a heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:21 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:21 and a light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:22 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:22. In specific embodiments, the anti-CD138 antibody comprises the heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and the light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:22, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. In some embodiments, an anti-CD138 antibody has a heavy chain amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:21 and a light chain amino acid sequence , which is at least 96%, at least 97%, at least 98% or at least 99% identical to SEQ ID NO:22. In various embodiments, the anti-CD138 antibody is B-B4 or an antigen-binding fragment thereof.
[297] В различных вариантах осуществления антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи B-B4, или где CDR включают не более одной, двух, трех, четырех, пяти или шести аминокислотных добавлений, делеций или замен в HCDR1 (SEQ ID NO:7), HCDR2 (SEQ ID NO:8), HCDR3 (SEQ ID NO:9); LCDR1 (SEQ ID NO:10), LCDR2 (SEQ ID NO:11) и LCDR3 (SEQ ID NO:12).[297] In various embodiments, the anti-CD138 antibody, or antigen-binding fragment thereof, comprises three heavy chain CDRs and three B-B4 light chain CDRs, or wherein the CDRs comprise no more than one, two, three, four, five, or six amino acid additions, deletions, or substitutions in HCDR1 (SEQ ID NO:7), HCDR2 (SEQ ID NO:8), HCDR3 (SEQ ID NO:9); LCDR1 (SEQ ID NO:10), LCDR2 (SEQ ID NO:11) and LCDR3 (SEQ ID NO:12).
[298] В различных других вариантах осуществления раковый антиген-мишень для ADC представляет собой рецептор 2 эфрина типа-A человека (EPHA2). [298] In various other embodiments, the cancer target antigen for ADC is human aphrine type-A receptor 2 (EPHA2).
[299] В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи, указанные ниже: CDR1 тяжелой цепи (HCDR1), состоящий из SEQ ID NO:13, CDR2 тяжелой цепи (HCDR2), состоящий из SEQ ID NO:14, CDR3 тяжелой цепи (HCDR3), состоящий из SEQ ID NO:15; CDR1 легкой цепи (LCDR1), состоящий из SEQ ID NO:16, CDR2 легкой цепи (LCDR2), состоящий из SEQ ID NO:17, и CDR3 легкой цепи (LCDR3), состоящий из SEQ ID NO:18, как определено по системе нумерации по Kabat. [299] In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises three heavy chain CDRs and three light chain CDRs as follows: Heavy chain CDR1 (HCDR1) consisting of SEQ ID NO:13, Heavy chain CDR2 (HCDR2), consisting of SEQ ID NO:14, heavy chain CDR3 (HCDR3) consisting of SEQ ID NO:15; Light chain CDR1 (LCDR1) consisting of SEQ ID NO:16, Light chain CDR2 (LCDR2) consisting of SEQ ID NO:17, and Light chain CDR3 (LCDR3) consisting of SEQ ID NO:18, as determined by the system numbering according to Kabat.
[300] В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи под SEQ ID NO:23 и аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи под SEQ ID NO:24 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент имеют аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:23, и/или аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:24.[300] In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof comprises the heavy chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and the light chain variable region amino acid sequence of SEQ ID NO:24, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. . In some embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof has a heavy chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:23 , and/or a light chain variable region amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:24.
[301] В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 содержит константный домен тяжелой цепи IgG1 человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. [301] In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment thereof is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody comprises a human IgG1 heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain.
[302] В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:23 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:23, и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:24 или последовательность, которая на по меньшей мере 95% идентична SEQ ID NO:24. В конкретных вариантах осуществления антитело к EPHA2 содержит аминокислотную последовательность тяжелой цепи под SEQ ID NO:23 и аминокислотную последовательность легкой цепи под SEQ ID NO:24 или последовательности, которые на по меньшей мере 95% идентичны раскрытым последовательностям. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 имеет аминокислотную последовательность тяжелой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:23, и аминокислотную последовательность легкой цепи, которая на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентична SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 содержит тяжелую цепь, кодируемую нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO:23; и легкую цепь, кодируемую нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO:24. В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 представляет собой 1C1 или его антигенсвязывающий фрагмент.[302] In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody comprises a heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:23 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:23 and a light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:24 or a sequence that is at least 95% identical to SEQ ID NO:24. In specific embodiments, the anti-EPHA2 antibody comprises the heavy chain amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and the light chain amino acid sequence of SEQ ID NO:24, or sequences that are at least 95% identical to the disclosed sequences. In some embodiments, an anti-EPHA2 antibody has a heavy chain amino acid sequence that is at least 96%, at least 97%, at least 98%, or at least 99% identical to SEQ ID NO:23 and a light chain amino acid sequence , which is at least 96%, at least 97%, at least 98% or at least 99% identical to SEQ ID NO:24. In some embodiments, the implementation of the antibody to EPHA2 contains a heavy chain encoded by the nucleotide sequence under SEQ ID NO:23; and a light chain encoded by the nucleotide sequence of SEQ ID NO:24. In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody is IC1 or an antigen-binding fragment thereof.
[303] В различных вариантах осуществления антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент содержат три CDR тяжелой цепи и три CDR легкой цепи 1C1, или где CDR включают не более одной, двух, трех, четырех, пяти или шести аминокислотных добавлений, делеций или замен в HCDR1 (SEQ ID NO:13), HCDR2 (SEQ ID NO:14), HCDR3 (SEQ ID NO:15); LCDR1 (SEQ ID NO:16), LCDR2 (SEQ ID NO:17) и LCDR3 (SEQ ID NO:18).[303] In various embodiments, the anti-EPHA2 antibody, or antigen-binding fragment thereof, comprises three heavy chain CDRs and three 1C1 light chain CDRs, or wherein the CDRs comprise no more than one, two, three, four, five, or six amino acid additions, deletions, or substitutions in HCDR1 (SEQ ID NO:13), HCDR2 (SEQ ID NO:14), HCDR3 (SEQ ID NO:15); LCDR1 (SEQ ID NO:16), LCDR2 (SEQ ID NO:17) and LCDR3 (SEQ ID NO:18).
[304] В различных вариантах осуществления аминокислотные замены представляю собой замены одиночных остатков. Вставки обычно будут иметь порядок от приблизительно 1 до приблизительно 20 аминокислотных остатков, хотя могут допускаться значительно более длинные вставки при условии, что сохраняется биологическая функция (например, связывание с антигеном-мишенью). Делеции обычно находится в диапазоне от приблизительно 1 до приблизительно 20 аминокислотных остатков, хотя в некоторых случаях делеции могут быть намного более длинными. Замены, делеции, вставки или любые их комбинации могут применяться для достижения конечного производного или варианта. Обычно такие изменения выполняют на небольшом числе аминокислот, чтобы свести к минимуму изменение молекулы, в частности, иммуногенности и специфичности антигенсвязывающего белка. Однако в некоторых обстоятельствах могут допускаться более крупные изменения. Консервативные замены обычно выполняют в соответствии со следующей схемой, изображенной как таблица 6.[304] In various embodiments, amino acid substitutions are single residue substitutions. Insertions will typically be on the order of about 1 to about 20 amino acid residues, although significantly longer insertions can be tolerated, provided the biological function (eg, binding to the target antigen) is maintained. Deletions typically range from about 1 to about 20 amino acid residues, although in some cases the deletions can be much longer. Substitutions, deletions, insertions, or any combination thereof may be used to achieve the final derivative or variant. Usually such changes are made on a small number of amino acids in order to minimize the change in the molecule, in particular the immunogenicity and specificity of the antigen binding protein. However, in some circumstances larger changes may be allowed. Conservative substitutions are usually made according to the following scheme, depicted as Table 6.
Таблица 6Table 6
[305] Значительные изменения функции или иммунологической идентичности выполняют путем выбора замен, которые являются менее консервативными, чем показанные в таблице 6. Например, можно выполнять замены, которые в более значительной степени воздействуют на: структуру полипептидного остова в области изменения, например, альфа-спираль или бета-складчатую структуру; заряд или гидрофобность молекулы в сайте-мишени или объем боковой цепи. Замены, которые в общем случае могут приводить к самым большим изменениям свойств полипептида, являются такими, при которых (a) гидрофильный остаток, например серил или треонил, замещен (или заменен) гидрофобным остатком, например лейцилом, изолейцилом, фенилаланилом, валилом или аллилом; (b) цистеин или пролин замещены (или заменены) любым другим остатком; (c) остаток с электроположительной боковой цепью, например лизил, аргинил или гистидил, замещен (или заменен) электроотрицательным остатком, например глутамилом или аспартилом; или (d) остаток с объемной боковой цепью, например фенилаланин, замещен (или заменен) остатком, не имеющим боковой цепи, например глицином. [305] Significant changes in function or immunological identity are performed by selecting substitutions that are less conservative than those shown in Table 6. For example, substitutions can be made that more significantly affect: the structure of the polypeptide backbone in the area of change, for example, alpha- spiral or beta-pleated structure; the charge or hydrophobicity of the molecule at the target site, or the volume of the side chain. The substitutions that can generally result in the greatest changes in the properties of the polypeptide are those in which (a) a hydrophilic residue, such as seryl or threonyl, is replaced by (or replaced by) a hydrophobic residue, such as leucyl, isoleucyl, phenylalanyl, valyl, or allyl; (b) the cysteine or proline is substituted (or replaced) by any other residue; (c) a residue with an electropositive side chain, such as lysyl, arginyl, or histidyl, is substituted (or replaced) with an electronegative residue, such as glutamyl or aspartyl; or (d) a bulky side chain residue, eg phenylalanine, is substituted (or replaced) with a non-side chain residue, eg glycine.
[306] В различных вариантах осуществления, в которых в ADC применяют вариантные последовательности антител, варианты, как правило, проявляют такую же качественную биологическую активность и будут вызывать такой же иммунный ответ, хотя при необходимости также могут быть выбраны варианты для модификации характеристик антигенсвязывающих белков. В качестве альтернативы вариант может быть разработан таким образом, чтобы биологическая активность антигенсвязывающего белка изменилась. Например, могут быть изменены или удалены сайты гликозилирования.[306] In various embodiments in which variant antibody sequences are used in the ADC, the variants will generally exhibit the same qualitative biological activity and will elicit the same immune response, although variants may also be selected to modify the characteristics of the antigen-binding proteins if desired. Alternatively, the variant can be designed such that the biological activity of the antigen binding protein is altered. For example, glycosylation sites may be altered or removed.
[307] Различные антитела могут применяться с ADC, применяемыми в данном документе, для целенаправленного воздействия на раковые клетки. Как показано ниже, линкер-полезные нагрузки в ADC, раскрытых в данном документе, являются неожиданно эффективными с антителами, целенаправленно воздействующими на разные опухолевые антигены. Подходящие антигены, экспрессируемые на опухолевых клетках, но не на здоровых клетках, или экспрессируемые на опухолевых клетках на более высоком уровне, чем на здоровых клетках, известны из уровня техники, также как и антитела, направленные против них. Такие антитела можно применять с линкерами и полезными нагрузками в виде модулятора сплайсинга, раскрытыми в данном документе. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на HER2, и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на HER2, представляют собой трастузумаб. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на CD138, и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на CD138, представляют собой B-B4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на EPHA2, и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на EPHA2, представляют собой 1C1. В некоторых вариантах осуществления помимо того, что раскрытые линкеры и полезные нагрузки в виде модулятора сплайсинга являются неожиданно эффективными с несколькими антителами, целенаправленно воздействующими на разные опухоли, при этом антитела, целенаправленно воздействующие на HER2, такие как трастузумаб, антитела, целенаправленно воздействующие на CD138, такие как B-B4, и антитела, целенаправленно воздействующие на EPHA2, такие как 1C1, обеспечивали особенно улучшенное соотношение лекарственное средство:антитело, уровень агрегации, стабильность (т. е. стабильность in vitro и in vivo), целенаправленное воздействие на опухоль (т. е. цитотоксичность, активность) и/или эффективность лечения. Улучшенная эффективность лечения может быть измерена in vitro или in vivo, и может включать снижение скорости опухолевого роста и/или снижение объема опухоли.[307] Various antibodies can be used with the ADCs used herein to target cancer cells. As shown below, the linker payloads in the ADCs disclosed herein are surprisingly effective with antibodies targeting various tumor antigens. Suitable antigens expressed on tumor cells but not healthy cells, or expressed at a higher level on tumor cells than on healthy cells, are known in the art, as are antibodies directed against them. Such antibodies can be used with the linkers and splicing modulator payloads disclosed herein. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that targets HER2, and the antibody or antigen-binding fragment that targets HER2 is trastuzumab. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets CD138, and the antibody or antigen-binding fragment that targets CD138 is B-B4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that targets EPHA2, and the antibody or antigen-binding fragment that targets EPHA2 is 1C1. In some embodiments, in addition to the disclosed linkers and splicing modulator payloads being surprisingly effective with several antibodies targeting different tumors, antibodies targeting HER2 such as trastuzumab, antibodies targeting CD138, such as B-B4, and EPHA2-targeting antibodies such as 1C1 provided particularly improved drug:antibody ratio, aggregation rate, stability (i.e., in vitro and in vivo stability), tumor targeting (t e. cytotoxicity, potency) and/or treatment efficacy. Improved treatment efficacy may be measured in vitro or in vivo and may include a reduction in tumor growth rate and/or a reduction in tumor volume.
[308] В определенных вариантах осуществления применяют альтернативные антитела для одних мишеней или антитела к разным антигенам-мишеням, и они обеспечивают по меньшей мере некоторые из благоприятных функциональных свойств, описанных выше (например, улучшенную стабильность, улучшенное целенаправленное воздействие на опухоль, улучшенную эффективность лечения и т. д.). В некоторых вариантах осуществления некоторые или все из таких благоприятных функциональных свойств наблюдаются, когда раскрытые линкеры и полезные нагрузки в виде модулятора сплайсинга конъюгированы с альтернативным антителом или антигенсвязывающим фрагментом, целенаправленно воздействующими на HER2-, CD138- или EPHA2. В некоторых вариантах осуществления некоторые или все из таких благоприятных функциональных свойств наблюдаются, когда раскрытые линкеры и полезные нагрузки в виде модулятора сплайсинга конъюгированы с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, целенаправленно воздействующими на HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на HER2, представляют собой трастузумаб. В некоторых вариантах осуществления некоторые или все из таких благоприятных функциональных свойств наблюдаются, когда раскрытые линкеры и полезные нагрузки в виде модулятора сплайсинга конъюгированы с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, целенаправленно воздействующими на CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на CD138, представляют собой B-B4. В некоторых вариантах осуществления некоторые или все из таких благоприятных функциональных свойств наблюдаются, когда раскрытые линкеры и полезные нагрузки в виде модулятора сплайсинга конъюгированы с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, целенаправленно воздействующими на EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, целенаправленно воздействующие на EPHA2, представляют собой 1C1.[308] In certain embodiments, alternative antibodies to the same targets or antibodies to different target antigens are used and provide at least some of the beneficial functional properties described above (e.g., improved stability, improved tumor targeting, improved treatment efficacy). etc.). In some embodiments, some or all of these beneficial functionalities are observed when the disclosed linkers and splicing modulator payloads are conjugated to an alternative antibody or antigen-binding fragment that targets HER2-, CD138-, or EPHA2. In some embodiments, some or all of these beneficial functional properties are observed when the disclosed linkers and splicing modulator payloads are conjugated to an antibody or antigen-binding fragment that targets HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that targets HER2 is trastuzumab. In some embodiments, some or all of these beneficial functionalities are observed when the disclosed linkers and splicing modulator payloads are conjugated to an antibody or antigen-binding fragment that targets CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that targets CD138 is B-B4. In some embodiments, some or all of these beneficial functionalities are observed when the disclosed linkers and splicing modulator payloads are conjugated to an antibody or antigen-binding fragment that targets EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that targets EPHA2 is 1C1.
ЛинкерыLinkers
[309] В различных вариантах осуществления линкер в ADC является стабильным вне клетки в достаточной степени, чтобы быть терапевтически эффективным. В некоторых вариантах осуществления линкер является стабильным за пределами клетки, так что ADC остается интактным, когда он находится во внеклеточных условиях (например, до транспорта или доставки в клетку). Термин "интактный", применяемый в контексте ADC, означает, что антитело или антигенсвязывающий фрагмент остаются присоединенными к фрагменту-лекарственному средству (например, модулятору сплайсинга). Применяемый в данном документе "стабильный" в контексте линкера или ADC, содержащего линкер, означает, что не более 20%, не более приблизительно 15%, не более приблизительно 10%, не более приблизительно 5%, не более приблизительно 3% или не более приблизительно 1% линкеров (или любой процент между ними) в образце ADC являются расщепленными (или в случае общего ADC иным образом не являются интактными), когда ADC находится во внеклеточных условиях. В некоторых вариантах осуществления линкеры и/или ADC, раскрытые в данном документе, являются неожиданно стабильными по сравнению с альтернативными линкерами и/или ADC с альтернативными линкерами и/или полезными нагрузками в виде модулятора сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления ADC, раскрытые в данном документе, могут оставаться интактными в течение более приблизительно 48 часов, более 60 часов, более приблизительно 72 часов, более приблизительно 84 часов или более приблизительно 96 часов. [309] In various embodiments, the implementation of the linker in the ADC is stable outside the cell sufficiently to be therapeutically effective. In some embodiments, the implementation of the linker is stable outside the cell, so that the ADC remains intact when it is in extracellular conditions (for example, prior to transport or delivery to the cell). The term "intact" as used in the context of ADC means that the antibody or antigen-binding fragment remains attached to the drug fragment (eg, splicing modulator). As used herein, "stable" in the context of a linker or an ADC containing a linker means not more than 20%, not more than about 15%, not more than about 10%, not more than about 5%, not more than about 3%, or not more than approximately 1% of the linkers (or any percentage in between) in an ADC sample are cleaved (or otherwise not intact in the case of total ADC) when the ADC is in extracellular conditions. In some embodiments, linkers and/or ADCs disclosed herein are surprisingly stable compared to alternative linkers and/or ADCs with alternative linkers and/or splicing modulator payloads. In some embodiments, the ADCs disclosed herein may remain intact for more than about 48 hours, more than 60 hours, more than about 72 hours, more than about 84 hours, or more than about 96 hours.
[310] Является ли линкер стабильным вне клетки можно определить, например, путем помещения ADC в плазму крови на предварительно заданный период времени (например, 2, 4, 6, 8, 16, 24, 48 или 72 часов) и затем количественного определения количества свободного фрагмента-лекарственного средства, присутствующего в плазме крови. Стабильность может обеспечивать ADC временем для обнаружения опухолевых клеток для целенаправленного воздействия и предотвращать преждевременное высвобождение фрагмента-лекарственного средства, что может снижать терапевтический индекс ADC при неизбирательном повреждении как нормальных, так и опухолевых тканей. В некоторых вариантах осуществления линкер является стабильным за пределами клетки-мишени и высвобождает фрагмент-лекарственное средство из ADC после попадания внутрь клетки, так что лекарственное средство может связываться с его мишенью (например, комплексом сплайсосомы SF3b). Таким образом, эффективный линкер будет: (i) поддерживать свойства специфического связывания антитела или антигенсвязывающего фрагмента; (ii) обеспечивать доставку, например внутриклеточную доставку, фрагмента-лекарственного средства за счет стабильного прикрепления к антителу или антигенсвязывающему фрагменту; (iii) сохранять стабильность и интактность до тех пор, пока ADC не был транспортирован или доставлен к своему сайт-мишени; и (iv) обеспечивать терапевтический эффект, например цитотоксический эффект, фрагмента-лекарственного средства после расщепления или альтернативного механизма высвобождения. [310] Whether the linker is stable outside the cell can be determined, for example, by placing ADC in blood plasma for a predetermined period of time (for example, 2, 4, 6, 8, 16, 24, 48, or 72 hours) and then quantifying the amount free drug fragment present in blood plasma. Stability can provide time for ADC to find tumor cells for targeted action and prevent premature release of the drug moiety, which can reduce the therapeutic index of ADC when indiscriminately damaging both normal and tumor tissues. In some embodiments, the linker is stable outside the target cell and releases the drug moiety from the ADC upon entering the cell so that the drug can bind to its target (eg, the SF3b spliceosome complex). Thus, an effective linker will: (i) maintain the specific binding properties of the antibody or antigen-binding fragment; (ii) provide delivery, such as intracellular delivery, of the drug fragment by stably attaching to the antibody or antigen-binding fragment; (iii) remain stable and intact until the ADC has been transported or delivered to its target site; and (iv) provide a therapeutic effect, such as a cytotoxic effect, of the drug moiety after cleavage or an alternative release mechanism.
[311] Линкеры могут влиять на физико-химические свойства ADC. Поскольку многие цитотоксические средства являются гидрофобными по природе, связывание их с антителом с дополнительным гидрофобным фрагментом может приводить к агрегации. Агрегаты ADC являются нерастворимыми и зачастую ограничивают достижимую нагрузку лекарственным средством на антителе, что может отрицательно воздействовать на активность ADC. Белковые агрегаты биологических веществ, в целом, также связывались с повышенной иммуногенностью. Как показано ниже, линкеры, раскрытые в данном документе, приводят к ADC с низкими уровнями агрегации и требуемыми уровнями нагрузки лекарственным средством.[311] Linkers can affect the physicochemical properties of the ADC. Because many cytotoxic agents are hydrophobic in nature, binding them to an antibody with an additional hydrophobic moiety can result in aggregation. ADC aggregates are insoluble and often limit the achievable drug load on an antibody, which can adversely affect ADC activity. Protein aggregates of biological substances, in general, have also been associated with increased immunogenicity. As shown below, the linkers disclosed herein lead to ADCs with low levels of aggregation and desired levels of drug loading.
[312] Линкер может быть "расщепляемым" или "нерасщепляемым" (Ducry and Stump (2010) Bioconjugate Chem. 21:5-13). Расщепляемые линкеры разработаны для высвобождения фрагмента-лекарственного средства (например, модулятора сплайсинга) при воздействии определенных факторов среды, например, при интернализации в клетку-мишень, при этом нерасщепляемые линкеры обычно зависят от разрушения антитела или антигенсвязывающего фрагмента самих по себе.[312] The linker may be "cleavable" or "non-cleavable" (Ducry and Stump (2010) Bioconjugate Chem. 21:5-13). Cleavable linkers are designed to release a drug moiety (eg, splicing modulator) upon exposure to certain environmental factors, such as internalization into a target cell, while non-cleavable linkers are typically dependent on degradation of the antibody or antigen-binding fragment itself.
[313] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, в ADC высвобождается при разрушении антитела или антигенсвязывающего фрагмента. Нерасщепляемые линкеры в основном остаются ковалентно ассоциированными с по меньшей мере одной аминокислотой антитела и лекарственным средством после интернализации в клетку-мишень и подвергаются разрушению внутри нее. Многочисленные иллюстративные нерасщепляемые линкеры описаны в данном документе, а другие известны из уровня техники. Иллюстративные нерасщепляемые линкеры могут предусматривать тиоэфир, циклогексил, N-сукцинимидил-4-(N-малеимидометил)циклогексан-1 карбоксилат (SMCC) или N-гидроксисукцинимид (NHS), один или несколько полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов, например, 1, 2, 3, 4, 5 или 6 PEG-фрагментов, или один или несколько алкильных фрагментов.[313] In some embodiments, the linker is a non-cleavable linker. In some embodiments, the splicing modulator drug fragment in the ADC is released upon degradation of the antibody or antigen-binding fragment. Non-cleavable linkers generally remain covalently associated with at least one amino acid of the antibody and drug after internalization into the target cell and are degraded within it. Numerous exemplary non-cleavable linkers are described herein and others are known in the art. Exemplary non-cleavable linkers may include a thioether, cyclohexyl, N-succinimidyl-4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1 carboxylate (SMCC) or N-hydroxysuccinimide (NHS), one or more polyethylene glycol (PEG) moieties, e.g. 1, 2, 3, 4, 5 or 6 PEG moieties, or one or more alkyl moieties.
[314] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый линкер. Расщепляемый линкер относится к любому линкеру, который содержит расщепляемый фрагмент. Применяемый в данном документе термин "расщепляемый фрагмент" относится к любой химической связи, которая может расщепляться. Подходящие расщепляемые химические связи широко известны из уровня техники и включают без ограничения кислотолабильные связи, протеаза/пептидаза-лабильные связи, фотолабильные связи, дисульфидные связи и эстераза-лабильные связи. Линкеры, содержащие расщепляемый фрагмент, могут обеспечивать высвобождение фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, из ADC путем расщепления в конкретном сайте в линкере. [314] In some embodiments, the linker is a cleavable linker. A cleavable linker refers to any linker that contains a cleavable moiety. Used in this document, the term "cleavable fragment" refers to any chemical bond that can be split. Suitable cleavable chemical bonds are well known in the art and include, without limitation, acid labile bonds, protease/peptidase labile bonds, photolabile bonds, disulfide bonds, and esterase labile bonds. Linkers containing a cleavable moiety can allow the splicing modulator drug moiety to be released from the ADC by cleavage at a specific site in the linker.
[315] В некоторых вариантах осуществления линкер расщепляется во внутриклеточных условиях, так что расщепление линкера достаточным образом высвобождает фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, от антитела или антигенсвязывающего фрагмента во внутриклеточной среде, чтобы активировать лекарственное средство и/или сделать лекарственное средство терапевтически эффективным. В некоторых вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, не отщепляется от антитела или антигенсвязывающего фрагмента до тех пор, пока ADC не попадет в клетку, которая экспрессирует антиген, специфический для антитела или антигенсвязывающего фрагмента в ADC, и фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, отщепляется от антитела или антигенсвязывающего фрагмента после попадания в клетку. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает расщепляемый фрагмент, который расположен таким образом, что никакая часть линкера или антитела или антигенсвязывающего фрагмента не остается связанной с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, после расщепления. Иллюстративные расщепляемые линкеры включают кислотолабильные линкеры, протеаза/пептидаза-чувствительные линкеры, фотолабильные линкеры, диметил-, дисульфид- или сульфонамид-содержащие линкеры. [315] In some embodiments, the linker is cleaved under intracellular conditions such that cleavage of the linker sufficiently releases the splicing modulator drug fragment from the antibody or antigen-binding fragment in the intracellular environment to activate the drug and/or make the drug therapeutically efficient. In some embodiments, the splice modulator drug fragment is not cleaved from the antibody or antigen-binding fragment until the ADC enters a cell that expresses an antigen specific for the antibody or antigen-binding fragment in the ADC and the drug fragment , which is a splicing modulator, is cleaved from the antibody or antigen-binding fragment after entering the cell. In some embodiments, the linker provides a cleavable fragment that is positioned such that no portion of the linker or antibody or antigen-binding fragment remains associated with the splicing modulator drug fragment after cleavage. Exemplary cleavable linkers include acid labile linkers, protease/peptidase sensitive linkers, photolabile linkers, dimethyl, disulfide or sulfonamide containing linkers.
[316] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой pH-чувствительный линкер, он является чувствительным к гидролизу при определенных значениях pH. Как правило, pH-чувствительный линкер расщепляется при кислотных условиях. Данная стратегия расщепления обычно использует преимущество более низкого pH в эндосомальном (pH ~5-6) и лизосомальном (pH ~4,8) внутриклеточных компартментах по сравнению с цитозолем (pH ~7,4) для запуска гидролиза кислотолабильной группы в линкере, такой как гидразон (Jain et al. (2015) Pharm Res 32:3526-40). В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой кислотолабильный и/или гидролизируемый линкер. Например, может применяться кислотолабильный линкер, который является гидролизируемым в лизосоме и содержит кислотолабильную группу (например, гидразон, семикарбазон, тиосемикарбазон, амид цис-аконитовой кислоты, сложный ортоэфир, ацеталь, кеталь и т. п.). См., например, патенты США №№ 5122368; 5824805; 5622929; Dubowchik and Walker (1999) Pharm Therapeutics 83:67-123; Neville et al. (1989) Biol Chem. 264:14653-61. Такие линкеры являются относительно стабильными в условиях нейтрального pH, таких как условиях в крови, но являются нестабильными при pH ниже 5,5 или 5,0, приблизительном значении pH в лизосоме. В определенных вариантах осуществления гидролизируемый линкер представляет собой тиоэфирный линкер (такой как, например, тиоэфир, прикрепленный к терапевтическому средству через ацилгидразоновую связь) (см., например, патент США № 5622929).[316] In some embodiments, the implementation of the linker is a pH-sensitive linker, it is sensitive to hydrolysis at certain pH values. Typically, the pH-sensitive linker is cleaved under acidic conditions. This cleavage strategy typically takes advantage of the lower pH in the endosomal (pH ~5-6) and lysosomal (pH ~4.8) intracellular compartments compared to the cytosol (pH ~7.4) to drive hydrolysis of the acid-labile group in the linker, such as hydrazone (Jain et al. (2015) Pharm Res 32:3526-40). In some embodiments, the linker is an acid labile and/or hydrolysable linker. For example, an acid-labile linker that is lysosome hydrolysable and contains an acid-labile group (eg, hydrazone, semicarbazone, thiosemicarbazone, cis-aconitic acid amide, orthoester, acetal, ketal, etc.) can be used. Cm., For example, U.S. Patent Nos. 5,122,368; 5824805; 5622929; Dubowchik and Walker (1999) Pharm Therapeutics 83:67-123; Neville et al. (1989) Biol Chem. 264:14653-61. Such linkers are relatively stable under neutral pH conditions, such as in blood, but are unstable below pH 5.5 or 5.0, the approximate pH of the lysosome. In certain embodiments, the hydrolyzable linker is a thioether linker (such as, for example, a thioether attached to a therapeutic agent via an acylhydrazone bond) (see, for example, US Pat. No. 5,622,929).
[317] В некоторых вариантах осуществления линкер расщепляется при восстанавливающих условиях. В некоторых вариантах осуществления линкер расщепляется в присутствии восстановителя, такого как глутатион или дитиотреитол. В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый дисульфидный линкер или расщепляемый сульфонамидный линкер. [317] In some embodiments, the linker is cleaved under reducing conditions. In some embodiments, the linker is cleaved in the presence of a reducing agent such as glutathione or dithiothreitol. In some embodiments, the linker is a cleavable disulfide linker or a cleavable sulfonamide linker.
[318] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый дисульфидный линкер. Из уровня техники известно множество дисульфидных линкеров, включая, например, линкеры, которые могут образовываться с применением SATA (N-сукцинимидил-5-ацетилтиоацетат), SPDP (N-сукцинимидил-3-(2-пиридилдитио)пропионат), SPDB (N-сукцинимидил-3-(2-пиридилдитио)бутират) и SMPT (N-сукцинимидилоксикарбонил-альфа-метил-альфа-(2-пиридил-дитио)толуол), SPDB и SMPT. См., например, Thorpe et al. (1987) Cancer Res. 47:5924-31; Wawrzynczak et al., в Immunoconjugates: Antibody Conjugates in Radioimagery and Therapy of Cancer (C. W. Vogel ed., Oxford U. Press, 1987). См. также патент США № 4880935. Дисульфидные линкеры, как правило, применяются для использования обилия внутриклеточных тиолов, которые могут облегчать расщепление их дисульфидных связей. Внутриклеточные концентрации наиболее распространенного внутриклеточного тиола, восстановленного глутатиона, обычно находятся в диапазоне 1-10 нМ, что приблизительно в 1000 раз превышает концентрацию наиболее распространенного низкомолекулярного тиола в крови (т. е. цистеина) на уровне приблизительно 5 мкМ (Goldmacher et al., в Cancer Drug Discovery and Development: Antibody-Drug Conjugates and Immunotoxins (G. L. Phillips ed., Springer, 2013)). Внутриклеточные ферменты семейства протеиндисульфидизомераз также могут вносить вклад во внутриклеточное расщепление дисульфидного линкера. Применяемый в данном документе расщепляемый дисульфидный линкер относится к любому линкеру, который содержит расщепляемый дисульфидный фрагмент. Термин "расщепляемый дисульфидный фрагмент" относится к дисульфидной связи, которая может поддаваться расщеплению и/или восстановлению, например, под действием тиола или фермента. [318] In some embodiments, the linker is a cleavable disulfide linker. A variety of disulfide linkers are known in the art, including, for example, linkers that can be formed using SATA (N-succinimidyl-5-acetylthioacetate), SPDP (N-succinimidyl-3-(2-pyridyldithio)propionate), SPDB (N- succinimidyl-3-(2-pyridyldithio)butyrate) and SMPT (N-succinimidyloxycarbonyl-alpha-methyl-alpha-(2-pyridyldithio)toluene), SPDB and SMPT. Cm., For example, Thorpe et al. (1987) Cancer Res. 47:5924-31; Wawrzynczak et al., in Immunoconjugates: Antibody Conjugates in Radioimagery and Therapy of Cancer (C. W. Vogel ed., Oxford U. Press, 1987). see also US Pat. No. 4,880,935. Disulfide linkers are typically used to exploit the abundance of intracellular thiols that can facilitate cleavage of their disulfide bonds. Intracellular concentrations of the most abundant intracellular thiol, reduced glutathione, are typically in the range of 1-10 nM, which is approximately 1000 times greater than the blood concentration of the most abundant low molecular weight thiol (i.e., cysteine) at approximately 5 μM (Goldmacher et al., in Cancer Drug Discovery and Development: Antibody-Drug Conjugates and Immunotoxins (G. L. Phillips ed., Springer, 2013)). Intracellular enzymes of the protein disulfide isomerase family can also contribute to the intracellular cleavage of the disulfide linker. As used herein, a cleavable disulfide linker refers to any linker that contains a cleavable disulfide moiety. The term "cleavable disulfide moiety" refers to a disulfide bond that can be cleaved and/or reduced, for example by the action of a thiol or an enzyme.
[319] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый сульфонамидный линкер. Применяемый в данном документе расщепляемый сульфонамидный линкер относится к любому линкеру, который содержит расщепляемый сульфонамидный фрагмент. Термин "расщепляемый сульфонамидный фрагмент" относится к сульфонамидной группе, т. е. сульфонильной группе, присоединенной к аминогруппе, где связь сера-азот может поддаваться расщеплению. [319] In some embodiments, the linker is a cleavable sulfonamide linker. As used herein, a cleavable sulfonamide linker refers to any linker that contains a cleavable sulfonamide moiety. The term "cleavable sulfonamide moiety" refers to a sulfonamide group, ie, a sulfonyl group attached to an amino group, where the sulfur-nitrogen bond may be cleavable.
[320] В некоторых вариантах осуществления линкер может представлять собой линкер дендритного типа для ковалентного прикрепления более одного фрагмента-лекарственного средства к антителу или антигенсвязывающему фрагменту через ветвящийся, мультифункциональный линкерный фрагмент. См., например, Sun et al. (2002) Bioorg Med Chem Lett. 12:2213-5; Sun et al. (2003) Bioorg Med Chem. 11:1761-8. Дендритные линкеры могут повышать молярное соотношение лекарственного средства и антитела, т. е. нагрузке лекарственным средством, что связано с активностью ADC. Таким образом, если антитело или антигенсвязывающий фрагмент имеют только одну реакционно-способную тиольную группу цистеина, например, несколько фрагментов-лекарственных средств, представляющих собой модулятор сплайсинга, можно прикрепить посредством дендритного линкера. В некоторых вариантах осуществления линкерный фрагмент или линкер-фрагмент-лекарственное средство можно прикреплять к антителу или антигенсвязывающему фрагменту с помощью химии восстановления дисульфидных мостиков или технологии ограниченного использования лизина. См., например, публикации международных заявок №№ WO 2013/173391 и WO 2013/173393.[320] In some embodiments, the linker may be a dendritic type linker for covalently attaching more than one drug moiety to an antibody or antigen-binding moiety via a branching, multifunctional linker moiety. Cm., For example, Sun et al. (2002) Bioorg Med Chem Lett. 12:2213-5; Sun et al. (2003) Bioorg Med Chem. 11:1761-8. Dendritic linkers can increase drug to antibody molar ratio, ie, drug loading, which is associated with ADC activity. Thus, if an antibody or antigen-binding fragment has only one reactive cysteine thiol group, for example, several splicing modulator drug fragments can be attached via a dendritic linker. In some embodiments, a linker moiety or a linker-moiety-drug can be attached to an antibody or antigen-binding moiety using disulfide reduction chemistry or lysine-limited technology. Cm., For example, International Application Publication Nos. WO 2013/173391 and WO 2013/173393.
[321] В некоторых вариантах осуществления линкер расщепляется под действием расщепляющего средства, например, фермента, который присутствует во внутриклеточной среде (например, в пределах лизосомы, или эндосомы, или кавеолы). Линкер может представлять собой, например, пептидный линкер, который расщепляется под действием внутриклеточного фермента пептидазы или протеазы, включая без ограничения лизосомальную или эндосомальную протеазу. [321] In some embodiments, the implementation of the linker is cleaved by the action of a cleaving agent, for example, an enzyme that is present in the intracellular environment (for example, within the lysosome, or endosome, or caveola). The linker may be, for example, a peptide linker that is cleaved by an intracellular peptidase or protease enzyme, including without limitation a lysosomal or endosomal protease.
[322] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый пептидный линкер. Применяемый в данном документе расщепляемый пептидный линкер относится к любому линкеру, который содержит расщепляемый пептидный фрагмент. Термин "расщепляемый пептидный фрагмент" относится к любой химической связи, связывающей аминокислоты (природные аминокислоты или синтетические производные аминокислот), которая может расщепляться по действием средства, которое присутствует во внутриклеточной среде. Например, линкер может содержать последовательность валин-аланин (Val-Ala) или последовательность валин-цитруллин (Val-Cit), которые расщепляются под действием пептидазы, такой как катепсин, например катепсин B. В некоторых вариантах осуществления линкер может содержать последовательность глутаминовая кислота-валин-цитруллин (Glu-Val-Cit). В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый ферментом линкер, и расщепляемый пептидный фрагмент в линкере расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием лизосомального фермента, например катепсина. В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый катепсином линкер. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент в линкере расщепляется под действием лизосомального цистеин-катепсина, такого как катепсин B, C, F, H, K, L, O, S, V, X или W. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием катепсина B. Иллюстративный дипептид, который может подвергаться расщеплению под действием катепсина B, представляет собой валин-цитруллин (Val-Cit) (Dubowchik et al. (2002) Bioconjugate Chem. 13:855-69). [322] In some embodiments, the linker is a cleavable peptide linker. As used herein, a cleavable peptide linker refers to any linker that contains a cleavable peptide fragment. The term "cleavable peptide fragment" refers to any chemical bond that binds amino acids (natural amino acids or synthetic derivatives of amino acids) that can be cleaved by the action of an agent that is present in the intracellular environment. For example, the linker may contain a valine-alanine (Val-Ala) or a valine-citrulline (Val-Cit) sequence that is cleaved by a peptidase such as a cathepsin, such as cathepsin B. In some embodiments, the linker may contain a glutamic acid- valine-citrulline (Glu-Val-Cit). In some embodiments, the linker is an enzyme-cleavable linker and the cleavable peptide fragment in the linker is enzyme-cleavable. In some embodiments, the cleavable peptide fragment is cleaved by a lysosomal enzyme, such as cathepsin. In some embodiments, the linker is a cathepsin-cleavable linker. In some embodiments, the cleavable peptide fragment in the linker is cleaved by a lysosomal cysteine cathepsin, such as cathepsin B, C, F, H, K, L, O, S, V, X, or W. In some embodiments, the cleavable peptide fragment is cleaved cathepsin B. An exemplary dipeptide that can be cleaved by cathepsin B is valine-citrulline (Val-Cit) (Dubowchik et al. (2002) Bioconjugate Chem. 13:855-69).
[323] В некоторых вариантах осуществления линкер или расщепляемый пептидный фрагмент в линкере предусматривают аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено обеспечивает возможность расщепления линкера под действием протеазы, тем самым облегчая высвобождение фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, из ADC после воздействия одной или нескольких внутриклеточных протеаз, таких как один или несколько лизосомальных ферментов (Doronina et al. (2003) Nat Biotechnol. 21:778-84; Dubowchik and Walker (1999) Pharm Therapeutics 83:67-123). Иллюстративные аминокислотные звенья включают без ограничения дипептиды, трипептиды, тетрапептиды и пентапептиды. Иллюстративные дипептиды включают без ограничения, валин-аланин (Val-Ala), валин-цитруллин (Val-Cit), аланин-аспарагин (Ala-Asn), аланин-фенилаланин (Ala-Phe), фенилаланин-лизин (Phe-Lys), аланин-лизин (Ala-Lys), аланин-валин (Ala-Val), валин-лизин (Val-Lys), лизин-лизин (Lys-Lys), фенилаланин-цитруллин (Phe-Cit), лейцин-цитруллин (Leu-Cit), изолейцин-цитруллин (Ile-Cit), триптофан-цитруллин (Trp-Cit) и фенилаланин-аланин (Phe-Ala). Иллюстративные трипептиды включают без ограничения аланин-аланин-аспарагин (Ala-Ala-Asn), глицин-валин-цитруллин (Gly-Val-Cit), глицин-глицин-глицин (Gly-Gly-Gly), фенилаланин-фенилаланин-лизин (Phe-Phe-Lys), глутаминовая кислота-валин-цитруллин (Glu-Val-Cit) (см., например, Anami et al. (2018) Nat Comm. 9:2512, который включен в данный документ посредством ссылки в отношении иллюстративных линкеров, предусматривающих Glu-Val-Cit) и глицин-фенилаланин-лизин (Gly-Phe-Lys). Другие иллюстративные аминокислотные звенья включают без ограничения Gly-Phe-Gly-Gly (SEQ ID NO:34), Gly-Phe-Leu-Gly (SEQ ID NO:35), Ala-Leu-Ala-Leu (SEQ ID NO:36), Phe-N9-тозил-Arg и Phe-N9-нитро-Arg, описанные, например, в патенте США № 6214345. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено в линкере предусматривает Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено в линкере предусматривает Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено в линкере предусматривает Glu-Val-Cit. Аминокислотное звено может содержать остатки аминокислот, которые встречаются в природе, и/или минорных аминокислот, и/или не встречающихся в природе аналогов аминокислот, таких как цитруллин. Аминокислотные звенья могут быть разработаны и оптимизированы для ферментативного расщепления под действием конкретного фермента, например, опухолеассоциированной протеазы, лизосомальной протеазы, такой как катепсин B, C, D или S, или плазмин-протеазы.[323] In some embodiments, the linker or cleavable peptide fragment in the linker provides an amino acid unit. In some embodiments, the amino acid unit allows the linker to be cleaved by a protease, thereby facilitating the release of the splicing modulator drug moiety from the ADC following exposure to one or more intracellular proteases, such as one or more lysosomal enzymes (Doronina et al. (2003) Nat Biotechnol 21:778-84 Dubowchik and Walker (1999) Pharm Therapeutics 83:67-123. Illustrative amino acid units include, without limitation, dipeptides, tripeptides, tetrapeptides, and pentapeptides. Illustrative dipeptides include, without limitation, valine-alanine (Val-Ala), valine-citrulline (Val-Cit), alanine-asparagine (Ala-Asn), alanine-phenylalanine (Ala-Phe), phenylalanine-lysine (Phe-Lys) , Alanine-Lysine (Ala-Lys), Alanine-Valine (Ala-Val), Valine-Lysine (Val-Lys), Lysine-Lysine (Lys-Lys), Phenylalanine-Citrulline (Phe-Cit), Leucine-Citrulline ( Leu-Cit), isoleucine-citrulline (Ile-Cit), tryptophan-citrulline (Trp-Cit), and phenylalanine-alanine (Phe-Ala). Illustrative tripeptides include, without limitation, alanine-alanine-asparagine (Ala-Ala-Asn), glycine-valine-citrulline (Gly-Val-Cit), glycine-glycine-glycine (Gly-Gly-Gly), phenylalanine-phenylalanine-lysine ( Phe-Phe-Lys), glutamic acid-valine-citrulline (Glu-Val-Cit) (see e.g. Anami et al. (2018) Nat Comm. linkers providing Glu-Val-Cit) and glycine-phenylalanine-lysine (Gly-Phe-Lys). Other illustrative amino acid units include, without limitation, Gly-Phe-Gly-Gly (SEQ ID NO:34), Gly-Phe-Leu-Gly (SEQ ID NO:35), Ala-Leu-Ala-Leu (SEQ ID NO:36 ), Phe-N 9 -tosyl-Arg, and Phe-N 9 -nitro-Arg, as described in, for example, US Pat. No. 6,214,345. In some embodiments, the amino acid unit in the linker provides for Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the amino acid unit in the linker provides Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the amino acid unit in the linker provides Glu-Val-Cit. The amino acid unit may contain naturally occurring amino acid residues and/or minor amino acids and/or non-naturally occurring amino acid analogues such as citrulline. Amino acid units can be designed and optimized for enzymatic cleavage by a particular enzyme, such as a tumor associated protease, a lysosomal protease such as cathepsin B, C, D or S, or a plasmin protease.
[324] В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый β-глюкуронидный линкер. Применяемый в данном документе расщепляемый β-глюкуронидный линкер относится к любому линкеру, который содержит расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент. Иллюстративный расщепляемый β-глюкуронидный линкер содержит структуру:[324] In some embodiments, the implementation of the linker is a cleavable β-glucuronide linker. As used herein, a cleavable β-glucuronide linker refers to any linker that contains a cleavable β-glucuronide moiety. An exemplary cleavable β-glucuronide linker contains the structure:
[325] Термин "расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент" относится к гликозидной связи, которая может расщепляться под действием средства, характеризующегося β-глюкуронидазной активностью. В некоторых вариантах осуществления линкер содержит гликозидную связь, которая может расщепляться под действием β-глюкуронидазы. β-глюкуронидаза представляет собой UDP-глюкуронозилтрансферазу, которая катализирует гидролиз гликозидной связи глюкуронидов с β-конфигурацией.[325] The term "cleavable β-glucuronide moiety" refers to a glycosidic bond that can be cleaved by an agent having β-glucuronidase activity. In some embodiments, the linker contains a glycosidic bond that can be cleaved by β-glucuronidase. β-glucuronidase is a UDP-glucuronosyltransferase that catalyzes the hydrolysis of the glycosidic bond of β-configured glucuronides.
[326] В некоторых вариантах осуществления ADC, раскрытый в данном документе, содержит расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент в линкере, который расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент в линкере расщепляется под действием лизосомального фермента, например β-глюкуронидазы. В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый β-глюкуронидазой линкер. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент в линкере обеспечивает возможность расщепления линкера под действием β-глюкуронидазы после интернализации ADC, тем самым облегчая высвобождение фрагмента-лекарственного средства из ADC в клеточной среде.[326] In some embodiments, the implementation of the ADC disclosed in this document contains a cleavable β-glucuronide fragment in the linker, which is cleaved by the action of the enzyme. In some embodiments, the cleavable β-glucuronide moiety in the linker is cleaved by a lysosomal enzyme, such as β-glucuronidase. In some embodiments, the linker is a β-glucuronidase cleavable linker. In some embodiments, the cleavable β-glucuronide moiety in the linker allows the linker to be cleaved by β-glucuronidase after internalization of the ADC, thereby facilitating release of the drug moiety from the ADC into the cellular environment.
[327] В некоторых вариантах осуществления линкер в любом из ADC, раскрытых в данном документе, может содержать по меньшей мере одно спейсерное звено, соединяющее антитело или антигенсвязывающий фрагмент с фрагментом-лекарственным средством (например, фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга). В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено между антителом или антигенсвязывающим фрагментом и расщепляемым фрагментом, если оно присутствует, соединяет сайт расщепления (например, расщепляемый пептидный фрагмент) в линкере с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено между фрагментом-лекарственным средством и расщепляемым фрагментом, если оно присутствует, соединяет сайт расщепления (например, расщепляемый пептидный фрагмент) в линкере с фрагментом-лекарственным средством. В некоторых вариантах осуществления не присутствует никакой сайт расщепления, и спейсерное звено применяют для связывания антитела или антигенсвязывающего фрагмента с фрагментом-лекарственным средством.[327] In some embodiments, a linker in any of the ADCs disclosed herein may comprise at least one spacer linking an antibody or antigen-binding fragment to a drug moiety (e.g., a splicing modulator drug moiety) . In some embodiments, the spacer link between the antibody or antigen-binding fragment and the cleavage fragment, if present, connects the cleavage site (eg, cleavable peptide fragment) in the linker to the antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, a spacer link between the drug moiety and the cleavable moiety, if present, connects a cleavage site (eg, a cleavable peptide moiety) in the linker to the drug moiety. In some embodiments, no cleavage site is present and a spacer unit is used to bind the antibody or antigen-binding fragment to the drug fragment.
[328] В некоторых вариантах осуществления линкер и/или спейсерное звено в линкере являются в значительной степени гидрофильными. Гидрофильный линкер может применяться для снижения степени, с которой лекарственное средство может быть выведено из устойчивых раковых клеток через белок множественной лекарственной устойчивости (MDR) или функционально подобные транспортeры. В некоторых вариантах осуществления гидрофильный линкер может включать один или несколько полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов, например 1, 2, 3, 4, 5, или 6 PEG-фрагментов. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает 2 PEG-фрагмента.[328] In some embodiments, the implementation of the linker and/or the spacer unit in the linker are substantially hydrophilic. The hydrophilic linker can be used to reduce the extent to which a drug can be cleared from resistant cancer cells via the multidrug resistance protein (MDR) or functionally similar transporters. In some embodiments, the implementation of the hydrophilic linker may include one or more polyethylene glycol (PEG) fragments, such as 1, 2, 3, 4, 5, or 6 PEG fragments. In some embodiments, the implementation of the linker provides 2 PEG-fragment.
[329] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено в линкере предусматривает один или несколько PEG-фрагментов. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает один или несколько -(PEG) m -, и m составляет целое число от 1 до 10 (т. е. m может составлять 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10). В некоторых вариантах осуществления m находится в диапазоне от 1 до 10; от 2 до 8; от 2 до 6; от 2 до 5; от 2 до 4 или от 2 до 3. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (PEG)2, (PEG)3, (PEG)4, (PEG)5, (PEG)6, (PEG)7, (PEG)8, (PEG)9 или (PEG)10. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (PEG)2. [329] In some embodiments, the implementation of the spacer unit in the linker provides one or more PEG fragments. In some embodiments, the spacer unit provides one or more -(PEG) m - and m is an integer from 1 to 10 (i.e., m can be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 or 10). In some embodiments, m is in the range from 1 to 10; from 2 to 8; from 2 to 6; from 2 to 5; 2 to 4, or 2 to 3. In some embodiments, m is 2. In some embodiments, the spacer unit comprises (PEG) 2 , (PEG) 3 , (PEG) 4 , (PEG) 5 , (PEG) 6 , (PEG) 7 , (PEG) 8 , (PEG) 9 or (PEG) 10 . In some embodiments, the implementation of the spacer link provides (PEG) 2 .
[330] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено в линкере предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает один или несколько -(CH2) n -, и n составляет целое число от 1 до 10 (т. е. n может составлять 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10). В некоторых вариантах осуществления n находится в диапазоне от 1 до 10; от 2 до 8; от 2 до 6; от 2 до 5; от 2 до 4 или от 2 до 3. В некоторых вариантах осуществления n составляет 2. В некоторых вариантах осуществления n составляет 5. В некоторых вариантах осуществления n составляет 6. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (CH2)2, (CH2)3, (CH2)4, (CH2)5, (CH2)6, (CH2)7, (CH2)8, (CH2)9 или (CH2)10. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (CH2)2 ("Et"). В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (CH2)6 ("Hex"). В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает (CH2)2-O-(CH2)2 ("Et-O-Et").[330] In some embodiments, the implementation of the spacer unit in the linker provides an alkyl fragment. In some embodiments, the spacer unit provides one or more -(CH 2 ) n - and n is an integer from 1 to 10 (i.e., n can be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 , 9, or 10). In some embodiments , n ranges from 1 to 10; from 2 to 8; from 2 to 6; from 2 to 5; 2 to 4 or 2 to 3. In some embodiments, n is 2. In some embodiments, n is 5. In some embodiments, n is 6. In some embodiments, the spacer unit provides (CH 2 ) 2 , (CH 2 ) 3 , (CH 2 ) 4 , (CH 2 ) 5 , (CH 2 ) 6 , (CH 2 ) 7 , (CH 2 ) 8 , (CH 2 ) 9 or (CH 2 ) 10 . In some embodiments, the implementation of the spacer link provides (CH 2 ) 2 ("Et"). In some embodiments, the implementation of the spacer link provides (CH 2 ) 6 ("Hex"). In some embodiments, the implementation of the spacer link provides (CH 2 ) 2 -O-(CH 2 ) 2 ("Et-O-Et").
[331] Спейсерное звено может применяться, например, для связывания антитела или антигенсвязывающего фрагмента с фрагментом-лекарственным средством, либо непосредственно, либо опосредованно. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено связывает антитело или антигенсвязывающий фрагмент с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, непосредственно. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент и фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, присоединены через спейсерное звено, содержащее один или несколько PEG-фрагментов (например, (PEG)2) или один или несколько алкильных фрагментов (например, (CH2)2, (CH2)6 или (CH2)2-O-(CH2)2). В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено связывает антитело или антигенсвязывающий фрагмент с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, опосредованно. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено связывает антитело или антигенсвязывающий фрагмент с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, опосредованно через расщепляемый фрагмент (например, расщепляемый пептид или расщепляемый β-глюкуронид) и/или фрагмент для прикрепления, чтобы соединить спейсерное звено с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, например, малеимидным фрагментом. [331] A spacer unit can be used, for example, to bind an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment, either directly or indirectly. In some embodiments, the spacer unit binds the antibody or antigen-binding fragment to the splicing modulator drug moiety directly. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment and the splicing modulator drug fragment are linked via a spacer containing one or more PEG fragments (eg, (PEG) 2 ) or one or more alkyl fragments (eg, (CH 2 ) 2 , (CH 2 ) 6 or (CH 2 ) 2 -O-(CH 2 ) 2 ). In some embodiments, the spacer unit indirectly binds the antibody or antigen-binding fragment to the splicing modulator drug moiety. In some embodiments, a spacer unit binds an antibody or antigen-binding fragment to a splicing modulator drug moiety indirectly via a cleavable fragment (e.g., a cleavable peptide or a cleavable β-glucuronide) and/or an attachment moiety to connect the spacer unit to the antibody or an antigen-binding moiety, such as a maleimide moiety.
[332] В различных вариантах осуществления спейсерное звено прикрепляется к антителу или антигенсвязывающему фрагменту (т. е. антителу или антигенсвязывающему фрагменту) через малеимидный (Mal) фрагмент. [332] In various embodiments, the implementation of the spacer link is attached to the antibody or antigennegative fragment (ie, antibody or antigennegative fragment) through the maleimide (Mal) fragment.
[333] Спейсерное звено, которое прикрепляется к антителу или антигенсвязывающему фрагменту через Mal, обозначается в данном документе как "Mal-спейсерное звено". Применяемый в данном документе термин "Mal" или "малеимидный фрагмент" означает соединение, которое содержит малеимидную группа и которое реагирует с сульфгидрильной группой, например, сульфгидрильной группой остатка цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. Другие функциональные группы, которые являются реакционно-способными с сульфгидрильными группами (тиолами), включают без ограничения йодацетамид, бромацетамид, винилпиридин, дисульфид, пиридилдисульфид, изоцианат и изотиоцианат. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено реагирует с остатком цистеина на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено соединяется с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через остаток цистеина. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает PEG-фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент.[333] A spacer unit that attaches to an antibody or antigen-binding fragment via Mal is referred to herein as a "Mal spacer unit". As used herein, the term "Mal" or "maleimide moiety" means a compound that contains a maleimide group and that is reactive with a sulfhydryl group, for example, a sulfhydryl group of a cysteine residue on an antibody or antigen-binding fragment. Other functional groups that are reactive with sulfhydryl groups (thiols) include, without limitation, iodoacetamide, bromoacetamide, vinyl pyridine, disulfide, pyridyl disulfide, isocyanate, and isothiocyanate. In some embodiments, the Mal spacer unit reacts with a cysteine residue on an antibody or antigen binding fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link is connected to the antibody or antigennegative fragment through a cysteine residue. In some embodiments, the Mal spacer unit provides a PEG fragment. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit provides an alkyl fragment.
[334] В определенных вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено предусматривает Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и Val-Cit, где Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и Val-Ala, где Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено и расщепляемый β-глюкуронидный фрагмент.[334] In certain embodiments, the linker provides a Mal spacer unit and a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the amino acid unit provides for Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the amino acid link provides Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the amino acid link provides Glu-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides a Mal-spacer link and Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides a Mal-spacer link and Val-Ala. In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit and Val-Cit, where the Mal spacer unit provides maleimidocaproyl (MC). In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit and Val-Ala, where the Mal spacer unit provides maleimidocaproyl (MC). In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit and a cleavable β-glucuronide moiety.
[335] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: MC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-(CH2)2 ("Mal-Et"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-(CH2)6 ("Mal-Hex"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-(CH2)2-O-(CH2)2 ("Mal-Et-O-Et"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-(PEG)2. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-(PEG)2-CO.[335] In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-spacer unit. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: MC. In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et"). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-(CH 2 ) 6 ("Mal-Hex"). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-(CH 2 ) 2 -O-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et-O-Et"). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-(PEG) 2 . In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-(PEG) 2 -CO.
[336] В различных вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к расщепляемому пептидному фрагменту. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-пептид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-спейсерное звено-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: MC-Val-Cit.[336] In various embodiments, the Mal spacer unit attaches an antibody or antigen-binding fragment to a cleavable peptide fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides a Mal-spacer link-peptide. In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-spacer link-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: MC-Val-Cit.
[337] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: Mal-спейсерное звено-Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает структуру: MC-Val-Ala.[337] In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: Mal-spacer link-Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the implementation of the linker provides the structure: MC-Val-Ala.
[338] В различных вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к расщепляемому β-глюкуронидному фрагменту. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид.[338] In various embodiments, the Mal-spacer unit attaches an antibody or antigen-binding fragment to a cleavable β-glucuronide fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-spacer link-β-glucuronide. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-β-glucuronide.
[339] В различных вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере присоединяется непосредственно к фрагменту-лекарственному средству, представляющему собой модулятор сплайсинга. В других вариантах осуществления спейсерное звено применяют для прикрепления расщепляемого фрагмента в линкере к фрагменту-лекарственному средству, представляющему собой модулятор сплайсинга. В различных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью спейсерного звена. [339] In various embodiments, the cleavable fragment in the linker is attached directly to the drug fragment, which is a splicing modulator. In other embodiments, a spacer unit is used to attach a cleavable moiety in a linker to a drug moiety that is a splicing modulator. In various embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a spacer unit.
[340] Спейсерное звено может быть "саморасщепляющимся" или "несаморасщепляющимся." "Несаморасщепляющееся" спейсерное звено представляет собой спейсерное звено, в котором часть или все спейсерное звено остается связанным с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, после расщепления линкера. Примеры несаморасщепляющихся спейсерных звеньев включают без ограничения глициновое спейсерное звено и глицин-глициновое спейсерное звено. Несаморасщепляющиеся спейсерные звенья иногда могут разрушаться со временем, но не приводят к легкому высвобождению связанного нативного фрагмента-лекарственного средства целиком в условиях клетки. "Саморасщепляющееся" спейсерное звено обеспечивает возможность высвобождения нативного фрагмента-лекарственного средства во внутриклеточных условиях. "Нативное лекарственное средство" или "нативный фрагмент-лекарственное средство" представляет собой средство, в котором никакая часть спейсерного звена или другая химическая модификация не остается после расщепления/разрушения спейсерного звена. [340] The spacer unit may be "self-cleaving" or "non-self-cleaving." A "non-self-cleaving" spacer unit is a spacer unit in which part or all of the spacer unit remains associated with the splicing modulator drug moiety after cleavage of the linker. Examples of non-self-cleaving spacer units include, without limitation, a glycine spacer unit and a glycine-glycine spacer unit. Non-self-cleaving spacer units can sometimes break down over time, but do not readily release the bound native drug fragment entirely under cellular conditions. The "self-cleaving" spacer unit allows the release of the native drug fragment under intracellular conditions. A "native drug" or "native fragment-drug" is one in which no part of the spacer unit or other chemical modification remains after the spacer unit is cleaved/destroyed.
[341] Саморасщепляющиеся химические структуры, известны из уровня техники и могут быть легко выбраны для раскрытых ADC. В различных вариантах осуществления спейсерное звено, прикрепляющее расщепляемый фрагмент в линкере к фрагменту-лекарственному средству, представляющему собой модулятор сплайсинга, является саморасщепляющимся и подвергается самораспаду одновременно или незадолго перед/вскоре после расщепления расщепляемого фрагмента во внутриклеточных условиях. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью саморасщепляющегося спейсерного звена. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью саморасщепляющегося спейсерного звена, при этом расщепляемый фрагмент предусматривает Val-Cit, а малеимидокапроил (MC) соединяет расщепляемый фрагмент с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью саморасщепляющегося спейсерного звена, при этом расщепляемый фрагмент предусматривает Val-Ala, а малеимидокапроил (MC) соединяет расщепляемый фрагмент с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью саморасщепляющегося спейсерного звена, при этом расщепляемый фрагмент предусматривает Glu-Val-Cit, а малеимидокапроил (MC) соединяет расщепляемый фрагмент с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга соединен с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через Mal-спейсерное звено (например, MC) в линкере, соединенном с расщепляемым фрагментом Val-Cit и саморасщепляющимся спейсерным звеном pABC или pAB. В определенных других вариантах осуществления модулятор сплайсинга соединен с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через Mal-спейсерное звено (например, MC) в линкере, соединенном с расщепляемым фрагментом Val-Ala и саморасщепляющимся спейсерным звеном pABC или pAB. В определенных других вариантах осуществления модулятор сплайсинга соединен с антителом или антигенсвязывающим фрагментом через Mal-спейсерное звено (например, MC) в линкере, соединенном с расщепляемым фрагментом Glu-Val-Cit и саморасщепляющимся спейсерным звеном pABC или pAB. [341] Self-cleaving chemical structures are known in the art and can be easily selected for the disclosed ADCs. In various embodiments, the spacer linking the cleavable moiety in the linker to the splicing modulator drug moiety is self-cleaving and undergoes self-cleavage simultaneously or shortly before/shortly after cleavage of the cleavable moiety under intracellular conditions. In some embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a self-cleaving spacer unit. In certain embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a self-cleaving spacer unit, wherein the cleavage fragment provides Val-Cit and maleimidocaproyl (MC) connects the cleavable fragment to an antibody or antigen-binding fragment. In certain embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a self-cleaving spacer unit, wherein the cleavage fragment provides Val-Ala and maleimidocaproyl (MC) connects the cleavable fragment to an antibody or antigen-binding fragment. In certain embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a self-cleaving spacer unit, wherein the cleavage fragment provides Glu-Val-Cit and maleimidocaproyl (MC) connects the cleavable fragment to an antibody or antigen-binding fragment. In certain embodiments, the splicing modulator is coupled to the antibody or antigen-binding fragment via a Mal spacer (eg, MC) in a linker coupled to a Val-Cit cleavable fragment and a pABC or pAB self-cleaving spacer. In certain other embodiments, the splicing modulator is coupled to the antibody or antigen-binding fragment via a Mal spacer (eg, MC) in a linker coupled to a Val-Ala cleavable fragment and a pABC or pAB self-cleaving spacer. In certain other embodiments, the splicing modulator is connected to the antibody or antigen-binding fragment via a Mal spacer (eg, MC) in a linker connected to the Glu-Val-Cit cleavable fragment and the pABC or pAB self-cleaving spacer.
[342] В определенных вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено в линкере предусматривает п-аминобензильное звено. В некоторых вариантах осуществления п-аминобензильный спирт (pABOH) присоединен к аминокислотному звену или другому расщепляемому фрагменту в линкере через амидную связь, и между pABOH и фрагментом-лекарственным средством образуется карбамат, метилкарбамат или карбонат (Hamann et al. (2005) Expert Opin Ther Patents 15:1087-103). В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено представляет собой или предусматривает п-аминобензилоксикарбонил (pABC). Не ограничиваясь теорией, есть основания полагать, что в самораспад pABC вовлечены самопроизвольные реакции 1,6-элиминирования (Jain et al. (2015) Pharm Res. 32:3526-40). [342] In certain embodiments, the self-cleaving spacer unit in the linker provides a p-aminobenzyl unit. In some embodiments, p-aminobenzyl alcohol (pABOH) is attached to an amino acid unit or other cleavable moiety in the linker via an amide bond, and a carbamate, methyl carbamate, or carbonate is formed between pABOH and the drug moiety (Hamann et al. (2005) Expert Opin Ther Patents 15:1087-103). In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is or provides for p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC). Without being limited by theory, there is reason to believe that spontaneous 1,6-elimination reactions are involved in the self-degradation of pABC (Jain et al. (2015) Pharm Res. 32:3526-40).
[343] В различных вариантах осуществления структура п-аминобензилоксикарбонилп (pABC), применяемого в раскрытых ADC, показана ниже:[343] In various embodiments, the structure of p-aminobenzyloxycarbonylp (pABC) used in the disclosed ADCs is shown below:
[344] В различных вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено представляет собой pABC. В некоторых вариантах осуществления pABC прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления pABC подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого фрагмента, и модулятор сплайсинга высвобождается из ADC в его нативной активной форме. [344] In various embodiments, a self-cleaving spacer unit attaches a cleavable moiety in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is pABC. In some embodiments, pABC attaches a cleavable fragment in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the pABC self-degrades upon cleavage of the cleavable moiety and the splicing modulator is released from the ADC in its native active form.
[345] В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pABC. В других вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pABC. [345] In some embodiments, an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pABC. In other embodiments, an anti-HER2 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pABC.
[346] В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pABC. В других вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pABC. [346] In some embodiments, an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pABC. In other embodiments, an anti-CD138 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pABC.
[347] В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pABC. В других вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pABC. [347] In some embodiments, an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pABC. In other embodiments, an anti-EPHA2 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pABC.
[348] В некоторых вариантах осуществления pABC подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого пептидного фрагмента в линкере. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аминокислотное звено-pABC. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pABC. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pABC.[348] In some embodiments, pABC self-degrades after cleavage of the cleavable peptide fragment in the linker. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the implementation of the linker provides an amino acid link-pABC. In some embodiments, the amino acid unit is Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pABC. In some embodiments, the amino acid unit is Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pABC. In some embodiments, the amino acid unit is Glu-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the amino acid unit is Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pABC.
[349] В некоторых вариантах осуществления pABC подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого β-глюкуронидного фрагмента в линкере. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pABC.[349] In some embodiments, pABC self-degrades after cleavage of a cleavable β-glucuronide moiety in the linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pABC.
[350] В определенных вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено в линкере предусматривает п-аминобензильное звено. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено в линкере предусматривает п-аминобензил (pAB). В некоторых вариантах осуществления в самораспад pAB вовлечены самопроизвольные реакции 1,6-элиминирования. [350] In certain embodiments, the self-cleaving spacer unit in the linker provides a p-aminobenzyl unit. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit in the linker provides p-aminobenzyl (pAB). In some embodiments, spontaneous 1,6-elimination reactions are involved in the self-degradation of pAB.
[351] В различных вариантах осуществления структура п-аминобензила (pAB), применяемого в раскрытых ADC, показана ниже:[351] In various embodiments, the structure of p-aminobenzyl (pAB) used in the disclosed ADCs is shown below:
[352] В различных вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено представляет собой pAB. В некоторых вариантах осуществления pAB прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления pAB подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого фрагмента, и модулятор сплайсинга высвобождается из ADC в его нативной активной форме. [352] In various embodiments, the self-cleaving spacer unit attaches a cleavable moiety in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is pAB. In some embodiments, the pAB attaches a cleavable fragment in a linker to a splicing modulator. In some embodiments, the pAB undergoes self-degradation upon cleavage of the cleavable moiety and the splicing modulator is released from the ADC in its native active form.
[353] В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pAB. В других вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pAB. [353] In some embodiments, an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pAB. In other embodiments, an anti-HER2 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pAB.
[354] В некоторых вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pAB. В других вариантах осуществления антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pAB. [354] In some embodiments, an anti-CD138 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pAB. In other embodiments, an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pAB.
[355] В некоторых вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Cit-pAB. В других вариантах осуществления антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент соединяются с модулятором сплайсинга с помощью линкера, предусматривающего MC-Val-Ala-pAB. [355] In some embodiments, an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Cit-pAB. In other embodiments, an anti-EPHA2 antibody or antigen binding fragment is coupled to a splicing modulator via a linker providing MC-Val-Ala-pAB.
[356] В некоторых вариантах осуществления pAB подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого пептидного фрагмента в линкере. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент предусматривает аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аминокислотное звено-pAB. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pAB. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено представляет собой Ala-Ala-Asn. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pAB.[356] In some embodiments, the implementation of the pAB undergoes self-degradation after cleavage of the cleavable peptide fragment in the linker. In some embodiments, the cleavable peptide fragment provides an amino acid unit. In some embodiments, the implementation of the linker provides an amino acid link-pAB. In some embodiments, the amino acid unit is Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pAB. In some embodiments, the amino acid unit is Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pAB. In some embodiments, the amino acid unit is Glu-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pAB. In some embodiments, the amino acid unit is Ala-Ala-Asn. In some embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pAB.
[357] В некоторых вариантах осуществления pAB подвергается самораспаду после расщепления расщепляемого β-глюкуронидного фрагмента в линкере. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pAB.[357] In some embodiments, pAB undergoes self-degradation after cleavage of a cleavable β-glucuronide moiety in the linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pAB.
[358] В некоторых других вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью несаморасщепляющегося спейсерного звена. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью несаморасщепляющегося спейсерного звена, при этом расщепляемый фрагмент предусматривает Val-Cit, а малеимидокапроил (MC) соединяет расщепляемый фрагмент с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В определенных вариантах осуществления модулятор сплайсинга прикреплен к расщепляемому фрагменту в линкере с помощью несаморасщепляющегося спейсерного звена, при этом расщепляемый фрагмент предусматривает Val-Ala, а малеимидокапроил (MC) соединяет расщепляемый фрагмент с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. [358] In some other embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a non-self-cleaving spacer unit. In certain embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a non-self-cleaving spacer unit, wherein the cleavage fragment provides Val-Cit and maleimidocaproyl (MC) connects the cleavable fragment to an antibody or antigen-binding fragment. In certain embodiments, the splicing modulator is attached to the cleavable fragment in the linker with a non-self-cleaving spacer unit, wherein the cleavage fragment provides Val-Ala and maleimidocaproyl (MC) connects the cleavable fragment to an antibody or antigen-binding fragment.
[359] В различных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер, где линкер предусматривает Mal-спейсерное звено (например, MC), расщепляемое аминокислотное звено и pABC. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-аминокислотное звено-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-аминокислотное звено-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn-pABC.[359] In various aspects, the antibody or antigen binding fragment of the ADC is conjugated to the splicing modulator drug moiety via a linker, where the linker provides a Mal spacer unit (eg, MC), a cleavable amino acid unit, and pABC. In some embodiments, the spacer unit provides an alkyl moiety. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the linker provides a Mal-spacer unit-amino acid unit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-amino acid link-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Glu-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Ala-Ala-Asn-pABC.
[360] В различных других аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер, где линкер предусматривает Mal-спейсерное звено (например, MC), расщепляемое аминокислотное звено и pAB. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-аминокислотное звено-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-аминокислотное звено-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn-pAB. [360] In various other aspects, the antibody or antigen binding fragment of the ADC is conjugated to the splicing modulator drug moiety via a linker, where the linker provides a Mal spacer unit (e.g., MC), a cleavable amino acid unit, and pAB. In some embodiments, the spacer unit provides an alkyl moiety. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer link provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the linker provides a Mal-spacer unit-amino acid unit-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-amino acid link-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Glu-Val-Cit-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Ala-Ala-Asn-pAB.
[361] В различных других аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер, где линкер предусматривает Mal-спейсерное звено (например, MC), расщепляемый β-глюкуронид и pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-β-глюкуронид-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид-pABC.[361] In various other aspects, the antibody or antigen binding fragment of the ADC is conjugated to the splicing modulator drug moiety via a linker, where the linker provides a Mal spacer unit (eg, MC), a cleavable β-glucuronide, and pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-spacer link-β-glucuronide-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-β-glucuronide-pABC.
[362] В еще одних аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент ADC конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер, где линкер предусматривает Mal-спейсерное звено (например, MC), расщепляемый β-глюкуронид и pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено-β-глюкуронид-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид-pAB.[362] In still other aspects, the antibody or antigen binding fragment of the ADC is conjugated to the splicing modulator drug moiety via a linker, wherein the linker provides a Mal spacer unit (e.g., MC), a cleavable β-glucuronide, and pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-spacer link-β-glucuronide-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-β-glucuronide-pAB.
[363] В различных вариантах осуществления соединение ADC имеет формулу (I): [363] In various embodiments, the ADC compound has the formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку; where Ab is an antibody or antigen-binding fragment that specifically affects the neoplastic cell;
D представляет собой модулятор сплайсинга; D is a splicing modulator;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[364] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (Ab) из ADC конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер, где линкер является любым линкером, раскрытым в данном документе или включенным в него посредством ссылки, или содержит один или несколько компонентов любого из линкеров, раскрытых в данном документе или включенных в него посредством ссылки. [364] In some embodiments, an antibody or antigen-binding fragment (Ab) from an ADC is conjugated to a splicing modulator drug moiety via a linker, where the linker is any linker disclosed herein or incorporated by reference herein, or contains one or more components of any of the linkers disclosed in this document or included in it by reference.
[365] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает расщепляемый фрагмент, который расположен таким образом, что никакая часть линкера или антитела или антигенсвязывающего фрагмента не остается связанной с модулятором сплайсинга после расщепления. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент представляет собой расщепляемый пептидный фрагмент, например аминокислотное звено, такое как Val-Cit или Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено или линкер предусматривают Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено или линкер предусматривают Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления аминокислотное звено или линкер предусматривают Glu-Val-Cit.[365] In some embodiments, the linker provides a cleavable fragment that is positioned such that no portion of the linker or antibody or antigen-binding fragment remains associated with the splicing modulator after cleavage. In some embodiments, the cleavable fragment is a cleavable peptide fragment, for example an amino acid unit such as Val-Cit or Val-Ala. In some embodiments, the amino acid unit or linker is provided by Val-Cit. In some embodiments, the amino acid unit or linker is Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the amino acid unit or linker provide Glu-Val-Cit.
[366] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере одно спейсерное звено, соединяющее антитело или антигенсвязывающий фрагмент с расщепляемым фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере одно спейсерное звено, соединяющее антитело или антигенсвязывающий фрагмент с фрагментом-лекарственным средством. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено или линкер предусматривают по меньшей мере один алкильный фрагмент. [366] In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one spacer link connecting the antibody or antigennegative fragment with a cleavable fragment. In some embodiments, the linker provides at least one spacer link connecting the antibody or antigen-binding fragment to the drug fragment. In some embodiments, the implementation of the spacer unit or linker provide at least one alkyl fragment.
[367] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено в линкере прикрепляется к антителу или антигенсвязывающему фрагменту через Mal-фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено предусматривает по меньшей мере один алкильный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает малеимидокапроил (MC). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-(CH2)2 ("Mal-Et"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-(CH2)6 ("Mal-Hex"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-(CH2)2-O-(CH2)2 ("Mal-Et-O-Et"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-(PEG)2-CO. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. [367] In some embodiments, the implementation of the spacer unit in the linker is attached to the antibody or antigennegative fragment through the Mal-fragment ("Mal-spacer unit"). In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit provides at least one alkyl fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides maleimidocaproil (MC). In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et"). In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-(CH 2 ) 6 ("Mal-Hex"). In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-(CH 2 ) 2 -O-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et-O-Et"). In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-(PEG) 2 -CO. In some embodiments, a Mal spacer unit attaches an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment.
[368] В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(PEG)2, Mal-(PEG)3, Mal-(PEG)4, Mal-(PEG)5, Mal-(PEG)6, Mal-(PEG)7 или Mal-(PEG)8. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(PEG)2. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(PEG)2-CO, Mal-(PEG)3-CO, Mal-(PEG)4-CO, Mal-(PEG)5-CO, Mal-(PEG)6-CO, Mal-(PEG)7-CO или Mal-(PEG)8-CO. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(PEG)2-CO. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(PEG)2-CO и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-(PEG)2-CO прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-(PEG)2-CO или состоит из него. Пример линкера "Mal-(PEG)2-CO" также обозначается в данном документе как "ADL2" или линкер "ADL2".[368] In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(PEG)2, Mal-(PEG)3, Mal-(PEG)4, Mal-(PEG)5, Mal-(PEG)6, Mal-(PEG)7 or Mal-(PEG)8. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(PEG)2. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(PEG)2-CO Mal-(PEG)3-CO Mal-(PEG)4-CO, Mal-(PEG)5-CO, Mal-(PEG)6-CO, Mal-(PEG)7-CO or Mal-(PEG)8-CO. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(PEG)2-CO. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(PEG)2-CO and at least one additional spacer unit. In some embodiments, Mal-(PEG)2-CO attaches the antibody or antigen-binding fragment to the drug fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-(PEG)2-CO or consists of it. An example of a "Mal-(PEG)" linker2-CO" is also referred to herein as "ADL2" or "ADL2" linker.
[369] В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают MC. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают MC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления MC прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC или состоит из него. Пример линкера "MC" также обозначается в данном документе как "ADL10" или линкер "ADL10".[369] In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide MC. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide MC and at least one additional spacer unit. In some embodiments, the MC attaches an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC or consists of it. An exemplary "MC" linker is also referred to herein as "ADL10" or "ADL10" linker.
[370] В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(CH2)6 ("Mal-Hex"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-Hex и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-Hex прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-Hex. Пример линкера "Mal-Hex" также обозначается в данном документе как "ADL12" или линкер "ADL12".[370] In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(CH 2 ) 6 ("Mal-Hex"). In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-Hex and at least one additional spacer unit. In some embodiments, Mal-Hex attaches an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-Hex. An example of a "Mal-Hex" linker is also referred to herein as "ADL12" or an "ADL12" linker.
[371] В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(CH2)2 ("Mal-Et"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-Et и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-Et прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-Et. Пример линкера "Mal-Et" также обозначается в данном документе как "ADL14" или линкер "ADL14".[371] In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et"). In some embodiments, the Mal-spacer unit or linker includes Mal-Et and at least one additional spacer unit. In some embodiments, Mal-Et attaches an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-Et. An example of a "Mal-Et" linker is also referred to herein as "ADL14" or an "ADL14" linker.
[372] В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-(CH2)2-O-(CH2)2 ("Mal-Et-O-Et"). В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают Mal-Et-O-Et и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления Mal-Et-O-Et прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к фрагменту-лекарственному средству. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-Et-O-Et. Пример линкера "Mal-Et-O-Et" также обозначается в данном документе как "ADL15" или линкер "ADL15".[372] In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide Mal-(CH 2 ) 2 -O-(CH 2 ) 2 ("Mal-Et-O-Et"). In some embodiments, the Mal-spacer unit or linker includes Mal-Et-O-Et and at least one additional spacer unit. In some embodiments, Mal-Et-O-Et attaches an antibody or antigen-binding fragment to a drug fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides Mal-Et-O-Et. An example of a "Mal-Et-O-Et" linker is also referred to herein as "ADL15" or "ADL15" linker.
[373] В некоторых других вариантах осуществления Mal-спейсерное звено прикрепляет антитело или антигенсвязывающий фрагмент к расщепляемому фрагменту в линкере. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент в линкере представляет собой расщепляемый пептидный фрагмент, например аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый пептидный фрагмент представляет собой Val-Cit или Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления Mal-спейсерное звено или линкер предусматривают MC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn. [373] In some other embodiments, the Mal spacer unit attaches an antibody or antigen-binding fragment to a cleavable fragment in a linker. In some embodiments, the cleavable fragment in the linker is a cleavable peptide fragment, such as an amino acid unit. In some embodiments, the cleavable peptide fragment is Val-Cit or Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the Mal-spacer unit or linker provide MC. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Glu-Val-Cit. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Ala-Ala-Asn.
[374] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено прикрепляет расщепляемый фрагмент в линкере к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено, которое прикрепляет расщепляемый фрагмент к модулятору сплайсинга, является саморасщепляющимся. [374] In some embodiments, the implementation of the spacer unit attaches a cleavable fragment in the linker to the splicing modulator. In some embodiments, the spacer that attaches the cleavable fragment to the splicing modulator is self-cleaving.
[375] В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления pABC прикрепляет расщепляемый фрагмент к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент представляет собой расщепляемый пептидный фрагмент, например аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аминокислотное звено-pABC. [375] In some embodiments, the implementation of the spacer link provides pABC. In some embodiments, the pABC attaches the cleavage fragment to the splicing modulator. In some embodiments, the cleavable fragment is a cleavable peptide fragment, such as an amino acid unit. In some embodiments, the implementation of the linker provides an amino acid link-pABC.
[376] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pABC и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Val-Cit-pABC также обозначается в данном документе как "ADL1" или линкер "ADL1".[376] In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pABC and MC-Mal-spacer link connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the linker provides MC-Val-Cit-pABC and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Val-Cit-pABC linker is also referred to herein as "ADL1" or "ADL1" linker.
[377] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pABC и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pABC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Val-Ala-pABC также обозначается в данном документе как "ADL6" или линкер "ADL6".[377] In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pABC and MC-Mal-spacer element connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala-pABC. In some embodiments, the linker provides MC-Val-Ala-pABC and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Val-Ala-pABC linker is also referred to herein as "ADL6" or "ADL6" linker.
[378] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Glu-Val-Cit-pABC и MC Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit-pABC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Glu-Val-Cit-pABC также обозначается в данном документе как "ADL23" или линкер "ADL23".[378] In some embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Glu-Val-Cit-pABC and MC Mal-spacer link connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Glu-Val-Cit-pABC. In some embodiments, the linker provides MC-Glu-Val-Cit-pABC and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Glu-Val-Cit-pABC linker is also referred to herein as "ADL23" or "ADL23" linker.
[379] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Ala-Ala-Asn-pABC и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn-pABC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Ala-Ala-Asn-pABC также обозначается в данном документе как "ADL21" или линкер "ADL21".[379] In some embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides Ala-Ala-Asn-pABC and MC-Mal-spacer link connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Ala-Ala-Asn-pABC. In some embodiments, the linker provides MC-Ala-Ala-Asn-pABC and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Ala-Ala-Asn-pABC linker is also referred to herein as "ADL21" or "ADL21" linker.
[380] В некоторых других вариантах осуществления спейсерное звено предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления pAB прикрепляет расщепляемый фрагмент к модулятору сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления расщепляемый фрагмент представляет собой расщепляемый пептидный фрагмент, например аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аминокислотное звено-pAB. [380] In some other embodiments, the implementation of the spacer link provides pAB. In some embodiments, the pAB attaches the cleavage fragment to the splicing modulator. In some embodiments, the cleavable fragment is a cleavable peptide fragment, such as an amino acid unit. In some embodiments, the implementation of the linker provides an amino acid link-pAB.
[381] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Ala-pAB и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Ala-pAB и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Val-Ala-pAB также обозначается в данном документе как "ADL5" или линкер "ADL5".[381] In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Ala-pAB and MC-Mal-spacer element connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Ala-pAB and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Val-Ala-pAB linker is also referred to herein as "ADL5" or "ADL5" linker.
[382] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Val-Cit-pAB и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-Val-Cit-pAB и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример линкера MC-Val-Cit-pAB также обозначается в данном документе как "ADL7" или линкер "ADL7".[382] In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides Val-Cit-pAB and MC-Mal-spacer element connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-Val-Cit-pAB and at least one additional spacer unit. An exemplary MC-Val-Cit-pAB linker is also referred to herein as "ADL7" or "ADL7" linker.
[383] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pABC и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид-pABC. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид-pABC и по меньшей мере одно дополнительное спейсерное звено. Пример MC-β-глюкуронид-pABC также обозначается в данном документе как "ADL13" или линкер "ADL13".[383] In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pABC. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pABC and MC-Mal-spacer link connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-β-glucuronide-pABC. In some embodiments, the linker provides MC-β-glucuronide-pABC and at least one additional spacer unit. Example MC-β-glucuronide-pABC is also referred to herein as "ADL13" or "ADL13" linker.
[384] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pAB. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид-pAB и MC-Mal-спейсерное звено, соединяющее линкер с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает MC-β-глюкуронид-pAB. [384] In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pAB. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide-pAB and MC-Mal-spacer link connecting the linker to the antibody or antigennegative fragment. In some embodiments, the implementation of the linker provides MC-β-glucuronide-pAB.
[385] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент конъюгированы с фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, через линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23 или ADL15. В различных вариантах осуществления было обнаружено, что ADC, содержащие линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23 или ADL15 и раскрытый в данном документе фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, демонстрируют свойства, требуемые для терапевтического ADC. В различных вариантах осуществления эти свойства включают без ограничения эффективные уровни нагрузки лекарственным средством, низкие уровни агрегации, стабильность при условиях хранения или при нахождении в кровотоке в организме (например, стабильность в сыворотке крови), сохранение аффинности в отношении клеток, экспрессирующих мишень, сравнимую с таковой неконъюгированного антитела, сильную цитотоксичность против клеток, экспрессирующих мишень, низкие уровни нецелевого уничтожения клеток, высокие уровни неспецифического уничтожения и/или эффективную противораковую активность in vivo, все их них по сравнению с ADC, использующими другие линкеры-полезные нагрузки. Например, в различных вариантах осуществления ADC, содержащие линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 и раскрытый в данном документе фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, проявляют повышенную способность подавлять рост и/или пролиферацию у клеток, экспрессирующих мишень по сравнению с ADC, использующими другие линкеры-полезные нагрузки (например, линкер ADL10 и фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга). В различных вариантах осуществления ADC, содержащие линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 и раскрытый в данном документе фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга, проявляют неожиданно повышенную стабильность in vivo (например, стабильность в плазме крови) по сравнению с ADC на основе другого модулятора сплайсинга (например, ADC на основе тайланстатина A, например, как сообщается в Puthenveetil et al. Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8).[385] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment is conjugated to the splicing modulator drug moiety via an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In various embodiments, ADCs containing an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker and a splicing modulator drug moiety disclosed herein have been found to exhibit properties required for therapeutic ADC. In various embodiments, these properties include, but are not limited to, effective drug loading levels, low levels of aggregation, stability under storage or circulating conditions in the body (e.g., stability in blood serum), retention of affinity for cells expressing the target comparable to that of the unconjugated antibody, strong cytotoxicity against cells expressing the target, low levels of non-targeted cell killing, high levels of non-specific killing, and/or effective in vivo anti-cancer activity, all of these compared to ADCs using other payload linkers. For example, in various embodiments, ADCs comprising an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker and a splicing modulator drug moiety disclosed herein exhibit increased ability to inhibit growth and/or proliferation in cells expressing the target as compared to ADCs using other payload linkers (eg, an ADL10 linker and a splicing modulator drug fragment). In various embodiments, ADCs comprising an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker and a splicing modulator drug moiety disclosed herein exhibit surprisingly improved stability in in vivo (eg, plasma stability) compared to an ADC based on another splicing modulator (eg, Tylanstatin A ADC, for example, as reported in Puthenveetil et al. Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8).
[386] В некоторых вариантах осуществления надлежащие или превосходные функциональные свойства, обеспечиваемые конкретной комбинацией линкера ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 и раскрытого в данном документе фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, можно наблюдать в случае линкера-полезной нагрузки, конъюгированных, например, с антителом к HER2, таким как трастузумаб; антителом к CD138, таким как B-B4; или антителом к EPHA2, таким как 1C1. [386] In some embodiments, appropriate or superior functionality provided by a specific combination of an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker and a drug moiety disclosed herein represents a splicing modulator can be observed in the case of a payload linker conjugated to, for example, an anti-HER2 antibody such as trastuzumab; an anti-CD138 antibody such as B-B4; or an anti-EPHA2 antibody such as 1C1.
[387] В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL1-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL2-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL5-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL6-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL7-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL12-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL13-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL14-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит ADL15-модулятор сплайсинга и антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предусматривающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который сохраняет способность целенаправленно воздействовать на неопластическую клетку и подвергаться интернализации в нее. [387] In some embodiments, the ADC comprises an ADL1 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize into a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL2 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL5 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL6 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL7 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL12 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize into a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL13 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL14 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize to a neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL15 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof that retains the ability to target and internalize into a neoplastic cell.
[388] В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL1 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL2 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL5 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL6 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL7 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL12 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL13 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL14 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL15 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2. [388] In some embodiments, the ADC comprises an ADL1 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL2 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL5 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL6 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL7 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL12 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL13 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL14 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL15 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing HER2.
[389] В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2, представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2, содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). [389] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically targets a neoplastic cell expressing HER2 is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing HER2 contains three heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 ( HCDR2) and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3).
[390] В некоторых вариантах осуществления ADC имеет формулу (I): [390] In some embodiments, the implementation of the ADC has the formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где:Where:
(i) Ab представляет собой антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащие определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3);(i) Ab is an anti-HER2 antibody, or an antigen-binding fragment thereof, comprising heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO: 3 (HCDR3); and light chain complementarity determining regions (LCDRs) comprising the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3);
(ii) D представляет собой модулятор сплайсинга;(ii) D is a splicing modulator;
(iii) L представляет собой линкер, предусматривающий ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15; и (iii) L is a linker providing ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15; And
(iv) p составляет целое число от 1 до 15.(iv) p is an integer from 1 to 15.
[391] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2, содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую HER2, содержат константный домен тяжелой цепи IgG1 человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой трастузумаб. В некоторых вариантах осуществления p составляет целое число от 1 до 10, от 2 до 8 или от 4 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет 4. В некоторых вариантах осуществления p составляет 8.[391] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment that specifically targets a neoplastic cell expressing HER2 comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19. NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing HER2 comprises a human IgG1 heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain. In some embodiments, the antibody is trastuzumab. In some embodiments, p is an integer from 1 to 10, 2 to 8, or 4 to 8. In some embodiments, p is 4. In some embodiments, p is 8.
[392] В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL1 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL2 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL5 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL6 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL7 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL12 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL13 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL14 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL15 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138. [392] In some embodiments, the ADC comprises an ADL1 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL2 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL5 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL6 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL7 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL12 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL13 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL14 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell. In some embodiments, the ADC comprises an ADL15 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a CD138-expressing neoplastic cell.
[393] В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138, представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138, содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). [393] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically targets a CD138-expressing neoplastic cell is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a CD138-expressing neoplastic cell contains three heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 ( HCDR2) and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3).
[394] В некоторых вариантах осуществления ADC имеет формулу (I): [394] In some embodiments, the implementation of the ADC has the formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где:Where:
(i) Ab представляет собой антитело к CD138 или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащие определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3);(i) Ab is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment thereof containing heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) and SEQ ID NO: 9 (HCDR3); and complementarity determining regions of the light chain (LCDR) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3);
(ii) D представляет собой модулятор сплайсинга;(ii) D is a splicing modulator;
(iii) L представляет собой линкер, предусматривающий ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15; и (iii) L is a linker providing ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15; And
(iv) p составляет целое число от 1 до 15.(iv) p is an integer from 1 to 15.
[395] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138, содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138, содержат константный домен тяжелой цепи IgG2a мыши и константный домен легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую CD138, содержат константный домен тяжелой цепи IgG2a человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой B-B4. В некоторых вариантах осуществления p составляет целое число от 1 до 10, от 2 до 8 или от 4 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет 4. В некоторых вариантах осуществления p составляет 8.[395] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment that specifically targets a neoplastic cell expressing CD138 comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing CD138 comprises a mouse IgG2a heavy chain constant domain and a mouse Ig kappa light chain constant domain. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing CD138 comprises a human IgG2a heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain. In some embodiments, the antibody is B-B4. In some embodiments, p is an integer from 1 to 10, 2 to 8, or 4 to 8. In some embodiments, p is 4. In some embodiments, p is 8.
[396] В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL1 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL2 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL5 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL6 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL7 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL12 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL13 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL14 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления ADC содержит модулятор сплайсинга ADL15 и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2. [396] In some embodiments, the ADC comprises an ADL1 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL2 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL5 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL6 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL7 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL12 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL13 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL14 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2. In some embodiments, the ADC comprises an ADL15 splicing modulator and an antibody or antigen-binding fragment thereof that target a neoplastic cell expressing EPHA2.
[397] В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2, представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2, содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). [397] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically targets the neoplastic cell expressing EPHA2 is an internalizing antibody or an internalizing antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing EPHA2 comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 ( HCDR2) and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3).
[398] В некоторых вариантах осуществления ADC имеет формулу (I): [398] In some embodiments, the implementation of the ADC has the formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где:Where:
(i) Ab представляет собой антитело к EPHA2 или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащие определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3);(i) Ab is an anti-EPHA2 antibody, or an antigen-binding fragment thereof, comprising heavy chain complementarity determining regions (HCDRs) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO: 15 (HCDR3); and light chain complementarity determining regions (LCDRs) comprising the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3);
(ii) D представляет собой модулятор сплайсинга;(ii) D is a splicing modulator;
(iii) L представляет собой линкер, предусматривающий ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15; и (iii) L is a linker providing ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15; And
(iv) p составляет целое число от 1 до 15.(iv) p is an integer from 1 to 15.
[399] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2, содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку, экспрессирующую EPHA2, содержат константный домен тяжелой цепи IgG1 человека и константный домен легкой каппа-цепи Ig человека. В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой 1C1. В некоторых вариантах осуществления p составляет целое число от 1 до 10, от 2 до 8 или от 4 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет 4. В некоторых вариантах осуществления p составляет 8.[399] In some embodiments, an antibody or antigen-binding fragment that specifically targets a neoplastic cell expressing EPHA2 comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment thereof that targets a neoplastic cell expressing EPHA2 comprises a human IgG1 heavy chain constant domain and a human Ig kappa light chain constant domain. In some embodiments, the antibody is 1C1. In some embodiments, p is an integer from 1 to 10, 2 to 8, or 4 to 8. In some embodiments, p is 4. In some embodiments, p is 8.
Фрагменты-лекарственные средстваFragments-drugs
[400] Фрагмент-лекарственное средство (D) из ADC, описанных в данном документе, может представлять собой любое химиотерапевтическое средство. Применимые классы химиотерапевтических средств включают, например, модуляторы сплайсинга РНК. В некоторых предпочтительных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой модулятор сплайсинга. Иллюстративные соединения, представляющие собой модулятор сплайсинга, описаны и приведены в качестве примера в данном документе.[400] The drug moiety (D) of the ADCs described herein can be any chemotherapeutic agent. Applicable classes of chemotherapeutic agents include, for example, RNA splicing modulators. In some preferred embodiments, the drug fragment is a splicing modulator. Exemplary splicing modulator compounds are described and exemplified herein.
[401] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой соединение, являющееся модулятором сплайсинга, формулы (II):[401] In various embodiments, the drug moiety is a splicing modulator compound of formula (II):
(II), (II)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп и -NR15R16;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups and -NR 15 R 16 ;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17;each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
Z выбран из , , , и ;Z is selected from , , , And ;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп, where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups,
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород.where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen.
[402] В некоторых вариантах осуществления R1 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[402] In some embodiments, R 1 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[403] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[403] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[404] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил.[404] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[405] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[405] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[406] В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[406] In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 . In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[407] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[407] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[408] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[408] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[409] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[409] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[410] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[410] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[411] В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой .[411] In some embodiments, Z is . In some embodiments, Z is . In some embodiments, Z is . In some embodiments, Z is . In some embodiments, Z is .
[412] В некоторых вариантах осуществления соединение, представляющее собой модулятор сплайсинга, формулы (II) прикрепляется к линкеру L, например, в ADC формулы (I), как показано на формуле (II-A): [412] In some embodiments, a splicing modulator compound of formula (II) is attached to a linker L, for example, in an ADC of formula (I) as shown in formula (II-A):
(II-A), (II-A),
где Z' выбран из , , , и ; иwhere Z' is selected from , , , And ; And
где все остальные переменные являются такими, как определено для формулы (II).where all other variables are as defined for formula (II).
[413] В различных других вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой соединение, являющееся модулятором сплайсинга, формулы (IV):[413] In various other embodiments, the drug moiety is a splicing modulator compound of formula (IV):
(IV), (IV)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп и -NR15R16;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups and -NR 15 R 16 ;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and
-C(=O)-O-R17; и-C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп, where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups,
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород.where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen.
[414] В некоторых вариантах осуществления R1 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[414] In some embodiments, R 1 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[415] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[415] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[416] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил.[416] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[417] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[417] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[418] В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16.[418] In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 .
[419] В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[419] In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[420] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[420] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[421] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[421] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[422] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[422] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[423] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[423] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[424] В некоторых вариантах осуществления соединение, представляющее собой модулятор сплайсинга, формулы (IV) прикрепляется к линкеру L, например, в ADC формулы (I), как показано на формуле (IV-A): [424] In some embodiments, a splicing modulator compound of formula (IV) is attached to a linker L, for example, in an ADC of formula (I) as shown in formula (IV-A):
(IV-A). (IV-A).
[425] В различных других вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой соединение, являющееся модулятором сплайсинга, формулы (VI):[425] In various other embodiments, the drug moiety is a splicing modulator compound of formula (VI):
(VI), (VI)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
каждый из R1 и R9 независимо выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;each of R 1 and R 9 is independently selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups ;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
R10 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, групп -C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, -C(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10;a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10;
где каждый из R1, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9, R10, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;where each of R 1 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 9 , R 10 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from atoms halogen, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O- (C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 - C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где оба R1 и R9 не могут отсутствовать.where both R 1 and R 9 cannot be absent.
[426] В некоторых вариантах осуществления R1 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[426] In some embodiments, R 1 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[427] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[427] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[428] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [428] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[429] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[429] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[430] В некоторых вариантах осуществления R9 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C4алкил) и -CD3. В некоторых вариантах осуществления R9 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильных группа представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильная группа представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой группу -(C=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления группа -(C=O)-(C1-C4алкил) представляет собой -(C=O)-метил. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой -CD3.[430] In some embodiments, R 9 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) and -CD 3 groups. In some embodiments, R 9 is absent. In some embodiments, R 9 is hydrogen. In some embodiments, R 9 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is methyl. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is ethyl. In some embodiments, R 9 is -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl). In some embodiments, the -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group is -(C=O)-methyl. In some embodiments, R 9 is -CD 3 .
[431] В некоторых вариантах осуществления R10 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C4алкил) и -CD3. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильных группа представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильная группа представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой группу -(C=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления группа -(C=O)-(C1-C4алкил) представляет собой -(C=O)-метил. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой -CD3.[431] In some embodiments, R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl), and -CD 3 groups . In some embodiments, R 10 is hydrogen. In some embodiments, R 10 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is methyl. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is ethyl. In some embodiments, R 10 is -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl). In some embodiments, the -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group is -(C=O)-methyl. In some embodiments, R 10 is -CD 3 .
[432] В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16.[432] In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 .
[433] В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[433] In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[434] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[434] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[435] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[435] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[436] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[436] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[437] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[437] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[438] В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4, 5 или 6. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4 или 5. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3 или 4. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2 или 3. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1. В некоторых вариантах осуществления a составляет 2. В некоторых вариантах осуществления a составляет 3. В некоторых вариантах осуществления a составляет 4. В некоторых вариантах осуществления a составляет 5. В некоторых вариантах осуществления a составляет 6. В некоторых вариантах осуществления a составляет 7. В некоторых вариантах осуществления a составляет 8. В некоторых вариантах осуществления a составляет 9. В некоторых вариантах осуществления a составляет 10.[438] In some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10. In some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, 5, or 6. In some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, 5, or 6. In some in some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, or 5. In some embodiments, a is 1, 2, 3, or 4. In some embodiments, a is 1, 2, or 3. In some embodiments, a is 1 or 2. In some embodiments, a is 1. In some embodiments, a is 2. In some embodiments, a is 3. In some embodiments, a is 4. In some embodiments, a is 5. In some embodiments, a is 6. In some embodiments, a is 6. in some embodiments, a is 7. In some embodiments, a is 8. In some embodiments, a is 9. In some embodiments, a is 10.
[439] В некоторых вариантах осуществления соединение, представляющее собой модулятор сплайсинга, формулы (VI) прикрепляется к линкеру L, например, в ADC формулы (I), как показано на формуле (VI-A): [439] In some embodiments, a splicing modulator compound of formula (VI) is attached to a linker L, for example, in an ADC of formula (I) as shown in formula (VI-A):
(VI-A). (VI-A).
[440] В различных других вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой соединение, являющееся модулятором сплайсинга, формулы (VIII):[440] In various other embodiments, the drug fragment is a splicing modulator compound of formula (VIII):
(VIII), (VIII)
или его фармацевтически приемлемую соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, where:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; иR 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, and C 1 -C 6 alkyl groups; And
R10 выбран из 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-3 Ra, где каждый Ra независимо выбран из атомов галогена, C1-C6алкильных групп, -O-(C1-C6)алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкилгидроксигрупп, -S(=O)w-(4-7-членные гетероциклы), 4-7-членных карбоциклов и 4-7-членных гетероциклов;R 10 is selected from 3-10 membered carbocycles and 3-10 membered heterocycles, each of which is substituted with 0-3 R a , where each R a is independently selected from halogen atoms, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-( C 1 -C 6 )alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, -S(=O) w -(4-7-membered heterocycles), 4-7-membered carbocycles and 4-7 -membered heterocycles;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R3, R4, R10, R15, R16 и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иwhere each of R 1 , R 3 , R 4 , R 10 , R 15 , R 16 and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O -(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), -(C=O)-(C1-C6алкил)-(C3-C10гетероциклильных групп) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, каждая из которых замещена 0, 1 или 2 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16 и C1-C3алкильных групп; иwhere each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups , -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(C 3 -C 10 heterocyclyl groups) and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups each substituted with 0, 1 or 2 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 and C 1 -C 3 alkyl groups; And
w составляет 0, 1 или 2. w is 0, 1, or 2.
[441] В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой [441] In some embodiments, R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is
-CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил. -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[442] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[442] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[443] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [443] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[444] В некоторых вариантах осуществления R10 выбран из 6-9-членных карбоциклов и 6-9-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты.[444] In some embodiments, R 10 is selected from 6-9 membered carbocycles and 6-9 membered heterocycles, each of which is substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from atoms halogen, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3- 10-membered heterocycle) and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups.
[445] В некоторых вариантах осуществления карбоцикл представляет собой фенил, замещенный 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления фенил замещен 2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10 членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления фенил представляет собой .[445] In some embodiments, the carbocycle is phenyl substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -( C=O)-(C 1 -C 6 alkyl), -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle) groups and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups. In some embodiments, phenyl is substituted with 2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 - C 6 alkyl), -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle) groups, and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups. In some embodiments, phenyl is .
[446] В некоторых вариантах осуществления гетероцикл представляет собой 9-членный гетероцикл, замещенный 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления 9-членный гетероцикл представляет собой .[446] In some embodiments, the heterocycle is a 9-membered heterocycle substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl), groups -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10-membered heterocycle) and groups C 1 -C 6 alkylcarboxylic acids. In some embodiments, the 9-membered heterocycle is .
[447] В некоторых вариантах осуществления Ra выбран из атомов галогена, 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления Ra выбран из атомов галогена, , , и .[447] In some embodiments, R a is selected from halogen atoms, 3-10 membered carbocycles, and 3-10 membered heterocycles, where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle) groups and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid. In some embodiments, R a is selected from halogen atoms, , , And .
[448] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[448] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[449] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[449] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[450] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[450] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[451] В некоторых вариантах осуществления соединение, представляющее собой модулятор сплайсинга, формулы (VIII) прикрепляется к линкеру L, например, в ADC формулы (I), как показано на формуле (VIII-A): [451] In some embodiments, a splicing modulator compound of formula (VIII) is attached to a linker L, for example, in an ADC of formula (I) as shown in formula (VIII-A):
(VIII-A). (VIII-A).
[452] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой модулятор сплайсинга, выбранный из D2 и D1. [452] In various embodiments, the drug fragment is a splicing modulator selected from D2 and D1.
[453] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой D2. В различных вариантах осуществления структура фрагмента-лекарственного средства D2, применяемого в раскрытых ADC, показана ниже:[453] In various embodiments, the drug moiety is D2. In various embodiments, the structure of the D2 drug moiety used in the disclosed ADCs is shown below:
D2.D2.
[454] В различных вариантах осуществления линкер в ADC (например, ADC формулы (I)), описанный в данном документе, ковалентно прикрепляется к фрагменту-лекарственному средству D2 через амин на пиперазиновой группе. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой производное D2. В различных вариантах осуществления производное D2 сохраняет по меньшей мере одну биологическую функцию или активность D2 (например, связывание комплекса SF3b, активность сплайсинга in vitro, цитотоксичность), но имеет измененную химическую структуру.[454] In various embodiments, a linker in an ADC (eg, an ADC of formula (I)) described herein is covalently attached to the D2 drug moiety via an amine on the piperazine group. In various embodiments, the drug moiety is a D2 derivative. In various embodiments, the D2 derivative retains at least one D2 biological function or activity (eg, SF3b complex binding, in vitro splicing activity, cytotoxicity) but has an altered chemical structure.
[455] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой D1 или его фармацевтически приемлемую соль. В различных вариантах осуществления структура фрагмента-лекарственного средства D1, применяемого в раскрытых ADC, показана ниже:[455] In various embodiments, the drug moiety is D1 or a pharmaceutically acceptable salt thereof. In various embodiments, the structure of the D1 drug fragment used in the disclosed ADCs is shown below:
D1.D1.
[456] В различных вариантах осуществления линкер в ADC (например, ADC формулы (I)), описанный в данном документе, ковалентно прикрепляется к фрагменту-лекарственному средству D1 через амин на пиперазиновой группе. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой производное D1. В различных вариантах осуществления производное D1 сохраняет по меньшей мере одну биологическую функцию или активность D1 (например, связывание комплекса SF3b, активность сплайсинга in vitro, цитотоксичность), но имеет измененную химическую структуру.[456] In various embodiments, a linker in an ADC (eg, an ADC of formula (I)) described herein is covalently attached to the D1 drug moiety via an amine on the piperazine group. In various embodiments, the drug moiety is a D1 derivative. In various embodiments, the D1 derivative retains at least one biological function or activity of D1 (eg, SF3b complex binding, in vitro splicing activity, cytotoxicity) but has an altered chemical structure.
[457] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D1:[457] In some embodiments, the splicing modulator provides D1:
(D1). (D1).
[458] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D2:[458] In some embodiments, the splicing modulator provides D2:
(D2). (D2).
[459] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D3:[459] In some embodiments, the splicing modulator provides D3:
(D3). (D3).
[460] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4:[460] In some embodiments, the splicing modulator provides D4:
(D4). (D4).
[461] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D4':[461] In some embodiments, the splicing modulator provides D4':
(D4'). (D4').
[462] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D5:[462] In some embodiments, the splicing modulator provides D5:
(D5). (D5).
[463] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D6:[463] In some embodiments, the splicing modulator provides D6:
(D6). (D6).
[464] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D7:[464] In some embodiments, the splicing modulator provides D7:
(D7). (D7).
[465] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D8:[465] In some embodiments, the splicing modulator provides D8:
(D8). (D8).
[466] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D9:[466] In some embodiments, the splicing modulator provides D9:
(D9). (D9).
[467] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D10:[467] In some embodiments, the splicing modulator provides D10:
(D10). (D10).
[468] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D11:[468] In some embodiments, the splicing modulator provides D11:
(D11). (D11).
[469] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D12:[469] In some embodiments, the splicing modulator provides D12:
(D12). (D12).
[470] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D13:[470] In some embodiments, the splicing modulator provides D13:
(D13). (D13).
[471] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D14:[471] In some embodiments, the splicing modulator provides D14:
(D14). (D14).
[472] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D15:[472] In some embodiments, the splicing modulator provides D15:
(D15). (D15).
[473] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D16:[473] In some embodiments, the splicing modulator provides D16:
(D16). (D16).
[474] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D17:[474] In some embodiments, the splicing modulator provides D17:
(D17). (D17).
[475] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D18:[475] In some embodiments, the splicing modulator provides D18:
(D18). (D18).
[476] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D19:[476] In some embodiments, the splicing modulator provides D19:
(D19). (D19).
[477] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D20:[477] In some embodiments, the splicing modulator provides D20:
(D20). (D20).
[478] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D21:[478] In some embodiments, the splicing modulator provides D21:
(D21). (D21).
[479] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D22:[479] In some embodiments, the splicing modulator provides D22:
(D22). (D22).
[480] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D23:[480] In some embodiments, the splicing modulator provides D23:
(D23). (D23).
[481] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D24:[481] In some embodiments, the splicing modulator provides D24:
(D24). (D24).
[482] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D25:[482] In some embodiments, the splicing modulator provides D25:
(D25). (D25).
[483] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D26:[483] In some embodiments, the splicing modulator provides D26:
(D26). (D26).
[484] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D27:[484] In some embodiments, the splicing modulator provides D27:
(D27). (D27).
[485] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D28:[485] In some embodiments, the splicing modulator provides D28:
(D28). (D28).
[486] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D29:[486] In some embodiments, the splicing modulator provides D29:
(D29). (D29).
[487] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D30:[487] In some embodiments, the splicing modulator provides D30:
(D30). (D30).
[488] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D31:[488] In some embodiments, the splicing modulator provides D31:
(D31). (D31).
[489] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D32:[489] In some embodiments, the splicing modulator provides D32:
(D32). (D32).
[490] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D33:[490] In some embodiments, the splicing modulator provides D33:
(D33). (D33).
[491] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D34:[491] In some embodiments, the splicing modulator provides D34:
(D34). (D34).
[492] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга предусматривает D35:[492] In some embodiments, the splicing modulator provides D35:
(D35). (D35).
[493] Иллюстративный ADC имеет формулу (I): [493] An exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Where
Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;Ab is an antibody or antigen-binding fragment that targets a neoplastic cell;
D представляет собой D2; D is D2;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[494] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, и/или STEAP1.[494] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment targets a cell expressing HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, and /or STEAP1.
[495] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[495] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[496] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[496] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[497] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[497] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[498] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MSLN или антигенсвязывающий фрагмент. [498] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MSLN. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MSLN antibody or antigen-binding fragment.
[499] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLH1 или антигенсвязывающий фрагмент. [499] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing FOLH1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLH1 antibody or antigen-binding fragment.
[500] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CDH6 или антигенсвязывающий фрагмент. [500] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CDH6. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CDH6 antibody or antigennegative fragment.
[501] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CEACAM5 или антигенсвязывающий фрагмент. [501] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CEACAM5 antibody or antigen-binding fragment.
[502] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CFC1B или антигенсвязывающий фрагмент. [502] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing CFC1B. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CFC1B antibody or antigennegative fragment.
[503] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к ENPP3 или антигенсвязывающий фрагмент. [503] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing ENPP3. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-ENPP3 antibody or antigen-binding fragment.
[504] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [504] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLR1 antibody or antigen-binding fragment.
[505] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HAVCR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [505] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HAVCR1 antibody or antigen-binding fragment.
[506] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к KIT или антигенсвязывающий фрагмент. [506] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect the cell expressing KIT. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-KIT antibody or antigen-binding fragment.
[507] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MET или антигенсвязывающий фрагмент. [507] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MET. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MET antibody or antigen-binding fragment.
[508] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MUC16 или антигенсвязывающий фрагмент. [508] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses MUC16. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MUC16 antibody or antigennegative fragment.
[509] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC39A6 или антигенсвязывающий фрагмент. [509] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC39A6. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC39A6 antibody or antigen-binding fragment.
[510] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC44A4 или антигенсвязывающий фрагмент. [510] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing SLC44A4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC44A4 antibody or antigen-binding fragment.
[511] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к STEAP1 или антигенсвязывающий фрагмент. [511] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect the cell expressing STEAP1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-STEAP1 antibody or antigen-binding fragment.
[512] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. [512] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units.
[513] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [513] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
гдеWhere
Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;Ab is an antibody or antigen-binding fragment that targets a neoplastic cell;
D представляет собой D1; D is D1;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[514] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, и/или STEAP1.[514] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment targets a cell expressing HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, and /or STEAP1.
[515] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[515] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell that expresses HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[516] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[516] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[517] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[517] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[518] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MSLN или антигенсвязывающий фрагмент. [518] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MSLN. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MSLN antibody or antigen-binding fragment.
[519] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLH1 или антигенсвязывающий фрагмент. [519] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLH1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLH1 antibody or antigen-binding fragment.
[520] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CDH6 или антигенсвязывающий фрагмент. [520] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CDH6. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CDH6 antibody or antigennegative fragment.
[521] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CEACAM5 или антигенсвязывающий фрагмент. [521] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CEACAM5 antibody or antigen-binding fragment.
[522] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CFC1B или антигенсвязывающий фрагмент. [522] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CFC1B. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CFC1B antibody or antigennegative fragment.
[523] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к ENPP3 или антигенсвязывающий фрагмент. [523] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses ENPP3. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-ENPP3 antibody or antigen-binding fragment.
[524] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [524] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLR1 antibody or antigen-binding fragment.
[525] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HAVCR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [525] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HAVCR1 antibody or antigen-binding fragment.
[526] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к KIT или антигенсвязывающий фрагмент. [526] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing the KIT. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-KIT antibody or antigen-binding fragment.
[527] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MET или антигенсвязывающий фрагмент. [527] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MET. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MET antibody or antigen-binding fragment.
[528] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MUC16 или антигенсвязывающий фрагмент. [528] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MUC16. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MUC16 antibody or antigennegative fragment.
[529] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC39A6 или антигенсвязывающий фрагмент. [529] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC39A6. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC39A6 antibody or antigen-binding fragment.
[530] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC44A4 или антигенсвязывающий фрагмент. [530] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC44A4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC44A4 antibody or antigen-binding fragment.
[531] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к STEAP1 или антигенсвязывающий фрагмент. [531] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing STEAP1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-STEAP1 antibody or antigen-binding fragment.
[532] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [532] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
гдеWhere
Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;Ab is an antibody or antigen-binding fragment that targets a neoplastic cell;
D представляет собой D4; D is D4;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[533] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, и/или STEAP1.[533] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment targets a cell expressing HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, and /or STEAP1.
[534] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[534] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell that expresses HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[535] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[535] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[536] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[536] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[537] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MSLN или антигенсвязывающий фрагмент. [537] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MSLN. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MSLN antibody or antigen-binding fragment.
[538] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLH1 или антигенсвязывающий фрагмент. [538] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLH1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLH1 antibody or antigen-binding fragment.
[539] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CDH6 или антигенсвязывающий фрагмент. [539] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CDH6. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CDH6 antibody or antigennegative fragment.
[540] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CEACAM5 или антигенсвязывающий фрагмент. [540] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CEACAM5 antibody or antigen-binding fragment.
[541] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CFC1B или антигенсвязывающий фрагмент. [541] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CFC1B. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CFC1B antibody or antigennegative fragment.
[542] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к ENPP3 или антигенсвязывающий фрагмент. [542] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses ENPP3. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-ENPP3 antibody or antigen-binding fragment.
[543] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [543] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLR1 antibody or antigen-binding fragment.
[544] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HAVCR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [544] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HAVCR1 antibody or antigen-binding fragment.
[545] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к KIT или антигенсвязывающий фрагмент. [545] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing the KIT. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-KIT antibody or antigen-binding fragment.
[546] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MET или антигенсвязывающий фрагмент. [546] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MET. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MET antibody or antigen-binding fragment.
[547] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MUC16 или антигенсвязывающий фрагмент. [547] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MUC16. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MUC16 antibody or antigennegative fragment.
[548] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC39A6 или антигенсвязывающий фрагмент. [548] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC39A6. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC39A6 antibody or antigen-binding fragment.
[549] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC44A4 или антигенсвязывающий фрагмент. [549] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC44A4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC44A4 antibody or antigen-binding fragment.
[550] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к STEAP1 или антигенсвязывающий фрагмент. [550] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing STEAP1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-STEAP1 antibody or antigen-binding fragment.
[551] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [551] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
гдеWhere
Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;Ab is an antibody or antigen-binding fragment that targets a neoplastic cell;
D представляет собой D12; D is D12;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[552] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, и/или STEAP1.[552] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment targets a cell expressing HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, and /or STEAP1.
[553] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[553] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[554] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[554] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[555] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[555] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[556] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MSLN или антигенсвязывающий фрагмент. [556] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MSLN. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MSLN antibody or antigen-binding fragment.
[557] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLH1 или антигенсвязывающий фрагмент. [557] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLH1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLH1 antibody or antigen-binding fragment.
[558] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CDH6 или антигенсвязывающий фрагмент. [558] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing CDH6. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CDH6 antibody or antigennegative fragment.
[559] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CEACAM5 или антигенсвязывающий фрагмент. [559] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CEACAM5 antibody or antigen-binding fragment.
[560] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CFC1B или антигенсвязывающий фрагмент. [560] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing CFC1B. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CFC1B antibody or antigennegative fragment.
[561] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к ENPP3 или антигенсвязывающий фрагмент. [561] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing ENPP3. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-ENPP3 antibody or antigen-binding fragment.
[562] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [562] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing FOLR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLR1 antibody or antigen-binding fragment.
[563] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HAVCR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [563] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HAVCR1 antibody or antigen-binding fragment.
[564] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к KIT или антигенсвязывающий фрагмент. [564] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing the KIT. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-KIT antibody or antigen-binding fragment.
[565] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MET или антигенсвязывающий фрагмент. [565] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MET. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MET antibody or antigen-binding fragment.
[566] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MUC16 или антигенсвязывающий фрагмент. [566] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MUC16. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MUC16 antibody or antigennegative fragment.
[567] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC39A6 или антигенсвязывающий фрагмент. [567] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC39A6. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC39A6 antibody or antigen-binding fragment.
[568] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC44A4 или антигенсвязывающий фрагмент. [568] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC44A4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC44A4 antibody or antigen-binding fragment.
[569] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к STEAP1 или антигенсвязывающий фрагмент. [569] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing STEAP1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-STEAP1 antibody or antigen-binding fragment.
[570] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [570] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
гдеWhere
Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые целенаправленно воздействуют на неопластическую клетку;Ab is an antibody or antigen-binding fragment that targets a neoplastic cell;
D представляет собой D15; D is D15;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[571] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, и/или STEAP1.[571] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment targets a cell expressing HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, and /or STEAP1.
[572] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HER2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[572] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell that expresses HER2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[573] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CD138. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig мыши. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG2a человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[573] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CD138. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CD138 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2), and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a mouse Ig kappa light chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG2a heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[574] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую EPHA2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[574] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing EPHA2. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-EPHA2 antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2), and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3). In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
[575] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MSLN. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MSLN или антигенсвязывающий фрагмент. [575] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing MSLN. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MSLN antibody or antigennegative fragment.
[576] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLH1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLH1 или антигенсвязывающий фрагмент. [576] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing FOLH1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLH1 antibody or antigen-binding fragment.
[577] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CDH6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CDH6 или антигенсвязывающий фрагмент. [577] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CDH6. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CDH6 antibody or antigennegative fragment.
[578] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CEACAM5. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CEACAM5 или антигенсвязывающий фрагмент. [578] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CEACAM5. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-CEACAM5 antibody or antigen-binding fragment.
[579] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую CFC1B. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к CFC1B или антигенсвязывающий фрагмент. [579] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing CFC1B. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-CFC1B antibody or antigennegative fragment.
[580] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую ENPP3. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к ENPP3 или антигенсвязывающий фрагмент. [580] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing ENPP3. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-ENPP3 antibody or antigen-binding fragment.
[581] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую FOLR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к FOLR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [581] In some other embodiments, the implementation of the antibody or antigennegative fragment purposefully affect a cell expressing FOLR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-FOLR1 antibody or antigen-binding fragment.
[582] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую HAVCR1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к HAVCR1 или антигенсвязывающий фрагмент. [582] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing HAVCR1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-HAVCR1 antibody or antigen-binding fragment.
[583] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую KIT. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к KIT или антигенсвязывающий фрагмент. [583] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing the KIT. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-KIT antibody or antigen-binding fragment.
[584] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MET. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MET или антигенсвязывающий фрагмент. [584] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MET. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-MET antibody or antigen-binding fragment.
[585] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую MUC16. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к MUC16 или антигенсвязывающий фрагмент. [585] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing MUC16. In some embodiments, the antibody or antigennegative fragment is an anti-MUC16 antibody or antigennegative fragment.
[586] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC39A6. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC39A6 или антигенсвязывающий фрагмент. [586] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC39A6. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC39A6 antibody or antigen-binding fragment.
[587] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую SLC44A4. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к SLC44A4 или антигенсвязывающий фрагмент. [587] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment targets a cell expressing SLC44A4. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-SLC44A4 antibody or antigen-binding fragment.
[588] В некоторых других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент целенаправленно воздействуют на клетку, экспрессирующую STEAP1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой антитело к STEAP1 или антигенсвязывающий фрагмент. [588] In some other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is targeted to a cell expressing STEAP1. In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is an anti-STEAP1 antibody or antigen-binding fragment.
[589] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой расщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой нерасщепляемый линкер. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Ala-pAB, MC-Glu-Val-Cit-pABC, Ala-Ala-Asn-pABC или β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. [589] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein, or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a cleavable linker. In some embodiments, L is a non-cleavable linker. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Ala-pAB, MC-Glu-Val-Cit-pABC, Ala-Ala-Asn- pABC or β-glucuronide. In some embodiments, L is a linker providing Mal-Hex, Mal-Et, or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units.
[590] В некоторых вариантах осуществления p составляет от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления p составляет от 2 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет от 4 до 8. В некоторых вариантах осуществления p составляет 4. В некоторых вариантах осуществления p составляет 8.[590] In some embodiments , p is from 1 to 10. In some embodiments, p is from 2 to 8. In some embodiments, p is from 4 to 8. In some embodiments, p is 4. In some embodiments , p is 8.
[591] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [591] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(L-D) p (I)
где Ab представляет собой антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент, содержащие три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3);where Ab is an anti-HER2 antibody or antigen binding fragment containing three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2 and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3);
D представляет собой D2, D1, D4, D12 или D15; D is D2, D1, D4, D12 or D15;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15. p is an integer from 1 to 15.
[592] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20.[592] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20.
[593] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. [593] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein, or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units.
[594] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [594] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело к CD138 или антигенсвязывающий фрагмент, содержащие три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) и SEQ ID NO:9 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) и SEQ ID NO:12 (LCDR3);where Ab is an anti-CD138 antibody or antigen binding fragment containing three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2 and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:7 (HCDR1), SEQ ID NO:8 (HCDR2) and SEQ ID NO:9 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:10 (LCDR1), SEQ ID NO:11 (LCDR2) and SEQ ID NO:12 (LCDR3);
D представляет собой D2, D1, D4, D12 или D15; D is D2, D1, D4, D12 or D15;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15.p is an integer from 1 to 15.
[595] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:21, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:22.[595] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:21 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:22.
[596] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. [596] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units.
[597] Другой иллюстративный ADC имеет формулу (I): [597] Another exemplary ADC has formula (I):
Ab-(L-D) p (I), Ab-(LD) p (I),
где Ab представляет собой антитело к EPHA2 или антигенсвязывающий фрагмент, содержащие три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) и SEQ ID NO:15 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) и SEQ ID NO:18 (LCDR3);where Ab is an EPHA2 antibody or antigen binding fragment containing three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2 and HCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:13 (HCDR1), SEQ ID NO:14 (HCDR2) and SEQ ID NO:15 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:16 (LCDR1), SEQ ID NO:17 (LCDR2) and SEQ ID NO:18 (LCDR3);
D представляет собой D2, D1, D4, D12 или D15; D is D2, D1, D4, D12 or D15;
L представляет собой линкер, который ковалентно прикрепляет Ab к D; и L is a linker that covalently attaches Ab to D; And
p составляет целое число от 1 до 15.p is an integer from 1 to 15.
[598] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:23, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:24.[598] In some embodiments, the antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:23 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:24.
[599] В некоторых вариантах осуществления L выбран из любого из линкеров, раскрытых в данном документе, или любой комбинации линкерных компонентов, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер, предусматривающий MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG)2-CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB, Mal-Hex, Mal-Et или Mal-Et-O-Et. В некоторых вариантах осуществления линкер также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15. В некоторых вариантах осуществления L представляет собой линкер ADL12, ADL14 или ADL15. В некоторых вариантах осуществления линкер ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, или ADL15 также может предусматривать одно или несколько дополнительных спейсерных звеньев. [599] In some embodiments, L is selected from any of the linkers disclosed herein, or any combination of linker components disclosed herein. In some embodiments, L is a linker providing MC-Val-Cit-pABC, Mal-(PEG) 2 -CO, MC-Val-Ala-pAB, MC-Val-Ala-pABC, MC-Val-Cit-pAB , Mal-Hex, Mal-Et or Mal-Et-O-Et. In some embodiments, the implementation of the linker may also provide one or more additional spacer units. In some embodiments, L is an ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker. In some embodiments, L is an ADL12, ADL14, or ADL15 linker. In some embodiments, the ADL1, ADL2, ADL5, ADL6, ADL7, ADL12, ADL13, ADL14, ADL21, ADL23, or ADL15 linker may also include one or more additional spacer units.
[600] В различных вариантах осуществления ADC, содержащие фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, могут включать расщепляемый или нерасщепляемый линкер. [600] In various embodiments, ADCs containing a D2 or D1 drug fragment may include a cleavable or non-cleavable linker.
[601] В различных вариантах осуществления линкер представляет собой расщепляемый линкер. В различных вариантах осуществления расщепляемый линкер предусматривает MC-Val-Cit-pABC. В различных вариантах осуществления расщепляемый линкер предусматривает MC-Val-Ala-pABC. В различных вариантах осуществления расщепляемый линкер предусматривает MC-Val-Ala-pAB. В различных вариантах осуществления расщепляемый линкер предусматривает MC-Glu-Val-Cit-pABC. В различных вариантах осуществления расщепляемый линкер предусматривает MC-Ala-Ala-Asn-pABC.[601] In various embodiments, the linker is a cleavable linker. In various embodiments, the cleavable linker provides for MC-Val-Cit-pABC. In various embodiments, the cleavable linker provides for MC-Val-Ala-pABC. In various embodiments, the cleavable linker provides for MC-Val-Ala-pAB. In various embodiments, the cleavable linker comprises MC-Glu-Val-Cit-pABC. In various embodiments, the cleavable linker comprises MC-Ala-Ala-Asn-pABC.
[602] В различных других вариантах осуществления линкер представляет собой нерасщепляемый линкер. В различных вариантах осуществления нерасщепляемый линкер предусматривает MC по отдельности или в комбинации с по меньшей мере одним дополнительным спейсерным звеном. В различных вариантах осуществления нерасщепляемый линкер предусматривает Mal-Hex по отдельности или в комбинации с по меньшей мере одним дополнительным спейсерным звеном. В различных вариантах осуществления нерасщепляемый линкер предусматривает Mal-Et по отдельности или в комбинации с по меньшей мере одним дополнительным спейсерным звеном. В различных вариантах осуществления нерасщепляемый линкер предусматривает Mal-Et-O-Et по отдельности или в комбинации с по меньшей мере одним дополнительным спейсерным звеном.[602] In various other embodiments, the linker is a non-cleavable linker. In various embodiments, the non-cleavable linker provides the MC alone or in combination with at least one additional spacer unit. In various embodiments, the non-cleavable linker provides Mal-Hex alone or in combination with at least one additional spacer unit. In various embodiments, the non-cleavable linker provides Mal-Et alone or in combination with at least one additional spacer unit. In various embodiments, the non-cleavable linker provides Mal-Et-O-Et alone or in combination with at least one additional spacer unit.
[603] В различных вариантах осуществления в ADC, содержащих фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, p составляет от 1 до 10. В различных вариантах осуществления p составляет от 2 до 8. В различных вариантах осуществления p составляет от 4 до 8. В различных вариантах осуществления p составляет 4. В различных вариантах осуществления p составляет 8.[603] In various embodiments, in ADCs containing a D2 or D1 drug fragment, p is from 1 to 10. In various embodiments, p is from 2 to 8. In various embodiments, p is from 4 to 8. In various embodiments , p is from 4 to 8. embodiments , p is 4. In various embodiments, p is 8.
[604] В различных вариантах осуществления раскрытый в данном документе ADC, содержащий фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, демонстрирует улучшенное соотношение лекарственное средство:антитело, более низкие уровни агрегации, повышенную стабильность, повышенное целевое уничтожение раковых клеток, сниженное нецелевое уничтожение нераковых клеток и/или повышенную цитотоксичность и/или активность по сравнению с ADC, содержащим альтернативный фрагмент-лекарственное средство (например, альтернативный фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга). В некоторых вариантах осуществления раскрытый в данном документе ADC, содержащий фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, обеспечивает надлежащие или превосходные свойства в одной или нескольких категориях, перечисленных выше, или по всему спектру функциональных свойств терапевтического ADC. В некоторых вариантах осуществления ADC, содержащий фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, проявляет неожиданно эффективную активность и повышенное ингибирование клеточного роста и/или пролиферации у клеток, которые экспрессируют антиген, на который целенаправленно воздействует ADC, по сравнению с ADC, содержащим альтернативный фрагмент-лекарственное средство (например, альтернативный фрагмент-лекарственное средство, представляющий собой модулятор сплайсинга). В некоторых вариантах осуществления активность можно измерять по величине концентрации соединения, которая обуславливает 50% снижение клеточной пролиферации (GI50). В различных вариантах осуществления ADC, содержащие фрагмент-лекарственное средство D2 или D1, проявляют неожиданно повышенную стабильность in vivo (например, стабильность в плазме крови) по сравнению с ADC с альтернативным фрагментом-лекарственным средством (например, альтернативным фрагментом-лекарственным средством, представляющим собой модулятор сплайсинга, например, тайланстатин A). См., например, ADC, описанный в Puthenveetil et al. (Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8), в которой показано полное биологическое превращение полезной нагрузки за 72 часа (т. е. ацетат полностью гидролизуется). [604] In various embodiments, an ADC disclosed herein comprising a D2 or D1 drug fragment exhibits an improved drug:antibody ratio, lower levels of aggregation, increased stability, increased targeted killing of cancer cells, reduced off-target killing of non-cancer cells, and /or increased cytotoxicity and/or activity compared to an ADC containing an alternative drug fragment (eg, an alternative drug fragment that is a splicing modulator). In some embodiments, an ADC disclosed herein comprising a D2 or D1 drug moiety provides appropriate or superior properties in one or more of the categories listed above, or across the spectrum of functional properties of a therapeutic ADC. In some embodiments, an ADC containing a D2 or D1 drug moiety exhibits unexpectedly effective activity and increased inhibition of cell growth and/or proliferation in cells that express an antigen targeted by the ADC compared to an ADC containing an alternative moiety - a drug (eg, an alternative drug fragment that is a splicing modulator). In some embodiments, activity can be measured by the concentration of a compound that results in a 50% reduction in cell proliferation (GI50). In various embodiments, ADCs containing a D2 or D1 drug moiety exhibit surprisingly improved in vivo stability (e.g., plasma stability) compared to ADCs with an alternative drug moiety (e.g., an alternative drug moiety that is splicing modulator, e.g. Tilanstatin A). Cm., For example, ADC described in Puthenveetil et al. (Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8) which shows the complete bioconversion of the payload in 72 hours (i.e., the acetate is completely hydrolysed).
[605] В определенных вариантах осуществления промежуточное соединение, которое является предшественником линкерного фрагмента, вводят в реакцию с фрагментом-лекарственным средством (например, модулятором сплайсинга) при подходящих условиях. В определенных вариантах осуществления используются реакционно-способные группы на лекарственном средстве и/или промежуточном соединении или линкере. Продукт реакции между лекарственным средством и промежуточным соединением или дериватизированным лекарственным средством (лекарственное средство плюс линкер) впоследствии вводят в реакцию с антителом или антигенсвязывающим фрагментом при подходящих условиях. В качестве альтернативы промежуточное соединение или линкер можно вначале вводить в реакцию с антителом или антигенсвязывающим фрагментом или дериватизированным антителом или антигенсвязывающим фрагментом, а затем вводить в реакцию с лекарственным средством или дериватизированным лекарственным средством. [605] In certain embodiments, an intermediate that is a precursor to a linker moiety is reacted with a drug moiety (eg, a splicing modulator) under appropriate conditions. In certain embodiments, reactive groups are used on the drug and/or the intermediate or linker. The reaction product between the drug and the intermediate or derivatized drug (drug plus linker) is subsequently reacted with the antibody or antigen-binding fragment under appropriate conditions. Alternatively, the intermediate or linker can be reacted first with the antibody or antigen-binding fragment or derivatized antibody or antigen-binding fragment, and then reacted with the drug or derivatized drug.
[606] Целый ряд разных реакций доступны для ковалентного прикрепления фрагмента-лекарственного средства и/или линкерного фрагмента к антителу или антигенсвязывающему фрагменту. Это зачастую выполняют путем реакции одного или нескольких аминокислотных остатков антитела или антигенсвязывающего фрагмента, включающих аминогруппы лизина, свободные группы карбоновой кислоты глутаминовой кислоты и аспарагиновой кислоты, сульфгидрильные группы цистеины и различные фрагменты ароматических аминокислот. Например, неспецифическое ковалентное прикрепление может быть проведено с применением карбодиимидной реакции для связывания карбокси- (или амино-)группы на фрагменте-лекарственном средстве с амино- (или карбокси-)группой на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В дополнение к этому, для связывания аминогруппы на фрагменте-лекарственном средстве с аминогруппой на антителе или антигенсвязывающем фрагменте можно также применять бифункциональные средства, такие как диальдегиды или сложные имидоэфиры. Для прикрепления лекарственных средств (например, модулятора сплайсинга) к связывающим средствам также подходит реакция с образованием оснований Шиффа. Данный способ предусматривает перйодатное окисление лекарственного средства, которое содержит гликоль или гидроксигруппы, за счет чего образуется альдегид, который затем реагирует со связывающим средством. Прикрепление происходит посредством образования основания Шиффа с аминогруппами связывающего средства. Изотиоцианаты также можно применять в качестве средств для сочетания путем ковалентного прикрепления лекарственных средств к связывающим средствам. Другие методики известны специалисту в данной области техники и находятся в пределах объема настоящего изобретения. Примеры фрагментов-лекарственных средств, которые могут быть получены и связаны с антителом или антигенсвязывающим фрагментом с применением различных химических структур, известных из уровня техники, включают модуляторы сплайсинга, например, модуляторы сплайсинга, описанные и приведенные в качестве примера в данном документе.[606] A number of different reactions are available for covalently attaching a drug moiety and/or a linker moiety to an antibody or antigen-binding moiety. This is often accomplished by reacting one or more amino acid residues of the antibody or antigen-binding moiety, including lysine amino groups, free carboxylic acid groups of glutamic acid and aspartic acid, cysteine sulfhydryl groups, and various aromatic amino acid moieties. For example, non-specific covalent attachment can be carried out using a carbodiimide reaction to link a carboxy (or amino) group on a drug moiety to an amino (or carboxy) group on an antibody or antigen-binding moiety. In addition, bifunctional agents such as dialdehydes or imidoesters can also be used to link the amino group on the drug moiety to the amino group on the antibody or antigen binding moiety. For attaching drugs (eg, splicing modulator) to binding agents, the reaction with the formation of Schiff bases is also suitable. This method involves the periodic oxidation of a drug that contains glycol or hydroxy groups, thereby forming an aldehyde, which then reacts with a binder. Attachment occurs through the formation of a Schiff base with amino groups of the binder. Isothiocyanates can also be used as coupling agents by covalently attaching drugs to binding agents. Other techniques are known to the person skilled in the art and are within the scope of the present invention. Examples of drug moieties that can be prepared and linked to an antibody or antigen binding moiety using various chemical structures known in the art include splicing modulators, such as the splicing modulators described and exemplified herein.
Соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство/лекарственное средствоLinker Drug/Drug Compounds
[607] В данном документе дополнительно раскрыты иллюстративные соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), а также композиции, содержащие множественные копии таких соединений. В различных вариантах осуществления раскрытые в данном документе соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство, могут определяться общей формулой: L-D, где L=линкерный фрагмент, и D=фрагмент-лекарственное средство (например, фрагмент-лекарственное средство, представляющее собой модулятор сплайсинга). В определенных вариантах осуществления раскрытые L-D соединения подходят для применения в ADC, описанных в данном документе, например, в ADC формулы (I).[607] This document further discloses exemplary linker drug (L-D) compounds, as well as compositions containing multiple copies of such compounds. In various embodiments, linker-drug compounds disclosed herein may be defined by the general formula: L-D, where L=linker moiety, and D=drug moiety (e.g., splicing modulator drug moiety) . In certain embodiments, the disclosed L-D compounds are suitable for use in the ADCs described herein, for example, in the ADCs of formula (I).
[608] В различных вариантах осуществления раскрытые в данном документе соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), предусматривают структуру линкера-лекарственного средства в соответствии с формулой (III). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (III):[608] In various embodiments, linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (III). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (III):
(III), (III)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17;each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
Z'' выбран из , , , и ;Z'' selected from , , , And ;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups , benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и, если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует.where, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent.
[609] В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[609] In some embodiments, R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is absent. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[610] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[610] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[611] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [611] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[612] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[612] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[613] В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R6 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R7 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород.[613] In some embodiments, R 2 is absent and R 6 is a linker. In some embodiments, R 2 is absent and R 7 is a linker. In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen.
[614] В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16.[614] In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 .
[615] В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[615] In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[616] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[616] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[617] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[617] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[618] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[618] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[619] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[619] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[620] В некоторых вариантах осуществления Z' представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z' представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z' представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z' представляет собой . В некоторых вариантах осуществления Z' представляет собой .[620] In some embodiments, Z' is . In some embodiments, Z' is . In some embodiments, Z' is . In some embodiments, Z' is . In some embodiments, Z' is .
[621] В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления линкер или расщепляемый пептидный фрагмент предусматривают по меньшей мере одно аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аргинина, гистидина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, серина, треонина, аспарагина, глутамина, цистеина, селеноцистеина, глицина, пролина, аланина, валина, изолейцина, метионина, фенилаланина, тирозина, триптофана и цитруллина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аланин и валин. [621] In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one cleavable peptide fragment. In some embodiments, at least one cleavable peptide fragment is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the linker or cleavable peptide fragment comprises at least one amino acid unit. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from arginine, histidine, lysine, aspartic acid, glutamic acid, serine, threonine, asparagine, glutamine, cysteine, selenocysteine, glycine, proline, alanine, valine, isoleucine, methionine, phenylalanine, tyrosine, tryptophan and citrulline. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides citrulline and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides alanine and valine.
[622] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает a фрагмент, выбранный из сульфонамида, β-глюкуронида, дисульфида и карбонила. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает сульфонамид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает дисульфид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает карбонил.[622] In some embodiments, the implementation of the linker provides a fragment selected from sulfonamide, β-glucuronide, disulfide and carbonyl. In some embodiments, the implementation of the linker provides a sulfonamide. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a disulfide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a carbonyl.
[623] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено выбрано из алкильных групп и полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C12алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C6алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой метилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой этилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пропилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-бутилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пентилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-гексилен. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 1. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых вариантах осуществления m составляет 3. В некоторых вариантах осуществления m составляет 4. В некоторых вариантах осуществления m составляет 5. В некоторых вариантах осуществления m составляет 6.[623] In some embodiments, the implementation of the linker provides a spacer link. In some embodiments, the spacer unit is selected from alkyl groups and polyethylene glycol (PEG) moieties. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 12 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 6 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is methylene. In some embodiments, the alkyl group is ethylene. In some embodiments, the alkyl group is n-propylene. In some embodiments, the alkyl group is n-butylene. In some embodiments, the alkyl group is n-pentylene. In some embodiments, the alkyl group is n-hexylene. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 1. In some embodiments, m is 2. In some embodiments, m is 3. In in some embodiments, m is 4. In some embodiments, m is 5. In some embodiments, m is 6.
[624] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает саморасщепляющееся спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено выбрано из п-аминобензилоксикарбонила (pABC) и п-аминобензила (pAB). [624] In some embodiments, the implementation of the linker provides a maleimide (Mal) fragment ("Mal-spacer link"). In some embodiments, the linker provides a self-cleaving spacer unit. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is selected from p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC) and p-aminobenzyl (pAB).
[625] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, алкильную группу, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа предусматривает C1-C6алкильную группу.[625] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, an alkyl group, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the alkyl group provides a C 1 -C 6 alkyl group.
[626] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, PEG-фрагмент, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 6.[626] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, a PEG fragment, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 6.
[627] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (V). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (V):[627] In various other embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (V). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (V):
(V), (V)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил); иR 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups; And
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R15, R16 и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 15 , R 16 and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups , C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; иwhere at least one of R 6 and R 7 is hydrogen; And
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и, если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует.where, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent.
[628] В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[628] In some embodiments, R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is absent. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[629] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[629] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[630] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [630] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl), -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[631] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[631] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is -O-(C 1 -C 4 alkyl). In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[632] В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R6 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R7 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород.[632] In some embodiments, R 2 is absent and R 6 is a linker. In some embodiments, R 2 is absent and R 7 is a linker. In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen.
[633] В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16.[633] In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 .
[634] В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[634] In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[635] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[635] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[636] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[636] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[637] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[637] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[638] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[638] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[639] В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления линкер или расщепляемый пептидный фрагмент предусматривают по меньшей мере одно аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аргинина, гистидина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, серина, треонина, аспарагина, глутамина, цистеина, селеноцистеина, глицина, пролина, аланина, валина, изолейцина, метионина, фенилаланина, тирозина, триптофана и цитруллина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аланин и валин. [639] In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one cleavable peptide fragment. In some embodiments, at least one cleavable peptide fragment is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the linker or cleavable peptide fragment comprises at least one amino acid unit. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from arginine, histidine, lysine, aspartic acid, glutamic acid, serine, threonine, asparagine, glutamine, cysteine, selenocysteine, glycine, proline, alanine, valine, isoleucine, methionine, phenylalanine, tyrosine, tryptophan and citrulline. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides citrulline and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides alanine and valine.
[640] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает a фрагмент, выбранный из сульфонамида, β-глюкуронида, дисульфида и карбонила. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает сульфонамид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает дисульфид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает карбонил.[640] In some embodiments, the implementation of the linker provides a fragment selected from sulfonamide, β-glucuronide, disulfide and carbonyl. In some embodiments, the implementation of the linker provides a sulfonamide. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a disulfide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a carbonyl.
[641] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено выбрано из алкильных групп и полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C12алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C6алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой метилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой этилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пропилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-бутилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пентилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-гексилен. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 1. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых вариантах осуществления m составляет 3. В некоторых вариантах осуществления m составляет 4. В некоторых вариантах осуществления m составляет 5. В некоторых вариантах осуществления m составляет 6.[641] In some embodiments, the implementation of the linker provides a spacer link. In some embodiments, the spacer unit is selected from alkyl groups and polyethylene glycol (PEG) moieties. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 12 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 6 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is methylene. In some embodiments, the alkyl group is ethylene. In some embodiments, the alkyl group is n-propylene. In some embodiments, the alkyl group is n-butylene. In some embodiments, the alkyl group is n-pentylene. In some embodiments, the alkyl group is n-hexylene. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 1. In some embodiments, m is 2. In some embodiments, m is 3. In in some embodiments, m is 4. In some embodiments, m is 5. In some embodiments, m is 6.
[642] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает саморасщепляющееся спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено выбрано из п-аминобензилоксикарбонила (pABC) и п-аминобензила (pAB). [642] In some embodiments, the implementation of the linker provides a maleimide (Mal) fragment ("Mal-spacer link"). In some embodiments, the linker provides a self-cleaving spacer unit. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is selected from p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC) and p-aminobenzyl (pAB).
[643] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, алкильную группу, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа предусматривает C1-C6алкильную группу.[643] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, an alkyl group, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the alkyl group provides a C 1 -C 6 alkyl group.
[644] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, PEG-фрагмент, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 6.[644] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, a PEG fragment, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 6.
[645] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (VII). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (VII):[645] In various other embodiments, the linker-drug (L-D) compounds disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (VII). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (VII):
(VII), (VII)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
каждый из R1 и R9 независимо отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;each of R 1 and R 9 is independently absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 отсутствует или представляет собой линкер;R 2 is absent or is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
каждый из R4, R5 и R8 независимо выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп; each of R 4 , R 5 and R 8 is independently selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups and C 1 -C 6 alkyl groups;
каждый из R6 и R7 независимо выбран из водорода, -O-R17, -O-C(=O)-R17, -O-C(=O)-NR15R16, C1-C6алкильных групп, -NR15R16 и линкера;each of R 6 and R 7 is independently selected from hydrogen, -OR 17 , -OC(=O)-R 17 , -OC(=O)-NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -NR 15 R 16 and linker;
R10 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, групп -C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, -C(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17;each of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ;
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иR 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups; And
a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10;a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9, R10, R15, R16, и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;where each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 5 , R 6 , R 7 , R 8 , R 9 , R 10 , R 15 , R 16 , and R 17 is independently substituted with 0-3 groups, independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkyl hydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где по меньшей мере один из R6 и R7 представляет собой водород; where at least one of R 6 and R 7 is hydrogen;
где, если R2 представляет собой линкер, то ни R6, ни R7 не представляют собой линкер, и если R6 или R7 представляют собой линкер, то R2 отсутствует; иwhere, if R 2 is a linker, then neither R 6 nor R 7 is a linker, and if R 6 or R 7 is a linker, then R 2 is absent; And
где оба R1 и R9 не могут отсутствовать.where both R 1 and R 9 cannot be absent.
[646] В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[646] In some embodiments, R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is absent. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[647] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[647] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[648] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [648] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[649] В некоторых вариантах осуществления R5 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R5 представляет собой C1-C4алкильную группу.[649] In some embodiments, R 5 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 5 is hydrogen. In some embodiments, R 5 is hydroxyl. In some embodiments, R 5 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 5 is a C 1 -C 4 alkyl group.
[650] В некоторых вариантах осуществления R9 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C4алкил) и -CD3. В некоторых вариантах осуществления R9 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильная группа представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильных группа представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой группу -(C=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления группа -(C=O)-(C1-C4алкил) представляет собой -(C=O)-метил. В некоторых вариантах осуществления R9 представляет собой -CD3.[650] In some embodiments, R 9 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) and -CD 3 groups. In some embodiments, R 9 is absent. In some embodiments, R 9 is hydrogen. In some embodiments, R 9 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is methyl. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is ethyl. In some embodiments, R 9 is -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl). In some embodiments, the -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group is -(C=O)-methyl. In some embodiments, R 9 is -CD 3 .
[651] В некоторых вариантах осуществления R10 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C4алкил) и -CD3. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильная группа представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления C1-C4алкильных группа представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой группу -(C=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления группа -(C=O)-(C1-C4алкил) представляет собой -(C=O)-метил. В некоторых вариантах осуществления R10 представляет собой -CD3.[651] In some embodiments, R 10 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) and -CD 3 groups . In some embodiments, R 10 is hydrogen. In some embodiments, R 10 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is methyl. In some embodiments, the C 1 -C 4 alkyl group is ethyl. In some embodiments, R 10 is -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl). In some embodiments, the -(C=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group is -(C=O)-methyl. In some embodiments, R 10 is -CD 3 .
[652] В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R6 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 отсутствует, и R7 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -OR17, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -O-R17, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 выбран из водорода и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17, и R7 представляет собой водород, где R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой водород, и R7 представляет собой -NR15R16, где R15 представляет собой H, и R16 выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17, и где R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R6 представляет собой -NR15R16.[652] In some embodiments, R 2 is absent and R 6 is a linker. In some embodiments, R 2 is absent and R 7 is a linker. In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, R 6 is hydrogen. In some embodiments, R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -OR 17 , where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —OR 17 , where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 and R 7 is hydrogen, where R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is —NR 15 R 16 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 . In some embodiments, R 6 is hydrogen and R 7 is -NR 15 R 16 where R 15 is H and R 16 is selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C (=O)-OR 17 , and where R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 6 is -OR 17 . In some embodiments, R 6 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 6 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 6 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 6 is -NR 15 R 16 .
[653] В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -O-C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C6алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1-C4алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой C1алкил. В некоторых вариантах осуществления R7 представляет собой -NR15R16.[653] In some embodiments, R 7 is -OR 17 . In some embodiments, R 7 is -OC(=O)-R 17 . In some embodiments, R 7 is C 1 -C 6 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 -C 4 alkyl. In some embodiments, R 7 is C 1 alkyl. In some embodiments, R 7 is -NR 15 R 16 .
[654] В некоторых вариантах осуществления R8 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил) и (C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой гидроксильную группу. В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R8 представляет собой группу -O-(C1алкил).[654] In some embodiments, R 8 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) and (C 1 -C 4 alkyl) groups. In some embodiments, R 8 is hydrogen. In some embodiments, R 8 is a hydroxyl group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 8 is a -O-(C 1 alkyl) group.
[655] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[655] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[656] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[656] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[657] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[657] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[658] В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4, 5 или 6. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3, 4 или 5. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2, 3 или 4. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1, 2 или 3. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления a составляет 1. В некоторых вариантах осуществления a составляет 2. В некоторых вариантах осуществления a составляет 3. В некоторых вариантах осуществления a составляет 4. В некоторых вариантах осуществления a составляет 5. В некоторых вариантах осуществления a составляет 6. В некоторых вариантах осуществления a составляет 7. В некоторых вариантах осуществления a составляет 8. В некоторых вариантах осуществления a составляет 9. В некоторых вариантах осуществления a составляет 10.[658] In some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10. In some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, 5, or 6. In some in some embodiments, a is 1, 2, 3, 4, or 5. In some embodiments, a is 1, 2, 3, or 4. In some embodiments, a is 1, 2, or 3. In some embodiments, a is 1 or 2. In some embodiments, a is 1. In some embodiments, a is 2. In some embodiments, a is 3. In some embodiments, a is 4. In some embodiments, a is 5. In some embodiments, a is 6. In some embodiments, a is 6. in some embodiments, a is 7. In some embodiments, a is 8. In some embodiments, a is 9. In some embodiments, a is 10.
[659] В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления линкер или расщепляемый пептидный фрагмент предусматривают по меньшей мере одно аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аргинина, гистидина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, серина, треонина, аспарагина, глутамина, цистеина, селеноцистеина, глицина, пролина, аланина, валина, изолейцина, метионина, фенилаланина, тирозина, триптофана и цитруллина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аланин и валин. [659] In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one cleavable peptide fragment. In some embodiments, at least one cleavable peptide fragment is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the linker or cleavable peptide fragment comprises at least one amino acid unit. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from arginine, histidine, lysine, aspartic acid, glutamic acid, serine, threonine, asparagine, glutamine, cysteine, selenocysteine, glycine, proline, alanine, valine, isoleucine, methionine, phenylalanine, tyrosine, tryptophan and citrulline. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides citrulline and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides alanine and valine.
[660] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает a фрагмент, выбранный из сульфонамида, β-глюкуронида, дисульфида и карбонила. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает сульфонамид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает дисульфид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает карбонил.[660] In some embodiments, the implementation of the linker provides a fragment selected from sulfonamide, β-glucuronide, disulfide and carbonyl. In some embodiments, the implementation of the linker provides a sulfonamide. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a disulfide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a carbonyl.
[661] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено выбрано из алкильных групп и полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C12алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C6алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой метилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой этилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пропилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-бутилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пентилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-гексилен. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 1. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых вариантах осуществления m составляет 3. В некоторых вариантах осуществления m составляет 4. В некоторых вариантах осуществления m составляет 5. В некоторых вариантах осуществления m составляет 6.[661] In some embodiments, the implementation of the linker provides a spacer link. In some embodiments, the spacer unit is selected from alkyl groups and polyethylene glycol (PEG) moieties. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 12 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 6 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is methylene. In some embodiments, the alkyl group is ethylene. In some embodiments, the alkyl group is n-propylene. In some embodiments, the alkyl group is n-butylene. In some embodiments, the alkyl group is n-pentylene. In some embodiments, the alkyl group is n-hexylene. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 1. In some embodiments, m is 2. In some embodiments, m is 3. In in some embodiments, m is 4. In some embodiments, m is 5. In some embodiments, m is 6.
[662] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает саморасщепляющееся спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено выбрано из п-аминобензилоксикарбонила (pABC) и п-аминобензила (pAB). [662] In some embodiments, the implementation of the linker provides a maleimide (Mal) fragment ("Mal-spacer link"). In some embodiments, the linker provides a self-cleaving spacer unit. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is selected from p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC) and p-aminobenzyl (pAB).
[663] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, алкильную группу, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа предусматривает C1-C6алкильную группу.[663] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, an alkyl group, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the alkyl group provides a C 1 -C 6 alkyl group.
[664] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, PEG-фрагмент, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 6.[664] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, a PEG fragment, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 6.
[665] В различных других вариантах осуществления соединения, представляющие собой линкер-лекарственное средство (L-D), раскрытые в данном документе, предусматривают структуру линкер-лекарственное средство в соответствии с формулой (IX). В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлено соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство (L-D), формулы (IX):[665] In various other embodiments, the linker-drug compounds (L-D) disclosed herein provide a linker-drug structure according to formula (IX). In various embodiments, the present invention provides a linker-drug compound (L-D) of formula (IX):
(IX), (IX)
или его фармацевтически приемлемая соль, где:or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein:
R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп, групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и -CD3;R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups, -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) and -CD 3 groups;
R2 представляет собой линкер;R 2 is a linker;
R3 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкиламиногрупп, групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, C1-C6алкилгидроксигрупп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп, C3-C8гетероциклильных групп и групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил);R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylamino groups, C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups, C 3 -C 8 heterocyclyl groups and -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups;
R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C6алкил) и C1-C6алкильных групп;R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -OC(=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, and C 1 -C 6 alkyl groups;
R10 выбран из 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-3 Ra, где каждый Ra независимо выбран из атомов галогена, C1-C6алкильных групп, -O-(C1-C6)алкильных групп, C1-C6алкилалкоксигрупп, C1-C6алкилгидроксигрупп, -S(=O)w-(4-7-членные гетероциклы), 4-7-членных карбоциклов и 4-7-членных гетероциклов;R 10 is selected from 3-10-membered carbocycles and 3-10-membered heterocycles, each of which is substituted with 0-3 R a , where each R a is independently selected from halogen atoms, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-( C 1 -C 6 )alkyl groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, -S(=O) w -(4-7-membered heterocycles), 4-7-membered carbocycles and 4-7 -membered heterocycles;
каждый из R15 и R16 независимо выбран из водорода, R17, -C(=O)-R17 и -C(=O)-O-R17; иeach of R 15 and R 16 is independently selected from hydrogen, R 17 , -C(=O)-R 17 and -C(=O)-OR 17 ; And
R17 выбран из водорода, C1-C6алкильных групп, C3-C8циклоалкильных групп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп;R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 6 alkyl groups, C 3 -C 8 cycloalkyl groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups;
где каждый из R1, R2, R3, R4, R10, R15, R16 и R17 независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -O-(C1-C6алкил), -NR15R16, C3-C8циклоалкильных групп, C1-C6алкилгидроксигрупп, C1-C6алкилалкоксигрупп, бензильных групп и C3-C8гетероциклильных групп; иwhere each of R 1 , R 2 , R 3 , R 4 , R 10 , R 15 , R 16 and R 17 is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -O-(C 1 -C 6 alkyl), -NR 15 R 16 , C 3 -C 8 cycloalkyl groups, C 1 -C 6 alkylhydroxy groups, C 1 -C 6 alkylalkoxy groups, benzyl groups and C 3 -C 8 heterocyclyl groups groups; And
где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), -(C=O)-(C1-C6алкил)-(C3-C10гетероциклильных групп) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты, каждая из которых замещена 0, 1 или 2 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, -NR15R16 и C1-C3алкильных групп; иwhere each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 , C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups , -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(C 3 -C 10 heterocyclyl groups) and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups each substituted with 0, 1 or 2 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, -NR 15 R 16 and C 1 -C 3 alkyl groups; And
w составляет 0, 1 или 2.w is 0, 1, or 2.
[666] В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует или выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C3-C8циклоалкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R1 отсутствует. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой этил. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой -CH2CH2CH2CO2H. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой C3-C8циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R1 представляет собой циклогептил.[666] In some embodiments, R 1 is absent or selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkylcarboxylic acid groups, and C 3 -C 8 cycloalkyl groups. In some embodiments, R 1 is absent. In some embodiments, R 1 is hydrogen. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 1 is methyl. In some embodiments, R 1 is ethyl. In some embodiments, R 1 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 1 is -CH 2 CH 2 CH 2 CO 2 H. In some embodiments, R 1 is a C 3 -C 8 cycloalkyl group. In some embodiments, R 1 is cycloheptyl.
[667] В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C1-C4алкилалкоксигрупп, групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты и C1-C4алкилгидроксигрупп. В некоторых вариантах осуществления R3 выбран из водорода и групп C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой группу C1-C4алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления R3 представляет собой -CH2CH2CO2H.[667] In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 1 -C 4 alkyl alkoxy groups, C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups, and C 1 -C 4 alkyl hydroxy groups. In some embodiments, R 3 is selected from hydrogen and C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid groups. In some embodiments, R 3 is hydrogen. In some embodiments, R 3 is a C 1 -C 4 alkyl carboxylic acid group. In some embodiments, R 3 is -CH 2 CH 2 CO 2 H.
[668] В некоторых вариантах осуществления R4 выбран из водорода, гидроксильных групп, групп -O-(C1-C4алкил), групп -O-C(=O)-(C1-C4алкил) и C1-C4алкильных групп. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -OCH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой группу -O-C(=O)-(C1-C4алкил). В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой -O-C(=O)-CH2CH3. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R4 представляет собой этил. [668] In some embodiments, R 4 is selected from hydrogen, hydroxyl groups, -O-(C 1 -C 4 alkyl) groups, -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) groups, and C 1 -C 4 alkyl groups. In some embodiments, R 4 is hydrogen. In some embodiments, R 4 is hydroxyl. In some embodiments, R 4 is a -O-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OCH 3 . In some embodiments, R 4 is -OCH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a -OC(=O)-(C 1 -C 4 alkyl) group. In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 3 . In some embodiments, R 4 is -OC(=O)-CH 2 CH 3 . In some embodiments, R 4 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 4 is methyl. In some embodiments, R 4 is ethyl.
[669] В некоторых вариантах осуществления R10 выбран из 6-9-членных карбоциклов и 6-9-членных гетероциклов, каждый из которых замещен 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. [669] In some embodiments, R 10 is selected from 6-9 membered carbocycles and 6-9 membered heterocycles, each of which is substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from atoms halogen, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3- 10-membered heterocycle) and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups.
[670] В некоторых вариантах осуществления карбоцикл представляет собой фенил, замещенный 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления фенил замещен 2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10 членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления фенил представляет собой .[670] In some embodiments, the carbocycle is phenyl substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -( C=O)-(C 1 -C 6 alkyl), -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle), and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups. In some embodiments, phenyl is substituted with 2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 - C 6 alkyl), -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle), and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid groups. In some embodiments, phenyl is .
[671] В некоторых вариантах осуществления гетероцикл представляет собой 9-членный гетероцикл, замещенный 0-2 Ra, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления 9-членный гетероцикл представляет собой . [671] In some embodiments, the heterocycle is a 9-membered heterocycle substituted with 0-2 R a , where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, groups -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl), groups -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10-membered heterocycle) and groups C 1 -C 6 alkylcarboxylic acids. In some embodiments, the 9-membered heterocycle is .
[672] В некоторых вариантах осуществления Ra выбран из атомов галогена, 3-10-членных карбоциклов и 3-10-членных гетероциклов, где каждый Ra независимо замещен 0-3 группами, независимо выбранными из атомов галогена, гидроксильных групп, C1-C6алкильных групп, групп -(C=O)-(C1-C6алкил), групп -(C=O)-(C1-C6алкил)-(3-10-членный гетероцикл) и групп C1-C6алкилкарбоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления Ra выбран из атомов галогена, , , и .[672] In some embodiments, R a is selected from halogen atoms, 3-10 membered carbocycles, and 3-10 membered heterocycles, where each R a is independently substituted with 0-3 groups independently selected from halogen atoms, hydroxyl groups, C 1 -C 6 alkyl groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl) groups, -(C=O)-(C 1 -C 6 alkyl)-(3-10 membered heterocycle) groups and C 1 -C 6 alkylcarboxylic acid. In some embodiments, R a is selected from halogen atoms, , , And .
[673] В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R15 представляет собой -C(=O)-O-R17.[673] In some embodiments, R 15 is hydrogen. In some embodiments, R 15 is R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 15 is -C(=O)-OR 17 .
[674] В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-R17. В некоторых вариантах осуществления R16 представляет собой -C(=O)-O-R17.[674] In some embodiments, R 16 is hydrogen. In some embodiments, R 16 is R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-R 17 . In some embodiments, R 16 is -C(=O)-OR 17 .
[675] В некоторых вариантах осуществления R17 выбран из водорода, C1-C4алкильных групп, C3-C6циклоалкильных групп и C3-C8гетероциклильных групп. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1-C4алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C1алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6циклоалкильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3-C8гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C3гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C4гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C5гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C6гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C7гетероциклильную группу. В некоторых вариантах осуществления R17 представляет собой C8гетероциклильную группу.[675] In some embodiments, R 17 is selected from hydrogen, C 1 -C 4 alkyl groups, C 3 -C 6 cycloalkyl groups, and C 3 -C 8 heterocyclyl groups. In some embodiments, R 17 is hydrogen. In some embodiments, R 17 is a C 1 -C 4 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 1 alkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 cycloalkyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 -C 8 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 3 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 4 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 5 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 6 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 7 heterocyclyl group. In some embodiments, R 17 is a C 8 heterocyclyl group.
[676] В некоторых вариантах осуществления R2 представляет собой линкер. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один расщепляемый пептидный фрагмент расщепляется под действием фермента. В некоторых вариантах осуществления линкер или расщепляемый пептидный фрагмент предусматривают по меньшей мере одно аминокислотное звено. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аргинина, гистидина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, серина, треонина, аспарагина, глутамина, цистеина, селеноцистеина, глицина, пролина, аланина, валина, изолейцина, метионина, фенилаланина, тирозина, триптофана и цитруллина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает аланин и валин. [676] In some embodiments, R 2 is a linker. In some embodiments, the implementation of the linker provides at least one cleavable peptide fragment. In some embodiments, at least one cleavable peptide fragment is cleaved by the action of an enzyme. In some embodiments, the linker or cleavable peptide fragment comprises at least one amino acid unit. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from arginine, histidine, lysine, aspartic acid, glutamic acid, serine, threonine, asparagine, glutamine, cysteine, selenocysteine, glycine, proline, alanine, valine, isoleucine, methionine, phenylalanine, tyrosine, tryptophan and citrulline. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides citrulline and valine. In some embodiments, the implementation of the linker provides alanine and valine.
[677] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает a фрагмент, выбранный из сульфонамида, β-глюкуронида, дисульфида и карбонила. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает сульфонамид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает β-глюкуронид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает дисульфид. В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает карбонил.[677] In some embodiments, the implementation of the linker provides a fragment selected from sulfonamide, β-glucuronide, disulfide and carbonyl. In some embodiments, the implementation of the linker provides a sulfonamide. In some embodiments, the implementation of the linker provides β-glucuronide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a disulfide. In some embodiments, the implementation of the linker provides a carbonyl.
[678] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления спейсерное звено выбрано из алкильных групп и полиэтиленгликольных (PEG) фрагментов. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C12алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа представляет собой C1-C6алкильную группу. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой метилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой этилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пропилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-бутилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-пентилен. В некоторых вариантах осуществления алкильная группа представляет собой н-гексилен. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления m составляет 1. В некоторых вариантах осуществления m составляет 2. В некоторых вариантах осуществления m составляет 3. В некоторых вариантах осуществления m составляет 4. В некоторых вариантах осуществления m составляет 5. В некоторых вариантах осуществления m составляет 6.[678] In some embodiments, the implementation of the linker provides a spacer link. In some embodiments, the spacer unit is selected from alkyl groups and polyethylene glycol (PEG) moieties. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 12 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is a C 1 -C 6 alkyl group. In some embodiments, the alkyl group is methylene. In some embodiments, the alkyl group is ethylene. In some embodiments, the alkyl group is n-propylene. In some embodiments, the alkyl group is n-butylene. In some embodiments, the alkyl group is n-pentylene. In some embodiments, the alkyl group is n-hexylene. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 10. In some embodiments, m is 1. In some embodiments, m is 2. In some embodiments, m is 3. In in some embodiments, m is 4. In some embodiments, m is 5. In some embodiments, m is 6.
[679] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает малеимидный (Mal) фрагмент ("Mal-спейсерное звено"). В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает саморасщепляющееся спейсерное звено. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющееся спейсерное звено выбрано из п-аминобензилоксикарбонила (pABC) и п-аминобензила (pAB). [679] In some embodiments, the implementation of the linker provides a maleimide (Mal) fragment ("Mal-spacer link"). In some embodiments, the linker provides a self-cleaving spacer unit. In some embodiments, the self-cleaving spacer unit is selected from p-aminobenzyloxycarbonyl (pABC) and p-aminobenzyl (pAB).
[680] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, алкильную группу, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления алкильных группа предусматривает C1-C6алкильную группу.[680] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, an alkyl group, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the alkyl group provides a C 1 -C 6 alkyl group.
[681] В некоторых вариантах осуществления линкер предусматривает Mal-спейсерное звено, PEG-фрагмент, по меньшей мере одно аминокислотное звено и саморасщепляющийся спейсер. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено выбрано из аланина, цитруллина и валина. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает аланин и валин. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно аминокислотное звено предусматривает цитруллин и валин. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер выбран из pAB и pABC. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pAB. В некоторых вариантах осуществления саморасщепляющийся спейсер предусматривает pABC. В некоторых вариантах осуществления PEG-фрагмент предусматривает -(PEG)m-, где m составляет целое число от 1 до 6.[681] In some embodiments, the linker provides a Mal spacer unit, a PEG fragment, at least one amino acid unit, and a self-cleaving spacer. In some embodiments, at least one amino acid unit is selected from alanine, citrulline, and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides for alanine and valine. In some embodiments, at least one amino acid unit provides citrulline and valine. In some embodiments, the self-cleaving spacer is selected from pAB and pABC. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pAB. In some embodiments, the self-cleaving spacer provides pABC. In some embodiments, the PEG fragment provides -(PEG) m -, where m is an integer from 1 to 6.
[682] В некоторых вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой модулятор сплайсинга выбранный из D1, D2, D3, D4,D4', D5, D6, D7, D8, D9, D10, D11, D12, D13, D14, D15, D16, D17, D18, D19, D20, D21, D22, D23, D24, D25, D26, D27, D28, D29, D30, D31, D32, D33, D34, и D35.[682] In some embodiments, the drug fragment is a splicing modulator selected from D1, D2, D3, D4, D4', D5, D6, D7, D8, D9, D10, D11, D12, D13, D14, D15, D16, D17, D18, D19, D20, D21, D22, D23, D24, D25, D26, D27, D28, D29, D30, D31, D32, D33, D34, and D35.
[683] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой модулятор сплайсинга, выбранный из D2 и D1. [683] In various embodiments, the drug fragment is a splicing modulator selected from D2 and D1.
[684] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой D2. В различных вариантах осуществления структура фрагмента-лекарственного средства D2, применяемого в раскрытых соединениях, представляющих собой линкер-лекарственное средство (L-D), показана ниже:[684] In various embodiments, the drug moiety is D2. In various embodiments, the structure of the D2 drug moiety used in the disclosed linker drug compounds (L-D) is shown below:
D2.D2.
[685] В различных вариантах осуществления линкер в соединениях, представляющих собой линкер-лекарственное средство (L-D), описанных в данном документе, ковалентно прикрепляется к фрагменту-лекарственному средству D2 через амин на пиперазиновой группе. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой производное D2. В различных вариантах осуществления производное D2 сохраняет по меньшей мере одну биологическую функцию или активность D2 (например, связывание комплекса SF3b, активность сплайсинга in vitro, цитотоксичность), но имеет измененную химическую структуру.[685] In various embodiments, the linker in the linker-drug (L-D) compounds described herein is covalently attached to the D2 drug moiety via an amine on the piperazine group. In various embodiments, the drug moiety is a D2 derivative. In various embodiments, the D2 derivative retains at least one D2 biological function or activity (eg, SF3b complex binding, in vitro splicing activity, cytotoxicity) but has an altered chemical structure.
[686] В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой D1. В различных вариантах осуществления структура фрагмента-лекарственного средства D1, применяемого в раскрытых соединениях, представляющих собой линкер-лекарственное средство (L-D), показана ниже:[686] In various embodiments, the drug moiety is D1. In various embodiments, the structure of the D1 drug moiety used in the disclosed linker drug compounds (L-D) is shown below:
D1.D1.
[687] В различных вариантах осуществления линкер в соединениях, представляющих собой линкер-лекарственное средство (L-D), описанных в данном документе, ковалентно прикрепляется к фрагменту-лекарственному средству D1 через амин на пиперазиновой группе. В различных вариантах осуществления фрагмент-лекарственное средство представляет собой производное D1. В различных вариантах осуществления производное D1 сохраняет по меньшей мере одну биологическую функцию или активность D1 (например, связывание комплекса SF3b, активность сплайсинга in vitro, цитотоксичность), но имеет измененную химическую структуру.[687] In various embodiments, the linker in the linker-drug (L-D) compounds described herein is covalently attached to the D1 drug moiety via an amine on the piperazine group. In various embodiments, the drug moiety is a derivative of D1. In various embodiments, the D1 derivative retains at least one D1 biological function or activity (eg, SF3b complex binding, in vitro splicing activity, cytotoxicity) but has an altered chemical structure.
[688] Также в данном документе раскрыты иллюстративные соединения на основе лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, для применения их самих по себе или в качестве фрагментов-лекарственных средств в ADC, раскрытых в данном документе. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлены композиции, содержащие множественные копии таких соединений, например, фармацевтические композиции, содержащие соединение на основе лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, и фармацевтически приемлемый носитель. [688] Also disclosed herein are exemplary splicing modulator drug compounds for use alone or as drug fragments in the ADCs disclosed herein. In various embodiments, implementation of the present invention further provides compositions containing multiple copies of such compounds, for example, pharmaceutical compositions containing a compound based on the drug, which is a splicing modulator, and a pharmaceutically acceptable carrier.
[689] В различных вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[689] In various embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D4) (D4)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[690] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[690] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D8) (D8)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[691] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[691] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D9) (D9)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[692] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[692] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D10) (D10)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[693] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[693] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D13) (D13)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[694] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[694] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D18) (D18)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[695] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[695] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D19) (D19)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[696] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[696] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D20) (D20)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[697] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[697] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D21) (D21)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[698] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[698] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D22) (D22)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[699] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[699] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D25) (D25)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
[700] В различных других вариантах осуществления настоящего изобретение представлено соединение, выбранное из соединения формулы[700] In various other embodiments, the present invention provides a compound selected from a compound of the formula
(D33) (D33)
и его фармацевтически приемлемых солей. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена фармацевтическая композиция, содержащая соединение или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.and its pharmaceutically acceptable salts. In various embodiments, the present invention further provides a pharmaceutical composition comprising a compound or a pharmaceutically acceptable salt thereof and a pharmaceutically acceptable carrier.
БиоконъюгацияBioconjugation
[701] В некоторых вариантах осуществления соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство, может быть конъюгировано с антителом или антигенсвязывающим фрагментом в соответствии с иллюстративной схемой, изображенной на фиг. 26. Если вкратце, то в некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент можно обработать реагентом, например восстанавливающим средством, например трис(2-карбоксиэтил)фосфином, для активации антитела или антигенсвязывающего фрагмента за счет восстановления одной или нескольких дисульфидных связей. В некоторых вариантах осуществления активированные антитело или антигенсвязывающий фрагмент затем подвергают обработке с использованием соединения, представляющего собой линкер-лекарственное средство, с предварительно определенной стехиометрией. В дальнейшем в некоторых вариантах осуществления смесь затем подвергают очистке посредством определенной методики, например, с использованием эксклюзионной смолы или ультрафильтрации, с получением требуемого конъюгата антитела и лекарственного средства.[701] In some embodiments, a linker drug compound may be conjugated to an antibody or antigen-binding fragment in accordance with the illustrative scheme depicted in FIG. 26. Briefly, in some embodiments, an antibody or antigen-binding fragment can be treated with a reagent, such as a reducing agent, such as tris(2-carboxyethyl)phosphine, to activate the antibody or antigen-binding fragment by reducing one or more disulfide bonds. In some embodiments, the activated antibody or antigen-binding fragment is then processed using a linker-drug compound with a predetermined stoichiometry. Further, in some embodiments, the mixture is then subjected to purification by a specific technique, for example, using a size-exclusion resin or ultrafiltration, to obtain the desired antibody-drug conjugate.
[702] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [702] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL1-D1), (Ab-ADL1-D1),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL1-D1), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to a maleimide group of a linker-drug compound (ADL1-D1) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[703] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [703] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL1-D4), (Ab-ADL1-D4),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL1-D4), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to the maleimide group of a linker-drug compound (ADL1-D4) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[704] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [704] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL1-D12), (Ab-ADL1-D12),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL1-D12), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to the maleimide group of a linker-drug compound (ADL1-D12) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[705] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [705] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL5-D2), (Ab-ADL5-D2),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL5-D2), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to the maleimide group of a linker-drug compound (ADL5-D2) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[706] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [706] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL5-D15), (Ab-ADL5-D15),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL5-D15), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to the maleimide group of a linker-drug compound (ADL5-D15) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[707] В некоторых вариантах осуществления в данном документе представлен конъюгат антитела и лекарственного средства, имеющий структуру [707] In some embodiments, provided herein is an antibody drug conjugate having the structure
(Ab-ADL13-D4), (Ab-ADL13-D4),
где Ab представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ковалентно связанные с малеимидной группой соединения (ADL13-D4), представляющего собой линкер-лекарственное средство, посредством атома серы тиольной группы на антителе или антигенсвязывающем фрагменте.where Ab is an antibody or antigen-binding fragment covalently linked to the maleimide group of a linker-drug compound (ADL13-D4) via a thiol sulfur atom on the antibody or antigen-binding fragment.
[708] В некоторых вариантах осуществления Ab представляют собой антитело к HER2 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления Ab связывается с HER2 и целенаправленно воздействует на неопластические клетки, экспрессирующие HER2 (т. е. ADC целенаправленно воздействует на неопластические клетки, экспрессирующие HER2). В некоторых вариантах осуществления Ab представляет собой интернализующееся антитело к HER2 или его интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. [708] In some embodiments, the Ab is an anti-HER2 antibody or an antigen-binding fragment thereof. In some embodiments, the Ab binds to HER2 and targets neoplastic cells expressing HER2 (ie, the ADC targets neoplastic cells expressing HER2). In some embodiments, the Ab is an internalizing anti-HER2 antibody or an internalizing antigen-binding fragment thereof.
[709] В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR1, HCDR2 и HCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2) и SEQ ID NO:3 (HCDR3); и три определяющие комплементарность области легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3), содержащие аминокислотные последовательности под SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) и SEQ ID NO:6 (LCDR3). В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент представляют собой интернализующееся антитело или интернализующийся антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат каркасные последовательности человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат вариабельную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область тяжелой цепи IgG1 человека. В некоторых вариантах осуществления антитело к HER2 или антигенсвязывающий фрагмент содержат константную область легкой каппа-цепи Ig человека.[709] In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment comprises three heavy chain complementarity determining regions (HCDR1, HCDR2, and HCDR3) containing the amino acid sequences of SEQ ID NO:1 (HCDR1), SEQ ID NO:2 (HCDR2), and SEQ ID NO:3 (HCDR3); and three light chain complementarity determining regions (LCDR1, LCDR2 and LCDR3) containing the amino acid sequences under SEQ ID NO:4 (LCDR1), SEQ ID NO:5 (LCDR2) and SEQ ID NO:6 (LCDR3). In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment is an internalizing antibody or an internalizing antigen binding fragment. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises human framework sequences. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen binding fragment comprises a heavy chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:19 and a light chain variable region comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO:20. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human IgG1 heavy chain constant region. In some embodiments, the anti-HER2 antibody or antigen-binding fragment comprises a human Ig kappa light chain constant region.
Нагрузка лекарственным средствомDrug loading
[710] Нагрузка лекарственным средством выражается в виде p, и в данном документе она также упоминается как соотношение лекарственного средства и антитела (DAR). Нагрузка лекарственным средством может находится в диапазоне от 1 до 10 фрагментов лекарственного средства на антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления p представляет собой целое число от 1 до 10. В некоторых вариантах осуществления p представляет собой целое число от 1 до 10, от 1 до 9, от 1 до 8, от 1 до 7, от 1 до 6, от 1 до 5, от 1 до 4, от 1 до 3 или от 1 до 2. В некоторых вариантах осуществления p представляет собой целое число от 2 до 10, от 2 до 9, от 2 до 8, от 2 до 7, от 2 до 6, от 2 до 5, от 2 до 4 или от 2 до 3. В некоторых вариантах осуществления p представляет собой целое число от 1 до 8. В некоторых вариантах осуществления p представляет собой целое число от 2 до 4. В других вариантах осуществления p представляет собой целое число от 4 до 8. В других вариантах осуществления p равняется 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8, предпочтительно 4 или 8. [710] Drug loading is expressed as p and is also referred to herein as the drug to antibody ratio (DAR). The drug load can range from 1 to 10 drug fragments per antibody or antigen binding fragment. In some embodiments, p is an integer from 1 to 10. In some embodiments, p is an integer from 1 to 10, 1 to 9, 1 to 8, 1 to 7, 1 to 6, 1 to 5, 1 to 4, 1 to 3, or 1 to 2. In some embodiments, p is an integer from 2 to 10, 2 to 9, 2 to 8, 2 to 7, 2 to 6, 2 to 5, 2 to 4, or 2 to 3. In some embodiments, p is an integer from 1 to 8. In some embodiments, p is an integer from 2 to 4. In other embodiments , p is an integer from 4 to 8. In other embodiments, p is 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 or 8, preferably 4 or 8.
[711] Нагрузка лекарственным средством может быть ограничена числом сайтов прикрепления на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления линкерный фрагмент (L) ADC прикрепляется к антителу или антигенсвязывающему фрагменту посредством химически активной группы на одном или нескольких аминокислотных остатков на антителе или антигенсвязывающем фрагменте. Например, линкер может быть прикреплен к антителу или антигенсвязывающему фрагменту через свободную амино-, имино-, гидроксильную, тиольную или карбоксильную группу (например, к N- или C-концу, эпсилон-аминогруппе одного или нескольких остатков лизина, к свободной карбоксильной группе одного или нескольких остатков глутаминовой кислоты или аспарагиновой кислоты или к сульфгидрильной группе одного или нескольких остатков цистеина). Сайт, к которому прикрепляется линкер, может представлять собой природный остаток в аминокислотной последовательности антитела или антигенсвязывающего фрагмента, или его можно встраивать в антитело или антигенсвязывающий фрагмент, например, посредством технологии рекомбинантных ДНК (например, путем введения остатка цистеина в аминокислотную последовательность) или посредством изменения биохимических свойств белка (например, путем восстановления, изменения показателя pH или гидролиза). [711] Drug loading may be limited by the number of attachment sites on an antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the implementation of the linker fragment (L) ADC is attached to the antibody or antigennegative fragment through a reactive group on one or more amino acid residues on the antibody or antigennegative fragment. For example, a linker can be attached to an antibody or antigen-binding moiety through a free amino, imino, hydroxyl, thiol, or carboxyl group (e.g., to the N- or C-terminus, to the epsilon-amino group of one or more lysine residues, to the free carboxyl group of one or more glutamic acid or aspartic acid residues, or to the sulfhydryl group of one or more cysteine residues). The site to which the linker is attached may be a natural residue in the amino acid sequence of the antibody or antigen binding fragment, or it may be inserted into the antibody or antigen binding fragment, for example, by recombinant DNA technology (for example, by introducing a cysteine residue into the amino acid sequence) or by changing biochemical properties of the protein (for example, by reduction, change in pH, or hydrolysis).
[712] В некоторых вариантах осуществления число фрагментов-лекарственных средств, которое может быть конъюгировано с антителом или антигенсвязывающим фрагментом, ограничено числом остатков цистеина. Например, в том случае, если прикрепление осуществляется за счет тиольной группы цистеинового остатка, антитело может содержать лишь одну или несколько тиольных групп цистеиновых остатков или может содержать одну или несколько в достаточной степени реакционно-способных тиольных групп, посредством которых может быть прикреплен линкер. Обычно антитела не содержат много свободных и реакционно-способных тиольных групп цистеиновых остатков, которые могут быть связаны с фрагментом-лекарственным средством. В действительности, большинство тиольных групп цистеиновых остатков в антителе вовлечены в образование или межцепочечной, или внутрицепочечной дисульфидных связей. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления конъюгация с цистеинами может потребовать по меньшей мере частичного восстановления антитела. Избыточное прикрепление линкера-токсина к антителу может дестабилизировать антитело за счет восстановления доступных остатков цистеина с образованием дисульфидных связей. Следовательно, оптимальное соотношение лекарственное средство:антитело должно увеличивать активность ADC (за счет увеличения числа прикрепляемых фрагментов-лекарственных средств на антитело) без дестабилизации антитела или антигенсвязывающего фрагмента. В некоторых вариантах осуществления оптимальное соотношение может составлять 2, 4, 6 или 8. [712] In some embodiments, the number of drug fragments that can be conjugated to an antibody or antigen-binding fragment is limited by the number of cysteine residues. For example, if the attachment is via a thiol group of a cysteine residue, the antibody may contain only one or more thiol groups of cysteine residues, or may contain one or more sufficiently reactive thiol groups through which a linker can be attached. Typically, antibodies do not contain many free and reactive thiol groups of cysteine residues that can be linked to the drug moiety. In fact, most of the thiol groups of cysteine residues in an antibody are involved in the formation of either interchain or intrachain disulfide bonds. Therefore, in some embodiments, cysteine conjugation may require at least partial recovery of the antibody. Excessive attachment of a toxin linker to an antibody can destabilize the antibody by reducing available cysteine residues to form disulfide bonds. Therefore, an optimal drug:antibody ratio would increase ADC activity (by increasing the number of drug fragments attached per antibody) without destabilizing the antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, the optimal ratio may be 2, 4, 6, or 8.
[713] В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент подвергают воздействию восстанавливающих условий перед конъюгацией с целью образования одного или нескольких свободных остатков цистеина. В некоторых вариантах осуществления антитело может быть подвергнуто восстановлению посредством восстанавливающего средства, такого как дитиотреитол (DTT) или трис(2-карбоксиэтил)фосфин (TCEP), в условиях частичного или полного восстановления с образованием реакционно-способных тиольных групп цистеина. Неспаренные цистеины могут быть получены посредством частичного восстановления с ограниченными молярными эквивалентами TCEP, который может восстанавливать внутрицепочечные дисульфидные связи, которые соединяют легкую цепь и тяжелую цепь (одна пара на спаривание H-L) и две тяжелые цепи в шарнирной области (две пары на спаривание H-H в случае IgG1 человека), при этом внутрицепочечные дисульфидные связи остаются нетронутыми (Stefano et al. (2013) Methods Mol Biol. 1045:145-71). В одном варианте осуществления дисульфидные связи в антителе восстанавливают электрохимическим способом, например, посредством использования рабочего электрода, который прикладывает восстанавливающее и окисляющее электрическое напряжение. Данный подход может обеспечивать возможность последовательного объединения восстановления дисульфидной связи с аналитическим устройством (например, электрохимическим детектором, ЯМР-спектрометром или масс-спектрометром), или устройством для химического разделения (например, жидкостным хроматографом (например, HPLC), или устройством для электрофореза (см., например, публикацию заявки на патент США № 20140069822)). В некоторых вариантах осуществления антитело подвергают воздействию денатурирующих условий для выявления реакционно-способных нуклеофильных групп на остатках аминокислот, таких как цистеин. [713] In some embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is subjected to reducing conditions prior to conjugation to form one or more free cysteine residues. In some embodiments, the antibody can be reduced with a reducing agent such as dithiothreitol (DTT) or tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) under partial or complete reduction conditions to form reactive cysteine thiol groups. Unpaired cysteines can be generated by partial reduction with limited molar equivalents of TCEP, which can reduce the intrachain disulfide bonds that connect the light chain and heavy chain (one pair per H-L pairing) and two heavy chains at the hinge region (two pairs per H-H pairing in the case of human IgG1), while intrachain disulfide bonds remain intact (Stefano et al. (2013) Methods Mol Biol. 1045:145-71). In one embodiment, the disulfide bonds in the antibody are electrochemically repaired, for example, by using a working electrode that applies a reducing and oxidizing electrical voltage. This approach may allow sequential combination of disulfide bond reduction with an analytical device (e.g., electrochemical detector, NMR spectrometer, or mass spectrometer), or chemical separation device (e.g., liquid chromatograph (e.g., HPLC), or electrophoresis device (see ., for example, US Patent Application Publication No. 20140069822)). In some embodiments, the antibody is subjected to denaturing conditions to detect reactive nucleophilic groups on amino acid residues such as cysteine.
[714] Нагрузку лекарственным средством ADC можно контролировать разными способами, например, посредством: (i) ограничения молярного избытка промежуточного соединения, представляющего собой лекарственное средство-линкер, или реагента, представляющего собой линкер, относительно антитела; (ii) ограничения времени реакции конъюгации или температуры; (iii) частичных или ограничивающих восстановительных условий для модификации тиольных групп цистеина; и/или (iv) конструирования посредством рекомбинантных методик аминокислотной последовательности антитела так, чтобы число и положение остатков цистеина подвергалось модификации для контроля количества и/или положения сайтов прикрепления для линкера-лекарственного средства. [714] ADC drug loading can be controlled in a variety of ways, for example, by: (i) limiting the molar excess of the linker drug intermediate or linker reagent relative to the antibody; (ii) limitation of conjugation reaction time or temperature; (iii) partial or limiting reducing conditions for the modification of cysteine thiol groups; and/or (iv) constructing, by recombinant techniques, the amino acid sequence of the antibody such that the number and position of cysteine residues are modified to control the number and/or position of attachment sites for the drug linker.
[715] В некоторых вариантах осуществления свободные остатки цистеина вводят в аминокислотную последовательность антитела или антигенсвязывающего фрагмента. Например, могут быть получены антитела, модифицированные цистеином, где одна или несколько аминокислот в родительском антителе заменены аминокислотой цистеином. Любая форма антитела может быть таким образом сконструирована, то есть мутирована. Например, Fab-фрагмент родительского антитела может быть сконструирован с получением Fab, модифицированного цистеином, называемого как "ThioFab." Аналогично родительское моноклональное антитело может быть сконструировано с получением "ThioMab." Мутация в одном сайте дает один модифицированный остаток цистеина в ThioFab, тогда как мутация в одном сайте дает два модифицированных остатка цистеина в ThioMab вследствие димерной природы антитела IgG. ДНК, кодирующая вариант аминокислотной последовательности родительского полипептида, может быть получена посредством множества способов, известных из уровня техники (см., например, способы, описанные в международной публикации № WO 2006/034488). Такие способы включают без ограничения, получение посредством сайт-направленного (или олигонуклеотид-опосредованного) мутагенеза, ПЦР-мутагенеза и кассетного мутагенеза предварительно полученной ДНК, кодирующей полипептид. Варианты рекомбинантных антител также могут быть сконструированы посредством манипуляции с рестриктазами или посредством ПЦР с перекрывающимися праймеры с использованием синтетических олигонуклеотидов. ADC формулы (I) включают без ограничения антитела, которые имеют 1, 2, 3 или 4 модифицированные аминокислоты цистеин (Lyon et al. (2012) Methods Enzymol. 502:123-38). В некоторых вариантах осуществления один или несколько свободных цистеиновых остатков уже присутствуют в антителе или антигенсвязывающем фрагменте без использования генной инженерии, в этом случае существующие цистеиновые остатки могут использоваться для конъюгации антитела или антигенсвязывающего фрагмента с фрагментом-лекарственным средством. [715] In some embodiments, free cysteine residues are introduced into the amino acid sequence of an antibody or antigen-binding fragment. For example, cysteine-modified antibodies can be made in which one or more amino acids in the parent antibody are replaced with the amino acid cysteine. Any form of antibody can be engineered in this way, that is, mutated. For example, a Fab fragment of a parent antibody can be engineered to produce a cysteine-modified Fab referred to as "ThioFab." Similarly, a parental monoclonal antibody can be engineered to produce "ThioMab." Mutation at one site results in one modified cysteine residue in ThioFab, while mutation at one site gives rise to two modified cysteine residues in ThioMab due to the dimeric nature of the IgG antibody. DNA encoding a variant amino acid sequence of the parent polypeptide can be obtained by a variety of methods known in the art (see, for example, the methods described in International Publication No. WO 2006/034488). Such methods include, without limitation, preparation by site-directed (or oligonucleotide-mediated) mutagenesis, PCR mutagenesis, and cassette mutagenesis of preformed DNA encoding a polypeptide. Recombinant antibody variants can also be constructed by restriction enzyme manipulation or by PCR with overlapping primers using synthetic oligonucleotides. ADCs of formula (I) include, without limitation, antibodies that have 1, 2, 3, or 4 modified amino acids cysteine (Lyon et al. (2012) Methods Enzymol. 502:123-38). In some embodiments, one or more free cysteine residues are already present in the antibody or antigen binding fragment without the use of genetic engineering, in which case the existing cysteine residues can be used to conjugate the antibody or antigen binding fragment to the drug fragment.
[716] При этом более одной нуклеофильной группы вступают в реакцию с промежуточным соединением, представляющим собой лекарственное средство-линкер, или реагентом, представляющим собой линкерный фрагмент, а затем с реагентом, представляющим собой фрагмент-лекарственное средство, в реакционной смеси, содержащей множество копий антитела или антигенсвязывающего фрагмента и линкерного фрагмента, затем полученный продукт может представлять собой смесь соединений ADC с распределением одного или нескольких фрагментов-лекарственных средств, прикрепленных к каждой копии антитела или антигенсвязывающего фрагмента в смеси. В некоторых вариантах осуществления нагрузка лекарственным средством в смеси ADC, полученная в результате реакции конъюгации, находится в диапазоне от 1 до 10 фрагментов-лекарственных средств, прикрепленных на антитело или антигенсвязывающий фрагмент. Среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент (т. е. средняя нагрузка лекарственным средством или среднее p) можно рассчитать посредством любого общепринятого способа, известного в данной области техники, например, посредством масс-спектрометрии (например, обращенно-фазной LC-MS), и/или высокоэффективной жидкостной хроматографии (например, HIC-HPLC). В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент определяют посредством хроматографии с гидрофобным взаимодействием-высокоэффективной жидкостной хроматографии (HIC-HPLC). В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент определяют посредством обращенно-фазной жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (LC-MS). В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент составляет от приблизительно 1,5 до приблизительно 3,5, от приблизительно 2,5 до приблизительно 4,5, от приблизительно 3,5 до приблизительно 5,5, от приблизительно 4,5 до приблизительно 6,5, от приблизительно 5,5 до приблизительно 7,5, от приблизительно 6,5 до приблизительно 8,5 или от приблизительно 7,5 до приблизительно 9,5. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент составляет от приблизительно 2 до приблизительно 4, от приблизительно 3 до приблизительно 5, от приблизительно 4 до приблизительно 6, от приблизительно 5 до приблизительно 7, от приблизительно 6 до приблизительно 8, от приблизительно 7 до приблизительно 9, от приблизительно 2 до приблизительно 8 или от приблизительно 4 до приблизительно 8. [716] In this case, more than one nucleophilic group reacts with an intermediate, which is a linker drug, or a reagent, which is a linker fragment, and then with a reagent, which is a drug fragment, in a reaction mixture containing multiple copies antibody or antigen-binding fragment and a linker fragment, then the resulting product may be a mixture of ADC compounds with a distribution of one or more drug fragments attached to each copy of the antibody or antigen-binding fragment in the mixture. In some embodiments, the drug load in the ADC mixture resulting from the conjugation reaction is in the range of 1 to 10 drug fragments attached to an antibody or antigen-binding fragment. The average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment (i.e., average drug load or average p ) can be calculated by any conventional method known in the art, for example, by mass spectrometry (for example, reverse phase LC -MS), and/or high performance liquid chromatography (eg HIC-HPLC). In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen-binding fragment is determined by hydrophobic interaction chromatography-high performance liquid chromatography (HIC-HPLC). In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen-binding fragment is determined by reverse phase liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is from about 1.5 to about 3.5, from about 2.5 to about 4.5, from about 3.5 to about 5.5, from about 4.5 to about 6.5, about 5.5 to about 7.5, about 6.5 to about 8.5, or about 7.5 to about 9.5. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is from about 2 to about 4, from about 3 to about 5, from about 4 to about 6, from about 5 to about 7, from about 6 to about 8 , from about 7 to about 9, from about 2 to about 8, or from about 4 to about 8.
[717] В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется приблизительно 2. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент составляет приблизительно 1,5, приблизительно 1,6, приблизительно 1,7, приблизительно 1,8, приблизительно 1,9, приблизительно 2, приблизительно 2,1, приблизительно 2,2, приблизительно 2,3, приблизительно 2,4 или приблизительно 2,5. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется 2.[717] In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 2. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 1.5, about 1.6, about 1 .7, about 1.8, about 1.9, about 2, about 2.1, about 2.2, about 2.3, about 2.4, or about 2.5. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is 2.
[718] В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется приблизительно 4. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент составляет приблизительно 3,5, приблизительно 3,6, приблизительно 3,7, приблизительно 3,8, приблизительно 3,9, приблизительно 4, приблизительно 4,1, приблизительно 4,2, приблизительно 4,3, приблизительно 4,4 или приблизительно 4,5. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется 4.[718] In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 4. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 3.5, about 3.6, about 3 .7, about 3.8, about 3.9, about 4, about 4.1, about 4.2, about 4.3, about 4.4, or about 4.5. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is 4.
[719] В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется приблизительно 8. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент составляет приблизительно 7,5, приблизительно 7,6, приблизительно 7,7, приблизительно 7,8, приблизительно 7,9, приблизительно 8, приблизительно 8,1, приблизительно 8,2, приблизительно 8,3, приблизительно 8,4 или приблизительно 8,5. В некоторых вариантах осуществления среднее число фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент равняется 8.[719] In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 8. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is about 7.5, about 7.6, about 7 .7, about 7.8, about 7.9, about 8, about 8.1, about 8.2, about 8.3, about 8.4, or about 8.5. In some embodiments, the average number of drug fragments per antibody or antigen binding fragment is 8.
[720] В различных вариантах осуществления выражение "приблизительно," используемое по отношению к среднему числу фрагментов-лекарственных средств на антитело или антигенсвязывающий фрагмент, означает плюс или минус 10%. [720] In various embodiments, the expression "about," used in relation to the average number of drug fragments per antibody or antigen-binding fragment, means plus or minus 10%.
[721] Отдельные соединения ADC или "молекулы" могут быть идентифицированы в смеси посредством масс-спектрометрии и разделены посредством UPLC или HPLC, например хроматографии с гидрофобным взаимодействием (HIC-HPLC). В некоторых вариантах осуществления однородный или практически однородный продукт ADC с одним значением нагрузки может быть выделен из конъюгационной смеси, например, посредством электрофореза или хроматографии.[721] Individual ADC compounds or "molecules" can be identified in a mixture by mass spectrometry and separated by UPLC or HPLC, such as hydrophobic interaction chromatography (HIC-HPLC). In some embodiments, a homogeneous or substantially homogeneous ADC product with a single loading value can be isolated from the conjugation mixture, for example, by electrophoresis or chromatography.
[722] В некоторых вариантах осуществления более высокая нагрузка лекарственным средством (например, p > 8) может приводить к агрегации, нерастворимости, токсичности и потере способности проникать в клетку у определенных конъюгатов антитела и лекарственного средства. Более высокая нагрузка лекарственным средством также может отрицательно влиять на фармакокинетику (например, клиренс) определенных ADC. В некоторых вариантах осуществления более низкая нагрузка лекарственным средством (например, p < 2) может снижать активность определенных ADC в отношении клеток, экспрессирующих мишени, и/или нецелевых клеток. В некоторых вариантах осуществления нагрузка лекарственным средством для ADC по настоящему изобретению находится в диапазоне от приблизительно 2 до приблизительно 8; от приблизительно 2 до приблизительно 6; от приблизительно 2 до приблизительно 5; от приблизительно 3 до приблизительно 5; от приблизительно 2 до приблизительно 4 или от приблизительно 4 до приблизительно 8. [722] In some embodiments, a higher drug load (eg, p > 8) may result in aggregation, insolubility, toxicity, and loss of cell penetration in certain antibody-drug conjugates. Higher drug loading can also adversely affect the pharmacokinetics (eg, clearance) of certain ADCs. In some embodiments, a lower drug load (eg, p < 2) may reduce the activity of certain ADCs on target-expressing cells and/or non-target cells. In some embodiments, the drug load for an ADC of the present invention ranges from about 2 to about 8; from about 2 to about 6; from about 2 to about 5; about 3 to about 5; about 2 to about 4, or about 4 to about 8.
[723] В некоторых вариантах осуществления обеспечивается нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая приблизительно 2, например, посредством частичного восстановления внутрицепочечных дисульфидов на антителе или антигенсвязывающем фрагменте, что обеспечивает полезные свойства. В некоторых вариантах осуществления обеспечивается нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая приблизительно 4, например, посредством частичного восстановления внутрицепочечных дисульфидов на антителе или антигенсвязывающем фрагменте, что обеспечивает полезные свойства. В некоторых вариантах осуществления обеспечивается нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая приблизительно 8, например, посредством частичного восстановления внутрицепочечных дисульфидов на антителе или антигенсвязывающем фрагменте, что обеспечивает полезные свойства. В некоторых вариантах осуществления нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая менее приблизительно 2, может давать неприемлемо высокий уровень неконъюгированных фрагментов антител, которые могут конкурировать с ADC за связывание с антигеном-мишенью и/или обусловливать низкую эффективность лечения. В некоторых вариантах осуществления нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая более приблизительно 8, может давать неприемлемо высокий уровень неоднородности продукта и/или агрегации ADC. Нагрузка лекарственным средством и/или средняя нагрузка лекарственным средством, составляющая более приблизительно 8, также может оказывать влияние на стабильность ADC вследствие потери одной или нескольких химических связей, требующихся для стабилизации антитела или антигенсвязывающего фрагмента. [723] In some embodiments, a drug load and/or an average drug load of approximately 2 is provided, for example, by partial reduction of intrachain disulfides on the antibody or antigen-binding fragment, which provides beneficial properties. In some embodiments, a drug load and/or an average drug load of approximately 4 is provided, for example, by partial reduction of intrachain disulfides on the antibody or antigen-binding fragment, which provides beneficial properties. In some embodiments, a drug load and/or an average drug load of approximately 8 is provided, for example, by partial reduction of intrachain disulfides on the antibody or antigen-binding fragment, which provides beneficial properties. In some embodiments, a drug load and/or an average drug load of less than about 2 may result in unacceptably high levels of unconjugated antibody fragments that may compete with the ADC for binding to the target antigen and/or result in poor treatment efficacy. In some embodiments, a drug load and/or an average drug load greater than about 8 may result in an unacceptably high level of product heterogeneity and/or ADC aggregation. Drug loading and/or average drug loading greater than about 8 can also affect ADC stability due to the loss of one or more chemical bonds required to stabilize the antibody or antigen-binding fragment.
[724] В настоящее изобретение включены способы получения описанных ADC. Если вкратце, то ADC содержат антитело или антигенсвязывающий фрагмент в качестве антитела или антигенсвязывающего фрагмента, фрагмент-лекарственное средство (например, модулятор сплайсинга) и линкер, который связывает фрагмент-лекарственное средство и антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления ADC могут быть получены с использованием линкера, имеющего реакционно-способные функциональные группы, предназначенные для ковалентного прикрепления к фрагменту-лекарственному средству и к антителу или антигенсвязывающему фрагменту. Например, в некоторых вариантах осуществления тиольная группа цистеина в антителе или антигенсвязывающем фрагменте может образовывать связь с реакционно-способной функциональной группой линкера или промежуточного соединения, представляющего собой лекарственное средство-линкер (например, с малеимидным фрагментом) с получением ADC. Получение ADC можно осуществлять посредством любой методики, известной специалисту в данной области техники.[724] Included in the present invention are methods for preparing the disclosed ADCs. Briefly, ADCs comprise an antibody or antigen-binding fragment as the antibody or antigen-binding fragment, a drug fragment (eg, a splicing modulator), and a linker that binds the drug fragment and the antibody or antigen-binding fragment. In some embodiments, ADCs can be made using a linker having reactive functional groups designed to covalently attach to the drug moiety and to the antibody or antigen-binding moiety. For example, in some embodiments, a cysteine thiol group in an antibody or antigen-binding fragment can form a bond with a reactive functional group of a linker or intermediate that is a linker drug (eg, with a maleimide moiety) to form an ADC. Obtaining ADC can be carried out by any technique known to the person skilled in the art.
[725] В некоторых вариантах осуществления ADC получают посредством последовательного приведения в контакт антитела или антигенсвязывающего фрагмента с линкером и фрагментом-лекарственным средством (например, модулятором сплайсинга) с тем, чтобы антитело или антигенсвязывающий фрагмент сперва ковалентно связывались с линкером, а затем предварительно образованное промежуточное соединение, представляющее собой антитело-линкер, вступало в реакцию с фрагментом-лекарственным средством. Промежуточное соединение, представляющее собой антитело-линкер, может быть подвергнуто или может не быть подвергнуто стадии очистки до приведения в контакт с фрагментом-лекарственным средством. В других вариантах осуществления ADC получают посредством приведения в контакт антитела или антигенсвязывающего фрагмента с соединением, представляющим собой линкер-лекарственное средство, предварительно образованным посредством осуществления реакции линкера с фрагментом-лекарственным средством. Предварительное образованное соединение, представляющее собой линкер-лекарственное средство, может быть подвергнуто или может не быть подвергнуто стадии очистки до приведения в контакт с антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В других вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент приводят в контакт с линкером и фрагментом-лекарственным средством в одной реакционной смеси, что обеспечивает одновременное образование ковалентных связей между антителом или антигенсвязывающим фрагмент и линкером и между линкером и фрагментом-лекарственным средством. Данный способ получения ADC может включать реакцию, в которой антитело или антигенсвязывающий фрагмент приводят в контакт с антителом или антигенсвязывающим фрагментом перед добавлением линкер в реакционную смесь и наоборот. В некоторых вариантах осуществления ADC получают посредством осуществления реакции антитела или антигенсвязывающего фрагмента с линкером, связанным с фрагментом-лекарственным средством, таким как ADL1-модулятор сплайсинга (например, ADL1-D1) или ADL5-модулятор сплайсинга (например, ADL5-D2), при условиях, которые обеспечивают возможность конъюгирования. [725] In some embodiments, an ADC is prepared by sequentially contacting an antibody or antigen-binding fragment with a linker and a drug moiety (e.g., a splicing modulator) such that the antibody or antigen-binding fragment is first covalently bound to the linker and then the preformed intermediate. the linker antibody compound reacted with the drug moiety. The antibody-linker intermediate may or may not be subjected to a purification step prior to being contacted with the drug moiety. In other embodiments, an ADC is produced by contacting an antibody or antigen-binding fragment with a linker-drug compound previously formed by reacting the linker with the drug fragment. The linker-drug preformed compound may or may not be subjected to a purification step prior to being contacted with an antibody or antigen-binding moiety. In other embodiments, the antibody or antigen-binding fragment is brought into contact with the linker and the drug moiety in a single reaction mixture, which allows for the simultaneous formation of covalent bonds between the antibody or antigen-binding fragment and the linker and between the linker and the drug moiety. This method of obtaining ADC may include a reaction in which the antibody or antigennegative fragment is brought into contact with the antibody or antigennegative fragment before adding the linker to the reaction mixture and vice versa. In some embodiments, an ADC is produced by reacting an antibody or antigen-binding fragment with a linker linked to a drug moiety, such as an ADL1 splicing modulator (e.g., ADL1-D1) or an ADL5 splicing modulator (e.g., ADL5-D2), when conditions that allow conjugation.
[726] ADC полученные в соответствии со способами, описанными выше, могут быть подвергнуты стадии очистки. Стадия очистки может включать любые биохимические способы, известные в данной области техники, предназначенные для проведения очистки белков, или любую комбинацию данных способов. Такие способы включают без ограничения фильтрацию с тангенциальным потоком (TFF), аффинную хроматографию, ионообменную хроматографию, любую хроматографию с переносом заряда или хроматографию на основе изоэлектрического фокусирования, хроматографию со смешанными режимами, например с использованием CHT (керамического гидроксиапатита), хроматографию с гидрофобным взаимодействием, эксклюзионную хроматографию, диализ, фильтрацию, селективное осаждение или любую их комбинацию. [726] ADC obtained in accordance with the methods described above, can be subjected to a purification step. The purification step may include any biochemical methods known in the art to purify proteins, or any combination of these methods. Such methods include, but are not limited to, tangential flow filtration (TFF), affinity chromatography, ion exchange chromatography, any charge transfer or isoelectric focusing chromatography, mixed mode chromatography such as CHT (ceramic hydroxyapatite), hydrophobic interaction chromatography, size exclusion chromatography, dialysis, filtration, selective precipitation, or any combination thereof.
Варианты терапевтического применения и композицииTherapeutic Uses and Compositions
[727] В данном документе раскрыты способы применения ADC и композиций в лечении у субъекта нарушения, например неопластического нарушения. ADC можно вводить отдельно или в комбинации со вторым терапевтическим средством, и может вводиться в любом фармацевтически приемлемых составе, дозировке и схеме введения. Эффективность лечения с использованием ADC может быть оценена на токсичность, а также показатели эффективность, и, соответственно, скорректирована. Показатели эффективности включают без ограничения цитостатический и/или цитотоксический эффект, наблюдаемые in vitro или in vivo, уменьшение объема опухоли, торможение роста опухоли и/или длительное выживание.[727] Disclosed herein are methods of using ADCs and compositions in the treatment of a disorder in a subject, such as a neoplastic disorder. The ADC may be administered alone or in combination with a second therapeutic agent, and may be administered in any pharmaceutically acceptable formulation, dosage, and schedule. The efficacy of ADC treatment can be assessed for toxicity as well as efficacy rates and adjusted accordingly. Efficacy measures include, without limitation, cytostatic and/or cytotoxic effects observed in vitro or in vivo, tumor volume reduction, tumor growth inhibition, and/or long-term survival.
[728] Известны способы определения того, оказывает ли ADC цитостатический и/или цитотоксический эффект на клетку. Например, цитотоксическая или цитостатическая активность ADC может быть измерена путем: воздействия ADC на клетки млекопитающих, экспрессирующих целевой белок, в среде для культивирования клеток; культивирование клеток в течение периода времени от приблизительно 6 часов до приблизительно 6 дней и измерение жизнеспособности клеток. Клеточные анализы in vitro также можно использовать для измерения жизнеспособности (пролиферации), цитотоксичности и индуцирования апоптоза (активации каспаз) посредством ADC. [728] Methods are known for determining whether an ADC has a cytostatic and/or cytotoxic effect on a cell. For example, the cytotoxic or cytostatic activity of ADC can be measured by: exposing mammalian cells expressing the target protein to ADC in a cell culture medium; culturing the cells for a period of time from about 6 hours to about 6 days and measuring cell viability. In vitro cell assays can also be used to measure viability (proliferation), cytotoxicity, and induction of apoptosis (caspase activation) by ADC.
[729] Для определения того, оказывает ли ADC цитостатический эффект, можно использовать анализ встраивания тимидина. Например, раковые клетки, экспрессирующие целевой антиген при плотности 5000 клеток/лунка в 96-луночном планшете можно культивировать в течение 72-часового периода и подвергать воздействию 0,5 мкКи 3H-тимидина в течение последних 8 часов 72-часового периода. Встраивание 3H-тимидина в клетки культуры измеряют в присутствии и в отсутствие ADC. [729] To determine whether ADC has a cytostatic effect, thymidine incorporation assay can be used. For example, cancer cells expressing the target antigen at a density of 5000 cells/well in a 96-well plate can be cultured for a 72 hour period and exposed to 0.5 μCi 3 H-thymidine for the last 8 hours of the 72 hour period. 3 H-thymidine incorporation into culture cells is measured in the presence and absence of ADC.
[730] Для определения цитотоксичности можно измерить некроз или апоптоз (запрограммированную гибель клеток). Некроз обычно сопровождается повышенной проницаемостью плазматической мембраны; набуханием клетки и разрывом плазматической мембраны. Апоптоз можно определить количественно, например, посредством измерения фрагментации ДНК. Доступны коммерческие фотометрические методы для количественного определения фрагментации ДНК in vitro. Примеры таких анализов, включая TUNEL (который определяет встраивание меченых нуклеотидов во фрагментированную ДНК) и анализы на основе ELISA, описаны в Biochemica (1999) No. 2, pp. 34-37 (Roche Molecular Biochemicals). [730] Necrosis or apoptosis (programmed cell death) can be measured to determine cytotoxicity. Necrosis is usually accompanied by increased permeability of the plasma membrane; swelling of the cell and rupture of the plasma membrane. Apoptosis can be quantified, for example, by measuring DNA fragmentation. Commercial photometric methods are available to quantify DNA fragmentation in vitro. Examples of such assays, including TUNEL (which detects the insertion of labeled nucleotides into fragmented DNA) and ELISA-based assays, are described in Biochemica (1999) No. 2, pp. 34-37 (Roche Molecular Biochemicals).
[731] Апоптоз также можно определить путем измерения морфологических изменений в клетке. Например, как и в случае некроза, нарушение целостности плазматической мембраны может быть определено путем измерения поглощения определенных красителей (например, флуоресцентного красителя, такого как, например, акридиновый оранжевый или этидия бромид). Способ измерения числа апоптотических клеток был описан Duke and Cohen, Current Protocols in Immunology (Coligan et al., Eds. (1992) pp. 3.17.1-3.17.16). Клетки также могут быть мечены ДНК-красителем (например, акридиновым оранжевым, этидия бромидом или пропидия йодидом), и клетки визуально анализируют на предмет конденсации хроматина и краев вдоль внутренней ядерной мембраны. В некоторых вариантах осуществления апоптоз также можно определить путем скрининга активности каспаз. В некоторых вариантах осуществления можно использовать анализ Caspase-Glo® для измерения активности каспазы-3 и каспазы-7. В некоторых вариантах осуществления анализ предоставляет люминогенный субстрат каспазы-3/7 в реагенте, оптимизированном для активности каспазы, активности люциферазы и лизиса клеток. В некоторых вариантах осуществление добавление реагента Caspase-Glo® 3/7 в формате "добавить-смешать-измерять" может привести к лизису клеток с последующим расщеплением субстрата каспазами и генерацией люминесцентного сигнала «типа свечения», продуцируемого люциферазой. В некоторых вариантах осуществления люминесценция может быть пропорциональна количеству присутствующей каспазной активности и может служить показателем апоптоза. Другие морфологические изменения, которые можно измерить для определения апоптоза, включают, например, конденсацию цитоплазмы, усиление пузырения мембраны и сморщивание клеток. Определение любого из данных эффектов в отношении раковых клеток указывает на то, что ADC применим в лечении рака. [731] Apoptosis can also be determined by measuring morphological changes in the cell. For example, as in the case of necrosis, disruption of the integrity of the plasma membrane can be determined by measuring the absorption of certain dyes (eg, a fluorescent dye, such as, for example, acridine orange or ethidium bromide). A method for measuring the number of apoptotic cells has been described by Duke and Cohen, Current Protocols in Immunology (Coligan et al., Eds. (1992) pp. 3.17.1-3.17.16). Cells can also be labeled with a DNA dye (eg, acridine orange, ethidium bromide, or propidium iodide) and the cells visually analyzed for chromatin condensation and edges along the inner nuclear membrane. In some embodiments, apoptosis can also be determined by screening for caspase activity. In some embodiments, a Caspase-Glo® assay can be used to measure caspase-3 and caspase-7 activity. In some embodiments, the assay provides a caspase-3/7 luminogenic substrate in a reagent optimized for caspase activity, luciferase activity, and cell lysis. In some embodiments, the addition of the Caspase-
[732] Жизнеспособность клеток может быть измерена, например, путем определения поглощения клетками красителя, такого как нейтральный красный, трипановый синий, кристаллический фиолетовый или синий ALAMAR™ (см., например, Page et al. (1993) Intl J Oncology 3:473-6). В таком анализе клетки инкубируют в средах, содержащих краситель, клетки промывают, а оставшийся краситель, отражающий поглощение красителя клетками, измеряют спектрофотометрически. Жизнеспособность клеток также может быть измерена, например, путем количественного определения АТФ, - показателя метаболически активных клеток. В некоторых вариантах осуществления in vitro активность и/или влияние на жизнеспособность клеток полученных ADC или соединений, представляющих собой модуляторы сплайсинга, можно оценить с помощью люминесцентного анализа жизнеспособности клеток CellTiter-Glo® Luminescent Cell Viability Assay, описанного в примерах, представленных в данном документе. В данном анализе, в определенных вариантах осуществления, один реагент (реагент CellTiter-Glo®) добавляют непосредственно к клеткам, культивируемым в среде с добавлением сыворотки крови. Добавление реагента приводит к лизису клеток и генерированию люминесцентного сигнала, пропорционального количеству присутствующего АТФ. Количество АТФ прямо пропорционально количеству клеток, присутствующих в культуре. Белок-связывающий краситель сульфородамин B (SRB) также можно использовать для измерения цитотоксичности (Skehan et al. (1990) J Natl Cancer Inst. 82:1107-12). [732] Cell viability can be measured, for example, by determining cell uptake of a dye such as neutral red, trypan blue, crystal violet, or ALAMAR™ blue (see, for example, Page et al. (1993) Intl J Oncology 3:473 -6). In such an assay, cells are incubated in dye-containing media, the cells are washed, and the remaining dye, reflecting dye uptake by the cells, is measured spectrophotometrically. Cell viability can also be measured, for example, by quantifying ATP, a measure of metabolically active cells. In some embodiments, the in vitro activity and/or effect on cell viability of the resulting ADCs or splicing modulator compounds can be assessed using the CellTiter-Glo® Luminescent Cell Viability Assay described in the examples provided herein. In this assay, in certain embodiments, one reagent (CellTiter-Glo® reagent) is added directly to cells cultured in serum supplemented medium. The addition of the reagent leads to cell lysis and the generation of a luminescent signal proportional to the amount of ATP present. The amount of ATP is directly proportional to the number of cells present in the culture. The protein-binding dye sulforodamine B (SRB) can also be used to measure cytotoxicity (Skehan et al. (1990) J Natl Cancer Inst. 82:1107-12).
[733] Раскрытые ADC также могут быть оценены на предмет киллинг-активности. Активность уничтожения нецелевых клеток может быть определена, например, с помощью анализа с использованием двух клеточных линий, одной - положительной по антигену-мишени, и другой - отрицательной по антигену-мишени. В определенных вариантах осуществления дизайн анализа позволяет регистрировать только отрицательные по мишени клетки. В определенных вариантах осуществления клетки высевают в трех условиях: (i) только отрицательные по мишени клетки (маркированные или меченные); (ii) только положительные по мишени клетки; и (iii) совместная культура отрицательных по мишени клеток и положительных по мишени клеток. Затем клетки обрабатывают с использованием ADC с последующим контролем цитотоксичности. Если анализ реакции в планшетах проводят посредством считывания с использованием реагента CellTiter-Glo®, то можно контролировать жизнеспособность всех популяций клеток. Когда планшеты считывают с использованием реагента OneGlo®, только маркированные или меченые отрицательные по мишени клетки генерируют сигнал. Уничтожение отрицательных по мишени клеток при смешивании с положительными по мишени клетками указывает на уничтожение нецелевых клеток, тогда как уничтожение отрицательных по мишени клеток в отсутствие положительных по мишени клеток указывает на нецелевое уничтожение. [733] The disclosed ADCs can also be evaluated for killing activity. The activity of killing non-target cells can be determined, for example, using an analysis using two cell lines, one positive for the target antigen and the other negative for the target antigen. In certain embodiments, the assay design allows only target-negative cells to be detected. In certain embodiments, the cells are seeded under three conditions: (i) only target-negative cells (labeled or labelled); (ii) only target-positive cells; and (iii) co-culture of target-negative cells and target-positive cells. Cells are then treated with ADC followed by cytotoxicity monitoring. If the plate reaction assay is performed by reading using the CellTiter-Glo® reagent, viability of all cell populations can be monitored. When plates are read using the OneGlo® reagent, only labeled or labeled target-negative cells generate a signal. Killing target-negative cells when mixed with target-positive cells indicates killing non-target cells, while killing target-negative cells in the absence of target-positive cells indicates off-target killing.
[734] В определенных аспектах настоящего изобретения представлен способ уничтожения, подавления или модуляции роста или вмешательства в метаболизм раковой клетки или ткани посредством нарушения сплайсинга РНК. Способ можно использовать у любого субъекта, у которого нарушение сплайсинга РНК обеспечивает терапевтический эффект. Субъекты, для которых может быть полезным нарушение сплайсинга РНК, включают без ограничения тех, у кого имеется неопластическое нарушение или кто подвержен риску его развития, такое как гематологическое злокачественное новообразование или солидная опухоль. В определенных вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование представляет собой B-клеточное злокачественное новообразование, рак крови (лейкоз), рак плазматических клеток (миелому, например, множественную миелому) или рак лимфатических узлов (лимфому). В определенных вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из миелогенного лейкоза или множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления лейкоз представляет собой острый лимфобластный лейкоз (ALL), острый миелогенный лейкоз (AML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), хронический миелогенный лейкоз (CML), хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML) или острый моноцитарный лейкоз (AMO). В некоторых вариантах осуществления лимфома представляет собой лимфому Ходжкина или неходжкинскую лимфому. В определенных вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование представляет собой миелодиспластический синдром (МДС). В определенных вариантах осуществления солидная опухоль представляет собой карциному, такую как рак молочной железы, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак толстой кишки или колоректальный рак, рак легкого, рак желудка, рак шейки матки, рак эндометрия, рак яичника, холангиокарциному, глиому или меланому. В определенных вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы, рака желудка, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления рак легкого представляет собой аденокарциному. В некоторых вариантах осуществления рак матки представляет собой серозную карциному эндометрия матки.[734] In certain aspects, the present invention provides a method of killing, suppressing or modulating growth or interfering with the metabolism of a cancer cell or tissue by disrupting RNA splicing. The method can be used in any subject in which disruption of RNA splicing provides a therapeutic effect. Subjects that may benefit from impaired RNA splicing include, without limitation, those who have or are at risk of developing a neoplastic disorder, such as a hematologic malignancy or a solid tumor. In certain embodiments, the hematologic malignancy is a B-cell malignancy, blood cancer (leukemia), plasma cell cancer (myeloma, eg, multiple myeloma), or cancer of the lymph nodes (lymphoma). In certain embodiments, the hematologic malignancy is selected from myelogenous leukemia or multiple myeloma. In some embodiments, the leukemia is acute lymphoblastic leukemia (ALL), acute myelogenous leukemia (AML), chronic lymphocytic leukemia (CLL), chronic myelogenous leukemia (CML), chronic myelomonocytic leukemia (CMML), or acute monocytic leukemia (AMO). In some embodiments, the lymphoma is Hodgkin's lymphoma or non-Hodgkin's lymphoma. In certain embodiments, the hematologic malignancy is a myelodysplastic syndrome (MDS). In certain embodiments, the solid tumor is a carcinoma, such as breast cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, colon or colorectal cancer, lung cancer, gastric cancer, cervical cancer, endometrial cancer, ovarian cancer, cholangiocarcinoma, glioma or melanoma. In certain embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer, gastric cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma), salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer colon, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer and esophageal cancer. In some embodiments, the lung cancer is an adenocarcinoma. In some embodiments, the implementation of the cancer of the uterus is a serous carcinoma of the endometrium of the uterus.
[735] В различных вариантах осуществления раскрытые ADC можно вводить в любую клетку или ткань, которая экспрессирует HER2, в такую как неопластическая клетка или ткань, экспрессирующая HER2. Иллюстративный вариант осуществления включает способ подавления передачи сигналов в клетке, опосредованной HER2, или способ уничтожения клетки. Способ может быть использован с любой клеткой или тканью, экспрессирующей HER2, такой как раковая клетка или метастатический очаг. Неограничивающие примеры видов рака, экспрессирующих HER2, включают рак молочной железы, рак желудка, рак мочевого пузыря, уротелиальную клеточную карциному, рак пищевода, рак легкого (например, аденокарциному легкого), рак матки (например, серозную карциному эндометрия матки), карциному слюнных протоков, рак шейки матки, рак эндометрия и рак яичника (English et al. (2013) Mol Diagn Ther. 17:85-99). Неограничивающие примеры клеток, экспрессирующих HER2, включают HCC1954 и SKBR3, клетки протоковой карциномы молочной железы человека, N87, клетки карциномы желудка человека и клетки, содержащие рекомбинантную нуклеиновую кислоту, кодирующую HER2 или его часть.[735] In various embodiments, the disclosed ADCs can be administered to any cell or tissue that expresses HER2, such as a neoplastic cell or tissue that expresses HER2. An exemplary embodiment includes a method for suppressing HER2-mediated cell signaling or a method for killing a cell. The method can be used with any cell or tissue expressing HER2, such as a cancer cell or a metastatic site. Non-limiting examples of HER2-expressing cancers include breast cancer, gastric cancer, bladder cancer, urothelial cell carcinoma, esophageal cancer, lung cancer (eg lung adenocarcinoma), uterine cancer (eg uterine endometrial serous carcinoma), salivary duct carcinoma , cervical cancer, endometrial cancer and ovarian cancer (English et al. (2013) Mol Diagn Ther. 17:85-99). Non-limiting examples of cells expressing HER2 include HCC1954 and SKBR3, human breast ductal carcinoma, N87 cells, human gastric carcinoma cells, and cells containing a recombinant nucleic acid encoding HER2 or a portion thereof.
[736] В различных вариантах осуществления раскрытые ADC можно вводить в любую клетку или ткань, которая экспрессирует CD138, в такую как неопластическая клетка или ткань, экспрессирующая CD138. Иллюстративный вариант осуществления включает способ подавления передачи сигналов в клетке, опосредованной CD138, или способ уничтожения клетки. Способ может быть использован с любой клеткой или тканью, экспрессирующей CD138, такой как раковая клетка или метастатический очаг. Неограничивающие примеры видов рака, экспрессирующих CD138, включают рак внутригрудной локализации (например, рак легкого, мезотелиому), рак кожи (например, базальноклеточную карциному, плоскоклеточную карциному), рак головы и шеи (например, гортани, гипофаринкса, носоглотки), рак молочной железы, урогенитальный рак (например, рак шейки матки, рак яичника, рак эндометрия, рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, уротелиальный рак), гематологические злокачественные новообразования (например, миелому, такую как множественная миелома, лимфома Ходжкина) и рак щитовидной железы (Szatmári et al. (2015) Dis Markers 2015:796052). Неограничивающие примеры клеток, экспрессирующих CD138, включают MOLP8, клетки множественной миеломы человека, и клетки, содержащие рекомбинантную нуклеиновую кислоту, кодирующую CD138 или его часть.[736] In various embodiments, the disclosed ADCs can be administered to any cell or tissue that expresses CD138, such as a neoplastic cell or tissue that expresses CD138. An exemplary embodiment includes a method for suppressing CD138-mediated cell signaling or a method for killing a cell. The method can be used with any cell or tissue expressing CD138, such as a cancer cell or a metastatic site. Non-limiting examples of CD138-expressing cancers include hilar cancer (eg, lung cancer, mesothelioma), skin cancer (eg, basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma), head and neck cancer (eg, larynx, hypopharynx, nasopharynx), breast cancer , urogenital cancer (eg, cervical cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, prostate cancer, bladder cancer, urothelial cancer), hematologic malignancies (eg, myeloma such as multiple myeloma, Hodgkin's lymphoma), and thyroid cancer (Szatmári et al (2015) Dis Markers 2015:796052). Non-limiting examples of cells expressing CD138 include MOLP8, human multiple myeloma cells, and cells containing a recombinant nucleic acid encoding CD138 or a portion thereof.
[737] В различных вариантах осуществления раскрытые ADC можно вводить в любую клетку или ткань, которая экспрессирует EPHA2, в такую как неопластическая клетка или ткань, экспрессирующая EPHA2. Иллюстративный вариант осуществления включает способ подавления передачи сигналов в клетке, опосредованной EPHA2, или способ уничтожения клетки. Способ может быть использован с любой клеткой или тканью, экспрессирующей EPHA2, такой как раковая клетка или метастатический очаг. Неограничивающие примеры видов рака, экспрессирующих EPHA2, включают рак молочной железы, рак головного мозга, рак яичника, рак мочевого пузыря, рак поджелудочной железы, рак пищевода, рак легкого, рак предстательной железы, меланому, рак пищевода и рак желудка (Tandon et al. (2011) Expert Opin Ther Targets 15(1):31-51. Неограничивающие примеры клеток, экспрессирующих EPHA2, включают PC3, клетки рака предстательной железы человека, и клетки, содержащие рекомбинантную нуклеиновую кислоту, кодирующую EPHA2 или его часть.[737] In various embodiments, the disclosed ADCs can be administered to any cell or tissue that expresses EPHA2, such as a neoplastic cell or tissue that expresses EPHA2. An exemplary embodiment includes a method for suppressing EPHA2 mediated cell signaling or a method for killing a cell. The method can be used with any cell or tissue expressing EPHA2, such as a cancer cell or a metastatic site. Non-limiting examples of EPHA2-expressing cancers include breast cancer, brain cancer, ovarian cancer, bladder cancer, pancreatic cancer, esophageal cancer, lung cancer, prostate cancer, melanoma, esophageal cancer, and gastric cancer (Tandon et al. (2011) Expert Opin Ther Targets 15(1):31-51 Non-limiting examples of cells expressing EPHA2 include PC3, human prostate cancer cells, and cells containing a recombinant nucleic acid encoding EPHA2 or a portion thereof.
[738] Иллюстративные способы включают стадии приведения в контакт клетки с ADC, описанным в данном документе, в эффективном количестве, т. е. количестве, достаточном для уничтожения клетки. Способ можно использовать по отношению к клеткам к культуре, например in vitro, in vivo, ex vivo или in situ. Например, клетки, которые экспрессируют HER2 (например, клетки, полученные посредством биопсии опухоли или метастатического очага, клетки из развившейся линии раковых клеток или рекомбинантные клетки), можно культивировать in vitro в культуральной среде, при этом на стадию приведения в контакт может оказывать влияние добавление ADC в питательную среду Данный способ приведет к уничтожению клеток, экспрессирующих HER2, в том числе, в частности, опухолевых клеток, экспрессирующих HER2. Альтернативно ADC можно вводить субъекту посредством любого подходящего способа введения (например, внутривенного, подкожного или непосредственного контакта с опухолевой тканью) для оказания воздействия in vivo. Данный подход можно использовать для антител, нацеливающихся на другие антигены клеточной поверхности (например, CD138, EPHA2). [738] Exemplary methods include the steps of contacting a cell with the ADC described herein in an effective amount, ie, an amount sufficient to kill the cell. The method can be used in relation to cells in culture, for example in vitro, in vivo, ex vivo or in situ.For example, cells that express HER2 (eg, cells obtained from a tumor biopsy or metastatic lesion, cells from an established cancer cell line, or recombinant cells) can be cultured in vitro. in culture medium, the contacting step may be affected by the addition of ADC to the culture medium. This method will kill cells expressing HER2, including, in particular, tumor cells expressing HER2. Alternatively, the ADC may be administered to a subject via any suitable route of administration (eg, intravenous, subcutaneous, or direct contact with tumor tissue) to act in vivo. This approach can be used for antibodies targeting other cell surface antigens (eg, CD138, EPHA2).
[739] Эффект in vivo описанной терапевтической композиции на основе ADC можно оценивать на подходящей модели животного. Например, могут быть использованы ксеногенные модели рака, в которых эксплантаты злокачественных опухолей или пассированные ксенотрансплантатные ткани вводят животным с ослабленным иммунитетом, таким как голые мыши или мыши SCID (Klein et al. (1997) Nature Med. 3:402-8). Эффективность можно спрогнозировать, используя анализы, которые измеряют подавление онкогенеза, регрессии опухоли или метастазов и т.п. [739] The in vivo effect of the described ADC-based therapeutic composition can be evaluated in a suitable animal model. For example, xenogenic cancer models can be used in which malignant tumor explants or passaged xenograft tissues are administered to immunocompromised animals such as nude mice or SCID mice (Klein et al. (1997) Nature Med. 3:402-8). Efficacy can be predicted using assays that measure suppression of tumorigenesis, tumor regression or metastasis, and the like.
[740] Также можно использовать анализы in vivo, которые оценивают стимуляцию смерти опухоли посредством таких механизмов, как апоптоз. В одном варианте осуществления ксенотрансплантаты от мышей, несущих опухоль, обработанных терапевтической композицией, можно оценивать на присутствие апоптотических очагов и сравнивать с необработанными контрольными мышами, несущими ксенотрансплантат. Степень, при которой апоптотические очаги обнаруживают в опухолях обработанных мышей, является показателем терапевтической эффективности композиции. [740] You can also use in vivo assays that evaluate the stimulation of tumor death through mechanisms such as apoptosis. In one embodiment, xenografts from tumor-bearing mice treated with a therapeutic composition can be assessed for the presence of apoptotic lesions and compared to untreated xenograft-bearing control mice. The extent to which apoptotic foci are found in the tumors of the treated mice is indicative of the therapeutic efficacy of the composition.
[741] Кроме того, в данном документе представлены способы лечения неопластического нарушения, например рака. Описанные в данном документе ADC можно вводить млекопитающему, отличному от человека, или человеку с целью терапии. Терапевтические способы предусматривают введение субъекту, страдающему неопластическим нарушением или с подозрением на него, терапевтически эффективного количества ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга, соединенный с нацеливающим антителом, которое связывается с экспрессируемым антигеном, доступно для связывания или локализовано на поверхности раковых клеток. В некоторых вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение неопластических клеток, которые не экспрессируют антиген-мишень, но являются смежными с неопластическими клетками, которые экспрессируют антиген-мишень.[741] In addition, this document provides methods for the treatment of neoplastic disorders, such as cancer. The ADCs described herein may be administered to a non-human mammal or human for the purpose of therapy. Therapeutic methods involve administering to a subject suffering from or suspected of having a neoplastic disorder a therapeutically effective amount of an ADC or a composition comprising a splicing modulator coupled to a targeting antibody that binds to an expressed antigen, is available to bind to, or is located on the surface of cancer cells. In some embodiments, treatment with the antibody drug conjugate or composition induces non-specific killing of neoplastic cells that do not express the target antigen but are adjacent to neoplastic cells that express the target antigen.
[742] Иллюстративный вариант осуществления представляет собой способ доставки модулятора сплайсинга в клетку, экспрессирующую HER2, предусматривающий обеспечение конъюгации модулятора сплайсинга с антителом, которое иммуноспецифически связывается с эпитопом HER2 и подвергает клетку воздействию ADC. Иллюстративные опухолевые клетки, которые экспрессируют HER2, для которых приведены ADC по настоящему изобретению, включают клетки карциномы желудка и клетки протоковой карциномы молочной железы.[742] An exemplary embodiment is a method for delivering a splicing modulator to a cell expressing HER2, comprising conjugating the splicing modulator to an antibody that immunospecifically binds to a HER2 epitope and exposes the cell to ADC. Exemplary tumor cells that express HER2 for which the ADCs of the present invention are provided include gastric carcinoma cells and ductal breast carcinoma cells.
[743] Другой иллюстративный вариант осуществления представляет собой способ доставки модулятора сплайсинга в клетку, экспрессирующую CD138, предусматривающий обеспечение конъюгации модулятора сплайсинга с антителом, которое иммуноспецифически связывается с эпитопом CD138 и подвергает клетку воздействию ADC. Иллюстративные опухолевые клетки, которые экспрессируют CD138, для которых указаны ADC по настоящему изобретению, включают клетки множественной миеломы.[743] Another exemplary embodiment is a method for delivering a splicing modulator to a cell expressing CD138, comprising conjugating the splicing modulator to an antibody that immunospecifically binds to a CD138 epitope and exposes the cell to ADC. Exemplary tumor cells that express CD138, for which the ADCs of the present invention are indicated, include multiple myeloma cells.
[744] Другой иллюстративный вариант осуществления представляет собой способ доставки модулятора сплайсинга в клетку, экспрессирующую EPHA2, предусматривающий обеспечение конъюгации модулятора сплайсинга с антителом, которое иммуноспецифически связывается с эпитопом EPHA2 и подвергает клетку воздействию ADC. Иллюстративные опухолевые клетки, которые экспрессируют EPHA2, для которых указаны ADC по настоящему изобретению, включают клетки рака предстательной железы.[744] Another exemplary embodiment is a method for delivering a splicing modulator to a cell expressing EPHA2, comprising conjugating the splicing modulator to an antibody that immunospecifically binds to an EPHA2 epitope and exposes the cell to ADC. Exemplary tumor cells that express EPHA2, for which the ADCs of the present invention are indicated, include prostate cancer cells.
[745] Другой иллюстративный вариант осуществления представляет собой способ уменьшения или подавления роста опухоли (например, опухоли, экспрессирующей HER2, опухоли, экспрессирующей CD138, опухоли, экспрессирующей EPHA2), предусматривающий введение терапевтически эффективного количества ADC или композиции, содержащей ADC. В некоторых вариантах осуществления данного лечения достаточно для уменьшения или подавления роста опухоли у пациента, уменьшения количества или размера метастатических очагов, уменьшения опухолевой нагрузки, уменьшения первичной опухолевой нагрузки, уменьшения инвазивности, продления времени выживания и/или поддержания или улучшения качества жизни. В некоторых вариантах осуществления опухоль является устойчивой или рефрактерной к лечению посредством антитела или антигенсвязывающего фрагмента ADC (например, антитела к HER2, антитела к CD138, антитела к EPHA2) при отдельном введении, и/или опухоль устойчива или рефрактерна к лечению посредством фрагмента-лекарственного средства, представляющего собой модулятор сплайсинга, при отдельном введении.[745] Another exemplary embodiment is a method of reducing or inhibiting the growth of a tumor (e.g., HER2 expressing tumor, CD138 expressing tumor, EPHA2 expressing tumor) comprising administering a therapeutically effective amount of ADC or an ADC containing composition. In some embodiments, this treatment is sufficient to reduce or suppress tumor growth in a patient, reduce the number or size of metastatic lesions, reduce tumor burden, reduce primary tumor burden, reduce invasiveness, prolong survival time, and/or maintain or improve quality of life. In some embodiments, the tumor is resistant or refractory to treatment with an ADC antibody or antigen-binding fragment (e.g., anti-HER2 antibodies, anti-CD138 antibodies, anti-EPHA2 antibodies) when administered alone, and/or the tumor is resistant or refractory to treatment with a drug fragment. , which is a splicing modulator, with a separate introduction.
[746] В определенных аспектах настоящего изобретения представлен способ уменьшения или подавления роста опухоли, экспрессирующей HER2. В определенных вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение опухолевых клеток, которые не экспрессируют HER2, но являются смежными с неопластическими опухолевыми клетками, которые экспрессируют HER2. Иллюстративные типы рака, экспрессирующие HER2, включают без ограничения опухоли, полученные из рака молочной железы, рака желудка, рака мочевого пузыря, уротелиальной клеточной карциномы, рака пищевода, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), карциномы слюнных протоков, рака шейки матки, рака эндометрия и рака яичника, экспрессирующих HER2. В некоторых вариантах осуществления опухоль, экспрессирующая HER2, представляет собой опухоль, полученную из рака молочной железы, рака яичника, рака желудка, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), остеосаркомы или карциномы слюнных протоков, экспрессирующих HER2. В некоторых вариантах осуществления опухоль, экспрессирующая HER2, представляет собой аденокарциному легкого или серозную карциному эндометрия матки.[746] In certain aspects, the present invention provides a method for reducing or suppressing the growth of a tumor expressing HER2. In certain embodiments, treatment with the antibody drug conjugate or composition induces non-specific killing of tumor cells that do not express HER2 but are adjacent to neoplastic tumor cells that express HER2. Exemplary cancers expressing HER2 include, but are not limited to, tumors derived from breast cancer, gastric cancer, bladder cancer, urothelial cell carcinoma, esophageal cancer, lung cancer (e.g. lung adenocarcinoma), uterine cancer (e.g. uterine endometrial serous carcinoma). ), salivary duct carcinomas, cervical cancer, endometrial cancer, and ovarian cancer expressing HER2. In some embodiments, the HER2-expressing tumor is a tumor derived from breast cancer, ovarian cancer, gastric cancer, lung cancer (eg, lung adenocarcinoma), uterine cancer (eg, uterine endometrial serous carcinoma), osteosarcoma, or salivary duct carcinoma expressing HER2. In some embodiments, the HER2-expressing tumor is lung adenocarcinoma or uterine endometrial serous carcinoma.
[747] В определенных аспектах настоящего изобретения представлен способ уменьшения или подавления роста опухоли, экспрессирующей CD138. В определенных вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение опухолевых клеток, которые не экспрессируют CD138, но являются смежными с неопластическими опухолевыми клетками, которые экспрессируют CD138. Иллюстративные типы опухолей, экспрессирующих CD138, включают без ограничения опухоли, полученные из рака внутригрудной локализации (например, рака легкого, мезотелиомы), рака кожи (например, базальноклеточной карциномы, плоскоклеточной карциномы), рака головы и шеи (например, гортани, гипофаринкса, носоглотки), рака молочной железы, урогенитального рака (например, рака шейки матки, рака яичника, рака эндометрия, рака предстательной железы, рака мочевого пузыря, уротелиального рака) и рака щитовидной железы, экспрессирующих CD138.[747] In certain aspects, the present invention provides a method for reducing or suppressing the growth of a tumor expressing CD138. In certain embodiments, treatment with the antibody drug conjugate or composition induces non-specific killing of tumor cells that do not express CD138 but are adjacent to neoplastic tumor cells that express CD138. Illustrative tumor types expressing CD138 include, without limitation, tumors derived from hilar cancer (eg, lung cancer, mesothelioma), skin cancer (eg, basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma), head and neck cancer (eg, larynx, hypopharynx, nasopharynx ), breast cancer, urogenital cancer (eg, cervical cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, prostate cancer, bladder cancer, urothelial cancer) and thyroid cancer expressing CD138.
[748] В определенных аспектах настоящего изобретения представлен способ уменьшения или подавления роста опухоли, экспрессирующей EPHA2. В определенных вариантах осуществления лечение с помощью конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции индуцирует неспецифическое уничтожение опухолевых клеток, которые не экспрессируют EPHA2, но являются смежными с неопластическими опухолевыми клетками, которые экспрессируют EPHA2. Иллюстративные типы опухолей, экспрессирующие EPHA2, включают без ограничения опухоли, полученные из рака молочной железы, рака головного мозга, рака яичника, рака мочевого пузыря, рака поджелудочной железы, рака пищевода, рака легкого, рака предстательной железы, меланомы, рака пищевода и рака желудка, экспрессирующих EPHA2. В определенных вариантах осуществления опухоль, экспрессирующая EPHA2, представляет собой опухоль, полученная из рака молочной железы, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, меланомы, рака толстой кишки или рака пищевода, экспрессирующих EPHA2.[748] In certain aspects, the present invention provides a method for reducing or suppressing the growth of a tumor expressing EPHA2. In certain embodiments, treatment with the antibody drug conjugate or composition induces non-specific killing of tumor cells that do not express EPHA2 but are adjacent to neoplastic tumor cells that express EPHA2. Exemplary tumor types expressing EPHA2 include, but are not limited to, tumors derived from breast cancer, brain cancer, ovarian cancer, bladder cancer, pancreatic cancer, esophageal cancer, lung cancer, prostate cancer, melanoma, esophageal cancer, and gastric cancer. expressing EPHA2. In certain embodiments, the EPHA2-expressing tumor is a tumor derived from breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, melanoma, colon cancer, or esophageal cancer expressing EPHA2.
[749] Более того, антитела по настоящему изобретению можно вводить млекопитающему, отличному от человека, у которого экспрессируется антиген, с которым ADC способен связываться, для ветеринарных целей или для использования в качестве модели на животном заболевания человека. Что касается последнего, то такие модели на животных могут быть применимы для оценки терапевтической эффективности раскрытых ADC (например, тестирования дозировок и сроков введения).[749] Moreover, the antibodies of the present invention can be administered to a non-human mammal that expresses an antigen to which ADC is able to bind, for veterinary purposes or for use as an animal model of a human disease. With regard to the latter, such animal models may be useful for evaluating the therapeutic efficacy of the disclosed ADCs (eg, testing dosages and timing of administration).
[750] Дополнительно в данном документе представлены варианты терапевтического применения раскрытых ADC и композиций. В одном иллюстративном варианте осуществления представлено применение ADC в лечении неопластического нарушения (например, рака, экспрессирующего HER2, рака, экспрессирующего CD138, рака, экспрессирующего EPHA2). В другом иллюстративном варианте осуществления представлен ADC для применения в лечении неопластического нарушения (например, рака, экспрессирующего HER2, рака, экспрессирующего CD138, рака, экспрессирующего EPHA2). Способы идентификации субъектов с раком, который экспрессирует антиген-мишень (например, HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1), известны в данной области техники и могут использоваться для идентификации пациентов, подходящих для лечения раскрытым ADC. [750] Additionally, this document presents options for therapeutic use of the disclosed ADC and compositions. In one exemplary embodiment, the use of an ADC in the treatment of a neoplastic disorder (eg, HER2 expressing cancer, CD138 expressing cancer, EPHA2 expressing cancer) is provided. In another exemplary embodiment, an ADC is provided for use in the treatment of a neoplastic disorder (eg, cancer expressing HER2, cancer expressing CD138, cancer expressing EPHA2). Methods for identifying subjects with a cancer that expresses a target antigen (e.g., HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1) are known. in the art and can be used to identify patients suitable for treatment with the disclosed ADC.
[751] В другом иллюстративном варианте осуществления представлено применение ADC в способе изготовления лекарственного препарата для лечения неопластического нарушения (например, рака, экспрессирующего HER2, рака, экспрессирующего CD138, рака, экспрессирующего EPHA2). [751] In another exemplary embodiment, the use of an ADC in a method of making a medicament for the treatment of a neoplastic disorder (eg, HER2-expressing cancer, CD138-expressing cancer, EPHA2-expressing cancer) is provided.
[752] Терапевтические композиции, используемые в практической реализации вышеупомянутых способов, могут быть составлены в фармацевтические композиции, содержащие фармацевтически приемлемый носитель, подходящий для требуемого способа доставки. В иллюстративном варианте осуществления представлена фармацевтическая композиция, содержащая ADC по настоящему изобретению и фармацевтически приемлемый носитель. Подходящие носители включают любой материал, который в сочетании с терапевтической композицией сохраняет противоопухолевую функцию терапевтической композиции и, как правило, не взаимодействует с иммунной системой пациента. Фармацевтически приемлемые носители включают любые и все растворители, диспергирующие среды, покрытия, антибактериальные и противогрибковые средства, изотонические средства и средства, замедляющие абсорбцию, и им подобные, которые являются физиологически совместимыми. Примеры фармацевтически приемлемых носителей включают одно или несколько из следующих компонентов: воду, физиологический солевой раствор, фосфатно-буферный физиологический солевой раствор, декстрозу, глицерин, этанол, мезилатную соль и им подобные, а также их комбинации. Во многих случаях в композицию включают изотонические средства, например, сахара, полиспирты, такие как маннит, сорбит, или хлорид натрия. Фармацевтически приемлемые носители могут дополнительно содержать небольшие количества вспомогательных веществ, таких как смачивающие или эмульгирующие средства, консерванты или буферы, которые увеличивают срок хранения или эффективность ADC. [752] Therapeutic compositions used in the practice of the above methods can be formulated into pharmaceutical compositions containing a pharmaceutically acceptable carrier suitable for the desired method of delivery. In an exemplary embodiment, a pharmaceutical composition is provided comprising an ADC of the present invention and a pharmaceutically acceptable carrier. Suitable carriers include any material which, when combined with the therapeutic composition, retains the antitumor function of the therapeutic composition and does not generally interact with the patient's immune system. Pharmaceutically acceptable carriers include any and all solvents, dispersion media, coatings, antibacterial and antifungal agents, isotonic and absorption delaying agents, and the like, which are physiologically compatible. Examples of pharmaceutically acceptable carriers include one or more of the following: water, physiological saline, phosphate-buffered physiological saline, dextrose, glycerol, ethanol, mesylate salt, and the like, as well as combinations thereof. In many cases, isotonic agents such as sugars, polyalcohols such as mannitol, sorbitol, or sodium chloride are included in the composition. Pharmaceutically acceptable carriers may additionally contain small amounts of auxiliary substances, such as wetting or emulsifying agents, preservatives or buffers, which increase the shelf life or effectiveness of the ADC.
[753] Терапевтические составы можно солюбилизировать и вводить посредством любого пути, обеспечивающего доставку терапевтической композиции к месту опухоли. Потенциально эффективные пути введения включают без ограничения внутривенный, парентеральный, внутрибрюшинный, внутримышечный, внутриопухолевый, внутрикожный, внутрь органа, ортотопический и т. п. Терапевтические препараты на основе белков можно лиофилизировать и хранить в виде стерильных порошков, например, под вакуумом, а затем восстановить в бактериостатической воде (содержащей, например, консервант бензиловый спирт) или в стерильной воде перед инъекцией. Терапевтические составы могут содержать ADC или его фармацевтически приемлемую соль, например мезилатную соль.[753] Therapeutic formulations can be solubilized and administered via any route that delivers the therapeutic composition to the site of the tumor. Potentially effective routes of administration include, but are not limited to, intravenous, parenteral, intraperitoneal, intramuscular, intratumoral, intradermal, intraorgan, orthotopic, and the like. Protein-based therapeutics can be lyophilized and stored as sterile powders, e.g. in bacteriostatic water (containing, for example, the preservative benzyl alcohol) or in sterile water before injection. Therapeutic formulations may contain ADC or a pharmaceutically acceptable salt thereof, such as the mesylate salt.
[754] В некоторых вариантах осуществления ADC вводят пациенту ежедневно, один раз в два месяца или в любой промежуточный период времени. Дозировки и протоколы введения для лечения рака с использованием вышеупомянутых способов будут варьироваться в зависимости от способа и целевого рака и, как правило, будут зависеть от ряда других факторов, учитываемых в данной области техники. [754] In some embodiments, the implementation of the ADC is administered to the patient daily, once every two months, or at any intermediate period of time. Dosages and administration protocols for the treatment of cancer using the aforementioned methods will vary depending on the method and target cancer and will generally depend on a number of other factors considered in the art.
[755] Известны различные системы доставки, которые можно использовать для введения одного или нескольких ADC по настоящему изобретению. Способы введения ADC включают без ограничения парентеральное введение (например, внутрикожное, внутримышечное, внутрибрюшинное, внутривенное и подкожное), эпидуральное введение, внутриопухолевое введение и чрезслизистое введение (например, интраназальный и пероральный пути). Кроме того, может использоваться легочное введение, например, с использованием ингалятора или небулайзера, а также состава с аэрозольным средством. См. например, композиции и способы для легочного введения, описанные в патентах США №№ 6019968, 5985320, 5985309, 5934272, 5874064, 5855913, 5290540 и 4880078; и публикации международных заявок №№ WO 1992/019244, WO 1997/032572, WO 1997/044013, WO 1998/031346 и WO 1999/066903. ADC можно вводить любым удобным путем, например, путем инфузии или болюсной инъекции, или путем абсорбции через эпителиальные или слизисто-кожные оболочки (например, слизистую оболочку полости рта, слизистую оболочку прямой кишки и слизистую оболочку кишечника и т.д.). Введение может быть системным или местным. [755] Various delivery systems are known that can be used to administer one or more ADCs of the present invention. Methods of administration of ADC include, without limitation, parenteral administration (eg, intradermal, intramuscular, intraperitoneal, intravenous, and subcutaneous routes), epidural administration, intratumoral administration, and transmucosal administration (eg, intranasal and oral routes). In addition, pulmonary administration may be used, for example using an inhaler or nebulizer, as well as an aerosol formulation. See for example compositions and methods for pulmonary administration as described in US Pat. Nos. 6,019,968; 5,985,320; 5,985,309; 5,934,272; and International Application Publication Nos. WO 1992/019244, WO 1997/032572, WO 1997/044013, WO 1998/031346 and WO 1999/066903. ADC can be administered by any convenient route, such as by infusion or bolus injection, or by absorption through epithelial or mucocutaneous membranes (eg oral mucosa, rectal mucosa and intestinal mucosa, etc.). The introduction can be systemic or local.
[756] Раскрытые в данном документе терапевтические композиции могут быть стерильными и стабильными в условиях изготовления и хранения В некоторых вариантах осуществления один или несколько ADC или одна или несколько фармацевтических композиций поставляются в виде сухого стерилизованного лиофилизированного порошка или безводного концентрата в герметически закрытом контейнере и они могут быть восстановлены (например, водой или физиологическим солевым раствором) до концентрации, подходящей для введения субъекту. В некоторых вариантах осуществления одно или несколько профилактических или терапевтических средств или одну или несколько фармацевтических композиций поставляют в виде сухого стерильного лиофилизированного порошка в герметично закрытом контейнере в дозированной лекарственной форме, составляющей по меньшей мере 5 мг, по меньшей мере 10 мг, по меньшей мере 15 мг, по меньшей мере 25 мг, по меньшей мере 35 мг, по меньшей мере 45 мг, по меньшей мере 50 мг, по меньшей мере 75 мг или по меньшей мере 100 мг или любое промежуточное количество. В некоторых вариантах осуществления лиофилизированные ADC или фармацевтические композиции хранят при температуре от 2°C до 8°C в оригинальном контейнере. В некоторых вариантах осуществления один или несколько ADC или одна или несколько фармацевтических композиций, описанных в данном документе, поставляют в жидкой форме в герметично закрытом контейнере, например, контейнере с указанием количества и концентрации средства. В некоторых вариантах осуществления жидкую форму вводимой композиции поставляют в герметично закрытом контейнере, содержащем по меньшей мере 0,25 мг/мл, по меньшей мере 0,5 мг/мл, по меньшей мере 1 мг/мл, по меньшей мере 2,5 мг/мл, по меньшей мере 5 мг/мл, по меньшей мере 8 мг/мл, по меньшей мере 10 мг/мл, по меньшей мере 15 мг/мл, по меньшей мере 25 мг/мл, по меньшей мере 50 мг/мл, по меньшей мере 75 мг/мл или по меньшей мере 100 мг/мл ADC. Жидкая форма может храниться при температуре от 2˚C до 8˚C в оригинальном контейнере. [756] Therapeutic compositions disclosed herein may be sterile and stable under the conditions of manufacture and storage. In some embodiments, one or more ADCs or one or more pharmaceutical compositions are supplied as a dry sterilized lyophilized powder or anhydrous concentrate in a hermetically sealed container, and they may be reconstituted (eg, with water or physiological saline) to a concentration suitable for administration to a subject. In some embodiments, one or more prophylactic or therapeutic agents or one or more pharmaceutical compositions are supplied as a dry sterile lyophilized powder in a sealed container in a dosage form of at least 5 mg, at least 10 mg, at least 15 mg, at least 25 mg, at least 35 mg, at least 45 mg, at least 50 mg, at least 75 mg, or at least 100 mg, or any amount in between. In some embodiments, the lyophilized ADCs or pharmaceutical compositions are stored at 2°C to 8°C in the original container. In some embodiments, one or more ADCs or one or more pharmaceutical compositions described herein are supplied in liquid form in a sealed container, such as a container with an indication of the amount and concentration of the agent. In some embodiments, the liquid form of the administered composition is provided in a sealed container containing at least 0.25 mg/mL, at least 0.5 mg/mL, at least 1 mg/mL, at least 2.5 mg /ml, at least 5 mg/ml, at least 8 mg/ml, at least 10 mg/ml, at least 15 mg/ml, at least 25 mg/ml, at least 50 mg/ml , at least 75 mg/ml or at least 100 mg/ml ADC. The liquid form can be stored between 2˚C and 8˚C in the original container.
[757] В некоторых вариантах осуществления раскрытые ADC могут быть включены в фармацевтическую композицию, подходящую для парентерального введения. Инъекционный раствор может состоять либо из жидкой, либо из лиофилизированной дозированной лекарственной формы в бесцветных или янтарно-желтых флаконе, ампуле или предварительно заполненном шприце или другом известном устройстве для доставки или хранения. [757] In some embodiments, the implementation of the disclosed ADC can be included in a pharmaceutical composition suitable for parenteral administration. The injectable solution may consist of either a liquid or lyophilized dosage form in a colorless or amber yellow vial, ampoule or pre-filled syringe or other known delivery or storage device.
[758] Описанные в данном документе композиции могут быть в различных формах. К ним относятся, например, жидкие, полутвердые и твердые лекарственные формы, такие как жидкие растворы (например, инъекционные и инфузионные растворы), дисперсии или суспензии, таблетки, пилюли, порошки, липосомы и суппозитории. Предпочтительная форма зависит от предполагаемого способа введения и терапевтического применения. [758] Described in this document, the composition can be in various forms. These include, for example, liquid, semi-solid and solid dosage forms such as liquid solutions (eg injection and infusion solutions), dispersions or suspensions, tablets, pills, powders, liposomes and suppositories. The preferred form depends on the intended route of administration and therapeutic application.
[759] В различных вариантах осуществления лечение включает однократное болюсное или повторное введение препарата на основе ADC посредством приемлемого пути введения.[759] In various embodiments, treatment comprises a single bolus or repeated administration of an ADC-based drug via an acceptable route of administration.
[760] Пациенты могут быть оценены в отношении уровней антигена-мишени в данном образце (например, уровней клеток, экспрессирующих целевой антиген) с тем, чтобы способствовать определению наиболее эффективной схемы введения и т. д. Иллюстративный вариант осуществления представляет собой способ определения того, будет ли пациент отвечать на лечение посредством ADC по настоящему изобретению, предусматривающий получение биологического образца от пациента и приведение биологического образца в контакт с ADC. Иллюстративные биологические образцы включают ткань или биологическую жидкость, такую как воспалительный экссудат, кровь, сыворотку крови, жидкость из кишечника, образец кала или биоптат опухоли (например, биоптат опухоли, полученный от пациента, имеющего рак, экспрессирующий антиген-мишень, например, рак, экспрессирующий HER2, рак, экспрессирующий CD138, рак, экспрессирующий EPHA2, или подверженного риску его развития). В некоторых вариантах осуществления образец (например, ткань и/или биологическая жидкость) может быть получена от субъекта, и подходящий иммунологический способ может быть использован для выявления и/или измерения экспрессии белка антигена-мишени (например, HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). Такие оценки также используются с целью контроля на протяжении всей терапии и полезны для оценки терапевтического успеха в сочетании с оценкой других параметров. [760] Patients can be assessed for levels of the target antigen in a given sample (e.g., levels of cells expressing the target antigen) to help determine the most effective administration regimen, etc. An exemplary embodiment is a method for determining whether whether the patient will respond to treatment with the ADC of the present invention, which involves obtaining a biological sample from the patient and bringing the biological sample into contact with the ADC. Exemplary biological specimens include tissue or biological fluid such as inflammatory exudate, blood, serum, intestinal fluid, a stool specimen, or a tumor biopsy (e.g., a tumor biopsy obtained from a patient with cancer expressing a target antigen, e.g., cancer, expressing HER2, cancer expressing CD138, cancer expressing EPHA2, or at risk of developing it). In some embodiments, a sample (e.g., tissue and/or body fluid) may be obtained from a subject and a suitable immunological method may be used to detect and/or measure expression of a target antigen protein (e.g., HER2, CD138, EPHA2, MSLN, FOLH1, CDH6, CEACAM5, CFC1B, ENPP3, FOLR1, HAVCR1, KIT, MET, MUC16, SLC39A6, SLC44A4, STEAP1). Such scores are also used for monitoring purposes throughout therapy and are useful for assessing therapeutic success in conjunction with the evaluation of other parameters.
[761] В некоторых вариантах осуществления эффективность ADC может быть оценена путем приведения в контакт образца опухоли от субъекта с ADC и оценки скорости роста или объема опухоли. В некоторых вариантах осуществления, если ADC был определен как эффективный, его можно вводить субъекту.[761] In some embodiments, the effectiveness of the ADC can be assessed by contacting a tumor sample from a subject with the ADC and assessing the growth rate or volume of the tumor. In some embodiments, if the ADC has been determined to be effective, it may be administered to the subject.
[762] Вышеупомянутые терапевтические подходы можно комбинировать с любым из множества дополнительных режимов хирургического вмешательства, химиотерапии или лучевой терапии. В некоторых вариантах осуществления ADC или композиции, раскрытые в данном документе, составляют и/или вводят совместно с одним или несколькими дополнительными терапевтическими средствами, например, одним или несколькими химиотерапевтическими средствами. Неограничивающие примеры химиотерапевтических средств включают алкилирующие средства, например, азотистые иприты, соединения этиленимина и алкилсульфонаты; антиметаболиты, например, антагонисты фолиевой кислоты, пурина или пиримидина; антимитотические средства, например ингибиторы тубулина, такие как эрибулин или эрибулина мезилат (Halaven ™), алкалоиды барвинка и ауристатины; цитотоксические антибиотики; соединения, которые повреждают или препятствуют экспрессии или репликации ДНК, например, средства, связывающиеся с малой бороздкой ДНК; и антагонисты рецепторов фактора роста. В некоторых вариантах осуществления химиотерапевтическое средство может быть цитотоксическим или цитостатическим средством. Примеры цитотоксических средств включают без ограничения антимитотические средства, такие как эрибулин или эрибулина мезилат (Halaven™), ауристатины (например, монометилауристатин E (MMAE), монометилауристатин F (MMAF)), майтанзиноиды (например, майтанзин), доластатины, дуостатины, криптофицины, алкалоиды барвинка (например, винкристин, винбластин), таксаны, таксолы и колхицины; антрациклины (например, даунорубицин, доксорубицин, дигидроксиантрациндион); цитотоксические антибиотики (например, митомицины, актиномицины, дуокармицины (например, CC-1065), ауромицины, дуомицины, калихеамицины, эндомицины, феномицины); алкилирующие средства (например, цисплатин); интеркалирующие средства (например, этидия бромид); ингибиторы топоизомераз (например, этопозид, тенопозид); радиоактивные изотопы, такие как At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212 или 213, P32 и радиоактивные изотопы лютеция (например, Lu177); и токсины бактериального, грибного, растительного или животного происхождения (например, рицин (например, А-цепь рицина), дифтерийный токсин, экзотоксин A Pseudomonas (например, PE40), эндотоксин, митогеллин, комбрестатин, рестриктоцин, гелонин, альфа-сарцин, абрин (например, А-цепь абрина), модекцин (например, А-цепь модекцина), курицин, кротин, ингибитор из Sapaonaria officinalis, глюкокортикоид).[762] The above therapeutic approaches can be combined with any of a variety of additional modes of surgery, chemotherapy or radiation therapy. In some embodiments, the ADCs or compositions disclosed herein are formulated and/or co-administered with one or more additional therapeutic agents, such as one or more chemotherapeutic agents. Non-limiting examples of chemotherapeutic agents include alkylating agents such as nitrogen mustards, ethyleneimine compounds, and alkylsulfonates; antimetabolites, for example folic acid, purine or pyrimidine antagonists; antimitotic agents, eg tubulin inhibitors such as eribulin or eribulin mesylate (Halaven™), vinca alkaloids and auristatins; cytotoxic antibiotics; compounds that damage or interfere with the expression or replication of DNA, such as agents that bind to the minor groove of DNA; and growth factor receptor antagonists. In some embodiments, the chemotherapeutic agent may be a cytotoxic or cytostatic agent. Examples of cytotoxic agents include, without limitation, antimitotic agents such as eribulin or eribulin mesylate (Halaven™), auristatins (e.g., monomethylauristatin E (MMAE), monomethylauristatin F (MMAF)), maytansinoids (e.g., maytansine), dolastatins, duostatins, cryptophycins, vinca alkaloids (eg vincristine, vinblastine), taxanes, taxols and colchicines; anthracyclines (eg daunorubicin, doxorubicin, dihydroxyanthracindione); cytotoxic antibiotics (eg mitomycins, actinomycins, duocarmycins (eg CC-1065), auromycins, duomycins, calicheamicins, endomycins, phenomycins); alkylating agents (eg cisplatin); intercalating agents (eg ethidium bromide); topoisomerase inhibitors (eg etoposide, tenoposide); radioactive isotopes such as At 211 , I 131 , I 125 , Y 90 , Re 186 , Re 188 , Sm 153 , Bi 212 or 213 , P 32 and radioactive isotopes of lutetium (eg Lu 177 ); and toxins of bacterial, fungal, plant or animal origin (eg, ricin (eg, ricin A chain), diphtheria toxin, Pseudomonas exotoxin A (eg, PE40), endotoxin, mitogellin, combrestatin, restrictocin, gelonin, alpha-sarcin, abrin (e.g. abrin A-chain), modeccin (e.g. modeccin A-chain), kuricin, crotin, inhibitor from Sapaonaria officinalis , glucocorticoid).
[763] В данном документе также раскрыты варианты применения одного или нескольких раскрытых ADC в изготовлении лекарственного препарата для лечения рака, например, в соответствии со способами, описанными выше. В некоторых вариантах осуществления ADC, раскрытые в данном документе, применяют для лечения рака, например, в соответствии с способами, описанными выше.[763] This document also discloses options for using one or more of the disclosed ADCs in the manufacture of a medicament for the treatment of cancer, for example, in accordance with the methods described above. In some embodiments, the ADCs disclosed herein are used to treat cancer, for example, in accordance with the methods described above.
[764] В различных вариантах осуществления наборы для исследовательских и терапевтических применений, описанных в данном документе, находятся в пределах объема настоящего изобретения. Такие наборы могут содержать носитель, упаковку или контейнер, которые разделены на отсеки, чтобы вмещать один или нескольких контейнеров, таких как флаконы, пробирки и им подобные, при этом каждый из контейнеров содержит один из отдельных элементов для использования в способе, раскрытом в данном документе, вместе с этикеткой или листовкой-вкладышем, содержащими инструкции по применению, например, по применению, описанному в данном документе. Наборы могут содержать контейнер, содержащий фрагмент-лекарственное средство. В настоящем изобретении также представлены один или несколько ADC или фармацевтических композиций на их основе, герметично упакованных в контейнер, такой как ампула или саше, с указанием количества средства.[764] In various embodiments, the implementation of the kits for research and therapeutic applications described in this document are within the scope of the present invention. Such kits may comprise a carrier, package, or container that is compartmentalized to hold one or more containers such as vials, test tubes, and the like, each container containing one of the individual items for use in the method disclosed herein. , along with a label or package insert containing instructions for use, such as the use described in this document. Kits may contain a container containing a drug fragment. The present invention also provides one or more ADCs or pharmaceutical compositions based on them, sealed in a container, such as an ampoule or sachet, with an indication of the amount of the agent.
[765] Наборы могут содержать контейнер, описанный выше, и один или несколько других контейнеров, связанных с ним, которые содержат материалы, необходимые в плане коммерции и с пользовательской точки зрения, включающие буферы, разбавители, фильтры, иглы, шприцы; носитель, упаковку, контейнер, флакон и/или тюбика с указанием на этикетке содержимого и/или инструкции по применению, а также листовки-вкладыши с инструкциями по применению. [765] Kits may contain the container described above, and one or more other containers associated with it, which contain materials necessary in terms of commerce and from the user's point of view, including buffers, diluents, filters, needles, syringes; carrier, packaging, container, vial and/or tube, labeled with contents and/or instructions for use, as well as package inserts with instructions for use.
[766] Этикетка может присутствовать на контейнере или вместе с ним для указания, что композиция используется для конкретного терапевтического применения или применения, отличного от терапевтического, для такого как прогностическое, профилактическое, диагностическое или лабораторное применение. На этикетке также может быть приведено предписание для применения in vivo или in vitro, как, например, описано в данном документе. Предписания и другая информация также могут быть включены в листовку-вкладыш (листовки-вкладыши) или в этикетку (этикетки), которые включены в состав комплекта или наклеены на него. Этикетка может быть на контейнере или быть связана с ним. Этикетка может быть на самом контейнере, если буквы, числа или другие символы, образующие этикетку, выпрессованы или выгравированы на самом контейнере. Этикетка может быть связана с контейнером, если он присутствует в емкости или носителе, которые также удерживают контейнер, например, в виде листовки-вкладыша. На этикетке может указываться, что композиция применяется для диагностики или лечения состояния, такого как рак, описанного в данном документе.[766] A label may be present on or with the container to indicate that the composition is being used for a specific therapeutic use or use other than therapeutic, such as prognostic, prophylactic, diagnostic, or laboratory use. The label may also provide a prescription for in vivo or in vitro use, as described, for example, in this document. Prescriptions and other information may also be included in the package leaflet(s) or label(s) included with or affixed to the kit. The label may be on or associated with the container. The label may be on the container itself if the letters, numbers or other symbols forming the label are pressed or engraved on the container itself. The label may be associated with the container if present in a container or carrier which also holds the container, such as in the form of a leaflet. The label may indicate that the composition is used to diagnose or treat a condition, such as cancer, as described herein.
Неоантигены и способы их примененияNeoantigens and methods of their use
[767] В различных вариантах осуществления в данном документе также раскрыты способы лечения пациента посредством индуцирования образования антигенов в опухолевых клетках, на которые может целенаправленно воздействовать иммунная система пациента, осуществляя клиренс. Не ограничиваясь теорией, в различных вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга по отдельности и/или как части ADC или композиции может обеспечивать продуцирование неоантигенов, которые индуцируют иммунный ответ, индуцируют иммунный ответ на двухнитевую РНК например, в результате повторной экспрессии эндогенных ретровирусов, присутствующих в интроне, и/или продуцирование неоантигенов, которые индуцируют иммуногенную гибель клеток.[767] In various embodiments, this document also discloses methods of treating a patient by inducing the formation of antigens in tumor cells, which can be targeted by the patient's immune system, carrying out clearance. Without being limited by theory, in various embodiments, administration of a splicing modulator alone and/or as part of an ADC or composition may produce neoantigens that induce an immune response, induce an immune response to double-stranded RNA, for example, by re-expressing endogenous retroviruses present in the intron, and/or the production of neoantigens that induce immunogenic cell death.
[768] Используемый в данном документе термин "неоантиген" относится к любому антигену, воздействию которого иммунная система ранее не подвергалась, который возникает в результате одной или нескольких опухолеспецифических мутаций и/или в результате воздействия на опухоль лекарственного средства (например, любого одного или нескольких модуляторов сплайсинга, раскрытых в данном документе, по отдельности и/или как части ADC или композиции). Опухолеспецифические мутации могут включать миссенс-мутации, сдвиги рамки считывания, транслокации и варианты сплайсинга mRNA, а также мутации, которые влияют на посттрансляционный процессинг, такой как фосфорилирование и гликозилирование. В различных вариантах осуществления данные иллюстративные мутации могут быть получены в результате несинонимичных изменений в кодирующей последовательность и/или мутаций, которые изменяют процессинг mRNA (например, сплайсинг). В различных вариантах осуществления все из этих иллюстративных мутаций могут приводить к молекулярным изменениям, которые могут распознаваться соответствующим T-клеточным рецептором. В различных предпочтительных вариантах осуществления иллюстративный неоантиген представляет собой неоантиген, образование которого индуцировано доставкой модулятора сплайсинга по отдельности и/или как части ADC или композиции. В различных вариантах осуществления доставка модулятора сплайсинга (например, любого одного или нескольких модуляторов сплайсинга, раскрытых в данном документе) может индуцировать новый сплайс-вариант mRNA, который приводит к трансляции белков, содержащих один или несколько новых пептидных доменов, воздействию которых иммунная система ранее не подвергалась. В различных вариантах осуществления опухолеспецифические мутации могут представлять собой сплайс-варианты mRNA, возникающие в результате доставки или введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. [768] As used herein, the term "neoantigen" refers to any antigen not previously exposed to the immune system that results from one or more tumor-specific mutations and/or from exposure of a tumor to a drug (e.g., any one or more splicing modulators disclosed herein, individually and/or as part of an ADC or composition). Tumor-specific mutations can include missense mutations, frameshifts, translocations, and mRNA splicing variants, as well as mutations that affect post-translational processing such as phosphorylation and glycosylation. In various embodiments, these exemplary mutations may result from non-synonymous changes in the coding sequence and/or mutations that alter mRNA processing (eg, splicing). In various embodiments, all of these exemplary mutations can result in molecular changes that can be recognized by the respective T cell receptor. In various preferred embodiments, an exemplary neoantigen is a neoantigen induced by the delivery of a splicing modulator alone and/or as part of an ADC or composition. In various embodiments, delivery of a splicing modulator (e.g., any one or more of the splicing modulators disclosed herein) can induce a new mRNA splice variant that results in the translation of proteins containing one or more new peptide domains that the immune system has not previously been exposed to. was exposed. In various embodiments, the tumor-specific mutations may be mRNA splice variants resulting from the delivery or administration of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC.
[769] Не ограничиваясь теорией, в различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга, отдельно и в качестве части ADC или композиции, может индуцировать новый сплайс-вариант mRNA (например, пропуск экзона, удержание интрона), что приводит к изменению в открытых рамках считывания и/или кодирующих последовательностях различных генов. В различных вариантах осуществления данные измененные гены транслируются в белки, содержащие один или несколько новых пептидных доменов, распознаваемых иммунной системой как чужеродные. В различных вариантах осуществления один или несколько новых пептидных доменов не существуют в белках или в любой другой части протеома человека в отсутствие лечения посредством модулятора сплайсинга. В различных вариантах осуществления белки, содержащие один или несколько новых пептидных доменов, могут разрушаться под действием протеасомы с образованием новых пептидных фрагментов, которые выступают в качестве субстратов для механизмов иммунопептидной презентации, например, посредством презентации с участием MHC. В различных вариантах осуществления новые пептидные фрагменты, представляющие неоантигены, могут быть презентированы в MHC1-связанном пептидоме, например, на опухолевых клетках. [769] Without being limited by theory, in various embodiments, delivery of splicing modulators, alone and as part of an ADC or composition, can induce a new mRNA splice variant (e.g., exon skipping, intron retention), resulting in a change in open reading frames and /or coding sequences of various genes. In various embodiments, these altered genes are translated into proteins containing one or more new peptide domains that are recognized as foreign by the immune system. In various embodiments, one or more new peptide domains do not exist in proteins or in any other part of the human proteome in the absence of splicing modulator treatment. In various embodiments, proteins containing one or more new peptide domains can be degraded by the proteasome to form new peptide fragments that act as substrates for immunopeptide presentation mechanisms, eg, via MHC presentation. In various embodiments, novel peptide fragments representing neoantigens can be presented in an MHC1-linked peptidome, for example, on tumor cells.
[770] В различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга, по отдельности и в качестве части ADC или композиции, может приводить к одному или нескольким событиям, свойственным опухолевым клеткам (например, остановке роста клеток). В различных вариантах осуществления свойственное(-ые) опухолевым клеткам событие(-я) могут приводить к (1) усилению контакта с фагоцитами (Bracci et al. (2014) Cell Death Differ. 21(1):15-25); (2) перемещению новых пептидных фрагментов в дренирующий опухоль лимфатический узел для контакта с антигенпрезентирующими клетками; (3) процессингу в антигенпрезентирующих клетках новых пептидных фрагментов из фагоцитированной опухолевой клетки и презентации фрагментов в качестве неоантигенов популяциям циркулирующих наивных T-клеток; (4) взаимодействию новых пептидных фрагментов с T-клетками, экспрессирующими рецепторы, которые распознают фрагменты в качестве неоантигенов; (5) созреванию и активации эффекторных T-клеток, обуславливающих ответы (например, CD4+ и/или CD8+ T-клеток); и/или (6) контакту T-клеток с дополнительными опухолевыми клетками, подвергнутыми обработке с помощью модулятора сплайсинга и презентирующими новые пептидные фрагменты, представляющие собой неоантигены, на своей поверхности в составе комплексов с MHC1. В различных вариантах осуществления свойственное(-ые) опухолевым клеткам событие(-я) может(-гут) приводить либо непосредственно, либо опосредованно к привлечению T-клеток с эффекторной функцией и/или уничтожению опухолевых клеток, презентирующих неоантиген.[770] In various embodiments, the delivery of splicing modulators, individually and as part of an ADC or composition, may result in one or more events specific to tumor cells (eg, arrest of cell growth). In various embodiments, tumor cell-specific event(s) can lead to (1) increased contact with phagocytes (Bracci et al. (2014) Cell Death Differ. 21(1):15-25); (2) moving new peptide fragments to the tumor-draining lymph node for contact with antigen-presenting cells; (3) processing in antigen-presenting cells of novel peptide fragments from the phagocytosed tumor cell and presentation of the fragments as neoantigens to populations of circulating naïve T cells; (4) interaction of novel peptide fragments with T cells expressing receptors that recognize the fragments as neoantigens; (5) maturation and activation of effector T cells that mediate responses (eg, CD4+ and/or CD8+ T cells); and/or (6) contacting T cells with additional tumor cells treated with a splicing modulator and presenting new peptide fragments representing neoantigens on their surface as part of complexes with MHC1. In various embodiments, tumor cell-specific event(s) may result either directly or indirectly in the recruitment of T cells with effector function and/or the destruction of neoantigen presenting tumor cells.
[771] Кроме того, не ограничиваясь теорией, в различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга по отдельности и как части ADC или композиции может вызывать повторную экспрессию эндогенных ретровирусов, присутствующих в интроне, что приводит к иммунному ответу на двухнитевую РНК. [771] In addition, without being limited by theory, in various embodiments, the delivery of splicing modulators individually and as part of an ADC or composition can cause re-expression of endogenous retroviruses present in the intron, leading to an immune response to double-stranded RNA.
[772] Кроме того, не ограничиваясь теорией, в различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга по отдельности и как части ADC или композиции может приводить к иммуногенной гибели клеток, вызванной высвобождением, индуцированным модулятором сплайсинга, неоантигенов, образованных в результате мутаций. В различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга по отдельности и как части ADC или композиции может индуцировать иммунный ответ на двухнитевую РНК. В различных вариантах осуществления иммунный ответ на двухнитевую РНК может возникать в результате повторной экспрессии эндогенных ретровирусов, присутствующих в интроне. В различных вариантах осуществления иммунный ответ на двухнитевую РНК может приводить к гибели опухолевых клеток. В различных вариантах осуществления доставка модуляторов сплайсинга по отдельности и как части ADC или композиции может индуцировать иммуногенную гибель клеток. В различных вариантах осуществления иммуногенная гибель клеток может быть вызвана высвобождением образованных в результате мутации неоантигенов и/или иммунным ответом хозяина на опухолевые клетки.[772] In addition, without being limited by theory, in various embodiments, the delivery of splicing modulators individually and as part of an ADC or composition can lead to immunogenic cell death caused by the release, induced by the splicing modulator, of neoantigens formed as a result of mutations. In various embodiments, delivery of splicing modulators alone and as part of an ADC or composition can induce an immune response to double-stranded RNA. In various embodiments, the implementation of the immune response to double-stranded RNA may result from the re-expression of endogenous retroviruses present in the intron. In various embodiments, the implementation of the immune response to double-stranded RNA can lead to the death of tumor cells. In various embodiments, delivery of splicing modulators alone and as part of an ADC or composition can induce immunogenic cell death. In various embodiments, immunogenic cell death may be caused by the release of mutated neoantigens and/or by the host's immune response to tumor cells.
[773] Соответственно, в различных вариантах осуществления раскрыты способы лечения, предусматривающие обеспечение индуцирования неоантигенов посредством введения одного или нескольких модуляторов сплайсинга, и/или ADC, и/или композиций, содержащих модулятор сплайсинга или ADC, например, любого модулятора сплайсинга, ADC или композиции, раскрытых в данном документе. В различных вариантах осуществления способ предусматривает введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции в сниженной дозировке, чем потребовалась бы в отсутствии индуцирования неоантигенов. В некоторых вариантах осуществления способ предусматривает введение одной или нескольких начальных индуцирующих доз для продуцирования неоантигенов и индуцирования иммунного ответа (например, превращения наивных T-клеток в клетки памяти) с последующим снижением дозировки или частоты введения (т. е. вследствие комбинированного эффекта модулятора сплайсинга, ADC или композиции и иммунного целенаправленного воздействия на неоантигены). В некоторых вариантах осуществления лечение может предусматривать введение комбинации из модулятора сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования иммунного ответа на основе неоантигенов и по меньшей мере одного дополнительного средства терапии (например, второго средств противораковой терапии). Например, в некоторых вариантах осуществления лечение может предусматривать введение комбинации из модулятора сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования иммунного ответа на основе неоантигенов и одного или нескольких ингибиторов контрольных точек иммунного ответа. В некоторых вариантах осуществления лечение может предусматривать введение комбинации из модулятора сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования иммунного ответа на основе неоантигенов и одного или нескольких цитокинов или аналогов цитокина. В некоторых вариантах осуществления лечение может предусматривать введение комбинации из модулятора сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования иммунного ответа на основе неоантигенов и одной или нескольких неоантигенных вакцин. В некоторых других вариантах осуществления лечение может предусматривать введение комбинации из модулятора сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования иммунного ответа на основе неоантигенов и одной или нескольких сконструированных Т-клеток, целенаправленно воздействующих на опухоль (например, CAR-T).[773] Accordingly, in various embodiments, methods of treatment are disclosed that provide for the induction of neoantigens by administering one or more splicing modulators and/or ADCs and/or compositions containing a splicing modulator or ADC, for example, any splicing modulator, ADC, or composition disclosed in this document. In various embodiments, the method comprises administering a splicing modulator, ADC, or composition at a reduced dosage than would be required in the absence of neoantigen induction. In some embodiments, the method involves administering one or more initial induction doses to produce neoantigens and induce an immune response (e.g., converting naive T cells to memory cells) followed by a reduction in dosage or frequency of administration (i.e., due to the combined effect of a splicing modulator, ADC or composition and immune targeting of neoantigens). In some embodiments, the treatment may involve administering a combination of a splicing modulator, an ADC, or a neoantigen-based immune response inducing composition, and at least one additional therapy (eg, a second cancer therapy). For example, in some embodiments, treatment may involve administering a combination of a splicing modulator, an ADC, or a neoantigen-based immune response inducing composition, and one or more immune response checkpoint inhibitors. In some embodiments, treatment may involve administering a combination of a splicing modulator, an ADC, or a neoantigen-based immune response inducing composition and one or more cytokines or cytokine analogs. In some embodiments, treatment may involve administering a combination of a splicing modulator, an ADC, or a neoantigen-based immune response inducing composition and one or more neoantigen vaccines. In some other embodiments, treatment may involve administering a combination of a splicing modulator, an ADC, or a neoantigen-based immune response inducing composition and one or more tumor-targeting engineered T cells (eg, CAR-T).
[774] В некоторых вариантах осуществления неоантигены можно использовать для контроля эффективности лечения посредством модулятора сплайсинга, ADC или композиции. Например, после введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции можно получить образец от пациента (например, биоптат опухоли) и провести скрининг в отношении неоантигенов или маркеров иммунного или воспалительного ответа. Если неоантиген и/или иммунный ответ обнаружены, может проводиться дополнительное лечение, например, при сниженной дозировке.[774] In some embodiments, neoantigens can be used to monitor the effectiveness of treatment with a splicing modulator, ADC, or composition. For example, following administration of a splicing modulator, ADC, or composition, a patient sample (eg, tumor biopsy) may be obtained and screened for neoantigens or markers of an immune or inflammatory response. If a neoantigen and/or an immune response is detected, additional treatment may be given, eg at a reduced dosage.
[775] В различных вариантах осуществления раскрыты способы лечения, предусматривающие обеспечение индуцирования иммунного ответа на двухнитевую РНК посредством введения одного или нескольких модуляторов сплайсинга, и/или ADC, и/или композиций, содержащих модулятор сплайсинга или ADC, например, любого модулятора сплайсинга, ADC или композиции, раскрытых в данном документе.[775] In various embodiments, methods of treatment are disclosed that provide for inducing an immune response to double-stranded RNA by administering one or more splicing modulators and/or ADCs and/or compositions containing a splicing modulator or ADC, e.g., any splicing modulator, ADC or compositions disclosed in this document.
[776] В различных вариантах осуществления раскрыты способы лечения, предусматривающие обеспечение индуцирования иммуногенной гибели клеток посредством введения одного или нескольких модуляторов сплайсинга, и/или ADC, и/или композиций, содержащих модулятор сплайсинга или ADC, например, любого модулятора сплайсинга, ADC или композиции, раскрытых в данном документе.[776] In various embodiments, methods of treatment are disclosed that provide for the induction of immunogenic cell death by administering one or more splicing modulators and/or ADCs and/or compositions containing a splicing modulator or ADC, for example, any splicing modulator, ADC, or composition. disclosed in this document.
[777] В различных вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADС или композиции, содержащей модулятор сплайсинга, можно комбинировать с любой известной противораковой терапией. Примеры существующих в настоящее время стратегий активации иммунитета, доступных для лечения онкологических заболеваний, включают без ограничения лечение с помощью молекул, являющихся ингибиторами контрольных точек иммунного ответа (ICI), лечение с помощью цитокинов или аналогов цитокина, вакцинацию с помощью противоопухолевых вакцин и конструирование T-клеток, целенаправленно воздействующих на опухоль (например, размножения инфильтрирующих опухоли лимфоцитов или CAR-T). Эти технологии преимущественно направлены на усиление или индуцирование иммунного ответа на уже существующие опухолевые антигены (либо мутации, либо аберрантную экспрессию белков клеточной поверхности). Одна или несколько из этих стратегий могут предусматривать одну или несколько мутаций, которые способны индуцировать развитие T-клеточного ответа на антиген. Например, ответы пациента на ингибирование контрольных точек могут коррелировать с мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями. Кроме того, могут применяться подходы с использованием противораковой вакцины, которые основаны на предварительно существующих мутациях и антигенности этих мутаций. [777] In various embodiments, the administration of a splicing modulator, an ADC, or a composition containing a splicing modulator can be combined with any known anti-cancer therapy. Examples of currently available immune activation strategies available for cancer treatment include, but are not limited to, treatment with immune checkpoint inhibitor (ICI) molecules, treatment with cytokines or cytokine analogs, vaccination with cancer vaccines, and T- tumor-targeting cells (e.g., proliferation of tumor-infiltrating lymphocytes or CAR-T). These technologies are predominantly aimed at enhancing or inducing an immune response to pre-existing tumor antigens (either mutations or aberrant expression of cell surface proteins). One or more of these strategies may involve one or more mutations that are capable of inducing the development of a T cell response to an antigen. For example, patient responses to checkpoint inhibition may correlate with mutation load with non-synonymous changes. In addition, cancer vaccine approaches that rely on pre-existing mutations and the antigenicity of those mutations can be used.
[778] Модуляторы сплайсинга и/или ADC, содержащие такие модуляторы, могут вызывать обширные изменения в транскриптоме, которые происходят в нескольких линиях происхождения. Трансляция этих измененных mRNA может обеспечивать стабильные и воспроизводимые измененные белки, которые продуцируют MHC1-связываемые неопептиды, характеризующиеся высокой аффинностью с различными изотипами молекул HLA. Не ограничиваясь теорией, вследствие большого числа изменений в транскриптоме и протеоме лечение с помощью модуляторов сплайсинга и/или ADC, может увеличивать число потенциально реакционноспособных неоантигенов для улучшенного вовлечения их в адаптивный иммунный ответ.[778] Splicing modulators and/or ADCs containing such modulators can cause extensive transcriptome changes that occur across multiple lineages. Translation of these altered mRNAs can provide stable and reproducible altered proteins that produce MHC1-binding neopeptides with high affinity for various isotypes of HLA molecules. Without being limited by theory, due to the large number of changes in the transcriptome and proteome, treatment with splicing modulators and/or ADCs can increase the number of potentially reactive neoantigens for improved involvement in the adaptive immune response.
[779] Описываемые в данном документе термины "модулятор сплайсинга", "модулятор сплайсосомы" или "сплайс-модулятор" относятся к соединениям, которые проявляют противораковую активность за счет взаимодействия с компонентами сплайсосомы. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга изменяет скорость или форму сплайсинга в клетке-мишени. Модуляторы сплайсинга, которые действуют как ингибирующие средства, например, способны к уменьшению неконтролируемой клеточной пролиферации. В частности, в некоторых вариантах осуществления модуляторы сплайсинга могут проявлять свое действие посредством угнетения комплекса сплайсосомы SF3b. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга выбран из любого одного или нескольких модуляторов сплайсинга, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления используемый модулятор сплайсинга доставляют в клетку и/или вводят субъекту как отдельное средство. В некоторых других вариантах осуществления используемый модулятор сплайсинга доставляют в клетку и/или вводят субъекту как часть ADC (например, ADC, выбранного из любого из иллюстративных ADC, раскрытых в данном документе). В некоторых других вариантах осуществления используемый модулятор сплайсинга доставляют в клетку и/или вводят субъекту как часть композиции, содержащей несколько копий модулятора сплайсинга или несколько копий ADC, несущего модулятор сплайсинга. Такие композиций раскрываются в данном документе.[779] As used herein, the terms "splicing modulator", "spliceosome modulator", or "splice modulator" refer to compounds that exhibit anticancer activity by interacting with components of the spliceosome. In some embodiments, a splicing modulator changes the rate or shape of splicing in a target cell. Splicing modulators that act as inhibitory agents, for example, are capable of reducing uncontrolled cell proliferation. In particular, in some embodiments, splicing modulators may exert their effect by inhibiting the SF3b spliceosome complex. In some embodiments, the splicing modulator is selected from any one or more of the splicing modulators disclosed herein. In some embodiments, the splicing modulator used is delivered to the cell and/or administered to the subject as a standalone agent. In some other embodiments, the splicing modulator used is delivered to a cell and/or administered to a subject as part of an ADC (eg, an ADC selected from any of the exemplary ADCs disclosed herein). In some other embodiments, the splicing modulator used is delivered to a cell and/or administered to a subject as part of a composition comprising multiple copies of the splicing modulator or multiple copies of an ADC carrying the splicing modulator. Such compositions are disclosed herein.
[780] В некоторых вариантах осуществления используемый модулятор сплайсинга, который доставляют в клетку и/или вводят субъекту как часть ADC (например, ADC, выбранного из любого из иллюстративных ADC, описанных в данном документе), обеспечивает дополнительные терапевтические преимущества по сравнению с используемым модулятором сплайсинга, который доставляют в клетку и/или вводят субъекту как отдельное средство. Например, в некоторых вариантах осуществления используемый модулятор сплайсинга, который доставляют в клетку и/или вводят субъекту как часть ADC, обеспечивает целенаправленную доставку модулятора сплайсинга к неопластической клетке, экспрессирующей антиген-мишень (т. е. антиген, подвергается целенаправленному воздействию фрагмента антитела ADC). В некоторых вариантах осуществления такая целенаправленная доставка модулятора сплайсинга уменьшает нецелевое лечение и/или нецелевую цитотоксичность. В некоторых вариантах осуществления такая целенаправленная доставка способствует опухолеселективной презентации неоантигена на неопластических клетках, но не на здоровых клетках, которые не экспрессируют антиген-мишень. В некоторых вариантах осуществления такая целенаправленная доставка приводит, например, к по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99% альтернативного сплайсинга и индуцированию новых mRNA и пептидов, ассоциированных с MHC, повторно презентирующих неоантигены в целевых неопластических клетках, но не в нецелевых клетках. Таким образом, не ограничиваясь теорией, в некоторых вариантах осуществления после примирования и/или размножения эффекторных Т-клеток (например, с использованием неоантигенной вакцины) иммунная система может предпочтительно атаковать неопластические клетки, презентирующие неоантиген, но не здоровые клетки из-за предпочтительной экспрессии неоантигенов на опухолевых клетках после обработки с помощью ADC, описанного в данном документе.[780] In some embodiments, the splice modulator used, which is delivered to a cell and/or administered to a subject as part of an ADC (e.g., an ADC selected from any of the exemplary ADCs described herein), provides additional therapeutic benefits over the modulator used. splicing, which is delivered to the cell and/or administered to the subject as a separate agent. For example, in some embodiments, the splicing modulator used, which is delivered to a cell and/or administered to a subject as part of an ADC, provides targeted delivery of the splicing modulator to a neoplastic cell expressing the target antigen (i.e., the antigen is targeted by the ADC antibody fragment) . In some embodiments, such targeted delivery of a splicing modulator reduces off-target treatment and/or off-target cytotoxicity. In some embodiments, such targeted delivery promotes tumor selective presentation of the neoantigen on neoplastic cells, but not on healthy cells that do not express the target antigen. In some embodiments, such targeted delivery results in, for example, at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, or 99% alternative splicing and the induction of new mRNAs and MHC-associated peptides re-presenting neoantigens in target neoplastic cells, but not in non-target cells. Thus, without being limited by theory, in some embodiments, after priming and/or expansion of effector T cells (e.g., using a neoantigen vaccine), the immune system may preferentially attack neoplastic cells presenting a neoantigen, but not healthy cells due to preferential expression of neoantigens. on tumor cells after treatment with the ADC described herein.
Индуцирование иммунного ответа и схема лечения: Immune response induction and treatment regimen :
[781] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ индуцирования образования по меньшей мере одного неоантигена посредством приведения в контакт неопластической клетки с эффективным количеством модулятора сплайсинга, модулятора сплайсинга на основе конъюгата антитела и лекарственного средства (ADC) или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ индуцирования иммунного ответа на двухнитевую РНК посредством приведения в контакт неопластической клетки с эффективным количеством модулятора сплайсинга, модулятора сплайсинга на основе конъюгата антитела и лекарственного средства (ADC) или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ индуцирования иммуногенной гибели клетки посредством приведения в контакт неопластической клетки с эффективным количеством модулятора сплайсинга, модулятора сплайсинга на основе конъюгата антитела и лекарственного средства (ADC) или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC.[781] In various embodiments, the present invention provides a method of inducing the production of at least one neoantigen by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, an antibody drug conjugate (ADC) splicing modulator, or a composition comprising a splicing modulator or ADC. . In various embodiments, the present invention provides a method of inducing an immune response to double-stranded RNA by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, an antibody drug conjugate (ADC) splicing modulator, or a composition comprising a splicing modulator or ADC. In various embodiments, the present invention provides a method of inducing immunogenic cell death by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, an antibody drug conjugate (ADC) splicing modulator, or a composition comprising a splicing modulator or ADC.
[782] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[782] In some embodiments, the implementation of at least one neoantigen contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of under any of SEQ ID NOs: 46-49.
[783] В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена из гематологического злокачественного новообразования или солидной опухоли. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза, лимфомы и миеломы. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы (например, HER2-положительного рака молочной железы), рака желудка (например, аденокарциномы желудка), рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого (например, аденокарциномы легкого), рака матки (например, серозной карциномы эндометрия матки), карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[783] In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in cell culture in vitro. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject. In some embodiments, the neoplastic cell is derived from a hematologic malignancy or a solid tumor. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia, lymphoma, and myeloma. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer (e.g., HER2 positive breast cancer), stomach cancer (e.g., gastric adenocarcinoma), prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer (e.g., lung adenocarcinoma), uterine cancer ( eg, endometrial serous carcinoma), salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer, and esophageal cancer. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
[784] В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлен способ индуцирования образования по меньшей мере одного неоантигена и/или развития T-клеточного ответа у субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. Также в различных вариантах осуществления в данном документе представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC, где введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции обеспечивает индуцирование образования по меньшей мере одного неоантигена и/или T-клеточного ответа.[784] In some embodiments, the present invention further provides a method of inducing the production of at least one neoantigen and/or the development of a T cell response in a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC or a composition containing a splicing modulator or ADC. Also provided herein in various embodiments is a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, an ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC, wherein administering the splicing modulator, an antibody conjugate, and drug or composition provides induction of the formation of at least one neoantigen and/or T-cell response.
[785] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ индуцирования иммунного ответа на двухнитевую РНК у субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. Также в различных вариантах осуществления в данном документе представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC, где введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции обеспечивает индуцирование иммунного ответа на двухнитевую РНК.[785] In various embodiments, the present invention provides a method of inducing an immune response to double-stranded RNA in a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC. Also provided herein in various embodiments is a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, an ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC, wherein administering the splicing modulator, an antibody conjugate, and drug or composition ensures the induction of an immune response to double-stranded RNA.
[786] В еще одних вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ индуцирования иммуногенной гибели клетки у субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC. Также в различных вариантах осуществления в данном документе представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC, где введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции обеспечивает индуцирование иммуногенной гибели клетки.[786] In still other embodiments, the present invention provides a method of inducing immunogenic cell death in a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC. Also provided herein in various embodiments is a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, an ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC, wherein administering the splicing modulator, an antibody conjugate, and drug or composition provides the induction of immunogenic cell death.
[787] В некоторых вариантах осуществления терапевтических способов, описанных в данном документе, по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[787] In some embodiments of the therapeutic methods described herein, at least one neoantigen contains the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 37-65. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, at least one neoantigen comprises the amino acid sequence of under any of SEQ ID NOs: 46-49.
[788] В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC, где введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции в комбинации с одной или несколькими дополнительными видами терапии, предусматривающими второе средство, обеспечивает индуцирование иммуногенной гибели клетки.[788] In some embodiments, the present invention further provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC, wherein administering the splicing modulator, conjugate antibodies and drugs or compositions in combination with one or more additional therapies involving a second agent, provides for the induction of immunogenic cell death.
[789] В некоторых вариантах осуществления терапевтических способов, описанных в данном документе, вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства уменьшено вследствие индуцирования образования по меньшей мере одного неоантигена и/или T-клеточного ответа по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства уменьшено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства, композицию или второе средство вводят на по меньшей мере 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% реже по сравнению со стандартной схемой ведения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество и/или назначаемая дозировка модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции или второго средства обусловливает более низкую системную токсичность и/или улучшенную переносимость.[789] In some embodiments of the therapeutic methods described herein, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, or second agent administered is reduced due to induction of at least one neoantigen and/or T-cell response compared to standard dosage of the splicing modulator, antibody-drug conjugate, composition, or second agent. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, or second agent administered is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75% , or 90% compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody-drug conjugate, composition, or second agent. In some embodiments, the splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, or second agent is administered at least 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75 %, or 90% less frequently compared to the standard regimen for splicing modulator, antibody-drug conjugate, composition or second agent. In some embodiments, the amount administered and/or dosage administered of the splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, or second agent results in lower systemic toxicity and/or improved tolerability.
[790] Применяемый в данном документе термин "стандартная дозировка" или "стандартная схема введения" относится к любой обычной или общепринятой схеме введения терапевтического средства, например, к схеме, предложенной производителем, одобренной регулирующими органами или иным образом протестированной на субъектах-людях для удовлетворения потребностей среднестатистического пациента. В некоторых вариантах осуществления терапевтическое средство представляет собой модулятор сплайсинга, антитело или конъюгат антитела и лекарственного средства с противораковой активностью. [790] As used herein, the term "unit dosage" or "standard dosage regimen" refers to any conventional or conventional regimen for administering a therapeutic agent, such as one proposed by a manufacturer, approved by regulatory authorities, or otherwise tested in human subjects to satisfy the needs of the average patient. In some embodiments, the therapeutic agent is a splicing modulator, an antibody, or an antibody drug conjugate with anticancer activity.
[791] Например, стандартная схема введения трастузумаба, иллюстративного антитела к HER2, раскрытого в данном документе, может предусматривать внутривенное введение 8 мг/кг за 90 мин. (неделя 1), а затем внутривенное введение 6 мг/кг за 30-90 мин. через каждые 3 недели (от недели 4 до конца цикла терапии) (Herceptin® (трастузумаб), дополнение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2017). [791] For example, a standard regimen for administering trastuzumab, the exemplary anti-HER2 antibody disclosed herein, may include intravenous administration of 8 mg/kg over 90 minutes. (week 1), followed by intravenous administration of 6 mg/kg over 30-90 minutes. every 3 weeks (from
[792] В качестве другого примера, стандартная схема введения ипилимумаба, иллюстративного антитела к CTLA4, являющегося ингибитором контрольных точек, может предусматривать внутривенное введение 3 мг/кг за 90 мин. через каждые 3 недели в виде 4 доз (Yervoy® (ипилимумаб), дополнение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2018). Другая стандартная схема введения ипилимумаба может предусматривать внутривенное введение 10 мг/кг за 90 мин. через каждые 3 недели в виде 4 доз, а затем 10 мг/кг через каждые 12 недель в течение не более 3 лет (Yervoy® (ипилимумаб), дополнение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2018). [792] As another example, a standard regimen for administering ipilimumab, an exemplary checkpoint inhibitor anti-CTLA4 antibody, may include intravenous administration of 3 mg/kg over 90 minutes. every 3 weeks for 4 doses (Yervoy® (ipilimumab), 2018 FDA Compliant Labeling Supplement). Another standard regimen for administering ipilimumab may be intravenous administration of 10 mg/kg over 90 minutes. every 3 weeks for 4 doses, then 10 mg/kg every 12 weeks for up to 3 years (Yervoy® (ipilimumab), FDA Compliant Labeling Supplement, 2018).
[793] В качестве другого примера, стандартная схема введения ниволумаба, иллюстративного антитела к PD1, являющегося ингибитором контрольных точек, может предусматривать внутривенное введение 3 мг/кг за 60 мин. через каждые 2 недели (Opdivo® (ниволумаб), маркировка, соответствующая требованиям FDA, 2015).[793] As another example, a standard schedule for administering nivolumab, an exemplary checkpoint inhibitor anti-PD1 antibody, may include intravenous administration of 3 mg/kg over 60 minutes. every 2 weeks (Opdivo® (nivolumab), FDA-compliant labeling, 2015).
[794] В качестве другого примера, стандартная схема введения атезолизумаба, иллюстративного антитела к PDL1, являющегося ингибитором контрольных точек, может предусматривать внутривенное введение 1200 мг за 60 мин. через каждые 3 недели (Tecentriq® (атезолизумаб), дополнение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2018).[794] As another example, a standard schedule for administering atezolizumab, an exemplary anti-PDL1 checkpoint inhibitor antibody, may include intravenous administration of 1200 mg over 60 minutes. every 3 weeks (Tecentriq® (atezolizumab), FDA Compliant Labeling Supplement, 2018).
[795] В качестве еще одного примера, стандартная схема введения T-DM1, иллюстративного конъюгата антитела к HER2 и лекарственного средства, может предусматривать внутривенное введение 3,6 мг/кг за 90 мин. через каждые 3 недели (Kadcyla® (T-DM1), дополнение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2016). [795] As another example, a standard regimen for administering T-DM1, an exemplary anti-HER2 antibody drug conjugate, may include intravenous administration of 3.6 mg/kg over 90 minutes. every 3 weeks (Kadcyla® (T-DM1), FDA Compliant Labeling Supplement, 2016).
[796] В некоторых вариантах осуществления способы, описанные в данном документе, могут дополнительно включать введение по меньшей мере одного дополнительного средства терапии (например, ингибитора контрольных точек, неоантигенной вакцины, цитокина или аналога цитокина, CAR-T и т. д.). В некоторых вариантах осуществления вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшено вследствие индуцирования образования по меньшей мере одного неоантигена и/или T-клеточного ответа по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшено вследствие индуцирования иммунного ответа на двухнитевую РНК по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшено вследствие индуцирования иммуногенной гибели клетки по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления частота введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшена на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной схемой введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество и/или назначаемая дозировка модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства, композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии обусловливает более низкую системную токсичность и/или улучшенную переносимость.[796] In some embodiments, the methods described herein may further include administering at least one additional therapy (eg, checkpoint inhibitor, neoantigen vaccine, cytokine or cytokine analog, CAR-T, etc.). In some embodiments, the amount of splice modulator, antibody-drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy administered is reduced due to induction of at least one neoantigen and/or T cell response compared to the standard dosage of the splicing modulator, an antibody-drug conjugate, a composition, and/or at least one additional therapeutic agent. In some embodiments, the amount of splice modulator, antibody drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy administered is reduced due to the induction of an immune response to double-stranded RNA compared to a standard dosage of splice modulator, antibody drug conjugate, composition, and /or at least one additional therapy. In some embodiments, the amount of splice modulator, antibody drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy administered is reduced due to the induction of immunogenic cell death compared to a standard dosage of the splicing modulator, antibody drug conjugate, composition and/or at least one additional therapy. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy administered is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45 %, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody-drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy. In some embodiments, the frequency of administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45 %, 50%, 75%, or 90% compared to the standard schedule for administering the splicing modulator, antibody-drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy. In some embodiments, the amount administered and/or dosage administered of the splicing modulator, antibody drug conjugate, composition, and/or at least one additional therapy results in lower systemic toxicity and/or improved tolerability.
[797] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить до введения по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В других вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить после введения по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В еще одних вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить одновременно с введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[797] In some embodiments, the splicing modulator, antibody drug conjugate, or composition is started prior to the administration of at least one additional therapy. In other embodiments, the splicing modulator, antibody-drug conjugate, or composition is administered following the administration of at least one additional therapy. In still other embodiments, the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition is started concurrently with the administration of at least one additional therapy.
[798] В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой или начальной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции.[798] In some embodiments, administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage or starting dosage of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition.
[799] В некоторых вариантах осуществления введение по меньшей мере одного дополнительного средства терапии повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90%по сравнению со стандартной дозировкой или начальной дозировкой по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[799] In some embodiments, the administration of at least one additional therapy is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for repeated administration is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for repeated administration is reduced compared to the standard dosage of at least one additional therapy. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for repeated administration is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage or initial dosage of at least one additional therapy.
[800] В некоторых вариантах осуществления повторное введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции осуществляют одновременно с повторным введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции осуществляют последовательно или с разнесением во времени с повторным введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[800] In some embodiments, the reintroduction of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition is concurrent with the reintroduction of at least one additional therapy. In some embodiments, administration of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition is performed sequentially or spaced apart in time with repeated administration of at least one additional therapy.
[801] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает введение ингибитора контрольных точек, например, любого ингибитора контрольных точек, раскрытого в данном документе. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к ингибитору контрольных точек при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR и/или KIR. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек представляет собой антитело, обладающее активностью ингибитора или агониста в отношении своей мишени. В некоторых вариантах осуществления целенаправленное воздействие ингибитора контрольных точек обеспечивается с помощью ингибиторного антитела или другой подобной ингибиторной молекулы. В других вариантах осуществления целенаправленное воздействие ингибитора контрольных точек обеспечивается с помощью антитела-агониста или другой подобной молекулы-агониста. [801] In some embodiments, at least one additional therapy involves the administration of a checkpoint inhibitor, for example, any checkpoint inhibitor disclosed herein. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or deficiently responsive to a checkpoint inhibitor when administered alone. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR, and/or KIR. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets CTLA4, OX40, CD40, and/or GITR. In some embodiments, the checkpoint inhibitor is an antibody having inhibitory or agonist activity on its target. In some embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted by an inhibitory antibody or other similar inhibitory molecule. In other embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted by an agonist antibody or other similar agonist molecule.
[802] В некоторых других вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает введение неоантигенной вакцины, например, любой неоантигенной вакцины, раскрытой в данном документе. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят до введения неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят после введения неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят одновременно с введением неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, ADC или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. [802] In some other embodiments, at least one additional therapy involves the administration of a neoantigenic vaccine, for example, any neoantigenic vaccine disclosed herein. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered prior to administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered following administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered concurrently with the administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, administration of the splicing modulator, ADC, or composition is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, ADC, or composition used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration.
[803] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантигенный пептид содержит одну или более чем одну неоантигенную последовательность. [803] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide contains one or more neoantigenic sequences.
[804] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[804] In some embodiments, the implementation neoantigenic sequence contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 46- 49.
[805] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 66-93 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 66-93. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 66 или антигенную часть под SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 74-77 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 74-77. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность и/или антигенная часть непосредственно не перекрываются с канонической пептидной последовательностью (например, любой из иллюстративных канонических пептидных последовательностей, подчеркнутых в таблице 21) или не состоят из нее. [805] In some other embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 66-93 or an antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66 or the antigenic portion of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 74-77 or the antigenic portion of any of SEQ ID NO: 74-77. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 20 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion do not directly overlap with or consist of a canonical peptide sequence (eg, any of the illustrative canonical peptide sequences underlined in Table 21).
[806] Применяемый в данном документе термин "антигенная часть" или "антигенный фрагмент" неоантигенной последовательности относится к одному или нескольким фрагментам неоантигенной последовательности, которые сохраняют способность индуцировать T-клеточный ответ (например, антиген-специфическое размножение и/или созревание популяции(-ий) эффекторных T-клеток). В некоторых вариантах осуществления антигенная часть может также сохранять способность к интернализации, процессингу и/или презентированию антигенпрезентирующими клетками (например, дендритными клетками). В некоторых вариантах осуществления антигенная часть также сохраняет функцию примирования T-клеток. В некоторых вариантах осуществления длина антигенной части неоантигенной последовательности находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина антигенной части неоантигенной последовательности находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина антигенной части неоантигенной последовательности находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина антигенной части неоантигенной последовательности находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления антигенную часть неоантигенной последовательности (например, антигенная часть под любым из SEQ ID NO: 66-93) или кодирующую ее mRNA составляют в виде неоантигенной вакцины. [806] As used herein, the term "antigenic portion" or "antigenic fragment" of a neoantigenic sequence refers to one or more fragments of a neoantigenic sequence that retain the ability to induce a T cell response (e.g., antigen-specific expansion and/or population maturation(- ii) effector T cells). In some embodiments, the antigenic portion may also retain the ability to be internalized, processed, and/or presented by antigen-presenting cells (eg, dendritic cells). In some embodiments, the antigenic portion also retains a T cell priming function. In some embodiments, the length of the antigenic portion of the neoantigenic sequence is in the range of about 10 to about 50 amino acids. In some embodiments, the length of the antigenic portion of the neoantigenic sequence is in the range of about 10 to about 35 amino acids. In some embodiments, the length of the antigenic portion of the neoantigenic sequence is in the range of about 15 to about 25 amino acids. In some embodiments, the length of the antigenic portion of the neoantigenic sequence is in the range of about 10 to about 20 amino acids. In some embodiments, the antigenic portion of the neoantigenic sequence (eg, the antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93) or the mRNA encoding it is formulated as a neoantigenic vaccine.
[807] Иллюстративный вариант осуществления антигенной части представляет собой участок(участки), фланкирующий(-ие) аминокислоты 45-53 из SEQ ID NO: 66. Другой иллюстративный вариант осуществления антигенной части представляет собой участок(участки), фланкирующий(-ие) аминокислоты 82-90 из SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления антигенная часть способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у субъекта (например, HLA-A*02:01). В некоторых других вариантах осуществления антигенная часть способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40% или по меньшей мере 45% субъектов в популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением. В некоторых вариантах осуществления антигенная часть способна вызывать T-клеточный ответ в отношении опухоли, присутствующей у по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5% или по меньшей мере 10% популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением.[807] An exemplary embodiment of the antigenic portion is the region(s) flanking amino acids 45-53 of SEQ ID NO: 66. Another exemplary embodiment of the antigenic portion is the region(s) flanking amino acids 82-90 of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, the antigenic portion is capable of binding to at least one HLA allele expressed in the subject (eg, HLA-A*02:01). In some other embodiments, the antigenic moiety is capable of binding to at least one HLA allele expressed in at least 10%, at least 15%, at least 20%, at least 25%, at least 30%, at least 35%, at least 40%, or at least 45% of subjects in a population of subjects suffering from a neoplastic disorder. In some embodiments, the antigenic portion is capable of eliciting a T cell response against a tumor present in at least 1%, at least 5%, or at least 10% of a population of subjects suffering from a neoplastic disorder.
[808] В некоторых вариантах осуществления антигенная часть непосредственно не перекрывается с канонической пептидной последовательностью или не состоит из нее. Применяемый в данном документе термин "каноническая пептидная последовательность" относится к любой непрерывной пептидной последовательности, присутствующей в протеоме человека в отсутствие контакта с модулятором сплайсинга (например, в отсутствие контакта с модулятором сплайсинга отдельно и/или как части ADC или композиции), и/или воздействию которой иммунная система ранее подвергалась. В некоторых вариантах осуществления каноническая пептидная последовательность происходит из открытой рамки считывания канонического транскрипта и/или кодируется ею. Иллюстративные канонические пептидные последовательности подчеркнуты в таблице 21.[808] In some embodiments, the antigenic portion does not directly overlap with or consist of the canonical peptide sequence. As used herein, the term "canonical peptide sequence" refers to any contiguous peptide sequence present in the human proteome in the absence of contact with a splicing modulator (e.g., in the absence of contact with a splicing modulator alone and/or as part of an ADC or composition), and/or to which the immune system has previously been exposed. In some embodiments, the canonical peptide sequence is derived from and/or encoded by the open reading frame of the canonical transcript. Illustrative canonical peptide sequences are underlined in Table 21.
[809] В некоторых вариантах осуществления, если вводят модулятора сплайсинга (например, отдельно и/или как части ADC или композиции), каноническая пептидная последовательность может быть получена из 24 нуклеотидов, расположенных непосредственно на 5'-конце рамки до события аберрантного сплайсинга, индуцированного модулятором сплайсинга, и/или может кодироваться ими. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления каноническая пептидная последовательность содержит 8 аминокислот или состоит из них, располагающихся непосредственно с N-конца неоантигенной последовательности, образование которой индуцировано модулятором сплайсинга. В некоторых вариантах осуществления, если последовательность 5'-концевого экзона заканчивается концевым нуклеотидом кодона, каноническая пептидная последовательность заканчивается в конце экзона. В некоторых других вариантах осуществления, если последовательность 5'-концевого экзона заканчивается одним или двумя из трех нуклеотидов кодона, каноническая пептидная последовательность получена из 24 нуклеотидов, предшествующих неполному кодону, и/или кодируется ими. В некоторых вариантах осуществления 3'-концевые последовательности mRNA при событии аберрантного сплайсинга могут транслироваться в той же открытой рамке считывания, полученной 5'-концевого экзона вплоть до достижения стоп-кодона, после чего трансляция может заканчиваться. В некоторых вариантах осуществления, если событие аберрантного сплайсинга (например, пропуск экзона) приводит к сохранению открытой рамки считывания канонического транскрипта, C-концевая последовательность может транслироваться в дополнительные 24 нуклеотида, кодирующие 8 C-концевых аминокислот. В некоторых вариантах осуществления в данном контексте только участок вдоль аберрантного соединения экзонов может кодировать неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления, если открытая рамка считывания сдвинута (например, при сохранении интрона), полная C-концевая последовательность (кодируемая 3'-концевой mRNA) может кодировать неоантигенную последовательность.[809] In some embodiments, if a splicing modulator is administered (e.g., alone and/or as part of an ADC or composition), the canonical peptide sequence can be derived from the 24 nucleotides located immediately at the 5' end of the frame prior to the aberrant splicing event induced splicing modulator, and/or may be encoded by them. Thus, in some embodiments, the implementation of the canonical peptide sequence contains or consists of 8 amino acids located directly from the N-terminus of the neoantigenic sequence, the formation of which is induced by the splicing modulator. In some embodiments, if the 5' exon sequence ends at the terminal nucleotide of the codon, the canonical peptide sequence ends at the end of the exon. In some other embodiments, if the 5' exon sequence ends in one or two of the three codon nucleotides, the canonical peptide sequence is derived from and/or encoded by the 24 nucleotides preceding the incomplete codon. In some embodiments, the 3' mRNA sequences in an aberrant splicing event may be translated in the same open reading frame generated by the 5' exon until a stop codon is reached, at which point translation may end. In some embodiments, if an aberrant splicing event (eg, exon skipping) results in the preservation of the open reading frame of the canonical transcript, the C-terminal sequence can be translated into an additional 24 nucleotides encoding the 8 C-terminal amino acids. In some embodiments, in this context, only a stretch along an aberrant exon junction may encode a neoantigenic sequence. In some embodiments, if the open reading frame is shifted (eg, while conserving an intron), the complete C-terminal sequence (encoded by the 3' mRNA) may encode a neoantigenic sequence.
[810] В некоторых вариантах осуществления антигенная часть неоантигенной последовательности выбрана посредством сравнения неоантигенной последовательности с канонической пептидной последовательностью и выбора части неоантигенной последовательности, которая непосредственно не перекрывается с канонической пептидной последовательностью, не состоит из нее и/или не выравнивается с ней. В некоторых вариантах осуществления антигенную часть неоантигенной последовательности можно подвергать скринингу в отношении антигенности и/или функции примирования T-клеток таким же образом, как и полноразмерные неоантигенные последовательности (например, неоантигенную последовательность, из которой получена антигенная часть). В некоторых вариантах осуществления антигенную часть неоантигенной последовательности оценивают в отношении антигенности и/или функции примирования T-клеток с применением анализа примирования T-клеток, такого как иллюстративные эксперименты с примированием T-клеток, описанные в данном документе. [810] In some embodiments, the antigenic portion of a neoantigenic sequence is selected by comparing the neoantigenic sequence to a canonical peptide sequence and selecting a portion of the neoantigenic sequence that does not directly overlap, consist of, and/or align with the canonical peptide sequence. In some embodiments, the antigenic portion of a neoantigenic sequence can be screened for antigenicity and/or T cell priming function in the same manner as full length neoantigenic sequences (eg, the neoantigenic sequence from which the antigenic portion is derived). In some embodiments, an antigenic portion of a neoantigenic sequence is evaluated for antigenicity and/or T cell priming function using a T cell priming assay, such as the exemplary T cell priming experiments described herein.
[811] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой неоантигенную последовательность, специфическую для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой персонализированную неоантигенную вакцину для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность, применяемая для создания персонализированной неоантигенной вакцины для субъекта, способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у субъекта. В некоторых вариантах осуществления персонализированная неоантигенная вакцина выбрана посредством идентификации неоантигенов, экспрессируемых в опухоли субъекта, например, после введения модулятора сплайсинга или ADC и выбора вакцины, содержащей неоантигенную последовательность, выявленную в опухоли пациента, например, вакцину, содержащую аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65, которая выявлена в опухоли. [811] In some embodiments, the neoantigenic sequence is a subject-specific neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a personalized neoantigenic vaccine for a subject. In some embodiments, the neoantigen sequence used to create a personalized neoantigen vaccine for a subject is capable of binding to at least one HLA allele expressed in the subject. In some embodiments, the personalized neoantigen vaccine is selected by identifying neoantigens expressed in the subject's tumor, e.g., after administering a splicing modulator or ADC and selecting a vaccine containing the neoantigen sequence found in the patient's tumor, e.g., a vaccine containing the amino acid sequence of any of the SEQ IDs. NO: 37-65, which is found in the tumor.
[812] Термин "персонализированная", когда его применяют для описания неоантигенной вакцины, относится к вакцине, созданной посредством идентификации одного или нескольких неоантигенов, продуцируемых у пациента, предпочтительно неоантигена, идентифицированного у пациента после воздействия модулятором сплайсинга, ADC или композиции, и затем применения одного или нескольких из этих неоантигенов в качестве основы для вакцины для того же пациента. Соответственно, в некоторых вариантах осуществления пациенту вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию, а затем проводят скрининг на присутствие неoантигенов, продуцируемых как результат обработки. В некоторых вариантах осуществления выбранная неоантигенная вакцина содержит неоантигенный пептид или mRNA, раскрытые в данном документе, и присутствие которых у пациента подтверждают после воздействия с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию и/или пептид или mRNA-вакцину можно вводить пациенту однократно или повторно. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления один или несколько из таких неоантигенов применяют для создания персонализированной вакцины, которую вводят пациенту. В некоторых вариантах осуществления один или несколько неоантигенов, применяемых для создания персонализированной вакцины, обладают аффинностью связывания с одним или несколькими специфическими для пациента аллелями HLA. В некоторых вариантах осуществления у пациента экспрессируется один или несколько аллелей MHC1, которые связываются с одним или несколькими неоантигенами. Прогнозирование того, будет ли неоантиген связываться со специфическим аллелем MHC1, можно осуществлять с применением любого способа вычислительного прогнозирования, известного из уровня техники. Иллюстративные способы вычислительного прогнозирования раскрыты, например, в Meydan et al. (2013) BMC Bioinformatics 14(Suppl. 2):S13, который включен в данный документ посредством ссылки для таких способов.[812] The term "personalized" when used to describe a neoantigen vaccine refers to a vaccine created by identifying one or more neoantigens produced in a patient, preferably the neoantigen identified in the patient after exposure to a splicing modulator, ADC, or composition, and then applying one or more of these neoantigens as the basis for a vaccine for the same patient. Accordingly, in some embodiments, a splicing modulator, ADC, or composition is administered to the patient and then screened for the presence of neoantigens produced as a result of the treatment. In some embodiments, the selected neoantigenic vaccine contains a neoantigenic peptide or mRNA as disclosed herein and whose presence in a patient is confirmed after exposure to a splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, the splicing modulator, ADC or composition and/or peptide or mRNA vaccine can be administered to a patient once or repeatedly. Therefore, in some embodiments, one or more of these neoantigens is used to create a personalized vaccine that is administered to a patient. In some embodiments, one or more neoantigens used to create a personalized vaccine have binding affinity for one or more patient-specific HLA alleles. In some embodiments, the patient expresses one or more MHC1 alleles that bind to one or more neoantigens. Predicting whether a neoantigen will bind to a specific MHC1 allele can be done using any computational prediction method known in the art. Exemplary computational prediction methods are disclosed, for example, in Meydan et al. (2013) BMC Bioinformatics 14(Suppl. 2):S13, which is incorporated herein by reference for such methods.
[813] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную вакцину. [813] In some other embodiments, the neoantigenic sequence is a universal neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a generic neoantigenic vaccine.
[814] Термин "универсальная", когда он применяется для описания неоантигенной вакцины, относится к вакцине, содержащей пептидную последовательность или последовательность mRNA, которые основаны на обычном(-ых) или известном(-ых) неоантигене(-ах), обнаруживаемом(-ых) посредством секвенирования неоантигенов, продуцируемых у многих пациентов и/или в образцах ткани пациентов, предпочтительно после воздействия по меньшей мере с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. Пептидная последовательность или последовательность mRNA, применяемые в вакцине, необязательно должны присутствовать у каждого пациента, а обнаруживаются у по меньшей мере нескольких пациентов или в образцах ткани пациентов. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию и/или пептид или mRNA-вакцину можно вводить пациенту однократно или повторно. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления данную пептидную последовательность или последовательность mRNA применяют для вакцинирования дополнительных пациентов. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию, а затем вводят пептидную или mRNA-вакцину на основе известного неоантигена для усиления иммунного ответа на неоантигены, продуцируемые под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят универсальную пептидную или mRNA-вакцину, а затем однократно или повторно вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность (или последовательности), применяемая для создания универсальной неоантигенной вакцины, выбрана на основе общей встречаемости аллеля MHC1 в приведенной популяции пациентов (Maiers et al. (2007) Hum. Immunol. 68(9):779-88). [814] The term "universal" when used to describe a neoantigen vaccine refers to a vaccine containing a peptide or mRNA sequence that is based on the conventional(s) or known(s) neoantigen(s) detectable(- x) by sequencing neoantigens produced in multiple patients and/or in patient tissue samples, preferably after exposure to at least a splicing modulator, ADC, or composition. The peptide or mRNA sequence used in a vaccine does not have to be present in every patient, but is found in at least a few patients or in tissue samples from patients. In some embodiments, the splicing modulator, ADC or composition and/or peptide or mRNA vaccine can be administered to a patient once or repeatedly. Therefore, in some embodiments, the peptide or mRNA sequence is used to vaccinate additional patients. In some embodiments, a splicing modulator, ADC, or composition is administered to a patient, and then a peptide or mRNA vaccine based on a known neoantigen is administered to enhance the immune response to neoantigens produced by the splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, the patient is given a generic peptide or mRNA vaccine and then given a single or repeated dose of a splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, the neoantigenic sequence (or sequences) used to create a universal neoantigenic vaccine is selected based on the overall occurrence of the MHC1 allele in a given patient population (Maiers et al. (2007) Hum. Immunol. 68(9):779-88) .
[815] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность (например, универсальный неоантиген) способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40% или по меньшей мере 45% субъектов в популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна вызывать T-клеточный ответ на опухоль, присутствующую у по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5% или по меньшей мере 10% популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением.[815] In some embodiments, a neoantigenic sequence (e.g., a universal neoantigen) is capable of binding to at least one HLA allele expressed in at least 10%, at least 15%, at least 20%, at least 25% , at least 30%, at least 35%, at least 40%, or at least 45% of subjects in a population of subjects suffering from a neoplastic disorder. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of eliciting a T cell response to a tumor present in at least 1%, at least 5%, or at least 10% of a population of subjects suffering from a neoplastic disorder.
[816] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность была идентифицирована посредством секвенирования по меньшей мере одного неоантигенного пептида или кодирующей его mRNA, образование которых индуцировано у субъекта посредством введения эффективного количества модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантигенный пептид содержит неоантигенную последовательность, образование которой индуцировано путем приведения неопластической клетки в контакт с эффективным количеством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте.[816] In some embodiments, a neoantigenic sequence has been identified by sequencing at least one neoantigenic peptide or mRNA encoding it, the formation of which is induced in a subject by administration of an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide comprises a neoantigenic sequence whose formation is induced by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the neoplastic cell is in an in vitro cell culture. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject.
[817] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый носитель (например, любой из иллюстративных носителей, описанных в данном документе). В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантигенный пептид связан с фармацевтически приемлемым носителем. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемый носитель выбран из пептида, сывороточного альбумина, гемоцианина фисуреллы, иммуноглобулина, тиреоглобулина, овальбумина, анатоксина или аттенуированного производного анатоксина, цитокина и хемокина. В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый носитель ковалентно связаны через линкер. В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый носитель экспрессируются в виде слитого белка. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый разбавитель. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый адъювант. [817] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide and a pharmaceutically acceptable carrier (eg, any of the exemplary carriers described herein). In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is associated with a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier is selected from a peptide, serum albumin, fisurella hemocyanin, immunoglobulin, thyroglobulin, ovalbumin, toxoid, or an attenuated derivative of toxoid, a cytokine, and a chemokine. In some embodiments, the neoantigenic peptide and the pharmaceutically acceptable carrier are covalently linked through a linker. In some embodiments, the neoantigenic peptide and the pharmaceutically acceptable carrier are expressed as a fusion protein. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide and a pharmaceutically acceptable diluent. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide and a pharmaceutically acceptable adjuvant.
[818] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA кодирует одну или более одной неоантигенной последовательности. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[818] In some embodiments, the neoantigenic vaccine contains at least one neoantigenic mRNA. In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA encodes one or more than one neoantigenic sequence. In some embodiments, the implementation neoantigenic sequence contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 46- 49.
[819] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 66-93 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 66-93. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 66 или антигенную часть под SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 74-77 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 74-77. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность и/или антигенная часть непосредственно не перекрываются с канонической пептидной последовательностью (например, любой из иллюстративных канонических пептидных последовательностей, подчеркнутых в таблице 21) или не состоят из нее.[819] In some other embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 66-93 or an antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66 or the antigenic portion of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 74-77 or the antigenic portion of any of SEQ ID NO: 74-77. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 20 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion do not directly overlap with or consist of a canonical peptide sequence (eg, any of the illustrative canonical peptide sequences underlined in Table 21).
[820] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой неоантигенную последовательность, специфическую для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой персонализированную неоантигенную вакцину для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у субъекта.[820] In some embodiments, the neoantigenic sequence is a subject-specific neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a personalized neoantigenic vaccine for a subject. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in the subject.
[821] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную вакцину. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40% или по меньшей мере 45% субъектов в популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна вызывать T-клеточный ответ на опухоль, присутствующую у по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5% или по меньшей мере 10% популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением.[821] In some other embodiments, the neoantigenic sequence is a universal neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a generic neoantigenic vaccine. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in at least 10%, at least 15%, at least 20%, at least 25%, at least 30%, at least at least 35%, at least 40%, or at least 45% of subjects in a population of subjects suffering from a neoplastic disorder. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of eliciting a T cell response to a tumor present in at least 1%, at least 5%, or at least 10% of a population of subjects suffering from a neoplastic disorder.
[822] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность была идентифицирована посредством секвенирования белковой последовательности по меньшей мере одного неоантигена. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность была идентифицирована посредством секвенирования по меньшей мере одной mRNA, кодирующей неоантиген, образование которой индуцировано у субъекта посредством введения эффективного количества модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA кодирует неоантигенную последовательность, образование которой индуцировано путем приведения неопластической клетки в контакт с эффективным количеством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте.[822] In some embodiments, a neoantigenic sequence has been identified by sequencing the protein sequence of at least one neoantigen. In some embodiments, a neoantigenic sequence has been identified by sequencing at least one mRNA encoding a neoantigen that is induced in a subject by administration of an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA encodes a neoantigenic sequence whose formation is induced by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the neoplastic cell is in an in vitro cell culture. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject.
[823] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый носитель (например, любой из иллюстративных носителей, описанных в данном документе). В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA связана с фармацевтически приемлемым носителем. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемый носитель выбран из пептида, сывороточного альбумина, гемоцианина фисуреллы, иммуноглобулина, тиреоглобулина, овальбумина, анатоксина или аттенуированного производного анатоксина, цитокина и хемокина. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый разбавитель. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый адъювант. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная mRNA инкапсулирована с помощью инкапсулирующего средства. В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующее средство представляет собой липосому. В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующее средство представляет собой наночастицу.[823] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable carrier (eg, any of the exemplary carriers described herein). In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA is associated with a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier is selected from a peptide, serum albumin, fisurella hemocyanin, immunoglobulin, thyroglobulin, ovalbumin, toxoid, or an attenuated derivative of toxoid, a cytokine, and a chemokine. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable diluent. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable adjuvant. In some embodiments, the neoantigenic mRNA is encapsulated with an encapsulating agent. In some embodiments, the encapsulating agent is a liposome. In some embodiments, the implementation of the encapsulating agent is a nanoparticle.
[824] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает введение цитокина или аналога цитокина, например, любого цитокина или аналога цитокина, раскрытых в данном документе. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к цитокину или аналогу цитокина при введении их по отдельности. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают средство усиления для T-клеток. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ и/или TNFα. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-2, IL-10, IL-12 и/или IL-15. В некоторых вариантах осуществления введение цитокина или аналога цитокин усиливает примирование T-клеток после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции вследствие индуцирования образования и презентации неоантигенов. [824] In some embodiments, at least one additional therapeutic agent involves the administration of a cytokine or cytokine analog, for example, any cytokine or cytokine analog disclosed herein. In some embodiments, the subject is characterized by intolerance, intolerance, or insufficient responsiveness to a cytokine or cytokine analog when administered alone. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog provides an amplifying agent for T cells. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ and/or TNFα. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-2, IL-10, IL-12, and/or IL-15. In some embodiments, administration of a cytokine or cytokine analog enhances T cell priming following administration of a splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition by inducing the production and presentation of neoantigens.
[825] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает введение сконструированных T-клеток, целенаправленно воздействующих на опухоль (т. е. CAR-T), например, любое средство терапии на основе CAR-T, раскрытое в данном документе. [825] In some embodiments, at least one additional therapy involves the administration of engineered T cells that target a tumor (i.e., CAR-T), for example, any CAR-T-based therapy disclosed herein .
[826] В некоторых вариантах осуществления способы, описанные в данном документе, могут дополнительно предусматривать обнаружение одного или нескольких неоантигенов и/или T-клеточного ответа у субъекта после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и необязательно продолжение введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, если обнаружены один или несколько неоантигенов и/или T-клеточный ответ. В некоторых вариантах осуществления обнаружение одного или нескольких неоантигенов и/или T-клеточного ответа у субъекта указывает на эффективность лечения посредством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления лечение посредством дополнительного средства терапии наряду с модулятором сплайсинга, конъюгатом антитела и лекарственного средства или композицией продолжают в том случае, если обнаружены один или несколько неоантигенов и/или T-клеточный ответ. В некоторых вариантах осуществления лечение продолжают при сниженной дозировке и/или частоте, если обнаружены один или несколько неоантигенов и/или T-клеточный ответ.[826] In some embodiments, the methods described herein may further include detecting one or more neoantigens and/or a T cell response in a subject after administration of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition, and optionally continuing to administer the splicing modulator, an antibody-drug conjugate or composition if one or more neoantigens and/or a T-cell response is detected. In some embodiments, detection of one or more neoantigens and/or a T cell response in a subject is indicative of efficacy of treatment with a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, treatment with an additional therapy along with a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition is continued if one or more neoantigens and/or a T cell response is detected. In some embodiments, treatment is continued at a reduced dosage and/or frequency if one or more neoantigens and/or a T cell response is detected.
[827] В некоторых вариантах осуществления способы, описанные в данном документе, могут дополнительно предусматривать обнаружение иммунитета на двухнитевую РНК у субъекта после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и необязательно продолжение введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, если обнаружен иммунный ответ на двухнитевую РНК. В некоторых вариантах осуществления обнаружение иммунного ответа на двухнитевую РНК у субъекта указывает на эффективность лечения посредством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления лечение посредством дополнительного средства терапии наряду с модулятором сплайсинга, конъюгатом антитела и лекарственного средства или композицией продолжают в том случае, если обнаружен иммунный ответ на двухнитевую РНК. В некоторых вариантах осуществления лечение продолжают при сниженной дозировке и/или частоте, если обнаружен иммунный ответ на двухнитевую РНК.[827] In some embodiments, the methods described herein may further comprise detecting double-stranded RNA immunity in a subject following administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition, and optionally continuing to administer the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. if an immune response to double-stranded RNA is detected. In some embodiments, detection of an immune response to double-stranded RNA in a subject is indicative of efficacy of treatment with the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition. In some embodiments, treatment with an additional therapy along with a splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition is continued if an immune response to double-stranded RNA is detected. In some embodiments, treatment is continued at a reduced dosage and/or frequency if an immune response to double-stranded RNA is detected.
[828] В некоторых вариантах осуществления способы, описанные в данном документе, могут дополнительно предусматривать обнаружение иммуногенной гибели клетки у субъекта после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и необязательно продолжение введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, если обнаружена иммуногенная гибель клетки. В некоторых вариантах осуществления обнаружение иммуногенной гибели клетки у субъекта указывает на эффективность лечения посредством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления лечение посредством дополнительного средства терапии наряду с модулятором сплайсинга, конъюгатом антитела и лекарственного средства или композицией продолжают в том случае, если обнаружена иммуногенная гибель клетки. В некоторых вариантах осуществления лечение продолжают при сниженной дозировке и/или частоте, если обнаружена иммуногенная гибель клеток.[828] In some embodiments, the methods described herein may further include detecting immunogenic cell death in a subject following administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition, and optionally continuing to administer the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition, if immunogenic cell death is detected. In some embodiments, the detection of immunogenic cell death in a subject is indicative of the efficacy of treatment with the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, treatment with an additional therapy along with a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition is continued if immunogenic cell death is detected. In some embodiments, treatment is continued at a reduced dosage and/or frequency if immunogenic cell death is detected.
[829] В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 150 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 100 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 50 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект имеет неопластическое нарушение, например, гематологическое злокачественное новообразование или солидную опухоль, или имеет подозрение на его наличие. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза, лимфомы и миеломы. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы, рака желудка, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, рака матки, карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[829] In some embodiments, the implementation of the subject is characterized by a mutation load with non-synonymous changes of about 150 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 100 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 50 mutations or less. In some embodiments, the subject has or is suspected of having a neoplastic disorder, such as a hematologic malignancy or solid tumor. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia, lymphoma, and myeloma. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer, gastric cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, uterine cancer, salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer and cancer of the esophagus. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
[830] В различных вариантах осуществления в настоящем изобретение дополнительно предусмотрен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, предусматривающий: (a) введение субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC, где введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции обеспечивает индуцирование образования по меньшей мере одного нeoантигена и/или T-клеточного ответа; (b) обнаружение одного или нескольких неоантигенов и/или T-клеточного ответа у субъекта после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции; и (c) продолжение введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, если обнаружены один или несколько неоантигенов и/или T-клеточный ответ. В некоторых вариантах осуществления обнаружение одного или нескольких неоантигенов и/или T-клеточного ответа у субъекта указывает на эффективность лечения посредством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления один или несколько неоантигенов содержат аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления один или несколько неоантигенов содержат аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления один или несколько неоантигенов содержат аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления один или несколько неоантигенов содержат аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[830] In various embodiments, the present invention further provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder, comprising: (a) administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC, wherein administering a splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition to induce the formation of at least one neoantigen and/or a T cell response; (b) detecting one or more neoantigens and/or a T cell response in the subject following administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition; and (c) continuing to administer the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition if one or more neoantigens and/or a T cell response is detected. In some embodiments, detection of one or more neoantigens and/or a T cell response in a subject is indicative of efficacy of treatment with a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the implementation of one or more neoantigens contain the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, one or more neoantigens comprise the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, one or more neoantigens comprise the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, one or more neoantigens comprise the amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 46-49.
Комбинация модулятора сплайсинга/ADC и ингибирования контрольных точек иммунного ответа Combination of Splice Modulator/ADC and Inhibition of Immune Response Checkpoints
[831] В различных вариантах осуществления пациент, у которого имеется рак, описанный в данном документе, может быть подвергнут лечению с использованием комбинации модулятора сплайсинга, ADC или композиции и средства терапии на основе ингибитора контрольных точек. Контрольные точки иммунного ответа представляют собой ингибиторные пути, которые замедляют или останавливают иммунные реакции и предотвращают избыточное повреждение тканей вследствие неконтролируемой активности иммунных клеток. Применяемый в данном документе термин "ингибитор контрольных точек" означает любое терапевтическое средство, в том числе любое низкомолекулярное химическое соединение, антитело, молекулу нуклеиновой кислоты или полипептид или любые их фрагменты, которое ингибирует один или несколько ингибиторных путей, за счет чего обеспечивается более функциональная иммунная активность.[831] In various embodiments, a patient having the cancer described herein may be treated with a combination of a splicing modulator, an ADC, or a checkpoint inhibitor composition and therapy. Immune response checkpoints are inhibitory pathways that slow or stop immune responses and prevent excessive tissue damage due to uncontrolled immune cell activity. As used herein, the term "checkpoint inhibitor" means any therapeutic agent, including any small molecular weight chemical compound, antibody, nucleic acid molecule or polypeptide, or any fragment thereof, that inhibits one or more inhibitory pathways, thereby providing a more functional immune system. activity.
[832] Как было показано, лечение пациентов с помощью ингибирования контрольных точек иммунного ответа имеет хорошую эффективность при определенных клинических показаниях. Недавно FDA одобрило применение ингибитора контрольных точек у пациентов с опухолями, проявляющими высокую микросателлитную нестабильность, независимо от происхождения ткани. Данная регистрация частично была основана на наблюдении того, что значения частоты ответа положительно коррелируют с мутационной нагрузкой (Rizvi et al. (2015) Science 348(6230):124-8; Hellmann et al. (2018) Cancer Cell 33(5):853-861). Оценки из литературы варьируют по абсолютным числам и в зависимости от происхождения, но в общем подтверждают, что выше порогового значения ~150-250 мутаций, вероятность ответа повышается. Анализ данных TCGA демонстрирует, что большой процент развивающихся у взрослых опухолей разного происхождения имеет сравнительно небольшую мутационную нагрузку с несинонимичными изменениями (Vogelstein et al. (2013) Science 339:1549-58). Большинство линий происхождения характеризуются средними значениями частоты несинонимичных мутаций ~30-80 на пациента, значительно ниже пороговых значений, требуемых для повышения вероятности ответа на ингибиторы контрольных точек.[832] Treatment of patients with immune checkpoint inhibition has been shown to have good efficacy in certain clinical indications. The FDA recently approved the use of a checkpoint inhibitor in patients with tumors exhibiting high microsatellite instability, regardless of tissue origin. This registration was partly based on the observation that response rates are positively correlated with mutation load (Rizvi et al. (2015) Science 348(6230):124-8; Hellmann et al. (2018) Cancer Cell 33(5): 853-861). Estimates from the literature vary in absolute numbers and by lineage, but generally confirm that above a threshold of ~150-250 mutations, the likelihood of a response increases. Analysis of TCGA data demonstrates that a large percentage of developing adult tumors of different origins have a relatively small mutation load with non-synonymous changes (Vogelstein et al. (2013) Science 339:1549-58). Most lineages are characterized by mean non-synonymous mutation rates of ~30-80 per patient, well below the thresholds required to increase the likelihood of response to checkpoint inhibitors.
[833] Например, как было показано, HER2-положительный рак молочной железы имеет в среднем ~60 несинонимичными мутаций, присутствующих в образце пациента. Однако пороговое значение для эффективности лечения с помощью ингибитора контрольных точек, как упомянуто выше, по оценками находится в диапазоне ~150-250 несинонимичных мутаций, т. е. пациенты со значением выше данного порогового значения более вероятно будут демонстрировать полную ремиссию, частичную ремиссию и/или стабилизацию заболевания, в то время как у пациентов со значением ниже данного порогового значения более вероятно проявляется прогрессирование заболевания. Следовательно, требуются стратегии для увеличения наблюдаемого числа несинонимичных мутаций и/или неоантигенов, присутствующих на опухолевых клетках, и они могут увеличивать общую вероятность ответа, например, на средство терапии на основе ингибитора контрольных точек. Поскольку цитокины (и их аналоги) действуют посредством подобного механизма действия, такие стратегии также могут повышать общую вероятность ответа на средства терапии на основе цитокинов.[833] For example, HER2 positive breast cancer has been shown to have an average of ~60 non-synonymous mutations present in a patient sample. However, the threshold for effective treatment with a checkpoint inhibitor, as mentioned above, is estimated to be in the range of ~150-250 non-synonymous mutations, i.e. patients above this threshold are more likely to experience complete remission, partial remission, and/or or stabilization of the disease, while patients with a value below this threshold are more likely to show progression of the disease. Therefore, strategies are required to increase the observed number of non-synonymous mutations and/or neoantigens present on tumor cells and may increase the overall likelihood of response to, for example, a checkpoint inhibitor therapy. Because cytokines (and their analogs) act through a similar mechanism of action, such strategies may also increase the overall likelihood of response to cytokine-based therapies.
[834] В настоящее время значения частоты ответа при HER2-положительном раке молочной железы составляют ~15-25% (CTI NCT02129556). В различных вариантах осуществления, раскрытых в данном документе, лечение с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции в комбинации со средством терапии на основе ингибитора контрольных точек и/или цитокина может улучшать эту значения частоты ответа. В различных вариантах осуществления лечение с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции в комбинации терапией ингибитором контрольных точек и/или цитокином может быть применимо по отношению к любой опухоли, возникающей у взрослых, в частности у тех, у кого медианная частота несинонимичных мутаций ниже рассчитанного порогового значения ~150 мутаций. В некоторых вариантах осуществления иллюстративные типы рака, подходящие для лечения с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции по настоящему изобретению по отдельности или в комбинации с дополнительным средством терапии (например, средством терапии на основе ингибитора контрольных точек, средством терапии на основе цитокина), включают без ограничения рак пищевода, неходжкинскую лимфому, колоректальный рак, рак головы и шеи, рак желудка, рак эндометрия, аденокарциному поджелудочной железы, рак яичника, рак предстательной железы, печеночноклеточный рак, глиобластому, рак молочной железы (например, HER2-положительный рак молочной железы), рак легкого (например, немелкоклеточный рак легкого), хронический лимфоцитарный лейкоз и острый миелоидный лейкоз. Другие иллюстративные подходящие типы рака определены, например, в Vogelstein et al. (2013) Science 339:1549-58, который включен в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте.[834] Currently, response rates for HER2-positive breast cancer are ~15-25% (CTI NCT02129556). In various embodiments disclosed herein, treatment with a splicing modulator, ADC, or composition in combination with a checkpoint inhibitor and/or cytokine therapy may improve this response rate. In various embodiments, treatment with a splicing modulator, an ADC, or a composition in combination with checkpoint inhibitor and/or cytokine therapy may be applicable to any tumor that occurs in adults, in particular those with a median non-synonymous mutation rate below the calculated threshold. values ~150 mutations. In some embodiments, exemplary cancers suitable for treatment with a splicing modulator, an ADC, or a composition of the present invention alone or in combination with an additional therapy (e.g., checkpoint inhibitor therapy, cytokine therapy) include without limitation, esophageal cancer, non-Hodgkin's lymphoma, colorectal cancer, head and neck cancer, gastric cancer, endometrial cancer, pancreatic adenocarcinoma, ovarian cancer, prostate cancer, hepatocellular carcinoma, glioblastoma, breast cancer (e.g., HER2-positive breast cancer ), lung cancer (eg, non-small cell lung cancer), chronic lymphocytic leukemia, and acute myeloid leukemia. Other illustrative suitable types of cancer are defined, for example, in Vogelstein et al. (2013) Science 339:1549-58, which is incorporated herein by reference in its entirety.
[835] Поскольку применение многих средств терапии на основе ингибитора контрольных точек обусловлено постоянной экспрессией опухоль-ассоциированных антигенов, для эффективности и для "повторной стимуляции" популяций реактивных T-клеток необходимо регулярные бустерные введения средств лечения. Индуцибельная природа модулятора сплайсинга или неоантигенов, образующихся под действием ADC, обеспечивает терапевтические схемы введения, которые могут быть разработаны для усиления иммунного ответа неоантиген-реактивных T-клеток, в то же время ограничивая истощение T-клеток, зачастую вызванное хронической стимуляцией антигеном. Например, в некоторых вариантах осуществления исходную дозу модулятора сплайсинга, ADC или композиции вводят субъекту для инициации аберрантного сплайсинга и продуцирования неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления по прошествии периода времени, необходимого для продуцирования белка и презентации антигена, затем субъекту вводят начальную дозу ингибитора контрольных точек для стимуляции и/или усиления примирования и размножения эффекторных Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления период ожидания между дозами модулятора сплайсинга, ADC или композиции и ингибитора контрольных точек составляет приблизительно 2, приблизительно 3, приблизительно 4, приблизительно 5, приблизительно 6 или приблизительно 7 дней. В некоторых вариантах осуществления период ожидания составляет от приблизительно 3 дней до приблизительно 5 дней. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR. В некоторых вариантах осуществления комбинированный терапевтический эффект модулятора сплайсинга, ADC или композиции и ингибитора контрольных точек может быть аддитивным или сверхаддитивным. [835] Since the use of many checkpoint inhibitor therapies is driven by persistent expression of tumor-associated antigens, regular booster treatments are required to be effective and to "re-stimulate" reactive T cell populations. The inducible nature of the splicing modulator or neoantigens generated by ADC provides therapeutic regimens that can be designed to enhance the immune response of neoantigen-reactive T cells while limiting T cell depletion often caused by chronic antigen stimulation. For example, in some embodiments, an initial dose of a splicing modulator, ADC, or composition is administered to a subject to initiate aberrant splicing and produce neoantigenic peptides. In some embodiments, after a period of time necessary for protein production and antigen presentation, the subject is then administered an initial dose of a checkpoint inhibitor to stimulate and/or enhance priming and expansion of effector T cells. In some embodiments, the waiting period between doses of the splicing modulator, ADC, or composition and the checkpoint inhibitor is about 2, about 3, about 4, about 5, about 6, or about 7 days. In some embodiments, the waiting period is from about 3 days to about 5 days. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets CTLA4, OX40, CD40, and/or GITR. In some embodiments, the combined therapeutic effect of the splicing modulator, ADC or composition and the checkpoint inhibitor may be additive or super-additive.
[836] В некоторых вариантах осуществления после периода, обеспечивающего возможность примирования и размножения T-клеток, субъекту затем вводят вторую или последующую дозу модулятора сплайсинга, ADC или композиции для инициации повторной презентации неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления период ожидания между исходной дозой ингибитора контрольных точек и второй или последующей дозой модулятора сплайсинга, ADC или композиции составляет приблизительно 2, приблизительно 3, приблизительно 4 или приблизительно 5 недель. В некоторых вариантах осуществления период ожидания составляет приблизительно 3 недели. После второй или последующей дозы модулятора сплайсинга, ADC или композиции в некоторых вариантах осуществления иммунная система может контактировать с презентирующими неоантиген опухолевыми клетками и/или вызывать уничтожение опухолевых клеток. В некоторых вариантах осуществления затем субъекту вводят вторую или последующую дозу ингибитора контрольных точек для дополнительного размножения популяции эффекторных T-клеток памяти после обеспечения вторичного примирования и размножения Т-клеток. [836] In some embodiments, after a period allowing T cells to be primed and expanded, the subject is then administered a second or subsequent dose of a splicing modulator, ADC, or composition to initiate re-presentation of the neoantigenic peptides. In some embodiments, the waiting period between the initial dose of the checkpoint inhibitor and the second or subsequent dose of the splicing modulator, ADC, or composition is about 2, about 3, about 4, or about 5 weeks. In some embodiments, the waiting period is approximately 3 weeks. Following a second or subsequent dose of the splicing modulator, ADC, or composition, in some embodiments, the immune system may contact the neoantigen-presenting tumor cells and/or cause the tumor cells to be killed. In some embodiments, a second or subsequent dose of a checkpoint inhibitor is then administered to the subject to further expand the effector memory T cell population after T cell repriming and expansion has been achieved.
[837] В некоторых вариантах осуществления введение доз модулятора сплайсинга, ADC или композиции после данной иллюстративной исходной схемы лечения может быть пульсирующим, т. е. модулятор сплайсинга, ADC или композицию можно вводить в дозах с длительными интервалами (например, приблизительно каждые 4 недели, приблизительно каждые 5 недель, приблизительно каждые 6 недель) для обеспечения презентации антигена, привлечения Т-клеток, и/или уничтожения опухолевых клеток, и/или восстановления популяции Т-клеток памяти. В более поздние временные точки в некоторых вариантах осуществления лечение с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции можно объединять с одним или несколькими ингибиторами контрольных точек, направленными на восстановление эффекторной функциональной способности у популяций истощенных T-клеток. Например, в некоторых вариантах осуществления в более поздние временные точки лечение с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции можно объединять с одним или несколькими ингибиторами контрольных точек, целенаправленно воздействующими на PD1/PDL1, LAG3 и/или TIM3. В некоторых вариантах осуществления пульсирующий характер презентации и примирования неоантигена может обеспечивать возможность менее частого введения и/или в более низких дозах ингибитора контрольных точек и/или модулятора сплайсинга, ADC или композиции, подлежащих введению. В некоторых вариантах осуществления пульсирующий характер презентации неоантигена может обеспечивать один или несколько положительных эффектов лечения ингибитором контрольных точек (например, антителом к CTLA4, таким как ипилимумаб) в сравнении с ингибитором контрольных точек, вводимым без одновременного введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции, например, за счет снижения потенциального риска нежелательных реакций, часто наблюдаемых в случае стандартной схемы введения ингибитора контрольных точек.[837] In some embodiments, dosing of the splicing modulator, ADC, or composition following this illustrative initial treatment regimen may be pulsatile, i.e., the splicing modulator, ADC, or composition may be administered at long dose intervals (e.g., approximately every 4 weeks, approximately every 5 weeks, approximately every 6 weeks) to ensure antigen presentation, recruitment of T cells, and/or killing of tumor cells, and/or restoration of the population of memory T cells. At later time points, in some embodiments, treatment with a splicing modulator, ADC, or composition can be combined with one or more checkpoint inhibitors aimed at restoring effector functional capacity in depleted T cell populations. For example, in some embodiments, at later time points, treatment with a splicing modulator, ADC, or composition can be combined with one or more checkpoint inhibitors that target PD1/PDL1, LAG3, and/or TIM3. In some embodiments, the pulsatile nature of neoantigen presentation and priming may allow for less frequent and/or lower doses of the checkpoint inhibitor and/or splicing modulator, ADC, or composition to be administered. In some embodiments, the pulsatile nature of neoantigen presentation may provide one or more of the beneficial effects of treatment with a checkpoint inhibitor (e.g., an anti-CTLA4 antibody such as ipilimumab) compared to a checkpoint inhibitor administered without concomitant administration of a splicing modulator, ADC, or composition, e.g., by reducing the potential risk of adverse reactions often seen with the standard checkpoint inhibitor regimen.
[838] В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек представляет собой ингибитор пути антигена, ассоциированного с цитотоксическими T-лимфоцитами (CTLA4). CTLA4, также известный как CD152, представляет собой белковый рецептор, который отрицательно регулирует иммунные ответы. CTLA4 конститутивно экспрессируется на регуляторных T-клетках, но его экспрессия повышается в обычных T-клетках только после активации. Подразумевается, что применяемый в данном документе термин "ингибитор CTLA4" относится к любому ингибитору CTLA4 и/или пути CTLA4. Иллюстративные ингибиторы CTLA4 включают без ограничения антитела к CTLA4. Антитела, блокирующие CTLA4, для применения у человека разрабатывали на основе активности в доклинических испытаниях, наблюдаемой на мышиных моделях противоопухолевого иммунитета. Иллюстративные антитела к CTLA4 включают без ограничения ипилимумаб (MDX-010) и тремелимумаб (CP-675,206), оба из которых являются полностью человеческими. Ипилимумаб представляет собой IgG1 со временем полужизни в плазме крови, составляющем примерно 12-14 дней; тремелимумаб представляет собой IgG2 со временем полужизни в плазме крови, составляющем примерно 22 дня. См., например, Phan et al. (2003) Proc Natl Acad Sci USA. 100:8372-7; Ribas et al. (2005) J Clin Oncol. 23:8968-77; Weber et al. (2008) J Clin Oncol. 26:5950-6. В некоторых вариантах осуществления антитело к CTLA4 представляет собой ипилимумаб. [838] In certain embodiments, the checkpoint inhibitor is a cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen (CTLA4) pathway inhibitor. CTLA4, also known as CD152, is a protein receptor that negatively regulates immune responses. CTLA4 is constitutively expressed on regulatory T cells, but its expression is upregulated in normal T cells only after activation. As used herein, the term "CTLA4 inhibitor" is intended to refer to any inhibitor of CTLA4 and/or the CTLA4 pathway. Exemplary CTLA4 inhibitors include, without limitation, anti-CTLA4 antibodies. Antibodies blocking CTLA4 for use in humans have been developed based on preclinical activity observed in mouse models of antitumor immunity. Exemplary anti-CTLA4 antibodies include, but are not limited to, ipilimumab (MDX-010) and tremelimumab (CP-675,206), both of which are fully human. Ipilimumab is an IgG1 with a plasma half-life of approximately 12-14 days; Tremelimumab is an IgG2 drug with a plasma half-life of approximately 22 days. Cm., for example, Phan et al. (2003) Proc Natl Acad Sci USA. 100:8372-7; Ribas et al. (2005) J Clin Oncol. 23:8968-77; Weber et al. (2008) J Clin Oncol. 26:5950-6. In some embodiments, the anti-CTLA4 antibody is ipilimumab.
[839] В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек представляет собой ингибитор пути белка 1 программируемой клеточной гибели (PD1). Путь белка 1 программируемой клеточной гибели (PD1) представляет главный переключатель иммунного контроля, который может быть задействован опухолевыми клетками для преодоления активного иммунного надзора T-клеток. Лиганды для PD1 (PDL1 и PDL2) конститутивно экспрессируются или могут быть индуцированы в различных опухолях. Было обнаружено, что высокий уровень экспрессии PDL1 (и в меньшей степени PDL2) на опухолевых клетках коррелирует с плохим прогнозом и слабой выживаемостью при различных других типах солидных опухолей. Кроме того, было высказано предположение, что PD1 контролирует размножение опухолеспецифических T-клеток у пациентов со злокачественной меланомой. Эти наблюдения предполагают то, что путь PD1/PDL1 играет важнейшую роль в ускользании опухоли от распознавания иммунной системой и может считаться привлекательной мишенью для терапевтического вмешательства. Подразумевается, что применяемый в данном документе термин "ингибитор PD1" относится к любому ингибитору PD1 и/или пути PD1. Иллюстративные ингибиторы PD1 включают без ограничения антитела к PD1 и к PDL1. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек представляет собой антитело к PD1. Иллюстративные антитела к PD1 включают без ограничения ниволумаб и пемпролизумаб (MK-3475). Ниволумаб, например, представляет собой полностью человеческое антитело к ингибитору контрольных точек иммунного ответа PD1 на основе иммуноглобулина G4 (IgG4), которое нарушает взаимодействие рецептора PD1 с его лигандами PDL1 и PDL2, обеспечивая тем самым ингибирование клеточного иммунного ответа (Guo et al. (2017) J Cancer 8(3):410-6). В некоторых вариантах осуществления антитело к PD1 представляет собой ниволумаб. Пембролизумаб, например, представляет собой эффективное и высокоселективное гуманизированное mAb, относящееся к изотипу IgG4/каппа, разработанное для непосредственного блокирования взаимодействия между PD1 и его лигандами: PDL1 и PDL2. Пембролизумаб значительно увеличивает опосредованные T-лимфоцитами иммунные ответы в культивируемых клетках крови от здоровых доноров-людей, пациентов с раком и приматов. Также сообщалось о том, что пембролизумаб модулирует уровень интерлейкина-2 (IL-2), фактора некроза опухоли альфа (TNFα), интерферона-гамма (IFNγ) и других цитокинов. Иллюстративные антитела к PDL1 включают без ограничения атезолизумаб, авелумаб и дурвалумаб. Атезолизумаб, например, представляет собой гуманизированное mAb на основе IgG1, которое, как сообщалось, блокирует взаимодействие PD1/PDL1 путем целенаправленного воздействия на экспрессированный PDL1 на различных видах злокачественных клеток. Данная блокировка пути PD1/PDL1 может стимулировать иммунные защитные механизмы против опухолей (Abdin et al. (2018) Cancers (Basel) 10(2):32). В некоторых вариантах осуществления антитело к PDL1 представляет собой атезолизумаб.[839] In certain embodiments, the checkpoint inhibitor is a programmed cell death protein 1 (PD1) pathway inhibitor. The programmed cell death protein 1 (PD1) pathway represents a master immune control switch that can be activated by tumor cells to overcome active immune surveillance of T cells. Ligands for PD1 (PDL1 and PDL2) are constitutively expressed or can be induced in various tumors. High levels of PDL1 (and to a lesser extent PDL2) expression on tumor cells have been found to correlate with poor prognosis and poor survival in various other types of solid tumors. In addition, it has been suggested that PD1 controls the proliferation of tumor-specific T cells in patients with malignant melanoma. These observations suggest that the PD1/PDL1 pathway plays a critical role in tumor evasion from recognition by the immune system and may be considered an attractive target for therapeutic intervention. As used herein, the term "PD1 inhibitor" is intended to refer to any inhibitor of PD1 and/or the PD1 pathway. Exemplary PD1 inhibitors include, without limitation, anti-PD1 and anti-PDL1 antibodies. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor is an anti-PD1 antibody. Exemplary anti-PD1 antibodies include, but are not limited to, nivolumab and pemprolizumab (MK-3475). Nivolumab, for example, is a fully human antibody to the immunoglobulin G4 (IgG4) PD1 checkpoint inhibitor that disrupts the interaction of the PD1 receptor with its PDL1 and PDL2 ligands, thereby inhibiting the cellular immune response (Guo et al. (2017) ) J Cancer 8(3):410-6). In some embodiments, the anti-PD1 antibody is nivolumab. Pembrolizumab, for example, is a potent and highly selective humanized IgG4/kappa mAb designed to directly block the interaction between PD1 and its ligands, PDL1 and PDL2. Pembrolizumab significantly increases T-lymphocyte-mediated immune responses in cultured blood cells from healthy human donors, cancer patients, and primates. Pembrolizumab has also been reported to modulate levels of interleukin-2 (IL-2), tumor necrosis factor alpha (TNFα), interferon-gamma (IFNγ), and other cytokines. Exemplary anti-PDL1 antibodies include, without limitation, atezolizumab, avelumab, and durvalumab. Atezolizumab, for example, is a humanized IgG1 mAb that has been reported to block the PD1/PDL1 interaction by targeting expressed PDL1 on a variety of cancer cells. This blocking of the PD1/PDL1 pathway can stimulate immune defense mechanisms against tumors (Abdin et al. (2018) Cancers (Basel) 10(2):32). In some embodiments, the anti-PDL1 antibody is atezolizumab.
[840] В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR и/или KIR. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует в качестве ингибиторного антитела или другой подобной ингибиторной молекулы (например, ингибиторного антитела к CTLA4 или к PD1/PDL1). В других определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек оказывает целенаправленное воздействие в качестве агониста для мишени; примеры из данного класса включают молекулы, стимулирующие мишени OX40, CD40 и/или GITR. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек, который целенаправленно воздействует на OX40, CD40 и/или GITR, представляет собой антитело-агонист. Антитела-агонисты, направленные против OX40, могут выполнять двойную роль: ингибировать супрессию под действием регуляторных T-клеток, при этом усиливать функции эффекторных T-клеток. Также было показано, что антитела-агонисты к GITR делают эффекторные T-клетки более устойчивыми к ингибированию, индуцированному регуляторными T-клетками (Karaki et al. (2016) Vaccines (Basel) 4(4):37). Подобным образом, антитела-агонисты к CD40 демонстрируют зависимую от T-клеток противоопухолевую активность. Активация CD40 на дендритных клетках увеличивает перекрестную презентацию опухолевых антигенов и, следовательно, число активированных эффекторных T-клеток, направленных на опухоль (Ellmark et al. (2015) Oncoimmunol. 4(7):e1011484).[840] In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR, and/or KIR. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets CTLA4, OX40, CD40 and/or GITR. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted as an inhibitory antibody or other similar inhibitory molecule (eg, an anti-CTLA4 or anti-PD1/PDL1 inhibitory antibody). In certain other embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted as a target agonist; examples from this class include molecules that stimulate OX40, CD40 and/or GITR targets. In some embodiments, the checkpoint inhibitor that targets OX40, CD40, and/or GITR is an agonist antibody. Agonist antibodies directed against OX40 can play a dual role: inhibit suppression by regulatory T cells while enhancing the function of effector T cells. Anti-GITR agonists have also been shown to render effector T cells more resistant to inhibition induced by regulatory T cells (Karaki et al. (2016) Vaccines (Basel) 4(4):37). Similarly, anti-CD40 agonist antibodies exhibit T-cell dependent antitumor activity. Activation of CD40 on dendritic cells increases the cross-presentation of tumor antigens and hence the number of activated tumor-targeting effector T cells (Ellmark et al. (2015) Oncoimmunol. 4(7):e1011484).
[841] В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CTLA4 (например, является антителом к CTLA4). В определенных вариантах осуществления целенаправленное воздействие на CTLA4 облегчает примирование и активацию наивных T-клеток. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на OX40 (например, является антителом к OX40). В определенных вариантах осуществления целенаправленное воздействие на OX40 усиливает размножение эффекторных T-клеток. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CD40 (например, является антителом к CD40). В определенных вариантах осуществления целенаправленное воздействие на CD40 подавляет "толерогенное" примирование T-клеток и/или образование регуляторных T-клеток. В определенных вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на GITR (например, является антителом к GITR). В определенных вариантах осуществления целенаправленное воздействие на GITR подавляет активность регуляторных T-клеток. В определенных вариантах осуществления эффективность комбинированной терапии (например, влияние на по меньшей мере один симптом или риск/скорость прогрессирования заболевания) с модулятором сплайсинга, ADC или композицией и средством, целенаправленно воздействующим на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR, является аддитивной. В некоторых вариантах осуществления эффективность комбинированной терапии с модулятором сплайсинга, ADC или композицией и средством, целенаправленно воздействующим на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR, является сверхаддитивной (т. е. синергетической).[841] In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets CTLA4 (eg, is an anti-CTLA4 antibody). In certain embodiments, targeting CTLA4 facilitates priming and activation of naive T cells. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets OX40 (eg, is an anti-OX40 antibody). In certain embodiments, targeting OX40 enhances the proliferation of effector T cells. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets CD40 (eg, is an anti-CD40 antibody). In certain embodiments, targeting CD40 suppresses "tolerogenic" T cell priming and/or production of regulatory T cells. In certain embodiments, the checkpoint inhibitor targets GITR (eg, is an anti-GITR antibody). In certain embodiments, targeting GITR suppresses the activity of regulatory T cells. In certain embodiments, the efficacy of a combination therapy (e.g., effect on at least one symptom or risk/rate of disease progression) with a splicing modulator, ADC, or composition and an agent targeting CTLA4, OX40, CD40, and/or GITR is additive. In some embodiments, the effectiveness of combination therapy with a splicing modulator, ADC, or composition and an agent that targets CTLA4, OX40, CD40, and/or GITR is super-additive (ie, synergistic).
[842] Стратегии лечения на основе использования ингибитора контрольных точек основаны на гипотезе, что лечение облегчает и/или усиливает примирование T-клеток при ответах на опухоли, которые характеризуются слабой или недостаточной антигенностью (например, CTLA4), или что лечение восстанавливает и/или усиливает T-клетки, которые отвечают на опухолевые антигены, но "истощились" вследствие постоянной презентации антигена (например, PD1, PDL1) (Chen and Mellman (2013) Immunity 39(1):1-10). Примеры подходящих средств терапии и средств для ингибирования контрольных точек, например, антитела к PD1, PDL1 или CTLA4, известны из уровня техники. См., например, WO 2001/014424, WO 2013/173223, WO 2016/007235.[842] Checkpoint inhibitor treatment strategies are based on the hypothesis that treatment facilitates and/or enhances T cell priming in responses to tumors that are weak or deficient in antigenicity (e.g., CTLA4), or that treatment restores and/or enhances T cells that respond to tumor antigens but are "depleted" due to persistent antigen presentation (eg, PD1, PDL1) (Chen and Mellman (2013) Immunity 39(1):1-10). Examples of suitable therapies and checkpoint inhibitors, eg anti-PD1, PDL1 or CTLA4 antibodies, are known in the art. Cm., For example, WO 2001/014424, WO 2013/173223, WO 2016/007235.
[843] Комбинирование данных ответов за счет примированных T-клеток после терапии ингибитором контрольных точек с лечением для индуцирования неоантигенов в опухолевых клетках, на которые примированная иммунная система может реагировать, может обеспечивать благоприятный синергизм. Поскольку неоантигены, образующиеся под действием модулятора сплайсинга или ADC, еще не презентированы для примирования T-клеток, комбинация с ингибитором CTLA4 может быть, в частности, предпочтительной. В некоторых вариантах осуществления лечение предусматривает введение одного или нескольких модуляторов сплайсинга, ADC или композиции для индуцирования продуцирования неоантигенов а также начальное введение ингибитора CTLA4 для стимуляции примирования CD8 Т-клеток, осуществляемое до, одновременно или после этого введения. В некоторых вариантах осуществления пациенту проводят дополнительные введения ингибитора CTLA4, например, для дополнительной стимуляции примирования и/или активации популяций CD8, реактивных в отношении неоантигена. В некоторых вариантах осуществления дополнительные введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции можно назначать пациенту для повышения презентирования неоантигена опухолью. Повторные введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции и терапии ингибитором контрольных точек можно осуществлять одновременно или с разнесенными во времени интервалами. В некоторых вариантах осуществления лечение дополнительно включает совместное лечение с помощью ингибитора PD1/PDL1, например, для восстановления эффекторной функции истощенных T-клеток, целенаправленно воздействующих на неоантиген в пределах микроокружения опухоли.[843] Combining these primed T cell responses following checkpoint inhibitor therapy with treatment to induce neoantigens in tumor cells to which the primed immune system can respond may provide beneficial synergism. Since neoantigens produced by a splicing modulator or ADC have not yet been presented for T cell priming, a combination with a CTLA4 inhibitor may be particularly preferred. In some embodiments, the treatment comprises the administration of one or more splicing modulators, an ADC, or a composition to induce neoantigen production, and an initial administration of a CTLA4 inhibitor to promote CD8 T cell priming prior to, concurrent with, or subsequent to this administration. In some embodiments, the patient is given additional administrations of a CTLA4 inhibitor, eg, to further promote priming and/or activation of neoantigen-reactive CD8 populations. In some embodiments, additional administrations of a splicing modulator, ADC, or composition may be administered to a patient to increase neoantigen presentation by the tumor. Repeated administrations of the splicing modulator, ADC, or composition and checkpoint inhibitor therapy can be done simultaneously or at spaced apart time intervals. In some embodiments, the treatment further comprises co-treatment with a PD1/PDL1 inhibitor, for example, to restore the effector function of depleted T cells to target a neoantigen within the tumor microenvironment.
[844] Применяемые в данном документе термины "комбинация" или "комбинированная терапия" относятся к введению одного или нескольких модулятора сплайсинга, ADC или композиции вместе с дополнительным средством или средством терапии (например, ингибитором контрольных точек, цитокином или аналогом цитокина, неоантигенной вакциной, CAR-T) в рамках схемы лечения, предназначенной для обеспечения благоприятного (т. е. аддитивного или синергического) эффекта от совместного действия одного или нескольких вводимых средств. В некоторых вариантах осуществления комбинация также может включать одно или несколько дополнительных средств, в том числе без ограничения химиотерапевтических средств, средств, препятствующих ангиогенезу, и средств, которые снижают иммунную супрессию (например, второй ингибитор контрольных точек). Благоприятный эффект комбинации включает без ограничения фармакокинетическое или фармакодинамическое совместное действие, обеспечиваемое комбинацией терапевтических средств. Введение таких терапевтических средств в комбинации, как правило, осуществляют в течение определенного периода времени (например, минут, часов, дней или недель в зависимости от выбранной комбинации).[844] As used herein, the terms "combination" or "combination therapy" refers to the administration of one or more splicing modulator, ADC, or composition together with an additional agent or therapy (e.g., checkpoint inhibitor, cytokine or cytokine analog, neoantigen vaccine, CAR-T) as part of a treatment regimen designed to provide a beneficial (i.e., additive or synergistic) effect from the combined action of one or more administered agents. In some embodiments, the combination may also include one or more additional agents, including, but not limited to, chemotherapeutic agents, angiogenesis inhibitors, and agents that reduce immune suppression (eg, a second checkpoint inhibitor). The beneficial effect of the combination includes, without limitation, the pharmacokinetic or pharmacodynamic synergy provided by the combination of therapeutic agents. The administration of such therapeutic agents in combination is typically carried out over a period of time (eg, minutes, hours, days, or weeks, depending on the combination chosen).
[845] Применяемые в данном документе термины вводимый "в комбинации" или "совместное введение" означают, что два или более разных средств лечения доставляются в субъекта на протяжении времени, в течение которого субъект страдает медицинским патологическим состоянием (например, неопластическим нарушением). Например, в некоторых вариантах осуществления два или более средств лечения доставляются после того, как у субъекта было диагностировано заболевание или нарушение, и перед тем, как заболевание или нарушение были излечены или устранены, или когда субъект был идентифицирован как имеющий риск его развития, но до того как у субъекта развились симптомы заболевания. В некоторых вариантах осуществления все еще осуществляют доставку одного средства лечения, когда начинают доставку второго средства лечения, так что присутствует перекрывание. В некоторых вариантах осуществления доставку первого и второго средства лечения начинают в одно и то же время. Такие типы доставки иногда в данном документе называются "одновременной", "совместной" или "сопутствующей" доставкой. В других вариантах осуществления доставка одного средства лечения заканчивается перед началом доставки второго средства лечения. Данный тип доставки иногда в данном документе называется "поочередной" или "последовательной" доставкой.[845] As used herein, the terms administered "in combination" or "co-administration" means that two or more different treatments are delivered to a subject over a period of time during which the subject is suffering from a medical condition (e.g., a neoplastic disorder). For example, in some embodiments, two or more treatments are delivered after the subject has been diagnosed with a disease or disorder and before the disease or disorder has been treated or eliminated, or when the subject has been identified as at risk of developing it, but before after the subject developed symptoms of the disease. In some embodiments, one treatment is still being delivered when delivery of the second treatment is started so that there is overlap. In some embodiments, delivery of the first and second treatments is started at the same time. Such types of delivery are sometimes referred to herein as "simultaneous", "joint", or "accompanying" delivery. In other embodiments, delivery of one treatment ends before delivery of the second treatment begins. This type of delivery is sometimes referred to herein as "sequential" or "sequential" delivery.
[846] В некоторых вариантах осуществления два средства лечения (например, модулятор сплайсинга, ADC или композиция и ингибитор контрольных точек) содержатся в одной и той же композиции. Такие композиции можно вводить в любой подходящей форме и с помощью любого подходящего пути. В других вариантах осуществления два средства лечения (например, модулятор сплайсинга, ADC или композиция и ингибитор контрольных точек) вводятся в отдельных композициях, в любой подходящей форме и посредством любого подходящего пути. Например, в некоторых вариантах осуществления композицию, содержащую модулятор сплайсинга или ADC, и композицию, содержащую ингибитор контрольных точек, можно вводить одновременно или последовательно в любом порядке в разные моменты времени; в любом случае их следует вводить достаточно близко по времени для обеспечения требуемого терапевтического или профилактического эффекта.[846] In some embodiments, two treatments (eg, splicing modulator, ADC, or composition and checkpoint inhibitor) are contained in the same composition. Such compositions may be administered in any suitable form and by any suitable route. In other embodiments, the two treatments (eg, splicing modulator, ADC, or composition, and checkpoint inhibitor) are administered in separate compositions, in any suitable form, and via any suitable route. For example, in some embodiments, a composition comprising a splicing modulator or ADC and a composition comprising a checkpoint inhibitor may be administered simultaneously or sequentially in any order at different time points; in any case, they should be administered close enough in time to provide the desired therapeutic or prophylactic effect.
[847] В вариантах осуществления, предусматривающих либо одновременную, либо последовательную доставку, лечение может быть более эффективным вследствие комбинированного введения. В некоторых вариантах осуществления первое средство лечения является более эффективным, например, эквивалентный эффект наблюдают с меньшим количеством первого средства лечения (например, при более низкой дозе), чем наблюдали бы, если первое средство лечения вводили в отсутствие второго средства лечения. В некоторых вариантах осуществления первое средство лечения является более эффективным, так что снижение тяжести симптома или другого параметра, ассоциированного с заболеванием или нарушением, является большим, чем наблюдали бы в случае доставки первого средства лечения в отсутствие второго средства лечения. В других вариантах осуществления аналогичную ситуацию наблюдают для второго средства лечения. В некоторых вариантах осуществления положительный эффект комбинированной терапии (например, эффект в отношении по меньшей мере одного симптома или риска/скорости прогрессирования заболевания) является аддитивным. В некоторых вариантах осуществления положительный эффект комбинированной терапия является супераддитивным.[847] In embodiments involving either simultaneous or sequential delivery, treatment may be more effective due to combined administration. In some embodiments, the first treatment is more effective, e.g., an equivalent effect is observed with less of the first treatment (eg, at a lower dose) than would be observed if the first treatment was administered in the absence of the second treatment. In some embodiments, the first treatment is more effective such that the reduction in severity of a symptom or other parameter associated with the disease or disorder is greater than would be observed if the first treatment were delivered in the absence of the second treatment. In other embodiments, a similar situation is observed for the second treatment. In some embodiments, the beneficial effect of combination therapy (eg, effect on at least one symptom or risk/rate of disease progression) is additive. In some embodiments, the beneficial effect of the combination therapy is super-additive.
[848] В различных вариантах осуществления по настоящему изобретению представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; и по меньшей мере одного дополнительного средства терапии (т. е. средства терапии на основе ингибитора контрольных точек, цитокина или аналога цитокина, неоантигенной вакцины, CAR-T). В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции обеспечивает индуцирование образования по меньшей мере одного неоантигена и/или T-клеточного ответа. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции обеспечивает индуцирование иммунного ответа на двухнитевую РНК. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции обеспечивает индуцирование иммуногенной клеточной смерти. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии может предусматривать по меньшей мере одно, по меньшей мере два, по меньшей мере три, по меньшей мере четыре или по меньшей мере пять дополнительных средств терапии. Например, в некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию можно вводить в комбинации средствами терапии на основе ингибиторов контрольных точек, т. е. с применением двух разных ингибиторов контрольных точек. В некоторых других вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию можно вводить в комбинации со средством терапии на основе ингибитора контрольных точек и неоантигенной вакцины.[848] In various embodiments, the present invention provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; and at least one additional therapy (ie, checkpoint inhibitor, cytokine or cytokine analog, neoantigen vaccine, CAR-T therapy). In some embodiments, administration of a splicing modulator, ADC, or composition provides for the induction of at least one neoantigen and/or a T cell response. In some embodiments, administration of a splicing modulator, ADC, or composition induces an immune response to double-stranded RNA. In some embodiments, administration of a splicing modulator, ADC, or composition provides for the induction of immunogenic cell death. In some embodiments, at least one additional therapy may include at least one, at least two, at least three, at least four, or at least five additional therapies. For example, in some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition may be administered in combination with checkpoint inhibitor therapies, ie, using two different checkpoint inhibitors. In some other embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition may be administered in combination with a checkpoint inhibitor therapy and a neoantigen vaccine.
[849] В некоторых вариантах осуществления комбинированной терапии вводимое количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления частота введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии уменьшена на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной схемой введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления вводимое количество и/или назначаемая дозировка модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции и/или по меньшей мере одного дополнительного средства терапии обусловливает более низкую системную токсичность и/или улучшенную переносимость.[849] In some combination therapy embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition and/or at least one additional therapy administered is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35% , 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition and/or at least one additional therapy. In some embodiments, the frequency of administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition and/or at least one additional therapy is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45 %, 50%, 75%, or 90% compared to the standard schedule for administering the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition and/or at least one additional therapy. In some embodiments, the amount administered and/or dosage administered of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition, and/or at least one additional therapy results in lower systemic toxicity and/or improved tolerability.
[850] В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить до введения по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить после введения по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, конъюгат антитела и лекарственного средства или композицию начинают вводить одновременно с введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[850] In some embodiments, the splicing modulator, antibody drug conjugate, or composition is started prior to the administration of at least one additional therapy. In some embodiments, the splicing modulator, antibody-drug conjugate, or composition is administered following the administration of at least one additional therapy. In some embodiments, the splicing modulator, antibody-drug conjugate, or composition begins to be administered concurrently with the administration of at least one additional therapy.
[851] В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции, применяемое для повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции.[851] In some embodiments, administration of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the amount of splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition used for reintroduction is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition.
[852] В некоторых вариантах осуществления введение по меньшей мере одного дополнительного средства терапии повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления количество по меньшей мере одного дополнительного средства терапии, применяемое для повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[852] In some embodiments, the administration of at least one additional therapy is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for repeated administration is reduced compared to the standard dosage of at least one additional therapy. In some embodiments, the amount of at least one additional therapy used for repeated administration is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage of at least one additional therapy.
[853] В некоторых вариантах осуществления повторное введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции осуществляют одновременно с повторным введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии. В некоторых вариантах осуществления повторное введение модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции осуществляют последовательно или с разнесением во времени с повторным введением по меньшей мере одного дополнительного средства терапии.[853] In some embodiments, the re-administration of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition is concurrent with the re-administration of at least one additional therapy. In some embodiments, re-administration of the splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition is performed sequentially or spaced apart in time with repeated administration of at least one additional therapy.
[854] В различных вариантах осуществления по настоящему изобретению представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; и средства терапии на основе ингибитора контрольных точек. В некоторых вариантах осуществления средство терапии на основе ингибитора контрольных точек предусматривает введение по меньшей мере одного ингибитора контрольных точек. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью по меньшей мере одного ингибитора контрольных точек при введении его по отдельности. В некоторых вариантах осуществления может считаться, что субъект характеризуется невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью по меньшей мере одного ингибитора контрольных точек, как определено с применением, например, иммунозависимых критериев ответа на иммунотерапию (irRC) и/или иммунозависимых критериев оценки ответа на иммунотерапию при солидных опухолях (irRECIST). См., например, Wolchok et al. (2009) Clin Cancer Res. 15(23):7412-20; Bohnsack et al. "Adaptation of the Immune-Related Response Criteria:irRECIST" (Abstract 4958) ESMO 2014. Иллюстративные критерии могут включать критерии, применяемые в уровне техники для определения того, когда состояние опухолей у пациентов с раком улучшается ("ответ"), остается таким же ("стабилизация") или ухудшается ("прогрессирование") во время лечения, в случае если оцениваемое средство лечения представляет собой иммунное противоопухолевое лекарственное средство (например, ингибитор контрольных точек). В некоторых вариантах осуществления может считаться, что субъект характеризуется непереносимостью по меньшей мере одного ингибитора контрольных точек, если у субъекта наблюдается одно или более чем одно нежелательное (степени 2+) явление, идентифицированное для соответствующего ингибитора контрольных точек (например, ипилимумаба). Например, в некоторых вариантах осуществления может считаться, что субъект характеризуется непереносимостью средства лечения на основе ипилимумаба, если у субъекта наблюдается одно или несколько нежелательных явлений, выбранных из энтероколита, гепатита, дерматита (в том числе токсичного эпидермального некролиза), нейропатии и эндокринопатии (Yervoy® (ипилимумаба), приложение к маркировке, соответствующей требованиям FDA, 2018). [854] In various embodiments, the present invention provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; and checkpoint inhibitor therapies. In some embodiments, the checkpoint inhibitor therapy comprises administering at least one checkpoint inhibitor. In some embodiments, the subject is intolerant, intolerant, or deficient in at least one checkpoint inhibitor when administered alone. In some embodiments, the subject may be considered to be resistant or deficient in responding to at least one checkpoint inhibitor, as determined using, for example, immune-dependent response criteria for immunotherapy (irRC) and/or immune-dependent criteria for assessing response to immunotherapy in solid tumors ( irRECIST). Cm., For example, Wolchok et al. (2009) Clin Cancer Res. 15(23):7412-20; Bohnsack et al. "Adaptation of the Immune-Related Response Criteria:irRECIST" (Abstract 4958) ESMO 2014. Illustrative criteria may include criteria used in the art to determine when tumors in cancer patients improve ("response") remain the same ("stabilization") or worsens ("progression") during treatment if the treatment being evaluated is an immune anticancer drug (eg, a checkpoint inhibitor). In some embodiments, a subject may be considered intolerant to at least one checkpoint inhibitor if the subject has one or more adverse (
[855] В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR и/или KIR. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CTLA4, OX40, CD40 и/или GITR. В некоторых вариантах осуществления целенаправленное воздействие ингибитора контрольных точек обеспечивается с помощью ингибиторного антитела или другой подобной ингибиторной молекулы. В некоторых других вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует в качестве антитела-агониста или другой подобной молекулы-агониста. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек предусматривает ингибитор пути антигена 4, ассоциированного с цитотоксическими T-лимфоцитами (CTLA4). В некоторых вариантах осуществления ингибитор CTLA4 представляет собой антитело к CTLA4. В некоторых вариантах осуществления антитело к CTLA4 представляет собой ипилимумаб. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек предусматривает ингибитор пути белка 1 программируемой клеточной гибели (PD1). В некоторых вариантах осуществления ингибитор PD1 представляет собой антитело к PD1. В некоторых вариантах осуществления антитело к PD1 представляет собой ниволумаб. В некоторых вариантах осуществления ингибитор PD1 представляет собой антитело к PDL1. В некоторых вариантах осуществления антитело к PDL1 представляет собой атезолизумаб. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек предусматривает ингибитор CTLA4 и ингибитор PD1. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на OX40. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на CD40. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольных точек целенаправленно воздействует на GITR. В некоторых вариантах осуществления эффективность комбинированной терапии (например, влияние на по меньшей мере один симптом или риск/скорость прогрессирования заболевания) с модулятором сплайсинга, ADC или композицией и ингибитором контрольных точек (например, антителом или молекулой, целенаправленно воздействующими на CTLA4, PD1/PDL1, OX40, CD40 и/или GITR) является аддитивной. В некоторых вариантах осуществления эффективность комбинированной терапии с модулятором сплайсинга, ADC или композицией и средством на основе ингибитора контрольных точек (например, антителом или молекулой, целенаправленно воздействующими на CTLA4, PD1/PDL1, OX40, CD40 и/или GITR) является сверхаддитивной (т. е. синергетической).[855] In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets PD1/PDL1, CTLA4, OX40, CD40, LAG3, TIM3, GITR, and/or KIR. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets CTLA4, OX40, CD40, and/or GITR. In some embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted by an inhibitory antibody or other similar inhibitory molecule. In some other embodiments, the checkpoint inhibitor is targeted as an agonist antibody or other similar agonist molecule. In some embodiments, the checkpoint inhibitor comprises a cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 (CTLA4) pathway inhibitor. In some embodiments, the CTLA4 inhibitor is an anti-CTLA4 antibody. In some embodiments, the anti-CTLA4 antibody is ipilimumab. In some embodiments, the checkpoint inhibitor comprises an inhibitor of programmed cell death protein 1 (PD1) pathway. In some embodiments, the PD1 inhibitor is an anti-PD1 antibody. In some embodiments, the anti-PD1 antibody is nivolumab. In some embodiments, the PD1 inhibitor is an anti-PDL1 antibody. In some embodiments, the anti-PDL1 antibody is atezolizumab. In some embodiments, the checkpoint inhibitor comprises a CTLA4 inhibitor and a PD1 inhibitor. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets OX40. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets CD40. In some embodiments, the checkpoint inhibitor targets the GITR. In some embodiments, the effectiveness of a combination therapy (e.g., effect on at least one symptom or risk/rate of disease progression) with a splicing modulator, ADC, or composition and a checkpoint inhibitor (e.g., an antibody or molecule that targets CTLA4, PD1/PDL1 , OX40, CD40 and/or GITR) is additive. In some embodiments, the efficacy of combination therapy with a splicing modulator, an ADC, or a composition and a checkpoint inhibitor agent (e.g., an antibody or molecule that targets CTLA4, PD1/PDL1, OX40, CD40, and/or GITR) is superadditive (i.e., e. synergistic).
[856] В различных вариантах осуществления по настоящему изобретению представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; и средства терапии на основе цитокина или аналога цитокина. В некоторых вариантах осуществления средство терапии на основе цитокина или аналога цитокина предусматривает введение по меньшей мере одного цитокина или аналога цитокина. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью по меньшей мере одного цитокина или аналога цитокина при введении их по отдельности.[856] In various embodiments, the present invention provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator or ADC; and cytokine or cytokine analog therapy agents. In some embodiments, a cytokine or cytokine analog therapy means administering at least one cytokine or cytokine analog. In some embodiments, the subject is intolerant, intolerant, or deficient in at least one cytokine or cytokine analog when administered alone.
[857] В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают средство усиления для T-клеток. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ и/или TNFα. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-2, IL-10, IL-12 и/или IL-15. В некоторых вариантах осуществления введение цитокина или аналога цитокин усиливает примирование T-клеток после введения модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции вследствие индуцирования образования и презентации неоантигенов. [857] In some embodiments, the cytokine or cytokine analog provides an amplifying agent for T cells. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ and/or TNFα. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-2, IL-10, IL-12, and/or IL-15. In some embodiments, administration of a cytokine or cytokine analog enhances T cell priming following administration of a splicing modulator, antibody-drug conjugate or composition by inducing the production and presentation of neoantigens.
[858] В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-2. В некоторых вариантах осуществления IL-2 усиливает сигналы в эффекторных клетках, содействуя их размножению (Rosenberg (2014) J Immunol. 192(12):5451-8). В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-10. В некоторых вариантах осуществления IL-10 усиливает примирование и активацию CD8+ T-клеток (Mumm et al. (2011) Cancer Cell 20(6):781-96). В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-12. В некоторых вариантах осуществления IL-12 сопрягает врожденный и адаптивный иммунный ответы с усилением антиген-специфического примирования и целенаправленного воздействия (Tugues et al. (2015) Cell Death Differ. 22(2):237-46). В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IL-15. В некоторых вариантах осуществления IL-15 усиливает примирование и/или активацию эффекторных T-клеток (CD8). В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают IFNγ. В некоторых вариантах осуществления IFNγ дополняет секрецию IFNγ эффекторными T-клетками. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина предусматривают TNFα. В некоторых вариантах осуществления TNFα дополняет секрецию TNFα эффекторными T-клетками.[858] In some embodiments, the cytokine or cytokine analog provides for IL-2. In some embodiments, IL-2 enhances signals in effector cells to promote their proliferation (Rosenberg (2014) J Immunol. 192(12):5451-8). In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-10. In some embodiments, IL-10 enhances priming and activation of CD8+ T cells (Mumm et al. (2011) Cancer Cell 20(6):781-96). In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises IL-12. In some embodiments, IL-12 couples innate and adaptive immune responses with increased antigen-specific priming and targeting (Tugues et al. (2015) Cell Death Differ. 22(2):237-46). In some embodiments, the cytokine or cytokine analog provides for IL-15. In some embodiments, IL-15 enhances priming and/or activation of effector T cells (CD8). In some embodiments, the cytokine or cytokine analog provides for IFNγ. In some embodiments, IFNγ supplements IFNγ secretion by effector T cells. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog comprises TNFα. In some embodiments, TNFα complements TNFα secretion by effector T cells.
[859] В некоторых вариантах осуществления исходную дозу модулятора сплайсинга, ADC или композиции вводят субъекту для инициации аберрантного сплайсинга и продуцирования неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления по прошествии периода времени, необходимого для продуцирования белка и презентации антигена, субъекту затем вводят начальную дозу цитокина или аналога цитокина для стимуляции и/или усиления примирования и размножения эффекторных Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления период ожидания между дозами модулятора сплайсинга, ADC или композиции и цитокина или аналога цитокина составляет приблизительно 2, приблизительно 3, приблизительно 4, приблизительно 5, приблизительно 6 или приблизительно 7 дней. В некоторых вариантах осуществления период ожидания составляет от приблизительно 3 дней до приблизительно 5 дней. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина представляют собой IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ и/или TNFα. В некоторых вариантах осуществления комбинированный терапевтический эффект модулятора сплайсинга, ADC или композиции и цитокина или аналога цитокина может быть аддитивным или сверхаддитивным. [859] In some embodiments, an initial dose of a splicing modulator, ADC, or composition is administered to a subject to initiate aberrant splicing and produce neoantigenic peptides. In some embodiments, after a period of time necessary for protein production and antigen presentation, the subject is then administered an initial dose of a cytokine or cytokine analog to stimulate and/or enhance priming and expansion of effector T cells. In some embodiments, the waiting period between doses of the splicing modulator, ADC, or composition and the cytokine or cytokine analog is about 2, about 3, about 4, about 5, about 6, or about 7 days. In some embodiments, the waiting period is from about 3 days to about 5 days. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog is IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ and/or TNFα. In some embodiments, the combined therapeutic effect of the splicing modulator, ADC or composition and the cytokine or cytokine analog may be additive or super-additive.
[860] В некоторых других вариантах осуществления исходную дозу цитокина или аналог цитокина вводят субъекту для стимуляции и/или усиления примирования и размножения эффекторных T-клеток. После периода ожидания в некоторых вариантах осуществления субъекту затем вводят исходную дозу модулятора сплайсинга, ADC или композиции для инициации аберрантного сплайсинга и продуцирования неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления период ожидания между дозами цитокина и аналога цитокина и модулятора сплайсинга, ADC или композиции составляет приблизительно 2, приблизительно 3, приблизительно 4, приблизительно 5, приблизительно 6 или приблизительно 7 дней. В некоторых вариантах осуществления период ожидания составляет от приблизительно 3 дней до приблизительно 5 дней. В некоторых вариантах осуществления цитокин или аналог цитокина представляют собой IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ и/или TNFα. В некоторых вариантах осуществления комбинированный терапевтический эффект цитокина или аналога цитокина и модулятора сплайсинга, ADC или композиции может быть аддитивным или сверхаддитивным. [860] In some other embodiments, an initial dose of a cytokine or cytokine analog is administered to a subject to stimulate and/or enhance the priming and expansion of effector T cells. After a waiting period, in some embodiments, the subject is then administered an initial dose of a splicing modulator, ADC, or composition to initiate aberrant splicing and produce neoantigenic peptides. In some embodiments, the waiting period between doses of a cytokine and a cytokine analog and a splicing modulator, ADC, or composition is about 2, about 3, about 4, about 5, about 6, or about 7 days. In some embodiments, the waiting period is from about 3 days to about 5 days. In some embodiments, the cytokine or cytokine analog is IL-2, IL-10, IL-12, IL-15, IFNγ and/or TNFα. In some embodiments, the combined therapeutic effect of the cytokine or cytokine analog and the splicing modulator, ADC, or composition may be additive or super-additive.
[861] В некоторых вариантах осуществления после периода, обеспечивающего возможность примирования и размножения T-клеток, субъекту затем вводят вторую или последующую дозу модулятора сплайсинга, ADC или композиции для инициации повторной презентации неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления период ожидания между исходной дозой цитокина или аналога цитокина и второй или последующей дозой модулятора сплайсинга, ADC или композиции составляет приблизительно 2, приблизительно 3, приблизительно 4 или приблизительно 5 недель. В некоторых вариантах осуществления период ожидания составляет приблизительно 3 недели. В некоторых вариантах осуществления последующие дозы цитокина или аналога цитокина можно вводить, например, вперемежку с последующими дозами модулятора сплайсинга, ADC или композиции. После второй или последующей дозы модулятора сплайсинга, ADC или композиции в некоторых вариантах осуществления иммунная система может контактировать с презентирующими неоантиген опухолевыми клетками и/или вызывать уничтожение опухолевых клеток. В некоторых вариантах осуществления введение доз модулятора сплайсинга, ADC или композиции после данной иллюстративной исходной схемы лечения может быть пульсирующим, т. е. модулятор сплайсинга, ADC или композицию можно вводить в дозах с длительными интервалами (например, приблизительно каждые 4 недели, приблизительно каждые 5 недель, приблизительно каждые 6 недель) для обеспечения презентации антигена, привлечения Т-клеток, и/или уничтожения опухолевых клеток, и/или восстановления популяции Т-клеток памяти. [861] In some embodiments, after a period allowing T cells to be primed and expanded, the subject is then administered a second or subsequent dose of a splicing modulator, ADC, or composition to initiate re-presentation of the neoantigenic peptides. In some embodiments, the waiting period between the initial dose of the cytokine or cytokine analog and the second or subsequent dose of the splicing modulator, ADC, or composition is about 2, about 3, about 4, or about 5 weeks. In some embodiments, the waiting period is approximately 3 weeks. In some embodiments, subsequent doses of a cytokine or cytokine analog may be administered, for example, interspersed with subsequent doses of a splicing modulator, ADC, or composition. Following a second or subsequent dose of the splicing modulator, ADC, or composition, in some embodiments, the immune system may contact the neoantigen-presenting tumor cells and/or cause the tumor cells to be killed. In some embodiments, dosing of the splicing modulator, ADC, or composition following this illustrative initial treatment regimen may be pulsatile, i.e., the splicing modulator, ADC, or composition may be administered at long dose intervals (e.g., about every 4 weeks, about every 5 weeks, approximately every 6 weeks) to ensure antigen presentation, recruitment of T cells, and/or killing of tumor cells, and/or restoration of the memory T cell population.
[862] В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 150 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 100 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 50 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект имеет неопластическое нарушение, например, гематологическое злокачественное новообразование или солидную опухоль, или имеет подозрение на его наличие. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза, лимфомы и миеломы. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы, рака желудка, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, рака матки, карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[862] In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 150 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 100 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 50 mutations or less. In some embodiments, the subject has or is suspected of having a neoplastic disorder, such as a hematologic malignancy or solid tumor. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia, lymphoma, and myeloma. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer, gastric cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, uterine cancer, salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer and cancer of the esophagus. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
Комбинация модулятора сплайсинга/ADC и неоантигенной вакцины Splicing modulator/ADC combination and neoantigen vaccine
[863] В различных вариантах осуществления пациент, у которого имеется описанный в данном документе рак, может быть подвергнут лечению с использованием комбинации модулятора сплайсинга, ADC или композиции и неоантигенной вакцины. Не ограничиваясь теорией, вакцины, применяемые по отдельности или в комбинации с молекулами, представляющими собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа (ICI), показали себя перспективными в клинических исследованиях ранних фаз (Ott et al. (2017) Nature 547(7662):217-21; Sahin et al. (2017) Nature 547(7662):222-6), но обычно требуется секвенирование мутаций в опухоли у пациента (Ott et al. (2017) Nature 547(7662):217-21; Aldous and Dong (2018) Bioorg. Med. Chem. 26(10):2842-9). Таким образом, действие вакцин зачастую зависит от достаточных количеств несинонимичных мутаций, которые являются антигенными. В целом, в опухолях с очень низкой мутационной нагрузкой имеется небольшое количество антигенов-кандидатов, и в случае опухолей с быстрым ростом имеется ограниченное время для идентификации и получения специфических для пациента вакцин. [863] In various embodiments, a patient who has a cancer as described herein may be treated with a combination of a splicing modulator, ADC, or composition, and a neoantigen vaccine. Without being limited by theory, vaccines used alone or in combination with immune checkpoint inhibitor (ICI) molecules have shown promise in early phase clinical trials (Ott et al. (2017) Nature 547(7662):217- 21; Sahin et al. (2017) Nature 547(7662):222-6), but mutation sequencing is usually required in the patient's tumor (Ott et al. (2018) Bioorg Med Chem 26(10):2842-9). Thus, the effect of vaccines often depends on sufficient numbers of non-synonymous mutations that are antigenic. In general, there are few candidate antigens in tumors with very low mutation load, and in the case of rapidly growing tumors, there is limited time to identify and obtain patient-specific vaccines.
[864] До настоящего времени попытки разработать вакцины, которые характеризовались бы широким охватом иммуногенности для большого процента пациентов, были сосредоточены на белках, которые либо часто мутируют, либо эктопически сверхэкспрессируются или амплифицируются, и/или которые существуют в виде "собственных" белков в организме. Кроме того, эти белки зачастую экспрессируются в тканях, на которые не оказывает воздействие иммунная система (например, нейронные маркеры, экспрессируемые в типах нейроэндокринных опухолей), в то же время другие белки могут в норме экспрессироваться во время эмбриогенеза (например, раковые эмбриональные антигены). Таким образом, применимость вакцин, использующих такие белки в качестве антигенов, зачастую ограничена специфическим линиями происхождения или подгруппами опухоли, в которых присутствуют один или несколько антигенов. Применимость вакцины также будет необходимо подтверждать посредством секвенирования образцов опухоли пациента, что может занимать много времени. [864] Until now, attempts to develop vaccines that have a wide coverage of immunogenicity for a large percentage of patients have focused on proteins that either mutate frequently or are ectopically overexpressed or amplified, and/or that exist as "self" proteins in the body. . In addition, these proteins are often expressed in tissues that are not affected by the immune system (for example, neuronal markers expressed in types of neuroendocrine tumors), while other proteins may normally be expressed during embryogenesis (for example, cancerous embryonic antigens) . Thus, the usefulness of vaccines using such proteins as antigens is often limited to specific tumor lineages or tumor subgroups in which one or more antigens are present. The applicability of the vaccine will also need to be confirmed by sequencing the patient's tumor samples, which can be time consuming.
[865] Более того, если такие антигены существуют в виде "собственных" белков, иммунная система вероятно будет примирована для распознавания таких белков как "собственные" и, таким образом, не будет отвечать. Или, в качестве альтернативы, если иммунная система способна обеспечивать эффекторный ответ на такие антигены, он может приводить к побочным эффектам, связанным с воздействием на мишени, в тканях, где может экспрессироваться антиген. В обоих этих случаях одной из ключевых проблем является то, что большинство антигенных пептидов получают из генов-"пассажиров" (т. е. генов, которые мутируют или амплифицируются на протяжении онкогенеза, но не играют важнейшую роль в продолжительном выживании или пролиферации опухоли самой по себе). По этой причине эти гены могут быть подвергнуты сайленсингу без значительных последствий для прогрессирования опухоли и, таким образом, могут позволить опухоль "избежать" иммунного ответа на эти антигены. Не желая ограничиваться теорией, данный механизм может играть роль в эволюции опухоли, при которой случайные мутации, которые характеризуются сильной антигенностью, зачастую подвергаются "отсеивающему отбору" опухолью во время ранних стадий онкогенеза (Dunn et al. (2004) Annu. Rev. Immunol. 22:329-60). [865] Moreover, if such antigens exist as "self" proteins, the immune system is likely to be primed to recognize such proteins as "self" and thus not respond. Or, alternatively, if the immune system is capable of providing an effector response to such antigens, it may result in targeting side effects in tissues where the antigen may be expressed. In both of these cases, one of the key problems is that most antigenic peptides are derived from "passenger" genes (i.e., genes that mutate or amplified during oncogenesis, but do not play a critical role in the long-term survival or proliferation of the tumor itself along yourself). For this reason, these genes can be silenced without significant consequences for tumor progression, and thus may allow the tumor to "avoid" the immune response to these antigens. While not wishing to be bound by theory, this mechanism may play a role in tumor evolution, in which random mutations that are highly antigenic are often subject to "screening" by the tumor during the early stages of tumorigenesis (Dunn et al. (2004) Annu. Rev. Immunol. 22:329-60).
[866] Кроме того, определенные свидетельства также указывают на то, что постоянная презентация антигена и иммунная стимуляция могут приводить к анергии и истощению иммунных клеток (Pardoll (2012) Nat. Rev. Cancer 12(4):252-64). Такие фенотипы лежат в основе терапевтического обоснования используемых в настоящее время средств лечения на основе ICI, поскольку, как было показано, ICI либо сдерживают фенотип истощения иммунных клеток (α-PD1/PD-L1), либо облегчают дополнительные иммунные клеточные ответы (α-CTLA4). Примечательно, что в случае средства терапии на основе α-CTLA4 сообщалось, что определенная подгруппа пациентов демонстрировала серьезные связанные с иммунной системой нежелательные явления, которые могут быть обусловлены содействием активации T-клеток и разрушением механизмов иммунной толерантности, ограничивающей аутореактивные иммунные ответы.[866] In addition, some evidence also indicates that persistent antigen presentation and immune stimulation can lead to anergy and depletion of immune cells (Pardoll (2012) Nat. Rev. Cancer 12(4):252-64). Such phenotypes underlie the therapeutic rationale for currently used ICI-based therapies, as ICIs have been shown to either curb the immune cell depletion phenotype (α-PD1/PD-L1) or facilitate complementary immune cellular responses (α-CTLA4 ). Notably, in the case of α-CTLA4 based therapy, it has been reported that a subset of patients exhibited serious immune system-related adverse events that may be due to promoting T cell activation and disruption of immune tolerance mechanisms that limit autoreactive immune responses.
[867] Оба такие подхода (т. е. запуск или усиление de novo иммунных ответов на неоантигены или повторная активация при анергии или истощении существующих иммунных ответов) связаны с постоянной активацией иммунной системы. В связи с этим, эти подходы являются чувствительными к анергии, редактированию и другим опухоль-опосредованным механизмам, направленным на подавление вовлечения иммунной системы. [867] Both of these approaches (i.e. triggering or enhancing de novo immune responses to neoantigens or re-activation when anergy or depletion of existing immune responses) are associated with permanent activation of the immune system. In this regard, these approaches are sensitive to anergy, editing and other tumor-mediated mechanisms aimed at suppressing the involvement of the immune system.
[868] В противоположность этому, лечение с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции, раскрытых в данном документе, может индуцировать иммунный ответ на новые последовательности, представляющие собой неоантигены. В некоторых вариантах осуществления презентация неоантигенов предоставляет адаптивной иммунной системе более разнообразные мишени, с которым она контактирует и активируется. В некоторых вариантах осуществления способность модулятора сплайсинга, ADC или композиции быстро индуцировать альтернативный сплайсинг и образование неоантигенов может снижать риск истощения иммунной системы вследствие постоянного воздействия неоантигенов, вызванных мутациями, и/или ограничивать способность опухолевых клеток адаптироваться к уклонению от терапии. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции в комбинации с неоантигенной вакциной усиливает иммунный ответ на неоантигены, продуцируемые под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят до, в ходе или после вакцинации. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию и/или вакцину можно вводить один раз или больше одного раза на протяжении курса лечения. В некоторых вариантах осуществления вакцину вводят однократно, а модулятор сплайсинга, ADC или композицию затем в течение курса лечения вводят несколько раз. В некоторых вариантах осуществления вакцину вводят один раз, а затем в течение курса лечения вводится одна или несколько бустерных доз.[868] In contrast, treatment with a splicing modulator, ADC, or composition disclosed herein can induce an immune response to novel neoantigen sequences. In some embodiments, the presentation of neoantigens provides the adaptive immune system with more diverse targets to contact and activate. In some embodiments, the ability of the splicing modulator, ADC, or composition to rapidly induce alternative splicing and neoantigen production may reduce the risk of immune system depletion due to chronic exposure to mutated neoantigens and/or limit the ability of tumor cells to adapt to avoid therapy. In some embodiments, administration of a splicing modulator, ADC, or composition in combination with a neoantigen vaccine enhances the immune response to neoantigens produced by the splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered before, during, or after vaccination. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition and/or vaccine may be administered once or more than once during a course of treatment. In some embodiments, the vaccine is administered once and the splicing modulator, ADC, or composition is then administered multiple times during the course of treatment. In some embodiments, the vaccine is administered once and then one or more booster doses are administered during the course of treatment.
[869] Применяемый в данном документе термин "неоантигенная вакцина" относится к объединенному образцу из одного или нескольких иммуногенных неоантигенных пептидов или mRNA, например, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех, по меньшей мере четырех, по меньшей мере пяти или более неоантигенных пептидов. Термин "вакцина" относится к композиции для развития иммунитета для профилактики и/или лечения заболевания (например, неопластического нарушения, например, гематологического злокачественного новообразования или солидной опухоли). Соответственно, вакцины представляют собой лекарственные препараты, которые содержат иммуногенные средства и предназначены для применения на человеке или животных для развития специфических механизмов иммунной защиты и образования защитных веществ после вакцинации. Неоантигенная вакцина может дополнительно включать фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель, вспомогательное вещество и/или адъювант.[869] As used herein, the term "neoantigenic vaccine" refers to a pooled sample of one or more immunogenic neoantigenic peptides or mRNAs, e.g., at least two, at least three, at least four, at least five, or more neoantigenic peptides. The term "vaccine" refers to an immune-promoting composition for the prevention and/or treatment of a disease (eg, a neoplastic disorder, eg, a hematologic malignancy or a solid tumor). Accordingly, vaccines are medicinal preparations that contain immunogenic agents and are intended for use in humans or animals to develop specific immune defense mechanisms and the formation of protective substances after vaccination. The neoantigenic vaccine may further include a pharmaceutically acceptable carrier, diluent, excipient and/or adjuvant.
[870] Применяемый в данном документе термин "иммуногенный" относится к любому средству или композиции, которые могут вызывать иммунный ответ, например, T-клеточный ответ. Иммунный ответ может быть опосредован антителом, или клеткой, или обоими.[870] As used herein, the term "immunogenic" refers to any agent or composition that can elicit an immune response, such as a T cell response. The immune response may be mediated by an antibody, or a cell, or both.
[871] В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию, а затем вводят пептидную или mRNA-вакцину на основе известного неоантигена для усиления иммунного ответа на неоантигены, продуцируемые под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию, а затем проводят скрининг на присутствие неoантигенов, продуцируемых как результат обработки. Следовательно, один или несколько из данных неоантигенов применяют для создания персонализированной вакцины, которую вводят пациенту. В одном из данных вариантов осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию и/или пептид или mRNA-вакцину можно вводить пациенту однократно или повторно. [871] In some embodiments, a splicing modulator, ADC, or composition is administered to a patient, and then a peptide or mRNA vaccine based on a known neoantigen is administered to enhance the immune response to neoantigens produced by the splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, a splicing modulator, ADC, or composition is administered to the patient and then screened for the presence of neoantigens produced as a result of the treatment. Therefore, one or more of these neoantigens is used to create a personalized vaccine that is administered to a patient. In one of these embodiments, the splicing modulator, ADC or composition and/or peptide or mRNA vaccine can be administered to a patient once or repeatedly.
[872] В различных вариантах осуществления подходящий неоантиген для вакцины может быть идентифицирован посредством скрининга панели транскриптов с измененным сплайсингом и устойчивой экспрессией, полученных из одного или нескольких образцов ткани пациента (например, из биоптата опухоли). В некоторых вариантах осуществления последовательности вариантов белка идентифицируют в подвергнутом скринингу образце на основе трансляции вдоль соединения в подвергнутой аберрантному сплайсингу mRNA, при этом сохраняя части белковой последовательности (не более 12 аминокислот), фланкирующие изменения аминокислот, охватывающие соединение. В некоторых вариантах осуществления эти пептидные фрагменты, охватывающие границы сплайсинга, исследуют в отношении высокой аффинности связывания с аллелями MHC1, например, с применением такого средства, как NetMHC1 (Nielsen et al. (2003) Protein Sci 12(5):1007-17; Andreatta and Neilsen (2016) Bioinformatics 32(4):511-7). Эти результаты позволяют фильтровать неопептиды до неопептидов, которые, как прогнозируется, характеризуются с высокой аффинностью связывания с составом аллелей HLA, уникальным для пациента, а также собирать пулы неопептидов, которые, как прогнозируется, связываются с широким спектром аллелей HLA, присутствующих с высокой частотой в разных популяциях (Maiers et al. (2007) Hum Immunol 68(9):779-88). В различных вариантах осуществления идентифицированные неопептиды затем составляют в виде вакцины, например посредством конъюгации с подходящим носителем или адъювантом (Ott et al. (2017) Nature 547(7662):217-21), или для доставки в виде мРНК (Sahin et al. (2017) Nature 547(7662):222-6).[872] In various embodiments, a suitable neoantigen for a vaccine can be identified by screening a panel of spliced and stable expression transcripts obtained from one or more patient tissue samples (eg, tumor biopsy). In some embodiments, variant protein sequences are identified in a screened sample based on translation along a junction in an aberrantly spliced mRNA while retaining portions of the protein sequence (no more than 12 amino acids) flanking the amino acid changes spanning the junction. In some embodiments, these peptide fragments spanning the splicing boundaries are examined for high binding affinity for MHC1 alleles, for example, using a tool such as NetMHC1 (Nielsen et al. (2003) Protein Sci 12(5):1007-17; Andreatta and Neilsen (2016) Bioinformatics 32(4):511-7). These results allow the filtering of neopeptides to neopeptides predicted to have a high binding affinity for the composition of HLA alleles unique to the patient, as well as to collect pools of neopeptides predicted to bind to a wide range of HLA alleles present at high frequency in different populations (Maiers et al. (2007) Hum Immunol 68(9):779-88). In various embodiments, the identified neopeptides are then formulated into a vaccine, e.g., by conjugation with a suitable carrier or adjuvant (Ott et al. (2017) Nature 547(7662):217-21), or for delivery as mRNA (Sahin et al. (2017) Nature 547(7662):222-6).
[873] В некоторых вариантах осуществления выбор неоантигена основан на скрининге ответа опухоли у отдельного пациента на воздействие модулятора сплайсинга, ADC или композиции с идентификацией одного или нескольких неоантигенов, образовавшихся под действием обработки, для применения в последующей вакцинации. В других вариантах осуществления неоантиген выбирают, например, на основе скрининга панели образцов, полученных от разных пациентов, для идентификации общих неоантигенов, продуцируемых под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции, а затем их применяют в качестве универсальной вакцины для будущих пациентов. [873] In some embodiments, the choice of neoantigen is based on screening for an individual patient's tumor response to exposure to a splicing modulator, ADC, or composition, identifying one or more treatment-generated neoantigens for use in subsequent vaccination. In other embodiments, a neoantigen is selected, for example, based on screening a panel of samples obtained from different patients to identify common neoantigens produced by a splicing modulator, ADC, or composition, and then used as a universal vaccine for future patients.
[874] Не ограничиваясь теорией, в некоторых вариантах осуществления применение универсальной неоантигенной вакцины позволит избежать необходимости в секвенировании и анализе уникального мутационного статуса опухоли каждого пациента, поскольку выбранные неоантигены не зависят от мутации в опухоли, а скорее имитируют неоантиген, продуцируемый под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции, и обычно распознаваемый организмом как чужеродный. Кроме того, в некоторых вариантах осуществления применение неоантигенной вакцины может быть особенно эффективным, поскольку опухолевые клетки пациента могут с большей вероятностью мутировать, не продуцируя один или несколько неоантигенов, которые зависят от мутации в опухоли, по сравнению с клетками, которые имитируют неоантиген, продуцируемый под действием модулятора сплайсинга, ADC или композиции. Это может создавать возможность составления основной вакцины, которая будет характеризоваться широким охватом иммуногенности для большого процента пациентов, ускоряя начало схемы лечения. Пациентов можно вакцинировать согласно схемам, изложенным в данном документе, и перед следующим завершением вакцинации можно дополнительно подвергать лечению с использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции, например, для индуцирования экспрессии неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления пациентам можно вводить модулятор сплайсинга, ADC или композицию до вакцинации или одновременно с ней. В некоторых вариантах осуществления пациентам вводят модулятор сплайсинга, ADC или композицию, у которых был проведен скрининг в отношении одного или нескольких неоантигенов, обнаруженных в панели универсальных неоантигенов, и их вакцинируют универсальной неоантигенной вакциной, содержащей по меньшей мере один универсальный неоантиген, идентифицированный у субъекта. В некоторых вариантах осуществления пациентам можно вводить модулятор сплайсинга, ADC или композицию один или несколько раз после вакцинации. Модулятор сплайсинга, или ADC, или композицию и/или вакцину можно вводить один раз или больше одного раза на протяжении курса лечения.[874] Without being limited by theory, in some embodiments, the use of a universal neoantigen vaccine will avoid the need for sequencing and analysis of the unique mutational status of each patient's tumor, since the selected neoantigens do not depend on mutation in the tumor, but rather mimic the neoantigen produced by the splicing modulator, ADC or compositions, and usually recognized as foreign by the body. In addition, in some embodiments, the use of a neoantigen vaccine may be particularly effective because the patient's tumor cells may be more likely to mutate without producing one or more neoantigens that depend on the mutation in the tumor, compared to cells that mimic the neoantigen produced under by the action of a splicing modulator, ADC, or composition. This may create the possibility of formulating a core vaccine that has a broad coverage of immunogenicity for a large percentage of patients, speeding up the start of the treatment regimen. Patients may be vaccinated according to the schedules set forth herein and may be further treated with a splicing modulator, ADC, or composition, for example, to induce expression of neoantigenic peptides, before the next completion of vaccination. In some embodiments, a splicing modulator, ADC, or composition may be administered to patients prior to or concurrent with vaccination. In some embodiments, patients are administered a splicing modulator, ADC, or composition that has been screened for one or more neoantigens found in the universal neoantigen panel and are vaccinated with a universal neoantigen vaccine containing at least one universal neoantigen identified in the subject. In some embodiments, patients may be administered a splicing modulator, ADC, or composition one or more times after vaccination. The splicing modulator or ADC or composition and/or vaccine may be administered once or more than once during a course of treatment.
[875] В некоторых вариантах осуществления вакцина может содержать один или более одного неоантигенного пептида или мРНК. В различных вариантах осуществления вакцина может содержать один или более одного длинного неоантигенного пептида. В различных вариантах осуществления такие "длинные" неоантигенные пептиды подвергаются эффективной интернализации, процессингу и перекрестной презентации в специализированных антигенпрезентирующих клетках, таких как дендритные клетки. Подобным образом, в других контекстах было показано, что длинные вакцинные пептиды индуцируют цитотоксические T-клетки у человека (Melief and van der Burg (2008) Nat Rev Cancer 8(5):351-60). В различных вариантах осуществления неоантигенный пептид является удлиненным с включением собственно последовательности неоантигенного пептида в дополнение к фланкирующим аминокислотным последовательностям. В различных вариантах осуществления удлиненная пептидная последовательность облегчает захват белка антигенпрезентирующими клетками, например, дендритными клетками. В различных вариантах осуществления удлиненная пептидная последовательность обеспечивает эффективную презентацию антигена и примирование T-клеток в моделях с разными изотипами HLA. В различных вариантах осуществления более длинный неоантигенный пептид и/или удлиненная пептидная последовательность проявляют повышенным захват антигенпрезентирующими клетками (например, дендритными клетками), повышенную презентацию антигена и/или повышенное примирование T-клеток по сравнению с более коротким неоантигенным пептидом и/или более короткой пептидной последовательностью (например, с пептидной последовательностью, длина которой составляет менее приблизительно 10 или менее приблизительно 5 аминокислот). В некоторых вариантах осуществления длина длинного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 5 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина длинного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина длинного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина длинного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. Аминокислотные последовательности иллюстративных длинных неоантигенных пептидов представлены в таблице 21. [875] In some embodiments, the implementation of the vaccine may contain one or more than one neoantigenic peptide or mRNA. In various embodiments, the implementation of the vaccine may contain one or more than one long neoantigenic peptide. In various embodiments, such "long" neoantigenic peptides are efficiently internalized, processed, and cross-presented in specialized antigen-presenting cells, such as dendritic cells. Similarly, in other contexts, long vaccine peptides have been shown to induce cytotoxic T cells in humans (Melief and van der Burg (2008) Nat Rev Cancer 8(5):351-60). In various embodiments, the neoantigenic peptide is extended to include the neoantigenic peptide's own sequence in addition to the flanking amino acid sequences. In various embodiments, the extended peptide sequence facilitates uptake of the protein by antigen-presenting cells, such as dendritic cells. In various embodiments, the extended peptide sequence allows efficient antigen presentation and T cell priming in different HLA isotype models. In various embodiments, the longer neoantigenic peptide and/or the extended peptide sequence exhibit increased uptake by antigen presenting cells (e.g., dendritic cells), increased antigen presentation, and/or increased T cell priming compared to the shorter neoantigenic peptide and/or shorter peptide sequence. sequence (eg, with a peptide sequence that is less than about 10 or less than about 5 amino acids in length). In some embodiments, the length of the long neoantigenic peptide is in the range of about 5 to about 50 amino acids. In some embodiments, the length of the long neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 50 amino acids. In some embodiments, the length of the long neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 35 amino acids. In some embodiments, the length of the long neoantigenic peptide is in the range of about 15 to about 25 amino acids. Amino acid sequences of exemplary long neoantigenic peptides are shown in Table 21.
[876] Применяемые в данном документе "неоантигенный пептид" или "mRNA-вакцина" охватывают применение фрагмента неоантигенного пептида или кодирующей его mRNA, при условии, что данный фрагмент сохраняет иммуногенный потенциал.[876] As used herein, "neoantigenic peptide" or "mRNA vaccine" encompasses the use of a fragment of a neoantigenic peptide or mRNA encoding it, provided that the fragment retains immunogenic potential.
[877] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 12, по меньшей мере 15 или по меньшей мере 20 неоантигенных пептидов. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенного(-ых) пептида(-ов) находится в диапазоне от приблизительно 5 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенного(-ых) пептида(-ов) находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенного(-ых) пептида(-ов) находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенного(-ых) пептида(-ов) находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот.[877] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide. In some embodiments, the neoantigen vaccine contains at least 2, at least 3, at least 4, at least 5, at least 6, at least 7, at least 8, at least 9, at least 10, at least 12, at least 15, or at least 20 neoantigenic peptides. In some embodiments, the neoantigenic peptide(s) is in the range of about 5 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, the length of the neoantigenic(s) peptide(s) is in the range of about 10 to about 50 amino acids. In some embodiments, the length of the neoantigenic(s) peptide(s) is in the range of about 10 to about 35 amino acids. In some embodiments, the length of the neoantigenic(s) peptide(s) is in the range of about 15 to about 25 amino acids.
[878] В различных вариантах осуществления по настоящему изобретению представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; и неоантигенной вакцины. Неоантигенная вакцина может представлять собой, например, пептидную неоантигенную вакцину или неоантигенную mRNA-вакцину. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят до введения неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят после введения неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC или композицию вводят одновременно с введением неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, ADC или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. [878] In various embodiments, the present invention provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; and neoantigen vaccine. The neoantigen vaccine may be, for example, a peptide neoantigen vaccine or a neoantigen mRNA vaccine. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered prior to administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered following administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, the splicing modulator, ADC, or composition is administered concurrently with the administration of the neoantigen vaccine. In some embodiments, administration of the splicing modulator, ADC, or composition is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of splicing modulator, ADC, or composition used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration.
[879] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлена комбинация, содержащая модулятор сплайсинга, ADC или композицию, содержащую модулятор сплайсинга или ADC; и неоантигенную вакцину (например, универсальную неоантигенную вакцину), предназначенная для применения в лечении субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или с подозрением на его наличие. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина представляет собой пептидную неоантигенную вакцину или неоантигенную mRNA-вакцину. В некоторых вариантах осуществления комбинация дополнительно содержит по меньшей мере одно дополнительное средство терапии. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает по меньшей мере одно, по меньшей мере два, по меньшей мере три, по меньшей мере четыре или по меньшей мере пять дополнительных средств терапии.[879] In various embodiments, the implementation of the present invention further provides a combination containing a splicing modulator, ADC or a composition containing a splicing modulator or ADC; and a neoantigen vaccine (eg, a generic neoantigen vaccine) for use in the treatment of a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder. In some embodiments, the neoantigen vaccine is a peptide neoantigen vaccine or a neoantigen mRNA vaccine. In some embodiments, the combination further comprises at least one additional therapy. In some embodiments, at least one additional therapy comprises at least one, at least two, at least three, at least four, or at least five additional therapies.
[880] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения дополнительно представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или с подозрением на его наличие, посредством (a) введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; (b) выявления одного или нескольких неоантигенов у субъекта после введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции; (c) сравнения одного или нескольких неоантигенов с панелью универсальных неоантигенов и (d) введения субъекту универсальной неоантигенной вакцины, содержащей по меньшей мере один универсальный неоантиген, присутствующий у субъекта. В некоторых вариантах осуществления универсальную неоантигенную вакцину вводят по отдельности или в комбинации с по меньшей мере одним дополнительным средством терапии. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает по меньшей мере одно, по меньшей мере два, по меньшей мере три, по меньшей мере четыре или по меньшей мере пять дополнительных средств терапии.[880] In various embodiments, the present invention further provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by (a) administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; (b) detecting one or more neoantigens in a subject after administration of a splicing modulator, ADC, or composition; (c) comparing one or more neoantigens to a panel of universal neoantigens; and (d) administering to the subject a universal neoantigen vaccine containing at least one universal neoantigen present in the subject. In some embodiments, the universal neoantigen vaccine is administered alone or in combination with at least one additional therapy. In some embodiments, at least one additional therapy comprises at least one, at least two, at least three, at least four, or at least five additional therapies.
[881] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна дополнительная терапия предусматривает введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления повторное введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции начинают после введения универсальной неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления повторное модулятора сплайсинга, ADC или композиции начинают после введения универсальной неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления повторное введение модулятора сплайсинга, ADC или композиции начинают одновременно с введением универсальной неоантигенной вакцины. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, ADC или композиции, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, ADC или композиции, применяемое для начального и/или повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, ADC или композиции в случае применения в отсутствие лечения с помощью вакцины. В некоторых вариантах осуществления количество модулятора сплайсинга, ADC или композиции, применяемое для начального и/или повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой модулятора сплайсинга, ADC или композиции.[881] In some embodiments, at least one additional therapy involves the administration of a splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, reintroduction of the splicing modulator, ADC, or composition is started after administration of the universal neoantigen vaccine. In some embodiments, the re-splicing modulator, ADC, or compositions are started after administration of the universal neoantigen vaccine. In some embodiments, reintroduction of the splicing modulator, ADC, or composition is initiated concurrently with the administration of the universal neoantigen vaccine. In some embodiments, the amount of splicing modulator, ADC, or composition used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of the splicing modulator, ADC, or composition used for initial and/or reintroduction is reduced from the standard dosage of the splicing modulator, ADC, or composition when used in the absence of vaccine treatment. In some embodiments, the amount of splicing modulator, ADC, or composition used for initial and/or reintroduction is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% compared to the standard dosage of the splicing modulator, ADC or composition.
[882] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одно дополнительное средство терапии предусматривает введение ингибитора контрольных точек (например, любого из иллюстративных ингибиторов контрольных точек, описанных в данном документе). В некоторых вариантах осуществления введение ингибитора контрольных точек начинают до введения универсальной неоантигенной вакцины и/или повторного введения модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления введение ингибитора контрольных точек начинают после введения универсальной неоантигенной вакцины и/или повторного модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления введение ингибитора контрольных точек начинают одновременно с введением универсальной неоантигенной вакцины и/или повторным введением модулятора сплайсинга, ADC или композиции. В некоторых вариантах осуществления введение ингибитора контрольных точек повторяют по меньшей мере один раз после начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество ингибитора контрольных точек, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению с количеством, применяемым для начального введения. В некоторых вариантах осуществления количество ингибитора контрольных точек, применяемое для повторного введения, снижено по сравнению со стандартной дозировкой ингибитора контрольных точек. В некоторых вариантах осуществления количество ингибитора контрольных точек, применяемое для повторного введения, снижено на 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, или 90% по сравнению со стандартной дозировкой ингибитора контрольных точек. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется непереносимостью, невосприимчивостью или недостаточной восприимчивостью к ингибитору контрольных точек при введении его по отдельности.[882] In some embodiments, at least one additional therapy involves the administration of a checkpoint inhibitor (eg, any of the exemplary checkpoint inhibitors described herein). In some embodiments, administration of the checkpoint inhibitor is started prior to administration of the universal neoantigen vaccine and/or reintroduction of the splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, administration of the checkpoint inhibitor is initiated following administration of the universal neoantigen vaccine and/or the re-splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, administration of the checkpoint inhibitor is started concurrently with administration of the universal neoantigen vaccine and/or reintroduction of the splicing modulator, ADC, or composition. In some embodiments, the checkpoint inhibitor administration is repeated at least once after the initial administration. In some embodiments, the amount of checkpoint inhibitor used for reintroduction is reduced compared to the amount used for initial administration. In some embodiments, the amount of checkpoint inhibitor used for reintroduction is reduced compared to the standard dosage of the checkpoint inhibitor. In some embodiments, the amount of checkpoint inhibitor used for reintroduction is reduced by 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 75%, or 90% according to compared to the standard dosage of checkpoint inhibitor. In some embodiments, the subject is intolerant, unresponsive, or deficiently responsive to a checkpoint inhibitor when administered alone.
[883] В различных вариантах осуществления в данном документе также представлены неоантигенные вакцины, содержащие по меньшей мере один неоантигенный пептид или по меньшей мере одну неоантигенную mRNA. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид. В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA.[883] In various embodiments, this document also provides neoantigenic vaccines containing at least one neoantigenic peptide or at least one neoantigenic mRNA. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide. In some other embodiments, the implementation of the neoantigenic vaccine contains at least one neoantigenic mRNA.
[884] Также в данном документе в различных вариантах осуществления представлены наборы, содержащие модулятор сплайсинга, ADC или композицию, содержащую модулятор сплайсинга или ADC; и неоантигенную вакцину (например, универсальную неоантигенную вакцину). В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина представляет собой пептидную неоантигенную вакцину или неоантигенную mRNA-вакцину. В некоторых вариантах осуществления набор дополнительно содержит один или несколько дополнительных компонентов, включающих без ограничения: инструкции для применения; другие средства, например, одно или несколько дополнительных терапевтических средств; устройства, контейнеры или другие материалы, предназначенные для получение модулятора сплайсинга, ADC, композиции и/или неоантигенной вакцины для терапевтического введения; фармацевтически приемлемые носители и устройства, контейнеры или другие материалы для введения модулятора сплайсинга, ADC, композиции и/или неоантигенной вакцины пациенту. Инструкции по применению могут включать руководство для терапевтических применений, в том числе предполагаемые дозировки и/или режимы введения, например, для пациента, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие. В различных вариантах осуществления набор дополнительно содержит инструкции для терапевтического применения, например, применения модулятора сплайсинга, ADC или композиции и неоантигенной вакцины для лечения или предупреждения неопластического нарушения у пациента. В различных вариантах осуществления набор дополнительно содержит по меньшей мере одно дополнительное терапевтическое средство (например, предназначенное для введения вместе с модулятором сплайсинга, ADC или композицией и неоантигенной вакциной, например, ингибитором контрольных точек). В различных вариантах осуществления модулятор сплайсинга, ADC, композиция и/или неоантигенная вакцина составлены в фармацевтическую композицию.[884] Also provided herein in various embodiments are kits comprising a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; and a neoantigen vaccine (eg, a universal neoantigen vaccine). In some embodiments, the neoantigen vaccine is a peptide neoantigen vaccine or a neoantigen mRNA vaccine. In some embodiments, the kit further comprises one or more additional components including, without limitation: instructions for use; other means, for example, one or more additional therapeutic agents; devices, containers, or other materials for receiving a splicing modulator, ADC, composition, and/or neoantigen vaccine for therapeutic administration; pharmaceutically acceptable carriers and devices, containers, or other materials for administering the splicing modulator, ADC, composition, and/or neoantigen vaccine to a patient. Instructions for use may include guidance for therapeutic applications, including intended dosages and/or modes of administration, for example, for a patient who has or is suspected of having a neoplastic disorder. In various embodiments, the kit further comprises instructions for a therapeutic use, such as the use of a splicing modulator, ADC, or composition, and a neoantigen vaccine to treat or prevent a neoplastic disorder in a patient. In various embodiments, the kit further comprises at least one additional therapeutic agent (eg, intended to be administered together with a splicing modulator, ADC, or composition and a neoantigen vaccine, eg, a checkpoint inhibitor). In various embodiments, the splicing modulator, ADC, composition, and/or neoantigenic vaccine are formulated into a pharmaceutical composition.
[885] В некоторых вариантах осуществления способов и композиций, раскрытых в данном документе, неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигенного пептида находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот.[885] In some embodiments of the methods and compositions disclosed herein, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length.
[886] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантигенный пептид содержит одну или более чем одну неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[886] In some embodiments, the implementation of at least one neoantigenic peptide contains one or more than one neoantigenic sequence. In some embodiments, the implementation neoantigenic sequence contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 46- 49.
[887] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 66-93 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 66-93. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 66 или антигенную часть под SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 74-77 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 74-77. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность и/или антигенная часть непосредственно не перекрываются с канонической пептидной последовательностью (например, любой из иллюстративных канонических пептидных последовательностей, подчеркнутых в таблице 21) или не состоят из нее.[887] In some other embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 66-93 or an antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66 or the antigenic portion of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 74-77 or the antigenic portion of any of SEQ ID NO: 74-77. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 20 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion do not directly overlap with or consist of a canonical peptide sequence (eg, any of the illustrative canonical peptide sequences underlined in Table 21).
[888] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой неоантигенную последовательность, специфическую для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой персонализированную неоантигенную вакцину для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у субъекта.[888] In some embodiments, the neoantigenic sequence is a subject-specific neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a personalized neoantigenic vaccine for a subject. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in the subject.
[889] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную вакцину. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40% или по меньшей мере 45% субъектов в популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна вызывать T-клеточный ответ на опухоль, присутствующую у по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5% или по меньшей мере 10% популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением.[889] In some other embodiments, the neoantigenic sequence is a universal neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a generic neoantigenic vaccine. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in at least 10%, at least 15%, at least 20%, at least 25%, at least 30%, at least at least 35%, at least 40%, or at least 45% of subjects in a population of subjects suffering from a neoplastic disorder. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of eliciting a T cell response to a tumor present in at least 1%, at least 5%, or at least 10% of a population of subjects suffering from a neoplastic disorder.
[890] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность была идентифицирована посредством секвенирования по меньшей мере одного неоантигенного пептида, образование которого индуцировано у субъекта посредством введения эффективного количества модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантигенный пептид содержит неоантигенную последовательность, образование которой индуцировано путем приведения неопластической клетки в контакт с эффективным количеством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте.[890] In some embodiments, a neoantigenic sequence has been identified by sequencing at least one neoantigenic peptide induced in a subject by administration of an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, at least one neoantigenic peptide comprises a neoantigenic sequence whose formation is induced by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the neoplastic cell is in an in vitro cell culture. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject.
[891] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид или mRNA и фармацевтически приемлемый носитель. В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид или mRNA могут быть присоединены к подходящему носителю, что способствует развитию иммунного ответа. Иллюстративные носители для связывания с иммуногенными средствами (например, неоантигенным пептидом или mRNA) включают сывороточные альбумины, гемоцианин фисуреллы, молекулы иммуноглобулина, тиреоглобулин, овальбумин, столбнячный анатоксин или анатоксин из других патогенных бактерий, таких как бактерии, вызывающие дифтерию, E. coli, бактерии, вызывающие холеру, или H. pylori, или аттенуированное производное токсина. Другие носители для стимуляции или усиления иммунного ответа включают цитокины, такие как IL-1, α- и β-пептиды IL-1, IL-2, γINF, IL-10, GM-CSF и хемокины, такие как M1P1α и β и RANTES. Иммуногенные средства также можно присоединять к пептидам, которые усиливают транспорт через ткани, как описано, например, в WO 97/17613 и WO 97/17614. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемый носитель выбран из пептида, сывороточного альбумина, гемоцианина фисуреллы, иммуноглобулина, тиреоглобулина, овальбумина, анатоксина или аттенуированного производного анатоксина, цитокина и хемокина.[891] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide or mRNA and a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the neoantigenic peptide or mRNA can be attached to a suitable carrier to promote an immune response. Exemplary carriers for binding to immunogenic agents (e.g., a neoantigenic peptide or mRNA) include serum albumins, fisurella hemocyanin, immunoglobulin molecules, thyroglobulin, ovalbumin, tetanus toxoid, or toxoid from other pathogenic bacteria such as diphtheria-causing bacteria, E. coli , bacteria that cause cholera, or H. pylori , or an attenuated toxin derivative. Other carriers for stimulating or enhancing an immune response include cytokines such as IL-1, α- and β-peptides IL-1, IL-2, γINF, IL-10, GM-CSF and chemokines such as M1P1α and β and RANTES . Immunogenic agents can also be attached to peptides that enhance tissue transport, as described, for example, in WO 97/17613 and WO 97/17614. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier is selected from a peptide, serum albumin, fisurella hemocyanin, immunoglobulin, thyroglobulin, ovalbumin, toxoid, or an attenuated derivative of toxoid, a cytokine, and a chemokine.
[892] В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид или mRNA могут быть присоединены к фармацевтически приемлемому носителю. Иммуногенные средства могут быть присоединены к носителями с помощью химической сшивки. Методики присоединения иммуногенного пептида к носителю включают образование дисульфидных связей с применением N-сукцинимидил-3-(2-пиридилтио)пропионата (SPDP) и сукцинимидил-4-(N-малеимидометил)циклогексан-1-карбоксилата (SMCC) (если в пептиде отсутствует сульфгидрильная группа, это можно осуществлять посредством добавления остатка цистеина). Эти реагенты образуют дисульфидную связь между собой и остатками цистеина в пептиде на одном белке и амидную связь через эпсилон-аминогруппу на лизине или другую свободную аминогруппу в других аминокислотах. Целый ряд таких образующих дисульфидные/амидные связи средств описано в Jansen et al. ((1982) Immun Rev. 62:185). Другие бифункциональные средства для сочетания образуют тиоэфирную связь, вместо дисульфидной связи. Множество этих средств, образующих тиоэфирную связь, коммерчески доступны и включают реакционноспособные сложные эфиры 6-малеимидокапроновой кислоты, 2-бромуксусной кислоты и 2-йодуксусной кислоты, 4-(N-малеимидометил)циклогексан-1-карбоновую кислоту. Карбоксильные группы могут быть активированными посредством объединения их с сукцинимидом или натриевой солью 1-гидроксил-2-нитро-4-сульфоновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый носитель ковалентно связаны через линкер.[892] In some embodiments, the neoantigenic peptide or mRNA may be fused to a pharmaceutically acceptable carrier. Immunogenic agents can be attached to carriers by chemical crosslinking. Techniques for attaching an immunogenic peptide to a carrier include disulfide bonding using N-succinimidyl-3-(2-pyridylthio)propionate (SPDP) and succinimidyl-4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylate (SMCC) (if the peptide does not contain sulfhydryl group, this can be done by adding a cysteine residue). These reagents form a disulfide bond between themselves and the cysteine residues in the peptide on one protein and an amide bond through the epsilon-amino group on lysine or another free amino group on other amino acids. A number of such disulfide/amide bond forming agents are described in Jansen et al. ((1982) Immun Rev. 62:185). Other bifunctional coupling agents form a thioether bond instead of a disulfide bond. Many of these thioether bonding agents are commercially available and include the reactive esters of 6-maleimidocaproic acid, 2-bromoacetic acid and 2-iodoacetic acid, 4-(N-maleimidomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid. Carboxyl groups can be activated by combining them with succinimide or sodium salt of 1-hydroxyl-2-nitro-4-sulfonic acid. In some embodiments, the neoantigenic peptide and the pharmaceutically acceptable carrier are covalently linked through a linker.
[893] Неоантиген и другие такие иммуногенные пептиды также могут экспрессироваться в виде слитых белков с носителями. Иммуногенный пептид может быть присоединен по амино-концу, карбокси-концу или в любом участке в пределах пептида (внутреннем) к носителю. В некоторых вариантах осуществления в слитом белке могут присутствовать несколько повторов иммуногенного пептида. В некоторых вариантах осуществления неоантигенный пептид и фармацевтически приемлемый носитель экспрессируются в виде слитого белка.[893] Neoantigen and other such immunogenic peptides can also be expressed as fusion proteins with carriers. The immunogenic peptide may be attached at the amino-terminus, carboxy-terminus, or anywhere within the peptide (internal) to the carrier. In some embodiments, multiple repeats of the immunogenic peptide may be present in the fusion protein. In some embodiments, the neoantigenic peptide and the pharmaceutically acceptable carrier are expressed as a fusion protein.
[894] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид или кодирующую его mRNA и фармацевтически приемлемый разбавитель. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере один неоантигенный пептид или кодирующую его mRNA и фармацевтически приемлемый адъювант (например, адъювант, описанный в данном документе). [894] In some embodiments, the implementation of the neoantigenic vaccine contains at least one neoantigenic peptide or mRNA encoding it and a pharmaceutically acceptable diluent. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic peptide or mRNA encoding it and a pharmaceutically acceptable adjuvant (eg, the adjuvant described herein).
[895] В некоторых вариантах осуществления способов и композиций, раскрытых в данном документе, неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA кодирует одну или более одной неоантигенной последовательности. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[895] In some embodiments of the methods and compositions disclosed herein, the neoantigenic vaccine contains at least one neoantigenic mRNA. In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA encodes one or more than one neoantigenic sequence. In some embodiments, the implementation neoantigenic sequence contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NO: 46- 49.
[896] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 66-93 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 66-93. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 66 или антигенную часть под SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 74-77 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 74-77. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина неоантигенной последовательности и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность и/или антигенная часть непосредственно не перекрываются с канонической пептидной последовательностью (например, любой из иллюстративных канонических пептидных последовательностей, подчеркнутых в таблице 21) или не состоят из нее.[896] In some other embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 66-93 or an antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66 or the antigenic portion of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, the neoantigenic sequence comprises the amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 74-77 or the antigenic portion of any of SEQ ID NO: 74-77. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 20 amino acids in length. In some embodiments, the neoantigenic sequence and/or antigenic portion do not directly overlap with or consist of a canonical peptide sequence (eg, any of the illustrative canonical peptide sequences underlined in Table 21).
[897] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой неоантигенную последовательность, специфическую для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой персонализированную неоантигенную вакцину для субъекта. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у субъекта.[897] In some embodiments, the neoantigenic sequence is a subject-specific neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a personalized neoantigenic vaccine for a subject. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in the subject.
[898] В некоторых других вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную последовательность. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность представляет собой универсальную неоантигенную вакцину. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна связываться с по меньшей мере одним аллелем HLA, экспрессируемым у по меньшей мере 10%, по меньшей мере 15%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 35%, по меньшей мере 40% или по меньшей мере 45% субъектов в популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность способна вызывать T-клеточный ответ на опухоль, присутствующую у по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5% или по меньшей мере 10% популяции субъектов, страдающих неопластическим нарушением.[898] In some other embodiments, the neoantigenic sequence is a universal neoantigenic sequence. In some embodiments, the neoantigenic sequence is a generic neoantigenic vaccine. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of binding to at least one HLA allele expressed in at least 10%, at least 15%, at least 20%, at least 25%, at least 30%, at least at least 35%, at least 40%, or at least 45% of subjects in a population of subjects suffering from a neoplastic disorder. In some embodiments, the neoantigenic sequence is capable of eliciting a T cell response to a tumor present in at least 1%, at least 5%, or at least 10% of a population of subjects suffering from a neoplastic disorder.
[899] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная последовательность была идентифицирована посредством секвенирования по меньшей мере одной mRNA, образование которой индуцировано у субъекта посредством введения эффективного количества модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA кодирует неоантигенную последовательность, образование которой индуцировано путем приведения неопластической клетки в контакт с эффективным количеством модулятора сплайсинга, конъюгата антитела и лекарственного средства или композиции. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте.[899] In some embodiments, a neoantigenic sequence has been identified by sequencing at least one mRNA induced in the subject by administration of an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA encodes a neoantigenic sequence whose formation is induced by contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, antibody drug conjugate or composition. In some embodiments, the neoplastic cell is in an in vitro cell culture. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject.
[900] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый носитель. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере одна неоантигенная mRNA связана с фармацевтически приемлемым носителем. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемый носитель выбран из пептида, сывороточного альбумина, гемоцианина фисуреллы, иммуноглобулина, тиреоглобулина, овальбумина, анатоксина или аттенуированного производного анатоксина, цитокина и хемокина. [900] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, at least one neoantigenic mRNA is associated with a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier is selected from a peptide, serum albumin, fisurella hemocyanin, immunoglobulin, thyroglobulin, ovalbumin, toxoid, or an attenuated derivative of toxoid, a cytokine, and a chemokine.
[901] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый разбавитель. В некоторых вариантах осуществления неоантигенная вакцина содержит по меньшей мере одну неоантигенную mRNA и фармацевтически приемлемый адъювант (например, адъювант, описанный в данном документе). [901] In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable diluent. In some embodiments, the neoantigenic vaccine comprises at least one neoantigenic mRNA and a pharmaceutically acceptable adjuvant (eg, the adjuvant described herein).
[902] В некоторых вариантах осуществления неоантигенная mRNA инкапсулирована с помощью инкапсулирующего средства. В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующее средство защищает неоантигенную mRNA от разрушения и улучшает доставку вакцины (McNamara et al. (2015) J Immunol Res. 2015:794528). В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующее средство представляет собой липосому. В некоторых вариантах осуществления липосома представляет собой катионную липосому, такую как N-[1-(2,3-диолеолокси)пропил]-N,N,N-триметиламмония хлорид 1 (DOTAP). В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующее средство представляет собой наночастицу. В некоторых вариантах осуществления наночастица защищает неоантигенную mRNA от разрушения нуклеазой и/или улучшает захват клеткой и/или эффективность доставки. В некоторых вариантах осуществления наночастица может быть сконструирована таким образом, что она является полностью разлагаемой. В некоторых вариантах осуществления наночастица представляет собой биоразлагаемую наночастицу со структурой ядро-оболочка, содержащую pH-чувствительное ядро из сложного поли(b-аминоэфира) (PBAE), заключенного в фосфолипидную оболочку (Su et al. (2011) Mol Pharm. 8(3):774-87). В некоторых вариантах осуществления такие наночастицы являются особенно эффективными в доставке mRNA in vivo и развитии противоопухолевого иммунного ответа.[902] In some embodiments, the neoantigenic mRNA is encapsulated with an encapsulating agent. In some embodiments, the encapsulating agent protects the neoantigenic mRNA from degradation and improves vaccine delivery (McNamara et al. (2015) J Immunol Res. 2015:794528). In some embodiments, the encapsulating agent is a liposome. In some embodiments, the liposome is a cationic liposome, such as N-[1-(2,3-dioleoloxy)propyl]-N,N,N-trimethylammonium chloride 1 (DOTAP). In some embodiments, the implementation of the encapsulating agent is a nanoparticle. In some embodiments, the nanoparticle protects the neoantigenic mRNA from nuclease degradation and/or improves cell uptake and/or delivery efficiency. In some embodiments, the implementation of the nanoparticle can be designed in such a way that it is completely degradable. In some embodiments, the nanoparticle is a biodegradable core-shell nanoparticle comprising a pH-sensitive poly(b-aminoester) (PBAE) core surrounded by a phospholipid shell (Su et al. (2011) Mol Pharm. 8(3 ):774-87). In some embodiments, such nanoparticles are particularly effective in delivering mRNA in vivo and the development of an antitumor immune response.
[903] В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 150 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 100 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект характеризуется мутационной нагрузкой с несинонимичными изменениями, составляющей приблизительно 50 мутаций или меньше. В некоторых вариантах осуществления субъект имеет неопластическое нарушение, например, гематологическое злокачественное новообразование или солидную опухоль, или имеет подозрение на его наличие. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из B-клеточного злокачественного новообразования, лейкоза, лимфомы и миеломы. В некоторых вариантах осуществления гематологическое злокачественное новообразование выбрано из острого миелоидного лейкоза и множественной миеломы. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из рака молочной железы, рака желудка, рака предстательной железы, рака яичника, рака легкого, рака матки, карциномы слюнных протоков, меланомы, рака толстой кишки, рака шейки матки, рака поджелудочной железы, рака почки, колоректального рака и рака пищевода. В некоторых вариантах осуществления солидная опухоль выбрана из HER2-положительного рака молочной железы, аденокарциномы желудка, рака предстательной железы и остеосаркомы.[903] In some embodiments, the subject has a mutation load with non-synonymous changes of about 150 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 100 mutations or less. In some embodiments, the subject has a non-synonymous mutation burden of about 50 mutations or less. In some embodiments, the subject has or is suspected of having a neoplastic disorder, such as a hematologic malignancy or solid tumor. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from B-cell malignancy, leukemia, lymphoma, and myeloma. In some embodiments, the hematologic malignancy is selected from acute myeloid leukemia and multiple myeloma. In some embodiments, the solid tumor is selected from breast cancer, gastric cancer, prostate cancer, ovarian cancer, lung cancer, uterine cancer, salivary duct carcinoma, melanoma, colon cancer, cervical cancer, pancreatic cancer, kidney cancer, colorectal cancer and cancer of the esophagus. In some embodiments, the solid tumor is selected from HER2 positive breast cancer, gastric adenocarcinoma, prostate cancer, and osteosarcoma.
[904] Применяемый в данном документе термин "адъювант" относится к веществу, которое способно увеличивать, усиливать или модулировать иммунный ответ на сопутствующее иммуногенное средство, например, неоантигенный пептид или mRNA. В определенных вариантах осуществления неоантиген по настоящему изобретению можно вводить в комбинации с адъювантами, т. е. веществами, которые сами по себе не вызывают адаптивные иммунные ответы, но усиливают или модулируют ответ на сопутствующий неоантиген. Целый ряд адъювантов может применяться в комбинации с раскрытыми неоантигенами, чтобы обеспечивать развитие иммунного ответа. В некоторых вариантах осуществления адъювант(-ы) выбран(-ы) для повышения свойственного ответа на неоантиген, при этом они не вызывают конформационные изменения неоантигена, которые будут влиять на качественную форму ответа. В некоторых вариантах осуществления адъювант(-ы) выбран(-ы) для усиления примирования и/или активации эффекторных T-клеток (например, CD8).[904] As used herein, the term "adjuvant" refers to a substance that is capable of increasing, enhancing, or modulating an immune response to a concomitant immunogenic agent, such as a neoantigenic peptide or mRNA. In certain embodiments, the neoantigen of the present invention may be administered in combination with adjuvants, ie substances that do not in themselves elicit adaptive immune responses, but enhance or modulate the response to a concomitant neoantigen. A variety of adjuvants can be used in combination with the disclosed neoantigens to promote the development of an immune response. In some embodiments, the adjuvant(s) are(are) selected to enhance the intrinsic response to the neoantigen without inducing conformational changes in the neoantigen that would affect the qualitative shape of the response. In some embodiments, the adjuvant(s) is/are selected to enhance priming and/or activation of effector T cells (eg, CD8).
[905] В определенных вариантах осуществления адъювант представляет собой соль алюминия (квасцы), такие как гидроксид алюминия, фосфат алюминия и сульфат алюминия. Такие адъюванты можно применять с другими специфическими иммуностимулирующими средствами, такими как 3-O-деацилированный монофосфориллипид A (MPL) или 3-DMP, полимерные или мономерные аминокислоты, такие как полиглутаминовая кислота или полилизин, или без них. Такие адъюванты могут применяться с другими конкретными иммуностимулирующими средствами, такими как мурамилпептиды (например, N-ацетилмурамил-L-треонил-D-изоглутамин (thr-MDP), N-ацетилнормурамил-L-аланил-D-изоглутамин (nor-MDP), N-ацетилмурамил-L-аланил-D-изоглутаминил-L-аланин-2-(1′-2′-дипальмитоил-sn-глицеро-3-гидроксифосфорилокси)-этиламин (MTP-PE), N-ацетилглюкозаминил-N-ацетилмурамил-L-Al-D-изоглю-L-Ala-дипальмитоксипропиламид (DTP-DPP)), или другими компонентами бактериальной клеточной стенки, или без них. Другие адъюванты представляют собой эмульсии типа "масло в воде" и включают (a) MF59 (WO 90/14837), содержащий 5% сквалена, 0,5% Tween 80 и 0,5% Span 85 (необязательно содержащий различные количества MTP-PE), составленный в субмикронные частицы с применением микрофлюидайзера, такого как микрофлюидайзер модели 110Y (Microfluidics), (b) SAF, содержащий 10% сквалена, 0,4% Tween 80, 5% блок-полимера Pluronic L121 и thr-MDP, либо микрофлюидизированный в субмикронную эмульсию, либо перемешанный на вортексе с образованием эмульсии с частицами большего размера, и (c) адъювантную систему Ribi™ (RAS), (Ribi ImmunoChem), содержащую 2% сквалена, 0,2% Tween 80 и один или несколько компонентов бактериальной клеточной стенки из группы, состоящей из монофосфориллипида A (MPL), димиколата трегалозы (TDM) и каркаса клеточной стенки (CWS), например MPL-FCWS (Detox™). В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой сапонин, такой как Stimulon™ (QS21), или частицы, образованные из него, такие как ISCOM (иммуностимулирующие комплексы) и ISCOMATRIX. Другие адъюванты включают полный адъювант Фрейнда (CFA) и неполный адъювант Фрейнда(IFA), цитокины, такие как интерлейкины (IL-1, IL-2 и IL-12), колониестимулирующий фактор макрофагов (M-CSF) и фактор некроза опухоли (TNF).[905] In certain embodiments, the implementation of the adjuvant is an aluminum salt (alum), such as aluminum hydroxide, aluminum phosphate and aluminum sulfate. Such adjuvants can be used with or without other specific immunostimulatory agents such as 3-O-deacylated monophosphoryl lipid A (MPL) or 3-DMP, polymeric or monomeric amino acids such as polyglutamic acid or polylysine. Such adjuvants may be used with other specific immunostimulatory agents such as muramyl peptides (e.g. N-acetylmuramyl-L-threonyl-D-isoglutamine (thr-MDP), N-acetylnormuramyl-L-alanyl-D-isoglutamine (nor-MDP), N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-isoglutaminyl-L-alanine-2-(1′-2′-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyphosphoryloxy)-ethylamine (MTP-PE), N-acetylglucosaminyl-N-acetylmuramyl -L-Al-D-isoglu-L-Ala-dipalmitoxypropylamide (DTP-DPP)), or other components of the bacterial cell wall, or without them. Other adjuvants are oil-in-water emulsions and include (a) MF59 (WO 90/14837) containing 5% squalene, 0.5
[906] Адъювант можно вводить с иммуногенным средством (например, неоантигенным пептидом или mRNA) в виде одной композиции или его можно вводить до введения иммуногенного средства, одновременно с ним или после него. В некоторых вариантах осуществления иммуногенное средство и адъювант могут быть упакованы и поставлены в одном и том же флаконе или могут быть упакованы в отдельные флаконы и смешиваться перед применением. В некоторых вариантах осуществления иммуногенное средство и адъювант могут быть упакованы с маркировкой, указывающей на предполагаемое терапевтическое применение. В некоторых вариантах осуществления, если иммуногенное средство и адъювант упакованы по отдельности, упаковка может включать инструкции по смешиванию перед применением. Выбор адъюванта и/или носителя зависит от стабильности иммуногенного состава, содержащего адъювант, пути введения, схемы дозирования, эффективности адъюванта для вида животных, подлежащего вакцинации, и для человека, при этом фармацевтически приемлемый адъювант представляет собой адъювант, который был одобрен или может быть одобрен соответствующими регулирующими органами для введения человеку. Например, полный адъювант Фрейнда не подходит для введения человеку. Однако квасцы, MPL или неполный адъювант Фрейнда (Chang et al. (1998) Adv Drug Deliv Rev. 32:173-186) по отдельности или необязательно в комбинации с любыми из квасцов, QS21 и MPL и все их комбинации подходят для введения человеку.[906] The adjuvant can be administered with the immunogenic agent (eg, neoantigenic peptide or mRNA) as a single composition, or it can be administered before, simultaneously with or after the administration of the immunogenic agent. In some embodiments, the immunogenic agent and adjuvant may be packaged and supplied in the same vial, or may be packaged in separate vials and mixed prior to use. In some embodiments, the immunogenic agent and adjuvant may be packaged with a label indicating the intended therapeutic use. In some embodiments, if the immunogenic agent and adjuvant are packaged separately, the package may include instructions for mixing prior to use. The choice of adjuvant and/or carrier depends on the stability of the immunogenic formulation containing the adjuvant, the route of administration, the dosing regimen, the effectiveness of the adjuvant in the animal species to be vaccinated and in humans, with a pharmaceutically acceptable adjuvant being an adjuvant that has been approved or may be approved. by the relevant regulatory authorities for human administration. For example, Freund's complete adjuvant is not suitable for human administration. However, alum, MPL, or incomplete Freund's adjuvant (Chang et al. (1998) Adv Drug Deliv Rev. 32:173-186) alone or optionally in combination with any of alum, QS21 and MPL, and all combinations thereof, are suitable for human administration.
[907] В различных вариантах осуществления в настоящем изобретении дополнительно представлены способы скрининга и идентификации по меньшей мере одного неоантигена. Более конкретно в различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ идентификации по меньшей мере одного неоантигена посредством (a) приведения в контакт неопластической клетки с эффективным количеством модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; (b) выявления по меньшей мере одного подвергнутого альтернативному сплайсингу транскрипта mRNA после приведения в контакт неопластической клетки с модулятором сплайсинга, ADC или композицией; (c) прогнозирования трансляции по меньшей мере одного подвергнутого альтернативному сплайсингу транскрипта mRNA в по меньшей мере один пептид; и (d) сравнения по меньшей мере одного пептида с эталонным протеомом, где по меньшей мере один неоантиген идентифицируют, если по меньшей мере один пептид не совпадает с какими-либо пептидами в эталонном протеоме. В различных вариантах осуществления способ дополнительно предусматривает приведение в контакт одной или нескольких дополнительных неопластических клеток для идентификации по меньшей мере одного универсального неоантигена. В различных вариантах осуществления способ повторяют для одной или нескольких дополнительных неопластических клеток или одного или нескольких образцов (например, биоптата ткани) для подтверждения подходящих неоантигенов (например, для применения в неоантигенной вакцине) и/или для идентификации одного или нескольких универсальных неоантигенов.[907] In various embodiments, the present invention further provides methods for screening and identifying at least one neoantigen. More specifically, in various embodiments, the present invention provides a method for identifying at least one neoantigen by (a) contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; (b) detecting at least one alternatively spliced mRNA transcript after contacting the neoplastic cell with a splicing modulator, ADC, or composition; (c) predicting the translation of at least one alternatively spliced mRNA transcript into at least one peptide; and (d) comparing at least one peptide to a reference proteome, where at least one neoantigen is identified if at least one peptide does not match any peptides in the reference proteome. In various embodiments, the method further comprises bringing one or more additional neoplastic cells into contact to identify at least one universal neoantigen. In various embodiments, the method is repeated for one or more additional neoplastic cells or one or more samples (e.g., tissue biopsy) to confirm suitable neoantigens (e.g., for use in a neoantigen vaccine) and/or to identify one or more universal neoantigens.
[908] В различных вариантах осуществления настоящего изобретения представлен способ идентификации по меньшей мере одного неоантигена посредством (a) приведения в контакт неопластической клетки с эффективным количеством модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; (b) выявления по меньшей мере одного пептида, содержащего потенциальную неоантигенную последовательность, после приведения в контакт неопластической клетки с модулятором сплайсинга, ADC или композицией; и (c) сравнения по меньшей мере одного пептида с эталонным протеомом, где по меньшей мере один неоантиген идентифицируют, если по меньшей мере один пептид не совпадает с какими-либо пептидами в эталонном протеоме. В различных вариантах осуществления способ дополнительно предусматривает приведение в контакт одной или нескольких дополнительных неопластических клеток для идентификации по меньшей мере одного универсального неоантигена. В различных вариантах осуществления способ повторяют для одной или нескольких дополнительных неопластических клеток или одного или нескольких образцов (например, биоптата ткани) для подтверждения подходящих неоантигенов (например, для применения в неоантигенной вакцине) и/или для идентификации одного или нескольких универсальных неоантигенов.[908] In various embodiments, the present invention provides a method for identifying at least one neoantigen by (a) contacting a neoplastic cell with an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; (b) detecting at least one peptide containing a potential neoantigenic sequence after contacting a neoplastic cell with a splicing modulator, ADC, or composition; and (c) comparing at least one peptide to a reference proteome, where at least one neoantigen is identified if at least one peptide does not match any peptides in the reference proteome. In various embodiments, the method further comprises bringing one or more additional neoplastic cells into contact to identify at least one universal neoantigen. In various embodiments, the method is repeated for one or more additional neoplastic cells or one or more samples (e.g., tissue biopsy) to confirm suitable neoantigens (e.g., for use in a neoantigen vaccine) and/or to identify one or more universal neoantigens.
[909] В некоторых вариантах осуществления способов идентификации неоантигена, описанных в данном документе, обнаружение по меньшей мере одно подвергнутого альтернативному сплайсингу транскрипта mRNA предусматривает RNAseq. В некоторых вариантах осуществления прогнозирование трансляции по меньшей мере одного подвергнутого альтернативному сплайсингу транскрипта mRNA предусматривает количественное определение изменения в виде значения процента успешного включения при сплайсинге (dPSI) для по меньшей мере одного транскрипта. В некоторых вариантах осуществления прогнозирование трансляции по меньшей мере одного подвергнутого альтернативному сплайсингу транскрипта mRNA предусматривает RiboSeq и/или рибосомный профилинг.[909] In some embodiments of the neoantigen identification methods described herein, detection of at least one alternatively spliced mRNA transcript involves RNAseq. In some embodiments, predicting the translation of at least one alternatively spliced mRNA transcript involves quantifying the change in terms of percent spliced success rate (dPSI) value for at least one transcript. In some embodiments, translation prediction of at least one alternatively spliced mRNA transcript involves RiboSeq and/or ribosomal profiling.
[910] В некоторых вариантах осуществления способов идентификации неоантигена, описанных в данном документе, способы дополнительно включают оценку по меньшей мере одного пептида в отношении прогнозируемого связывания с молекулами главного комплекса гистосовместимости (MHC). В некоторых вариантах осуществления прогнозируемое связывание с молекулами MHC определяют путем измерения прогнозируемой прочности связывания на основе исходной аффинности для по меньшей мере одного пептида. В некоторых вариантах осуществления прогнозируемая прочность связывания на основе исходной аффинности, которая составляет приблизительно 500 нМ или больше, указывает на связывание с молекулами MHC. В некоторых вариантах осуществления прогнозируемое связывание с молекулами MHC определяют посредством идентификации распределения значений прогнозируемой прочности связывания для серии случайных пептидов и сравнения прогнозируемой прочности связывания по меньшей мере одного пептида с данным распределением. В некоторых вариантах осуществления прогнозируемая прочность связывания в верхних 2,0% распределения указывает на слабое связывание с молекулами MHC. В некоторых вариантах осуществления прогнозируемая прочность связывания в верхних 0,5% распределения указывает на сильное связывание с молекулами MHC.[910] In some embodiments of the neoantigen identification methods described herein, the methods further comprise evaluating at least one peptide for predictive binding to major histocompatibility complex (MHC) molecules. In some embodiments, predictive binding to MHC molecules is determined by measuring predicted binding strength based on initial affinity for at least one peptide. In some embodiments, a predicted binding strength based on initial affinity of about 500 nM or greater indicates binding to MHC molecules. In some embodiments, predicted binding to MHC molecules is determined by identifying a distribution of predicted binding strength values for a series of random peptides and comparing the predicted binding strength of at least one peptide to that distribution. In some embodiments, the predicted binding strength in the top 2.0% of the distribution indicates weak binding to MHC molecules. In some embodiments, the predicted binding strength in the top 0.5% of the distribution indicates strong binding to MHC molecules.
[911] В некоторых вариантах осуществления способов идентификации неоантигена, описанных в данном документе, неопластическая клетка находится в культуре клеток in vitro. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка получена от субъекта. В некоторых вариантах осуществления неопластическая клетка находится в субъекте.[911] In some embodiments of the neoantigen identification methods described herein, the neoplastic cell is in an in vitro cell culture. In some embodiments, the neoplastic cell is obtained from a subject. In some embodiments, the implementation of the neoplastic cell is in the subject.
[912] В различных вариантах осуществления в данном документе также представлены способы получения неоантигенной вакцины посредством (a) идентификации по меньшей мере одного неоантигена (например, по меньшей мере одного неоантигенного пептида или кодирующей его mRNA) с применением любого из иллюстративных способов идентификации, раскрытых в данном документе и (b) составления по меньшей мере одного неоантигена вместе с фармацевтически приемлемыми носителем, разбавителем или адъювантом (например, любым из фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей или адъювантов, описанных в данном документе). В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 37-65. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 37. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 39. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 46-49.[912] In various embodiments, this document also provides methods for producing a neoantigenic vaccine by (a) identifying at least one neoantigen (e.g., at least one neoantigenic peptide or mRNA encoding it) using any of the exemplary identification methods disclosed in herein and (b) formulating at least one neoantigen together with a pharmaceutically acceptable carrier, diluent, or adjuvant (eg, any of the pharmaceutically acceptable carriers, diluents, or adjuvants described herein). In some embodiments, the implementation of at least one neoantigen used in the vaccine contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 37-65. In some embodiments, at least one neoantigen used in a vaccine contains the amino acid sequence of SEQ ID NO: 37. In some embodiments, at least one neoantigen used in a vaccine contains the amino acid sequence of SEQ ID NO: 39. In some embodiments, embodiments, the implementation of at least one neoantigen used in the vaccine contains the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 46-49.
[913] В некоторых других вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 66-93 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 66-93. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 66 или антигенную часть под SEQ ID NO: 66. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, содержит аминокислотную последовательность под любым из SEQ ID NO: 74-77 или антигенную часть под любым из SEQ ID NO: 74-77. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигена и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигена и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 35 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигена и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 15 до приблизительно 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления длина по меньшей мере одного неоантигена и/или антигенной части находится в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 20 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген и/или антигенная часть непосредственно не перекрываются с канонической пептидной последовательностью (например, любой из иллюстративных канонических пептидных последовательностей, подчеркнутых в таблице 21) или не состоят из нее.[913] In some other embodiments, at least one neoantigen used in the vaccine comprises an amino acid sequence of any of SEQ ID NOs: 66-93 or an antigenic portion of any of SEQ ID NOs: 66-93. In some embodiments, at least one neoantigen used in a vaccine comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66 or an antigenic portion of SEQ ID NO: 66. In some embodiments, at least one neoantigen used in a vaccine comprises the amino acid sequence under any of SEQ ID NO: 74-77 or antigenic part under any of SEQ ID NO: 74-77. In some embodiments, at least one neoantigen and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 50 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigen and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 35 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigen and/or antigenic portion is in the range of about 15 to about 25 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigen and/or antigenic portion is in the range of about 10 to about 20 amino acids in length. In some embodiments, at least one neoantigen and/or antigenic portion does not directly overlap with or consist of a canonical peptide sequence (eg, any of the illustrative canonical peptide sequences underlined in Table 21).
[914] В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один неоантиген, применяемый в вакцине, присоединен к фармацевтически приемлемому носителю. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемый носитель выбран из пептида, сывороточного альбумина, гемоцианина фисуреллы, иммуноглобулина, тиреоглобулина, овальбумина, анатоксина или аттенуированного производного анатоксина, цитокина и хемокина.[914] In some embodiments, at least one neoantigen used in the vaccine is attached to a pharmaceutically acceptable carrier. In some embodiments, the pharmaceutically acceptable carrier is selected from a peptide, serum albumin, fisurella hemocyanin, immunoglobulin, thyroglobulin, ovalbumin, toxoid, or an attenuated derivative of toxoid, a cytokine, and a chemokine.
Комбинация модулятора сплайсинга/ADC и сконструированных T-клеток (CAR-T):Splicing modulator/ADC and engineered T cells (CAR-T) combination:
[915] в различных вариантах осуществления пациент, у которого имеется рак, описанный в данном документе, может быть подвергнут лечению с использованием комбинации модулятора сплайсинга, ADC или композиции и одной или нескольких сконструированных Т-клеток, целенаправленно воздействующих на опухоль (т. е. CAR-T). Таким образом, в некоторых вариантах осуществления по настоящему изобретению представлен способ лечения субъекта, у которого имеется неопластическое нарушение или подозрение на его наличие, посредством введения субъекту эффективного количества модулятора сплайсинга, ADC или композиции, содержащей модулятор сплайсинга или ADC; и сконструированных Т-клеток, целенаправленно воздействующих на опухоль (т. е. CAR-T). В различных вариантах осуществления химерный T-клеточный рецептор может быть сконструирован с применением антигенраспознающих последовательностей, которые реагируют с идентифицированным неоантигеном. [915] in various embodiments, a patient having a cancer described herein may be treated with a combination of a splicing modulator, ADC, or composition and one or more tumor-targeting engineered T cells (i.e., CAR-T). Thus, in some embodiments, the present invention provides a method of treating a subject who has or is suspected of having a neoplastic disorder by administering to the subject an effective amount of a splicing modulator, ADC, or a composition comprising a splicing modulator, or ADC; and engineered tumor-targeting T cells (i.e., CAR-T). In various embodiments, a chimeric T cell receptor can be constructed using antigen recognition sequences that react with an identified neoantigen.
[916] Например, в различных вариантах осуществления с целью целенаправленного воздействия на изменения, индуцированные модулятором сплайсинга или ADC, во внеклеточных доменах белков клеточной поверхности химерный антиген-реактивный T-клеточный рецептор (CAR) может быть сконструирован посредством первоначальной идентификации антител, которые распознают домен неоантигенного белка, экспрессируемый на клеточной поверхности. Затем антигенраспознающие последовательности таких антител могут быть слиты с доменом T-клеточного рецептора для осуществления селективного целенаправленного воздействия и активации. [916] For example, in various embodiments, in order to target changes induced by a splicing modulator or ADC in the extracellular domains of cell surface proteins, a chimeric antigen-reactive T-cell receptor (CAR) can be constructed by first identifying antibodies that recognize the domain neoantigenic protein expressed on the cell surface. The antigen recognition sequences of such antibodies can then be fused to the T cell receptor domain for selective targeting and activation.
[917] В различных других вариантах осуществления используется стратегия встраивания антиген-презентирующего механизма опухолевых клеток вместе с неоантигеном, образованный под действием модулятора сплайсинга или ADC. В некоторых вариантах осуществления клетки, содержащие известные и часто представленные аллели HLA (например, HLA-A*02:01) могут быть подвергнуты обработке посредством модулятора сплайсинга, ADC или композиции а MHC1-связанные неоантигены идентифицируют посредством лигандoмики. В некоторых вариантах осуществления эти пептиды можно применять для примирования и/или размножения T-клеток от здоровых доноров, экспрессирующих такой же аллель HLA. В некоторых вариантах осуществления такие T-клетки можно выделять и секвенировать α- и β-цепи T-клеточного рецептора (TCR) для идентификации когнатных антигенраспознающих/вариабельных участков. В некоторых вариантах осуществления затем может быть сконструирован когнатный CAR.[917] In various other embodiments, the implementation uses the strategy of embedding the antigen-presenting mechanism of tumor cells together with a neoantigen formed under the action of a splicing modulator or ADC. In some embodiments, cells containing known and frequently presented HLA alleles (eg, HLA-A*02:01) can be treated with a splicing modulator, ADC, or composition and MHC1-associated neoantigens are identified by ligandomics. In some embodiments, these peptides can be used to prime and/or expand T cells from healthy donors expressing the same HLA allele. In some embodiments, such T cells can be isolated and the T cell receptor (TCR) α and β chains sequenced to identify cognate antigen recognition/variable regions. In some embodiments, a cognate CAR can then be constructed.
[918] В некоторых вариантах осуществления последовательности CAR клонируют в популяции полученных от пациента T-клеток и обеспечивают размножение клеток с применением доступных в настоящее время протоколов. В некоторых вариантах осуществления затем осуществляют трансфузию сконструированных T-клеток в кровоток пациенту с последующей обработкой модулятором сплайсинга, ADC или композицией. После обработки c использованием модулятора сплайсинга, ADC или композиции в некоторых вариантах осуществления может начаться презентирование антигена опухолевыми клетками. В некоторых вариантах осуществления популяция сконструированных T-клеток может контактировать с презентирующими антиген опухолевыми клетками и уничтожать их.[918] In some embodiments, the CAR sequences are cloned into a population of patient-derived T cells and the cells are expanded using currently available protocols. In some embodiments, the engineered T cells are then transfused into the patient's bloodstream, followed by treatment with a splicing modulator, ADC, or composition. Following treatment with a splicing modulator, ADC, or composition, in some embodiments, antigen presentation by tumor cells may begin. In some embodiments, a population of engineered T cells can contact antigen-presenting tumor cells and destroy them.
[919] Для специалистов в данной области техники будет очевидно, что другие подходящие модификации и адаптации описанных в данном документе способов по настоящему изобретению очевидны и могут быть выполнены с использованием подходящих эквивалентов, не выходя за рамки объема настоящего изобретения или раскрытых в данном документе вариантов осуществления. После подробного описания настоящего изобретения то же самое будет более понятно со ссылкой на следующие примеры, которые включены только в целях иллюстрации и не предназначены для ограничения.[919] It will be apparent to those skilled in the art that other suitable modifications and adaptations of the methods of the present invention described herein are obvious and can be made using suitable equivalents without departing from the scope of the present invention or the embodiments disclosed herein. . After a detailed description of the present invention, the same will be more clear with reference to the following examples, which are included for purposes of illustration only and are not intended to be limiting.
ПРИМЕРЫEXAMPLES
ПРИМЕР 1EXAMPLE 1
[920] Описаны способы синтеза полезных нагрузок, линкеров и соединений на основе конъюгируемой конструкции линкер-полезная нагрузка (линкер-лекарственное средство, L-D), характеризующихся структурой, показанной в таблицах 7-9. Конъюгируемую конструкцию линкер-полезные нагрузки применяли при получении конъюгатов антитела и лекарственного средства (ADC). Иллюстративные ADC описаны в примерах 3-5.[920] Methods for synthesizing payloads, linkers, and compounds based on a conjugated linker-payload (linker-drug, L-D) construct having the structure shown in Tables 7-9 are described. The linker-payload conjugate construct has been used in the preparation of antibody drug conjugates (ADCs). Exemplary ADCs are described in Examples 3-5.
1.1 Реагенты и материалы1.1 Reagents and materials
[921] Исходные материалы, применяемые в следующих способах синтеза, либо коммерчески доступны, либо их можно легко получить с помощью стандартных способов из известных материалов. Раскрытая конъюгируемая конструкция линкер-полезные нагрузки может быть получена с применением реакций и методик, описанных в данном документе. В описании способов синтеза, описанных ниже, следует понимать, что все предложенные условия реакции, в том числе выбор растворителя, атмосфера реакционной смеси, температура реакции, продолжительность эксперимента и процедура обработки, могут быть выбраны как стандартные условия для данной реакции, если не указано иное. Специалисту в области органического синтеза понятно, что функциональные группы, присутствующие в различных частях молекулы, должны быть совместимы с предлагаемыми реагентами и реакциями. Заместители, несовместимые с условиями реакции, являются очевидными для специалиста в данной области техники, и поэтому в данном документе указаны альтернативные способы. [921] The starting materials used in the following synthesis methods are either commercially available, or they can be easily obtained using standard methods from known materials. The disclosed linker-payload conjugate construct can be generated using the reactions and techniques described herein. In the description of the synthesis methods described below, it should be understood that all suggested reaction conditions, including the choice of solvent, the atmosphere of the reaction mixture, the reaction temperature, the duration of the experiment, and the processing procedure, can be chosen as standard conditions for this reaction, unless otherwise indicated. . One skilled in the art of organic synthesis will appreciate that the functional groups present on the various moieties of the molecule must be compatible with the proposed reagents and reactions. Substituents incompatible with the reaction conditions are obvious to a person skilled in the art, and therefore alternative methods are indicated in this document.
[922] Проводили препаративную жидкостную хроматографию-масс-спектрометрию (LC/MS) с применением Waters AutoPurification System и колонки XTerra MS C18 (5 мкм, 19 мм x 100 мм) в условиях кислотной подвижной фазы. Спектры ядерного магнитного резонанса (ЯМР) записывали при 400 MГц с применением прибора от Varian (Agilent Technologies). Нагревание под воздействием микроволн осуществляли с применением микроволнового реактора Biotage Emrys Liberator или Initiator. Колоночную хроматографию проводили с применением Teledyne Isco Combiflash Rf200d. Удаление растворителя осуществляли с применением либо роторного испарителя от Büchi, либо центробежного испарителя от Genevac. [922] Preparative liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS) was performed using the Waters AutoPurification System and an XTerra MS C18 column (5 μm, 19 mm x 100 mm) under acidic mobile phase conditions. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectra were recorded at 400 MHz using an instrument from Varian (Agilent Technologies). Microwave heating was performed using a Biotage Emrys Liberator or Initiator microwave reactor. Column chromatography was performed using a Teledyne Isco Combiflash Rf200d. Solvent removal was carried out using either a rotary evaporator from Büchi or a centrifugal evaporator from Genevac.
[923] Термины/аббревиатуры. Применяемый в данном документе термин "с созданной инертной атмосферой" относится к замещению воздуха в реакторе (например, реакционном сосуде, колбе, стеклянном реакторе) инертным газом, практически не содержащим влаги, таким как азот или аргон. В данном документе используют следующие сокращения: DCM=дихлорметан, DMF=диметилформамид, HPLC=высокоэффективная жидкостная хроматография, KHMDS=бис(триметилсилил)амид калия, LC/MS=жидкостная хроматография-масс-спектрометрия, MeOH=метанол, к. т. = комнатная температура, TBSCl=трет-бутилдиметилсилилхлорид, THF=тетрагидрофуран, TLC=тонкослойная хроматография. Мультиплетность указана с применением следующих аббревиатур: s=синглет, d=дублет, t=триплет, q=квартет, quint=квинтет, sxt=секстет, m=мультиплет, dd=дублет дублетов, ddd=дублет дублетов дублетов, dt=дублет триплетов, br s=широкий синглет. [923] Terms/abbreviations . As used herein, the term "inert atmosphere" refers to the replacement of air in a reactor (eg, reaction vessel, flask, glass reactor) with an inert gas containing substantially no moisture, such as nitrogen or argon. The following abbreviations are used in this document: DCM=dichloromethane, DMF=dimethylformamide, HPLC=high performance liquid chromatography, KHMDS=potassium bis(trimethylsilyl)amide, LC/MS=liquid chromatography-mass spectrometry, MeOH=methanol, rt= room temperature, TBSCl=tert-butyldimethylsilyl chloride, THF=tetrahydrofuran, TLC=thin layer chromatography. Multiplicity is indicated using the following abbreviations: s=singlet, d=doublet, t=triplet, q=quartet, quint=quintet, sxt=sextet, m=multiplet, dd=doublet of doublets, ddd=doublet of doublets of doublets, dt=doublet of triplets , br s=wide singlet.
[924] LC/MS. Подвижные фазы=A (0,1% муравьиная кислота в H2O) и B (0,1% муравьиная кислота в ацетонитриле). Градиент=B от 5% до 95% за 1,8 мин. Колонка=колонка Waters Acquity BEH C18 (1,7 мкм, 2,1×50 мм).[924] LC/MS . Mobile phases=A (0.1% formic acid in H2O) and B (0.1% formic acid in acetonitrile). Gradient=B from 5% to 95% in 1.8 min. Column=Waters Acquity BEH C18 column (1.7 µm, 2.1×50 mm).
[925] Ссылки. В патентах США №№ 7884128 и 7816401 описаны иллюстративные способы синтеза пладиенолида B и D, и каждый из них включен в данный документ посредством ссылки в случае таких способов. Синтез пладиенолида B и D можно также осуществлять с применением иллюстративных способов, описанных в Kanada et al. ((2007) Angew Chem Int Ed. 46:4350-5). В документе Kanada et al. и публикации международной заявки № WO 2003/099813 описаны иллюстративные способы синтеза E7107 (D11) (соединение 45 из WO 2003/099813) из пладиенолида D (11107D из WO 2003/099813). Соответствующий патент США представлен под № 7550503, выданный Kotake et al. Каждая из этих ссылок включена в данный документ для описанных способов синтеза.[925] References . US Pat. Nos. 7,884,128 and 7,816,401 describe illustrative methods for the synthesis of pladienolide B and D, and are each incorporated herein by reference in the case of such methods. The synthesis of pladienolide B and D can also be carried out using the exemplary methods described in Kanada et al. ((2007) Angew Chem Int. Ed. 46:4350-5). In Kanada et al. and International Application Publication No. WO 2003/099813 describe illustrative methods for the synthesis of E7107 (D11) (compound 45 of WO 2003/099813) from pladienolide D (11107D of WO 2003/099813). The corresponding US Pat. No. 7,550,503 to Kotake et al. Each of these references is included in this document for the described methods of synthesis.
Таблица 7. Структура иллюстративных фрагментов-лекарственных средств (полезных нагрузок)Table 7. Structure of exemplary drug fragments (payloads)
(Группа полезной нагрузки)(Payload Group)
D1
(Пладиенолид D)
D1
(Pladienolide D)
D2
(Пладиенолид D)
D2
(Pladienolide D)
D3
(Пладиенолид D)
D3
(Pladienolide D)
D4
(Пладиенолид D)
D4
(Pladienolide D)
D5
(Пладиенолид D)
D5
(Pladienolide D)
D6
(Пладиенолид D)
D6
(Pladienolide D)
D7
(Пладиенолид D)
D7
(Pladienolide D)
D4'
(Пладиенолид D)
D4'
(Pladienolide D)
D8
(Пладиенолид D)
D8
(Pladienolide D)
D9
(Пладиенолид B)
D9
(Pladienolide B)
D10
(Пладиенолид D)
D10
(Pladienolide D)
D11 (E7107)
(Пладиенолид D)
D11 (E7107)
(Pladienolide D)
D12
(Пладиенолид D)
D12
(Pladienolide D)
D13
(Пладиенолид B)
D13
(Pladienolide B)
D14
(Арилпладиенолид)
D14
(Arylpladienolide)
D15
(Арилпладиенолид)
D15
(Arylpladienolide)
D16
(Арилпладиенолид)
D16
(Arylpladienolide)
D17
(Арилпладиенолид)
D17
(Arylpladienolide)
D18
(Пладиенолид B)
D18
(Pladienolide B)
D19
(Пладиенолид B)
D19
(Pladienolide B)
D20
(Пладиенолид D)
D20
(Pladienolide D)
D21
(Пладиенолид D)
D21
(Pladienolide D)
D22
(Цвиттер-ионный пладиенолид D)
D22
(Zwitterionic pladienolide D)
D23
(Цвиттер-ионный пладиенолид D)
D23
(Zwitterionic pladienolide D)
D24
(Цвиттер-ионный пладиенолид D)
D24
(Zwitterionic pladienolide D)
D25
(Цвиттер-ионный пладиенолид D)
D25
(Zwitterionic pladienolide D)
D26
(Арилпладиенолид)
D26
(Arylpladienolide)
D27
(Арилпладиенолид)
D27
(Arylpladienolide)
D28
(Арилпладиенолид)
D28
(Arylpladienolide)
D29
(Арилпладиенолид)
D29
(Arylpladienolide)
D30
(Арилпладиенолид)
D30
(Arylpladienolide)
D31
(Арилпладиенолид)
D31
(Arylpladienolide)
D32
(Арилпладиенолид)
D32
(Arylpladienolide)
D33
(Цвиттер-ионный арилпладиенолид)
D33
(Zwitterionic arylpladienolide)
D34
(Цвиттер-ионный арилпладиенолид)
D34
(Zwitterionic arylpladienolide)
D35
(Цвиттер-ионный арилпладиенолид)
D35
(Zwitterionic arylpladienolide)
Таблица 8. Структура иллюстративных линкеровTable 8. Structure of exemplary linkers
(название по IUPAC)(IUPAC name)
ADL1 - "MC-Val-Cit-pABC"
({4-[(2S)-5-(карбамоиламино)-2-[(2S)-2-[6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо]-3-метилбутанамидо]пентанамидо]фенил}метилформиат)
ADL1 - "MC-Val-Cit-pABC"
({4-[(2S)-5-(carbamoylamino)-2-[(2S)-2-[6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido] -3-methylbutanamido]pentanamido]phenyl}methyl formate)
ADL2 - "MC-(PEG)2-CO"
(3-{2-[2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси]этокси}пропаналь)
ADL2 - "MC-(PEG) 2 -CO"
(3-{2-[2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethoxy]ethoxy}propanal)
ADL5 - "MC-Val-Ala-pAB"
(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-N-[(1S)-2-метил-1-{[(1S)-1-[(4-метилфенил)карбамоил]этил]карбамоил}пропил]гексанамид)
ADL5 - "MC-Val-Ala-pAB"
(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-N-[(1S)-2-methyl-1-{[(1S)-1-[(4- methylphenyl)carbamoyl]ethyl]carbamoyl}propyl]hexanamide)
ADL6 - "MC-Val-Ala-pABC"
({4-[(2S)-2-[(2S)-2-[6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо]-3-метилбутанамидо]пропанамидо]фенил}метилформиат)
ADL6 - "MC-Val-Ala-pABC"
({4-[(2S)-2-[(2S)-2-[6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido]-3-methylbutanamido]propanamido ]phenyl}methyl formate)
ADL7 - "MC-Val-Cit-pAB"
(N-[(1S)-1-{[(1S)-4-(карбамоиламино)-1-[(4-метилфенил)карбамоил]бутил]карбамоил}-2-метилпропил]-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамид)
ADL7 - "MC-Val-Cit-pAB"
(N-[(1S)-1-{[(1S)-4-(carbamoylamino)-1-[(4-methylphenyl)carbamoyl]butyl]carbamoyl}-2-methylpropyl]-6-(2,5-dioxo -2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamide)
ADL10 - "MC"
(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексаналь)
ADL10 - "MC"
(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanal)
ADL12 - "Mal-Hex"
(1-гексил-2,5-дигидро-1H-пиррол-2,5-дион)
ADL12 - "Mal Hex"
(1-hexyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2,5-dione)
ADL13 - "MC-β-глюкуронид"
((2S,3S,4S,5R,6S)-6-(2-{3-[6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо]пропанамидо}-4-[(формилокси)метил]фенокси)-3,4,5-тригидроксиоксан-2-карбоновая кислота)
ADL13 - "MC-β-glucuronide"
((2S,3S,4S,5R,6S)-6-(2-{3-[6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido]propanamido}- 4-[(formyloxy)methyl]phenoxy)-3,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid)
ADL14 - "Mal-Et"
(1-этил-2,5-дигидро-1H-пиррол-2,5-дион)
ADL14 - "Mal-Et"
(1-ethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2,5-dione)
ADL15 - "Mal-Et-O-Et"
(1-(2-этоксиэтил)-2,5-дигидро-1H-пиррол-2,5-дион)
ADL15 - "Mal-Et-O-Et"
(1-(2-ethoxyethyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2,5-dione)
ADL21 - "MC-Ala-Ala-Asp-pABC"
ADL21 - "MC-Ala-Ala-Asp-pABC"
ADL22 - "Mc-PEG2-Val-Cit-pABC"
ADL22 - "Mc-PEG2-Val-Cit-pABC"
ADL23 - "MC-Glu-Val-Cit-pABC"
ADL23 - "MC-Glu-Val-Cit-pABC"
Таблица 9. Структуры иллюстративных соединений на основе конъюгируемых конструкций линкер-полезная нагрузка (L-D)Table 9. Structures of exemplary connections based on conjugated linker-payload (L-D) constructs
ADL1-D1
ADL1-D1
ADL6-D1
ADL6-D1
ADL5-D2
ADL5-D2
ADL1-D18
ADL1-D18
ADL5-D19
ADL5-D19
ADL14-D1
ADL14-D1
ADL12-D1
ADL12-D1
ADL15-D1
ADL15-D1
ADL12-D20
ADL12-D20
ADL10-D1
ADL10-D1
ADL12-D2
ADL12-D2
ADL15-D2
ADL15-D2
ADL12-D21
ADL12-D21
ADL6-D9
ADL6-D9
ADL1-D4
ADL1-D4
ADL1-D3
ADL1-D3
ADL1-D12
ADL1-D12
ADL1-D7
ADL1-D7
ADL1-D6
ADL1-D6
ADL1-D5
ADL1-D5
ADL22-D4
ADL22-D4
ADL5-D10
ADL5-D10
ADL5-D11
ADL5-D11
ADL1-D13
ADL1-D13
ADL1-D8
ADL1-D8
ADL1-D22
ADL1-D22
ADL5-D25
ADL5-D25
ADL12-D22
ADL12-D22
ADL5-D15
ADL5-D15
ADL1-D14
ADL1-D14
ADL5-D26
ADL5-D26
ADL1-D16
ADL1-D16
ADL5-D17
ADL5-D17
ADL1-D33
ADL1-D33
ADL1-D28
ADL1-D28
ADL1-D31
ADL1-D31
ADL1-D29
ADL1-D29
ADL1-D35
ADL1-D35
ADL5-D32
ADL5-D32
ADL5-D27
ADL5-D27
ADL12-D35
ADL12-D35
ADL12-D28
ADL12-D28
ADL1-D23
ADL1-D23
ADL1-D24
ADL1-D24
ADL5-D30
ADL5-D30
ADL13-D4
ADL13-D4
1.2 Получение полезных нагрузок на основе пладиенолида1.2 Obtaining payloads based on pladienolide
1.2.1 Краткое описание. Общая процедура 11.2.1 Brief description.
Схема 1
[926] Стадия 1. (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-Дигидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-ацетат (1,7 г, 3,154 ммоль), триэтиламин (4,40 мл, 31,536 ммоль), 1,2-дихлорэтан (31,5 мл, 3,154 ммоль) объединяли и перемешивали при к. т. Добавляли хлортриэтилсилан (2,1 мл, 12,615 ммоль) и перемешивали в течение ночи. Солевой раствор выливали в реакционную смесь и перемешивали в течение 30 мин. и органический слой отделяли. Затем водный слой обратно экстрагировали с помощью DCM (3X). Органические слои объединяли, высушивали (безводн. Na2SO4), концентрировали до сухого состояния и хроматографировали с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-гидрокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетата (1,274 г, 1,423 ммоль, выход 45,1%).[926]
[927] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,51-0,64 (m, 18 H) 0,74-0,84 (m, 9 H) 0,90-0,97 (m, 26 H) 1,04 (s, 3 H) 1,18 (s, 4 H) 1,37 (s, 3 H) 1,41-1,57 (m, 4 H) 1,69 (s, 3 H) 1,84-1,93 (m, 1 H) 2,00-2,05 (m, 3 H) 2,24-2,35 (m, 1 H) 2,38-2,45 (m, 1 H) 2,72-2,80 (m, 1 H) 3,28-3,30 (m, 1 H) 3,62-3,70 (m, 1 H) 3,80-3,90 (m, 1 H) 4,56 (s, 1 H) 4,81-4,93 (m, 2 H) 5,41-5,52 (m, 1 H) 5,63-5,73 (m, 1 H) 5,77-5,87 (m, 1 H) 6,01-6,12 (m, 1 H) 6,42 (dd, J=15,12, 11,11 Гц, 1 H).[927] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.51-0.64 (m, 18 H) 0.74-0.84 (m, 9 H) 0.90-0 .97 (m, 26 H) 1.04 (s, 3 H) 1.18 (s, 4 H) 1.37 (s, 3 H) 1.41-1.57 (m, 4 H) 1, 69 (s, 3 H) 1.84-1.93 (m, 1 H) 2.00-2.05 (m, 3 H) 2.24-2.35 (m, 1 H) 2.38- 2.45 (m, 1 H) 2.72-2.80 (m, 1 H) 3.28-3.30 (m, 1 H) 3.62-3.70 (m, 1 H) 3, 80-3.90 (m, 1 H) 4.56 (s, 1 H) 4.81-4.93 (m, 2 H) 5.41-5.52 (m, 1 H) 5.63- 5.73 (m, 1 H) 5.77-5.87 (m, 1 H) 6.01-6.12 (m, 1 H) 6.42 (dd, J=15.12, 11.11 Hz, 1H).
[928] Стадия 2. К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-гидрокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетата (0,7 г, 0,782 ммоль) в толуоле (4,16 мл, 39,085 ммоль) добавляли 1,8-нафталиндиамин, N, N,N',N'-тетраметил- (1,173 г, 5,472 ммоль) с последующим добавлением метилтрифторметансульфоната (0,354 мл, 3,127 ммоль) при 0°C. Затем обеспечивали нагревание реакционной смеси до 50°C и нагревали ее в течение 3 часов. Растворитель выпаривали. С помощью очистки посредством колоночной хроматографии получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-метокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетат (467 мг, 0,513 ммоль, выход 65,7%) в виде бесцветного масла.[928]
[929] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,62-0,70 (m, 18 H) 0,83-0,95 (m, 13 H) 0,99-1,07 (m, 27 H) 1,22 (s, 3 H) 1,24-1,36 (m, 2 H), 1,28-1,28 (m, 1 H) 1,45 (s, 3 H) 1,47-1,65 (m, 8 H) 1,78 (d, J=0,88 Гц, 3 H) 1,91-2,00 (m, 1 H) 2,07 (s, 3 H) 2,37-2,45 (m, 1 H) 2,51-2,68, (m, 3 H) 2,88-2,92 (m, 1 H) 3,20-3,24 (m, 1 H) 3,35 (s, 3 H) 3,74-3,82 (m, 1 H) 3,93-4,02 (m, 1 H) 4,94-4,99 (m, 1 H) 5,08-5,14 (m, 1 H), 5,53-5,64 (m, 1 H) 5,70-5,79 (m, 1 H) 5,81-5,88 (m, 1 H) 6,12-6,18 (m, 1 H) 6,47-6,58 (m, 1 H).[929] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.62-0.70 (m, 18 H) 0.83-0.95 (m, 13 H) 0.99-1 .07 (m, 27 H) 1.22 (s, 3 H) 1.24-1.36 (m, 2 H), 1.28-1.28 (m, 1 H) 1.45 (s, 3 H) 1.47-1.65 (m, 8 H) 1.78 (d, J=0.88 Hz, 3 H) 1.91-2.00 (m, 1 H) 2.07 (s , 3 H) 2.37-2.45 (m, 1 H) 2.51-2.68, (m, 3 H) 2.88-2.92 (m, 1 H) 3.20-3, 24 (m, 1 H) 3.35 (s, 3 H) 3.74-3.82 (m, 1 H) 3.93-4.02 (m, 1 H) 4.94-4.99 ( m, 1 H) 5.08-5.14 (m, 1 H), 5.53-5.64 (m, 1 H) 5.70-5.79 (m, 1 H) 5.81-5 .88 (m, 1 H) 6.12-6.18 (m, 1 H) 6.47-6.58 (m, 1 H).
[930] Стадия 3. (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Гидрокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетат (500 мг, 0,558 ммоль) растворяли в MeOH (6009 мкл, 148,524 ммоль) и добавляли карбонат калия (232 мг, 1,675 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. в течение 1 часа и определяли завершение реакции. Реакционную смесь разбавляли водой и экстрагировали с помощью EtOAc (3X). Объединенные органические вещества промывали солевым раствором, высушивали над сульфатом натрия, фильтровали и концентрировали. С помощью очистки посредством колоночной хроматографии получали (4R,7R,8S,11S,12S, E)-7,8-дигидрокси-7,11-диметил-12-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-4-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-9-ен-2-он (305 мг, 0,357 ммоль, выход 64,0%).[930]
[931] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,61-0,72 (m, 18 H) 0,82-0,92 (m, 7 H) 0,92-1,06 (m, 30 H) 1,19-1,40 (m, 7 H) 1,42-1,66 (m, 8 H) 1,51-1,52 (m, 1 H) 1,75-1,81 (m, 3 H) 1,91-2,01 (m, 1 H) 2,34-2,45 (m, 1 H) 2,51-2,61 (m, 2 H) 2,61-2,69 (m, 1 H) 2,86-2,94 (m, 1 H) 3,67-3,73 (m, 1 H) 3,73-3,80 (m, 1 H) 3,89-3,96 (m, 1 H) 4,08-4,17 (m, 1 H) 4,93-4,99 (m, 1 H) 5,36-5,47 (m, 1 H) 5,67-5,78 (m, 1 H) 5,80-5,88 (m, 1 H) 6,10-6,19 (m, 1 H) 6,47-6,58 (m, 1 H).[931] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.61-0.72 (m, 18 H) 0.82-0.92 (m, 7 H) 0.92-1 .06 (m, 30 H) 1.19-1.40 (m, 7 H) 1.42-1.66 (m, 8 H) 1.51-1.52 (m, 1 H) 1.75 -1.81 (m, 3 H) 1.91-2.01 (m, 1 H) 2.34-2.45 (m, 1 H) 2.51-2.61 (m, 2 H) 2 .61-2.69 (m, 1H) 2.86-2.94 (m, 1H) 3.67-3.73 (m, 1H) 3.73-3.80 (m, 1H ) 3.89-3.96 (m, 1 H) 4.08-4.17 (m, 1 H) 4.93-4.99 (m, 1 H) 5.36-5.47 (m, 1 H) 5.67-5.78 (m, 1 H) 5.80-5.88 (m, 1 H) 6.10-6.19 (m, 1 H) 6.47-6.58 ( m, 1H).
[932] Стадия 4. Объединяли (4R,7R,8S,11S,12S, E)-8-гидрокси-7-метокси-7,11-диметил-12-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-4-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-9-ен-2-он (0,386 г, 0,445 ммоль), DCM (0,1 M), DMAP (1,0 экв.), основание Хунига (5,0 экв.), 4-нитрофенилхлорформиат (1,8 экв.) и перемешивали в течение ночи. Затем реакционную смесь экстрагировали с помощью 1 н. NaOH. Органический слой высушивали (безводн. Na2SO4) и концентрировали до сухого состояния. Остаток смешивали с DCM (0,1 M), основанием Хунига (5,0 экв.), амином (2,0 экв.), которые объединяли и перемешивали в течение 1 часа. Реакционную смесь концентрировали и хроматографировали с получением три-TES-пладиенолида карбамата.[932]
[933] Стадия 5. Объединяли три-TES-пладиенолида карбамат (1 экв.), DCM (0,04 M) и DIPEA (191 экв.) и охлаждали до -78°C. Добавляли гидрофторид-пиридин (6,2 экв.) и обеспечивали нагревание реакционной смеси до к. т. и перемешивали ее в течение ночи. Реакционную смесь охлаждали на ледяной бане, затем добавляли насыщ. NaHCO3, перемешивали и экстрагировали с помощью DCM. Органические слои объединяли, высушивали над безводным Na2SO4, концентрировали и хроматографировали с получением пладиенолида карбамата.[933] Step 5 . Combined tri-TES-pladienolide carbamate (1 eq.), DCM (0.04 M) and DIPEA (191 eq.) and cooled to -78°C. Hydrofluoride-pyridine (6.2 eq.) was added and the reaction mixture was allowed to warm to rt and stirred overnight. The reaction mixture was cooled in an ice bath, then sat. NaHCO 3 , stirred and extracted with DCM. The organic layers were combined, dried over anhydrous Na 2 SO 4 , concentrated and chromatographed to give carbamate pladienolide.
1.2.1.1 D1 1.2.1.1 D1
[934] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.2.1) использовали для синтеза D1.[934] General procedure 1 (specified in section 1.2.1) was used to synthesize D1.
[935] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Метокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (240 мг, 0,245 ммоль, выход 55,1%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 980,4 [M+H]+.[935] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Methoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl)oxy) -7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2-yl )-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (240 mg, 0.245 mmol, 55.1% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 980.4 [M+H] + .
[936] 1H-ЯМР (400 МГц, CDCl3-d): δ ppm 0,56-0,66 (m, 18 H) 0,78-0,91 (m, 9 H) 0,96 (t, J=7,91 Гц, 27 H) 1,18-1,22 (m, 3 H) 1,23-1,28 (m, 1 H) 1,37-1,41 (m, 3 H) 1,41-1,63 (m, 7 H) 1,69-1,74 (m, 3 H) 1,89 (dd, J=13,87, 4,96 Гц, 1 H) 2,33-2,62 (m, 4 H) 2,78-2,89 (m, 5 H), 3,35 (s, 3 H) 3,43-3,52 (m, 4 H) 3,73 (td, J=6,40, 3,51 Гц, 1 H) 3,86 (br dd, J=7,84, 3,95 Гц, 1 H) 4,94-5,13 (m, 2 H) 5,58-5,76 (m, 3 H) 6,12, (br d, J=0,75 Гц, 1 H) 6,41 (dd, J=15,06, 11,04 Гц, 1 H).[936] 1 H-NMR (400 MHz, CDCl 3 - d ): δ ppm 0.56-0.66 (m, 18 H) 0.78-0.91 (m, 9 H) 0.96 (t , J=7.91 Hz, 27 H) 1.18-1.22 (m, 3 H) 1.23-1.28 (m, 1 H) 1.37-1.41 (m, 3 H) 1.41-1.63 (m, 7 H) 1.69-1.74 (m, 3 H) 1.89 (dd, J=13.87, 4.96 Hz, 1 H) 2.33- 2.62 (m, 4 H) 2.78-2.89 (m, 5 H), 3.35 (s, 3 H) 3.43-3.52 (m, 4 H) 3.73 (td , J=6.40, 3.51 Hz, 1 H) 3.86 (br dd, J=7.84, 3.95 Hz, 1 H) 4.94-5.13 (m, 2 H) 5 .58-5.76 (m, 3 H) 6.12, (br d, J=0.75 Hz, 1 H) 6.41 (dd, J=15.06, 11.04 Hz, 1 H) .
D1D1
[937] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат.[937] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-ylpiperazine-1-carboxylate.
[938] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,83-1,01 (m, 10 H) 1,23 (s, 3 H) 1,25-1,32 (m, 1 H) 1,35 (s, 3 H) 1,40-1,61 (m, 6 H) 1,61-1,71 (m, 2 H) 1,79 (d, J=0,75 Гц, 3 H) 1,84-1,93 (m, 1 H) 2,45-2,63 (m, 3 H) 2,63-2,72 (m, 1 H) 2,77-2,85 (m, 4 H) 2,86-2,94 (m, 1 H) 3,33-3,37 (m, 3 H) 3,40-3,57 (m, 5 H) 3,77-3,89 (m, 1 H) 4,38-4,42 (m, 1 H) 5,01-5,12 (m, 2 H) 5,52-5,65 (m, 1 H) 5,69-5,80 (m, 1 H) 5,84-5,92 (m, 1 H) 6,09-6,18 (m, 1 H) 6,49-6,60 (m, 1 H).[938] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4): δ ppm 0.83-1.01 (m, 10 H) 1.23 (s, 3 H) 1.25-1.32 (m , 1 H) 1.35 (s, 3 H) 1.40-1.61 (m, 6 H) 1.61-1.71 (m, 2 H) 1.79 (d, J=0.75 Hz, 3 H) 1.84-1.93 (m, 1 H) 2.45-2.63 (m, 3 H) 2.63-2.72 (m, 1 H) 2.77-2, 85 (m, 4 H) 2.86-2.94 (m, 1 H) 3.33-3.37 (m, 3 H) 3.40-3.57 (m, 5 H) 3.77- 3.89 (m, 1 H) 4.38-4.42 (m, 1 H) 5.01-5.12 (m, 2 H) 5.52-5.65 (m, 1 H) 5, 69-5.80 (m, 1 H) 5.84-5.92 (m, 1 H) 6.09-6.18 (m, 1 H) 6.49-6.60 (m, 1 H) .
1.2.1.2 D21.2.1.2 D2
[939] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.2.1) использовали для синтеза D2.[939] General procedure 1 (specified in section 1.2.1) was used to synthesize D2.
[940] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Метокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-4-метилпиперазин-1-карбоксилат (413 мг, 0,416 ммоль, выход 90%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 994 [M+H]+.[940] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Methoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl)oxy) -7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2-yl )-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-yl-4-methylpiperazin-1-carboxylate (413 mg, 0.416 mmol, 90% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 994 [M+H] + .
[941] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,61-0,71 (m, 18 H) 0,83-0,94 (m, 9 H) 0,98-1,07 (m, 28 H) 1,23 (s, 3 H) 1,41-1,48 (m, 3 H) 1,48-1,65 (m, 7 H) 1,72-1,81 (m, 3 H) 1,93-1,99 (m, 1 H) 2,03 (s, 3 H) 2,32 (s, 3 H) 2,38-2,48 (m, 5 H) 2,52-2,67 (m, 3 H) 2,87-2,93 (m, 1 H) 3,47-3,61 (m, 4 H) 3,72-3,81 (m, 1 H) 3,96-4,04 (m, 1 H) 4,53-4,62 (m, 1 H) 4,93-5,07 (m, 2 H) 5,51-5,64 (m, 1 H) 5,69-5,79 (m, 1 H) 5,81-5,92 (m, 1 H) 6,09-6,21 (m, 1 H) 6,46-6,60 (m, 1 H).[941] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.61-0.71 (m, 18 H) 0.83-0.94 (m, 9 H) 0.98-1 .07 (m, 28 H) 1.23 (s, 3 H) 1.41-1.48 (m, 3 H) 1.48-1.65 (m, 7 H) 1.72-1.81 (m, 3 H) 1.93-1.99 (m, 1 H) 2.03 (s, 3 H) 2.32 (s, 3 H) 2.38-2.48 (m, 5 H) 2.52-2.67 (m, 3 H) 2.87-2.93 (m, 1 H) 3.47-3.61 (m, 4 H) 3.72-3.81 (m, 1 H) 3.96-4.04 (m, 1 H) 4.53-4.62 (m, 1 H) 4.93-5.07 (m, 2 H) 5.51-5.64 (m , 1 H) 5.69-5.79 (m, 1 H) 5.81-5.92 (m, 1 H) 6.09-6.21 (m, 1 H) 6.46-6.60 (m, 1H).
D2D2
[942] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-метилпиперазин-1-карбоксилат (37,8 мг, 0,058 ммоль, выход 24,05%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 651,69 [M+H]+.[942] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-yl-4-methylpiperazine-1-carboxylate (37.8 mg, 0.058 mmol, 24.05% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 651.69 [M+H] + .
[943] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,76-0,89 (m, 9 H) 1,10 (s, 3 H) 1,20-1,26 (m, 3 H) 1,30-1,42 (m, 4 H) 1,42-1,55 (m, 2 H) 1,66-1,75 (m, 3 H) 1,75-1,82 (m, 1 H) 2,13-2,21 (m, 3 H) 2,25 (br s, 4 H) 2,31-2,41 (m, 2 H) 2,54-2,60 (m, 2 H) 2,72-2,82 (m, 1 H) 3,22 (s, 3 H) 3,36-3,40 (m, 3 H) 3,66-3,76 (m, 1 H) 4,36-4,46 (m, 1 H) 4,53-4,60 (m, 1 H) 4,78-4,85 (m, 1 H) 4,86-4,96 (m, 2 H) 5,36-5,50 (m, 1 H) 5,60-5,74 (m, 1 H) 5,80-5,92 (m, 1 H) 6,02-6,11 (m, 1 H) 6,34-6,46 (m, 1 H).[943] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.76-0.89 (m, 9 H) 1.10 (s, 3 H) 1.20-1.26 (m , 3 H) 1.30-1.42 (m, 4 H) 1.42-1.55 (m, 2 H) 1.66-1.75 (m, 3 H) 1.75-1.82 (m, 1 H) 2.13-2.21 (m, 3 H) 2.25 (br s, 4 H) 2.31-2.41 (m, 2 H) 2.54-2.60 ( m, 2 H) 2.72-2.82 (m, 1 H) 3.22 (s, 3 H) 3.36-3.40 (m, 3 H) 3.66-3.76 (m, 1 H) 4.36-4.46 (m, 1 H) 4.53-4.60 (m, 1 H) 4.78-4.85 (m, 1 H) 4.86-4.96 ( m, 2 H) 5.36-5.50 (m, 1 H) 5.60-5.74 (m, 1 H) 5.80-5.92 (m, 1 H) 6.02-6, 11 (m, 1 H) 6.34-6.46 (m, 1 H).
1.3 Получение конструкции линкер MC-Val-Cit-pABC-полезные нагрузки1.3 Obtaining the MC-Val-Cit-pABC-Payloads Linker Construction
1.3.1 Краткое описание. Общая процедура 11.3.1 Brief description.
Схема 2
[944] Полезную нагрузку (1,0 экв.), основание Хунига (3,0 экв.), DMF (0,1 M) и 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (1,2 экв.) объединяли и перемешивали при к. т. в течение ночи. Затем реакционную смесь концентрировали и очищали посредством колоночной хроматографии (MeOH в DCM) или HPLC с обращенной фазой с получением продукта.[944] Payload (1.0 eq.), Hunig base (3.0 eq.), DMF (0.1 M), and 4-((S)-2-((S)-2-(6- (2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (1.2 eq) was combined and stirred at k. t. during the night. The reaction mixture was then concentrated and purified by column chromatography (MeOH in DCM) or reverse phase HPLC to give the product.
1.3.1.1 ADL1-D11.3.1.1 ADL1-D1
[945] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D1). Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (50 мг, 0,040 ммоль, выход 42%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1258,5 [M+Na]+.[945] Linker Payload (ADL1-D1) . General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H -pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E ,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-diene -2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (50 mg, 0.040 mmol, 42% yield). LC/MS (ESI mass/charge), 1258.5 [M+Na] + .
[946] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,85-1,04 (m, 16 H) 1,18-1,26 (m, 3 H) 1,26-1,38 (m, 6 H) 1,40-1,71 (m, 14 H) 1,80 (s, 3 H) 1,85-1,98 (m, 2 H) 2,02-2,15 (m, 1 H) 2,24-2,34 (m, 2 H) 2,44-2,64 (m, 3 H) 2,65-2,72 (m, 1 H) 2,87-2,96 (m, 1 H) 3,06 -3,27 (m, 2 H) 3,37 (s, 6 H) 3,43-3,61 (m, 12 H) 3,79-3,90 (m, 1 H) 4,12-4,21 (m, 1 H) 4,48-4,55 (m, 1 H) 5,02-5,14 (m, 4 H) 5,55-5,65 (m, 1 H), 5,69-5,81 (m, 1 H) 5,85-5,93 (m, 1 H) 6,12-6,19 (m, 1 H) 6,49-6,60 (m, 1 H) 6,81 (s, 2 H) 7,29-7,38 (m, 2 H) 7,57-7,65 (m, 2 H).[946] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.85-1.04 (m, 16 H) 1.18-1.26 (m, 3 H) 1.26-1 .38 (m, 6H) 1.40-1.71 (m, 14H) 1.80 (s, 3H) 1.85-1.98 (m, 2H) 2.02-2.15 (m, 1 H) 2.24-2.34 (m, 2 H) 2.44-2.64 (m, 3 H) 2.65-2.72 (m, 1 H) 2.87-2 .96 (m, 1H) 3.06 -3.27 (m, 2H) 3.37 (s, 6H) 3.43-3.61 (m, 12H) 3.79-3.90 (m, 1 H) 4.12-4.21 (m, 1 H) 4.48-4.55 (m, 1 H) 5.02-5.14 (m, 4 H) 5.55-5 .65 (m, 1 H), 5.69-5.81 (m, 1 H) 5.85-5.93 (m, 1 H) 6.12-6.19 (m, 1 H) 6, 49-6.60 (m, 1 H) 6.81 (s, 2 H) 7.29-7.38 (m, 2 H) 7.57-7.65 (m, 2 H).
1.3.1.2 ADL1-D181.3.1.2 ADL1-D18
[947] Полезную нагрузку D18 получали с применением процедур, указанных в разделе 1.2.1, с использованием пладиенолида B в качестве исходного материала (SM) (R=H; схема 1).[947] The D18 payload was generated using the procedures in section 1.2.1 using pladienolide B as starting material (SM) (R=H; Scheme 1).
[948] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (205 мг, 0,330 ммоль, выход 77%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 621,6 [M+H]+.[948] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)- 3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6- ilpiperazine-1-carboxylate (205 mg, 0.330 mmol, 77% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 621.6 [M+H] + .
[949] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,88-0,99 (m, 9 H) 1,10 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,24 (s, 4 H) 1,42-1,69 (m, 8 H) 1,77 (d, J=0,88 Гц, 3 H) 2,43-2,63 (m, 4 H) 2,64-2,70 (m, 1 H) 2,71-2,82 (m, 5 H) 3,34 (br s, 3 H) 3,37 (s, 2 H) 3,42-3,57 (m, 5 H) 3,79-3,89 (m, 1 H) 5,06 (s, 2 H), 5,54-5,63 (m, 1 H) 5,64-5,80 (m, 2 H) 6,07-6,16 (m, 1 H) 6,29-6,40 (m, 1 H). [949] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.88-0.99 (m, 9 H) 1.10 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1, 24 (s, 4 H) 1.42-1.69 (m, 8 H) 1.77 (d, J =0.88 Hz, 3 H) 2.43-2.63 (m, 4 H) 2 .64-2.70 (m, 1 H) 2.71-2.82 (m, 5 H) 3.34 (br s, 3 H) 3.37 (s, 2 H) 3.42-3, 57 (m, 5 H) 3.79-3.89 (m, 1 H) 5.06 (s, 2 H), 5.54-5.63 (m, 1 H) 5.64-5.80 (m, 2 H) 6.07-6.16 (m, 1 H) 6.29-6.40 (m, 1 H).
[950] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D18). Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (72 мг, 0,059 ммоль, выход 54,7%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1220,08 [M+H]+.[950] Linker Payload (ADL1-D18) . General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H -pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((S,2E ,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl )-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (72 mg, 0.059 mmol, 54.7% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1220.08 [M+H] + .
[951] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,87-1,02 (m, 15 H) 1,10 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,23 (s, 4 H) 1,29-1,38 (m, 2 H) 1,44-1,68 (m, 13 H), 1,54-1,55 (m, 1 H) 1,77 (d, J=0,75 Гц, 4 H) 1,87-1,95 (m, 1 H) 2,05-2,15 (m, 1 H) 2,24-2,32 (m, 2 H) 2,45-2,62 (m, 4 H) 2,65-2,70 (m, 1 H), 2,71-2,78 (m, 1 H) 3,13-3,18 (m, 2 H) 3,46-3,58 (m, 11 H) 3,79-3,90 (m, 1 H) 4,13-4,21 (m, 1 H) 4,47-4,56 (m, 1 H) 5,11 (s, 4 H) 5,53-5,81 (m, 3 H) 6,06-6,16 (m, 1 H) 6,29-6,40 (m, 1 H) 6,81 (s, 2 H) 7,34 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,60 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[951] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-1.02 (m, 15 H) 1.10 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1, 23 (s, 4 H) 1.29-1.38 (m, 2 H) 1.44-1.68 (m, 13 H), 1.54-1.55 (m, 1 H) 1.77 (d, J =0.75 Hz, 4 H) 1.87-1.95 (m, 1 H) 2.05-2.15 (m, 1 H) 2.24-2.32 (m, 2 H) 2.45-2.62 (m, 4 H) 2.65-2.70 (m, 1 H), 2.71-2.78 (m, 1 H) 3.13-3.18 ( m, 2 H) 3.46-3.58 (m, 11 H) 3.79-3.90 (m, 1 H) 4.13-4.21 (m, 1 H) 4.47-4, 56 (m, 1 H) 5.11 (s, 4 H) 5.53-5.81 (m, 3 H) 6.06-6.16 (m, 1 H) 6.29-6.40 ( m, 1 H) 6.81 (s, 2 H) 7.34 (d, J = 8.53 Hz, 2 H) 7.60 (d, J = 8.53 Hz, 2 H).
1.3.1.3 ADL1-D8 и ADL6-D81.3.1.3 ADL1-D8 and ADL6-D8
[952] Полезную нагрузку D8 синтезировали в соответствии с процедурой, указанной ниже.[952] The D8 payload was synthesized according to the procedure below.
Схема 3
[953] Стадия 1. В раствор три-TES-пладиенолида D (200 мг, 0,223 ммоль) в дихлорметане (2 мл) при 0°C добавляли DMAP (409 мг, 3,35 ммоль) и 4-нитрофенилхлорформиат (338 мг, 1,675 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. в течение 7 дней, разбавляли с помощью EtOAc и воды, затем слои разделяли. Водный слой экстрагировали с помощью EtOAc (2X) и объединенные органические экстракты промывали солевым раствором. Объединенные органические слои высушивали над Na2SO4, фильтровали и концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-7-(((4-нитрофенокси)карбонил)окси)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетат (170 мг, выход 72%).[953]
[954] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,54-0,67 (m, 18 H) 0,78-1,03 (m, 36 H) 1,19-1,32 (m, 1 H) 1,39 (s, 3 H) 1,43-1,52 (m, 3 H) 1,55-1,63 (m, 3 H) 1,64 (s, 3 H) 1,74 (s, 3 H) 1,88 (dd, J=13,80, 5,02 Гц, 1 H) 2,13 (s, 3 H) 2,23-2,37 (m, 1 H) 2,39-2,48 (m, 2 H) 2,51-2,63 (m, 2 H) 2,84 (s, 1 H) 3,69-3,77 (m, 1 H) 3,82-4,00 (m, 1 H) 5,04 (d, J=10,79 Гц, 1 H) 5,24 (d, J=9,03 Гц, 1 H) 5,67-5,84 (m, 3 H) 6,12 (d, J=10,16 Гц, 1 H) 6,42 (dd, J=15,06, 11,04 Гц, 1 H) 7,42 (d, J=9,29 Гц, 2 H) 8,29 (d, J=9,16 Гц, 2 H).[954] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.54-0.67 (m, 18 H) 0.78-1.03 (m, 36 H) 1.19-1 .32 (m, 1H) 1.39 (s, 3H) 1.43-1.52 (m, 3H) 1.55-1.63 (m, 3H) 1.64 (s, 3 H) 1.74 (s, 3 H) 1.88 (dd, J = 13.80, 5.02 Hz, 1 H) 2.13 (s, 3 H) 2.23-2.37 (m, 1 H) 2.39-2.48 (m, 2 H) 2.51-2.63 (m, 2 H) 2.84 (s, 1 H) 3.69-3.77 (m, 1 H ) 3.82-4.00 (m, 1 H) 5.04 (d, J =10.79 Hz, 1 H) 5.24 (d, J =9.03 Hz, 1 H) 5.67- 5.84 (m, 3 H) 6.12 (d, J = 10.16 Hz, 1 H) 6.42 (dd, J = 15.06, 11.04 Hz, 1 H) 7.42 (d , J = 9.29 Hz, 2 H) 8.29 (d, J = 9.16 Hz, 2 H).
[955] Стадия 2. В раствор (2S,3S,6S,7R,10R, E)-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-7-(((4-нитрофенокси)карбонил)окси)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-ацетата (100 мг, 0,094 ммоль) в DCM добавляли пиперазин и DMAP. Полученную желтоватую суспензию перемешивали в течение 6 часов. Реакционную смесь концентрировали с получением неочищенного продукта. С помощью флэш-хроматографии получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-7-илпиперазин-1-карбоксилат (95 мг, 100%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1008,8 [M+H]+.[955]
[956] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,42-0,70 (m, 22 H) 0,79-0,84 (m, 7 H) 0,86-0,91 (m, 4 H) 0,92-1,03 (m, 30 H) 1,15-1,30 (m, 2 H) 1,37-1,42 (m, 3 H) 1,44-1,52 (m, 3 H) 1,56-1,62 (m, 2 H) 1,62-1,68 (m, 1 H) 1,71-1,76 (m, 3 H) 1,83-1,93 (m, 1 H) 2,03-2,11 (m, 4 H) 2,36-2,45 (m, 2 H) 2,45-2,53 (m, 2 H) 2,54-2,64 (m, 1 H) 2,78-2,86 (m, 1 H) 2,86-3,07 (m, 4 H) 3,32-3,45 (m, 1 H) 3,45-3,64 (m, 3 H) 3,69-3,78 (m, 1 H) 3,79-3,94 (m, 1 H) 5,00 (d, J=10,54 Гц, 1 H) 5,18 (s, 1 H) 5,54-5,79 (m, 3 H) 5,98-6,21 (m, 1 H) 6,33-6,57 (m, 1 H) 6,84-6,96 (m, 3 H) 8,02-8,35 (m, 2 H) 8,06-8,08 (m, 1 H).[956] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.42-0.70 (m, 22 H) 0.79-0.84 (m, 7 H) 0.86-0 .91 (m, 4 H) 0.92-1.03 (m, 30 H) 1.15-1.30 (m, 2 H) 1.37-1.42 (m, 3 H) 1.44 -1.52 (m, 3 H) 1.56-1.62 (m, 2 H) 1.62-1.68 (m, 1 H) 1.71-1.76 (m, 3 H) 1 .83-1.93 (m, 1H) 2.03-2.11 (m, 4H) 2.36-2.45 (m, 2H) 2.45-2.53 (m, 2H ) 2.54-2.64 (m, 1 H) 2.78-2.86 (m, 1 H) 2.86-3.07 (m, 4 H) 3.32-3.45 (m, 1 H) 3.45-3.64 (m, 3 H) 3.69-3.78 (m, 1 H) 3.79-3.94 (m, 1 H) 5.00 (d, J = 10.54 Hz, 1 H) 5.18 (s, 1 H) 5.54-5.79 (m, 3 H) 5.98-6.21 (m, 1 H) 6.33-6.57 (m, 1 H) 6.84-6.96 (m, 3 H) 8.02-8.35 (m, 2 H) 8.06-8.08 (m, 1 H).
[957] Стадия 3. В раствор (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-7-илпиперазин-1-карбоксилата (95 мг, 0,094 ммоль) в THF (3 мл) добавляли TBAF (0,424 мл, 1 M, 0,424 ммоль) и перемешивали при к. т. в течение 10 часов. Смесь концентрировали и разбавляли с помощью EtOAc, промывали водой и солевым раствором. Органический слой разделяли и высушивали над Na2SO4, фильтровали и концентрировали in vacuo. С помощью очистки посредством HPLC получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-илпиперазин-1-карбоксилат (16 мг, 26%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 665,6 [M+H]+.[957]
[958] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,90 (dd, J=6,84, 2,20 Гц, 6 H) 0,94 (t, J=7,40 Гц, 3 H) 1,20-1,30 (m, 1 H) 1,34 (s, 3 H) 1,39-1,54 (m, 3 H) 1,55 (s, 3 H) 1,59-1,73 (m, 3 H) 1,78 (d, J=0,88 Гц, 3 H) 1,86 (dd, J=13,99, 5,46 Гц, 1 H) 2,05 (s, 3 H) 2,39-2,53 (m, 3 H) 2,55-2,65 (m, 1 H) 2,67 (dd, J=8,03, 2,26 Гц, 1 H) 2,89 (s, 1 H) 3,22 (br s, 4 H) 3,50-3,57 (m, 1 H) 3,58-3,90 (m, 5 H) 5,08 (d, J=10,67 Гц, 1 H) 5,18 (d, J=9,03 Гц, 1 H) 5,58-5,78 (m, 2 H) 5,88 (d, J=15,31 Гц, 1 H) 6,10-6,23 (m, 1 H) 6,53 (dd, J=15,25, 10,98 Гц, 1 H).[958] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.90 (dd, J =6.84, 2.20 Hz, 6 H) 0.94 (t, J =7.40 Hz, 3H) 1.20-1.30 (m, 1H) 1.34 (s, 3H) 1.39-1.54 (m, 3H) 1.55 (s, 3H) 1 .59-1.73 (m, 3 H) 1.78 (d, J = 0.88 Hz, 3 H) 1.86 (dd, J = 13.99, 5.46 Hz, 1 H) 2, 05 (s, 3 H) 2.39-2.53 (m, 3 H) 2.55-2.65 (m, 1 H) 2.67 (dd, J = 8.03, 2.26 Hz, 1 H) 2.89 (s, 1 H) 3.22 (br s, 4 H) 3.50-3.57 (m, 1 H) 3.58-3.90 (m, 5 H) 5, 08 (d, J =10.67 Hz, 1 H) 5.18 (d, J = 9.03 Hz, 1 H) 5.58-5.78 (m, 2 H) 5.88 (d, J = 15.31 Hz, 1 H) 6.10-6.23 (m, 1 H) 6.53 (dd, J = 15.25, 10.98 Hz, 1 H).
[959] Стадия 4. [959]
[960] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D8). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил-(4-нитрофенил)карбонату (7,5 мг, 10,166 мкмоль) в DMF (315 мкл, 4,066 ммоль) добавляли основание Хунига (5,33 мкл, 0,03 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-ил-пиперазин-1-карбоксилат (7,50 мг, 0,011 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. до израсходования исходного материала. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии получали ADL1-D8 (7,2 мг, 5,70 мкмоль, выход 56,1%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1263,8 [M+H]+. Общую процедуру 1 (1.3.1) можно также использовать для получения ADL1-110987.[960] Linker Payload (ADL1-D8) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5 -ureidopentanamido)benzyl-(4-nitrophenyl)carbonate (7.5 mg, 10.166 µmol) in DMF (315 µl, 4.066 mmol) Hunig's base (5.33 µl, 0.03 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-7-yl-piperazine-1-carboxylate (7.50 mg, 0.011 mmol). The reaction mixture was stirred at room temperature until the starting material was consumed. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography gave ADL1-D8 (7.2 mg, 5.70 µmol, 56.1% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1263.8 [M+H] + . General procedure 1 (1.3.1) can also be used to obtain ADL1-110987.
[961] 1H-ЯМР (400 МГц, ХЛОРОФОРМ-d): δ ppm 0,80-1,02 (m, 16 H) 1,20-1,35 (m, 6 H) 1,38-1,48 (m, 2 H) 1,57-1,69 (m, 7 H) 1,74-1,81 (m, 4 H) 1,86-1,96 (m, 2 H) 2,00-2,11 (m, 4 H) 2,31 (br d, J=6,02 Гц, 2 H) 2,45-2,55 (m, 2 H) 2,59-2,74 (m, 2 H) 2,85-2,96 (m, 1 H) 3,05-3,25 (m, 5 H) 3,40-3,59 (m, 9 H) 3,62-3,88 (m, 1 H) 4,15 (d, J=7,53 Гц, 1 H) 5,05-5,22 (m, 5 H) 5,56-5,77 (m, 2 H) 5,84-5,98 (m, 1 H) 6,11-6,22 (m, 1 H) 6,47-6,61 (m, 1 H) 7,31-7,40 (m, 2 H) 7,56-7,65 (m, 2 H).[961] 1 H-NMR (400 MHz, CHLOROFORM- d ): δ ppm 0.80-1.02 (m, 16 H) 1.20-1.35 (m, 6 H) 1.38-1, 48 (m, 2 H) 1.57-1.69 (m, 7 H) 1.74-1.81 (m, 4 H) 1.86-1.96 (m, 2 H) 2.00- 2.11 (m, 4 H) 2.31 (br d, J = 6.02 Hz, 2 H) 2.45-2.55 (m, 2 H) 2.59-2.74 (m, 2 H) 2.85-2.96 (m, 1H) 3.05-3.25 (m, 5H) 3.40-3.59 (m, 9H) 3.62-3.88 (m , 1 H) 4.15 (d, J = 7.53 Hz, 1 H) 5.05-5.22 (m, 5 H) 5.56-5.77 (m, 2 H) 5.84- 5.98 (m, 1 H) 6.11-6.22 (m, 1 H) 6.47-6.61 (m, 1 H) 7.31-7.40 (m, 2 H) 7, 56-7.65 (m, 2H).
[962] Линкер-полезная нагрузка (ADL6-D8). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (5 мг, 7,673 мкмоль) в DMF (238 мкл, 3,069 ммоль) добавляли основание Хунига (4,02 мкл, ,023 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-ил-пиперазин-1-карбоксилат. Реакционную смесь перемешивали при к. т. до израсходования исходного материала. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью очистки посредством HPLC получали ADL6-D8 (1,2 мг, 1,019 мкмоль, выход 13,28%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1199,9 [M+Na]+.[962] Linker Payload (ADL6-D8) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)propanamido) benzyl (4-nitrophenyl) carbonate (5 mg, 7.673 µmol) in DMF (238 µl, 3.069 mmol) Hunig's base (4.02 µl, .023 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-7-yl-piperazine-1-carboxylate. The reaction mixture was stirred at room temperature until the starting material was consumed. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Purification by HPLC gave ADL6-D8 (1.2 mg, 1.019 µmol, 13.28% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1199.9 [M+Na] + .
[963] 1H ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,78-1,04 (m, 18 H) 1,15-1,52 (m, 58 H) 1,64-1,72 (m, 3 H) 1,78 (d, J=6,53 Гц, 4 H) 2,04-2,19 (m, 3 H) 2,21-2,30 (m, 1 H) 2,44-2,67 (m, 4 H) 2,76 (dd, J=6,09, 2,95 Гц, 1 H) 2,90-3,02 (m, 1 H) 3,42-3,57 (m, 8 H) 3,61-3,70 (m, 1 H) 3,77 (br s, 1 H) 4,10-4,27 (m, 1 H) 4,58 (br d, J=6,65 Гц, 1 H) 5,01-5,26 (m, 4 H) 5,52-5,70 (m, 2 H) 5,88 (s, 1 H) 5,93-6,02 (m, 1 H) 6,08-6,18 (m, 1 H) 6,47-6,58 (m, 1 H) 7,29-7,35 (m, 2 H) 7,55 (d, J=8,66 Гц, 1 H).[963] 1 H NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.78-1.04 (m, 18 H) 1.15-1.52 (m, 58 H) 1.64-1, 72 (m, 3 H) 1.78 (d, J =6.53 Hz, 4 H) 2.04-2.19 (m, 3 H) 2.21-2.30 (m, 1 H) 2 .44-2.67 (m, 4 H) 2.76 (dd, J =6.09, 2.95 Hz, 1 H) 2.90-3.02 (m, 1 H) 3.42-3 .57 (m, 8 H) 3.61-3.70 (m, 1 H) 3.77 (br s, 1 H) 4.10-4.27 (m, 1 H) 4.58 (br d , J =6.65 Hz, 1 H) 5.01-5.26 (m, 4 H) 5.52-5.70 (m, 2 H) 5.88 (s, 1 H) 5.93- 6.02 (m, 1 H) 6.08-6.18 (m, 1 H) 6.47-6.58 (m, 1 H) 7.29-7.35 (m, 2 H) 7, 55 (d, J = 8.66 Hz, 1 H).
1.3.1.4 ADL1-D41.3.1.4 ADL1-D4
[964] Синтезировали ADL1-D4 с применением процедур, указанных ниже.[964] Synthesized ADL1-D4 using the procedures below.
Схема 4
[965] Стадия 1. (2S,3S,6S,7R,10R, E)-3,7-Диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-6-(((4-нитрофенокси)карбонил)окси)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-7-ил-ацетат.[965]
[966] В раствор три-TES-пладиенолида D (160 мг, 0,179 ммоль) в 1,2-дихлорэтане (5 мл) при 20°C добавляли DMAP (32,7 мг, 0,268 ммоль), триэтиламин (0,75 мл, 5,36 ммоль) и 4-нитрофенилхлорформиат (360 мг, 1,787 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при 40°C в течение 4 дней и при 60°C в течение 2 часов. Реакционную смесь разбавляли с помощью EtOAc и промывали водой, затем слои разделяли. Водный слой экстрагировали с помощью EtOAc (2X). Объединенные органические экстракты последовательно промывали водой и солевым раствором, высушивали над MgSO4, фильтровали и концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (150 мг, выход 79%).[966] DMAP (32.7 mg, 0.268 mmol), triethylamine (0.75 ml , 5.36 mmol) and 4-nitrophenyl chloroformate (360 mg, 1.787 mmol). The reaction mixture was stirred at 40°C for 4 days and at 60°C for 2 hours. The reaction mixture was diluted with EtOAc and washed with water, then the layers were separated. The aqueous layer was extracted with EtOAc (2X). The combined organic extracts were washed successively with water and brine, dried over MgSO 4 , filtered and concentrated in vacuo . Flash chromatography gave (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl )oxy)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien- 2-yl)-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (150 mg, 79% yield).
[967] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,48-0,71 (m, 24 H) 0,78-0,85 (m, 7 H) 0,86-0,93 (m, 5 H) 0,94-1,03 (m, 34 H) 1,18-1,22 (m, 2 H) 1,22-1,26 (m, 2 H) 1,35-1,43 (m, 4 H) 1,43-1,52 (m, 4 H) 1,54 (s, 4 H) 1,56-1,65 (m, 3 H) 1,68-1,72 (m, 3 H) 1,75 (br d, J=0,75 Гц, 2 H) 1,84-1,95 (m, 1 H) 2,01-2,06 (m, 2 H) 2,09 (s, 2 H) 2,11 (s, 2 H) 2,33-2,52 (m, 4 H) 2,57 (dd, J=8,09, 2,07 Гц, 2 H) 2,80-2,90 (m, 1 H) 3,66-3,80 (m, 1 H) 3,82-3,93 (m, 2 H) 4,92-5,13 (m, 2 H) 5,63-5,68 (m, 1 H) 5,69-5,74 (m, 1 H) 5,75-5,83 (m, 2 H) 6,12 (br d, J=10,67 Гц, 1 H) 6,41 (ddd, J=15,15, 11,01, 5,08 Гц, 1 H) 7,50 (d, J=9,41 Гц, 2 H) 8,35 (d, J=9,29 Гц, 2 H).[967] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.48-0.71 (m, 24 H) 0.78-0.85 (m, 7 H) 0.86-0 .93 (m, 5 H) 0.94-1.03 (m, 34 H) 1.18-1.22 (m, 2 H) 1.22-1.26 (m, 2 H) 1.35 -1.43 (m, 4 H) 1.43-1.52 (m, 4 H) 1.54 (s, 4 H) 1.56-1.65 (m, 3 H) 1.68-1 .72 (m, 3 H) 1.75 (br d, J = 0.75 Hz, 2 H) 1.84-1.95 (m, 1 H) 2.01-2.06 (m, 2 H ) 2.09 (s, 2 H) 2.11 (s, 2 H) 2.33-2.52 (m, 4 H) 2.57 (dd, J = 8.09, 2.07 Hz, 2 H) 2.80-2.90 (m, 1 H) 3.66-3.80 (m, 1 H) 3.82-3.93 (m, 2 H) 4.92-5.13 (m , 2 H) 5.63-5.68 (m, 1 H) 5.69-5.74 (m, 1 H) 5.75-5.83 (m, 2 H) 6.12 (br d, J = 10.67 Hz, 1 H) 6.41 (ddd, J = 15.15, 11.01, 5.08 Hz, 1 H) 7.50 (d, J = 9.41 Hz, 2 H) 8.35 (d, J =9.29 Hz, 2H).
[968] Стадия 2. (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат.[968]
[969] В раствор (2S,3S,6S,7R,10R, E)-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-6-(((4-нитрофенокси)карбонил)окси)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-7-ил-ацетата в DCM (1 мл) добавляли пиперазин (0,447 г, 5,195 ммоль) и основание Хунига (0,9 мл, 5,195 ммоль). Полученную желтоватую суспензию перемешивали в течение 6 часов. Реакционную смесь концентрировали и хроматографировали на силикагеле с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (1,0 г, 0,844 ммоль, выход 81%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1008,1 [M+H]+.[969] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl)oxy)-7 -((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2-yl)- 6-(((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-7-yl-acetate in DCM (1 ml) was added piperazine (0.447 g, 5.195 mmol) and Hunig's base (0.9 ml, 5.195 mmol). The resulting yellowish suspension was stirred for 6 hours. The reaction mixture was concentrated and chromatographed on silica gel to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6- ((triethylsilyl)oxy)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4 -dien-2-yl)-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (1.0 g, 0.844 mmol, 81% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1008.1 [M+H] + .
D4D4
[970] Стадия 3. (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2S,3S)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (1,09 г, 0,92 ммоль), DCM (20,71 мл, 321,826 ммоль) и DIPEA (19,91 мл, 114,018 ммоль) объединяли и охлаждали до -78°C. Добавляли гидрофторид-пиридин (0,518 г, 5,232 ммоль) и обеспечивали нагревание реакционной смеси до к. т. и перемешивали ее в течение ночи. Согласно LC/MS предполагали десилилирование. Реакционную смесь охлаждали на ледяной бане. Добавляли насыщенный раствор NaHCO3 и перемешивали и экстрагировали с помощью DCM. Органические слои объединяли, высушивали над безводным Na2SO4 и концентрировали и хроматографировали с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (225 мг, 36,8%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 665,6 [M+H]+.[970]
[971] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,87-0,92 (m, 6 H) 0,94 (t, J=7,40 Гц, 3 H) 1,16-1,31 (m, 1 H) 1,35 (s, 3 H) 1,40-1,56 (m, 4 H) 1,59 (s, 3 H) 1,66 (br dd, J=14,68, 7,03 Гц, 3 H) 1,76-1,80 (m, 3 H) 1,87 (dd, J=14,12, 5,46 Гц, 1 H) 2,05 (s, 3 H) 2,30-2,41 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,76 Гц, 2 H) 2,56-2,72 (m, 2 H) 2,90 (br d, J=2,01 Гц, 1 H) 3,19 (br t, J=5,14 Гц, 4 H) 3,50-3,59 (m, 1 H) 3,71 (br s, 4 H) 3,77-3,89 (m, 1 H) 5,01-5,13 (m, 2 H) 5,58-5,71 (m, 1 H) 5,71-5,81 (m, 1 H) 5,88 (d, J=15,31 Гц, 1 H) 6,15 (br d, J=10,79 Гц, 1 H) 6,53 (dd, J=15,18, 10,92 Гц, 1 H).[971] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.87-0.92 (m, 6 H) 0.94 (t, J =7.40 Hz, 3 H) 1, 16-1.31 (m, 1 H) 1.35 (s, 3 H) 1.40-1.56 (m, 4 H) 1.59 (s, 3 H) 1.66 (br dd, J =14.68, 7.03 Hz, 3 H) 1.76-1.80 (m, 3 H) 1.87 (dd, J =14.12, 5.46 Hz, 1 H) 2.05 ( s, 3 H) 2.30-2.41 (m, 1 H) 2.50 (d, J =3.76 Hz, 2 H) 2.56-2.72 (m, 2 H) 2.90 (br d, J =2.01 Hz, 1 H) 3.19 (br t, J =5.14 Hz, 4 H) 3.50-3.59 (m, 1 H) 3.71 (br s , 4 H) 3.77-3.89 (m, 1 H) 5.01-5.13 (m, 2 H) 5.58-5.71 (m, 1 H) 5.71-5.81 (m, 1 H) 5.88 (d, J =15.31 Hz, 1 H) 6.15 (br d, J =10.79 Hz, 1 H) 6.53 (dd, J =15.18 , 10.92 Hz, 1 H).
AD1-D4AD1-D4
[972] К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (23 мг, 0,031 ммоль) в DMF (966 мкл) в круглодонной колбе добавляли основание Хунига (16,33 мкл, 0,094 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли D4 (22,80 мг, 0,034 ммоль) и перемешивали при к. т. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии получали ADL1-D4 (30,5 мг, 0,024 ммоль, выход 77%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1263,8 [M+H]+.[972] K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido )-5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (23 mg, 0.031 mmol) in DMF (966 μl) Hunig's base (16.33 μl, 0.094 mmol) was added in a round bottom flask. The reaction mixture was cooled to 0°C and D4 (22.80 mg, 0.034 mmol) was added and stirred at RT. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography gave ADL1-D4 (30.5 mg, 0.024 mmol, 77% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1263.8 [M+H] + .
[973] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,87-0,93 (m, 7 H) 0,93-1,01 (m, 8 H) 1,19-1,34 (m, 4 H) 1,50 (s, 3 H) 1,57 (s, 5 H) 1,58-1,70 (m, 6 H) 1,70-1,77 (m, 1 H) 1,78 (s, 3 H) 1,83-1,95 (m, 2 H) 2,04 (s, 3 H) 2,05-2,13 (m, 1 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,64 Гц, 2 H) 2,55-2,74 (m, 2 H) 2,90 (td, J=5,83, 2,26 Гц, 1 H) 3,03-3,26 (m, 2 H) 3,35 (s, 13 H) 3,42-3,61 (m, 11 H) 3,80 (br dd, J=9,85, 3,58 Гц, 1 H) 4,16 (d, J=7,40 Гц, 1 H) 4,50 (dd, J=8,91, 5,14 Гц, 1 H) 4,56 (s, 1 H) 5,05 (dd, J=14,37, 10,10 Гц, 2 H) 5,09 (s, 2 H) 5,49 (s, 1 H) 5,59-5,69 (m, 1 H) 5,72-5,80 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,09-6,22 (m, 1 H) 6,44-6,60 (m, 1 H) 7,32 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,58 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[973] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-0.93 (m, 7 H) 0.93-1.01 (m, 8 H) 1.19-1 .34 (m, 4 H) 1.50 (s, 3 H) 1.57 (s, 5 H) 1.58-1.70 (m, 6 H) 1.70-1.77 (m, 1 H) 1.78 (s, 3 H) 1.83-1.95 (m, 2 H) 2.04 (s, 3 H) 2.05-2.13 (m, 1 H) 2.27 ( t, J = 7.40 Hz, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.50 (d, J = 3.64 Hz, 2 H) 2.55-2.74 (m , 2 H) 2.90 (td, J = 5.83, 2.26 Hz, 1 H) 3.03-3.26 (m, 2 H) 3.35 (s, 13 H) 3.42- 3.61 (m, 11 H) 3.80 (br dd, J =9.85, 3.58 Hz, 1 H) 4.16 (d, J =7.40 Hz, 1 H) 4.50 ( dd, J = 8.91, 5.14 Hz, 1 H) 4.56 (s, 1 H) 5.05 (dd, J = 14.37, 10.10 Hz, 2 H) 5.09 (s , 2 H) 5.49 (s, 1 H) 5.59-5.69 (m, 1 H) 5.72-5.80 (m, 1 H) 5.87 (d, J =15.18 Hz, 1 H) 6.09-6.22 (m, 1 H) 6.44-6.60 (m, 1 H) 7.32 (d, J =8.66 Hz, 2 H) 7.58 (d, J = 8.53 Hz, 2 H).
1.3.1.5 ADL1-D9, ADL6-D9 и ADL1-D131.3.1.5 ADL1-D9, ADL6-D9 and ADL1-D13
D9 и D13D9 and D13
[974] D9 и D13 синтезировали в виде смеси изомеров 3:1 с использованием процедур, указанных в синтезе D4 (схема 4), с применением три-TES-пладиенолида B. [974] D9 and D13 were synthesized as a 3:1 mixture of isomers using the procedures outlined in Synthesis of D4 (Scheme 4) using tri-TES-pladienolide B.
[975] Полезная нагрузка (D9): LC/MS (ESI, масса/заряд), 649,7 [M+H]+.[975] Payload (D9) : LC/MS (ESI Mass/Charge), 649.7 [M+H] + .
[976] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,87-1,01 (m, 10 H) 1,08 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,27-1,63 (m, 12 H) 1,66-1,74 (m, 1 H) 1,76 (s, 3 H) 1,97-2,10 (m, 3 H) 2,35-2,57 (m, 5 H) 2,58-2,65 (m, 1 H) 2,65-2,71 (m, 1 H) 2,77 (td, J=5,93, 2,32 Гц, 1 H) 2,89-3,05 (m, 4 H) 3,07-3,34 (m, 8 H) 3,50-3,68 (m, 5 H) 3,72-3,88 (m, 1 H) 4,88-5,09 (m, 1 H) 5,18 (d, J=10,67 Гц, 1 H) 5,50-5,84 (m, 3 H) 6,01-6,13 (m, 1 H) 6,19-6,36 (m, 1 H).[976] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.87-1.01 (m, 10 H) 1.08 (d, J=6.78 Hz, 3 H) 1, 27-1.63 (m, 12 H) 1.66-1.74 (m, 1 H) 1.76 (s, 3 H) 1.97-2.10 (m, 3 H) 2.35- 2.57 (m, 5 H) 2.58-2.65 (m, 1 H) 2.65-2.71 (m, 1 H) 2.77 (td, J=5.93, 2.32 Hz, 1 H) 2.89-3.05 (m, 4 H) 3.07-3.34 (m, 8 H) 3.50-3.68 (m, 5 H) 3.72-3, 88 (m, 1 H) 4.88-5.09 (m, 1 H) 5.18 (d, J=10.67 Hz, 1 H) 5.50-5.84 (m, 3 H) 6 .01-6.13 (m, 1 H) 6.19-6.36 (m, 1 H).
[977] Полезная нагрузка (D13): LC/MS (ESI, масса/заряд), 649,6 [M+H]+.[977] Payload (D13) : LC/MS (ESI Mass/Charge), 649.6 [M+H] + .
[978] 1H ЯМР (400 МГц, CHCl3-d) δ ppm 0,84-1,01 (m, 11 H) 1,08 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,29-1,64 (m, 10 H) 1,63-1,73 (m, 1 H) 1,76 (s, 3 H) 1,94-2,12 (m, 4 H) 2,37-2,58 (m, 4 H) 2,59-2,65 (m, 1 H) 2,68 (dd, J=7,40, 2,26 Гц, 1 H) 2,77 (td, J=5,93, 2,32 Гц, 1 H) 3,01-3,30 (m, 4 H) 3,49 (s, 1 H) 3,54-3,67 (m, 2 H) 3,69-3,92 (m, 5 H) 4,13-4,78 (m, 11 H) 5,13-5,24 (m, 2 H) 5,48-5,61 (m, 1 H) 5,62-5,74 (m, 2 H) 6,04-6,13 (m, 1 H) 6,18-6,32 (m, 1 H).[978] 1 H NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ) δ ppm 0.84-1.01 (m, 11 H) 1.08 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1.29- 1.64 (m, 10 H) 1.63-1.73 (m, 1 H) 1.76 (s, 3 H) 1.94-2.12 (m, 4 H) 2.37-2, 58 (m, 4 H) 2.59-2.65 (m, 1 H) 2.68 (dd, J =7.40, 2.26 Hz, 1 H) 2.77 (td, J =5, 93, 2.32 Hz, 1 H) 3.01-3.30 (m, 4 H) 3.49 (s, 1 H) 3.54-3.67 (m, 2 H) 3.69-3 .92 (m, 5 H) 4.13-4.78 (m, 11 H) 5.13-5.24 (m, 2 H) 5.48-5.61 (m, 1 H) 5.62 -5.74 (m, 2 H) 6.04-6.13 (m, 1 H) 6.18-6.32 (m, 1 H).
ADL1-D9.ADL1-D9.
[979] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза ADL1-D9.[979] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize ADL1-D9.
[980] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D9): (30,5 мг, 0,024 ммоль, выход 77%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1263,8 [M+H]+. [980] Linker payload (ADL1-D9) : (30.5 mg, 0.024 mmol, 77% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1263.8 [M+H] + .
[981] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,87-0,93 (m, 7 H) 0,93-1,01 (m, 8 H) 1,19-1,34 (m, 4 H) 1,50 (s, 3 H) 1,57 (s, 5 H) 1,58-1,70 (m, 6 H) 1,70-1,77 (m, 1 H) 1,78 (s, 3 H) 1,83-1,95 (m, 2 H) 2,04 (s, 3 H) 2,05-2,13 (m, 1 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,64 Гц, 2 H) 2,55-2,74 (m, 2 H) 2,90 (td, J=5,83, 2,26 Гц, 1 H) 3,03-3,26 (m, 2 H) 3,35 (s, 13 H) 3,42-3,61 (m, 11 H) 3,80 (br dd, J=9,85, 3,58 Гц, 1 H) 4,16 (d, J=7,40 Гц, 1 H) 4,50 (dd, J=8,91, 5,14 Гц, 1 H) 4,56 (s, 1 H) 5,05 (dd, J=14,37, 10,10 Гц, 2 H) 5,09 (s, 2 H) 5,49 (s, 1 H) 5,59-5,69 (m, 1 H) 5,72-5,80 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,09-6,22 (m, 1 H) 6,44-6,60 (m, 1 H) 7,32 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,58 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[981] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-0.93 (m, 7 H) 0.93-1.01 (m, 8 H) 1.19-1 .34 (m, 4 H) 1.50 (s, 3 H) 1.57 (s, 5 H) 1.58-1.70 (m, 6 H) 1.70-1.77 (m, 1 H) 1.78 (s, 3 H) 1.83-1.95 (m, 2 H) 2.04 (s, 3 H) 2.05-2.13 (m, 1 H) 2.27 ( t, J = 7.40 Hz, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.50 (d, J = 3.64 Hz, 2 H) 2.55-2.74 (m , 2 H) 2.90 (td, J = 5.83, 2.26 Hz, 1 H) 3.03-3.26 (m, 2 H) 3.35 (s, 13 H) 3.42- 3.61 (m, 11 H) 3.80 (br dd, J =9.85, 3.58 Hz, 1 H) 4.16 (d, J =7.40 Hz, 1 H) 4.50 ( dd, J = 8.91, 5.14 Hz, 1 H) 4.56 (s, 1 H) 5.05 (dd, J = 14.37, 10.10 Hz, 2 H) 5.09 (s , 2 H) 5.49 (s, 1 H) 5.59-5.69 (m, 1 H) 5.72-5.80 (m, 1 H) 5.87 (d, J =15.18 Hz, 1 H) 6.09-6.22 (m, 1 H) 6.44-6.60 (m, 1 H) 7.32 (d, J =8.66 Hz, 2 H) 7.58 (d, J = 8.53 Hz, 2 H).
ADL6-D9ADL6-D9
[982] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза ADL6-D9.[982] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize ADL6-D9.
[983] Линкер-полезная нагрузка (ADL6-D9). К разбавленному 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (16,5 мг, 0,025 ммоль) в DMF (784 мкл) добавляли основание Хунига (13,27 мкл, 0,076 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли D9. Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии остатка на силикагеле с DCM/MeOH получали указанное в заголовке соединение (16,7 мг, выход 57%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1184,6 [M+Na]+.[983] Linker Payload (ADL6-D9) . To dilute 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)propanamido )benzyl (4-nitrophenyl) carbonate (16.5 mg, 0.025 mmol) in DMF (784 μl) Hunig's base (13.27 μl, 0.076 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and added D9. The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography of the residue on silica gel with DCM/MeOH afforded the title compound (16.7 mg, 57% yield). LC/MS (ESI mass/charge), 1184.6 [M+Na] + .
[984] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,80-1,02 (m, 16 H) 1,05-1,12 (m, 4 H) 1,13-1,34 (m, 5 H) 1,38-1,51 (m, 7 H) 1,53-1,68 (m, 11 H) 1,71-1,80 (m, 4 H) 1,97-2,16 (m, 4 H) 2,24-2,32 (m, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,43-2,55 (m, 3 H) 2,56-2,69 (m, 3 H) 2,73 (br d, J=2,13 Гц, 1 H) 3,07-3,18 (m, 1 H) 3,42-3,61 (m, 17 H) 3,75-3,91 (m, 1 H) 4,11-4,24 (m, 1 H) 4,43 (s, 2 H) 5,59-5,88 (m, 4 H) 6,06-6,17 (m, 1 H) 6,29-6,39 (m, 1 H) 7,24-7,39 (m, 2 H) 7,52-7,64 (m, 2 H).[984] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.80-1.02 (m, 16 H) 1.05-1.12 (m, 4 H) 1.13-1 .34 (m, 5 H) 1.38-1.51 (m, 7 H) 1.53-1.68 (m, 11 H) 1.71-1.80 (m, 4 H) 1.97 -2.16 (m, 4 H) 2.24-2.32 (m, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.43-2.55 (m, 3 H) 2 .56-2.69 (m, 3 H) 2.73 (br d, J = 2.13 Hz, 1 H) 3.07-3.18 (m, 1 H) 3.42-3.61 ( m, 17 H) 3.75-3.91 (m, 1 H) 4.11-4.24 (m, 1 H) 4.43 (s, 2 H) 5.59-5.88 (m, 4 H) 6.06-6.17 (m, 1 H) 6.29-6.39 (m, 1 H) 7.24-7.39 (m, 2 H) 7.52-7.64 ( m, 2H).
ADL1-D13.ADL1-D13.
[985] Линкер-полезная нагрузка (AD1-D13). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (4,2 мг, 5,693 мкмоль) в DMF (176 мкл, 2,277 ммоль) добавляли основание Хунига (2,98 мкл, 0,017 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли D13 (4,06 мг, 6,262 мкмоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии остатка на силикагеле с DCM/MeOH получали указанное в заголовке соединение (4,8 мг, выход 68%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1248,0 [M+H]+.[985] Linker-Payload (AD1-D13) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5 -ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (4.2 mg, 5.693 µmol) in DMF (176 µl, 2.277 mmol) Hunig's base (2.98 µl, 0.017 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and D13 (4.06 mg, 6.262 µmol) was added. The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography of the residue on silica gel with DCM/MeOH gave the title compound (4.8 mg, 68% yield). LC/MS (ESI mass/charge), 1248.0 [M+H] + .
[986] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,58-0,98 (m, 10 H) 0,99-1,06 (m, 2 H) 1,11-1,31 (m, 6 H) 1,57-1,75 (m, 3 H) 2,11-2,26 (m, 1 H) 2,30-2,73 (m, 2 H) 3,28-3,80 (m, 7 H) 4,14-4,33 (m, 1 H) 4,44-4,55 (m, 1 H) 4,63-4,81 (m, 1 H) 4,92-5,06 (m, 1 H) 5,09 (s, 1 H) 5,49-5,74 (m, 1 H) 5,88-6,09 (m, 1 H) 6,14-6,36 (m, 1 H) 6,99-7,08 (m, 1 H) 7,21-7,38 (m, 2 H) 7,53-7,67 (m, 1 H) 7,95 (s, 1 H).[986] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.58-0.98 (m, 10 H) 0.99-1.06 (m, 2 H) 1.11-1 .31 (m, 6 H) 1.57-1.75 (m, 3 H) 2.11-2.26 (m, 1 H) 2.30-2.73 (m, 2 H) 3.28 -3.80 (m, 7 H) 4.14-4.33 (m, 1 H) 4.44-4.55 (m, 1 H) 4.63-4.81 (m, 1 H) 4 .92-5.06 (m, 1 H) 5.09 (s, 1 H) 5.49-5.74 (m, 1 H) 5.88-6.09 (m, 1 H) 6.14 -6.36 (m, 1 H) 6.99-7.08 (m, 1 H) 7.21-7.38 (m, 2 H) 7.53-7.67 (m, 1 H) 7 .95 (s, 1H).
1.3.1.6 ADL1-D141.3.1.6 ADL1-D14
[987] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-ацетилпиперидин-4-ил)-4-фтор-1H-бензо[d][1,2,3]триазол-6-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (30 мг, 0,024 ммоль, выход 39,2%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1254,5 [M+H]+.[987] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-acetylpiperidine -4-yl)-4-fluoro-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-6-yl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H- pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)piperazin-1,4-dicarboxylate (30 mg, 0.024 mmol, 39.2% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1254.5 [M+H] + .
[988] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,75-1,00 (m, 12 H), 1,06-1,26 (m, 4 H), 1,26-1,77 (m, 13 H), 1,75-2,02 (m, 7 H), 2,08 (s, 8 H), 2,23-2,35 (m, 2 H), 2,54-2,70 (m, 2 H), 2,78-3,10 (m, 4 H), 3,36 (br s, 13 H), 3,66-3,79 (m, 1 H), 3,95-4,08 (m, 1 H), 4,11-4,25 (m, 1 H), 4,28-4,46 (m, 1 H), 4,46-4,58 (m, 1 H), 4,58-4,66 (m, 1 H), 4,66-4,77 (m, 1 H), 5,01 (s, 3 H), 5,14-5,27 (m, 1 H), 5,39 (s, 4 H), 5,71-5,79 (m, 1 H), 5,87-6,00 (m, 1 H), 6,63-6,75 (m, 1 H), 6,99 (s, 2 H), 7,13-7,24 (m, 1 H), 7,24-7,34 (m, 2 H), 7,52-7,62 (m, 2 H), 7,65-7,74 (m, 1 H), 7,75-7,82 (m, 1 H), 7,98-8,13 (m, 1 H).[988] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.75-1.00 (m, 12 H), 1.06-1.26 (m, 4 H), 1.26 -1.77(m, 13H), 1.75-2.02(m, 7H), 2.08(s, 8H), 2.23-2.35(m, 2H), 2 .54-2.70 (m, 2 H), 2.78-3.10 (m, 4 H), 3.36 (br s, 13 H), 3.66-3.79 (m, 1 H ), 3.95-4.08 (m, 1 H), 4.11-4.25 (m, 1 H), 4.28-4.46 (m, 1 H), 4.46-4, 58 (m, 1 H), 4.58-4.66 (m, 1 H), 4.66-4.77 (m, 1 H), 5.01 (s, 3 H), 5.14- 5.27(m, 1H), 5.39(s, 4H), 5.71-5.79(m, 1H), 5.87-6.00(m, 1H), 6, 63-6.75(m, 1H), 6.99(s, 2H), 7.13-7.24(m, 1H), 7.24-7.34(m, 2H), 7.52-7.62(m, 2H), 7.65-7.74(m, 1H), 7.75-7.82(m, 1H), 7.98-8.13( m, 1H).
1.3.1.7 ADL1-D331.3.1.7 ADL1-D33
D33D33
[989] К перемешиваемому раствору (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-(2-метокси-2-оксоэтил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (27 мг, 0,042 ммоль) в THF/H2O (3 мл/1 мл) при 0°C добавляли LiOH и обеспечивали медленное нагревание реакционной смеси до 25°C. Синтезировали (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-(2-метокси-2-оксоэтил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992 (см., например, процедуры 17 и 19), которая включена в данный документ посредством ссылки. Через 6 часов реакционную смесь нейтрализовали с помощью фосфатного буфера (NaH2PO4, 1,0 M, 3 мл) и фазы разделяли. Водный слой экстрагировали этилацетатом (3×2 мл) и объединенные органические слои высушивали с помощью безводного сульфата натрия и концентрировали in vacuo. С помощью колоночной хроматографии с обращенной фазой получали указанное в заголовке соединение (19,4 мг, 0,031 ммоль, выход 73,4%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 631,4 [M+H]+.[989] To a stirred solution of (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-fluoro-5-(4-(2-methoxy-2-oxoethyl)piperazine- 1-yl)phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (27 mg, 0.042 mmol) in THF/H 2 O (3 ml/1 ml) at 0°C was added LiOH and provided a slow heating of the reaction mixture to 25°C. Synthesized (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-fluoro-5-(4-(2-methoxy-2-oxoethyl)piperazin-1-yl)phenyl )prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate using the procedures specified in International Patent Application No. PCT/ US2019/026992 (see, for example, procedures 17 and 19), which is incorporated herein by reference. After 6 hours the reaction mixture was neutralized with phosphate buffer (NaH 2 PO 4 , 1.0 M, 3 ml) and the phases were separated. The aqueous layer was extracted with ethyl acetate (3×2 ml) and the combined organic layers were dried with anhydrous sodium sulfate and concentrated in vacuo . Reverse phase column chromatography afforded the title compound (19.4 mg, 0.031 mmol, 73.4% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 631.4 [M+H] + .
[990] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,85-1,16 (m, 2 H) 1,23-1,52 (m, 1 H) 1,57-1,77 (m, 1 H) 1,87 (s, 1 H) 1,92-2,13 (m, 1 H) 2,35-2,55 (m, 1 H) 2,50-2,74 (m, 1 H) 3,11 (br s, 1 H) 3,36-3,54 (m, 2 H) 3,64 (br d, J=10,42 Гц, 2 H) 3,77-3,90 (m, 1 H) 4,76 (br s, 4 H) 5,07-5,19 (m, 1 H) 5,38-5,68 (m, 1 H) 6,40-6,76 (m, 1 H) 8,02-8,66 (m, 1 H).[990] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.85-1.16 (m, 2 H) 1.23-1.52 (m, 1 H) 1.57-1 .77 (m, 1 H) 1.87 (s, 1 H) 1.92-2.13 (m, 1 H) 2.35-2.55 (m, 1 H) 2.50-2.74 (m, 1 H) 3.11 (br s, 1 H) 3.36-3.54 (m, 2 H) 3.64 (br d, J =10.42 Hz, 2 H) 3.77- 3.90 (m, 1 H) 4.76 (br s, 4 H) 5.07-5.19 (m, 1 H) 5.38-5.68 (m, 1 H) 6.40-6 .76 (m, 1 H) 8.02-8.66 (m, 1 H).
ADL1-D33.ADL1-D33.
[991] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D33). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (17 мг, ,023 ммоль) в DMF (714 мкл, 9,217 ммоль) добавляли основание Хунига (12,07 мкл, 0,069 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли 2-(4-(3-фтор-5-((E)-2-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксо-6-((пиперазин-1-карбонил)окси)оксациклододец-4-ен-2-ил)проп-1-ен-1-ил)фенил)пиперазин-1-ил)уксусную кислоту (16,71 мг, 0,026 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии на силикагеле и дополнительной очистки с помощью HPLC получали указанное в заголовке соединение (13,5 мг, 10,98 мкмоль, выход 47,7%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1229,5 [M+H]+.[991] Linker Payload (ADL1-D33) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5 -ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (17 mg, .023 mmol) in DMF (714 μl, 9.217 mmol) Hunig's base (12.07 μl, 0.069 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and 2-(4-(3-fluoro-5-((E)-2-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-hydroxy-3.7 -dimethyl-12-oxo-6-((piperazin-1-carbonyl)oxy)oxacyclododec-4-en-2-yl)prop-1-en-1-yl)phenyl)piperazin-1-yl)acetic acid ( 16.71 mg, 0.026 mmol). The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography on silica gel and further purification by HPLC gave the title compound (13.5 mg, 10.98 µmol, 47.7% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1229.5 [M+H] + .
[992] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,92-0,99 (m, 10 H) 1,01 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,24-1,46 (m, 9 H) 1,52-1,70 (m, 10 H) 1,70-1,82 (m, 1 H) 1,87 (d, J=1,00 Гц, 4 H) 1,89-2,00 (m, 2 H) 2,01-2,23 (m, 2 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,46 (dd, J=14,31, 5,27 Гц, 1 H) 2,57-2,71 (m, 2 H) 2,86 (d, J=0,63 Гц, 1 H) 3,00 (s, 1 H) 3,06-3,27 (m, 4 H) 3,35 (s, 5 H) 3,41-3,53 (m, 19 H) 3,66 (s, 2 H) 3,76-3,90 (m, 1 H) 4,07-4,21 (m, 1 H) 4,39-4,69 (m, 37 H) 5,09 (s, 3 H) 5,13 (d, J=10,54 Гц, 1 H) 5,52 (dd, J=14,56, 9,03 Гц, 2 H) 6,55 (br s, 2 H) 6,69 (d, J=1,38 Гц, 2 H) 7,33 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,59 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,88-8,04 (m, 1 H) 8,16-8,33 (m, 1 H).[992] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.92-0.99 (m, 10 H) 1.01 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1, 24-1.46 (m, 9 H) 1.52-1.70 (m, 10 H) 1.70-1.82 (m, 1 H) 1.87 (d, J =1.00 Hz, 4 H) 1.89-2.00 (m, 2 H) 2.01-2.23 (m, 2 H) 2.27 (t, J =7.40 Hz, 2 H) 2.46 (dd , J =14.31, 5.27 Hz, 1 H) 2.57-2.71 (m, 2 H) 2.86 (d, J = 0.63 Hz, 1 H) 3.00 (s, 1 H) 3.06-3.27 (m, 4 H) 3.35 (s, 5 H) 3.41-3.53 (m, 19 H) 3.66 (s, 2 H) 3.76 -3.90 (m, 1 H) 4.07-4.21 (m, 1 H) 4.39-4.69 (m, 37 H) 5.09 (s, 3 H) 5.13 (d , J = 10.54 Hz, 1 H) 5.52 (dd, J = 14.56, 9.03 Hz, 2 H) 6.55 (br s, 2 H) 6.69 (d, J = 1 .38 Hz, 2 H) 7.33 (d, J = 8.66 Hz, 2 H) 7.59 (d, J = 8.53 Hz, 2 H) 7.88-8.04 (m, 1 H) 8.16-8.33 (m, 1 H).
1.3.2 ADL1-D4, ADL1-D5, ADL21-D4, ADL22-D4, ADL23-D4, ADL13-D41.3.2 ADL1-D4, ADL1-D5, ADL21-D4, ADL22-D4, ADL23-D4, ADL13-D4
1.3.2.1 Общая процедура для приготовления D4 и D5 1.3.2.1 General procedure for preparing D4 and D5
[993] 4-Стадийную процедуру, указанную ниже, использовали для синтеза указанных в заголовке соединений. [993] The 4-step procedure below was used to synthesize the title compounds.
Стадия 2
[994] К раствору три-TES-пладиенолида D (1,0 экв.) в 1,2-дихлорэтане (0,2 M) при 20°C добавляли DMAP (1,5 экв.), триэтиламин (30 экв.) и 4-нитрофенилхлорформиат (10 экв.). Смесь перемешивали при 40°C в течение 4 дней и затем в течение 2 ч. при 60°C. Реакционную смесь разбавляли с помощью EtOAc и промывали водой, затем слои разделяли и водный слой экстрагировали с помощью EtOAc (2x). Объединенные органические экстракты последовательно промывали водой и солевым раствором, высушивали над сульфатом магния, фильтровали и концентрировали in vacuo. Полученный осадок очищали посредством хроматографии на силикагеле (EtOAc в гексане) с получением промежуточного соединения в виде карбоната. Карбонат (1,0 экв.), DCM (0,2 М), триэтиламин (3,0 экв.) и амин (2,0 экв.) объединяли и перемешивали при к. т. в течение 1 часа. Полученную смесь концентрировали in vacuo и хроматографировали (DCM/MeOH) с получением карбаматного промежуточного соединения в виде смеси региoизомеров.[994] DMAP (1.5 eq.), triethylamine (30 eq.) and 4-nitrophenyl chloroformate (10 eq.). The mixture was stirred at 40°C for 4 days and then for 2 hours at 60°C. The reaction mixture was diluted with EtOAc and washed with water, then the layers were separated and the aqueous layer was extracted with EtOAc (2x). The combined organic extracts were washed successively with water and brine, dried over magnesium sulfate, filtered and concentrated in vacuo. The resulting residue was purified by silica gel chromatography (EtOAc in hexanes) to give the intermediate compound as carbonate. Carbonate (1.0 eq.), DCM (0.2 M), triethylamine (3.0 eq.) and amine (2.0 eq.) were combined and stirred at RT for 1 hour. The resulting mixture was concentrated in vacuo and chromatographed (DCM/MeOH) to give the carbamate intermediate as a mixture of regioisomers.
Стадия 3
[995] Смесь региоизомерных карбаматов, полученных на стадии 2 (1,0 экв.), растворяли в DCM (0,04 М). Добавляли основание Хунига (124 экв.) и полученную смесь охлаждали до -78°C. Добавляли по каплям HF-пиридин (30 экв.) и смесь нагревали до к. т. и перемешивали в течение ночи при к. т. Затем смесь охлаждали до -78°C и в реакционную смесь добавляли по каплям насыщенный бикарбонат натрия и смесь нагревали до к. т. Органические слои разделяли и водный слой экстрагировали с помощью DCM (3X). Объединенные органические слои высушивали над безводным сульфатом натрия, фильтровали и концентрировали in vacuo. Полученный осадок подвергали очистке с помощью HPLC с обращенной фазой с получением каждого из требуемых региоизомерных продуктов.[995] The mixture of regioisomeric carbamates obtained in step 2 (1.0 eq.) was dissolved in DCM (0.04 M). Hunig's base (124 eq.) was added and the resulting mixture was cooled to -78°C. HF-pyridine (30 eq) was added dropwise and the mixture was heated to rt and stirred overnight at rt. The mixture was then cooled to -78°C and saturated sodium bicarbonate was added dropwise to the reaction mixture and the mixture was heated to rt. The organic layers were separated and the aqueous layer was extracted with DCM (3X). The combined organic layers were dried over anhydrous sodium sulfate, filtered and concentrated in vacuo. The resulting precipitate was purified by reverse phase HPLC to obtain each of the desired regioisomeric products.
D5D5
[996] Указанное в заголовке соединение получали с применением 2,5-диазабицикло[2.2.1]гептана на стадии 2 посредством стадий 2 и 3 общей процедуры 1.3.2.1. [996] The title compound was prepared using 2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane in
Стадия 2
[997] Получали смесь (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил-2,5-диазабицикло[2.2.1]гептан-2-карбоксилата и (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-7-ил-2,5-диазабицикло[2.2.1]гептан-2-карбоксилата (21,7 мг, 45,1%) в виде бесцветного масла. LCMS (ESI, масса/заряд), [M+H]+ 1020,6[997] A mixture of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl) hydroxy)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2 -yl)-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-yl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate and (2S,3S,6S,7R ,10R, E)-6-acetoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl)oxy)-7-((2R,3R)-3 -((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2-yl)-12-oxo-10-((triethylsilyl )oxy)oxacyclododec-4-en-7-yl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate (21.7 mg, 45.1%) as a colorless oil. LCMS (ESI, mass/charge), [M+H] + 1020.6
[998] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d ) δ ppm 0,61-0,70 (m, 19 H) 0,82-0,95 (m, 10 H) 0,95-1,04 (m, 29 H) 1,23 (br dd, J=7,15, 4,64 Гц, 1 H)1,30 (s, 1 H) 1,42-1,64 (m, 12 H) 1,78 (s, 4 H) 1,88-2,01 (m, 2 H) 2,06 (br d, J=10,92 Гц, 3 H) 2,14 (br s, 1 H) 2,43 (br d, J=4,64 Гц, 2 H) 2,49 (br s, 1 H) 2,63 (dd, J=8,16, 2,13 Гц, 2 H) 2,86-2,91 (m, 1 H) 3,47-3,66 (m, 2 H) 3,76 (td, J=6,37, 3,33 Гц, 1 H) 3,95 (br d, J=4,27 Гц, 1 H) 4,34 (br s, 1H) 6,15 (br d, J=10,92 Гц, 1 H) 6,52 (dd, J=15,12, 10,98 Гц, 1H)[998] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL-d) δ ppm 0.61-0.70 (m, 19 H) 0.82-0.95 (m, 10 H) 0.95-1.04 ( m, 29 H) 1.23 (br dd, J=7.15, 4.64 Hz, 1 H) 1.30 (s, 1 H) 1.42-1.64 (m, 12 H) 1, 78 (s, 4 H) 1.88-2.01 (m, 2 H) 2.06 (br d, J=10.92 Hz, 3 H) 2.14 (br s, 1 H) 2.43 (br d, J=4.64 Hz, 2 H) 2.49 (br s, 1 H) 2.63 (dd, J=8.16, 2.13 Hz, 2 H) 2.86-2, 91 (m, 1 H) 3.47-3.66 (m, 2 H) 3.76 (td, J=6.37, 3.33 Hz, 1 H) 3.95 (br d, J=4 .27 Hz, 1 H) 4.34 (br s, 1H) 6.15 (br d, J=10.92 Hz, 1 H) 6.52 (dd, J=15.12, 10.98 Hz, 1H)
Стадия 3
D5D5
[999] С помощью очистки посредством HPLC получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-(1S,4S)-2,5-диазабицикло[2.2.1]гептан-2-карбоксилат (5 мг, 34,7%) в виде белого твердого вещества. LCMS (ESI, масса/заряд), [M+H]+ 677,6[999] Purification by HPLC gave (2S,3S,6S,7R,10R,E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-(1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate (5 mg, 34.7%) as a white solid. LCMS (ESI, mass/charge), [M+H] + 677.6
[1000] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) δ ppm 0,85-0,98 (m, 9 H) 1,25 (td, J=7,40, 4,14 Гц, 1 H) 1,34 (s, 3 H) 1,42-1,69 (m, 9 H) 1,79 (s, 4 H) 1,82-1,96 (m, 2 H) 2,04 (d, J=9,29 Гц, 3 H) 2,33 (br d, J=10,04 Гц, 1 H) 2,47-2,54 (m, 2 H) 2,57-2,72 (m, 2 H) 2,87-2,92 (m, 1 H) 3,03 (br s,2 H) 3,33-3,43 (m, 2 H) 3,43-3,57 (m, 2 H) 3,77-3,84 (m, 1 H) 3,86-3,94 (m, 1 H) 4,50 (br s, 1 H) 4,97-5,11 (m, 2 H) 5,60-5,68 (m, 1 H) 5,73-5,82 (m, 1 H) 5,88 (d, J=15,31 Гц, 1 H) 6,15 (br d, J=11,04 Гц, 1 H) 6,53 (dd, J=15,25, 10,98 Гц, 1 H) 8,54 (s, 1 H)[1000] 1H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4) δ ppm 0.85-0.98 (m, 9 H) 1.25 (td, J =7.40, 4.14 Hz, 1 H) 1 .34 (s, 3 H) 1.42-1.69 (m, 9 H) 1.79 (s, 4 H) 1.82-1.96 (m, 2 H) 2.04 (d, J =9.29 Hz, 3 H) 2.33 (br d, J =10.04 Hz, 1 H) 2.47-2.54 (m, 2 H) 2.57-2.72 (m, 2 H) 2.87-2.92 (m, 1 H) 3.03 (br s.2 H) 3.33-3.43 (m, 2 H) 3.43-3.57 (m, 2 H ) 3.77-3.84 (m, 1 H) 3.86-3.94 (m, 1 H) 4.50 (br s, 1 H) 4.97-5.11 (m, 2 H) 5.60-5.68 (m, 1 H) 5.73-5.82 (m, 1 H) 5.88 (d, J =15.31 Hz, 1 H) 6.15 (br d, J =11.04 Hz, 1 H) 6.53 (dd, J =15.25, 10.98 Hz, 1 H) 8.54 (s, 1 H)
D4D4
[1001] Указанное в заголовке соединение получали с применением пиперазина на стадии 2 посредством стадий 2 и 3 общей процедуры 1.3.2.1. [1001] The title compound was prepared using piperazine in
Стадия 2.
[1002] С помощью стадии 2 общей процедуры 1.3.2.1 с применением пиперазина получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (1,0 г, 0,844 ммоль, выход 81%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1008,1 [M+H]+.[1002] Using
Стадия 3. D4
[1003] С помощью очистки посредством HPLC получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (225 мг, 36,8%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 665,6 [M+H]+.[1003] Purification by HPLC gave (2S,3S,6S,7R,10R,E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazine-1-carboxylate (225 mg, 36.8%). LC/MS (ESI, mass/charge), 665.6 [M+H] + .
[1004] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,87-0,92 (m, 6 H) 0,94 (t, J=7,40 Гц, 3 H) 1,16-1,31 (m, 1 H) 1,35 (s, 3 H) 1,40-1,56 (m, 4 H) 1,59 (s, 3 H) 1,66 (br dd, J=14,68, 7,03 Гц, 3 H) 1,76-1,80 (m, 3 H) 1,87 (dd, J=14,12, 5,46 Гц, 1 H) 2,05 (s, 3 H) 2,30-2,41 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,76 Гц, 2 H) 2,56-2,72 (m, 2 H) 2,90 (br d, J=2,01 Гц, 1 H) 3,19 (br t, J=5,14 Гц, 4 H) 3,50-3,59 (m, 1 H) 3,71 (br s, 4 H) 3,77-3,89 (m, 1 H) 5,01-5,13 (m, 2 H) 5,58-5,71 (m, 1 H) 5,71-5,81 (m, 1 H) 5,88 (d, J=15,31 Гц, 1 H) 6,15 (br d, J=10,79 Гц, 1 H) 6,53 (dd, J=15,18, 10,92 Гц, 1 H).[1004] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.87-0.92 (m, 6 H) 0.94 (t, J =7.40 Hz, 3 H) 1, 16-1.31 (m, 1 H) 1.35 (s, 3 H) 1.40-1.56 (m, 4 H) 1.59 (s, 3 H) 1.66 (br dd, J =14.68, 7.03 Hz, 3 H) 1.76-1.80 (m, 3 H) 1.87 (dd, J =14.12, 5.46 Hz, 1 H) 2.05 ( s, 3 H) 2.30-2.41 (m, 1 H) 2.50 (d, J =3.76 Hz, 2 H) 2.56-2.72 (m, 2 H) 2.90 (br d, J =2.01 Hz, 1 H) 3.19 (br t, J =5.14 Hz, 4 H) 3.50-3.59 (m, 1 H) 3.71 (br s , 4 H) 3.77-3.89 (m, 1 H) 5.01-5.13 (m, 2 H) 5.58-5.71 (m, 1 H) 5.71-5.81 (m, 1 H) 5.88 (d, J =15.31 Hz, 1 H) 6.15 (br d, J =10.79 Hz, 1 H) 6.53 (dd, J =15.18 , 10.92 Hz, 1 H).
ADL1-D4.ADL1-D4.
[1005] Общую процедуру 1 (1.3.1) использовали для получения ADL1-D4. С помощью флэш-хроматографии получали ADL1-D4 (30,5 мг, 0,024 ммоль, выход 77%). [1005] General procedure 1 (1.3.1) was used to obtain ADL1-D4. Flash chromatography gave ADL1-D4 (30.5 mg, 0.024 mmol, 77% yield).
[1006] LC/MS (ESI, масса/заряд), 1263,8 [M+H]+.[1006] LC/MS (ESI mass/charge), 1263.8 [M+H] + .
[1007] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,87-0,93 (m, 7 H) 0,93-1,01 (m, 8 H) 1,19-1,34 (m, 4 H) 1,50 (s, 3 H) 1,57 (s, 5 H) 1,58-1,70 (m, 6 H) 1,70-1,77 (m, 1 H) 1,78 (s, 3 H) 1,83-1,95 (m, 2 H) 2,04 (s, 3 H) 2,05-2,13 (m, 1 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,64 Гц, 2 H) 2,55-2,74 (m, 2 H) 2,90 (td, J=5,83, 2,26 Гц, 1 H) 3,03-3,26 (m, 2 H) 3,35 (s, 13 H) 3,42-3,61 (m, 11 H) 3,80 (br dd, J=9,85, 3,58 Гц, 1 H) 4,16 (d, J=7,40 Гц, 1 H) 4,50 (dd, J=8,91, 5,14 Гц, 1 H) 4,56 (s, 1 H) 5,05 (dd, J=14,37, 10,10 Гц, 2 H) 5,09 (s, 2 H) 5,49 (s, 1 H) 5,59-5,69 (m, 1 H) 5,72-5,80 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,09-6,22 (m, 1 H) 6,44-6,60 (m, 1 H) 7,32 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,58 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[1007] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-0.93 (m, 7 H) 0.93-1.01 (m, 8 H) 1.19-1 .34 (m, 4 H) 1.50 (s, 3 H) 1.57 (s, 5 H) 1.58-1.70 (m, 6 H) 1.70-1.77 (m, 1 H) 1.78 (s, 3 H) 1.83-1.95 (m, 2 H) 2.04 (s, 3 H) 2.05-2.13 (m, 1 H) 2.27 ( t, J = 7.40 Hz, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.50 (d, J = 3.64 Hz, 2 H) 2.55-2.74 (m , 2 H) 2.90 (td, J = 5.83, 2.26 Hz, 1 H) 3.03-3.26 (m, 2 H) 3.35 (s, 13 H) 3.42- 3.61 (m, 11 H) 3.80 (br dd, J =9.85, 3.58 Hz, 1 H) 4.16 (d, J =7.40 Hz, 1 H) 4.50 ( dd, J = 8.91, 5.14 Hz, 1 H) 4.56 (s, 1 H) 5.05 (dd, J = 14.37, 10.10 Hz, 2 H) 5.09 (s , 2 H) 5.49 (s, 1 H) 5.59-5.69 (m, 1 H) 5.72-5.80 (m, 1 H) 5.87 (d, J =15.18 Hz, 1 H) 6.09-6.22 (m, 1 H) 6.44-6.60 (m, 1 H) 7.32 (d, J =8.66 Hz, 2 H) 7.58 (d, J = 8.53 Hz, 2 H).
ADL1-D5ADL1-D5
[1008] Общую процедуру 1 (1.3.1) использовали для получения ADL1-D5 с применением D5. С помощью флэш-хроматографии получали (14 мг, выход 51,6%). LCMS (ESI, масса/заряд), 1276,43 [M+H]+ [1008] General procedure 1 (1.3.1) was used to obtain ADL1-D5 using D5. Flash chromatography gave (14 mg, 51.6% yield). LCMS (ESI mass/charge), 1276.43 [M+H] +
[1009] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) δ ppm 0,86-1,00 (m, 16 H) 1,23-1,40 (m, 7 H) 1,42-1,69 (m, 16 H) 1,73-1,80 (m, 4 H) 1,84-1,96 (m, 4H) 1,98-2,10 (m, 4 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,31-2,41 (m, 1 H) 2,50 (br d, J=3,39 Гц, 2 H) 2,56-2,64 (m, 1 H) 2,64-2,72 (m, 1 H) 2,80-2,93 (m, 1 H) 3,12 (br d, J=6,90 Гц, 1 H) 3,16-3,26 (m, 1 H) 3,35-3,56 (m, 7 H) 3,76-3,86 (m, 1 H) 4,16 (d, J=7,40 Гц, 1 H) 4,48-4,58 (m, 3H) 4,93-5,16 (m, 4 H) 5,65 (br d, J=9,91 Гц, 1 H) 5,70-5,82 (m, 1 H) 5,88 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,14 (br d, J=11,04 Гц, 1 H) 6,50-6,58 (m, 1 H), 6,79 (s, 2 H) 7,26-7,36 (m, 2 H) 7,56-7,63 (m, 2 H)[1009] 1H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4) δ ppm 0.86-1.00 (m, 16 H) 1.23-1.40 (m, 7 H) 1.42-1.69 ( m, 16 H) 1.73-1.80 (m, 4 H) 1.84-1.96 (m, 4H) 1.98-2.10 (m, 4 H) 2.27 (t, J =7.40 Hz, 2 H) 2.31-2.41 (m, 1 H) 2.50 (br d, J=3.39 Hz, 2 H) 2.56-2.64 (m, 1 H) 2.64-2.72 (m, 1 H) 2.80-2.93 (m, 1 H) 3.12 (br d, J=6.90 Hz, 1 H) 3.16-3 .26 (m, 1 H) 3.35-3.56 (m, 7 H) 3.76-3.86 (m, 1 H) 4.16 (d, J=7.40 Hz, 1 H) 4.48-4.58 (m, 3H) 4.93-5.16 (m, 4 H) 5.65 (br d, J=9.91 Hz, 1 H) 5.70-5.82 ( m, 1 H) 5.88 (d, J=15.18 Hz, 1 H) 6.14 (br d, J=11.04 Hz, 1 H) 6.50-6.58 (m, 1 H ), 6.79 (s, 2 H) 7.26-7.36 (m, 2 H) 7.56-7.63 (m, 2 H)
1.3.3 Синтез ADL22-D41.3.3 Synthesis of ADL22-D4
[1010] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (12 мг, 0,018 ммоль) в DMF (2 мл) добавляли 4-((2S,5S)-15-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-5-изопропил-4,7-диоксо-2-(3-уреидопропил)-10,13-диокса-3,6-диазапентадеканамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (16,98 мг, ,022 ммоль) и основание Хунига (7,00 мг, ,054 ммоль). Смесь перемешивали в течение 1 ч. при 20˚C. Смесь концентрировали in vacuo непосредственно на силикагеле и очищали с помощью колоночной хроматографии (MeOH/DCM 0-20%) с получением 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((2S,5S)-15-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-5-изопропил-4,7-диоксо-2-(3-уреидопропил)-10,13-диокса-3,6-диазапентадеканамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (12 мг, 9,16 мкмоль, выход 50,8%) в виде белого твердого вещества. LCMS (ESI, масса/заряд), 1310,2 [M+H]+ [1010] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (12 mg, 0.018 mmol) in DMF (2 ml) was added 4-((2S,5S)-15-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H -pyrrol-1-yl)-5-isopropyl-4,7-dioxo-2-(3-ureidopropyl)-10,13-dioxa-3,6-diazapentadecanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (16.98 mg , .022 mmol) and Hunig's base (7.00 mg, .054 mmol). The mixture was stirred for 1 hour at 20˚C. The mixture was concentrated in vacuo directly on silica gel and purified by column chromatography (MeOH/DCM 0-20%) to give 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2 -((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta -2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((2S,5S)-15-(2,5- dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-5-isopropyl-4,7-dioxo-2-(3-ureidopropyl)-10,13-dioxa-3,6-diazapentadecanamido)benzyl)piperazine -1,4-dicarboxylate (12 mg, 9.16 µmol, 50.8% yield) as a white solid. LCMS (ESI mass/charge), 1310.2 [M+H] +
[1011] Химическая формула: C65H96N8O20. Молекулярная масса: 1309,52.[1011] Chemical formula: C65H96N8O20. Molecular weight: 1309.52.
[1012] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6) δ ppm 0,73-0,89 (m, 17 H) 1,03-1,13 (m, 1 H) 1,21-1,25 (m, 4 H) 1,25-1,40 (m, 5 H) 1,42-1,47 (m, 4 H) 1,48, (br s, 3 H) 1,69 (s, 4 H) 1,73-1,83 (m, 1 H) 1,99 (s, 2 H) 2,10-2,25 (m, 1 H) 2,36 (br s, 3 H) 2,40-2,48 (m, 2 H) 2,54-2,66 (m, 2 H) 2,72-2,80, (m, 1 H) 2,88-3,08 (m, 2 H) 3,34-3,44 (m, 9 H) 3,44-3,48 (m, 3 H) 3,48-3,52 (m, 2 H) 3,52-3,59 (m, 3 H) 3,64-3,75 (m, 1 H) 4,24 (s, 1 H), 4,40 (br d, J=5,65 Гц, 2 H) 4,62 (d, J=5,02 Гц, 1 H) 4,80-4,85 (m, 1 H) 4,90 (br d, J=9,03 Гц, 2 H) 5,01 (s, 2 H) 5,40 (s, 2 H) 5,48-5,57 (m, 1 H), 5,66-5,76 (m, 1 H) 5,81-5,91 (m, 1 H) 5,94-6,01 (m, 1 H) 6,02-6,11 (m, 1 H) 6,36-6,45 (m, 1 H) 7,02 (s, 2 H) 7,27-7,33 (m, 2 H) 7,58 (s, 2H) 7,81-7,89 (m, 1 H) 8,11 (br d, J=7,40 Гц, 1 H) 9,96-10,02 (m, 1 H)[1012] 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 0.73-0.89 (m, 17 H) 1.03-1.13 (m, 1 H) 1.21-1.25 ( m, 4 H) 1.25-1.40 (m, 5 H) 1.42-1.47 (m, 4 H) 1.48, (br s, 3 H) 1.69 (s, 4 H ) 1.73-1.83 (m, 1 H) 1.99 (s, 2 H) 2.10-2.25 (m, 1 H) 2.36 (br s, 3 H) 2.40- 2.48 (m, 2 H) 2.54-2.66 (m, 2 H) 2.72-2.80 (m, 1 H) 2.88-3.08 (m, 2 H) 3 .34-3.44 (m, 9H) 3.44-3.48 (m, 3H) 3.48-3.52 (m, 2H) 3.52-3.59 (m, 3H ) 3.64-3.75 (m, 1 H) 4.24 (s, 1 H), 4.40 (br d, J=5.65 Hz, 2 H) 4.62 (d, J=5 .02 Hz, 1 H) 4.80-4.85 (m, 1 H) 4.90 (br d, J=9.03 Hz, 2 H) 5.01 (s, 2 H) 5.40 ( s, 2 H) 5.48-5.57 (m, 1 H), 5.66-5.76 (m, 1 H) 5.81-5.91 (m, 1 H) 5.94-6 .01 (m, 1 H) 6.02-6.11 (m, 1 H) 6.36-6.45 (m, 1 H) 7.02 (s, 2 H) 7.27-7.33 (m, 2 H) 7.58 (s, 2H) 7.81-7.89 (m, 1 H) 8.11 (br d, J=7.40 Hz, 1 H) 9.96-10, 02 (m, 1H)
1.3.4 Общая процедура синтеза ADL21-D12, ADL21-D1, ADL21-D41.3.4 General procedure for the synthesis of ADL21-D12, ADL21-D1, ADL21-D4
Стадия 1
[1013] Полезную нагрузку (1,0 экв.) и (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-(((S)-4-амино-1-((4-((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1,4-диоксобутан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)карбамат (1,0 экв.) растворяли в DMF (0,1 М) и добавляли основание Хунига (3,0 экв.). Реакционную смесь перемешивали при к. т. в течение 30 минут, после чего реакционную смесь концентрировали in vacuo и полученный осадок хроматографировали (MeOH/DCM) с получением требуемого продукта.[1013] Payload (1.0 eq) and (9H-fluoren-9-yl)methyl((S)-1-(((S)-1-(((S)-4-amino-1- ((4-((((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1,4-dioxobutan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-1-oxopropane -2-yl)carbamate (1.0 eq.) was dissolved in DMF (0.1 M) and Hunig's base (3.0 eq.) was added. The reaction mixture was stirred at RT for 30 minutes, after which the reaction mixture was concentrated in vacuo and the resulting residue was chromatographed (MeOH/DCM) to obtain the desired product.
Стадия 2 и 3
[1014] Растворяли конструкцию fmoc-Ala-Ala-аспарагин-PABC-полезная нагрузка (1,0 экв.) в N, N-диметилформамиде (0,05 М), затем добавляли диэтиламин (6,0 экв.). Реакционную смесь перемешивали при к. т. в течение 1 часа и смесь выпаривали до сухого состояния. Неочищенный продукт разбавляли N, N-диметилформамидом (0,05 М). Добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (1,2 экв.) и основание Хунига (2,5 экв.) в смесь и перемешивали при к. т. в течение 1 ч. Затем смесь концентрировали in vacuo и полученный осадок очищали посредством HPLC с обращенной фазой с получением требуемой конструкции линкер малеимидокапроил-Ala-Ala-аспарагин-PABC-полезная нагрузка.[1014] The construct fmoc-Ala-Ala-asparagine-PABC-payload (1.0 eq.) was dissolved in N,N-dimethylformamide (0.05 M), then diethylamine (6.0 eq.) was added. The reaction mixture was stirred at RT for 1 hour and the mixture was evaporated to dryness. The crude product was diluted with N,N-dimethylformamide (0.05 M). 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (1.2 eq.) and Hunig's base (2.5 eq. .) into the mixture and stirred at rt for 1 h. The mixture was then concentrated in vacuo and the resulting precipitate was purified by reverse phase HPLC to give the desired maleimidocaproyl-Ala-Ala-asparagine-PABC-payload linker design.
1.3.4.1 ADL21-D11.3.4.1 ADL21-D1
Стадия 1.
[1015] 1-(4-((5S,8S,11S)-11-(2-Амино-2-оксоэтил)-1-(9H-флуорен-9-ил)-5,8-диметил-3,6,9-триоксо-2-окса-4,7,10-триазадодекан-12-амидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (140,2 мг, 71,9%) LCMS (ESI, масса/заряд) 1265,6 [M+H]+ [1015] 1-(4-((5S,8S,11S)-11-(2-Amino-2-oxoethyl)-1-(9H-fluoren-9-yl)-5,8-dimethyl-3,6 ,9-trioxo-2-oxa-4,7,10-triazodecan-12-amido)benzyl)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R ,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4 -dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (140.2 mg, 71.9%) LCMS ( ESI mass/charge) 1265.6 [M+H] +
Химическая формула: C67H89N7O17.Chemical formula: C 67 H 89 N 7 O 17 .
Молекулярная масса: 1264,48.Molecular weight: 1264.48.
Стадии 2 и 3
[1016] 1-(4-((S)-4-Амино-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)пропанамидо)пропанамидо)-4-оксобутанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (49,1 мг, 35,8%). LCMS (ESI, масса/заряд) 1258,19 [M+Na]+ [1016] 1-(4-((S)-4-Amino-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H -pyrrol-1-yl)hexanamido)propanamido)propanamido)-4-oxobutanamido)benzyl)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E, 4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien- 2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (49.1 mg, 35.8%). LCMS (ESI mass/charge) 1258.19 [M+Na] +
[1017] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) δ ppm 0,85-0,98 (m, 10 H) 1,22 (s, 4 H) 1,26-1,45 (m, 14 H) 1,45-1,69 (m, 12 H) 1,79 (s, 3 H) 1,90 (s, 2H) 2,20-2,27 (m, 2 H) 2,52 (br dd, J=10,10, 3,70 Гц, 3 H) 2,67 (br d, J=2,13 Гц, 1 H) 2,85 (t, J=6,15 Гц, 3 H) 3,14 (t, J=1,57 Гц, 1 H) 3,41-3,57, (m, 14 H) 3,78-3,88 (m, 1 H) 4,27 (dd, J=12,36, 7,09 Гц, 2 H) 4,77 (s, 1 H) 4,97-5,13 (m, 6 H) 5,51-5,64 (m, 1 H) 5,72 (br d, J=9,66 Гц, 1 H), 5,88 (d, J=15,43 Гц, 1 H) 6,12-6,17 (m, 1 H) 6,47-6,61 (m, 1 H) 6,79 (s, 2 H) 7,33 (m, J=8,66 Гц, 2 H), 7,68 (m, J=8,66 Гц, 2 H)[1017] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4) δ ppm 0.85-0.98 (m, 10 H) 1.22 (s, 4 H) 1.26-1.45 (m, 14 H) 1.45-1.69 (m, 12 H) 1.79 (s, 3 H) 1.90 (s, 2H) 2.20-2.27 (m, 2 H) 2.52 (br dd, J =10.10, 3.70 Hz, 3 H) 2.67 (br d, J =2.13 Hz, 1 H) 2.85 (t, J =6.15 Hz, 3 H) 3 .14 (t, J = 1.57 Hz, 1 H) 3.41-3.57, (m, 14 H) 3.78-3.88 (m, 1 H) 4.27 (dd, J = 12.36, 7.09 Hz, 2 H) 4.77 (s, 1 H) 4.97-5.13 (m, 6 H) 5.51-5.64 (m, 1 H) 5.72 (br d, J = 9.66 Hz, 1 H), 5.88 (d, J = 15.43 Hz, 1 H) 6.12-6.17 (m, 1 H) 6.47-6, 61 (m, 1 H) 6.79 (s, 2 H) 7.33 (m, J = 8.66 Hz, 2 H), 7.68 (m, J = 8.66 Hz, 2 H)
1.3.4.2 ADL21-D41.3.4.2 ADL21-D4
Стадия 1
[1018] 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((5S,8S,11S)-11-(2-амино-2-оксоэтил)-1-(9H-флуорен-9-ил)-5,8-диметил-3,6,9-триоксо-2-окса-4,7,10-триазадодекан-12-амидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (125 мг, 85,6%). LCMS (ESI, масса/заряд) 1293,4 [M+H]+ [1018] 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R )-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec -4-en-6-yl)-4-(4-((5S,8S,11S)-11-(2-amino-2-oxoethyl)-1-(9H-fluoren-9-yl)-5, 8-dimethyl-3,6,9-trioxo-2-oxa-4,7,10-triazodecan-12-amido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (125 mg, 85.6%). LCMS (ESI mass/charge) 1293.4 [M+H] +
Стадии 2 и 3
[1019] 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-4-амино-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)пропанамидо)пропанамидо)-4-оксобутанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (35 мг, 80%). LCMS (ESI, масса/заряд) 1285,0 [M+Na]+ [1019] 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R )-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec -4-en-6-yl)-4-(4-((S)-4-amino-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo- 2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)propanamido)propanamido)-4-oxobutanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (35 mg, 80%). LCMS (ESI mass/charge) 1285.0 [M+Na] +
[1020] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6) δ ppm 0,71-0,87 (m, 9 H) 1,04-1,12 (m, 1 H) 1,14-1,26 (m, 13 H) 1,27-1,40 (m, 3 H) 1,40-1,52 (m, 9 H) 1,52-1,62 (m, 1 H) 1,69 (s, 3 H) 1,74-1,83 (m, 1 H) 1,99 (d, J=4,27 Гц, 4 H) 2,03-2,14 (m, 2 H) 2,15-2,26 (m, 1 H) 2,31-2,41 (m, 2 H) 2,54-2,65 (m, 4 H) 2,72-2,80 (m, 1 H) 3,17 (d, J=5,27 Гц, 3 H) 3,36 (br s, 9 H) 3,63-3,74 (m, 1 H) 3,99-4,12 (m, 2 H) 4,14-4,22 (m, 1 H) 4,23-4,30 (m, 1 H) 4,40 (d, J=5,65 Гц, 1 H) 4,55-4,65 (m, 2 H) 4,82 (s, 1 H) 4,87-4,93 (m, 2 H) 5,01 (s, 2 H) 5,47-5,57 (m, 1 H) 5,66-5,77 (m, 1 H) 6,01-6,09 (m, 1 H) 6,35-6,45 (m, 1 H) 6,89-6,96 (m, 1 H) 6,99 (s, 2 H) 7,30 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,36-7,42 (m, 1 H) 7,62 (s, 2 H) 7,97-8,21 (m, 3 H), 9,62-9,72 (m, 1 H).[1020] 1 H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 0.71-0.87 (m, 9 H) 1.04-1.12 (m, 1 H) 1.14-1.26 ( m, 13 H) 1.27-1.40 (m, 3 H) 1.40-1.52 (m, 9 H) 1.52-1.62 (m, 1 H) 1.69 (s, 3 H) 1.74-1.83 (m, 1 H) 1.99 (d, J=4.27 Hz, 4 H) 2.03-2.14 (m, 2 H) 2.15-2 .26 (m, 1 H) 2.31-2.41 (m, 2 H) 2.54-2.65 (m, 4 H) 2.72-2.80 (m, 1 H) 3.17 (d, J=5.27 Hz, 3 H) 3.36 (br s, 9 H) 3.63-3.74 (m, 1 H) 3.99-4.12 (m, 2 H) 4 .14-4.22 (m, 1 H) 4.23-4.30 (m, 1 H) 4.40 (d, J=5.65 Hz, 1 H) 4.55-4.65 (m , 2 H) 4.82 (s, 1 H) 4.87-4.93 (m, 2 H) 5.01 (s, 2 H) 5.47-5.57 (m, 1 H) 5, 66-5.77 (m, 1 H) 6.01-6.09 (m, 1 H) 6.35-6.45 (m, 1 H) 6.89-6.96 (m, 1 H) 6.99 (s, 2 H) 7.30 (d, J=8.66 Hz, 2 H) 7.36-7.42 (m, 1 H) 7.62 (s, 2 H) 7.97 -8.21(m, 3H), 9.62-9.72(m, 1H).
1.3.5 ADL21-D121.3.5 ADL21-D12
[1021] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-дигидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (50 мг, 0,08 ммоль) в DMF (1 мл) добавляли (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-(((S)-4-амино-1-((4-((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1,4-диоксобутан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)карбамат (73,9 мг, 0,096 ммоль) с последующим добавлением N-этил-N-изопропилпропан-2-амина (104 мг, 0,803 ммоль). Реакционную смесь перемешивали в течение 1 ч. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и очищали с помощью колоночной хроматографии на силикагеле. Фракции, содержащие требуемое соединение, концентрировали с получением чистого масла, которое использовали непосредственно на следующей стадии с предположительным выходом 100%. Затем полученное масло растворяли в DMF (2 мл) и загружали диэтиламин (58,7 мг, 0,803 ммоль). Полученную смесь перемешивали в течение 1 ч. при 20˚C и концентрировали in vacuo. Остаток повторно растворяли в DMF (1 мл) и затем добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (32,2 мг, 0,104 ммоль) и N-этил-N-изопропилпропан-2-амин (104 мг, 0,803 ммоль). Полученную смесь перемешивали в течение 1 ч. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и очищали с помощью HPLC с обращенной фазой с получением 1-(4-((S)-4-амино-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)пропанамидо)пропанамидо)-4-оксобутанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-дигидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (7,5 мг, 6,14 мкмоль, выход 7,65%) в виде белого твердого вещества. LCMS (ESI, масса/заряд) 1222,28 [M+H]+ [1021] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-dihydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3 -((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (50 mg, 0.08 mmol) in DMF (1 ml) was added (9H-fluoren-9-yl)methyl ((S)-1-(((S)-1- (((S)-4-amino-1-((4-((((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1,4-dioxobutan-2-yl)amino)-1- oxopropan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)carbamate (73.9 mg, 0.096 mmol) followed by N-ethyl-N-isopropylpropan-2-amine (104 mg, 0.803 mmol). The reaction mixture was stirred for 1 hour. The reaction mixture was concentrated to dryness and purified by silica gel column chromatography. Fractions containing the desired compound were concentrated to give pure oil, which was used directly in the next step in an estimated yield of 100%. The resulting oil was then dissolved in DMF (2 ml) and diethylamine (58.7 mg, 0.803 mmol) was charged. The resulting mixture was stirred for 1 hour at 20˚C and concentrated in vacuo. The residue was redissolved in DMF (1 ml) and then 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (32.2 mg, 0.104 mmol) and N-ethyl-N-isopropylpropan-2-amine (104 mg, 0.803 mmol). The resulting mixture was stirred for 1 hour. The reaction mixture was concentrated to dryness and purified by reverse phase HPLC to give 1-(4-((S)-4-amino-2-((S)-2-((S )-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)propanamido)propanamido)-4-oxobutanamido)benzyl)-4-((2S,3S, 6S,7R,10R, E)-7,10-dihydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3- hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1, 4-dicarboxylate (7.5 mg, 6.14 µmol, 7.65% yield) as a white solid. LCMS (ESI mass/charge) 1222.28 [M+H] +
1.3.6 ADL21-D8 1.3.6 ADL21-D8
[1022] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-илпиперазин-1-карбоксилата (27,0 мг, ,041 ммоль) в DMF добавляли (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-(((S)-4-амино-1-((4((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1,4-диоксобутан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-1-оксопропан-2-ил)карбамат (40,5 мг, ,053 ммоль) с последующим добавлением основания Хунига (36,2 мкл, 0,203 ммоль). После перемешивания в течение 20 минут при к. т. смесь затем концентрировали in vacuo и полученный осадок очищали с помощью колоночной хроматографии (0-20% MeOH/DCM) с получением требуемого промежуточного соединения. Остаток затем объединяли с DMF (2 мл) и диэтиламином (29,7 мг, 0,406 ммоль) и перемешивали в течение 20 минут при к. т. Далее смесь концентрировали in vacuo и полученный осадок повторно растворяли в DMF (2 мл) и обрабатывали с помощью 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoата (16,28 мг, ,053 ммоль) и основания Хунига (36,2 мкл, 0,203 ммоль). Полученную смесь перемешивали в течение 20 минут перед концентрированием до сухого состояния и проведением очистки полученного осадка посредством колоночной хроматографии с помощью элюирования промежуточного соединения в градиенте 0-20% MeOH/DCM. Полученный остаток затем подвергали очистке с помощью HPLC с обращенной фазой с получением 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-ил)-4-(4-((S)-4-амино-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)пропанамидо)пропанамидо)-4-оксобутанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (3,5 мг, 2,77 мкмоль, выход 6,82%), выделенного в виде белого твердого вещества. 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-Ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-7-ил)-4-(4-((S)-4-амино-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)пропанамидо)пропанамидо)-4-оксобутанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (3,5 мг, 6,8%). LCMS (ESI, масса/заряд) 1285,60 [M+Na]+ [1022] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-7-ylpiperazin-1-carboxylate (27.0 mg, .041 mmol) in DMF was added (9H-fluoren-9-yl)methyl ((S)-1-(((S)-1-( ((S)-4-amino-1-((4((((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1,4-dioxobutan-2-yl)amino)-1-oxopropan- 2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)carbamate (40.5 mg, .053 mmol) followed by the addition of Hunig's base (36.2 μl, 0.203 mmol). After stirring for 20 minutes at RT, the mixture was then concentrated in vacuo and the resulting residue was purified by column chromatography (0-20% MeOH/DCM) to give the desired intermediate. The residue was then combined with DMF (2 ml) and diethylamine (29.7 mg, 0.406 mmol) and stirred for 20 minutes at rt. The mixture was then concentrated in vacuo and the resulting precipitate was redissolved in DMF (2 ml) and treated with with 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (16.28 mg, .053 mmol) and Hunig's base (36 .2 µl, 0.203 mmol). The resulting mixture was stirred for 20 minutes before being concentrated to dryness and the resulting residue was purified by column chromatography, eluting the intermediate with a 0-20% MeOH/DCM gradient. The resulting residue was then purified by reverse phase HPLC to give 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6 -hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl) -3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-7-yl)-4-(4-((S)-4-amino-2-((S)-2-((S)-2- (6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)propanamido)propanamido)-4-oxobutanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (3.5 mg, 2.77 µmol, 6.82% yield, isolated as a white solid. 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-6-Acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3 -((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-7-yl)-4-(4-((S)-4-amino-2-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5 -dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)propanamido)propanamido)-4-oxobutanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (3.5 mg, 6.8%). LCMS (ESI mass/charge) 1285.60 [M+Na] +
[1023] 1H ЯМР: 0,68-0,90 (m, 11 H) 1,03-1,13 (m, 2 H) 1,15-1,26 (m, 14 H) 1,24-1,38 (m, 4 H) 1,40-1,63 (m, 12 H), 1,69 (s, 3 H) 1,74-1,83 (m, 1 H) 2,03 (s, 3 H) 2,06-2,12 (m, 2 H) 2,24-2,41 (m, 3 H) 2,53-2,63 (m, 4 H), 3,79-3,80 (m, 1H) 4,13-4,30 (m, 2 H) 4,32-4,33 (m, 1 H) 4,33-4,47 (m, 1 H) 4,44-4,48 (m, 1 H) 4,52-4,73 (m, 2 H) 4,74-4,97 (m, 2 H) 5,03 (s, 3 H) 5,47-5,61 (m, 1 H) 5,65-5,77 (m, 1 H) 5,79-5,92 (m, 1 H) 5,98-6,12 (m, 1 H) 6,30-6,46 (m, 1 H) 6,75-6,85 (m, 1 H) 6,90-6,95 (m, 1 H) 6,99 (s, 1H) 7,26-7,36 (m, 2 H) 7,37-7,46 (m, 1 H) 7,56-7,73 (m, 2 H) 7,90-8,09 (m, 1 H) 8,07-8,22 (m, 2 H) 8,46 (s, 1 H) 9,59-9,78 (m, 1 H)[1023] 1 H NMR: 0.68-0.90 (m, 11 H) 1.03-1.13 (m, 2 H) 1.15-1.26 (m, 14 H) 1.24- 1.38 (m, 4 H) 1.40-1.63 (m, 12 H), 1.69 (s, 3 H) 1.74-1.83 (m, 1 H) 2.03 (s , 3 H) 2.06-2.12 (m, 2 H) 2.24-2.41 (m, 3 H) 2.53-2.63 (m, 4 H), 3.79-3, 80 (m, 1H) 4.13-4.30 (m, 2H) 4.32-4.33 (m, 1H) 4.33-4.47 (m, 1H) 4.44-4 .48 (m, 1H) 4.52-4.73 (m, 2H) 4.74-4.97 (m, 2H) 5.03 (s, 3H) 5.47-5.61 (m, 1 H) 5.65-5.77 (m, 1 H) 5.79-5.92 (m, 1 H) 5.98-6.12 (m, 1 H) 6.30-6 .46 (m, 1H) 6.75-6.85 (m, 1H) 6.90-6.95 (m, 1H) 6.99 (s, 1H) 7.26-7.36 ( m, 2 H) 7.37-7.46 (m, 1 H) 7.56-7.73 (m, 2 H) 7.90-8.09 (m, 1 H) 8.07-8, 22 (m, 2 H) 8.46 (s, 1 H) 9.59-9.78 (m, 1 H)
1.3.7 Получение конструкции линкер DBCO-Val-Cit-pABC-полезная нагрузка, ADL25-D41.3.7 Obtaining the construction linker DBCO-Val-Cit-pABC-payload, ADL25-D4
[1024] К раствору 3-амино-1-(11,12-дигидродибензo[b, f]азоцин-5(6H)-ил)пропан-1-она (19,36 мг, 0,07 ммоль) в DCM (5 мл) при 0˚C добавляли основание Хунига (10,26 мг, 0,079 ммоль) с последующим добавлением 4-нитрофенилкарбонилхлорида (14,12 мг, 0,07 ммоль). Реакцию нагревали до 20˚C и перемешивали в течение 2 ч. Затем смесь концентрировали до сухого состояния и разбавляли с помощью DMF. В полученную смесь добавляли основание Хунига (10,26 мг, ,079 ммоль) и 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (50 мг, ,047 ммоль) и перемешивали в течение 1 ч. Затем смесь концентрировали до сухого состояния и очищали с помощью колоночной хроматографии с последующей очисткой с обращенной фазой с получением 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((9S,12S)-9-изопропил-3,7,10-триоксо-12-(3-уреидопропил)-2,6,8,11-тетраазатридекан-13-дибензолциклооктинамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (5,3 мг, 8,27%). LCMS (ESI, масса/заряд) 1372,7 [M]+ [1024] To a solution of 3-amino-1-(11,12-dihydrodibenzo[b,f]azocin-5(6H)-yl)propan-1-one (19.36 mg, 0.07 mmol) in DCM ( 5 ml) at 0˚C was added Hunig's base (10.26 mg, 0.079 mmol) followed by the addition of 4-nitrophenylcarbonyl chloride (14.12 mg, 0.07 mmol). The reaction was heated to 20˚C and stirred for 2 hours. The mixture was then concentrated to dryness and diluted with DMF. Hunig's base (10.26 mg, .079 mmol) and 1-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E, 4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien- 2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((S)-2-((S)-2-amino-3-methylbutanamido)- 5-ureidopentanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (50 mg, .047 mmol) and stirred for 1 hour. The mixture was then concentrated to dryness and purified by column chromatography followed by reverse phase purification to give 1- ((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-( (2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en- 6-yl)-4-(4-((9S,12S)-9-isopropyl-3,7,10-trioxo-12-(3-ureidopropyl)-2,6,8,11-tetraazatridecan-13-dibenzenecyclooctinamido )benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (5.3 mg, 8.27%). LCMS (ESI mass/charge) 1372.7 [M] +
1.3.8. Получение конструкции линкер малеимидо-Glu-Val-Cit-pABC-полезная нагрузка1.3.8. Obtaining the construct linker maleimido-Glu-Val-Cit-pABC-payload
[1025] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (20 мг, 0,03 ммоль) в DMF (1 мл) добавляли (S)-4-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-5-(((S)-3-метил-1-(((S)-1-((4-((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-ил)амино)-1-оксобутан-2-ил)амино)-5-оксопентановую кислоту (32,3 мг, 0,036 ммоль) и основание Хунига (11,66 мг, 0,09 ммоль) и перемешивали в течение 1 ч. при 20˚C. Затем добавляли диэтиламин (110 мг, 1,504 ммоль) и смесь перемешивали в течение дополнительных 30 мин. при 20˚C. Затем смесь разбавляли этилацетатом и концентрировали in vacuo. Полученный осадок разбавляли с помощью DMF (1 мл), 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoата (13,91 мг, 0,045 ммоль) и основания Хунига (11,66 мг, 0,09 ммоль) и реакционную смесь перемешивали в течение 50 минут. Затем реакционную смесь разбавляли этилацетатом, концентрировали до сухого состояния и очищали с применением HPLC с обращенной фазой с получением (S)-5-(((S)-1-(((S)-1-((4-(((4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-1-карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-ил)амино)-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-5-оксопентановой кислоты (9,3 мг, 6,68 мкмоль, выход 22,20%) в виде белого твердого вещества; LCMS (ESI, масса/заряд) 1393,4 [M+H]+ [1025] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (20 mg, 0.03 mmol) in DMF (1 ml) was added (S)-4-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino )-5-(((S)-3-methyl-1-(((S)-1-((4-((((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1-oxo -5-ureidopentan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)amino)-5-oxopentanoic acid (32.3 mg, 0.036 mmol) and Hunig's base (11.66 mg, 0.09 mmol) and stirred for 1 hour at 20˚C. Diethylamine (110 mg, 1.504 mmol) was then added and the mixture was stirred for an additional 30 minutes. at 20˚C. The mixture was then diluted with ethyl acetate and concentrated in vacuo. The resulting precipitate was diluted with DMF (1 ml), 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (13.91 mg , 0.045 mmol) and Hunig's base (11.66 mg, 0.09 mmol) and the reaction mixture was stirred for 50 minutes. The reaction mixture was then diluted with ethyl acetate, concentrated to dryness and purified using reverse phase HPLC to give (S)-5-(((S)-1-(((S)-1-((4-(((4 -((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)- 3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4 -en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazine-1-carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1-oxo-5-ureidopentan-2-yl)amino)-3-methyl-1-oxobutan-2 -yl)amino)-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-5-oxopentanoic acid (9.3 mg, 6.68 µmol, yield 22.20%) as a white solid; LCMS (ESI mass/charge) 1393.4 [M+H] +
[1026] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6) δ ppm 0,74-0,89 (m, 16 H) 1,03-1,66 (m, 25 H) 1,69 (s, 4 H) 1,74-1,94 (m, 2 H) 2,00 (s, 4 H) 2,09 (br d, J=4,39 Гц, 2 H) 2,21 (br d, J=7,53 Гц, 3 H) 2,31-2,42 (m, 2 H) 2,53-2,84 (m, 3 H) 2,89-3,09 (m, 2 H) 3,34-3,48 (m, 10 H) 3,65-3,74 (m, 1 H) 4,19, (dd, J=8,47, 6,59 Гц, 1 H) 4,26-4,45 (m, 3 H) 4,57-4,64 (m, 1 H) 4,79-4,85 (m, 1 H) 4,90 (br d, J=9,03 Гц, 2 H) 5,01 (s, 2 H) 5,43 (br s, 2 H), 5,47-5,59 (m, 1 H) 5,67-5,80 (m, 1 H) 5,81-5,93 (m, 1 H) 5,94-6,14 (m, 2 H) 6,35-6,47 (m, 1 H) 6,99 (s, 2 H) 7,30 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,58, (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,63-7,71 (m, 1 H) 7,98-8,06 (m, 1 H) 8,15-8,27 (m, 1 H) 9,99-10,09 (m, 1 H)[1026] 1 H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 0.74-0.89 (m, 16 H) 1.03-1.66 (m, 25 H) 1.69 (s, 4 H) 1.74-1.94 (m, 2 H) 2.00 (s, 4 H) 2.09 (br d, J=4.39 Hz, 2 H) 2.21 (br d, J= 7.53 Hz, 3 H) 2.31-2.42 (m, 2 H) 2.53-2.84 (m, 3 H) 2.89-3.09 (m, 2 H) 3.34 -3.48 (m, 10 H) 3.65-3.74 (m, 1 H) 4.19, (dd, J=8.47, 6.59 Hz, 1 H) 4.26-4, 45 (m, 3 H) 4.57-4.64 (m, 1 H) 4.79-4.85 (m, 1 H) 4.90 (br d, J=9.03 Hz, 2 H) 5.01 (s, 2 H) 5.43 (br s, 2 H), 5.47-5.59 (m, 1 H) 5.67-5.80 (m, 1 H) 5.81- 5.93 (m, 1 H) 5.94-6.14 (m, 2 H) 6.35-6.47 (m, 1 H) 6.99 (s, 2 H) 7.30 (d, J=8.66Hz, 2H) 7.58, (d, J=8.53Hz, 2H) 7.63-7.71(m, 1H) 7.98-8.06(m, 1H) 8.15-8.27(m, 1H) 9.99-10.09(m, 1H)
1.3.10. ADL1-D3, ADL10-D31.3.10. ADL1-D3, ADL10-D3
[1027] Полезную нагрузку D3 получали с помощью процедуры, приведенной ниже. [1027] The payload D3 was obtained using the procedure below.
D3D3
[1028] К смеси (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (55 мг, 0,083 ммоль) в DCM (3 мл) добавляли (9H-флуорен-9-ил)метил-(2-оксоэтил)карбамат (46,5 мг, 0,165 ммоль) и триацетоксиборогидрид натрия (52,6 мг, 0,248 ммоль). Реакционную смесь перемешивали в течение 20 минут при к. т. Затем реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и очищали с помощью колоночной хроматографии на силикагеле (0-10% MeOH/DCM). Очищенный материал растворяли в DMF (3 мл). В смесь затем загружали диэтиламин (121 мг, 1,655 ммоль) и перемешивали при к. т. Затем смесь концентрировали in vacuo и очищали посредством очистки с помощью HPLC с обращенной фазой с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-аминоэтил)пиперазин-1-карбоксилата (6 мг, 8,48 мкмоль, выход 10,25%) в виде белого твердого вещества. [1028] To a mixture of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (55 mg, 0.083 mmol) in DCM (3 ml) was added (9H-fluoren-9-yl)methyl-(2-oxoethyl)carbamate (46.5 mg, 0.165 mmol ) and sodium triacetoxyborohydride (52.6 mg, 0.248 mmol). The reaction mixture was stirred for 20 minutes at rt. The reaction mixture was then concentrated to dryness and purified by silica gel column chromatography (0-10% MeOH/DCM). The purified material was dissolved in DMF (3 ml). The mixture was then charged with diethylamine (121 mg, 1.655 mmol) and stirred at rt. The mixture was then concentrated in vacuo and purified by reverse phase HPLC purification to give (2S,3S,6S,7R,10R,E)- 7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxirane -2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-aminoethyl)piperazin-1- carboxylate (6 mg, 8.48 µmol, 10.25% yield) as a white solid.
[1029] LCMS (ESI, масса/заряд), 708,2 [M+H]+ [1029] LCMS (ESI Mass/Charge), 708.2 [M+H] +
[1030] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6) δ ppm 0,74-0,86 (m, 9 H) 1,04-1,15 (m, 1 H) 1,23 (s, 3 H) 1,26-1,40 (m, 3 H) 1,45 (s, 4 H) 1,47-1,51 (m, 1 H), 1,52-1,63 (m, 1 H) 1,69 (s, 3 H) 1,73-1,82 (m, 1 H) 1,99 (s, 3 H) 2,13-2,42 (m, 9 H) 2,53-2,65 (m, 4 H) 2,72-2,80 (m, 1 H), 3,35-3,41 (m, 3 H) 3,65-3,76 (m, 1 H) 4,36-4,46 (m, 1 H) 4,57-4,66 (m, 1 H) 4,79-4,85 (m, 1 H) 4,87-4,95 (m, 2 H) 5,43-5,56 (m, 1 H) 5,64-5,77 (m, 1 H) 5,80-5,91 (m, 1 H) 6,01-6,12 (m, 1 H) 6,33-6,49 (m, 1 H).[1030] 1 H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 0.74-0.86 (m, 9 H) 1.04-1.15 (m, 1 H) 1.23 (s, 3 H) 1.26-1.40(m, 3H) 1.45(s, 4H) 1.47-1.51(m, 1H), 1.52-1.63(m, 1H ) 1.69 (s, 3 H) 1.73-1.82 (m, 1 H) 1.99 (s, 3 H) 2.13-2.42 (m, 9 H) 2.53-2 .65 (m, 4 H) 2.72-2.80 (m, 1 H), 3.35-3.41 (m, 3 H) 3.65-3.76 (m, 1 H) 4, 36-4.46 (m, 1 H) 4.57-4.66 (m, 1 H) 4.79-4.85 (m, 1 H) 4.87-4.95 (m, 2 H) 5.43-5.56 (m, 1 H) 5.64-5.77 (m, 1 H) 5.80-5.91 (m, 1 H) 6.01-6.12 (m, 1 H) 6.33-6.49 (m, 1 H).
1.3.10.1 ADL10-D31.3.10.1 ADL10-D3
[1031] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-аминоэтил)пиперазин-1-карбоксилата (40 мг, 0,057 ммоль) в DMF (2 мл) добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (27,9 мг, 0,09 ммоль) с последующим добавлением основания Хунига (36,5 мг, 0,283 ммоль) и перемешивали в течение 20 минут. Затем полученную смесь концентрировали на силикагеле и очищали с помощью колоночной хроматографии (0-20% MeOH/DCM) с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)этил)пиперазин-1-карбоксилата (22 мг, выход 43,2%) в виде желтоватого твердого вещества. LCMS (ESI, масса/заряд) 902,1 [M+H]+ [1031] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-yl-4-(2-aminoethyl)piperazin-1-carboxylate (40 mg, 0.057 mmol) in DMF (2 ml) was added 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2.5 -dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (27.9 mg, 0.09 mmol) followed by Hunig's base (36.5 mg, 0.283 mmol) and stirred for 20 minutes. The resulting mixture was then concentrated on silica gel and purified by column chromatography (0-20% MeOH/DCM) to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R ,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4 -dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrole -1-yl)hexanamido)ethyl)piperazine-1-carboxylate (22 mg, 43.2% yield) as a yellowish solid. LCMS (ESI mass/charge) 902.1 [M+H] +
[1032] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6) δ ppm 0,73-0,89 (m, 10 H) 0,99-1,29 (m, 10 H) 1,30-1,38 (m, 2 H) 1,40-1,49 (m, 9 H) 1,52-1,64 (m, 1 H), 1,69 (s, 3 H) 1,74-1,83 (m, 1 H) 1,93-2,07 (m, 5 H) 2,34 (br d, J=16,94 Гц, 9 H) 2,59 (s, 3 H) 3,07-3,21 (m, 2 H) 3,36 (br d, J=14,05 Гц, 3 H) 3,66-3,78 (m, 1 H) 4,37-4,45 (m, 1 H) 4,57-4,66 (m, 1 H) 4,79-4,86 (m, 1 H) 4,87-4,97 (m, 2 H) 5,46-5,57 (m, 1 H) 5,66-5,75 (m, 1 H) 5,81-5,91 (m, 1 H) 5,99-6,13 (m, 1 H) 6,31-6,47 (m, 1 H) 7,00 (s, 2 H) 7,62-7,71 (m, 1 H)[1032] 1 H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 0.73-0.89 (m, 10 H) 0.99-1.29 (m, 10 H) 1.30-1.38 ( m, 2 H) 1.40-1.49 (m, 9 H) 1.52-1.64 (m, 1 H), 1.69 (s, 3 H) 1.74-1.83 (m , 1 H) 1.93-2.07 (m, 5 H) 2.34 (br d, J=16.94 Hz, 9 H) 2.59 (s, 3 H) 3.07-3.21 (m, 2 H) 3.36 (br d, J=14.05 Hz, 3 H) 3.66-3.78 (m, 1 H) 4.37-4.45 (m, 1 H) 4 .57-4.66 (m, 1 H) 4.79-4.86 (m, 1 H) 4.87-4.97 (m, 2 H) 5.46-5.57 (m, 1 H) ) 5.66-5.75 (m, 1 H) 5.81-5.91 (m, 1 H) 5.99-6.13 (m, 1 H) 6.31-6.47 (m, 1H) 7.00(s, 2H) 7.62-7.71(m, 1H)
1.3.10.2 ADL1-D31.3.10.2 ADL1-D3
[1033] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-аминоэтил)пиперазин-1-карбоксилата (30 мг, 0,042 ммоль) в DMF (2 мл) добавляли (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-3-метил-1-(((S)-1-((4-((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-ил)амино)-1-оксобутан-2-ил)карбамат (35,7 мг, 0,047 ммоль) с последующим добавлением основания Хунига (16,43 мг, 0,127 ммоль) и обеспечивали перемешивание смеси в течение 1 ч. Полученную смесь концентрировали непосредственно на силикагеле и очищали с помощью колоночной хроматографии на силикагеле с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)окси)карбонил)амино)этил)пиперазин-1-карбоксилата, который применяли непосредственно на следующей стадии. К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)окси)карбонил)амино)этил)пиперазин-1-карбоксилата (30 мг, 0,022 ммоль) в DMF (2 мл) добавляли диэтиламин (82 мг, 1,123 ммоль) и обеспечивали перемешивание смеси в течение 1 ч. при 20°C. Полученную смесь разбавляли с помощью этилацетата и концентрировали in vacuo. Полученный осадок затем повторно растворяли в DMF и загружали 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (8,31 мг, 0,027 ммоль) и основание Хунига (8,71 мг, 0,067 ммоль). Полученную смесь перемешивали 1 ч. при 20˚C. Затем раствор концентрировали на силикагеле и очищали с помощью колоночной хроматографии (0-20% MeOH/DCM) с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)окси)карбонил)амино)этил)пиперазин-1-карбоксилата (25 мг, 0,019 ммоль, выход 85%) в виде белого твердого вещества; LC/MS (ESI, масса/заряд), 1306,2 [M]+.[1033] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-yl-4-(2-aminoethyl)piperazine-1-carboxylate (30mg, 0.042mmol) in DMF (2mL) was added (9H-fluoren-9-yl)methyl((S)-3 -methyl-1-(((S)-1-((4-((((4-nitrophenoxy)carbonyl)oxy)methyl)phenyl)amino)-1-oxo-5-ureidopentan-2-yl)amino) -1-oxobutan-2-yl)carbamate (35.7 mg, 0.047 mmol) followed by the addition of Hunig's base (16.43 mg, 0.127 mmol) and the mixture was allowed to stir for 1 hour. The resulting mixture was concentrated directly on silica gel and purified using silica gel column chromatography to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R ,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12 -oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy) carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)oxy)carbonyl)amino)ethyl)piperazine-1-carboxylate, which was used directly in the next step. To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3- ((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-ene -6-yl-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3 -methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)oxy)carbonyl)amino)ethyl)piperazine-1-carboxylate (30 mg, 0.022 mmol) in DMF (2 ml) was added diethylamine (82 mg, 1.123 mmol) and the mixture was allowed to stir in for 1 hour at 20°C. The resulting mixture was diluted with ethyl acetate and concentrated in vacuo. The resulting precipitate was then redissolved in DMF and 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (8.31 mg, 0.027 mmol) and Hunig's base (8.71 mg, 0.067 mmol). The resulting mixture was stirred for 1 hour at 20˚C. The solution was then concentrated on silica gel and purified by column chromatography (0-20% MeOH/DCM) to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R, 2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4- dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-((((4-((S)-2-((S)-2- (6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)oxy)carbonyl)amino)ethyl)piperazin-1- carboxylate (25 mg, 0.019 mmol, 85% yield) as a white solid; LC/MS (ESI, mass/charge), 1306.2 [M] + .
[1034] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d 6) δ ppm 0,75-0,89 (m, 18 H) 1,05-1,12 (m, 1 H) 1,15-1,20 (m, 1 H) 1,21-1,26 (m, 4 H) 1,26-1,39 (m, 5 H) 1,40-1,40 (m,1 H) 1,42-1,47 (m, 5 H) 1,57 (br s, 3 H) 1,69 (s, 4 H) 1,73-1,81 (m, 1 H) 1,92-1,98 (m, 1 H) 1,99 (d, J=4,39 Гц, 4 H) 2,14-2,26 (m, 1 H) 2,29-2,42 (m, 4H) 2,42-2,47 (m, 1 H) 2,53-2,64 (m, 2 H) 2,73-2,78 (m, 1 H) 2,88-3,08 (m, 2 H) 3,35-3,60 (m, 19 H) 3,65-3,75 (m, 1 H) 4,22 (dd, J=8,47, 6,71 Гц, 1H) 4,32-4,45 (m, 2 H) 4,60-4,65 (m, 1 H) 4,79-4,85 (m, 1 H) 4,90 (br d, J=9,03 Гц, 2 H) 5,01 (s, 2 H) 5,40 (s, 2 H) 5,47-5,58 (m, 1 H) 5,66-5,77 (m, 1H) 5,87 (s, 1 H) 5,97 (s, 1 H) 6,03-6,13 (m, 1 H) 6,35-6,45 (m, 1 H) 7,02 (s, 2 H) 7,30 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,59 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,81-7,88 (m, 1 H), 8,09-8,15 (m, 1 H) 9,90-10,09 (m, 1 H)[1034] 1 H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 0.75-0.89 (m, 18 H) 1.05-1.12 (m, 1 H) 1.15-1.20 (m, 1 H) 1.21-1.26 (m, 4 H) 1.26-1.39 (m, 5 H) 1.40-1.40 (m.1 H) 1.42-1 .47 (m, 5 H) 1.57 (br s, 3 H) 1.69 (s, 4 H) 1.73-1.81 (m, 1 H) 1.92-1.98 (m, 1 H) 1.99 (d, J =4.39 Hz, 4 H) 2.14-2.26 (m, 1 H) 2.29-2.42 (m, 4H) 2.42-2, 47 (m, 1 H) 2.53-2.64 (m, 2 H) 2.73-2.78 (m, 1 H) 2.88-3.08 (m, 2 H) 3.35- 3.60 (m, 19 H) 3.65-3.75 (m, 1 H) 4.22 (dd, J = 8.47, 6.71 Hz, 1H) 4.32-4.45 (m , 2 H) 4.60-4.65 (m, 1 H) 4.79-4.85 (m, 1 H) 4.90 (br d, J =9.03 Hz, 2 H) 5.01 (s, 2H) 5.40 (s, 2H) 5.47-5.58 (m, 1H) 5.66-5.77 (m, 1H) 5.87 (s, 1H) 5 .97 (s, 1 H) 6.03-6.13 (m, 1 H) 6.35-6.45 (m, 1 H) 7.02 (s, 2 H) 7.30 (d, J = 8.53 Hz, 2 H) 7.59 (d, J = 8.53 Hz, 2 H) 7.81-7.88 (m, 1 H), 8.09-8.15 (m, 1 H) 9.90-10.09(m, 1H)
1.3.11 ADL1-D6 и ADL1-D7 получали с помощью общей процедуры, описанной ниже1.3.11 ADL1-D6 and ADL1-D7 were prepared using the general procedure described below.
[1035] К раствору (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (30 мг, 0,045 ммоль) в DCM (0,1 М) добавляли (9H-флуорен-9-ил)метил(2-оксоэтил)карбамат (5 экв.) и триацетоксиборогидрид натрия (10 экв.) и перемешивали в течение 30 минут. Затем смесь разбавляли этилацетатом и промывали водой и солевым раствором. Органический слой высушивали над безводным Na2SO4, концентрировали и очищали с помощью колоночной хроматографии (градиент 0-10% MeOH/DCM) для выделения требуемого продукта. Полученный материал затем разбавляли с помощью DMF (0,1 М), загружали диэтиламин (20 экв.) и перемешивали в течение 20 минут. Затем смесь концентрировали до сухого состояния и снова разбавляли в DMF и загружали 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (1,2 экв.), затем основание Хунига (3,0 экв.). Смесь перемешивали в течение 30 минут, концентрировали in vacuo и очищали посредством очистки с помощью препаративной HPLC с получением целевого продукта.[1035] To a solution of (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R) -3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec- 4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (30 mg, 0.045 mmol) in DCM (0.1 M) was added (9H-fluoren-9-yl)methyl(2-oxoethyl)carbamate (5 eq.) and triacetoxyborohydride sodium (10 eq.) and stirred for 30 minutes. The mixture was then diluted with ethyl acetate and washed with water and brine. The organic layer was dried over anhydrous Na 2 SO 4 , concentrated and purified by column chromatography (0-10% MeOH/DCM gradient) to isolate the desired product. The resulting material was then diluted with DMF (0.1 M), loaded with diethylamine (20 eq.) and stirred for 20 minutes. The mixture was then concentrated to dryness and diluted again in DMF and charged with 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrole-1 -yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (1.2 eq) followed by Hunig's base (3.0 eq). The mixture was stirred for 30 minutes, concentrated in vacuo and purified by purification using preparative HPLC to obtain the desired product.
1.3.11.2 ADL1-D71.3.11.2 ADL1-D7
[1036] С помощью общей процедуры 1 (1.3.11) получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-дигидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенокси)карбонил)(метил)амино)этил)пиперазин-1-карбоксилат (3,1 мг, выход 5,03%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1278,4 [M+H]+.[1036] General procedure 1 (1.3.11) gave (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7,10-dihydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7 -((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3.7 -dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2 ,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)phenoxy)carbonyl)(methyl)amino)ethyl)piperazine-1-carboxylate (3.1 mg, yield 5, 03%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1278.4 [M+H] + .
1.3.11.2 ADL1-D61.3.11.2 ADL1-D6
[1037] С помощью общей процедуры 1 (1.3.11) получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-ацетокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенокси)карбонил)(метил)амино)этил)пиперазин-1-карбоксилат (2 мг, выход 3,36%) LC/MS (ESI, масса/заряд), 1321,37 [M+H]+.[1037] General procedure 1 (1.3.11) gave (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-acetoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy -7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3 ,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo -2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)phenoxy)carbonyl)(methyl)amino)ethyl)piperazin-1-carboxylate (2 mg,
1.3.1.5 ADL1-D9, ADL6-D9 и ADL1-D131.3.1.5 ADL1-D9, ADL6-D9 and ADL1-D13
D9 и D13D9 and D13
[1038] D9 и D13 синтезировали в виде смеси изомеров 3:1 с использованием процедур, указанных в синтезе D4 (схема 4), с применением три-TES-пладиенолида B. [1038] D9 and D13 were synthesized as a 3:1 mixture of isomers using the procedures outlined in Synthesis of D4 (Scheme 4) using tri-TES-pladienolide B.
[1039] Полезная нагрузка (D9): LC/MS (ESI, масса/заряд), 649,7 [M+H]+.[1039] Payload (D9) : LC/MS (ESI Mass/Charge), 649.7 [M+H] + .
[1040] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,87-1,01 (m, 10 H) 1,08 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,27-1,63 (m, 12 H) 1,66-1,74 (m, 1 H) 1,76 (s, 3 H) 1,97-2,10 (m, 3 H) 2,35-2,57 (m, 5 H) 2,58-2,65 (m, 1 H) 2,65-2,71 (m, 1 H) 2,77 (td, J=5,93, 2,32 Гц, 1 H) 2,89-3,05 (m, 4 H) 3,07-3,34 (m, 8 H) 3,50-3,68 (m, 5 H) 3,72-3,88 (m, 1 H) 4,88-5,09 (m, 1 H) 5,18 (d, J=10,67 Гц, 1 H) 5,50-5,84 (m, 3 H) 6,01-6,13 (m, 1 H) 6,19-6,36 (m, 1 H).[1040] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.87-1.01 (m, 10 H) 1.08 (d, J=6.78 Hz, 3 H) 1, 27-1.63 (m, 12 H) 1.66-1.74 (m, 1 H) 1.76 (s, 3 H) 1.97-2.10 (m, 3 H) 2.35- 2.57 (m, 5 H) 2.58-2.65 (m, 1 H) 2.65-2.71 (m, 1 H) 2.77 (td, J=5.93, 2.32 Hz, 1 H) 2.89-3.05 (m, 4 H) 3.07-3.34 (m, 8 H) 3.50-3.68 (m, 5 H) 3.72-3, 88 (m, 1 H) 4.88-5.09 (m, 1 H) 5.18 (d, J=10.67 Hz, 1 H) 5.50-5.84 (m, 3 H) 6 .01-6.13 (m, 1 H) 6.19-6.36 (m, 1 H).
[1041] Полезная нагрузка (D13): LC/MS (ESI, масса/заряд), 649,6 [M+H]+.[1041] Payload (D13) : LC/MS (ESI Mass/Charge), 649.6 [M+H] + .
[1042] 1H ЯМР (400 МГц, CHCl3-d) δ ppm 0,84-1,01 (m, 11 H) 1,08 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,29-1,64 (m, 10 H) 1,63-1,73 (m, 1 H) 1,76 (s, 3 H) 1,94-2,12 (m, 4 H) 2,37-2,58 (m, 4 H) 2,59-2,65 (m, 1 H) 2,68 (dd, J=7,40, 2,26 Гц, 1 H) 2,77 (td, J=5,93, 2,32 Гц, 1 H) 3,01-3,30 (m, 4 H) 3,49 (s, 1 H) 3,54-3,67 (m, 2 H) 3,69-3,92 (m, 5 H) 4,13-4,78 (m, 11 H) 5,13-5,24 (m, 2 H) 5,48-5,61 (m, 1 H) 5,62-5,74 (m, 2 H) 6,04-6,13 (m, 1 H) 6,18-6,32 (m, 1 H).[1042] 1 H NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ) δ ppm 0.84-1.01 (m, 11 H) 1.08 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1.29- 1.64 (m, 10 H) 1.63-1.73 (m, 1 H) 1.76 (s, 3 H) 1.94-2.12 (m, 4 H) 2.37-2, 58 (m, 4 H) 2.59-2.65 (m, 1 H) 2.68 (dd, J =7.40, 2.26 Hz, 1 H) 2.77 (td, J =5, 93, 2.32 Hz, 1 H) 3.01-3.30 (m, 4 H) 3.49 (s, 1 H) 3.54-3.67 (m, 2 H) 3.69-3 .92 (m, 5 H) 4.13-4.78 (m, 11 H) 5.13-5.24 (m, 2 H) 5.48-5.61 (m, 1 H) 5.62 -5.74 (m, 2 H) 6.04-6.13 (m, 1 H) 6.18-6.32 (m, 1 H).
ADL1-D9ADL1-D9
[1043] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза ADL1-D9.[1043] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize ADL1-D9.
[1044] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D9): (30,5 мг, 0,024 ммоль, выход 77%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1263,8 [M+H]+. [1044] Linker payload (ADL1-D9) : (30.5 mg, 0.024 mmol, 77% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1263.8 [M+H] + .
[1045] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,87-0,93 (m, 7 H) 0,93-1,01 (m, 8 H) 1,19-1,34 (m, 4 H) 1,50 (s, 3 H) 1,57 (s, 5 H) 1,58-1,70 (m, 6 H) 1,70-1,77 (m, 1 H) 1,78 (s, 3 H) 1,83-1,95 (m, 2 H) 2,04 (s, 3 H) 2,05-2,13 (m, 1 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,50 (d, J=3,64 Гц, 2 H) 2,55-2,74 (m, 2 H) 2,90 (td, J=5,83, 2,26 Гц, 1 H) 3,03-3,26 (m, 2 H) 3,35 (s, 13 H) 3,42-3,61 (m, 11 H) 3,80 (br dd, J=9,85, 3,58 Гц, 1 H) 4,16 (d, J=7,40 Гц, 1 H) 4,50 (dd, J=8,91, 5,14 Гц, 1 H) 4,56 (s, 1 H) 5,05 (dd, J=14,37, 10,10 Гц, 2 H) 5,09 (s, 2 H) 5,49 (s, 1 H) 5,59-5,69 (m, 1 H) 5,72-5,80 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,09-6,22 (m, 1 H) 6,44-6,60 (m, 1 H) 7,32 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,58 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[1045] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-0.93 (m, 7 H) 0.93-1.01 (m, 8 H) 1.19-1 .34 (m, 4 H) 1.50 (s, 3 H) 1.57 (s, 5 H) 1.58-1.70 (m, 6 H) 1.70-1.77 (m, 1 H) 1.78 (s, 3 H) 1.83-1.95 (m, 2 H) 2.04 (s, 3 H) 2.05-2.13 (m, 1 H) 2.27 ( t, J = 7.40 Hz, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.50 (d, J = 3.64 Hz, 2 H) 2.55-2.74 (m , 2 H) 2.90 (td, J = 5.83, 2.26 Hz, 1 H) 3.03-3.26 (m, 2 H) 3.35 (s, 13 H) 3.42- 3.61 (m, 11 H) 3.80 (br dd, J =9.85, 3.58 Hz, 1 H) 4.16 (d, J =7.40 Hz, 1 H) 4.50 ( dd, J = 8.91, 5.14 Hz, 1 H) 4.56 (s, 1 H) 5.05 (dd, J = 14.37, 10.10 Hz, 2 H) 5.09 (s , 2 H) 5.49 (s, 1 H) 5.59-5.69 (m, 1 H) 5.72-5.80 (m, 1 H) 5.87 (d, J =15.18 Hz, 1 H) 6.09-6.22 (m, 1 H) 6.44-6.60 (m, 1 H) 7.32 (d, J =8.66 Hz, 2 H) 7.58 (d, J = 8.53 Hz, 2 H).
ADL6-D9ADL6-D9
[1046] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза ADL6-D9.[1046] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize ADL6-D9.
[1047] Линкер-полезная нагрузка (ADL6-D9). К разбавленному 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (16,5 мг, 0,025 ммоль) в DMF (784 мкл) добавляли основание Хунига (13,27 мкл, 0,076 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли D9. Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии остатка на силикагеле с DCM/MeOH получали указанное в заголовке соединение (16,7 мг, выход 57%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1184,6 [M+Na]+.[1047] Linker Payload (ADL6-D9) . To dilute 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)propanamido )benzyl (4-nitrophenyl) carbonate (16.5 mg, 0.025 mmol) in DMF (784 μl) Hunig's base (13.27 μl, 0.076 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and added D9. The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography of the residue on silica gel with DCM/MeOH afforded the title compound (16.7 mg, 57% yield). LC/MS (ESI mass/charge), 1184.6 [M+Na] + .
[1048] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,80-1,02 (m, 16 H) 1,05-1,12 (m, 4 H) 1,13-1,34 (m, 5 H) 1,38-1,51 (m, 7 H) 1,53-1,68 (m, 11 H) 1,71-1,80 (m, 4 H) 1,97-2,16 (m, 4 H) 2,24-2,32 (m, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,43-2,55 (m, 3 H) 2,56-2,69 (m, 3 H) 2,73 (br d, J=2,13 Гц, 1 H) 3,07-3,18 (m, 1 H) 3,42-3,61 (m, 17 H) 3,75-3,91 (m, 1 H) 4,11-4,24 (m, 1 H) 4,43 (s, 2 H) 5,59-5,88 (m, 4 H) 6,06-6,17 (m, 1 H) 6,29-6,39 (m, 1 H) 7,24-7,39 (m, 2 H) 7,52-7,64 (m, 2 H).[1048] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.80-1.02 (m, 16 H) 1.05-1.12 (m, 4 H) 1.13-1 .34 (m, 5 H) 1.38-1.51 (m, 7 H) 1.53-1.68 (m, 11 H) 1.71-1.80 (m, 4 H) 1.97 -2.16 (m, 4 H) 2.24-2.32 (m, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.43-2.55 (m, 3 H) 2 .56-2.69 (m, 3 H) 2.73 (br d, J = 2.13 Hz, 1 H) 3.07-3.18 (m, 1 H) 3.42-3.61 ( m, 17 H) 3.75-3.91 (m, 1 H) 4.11-4.24 (m, 1 H) 4.43 (s, 2 H) 5.59-5.88 (m, 4 H) 6.06-6.17 (m, 1 H) 6.29-6.39 (m, 1 H) 7.24-7.39 (m, 2 H) 7.52-7.64 ( m, 2H).
ADL1-D13.ADL1-D13.
[1049] Линкер-полезная нагрузка (AD1-D13). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (4,2 мг, 5,693 мкмоль) в DMF (176 мкл, 2,277 ммоль) добавляли основание Хунига (2,98 мкл, 0,017 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли D13 (4,06 мг, 6,262 мкмоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии остатка на силикагеле с DCM/MeOH получали указанное в заголовке соединение (4,8 мг, выход 68%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1248,0 [M+H]+.[1049] Linker Payload (AD1-D13) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5 -ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (4.2 mg, 5.693 µmol) in DMF (176 µl, 2.277 mmol) Hunig's base (2.98 µl, 0.017 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and D13 (4.06 mg, 6.262 µmol) was added. The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was concentrated in vacuo . Flash chromatography of the residue on silica gel with DCM/MeOH gave the title compound (4.8 mg, 68% yield). LC/MS (ESI mass/charge), 1248.0 [M+H] + .
[1050] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,58-0,98 (m, 10 H) 0,99-1,06 (m, 2 H) 1,11-1,31 (m, 6 H) 1,57-1,75 (m, 3 H) 2,11-2,26 (m, 1 H) 2,30-2,73 (m, 2 H) 3,28-3,80 (m, 7 H) 4,14-4,33 (m, 1 H) 4,44-4,55 (m, 1 H) 4,63-4,81 (m, 1 H) 4,92-5,06 (m, 1 H) 5,09 (s, 1 H) 5,49-5,74 (m, 1 H) 5,88-6,09 (m, 1 H) 6,14-6,36 (m, 1 H) 6,99-7,08 (m, 1 H) 7,21-7,38 (m, 2 H) 7,53-7,67 (m, 1 H) 7,95 (s, 1 H).[1050] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.58-0.98 (m, 10 H) 0.99-1.06 (m, 2 H) 1.11-1 .31 (m, 6 H) 1.57-1.75 (m, 3 H) 2.11-2.26 (m, 1 H) 2.30-2.73 (m, 2 H) 3.28 -3.80 (m, 7 H) 4.14-4.33 (m, 1 H) 4.44-4.55 (m, 1 H) 4.63-4.81 (m, 1 H) 4 .92-5.06 (m, 1 H) 5.09 (s, 1 H) 5.49-5.74 (m, 1 H) 5.88-6.09 (m, 1 H) 6.14 -6.36 (m, 1 H) 6.99-7.08 (m, 1 H) 7.21-7.38 (m, 2 H) 7.53-7.67 (m, 1 H) 7 .95 (s, 1H).
1.3.1.6 ADL1-D141.3.1.6 ADL1-D14
[1051] Общую процедуру 1 (указанную в разделе 1.3.1) использовали для синтеза 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-ацетилпиперидин-4-ил)-4-фтор-1H-бензо[d][1,2,3]триазол-6-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (30 мг, 0,024 ммоль, выход 39,2%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1254,5 [M+H]+.[1051] General procedure 1 (specified in section 1.3.1) was used to synthesize 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-acetylpiperidine -4-yl)-4-fluoro-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-6-yl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl- 12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H- pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)piperazin-1,4-dicarboxylate (30 mg, 0.024 mmol, 39.2% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1254.5 [M+H] + .
[1052] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d 6): δ ppm 0,75-1,00 (m, 12 H), 1,06-1,26 (m, 4 H), 1,26-1,77 (m, 13 H), 1,75-2,02 (m, 7 H), 2,08 (s, 8 H), 2,23-2,35 (m, 2 H), 2,54-2,70 (m, 2 H), 2,78-3,10 (m, 4 H), 3,36 (br s, 13 H), 3,66-3,79 (m, 1 H), 3,95-4,08 (m, 1 H), 4,11-4,25 (m, 1 H), 4,28-4,46 (m, 1 H), 4,46-4,58 (m, 1 H), 4,58-4,66 (m, 1 H), 4,66-4,77 (m, 1 H), 5,01 (s, 3 H), 5,14-5,27 (m, 1 H), 5,39 (s, 4 H), 5,71-5,79 (m, 1 H), 5,87-6,00 (m, 1 H), 6,63-6,75 (m, 1 H), 6,99 (s, 2 H), 7,13-7,24 (m, 1 H), 7,24-7,34 (m, 2 H), 7,52-7,62 (m, 2 H), 7,65-7,74 (m, 1 H), 7,75-7,82 (m, 1 H), 7,98-8,13 (m, 1 H).[1052] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ): δ ppm 0.75-1.00 (m, 12 H), 1.06-1.26 (m, 4 H), 1.26 -1.77(m, 13H), 1.75-2.02(m, 7H), 2.08(s, 8H), 2.23-2.35(m, 2H), 2 .54-2.70 (m, 2 H), 2.78-3.10 (m, 4 H), 3.36 (br s, 13 H), 3.66-3.79 (m, 1 H ), 3.95-4.08 (m, 1 H), 4.11-4.25 (m, 1 H), 4.28-4.46 (m, 1 H), 4.46-4, 58 (m, 1 H), 4.58-4.66 (m, 1 H), 4.66-4.77 (m, 1 H), 5.01 (s, 3 H), 5.14- 5.27(m, 1H), 5.39(s, 4H), 5.71-5.79(m, 1H), 5.87-6.00(m, 1H), 6, 63-6.75(m, 1H), 6.99(s, 2H), 7.13-7.24(m, 1H), 7.24-7.34(m, 2H), 7.52-7.62(m, 2H), 7.65-7.74(m, 1H), 7.75-7.82(m, 1H), 7.98-8.13( m, 1H).
1.3.1.7 ADL1-D331.3.1.7 ADL1-D33
D33D33
[1053] К перемешиваемому раствору (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-(2-метокси-2-оксоэтил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилата (27 мг, 0,042 ммоль) в THF/H2O (3 мл/1 мл) при 0°C добавляли LiOH и обеспечивали медленное нагревание реакционной смеси до 25°C. Синтезировали (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-(2-метокси-2-оксоэтил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992 (см., например, процедуры 17 и 19), которая включена в данный документ посредством ссылки. Через 6 часов реакционную смесь нейтрализовали с помощью фосфатного буфера (NaH2PO4, 1,0 M, 3 мл) и фазы разделяли. Водный слой экстрагировали этилацетатом (3×2 мл) и объединенные органические слои высушивали с помощью безводного сульфата натрия и концентрировали in vacuo. С помощью колоночной хроматографии с обращенной фазой получали указанное в заголовке соединение (19,4 мг, 0,031 ммоль, выход 73,4%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 631,4 [M+H]+.[1053] To a stirred solution of (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-fluoro-5-(4-(2-methoxy-2-oxoethyl)piperazine- 1-yl)phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (27 mg, 0.042 mmol) in THF/H 2 O (3 ml/1 ml) at 0°C was added LiOH and provided a slow heating of the reaction mixture to 25°C. Synthesized (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-fluoro-5-(4-(2-methoxy-2-oxoethyl)piperazin-1-yl)phenyl )prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate using the procedures specified in International Patent Application No. PCT/ US2019/026992 (see, for example, procedures 17 and 19), which is incorporated herein by reference. After 6 hours the reaction mixture was neutralized with phosphate buffer (NaH 2 PO 4 , 1.0 M, 3 ml) and the phases were separated. The aqueous layer was extracted with ethyl acetate (3×2 ml) and the combined organic layers were dried with anhydrous sodium sulfate and concentrated in vacuo . Reverse phase column chromatography afforded the title compound (19.4 mg, 0.031 mmol, 73.4% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 631.4 [M+H] + .
[1054] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,85-1,16 (m, 2 H) 1,23-1,52 (m, 1 H) 1,57-1,77 (m, 1 H) 1,87 (s, 1 H) 1,92-2,13 (m, 1 H) 2,35-2,55 (m, 1 H) 2,50-2,74 (m, 1 H) 3,11 (br s, 1 H) 3,36-3,54 (m, 2 H) 3,64 (br d, J=10,42 Гц, 2 H) 3,77-3,90 (m, 1 H) 4,76 (br s, 4 H) 5,07-5,19 (m, 1 H) 5,38-5,68 (m, 1 H) 6,40-6,76 (m, 1 H) 8,02-8,66 (m, 1 H).[1054] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.85-1.16 (m, 2 H) 1.23-1.52 (m, 1 H) 1.57-1 .77 (m, 1 H) 1.87 (s, 1 H) 1.92-2.13 (m, 1 H) 2.35-2.55 (m, 1 H) 2.50-2.74 (m, 1 H) 3.11 (br s, 1 H) 3.36-3.54 (m, 2 H) 3.64 (br d, J =10.42 Hz, 2 H) 3.77- 3.90 (m, 1 H) 4.76 (br s, 4 H) 5.07-5.19 (m, 1 H) 5.38-5.68 (m, 1 H) 6.40-6 .76 (m, 1 H) 8.02-8.66 (m, 1 H).
ADL1-D33.ADL1-D33.
[1055] Линкер-полезная нагрузка (ADL1-D33). К 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонату (17 мг, ,023 ммоль) в DMF (714 мкл, 9,217 ммоль) добавляли основание Хунига (12,07 мкл, 0,069 ммоль). Реакционную смесь охлаждали до 0°C и добавляли 2-(4-(3-фтор-5-((E)-2-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксо-6-((пиперазин-1-карбонил)окси)оксациклододец-4-ен-2-ил)проп-1-ен-1-ил)фенил)пиперазин-1-ил)уксусную кислоту (16,71 мг, 0,026 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т. до определения завершения реакции посредством LC/MS. Затем реакционную смесь концентрировали in vacuo. С помощью флэш-хроматографии на силикагеле и дополнительной очистки с помощью HPLC получали указанное в заголовке соединение (13,5 мг, 10,98 мкмоль, выход 47,7%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1229,5 [M+H]+.[1055] Linker Payload (ADL1-D33) . K 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5 -ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (17 mg, .023 mmol) in DMF (714 μl, 9.217 mmol) Hunig's base (12.07 μl, 0.069 mmol) was added. The reaction mixture was cooled to 0°C and 2-(4-(3-fluoro-5-((E)-2-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-hydroxy-3.7 -dimethyl-12-oxo-6-((piperazin-1-carbonyl)oxy)oxacyclododec-4-en-2-yl)prop-1-en-1-yl)phenyl)piperazin-1-yl)acetic acid ( 16.71 mg, 0.026 mmol). The reaction mixture was stirred at RT until completion of the reaction was determined by LC/MS. The reaction mixture was then concentrated in vacuo . Flash chromatography on silica gel and further purification by HPLC gave the title compound (13.5 mg, 10.98 µmol, 47.7% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1229.5 [M+H] + .
[1056] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d 4): δ ppm 0,92-0,99 (m, 10 H) 1,01 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,24-1,46 (m, 9 H) 1,52-1,70 (m, 10 H) 1,70-1,82 (m, 1 H) 1,87 (d, J=1,00 Гц, 4 H) 1,89-2,00 (m, 2 H) 2,01-2,23 (m, 2 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,46 (dd, J=14,31, 5,27 Гц, 1 H) 2,57-2,71 (m, 2 H) 2,86 (d, J=0,63 Гц, 1 H) 3,00 (s, 1 H) 3,06-3,27 (m, 4 H) 3,35 (s, 5 H) 3,41-3,53 (m, 19 H) 3,66 (s, 2 H) 3,76-3,90 (m, 1 H) 4,07-4,21 (m, 1 H) 4,39-4,69 (m, 37 H) 5,09 (s, 3 H) 5,13 (d, J=10,54 Гц, 1 H) 5,52 (dd, J=14,56, 9,03 Гц, 2 H) 6,55 (br s, 2 H) 6,69 (d, J=1,38 Гц, 2 H) 7,33 (d, J=8,66 Гц, 2 H) 7,59 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,88-8,04 (m, 1 H) 8,16-8,33 (m, 1 H).[1056] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4 ): δ ppm 0.92-0.99 (m, 10 H) 1.01 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1, 24-1.46 (m, 9 H) 1.52-1.70 (m, 10 H) 1.70-1.82 (m, 1 H) 1.87 (d, J =1.00 Hz, 4 H) 1.89-2.00 (m, 2 H) 2.01-2.23 (m, 2 H) 2.27 (t, J =7.40 Hz, 2 H) 2.46 (dd , J =14.31, 5.27 Hz, 1 H) 2.57-2.71 (m, 2 H) 2.86 (d, J = 0.63 Hz, 1 H) 3.00 (s, 1 H) 3.06-3.27 (m, 4 H) 3.35 (s, 5 H) 3.41-3.53 (m, 19 H) 3.66 (s, 2 H) 3.76 -3.90 (m, 1 H) 4.07-4.21 (m, 1 H) 4.39-4.69 (m, 37 H) 5.09 (s, 3 H) 5.13 (d , J = 10.54 Hz, 1 H) 5.52 (dd, J = 14.56, 9.03 Hz, 2 H) 6.55 (br s, 2 H) 6.69 (d, J = 1 .38 Hz, 2 H) 7.33 (d, J = 8.66 Hz, 2 H) 7.59 (d, J = 8.53 Hz, 2 H) 7.88-8.04 (m, 1 H) 8.16-8.33 (m, 1 H).
ADL1-D28.ADL1-D28.
[1057] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (6,17 мг, 8,37 мкмоль) и (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-((1-метил-1H-имидазол-4-ил)сульфонил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (6 мг, 8,37 мкмоль) растворяли в DMF (0,3 мл) и добавляли основание Хунига (4,39 мкл, 0,025 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т в течение ночи. Растворитель выпаривали и подвергали очистке с помощью HPLC с обращенной фазой с получением 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-((1-метил-1H-пиразол-4-ил)сульфонил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (1,5 мг, 13,6%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1315,66 [M+H]+.[1057] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) -5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (6.17 mg, 8.37 µmol) and (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3- fluoro-5-(4-((1-methyl-1H-imidazol-4-yl)sulfonyl)piperazin-1-yl)phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7- dimethyl 12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (6 mg, 8.37 µmol) was dissolved in DMF (0.3 ml) and Hunig's base (4.39 µl, 0.025 mmol) was added. The reaction mixture was stirred at room temperature overnight. The solvent was evaporated and purified by reverse phase HPLC to give 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H- pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)-4-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3- fluoro-5-(4-((1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)sulfonyl)piperazin-1-yl)phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7- dimethyl 12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (1.5 mg, 13.6%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1315.66 [M+H] + .
[1058] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,85-0,93 (m, 12 H) 1,16-1,31 (m, 6 H) 1,43-1,57 (m, 9 H) 1,62-1,70 (m, 1 H) 1,75 (s, 3 H) 1,77-1,90 (m, 2 H) 1,96-2,03 (m, 1 H) 2,13-2,20 (m, 2 H) 2,31-2,40 (m, 1 H) 2,46-2,55 (m, 2 H) 2,97-3,06 (m, 2 H) 3,08-3,10 (m, 1 H) 3,15 (br d, J=6,27 Гц, 9 H) 3,33-3,43 (m, 10 H) 3,71 (s, 4 H) 4,03-4,09 (m, 1 H) 4,37-4,44 (m, 1 H) 4,44-4,53 (m, 1 H) 4,96-5,06 (m, 3 H) 5,33- 5,51 (m, 2 H) 6,36-6,44 (m, 2 H) 6,45-6,53 (m, 2 H) 6,69 (s, 2 H) 7,19-7,25 (m, 2 H) 7,47-7,52 (m, 2 H) 7,63-7,70 (m, 2 H)[1058] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.85-0.93 (m, 12 H) 1.16-1.31 (m, 6 H) 1.43-1.57 ( m, 9 H) 1.62-1.70 (m, 1 H) 1.75 (s, 3 H) 1.77-1.90 (m, 2 H) 1.96-2.03 (m, 1 H) 2.13-2.20 (m, 2 H) 2.31-2.40 (m, 1 H) 2.46-2.55 (m, 2 H) 2.97-3.06 ( m, 2 H) 3.08-3.10 (m, 1 H) 3.15 (br d, J=6.27 Hz, 9 H) 3.33-3.43 (m, 10 H) 3, 71 (s, 4 H) 4.03-4.09 (m, 1 H) 4.37-4.44 (m, 1 H) 4.44-4.53 (m, 1 H) 4.96- 5.06 (m, 3 H) 5.33-5.51 (m, 2 H) 6.36-6.44 (m, 2 H) 6.45-6.53 (m, 2 H) 6, 69 (s, 2H) 7.19-7.25 (m, 2H) 7.47-7.52 (m, 2H) 7.63-7.70 (m, 2H)
ADL1-D31.ADL1-D31.
[1059] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (13,12 мг, 0,018 ммоль) и (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-хлорпиридин-3-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (9 мг, 0,018 ммоль) растворяли в DMF (179 мкл, 2,312 ммоль) и добавляли основание Хунига (9,32 мкл, 0,053 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т в течение ночи. Растворитель выпаривали и очищали посредством HPLC с обращенной фазой с получением 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-хлорпиридин-3-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (6,9 мг, 34,09%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1105,59 [M+H]+.[1059] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) -5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (13.12 mg, 0.018 mmol) and (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-chloropyridine- 3-yl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (9 mg, 0.018 mmol) was dissolved in DMF (179 µl, 2.312 mmol) and Hunig's base (9.32 µl, 0.053 mmol) was added. The reaction mixture was stirred at room temperature overnight. The solvent was evaporated and purified by reverse phase HPLC to give 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-chloropyridin-3-yl)prop-1- en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((S)-2-((S)-2-( 6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (6.9 mg, 34.09%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1105.59 [M+H] + .
[1060] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,88 (s, 12 H) 1,17-1,31 (m, 4 H) 1,43-1,57 (m, 8 H) 1,61-1,70 (m, 1 H) 1,80 (d, J=1,25 Гц, 5 H), 1,92-2,01 (m, 1 H) 2,14-2,20 (m, 2 H) 2,32-2,42 (m, 1 H) 2,48-2,59 (m, 2 H) 2,96-3,14 (m, 3 H) 3,38 (s, 10 H) 3,36-3,36 (m, 1 H) 3,38-3,40 (m, 3 H) 3,67-3,75 (m, 1 H) 4,03-4,07 (m, 1 H) 4,37-4,42 (m, 1 H) 4,97-5,01 (m, 2 H) 5,04-5,11 (m, 1 H) 5,35-5,51 (m, 2 H) 6,46-6,52, (m, 1 H) 6,69 (s, 2 H) 7,18-7,26 (m, 2 H) 7,45-7,54 (m, 2 H) 7,68-7,74 (m, 1 H) 8,29-8,34 (m, 2 H). [1060] 1H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.88 (s, 12 H) 1.17-1.31 (m, 4 H) 1.43-1.57 (m, 8 H) 1.61-1.70 (m, 1 H) 1.80 (d, J=1.25 Hz, 5 H), 1.92-2.01 (m, 1 H) 2.14-2.20 (m, 2 H) 2.32-2.42 (m, 1 H) 2.48-2.59 (m, 2 H) 2.96-3.14 (m, 3 H) 3.38 (s , 10 H) 3.36-3.36 (m, 1 H) 3.38-3.40 (m, 3 H) 3.67-3.75 (m, 1 H) 4.03-4.07 (m, 1 H) 4.37-4.42 (m, 1 H) 4.97-5.01 (m, 2 H) 5.04-5.11 (m, 1 H) 5.35-5 .51 (m, 2H) 6.46-6.52, (m, 1H) 6.69 (s, 2H) 7.18-7.26 (m, 2H) 7.45-7, 54 (m, 2 H) 7.68-7.74 (m, 1 H) 8.29-8.34 (m, 2 H).
ADL1-D29.ADL1-D29.
[1061] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (8,62 мг, 0,012 ммоль) и (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(диметиламино)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (6 мг, 0,012 ммоль) растворяли в DMF (118 мкл, 1,518 ммоль) и основании Хунига (6,12 мкл, 0,035 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т в течение ночи. Растворитель выпаривали и очищали посредством HPLC с обращенной фазой с получением 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(диметиламино)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (4,0 мг, 30,79%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1112,59 [M+H]+.[1061] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) -5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (8.62 mg, 0.012 mmol) and (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(dimethylamino )phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (6 mg, 0.012 mmol) was dissolved in DMF ( 118 µl, 1.518 mmol) and Hunig's base (6.12 µl, 0.035 mmol). The reaction mixture was stirred at room temperature overnight. The solvent was evaporated and purified by reverse phase HPLC to give 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(dimethylamino)phenyl)prop-1-ene -2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6 -(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)piperazine-1,4-dicarboxylate (4.0 mg, 30 .79%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1112.59 [M+H] + .
[1062] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) δ ppm 0,87 (s, 12 H) 1,17-1,23 (m, 3 H) 1,26-1,32 (m, 1 H) 1,44-1,57 (m, 8 H) 1,63-1,69 (m, 1 H) 1,74-1,81 (m, 4 H) 1,83-1,88 (m, 1 H) 1,93-2,03 (m, 1 H) 2,13-2,20 (m, 2 H) 2,34-2,42 (m, 1 H) 2,48-2,57 (m, 2 H) 2,81 (s, 5 H) 2,98-3,05 (m, 2H) 3,08-3,14 (m, 1 H) 3,38 (br s, 9 H) 3,65-3,75 (m, 1 H) 4,03-4,07 (m, 1 H) 4,35-4,43 (m, 1 H) 4,44-4,52 (m, 1 H) 4,96-5,01 (m, 2 H) 5,02-5,08 (m, 1 H) 5,34-5,51 (m, 2 H) 6,43-6,48 (m, 1 H) 6,51-6,61 (m, 3 H) 6,69 (s, 2 H) 7,03-7,10 (m, 1 H) 7,20-7,26 (m, 2 H) 7,46-7,51 (m, 2H).[1062] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL-d 4 ) δ ppm 0.87 (s, 12 H) 1.17-1.23 (m, 3 H) 1.26-1.32 (m, 1 H) 1.44-1.57 (m, 8 H) 1.63-1.69 (m, 1 H) 1.74-1.81 (m, 4 H) 1.83-1.88 (m , 1 H) 1.93-2.03 (m, 1 H) 2.13-2.20 (m, 2 H) 2.34-2.42 (m, 1 H) 2.48-2.57 (m, 2H) 2.81 (s, 5H) 2.98-3.05 (m, 2H) 3.08-3.14 (m, 1H) 3.38 (br s, 9H) 3.65-3.75 (m, 1 H) 4.03-4.07 (m, 1 H) 4.35-4.43 (m, 1 H) 4.44-4.52 (m, 1 H) 4.96-5.01(m, 2H) 5.02-5.08(m, 1H) 5.34-5.51(m, 2H) 6.43-6.48(m , 1 H) 6.51-6.61 (m, 3 H) 6.69 (s, 2 H) 7.03-7.10 (m, 1 H) 7.20-7.26 (m, 2 H) 7.46-7.51 (m, 2H).
ADL1-D35.ADL1-D35.
[1063] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил-(4-нитрофенил)карбонат (9,78 мг, 0,013 ммоль) и (2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксо-2-((E)-1-(3-(пирролидин-1-илсульфонил)фенил)проп-1-ен-2-ил)оксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (8 мг, 0,013 ммоль) растворяли в DMF (133 мкл, 1,722 ммоль) и добавляли основание Хунига (6,94 мкл, 0,04 ммоль) [две капли]. Полученную смесь перемешивали при к. т в течение ночи, концентрировали in vacuo и очищали посредством HPLC с обращенной фазой с получением продукта, 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксо-2-((E)-1-(3-(пирролидин-1-илсульфонил)фенил)проп-1-ен-2-ил)оксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилата (8,2 мг, 51,47%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1203,53 [M+H]+.[1063] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) -5-ureidopentanamido)benzyl-(4-nitrophenyl)carbonate (9.78 mg, 0.013 mmol) and (2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxo -2-((E)-1-(3-(pyrrolidin-1-ylsulfonyl)phenyl)prop-1-en-2-yl)oxacyclododec-4-en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (8 mg, 0.013 mmol) was dissolved in DMF (133 µl, 1.722 mmol) and Hunig's base (6.94 µl, 0.04 mmol) was added [two drops]. The resulting mixture was stirred at rt overnight, concentrated in vacuo and purified by reverse phase HPLC to give the product, 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2, 5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)-4-((2S,3S,6R,7S,10R, E)- 10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxo-2-((E)-1-(3-(pyrrolidin-1-ylsulfonyl)phenyl)prop-1-en-2-yl)oxacyclododec-4-ene -6-yl)piperazin-1,4-dicarboxylate (8.2 mg, 51.47%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1203.53 [M+H] + .
[1064] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,85-0,93 (m, 12 H) 1,17-1,34 (m, 4 H) 1,42-1,57 (m, 8 H) 1,61-1,69 (m, 5 H) 1,79 (s, 4 H) 1,83-1,90 (m, 1 H) 1,94-2,03 (m, 1 H) 2,12-2,20 (m, 2 H) 2,33-2,43 (m, 1 H) 2,48-2,59 (m, 2 H) 2,96-3,05 (m, 2 H) 3,06-3,17 (m, 6 H) 3,31 -3,41 (m, 10 H) 3,67-3,77 (m, 1 H) 4,02-4,10 (m, 1 H) 4,36-4,43 (m, 1 H) 4,96-5,02 (m, 2 H) 5,04-5,11 (m, 1 H) 5,35-5,51 (m, 2 H) 6,59 (s, 1H) 6,69 (s, 2 H) 7,20-7,27 (m, 2 H) 7,45-7,52 (m, 4 H) 7,58-7,65 (m, 2 H).[1064] 1H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.85-0.93 (m, 12 H) 1.17-1.34 (m, 4 H) 1.42-1.57 (m , 8 H) 1.61-1.69 (m, 5 H) 1.79 (s, 4 H) 1.83-1.90 (m, 1 H) 1.94-2.03 (m, 1 H) 2.12-2.20 (m, 2 H) 2.33-2.43 (m, 1 H) 2.48-2.59 (m, 2 H) 2.96-3.05 (m , 2 H) 3.06-3.17 (m, 6 H) 3.31 -3.41 (m, 10 H) 3.67-3.77 (m, 1 H) 4.02-4.10 (m, 1 H) 4.36-4.43 (m, 1 H) 4.96-5.02 (m, 2 H) 5.04-5.11 (m, 1 H) 5.35-5 .51 (m, 2H) 6.59 (s, 1H) 6.69 (s, 2H) 7.20-7.27 (m, 2H) 7.45-7.52 (m, 4H ) 7.58-7.65 (m, 2 H).
1.4 Получение конструкции линкер MC-Val-Ala-pABC-полезные нагрузки1.4 Obtaining the linker construct MC-Val-Ala-pABC-Payloads
1.4.1 Обзор1.4.1 Overview
Схема 5Scheme 5
[1065] Стадия 1. Полезную нагрузку в виде макроцикла (1,0 экв.), DMF (0,1 M), (9H-флуорен-9-ил)метил-((S)-3-метил-1-(((S)-1-((4-((((4-нитрофенокси)карбонил)окси)метил)фенил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-1-оксобутан-2-ил)карбамат (1,5 экв.; полученный с применением процедуры, описанной в WO 2012/153193) и основание Хунига (3,0 экв.) объединяли и перемешивали в течение ночи. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и хроматографировали с получением конструкции fmoc-Val-Ala-pABC-полезная нагрузка. [1065]
[1066] Стадия 2. Конструкцию аммоний-fmoc-Val-Ala-pABC-полезная нагрузка (1,0 экв.), растворенную в DMF (0,1 M), и диэтиламин (10 экв.) объединяли и перемешивали в течение 30 мин. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния под высоким вакуумом. Неочищенный продукт растворяли в DMF (0,1 M) и добавляли основание Хунига (2 экв.), после чего добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (3 экв.) и перемешивали в течение ночи. Затем реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и хроматографировали (0-30% MeOH в DCM) с получением требуемой конструкции MC-Val-Ala-pABC-полезная нагрузка.[1066]
1.4.1.1 ADL6-D11.4.1.1 ADL6-D1
[1067] Схема 5, стадия 1. Согласно общей процедуре, указанной выше (раздел 1.4.1), получали 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (32 мг, 0,027 ммоль, выход 27,9%). LC/MS (ESI, масса/заряд), [M+Na]+ 1200,5.[1067] Scheme 5,
[1068] Схема 5, стадия 2. Согласно общей процедуре, указанной выше (раздел 1.4.1), получали 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (24 мг, 0,021 ммоль, выход 77%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1149,2 [M+H]+.[1068] Scheme 5,
[1069] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,85-1,02 (m, 16 H), 1,20-1,23 (m, 3 H) 1,23-1,32 (m, 3 H) 1,34 (s, 3 H) 1,41-1,46 (m, 4 H) 1,46-1,72 (m, 11 H) 1,78 (s, 3 H) 1,87 (dd, J=14,05, 5,40 Гц, 1 H) 2,08 (dq, J=13,77, 6,83 Гц, 1 H) 2,27 (t, J=7,40 Гц, 2 H) 2,43-2,63 (m, 3 H) 2,64-2,70 (m, 1 H) 2,90 (td, J=5,83, 2,26 Гц, 1 H) 3,32-3,33 (m, 4 H) 3,42-3,57 (m, 11 H) 3,82 (br dd, J=8,66, 3,89 Гц, 1 H) 4,15 (d, J=7,15 Гц, 1 H), 4,47 (q, J=7,15 Гц, 1 H) 4,99-5,12 (m, 4 H) 5,57 (dd, J=15,18, 9,79 Гц, 1 H) 5,69-5,78 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,18 Гц, 1 H) 6,13 (d, J=10,92 Гц, 1 H), 6,53 (dd, J=15,31, 10,92 Гц, 1 H) 6,78 (s, 2 H) 7,32 (d, J=8,53 Гц, 2 H) 7,58 (d, J=8,53 Гц, 2 H).[1069] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.85-1.02 (m, 16 H), 1.20-1.23 (m, 3 H) 1.23- 1.32 (m, 3 H) 1.34 (s, 3 H) 1.41-1.46 (m, 4 H) 1.46-1.72 (m, 11 H) 1.78 (s, 3 H) 1.87 (dd, J=14.05, 5.40 Hz, 1 H) 2.08 (dq, J=13.77, 6.83 Hz, 1 H) 2.27 (t, J =7.40 Hz, 2 H) 2.43-2.63 (m, 3 H) 2.64-2.70 (m, 1 H) 2.90 (td, J=5.83, 2.26 Hz, 1 H) 3.32-3.33 (m, 4 H) 3.42-3.57 (m, 11 H) 3.82 (br dd, J=8.66, 3.89 Hz, 1 H) 4.15 (d, J=7.15 Hz, 1 H), 4.47 (q, J=7.15 Hz, 1 H) 4.99-5.12 (m, 4 H) 5, 57 (dd, J=15.18, 9.79 Hz, 1 H) 5.69-5.78 (m, 1 H) 5.87 (d, J=15.18 Hz, 1 H) 6.13 (d, J=10.92 Hz, 1 H), 6.53 (dd, J=15.31, 10.92 Hz, 1 H) 6.78 (s, 2 H) 7.32 (d, J =8.53 Hz, 2 H) 7.58 (d, J=8.53 Hz, 2 H).
1.4.1.2 ADL6-D161.4.1.2 ADL6-D16
[1070] Схема 5, стадия 1. Согласно общей процедуре, указанной выше (раздел 1.4.1), получали 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(4-(2-(1H-пиразол-1-ил)ацетил)пиперазин-1-ил)-5-фторфенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (0,060 г, 0,049 ммоль, выход 60,8%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1223,68 [M+H].[1070] Scheme 5,
[1071] Схема 5, стадия 2. Согласно процедуре, указанной выше (раздел 1.4.1), получали 1-((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(4-(2-(1H-пиразол-1-ил)ацетил)пиперазин-1-ил)-5-фторфенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)-4-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)пиперазин-1,4-дикарбоксилат (11,50 мг, 9,64 мкмоль, выход 12,05%). LC/MS (ESI, масса/заряд),1194,82 [M+H]+.[1071] Scheme 5,
[1072] 1H-ЯМР (400 МГц, CHCl3-d): δ ppm 0,97 (br d, J=1,25 Гц, 12 H), 1,24-1,41 (m, 5 H), 1,41-1,47(m, 3 H), 1,52-1,69 (m, 6 H), 1,84-1,90 (m, 3 H), 1,92-2,01 (m, 1 H), 2,02-2,16 (m, 1 H), 2,23-2,30 (m, 2 H), 2,42-2,51 (m, 1 H), 2,57-2,65 (m, 2 H), 3,19-3,28 (m, 4 H), 3,35 (s, 4 H), 3,40-3,54 (m, 11 H), 3,69-3,77 (m, 4 H), 3,78-3,85 (m, 1 H), 4,12-4,18 (m, 1 H), 4,43-4,51 (m, 1 H), 5,07-5,16 (m, 3 H), 5,20 (s, 2 H), 5,42 -5,62 (m, 2 H), 6,29-6,38 (m, 1 H), 6,46-6,58 (m, 2 H), 6,59-6,68 (m, 2 H), 7,28-7,37 (m, 2 H), 7,50-7,67 (m, 4 H).[1072] 1 H-NMR (400 MHz, CHCl 3 - d ): δ ppm 0.97 (br d, J=1.25 Hz, 12 H), 1.24-1.41 (m, 5 H) , 1.41-1.47(m, 3H), 1.52-1.69(m, 6H), 1.84-1.90(m, 3H), 1.92-2.01 (m, 1 H), 2.02-2.16 (m, 1 H), 2.23-2.30 (m, 2 H), 2.42-2.51 (m, 1 H), 2 .57-2.65(m, 2H), 3.19-3.28(m, 4H), 3.35(s, 4H), 3.40-3.54(m, 11H) , 3.69-3.77(m, 4H), 3.78-3.85(m, 1H), 4.12-4.18(m, 1H), 4.43-4.51 (m, 1 H), 5.07-5.16 (m, 3 H), 5.20 (s, 2 H), 5.42-5.62 (m, 2 H), 6.29-6 .38 (m, 1 H), 6.46-6.58 (m, 2 H), 6.59-6.68 (m, 2 H), 7.28-7.37 (m, 2 H) , 7.50-7.67 (m, 4H).
1.5 Получение конструкции линкер MC-Val-Ala-pAB-полезные нагрузки1.5 Obtaining the construct linker MC-Val-Ala-pAB-payloads
1.5.1 Обзор1.5.1 Overview
Схема 6Scheme 6
[1073] Стадия 1. (9H-Флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-((4-(гидроксиметил)фенил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-ил)карбамат (0,5 г, 0,97 ммоль), 1,4-диоксан (9,70 мл, 0,97 ммоль), трифенилфосфин (0,509 г, 1,939 ммоль), N-бромсукцинимид (0,345 г, 1,939 ммоль) и DMF (2,424 мл, 0,97 ммоль) объединяли и перемешивали в течение 3 часов при к. т. Реакционную смесь концентрировали и хроматографировали с получением (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-((4-(бромметил)фенил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-ил)карбамата (116 мг, 0,201 ммоль, выход 20,68%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 580,14 [M+H].[1073]
[1074] Стадия 2. Полезную нагрузку (1,0 экв.), (9H-флуорен-9-ил)метил((S)-1-(((S)-1-((4-(бромметил)фенил)амино)-1-оксопропан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-ил)карбамат (0,069 г, 0,12 ммоль), N, N-диметилформамид (0,1 M) и основание Хунига (1,5 экв.) объединяли и перемешивали в течение ночи. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и хроматографировали (0-10% MeOH в DCM) с получением конструкции четвертичный аммоний-fmoc-Val-Ala-pAB-полезная нагрузка.[1074]
[1075] Стадия 3. Конструкцию четвертичный аммоний-fmoc-Val-Ala-pAB-полезная нагрузка (1,0 экв.), растворенную в DMF (0,1 M), и диэтиламин (10 экв.) объединяли и перемешивали в течение 30 мин. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния под высоким вакуумом. Неочищенный продукт растворяли в DMF (0,1 M) и добавляли основание Хунига (2 экв.), после чего добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (3 экв.) и перемешивали в течение ночи. Затем реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и хроматографировали (0-30% MeOH в DCM) с получением требуемой конструкции линкер четвертичный аммоний-полезная нагрузка.[1075]
1.5.1.1 ADL5-D21.5.1.1 ADL5-D2
[1076] Схема 6, стадия 2. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ийбромид (30 мг, 0,024 ммоль, выход 26,5%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1149,77 [M+H]+.[1076] Scheme 6,
[1077] Схема 6, стадия 3. Моно(1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий-2-илий)монобромид (4,8 мг, выход 15,33%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1120,99 [M+H]+.[1077] Scheme 6,
[1078] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,88 (s, 15 H), 1,09-1,26 (m, 9 H), 1,31-1,58 (m, 14 H), 1,42-1,44 (m, 1 H), 1,68 (s, 3 H), 1,73-1,81 (m, 1 H), 1,91-2,03 (m, 1 H), 2,14-2,22 (m, 2 H), 2,35-2,52 (m, 3 H), 2,53-2,60 (m, 1 H), 2,74-2,83 (m, 1 H), 2,97 (s, 3 H), 3,25 (s, 1 H), 3,28-3,46 (m, 8 H), 3,52-3,66 (m, 2 H), 3,70-3,78 (m, 1 H), 3,97-4,11 (m, 3 H), 4,32-4,41 (m, 1 H), 4,45-4,54 (m, 2 H), 4,91-5,01 (m, 2 H), 5,44-5,55 (m, 1 H), 5,57-5,70 (m, 1 H), 5,72-5,82 (m, 1 H), 6,00-6,08 (m, 1 H), 6,43 (dd, J=15,25, 10,98 Гц, 1 H), 6,69 (s, 2 H), 7,36-7,47 (m, 2 H), 7,67 -7,75 (m, 2 H).[1078] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.88 (s, 15 H), 1.09-1.26 (m, 9 H), 1.31-1.58 (m, 14 H), 1.42-1.44 (m, 1 H), 1.68 (s, 3 H), 1.73-1.81 (m, 1 H), 1.91-2 .03 (m, 1 H), 2.14-2.22 (m, 2 H), 2.35-2.52 (m, 3 H), 2.53-2.60 (m, 1 H) , 2.74-2.83(m, 1H), 2.97(s, 3H), 3.25(s, 1H), 3.28-3.46(m, 8H), 3 .52-3.66(m, 2H), 3.70-3.78(m, 1H), 3.97-4.11(m, 3H), 4.32-4.41(m , 1 H), 4.45-4.54 (m, 2 H), 4.91-5.01 (m, 2 H), 5.44-5.55 (m, 1 H), 5.57 -5.70(m, 1H), 5.72-5.82(m, 1H), 6.00-6.08(m, 1H), 6.43(dd, J=15.25 , 10.98 Hz, 1 H), 6.69 (s, 2 H), 7.36-7.47 (m, 2 H), 7.67-7.75 (m, 2 H).
1.5.1.2 ADL5-D191.5.1.2 ADL5-D19
[1079] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D19. Полезную нагрузку D19 синтезировали с применением процедур, указанных в разделе 1.2.1.[1079] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D19. The D19 payload was synthesized using the procedures outlined in section 1.2.1.
D19D19
[1080] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-метилпиперазин-1-карбоксилат (114,2 мг, 0,180 ммоль, выход 82%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 635,8 [M+H].[1080] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)- 3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6- yl-4-methylpiperazine-1-carboxylate (114.2 mg, 0.180 mmol, 82% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 635.8 [M+H].
[1081] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,88-1,00 (m, 9 H) 1,10 (d, J=6,65 Гц, 3 H) 1,16-1,27 (m, 4 H) 1,40-1,70 (m, 8 H) 1,77 (d, J=0,88 Гц, 3 H) 2,28-2,36 (m, 3 H) 2,42 (br t, J=5,08 Гц, 3 H) 2,47-2,61 (m, 4 H) 2,68 (dd, J=8,22, 2,20 Гц, 1 H) 2,74 (td, J=5,99, 2,20 Гц, 1 H) 3,13 -3,17 (m, 1 H) 3,34-3,38 (m, 3 H) 3,47-3,58 (m, 5 H) 3,81-3,87 (m, 1 H) 5,01-5,10 (m, 2 H) 5,54-5,81 (m, 3 H) 6,06-6,15 (m, 1 H) 6,34 (dd, J=15,00, 10,98 Гц, 1 H). [1081] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4 ): δ ppm 0.88-1.00 (m, 9 H) 1.10 (d, J =6.65 Hz, 3 H) 1, 16-1.27 (m, 4 H) 1.40-1.70 (m, 8 H) 1.77 (d, J =0.88 Hz, 3 H) 2.28-2.36 (m, 3 H) 2.42 (br t, J = 5.08 Hz, 3 H) 2.47-2.61 (m, 4 H) 2.68 (dd, J = 8.22, 2.20 Hz, 1 H) 2.74 (td, J =5.99, 2.20 Hz, 1 H) 3.13 -3.17 (m, 1 H) 3.34-3.38 (m, 3 H) 3 .47-3.58 (m, 5H) 3.81-3.87 (m, 1H) 5.01-5.10 (m, 2H) 5.54-5.81 (m, 3H ) 6.06-6.15 (m, 1 H) 6.34 (dd, J =15.00, 10.98 Hz, 1 H).
[1082] 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (25 мг, 45,6%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1133,1 [M+]+.[1082] 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)propanamido)benzyl)- 4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S )-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en- 6-yl)oxy)carbonyl)-1-methylpiperazin-1-y (25 mg, 45.6%). LC/MS (ESI, mass/charge), 1133.1 [M+] + .
[1083] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,94 (br dd, J=18,45, 7,15 Гц, 18 H) 1,10 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,25 (s, 4 H) 1,28-1,35 (m, 1 H) 1,46 (br d, J=7,03 Гц, 9 H) 1,59-1,70 (m, 2 H) 1,77 (s, 3 H) 2,05-2,12 (m, 1 H) 2,44-2,60 (m, 4 H) 2,63-2,72 (m, 1 H) 2,70-2,77 (m, 1 H) 3,06 (s, 3 H) 3,40-3,44 (m, 1 H) 3,50 (br d, J=1,63 Гц, 4 H) 3,64-3,75 (m, 1 H) 3,80-3,88 (m, 1 H) 3,91-3,99 (m, 1 H) 4,04-4,20 (m, 1 H) 4,21-4,28 (m, 1 H) 4,37-4,43 (m, 1 H) 4,59 (br s, 2 H) 4,93-4,95 (m, 2 H) 5,06-5,08 (m, 2 H) 5,57-5,80 (m, 4 H) 6,05-6,16 (m, 1 H) 6,27-6,41 (m, 1 H) 7,28-7,37 (m, 2 H) 7,38-7,45 (m, 2 H) 7,47-7,53 (m, 2 H) 7,65-7,72 (m, 2 H) 7,74-7,86 (m, 4 H).[1083] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4): δ ppm 0.94 (br dd, J =18.45, 7.15 Hz, 18 H) 1.10 (d, J =6, 78 Hz, 3 H) 1.25 (s, 4 H) 1.28-1.35 (m, 1 H) 1.46 (br d, J =7.03 Hz, 9 H) 1.59-1 .70 (m, 2 H) 1.77 (s, 3 H) 2.05-2.12 (m, 1 H) 2.44-2.60 (m, 4 H) 2.63-2.72 (m, 1 H) 2.70-2.77 (m, 1 H) 3.06 (s, 3 H) 3.40-3.44 (m, 1 H) 3.50 (br d, J = 1.63 Hz, 4 H) 3.64-3.75 (m, 1 H) 3.80-3.88 (m, 1 H) 3.91-3.99 (m, 1 H) 4.04 -4.20 (m, 1 H) 4.21-4.28 (m, 1 H) 4.37-4.43 (m, 1 H) 4.59 (br s, 2 H) 4.93- 4.95 (m, 2H) 5.06-5.08 (m, 2H) 5.57-5.80 (m, 4H) 6.05-6.16 (m, 1H) 6, 27-6.41 (m, 1 H) 7.28-7.37 (m, 2 H) 7.38-7.45 (m, 2 H) 7.47-7.53 (m, 2 H) 7.65-7.72(m, 2H) 7.74-7.86(m, 4H).
ADL5-D19.ADL5-D19.
[1084] Линкер-полезная нагрузка (ADL5-D19). 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (19,4 мг, 0,018 ммоль, выход 80%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1105,9 [M+H].[1084] Linker Payload (ADL5-D19) . 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) propanamido)benzyl)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((S,2E,4E)-7-((2R,3R)-3- ((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec -4-en-6-yl)oxy)carbonyl)-1-methylpiperazin-1-y (19.4 mg, 0.018 mmol, 80% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1105.9 [M+H].
[1085] 1H ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,85-1,03 (m, 16 H) 1,10 (d, J=6,78 Гц, 3 H) 1,17-1,27 (m, 4 H) 1,29-1,37 (m, 3 H) 1,44-1,70, (m, 15 H) 1,74-1,80 (m, 3 H) 2,04-2,14 (m, 1 H) 2,30 (t, J=7,47 Гц, 2 H) 2,44-2,61 (m, 4 H) 2,64-2,69 (m, 1 H) 2,72-2,78 (m, 1 H) 3,09 (s, 3 H) 3,40-3,59 (m, 9 H) 3,62-3,77 (m, 2 H) 3,82-3,89 (m, 1 H) 4,12-4,21 (m, 3 H) 4,40-4,55 (m, 1 H) 4,56-4,66 (m, 3 H) 5,03-5,12 (m, 2 H) 5,55-5,81 (m, 3 H) 6,06-6,16 (m, 1 H) 6,26-6,41 (m, 1 H) 6,81 (s, 2 H) 7,48-7,57 (m, 2 H) 7,78-7,86 (m, 2 H). [1085] 1 H NMR (400 MHz, MeOH -d 4 ): δ ppm 0.85-1.03 (m, 16 H) 1.10 (d, J =6.78 Hz, 3 H) 1.17 -1.27 (m, 4H) 1.29-1.37 (m, 3H) 1.44-1.70, (m, 15H) 1.74-1.80 (m, 3H) 2.04-2.14 (m, 1 H) 2.30 (t, J = 7.47 Hz, 2 H) 2.44-2.61 (m, 4 H) 2.64-2.69 ( m, 1 H) 2.72-2.78 (m, 1 H) 3.09 (s, 3 H) 3.40-3.59 (m, 9 H) 3.62-3.77 (m, 2 H) 3.82-3.89 (m, 1 H) 4.12-4.21 (m, 3 H) 4.40-4.55 (m, 1 H) 4.56-4.66 ( m, 3 H) 5.03-5.12 (m, 2 H) 5.55-5.81 (m, 3 H) 6.06-6.16 (m, 1 H) 6.26-6, 41 (m, 1 H) 6.81 (s, 2 H) 7.48-7.57 (m, 2 H) 7.78-7.86 (m, 2 H).
1.5.1.3 ADL5-D171.5.1.3 ADL5-D17
[1086] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D17. Полезную нагрузку D17 синтезировали с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992 (см., например, процедуру 2, процедуру 3 и процедуру 4 или 5), которая включена в данный документ посредством ссылки.[1086] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D17. The D17 payload was synthesized using the procedures outlined in International Patent Application No. PCT/US2019/026992 (see, for example,
[1087] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-морфолинoфенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (12,9 мг, 69,8%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1086,43 [M+H].[1087]
[1088] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,96-1,07 (m, 12 H), 1,27-1,42 (m, 3 H), 1,46 (d, J=7,15 Гц, 3 H), 1,62-1,72 (m, 2 H), 1,88 (d, J=1,13 Гц, 3 H), 1,97-2,06 (m, 1 H), 2,04-2,14 (m, 1 H), 2,44-2,53 (m, 1 H), 2,58-2,69 (m, 2 H), 3,08 (s, 3 H), 3,13-3,19 (m, 4 H), 3,38-3,56 (m, 4 H), 3,61-3,75 (m, 2 H), 3,79-3,88 (m, 5 H), 3,90-3,98 (m, 1 H), 4,07-4,18 (m, 2 H), 4,20-4,29 (m, 1 H), 4,35-4,45 (m, 2 H), 4,45-4,54 (m, 1 H), 4,61 (s, 2 H), 4,86-4,92 (m, 2 H), 5,15 (d, J=10,67 Гц, 1 H), 5,46-5,65 (m, 2 H), 6,46-6,67 (m, 4 H), 7,28-7,37 (m, 2 H), 7,37-7,45 (m, 2 H), 7,47-7,53 (m, 2 H), 7,66-7,71 (m, 2 H), 7,74-7,84 (m, 4 H).[1088] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.96-1.07 (m, 12 H), 1.27-1.42 (m, 3 H), 1.46 (d, J=7.15 Hz, 3 H), 1.62-1.72 (m, 2 H), 1.88 (d, J=1.13 Hz, 3 H), 1.97-2 .06 (m, 1 H), 2.04-2.14 (m, 1 H), 2.44-2.53 (m, 1 H), 2.58-2.69 (m, 2 H) , 3.08 (s, 3 H), 3.13-3.19 (m, 4 H), 3.38-3.56 (m, 4 H), 3.61-3.75 (m, 2 H), 3.79-3.88 (m, 5 H), 3.90-3.98 (m, 1 H), 4.07-4.18 (m, 2 H), 4.20-4 .29 (m, 1 H), 4.35-4.45 (m, 2 H), 4.45-4.54 (m, 1 H), 4.61 (s, 2 H), 4.86 -4.92(m, 2H), 5.15(d, J=10.67Hz, 1H), 5.46-5.65(m, 2H), 6.46-6.67( m, 4 H), 7.28-7.37 (m, 2 H), 7.37-7.45 (m, 2 H), 7.47-7.53 (m, 2 H), 7, 66-7.71(m, 2H), 7.74-7.84(m, 4H).
[1089] Стадия 2. 1-(4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-морфолинoфенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ия бромид (7,6 мг, выход 60,5%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1057,62 [M+H].[1089]
[1090] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,95-1,08 (m, 12 H), 1,24-1,42 (m, 5 H), 1,47 (d, J=7,15 Гц, 3 H), 1,52-1,71 (m, 6 H), 1,89 (d, J=1,13 Гц, 3 H), 1,95-2,05 (m, 1 H), 2,05-2,15 (m, 1 H), 2,26-2,34 (m, 2 H), 2,46-2,53 (m, 1 H), 2,58-2,69 (m, 2 H), 3,07-3,12 (m, 3 H), 3,14 -3,19 (m, 4 H), 3,39-3,58 (m, 6 H), 3,61-3,76 (m, 2 H), 3,80-3,86 (m, 5 H), 4,09-4,18 (m, 3 H), 4,43-4,51 (m, 1 H), 4,62 (s, 2 H), 4,87-4,93 (m, 2 H), 5,12-5,19 (m, 1 H), 5,46-5,65 (m, 2 H), 6,47-6,66 (m, 4 H), 6,80 (s, 2 H), 7,53 (d, J=8,66 Гц, 2 H), 7,82 (d, J=8,66 Гц, 2 H).[1090] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4 ): δ ppm 0.95-1.08 (m, 12 H), 1.24-1.42 (m, 5 H), 1.47 (d, J=7.15 Hz, 3 H), 1.52-1.71 (m, 6 H), 1.89 (d, J=1.13 Hz, 3 H), 1.95-2 .05 (m, 1 H), 2.05-2.15 (m, 1 H), 2.26-2.34 (m, 2 H), 2.46-2.53 (m, 1 H) , 2.58-2.69(m, 2H), 3.07-3.12(m, 3H), 3.14-3.19(m, 4H), 3.39-3.58 (m, 6 H), 3.61-3.76 (m, 2 H), 3.80-3.86 (m, 5 H), 4.09-4.18 (m, 3 H), 4 .43-4.51(m, 1H), 4.62(s, 2H), 4.87-4.93(m, 2H), 5.12-5.19(m, 1H) , 5.46-5.65(m, 2H), 6.47-6.66(m, 4H), 6.80(s, 2H), 7.53(d, J=8.66 Hz, 2 H), 7.82 (d, J=8.66 Hz, 2 H).
1.5.1.4 ADL5-D101.5.1.4 ADL5-D10
[1091] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D10. Полезную нагрузку D10 синтезировали с применением процедур, указанных в разделе 1.2.1. [1091] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D10. The D10 payload was synthesized using the procedures in section 1.2.1.
[1092] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Этокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-метилпиперазин-1-карбоксилат (16,6 мг, 0,025 ммоль, выход 38,7%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 665,7 [M+H]+.[1092] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Ethoxy-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3 -((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-yl-4-methylpiperazine-1-carboxylate (16.6 mg, 0.025 mmol, 38.7% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 665.7 [M+H] + .
[1093] 1H-ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d): δ ppm 0,76-0,87 (m, 9 H), 1,03-1,09 (m, 3 H), 1,10-1,13 (m, 3 H) 1,13-1,19 (m, 1 H) 1,20-1,27 (m, 3 H), 1,29-1,48 (m, 6 H) 1,51-1,59 (m, 1 H) 1,65-1,71 (m, 3 H) 1,73-1,81 (m, 1 H) 2,20 (s, 3 H) , 2,27-2,34 (m, 4 H) 2,34-2,44 (m, 2 H) 2,44-2,53 (m, 1 H) 2,53-2,59 (m, 1 H) 2,76-2,83 (m, 1 H) 3,23-3,26 (m, 1 H) 3,34-3,52 (m, 7 H) 3,67-3,75 (m, 1 H) 4,86-4,92 (m, 1 H) 4,92-4,99 (m,1 H), 5,41-5,51 (m, 1 H), 5,60-5,71 (m, 1 H), 5,72-5,82 (m, 1 H), 6,00-6,07 (m, 1 H), 6,37-6,48 (m, 1 H)[1093] 1 H-NMR (400 MHz, METHANOL- d ): δ ppm 0.76-0.87 (m, 9 H), 1.03-1.09 (m, 3 H), 1.10- 1.13 (m, 3 H) 1.13-1.19 (m, 1 H) 1.20-1.27 (m, 3 H), 1.29-1.48 (m, 6 H) 1 .51-1.59 (m, 1 H) 1.65-1.71 (m, 3 H) 1.73-1.81 (m, 1 H) 2.20 (s, 3 H) , 2, 27-2.34 (m, 4 H) 2.34-2.44 (m, 2 H) 2.44-2.53 (m, 1 H) 2.53-2.59 (m, 1 H) 2.76-2.83 (m, 1 H) 3.23-3.26 (m, 1 H) 3.34-3.52 (m, 7 H) 3.67-3.75 (m, 1 H) 4.86-4.92 (m, 1 H) 4.92-4.99 (m.1 H), 5.41-5.51 (m, 1 H), 5.60-5.71 (m, 1 H), 5.72-5.82 (m, 1 H), 6.00-6.07 (m, 1 H), 6.37-6.48 (m, 1 H)
[1094] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-этокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (18,6 мг, 0,016 ммоль, выход 87%) в виде бесцветной пленки. LC/MS (ESI, масса/заряд), 1163,01 [M]+.[1094]
[1095] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,86-1,03 (m, 16 H), 1,20 (s, 3 H), 1,25 (s, 4 H), 1,36 (s, 3 H), 1,43-1,72 (m, 10 H), 1,81 (s, 3 H), 1,84 -1,92 (m, 1 H), 2,06-2,14 (m, 1 H), 2,46-2,63 (m, 3 H), 2,67-2,72 (m, 1 H), 2,88-2,94 (m, 1 H), 3,03-3,09 (m, 3 H), 3,38-3,45 (m, 3 H), 3,54 (s, 6 H), 3,63-3,79 (m, 2 H), 3,81-3,88 (m, 1 H), 3,92-3,98 (m, 1 H), 4,07-4,18 (m, 2 H), 4,21-4,28 (m, 1 H), 4,36-4,44 (m, 2 H), 4,47-4,53 (m, 1 H), 4,55-4,63 (m, 3 H), 5,02-5,11 (m, 3 H), 5,56-5,66 (m, 1 H), 5,75-5,84 (m, 1 H), 5,86-5,92 (m, 1 H), 6,12-6,19 (m, 1 H), 6,49-6,61 (m, 1 H), 7,29-7,36 (m, 2 H), 7,38-7,44 (m, 2 H), 7,47-7,53 (m, 2 H), 7,64-7,71 (m, 2 H), 7,80 (dd, J=15,06, 7,91 Гц, 4 H).[1095] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.86-1.03 (m, 16 H), 1.20 (s, 3 H), 1.25 (s, 4 H), 1.36(s, 3H), 1.43-1.72(m, 10H), 1.81(s, 3H), 1.84-1.92(m, 1H) , 2.06-2.14 (m, 1 H), 2.46-2.63 (m, 3 H), 2.67-2.72 (m, 1 H), 2.88-2.94 (m, 1 H), 3.03-3.09 (m, 3 H), 3.38-3.45 (m, 3 H), 3.54 (s, 6 H), 3.63-3 .79 (m, 2H), 3.81-3.88 (m, 1H), 3.92-3.98 (m, 1H), 4.07-4.18 (m, 2H) , 4.21-4.28(m, 1H), 4.36-4.44(m, 2H), 4.47-4.53(m, 1H), 4.55-4.63 (m, 3 H), 5.02-5.11 (m, 3 H), 5.56-5.66 (m, 1 H), 5.75-5.84 (m, 1 H), 5 .86-5.92(m, 1H), 6.12-6.19(m, 1H), 6.49-6.61(m, 1H), 7.29-7.36(m , 2 H), 7.38-7.44 (m, 2 H), 7.47-7.53 (m, 2 H), 7.64-7.71 (m, 2 H), 7.80 (dd, J=15.06, 7.91 Hz, 4H).
[1096] Стадия 2. 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-этокси-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (14,09 мг, выход 82%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1057,62 [M+H]+.[1096]
[1097] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,87-1,03 (m, 15 H), 1,20 (s, 3 H), 1,22-1,29 (m, 4 H), 1,37 (s, 6 H), 1,45-1,72 (m, 14 H), 1,81 (s, 3 H), 1,84-1,95 (m, 1 H), 2,05-2,16 (m, 1 H), 2,26-2,36 (m, 2 H), 2,47-2,62 (m, 3 H), 2,66-2,74 (m, 1 H), 2,86-2,95 (m, 1 H), 3,11 (s, 3 H), 3,42-3,51 (m, 4 H), 3,51-3,62 (m, 5 H), 3,64-3,78 (m, 2 H), 3,81-3,89 (m, 1 H), 4,09-4,20 (m, 3 H), 4,43-4,52 (m, 1 H), 4,54-4,59 (m, 1 H), 4,55-4,67 (m, 2 H), 4,60-4,68 (m, 2 H), 5,01-5,12 (m, 2 H), 5,54-5,65 (m, 1 H), 5,75-5,86 (m, 1 H), 5,86-5,94 (m, 1 H), 6,10-6,21 (m, 1 H), 6,47-6,62 (m, 1 H), 6,81 (s, 2 H), 7,49-7,60 (m, 2 H) 7,76-7,89 (m, 2 H).[1097] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.87-1.03 (m, 15 H), 1.20 (s, 3 H), 1.22-1.29 (m, 4H), 1.37(s, 6H), 1.45-1.72(m, 14H), 1.81(s, 3H), 1.84-1.95(m , 1 H), 2.05-2.16 (m, 1 H), 2.26-2.36 (m, 2 H), 2.47-2.62 (m, 3 H), 2.66 -2.74(m, 1H), 2.86-2.95(m, 1H), 3.11(s, 3H), 3.42-3.51(m, 4H), 3 .51-3.62(m, 5H), 3.64-3.78(m, 2H), 3.81-3.89(m, 1H), 4.09-4.20(m , 3 H), 4.43-4.52 (m, 1 H), 4.54-4.59 (m, 1 H), 4.55-4.67 (m, 2 H), 4.60 -4.68(m, 2H), 5.01-5.12(m, 2H), 5.54-5.65(m, 1H), 5.75-5.86(m, 1 H), 5.86-5.94(m, 1H), 6.10-6.21(m, 1H), 6.47-6.62(m, 1H), 6.81(s , 2 H), 7.49-7.60 (m, 2 H) 7.76-7.89 (m, 2 H).
1.5.1.5 ADL5-D151.5.1.5 ADL5-D15
[1098] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D15. Полезную нагрузку D15 синтезировали с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992, которая включена в данный документ посредством ссылки. [1098] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D15. The D15 payload was synthesized using the procedures outlined in International Patent Application No. PCT/US2019/026992, which is incorporated herein by reference .
[1099] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-ацетилпиперидин-4-ил)-4-фтор-1H-бензо[d][1,2,3]триазол-6-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (100 мг, 0,086 ммоль, выход 57,3%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1167,76 [M+H].[1099]
[1100] Стадия 2. 4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(1-(1-Ацетилпиперидин-4-ил)-4-фтор-1H-бензо[d][1,2,3]триазол-6-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-1-метилпиперазин-1-ий (32 мг, 0,028 ммоль, выход 32,8%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1138,64 [M+H].[1100]
[1101] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,99 (s, 10 H), 1,26-1,40 (m, 5 H), 1,42-1,49 (m, 3 H), 1,67 (br s, 6 H), 1,96 (d, J=1,00 Гц, 3 H), 2,00-2,13 (m, 2 H), 2,16-2,42 (m, 7 H), 2,44-2,55 (m, 1 H), 2,59-2,76 (m, 2 H), 2,98-3,26 (m, 4 H), 3,38-3,59 (m, 7 H), 3,60-3,76 (m, 2 H), 3,78-3,90 (m, 1 H), 4,13 (br d, J=7,15 Гц, 3 H), 4,41-4,52 (m, 1 H), 4,53-4,71 (m, 3 H), 4,89-4,97 (m, 1 H), 5,10-5,27 (m, 2 H), 5,48-5,67 (m, 2 H), 6,79 (s, 2 H) 7,07-7,17 (m, 1 H), 7,48-7,61 (m, 3 H), 7,78-7,84 (m, 2 H).[1101] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.99 (s, 10 H), 1.26-1.40 (m, 5 H), 1.42-1.49 (m, 3 H), 1.67 (br s, 6 H), 1.96 (d, J=1.00 Hz, 3 H), 2.00-2.13 (m, 2 H), 2 .16-2.42(m, 7H), 2.44-2.55(m, 1H), 2.59-2.76(m, 2H), 2.98-3.26(m , 4 H), 3.38-3.59 (m, 7 H), 3.60-3.76 (m, 2 H), 3.78-3.90 (m, 1 H), 4.13 (br d, J=7.15 Hz, 3 H), 4.41-4.52 (m, 1 H), 4.53-4.71 (m, 3 H), 4.89-4.97 (m, 1 H), 5.10-5.27 (m, 2 H), 5.48-5.67 (m, 2 H), 6.79 (s, 2 H) 7.07-7, 17(m, 1H), 7.48-7.61(m, 3H), 7.78-7.84(m, 2H).
1.5.1.5 ADL5-D321.5.1.5 ADL5-D32
[1102] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D32. Полезную нагрузку D15 синтезировали с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992, которая включена в данный документ посредством ссылки. [1102] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D32. The D15 payload was synthesized using the procedures outlined in International Patent Application No. PCT/US2019/026992, which is incorporated herein by reference .
[1103] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-хлорпиридин-3-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (15 мг, 0,015 ммоль, выход 69,6%)LC/MS (ESI, масса/заряд), 1018,4 [M]+ [1103]
[1104] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,99 (s, 14 H) 1,29-1,41 (m, 3 H) 1,44-1,49 (m, 3 H) 1,61-1,71 (m, 2 H) 1,92 (d, J=1,25 Гц, 3 H), 1,95-2,13 (m, 2 H) 2,45-2,53 (m, 1 H) 2,60-2,70 (m, 2 H) 3,04-3,09 (m, 3 H) 3,37 (s, 3 H) 3,39-3,47 (m, 1 H) 3,47-3,54 (m, 2 H) 3,61-3,75, (m, 2 H) 3,78-3,87 (m, 1 H) 3,93-3,99 (m, 1 H) 4,08-4,18 (m, 2 H) 4,22-4,29 (m, 1 H) 4,39-4,45 (m, 2 H) 4,45-4,53 (m, 1 H) 4,56-4,63 (m,3 H) 5,17-5,23 (m, 1 H) 5,48-5,64 (m, 2 H) 6,57-6,64 (m, 1 H) 7,28-7,36 (m,2 H) 7,37-7,45 (m, 2 H) 7,47-7,54 (m, 2 H) 7,64-7,70 (m, 2H) 7,75-7,84 (m, 5 H) 8,41-8,48 (m, 2 H)[1104] 1H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.99 (s, 14 H) 1.29-1.41 (m, 3 H) 1.44-1.49 (m, 3 H) 1.61-1.71 (m, 2 H) 1.92 (d, J=1.25 Hz, 3 H), 1.95-2.13 (m, 2 H) 2.45-2.53 (m, 1H) 2.60-2.70 (m, 2H) 3.04-3.09 (m, 3H) 3.37 (s, 3H) 3.39-3.47 (m , 1 H) 3.47-3.54 (m, 2 H) 3.61-3.75, (m, 2 H) 3.78-3.87 (m, 1 H) 3.93-3, 99 (m, 1 H) 4.08-4.18 (m, 2 H) 4.22-4.29 (m, 1 H) 4.39-4.45 (m, 2 H) 4.45- 4.53 (m, 1 H) 4.56-4.63 (m.3 H) 5.17-5.23 (m, 1 H) 5.48-5.64 (m, 2 H) 6, 57-6.64 (m, 1 H) 7.28-7.36 (m.2 H) 7.37-7.45 (m, 2 H) 7.47-7.54 (m, 2 H) 7.64-7.70 (m, 2H) 7.75-7.84 (m, 5H) 8.41-8.48 (m, 2H)
[1105] Стадия 2. 4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-Хлорпиридин-3-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-1-метилпиперазин-1-ий (6,2 мг, выход 42,5%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 990,34 [M+H].[1105]
[1106] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,97-1,09 (m, 12 H) 1,24-1,41 (m, 5 H) 1,47 (d, J=7,15 Гц, 3 H) 1,55-1,71 (m, 6 H) 1,92 (d, J=1,13 Гц, 3 H) 1,98-2,15 (m, 2 H) 2,27-2,36 (m, 2 H) 2,46-2,53 (m, 1 H) 2,60-2,71 (m, 2 H) 3,06-3,13 (m, 3 H) 3,35-3,38 (m, 1 H) 3,41-3,58 (m, 6 H) 3,62-3,76 (m, 2 H) 3,80-3,88 (m, 1 H) 4,08-4,19 (m, 3 H) 4,43-4,52 (m, 1 H) 4,57-4,66 (m, 2 H) 5,16-5,24 (m, 1 H) 5,49-5,68, (m, 2 H) 6,62 (s, 1 H) 6,81 (s, 2 H) 7,49-7,57 (m, 2 H) 7,76-7,87 (m, 3 H) 8,39-8,49 (m, 2 H)[1106] 1H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.97-1.09 (m, 12 H) 1.24-1.41 (m, 5 H) 1.47 (d, J=7 .15 Hz, 3 H) 1.55-1.71 (m, 6 H) 1.92 (d, J=1.13 Hz, 3 H) 1.98-2.15 (m, 2 H) 2 .27-2.36 (m, 2H) 2.46-2.53 (m, 1H) 2.60-2.71 (m, 2H) 3.06-3.13 (m, 3H ) 3.35-3.38 (m, 1 H) 3.41-3.58 (m, 6 H) 3.62-3.76 (m, 2 H) 3.80-3.88 (m, 1 H) 4.08-4.19 (m, 3 H) 4.43-4.52 (m, 1 H) 4.57-4.66 (m, 2 H) 5.16-5.24 ( m, 1 H) 5.49-5.68, (m, 2 H) 6.62 (s, 1 H) 6.81 (s, 2 H) 7.49-7.57 (m, 2 H) 7.76-7.87(m, 3H) 8.39-8.49(m, 2H)
1.5.1.5 ADL5-D301.5.1.5 ADL5-D30
[1107] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D30. Полезную нагрузку D30 синтезировали с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992, которая включена в данный документ посредством ссылки. [1107] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D30. The D30 payload was synthesized using the procedures outlined in International Patent Application No. PCT/US2019/026992, which is incorporated herein by reference .
[1108] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-(диметиламино)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (16 мг, 0,016 ммоль, выход 51,4%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1027,50 [M+H]+ [1108]
[1109] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d 4 ) d ppm 0,95-1,07 (m, 13 H) 1,31-1,42 (m, 2 H) 1,44-1,50 (m, 3 H) 1,63-1,71 (m, 2 H) 1,84-1,92 (m, 3H) 1,98-2,14 (m, 2 H) 2,47-2,56 (m, 1 H) 2,60-2,67 (m, 2 H) 2,93 (s, 6 H) 3,03-3,09 (m, 3 H) 3,37 (s, 4 H) 3,47-3,56 (m, 2 H) 3,63-3,75 (m, 2 H) 3,79-3,88 (m, 1 H) 3,92-3,98 (m, 1 H) 4,08-4,19 (m, 2 H) 4,21-4,27 (m, 1 H) 4,37-4,44 (m, 2 H) 4,45-4,54 (m, 1 H) 4,57-4,62 (m, 2H) 4,91-4,94 (m, 2 H) 5,15-5,20 (m, 1 H) 5,47-5,55 (m, 1 H) 5,56-5,65 (m, 1 H) 6,58 (s, 1 H) 6,67 (d, J=1,51 Гц, 3 H) 7,15-7,24 (m, 1 H), 7,28-7,36 (m, 2 H) 7,38-7,45 (m, 2 H) 7,47-7,54 (m, 2 H) 7,64-7,73 (m, 2 H) 7,75-7,85 (m, 4 H)[1109] 1H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4 ) d ppm 0.95-1.07 (m, 13 H) 1.31-1.42 (m, 2 H) 1.44-1.50 ( m, 3H) 1.63-1.71 (m, 2H) 1.84-1.92 (m, 3H) 1.98-2.14 (m, 2H) 2.47-2.56 (m, 1H) 2.60-2.67 (m, 2H) 2.93 (s, 6H) 3.03-3.09 (m, 3H) 3.37 (s, 4H) 3.47-3.56 (m, 2 H) 3.63-3.75 (m, 2 H) 3.79-3.88 (m, 1 H) 3.92-3.98 (m, 1 H) 4.08-4.19 (m, 2 H) 4.21-4.27 (m, 1 H) 4.37-4.44 (m, 2 H) 4.45-4.54 (m , 1 H) 4.57-4.62 (m, 2H) 4.91-4.94 (m, 2 H) 5.15-5.20 (m, 1 H) 5.47-5.55 ( m, 1 H) 5.56-5.65 (m, 1 H) 6.58 (s, 1 H) 6.67 (d, J=1.51 Hz, 3 H) 7.15-7.24 (m, 1 H), 7.28-7.36 (m, 2 H) 7.38-7.45 (m, 2 H) 7.47-7.54 (m, 2 H) 7.64- 7.73(m, 2H) 7.75-7.85(m, 4H)
[1110] Стадия 2. 4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(5-Хлорпиридин-3-ил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-1-метилпиперазин-1-ий (6,2 мг, выход 42,5%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 990,34 [M+H].[1110]
[1111] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,88 (d, J=6,65 Гц, 12 H) 1,16-1,30 (m, 4 H) 1,32-1,38 (m, 3 H) 1,43-1,58 (m, 6 H) 1,75-1,80, (m, 3 H) 1,84-1,92 (m, 1 H) 1,93-2,02 (m, 1 H) 2,14-2,21 (m, 2 H) 2,35-2,42 (m, 1 H) 2,48-2,57 (m, 2 H) 2,82 (s, 6 H) 2,94-3,02 (m, 3 H), 3,27-3,32 (m, 1 H) 3,35-3,45 (m, 4 H) 3,50-3,64 (m, 2 H) 3,68-3,76 (m, 1 H) 3,97-4,07 (m, 3 H) 4,31-4,40 (m, 1 H) 4,47-4,53 (m, 2 H) 5,03- 5,09 (m, 1 H) 5,35-5,44 (m, 1 H) 5,45-5,55 (m, 1 H) 6,42-6,50 (m, 1 H) 6,51-6,62 (m, 3 H) 6,69 (s, 2 H) 7,03-7,12 (m, 1 H) 7,38-7,44 (m, 2H) 7,66-7,75 (m, 2 H) 8,42-8,47 (m, 1 H).[1111] 1H NMR (400 MHz, METHANOL-d4) d ppm 0.88 (d, J=6.65 Hz, 12 H) 1.16-1.30 (m, 4 H) 1.32-1, 38 (m, 3H) 1.43-1.58 (m, 6H) 1.75-1.80, (m, 3H) 1.84-1.92 (m, 1H) 1.93 -2.02 (m, 1 H) 2.14-2.21 (m, 2 H) 2.35-2.42 (m, 1 H) 2.48-2.57 (m, 2 H) 2 .82 (s, 6 H) 2.94-3.02 (m, 3 H), 3.27-3.32 (m, 1 H) 3.35-3.45 (m, 4 H) 3, 50-3.64 (m, 2 H) 3.68-3.76 (m, 1 H) 3.97-4.07 (m, 3 H) 4.31-4.40 (m, 1 H) 4.47-4.53 (m, 2 H) 5.03-5.09 (m, 1 H) 5.35-5.44 (m, 1 H) 5.45-5.55 (m, 1 H) 6.42-6.50 (m, 1 H) 6.51-6.62 (m, 3 H) 6.69 (s, 2 H) 7.03-7.12 (m, 1 H) 7.38-7.44(m, 2H) 7.66-7.75(m, 2H) 8.42-8.47(m, 1H).
1.5.1.5 ADL5-D271.5.1.5 ADL5-D27
[1112] Общую процедуру, указанную выше (раздел 1.5.1), использовали для синтеза ADL5-D27. Полезную нагрузку D27 синтезировали с применением процедур, указанных в международной заявке на патент № PCT/US2019/026992, которая включена в данный документ посредством ссылки.[1112] The general procedure above (section 1.5.1) was used to synthesize ADL5-D27. The D27 payload was synthesized using the procedures outlined in International Patent Application No. PCT/US2019/026992, which is incorporated herein by reference.
[1113] Стадия 1. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-((1-метил-1H-пиразол-4-ил)сульфонил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (25,2 мг, 0,020 ммоль, выход 83%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1230,54 [M+H]+ [1113]
Стадия 2. 1-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-((1-метил-1H-пиразол-4-ил)сульфонил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ий (5,2 мг, 4,33 мкмоль, выход 21,13%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1201,68 [M+H]+
[1114] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d 4 ) d ppm 0,87 (d, J=6,78 Гц, 12 H) 1,13-1,29 (m, 4 H) 1,31-1,38 (m, 3 H) 1,43-1,59 (m, 6 H) 1,71-1,79, (m, 3 H) 1,83-2,02 (m, 2 H) 2,14-2,21 (m, 2 H) 2,34-2,41 (m, 1 H) 2,56 (s, 8 H) 2,94-3,01 (m, 3 H) 3,12-3,18 (m, 8 H) 3,28-3,45 (m, 5 H), 3,48-3,63 (m, 2 H) 3,70 (s, 4 H) 3,97-4,07 (m, 3 H) 4,29-4,41 (m, 1 H) 4,49 (s, 2 H) 4,98-5,06 (m, 1 H) 5,34-5,54 (m, 2 H) 6,37-6,45 (m, 2H) 6,51 (s, 2 H) 6,69 (s, 2 H) 7,37-7,43 (m, 2 H) 7,63-7,73 (m, 4 H)[1114] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4 ) d ppm 0.87 (d, J=6.78 Hz, 12 H) 1.13-1.29 (m, 4 H) 1.31- 1.38 (m, 3 H) 1.43-1.59 (m, 6 H) 1.71-1.79, (m, 3 H) 1.83-2.02 (m, 2 H) 2 .14-2.21 (m, 2 H) 2.34-2.41 (m, 1 H) 2.56 (s, 8 H) 2.94-3.01 (m, 3 H) 3.12 -3.18 (m, 8 H) 3.28-3.45 (m, 5 H), 3.48-3.63 (m, 2 H) 3.70 (s, 4 H) 3.97- 4.07 (m, 3 H) 4.29-4.41 (m, 1 H) 4.49 (s, 2 H) 4.98-5.06 (m, 1 H) 5.34-5, 54 (m, 2H) 6.37-6.45 (m, 2H) 6.51 (s, 2H) 6.69 (s, 2H) 7.37-7.43 (m, 2H) 7.63-7.73(m, 4H)
1.5.1.6 ADL10-D11.5.1.6 ADL10-D1
[1115] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (0,012 г, 0,019 ммоль), 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (0,012 г, 0,038 ммоль) и DCM (0,188 мл, 0,019 ммоль) объединяли и перемешивали в течение ночи. Смесь непосредственно загружали на колонку с силикагелем и хроматографировали с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексаноил)пиперазин-1-карбоксилата (8,4 мг, 10,12 мкмоль, выход 53,7%). LC/MS [M+Na] 853,5.[1115] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2S,3S)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-ylpiperazin-1-carboxylate (0.012 g, 0.019 mmol), 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl) hexanoate (0.012 g, 0.038 mmol) and DCM (0.188 ml, 0.019 mmol) were combined and stirred overnight. The mixture was directly loaded onto a silica gel column and chromatographed to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R, 3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7- dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoyl)piperazine-1-carboxylate (8, 4 mg, 10.12 µmol, 53.7% yield. LC/MS [M+Na] 853.5.
[1116] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,89 (s, 9 H) 1,21-1,39 (m, 9 H) 1,41-1,56 (m, 5 H) 1,57-1,71 (m, 6 H) 1,69-1,71 (m, 1 H) 1,79, (d, J=0,88 Гц, 3 H) 1,82-1,90 (m, 1 H) 2,34-2,43 (m, 1 H) 2,41-2,41 (m, 1 H) 2,46-2,63 (m, 3 H) 2,65-2,68 (m, 2 H) 2,68 (s, 3 H) 2,86-2,92 (m, 1 H) 3,33 (s, 3 H) 3,51 (br d, J=7,03 Гц, 6 H) 3,54-3,60 (m, 5 H) 3,77-3,88 (m, 1 H) 5,06 (s, 2 H) 5,53-5,63 (m, 1 H) 5,70-5,80 (m, 1 H), 5,83-5,94 (m, 1 H) 6,08-6,19 (m, 1 H) 6,47-6,59 (m, 1 H) 6,80 (s, 2 H).[1116] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.89 (s, 9 H) 1.21-1.39 (m, 9 H) 1.41-1.56 (m , 5 H) 1.57-1.71 (m, 6 H) 1.69-1.71 (m, 1 H) 1.79, (d, J=0.88 Hz, 3 H) 1.82 -1.90 (m, 1 H) 2.34-2.43 (m, 1 H) 2.41-2.41 (m, 1 H) 2.46-2.63 (m, 3 H) 2 .65-2.68 (m, 2 H) 2.68 (s, 3 H) 2.86-2.92 (m, 1 H) 3.33 (s, 3 H) 3.51 (br d, J=7.03Hz, 6H) 3.54-3.60 (m, 5H) 3.77-3.88 (m, 1H) 5.06 (s, 2H) 5.53-5 .63 (m, 1 H) 5.70-5.80 (m, 1 H), 5.83-5.94 (m, 1 H) 6.08-6.19 (m, 1 H) 6, 47-6.59 (m, 1H) 6.80 (s, 2H).
1.6 Получение ADL12-D1, ADL14-D1 и ADL15-D11.6 Obtaining ADL12-D1, ADL14-D1 and ADL15-D1
1.6.1 Краткое описание. Общая процедура 11.6.1 Brief description.
Схема 7Scheme 7
[1117] Стадия 1 для ADL12-D1. К перемешиваемому раствору 1-(6-гидроксигексил)-1H-пиррол-2,5-диона (0,200 г, 1,014 ммоль) в DCM (20,28 мл, 1,014 ммоль) добавляли PDC (3,81 г, 10,14 ммоль) и уксусную кислоту (0,1 мл). Реакционную смесь перемешивали в течение 3 часов при к. т. Затем реакционную смесь фильтровали через подушку из силикагеля и концентрировали до сухого состояния с получением 6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанaля (40 мг, 0,205 ммоль, выход 20,21%). [1117]
[1118] Стадия 1 для ADL14-D1 и ADL15-D1. К перемешиваемому раствору малеимидного спирта (1,0 экв.) в DCM (0,05 M) добавляли предварительно активированный порошкообразный MS-4A, 2,6 мг на 1 мг спирта, N-метилморфолин-N-оксид (1,2 экв.) и TPAP (0,1 экв.) в данном порядке. Реакционную смесь перемешивали в течение 60 мин. при к. т. Затем реакционную смесь фильтровали через подушку из силикагеля и концентрировали до сухого состояния. Неочищенный продукт затем переносили на следующую стадию (стадия 2).[1118]
[1119] Стадия 2. Смешивали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илпиперазин-1-карбоксилат (1,0 экв.), 2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)ацетальдегид (2,0-3,0 экв.), DCM (0,1 M), триацетоксиборогидрид натрия (3,0 экв.) и перемешивали в течение 10 мин. Затем реакционную смесь непосредственно загружали на колонку с силикагелем и хроматографировали с получением требуемой конструкции линкер-полезная нагрузка.[1119]
1.6.1.1 ADL12-D11.6.1.1 ADL12-D1
[1120] Линкер-полезная нагрузка (ADL12-D1). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)пиперазин-1-карбоксилата (41 мг, 0,050 ммоль, выход 80%). LC/MS [M+]+ 816,75.[1120] Linker Payload (ADL12-D1) . The general procedure in section 1.6.1 was used to synthesize (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3, 7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)piperazin-1-carboxylate ( 41 mg, 0.050 mmol, 80% yield. LC/MS [M+] + 816.75.
[1121] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,86-0,98 (m, 9 H) 1,20-1,23 (m, 3 H) 1,23-1,40 (m, 8 H) 1,41-1,70 (m, 12 H) 1,79 (d, J=0,63 Гц, 3 H) 1,83-1,91 (m, 1 H) 2,33-2,40 (m, 2 H) 2,43 (br t, J=4,77 Гц, 4 H) 2,48-2,64 (m, 3 H) 2,65-2,69 (m, 1 H) 2,87-2,92 (m, 1 H) 3,32 (s, 3 H) 3,41-3,60 (m, 7 H) 3,79-3,87 (m, 1 H) 5,04 (dd, J=19,39, 10,23 Гц, 2 H) 5,57 (dd, J=15,18, 9,79 Гц, 1 H) 5,69-5,79 (m, 1 H) 5,87 (d, J=15,31 Гц, 1 H) 6,11-6,17 (m, 1 H) 6,49-6,58 (m, 1 H) 6,80 (s, 2 H).[1121] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.86-0.98 (m, 9 H) 1.20-1.23 (m, 3 H) 1.23-1 .40 (m, 8 H) 1.41-1.70 (m, 12 H) 1.79 (d, J=0.63 Hz, 3 H) 1.83-1.91 (m, 1 H) 2.33-2.40 (m, 2 H) 2.43 (br t, J=4.77 Hz, 4 H) 2.48-2.64 (m, 3 H) 2.65-2.69 (m, 1 H) 2.87-2.92 (m, 1 H) 3.32 (s, 3 H) 3.41-3.60 (m, 7 H) 3.79-3.87 (m , 1 H) 5.04 (dd, J=19.39, 10.23 Hz, 2 H) 5.57 (dd, J=15.18, 9.79 Hz, 1 H) 5.69-5, 79 (m, 1 H) 5.87 (d, J=15.31 Hz, 1 H) 6.11-6.17 (m, 1 H) 6.49-6.58 (m, 1 H) 6 .80 (s, 2H).
1.6.1.X ADL12-D281.6.1.X ADL12-D28
[1122] Линкер-полезная нагрузка (ADL12-D28). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-фтор-5-(4-((1-метил-1H-пиразол-4-ил)сульфонил)пиперазин-1-ил)фенил)проп-1-ен-2-ил)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)пиперазин-1-карбоксилата (2,3 мг, 30,7%). LC/MS [M+]+ 897,32.[1122] Linker Payload (ADL12-D28). The general procedure given in section 1.6.1 was used to synthesize (2S,3S,6R,7S,10R, E)-2-((E)-1-(3-fluoro-5-(4-((1- methyl-1H-pyrazol-4-yl)sulfonyl)piperazin-1-yl)phenyl)prop-1-en-2-yl)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6 -yl-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)piperazine-1-carboxylate (2.3 mg, 30.7%). LC/MS [M+] + 897.32.
[1123] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d 4 ) δ ppm 0,85-0,93 (m, 6 H) 1,16-1,34 (m, 6 H) 1,37-1,58 (m, 6 H) 1,72-1,77 (m, 3 H) 1,80-1,88 (m, 1 H), 2,23-2,41 (m, 7 H) 2,47-2,57 (m, 2 H) 3,08-3,19 (m, 9 H) 3,33-3,42 (m, 5 H) 3,70 (s, 4 H) 4,67-4,72 (m, 1 H) 4,98-5,07 (m, 1 H) 5,33-5,50 (m, 2 H) 6,36-6,43 (m, 2 H) 6,44-6,53 (m, 2 H) 6,70 (s, 2 H) 7,62-7,69 (m, 2 H)[1123] 1 H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4 ) δ ppm 0.85-0.93 (m, 6 H) 1.16-1.34 (m, 6 H) 1.37-1.58 (m, 6 H) 1.72-1.77 (m, 3 H) 1.80-1.88 (m, 1 H), 2.23-2.41 (m, 7 H) 2.47- 2.57 (m, 2 H) 3.08-3.19 (m, 9 H) 3.33-3.42 (m, 5 H) 3.70 (s, 4 H) 4.67-4, 72 (m, 1 H) 4.98-5.07 (m, 1 H) 5.33-5.50 (m, 2 H) 6.36-6.43 (m, 2 H) 6.44- 6.53(m, 2H) 6.70(s, 2H) 7.62-7.69(m, 2H)
1.6.1.X ADL12-D351.6.1.X ADL12-D35
[1124] Линкер-полезная нагрузка (ADL12-D35). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза (2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-гидрокси-3,7-диметил-12-оксо-2-((E)-1-(3-(пирролидин-1-илсульфонил)фенил)проп-1-ен-2-ил)оксациклододец-4-ен-6-ил-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)пиперазин-1-карбоксилата (4,0 мг, 5,11 мкмоль, выход 28,8%). LC/MS [M+H]+ 783,5.[1124] Linker Payload (ADL12-D35) . The general procedure in section 1.6.1 was used to synthesize (2S,3S,6R,7S,10R, E)-10-hydroxy-3,7-dimethyl-12-oxo-2-((E)-1- (3-(pyrrolidin-1-ylsulfonyl)phenyl)prop-1-en-2-yl)oxacyclododec-4-en-6-yl-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro- 1H-pyrrol-1-yl)hexyl)piperazine-1-carboxylate (4.0 mg, 5.11 µmol, 28.8% yield). LC/MS [M+H] + 783.5.
[1125] 1H ЯМР (400 МГц, МЕТАНОЛ-d4) d ppm 0,91 (dd, J=6,78, 2,51 Гц, 6 H) 1,17-1,33 (m, 6 H) 1,38-1,59 (m, 6 H) 1,65 (s, 4 H) 1,80 (s, 3 H), 1,82-1,91 (m, 1 H) 2,23-2,41 (m, 7 H) 2,49-2,61 (m, 2 H) 3,14 (s, 4 H) 3,38 (br d, J=7,15 Гц, 6 H) 3,67-3,76 (m, 1 H) 4,68-4,73 (m, 1 H) 5,03-5,11 (m, 1 H) 5,34-5,52 (m, 2 H) 6,55-6,62 (m, 1 H) 6,70 (s, 2 H) 7,46-7,54 (m, 2 H) 7,58-7,65 (m, 2 H)[1125] 1H NMR (400 MHz, METHANOL- d 4) d ppm 0.91 (dd, J =6.78, 2.51 Hz, 6 H) 1.17-1.33 (m, 6 H) 1 .38-1.59 (m, 6 H) 1.65 (s, 4 H) 1.80 (s, 3 H), 1.82-1.91 (m, 1 H) 2.23-2, 41 (m, 7 H) 2.49-2.61 (m, 2 H) 3.14 (s, 4 H) 3.38 (br d, J =7.15 Hz, 6 H) 3.67- 3.76 (m, 1 H) 4.68-4.73 (m, 1 H) 5.03-5.11 (m, 1 H) 5.34-5.52 (m, 2 H) 6, 55-6.62 (m, 1H) 6.70 (s, 2H) 7.46-7.54 (m, 2H) 7.58-7.65 (m, 2H)
1.6.1.X ADL12-D22 (R)1.6.1.X ADL12-D22(R)
[1126] Линкер-полезная нагрузка (ADL12-D28). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза 3-((R)-1-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановой кислоты (3,2 мг, 3,60 мкмоль, выход 15,39%). LC/MS [M+]+ 888,5.[1126] Linker Payload (ADL12-D28). The general procedure given in Section 1.6.1 was used to synthesize 3-((R)-1-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)-4 -((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-(( 2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4 -en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (3.2 mg, 3.60 µmol, 15.39% yield). LC/MS [M+] + 888.5.
1.6.1.X ADL12-D22 (S)1.6.1.X ADL12-D22(S)
[1127] Линкер-полезная нагрузка (ADL12-D28). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза 3-((S)-1-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановой кислоты (3,6 мг, 3,60 мкмоль, выход 28,7%). LC/MS [M+]+ 888,56.[1127] Linker Payload (ADL12-D28). The general procedure given in Section 1.6.1 was used to synthesize 3-((S)-1-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)-4 -((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-(( 2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4 -en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (3.6 mg, 3.60 μmol, 28.7% yield). LC/MS [M+] + 888.56.
1.6.1.2 ADL14-D11.6.1.2 ADL14-D1
[1128] Линкер-полезная нагрузка (ADL14-D1). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этил)пиперазин-1-карбоксилата (8 мг, 10,53 ммоль, выход 33,5%). LC/MS [M+H] 760,3.[1128] Linker Payload (ADL14-D1) . The general procedure in section 1.6.1 was used to synthesize (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3, 7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethyl)piperazin-1-carboxylate ( 8 mg, 10.53 mmol, 33.5% yield. LC/MS [M+H] 760.3.
[1129] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,85-1,01 (m, 9 H), 1,17-1,33 (m, 5 H), 1,36 (s, 3 H), 1,41-1,71 (m, 7 H), 1,80 (s, 3 H), 1,83-1,95 (m, 1 H), 2,48 (br s, 10 H), 2,89-2,98 (m, 1 H), 3,40-3,57 (m, 5 H), 3,61-3,72 (m, 2 H), 3,78-3,91 (m, 1 H), 4,98-5,14 (m, 2 H), 5,50-5,52 (m, 1 H), 5,52-5,65 (m, 1 H), 5,69-5,82 (m, 1 H), 5,86-5,96 (m, 1 H), 6,09-6,21 (m, 1 H), 6,47-6,60 (m, 1 H), 6,79-6,90 (m, 2 H).[1129] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.85-1.01 (m, 9 H), 1.17-1.33 (m, 5 H), 1.36 (s, 3H), 1.41-1.71(m, 7H), 1.80(s, 3H), 1.83-1.95(m, 1H), 2.48(br s, 10 H), 2.89-2.98 (m, 1 H), 3.40-3.57 (m, 5 H), 3.61-3.72 (m, 2 H), 3, 78-3.91(m, 1H), 4.98-5.14(m, 2H), 5.50-5.52(m, 1H), 5.52-5.65(m, 1 H), 5.69-5.82 (m, 1 H), 5.86-5.96 (m, 1 H), 6.09-6.21 (m, 1 H), 6.47- 6.60 (m, 1 H), 6.79-6.90 (m, 2 H).
1.6.1.3 ADL15-D11.6.1.3 ADL15-D1
[1130] Линкер-полезная нагрузка (ADL15-D1). Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси)этил)пиперазин-1-карбоксилата (7 мг, 8,71 мкмоль, выход 23,10%). LC/MS [M=+H] 804,1.[1130] Linker Payload (ADL15-D1) . The general procedure in section 1.6.1 was used to synthesize (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-(( 2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3, 7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethoxy)ethyl)piperazine -1-carboxylate (7 mg, 8.71 µmol, 23.10% yield). LC/MS [M=+H] 804.1.
[1131] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,85-1,02 (m, 9 H), 1,18-1,32 (m, 4 H), 1,36 (s, 3 H), 1,40-1,72 (m, 7 H), 1,78-1,83 (m, 3 H), 1,85-1,93 (m, 1 H), 2,42-2,65 (m, 9 H), 2,67-2,73 (m, 1 H), 2,89-2,96 (m, 1 H), 3,37 (s, 5 H), 3,41-3,58 (m, 5 H), 3,59-3,67 (m, 4 H), 3,68-3,75 (m, 2 H), 3,81-3,89 (m, 1 H), 4,94-5,15 (m, 2 H), 5,61 (br d, J=10,04 Гц, 1 H), 5,69-5,82 (m, 1 H), 5,89 (br d, J=15,18 Гц, 1 H), 6,16 (br d, J=10,92 Гц, 1 H), 6,56 (br s, 1 H), 6,77-6,91 (m, 2 H).[1131] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.85-1.02 (m, 9 H), 1.18-1.32 (m, 4 H), 1.36 (s, 3 H), 1.40-1.72 (m, 7 H), 1.78-1.83 (m, 3 H), 1.85-1.93 (m, 1 H), 2 .42-2.65(m, 9H), 2.67-2.73(m, 1H), 2.89-2.96(m, 1H), 3.37(s, 5H) , 3.41-3.58 (m, 5 H), 3.59-3.67 (m, 4 H), 3.68-3.75 (m, 2 H), 3.81-3.89 (m, 1 H), 4.94-5.15 (m, 2 H), 5.61 (br d, J=10.04 Hz, 1 H), 5.69-5.82 (m, 1 H), 5.89 (br d, J=15.18 Hz, 1 H), 6.16 (br d, J=10.92 Hz, 1 H), 6.56 (br s, 1 H), 6.77-6.91(m, 2H).
1.7 ADL12-D21.7 ADL12-D2
[1132] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)пиперазин-1-карбоксилат (26 мг, 0,032 ммоль), ацетонитрил (319 мкл, 0,032 ммоль), йодметан (19,92 мкл, 0,319 ммоль) объединяли и перемешивали в течение ночи. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния и хроматографировали (0-30% MeOH в DCM) с получением 1-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-метилпиперазин-1-ия (14 мг, 0,017 ммоль, выход 52,9%). LC/MS [M+] 831,6.[1132] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2S,3S)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-yl-4-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)piperazin-1-carboxylate (26 mg, 0.032 mmol), acetonitrile (319 μl, 0.032 mmol), iodomethane (19.92 μl, 0.319 mmol) were combined and stirred overnight. The reaction mixture was concentrated to dryness and chromatographed (0-30% MeOH in DCM) to give 1-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)-4- ((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-yl)oxy)carbonyl)-1-methylpiperazin-1-ium (14 mg, 0.017 mmol, 52.9% yield). LC/MS [M+] 831.6.
[1133] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,86-0,98 (m, 9 H) 1,26 (s, 4 H) 1,36 (s, 3 H) 1,40-1,58 (m, 9 H) 1,60-1,71 (m, 4 H) 1,80 (d, J=0,88 Гц, 4 H) 1,85-1,91 (m, 1 H) 1,87-1,88 (m, 1 H) 2,48-2,63 (m, 3 H) 2,65-2,72 (m, 1 H) 2,88-2,94 (m, 1 H) 3,18 (s, 3 H) 3,34-3,41 (m, 3 H) 3,53 (s, 10 H) 3,73-3,90 (m, 3 H) 3,90-4,06 (m, 2 H) 5,02-5,11 (m, 2 H) 5,56-5,66 (m, 1 H) 5,70-5,81 (m, 1 H) 5,84-5,94 (m, 1 H) 6,11-6,20 (m, 1 H) 6,50-6,60 (m, 1 H) 6,83 (s, 2 H).[1133] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH-d4): δ ppm 0.86-0.98 (m, 9 H) 1.26 (s, 4 H) 1.36 (s, 3 H) 1 .40-1.58 (m, 9 H) 1.60-1.71 (m, 4 H) 1.80 (d, J=0.88 Hz, 4 H) 1.85-1.91 (m , 1 H) 1.87-1.88 (m, 1 H) 2.48-2.63 (m, 3 H) 2.65-2.72 (m, 1 H) 2.88-2.94 (m, 1H) 3.18 (s, 3H) 3.34-3.41 (m, 3H) 3.53 (s, 10H) 3.73-3.90 (m, 3H) 3.90-4.06 (m, 2 H) 5.02-5.11 (m, 2 H) 5.56-5.66 (m, 1 H) 5.70-5.81 (m, 1 H) 5.84-5.94 (m, 1 H) 6.11-6.20 (m, 1 H) 6.50-6.60 (m, 1 H) 6.83 (s, 2 H) .
1.8 ADL15-D21.8 ADL15-D2
[1134] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2S,3S)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси)этил)пиперазин-1-карбоксилат (6 мг, 7,463 мкмоль), йодметан (0,467 мкл, 7,463 мкмоль) и ацетонитрил (0,390 мкл, 7,463 мкмоль) объединяли и перемешивали при к. т. Реакционную смесь концентрировали до сухого состояния с получением (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(2-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси)этил)-4-метил-4l4-пиперазин-1-карбоксилата (6 мг, 7,33 мкмоль, выход 98%). LC/MS [M+]+ 819,28.[1134] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2S,3S)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-yl-4-(2-(2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethoxy)ethyl)piperazine-1-carboxylate (6 mg, 7.463 µmol ), iodomethane (0.467 µl, 7.463 µmol) and acetonitrile (0.390 µl, 7.463 µmol) were combined and stirred at rt. The reaction mixture was concentrated to dryness to give (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10 -hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl) -6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(2-(2-(2.5 -dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)ethoxy)ethyl)-4-methyl-4l4-piperazine-1-carboxylate (6 mg, 7.33 µmol, 98% yield). LC/MS [M+] + 819.28.
[1135] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,74-0,88 (m, 9 H) 1,18 (br d, J=4,27 Гц, 5 H) 1,23-1,27 (m, 3 H) 1,28-1,49 (m, 5 H) 1,51-1,61 (m, 2 H) 1,66-1,71 (m, 3 H) 1,73-1,80 (m, 1 H) 2,36-2,53 (m, 3 H) 2,55-2,60 (m, 1 H) 2,78-2,83 (m, 1 H) 3,10-3,14 (m, 3 H) 3,23-3,25 (m, 3 H) 3,32-3,51 (m, 5 H) 3,52-3,67 (m, 6 H) 3,67-3,87 (m, 7 H) 4,93-5,01 (m, 2 H) 5,44-5,55 (m, 1 H) 5,61-5,70 (m, 1 H) 6,00-6,07 (m, 1 H) 6,38-6,48 (m, 1 H) 6,75 (s, 2 H).[1135] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4): δ ppm 0.74-0.88 (m, 9 H) 1.18 (br d, J =4.27 Hz, 5 H) 1 .23-1.27 (m, 3 H) 1.28-1.49 (m, 5 H) 1.51-1.61 (m, 2 H) 1.66-1.71 (m, 3 H) ) 1.73-1.80 (m, 1 H) 2.36-2.53 (m, 3 H) 2.55-2.60 (m, 1 H) 2.78-2.83 (m, 1 H) 3.10-3.14 (m, 3 H) 3.23-3.25 (m, 3 H) 3.32-3.51 (m, 5 H) 3.52-3.67 ( m, 6 H) 3.67-3.87 (m, 7 H) 4.93-5.01 (m, 2 H) 5.44-5.55 (m, 1 H) 5.61-5, 70 (m, 1 H) 6.00-6.07 (m, 1 H) 6.38-6.48 (m, 1 H) 6.75 (s, 2 H).
1.9 ADL5-D251.9 ADL5-D25
Схема 8Scheme 8
Стадия 1. D1 (40 мг, 0,063 ммоль) растворяли в N, N-диметилформамиде (730 мкл, 9,422 ммоль) и добавляли метилбромбутарат (23,69 мкл, 0,188 ммоль) с последующим добавлением
триэтиламина (35,0 мкл, 0,251 ммоль). Раствор перемешивали при к. т. в течение 2 дней. Растворитель выпаривали. С помощью очистки посредством колоночной хроматографии получали (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(4-метокси-4-оксобутил)пиперазин-1-карбоксилат (51 мг, 0,069 ммоль, выход ~100%) в виде бесцветного масла. LC/MS (ESI, масса/заряд), 737,4 [M+H]+. triethylamine (35.0 µl, 0.251 mmol). The solution was stirred at room temperature for 2 days. The solvent was evaporated. Purification by column chromatography gave (2S,3S,6S,7R,10R,E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3 -((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12- oxooxacyclododec-4-en-6-yl-4-(4-methoxy-4-oxobutyl)piperazine-1-carboxylate (51 mg, 0.069 mmol, ~100% yield) as a colorless oil. LC/MS (ESI, mass/charge), 737.4 [M+H] + .
[1136] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,76-0,86 (m, 9 H), 1,12 (s, 3 H), 1,14-1,19 (m, 1 H), 1,24 (s, 3 H), 1,34-1,50 (m, 5 H), 1,52-1,60 (m, 1 H), 1,69 (s, 6 H), 2,27 (s, 8 H), 2,37-2,49 (m, 3 H), 2,54-2,61 (m, 1 H), 2,77-2,83 (m, 1 H), 3,35-3,47 (m, 5 H), 3,56 (s, 3 H), 3,67-3,76 (m, 1 H), 4,46 (s, 3 H), 4,89-5,00 (m, 3 H), 5,42-5,52 (m, 1 H), 5,57-5,70 (m, 1 H), 5,73-5,81 (m, 1 H), 5,98-6,08 (m, 1 H), 6,43 (dd, J=15,25, 10,98 Гц, 1 H).[1136] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.76-0.86 (m, 9 H), 1.12 (s, 3 H), 1.14-1.19 (m, 1 H), 1.24 (s, 3 H), 1.34-1.50 (m, 5 H), 1.52-1.60 (m, 1 H), 1.69 (s , 6 H), 2.27 (s, 8 H), 2.37-2.49 (m, 3 H), 2.54-2.61 (m, 1 H), 2.77-2.83 (m, 1 H), 3.35-3.47 (m, 5 H), 3.56 (s, 3 H), 3.67-3.76 (m, 1 H), 4.46 (s , 3 H), 4.89-5.00 (m, 3 H), 5.42-5.52 (m, 1 H), 5.57-5.70 (m, 1 H), 5.73 -5.81 (m, 1 H), 5.98-6.08 (m, 1 H), 6.43 (dd, J =15.25, 10.98 Hz, 1 H).
[1137] Стадия 2. Суспендировали Fmoc-Val-Ala-PAB-бромид (88 мг, 0,152 ммоль) и (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-4-(4-метокси-4-оксобутил)пиперазин-1-карбоксилат (51 мг, 0,069 ммоль) в N, N-диметилформамиде (670 мкл, 8,651 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при к. т в течение ночи. Растворитель выпаривали. С помощью очистки посредством колоночной хроматографии получали 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-(4-метокси-4-оксобутил)пиперазин-1-ий (42 мг, 0,034 ммоль, выход 49,1%) в виде воскообразного твердого вещества. LC/MS (ESI, масса/заряд), 1235,4 [M]+. [1137]
[1138] Стадия 3. 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)-1-(4-метокси-4-оксобутил)пиперазин-1-ий (42 мг, 0,034 ммоль) растворяли в соотношении 5:2:1 в THF (600 мкл, 7,322 ммоль), MeOH (250 мкл, 6,179 ммоль), воде (125 мкл, 6,939 ммоль) и добавляли гидроксид лития (1,221 мг, 0,051 ммоль). Смесь перемешивали при к. т. в течение 1 часа. Смесь гасили уксусной кислотой (5,84 мкл, 0,102 ммоль) и растворитель выпаривали и очищали с помощью RP HPLC с получением 1-(4-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-1-(3-карбоксипропил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-1-ия в виде воскообразного твердого вещества (18,4 мг, 0,018 ммоль, выход 54,2%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 998,5 [M]+.[1138] Step 3 . 1-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-Fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)propanamido)benzyl)-4-( (((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R, 3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-ene -6-yl)oxy)carbonyl)-1-(4-methoxy-4-oxobutyl)piperazin-1-ium (42 mg, 0.034 mmol) was dissolved in a ratio of 5:2:1 in THF (600 μl, 7.322 mmol) , MeOH (250 µl, 6.179 mmol), water (125 µl, 6.939 mmol) and lithium hydroxide (1.221 mg, 0.051 mmol) was added. The mixture was stirred at RT for 1 hour. The mixture was quenched with acetic acid (5.84 μl, 0.102 mmol) and the solvent was evaporated and purified by RP HPLC to give 1-(4-((S)-2-((S)-2-amino-3-methylbutanamido)propanamido )benzyl)-1-(3-carboxypropyl)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy- 7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7- methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-1-ium as a waxy solid (18.4 mg, 0.018 mmol, 54.2% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 998.5 [M] + .
[1139] Стадия 4. 1-(4-((S)-2-((S)-2-Амино-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-1-(3-карбоксипропил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-1-ий (18,4 мг, 0,018 ммоль) растворяли в N, N-диметилформамиде (356 мкл, 4,603 ммоль) и добавляли 2,5-диоксопирролидин-1-ил-6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанoат (6,81 мг, 0,022 ммоль) с последующим добавлением основания Хунига (8,04 мкл, 0,046 ммоль). Реакционный раствор перемешивали при к. т. в течение 30 мин. Растворитель выпаривали и неочищенный остаток очищали посредством RP HPLC с получением (1-(3-карбоксипропил)-1-(4-((S)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)пропанамидо)бензил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-1-ия (8,8 мг, 7,38 мкмоль, выход 40,1%) в виде белого лиофилизированного твердого вещества. LC/MS (ESI, масса/заряд), 1191,5 [M]+. [1139] Step 4 . 1-(4-((S)-2-((S)-2-Amino-3-methylbutanamido)propanamido)benzyl)-1-(3-carboxypropyl)-4-((((2S,3S,6S, 7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2- yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl) piperazin-1-ium (18.4 mg, 0.018 mmol) was dissolved in N,N-dimethylformamide (356 μl, 4.603 mmol) and 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl-6-(2,5-dioxo-2 ,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanoate (6.81 mg, 0.022 mmol) followed by the addition of Hunig's base (8.04 μl, 0.046 mmol). The reaction solution was stirred at room temperature for 30 minutes. The solvent was evaporated and the crude residue was purified by RP HPLC to give (1-(3-carboxypropyl)-1-(4-((S)-2-((R)-2-(6-(2,5-dioxo-2 ,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)propanamido)benzyl)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2- ((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta- 2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-1-ium (8.8 mg, 7, 38 µmol, 40.1% yield as white lyophilized solid LC/MS (ESI, mass/charge), 1191.5 [M] + .
[1140] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,68-0,81 (m, 18 H), 0,98-1,07 (m, 4 H), 1,07-1,14 (m, 3 H), 1,16 (br d, J=3,89 Гц, 5 H), 1,22-1,33 (m, 8 H), 1,36-1,47 (m, 7 H), 1,62 (s, 3 H) 1,66-1,73 (m, 1 H), 1,83-1,92 (m, 5 H), 1,98-2,13 (m, 2 H), 2,26 (dt, J=3,54, 1,80 Гц, 1 H), 2,27-2,33 (m, 1 H), 2,47-2,51 (m, 2 H), 2,58-2,62 (m, 1 H), 2,66-2,72 (m, 1 H), 3,15 (s, 3 H) 3,45-3,58 (m, 3 H), 3,60-3,68 (m, 2 H) 3,77-3,86 (m, 2 H), 4,06-4,13 (m, 1 H), 4,27-4,37 (m, 2 H), 4,46-4,54 (m, 3 H), 4,72-4,78 (m, 1 H), 4,80-4,87 (m, 2 H), 5,32-5,48 (m, 1 H), 5,53-5,67 (m, 1 H), 5,73-5,86 (m, 1 H), 5,93-6,05 (m, 1 H), 6,16-6,26 (m, 1 H), 6,20 (s, 1 H), 6,23-6,41 (m, 1 H), 6,27-6,38 (m, 1 H), 6,93 (s, 2 H), 6,98-7,06 (m, 2 H), 7,43-7,50 (m, 2 H), 7,62-7,69 (m, 2 H), 7,74-7,80 (m, 1 H), 8,22-8,27 (m, 1 H), 8,44-8,49 (m, 4 H), 10,15-10,22 (m, 1 H).[1140] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.68-0.81 (m, 18 H), 0.98-1.07 (m, 4 H), 1.07 -1.14 (m, 3 H), 1.16 (br d, J =3.89 Hz, 5 H), 1.22-1.33 (m, 8 H), 1.36-1.47 (m, 7 H), 1.62 (s, 3 H) 1.66-1.73 (m, 1 H), 1.83-1.92 (m, 5 H), 1.98-2, 13 (m, 2 H), 2.26 (dt, J =3.54, 1.80 Hz, 1 H), 2.27-2.33 (m, 1 H), 2.47-2.51 (m, 2 H), 2.58-2.62 (m, 1 H), 2.66-2.72 (m, 1 H), 3.15 (s, 3 H) 3.45-3, 58 (m, 3 H), 3.60-3.68 (m, 2 H) 3.77-3.86 (m, 2 H), 4.06-4.13 (m, 1 H), 4 .27-4.37(m, 2H), 4.46-4.54(m, 3H), 4.72-4.78(m, 1H), 4.80-4.87(m , 2 H), 5.32-5.48 (m, 1 H), 5.53-5.67 (m, 1 H), 5.73-5.86 (m, 1 H), 5.93 -6.05(m, 1H), 6.16-6.26(m, 1H), 6.20(s, 1H), 6.23-6.41(m, 1H), 6 .27-6.38(m, 1H), 6.93(s, 2H), 6.98-7.06(m, 2H), 7.43-7.50(m, 2H) , 7.62-7.69(m, 2H), 7.74-7.80(m, 1H), 8.22-8.27(m, 1H), 8.44-8.49 (m, 4 H), 10.15-10.22 (m, 1 H).
1.10 ADL12-D20 и ADL12-D211.10 ADL12-D20 and ADL12-D21
[1141] Общую процедуру 1, указанную в разделе 1.2.1, использовали для синтеза D20.[1141] General procedure 1, specified in section 1.2.1, was used to synthesize D20.
[1142] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Метокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-илметил(2-(метиламино)этил)карбамат (43 мг, 0,044 ммоль, выход 90%) в виде бесцветного масла. LC/MS (ESI, масса/заряд), 981,4 [M+H]+. [1142] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Methoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl-6-((triethylsilyl)oxy) -7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2,4-dien-2-yl )-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-ylmethyl(2-(methylamino)ethyl)carbamate (43 mg, 0.044 mmol, 90% yield) as a colorless oil. LC/MS (ESI, mass/charge), 981.4 [M+H] + .
[1143] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,62-0,73 (m, 18 H), 0,82-0,93 (m, 9 H), 0,95-1,06 (m, 27 H), 1,24 (br s, 4 H), 1,45 (br s, 10 H), 1,78 (br s, 3 H), 1,92-2,00 (m, 1 H), 2,46 (br s, 4 H), 2,51-2,67 (m, 3 H), 2,76-2,84 (m, 2 H), 2,86-2,93 (m, 1 H), 2,93-3,02 (m, 3 H), 3,34-3,38 (m, 3 H), 3,43-3,49 (m, 2 H), 3,72-3,82 (m, 1 H), 3,93-4,04 (m, 1 H), 4,94-5,07 (m, 2 H), 5,53-5,64 (m, 1 H), 5,72-5,89 (m, 2 H), 6,07-6,21 (m, 1 H), 6,44-6,61 (m, 1 H).[1143] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.62-0.73 (m, 18 H), 0.82-0.93 (m, 9 H), 0.95 -1.06 (m, 27 H), 1.24 (br s, 4 H), 1.45 (br s, 10 H), 1.78 (br s, 3 H), 1.92-2, 00 (m, 1 H), 2.46 (br s, 4 H), 2.51-2.67 (m, 3 H), 2.76-2.84 (m, 2 H), 2.86 -2.93(m, 1H), 2.93-3.02(m, 3H), 3.34-3.38(m, 3H), 3.43-3.49(m, 2 H), 3.72-3.82 (m, 1 H), 3.93-4.04 (m, 1 H), 4.94-5.07 (m, 2 H), 5.53-5 .64 (m, 1 H), 5.72-5.89 (m, 2 H), 6.07-6.21 (m, 1 H), 6.44-6.61 (m, 1 H) .
D20D20
[1144] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-илметил(2-(метиламино)этил)карбамат (16,4 мг, 0,026 ммоль, выход 58,6%) в виде бесцветного масла. LC/MS (ESI, масса/заряд), 639,7 [M+H]+.[1144] (2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R ,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4- en-6-ylmethyl(2-(methylamino)ethyl)carbamate (16.4 mg, 0.026 mmol, 58.6% yield) as a colorless oil. LC/MS (ESI, mass/charge), 639.7 [M+H] + .
[1145] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,92 (br d, J=6,53 Гц, 9 H), 1,25 (br s, 4 H), 1,36 (s, 3 H), 1,41-1,74 (m, 6 H), 1,45-1,59 (m, 1 H), 1,64-1,72 (m, 1 H), 1,80 (s, 3 H), 1,85-1,94 (m, 1 H), 2,42 (s, 3 H), 2,50-2,63 (m, 3 H), 2,65-2,73 (m, 1 H), 2,73-2,80 (m, 2 H), 2,88-3,01 (m, 4 H), 3,35-3,38 (m, 3 H), 3,35-3,40 (m, 3 H), 3,41-3,48 (m, 2 H), 3,52-3,57 (m, 1 H), 3,78-3,89 (m, 1 H), 5,00-5,13 (m, 2 H), 5,53-5,64 (m, 1 H), 5,71-5,82 (m, 1 H), 5,84-5,94 (m, 1 H), 6,12-6,19 (m, 1 H), 6,49-6,61 (m, 1 H).[1145] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4): δ ppm 0.92 (br d, J = 6.53 Hz, 9 H), 1.25 (br s, 4 H), 1, 36 (s, 3 H), 1.41-1.74 (m, 6 H), 1.45-1.59 (m, 1 H), 1.64-1.72 (m, 1 H), 1.80 (s, 3 H), 1.85-1.94 (m, 1 H), 2.42 (s, 3 H), 2.50-2.63 (m, 3 H), 2, 65-2.73(m, 1H), 2.73-2.80(m, 2H), 2.88-3.01(m, 4H), 3.35-3.38(m, 3 H), 3.35-3.40 (m, 3 H), 3.41-3.48 (m, 2 H), 3.52-3.57 (m, 1 H), 3.78- 3.89(m, 1H), 5.00-5.13(m, 2H), 5.53-5.64(m, 1H), 5.71-5.82(m, 1H ), 5.84-5.94 (m, 1 H), 6.12-6.19 (m, 1 H), 6.49-6.61 (m, 1 H).
ADL12-D20.ADL12-D20.
[1146] Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза ALD12-D20 и получали (13,0 мг, 0,016 ммоль, 67,7%) в виде бесцветного масла. LC/MS (ESI, масса/заряд), 818,3 [M+H]+. [1146] The general procedure in section 1.6.1 was used to synthesize ALD12-D20 and obtained (13.0 mg, 0.016 mmol, 67.7%) as a colorless oil. LC/MS (ESI, mass/charge), 818.3 [M+H] + .
[1147] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,91 (br s, 9 H), 1,21-1,31 (m, 4 H), 1,36 (br s, 7 H), 1,46-1,73 (m, 11 H), 1,80 (s, 3 H), 1,84-1,93 (m, 1 H), 2,50-2,72 (m, 7 H), 2,75-2,85 (m, 1 H), 2,87-3,09 (m, 7 H), 3,48-3,68 (m, 6 H) 3,80-3,89 (m, 1 H), 5,02-5,13 (m, 2 H), 5,55-5,66 (m, 1 H), 5,71-5,82 (m, 1 H), 5,85-5,94 (m, 1 H), 6,11-6,22 (m, 1 H), 6,49-6,61 (m, 1 H), 6,83 (br d, J=1,13 Гц, 2 H).[1147] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.91 (br s, 9 H), 1.21-1.31 (m, 4 H), 1.36 (br s , 7 H), 1.46-1.73 (m, 11 H), 1.80 (s, 3 H), 1.84-1.93 (m, 1 H), 2.50-2.72 (m, 7 H), 2.75-2.85 (m, 1 H), 2.87-3.09 (m, 7 H), 3.48-3.68 (m, 6 H) 3, 80-3.89(m, 1H), 5.02-5.13(m, 2H), 5.55-5.66(m, 1H), 5.71-5.82(m, 1 H), 5.85-5.94 (m, 1 H), 6.11-6.22 (m, 1 H), 6.49-6.61 (m, 1 H), 6.83 ( br d, J = 1.13 Hz, 2 H).
ADL12-D21.ADL12-D21.
[1148] ((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил-(2-((6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексил)(метил)амино)этил)(метил)карбамат (7 мг, 8,557 мкмоль) растворяли в N, N-диметилформамиде (99 мкл, 1,284 ммоль) и добавляли метилиодид (2,68 мкл, 0,043 ммоль). Раствор перемешивали при к. т. в течение ночи. Растворитель выпаривали. С помощью очистки посредством колоночной хроматографии получали 6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-N-(2-(((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)(метил)амино)этил)-N, N-диметилгексан-1-аминий (7 мг, 8,40 мкмоль, выход 98%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 832,7 [M+H]+. [1148] ((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-(( 2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4 -en-6-yl-(2-((6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexyl)(methyl)amino)ethyl)(methyl)carbamate (7 mg, 8.557 µmol) was dissolved in N,N-dimethylformamide (99 µl, 1.284 mmol) and methyl iodide (2.68 µl, 0.043 mmol) was added. The solution was stirred at RT overnight. The solvent was evaporated. column chromatography gave 6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-N-(2-(((((2S,3S,6S,7R,10R, E)- 10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl )-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)(methyl)amino)ethyl) -N,N-dimethylhexane-1-aminium (7 mg, 8.40 µmol, 98% yield) LC/MS (ESI, mass/charge), 832.7 [M+H] + .
[1149] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,75-0,87 (m, 9 H), 1,14 (s, 4 H), 1,25 (s, 3 H), 1,27-1,45 (m, 9 H), 1,48-1,61 (m, 4 H), 1,69 (s, 4 H), 1,72-1,79 (m, 2 H), 2,35-2,53 (m, 3 H), 2,53-2,60 (m, 1 H), 2,75-2,83 (m, 1 H), 2,85-2,95 (m, 3 H), 3,06 (br d, J=10,42 Гц, 6 H), 3,15-3,20 (m, 2 H), 3,25 (br d, J=2,38 Гц, 3 H), 3,42 (br d, J=6,90 Гц, 5 H), 3,53-3,69 (m, 2 H), 3,69-3,78 (m, 1 H), 4,88-5,01 (m, 2 H), 5,44-5,56 (m, 1 H), 5,59-5,72 (m, 1 H), 5,73-5,83 (m, 1 H), 5,99-6,10 (m, 1 H), 6,40 (s, 1 H), 6,72 (s, 2 H).[1149] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.75-0.87 (m, 9 H), 1.14 (s, 4 H), 1.25 (s, 3 H), 1.27-1.45(m, 9H), 1.48-1.61(m, 4H), 1.69(s, 4H), 1.72-1.79(m , 2 H), 2.35-2.53 (m, 3 H), 2.53-2.60 (m, 1 H), 2.75-2.83 (m, 1 H), 2.85 -2.95 (m, 3 H), 3.06 (br d, J =10.42 Hz, 6 H), 3.15-3.20 (m, 2 H), 3.25 (br d, J = 2.38 Hz, 3 H), 3.42 (br d, J = 6.90 Hz, 5 H), 3.53-3.69 (m, 2 H), 3.69-3.78 (m, 1 H), 4.88-5.01 (m, 2 H), 5.44-5.56 (m, 1 H), 5.59-5.72 (m, 1 H), 5 .73-5.83(m, 1H), 5.99-6.10(m, 1H), 6.40(s, 1H), 6.72(s, 2H).
1.11 ADL12-D221.11 ADL12-D22
[1150] Общую процедуру 1, указанную в разделе 1.2.1, использовали для синтеза D22.[1150] General procedure 1, specified in section 1.2.1, was used to synthesize D22.
[1151] 3-(4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Метокси-3,7-диметил-2-((R,2E,4E)-6-метил-6-((триэтилсилил)окси)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((триэтилсилил)окси)пентан-2-ил)оксиран-2-ил)гепта-2,4-диен-2-ил)-12-оксо-10-((триэтилсилил)окси)оксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановая кислота (48 мг, 0,046 ммоль, выход 34,4%) в виде бесцветного масла. LC/MS (ESI, масса/заряд), 1051,4 [M+H]+.[1151] 3-(4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-7-Methoxy-3,7-dimethyl-2-((R,2E,4E)-6-methyl- 6-((triethylsilyl)oxy)-7-((2R,3R)-3-((2S,3S)-3-((triethylsilyl)oxy)pentan-2-yl)oxiran-2-yl)hepta-2 ,4-dien-2-yl)-12-oxo-10-((triethylsilyl)oxy)oxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (48 mg, 0.046 mmol , yield 34.4%) as a colorless oil. LC/MS (ESI, mass/charge), 1051.4 [M+H] + .
[1152] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,62-0,70 (m, 18 H), 0,82-0,94 (m, 9 H), 1,01 (tt, J=7,92, 3,18 Гц, 27 H), 1,22-1,28 (m, 4 H), 1,45 (s, 3 H), 1,47-1,66 (m, 7 H), 1,76-1,87 (m, 5 H), 1,92-1,99 (m, 1 H), 2,36-2,47 (m, 3 H), 2,50-2,68 (m, 3 H), 2,86-2,93 (m, 1 H), 2,98-3,08 (m, 2 H), 3,10-3,18 (m, 1 H), 3,18-3,26 (m, 2 H), 3,27-3,31 (m, 1 H), 3,34-3,36 (m, 3 H), 3,36-3,37 (m, 1 H) 3,72-3,81 (m, 1 H), 3,95-4,19 (m, 3 H), 4,93-5,00 (m, 1 H), 5,01-5,07 (m, 1 H), 5,54-5,66 (m, 1 H) 5,72-5,81 (m, 1 H) 5,81-5,90 (m, 1 H), 6,12-6,19 (m, 1 H), 6,47-6,58 (m, 1 H).[1152] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH -d 4 ): δ ppm 0.62-0.70 (m, 18 H), 0.82-0.94 (m, 9 H), 1.01 (tt, J = 7.92, 3.18 Hz, 27 H), 1.22-1.28 (m, 4 H), 1.45 (s, 3 H), 1.47-1.66 ( m, 7 H), 1.76-1.87 (m, 5 H), 1.92-1.99 (m, 1 H), 2.36-2.47 (m, 3 H), 2, 50-2.68(m, 3H), 2.86-2.93(m, 1H), 2.98-3.08(m, 2H), 3.10-3.18(m, 1 H), 3.18-3.26 (m, 2 H), 3.27-3.31 (m, 1 H), 3.34-3.36 (m, 3 H), 3.36- 3.37(m, 1H) 3.72-3.81(m, 1H), 3.95-4.19(m, 3H), 4.93-5.00(m, 1H) , 5.01-5.07 (m, 1 H), 5.54-5.66 (m, 1 H) 5.72-5.81 (m, 1 H) 5.81-5.90 (m , 1 H), 6.12-6.19 (m, 1 H), 6.47-6.58 (m, 1 H).
D22D22
[1153] N-Этил-N-изопропилпропан-3-(4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановая кислота (23,5 мг, 0,031 ммоль, выход 68,2%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 709,5 [M+H]+.[1153] N-Ethyl-N-isopropylpropane-3-(4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6- hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)- 7-Methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (23.5 mg, 0.031 mmol, 68.2% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 709.5 [M+H] + .
[1154] 1H-ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,71-0,77 (m, 9 H), 1,03 (s, 5 H), 1,14-1,20 (m, 6 H), 1,23-1,33 (m, 5 H), 1,36-1,48 (m, 5 H), 1,63 (s, 3 H), 1,67-1,75 (m, 1 H), 2,13-2,24 (m, 4 H), 2,58-2,64 (m, 1 H), 2,68-2,81 (m, 2 H), 3,20-3,20 (m, 3 H), 3,61-3,77 (m, 4 H), 4,28-4,39 (m, 1 H), 4,44-4,53 (m, 1 H), 4,79-4,88 (m, 2 H), 5,28-5,43 (m, 1 H), 5,52-5,66 (m, 1 H), 5,73-5,85 (m, 1 H), 5,94-6,04 (m, 1 H), 6,27-6,41 (m, 1 H), 6,43-6,53 (m, 2 H), 8,19-8,29 (m, 1 H).[1154] 1 H-NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.71-0.77 (m, 9 H), 1.03 (s, 5 H), 1.14-1.20 (m, 6 H), 1.23-1.33 (m, 5 H), 1.36-1.48 (m, 5 H), 1.63 (s, 3 H), 1.67-1 .75 (m, 1 H), 2.13-2.24 (m, 4 H), 2.58-2.64 (m, 1 H), 2.68-2.81 (m, 2 H) , 3.20-3.20 (m, 3 H), 3.61-3.77 (m, 4 H), 4.28-4.39 (m, 1 H), 4.44-4.53 (m, 1 H), 4.79-4.88 (m, 2 H), 5.28-5.43 (m, 1 H), 5.52-5.66 (m, 1 H), 5 .73-5.85(m, 1H), 5.94-6.04(m, 1H), 6.27-6.41(m, 1H), 6.43-6.53(m , 2H), 8.19-8.29 (m, 1H).
ADL12-D22.ADL12-D22.
[1155] Общую процедуру, указанную в разделе 1.6.1, использовали для синтеза ADL12-D22 (3,6 мг, 4,05 мкмоль, выход 34,4%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 888,7 [M+H]+. [1155] The general procedure outlined in section 1.6.1 was used to synthesize ADL12-D22 (3.6 mg, 4.05 µmol, 34.4% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 888.7 [M+H] + .
[1156] 1H-ЯМР (400 МГц, MeOH-d4): δ ppm 0,77-0,89 (m, 9 H), 1,08-1,31 (m, 13 H), 1,35-1,60 (m, 12 H), 1,69 (s, 3 H), 1,73-1,83 (m, 1 H), 1,85-1,97 (m, 1 H), 2,15-2,27 (m, 1 H), 2,27-2,83 (m, 11 H), 2,84-2,98 (m, 1 H), 3,39 (s, 7 H), 3,67-3,77 (m, 1 H), 4,89-5,01 (m, 2 H), 5,40-5,53 (m, 1 H), 5,59-5,69 (m, 1 H), 5,72-5,83 (m, 1 H), 5,99-6,11 (m, 1 H), 6,37-6,49 (m, 1 H), 6,69 (s, 2 H).[1156] 1 H-NMR (400 MHz, MeOH- d 4 ): δ ppm 0.77-0.89 (m, 9 H), 1.08-1.31 (m, 13 H), 1.35 -1.60(m, 12H), 1.69(s, 3H), 1.73-1.83(m, 1H), 1.85-1.97(m, 1H), 2 .15-2.27(m, 1H), 2.27-2.83(m, 11H), 2.84-2.98(m, 1H), 3.39(s, 7H) , 3.67-3.77(m, 1H), 4.89-5.01(m, 2H), 5.40-5.53(m, 1H), 5.59-5.69 (m, 1 H), 5.72-5.83 (m, 1 H), 5.99-6.11 (m, 1 H), 6.37-6.49 (m, 1 H), 6 .69 (s, 2H).
ADL1-D22.ADL1-D22.
[1157] Общую процедуру 1, указанную в разделе 1.2.1, использовали для синтеза ADL1-D22 (4,7 мг, 3,59 мкмоль, выход 38,6%) в виде белого лиофилизированного твердого вещества. LC/MS (ESI, масса/заряд), 1307,6 [M+H]+. [1157]
[1158] 1H ЯМР (400 МГц, DMSO-d6): δ ppm 0,68-0,79 (m, 16 H), 1,03 (s, 3 H), 1,16 (s, 5 H), 1,23-1,44 (m, 13 H), 1,48-1,55 (m, 1 H), 1,62 (s, 4 H), 1,68-1,74 (m, 1 H), 1,86-1,93 (m, 1 H), 2,02 (s, 4 H), 2,24-2,37 (m, 3 H), 2,46-2,51 (m, 2 H), 2,66-2,73 (m, 1 H), 2,79-2,99 (m, 4 H), 3,15 (s, 3 H), 3,21-3,22 (m, 2 H), 3,30 (s, 4 H), 3,61-3,67 (m, 1 H), 3,73-3,88 (m, 3 H), 4,01-4,08 (m, 1 H), 4,09-4,16 (m, 1 H), 4,29-4,38 (m, 2 H), 4,43-4,51 (m, 1 H), 4,73-4,78 (m, 1 H), 4,79-4,88 (m, 2 H), 4,91-4,98 (m, 2 H), 5,29-5,43 (m, 3 H), 5,54-5,67 (m, 1 H), 5,74-5,83 (m, 1 H), 5,95-6,07 (m, 1 H), 6,28-6,40 (m, 1 H), 6,54-6,62 (m, 1 H), 6,93 (s, 2 H), 7,17-7,26 (m, 2 H), 7,44-7,57 (m, 2 H), 7,66-7,76 (m, 1 H), 7,95-8,03 (m, 1 H), 8,42-8,49 (m, 1 H), 9,89-9,96 (m, 1 H).[1158] 1 H NMR (400 MHz, DMSO- d 6): δ ppm 0.68-0.79 (m, 16 H), 1.03 (s, 3 H), 1.16 (s, 5 H ), 1.23-1.44 (m, 13 H), 1.48-1.55 (m, 1 H), 1.62 (s, 4 H), 1.68-1.74 (m, 1 H), 1.86-1.93 (m, 1 H), 2.02 (s, 4 H), 2.24-2.37 (m, 3 H), 2.46-2.51 ( m, 2 H), 2.66-2.73 (m, 1 H), 2.79-2.99 (m, 4 H), 3.15 (s, 3 H), 3.21-3, 22 (m, 2 H), 3.30 (s, 4 H), 3.61-3.67 (m, 1 H), 3.73-3.88 (m, 3 H), 4.01- 4.08(m, 1H), 4.09-4.16(m, 1H), 4.29-4.38(m, 2H), 4.43-4.51(m, 1H ), 4.73-4.78 (m, 1 H), 4.79-4.88 (m, 2 H), 4.91-4.98 (m, 2 H), 5.29-5, 43 (m, 3 H), 5.54-5.67 (m, 1 H), 5.74-5.83 (m, 1 H), 5.95-6.07 (m, 1 H), 6.28-6.40(m, 1H), 6.54-6.62(m, 1H), 6.93(s, 2H), 7.17-7.26(m, 2H ), 7.44-7.57(m, 2H), 7.66-7.76(m, 1H), 7.95-8.03(m, 1H), 8.42-8, 49(m, 1H), 9.89-9.96(m, 1H).
ADL1-D23.ADL1-D23.
[1159] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (16,76 мг, ,023 ммоль) и 3-((R)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановую кислоту (16,1 мг, 0,023 ммоль) растворяли в DMF (229 мкл, 2,953 ммоль) и добавляли основание Хунига (11,90 мкл, 0,068 ммоль). Реакционную смесь перемешивали в течение ночи при к. т. Затем растворитель выпаривали и подвергали очистке с помощью HPLC с обращенной фазой с получением 3-((R)-1-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)окси)карбонил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановой кислоты (3,9 мг, 2,98 мкмоль, выход 13,13%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1308,6 [M+H]+. [1159] 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido) -5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (16.76 mg, .023 mmol) and 3-((R)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10 -hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl) -6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (16.1 mg, 0.023 mmol) was dissolved in DMF (229 μl, 2.953 mmol) and Hunig's base (11.90 μl, 0.068 mmol) was added. The reaction mixture was stirred overnight at rt. The solvent was then evaporated and purified by reverse phase HPLC to give 3-((R)-1-(((4-((S)-2-((S) -2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)oxy)carbonyl)-4-(( ((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S )-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en- 6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (3.9 mg, 2.98 µmol, 13.13% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1308.6 [M+H] + .
ADL1-D24 (S)ADL1-D24(S)
[1160] 3-((S)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановую кислоту (10 мг, 0,014 ммоль), N, N-диметилформамид (141 мкл, 0,014 ммоль), основание Хунига (5 мкл, 0,028 ммоль), 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил(4-нитрофенил)карбонат (20,8 мг, 0,028 ммоль) объединяли и перемешивали в течение 2 часов. Хроматографировали (MeOH/CH2Cl2) с получением 3-((S)-1-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)окси)карбонил)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-гидрокси-2-((R,2E,4E)-6-гидрокси-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-гидроксипентан-2-ил)оксиран-2-ил)-6-метилгепта-2,4-диен-2-ил)-7-метокси-3,7-диметил-12-оксооксациклододец-4-ен-6-ил)окси)карбонил)пиперазин-2-ил)пропановой кислоты (5 мг, 3,82 мкмоль, выход 27,1%). LC/MS (ESI, масса/заряд), 1308,4 [M+H]+.[1160] 3-((S)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E)-10-Hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7- ((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2-yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy- 3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl)propanoic acid (10mg, 0.014mmol), N,N-dimethylformamide (141µl, 0.014mmol) , Hunig's base (5 µl, 0.028 mmol), 4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl )hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl(4-nitrophenyl)carbonate (20.8 mg, 0.028 mmol) was combined and stirred for 2 hours. Chromatographed (MeOH/CH 2 Cl 2 ) to give 3-((S)-1-(((4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-dioxo-2 ,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)hexanamido)-3-methylbutanamido)-5-ureidopentanamido)benzyl)oxy)carbonyl)-4-((((2S,3S,6S,7R,10R, E) -10-hydroxy-2-((R,2E,4E)-6-hydroxy-7-((2R,3R)-3-((2R,3S)-3-hydroxypentan-2-yl)oxiran-2- yl)-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl)-7-methoxy-3,7-dimethyl-12-oxooxacyclododec-4-en-6-yl)oxy)carbonyl)piperazin-2-yl) propanoic acid (5 mg, 3.82 µmol, 27.1% yield). LC/MS (ESI, mass/charge), 1308.4 [M+H] + .
ПРИМЕР 2EXAMPLE 2
[1162] Проводили профилирование иллюстративных полезных нагрузок модуляторов сплайсосомы, применяемых в получении ADC. Полезные нагрузки оценивали в отношении связывания с комплексом SF3b, in vitro активности в отношении сплайсинга и способности ингибировать рост клетки. [1162] Exemplary payloads of spliceosome modulators used in ADC generation were profiled. Payloads were evaluated for binding to the SF3b complex, in vitro splicing activity, and ability to inhibit cell growth.
2.1 Связывание с SF3B1/сцинтилляционный анализ сближения (SPA)2.1 SF3B1 Binding/Scintillation Proximity Assay (SPA)
[1163] Сцинтилляционный анализ сближения проводили для измерения аффинности связывания соединений ("полезных нагрузок") с комплексом SF3b. Иммобилизацию порции антитела к SF3B1 (MBL) на покрытые антителами к Ig мыши сцинтилляционные гранулы из PVT для SPA-анализа (PerkinElmer) проводили следующим образом: для каждых 2,5 мг ядерных экстрактов смешивали 5 мкг антитела к SF3B1 и 1,5 мг гранул в 150 мкл PBS. Смесь антитела-гранулы инкубировали в течение 30 мин. при к. т. и центрифугировали при 18000g в течение 5 мин. Использовали 150 мкл PBS для ресуспендирования каждых 1,5 мг смеси антитела-гранулы. Гранулы суспендировали и добавляли к полученным ядерным экстрактам. Взвесь инкубировали в течение 2 часов при 4°C с осторожным перемешиванием. Затем гранулы собирали посредством центрифугирования при 18000g в течение 5 мин. и промывали дважды с использованием PBS+0,1% Triton X-100. После конечной стадии центрифугирования каждые 1,5 мг гранул суспендировали с использованием 150 мкл PBS. Комплексы SF3b тестировали в отношении связывания с зондом на основе [3H]-меченого пладиенолида ([3H]-PB), синтезированного так, как это описано ранее (Kotake et al. (2007) Nat Chem Biol. 3(9):570-5). 100 мкл реакционных смесей для связывания получали с использованием 50 мкл взвеси гранул и путем добавления различных концентраций PB или PB-OH, и после 30 мин. предварительной инкубации добавляли 2,5 нМ [3H]-PB. Смесь инкубировали в течение 30 мин. и сигналы люминесценции считывали с применением планшетного счетчика MicroBeta2 (PerkinElmer). Для аппроксимации данных к кривой нелинейной регрессии применяли Prism 7 (Graphpad).[1163] A scintillation proximity assay was performed to measure the binding affinity of compounds ("payloads") to the SF3b complex. Immobilization of a portion of anti-SF3B1 antibody (MBL) onto anti-mouse Ig coated scintillation beads from PVT for SPA analysis (PerkinElmer) was performed as follows: for each 2.5 mg of nuclear extracts, 5 µg of anti-SF3B1 antibody and 1.5 mg of beads were mixed in 150 µl PBS. The antibody-bead mixture was incubated for 30 min. at k. t. and centrifuged at 18000g within 5 min. 150 μl of PBS was used to resuspend each 1.5 mg of the antibody-bead mixture. The granules were suspended and added to the resulting nuclear extracts. The suspension was incubated for 2 hours at 4°C with gentle stirring. The pellets were then collected by centrifugation at 18000g within 5 min. and washed twice with PBS+0.1% Triton X-100. After the final centrifugation step, each 1.5 mg of pellets were suspended using 150 μl of PBS. The SF3b complexes were tested for binding to a probe based on [3H]-labeled pladienolide ([3H]-PB) synthesized as previously described (Kotake et al. (2007) Nat Chem Biol. 3(9):570-5). 100 µl of binding reactions were prepared using 50 µl of bead suspension and by adding various concentrations of PB or PB-OH, and after 30 min. pre-incubation was added 2.5 nm [3H]-PB. The mixture was incubated for 30 min. and luminescence signals were read using a MicroBeta2 plate counter (PerkinElmer). Prism 7 (Graphpad) was used to fit the data to a non-linear regression curve.
[1164] Аналогичные профили связывания выявляли в случае всех тестируемых полезных нагрузок (фиг. 1). В целом специфическое связывание находилось в нижнем наномолярном диапазоне, указывая на то, что все тестируемые полезные нагрузки являются средствами с высокой активностью связывания с комплексом SF3b и перспективными соединениями-кандидатами для использования в составе ADC. [1164] Similar binding profiles were found across all payloads tested ( FIG. 1 ). In general, specific binding was in the lower nanomolar range, indicating that all of the tested payloads are agents with high binding activity to the SF3b complex and promising candidate compounds for use in ADC.
2.2 In vitro сплайсинг (IVS)2.2 In vitro splicing (IVS)
[1165] Для оценки активности нагрузки в безклеточной системе проводили анализ in vitro сплайсинга. Полезные нагрузки инкубировали c ядерными экстрактами и конструкцией на основе pre-mRNA в качестве субстрата и минигенов.[1165] An in vitro splicing assay was performed to evaluate load activity in a cell-free system. Payloads were incubated with nuclear extracts and a pre-mRNA-based construct as a substrate and minigenes.
[1166] Получение ядерного экстракта из HeLa: осадки, содержащие клетки HeLa S3, ресуспендировали в гипотоническом буфере (10 мМ HEPES, pH 7,9, 1,5 мМ MgCl2, 10 мМ KCl, 0,2 мМ PMSF и 0,5 мМ DTT) и суспензию доводили до всего 5 объемов осажденных клеток (PCV). После центрифугирования супернатант отбрасывали и клетки доводили до 3 PCV с помощью гипотонического буфера и инкубировали на льду в течение 10 минут. Клетки лизировали с использованием гомогенизатора Даунса, а затем центрифугировали. Супернатант отбрасывали и осадок ресуспендировали с помощью ½ объема осажденных ядер (PNV) буфера с низким содержанием солей (20 мМ HEPES, pH 7,9, 1,5 мМ MgCl2, 20 мМ KCl, 0,2 мМ EDTA, 25% глицерина, 0,2 мМ PMSF, 0,5 мМ DTT), затем ½ PNV буфера с высоким содержанием солей (такой же, как буфер с низким содержанием солей, за исключением того, что использовали 1,4 M KCl). Ядра осторожно перемешивали в течение 30 мин. перед центрифугированием. Затем супернатант (ядерный экстракт) диализировали в буфер для хранения (20 мМ HEPES, pH 7,9, 100 мМ KCl, 0,2 мМ EDTA, 20% глицерина, 0,2 мМ PMSF, 0,5 мМ DTT). Концентрацию белка определяли с применением спектрофотометра NanoDrop 8000 UV-Vis (ThermoFisher Scientific).[1166] Preparation of HeLa nuclear extract : pellets containing HeLa S3 cells were resuspended in hypotonic buffer (10 mM HEPES, pH 7.9, 1.5 mM MgCl 2 , 10 mM KCl, 0.2 mM PMSF and 0.5 mM DTT) and the suspension was adjusted to a total of 5 settled cell volumes (PCV). After centrifugation, the supernatant was discarded and the cells were adjusted to 3 PCV with hypotonic buffer and incubated on ice for 10 minutes. Cells were lysed using a Downs homogenizer and then centrifuged. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended with ½ volume of precipitated nuclei (PNV) low salt buffer (20 mM HEPES, pH 7.9, 1.5 mM MgCl 2 , 20 mM KCl, 0.2 mM EDTA, 25% glycerol, 0.2 mM PMSF, 0.5 mM DTT) then ½ PNV high salt buffer (same as low salt buffer except 1.4 M KCl was used). The cores were gently stirred for 30 minutes. before centrifugation. The supernatant (nuclear extract) was then dialyzed into storage buffer (20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 0.2 mM EDTA, 20% glycerol, 0.2 mM PMSF, 0.5 mM DTT). Protein concentration was determined using a NanoDrop 8000 UV-Vis spectrophotometer (ThermoFisher Scientific).
[1167] IVS: все последовательности, полученные из Ad2 (Pellizzoni et al. (1998) Cell 95(5):615-24), клонировали в вектор pcDNA3.1(+) (Promega) с использованием сайтов рестрикции на 5'-конце для EcoRI и 3'-конце для XbaI. Плазмиды линеаризовали с использованием XbaI и применяли в качестве ДНК-матриц в реакциях транскрипции in vitro. Плазмиду без интрона Ftz∆i (Luo and Reed (1999) 96(26):14937-42) линеаризовали с использованием EcoRI. Все РНК транскрибировали in vitro и затем очищали с применением наборов MEGAScript T7 (Invitrogen) и MegaClear (Invitrogen) соответственно. Для реакций сплайсинга с использованием вариантов pre-mRNA Ad2 готовили 1 мкл реакционной смеси с использованием 8 мкг ядерных экстрактов, полученных из клеток HeLa S3, 2 нг pre-mRNA, 0,2 нг FTZ∆i и варьируемых концентраций иллюстративных соединений или DMSO. После 15-мин. предварительной инкубации при 30°C добавляли 1 мкл буфера для активации сплайсинга (0,5 мМ ATP, 20 мМ креатинфосфата, 1,6 мМ MgCl2) и реакционные смеси инкубировали в течение 90 мин. при 30°C. Затем реакционные смеси гасили с использованием 13 мкл DMSO, и по 25 нл использовали для RT-qPCR. Реакции RT-qPCR готовили с применением 1-стадийного набора TaqMan RNA-to-CT (Life Technologies), РНК из реакций сплайсинга, наборов праймеры-зонд для mRNA Ad2 (прямой: ACTCTCTTCCGCATCGCTGT; обратный: CCGACGGGTTTCCGATCCAA; зонд: CTGTTGGGCTCGCGGTTG) и Ftz (прямой: TGGCATCAGATTGCAAAGAC; обратный: ACGCCGGGTGATGTATCTAT; зонд: CGAAACGCACCCGTCAGACG). Для аппроксимации данных по образованного сплайсированного продукта к кривой нелинейной регрессии применяли Prism 7 (Graphpad) и нормализовали относительно контрольного образца (DMSO). С учетом того, что все тестируемые полезные нагрузки специфически связываются с комплексом SF3b и демонстрируют аналогичные профили связывания (фиг. 1), выдвинули гипотезу о том что все также должны модулировать сплайсинг в сопоставимой степени. Все нагрузки в значительной степени модулировали сплайсинг pre-mRNA Ad2.2 (фиг. 2). В присутствии нагрузки наблюдали уменьшение количества сплайсированного продукта.[1167]IVS: all sequences derived from Ad2 (Pellizzoni et al. (1998) Cell 95(5):615-24) were cloned into the vector pcDNA3.1(+) (Promega) using restriction sites at the 5' end for EcoRI and 3'-end for XbaI. Plasmids were linearized using XbaI and used as DNA templates in in vitro transcription reactions. Plasmid without intron FtzΔi (Luo and Reed (1999) 96(26):14937-42) was linearized using EcoRI. All RNAs were transcribed in vitro and then purified using the MEGAScript T7 (Invitrogen) and MegaClear (Invitrogen) kits, respectively. For splicing reactions using pre-mRNA Ad2 variants, a 1 μl reaction mixture was prepared using 8 μg of nuclear extracts derived from HeLa S3 cells, 2 ng pre-mRNA, 0.2 ng FTZ∆i, and varying concentrations of exemplary compounds or DMSO. After 15 min. pre-incubation at 30°C, 1 µl of buffer for splicing activation (0.5 mM ATP, 20 mM creatine phosphate, 1.6 mM MgCl2) and the reactions were incubated for 90 min. at 30°C. The reactions were then quenched with 13 µl DMSO and 25 nl each was used for RT-qPCR. RT-qPCR reactions were prepared using a 1-step TaqMan RNA-to-C kitT (Life Technologies), RNA from splashing reactions, primers-zond sets for MRNA AD2 (line: ActcttCCCCGCGTCGTCGTCCCAA; probe: CTGTGTGGCTCGCGTTG) and FTZ (Direct: T: T: T: T: T GGCATCAGATTGCAAAGAAGAC; reverse: ACGCCGGGTGATTATATAT; SUSK: CGAAACGCACCCCGTCAGACG). Prism 7 (Graphpad) was used to fit the spliced product data to a non-linear regression curve and normalized to a control sample (DMSO). Given that all tested payloads specifically bind to the SF3b complex and exhibit similar binding profiles (fig. 1), hypothesized that all should also modulate splicing to a comparable extent. All loadings significantly modulated pre-mRNA Ad2.2 splicing (fig. 2). In the presence of loading, a decrease in the amount of spliced product was observed.
2.3 Жизнеспособность клеток 2.3 Cell viability
[1168] Линию HCC1954 (Американская коллекция типовых культур (ATCC)) из клеток протоковой карциномы молочной железы высевали при 2000 клеток/лунка в плоскодонные 96-луночные планшеты для культур тканей (Corning) при общем объеме 90 мкл среды для культур тканей с 10% фетальной бычьей сыворотки (ThermoFisher Scientific). Клетки обрабатывали с использованием 3-кратного последовательного разведения соединения от 200 нМ до 0,03 нМ. Каждую концентрацию тестировали в трех повторностях. В момент времени обработки планшет с необработанными клетками оценивали с применением анализа жизнеспособности клеток CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay в соответствии с рекомендациями изготовителя (Promega; № G9241). Реагент CellTiter-Glo® 2.0 добавляли в среду, инкубировали и проводили анализ на ридере EnVision Multilabel Reader (PerkinElmer). Значения представлены с нулевым моментом времени (T0). Число жизнеспособных клеток через 144 часа (T144) обработки соединением также определяли с применением анализа CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay. значение люминесценции в нулевой момент времени (T0), контроль роста (C) в DMSO и рост в присутствии тестируемого соединения (T144) использовали для расчета процентной доли роста для каждой концентрации соединения. Процент ингибирования роста рассчитывали как: [(T144-T0)/(C-T0)] x 100 - для концентраций, для которых T144>/=T0, или [(T144-T0)/T0] x 100 для концентраций, для которых T144<T0. Кривые зависимости доза-ответ строили на графике с применением Prism 7 (Graphpad) и аппроксимировали с использованием нелинейного регрессионного анализа и логарифма (ингибитор) в зависимости от ответа - переменного углового коэффициента (четыре параметра).[1168] The HCC1954 line (American Type Culture Collection (ATCC)) from breast ductal carcinoma cells was seeded at 2000 cells/well in flat-bottomed 96-well tissue culture plates (Corning) in a total volume of 90 μl of tissue culture medium with 10% fetal bovine serum (ThermoFisher Scientific). Cells were treated using a 3-fold serial dilution of the compound from 200 nM to 0.03 nM. Each concentration was tested in triplicate. At the time of treatment, the raw cell plate was evaluated using the CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay as recommended by the manufacturer (Promega; No. G9241). CellTiter-Glo® 2.0 reagent was added to the medium, incubated and analyzed on an EnVision Multilabel Reader (PerkinElmer). Values are presented with time zero (T0). Viable cell count after 144 hours (T144) compound treatment was also determined using the CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay. luminescence value at time zero (T0), growth control (C) in DMSO, and growth in the presence of test compound (T144) were used to calculate the percent growth for each compound concentration. Percent growth inhibition was calculated as: [(T144-T0)/(C-T0)] x 100 for concentrations where T144>/=T0, or [(T144-T0)/T0] x 100 for concentrations where T144<T0. Dose-response curves were plotted using Prism 7 (Graphpad) and fitted using non-linear regression analysis and logarithm (inhibitor) versus response - variable slope (four parameters).
[1169] Дозозависимый эффект в отношении жизнеспособности клеток определяли для всех полезных нагрузок в клетках рака молочной железы HCC1954 с амплификацией HER2. Большая часть тестируемых полезных нагрузок демонстрировала значения GI50 (т. е. концентрацию соединения, которая вызывает 50% уменьшение пролиферации клеток) в одноразрядном наномолярном диапазоне за исключением плохо проникающих полезных нагрузок, таких как D25 (фиг. 3). Иллюстративные данные по проникающей способности показаны в таблице 14.[1169] A dose-dependent effect on cell viability was determined for all payloads in HCC1954 breast cancer cells with HER2 amplification. Most of the payloads tested exhibited GI 50 values (i.e., the concentration of a compound that causes a 50% reduction in cell proliferation) in the single nanomolar range, with the exception of poorly penetrating payloads such as D25 ( FIG. 3 ). Illustrative penetration data is shown in Table 14.
ПРИМЕР 3EXAMPLE 3
[1170] Иллюстративные нагрузки, которые оценивали в примере 2, конъюгировали с иллюстративным антителом к HER2 (трастузумабом) посредством остатков цистеина на антителе. Получение и оценка иллюстративных ADC на основе HER2 описаны ниже.[1170] The exemplary loads that were evaluated in Example 2 were conjugated to an exemplary anti-HER2 antibody (trastuzumab) via cysteine residues on the antibody. The production and evaluation of exemplary HER2-based ADCs are described below.
3.1 Антитело3.1 Antibody
[1171] Антитело трастузумаб ("AB185") (Molina et al. (2001) Cancer Res. 61(12):4744-9) использовали для получения ADC на основе антитела к HER2 (также называемого в данном документе как SMLA). [1171] The antibody trastuzumab ("AB185") (Molina et al. (2001) Cancer Res. 61(12):4744-9) was used to generate ADC based on an anti-HER2 antibody (also referred to herein as SMLA).
3.2 Биоконъюгация3.2 Bioconjugation
[1172] Антитело (трастузумаб) при 10 мг/мл в буфере PBS (pH 7,0) смешивали с 5 мM TCEP (2-4 молярные эквиваленты) (ThermoFisher Scientific; № 77720) для расщепления межцепочечных дисульфидных связей. Реакционную смесь осторожно перемешивали при 22oC в течение 3 часов. Затем добавляли пропиленгликоль (15% объем/объем) с последующим добавлением 8 молярных эквивалентов линкера-полезной нагрузки (6 мМ стоковый раствор в DMSO) и раствор тщательно перемешивали. Реакционную помещали на вращающуюся подставку в термостате при 22oC. После 2-часовой конъюгации реакционную смесь очищали для удаления неконъюгированной полезной нагрузки с использованием AKTA GE M150 (колонки для обессоливания HiTrapTM 26/10; скорость потока: 3 мл/мин.) (GE Healthcare Bio-Sciences) в DPBS (pH 7,5). Полученный конъюгат концентрировали посредством ультрафильтрации через Amicon (30 кДа, Ultra-4) (EMD Millipore) и подвергали стерильной фильтрации через 0,22-мкм PVDF одноразовый фильтр (EMD Millipore). Проводили оценку полученного прозрачного раствора посредством UV-VIS для определения концентрации антитела ([mAb]; моль/л) и концентрации конъюгированной полезной нагрузки ([LD]; моль/л) в соответствии с законом Бэра-Ламберта (A=E*c*l) и согласно следующим уравнениям:[1172] An antibody (trastuzumab) at 10 mg/mL in PBS buffer (pH 7.0) was mixed with 5 mM TCEP (2-4 molar equivalents) (ThermoFisher Scientific; No. 77720) to cleave interchain disulfide bonds. The reaction mixture was gently stirred at 22 ° C. for 3 hours. Propylene glycol (15% v/v) was then added followed by the addition of 8 molar equivalents of payload linker (6 mM stock solution in DMSO) and the solution was thoroughly mixed. The reaction was placed on a turntable in an oven at 22 ° C. After 2 hours of conjugation, the reaction mixture was purified to remove unconjugated payload using AKTA GE M150 (HiTrapTM 26/10 desalting columns; flow rate: 3 ml/min.) (GE Healthcare Bio-Sciences) in DPBS (pH 7.5). The resulting conjugate was concentrated by ultrafiltration through Amicon (30 kDa, Ultra-4) (EMD Millipore) and sterile filtered through a 0.22 μm PVDF disposable filter (EMD Millipore). The resulting clear solution was evaluated by UV-VIS to determine the antibody concentration ([mAb]; mol/l) and the concentration of the conjugated payload ([LD]; mol/l) according to the Beer-Lambert law (A= E * c * l) and according to the following equations:
A280 нм= E mAb 280 нм * [mAb] * l+E LD 280 нм * [LD] * lA 280 nm= E mAb 280 nm * [mAb] * l+ E LD 280 nm * [LD] * l
A252 нм= E mAb 252 нм * [mAb] * l+E LD 252 нм * [LD] * lA 252 nm= E mAb 252 nm * [mAb] * l+ E LD 252 nm * [LD] * l
E mAb 280 нм : трастузумаб=213,380 см-1M-1 E mAb 280 nm : trastuzumab=213.380 cm -1 M -1
E mAb 252 нм : трастузумаб=79,112 см-1M-1 E mAb 252 nm : trastuzumab=79.112 cm -1 M -1
E LD 280 нм = 800 см-1M-1
E LD 252 нм = 31,000 см-1M-1 E LD 252 nm = 31,000 cm-1M-1
Аббревиатуры: c - молярная концентрация; l - оптическая длина (Nanodrop: 0,1 см); E - молярный коэффициент светопоглощения; A - абсорбция. Abbreviations: c - molar concentration; l - optical length (Nanodrop: 0.1 cm); E is the molar coefficient of light absorption; A - absorption.
3.3 Определение биофизических характеристик3.3 Determination of biophysical characteristics
[1173] Соотношение лекарственного средства и антитела (DAR), процент агрегации и процент неконъюгированной полезной нагрузки определяли для иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 посредством жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (LC/MS), эксклюзионной хроматографии (SEC), обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии (HPLC) соответственно. В целом, конъюгаты содержат менее 2% лекарственного средства в свободной форме и содержат менее 10% агрегатов.[1173] Drug to antibody ratio (DAR), percent aggregation, and percent unconjugated payload were determined for exemplary anti-HER2 antibody based ADCs by liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS), size exclusion chromatography (SEC), reverse phase high performance liquid chromatography (HPLC) respectively. In general, conjugates contain less than 2% free form drug and less than 10% aggregates.
3.3.1 Анализ LC/MS - DAR 3.3.1 LC/MS analysis - DAR
[1174] Анализ LC/MS проводили с использованием системы Agilent 1290 UPLC, соединенной с времяпролетным масс-спектрометром Agilent G6224A Accurate Mass TOF. Конъюгат подвергали дегликозилированию с использованием PNGase F (New England Biolabs; № P0705L) в течение 4 часов при 37oC, денатурировали с использованием 8 M Gdn-HCl (Sigma; № G9284), а в завершении разделяли на домены легкой и тяжелой цепей с применением DTT (конечная концентрация 5 мМ) (Promega; № V3151). Полученный образец загружали в колонку Agilent PLRP-S (2,1×150 мм, 8 мкм) и элюировали в градиенте от 25% B до 50% B в течение 28 мин. при комнатной температуре (RT). Подвижная фаза A представляла собой воду с 0,05% TFA, подвижная фаза B представляла собой ацетонитрил с 0,04% TFA, при этом скорость потока составляла 1 мл/мин. DAR рассчитывали по масс-спектру после деконволюции с помощью взвешенных средних значений интенсивности пиков неконъюгированного и конъюгированного лекарственного средства для легкой цепи (L0 или L1) и тяжелой цепи (H0, H1, H2 и H3). Общее DAR для интактного конъюгата рассчитывали с применением уравнения: (DARLC* 2) + (DARHC*2) = общее DAR. Значения DAR для иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 приведены в таблицах 10-14.[1174] LC/MS analysis was performed using an Agilent 1290 UPLC system coupled to an Agilent G6224A Accurate Mass TOF time-of-flight mass spectrometer. The conjugate was deglycosylated with PNGase F (New England Biolabs; No. P0705L) for 4 hours at 37 ° C, denatured with 8 M Gdn-HCl (Sigma; No. G9284), and finally resolved into light and heavy chain domains with using DTT (final concentration 5 mM) (Promega; no. V3151). The resulting sample was loaded onto an Agilent PLRP-S column (2.1×150 mm, 8 µm) and eluted with a gradient from 25% B to 50% B over 28 min. at room temperature (RT). Mobile phase A was water with 0.05% TFA, mobile phase B was acetonitrile with 0.04% TFA, with a flow rate of 1 ml/min. DAR was calculated from the post-deconvolution mass spectrum using weighted averages of the intensities of the unconjugated and conjugated drug peaks for the light chain (L0 or L1) and heavy chain (H0, H1, H2 and H3). The total DAR for the intact conjugate was calculated using the equation: (DAR LC * 2) + (DAR HC *2) = total DAR. DAR values for exemplary HER2 antibody based ADCs are shown in Tables 10-14.
3.3.2 Анализ SEC - агрегация3.3.2 SEC analysis - aggregation
[1175] Эксклюзионную хроматографию проводили с использованием колонки TOSON-G3000SWXL (№ 008541) в 0,2 M калия фосфате (pH 7) с 0,25 мМ калия хлоридом и 15% (объем/объем) IPA при скорости потока 0,75 мл/мин. Площадь пиков поглощения при 280 нм определяли для высокомолекулярных и мономерных компонентов конъюгата по интеграции площади под кривой. Процент мономеров для иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 приведен в таблице 10.[1175] Size exclusion chromatography was performed using a TOSON-G3000SWXL column (#008541) in 0.2 M potassium phosphate (pH 7) with 0.25 mM potassium chloride and 15% (v/v) IPA at a flow rate of 0.75 ml /min The area of the absorption peaks at 280 nm was determined for the high molecular weight and monomeric components of the conjugate by integrating the area under the curve. The percentage of monomers for exemplary HER2 antibody based ADCs is shown in Table 10.
3.3.3 Анализ HPLC - лекарственное средство в свободной форме 3.3.3 HPLC Assay - Free Form Drug
[1176] Конъюгат осаждали с использованием 10 объемов ацетонитрила на льду в течение 2 часов и осаждали центрифугированием. Затем супернатанты, содержащие остаточную неконъюгированную полезную нагрузку, загружали в колонку Agilent Poroshell 120 SB-C18 120A (4,6×100 мм, 2,7 мкм) и элюировали в градиенте от 45% B до 70% B в течение 10 мин. При RT. Подвижная фаза A представляла собой 100% воды, подвижная фаза B представляла собой 100% ацетонитрила, и при этом скорость потока составляла 0,6 мл/мин. с обнаружением при 252 нм. Количество остаточного свободного лекарственного средства определяли количественно посредством УФ-детекции, сравнивая с внешней стандартной кривой для неконъюгированного линкера-полезной нагрузки. Процент свободного лекарственного средства для иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 приведен в таблице 10.[1176] The conjugate was precipitated using 10 volumes of acetonitrile on ice for 2 hours and precipitated by centrifugation. Supernatants containing residual unconjugated payload were then loaded onto an Agilent Poroshell 120 SB-C18 120A column (4.6×100 mm, 2.7 µm) and eluted with a gradient from 45% B to 70% B over 10 min. At RT. Mobile phase A was 100% water, mobile phase B was 100% acetonitrile, and the flow rate was 0.6 ml/min. with detection at 252 nm. The amount of residual free drug was quantified by UV detection compared to an external standard curve for the unconjugated payload linker. The percent free drug for exemplary anti-HER2 antibody ADCs is shown in Table 10.
3.4 Характеристики связывания3.4 Binding characteristics
3.4.1 Определение посредством FACS характеристик связывания с положительными по мишени клетками3.4.1 Determination of binding characteristics to target-positive cells by FACS
[1177] Связывание неконъюгированного антитела к HER2 и ADC на основе антитела к HER2 с положительными по мишени клетками оценивали посредством проточной цитометрии с применением непрямой иммунофлуоресценции. Клетки рака молочной железы JIMT1 (DSMZ), которые эндогенно экспрессируют HER2, высевали (5×104 клеток/лунка) в 96-луночный планшет с v-образным дном (Greiner Bio-One) и инкубировали в течение 2 часов при 4°C с тестируемыми соединениями, разбавленными до различных концентраций в среде для анализа (RPMI-1640, дополненной 10% (вес/объем) эмбрионального бычьего сывороточного альбумина (Thermo Fisher Scientific)). Затем клетки промывали с использованием PBS+2% FBS (буфер для FACS) и окрашивали фикоэритрин-меченным (PE) козьим антителом к иммуноглобулину G (IgG) (Invitrogen) в течение 40 мин. при 4°C в темноте. Клетки промывали холодным буфером для FACS и фиксировали с использованием буфера FluroFix (Biolegend) в течение 30 мин. при комнатной температуре. Фиксированные клетки отмывали с использованием буфера для FACS. Фиксированные клетки анализировали по среднему геометрическому интенсивности флуоресценции PE с применением проточного цитометра LSRFortessa (BD Bioscience). Трастузумаб и T-DM1 (DM1, конъюгированное с трастузумабом) включали в качестве контролей.[1177] Binding of unconjugated anti-HER2 antibody and ADC based on anti-HER2 antibody to target-positive cells was assessed by flow cytometry using indirect immunofluorescence. JIMT1 breast cancer cells (DSMZ) that endogenously express HER2 were seeded (5×10 4 cells/well) in a 96-well v-bottom plate (Greiner Bio-One) and incubated for 2 hours at 4°C with test compounds diluted to various concentrations in assay medium (RPMI-1640 supplemented with 10% (w/v) fetal bovine serum albumin (Thermo Fisher Scientific)). Cells were then washed with PBS+2% FBS (FACS buffer) and stained with phycoerythrin-labeled (PE) goat anti-immunoglobulin G (IgG) antibody (Invitrogen) for 40 min. at 4°C in the dark. Cells were washed with cold FACS buffer and fixed with FluroFix buffer (Biolegend) for 30 min. at room temperature. Fixed cells were washed using FACS buffer. Fixed cells were analyzed for geometric mean PE fluorescence intensity using an LSRFortessa flow cytometer (BD Bioscience). Trastuzumab and T-DM1 (DM1 conjugated to trastuzumab) were included as controls.
[1178] Все ADC на основе антитела к HER2 демонстрировали устойчивое связывание с HER2 на клетках JIMT1. Связывание ADC было сопоставимым со связыванием трастузумаба и T-DM1 (фиг. 4). Это свидетельствует о том, что конъюгация с полезной нагрузкой не оказывает влияния на антиген-связывающую аффинность антитела.[1178] All HER2 antibody-based ADCs showed stable binding to HER2 on JIMT1 cells. ADC binding was comparable to that of trastuzumab and T-DM1 ( Figure 4 ). This indicates that payload conjugation does not affect the antigen-binding affinity of the antibody.
3.5 In vitro анализ3.5 In vitro analysis
3.5.1 Жизнеспособность клеток 3.5.1 Cell viability
[1179] ADC на основе антитела к HER2 тестировали на нескольких клеточных линиях с амплификацией HER2 в отношении их способности ингибировать рост клеток. Использовали клеточные линии HCC1954 (ATCC), 2000 клеток/лунка), N87 (ATCC, 4000 клеток/лунка), SKBR3 (ATCC, 3000 клеток/лунка) и MCF7 (ATCC, 1500 клеток/лунка). Анализ жизнеспособности клеток проводили так, как это описано в разделе 2.3.[1179] Anti-HER2 ADCs were tested in several HER2-amplifying cell lines for their ability to inhibit cell growth. The cell lines used were HCC1954 (ATCC), 2000 cells/well), N87 (ATCC, 4000 cells/well), SKBR3 (ATCC, 3000 cells/well) and MCF7 (ATCC, 1500 cells/well). Cell viability analysis was performed as described in section 2.3.
[1180] Неожиданно, но не все ADC были активными на клетках HCC1954, несмотря на то, что они имеют сходные профили связывания (фиг. 1) и полезные нагрузки со сходными биохимическими свойствами. ADC c определенными линкерами (например, ADL10) и/или некоторыми полезными нагрузками (например, D14) были менее способны к ингибированию роста клеток, при этом ADC с чередующимися линкерами (ADL1, ADL5, ADL12) и/или полезными нагрузками (например, D1, D25, D2, D4) были более активными на клетках HCC1954 (фиг. 5A и таблицы 10, 11 и 14). Такие тенденции обычно наблюдались среди клеточных линий (HCC1954, N87 и SKBR3) и признаков (HCC1954 и SKBR3 представляют собой клеточные линии рака молочной железы с высокой экспрессией HER2; N87 представляет собой клеточную линию рака желудка с высокой экспрессией HER2) (фиг. 5B-C и таблицы 11 и 12). Более того, обычно традиционные нерасщепляемые линкеры, такие как ADL10, эффективно не доставляют полезные нагрузки модулятора сплайсинга. Однако небольшие модификации длины тех же самых линкеров делают ADC более активными, например, при сравнении AB185-ADL10-D1 и AB185-ADL12-D1 по дозозависимому эффекту в отношении жизнеспособности клеток (фиг. 5A-C).[1180] Surprisingly, not all ADCs were active on HCC1954 cells, despite the fact that they have similar binding profiles ( FIG. 1 ) and payloads with similar biochemical properties. ADCs with certain linkers (eg, ADL10) and/or some payloads (eg, D14) were less able to inhibit cell growth, while ADCs with alternating linkers (ADL1, ADL5, ADL12) and/or payloads (eg, D1 , D25, D2, D4) were more active on HCC1954 cells ( Figure 5A and Tables 10, 11 and 14). Such trends were commonly observed among cell lines (HCC1954, N87, and SKBR3) and traits (HCC1954 and SKBR3 are breast cancer cell lines with high HER2 expression; N87 is a gastric cancer cell line with high expression of HER2) ( Fig. 5B-C and tables 11 and 12). Moreover, traditional non-cleavable linkers, such as ADL10, do not typically effectively deliver splicing modulator payloads. However, small modifications in the length of the same linkers make ADCs more active, for example when comparing AB185-ADL10-D1 and AB185-ADL12-D1 for a dose-dependent effect on cell viability ( FIG. 5A-C ).
[1181] Чтобы гарантировать, что активность ADC на основе антитела к HER2 является антиген-зависимой, проводили обработку HER2-отрицательных клеток MCF7. Ни один из тестируемых ADC не был активен в тех же концентрациях, что и подвергнутые устойчивому целенаправленному воздействию HER2-положительные клетки (фиг. 6 и таблица 13). Это свидетельствует о том, что активность ADC на основе антитела к HER2 является антиген-зависимой.[1181] To ensure that the anti-HER2 antibody-based ADC activity is antigen-dependent, HER2-negative MCF7 cells were treated. None of the tested ADCs were active at the same concentrations as sustainably targeted HER2-positive cells (fig. 6 and table 13). This indicates that the anti-HER2 antibody-based ADC activity is antigen-dependent.
Таблица 10. Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2Table 10 Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody based ADCs
Таблица 10 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 Table 10 (continued). Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs
Таблица 10 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2Table 10 (continued). Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs
Таблица 10 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 Table 10 (continued). Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs
Таблица 10 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2Table 10 (continued). Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs
Таблица 11. Иллюстративные ADC на основе антитела к HER2 - клетки HCC1954Table 11 Exemplary anti-HER2 ADCs - HCC1954 cells
Таблица 12. Иллюстративные ADC на основе антитела к HER2 - клетки N87Table 12. Exemplary anti-HER2 ADCs - N87 cells
Таблица 13. Иллюстративные ADC на основе антитела к HER2 - клетки MCF7Table 13 Exemplary Anti-HER2 ADCs - MCF7 Cells
3.5.2 Проникающая способность ADC с полезной нагрузкой в отношении клеток Caco-23.5.2 Payload penetration of ADCs against Caco-2 cells
[1182] Клетки Caco-2 культивировали в течение 21 дня в 24-луночных планшетах со вставками Transwell при 37°C, 95% влажности, 5% CO2. Целостность клеточного монослоя подтверждали по TEER (трансэпителиальному электрическому сопротивлению) и с помощью красителя люцифер желтый. Полезные нагрузки вносили в двух повторностях при 10 мкм по отдельности с каждой стороны клеточного монослоя. Показатели проникающей способности от апикального к базолатеральному (A-B) направлению и от базолатерального к апикальному (B-A) направлению определяли посредством отбора аликвот из обеих камер сразу после обработки (t=0) и после инкубации в течение 2 часов. Образцы представляли собой белок, осажденный с органическим растворителем, содержащим внутренний стандарт, и их анализировали посредством LC-MS/MS (SCIEX; API 5500). Соотношение значений площади пика полезной нагрузки/внутреннего стандарта в зависимости от времени в обоих направлениях использовали для получения значений проникающей способности (см/сек.). Коэффициент эффлюкса рассчитывали путем деления B-A/A-B. Контрольные соединения для низких и высоких значений проникающей способности и эффлюкса проявляли свою функцию так, как и ожидалось. Значения проникающей способности приведены в таблице 14.[1182] Caco-2 cells were cultured for 21 days in 24-well plates with Transwell inserts at 37°C, 95% humidity, 5% CO 2 . Cell monolayer integrity was confirmed by TEER (transepithelial electrical resistance) and lucifer yellow stain. Payloads were applied in duplicate at 10 μm, separately on each side of the cell monolayer. Apical to basolateral (AB) and basolateral to apical (BA) penetration rates were determined by taking aliquots from both chambers immediately after treatment (t=0) and after incubation for 2 hours. The samples were protein precipitated with an organic solvent containing an internal standard and were analyzed by LC-MS/MS (SCIEX; API 5500). The ratio of payload peak area/internal standard versus time in both directions was used to obtain penetration values (cm/s). The efflux coefficient was calculated by dividing BA/AB. Control compounds for low and high penetration and efflux performed as expected. Penetration values are shown in Table 14.
3.5.3 Химическая стабильность ADC с полезной нагрузкой3.5.3 Chemical stability of ADC with payload
[1183] Полезные нагрузки инкубировали в буфере McIlvaine (цитратно-фосфатном), pH 5,5 (Boston Bioproducts; № BB-2466) с конечной концентрацией 20 мкM (менее 0,5% DMSO из исходного раствора). Раствор полезной нагрузки и внутренний стандарт с помощью пипетки вносили в 96-луночные планшеты, проводили цикл UPLC (Waters Aquity H-класс) и анализировали по исходному хроматографическому сигналу (t=0). Колонка представляла собой колонку UPLC HSS T3 1.8 мкм, 2,1×50 мм (№ 186003538). Градиент подвижной фазы A от 95% до 10% использовали в течение 1 мин., где A представляла собой 0,1% муравьиную кислоту в воде, а подвижная фаза B представляла собой 0,1% муравьиную кислоту в ацетонитриле (скорость потока 0,9 мл/мин.). Остальную часть раствора полезной инкубировали во встряхивателе для планшетов при 37°C (Eppendorf ThermoMixer). Анализы образцов посредством UPLC повторяли в моменты времени 24, 72 и 96 часов после инкубации при 37°C. Соотношение значений площади пика для полезной нагрузки и внутреннего стандарта определяли для трех моментов времени: для момента времени 0, дня 1 и либо дня 3, либо дня 4. Момент времени 0 определяли как 100. Соотношение значений площади пика для более поздних моментов времени сравнивали с моментом времени 0. Процент оставшихся рассчитывали следующим образом: (соотношение значений площади пика в день X/соотношение значений площади пика в момент времени 0) * 100 = % оставшихся. Кривую линию строили посредством расчетов в Excel, сравнивания логарифм % оставшихся и момент времени. Значения времени полужизни рассчитывали в Excel с помощью натурального логарифма(2)/кривой, и они приведены в таблице 14.[1183] Payloads were incubated in McIlvaine buffer (citrate-phosphate), pH 5.5 (Boston Bioproducts; No. BB-2466) at a final concentration of 20 μM (less than 0.5% DMSO from the stock solution). The payload solution and the internal standard were pipetted into 96-well plates, run a UPLC cycle (Waters Aquity H-class) and analyzed for the original chromatographic signal (t=0). The column was a UPLC HSS T3 1.8 µm, 2.1×50 mm column (#186003538). A gradient of mobile phase A from 95% to 10% was used over 1 min where A was 0.1% formic acid in water and mobile phase B was 0.1% formic acid in acetonitrile (flow rate 0.9 ml/min.). The remainder of the usable solution was incubated in a plate shaker at 37°C (Eppendorf ThermoMixer). Sample analyzes by UPLC were repeated at 24, 72 and 96 hours after incubation at 37°C. The ratio of peak area values for the payload and the internal standard was determined for three time points: for
Таблица 14. Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 14 Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody ADCs and associated payloads
Таблица 14 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 14 (continued). Characteristics of exemplary HER2 antibody-based ADCs and associated payloads
Таблица 14 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 14 (continued). Characteristics of exemplary HER2 antibody-based ADCs and associated payloads
3.5.4 PD-анализ сплайсинга в клетке3.5.4 PD analysis of splicing in a cell
[1184] Для подробного исследования механизма действия иллюстративных ADC на основе HER2 сплайсинг зрелого транскрипта SLC25A19 исследовали в клетках HCC1954, обработанных ADC в возрастающих концентрациях.[1184] To investigate in detail the mechanism of action of exemplary HER2-based ADCs, splicing of the mature SLC25A19 transcript was examined in HCC1954 cells treated with increasing concentrations of ADCs.
[1185] Клетки HCC1954 (ATCC) высевали в среде RPMI+10%FBS без фенола красного (ATCC) при 1×105 клеток на лунку в количестве 90 мкл на лунку. Клетки обрабатывали конъюгатами дозозависимым образом в 3-кратном разведении. Через 24 часа или 6 часов, соответственно, клетки лизировали с использованием 50 мкл буфера CL (IgePal CA-630, 5M NaCl, 1M трис-HCl 1M pH 7,4 в воде), содержащем 25 мкл/мл RNasin® (Promega) и инкубировали в течение 45 мин. при RT на качающейся мешалке. Полученную смесь (0,5 мкл) использовали для оценки модуляции сплайсинга в ПЦР-реакции с обратной транскрипцией, используя Taqman Fast Virus 1-Step MasterMix (Applied Biosystems) и следующие праймеры Taqman в соответствии с рекомендациями изготовителя: SLC25A19 (Invitrogen, Hs00222265_m1); RPLPO (Invitrogen, Hs99999902_m1); 18S (Invitrogen, Hs99999901_s1).[1185] HCC1954 cells (ATCC) were seeded in RPMI+10% FBS without phenol red (ATCC) at 1×10 5 cells per well in an amount of 90 μl per well. Cells were treated with the conjugates in a dose-dependent manner at a 3-fold dilution. After 24 hours or 6 hours, respectively, cells were lysed using 50 µl of CL buffer (IgePal CA-630, 5M NaCl, 1M Tris-HCl 1M pH 7.4 in water) containing 25 µl/ml RNasin® (Promega) and incubated for 45 min. at RT on an oscillating stirrer. The resulting mixture (0.5 μl) was used to assess splicing modulation in a reverse transcription PCR reaction using Taqman Fast Virus 1-Step MasterMix (Applied Biosystems) and the following Taqman primers as recommended by the manufacturer: SLC25A19 (Invitrogen, Hs00222265_m1); RPLPO (Invitrogen, Hs99999902_m1); 18S (Invitrogen, Hs99999901_s1).
[1186] Контроль T-DM1 (трастузумаб со средством, разрушающим микротрубочки, в качестве полезной нагрузки) не оказывал какого-либо влияния на сплайсинг SLC25A19 (фиг. 7). В противоположность этому, ADC на основе антитела к HER2, которые демонстрируют сильную рост-ингибирующую активность в разных клеточных линиях (фиг. 5), также демонстрируют сильную модуляцию сплайсинга, что указывает на целевой механизм действия (фиг. 7). Аналогичным образом, ADC на основе антитела к HER2, которые проявляют низкую активность в анализе жизнеспособности клеток были менее активны в том, что касается модуляции сплайсинга.[1186] The T-DM1 control (trastuzumab with a microtubule degrading agent as payload) did not have any effect on SLC25A19 splicing ( FIG. 7 ). In contrast, HER2 antibody-based ADCs, which exhibit strong growth-inhibitory activity in different cell lines ( Figure 5 ), also exhibit strong splicing modulation, indicative of a targeted mechanism of action ( Figure 7 ). Similarly, HER2 antibody-based ADCs that show low activity in the cell viability assay were less active in terms of splicing modulation.
3.5.5 Анализ неспецифического уничтожения клеток 3.5.5 Non-specific cell killing assay
[1187] Способность иллюстративных конъюгатов на основе антитела к HER2 уничтожать как положительные по мишени клетки, так и соседние отрицательные по мишени клетки измеряли в анализе неспецифического уничтожения клеток. NCI-H1568, клетки немелкоклеточного рака легкого (ATCC), конструировали так, чтобы они экспрессировали люциферазу. КДНК синтезировали с помощью GeneArt (ThermoFisher Scientific) и клонировали в вектор доставки pLVX-EF1a (ThermoFisher Scientific). Отдельно конструировали NCI-H1568 для экспрессии человеческого HER2 (клонировали в pLenti6.3/V5-DEST, ThermoFisher Scientific) с использованием системы вирусной трансфекции TransIT® в соответствии с инструкциями производителя (Mirus Bio LLC; № MIR6003). Для оценки неспецифической активности конъюгатов 2000 положительных по мишени (HER2-трансдуцированных) клеток NCI-H1568 и 2000 отрицательных по мишени (меченных люциферазой) клеток NCI-H1568 высевали вместе в прозрачные круглодонные 96-луночные планшеты (Corning) и инкубировали с конъюгатами, добавляемых в 3-кратных последовательных разведениях в трех повторностях, 30-0,005 нМ. В ходе обработки планшет с необработанными клетками анализировали с применением системы для анализа люциферазной активности OneGlo® Luciferase Assay System (Promega) и системы для оценки жизнеспособности клеток CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay System (Promega) в соответствии с рекомендациями производителя для определения момента времени ноль (T0). После 6 дней в культуре оставшуюся популяцию клеток анализировали посредством OneGlo® Luciferase Assay System (Promega) для измерения фракции выживших отрицательных по мишени клеток. Общую жизнеспособность измеряли посредством CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay System (T144). Кривые зависимости доза-ответ строили так, как это описано в разделе 2.3.[1187] The ability of exemplary anti-HER2 antibody conjugates to kill both target-positive cells and neighboring target-negative cells was measured in a non-specific cell killing assay. NCI-H1568 non-small cell lung cancer (ATCC) cells were engineered to express luciferase. cDNA was synthesized with GeneArt (ThermoFisher Scientific) and cloned into the pLVX-EF1a delivery vector (ThermoFisher Scientific). NCI-H1568 was separately engineered to express human HER2 (cloned into pLenti6.3/V5-DEST, ThermoFisher Scientific) using the TransIT® viral transfection system according to the manufacturer's instructions (Mirus Bio LLC; no. MIR6003). To evaluate the non-specific activity of the conjugates, 2000 target-positive (HER2-transduced) NCI-H1568 cells and 2000 target-negative (luciferase-labeled) NCI-H1568 cells were plated together in clear round-bottom 96-well plates (Corning) and incubated with conjugates added to 3-fold serial dilutions in triplicate, 30-0.005 nM. During processing, the plate with untreated cells was analyzed using the OneGlo® Luciferase Assay System (Promega) and the CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay System (Promega) according to the manufacturer's recommendations for determining the moment time zero (T0). After 6 days in culture, the remaining cell population was analyzed by the OneGlo® Luciferase Assay System (Promega) to measure the fraction of surviving target negative cells. Overall viability was measured using the CellTiter-Glo®2.0 Luminescent Cell Viability Assay System (T144). Dose-response curves were constructed as described in section 2.3.
[1188] Дизайн анализа неспецифического уничтожения позволяет определять только отрицательные по мишени клетки, устранение которых обусловлено поглощением катаболита, высвобождаемого соседними положительными по мишени клетками. Как уже обсуждалось выше, клетки высевали в трех условиях: (1) только отрицательные по мишени клетки (меченные люциферазой); (2) только положительные по мишени клетки; и (3) совместная культура отрицательных по мишени и положительных по мишени клеток. Если анализ реакции в планшетах проводят посредством считывания с использованием реагента CellTiter-Glo®, то можно определять жизнеспособность всех популяций клеток для подтверждения антиген-зависимой активности ADC. В противоположность этому, если используют реагент OneGlo®, то лишь в отрицательных по мишени (меченные люциферазой) клетках будет возникать сигнал.[1188] The design of the non-specific killing assay allows detection of only target-negative cells whose elimination is due to uptake of catabolite released by neighboring target-positive cells. As discussed above, cells were plated under three conditions: (1) target-negative cells only (luciferase labeled); (2) only target-positive cells; and (3) co-culture of target-negative and target-positive cells. If the reaction assay in the plates is performed by reading using the CellTiter-Glo® reagent, then viability of all cell populations can be determined to confirm antigen-dependent ADC activity. In contrast, if the OneGlo® reagent is used, only target-negative (luciferase labeled) cells will generate a signal.
[1189] Отрицательные по мишени (меченные люциферазой) клетки были не чувствительны к обработке с использованием ADC на основе антитела к HER2, если их культивировали отдельно (фиг. 8). Однако в том случае, если отрицательные по мишени клетки культивировали с положительными по мишени клетками, обработка с использованием ADC на основе антитела к HER2 приводила к повышенному уровню уничтожения отрицательных по мишени клеткам. Эти данные свидетельствуют о том, что отрицательные по мишени клетки более эффективно уничтожались ADC на основе антитела к HER2 в случае их совместного культивирования с положительными по мишени клетками, что в данном назвали как неспецифическое уничтожение. Неспецифическое уничтожение отличается от нецелевого уничтожения, которое определено как уничтожение собственно целевых (антиген)-отрицательных клеток в отсутствие и независимо от совместного культивирования с положительными по мишени клетками. [1189] Target-negative (luciferase-labeled) cells were insensitive to treatment with HER2 antibody-based ADC when cultured alone ( FIG. 8 ). However, when target-negative cells were cultured with target-positive cells, treatment with an anti-HER2 antibody ADC resulted in increased killing of target-negative cells. These data indicate that target-negative cells were more efficiently killed by anti-HER2 antibody-based ADCs when they were co-cultured with target-positive cells, referred to herein as non-specific killing. Non-specific killing is distinct from non-target killing, which is defined as the killing of self-target (antigen)-negative cells in the absence and regardless of co-culture with target-positive cells.
[1190] В данном эксперименте AB185-ADL5-D2 демонстрирует повышенную способность к уничтожению популяций раковых клеток, разнородных по антигенам, по сравнению с AB185-ADL1-D1. Не вдаваясь в теорию, полагают, что данное отличие в активности может быть обусловлено добавлением одной метильной группы в D2, которая обеспечивает трехкратное повышение активности полезной нагрузки в отношении клетки и проникающую способность по сравнению с D1 (см. таблицу 14). Обработка с использованием ADC D2 популяции раковых клеток, разнородных по антигенам, является столь же эффективной, как и обработка контрольным ADC на основе AB185-MC-Val-Cit-MMAE. [1190] In this experiment, AB185-ADL5-D2 demonstrates an increased ability to kill populations of cancer cells that are heterogeneous in antigens, compared with AB185-ADL1-D1. Without being bound by theory, it is believed that this difference in potency may be due to the addition of one methyl group to D2, which provides a threefold increase in cell payload activity and penetration compared to D1 (see Table 14). ADC D2 treatment of a population of antigenically heterogeneous cancer cells is as effective as treatment with a control ADC based on AB185-MC-Val-Cit-MMAE.
3.6 In vivo анализ3.6 In vivo analysis
[1191] In vivo оценивали иллюстративные ADC на основе антитела к HER2, которые демонстрировали выраженные модуляцию сплайсинга и ингибирование роста клеток. [1191] Exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs were evaluated in vivo and exhibited pronounced splicing modulation and cell growth inhibition.
3.6.1 Исследование эффективности с использованием ксенотрансплантата на основе HCC19543.6.1 Efficacy study using HCC1954 based xenograft
[1192] Для исследования эффективности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 на мышиной ксенотрансплантатной модели клетки HCC1954 (ATCC), клетки протоковой карциномы молочной железы (10×106 клеток/100 мкл/1:1 RPMI:Matrigel по объему) подкожно имплантировали в правый бок самкам мышей CB17-SCID. Мышей обрабатывали посредством однократного в/в болюсного введения дозы конъюгатов (составленных в DPBS, pH 7,4) или носителя-контроля. Количества, которые вводили животным, приведены на фиг. 9. Дважды в неделю животных осматривали в отношении роста опухоли и изменения веса тела до достижения ими одной из следующих конечных точек: (1) чрезмерный объем опухоли (рассчитывали по формуле для эллипсоида): (длина x ширина2)/2) или (2) возникновение любых нарушений здоровья, таких как чрезмерная потеря веса тела. Все исследования на животных проводили в соответствии с Биомедицинским руководством по уходу и использованию лабораторных животных H3.[1192] To investigate the efficacy of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs in the HCC1954 mouse xenograft cell (ATCC) xenograft model, breast ductal carcinoma cells (10×10 6 cells/100 μl/1:1 RPMI:Matrigel by volume) were implanted subcutaneously into right side of female CB17-SCID mice. Mice were treated with a single IV bolus dose of the conjugates (formulated in DPBS, pH 7.4) or vehicle control. The amounts administered to the animals are shown in FIG. 9 . Twice weekly, animals were examined for tumor growth and body weight changes until they reached one of the following endpoints: (1) excessive tumor volume (calculated from the ellipsoid formula): (length x width 2 )/2) or (2) occurrence any health disorder such as excessive body weight loss. All animal studies were performed in accordance with the Biomedical Guidelines for the Care and Use of Laboratory Animals H3.
[1193] Обработка с использованием ADC на основе антитела к HER2 (AB185-ADL5-D2 или AB185-ADL1-D1) в однократной дозе, составляющей по меньшей мере 2 мг/кг, приводила к значительной регрессии опухоли (фиг. 9). Также наблюдали дозозависимый эффект конъюгированной полезной нагрузки, при котором ADC на основе антитела к HER2 с более высокими значениями DAR (DAR ~ 4) демонстрировали повышенную эффективность и в большей степени замедляли рост опухоли по сравнению с контрольным антителом T-DM1 в той же дозе. Кроме того, полезная нагрузка, целенаправленно воздействующая на опухоль через ADC, была более эффективной по сравнению с соответствующей неконъюгированной полезной нагрузкой.[1193] Treatment with an anti-HER2 antibody ADC (AB185-ADL5-D2 or AB185-ADL1-D1) at a single dose of at least 2 mg/kg resulted in significant tumor regression ( FIG. 9 ). A dose-dependent effect of the conjugated payload was also observed, in which anti-HER2 antibody-based ADCs with higher DAR values (DAR ~ 4) showed increased efficacy and slowed tumor growth to a greater extent compared to the control T-DM1 antibody at the same dose. In addition, the tumor-targeting payload through the ADC was more efficient than the corresponding unconjugated payload.
ПРИМЕР 4EXAMPLE 4
[1194] Чтобы определить, можно ли экстраполировать свойства иллюстративных ADC на основе антитела к HER2, описанных в примере 3, на другие ADC, целенаправленно воздействующие на альтернативные антигены и/или состояния, определенные полезные нагрузки конъюгировали с иллюстративным антителом к CD138 (B-B4) и иллюстративным антителом к EPH2A (1C1). CD138 экспрессируется на злокачественных плазматических клетках, например, при множественной миеломе, тогда как EPH2A чаще экспрессируется при множестве злокачественных новообразованиях. Получение и оценка иллюстративных ADC на основе антител к CD138 и EPH2A описаны ниже.[1194] To determine whether the properties of the exemplary HER2 antibody-based ADCs described in Example 3 can be extrapolated to other ADCs targeting alternative antigens and/or conditions, certain payloads were conjugated to an exemplary anti-CD138 antibody (B-B4 ) and exemplary anti-EPH2A antibody (1C1). CD138 is expressed on malignant plasma cells, such as in multiple myeloma, while EPH2A is more commonly expressed in a variety of malignancies. The production and evaluation of exemplary CD138 and EPH2A antibody based ADCs are described below.
4.1 Антитела4.1 Antibodies
[1195] Антитело B-B4 ("AB205") (Tassone et al. (2004) Blood 104:3688-96) и антитело 1C1 ("AB206") (Jackson et al. (2008) Cancer Res. 68(22):9367-74) использовали для получения ADC на основе антитела к CD138 и ADC на основе антитела к EPH2A соответственно. [1195] Antibody B-B4 ("AB205") (Tassone et al. (2004) Blood 104:3688-96) and antibody 1C1 ("AB206") (Jackson et al. (2008) Cancer Res. 68(22) :9367-74) was used to generate an anti-CD138 ADC and an anti-EPH2A ADC, respectively.
4.2 Биоконъюгация4.2 Bioconjugation
[1196] Антитело (B-B4 или 1C1) при 10 мг/мл в буфере PBS (pH 7,0) смешивали с 5 мM TCEP (2-4 молярные эквиваленты) (ThermoFisher Scientific; № 77720) для расщепления межцепочечных дисульфидных связей. Реакционную смесь осторожно перемешивали при 22oC в течение 3 часов. Затем добавляли пропиленгликоль (15% объем/объем) с последующим добавлением 8 молярных эквивалентов линкера-полезной нагрузки (6 мМ стоковый раствор в DMSO) и раствор тщательно перемешивали. Реакционную помещали на вращающуюся подставку в термостате при 22oC. После 2-часовой конъюгации реакционную смесь очищали для удаления неконъюгированной полезной нагрузки с использованием AKTA GE M150 (колонки для обессоливания HiTrapTM 26/10; скорость потока: 3 мл/мин.) (GE Healthcare Bio-Sciences) в DPBS (pH 7,5). Полученный конъюгат концентрировали посредством ультрафильтрации через Amicon (30 кДа, Ultra-4) (EMD Millipore) и подвергали стерильной фильтрации через 0,22-мкм PVDF одноразовый фильтр (EMD Millipore). Проводили оценку полученного прозрачного раствора посредством UV-VIS для определения концентрации антитела ([mAb]; моль/л) и концентрации конъюгированной полезной нагрузки ([LD]; моль/л) в соответствии с законом Бэра-Ламберта (A=E*c*l) и согласно следующим уравнениям:[1196] Antibody (B-B4 or 1C1) at 10 mg/ml in PBS buffer (pH 7.0) was mixed with 5 mM TCEP (2-4 molar equivalents) (ThermoFisher Scientific; No. 77720) to cleave interchain disulfide bonds. The reaction mixture was gently stirred at 22 ° C. for 3 hours. Propylene glycol (15% v/v) was then added followed by the addition of 8 molar equivalents of payload linker (6 mM stock solution in DMSO) and the solution was thoroughly mixed. The reaction was placed on a turntable in an oven at 22 ° C. After 2 hours of conjugation, the reaction mixture was purified to remove unconjugated payload using AKTA GE M150 (HiTrapTM 26/10 desalting columns; flow rate: 3 ml/min.) (GE Healthcare Bio-Sciences) in DPBS (pH 7.5). The resulting conjugate was concentrated by ultrafiltration through Amicon (30 kDa, Ultra-4) (EMD Millipore) and sterile filtered through a 0.22 μm PVDF disposable filter (EMD Millipore). The resulting clear solution was evaluated by UV-VIS to determine the antibody concentration ([mAb]; mol/l) and the concentration of the conjugated payload ([LD]; mol/l) according to the Beer-Lambert law (A= E * c * l) and according to the following equations:
A280 нм= E mAb 280 нм * [mAb] * l+E LD 280 нм * [LD] * lA 280 nm= E mAb 280 nm * [mAb] * l+ E LD 280 nm * [LD] * l
A252 нм= E mAb 252 нм * [mAb] * l+E LD 252 нм * [LD] * lA 252 nm= E mAb 252 nm * [mAb] * l+ E LD 252 nm * [LD] * l
E mAb 280 нм : B-B4=224,320 см-1M-1 E mAb 280 nm : B-B4=224.320 cm -1 M -1
1C1=215,380 см-1M-1 1C1=215.380 cm -1 M -1
E mAb 252 нм : B-B4=83,670 см-1M-1 E mAb 252 nm : B-B4=83.670 cm -1 M -1
1C1=80,337 см-1M-1;1C1=80.337 cm -1 M -1 ;
E LD 280 нм = 800 см-1M-1
E LD 252 нм = 31,000 см-1M-1 E LD 252 nm = 31,000 cm-1M-1
Аббревиатуры: c - молярная концентрация; l - оптическая длина (Nanodrop: 0,1 см); E - молярный коэффициент светопоглощения; A - абсорбция. Abbreviations: c - molar concentration; l - optical length (Nanodrop: 0.1 cm); E is the molar coefficient of light absorption; A - absorption.
4.3 Определение биофизических характеристик 4.3 Determination of biophysical characteristics
[1197] DAR, процент агрегации и процент неконъюгированной полезной нагрузки определяли для иллюстративных ADC на основе антитела к CD138 и на основе антитела к EPHA2 посредством жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (LC/MS), эксклюзионной хроматографии (SEC), обращенно-фазовой высокоэффективной жидкостной хроматографии (HPLC) соответственно. Все конъюгаты, описанные в данном документе, содержат менее 2% лекарственного средства в свободной форме и содержат менее 10% агрегатов.[1197] DAR, percent aggregation, and percent unconjugated payload were determined for exemplary anti-CD138 antibody and anti-EPHA2 antibody based ADCs by liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS), size exclusion chromatography (SEC), reverse phase high performance liquid chromatography (HPLC), respectively. All conjugates described herein contain less than 2% free form drug and contain less than 10% aggregates.
4.3.1 Анализ LC/MS - DAR 4.3.1 LC/MS analysis - DAR
[1198] Анализ LC/MS проводили так, как это описано в разделе 3.3.1. Значения DAR для иллюстративных ADC на основе антитела к CD138 и антитела к EPHA2 приведены в таблицах 15-18.[1198] LC/MS analysis was performed as described in section 3.3.1. DAR values for exemplary anti-CD138 and anti-EPHA2 ADCs are shown in Tables 15-18.
4.3.2 Анализ SEC - агрегация4.3.2 SEC analysis - aggregation
[1199] Анализ SEC проводили так, как это описано в разделе 3.3.2. Процент мономеров для иллюстративных ADC на основе антитела к CD138 и антитела к EPHA2 приведен в таблицах 15-17.[1199] SEC analysis was performed as described in section 3.3.2. The percentage of monomers for exemplary anti-CD138 and anti-EPHA2 ADCs are shown in Tables 15-17.
4.3.3 Анализ HPLC - лекарственное средство в свободной форме 4.3.3 HPLC Assay - Free Form Drug
[1200] Анализ HPLC проводили так, как это описано в разделе 3.3.3. Процент лекарственного средства в свободной форме для иллюстративных ADC на основе антитела к CD138 и антитела к EPHA2 приведен в таблицах 15-17.[1200] HPLC analysis was performed as described in section 3.3.3. The percent free form drug for exemplary anti-CD138 and anti-EPHA2 ADCs is shown in Tables 15-17.
4.4 In vitro анализ4.4 In vitro analysis
4.4.1 Жизнеспособность клеток 4.4.1 Cell viability
[1201] ADC на основе антитела к CD138 тестировали на линии клеток множественной миеломы MOLP8, экспрессирующей CD138. Аналогичным образом, ADC на основе антитела к EPHA2 тестировали на линии клеток рака предстательной железы PC3, экспрессирующей EPHA2. Анализ жизнеспособности клеток проводили так, как это описано в разделе 2.3.[1201] An anti-CD138 ADC was tested on a multiple myeloma cell line, MOLP8, expressing CD138. Similarly, the anti-EPHA2 ADC was tested on the PC3 prostate cancer cell line expressing EPHA2. Cell viability analysis was performed as described in section 2.3.
[1202] Конъюгация полезной нагрузки с антителом к CD138 (фиг. 10 и таблица 16) и антителом к EPHA2 (фиг. 11 и таблица 18) привела к закономерностям, аналогичным тем, которые обсуждали в разделе 3.5.1 для ADC на основе антитела к HER2. В частности, ADC с определенными линкерами (например, ADL12) и/или полезными нагрузками (например, D1, D25, D4) продемонстрировали самую высокую активность в отношении антиген-экспрессирующих клеток. Соответственно, альтернативные полезные нагрузки (например, D14) были в меньшей степени способны ингибировать рост клеток посредством доставки, опосредованной антителами, несмотря на то, что они являются высокоактивными низкомолекулярными соединениями.[1202] Conjugation of the payload with an anti-CD138 antibody ( FIG. 10 and Table 16) and an anti-EPHA2 antibody ( FIG. 11 and Table 18) resulted in patterns similar to those discussed in section 3.5. HER2. In particular, ADCs with certain linkers (eg ADL12) and/or payloads (eg D1, D25, D4) showed the highest activity against antigen expressing cells. Accordingly, alternative payloads (eg, D14) were less able to inhibit cell growth via antibody-mediated delivery despite being highly active small molecule compounds.
Таблица 15. Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к CD138Table 15 Characteristics of exemplary anti-CD138 antibody based ADCs
Таблица 15 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к CD138Table 15 (continued). Characteristics of exemplary anti-CD138 antibody-based ADCs
[1203] [1203]
Таблица 16. Иллюстративные ADC на основе антитела к CD138 - клетки MOLP8Table 16 Exemplary anti-CD138 ADCs - MOLP8 cells
Таблица 17. Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к EPHA2 Table 17 Characteristics of exemplary anti-EPHA2 antibody based ADCs
Таблица 17 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к EPHA2Table 17 (continued). Characteristics of exemplary anti-EPHA2 antibody based ADCs
Таблица 18. Иллюстративные ADC на основе антитела к EPHA2 - клетки PC3Table 18 Exemplary anti-EPHA2 ADCs - PC3 cells
ПРИМЕР 5EXAMPLE 5
[1203] In vitro и/или in vivo стабильность иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 оценивали так, как это описано ниже. [1203] In vitro and/or in vivo stability of exemplary HER2 antibody-based ADCs was evaluated as described below.
5.1 Общее антитело и конъюгированная полезная нагрузка из AB185-ADL1-D1 в плазме крови5.1 Total antibody and conjugated payload from AB185-ADL1-D1 in plasma
[1204] После обработки in vitro (раздел 5.1.1) или обработки in vivo (раздел 5.1.2) с использованием AB185-ADL1-D1 уровни общего антитела (TAb) и конъюгированной полезной нагрузки (CP) количественно определяли в плазме крови посредством методики иммунопреципитации с последующими LC/MS/MS. Подбор количеств был линейным с весовым коэффициентом 1/x2 от 0,5 до 100 мкг/мл и от 0,5 до 500 нг/мл в плазме крови мышей для TAb и CP соответственно. Образцы плазмы крови смешивали с внутренним стандартом, представляющим собой универсальное моноклональное человеческое антитело, меченное стабильным изотопом (SIuTMMAB, Sigma, Сент-Луис, Миссури), и 10 мМ PBS, pH 7,4 и инкубировали при комнатной температуре в течение одного часа. К смеси добавляли магнитные гранулы DynabeadsR MyOneTM Streptavidin T1 (ThermoFisher Scientific) и инкубировали дополнительные 30 мин. при комнатной температуре. Магнитную подставку использовали для связывания гранул, которые последовательно промывали буфером CHAPS, а затем буфером PBS. Представляющие интерес аналиты элюировали из гранул с использованием 30 мМ HCl. Отдельные аликвоты элюента использовали для количественного определения TAb или CP. В случае TAb добавляли трис-HCl, pH 8,3, затем трипсин и оставляли инкубироваться в течение ночи при 37°C. В случае CP добавляли 1M ацетат аммония, затем внутренний стандарт, представляющий собой дейтерированную полезную нагрузку, и катепсин B, и оставляли инкубироваться в течение ночи при 25°C. Образцы анализировали с помощью LC/MS/MS и количественно анализировали с использованием соотношения площадей пика аналита и внутреннего стандарту и сравнивали с соответствующей калибровочной кривой. Для расчета концентрации CP в значение концентрации TAb вносили поправку на молекулярные массы полезной нагрузки, молекулярную массу AB185-ADL1-D1 и DAR (соотношение лекарственного средства и антитела).[1204] After in vitro treatment (Section 5.1.1) or in vivo treatment (Section 5.1.2) using AB185-ADL1-D1, total antibody (TAb) and conjugated payload (CP) levels were quantified in plasma by the method immunoprecipitation followed by LC/MS/MS. Fitting was linear with 1/ x2 weights ranging from 0.5 to 100 μg/mL and from 0.5 to 500 ng/mL in mouse plasma for TAb and CP, respectively. Plasma samples were mixed with stable isotope labeled universal human monoclonal antibody ( SIuTM MAB, Sigma, St. Louis, MO) internal standard and 10 mM PBS, pH 7.4 and incubated at room temperature for one hour. . Dynabeads R MyOne TM Streptavidin T1 magnetic beads (ThermoFisher Scientific) were added to the mixture and incubated for an additional 30 min. at room temperature. A magnetic stand was used to bind the beads, which were washed successively with CHAPS buffer and then with PBS buffer. Analytes of interest were eluted from the beads using 30 mM HCl. Separate aliquots of the eluent were used to quantify TAb or CP. In the case of TAb was added Tris-HCl, pH 8.3, then trypsin and left to incubate overnight at 37°C. In the case of CP, 1M ammonium acetate was added, followed by the deuterated payload internal standard and cathepsin B, and left to incubate overnight at 25°C. Samples were analyzed by LC/MS/MS and quantitatively analyzed using the ratio of the peak areas of the analyte and the internal standard and compared with the corresponding calibration curve. To calculate the CP concentration, the TAb concentration was corrected for payload molecular weights, AB185-ADL1-D1 molecular weight, and DAR (Drug to Antibody Ratio).
5.1.1 In vitro стабильность AB185-ADL1-D1 в плазме крови мыши, крысы и обезьяны5.1.1 In vitro stability of AB185-ADL1-D1 in mouse, rat and monkey plasma
[1205] В объединенную плазму крови (Bioreclamation) мыши, крысы и обезьяны и PBS вносили AB185-ADL1-D1 (4,81 мг/мл) с достижением конечной концентрации 50 мкг/мл. Образцы инкубировали при 37°C, влажности 95%, 5% CO2 в течение 4 дней таким образом, чтобы стабилизировать показатель pH и свести к минимуму неспецифическое связывание и испарение. Через 4, 24, 48, 72 и 96 часов аликвоты доставали из термостата и помещали на хранение при -70°C до обработки. Образцы размораживали и подвергали обработке для биологического анализа с использованием способов, описанных выше (раздел 5.1) для общего антитела и конъюгированной полезной нагрузки. Момент времени 0 определяли как 100% для каждой матрицы. Соотношение значений площади пика для более поздних моментов времени сравнивали с моментом времени 0 отдельно для каждой матрицы. Процент оставшихся рассчитывали следующим образом: (соотношение значений площади пика в день X/соотношение значений площади пика в момент времени 0) * 100 = % оставшихся. Кривую линию строили посредством расчетов в Excel, сравнивания логарифм % оставшихся и момент времени. Время полужизни рассчитывали в Excel с помощью натурального логарифма(2)/кривой.[1205] AB185-ADL1-D1 (4.81 mg/mL) was added to pooled blood plasma (Bioreclamation) of mice, rats, and monkeys and PBS to achieve a final concentration of 50 μg/mL. Samples were incubated at 37°C, 95% humidity, 5% CO 2 for 4 days in such a way as to stabilize the pH and minimize non-specific binding and evaporation. After 4, 24, 48, 72 and 96 hours, aliquots were removed from the oven and placed in storage at -70° C. until processed. Samples were thawed and processed for biological analysis using the methods described above (section 5.1) for total antibody and conjugated payload.
[1206] Было обнаружено, что общее антитело из AB185-ADL1-D1 стабильно в буфере и во всех видах плазмы крови, демонстрируя лишь умеренное осаждение в течение 4 дней (фиг. 12A). Уровни конъюгированной (интактной) полезной нагрузки D1 сохранялись в течение 4 дней (фиг. 12B). [1206] It was found that the total antibody from AB185-ADL1-D1 is stable in buffer and in all plasmas, showing only moderate precipitation over 4 days (fig. 12A). Conjugated (intact) D1 payload levels persisted for 4 days (fig. 12B).
5.1.2 Фармакокинетические (PK) исследования на основе алгоритма Snapshot плазмы крови мышей после введения однократной в/в дозы AB185-ADL1-D15.1.2 Pharmacokinetic (PK) studies based on the Snapshot algorithm of mouse plasma after a single IV dose of AB185-ADL1-D1
[1207] Мышей (CB17-SCID) обрабатывали посредством введения однократной в/в дозы AB185-ADL1-D1, составляющей 10 мг/кг или 20 мг/кг, с последующими отборами крови в момент умерщвления (пункция сердца) в пробирки с литием-гепарином (n=3 на момент времени на группу введения дозы) через 24, 48 и 72 часа после введения дозы. Кровь центрифугировали в течение 5 мин. при 5000 об./мин. при 4°C для удаления эритроцитов, а плазму крови помещали на хранение при -80°C до дальнейшего использования. Образцы размораживали и подвергали обработке для биологического анализа с использованием способов, описанных выше (раздел 5.1) для общего антитела и конъюгированной полезной нагрузки. [1207] Mice (CB17-SCID) were treated with a single IV dose of AB185-ADL1-D1 of 10 mg/kg or 20 mg/kg, followed by blood sampling at the time of sacrifice (cardiac puncture) in lithium- heparin (n=3 at time point per dosing group) at 24, 48 and 72 hours post-dose. The blood was centrifuged for 5 min. at 5000 rpm at 4°C to remove erythrocytes, and the blood plasma was stored at -80°C until further use. Samples were thawed and processed for biological analysis using the methods described above (section 5.1) for total antibody and conjugated payload.
[1208] После однократной в/в дозы AB185-ADL1-D1 более 400 нг/мл интактной полезной нагрузки D1 оставалось конъюгированной с антителом AB185 в момент времени 72 часа после введения дозы (фиг. 13). ADC AB185-ADL1-D1 продемонстрировал улучшенную стабильность по сравнению с альтернативным ADC, несущим полезную нагрузку с аналогичным механизмом действия. ADC на основе тайланстатина А, описанный в Puthenveetil et al. (Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8) является сравнительно менее стабильным и демонстрирует полное биологическое превращение полезной нагрузки к 72 часам (т. е. ацетат полностью гидролизуется). [1208] After a single IV dose of AB185-ADL1-D1 greater than 400 ng/mL, the intact D1 payload remained conjugated to the AB185 antibody at 72 hours post-dose ( Figure 13 ). The AB185-ADL1-D1 ADC showed improved stability compared to an alternative ADC carrying a payload with a similar mechanism of action. Tilanstatin A ADC described in Puthenveetil et al. (Bioconjugate Chem. (2016) 27:1880-8) is comparatively less stable and shows complete bioconversion of the payload by 72 hours (i.e. the acetate is completely hydrolyzed).
5.2 Ускоренное исследование стабильности AB185-ADL14-D1 и AB185-ADL5-D255.2 Accelerated Stability Study of AB185-ADL14-D1 and AB185-ADL5-D25
[1209] Свежеприготовленные SMLA (~ 1 мг каждого в пробирках эппендорф, 4~5 мг/мл) центрифугировали и измеряли посредством УФ-поглощения (NanoDrop) при 280 нм для определения концентрации белка. Затем образцы инкубировали на водяной бане при 37°C и отбирали образцы в четырех временных точках: 0 (свежеприготовленный), день 1, день 2 и день 4. Образцы, взятые в разные моменты времени, хранили при -80°C до завершения последнего отбора образцов. После оттаивания при 22°C образцы анализировали с помощью SEC, хроматографии с гидрофобным взаимодействие (HIC) и обращенно-фазовой MS(RP-HPLC) для количественной оценки агрегации/фрагментов антител и DAR. Процент агрегации, концентрация и значения DAR (HIC и RP-HPLC) для AB185-ADL14-D1 и AB185-ADL5-D25 в четырех моментах времени показаны в таблице 19.[1209] Freshly prepared SMLAs (~1 mg each in Eppendorf tubes, 4~5 mg/mL) were centrifuged and measured by UV absorption (NanoDrop) at 280 nm to determine protein concentration. Samples were then incubated in a water bath at 37°C and samples were taken at four time points: 0 (freshly prepared),
Таблица 19. Ускоренное исследование стабильности выбранных ADC на основе антитела к HER2Table 19 Accelerated Stability Study of Selected Anti-HER2 Antibody ADCs
ПРИМЕР 6EXAMPLE 6
[1210] Чтобы определить, могут ли клетки, обработанные ADC на основе модулятора сплайсинга (т. е иллюстративными ADC, описанными в данном документе), продуцировать неоантигены, подходящие для примирования наивных Т-клеток для перехода в эффекторные клетки (т. е эффекторные клетки, способные воздействовать на такие неоантигены), провели следующие эксперименты.[1210] To determine if cells treated with splicing modulator-based ADCs (i.e., the exemplary ADCs described herein) can produce neoantigens suitable for priming naive T cells for transition into effector cells (i.e., effector cells capable of acting on such neoantigens) conducted the following experiments.
6.1 Эксперимент по секвенированию РНК и определению белкового лигандома6.1 RNA sequencing and protein ligandome experiment
6.1.1 Обзор6.1.1 Overview
[1211] Изменения в транскриптоме исследовали после обработки с использованием ADC. Две линии клеток со сверхэкспрессией HER2, одну сконструированную линию клеток немелкоклеточного рака легкого (NCI-H1568) и другую линию клеток рака молочной железы с амплификацией HER2 (HCC1954), обрабатывали с использованием ADC (AB185-ADL1-D1) в концентрациях, предназначенных для инициации устойчивого аберрантного сплайсинга мРНК (4 нМ и 1,3 нМ соответственно). Эксперименты по секвенированию РНК проводили в момент времени 24 часа после обработки. Данные эксперименты продемонстрировали, что множество мРНК-транскриптов демонстрируют измененные паттерны сплайсинга. [1211] Changes in the transcriptome were examined after processing using ADC. Two HER2 overexpressing cell lines, one engineered non-small cell lung cancer cell line (NCI-H1568) and another HER2 amplifying breast cancer cell line (HCC1954), were treated with ADC (AB185-ADL1-D1) at concentrations intended to initiate persistent aberrant mRNA splicing (4 nM and 1.3 nM, respectively). RNA sequencing experiments were performed at the
[1212] Затем, чтобы выяснить, могут ли идентифицированные транскрипты транслироваться и презентироваться в качестве неоантигенов на комплексах MHC1 и опухолевых клеток, выбрали момент времени, который позволит осуществить трансляцию мРНК-транскриптов, но который будет предшествовать обширным цитотоксическим эффектам (поскольку они могут ухудшить отбор клеточного материала для анализа). Затем линии клеток NCI-H1568 и HCC1954 обрабатывали с использованием ADC при 3 нМ в течение 48 часов, и пептидом, связанный с MHC1, анализировали посредством LC-MS/MS. Данные о пептидоме отфильтровывали по начальному размеру пептида до 8-14 аминокислотных фрагментов (определяемого как критерий предельного размера для связывания с MHC1), а затем отфильтровывали против известных белков человека. Идентифицированные пептиды были охарактеризованы как аутоантигены независимо от того, в каких условиях и в какой клеточной линии их обнаружили. Все остальные пептидные последовательности картировали на данные секвенирования РНК по 3 рамкам трансляции. С использованием строгих критериев для оценки пептидных последовательностей (включая исключение: любого пептида, идентифицированного в любом необработанном образце, любого пептида, который не был закодирован в канонической открытой рамке считывания, и любого пептида, который не кодировался частью, охватывающей участок соединения экзонов, мРНК, где участки соединения экзонов были изменены посредством обработки с использованием AB185-ADL1-D1) идентифицировали четыре неопептида, связанные с MHC1. Схематическое изображение иллюстративного эксперимента по секвенированию РНК и определению белкового лигандома см. на фиг. 14.[1212] Next, to investigate whether the identified transcripts could be translated and presented as neoantigens on MHC1 and tumor cell complexes, a time point was chosen that would allow translation of the mRNA transcripts, but that would precede extensive cytotoxic effects (because they could impair selection). cellular material for analysis). Then, the cell lines NCI-H1568 and HCC1954 were treated with ADC at 3 nM for 48 hours and the MHC1-bound peptide was analyzed by LC-MS/MS. The peptidome data was filtered by initial peptide size to 8-14 amino acid fragments (defined as the size limit for binding to MHC1) and then filtered against known human proteins. The identified peptides were characterized as autoantigens regardless of the conditions under which they were found and in which cell line. All other peptide sequences were mapped to RNA sequencing data for 3 translation frames. Using strict criteria for evaluating peptide sequences (including the exclusion of: any peptide identified in any raw sample, any peptide that was not encoded in the canonical open reading frame, and any peptide that was not encoded by the exon junction spanning portion of the mRNA, where exon junctions were altered by processing with AB185-ADL1-D1) identified four neopeptides associated with MHC1. For a schematic of an exemplary RNA sequencing and protein ligandome experiment, see FIG. 14 .
6.1.2 Подробное описание способов6.1.2 Detailed description of methods
6.1.2.1 Секвенирование РНК клеток, обработанных с использованием ADC6.1.2.1 RNA sequencing of ADC-treated cells
[1213] Клетки NCI-H1568 (ATCC), сверхэкспрессирующие HCC1954 и HER2, высевали из расчета 1×105 клеток на отдельную лунку 6-луночного планшета для культуры ткани (Corning). Клетки обрабатывали фосфатно-буферным солевым раствором или AB185-ADL1-D1 в концентрации 1,3 нМ и 4 нМ соответственно в течение 24 часов. Общую РНК экстрагировали из клеток с использованием набора RNAeasy Mini (Qiagen) и оценивали качественно и количественно (набор RNA 6000 Nano LabChip на 2100 Bioanalyzer, оба от Agilent). Отобранные посредством полиаденилирования библиотеки для секвенирования РНК создавали в соответствии со стандартными протоколами Illumina. Библиотеки кДНК качественно и количественно проверяли посредством набора DNA-1000 на 2100 Bioanalyzer (оба от Agilent). Библиотеки объединяли и секвенировали на HiSeq 2000 (Illumina) с получением ридов со спаренными концами размером 101 основание. [1213] NCI-H1568 cells (ATCC) overexpressing HCC1954 and HER2 were seeded at 1 x 10 5 cells per individual well of a 6-well tissue culture plate (Corning). Cells were treated with PBS or AB185-ADL1-D1 at 1.3 nM and 4 nM, respectively, for 24 hours. Total RNA was extracted from cells using the RNAeasy Mini kit (Qiagen) and assessed qualitatively and quantitatively (RNA 6000 Nano LabChip kit on 2100 Bioanalyzer, both from Agilent). RNA sequencing libraries selected by polyadenylation were generated according to standard Illumina protocols. The cDNA libraries were qualitatively and quantitatively tested with the DNA-1000 kit on a 2100 Bioanalyzer (both from Agilent). The libraries were pooled and sequenced on a HiSeq 2000 (Illumina) to give 101 base paired end reads.
[1214] Необработанные риды, полученные посредством секвенирования, выравнивали с человеческой референтной последовательностью hg19 посредством STAR 2.4.2a с применением выравнивания 35 в два прохода, а количественное определение изоформ проводили с применением Kallisto 0.42.4 (Bray et al. (2016) Nat Biotechnol. 34(5):525-7) против аннотации версии 25 в GENCODE, картированной на GRCh37. Оценку количества оставшихся интронов осуществляли путем определения 6 нуклеотидов (-3 нуклеотида от сайта сплайсинга и +3 после сайта сплайсинга) граничных участков экзон-интронного сочленения и подсчета выравниваний, которые полностью перекрывали данные участки. Все необработанные данные о числе границ сплайсинга, в том числе об экзон-интронных сочленениях, объединяли во всех технических повторах для каждой когорты. Частоту используемости различных границ сплайсинга оценивали с применением биномиального z-критерия для выявления отличий в пропорции между обработанными и необработанными пулами образцов. Пропорции рассчитывали на основе всех границ сплайсинга (и экзон-интронных сочленений), которые имеют общий сайт сплайсинга, аналогично проценту сплайсированных в (PSI) измерении. С целью сохранения допущения о нормальности в анализе учитывались только те общие сайты сплайсинга с общим количеством границ сплайсинга (сумма необработанного количества по всем границам сплайсинга, имеющим этот сайт сплайсинга), превышающим 10 ридов или равным ему в обработанных и необработанных когортах. Z-показатели, соответствующие q-значению ≤0,05 с поправкой на уровень ложноположительных результатов (FDR) для обработанных ("аберрантных") границ сплайсинга и ≤0,20 для необработанных ("канонических") границ сплайсинга, считали значимыми.[1214] Raw reads obtained by sequencing were aligned with the human hg19 reference sequence by STAR 2.4.2a using two-pass alignment 35, and isoform quantification was performed using Kallisto 0.42.4 (Bray et al. (2016) Nat Biotechnol .34(5):525-7) against version 25 annotation in GENCODE mapped to GRCh37. The number of remaining introns was estimated by determining the 6 nucleotides (-3 nucleotides from the splicing site and +3 nucleotides after the splicing site) of the boundary regions of the exon-intron junction and counting the alignments that completely overlapped these regions. All raw data on the number of splicing boundaries, including exon-intron junctions, were pooled across all technical replicates for each cohort. The frequency of use of different splicing boundaries was assessed using a binomial z-test to identify differences in proportion between treated and untreated sample pools. Proportions were calculated based on all splice boundaries (and exon-intron junctions) that share a common splicing site, similar to the percentage spliced in (PSI) dimension. To maintain the normality assumption, only those total splice sites with a total number of splice boundaries (the sum of the raw count over all splice boundaries having that splice site) greater than or equal to 10 reads in the treated and untreated cohorts were considered in the analysis. Z-scores corresponding to a q-value ≤0.05 adjusted for false positive rate (FDR) for treated ("aberrant") splice boundaries and ≤0.20 for untreated ("canonical") splicing boundaries were considered significant.
[1215] Две или более границы сплайсинга, которые имеют общий сайт сплайсинга и имеют по меньшей мере одну границу сплайсинга, которая в значительной степени положительно экспрессируется в обработанных образцах, или по крайней мере одну границу сплайсинга, которая в значительной степени экспрессируется в необработанных образцах, соответственно считались аберрантными или каноническими границами сплайсинга. Как аберрантные, так и канонические границы сплайсинга должны были присутствовать в событии, чтобы его можно было считать отличительным сплайсингом. В случае событий сохранения интрона оба экзон-интронные сочленения (5'- и 3'-сайты сплайсинга), а также соединяющая их граница сплайсинга должны были быть значимыми.[1215] Two or more splice boundaries that share a common splice site and have at least one splice boundary that is highly positively expressed in treated samples, or at least one splice boundary that is highly expressed in untreated samples, respectively, were considered aberrant or canonical splicing boundaries. Both aberrant and canonical splicing boundaries must have been present in an event for it to be considered distinctive splicing. In the case of intron conservation events, both exon-intron junctions (5' and 3' splicing sites), as well as the splicing boundary connecting them, should have been significant.
6.1.2.2 MHC1-связанный пептидом клеток, обработанных с использованием ADC6.1.2.2 MHC1-related peptide of ADC-treated cells
[1216] Клетки NCI-H1568 (ATCC), сверхэкспрессирующие HCC1954 и HER2, высевали из расчета 1×108 клеток на 15 см2 планшетов для культур тканей (Corning). Клетки обрабатывали фосфатно-буферным солевым раствором или AB185-ADL1-D1 в концентрации 3 нМ в течение 48 часов. Клетки механически собирали из планшетов и обрабатывали согласно Bassani-Sternberg et al. ((2015) Mol Cell Proteomics 14(3):658-73). Если вкратце, то процедура включала солюбилизацию белковых комплексов MHC-1 из клеточных мембран, обогащение белка MHC-1 вместе с его связанными пептидами посредством иммунопреципитации, селективное элюирование и очистку связанных пептидов, а также идентификацию и количественное определение пептидов посредством LC/MS/MS-анализа. Для иммунопреципитации использовали моноклональное антитело W6/32, выделенное из линии клеток гибридомы HB-95TM. Масс-спектрометрические анализы проводили с использованием устройства Q Exactive HF. Файлы необработанных данных, полученные в этом исследовании, обрабатывали с использованием программного пакета MaxQuant (версии 1.5.7.13) для идентификации и количественной оценки пептидов и белков с применением базы данных последовательностей человеческих белков (версии 22017). В дополнение к этой базе данных были включены спрогнозированные варианты транскриптов на основе экспериментов RNAseq с клетками HCC1954 и NCI-H1568, обработанными AB185-ADL1-D1. MaxQuant выполняет сравнение 6-рамочной трансляции и интегрирует полученные пептидные последовательности для сопоставления со спектрами MS². Данные дополнительно отфильтровывали вручную по пептидным последовательностям, которые были характерны для образцов, обработанных AB185-ADL1-D1, а также по пептидам, кодируемым mRNA с границами сплайсинга, модулированными посредством обработки AB185-ADL1-D1 (фиг. 14). Четыре неопептида идентифицировали с помощью строгой фильтрации данных RNAseq по лигандому, связанному с MHC-1. Эти неопептиды кодировались четырьмя генами. Белковые последовательности четырех неопептидов, обозначаемых в данном документе как неоантиген 1, неоантиген 2, неоантиген 3 и неоантиген 4, были удлинены для последующих экспериментов по инициации примирования иммунных клеток. Удлиненная белковая последовательность включает одновременно собственно неопептидную последовательность в дополнение к фланкирующим аминокислотным последовательностям. Удлиненная белковая последовательность лучше облегчает захват белка дендритными клетками и содействует презентации антигена и примированию T-клеток в моделях с разными изотипами HLA.[1216] NCI-H1568 cells (ATCC) overexpressing HCC1954 and HER2 were plated at 1×10 8 cells per 15 cm 2 tissue culture plates (Corning). Cells were treated with PBS or AB185-ADL1-D1 at 3 nM for 48 hours. Cells were harvested mechanically from the plates and processed according to Bassani-Sternberg et al. ((2015) Mol Cell Proteomics 14(3):658-73). Briefly, the procedure included solubilization of MHC-1 protein complexes from cell membranes, enrichment of the MHC-1 protein along with its associated peptides by immunoprecipitation, selective elution and purification of associated peptides, and identification and quantification of peptides by LC/MS/MS- analysis. For immunoprecipitation, the W6/32 monoclonal antibody isolated from the HB-95TM hybridoma cell line was used. Mass spectrometric analyzes were performed using a Q Exactive HF device. The raw data files obtained in this study were processed using the MaxQuant software package (version 1.5.7.13) for the identification and quantification of peptides and proteins using the human protein sequence database (version 22017). In addition to this database, predicted transcript variants based on RNAseq experiments with HCC1954 and NCI-H1568 cells treated with AB185-ADL1-D1 were included. MaxQuant performs a 6-frame translation comparison and integrates the resulting peptide sequences for matching with MS² spectra. The data were further manually filtered for peptide sequences that were characteristic of AB185-ADL1-D1-treated samples as well as peptides encoded by mRNA with splicing boundaries modulated by AB185-ADL1-D1 treatment ( Fig. 14 ). Four neopeptides were identified by stringent filtering of RNAseq data for the MHC-1 associated ligandome. These neopeptides were encoded by four genes. The protein sequences of four neopeptides, herein referred to as
6.2 Эксперимент по примированию Т-клеток6.2 T cell priming experiment
6.2.1 Обзор6.2.1 Overview
[1217] Данный эксперимент представлял собой восстановление in vitro взаимодействий, которые происходят в нормальных вторичных лимфатических органах человека (например, в лимфатических узлах, дренирующих опухоль). В данном эксперименте моноциты выделяли из мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) и индуцировали их дифференцировку в дендритные клетки (DC) посредством культивирования в коктейле цитокинов. После дифференцировки до зрелых DC зрелые DC культивировали с удлиненными неопептидными последовательностями. В ходе культивирования зрелые DC захватывают пептиды, процессируют их во фрагменты и презентируют их на MHC1 для примирования CD8 Т-клеток. Затем DC смешивали с дополнительными PBMC от того же донора и инкубировали в течение примерно 2 недель в коктейле цитокинов для стимуляции активации CD8 T-клеток. После инкубации клетки переносили в планшет для ELISpot, который повторно покрывали пептидами, используемыми для примирования, и повторную стимуляцию CD8 Т-клеток контролировали по секреции IFNγ. Затем планшет для ELISpot обрабатывали и получали изображение, и пятна IFNγ подсчитывали для оценки числа активных CD8 Т-клеток. Схематическое изображение иллюстративного эксперимента по примированию Т-клеток см. на фиг. 15.[1217] This experiment was an in vitro recovery interactions that occur in normal human secondary lymphatic organs (eg, tumor-draining lymph nodes). In this experiment, monocytes were isolated from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and induced to differentiate into dendritic cells (DC) by culturing in a cytokine cocktail. After differentiation to mature DCs, mature DCs were cultured with extended neopeptide sequences. During culture, mature DCs take up the peptides, process them into fragments, and present them on MHC1 for CD8 T cell priming. DC was then mixed with additional PBMCs from the same donor and incubated for approximately 2 weeks in a cytokine cocktail to stimulate CD8 T cell activation. After incubation, the cells were transferred to an ELISpot plate, which was recoated with the peptides used for priming, and restimulation of CD8 T cells was monitored for IFNγ secretion. The ELISpot plate was then processed and imaged, and IFNγ spots were counted to estimate the number of active CD8 T cells. For a schematic representation of an illustrative T cell priming experiment, seefig. 15.
6.2.2 Подробное описание способов6.2.2 Detailed description of methods
6.2.2.1 Анализ ELISpot опосредованного неоантигенами примирования и активации Т-клеток6.2.2.1 ELISpot assay of neoantigen-mediated T cell priming and activation
[1218] Клеточный материал в виде мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) приобретали у нескольких поставщиков (StemExpress, HemaCare, Precision Medicine) и использовали для получения антиген-реактивных CD8+ Т-клеток согласно Wölfl and Greenberg ((2014) Nat Prot. 9(4):950-66; фиг. 15). Если вкратце, то замороженные РВМС (5×107 клеток) размораживали и на 2-3 часа высевали в пластиковых флаконах для культур тканей Т-75 (Corning) в RPMI1640, дополненной 5% сыворотки крови АВ человека и 1% пенициллина/стрептомицина. Не прикрепившиеся клетки удаляли и отбрасывали, а прикрепившиеся клетки культивировали в течение 5 дней в RPMI1640/5% сыворотки крови человека, дополненной 20 нг/мл GM-CSF и 20 нг/мл IL-4. На 6 день в среду дополнительно добавляли TNF-α при 20 нг/мл. На 7 день зрелые DC собирали, подсчитывали и загружали неопептидами, которые были идентифицированы в экспериментах с MHC1-пептидомом (фиг. 16). Клетки разделяли и нагружали каждым пептидом в конечной концентрации 10 мкг/106 клеток/мл и инкубировали 1 день. На 8 день DC обрабатывали митомицином C в концентрации 20 мкг/мл в течение 30 мин. и тщательно промывали. Одновременно с обработкой DC 108 соответствующих PBMC оттаивали и промывали RPMI1640. Затем РВМС во флаконах T25 смешивали с DC при соотношении 10:1 в 10 мл RPMI1640/5% сыворотки крови AB человека, дополненной IL-21 в концентрации 30 нг/мл. После 3 дней совместного культивирования (день 11) добавляли еще 10 мл свежей среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 5 нг/мл. После дополнительных 3 дней совместного культивирования (день 14) добавляли еще 10 мл свежей среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 5 нг/мл, и совместную культуру переносили во флакон T-75. На 17 день добавляли еще 20 мл среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 10 нг/мл, и клетки переносили во флакон T-175. На 20 день клетки собирали, проводили анализ ELISpot в соответствии с инструкциями производителя (R&D Systems). В лунки предварительно вносили пептиды в конечной концентрации 10 мкг/мл на лунку, вносили клетки при плотности клеток 2×105 клеток на лунку, высеянные клетки дублировали и инкубировали в течение ночи. Пятна IFNγ проявляли и считывали на ридере AID ELISpot в соответствии с инструкциями производителя (фиг. 17A - D).[1218] Peripheral blood mononuclear cell (PBMC) cell material was purchased from several vendors (StemExpress, HemaCare, Precision Medicine) and used to generate antigen-reactive CD8+ T cells according to Wölfl and Greenberg ((2014) Nat Prot. 9( 4):950-66; Fig. 15 ). Briefly, frozen PBMCs (5×10 7 cells) were thawed and plated for 2-3 hours in T-75 plastic tissue culture flasks (Corning) in RPMI1640 supplemented with 5% human AB serum and 1% penicillin/streptomycin. Non-adherent cells were removed and discarded, and adherent cells were cultured for 5 days in RPMI1640/5% human serum supplemented with 20 ng/ml GM-CSF and 20 ng/ml IL-4. On day 6, additional TNF-α was added to the medium at 20 ng/ml. On day 7, mature DCs were harvested, counted, and loaded with neopeptides that were identified in experiments with the MHC1 peptidome ( Fig. 16 ). Cells were separated and loaded with each peptide at a final concentration of 10 μg/10 6 cells/ml and incubated for 1 day. On day 8, DC was treated with mitomycin C at a concentration of 20 μg/ml for 30 minutes. and washed thoroughly. Simultaneously with
[1219] Иллюстративные данные экспериментов по примированию антигеном показаны на фиг. 17A - D. Партии клеток PBMC, полученных от доноров, подвергали дифференцировке в DC и примированию с использованием неопептидов, как показано на фиг. 15. Анализ данных ELISpot показывает, что в PBMC от здоровых доноров примирование наивных Т-клеток посредством DC-презентирования неопептидов может приводить к антиген-специфическому росту и созреванию популяций эффекторных (CD8) Т-клеток. Эти популяции Т-клеток проявляют антиген-специфическую повторную активацию, о чем свидетельствует секреция IFNγ только в присутствии антигенного пептида, но не в присутствии пептидов, которые не инициируют примирование. [1219] Exemplary data from antigen priming experiments are shown in FIG. 17A-D . Batches of PBMC cells obtained from donors were subjected to DC differentiation and priming using neopeptides as shown in FIG. 15 . Analysis of ELISpot data shows that in PBMC from healthy donors, priming of naive T cells via DC-presentation of neopeptides can lead to antigen-specific growth and maturation of effector (CD8) T cell populations. These T cell populations exhibit antigen-specific reactivation as evidenced by IFNγ secretion only in the presence of the antigenic peptide, but not in the presence of peptides that do not initiate priming.
RT-qPCRRT-qPCR
[1220] РНК выделяли из клеточных линий с использованием RNeasy Mini с обработкой с помощью DNaseI (Qiagen), и 1-2 мкг РНК подвергали обратной транскрипции с использованием обратной транскриптазы Superscript VILO (ThermoFisher Scientific) в 20 мкл в соответствии с инструкциями производителя. Лизаты РНК выделяли и подвергали обратной транскрипции с использованием набора TaqMan Gene Expression Cells-to-CT (ThermoFisher Scientific) в соответствии с инструкциями производителя. Количественную ПЦР выполняли с использованием реагента TaqMan Gene Expression Master Mix (ThermoFisher Scientific) с зондами для транскрипта, нацеливающимися на границы сплайсинга в неоантигене, в формате дуплекса с РНК GAPDH VIC-PL (ThermoFisher Scientific), и количественный анализ проводили с использованием методики ΔΔCt.[1220] RNA was isolated from cell lines using RNeasy Mini with DNaseI (Qiagen) treatment and 1-2 μg of RNA was reverse transcribed using Superscript VILO reverse transcriptase (ThermoFisher Scientific) in 20 μl according to the manufacturer's instructions. RNA lysates were isolated and reverse transcribed using the TaqMan Gene Expression Cells-to-CT kit (ThermoFisher Scientific) according to the manufacturer's instructions. Quantitative PCR was performed using the TaqMan Gene Expression Master Mix reagent (ThermoFisher Scientific) with transcript probes targeting neoantigen splicing boundaries in GAPDH VIC-PL RNA duplex format (ThermoFisher Scientific) and quantitation was performed using the ΔΔCt method.
ПРИМЕР 7EXAMPLE 7
7.1 Эксперимент по секвенированию РНК и определению белкового лигандома7.1 RNA sequencing and protein ligandome experiment
7.1.1 Способы7.1.1 Methods
[1221] Эксперимент по секвенированию РНК и определению белкового лигандома проводили так, как это описано в примере 6 (разделе 6.1). Схематическое изображение иллюстративного эксперимента по секвенированию РНК и определению лигандома MHC1 см. на фиг. 14.[1221] The RNA sequencing and protein ligandome experiment was performed as described in Example 6 (Section 6.1). See FIG. 14 .
7.1.2 Результаты7.1.2 Results
[1222] Двадцать девять неопептидов идентифицировали с помощью строгой фильтрации данных RNAseq по лигандому, связанному с MHC1 (таблица 20). Отобрали четыре неопептида, которые удлиняли для следующих экспериментов по инициации примирования иммунных клеток. Четыре выбранных неопептида выделены жирным шрифтом в таблице 20.[1222] Twenty-nine neopeptides were identified by stringent filtering of RNAseq data by MHC1-associated ligandome (Table 20). Four neopeptides were selected and extended for further experiments to initiate immune cell priming. The four selected neopeptides are highlighted in bold in Table 20.
Таблица 20. НеопептидыTable 20. Neopeptides
[1223] Белковые последовательности двадцати девяти неопептидов могут быть удлинены. Удлиненная белковая последовательность включает одновременно собственно неопептидную последовательность в дополнение к фланкирующим аминокислотным последовательностям. Удлиненная белковая последовательность лучше облегчает захват белка дендритными клетками и содействует презентации антигена и примированию T-клеток в моделях с разными изотипами HLA. Аминокислотные последовательности двадцати девяти удлиненных неопептидов представлены в таблице 21.[1223] The protein sequences of twenty-nine neopeptides can be extended. The extended protein sequence simultaneously includes the neopeptide sequence itself in addition to the flanking amino acid sequences. The extended protein sequence better facilitates protein uptake by dendritic cells and promotes antigen presentation and T cell priming in multi-HLA isotype models. The amino acid sequences of twenty-nine extended neopeptides are shown in Table 21.
Таблица 21. Аминокислотные последовательности удлиненных неопептидовTable 21. Amino acid sequences of extended neopeptides
* Подчеркивание указывает на аминокислоты, полученные из открытой рамки считывания канонического транскрипта (т. е. канонической пептидной последовательности).* Underlining indicates amino acids derived from the open reading frame of the canonical transcript (i.e., the canonical peptide sequence).
7.2 Эксперимент по примированию Т-клеток7.2 T cell priming experiment
7.2.1 Обзор7.2.1 Overview
[1224] Схематическое изображение иллюстративного эксперимента по примированию Т-клеток см. на фиг. 15.[1224] See FIG. 15 .
7.2.2 Материалы7.2.2 Materials
[1225] Материалы, используемые для примирования T-клеток:[1225] Materials used for T cell priming:
среда RPMI 1640 (Thermo Fisher Scientific, № кат. A10491-01) RPMI 1640 medium (Thermo Fisher Scientific, cat. no. A10491-01)
Пенициллин/стрептомицин (100x, Thermo Fisher Scientific, № кат. 15140122)Penicillin/streptomycin (100x, Thermo Fisher Scientific, cat. no. 15140122)
Человеческая сыворотка крови типа AB (Sigma, № H3667-100ML)Human serum type AB (Sigma, # H3667-100ML)
Рекомбинантный человеческий IL-4 (Peprotech, № кат. 200-04)Recombinant human IL-4 (Peprotech cat no. 200-04)
Рекомбинантный человеческий GM-CSF (Peprotech, № кат. 300-03) Recombinant human GM-CSF (Peprotech cat no. 300-03)
Рекомбинантный человеческий TNF-α (Peprotech, № кат. 300-01A) Recombinant human TNF-α (Peprotech cat no. 300-01A)
Человеческий IL-7 (Peprotech, № кат. 200-07) Human IL-7 (Peprotech cat no. 200-07)
Человеческий IL-15 (Peprotech, № кат. 200-15) Human IL-15 (Peprotech cat no. 200-15)
Человеческий IL-21 (Peprotech, № кат. 200-21) Human IL-21 (Peprotech cat no. 200-21)
Пептиды (New England Peptide - 95% чистота, растворены в DMSO, 1000X стоковый раствор при концентрации 10 мкг/мкл)Peptides (New England Peptide - 95% pure, dissolved in DMSO, 1000X stock solution at 10 µg/µl)
Набор ELISpot для человеческого IFN-y(R&D Systems, № кат. EL285)Human IFN-y ELISpot kit (R&D Systems, cat. no. EL285)
7.2.3 Способы7.2.3 Methods
7.2.3.1 Получение и созревание дендритных клеток из человеческих моноцитов и загрузка неoпептидами7.2.3.1 Generation and maturation of dendritic cells from human monocytes and loading with neopeptides
[1226] Замороженные или свежие PBMC размораживали и однократно промывали предварительно нагретой средой RPMI, а аликвоту не прикрепившихся клеток оставляли для секвенирования TCR на исходном уровне. PBMC ресуспендировали в 10 мл среды для дендритных клеток (DC) (RPMI 1640, дополненная 5% сыворотки крови AB человека и 1% пенициллина/стрептомицина) в количестве 5×106 клеток на мл, всего 50 миллионов клеток. Клетки переносили в пластиковый флакон для культур тканей Т-75 и инкубировали при 37°C, при 5% CO2 в течение 2-3 часов. После осторожного встряхивания не прикрепившиеся клетки удаляли и выбрасывали, а прикрепившиеся (обогащенные моноцитами) клетки трижды промывали предварительно нагретой средой DC. 10 мл среды для DC, дополненной GM-CSF в конечной концентрации 20 нг/мл и IL-4 в конечной концентрации 20 нг/мл, добавляли к прикрепившимся клеткам. Прикрепившиеся клетки инкубировали при 37°C, 5% CO2, при 100% влажности в течение 5 дней. На 6 день добавляли рекомбинантный TNF-α до конечной концентрации 20 нг/мл и культивировали еще в течение 48 часов. На 7 день собирали и подсчитывали DC, затем нагружали неопептидами (каждый при 10 мкг/1×106 клеток/мл) или контролем без неопептида. На 8 день клетки собирали в виде зрелых DC. Зрелые DC обрабатывали митомицином C при конечной концентрации 20 мкг/мл в течение 30 мин. при 37°C с последующей интенсивной промывкой перед совместной инкубацией с Т-клетками для примирования.[1226] Frozen or fresh PBMCs were thawed and washed once with pre-warmed RPMI medium, and an aliquot of non-adherent cells was left for TCR sequencing at baseline. PBMC were resuspended in 10 ml of dendritic cell (DC) medium (RPMI 1640 supplemented with 5% human AB serum and 1% penicillin/streptomycin) at 5×10 6 cells per ml, 50 million cells in total. Cells were transferred to a T-75 tissue culture plastic flask and incubated at 37° C., 5% CO 2 for 2-3 hours. After gentle shaking, non-adherent cells were removed and discarded, and adherent (monocyte-enriched) cells were washed three times with prewarmed DC medium. 10 ml of DC medium supplemented with GM-CSF at a final concentration of 20 ng/ml and IL-4 at a final concentration of 20 ng/ml was added to the adherent cells. Attached cells were incubated at 37°C, 5% CO 2 , 100% humidity for 5 days. On day 6, recombinant TNF-α was added to a final concentration of 20 ng/ml and cultured for an additional 48 hours. On day 7, DCs were collected and counted, then loaded with neopeptides (each at 10 μg/1×10 6 cells/ml) or control without neopeptide. On day 8, cells were harvested as mature DCs. Mature DCs were treated with mitomycin C at a final concentration of 20 μg/ml for 30 min. at 37°C followed by intensive washing before co-incubation with T cells for priming.
7.2.3.2 Начало совместного культивирования с аутологичными T-клетками7.2.3.2 Starting co-culture with autologous T cells
[1227] В день 0 замороженные или свежие размораживали и однократно промывали в предварительно нагретой среде. Затем РВМС ресуспендировали и в флаконах T25 смешивали с DC при соотношении 10:1 (10×106:1×106 клеток) в 10 мл RPMI1640/5% сыворотки крови AB человека, дополненной IL-21 в концентрации 30 нг/мл. После 3 дней совместного культивирования (день 3) добавляли еще 10 мл свежей среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 5 нг/мл. После дополнительных 3 дней совместного культивирования (день 6) добавляли еще 10 мл свежей среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 5 нг/мл, и совместную культуру переносили во флакон T-75. На 9 день добавляли еще 20 мл среды, дополненной IL-7 и IL-15 в конечной концентрации 10 нг/мл, и клетки переносили во флакон T-175. На 11-12 дни клетки собирали, проводили анализ ELISpot в соответствии с инструкциями производителя (R&D Systems) и проводили секвенирование TCR (1×106 клеток). В лунки предварительно вносили пептиды в конечной концентрации 10 мкг/мл на лунку, вносили клетки при плотности клеток 2×105 клеток на лунку, высеянные клетки дублировали и инкубировали в течение ночи. Пятна IFNγ проявляли и считывали на ридере AID ELISpot в соответствии с инструкциями производителя.[1227] On
7.2.4 Результаты7.2.4 Results
[1228] Иллюстративные данные экспериментов по примированию антигеном приведены в таблице 22.[1228] Illustrative data from antigen priming experiments are shown in Table 22.
Таблица 22. Данные по примированию T-клетокTable 22 T cell priming data
(прогнозированное связывание)(predicted binding)
[1229] Партии клеток PBMC, полученных от доноров, подвергали дифференцировке в DC и примированию с использованием неопептидов, как показано на фиг. 15. Анализ данных ELISpot показывает, что в PBMC от здоровых доноров примирование наивных Т-клеток посредством DC-презентирования неопептидов может приводить к антиген-специфическому росту и созреванию популяций эффекторных (CD8) Т-клеток. Эти популяции Т-клеток проявляют антиген-специфическую повторную активацию, о чем свидетельствует секреция IFNγ только в присутствии антигенного пептида, но не в присутствии пептидов, которые не инициируют примирование. Данные также свидетельствуют о том, что ответ на неопептиды необязательно может быть предсказан на основе HLA. [1229] Batches of PBMC cells obtained from donors were subjected to DC differentiation and priming using neopeptides as shown in FIG. 15 . Analysis of ELISpot data shows that in PBMC from healthy donors, priming of naive T cells via DC-presentation of neopeptides can lead to antigen-specific growth and maturation of effector (CD8) T cell populations. These T cell populations exhibit antigen-specific reactivation as evidenced by IFNγ secretion only in the presence of the antigenic peptide, but not in the presence of peptides that do not initiate priming. The data also suggest that the response to neopeptides can not necessarily be predicted based on HLA.
ПРИМЕР 8EXAMPLE 8
8.1 Идентификация неoпептидов8.1 Identification of neopeptides
8.1.1 Обзор8.1.1 Overview
[1230] Для идентификации неопептидов, образовавшихся в результате модуляции сплайсинга, пептиды длиной 8-11 аминокислот, которые, как предполагают, связываются с MHC класса I из канонического протеома и протеома с модулированным сплайсингом сравнивали по отдельности по тандемным масс-спектрам с использованием стандартного подхода "мишень-ловушка". Сначала мРНК-транскрипты с альтернативным сплайсингом подвергали трансляции и сравнивали с референтным протеомом. Затем по спектрам, которые не соответствовали референтному протеому, проводили поиск соответствующих новых пептидов. Схематическую диаграмму иллюстративного процесса идентификации новых пептидов, образовавшихся в результате модуляции сплайсинга, смотри на фиг. 14.[1230] To identify neopeptides resulting from modulated splicing, 8-11 amino acid long peptides that are believed to bind to MHC class I from the canonical and modulated splicing proteome were compared separately by tandem mass spectra using a standard approach. "target-trap". First, alternatively spliced mRNA transcripts were translated and compared to a reference proteome. Then, the spectra that did not correspond to the reference proteome were used to search for the corresponding new peptides. See FIG. 14 .
8.1.2 Способы8.1.2 Methods
8.1.2.1 Создание базы данных потенциальных неопептидов8.1.2.1 Building a database of potential neopeptides
[1231] Для создания базы данных потенциальных неопептидов проводили идентификацию пептидов, охватывающих границы экзонов или содержащих интроны, не обнаруженные в референтном протеоме (см. Li et al. (2011) Mol. Cell Proteomics 10 (5): M110.006536). Пептиды, полученные из референтного протеома, отбирали из проанализированных вручную последовательностей белков и загружали. Кроме того, белки отфильтровывали по границам сплайсинга, выявленным в нормальных тканях. В качестве альтернативного подхода полноразмерные белки можно транслировать в после событий сплайсинга, выполнять поиск пептидов, охватывающих границы сплайсинга экзонов или содержащих интроны, а затем сравнивать с помощью BLAST с референтным протеомом. [1231] To create a database of potential neopeptides, peptides spanning exon boundaries or containing introns not found in the reference proteome were identified (see Li et al. (2011) Mol. Cell Proteomics 10 (5): M110.006536). Peptides derived from the reference proteome were selected from manually analyzed protein sequences and loaded. In addition, proteins were filtered by splicing boundaries found in normal tissues. As an alternative approach, full-length proteins can be translated after splicing events, searched for peptides spanning exon splicing boundaries or containing introns, and then compared by BLAST to a reference proteome.
[1232] Чтобы избежать ненужных статистических тестов, использовали только пептиды, вероятность связывания которых с MHC была cпрогнозирована. Последовательности белков (как из референтного протеома, так и полученные в результате трансляции транскриптов с пропуском экзона или сохраненным интроном) оценивали на предмет связывания с высокой аффинностью с аллелями MHC1 с использованием программного обеспечения NetMHCPan и/или MHCnuggets. В случае и первого, и второго программных пакетов хиты с сильным или слабым связыванием были выбраны (i) по необработанным данным прогнозирования прочности аффинного связывания (пороговое значение 500 нМ для слабого связывания) или (ii) путем отбора большого числа случайных существующих пептидов и определения распределения значений прогнозируемой силы связывания для пептидов. Затем предполагаемое значение силы связывания для любых новых пептидов сравнивали с данным распределением. Пороговые значения сильного и слабого связывания, измеренные с помощью последней методики (методики (ii)), представляли собой спрогнозированные значения силы связывания для с 0,5% с наивысшим показателем или 2,0% наивысшим показателем случайным образом отобранных существующих пептидов соответственно (смотри Nielsen and Andreatta (2016) Genome Med. 8(1):33). В настоящее время прогнозирование для MHC ограничено пептидными последовательностями длиной 8-11 аминокислот и содержится в базе данных по иммунным эпитопам (IEDB). [1232] To avoid unnecessary statistical tests, only peptides that were predicted to bind to MHC were used. Protein sequences (both from the reference proteome and from translation of exon-skipping or intron-sparing transcripts) were evaluated for high affinity binding to MHC1 alleles using NetMHCPan and/or MHCnuggets software. For both the first and second software packages, hits with strong or weak binding were selected (i) from raw affinity binding strength prediction data (500 nM threshold for weak binding) or (ii) by selecting a large number of random existing peptides and determining the distribution predicted binding strength values for peptides. The estimated binding strength for any new peptides was then compared to this distribution. The strong and weak binding thresholds measured using the latter method (method (ii)) were predicted binding strengths for the highest 0.5% or highest 2.0% randomly selected existing peptides, respectively (see Nielsen and Andreatta (2016) Genome Med 8(1):33). Currently, prediction for MHC is limited to peptide sequences of 8-11 amino acids in length and is contained in the immune epitope database (IEDB).
8.1.2.2 Идентификация транскриптов, образованных в результате модуляции сплайсинга, с использованием секвенирования РНК (RNAseq) и профилирования рибосом (RiboSeq)8.1.2.2 Identification of splicing modulated transcripts using RNA sequencing (RNAseq) and ribosome profiling (RiboSeq)
[1233] Ряд неопептидов получены из более крупных пептидных доменов (например, TUBA1C), тогда как пептидные фрагменты из остальной части транслируемого участка могут остаться не выявленными. Это может быть следствием усиленной деградации не выявленных участков, аффинности связывания с MHC1 или технических проблем, связанных с выявлением посредством масс-спектрометрии (МС). Как правило, при анализе RNAseq число прогнозируемых неопептидов будет завышено (поскольку не все транскрипты, подвергнутые альтернативному сплайсингу, будут транслироваться), тогда как в MHC1-лигандоме будет занижено число прогнозируемых неопептидов. [1233] A number of neopeptides are derived from larger peptide domains (eg, TUBA1C), while peptide fragments from the rest of the translated region may remain undetected. This may be due to increased degradation of undetected sites, binding affinity for MHC1, or technical problems associated with detection by mass spectrometry (MS). Typically, RNAseq analysis will overestimate the number of predicted neopeptides (because not all alternatively spliced transcripts will be translated), while the MHC1 ligandome will underestimate the number of predicted neopeptides.
[1234] Для составления списка неопептидов в качестве маркера трансляции в белки идентифицировали доступные варианты границ сплайсинга, образованные в результате модуляции сплайсинга, со связанными рибосомами (Andreev et al. (2017) Nucleic Acids Res. 45 (2): 513-26). RiboSeq или рибосомальное профилирование позволило выявить последовательности mRNA (и вариантные домены), которые подверглись активной трансляции, о чем свидетельствует присутствие рибосом, связанных с транскриптом, а также специфических доменов соединения экзонов.[1234] To compile a list of neopeptides as a marker of translation into proteins, available variants of splicing boundaries formed as a result of splicing modulation with associated ribosomes were identified (Andreev et al. (2017) Nucleic Acids Res. 45 (2): 513-26). RiboSeq or ribosomal profiling revealed mRNA sequences (and variant domains) that had undergone active translation, as evidenced by the presence of transcript-bound ribosomes as well as specific exon junction domains.
ПРИМЕР 9EXAMPLE 9
9.1 In vitro анализ иллюстративных ADC на основе антитела к HER29.1 In vitro analysis of exemplary anti-HER2 antibody based ADCs
9.1.1 Способы9.1.1 Methods
[1235] Клетки HCC1954, NCI-N87 или MCF7 (ATCC) высевали в среде RPMI без фенолового красного+10% FBS (ATCC) или EMEM+10% FBS+инсулин (0,01 мг/мл) (для MCF7) в количестве 2,5 х 103 клеток на лунку при 90 мкл на лунку. Клетки (n=3 лунки на условие) обрабатывали конъюгатами дозозависимым образом в 3-кратном разведении. Через 24 часа клетки лизировали с использованием 50 мкл буфера CL (IgePal CA-630, 5M NaCl, 1M трис-HCl 1M pH 7,4 в воде), содержащем 25 мкл/мл RNasin® (Promega) и инкубировали в течение 45 мин. при RT на качающейся мешалке. Полученную смесь (1 мкл) использовали для оценки модуляции сплайсинга в ПЦР-реакции с обратной транскрипцией, используя Taqman Fast Virus 1-Step MasterMix (Applied Biosystems) и следующие праймеры Taqman в соответствии с рекомендациями изготовителя: SLC25A19 (Invitrogen, Hs00222265_m1); FBXW5 (IDT, прямой праймер: CACACCAGATCGGCATCAA (SEQ ID NO:37), обратный праймер: CGATGATGTGTCCGTGTATGT (SEQ ID NO:38), зонд: ATCCTGCCACACCAGATGACCAC (SEQ ID NO:39), краситель: FAM, гаситель: ZEN/Iowa Black FQ); TAOK1 (IDT, прямой праймер: CTGCTTCGGATTTACTAGAAGAGATA (SEQ ID NO:40), обратный праймер: GCGTTCCCACAAAGGAATTG (SEQ ID NO:41), зонд: TGCTGACTTTGGCTCTGCTTCCAT (SEQ ID NO:42), краситель: FAM, гаситель: ZEN/Iowa Black FQ); RPLP0 (Invitrogen, Hs99999902_m1).[1235] HCC1954, NCI-N87 or MCF7 (ATCC) cells were seeded in RPMI without phenol red+10% FBS (ATCC) or EMEM+10% FBS+insulin (0.01 mg/mL) (for MCF7) in an amount 2.5 x 10 3 cells per well at 90 µl per well. Cells (n=3 wells per condition) were treated with the conjugates in a dose-dependent manner at a 3-fold dilution. After 24 hours, cells were lysed using 50 µl of CL buffer (IgePal CA-630, 5M NaCl, 1M Tris-HCl 1M pH 7.4 in water) containing 25 µl/ml RNasin® (Promega) and incubated for 45 min. at RT on an oscillating stirrer. The resulting mixture (1 μl) was used to evaluate splicing modulation in reverse transcription PCR using Taqman Fast Virus 1-Step MasterMix (Applied Biosystems) and the following Taqman primers as recommended by the manufacturer: SLC25A19 (Invitrogen, Hs00222265_m1); FBXW5 (IDT, forward primer: CACACCAGATCGGCATCAA (SEQ ID NO:37), reverse primer: CGATGATGTGTCCGTGTATGT (SEQ ID NO:38), probe: ATCCTGCCACACCAGATGACCAC (SEQ ID NO:39), stain: FAM, quencher: ZEN/Iowa Black FQ ); TAOK1 (IDT, forward primer: CTGCTTCGGATTTACTAGAAGAGATA (SEQ ID NO:40), reverse primer: GCGTTCCCACAAAGGAATTG (SEQ ID NO:41), probe: TGCTGACTTTGGCTCTGCTTCCAT (SEQ ID NO:42), dye: FAM, quencher: ZEN/Iowa Black FQ ); RPLP0 (Invitrogen, Hs99999902_m1).
9.2 In vivo эффективность и фармакодинамика (PD) иллюстративных ADC на основе антитела к HER29.2 In vivo efficacy and pharmacodynamics (PD) of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs
9.2.1 Способы - in vivo эффективность в ксенотрансплантатной модели на основе клеток NCI-N879.2.1 Methods - in vivo efficacy in xenograft model based on NCI-N87 cells
[1236] Мышей CB17-SCID (Charles River Laboratories) содержали в соответствии с федеральными, государственными, городскими регуляторными правилами и правилами аккредитации AAALAC в отношении исследований на животных города Кембридж, штата Массачусетс. Линию клеток карциномы желудка человека NCI-N87 получали из Американской коллекции типовых культур (АТСС № CRL-5822). Клетки пассажа 14 использовали для экспериментов с опухолями. В последний раз клетки проверяли в отношении присутствия мышиных патогенов в сентябре 2016 года, а на микоплазмы в декабре 2018 года.[1236] CB17-SCID mice (Charles River Laboratories) were maintained in accordance with federal, state, city, and AAALAC animal research regulations in Cambridge, Massachusetts. The human gastric carcinoma cell line NCI-N87 was obtained from the American Type Culture Collection (ATCC No. CRL-5822). Passage 14 cells were used for tumor experiments. Cells were last tested for murine pathogens in September 2016 and for mycoplasmas in December 2018.
[1237] Суспензию отдельных клеток из 5 миллионов клеток на 0,1 мл (50% ATCC-модифицированная среда RPMI-1640, № кат. A10491-01 (Thermo-Fisher Scientific) и 50% Corning Matrigel, № кат. 356254 (VWR Scientific)) подкожно вводили в наружный участок правого бока с использованием шприца с иглой 25Ga. Мышей рандомизировали в день 0 при среднем объеме опухоли 180-183 мм3, n=8 на группу для анализа эффективности и n=4 на группу для фармакодинамики (PD). В день 1 исследуемые препараты вводили (10 мг/кг) в объеме 5 мл/кг внутривенно каждые 7 дней в течение 2 циклов для анализа эффективности; один курс обработки использовали для PD-оценки. Животных в когортах PD умерщвляли через 24, 48, 72 и/или 96 часов после введения однократной дозы в зависимости от исследуемого препарата. Объем опухоли и вес тела измеряли один или два раза в неделю до завершения (61 день) исследования. Объем опухоли рассчитывали по формуле длина x ширина2/2. В ходе исследования исключали мышей, достигших конечной точки (размер опухоли ≥ 20 мм3 в любом направлении или объем опухоли ≥ исходного веса тела x 100) или имевших изъязвление опухоли или глазную инфекцию. [1237] Single cell suspension of 5 million cells per 0.1 ml (50% ATCC-modified medium RPMI-1640, cat. no. A10491-01 (Thermo-Fisher Scientific) and 50% Corning Matrigel, cat. no. 356254 (VWR Scientific)) was injected subcutaneously into the outer area of the right flank using a syringe with a 25Ga needle. Mice were randomized on
[1238] Соединения составляли в ламинарном боксе биологической защиты. Средой носителем для исследуемого препарата был фосфатно-буферный солевой раствор с pH 7,4 (№ кат. A10010-049 (Thermo-Fisher Scientific)). Группы представлены в таблице 23.[1238] the Compounds were in a laminar box biological protection. The vehicle for the study drug was phosphate buffered saline, pH 7.4 (Cat. No. A10010-049 (Thermo-Fisher Scientific)). Groups are presented in table 23.
[1239] Противоопухолевую активность рассчитывали следующим образом:[1239] Antitumor activity was calculated as follows:
% T/C формула=обработанные/контроль*100% T/C formula=treated/control*100
%TGI формула = (среда-носитель среднеедень X - обработанные среднеедень X)/носитель среднеедень X * 100, где день X представлял собой день 22.%TGI formula = (vehicle mean day X - treated mean day X )/vehicle mean day X * 100, where day X was day 22.
9.2.2 Способы - in vivo PD (RT-qPCR)9.2.2 Methods - in vivo PD (RT-qPCR)
[1240] РНК выделяли из образцов опухолей с использованием набора MagMAX-96 для микрочипов и устройства MagMAX Express-96 Deep Well Magnetic Particle Processor (ThermoFisher Scientific). Образцы опухолей (весом 50-100 мг) собирали в буфере RNAlater и помещали на хранение при -80°C до выделения РНК. Гомогенизацию тканей выполняли путем добавления 2-3 керамических гранул и 1 мл реагента Tri-reagent в пробирку с опухолями с последующим разрушением на приборе Omni Bead Ruptor 24 (Omni International). Выделение РНК осуществляли в соответствии с инструкциями производителя.[1240] RNA was isolated from tumor samples using a MagMAX-96 microarray kit and a MagMAX Express-96 Deep Well Magnetic Particle Processor (ThermoFisher Scientific). Tumor samples (weighing 50-100 mg) were collected in RNAlater buffer and stored at -80° C. until RNA isolation. Tissue homogenization was performed by adding 2-3 ceramic beads and 1 ml Tri-reagent to the tumor tube, followed by disintegration on an Omni Bead Ruptor 24 (Omni International). RNA isolation was performed according to the manufacturer's instructions.
[1241] Лизаты РНК выделяли и подвергали обратной транскрипции с использованием реагента TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mixt (ThermoFisher Scientific) в соответствии с инструкциями производителя. [1241] RNA lysates were isolated and reverse transcribed using the TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mixt reagent (ThermoFisher Scientific) according to the manufacturer's instructions.
[1242] Количественную ПЦР с кДНК выполняли с использованием реагента TaqMan Gene Expression Master Mix (ThermoFisher Scientific) с зондами для транскрипта, нацеливающимися на границы сплайсинга в FBXW5 или TAOK1, в формате дуплекса с РНК RPLP0 VIC-PL (ThermoFisher Scientific), и количественный анализ проводили с использованием методики ΔΔCt.[1242] Quantitative PCR with cDNA was performed using the TaqMan Gene Expression Master Mix reagent (ThermoFisher Scientific) with transcript probes targeting splicing boundaries in FBXW5 or TAOK1, in RPLP0 VIC-PL RNA duplex format (ThermoFisher Scientific), and quantified analysis was performed using the ΔΔCt method.
Таблица 23. ГруппыTable 23. Groups
9.3 Результаты9.3 Results
In vitro анализ: In vitro analysis :
[1243] иллюстративные ADC на основе антитела к HER2 оценивали в отношении антипролиферативной активности на двух HER2-положительных линиях клеток разного происхождения (на клетках рака молочной железы HCC1954 и клетках рака желудка N87) и HER2-отрицательной линии клеток (MCF7). Измеряли эффективность ингибирования роста (GI50-активность), а также качество ответа (Rмин по сравнению с контролем). Альтернативный сплайсинг в репрезентативном гене домашнего хозяйства SLC25A19 измеряли с помощью qPCR после обработки указанных линий клеток с использованием ADC. Измеряли GI50 и качество ответа сплайсинга. Результаты in vitro анализа приведены в таблице 25. [1243] exemplary HER2 antibody-based ADCs were evaluated for antiproliferative activity in two HER2 positive cell lines of different origins (HCC1954 breast cancer cells and N87 gastric cancer cells) and a HER2 negative cell line (MCF7). The effectiveness of growth inhibition (GI50 activity) was measured, as well as the quality of the response (R min compared to control). Alternative splicing in the housekeeping representative gene SLC25A19 was measured by qPCR after treatment of these cell lines with ADC. GI50 and splicing response quality were measured. The results of in vitro analysis are shown in table 25.
[1244] В целом, тестируемые ADC на основе антитела к HER2 показали благоприятную эффективность в отношении антиген-положительных линий клеток и минимальный ответ в отношении жизнеспособности и сплайсинга в отношении антиген-отрицательной линии клеток. ADC различались по качеству ответа в уничтожении клеток и завершенности альтернативного сплайсинга в SLC25A19. ADC относили к одной из четырех категорий в отношении влияния на каждую из антиген-положительных линий клеток: 1) высокое качество ответа/высокая летальность и выраженный ответ в виде сплайсинга; 2) высокое качество ответа/высокая летальность и слабый ответ в виде сплайсинга; 3) низкое качество ответа/низкая летальность и выраженный ответ в виде сплайсинга; или 4) низкая клеточная летальность и слабый ответ в виде сплайсинга. Несколько ADC продемонстрировали благоприятные свойства категории 3 в отношении линии клеток рака желудка N87. Соединение AB185-ADL13-D4 проявляло неизменно летальное действие и продемонстрировало высокое качество ответа в виде сплайсинга как на клетках HCC1954, так и на клетках N87. Такая постоянная антиген-специфическая летальная активность является обычно желательной для ADC, при этом водорастворимый линкер может обеспечить еще более высокую нагрузку лекарственного средства с благоприятными характеристиками конъюгата. Смена линкера на ADL23 (трипептид EVC) неожиданно изменила профиль в обеих клеточных линиях. Соединение AB185-ADL1-D12 также было уникальным в том плане, что оно является высоколетальным для клеток HCC1954, но активность полезной нагрузки в отношении клеток является неизменно низкой для ряда линий клеток солидных и гематологических опухолей. D12 также является единственной полезной нагрузкой в этих группах с низким коэффициентом эффлюкса. Таким образом, ADC, высвобождающие данную полезную нагрузку, могут быть активными против видов рака с множественной лекарственной устойчивостью, которые экспрессируют антиген-мишень. [1244] In general, the anti-HER2 antibody ADCs tested showed favorable efficacy against antigen positive cell lines and minimal viability and splicing response against antigen negative cell lines. ADCs differed in the quality of the response in killing cells and the completion of alternative splicing in SLC25A19. ADCs were classified into one of four categories with respect to their effect on each of the antigen-positive cell lines: 1) high response quality/high lethality and pronounced splicing response; 2) high response quality/high lethality and poor splicing response; 3) poor quality of response/low mortality and pronounced splicing response; or 4) low cell lethality and poor splicing response. Several ADCs have shown
[1245] При сравнении активности в отношении сплайсинга (IC50 в qPCR) с активностью в отношении клеток (GI50 в CTG) на клетках рака молочной железы HCC1954 глюкуронидный линкер и полезная нагрузка D12 продемонстрировали благоприятные свойства. Полезная нагрузка с карбаматным переключением C6/C7 (D8) и двухосновная полезная нагрузка (D5) продемонстрировали активность в отношении клеток, но не продемонстрировали наиболее эффективного альтернативного сплайсинга. Смена дипептида на трипептидный линкер с полезной нагрузкой D4 или D1 снижает эффективность альтернативного сплайсинга, но активность в отношении клеток остается высокой. Смотри фиг. 18 (размещено по размеру в зависимости от летальной активности в отношении клеток, заштриховано по качеству ответа в виде альтернативного сплайсинга).[1245] When comparing splicing activity (IC50 in qPCR) with activity against cells (GI50 in CTG) on HCC1954 breast cancer cells, the glucuronide linker and D12 payload showed favorable properties. The C6/C7 carbamate switch payload (D8) and dual base payload (D5) showed cell activity but did not show the most efficient alternative splicing. Changing the dipeptide to a tripeptide linker with a D4 or D1 payload reduces the efficiency of the alternative splicing, but the cell activity remains high. See fig. 18 (ranked by size according to cell lethal activity, hatched for quality of response as alternative splicing).
[1246] При сравнении активности в отношении сплайсинга (IC50 в qPCR) с активностью в отношении клеток (GI50 в CTG) на клетках рака желудка N87 глюкуронидный линкер (с D4) и полезная нагрузка D12 продемонстрировали благоприятные свойства, как и на клетках HCC1954. В целом, все ADC показали минимальную активность в отношении сплайсинга и активность в отношении HER2-отрицательной линии клеток MCF7. Несмотря на относительно низкую активность полезной нагрузки D12 в отношении клеток, активность ADC на основе антитела к HER2 с данной полезной нагрузкой была высокой, а полезная нагрузка показала низкий коэффициент эффлюкса. Эти свойства потенциально могут повысить эффективность лечения рака с множественной лекарственной устойчивостью. Смотри фиг. 19 (размещено по размеру в зависимости от летальной активности в отношении клеток, заштриховано по качеству ответа в виде альтернативного сплайсинга).[1246] When comparing splicing activity (IC50 in qPCR) with activity against cells (GI50 in CTG) on N87 gastric cancer cells, the glucuronide linker (with D4) and D12 payload showed favorable properties, as well as on HCC1954 cells. Overall, all ADCs showed minimal splicing activity and activity against the HER2-negative MCF7 cell line. Despite the relatively low cell activity of the D12 payload, the activity of the anti-HER2 ADC with this payload was high and the payload showed a low efflux factor. These properties have the potential to improve the treatment of multidrug-resistant cancers. See fig. 19 (ranked by size according to cell lethal activity, hatched for quality of response as alternative splicing).
[1247] In vitro анализ проводили с дополнительными ADC на основании антитела к HER2. Сравнение ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузок показано в таблице 26. При сравнении активности и летальности ADC на основе антитела к HER2 со стабильностью и проникающей способностью соответствующих полезных нагрузок (фиг. 20) соединение AB185-ADL5-D15 продемонстрировало благоприятное сочетание эффективности, летальной активности, химической стабильности и проникающей способности катаболита (например, для предполагаемого нецелевого уничтожения). Как описано ниже, AB185-ADL5-D15 также было активно in vivo и продемонстрировало высокую противоопухолевую активность на ксенотрансплантатной модели NCI-N87.[1247] In vitro analysis was performed with additional ADC based on antibodies to HER2. Comparison of anti-HER2 antibody-based ADCs and corresponding payloads is shown in Table 26. When comparing the potency and lethality of anti-HER2 antibody-based ADCs with the stability and penetration of the respective payloads ( Figure 20 ), the AB185-ADL5-D15 compound showed a favorable combination of efficacy , lethal activity, chemical stability and catabolite permeability (eg for intended off-target destruction). As described below, AB185-ADL5-D15 was also active in vivo and showed strong antitumor activity in the NCI-N87 xenograft model.
In vivo эффективность: In vivo efficiency :
[1248] Линию клеток рака желудка NCI-N87, экспрессирующую человеческий HER2, и ксенотрансплантатную модель на ее основе получали путем инокуляции клеток NCI-N87 мышам SCID для оценки противоопухолевой активности иллюстративных ADC на основе антитела к HER2. Трастузумаб и TDM1 использовали в качестве препаратов сравнения. [1248] The NCI-N87 gastric cancer cell line expressing human HER2 and a xenograft model based on it were obtained by inoculating NCI-N87 cells into SCID mice to evaluate the antitumor activity of exemplary anti-HER2 antibody-based ADCs. Trastuzumab and TDM1 were used as comparators.
[1249] Противоопухолевые эффекты при внутривенном введении трастузумаба, TDM1 и четырех ADC на основе антитела к HER2 в ксенотрансплантатной модели на основе клеток карциномы желудка NCI-N87 показаны на фиг. 21 и фиг. 23. Влияние на вес тела показано на фиг. 22 и фиг. 23. Тестируемый препарат или среду-носитель вводили внутривенно (в/в) Q7D в течение 2 циклов. Данные представляют собой среднее значение ± SEM (объем опухоли, мм3) или ± SEM (вес тела,%) (N=8). * p <0,0001 по сравнению с группой среды-носителя в день 22 с использованием однофакторного дисперсионного анализа. [1249] The antitumor effects of intravenous trastuzumab, TDM1, and four anti-HER2 antibody-based ADCs in an NCI-N87 gastric carcinoma xenograft model are shown in FIG. 21 and FIG. 23 . The effect on body weight is shown in Fig. 22 and FIG. 23 . The test drug or carrier medium was administered intravenously (IV) Q7D for 2 cycles. Data are mean ± SEM (tumor volume, mm 3 ) or ± SEM (body weight,%) (N=8). * p < 0.0001 compared to vehicle group at day 22 using one-way ANOVA.
[1250] Табличные данные по in vitro и in vivo эффективности на NCI-N87 представлены в таблице 24. Табличные данные представляют собой процент (%) ингибирования роста опухоли (TGI объема опухоли) или % T/C (объем опухоли) (N=8). Соединение AB185-ADL5-D2 оказалось неожиданно активным in vivo, несмотря на невысокую летальность in vitro, и продемонстрировало улучшенную эффективность in vivo по сравнению, например, с AB185-ADL14-D1.[1250] Tabular data on in vitro and in vivo efficacy on NCI-N87 are presented in table 24. Tabular data are percent (%) inhibition of tumor growth (TGI tumor volume) or % T/C (tumor volume) (N=8 ). Compound AB185-ADL5-D2 was surprisingly active in vivo despite low in vitro lethality and showed improved in vivo efficacy compared to, for example, AB185-ADL14-D1.
Таблица 24. Эффективность иллюстративный ADC на основе антитела к HER2 в отношении клеток линии NCI-N87Table 24 Efficacy of exemplary anti-HER2 antibody ADC against NCI-N87 cell line
[1251] Трастузумаб, человеческое антитело к HER2, являющееся стандартом лечения HER2-положительного рака молочной железы, не продемонстрировал противоопухолевой активности в данной модели. Однако TDM1, препарат второй линии, содержащий трастузумаб с ковалентно связанным DM1 (цитотоксическим средством), показал значительно лучшую противоопухолевую активность (TGI 71%), чем один отдельно трастузумаб (TGI 4%). Среди четырех протестированных ADC ABL185-ADL5-D2, AB185-ADL5-D15 и AB185-ADL1-D4 показали высокую противоопухолевую активность с ингибированием роста опухоли (TGI), составляющим 73%, 67% и 68% соответственно. Опухоли во всех группах респондеров со временем возобновляли рост. Полного ответа не наблюдали ни в одной группе, при одно из восьми животных в каждой из следующих групп проявило частичный ответ: TDM1, ABL185-ADL5-D2 и AB185-ADL5-D15. Все реагенты и тестируемые препараты хорошо переносились мышами, причем потеря веса тела была минимальной. В целом, 3 из 4 протестированных ADC на основе антитела к HER2 продемонстрировали высокую противоопухолевую активность по сравнению с TDM1 в опухолевой модели NCI-N87 без значительной потери веса тела. [1251] Trastuzumab, a human anti-HER2 antibody that is the standard of care for HER2-positive breast cancer, did not demonstrate antitumor activity in this model. However, TDM1, a second-line drug containing trastuzumab with a covalently bound DM1 (cytotoxic agent), showed significantly better antitumor activity (TGI 71%) than trastuzumab alone (
In vivo PD: In vivo PD :
[1252] PD-модуляция границ сплайсинга в мРНК посредством внутривенного введения трастузумаба, TDM1 и четырех ADC на основе антитела к HER2 в ксенотрансплантатной модели на основе клеток карциномы желудка NCI-N87 показана на фиг. 24A - 24D. С помощью RT-qPCR отслеживали присутствие FBXW5 (зрелого мРНК-транскрипта) и TAOK1 (транскрипта с новым участком сплайсинга). Испытуемый препарат или среду-носитель вводили внутривенно (в/в) в дозе 10 мг/кг. Животных (N=4 на группу) отбирали либо через 48 часов (фиг. 24A и фиг. 24B), либо в указанные моменты времени (фиг. 24C и фиг. 24D). Опухоли извлекали для выделения РНК и проведения RT-qPCR. * p <0,05 по сравнению со средой-носителем с использованием однофакторного дисперсионного анализа (фиг. 24A и фиг. 24B) или двухфакторного дисперсионного анализа (фиг. 24C и фиг. 24D).[1252] PD modulation of splice boundaries in mRNA by intravenous administration of trastuzumab, TDM1, and four anti-HER2 ADCs in an xenograft model based on NCI-N87 gastric carcinoma cells is shown in FIG. 24A - 24D . RT-qPCR monitored the presence of FBXW5 (mature mRNA transcript) and TAOK1 (new splice transcript). The test drug or carrier medium was administered intravenously (IV) at a dose of 10 mg/kg. Animals (N=4 per group) were collected either after 48 hours ( FIG. 24A and FIG. 24B ) or at the indicated time points ( FIG. 24C and FIG. 24D ). Tumors were harvested for RNA isolation and RT-qPCR. *p<0.05 compared to vehicle medium using one-way ANOVA ( FIG. 24A and FIG. 24B ) or two-way ANOVA ( FIG. 24C and FIG. 24D ).
[1253] Ни трастузумаб, ни TDM1 не продемонстрировали значимых изменений при наблюдении в отношении сплайсинга FBXW5 или TAOK1. Все конъюгаты AB185 и ADL5-D2/ADL1-D4/ADL5-D15 показали значительное истощение FBXW5, а конъюгаты AB185 и ADL5-D2/ADL1-D4 продемонстрировали значительное увеличение TAOK1. ADL5-D15 показал увеличение TAOK1, но статистическая значимость не была достигнута. ADL14-D1 не проявил статистически значимых изменений в копийности какого-либо из транскриптов мРНК. [1253] Neither trastuzumab nor TDM1 showed significant changes when observed for FBXW5 or TAOK1 splicing. All AB185 and ADL5-D2/ADL1-D4/ADL5-D15 conjugates showed significant FBXW5 depletion, and AB185 and ADL5-D2/ADL1-D4 conjugates showed significant increases in TAOK1. ADL5-D15 showed an increase in TAOK1, but statistical significance was not reached. ADL14-D1 showed no statistically significant change in the copy number of any of the mRNA transcripts.
Таблица 25. Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 25 Characteristics of exemplary anti-HER2 antibody ADCs and associated payloads
Таблица 25 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 25 (continued). Characteristics of exemplary HER2 antibody-based ADCs and associated payloads
Таблица 25 (продолжение). Характеристики иллюстративных ADC на основе антитела к HER2 и соответствующих полезных нагрузокTable 25 (continued). Characteristics of exemplary HER2 antibody-based ADCs and associated payloads
Таблица 26. Иллюстративные ADC на основе антитела к HER2 - клетки HCC1954Table 26 Exemplary Anti-HER2 ADCs - HCC1954 Cells
ПРИМЕР 10EXAMPLE 10
10.1 Выбор типа опухоли/мишени на основе на биоинформационного анализа10.1 Choice of tumor/target type based on bioinformatic analysis
[1254] Чтобы идентифицировать антигены-мишени, которые высоко экспрессируются в опухолях с низкой мутационной нагрузкой (TMB) по сравнению с нормальной тканью, проводили биоинформационный прогностический анализ. В данном примере поясняется: 1) как задавали каждый фильтр и 2) как использовали таблицу антиген/тип опухоли для идентификации подходящих пар мишень/опухоль. Схематическую диаграмму иллюстративного анализа определения мишени см. на фиг. 25.[1254] To identify target antigens that are highly expressed in low mutation burden (TMB) tumors compared to normal tissue, a bioinformatic predictive analysis was performed. This example explains 1) how each filter was defined and 2) how the antigen/tumor type table was used to identify suitable target/tumor pairs. For a schematic diagram of an exemplary target detection assay, see FIG. 25 .
10.1.1 Обзор10.1.1 Overview
[1255] Антигены-мишени и типы опухолей идентифицировали с применением биоинформационного прогностического анализа. Данные из TCGA обрабатывали для определения мутационной нагрузки опухоли (TMB), экспрессии антигенов-мишеней для доставки ADC, и инфильтрации опухоли иммунными клетками. Анализы с использованием опубликованных граничных значений TMB и инфильтрации для стратификации прогнозируемых респондеров и не являющихся респондерами на ингибиторы контрольных точек иммунного ответа (ICI) проводили для выявления типов опухолей и соответствующих им антигенов. Экспрессию поверхностного антигена дополнительно подвергали фильтрации для оценки популяции с вероятностной экспрессией антигена, которая в по меньшей мере в 2 раза выше, чем в любой нормальной ткани (согласно оценке из базы данных тканеспецифической экспрессии GTEx). Типы опухолей (или субпопуляции опухолевых клеток из TCGA) с подходящий процентной долей пациентов, у которых имеются один или несколько антигенов-мишеней, дополнительно анализировали в отношении мутации и показателей иммунитета. Оценивали процентную долю антиген-положительных пациентов, у которых мутационная нагрузка опухоли ниже совокупного показателя 10 мутаций/миллион оснований, а балл T-клеточной инфильтрации превышает 0,5. Типы опухолей для ~50% пациентов, отвечающих этим критериям, перечислены в таблице 27. Пациенты в данных когортах (но не ограничиваясь этими когортами) могут отвечать на лечение посредством ADC на основе модулятора сплайсинга (например, описанным в данном документе ADC на основе модулятора сплайсинга).[1255] Target antigens and tumor types were identified using bioinformatic predictive analysis. Data from TCGA was processed to determine tumor mutation load (TMB), expression of target antigens for ADC delivery, and tumor infiltration by immune cells. Analyzes using published TMB cutoffs and infiltration to stratify predictive responders and non-responders to immune response checkpoint inhibitors (ICIs) were performed to identify tumor types and their corresponding antigens. Surface antigen expression was further filtered to evaluate for a population with probabilistic antigen expression that is at least 2-fold higher than in any normal tissue (estimated from the GTEx tissue-specific expression database). Tumor types (or subpopulations of tumor cells from TCGA) with an appropriate percentage of patients having one or more target antigens were further analyzed for mutation and immunity scores. The percentage of antigen-positive patients with a tumor mutation load below a cumulative rate of 10 mutations/million bases and a T-cell infiltration score greater than 0.5 was assessed. Tumor types for ~50% of patients meeting these criteria are listed in Table 27. Patients in these cohorts (but not limited to these cohorts) may respond to treatment with a splice modulator-based ADC (e.g., splice modulator-based ADC described herein). ).
10.1.2 Способы10.1.2 Methods
[1256] Пояснение к таблице прогнозирования антигенов и типов опухолей из Вестника онкологии:[1256] Explanation of antigen and tumor type prediction table from Bulletin of Oncology :
Антиген: название гена, кодирующего антиген; лишь 59 генов, которые могут быть подходящими мишенями для ADC, из литературного обзора в Вестнике онкологии (см. Moek et al. (2017) Annals of Oncology, 28: 3083-3091) включили в таблицу (исходный полный анализ включал полный набор генов белков клеточной поверхности (сурфасом), выявленный анализом in silico). Antigen : name of the gene encoding the antigen; only 59 genes that could be suitable targets for ADC from a literature review in the Journal of Oncology (see Moek et al. (2017) Annals of Oncology, 28: 3083-3091) were included in the table (the original complete analysis included a complete set of protein genes cell surface (surfasome) revealed by in silico analysis).
Когорта: название когорты согласно TCGA Cohort : name of the cohort according to TCGA
ПОДТИП: информация о подтипе опухоли согласно TCGA SUBTYPE : tumor subtype information according to TCGA
Всего_случаев: общее число случаев Total_cases : total number of cases
Случаи.по.подтипу: число случаев по подтипу Cases.by.subtype : number of cases by.subtype
LTPM_медиана: медианное значение экспрессии по log2(TPM+1) LTPM_median : median value of expression over log2(TPM+1)
LTPM_медиана_низкаяTMB: медианное значение экспрессии по log2(TPM+1) для случаев с низкой TMB (< 350) LTPM_median_low TMB : median expression value by log2(TPM+1) for cases with low TMB (< 350)
LTMB_медиана: медианное значение log10(TMB) LTMB_median : median value of log10(TMB)
LTMB_MAD: устойчивое измерение стандартного отклонения по величине MAD (абсолютному отклонению среднего) log10(TMB) LTMB_MAD : robust standard deviation measurement of MAD (absolute mean deviation) log10(TMB)
Инфильтрат_медиана: медианное значение балла инфильтрации в соответствии с молекулярными сигнатурами T-клеток из PLoS One Infiltrate_median : median infiltration score according to T cell molecular signatures from PLoS One
Инфильтрат_MAD: устойчивое измерение стандартного отклонения по величине MAD (абсолютному отклонению среднего) балла инфильтрации в соответствии с молекулярными сигнатурами T-клеток из PLoS One Infiltrate_MAD : Robust measurement of the standard deviation of the MAD value (absolute deviation of the mean) of the infiltration score according to the T-cell molecular signatures from PLoS One
Корреляция с чистотой: корреляция экспрессии с чистотой опухоли Correlation with purity : correlation of expression with tumor purity
GTEX_ткань: название ткани из базы GTEx с наивысшим медианным значением экспрессии GTEX_tissue : the name of the GTEx tissue with the highest median expression value
GTEX_LTPM_медиана: медианное значение экспрессии антигена в ткани из GTEx с наивысшим медианным значением экспрессии GTEX_LTPM_median : median value of antigen expression in tissue from GTEx with the highest median expression value
Сурфасом.фильтр*: популяция пациентов после использования фильтра по сурфасому: экспрессия в > 2 раза превышает экспрессию в нормальной ткани из GTEx с наивысшим медианным значением Surfasome.filter* : patient population after surfasome filtering: expression >2-fold higher than normal tissue from GTEx with highest median
НизкаяTMB.Фильтр: популяции пациентов после использования фильтра низкой мутационной нагрузки опухоли (TMB): < 350 на экзом-секвенир. (10 на 2 миллиона оснований) Low TMB. Filter : Patient populations after low tumor mutation load (TMB) filter: < 350 per exome sequencer. (10 over 2 million bases)
НизкаяTMB.Сурфасом.Фильтр: популяции пациентов после использования как фильтра по сурфасому, так и фильтра по мутационной нагрузке опухоли (tmb) Low TMB.Surfasome.Filter : patient populations after using both the surfasome filter and the tumor mutation load (tmb) filter
Выс.инфильтр.НизкаяTMB.Сурфасом.Фильтр: популяция пациентов после использования трех фильтров: фильтра экспрессии сурфасома, фильтра низкой мутационной нагрузки опухоли (tmb) и фильтра высокой инфильтрации High.infilt.LowTMB.Surfasome.Filter : patient population after using three filters: surfasome expression filter, low tumor mutation load (tmb) filter, and high infiltration filter
Сурфасом.Фильтр.Проц. доля: процентная доля популяции после использования фильтра по сурфасому: экспрессия в > 2 раза превышает экспрессию в нормальной ткани из GTEx с наивысшим медианным значением Surface.Filter.Proc. proportion : percentage of the population after using the surfasome filter: expression > 2-fold higher than in normal tissue from GTEx with the highest median value
НизкаяTMB.Фильтр.Проц. доля: процентная доля популяции после использования фильтра низкой мутационной нагрузки опухоли (TMB) < 350 Low TMB.Filter.Proc. proportion : percentage of the population after using a low tumor mutation load (TMB) filter < 350
НизкаяTMB.Сурфасом.Фильтр.Проц. доля: процентная доля популяции после использования как фильтра по сурфасому, так и фильтра по мутационной нагрузке опухоли (tmb) Low TMB.Surface.Filter.Proc. proportion : percentage of the population after using both the surfasome filter and the tumor mutation load (tmb) filter
Выс. инфильт.НизкаяTMB.Сурфасом.Фильтр.Проц.: процентная доля популяции после использования трех фильтров: фильтра экспрессии сурфасома, фильтра низкой мутационной нагрузки опухоли (tmb) и фильтра высокой инфильтрации High infiltrate.Low TMB.Surface.Filter.Proc. : percentage of population after using three filters: surfasome expression filter, low tumor mutation load (tmb) filter, and high infiltration filter
[1257] Вероятностная оценка популяции пациентов:[1257] Probabilistic estimation of the patient population :
Собранные источники: Collected Sources :
1. публикация об иммунном фоне при многих видах рака (Ready et al. (2019) Journal of Clinical Oncology, 37:992-1000)1. publication on the immune background in many types of cancer (Ready et al. (2019) Journal of Clinical Oncology, 37:992-1000)
2. Набор данных секвенирования РНК/секвенирования экзома из TCGA, полученный посредством Omicsoft2. RNA sequencing/exome sequencing dataset from TCGA obtained by Omicsoft
3. Публикациях о сигнатурах экспрессии генов при определении характеристик иммунного микроокружения (Thorsson et al. (2018) Иммунитет, 48, 812-830)3. Publications on gene expression signatures in characterizing the immune microenvironment (Thorsson et al. (2018) Immunity, 48, 812-830)
4. Данные из GTEx версии 74. Data from GTEx version 7
Мутационную нагрузку опухоли рассчитывали с использованием программного обеспечения Omicsoft на основе вызова данных по мутациям из TCGA, полученных посредством секвенирования экзома. Сигнатуры T-клеток (CD3D, CD3E, CD2) из PLoS One использовали для количественного определения инфильтрации иммунными клетками. Z-показатель рассчитывали с использованием log2(TPM+1) значения данных секвенирования РНК из TCGA. Tumor mutation load was calculated using Omicsoft software by recalling mutation data from TCGA obtained by exome sequencing. T cell signatures (CD3D, CD3E, CD2) from PLoS One were used to quantify immune cell infiltration. Z-score was calculated using the log2(TPM+1) value of RNA sequencing data from TCGA.
Сурфасом.Фильтр: вероятность того, что у отдельного пациента имеется >2-кратное превышение экспрессии (log2(TPM+1)) по сравнению с нормальной тканью из GTEx с наивысшим медианным значением, рассчитывали следующим образом: Surfasome.Filter : The probability that an individual patient has >2-fold overexpression (log2(TPM+1)) compared to normal GTEx tissue with the highest median value was calculated as follows:
1. идентифицировали нормальную ткань из GTEx, которая характеризуется наивысшим медианным значением по данному гену среди всех нормальных тканей из GTEx, принимая этот показатель за Th.1. identified normal tissue from GTEx, which is characterized by the highest median value for this gene among all normal tissues from GTEx, taking this indicator as T h .
2. Получали данные из GTEx по этому гену при 1000 пациентов по каждой ткани, используя метод увеличения числа примеров миноритарного класса (SMOTE (Siemers et al. (2017) PLoS One, 12 (7): e0179726), сохраняя при этом распределение данных по тканям.2. Obtained data from GTEx for this gene at 1000 patients in each tissue using the Minority Class Increment Method (SMOTE (Siemers et al. (2017) PLoS One, 12(7): e0179726)), while maintaining the distribution of tissues.
3. Подсчитывали, сколько раз (n раз) у этого пациента будет >2 превышение данных для ткани Th, полученных из GTEx, причем вероятность того, что у этого пациента будет >2-кратное превышение нормального значения из GTEx равна n/10003. Count how many times (n times) this patient will have >2 times the tissue T h data obtained from GTEx, with the probability that this patient will have >2 times the normal value from GTEx is n/1000
4. Рассчитывали данную вероятность для каждого пациента4. This probability was calculated for each patient
5. Сумма отдельных вероятностей представляет собой вероятностную оценку популяционной когорты с более чем >2 превышением по сравнению с нормальной тканью из GTEx.5. The sum of the individual probabilities is a probabilistic estimate of a population cohort with >2 excess over normal tissue from GTEx.
6. При одновременном использовании других фильтров сумма отдельных вероятностей будет применима только для пациентов, данные по которым провели через другие фильтры.6. When using other filters at the same time, the sum of the individual probabilities will only apply to patients whose data has been passed through other filters.
10.1.3 Примеры10.1.3 Examples
[1258] Антигены-мишени и типы опухолей, определенные с использованием описанного выше иллюстративного биоинформационного прогностического анализа, представлены в таблице 27.[1258] Target antigens and tumor types determined using the exemplary bioinformatics predictive analysis described above are shown in Table 27.
Таблица 27. Иллюстративные антигены-мишени и типы опухолейTable 27 Exemplary Target Antigens and Tumor Types
Рак шейки матки
Рак поджелудочной железы
Аденокарцинома легкогоovarian cancer
Cervical cancer
Pancreas cancer
lung adenocarcinoma
Рак пищеводаkidney cancer
Esophageal carcinoma
Рак пищеводаkidney cancer
Esophageal carcinoma
Рак шейки матки
Рак молочной железыovarian cancer
Cervical cancer
Mammary cancer
Рак предстательной железыMammary cancer
prostate cancer
Claims (107)
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62/679,631 | 2018-06-01 | ||
| US62/679,672 | 2018-06-01 | ||
| US62/779,324 | 2018-12-13 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2020143425A RU2020143425A (en) | 2022-07-11 |
| RU2799438C2 true RU2799438C2 (en) | 2023-07-05 |
Family
ID=
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US8337856B2 (en) * | 2000-03-16 | 2012-12-25 | Immunogen, Inc. | Methods of treatment using anti-ERBB antibody-maytansinoid conjugates |
| RU2683780C2 (en) * | 2014-01-31 | 2019-04-02 | Дайити Санкио Компани, Лимитед | Anti-her2 antibody-drug conjugate |
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US8337856B2 (en) * | 2000-03-16 | 2012-12-25 | Immunogen, Inc. | Methods of treatment using anti-ERBB antibody-maytansinoid conjugates |
| RU2683780C2 (en) * | 2014-01-31 | 2019-04-02 | Дайити Санкио Компани, Лимитед | Anti-her2 antibody-drug conjugate |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| KROP I.E. et al. Phase I study of trastuzumab-DM1, an HER2 antibody-drug conjugate, given every 3 weeks to patients with HER2-positive metastatic breast cancer. J Clin Oncol. 2010. Vol. 28. No. 16. Pp. 2698-2704. * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11945807B2 (en) | Splicing modulator antibody-drug conjugates and methods of use | |
| TWI853863B (en) | Herboxidiene splicing modulator antibody-drug conjugates and methods of use | |
| RU2799438C2 (en) | Antibody and drug conjugates as a splicing modulator and methods of their use | |
| RU2820607C2 (en) | Antibody-drug conjugates containing herboxydiene-based splicing modulator, and methods of use thereof | |
| RU2845597C1 (en) | Antibody-drug conjugates based on anti-bcma antibody and methods for use thereof | |
| RU2845597C9 (en) | Antibody-drug conjugates based on anti-bcma antibody and methods for use thereof | |
| EA048288B1 (en) | ANTIBODY-DRUG CONJUGATES AS SPLICING MODULATORS AND METHODS OF THEIR USE |